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Reference ( gi|6 )            :     TATACTTGTAATTATCAGGTTTCTAA------AATCATA-ATTGGTTTTGATTAATTGTTTT-AA-T--GA-ATTCTATATTTCACA-----TTT-----ATTT--------GGCTT---A-CCGG-GCT-----GCTA--AAAT--AA-AATAC-C-TGTTTCGACTCCATCTTAGG-GAGCAGC----CTGTCAC------ATCA-CAGAACT--TTCTCAG-CTATCACCTT----TATCTTTAA-TT-GCT-CAGCATCCGGAGTCAATCCCATAAA--TGTCTG-CT-GAGC-CCTAAG-TATGAC-AAATACTATTCCAG---AGTT-AATGTT-TGATGT----------TGG-TCAAGGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG-GTCTTT------GTG------TA--ATAAGGAA------ATG---TAGCT--AAT--G-TAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AAATGTGGG----TGGA-GTTTA-CTGATTTTTA--ACCTTGT-TATTT--TTAGAAT----T---TAG-----AT-TA-TCT-TT------ATCAT--T-----TTATTC--------TTTGGACTT-A-TCTTTG
gi|2                          :     TATACTTGTAATTCTCAGGTT-CTAA------A-TCATAGATTGGTTTCGATTAATTGTTTT-AA-TATGACATTCTAGCTTTCGCAATTTTTTT-----ATTT--------GGCTT---ATCCAGCGCT-----GCTATAAAGT--AA-AACACAC-TGTTTCGACTGCGTCTTAGG-GAGCAGC----CTGTCAC------ATCA-CAGTACTTCTCCTCAGCCTATCACC-T----TATCTTTAA-TT-GCTACAGC-TCCGGAGTC-ATCCTAT-AA--TGTCTGCCT-GATC-CGCAGT-TTTGAC-AAATTCTGTTCTAG---AGTTAAATGTC-TTGTCT----------TTG-TCAAGGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG---CTTT------GTG------C---ATAAGG-A------ATG---TAGCCCAAAT--GCTAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-TAA---AACCAGTGAATGTGGG----TGGA--TTTAGCTGATTTTTACCACGTTGTGTGTTTTGTTAGAAT----T---TAGTTTTAAT-TCTTCT-TT------ATCATTCT-----TTTCTC--------TTTGGACTTCA-TCTTT
gi|9                          :   taTATACTTGTAATCATCAGGTTTCTAA------AATCATA-AATGGTTCAGATTAATTGTTTT-GA-TT-GA-ATTCTACATTTCACA-----TCTCTTTCATTT--------GGCTT---C-TCAG-GC-----------------------------------GACTCTGTCTTAGG-GAGCAGC----CTTTCAC------ATCA-AAGAA-T--TTCTCAG-TTATCACCTTA---TATCTTTAA-TT-GCT-CAGCGTCCGGAGCCATTCCTTTAAA--TGTTTA-CT-TAGT-CCAAAGTTGTGAC-AAATTCTAGTTCAT---AGTTAAATG-T-TGATGTTGGTCATTAATGG-TCAAGGTA-AAGTA-AC---TTTAT-----ATAAACAAATGA-TTTTTT------GTG------TA--ATAAGGAA------ATG---TAGCC--AAatatttatggctttaggacttttggattatctttaggaacttttgtaggaagactttagaattgtttaagaattgtttttaaaattgttacaaatattgttactaattgtgtgtcgaaggggaacattttctgtttctgatttgtgttttggcattttgaatttgtgtgatgaatcttattaatttaatatttcggtacaatgcaagtttaaaacctacacaaccattgtgattgcttaccaaaaaggaatgttcccccagtgaaacatgtaccataatcaacg
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gi|13                         : gttgTACACTTGTAATTATCAAGTTTCTAAAATTATAATCATA-ATTGGTTTTGATTAAATGTTTTAAA-T--GA-ATTCTACATTTCACA-----TTT-----CTTT-----------TT-------------------------------A-AACAC-C-TGTTTCAACTCCGTCTTAGGAAAGCAGCCTAGCTGCCACATCATAATCA-TAGAACT--TTCTCAG-TTATGACCTT----TATCTTT
gi|16                         :  ttgTATACTTGTAATTATCAGGTTTCTAA------AATCATA-ATTGGTTTTGATTACATGTTGA-AA-T---A-ATTCTACATTTCACATCTCTTTT-----ATTT--------GCCTT---C-TCTG-GCT-----GCTA--AAAT--AA-AACAC-C-TGTTTCAACTCC
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gi|1                          :                                                                                                          TTT--------GGCTTGTAA-TCAG-TCCCTATAGCTA--AAATTTAACAGCAC-CATGTTTAGACTCACGCTTAAT-GAGCAGC----TAGTCAC------ATCATC--AACT--TTCTCAG-CTATCACCGTACCGTATCT---------CT-CGGCATCCTA---CAA-CCGATAAAATTGTTTG-CTAGAGG-CC--AA-T-TGACTGTGTGCTA----AGGATAATT-AATGTTCTGTAGTAA--------TGGTTCAAGGTGAAGTTATACTTATTTCATATTTATAAACAACAAA-GTCTATAGTCAAGTGCAGTTATG--ATAAGG---------TA---TAGCC--AATAGA-TAAACCTTGACTCTT-TATTGGATTAT-ATATAACCAA-AACTGT-GG----TGGACGTTTA-CTTATTT-----ACCTTG--GATTT--TAAGACT----TTAATAG-----ATATA-TCT-T--------TCAT--T-----CT-CTC--------TT
