lowQualScore : 111 22
lowQualScore : 2 2 2 2 2 666 444 666 2 444 2 2 2 777 33 33 2 2 333 666666 33 33 33 2 00 22 666666 99999 2 66 2 6
lowQualScore : . . . . . ... ... ... . ... . . . ... .. .. . . ... ...... .. .. .. . .. .. ...... ..... . .. . .
lowQualScore : 9 7 7 5 5 999 444 999 5 444 5 5 4 111 22 22 2 2 999 444444 11 11 11 2 22 99 111111 55555 1 11 2 6
consensus : TCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC-TT--ATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGG------G--CTACCAATT--TT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGA
Reference ( gi|8 ) : TCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC-TA--ATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGG------G--CTACCAATT--TT--TG-TATGC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGTGAAGA
gi|4 : TCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---AAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC-TT--ATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAGTTT-TACT---TGG------G--CTACCAATT--TT--TG-TTCTT--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAG
gi|6 : tTCCTT-ATAT-G-ACC-AAAAGT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAG-T-CACTC-TT--ATA--CA--TCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TATT---CGG------G--CTACCAATT--TT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGC-----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCGAAGAgc
gi|11 : TCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC-TT--AAA--CA--GCATCTGG-GCCAGTA----------T---CGG------G--CTACCAATT--TT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AT-AAAAGGC--TAA-GCCCGAAGA
gi|5 : tTCTTT-GTAT-G-ATC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATAAA-T-CGCTC-TT--ATA--CA--ACATCGGG-GCCAGTAAAATTG-TACT---CGG------G--CTACCAATT--TT--TG-TACTC--TCGCTTGCCCTCTGTGC------CTGTAGT-----AT-AAAAGGC--TAA-GCGCAAAGAc
gi|7 : TCCTT-GTAT-G-ATC-TTT-GT---GAAATA---AA---CTT-G---AATGAA-T-TACTC-TT--ATA--CT--GCATCTGG-GCCAGCAAAATTT-GACT---CAG------G--TTTCCAATT--TT--TA-TACCC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--AAA-GCGCAAAGAc
gi|10 : tTCCTTAGTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA-----------AATCAA-T-CACTC-TT--ATA--CA--TCATCTGG-GCCATTAAAATTT--AAT---CGG------G--CTACCAATT--TT--TG-TA-GC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTTGT-----AT-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGA
gi|2 : tTCCTT-GTATTG-AC---TA-GT---GAAATA---AAAAGCTT-GTAGAATGAAGT-CACAC-TT--ACA--CA--GCATTCTG-GCCAGCAA---TT-TACT---CAG------G--CTACCAATT--TTAAT--TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAATGC--AAA-GCGCAAAGAc
gi|14 : tTCCTG-TTAT---ACC-T---AT---GAAATA---AA---CTT-A---A-TGAA-T-CACTCCTATTATA---A--GCATCTGG---CAGTAAAATTT-ACCT---TGG------G--CTAC-AATT--TT--TG-TACTC--TCACTTGCCCCCTGG-C------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GTG
gi|17 : tTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AAA--CTT-A---AATGAA-T-CACTC-TA---TA--CA--G-----------------ATT---------------------CTATCAATC--TT--TG-TACTC--TCACTTGTCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-ATAAAGC--TAA-CTGCGAAGAcaa
gi|1 : TCCCT-GTAT-G-GCCCTTA-GTC--GAAACA---AA---CTTTA---AATGAA-TTCACTC-TT--ATAACCATGGCATCTGGCGACAGTAAAATTTATACT---CAG------GAGCTACCAAGG--TT--TGCTACTCCTTCACTTGCCCTCTGGGC-------TGTAGTCGGTGAA-AACAGGCGTCAACGCGCAAAGAct
gi|13 : CCTT-GTAT-G-ACC-T-------------------------------ATGAA-T-CGCTC-TT--ATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGGTTGCCG--CTACCAATT--TT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGCA----AA-AAAAGGTTATAA-GTGCGAAGAc
gi|9 : CTA-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC-TT--GTA--CA--GCATCTGG-GCCAGCAAAATTT-TACT---CGA------G--CTACCAATT--TT--TA-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--AAA-GCGCAAAGAct
gi|3 : CTT-GTAT-G-ACC-TTA-GTAGAGAAATATTAAA---CTT-A---AATAAA-T-CACTC-TT--ATA--CA--GCATCTGG-GCCAGT-AAATTT-TACT---C-G------G--CTACCAATT--TT--TG-TACTC--TCA-TTGCCCTCTGGGC------TTGTAGTA----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCGAAGAc
