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Reference ( gi|1 )            : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCATAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATCAA-CCATTTGGA-TCT--GGATCATCCATCCT---AT--GGCAGGGCCGAATAC--CTAGC--ACATGC-G--GTAGAACCCTGAGTTCTCCTC--CAAC--CTCAGTGGACAATGTAAAACG-CGGAA-----GACGTGCAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTT-ATCACTCC-TCCACCAGATT----CGGTGAT-CACCTTGGGATCAAACGATATGTC----GGAGAT-CTGAACAAGTAAA--TTTAGTCCAGAA---TTCATCACGCTTTCTAAG-GTAATGCGCTCACTGCCCCA--ACCAAACTCGT--CGGTACACA---TCTTCCAAGATTAAACTGGCATGGTGTG-CCC-TGATCTAG-AAA-TAAGAAAATTCGATC-AAA-GCGCAAAAAGGTCAACCGTAAAGCTGCGCTATTCGCCAG-TGAACGTAGGGGAGGTACTTCTATTAGTTCACCCAA-A-C--TCAATT-CATAATAGAAA---ATGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTAT-TAATTTTTCGGGCCAAGGGCTA-TTTCATTTACGATCTAA-CCA---GCTAATTCA---AATTTATGATAATT---AAGCTCACT--------GGGGGGGGAAAGGTTTT---GGATAA--GGCAAG-TCCAACGTATCGATGGC--G---T--G-CGAACCCAG-GGA-ATA------AAG--A--TATTT-G-ACCATCATC-TG-CCC----GTT-TG---ATTT--CCC---AG-CTGTC-G-CT-TGTAC-GACGGA-GGACAT-TG-AAGTTGGCCGCA--------G--T--TGATCGGTAA-AT-GCT----T----G-T-GCAATCGT-AA-A-TA-TGGATT--G-AGATTCAGCTAAGCCC--AGC-AC--GGCT-A-G-TC-TCTCTCTCC-------A-CC-TCGTTTAAA-CG--A--G---GG-AGAC-GTG-GTCT-G-AG-TG-CCTCGG--------GTGG---A----------C---TG---G----TAC-----------GC-CTATC-CCCAG--AGACAC---TCCC------CGGAAAAACAGGGACATCA---AT-GGTCCTAAA-C---------CTTTC-----AG-TC--TATGTC-A----T-CACGCAT-TG--GAACTTC-CGGCGCCT----ATG-A-TCCCACGGGG-C--ACCGAGTTGGCCGTTAAAACAT--TTT---AATG-TTG--AATATC--G-T--T---C--------TC-CCCTGGTACGGA-TTTGCAATGT-GCC-ACATCCATCTATTTTTCCTAAT-TA-G---AC--TCTCAC------ACT--TGT-A-TG-AGC---GTG-T---ATGA----C---T---------T-T-GT-G-T-----T------AC-TGTTA-ATAT-TG---AT-GTG-TAAA--CTTGT-----G---TGTT----AT-C----TGTGACTT-GCT------T-TG--GTT---------T-G-----C-TC-TG----AACATTCG----AGCA-GT-G-----TAG---TCA----GGA-------TTGTTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTTCTGTT-TA-A-------A--T-CAA-TA--------CA--T-G-GTT--CACA----G--T--GTATTAT-----G--TGTTTT----A----TCCAGGAACATAAATCAG-GCCACT-AG-T-GATA-GT-CATGC-GT-TT--T-A-TC-ACCAT--AAAG-T-------------G-GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTAAATTAATGAGAT----T-GTAATTTCTAGATACTTGCTTCTTTGTAAAAATGCACGTAGGCCAATTTTTCAAAAATAGCACTGAAGTTTATCCTTGATTTACACGTTCTCAAATATTGATCGTAAATACTAAAATTTGAACTCGTGCATGTGAAAATGCTGTTCCACTAGTCAATATACGTCTAGAGTTGTACATAAGGGAGTGTTTTATGCCTATTACTGTGAATGGATTTCTAGCAATCAAAGT
gi|3                          : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCATAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATCAA-CCATTTGGA-TCT--GGATCATCCATCCT---AT--GGCAGGGCCGAATAC--CTAGC--ACATGC-G--GTAGAACCCTGAGTTCTCCTC--CAAC--CTCAGTGGACAATGTAAAACG-CGGAA-----GACGTGCAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTT-ATCACTCC-TCCACCAGATT----CGGTGAT-CACCTTGGGATCAAACGATATGTC----GGAGAT-CTGAACAAGTAAA--TTTAGTCCAGAA---TTCATCACGCTTTCTAAG-GTAATGCGCTCACTGCCCCA--ACCAAACTCGT--CGGTACACA---TCTTCCAAGATTAAACTGGCATGGTGTG-CCC-TGATCTAG-AAA-TAAGAAAATTCGATC-AAA-GCGCAAAAAGGTCAACCGTAAAGCTGCGCTATTCGCCAG-TGAACGTAGGGGAGGTACTTCTATTAGTTCACCCAA-A-C--TCAATT-CATAATAGAAA---ATGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTAT-TAATTTTTCGGGCCAAGGGCTA-TTTCATTTACGATCTAA-CCA---GCTAATTCA---AATTTATGATAATT---AAGCTCACT--------GGGGGGGGAAAGGTTTT---GGATAA--GGCAAG-TCCAACGTATCGATGGC--G---T--G-CGAACCCAG-GGA-ATA------AAG--A--TATTT-G-ACCATCATC-TG-CCC----GTT-TG---ATTT--CCC---AG-CTGTC-G-CT-TGTAC-GACGGA-GGACAT-TG-AAGTTGGCCGCA--------G--T--TGATCGGTAA-AT-GCT----T----G-T-GCAATCGT-AA-A-TA-TGGATT--G-AGATTCAGCTAAGCCC--AGC-AC--GGCT-A-G-TC-TCTCTCTCC-------A-CC-TCGTTTAAA-CG--A--G---GG-AGAC-GTG-GTCT-G-AG-TG-CCTCGG--------GTGG---A----------C---TG---G----TAC-----------GC-CTATC-CCCAG--AGACAC---TCCC------CGGAAAAACAGGGACATCA---AT-GGTCCTAAA-C---------CTTTC-----AG-TC--TATGTC-A----T-CACGCAT-TG--GAACTTC-CGGCGCCT----ATG-A-TCCCACGGGG-C--ACCGAGTTGGCCGTTAAAACAT--TTT---AATG-TTG--AATATC--G-T--T---C--------TC-CCCTGGTACGGA-TTTGCAATGT-GCC-ACATCCATCTATTTTTCCTAAT-TA-G---AC--TCTCAC------ACT--TGT-A-TG-AGC---GTG-T---ATGA----C---T---------T-T-GT-G-T-----T------AC-TGTTA-ATAT-TG---AT-GTG-TAAA--CTTGT-----G---TGTT----AT-C----TGTGACTT-GCT------T-TG--GTT---------T-G-----C-TC-TG----AACATTCG----AGCA-GT-G-----TAG---TCA----GGA-------TTGTTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTTCTGTT-TA-A-------A--T-CAA-TA--------CA--T-G-GTT--CACA----G--T--GTATTAT-----G--TGTTTT----A----TCCAGGAACATAAATCAG-GCCACT-AG-T-GATA-GT-CATGC-GT-TT--T-A-TC-ACCAT--AAAG-T---------------GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTA---TAATGA-------C-GTAATGTCTAGA-ACTTG--TCTT
gi|2                          : CCGTTATTGACCATGAGCCACTGACAATGGCTTCGGGGGGGGGGGGGTCCTGACTCCCGATATCAAGAAATCTGGCAGATGCAATC-GAT--GCTTTCCATC-CA-TACATTTCGAACTAATTGCAG-AAAATAATGTAC-CGCGTA-TTGCCCTATTTTATCTTTCA-CTGACTCCAGTACAAAAGTCTTTTATAGGCAATCAAACCATT--GACTCTTGGGATCACCAATTCTCTAATTGGGCAGTGGCGAATACGCTTAGTCAACATGG-GAGGTAGAAACTTG-GTCTTCCTGAACAGT--C-CAATG-ACA-TGCAAAACGGCGGAATGAATGGCATGAAATGCTG--GACCCTGTATGTAT---CCA-AT-TCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTG-CCCCTG--TTAG-AAAATAAGAAAATTGAATC-AAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATA-TCTTCAATTTCATATTATGATCT-GTGTAGGTATGACGGAA---A---TGA----TTATCTAATTCT---GGC-AAGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCATTAAATTTA-----ATTTCAGAGCCAACTTGGTCGG-GGGGGGGGGGGGGATTT---AGGTGAT-GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGT--GGTTT--GGCGGACC-AG-GGAGATA------GAGGAA--GATTT-G-AC-ATCATC-AG-GCC----GTT-TGTTTATTC--CCC---AGTCTGTC----T-TGTACTGACGGA-GGGGAC-TGTGAATTGGCCGCAAGCTACATG--TGGTGAC--GTAA-TTTGTT----TTTTGG-TAGCAAT-GT-AACA-TAATGGATTTGG-AGATTC-GCTA-GCCT--AGCCAT--GGCT-A-GGTT-TCTCTCTCC-------A-CC-TCTTTTAAAACGG-A--G---GG-AGAC--TG--TCT-GGAG-TG-CCTCGG--------GTGGTAAA----------CA--TG---GGAGTTACCG---------GCACTATT-CC--G--CG-CAA---TCCC------CGGAAAAACTGGGACATCG---ATGGGTCCAAGA-C---------CTTTCCAA--GG-TCTTTTTGTC-A----T-TTCGCAT-TT--G-ACTTC-CGG-GCCT----GTG-A---ATAAGGGG-C--CACG-TTTGCCCGTT-TTACATGGTTT----ATGTTTG----TATC----T--T---CAGGGCTTATCTCCCTGGTCAGGATTTTGCAATGTGGCC-AAATC--TCCA-TTTTCCTAAT-TG-GGACAC--TCTC---------CT--TGCGG-TG-GGCACAGTG-TTAAATGA----CTTGT---------T-T-GT-GTT-----T------AC-TGTTA-ATTG-TG---AT-GTGAAAAA--CTTGCGA---G---TGTTTGCCAT-C----TGTGACTT-GCT------TATG--GTT---------T-GAAAGAC-AT-TA----AACATTTGGA--AGCACGT-G-----TAGTT-TCA----GGAC------TTGTTTT-GC-AT-ATA--A-TA-CTTTCTGTT-TATA-------AATT-CAA-CA--------AA--T-T-GTG--TACACCTTG--T--ATATTAT-----G--TGTTTTC---A----TCCAGGAACAT-GATCAG-GCAACT-AG-TGGATA-TTACATGCTGT-TT--T-A-TCTACCAT----AG-TG------------G-GGTAACTT-AATTTT-CTG---TTAAATTAATG
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                   TAGGCAATCAAACCATCTGGA-TCTTGGGATCACCAATTCTCT-ATTGGGCAGG--CGAATACG-CTAGTCAACATGGAG--GTAGAAACCTTGGTCTTCCTG--CAACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACG-CGGAAT----GAAGTGGCATGATCTGGACCC---CTGTATGTATC-CAATTCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCC-TG--TTAGAAAA-TAAGAAAATTGAATCAAAA-GCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATC--TCAATT-CATAATTATGATCTGTGTAGGTATGACGGGACA-----TGA----TTATCTAATTCT---GGC--AGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCAGTTAATTTA--AT--TT---AAGCCAACTTGGTCG--GGGGGGGGGGGGGATTTAGGGGAT----GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGCTGG---TG-G-CGGACCAGG-GGAGATA------AAGGAA--GATTTGG-ACCATCATCAGG-CCC----G-T-TG---TTTTCCCCC---AGTCTGT----CT-TGTAC-GACGGAGGGACATGTG-AAGTTGGCCGCAAGCTACATG--T--AGGTC-GTAATTT-GTT----TTTG-G-T-ACAAT-GTAAA-A-TA-TGGATTG-G-AGATTC-GCTAGCCTC--AGC-AT--GGCT-AGG-TT-TCTCTCTCC-------A-CC-TCTTTTAAA-CGGAG--G---GG-AGAC--T--GTCTGG-AG-TG-CCTCGG--------GTGGT--A----------CA--TGGGAG----TACCG---------GCACTATTACCCAGC-AGCAAT---CCCC------CGGAAAAACTGGGACATCAG--ATGGGTCCCAAA-C---------CTTTt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TA-TTTATTTTACGATATAA-CC-----CAAATCCT---AATCCA-----ATT---GATTTTACTCCGTTTTCGGGGGGGAGAATGTTGT---AG-TCACTGGCGAGGTCCATCTTATCTATGGCT-G---TTGG-CGA--CCAG-GGAGATA------AAAGAA--GATTT-G-ACCA-CATC-TG-CCT----GTTGTT---CTTT--CCC------CTGTCTGTCTATGTAC--ACGGA-G---AC-TG-AAGTTG-CCGCA--------AAAT--AGGTCG-TAA-TT-GGTCATAT----GAT-ACAAT-GT-AA-AATA-TGGATT--G-CAATTACGC-AAGCCTCAAGC-ACCTGGCT-ATG-TTATCCTACTCC-------AGCC-CTATTTTAA-CA--A--GATAGG-GAAC-GT--GTCTGG-AG-AT-CCTC-A--------GTGG------------------TT---G----TAC-----------
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atctcactcataatcgct--GGCGGG-TCCATCATATCGATGGCT-G---TTAG-CGGACCAGGCGAA-ATA------AAG--AAATATTT-GGATC-TCACC-TGGTCC----GTT-GG---TTTT--CCCTCCAT-CTGTC-G-----------------GGATGTGTG-AAGTTGGCTGCA--------A--G--TG-TC----------TT----T----GAT-ACAAT-GT-AA-AATA-TGGATT--GGAGACTC-GCTAGCCTC--AGT-AC--GGCTTG-G-TT-TCTCCCCCCCCCCCCCA-TC-TCTTTTTAA-CGG-A--G---GGTAGAC-TCT-GTTT-GGAG-TG-CCTCAG--------GTGGT--A----------CA--TG---G----CAC-----------TA-TTATC-C--AGC-AGTAAT---TTCC------CGGAAAA-CAGGGATATCAGAGA--GGTCCAAAAAC---------CTGTCCA---AG-TCCTTATATC-A----TTCCCGCAT-TA--GGACTTC-CGGCGCCT----GTGAA-TACCACGGGACC--ACCGGTTTGCCCGTT-TTACAT--GGT---TATG-TT---ACTATCCGG-TTAT---T--------TC-CCCTGGTTGGGA-TTTatgaaatagtatgcctcatggttttggttacatgatcattacggcacatatatacccacaacacaagtcccaccacgcggaaacacagatcagatcgggccaaaactctttccaaaaagctttagtcaattttccgcatatggactccggcgcctctgcataatacacggccatgccgtatgcccttttgacaatgttattggtatcgatatctcccgtggtcgatttgcaagtgcccacatcctccattttcctaatatggatcaaccgatctgcggcacgacaggaccaacaaataattatgtgactgtactgttagaaatgtgatgtgaaacttgtcataagtgttgtcactctgcgactgttatggattaacatataaacatttggaatagcacgcgtaagttcagactttctctagatacttaatctcttatctcttcaataaattgtgttaaccggaatatatgtcatccagaacatatcaggcaactagtggatattacttctgtttatctaccgtacagttggtaaactcaactttctgcagtaattgtacaaaga
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CGTATCGATGGCT-G---TTGG-CGGACC-AG-GGA-AGAGAAAGGAAG--A--T-TTG-G-ATCATCATT-TG-GCCTGTTGTT-T-----TTT--CTCT--CT-CTGTC----C-TGTAC-GACGGAGGGATGTGTG-AAGTTGACtctccttaatggacagggtgtgcagtgtatgacatttgtatgtactgtgaagtgtgatgtaaaaaacttgcaaagtgtgttgtgaaaacatgtaaagtgtgttgtgaaaacatgttaagtgtgtaaatatgagacttgttttgttgaaacgttataaacacttggaagtgtgtgtagatttgagacttgttttcgctatgttactgtcactcaatgtttataccattaataaattgtacacacgtaccattgataaattgtacacacgtaccattaataaattgtacacactttgtatattttgcgttttacgtatccaggaacctattccggcaactagcggatatcgcatactgtatactatacaatgtatactgtcgtagggtaattccattttctgttaaattaat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atCAAT-GT-AA---CA-TGGATT--GGAGATTCGGT--ACCTC--AGC-AC--GGCT-T-G-TT-TCTCTCTCC-------A-CCCTCTTTTAAA-CG--GAGG---GG-AGAC--TGTGTCTGG-AGGTGCCCTTAGGTGGTACAGTGG---AAGTATGCCCTCAGATG---G----TACATGAAAAACCGGCACTATT-ACCCGCCAGCAAT---TCCC------CCGAGAAT--GGGACATCAG--AT-GGTCCAAAA-CATCCAAAGTCTTTC-----A-------ATGTCGA----TGCACACAT-TGTTGGACTTCACGGC--CT----GTG-AAGGCCACGGGG-CCCACCG-GTTGCCCGTTTTA-CAT--AGT---TATG-TCG--G-TATCCGG-C--TTATC--------TC-GCCTGGTTCAGA-TTTGCAATGCGGCC-ATA-GCATCCCACTCTCCCAAT-TATG---GCA-TTTCGCGGTGTAACTGATGT---TA-AAC---GTG-C---AC-A----G---T---------G-T-GTAA-T-----TCCTCGGACATGTT---TGT-TGTGAACGGTG-CAAA--GTTGT-----A---AAT------C-C----TG-GACAT-GTT------T-T---GTT---------T-G----------TGA---AACGT--G----CACA-GT-G-----TGG---TAAACCTGGACATCGTTTTGTTCT-GG-AC-GTG--A-TA-C---ATATG-TA-A-------A--T-C-----------------T-G-GGA--CACT----G--T--TTGTTAT-----GT-TACTTT----G------CAG---CATAAA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -TT-TCTTTATCC-------A-CC-TCTTTTAAA-CG-----G---GG-AGACTGT--GTATGG-AG-TG-CCTTGG--------GTGattcataaatggtgtgcactattacatcatggtaattatttgcaaacaggaaacgtatgcaaactactgaacaatatatgccgggtcgttatacaatttaagagctatttagtgtttgttaaataatgcgattattttattcccagaatcaagaaaaatcgctaccctaatttaaatacttttgtgttctt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atTCTCC----------C-TCGTTTAAA-CG--A--GGT-GG-AGAtta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ccgtattgcaagagcactgacatgctgagggggtcctgactccgatcaagaaatctggcagaggaaatccgatatgcttcatctcactacattcgaatcactgcagcaaagtaatgtacacgcataattcctattatactctcaactgacccatacaacgtatttataggcaatcaaccatttggatctggatcatccatcctatggcagggccgaatacctagcacatgcggtagaaccctgagttctcctccaacctcagtggacaatgtaaaacgcggaagacgtgcaatgatcgacccgtgcattcacatctcctttatcactcctccaccagattcggtgatcaccttgggatcaaacgatatgtcggagatctgaacaagtaaatttagtccagaattcatcacgctttctaaggtaatgcgctcactgccccaaccaaactcgtcggtacacatcttccaagattaaactggcatggtgtgccctgatctagaaataagaaaattcgatcaaagcgcaaaaaggtcaaccgtaaagctgcgctattcgccagtgaacgtaggggaggtacttctattagttcacccaaactcaattcataatagaaaatgtaggtatgacgggacacacgttgggtttttattaatttttcgggccaagggctatttcatttacgatctaaccagctaattcaaatttatgataattaagctcactggggggggaaaggttttggataaggcaagtccaacgtatcgatggcgtgcgaacccagggaataaagatatttgaccatcatctgcccgtttgatttcccagctgtcgcttgtacgacggaggacattgaagttggccgcagttgatcggtaaatgcttgtgcaatcgtaaatatggattgagattcagctaagcccagcacggctagtctctcG---G----CAC-----------AT-ATATA-CCCAC--A-ACACAAGTCCCACCACGCGGAAACACAG----ATCAG--ATCGGGCCAAAA-CT--------CTTTCCAAAAAGCTT--TA-GTC-AATTTT-C-CGCATATG--GA--CTC-CGGCGCCTCTGCATA-A-TAC-ACGG-------CCA---TG-CCGT-ATGCCCT--TTTGACAATG-TTATTGGTATC--GATA-T---C--------TC-CCGTGGT-CG-A-TTTGCAA-GT-GCCCACATCC-TCCATTTT-CCTAATATG-G---A-----TCA-------ACC--GAT-C-TGCGGC---ACGAC---AGGA----C---CAACAAATAAT-T-AT-G-TGACTGT------AC-TGTTAGAAATGTG---AT-GTG--AAA--CTTGTCATAAG---TGTT----GT-CACTCTGCGACT--GTT------A-TG--GAT---------T-AA----CATA-TA----AACATTTGGAATAGCACGC-G-----TAAGT-TCA----GAC-------TTTCTCT-AG-AT-ACTTAA-TC-TCTTATCTC-T-------------T-CAA-TA--------AA--TTGTGTT--AAC--------C--GGAATAT-----A--TGTC------A----TCCAG-AACATA--TCAG-GCAACT-AG-TGGATA-TT-ACTTC-TG-TT--T-A-TCTACCGT--ACAG-T-------------T-GGTAAACTCAACTTT-CTG---cgtggtctgagtgcctcgggtggactggtacgcctatccccagagacactccccggaaaaacagggacatcaatggtcctaaacctttcagtctatgtcatcacgcattggaacttccggcgcctatgatcccacggggcaccgagttggccgttaaaacattttaatgttgaatatcgttctcccctggtacggatttgcaatgtgccacatccatctatttttcctaattagactctcacacttgtatgagcgtgtatgactttgtgttactgttaatattgatgtgtaaacttgtgtgttatctgtgacttgctttggtttgctctgaacattcgagcagtgtagtcaggattgttttgcatgtataccttctgtttaaatcaatacatggttcacagtgtattatgtgttttatccaggaacataaatcaggccactagtgatagtcatgcgttttatcaccataaagtggtaacttggattttctgttataatgacgtaatgtctagaacttgtctt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atctcactcataatcgcttatttattttacgatataacccaaatcctaatccaattgattttactccgttttcgggggggagaatgttgtagtcactggcgaggtccatcttatctatggctgttggcgaccagggagataaaagaagatttgaccacatctgcctgttgttctttcccctgtctgtctatgtacacggagactgaagttgccgcaaaataggtcgtaattggtcatatgatacaatgtaaaatatggattgcaattacgcaagcctcaagcacctggctatgttatcctactccagccctattttaacaagatagggaacgtgtctggagatcctcagtggttgtacatgaaatagtatgcctcatggttttggttacatgatcattacGGTTCGGA-TTTGCAATGTGGCC-ACATCC-TCTA-TTTTCCTAAT-TA-G---Acagtaattgtacaaaga