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                               n----TATCTTTAA-TTTGTT-CAGCATTTGGAGTCAATCCTATAAA--TGTTTG-CT-GAGT-CCTTAG-TTTGAC-AAATTTTATTTCAG---AGTT-ATTGTT-TGATGT----------TGG-TCCCCTC--AATTA-AC---TTTTA-----ATATACAAAAATTGTCTTT------GTG------TA--ATAAGAAA------ATG---TAGTC--AAT--G-TAT--CCTGATTTTTTGATTGGATT-T-G---AACCAG-AAATGAGGGAGGGTGGA-GTTTA-CTGATGTTTA--ATCTCGT-GGTAT--TTAGACT----T---TAG-----AG-TA-TCT-TTCGATTTATC-T--TCAGAATTATTCCATAGACTTTTGGAATT-A-TCTTT
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -TCAAGGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGGG-GTCGTT------GTG------TAATATAAGGAA------ATGTATTAGCT--AAT--G-TAA--CTTGGTTTTT-GATTGGGTT-T-----AACCAG-AAATGTGGG----TGGA-GTTTA-CTGATattattctttagaattttggaattatctttcacgacttaactttagaattgcttttcaaaattgttacaaatctttttactaaatttgagtgaaaggaacattttctattgttttg
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6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|11 ): TTTAGAATTGTTTAAAATTGTTCACTCTTATTACTAATTTGTGTCGAAAGGAACATTTTTCTGTTTTGATTGTGTTTGCATTGGAATTTGGTGTGCTGAACTTATATTAAATTTAGCGGTGACAATGAATTTTAAACCTAACAATCATTGTGATTATTGCAACAAATGAAATTCCCCAGTGTAACATTACATAATACAACA
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consensus                     :             TATACTTGTAATTATCAGGTTTCTAA------AATCATA-ATTGGTTTTGATTAATTGTTTT-AA-T--GA-ATTCTACATTTCACA-----TTT-----ATTT--------GGCTTNT---C-AG-GCT-----GCTA--AAAT--AA-AACAC-C-TGTTTCGACTC-CGTCTTAGG-GAGCAGC----CTGTCAC------ATCA-CAGAACT--TTCTCAG-CTATCACCTT----TATCTTTAA-TT-GCT-CAGCATCCGGAGT-CAATCCTATAAA--TGTCTG-CT-GAGC-CCTAAGTT-TGACAAATTCTGTTCCAGAG----TT-AATGTT-TGATGT----------TGG-TCAAGGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG-GTCTTT------GTG------TA--ATAAGGAA------ATG---TAGCC--AAT--G-TAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AAATGTGGG----TGGA-GTTTA-CTGATTTTTA--ACCTTGTG-ATTT--TTAGAAT----T---TAG-----AT-TA--------------TC-------TTT------ATCAT--T------TTATTC--------TTT--------GGACTT-ATCTTTG
Reference ( family-408 )      :             TATACTTGTAATTATCAGGTTTCTAA------AATCATA-ATTGGTTTTGATTAATTGTTTT-AA-T--GA-ATTCTACATTTCACA-----TTT-----ATTT--------GGCTTNT---C-AG-GCT-----GCTA--AAAT--AA-AACAC-C-TGTTTCGACTC-CGTCTTAGG-GAGCAGC----CTGTCAC------ATCA-CAGAACT--TTCTCAG-CTATCACCTT----TATCTTTAA-TT-GCT-CAGCATCCGGAGT-CAATCCTATAAA--TGTCTG-CT-GAGC-CCTAAGTT-TGACAAATTCTATTCCAGAG----TT-AATGTT-TGATGT----------TGG-TCAAGGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG-GTCTTT------GTG------TA--ATAAGGAA------ATG---TAGCC--AAT--G-TAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AAATGTGGG----TGGA-GTTTA-CTGATTTTTA--ACCTTGTG-ATTT--TTAGANT----T---TAG-----AT-TA--------------TC-------TTT------ATCAT--T------TTATTC--------TTT--------GGACTT-ATCTTTG
gi|1                          :                                                                                                                  TTT--------GGCTTGTAATC-AG-TCCCTATAGCTA--AAATTTAACAGCAC-CATGTTTAGACTCACG-CTTAAT-GAGCAGC----TAGTCAC------ATCATC--AACT--TTCTCAG-CTATCACCGTACCGTATCT---------CT-CGGCATCC----TACAA-CCGATAAAATTGTTTG-CTAGAGG-CC-AA--T-TGAC----TGTGTGCTAAGGATAATT-AATGTTCTGTAGTAA--------TGGTTCAAGGTGAAGTTATACTTATTTCATATTTATAAACAACAAA-GTCTATAGTCAAGTGCAGTTATG--ATAAGG---------TA---TAGCC--AATAGA-TAAACCTTGACTCTT-TATTGGATTAT-ATATAACCAA-AACTGT-GG----TGGACGTTTA-CTTATTT-----ACCTTG-G-ATTT--TAAGACT----TTAATAG-----ATATA--------------TC-------TT--------TCAT--T------CT-CTC--------TT
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gi|13                         :         gttgTACACTTGTAATTATCAAGTTTCTAAAATTATAATCATA-ATTGGTTTTGATTAAATGTTTTAAA-T--GA-ATTCTACATTTCACA-----TTT-----CTTT-----------TT-------------------------------A-AACAC-C-TGTTTCAACTC-CGTCTTAGGAAAGCAGCCTAGCTGCCACATCATAATCA-TAGAACT--TTCTCAG-TTATGACCTT----TATCTTT
