lowQualScore                  :                                       777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    222                                                         111111                              11111111             2222222222        11111111                  111             
lowQualScore                  :                1 55    2   44  44   3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    000 333 0 444     1 22 222 55555555  666666666  66  1  222  999999 3  1 1     22  66 1 2      1 55555555 1     22 55 4444444444    55  55555555 2    2  6  3 888 888             
lowQualScore                  :                . ..    .   ..  ..   . .............................................................................................    ... ... . ...     . .. ... ........  .........  ..  .  ...  ...... .  . .     ..  .. . .      . ........ .     .. .. ..........    ..  ........ .    .  .  . ... ...             
lowQualScore                  :                0 00    3   66  66   3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    777 000 4 666     6 22 888 88888888  444444444  44  5  888  444444 3  6 4     99  33 3 7      4 44444444 6     88 55 5555555555    99  66666666 5    5  2  1 555 666             
consensus                     :           GCATTCA--AGTTTGTT--TA--AAT-G----AAT---A-C--CACCACC-C--CCCAC-CC-ACCC---A-C----------------CC-------C----G--G--------------TCAA--GA---TGG---GGGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---TAAA--GTT-TA-G-GGTCGA-AA-CT-G-TTCTTA-CGC------A-GGATG--G--T----C-----TGAT-ATC-NT--G--T-AAAC-TA-TT-G---A--TGACCATATATTTT
Reference ( gi|4 )            :           GCATTTA--AGTTTGTT--TA--AAT-G----AAT---ACC--CACCACC-C--CCCAC-CC-ACCC---A-C----------------CC-------T----G--A--------------TCAA--CA---TGG---GGGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---TAGA--GAT-TA-G-GGTCGA-AA-TT-G-TTCTTA-CAT------A-GGATG--G--T----T-----TAAT-GTC-GT--G--T-AAAC-TA-TT-G---A--TAACCATATATTTT
gi|10                         :           GCATTCA--AGTTTGTT--TA--AAT-ATTCAAATGGTAGC--AACCGCCAC--CCCA-----ACCC----------------------CC-------G----G--AGGG-----------TCAA--GA---TTG---GGTCC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GA---TAAT--GTT-TA-G-GGTCGT-AA-CT-G-TTCTTA-CGC------A-G
gi|2                          :       gaaaGCAATTC--AGTT----------AAT-G----AAT---ATA--TACCCCC-C--CCCCC-CC-CCCCCGCATC----------------CC-------C----G--G--------------TCAA--GA---TGG---GG-TC-A--C---A--------AT---------AG-CGA-GA---TAAA--AGTGTA-G-ATGCGT-AA-CA-G-TTCTCA-CGC------A-AGATG--G--T----C-----TAAT-A---ATA-G--T-AAATGTA-TTCA---A--TATTCATATATTTT
gi|1                          :          aGCACTTACAAGTTTGCTGTTACTAATAG----AAT---AACTTCTCTACC-CA-TCCAC-CC-ACCC-----C----------------AC-------T----G--G--------------TTAAG-CAGCCTGGCCCGTGCA-AATCTTAA--------AT---------AA-TGA-GAATTTATA--GTT-TA-G-G-TCGA-AA-CT-G-TTCTTAGCGC------T-GG-TG--G--TAATCT-----GAAT-ATC-GT--G--TAAAAC-TA-TT-GTTTA--TAACCATA-ATTTTcttgatcttttgtgtagaacacaagttt
gi|5                          : aacatggataGCATTCA--ATGCTGTT--TA--AAT-G----AA-----------CTACA-C--CCCAC-CC-G---------------------------------------------------------TCAA--GA---TGG---A--CC-A--T---C--------AT---------AGAGGC-GA---TAAATTG-T-TA-ATAGTCGA-AA-CT-G-TTCGTG-CAT------ACGAATGAAG--T----CA----TATT-CTG-GT--A--T-AAAC-AA-TT-G---AAGTAGCCATA
gi|6                          : aacatggaaaGCATTCA--AGTTTTGT--TA--AAT-G------T---AGC--AACCCCC-CTCCCCAC-CC-ACCC---A-CACACACACAACACACGCCGACTCGGT----G--T--------------TCAA---A---TTG---GGGCC----C---A--------AT---------AG----------T-------T-TA-G-GGT--ATAA-CT-G-TTCTTA--ATGC----A-GGATG----------------TAAT-at
gi|35                         :      ttggaGCATTCA--AGTTTGTT--TA--AAT-G---------------TAGCACC-C--CCCAC-CC-A-CC---A-C----------------CC-------tttg
gi|7                          :     agtgaacCATTCA--AGTTTGTT--TA--CAA-G----A-T---A--------ACC-C--CCAAC-CC--CCC---T-C----------------CC------------G--G--------------TCAA--GA---TGA---GGGCC-A--T---A--------AT---------AG-GGA-AA---TAAA--GTT-TT-G-GGTCGA-AA-CT-G-TTCTTA-GGC------A-GGATG--A--T----C-----TAAT-ATC-TT--G--T-AAAC-Tga
gi|20                         : ttaacatggaaaATTCA--AGTATGCT--TA--AAT-GGT--AGC---AAC--C-CCATC-C--CCAAC-C---CCC---A------------------GG-------G----G--A--------------TCAA--GA---TTG---GGGCC-C--C---A--------AT---------AG-AGA-GG---TA
gi|28                         :               TTC--AATTTTTT--AA--AAT-G----AAT---AC-------ACC-C--CC-------GCCC-----------------------C-------C----G--G--------------TCAA--GA---TGG---GGGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-a
gi|3                          :                 A--AGTTAGTT--TA--AAT-T----AAT---ACC--CCCTTCC-C--CCCGC-T--ACC----A-C----------------C-------------A--G--------------TCAA--GA---TGG---GGGCC-T--C---C--------AT---------AG-G-A-GA---TAAA--GTC-TA-G-GTTCCA-GA-CT-G-TTCTTA-CATGTACACA-GGATG--GTCT----T-----TGAT-GTC--T--GA-T-AAAC-TATTT-G---AACGGACCATATATTTT
gi|18                         :                cA--AGTT-GTT--TA--AAT-C----AATT--ACT--CACC-------------CC-ACCC---A-C----------------CC--------------------------------AA-------------------A--C---A--------AT---------AG---A-GA---TAAA--GTTATA-T-GGTCGA-AA-CT-G-TTCTTA-Ctcttgatgtttggttacacaagt
gi|21                         :                          cT--TA--AAT-G----A-T---A-----GCAACC-C--CCCAC-CCCACCCCA-A-C----------------TC-------TCGGGG--AG-------------TCAA--GA---TTG---GGGCC-A--C---A--------AT---------TG-AGA-GA---TAAA--Ggc
gi|15                         :                                                          ACC-C--TCCTT-CA-CCCC---A-C----------------CC-------CC---G--G--------------TCAAGATA---TGG---GAGTC-A--C---A--------ATTTTAAAATTAG-GGA-GA---TAAA--GTT-TA-G-GATCGA-AA-CT-G-TTCTTA-CAt
gi|16                         :                                                          tCC-C--CCCACTCC-ACCCCGAA-C----------------CC-------T----G--GGGGGCGGGGGGATGTCAA--AA---TTG---AGGCC-A--C---A--------AC---------AG----------T-------T-TA-G-GATCGT-AA-CT-G-TTCTTA-TGC------A-GGc
