lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 1 1 1 11 5555555555 1 222222 111 444444444444444444 111 111 11111 11 22 111111111 111111 22 111111111111 222222 2222222222222 1111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 2222222 1 333333333 22222222222 1 222 2222 1111 33333333 3333333333333333 111 111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 222 1 11111
lowQualScore : 777 6 6 7 6 5 7 6 3 33 5555555555 2 2 4 8 6 111111 000 5 555555555555555555 66 999 66 000 7 2 8 3 3 777 3 77777 00 00 222222222 3 000000 44 11 77 555 3 999999999999 3 3 777777 2 66 3 3 5555555555555 55 777 6 4 3 7777777 4 4 777 4 4 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 4444444 6666666 3 111111111 5 66 66666666666 1 0 555 8888 2222 7 00000000 1 00 0000000000000000 555 222222 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 1 6 11 8 0 88 2 777 777 000 444 1 6 6 1 55555
lowQualScore : ... . . . . . . . . .. .......... . . . . . ...... ... . .................. .. ... .. ... . . . . . ... . ..... .. .. ......... . ...... .. .. .. ... . ............ . . ...... . .. . . ............. .. ... . . . ....... . . ... . . ............................................................................................................................................................................................................................... . ....... ....... . ......... . .. ........... . . ... .... .... . ........ . .. ................ ... ...... . ........................................................................................ . . . .. . . .. . ... ... ... ... . . . . .....
lowQualScore : 000 0 0 0 0 0 0 0 0 55 5555555555 5 5 0 0 0 000000 000 7 111111111111111111 11 000 44 111 3 0 8 6 6 111 6 22222 66 22 777777777 6 555555 66 22 99 888 3 666666666666 3 3 000000 8 11 6 6 7777777777777 55 888 0 0 7 5555555 0 0 000 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 4444444 6666666 3 333333333 7 99 88888888888 4 0 555 0000 0000 1 00000000 4 77 0000000000000000 444 333333 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8 4 6 00 0 2 99 7 333 333 000 444 1 6 2 7 22222
consensus : GTATTCAATTGATGAAATTTATTATAAAATTTTTCAACATATAAAATTTTCAATTATGAATTATACTTATGTTTTGAAANATNNCAAATGTATTTGCTTGANCATAGACGTTNTGAAAAACTT-TATCCA-AT---GTA---TG-TAATGT-TTAAATA-TTT--TTTTGAA--T-C-TGTA-GTT-N-TACTT-GTGAAATA-A-AT-C-CAC-CT-----CTA--CTGGGAGA-AAAC-----G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CCGCCCT--A---GGGT-CAT---C-TN-----TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------G--GA--CTCTG--NGGCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-ATG-TCCT-------N-------CG-A-A-TCCT-AGATTTAT---NATTT-ACTTT----T--GCTN-ATCATA-CAATA--CG----------AAT---------A---TAT-G-TTTTNA-TACG----T-AA-ATTG----T-----TA-T-------TT---TA--ATAC----------------ANTAT-A-TATGCAT--TGTACCTTATTTGAC---TT-A-CGTATA-------CCTA-----TTGTTANG-------T-CTAT--A-----TA--TAACT-TATGT-AAATCA--TATAAATAGTA--TTACTCAGTATAA----CN--TATGTATAC--------AT--ATTGTG-TATTATTC-A----ATATACTACCATAT------TANANNCGNNNNNATNCTNCGNGNNNNNATACGNNGTTGTANNCGTCTNNGCNNNNNCGGGANCNCNCCCNNCGNNG-TGCCATTTGAATATATT--GTT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT---AT---A-G-TA---TAGGTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
Reference ( gi|1 ) : GTATTCAAGCAATGAAACTTGTTATAATATTTTTCAACATGTCAAATTTTCAATTATGAATTTTATTTATGTTTTGAAAAATCTCAA-----TTCGCTTGACCATAGACCTTTTGAAAAACTT-T-TCCA-AT---GTA---TG-TAATGT-TCAAATA-TTT--TTTTGAA--T-C-TGTA-ATT-T-TACTT-GTGACATA-A-AT-A-CAC-CT-----CTA--CTGGGAGA-CAAC-----G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CTTTCCT--A---GGGT-CAT---T-TA-----TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------A--GA--CTCTG--AGGTAG-CACA------AG-TGGTA-T---T-ATG-TCCT-------A-------TG-----TCCT-GGTTTTAT---TCTTT-ACTTT----T--GCTC-TTCATA-CAATA--CA----------AAT---------A---TAT-G-TTTTCA-TACG----T-AA-ATTG----T-----TG-T-------TT---TA--ATACT---------------AGTAT-A-TATGCAT--TGTACCTTATTTGAC---TT-A-CGTATA-------CCCG-----TTGATACT-------T-CTAT--A-----TA--TAACT-TATGT-TTATCA--CTTAAATAGCA--TTACTCAGTATAA----TA--TATGCATAC--------AT--A--ATG-TTTTATTC-A----ATATATCACCGCAT------TANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-TGCCATTTGAATCTATT--GTT-AAGAGTCACTCAT-CT-GTT---AT---A-T-TA---TAGGTCTGGGAAATAAACATTATATA---TATAAAA
gi|6 : GTATTCAATTGATGAAATTTATTATAAAATTTTTCAACATATAAAATTTTCAATTATGAATTATACTTATGTTTTGAAAAATATCAA-----TTTGCTTGACCATAGACCTTTTGAAAAACTT-T-TCCA-TTTTTGTA---TG-TAATGT-TCAAAGAATTT--TTTT-----T-T-TGTA-ATT-T-TACTT-GTGACATA-A-AT-A-CAC-CT-----CTAA-CTGGGAGA-AAAC-----G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CTGCCCT--A---GGGT-CAT---G-TA-----TG-GACT-C-----A-GTGTGTGTGTG-TGT----------A--GA--CTCTG--AGGCAG-CACA------GA-TGATA-T---T-ATG-TCCT---------------------------------------------CTTT----T--GCTC-ATCATA-CAATA--CA----------AAT---------A---TAT-G--------------------------------------T-------TT---TC--ATAC-----------------GTA-----A---AT--TGTACCTTATTTG----------CATATA-------C
gi|13 : tatgtagcatgatttctataagagttacactagatctacataaacggtgtaatcatcgacctttcagaatctctatttgactacatgcaattaaaactttgcattctattgaatacaattgaatGTTTTGAAACATTGTAAATGTATTT--TTAAGTATAAATGTTATAGAAAACTTAT-GCCA-A----ATACTTTG-TAATAT-GTAAAT--TCA--TCGTAAA--T---TATATATA-T-TA-TT-G-AAAATA-A-AT-G-C---CTATGTACTA--CTGGG-GA-AACC-----T---GTCTCCCA-GCTA------GG--CCTGCCTGTA---AGGT-CAT---C-TA-----TA-GACT-CT--C-A-GTGTGTGTGTG-TGT----------attgtaatagttgtggcttagtcg
gi|14 : AAAAACTT-T-TCCA-TT---GTA---GGGTAAGG----AATTA-CGTGATCATGGA--CACACGTA-ATT-T--ACTT-GT-AC-TA-A-ATTA-CACACTAA---CTGGCCAGGAAAA-TAATAAAGGG---GTCAGCCGTGCTACGAGAAAG--TCGCCCTT-A---GGGTTCATCAGT-TACTCAATA-GGCTACT--ACA-ATATGCTCGTGATGTTAGTAAGACTA--GG--CTCTGGGAGGCAGGCACA------GG-TGGTA-T---TAATG-TCgtgtgtgtgtagacccttagcaccatcagcgat
gi|2 : ATTT-TATCTATAT---GTA---TT-TATTGTATTGAAT--------TTTGAA--T-C-TGTA-GTT-A-TACTT-GTAAAATA-A-AT-C-CAC-CT-----CTA--CTGGGGGA-AAAC-----G---GTCTCCCA-ACTA------AG--CTGCCCT--A---GGGT-CAT---C-TT-----TG-GATT-CT----A-GTTTGTGTTTG-TTT--------------A--CTCTG--CAGCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-ATG-TTCT-------T-------CGAAAAATCCT-AGATTGGT---AATTT-ACTTT----T--GCTT-ATCATA-CAAT-----------------T---------------T-G-TTAT-A-TACGACTTT-GGCATTT----T-----TT-T-------TT---CA--TTATA---------------ATTAC-A-TA-------TATAC---ATTT-------------TATA-------CCTA-----TTGTTAGG-------T-CTATAGA-----TA--TAACT-TATAT-AAATCA--TATGAATAGTG--TTACTCGGTATAA----CT--TATGTATTC--------AT--A--TTG--CGTATTT-C----ATATAtc
gi|8 : ttatgtagattagattccttaagtgaaactacattcaatatgtataatcatgttaaaaatcaatctgtttttattcatcagtattgaagcatatgaatgcaaatgttgaatatattgttttgaaaatctattaaaaataatgtaatatgactaatatgatttttacagtagaataatttaggcattatattaggataaactttaataaaattgaagcaagatagcatgcgtagaattaccacactcattttcATTT-TATCTATAT---GTA---TT-TA---T-TTGGATT-TTA--TTTTGAA--T-C-TGTA-CTT-A-TACTT-GTGAAATA-A-AT-C-CAC-CT-----CTA--CTGGGAGA-AAAC-----G---ATATCCCG-GCTA------AG--CTGCCTT--A---AGGT-CAT---C-TT-----TG-GACT-CT----A-GTTTGTGTTTG-TGT----------G--GA--CTCTG--TGGCAG-CATA------GT-TGGTA-T---T-ATG-TTCT-------T-------CGAAAAATCCT-AGATTTAT---CATTT-ACCTT----T--GCGT-ATCATA-CAATA--TGT---------TAT---------A---TAT-GACTTTGA-CATG----T-caa
gi|9 : atttttttcagtgagtattgaagcatataaatgcaaatatagaatataaatgttttaaaaatatatcaaaaataatgtaatatgactaatatgattcttccagtagctcacaactcggataatttagacattatattaggaattttgataaactttaacaaaattgaagtaagatgtcgtagttttaattactacacccattttc-AT---GTG---TA-TA--GT-T--AATA-TTT--A---GAAAAT-C-TGTA-GGT-A-TACTTAGTGAAATATA-GT-C-CAC-CT-----TTA--C--GGAGA--AAC-----G---GTCTCCCA-GCTA------AAACCCGCCCT--A---GAGT-CAG---C-T------TG-GACT-CT----A-GTGTGT--------T----------G--GA--CTCTG--CGGCAG-CATA------GG-TTGGA-TGACT-ATT-TCTTCGTAA--A-------AA-----TCCTAGATTGTGTAGACCTTT-ACTTT----TAAGCTTATTCAT----TTA--CC----------AATCTTGTG---G---TAT-A-TATTTA-TACG----tttat
gi|4 : tatatatatgtgttgtgT---GTG---TG-TA-TAT-TTAA------T--TTTGGAA--T-C-TGTA-GGTATATACTTCGTGAAATT-ATAT-C-CAC-CT-----TTA--CTGGGAGAATAAC-----G---GTCTCCCA-GCTA------AG--CTGCCCT--A----GAT-CAG---C-TT-----TGCGACT-CT----A-GTTTGTGTTTG-T-T----------G--GA--CTCTG--CGGCAG-CATA------GGTTGGTA-----T-A-G-TTCT-------T-------CGCAAA-TCCT-AGATTTGT---AATTTAACTTT----T--GCTA--TCATA-CATTG--T-------------T---------A---TATCG-ACTT-----------T-GG-CTTT----T-----TT-T-------TT---CA--TTA-T---------------AAT-T-A-CAT--AT--TATCCATTGTTT-------------CATA-------CCTA-----TTGTTAGG-------T-CTAT--A-----TAATCAACTGTATGTATAATCA--TATAAATATAT--TTACTC----TAA----TACTTATGCA-GC--------AT--A--TTGTTTTTATTCTA----ATATagcctttgtagctttgtttttcagtgtcataaaattaaatctaaatcccacttttaactattg
gi|31 : tgTA-TTTAATTTTGAA--T-A-TGTA-GTT-A-TACTT-GTGAAATA-A-AT-C-CAC-Cgaacttaccatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatttgattatattgttaggaatcgttcatttgttatagtgtaggtctgggtaataaacatcataaaacttgaaa
gi|37 : atatgtatttatttg--TTTTGAA--T-C-TGTA-GTT-A-TACTT-GTGAAATA-T-AT-C-CAC-C
gi|3 : GTA-GTT-T-TATTT-GTGTTATA-A-AT-C-CAC-CT-----CTA--CTGGGAGA-AAAT-----G---GTTTCCAG-GAAA------GG--CTGACTT--A---GGTT-CAT---C-TT-----TA-GACT-TTTGA-ATGTGTGTGCATG-TGT----------ATGGG--TTCTG--GGGCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-ATG-TCCT----------------------TCCT-TGATATAT---AATTT-ACCTC----T--GCTA-ATCATA-CAATATGCATAATTTATAGGAT---------A---CAT-G--TTTAA-TACG----T-AA-ACTG----T-----TA-TATATTACTT---TGACATGCTTTATTC---------ATTAA-A-TATACTT--TGTATCTTATTTGAC---TTAA-CGTATA-------CCTA-----TTGTTTGA-------T-CTAT--A-----TA--TTATT-TATGA-AAATCA--TGTAAATAGTA--TTACTTAGTATAA----CT--CATGTACAC--------AT--ATTGTG-TATTATTC-A----ATATACTACC
gi|5 : -T-TATTT-GT--TATA-A-AT-CTCAC-CT------TA--CTGGGAGA-AACC-----ATATGTCTCCCG-CATA------AG--GCTTACT--A---GATT-CAT---TCTT-----TG-GACT-CT---------TATGGGTG-T--------------------TC----AGGCAG-CAAT------GG-TGGTCTT---T-ATGATCTTCAAAAAAA-------T------TCAC-A--TTTAT---TATTT--TTTT----T--GCTA-TTCATACCAATA--TG----------AATTATTATATCA---TAC-A-TTTTTA-TGCG----TCAACATTC----TACATATGCC-------TT---TA--ACACTATAAATTACTCGTCCAGTAT-ACTATGGAT--CTTACTTCACT--ACGT-TT-A-CGTATT-------GCTGTGCAATTGATAATAAAAAAATATTAT--ACAAGCTA--TAACT-TATGC-Tatgtaccatatattcaactaaagatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccatttgattatattgttaggaattgctcatttgttatagtataggtctggattataaacatcataaaactttaa
gi|36 : ---GTCTCCCA-GCTA------GG--CTG-CCT--ATAAAGGT-CAT---C-TA-----TG-GACT-Caccagtatgtgtggtatatgtatttacctaccataccatagaattcaacaaaaatgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatttagtttggaatgctcagttgttattagtataggtctggtaataacaattataatttaaaacttcaa
gi|7 : tG-GCTA------AG--ATGACCT--T---GGGT-CAT---T-TA-----TG-GACT-CT--A---GTTTGTGTGTG-TGT----------A--GA--CTCTG--AGGCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-GTG-TCCT-------AAGAAAATTG-----T--T-AGATTTAT---TATTT-AGCGT----T--GCTC-ATCATA-CAATG--TG------------T---------G---TAT-G-TTT-AA-TACG----T-CA-ATTG----T-----TA---------------A--ATATG---------------ACTTTGA-TATG--T--T-----TTATTCAA-----T-A-CATATATCTAATACCTA-----TTGTTACT-------T-CTAT--A-----------A---TATGT-AAATCA--TATAAATAGTA--TTACGCAGTATAACTCATA--TATACATATTGTGTATTATTCA--ATG-TACTATTT-ATCATATATATTTTCA-AC------TAAAGATGTATACATCCTGCGTGATGTAATATGCAATTATATACATTTTTGTAATCGTTGGAGCATCCTCGGCAGC--TGCCATTTGTATATACT--TTT-AGGAGTCGCCCAT-TT-CTT---AT---A-TATAGTTTAAGTCTGGGTAA-AAATATCA
gi|39 : G--CTGCCCT--A---GGGT-CAC---C-TT-----TG-GACT-CT--A-ga
gi|16 : T--A-T-GTGTGTGGGTG-GGG----------G--GGTGCCCCG--AGGCAG-CATACCGGTAGG-TGATA-T---T-ATG-TCCT-------A-------CGAATATTCCT-AGATTTAT---TACTC-AGCAT----T--GCTA-ATCATA-TAATT--TG----------AAT---------AATTTAT-A-TGTTTATTACA----T-CA-ACTG----T-----Tgt
gi|15 : actatTTATG--TCCT---CTTT----T--GCTC-ATCATA-CAATA--CA----------AAT---------A---TAT-G-TTTTCA-TACG----T-AA-ATTG----------TA-C-------CT---TA--TT--------------------TGC-A-TATACAT--TGTAaaatatgactttgccatgcattatttatatatg
gi|12 : CTTT-ACTTTAATTT--GCTC-ATCATA-CAATA--CA----------AAT---------A---TAT-G-TTTTCA-TACG----T-AA-ATTGTACCT-----TA-T-------TTGTATA--AT-C------------------TAT-G-TATTCATAATGTA--TTATTCAATATATT-ACCATATA-------Catagttgtggcttagtcgaggccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgttataatataggtctgggaaataaacatgatctaa
gi|11 : T-A-CATGCAT-------CTTACTTGAC---TT-A-CGTATG-------CCTT-----TTGTTACG-------T-CTAT--A-----T------CT-TATGT-AAATCA--TATAAATAGTA--TTATTTAGTATAC----T---T-TGTATAC--------AT--ATTGTG-TATTATTC-A----ATATACTACCATAT------tacatacatcctacatgatgttttaagcatatatacaatgttgtaatagtctgagcttagtcgagaccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgctataatataggtctgggaaataaacatgatattaaaaa
gi|10 : --TGCATCTTACTTGAC---TT-A-CGTATG-------CCTT-----TTGTTACG-------T-CTAT--A---------TAACT-TATGT-AAATCA--TATAAATAGTA--TTATTTAGTATAG----CT--TATGTATAC--------AT--ATTGTG-TATTATTC-A----ATATACTACCATAT------accatgtattcaactaaagatatatacatcctgctgatgtaaagcaatcatatacaatgctataatgttggagcctataatagtcgagactccatcctcggcagctgccatttgtttttatagtatataggtctgggtaatataaatcataaaacttgtaa
gi|12 : a--A-----TA--CAAATATATGT-TT-TCATACGTAAATTGTACCTTATTT-GTATAA----TC--TATGTATTC--------AT--A--ATG-TATTATTC-A----ATATATTACCATATACTACATACATCCTACATGATGTTTTAAGCATATATACAATGTTGTAATAGTCTGAGCTTAGTCGAGACCCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTGAATCTATT--GTT-AAGCGTCACTCAT-TT-GCT---AT---A-A-TA---TAGGTCTGGGAAATAAACATGATAT------TAAAAaccatgtattcaactaaagatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataggtctgggtaatataaatcataaaacttgtaaaaaaa
gi|3 : ctttactttaatttgctcatcataca-TGCCATTTGATTATATT--GTT-AGGAATTGCTCAT-TT-GTT---AT---A-G-TA---TAGGTCTGGATTATAAACATCATAa
gi|4 : gtagttttatttgtgttataaatccacctctactgggagaaaatggtttccaggaaaggctgacttaggttcatctttagacttttgaatgtgtgtgcatgtgtatgggttctggggcagcataggtggtattatgtccttccttgatatataatttacctctgctaatcatacaatatgcataatttataggatacatgtttaatacgtaaactgttatatattactttgacatgctttattcattaaatatactttgtatcttatttgacttaacgtatacctattgtttgatctatatattatttatgaaaatcatgtaaatagtattacttagtataactcatgtacacatattgtgtattattcaatatactaccatgtaccatatattcaactaaagatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TACCATTTGATTATATT--GTT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT---AT---A-G-TG---TAGGTCTGGGTAATAAACATCATAaaactttaa
gi|15 : tgtgtgtgtatatttaattttggaatctgtaggtatatacttcgtgaaattatatccacctttactgggagaataacggtctcccagctaagctgccctagatcagctttgcgactctagtttgtgtttgttggactctgcggcagcataggttggtatagttcttcgcaaatcctagatttgtaatttaacttttgctatcatacattgttatatcgactttggctttttttttcattataattacatattatccattgtttcatacctattgttaggtctatataatcaactgtatgtataatcatataaatatatttactctaatacttatgcagcatattgtttttattctaatatgaacttaccatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TGCCATTTGAATCTATT--GTT-AAGCGTCACTCAT-TT-GTT---AT---A-A-TA---TAGGTCTGGGAAATAAACATGATCTA---aaacttgaaa
gi|29 : ttatgtcctcttttgctcatcatacaatacaaatatatgttttcatacgtaaattgtaccttatttgcatatacattgtaatagttgtggcttagtcgaggccccatcctcggcagc-TGCTATTTGATTATATT--GTT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT---AT---A-G-TG---TAGGTCTGGT-AATAAACATCATAa
gi|27 : -TGCCATTTGAATACATT--GTG-AAGCGTCACTCATGTT-GTT---ATTAAA-A-TA---TAGGTCTGTGGTATAAA-ATAATATA---TCTAAAAaaaa
gi|21 : -TGTCATTTGATTATATT--GTT-AGGAATCGTACAT-TT-GTT---GT---A-G-CA---TAGATTTGGGTAATAAAAATCACAaat
gi|19 : cataatgttccaatggttggagcttagttgaggcccatcctcggcagc-TGCCATT---ATCTATTTAGTTTAAGAAAAATAAAT-TT-GTT---AT---A-G-TA---TAGGCCTGGGAAATAAA-ATTATaaacttaattaaaaat
gi|28 : atgtaatagaaatttatcattttgtattagttggagctttgtcgagatcccatccttgatagc-TGCCATT---ATTTATTTAGTTTAAGAAAAATATAT-TT-GTT---AT---A-G-TA---TAGGTCTGGGAAATAAA-ATTAT-TA---AAAAAAAttttaaaa
gi|23 : gatagcGAATCGTTCAT-TT-ATT---AT---A-G-TG---TAGGTCTGGGTAATAAACATAATA
gi|34 : gttgtaatagttggagcttagacgaagtcccatcctcgacagctgcactttTCGTTCAT-TTTGTTT--AT---A-G-TG---TAGGTCGGGGTAATAAACATCATA
gi|5 : aCTCAG-TT-GTT---ATT--A-G-TA---TAGGTCTGGT-AATAACAATTATA-A---TTTAAAAaaactt
gi|11 : ttatttgttataaatctcaccttactgggagaaaccatatgtctcccgcataaggcttactagattcattctttggactcttatgggtgttcaggcagcaatggtggtctttatgatcttcaaaaaaattcacatttattattttttttgctattcataccaatatgaattattatatcatacatttttatgcgtcaacattctacatatgcctttaacactataaattactcgtccagtatactatggatcttacttcactacgtttacgtattgctgtgcaattgataataaaaaaatattatacaagctataacttatgctaccagtatgtgtggtatatgtatttacctaccataccatagaattcaacaaaaatgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatttagtttggaatgCAT-TT-GTTTTTAT---AGTATA---TAGGTCTGGGTAATATAAATCATActtcaa
gi|35 : tacatgcatcttacttgacttacgtatgccttttgttacgtctatatcttatgtaaatcatataaatagtattatttagtatactttgtatacatattgtgtattattcaatatactaccatataccatgtattcaactaaagatatatacatcctgctgatgtaaagcaatcatatacaatgctataatgttggagcctataatagtcgagactccatcctcggcagctgcT-GTT---AT---G-A-TA---TAGGTCTGGGAAATAAACACGATATA---TAAGAAAaaacttgtaa
gi|10 : t-TA---TAGGTCTGGGTAATATAAATCATAAAACTTGTAAAA
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAATATGACTTAATTTATGATTTTTTCCAGTTGAATAATTAACATTATATTAGGATATAAAAACTATGAAATTCCAAAAAGATTCTAATGCAAAAGGATATTCATGCTTATAACTTACCTATCACTCATGTTCATTATGTATGTATGTTATTCTAAATATTG
Unaligned ( gi|18 ): GTTTGTATATTGATTGCCGTTAAGATGAAACGAGTTTCAATATATTAATCATGATTAAAATAATCAACTGGGTTTTATATCATCAGTATTGAAAGTACATGTATATGAATAAAATGTTGAACATCAATGTTGTATCGAAAGAATTGAAAAAAAATGT
Unaligned ( gi|20 ): ATTAATATACAATTTGATTTTCAGTTGATAAATTTAGACATTATATTAGGCATAAACTTTAATAAAAATTGAAGCAAGATATCATGGCTTAATTACCAAACACATTTCATTTTATGTATTATAATTATATAC
Unaligned ( gi|22 ): CCTTAAGTGAAACTACATTAAATATGTATAGTCATGTTAAAAAATAAGTTTTTATTCATCAGTATTGAAGCAATTGAATATAAATATTTTGAAAATCTATCAAAAATAAAATAATATGTATAATAT
