lowQualScore : 222 111111 4444 3333 1 11 1111 1111111111111 1111 22222222222222222222222 22222 444444444444444444444444444444444 3333333 11111 1111 333333333333 1111 22222222 111 222 1111 33333333333333333333333333333 22222222222222222222222222222222222 111 222222 3333333333333 1111 111111111111111 1111 22 44444444444444444444444 22222 111 222222222 111111 22 111 555555555555555555555 111 1 111 555555555555555555555555 1 222222222 444444444 111
lowQualScore : 33 111 2 111111 33 2 33 77777 66 3 3 3 3 3 3 3 3 4 4 4 4 4 4 4 8888 2222 5 4 5 4 5 5 1 3333 1 5 22 2222 3 3 6 3 555 6 3 6666666666666 3 3 0000 88888 3 00000000000000000000000 666 11111 3 44 555 111111111111111111111111111111111 3 2 6666666 999999 33333 666 3 77 0 55 0000 66 0 999 5 222222222222 0000 66 55555555 4 3 3 111 2 44 4 444 7777 1111 11111111111111111111111111111 666 4 777 22222222222222222222222222222222222 777 5 33 3 5 5 888888 1 0 66 7777777777777 11 4 7777 888 99 333333333333333 4 8 8888 77 00 1 2 4 0 3 7777 3 3 44 77777777777777777777777 88888 3 3 999 3 3 777 7777 7 3 3 3 3 55 4 00000 3 4 2 8 111 0 1 4 444 777777777 555555 11 5 5 000 777777777777777777777 000 5 33 6 0 3 666 111111111111111111111111 3 8 0 888888888 0 5 4 55 777777777 55 8 0 9 55 4 4 55 0 8888 4 9999 55 5 111 7
lowQualScore : .. ... . ...... .. . .. ..... .. . . . . . . . . . . . . . . . .... .... . . . . . . . .... . . .. .... . . . . ... . . ............. . . .... ..... . ....................... ... ..... . .. ... ................................. . . ....... ...... ..... ... . .. . .. .... .. . ... . ............ .... .. ........ . . . ... . .. . ... .... .... ............................. ... . ... ................................... ... . .. . . . ...... . . .. ............. .. . .... ... .. ............... . . .... .. .. . . . . . .... . . .. ....................... ..... . . ... . . ... .... . . . . . .. . ..... . . . . ... . . . ... ......... ...... .. . . ... ..................... ... . .. . . . ... ........................ . . . ......... . . . .. ......... .. . . . .. . . .. . .... . .... .. . ... .
lowQualScore : 77 555 7 333333 77 7 77 22222 33 1 1 3 3 3 3 3 3 0 0 0 0 4 4 4 9999 9999 7 9 7 3 7 7 0 0000 4 1 66 5555 3 3 7 3 888 7 6 5555555555555 6 3 4444 55555 3 66666666666666666666666 444 11111 3 66 888 888888888888888888888888888888888 3 2 8888888 555555 33333 444 6 44 8 22 6666 99 2 000 0 555555555555 9999 11 77777777 0 6 6 000 3 99 4 222 7777 4444 11111111111111111111111111111 444 0 000 11111111111111111111111111111111111 555 0 22 4 0 0 000000 1 1 11 0000000000000 66 4 5555 888 22 555555555555555 4 0 2222 33 77 1 8 0 2 3 1111 3 3 66 22222222222222222222222 33333 3 3 222 3 6 222 7777 3 6 6 6 6 00 0 00000 9 4 9 0 222 7 6 0 111 000000000 999999 11 0 7 000 111111111111111111111 000 7 22 7 0 2 000 555555555555555555555555 2 0 0 444444444 8 6 0 55 222222222 55 0 4 3 55 0 0 55 5 5555 0 4444 44 7 777 3
consensus : GTAGTAGT--ATT-T-A-TTTACCAAAT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTTAA-TA-CA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AATA---C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT--CGTTATCC-CCTATGAN-TGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TACAC-CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GGAC---------A----C--G--A--AAC---A---G-TCCA-CTTC--T---GCCT---------CAT-G-----CNACAATA-A-CC-AGA-TATAT-----AATGTA-----TAGAG-A-T-A---AATAT-AAGTTTTT-T----CTATG--ACA-T-G-GTT------------AAACTTT--A-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTG-TAGATT---ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACAG-TGC----TATAGGACG----ATTAT-TT------TATGTA---AAATA--T-C-ACTT---CTACCC-A---AAGCA----GCAATA-T-AC-AA-A-CT------AC---CTACAC---A-GTGTCTTTAACAGA-AAA-TACGTGCA--T-TGTGAA--ACA---------GTT-TGTAA-TAAAT----TGA---AACTA-TGAAAC----AATAA-G---AT-TGTGTCTG-TAGATTA---TAACATGA-TGCAGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GC----TA-TAG-GAC--GAT-------T-------GT------AAAAT-----A-TC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CT-ACA--TAC-ACA-----GTCTTTA-AGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT--AA-T-TGA---AACTATG-AA-C-A-----T---TAAG---ATTGTGTCTGTAGA-TTATAACATGNT-GCATAT-CAGACACACACATA-CAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAAT-TACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTGAT-T-AC--AT-CAACAAGAGGCA--G-CA-AG--AGTCGGTGC----T-AA----AGGAC-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
Reference ( gi|3 ) : GTAGTAGT--ATT-TTA-TTTACCAAAT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTTAA-TA-CA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AAT----C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT--T-TTATCC-CCTGTGAT-TGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TACAC-CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GGAC---------A----C--G--A--AAC---A---G-TCCA-CTTC--T---GCCT---------CAT-G-----CTACA-TA-A-CA-AGA-TATAT-----A-TGTA-----TAGAG-A-C-A---AATAT-AAGTTTTT-T----CTATG--ACA-T-G-GTT------------AAACTTT--A-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTG-TAGATT---ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGAC-G-TGC----TATAGGACA----ATTAT-TT------TATGTA---AAATA--T-C-ACTT---CTACCC-A---AAGCA----GTAATA-T-AC-AA-A-CT------AC---CTACAT---A-GTGTCTTTAACAGA-AAA-TACATGCA--T-TGTGAA--ACA---------GTT-TGTAA-TAAAT----TGA---AACTA-TGAAAC----AACAA-G---AT-TGTGTCTG-TAGATTG---TAACATGA-TGCTGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GC----TA-TAG-GAC--GAT-------T-------GT------AAAAT-----A-TC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CT-ACA--TAC-ACA-----GTCTTTA-AGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT--AA-T-TGA---AACTATG-AA-C-A-----T---TAAG---ATTGTGTCTGTAGA-TTATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACATATATCAAACA------TA-TCAT--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAAT-TATATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-TCGATGT-AC--AT-CAACAAGAGGAA--G-CA-AG--AGTCGGTGC----T-AA----AGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
gi|5 : GTAGTAGT--AGT---A-TTTACTAAAT------C--AG-GGTCCAAA--T----GGTCA--TAAA-CATGAAA-CAGATAAA-A-T-CGTTAA-TA-CA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-AT-----------------------------AGTGGTAGTAT--CATTATTC-CCTATGAA-TG-A-A--A-TA-TATGT-CTG-A---TACAT-CAACAAGGG-GC-------A-GTA--GGA-GTCGA-TGCCAATTAA----A-GGAC---------A----C--A--A--AAC---A---G-TCCA-CTTC--T---GCCT---------CAT-G------TACAATA-A-AC-AGA-TATAT-----AATGTA-----TATAG-A-T-A---AATAT-AAATCTTT-T----CTATG--ATA-T-G-GTT------------CAACTTT--A-GCAATAA--GGTTAT------TGT-GTCTG-TAGATT---ATAACATAAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACTG-TGC----TATAGGGCA----ATTAT-TT------TATGTA---AAATA--T-CTACTT---CTA
gi|12 : GTAGTAGT--ATTACTACTTTACCAA-T------C--AG-GGCCCAAA--T-----GGCAT-TAAA-CAGTTAA-CATATATG-A-T-CG-TAA-TA-CA-AA-TACAGAGC-AATTACACAAGG-TTA-TTT---AATA---C-ACTGTGGACTA-GT-CAGTGGTAATAT--T-GTATCCGCCTGTGAGATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTGAA---TACAC-tatgtgcagattagaagcatatgacagaaacagaaattttc
gi|15 : gtaGTAGTAGTTAGTA-TTA-TTTACCAAATTATTCCC--AG-GGCCCAAA--TTTTGGGGCATTTACATCATGTAACCATAGTTA-A-TGCGTTAA-TA-CATAATTACAGA-CAAA-TACACAA-GTTTACATT---AATTTTAC-ACTGT-GA-TA-GT-CAGTGacaca
gi|11 : tagtTAGTAGT----T-TTA-TTTACCAA-T------C---G-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTTAA-TG-CA-AA-TATAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AATA---C-AC-GT-GACTAGGT-CAGTGGTAGTAT--CGTTATCC-CCTATGAA-TGCA----A-TA-TATGC-CTG-A---TACAC-CAACAAGGG-AC-------A-G--TAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GGAC---------A----C--
gi|22 : tTAGTAGT--ATT---A-TTTACCAAAT------CCAAG-GGCCCACA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATG-A-T-CGTTCA-TA-CA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-a
gi|21 : tTAGTAGT--ATT-T-A-TTTACCAAAT------C--AG-GGCCCAAA--T----GG-CA--TAAA-CAT---A-CATATATA-A-T-CGTTAAATA-CA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATG---AA
gi|27 : tTAGTAGT--ATT-T-A-TTTACCAAAT------C--AG-GGCCCAAA--T-----CGCA--TAAA-CATGTAA-CAT
gi|19 : taTAGTAGT--ATT-T-A-TTTACTAAATAA----T--AGAGGCTCAAA--A----TGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T---TT-A-TT-C--AA-T-CAGC-C-AA-T
gi|29 : tagtaacTAGTAGT--ATT-T------ATCGAAT------T--AG-GGCCCAAA--T----GGTCA--TAAgaagaaaatatttcttcgagttaat
gi|2 : gccAGTAGT--ATT-T-A-TTTACCAAAT------C--AG-G-CCCAA---T----GG-CA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-AAT-CGTTAA-TA-CA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AATAA--C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTGGTAT--CGTTATCC-CCTATGATATGCA-A-TAATA-TATGT-CTG-A---TACAC-CAACAAGGG-G--------A-GTATAGGAAGTCAA-TGC----TAA----AAGGAC---------A----C--G--A--AAC---A---G-TC-A-CTTC--T---GCCT---------CAT-G------TACAATA-A-AC-AGA-TATAT-----AATGTA-----GAGAG-A-T-A---AATAT-AAGTTTTT-T----CTATG--ACA-T-G-GTT------------AAATTTT----GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTG-TAGATT---ATAACATGAT-GCAGAGGGTAAGCAAGAGAC-GGTGC----TATAGGACA----ATTAT-TT------TATGTA---AAATA--T-CCACTT---CTACCC-A---AAGCA----GTA-TA-T-AC-AA-AACT------AC---CTACAT---A-GTGTCTTTAACAGA-AAA-TACATGCA--TCTGTGAA--ACA---------GTT-TGTAA-TAAAT----TGA---AACTA-TGAAAC----AACAA-G---AT-TGTGTCTG-TAGATTA---TAACATGATTGCTGA-GGTAGC-AAGAAACGGT-GC----TA-TAG-GAC--GAT-------T-------GT------AAAAT-----A-TC-CACTT---CTACC-CC-ACAAGCA----GCAATAT-ACAATAA-CT-ACA--TAC-ACA-----GTCTTTA-AGAA-AAA--TACATGT-ATATGTGA--------AAACAGTT---TGTAATA-AA-T-TGA---AACTATGAAA-C-A-----T---TAAG---A-TGTGTCTGTAGA-TTATAACATGTTGGCATAT-CAGACACACATATATCAAACATACATGTA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAAT---TATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTGA--T-AC--AT-CAACAAGAGGAA--G-CA-AG--AGTCGGTGC----T-Agaat
gi|25 : gtaAATAGT--A-T-TTA-TTT-CAAAAC------C--AG-GGTCCATA--T----AGGTA--TCAA-CATGAAA-CATACATG-A-T-TATTGA-TA-CA-Atgttttaatagtaca
gi|18 : cagAATAGT--ATT-T-A-TT-ACCAAAC------C--TG-GGCCCAAA--T----AGGCA--TGA-------AA-CATATCTG-A-T-TATTGA-TA-CA-
gi|8 : tacatgtgtactgtataacctccatcagttgatattgtaacaaatatagaatagGTAGT--ATT-T-A-TTTACCAAAT------C--AG-GGTCCAA---T----GGGTA--AAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTTAA-TA-CA-AA-TACAGA-C-AA-TGCACAA-G-TTA-ATT---AATA---C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT--CGTTATCC-ACTATGAA-TGCA----A-TA-TATGT-CTG-A---TACAC----CAAGGG-GCATACACTA-GTATAGG--GTCGG-T-C-----------G-GGTC---------A----CCTG--A--AAC---AAACA-TCTATTTTC--TTGGGCCTA--------AAT-G-----TTATA-T
gi|31 : tAGT--ATT-T-A-TT-ACCAAAT------C--AG-GGCCCAAA--T----AGGCA--T
gi|1 : cT--ATT-TTA-CCTGAAATAT------C--AG-G-CCCAGAATT----GGGCA-----A-CATGTAA-AATG-ATAGA-T-CGTTA--TATCA-AA-AACAGA-C-A--TA-ACAA-G-TTA-ATTCGAGATA---CGACGGT-GAGCA-GTTCAGTG-TA-TACGCT-TGATTC-CCCTT-AT-AGCA-AATA-TA-TATGT---G-AATGTACAC-CAACAAGGGCGC-------ATGTATATGG-ATCAAGTGCA---TA--------GAC---------AAG--C--G--ATGAAC---A---T-GCCA-CTACAAG---AACT---------CAG-G-----TAACAATA-A-AC-AGA-TAAAA-----A-TTTA--------AG-ATC-AGTTAATAT-A-GTTTTT-TTTTTCTA-G--ACA---G-GTT------------A--CTTT--AAGTAATAAATGATT--------TGTTGTCTG-TA-ATTG--ATAACATGATAGCAGAGGGTA-GCAA-AGAC-G---------GTACGGCAG---ATTAT-ATA-----TAGGTATAGAGATA--T-CCACTTATCTTACCC-AGAAAAGCA----GTAATAGT-AA-AA-A-CTGATATTAT---C-ACAC---AAGTGTCTT-AA-AGA-AAACTACATGCAGTC-TGTGAACGACAC--------GTT-TGCAAATAAAT----TGA---AACTAATGAAAC----AACAAAG---AT-TGTGTCTG-TAG-TTA---TAACATGA-TGC-GATGGTAGCTAAAAGACGCTCGC----TAATAGCGAC--GAT-------T-------GTCAAATGAGAAT-----A-TCTCACTTT--CTA-CGCC-A-AAGCA----GC-ATAT-A--AT-AGCT-ACA--TAC-ACA-----GC--TTA-GGAG-GAAGATACATCTGATAAACGGCT------AAACAGTTC--TGTAA---AG-T-TGA---AA--AAG-AA-G-AATAGATG--TAAG---ATTGTGTCTGTAGATTTATAACAT-TT-GC-TATGCAG-TACACACATAACAAACA------TA-TCACAAAATCAGGAATGAT----AAGGTCTACTATAACATACA-AAT-TA-AGATATAAATATC-CGTGATAACTTT-CCGATATCACAAATGCAACAAGAGGAA--ATCA-AG--AGCTGATG-----T-AA----CGGATGACAAAAAC---T--AGATCCA
gi|4 : tagatagtaagttgtgaaatgtc-TTATCCGCCTATGAT--GCA-A-TA-TA-TGT-T-CTG-A---TACAT-CAACAAGGG-GC-------A-GGTTAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GGAC---------A----C--A--A--AAC---A---T-TCCA-CTTC--T---GCCT---------CAT-G------TGCAATA-A-AC-AGA-TACAT-----AATGTA-----TTGAG-A-T-A---AATAT-ATTTTTTT-T----CTATT--ATA-T-G-GTT------------AAACTTT--A-GTAATAA--GATTAT------TGT-GTCTG-TATATC---ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGATACAA-TGG----TATAGGACA----ATTGT-TTTACATGTATGTA---AATTA--TCC-ACTT---CTACCC-A---AAGCT----GC-ATA---AA-AA-A-CT------AC---CTACAT---A-GTGTCTTTAACAGA-TAA-TGCATGTA--TCTGTGAA--ACA---------GTT-TGTAA-TAAAT----TGA---AACTA-TGAAACAATTAATAA-A---AT-TGTATATG-TAGATTA---TAATATGA-TGCAGAGGGTCGC-AAGAGACGGT-GC----TA-TAG-GAC--GATTAGTTA-T-------GT------AAAAT-----A-TC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CT-ACA--TGC-ACA-----GTCTTTA-AGAGAAAA--TACATAT-ATCTGTG---------AAACAGCT---TGTAATA-AA-T-TAA---AACTATGAAA-CAA-----TTAATAAG---ATTGTGTCTGTAGA-TTATAACATGAT-GCATAT-CAGACACATATA--------G------TA----------------TGATATTGAAGGTGTCC-AT-ACATAC-------ACATATGTAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTGA--T-AC--AT-CAACAAGAGGCA--G-CA-AG--AGTCGGTGA----T-AA----AGGAT-AT-AAAACAATTAGAGATCCActctgcctcacgaaaacaatacacaacgtataaa
