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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AGATGAAAATTCAGTTACACGACAAAGTGACAAAAACCTATATCATGCCGCATCTCTCAATGCGGGGCTCTAATAATTA
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Reference ( family-403 ) : GACGG-AC-G-A----CGG-ACG---G----ACGG--A-CG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCGC-CG-C------A-TCT-GTCGA
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originalCons : GACGG-AC-G-A----CGG-ACG---G----ACGG--A-CG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCGC-CG-C------A-TCT-GTCGA
finalCons : GACGG-AC-G-A----CGG-ACG---G----ACGG--A-CG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCGC-CG-C------A-TCT-GTCGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AGATGAAAATTCAGTTACACGACAAAGTGACAAAAACCTATATCATGCCGCATCTCTCAATGCGGGGCTCTAATAATTA
Unaligned ( gi|8 ): ATTGTTGACAGACAGAAAGACAGACAGACAAAAAGTGAAAATTATAGTATGCAGGGCCCTAATATCA
Unaligned ( gi|36 ): CGGACGGACAAAGTGACAACATCTGTCGATGCAGGGCCCTAAATATATAT
Alignments
lowQualScore : 2 9 1 6666 1 2222 2222 11 0 222 0 111 0 11 0 0 0 0 0 11 2222222 0 1 1 1 444444 0 1
lowQualScore : . . . .... . .... .... .. . ... . ... . .. . . . . . .. ....... . . . . ...... . .
lowQualScore : 1 6 5 1111 0 6666 7777 22 9 333 8 555 8 88 8 8 8 8 8 11 5555555 8 6 7 8 444444 9 0
consensus : GACGG-AC-G-A----CGG-ACG---G----ACGG--A-CG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCGC-CG-C------A-TCT-GTCGA
Reference ( family-403 ) : GACGG-AC-G-A----CGG-ACG---G----ACGG--A-CG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCGC-CG-C------A-TCT-GTCGA
gi|1 : GACAG-AT-A-AA---CAG-ACA---G----ATGG--A-CG---T-ACAA---AG-T--G-T-AA-A-C-T--ATAGCCTAT-A-GGGTGC-CA-C------A-TCT-GTCGA
gi|10 : gttgaagG-AC-GGA----CAG-ACA---G----ACGG--A-CG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-tgcagg
gi|11 : GACGG-AC-G-A----CGG-ACA---G----ATAGACA-CG---G-ACAA---AG-T--T-G-AA-A-C------------T-G-GGGCAC-CG-C------A-TTT-CTCcctttcgatgcgaaaactgtcgatgcgggg
gi|12 : ttCGG-AC-G-A----CGG-AAC---G----ACAG--A-CATGCG-ACCATCGAG-TT-G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GAGCGC-CG-CA-----A-TCT-CTCcgat
gi|13 : GAAGG-ACAG-A----CAG-ACG---G----ACGG--A-CC---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-
gi|14 : attgttGG-AGA---G----ACAG--A-TG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-T-T--A-------T-A-GGCCTC-CGAC------A-TCT-ataaaacaccgacat
gi|15 : acaga-G-A----CGG-ACA---G----ACAG--A-CA---G-ACAA---AGTT--G-A-AA-A-C-T--A-------T-ACGGGCGCGTG-CA-----A-TCT-ttgatgctgggc
gi|16 : acagatcaGACGG-ACAG-AACAGCAG-ACA---G----ACAG--A-AT---G-ACAA----G-T--T-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGC-C-CG-T------A--CT-GTct
gi|17 : ttGACAG-AC-G-A----CGG-ACA---G----ACAG--A-TG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-A-T--A-------T-A-GGGCAC-CA-C------A-TCT-t
gi|18 : gttgacgCGG-ACAG-A----CAG-ACG---G----ACGG--A-CG---GAACAA---AG-T--G-G-AA-A-
gi|19 : tgtttgGACGG-AC-G-A----CAG-ACA---G----ACAG--A-CG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--G-------T-A-GGGCGC-CG-C------A-TCT-CTCGAagtgtcgatatgcggggcc
gi|20 : GACAG-ACAG-A----CAG-ACC---G----ACGG--A-CG---G-ACAA---GG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCGC-CG-C------A-ACT-
gi|21 : acgGACGG----G-A----CAG-AAG---G----ACGA--A-CG---G-ACAG----G-T--G-A-AA-A-C-C--A-------T-A-GGGCGC-CG-C------ACTCT-CTCG
gi|22 : GACGGGAC-G-A----CAG-A-----G----GCGG--A-CGC--G-ACAA---AG-T--G-A-A------T--A-------TTA-GGGCGC-CG-C------A-TCT-CTCGAcat
gi|23 : t----CGG-ACA---GCTACATGG--A-AA---G-AGAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCAC-CG-C------A-TTC-ATC
gi|24 : GA-AC-A-A----CG--ACG--------ACGG--A-CG---G-ACAA---AG-T--G---AA-A-C-T--A---------A-GTCCGC-CA-C------A-CCT-tttgac
gi|25 : ttgacgaacaG-ACA---T----ATGG--A-CA---G-ACAA---AG-A--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGTGT-GG-C------A-ACC-ATCGA
gi|26 : gcta--A-CG---G-ACAA---AG-T--A-A-AA-T-C-T--A-------T-T-GGGCGC-AA-C------A-TCT-GTCGAtgcagg
gi|27 : caa---G----ACGG--A-CA---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCGC-CG-C------A-ACT-GACGAtgcggggttctaact