gi|15 : tTT-GTAT-A-ACC-ATA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AACGAA-T-CACTC-TT--ATA--CA--ACATCTGG-GCCAGT-AAATTT-TACT---CGG------G--CTATCGATT--TT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AATAAAAGc
gi|16 : caAT-GCACC-TTG-GT---ACAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CA-----------------GCATCTGG-GTGAGTAATATTT-TACT---TGG------G--CTACCAATT--TT--TG-TACTC--TCACTTGTCCTCTG-------------------------AAAGGC--TAA-GCGAGAA
gi|12 : ttttcgg-TTA--T---GAAATA---AA---CTT-A---GATGAA-T-CACTC-TT--ATA--CA--GTATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CAG------G--CTACTAATT--TT--GG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGTAACTGGTTGTAGT-----AA-AAAAGTC--TAA-GCACGAAGAtact
gi|19 : CTC-TT--ATA--CA--ACATCAGG-GCCAGTAAAATTT-TACTGAGCGG------G--CTACCAATTAATT--TT-TATAC--TCc
gi|18 : TTTGG-GCTAGTAAATTTT-TTTG---AGG------G--TTAGTACTT--TT--TT-CACTT--TTACTTGCCCTGTGGGC------TTGTGGT-----GA-AAAACGT--CAA-GTGCAAAGA
gi|20 : tC--TCACTTGCCCTCCGGGC------TTGTGGT-----AA-AAAATGC--TAA-GCGCAAAGA
gi|21 : cactGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCAAAAAc
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 2 666 444 666 2 444 2 2 333 33 33 2 2 333 888888 4444 22 2 22 555555 99999 2 55 2
lowQualScore : . . . . . ... ... ... . ... . . ... .. .. . . ... ...... .... .. . .. ...... ..... . .. .
lowQualScore : 7 5 5 4 4 555 111 555 4 111 4 4 999 11 11 1 1 777 999999 5555 99 1 88 888888 00000 0 88 1
consensus : TCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGA
Reference ( family-4080 ) : TCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGA
gi|1 : TCCCT-GTAT-G-GCCCTTA-GTC--GAAACA---AA---CTTTA---AATGAA-TTCACTC---TTATAACCATGGCATCTGGCGACAGTAAAATTTATACT---CAGGAG----CTACC----AAGGTT--TGCTACTCCTTCACTTGCCCTCTGGGC-------TGTAGTCGGTGAA-AACAGGCGTCAACGCGCAAAGA
gi|10 : TCCTTAGTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA-----------AATCAA-T-CACTC---TTATA--CA--TCATCTGG-GCCATTAAAATTT--AAT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TAG-C--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTTGT-----AT-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGAc
gi|11 : tTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTAAA--CA--GCATCTGG-GCCAGTA----------T---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AT-AAAAGGC--TAA-GCCCGAAGAc
gi|12 : t-TTA--T---GAAATA---AA---CTT-A---GATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GTATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CAGG------CTACT----AATTTT--GG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGTAACTGGTTGTAGT-----AA-AAAAGTC--TAA-GCACGAAGAc
gi|13 : CCTT-GTAT-G-ACC-T-------------------------------ATGAA-T-CGCTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGGTTGCCGCTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGCA----AA-AAAAGGTTATAA-GTGCGAAGAc
gi|14 : TCCTG-TTAT---ACC-T---AT---GAAATA---AA---CTT-A---A-TGAA-T-CACTCCTATTATA---A--GCATCTGG---CAGTAAAATTT-ACCT---TGGG------CTAC-----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCCCT-GGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCAAct
gi|15 : tTT-GTAT-A-ACC-ATA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AACGAA-T-CACTC---TTATA--CA--ACATCTGG-GCCAGTAAA-TTT-TACT---CGGG------CTATC----GATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AATAAAAG
gi|16 : caAT-GCACC-TTG-GT---ACAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CA-----------------GCATCTGG-GTGAGTAATATTT-TACT---TGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGTCCTCTG-------------------------AAAGGC--TAA-GCGAGAA
gi|17 : ttttcggTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AAA--CTT-A---AATGAA-T-CACTC---T-ATA--CA--G-----------------ATT-------------------CTATC----AATCTT--TG-TACTC--TCACTTGTCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-ATAAAGC--TAA-CTGCGAAGAtact