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TCTG-CT-GAACACCTAAGTT-TGACAAATTTTATTCC-GAG----TT-AATTGT-TGATGC----------TGG-TCAAGGC--AATTG------TTTCA-----ATAAACAAAGAT-GGCTTT-------TG------TA--ATA--GAA------ATG---TAGTC--AAT--G-TAT--CCTGATTTGT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AA-TGTGGG-----GGA-GTTTA-CTGATTTTTA--ACCTTGTG-ATTT--TTAGACT----T---TAT-----GT-TATTTCTTATCTATATTC-------TTTGG----ATTAC--TCTTCGATTATTC--------TTTAGAATTTTGGAATT-ATCTTT
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-408 )      :             TATACTTGTAATTATCAGGTTTCTAA------AATCATA-ATTGGTTTTGATTAATTGTTTT-AA-T--GA-ATTCTACATTTCACA-----TTT-----ATTT--------GGCTTNT---C-AG-GCT-----GCTA--AAAT--AA-AACAC-C-TGTTTCGACTC-CGTCTTAGG-GAGCAGC----CTGTCAC------ATCA-CAGAACT--TTCTCAG-CTATCACCTT----TATCTTTAA-TT-GCT-CAGCATCCGGAGT-CAATCCTATAAA--TGTCTG-CT-GAGC-CCTAAGTT-TGACAAATTCTGTTCCAGAG----TT-AATGTT-TGATGT----------TGG-TCAAGGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG-GTCTTT------GTG------TA--ATAAGGAA------ATG---TAGCC--AAT--G-TAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AAATGTGGG----TGGA-GTTTA-CTGATTTTTA--ACCTTGTG-ATTT--TTAGAAT----T---TAG-----AT-TA--------------TC-------TTT------ATCAT--T------TTATTC--------TTT--------GGACTT-ATCTTTG
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gi|13                         :         gttgTACACTTGTAATTATCAAGTTTCTAAAATTATAATCATA-ATTGGTTTTGATTAAATGTTTTAAA-T--GA-ATTCTACATTTCACA-----TTT-----CTTT-----------TT-------------------------------A-AACAC-C-TGTTTCAACTC-CGTCTTAGGAAAGCAGCCTAGCTGCCACATCATAATCA-TAGAACT--TTCTCAG-TTATGACCTT----TATCTTT
gi|15                         :                             ttgTTTCTAA------AATCAAA-ATTGGTTTTGATTAATTGTTTT-AAAT--GA-ATTTTATATTTCACA-----TTT-----TTTTTTTTAATTGGCTTCT---A-AG-GCT-----GTTA--AA-T--AA-AACAC-C-AGTTTCAACTC-CATCTTAGG-GAGCAGC----CTGT
gi|16                         :             TATACTTGTAATTATCAGGTTTCTAA------AATCATA-ATTGGTTTTGATTACATGTTGA-AA-T---A-ATTCTACATTTCACATCTCTTTT-----ATTT--------GCCTTCT---C-TG-GCT-----GCTA--AAAT--AA-AACAC-C-TGTTTCAACTC-C
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tttATT-T-A---A----G-AAATG-------------GTTTA-CTGATTTTTA--ACCTTGTG-ATTT--TTAGAAT----T---TAG-----AT-TA--------------TCCTCTGGACTT------ATC----T------TTA-TC--------TTT--------AGACTT-
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gi|2                          :             TATACTTGTAATTCTCAGGTT-CTAA------A-TCATAGATTGGTTTCGATTAATTGTTTT-AA-TATGACATTCTAGCTTTCGCAATTTTTTT-----ATTT--------GGCTTAT---CCAGCGCT-----GCTATAAAGT--AA-AACACAC-TGTTTCGACTG-CGTCTTAGG-GAGCAGC----CTGTCAC------ATCA-CAGTACTTCTCCTCAGCCTATCACC-T----TATCTTTAA-TT-GCTACAGC-TCCGGAGT-C-ATCCTAT-AA--TGTCTGCCT-GATC-CGCAGTTT-TGACAAATTCTGTTCTAGAG----TTAAATGTC-TTGTCT----------TTG-TCAAGGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG---CTTT------GTG------C---ATAAGG-A------ATG---TAGCCCAAAT--GCTAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-TAA---AACCAGTGAATGTGGG----TGGA--TTTAGCTGATTTTTACCACGTTGTGTGTTTTGTTAGAAT----T---TAGTTTTAAT-TCT-------------TC-------TTT------ATCATTCT------TTTCTC--------TTT--------GGACTTCATCTTT
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      nGAGT-CAATCCGATAAA--TGTTTG-CT-GAGC-C-------------AATTCTGTTCTAGAG----TT-AATGTT-TGATGT----------TG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ---TAGCC--AAT--G-TAA--CTTGATTTTT-GATTGGATA-T-A---AACCAG-AAATGTGGG----TAGA-ATTTA-
