lowQualScore                  :             0  11  11 444   0 0 1 1  00 2222 22222 1 22 11  22222  00   11 2222 22 1111 0 00   00 0 222 0         
lowQualScore                  :             .  ..  .. ...   . . . .  .. .... ..... . .. ..  .....  ..   .. .... .. .... . ..   .. . ... .         
lowQualScore                  :             5  22  22 444   5 5 8 3  66 3333 66666 3 11 00  00000  66   55 9999 00 9999 9 66   66 5 777 5         
consensus                     :        AGAAG-GC--AT--C---AGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAGT
Reference ( gi|46 )           :        AGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAGT
gi|54                         :        AGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAG
gi|41                         :        AGAAG-GC--AT--C---AGA-A-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAGT
gi|31                         :        AGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTTGAAGT
gi|25                         :       cAGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTTGAAGT
gi|30                         :        AGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--A-A---T-TTTCGAAGTt
gi|64                         :       cAGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTTGAA
gi|43                         :        AGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--C----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAG
gi|29                         :       cAGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC-------A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TGA--C-A---T-TTTCGAAGT
gi|34                         :       cAGAAG-GC--AT--C---ATA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----A--A----G-G--TAA--T-A---T-TTTCGAAGTt
gi|53                         :       cAGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--TT-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTTGAA
gi|26                         :       cAGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GT--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----T--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTTGAA
gi|12                         :       cAGAAG-GC--AT--C---AGT-G-A-T-GC--T----T-----T-A--G--CT-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAGTtt
gi|13                         :       cAGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--C--CC-----GA--GTT--G----A--A----A-G--TAA--T-A---T-TTTCGAAGTga
gi|4                          :       nAGAAG-GC--AT--C---AGG-G-A-T-GT--T----AATATAT-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAGGTtt
gi|32                         :      tcAGAAG-GC--AT--C---GGG-A-A-T-GC--T----A-----T-A--A--CC-----GA--GTT--A----T--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAGT
gi|61                         :       cAGAAT-GC--AT--C---AGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----AA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCAA
gi|28                         :       cAAAAG-GC--AC--C---AGT-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCAAGG
gi|42                         :      tcAAAAG-GC--AT--C---GGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CT-----GA--GTT--A----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCAAAG
gi|77                         :       cAAAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---A-TT
gi|80                         :        AGAAG-GC--AT--C---ACA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-
gi|44                         :       cAAAAG-GC--AT--C---GGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--ATT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTT
gi|51                         :       cAGAAG-GC--AT--C---AGA-G---T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--GCA--C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTtcaaa
gi|33                         :        AGAAG-GC--AT--T---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G---C-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAC--T-AT--T-TTTCGAAGTagtt
gi|56                         :       cAGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-AC--T----A-----T-A--G---C-----GA--GTT--G----C--A----G-G--AAA--C-A---T-TTTTTAAGT
gi|7                          :        AGAAG-GC--AT--CTG-AGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G----C--A----G-C--TAG--C-A---T-TTTTGAAGT
gi|45                         :      tcAGAAG-GC--AT--C---AGG-G-T-T-TC--T----A-----TTA--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----A-G--TAA--C-A---T-TTTCGAt
gi|5                          :       cAGAAG-GC--AT--C----GA-G-AAT-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----GCG--TAA--C-A---A-TTTCg
gi|3                          :        AGAAG-GC--AT--C----GA-G-AAT-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----GCG--TAA--C-A---A-TTTCttaattgtttt
gi|23                         :       cAGAAG-GC--AT--CTG-AGG-G-A-T-CC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G----C--A----G-C--TAG--C-A---T-TTTTGAAGttaattgtttt
gi|22                         :       cAGAAG-GC--AT--C---GGG-A-A-T-GC--T----A-----T-A--A--CC-----CT--GTT--A----C--A----T-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAG
gi|1                          :       cAGAGG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CCCCCCAAG--GTT--GCGC-C--A----G-G--TAA--C-AT--T-TTTCGAAgt
gi|47                         :        AAAAG-GA--AC--C---AGG-G-A-T-GC--T----A-----T-ATAG--CT-----GA--GTT--A----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCAAaagt
gi|27                         :        AAAAG-GC--GT--T---GGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--A--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--T-A---T-TTCAAAAGt
gi|49                         :      tcAAAAG-CC--AT--C---AGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--T----G--A----G-G--TAA----A---T-TTTTAAAGT
gi|83                         :       cAGAAG-GC--AT--C---ATA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----A--A----G-G--T
gi|81                         :      tcAAAAG-GC--AT--C---GGG-A-A-T-GC--T----A-----T-A--T--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---
gi|74                         :       cAAAAG-GC--AT--C---AAA-G-A-T-GC--T----A-----C-A--G--TC-----GA--GTT--G----C--G----G-G--CAT--C-A---T-T
gi|50                         :      tcAAAAG-GC--AT--C---GGG-G-A-T-GC--T----A-----C-A--G--CC-----AA--GTT--A----A--A----G---------C-A---T-TTTCAAAGT
gi|15                         :      tcAAAAG-CC--AA--T---AGG-G-A-A-GC--T----A-----T-A--A--TG-----GA--GCT--G----C--A----G-G--TAA--T-A---T-TTTCGAAGTtt
gi|2                          :       cAGAAG--C--AT--CC--AGA-G-A-TAGC--TTAATA-----TTA--G--CA-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTGTGAAGTtt
gi|35                         :       cAGAAG-GC--AT--C---GGG-A-T-T-GT--T----A-----T-A--G--AC-----A----TT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TATTGAAGTt
gi|17                         :       cAGAAG-GCC-AT--CTT-CGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A------G--TAA--A-A---T-TTtt
gi|6                          :      ccAGAAG-CA--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----ctaagc
gi|94                         :      tcAGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----gaaggccgccggtaaacttttac