gi|17                         :                                                           cC-T--CCCAT-CC--CTC---A-C----------------TC------------G--G--------------TCAA--GA---TGG---GGGCC-A--C---ATCGATTGAAT---------GG-GGA-GA---TAAA--AAT-TT-A-AGTCAA-AA-CT-G-TTCTTA-C
gi|12                         :                                                                   tAC-CC-TCCCCT-G-C----------------CC-------T----GGGA--------------TCAA--GA---TGG---GAGCC-A--C---A--------AT---------AC-TGA-GA---TA-A--TGT-TA-A-GGTCGT-AA-CT-G-TT
gi|30                         :                                                   taagatttgttcacacggt-CC-CCCC---C-C----------------CC-------T----C--A--------------GTAA--AA---AGG---GGGCC-A--C---G--------AT---------AG-GGA-GA---TAAA--GTT-TA-G-GATCGA-AA-CT-G-aaattgcccttaaatgaccaaaaatcttg
gi|19                         :                                                                           CCC---C-C----------------TC-------TTG--G--G--------------TCAAG-CA---TGGC--GGGCCTA--C---A--------AT---------AG-GGATGA---TAAA--GTT-GA-G-GGTCTA-TA-CT-C-TTATTA-CTC------A-GGATG--G--
gi|13                         :                                                                                                                      --------------TCAA--AA---TTG---GGGCC-A--C---A--------CT---------AG----------T-------T-TA-G-GGTCGT-AA-CT-G-TTCTTA-TGC------A-GGATT--G--T----A-----TAGC-ATC-TT--G--T-AAAC-TA-TT-G---A---GGTCATATA
gi|9                          :                                                                                                   taccccgacccccaaaggt--------------TCAA--GA---TTG---GGGTC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GA----AAA--GTT-TA-G-GCCCGG-AG-CT-GTTTTTTA-CGC------A-GG-TG--G--TA---T-----TGAT-ATC-TT--GATT-AAAC-
gi|8                          :                                                                                                                    ag--------------TCAA--GA---TTG---GGGTC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GA----AAA--GTT-TA-G-GCCCGG-AG-CT-GTTTTTTA-CGC------A-GG-TG--G--TA---T-----TGAT-ATC-TT--GATT-AAAC-atgagaccaagatagtttgttgttccttgtatgaagacaagttc
gi|34                         :                                                                                                                                    gCAA--GA---TGG---GGGTC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-AA---TAAA--GTT-TA-G-GGTCGT-AA-TA-A-TTTTTatgagaccaagatagtttgttgttccttgtatgaagacaagttca
gi|29                         :                                                                                                                                  gggCAA--GA---TGG---GGGAC-A--C---A--------A-----------G-GGA-GA---TAAA--GCT-GA-G-GGTCGT-AA-CT-G-TTCTTT-AGC------A-GGATG--G--c
gi|32                         :                                                                                                                                           A---TTG---GGGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---TAAA--G-T-TGTG-GGTCAT-AG-CT-G-TTATTA-CCC------A-AGAT
gi|33                         :                                                                                                                                               gGG---GGGAC-G--C---A--------AT---------AG-GGC-GA---TAAA--G-T-TA-A-GGTCAA-AA-CT-G-TTCTAA-CGC------A-GGATG--G--
gi|11                         :                                                                                                                                                      GGCC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GT---TAAA--GTT-TA-G-TGTTGT-AA-CT-G-TTCTTA-TGC------A-G
gi|37                         :                                                                                                                  tggtagcaaccaactccccccccctcccaacgggggttgggggggggggggggggttgcaagatttggatttGA-GA---TAAA--GTT-TA-T-GGTCGA-AA-CT-G-TTCTTA-CGC------A-GG
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                       ataT-TA-G-GGTCAA-AA-CTCA-CTTCTA-AGC------A-GGATG--G--T----C-----TAATAGTCTCT--G--T-AAAC-AG-TT-AC--A--TAGTCATATATTT
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                            gt-G-GGTCGT-AA-CT-G-TTCTAA-TAT------A-GGATG--G--T----T-----TTAT-ATT-CT--A--T-AAAC-TA-TT-G---A---GACCATATATTTTcaatgatccttgtgttataacacaagtttat
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                -GGTCGA-AA-CT-G-TACTAA-CAC------A-GGATG--G--T----C-----TGAT-ATC-GT--A--T-AAAC-TA-TT-G---A--TAGCCATATATct
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                -GGTCCA-GA-CT-G-TTCTTA-CATGTACACA-GGATG--GTCT----T-----TGAT-GTC--T--GA-T-AAAC-TATTT-G---A--AGACCATATATT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                -GGTCAA-CACTT-G-TTCTTA--AC------A-GGATG--G--TC---T-----TGA--ATC-GTTTG--T-AAAC-TA-TT-G---A--TAACC-TATGGTTT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                -GGTCGT-AG-CT-G-TTCTTA-CAC------A-GGATG--G--TACA-TGTATATGAT-ATT-TT--G--T-AAAC-TT-TT-G---A---GACCATActt
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                  GTCGA-AA-CT-G-TTCTTG-CGC------A-GAATG--G--T----C-----TAAT-ATC-TT--G--T-AAAC-TA-TT-G---A--AGACCATATaa
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                     A-CAC------A-GGATG--G--T----C-----TAAT-ATC-TT--G--T-AAAC-TC-TT-G---A--AGACCA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): GTTTGTTTAGATAATGCCCCCTCCCCCTCCGGGGTTGGGTGGGGCCATAACAGGGATTGAAGTTAAA
Unaligned ( gi|36 ): GATCGTAACTGTTCTTATGCAGGACGCTGTTGAGGCCATGTAT
Unaligned ( gi|39 ): AACATGGAAGCATTTAAGTTTGTTCAAGTTTGAT






Alignments
