lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 44444 8888888888888888888 3333 11111111 555555555555 111 3 3333 1111111 1 333333333333 33 1111 55555 3333333333333333333 444444444444444444444444444444444444 11111 11 1 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 1111 11 22222222222222222 222222222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11111111 1111 11 11 11111111 33333333333 1111 222222222222222 111111 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6666666666666666 666666666666666666666 2 3 111111111 22222 11111 111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 1 4 2 33333 11111 11 222 11 444444444444444444444 111 11 2222222 3 11 33 22222222 11 33333333333333 11111 1111 1111111 111 22222 111 4444444444444 111 1111 2 1 1111111 333333333333333333333 33333333333 1111 33 1 22222 11 3 22 1 1 2 1 1 1 1 11
lowQualScore : 222 5 22222 77 3333333333333333333 5 5 2222 5 55555555 888888888888 222 7 77777 3 4444 555 4 1111111 0 222222222222 4 66 4 33 3333 777 44444 9999 777 9999 6 4444444444444444444 1 5 5 5 666666666666666666666666666666666666 44444 0 11 8 1 888 2 2 2 5 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 5 6 444 2 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 777 222 0000 00 55555 99999999999999999 8 444 8 0 222222222222 55 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 33333333 55 555 99999 0000 1 888888 33 00 55 00 8 88888888 66 777 44444444444 4 99 4 7777 2 55 333333333333333 111111 22 66 3 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 9 5 3 5 5 5 1111111111111111 5 5 888 5 5 666666666666666666666 7 5 0 66 4 777777777 66 8 55 44444 11111 4 222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 0 0 7 6 2 00000 66666 99 11 8 333 8 11 1 111111111111111111111 777 11 8 6666666 3 2 8 8 8 8 11 2 6 00 6 99999999 1 33 8 77777777777777 66666 1 4444 7777777 111 77777 99 888 99 2222222222222 111 3 77 6 6 6 8 7777 3 8 0 0 8888888 666666666666666666666 0 11111111111 7777 3 8 1 8 11 8 5 0 33333 0 8 8 11 2 1 0 8 66 0 0 3 4 7 9 0 0 0 2 0 11
lowQualScore : ... . ..... .. ................... . . .... . ........ ............ ... . ..... . .... ... . ....... . ............ . .. . .. .... ... ..... .... ... .... . ................... . . . . .................................... ..... . .. . . ... . . . . . ................................................................................................... ... . . ... . .. ....................................................................... . ... ... .... .. ..... ................. . ... . . ............ .. .................................................................. .. ........ .. ... ..... .... . ...... .. .. .. .. . ........ .. ... ........... . .. . .... . .. ............... ...... .. .. . .............................................................................................. .. . . . . . . ................ . . ... . . ..................... . . . .. . ......... .. . .. ..... ..... . ... .......................................................................... ... . . . . . ..... ..... .. .. . ... . .. . ..................... ... .. . ....... . . . . . . .. . . .. . ........ . .. . .............. ..... . .... ....... ... ..... .. ... .. ............. ... . .. . . . . .... . . . . ....... ..................... . ........... .... . . . . .. . . . ..... . . . .. . . . . .. . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 777 7 66666 99 4444444444444444444 7 7 3333 7 22222222 999999999999 222 2 00000 9 2222 333 4 2222222 2 111111111111 4 11 4 77 9999 888 22222 4444 888 4444 0 9999999999999999999 1 0 0 0 555555555555555555555555555555555555 44444 9 66 6 4 666 0 1 1 7 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 888 0 5 222 5 99 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 000 555 1111 88 77777 00000000000000000 0 666 0 8 999999999999 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00 22222222 00 555 11111 6666 4 777777 99 00 00 00 0 44444444 11 888 11111111111 0 55 0 6666 6 88 000000000000000 555555 11 11 7 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 4 0 2 0 0 0 1111111111111111 0 0 888 0 0 666666666666666666666 5 0 6 11 4 888888888 11 9 44 33333 11111 4 222 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000 0 0 8 0 5 55555 00000 00 00 0 000 0 00 8 222222222222222222222 666 00 0 0000000 8 0 0 0 0 0 00 5 7 00 7 00000000 0 00 0 88888888888888 77777 7 2222 8888888 777 77777 22 333 22 0000000000000 777 5 22 7 7 7 0 0000 8 0 0 0 0000000 000000000000000000000 8 44444444444 0000 2 0 0 0 00 8 0 8 00000 8 0 0 00 0 4 8 0 00 0 0 2 0 5 8 0 0 5 8 8 00
consensus : GCACATGCC-A-G-CTTGAA-CC-TTGAAT--ATTC-CAT-GTCA-AAAATA-TCT-CTT-GTTT-ATTGTTC-ATAA---AT--TAATT-G-TT-TT---ATACTT---ATTATCG-CT-AA--AGAGAAA--GATATTCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--CTGTA--ATTTAT-CC--T-CTGCANTAT---TG---TTACGCA--GAC----TT---GAGAAA----TCTCTAAT-T--CTCAAGTCCCAGG-CAGTCT-T-GA-CGACAAGC-AT----TTTTTTG--TTT--TAATG--AC-TCTGTTC----TACC-NATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNG-TTGT--T----------ATAA-----T----GTTTGT--G-----TGTG------TGTGTG--GG-GT-T----T----GGGGG---------G---------GGGTAGGT---GTGTGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TAT-GT----A-TG-CAT--GCA----TGTGTG-TAT----G-TAT-GGA---G------GC-----AT---G-TGT---G---TGTTT-TTGT-ATGT-GC--ATG---A-----A-TGC--AAGT-TG-C-AT-ATCTG-A-A--TA----C-ATGTAT-T-T