gi|86                         :       cAAAAG-AC--AT--C---TGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--AC-----AA--GTT--G----C--A----G-A--T
gi|19                         :        AAAAG-AC--AT--CT--AGG-G-A-TTGC-------A-----T----G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-GGTTAA--C-A---T-TTT
gi|11                         :     atcAAAGG-GC--AT--CT--GGG-G-A-T--C--T----A-----T-A--GG-CT-----GA--GTT--A----C--A----G----TAA--C-A---T-TTacaa
gi|58                         : aaaatcaAAAAG-GA--AT--C---CGG-G-T-T-GC--T----AAA---T-A--G--C------GA--GTT--A----C--A----G-G--TTT--T-A---T-TTTCGAcaaa
gi|68                         :        cGAAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAA
gi|67                         :         GAAG-CC--AT--C---AGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGA
gi|66                         :         GAAG-GC--AT--C---AGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-C---T-TTTg
gi|14                         :       ctGAAG-GC--AT--C---AGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GC--G-T--G----C--AT---G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAGGTtc
gi|62                         :      catGAAG-GC--AT--C---AGG-T-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CT-----TA--GTT--G----C--A----G-G--AAA--C-A---T-TTCCGAt
gi|37                         :         GAAG-GC--AT--C---A-A-G-A-T-GCCTT----A-----T-A--G--C------GATAGTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTTGAAGTga
gi|16                         :         GAAG-GCCAAT--C---AGA-G-A-T-GC--TA---A-----T-A--G--CC-----GA---TT--G----CA-A----A-G--TAA--C-A---T-TTT-GAAGT
gi|40                         :         GGAA-GC--AT--C---AG--G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT-------C--A------G--TAA--C-ACATT-TTCCGAAGtt
gi|57                         :         GAAG-G----T--C---AGA-G-AAT-GC--T----A-----T-AA-G--CC-----GA--GTTT-G----C--A----G-T--AAA--C-A---TTTTTCGAgt
gi|60                         :         gAAG-GC--AT--C---AGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TGTCGAAG
gi|71                         :          AAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--C----A-----T-A--G--CC-----AA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAg
gi|69                         :          AAG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----G-A--G--CC-----GC--CTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAG
gi|48                         :          AAG-GC--AC--C---AAG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTTGAAGT
gi|52                         :         aAAG-GC--AT--C---GGA-A-A-T-GC--C----A-----T-G--G--CC-----GA--GTT--G----T--A----G-G--TAG--C-A---T-TTTCGAAGTt
gi|38                         :          AAG-GC--AT--C---AGAAG-A-T-GC--T----A-----T-AA-G--CC-----GA--GTT--GGG--C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTTGAAt
gi|70                         :         aAAG-AA--AT--C---GGG-G-A-T-GC--T----G-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--T-A---T-TTTC
gi|82                         :          AAA-GC--AT--G---AGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---ata
gi|65                         :        caAAG-GC--AT--C---AGG-G-A-T-GG--T----T-----T-A--G--TC-----AA--ATT--G----C--A----G-G--CAA--T-G---T-TTTTGAAAT
gi|55                         :          AAGAGC--A---C---AGA-G-AAT-GC--T----T-----A-A--G--CCA----GA--GTT--G----CA-A----G-G--T-A--C-A---T-TTTTGAAG
gi|9                          :          AAG-GC--AT--CTCCAGA-T-A-T-GC--T----AA----T-A--G--CCC----GA--GTTT-G----CCAA----G-G--TAA--CAA---T-TTT
gi|59                         :           AG-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAGTtaat
gi|63                         :           AA-GC--AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A------G--TAA--C-A---T-TGTGAAAGt
gi|8                          :        catAA-GC--ATT-C---AAA-G-A-T-GC--TG---A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--AAGCTA-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAAT
gi|72                         :           AG-GC--GT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G---C-----GA---TT--G----C--A------G--TAA--C-AC--T-TTTTGAAGTtt
gi|36                         :           AG-GC--ATTCC---AAG-G-A---GT--T----A-----T-T--C--CC-----GA--GTT--G----CC-A----G-G--TAA--T-A---T-TTTCGAAGTt
gi|10                         :           AA-GC--AG--C----GA-A-A-T-GC--C----A-----T-G--G--CC-----GA--G-T--G----T--AT---G-G--TAG--C-A-----TTTCGAtt
gi|21                         :          atG-GC--AT--C---GGC-G-G-TTGC--T----AA----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----C-G--TAA----A---T-TTTtatttattcgt
gi|76                         :   gtcaaagcct-GT--AT--C---AGG-G-A-T-GC--T----A-----T-G--G--CC-----AA--GTA--A----A--A----G-G--TAA--C-A---T-TGTCAAAGta
gi|75                         :               C--AT--C---GGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCAAAG
gi|78                         :                --AT--C---AGA-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAc
gi|20                         :              aa--AT--C---AGA-GGA-T-GC--TC---A-----T-A--GAGCC-----GA--GTGAAG----C--A----A----CAA--C-A---T-TTTCGAAGT
gi|73                         :              gtgttT--C---AGA---A-G-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-G---T-TTTCGA
gi|18                         :              agaatT--C---AGA-G---T-GC--T----A-----TTA--G--C------GA--GTT--GTGCTT--A----G-G--TAAGTC-AT--T-TTTTGAAGTtt
gi|84                         :                         gcGG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--T--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTTCGAAttt
gi|85                         :                           GG-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAt
gi|87                         :                 atgcaggaaatg-G-A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--C-A---T-TTT
gi|24                         :                             -G-A-T-GC--T----A-----T-ATAG--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--T-A---T-TTTCGATGTttaat
gi|90                         :                caaaaacatcttt-G-A-T-AC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--T-A---T-TTTC
gi|39                         :                                 -T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----AA--GTT--G----C--A----G-G--TAT--T-A---T-TTTCGAAa
gi|88                         :                  cgaaaggaaataggt-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G---GA--C-A-----TTTCGAAGTttt
gi|89                         :                                 -T-GT--T----T-----T-A--G--CC-----GA--GTG--G----C--A------G--TAT--C-A---T-TTTCGAAGtt
gi|91                         :                                     t--T----A-----T-A--G--C------GA--GTT--G----C--A----G-G--TAA--T-A---T-TTTCAAGG
gi|92                         :                                                         --CC-----GA--GTT--G----C--A----G-G--TAC--C-A---T-TTTCGAAGTggg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|79 ): AAAAAAAGAAGTCCATATCCGATTTTAGTGGGCATTTTTCAAG
Unaligned ( gi|93 ): AGGAATGGATTCTATAGCGAGTGCAGATTATT






Alignments
lowQualScore                  :                   0  11  11 444  1 0  0 0  00 1111 33333 0 22 11  22222  00   11 222 11 1111 1 00    0 222 0         
lowQualScore                  :                   .  ..  .. ...  . .  . .  .. .... ..... . .. ..  .....  ..   .. ... .. .... . ..    . ... .         