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lowQualScore                  :                  00          99  99   44444444444444444       8 1  77   000000000000000000000000000000000000000000000000000 6    1 777 000 111 666    5 00 666 44444444  999999999  44  4  666 5   00 5  5        99    5     777777 9 3    5     00 333 777777777 444   2  22 33 000 2    4  0  5 999 666             
consensus                     :             GCATT--CAAGTTTGTT--TA--AAT-G----AAT-ACC-ACCACCCCCCAC-CC-ACCC---A-C--------------------CC-C-----GG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-TAGGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-CGCA-GGATG--G---T-C-------T-G-ATA-TC-NT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A--TGACCATATATTTT
Reference ( family-4081 )     :             GCATT--CAAGTTTGTT--TA--AAT-G----AAT-ACC-ACCACCCCCCAC-CC-ACCC---A-C--------------------CC-C-----GG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-TAGGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-CGCA-GGATG--G---T-C-------T-G-ATA-TC-NT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A--TGACCATATATTTT
gi|1                          :             GCACTTACAAGTTTGCTGTTACTAATAG----AAT-AAC-TTCTCTACCCAT-CC-ACCC---A-C--------------------CC-CACT--GG--------------T-TAAGCAGCCT--GGCCCG---TGCA-AATCTTAA--------AT---------AA-TGA-GAATTT-ATA--G-TT-TAGG-TCGA-AACT-GTTCT------T-AGCGCT-GG-TG--GTAAT-C-------T-GAATA-TC-GT--G---TAAAAC-TA-TT-GTTTA--TAACCATA-ATTTT
gi|10                         :   aacatggataGCATT--CAAGTTTGTT--TA--AAT-ATTCAAAT-GGT-AGCAACCGCCAC-CC---CA---A-C--------------------CC-CCGGAGGG--------------T-CAAG-A---T--TG---G---GTCC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GA---T-AAT--G-TT-TAGGGTCGT-AACT-GTTCT------T-A-CGCA-G
gi|11                         :                                                                                                                         gaaa-CAAG-A---TTTGG---ATTTGGCC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GT---T-AAA--G-TT-TAGTGTTGT-AACT-GTTCT------T-A-TGCA-G
gi|12                         :     tggtagcaaccaactccccccccctcccaacgggggttgggggggggggggggggttgAC-CC-TCCCCT-G-C--------------------CC-T-----GGGA------------T-CAAG-A---T--GG---G---AGCC-A--C---A--------AT---------AC-TGA-GA---T-AAT--G--T-TAAGGTCGT-AACT-GTT
gi|13                         :                                                 taagatttgttcacacggt-ACCCCG-A-C--------------------CC-CCAAA-GG--------------TTCAAA-A---T--TG---G---GGCC-A--C---A--------CT-------------------------A--G-TT-TAGGGTCGT-AACT-GTTCT------T-A-TGCA-GGATT--G---T-A-------T-A-GCA-TC-TT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A---GGTCATATAaaattgcccttaaatgaccaaaaatcttg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                   t--G-TT-TAGGGTCAA-AACTCACTTC------T-A-AGCA-GGATG--G---T-C-------T-A-ATAGTCTCT--G---T-AAAC-AG-TT-AC--A--TAGTCATATATTT
gi|15                         :                                                        ACCCTCCTT-CA-CCCC---A-C--------------------CC-CC----GG--------------T-CAAG-A---TATGG---G---AGTC-A--C---A--------ATTTTAAAATTAG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-TAGGATCGA-AACT-GTTCT------T-A-CACcaatgatccttgtgttataacacaagtttat
gi|16                         :                                                        tCCCCCCACTCC-ACCCCGAA-C--------------------CC-T-----GGGGGGCGGGGGGATGT-CAAA-A---T--TG---A---GGCC-A--C---A--------AC---------AG-------------------TT-TAGGATCGT-AACT-GTTCT------T-A-TGCA-GG
gi|17                         :                                                         cCTCCCAT-CC--CTC---A-C--------------------TC-------GG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-A--C---ATCGATTGAAT---------GG-GGA-GA---T-AAA--AATT-TAAG-TCAA-AACT-GTTCT------T-A-C
gi|18                         :                 t--CAAGTT-GTT--TA--AAT-C----AATTACT---CACCCC--------ACCC---A-C--------------------CC--------------------------AA-----------------------A--C---A--------AT---------AG---A-GA---T-AAA--G-TTATATGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-CGC
gi|19                         :                                                                                                       -----GG--------------T-CAAGCA---T--GGC--G---GGCCTA--C---A--------AT---------AG-GGATGA---T-AAA--G-TT-GAGGGTCTA-TACT-CTTAT------T-A-CTCA-GGATG--G---
gi|2                          :                    ccccctcttg--TG--AAT-A----TAT-ACC-CCCCCCCCCCCC-CC-CCGC---ATC--------------------CC-C-----GG--------------T-CAAG-A---T---G---G---GGTC-A--C---A--------AT---------AG-CGA-GA---TAAAA--G-TG-TAGATGCGT-AACA-GTTCT------C-A-CGCA-AGATG--G---T-C-------T-A-ATA----ATA-G---T-AAATGTA-TTCA---A--TATTCATATATTTT
gi|20                         : agcaattcagttaaATT--CAAGTATGCT--TA--AAT-G----G-T-AGC-A--ACCCCATCC-CC-AACC-----C--------------------CC-A-----GGGGA-----------T-CAAG-A---T--TG---G---GGCC-C--C---A--------AT---------AG-AGA-GG---T-AActtgatcttttgtgtagaacacaagttt
gi|21                         :                             T--TA--AAT-G----A-T-AGC-A--ACCCCCCAC-CCCACCCCA-A-C--------------------TCTC-----GGGGAG----------T-CAAG-A---T--TG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------TG-AGA-GA---T-AAA--G-T
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                              GGTCCA-GACT-GTTCTTACATGT-A-CACA-GGATG--G---T-CTT-----T-G-ATG-TC-TG--A---T-AAAC-TATTT-G---A--AGACCATATATT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                              GGTCAA-CACTTGTTCT------T-A--ACA-GGATG--G---T-C-------TTG-A-A-TC-GTTTG---T-AAAC-TA-TT-G---A--TAACC-TATGGTTT
gi|24                         :                       GTTTGTT--TA--GAT------AAT-GCC-----CCCTCC-------CCC---T-C--------------------CG-G-----GG--------------T-TGGG-----T--GG---G---G-CC-A--T---A--------AC---------AG-GGA-T----T-GAA--G-TT-ctt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                              GGTCGT-AGCT-GTTCT------T-A-CACA-GGATG--G---TACATGTATAT-G-ATA-TT-TT--G---T-AAAC-TT-TT-G---A---GACCATAaaa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                             GGGTCGT-AACT-GTTCT------A-A-TATA-GGATG--G---T-T-------T-T-ATA-TT-CT--A---T-AAAC-TA-TT-G---A---GACCATATATTTTaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                              GGTCGA-AACT-GTACT------A-A-CACA-GGATG--G---T-C-------T-G-ATA-TC-GT--A---T-AAAC-TA-TT-G---A--TAGCCATATATct