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A-TTTGCAATGT-GGT-A------------TTTCCTACT-TG-G---ACAGTCTT---------CT--TGC-GGTG-GGCATAGTG-T---ATGATATCC---T---------T-T-GT-G-T------------AC-TGTCA-ATTG-TG---AT-GTG-GAAAA-CTTGT-----GAAGTGTTTTA-AT-C----TGTGACTT-GTT------TATG--GTTGAGACAATAT-A-----C----------AATATTGGGGAAAGCACGT-GC----TAGATTTCA----GGA-------CT-TTTT-GC-AT-TTAG-A-TG-ACTTGTTCT-GA-AATACACTA--T-CAA-CA--------CATTT-T-GTTGCCACCTT--G--T--ATATTGT-----G--CCTTTTC---A----TCCAGGCATGT---TCAA-GCAACT-AG-CGGATA-TTACATGCTGT-TTCCT-ATTT-ACCGT----AG-T-------------GTGGTAACTTAATTTTT-TTG---TTAAATTAATGTAATGAACTAGTAATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTTTCCTAAT-TG-G---AC--ACTCTT-------CT--TTT-AGTG-GGC---GTG-T---ATTA----C---T---------T-TTGT-G-T-----TT-----AC-TGTTA-ATTG-TG---AT-GTG-TAAAAACTTGT-----G---TGTT----AT-C----TGTGACTT-GC---------TG--GTT---------G-A-----G-AC-TG----AACATTCGGA--AGCACGG-G-----TAG---Tat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cctcca---AC--TCTC---------CT--TGT-AGTG-GGCA--GTG-T---ATGA----T---T---------TAT-GT-G-T-----TT-----AC-TGTTA-ATTG-TG---AT-GTG-TAAAAACCTGTAAGT-G---TGTT----AT-C----TGTAACTT-GC---------TG--GTG---------A-G-----C-AC-TGCTGAAACATTCGGC--AACACGT-G-----TAG---gtgttttctgtgacttgcttatggttgagactatgaacattcggaagcacgtgtagcttaggacttgtttttgcatgtataccttttgtttataaattcactaaattgtgttcacagtatatattatgtgttttcatccaggaac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gac---AC-GTG-TAG------GT-----G---TGTT----ATTC----TGTGACTTTGCTAGTGTAC-TG--GTT---------GAG-----A-TA-TG----AAC-TTCGGA--AGCACGTTG-----TAT---TCA----GGAC------TTGTTTTCGC-ATCGT---A-TAACCTTCTGTTATA-A-------A--TTCAACTAATTGTGTCCG--T-G-GCC--AACG----A--TATGTATTATTATTAGACTGTTCTTTTCA----TCCAG-AACACTGATCAGCGCAACTTAG-TAGATA-TTACATGC-TTCTT--T-A-TCTACCAT--A--G-T-------------G-GG-AACTTGGATTTT-CTG---TTAAATTAATgtgtgttattctgtgactttgctagtgtactggttgagatatgaacttcggaagcacgttgtattcaggacttgttttcgcatcgtataaccttctgttataaattcaactaattgtgtccgtggccaacgatatgtattattattagactgttcttttcatccagaacactgatcagcgcaacttagtagatattacatgcttctttatctaccatagtgggaacttggattttctgttaaattaat
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gacactctccttgtagtgggcagtgtatgatttatgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacctgtaagtgtgttatctgtaacttgctggtgagcactgctgaaacattcggcaacGT-----G---TGTT----TT-C----TGTGACTT-GCT------TATG--GTT-----------GAGA--C-TA-TG----AACATTCGGA--AGCACGT-G-----TAGC--TTA----GGAC------TTGTTTTTGC-AT-GT---A-TA-CCTTTTGTT-TATA-------AATT-CAC-TA--------AAT-T-GTGTT--CACA----GTAT--ATATTAT-----G--TGTTTTC---A----TCCAGGAAC
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9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|14 ): GTGATAAATCCACGATAAGTTTAATTTTCTGGAATGTTTACAGTATGTAAATCTGGAACATGTTTTGTTATGTTACTTACAGCGTAAAATATCAATAAATGGT
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGACACGTATTTGGGTGTATTCGAGCTATCTTTTCTAATGATTAGACTGACAGCGTTTGCATTCAAAATTAGACATTAAGTTAATGTCATTAATTT
Unaligned ( gi|16 ): CTGGAACGTGTACAGTATGTAAATCTGGGAGATGTTTTTTTTTATGTTACTTGCAGCATAAAATATCAATAA
Unaligned ( gi|17 ): AATTTTACAGGAAGTTCGGGTAGTTTTGTACGTATTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGG
Unaligned ( gi|19 ): TCTGGACAATACATGCGGGTCGTATACATGTATCTAGTGTTTGTAAAATTAATGCTTAACA
Unaligned ( gi|22 ): TTCCTTGCAGCTATTGATGAATTATTAAAAGAATTATGTAC
Unaligned ( gi|23 ): ATCTAGATCCTGGGATCATCAATCTCCTATTGGGCAG
Unaligned ( gi|24 ): ACGGGACACACTTATCTAATTCTGGCAATGTTAGTT






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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                -----G----T-----GTGT-T----T----T-CTGTG--ACTT-GC----T------TATG--GTTGA---G-A----C--T-ATG-AACA--------TTC-GG--A--AG-----CACG-T-G-T-AG------CTT-AG-GAC-TTGTTTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTT-T------TGTT-TATA-------AAT-T-CAC-TAAAT-TGTGTTC----------ACAGT---ATAT-A----TTATG-----TG-------TTTT---CATCCAGG-A-ACatggttgagactatgaacattcggaagcacgtgtagcttaggacttgtttttgcatgtataccttttgtttataaattcactaaattgtgttcacagtatatattatgtgttttcatccaggaac
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cctccattttcctaattggacactcttcttttagtgggcgtgtattacttttgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacttgtgtgttatctgtgacttgctggttgagactgaacattcggaagcacgggta-TGTT--A--TGGAA----CG------TGT-ACA----------G----T-----GTGT-A----AA---T-CCGGG--ACAT-GT----T------T-TG--CTCT----G-------------G-GACG--------TGT-AC--A--GG-----C----T-A-T-AA------ATCTGG-GAC-ATG-TCTT-GTTAT-GT-----TA-CTTA-C------AGCA-TA-G-------AATAT-CAA-TAAA--TG-GTGT----------GCA-CT--ATAT-ACATCTTGTA------A-------TTAT---TATGCAAG-A-AGGG-ACCTAC-GCAAACT-ATCTGGACAATACAAGCGGG-----------TCG-T-AT-A-CA-TTA----A-AGT-G-GCTATCT---AGTGT-TTG---TTAAATTAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ----A----T-CTGTG--ACTT-GT----T------T-TGTGGATT----G-AGAC-T--T-ATA-AACA--------TTTTGG--A--AG-----TACGCT-T-T-AGA-----TTC--G-GAC-TTG-TTTT-GCGAT-GT---AATA-TCT--C------TGTT-TA-GCC-----A---T-CA--TAAT--CGTGTTC----------ACA-CTT-GTAT-A----TTGTG-----CG-------TTT----CACCCAGG-A-ACGT-ATTCAG-A-AC-CT-AG-AGGATACGACATGCTGT-----------TTA-T-ATAC-TATCCG--T-A-GTT-G-GGTA--TT-AATTTTACTGATTTTATATTatcatgctttacatattgaatgaaattaattaaaacacttttatctatctt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATCGTATCGATGGCTG--TTGGCGGACCAGGG-AAGAGAAAGGAAGATTTGG-ATCATCATT-TG-GCCTGTTGTT-TT---TTCT--CTC----T-CTGT----CC-TGTAC-GACGGAG-GGATGTGTGAAGTTGAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GATGTTACATGCTGT-----------TT--TTAG-C-TA-TCA--T-A-GTT-G-GGTAACTTGGATTGT-CTG---TTAAATTAAT
gi|2                          : CCGTTATTGACCATGAGCCACTGACAATGGCTTCGGGGGGGGGGGGGTCCTGACTCCCGATATCAAGAAATCTGGCAGATGCAATC-GAT--GCTTTCCATC-CA-TACATTTCGAACTAATTGCAG-AAAATAATGTAC-CGCGTA-TTGCCCTATTTTATCTTTCA-CTGACTCCAGTACAAAAGTCTTTTATAGGCAATCAAACCATT--GACTCTTGGGATCACCAATTCTCTAATTGGGCAGTGGC-GAATACGCTTAGTCAACATGG-GAGGTAGAAACTTGG-TCTTCCTG-AACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACGGCGGAATGAATGGCATGAAATGCTG--GACCCTGTATGTAT---CCA-AT-TCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCTTCAATTTCATAT-TATGATCTGTGTAGGTATGACGGA--A-A---TGA----TTATCTAATTCT---GGC-AAGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCA--TTAAATTTA--AT--TTCAGAGCCAACTTGGT---CGGGGGGGGGGGGGGGATTT---AGG-TGAT-GGCGAG-TCCATCGTATCGATGG-TGGTTTGGCGGACC-AGG-GAGATAGAGGAAGATTT-G-A-CATCATC-AG-GCC----GTT-TGTTTATTC--CCC---AGTCTGT----CT-TGTACTGACGGAGGGGAC-TGTGAA-TTGGCCGCAAGCTACATG-TGGT-GACGTAATTTGTTT--TTTGGTAGCAAT-GT-AACA-TAATGGATTTGG-AGATT-C-GCT-AGCCT--AGCCAT--GGCT-AGGTTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAAA------ACGGA-G-------GG-AGAC------T--GTC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGTAAACATG---GGAGTT----A---CCGG-CAC---TATT-CC----GC-GCAA-TCCC------CGGAAAAACTGGGACATC-GATGGGTCC-AAGAC-CTTTCCAAG--GTCTTT---TTGTC-A---T-TTCGCATT---TGACTTC-CGG-GCCTGTG-A--A-TAAGGGG-C---CAC-G-TTTGCCCGTT-TTACATGGTTTATGTTT-GTATCTTCAGGGCT--T---ATCTCCCTGGTCAGGATTTTGCAATGTGGCCA---AAT-C-TCCA-TTTTCCTAAT--TGGGACAC--T--CT--C--C-TTGCG-------------GTG-GGCACA--GTGTTAA---ATG------A----CTTGTT------T-GTGT-T-T------AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGA-AAAA-CTT-----G----CGA---GTGT-TTGCCA----T-CTGTG--ACTT-GC----T------TATG--GTTTGAAAG-A----C--A-TTA-AACA--------TTT-GG--A--AG-----CACG-T-G-T-AGT-----TTC-AG-GAC-TTG-TTTT-GC-AT-ATA--A-TA-CTTT-C------TGTT-TATA-------AAT-T-CAA-CAAA--TT-GTGT----------ACA-CCTTGTAT-A----TTATG-----TG-------TTTT---CATCCAGG-A-ACAT-GATCAG-GCAA-CT-AG-TGGATATTACATGCTGT-----------TT--T-AT-C-TA-CCA--T---AGTGG-GGTAACTT-AATTTT-CTG---TTAAATTAATGc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTTCTTT-ATCC-------A--CC-TCTTTT-AA------ACG---G-------GG-AGAC------TGTGTA-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTTG-GGT---GTT--At
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atGGTTCGGA-TTTGCAATGTGGCCA---CATCC-TCTA-TTTTCCTAAT--TAG---A
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                 ATCTAGA-TCCTGGGATCATCAATCTCCTA-TTGGGCAG-
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACGGGACACA---C------TTATCTAATTCT---GGC-AA-TGTTAGTT
gi|3                          : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCATAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATCAA-CCATTTGGA-TCT--GGATCATCCATCCT--A-T--GGCAG-GGCCGAATAC-CT-AGC--ACATGC-G--GTAGAACCCTGAGTTCTCCTCCAAC--CTCAGTGGACAATGTAAAACG-CGGAA-GA----CGTGCAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTT-ATCACTCC-TCCACCAGATT----CGGTGAT-CACCTTGGGATCAAACGATATGTC----GGAGAT-CTGAACAAGTAAA--TTTAGTCCAGAA---TTCATCACGCTTTCTAAG-GTAATGCGCTCACTGCCCCA--ACCAAACTCGT--CGGTACACA---TCTTCCAAGATTAAACTGGCATGGTGTG-CCCTGATCTAG-AAATAAGAAAATTCGATC-AAAGCGCAAAAAGGTCAACCGTAAAGCTGCGCTATTCGCCAG-TGAACGTAGGGGAGGTACTTCTATTAGTTCACCCAA-A--CTCAA-TTCATAA-TAGAAA--ATGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTAT-TAATTTTTCGGGCCAAGGGCTA-TTTCATTTACGATCTAA-CCA---GCTAATTCA-----AATTTATGATAATT--AAGCTCACT----------GGGGGGGGAAAGGTTTT---GGA-TAA--GGCAAG-TCCAACGTATCGATGGC-G--T--GCGAACC-CAG-GGAATAAAG--ATATTT-G-ACCATCATC-TG-CCC----GTT-TG---ATTT--CCC---AG-CTGTC-G-CT-TGTAC-GACGGA--GGACAT-TGAAGTTGGCCGCA--------GTTGATCG--GTAA-ATG-CT--TGTG----CAATCGT-AA-A-T-ATGGATT--G-AGATT-CAGCTAAGCCC--AG-CAC--GGCT-A-GTCTCTCT-CTCC-------A--CC-TCGTTT-AA------AC-GA-G-------GG-AGAC-----GTG-GTC-----T-G-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GG---AC-TG---G----T----A---C--G-C-C---TATC-CCCA--G-AGACACTCCC------CGGAAAAACAGGGACATCA-AT-GGTCC-TAAAC-CTTTC---A--GTC--T---ATGTC-A---T-CACGCATTG--GAACTTC-CGGCGCCTATG-A-TCCCACGGGG-C---ACC-GAGTTGGCCGTTAAAACAT-TTTAATGTTGAATATC----G---T--T---CTC-CCCTGGTACGGA-TTTGCAATGT-GCCA---CATCCATCTATTTTTCCTAAT--TAG---AC--T--CTCACA-C-TTGTA--------------TG-AG--C---GTGT------ATG------A----C---TT------T-GTG--T-T------AC-TGTT--AATATTGA----TG------TGT--AAA-CTT-----G----T-----GTGT-T----A----T-CTGTG--ACTT-GC----T------T-TG--GTTT----G------C--T-CTG-AACA--------TTC-G------AG-----CA-G-T-G-T-AG-------TC-AG-GA--TTG-TTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTT-C------TGTT-TA-A-------A---T-CAA-TACA--TG-GTTC----------ACA-----GTGT-A----TTATG-----TG-------TTTT----ATCCAGG-A-ACATAAATCAG-GCCA-CT-AG-T-GATAGT-CATGC-GT-----------TT--T-AT-C--A-CCA--TAA-AGT---GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTA---TAATG------AC--GTAATGTCTAGA-ACTTG--TCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                   TAGGCAATCAAACCATCTGGA-TCTTGGGATCACCAATTCTCTA-TTGGGCAG-G-C-GAATACGCT-AGTCAACATGGAG--GTAGAAACCTTGGTCTTCCTGCAACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACG-CGGAATGA----AGTGGCATGATCTGGACCC---CTGTATGTATC-CAATTCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATAT-CTCAA-TTCATAATTATGATCTGTGTAGGTATGACGGGAC--A---TGA----TTATCTAATTCT---GGC--AGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCAGTT--AATTTA--AT--TT--AAGCCAACTTGGT---C-GGGGGGGGGGGGGGATTTAGGGGA-T----GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGCTG--GTGGCGGACCAGGG-GAGATAAAGGAAGATTTGG-ACCATCATCAGG-CCC----G-T-TG---TTTTCCCCC---AGTCTGT----CT-TGTAC-GACGGAG-GGACATGTGAAGTTGGCCGCAAGCTACATGTAGGTC---GTAATTTG-TT--TTTGGTA-CAAT-GTAAA-A-T-ATGGATTG-G-AGATT-C-GCTAGCCTC--AG-CAT--GGCT-AGGTTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTT-AA------ACGGAGG-------GG-AGAC------T--GTC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT--ACATGGGAG----T----A---CCGG-CAC---TATTACCCA--GCAGCAATCCCC------CGGAAAAACTGGGACATCAGATGGGTCC-CAAAC-CTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GCTTATTTATTTTACGATATAACCCAAATCCTAATCCA---------------A-TT--GATTTTACTCCGTTTTC-GGGGGGGAGAATG---TT---GTAGTCACTGGCGAGGTCCATCTTATCTATGGCTG--TTGGCG-ACC-AGG-GAGATAAAAGAAGATTT-G-ACCA-CATC-TG-CCT----GTTGTT---CTTT--CCC------CTGTCTGTCTATGTAC--ACGGA--G-AC---TGAAGTTG-CCGCAAAATA------GGTCG---TAA-TTG-GTCATATGATA-CAAT-GT-AA-AAT-ATGGATT--G-CAATTAC-GC-AAGCCTCAAG-CACCTGGCT-ATGTTATCCTACTCC-------AGCCC-TATTTT-AACAAGATAGGGA-ACGTGTCTGG-AGATCCTCAGTG-GTTGTACATGA-------------------AATAGTATG---------CCTCATGGTTTTGGTT-ACATG---A----TCATTA---C--GGCACATATATA-CCCACAACA-CAAGTCCCACCACGCGGAAACACAG----ATCAGATCGGGCC-AAAACTCTTTCCAAAAAGCT-TT---A-GTC-AATTT-TCCGCATAT--GGACT-C-CGGCGCCTCTGCA-TAATACACGG-CCATGCC-G-TATGCCCTTT-TGACAA-TGTTAT--TG-GTATC---GA---TA-T---CTC-CCGTGGTC--GA-TTTGCAA-GTGCCCA---CATCC-TCCA-TTTTCCTAATA-TGG---AT--CAACC--GA-T-CTGCG-------------GCACGA--CA--GGACCAACAAATA------A----T---TA------T-GTGACTGT------AC-TGTTAGAAATGTGA----TG------TG---AAA-CTT-----G----TCATAAGTGT-T----GTCACT-CTGCG--AC-T-GT----T------A-TG--GATT----A-A----CA-T-ATA-AACA--------TTT-GG--AATAG-----CACG-C-G-TAAG------TTC-A--GAC-TTT-CTCT-AG-AT-ACTTAA-TC-TCTT-A------TCTC-T--------------T-CAA-TAAAT-TGTGTTA----------ACC-G---GAAT-A-----TATG-----------------T---CATCCA-G-A-ACAT--ATCAG-GCAA-CT-AG-TGGATATTAC-TTCTG------------TT--T-AT-C-TA-CCG--T-ACAGT-T-GGTAAACTCAACTTT-CTG---
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gac-----G----T-----GTGT-T----A----TTCTGTG--ACTTTGC----TAGTGTAC-TG--GTTG----A-G----A--T-ATG-AAC---------TTC-GG--A--AG-----CACG-TTG-T-A-------TTC-AG-GAC-TTG-TTTTCGC-ATCGT---A-TAACCTT-C------TGTTATA-A-------A---TTCAACTAAT--TGTGTCCGTGGCCAACGATA-T---GTATTA----TTATT-----AGACTGTTCTTTT---CATCCAGA-ACAC-T-GATCAGCGCAA-CTTAG-TAGATATTACATGCTTC-----------TT--T-AT-C-TA-CCA--T---AGT-G-GG-AACTTGGATTTT-CTG---TTAAATTAATgtgtgttattctgtgactttgctagtgtactggttgagatatgaacttcggaagcacgttgtattcaggacttgttttcgcatcgtataaccttctgttataaattcaactaattgtgtccgtggccaacgatatgtattattattagactgttcttttcatccagaacactgatcagcgcaacttagtagatattacatgcttctttatctaccatagtgggaacttggattttctgttaaattaat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gacactctccttgtagtgggcagtgtatgatttatgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacctgtaagtgtgttatctgtaacttgctggtgagcactgctgaaacattcggcaacacgtgtagA-TTTGCAATGTGGT--------------A-TTT-CCTACT--TGG---ACAGT--CT--T--C-TTGCG-------------GTG-GG--CATAGTGT------ATG------ATATCC---TT------T-GTG--T--------AC-TGTC--AATTGTGA----TG------TGG-AAAA-CTT-----G----TGAA--GTGT-TTTA-A----T-CTGTG--ACTT-GT----T------TATG--GTTGA---G-A----CAAT-ATACAATA--------TTG-GGGAA--AG-----CACG-T-GCT-AGAT----TTC-AG-GAC-T---TTTT-GC-AT-TTAG-A-TG-ACTT-G------TTCT-GA-AATACACTA---T-CAA-CACATTTT-GTTG----------CCA-CCTTGTAT-A----TTGTG-----CC-------TTTT---CATCCAGG-C-ATGT---TCAA-GCAA-CT-AG-CGGATATTACATGCTGT-----------TTCCT-AT-T-TA-CCG--T---AGT-GTGGTAACTTAATTTTT-TTG---TTAAATTAATGTAATGAACTAGTAATTT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTGATAAATCCACGATAAGTTTAATTTTCTGGAATGTTTACAGTATGTAAATCTGGAACATGTTTTGTTATGTTACTTACAGCGTAAAATATCAATAAATGGT