gi|2 : aaattgctatcaTATGTT-TGAT-A-TA-TG-TGTGT-CTG-A---TATGC-CAACActtctgcctcgtgtagaacaattagatacataatgtaaaagc
gi|14 : gtaagtagtatttatttaccaaatcaggcccaatggcataaacatgtaacatatataaatcgttaatacaaatacagacaatacacaagttaattaataacactgtgactagtcagtggtggtatcgttatcccctatgatatgcaataatatatgtctgatacaccaacaaggggagtataggaagtcaatgctaaaaggacacgaaacagtcacttctgcctcatgtacaataaacagatatataatgtagagagataaatataagttttttctatgacatggttaaattttgtaataagattaatgtgtctgtagattataacatgatgcagagggtaagcaagagacggtgctataggacaattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagtatatacaaaactacctacatagtgtctttaacagaaaatacatgcatctgtgaaacagtttgtaataaattgaaactatgaaacaacaagattgtgtctgtagattataacatgattgctgaggtagcaagaaacggtgctataggacgattgtaaaatatccacttctaccccacaagcagcaatatacaataactacatacacagtctttaagaaaaatacatgtatatgtgaaaacagtttgtaataaattgaaactatgaaacattaagatgtgtctgtagattataaca-TGCATA-CA-TAATATGTACAG-A---GAAATACAACAAGAA-GC-------A---ACAAGA-GT-GG-TGC----TAA----A-GGAC---------A----T--G--AT-TAT---A-----TCCA-CTTT--T---GCTTAGAGCAA--TAT-T-----CCATA-TC-A-CATATA-TGTATTAAA-A-TGTA-----TAGTG-A-TGG---AGTAT-AAGcatgtatcacaatctgatattgaaggtgtacatacatacataattatatataaatatctcgtatatgtctgatacatcaacaagaggaagcaagagtcggtgctatgttttaatagtaca
gi|20 : aaaca-A-CA-CA-TATGTACCG-A---AACATACAACAAAAA-GC-------A---ACAAGA-GTCGT-CAC----TAA----A-GGAC---------A----cagtttacaat
gi|17 : ataaatcacgcacgtgggtA-TA-TATGT-CTG-A---TACAT-CAACAAGGG-AC-------A-GT-T-GGA-GTAGA-TGC----TAAAGCTA-GGAC---------A----C--A--A--AGC---A---G-TCCA-CTTC--T---GTCT---------CAT-G-----C-------------AGA-TATATACATAA-TGTA-----TAGAG-A-T-A---AATAT-AAttattgtacccacttgcttt
gi|6 : ca-TA-TATGT-CTG-A---TACAT-CAACAAGAA-GC-------A-GGGCAAGA-GTCGG-TGC----TAA----A-GGAT---------A----C--A--A--AACTAGA---GATCCA-CTTC--T---GCCT---------CAT-G-----TAGAA-TA-A-TC-AGA-TACAT-----AATGTA-----TAGAG-A-T-A---CTTTT-AAAC------------ATA--AAAGT-G-ATG------------AAA-TTG--A------AA--AATTAAACT---TCT-GTCTG-TAGATT---ATA-------------------GCAAGAGACAG-TGC----TATAGGATG----ATTAT-TT------TATGTA---AAATA--TCC-ACTT---CTACCC-A---AAGCA----GC-ACA-T-ACAAA-A-CT------AC---ATACACAAGA-GTGTCTTTAACAGA-AAA-TATGTGT---C-TGTGAA--ACATGGACAAACGTA-TGT-A-TACAT----GGA---AACCA-
gi|7 : aacatatataaatatctcgCAAAGG-GT-------A-GCA-AGAA-A-CAG-TGC----TAT----A-GGACGATTATTTTA----T--GTAA--AAT---A-----TCCA-CTTC--T---ACCCAAAGCAGCACAT-GCAAAACTACA-TACA-CA-AGA--GTGT-----C-TTTA------ACAG-A---A---AATAT-G-----TG-T----CTGTGAAACA-T-G-AAT------------AAACaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|10 : tagagatacatttaaaacataaatgtgatgaaattgaaaaacttacgtctgcagattataacatgctg-TGC----TAT----A-GGAC---------GATTGT--A--A--AAT---A-----TCCA-CTTC--T---ACCC---------CAAAG-----CAGCA-TATA-CA-ATACTACAT-----A-CACAGTCTTTAAAA-G-C-A---AATAC-A---TGTA-T----ATGTG--AAA-C-A-GTTTGTAATAAATTGAAACTATGAA-ACATTAA--GATT---------GT-GTCTG-TAGATT---ATAACATGTT-GCAatatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|13 : g---A---A-TCCA-CTTC--T---GCCT---------CAT-G-----TGAAA-TACA-C--AGA-CATGTCATTCA-TATA-----TAGAG-----A---AATATGAAGTTTtatcagacacacacatacaaacatattcacaatctgatattgaaggtgtaca
gi|23 : ag-CTTC--T---GCCT---------CAT-G-----TAGAA-TA-A-TC-AGA-TACACA----A-TGTA-----TAatatgttaaaactgaactgcaatgaaaagaaaagacaatgctaaagggttgtataatattggttaaatgttaattaatccacatctgctcaatgcag
gi|16 : T-G-----CTACAATA-AACATAGA-TA-AT-----AATGTA-----TAGAGGA-C-A---AATAT-AAGTTTTTCT----CTATG--ACA-TTGCGTTTA----------AAACTTA--A-GTAATAA--GATTAA------GAT-GTCAG-TAGagcagattttgataataactttagtctgcagtaggattat
gi|7 : taaatgcacacgaagtaaggataggcttt-GTGATGA--AATTGAAAAACTTAC-GTCTG-CAGATT---ATAACATGCT-GCAAAGGGTA-GCAAGAAACAG-TGC----TATAGGACG----ATTAT-TT------TATGTA---AAATA--TCC-ACTT---CTACCC-A---AAGCA----GC-ACA-T-GCAAA-A-CT------AC---ATACACAAGA-GTGTCTTTAACAGA-AAA-TATGTGT---C-TGTGAA--ACA-------------TG-AA-TAAA
gi|5 : tagagatacatttaaaacataaatAATGA--AAT--A------TAT-GTCTG----------ATA-CATCA--ACAAGGGGCA-GTAGGAGTC-GATGCCAATTAAAGGACA----------------------CA---AAACAGTC-C-ACTT---CTGCCT-C---ATGTA-----CAATA-A-AC-AG-A---------------TATAT---A-ATGTAT---ATAGATAAA-TATA------------AA--TCT---------TTTCTATGA-TA-------TGGTTCAACTT-T--AGC----AATAA-GGTTAT-TGTGTCTG-TAGATTA---TAACATAA-TGCAGAGGGTAGC-AAGAGACTGT-GC----TA-TAG-GGC--AATTATTTTAT-------GT------AAAAT-----A-TC-TACTT---CTA-catatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|6 : gtagtagtagtatttactaaatcagggtccaaatggtcataaacatgaaacagataaaatcgttaatacaaatacagacaatacacaagttaatagtggtagtatcattattccctatgA------TAT-GTCTGATACATC---A--ACAAGAA-GCAGGG------CAAGAGTC-GGTGC----TAAAGGATACAAAACTA---------------G---AGAT---C-C-ACTT---CTGCCT-C---ATGTA----G-AATA-A-TC-AG-A---------------TACAT---A-ATGT-----ATAGA-GA--TAC-------T-TTT-AA--ACA---------------TAA--AAGTGA--TGA---AATT---GAAAA----ATTAA-A---CT-TCTGTCTG-TAGATTA---TA------------------GC-AAGAGACAGT-GC----TA-TAG-GAT--GAT-------TATTTTATGT------AAAAT-----A-TC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ACAT-ACAAA-A-CT-ACA--TAC-ACAAGAGTGTCTTTA-ACAG-AAA---ATATGT-GTCTGTG---------AAACAtatgtgcagattagaagcatatgacagaaacagaaattttc
gi|9 : aacatatataaatatctcgtTG-TACATTGATATAGCATAAT-GCAAAGGACA-ACAAGAGACAG-TG------ATG----A----ATTAT-------------------------C-C-ATTT---CTGTCC-A---ATGCATGATGCAATA-CAAC-AATA-CT------Atggacaaacgtatgtatacatggaaaccaaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|24 : AGACAG-CGC----TATAGGATG----ATTATATC------CAC-TA---GAA---------------CTACTC-A---AAGCA----GC-ACA-T-GCAAA-A-CT------ACACACTACAtatttctcctgtttatattctttatgaatctctgtaagtgtgacgatgacatgttcttgggatggttaaaagcacatggcgatatttacgcttgatagatataaatatcagtcgggcaacatatgatca
gi|10 : -G-TGC----TATAGGACG----ATT--------------GTA---AAATA--T-CCACTT---CTACCCCA---AAGCA----GCA-TA-T-AC-AATA-CT------AC---ATACAC---A-GT--CTTTAAAAGC-AAA-TACATGTA--TATGTGAA--ACA---------GTT-TGTAA-TAAAT----TGA---AACTA-TGAAAC----ATTAA-G---AT-TGTGTCTG-TAGATTA---TAACATGT-TGCactgtt
gi|7 : ATACA--T-T-TAAA--ACA-------------------TAAATGTGATGA---AATT---GAAA-----AAC--------T-TACGTCTG-CAGATTA---TAACATGC-TGCAAAGGGTAGC-AAGAAACAGT-GC----TA-TAG-GAC--GAT-------TATTTTATGT------AAAAT-----A-TC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ACAT-GCAAA-A-CT-ACA--TAC-ACAAGAGTGTCTTTA-ACAG-AAA---ATATGT-GTCTGTG---------AAACA------TG-AAT--AA-atatcagacacacacatacaaacatattcacaatctgatattgaaggtgtaca
gi|5 : tagagCTA-TGAA--------TGA-A---ATATATGTCTGATACATC-----AACAAG--------GGGCAGT-AGGAGTCGAT-GCCAATTA-AAG-GAC--A------------------C------AAAAC-----AGTC-CACTT---CTG-C-CT-------------C-ATGT-ACAAT-A-A--ACAGATAT-ATA-----ATGTATATAGAT-AAA--TA----T-AAATCT----------------TT---TCTA-T--GA-TATGGTTCAACT-TT-AG-C-A-----A---TAAGGTTATTGTGTCTGTAGA-TTATAACATAAT-GCAacatatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|6 : gtagtagtagtatttactaaatcagggtccaaatggtcataaacatgaaacagataaaatcgttaatacaaatacagacaatacacaagttaatagtggtagtatcattattcc-TATGTCTGATACATC-----AACAAGA-AGC--AGGG---C-AAGAGTCGGT-GC----TA-AAG-GA-------------T-------AC------AAAACTAGAGA-TC-CACTT---CTG-C-CT-------------C-ATGT-AGAAT-A-ATCAGA--TAC-ATA-----ATGT----ATAG-AGA--TACTTTT-AAACATA---------AAA---------GTGATGAAA-T-TGA---AA-------A---A-----T---TAAA---CTTCTGTCTGTAGA-TTATAGCAgagggtagcaagagactgtgctatagggcaattattttatgtaaaatatctacttctatatgtgcagattagaagcatatgacagaaacagaaattttc
gi|9 : aacatatataaatatctcgtaTG-TACATTGATATAGCATAA-TGCAAAGGACAAC-AAGAGACAGT-G-----------------------------------AT------GAATT-----A-TC-CATTT---CTG-T-CC-A-ATGCATGATGCAATACAACAAT-A-CT-ATA--Tagagacagtgctataggatgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatacaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatggacaaacgtatgtatacatggaaaccaaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|14 : GCAAC-AAGAG-TGGT-GC----TA-AAG-GACATGAT-------T------------------AT-----A-TC-CACTT---TTG-C-TT-A-GAGCA-------ATAT-TCCAT-A-TC-ACA--TAT-AT------GTATT--------AAA-----ATGT-ATA-GTGATGGAGTATAAGCAGTT---TACAAT--ttctcctgtttatattctttatgaatctctgtaagtgtgacgatgacatgttcttgggatggttaaaagcacatggcgatatttacgcttgatagatataaatatcagtcgggcaacatatgatca
gi|24 : aaacatgcatacataatatgtacagagaaatacaacaagaaAGACAGC-GC----TA-TAG-GAT--GAT-------T------------------AT-----A-TC-CACTAGAACTA-C-TC-A-AAGCA----GC-ACAT-GCAAA-A-CT-ACA--CACTACA-----
gi|10 : GT-GC----TA-TAG-GAC--GAT-------T-------GT------AAAAT-----A-TC-CACTT---CTA-C-CCCA-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CT-ACA--TAC-ACA-----GTCTTTA-AAAGCAAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT--AAAT-TGA---AACTATG-AAAC-A-----T---TAAG---ATTGTGTCTGTAGA-TTATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATA-CAAACA------TATTCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-Aactgtt
gi|7 : AG-AGA--TACATTT-A---------------AAACA--TAAATGTGATGAAA-T-TGA---AA------AA-C-------------------TTACGTCTGCAGA-TTATAACATGCT-GCA
gi|14 : tAC-AT-GCATACATAATATGTACAGAGAAATA-------------------------------CAACAAGAAGCA--A-CA-AG--AGT-GGTGC----T-AA----AGGAC-Aaagggtagcaagaaacagtgctataggacgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatgcaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatgaataaacatatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|6 : aaACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTGA--T-AC--AT-CAACAAGAAGCAGGG-CA-AG--AGTCGGTGC----T-AA----AGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCAtgattatatccacttttgcttagagcaatattccatatcacatatatgtattaaaatgtatagtgatggagtataagcagtttacaat
gi|2 : aT-ATA--TGT-CTGAT---AC--AC-CAACAAG-GGGA--G-TATAGGAAGTCAATGC----TAAA----AGGAC-AC-GAAAC---cttctgcctcatgtagaataatcagatacataatgtatagagatacttttaaacataaaagtgatgaaattgaaaaattaaacttctgtctgtagattatagcaagagacagtgctataggatgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatacaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatggacaaacgtatgtatacatggaaaccaaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|5 : gtaagtagtatttatttaccaaatcaggcccaatggcataaacatgtaacatatataaatcgttaatacaaatacagacaatacacaagttaattaataacactgtgactagtcagtggtggtatcgttatcccctatgatatgcaataaT-ATA--TGT-CTGAT---AC--AT-CAACAAGGGGCA--G-TA-GG--AGTCGATGCCAATT-AA----AGGAC-AC-AAAAC---agtcacttctgcctcatgtacaataaacagatatataatgtagagagataaatataagttttttctatgacatggttaaattttgtaataagattaatgtgtctgtagattataacatgatgcagagggtaagcaagagacggtgctataggacaattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagtatatacaaaactacctacatagtgtctttaacagaaaatacatgcatctgtgaaacagtttgtaataaattgaaactatgaaacaacaagattgtgtctgtagattataacatgattgctgaggtagcaagaaacggtgctataggacgattgtaaaatatccacttctaccccacaagcagcaatatacaataactacatacacagtctttaagaaaaatacatgtatatgtgaaaacagtttgtaataaattgaaactatgaaacattaagatgtgtctgtagattataacatgttggcatatcagacacacatatatcaaacatacatgtatcacaatctgatattgaaggtgtacatacatacataattatatataaatatctcgtatatgtctgatacatcaacaagaggaagcaagagtcggtgctatgttttaatagtaca
gi|11 : gtagtagtagtatttactaaatcagggtccaaatggtcataaacatgaaacagataaaatcgttaatacaaatacagacaatacacaagttaatagtggtagtatcattattccctatgaatgaaaT-ATA--TGC-CTGAT---AC--AC-CAACAAGGGACA--G-TA-GG--AGTCAATGC----T-AA----AGGAC-AC-Aagtccacttctgcctcatgtacaataaacagatatataatgtatatagataaatataaatcttttctatgatatggttcaactttagcaataaggttattgtgtctgtagattataacataatgcagagggtagcaagagactgtgctatagggcaattattttatgtaaaatatctacttctatatgtgcagattagaagcatatgacagaaacagaaattttc
gi|17 : ttagtagttttatttaccaatcgggcccaaatgggcataaacatgtaacatatataatcgttaatgcaaatatagacaatacacaagttaattaatacacgtgactaggtcagtggtagtatcgttatcccctatgaatgcaaT-ATA--TGT-CTGAT---AC--AT-CAACAAGGGACA--G-TT-GG--AGTAGATGC----T-AAAGCTAGGAC-AC-AAAGC---
gi|20 : caa-ATA--TGTACCGAA---AC--ATACAACAAAAAGCA--A-CA-AG--AGTCGTCAC----T-AA----AGGAC-Aagtccacttctgtctcatgcagatatatacataatgtatagagataaatataa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACAAAGCAGTACACTCCTGATACATGTAGATATATACATATTGCATACTGAAAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): TATAACATGGAAACCAACCAAGTCCATCACACACTGTCCAGAGAAGTACAA
Unaligned ( gi|30 ): ATGATATTTACTATGAACACAACTACATGAAAAAAAAATCCTAT
Alignments
lowQualScore : 111111 1 111 1111 11111 1111111111111 1111 222222222 2222 1111111 111111 2222222 222222 111 222 111 111 1 1 111111 222 22222 333333333 2222 1 111 1 222222222222222 111 1111 1 1 111 111 22 1 3333333333333 111 222222 11 22222 1 11 222222 1 11 11 1 111
lowQualScore : 2 6666 2 2 444 2 000000 33 2 33 99999 55 2 2 3 3 3 555 3 3 3 3 3 4 4 4 777 777 55 5 3 5 2 5 5 5 0 66 0 66 777 4444 3 3 3 3 555 3 00000 3 2222222222222 3 3 0000 7777 3 3 44 44 88 55 555 000000000 44 3333 6666 8 44 3 0000000 44 44 44 3 3 4 222222 999 5 77 5 66 3333333 5 5 5 5 6 222222 000 444 000 111 5 6 3 6 999999 333 6 6 0 88888 99 333333333 1 6 8 1111 2 0 0 444 8 1 5 8 5 5 5 111111111111111 5 555 5 5 5 5 2222 1 5 5 5 6 3 99 1 6 888 888 22 6 6 3 6666666666666 6 1 6 8 0 0 1 999 333333 8 11 00000 0 8 0 22 99 0 6 99 6 888888 99 3 2 55 2 00 0 777 3
lowQualScore : . .... . . ... . ...... .. . .. ..... .. . . . . . ... . . . . . . . . ... ... .. . . . . . . . . .. . .. ... .... . . . . ... . ..... . ............. . . .... .... . . .. .. .. .. ... ......... .. .... .... . .. . ....... .. .. .. . . . ...... ... . .. . .. ....... . . . . . ...... ... ... ... ... . . . . ...... ... . . . ..... .. ......... . . . .... . . . ... . . . . . . . ............... . ... . . . . .... . . . . . . .. . . ... ... .. . . . ............. . . . . . . . ... ...... . .. ..... . . . .. .. . . .. . ...... .. . . .. . .. . ... .