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                         ----TATCTTTAA-TTTGTT-CAGCATTTGGAGT-CAATCCTATAAA--TGTTTG-CT-GAGT-CCTTAGTT-TGACAAATTTTATTTCAGAG----TT-ATTGTT-TGATGT----------TGG-TCCCCTC--AATTA-AC---TTTTA-----ATATACAAAAATTGTCTTT------GTG------TA--ATAAGAAA------ATG---TAGTC--AAT--G-TAT--CCTGATTTTTTGATTGGATT-T-G---AACCAG-AAATGAGGGAGGGTGGA-GTTTA-CTGATGTTTA--ATCTCGTG-GTAT--TTAGACT----T---TAG-----AG-TA--------------TC-------TTTCGATTTATC-T--TCAGAA-TTATTCCATAGACTTTT--------GGAATT-ATCTTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATCCTATATA--TGTCTG-CT-GAGC-CCTAAGTT-TGACAAATTCTGTTCTGGAG----TT-AATGTT-TGATGT----------TGG-TTAAGGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG-GTATTT------GTG------TA--ATAAGGAA------ATG---TAGCT--AAT--G-TAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AAATGTGGG----TGGA-GTTTA-CTGTATTTTA--ACCTTGTG-ATGT--TTAGAAT----T---TAG-----TT-TA--------------TC-------TTT------ATCATTCT------TTATTC--------TTT--------GGACTT-ATCTTTtaggatttaactttagaattgtttttcaaaaactgttgcaaatcattttactaaatactagtatgtgtcgaatgtagattttctgatttgattgtatttgcattggaattgtgtgctgaacttataagtgaattgacggtgacaataaattttaaacccaacagagtatgtgattattacaacaaaagaattccccagtgaacatgtacgtaatcaaaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TATAAA--TGTCTG-CT-GAGC-CCTAAGTT-TGACAAATTCTATTCCAAAG----TT-AATGTT-AGATGG----------TGG-TCAAAGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG-GTCTTT------GTG------TA--ATAAGAAAATGTACATG---TAGTC--AAC--G-TAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AACTATGGG----TGGA-GTTTA-TTGATTTTTA--ACCTTGTG-ATTT--TTAGACT----T---TAG-----AT-TA--------------TC-------TTT------ATC----T------TTAGACT-------TTT--------GGAATT-ATCTTTttttatctttagacttttggaattattcataggacttcattataacttaagaattgttttaaaattgttacaaatcttaaattactaaatttgtgtcgaaggaacattttctgttttgattgttttgcattagaacttgtgtgttgaacttataattaaattttcggtgacaataaattttaaacctaacaacattgtgattattacaacaaaggaatttcccagtga
gi|6                          :             TATACTTGTAATTATCAGGTTTCTAA------AATCATA-ATTGGTTTTGATTAATTGTTTT-AA-T--GA-ATTCTATATTTCACA-----TTT-----ATTT--------GGCTTAC---C-GG-GCT-----GCTA--AAAT--AA-AATAC-C-TGTTTCGACTC-CATCTTAGG-GAGCAGC----CTGTCAC------ATCA-CAGAACT--TTCTCAG-CTATCACCTT----TATCTTTAA-TT-GCT-CAGCATCCGGAGT-CAATCCCATAAA--TGTCTG-CT-GAGC-CCTAAGTA-TGACAAATACTATTCCAGAG----TT-AATGTT-TGATGT----------TGG-TCAAGGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG-GTCTTT------GTG------TA--ATAAGGAA------ATG---TAGCT--AAT--G-TAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AAATGTGGG----TGGA-GTTTA-CTGATTTTTA--ACCTTGTT-ATTT--TTAGAAT----T---TAG-----AT-TA--------------TC-------TTT------ATCAT--T------TTATTC--------TTT--------GGACTT-ATCTTTGaggattataattgttttagaattgttacaaatcttattactaaatttgtatcgaaggaacattttctgttttgactgtatcttgtattggaatttgtgtgctgaacttattaattataattaaattttcggtgacaataaatttaacctaacaacattgtgattattacaacaaaggaattccccagtgaacattacataatcacaac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TCTG-CT-GAACACCTAAGTT-TGACAAATTTTATTCC-GAG----TT-AATTGT-TGATGC----------TGG-TCAAGGC--AATTG------TTTCA-----ATAAACAAAGAT-GGCTTT-------TG------TA--ATA--GAA------ATG---TAGTC--AAT--G-TAT--CCTGATTTGT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AA-TGTGGG-----GGA-GTTTA-CTGATTTTTA--ACCTTGTG-ATTT--TTAGACT----T---TAT-----GT-TATTTCTTATCTATATTC-------TTTGG----ATTAC--TCTTCGATTATTC--------TTTAGAATTTTGGAATT-ATCTTT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -T-A---AACCAA-AAATGTGGG----CTGA-GTTTA-CTG-TTTTTA--ATCACGTG-ATTT--TTAGGATGGAGT---TAG-----A-------------------C-------TTT------ATAA----------TTATT---------TCT--------AGACTT-ATCTTTcacgacttaactttagaattgcttttcaaaattgttacaaatctttttactaaatttgagtgaaaggaacattttctattgttttg
gi|9                          :            cTATACTTGTAATCATCAGGTTTCTAA------AATCATA-AATGGTTCAGATTAATTGTTTT-GA-TT-GA-ATTCTACATTTCACA-----TCTCTTTCATTT--------GGCTTCT---C-AG-GC-----------------------------------GACTC-TGTCTTAGG-GAGCAGC----CTTTCAC------ATCA-AAGAA-T--TTCTCAG-TTATCACCTTA---TATCTTTAA-TT-GCT-CAGCGTCCGGAGC-CATTCCTTTAAA--TGTTTA-CT-TAGT-CCAAAGTTGTGACAAATTCTAGTTCATAG----TTAAATG-T-TGATGTTGGTCATTAATGG-TCAAGGTA-AAGTA-AC---TTTAT-----ATAAACAAATGA-TTTTTT------GTG------TA--ATAAGGAA------ATG---TAGCC--AAagaataatctttatgattaaacttaagaattgttttcatttttttaatttacagatccttggcttttctgattttgtgtcgaaggaatattttctattttgattgtactttacaatggaattataaattgaatttacatttgaattttcggtgacactagattttaaactcaacaacattttgattatttcacgaacaaaggaatttcccaaatctctcagtagacatacataatcaca