Unaligned ( gi|24 ): GTTATGTAGAATTAGATTCCTTAAGGTTGGAACTACATTTCAAATATGTTATATCATGTTAAAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCATCAGTATTGA
Unaligned ( gi|25 ): TGTAAACAGTGTAATTGCGCAGTGATTTTTCATCGTACATATCACTGTGTACTATTCAATATAATGCCACCATTCATAAACTCGACTAAGGGT
Unaligned ( gi|26 ): GTGTAACTACATTCATTATGTAAATCATTTAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCACCAGTATTGAAGCATAATGTTCCAATGGTTGG
Unaligned ( gi|30 ): CACAAGTTATATCATTCGGTATAACTTATGTATTACTCGATATAACTTATGTATTCATATTGTGTATT
Unaligned ( gi|32 ): ATATATTGTATTTATTTAATTATACTACCATATCATATATTCAACTAAGAAATATA
Unaligned ( gi|33 ): TAAATGTTAATAGTGATAGGTCTGGGAAATAAAATCTTATAAAACCTGAAAAAA
Unaligned ( gi|38 ): TACTCTTGTCATGGCACTCAAAACAAGTAGTT
Alignments
lowQualScore : 44444 1 111 22222222222222222222222 11111 111111111111 222222 22222222222 111111 44444444444444444444 3333333333333333333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222222222 11111111 11111111111 6666666666666666666666666666666666666666666 111 2222222222 22222222
lowQualScore : 3 4 3 4 1 22 33333 6 1 6 1 5 6 888 8888888 99999999999999999999999 55 777 44 3 4 6 1 3 3 3 6 00000 4 55 4 0 555555555555 3 999999 44 44 6 3 3 3 3 888888 888 3 3 333333 1 4 3 2 00000000000 55 1 55 3 000000 3 3 666 3 77777777777777777777 4 2 666 3 7777 44 4 3 3 6666666666666666666666666 555 44 6 1 3 0 44 4 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222222222 1 55555555 2 4 4 3 55 666 666 88 2 3 3 1 3 3 7777 3 1 3 4 44444444444 5555555555555555555555555555555555555555555 1 55555 222 444 6666 5555555555 1 1 1 33 22222222 2 2 44 3 2 2 2 2 666 33 2 66666 1 5 0 3
lowQualScore : . . . . . .. ..... . . . . . . ... ....... ....................... .. ... .. . . . . . . . . ..... . .. . . ............ . ...... .. .. . . . . . ...... ... . . ...... . . . . ........... .. . .. . ...... . . ... . .................... . . ... . .... .. . . . ......................... ... .. . . . . .. . .......................................................................... .................... . ........ . . . . .. ... ... .. . . . . . . .... . . . . ........... ........................................... . ..... ... ... .... .......... . . . .. ........ . . .. . . . . . ... .. . ..... . . . .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 00 33333 7 0 7 0 5 7 888 7777777 88888888888888888888888 55 111 88 6 5 7 2 3 3 3 7 00000 0 55 0 7 000000000000 3 666666 22 22 2 1 1 1 1 888888 222 1 1 777777 8 2 3 5 88888888888 00 0 00 6 555555 6 6 444 6 33333333333333333333 0 4 444 6 1111 66 2 3 3 9999999999999999999999999 888 66 7 0 3 4 22 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222222222222222 0 00000000 9 4 4 6 00 444 444 66 6 6 6 0 6 6 7777 6 3 6 0 11111111111 3333333333333333333333333333333333333333333 0 00000 888 222 4444 0000000000 8 0 0 55 55555555 6 1 66 3 7 5 5 5 999 44 5 22222 0 1 8 8
consensus : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAA----ATTTGCTTGACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCAT--ATGTA---T-G-TAATGT-TTA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CA-TC------TN--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-ATGTCCTTC----G-A--AA---T---CCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATA-CAATACG------------AAT---------A---TAT--G-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----T---TAT-------TT---TAATA---------C-ACTAT-A-TAT----------GCAT----TGTACCTTATTTGAC---TTA-CGT-------ATACCTATTGTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-AATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG-T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--A---C----TACCATAT--------------TANAGACGTATACATCCTGC---------GCGATNATATACGATGTTGTAATAGTTNNNGC-----NTAGTCGAGACCCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTGAATATATT--GTT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATATNTAAAA
Reference ( family-4013 ) : GTATTCAATTGATGAAATTTATTATAAAATTTTTCAACATATAAAATTTTCAATTATGAATTATACTTATGTTTTGAAANATNNCAAATGTATTTGCTTGANCATAGACGTTNTGAAAAACTTTAT-CCA---ATGTA---T-G-TAATGT-TTA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TNTACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CA-TC------TN--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-ATGTCCTNC----G----AA---T---CCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTNA-TCATA-CAATACG------------AAT---------A---TAT--G-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----T---TAT-------TT---TAATA---------C-ANTAT-A-TAT----------GCAT----TGTACCTTATTTGAC---TTA-CGT-------ATACCTATTGTTANGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-AATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG-T-ATAACNTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--A---C----TACCATAT--------------TANANNCGNNNNNATNCTNC---------GNGNNNNNATACGNNGTTGTANNCGTCTNNGC-----NNNNNCGGGANCNCNCCCNNCGNNG-TGCCATTTGAATATATT--GTT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATATNTAAAA
gi|1 : GTATTCAAGCAATGAAACTTGTTATAATATTTTTCAACATGTCAAATTTTCAATTATGAATTTTATTTATGTTTTGAAAAATCTCAA-----TTCGCTTGACCATAGACCTTTTGAAAAACTTT-T-CCA---ATGTA---T-G-TAATGT-TCA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAA-T-TTTACTT-GTGACA-TA-A-ATA-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAC-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CT-TTCC-T-AG-GGT-CA-TT------TA--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GTAG-CACA------AG-TGGTA-T---T-ATGTCCTAT----G---------T---CCTGGTTT-TATTC---TTT-ACTTT----T--GCTCT-TCATA-CAATACA------------AAT---------A---TAT--G-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG----T---TGT-------TT---TAATA---------CTAGTAT-A-TAT----------GCAT----TGTACCTTATTTGAC---TTA-CGT-------ATACCCGTTGATACTTCTAT--ATA--TAACT-TATGTT-TATCA-CT--TAA---ATAGC---A--TTACTCAG-T-ATAATATAT-G-CA----TACAT-A--ATGTTT-TATTC-AATAT--A---T----CACCGCAT--------------TANNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-TGCCATTTGAATCTATT--GTT-AAGAGTCACTCAT-CT-GTT-A-T---AT--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATTATATATATAAAA
gi|10 : ----TGCATCTTACTTGAC---TTA-CGT-------ATGCCTTTTGTTACGTCTAT--A----TAACT-TATGTA-AATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTATTTAG-T-ATAGCTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--A---C----TACCATAT--------------
gi|11 : aT-A-CAT----------GCAT---------CTTACTTGAC---TTA-CGT-------ATGCCTTTTGTTACGTCTAT--AT------CT-TATGTA-AATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTATTTAG-T-ATA-CTT-T-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--A---C----TACCATATACCATGTATTCAACTAAAGATATATACATCCTGCTGATGTAAAGCAATCATATACAATGCTATAAT-GTTGGAGCCTATAATAGTCGAGACTCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTG--------------------------T-TT--TT-A-T---AGTAT-ATAG-----GTCTGGGTAATATAAATCATAaccatgtattcaactaaagatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataggtctgggtaatataaatcataaaacttgtaaaaaaa
gi|12 : ---TTT-ACTTTAATTT--GCTCA-TCATA-CAATACA------------AAT---------A---TAT--G-TTTTCA-TACGT-AA-ATTGTACCT---TAT-------TTGTATAAT-------------CTAT-G-TAT----------TCATAA--TGTA--TTATTCAATATATTACCAT-------ATACaaacttgtaa
gi|12 : cTCA-TACGTAA---ATTGT---ACCTTATTT-G-T-ATAATCTAT-G-TA----TTCAT-A--ATGTAT-TATTC-AATAT--A---T----TACCATATACTACA--------TACATCCTACATGATGTTTT---------AAGCATATATACAATGTTGTAATAGTCTGAGC-----TTAGTCGAGACCCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTGAATCTATT--GTT-AAGCGTCACTCAT-TT-GCT-A-T---AA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATGATAT---TAAAAtacatacatcctacatgatgttttaagcatatatacaatgttgtaatagtctgagcttagtcgagaccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgctataatataggtctgggaaataaacatgatattaaaaa
gi|13 : ctttactttaatttgctcatcatacaatacaaatatatgtttGTTTTGAAACATTGTAAATGTATTT--TTAAGTATAAATGTTATAGAAAACTT-ATGCCA---A-ATACTTT-G-TAATAT-GTA-----AAT--TCA--TCGTAAA--T---TATA----TATATTA-TTGAAAATA-A-AT---GCCTATGTACT-ACTGG--G-GAA-ACC--------T---GTCTCCCA-GCTA------GG--CCTGCCTGT-AA-GGT-CA-TC------TA--TA-GACT-CT--C-A-GTGTGTGTGTG-TGT----------Ga
gi|14 : AAAAACTTT-T-CCA---TTGTA---G-GGTAAGG----A-----ATT-ACGTGATCATGGA--CACACGTAA-T-T-TACTT-GT--AC-TA-A-ATTACACAC-----TA-ACTGGCCAGGAA-AATAATAAAGGG---GTCAGCCGTGCTACGAGAAAG--TC-GCCC-TTAG-GGTTCA-TCAGTTACTCAATA-GGCTACT--ACA-ATATGCTCGTGATGTTAGTAAGACTAGG--CTCTGGGAGGCAGGCACA------GG-TGGTA-T---TAATGTCtgtgtgtgtagacccttagcaccatcagcgat
gi|15 : CTTT----T--GCTCA-TCATA-CAATACA------------AAT---------A---TAT--G-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG--------TAC-------CT---TATT--------------TGC-A-TAT----------ACAT----TGTAtc
gi|15 : ttatgtcctTTGTAATAGTTGTGGC-----TTAGTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTGAATCTATT--GTT-AAGCGTCACTCAT-TT-GTT-A-T---AA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATGATCTAatagttgtggcttagtcgaggccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgttataatataggtctgggaaataaacatgatctaa
gi|16 : ttatgtcctcttttgctcatcatacaatacaaatatatgttttcatacgtaaattgtaccttatttgcatatacaT--A-T-GTGTGTGGGTG-GGG----------GGGTGCCCCGAG--GCAG-CATACCGGTAGG-TGATA-T---T-ATGTCCTAC----G----AA---TATTCCTAGATT-TATTA---CTC-AGCAT----T--GCTAA-TCATA-TAATTTG------------AAT---------AATTTAT--A-TGTTTATTACAT-CA-ACTG----T---TA--------------AATA---------TGACTTT-GCCAT----------GCAT----TAT---TTATa
gi|2 : actatATTTTAT-CTAT--ATGTA---T-T-TATTGTATTG-----AAT--------TTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTAAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GGGAA-AAC--------G---GTCTCCCA-ACTA------AG--CT-GCCC-T-AG-GGT-CA-TC------TT--TG-GATT-CT----A-GTTTGTGTTTG-TTT------------A--CTCTGCA--GCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-ATGTTCTTC----GAAA-AA---T---CCTAGATT-GGTAA---TTT-ACTTT----T--GCTTA-TCATA-CAATTTGT-----------TAT---------A---TAC--GACTTTGG-C--------ATTT----T---T-T-------TT---T-------------C-ATTAT-A-ATT----------ACATA---TATAC---ATTT------------T-------ATACCTATTGTTAGGTCTATAGATA--TAACT-TATATA-AATCA-TA--TGA---ATAGT---G--TTACTCGG-T-ATAACTTAT-G-TA----TTCAT-ATTGCGTAT---TTC--ATAT--A---C----atatg
gi|21 : ttatgtagattagattccttaagtgaaactacattcaatatgtataatcatgttaaaaatcaatctgtttttattcatcagtattgaagcatatgaatgcaaatgttgaatatattgttttgaaaatctattaaaaataatgtaatatgactaatatgatttttacagtagaataatttaggcattatattaggataaactttaataaaattgaagcaagatagcatgcgtagaattaccacactcattttcCCCATCCTCGGCAGCTGTCATTTGATTATATT--GTT-AGGAATCGTACAT-TT-GTT-G-T---AG--C-ATAG-----ATTTGGGTAATAAAAATCACAaa
gi|23 : cataatgttccaatggttggagcttagttgaggGAATCGTTCAT-TT-ATT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCTGGGTAATAAACATAATAaaacttaattaaaaat
gi|25 : gttgtaatagttggagcttagacgaagtcccatcctcgacagctgcacttt-TG--TAA---ACAGTGTAA--TTGCGCAG-TGATTTTTCATCG-TA----CATATCACTGTGTAC-TATTC-AATAT--AATGC----CACCAT-T--------------CATAAAC
gi|27 : -TGCCATTTGAATACATT--GTG-AAGCGTCACTCATGTT-GTT-A-TTAAAA--T-ATAG-----GTCTGTGGTATAAA-ATAATATATCTAAAAtcgactaagggt
gi|28 : -TGCCATT---ATTTATTTAGTTTAAGAAAAATATAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAA-ATTATaat
gi|29 : gatagc-TGCTATTTGATTATATT--GTT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCT-GGTAATAAACATCATAtaaaaaaaa
gi|3 : GTAG-T-TTTATTT-GTGTTA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAT--------G---GTTTCCAG-GAAA------GG--CT-GACT-T-AG-GTT-CA-TC------TT--TA-GACT-TTTGA-ATGTGTGTGCATG-TGTAT--------GGG--TTCTGGG--GCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-ATGTCCT----------------T---CCTTGATA-TATAA---TTT-ACCTC----T--GCTAA-TCATA-CAATATGCATAATTTATAGGAT---------A---CAT--G-TTT-AA-TACGT-AA-ACTG----T---TATATATTACTT---TGACATGCTTTATTC-ATTAA-A-TAT----------ACTT----TGTATCTTATTTGAC---TTAACGT-------ATACCTATTGTTTGATCTAT--ATA--TTATT-TATGAA-AATCA-TG--TAA---ATAGT---A--TTACTTAG-T-ATAACTCAT-G-TA----CACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--A---C----TACCATGT--------------aaaa
gi|3 : -TGCCATTTGATTATATT--GTT-AGGAATTGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGATTATAAACATCATAaccatatattcaactaaagatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccatttgattatattgttaggaattgctcatttgttatagtataggtctggattataaacatcataaaactttaa
gi|30 : gtagttttatttgtgttataaatccacctctactgggagaaaatggtttccaggaaaggctgacttaggttcatctttagacttttgaatgtgtgtgcatgtgtatgggttctggggcagcataggtggtattatgtccttccttgatatataatttacctctgctaatcatacaatatgcataatttataggatacatgtttaatacgtaaactgttatatattactttgacatgctttattcattaaatatactttgtatcttatttgacttaacgtatacctattgtttgatctatatattatttatgaaaatcatgtaaatagtattacttagtataactcatgtacacatattgtgtattattcaatatactaccatgtaccatatattcaactaaagatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--CAAGT-TATATC-ATTCGGTA--TAACTTAT-GT---A--TTACTCGA-T-ATAACTTAT-G-TA----TTCAT-ATTGTGTAT-Taaactttaa
gi|31 : c---ATGTA---T-T-TA---T-TTG-------T-ATTTAATTTTGAA--T-A-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACC
gi|33 : atT-GTT-AAT---AG--TGATAG-----GTCTGGGAAATAAA-ATCTTATA
gi|34 : taaaATCGTTCAT-TTTGTTTA-T---AG--T-GTAG-----GTCGGGGTAATAAACATCATAaaacctgaaaaaa
gi|35 : -TT-GTT-A-T---GA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACACGATATATAAGAAAaaactt
gi|36 : ---GTCTCCCA-GCTA------GG--CT-GCCTAT-AAAGGT-CA-TC------TA--TG-GACT-C
gi|37 : t--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-T-ATC-CACC
gi|39 : G--CT-GCCC-T-AG-GGT-CA-CC------TT--TG-GACT-CT--A-
gi|4 : TGTG---T-G-TA-TAT-TTA-----A------T--TTTGGAA--T-C-TGTAGGTATATACTTCGTGAAA-TT-ATATC-CACCT-----TT-ACTGG--GAGAATAAC--------G---GTCTCCCA-GCTA------AG--CT-GCCC-T-A--GAT-CA-GC------TT--TGCGACT-CT----A-GTTTGTGTTTG-T-T----------GGA--CTCTGCG--GCAG-CATA------GGTTGGTA-----T-A-GTTCTTC----GCA--AA---T---CCTAGATT-TGTAA---TTTAACTTT----T--GCT-A-TCATA-CATTGT---------------T---------A---TATCGA-CTTTGG-C---------TTT----T---TTT-------TT---CATTA---------T-AAT-T-A-CAT------------AT----TATCCATTGTTT------------C-------ATACCTATTGTTAGGTCTAT--ATAATCAACTGTATGTATAATCA-TA--TAA---ATA-T---AT-TTACTC---T-AATACTTAT-G-CA-----GCAT-ATTGTTT-T-TATTCTAATATGAA---CT---TACCATAT--------------gt
gi|4 : tg-TACCATTTGATTATATT--GTT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCTGGGTAATAAACATCATAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatttgattatattgttaggaatcgttcatttgttatagtgtaggtctgggtaataaacatcataaaacttgaaa
gi|5 : tgtgtgtgtatatttaattttggaatctgtaggtatatacttcgtgaaattatatccacctttactgggagaataacggtctcccagctaagctgccctagatcagctttgcgactctagtttgtgtttgttggactctgcggcagcataggttggtatagttcttcgcaaatcctagatttgtaatttaacttttgctatcatacattgttatatcgactttggctttttttttcattataattacatattatccattgtttcatacctattgttaggtctatataatcaactgtatgtataatcatataaatatatttactctaatacttatgcagcatattgtttttattctaatatgaacttaccatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTT-GTTA---TA-A-ATCTCACCT------T-ACTGG--GAGAA-ACC--------ATATGTCTCCCG-CATA------AG--GC-TTAC-T-AG-ATT-CATTC------TT--TG-GACT-CT---------TATGGGTG-T------------------TC--AG--GCAG-CAAT------GG-TGGTCTT---T-ATGATCTTCAAAAA----AA---T---TC-ACATT-TATTA---TTT--TTTT----T--GCTAT-TCATACCAATATG------------AATTATTATATCA---TAC--A-TTTTTA-TGCGTCAACATTC----TACATATGCC----TT---TA--A---------C-ACTAT-A-AATTACTCGTCCAGTATACTATGGATCTTACTTCAC----TA-CGT-------TTACGTATTGCTGTG-CAAT--TGA--TAA---TA---A-AA---------AA---ATATT---A---TAC-AAGCT-ATAACTTAT-GCTACCAGTATGT-GTGGTATATGTATT----TAC------C----TACCATAC--------------CATAaaacttgaaa
gi|5 : t--GTT-TGGAAT-GCTCAG-TT-GTT-A-TT--AG--T-ATAG-----GTCT-GGTAATAACAATTATA-ATTTAAAAgaattcaacaaaaatgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatttagtttggaatgctcagttgttattagtataggtctggtaataacaattataatttaaaacttcaa
gi|6 : ttatttgttataaatctcaccttactgggagaaaccatatgtctcccgcataaggcttactagattcattctttggactcttatgggtgttcaggcagcaatggtggtctttatgatcttcaaaaaaattcacatttattattttttttgctattcataccaatatgaattattatatcatacatttttatgcgtcaacattctacatatgcctttaacactataaattactcgtccagtatactatggatcttacttcactacgtttacgtattgctgtgcaattgataataaaaaaatattatacaagctataacttatgctaccagtatgtgtggtatatgtatttacctaccataccatagaattcaacaaaaatgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcatttaGTATTCAATTGATGAAATTTATTATAAAATTTTTCAACATATAAAATTTTCAATTATGAATTATACTTATGTTTTGAAAAATATCA-----ATTTGCTTGACCATAGACCTTTTGAAAAACTTT-T-CCATTTTTGTA---T-G-TAATGT-TCA-----AAGAATTT--TTTT-----T-T-TGTAA-T-TTTACTT-GTGACA-TA-A-ATA-CACCT-----CTAACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CT-GCCC-T-AG-GGT-CA-TG------TA--TG-GACT-C-----A-GTGTGTGTGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GCAG-CACA------GA-TGATA-T---T-ATGTCCT------------------------------------------CTTT----T--GCTCA-TCATA-CAATACA------------AAT---------A---TAT--G-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG--------TAC-------CT---TATT--------------TGC-A-TAT----------ACAT----TGTActtcaa
gi|7 : tatgtagcatgatttctataagagttacactagatctacataaacggtgtaatcatcgacctttcagaatctctatttgactacatgcaattaaaactttgcattctattgaatacaattgaatG-GCTA------AG--AT-GACC-T-TG-GGT-CA-TT------TA--TG-GACT-CT--A---GTTTGTGTGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-GTGTCCTAA----G----AAAATT---GTTAGATT-TATTA---TTT-AGCGT----T--GCTCA-TCATA-CAATGTG--------------T---------G---TAT--G--TTTAA-TACGT-CA-ATTG----T---TA--------------AATA---------TGACTTTGA-TAT----------G--T----T-----TTATTCAA-----TA-CATATATCTAATACCTATTGTTACTTCTAT--A-A--------TATGTA-AATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACGCAG-T-ATAACTCAT-A-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATGT--A---CTATTTATCATATATATTTTCAAC---TAAAGATGTATACATCCTGC---------GTGATGTAATATGCAATTATATACATTTTTGT-----AATCGTTGGAGCATCCTCGGCAGC--TGCCATTTGTATATACT--TTT-AGGAGTCGCCCAT-TT-CTT-A-T---A---T-ATAGTTTAAGTCTGGGTAA-AAATATCAatagttgtggcttagtcg