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGACACGTATTTGGGTGTATTCGAGCTATCTTTTCTAATGATTAGACTGACAGCGTTTGCATTCAAAATTAGACATTAAGTTAATGTCATTAATTT
Unaligned ( gi|16 ): CTGGAACGTGTACAGTATGTAAATCTGGGAGATGTTTTTTTTTATGTTACTTGCAGCATAAAATATCAATAA
Unaligned ( gi|17 ): AATTTTACAGGAAGTTCGGGTAGTTTTGTACGTATTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGG
Unaligned ( gi|19 ): TCTGGACAATACATGCGGGTCGTATACATGTATCTAGTGTTTGTAAAATTAATGCTTAACA
Unaligned ( gi|22 ): TTCCTTGCAGCTATTGATGAATTATTAAAAGAATTATGTAC






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Reference ( family-4059 )     : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCGTAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATCAAACCATTTGGA-TCTTGGGATCATCAATCCTCTA-TTGGGCAGGGCCGAATACGCT-AGCCAACATGN-G--GTAGAANCCTGGGTCCTCCTNCAACAGCCCAGTGGACAATGCAAAACG-CGGAATGA----CGTGNAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTNGATCACTCCGTCCNCCAGATTGTTCCGGTGATTCACCTTGGNATCAAACGATATGTCTCAGGGAGATGCTGAANNAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCANCACGCTTTCTAGGTGTAGNGCGCTCACTGCCCCAGAACCGAACTCGTGCCGGTACACGCATTCTTCCAAGATTANACTGGCATGGCGTGCCCCTGATCTAGAAAATAAGAAAATTCGATCAAAAGCGNAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCNNTATCCGCCAGCTGAACGTAGGGGGGGTACTNCTATTAGTCCACNCAATATCT-CAATT-CATAA-TANGANCTGTGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTATCTAATTCTTCGGGCCAAGTGCTAGTTTCATTTACGATCTAATCCGAATGCTAATCCA--T--AATTTATGATAATT---AAGCTNACTCGGT---CGGGGGGGGGAAGGGN-TTT---GGA-TAA--GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGCTGTT-GGCGGACC-GGG-GAGATAAAGGAAGATTT-G-ACCATCATC-TG-CCC----GTT-TGNTT---T--CCC---AG-CTGTC-G-CT-TGTAC-GACGGAGGG-ACGTGTGAAGTTGGCCGCAAG-TA---GT-TGGT--CGGTAA-TT-GTT--TNT-GGTA-CAAT-GT-AA-A-TA-TGGATT--G-AGATT-C-GCTAAGCC-C--AGC-AC--GGCT-A-G-TTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CGGA-G-------GG-AGAC-----GTG-GTC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-A--CATG---G----T----A---C--G-CAC-TAT-TACCCA--GCAGCAATTCCC------CGGAAAAACAGGGACATCAGAT-GG-TCC-AAAAC-CTTTCCAAA--GTCTT---AT-GTC-A---T-CNCGCATTG--GGACTTC-CGGCGCCTGTG-A-TACCACGGGG-C---ACC-G-NTTGCCCGTT-TNACATNNTT-ATGTTG-GTATCC----GG-T---TCTC-CCCTGGTNCGGATTT-GCAATGTGGCCA---CATCC-TCCA-TTTTCCTAAT-TG-G---AC---TCTC---C---TTGTA-------------GTG-GGCA--GTGT------ATG------A----C-TT------T-GTG--T-T------AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGT-AAAA-CTT-----G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------T-TG--GTTT-G-A----C--T-NTG-AACA--------T-TC-GG--A--AG-----CACG-TG-T-AG------TT-C-GGGAC-TTG-TTTT-GC-AT-GT---A-T-ACCTT-C------TGTT-TA--A-------A---T-CAA-TAAA---TG-GTNCA----CACC--G-TA-----TA----T-TATG-----CG-------TTTT---CATCCAGG-AACG-T-ANTCAG-GC-AAC-TA-GTGGATATTACATGC-T--GT-----------T-T--T-AT-CTA-CCGT-A-AGT-G-GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTAAATTAATGNGA-T--AC--GTAATTTCTAGATACTTGCTTCTT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -----G----T-----G--TGT-T----T----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------TATG--GTTGAG-A----C--T-ATG-AACA--------T-TC-GG--A--AG-----CACG-TG-T-AG------CT-T-AGGAC-TTGTTTTT-GC-AT-GT---A-T-ACCTT-T------TGTT-TAT-A-------AAT-T-CAC-TAAAT--TGTGTTCA----CAGT--A-TA-----TA----T-TATG-----TG-------TTTT---CATCCAGG-AACatggttgagactatgaacattcggaagcacgtgtagcttaggacttgtttttgcatgtataccttttgtttataaattcactaaattgtgttcacagtatatattatgtgttttcatccaggaac
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cctccattttcctaattggacactcttcttttagtgggcgtgtattacttttgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacttgtgtgttatctgtgacttgctggttgagactgaacattcggaagcacgggta-TGTT--A--TGGAA----CG------TGT-ACA----------G----T-----G--TGT-A----AA---T-----C-CGGG--ACAT-GT----T------T-TG--CTCT-G-------------G-GACG--------T-GT-AC--A--GG-----C----TA-T-AA------AT-CTGGGAC-ATG-TCTT-GTTAT-GT-----T-ACTTA-C------AGCA-TA--G-------AATAT-CAA-TAAA---TG-GTGTG----CACT--A-TA-----TACATCT-TGTA------A-------TTAT---TATGCAAG-AAGG-G-ACCTAC-GCAAAC-TATCTGGACAATACAAGCGG--GT-----------C-G--T-AT-ACA-TTA--A-AGT-G-GCTATCT---AGTGT-TTG---TTAAATTAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ----A----T-----C-TGTG--ACTT-GT----T------T-TGTGGATT-G-AGAC-T--T-ATA-AACA--------T-TTTGG--A--AG-----TACGCTT-T-AGA-----TT-C-GG-AC-TTG-TTTT-GCGAT-GT---AAT-ATCT--C------TGTT-TA--GCC-----A---T-CA--TAAT---CGTGTTCA----CACTT-G-TA-----TA----T-TGTG-----CG-------TTT----CACCCAGG-AACG-T-ATTCAG-A--ACC-TA-GAGGATACGACATGC-T--GT-----------T-TA-T-ATACTATCCGT-A-GTT-G-GGTA--TT-AATTTTACTGATTTTATATTatcatgctttacatattgaatgaaattaattaaaacacttttatctatctt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATCGTATCGATGGCTGTT-GGCGGACCAGGG-AAGAGAAAGGAAGATTTGG-ATCATCATT-TG-GCCTGTTGTT-TTTTC---T--CTC----T-CTGT----CC-TGTAC-GACGGAGGG-ATGTGTGAAGTTGAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GATGTTACATGC-T--GT-----------T-T--TTAG-CTA-TCAT-A-GTT-G-GGTAACTTGGATTGT-CTG---TTAAATTAAT
gi|2                          : CCGTTATTGACCATGAGCCACTGACAATGGCTTCGGGGGGGGGGGGGTCCTGACTCCCGATATCAAGAAATCTGGCAGATGCAATC-GAT--GCTTTCCATC-CA-TACATTTCGAACTAATTGCAG-AAAATAATGTAC-CGCGTA-TTGCCCTATTTTATCTTTCA-CTGACTCCAGTACAAAAGTCTTTTATAGGCAATCAAACCATT--GACTCTTGGGATCACCAATTCTCTAATTGGGCAGTGGCGAATACGCTTAGTCAACATGG-GAGGTAGAAACTTGG-TCTTCCTG-AACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACGGCGGAATGAATGGCATGAAATGCTG--GACCCTGTATGTAT---CCA-AT-TCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCTTCAATTTCATAT-TATGATCTGTGTAGGTATGACGGAA---A---TGA----TTATCTAATTCT---GGC-AAGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCA--TTAAATTTA-----ATTTCAGAGCCAACTTGGT---CGGGGGGGGGGGGGGGATTT---AGG-TGAT-GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGTGGTTTGGCGGACC-AGG-GAGATAGAGGAAGATTT-G-AC-ATCATC-AG-GCC----GTT-TGTTTATTC--CCC---AGTCTGTC----T-TGTACTGACGGAGGGGAC-TGTGAA-TTGGCCGCAAGCTAC--ATGTGGTGACG-TAA-TTTGTT--TTTTGGTAGCAAT-GT-AACA-TAATGGATTTGG-AGATT-C-GCTA-GCC-T--AGCCAT--GGCT-A-GGTTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------AACGGA-G-------GG-AGAC------TG--TC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-AAACATG---GGAGTT----A---CCGG-CAC-TAT-T--CC---GC-GCAAT-CCC------CGGAAAAACTGGGACATC-GAT-GGGTCC-AAGAC-CTTTCCAAG--GTCTT---TTTGTC-A---T-TTCGCATTT--G-ACTTC-CGG-GCCTGTG-AATA--A-GGGG-C---CAC-G-TTTGCCCGTT-TTACATGGTTTATGTTT-GTATCTTCAGGGCT---TATCTCCCTGGTCAGGATTTTGCAATGTGGCCA---AATC--TCCA-TTTTCCTAAT-TG-GGACAC---TCTC---C---TTGCG-------------GTG-GGCACAGTGTTAA---ATG------A----C-TTGTT---T-GTG--T-TT-----AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGA-AAAA-CTT-----G----C-----GAGTGT-TTGCCA----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------TATG--GTTT-G-AAAGAC--A-TTA-AACA--------T-TT-GG--A--AG-----CACG-TG-T-AG------TTTC-AGGAC-TTG-TTTT-GC-AT-AT---AAT-ACTTT-C------TGTT-TATAA-------A---TTCAA-CAAA---TT-GTGTA----CACCTTG-TA-----TA----T-TATG-----TG-------TTTT---CATCCAGG-AACA-T-GATCAG-GC-AAC-TA-GTGGATATTACATGC-T--GT-----------T-T--T-AT-CTA-CCAT---AGTGG-GGTAACTT-AATTTT-CTG---TTAAATTAATGc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -TTTCTTT-ATCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CG---G-------GG-AGAC------TGTGTA-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTTG-GGT---GTT-A--t
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atGGTTCGGATTT-GCAATGTGGCCA---CATCC-TCTA-TTTTCCTAAT-TA-G---A
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                 ATCTAGA-TCCTGGGATCATCAATCTCCTA-TTGGGCAG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACGGGACACAC---------TTATCTAATTCT---GGC--AATGTTAGTT
gi|3                          : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCATAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATC-AACCATTTGGA-TCT--GGATCATCCATC--CTA-T--GGCAGGGCCGAATAC-CT-AGC--ACATGC-G--GTAGAACCCTGAGTTCTCCTCCAAC--CTCAGTGGACAATGTAAAACG-CGGAA-GA----CGTGCAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTT-ATCACTCC-TCCACCAGATT----CGGTGA-TCACCTTGGGATCAAACGATATGTC----GGAGAT-CTGAACAAGTAAA--TTTAGTCCAGAA---TTCATCACGCTTTCTAAG-GTAATGCGCTCACTGCCCC--AACCAAACTCGT--CGGTACACA---TCTTCCAAGATTAAACTGGCATGGTGTG-CCCTGATCTAG-AAATAAGAAAATTCGATC-AAAGCGCAAAAAGGTCAACCGTAAAGCTGCGCTATTCGCCAG-TGAACGTAGGGGAGGTACTTCTATTAGTTCACCCAA-A-CT-CAATT-CATAA-TAGAAA--ATGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTAT-TAATTTTTCGGGCCAAGGGCTA-TTTCATTTACGATCTAA-CCA---GCTAATTCA-----AATTTATGATAATT---AAGCTCACT---------GGGGGGGGAAAGGT-TTT---GGA-TAA--GGCAAG-TCCAACGTATCGATGGC-GT---GCGAACC-CAG-GGAATAAAG--ATATTT-G-ACCATCATC-TG-CCC----GTT-TGATT---T--CCC---AG-CTGTC-G-CT-TGTAC-GACGGA-GG-ACAT-TGAAGTTGGCCGC-----A---GT-TGAT--CGGTAA-AT-GCT--TGT-G----CAATCGT-AA-A-TA-TGGATT--G-AGATT-CAGCTAAGCC-C--AGC-AC--GGCT-A-G-TCTCTCT-CTCC-------A--CC-TCGTTTAA------A-C-GA-G-------GG-AGAC-----GTG-GTC-----T-G-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GG--A--C-TG---G----T----A---C--G-C-C-TAT-C-CCCA--G-AGACACTCCC------CGGAAAAACAGGGACATCA-AT-GG-TCC-TAAAC-CTTTC---A--GTC-T---AT-GTC-A---T-CACGCATTG--GAACTTC-CGGCGCCTATG-A-TCCCACGGGG-C---ACC-GAGTTGGCCGTTAAAACATTTTA-ATGTTGAATATC------G-T---TCTC-CCCTGGTACGGATTT-GCAATGT-GCCA---CATCCATCTATTTTTCCTAAT-TA-G---AC---TCTCACAC---TTGTA--------------TG-AGC---GTGT------ATG------A----C-TT------T-GTG--T-T------AC-TGTT--AATATTGA----TG------TGT--AAA-CTT-----G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------T-TG--GTTT-G------C--T-CTG-AACA--------T-TC-G------AG-----CA-G-TG-T-AG-------T-C-AGGA--TTG-TTTT-GC-AT-GT---A-T-ACCTT-C------TGTT-TA--A-------A---T-CAA-TACA---TG-GTTCA----CA----G-TG-----TA----T-TATG-----TG-------TTTT----ATCCAGG-AACA-TAAATCAG-GC-CAC-TA-GT-GATAGT-CATGC----GT-----------T-T--T-AT-C-A-CCATAA-AGT---GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTA---TAATG-------AC--GTAATGTCTAGA-ACTTG--TCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                   TAGGCAATCAAACCATCTGGA-TCTTGGGATCACCAATTCTCTA-TTGGGCAGG--CGAATACGCT-AGTCAACATGGAG--GTAGAAACCTTGGTCTTCCTGCAACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACG-CGGAATGA----AGTGGCATGATCTGGACCC---CTGTATGTATC-CAATTCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCT-CAATT-CATAATTATGATCTGTGTAGGTATGACGGGACA-----TGA----TTATCTAATTCT---GGC--AGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCAGTT--AATTTA--AT--TT---AAGCCAACTTGGT---CGGGGGGGGGGGGGGA-TTTAGGGGA-T----GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGCTGGT-GGCGGACCAGGG-GAGATAAAGGAAGATTTGG-ACCATCATCAGG-CCC----G-T-TGTTT---TCCCCC---AGTCTGT----CT-TGTAC-GACGGAGGG-ACATGTGAAGTTGGCCGCAAGCTACATGT-AGGT--C-GTAATTT-GTT--TTT-GGTA-CAAT-GTAAA-A-TA-TGGATTG-G-AGATT-C-GCTAGCCT-C--AGC-AT--GGCT-AGG-TTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CGGAGG-------GG-AGAC------T--GTC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-A--CATGGGAG----T----A---CCGG-CAC-TAT-TACCCA--GCAGCAATCCCC------CGGAAAAACTGGGACATCAGATGGG-TCC-CAAAC-CTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GCTTATTTATTTTACGATATAACCCAAATCCTAATCCA----------------ATT---GATTTTACTCCGTTTTCGGGGGGGAGAATG----TT---GTAGTCACTGGCGAGGTCCATCTTATCTATGGCTGTT-GGCG-ACC-AGG-GAGATAAAAGAAGATTT-G-ACCA-CATC-TG-CCT----GTTGTTCTT---T--CCC------CTGTCTGTCTATGTAC--ACGGAG---AC---TGAAGTTG-CCGCAA---A---AT-AGGT--CG-TAA-TT-GGTCATAT-GATA-CAAT-GT-AA-AATA-TGGATT--G-CAATTAC-GC-AAGCC-TCAAGC-ACCTGGCT-ATG-TTATCCTACTCC-------AGCCC-TATTTTAACAAGATA-GGGA-ACGTGTCTGG-AGATCCTCAGTG-GTTGTACATGA-------------------AATAGTATG---------CCTCATGGTTTTGGTTA--CATG---A----TCATTA---C--GGCACATATATACCCACAACA-CAAGTCCCACCACGCGGAAACACAG----ATCAGATCGG-GCC-AAAACTCTTTCCAAAAAGCTTT---A--GTC-AATTT-TCCGCATAT--GGACT-C-CGGCGCCTCTGCA-TAATACACGG-CCATGCC-G-TATGCCCTTT-TGACAATGTT-AT--TG-GTATC-----GA-TA--TCTC-CCGTGGTC--GATTT-GCAA-GTGCCCA---CATCC-TCCA-TTTTCCTAATATG-G---AT---CAAC---CGATCTGCG-------------GCACGACA--GGACCAACAAATA------A----T-TA------T-GTGACTGT------AC-TGTTAGAAATGTGA----TG------TG---AAA-CTT-----G----TCATAAG--TGT-T----GTCACT-----C-TGCG--AC-T-GT----T------A-TG--GATT-A-A----CA-T-ATA-AACA--------T-TT-GG--AATAG-----CACG-CG-TAAG------TT-C--AGAC-TTT-CTCT-AG-AT-ACTTAA-T-CTCTT-A------TCTC-T---------------T-CAA-TAAA---TT-GTGTT----AACC--G-GA------A----TATATG-----------------T---CATCCA-G-AACA-T-A-TCAG-GC-AAC-TA-GTGGATATTAC-TTC-T--G------------T-T--T-AT-CTA-CCGT-ACAGT-T-GGTAAACTCAACTTT-CTG---