-AGCATG--CG--TGC--AT-------A-G-TGTGCAT-CGC--------ATG---C-ATGT--GT--------A--T-G-T-C---TG-T-ATATGC-G--TATG-AATT-CA--TGCA--T-GT------C-GTG--TG---TAC-T---T--ATATG-TG--TG-CAN---TGTGTGCA----C-AT----G--TGT------GTACATNT--GTATTGNCATGGTGTGCATGCATGCATGTAATATGTACTTTGATACACTGTAAATTATGAATCTAGATTATTATGTATTGTACGTTATTATGATAGTGTCTATAAGGAACAA--ATG-GAAAAAAAGACA-ATT-TTT-A-TT-CAT---------AAT-GTA-AT---TT-TATT-CA---TAT-------TCGG-G--TAACATGCTC-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T-T-CCTTCC---CATTT-----T-AGG---GG--------------------GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CTCCA-TTTCTATGCTAGATGNTA-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCA-CTCAA-TT--TCCC--TC-AAT--AAT---AGT-GCTCGAG--AAG--TT-GTA-------AACAATATT-GAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAAT-GAGG------AGTG-A--TGA-----CATCAGAAA----GACTT--T--TTT---TTCCAGA-GT--TA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAATTT-AAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCACGTT-AGAA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-GT----GATA-GA--AT---AACTAATATT--------TTAGG----GCAAATT-CCTAGT-TTAAATTGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAACTT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGNTTGTTTTAGAAA-TAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
Reference ( gi|1 ) : GCACATGCC-A-G-CTTGAAATC-TTGAAT--AT---CA--GTCA-AATTTA-TCT-CTT-GTT--ATTGTTC-ATAA---AT--TAATT-GTTTATT---GTACTT---ATTATCAACT-AA--AGAGAAA-AGATATTCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT-CCTGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC-TTAT---TG---TTACGGATGAAC----TT---GAGAAA----TCTCCAA--T--CTCAAGTCCCAGACCAGTCT-T-GA-CGACAAGC-AT----TTTTTTG--TTTGGTAA-GAAATATCAGTTC----TATC-AATCAGTGGGAT-C-AATTAATTTCTTG-TTGT--T----------ATGA-----T----GTTTGT--G-----TGT-------TGTGTG--G----------T----GGGGG---------G---------GGGTAGGT---GTGTGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TAT-GTA---A-TG-CAT--GCAT---TGTGTGATAT---CG-TAT-GGA---G------GA-----AT---G-TGT---G---TGTTT-TTGT-ATGT-GC--ATG---A-----A-TGC--AAGT-TG-C-AT-ATCTG-A-A--TA----C-ATGTAT-TTTAAGCATG--TG--TGC--AT-------A-G-TGTGCAT-TGC--------AT----C-ATGT--GT--------A--T-G-T-C---TG-T-ATATGT-A--TATG-AATT-CA--TGCA--T-GT------T-GTG--TG---TAT-T---T--ATATG-TG--TG-CAT---TGTGTACA----C-AT----G--TGT------GTACATGT--GTATTGCCATGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAACAA--ATG-AAAAAAAAGACA-ATT-TTT-A-T--CATT-------AAAT-GTA-AT---TT-TATT-CA-G-TAT-------TCGGGG--TAACATGCTCGTTGC-TTCGCTGTTGTGTTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T-T-TCTTGT---CATTT-----T-AGG---GG--------------------GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------CTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCTGCTCCAATTCCTATGCTAGATGCTAATTGGTA-ATTCATC--A-AGTCA-TGCAA-TT--TTC---TC-A-T--AAT---AGTTGCTTGAG--TAG--TT-GTA-------AACAAT-TT-GAT-C-TA-CA--TTAGGCTT-AGCGGAACTG-TG--------ACAT-CACAAT-GAGG------A-TG-A--TGA-----CATCAGAAA----GACGT--T--TTT---TTCCAGA-AG--TA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAATTT-AAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATGTT-AGAA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGACAAT----GATA-AG--TT---AACTAATATT--------TTGGG----GCAAATT-CCTAGT-TTAAATTGAAGTTTTTCGGGTGAAATAAGAGG----AAATGTACACT-C-TTC--AGGG-TGTTCAA-AGAACTTCCCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGTTGGTTTTAGAAA-TAA-AGTAATTTTCCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|10 : GCACATGCC-A-C-TTTGAACCT-TTGAAT--ATTC-CAT-GTCA-AATATC-TCT-TTT-GTT--TATGTTC-ATAACTTAT--TAATTCGTTT--T---ATACTTTATATTATCA-CT-AA--AGAGAAA--GATATTCAAA---TCA--AGAAT-----TAGTAAG-ATG--CTTGTA--ATTTATTCC--T-CTGC-ATAT----G---TTACGGA---GC----TTCGAGAAAAA----TCTCTAA--TTCCTCA-GTCC-AGACCAGTCT-TTGA--GACAAGC-ATTTTTTTTTTTG--TTTGGTAATGAAATCT--G-TC----TATT-TCCCAGTGGGAT---AATTAATTTCTTG-TTG---T----------GT-A-----T----GTTTGT--GTTTTTTGT-------TGTGTGCTG----------T----GGGGG---------G---------GGGGAGGTGTGGTGTGAT-TGTGTGTG-GC-CCTGTAAG--TAT-GT------TG-CATTGGCAT---GGT-TGATATGTAGG-TAT-GAG---GCCCACTGAGCTCGAT---G-TGT---G---TGTTTGTTGT-A
gi|8 : aGCACATGCT-C-G-CTTGA--TCCTTGAAT--ATTC-CAT-GTCA-AAAA-A-TCT-CTT-GTTT-ATTGTTC-ATAA---AT----ATT-GATT-TT---ATACTT---AATATCG-CT-AC--ATAGAAA--GTTATTCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--CTCTA--G--TAT-CT--T-CTGCAATAG---TG---TTACGCA--GAC----TT---GAGAAC----TCTCTAAT-T--CTC-AGT-CCAGA-CAGTTT-T-GA-CGACAA---------------------------------TCTGTTC----CACC-AATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAG-TGGT--T----------ACAA-----T-----TGTGTCAG-----TGTA------TGTGTG--GGGGTGTTTATT----GGGGA---------GGGGGAGTGTGGGTAGGT---GTGTGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAAG--T---------A-TG-CAT--GTA----TATGTG-TAT----G-CAT-GGA---G------GC-----ATGG-G-TGT---GTC-TGTTT-TTG---TGT-AC--ATG---A-----A-TGC---AGT-TG-C-AT-ATCTG-T-A--TT----C-TTGTAT-T
gi|9 : GCACATGCT-C-G-CTTGA--TCCTTGAAT--ATTTCCAT-GTCA-AAAA-A-TCT-CTT-GTT--TATGTTC-ATAAT--AT--TGATT---TTAA----ATACTT---AATATCG-CT-AC--ATAGAAA--GTTATTCAAATA-TCA-TAGATT-----TTGAAATTATGT--CTCTA--G--TAT-CT--T-CTGCAATAG---TG----TACGCA--GAC----TT---GAGAAC----TCTCTAAT-T--CTC-AGT-CCAGGACAGTTT-T-GA-CGACAA---------------------------------TCTGTTC----CACC-AATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAG-TGGTACA----------ATTG-----T----GTCAGT--G-----TAT-------GGTGGG--GGTGTTTAT--T----GGGGA---------GGGGAGTGT-GGGTAGGT---GTGTGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAAG--T---------A-TG-CAT--GTA----TATGTG-TAT----G-CAT-GGA---G------GC-----AT---G-GGT---G---TGTCTGTTTT-GTGT-AC--ATG---A-----A-TGC---AGT-TG-C-AT-ATCTG-T-A--TT----C-TTGTAT-Tgaagtagggaggtatagatagtcgatagtatcgataattatcgatgtcaatgcgcacgg