gi|8 : ATTTTAT-CTAT--ATGTA---T-T-TA---T-TTG-----GAT-TTTA--TTTTGAA--T-C-TGTAC-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---ATATCCCG-GCTA------AG--CT-GCCT-T-AA-GGT-CA-TC------TT--TG-GACT-CT----A-GTTTGTGTTTG-TGT----------GGA--CTCTGTG--GCAG-CATA------GT-TGGTA-T---T-ATGTTCTTC----GAAA-AA---T---CCTAGATT-TATCA---TTT-ACCTT----T--GCGTA-TCATA-CAATATGT-----------TAT---------A---TAT--GACTTTGA-CATGT-ga
gi|9 : atttttttcagtgagtattgaagcatataaatgcaaatatagaatataaatgttttaaaaatatatcaaaaataatgtaatatgactaatatgattcttccagtagctcacaactcggataatttagacattatattaggaattttgataaactttaacaaaattgaagtaagatgtcgtagttttaattactacacccattttc---ATGTG---TTG-TGATGT-GTATAGTTAAT-ATTT--A---GAAAAT-C-TGTAG-G-TATACTTAGTGAAA-TATA-GTC-CACCT-----TT-AC--G--GAGAA-A-C--------G---GTCTCCCA-GCTA------AAACCC-GCCC-T-AG-AGT-CA-GC------T---TG-GACT-CT--A---GTGTGT--------T----------GGA--CTCTGCG--GCAG-CATA------GG-TTGGA-TGACT-AT-TTCTTC----GTAAAAA---T---CCTAGATTGTGTAGACCTTT-ACTTT----TAAGCTTATTCAT----TTACC------------AATCTTGTG---G---TAT--A-TATTTA-TACGtttat
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAATATGACTTAATTTATGATTTTTTCCAGTTGAATAATTAACATTATATTAGGATATAAAAACTATGAAATTCCAAAAAGATTCTAATGCAAAAGGATATTCATGCTTATAACTTACCTATCACTCATGTTCATTATGTATGTATGTTATTCTAAATATTG
Unaligned ( gi|18 ): GTTTGTATATTGATTGCCGTTAAGATGAAACGAGTTTCAATATATTAATCATGATTAAAATAATCAACTGGGTTTTATATCATCAGTATTGAAAGTACATGTATATGAATAAAATGTTGAACATCAATGTTGTATCGAAAGAATTGAAAAAAAATGT
Unaligned ( gi|19 ): ATGTAATAGAAATTTATCATTTTGTATTAGTTGGAGCTTTGTCGAGATCCCATCCTTGATAGCTGCCATTATCTATTTAGTTTAAGAAAAATAAATTTGTTATAGTATAGGCCTGGGAAATAAAATTATTTTTAAAA
Unaligned ( gi|20 ): ATTAATATACAATTTGATTTTCAGTTGATAAATTTAGACATTATATTAGGCATAAACTTTAATAAAAATTGAAGCAAGATATCATGGCTTAATTACCAAACACATTTCATTTTATGTATTATAATTATATAC
Unaligned ( gi|22 ): CCTTAAGTGAAACTACATTAAATATGTATAGTCATGTTAAAAAATAAGTTTTTATTCATCAGTATTGAAGCAATTGAATATAAATATTTTGAAAATCTATCAAAAATAAAATAATATGTATAATAT
Unaligned ( gi|24 ): GTTATGTAGAATTAGATTCCTTAAGGTTGGAACTACATTTCAAATATGTTATATCATGTTAAAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCATCAGTATTGA
Unaligned ( gi|26 ): GTGTAACTACATTCATTATGTAAATCATTTAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCACCAGTATTGAAGCATAATGTTCCAATGGTTGG
Unaligned ( gi|32 ): ATATATTGTATTTATTTAATTATACTACCATATCATATATTCAACTAAGAAATATA
Unaligned ( gi|38 ): TACTCTTGTCATGGCACTCAAAACAAGTAGTT
Alignments
lowQualScore : 11 1 22222222222222222222222 11111 111111111111 222222 22222222222 111111 3333333333 3333333333333333333333333333 777777777777777777777777777777777777777777 222 1111111111 1111111 111111 11111111 6666666666666666666 555555555555555555555555555 1111 11111 11111111111 11
lowQualScore : 1 1 1 1 1 7 7 88 2 5 6666 4 777 99999999999999999999999 55 777 44 3 2 6 1 3 3 3 6 00000 4 55 4 0 555555555555 3 999999 44 44 6 3 3 3 3 888888 888 3 3 444444 1 4 3 2 00000000000 55 1 55 3 000000 3 99999 3 5555555555 4 4 2 666 3 7777 44 4 3 3 88888 3 4444444444444444444444444444 6 1 3 44 4 222222222222222222222222222222222222222222 555 2 77 000 7777777777 4444444 66 66 111111 4 4 4 777 3 44 555 555 77 2 55 3 3 3 7777 3 1 3 4 55 88888888 777 1111111111111111111 1 6666 555555555555555555555555555 4444 4 333 2 00000 8888 3 11 33333333333 11 2 2 0 2 2 2 2 666 33 2 55555 1 7 2 777 3
lowQualScore : . . . . . . . .. . . .... . ... ....................... .. ... .. . . . . . . . . ..... . .. . . ............ . ...... .. .. . . . . . ...... ... . . ...... . . . . ........... .. . .. . ...... . ..... . .......... . . . ... . .... .. . . . ..... . ............................ . . . .. . .......................................... ... . .. ... .......... ....... .. .. ...... . . . ... . .. ... ... .. . .. . . . .... . . . . .. ........ ... ................... . .... ........................... .... . ... . ..... .... . .. ........... .. . . . . . . . ... .. . ..... . . . ... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 3 3 33 0 7 4444 4 222 88888888888888888888888 55 111 88 6 5 7 2 3 3 3 7 00000 0 55 0 7 000000000000 3 666666 22 22 2 1 1 1 1 888888 222 1 1 111111 8 2 3 5 88888888888 00 0 00 6 555555 6 11111 7 6666666666 0 0 4 444 6 1111 66 4 3 3 33333 3 8888888888888888888888888888 7 0 3 22 0 999999999999999999999999999999999999999999 555 6 99 999 7777777777 4444444 11 11 111111 1 0 0 000 3 66 888 888 99 6 00 6 6 6 7777 6 3 6 0 55 22222222 888 0000000000000000000 0 6666 000000000000000000000000000 9999 0 000 4 00000 5555 7 44 33333333333 88 9 9 4 5 4 4 4 555 11 2 66666 0 6 4 888 0
consensus : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAAATTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCA--TATG-TAT-G-TAATGT-TTA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CAT-C------TN--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTCCTTCG---AA-A---T-CCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CG------------AAT---------A---TATG-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----T---TAT-------TT---TAA-TA---------C-ACTAT-A-TATGCAT--TGTACCTTATTCGAC---TTA-CGTATA-------CCTATT--GTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG--T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--A---C----TACCAT---AT--------------T----AAAGATGTATACATCCTGC---------GCGA--TN----------ATATACAATGTTGTAATA-GTTGGAGCTTA-----GTC----GAGGCCCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTGAATNT---------ATT--G-TT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
Reference ( family-4013 ) : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAAATTTGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCA--TATG-TAT-G-TAATGT-TTA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CAT-C------TN--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTCCTTCG---AA-A---T-CCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CG------------AAT---------A---TATG-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----T---TAT-------TT---TAA-TA---------C-ACTAT-A-TATGCAT--TGTACCTTATTTGAC---TTA-CGTATA-------CCTATT--GTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG--T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--A---C----TACCAT---AT--------------T----ANAGACGTATACATCCTGC---------GCGA--TN----------ATATACGATGTTGTAATA-GTTNNNGCNTA-----GTC----GAGACCCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTGAATAT---------ATT--G-TT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
gi|1 : GTATTCAAGCAATGAAACTTGTTATAATATTTTTCAACATGTCAAATTTTCAATTATGAATTTTATTTATGTTTTGAAAAATCTCAA-TTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTT-T-CCA---ATG-TAT-G-TAATGT-TCA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAA-T-TTTACTT-GTGACA-TA-A-ATA-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAC-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CT-TTCC-T-AG-GGT-CAT-T------TA--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GTAG-CACA------AGT-GGTAT---T-ATGTCCTATG----------T-CCTGGTTT-TATTC---TTT-ACTTT----T--GCTCT-TCATAC-A-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG----T---TGT-------TT---TAA-TA---------CTAGTAT-A-TATGCAT--TGTACCTTATTTGAC---TTA-CGTATA-------CCCGTT--GATACTTCTAT--ATA--TAACT-TATGTT-T---ATCA-CT--TAA---ATAGC---A--TTACTCAG--T-ATAATATAT-G-CA----TACAT-A--ATGTTT-TATTC-AATAT--A---T----CACCGC---AT--------------T----ANNNNNNNNNNNNNNNNNN---------NNNN--NN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-----NNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNA-TGCCATTTGAATCT---------ATT--G-TT-AAGAGTCACTCAT-CT-GTT-A-T---AT--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATTATATA---TATAAAA
gi|10 : --TGCATCTTACTTGAC---TTA-CGTATG-------CCTTTT--GTTACGTCTAT--A----TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTATTTAG--T-ATAGCTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--A---C----TACCAT---AT--------------
gi|10 : a--T-ATAG-----GTCTGGGTAATATAAATCATAAAACTTGTAAAAaccatgtattcaactaaagatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataggtctgggtaatataaatcataaaacttgtaaaaaaa
gi|11 : atgcatcttacttgacttacgtatgccttttgttacgtctatataacttatgtaaatcatataaatagtattatttagtatagcttatgtatacatattgtgtattattcaatatactaccatataccatgtattcaactaaagatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaT-A-CATGCAT-------CTTACTTGAC---TTA-CGTATG-------CCTTTT--GTTACGTCTAT--AT------CT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTATTTAG--T-ATA-CTT-T-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--A---C----TACCAT---ATACCATGTATTCAACT----AAAGATATATACATCCTGCTGATGTAAAGCAA--TC----------ATATACAATGCTATAAT--GTTGGAGCCTATAATAGTC----GAGACTCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTG------------------------------------T-TT--TT-A-T---AGTAT-ATAG-----GTCTGGGTAATATAAATCATAaaa
gi|12 : ---TTT-ACTTTAATTT--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTGTACCT---TAT-------TTGTATAA-T-------------CTAT-G-TATTCATAATGTA--TTATTCAATATATTACCATATA--------CTAC----ATACATCC-T--ACA--TGA---TGTTTT-A---AGCA-TA--TAT---ACAAT---G--TTaaacttgtaa
gi|12 : cTCA-TACGTAA---ATTGT---ACCTTATTT-G--T-ATAATCTAT-G-TA----TTCAT-A--ATGTAT-TATTC-AATAT--A---T----TACCAT---ATAC------------T----ACA------TACATCCTAC---------ATGA--TGTTTTAAGCATATATACAATGTTGTAATA-GTCTGAGCTTA-----GTC----GAGACCCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTGAATCT---------ATT--G-TT-AAGCGTCACTCAT-TT-GCT-A-T---AA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATGATAT------TAAAAgtaatagtctgagcttagtcgagaccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgctataatataggtctgggaaataaacatgatattaaaaa
gi|13 : ctttactttaatttgctcatcatacaatacaaatatatgtttGTTTTGAAACATTGTAAATGTATTTTTAAGTATAAATGTTATAGAAAACTT-ATGCCA--AATACTTT-G-TAATAT-GTA-----AAT--TCA--TCGTAAA--T---TATA----TATATTA-TTGAAAATA-A-AT---GCCTATGTACT-ACTGG--G-GAA-ACC--------T---GTCTCCCA-GCTA------GG--CCTGCCTGT-AA-GGT-CAT-C------TA--TA-GACT-CT--C-A-GTGTGTGTGTG-TGT----------Ga
gi|14 : AAAAACTTT-T-CCA--T-TG-TAG-GGTAAGG----A-----ATT-ACGTGATCATGGA--CACACGTAA-T-T-TACTT-GT--AC-TA-A-ATTACACAC-----TA-ACTGGCCAGGAA-AATAATAAAGGG---GTCAGCCGTGCTACGAGAAAG--TC-GCCC-TTAG-GGTTCAT-CAGTTACTCAATA-GGCTACT--ACA-ATATGCTCGTGATGTTAGTAAGACTAGG--CTCTGGGAGGCAGGCACA------GGT-GGTAT---TAATGTCtgtgtgtgtagacccttagcaccatcagcgat
gi|15 : CTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG--------TAC-------CT---TAT-T--------------TGC-A-TATACAT--TGTAtc
gi|15 : ttatgtcct----------ATATACA---TTGTAATA-GTTGTGGCTTA-----GTC----GAGGCCCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTGAATCT---------ATT--G-TT-AAGCGTCACTCAT-TT-GTT-A-T---AA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATGATCTA---atagttgtggcttagtcgaggccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgttataatataggtctgggaaataaacatgatctaa
gi|16 : ttatgtcctcttttgctcatcatacaatacaaatatatgttttcatacgtaaattgtaccttatttgcT--A-T-GTGTGTGGGTG-GGG----------GGGTGCCCCGAG--GCAG-CATACCGGTAGGT-GATAT---T-ATGTCCTACG---AATA---TTCCTAGATT-TATTA---CTC-AGCAT----T--GCTAA-TCATAT-A-----ATT-TG------------AAT---------AATTTATA-TGTTTATTACAT-CA-ACTG----T---TA--------------AA-TA---------TGACTTT-GCCATGCAT--TAT---TTATa
gi|19 : actatATTTTGTATTA-GTTGGAGCTTT-----GTC----GAGATCCCATCCTTGATAGCTGCCATT---ATCT---------ATTTAGTTT-AAGAAAAATAAAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GCCTGGGAAATAAA-AT--TATT---TTTAAAAatatg
gi|2 : atgtaatagaaatttatcATTTTAT-CTA--TATG-TAT-T-TATTGTATTG-----AAT--------TTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTAAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GGGAA-AAC--------G---GTCTCCCA-ACTA------AG--CT-GCCC-T-AG-GGT-CAT-C------TT--TG-GATT-CT----A-GTTTGTGTTTG-TTT------------A--CTCTGCA--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTTCTTCGAA-AA-A---T-CCTAGATT-GGTAA---TTT-ACTTT----T--GCTTA-TCATAC-A-----ATT-TGT-----------TAT---------A---TACGACTTTGG-C--------ATTT----T---T-T-------TT---T--------------C-ATTAT-A-ATTACATA-TATAC---ATTT------------TATA-------CCTATT--GTTAGGTCTATAGATA--TAACT-TATATA-A---ATCA-TA--TGA---ATAGT---G--TTACTCGG--T-ATAACTTAT-G-TA----TTCAT-ATTGCGTAT---TTC--ATAT--A---C----
gi|21 : ttatgtagattagattccttaagtgaaactacattcaatatgtataatcatgttaaaaatcaatctgtttttattcatcagtattgaagcatatgaatgcaaatgttgaatatattgttttgaaaatctattaaaaataatgtaatatgactaatatgatttttacagtagaataatttaggcattatattaggataaactttaataaaattgaagcaagatagcatgcgtagaattaccacactcattttcATGTTCCAATG-GTTGGAGCTTA-----GTT----GAGGCCC-ATCCTCGGCAGCTGTCATTTGATTAT---------ATT--G-TT-AGGAATCGTACAT-TT-GTT-G-T---AG--C-ATAG-----ATTTGGGTAATAAAAATCACAaa
gi|23 : cataGTTGTAATA-GTTGGAGCTTA-----GAC----GAAGTCCCATCCTCGACAGCTGCACTTTGAAT---------------------------CGTTCAT-TT-ATT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCTGGGTAATAAACATAATAaaacttaattaaaaat
gi|25 : -TG--TAA---ACAGTGTAA--TTGCGCAG--TGATTTTTCATCG-TA----CATATCACTGTGTAC-TATTC-AATAT--AATGC----CACCAT----T--------------C----ATAAAC
gi|27 : TGCCATTTGAATAC---------ATT--G-TG-AAGCGTCACTCATGTT-GTT-A-TTAAAA--T-ATAG-----GTCTGTGGTATAAA-ATAATATA---TCTAAAAtcgactaagggt
gi|28 : AGCTGCCATT---ATTT---------ATTTAG-TTTAAGAAAAATATAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAA-ATTATaat
gi|29 : gatTGCTATTTGATTAT---------ATT--G-TT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCT-GGTAATAAACATCATAtaaaaaaaa
gi|3 : GTAG-T-TTTATTT-GTGTTA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAT--------G---GTTTCCAG-GAAA------GG--CT-GACT-T-AG-GTT-CAT-C------TT--TA-GACT-TTTGA-ATGTGTGTGCATG-TGTAT--------GGG--TTCTGGG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTCCTTC--------------CTTGATA-TATAA---TTT-ACCTC----T--GCTAA-TCATAC-A-----ATA-TGCATAATTTATAGGAT---------A---CATG-TTT-AA-TACGT-AA-ACTG----T---TATATATTACTT---TGA-CATGCTTTATTC-ATTAA-A-TATACTT--TGTATCTTATTTGAC---TTAACGTATA-------CCTATT--GTTTGATCTAT--ATA--TTATT-TATGAA-A---ATCA-TG--TAA---ATAGT---A--TTACTTAG--T-ATAACTCAT-G-TA----CACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--A---C----TACCAT---GT--------------aaaa
gi|3 : TGCCATTTGATTAT---------ATT--G-TT-AGGAATTGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGATTATAAACATCATAaccatatattcaactaaagatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccatttgattatattgttaggaattgctcatttgttatagtataggtctggattataaacatcataaaactttaa
gi|30 : gtagttttatttgtgttataaatccacctctactgggagaaaatggtttccaggaaaggctgacttaggttcatctttagacttttgaatgtgtgtgcatgtgtatgggttctggggcagcataggtggtattatgtccttccttgatatataatttacctctgctaatcatacaatatgcataatttataggatacatgtttaatacgtaaactgttatatattactttgacatgctttattcattaaatatactttgtatcttatttgacttaacgtatacctattgtttgatctatatattatttatgaaaatcatgtaaatagtattacttagtataactcatgtacacatattgtgtattattcaatatactaccatgtaccatatattcaactaaagatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--CAAGT-TATATC-A---TTCGGTA--TAACTTAT-GT---A--TTACTCGA--T-ATAACTTAT-G-TA----TTCAT-ATTGTGTAT-Taaactttaa
gi|31 : cA--TATG-TAT-T-TA---T-TTG-------T-ATTTAATTTTGAA--T-A-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACC
gi|33 : T-GTT-AAT---AG--TGATAG-----GTCTGGGAAATAAA-ATCTTATA---
gi|34 : taaaATCGTTCAT-TTTGTTTA-T---AG--T-GTAG-----GTCGGGGTAATAAACATCATAaaacctgaaaaaa
gi|35 : -TT-GTT-A-T---GA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACACGATATA---TAAGAAAaaactt
gi|36 : ---GTCTCCCA-GCTA------GG--CT-GCCTAT-AAAGGT-CAT-C------TA--TG-GACT-C
gi|37 : t--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-T-ATC-CACC
gi|39 : G--CT-GCCC-T-AG-GGT-CAC-C------TT--TG-GACT-CT--A-
gi|4 : --TGTG-TGT-G-TA-TAT-TTA-----A------T--TTTGGAA--T-C-TGTAGGTATATACTTCGTGAAA-TT-ATATC-CACCT-----TT-ACTGG--GAGAATAAC--------G---GTCTCCCA-GCTA------AG--CT-GCCC-T-AG-A-T-CAG-C------TT--TGCGACT-CT--A---GTTTGTGTTTG-T-T----------GGA--CTCTGCG--GCAG-CATA------GGTTGGTAT-----A-GTTCTTCGC--AA-A---T-CCTAGATT-TGTAA---TTTAACTTT----T--GCT-A-TCATAC-ATTGTTATATCG------------ACT---------T---TGGC-TTTTT------------TTT----T---CAT-------TA---TAATTA---------C-A-TAT---TATCCAT--TGT---TT----------------CATA-------CCTATT--GTTAGGTCTAT--ATAATCAACTGTATGTATA---ATCA-TA--TAA---ATA-T---AT-TTACTC----T-AATACTTAT-G-CA-----GCAT-ATTGTTT-T-TATTCTAATATGAA---CT---TACCAT---AT--------------gt
gi|4 : TACCATTTGATTAT---------ATT--G-TT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCTGGGTAATAAACATCATAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatttgattatattgttaggaatcgttcatttgttatagtgtaggtctgggtaataaacatcataaaacttgaaa
gi|5 : tgtgtgtgtatatttaattttggaatctgtaggtatatacttcgtgaaattatatccacctttactgggagaataacggtctcccagctaagctgccctagatcagctttgcgactctagtttgtgtttgttggactctgcggcagcataggttggtatagttcttcgcaaatcctagatttgtaatttaacttttgctatcatacattgttatatcgactttggctttttttttcattataattacatattatccattgtttcatacctattgttaggtctatataatcaactgtatgtataatcatataaatatatttactctaatacttatgcagcatattgtttttattctaatatgaacttaccatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTT-GTTA---TA-A-ATCTCACCT------T-ACTGG--GAGAA-ACC--------ATATGTCTCCCG-CATA------AG--GC-TTAC-T-AG-ATT-CATTC------TT--TG-GACT-CT---------TATGGGTG-T------------------TC--AG--GCAG-CAAT------GGT-GGTCT---TTATGATCTTCA---AA-AAAAT-TC-ACATT-TATTA---TTT--TTTT----T--GCTAT-TCATACCA-----ATA-TG------------AATTATTATATCA---TACA-TTTTTA-TGCGTCAACATTC----TACATATGCC----TT---TAA------------C-ACTAT-A-AATTACT--CGTCCAGTAT---AC---T-A-TGGAT--------CTTACTTCACTACGTTTAC--GTA--TTGCT--GTGCA-ATTGATAA-TA--AAA---A-AAT---A--TTATACAAGCT-ATAACTTAT-GCTACCAGTATGT-GTGGTATATGTATTT-ACC-T--A---CCA--TACCATAGAAT--------------TCAACAAAAATGTATNNNNNNNNN---------NNNN--NN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-----NNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATTTAG-TT-TGGAAT-GCTCAG-TT-GTT-A-TT--AG--T-ATAG-----GTCT-GGTAATAACAATTATA-A---TTTAAAAaaacttgaaa