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggcgggtccatcatatcgatggctgttagcggaccaggcgaaataaagaaatatttggatctcacctggtccgttggttttccctccatctgtcgggatgtgtgaagttggctgcaagtgtctttgatacaatgtaaaatatggattggagactcgctagcctcagtacggcttggtttctcccccccccccccatctctttttaacggagggtagactctgtttggagtgcctcaggtggtacatggcactattatccagcagtaatttcccggaaaacagggatatcagagaggtccaaaaacctgtccaagtccttatatcattcccgcattaggacttccggcgcctgtgaataccacgggaccaccggtttgcccgttttacatggttatgttactatccggttatttcccctggttgggattttctccttaatggacagggtgtgcagtgtatgacatttgtatgtactgtgaagtgtgatgtaaaaaacttgcaaagtgtgttgtgaaaacatgtaaagtgtgttgtgaaaacatgttaagtgtgtaaatatgagacttgttttgttgaaacgttataaacacttggaagtgtgtgtagatttgagacttgttttcgctatgttactgtcactcaatgtttataccattaataaattgtacacacgtaccattgataaattgtacacacgtacc-CAAT-GT-AA---CA-TGGATT--GGAGATT-C-GGTA--CCTC--AGC-AC--GGCT-T-G-TTTCTCT-CTCC-------A--CCCTCTTTTAA------A-CGGA-G-------GGGAGACT----GTG--TC-----TGGAGGTGCCCTTAGGTGGTACAGT-----GGAAGTATGCCCTCA-GAT---GGT-A--CATG---A----A----AAACC--GGCAC-TAT-TACCCG--CCAGCAATTCCC------CCGAGAAT--GGGACATCAGAT-GG-TCC-AAAAC-AT--CCAAA--GTCTTTCAAT-GTCGA---TGCACACATTGTTGGACTTCACGGC--CTGTG-AAGGCCACGGGG-CCC-ACC-G-GTTGCCCGTT-TTACATAGTT-ATGTCG-GTATCC----GG-CTTATCTC-GCCTGGTTCAGATTT-GCAATGCGGCCATAGCATC---CCA-CTCTCCCAAT-TATG---GCATTTCGC---G---GTGTAACTGATGTTAAACGTG-CACA--GTGT------GTA------ATT--C-CT------C-G-G-----------ACATGTT--TGTTGTGAACGGTGCAAAGTTGT-AAAT-CCT-----GGACAT-----G--TTT-T----G----T-----T-TGTGAAACGT-GCACAGT------G-TG--G--T-A-A----A--C-CTG-GACATCGTTTTGT-TCTGG--A--CGTGATACATA-TG-T-AA------AT-CTGGGACACTG-TTTG-TT-AT-GT-----T-ACTTTGC------AGCA-TA--A-------AAT-T-C-A-TAAA---TG-GTGTG----CACT--ATTA-----CA----T-CATGGTAATTA-------TTTG---CAAACAGGAAACG-T-ATGCA-----AAC-TA-CTGAACAATATATGC-CGGGT-----------CGT--T-AT-ACA-ATTT-A-A---G-AGCTATTTAG--TGT-TTG---TTAAA-TAATGCGATT--AT--TTTATTCCCAGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ---AC---TCTC---C---TTGTA-------------GTG-GGCA--GTGT------ATG------A----T-TTA-----T-GTGT-T-T------AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGTAAAAA-CCTGTAA-G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTA--ACTT-GC-------------TG--GTGA-GCA----C--TGCTGAAACA--------T-TC-GG--C--AA-----CACG-TG-T-AG------atcaagaaaaatcgctaccctaatttaaatacttttgtgttctt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gac-----G----T-----G--TGT-T----A----TT----C-TGTG--ACTTTGC----TAGTGTAC-TG--GTTG-A-G----A--T-ATG-AAC---------T-TC-GG--A--AG-----CACGTTG-T-A-------TT-C-AGGAC-TTG-TTTTCGC-ATCGT---A-TAACCTT-C------TGTTATA--A-------AT--T-CAACTAAT---TGTGTCCGTGGCCAAC--GATATGTATTA----T-TATT-----AGACTGTTCTTTT---CATCCA-G-AACACT-GATCAGCGC-AACTTA-GTAGATATTACATGC-T--TC-----------T-T--T-AT-CTA-CCAT---AGT-G-GG-AACTTGGATTTT-CTG---TTAAATTAATgtgtgttattctgtgactttgctagtgtactggttgagatatgaacttcggaagcacgttgtattcaggacttgttttcgcatcgtataaccttctgttataaattcaactaattgtgtccgtggccaacgatatgtattattattagactgttcttttcatccagaacactgatcagcgcaacttagtagatattacatgcttctttatctaccatagtgggaacttggattttctgttaaattaat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gacactctccttgtagtgggcagtgtatgatttatgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacctgtaagtgtgttatctgtaacttgctggtgagcactgctgaaacattcggcaacacgtgtagATTT-GCAATGTGGT--------------A-TTT-CCTACT-TG-G---ACAG-TCTT---C---TTGCG-------------GTG-GGCATAGTGT------ATG------ATATCC-TT------T-GTG--T--------AC-TGTC--AATTGTGA----TG------TGG-AAAA-CTT-----G----TGAA--G--TGT-TTTA-A----T-----C-TGTG--ACTT-GT----T------TATG--GTTGAG-A----CAAT-ATACAATA--------T-TG-GGGAA--AG-----CACG-TGCT-AGAT----TT-C-AGGAC-T---TTTT-GC-AT-TTAG-A-T-GACTT-G------TTCT-GA--AATACACTA---T-CAA-CACATTTTG-TTGC-----CACCTTG-TA-----TA----T-TGTG-----CC-------TTTT---CATCCAGG-CATG-T---TCAA-GC-AAC-TA-GCGGATATTACATGC-T--GT-----------T-TCCT-AT-TTA-CCGT---AGT-GTGGTAACTTAATTTTT-TTG---TTAAATTAATGTAA-TGAACTAGTAATTT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTGATAAATCCACGATAAGTTTAATTTTCTGGAATGTTTACAGTATGTAAATCTGGAACATGTTTTGTTATGTTACTTACAGCGTAAAATATCAATAAATGGT
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGACACGTATTTGGGTGTATTCGAGCTATCTTTTCTAATGATTAGACTGACAGCGTTTGCATTCAAAATTAGACATTAAGTTAATGTCATTAATTT
Unaligned ( gi|16 ): CTGGAACGTGTACAGTATGTAAATCTGGGAGATGTTTTTTTTTATGTTACTTGCAGCATAAAATATCAATAA
Unaligned ( gi|17 ): AATTTTACAGGAAGTTCGGGTAGTTTTGTACGTATTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGG
Unaligned ( gi|19 ): TCTGGACAATACATGCGGGTCGTATACATGTATCTAGTGTTTGTAAAATTAATGCTTAACA
Unaligned ( gi|22 ): TTCCTTGCAGCTATTGATGAATTATTAAAAGAATTATGTAC






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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -----G----T-----G--TGT-T----T----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------TATG--GTTGAG-A----C--T-ATG-AACA--------T-TC-GG--A--AG-----CACG-TG-T-AG------CT-T-AGGAC-TTGTTTTT-GC-AT-GT---A-T-ACCTT-T------TGTT-TAT-A-------AAT-T-CAC-TAAA---TT-GTGTT----CACA--GTATA-----TA----T-TATG-----TG-------TTTT---CATCCAGG-AACatggttgagactatgaacattcggaagcacgtgtagcttaggacttgtttttgcatgtataccttttgtttataaattcactaaattgtgttcacagtatatattatgtgttttcatccaggaac
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cctccattttcctaattggacactcttcttttagtgggcgtgtattacttttgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacttgtgtgttatctgtgacttgctggttgagactgaacattcggaagcacgggta-TGTT--A--TGGAA----CG------TGT-ACA----------G----T-----G--TGT-A----AA---T-----C-CGGG--ACAT-GT----T------T-TG--CTCT-G-------------G-GACG--------T-GT-AC--A--GG-----C----TA-T-AA------AT-CTGGGAC-ATG-TCTT-GTTAT-GT-----T-ACTTA-C------AGCA-TA--G-------AATAT-CAA-TAAA---TG-GTGTG----CACT--A--TA-----TACATCT-TGTA------A-------TTAT---TATGCAAG-AAGG-G-ACCTAC-GCAAAC-TATCTGGACAATACAAGCGG--GT-----------C-G--T-AT-ACA-TTA--A-AGT-G-GCTATCT---AGTGT-TTG---TTAAATTAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ----A----T-----C-TGTG--ACTT-GT----T------T-TGTGGATT-G-AGAC-T--T-ATA-AACA--------T-TTTGG--A--AG-----TACGCTT-T-AGA-----TT-C-GG-AC-TTG-TTTT-GCGAT-GT---AAT-ATCT--C------TGTT-TA--GCC-----A---T-CA--TAAT---CGTGTTCA----CACTT-G--TA-----TA----T-TGTG-----CG-------TTT----CACCCAGG-AACG-T-ATTCAG-A--ACC-TA-GAGGATACGACATGC-T--GT-----------T-TA-T-ATACTATCCGT-A-GTT-G-GGTA--TT-AATTTTACTGATTTTATATTatcatgctttacatattgaatgaaattaattaaaacacttttatctatctt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATCGTATCGATGGCTGTT-GGCGGACCAGGG-AAGAGAAAGGAAGATTTGG-ATCATCATT-TG-GCCTGTTGTTTTTT--C---T--CTC----T-CTGT----CC-TGTAC-GACGGAGGG-ATGTGTGAAGTTGAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GATGTTACATGC-T--GT-----------T-T--TTAG-CTA-TCAT-A-GTT-G-GGTAACTTGGATTGT-CTG---TTAAATTAAT
gi|2                          : CCGTTATTGACCATGAGCCACTGACAATGGCTTCGGGGGGGGGGGGGTCCTGACTCCCGATATCAAGAAATCTGGCAGATGCAATC-GAT--GCTTTCCATC-CA-TACATTTCGAACTAATTGCAG-AAAATAATGTAC-CGCGTA-TTGCCCTATTTTATCTTTCA-CTGACTCCAGTACAAAAGTCTTTTATAGGCAATCAAACCATT--GACTCTTGGGATCACCAATTCTCTAATTGGGCAGTGGCGAATACGCTTAGTCAACATGG-GAGGTAGAAACTTGG-TCTTCCTG-AACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACGGCGGAATGAATGGCATGAAATGCTG--GACCCTGTATGTAT---CCA-AT-TCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCTTCAATTTCATAT-TATGATCTGTGTAGGTATGACGGAA---A---TGA----TTATCTAATTCT---GGC-AAGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCA--TTAAATTTA-----ATTTCAGAGCCAACTTGGT---CGGGGGGGGGGGGGGGATTT---AGG-TGAT-GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGTGGTTTGGCGGACC-AGG-GAGATAGAGGAAGATTT-G-AC-ATCATC-AG-GCC----GTTTGTT--TATTC--CCC---AGTCTGTC----T-TGTACTGACGGAGGGGAC-TGTGAA-TTGGCCGCAAGCTAC--ATGTGGTGACG-TAA-TTTGTT--TTTTGGTAGCAAT-GT-AACA-TAATGGATTTGG-AGATT-C-GCTA-GCC-T--AGCCAT--GGCT-A-GGTTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------AACGGA-G-------GG-AGAC------TG--TC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-AAACATG---GGAGTT----A---CCGG-CAC-TAT-T--CC---GC-GCAAT-CCC------CGGAAAAACTGGGACATC-GAT-GGGTCC-AAGAC-CTTTCCAAG--GTCTT---TTTGTC-A---T-TTCGCATTT--G-ACTTC-CGG-GCCTGTG-AATA--A-GGGG-C---CAC-G-TTTGCCCGTT-TTACATGGTTTATGTTT-GTATCTTCAGGGCT---TATCTCCCTGGTCAGGATTTTGCAATGTGGCCA---AATC--TCCA-TTTTCCTAAT-TG-GGACAC---TCTC---C---TTGCG-------------GTG-GGCACAGTGTTAA---ATG------A----C-TTGTT---T-GTG--T-TT-----AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGA-AAAA-CTT-----G----C-----GAGTGT-TTGCCA----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------TATG--GTTT-G-AAAGAC--A-TTA-AACA--------T-TT-GG--A--AG-----CACG-TG-T-AG------TTTC-AGGAC-TTG-TTTT-GC-AT-AT---AAT-ACTTT-C------TGTT-TATAA-------A---TTCAA-CAAA---TT-GTGTA----CACCTTG--TA-----TA----T-TATG-----TG-------TTTT---CATCCAGG-AACA-T-GATCAG-GC-AAC-TA-GTGGATATTACATGC-T--GT-----------T-T--T-AT-CTA-CCAT---AGTGG-GGTAACTT-AATTTT-CTG---TTAAATTAATGc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TTTCTTT-ATCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CG---G-------GG-AGAC------TGTGTA-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTTG-GGT---GTT-A--t
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atGGTTCGGATTT-GCAATGTGGCCA---CATCC-TCTA-TTTTCCTAAT-TA-G---A
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                 ATCTAGA-TCCTGGGATCATCAATCTCCTA-TTGGGCAG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACGGGACACAC---------TTATCTAATTCT---GGC--AATGTTAGTT
gi|3                          : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCATAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATC-AACCATTTGGA-TCT--GGATCATCCATC--CTA-T--GGCAGGGCCGAATAC-CT-AGC--ACATGC-G--GTAGAACCCTGAGTTCTCCTCCAAC--CTCAGTGGACAATGTAAAACG-CGGAA-GA----CGTGCAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTT-ATCACTCC-TCCACCAGATT----CGGTGA-TCACCTTGGGATCAAACGATATGTC----GGAGAT-CTGAACAAGTAAA--TTTAGTCCAGAA---TTCATCACGCTTTCTAAG-GTAATGCGCTCACTGCCCC--AACCAAACTCGT--CGGTACACA---TCTTCCAAGATTAAACTGGCATGGTGTG-CCCTGATCTAG-AAATAAGAAAATTCGATC-AAAGCGCAAAAAGGTCAACCGTAAAGCTGCGCTATTCGCCAG-TGAACGTAGGGGAGGTACTTCTATTAGTTCACCCAA-A-CT-CAATT-CATAA-TAGAAA--ATGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTAT-TAATTTTTCGGGCCAAGGGCTA-TTTCATTTACGATCTAA-CCA---GCTAATTCA-----AATTTATGATAATT---AAGCTCACT---------GGGGGGGGAAAGGT-TTT---GGA-TAA--GGCAAG-TCCAACGTATCGATGGC-GT---GCGAACC-CAG-GGAATAAAG--ATATTT-G-ACCATCATC-TG-CCC----GTTTGAT--T---T--CCC---AG-CTGTC-G-CT-TGTAC-GACGGA-GG-ACAT-TGAAGTTGGCCGC-----A---GT-TGAT--CGGTAA-AT-GCT--TGT-G----CAATCGT-AA-A-TA-TGGATT--G-AGATT-CAGCTAAGCC-C--AGC-AC--GGCT-A-G-TCTCTCT-CTCC-------A--CC-TCGTTTAA------A-C-GA-G-------GG-AGAC-----GTG-GTC-----T-G-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GG--A--C-TG---G----T----A---C--G-C-C-TAT-C-CCCA--G-AGACACTCCC------CGGAAAAACAGGGACATCA-AT-GG-TCC-TAAAC-CTTTC---A--GTC-T---AT-GTC-A---T-CACGCATTG--GAACTTC-CGGCGCCTATG-A-TCCCACGGGG-C---ACC-GAGTTGGCCGTTAAAACATTTTA-ATGTTGAATATC------G-T---TCTC-CCCTGGTACGGATTT-GCAATGT-GCCA---CATCCATCTATTTTTCCTAAT-TA-G---AC---TCTCACAC---TTGTA--------------TG-AGC---GTGT------ATG------A----C-TT------T-GTG--T-T------AC-TGTT--AATATTGA----TG------TGT--AAA-CTT-----G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------T-TG--GTTT-G------C--T-CTG-AACA--------T-TC-G------AG-----CA-G-TG-T-AG-------T-C-AGGA--TTG-TTTT-GC-AT-GT---A-T-ACCTT-C------TGTT-TA--A-------A---T-CAA-TACA---TG-GTTCA----CA----G--TG-----TA----T-TATG-----TG-------TTTT----ATCCAGG-AACA-TAAATCAG-GC-CAC-TA-GT-GATAGT-CATGC----GT-----------T-T--T-AT-C-A-CCATAA-AGT---GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTA---TAATG-------AC--GTAATGTCTAGA-ACTTG--TCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                   TAGGCAATCAAACCATCTGGA-TCTTGGGATCACCAATTCTCTA-TTGGGCAGG--CGAATACGCT-AGTCAACATGGAG--GTAGAAACCTTGGTCTTCCTGCAACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACG-CGGAATGA----AGTGGCATGATCTGGACCC---CTGTATGTATC-CAATTCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCT-CAATT-CATAATTATGATCTGTGTAGGTATGACGGGACA-----TGA----TTATCTAATTCT---GGC--AGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCAGTT--AATTTA--AT--TT---AAGCCAACTTGGT---CGGGGGGGGGGGGGGA-TTTAGGGGA-T----GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGCTGGT-GGCGGACCAGGG-GAGATAAAGGAAGATTTGG-ACCATCATCAGG-CCC----G-TTGTT--T---TCCCCC---AGTCTGT----CT-TGTAC-GACGGAGGG-ACATGTGAAGTTGGCCGCAAGCTACATGT-AGGT--C-GTAATTT-GTT--TTT-GGTA-CAAT-GTAAA-A-TA-TGGATTG-G-AGATT-C-GCTAGCCT-C--AGC-AT--GGCT-AGG-TTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CGGAGG-------GG-AGAC------T--GTC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-A--CATGGGAG----T----A---CCGG-CAC-TAT-TACCCA--GCAGCAATCCCC------CGGAAAAACTGGGACATCAGATGGG-TCC-CAAAC-CTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GCTTATTTATTTTACGATATAACCCAAATCCTAATCCA----------------ATT---GATTTTACTCCGTTTTCGGGGGGGAGAATG----TT---GTAGTCACTGGCGAGGTCCATCTTATCTATGGCTGTT-GGCG-ACC-AGG-GAGATAAAAGAAGATTT-G-ACCA-CATC-TG-CCT----GTT-GTTCTT---T--CCC------CTGTCTGTCTATGTAC--ACGGAG---AC---TGAAGTTG-CCGCAA---A---AT-AGGT--CG-TAA-TT-GGTCATAT-GATA-CAAT-GT-AA-AATA-TGGATT--G-CAATTAC-GC-AAGCC-TCAAGC-ACCTGGCT-ATG-TTATCCTACTCC-------AGCCC-TATTTTAACAAGATA-GGGA-ACGTGTCTGG-AGATCCTCAGTG-GTTGTACATGA-------------------AATAGTATG---------CCTCATGGTTTTGGTTA--CATG---A----TCATTA---C--GGCACATATATACCCACAACA-CAAGTCCCACCACGCGGAAACACAG----ATCAGATCGG-GCC-AAAACTCTTTCCAAAAAGCTTT---A--GTC-AATTT-TCCGCATAT--GGACT-C-CGGCGCCTCTGCA-TAATACACGG-CCATGCC-G-TATGCCCTTT-TGACAATGTT-AT--TG-GTATC-----GA-TA--TCTC-CCGTGGTC--GATTT-GCAA-GTGCCCA---CATCC-TCCA-TTTTCCTAATATG-G---AT---CAAC---CGATCTGCG-------------GCACGACA--GGACCAACAAATA------A----T-TA------T-GTGACTGT------AC-TGTTAGAAATGTGA----TG------TG---AAA-CTT-----G----TCATAAG--TGT-T----GTCACT-----C-TGCG--AC-T-GT----T------A-TG--GATT-A-A----CA-T-ATA-AACA--------T-TT-GG--AATAG-----CACG-CG-TAAG------TT-C--AGAC-TTT-CTCT-AG-AT-ACTTAA-T-CTCTT-A------TCTC-T---------------T-CAA-TAAA---TT-GTGTT----AACC--G--GA------A----TATATG-----------------T---CATCCA-G-AACA-T-A-TCAG-GC-AAC-TA-GTGGATATTAC-TTC-T--G------------T-T--T-AT-CTA-CCGT-ACAGT-T-GGTAAACTCAACTTT-CTG---