gi|28                         :                TT--CAATTTT-TT--AA--AAT-G----AAT-AC-----ACCCCC-------GCCC---------------------------C-C-----GG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-
gi|29                         :                                                                                                                             -CAAG-A---T--GG---G---GGAC-A--C---A--------A-----------G-GGA-GA---T-AAA--G-CT-GAGGGTCGT-AACT-GTTCT------T-T-AGCA-GGATG--G---
gi|3                          :                  --CAAGTTAGTT--TA--AAT-T----AAT-ACC-CCCTTCCCCCCG-CT-ACC----A-C--------------------C--------AG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-T--C---C--------AT---------AG-G-A-GA---T-AAA--G-TC-TAGGTTCCA-GACT-GTTCTTACATGT-A-CACA-GGATG--G---T-CTT-----T-G-ATG-TC-TG--A---T-AAAC-TATTT-G---AACGGACCATATATTTT
gi|30                         :                                                                C-CC-CCCC---C-C--------------------CT-C-----AG--------------T-AAAA-A------GG---G---GGCC-A--C---G--------AT---------AG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-TAGGATCGA-AACT-Gtcttgatgtttggttacacaagt
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                               GTCGA-AACT-GTTCT------T-G-CGCA-GAATG--G---T-C-------T-A-ATA-TC-TT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A--AGACCATAT
gi|32                         :                                                                                                                                 G-A---T--TG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-GTGGGTCAT-AGCT-GTTAT------T-A-CCCA-AGAT
gi|33                         :                                                                                                                                        --GG---G---GGAC-G--C---A--------AT---------AG-GGC-GA---T-AAA--G-TT--AAGGTCAA-AACT-GTTCT------A-A-CGCA-GGATG--G---
gi|34                         :                                                                                                       -----GG--------------G-CAAG-A---T--GG---G---GGTC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-AA---T-AAA--G-TT-TAGGGTCGT-AATA-ATTTT------T-
gi|35                         :             GCATT--CAAGTTTGTT--TA--AAT-G----------T-AGCACCCCCCAC-CC-A-CC---A-C--------------------CC-c
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                       agtgaacGATCGT-AACT-GTTCT------T-A-TGCA-GGACGCTG---T---------T-G-AGG-CC-AT--G---T-Aga
gi|37                         :                                                                                                                                                                                       GA-GA---T-AAA--G-TT-TATGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-CGCA-GGt
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                   ata-A-CACA-GGATG--G---T-C-------T-A-ATA-TC-TT--G---T-AAAC-TC-TT-G---A--AGACCA
gi|4                          :             GCATT--TAAGTTTGTT--TA--AAT-G----AAT-ACCCACCACCCCCCAC-CC-ACCC---A-C--------------------CC-T-----GA--------------T-CAAC-A---T--GG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---T-AGA--G-AT-TAGGGTCGA-AATT-GTTCT------T-A-CATA-GGATG--G---T-T-------T-A-ATG-TC-GT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A--TAACCATATATTTT
gi|5                          :             GCATT--CAATGCTGTT--TA--AAT-G----A-------ACTACACCCCAC-CC-----------------------------------------G--------------T-CAAG-A---T-------G---GACC-A--T---C--------AT---------AGAGGC-GA---T-AAATTG-TT-AATAGTCGA-AACT-GTTCG------T-G-CATACGAATGAAG---T-C-----------ATA-TT-CT--GGTAT-AAAC-AA-TT-G---AAGTAGCCATA
gi|6                          :   aacatggaaaGCATT--CAAGTTTTGT--TA--AAT-GT---AGC-AAC-CCCCCTCCCCAC-CC-ACCC---A-CACACACACAACACACGCCGACT-C-----GGTGT-----------T-CAA--A---T--TG---G---GGCC----C---A--------AT-------------------------A--G-TT-TAGGGT--ATAACT-GTTCT------TAA-TGCA-GGATG--at
gi|7                          :         ttggaCATT--CAAGTTTGTT--TA--CAA-G----A-T-A------ACCCCCAAC-CC--CCC-----T--------------------CC-C-----GG--------------T-CAAG-A---T--GA---G---GGCC-A--T---A--------AT---------AG-GGA-AA---T-AAA--G-TT-TTGGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-GGCA-GGATG--A---T-C-------T-A-ATA-TC-TT--G---T-AAAC-Ttaattttg
gi|8                          :                                                                                                 ttaacatggaaaG--------------T-CAAG-A---T--TG---G---GGTC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GA-----AAA--G-TT-TAGGCCCGG-AGCT-GTTTT------TTA-CGCA-GG-TG--G---TAT-------T-G-ATA-TC-TT--GAT-T-AAAC--A--T-G---A---GACCA
gi|9                          :                                                                                                             G--------------T-CAAG-A---T--TG---G---GGTC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GA-----AAA--G-TT-TAGGCCCGG-AGCT-GTTTT------TTA-CGCA-GG-TG--G---TAT-------T-G-ATA-TC-TT--GAT-T-AAAC--A--T-G---A---GACCAagatagtttgttgttccttgtatgaagacaagttca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): AACATGGAAGCATTTAAGTTTGTTCAAGTTTGAT






Alignments
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lowQualScore                  :                  ..          ..  ..   .................       . .  ..   ................................................... .    . ... ... ... ...    . .. ... ........  .........  ..  .  ... .   .. .  .        ..    .     ...... . .    .     .. ... ......... ...   .  .. .. ... .    .  .  . ... ...             