lowQualScore : 5 1111 5 5 444 5 666666 44 5 44 22222 99 9 9 1 1 1 111 1 6 6 6 6 0 0 0 888 888 11 0 1 0 5 0 0 0 2 99 0 99 111 2222 3 3 1 1 444 1 88888 3 5555555555555 3 3 4444 1111 3 3 66 66 66 00 888 111111111 66 9999 5555 4 22 7 0000000 22 66 66 6 6 0 333333 444 7 99 0 99 6666666 0 7 7 7 0 111111 000 333 000 777 5 7 3 7 222222 333 7 7 7 33333 22 333333333 7 7 0 2222 2 0 8 000 0 2 0 0 7 7 7 111111111111111 7 777 7 7 7 7 1111 4 7 7 7 7 3 22 0 7 333 333 55 7 7 3 7777777777777 7 0 7 0 8 8 4 888 000000 0 00 00000 8 0 0 55 00 8 7 22 7 333333 22 3 5 88 5 88 0 555 2
consensus : GTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-A-TGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GGAC-A--C--GA--AA--C---A-------G-TCCACTTC--TGCCTCATGCTACA----ATAANCA--GATACAT-------AAT--GTATAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACGGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCC-ACTT---CTACCCA---AAGCAGCAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAC---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACGTGCA--C-TGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGA-TGCNGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GACGAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---AAACAGTT---TGTAATA-AA-TTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGA-TTATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACAT-ATCAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CCG--AT-TAC--AT-CAACAAGAGGNAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
Reference ( family-399 ) : GTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-N-TGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GGAC-A--C--GA--AA--C---A-------G-TCCACTTC--TGCCTCATGCNACA----ATAACCA--GATATAT-------AAT--GTATAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACAGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATAT-C-ACTT---CTACCCA---AAGCAGCAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAC---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACGTGCA--T-TGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AATAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGA-TGCAGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GACGAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---AAACAGTT---TGTAAT--AA-TTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGA-TTATAACATGNT-GCATAT-CAGACACACACAT-A-CAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--AT-TAC--AT-CAACAAGAGGCAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAC-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
gi|1 : -AATGTC--T-A-TTTTACCTGAAATAT------C--AG-G-CCCAGAATT----GGGCA-----A-CATGTAA-AATG-ATAGA-T-CGTT-ATAT-CA-AA-AACAGA-C-A--TA-ACAA-G-TTA-ATTCGAGA---TA-CGACGGT-GAGCA-GTTCAGTG----TATACGCTTGATTC-CCCTTATA-----GCA-AATA-TA-TATGT---G-AATGTA-CAC-----CAACAAGGGCGC-------ATGTATATGG-ATCAAGTGCA---TA--------GAC-AAGC--GATGAA--C---A-------T-GCCACTACAAGAACTCAGGTAACA----ATAAACA--GATAAA--------AAT--TTA-AG--ATCA-GT-TAATAT-A-GTTTTT-TTTTTCTA-GACA---G-GTT--A--CTTTAAGTAATAAATGATT--------TGTTGTCTGTA-ATTGATAACATGATAGCAGAGGGTA-GCAA-AGACGGTAC----GGCAGATTATATA-----TAGGTATAGAGATAT-CCACTTATCTTACCCAGAAAAGCAGTAATAGTAA-AAA-CTGATATTATC-ACAC---AAGTGTCTT-AA-AGAAAACTACATGCAGTC-TGTGAACGACAC--------GTTTGCAAATAAATTGAAACTAATGAAAC----AACAAAGATTGTGTCTGTAG-TT---ATAACATGA-TGC-GATGGTAGCTAAAAGACGCTCGCTAATAGCGACGAT------TGTCAAATGAGAATATCTCACTTT--CTA-CGCC-A-AAGCA----GC-ATAT-A--AT-AGCTACATAC-ACAGC--TTAGGAG-GAAGATACATCTGATAAACGGCTAAACAGTTC--TGTAA---AG-TTGAAA--AAG-AA-G-AATAGATG--TAAGATTGTGTCTGTAGATTTATAACAT-TT-GC-TATGCAG-TACACACATAA-CAAACA------TA-TCACAAAATCAGGAATGAT----AAGGTCTACTATAACATACA-AATTA-AGATATAAATATC-CGTGATAACTTT-CCGATAT-CACAAATGCAACAAGAGGAAAT-CAAGAGCTGATG-TAACGGATGACAAAAAC---T--AGATCCA
gi|1 : tagatagtaagttgtgaT-CCG-A---TATCACAAATGCAACAAGAG-GA-------A-AT-CAAGA-GCTGA-TG-----TAA----C-GGATGA--C--AA--AAACT---A-------GATCCACT-C--TGCCTCACG----A----A-AAC----AATACAC-------AAC--GTATAA--A--ctctgcctcacgaaaacaatacacaacgtataaa
gi|10 : tagatagtaagttgtgaaatgtctattttacctgaaatatcaggcccagaattgggcaacatgtaaaatgatagatcgttatatcaaaaacagacataacaagttaattcgagatacgacggtgagcagttcagtgtatacgcttgattccccttatagcaaatatatatgtgaatgtacaccaacaagggcgcatgtatatggatcaagtgcatagacaagcgatgaacatgccactacaagaactcaggtaacaataaacagataaaaatttaagatcagttaatatagttttttttttctagacaggttactttaagtaataaatgatttgttgtctgtaattgataacatgatagcagagggtagcaaagacggtacggcagattatatataggtatagagatatccacttatcttacccagaaaagcagtaatagtaaaaactgatattatcacacaagtgtcttaaagaaaactacatgcagtctgtgaacgacacgtttgcaaataaattgaaactaatgaaacaacaaagattgtgtctgtagttataacatgatgcgatggtagctaaaagacgctcgctaatagcgacgattgtcaaatgagaatatctcactttctacgccaaagcagcatataatagctacatacacagcttaggaggaagatacatctgataaacggctaaacagttctgtaaagttgaaaaagaagaatagatgtaagattgtgtctgtagatttataacatttgctatgcagtacacacataacaaacatatcacaaaatcaggaatgataaggtctactataacatacaaattaagatataaatatccgtgataacttGT-GCTA-TAG-GACGAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CCCA-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAAAGCAAA--TACATGT-ATATGTG---AAACAGTT---TGTAAT--AAATTGAAACTATG-AAAC-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGA-TTATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACAT-A-CAAACA------TATTCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-A
gi|11 : TAGT-AGT-TT--T-A-TTT-ACC---AA--T------C---G-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATGCA-AA-TATAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-AC-GT-GACTAGGT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-A-TGCA----A-TA-TATGC-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-AC-------A-G--TAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GGAC-A--C--
gi|12 : tGTAGT-AGTATTACT-ACTTT-ACC---AA--T------C--AG-GGCCCAAA--T-----GGCAT-TAAA-CAGTTAA-CATATATG-A-T-CG-T-A-ATACA-AA-TACAGAGC-AATTACACAAGG-TTA-TTT---AA---TA-C-ACTGTGGACTA-GT-CAGTGGTAATAT-TG-T--ATCCGCC--TGTGAGA-TGCA-A-TA-TA-TATGT-CTGAA---TA-CAC-----a
gi|13 : gta---A-------A-TCCACTTC--TGCCTCATGTGA-A----ATACACA--GACATGT-------CATTCATATAT--A--G-AG-AAATATGAAGTTTacaca
gi|14 : ag-TGCATA-CA-TAATATGTACAG-A---GA-AATA----CAACAAGAA-GC-------A---ACAAGA-GT-GG-TGC----TAA----A-GGAC-A--T--GAT-TA--T---A---------TCCACTTT--TGCTTAGAGCAATATTCCAT-ATCA--CATATATGTATTAAAAT--GTATAG--T--G-ATGGAGTAT-AAGatatgttaaaactgaactgcaatgaaaagaaaagacaatgctaaagggttgtataatattggttaaatgttaattaatccacatctgctcaatgcag
gi|15 : aaacaGTAGTTAGTATT----A-TTT-ACC---AA-ATTATTCCC--AG-GGCCCAAA--TTTTGGGGCATTTACATCATGTAACCATAGTTA-A-TGCGTT-A-ATACATAATTACAGA-CAAA-TACACAA-GTTTACATT---AATTTTA-C-ACTGT-GA-TA-GT-CAGTGcagtttacaat
gi|16 : tagtgtaTGCTACA----ATAAACATAGATA-AT-------AAT--GTATAG--A--GGAC-AAATAT-AAGTTTTTCT----CTATGACA-TTGCGTTTAAAACTTAA-GTAATAA--GATTAA------GAT-GTCAGTAG
gi|17 : taaatgcacacgaagtaaggataggctttA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-AC-------A-GT-T-GGA-GTAGA-TGC----TAAAGCTA-GGAC-A--C--AA--AG--C---A-------G-TCCACTTC--TGTCTCATGCA--G----AT----A--TATACAT-------AAT--GTATAG--A--G-AT-AAATAT-AA
gi|18 : caAAT-AGTATT--T-A-TT--ACC---AA-AC------C--TG-GGCCCAAA--T----AGGCA--TGA-------AA-CATATCTG-A-T-TATT-G-ATACA-
gi|19 : tacatgtgtactgtataacctccatcagttgatattgtaacaaatatagaatagTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACT---AA-ATAA----T--AGAGGCTCAAA--A----TGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T---TT---ATTC--AA-T-CAGC-C-AA-T
gi|2 : tagtaacAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-G-CCCAA---T----GG-CA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-AAT-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TAAC-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTGGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-TATGCA-A-TAATA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-G--------A-GTATAGGAAGTCAA-TGC----TAA----AAGGAC-A--C--GA--AA--C---A-------G-TC-ACTTC--TGCCTCATG-TACA----ATAAACA--GATATAT-------AAT--GTAGAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAATTTT--GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTAAGCAAGAGACGGTGCTATAGGACAATTATTT------TATGTA---AAATAT-CCACTT---CTACCCA---AAGCAGTA-TA-TAC-AAAACT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACATGCA--TCTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGATTGCTGA-GGTAGC-AAGAAACGGT-GCTA-TAG-GACGAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTACC-CC-ACAAGCA----GCAATAT-ACAATAA-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAA-AAA--TACATGT-ATATGTGA--AAACAGTT---TGTAATA-AA-TTGAAACTATGAAA-C-A-----T---TAAGA-TGTGTCTGTAGA-TTATAACATGTTGGCATAT-CAGACACACATAT-ATCAAACATACATGTA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATT--ATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--A--TAC--AT-CAACAAGAGGAAG--CAAGAGTCGGTGCTAgaagaaaatatttcttcgagttaat
gi|20 : gta-ATA--TGTACCG--AA--AC--ATACAACAAAAAGCAA--CAAGAGTCGTCACTAAAGGAC-Atgttttaatagtaca
gi|21 : ataaatcacgcacgtgggtacacTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T-----GGCA--TAAA-CAT---A-CATATATA-A-T-CGTTAA-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATG---AA---ttattgtacccacttgcttt
gi|22 : tTAGT-AGTATT----A-TTT-ACC---AA-AT------CCAAG-GGCCCACA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATG-A-T-CGTT-C-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-
gi|23 : tCTTC--TGCCTCATG-TAGA----ATAATCA--GATACAC-------AAT--GTATAAGCA--G-AT-
gi|24 : AGACAGC-GCTA-TAG-GATGAT------T-----------ATATC-CACTAGAACTA-C-TC-A-AAGCA----GC-ACAT-GCAAA-A-CTACACACTACAtttgataataactttagtctgcagtaggattat
gi|25 : AAT-AGTATT--T-A-TTT--CA---AA-AC------C--AG-GGTCCATA--T----AGGTA--TCAA-CATGAAA-CATACATG-A-T-TATT-G-ATACA-Aactgtt
gi|27 : cagTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T-----CGCA--TAAA-CATGTAA-CAT
gi|29 : taTAGT-AGTATT--T-A-T-----C---GA-AT------T--AG-GGCCCAAA--T----GGTCA--TAA
gi|3 : gccGTAGT-AGTATT--TTA-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---T--C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-T-TT--ATCC-CC--TGTGA-T-TGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GGAC-A--C--GA--AA--C---A-------G-TCCACTTC--TGCCTCATGCTACA-----TAACAA--GATATAT-------A-T--GTATAG--A--G-AC-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGAC-GTGCTATAGGACAATTATTT------TATGTA---AAATAT-C-ACTT---CTACCCA---AAGCAGTAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACATGCA--T-TGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---GTAACATGA-TGCTGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GACGAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---AAACAGTT---TGTAAT--AA-TTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGA-TTATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACATAT-ATCAAACA------TA-TCAT--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTATATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-TCG--ATGTAC--AT-CAACAAGAGGAAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCAgaat
gi|31 : -AGTATT--T-A-TT--ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----AGGCA--T
gi|4 : cTAT-CATT--ATCCGCC--TATGA---TGCA-A-TA-TA-TGT-T-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-GC-------A-GGTTAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GGAC-A--C--AA--AA--C---A-------T-TCCACTTC--TGCCTCATGTG-CA----ATAAACA--GATACAT-------AAT--GTATTG--A--G-AT-AAATAT-ATTTTTTT-T----CTATTATA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAT------TGT-GTCTGTATATC-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGATACAATGGTATAGGACAATTGTTTTACATGTATGTA---AATTATCC-ACTT---CTACCCA---AAGCTGC-ATA--AA-AAA-CT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGATAA-TGCATGTA--TCTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAACAATTAATAA-AATTGTATATGTAGATT---ATAATATGA-TGCAGAGGGTCGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GACGATTAGTTATGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATGC-ACAGTCTTTAAGAGAAAA--TACATAT-ATCTGTG---AAACAGCT---TGTAATA-AA-TTAAAACTATGAAA-CAA-----TTAATAAGATTGTGTCTGTAGA-TTATAACATGAT-GCATAT-CAGAC--------------ACA------TA-T-----AGTA-----TGATATTGAAGGTGTCC-AT-ACATAC------ACATATGTAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--A--TAC--AT-CAACAAGAGGCAG--CAAGAGTCGGTGATAAAGGAT-AT-AAAACAATTAGAGATCCA
gi|4 : aaattgc-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGAG-GC-------A-G--CAAGA-GTCGG-TGA----TAA----A-GGAT-A--T--AA--AA--C---AATTAGAGA-TCCACTTC--TGCCTCGTG-TAGA----ACAATTA--GATACAT-------AAT--GTActtctgcctcgtgtagaacaattagatacataatgtaaaagc
gi|5 : aaattgctatcattatccgcctatgatgcaatatatgttctgatacatcaacaaggggcaggttaggagtcaatgctaaaggacacaaaacattccacttctgcctcatgtgcaataaacagatacataatgtattgagataaatatattttttttctattatatggttaaactttagtaataagattattgtgtctgtatatcataacatgatgcagagggtagcaagatacaatggtataggacaattgttttacatgtatgtaaattatccacttctacccaaagctgcataaaaaactacctacatagtgtctttaacagataatgcatgtatctgtgaaacagtttgtaataaattgaaactatgaaacaattaataaaattgtatatgtagattataatatgatgcagagggtcgcaagagacggtgctataggacgattagttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcatatacaatactacatgcacagtctttaagagaaaatacatatatctgtgaaacagcttgtaataaattaaaactatgaaacaattaataagattgtgtctgtagattataacatgatgcatatcagacacatatagtatgatattgaaggtgtccatacatacacatatgtaaatatctcgGTAGT-AGTAGT----A-TTT-ACT---AA-AT------C--AG-GGTCCAAA--T----GGTCA--TAAA-CATGAAA-CAGATAAA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-AT------------------------------AGTGGTAGTAT-CATT--ATTC-CC--TATGA-A-TG-A-A--A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-GC-------A-GTA--GGA-GTCGA-TGCCAATTAA----A-GGAC-A--C--AA--AA--C---A-------G-TCCACTTC--TGCCTCATG-TACA----ATAAACA--GATATAT-------AAT--GTATAT--A--G-AT-AAATAT-AAATCTTT-T----CTATGATA-T-G-GTT--CAACTTTA-GCAATAA--GGTTAT------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATAAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACTGTGCTATAGGGCAATTATTT------TATGTA---AAATAT-CTACTT---CTAaaagc
gi|6 : ACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--AT--AC--AT-CAACAAGAAGCAGGGCAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCAtatgtgcagattagaagcatatgacagaaacagaaattttc
gi|6 : a-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGAA-GC-------A-GGGCAAGA-GTCGG-TGC----TAA----A-GGAT-A--C--AA--AA--CTAGA-------GATCCACTTC--TGCCTCATG-TAGA----ATAATCA--GATACAT-------AAT--GTATAG--A--G-AT-ACTTTT-AAAC------------ATAAAAGT-G-ATG--AAA-TTGA------AA--AATTAAACT---TCT-GTCTGTAGATT-ATA-------------------GCAAGAGACAGTGCTATAGGATGATTATTT------TATGTA---AAATATCC-ACTT---CTACCCA---AAGCAGC-ACA-TACAAAA-CT------ACATACACAAGA-GTGTCTTTAACAGAAAA-TATGTGT---C-TGTGAA--ACATGGACAAACGTATGT-A-TACATGGAAACCA-cttctgcctcatgtagaataatcagatacataatgtatagagatacttttaaacataaaagtgatgaaattgaaaaattaaacttctgtctgtagattatagcaagagacagtgctataggatgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatacaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatggacaaacgtatgtatacatggaaaccaaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|7 : aacatatataaatatctcgAG-AGA--TACATTT-A---------AAACA--TAAATGTGATGAAA-TTGAAA------AA-C----------------TTACGTCTGCAGA-TTATAACATGCT-GCAaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|7 : t-GTGATGA--AATTGAAAAACTTAC-GTCTGCAGATT-ATAACATGCT-GCAAAGGGTA-GCAAGAAACAGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCC-ACTT---CTACCCA---AAGCAGC-ACA-TGCAAAA-CT------ACATACACAAGA-GTGTCTTTAACAGAAAA-TATGTGT---C-TGTGAA--ACA------------TG-AA-TAAAaagggtagcaagaaacagtgctataggacgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatgcaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatgaataaacatatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|8 : tagagatacatttaaaacataaatGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGTCCAA---T----GGGTA--AAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TGCACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-AC--TATGA-A-TGCA----A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC--------CAAGGG-GCATACACTA-GTATAGG--GTCGG-T-C-----------G-GGTC-A--CCTGA--AA--C---A-------catatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|9 : tTGTACATTGATATAGCATAA-TGCAAAGGACAAC-AAGAGACAGT-G---------------------AT------GAATTATC-CATTT---CTG-T-CC-A-ATGCATGATGCAATACAACAAT-A-CTATATaacatctattttcttgggcctaaatgttatat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACAAAGCAGTACACTCCTGATACATGTAGATATATACATATTGCATACTGAAAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): TATAACATGGAAACCAACCAAGTCCATCACACACTGTCCAGAGAAGTACAA
Unaligned ( gi|30 ): ATGATATTTACTATGAACACAACTACATGAAAAAAAAATCCTAT
Alignments
lowQualScore : 111111 1 11 1111 11111 1111111111111 1111 222222222 2222 111111111 111111 2222222 222222 111 111 111 1 1 111111 222 222 333333333 2222 1 111 222222222222222 111 1111 1 1 333333333 111 1 3333333333333 1 222222 11 22222 1 11 222222 1 11 1 111
lowQualScore : 2 6666 2 2 444 2 000000 33 2 33 99999 55 2 2 3 3 3 555 3 3 3 3 3 4 4 4 777 777 55 5 3 5 2 5 5 5 0 66 0 66 00 4444 3 3 3 3 555 3 00000 3 2222222222222 3 3 0000 7777 3 3 44 44 88 55 555 000000000 44 6666 888888 1 44 6666 000000000 44 44 3 3 4 222222 999 5 77 5 66 3333333 5 5 5 5 0 222222 000 000 111 5 6 3 6 999999 333 6 6 0 999 99 333333333 1 6 8 1111 0 0 444 8 8 5 6 5 5 5 66 444444444444444 5 333 5 5 5 5 0000 0 5 5 5 5 2 1 77 5 5 888888888 555 88 6 3 6666666666666 6 6 8 0 6 333333 8 11 00000 0 8 0 22 99 0 6 99 6 888888 99 3 1 55 2 8 0 777 3
lowQualScore : . .... . . ... . ...... .. . .. ..... .. . . . . . ... . . . . . . . . ... ... .. . . . . . . . . .. . .. .. .... . . . . ... . ..... . ............. . . .... .... . . .. .. .. .. ... ......... .. .... ...... . .. .... ......... .. .. . . . ...... ... . .. . .. ....... . . . . . ...... ... ... ... . . . . ...... ... . . . ... .. ......... . . . .... . . ... . . . . . . . .. ............... . ... . . . . .... . . . . . . . .. . . ......... ... .. . . ............. . . . . . ...... . .. ..... . . . .. .. . . .. . ...... .. . . .. . . . ... .