gi|6 : CACATGCCCA-G-CTTGAA-CC-TTGAAT--ATTC-CAT-GTCA-AATATC-TCT-TTT-GTTG-ATTGTTC-ATAA---ATATTAATT------TT---ATACTT---ATTATCA-CT-AA--AGAGAAA--GATATTCAAA-A-TCAGTAGA-T-----TGGTAATTATGT--CTGTAT-ATTTAT-CCTGT-CTGCATTAT---TG---TTACG---AGAC----TT---GAGAAA----TCTCTAAT-T--CTTCAGTTCCAGA-CAGTCTCT-GA-CACCAAGCAAT----TTTTTTGCTTTTGATAA-T--ACATC--TTC----TATC-TATCAAT-GGAT-C-AATTAA-TTCTTG-TTGT--T----------ATAATG---T----GTTTGT--GGA---TGTGTG----TGTGTG--G----------G----GGGGT---------G---------GGGTAGGT---GTGTGAT-TGTGTG-GTG--CCTGTAAG--TAT-GTATGCATTG-CAT--GCA-----GTGTG-TAT----G-TAT--GA---G------CC-----AT---G-TGT---G------TT-CTGT--TGT-GC--ATG---A-----ATTGC---AGT-TG-C-AT-ATCTGAA-A--TA----CTCTGTA--------CATG--CGGTTGC--AT-----------TGTGCA--TGC--------ATG---C-ATGT--GT--------A--T-G-T-C---TG----TATGC-A--TAGG-AATT-CA--TGCA--T-GT------gaagtagggagtatagatagtcgatagtatcgataattatcgatgtcaatgcgcacgg
gi|4 : aACATGCC-AAG-CTTAAA----CTGAAT--ATTC-CA---TCATAAAATA-TCT-TTT-ATC----TGT-C-ATAA----T--TAATT-AT----------ACTT---AT-ACCA-CT-AA--A-AGAAA----TATTCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAA-TATGT--CTGAT--ATTT-T-CT--TACTGCATTATA--TG---TTAGGAATG-AC----------AGAAA----TCTCT-T--T--CTCATAT-CCAGGACA---C-T-GA-CGACAAGC-AT----TTATTTT--TTTTTTAATG--ACATCTGTTC----TAGCTTATCAGTGGA---C-AATTAA-TTCTTG-TT-T--T----------ATAA-----TTGCCGTTTGT--G-----TGTGGGTAAGTGTGTG--T----------TTG--GGGGG---------G---------GGATAGTT---GTG-AATATGT-TGAGTGC-CTTTTAAG--T----TT---A-TG-CAT--GCA----TGTGTG-TAT---GA-TAT-GAA---G------GC-----AT---GATGT---G---TG----CTGT-ATGT-GC--ATG---A---------T--CAGT-TG-C-ATAATCTG---A--TA----C-ATGTAT-T---AGCATGCATG--TG---GT-------A-G-T-TGTAT-AGCGTATGAGTAT----CAATGT--GTTATTATTAA--T-G-TACAAGTG-TGACATG--G--TGTG-CATG-CA--TGCA--T-GT------A-ATA--TG---TAC-T---TTGATACACTG--TA-AAT---TATGg
gi|7 : ACATGCT-C-G-CTTTGATCC-TTGAAT--ATTC-CAT-GTCA-AAAA-A-TCTTCTT-GTTT-ATTGTTCGATAA---AT---AGTT-GATTTTA---ATACTT---AATATCGCTT-TACCATAGAAA-AGTTATTCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--CTCTA--G--TAT-CT--T-CTGC-AAATAGCTG---TTACGCA-GGAC----TT---GAG-AC----TCTCTAAT-T--CTC-AGT-CCAGA-CAGTTT-T-GA-CGACAA---------------------------------TCTGTTC-----ACC-AATTCGT-GGAT-CAAATTAATTACTAG-TGGT--T----------ACAA-----T-----TGTGTCAG-----TGTA------TGTGTG--GGGGTGTTATTT----GGGGAGGGGAGTGTG---------GGGTAGGT---GTGTGCT-TGTGTG-GTGTATCTGTAAG--TAT-GC---------CAT--GTA----TATGTGGTAT----G-C-T-GGAAG-G------GC-----ATGGGG-TGT---GTTCTGTTT-TTTT-GTGTAAC--ATG---A-----A-TGC---AGT-TG-CAAT-ATCTG-T-A--TT----C-TTGTaatctagattattatgtattgtacgttattatgatagtgtctataaggaacaagtatggaaaaaagacagattatttaaaattccaacatgaatagtaataaatcatatttcatgctatcgatgcttaaatgctcctgcttcgctgttgtttgatgggcagccattctacatgatattccttgtatccatttcttgcttgtgtttttttttattttttctttttttttatttcttatataaagtatttattaatttttagcttctggcagcaaaatcatctttccttatcctattgtcgccatttctatgtagtagtgtagtgggtgtttatttattttatcaagtacgactgcaatttaattctattctaatcatag