lowQualScore                  :                  00          99  99   44444444444444444       8 1  77   000000000000000000000000000000000000000000000000000 6    1 777 000 111 666    5 00 666 44444444  999999999  44  4  666 5   00 5  5        99    5     777777 9 3    5     00 333 777777777 444   2  22 33 000 2    4  0  5 999 666             
consensus                     :             GCATT--CAAGTTTGTT--TA--AAT-G----AAT-ACC-ACCACCCCCCAC-CC-ACCC---A-C--------------------CC-C-----GG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-TAGGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-CGCA-GGATG--G---T-C-------T-G-ATA-TC-NT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A--TGACCATATATTTT
Reference ( family-4081 )     :             GCATT--CAAGTTTGTT--TA--AAT-G----AAT-ACC-ACCACCCCCCAC-CC-ACCC---A-C--------------------CC-C-----GG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-TAGGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-CGCA-GGATG--G---T-C-------T-G-ATA-TC-NT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A--TGACCATATATTTT
gi|1                          :             GCACTTACAAGTTTGCTGTTACTAATAG----AAT-AAC-TTCTCTACCCAT-CC-ACCC---A-C--------------------CC-CACT--GG--------------T-TAAGCAGCCT--GGCCCG---TGCA-AATCTTAA--------AT---------AA-TGA-GAATTT-ATA--G-TT-TAGG-TCGA-AACT-GTTCT------T-AGCGCT-GG-TG--GTAAT-C-------T-GAATA-TC-GT--G---TAAAAC-TA-TT-GTTTA--TAACCATA-ATTTT
gi|10                         :   aacatggataGCATT--CAAGTTTGTT--TA--AAT-ATTCAAAT-GGT-AGCAACCGCCAC-CC---CA---A-C--------------------CC-CCGGAGGG--------------T-CAAG-A---T--TG---G---GTCC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GA---T-AAT--G-TT-TAGGGTCGT-AACT-GTTCT------T-A-CGCA-G
gi|11                         :                                                                                                                         gaaa-CAAG-A---TTTGG---ATTTGGCC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GT---T-AAA--G-TT-TAGTGTTGT-AACT-GTTCT------T-A-TGCA-G
gi|12                         :     tggtagcaaccaactccccccccctcccaacgggggttgggggggggggggggggttgAC-CC-TCCCCT-G-C--------------------CC-T-----GGGA------------T-CAAG-A---T--GG---G---AGCC-A--C---A--------AT---------AC-TGA-GA---T-AAT--G--T-TAAGGTCGT-AACT-GTT
gi|13                         :                                                 taagatttgttcacacggt-ACCCCG-A-C--------------------CC-CCAAA-GG--------------TTCAAA-A---T--TG---G---GGCC-A--C---A--------CT-------------------------A--G-TT-TAGGGTCGT-AACT-GTTCT------T-A-TGCA-GGATT--G---T-A-------T-A-GCA-TC-TT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A---GGTCATATAaaattgcccttaaatgaccaaaaatcttg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                   t--G-TT-TAGGGTCAA-AACTCACTTC------T-A-AGCA-GGATG--G---T-C-------T-A-ATAGTCTCT--G---T-AAAC-AG-TT-AC--A--TAGTCATATATTT
gi|15                         :                                                        ACCCTCCTT-CA-CCCC---A-C--------------------CC-CC----GG--------------T-CAAG-A---TATGG---G---AGTC-A--C---A--------ATTTTAAAATTAG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-TAGGATCGA-AACT-GTTCT------T-A-CACcaatgatccttgtgttataacacaagtttat
gi|16                         :                                                        tCCCCCCACTCC-ACCCCGAA-C--------------------CC-T-----GGGGGGCGGGGGGATGT-CAAA-A---T--TG---A---GGCC-A--C---A--------AC---------AG-------------------TT-TAGGATCGT-AACT-GTTCT------T-A-TGCA-GG
gi|17                         :                                                         cCTCCCAT-CC--CTC---A-C--------------------TC-------GG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-A--C---ATCGATTGAAT---------GG-GGA-GA---T-AAA--AATT-TAAG-TCAA-AACT-GTTCT------T-A-C
gi|18                         :                 t--CAAGTT-GTT--TA--AAT-C----AATTACT---CACCCC--------ACCC---A-C--------------------CC--------------------------AA-----------------------A--C---A--------AT---------AG---A-GA---T-AAA--G-TTATATGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-CGC
gi|19                         :                                                                                                       -----GG--------------T-CAAGCA---T--GGC--G---GGCCTA--C---A--------AT---------AG-GGATGA---T-AAA--G-TT-GAGGGTCTA-TACT-CTTAT------T-A-CTCA-GGATG--G---
gi|2                          :                    ccccctcttg--TG--AAT-A----TAT-ACC-CCCCCCCCCCCC-CC-CCGC---ATC--------------------CC-C-----GG--------------T-CAAG-A---T---G---G---GGTC-A--C---A--------AT---------AG-CGA-GA---TAAAA--G-TG-TAGATGCGT-AACA-GTTCT------C-A-CGCA-AGATG--G---T-C-------T-A-ATA----ATA-G---T-AAATGTA-TTCA---A--TATTCATATATTTT
gi|20                         : agcaattcagttaaATT--CAAGTATGCT--TA--AAT-G----G-T-AGC-A--ACCCCATCC-CC-AACC-----C--------------------CC-A-----GGGGA-----------T-CAAG-A---T--TG---G---GGCC-C--C---A--------AT---------AG-AGA-GG---T-AActtgatcttttgtgtagaacacaagttt
gi|21                         :                             T--TA--AAT-G----A-T-AGC-A--ACCCCCCAC-CCCACCCCA-A-C--------------------TCTC-----GGGGAG----------T-CAAG-A---T--TG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------TG-AGA-GA---T-AAA--G-T
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                              GGTCCA-GACT-GTTCTTACATGT-A-CACA-GGATG--G---T-CTT-----T-G-ATG-TC-TG--A---T-AAAC-TATTT-G---A--AGACCATATATT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                              GGTCAA-CACTTGTTCT------T-A--ACA-GGATG--G---T-C-------TTG-A-A-TC-GTTTG---T-AAAC-TA-TT-G---A--TAACC-TATGGTTT
gi|24                         :                       GTTTGTT--TA--GAT------AAT-GCC-----CCCTCC-------CCC---T-C--------------------CG-G-----GG--------------T-TGGG-----T--GG---G---G-CC-A--T---A--------AC---------AG-GGA-T----T-GAA--G-TT-ctt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                              GGTCGT-AGCT-GTTCT------T-A-CACA-GGATG--G---TACATGTATAT-G-ATA-TT-TT--G---T-AAAC-TT-TT-G---A---GACCATAaaa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                             GGGTCGT-AACT-GTTCT------A-A-TATA-GGATG--G---T-T-------T-T-ATA-TT-CT--A---T-AAAC-TA-TT-G---A---GACCATATATTTTaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                              GGTCGA-AACT-GTACT------A-A-CACA-GGATG--G---T-C-------T-G-ATA-TC-GT--A---T-AAAC-TA-TT-G---A--TAGCCATATATct
gi|28                         :                TT--CAATTTT-TT--AA--AAT-G----AAT-AC-----ACCCCC-------GCCC---------------------------C-C-----GG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-
gi|29                         :                                                                                                                             -CAAG-A---T--GG---G---GGAC-A--C---A--------A-----------G-GGA-GA---T-AAA--G-CT-GAGGGTCGT-AACT-GTTCT------T-T-AGCA-GGATG--G---
gi|3                          :                  --CAAGTTAGTT--TA--AAT-T----AAT-ACC-CCCTTCCCCCCG-CT-ACC----A-C--------------------C--------AG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-T--C---C--------AT---------AG-G-A-GA---T-AAA--G-TC-TAGGTTCCA-GACT-GTTCTTACATGT-A-CACA-GGATG--G---T-CTT-----T-G-ATG-TC-TG--A---T-AAAC-TATTT-G---AACGGACCATATATTTT
gi|30                         :                                                                C-CC-CCCC---C-C--------------------CT-C-----AG--------------T-AAAA-A------GG---G---GGCC-A--C---G--------AT---------AG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-TAGGATCGA-AACT-Gtcttgatgtttggttacacaagt