gi|6 : tGTATTCAATTGATGAAATTTATTATAAAATTTTTCAACATATAAAATTTTCAATTATGAATTATACTTATGTTTTGAAAAATATC-AATTTGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTT-T-CCATTTTTG-TAT-G-TAATGT-TCA-----AAGAATTT--TTTT-----T-T-TGTAA-T-TTTACTT-GTGACA-TA-A-ATA-CACCT-----CTAACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CT-GCCC-T-AG-GGT-CAT-G------TA--TG-GACT-C-----A-GTGTGTGTGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GCAG-CACA------GAT-GATAT---T-ATGTCCT-------------------------------------CTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG--------TAC-------CT---TAT-T--------------TGC-A-TATACAT--TGTActtcaa
gi|6 : tatgtagcatgatttctataagagttacactagatctacataaacggtgtaatcatcgacctttcagaatctctatttgactacatgcaattaaaactttgcattctattgaatacaattgaat----------ATATACA---TTGTAATA-GTTGTGGCTTA-----GTC----Gatagttgtggcttagtcg
gi|7 : tatgtagcatgatttctataagagttacactagatctacataaacggtgtaatcatcgacctttcagaatctctatttgactacatgcaattaaaactttgcattctattgaatacaattgaatgtattcaattgatgaaatttattataaaatttttcaacatataaaattttcaattatgaattatacttatgttttgaaaaatatcaatttgcttgaccatagaccttttgaaaaacttttccatttttgtatgtaatgttcaaagaattttttttttgtaattttacttgtgacataaatacacctctaactgggagaaaacggtctcccggctaagctgccctagggtcatgtatggactcagtgtgtgtgtgtgtagactctgaggcagcacagatgatattatgtcctcttttgctcatcatacaatacaaatatatgttttcatacgtaaattgtaccttatttgcG-GCTA------AG--AT-GACC-T-TG-GGT-CAT-T------TA--TG-GACT-CT--A---GTTTGTGTGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-GTGTCCTAAG---AA-AAT-T-GTTAGATT-TATTA---TTT-AGCGT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATG-TG--------------T---------G---TATG-TTT-AA-TACGT-CA-ATTG----T---TA--------------AA-TA---------TGACTTTGA-TATG--T--T-----TTATTCAA-----TA-CATATATCTAATACCTATT--GTTACTTCTAT--A------A---TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACGCAG--T-ATAACTCAT-A-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATGT--A---CTATTTATCAT---ATATATTTTCAAC---T----AAAGATGTATACATCCTGC---------GTGATGTA----------ATATGCAA--TTAT-ATACATTTTTG--TA-----ATCGTTGGAG----CATCCTCGGCAGCTGCCATTTGTATAT---------ACT--T-TT-AGGAGTCGCCCAT-TT-CTT-A-T---A---T-ATAGTTTAAGTCTGGGTAA-AAATATCA
gi|8 : ATTTTAT-CTA--TATG-TAT-T-TA---T-TTG-----GAT-TTTA--TTTTGAA--T-C-TGTAC-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---ATATCCCG-GCTA------AG--CT-GCCT-T-AA-GGT-CAT-C------TT--TG-GACT-CT----A-GTTTGTGTTTG-TGT----------GGA--CTCTGTG--GCAG-CATA------GTT-GGTAT---T-ATGTTCTTCGAA-AA-A---T-CCTAGATT-TATCA---TTT-ACCTT----T--GCGTA-TCATAC-A-----ATA-TGT-----------TAT---------A---TATGACTTTGA-CATGT-ga
gi|9 : atttttttcagtgagtattgaagcatataaatgcaaatatagaatataaatgttttaaaaatatatcaaaaataatgtaatatgactaatatgattcttccagtagctcacaactcggataatttagacattatattaggaattttgataaactttaacaaaattgaagtaagatgtcgtagttttaattactacacccattttcTAT-ATA--TATG-TGTTG-TGATGT-GTATAGTTAAT-ATTT--A---GAAAAT-C-TGTAG-G-TATACTTAGTGAAA-TATA-GTC-CACCT-----TT-AC--G--GAGAA-A-C--------G---GTCTCCCA-GCTA------AAACCC-GCCC-T-AG-AGT-CAG-C------T---TG-GACT-CT--A---GTGTGT--------T----------GGA--CTCTGCG--GCAG-CATA------GGT-TGGATGACT-AT-TTCTTCGTAAAA-A---T-CCTAGATTGTGTAGACCTTT-ACTTT----TAAGCTTATTCAT---------TTA-CC------------AATCTTGTG---G---TATA-TATTTA-TACGtttat
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAATATGACTTAATTTATGATTTTTTCCAGTTGAATAATTAACATTATATTAGGATATAAAAACTATGAAATTCCAAAAAGATTCTAATGCAAAAGGATATTCATGCTTATAACTTACCTATCACTCATGTTCATTATGTATGTATGTTATTCTAAATATTG
Unaligned ( gi|18 ): GTTTGTATATTGATTGCCGTTAAGATGAAACGAGTTTCAATATATTAATCATGATTAAAATAATCAACTGGGTTTTATATCATCAGTATTGAAAGTACATGTATATGAATAAAATGTTGAACATCAATGTTGTATCGAAAGAATTGAAAAAAAATGT
Unaligned ( gi|20 ): ATTAATATACAATTTGATTTTCAGTTGATAAATTTAGACATTATATTAGGCATAAACTTTAATAAAAATTGAAGCAAGATATCATGGCTTAATTACCAAACACATTTCATTTTATGTATTATAATTATATAC
Unaligned ( gi|22 ): CCTTAAGTGAAACTACATTAAATATGTATAGTCATGTTAAAAAATAAGTTTTTATTCATCAGTATTGAAGCAATTGAATATAAATATTTTGAAAATCTATCAAAAATAAAATAATATGTATAATAT
Unaligned ( gi|24 ): GTTATGTAGAATTAGATTCCTTAAGGTTGGAACTACATTTCAAATATGTTATATCATGTTAAAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCATCAGTATTGA
Unaligned ( gi|26 ): GTGTAACTACATTCATTATGTAAATCATTTAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCACCAGTATTGAAGCATAATGTTCCAATGGTTGG
Unaligned ( gi|32 ): ATATATTGTATTTATTTAATTATACTACCATATCATATATTCAACTAAGAAATATA
Unaligned ( gi|38 ): TACTCTTGTCATGGCACTCAAAACAAGTAGTT
Alignments
lowQualScore : 11 1 22222222222222222222222 11111 111111111111 222222 22222222222 111111 333333333333333 3333333333333333333333333333 6666666666666666666666666666666666666666666 222 11111111111 1111111 1111111111 1111 7777777777777777777 9999999999999999999999999999 11111 111111111 11
lowQualScore : 1 1 1 1 1 7 7 0 88 2 5 6666 4 777 99999999999999999999999 55 777 44 3 2 6 1 3 3 3 6 00000 4 55 4 0 555555555555 3 999999 44 44 6 3 3 3 3 888888 888 3 3 444444 1 4 3 2 00000000000 55 1 55 3 000000 3 3 666 3 555555555555555 4 4 2 666 3 7777 44 4 3 3 88888 3 4444444444444444444444444444 6 1 3 44 4 9999999999999999999999999999999999999999999 8888 44 77 111 88888888888 4444444 66 66 4444444444 4 777 3 44 555 555 77 2 55 3 3 3 7777 3 1 3 44 55 8888 888 4444444444444444444 22 5555555555555555555555555555 777 1 00000 0 44 3 111111111 11 2 2 0 2 2 2 4 444 33 2 55555 1 7 2 777 3
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . .... . ... ....................... .. ... .. . . . . . . . . ..... . .. . . ............ . ...... .. .. . . . . . ...... ... . . ...... . . . . ........... .. . .. . ...... . . ... . ............... . . . ... . .... .. . . . ..... . ............................ . . . .. . ........................................... .... .. .. ... ........... ....... .. .. .......... . ... . .. ... ... .. . .. . . . .... . . . .. .. .... ... ................... .. ............................ ... . ..... . .. . ......... .. . . . . . . . ... .. . ..... . . . ... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 3 3 7 33 0 7 4444 4 222 88888888888888888888888 55 111 88 6 5 7 2 3 3 3 7 00000 0 55 0 7 000000000000 3 666666 22 22 2 1 1 1 1 888888 222 1 1 111111 8 2 3 5 88888888888 00 0 00 6 555555 6 6 444 6 000000000000000 0 0 4 444 6 1111 66 4 3 3 33333 3 8888888888888888888888888888 7 0 3 22 0 7777777777777777777777777777777777777777777 4444 00 99 111 77777777777 4444444 11 11 8888888888 0 000 3 66 888 888 99 6 00 6 6 6 7777 6 3 6 88 55 0000 888 6666666666666666666 00 0000000000000000000000000000 888 8 00000 6 88 0 444444444 88 9 9 4 5 4 4 7 111 11 2 66666 0 6 4 888 0
consensus : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAAATTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCA--TATG-TAT-G-TAATGT-TTA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CA-TC------TN--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GGT-GGTA-T---T-ATGTCCTTC---G---AA-A--T-CCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATA-CA-----ATA-CG------------AAT---------A---TATG-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----T---TAT-------TT---TA-A-TA---------C-ACTAT-A-TATGCAT--TGTA-CTTATTCGAC---TTA-CGTATA-------CCTA--TTGTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG--T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACCAT---AT--------------T----AAAGATGTATACATCCTGC-------AA---GCGAT----------TATATACAATGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTGAATNT---------ATT--G-TT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
Reference ( family-4013 ) : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAAATTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCA--TATG-TAT-G-TAATGT-TTA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CA-TC------TN--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GGT-GGTA-T---T-ATGTCCTTC---G---AA-A--T-CCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATA-CA-----ATA-CG------------AAT---------A---TATG-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----T---TAT-------TT---TA-A-TA---------C-ACTAT-A-TATGCAT--TGTACCTTATTCGAC---TTA-CGTATA-------CCTA--TTGTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG--T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACCAT---AT--------------T----AAAGATGTATACATCCTGC------------GCGAT----------NATATACAATGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTGAATNT---------ATT--G-TT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
gi|1 : GTATTCAAGCAATGAAACTTGTTATAATATTTTTCAACATGTCAAATTTTCAATTATGAATTTTATTTATGTTTTGAAAAATCTCAA-TTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTT-T-CCA---ATG-TAT-G-TAATGT-TCA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAA-T-TTTACTT-GTGACA-TA-A-ATA-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAC-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CT-TTCC-T-AG-GGT-CA-TT------TA--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GTAG-CACA------AGT-GGTA-T---T-ATGTCCTAT---G---------T-CCTGGTTT-TATTC---TTT-ACTTT----T--GCTCT-TCATA-CA-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG----T---TGT-------TT---TA-A-TA---------CTAGTAT-A-TATGCAT--TGTACCTTATTTGAC---TTA-CGTATA-------CCCG--TTGATACTTCTAT--ATA--TAACT-TATGTT-T---ATCA-CT--TAA---ATAGC---A--TTACTCAG--T-ATAATATAT-G-CA----TACAT-A--ATGTTT-TATTC-AATAT--AT----CACCGC---AT--------------T----ANNNNNNNNNNNNNNNNNN------------NNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-TGCCATTTGAATCT---------ATT--G-TT-AAGAGTCACTCAT-CT-GTT-A-T---AT--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATTATATA---TATAAAA
gi|10 : --TGCATCTTACTTGAC---TTA-CGTATG-------CCTT--TTGTTACGTCTAT--A----TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTATTTAG--T-ATAGCTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACCAT---AT--------------------ACCATGTATTCA
gi|10 : a--T-ATAG-----GTCTGGGTAATATAAATCATAAAACTTGTAAAAactaaagatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataggtctgggtaatataaatcataaaacttgtaaaaaaa
gi|11 : atgcatcttacttgacttacgtatgccttttgttacgtctatataacttatgtaaatcatataaatagtattatttagtatagcttatgtatacatattgtgtattattcaatatactaccatataccatgtattcaactaaagatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaT-A-CATGCAT-------CTTACTTGAC---TTA-CGTATG-------CCTT--TTGTTACGTCTAT--AT------CT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTATTTAG--T-ATA-CTT-T-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACCAT---ATACCATGTATTCAACT----AAAGATATATACATCCTGCTGATGTAAA---GCAAT----------CATATACAATGCTATAAT-GTTGGAGCCTATAATAGTCGAGACTCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTG------------------------------------T-TT--TT-A-T---AGTAT-ATAG-----GTCTGGGTAATATAAATCATAaaa
gi|12 : ---TTT-ACTTTAATTT--GCTCA-TCATA-CA-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTGTACCT---TAT-------TTGTATA-A-T-------------CTAT-G-TATTCATAATGTA--TTATTCAATATATTACCATATA--------CTA--C--ATACATCC-T--ACA--TGA---TGTTTT-A---AGCA-TA--TAT---ACAAT---G--TTaaacttgtaa
gi|12 : cTCA-TACGTAA---ATTGT---ACCTTATTT-G--T-ATAATCTAT-G-TA----TTCAT-A--ATGTAT-TATTC-AATAT--AT----TACCAT---AT----------------------ACTACATACATCCTAC------------ATGATGTTTTAAGCATATATACAATGTTGTAATAGTCTGAGCTTA-----GTCGAGACCCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTGAATCT---------ATT--G-TT-AAGCGTCACTCAT-TT-GCT-A-T---AA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATGATAT------TAAAAgtaatagtctgagcttagtcgagaccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgctataatataggtctgggaaataaacatgatattaaaaa
gi|13 : ctttactttaatttgctcatcatacaatacaaatatatgtttGTTTTGAAACATTGTAAATGTATTTTTAAGTATAAATGTTATAGAAAACTT-ATGCCA--AATACTTT-G-TAATAT-GTA-----AAT--TCA--TCGTAAA--T---TATA----TATATTA-TTGAAAATA-A-AT---GCCTATGTACT-ACTGG--G-GAA-ACC--------T---GTCTCCCA-GCTA------GG--CCTGCCTGT-AA-GGT-CA-TC------TA--TA-GACT-CT--C-A-GTGTGTGTGTG-TGT----------Ga
gi|14 : AAAAACTTT-T-CCA--T-TG-TAG-GGTAAGG----A-----ATT-ACGTGATCATGGA--CACACGTAA-T-T-TACTT-GT--AC-TA-A-ATTACACAC-----TA-ACTGGCCAGGAA-AATAATAAAGGG---GTCAGCCGTGCTACGAGAAAG--TC-GCCC-TTAG-GGTTCA-TCAGTTACTCAATA-GGCTACT--ACA-ATATGCTCGTGATGTTAGTAAGACTAGG--CTCTGGGAGGCAGGCACA------GGT-GGTA-T---TAATGTCtgtgtgtgtagacccttagcaccatcagcgat
gi|15 : CTTT----T--GCTCA-TCATA-CA-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTGTACCT---TAT-------TTG--CATA-TA---------C-ATTGT-A--ATA-GT--TGTGGCTTAGTCGAtc
gi|15 : ttatgtcctATATACA---TTGTAATAGTTGTGGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGCTGCCATTTGAATCT---------ATT--G-TT-AAGCGTCACTCAT-TT-GTT-A-T---AA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATGATCTA---ggccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgttataatataggtctgggaaataaacatgatctaa
gi|16 : ttatgtcctcttttgctcatcatacaatacaaatatatgttttcatacgtaaattgtaccttatttgcT--A-T-GTGTGTGGGTG-GGG----------GGGTGCCCCGAG--GCAG-CATACCGGTAGGT-GATA-T---T-ATGTCCTAC---G---AATA--TTCCTAGATT-TATTA---CTC-AGCAT----T--GCTAA-TCATA-TA-----ATT-TG------------AAT---------AATTTATA-TGTTTATTACAT-CA-ACTG----T---TA--------------A-A-TA---------TGACTTT-GCCATGCAT--TAT---TTATa
gi|19 : actatATTTTGTATTAGTTGGAGCTTT-----GTCGAGATCCCATCCTTGATAGCTGCCATT---ATCT---------ATTTAGTTT-AAGAAAAATAAAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GCCTGGGAAATAAA-AT--TATT---TTTAAAAatatg
gi|2 : atgtaatagaaatttatcATTTTAT-CTA--TATG-TAT-T-TATTGTATTG-----AAT--------TTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTAAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GGGAA-AAC--------G---GTCTCCCA-ACTA------AG--CT-GCCC-T-AG-GGT-CA-TC------TT--TG-GATT-CT----A-GTTTGTGTTTG-TTT------------A--CTCTGCA--GCAG-CATA------GGT-GGTA-T---T-ATGTTCTTC---GAA-AA-A--T-CCTAGATT-GGTAA---TTT-ACTTT----T--GCTTA-TCATA-CA-----ATT-TGT-----------TAT---------A---TACGACTTTGG-C--------ATTT----T---T-T-------TT---T---------------C-ATTAT-A-ATTACATA-TATAC---ATTT------------TATA-------CCTA--TTGTTAGGTCTATAGATA--TAACT-TATATA-A---ATCA-TA--TGA---ATAGT---G--TTACTCGG--T-ATAACTTAT-G-TA----TTCAT-ATTGCGTAT---TTC--ATAT--AC----
gi|21 : ttatgtagattagattccttaagtgaaactacattcaatatgtataatcatgttaaaaatcaatctgtttttattcatcagtattgaagcatatgaatgcaaatgttgaatatattgttttgaaaatctattaaaaataatgtaatatgactaatatgatttttacagtagaataatttaggcattatattaggataaactttaataaaattgaagcaagatagcatgcgtagaattaccacactcattttcATAATGTTCCAATGGTTGGAGCTTA-----GTTGAGGCCC-ATCCTCGGCAGCTGTCATTTGATTAT---------ATT--G-TT-AGGAATCGTACAT-TT-GTT-G-T---AG--C-ATAG-----ATTTGGGTAATAAAAATCACAaa
gi|23 : cGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GACGAAGTCCCATCCTCGACAGCTGCACTTT---------------------------GAATCGTTCAT-TT-ATT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCTGGGTAATAAACATAATAaaacttaattaaaaat
gi|25 : -TG--TAA---ACAGTGTAA--TTGCGCAG--TGATTTTTCATCG-TA----CATATCACTGTGTAC-TATTC-AATAT--AA----TGCCA
gi|27 : TGCCATTTGAATAC---------ATT--G-TG-AAGCGTCACTCATGTT-GTT-A-TTAAAA--T-ATAG-----GTCTGTGGTATAAA-ATAATATA---TCTAAAAccattcataaactcgactaagggt
gi|28 : AGCTGCCATT---ATTT---------ATTTAG-TTTAAGAAAAATATAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAA-ATTATaat
gi|29 : gatTGCTATTTGATTAT---------ATT--G-TT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCT-GGTAATAAACATCATAtaaaaaaaa
gi|3 : GTAG-T-TTTATTT-GTGTTA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAT--------G---GTTTCCAG-GAAA------GG--CT-GACT-T-AG-GTT-CA-TC------TT--TA-GACT-TTTGA-ATGTGTGTGCATG-TGTAT--------GGG--TTCTGGG--GCAG-CATA------GGT-GGTA-T---T-ATGTCCTTC----------------CTTGATA-TATAA---TTT-ACCTC----T--GCTAA-TCATA-CA-----ATA-TGCATAATTTATAGGAT---------A---CATG-TTT-AA-TACGT-AA-ACTG----T---TATATATTACTT---TG-A-CATGCTTTATTC-ATTAA-A-TATACTT--TGTATCTTATTTGAC---TTAACGTATA-------CCTA--TTGTTTGATCTAT--ATA--TTATT-TATGAA-A---ATCA-TG--TAA---ATAGT---A--TTACTTAG--T-ATAACTCAT-G-TA----CACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACCAT---GT--------------aaaa
gi|3 : TGCCATTTGATTAT---------ATT--G-TT-AGGAATTGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGATTATAAACATCATAaccatatattcaactaaagatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccatttgattatattgttaggaattgctcatttgttatagtataggtctggattataaacatcataaaactttaa
gi|30 : gtagttttatttgtgttataaatccacctctactgggagaaaatggtttccaggaaaggctgacttaggttcatctttagacttttgaatgtgtgtgcatgtgtatgggttctggggcagcataggtggtattatgtccttccttgatatataatttacctctgctaatcatacaatatgcataatttataggatacatgtttaatacgtaaactgttatatattactttgacatgctttattcattaaatatactttgtatcttatttgacttaacgtatacctattgtttgatctatatattatttatgaaaatcatgtaaatagtattacttagtataactcatgtacacatattgtgtattattcaatatactaccatgtaccatatattcaactaaagatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA--CAAGT-TATATC-A---TTCGGTA--TAACTTAT-GT---A--TTACTCGA--T-ATAACTTAT-G-TA----TTCAT-ATTGTGTAT-Taaactttaa
gi|31 : cA--TATG-TAT-T-TA---T-TTG-------T-ATTTAATTTTGAA--T-A-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACC
gi|33 : T-GTT-AAT---AG--TGATAG-----GTCTGGGAAATAAA-ATCTTATA---