gi|18 : TTTGG-GCTAGTAAATTTT-TTTG---AGGG------TTAGT----ACTTTT--TT-CACTT--TTACTTGCCCTGTGGGC------TTGTGGT-----GA-AAAACGT--CAA-GTGCAAAGAct
gi|19 : tCTC---TTATA--CA--ACATCAGG-GCCAGTAAAATTT-TACTGAGCGGG------CTACCAATTAATTTT--TA-TACTC--
gi|2 : TCCTT-GTATTG-AC---TA-GT---GAAATA---AAAAGCTT-GTAGAATGAAGT-CACAC---TTACA--CA--GCATTCTG-GCCAGCAA---TT-TACT---CAGG------CTACC----AATTTTAAT--TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAATGC--AAA-GCGCAAAGA
gi|20 : tACTC--TCACTTGCCCTCCGGGC------TTGTGGT-----AA-AAAATGC--TAA-GCGCAAAGA
gi|21 : cGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCAAAAAc
gi|3 : CTT-GTAT-G-ACC-TTA-GTAGAGAAATATTAAA---CTT-A---AATAAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGT-AAATTT-TACT---C-GG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCA-TTGCCCTCTGGGC------TTGTAGTA----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCGAAGAc
gi|4 : tTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---AAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAGTTT-TACT---TGGG------CTACC----AATTTT--TG-TTCTT--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGc
gi|5 : tTCTTT-GTAT-G-ATC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATAAA-T-CGCTC---TTATA--CA--ACATCGGG-GCCAGTAAAATTG-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCGCTTGCCCTCTGTGC------CTGTAGT-----AT-AAAAGGC--TAA-GCGCAAAGAgc
gi|6 : TCCTT-ATAT-G-ACC-AAAAGT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAG-T-CACTC---TTATA--CA--TCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TATT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGC-----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCGAAGAc
gi|7 : TCCTT-GTAT-G-ATC-TTT-GT---GAAATA---AA---CTT-G---AATGAA-T-TACTC---TTATA--CT--GCATCTGG-GCCAGCAAAATTT-GACT---CAGG------TTTCC----AATTTT--TA-TACCC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--AAA-GCGCAAAGA
gi|8 : tTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TAATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TATGC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGTGAAGA
gi|9 : CTA-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTGTA--CA--GCATCTGG-GCCAGCAAAATTT-TACT---CGAG------CTACC----AATTTT--TA-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--AAA-GCGCAAAGA
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 2 666 444 666 2 444 2 2 333 33 33 2 2 333 888888 4444 22 2 22 555555 99999 2 55 2
lowQualScore : . . . . . ... ... ... . ... . . ... .. .. . . ... ...... .... .. . .. ...... ..... . .. .
lowQualScore : 7 5 5 4 4 555 111 555 4 111 4 4 999 11 11 1 1 777 999999 5555 99 1 88 888888 00000 0 88 1
consensus : TCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGA
Reference ( family-4080 ) : TCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGA
gi|1 : TCCCT-GTAT-G-GCCCTTA-GTC--GAAACA---AA---CTTTA---AATGAA-TTCACTC---TTATAACCATGGCATCTGGCGACAGTAAAATTTATACT---CAGGAG----CTACC----AAGGTT--TGCTACTCCTTCACTTGCCCTCTGGGC-------TGTAGTCGGTGAA-AACAGGCGTCAACGCGCAAAGA
gi|10 : TCCTTAGTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA-----------AATCAA-T-CACTC---TTATA--CA--TCATCTGG-GCCATTAAAATTT--AAT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TAG-C--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTTGT-----AT-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGAc
gi|11 : tTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTAAA--CA--GCATCTGG-GCCAGTA----------T---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AT-AAAAGGC--TAA-GCCCGAAGAc
gi|12 : t-TTA--T---GAAATA---AA---CTT-A---GATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GTATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CAGG------CTACT----AATTTT--GG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGTAACTGGTTGTAGT-----AA-AAAAGTC--TAA-GCACGAAGAc