lowQualScore                  :                   5  22  22 444  0 5  9 9  66 8888 11111 9 11 00  00000  66   55 000 55 9999 3 66    5 222 5         
consensus                     :              AGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
Reference ( family-4058 )     :              AGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
gi|1                          :              AGAGG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CCCCCCAAG--GTT--GCGCC--A----G-G--TAAC-AT--T-TTTCGAA
gi|10                         :                                      A-T-GC--C----A-----T-G--G--CC-----GA--G-T--G---T--AT---G-G--TAGC-A-----TTTCGAaagt
gi|11                         :  ataagcagcgaaAAAGG-GC--AT--CT--GG-G-GA-T--C--T----A-----T-A--GG-CT-----GA--GTT--A---C--A----G----TAAC-A---T-TTtatttattcgt
gi|12                         :       aaaatcaAGAAG-GC--AT--C---AG-T-GA-T-GC--T----T-----T-A--G--CT-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGTcaaa
gi|13                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--C--CC-----GA--GTT--G---A--A----A-G--TAAT-A---T-TTTCGAAGTga
gi|14                         :              nGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GC--G-T--G---C--AT---G-G--TAAC-A---T-TTTCGAGGTtt
gi|15                         :           catAAAAG-CC--AA--T---AG-G-GA-A-GC--T----A-----T-A--A--TG-----GA--GCT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCGAAGTt
gi|16                         :              cGAAG-GCCAAT--C---AG-A-GA-T-GC--T----AA----T-A--G--CC-----GA---TT--G---C--A----AAG--TAAC-A---T-TTT-GAAGTtt
gi|17                         :              AGAAG-GCC-AT--CTT-CG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A------G--TAAA-A---T-TTtt
gi|19                         :            ccAAAAG-AC--AT--CT--AG-G-GA-TTGC-------A-----T----G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-GGTTAAC-A---T-TTTctaagc
gi|2                          :           atcAGAAG--C--AT--CC--AG-A-GA-TAGC--TTAATA-----TTA--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTGTGAAGTacaa
gi|20                         :                     c--AT--C---AGAG-GA-T-GC--TC---A-----T-A--GAGCC-----GA--GTGAAG---C--A----A----CAAC-A---T-TTTCGAAGTt
gi|21                         :             gtgttG-GC--AT--C---GGCG-GT-T-GC--T----AA----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----C-G--TAA--A---T-TTT
gi|22                         :    gtcaaagcctAGAAG-GC--AT--C---GG-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--A--CC-----CT--GTT--A---C--A----T-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGta
gi|23                         :             cAGAAG-GC--AT--CTG-AG-G-GA-T-CC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-C--TAGC-A---T-TTTTGAAGgt
gi|24                         :                                   c-GA-T-GC--T----A-----T-ATAG--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCGATGT
gi|25                         : caaaaacatctttAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAGT
gi|26                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GT--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---T--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAt
gi|27                         :             cAAAAG-GC--GT--T---GG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--A--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTCAAAAGtt
gi|28                         :            tcAAAAG-GC--AC--C---AG-T-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAAGG
gi|29                         :            tcAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC-------A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TGAC-A---T-TTTCGAAGT
gi|3                          :             cAGAAG-GC--AT--C---GA-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----GCG--TAAC-A---A-TTTCt
gi|30                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAA-A---T-TTTCGAAGTttaattgtttt
gi|31                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAGT
gi|32                         :             cAGAAG-GC--AT--C---GG-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--A--CC-----GA--GTT--A---T--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
gi|33                         :             cAGAAG-GC--AT--T---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G---C-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TACT-AT--T-TTTCGAAGT
gi|34                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AT-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---A--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCGAAGT
gi|35                         :             cAGAAG-GC--AT--C---GG-G-AT-T-GT--T----A-----T-A--G--AC-----A----TT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TATTGAAGT
gi|36                         :                cAG-GC--ATTCC---AA-G-GA---GT--T----A-----T-T--C--CC-----GA--GTT--G---CC-A----G-G--TAAT-A---T-TTTCGAAGTtt
gi|37                         :               GAAG-GC--AT--C---AA-G--A-T-GCCTT----A-----T-A--G--C------GATAGTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAGTtt
gi|38                         :                AAG-GC--AT--C---AG-AAGA-T-GC--T----A-----T-AA-G--CC-----GA--GTT--GGG-C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAA
gi|39                         :                                 a-G-GT-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----AA--GTT--G---C--A----G-G--TATT-A---T-TTTCGAA
gi|4                          :  cgaaaggaaataAGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GT--T----AATATAT-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAGGTttt
gi|40                         :             tcGGAA-GC--AT--C---AG-G--A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT------C--A------G--TAAC-ACATT-TTCCGAAG
gi|41                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-AA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGTgt
gi|42                         :              AAAAG-GC--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CT-----GA--GTT--A---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAAAG
gi|43                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--C---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAG
gi|44                         :             cAAAAG-GC--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--ATT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTT
gi|45                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-G-GT-T-TC--T----A-----TTA--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----A-G--TAAC-A---T-TTTCGAtcaaa
gi|46                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGTg
gi|47                         :              AAAAG-GA--AC--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-ATAG--CT-----GA--GTT--A---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAA
gi|48                         :                AAG-GC--AC--C---AA-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAGTt
gi|49                         :             aAAAAG-CC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--T---G--A----G-G--TAA--A---T-TTTTAAAGTt
gi|5                          :             cAGAAG-GC--AT--C---GA-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----GCG--TAAC-A---A-TTTC