gi|34 : taaaATCGTTCAT-TTTGTTTA-T---AG--T-GTAG-----GTCGGGGTAATAAACATCATAaaacctgaaaaaa
gi|35 : -TT-GTT-A-T---GA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACACGATATA---TAAGAAAaaactt
gi|36 : ---GTCTCCCA-GCTA------GG--CT-GCCTAT-AAAGGT-CA-TC------TA--TG-GACT-C
gi|37 : t--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-T-ATC-CACC
gi|39 : G--CT-GCCC-T-AG-GGT-CA-CC------TT--TG-GACT-CT--A-
gi|4 : --TGTG-TGT-G-TA-TAT-TTA-----A------T--TTTGGAA--T-C-TGTAGGTATATACTTCGTGAAA-TT-ATATC-CACCT-----TT-ACTGG--GAGAATAAC--------G---GTCTCCCA-GCTA------AG--CT-GCCC-T-AG-A-T-CA-GC------TT--TGCGACT-CT--A---GTTTGTGTTTG-T-T----------GGA--CTCTGCG--GCAG-CATA------GGTTGGTA-T-----A-GTTCTTC---GC--AA-A--T-CCTAGATT-TGTAA---TTTAACTTT----T--GCT-A-TCATA-CATTGTTATATCG------------ACT---------T---TGGC-TTTTT------------TTT----T---CAT-------TA---TA-ATTA---------C-A-TAT---TATCCAT--TGT------TTC-------------ATA-------CCTA--TTGTTAGGTCTAT--ATAATCAACTGTATGTATA---ATCA-TA--TAA---ATA-T---AT-TTACTC----T-AATACTTAT-G-CA-----GCAT-ATTGTTT-T-TATTCTAATATGAACT---TACCAT---AT--------------gt
gi|4 : TACCATTTGATTAT---------ATT--G-TT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCTGGGTAATAAACATCATAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatttgattatattgttaggaatcgttcatttgttatagtgtaggtctgggtaataaacatcataaaacttgaaa
gi|5 : tgtgtgtgtatatttaattttggaatctgtaggtatatacttcgtgaaattatatccacctttactgggagaataacggtctcccagctaagctgccctagatcagctttgcgactctagtttgtgtttgttggactctgcggcagcataggttggtatagttcttcgcaaatcctagatttgtaatttaacttttgctatcatacattgttatatcgactttggctttttttttcattataattacatattatccattgtttcatacctattgttaggtctatataatcaactgtatgtataatcatataaatatatttactctaatacttatgcagcatattgtttttattctaatatgaacttaccatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTT-GTTA---TA-A-ATCTCACCT------T-ACTGG--GAGAA-ACC--------ATATGTCTCCCG-CATA------AG--GC-TTAC-T-AG-ATT-CATTC------TT--TG-GACT-CT---------TATGGGTG-T------------------TC--AG--GCAG-CAAT------GGT-GGTCTT---T-ATGATCTTCAAAA---AA-A--T-TC-ACATT-TATTA---TTT--TTTT----T--GCTAT-TCATACCA-----ATA-TG------------AATTATTATATCA---TACA-TTTTTA-TGCGTCAACATTC----TACATATGCC----TT---TA----A---------C-ACTAT-A-AATTACT--CGTCCAGTAT---AC----TA-TGGAT--------CTTACTTCACTACGTTTAC--GTA--TTGC--TGTGCA-ATTGATAA-TA---AA---AAAAT---A--TTATACAAGCT-ATAACTTAT-GCTACCAGTATGT-GTGGTATATGTATTT--ACCT--ACCA--TACCATAGAAT--------------TCAACAAAAATGTATNNNNNNNNN------------NNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATTTAG-TT-TGGAAT-GCTCAG-TT-GTT-ATT---AG--T-ATAG-----GTCT-GGTAATAACAATTATA-A---TTTAAAAaaacttgaaa
gi|6 : tGTATTCAATTGATGAAATTTATTATAAAATTTTTCAACATATAAAATTTTCAATTATGAATTATACTTATGTTTTGAAAAATATC-AATTTGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTT-T-CCATTTTTG-TAT-G-TAATGT-TCA-----AAGAATTT--TTTT-----T-T-TGTAA-T-TTTACTT-GTGACA-TA-A-ATA-CACCT-----CTAACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CT-GCCC-T-AG-GGT-CA-TG------TA--TG-GACT-C-----A-GTGTGTGTGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GCAG-CACA------GAT-GATA-T---T-ATGTCCT---------------------------------------CTTT----T--GCTCA-TCATA-CA-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG--------TAC-------CT---TA-T-T--------------TGC-A-TATACAT--TGTActtcaa
gi|6 : tatgtagcatgatttctataagagttacactagatctacataaacggtgtaatcatcgacctttcagaatctctatttgactacatgcaattaaaactttgcattctattgaatacaattgaatATATACA---TTGTAATAGTTGTGGCTTA-----GTCGatagttgtggcttagtcg
gi|7 : tatgtagcatgatttctataagagttacactagatctacataaacggtgtaatcatcgacctttcagaatctctatttgactacatgcaattaaaactttgcattctattgaatacaattgaatgtattcaattgatgaaatttattataaaatttttcaacatataaaattttcaattatgaattatacttatgttttgaaaaatatcaatttgcttgaccatagaccttttgaaaaacttttccatttttgtatgtaatgttcaaagaattttttttttgtaattttacttgtgacataaatacacctctaactgggagaaaacggtctcccggctaagctgccctagggtcatgtatggactcagtgtgtgtgtgtgtagactctgaggcagcacagatgatattatgtcctcttttgctcatcatacaatacaaatatatgttttcatacgtaaattgtaccttatttgcG-GCTA------AG--AT-GACC-T-TG-GGT-CA-TT------TA--TG-GACT-CT--A---GTTTGTGTGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GCAG-CATA------GGT-GGTA-T---T-GTGTCCTAA---G---AA-AATT-GTTAGATT-TATTA---TTT-AGCGT----T--GCTCA-TCATA-CA-----ATG-TG--------------T---------G---TATG-TTT-AA-TACGT-CA-ATTG----T---TA--------------A-A-TA---------TGACTTTGA-TATG--T--T-----TTATTCAA-----TA-CATATATCTAATACCTA--TTGTTACTTCTAT--A------A---TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACGCAG--T-ATAACTCAT-A-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATGT--ACTATTTATCAT---ATATATTTTCAAC---T----AAAGATGTATACATCCTGCGTGATGTAATATGCAAT----------TATATACATTTTTGTAATCGTTGGAG-------------------CATCCTCGGCAGCTGCCATTTGTATAT---------ACT--T-TT-AGGAGTCGCCCAT-TT-CTT-A-T---A---T-ATAGTTTAAGTCTGGGTAA-AAATATCA
gi|8 : ATTTTAT-CTA--TATG-TAT-T-TA---T-TTG-----GAT-TTTA--TTTTGAA--T-C-TGTAC-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---ATATCCCG-GCTA------AG--CT-GCCT-T-AA-GGT-CA-TC------TT--TG-GACT-CT----A-GTTTGTGTTTG-TGT----------GGA--CTCTGTG--GCAG-CATA------GTT-GGTA-T---T-ATGTTCTTC---GAA-AA-A--T-CCTAGATT-TATCA---TTT-ACCTT----T--GCGTA-TCATA-CA-----ATA-TGT-----------TAT---------A---TATGACTTTGA-CATGT-ga
gi|9 : atttttttcagtgagtattgaagcatataaatgcaaatatagaatataaatgttttaaaaatatatcaaaaataatgtaatatgactaatatgattcttccagtagctcacaactcggataatttagacattatattaggaattttgataaactttaacaaaattgaagtaagatgtcgtagttttaattactacacccattttcTAT-ATA--TATG-TGTTG-TGATGT-GTATAGTTAAT-ATTT--A---GAAAAT-C-TGTAG-G-TATACTTAGTGAAA-TATA-GTC-CACCT-----TT-AC--G--GAGAA-A-C--------G---GTCTCCCA-GCTA------AAACCC-GCCC-T-AG-AGT-CA-GC------T---TG-GACT-CT--A---GTGTGT--------T----------GGA--CTCTGCG--GCAG-CATA------GGT-TGGA-TGACT-AT-TTCTTC---GTAAAA-A--T-CCTAGATTGTGTAGACCTTT-ACTTT----TAAGCTTATTCAT---------TTA-CC------------AATCTTGTG---G---TATA-TATTTA-TACGtttat
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAATATGACTTAATTTATGATTTTTTCCAGTTGAATAATTAACATTATATTAGGATATAAAAACTATGAAATTCCAAAAAGATTCTAATGCAAAAGGATATTCATGCTTATAACTTACCTATCACTCATGTTCATTATGTATGTATGTTATTCTAAATATTG
Unaligned ( gi|18 ): GTTTGTATATTGATTGCCGTTAAGATGAAACGAGTTTCAATATATTAATCATGATTAAAATAATCAACTGGGTTTTATATCATCAGTATTGAAAGTACATGTATATGAATAAAATGTTGAACATCAATGTTGTATCGAAAGAATTGAAAAAAAATGT
Unaligned ( gi|20 ): ATTAATATACAATTTGATTTTCAGTTGATAAATTTAGACATTATATTAGGCATAAACTTTAATAAAAATTGAAGCAAGATATCATGGCTTAATTACCAAACACATTTCATTTTATGTATTATAATTATATAC
Unaligned ( gi|22 ): CCTTAAGTGAAACTACATTAAATATGTATAGTCATGTTAAAAAATAAGTTTTTATTCATCAGTATTGAAGCAATTGAATATAAATATTTTGAAAATCTATCAAAAATAAAATAATATGTATAATAT
Unaligned ( gi|24 ): GTTATGTAGAATTAGATTCCTTAAGGTTGGAACTACATTTCAAATATGTTATATCATGTTAAAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCATCAGTATTGA
Unaligned ( gi|26 ): GTGTAACTACATTCATTATGTAAATCATTTAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCACCAGTATTGAAGCATAATGTTCCAATGGTTGG
Unaligned ( gi|32 ): ATATATTGTATTTATTTAATTATACTACCATATCATATATTCAACTAAGAAATATA
Unaligned ( gi|38 ): TACTCTTGTCATGGCACTCAAAACAAGTAGTT
Alignments
lowQualScore : 11 1 22222222222222222222222 11111 111111111111 222222 22222222222 111111 3333333333 3333333333333333333333333333 777777777777777777777777777777777777777777 22222222 111111111111 2222222 111111 1111 111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 11
lowQualScore : 1 1 1 1 1 7 7 0 88 2 5 6666 4 777 99999999999999999999999 55 777 44 3 2 6 1 3 3 3 6 00000 4 55 4 0 555555555555 3 999999 44 44 6 3 3 3 3 888888 888 3 3 444444 1 4 3 2 00000000000 55 1 55 3 000000 3 99999 3 5555555555 4 4 2 666 3 7777 44 4 3 3 88888 3 4444444444444444444444444444 6 1 3 44 4 222222222222222222222222222222222222222222 6666 4 22222222 444444444444 2222222 66 66 111111 4 4 4 777 3 44 555 555 77 2 55 3 3 3 7777 3 1 3 44 55 8888 777777777 888 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 77 777 1 99999 0 2222222222 44 3 9999999 11 2 2 0 2 2 2 4 444 33 2 55555 1 7 2 777 3
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . .... . ... ....................... .. ... .. . . . . . . . . ..... . .. . . ............ . ...... .. .. . . . . . ...... ... . . ...... . . . . ........... .. . .. . ...... . ..... . .......... . . . ... . .... .. . . . ..... . ............................ . . . .. . .......................................... .... . ........ ............ ....... .. .. ...... . . . ... . .. ... ... .. . .. . . . .... . . . .. .. .... ......... ... .............................................................. .. ... . ..... . .......... .. . ....... .. . . . . . . . ... .. . ..... . . . ... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 3 3 7 33 0 7 4444 4 222 88888888888888888888888 55 111 88 6 5 7 2 3 3 3 7 00000 0 55 0 7 000000000000 3 666666 22 22 2 1 1 1 1 888888 222 1 1 111111 8 2 3 5 88888888888 00 0 00 6 555555 6 11111 7 6666666666 0 0 4 444 6 1111 66 4 3 3 33333 3 8888888888888888888888888888 7 0 3 22 0 999999999999999999999999999999999999999999 0000 4 99999999 333333333333 2222222 11 11 111111 1 0 0 000 3 66 888 888 99 6 00 6 6 6 7777 6 3 6 88 55 0000 888888888 888 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 77 333 7 11111 6 5555555555 88 0 3333333 88 9 9 4 5 4 4 7 111 11 2 66666 0 6 4 888 0
consensus : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAAATTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCA--TATG-TAT-G-TAATGT-TTA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CAT-C------TN--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTCCTTCG---AA-A---T-CCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CG------------AAT---------A---TATG-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----T---TAT-------TT---TAA-TA---------C-ACTAT-A-TATGCAT--TGTA-CTTATTCGAC---TTA-CGTATA-------CCTATT--GTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG--T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---AT--------------T-----AAAGA-TGTATACATCCTGC-------A----------A---GCAATTATATACAATGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATNT-------ATT--G-TT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
Reference ( family-4013 ) : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAAATTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCA--TATG-TAT-G-TAATGT-TTA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CAT-C------TN--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTCCTTCG---AA-A---T-CCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CG------------AAT---------A---TATG-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----T---TAT-------TT---TAA-TA---------C-ACTAT-A-TATGCAT--TGTA-CTTATTCGAC---TTA-CGTATA-------CCTATT--GTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG--T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---AT--------------T-----AAAGA-TGTATACATCCTGC-------A----------A---GCGATTATATACAATGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATNT-------ATT--G-TT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
gi|1 : GTATTCAAGCAATGAAACTTGTTATAATATTTTTCAACATGTCAAATTTTCAATTATGAATTTTATTTATGTTTTGAAAAATCTCAA-TTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTT-T-CCA---ATG-TAT-G-TAATGT-TCA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAA-T-TTTACTT-GTGACA-TA-A-ATA-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAC-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CT-TTCC-T-AG-GGT-CAT-T------TA--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GTAG-CACA------AGT-GGTAT---T-ATGTCCTATG----------T-CCTGGTTT-TATTC---TTT-ACTTT----T--GCTCT-TCATAC-A-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG----T---TGT-------TT---TAA-TA---------CTAGTAT-A-TATGCAT--TGTACCTTATTTGAC---TTA-CGTATA-------CCCGTT--GATACTTCTAT--ATA--TAACT-TATGTT-T---ATCA-CT--TAA---ATAGC---A--TTACTCAG--T-ATAATATAT-G-CA----TACAT-A--ATGTTT-TATTC-AATAT--AT----CACC---------GC---AT--------------T------ANNN-NNNNNNNNNNNNNN-------N----------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------------TGCCATTTGAATCT-------ATT--G-TT-AAGAGTCACTCAT-CT-GTT-A-T---AT--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATTATATA---TATAAAA
gi|10 : ATGCAT-------CTTACTTGAC---TTA-CGTATG-------CCTTTT--GTTACGTCTAT--A----TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTATTTAG--T-ATAGCTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---AT---------------------ACCA-TGTATTCA
gi|10 : --T-ATAG-----GTCTGGGTAATATAAATCATAAAACTTGTAAAAactaaagatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataggtctgggtaatataaatcataaaacttgtaaaaaaa
gi|11 : atgcatcttacttgacttacgtatgccttttgttacgtctatataacttatgtaaatcatataaatagtattatttagtatagcttatgtatacatattgtgtattattcaatatactaccatataccatgtattcaactaaagatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaT-A-CATGCAT-------CTTACTTGAC---TTA-CGTATG-------CCTTTT--GTTACGTCTAT--AT------CT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTATTTAG--T-ATA-CTT-T-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---ATACCATGTATTCAACT-----AAAGA-TATATACATCCTGCTGATGTAA----------A---GCAATCATATACAATGCTATAAT-GTTGGAGCCTATAATAGTCGAGACTCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTG----------------------------------T-TT--TT-A-T---AGTAT-ATAG-----GTCTGGGTAATATAAATCATAaaa
gi|12 : ---TTT-ACTTTAATTT--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTGTACCT---TAT-------TTGTATAA-T-------------CTAT-G-TATTCATAATGTA--TTATTCAATATATTACCATATA--------CTAC----ATACATCC-T--ACA--TGA---TGTTTT-A---AGCA-TA--TAT---ACAAT---G--TTaaacttgtaa
gi|12 : cTCA-TACGTAA---ATTGT---ACCTTATTT-G--T-ATAATCTAT-G-TA----TTCAT-A--ATGTAT-TATTC-AATAT--AT----TACC---------AT---AT------------------------ACTACATACATCCTAC-------ATGATGTTTTAA---GCA--TATATACAATGTTGTAATAGTCTGAGCTTA-----GTCGAGACCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATCT-------ATT--G-TT-AAGCGTCACTCAT-TT-GCT-A-T---AA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATGATAT------TAAAAgtaatagtctgagcttagtcgagaccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgctataatataggtctgggaaataaacatgatattaaaaa
gi|13 : ctttactttaatttgctcatcatacaatacaaatatatgtttGTTTTGAAACATTGTAAATGTATTTTTAAGTATAAATGTTATAGAAAACTT-ATGCCA--AATACTTT-G-TAATAT-GTA-----AAT--TCA--TCGTAAA--T---TATA----TATATTA-TTGAAAATA-A-AT---GCCTATGTACT-ACTGG--G-GAA-ACC--------T---GTCTCCCA-GCTA------GG--CCTGCCTGT-AA-GGT-CAT-C------TA--TA-GACT-CT--C-A-GTGTGTGTGTG-TGT----------Ga
gi|14 : AAAAACTTT-T-CCA--T-TG-TAG-GGTAAGG----A-----ATT-ACGTGATCATGGA--CACACGTAA-T-T-TACTT-GT--AC-TA-A-ATTACACAC-----TA-ACTGGCCAGGAA-AATAATAAAGGG---GTCAGCCGTGCTACGAGAAAG--TC-GCCC-TTAG-GGTTCAT-CAGTTACTCAATA-GGCTACT--ACA-ATATGCTCGTGATGTTAGTAAGACTAGG--CTCTGGGAGGCAGGCACA------GGT-GGTAT---TAATGTCtgtgtgtgtagacccttagcaccatcagcgat
gi|15 : CTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG--------TAC-------CT---TAT-T--------------TGC-A-TATACAT--TGTA-tc
gi|15 : ttatgtcctATATACA---TTGTAATAGTTGTGGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATCT-------ATT--G-TT-AAGCGTCACTCAT-TT-GTT-A-T---AA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATGATCTA---atagttgtggcttagtcgaggccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgttataatataggtctgggaaataaacatgatctaa
gi|16 : ttatgtcctcttttgctcatcatacaatacaaatatatgttttcatacgtaaattgtaccttatttgcT--A-T-GTGTGTGGGTG-GGG----------GGGTGCCCCGAG--GCAG-CATACCGGTAGGT-GATAT---T-ATGTCCTACG---AATA---TTCCTAGATT-TATTA---CTC-AGCAT----T--GCTAA-TCATAT-A-----ATT-TG------------AAT---------AATTTATA-TGTTTATTACAT-CA-ACTG----T---TA--------------AA-TA---------TGACTTT-GCCATGCAT----TA-TTTATa
gi|19 : actatATTTTGTATTAGTTGGAGCTTT-----GTCGAGATCCCATCCTTGATAGC----------TGCCATT---ATCT-------ATTTAGTTT-AAGAAAAATAAAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GCCTGGGAAATAAA-AT--TATT---TTTAAAAatatg
gi|2 : atgtaatagaaatttatcATTTTAT-CTA--TATG-TAT-T-TATTGTATTG-----AAT--------TTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTAAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GGGAA-AAC--------G---GTCTCCCA-ACTA------AG--CT-GCCC-T-AG-GGT-CAT-C------TT--TG-GATT-CT----A-GTTTGTGTTTG-TTT------------A--CTCTGCA--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTTCTTCGAA-AA-A---T-CCTAGATT-GGTAA---TTT-ACTTT----T--GCTTA-TCATAC-A-----ATT-TGT-----------TAT---------A---TACGACTTTGG-C--------ATTT----T---T-T-------TT---T--------------C-ATTAT-A------AT--TACA-TATATAC-AT---TT----TATA-------CCTATT--GTTAGGTCTATAGATA--TAACT-TATATA-A---ATCA-TA--TGA---ATAGT---G--TTACTCGG--T-ATAACTTAT-G-TA----TTCAT-ATTGCGTAT---TTC--ATAT--AC----
gi|21 : ttatgtagattagattccttaagtgaaactacattcaatatgtataatcatgttaaaaatcaatctgtttttattcatcagtattgaagcatatgaatgcaaatgttgaatatattgttttgaaaatctattaaaaataatgtaatatgactaatatgatttttacagtagaataatttaggcattatattaggataaactttaataaaattgaagcaagatagcatgcgtagaattaccacactcattttcATAATGTTCCAATGGTTGGAGCTTA-----GTTGAGGCCC-ATCCTCGGCAGC----------TGTCATTTGATTAT-------ATT--G-TT-AGGAATCGTACAT-TT-GTT-G-T---AG--C-ATAG-----ATTTGGGTAATAAAAATCACAaa
gi|23 : cGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GACGAAGTCCCATCCTCGACAGC----------TGCACTTT-------------------------GAATCGTTCAT-TT-ATT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCTGGGTAATAAACATAATAaaacttaattaaaaat
gi|25 : -TG--TAA---ACAGTGTAA--TTGCGCAG--TGATTTTTCATCG-TA----CATATCACTGTGTAC-TATTC-AATAT--AA----TGCC---------A