lowQualScore : 5 1111 5 5 444 5 666666 44 5 44 22222 99 9 9 1 1 1 111 1 6 6 6 6 0 0 0 888 888 11 0 1 0 5 0 0 0 2 99 0 99 99 2222 3 3 1 1 444 1 88888 3 5555555555555 3 3 4444 1111 3 3 66 66 66 00 888 111111111 66 8888 888888 0 22 1111 222222222 66 66 6 6 0 333333 444 7 99 0 99 6666666 0 7 7 7 4 111111 000 000 777 5 7 3 7 222222 333 7 7 7 888 22 333333333 7 7 0 2222 0 8 000 0 8 0 7 0 0 0 99 222222222222222 0 888 0 0 0 0 6666 0 0 0 0 7 5 4 99 7 1 666666666 777 99 7 3 7777777777777 7 7 0 6 0 000000 0 00 00000 8 0 0 55 00 8 7 22 7 333333 22 3 0 88 5 0 0 555 2
consensus : GTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GGAC-A--C--GA--AA--C---A-------G-TCCACTTC--TGCCTCATG-TACAATA------AACA--GATA---CA-T-------AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACGGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGCAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAC---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACGTGCA--CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGA-TGCNGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATATCAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CCG--AT-TAC--AT-CAACAAGAGGNAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
Reference ( family-399 ) : GTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GGAC-A--C--GA--AA--C---A-------G-TCCACTTC--TGCCTCATGCTACAATA------ANCA--GATA---CA-T-------AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACGGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGCAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAC---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACGTGCA--CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGA-TGCNGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATATCAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CCG--AT-TAC--AT-CAACAAGAGGNAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
gi|1 : -AATGTC--T-A-TTTTACCTGAAATAT------C--AG-G-CCCAGAATT----GGGCA-----A-CATGTAA-AATG-ATAGA-T-CGTT-ATAT-CA-AA-AACAGA-C-A--TA-ACAA-G-TTA-ATTCGAGA---TA-CGACGGT-GAGCA-GTTCAGTG----TATACGCTTGATTC-CCCTTATA----GCA-AATA-TA-TATGT---G-AATGTA-CAC-----CAACAAGGGCGC-------ATGTATATGG-ATCAAGTGCA---TA--------GAC-AAGC--GATGAA--C---A-------T-GCCACTACAAGAACTCAGGTAACAATA------AACA--GATA---AA---------AATTTA-AG--ATCA-GT-TAATAT-A-GTTTTT-TTTTTCTA-GACA---G-GTT--A--CTTTAAGTAATAAATGATT--------TGTTGTCTGTA-ATTGATAACATGATAGCAGAGGGTA-GCAA-AGACGGTAC----GGCAGATTATATA-----TAGGTATAGAGATATCCACTTATCTTACCCAGAAAAGCAGTAATAGTAA-AAA-CTGATATTATC-ACAC---AAGTGTCTT-AA-AGAAAACTACATGCAGTCTGTGAACGACAC--------GTTTGCAAATAAATTGAAACTAATGAAAC----AACAAAGATTGTGTCTGTAG-TT---ATAACATGA-TGC-GATGGTAGCTAAAAGACGCTCGCTAATAGCGAC--GAT------TGTCAAATGAGAATATCTCACTTT--CTA-CGCC-A-AAGCA----GC-ATAT-A--AT-AGCTACATAC-ACAGC--TTAGGAG-GAAGATACATCTGATAAACGGCT------AAACAGTTC--TGTAA---AGTTGAAA--AAG-AA-G-AATAGATG--TAAGATTGTGTCTGTAGATTTATAACAT-TT-GC-TATGCAG-TACACACATAACAAACA------TA-TCACAAAATCAGGAATGAT----AAGGTCTACTATAACATACA-AATTA-AGATATAAATATC-CGTGATAACTTT-CCGATAT-CACAAATGCAACAAGAGGAAAT-CAAGAGCTGATG-TAACGGATGACAAAAAC---T--AGATCCA
gi|1 : tagatagtaagttgtgaT-CCG-A---TATCACAAATGCAACAAGAG-GA-------A-AT-CAAGA-GCTGA-TG-----TAA----C-GGATGA--C--AA--AAACT---A-------GATCCACT-C--TGCCTCACG--A----A------AACA---ATA---CA-C-------AACGTATAA--A--ctctgcctcacgaaaacaatacacaacgtataaa
gi|10 : tagatagtaagttgtgaaatgtctattttacctgaaatatcaggcccagaattgggcaacatgtaaaatgatagatcgttatatcaaaaacagacataacaagttaattcgagatacgacggtgagcagttcagtgtatacgcttgattccccttatagcaaatatatatgtgaatgtacaccaacaagggcgcatgtatatggatcaagtgcatagacaagcgatgaacatgccactacaagaactcaggtaacaataaacagataaaaatttaagatcagttaatatagttttttttttctagacaggttactttaagtaataaatgatttgttgtctgtaattgataacatgatagcagagggtagcaaagacggtacggcagattatatataggtatagagatatccacttatcttacccagaaaagcagtaatagtaaaaactgatattatcacacaagtgtcttaaagaaaactacatgcagtctgtgaacgacacgtttgcaaataaattgaaactaatgaaacaacaaagattgtgtctgtagttataacatgatgcgatggtagctaaaagacgctcgctaatagcgacgattgtcaaatgagaatatctcactttctacgccaaagcagcatataatagctacatacacagcttaggaggaagatacatctgataaacggctaaacagttctgtaaagttgaaaaagaagaatagatgtaagattgtgtctgtagatttataacatttgctatgcagtacacacataacaaacatatcacaaaatcaggaatgataaggtctactataacatacaaattaagatataaatatccgtgataacttGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CCCA-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAAAGCAAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AAAC-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATA-CAAACA------TATTCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-A
gi|11 : TAGT-AGT-TT--T-A-TTT-ACC---AA--T------C---G-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATGCA-AA-TATAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-AC-GT-GACTAGGT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA----A-TA-TATGC-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-AC-------A-G--TAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GGAC-A--C--
gi|12 : tGTAGT-AGTATTACT-ACTTT-ACC---AA--T------C--AG-GGCCCAAA--T-----GGCAT-TAAA-CAGTTAA-CATATATG-A-T-CG-T-A-ATACA-AA-TACAGAGC-AATTACACAAGG-TTA-TTT---AA---TA-C-ACTGTGGACTA-GT-CAGTGGTAATAT-TG-T--ATCCGCC--TGTGAGATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTGAA---TA-CAC-----a
gi|13 : gta---A-------A-TCCACTTC--TGCCTCATG-TGAAATA------CACA--GACATGTCATT-------CATATATAG--A--G----AAATATGAAGTTTacaca
gi|14 : ag-ATGCATA-CA-TAATATGTACAG-A---GA-AATA----CAACAAGAA-GC-------A---ACAAGA-GT-GG-TGC----TAA----A-GGAC-A--T--GAT-TA--T---A---------TCCACTTT--TGCTTAGAG---CAATATTCCATATCA--CATA---TA-TGTATTAAAATGTATAG--T--G-ATGGAGTAT-AAGatatgttaaaactgaactgcaatgaaaagaaaagacaatgctaaagggttgtataatattggttaaatgttaattaatccacatctgctcaatgcag
gi|14 : aaacGCAAC-AAGAG-TGGT-GCTA-AAG-GACATGAT------T-----------ATATC-CACTT---TTG-C-TT-A-GAGCA-------ATAT-TCCAT-A-TCACATAT-AT-GTATT-------AAA-----ATGT-ATA-GTGATGGAGTATAAGCAGTT---TACAAT-cagtttacaat
gi|15 : aaacatgcatacataatatgtacagagaaatacaacaagaaGTAGTTAGTATT----A-TTT-ACC---AA-ATTATTCCC--AG-GGCCCAAA--TTTTGGGGCATTTACATCATGTAACCATAGTTA-A-TGCGTT-A-ATACATAATTACAGA-CAAA-TACACAA-GTTTACATT---AATTTTA-C-ACTGT-GA-TA-GT-CAGTG
gi|16 : tagtgtaTGCTACAATA------AACATAGATA----A-T-------AATGTATAG--A--GGAC-AAATAT-AAGTTTTTCT----CTATGACA-TTGCGTTTAAAACTTAA-GTAATAA--GATTAA------GAT-GTCAGTAG
gi|17 : taaatgcacacgaagtaaggataggctttA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-AC-------A-GT-T-GGA-GTAGA-TGC----TAAAGCTA-GGAC-A--C--AA--AG--C---A-------G-TCCACTTC--TGTCTCATGC------A------GATA--TATA---CA-T-------AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AA
gi|18 : caAAT-AGTATT--T-A-TT--ACC---AA-AC------C--TG-GGCCCAAA--T----AGGCA--TGA-------AA-CATATCTG-A-T-TATT-G-ATACA-
gi|19 : tacatgtgtactgtataacctccatcagttgatattgtaacaaatatagaatagTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACT---AA-ATAA----T--AGAGGCTCAAA--A----TGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T---TT---ATTC--AA-T-CAGC-C-AA-T
gi|2 : tagtaacAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-G-CCCAA---T----GG-CA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-AAT-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TAAC-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTGGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGATATGCA-A-TAATA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-G--------A-GTATAGGAAGTCAA-TGC----TAA----AAGGAC-A--C--GA--AA--C---A-------G-TC-ACTTC--TGCCTCATG-TACAATA------AACA--GATA---TA-T-------AATGTAGAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAATTTT--GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTAAGCAAGAGACGGTGCTATAGGACAATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGTA-TA-TAC-AAAACT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACATGCAT-CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGATTGCTGA-GGTAGC-AAGAAACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTACC-CC-ACAAGCA----GCAATAT-ACAATAA-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAA-AAA--TACATGT-ATATGTGA--------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATGAAA-C-A-----T---TAAGA-TGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTTGGCATAT-CAGACACACATATATCAAACATACATGTA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATT--ATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--A--TAC--AT-CAACAAGAGGAAG--CAAGAGTCGGTGCTAgaagaaaatatttcttcgagttaat
gi|20 : gta-ATA--TGTACCG--AA--AC--ATACAACAAAAAGCAA--CAAGAGTCGTCACTAAAGGAC-Atgttttaatagtaca
gi|21 : ataaatcacgcacgtgggtacacTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T-----GGCA--TAAA-CAT---A-CATATATA-A-T-CGTTAA-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATG---AA---ttattgtacccacttgcttt
gi|22 : tTAGT-AGTATT----A-TTT-ACC---AA-AT------CCAAG-GGCCCACA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATG-A-T-CGTT-C-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-
gi|23 : tCTTC--TGCCTCATG-TAGAATA------ATCA--GATA---CA-C-------AATGTATAAGCA--G-AT-
gi|24 : AGACAGC-GCTA-TAG-GAT--GAT------T-----------ATATC-CACTAGAACTA-C-TC-A-AAGCA----GC-ACAT-GCAAA-A-CTACACACTACAtttgataataactttagtctgcagtaggattat
gi|25 : AAT-AGTATT--T-A-TTT--CA---AA-AC------C--AG-GGTCCATA--T----AGGTA--TCAA-CATGAAA-CATACATG-A-T-TATT-G-ATACA-Aactgtt
gi|27 : cagTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T-----CGCA--TAAA-CATGTAA-CAT
gi|29 : taTAGT-AGTATT--T-A-T-----C---GA-AT------T--AG-GGCCCAAA--T----GGTCA--TAA
gi|3 : gccGTAGT-AGTATT--TTA-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---T--C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-T-TT--ATCC-CC--TGTGA-TTGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GGAC-A--C--GA--AA--C---A-------G-TCCACTTC--TGCCTCATGCTACA-TA------ACAA--GATA---TA-T-------A-TGTATAG--A--G-AC-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACG-TGCTATAGGACAATTATTT------TATGTA---AAATATC-ACTT---CTACCCA---AAGCAGTAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACATGCA--TTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---GTAACATGA-TGCTGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT--AATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACATATATCAAACA------TA-TCAT--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTATATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-TCG--ATGTAC--AT-CAACAAGAGGAAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCAgaat
gi|31 : -AGTATT--T-A-TT--ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----AGGCA--T
gi|4 : cTAT-CATT--ATCCGCC--TATGA--TGCA-A-TA-TA-TGT-T-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-GC-------A-GGTTAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GGAC-A--C--AA--AA--C---A-------T-TCCACTTC--TGCCTCATG-TGCAATA------AACA--GATA---CA-T-------AATGTATTG--A--G-AT-AAATAT-ATTTTTTT-T----CTATTATA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAT------TGT-GTCTGTATATC-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGATACAATGGTATAGGACAATTGTTTTACATGTATGTA---AATTATCCACTT---CTACCCA---AAGCTGC-ATA--AA-AAA-CT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGATAA-TGCATGTAT-CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAACAATTAATAA-AATTGTATATGTAGATT---ATAATATGA-TGCAGAGGGTCGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GATTAGTTATGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATGC-ACAGTCTTTAAGAGAAAA--TACATAT-ATCTGTG---------AAACAGCT---TGTAAT-AAATTAAAACTATGAAA-CAA-----TTAATAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCATAT-CAG----ACACATAT---------------------AGTA-----TGATATTGAAGGTGTCC-AT-ACATAC------ACATATGTAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--A--TAC--AT-CAACAAGAGGCAG--CAAGAGTCGGTGATAAAGGAT-AT-AAAACAATTAGAGATCCA
gi|4 : aaattgc-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGAG-GC-------A-G--CAAGA-GTCGG-TGA----TAA----A-GGAT-A--T--AA--AA--C---AATTAGAGA-TCCACTTC--TGCCTCGTG-TAGAACA------ATTA--GATA---CA-T-------AATGTActtctgcctcgtgtagaacaattagatacataatgtaaaagc
gi|5 : aaattgctatcattatccgcctatgatgcaatatatgttctgatacatcaacaaggggcaggttaggagtcaatgctaaaggacacaaaacattccacttctgcctcatgtgcaataaacagatacataatgtattgagataaatatattttttttctattatatggttaaactttagtaataagattattgtgtctgtatatcataacatgatgcagagggtagcaagatacaatggtataggacaattgttttacatgtatgtaaattatccacttctacccaaagctgcataaaaaactacctacatagtgtctttaacagataatgcatgtatctgtgaaacagtttgtaataaattgaaactatgaaacaattaataaaattgtatatgtagattataatatgatgcagagggtcgcaagagacggtgctataggacgattagttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcatatacaatactacatgcacagtctttaagagaaaatacatatatctgtgaaacagcttgtaataaattaaaactatgaaacaattaataagattgtgtctgtagattataacatgatgcatatcagacacatatagtatgatattgaaggtgtccatacatacacatatgtaaatatctcgGTAGT-AGTAGT----A-TTT-ACT---AA-AT------C--AG-GGTCCAAA--T----GGTCA--TAAA-CATGAAA-CAGATAAA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-AT------------------------------AGTGGTAGTAT-CATT--ATTC-CC--TATGA-ATG-A-A--A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-GC-------A-GTA--GGA-GTCGA-TGCCAATTAA----A-GGAC-A--C--AA--AA--C---A-------G-TCCACTTC--TGCCTCATG-TACAATA------AACA--GATA---TA-T-------AATGTATAT--A--G-AT-AAATAT-AAATCTTT-T----CTATGATA-T-G-GTT--CAACTTTA-GCAATAA--GGTTAT------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATAAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACTGTGCTATAGGGCAATTATTT------TATGTA---AAATATCTACTT---CTAaaagc
gi|6 : ACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--AT--AC--AT-CAACAAGAAGCAGGGCAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCAtatgtgcagattagaagcatatgacagaaacagaaattttc