gi|50                         :              AAAAG-GC--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----A-----C-A--G--CC-----AA--GTT--A---A--A----G-------C-A---T-TTTCAAAGTttaattgtttt
gi|51                         :            tcAGAAG-GC--AT--C---AG-A-G--T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--GCA-C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTtt
gi|52                         :                AAG-GC--AT--C---GG-A-AA-T-GC--C----A-----T-G--G--CC-----GA--GTT--G---T--A----G-G--TAGC-A---T-TTTCGAAGTagtt
gi|53                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--TT-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAt
gi|54                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAG
gi|55                         :                AAGAGC--A---C---AG-A-GAAT-GC--T----T-----A-A--G--CCA----GA--GTT--G---CA-A----G-G--T-AC-A---T-TTTTGAAG
gi|56                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-AC--T----A-----T-A--G---C-----GA--GTT--G---C--A----G-G--AAAC-A---T-TTTTTAAGT
gi|57                         :               GAAG-G----T--C---AG-A-GAAT-GC--T----A-----T-AA-G--CC-----GA--GTTT-G---C--A----G-T--AAAC-A---TTTTTCGA
gi|58                         :             gAAAAG-GA--AT--C---CG-G-GT-T-GC--T----AAA---T-A--G--C------GA--GTT--A---C--A----G-G--TTTT-A---T-TTTCGA
gi|59                         :                cAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
gi|6                          :              AGAAG-CA--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---t
gi|60                         :              tcAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TGTCGAAGgaaggccgccggtaaacttttac
gi|61                         :              AGAAT-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----AA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAAg
gi|62                         :              cGAAG-GC--AT--C---AG-G-TA-T-GC--T----A-----T-A--G--CT-----TA--GTT--G---C--A----G-G--AAAC-A---T-TTCCGA
gi|63                         :                 AA-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A------G--TAAC-A---T-TGTGAAAGga
gi|64                         :           catAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAA
gi|65                         :                AAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GG--T----T-----T-A--G--TC-----AA--ATT--G---C--A----G-G--CAAT-G---T-TTTTGAAAT
gi|66                         :               GAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-C---T-TTT
gi|67                         :             ctGAAG-CC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAtc
gi|68                         :               GAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAg
gi|69                         :                AAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----G-A--G--CC-----GC--CTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAG
gi|7                          :              AGAAG-GC--AT--CTG-AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-C--TAGC-A---T-TTTTGAAGT
gi|70                         :              tcAAG-AA--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----G-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCt
gi|71                         :                AAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--C----A-----T-A--G--CC-----AA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAata
gi|72                         :                 AG-GC--GT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G---C-----GA---TT--G---C--A------G--TAAC-AC--T-TTTTGAAGT
gi|73                         :                         T--C---AG-A--A-G-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-G---T-TTTCGAt
gi|74                         :         agaatAAAAG-GC--AT--C---AA-A-GA-T-GC--T----A-----C-A--G--TC-----GA--GTT--G---C--G----G-G--CATC-A---T-Ttt
gi|75                         :                   tcC--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAAAG
gi|76                         :                   -GT--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-G--G--CC-----AA--GTA--A---A--A----G-G--TAAC-A---T-TGTCAAAGc
gi|77                         :              AAAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---A-TT
gi|78                         :                      --AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAA
gi|8                          :               aaAA-GC--ATT-C---AA-A-GA-T-GC--TG---A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--AAGCTA-G--TAAC-A---T-TTTCGAAAT
gi|80                         :              AGAAG-GC--AT--C---AC-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-tt
gi|81                         :             cAAAAG-GC--AT--C---GG-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--T--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---
gi|82                         :               cAAA-GC--AT--G---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---
gi|83                         :            caAGAAG-GC--AT--C---AT-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---A--A----G-G--T
gi|84                         :                               tcG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--T--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAA
gi|85                         :                                 G-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAt
gi|86                         :  atgcaggaaatgAAAAG-AC--AT--C---TG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--AC-----AA--GTT--G---C--A----G-A--T
gi|87                         :                                    -GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTT
gi|88                         :                                       -T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G---GAC-A-----TTTCGAAGTttaat
gi|89                         :                                       -T-GT--T----T-----T-A--G--CC-----GA--GTG--G---C--A------G--TATC-A---T-TTTCGAAGtt
gi|9                          :               tAAG-GC--AT--CTCCAG-A-TA-T-GC--T----AA----T-A--G--CCC----GA--GTTT-G---CCAA----G-G--TAACAA---T-TTT
gi|90                         :                                    -GA-T-AC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCtaat
gi|91                         :                                            --T----A-----T-A--G--C------GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCAAGGa
gi|92                         :                                                               --CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TACC-A---T-TTTCGAAGTggg
gi|94                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----ttttc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GCTCAGAGTGCTATTAGCGAGTTGTGCTTAGGTAAGTCATTTTTTGAAGTTTT
Unaligned ( gi|79 ): AAAAAAAGAAGTCCATATCCGATTTTAGTGGGCATTTTTCAAG
Unaligned ( gi|93 ): AGGAATGGATTCTATAGCGAGTGCAGATTATT






Alignments
lowQualScore                  :                   0  11  11 444  1 0  0 0  00 1111 33333 0 22 11  22222  00   11 222 11 1111 1 00    0 222 0         
lowQualScore                  :                   .  ..  .. ...  . .  . .  .. .... ..... . .. ..  .....  ..   .. ... .. .... . ..    . ... .         