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                               GTCGA-AACT-GTTCT------T-G-CGCA-GAATG--G---T-C-------T-A-ATA-TC-TT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A--AGACCATAT
gi|32                         :                                                                                                                                 G-A---T--TG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-GTGGGTCAT-AGCT-GTTAT------T-A-CCCA-AGAT
gi|33                         :                                                                                                                                        --GG---G---GGAC-G--C---A--------AT---------AG-GGC-GA---T-AAA--G-TT--AAGGTCAA-AACT-GTTCT------A-A-CGCA-GGATG--G---
gi|34                         :                                                                                                       -----GG--------------G-CAAG-A---T--GG---G---GGTC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-AA---T-AAA--G-TT-TAGGGTCGT-AATA-ATTTT------T-
gi|35                         :             GCATT--CAAGTTTGTT--TA--AAT-G----------T-AGCACCCCCCAC-CC-A-CC---A-C--------------------CC-c
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                       agtgaacGATCGT-AACT-GTTCT------T-A-TGCA-GGACGCTG---T---------T-G-AGG-CC-AT--G---T-Aga
gi|37                         :                                                                                                                                                                                       GA-GA---T-AAA--G-TT-TATGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-CGCA-GGt
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                   ata-A-CACA-GGATG--G---T-C-------T-A-ATA-TC-TT--G---T-AAAC-TC-TT-G---A--AGACCA
gi|4                          :             GCATT--TAAGTTTGTT--TA--AAT-G----AAT-ACCCACCACCCCCCAC-CC-ACCC---A-C--------------------CC-T-----GA--------------T-CAAC-A---T--GG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---T-AGA--G-AT-TAGGGTCGA-AATT-GTTCT------T-A-CATA-GGATG--G---T-T-------T-A-ATG-TC-GT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A--TAACCATATATTTT
gi|5                          :             GCATT--CAATGCTGTT--TA--AAT-G----A-------ACTACACCCCAC-CC-----------------------------------------G--------------T-CAAG-A---T-------G---GACC-A--T---C--------AT---------AGAGGC-GA---T-AAATTG-TT-AATAGTCGA-AACT-GTTCG------T-G-CATACGAATGAAG---T-C-----------ATA-TT-CT--GGTAT-AAAC-AA-TT-G---AAGTAGCCATA
gi|6                          :   aacatggaaaGCATT--CAAGTTTTGT--TA--AAT-GT---AGC-AAC-CCCCCTCCCCAC-CC-ACCC---A-CACACACACAACACACGCCGACT-C-----GGTGT-----------T-CAA--A---T--TG---G---GGCC----C---A--------AT-------------------------A--G-TT-TAGGGT--ATAACT-GTTCT------TAA-TGCA-GGATG--at
gi|7                          :         ttggaCATT--CAAGTTTGTT--TA--CAA-G----A-T-A------ACCCCCAAC-CC--CCC-----T--------------------CC-C-----GG--------------T-CAAG-A---T--GA---G---GGCC-A--T---A--------AT---------AG-GGA-AA---T-AAA--G-TT-TTGGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-GGCA-GGATG--A---T-C-------T-A-ATA-TC-TT--G---T-AAAC-Ttaattttg
gi|8                          :                                                                                                 ttaacatggaaaG--------------T-CAAG-A---T--TG---G---GGTC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GA-----AAA--G-TT-TAGGCCCGG-AGCT-GTTTT------TTA-CGCA-GG-TG--G---TAT-------T-G-ATA-TC-TT--GAT-T-AAAC--A--T-G---A---GACCA
gi|9                          :                                                                                                             G--------------T-CAAG-A---T--TG---G---GGTC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GA-----AAA--G-TT-TAGGCCCGG-AGCT-GTTTT------TTA-CGCA-GG-TG--G---TAT-------T-G-ATA-TC-TT--GAT-T-AAAC--A--T-G---A---GACCAagatagtttgttgttccttgtatgaagacaagttca


blockSeqs                     :                  .           .   .    ATTCAAATGGTAGC          A T  CA   ACACACACACAACACACGCCGACTCGGTGT                      T    C .   TTG C   TTT    T .  .   TCGATTGA  TTTAAAATT  AG  T  .   A   TT A  A        AT    C     TACATG A .    C     CT .   ACATGTATA TG    G  TC TT GTA .    G  T  C C   ACG
blockSeqs                     :                  .           .   .    GAATACCCACC             A .  T    CGAACCCTGGGGGGCGGGGGGATG                            .    . .   ATG .   .      . .  .   .         .          A   .  .   .   .  .  .        T     T     TACATG T .    .     AA .   CTT       A     .  T  A  AT  .    .  T  . .   AGT
blockSeqs                     :                  .           .   .    GTAGCAACCCC             T .  A    CAACTCTCGGGGAG                                      .    . .   T   .   .      . .  .   .         .          A   .  .   .   .  .  .        T     .     .      T .    .     .  .   CTT       A     .  A  .  AT  .    .  .  . .   T  
blockSeqs                     :                  .           .   .    ATATACCCCC              A .  C    CGACCCCCAAAGG                                       .    . .   G   .   .      . .  .   .         .          T   .  .   .   .  .  .        T     .     .      . .    .     .  .   AT        A     .  T  .  .   .    .  .  . .   T  
blockSeqs                     :                  .           .   .    TAATACCCCC              A .  A    ACCCCCGGAGGG                                        .    . .   T   .   .      . .  .   .         .          G   .  .   .   .  .  .        T     .     .      . .    .     .  .   AT        G     .  G  .  .   .    .  .  . .   A  
blockSeqs                     :                  .           .   .    CAATTACTC               C .  A    CTGCCCTGGGA                                         .    . .   T   .   .      . .  .   .         .          G   .  .   .   .  .  .        A     .     .      . .    .     .  .   A         G     .  T  .  .   .    .  .  . .   T  
blockSeqs                     :                  .           .   .    GGTAGCA                 C .  C    CCCAGGGGA                                           .    . .   G   .   .      . .  .   .         .          G   .  .   .   .  .  .        A     .     .      . .    .     .  .   C         T     .  C  .  .   .    .  .  . .   T  
blockSeqs                     :                  .           .   .    GATAGCA                 A .  A    ACCCCCGG                                            .    . .   G   .   .      . .  .   .         .          C   .  .   .   .  .  .        T     .     .      . .    .     .  .   C         G     .  G  .  .   .    .  .  . .   A  
blockSeqs                     :                  .           .   .    AATGCC                  C .  G    ATCCCCGG                                            .    . .   T   .   .      . .  .   .         .          A   .  .   .   .  .  .        A     .     .      . .    .     .  .   C         G     .  T  .  .   .    .  .  . .   A  
blockSeqs                     :                  .           .   .    GAATAC                  A .  A    TCCGGGG                                             .    . .   T   .   .      . .  .   .         .          A   .  .   .   .  .  .        A     .     .      . .    .     .  .   T         A     .  T  .  .   .    .  .  . .   T  
blockSeqs                     :                              .   .    GTAGC                   A .  C    CCCTCAG                                             .    . .   G   .   .      . .  .   .         .          G   .  .   .   .  .  .        A     .     .      . .    .     .  .   C         G     .  A  .  .   .    .  .  . .   .  