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggcgggtccatcatatcgatggctgttagcggaccaggcgaaataaagaaatatttggatctcacctggtccgttggttttccctccatctgtcgggatgtgtgaagttggctgcaagtgtctttgatacaatgtaaaatatggattggagactcgctagcctcagtacggcttggtttctcccccccccccccatctctttttaacggagggtagactctgtttggagtgcctcaggtggtacatggcactattatccagcagtaatttcccggaaaacagggatatcagagaggtccaaaaacctgtccaagtccttatatcattcccgcattaggacttccggcgcctgtgaataccacgggaccaccggtttgcccgttttacatggttatgttactatccggttatttcccctggttgggattttctccttaatggacagggtgtgcagtgtatgacatttgtatgtactgtgaagtgtgatgtaaaaaacttgcaaagtgtgttgtgaaaacatgtaaagtgtgttgtgaaaacatgttaagtgtgtaaatatgagacttgttttgttgaaacgttataaacacttggaagtgtgtgtagatttgagacttgttttcgctatgttactgtcactcaatgtttataccattaataaattgtacacacgtaccattgataaattgtacacacgtacc-CAAT-GT-AA---CA-TGGATT--GGAGATT-C-GGTA--CCTC--AGC-AC--GGCT-T-G-TTTCTCT-CTCC-------A--CCCTCTTTTAA------A-CGGA-G-------GGGAGACT----GTG--TC-----TGGAGGTGCCCTTAGGTGGTACAGT-----GGAAGTATGCCCTCA-GAT---GGT-A--CATG---A----A----AAACC--GGCAC-TAT-TACCCG--CCAGCAATTCCC------CCGAGAAT--GGGACATCAGAT-GG-TCC-AAAAC-AT--CCAAA--GTCTTTCAAT-GTCGA---TGCACACATTGTTGGACTTCACGGC--CTGTG-AAGGCCACGGGG-CCC-ACC-G-GTTGCCCGTT-TTACATAGTT-ATGTCG-GTATCC----GG-CTTATCTC-GCCTGGTTCAGATTT-GCAATGCGGCCATAGCATC---CCA-CTCTCCCAAT-TATG---GCATTTCGC---G---GTGTAACTGATGTTAAACGTG-CACA--GTGT------GTA------ATT--C-CT------C-G-G-----------ACATGTT--TGTTGTGAACGGTGCAAAGTTGT-AAAT-CCT-----GGACAT-----G--TTT-T----G----T-----T-TGTGAAACGT-GCACAGT------G-TG--G--T-A-A----A--C-CTG-GACATCGTTTTGT-TCTGG--A--CGTGATACATA-TG-T-AA------AT-CTGGGACACTG-TTTG-TT-AT-GT-----T-ACTTTGC------AGCA-TA--A-------AAT-T-C-A-TAAA---TG-GTGTG----CACT--AT-TA-----CA----T-CATGGTAATTA-------TTTG---CAAACAGGAAACG-T-ATGCA-----AAC-TA-CTGAACAATATATGC-CGGGT-----------CGT--T-AT-ACA-ATTT-A-A---G-AGCTATTTAG--TGT-TTG---TTAAA-TAATGCGATT--AT--TTTATTCCCAGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ---AC---TCTC---C---TTGTA-------------GTG-GGCA--GTGT------ATG------A----T-TTA-----T-GTGT-T-T------AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGTAAAAA-CCTGTAA-G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTA--ACTT-GC-------------TG--GTGA-GCA----C--TGCTGAAACA--------T-TC-GG--C--AA-----CACG-TG-T-AG------atcaagaaaaatcgctaccctaatttaaatacttttgtgttctt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gac-----G----T-----G--TGT-T----A----TT----C-TGTG--ACTTTGC----TAGTGTAC-TG--GTTG-A-G----A--T-ATG-AAC---------T-TC-GG--A--AG-----CACGTTG-T-A-------TT-C-AGGAC-TTG-TTTTCGC-ATCGT---A-TAACCTT-C------TGTTATA--A-------AT--T-CAACTAAT---TGTGTCCGTGGCCAAC--GA-TATGTATTA----T-TATT-----AGACTGTTCTTTT---CATCCA-G-AACACT-GATCAGCGC-AACTTA-GTAGATATTACATGC-T--TC-----------T-T--T-AT-CTA-CCAT---AGT-G-GG-AACTTGGATTTT-CTG---TTAAATTAATgtgtgttattctgtgactttgctagtgtactggttgagatatgaacttcggaagcacgttgtattcaggacttgttttcgcatcgtataaccttctgttataaattcaactaattgtgtccgtggccaacgatatgtattattattagactgttcttttcatccagaacactgatcagcgcaacttagtagatattacatgcttctttatctaccatagtgggaacttggattttctgttaaattaat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gacactctccttgtagtgggcagtgtatgatttatgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacctgtaagtgtgttatctgtaacttgctggtgagcactgctgaaacattcggcaacacgtgtagATTT-GCAATGTGGT--------------A-TTT-CCTACT-TG-G---ACAG-TCTT---C---TTGCG-------------GTG-GGCATAGTGT------ATG------ATATCC-TT------T-GTG--T--------AC-TGTC--AATTGTGA----TG------TGG-AAAA-CTT-----G----TGAA--G--TGT-TTTA-A----T-----C-TGTG--ACTT-GT----T------TATG--GTTGAG-A----CAAT-ATACAATA--------T-TG-GGGAA--AG-----CACG-TGCT-AGAT----TT-C-AGGAC-T---TTTT-GC-AT-TTAG-A-T-GACTT-G------TTCT-GA--AATACACTA---T-CAA-CACATTTTG-TTGC-----CACCTTG--TA-----TA----T-TGTG-----CC-------TTTT---CATCCAGG-CATG-T---TCAA-GC-AAC-TA-GCGGATATTACATGC-T--GT-----------T-TCCT-AT-TTA-CCGT---AGT-GTGGTAACTTAATTTTT-TTG---TTAAATTAATGTAA-TGAACTAGTAATTT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTGATAAATCCACGATAAGTTTAATTTTCTGGAATGTTTACAGTATGTAAATCTGGAACATGTTTTGTTATGTTACTTACAGCGTAAAATATCAATAAATGGT
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGACACGTATTTGGGTGTATTCGAGCTATCTTTTCTAATGATTAGACTGACAGCGTTTGCATTCAAAATTAGACATTAAGTTAATGTCATTAATTT
Unaligned ( gi|16 ): CTGGAACGTGTACAGTATGTAAATCTGGGAGATGTTTTTTTTTATGTTACTTGCAGCATAAAATATCAATAA
Unaligned ( gi|17 ): AATTTTACAGGAAGTTCGGGTAGTTTTGTACGTATTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGG
Unaligned ( gi|19 ): TCTGGACAATACATGCGGGTCGTATACATGTATCTAGTGTTTGTAAAATTAATGCTTAACA
Unaligned ( gi|22 ): TTCCTTGCAGCTATTGATGAATTATTAAAAGAATTATGTAC






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Reference ( family-4059 )     : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCGTAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATCAAACCATTTGGA-TCTTGGGATCATCAATCCTCTA-TTGGGCAGGGCCGAATACGCT-AGCCAACATGN-G--GTAGAANCCTGGGTCCTCCTNCAACAGCCCAGTGGACAATGCAAAACG-CGGAATGA----CGTGNAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTNGATCACTCCGTCCNCCAGATTGTTCCGGTGATTCACCTTGGNATCAAACGATATGTCTCAGGGAGATGCTGAANNAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCANCACGCTTTCTAGGTGTAGNGCGCTCACTGCCCCAGAACCGAACTCGTGCCGGTACACGCATTCTTCCAAGATTANACTGGCATGGCGTGCCCCTGATCTAGAAAATAAGAAAATTCGATCAAAAGCGNAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCNNTATCCGCCAGCTGAACGTAGGGGGGGTACTNCTATTAGTCCACNCAATATCT-CAATT-CATAA-TANGANCTGTGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTATCTAATTCTTCGGGCCAAGTGCTAGTTTCATTTACGATCTAATCCGAATGCTAATCCA--T--AATTTATGATAATT---AAGCTNACTCGGT---CGGGGGGGGGAAGGGN-TTT---GGA-TAA--GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGCTGTT-GGCGGACC-GGG-GAGATAAAGGAAGATTT-G-ACCATCATC-TG-CCC----GTTTGTT--T---T--CCC---AG-CTGTC-G-CT-TGTAC-GACGGAGGG-ACGTGTGAAGTTGGCCGCAAG-TA---GT-TGGT--CGGTAA-TT-GTT--TNT-GGTA-CAAT-GT-AA-A-TA-TGGATT--G-AGATT-C-GCTAAGCC-C--AGC-AC--GGCT-A-G-TTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CGGA-G-------GG-AGAC-----GTG-GTC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-A--CATG---G----T----A---C--G-CAC-TAT-TACCCA--GCAGCAATTCCC------CGGAAAAACAGGGACATCAGAT-GG-TCC-AAAAC-CTTTCCAAA--GTCTT---AT-GTC-A---T-CNCGCATTG--GGACTTC-CGGCGCCTGTG-A-TACCACGGGG-C---ACC-G-NTTGCCCGTT-TNACATNGTT-ATGTTG-GTATCC----GG-T---TCTC-CCCTGGTNCGGATTT-GCAATGTGGCCA---CATCC-TCCA-TTTTCCTAAT-TG-G---AC---TCTC---C---TTGTA-------------GTG-GGCA--GTGT------ATG------A----C-TT------T-GTG--T-T------AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGT-AAAA-CTT-----G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------T-TG--GTTT-G-A----C--T-NTG-AACA--------T-TC-GG--A--AG-----CACG-T-G-T-AG------TT-C-GGGAC-TTG-TTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTT-C------TGTT-TA--A-------A---T-CAATAAA---TGGTG--CG----CACC--G-----TAT-A----T-TATG-----CG-------TTTT---CATCCAGG-A-ACGT-ANTCAG-GC-AACT-A-GTGGATATTACATGC-T--GT-----------T-T--T-AT-CTA-CCGT-A-AGT-G-GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTAAATTAATGNGA-T--AC--GTAATTTCTAGATACTTGCTTCTT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -----G----T-----G--TGT-T----T----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------TATG--GTTGAG-A----C--T-ATG-AACA--------T-TC-GG--A--AG-----CACG-T-G-T-AG------CT-T-AGGAC-TTGTTTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTT-T------TGTT-TAT-A-------AAT-T-CACTAAA---TTGTG--TT----CACA--GTA---TAT-A----T-TATG-----TG-------TTTT---CATCCAGG-A-ACatggttgagactatgaacattcggaagcacgtgtagcttaggacttgtttttgcatgtataccttttgtttataaattcactaaattgtgttcacagtatatattatgtgttttcatccaggaac
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cctccattttcctaattggacactcttcttttagtgggcgtgtattacttttgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacttgtgtgttatctgtgacttgctggttgagactgaacattcggaagcacgggta-TGTT--A--TGGAA----CG------TGT-ACA----------G----T-----G--TGT-A----AA---T-----C-CGGG--ACAT-GT----T------T-TG--CTCT-G-------------G-GACG--------T-GT-AC--A--GG-----C----T-A-T-AA------AT-CTGGGAC-ATG-TCTT-GTTAT-GT-----TA-CTTA-C------AGCA-TA--G-------AATAT-CAATAAA---TGGTG--TG----CACT--A-----TAT-ACATCT-TGTA------A-------TTAT---TATGCAAG-A-AGGG-ACCTAC-GCAAACT-ATCTGGACAATACAAGCGG--GT-----------C-G--T-AT-ACA-TTA--A-AGT-G-GCTATCT---AGTGT-TTG---TTAAATTAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ----A----T-----C-TGTG--ACTT-GT----T------T-TGTGGATT-G-AGAC-T--T-ATA-AACA--------T-TTTGG--A--AG-----TACGCT-T-T-AGA-----TT-C-GG-AC-TTG-TTTT-GCGAT-GT---AATA-TCT--C------TGTT-TA--GCC-----A---T-CA-TAA----TCGTGTTCA----CACTT-G-----TAT-A----T-TGTG-----CG-------TTT----CACCCAGG-A-ACGT-ATTCAG-A--ACCT-A-GAGGATACGACATGC-T--GT-----------T-TA-T-ATACTATCCGT-A-GTT-G-GGTA--TT-AATTTTACTGATTTTATATTatcatgctttacatattgaatgaaattaattaaaacacttttatctatctt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATCGTATCGATGGCTGTT-GGCGGACCAGGG-AAGAGAAAGGAAGATTTGG-ATCATCATT-TG-GCCTGTTGTTTTTT--C---T--CTC----T-CTGT----CC-TGTAC-GACGGAGGG-ATGTGTGAAGTTGAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GATGTTACATGC-T--GT-----------T-T--TTAG-CTA-TCAT-A-GTT-G-GGTAACTTGGATTGT-CTG---TTAAATTAAT
gi|2                          : CCGTTATTGACCATGAGCCACTGACAATGGCTTCGGGGGGGGGGGGGTCCTGACTCCCGATATCAAGAAATCTGGCAGATGCAATC-GAT--GCTTTCCATC-CA-TACATTTCGAACTAATTGCAG-AAAATAATGTAC-CGCGTA-TTGCCCTATTTTATCTTTCA-CTGACTCCAGTACAAAAGTCTTTTATAGGCAATCAAACCATT--GACTCTTGGGATCACCAATTCTCTAATTGGGCAGTGGCGAATACGCTTAGTCAACATGG-GAGGTAGAAACTTGG-TCTTCCTG-AACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACGGCGGAATGAATGGCATGAAATGCTG--GACCCTGTATGTAT---CCA-AT-TCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCTTCAATTTCATAT-TATGATCTGTGTAGGTATGACGGAA---A---TGA----TTATCTAATTCT---GGC-AAGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCA--TTAAATTTA-----ATTTCAGAGCCAACTTGGT---CGGGGGGGGGGGGGGGATTT---AGG-TGAT-GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGTGGTTTGGCGGACC-AGG-GAGATAGAGGAAGATTT-G-AC-ATCATC-AG-GCC----GTTTGTT--TATTC--CCC---AGTCTGTC----T-TGTACTGACGGAGGGGAC-TGTGAA-TTGGCCGCAAGCTAC--ATGTGGTGACG-TAA-TTTGTT--TTTTGGTAGCAAT-GT-AACA-TAATGGATTTGG-AGATT-C-GCTA-GCC-T--AGCCAT--GGCT-A-GGTTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------AACGGA-G-------GG-AGAC------TG--TC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-AAACATG---GGAGTT----A---CCGG-CAC-TAT-T--CC---GC-GCAAT-CCC------CGGAAAAACTGGGACATC-GAT-GGGTCC-AAGAC-CTTTCCAAG--GTCTT---TTTGTC-A---T-TTCGCATTT--G-ACTTC-CGG-GCCTGTG-AATA--A-GGGG-C---CAC-G-TTTGCCCGTT-TTACATGGTTTATGTTT-GTATCTTCAGGGCT---TATCTCCCTGGTCAGGATTTTGCAATGTGGCCA---AATC--TCCA-TTTTCCTAAT-TG-GGACAC---TCTC---C---TTGCG-------------GTG-GGCACAGTGTTAA---ATG------A----C-TTGTT---T-GTG--T-TT-----AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGA-AAAA-CTT-----G----C-----GAGTGT-TTGCCA----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------TATG--GTTT-G-AAAGAC--A-TTA-AACA--------T-TT-GG--A--AG-----CACG-T-G-T-AG------TTTC-AGGAC-TTG-TTTT-GC-AT-AT---AATA-CTTT-C------TGTT-TATAA-------A---TTCAACAAA---TTGTG--TA----CACCTTG-----TAT-A----T-TATG-----TG-------TTTT---CATCCAGG-A-ACAT-GATCAG-GC-AACT-A-GTGGATATTACATGC-T--GT-----------T-T--T-AT-CTA-CCAT---AGTGG-GGTAACTT-AATTTT-CTG---TTAAATTAATGc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TTTCTTT-ATCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CG---G-------GG-AGAC------TGTGTA-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTTG-GGT---GTT-A--t
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atGGTTCGGATTT-GCAATGTGGCCA---CATCC-TCTA-TTTTCCTAAT-TA-G---A
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                 ATCTAGA-TCCTGGGATCATCAATCTCCTA-TTGGGCAG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACGGGACACAC---------TTATCTAATTCT---GGC--AATGTTAGTT
gi|3                          : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCATAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATC-AACCATTTGGA-TCT--GGATCATCCATC--CTA-T--GGCAGGGCCGAATAC-CT-AGC--ACATGC-G--GTAGAACCCTGAGTTCTCCTCCAAC--CTCAGTGGACAATGTAAAACG-CGGAA-GA----CGTGCAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTT-ATCACTCC-TCCACCAGATT----CGGTGA-TCACCTTGGGATCAAACGATATGTC----GGAGAT-CTGAACAAGTAAA--TTTAGTCCAGAA---TTCATCACGCTTTCTAAG-GTAATGCGCTCACTGCCCC--AACCAAACTCGT--CGGTACACA---TCTTCCAAGATTAAACTGGCATGGTGTG-CCCTGATCTAG-AAATAAGAAAATTCGATC-AAAGCGCAAAAAGGTCAACCGTAAAGCTGCGCTATTCGCCAG-TGAACGTAGGGGAGGTACTTCTATTAGTTCACCCAA-A-CT-CAATT-CATAA-TAGAAA--ATGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTAT-TAATTTTTCGGGCCAAGGGCTA-TTTCATTTACGATCTAA-CCA---GCTAATTCA-----AATTTATGATAATT---AAGCTCACT---------GGGGGGGGAAAGGT-TTT---GGA-TAA--GGCAAG-TCCAACGTATCGATGGC-GT---GCGAACC-CAG-GGAATAAAG--ATATTT-G-ACCATCATC-TG-CCC----GTTTGAT--T---T--CCC---AG-CTGTC-G-CT-TGTAC-GACGGA-GG-ACAT-TGAAGTTGGCCGC-----A---GT-TGAT--CGGTAA-AT-GCT--TGT-G----CAATCGT-AA-A-TA-TGGATT--G-AGATT-CAGCTAAGCC-C--AGC-AC--GGCT-A-G-TCTCTCT-CTCC-------A--CC-TCGTTTAA------A-C-GA-G-------GG-AGAC-----GTG-GTC-----T-G-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GG--A--C-TG---G----T----A---C--G-C-C-TAT-C-CCCA--G-AGACACTCCC------CGGAAAAACAGGGACATCA-AT-GG-TCC-TAAAC-CTTTC---A--GTC-T---AT-GTC-A---T-CACGCATTG--GAACTTC-CGGCGCCTATG-A-TCCCACGGGG-C---ACC-GAGTTGGCCGTTAAAACATTTTA-ATGTTGAATATC------G-T---TCTC-CCCTGGTACGGATTT-GCAATGT-GCCA---CATCCATCTATTTTTCCTAAT-TA-G---AC---TCTCACAC---TTGTA--------------TG-AGC---GTGT------ATG------A----C-TT------T-GTG--T-T------AC-TGTT--AATATTGA----TG------TGT--AAA-CTT-----G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------T-TG--GTTT-G------C--T-CTG-AACA--------T-TC-G------AG-----CA-G-T-G-T-AG-------T-C-AGGA--TTG-TTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTT-C------TGTT-TA--A-------A---T-CAATACA---TGGTT--CA----CA----G-----TGT-A----T-TATG-----TG-------TTTT----ATCCAGG-A-ACATAAATCAG-GC-CACT-A-GT-GATAGT-CATGC----GT-----------T-T--T-AT-C-A-CCATAA-AGT---GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTA---TAATG-------AC--GTAATGTCTAGA-ACTTG--TCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                   TAGGCAATCAAACCATCTGGA-TCTTGGGATCACCAATTCTCTA-TTGGGCAGG--CGAATACGCT-AGTCAACATGGAG--GTAGAAACCTTGGTCTTCCTGCAACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACG-CGGAATGA----AGTGGCATGATCTGGACCC---CTGTATGTATC-CAATTCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCT-CAATT-CATAATTATGATCTGTGTAGGTATGACGGGACA-----TGA----TTATCTAATTCT---GGC--AGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCAGTT--AATTTA--AT--TT---AAGCCAACTTGGT---CGGGGGGGGGGGGGGA-TTTAGGGGA-T----GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGCTGGT-GGCGGACCAGGG-GAGATAAAGGAAGATTTGG-ACCATCATCAGG-CCC----G-TTGTT--T---TCCCCC---AGTCTGT----CT-TGTAC-GACGGAGGG-ACATGTGAAGTTGGCCGCAAGCTACATGT-AGGT--C-GTAATTT-GTT--TTT-GGTA-CAAT-GTAAA-A-TA-TGGATTG-G-AGATT-C-GCTAGCCT-C--AGC-AT--GGCT-AGG-TTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CGGAGG-------GG-AGAC------T--GTC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-A--CATGGGAG----T----A---CCGG-CAC-TAT-TACCCA--GCAGCAATCCCC------CGGAAAAACTGGGACATCAGATGGG-TCC-CAAAC-CTTT