gi|27 : ----------TGCCATTTGAATAC-------ATT--G-TG-AAGCGTCACTCATGTT-GTT-A-TTAAAA--T-ATAG-----GTCTGTGGTATAAA-ATAATATA---TCTAAAAccattcataaactcgactaagggt
gi|28 : AGC----------TGCCATT---ATTT-------ATTTAG-TTTAAGAAAAATATAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAA-ATTATaat
gi|29 : gat----------TGCTATTTGATTAT-------ATT--G-TT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCT-GGTAATAAACATCATAtaaaaaaaa
gi|3 : GTAG-T-TTTATTT-GTGTTA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAT--------G---GTTTCCAG-GAAA------GG--CT-GACT-T-AG-GTT-CAT-C------TT--TA-GACT-TTTGA-ATGTGTGTGCATG-TGTAT--------GGG--TTCTGGG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTCCTTC--------------CTTGATA-TATAA---TTT-ACCTC----T--GCTAA-TCATAC-A-----ATA-TGCATAATTTATAGGAT---------A---CATG-TTT-AA-TACGT-AA-ACTG----T---TATATATTACTT---TGA-CATGCTTTATTC-ATTAA-A-TATACTT--TGTATCTTATTTGAC---TTAACGTATA-------CCTATT--GTTTGATCTAT--ATA--TTATT-TATGAA-A---ATCA-TG--TAA---ATAGT---A--TTACTTAG--T-ATAACTCAT-G-TA----CACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACCATGTACCATAT---AT--------------TCAACTAAAGA-TGNNNNNNNNNNNN-------N----------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCCATTTGATTAT-------ATT--G-TT-AGGAATTGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGATTATAAACATCATAaaaa
gi|30 : A--CAAGT-TATATC-A---TTCGGTA--TAACTTAT-GT---A--TTACTCGA--T-ATAACTTAT-G-TA----TTCAT-ATTGTGTAT-Taaactttaa
gi|31 : cA--TATG-TAT-T-TA---T-TTG-------T-ATTTAATTTTGAA--T-A-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACC
gi|33 : T-GTT-AAT---AG--TGATAG-----GTCTGGGAAATAAA-ATCTTATA---
gi|34 : taaaATCGTTCAT-TTTGTTTA-T---AG--T-GTAG-----GTCGGGGTAATAAACATCATAaaacctgaaaaaa
gi|35 : -TT-GTT-A-T---GA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACACGATATA---TAAGAAAaaactt
gi|36 : ---GTCTCCCA-GCTA------GG--CT-GCCTAT-AAAGGT-CAT-C------TA--TG-GACT-C
gi|37 : t--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-T-ATC-CACC
gi|39 : G--CT-GCCC-T-AG-GGT-CAC-C------TT--TG-GACT-CT--A-
gi|4 : --TGTG-TGT-G-TA-TAT-TTA-----A------T--TTTGGAA--T-C-TGTAGGTATATACTTCGTGAAA-TT-ATATC-CACCT-----TT-ACTGG--GAGAATAAC--------G---GTCTCCCA-GCTA------AG--CT-GCCC-T-AG-A-T-CAG-C------TT--TGCGACT-CT--A---GTTTGTGTTTG-T-T----------GGA--CTCTGCG--GCAG-CATA------GGTTGGTAT-----A-GTTCTTCGC--AA-A---T-CCTAGATT-TGTAA---TTTAACTTT----T--GCT-A-TCATAC-ATTGTTATATCG------------ACT---------T---TGGC-TTTTT------------TTT----T---CAT-------TA---TAATTA---------C-A-TAT---TATCCAT--TGT------TTC-------------ATA-------CCTATT--GTTAGGTCTAT--ATAATCAACTGTATGTATA---ATCA-TA--TAA---ATA-T---AT-TTACTC----T-AATACTTAT-G-CA-----GCAT-ATTGTTT-T-TATTCTAATATGAACT---TACC---------AT---AT--------------gt
gi|4 : ----------TACCATTTGATTAT-------ATT--G-TT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCTGGGTAATAAACATCATAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatttgattatattgttaggaatcgttcatttgttatagtgtaggtctgggtaataaacatcataaaacttgaaa
gi|5 : tgtgtgtgtatatttaattttggaatctgtaggtatatacttcgtgaaattatatccacctttactgggagaataacggtctcccagctaagctgccctagatcagctttgcgactctagtttgtgtttgttggactctgcggcagcataggttggtatagttcttcgcaaatcctagatttgtaatttaacttttgctatcatacattgttatatcgactttggctttttttttcattataattacatattatccattgtttcatacctattgttaggtctatataatcaactgtatgtataatcatataaatatatttactctaatacttatgcagcatattgtttttattctaatatgaacttaccatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTT-GTTA---TA-A-ATCTCACCT------T-ACTGG--GAGAA-ACC--------ATATGTCTCCCG-CATA------AG--GC-TTAC-T-AG-ATT-CATTC------TT--TG-GACT-CT---------TATGGGTG-T------------------TC--AG--GCAG-CAAT------GGT-GGTCT---TTATGATCTTCA---AA-AAAAT-TC-ACATT-TATTA---TTT--TTTT----T--GCTAT-TCATACCA-----ATA-TG------------AATTATTATATCA---TACA-TTTTTA-TGCGTCAACATTC----TACATATGCC----TT---TAA------------C-ACTAT-A-AAT--------TA-CTCGTCCAGT---ATA-C-TATGGAT----CTTACTTCACTACGTTTAC--GTA--TTGCT--GTGCA-ATTGATAA-TA--AAA---A-AAT---A--TTATACAAGCT-ATAACTTAT-GCTACCAGTATGT-GTGGTATATGTATTT--ACCT--ACCA--TACC---------ATAGAAT--------------TCAAC-AAAAA-TGTATNNNNNNNNN-------N----------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATTTAG-TT-TGGAAT-GCTCAG-TT-GTT-ATT---AG--T-ATAG-----GTCT-GGTAATAACAATTATA-A---TTTAAAAaaacttgaaa
gi|6 : tGTATTCAATTGATGAAATTTATTATAAAATTTTTCAACATATAAAATTTTCAATTATGAATTATACTTATGTTTTGAAAAATATC-AATTTGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTT-T-CCATTTTTG-TAT-G-TAATGT-TCA-----AAGAATTT--TTTT-----T-T-TGTAA-T-TTTACTT-GTGACA-TA-A-ATA-CACCT-----CTAACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CT-GCCC-T-AG-GGT-CAT-G------TA--TG-GACT-C-----A-GTGTGTGTGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GCAG-CACA------GAT-GATAT---T-ATGTCCT-------------------------------------CTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG--------TAC-------CT---TAT-T--------------TGC-A-TATACAT--TGTA-cttcaa
gi|6 : tatgtagcatgatttctataagagttacactagatctacataaacggtgtaatcatcgacctttcagaatctctatttgactacatgcaattaaaactttgcattctattgaatacaattgaatATATACA---TTGTAATAGTTGTGGCTTA-----GTCGatagttgtggcttagtcg
gi|7 : tatgtagcatgatttctataagagttacactagatctacataaacggtgtaatcatcgacctttcagaatctctatttgactacatgcaattaaaactttgcattctattgaatacaattgaatgtattcaattgatgaaatttattataaaatttttcaacatataaaattttcaattatgaattatacttatgttttgaaaaatatcaatttgcttgaccatagaccttttgaaaaacttttccatttttgtatgtaatgttcaaagaattttttttttgtaattttacttgtgacataaatacacctctaactgggagaaaacggtctcccggctaagctgccctagggtcatgtatggactcagtgtgtgtgtgtgtagactctgaggcagcacagatgatattatgtcctcttttgctcatcatacaatacaaatatatgttttcatacgtaaattgtaccttatttgcG-GCTA------AG--AT-GACC-T-TG-GGT-CAT-T------TA--TG-GACT-CT--A---GTTTGTGTGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-GTGTCCTAAG---AA-AAT-T-GTTAGATT-TATTA---TTT-AGCGT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATG-TG--------------T---------G---TATG-TTT-AA-TACGT-CA-ATTG----T---TA--------------AA-TA---------TGACTTTGA-TATG--T--T-----TTATTCAA-----TA-CATATATCTAATACCTATT--GTTACTTCTAT--A------A---TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACGCAG--T-ATAACTCAT-A-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATGT--ACTATTTATC---------AT---ATATATTTTCAAC---T-----AAAGA-TGTATACATCCTGCGTGATGTA----------ATATGCAATTATATACATTTTTGTAATCGTTGGAG-------------------CATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGTATAT-------ACT--T-TT-AGGAGTCGCCCAT-TT-CTT-A-T---A---T-ATAGTTTAAGTCTGGGTAA-AAATATCA
gi|8 : ATTTTAT-CTA--TATG-TAT-T-TA---T-TTG-----GAT-TTTA--TTTTGAA--T-C-TGTAC-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---ATATCCCG-GCTA------AG--CT-GCCT-T-AA-GGT-CAT-C------TT--TG-GACT-CT----A-GTTTGTGTTTG-TGT----------GGA--CTCTGTG--GCAG-CATA------GTT-GGTAT---T-ATGTTCTTCGAA-AA-A---T-CCTAGATT-TATCA---TTT-ACCTT----T--GCGTA-TCATAC-A-----ATA-TGT-----------TAT---------A---TATGACTTTGA-CATGT-ga
gi|9 : atttttttcagtgagtattgaagcatataaatgcaaatatagaatataaatgttttaaaaatatatcaaaaataatgtaatatgactaatatgattcttccagtagctcacaactcggataatttagacattatattaggaattttgataaactttaacaaaattgaagtaagatgtcgtagttttaattactacacccattttcTAT-ATA--TATG-TGTTG-TGATGT-GTATAGTTAAT-ATTT--A---GAAAAT-C-TGTAG-G-TATACTTAGTGAAA-TATA-GTC-CACCT-----TT-AC--G--GAGAA-A-C--------G---GTCTCCCA-GCTA------AAACCC-GCCC-T-AG-AGT-CAG-C------T---TG-GACT-CT--A---GTGTGT--------T----------GGA--CTCTGCG--GCAG-CATA------GGT-TGGATGACT-AT-TTCTTCGTAAAA-A---T-CCTAGATTGTGTAGACCTTT-ACTTT----TAAGCTTATTCAT---------TTA-CC------------AATCTTGTG---G---TATA-TATTTA-TACGtttat
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAATATGACTTAATTTATGATTTTTTCCAGTTGAATAATTAACATTATATTAGGATATAAAAACTATGAAATTCCAAAAAGATTCTAATGCAAAAGGATATTCATGCTTATAACTTACCTATCACTCATGTTCATTATGTATGTATGTTATTCTAAATATTG
Unaligned ( gi|18 ): GTTTGTATATTGATTGCCGTTAAGATGAAACGAGTTTCAATATATTAATCATGATTAAAATAATCAACTGGGTTTTATATCATCAGTATTGAAAGTACATGTATATGAATAAAATGTTGAACATCAATGTTGTATCGAAAGAATTGAAAAAAAATGT
Unaligned ( gi|20 ): ATTAATATACAATTTGATTTTCAGTTGATAAATTTAGACATTATATTAGGCATAAACTTTAATAAAAATTGAAGCAAGATATCATGGCTTAATTACCAAACACATTTCATTTTATGTATTATAATTATATAC
Unaligned ( gi|22 ): CCTTAAGTGAAACTACATTAAATATGTATAGTCATGTTAAAAAATAAGTTTTTATTCATCAGTATTGAAGCAATTGAATATAAATATTTTGAAAATCTATCAAAAATAAAATAATATGTATAATAT
Unaligned ( gi|24 ): GTTATGTAGAATTAGATTCCTTAAGGTTGGAACTACATTTCAAATATGTTATATCATGTTAAAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCATCAGTATTGA
Unaligned ( gi|26 ): GTGTAACTACATTCATTATGTAAATCATTTAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCACCAGTATTGAAGCATAATGTTCCAATGGTTGG
Unaligned ( gi|32 ): ATATATTGTATTTATTTAATTATACTACCATATCATATATTCAACTAAGAAATATA
Unaligned ( gi|38 ): TACTCTTGTCATGGCACTCAAAACAAGTAGTT
Alignments
lowQualScore : 11 1 22222222222222222222222 11111 111111111111 222222 22222222222 111111 3333333333 3333333333333333333333333333 777777777777777777777777777777777777777777 22222222 111111111111 2222222 111111 1111 111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 11
lowQualScore : 1 1 1 1 1 7 7 0 88 2 5 6666 4 777 99999999999999999999999 55 777 44 3 2 6 1 3 3 3 6 00000 4 55 4 0 555555555555 3 999999 44 44 6 3 3 3 3 888888 888 3 3 444444 1 4 3 2 00000000000 55 1 55 3 000000 3 99999 3 5555555555 4 4 2 666 3 7777 44 4 3 3 88888 3 4444444444444444444444444444 6 1 3 44 4 222222222222222222222222222222222222222222 6666 4 22222222 444444444444 2222222 66 66 111111 4 4 4 777 3 44 555 555 77 2 55 3 3 3 7777 3 1 3 44 55 8888 777777777 888 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 777 1 99999 0 2222222222 44 3 9999999 11 2 2 0 2 2 2 4 444 33 2 55555 1 7 2 777 3
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . .... . ... ....................... .. ... .. . . . . . . . . ..... . .. . . ............ . ...... .. .. . . . . . ...... ... . . ...... . . . . ........... .. . .. . ...... . ..... . .......... . . . ... . .... .. . . . ..... . ............................ . . . .. . .......................................... .... . ........ ............ ....... .. .. ...... . . . ... . .. ... ... .. . .. . . . .... . . . .. .. .... ......... ... .............................................................. . ... . ..... . .......... .. . ....... .. . . . . . . . ... .. . ..... . . . ... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 3 3 7 33 0 7 4444 4 222 88888888888888888888888 55 111 88 6 5 7 2 3 3 3 7 00000 0 55 0 7 000000000000 3 666666 22 22 2 1 1 1 1 888888 222 1 1 111111 8 2 3 5 88888888888 00 0 00 6 555555 6 11111 7 6666666666 0 0 4 444 6 1111 66 4 3 3 33333 3 8888888888888888888888888888 7 0 3 22 0 999999999999999999999999999999999999999999 0000 4 99999999 333333333333 2222222 11 11 111111 1 0 0 000 3 66 888 888 99 6 00 6 6 6 7777 6 3 6 88 55 0000 888888888 888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 333 7 11111 6 5555555555 88 0 3333333 88 9 9 4 5 4 4 7 111 11 2 66666 0 6 4 888 0
consensus : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAAATTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCA--TATG-TAT-G-TAATGT-TTA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CAT-C------TN--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTCCTTCG---AA-A---T-CCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CG------------AAT---------A---TATG-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----T---TAT-------TT---TAA-TA---------C-ACTAT-A-TATGCAT--TGTA-CTTATTCGAC---TTA-CGTATA-------CCTATT--GTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG--T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---AT--------------T-----AAAGA-TGTATACATCCTGC-------A----------A---GCAATTATATACAATGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATNT-------ATT--G-TT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
Reference ( family-4013 ) : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAAATTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCA--TATG-TAT-G-TAATGT-TTA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CAT-C------TN--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTCCTTCG---AA-A---T-CCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CG------------AAT---------A---TATG-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----T---TAT-------TT---TAA-TA---------C-ACTAT-A-TATGCAT--TGTA-CTTATTCGAC---TTA-CGTATA-------CCTATT--GTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG--T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---AT--------------T-----AAAGA-TGTATACATCCTGC-------A----------A---GCAATTATATACAATGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATNT-------ATT--G-TT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
gi|1 : GTATTCAAGCAATGAAACTTGTTATAATATTTTTCAACATGTCAAATTTTCAATTATGAATTTTATTTATGTTTTGAAAAATCTCAA-TTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTT-T-CCA---ATG-TAT-G-TAATGT-TCA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAA-T-TTTACTT-GTGACA-TA-A-ATA-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAC-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CT-TTCC-T-AG-GGT-CAT-T------TA--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GTAG-CACA------AGT-GGTAT---T-ATGTCCTATG----------T-CCTGGTTT-TATTC---TTT-ACTTT----T--GCTCT-TCATAC-A-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG----T---TGT-------TT---TAA-TA---------CTAGTAT-A-TATGCAT--TGTACCTTATTTGAC---TTA-CGTATA-------CCCGTT--GATACTTCTAT--ATA--TAACT-TATGTT-T---ATCA-CT--TAA---ATAGC---A--TTACTCAG--T-ATAATATAT-G-CA----TACAT-A--ATGTTT-TATTC-AATAT--AT----CACC---------GC---AT--------------T------ANNN-NNNNNNNNNNNNNN-------N----------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------------TGCCATTTGAATCT-------ATT--G-TT-AAGAGTCACTCAT-CT-GTT-A-T---AT--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATTATATA---TATAAAA
gi|10 : ATGCAT-------CTTACTTGAC---TTA-CGTATG-------CCTTTT--GTTACGTCTAT--A----TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTATTTAG--T-ATAGCTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---AT---------------------ACCA-TGTATTCA
gi|10 : --T-ATAG-----GTCTGGGTAATATAAATCATAAAACTTGTAAAAactaaagatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataggtctgggtaatataaatcataaaacttgtaaaaaaa
gi|11 : atgcatcttacttgacttacgtatgccttttgttacgtctatataacttatgtaaatcatataaatagtattatttagtatagcttatgtatacatattgtgtattattcaatatactaccatataccatgtattcaactaaagatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaT-A-CATGCAT-------CTTACTTGAC---TTA-CGTATG-------CCTTTT--GTTACGTCTAT--AT------CT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTATTTAG--T-ATA-CTT-T-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---ATACCATGTATTCAACT-----AAAGA-TATATACATCCTGCTGATGTAA----------A---GCAATCATATACAATGCTATAAT-GTTGGAGCCTATAATAGTCGAGACTCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTG----------------------------------T-TT--TT-A-T---AGTAT-ATAG-----GTCTGGGTAATATAAATCATAaaa
gi|12 : ---TTT-ACTTTAATTT--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTGTACCT---TAT-------TTGTATAA-T-------------CTAT-G-TATTCATAATGTA--TTATTCAATATATTACCATATA--------CTAC----ATACATCC-T--ACA--TGA---TGTTTT-A---AGCA-TA--TAT---ACAAT---G--TTaaacttgtaa
gi|12 : cTCA-TACGTAA---ATTGT---ACCTTATTT-G--T-ATAATCTAT-G-TA----TTCAT-A--ATGTAT-TATTC-AATAT--AT----TACC---------AT---AT------------------------ACTACATACATCCTAC-------ATGATGTTTTAA---GCA--TATATACAATGTTGTAATAGTCTGAGCTTA-----GTCGAGACCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATCT-------ATT--G-TT-AAGCGTCACTCAT-TT-GCT-A-T---AA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATGATAT------TAAAAgtaatagtctgagcttagtcgagaccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgctataatataggtctgggaaataaacatgatattaaaaa
gi|13 : ctttactttaatttgctcatcatacaatacaaatatatgtttGTTTTGAAACATTGTAAATGTATTTTTAAGTATAAATGTTATAGAAAACTT-ATGCCA--AATACTTT-G-TAATAT-GTA-----AAT--TCA--TCGTAAA--T---TATA----TATATTA-TTGAAAATA-A-AT---GCCTATGTACT-ACTGG--G-GAA-ACC--------T---GTCTCCCA-GCTA------GG--CCTGCCTGT-AA-GGT-CAT-C------TA--TA-GACT-CT--C-A-GTGTGTGTGTG-TGT----------Ga
gi|14 : AAAAACTTT-T-CCA--T-TG-TAG-GGTAAGG----A-----ATT-ACGTGATCATGGA--CACACGTAA-T-T-TACTT-GT--AC-TA-A-ATTACACAC-----TA-ACTGGCCAGGAA-AATAATAAAGGG---GTCAGCCGTGCTACGAGAAAG--TC-GCCC-TTAG-GGTTCAT-CAGTTACTCAATA-GGCTACT--ACA-ATATGCTCGTGATGTTAGTAAGACTAGG--CTCTGGGAGGCAGGCACA------GGT-GGTAT---TAATGTCtgtgtgtgtagacccttagcaccatcagcgat
gi|15 : CTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG--------TAC-------CT---TAT-T--------------TGC-A-TATACAT--TGTA-tc
gi|15 : ttatgtcctATATACA---TTGTAATAGTTGTGGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATCT-------ATT--G-TT-AAGCGTCACTCAT-TT-GTT-A-T---AA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATGATCTA---atagttgtggcttagtcgaggccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgttataatataggtctgggaaataaacatgatctaa
gi|16 : ttatgtcctcttttgctcatcatacaatacaaatatatgttttcatacgtaaattgtaccttatttgcT--A-T-GTGTGTGGGTG-GGG----------GGGTGCCCCGAG--GCAG-CATACCGGTAGGT-GATAT---T-ATGTCCTACG---AATA---TTCCTAGATT-TATTA---CTC-AGCAT----T--GCTAA-TCATAT-A-----ATT-TG------------AAT---------AATTTATA-TGTTTATTACAT-CA-ACTG----T---TA--------------AA-TA---------TGACTTT-GCCATGCAT----TA-TTTATa
gi|19 : actat----------A---GAAATT---TATCATTTTGTATTAGTTGGAGCTTT-----GTCGAGATCCCATCCTTGATAGC----------TGCCATT---ATCT-------ATTTAGTTT-AAGAAAAATAAAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GCCTGGGAAATAAA-AT--TATT---TTTAAAAatatg