gi|13 : CCTT-GTAT-G-ACC-T-------------------------------ATGAA-T-CGCTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGGTTGCCGCTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGCA----AA-AAAAGGTTATAA-GTGCGAAGAc
gi|14 : TCCTG-TTAT---ACC-T---AT---GAAATA---AA---CTT-A---A-TGAA-T-CACTCCTATTATA---A--GCATCTGG---CAGTAAAATTT-ACCT---TGGG------CTAC-----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCCCT-GGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCAAct
gi|15 : tTT-GTAT-A-ACC-ATA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AACGAA-T-CACTC---TTATA--CA--ACATCTGG-GCCAGTAAA-TTT-TACT---CGGG------CTATC----GATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AATAAAAG
gi|16 : caAT-GCACC-TTG-GT---ACAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CA-----------------GCATCTGG-GTGAGTAATATTT-TACT---TGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGTCCTCTG-------------------------AAAGGC--TAA-GCGAGAA
gi|17 : ttttcggTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AAA--CTT-A---AATGAA-T-CACTC---T-ATA--CA--G-----------------ATT-------------------CTATC----AATCTT--TG-TACTC--TCACTTGTCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-ATAAAGC--TAA-CTGCGAAGAtact
gi|18 : TTTGG-GCTAGTAAATTTT-TTTG---AGGG------TTAGT----ACTTTT--TT-CACTT--TTACTTGCCCTGTGGGC------TTGTGGT-----GA-AAAACGT--CAA-GTGCAAAGAct
gi|19 : tCTC---TTATA--CA--ACATCAGG-GCCAGTAAAATTT-TACTGAGCGGG------CTACCAATTAATTTT--TA-TACTC--
gi|2 : TCCTT-GTATTG-AC---TA-GT---GAAATA---AAAAGCTT-GTAGAATGAAGT-CACAC---TTACA--CA--GCATTCTG-GCCAGCAA---TT-TACT---CAGG------CTACC----AATTTTAAT--TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAATGC--AAA-GCGCAAAGA
gi|20 : tACTC--TCACTTGCCCTCCGGGC------TTGTGGT-----AA-AAAATGC--TAA-GCGCAAAGA
gi|21 : cGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCAAAAAc
gi|3 : CTT-GTAT-G-ACC-TTA-GTAGAGAAATATTAAA---CTT-A---AATAAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGT-AAATTT-TACT---C-GG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCA-TTGCCCTCTGGGC------TTGTAGTA----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCGAAGAc
gi|4 : tTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---AAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAGTTT-TACT---TGGG------CTACC----AATTTT--TG-TTCTT--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGc
gi|5 : tTCTTT-GTAT-G-ATC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATAAA-T-CGCTC---TTATA--CA--ACATCGGG-GCCAGTAAAATTG-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCGCTTGCCCTCTGTGC------CTGTAGT-----AT-AAAAGGC--TAA-GCGCAAAGAgc
gi|6 : TCCTT-ATAT-G-ACC-AAAAGT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAG-T-CACTC---TTATA--CA--TCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TATT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGC-----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCGAAGAc
gi|7 : TCCTT-GTAT-G-ATC-TTT-GT---GAAATA---AA---CTT-G---AATGAA-T-TACTC---TTATA--CT--GCATCTGG-GCCAGCAAAATTT-GACT---CAGG------TTTCC----AATTTT--TA-TACCC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--AAA-GCGCAAAGA
gi|8 : tTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TAATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TATGC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGTGAAGA
gi|9 : CTA-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTGTA--CA--GCATCTGG-GCCAGCAAAATTT-TACT---CGAG------CTACC----AATTTT--TA-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--AAA-GCGCAAAGA
blockSeqs : A T C . A AGA TTA AAG . TAG G . CTA . . . . GAG TTGCCG AATT AA . . AACTGG A T TA .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : *** ** ** ****** ** ***** **
originalCons : TCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGA
finalCons : TCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGA
Alignments
lowQualScore : 2 2 2 2 2 666 444 666 2 444 2 2 333 33 33 2 2 333 888888 4444 22 2 22 555555 99999 2 55 2
lowQualScore : . . . . . ... ... ... . ... . . ... .. .. . . ... ...... .... .. . .. ...... ..... . .. .