gi|12 : CATGCC-A-GGCTTGAA--C-TTGAATTGATTC-CATGGGCA-A---TAGTCT-CTTTGTTTTATTGTTC--TGA---AT--AAGGT-ATTTATTTTAATACTTT--ATTATCA-CTGAA--AGAGAAATATATGTCAAAA-A-TCA-TAGAGCAAAACTGG-AATT-TGTTCCTGTGGTATTTAT-CC--T-CTGCATTAT---TGGTTTTACGGA--AACGTTCTT---GAGAAAGTCTTCTCTAAATT--CTCA-GTCC-AG--CAGTCT-T-GAACGACAAGC-G-----TTTTTTG--TTT-GTAATGACATCTT--TTCTAGATATC-TCTCAGTGGACTGC-AATTAA-TTCTTATTTGT--TTAATATACTAATGAATTGGT----GTTTGT--G-----TG--------TGTGGG--G----------GCACAGGGGG---------G---------GGGctgaagtagggaggtaatagatagtcgatagtatcgataattatgcgaatgtcaatgcgcacg
gi|23 : ---AT--TAATT------TT---ATACTT---ATTATCA-CT-GT--AGAGAAA--GATATTCAAA-ACTCA-CAGA-T-----TGGTAATTATGT--CTGTA--A--TAT-CC--T-CTGCATTAG---CA---TTGCGCA--GAC----TT---GAGAAA----TTTCTAAT-T--CTC-AGTCCgggggggg
gi|22 : aaatTT---ATACTT---ATTATCA-CT-GA--AGAGAAA--TATATTCAAA-A-TCA-TAAATT-----TG-TAATTATAT-T-TGTA---TTTAT-CC--T-CTGCATTAG---TA---TTACGCA--GAC----TT---GAGAAA----TCCCTAA--TT-CTCA-GTG--AAGTCAGTTT-T-GA-CGACAAGC-AT----ATTTTTG--TTT
gi|16 : attT---ATGTAAC-TGTATGTGCG------TAAA--TGT-GTA--------CAT--GCA---------AATGT----G-TAT-GGA---T------TA-----A----G-TAT---G---TGTAA-TTGTGATGT-GTTAATGTAAAT----A-TGT--AAATGTG-C-TT-ATGTA-A-A--TATGTAC-ATGTATATGTTGGTGTG--CA--TGT--AT-------A-AATATGCATCTGA--------AT----T-ATGT--AT--------A--T-G-T-A---TA-T-ATATGT-AAGTGTA-AA----A--TGCAGGT-GT------CAATG--TA---TAT-T---T--GTAAA-TA--TG-C-T---TATGCA-A----A-A---------GT------GTTCATTT--GTA
gi|14 : caaa---GTGTGAT-TG-GTGTGTGC-GCT-TAAGGTTATGGTA---A-TATCAT--GC-----TGTGTG-TAT------TAT-GGAGGTG------GC-----AT---G-T-T---G---TGTGT-CTGTAATGT-TT---TG---ATCGAGA-TGC---AGT-TGCC-AT-ATCTT-A-AG-TAACATC-ATGTGA-TTTAAGAAAAC-CG--GGCCAAT-------CTG-TGTGCATCCGA--------ATG---C-ACGT--GT--------AACTGG-T-C---TG-T-ATTCAT-G--CATG-AATT-CA--TGGC--T-GTGTGGCAT-GTG--TG---TAC-A---G--AT-TG-TG--TG-CAG---TG-GTGCA----A-ATGGCAG--TGTTCTGCAGTGCATGTTATTATTGTTATG
gi|18 : G-CAT--GTGTGTGTGTGTGAT-T---AGATATTGGA---G------GT-----GT---G-TGT---G---TG-TT-TTGT-GTGT-AC--A---------------C--AGAC-TG---AT-A---G-A-ATGTA----C-ACGTA----TATGTAC---TG--TG-----------------GTACAT-CTT--------NT----C-G-GT--GC--------A--T-G-T-G---TG-T-GTGTGTGA--T-TA-GAT---A--TGGAGGT-GTG-----T-GTG--TG---TGT-T---T-----TG-TGA-TA-GAG---TGTATACA----C-AT----A--TAT------GTACA-----GTACTG