lowQualScore                  :                   5  22  22 444  0 5  9 9  66 8888 11111 9 11 00  00000  66   55 000 55 9999 3 66    5 222 5         
consensus                     :              AGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
Reference ( family-4058 )     :              AGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
gi|1                          :              AGAGG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CCCCCCAAG--GTT--GCGCC--A----G-G--TAAC-AT--T-TTTCGAA
gi|10                         :                                      A-T-GC--C----A-----T-G--G--CC-----GA--G-T--G---T--AT---G-G--TAGC-A-----TTTCGAaagt
gi|11                         :  ataagcagcgaaAAAGG-GC--AT--CT--GG-G-GA-T--C--T----A-----T-A--GG-CT-----GA--GTT--A---C--A----G----TAAC-A---T-TTtatttattcgt
gi|12                         :       aaaatcaAGAAG-GC--AT--C---AG-T-GA-T-GC--T----T-----T-A--G--CT-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGTcaaa
gi|13                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--C--CC-----GA--GTT--G---A--A----A-G--TAAT-A---T-TTTCGAAGTga
gi|14                         :              nGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GC--G-T--G---C--AT---G-G--TAAC-A---T-TTTCGAGGTtt
gi|15                         :           catAAAAG-CC--AA--T---AG-G-GA-A-GC--T----A-----T-A--A--TG-----GA--GCT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCGAAGTt
gi|16                         :              cGAAG-GCCAAT--C---AG-A-GA-T-GC--T----AA----T-A--G--CC-----GA---TT--G---C--A----AAG--TAAC-A---T-TTT-GAAGTtt
gi|17                         :              AGAAG-GCC-AT--CTT-CG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A------G--TAAA-A---T-TTtt
gi|19                         :            ccAAAAG-AC--AT--CT--AG-G-GA-TTGC-------A-----T----G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-GGTTAAC-A---T-TTTctaagc
gi|2                          :           atcAGAAG--C--AT--CC--AG-A-GA-TAGC--TTAATA-----TTA--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTGTGAAGTacaa
gi|20                         :                     c--AT--C---AGAG-GA-T-GC--TC---A-----T-A--GAGCC-----GA--GTGAAG---C--A----A----CAAC-A---T-TTTCGAAGTt
gi|21                         :             gtgttG-GC--AT--C---GGCG-GT-T-GC--T----AA----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----C-G--TAA--A---T-TTT
gi|22                         :    gtcaaagcctAGAAG-GC--AT--C---GG-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--A--CC-----CT--GTT--A---C--A----T-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGta
gi|23                         :             cAGAAG-GC--AT--CTG-AG-G-GA-T-CC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-C--TAGC-A---T-TTTTGAAGgt
gi|24                         :                                   c-GA-T-GC--T----A-----T-ATAG--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCGATGT
gi|25                         : caaaaacatctttAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAGT
gi|26                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GT--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---T--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAt
gi|27                         :             cAAAAG-GC--GT--T---GG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--A--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTCAAAAGtt
gi|28                         :            tcAAAAG-GC--AC--C---AG-T-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAAGG
gi|29                         :            tcAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC-------A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TGAC-A---T-TTTCGAAGT
gi|3                          :             cAGAAG-GC--AT--C---GA-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----GCG--TAAC-A---A-TTTCt
gi|30                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAA-A---T-TTTCGAAGTttaattgtttt
gi|31                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAGT
gi|32                         :             cAGAAG-GC--AT--C---GG-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--A--CC-----GA--GTT--A---T--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
gi|33                         :             cAGAAG-GC--AT--T---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G---C-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TACT-AT--T-TTTCGAAGT
gi|34                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AT-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---A--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCGAAGT
gi|35                         :             cAGAAG-GC--AT--C---GG-G-AT-T-GT--T----A-----T-A--G--AC-----A----TT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TATTGAAGT
gi|36                         :                cAG-GC--ATTCC---AA-G-GA---GT--T----A-----T-T--C--CC-----GA--GTT--G---CC-A----G-G--TAAT-A---T-TTTCGAAGTtt
gi|37                         :               GAAG-GC--AT--C---AA-G--A-T-GCCTT----A-----T-A--G--C------GATAGTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAGTtt
gi|38                         :                AAG-GC--AT--C---AG-AAGA-T-GC--T----A-----T-AA-G--CC-----GA--GTT--GGG-C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAA
gi|39                         :                                 a-G-GT-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----AA--GTT--G---C--A----G-G--TATT-A---T-TTTCGAA
gi|4                          :  cgaaaggaaataAGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GT--T----AATATAT-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAGGTttt
gi|40                         :             tcGGAA-GC--AT--C---AG-G--A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT------C--A------G--TAAC-ACATT-TTCCGAAG
gi|41                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-AA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGTgt
gi|42                         :              AAAAG-GC--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CT-----GA--GTT--A---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAAAG
gi|43                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--C---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAG
gi|44                         :             cAAAAG-GC--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--ATT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTT
gi|45                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-G-GT-T-TC--T----A-----TTA--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----A-G--TAAC-A---T-TTTCGAtcaaa
gi|46                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGTg
gi|47                         :              AAAAG-GA--AC--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-ATAG--CT-----GA--GTT--A---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAA
gi|48                         :                AAG-GC--AC--C---AA-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAGTt
gi|49                         :             aAAAAG-CC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--T---G--A----G-G--TAA--A---T-TTTTAAAGTt
gi|5                          :             cAGAAG-GC--AT--C---GA-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----GCG--TAAC-A---A-TTTC
gi|50                         :              AAAAG-GC--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----A-----C-A--G--CC-----AA--GTT--A---A--A----G-------C-A---T-TTTCAAAGTttaattgtttt
gi|51                         :            tcAGAAG-GC--AT--C---AG-A-G--T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--GCA-C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTtt
gi|52                         :                AAG-GC--AT--C---GG-A-AA-T-GC--C----A-----T-G--G--CC-----GA--GTT--G---T--A----G-G--TAGC-A---T-TTTCGAAGTagtt
gi|53                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--TT-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAt
gi|54                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAG
gi|55                         :                AAGAGC--A---C---AG-A-GAAT-GC--T----T-----A-A--G--CCA----GA--GTT--G---CA-A----G-G--T-AC-A---T-TTTTGAAG
gi|56                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-AC--T----A-----T-A--G---C-----GA--GTT--G---C--A----G-G--AAAC-A---T-TTTTTAAGT
gi|57                         :               GAAG-G----T--C---AG-A-GAAT-GC--T----A-----T-AA-G--CC-----GA--GTTT-G---C--A----G-T--AAAC-A---TTTTTCGA
gi|58                         :             gAAAAG-GA--AT--C---CG-G-GT-T-GC--T----AAA---T-A--G--C------GA--GTT--A---C--A----G-G--TTTT-A---T-TTTCGA
gi|59                         :                cAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
gi|6                          :              AGAAG-CA--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---t
gi|60                         :              tcAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TGTCGAAGgaaggccgccggtaaacttttac
gi|61                         :              AGAAT-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----AA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAAg
gi|62                         :              cGAAG-GC--AT--C---AG-G-TA-T-GC--T----A-----T-A--G--CT-----TA--GTT--G---C--A----G-G--AAAC-A---T-TTCCGA
gi|63                         :                 AA-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A------G--TAAC-A---T-TGTGAAAGga
gi|64                         :           catAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAA
gi|65                         :                AAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GG--T----T-----T-A--G--TC-----AA--ATT--G---C--A----G-G--CAAT-G---T-TTTTGAAAT
gi|66                         :               GAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-C---T-TTT
gi|67                         :             ctGAAG-CC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAtc
gi|68                         :               GAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAg
gi|69                         :                AAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----G-A--G--CC-----GC--CTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAG
gi|7                          :              AGAAG-GC--AT--CTG-AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-C--TAGC-A---T-TTTTGAAGT
gi|70                         :              tcAAG-AA--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----G-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCt
gi|71                         :                AAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--C----A-----T-A--G--CC-----AA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAata
gi|72                         :                 AG-GC--GT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G---C-----GA---TT--G---C--A------G--TAAC-AC--T-TTTTGAAGT
gi|73                         :                         T--C---AG-A--A-G-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-G---T-TTTCGAt
gi|74                         :         agaatAAAAG-GC--AT--C---AA-A-GA-T-GC--T----A-----C-A--G--TC-----GA--GTT--G---C--G----G-G--CATC-A---T-Ttt
gi|75                         :                   tcC--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAAAG
gi|76                         :                   -GT--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-G--G--CC-----AA--GTA--A---A--A----G-G--TAAC-A---T-TGTCAAAGc
gi|77                         :              AAAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---A-TT
gi|78                         :                      --AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAA
gi|8                          :               aaAA-GC--ATT-C---AA-A-GA-T-GC--TG---A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--AAGCTA-G--TAAC-A---T-TTTCGAAAT
gi|80                         :              AGAAG-GC--AT--C---AC-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-tt
gi|81                         :             cAAAAG-GC--AT--C---GG-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--T--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---
gi|82                         :               cAAA-GC--AT--G---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---
gi|83                         :            caAGAAG-GC--AT--C---AT-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---A--A----G-G--T
gi|84                         :                               tcG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--T--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAA
gi|85                         :                                 G-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAt
gi|86                         :  atgcaggaaatgAAAAG-AC--AT--C---TG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--AC-----AA--GTT--G---C--A----G-A--T
gi|87                         :                                    -GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTT
gi|88                         :                                       -T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G---GAC-A-----TTTCGAAGTttaat
gi|89                         :                                       -T-GT--T----T-----T-A--G--CC-----GA--GTG--G---C--A------G--TATC-A---T-TTTCGAAGtt
gi|9                          :               tAAG-GC--AT--CTCCAG-A-TA-T-GC--T----AA----T-A--G--CCC----GA--GTTT-G---CCAA----G-G--TAACAA---T-TTT
gi|90                         :                                    -GA-T-AC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCtaat
gi|91                         :                                            --T----A-----T-A--G--C------GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCAAGGa
gi|92                         :                                                               --CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TACC-A---T-TTTCGAAGTggg
gi|94                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----ttttc


blockSeqs                     :                      CA  TC TCC               TAAT ATATA   TA AG  A           AA GG  CA AGCT A         CAT
blockSeqs                     :                      C   T  TT                C    AA      TA G   C           T  CA  C  T    C         T  
blockSeqs                     :                      .   .  TG                G    A       A  .   .           T  .   A  T    C         C  
blockSeqs                     :                      .   .  TG                .    A       A  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  T                 .    A       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  T                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  C                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                      .   .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                          .  .                 .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                                               .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                                               .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                                               .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                                               .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                                               .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                                               .    .       .  .   .           .  .   .  .    .         .  
blockSeqs                     :                                               .    .       .  .   .           .  .   .  .    .            
blockSeqs                     :                                               .    .       .  .   .           .  .   .  .    .            
blockSeqs                     :                                               .    .       .  .   .           .  .   .  .    .            
blockSeqs                     :                                               .    .       .  .   .           .  .                        