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggcgggtccatcatatcgatggctgttagcggaccaggcgaaataaagaaatatttggatctcacctggtccgttggttttccctccatctgtcgggatgtgtgaagttggctgcaagtgtctttgatacaatgtaaaatatggattggagactcgctagcctcagtacggcttggtttctcccccccccccccatctctttttaacggagggtagactctgtttggagtgcctcaggtggtacatggcactattatccagcagtaatttcccggaaaacagggatatcagagaggtccaaaaacctgtccaagtccttatatcattcccgcattaggacttccggcgcctgtgaataccacgggaccaccggtttgcccgttttacatggttatgttactatccggttatttcccctggttgggattttctccttaatggacagggtgtgcagtgtatgacatttgtatgtactgtgaagtgtgatgtaaaaaacttgcaaagtgtgttgtgaaaacatgtaaagtgtgttgtgaaaacatgttaagtgtgtaaatatgagacttgttttgttgaaacgttataaacacttggaagtgtgtgtagatttgagacttgttttcgctatgttactgtcactcaatgtttataccattaataaattgtacacacgtaccattgataaattgtacacacgtacc-CAAT-GT-AA---CA-TGGATT--GGAGATT-C-GGTA--CCTC--AGC-AC--GGCT-T-G-TTTCTCT-CTCC-------A--CCCTCTTTTAA------A-CGGA-G-------GGGAGACT----GTG--TC-----TGGAGGTGCCCTTAGGTGGTACAGT-----GGAAGTATGCCCTCA-GAT---GGT-A--CATG---A----A----AAACC--GGCAC-TAT-TACCCG--CCAGCAATTCCC------CCGAGAAT--GGGACATCAGAT-GG-TCC-AAAAC-AT--CCAAA--GTCTTTCAAT-GTCGA---TGCACACATTGTTGGACTTCACGGC--CTGTG-AAGGCCACGGGG-CCC-ACC-G-GTTGCCCGTT-TTACATAGTT-ATGTCG-GTATCC----GG-CTTATCTC-GCCTGGTTCAGATTT-GCAATGCGGCCATAGCATC---CCA-CTCTCCCAAT-TATG---GCATTTCGC---G---GTGTAACTGATGTTAAACGTG-CACA--GTGT------GTA------ATT--C-CT------C-G-G-----------ACATGTT--TGTTGTGAACGGTGCAAAGTTGT-AAAT-CCT-----GGACAT-----G--TTT-T----G----T-----T-TGTGAAACGT-GCACAGT------G-TG--G--T-A-A----A--C-CTG-GACATCGTTTTGT-TCTGG--A--CGTGATACATA-T-G-T-AA------AT-CTGGGACACTG-TTTG-TT-AT-GT-----TA-CTTTGC------AGCA-TA--A-------AAT-T-C-ATAAA---TGGTG--TG----CACT--AT----TAC-A----T-CATGGTAATTA-------TTTG---CAAACAGGAA-ACGT-ATGCA-----AACT-A-CTGAACAATATATGC-CGGGT-----------CGT--T-AT-ACA-ATTT-A-A---G-AGCTATTTAG--TGT-TTG---TTAAA-TAATGCGATT--AT--TTTATTCCCAGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ---AC---TCTC---C---TTGTA-------------GTG-GGCA--GTGT------ATG------A----T-TTA-----T-GTGT-T-T------AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGTAAAAA-CCTGTAA-G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTA--ACTT-GC-------------TG--GTGA-GCA----C--TGCTGAAACA--------T-TC-GG--C--AA-----CACG-T-G-T-AG------atcaagaaaaatcgctaccctaatttaaatacttttgtgttctt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gac-----G----T-----G--TGT-T----A----TT----C-TGTG--ACTTTGC----TAGTGTAC-TG--GTTG-A-G----A--T-ATG-AAC---------T-TC-GG--A--AG-----CACG-TTG-T-A-------TT-C-AGGAC-TTG-TTTTCGC-ATCGT---A-TAACCTT-C------TGTTATA--A-------A---TTCAACTAA---TTGTGTCCGTGGCCAAC--GATATGTATTA----T-TATT-----AGACTGTTCTTTT---CATCCAGA-ACAC-T-GATCAGCGC-AACTTA-GTAGATATTACATGC-T--TC-----------T-T--T-AT-CTA-CCAT---AGT-G-GG-AACTTGGATTTT-CTG---TTAAATTAATgtgtgttattctgtgactttgctagtgtactggttgagatatgaacttcggaagcacgttgtattcaggacttgttttcgcatcgtataaccttctgttataaattcaactaattgtgtccgtggccaacgatatgtattattattagactgttcttttcatccagaacactgatcagcgcaacttagtagatattacatgcttctttatctaccatagtgggaacttggattttctgttaaattaat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gacactctccttgtagtgggcagtgtatgatttatgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacctgtaagtgtgttatctgtaacttgctggtgagcactgctgaaacattcggcaacacgtgtagATTT-GCAATGTGGT--------------A-TTT-CCTACT-TG-G---ACAG-TCTT---C---TTGCG-------------GTG-GGCATAGTGT------ATG------ATATCC-TT------T-GTG--T--------AC-TGTC--AATTGTGA----TG------TGG-AAAA-CTT-----G----TGAA--G--TGT-TTTA-A----T-----C-TGTG--ACTT-GT----T------TATG--GTTGAG-A----CAAT-ATACAATA--------T-TG-GGGAA--AG-----CACG-T-GCT-AGAT----TT-C-AGGAC-T---TTTT-GC-AT-TTAG-A-TG-ACTT-G------TTCT-GA--AATACACTA---T-CAACACATTTTGTTG--C-----CACCTTG-----TAT-A----T-TGTG-----CC-------TTTT---CATCCAGG-C-ATGT---TCAA-GC-AACT-A-GCGGATATTACATGC-T--GT-----------T-TCCT-AT-TTA-CCGT---AGT-GTGGTAACTTAATTTTT-TTG---TTAAATTAATGTAA-TGAACTAGTAATTT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTGATAAATCCACGATAAGTTTAATTTTCTGGAATGTTTACAGTATGTAAATCTGGAACATGTTTTGTTATGTTACTTACAGCGTAAAATATCAATAAATGGT
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGACACGTATTTGGGTGTATTCGAGCTATCTTTTCTAATGATTAGACTGACAGCGTTTGCATTCAAAATTAGACATTAAGTTAATGTCATTAATTT
Unaligned ( gi|16 ): CTGGAACGTGTACAGTATGTAAATCTGGGAGATGTTTTTTTTTATGTTACTTGCAGCATAAAATATCAATAA
Unaligned ( gi|17 ): AATTTTACAGGAAGTTCGGGTAGTTTTGTACGTATTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGG
Unaligned ( gi|19 ): TCTGGACAATACATGCGGGTCGTATACATGTATCTAGTGTTTGTAAAATTAATGCTTAACA
Unaligned ( gi|22 ): TTCCTTGCAGCTATTGATGAATTATTAAAAGAATTATGTAC






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Reference ( family-4059 )     : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCGTAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATCAAACCATTTGGA-TCTTGGGATCATCAATCCTCTA-TTGGGCAGGGCCGAATACGCT-AGCCAACATGN-G--GTAGAANCCTGGGTCCTCCTNCAACAGCCCAGTGGACAATGCAAAACG-CGGAATGA----CGTGNAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTNGATCACTCCGTCCNCCAGATTGTTCCGGTGATTCACCTTGGNATCAAACGATATGTCTCAGGGAGATGCTGAANNAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCANCACGCTTTCTAGGTGTAGNGCGCTCACTGCCCCAGAACCGAACTCGTGCCGGTACACGCATTCTTCCAAGATTANACTGGCATGGCGTGCCCCTGATCTAGAAAATAAGAAAATTCGATCAAAAGCGNAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCNNTATCCGCCAGCTGAACGTAGGGGGGGTACTNCTATTAGTCCACNCAATATCT-CAATT-CATAA-TANGANCTGTGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTATCTAATTCTTCGGGCCAAGTGCTAGTTTCATTTACGATCTAATCCGAATGCTAATCCA--T--AATTTATGATAATT---AAGCTNACTCGGT---CGGGGGGGGGAAGGGN-TTT---GGA-TAA--GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGCTGTT-GGCGGACC-GGG-GAGATAAAGGAAGATTT-G-ACCATCATC-TG-CCC----GTTTGTT--T---T--CCC---AG-CTGTC-G-CT-TGTAC-GACGGAGGG-ACGTGTGAAGTTGGCCGCAAG-TA---GT-TGGT--CGGTAA-TT-GTT--TNT-GGTA-CAAT-GT-AA-A-TA-TGGATT--G-AGATT-C-GCTAAGCC-C--AGC-AC--GGCT-A-G-TTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CGGA-G-------GG-AGAC-----GTG-GTC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-A--CATG---G----T----A---C--G-CAC-TAT-TACCCA--GCAGCAATTCCC------CGGAAAAACAGGGACATCAGAT-GG-TCC-AAAAC-CTTTCCAAA--GTCTT---AT-GTC-A---T-CNCGCATTG--GGACTTC-CGGCGCCTGTG-A-TACCACGGGG-C---ACC-G-NTTGCCCGTT-TNACATNGTT-ATGTTG-GTATCC----GG-T---TCTC-CCCTGGTNCGGATTT-GCAATGTGGCCA---CATCC-TCCA-TTTTCCTAAT-TG-G---AC---TCTC---C---TTGTA-------------GTG-GGCA--GTGT------ATG------A----C-TT------T-GTG--T-T------AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGT-AAAA-CTT-----G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------T-TG--GTTT-G-A----C--T-NTG-AACA--------T-TC-GG--A--AG-----CACG-T-G-T-AG------TT-C-GGGAC-TTG-TTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTT-C------TGTT-TA--A-------A---T-CAATAAA--TNG-TG--CG----CACC--G-----TAT-A----T-TATG-----CG-------TTTT---CATCCAGG-A-ACGT-ANTCAG-GC-AACT-A-GTGGATATTACATGC-T--GT-----------T-T--T-AT-CTA-CCGT-A-AGT-G-GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTAAATTAATGNGA-T--AC--GTAATTTCTAGATACTTGCTTCTT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -----G----T-----G--TGT-T----T----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------TATG--GTTGAG-A----C--T-ATG-AACA--------T-TC-GG--A--AG-----CACG-T-G-T-AG------CT-T-AGGAC-TTGTTTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTT-T------TGTT-TAT-A-------AAT-T-CACTAAA--TTG-TG--TT----CACA--GTA---TAT-A----T-TATG-----TG-------TTTT---CATCCAGG-A-ACatggttgagactatgaacattcggaagcacgtgtagcttaggacttgtttttgcatgtataccttttgtttataaattcactaaattgtgttcacagtatatattatgtgttttcatccaggaac
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cctccattttcctaattggacactcttcttttagtgggcgtgtattacttttgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacttgtgtgttatctgtgacttgctggttgagactgaacattcggaagcacgggta-TGTT--A--TGGAA----CG------TGT-ACA----------G----T-----G--TGT-A----AA---T-----C-CGGG--ACAT-GT----T------T-TG--CTCT-G-------------G-GACG--------T-GT-AC--A--GG-----C----T-A-T-AA------AT-CTGGGAC-ATG-TCTT-GTTAT-GT-----TA-CTTA-C------AGCA-TA--G-------AATAT-CAATAAA--TGG-TG--TG----CACT--A-----TAT-ACATCT-TGTA------A-------TTAT---TATGCAAG-A-AGGG-ACCTAC-GCAAACT-ATCTGGACAATACAAGCGG--GT-----------C-G--T-AT-ACA-TTA--A-AGT-G-GCTATCT---AGTGT-TTG---TTAAATTAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ----A----T-----C-TGTG--ACTT-GT----T------T-TGTGGATT-G-AGAC-T--T-ATA-AACA--------T-TTTGG--A--AG-----TACGCT-T-T-AGA-----TT-C-GG-AC-TTG-TTTT-GCGAT-GT---AATA-TCT--C------TGTT-TA--GCC-----A---T-CA-TAA---TCG-TGTTCA----CACTT-G-----TAT-A----T-TGTG-----CG-------TTT----CACCCAGG-A-ACGT-ATTCAG-A--ACCT-A-GAGGATACGACATGC-T--GT-----------T-TA-T-ATACTATCCGT-A-GTT-G-GGTA--TT-AATTTTACTGATTTTATATTatcatgctttacatattgaatgaaattaattaaaacacttttatctatctt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATCGTATCGATGGCTGTT-GGCGGACCAGGG-AAGAGAAAGGAAGATTTGG-ATCATCATT-TG-GCCTGTTGTTTTTT--C---T--CTC----T-CTGT----CC-TGTAC-GACGGAGGG-ATGTGTGAAGTTGAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GATGTTACATGC-T--GT-----------T-T--TTAG-CTA-TCAT-A-GTT-G-GGTAACTTGGATTGT-CTG---TTAAATTAAT
gi|2                          : CCGTTATTGACCATGAGCCACTGACAATGGCTTCGGGGGGGGGGGGGTCCTGACTCCCGATATCAAGAAATCTGGCAGATGCAATC-GAT--GCTTTCCATC-CA-TACATTTCGAACTAATTGCAG-AAAATAATGTAC-CGCGTA-TTGCCCTATTTTATCTTTCA-CTGACTCCAGTACAAAAGTCTTTTATAGGCAATCAAACCATT--GACTCTTGGGATCACCAATTCTCTAATTGGGCAGTGGCGAATACGCTTAGTCAACATGG-GAGGTAGAAACTTGG-TCTTCCTG-AACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACGGCGGAATGAATGGCATGAAATGCTG--GACCCTGTATGTAT---CCA-AT-TCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCTTCAATTTCATAT-TATGATCTGTGTAGGTATGACGGAA---A---TGA----TTATCTAATTCT---GGC-AAGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCA--TTAAATTTA-----ATTTCAGAGCCAACTTGGT---CGGGGGGGGGGGGGGGATTT---AGG-TGAT-GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGTGGTTTGGCGGACC-AGG-GAGATAGAGGAAGATTT-G-AC-ATCATC-AG-GCC----GTTTGTT--TATTC--CCC---AGTCTGTC----T-TGTACTGACGGAGGGGAC-TGTGAA-TTGGCCGCAAGCTAC--ATGTGGTGACG-TAA-TTTGTT--TTTTGGTAGCAAT-GT-AACA-TAATGGATTTGG-AGATT-C-GCTA-GCC-T--AGCCAT--GGCT-A-GGTTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------AACGGA-G-------GG-AGAC------TG--TC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-AAACATG---GGAGTT----A---CCGG-CAC-TAT-T--CC---GC-GCAAT-CCC------CGGAAAAACTGGGACATC-GAT-GGGTCC-AAGAC-CTTTCCAAG--GTCTT---TTTGTC-A---T-TTCGCATTT--G-ACTTC-CGG-GCCTGTG-AATA--A-GGGG-C---CAC-G-TTTGCCCGTT-TTACATGGTTTATGTTT-GTATCTTCAGGGCT---TATCTCCCTGGTCAGGATTTTGCAATGTGGCCA---AATC--TCCA-TTTTCCTAAT-TG-GGACAC---TCTC---C---TTGCG-------------GTG-GGCACAGTGTTAA---ATG------A----C-TTGTT---T-GTG--T-TT-----AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGA-AAAA-CTT-----G----C-----GAGTGT-TTGCCA----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------TATG--GTTT-G-AAAGAC--A-TTA-AACA--------T-TT-GG--A--AG-----CACG-T-G-T-AG------TTTC-AGGAC-TTG-TTTT-GC-AT-AT---AATA-CTTT-C------TGTT-TATAA-------A---TTCAACAAA--TTG-TG--TA----CACCTTG-----TAT-A----T-TATG-----TG-------TTTT---CATCCAGG-A-ACAT-GATCAG-GC-AACT-A-GTGGATATTACATGC-T--GT-----------T-T--T-AT-CTA-CCAT---AGTGG-GGTAACTT-AATTTT-CTG---TTAAATTAATGc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TTTCTTT-ATCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CG---G-------GG-AGAC------TGTGTA-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTTG-GGT---GTT-A--t
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atGGTTCGGATTT-GCAATGTGGCCA---CATCC-TCTA-TTTTCCTAAT-TA-G---A
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                 ATCTAGA-TCCTGGGATCATCAATCTCCTA-TTGGGCAG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACGGGACACAC---------TTATCTAATTCT---GGC--AATGTTAGTT
gi|3                          : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCATAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATC-AACCATTTGGA-TCT--GGATCATCCATC--CTA-T--GGCAGGGCCGAATAC-CT-AGC--ACATGC-G--GTAGAACCCTGAGTTCTCCTCCAAC--CTCAGTGGACAATGTAAAACG-CGGAA-GA----CGTGCAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTT-ATCACTCC-TCCACCAGATT----CGGTGA-TCACCTTGGGATCAAACGATATGTC----GGAGAT-CTGAACAAGTAAA--TTTAGTCCAGAA---TTCATCACGCTTTCTAAG-GTAATGCGCTCACTGCCCC--AACCAAACTCGT--CGGTACACA---TCTTCCAAGATTAAACTGGCATGGTGTG-CCCTGATCTAG-AAATAAGAAAATTCGATC-AAAGCGCAAAAAGGTCAACCGTAAAGCTGCGCTATTCGCCAG-TGAACGTAGGGGAGGTACTTCTATTAGTTCACCCAA-A-CT-CAATT-CATAA-TAGAAA--ATGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTAT-TAATTTTTCGGGCCAAGGGCTA-TTTCATTTACGATCTAA-CCA---GCTAATTCA-----AATTTATGATAATT---AAGCTCACT---------GGGGGGGGAAAGGT-TTT---GGA-TAA--GGCAAG-TCCAACGTATCGATGGC-GT---GCGAACC-CAG-GGAATAAAG--ATATTT-G-ACCATCATC-TG-CCC----GTTTGAT--T---T--CCC---AG-CTGTC-G-CT-TGTAC-GACGGA-GG-ACAT-TGAAGTTGGCCGC-----A---GT-TGAT--CGGTAA-AT-GCT--TGT-G----CAATCGT-AA-A-TA-TGGATT--G-AGATT-CAGCTAAGCC-C--AGC-AC--GGCT-A-G-TCTCTCT-CTCC-------A--CC-TCGTTTAA------A-C-GA-G-------GG-AGAC-----GTG-GTC-----T-G-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GG--A--C-TG---G----T----A---C--G-C-C-TAT-C-CCCA--G-AGACACTCCC------CGGAAAAACAGGGACATCA-AT-GG-TCC-TAAAC-CTTTC---A--GTC-T---AT-GTC-A---T-CACGCATTG--GAACTTC-CGGCGCCTATG-A-TCCCACGGGG-C---ACC-GAGTTGGCCGTTAAAACATTTTA-ATGTTGAATATC------G-T---TCTC-CCCTGGTACGGATTT-GCAATGT-GCCA---CATCCATCTATTTTTCCTAAT-TA-G---AC---TCTCACAC---TTGTA--------------TG-AGC---GTGT------ATG------A----C-TT------T-GTG--T-T------AC-TGTT--AATATTGA----TG------TGT--AAA-CTT-----G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------T-TG--GTTT-G------C--T-CTG-AACA--------T-TC-G------AG-----CA-G-T-G-T-AG-------T-C-AGGA--TTG-TTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTT-C------TGTT-TA--A-------A---T-CAATACA--TGG-TT--CA----CA----G-----TGT-A----T-TATG-----TG-------TTTT----ATCCAGG-A-ACATAAATCAG-GC-CACT-A-GT-GATAGT-CATGC----GT-----------T-T--T-AT-C-A-CCATAA-AGT---GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTA---TAATG-------AC--GTAATGTCTAGA-ACTTG--TCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                   TAGGCAATCAAACCATCTGGA-TCTTGGGATCACCAATTCTCTA-TTGGGCAGG--CGAATACGCT-AGTCAACATGGAG--GTAGAAACCTTGGTCTTCCTGCAACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACG-CGGAATGA----AGTGGCATGATCTGGACCC---CTGTATGTATC-CAATTCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCT-CAATT-CATAATTATGATCTGTGTAGGTATGACGGGACA-----TGA----TTATCTAATTCT---GGC--AGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCAGTT--AATTTA--AT--TT---AAGCCAACTTGGT---CGGGGGGGGGGGGGGA-TTTAGGGGA-T----GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGCTGGT-GGCGGACCAGGG-GAGATAAAGGAAGATTTGG-ACCATCATCAGG-CCC----G-TTGTT--T---TCCCCC---AGTCTGT----CT-TGTAC-GACGGAGGG-ACATGTGAAGTTGGCCGCAAGCTACATGT-AGGT--C-GTAATTT-GTT--TTT-GGTA-CAAT-GTAAA-A-TA-TGGATTG-G-AGATT-C-GCTAGCCT-C--AGC-AT--GGCT-AGG-TTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CGGAGG-------GG-AGAC------T--GTC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-A--CATGGGAG----T----A---CCGG-CAC-TAT-TACCCA--GCAGCAATCCCC------CGGAAAAACTGGGACATCAGATGGG-TCC-CAAAC-CTTT