blockSeqs                     :                                       AATTAT       G                      A  TAT   C               TCTCTTTT         TTTTAATT     ATCCAGCGCT            TAAAGT    .     A .           .         A       CTAG       ATCATA    .       TC       C        T A            T  T   A    A        .            .       C  .    A  C  T  G                    .     A      .      TGGTCATTAA   .       A      .  .       .                T      .        .       AT      A ATGTAC   TAT     CA   .  C   .           T         . AA         T         AGGG    .     G          CC        T    TG     A GGAG .     GTTATTTCTTATCTATATTCTTTGGATTACTCTTCGA                      C  CATAGACT   AGAATTTT      C
blockSeqs                     :                                       .            .                      .  AT    .               ATTTTTTT         .            ACCAGGCT              AAAT      .     . .           .         .       .          .         .       .        .        T .            .  .   .    A        .            .       .  .    .  T  G  .                    .     A      .      .            .       .      .  .       .                .      .        .       .       A .        .       .    .  .   .           .         . A          .         .       .     .          .         .    .      A .    .     AGTATCTTTCGATTTATCTTCAGAA                                  T  T          .             .
blockSeqs                     :                                       .            .                      .  TT    .               TCTCTTTC         .            CTAAGGCT              AAAT      .     . .           .         .       .          .         .       .        .        T .            .  .   .    A        .            .       .  .    .  T  G  .                    .     .      .      .            .       .      .  .       .                .      .        .       .       A .        .       .    .  .   .           .         . A          .         .       .     .          .         .    .      C .    .     TTTTAATTCTTCTTTATCATTCT                                    T  .          .             .
blockSeqs                     :                                       .            .                      .  T     .               TTT              .            CTCTGGCT              AAAT      .     . .           .         .       .          .         .       .        .        T .            .  .   .    G        .            .       .  .    .  T  G  .                    .     .      .      .            .       .      .  .       .                .      .        .       .       A .        .       .    .  .   .           .         . G          .         .       .     .          .         .    .      A .    .     ATTATCCTCTGGACTTATCT                                       G  .          .             .
blockSeqs                     :                                       .            .                      .  T     .               TTT              .            ACCGGGCT              AAT       .     . .           .         .       .          .         .       .        .        T .            .  .   .    .        .            .       .  .    .  T  G  .                    .     .      .      .            .       .      .  .       .                .      .        .       .       A .        .       .    .  .   .           .         . A          .         .       .     .          .         .    .      C .    .     TTTATCTTTATCATTCT                                          T  .          .             .