blockSeqs                     :                              .   .    GAACT                   A .  A    ACCCTGA                                             .    . .   G   .   .      . .  .   .         .          G   .  .   .   .  .  .        T     .     .      . .    .     .  .   C         A     .  T  .  .   .    .  .  . .   .  
blockSeqs                     :                              .   .    GATA                    A .  A    ACTCGG                                              .    . .   G   .   .      . .  .   .         .          G   .  .   .   .  .  .        A     .     .      . .    .     .  .   C         A     .  G  .  .   .    .  .  . .   .  
blockSeqs                     :                                                               A .  A    TCCCGG                                              .    . .   G   .   .      . .  .   .         .          G   .  .   .   .  .  .        A     .     .      . .    .     .  .   T         A     .  C  .  .   .    .  .  . .   .  
blockSeqs                     :                                                               . .  .    ACCAG                                               .    . .   G   .   .      . .  .   .         .          G   .  .   .   .  .  .        T     .     .      . .    .     .  .   C         G     .  T  .  .   .    .  .  . .   .  
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): AACATGGAAGCATTTAAGTTTGTTCAAGTTTGAT






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Reference ( family-4081 )     :                                                   GCATT--CAAG-TTTGTT--TA--AAT-G----AAT---A-----CC----A-CCC--CCCAC-CC-ACCC---AC--------------------C-C-C-----GG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-TAGGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-CGCA-GGATG--G---T-C-------T-G-ATA-TC-NT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A--TGACCATATATTTT
gi|1                          :                                                   GCACTTACAAG-TTTGCTGTTACTAATAG----AAT---AA----CT----T-CTCTACCCAT-CC-ACCC---AC--------------------C-C-CACT--GG--------------T-TAAGCAGCCT--GGCCCG---TGCA-AATCTTAA--------AT---------AA-TGA-GAATTT-ATA--G-TT-TAGG-TCGA-AACT-GTTCT------T-AGCGCT-GG-TG--GTAAT-C-------T-GAATA-TC-GT--G---TAAAAC-TA-TT-GTTTA--TAACCATA-ATTTT
gi|10                         :                                         aacatggataGCATT--CAAG-TTTGTT--TA--AAT-ATTCAAATGGTA-----GC----A-ACC--GCCAC-CC---CA---AC--------------------C-C-CCGGAGGG--------------T-CAAG-A---T--TG---G---GTCC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GA---T-AAT--G-TT-TAGGGTCGT-AACT-GTTCT------T-A-CGCA-G
gi|11                         :                                                                                                                                                                          gaaa-CAAG-A---TTTGG---ATTTGGCC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GT---T-AAA--G-TT-TAGTGTTGT-AACT-GTTCT------T-A-TGCA-G
gi|12                         : tggtagcaaccaactccccccccctcccaacgggggttgggggggggggggggggttgAAGATTTGTT--CA--CAC-G----G------------T----A-CCC--TCC-------CCT---GC--------------------C-C-T-----GGGA------------T-CAAG-A---T--GG---G---AGCC-A--C---A--------AT---------AC-TGA-GA---T-AAT--G--T-TAAGGTCGT-AACT-GTT
gi|13                         :                                                                                                                    t-ACCCCG-AC--------------------C-C-CCAAA-GG--------------TTCAAA-A---T--TG---G---GGCC-A--C---A--------CT-------------------------A--G-TT-TAGGGTCGT-AACT-GTTCT------T-A-TGCA-GGATT--G---T-A-------T-A-GCA-TC-TT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A---GGTCATATAaaattgcccttaaatgaccaaaaatcttg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                    t--G-TT-TAGGGTCAA-AACTCACTTC------T-A-AGCA-GGATG--G---T-C-------T-A-ATAGTCTCT--G---T-AAAC-AG-TT-AC--A--TAGTCATATATTT
gi|15                         :                                                                                      T---A-----CC----C-TCC--TTCAC-CCCACCC---------------------------C-C-----GG--------------T-CAAG-A---TATGG---G---AGTC-A--C---A--------ATTTTAAAATTAG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-TAGGATCGA-AACT-GTTCT------T-A-CACcaatgatccttgtgttataacacaagtttat
gi|16                         :                                                                                                       -CCC--CCCACTCC-ACCCCGAAC--------------------C-C-T-----GGGGGGCGGGGGGATGT-CAAA-A---T--TG---A---GGCC-A--C---A--------AC---------AG-------------------TT-TAGGATCGT-AACT-GTTCT------T-A-TGCA-GG
gi|17                         :                                                                                                        cCT--CCCAT-CC--CTC---AC--------------------T-C-------GG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-A--C---ATCGATTGAAT---------GG-GGA-GA---T-AAA--AATT-TAAG-TCAA-AACT-GTTCT------T-A-C
gi|18                         :                                                       t--CAAG-TT-GTT--TA--AAT-C----AAT----------T----A-CTC--ACC---CC-ACCC---AC--------------------C-C--------------------------AA-----------------------A--C---A--------AT---------AG---A-GA---T-AAA--G-TTATATGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-CGC
gi|19                         :                                                                                                                                                        -----GG--------------T-CAAGCA---T--GGC--G---GGCCTA--C---A--------AT---------AG-GGATGA---T-AAA--G-TT-GAGGGTCTA-TACT-CTTAT------T-A-CTCA-GGATG--G---
gi|2                          :                                                               ccccctcttg--AAT-G----AAT---ATATACCC----C-CCC--CCCCC-CC-CCCC---GCATC-----------------C-C-C-----GG--------------T-CAAG-A---T---G---G---GGTC-A--C---A--------AT---------AG-CGA-GA---TAAAA--G-TG-TAGATGCGT-AACA-GTTCT------C-A-CGCA-AGATG--G---T-C-------T-A-ATA----ATA-G---T-AAATGTA-TTCA---A--TATTCATATATTTT
gi|20                         :                                         agcaattcagttATT--CAAG-TATGCT--TA--AAT-G----G-T---A-----GC----A-ACC--CC-AT-CC--CCA---AC--------------------C-C-CCAGGGGA--------------T-CAAG-A---T--TG---G---GGCC-C--C---A--------AT---------AG-AGA-GG---T-AActtgatcttttgtgtagaacacaagttt
gi|21                         :                                                                    T--TA--AAT-G----A-T---A-----GC----AACCC--CCCAC-CCCACCCCA-AC--------------------T-CTC-----GGGGAG----------T-CAAG-A---T--TG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------TG-AGA-GA---T-AAA--G-T