gi|6 : a-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGAA-GC-------A-GGGCAAGA-GTCGG-TGC----TAA----A-GGAT-A--C--AA--AA--CTAGA-------GATCCACTTC--TGCCTCATG-TAGAATA------ATCA--GATA---CA-T-------AATGTATAG--A--G-AT-ACTTTT-AAAC------------ATAAAAGT-G-ATG--AAA-TTGA------AA--AATTAAACT---TCT-GTCTGTAGATT-ATA-------------------GCAAGAGACAGTGCTATAGGATGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGC-ACA-TACAAAA-CT------ACATACACAAGA-GTGTCTTTAACAGAAAA-TATGTGT---CTGTGAA--ACATGGACAAACGTATGT-A-TACATGGAAACCA-cttctgcctcatgtagaataatcagatacataatgtatagagatacttttaaacataaaagtgatgaaattgaaaaattaaacttctgtctgtagattatagcaagagacagtgctataggatgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatacaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatggacaaacgtatgtatacatggaaaccaaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|7 : aacatatataaatatctcgAG-AGA--TACATTT-A---------------AAACA--TAAATGTGATGAAATTGAAA------AA-C----------------TTACGTCTGCAGATT-ATAACATGCT-GCAaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|7 : t-GTGATGA--AATTGAAAAACTTAC-GTCTGCAGATT-ATAACATGCT-GCAAAGGGTA-GCAAGAAACAGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGC-ACA-TGCAAAA-CT------ACATACACAAGA-GTGTCTTTAACAGAAAA-TATGTGT---CTGTGAA--ACA------------TG-AA-TAAAaagggtagcaagaaacagtgctataggacgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatgcaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatgaataaacatatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|8 : tagagatacatttaaaacataaatGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGTCCAA---T----GGGTA--AAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TGCACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-AC--TATGA-ATGCA----A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC--------CAAGGG-GCATACACTA-GTATAGG--GTCGG-T-C-----------G-GGTC-A--CCTGA--AA--C---A-------catatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|9 : tTGTACATTGATATAGCATAA-TGCAAAGGACAAC-AAGAGACAGT-G-----------------------AT------GAATTATC-CATTT---CTG-T-CC-A-ATGCATGATGCAATACAACAAT-A-CTATATaacatctattttcttgggcctaaatgttatat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACAAAGCAGTACACTCCTGATACATGTAGATATATACATATTGCATACTGAAAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): TATAACATGGAAACCAACCAAGTCCATCACACACTGTCCAGAGAAGTACAA
Unaligned ( gi|30 ): ATGATATTTACTATGAACACAACTACATGAAAAAAAAATCCTAT
Alignments
lowQualScore : 111111 1 11 1111 11111 1111111 111111111 1111111111 111111 2222222 222222 111 111 111 1 1 111111 222 222 333333333 2222 1 111 222222222222222 111 1111 1 1 333333333 111 1 3333333333333 1 222222 11 22222 1 11 222222 1 11 1 111
lowQualScore : 2 6666 2 2 444 2 000000 33 2 33 99999 55 2 2 3 3 3 555 3 3 3 3 3 4 4 4 777 777 55 5 3 5 2 5 5 5 0 66 0 66 00 4444 3 3 3 3 555 3 00000 3 0000000 3 999 3 3 9999 6666 3 3 3 44 44 000000000 44 555 5555555555 44 6666 3 3 66 3 44 6666 7777777 44 44 3 3 4 222222 999 5 77 5 66 3333333 5 5 5 5 0 222222 000 000 111 5 6 3 6 999999 333 6 6 0 999 99 333333333 1 6 8 1111 0 0 444 8 8 5 6 5 5 5 66 444444444444444 5 333 5 5 5 5 0000 0 5 5 5 5 2 1 77 5 5 888888888 555 88 6 3 6666666666666 6 6 8 0 6 333333 8 11 00000 0 8 0 22 99 0 6 99 6 888888 99 3 1 55 2 8 0 777 3
lowQualScore : . .... . . ... . ...... .. . .. ..... .. . . . . . ... . . . . . . . . ... ... .. . . . . . . . . .. . .. .. .... . . . . ... . ..... . ....... . ... . . .... .... . . . .. .. ......... .. ... .......... .. .... . . .. . .. .... ....... .. .. . . . ...... ... . .. . .. ....... . . . . . ...... ... ... ... . . . . ...... ... . . . ... .. ......... . . . .... . . ... . . . . . . . .. ............... . ... . . . . .... . . . . . . . .. . . ......... ... .. . . ............. . . . . . ...... . .. ..... . . . .. .. . . .. . ...... .. . . .. . . . ... .
lowQualScore : 5 1111 5 5 444 5 666666 44 5 44 22222 99 9 9 1 1 1 111 1 6 6 6 6 0 0 0 888 888 11 0 1 0 5 0 0 0 2 99 0 99 99 2222 3 3 1 1 444 1 88888 3 8888888 3 888 3 3 6666 5555 1 1 1 22 22 777777777 66 444 6666666666 22 5555 1 1 55 1 22 1111 8888888 66 66 6 6 0 333333 444 7 99 0 99 6666666 0 7 7 7 4 111111 000 000 777 5 7 3 7 222222 333 7 7 7 888 22 333333333 7 7 0 2222 0 8 000 0 8 0 7 0 0 0 99 222222222222222 0 888 0 0 0 0 6666 0 0 0 0 7 5 4 99 7 1 666666666 777 99 7 3 7777777777777 7 7 0 6 0 000000 0 00 00000 8 0 0 55 00 8 7 22 7 333333 22 3 0 88 5 0 0 555 2
consensus : GTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACGGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGCAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAC---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACGTGCA--CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGA-TGCNGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATATCAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CCG--AT-TAC--AT-CAACAAGAGGNAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
Reference ( family-399 ) : GTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACGGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGCAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAC---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACGTGCA--CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGA-TGCNGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATATCAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CCG--AT-TAC--AT-CAACAAGAGGNAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
gi|1 : -AATGTC--T-A-TTTTACCTGAAATAT------C--AG-G-CCCAGAATT----GGGCA-----A-CATGTAA-AATG-ATAGA-T-CGTT-ATAT-CA-AA-AACAGA-C-A--TA-ACAA-G-TTA-ATTCGAGA---TA-CGACGGT-GAGCA-GTTCAGTG----TATACGCTTGATTC-CCCTTATA----GCA-AATA-TA-TATGT---G-AATGTA-CAC-----CAACAAGGGCGC-------ATGTATATGG-ATCAAGTGCA---TA--------G-AC-AAGC--GATGA------A--C---AT-G-------CCACTACAAGAACT----C-AGG-TAACAATA-AACA--GATA---AA-------AATTTA-AG--ATCA-GT-TAATAT-A-GTTTTT-TTTTTCTA-GACA---G-GTT--A--CTTTAAGTAATAAATGATT--------TGTTGTCTGTA-ATTGATAACATGATAGCAGAGGGTA-GCAA-AGACGGTAC----GGCAGATTATATA-----TAGGTATAGAGATATCCACTTATCTTACCCAGAAAAGCAGTAATAGTAA-AAA-CTGATATTATC-ACAC---AAGTGTCTT-AA-AGAAAACTACATGCAGTCTGTGAACGACAC--------GTTTGCAAATAAATTGAAACTAATGAAAC----AACAAAGATTGTGTCTGTAG-TT---ATAACATGA-TGC-GATGGTAGCTAAAAGACGCTCGCTAATAGCGAC--GAT------TGTCAAATGAGAATATCTCACTTT--CTA-CGCC-A-AAGCA----GC-ATAT-A--AT-AGCTACATAC-ACAGC--TTAGGAG-GAAGATACATCTGATAAACGGCT------AAACAGTTC--TGTAA---AGTTGAAA--AAG-AA-G-AATAGATG--TAAGATTGTGTCTGTAGATTTATAACAT-TT-GC-TATGCAG-TACACACATAACAAACA------TA-TCACAAAATCAGGAATGAT----AAGGTCTACTATAACATACA-AATTA-AGATATAAATATC-CGTGATAACTTT-CCGATAT-CACAAATGCAACAAGAGGAAAT-CAAGAGCTGATG-TAACGGATGACAAAAAC---T--AGATCCA
gi|1 : tagatagtaagttgtgaT-CCG-A---TATCACAAATGCAACAAGAG-GA-------A-AT-CAAGA-GCTGA-TG-----TAA----C-GG-ATGA--C--AA--A------AACT---AGAT-------CCACT-C--TGCCT----C-ACG--A-----A-AACA---ATA---CA-C-----AACGTATAA--A--ctctgcctcacgaaaacaatacacaacgtataaa
gi|10 : tagatagtaagttgtgaaatgtctattttacctgaaatatcaggcccagaattgggcaacatgtaaaatgatagatcgttatatcaaaaacagacataacaagttaattcgagatacgacggtgagcagttcagtgtatacgcttgattccccttatagcaaatatatatgtgaatgtacaccaacaagggcgcatgtatatggatcaagtgcatagacaagcgatgaacatgccactacaagaactcaggtaacaataaacagataaaaatttaagatcagttaatatagttttttttttctagacaggttactttaagtaataaatgatttgttgtctgtaattgataacatgatagcagagggtagcaaagacggtacggcagattatatataggtatagagatatccacttatcttacccagaaaagcagtaatagtaaaaactgatattatcacacaagtgtcttaaagaaaactacatgcagtctgtgaacgacacgtttgcaaataaattgaaactaatgaaacaacaaagattgtgtctgtagttataacatgatgcgatggtagctaaaagacgctcgctaatagcgacgattgtcaaatgagaatatctcactttctacgccaaagcagcatataatagctacatacacagcttaggaggaagatacatctgataaacggctaaacagttctgtaaagttgaaaaagaagaatagatgtaagattgtgtctgtagatttataacatttgctatgcagtacacacataacaaacatatcacaaaatcaggaatgataaggtctactataacatacaaattaagatataaatatccgtgataacttGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CCCA-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAAAGCAAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AAAC-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATA-CAAACA------TATTCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-A
gi|11 : TAGT-AGT-TT--T-A-TTT-ACC---AA--T------C---G-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATGCA-AA-TATAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-AC-GT-GACTAGGT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA----A-TA-TATGC-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-AC-------A-G--TAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--
gi|12 : tGTAGT-AGTATTACT-ACTTT-ACC---AA--T------C--AG-GGCCCAAA--T-----GGCAT-TAAA-CAGTTAA-CATATATG-A-T-CG-T-A-ATACA-AA-TACAGAGC-AATTACACAAGG-TTA-TTT---AA---TA-C-ACTGTGGACTA-GT-CAGTGGTAATAT-TG-T--ATCCGCC--TGTGAGATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTGAA---TA-CAC-----a
gi|13 : gta---AA-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TG-AAATA-CACA--GACATGTCATT-----CATATATAG--A--G----AAATATGAAGTTTacaca
gi|14 : ag-ATGCATA-CA-TAATATGTACAG-A---GA-AATA----CAACAAGAA-GC-------A---ACAAGA-GT-GG-TGC----TAA----A-GG-AC-A--T--GAT-T------A--T---A--T-------CCACTTT--TGCTTAGAGCAATA-TT-CCATATCACA--TATA---TG-TATTAAAATGTATAG--T--G-ATGGAGTAT-AAGatatgttaaaactgaactgcaatgaaaagaaaagacaatgctaaagggttgtataatattggttaaatgttaattaatccacatctgctcaatgcag
gi|14 : aaacGCAAC-AAGAG-TGGT-GCTA-AAG-GACATGAT------T-----------ATATC-CACTT---TTG-C-TT-A-GAGCA-------ATAT-TCCAT-A-TCACATAT-AT-GTATT-------AAA-----ATGT-ATA-GTGATGGAGTATAAGCAGTT---TACAAT-cagtttacaat
gi|15 : aaacatgcatacataatatgtacagagaaatacaacaagaaGTAGTTAGTATT----A-TTT-ACC---AA-ATTATTCCC--AG-GGCCCAAA--TTTTGGGGCATTTACATCATGTAACCATAGTTA-A-TGCGTT-A-ATACATAATTACAGA-CAAA-TACACAA-GTTTACATT---AATTTTA-C-ACTGT-GA-TA-GT-CAGTG
gi|16 : tagtgta----TAA----A-TGCAC-A--C--GA--AGTAAGGA--T---AG-----------GCTTT--TGC------------TA-CAATA-AACATAGATA----A-T-----AATGTATAG--A--GGAC-AAATAT-AAGTTTTTCT----CTATGACA-TTGCGTTTAAAACTTAA-GTAATAA--GATTAA------GAT-GTCAGTAG
gi|17 : A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-AC-------A-GT-T-GGA-GTAGA-TGC----TAAAGCTA-GG-AC-A--C--AA--A------G--C---AG-T-------CCACTTC--TGTCT----C-ATG-------CA-GATA--TATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AA
gi|18 : caAAT-AGTATT--T-A-TT--ACC---AA-AC------C--TG-GGCCCAAA--T----AGGCA--TGA-------AA-CATATCTG-A-T-TATT-G-ATACA-
gi|19 : tacatgtgtactgtataacctccatcagttgatattgtaacaaatatagaatagTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACT---AA-ATAA----T--AGAGGCTCAAA--A----TGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T---TT---ATTC--AA-T-CAGC-C-AA-T
gi|2 : tagtaacAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-G-CCCAA---T----GG-CA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-AAT-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TAAC-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTGGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGATATGCA-A-TAATA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-G--------A-GTATAGGAAGTCAA-TGC----TAA----AAGG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------C-ACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---TA-T-----AATGTAGAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAATTTT--GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTAAGCAAGAGACGGTGCTATAGGACAATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGTA-TA-TAC-AAAACT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACATGCAT-CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGATTGCTGA-GGTAGC-AAGAAACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTACC-CC-ACAAGCA----GCAATAT-ACAATAA-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAA-AAA--TACATGT-ATATGTGA--------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATGAAA-C-A-----T---TAAGA-TGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTTGGCATAT-CAGACACACATATATCAAACATACATGTA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATT--ATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--A--TAC--AT-CAACAAGAGGAAG--CAAGAGTCGGTGCTAgaagaaaatatttcttcgagttaat
gi|20 : gta-ATA--TGTACCG--AA--AC--ATACAACAAAAAGCAA--CAAGAGTCGTCACTAAAGGAC-Atgttttaatagtaca
gi|21 : ataaatcacgcacgtgggtacacTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T-----GGCA--TAAA-CAT---A-CATATATA-A-T-CGTTAA-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATG---AA---ttattgtacccacttgcttt
gi|22 : tTAGT-AGTATT----A-TTT-ACC---AA-AT------CCAAG-GGCCCACA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATG-A-T-CGTT-C-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-
gi|23 : tCTTC--TGCCT----C-ATG-TA-GAATA-ATCA--GATA---CA-C-----AATGTATAAGCA--G-AT-
gi|24 : AGACAGC-GCTA-TAG-GAT--GAT------T-----------ATATC-CACTAGAACTA-C-TC-A-AAGCA----GC-ACAT-GCAAA-A-CTACACACTACAtttgataataactttagtctgcagtaggattat
gi|25 : AAT-AGTATT--T-A-TTT--CA---AA-AC------C--AG-GGTCCATA--T----AGGTA--TCAA-CATGAAA-CATACATG-A-T-TATT-G-ATACA-Aactgtt
gi|27 : cagTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T-----CGCA--TAAA-CATGTAA-CAT
gi|29 : taTAGT-AGTATT--T-A-T-----C---GA-AT------T--AG-GGCCCAAA--T----GGTCA--TAA
gi|3 : gccGTAGT-AGTATT--TTA-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---T--C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-T-TT--ATCC-CC--TGTGA-TTGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATGCTA-CA-TA-ACAA--GATA---TA-T-----A-TGTATAG--A--G-AC-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACG-TGCTATAGGACAATTATTT------TATGTA---AAATATC-ACTT---CTACCCA---AAGCAGTAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACATGCA--TTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---GTAACATGA-TGCTGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT--AATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACATATATCAAACA------TA-TCAT--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTATATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-TCG--ATGTAC--AT-CAACAAGAGGAAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCAgaat
gi|31 : -AGTATT--T-A-TT--ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----AGGCA--T