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blockSeqs                     :                                                                                                                     .            .                     .         .     . .           .                                                                  .                                              .       .  .    .  A  G  .                    .     .      .      .            .       .      .  .       .                .      .        .       .       A .        .       .    .  .   .           .         . A          .         .       .     .          .         .    .      C .    .     ATTATCTTTATCT                                              T  .          .             .
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-408 )      :                                     TATACTTGTAATTATCAGGTTTCTAAAAT------CATA-ATTGGTTTTGATTAATTGTTTTAAT-TGA-ATTCTACATTTCACA--------TTT-----ATTTGGCTTN-CCGG-GCTGCTA--AAAT--AA-AACAC-C-TGTTTCGACTC-CGTCTTAGG-GAGCAGC----CTGTCAC------ATCA-CAGAACT--TTCTCAG-CTATCACCTT----TATCTTTAA-TT-GCT-CAGCATCCGGAGT-CAATCCTATAAA--TGTCTG-CT-GAGC-CCTAAGTT-TGACAAATTCTGTTCCAGAG----TT-AATGTT-TGATGT----------TGG-TCAAGGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG-GTCTTT------GTG------TA--ATAAGGAA------ATG---TAGCC--AAT--G-TAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AAATGTGGG----TGGA-GTTTA-CTGATTTTTA--ACCTTGTG-ATTT--TTAGAAT----T---TAG-----AT-TA--------------TC-------TTT------ATCAT--T------TTATTC--------TTT--------GGACTT-ATCTTTG
gi|1                          :                                                                                                                                                             GCTA--AAATTTAACAGCAC-CATGTTTAGACTCACG-CTTAAT-GAGCAGC----TAGTCAC------ATCATC--AACT--TTCTCAG-CTATCACCGTACCGTATCT---------CT-CGGCATCC----TACAA-CCGATAAAATTGTTTG-CTAGAGG-CC-AA--T-TGAC----TGTGTGCTAAGGATAATT-AATGTTCTGTAGTAA--------TGGTTCAAGGTGAAGTTATACTTATTTCATATTTATAAACAACAAA-GTCTATAGTCAAGTGCAGTTATG--ATAAGG---------TA---TAGCC--AATAGA-TAAACCTTGACTCTT-TATTGGATTAT-ATATAACCAA-AACTGT-GG----TGGACGTTTA-CTTATTT-----ACCTTG-G-ATTT--TAAGACT----TTAATAG-----ATATA--------------TC-------TT--------TCAT--T------CT-CTC--------TT
gi|12                         : atttctttgtagtttggcttgtaatcagtccctataTATAATTGTAATTA---GGTTTCTAAAAT------CATA-ATTGGTTTTGATTAATTGTTTTAAA-TGA-ATTCTACATTTCACA--------TTTCTTTTATTTGGCGTA-CCAG-GCTGCTA--AAAT--AA-AACAC-C-TCTTTCGACTC-CGTCTTAGG-GACCAGC----CTGTCAA------ATCA-CAGAACT--TTCTCAG-CTATCACCTT----TATCTTTAcccaagtccgaactgataataacattttttatttaaattttatctttatggcaagtatttatcgttatagagcaactgaatccaatcttttccagaattgtcttctacaatattgttaacaaatcctgatactgaaaaaaatcggagtatccgatagtgaacatcaaatgtttatctgtattgtaatcggagctttgtgtttatgtcacactcgtaagatgatttgtgaggtcgaactttataccttcaattcatcaacttgttagtacaataaattttcacaacctaacaacagtctggaaaattacattaaacagattgacaatgggatacccttccccaagtgaaaccctatactgacattaatcacaaag
gi|13                         :                                 gttgTACACTTGTAATTATCAAGTTTCTAAAATTATAATCATA-ATTGGTTTTGATTAAATGTTTTAAA-TGA-ATTCTACATTTCACA--------TTT-----CTTT---TT-----------------------A-AACAC-C-TGTTTCAACTC-CGTCTTAGGAAAGCAGCCTAGCTGCCACATCATAATCA-TAGAACT--TTCTCAG-TTATGACCTT----TATCTTT