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                               GGTCCA-GACT-GTTCTTACATGT-A-CACA-GGATG--G---T-CTT-----T-G-ATG-TC-TG--A---T-AAAC-TATTT-G---A--AGACCATATATT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                               GGTCAA-CACTTGTTCT------T-A--ACA-GGATG--G---T-C-------TTG-A-A-TC-GTTTG---T-AAAC-TA-TT-G---A--TAACC-TATGGTTT
gi|24                         :                                                             G-TTTGTT--TA--GAT------AAT---G-----CC------CCC--TCC-------CCC---TC--------------------C-G-G-----GG--------------T-TGGG-----T--GG---G---G-CC-A--T---A--------AC---------AG-GGA-T----T-GAA--G-TT-ctt
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                               GGTCGT-AGCT-GTTCT------T-A-CACA-GGATG--G---TACATGTATAT-G-ATA-TT-TT--G---T-AAAC-TT-TT-G---A---GACCATAaaa
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                              GGGTCGT-AACT-GTTCT------A-A-TATA-GGATG--G---T-T-------T-T-ATA-TT-CT--A---T-AAAC-TA-TT-G---A---GACCATATATTTTaa
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                               GGTCGA-AACT-GTACT------A-A-CACA-GGATG--G---T-C-------T-G-ATA-TC-GT--A---T-AAAC-TA-TT-G---A--TAGCCATATATct
gi|28                         :                                                      TT--CAAT-TTT-TT--AA--AAT-G----AAT---A-----C-----A-CCC--CC-------GCCC---------------------------C-C-----GG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-
gi|29                         :                                                                                                                                                                              -CAAG-A---T--GG---G---GGAC-A--C---A--------A-----------G-GGA-GA---T-AAA--G-CT-GAGGGTCGT-AACT-GTTCT------T-T-AGCA-GGATG--G---
gi|3                          :                                                        --CAAG-TTAGTT--TA--AAT-T----AAT---A-----CC----C-CCT--TCCCC-CC-GCT----AC--------------------CAC-C-----AG--------------T-CAAG-A---T--GG---G---GGCC-T--C---C--------AT---------A--GGA-GA---T-AAA--G-TC-TAGGTTCCA-GACT-GTTCTTACATGT-A-CACA-GGATG--G---T-CTT-----T-G-ATG-TC-TG--A---T-AAAC-TATTT-G---AACGGACCATATATTTT
gi|30                         :                                                                                                                 C-CC-CCCC---CC--------------------C-T-C-----AG--------------T-AAAA-A------GG---G---GGCC-A--C---G--------AT---------AG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-TAGGATCGA-AACT-Gtcttgatgtttggttacacaagt
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                GTCGA-AACT-GTTCT------T-G-CGCA-GAATG--G---T-C-------T-A-ATA-TC-TT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A--AGACCATAT
gi|32                         :                                                                                                                                                                                  G-A---T--TG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---T-AAA--G-TT-GTGGGTCAT-AGCT-GTTAT------T-A-CCCA-AGAT
gi|33                         :                                                                                                                                                                                         --GG---G---GGAC-G--C---A--------AT---------AG-GGC-GA---T-AAA--G-TT--AAGGTCAA-AACT-GTTCT------A-A-CGCA-GGATG--G---
gi|34                         :                                                                                                                                                        -----GG--------------G-CAAG-A---T--GG---G---GGTC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-AA---T-AAA--G-TT-TAGGGTCGT-AATA-ATTTT------T-
gi|35                         :                                                   GCATT--CAAG-TTTGTT--TA--AAT-G------T---A-----GC----A-CCC--CCCAC-CC-A-CC---AC--------------------C-C-c
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                        agtgaacGATCGT-AACT-GTTCT------T-A-TGCA-GGACGCTG---T---------T-G-AGG-CC-AT--G---T-Aga
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                                                        GA-GA---T-AAA--G-TT-TATGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-CGCA-GGt
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    ata-A-CACA-GGATG--G---T-C-------T-A-ATA-TC-TT--G---T-AAAC-TC-TT-G---A--AGACCA
gi|4                          :                                                   GCATT--TAAG-TTTGTT--TA--AAT-G----AAT---A-----CCCACCA-CCC--CCCAC-CC-ACCC---AC--------------------C-C-T-----GA--------------T-CAAC-A---T--GG---G---GGCC-A--C---A--------AT---------AG-GGA-GA---T-AGA--G-AT-TAGGGTCGA-AATT-GTTCT------T-A-CATA-GGATG--G---T-T-------T-A-ATG-TC-GT--G---T-AAAC-TA-TT-G---A--TAACCATATATTTT
gi|5                          :                                                   GCATT--CAAT-GCTGTT--TA--AAT-G----A-----A-----CT----A-CAC--CCCAC-CC-----------------------------------------G--------------T-CAAG-A---T-------G---GACC-A--T---C--------AT---------AGAGGC-GA---T-AAATTG-TT-AATAGTCGA-AACT-GTTCG------T-G-CATACGAATGAAG---T-C-----------ATA-TT-CT--GGTAT-AAAC-AA-TT-G---AAGTAGCCATA
gi|6                          :                                         aacatggaaaGCATT--CAAG-TTTTGT--TA--AAT-GTAGCAAC---C-----CC----C-CTC--CCCAC-CC-ACCC---ACACACACACAACACACGCCGAC-T-C-----GGTGT-----------T-CAA--A---T--TG---G---GGCC----C---A--------AT-------------------------A--G-TT-TAGGGT--ATAACT-GTTCT------TAA-TGCA-GGATG--at
gi|7                          :                                               ttggaCATT--CAAG-TTTGTT--TA--CAA-G----A-T---A-----------A-CCC--CCAAC-CC--CCC----T--------------------C-C-C-----GG--------------T-CAAG-A---T--GA---G---GGCC-A--T---A--------AT---------AG-GGA-AA---T-AAA--G-TT-TTGGGTCGA-AACT-GTTCT------T-A-GGCA-GGATG--A---T-C-------T-A-ATA-TC-TT--G---T-AAAC-Ttaattttg
gi|8                          :                                                                                                                                                  ttaacatggaaaG--------------T-CAAG-A---T--TG---G---GGTC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GA-----AAA--G-TT-TAGGCCCGG-AGCT-GTTTT------TTA-CGCA-GG-TG--G---TAT-------T-G-ATA-TC-TT--GAT-T-AAAC--A--T-G---A---GACCA
gi|9                          :                                                                                                                                                              G--------------T-CAAG-A---T--TG---G---GGTC-A--C---A--------AT---------AG-AGA-GA-----AAA--G-TT-TAGGCCCGG-AGCT-GTTTT------TTA-CGCA-GG-TG--G---TAT-------T-G-ATA-TC-TT--GAT-T-AAAC--A--T-G---A---GACCAagatagtttgttgttccttgtatgaagacaagttca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): AACATGGAAGCATTTAAGTTTGTTCAAGTTTGAT