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ggcgggtccatcatatcgatggctgttagcggaccaggcgaaataaagaaatatttggatctcacctggtccgttggttttccctccatctgtcgggatgtgtgaagttggctgcaagtgtctttgatacaatgtaaaatatggattggagactcgctagcctcagtacggcttggtttctcccccccccccccatctctttttaacggagggtagactctgtttggagtgcctcaggtggtacatggcactattatccagcagtaatttcccggaaaacagggatatcagagaggtccaaaaacctgtccaagtccttatatcattcccgcattaggacttccggcgcctgtgaataccacgggaccaccggtttgcccgttttacatggttatgttactatccggttatttcccctggttgggattttctccttaatggacagggtgtgcagtgtatgacatttgtatgtactgtgaagtgtgatgtaaaaaacttgcaaagtgtgttgtgaaaacatgtaaagtgtgttgtgaaaacatgttaagtgtgtaaatatgagacttgttttgttgaaacgttataaacacttggaagtgtgtgtagatttgagacttgttttcgctatgttactgtcactcaatgtttataccattaataaattgtacacacgtaccattgataaattgtacacacgtacc-CAAT-GT-AA---CA-TGGATT--GGAGATT-C-GGTA--CCTC--AGC-AC--GGCT-T-G-TTTCTCT-CTCC-------A--CCCTCTTTTAA------A-CGGA-G-------GGGAGACT----GTG--TC-----TGGAGGTGCCCTTAGGTGGTACAGT-----GGAAGTATGCCCTCA-GAT---GGT-A--CATG---A----A----AAACC--GGCAC-TAT-TACCCG--CCAGCAATTCCC------CCGAGAAT--GGGACATCAGAT-GG-TCC-AAAAC-AT--CCAAA--GTCTTTCAAT-GTCGA---TGCACACATTGTTGGACTTCACGGC--CTGTG-AAGGCCACGGGG-CCC-ACC-G-GTTGCCCGTT-TTACATAGTT-ATGTCG-GTATCC----GG-CTTATCTC-GCCTGGTTCAGATTT-GCAATGCGGCCATAGCATC---CCA-CTCTCCCAAT-TATG---GCATTTCGC---G---GTGTAACTGATGTTAAACGTG-CACA--GTGT------GTA------ATT--C-CT------C-G-G-----------ACATGTT--TGTTGTGAACGGTGCAAAGTTGT-AAAT-CCT-----GGACAT-----G--TTT-T----G----T-----T-TGTGAAACGT-GCACAGT------G-TG--G--T-A-A----A--C-CTG-GACATCGTTTTGT-TCTGG--A--CGTGATACATA-T-G-T-AA------AT-CTGGGACACTG-TTTG-TT-AT-GT-----TA-CTTTGC------AGCA-TA--A-------AAT-T-C-ATAAA--TGG-TG--TG----CACT--AT----TAC-A----T-CATGGTAATTA-------TTTG---CAAACAGGAA-ACGT-ATGCA-----AACT-A-CTGAACAATATATGC-CGGGT-----------CGT--T-AT-ACA-ATTT-A-A---G-AGCTATTTAG--TGT-TTG---TTAAA-TAATGCGATT--AT--TTTATTCCCAGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ---AC---TCTC---C---TTGTA-------------GTG-GGCA--GTGT------ATG------A----T-TTA-----T-GTGT-T-T------AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGTAAAAA-CCTGTAA-G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTA--ACTT-GC-------------TG--GTGA-GCA----C--TGCTGAAACA--------T-TC-GG--C--AA-----CACG-T-G-T-AG------atcaagaaaaatcgctaccctaatttaaatacttttgtgttctt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gac-----G----T-----G--TGT-T----A----TT----C-TGTG--ACTTTGC----TAGTGTAC-TG--GTTG-A-G----A--T-ATG-AAC---------T-TC-GG--A--AG-----CACG-TTG-T-A-------TT-C-AGGAC-TTG-TTTTCGC-ATCGT---A-TAACCTT-C------TGTTATA--A-------A---TTCAACTAA--TTG-TGTCCGTGGCCAAC--GATATGTATTA----T-TATT-----AGACTGTTCTTTT---CATCCAGA-ACAC-T-GATCAGCGC-AACTTA-GTAGATATTACATGC-T--TC-----------T-T--T-AT-CTA-CCAT---AGT-G-GG-AACTTGGATTTT-CTG---TTAAATTAATgtgtgttattctgtgactttgctagtgtactggttgagatatgaacttcggaagcacgttgtattcaggacttgttttcgcatcgtataaccttctgttataaattcaactaattgtgtccgtggccaacgatatgtattattattagactgttcttttcatccagaacactgatcagcgcaacttagtagatattacatgcttctttatctaccatagtgggaacttggattttctgttaaattaat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gacactctccttgtagtgggcagtgtatgatttatgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacctgtaagtgtgttatctgtaacttgctggtgagcactgctgaaacattcggcaacacgtgtagATTT-GCAATGTGGT--------------A-TTT-CCTACT-TG-G---ACAG-TCTT---C---TTGCG-------------GTG-GGCATAGTGT------ATG------ATATCC-TT------T-GTG--T--------AC-TGTC--AATTGTGA----TG------TGG-AAAA-CTT-----G----TGAA--G--TGT-TTTA-A----T-----C-TGTG--ACTT-GT----T------TATG--GTTGAG-A----CAAT-ATACAATA--------T-TG-GGGAA--AG-----CACG-T-GCT-AGAT----TT-C-AGGAC-T---TTTT-GC-AT-TTAG-A-TG-ACTT-G------TTCT-GA--AATACACTA---T-CAACACATTTTGTTG--C-----CACCTTG-----TAT-A----T-TGTG-----CC-------TTTT---CATCCAGG-C-ATGT---TCAA-GC-AACT-A-GCGGATATTACATGC-T--GT-----------T-TCCT-AT-TTA-CCGT---AGT-GTGGTAACTTAATTTTT-TTG---TTAAATTAATGTAA-TGAACTAGTAATTT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTGATAAATCCACGATAAGTTTAATTTTCTGGAATGTTTACAGTATGTAAATCTGGAACATGTTTTGTTATGTTACTTACAGCGTAAAATATCAATAAATGGT
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGACACGTATTTGGGTGTATTCGAGCTATCTTTTCTAATGATTAGACTGACAGCGTTTGCATTCAAAATTAGACATTAAGTTAATGTCATTAATTT
Unaligned ( gi|16 ): CTGGAACGTGTACAGTATGTAAATCTGGGAGATGTTTTTTTTTATGTTACTTGCAGCATAAAATATCAATAA
Unaligned ( gi|17 ): AATTTTACAGGAAGTTCGGGTAGTTTTGTACGTATTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGG
Unaligned ( gi|19 ): TCTGGACAATACATGCGGGTCGTATACATGTATCTAGTGTTTGTAAAATTAATGCTTAACA
Unaligned ( gi|22 ): TTCCTTGCAGCTATTGATGAATTATTAAAAGAATTATGTAC






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Reference ( family-4059 )     : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCGTAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATCAAACCATTTGGA-TCTTGGGATCATCAATCCTCTA-TTGGGCAGGGCCGAATACGCT-AGCCAACATGN-G--GTAGAANCCTGGGTCCTCCTNCAACAGCCCAGTGGACAATGCAAAACG-CGGAATGA----CGTGNAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTNGATCACTCCGTCCNCCAGATTGTTCCGGTGATTCACCTTGGNATCAAACGATATGTCTCAGGGAGATGCTGAANNAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCANCACGCTTTCTAGGTGTAGNGCGCTCACTGCCCCAGAACCGAACTCGTGCCGGTACACGCATTCTTCCAAGATTANACTGGCATGGCGTGCCCCTGATCTAGAAAATAAGAAAATTCGATCAAAAGCGNAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCNNTATCCGCCAGCTGAACGTAGGGGGGGTACTNCTATTAGTCCACNCAATATCT-CAATT-CATAA-TANGANCTGTGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTATCTAATTCTTCGGGCCAAGTGCTAGTTTCATTTACGATCTAATCCGAATGCTAATCCA--T--AATTTATGATAATT---AAGCTNACTCGGT---CGGGGGGGGGAAGGGN-TTT---GGA-TAA--GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGCTGTT-GGCGGACC-GGG-GAGATAAAGGAAGATTT-G-ACCATCATC-TG-CCC----GTTTGTT--T---T--CCC---AG-CTGTC-G-CT-TGTAC-GACGGAGGG-ACGTGTGAAGTTGGCCGCAAG-TA---GT-TGGT--CGGTAA-TT-GTT--TNT-GGTA-CAAT-GT-AA-A-TA-TGGATT--G-AGATT-C-GCTAAGCC-C--AGC-AC--GGCT-A-G-TTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CGGA-G-------GG-AGAC-----GTG-GTC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-A--CATG---G----T----A---C--G-CAC-TAT-TACCCA--GCAGCAATTCCC------CGGAAAAACAGGGACATCAGAT-GG-TCC-AAAAC-CTTTCCAAA--GTCTT---AT-GTC-A---T-CNCGCATTG--GGACTTC-CGGCGCCTGTG-A-TACCACGGGG-C---ACC-G-NTTGCCCGTT-TNACATNGTT-ATGTTG-GTATCC----GG-T---TCTC-CCCTGGTNCGGATTT-GCAATGTGGCCA---CATCC-TCCA-TTTTCCTAAT-TG-G---AC---TCTC---C---TTGTA-------------GTG-GGCA--GTGT------ATG------A----C-TT------T-GTG--T-T------AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGT-AAAA-CTT-----G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------T-TG--GTTT-G-A----C--T-NTG-AACA--------T-TC-GG--A--AG-----CACG-T-G-T-AG------TT-C-GGGAC-TTG-TTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTT-C------TGTT-TA--A-------A---T-CAATAAA--TTG-TG--CG----CACC--G-----TAT-A----T-TATG-----CG-------TTTT---CATCCAGG-A-ACGT-ANTCAG-GC-AACT-A-GTGGATATTACATGC-T--GT-----------T-T--T-AT-CTA-CCGT-A-AGT-G-GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTAAATTAATGNGA-T--AC--GTAATTTCTAGATACTTGCTTCTT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -----G----T-----G--TGT-T----T----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------TATG--GTTGAG-A----C--T-ATG-AACA--------T-TC-GG--A--AG-----CACG-T-G-T-AG------CT-T-AGGAC-TTGTTTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTT-T------TGTT-TAT-A-------AAT-T-CACTAAA--TTG-TG--TT----CACA--GTA---TAT-A----T-TATG-----TG-------TTTT---CATCCAGG-A-ACatggttgagactatgaacattcggaagcacgtgtagcttaggacttgtttttgcatgtataccttttgtttataaattcactaaattgtgttcacagtatatattatgtgttttcatccaggaac
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cctccattttcctaattggacactcttcttttagtgggcgtgtattacttttgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacttgtgtgttatctgtgacttgctggttgagactgaacattcggaagcacgggta-TGTT--A--TGGAA----CG------TGT-ACA----------G----T-----G--TGT-A----AA---T-----C-CGGG--ACAT-GT----T------T-TG--CTCT-G-------------G-GACG--------T-GT-AC--A--GG-----C----T-A-T-AA------AT-CTGGGAC-ATG-TCTT-GTTAT-GT-----TA-CTTA-C------AGCA-TA--G-------AATAT-CAATAAA--TGG-TG--TG----CACT--A-----TAT-ACATCT-TGTA------A-------TTAT---TATGCAAG-A-AGGG-ACCTAC-GCAAACT-ATCTGGACAATACAAGCGG--GT-----------C-G--T-AT-ACA-TTA--A-AGT-G-GCTATCT---AGTGT-TTG---TTAAATTAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ----A----T-----C-TGTG--ACTT-GT----T------T-TGTGGATT-G-AGAC-T--T-ATA-AACA--------T-TTTGG--A--AG-----TACGCT-T-T-AGA-----TT-C-GG-AC-TTG-TTTT-GCGAT-GT---AATA-TCT--C------TGTT-TA--GCC-----A---T-CA-TAA---TCG-TGTTCA----CACTT-G-----TAT-A----T-TGTG-----CG-------TTT----CACCCAGG-A-ACGT-ATTCAG-A--ACCT-A-GAGGATACGACATGC-T--GT-----------T-TA-T-ATACTATCCGT-A-GTT-G-GGTA--TT-AATTTTACTGATTTTATATTatcatgctttacatattgaatgaaattaattaaaacacttttatctatctt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATCGTATCGATGGCTGTT-GGCGGACCAGGG-AAGAGAAAGGAAGATTTGG-ATCATCATT-TG-GCCTGTTGTTTTTT--C---T--CTC----T-CTGT----CC-TGTAC-GACGGAGGG-ATGTGTGAAGTTGAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GATGTTACATGC-T--GT-----------T-T--TTAG-CTA-TCAT-A-GTT-G-GGTAACTTGGATTGT-CTG---TTAAATTAAT
gi|2                          : CCGTTATTGACCATGAGCCACTGACAATGGCTTCGGGGGGGGGGGGGTCCTGACTCCCGATATCAAGAAATCTGGCAGATGCAATC-GAT--GCTTTCCATC-CA-TACATTTCGAACTAATTGCAG-AAAATAATGTAC-CGCGTA-TTGCCCTATTTTATCTTTCA-CTGACTCCAGTACAAAAGTCTTTTATAGGCAATCAAACCATT--GACTCTTGGGATCACCAATTCTCTAATTGGGCAGTGGCGAATACGCTTAGTCAACATGG-GAGGTAGAAACTTGG-TCTTCCTG-AACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACGGCGGAATGAATGGCATGAAATGCTG--GACCCTGTATGTAT---CCA-AT-TCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCTTCAATTTCATAT-TATGATCTGTGTAGGTATGACGGAA---A---TGA----TTATCTAATTCT---GGC-AAGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCA--TTAAATTTA-----ATTTCAGAGCCAACTTGGT---CGGGGGGGGGGGGGGGATTT---AGG-TGAT-GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGTGGTTTGGCGGACC-AGG-GAGATAGAGGAAGATTT-G-AC-ATCATC-AG-GCC----GTTTGTT--TATTC--CCC---AGTCTGTC----T-TGTACTGACGGAGGGGAC-TGTGAA-TTGGCCGCAAGCTAC--ATGTGGTGACG-TAA-TTTGTT--TTTTGGTAGCAAT-GT-AACA-TAATGGATTTGG-AGATT-C-GCTA-GCC-T--AGCCAT--GGCT-A-GGTTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------AACGGA-G-------GG-AGAC------TG--TC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-AAACATG---GGAGTT----A---CCGG-CAC-TAT-T--CC---GC-GCAAT-CCC------CGGAAAAACTGGGACATC-GAT-GGGTCC-AAGAC-CTTTCCAAG--GTCTT---TTTGTC-A---T-TTCGCATTT--G-ACTTC-CGG-GCCTGTG-AATA--A-GGGG-C---CAC-G-TTTGCCCGTT-TTACATGGTTTATGTTT-GTATCTTCAGGGCT---TATCTCCCTGGTCAGGATTTTGCAATGTGGCCA---AATC--TCCA-TTTTCCTAAT-TG-GGACAC---TCTC---C---TTGCG-------------GTG-GGCACAGTGTTAA---ATG------A----C-TTGTT---T-GTG--T-TT-----AC-TGTT--AATTGTGA----TG------TGA-AAAA-CTT-----G----C-----GAGTGT-TTGCCA----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------TATG--GTTT-G-AAAGAC--A-TTA-AACA--------T-TT-GG--A--AG-----CACG-T-G-T-AG------TTTC-AGGAC-TTG-TTTT-GC-AT-AT---AATA-CTTT-C------TGTT-TATAA-------A---TTCAACAAA--TTG-TG--TA----CACCTTG-----TAT-A----T-TATG-----TG-------TTTT---CATCCAGG-A-ACAT-GATCAG-GC-AACT-A-GTGGATATTACATGC-T--GT-----------T-T--T-AT-CTA-CCAT---AGTGG-GGTAACTT-AATTTT-CTG---TTAAATTAATGc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TTTCTTT-ATCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CG---G-------GG-AGAC------TGTGTA-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTTG-GGT---GTT-A--t
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atGGTTCGGATTT-GCAATGTGGCCA---CATCC-TCTA-TTTTCCTAAT-TA-G---A
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                 ATCTAGA-TCCTGGGATCATCAATCTCCTA-TTGGGCAG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACGGGACACAC---------TTATCTAATTCT---GGC--AATGTTAGTT
gi|3                          : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCATAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATC-AACCATTTGGA-TCT--GGATCATCCATC--CTA-T--GGCAGGGCCGAATAC-CT-AGC--ACATGC-G--GTAGAACCCTGAGTTCTCCTCCAAC--CTCAGTGGACAATGTAAAACG-CGGAA-GA----CGTGCAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTT-ATCACTCC-TCCACCAGATT----CGGTGA-TCACCTTGGGATCAAACGATATGTC----GGAGAT-CTGAACAAGTAAA--TTTAGTCCAGAA---TTCATCACGCTTTCTAAG-GTAATGCGCTCACTGCCCC--AACCAAACTCGT--CGGTACACA---TCTTCCAAGATTAAACTGGCATGGTGTG-CCCTGATCTAG-AAATAAGAAAATTCGATC-AAAGCGCAAAAAGGTCAACCGTAAAGCTGCGCTATTCGCCAG-TGAACGTAGGGGAGGTACTTCTATTAGTTCACCCAA-A-CT-CAATT-CATAA-TAGAAA--ATGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTAT-TAATTTTTCGGGCCAAGGGCTA-TTTCATTTACGATCTAA-CCA---GCTAATTCA-----AATTTATGATAATT---AAGCTCACT---------GGGGGGGGAAAGGT-TTT---GGA-TAA--GGCAAG-TCCAACGTATCGATGGC-GT---GCGAACC-CAG-GGAATAAAG--ATATTT-G-ACCATCATC-TG-CCC----GTTTGAT--T---T--CCC---AG-CTGTC-G-CT-TGTAC-GACGGA-GG-ACAT-TGAAGTTGGCCGC-----A---GT-TGAT--CGGTAA-AT-GCT--TGT-G----CAATCGT-AA-A-TA-TGGATT--G-AGATT-CAGCTAAGCC-C--AGC-AC--GGCT-A-G-TCTCTCT-CTCC-------A--CC-TCGTTTAA------A-C-GA-G-------GG-AGAC-----GTG-GTC-----T-G-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GG--A--C-TG---G----T----A---C--G-C-C-TAT-C-CCCA--G-AGACACTCCC------CGGAAAAACAGGGACATCA-AT-GG-TCC-TAAAC-CTTTC---A--GTC-T---AT-GTC-A---T-CACGCATTG--GAACTTC-CGGCGCCTATG-A-TCCCACGGGG-C---ACC-GAGTTGGCCGTTAAAACATTTTA-ATGTTGAATATC------G-T---TCTC-CCCTGGTACGGATTT-GCAATGT-GCCA---CATCCATCTATTTTTCCTAAT-TA-G---AC---TCTCACAC---TTGTA--------------TG-AGC---GTGT------ATG------A----C-TT------T-GTG--T-T------AC-TGTT--AATATTGA----TG------TGT--AAA-CTT-----G----T-----G--TGT-T----A----T-----C-TGTG--ACTT-GC----T------T-TG--GTTT-G------C--T-CTG-AACA--------T-TC-G------AG-----CA-G-T-G-T-AG-------T-C-AGGA--TTG-TTTT-GC-AT-GT---A-TA-CCTT-C------TGTT-TA--A-------A---T-CAATACA--TGG-TT--CA----CA----G-----TGT-A----T-TATG-----TG-------TTTT----ATCCAGG-A-ACATAAATCAG-GC-CACT-A-GT-GATAGT-CATGC----GT-----------T-T--T-AT-C-A-CCATAA-AGT---GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTA---TAATG-------AC--GTAATGTCTAGA-ACTTG--TCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                   TAGGCAATCAAACCATCTGGA-TCTTGGGATCACCAATTCTCTA-TTGGGCAGG--CGAATACGCT-AGTCAACATGGAG--GTAGAAACCTTGGTCTTCCTGCAACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACG-CGGAATGA----AGTGGCATGATCTGGACCC---CTGTATGTATC-CAATTCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCT-CAATT-CATAATTATGATCTGTGTAGGTATGACGGGACA-----TGA----TTATCTAATTCT---GGC--AGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCAGTT--AATTTA--AT--TT---AAGCCAACTTGGT---CGGGGGGGGGGGGGGA-TTTAGGGGA-T----GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGCTGGT-GGCGGACCAGGG-GAGATAAAGGAAGATTTGG-ACCATCATCAGG-CCC----G-TTGTT--T---TCCCCC---AGTCTGT----CT-TGTAC-GACGGAGGG-ACATGTGAAGTTGGCCGCAAGCTACATGT-AGGT--C-GTAATTT-GTT--TTT-GGTA-CAAT-GTAAA-A-TA-TGGATTG-G-AGATT-C-GCTAGCCT-C--AGC-AT--GGCT-AGG-TTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CGGAGG-------GG-AGAC------T--GTC-----TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-A--CATGGGAG----T----A---CCGG-CAC-TAT-TACCCA--GCAGCAATCCCC------CGGAAAAACTGGGACATCAGATGGG-TCC-CAAAC-CTTT