gi|28 : -ACC---G----ACAG--A-TG---G-ACTA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-CGCTGT-TG-C------A-TCT-GTCAAaagatgcggcgc
gi|29 : GG-ACAG-A----CGG-ACG---G----ACGA--A-CG---A-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-CGGCTC-CG-C------A-TTT-GTCGtgcggggcc
gi|3 : G-AAG---A----ACAG--A-CA---G-ACAA---AG-TTTG-A-AA-A-C-T--A-------T-T-GTACAC-CG-C------A-TCT-GTCGA
gi|30 : gttACGG-AC-A-A----AAGTCCA---G----ACGG--A-TG---G-ACAA---AT-T--G-A-GA-C-T-T--A-------T-A-GGTCGC-CG-C------A-Tttgcgatgcggtcctaatt
gi|31 : ttc-G-A----CGA-ACA---G----AAAG--A-CA---G-ACAA----G-T--G-A-AA-A-G-T--A-------T-A-CGGCGC-TG-C------A-TCT-GTCGA
gi|32 : t-G-A----CAG-ACA---G----ACGG--A-TG---G-ACAT---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGATGC-TG-C------A-TCT-ATCGAtg
gi|33 : aG-ACA---T----ACGA--A-CG---G-ACAA---AG-T--GCA-AA-A-T-T--A-------T-A-AGGCGC-CG-C------A-TCT-t
gi|34 : acggaaaG-ATG---G----ACAG--A-CG---G-AAAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-CGGTGC-TG-C------A-TCT-TTCAAa
gi|35 : -ACG---G----ACAG--A-CA---G-ACAA---AG-T--G-AGAA-A-C-T--A-------T-A--GGCGCACG-C------A-TCTCGTCGAtgc
gi|37 : -ACG---G----ACAG--A-CA---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-AAC-T--A-------T-A-CGGCGC-CG-C------A-TCT-ATCGAtg
gi|38 : G-GCA---G----ACGA--G-CG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCGC-Cg
gi|39 : gtcaaacagaaa-A----CGG-ACA---G----ATGG--A-CA---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGTGT-CG-C------A-TCT-GT
gi|4 : GACAG-AT-A-AA---CAG-CTG---G----ACGG--A-CT---G-ATAG---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGTGC-CG-CCCGCATA-CCT-GTCt
gi|40 : taca-G-A----CAG-ACA---G----ATTG--A-CG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-G-T--A-------T-A-GGGCGC-CG-C------A-TCT-catg
gi|41 : cgG-T--G-A-AATA-C-T--A-------T-AAGGGCGC-CA-C------A-TCT-GTC
gi|42 : agtGG-ATG---G----ACAC--A-CA---G-ACAA---CG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGTGC-CG-C------A-TCccgatgcgggggcct
gi|43 : CG---G----ACAG--A-CG-----ACAA---AG-T--G-A-GA-A-GAT--A-------T-A-AGGCGC-CG-C------A-TCT-CTCGgaga
gi|44 : ----ACAG--A-CG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GAGCGC-TG-C------A-TCT-GTCGA
gi|45 : G-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCGC-C--C------A-ACT-GTCGAt
gi|46 : ----ACGG--A-CG---G-ACAA---AG-C--G-A-AA-C-C-T--A-------T-A-GGGTGC-CG-C------A-TCT-GTCGtgcgcatgcgggg
gi|47 : G-ACA---G----ACAG--A-CA---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-T-C-T--A-------T-A-GGGCAC-CA-C------A-T
gi|48 : G-ATG---G----ACAG--A-TA---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-AGGCGC-C
gi|49 : tG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCGC-CG-T------A-TCT-CTCGAtg
gi|5 : G-AC-A-G----AGG-AGA---G----ACAG--A-TG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-T-T--A-------T-A-GGCCTC-CGAC------A-TCT-t
gi|50 : gctgactaa---G----ACAG--A-CA---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-A-T--A-------T-A-GGGCGC-CG-C------A-Tttgatgctggg
gi|51 : G-ACA---G----ACGG--A-CG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GAGCGC-a
gi|52 : a-T--G-A-AA-A-C-T--G-------T-A-GGGCGC-CA-C------A-TCT-GTCGA
gi|53 : -A-C-T--A-------T-A-GGGTGC-TG-C------A-ACT-GTCAAtgcggga
gi|54 : -G-A----TGG-ACA---G----ACGG--A-TG---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-tgcagggccct
gi|55 : ---G----ACGG--A-CA---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGC
gi|56 : --G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCGC-CG-C------A-TCT-CTCGA
gi|6 : GACAG-A----A----CGG-ACG---GC---ACGG--ATCG---G-ACAA----G-T--G-A-AA-A-C-CTAA-------T-A-GGGCGC-CG-C------A-TCT-t
gi|7 : tgacggacaga-G-A----CAG-ATA---A----ATGG--A-CA---G-AGAA---AG-T--G-A-AA-A-T-T--T-------T-A-GGACAC-CA-C------A-TCT-GTCAAcaat
gi|9 : acaGACAG-ACTG-A----CGG-ACGACAG----ACAG--A-CA---G-ACAA---AG-T--G-A-AA-A-C-T--A-------T-A-GGGCGC-tgtggggccctaa
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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