gi|4 : cTAT-CATT--ATCCGCC--TATGA--TGCA-A-TA-TA-TGT-T-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-GC-------A-GGTTAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--AA--A------A--C---AT-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TG-CAATA-AACA--GATA---CA-T-----AATGTATTG--A--G-AT-AAATAT-ATTTTTTT-T----CTATTATA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAT------TGT-GTCTGTATATC-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGATACAATGGTATAGGACAATTGTTTTACATGTATGTA---AATTATCCACTT---CTACCCA---AAGCTGC-ATA--AA-AAA-CT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGATAA-TGCATGTAT-CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAACAATTAATAA-AATTGTATATGTAGATT---ATAATATGA-TGCAGAGGGTCGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GATTAGTTATGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATGC-ACAGTCTTTAAGAGAAAA--TACATAT-ATCTGTG---------AAACAGCT---TGTAAT-AAATTAAAACTATGAAA-CAA-----TTAATAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCATAT-CAG----ACACATAT---------------------AGTA-----TGATATTGAAGGTGTCC-AT-ACATAC------ACATATGTAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--A--TAC--AT-CAACAAGAGGCAG--CAAGAGTCGGTGATAAAGGAT-AT-AAAACAATTAGAGATCCA
gi|4 : aaattgc-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGAG-GC-------A-GCA--AGA-GTCGG-TGA----TAA----A-GG-AT-A--T--AA--A------A--C---AA-TTAGAGATCCACTTC--TGCCT----C-GTG-TA-GAACA-ATTA--GATA---CA-T-----AATGTActtctgcctcgtgtagaacaattagatacataatgtaaaagc
gi|5 : aaattgctatcattatccgcctatgatgcaatatatgttctgatacatcaacaaggggcaggttaggagtcaatgctaaaggacacaaaacattccacttctgcctcatgtgcaataaacagatacataatgtattgagataaatatattttttttctattatatggttaaactttagtaataagattattgtgtctgtatatcataacatgatgcagagggtagcaagatacaatggtataggacaattgttttacatgtatgtaaattatccacttctacccaaagctgcataaaaaactacctacatagtgtctttaacagataatgcatgtatctgtgaaacagtttgtaataaattgaaactatgaaacaattaataaaattgtatatgtagattataatatgatgcagagggtcgcaagagacggtgctataggacgattagttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcatatacaatactacatgcacagtctttaagagaaaatacatatatctgtgaaacagcttgtaataaattaaaactatgaaacaattaataagattgtgtctgtagattataacatgatgcatatcagacacatatagtatgatattgaaggtgtccatacatacacatatgtaaatatctcgGTAGT-AGTAGT----A-TTT-ACT---AA-AT------C--AG-GGTCCAAA--T----GGTCA--TAAA-CATGAAA-CAGATAAA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-AT------------------------------AGTGGTAGTAT-CATT--ATTC-CC--TATGA-ATG-A-A--A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-GC-------A-GTA--GGA-GTCGA-TGCCAATTAA----A-GG-AC-A--C--AA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---TA-T-----AATGTATAT--A--G-AT-AAATAT-AAATCTTT-T----CTATGATA-T-G-GTT--CAACTTTA-GCAATAA--GGTTAT------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATAAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACTGTGCTATAGGGCAATTATTT------TATGTA---AAATATCTACTT---CTAaaagc
gi|6 : ACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--AT--AC--AT-CAACAAGAAGCAGGGCAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCAtatgtgcagattagaagcatatgacagaaacagaaattttc
gi|6 : a-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGAA-GC-------A-GGGCAAGA-GTCGG-TGC----TAA----A-GG-AT-A--C--AA--A------A--CTAGAGAT-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-GAATA-ATCA--GATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-ACTTTT-AAAC------------ATAAAAGT-G-ATG--AAA-TTGA------AA--AATTAAACT---TCT-GTCTGTAGATT-ATA-------------------GCAAGAGACAGTGCTATAGGATGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGC-ACA-TACAAAA-CT------ACATACACAAGA-GTGTCTTTAACAGAAAA-TATGTGT---CTGTGAA--ACATGGACAAACGTATGT-A-TACATGGAAACCA-cttctgcctcatgtagaataatcagatacataatgtatagagatacttttaaacataaaagtgatgaaattgaaaaattaaacttctgtctgtagattatagcaagagacagtgctataggatgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatacaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatggacaaacgtatgtatacatggaaaccaaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|7 : aacatatataaatatctcgAG-AGA--TACATTT-A---------------AAACA--TAAATGTGATGAAATTGAAA------AA-C----------------TTACGTCTGCAGATT-ATAACATGCT-GCAaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|7 : t-GTGATGA--AATTGAAAAACTTAC-GTCTGCAGATT-ATAACATGCT-GCAAAGGGTA-GCAAGAAACAGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGC-ACA-TGCAAAA-CT------ACATACACAAGA-GTGTCTTTAACAGAAAA-TATGTGT---CTGTGAA--ACA------------TG-AA-TAAAaagggtagcaagaaacagtgctataggacgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatgcaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatgaataaacatatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|8 : tagagatacatttaaaacataaatGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGTCCAA---T----GGGTA--AAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TGCACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-AC--TATGA-ATGCA----A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC--------CAAGGG-GCATACACTA-GTATAGG--GTCGG-T-C-----------G-GG-TC-A--CCTGA--A------A--C---Acatatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|9 : tTGTACATTGATATAGCATAA-TGCAAAGGACAAC-AAGAGACAGT-G-----------------------AT------GAATTATC-CATTT---CTG-T-CC-A-ATGCATGATGCAATACAACAAT-A-CTATATaacatctattttcttgggcctaaatgttatat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACAAAGCAGTACACTCCTGATACATGTAGATATATACATATTGCATACTGAAAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): TATAACATGGAAACCAACCAAGTCCATCACACACTGTCCAGAGAAGTACAA
Unaligned ( gi|30 ): ATGATATTTACTATGAACACAACTACATGAAAAAAAAATCCTAT
Alignments
lowQualScore : 111111 1 11 1111 11111 1111111 111111111 1111111111 111111 2222222 222222 111 111 111 1 1 111111 222 222 333333333 2222 1 111 222222222222222 111 1111 1 1 333333333 111 1 3333333333333 1 222222 11 22222 1 11 222222 1 11 1 111
lowQualScore : 2 6666 2 2 444 2 000000 33 2 33 99999 55 2 2 3 3 3 555 3 3 3 3 3 4 4 4 777 777 55 5 3 5 2 5 5 5 0 66 0 66 00 4444 3 3 3 3 555 3 00000 3 0000000 3 999 3 3 9999 6666 3 3 3 44 44 000000000 44 555 5555555555 44 6666 3 3 66 3 44 6666 7777777 44 44 3 3 4 222222 999 5 77 5 66 3333333 5 5 5 5 0 222222 000 000 111 5 6 3 6 999999 333 6 6 0 999 99 333333333 1 6 8 1111 0 0 444 8 8 5 6 5 5 5 66 444444444444444 5 333 5 5 5 5 0000 0 5 5 5 5 2 1 77 5 5 888888888 555 88 6 3 6666666666666 6 6 8 0 6 333333 8 11 00000 0 8 0 22 99 0 6 99 6 888888 99 3 1 55 2 8 0 777 3
lowQualScore : . .... . . ... . ...... .. . .. ..... .. . . . . . ... . . . . . . . . ... ... .. . . . . . . . . .. . .. .. .... . . . . ... . ..... . ....... . ... . . .... .... . . . .. .. ......... .. ... .......... .. .... . . .. . .. .... ....... .. .. . . . ...... ... . .. . .. ....... . . . . . ...... ... ... ... . . . . ...... ... . . . ... .. ......... . . . .... . . ... . . . . . . . .. ............... . ... . . . . .... . . . . . . . .. . . ......... ... .. . . ............. . . . . . ...... . .. ..... . . . .. .. . . .. . ...... .. . . .. . . . ... .
lowQualScore : 5 1111 5 5 444 5 666666 44 5 44 22222 99 9 9 1 1 1 111 1 6 6 6 6 0 0 0 888 888 11 0 1 0 5 0 0 0 2 99 0 99 99 2222 3 3 1 1 444 1 88888 3 8888888 3 888 3 3 6666 5555 1 1 1 22 22 777777777 66 444 6666666666 22 5555 1 1 55 1 22 1111 8888888 66 66 6 6 0 333333 444 7 99 0 99 6666666 0 7 7 7 4 111111 000 000 777 5 7 3 7 222222 333 7 7 7 888 22 333333333 7 7 0 2222 0 8 000 0 8 0 7 0 0 0 99 222222222222222 0 888 0 0 0 0 6666 0 0 0 0 7 5 4 99 7 1 666666666 777 99 7 3 7777777777777 7 7 0 6 0 000000 0 00 00000 8 0 0 55 00 8 7 22 7 333333 22 3 0 88 5 0 0 555 2
consensus : GTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACGGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGCAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAC---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACGTGCA--CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGA-TGCNGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATATCAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CCG--AT-TAC--AT-CAACAAGAGGNAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
Reference ( family-399 ) : GTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACGGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGCAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAC---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACGTGCA--CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGA-TGCNGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATATCAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CCG--AT-TAC--AT-CAACAAGAGGNAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
gi|1 : -AATGTC--T-A-TTTTACCTGAAATAT------C--AG-G-CCCAGAATT----GGGCA-----A-CATGTAA-AATG-ATAGA-T-CGTT-ATAT-CA-AA-AACAGA-C-A--TA-ACAA-G-TTA-ATTCGAGA---TA-CGACGGT-GAGCA-GTTCAGTG----TATACGCTTGATTC-CCCTTATA----GCA-AATA-TA-TATGT---G-AATGTA-CAC-----CAACAAGGGCGC-------ATGTATATGG-ATCAAGTGCA---TA--------G-AC-AAGC--GATGA------A--C---AT-G-------CCACTACAAGAACT----C-AGG-TAACAATA-AACA--GATA---AA-------AATTTA-AG--ATCA-GT-TAATAT-A-GTTTTT-TTTTTCTA-GACA---G-GTT--A--CTTTAAGTAATAAATGATT--------TGTTGTCTGTA-ATTGATAACATGATAGCAGAGGGTA-GCAA-AGACGGTAC----GGCAGATTATATA-----TAGGTATAGAGATATCCACTTATCTTACCCAGAAAAGCAGTAATAGTAA-AAA-CTGATATTATC-ACAC---AAGTGTCTT-AA-AGAAAACTACATGCAGTCTGTGAACGACAC--------GTTTGCAAATAAATTGAAACTAATGAAAC----AACAAAGATTGTGTCTGTAG-TT---ATAACATGA-TGC-GATGGTAGCTAAAAGACGCTCGCTAATAGCGAC--GAT------TGTCAAATGAGAATATCTCACTTT--CTA-CGCC-A-AAGCA----GC-ATAT-A--AT-AGCTACATAC-ACAGC--TTAGGAG-GAAGATACATCTGATAAACGGCT------AAACAGTTC--TGTAA---AGTTGAAA--AAG-AA-G-AATAGATG--TAAGATTGTGTCTGTAGATTTATAACAT-TT-GC-TATGCAG-TACACACATAACAAACA------TA-TCACAAAATCAGGAATGAT----AAGGTCTACTATAACATACA-AATTA-AGATATAAATATC-CGTGATAACTTT-CCGATAT-CACAAATGCAACAAGAGGAAAT-CAAGAGCTGATG-TAACGGATGACAAAAAC---T--AGATCCA
gi|1 : tagatagtaagttgtgaT-CCG-A---TATCACAAATGCAACAAGAG-GA-------A-AT-CAAGA-GCTGA-TG-----TAA----C-GG-ATGA--C--AA--A------AACT---AGAT-------CCACT-C--TGCCT----C-ACG--A-----A-AACA---ATA---CA-C-----AACGTATAA--A--ctctgcctcacgaaaacaatacacaacgtataaa
gi|10 : tagatagtaagttgtgaaatgtctattttacctgaaatatcaggcccagaattgggcaacatgtaaaatgatagatcgttatatcaaaaacagacataacaagttaattcgagatacgacggtgagcagttcagtgtatacgcttgattccccttatagcaaatatatatgtgaatgtacaccaacaagggcgcatgtatatggatcaagtgcatagacaagcgatgaacatgccactacaagaactcaggtaacaataaacagataaaaatttaagatcagttaatatagttttttttttctagacaggttactttaagtaataaatgatttgttgtctgtaattgataacatgatagcagagggtagcaaagacggtacggcagattatatataggtatagagatatccacttatcttacccagaaaagcagtaatagtaaaaactgatattatcacacaagtgtcttaaagaaaactacatgcagtctgtgaacgacacgtttgcaaataaattgaaactaatgaaacaacaaagattgtgtctgtagttataacatgatgcgatggtagctaaaagacgctcgctaatagcgacgattgtcaaatgagaatatctcactttctacgccaaagcagcatataatagctacatacacagcttaggaggaagatacatctgataaacggctaaacagttctgtaaagttgaaaaagaagaatagatgtaagattgtgtctgtagatttataacatttgctatgcagtacacacataacaaacatatcacaaaatcaggaatgataaggtctactataacatacaaattaagatataaatatccgtgataacttGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CCCA-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAAAGCAAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AAAC-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATA-CAAACA------TATTCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-A
gi|11 : TAGT-AGT-TT--T-A-TTT-ACC---AA--T------C---G-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATGCA-AA-TATAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-AC-GT-GACTAGGT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA----A-TA-TATGC-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-AC-------A-G--TAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--
gi|12 : tGTAGT-AGTATTACT-ACTTT-ACC---AA--T------C--AG-GGCCCAAA--T-----GGCAT-TAAA-CAGTTAA-CATATATG-A-T-CG-T-A-ATACA-AA-TACAGAGC-AATTACACAAGG-TTA-TTT---AA---TA-C-ACTGTGGACTA-GT-CAGTGGTAATAT-TG-T--ATCCGCC--TGTGAGATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTGAA---TA-CAC-----a
gi|13 : gta---AA-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TG-AAATA-CACA--GACATGTCATT-----CATATATAG--A--G----AAATATGAAGTTTacaca
gi|14 : ag-ATGCATA-CA-TAATATGTACAG-A---GA-AATA----CAACAAGAA-GC-------A---ACAAGA-GT-GG-TGC----TAA----A-GG-AC-A--T--GAT-T------A--T---A--T-------CCACTTT--TGCTTAGAGCAATA-TT-CCATATCACA--TATA---TG-TATTAAAATGTATAG--T--G-ATGGAGTAT-AAGatatgttaaaactgaactgcaatgaaaagaaaagacaatgctaaagggttgtataatattggttaaatgttaattaatccacatctgctcaatgcag
gi|14 : aaacGCAAC-AAGAG-TGGT-GCTA-AAG-GACATGAT------T-----------ATATC-CACTT---TTG-C-TT-A-GAGCA-------ATAT-TCCAT-A-TCACATAT-AT-GTATT-------AAA-----ATGT-ATA-GTGATGGAGTATAAGCAGTT---TACAAT-cagtttacaat
gi|15 : aaacatgcatacataatatgtacagagaaatacaacaagaaGTAGTTAGTATT----A-TTT-ACC---AA-ATTATTCCC--AG-GGCCCAAA--TTTTGGGGCATTTACATCATGTAACCATAGTTA-A-TGCGTT-A-ATACATAATTACAGA-CAAA-TACACAA-GTTTACATT---AATTTTA-C-ACTGT-GA-TA-GT-CAGTG
gi|16 : tagtgta----TAA----A-TGCAC-A--C--GA--AGTAAGGA--T---AG-----------GCTTT--TGC------------TA-CAATA-AACATAGATA----A-T-----AATGTATAG--A--GGAC-AAATAT-AAGTTTTTCT----CTATGACA-TTGCGTTTAAAACTTAA-GTAATAA--GATTAA------GAT-GTCAGTAG
gi|17 : A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-AC-------A-GT-T-GGA-GTAGA-TGC----TAAAGCTA-GG-AC-A--C--AA--A------G--C---AG-T-------CCACTTC--TGTCT----C-ATG-------CA-GATA--TATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AA
gi|18 : caAAT-AGTATT--T-A-TT--ACC---AA-AC------C--TG-GGCCCAAA--T----AGGCA--TGA-------AA-CATATCTG-A-T-TATT-G-ATACA-
gi|19 : tacatgtgtactgtataacctccatcagttgatattgtaacaaatatagaatagTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACT---AA-ATAA----T--AGAGGCTCAAA--A----TGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T---TT---ATTC--AA-T-CAGC-C-AA-T
gi|2 : tagtaacAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-G-CCCAA---T----GG-CA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-AAT-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TAAC-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTGGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGATATGCA-A-TAATA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-G--------A-GTATAGGAAGTCAA-TGC----TAA----AAGG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------C-ACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---TA-T-----AATGTAGAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAATTTT--GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTAAGCAAGAGACGGTGCTATAGGACAATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGTA-TA-TAC-AAAACT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACATGCAT-CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGATTGCTGA-GGTAGC-AAGAAACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTACC-CC-ACAAGCA----GCAATAT-ACAATAA-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAA-AAA--TACATGT-ATATGTGA--------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATGAAA-C-A-----T---TAAGA-TGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTTGGCATAT-CAGACACACATATATCAAACATACATGTA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATT--ATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--A--TAC--AT-CAACAAGAGGAAG--CAAGAGTCGGTGCTAgaagaaaatatttcttcgagttaat