lowQualScore : 7 5 5 4 4 555 111 555 4 111 4 4 999 11 11 1 1 777 999999 5555 99 1 88 888888 00000 0 88 1
consensus : TCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGA
Reference ( family-4080 ) : TCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGA
gi|1 : TCCCT-GTAT-G-GCCCTTA-GTC--GAAACA---AA---CTTTA---AATGAA-TTCACTC---TTATAACCATGGCATCTGGCGACAGTAAAATTTATACT---CAGGAG----CTACC----AAGGTT--TGCTACTCCTTCACTTGCCCTCTGGGC-------TGTAGTCGGTGAA-AACAGGCGTCAACGCGCAAAGA
gi|10 : TCCTTAGTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA-----------AATCAA-T-CACTC---TTATA--CA--TCATCTGG-GCCATTAAAATTT--AAT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TAG-C--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTTGT-----AT-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGAc
gi|11 : tTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTAAA--CA--GCATCTGG-GCCAGTA----------T---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AT-AAAAGGC--TAA-GCCCGAAGAc
gi|12 : t-TTA--T---GAAATA---AA---CTT-A---GATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GTATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CAGG------CTACT----AATTTT--GG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGTAACTGGTTGTAGT-----AA-AAAAGTC--TAA-GCACGAAGAc
gi|13 : CCTT-GTAT-G-ACC-T-------------------------------ATGAA-T-CGCTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGGTTGCCGCTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGCA----AA-AAAAGGTTATAA-GTGCGAAGAc
gi|14 : TCCTG-TTAT---ACC-T---AT---GAAATA---AA---CTT-A---A-TGAA-T-CACTCCTATTATA---A--GCATCTGG---CAGTAAAATTT-ACCT---TGGG------CTAC-----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCCCT-GGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCAAct
gi|15 : tTT-GTAT-A-ACC-ATA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AACGAA-T-CACTC---TTATA--CA--ACATCTGG-GCCAGTAAA-TTT-TACT---CGGG------CTATC----GATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AATAAAAG
gi|16 : caAT-GCACC-TTG-GT---ACAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CA-----------------GCATCTGG-GTGAGTAATATTT-TACT---TGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGTCCTCTG-------------------------AAAGGC--TAA-GCGAGAA
gi|17 : ttttcggTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AAA--CTT-A---AATGAA-T-CACTC---T-ATA--CA--G-----------------ATT-------------------CTATC----AATCTT--TG-TACTC--TCACTTGTCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-ATAAAGC--TAA-CTGCGAAGAtact
gi|18 : TTTGG-GCTAGTAAATTTT-TTTG---AGGG------TTAGT----ACTTTT--TT-CACTT--TTACTTGCCCTGTGGGC------TTGTGGT-----GA-AAAACGT--CAA-GTGCAAAGAct
gi|19 : tCTC---TTATA--CA--ACATCAGG-GCCAGTAAAATTT-TACTGAGCGGG------CTACCAATTAATTTT--TA-TACTC--
gi|2 : TCCTT-GTATTG-AC---TA-GT---GAAATA---AAAAGCTT-GTAGAATGAAGT-CACAC---TTACA--CA--GCATTCTG-GCCAGCAA---TT-TACT---CAGG------CTACC----AATTTTAAT--TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAATGC--AAA-GCGCAAAGA
gi|20 : tACTC--TCACTTGCCCTCCGGGC------TTGTGGT-----AA-AAAATGC--TAA-GCGCAAAGA
gi|21 : cGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCAAAAAc
gi|3 : CTT-GTAT-G-ACC-TTA-GTAGAGAAATATTAAA---CTT-A---AATAAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGT-AAATTT-TACT---C-GG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCA-TTGCCCTCTGGGC------TTGTAGTA----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCGAAGAc
gi|4 : tTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---AAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAGTTT-TACT---TGGG------CTACC----AATTTT--TG-TTCTT--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGCGAAGc
gi|5 : tTCTTT-GTAT-G-ATC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATAAA-T-CGCTC---TTATA--CA--ACATCGGG-GCCAGTAAAATTG-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCGCTTGCCCTCTGTGC------CTGTAGT-----AT-AAAAGGC--TAA-GCGCAAAGAgc
gi|6 : TCCTT-ATAT-G-ACC-AAAAGT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAG-T-CACTC---TTATA--CA--TCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TATT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGC-----AA-AAAAGGC--TAA-GTGCGAAGAc
gi|7 : TCCTT-GTAT-G-ATC-TTT-GT---GAAATA---AA---CTT-G---AATGAA-T-TACTC---TTATA--CT--GCATCTGG-GCCAGCAAAATTT-GACT---CAGG------TTTCC----AATTTT--TA-TACCC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--AAA-GCGCAAAGA
gi|8 : tTCCTT-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TAATA--CA--GCATCTGG-GCCAGTAAAATTT-TACT---CGGG------CTACC----AATTTT--TG-TATGC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--TAA-GCGTGAAGA
gi|9 : CTA-GTAT-G-ACC-TTA-GT---GAAATA---AA---CTT-A---AATGAA-T-CACTC---TTGTA--CA--GCATCTGG-GCCAGCAAAATTT-TACT---CGAG------CTACC----AATTTT--TA-TACTC--TCACTTGCCCTCTGGGC------TTGTAGT-----AA-AAAAGGC--AAA-GCGCAAAGA