gi|2 : atgtaatATTTTAT-CTA--TATG-TAT-T-TATTGTATTG-----AAT--------TTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTAAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GGGAA-AAC--------G---GTCTCCCA-ACTA------AG--CT-GCCC-T-AG-GGT-CAT-C------TT--TG-GATT-CT----A-GTTTGTGTTTG-TTT------------A--CTCTGCA--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTTCTTCGAA-AA-A---T-CCTAGATT-GGTAA---TTT-ACTTT----T--GCTTA-TCATAC-A-----ATT-TGT-----------TAT---------A---TACGACTTTGG-C--------ATTT----T---T-T-------TT---T--------------C-ATTAT-A------AT--TACA-TATATAC-AT---TT----TATA-------CCTATT--GTTAGGTCTATAGATA--TAACT-TATATA-A---ATCA-TA--TGA---ATAGT---G--TTACTCGG--T-ATAACTTAT-G-TA----TTCAT-ATTGCGTAT---TTC--ATAT--AC----
gi|21 : ttatgtagattagattccttaagtgaaactacattcaatatgtataatcatgttaaaaatcaatctgtttttattcatcagtattgaagcatatgaatgcaaatgttgaatatattgttttgaaaatctattaaaaataatgtaatatgactaatatgatttttacagtagaataatttaggcattatattaggataaactttaataaaattgaagcaagatagcatgcgtagaattaccacactcattttcATAATGTTCCAATGGTTGGAGCTTA-----GTTGAGGCCC-ATCCTCGGCAGC----------TGTCATTTGATTAT-------ATT--G-TT-AGGAATCGTACAT-TT-GTT-G-T---AG--C-ATAG-----ATTTGGGTAATAAAAATCACAaa
gi|23 : cGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GACGAAGTCCCATCCTCGACAGC----------TGCACTTT-------------------------GAATCGTTCAT-TT-ATT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCTGGGTAATAAACATAATAaaacttaattaaaaat
gi|25 : -TG--TAA---ACAGTGTAA--TTGCGCAG--TGATTTTTCATCG-TA----CATATCACTGTGTAC-TATTC-AATAT--AA----TGCC---------A
gi|27 : ----------TGCCATTTGAATAC-------ATT--G-TG-AAGCGTCACTCATGTT-GTT-A-TTAAAA--T-ATAG-----GTCTGTGGTATAAA-ATAATATA---TCTAAAAccattcataaactcgactaagggt
gi|28 : AGC----------TGCCATT---ATTT-------ATTTAG-TTTAAGAAAAATATAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAA-ATTATaat
gi|29 : gat----------TGCTATTTGATTAT-------ATT--G-TT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCT-GGTAATAAACATCATAtaaaaaaaa
gi|3 : GTAG-T-TTTATTT-GTGTTA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAT--------G---GTTTCCAG-GAAA------GG--CT-GACT-T-AG-GTT-CAT-C------TT--TA-GACT-TTTGA-ATGTGTGTGCATG-TGTAT--------GGG--TTCTGGG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTCCTTC--------------CTTGATA-TATAA---TTT-ACCTC----T--GCTAA-TCATAC-A-----ATA-TGCATAATTTATAGGAT---------A---CATG-TTT-AA-TACGT-AA-ACTG----T---TATATATTACTT---TGA-CATGCTTTATTC-ATTAA-A-TATACTT--TGTATCTTATTTGAC---TTAACGTATA-------CCTATT--GTTTGATCTAT--ATA--TTATT-TATGAA-A---ATCA-TG--TAA---ATAGT---A--TTACTTAG--T-ATAACTCAT-G-TA----CACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACCATGTACCATAT---AT--------------TCAACTAAAGA-TGNNNNNNNNNNNN-------N----------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCCATTTGATTAT-------ATT--G-TT-AGGAATTGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGATTATAAACATCATAaaaa
gi|30 : A--CAAGT-TATATC-A---TTCGGTA--TAACTTAT-GT---A--TTACTCGA--T-ATAACTTAT-G-TA----TTCAT-ATTGTGTAT-Taaactttaa
gi|31 : cA--TATG-TAT-T-TA---T-TTG-------T-ATTTAATTTTGAA--T-A-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACC
gi|33 : T-GTT-AAT---AG--TGATAG-----GTCTGGGAAATAAA-ATCTTATA---
gi|34 : taaaATCGTTCAT-TTTGTTTA-T---AG--T-GTAG-----GTCGGGGTAATAAACATCATAaaacctgaaaaaa
gi|35 : -TT-GTT-A-T---GA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACACGATATA---TAAGAAAaaactt
gi|36 : ---GTCTCCCA-GCTA------GG--CT-GCCTAT-AAAGGT-CAT-C------TA--TG-GACT-C
gi|37 : t--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-T-ATC-CACC
gi|39 : G--CT-GCCC-T-AG-GGT-CAC-C------TT--TG-GACT-CT--A-
gi|4 : --TGTG-TGT-G-TA-TAT-TTA-----A------T--TTTGGAA--T-C-TGTAGGTATATACTTCGTGAAA-TT-ATATC-CACCT-----TT-ACTGG--GAGAATAAC--------G---GTCTCCCA-GCTA------AG--CT-GCCC-T-AG-A-T-CAG-C------TT--TGCGACT-CT--A---GTTTGTGTTTG-T-T----------GGA--CTCTGCG--GCAG-CATA------GGTTGGTAT-----A-GTTCTTCGC--AA-A---T-CCTAGATT-TGTAA---TTTAACTTT----T--GCT-A-TCATAC-ATTGTTATATCG------------ACT---------T---TGGC-TTTTT------------TTT----T---CAT-------TA---TAATTA---------C-A-TAT---TATCCAT--TGT------TTC-------------ATA-------CCTATT--GTTAGGTCTAT--ATAATCAACTGTATGTATA---ATCA-TA--TAA---ATA-T---AT-TTACTC----T-AATACTTAT-G-CA-----GCAT-ATTGTTT-T-TATTCTAATATGAACT---TACC---------AT---AT--------------gt
gi|4 : ----------TACCATTTGATTAT-------ATT--G-TT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCTGGGTAATAAACATCATAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatttgattatattgttaggaatcgttcatttgttatagtgtaggtctgggtaataaacatcataaaacttgaaa
gi|5 : tgtgtgtgtatatttaattttggaatctgtaggtatatacttcgtgaaattatatccacctttactgggagaataacggtctcccagctaagctgccctagatcagctttgcgactctagtttgtgtttgttggactctgcggcagcataggttggtatagttcttcgcaaatcctagatttgtaatttaacttttgctatcatacattgttatatcgactttggctttttttttcattataattacatattatccattgtttcatacctattgttaggtctatataatcaactgtatgtataatcatataaatatatttactctaatacttatgcagcatattgtttttattctaatatgaacttaccatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTT-GTTA---TA-A-ATCTCACCT------T-ACTGG--GAGAA-ACC--------ATATGTCTCCCG-CATA------AG--GC-TTAC-T-AG-ATT-CATTC------TT--TG-GACT-CT---------TATGGGTG-T------------------TC--AG--GCAG-CAAT------GGT-GGTCT---TTATGATCTTCA---AA-AAAAT-TC-ACATT-TATTA---TTT--TTTT----T--GCTAT-TCATACCA-----ATA-TG------------AATTATTATATCA---TACA-TTTTTA-TGCGTCAACATTC----TACATATGCC----TT---TAA------------C-ACTAT-A-AAT--------TA-CTCGTCCAGT---ATA-C-TATGGAT----CTTACTTCACTACGTTTAC--GTA--TTGCT--GTGCA-ATTGATAA-TA--AAA---A-AAT---A--TTATACAAGCT-ATAACTTAT-GCTACCAGTATGT-GTGGTATATGTATTT--ACCT--ACCA--TACC---------ATAGAAT--------------TCAAC-AAAAA-TGTATNNNNNNNNN-------N----------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATTTAG-TT-TGGAAT-GCTCAG-TT-GTT-ATT---AG--T-ATAG-----GTCT-GGTAATAACAATTATA-A---TTTAAAAaaacttgaaa
gi|6 : tGTATTCAATTGATGAAATTTATTATAAAATTTTTCAACATATAAAATTTTCAATTATGAATTATACTTATGTTTTGAAAAATATC-AATTTGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTT-T-CCATTTTTG-TAT-G-TAATGT-TCA-----AAGAATTT--TTTT-----T-T-TGTAA-T-TTTACTT-GTGACA-TA-A-ATA-CACCT-----CTAACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CT-GCCC-T-AG-GGT-CAT-G------TA--TG-GACT-C-----A-GTGTGTGTGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GCAG-CACA------GAT-GATAT---T-ATGTCCT-------------------------------------CTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG--------TAC-------CT---TAT-T--------------TGC-A-TATACAT--TGTA-cttcaa
gi|6 : tatgtagcatgatttctataagagttacactagatctacataaacggtgtaatcatcgacctttcagaatctctatttgactacatgcaattaaaactttgcattctattgaatacaattgaatATATACA---TTGTAATAGTTGTGGCTTA-----GTCGatagttgtggcttagtcg
gi|7 : tatgtagcatgatttctataagagttacactagatctacataaacggtgtaatcatcgacctttcagaatctctatttgactacatgcaattaaaactttgcattctattgaatacaattgaatgtattcaattgatgaaatttattataaaatttttcaacatataaaattttcaattatgaattatacttatgttttgaaaaatatcaatttgcttgaccatagaccttttgaaaaacttttccatttttgtatgtaatgttcaaagaattttttttttgtaattttacttgtgacataaatacacctctaactgggagaaaacggtctcccggctaagctgccctagggtcatgtatggactcagtgtgtgtgtgtgtagactctgaggcagcacagatgatattatgtcctcttttgctcatcatacaatacaaatatatgttttcatacgtaaattgtaccttatttgcG-GCTA------AG--AT-GACC-T-TG-GGT-CAT-T------TA--TG-GACT-CT--A---GTTTGTGTGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-GTGTCCTAAG---AA-AAT-T-GTTAGATT-TATTA---TTT-AGCGT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATG-TG--------------T---------G---TATG-TTT-AA-TACGT-CA-ATTG----T---TA--------------AA-TA---------TGACTTTGA-TATG--T--T-----TTATTCAA-----TA-CATATATCTAATACCTATT--GTTACTTCTAT--A------A---TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACGCAG--T-ATAACTCAT-A-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATGT--ACTATTTATC---------AT---ATATATTTTCAAC---T-----AAAGA-TGTATACATCCTGCGTGATGTA----------ATATGCAATTATATACATTTTTGTAATCGTTGGAG-------------------CATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGTATAT-------ACT--T-TT-AGGAGTCGCCCAT-TT-CTT-A-T---A---T-ATAGTTTAAGTCTGGGTAA-AAATATCA
gi|8 : ATTTTAT-CTA--TATG-TAT-T-TA---T-TTG-----GAT-TTTA--TTTTGAA--T-C-TGTAC-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---ATATCCCG-GCTA------AG--CT-GCCT-T-AA-GGT-CAT-C------TT--TG-GACT-CT----A-GTTTGTGTTTG-TGT----------GGA--CTCTGTG--GCAG-CATA------GTT-GGTAT---T-ATGTTCTTCGAA-AA-A---T-CCTAGATT-TATCA---TTT-ACCTT----T--GCGTA-TCATAC-A-----ATA-TGT-----------TAT---------A---TATGACTTTGA-CATGT-ga
gi|9 : atttttttcagtgagtattgaagcatataaatgcaaatatagaatataaatgttttaaaaatatatcaaaaataatgtaatatgactaatatgattcttccagtagctcacaactcggataatttagacattatattaggaattttgataaactttaacaaaattgaagtaagatgtcgtagttttaattactacacccattttcTAT-ATA--TATG-TGTTG-TGATGT-GTATAGTTAAT-ATTT--A---GAAAAT-C-TGTAG-G-TATACTTAGTGAAA-TATA-GTC-CACCT-----TT-AC--G--GAGAA-A-C--------G---GTCTCCCA-GCTA------AAACCC-GCCC-T-AG-AGT-CAG-C------T---TG-GACT-CT--A---GTGTGT--------T----------GGA--CTCTGCG--GCAG-CATA------GGT-TGGATGACT-AT-TTCTTCGTAAAA-A---T-CCTAGATTGTGTAGACCTTT-ACTTT----TAAGCTTATTCAT---------TTA-CC------------AATCTTGTG---G---TATA-TATTTA-TACGtttat
blockSeqs : T A A A T A A TT A G TTTT C GG ATGTGTATAGTTAATATTT AA ACA GG A A C A A T T A ATGTA A CC T AATAAAGGG T CGAGAA AC CT G T A T T AGTTAC CAA C A TGAAT G T A G TAGTAAGACTA TG G AG G CCGGTA T GACT A AAAAAA T G T ACC A AATT AA C T C TTGTT T CATAATTTATAGGATA A C T CA C TTATATATTACTTTGACATGCTTTATTCAT GCC G AATGTA AATATATTACCA TCTAATA TC AG TAATCA C G T TTG G CG CTT GTA CC A GC G C C CCAG C T G TA GA TATT ATGTACCAT AGA ACCATGTATTCAACTAAAGATATATACATCCTGCTGATGTAAA A ATG A TAATA NNNNNNNNNN AA C NNNNNGC TA T T G T T A TAA TA G TTTAA T A C ACT G
blockSeqs : A . A . A . AA . TG ATGTTCAAAGAATTT . C A . A A A . . . T . . . . ATAT . . . C A . . . . . A . . ACA A C . G ATG . A . . . . TA T TAAAAA . . A . . . . C . . . . AATTATTATATCA A C . A . TACCTTATTTGTATAATC GAT G TGTATC GACTTAACG GAT . . CATG C . . . . . . . T A . . . . . . T . A . CA . . ATATTTTCAACTAAAGATGTATACATCCTGCGTGATGTAATAT A ATG A . . AA C . TA . . . . . T . . . . T A C . T
blockSeqs : A . TA . G ATATGTAAATTCA . A G . T . A . . . . . . . . T . . . T . . . . . . T . . CA G G . G G . C . . . . TT T AAAAA . . A . . . . A . . . . AATCTTGTGG . T . A . TACATATGCCTTTAACAC AC T TACAT GACTTACG . . . TATA C . . . . . . . . G . . . . . . T . A . T . . ACTACATACATCCTACATGATGTTTTAA N ATT A . . AT C . TA . . . . . . . . . . A C G . C
blockSeqs : A . TA . T AGGAATTACGTGA . C G . A . T . . . . . . . . G . . . T . . . . . . T . . AT T T . T G . G . . . . T T AAAAT . . A . . . . T . . . . AATAATT . G . C . TCATTATAATTACA GT A TAT GACTTACG . . . TATT T . . . . . . . . A . . . . . . C . A . . . . TCAACTAAAGATGNNNNNNNNNNNNNN N ATG G . . AA A . . . . . . . . . . . . A C G . A
blockSeqs : . . TG . T TTGTATTGAAT . C G . A . A . . . . . . . . G . . . T . . . . . . A . . A G C . G G . C . . . . T T AAAAA . . T . . . . A . . . . TTATA . A . A . TTAAATATGAC AT G TGT AGTATAC . . . TATT G . . . . . . . . A . . . . . . T . A . . . . TCAACAAAAATGTATNNNNNNNNNNN A NNN A . . AT A . . . . . . . . . . . . A A C . T
blockSeqs : . . TA . G TTTGTATTTAA . T G . A . A . . . . . . . . G . . . T . . . . . . T . . A T T . G A . A . . . . T A AATA . . T . . . . A . . . . TTATA . T . A . TTAAATATGAC AT A TAC AATACA . . . TA C . . . . . . . . G . . . . . . T . A . . . . . NNN N . . AT T . . . . . . . . . . . . T C A . .
blockSeqs : TA . G TTTGGATTTTA . C A . T . A . . . . . . . . G . . . T . . . . . . T . . A G G . G A . A . . . . T T CAAA . . C . . . . C . . . . AATA . T . C . TACCTTATT AA C C ATTT . . . T C . . . . . . . . A . . . . . . T . A . . . . TTT N . . AT A . . . . . . . . . . . . T C A .
blockSeqs : T . T TATTTAAT . C C . A . C . . . . . . . . G . . . C . . . . . . T . . A T T . G G . A . . . . T T . . . A . . . . C . . . . AATA . C . . . TTTTTTCAT AT A C . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . T . . . . . . A . . NN A . . . . . . . . . . . . G C T .
blockSeqs : . . G . A . A . . . . . . . . G . . . T . . . . . . A . . A T T . . G . T . . . . T . . . . . . . . . T . . . . ACTT . A . . . TACCTTATT A G T . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . . TA A . . . . . . . . . . . . A C C
blockSeqs : . . . . A . . . . . . . T . . . . . . A . . A G T . . . . C . . . . . . . . . T . . . . AATA . G . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . A N . . . . . . . . . . . . T C C
blockSeqs : . . . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . TG . T . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . T C C
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T T G
blockSeqs : . . . . . . . . A . C
blockSeqs : . . . . . . . . T . T
blockSeqs : . . . . . . . T . C
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqCons : TA** TTTGNATTTNAT*********** A***** AAAAA***** TTATATATGAC******************************* TAT*****
originalCons : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAAATTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCA--TATG-TAT-G-TAATGT-TTA-----AAT-ATTT--TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CAT-C------TN--TG-GACT-CT--A-A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTCCTTCG---AA-A---T-CCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CG------------AAT---------A---TATG-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----T---TAT-------TT---TAA-TA---------C-ACTAT-A-TATGCAT--TGTA-CTTATTCGAC---TTA-CGTATA-------CCTATT--GTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG--T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---AT--------------T-----AAAGA-TGTATACATCCTGC-------A----------A---GCAATTATATACAATGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATNT-------ATT--G-TT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
finalCons : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAAATTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCATA--TG-TAT-G-TATTTGNATTTNAT-----------TTTTGAA--T-C-TGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CAT-C------TN--TG-GACT-CTA-----GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GGT-GGTAT---T-ATGTCCTTCGAAAAA-----T-CCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATAC-A-----ATA-CG------------AAT---------A---TATG-TTTTNA-TACGT-AA-ATTGTTATATATGAC-------------------------------TAT-A-TATGCATTAT-----TTATTCGAC---TTA-CGTATA-------CCTATT--GTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG--T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---AT--------------T-----AAAGA-TGTATACATCCTGC-------A----------A---GCAATTATATACAATGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATNT-------ATT--G-TT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAATATGACTTAATTTATGATTTTTTCCAGTTGAATAATTAACATTATATTAGGATATAAAAACTATGAAATTCCAAAAAGATTCTAATGCAAAAGGATATTCATGCTTATAACTTACCTATCACTCATGTTCATTATGTATGTATGTTATTCTAAATATTG
Unaligned ( gi|18 ): GTTTGTATATTGATTGCCGTTAAGATGAAACGAGTTTCAATATATTAATCATGATTAAAATAATCAACTGGGTTTTATATCATCAGTATTGAAAGTACATGTATATGAATAAAATGTTGAACATCAATGTTGTATCGAAAGAATTGAAAAAAAATGT
Unaligned ( gi|20 ): ATTAATATACAATTTGATTTTCAGTTGATAAATTTAGACATTATATTAGGCATAAACTTTAATAAAAATTGAAGCAAGATATCATGGCTTAATTACCAAACACATTTCATTTTATGTATTATAATTATATAC
Unaligned ( gi|22 ): CCTTAAGTGAAACTACATTAAATATGTATAGTCATGTTAAAAAATAAGTTTTTATTCATCAGTATTGAAGCAATTGAATATAAATATTTTGAAAATCTATCAAAAATAAAATAATATGTATAATAT
Unaligned ( gi|24 ): GTTATGTAGAATTAGATTCCTTAAGGTTGGAACTACATTTCAAATATGTTATATCATGTTAAAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCATCAGTATTGA
Unaligned ( gi|26 ): GTGTAACTACATTCATTATGTAAATCATTTAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCACCAGTATTGAAGCATAATGTTCCAATGGTTGG
Unaligned ( gi|32 ): ATATATTGTATTTATTTAATTATACTACCATATCATATATTCAACTAAGAAATATA
Unaligned ( gi|38 ): TACTCTTGTCATGGCACTCAAAACAAGTAGTT
Alignments
lowQualScore : 11 1 1111111 333333333333333 111111 11111 11111 111111111111 111111111 111 22222222222 111111 111111 3333333333333333333333333333 22222222222 1111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 1111 111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 11
lowQualScore : 1 1 1 1 1 7 7 0 88 5 6 7777777 44 999999999999999 2 66 111111 55555 4 2 44 3 2 6 1 3 3 3 6 00000 4 55 4 0 555555555555 3 999999 44 44 6 3 3 3 3 4 222222222 3 44 222 3 1 4 3 2 00000000000 55 1 55 3 000000 3 3 666 3 3 222222 4 2 666 3 7777 44 4 3 3 88888 3 4444444444444444444444444444 6 1 3 66 4 8888 55555555555 5555555555555 2 5555555555555555555555555555555555555555555555 777 66 66 4444444444 4 777 3 44 555 555 77 2 55 3 3 3 7777 3 1 3 44 55 8888 777777777 888 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 777 1 99999 0 2222222222 44 3 9999999 11 2 2 0 2 2 2 4 444 33 2 55555 1 7 2 777 3
lowQualScore : . . . . . . . . .. . . ....... .. ............... . .. ...... ..... . . .. . . . . . . . . ..... . .. . . ............ . ...... .. .. . . . . . . ......... . .. ... . . . . . ........... .. . .. . ...... . . ... . . ...... . . ... . .... .. . . . ..... . ............................ . . . .. . .... ........... ............. . .............................................. ... .. .. .......... . ... . .. ... ... .. . .. . . . .... . . . .. .. .... ......... ... .............................................................. . ... . ..... . .......... .. . ....... .. . . . . . . . ... .. . ..... . . . ... .