gi|15                         :                                                     ttgTTTCTAAAAT------CAAA-ATTGGTTTTGATTAATTGTTTTAAA-TGA-ATTTTATATTTCACATTTTTTTTTTT-----AATTGGCTTC-TAAG-GCTGTT---AAAT--AA-AACAC-C-AGTTTCAACTC-CATCTTAGG-GAGCAGC----CTGT
gi|16                         :                                     TATACTTGTAATTATCAGGTTTCTAAAAT------CATA-ATTGGTTTTGATTACATGTTGAAAT---A-ATTCTACATTTCACATCTCT---TTT-----ATTTGCCTTC-TCTG-GCTGCTA--AAAT--AA-AACAC-C-TGTTTCAACTC-C
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gi|2                          :                                     TATACTTGTAATTCTCAGGTT-CTAAA-T------CATAGATTGGTTTCGATTAATTGTTTTAATATGACATTCTAGCTTTCGCAATTTT---TTT-----ATTTGGCTTATCCAGCGCTGCTATAAAGT--AA-AACACAC-TGTTTCGACTG-CGTCTTAGG-GAGCAGC----CTGTCAC------ATCA-CAGTACTTCTCCTCAGCCTATCACC-T----TATCTTTAA-TT-GCTACAGC-TCCGGAGT-C-ATCCTAT-AA--TGTCTGCCT-GATC-CGCAGTTT-TGACAAATTCTGTTCTAGAG----TTAAATGTC-TTGTCT----------TTG-TCAAGGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG---CTTT------GTG------C---ATAAGG-A------ATG---TAGCCCAAAT--GCTAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-TAA---AACCAGTGAATGTGGG----TGGA--TTTAGCTGATTTTTACCACGTTGTGTGTTTTGTTAGAAT----T---TAGTTTTAAT-TCT-------------TC-------TTT------ATCATTCT------TTTCTC--------TTT--------GGACTTCATCTTT
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               nGAGT-CAATCCGATAAA--TGTTTG-CT-GAGC-C-------------AATTCTGTTCTAGAG----TT-AATGTT-TGATGT----------TG
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                  ----TATCTTTAA-TTTGTT-CAGCATTTGGAGT-CAATCCTATAAA--TGTTTG-CT-GAGT-CCTTAGTT-TGACAAATTTTATTTCAGAG----TT-ATTGTT-TGATGT----------TGG-TCCCCTC--AATTA-AC---TTTTA-----ATATACAAAAATTGTCTTT------GTG------TA--ATAAGAAA------ATG---TAGTC--AAT--G-TAT--CCTGATTTTTTGATTGGATT-T-G---AACCAG-AAATGAGGGAGGGTGGA-GTTTA-CTGATGTTTA--ATCTCGTG-GTAT--TTAGACT----T---TAG-----AG-TA--------------TC-------TTTCGATTTATC-T--TCAGAA-TTATTCCATAGACTTTT--------GGAATT-ATCTTT
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATAAA--TGTCTG-CT-GAGC-CCTAAGTT-TGACAAATTCTATTCCAAAG----TT-AATGTT-AGATGG----------TGG-TCAAAGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG-GTCTTT------GTG------TA--ATAAGAAAATGTACATG---TAGTC--AAC--G-TAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AACTATGGG----TGGA-GTTTA-TTGATTTTTA--ACCTTGTG-ATTT--TTAGACT----T---TAG-----AT-TA--------------TC-------TTT------ATC----T------TTAGACT-------TTT--------GGAATT-ATCTTTttttatctttagacttttggaattattcataggacttcattataacttaagaattgttttaaaattgttacaaatcttaaattactaaatttgtgtcgaaggaacattttctgttttgattgttttgcattagaacttgtgtgttgaacttataattaaattttcggtgacaataaattttaaacctaacaacattgtgattattacaacaaaggaatttcccagtga