blockSeqs                     :                                                               .   .                                       


blockSeqCons                  :                                                                   *****          ***                   ***
originalCons                  :              AGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
finalCons                     :              AGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GCTCAGAGTGCTATTAGCGAGTTGTGCTTAGGTAAGTCATTTTTTGAAGTTTT
Unaligned ( gi|79 ): AAAAAAAGAAGTCCATATCCGATTTTAGTGGGCATTTTTCAAG
Unaligned ( gi|93 ): AGGAATGGATTCTATAGCGAGTGCAGATTATT






Alignments
lowQualScore                  :                   0  11  11 444  1 0  0 0  00 1111 33333 0 22 11  22222  00   11 222 11 1111 1 00    0 222 0         
lowQualScore                  :                   .  ..  .. ...  . .  . .  .. .... ..... . .. ..  .....  ..   .. ... .. .... . ..    . ... .         
lowQualScore                  :                   5  22  22 444  0 5  9 9  66 8888 11111 9 11 00  00000  66   55 000 55 9999 3 66    5 222 5         
consensus                     :              AGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
Reference ( family-4058 )     :              AGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
gi|1                          :              AGAGG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CCCCCCAAG--GTT--GCGCC--A----G-G--TAAC-AT--T-TTTCGAA
gi|10                         :                                      A-T-GC--C----A-----T-G--G--CC-----GA--G-T--G---T--AT---G-G--TAGC-A-----TTTCGAaagt
gi|11                         :  ataagcagcgaaAAAGG-GC--AT--CT--GG-G-GA-T--C--T----A-----T-A--GG-CT-----GA--GTT--A---C--A----G----TAAC-A---T-TTtatttattcgt
gi|12                         :       aaaatcaAGAAG-GC--AT--C---AG-T-GA-T-GC--T----T-----T-A--G--CT-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGTcaaa
gi|13                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--C--CC-----GA--GTT--G---A--A----A-G--TAAT-A---T-TTTCGAAGTga
gi|14                         :              nGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GC--G-T--G---C--AT---G-G--TAAC-A---T-TTTCGAGGTtt
gi|15                         :           catAAAAG-CC--AA--T---AG-G-GA-A-GC--T----A-----T-A--A--TG-----GA--GCT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCGAAGTt
gi|16                         :              cGAAG-GCCAAT--C---AG-A-GA-T-GC--T----AA----T-A--G--CC-----GA---TT--G---C--A----AAG--TAAC-A---T-TTT-GAAGTtt
gi|17                         :              AGAAG-GCC-AT--CTT-CG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A------G--TAAA-A---T-TTtt
gi|19                         :            ccAAAAG-AC--AT--CT--AG-G-GA-TTGC-------A-----T----G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-GGTTAAC-A---T-TTTctaagc
gi|2                          :           atcAGAAG--C--AT--CC--AG-A-GA-TAGC--TTAATA-----TTA--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTGTGAAGTacaa
gi|20                         :                     c--AT--C---AGAG-GA-T-GC--TC---A-----T-A--GAGCC-----GA--GTGAAG---C--A----A----CAAC-A---T-TTTCGAAGTt
gi|21                         :             gtgttG-GC--AT--C---GGCG-GT-T-GC--T----AA----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----C-G--TAA--A---T-TTT
gi|22                         :    gtcaaagcctAGAAG-GC--AT--C---GG-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--A--CC-----CT--GTT--A---C--A----T-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGta
gi|23                         :             cAGAAG-GC--AT--CTG-AG-G-GA-T-CC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-C--TAGC-A---T-TTTTGAAGgt
gi|24                         :                                   c-GA-T-GC--T----A-----T-ATAG--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCGATGT
gi|25                         : caaaaacatctttAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAGT
gi|26                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GT--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---T--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAt
gi|27                         :             cAAAAG-GC--GT--T---GG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--A--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTCAAAAGtt
gi|28                         :            tcAAAAG-GC--AC--C---AG-T-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAAGG
gi|29                         :            tcAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC-------A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TGAC-A---T-TTTCGAAGT
gi|3                          :             cAGAAG-GC--AT--C---GA-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----GCG--TAAC-A---A-TTTCt
gi|30                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAA-A---T-TTTCGAAGTttaattgtttt
gi|31                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAGT
gi|32                         :             cAGAAG-GC--AT--C---GG-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--A--CC-----GA--GTT--A---T--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
gi|33                         :             cAGAAG-GC--AT--T---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G---C-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TACT-AT--T-TTTCGAAGT
gi|34                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AT-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---A--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCGAAGT
gi|35                         :             cAGAAG-GC--AT--C---GG-G-AT-T-GT--T----A-----T-A--G--AC-----A----TT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TATTGAAGT
gi|36                         :                cAG-GC--ATTCC---AA-G-GA---GT--T----A-----T-T--C--CC-----GA--GTT--G---CC-A----G-G--TAAT-A---T-TTTCGAAGTtt
gi|37                         :               GAAG-GC--AT--C---AA-G--A-T-GCCTT----A-----T-A--G--C------GATAGTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAGTtt
gi|38                         :                AAG-GC--AT--C---AG-AAGA-T-GC--T----A-----T-AA-G--CC-----GA--GTT--GGG-C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAA
gi|39                         :                                 a-G-GT-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----AA--GTT--G---C--A----G-G--TATT-A---T-TTTCGAA
gi|4                          :  cgaaaggaaataAGAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GT--T----AATATAT-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAGGTttt
gi|40                         :             tcGGAA-GC--AT--C---AG-G--A-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT------C--A------G--TAAC-ACATT-TTCCGAAG
gi|41                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-AA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGTgt
gi|42                         :              AAAAG-GC--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CT-----GA--GTT--A---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAAAG
gi|43                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--C---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAG
gi|44                         :             cAAAAG-GC--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--ATT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTT
gi|45                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-G-GT-T-TC--T----A-----TTA--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----A-G--TAAC-A---T-TTTCGAtcaaa
gi|46                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGTg
gi|47                         :              AAAAG-GA--AC--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-ATAG--CT-----GA--GTT--A---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAA
gi|48                         :                AAG-GC--AC--C---AA-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAGTt
gi|49                         :             aAAAAG-CC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--T---G--A----G-G--TAA--A---T-TTTTAAAGTt
gi|5                          :             cAGAAG-GC--AT--C---GA-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----GCG--TAAC-A---A-TTTC
gi|50                         :              AAAAG-GC--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----A-----C-A--G--CC-----AA--GTT--A---A--A----G-------C-A---T-TTTCAAAGTttaattgtttt
gi|51                         :            tcAGAAG-GC--AT--C---AG-A-G--T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--GCA-C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTtt
gi|52                         :                AAG-GC--AT--C---GG-A-AA-T-GC--C----A-----T-G--G--CC-----GA--GTT--G---T--A----G-G--TAGC-A---T-TTTCGAAGTagtt
gi|53                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--TT-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAAt
gi|54                         :             cAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAG
gi|55                         :                AAGAGC--A---C---AG-A-GAAT-GC--T----T-----A-A--G--CCA----GA--GTT--G---CA-A----G-G--T-AC-A---T-TTTTGAAG
gi|56                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-AC--T----A-----T-A--G---C-----GA--GTT--G---C--A----G-G--AAAC-A---T-TTTTTAAGT
gi|57                         :               GAAG-G----T--C---AG-A-GAAT-GC--T----A-----T-AA-G--CC-----GA--GTTT-G---C--A----G-T--AAAC-A---TTTTTCGA
gi|58                         :             gAAAAG-GA--AT--C---CG-G-GT-T-GC--T----AAA---T-A--G--C------GA--GTT--A---C--A----G-G--TTTT-A---T-TTTCGA
gi|59                         :                cAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAGT
gi|6                          :              AGAAG-CA--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---t
gi|60                         :              tcAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TGTCGAAGgaaggccgccggtaaacttttac
gi|61                         :              AGAAT-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----AA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAAg
gi|62                         :              cGAAG-GC--AT--C---AG-G-TA-T-GC--T----A-----T-A--G--CT-----TA--GTT--G---C--A----G-G--AAAC-A---T-TTCCGA
gi|63                         :                 AA-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A------G--TAAC-A---T-TGTGAAAGga
gi|64                         :           catAGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTTGAA
gi|65                         :                AAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GG--T----T-----T-A--G--TC-----AA--ATT--G---C--A----G-G--CAAT-G---T-TTTTGAAAT
gi|66                         :               GAAG-GC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-C---T-TTT
gi|67                         :             ctGAAG-CC--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAtc
gi|68                         :               GAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAg
gi|69                         :                AAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----G-A--G--CC-----GC--CTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAG
gi|7                          :              AGAAG-GC--AT--CTG-AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-C--TAGC-A---T-TTTTGAAGT
gi|70                         :              tcAAG-AA--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----G-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCt
gi|71                         :                AAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--C----A-----T-A--G--CC-----AA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAAata
gi|72                         :                 AG-GC--GT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G---C-----GA---TT--G---C--A------G--TAAC-AC--T-TTTTGAAGT
gi|73                         :                         T--C---AG-A--A-G-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-G---T-TTTCGAt
gi|74                         :         agaatAAAAG-GC--AT--C---AA-A-GA-T-GC--T----A-----C-A--G--TC-----GA--GTT--G---C--G----G-G--CATC-A---T-Ttt
gi|75                         :                   tcC--AT--C---GG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCAAAG
gi|76                         :                   -GT--AT--C---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-G--G--CC-----AA--GTA--A---A--A----G-G--TAAC-A---T-TGTCAAAGc
gi|77                         :              AAAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---A-TT
gi|78                         :                      --AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAA
gi|8                          :               aaAA-GC--ATT-C---AA-A-GA-T-GC--TG---A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--AAGCTA-G--TAAC-A---T-TTTCGAAAT
gi|80                         :              AGAAG-GC--AT--C---AC-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-tt
gi|81                         :             cAAAAG-GC--AT--C---GG-G-AA-T-GC--T----A-----T-A--T--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---
gi|82                         :               cAAA-GC--AT--G---AG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CA-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---
gi|83                         :            caAGAAG-GC--AT--C---AT-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---A--A----G-G--T
gi|84                         :                               tcG-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--T--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTTCGAA
gi|85                         :                                 G-G-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAt
gi|86                         :  atgcaggaaatgAAAAG-AC--AT--C---TG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--AC-----AA--GTT--G---C--A----G-A--T
gi|87                         :                                    -GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAC-A---T-TTT
gi|88                         :                                       -T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G---GAC-A-----TTTCGAAGTttaat
gi|89                         :                                       -T-GT--T----T-----T-A--G--CC-----GA--GTG--G---C--A------G--TATC-A---T-TTTCGAAGtt
gi|9                          :               tAAG-GC--AT--CTCCAG-A-TA-T-GC--T----AA----T-A--G--CCC----GA--GTTT-G---CCAA----G-G--TAACAA---T-TTT
gi|90                         :                                    -GA-T-AC--T----A-----T-A--G--CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCtaat
gi|91                         :                                            --T----A-----T-A--G--C------GA--GTT--G---C--A----G-G--TAAT-A---T-TTTCAAGGa
gi|92                         :                                                               --CC-----GA--GTT--G---C--A----G-G--TACC-A---T-TTTCGAAGTggg
gi|94                         :              AGAAG-GC--AT--C---AG-A-GA-T-GC--T----A-----T-A--G--CC-----ttttc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): GCTCAGAGTGCTATTAGCGAGTTGTGCTTAGGTAAGTCATTTTTTGAAGTTTT
Unaligned ( gi|79 ): AAAAAAAGAAGTCCATATCCGATTTTAGTGGGCATTTTTCAAG
Unaligned ( gi|93 ): AGGAATGGATTCTATAGCGAGTGCAGATTATT