gi|20 : gta-ATA--TGTACCG--AA--AC--ATACAACAAAAAGCAA--CAAGAGTCGTCACTAAAGGAC-Atgttttaatagtaca
gi|21 : ataaatcacgcacgtgggtacacTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T-----GGCA--TAAA-CAT---A-CATATATA-A-T-CGTTAA-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATG---AA---ttattgtacccacttgcttt
gi|22 : tTAGT-AGTATT----A-TTT-ACC---AA-AT------CCAAG-GGCCCACA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATG-A-T-CGTT-C-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-
gi|23 : tCTTC--TGCCT----C-ATG-TA-GAATA-ATCA--GATA---CA-C-----AATGTATAAGCA--G-AT-
gi|24 : AGACAGC-GCTA-TAG-GAT--GAT------T-----------ATATC-CACTAGAACTA-C-TC-A-AAGCA----GC-ACAT-GCAAA-A-CTACACACTACAtttgataataactttagtctgcagtaggattat
gi|25 : AAT-AGTATT--T-A-TTT--CA---AA-AC------C--AG-GGTCCATA--T----AGGTA--TCAA-CATGAAA-CATACATG-A-T-TATT-G-ATACA-Aactgtt
gi|27 : cagTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T-----CGCA--TAAA-CATGTAA-CAT
gi|29 : taTAGT-AGTATT--T-A-T-----C---GA-AT------T--AG-GGCCCAAA--T----GGTCA--TAA
gi|3 : gccGTAGT-AGTATT--TTA-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---T--C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-T-TT--ATCC-CC--TGTGA-TTGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATGCTA-CA-TA-ACAA--GATA---TA-T-----A-TGTATAG--A--G-AC-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACG-TGCTATAGGACAATTATTT------TATGTA---AAATATC-ACTT---CTACCCA---AAGCAGTAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACATGCA--TTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---GTAACATGA-TGCTGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT--AATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACATATATCAAACA------TA-TCAT--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTATATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-TCG--ATGTAC--AT-CAACAAGAGGAAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCAgaat
gi|31 : -AGTATT--T-A-TT--ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----AGGCA--T
gi|4 : cTAT-CATT--ATCCGCC--TATGA--TGCA-A-TA-TA-TGT-T-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-GC-------A-GGTTAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--AA--A------A--C---AT-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TG-CAATA-AACA--GATA---CA-T-----AATGTATTG--A--G-AT-AAATAT-ATTTTTTT-T----CTATTATA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAT------TGT-GTCTGTATATC-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGATACAATGGTATAGGACAATTGTTTTACATGTATGTA---AATTATCCACTT---CTACCCA---AAGCTGC-ATA--AA-AAA-CT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGATAA-TGCATGTAT-CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAACAATTAATAA-AATTGTATATGTAGATT---ATAATATGA-TGCAGAGGGTCGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GATTAGTTATGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATGC-ACAGTCTTTAAGAGAAAA--TACATAT-ATCTGTG---------AAACAGCT---TGTAAT-AAATTAAAACTATGAAA-CAA-----TTAATAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCATAT-CAG----ACACATAT---------------------AGTA-----TGATATTGAAGGTGTCC-AT-ACATAC------ACATATGTAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--A--TAC--AT-CAACAAGAGGCAG--CAAGAGTCGGTGATAAAGGAT-AT-AAAACAATTAGAGATCCA
gi|4 : aaattgc-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGAG-GC-------A-GCA--AGA-GTCGG-TGA----TAA----A-GG-AT-A--T--AA--A------A--C---AA-TTAGAGATCCACTTC--TGCCT----C-GTG-TA-GAACA-ATTA--GATA---CA-T-----AATGTActtctgcctcgtgtagaacaattagatacataatgtaaaagc
gi|5 : aaattgctatcattatccgcctatgatgcaatatatgttctgatacatcaacaaggggcaggttaggagtcaatgctaaaggacacaaaacattccacttctgcctcatgtgcaataaacagatacataatgtattgagataaatatattttttttctattatatggttaaactttagtaataagattattgtgtctgtatatcataacatgatgcagagggtagcaagatacaatggtataggacaattgttttacatgtatgtaaattatccacttctacccaaagctgcataaaaaactacctacatagtgtctttaacagataatgcatgtatctgtgaaacagtttgtaataaattgaaactatgaaacaattaataaaattgtatatgtagattataatatgatgcagagggtcgcaagagacggtgctataggacgattagttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcatatacaatactacatgcacagtctttaagagaaaatacatatatctgtgaaacagcttgtaataaattaaaactatgaaacaattaataagattgtgtctgtagattataacatgatgcatatcagacacatatagtatgatattgaaggtgtccatacatacacatatgtaaatatctcgGTAGT-AGTAGT----A-TTT-ACT---AA-AT------C--AG-GGTCCAAA--T----GGTCA--TAAA-CATGAAA-CAGATAAA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-AT------------------------------AGTGGTAGTAT-CATT--ATTC-CC--TATGA-ATG-A-A--A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-GC-------A-GTA--GGA-GTCGA-TGCCAATTAA----A-GG-AC-A--C--AA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---TA-T-----AATGTATAT--A--G-AT-AAATAT-AAATCTTT-T----CTATGATA-T-G-GTT--CAACTTTA-GCAATAA--GGTTAT------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATAAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACTGTGCTATAGGGCAATTATTT------TATGTA---AAATATCTACTT---CTAaaagc
gi|6 : ACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTG--AT--AC--AT-CAACAAGAAGCAGGGCAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCAtatgtgcagattagaagcatatgacagaaacagaaattttc
gi|6 : a-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGAA-GC-------A-GGGCAAGA-GTCGG-TGC----TAA----A-GG-AT-A--C--AA--A------A--CTAGAGAT-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-GAATA-ATCA--GATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-ACTTTT-AAAC------------ATAAAAGT-G-ATG--AAA-TTGA------AA--AATTAAACT---TCT-GTCTGTAGATT-ATA-------------------GCAAGAGACAGTGCTATAGGATGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGC-ACA-TACAAAA-CT------ACATACACAAGA-GTGTCTTTAACAGAAAA-TATGTGT---CTGTGAA--ACATGGACAAACGTATGT-A-TACATGGAAACCA-cttctgcctcatgtagaataatcagatacataatgtatagagatacttttaaacataaaagtgatgaaattgaaaaattaaacttctgtctgtagattatagcaagagacagtgctataggatgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatacaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatggacaaacgtatgtatacatggaaaccaaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|7 : aacatatataaatatctcgAG-AGA--TACATTT-A---------------AAACA--TAAATGTGATGAAATTGAAA------AA-C----------------TTACGTCTGCAGATT-ATAACATGCT-GCAaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|7 : t-GTGATGA--AATTGAAAAACTTAC-GTCTGCAGATT-ATAACATGCT-GCAAAGGGTA-GCAAGAAACAGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGC-ACA-TGCAAAA-CT------ACATACACAAGA-GTGTCTTTAACAGAAAA-TATGTGT---CTGTGAA--ACA------------TG-AA-TAAAaagggtagcaagaaacagtgctataggacgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatgcaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatgaataaacatatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|8 : tagagatacatttaaaacataaatGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGTCCAA---T----GGGTA--AAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TGCACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-AC--TATGA-ATGCA----A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC--------CAAGGG-GCATACACTA-GTATAGG--GTCGG-T-C-----------G-GG-TC-A--CCTGA--A------A--C---Acatatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|9 : tTGTACATTGATATAGCATAA-TGCAAAGGACAAC-AAGAGACAGT-G-----------------------AT------GAATTATC-CATTT---CTG-T-CC-A-ATGCATGATGCAATACAACAAT-A-CTATATaacatctattttcttgggcctaaatgttatat
blockSeqs : T ACT C . . . TATTCC CA A . TTTGG TT T C . A G AA T T G A T G T C . TTT AA . T G C G . . . G . GA TAC A A A A . T AAATG . ATACACT . TAT A . CAAT AGCT A C G . CT AGTAAGG AC TAG ATTAGAGAT . AGAG A C A T TA TGTC TATTAA GC . G G G CT TT C TA . . AAAAACT . . . A TACATG . . . A . A A . AAG . . AT . TGGACAAAC T . . AATT . GAT T T G . . . . AT TAGTTATGT . GAA C . C C TGAT A A A . T C C . . T ATGGAGTAT AAA GA C A CAATTAA . G . A T TACATG T . . . . AT AT . . A ATGT . A A GG C . . AAT A
blockSeqs : . TT . . . . AA . . . G T . . . . . A . . . . . . . . . . A . T . C . . . . G . TA AT . . . . . . A . . . TAT . . . . . . . . . TT . . GAT . . . . C . . C TT . . . . . T GT . . . . AACT . . . . . . . . A . A . . AAG . . AT . . T . . . . . . T G . . . . . TGT . . . . . . . A . . . . A A . . T A . A C A ACAT . . . A T . . . . . . AT AC . . . AT . . C . C . . . A
blockSeqs : . T . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . A . T . C . . . . . . A AT . . . . . . . . . . GTT . . . . . . . . . A . . GAT . . . . C . . T C . . . . . T T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . A G . . . . . TGT . . . . . . . . . . . . C . . . T . . A C . CAT . . . A T . . . . . . . AC . . . AA . . A . C . . . A
blockSeqs : . T . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . . . A . T . C . . . . . . A AT . . . . . . . . . . GGC . . . . . . . . . A . . AT . . . . C . . C T . . . . . T T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . TGT . . . . . . . . . . . . C . . . T . . A C . CAT . . . . . . . . . . . . . . AT . . C . A .
blockSeqs : . T . . . . . . . . G . . . . . . G . . . . . . . . . . A . T . C . . . . . . T AT . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . . . A . . GT . . . . G . . T T . . . . . T T . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . C . . . . . AT . . C . C
blockSeqs : . T . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . A . . GT . . . . C . . C T . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . A . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . A . . GT . . . . C . . T C . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . G . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . A . . TT . . . . G . . C T . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . A . . GT . . . . C . . C T . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . A . . T . . . . G . . T T . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A . . G . . . . . . . C T . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** ** A** *** ** ** A* AT** *** TAT **** ** A******** ** C* T****** ** T***** T** ** A****** ****** *** *** *** ****** A** ** ********* TGT************ *** ** ********* *** A* CAT********** ** ***** AC ** AT**** ** **
originalCons : GTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACGGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGCAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAC---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACGTGCA--CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGA-TGCNGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATATCAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CCG--AT-TAC--AT-CAACAAGAGGNAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
finalCons : GTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTTA--ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGAA-TGCAAT--A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--GAA--------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TAC-AATA-AACA--GATA---CAT------AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTTT-----CTATGACAT--G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACGGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGCAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAC---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACGTGCA--CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGA-TGCNGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GATTGT------------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAATA-AATTGAAACTATG-AACAT----------TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATATCAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CCGAT----AC--AT-CAACAAGAGGNAG--CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACAAAGCAGTACACTCCTGATACATGTAGATATATACATATTGCATACTGAAAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): TATAACATGGAAACCAACCAAGTCCATCACACACTGTCCAGAGAAGTACAA
Unaligned ( gi|30 ): ATGATATTTACTATGAACACAACTACATGAAAAAAAAATCCTAT
Alignments
lowQualScore : 111111 1 11 1111 11111 1111111 111111111 1111111111 111111 2222222 222222 111 111 111 1 1 111111 222 222 333333333 2222 1 111 222222222222222 111 1111 1 1 333333333 111 1 3333333333333 1 222222 11 22222 1 11 22222 1111 1 111
lowQualScore : 2 6666 2 2 444 2 000000 33 2 33 99999 55 2 2 3 3 3 555 3 3 3 3 3 4 4 4 777 777 55 5 3 5 2 5 5 5 0 66 0 66 00 4444 3 3 3 3 555 3 00000 3 0000000 3 999 3 3 9999 6666 3 3 3 44 44 000000000 44 555 5555555555 44 6666 3 3 66 3 44 6666 7777777 44 44 3 3 4 222222 999 5 77 5 66 3333333 5 5 5 5 0 222222 000 000 111 5 6 3 6 999999 333 6 6 0 999 99 333333333 1 6 8 1111 0 0 444 8 8 5 6 5 5 5 66 444444444444444 5 333 5 5 5 5 0000 0 5 5 5 5 2 1 77 5 5 888888888 555 88 6 3 6666666666666 6 6 8 0 6 333333 8 11 00000 0 8 0 22 99 0 6 99 6 99 6 33333 1 1111 2 8 0 777 3
lowQualScore : . .... . . ... . ...... .. . .. ..... .. . . . . . ... . . . . . . . . ... ... .. . . . . . . . . .. . .. .. .... . . . . ... . ..... . ....... . ... . . .... .... . . . .. .. ......... .. ... .......... .. .... . . .. . .. .... ....... .. .. . . . ...... ... . .. . .. ....... . . . . . ...... ... ... ... . . . . ...... ... . . . ... .. ......... . . . .... . . ... . . . . . . . .. ............... . ... . . . . .... . . . . . . . .. . . ......... ... .. . . ............. . . . . . ...... . .. ..... . . . .. .. . . .. . .. . ..... . .... . . . ... .