gi|6                          :                                     TATACTTGTAATTATCAGGTTTCTAAAAT------CATA-ATTGGTTTTGATTAATTGTTTTAAT--GA-ATTCTATATTTCACA--------TTT-----ATTTGGCTTA-CCGG-GCTGCTA--AAAT--AA-AATAC-C-TGTTTCGACTC-CATCTTAGG-GAGCAGC----CTGTCAC------ATCA-CAGAACT--TTCTCAG-CTATCACCTT----TATCTTTAA-TT-GCT-CAGCATCCGGAGT-CAATCCCATAAA--TGTCTG-CT-GAGC-CCTAAGTA-TGACAAATACTATTCCAGAG----TT-AATGTT-TGATGT----------TGG-TCAAGGT--AATTA-AC---TTTCA-----ATAAACAAAGAG-GTCTTT------GTG------TA--ATAAGGAA------ATG---TAGCT--AAT--G-TAA--CTTGATTTTT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AAATGTGGG----TGGA-GTTTA-CTGATTTTTA--ACCTTGTT-ATTT--TTAGAAT----T---TAG-----AT-TA--------------TC-------TTT------ATCAT--T------TTATTC--------TTT--------GGACTT-ATCTTTGaggattataattgttttagaattgttacaaatcttattactaaatttgtatcgaaggaacattttctgttttgactgtatcttgtattggaatttgtgtgctgaacttattaattataattaaattttcggtgacaataaatttaacctaacaacattgtgattattacaacaaaggaattccccagtgaacattacataatcacaac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TCTG-CT-GAACACCTAAGTT-TGACAAATTTTATTCC-GAG----TT-AATTGT-TGATGC----------TGG-TCAAGGC--AATTG------TTTCA-----ATAAACAAAGAT-GGCTTT-------TG------TA--ATA--GAA------ATG---TAGTC--AAT--G-TAT--CCTGATTTGT-GATTGGATT-T-A---AACCAG-AA-TGTGGG-----GGA-GTTTA-CTGATTTTTA--ACCTTGTG-ATTT--TTAGACT----T---TAT-----GT-TATTTCTTATCTATATTC-------TTTGG----ATTAC--TCTTCGATTATTC--------TTTAGAATTTTGGAATT-ATCTTT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -T-A---AACCAA-AAATGTGGG----CTGA-GTTTA-CTG-TTTTTA--ATCACGTG-ATTT--TTAGGATGGAGT---TAG-----A-------------------C-------TTT------ATAA----------TTATT---------TCT--------AGACTT-ATCTTTcacgacttaactttagaattgcttttcaaaattgttacaaatctttttactaaatttgagtgaaaggaacattttctattgttttg
gi|9                          :                                    cTATACTTGTAATCATCAGGTTTCTAAAAT------CATA-AATGGTTCAGATTAATTGTTTTGAT-TGA-ATTCTACATTTCACA--------TCTCTTTCATTTGGCTTC-TCAG-GC------------------------------GACTC-TGTCTTAGG-GAGCAGC----CTTTCAC------ATCA-AAGAA-T--TTCTCAG-TTATCACCTTA---TATCTTTAA-TT-GCT-CAGCGTCCGGAGC-CATTCCTTTAAA--TGTTTA-CT-TAGT-CCAAAGTTGTGACAAATTCTAGTTCATAG----TTAAATG-T-TGATGTTGGTCATTAATGG-TCAAGGTA-AAGTA-AC---TTTAT-----ATAAACAAATGA-TTTTTT------GTG------TA--ATAAGGAA------ATG---TAGCC--AAagaataatctttatgattaaacttaagaattgttttcatttttttaatttacagatccttggcttttctgattttgtgtcgaaggaatattttctattttgattgtactttacaatggaattataaattgaatttacatttgaattttcggtgacactagattttaaactcaacaacattttgattatttcacgaacaaaggaatttcccaaatctctcagtagacatacataatcaca
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CATGTGATTTTTAGAATAGAGTAAATATTATATTTGGACTTACAGTGTATCTTCAACATTATCTTTAGAATTTAACTTTAGAAAGCATGCTTTCAAAATTTAATTGTTACAAATCTTTGGTTTTTCTAAATTGTATCAATGAAACATTTCTATTTTGATTGTATTTTTACATTGGAATTGTGAACTGAACTTATATTTGAATATTCGGTGACAATAAATTTTAAATTCAACAACATATTGTGATTATTTCTAAAACAAAGGAATTGAAGACCCCAACACTTTCAGTGGACATTCATAACCAATA
Unaligned ( gi|11 ): TTTAGAATTGTTTAAAATTGTTCACTCTTATTACTAATTTGTGTCGAAAGGAACATTTTTCTGTTTTGATTGTGTTTGCATTGGAATTTGGTGTGCTGAACTTATATTAAATTTAGCGGTGACAATGAATTTTAAACCTAACAATCATTGTGATTATTGCAACAAATGAAATTCCCCAGTGTAACATTACATAATACAACA
Unaligned ( gi|14 ): TTGTGTTTGTGTTTATGGCATTCGCTTGAACTTATAGTAAATTTCACCGTGATCAACGTACCATTGTTTTTTAAAATCCCTTATACACCTATACATTGTAGATCGATTTACAATAAAGGATATTCCCCCAGTAACATGCATAATCCACAA
Unaligned ( gi|19 ): TCTCTTTATCTTTAGATTTGTGGAATTATCTTTAAAATTTAAAACAACTTAGAATTAATTGTTTTTAAATTGTTACAAATCTTTTACCAAATTTGTGTCGAAGGAACCGTCGTTTTCT
Unaligned ( gi|20 ): GAATTGTTTTTCAAAAACTGTTGCAAATCATTTTACTAAATACTAGTATGTGTCGAATGTAGATTTTCTGATTTGATTGTATTTTGCATTGGAATTGTGTG
Unaligned ( gi|23 ): GATTATTTCACGAACAAAGGAATTTCCCAAATCTCTCAGTAGACATACATAATCACAA