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gac-----G----T-----G--TGT-T----A----TT----C-TGTG--ACTTTGC----TAGTGTAC-TG--GTTG-A-G----A--T-ATG-AAC---------T-TC-GG--A--AG-----CACG-TTG-T-A-------TT-C-AGGAC-TTG-TTTTCGC-ATCGT---A-TAACCTT-C------TGTTATA--A-------A---TTCAACTAA--TTG-TGTCCGTGGCCAAC--GATATGTATTA----T-TATT-----AGACTGTTCTTTT---CATCCAGA-ACAC-T-GATCAGCGC-AACTTA-GTAGATATTACATGC-T--TC-----------T-T--T-AT-CTA-CCAT---AGT-G-GG-AACTTGGATTTT-CTG---TTAAATTAATgtgtgttattctgtgactttgctagtgtactggttgagatatgaacttcggaagcacgttgtattcaggacttgttttcgcatcgtataaccttctgttataaattcaactaattgtgtccgtggccaacgatatgtattattattagactgttcttttcatccagaacactgatcagcgcaacttagtagatattacatgcttctttatctaccatagtgggaacttggattttctgttaaattaat
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blockSeqs                     :     .    .        .       .  .  .                        .   .                        .   .     .     .  .      .    .         .            .      .  .          .      .     .   .      .      .          A           .   T             TC   . T       GC       G  .   CA     GAG        C     G       GC   AG       .   .         .     T  .       C       .      G        .    A   T     GG        G   A       GTTC      T      .  G     .         TCAG      G     CA      AT            AAT    T   .         T    T       .      AG   C        GC         CAT             A              C     .     A             C    A      C                       GC      .   C   .               T            C   TAT  .     .     .  G  TCT                   ATGA            C       .     A        G              T  T   AAT         GTTAATTTAAT        .       C   TGGT               A  T    .     . GAT       .                 G  T     G   AG  .         G       G .         .  .   .      T   TTCC        AGT       CGCT        G      G  .  ATG             AAGCTACATGTAGGTCG       TTT    .  G . GTA     .  .  AA   .      GG       . .    GC  TC     .  .     AT  .       .    .       .   .        .      . G  . .        G    CCTCAGTGGTTGTACATGA                       AGTATG              .   .    T  .  A  GGAGTACCGG             A .   TA    AGC            .              A         G  C  .   A     .  T  CAAG     T TTT      . T   . A      T   G     .           CA  AA       . CC    . T          TT     T   .      .     CGGCTTA         .       TC      .       G    .      C     .          .  . .    CAACCGATCTGCGG                     G   ATA    TAAATGACTTGTT                  .   ACTGT        A    .         .     .       TA    .   GCAAAGT          .    . TGCCAT          .    .     .  TTTGTGGATTGAGACTTA                   C    .        .  T GGAA    .      C . . . A  ATTTCA          .   .    C  G  .  AGA    .    . .         .  TAAAT          T       .    .  TTCACACTTG             . .    .    GTAATTA           C          . .  G AC     .  .    . .  G    C A     CGGGTCGT               .  A T .  G AC  T GT         GG     .   .             CGATTAT                        
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTGATAAATCCACGATAAGTTTAATTTTCTGGAATGTTTACAGTATGTAAATCTGGAACATGTTTTGTTATGTTACTTACAGCGTAAAATATCAATAAATGGT
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGACACGTATTTGGGTGTATTCGAGCTATCTTTTCTAATGATTAGACTGACAGCGTTTGCATTCAAAATTAGACATTAAGTTAATGTCATTAATTT
Unaligned ( gi|16 ): CTGGAACGTGTACAGTATGTAAATCTGGGAGATGTTTTTTTTTATGTTACTTGCAGCATAAAATATCAATAA
Unaligned ( gi|17 ): AATTTTACAGGAAGTTCGGGTAGTTTTGTACGTATTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGG
Unaligned ( gi|19 ): TCTGGACAATACATGCGGGTCGTATACATGTATCTAGTGTTTGTAAAATTAATGCTTAACA
Unaligned ( gi|22 ): TTCCTTGCAGCTATTGATGAATTATTAAAAGAATTATGTAC






Alignments
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -----G----T-----G--TGTT----T----T-CTGTG---ACTT-GC---T----T-A---TG-G-T-T---GAG-AC--T-A-TG-AACA--------T-TC-GG--A--AG-----CACG-T-G-TAG-----C-TT--AGGAC-T-TGTT---TTT-G-C-AT-GT---A-T-ACCTT-TTGTT-TATAA------ATT--CACTAAA--TTG-TG--TT----CAC-A--G-TATA-TATTATG-----TG-------TTT-T---CATCCAGG-AACatggttgagactatgaacattcggaagcacgtgtagcttaggacttgtttttgcatgtataccttttgtttataaattcactaaattgtgttcacagtatatattatgtgttttcatccaggaac
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cctccattttcctaattggacactcttcttttagtgggcgtgtattacttttgtgtttactgttaattgtgatgtgtaaaaacttgtgtgttatctgtgacttgctggttgagactgaacattcggaagcacgggtaTGTT--A--TGGA--ACG-TG-TACA---------G----T-----G--TGTA----AA---T-CCGGG---ACAT-GT---T----T-----TG-C-TCT---GGG-AC----G-TG-TACA--------------------GG-----C----T-A-TAA-----A-TCT-GGGAC-A-TG-T---CTT-G-TTAT-GT-----T-ACTTA-CAGCA-TA-GA------A-TATCAATAAA--TGG-TG--TG----CAC-T--A-TATA-CATCTTG-----TA-------ATTAT---TATGCAAG-AAGG-G-ACCTAC-GCAAAC-TATCTGGACAATACAAGCG--GG-----------T-CG-T-AT-ACA-TTA--A-AGT-G-GCTATCT---AGTGT-TTG---TTAAATTAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ----A----T-CTGTG---ACTT-GT---T----TTG---TG-GAT-T---GAG-AC--TTA-TA-AACA--------T-TTTGG--A--AG-----TACGCT-T-TAG-----A-TTC-GG-AC-T-TG-T---TTT-G-CGAT-GT---AAT-ATCT--CTGTT-TA-GCC-----A-T--CA-TAA---TCG-TG--TT----CACAC--T-TGTA-TATTGTG-----CG-------TTT-----CACCCAGG-AACG-T-ATTCAG-A-AC-C-TAG-AGGATACGACATGCT--GT-----------T-TA-T-ATACTATCCGT-A-GTT-G-GGTA--TT-AATTTTACTGATTTTATATTatcatgctttacatattgaatgaaattaattaaaacacttttatctatctt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATCGTATCGATGGCTGTT-GGCGGACC-AGG-GAAGAGAAAGGAAGATTTGGATCATCATT-TGGCCTGTTG-TTTTT---TCTC--TCTCTGT--CC-TGTAC-GACGGAGGG-ATGTGTGAAGTTGAC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -T-G-TAA-----A-TCT-GGAAC-A-TG-T---TTT-GTT-AT-GT-----T-ACTTA-CAGCG-TA-AAAT----A-T--CAATAAA--TGG-T
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gtgataaatccacgataagtttaattttctggaatgtttacagtaGATGTTACATGCT--GT-----------T-T--TTAG-CTA-TCAT-A-GTT-G-GGTAACTTGGATTGT-CTG---TTAAATTAAT
gi|2                          : CCGTTATTGACCATGAGCCACTGACAATGGCTTCGGGGGGGGGGGGGTCCTGACTCCCGATATCAAGAAATCTGGCAGATGCAATC-GAT--GCTTTCCATC-CA-TACATTTCGAACTAATTGCAG-AAAATAATGTAC-CGCGTA-TTGCCCTATTTTATCTTTCA-CTGACTCCAGTACAAAAGTCTTTTATAGGCAATCAAACCATT--GACTCTTGGGATCACCAATTCTCTAATTGGGCAGTGGCGAATACGCTTAGTCAACATGG-GAGGTAGAAACTTGG-TCTTCCTG-AACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACGGCGGAATGAATGGCATGAAATGCTG--GACCCTGTATGTAT---CCA-AT-TCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCTTCAATTTCATATT-ATGATCTGTGTAGGTATGACGGAA-ATG---------ATTATCTAATTCT---GGC--AAGTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCA--TTAAATTTA-----ATTTCAGAGCCAACTT-GGT---CGGGGGGGGGGGGGGGATTT---AGGT-GATGGCGAG-TCCATCGTATCGATGGTGGTTTGGCGGACC-AGG-GA-GATAGAGGAAGATTTG-AC-ATCATC-AG-GCCGTT--TGTTTATTCCCC--AGTCTGT--CT-TGTACTGACGGAGGGGAC-TGTGAA-TTGGCCGCAAGCTAC--ATGTGGTGACG-TAATTTGTT--TTTTGGTAGCAAT-GTAACA-TAATGGATTTGGAGATT-C-GCTA-GCC-T--AGCCAT--GGCT-A-GGTTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------AACGGA-G-------GG-AGAC---------T--GT-C-TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-AAACATGG-GAGTTACCGGCAC-TAT-T--CC---GC-GCAAT-CCC------CGGAAAAACTGGGACATC-GAT-GGGTCCAAGA-C-CTTTCCAAG--GTCTT---TTTGTC-A---T-TTCGCATTT--G-ACTTC-CGG-GCCTGTGAATA--A-GGGGC---CACG-TTTGCCCGTT-TTACATGGTTTATGTTT-GTATCTTCAGGGCTTATCTCCC-TGGTCAGGATTTTGCAATGTGGCCA---AATC--TCCA-TTTTCCTAAT-TG-GGACAC---TCTC---C---TTGCG-------------GTG-GGCACAGTGTTAA---ATGA----C-TTGTTT-G----TG--TTTACTGTT--AATTGTG--ATG-TG-AAAAACTT-----G----C-----GAGTGTTTGCCA----T-CTGTG---ACTT-GC---T----T-A---TG-G-T-TTGAAAG-AC--A-T-TA-AACA--------T-TT-GG--A--AG-----CACG-T-G-TAG-----T-TTC-AGGAC-T-TG-T---TTT-G-C-AT-AT---AAT-ACTTT-CTGTT-TATAA------A-TT-CAACAAA--TTG-TG--TA----CAC-C--T-TGTA-TATTATG-----TG-------TTT-T---CATCCAGG-AACA-T-GATCAG-GCAA-C-TAG-TGGATATTACATGCT--GT-----------T-T--T-AT-CTA-CCAT---AGTGG-GGTAACTT-AATTTT-CTG---TTAAATTAATGc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TTTCTTT-ATCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CG---G-------GG-AGAC---------TGTGT-A-TGG-------------------AGT-----G---------CCTTG-GGT---GTT-A--t
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    atGGTTCGGATTT-GCAATGTGGCCA---CATCC-TCTA-TTTTCCTAAT-TA-G---A
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                 ATCTAGA-TCCTGGGATCATCAATCTCCTA-TTGGGCAG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACGGGACACA---------CTTATCTAATTCT---GGC--A-ATGTTAGTT
gi|3                          : CCGT-ATTG--CAAGAGC-ACTGACA-TG-CT--------GAGGGGGTCCTGACTCC-GAT--CAAGAAATCTGGCAGAGGAAATCCGATATGCTT--CATCTCACTACATT-CGAA-TCACTGCAGCAAAGTAATGTACACGCATAATT--CCTATTATA-CTCTCAACTGAC-CCA-TACAAC-GTATTT-ATAGGCAATC-AACCATTTGGA-TCT--GGATCATCCATC--CTA-T--GGCAGGGCCGAATAC-CT-AGC--ACATGC-G--GTAGAACCCTGAGTTCTCCTCCAAC--CTCAGTGGACAATGTAAAACG-CGGAA-GA----CGTGCAATGATC--GACCC---GTGCAT---TCACATCTCCTTT-ATCACTCC-TCCACCAGATT----CGGTGA-TCACCTTGGGATCAAACGATATGTC----GGAGAT-CTGAACAAGTAAA--TTTAGTCCAGAA---TTCATCACGCTTTCTAAG-GTAATGCGCTCACTGCCCC--AACCAAACTCGT--CGGTACACA---TCTTCCAAGATTAAACTGGCATGGTGTG-CCCTGATCTAG-AAATAAGAAAATTCGATC-AAAGCGCAAAAAGGTCAACCGTAAAGCTGCGCTATTCGCCAG-TGAACGTAGGGGAGGTACTTCTATTAGTTCACCCAA-A-CT-CAATT-CATAAT-AGAAA--ATGTAGGTATGACGGGACACACGTTGGGTTTTTAT-TAATTTTTCGGGCCAA-GGGCTA-TTTCATTTACGATCTAA-CCA---GCTAATTCA-----AATTTATGATAATT---AAGCTCACT----------GGGGGGGGAAAGGT-TTT---GGATAA--GGCAAG-TCCAACGTATCGATGGC-GT---GCGAACC-CAG-GG-AATAAAG--ATATTTG-ACCATCATC-TG-CCCGTT--TGATT---TCCC--AG-CTGTCGCT-TGTAC-GACGGA-GG-ACAT-TGAAGTTGGCCGC-----A---GT-TGAT--CGGTAAAT-GCT--TGT-G----CAATCGTAA-A-TA-TGGATT--GAGATT-CAGCTAAGCC-C--AGC-AC--GGCT-A-G-TCTCTCT-CTCC-------A--CC-TCGTTTAA------A-C-GA-G-------GG-AGACG--------T-GGT-C-T-G-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GG--A--C-TGG-----TAC--GC-C-TAT-C-CCCA--G-AGACACTCCC------CGGAAAAACAGGGACATCA-AT-GG-TCCTAAA-C-CTTTC---A--GTC-T---AT-GTC-A---T-CACGCATTG--GAACTTC-CGGCGCCTATG-ATCCCACGGGGC---ACCGAGTTGGCCGTTAAAACATTTTA-ATGTTGAATATC------G-T--TCTCCCCTGGTACGGATTT-GCAATGT-GCCA---CATCCATCTATTTTTCCTAAT-TA-G---AC---TCTCACAC---TTGTA--------------TG-AGC---GTGT------ATGA----C-TT---T-G----TG---TTACTGTT--AATATTG--ATG-TG-T-AAACTT-----G----T-----G--TGTT----A----T-CTGTG---ACTT-GC---T----T-----TG-GTT-T---G----C--T-C-TG-AACA--------T-TC-G------AG-----CA-G-T-G-TAG--------TC-AGGA--T-TG-T---TTT-G-C-AT-GT---A-T-ACCTT-CTGTT-T--AA------A-T--CAATACA--TGG-TT--CA----CA--------GTG-TATTATG-----TG-------TTT-T----ATCCAGG-AACA-TAAATCAG-GCCA-C-TAG-T-GATAGT-CATGC---GT-----------T-T--T-AT-C-A-CCATAA-AGT---GGTAACTTGGATTTT-CTG---TTA---TAATG-------AC--GTAATGTCTAGA-ACTTG--TCTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                   TAGGCAATCAAACCATCTGGA-TCTTGGGATCACCAATTCTCTA-TTGGGCAGG--CGAATACGCT-AGTCAACATGGAG--GTAGAAACCTTGGTCTTCCTGCAACAGTCCAATG-ACA-TGCAAAACG-CGGAATGA----AGTGGCATGATCTGGACCC---CTGTATGTATC-CAATTCCTTGGATCACTTCGTCCTCCAGATTGTTCTGGTGATTCACCT-GGCATCAA-CGATATGTCTCAGAAAGATGTTGAAGCAGTAAAATTTTAGTCCAGGAAATTTCAGCAC-CTTTCTAGGTATAGGGCGCTCA-TGCCCCAGAACAGAACTCGTGCTGGTACACGCATTCTTCCAAGATTATACTGGCATGGCGTGCCCCTG--TTAGAAAATAAGAAAATTGAATCAAAAGCGGAAAAAGGTCAACCGCAAAGCTGCCGTATCCG--AGCTGA--GTAAGGGGGGTACTACTATTAGTCCATACAATATCT-CAATT-CATAATTATGATCTGTGTAGGTATGACGGGACATG---------ATTATCTAATTCT---GGC--A-GTGCTAGTTTCATTTACGATCAAATCCGAATGCTAATCCAGTT--AATTTA--AT--TT---AAGCCAACTT-GGT---CGGGGGGGGGGGGGGA-TTTAGGGGAT----GGCGAG-TCCATCGTATCGATGGCTGGT-GGCGGACCAGGG-GA-GATAAAGGAAGATTTGGACCATCATCAGG-CCCGTT---GTTT---TCCCCCAGTCTGT--CT-TGTAC-GACGGAGGG-ACATGTGAAGTTGGCCGCAAGCTACATGT-AGGT--CG-TAATTTGTT--TTT-GGTA-CAAT-GTAA-AATA-TGGATT-GGAGATT-C-GCTAGCCT-C--AGC-AT--GGCT-A-GGTTTCTCT-CTCC-------A--CC-TCTTTTAA------A-CGGAGG-------GG-AGAC-----------TGT-C-TGG-------------------AGT-----G---------CCTCG-GGT---GGT-A--CATGG-GA-GTACCGGCAC-TAT-TACCCA--GCAGCAATCCCC------CGGAAAAACTGGGACATCAGATGGG-TCCCAAA-C-CTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GCTTATTTATTTTACGATATAACCCAAATCCTAATCCA----------------ATT---GATTTTACTCCG-TTTTCGGGGGGGAGAATG-T-TGT---AGTC-ACTGGCGAGGTCCATCTTATCTATGGCTGTT-GGCG-ACC-AGG-GA-GATAAAAGAAGATTTG-ACCA-CATC-TG-CCTGTTGTTCTTT---CCCC--TGTCTGT--CTATGTAC--ACGGAG---AC---TGAAGTTG-CCGCAA---A---AT-AGGT--CG-TAATT-GGTCATAT-GATA-CAAT-GTAA-AATA-TGGATT-GCA-ATTAC-GC-AAGCC-TCAAGC-ACCTGGCT-ATG-TTATCCTACTCC-------AGCCC-TATTTTAACAAGATA-GGGA-ACGTGTCTGG-AGATCCTCAGTGGT-TGTACATGA-------------------AATAGTATG---------CCTCATGGTTTTGGTTA--CATGATCA-TTAC-GGCACATATATACCCACAACA-CAAGTCCCACCACGCGGAAACACAG----ATCAGATCGG-GCCAAAA-CTCTTTCCAAAAAGCTTT---A--GTC-AATTT-TCCGCATAT--GGACT-C-CGGCGCCTCTGCATAATACACGGCCATGCCG-TATGCCCTTT-TGACAATGTT-AT--TG-GTATC------G-ATATCTCCCGTGGTC--GATTT-GCAA-GTGCCCA---CATCC-TCCA-TTTTCCTAATATG-G---AT---CAAC---CGATCTGCG-------------GCACGACA--GGACCAACAAATAA----T-TA---T-G----TGACTGTACTGTTAGAAATGTG--ATG-TG---AAACTT-----G----TCATAAG--TGTT----GTCACT-CTGCG---AC-T-G----T----T-A---TG-GAT-T---AAC-A---T-A-TA-AACA--------T-TT-GG--AATAG-----CACG-C-G-TAA-----G-TTC--AGAC-T-TT-C---TCT-A-G-AT-ACTTAA-T-CTCTT-ATCTC-T------------T--CAATAAA--TTG-TG--TT----AAC-C----GGAA-TA-TATG------------------T---CATCCA-G-AACA-T-A-TCAG-GCAA-C-TAG-TGGATATTAC-TTCT--G------------T-T--T-AT-CTA-CCGT-ACAGT-T-GGTAAACTCAACTTT-CTG---
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ------A-T--TAATAAA--TTG-TA--CA----CAC-T--T-TGTA-TATTTTG-----CG-------TTT-TACGTATCCAGG-AACC-T-ATTCCG-GCAA-C-TAG-CGGATATCGCATACT--GTATACTATACAAT-G--T-ATACTG-TCGT-A-----G-GGTAA-TTCCATTTT-CTG---TTAAATTAATttgaaacgttataaacacttggaagtgtgtgtagatttgagacttgttttcgctatgttactgtcactcaatgtttataccattaataaattgtacacacgtaccattgataaattgtacacacgtaccattaataaattgtacacactttgtatattttgcgttttacgtatccaggaacctattccggcaactagcggatatcgcatactgtatactatacaatgtatactgtcgtagggtaattccattttctgttaaattaat
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|16 ): CTGGAACGTGTACAGTATGTAAATCTGGGAGATGTTTTTTTTTATGTTACTTGCAGCATAAAATATCAATAA
Unaligned ( gi|17 ): AATTTTACAGGAAGTTCGGGTAGTTTTGTACGTATTTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGG
Unaligned ( gi|19 ): TCTGGACAATACATGCGGGTCGTATACATGTATCTAGTGTTTGTAAAATTAATGCTTAACA
Unaligned ( gi|22 ): TTCCTTGCAGCTATTGATGAATTATTAAAAGAATTATGTAC