lowQualScore : 0 0 0 0 0 3 3 7 33 5 7 4444444 66 777777777777777 6 11 444444 77777 0 5 88 6 5 7 2 3 3 3 7 00000 0 55 0 7 000000000000 3 666666 22 22 2 1 1 1 1 0 333333333 1 22 555 1 8 2 3 5 88888888888 00 0 00 6 555555 6 6 444 6 7 666666 0 4 444 6 1111 66 4 3 3 33333 3 8888888888888888888888888888 7 0 3 77 0 5555 00000000000 1111111111111 9 2222222222222222222222222222222222222222222222 888 11 11 8888888888 0 000 3 66 888 888 99 6 00 6 6 6 7777 6 3 6 88 55 0000 888888888 888 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 333 7 11111 6 5555555555 88 0 3333333 88 9 9 4 5 4 4 7 111 11 2 66666 0 6 4 888 0
consensus : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAAATTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCA--TA---TGTATG-TA---TT------C---GNAT--T---TAATTTTTG---A-ATCTGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CA-TCTNT---------G-G--ACTCT---A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-ATGTCCTTCG-AAAAATCCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATA-CA-----ATA-CG------------AAT---------A---TATG-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----TT--A--T----ATATGA-CTNT-A----TATGCATTAT---T---------------------TATTCGAC---TTA-CGT---ATA---CCTA--TTGTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG--T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---AT--------------T-----AAAGA-TGTATACATCCTGC-------A----------A---GCAATTATATACAATGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATNT-------ATT--G-TT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
Reference ( family-4013 ) : GTATTCAANCGATGAAACTTGTTATAANATTTTTCAACATGTNAAATTTTCAATTATGAATTNTACTTATGTTTTGAAAAATNTCAAATTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTTAT-CCA--TA---TGTATG-TA---TT------T---GNAT--T---TNATTTTTG---A-ATCTGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CC-GCCC-T-AG-GGT-CA-TCTNT---------G-G--ACTCT---A-GTGTGTGCGTG-TGT----------GGA--CTCTGNG--GCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-ATGTCCTTCG-AAAAATCCTAGATT-TATNA---TTT-ACTTT----T--GCTCA-TCATA-CA-----ATA-CG------------AAT---------A---TATG-TTTTNA-TACGT-AA-ATTG----TT--A--T----ATATGA-CTAT-A----TATGCATTAT---T---------------------TATTCGAC---TTA-CGT---ATA---CCTA--TTGTTACGTCTAT--ATA--TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACTCAG--T-ATAACTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---AT--------------T-----AAAGA-TGTATACATCCTGC-------A----------A---GCAATTATATACAATGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATNT-------ATT--G-TT-AGGAATCGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGNAATAAACATCATATA---TNTAAAA
gi|1 : GTATTCAAGCAATGAAACTTGTTATAATATTTTTCAACATGTCAAATTTTCAATTATGAATTTTATTTATGTTTTGAAAAATCTCAA-TTCGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTT-T-CCA---A---TGTATG-TAATGTT------C---AAAT--A---TT-TTTTTG---A-ATCTGTAA-T-TTTACTT-GTGACA-TA-A-ATA-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAC-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CT-TTCC-T-AG-GGT-CA-TTTAT---------G-G--ACTCTA--A-GTGTGTGCGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GTAG-CACA------AG-TGGTA-T---T-ATGTCCTATG------TCCTGGTTT-TATTC---TTT-ACTTT----T--GCTCT-TCATA-CA-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG----TT--G--TTTTAATACTA-GTAT-A----TATGCATTGTACCT---------------------TATTTGAC---TTA-CGT---ATA---CCCG--TTGATACTTCTAT--ATA--TAACT-TATGTT-T---ATCA-CT--TAA---ATAGC---A--TTACTCAG--T-ATAATATAT-G-CA----TACAT-A--ATGTTT-TATTC-AATAT--AT----CACC---------GC---AT--------------T------ANNN-NNNNNNNNNNNNNN-------N----------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA------------TGCCATTTGAATCT-------ATT--G-TT-AAGAGTCACTCAT-CT-GTT-A-T---AT--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATTATATA---TATAAAA
gi|10 : ATGCATC-----T---------------------TACTTGAC---TTA-CGT---ATG---CCTT--TTGTTACGTCTAT--A----TAACT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTATTTAG--T-ATAGCTTAT-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---AT---------------------ACCA-TGTATTCA
gi|10 : --T-ATAG-----GTCTGGGTAATATAAATCATAAAACTTGTAAAAactaaagatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatataggtctgggtaatataaatcataaaacttgtaaaaaaa
gi|11 : atgcatcttacttgacttacgtatgccttttgttacgtctatataacttatgtaaatcatataaatagtattatttagtatagcttatgtatacatattgtgtattattcaatatactaccatataccatgtattcaactaaagatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaT-A----CATGCATC-----T---------------------TACTTGAC---TTA-CGT---ATG---CCTT--TTGTTACGTCTAT--AT------CT-TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTATTTAG--T-ATA-CTT-T-G-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACC---------AT---ATACCATGTATTCAACT-----AAAGA-TATATACATCCTGCTGATGTAA----------A---GCAATCATATACAATGCTATAAT-GTTGGAGCCTATAATAGTCGAGACTCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTG----------------------------------T-TT--TT-A-T---AGTAT-ATAG-----GTCTGGGTAATATAAATCATAaaa
gi|12 : ---TTT-ACTTTAATTT--GCTCA-TCATA-CA-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTGTACCTT--ATTT----GTATAATCTAT-G----TATTCATAATGTAT---------------------TATTCAATATATTACCAT---ATA----CTA--C--ATACATCC-T--ACA--TGA---TGTTTT-A---AGCA-TA--TAT---ACAAT---G--TTaaacttgtaa
gi|12 : cTCA-TACGTAA---ATTGT---ACCTTATTT-G--T-ATAATCTAT-G-TA----TTCAT-A--ATGTAT-TATTC-AATAT--AT----TACC---------AT---AT------------------------ACTACATACATCCTAC-------ATGATGTTTTAA---GCA--TATATACAATGTTGTAATAGTCTGAGCTTA-----GTCGAGACCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATCT-------ATT--G-TT-AAGCGTCACTCAT-TT-GCT-A-T---AA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATGATAT------TAAAAgtaatagtctgagcttagtcgagaccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgctataatataggtctgggaaataaacatgatattaaaaa
gi|13 : ctttactttaatttgctcatcatacaatacaaatatatgtttGTTTTGAAACATTGTAAATGTATTTTTAAGTATAAATGTTATAGAAAACTT-ATGCCAAATACTTTGTA-A-TA---TG------T---AAAT--T---CA--TCGTA---A-AT-TATA----TATATTA-TTGAAAATA-A-AT---GCCTATGTACT-ACTGG--G-GAA-ACC--------T---GTCTCCCA-GCTA------GG--CCTGCCTGT-AA-GGT-CA-TCTAT---------A-G--ACTCTC--A-GTGTGTGTGTG-TGT----------Ga
gi|14 : AAAAACTTT-T-CCA--T----TGTAGGGTA---AG----------GAAT--TACGTGATCATGG---ACACACGTAA-T-T-TACTT-GT--AC-TA-A-ATTACACAC-----TA-ACTGGCCAGGAA-AATAATAAAGGG---GTCAGCCGTGCTACGAGAAAG--TC-GCCC-TTAG-GGTTCA-TCAGTTACTCAATAG-GCTACTAC---A-ATATGCTCGTGATGTTAGTAAGACTAGG--CTCTGGGAGGCAGGCACA------GG-TGGTA-T---TAATGTCtgtgtgtgtagacccttagcaccatcagcgat
gi|15 : CTTT----T--GCTCA-TCATA-CA-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG----TA--C--C----TTAT---TTGC-A----TATACATTGT---tc
gi|15 : ttatgtcctATATACA---TTGTAATAGTTGTGGCTTA-----GTCGAGGCCCCATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGAATCT-------ATT--G-TT-AAGCGTCACTCAT-TT-GTT-A-T---AA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACATGATCTA---aatagttgtggcttagtcgaggccccatcctcggcagctgccatttgaatctattgttaagcgtcactcatttgttataatataggtctgggaaataaacatgatctaa
gi|16 : ttatgtcctcttttgctcatcatacaatacaaatatatgttttcatacgtaaattgtaccttatttgc-GTGTGTGGGTG-GGG----------GGGTGCCCCGAG--GCAG-CATACCGGTAGG-TGATA-T---T-ATGTCCTACG-AATATTCCTAGATT-TATTA---CTC-AGCAT----T--GCTAA-TCATA-TA-----ATT-TG------------AAT---------AATTTATA-TGTTTATTACAT-CA-ACTG----TT--A--A----ATATGA-CTTT-GC---CATGCATTAT---T---------------------TATa
gi|19 : actattat----------A---GAAATT---TATCATTTTGTATTAGTTGGAGCTTT-----GTCGAGATCCCATCCTTGATAGC----------TGCCATT---ATCT-------ATTTAGTTT-AAGAAAAATAAAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GCCTGGGAAATAAA-AT--TATT---TTTAAAAatatg
gi|2 : atgtaatATTTTAT-CTA--TA---TGTATT-TA---TT----------GTAT--T---GAATTTT-G---A-ATCTGTAG-T-TATACTT-GTAAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GGGAA-AAC--------G---GTCTCCCA-ACTA------AG--CT-GCCC-T-AG-GGT-CA-TCTTT---------G-G--ATTCT---A-GTTTGTGTTTG-TTT------------A--CTCTGCA--GCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-ATGTTCTTCG-AAAAATCCTAGATT-GGTAA---TTT-ACTTT----T--GCTTA-TCATA-CA-----ATT-TGT-----------TAT---------A---TACGACTTTGG-CATTT-----TTT----TTTCA--T-----TATAA-TTAC-A----TATATA-CAT---T---------------------T----------------T---ATA---CCTA--TTGTTAGGTCTATAGATA--TAACT-TATATA-A---ATCA-TA--TGA---ATAGT---G--TTACTCGG--T-ATAACTTAT-G-TA----TTCAT-ATTGCGTAT---TTC--ATAT--AC----
gi|21 : ttatgtagattagattccttaagtgaaactacattcaatatgtataatcatgttaaaaatcaatctgtttttattcatcagtattgaagcatatgaatgcaaatgttgaatatattgttttgaaaatctattaaaaataatgtaatatgactaatatgatttttacagtagaataatttaggcattatattaggataaactttaataaaattgaagcaagatagcatgcgtagaattaccacactcattttcATAATGTTCCAATGGTTGGAGCTTA-----GTTGAGGCCC-ATCCTCGGCAGC----------TGTCATTTGATTAT-------ATT--G-TT-AGGAATCGTACAT-TT-GTT-G-T---AG--C-ATAG-----ATTTGGGTAATAAAAATCACAaa
gi|23 : cGTTGTAATAGTTGGAGCTTA-----GACGAAGTCCCATCCTCGACAGC----------TGCACTTT-------------------------GAATCGTTCAT-TT-ATT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCTGGGTAATAAACATAATAaaacttaattaaaaat
gi|25 : -TG--TAA---ACAGTGTAA--TTGCGCAG--TGATTTTTCATCG-TA----CATATCACTGTGTAC-TATTC-AATAT--AA----TGCC---------A
gi|27 : ----------TGCCATTTGAATAC-------ATT--G-TG-AAGCGTCACTCATGTT-GTT-A-TTAAAA--T-ATAG-----GTCTGTGGTATAAA-ATAATATA---TCTAAAAccattcataaactcgactaagggt
gi|28 : AGC----------TGCCATT---ATTT-------ATTTAG-TTTAAGAAAAATATAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAA-ATTATaat
gi|29 : gat----------TGCTATTTGATTAT-------ATT--G-TT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCT-GGTAATAAACATCATAtaaaaaaaa
gi|3 : GTAG-T-TTTATTT-GTGTTA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAT--------G---GTTTCCAG-GAAA------GG--CT-GACT-T-AG-GTT-CA-TCTTT---------A-G--ACTTTTGAATGTGTGTGCATG-TGTAT--------GGG--TTCTGGG--GCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-ATGTCCTTC---------CTTGATA-TATAA---TTT-ACCTC----T--GCTAA-TCATA-CA-----ATA-TGCATAATTTATAGGAT---------A---CATG-TTT-AA-TACGT-AA-ACTG----TT--A--T----ATATTA-CTTTGA----CATGCTTTAT---TCATTAAATATACTTTGTATCTTATTTGAC---TTAACGT---ATA---CCTA--TTGTTTGATCTAT--ATA--TTATT-TATGAA-A---ATCA-TG--TAA---ATAGT---A--TTACTTAG--T-ATAACTCAT-G-TA----CACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATAT--AC----TACCATGTACCATAT---AT--------------TCAACTAAAGA-TGNNNNNNNNNNNN-------N----------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCCATTTGATTAT-------ATT--G-TT-AGGAATTGCTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-ATAG-----GTCTGGATTATAAACATCATAaaaa
gi|30 : A--CAAGT-TATATC-A---TTCGGTA--TAACTTAT-GT---A--TTACTCGA--T-ATAACTTAT-G-TA----TTCAT-ATTGTGTAT-Taaactttaa
gi|31 : cA--TA---TGTATT-TA---TT------T---GTAT--T---TAATTTT-G---A-ATATGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACC
gi|33 : T-GTT-AAT---AG--TGATAG-----GTCTGGGAAATAAA-ATCTTATA---
gi|34 : taaaATCGTTCAT-TTTGTTTA-T---AG--T-GTAG-----GTCGGGGTAATAAACATCATAaaacctgaaaaaa
gi|35 : -TT-GTT-A-T---GA--T-ATAG-----GTCTGGGAAATAAACACGATATA---TAAGAAAaaactt
gi|36 : ---GTCTCCCA-GCTA------GG--CT-GCCTAT-AAAGGT-CA-TCTAT---------G-G--ACTC
gi|37 : tTTTTG---A-ATCTGTAG-T-TATACTT-GTGAAA-TA-T-ATC-CACC
gi|39 : G--CT-GCCC-T-AG-GGT-CA-CCTTT---------G-G--ACTCT---A-GT
gi|4 : --TG---TGTGTG-TA---T-------------AT--T---TAATTTTGG---A-ATCTGTAGGTATATACTTCGTGAAA-TT-ATATC-CACCT-----TT-ACTGG--GAGAATAAC--------G---GTCTCCCA-GCTA------AG--CT-GCCC-T-A--GAT-CA-GCTTT---------GCG--ACTCT---A-GTTTGTGTTTG-T-T----------GGA--CTCTGCG--GCAG-CATA------GGTTGGTA-----T-A-GTTCTTCG--CAAATCCTAGATT-TGTAA---TTTAACTTT----T--GCT-A-TCATA-CATTGTTATATCG------------ACT---------T---TGGC-TTTTT------------TTT----TC--A--T-----TATAA-TTAC-A----T----ATTAT---C---------------------CATT-G-----TTT-C-----ATA---CCTA--TTGTTAGGTCTAT--ATAATCAACTGTATGTATA---ATCA-TA--TAA---ATA-T---AT-TTACTC----T-AATACTTAT-G-CA-----GCAT-ATTGTTT-T-TATTCTAATATGAACT---TACC---------AT---AT--------------
gi|4 : ----------TACCATTTGATTAT-------ATT--G-TT-AGGAATCGTTCAT-TT-GTT-A-T---AG--T-GTAG-----GTCTGGGTAATAAACATCATAgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaccatttgattatattgttaggaatcgttcatttgttatagtgtaggtctgggtaataaacatcataaaacttgaaa
gi|5 : tgtgtgtgtatatttaattttggaatctgtaggtatatacttcgtgaaattatatccacctttactgggagaataacggtctcccagctaagctgccctagatcagctttgcgactctagtttgtgtttgttggactctgcggcagcataggttggtatagttcttcgcaaatcctagatttgtaatttaacttttgctatcatacattgttatatcgactttggctttttttttcattataattacatattatccattgtttcatacctattgttaggtctatataatcaactgtatgtataatcatataaatatatttactctaatacttatgcagcatattgtttttattctaatatgaacttaccatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATTT-GTTA---TA-A-ATCTCACCT------T-ACTGG--GAGAA-ACC--------ATATGTCTCCCG-CATA------AG--GC-TTAC-T-AG-ATT-CATTCTTT---------G-G--ACTCT--------TATGGGTG-T------------------TC--AG--GCAG-CAAT------GG-TGGTCTT---T-ATGATCTTCA-AAAAAATTCACATT-TATTA---TTT--TTTT----T--GCTAT-TCATACCA-----ATA-TG------------AATTATTATATCA---TACA-TTTTTA-TGCGTCAACATT-----CT--A--C----ATATGC-CTTT-AACACTATAAATTAC---T---------------------CGTCCAGT---ATA-C-T---ATGGATCTTACTTCACTACGTTTAC--GTA--TTGC--TGTGCA-ATTGATAA-TA---AA---AAAAT---A--TTATACAAGCT-ATAACTTAT-GCTACCAGTATGT-GTGGTATATGTATTT--ACCT--ACCA--TACC---------ATAGAAT--------------TCAAC-AAAAA-TGTATNNNNNNNNN-------N----------N---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCATTTAG-TT-TGGAAT-GCTCAG-TT-GTT-ATT---AG--T-ATAG-----GTCT-GGTAATAACAATTATA-A---TTTAAAAaaacttgaaa
gi|6 : tGTATTCAATTGATGAAATTTATTATAAAATTTTTCAACATATAAAATTTTCAATTATGAATTATACTTATGTTTTGAAAAATATC-AATTTGCTT--GACCATAGACCTTTTGAAAAACTTT-T-CCATTTT---TGTATG-TAATGTT------CAAAGAAT--T---TT-TTTTT---------TGTAA-T-TTTACTT-GTGACA-TA-A-ATA-CACCT-----CTAACTGG--GAGAA-AAC--------G---GTCTCCCG-GCTA------AG--CT-GCCC-T-AG-GGT-CA-TGTAT---------G-G--ACTC----A-GTGTGTGTGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GCAG-CACA------GA-TGATA-T---T-ATGTCCT--------------------------------CTTT----T--GCTCA-TCATA-CA-----ATA-CA------------AAT---------A---TATG-TTTTCA-TACGT-AA-ATTG----TA--C--C----TTAT---TTGC-A----TATACATTGT---cttcaa
gi|6 : tatgtagcatgatttctataagagttacactagatctacataaacggtgtaatcatcgacctttcagaatctctatttgactacatgcaattaaaactttgcattctattgaatacaattgaatATATACA---TTGTAATAGTTGTGGCTTA-----GTCGaatagttgtggcttagtcg
gi|7 : tatgtagcatgatttctataagagttacactagatctacataaacggtgtaatcatcgacctttcagaatctctatttgactacatgcaattaaaactttgcattctattgaatacaattgaatgtattcaattgatgaaatttattataaaatttttcaacatataaaattttcaattatgaattatacttatgttttgaaaaatatcaatttgcttgaccatagaccttttgaaaaacttttccatttttgtatgtaatgttcaaagaattttttttttgtaattttacttgtgacataaatacacctctaactgggagaaaacggtctcccggctaagctgccctagggtcatgtatggactcagtgtgtgtgtgtgtagactctgaggcagcacagatgatattatgtcctcttttgctcatcatacaatacaaatatatgttttcatacgtaaattgtaccttatttgcG-GCTA------AG--AT-GACC-T-TG-GGT-CA-TTTAT---------G-G--ACTCT---A-GTTTGTGTGTG-TGT----------AGA--CTCTGAG--GCAG-CATA------GG-TGGTA-T---T-GTGTCCTAAG-AAAATTGTTAGATT-TATTA---TTT-AGCGT----T--GCTCA-TCATA-CA-----ATG-TG--------------T---------G---TATG--TTTAA-TACGT-CA-ATTG----TT--A--A----ATATGA-CTTTGA----TATGTTTTAT---T---------------------CAAT--AC---ATA-TATCTAATA---CCTA--TTGTTACTTCTAT--A-A--------TATGTA-A---ATCA-TA--TAA---ATAGT---A--TTACGCAG--T-ATAACTCAT-A-TA----TACAT-ATTGTGTAT-TATTC-AATGT--ACTATTTATC---------AT---ATATATTTTCAAC---T-----AAAGA-TGTATACATCCTGCGTGATGTA----------ATATGCAATTATATACATTTTTGTAATCGTTGGAG-------------------CATCCTCGGCAGC----------TGCCATTTGTATAT-------ACT--T-TT-AGGAGTCGCCCAT-TT-CTT-A-T---A---T-ATAGTTTAAGTCTGGGTAA-AAATATCA
gi|8 : ATTTTAT-CTA--TA---TGTATT-TA---TT------T---GGAT--T---TTATTTT-G---A-ATCTGTAC-T-TATACTT-GTGAAA-TA-A-ATC-CACCT-----CT-ACTGG--GAGAA-AAC--------G---ATATCCCG-GCTA------AG--CT-GCCT-T-AA-GGT-CA-TCTTT---------G-G--ACTCT---A-GTTTGTGTTTG-TGT----------GGA--CTCTGTG--GCAG-CATA------GT-TGGTA-T---T-ATGTTCTTCG-AAAAATCCTAGATT-TATCA---TTT-ACCTT----T--GCGTA-TCATA-CA-----ATA-TGT-----------TAT---------A---TATGACTTTGA-CATGT-ga
gi|9 : atttttttcagtgagtattgaagcatataaatgcaaatatagaatataaatgttttaaaaatatatcaaaaataatgtaatatgactaatatgattcttccagtagctcacaactcggataatttagacattatattaggaattttgataaactttaacaaaattgaagtaagatgtcgtagttttaattactacacccattttcA--TA---TATATG-TG---TTGTGATGT---GTATAGT---TAATATTTAGAAA-ATCTGTAG-G-TATACTTAGTGAAA-TATA-GTC-CACCT-----TT-AC--G--GAGAA-A-C--------G---GTCTCCCA-GCTA------AAACCC-GCCC-T-AG-AGT-CA-GCT-T---------G-G--ACTCT---A-GTGTGT--------T----------GGA--CTCTGCG--GCAG-CATA------GG-TTGGA-TGACT-AT-TTCTTCGTAAAAATCCTAGATTGTGTAGACCTTT-ACTTT----TAAGCTTATTCAT---------TTA-CC------------AATCTTGTG---G---TATA-TATTTA-TACGtttat
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TAATATGACTTAATTTATGATTTTTTCCAGTTGAATAATTAACATTATATTAGGATATAAAAACTATGAAATTCCAAAAAGATTCTAATGCAAAAGGATATTCATGCTTATAACTTACCTATCACTCATGTTCATTATGTATGTATGTTATTCTAAATATTG
Unaligned ( gi|18 ): GTTTGTATATTGATTGCCGTTAAGATGAAACGAGTTTCAATATATTAATCATGATTAAAATAATCAACTGGGTTTTATATCATCAGTATTGAAAGTACATGTATATGAATAAAATGTTGAACATCAATGTTGTATCGAAAGAATTGAAAAAAAATGT
Unaligned ( gi|20 ): ATTAATATACAATTTGATTTTCAGTTGATAAATTTAGACATTATATTAGGCATAAACTTTAATAAAAATTGAAGCAAGATATCATGGCTTAATTACCAAACACATTTCATTTTATGTATTATAATTATATAC
Unaligned ( gi|22 ): CCTTAAGTGAAACTACATTAAATATGTATAGTCATGTTAAAAAATAAGTTTTTATTCATCAGTATTGAAGCAATTGAATATAAATATTTTGAAAATCTATCAAAAATAAAATAATATGTATAATAT
Unaligned ( gi|24 ): GTTATGTAGAATTAGATTCCTTAAGGTTGGAACTACATTTCAAATATGTTATATCATGTTAAAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCATCAGTATTGA
Unaligned ( gi|26 ): GTGTAACTACATTCATTATGTAAATCATTTAAAAAATCAATCTGTTTTTATTCACCAGTATTGAAGCATAATGTTCCAATGGTTGG
Unaligned ( gi|32 ): ATATATTGTATTTATTTAATTATACTACCATATCATATATTCAACTAAGAAATATA
Unaligned ( gi|38 ): TACTCTTGTCATGGCACTCAAAACAAGTAGTT