lowQualScore : 5 1111 5 5 444 5 666666 44 5 44 22222 99 9 9 1 1 1 111 1 6 6 6 6 0 0 0 888 888 11 0 1 0 5 0 0 0 2 99 0 99 99 2222 3 3 1 1 444 1 88888 3 8888888 3 888 3 3 6666 5555 1 1 1 22 22 777777777 66 444 6666666666 22 5555 1 1 55 1 22 1111 8888888 66 66 6 6 0 333333 444 7 99 0 99 6666666 0 7 7 7 4 111111 000 000 777 5 7 3 7 222222 333 7 7 7 888 22 333333333 7 7 0 2222 0 8 000 0 8 0 7 0 0 0 99 222222222222222 0 888 0 0 0 0 6666 0 0 0 0 7 5 4 99 7 1 666666666 777 99 7 3 7777777777777 7 7 0 6 0 000000 0 00 00000 8 0 0 55 00 8 7 22 7 22 7 33333 0 2222 5 0 0 555 2
consensus : GTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACGGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGCAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAC---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACGTGCA--CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGA-TGCNGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATATCAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CCGA--TA-CAT-----CAACAAGAGGNA--G-CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
Reference ( family-399 ) : GTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCGA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACGGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGCAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAC---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACGTGCA--CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGA-TGCNGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATATCAAACA------TA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CCGA--TA-CAT-----CAACAAGAGGNA--G-CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCA
gi|1 : -AATGTC--T-A-TTTTACCTGAAATAT------C--AG-G-CCCAGAATT----GGGCA-----A-CATGTAA-AATG-ATAGA-T-CGTT-ATAT-CA-AA-AACAGA-C-A--TA-ACAA-G-TTA-ATTCGAGA---TA-CGACGGT-GAGCA-GTTCAGTG----TATACGCTTGATTC-CCCTTATA----GCA-AATA-TA-TATGT---G-AATGTA-CAC-----CAACAAGGGCGC-------ATGTATATGG-ATCAAGTGCA---TA--------G-AC-AAGC--GATGA------A--C---AT-G-------CCACTACAAGAACT----C-AGG-TAACAATA-AACA--GATA---AA-------AATTTA-AG--ATCA-GT-TAATAT-A-GTTTTT-TTTTTCTA-GACA---G-GTT--A--CTTTAAGTAATAAATGATT--------TGTTGTCTGTA-ATTGATAACATGATAGCAGAGGGTA-GCAA-AGACGGTAC----GGCAGATTATATA-----TAGGTATAGAGATATCCACTTATCTTACCCAGAAAAGCAGTAATAGTAA-AAA-CTGATATTATC-ACAC---AAGTGTCTT-AA-AGAAAACTACATGCAGTCTGTGAACGACAC--------GTTTGCAAATAAATTGAAACTAATGAAAC----AACAAAGATTGTGTCTGTAG-TT---ATAACATGA-TGC-GATGGTAGCTAAAAGACGCTCGCTAATAGCGAC--GAT------TGTCAAATGAGAATATCTCACTTT--CTA-CGCC-A-AAGCA----GC-ATAT-A--AT-AGCTACATAC-ACAGC--TTAGGAG-GAAGATACATCTGATAAACGGCT------AAACAGTTC--TGTAA---AGTTGAAA--AAG-AA-G-AATAGATG--TAAGATTGTGTCTGTAGATTTATAACAT-TT-GC-TATGCAG-TACACACATAACAAACA------TA-TCACAAAATCAGGAATGAT----AAGGTCTACTATAACATACA-AATTA-AGATATAAATATC-CGTGATAACTTT-CCGA--TATCACAAATGCAACAAGAGGAA--ATCAAGAGCTGATG-TAACGGATGACAAAAAC---T--AGATCCA
gi|1 : tagatagtaagttgtgaT-CCG-A---TATCACAAATGCAACAAGAG-GA-------A-AT-CAAGA-GCTGA-TG-----TAA----C-GG-ATGA--C--AA--A------AACT---AGAT-------CCACT-C--TGCCT----C-ACG--A-----A-AACA---ATA---CA-C-----AACGTATAA--A--ctctgcctcacgaaaacaatacacaacgtataaa
gi|10 : tagatagtaagttgtgaaatgtctattttacctgaaatatcaggcccagaattgggcaacatgtaaaatgatagatcgttatatcaaaaacagacataacaagttaattcgagatacgacggtgagcagttcagtgtatacgcttgattccccttatagcaaatatatatgtgaatgtacaccaacaagggcgcatgtatatggatcaagtgcatagacaagcgatgaacatgccactacaagaactcaggtaacaataaacagataaaaatttaagatcagttaatatagttttttttttctagacaggttactttaagtaataaatgatttgttgtctgtaattgataacatgatagcagagggtagcaaagacggtacggcagattatatataggtatagagatatccacttatcttacccagaaaagcagtaatagtaaaaactgatattatcacacaagtgtcttaaagaaaactacatgcagtctgtgaacgacacgtttgcaaataaattgaaactaatgaaacaacaaagattgtgtctgtagttataacatgatgcgatggtagctaaaagacgctcgctaatagcgacgattgtcaaatgagaatatctcactttctacgccaaagcagcatataatagctacatacacagcttaggaggaagatacatctgataaacggctaaacagttctgtaaagttgaaaaagaagaatagatgtaagattgtgtctgtagatttataacatttgctatgcagtacacacataacaaacatatcacaaaatcaggaatgataaggtctactataacatacaaattaagatataaatatccgtgataacttGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CCCA-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAAAGCAAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATG-AAAC-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACACATA-CAAACA------TATTCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-A
gi|11 : TAGT-AGT-TT--T-A-TTT-ACC---AA--T------C---G-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATGCA-AA-TATAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-AC-GT-GACTAGGT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGA-ATGCA----A-TA-TATGC-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-AC-------A-G--TAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--
gi|12 : tGTAGT-AGTATTACT-ACTTT-ACC---AA--T------C--AG-GGCCCAAA--T-----GGCAT-TAAA-CAGTTAA-CATATATG-A-T-CG-T-A-ATACA-AA-TACAGAGC-AATTACACAAGG-TTA-TTT---AA---TA-C-ACTGTGGACTA-GT-CAGTGGTAATAT-TG-T--ATCCGCC--TGTGAGATGCA-A-TA-TA-TATGT-CTGAA---TA-CAC-----a
gi|13 : gta---AA-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TG-AAATA-CACA--GACATGTCATT-----CATATATAG--A--G----AAATATGAAGTTTacaca
gi|14 : ag-ATGCATA-CA-TAATATGTACAG-A---GA-AATA----CAACAAGAA-GC-------A---ACAAGA-GT-GG-TGC----TAA----A-GG-AC-A--T--GAT-T------A--T---A--T-------CCACTTT--TGCTTAGAGCAATA-TT-CCATATCACA--TATA---TG-TATTAAAATGTATAG--T--G-ATGGAGTAT-AAGatatgttaaaactgaactgcaatgaaaagaaaagacaatgctaaagggttgtataatattggttaaatgttaattaatccacatctgctcaatgcag
gi|14 : aaacGCAAC-AAGAG-TGGT-GCTA-AAG-GACATGAT------T-----------ATATC-CACTT---TTG-C-TT-A-GAGCA-------ATAT-TCCAT-A-TCACATAT-AT-GTATT-------AAA-----ATGT-ATA-GTGATGGAGTATAAGCAGTT---TACAAT-cagtttacaat
gi|15 : aaacatgcatacataatatgtacagagaaatacaacaagaaGTAGTTAGTATT----A-TTT-ACC---AA-ATTATTCCC--AG-GGCCCAAA--TTTTGGGGCATTTACATCATGTAACCATAGTTA-A-TGCGTT-A-ATACATAATTACAGA-CAAA-TACACAA-GTTTACATT---AATTTTA-C-ACTGT-GA-TA-GT-CAGTG
gi|16 : tagtgta----TAA----A-TGCAC-A--C--GA--AGTAAGGA--T---AG-----------GCTTT--TGC------------TA-CAATA-AACATAGATA----A-T-----AATGTATAG--A--GGAC-AAATAT-AAGTTTTTCT----CTATGACA-TTGCGTTTAAAACTTAA-GTAATAA--GATTAA------GAT-GTCAGTAG
gi|17 : A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-AC-------A-GT-T-GGA-GTAGA-TGC----TAAAGCTA-GG-AC-A--C--AA--A------G--C---AG-T-------CCACTTC--TGTCT----C-ATG-------CA-GATA--TATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-AAATAT-AA
gi|18 : caAAT-AGTATT--T-A-TT--ACC---AA-AC------C--TG-GGCCCAAA--T----AGGCA--TGA-------AA-CATATCTG-A-T-TATT-G-ATACA-
gi|19 : tacatgtgtactgtataacctccatcagttgatattgtaacaaatatagaatagTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACT---AA-ATAA----T--AGAGGCTCAAA--A----TGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T---TT---ATTC--AA-T-CAGC-C-AA-T
gi|2 : tagtaacAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-G-CCCAA---T----GG-CA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-AAT-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---TAAC-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTGGTAT-CGTT--ATCC-CC--TATGATATGCA-A-TAATA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-G--------A-GTATAGGAAGTCAA-TGC----TAA----AAGG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------C-ACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---TA-T-----AATGTAGAG--A--G-AT-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAATTTT--GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTAAGCAAGAGACGGTGCTATAGGACAATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGTA-TA-TAC-AAAACT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACATGCAT-CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---ATAACATGATTGCTGA-GGTAGC-AAGAAACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTACC-CC-ACAAGCA----GCAATAT-ACAATAA-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAA-AAA--TACATGT-ATATGTGA--------AAACAGTT---TGTAAT-AAATTGAAACTATGAAA-C-A-----T---TAAGA-TGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTTGGCATAT-CAGACACACATATATCAAACATACATGTA-TCAC--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATT--ATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTGA--TA-CAT-----CAACAAGAGGAA--G-CAAGAGTCGGTGCTAgaagaaaatatttcttcgagttaat
gi|20 : gta-ATA--TGTACCGA--AA-CATA----CAACAAAAAGCA--A-CAAGAGTCGTCACTAAAGGAC-Atgttttaatagtaca
gi|21 : ataaatcacgcacgtgggtacacTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T-----GGCA--TAAA-CAT---A-CATATATA-A-T-CGTTAA-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATG---AA---ttattgtacccacttgcttt
gi|22 : tTAGT-AGTATT----A-TTT-ACC---AA-AT------CCAAG-GGCCCACA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATG-A-T-CGTT-C-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-
gi|23 : tCTTC--TGCCT----C-ATG-TA-GAATA-ATCA--GATA---CA-C-----AATGTATAAGCA--G-AT-
gi|24 : AGACAGC-GCTA-TAG-GAT--GAT------T-----------ATATC-CACTAGAACTA-C-TC-A-AAGCA----GC-ACAT-GCAAA-A-CTACACACTACAtttgataataactttagtctgcagtaggattat
gi|25 : AAT-AGTATT--T-A-TTT--CA---AA-AC------C--AG-GGTCCATA--T----AGGTA--TCAA-CATGAAA-CATACATG-A-T-TATT-G-ATACA-Aactgtt
gi|27 : cagTAGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T-----CGCA--TAAA-CATGTAA-CAT
gi|29 : taTAGT-AGTATT--T-A-T-----C---GA-AT------T--AG-GGCCCAAA--T----GGTCA--TAA
gi|3 : gccGTAGT-AGTATT--TTA-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----GGGCA--TAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-ATT---AA---T--C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-T-TT--ATCC-CC--TGTGA-TTGCA-A-TA-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC-----CAACAAGGG-GC-------A-GTATAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--GA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATGCTA-CA-TA-ACAA--GATA---TA-T-----A-TGTATAG--A--G-AC-AAATAT-AAGTTTTT-T----CTATGACA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAA------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACG-TGCTATAGGACAATTATTT------TATGTA---AAATATC-ACTT---CTACCCA---AAGCAGTAATA-TAC-AAA-CT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGAAAA-TACATGCA--TTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAAC----AACAA-GATTGTGTCTGTAGATT---GTAACATGA-TGCTGAGGGTAGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GAT------TGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATAC-ACAGTCTTTAAGAG-AAA--TACATGT-ATATGTG---------AAACAGTT---TGTAAT--AATTGAAACTATG-AA-C-A-----T---TAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGTT-GCATAT-CAGACACACATATATCAAACA------TA-TCAT--AATC-----TGATATTGAAGGTGTAC-AT-ACATACATAATTATATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-TCGATGTA-CAT-----CAACAAGAGGAA--G-CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCAgaat
gi|31 : -AGTATT--T-A-TT--ACC---AA-AT------C--AG-GGCCCAAA--T----AGGCA--T
gi|4 : cTAT-CATT--ATCCGCC--TATGA--TGCA-A-TA-TA-TGT-T-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-GC-------A-GGTTAGGA-GTCAA-TGC----TAA----A-GG-AC-A--C--AA--A------A--C---AT-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TG-CAATA-AACA--GATA---CA-T-----AATGTATTG--A--G-AT-AAATAT-ATTTTTTT-T----CTATTATA-T-G-GTT--AAACTTTA-GTAATAA--GATTAT------TGT-GTCTGTATATC-ATAACATGAT-GCAGAGGGTA-GCAAGATACAATGGTATAGGACAATTGTTTTACATGTATGTA---AATTATCCACTT---CTACCCA---AAGCTGC-ATA--AA-AAA-CT------ACCTACAT---A-GTGTCTTTAACAGATAA-TGCATGTAT-CTGTGAA--ACA---------GTTTGTAA-TAAATTGAAACTA-TGAAACAATTAATAA-AATTGTATATGTAGATT---ATAATATGA-TGCAGAGGGTCGC-AAGAGACGGT-GCTA-TAG-GAC--GATTAGTTATGT------AAAATATC-CACTT---CTA-C-CC-A-AAGCA----GC-ATAT-ACAAT-A-CTACATGC-ACAGTCTTTAAGAGAAAA--TACATAT-ATCTGTG---------AAACAGCT---TGTAAT-AAATTAAAACTATGAAA-CAA-----TTAATAAGATTGTGTCTGTAGATT-ATAACATGAT-GCATAT-CAG----ACACATAT---------------------AGTA-----TGATATTGAAGGTGTCC-AT-ACATAC------ACATATGTAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTGA--TA-CAT-----CAACAAGAGGCA--G-CAAGAGTCGGTGATAAAGGAT-AT-AAAACAATTAGAGATCCA
gi|4 : aaattgc-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGAG-GC-------A-GCA--AGA-GTCGG-TGA----TAA----A-GG-AT-A--T--AA--A------A--C---AA-TTAGAGATCCACTTC--TGCCT----C-GTG-TA-GAACA-ATTA--GATA---CA-T-----AATGTActtctgcctcgtgtagaacaattagatacataatgtaaaagc
gi|5 : aaattgctatcattatccgcctatgatgcaatatatgttctgatacatcaacaaggggcaggttaggagtcaatgctaaaggacacaaaacattccacttctgcctcatgtgcaataaacagatacataatgtattgagataaatatattttttttctattatatggttaaactttagtaataagattattgtgtctgtatatcataacatgatgcagagggtagcaagatacaatggtataggacaattgttttacatgtatgtaaattatccacttctacccaaagctgcataaaaaactacctacatagtgtctttaacagataatgcatgtatctgtgaaacagtttgtaataaattgaaactatgaaacaattaataaaattgtatatgtagattataatatgatgcagagggtcgcaagagacggtgctataggacgattagttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcatatacaatactacatgcacagtctttaagagaaaatacatatatctgtgaaacagcttgtaataaattaaaactatgaaacaattaataagattgtgtctgtagattataacatgatgcatatcagacacatatagtatgatattgaaggtgtccatacatacacatatgtaaatatctcgGTAGT-AGTAGT----A-TTT-ACT---AA-AT------C--AG-GGTCCAAA--T----GGTCA--TAAA-CATGAAA-CAGATAAA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TACACAA-G-TTA-AT------------------------------AGTGGTAGTAT-CATT--ATTC-CC--TATGA-ATG-A-A--A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGGG-GC-------A-GTA--GGA-GTCGA-TGCCAATTAA----A-GG-AC-A--C--AA--A------A--C---AG-T-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-CAATA-AACA--GATA---TA-T-----AATGTATAT--A--G-AT-AAATAT-AAATCTTT-T----CTATGATA-T-G-GTT--CAACTTTA-GCAATAA--GGTTAT------TGT-GTCTGTAGATT-ATAACATAAT-GCAGAGGGTA-GCAAGAGACTGTGCTATAGGGCAATTATTT------TATGTA---AAATATCTACTT---CTAaaagc
gi|6 : ACATATATAAATATCTCGT-ATA--TGT-CTGA--TA-CAT-----CAACAAGAAGCAGGG-CAAGAGTCGGTGCTAAAGGAT-AC-AAAAC---TAGAGATCCAtatgtgcagattagaagcatatgacagaaacagaaattttc
gi|6 : a-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAT-----CAACAAGAA-GC-------A-GGGCAAGA-GTCGG-TGC----TAA----A-GG-AT-A--C--AA--A------A--CTAGAGAT-------CCACTTC--TGCCT----C-ATG-TA-GAATA-ATCA--GATA---CA-T-----AATGTATAG--A--G-AT-ACTTTT-AAAC------------ATAAAAGT-G-ATG--AAA-TTGA------AA--AATTAAACT---TCT-GTCTGTAGATT-ATA-------------------GCAAGAGACAGTGCTATAGGATGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGC-ACA-TACAAAA-CT------ACATACACAAGA-GTGTCTTTAACAGAAAA-TATGTGT---CTGTGAA--ACATGGACAAACGTATGT-A-TACATGGAAACCA-cttctgcctcatgtagaataatcagatacataatgtatagagatacttttaaacataaaagtgatgaaattgaaaaattaaacttctgtctgtagattatagcaagagacagtgctataggatgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatacaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatggacaaacgtatgtatacatggaaaccaaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|7 : aacatatataaatatctcgAG-AGA--TACATTT-A---------------AAACA--TAAATGTGATGAAATTGAAA------AA-C----------------TTACGTCTGCAGATT-ATAACATGCT-GCAaccaagtccattcacactgtccaaa
gi|7 : t-GTGATGA--AATTGAAAAACTTAC-GTCTGCAGATT-ATAACATGCT-GCAAAGGGTA-GCAAGAAACAGTGCTATAGGACGATTATTT------TATGTA---AAATATCCACTT---CTACCCA---AAGCAGC-ACA-TGCAAAA-CT------ACATACACAAGA-GTGTCTTTAACAGAAAA-TATGTGT---CTGTGAA--ACA------------TG-AA-TAAAaagggtagcaagaaacagtgctataggacgattattttatgtaaaatatccacttctacccaaagcagcacatgcaaaactacatacacaagagtgtctttaacagaaaatatgtgtctgtgaaacatgaataaacatatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|8 : tagagatacatttaaaacataaatGT-AGTATT--T-A-TTT-ACC---AA-AT------C--AG-GGTCCAA---T----GGGTA--AAAA-CATGTAA-CATATATA-A-T-CGTT-A-ATACA-AA-TACAGA-C-AA-TGCACAA-G-TTA-ATT---AA---TA-C-ACTGT-GACTA-GT-CAGTGGTAGTAT-CGTT--ATCC-AC--TATGA-ATGCA----A-TA-TATGT-CTG-A---TA-CAC--------CAAGGG-GCATACACTA-GTATAGG--GTCGG-T-C-----------G-GG-TC-A--CCTGA--A------A--C---Acatatacgtggaaaccaaccaagtccattcacactgtc
gi|9 : tTGTACATTGATATAGCATAA-TGCAAAGGACAAC-AAGAGACAGT-G-----------------------AT------GAATTATC-CATTT---CTG-T-CC-A-ATGCATGATGCAATACAACAAT-A-CTATATaacatctattttcttgggcctaaatgttatat
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): ACAAAGCAGTACACTCCTGATACATGTAGATATATACATATTGCATACTGAAAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): TATAACATGGAAACCAACCAAGTCCATCACACACTGTCCAGAGAAGTACAA
Unaligned ( gi|30 ): ATGATATTTACTATGAACACAACTACATGAAAAAAAAATCCTAT