gi|4 : ------GA-----AT---A-TGTTGAG---TGCCT-TT-T-AAGT-TT--ATG---C-----A-TGC--ATGTGTG-T-ATGATATG-A-A--GG----C-ATG-----------ATG--TG--TGCT-GT-------A---TGTGCAT--G---------AT----C-AGTT--GC--------A--T-AAT-C---TGAT-ACATGT-A--T-TA-G----CA--TGCA--T-GT------G-GTAGTTG---TATAG---C--GTATG-AG--TATCAA---TGTGT-TA----TTAT----T--AAT------GTACAAGT--GT---GACATGGTGTGCATGCATGCATGTAATATGTACTTTGATACACTGTAAATTATGAATCTAGATTATTATGTATTGTACGTTATTATGATAGTGTCTATAAGGAACAAGTATG-GAAAAAA-GACAGATTATTT-A-A--AATTCCAACATGAATAGTA-ATAAATCATATTTCATGCTAT--------CGATGCTTAA-ATGCTC-CTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CCATT-CTACATGATA--T-T-CCTTGTATCCATTT-----C-TTGCTTGT--------------------GTT-TTTTTTT--------ATTTTTT-------------CTTT--------TTTTTT
gi|6 : acatgccaagcttaaactgaatattccatcataaaatatcttttatctgtcataattaattatacttataccactaaaagaaatattcaaaatcatagatttggtaatatgtctgatattttcttactgcattatatgttaggaatgacagaaatctctttctcatatccaggacactgacgacaagcatttattttttttttaatgacatctgttctagcttatcagtggacaattaattcttgttttataattgccgtttgtgtgtgggtaagtgtgtgtttgggggggggatagttgtT-GC--ATG---A-----A-TTCCTA----TG-C-AT-A-CAG-ACA--TA----C-ACAT--------GCATG--CA--TGC--AC-------A-A-TGCA-AC-CGC--------ATGTA-C-A-GA--GT--------A--T-T-T-C---AG---ATATGC-A--ACTGCAATT-CA--TGCA--atttcttatataaagtatttattaatttttagcttctggcagcaaaatcatctttccttatcctattgtcgccatttctatgtagtagtgtagtgggtgtttatttattttatcaagtacgactgcaatttaattctattctaatcatag
gi|6 : acacatgcccagcttgaaccttgaatattccatgtcaaatatctcttttgttgattgttcataaatattaattttatacttattatcactaaagagaaagatattcaaaatcagtagattggtaattatgtctgtatatttatcctgtctgcattattgttacgagacttgagaaatctctaattcttcagttccagacagtctctgacaccaagcaatttttttgcttttgataatacatcttctatctatcaatggatcaattaattcttgttgttataatgtgtttgtggatgtgtgtgtgtgggggggtggggtaggtgtgtgattgtgtggtgcctgtaagtatgtatgcattgcatgcagtgtgtatgtatgagccatgtgtgttctgttgTAAGTATG--TA--TGC--ATTGCATGCA-G-TGTGTAT--GT--------ATGAGCC-ATGT--GT--------G--T---T-C---TG-T----TGT-G--CATG-AATTGCAGTTGCA--T-AT------C------TGAAATAC-TCTGT--ACATG-CGGTTG-CAT---TGTGCATG----C-AT----GCATGT------GTATGTCT--GTATtgtg
gi|27 : acacatgcccagcttgaaccttgaatattccatgtcaaatatctcttttgttgattgttcataaatattaattttatacttattatcactaaagagaaagatattcaaaatcagtagattggtaattatgtctgtatatttatcctgtctgcattattgttacgagacttgagaaatctctaattcttcagttccagacagtctctgacaccaagcaatttttttgcttttgataatacatcttctatctatcaatggatcaattaattcttgttgttataatgtgtttgtggatgtgtgtgtgtgggggggtggggtaggtgtgtgattgtgtggtgcctgCATG--CA--TGC--AT---------G-CGTGCAT--GC--------A-------A-GA--GT--------A--T-G-T-C---TC-T--T-TGC-G--TATG-AGTT-CG--TACA--T-GT------gcataggaattcatgcatgtg
gi|8 : TG--TG--TGC--TT---------G-TGTG----TGT--------AT----C--TGTAAGT--------A--T-G-C-A---TG-T-ATATGT-G--TATG-CATG-GA--GGCA--TGGG------T-GTG--TC---TGT-T---T---T-TG-TG--TA-CA----TGAATGCAGTTGC-AT----A--TCT------GTATTCTT--GTATTGgt
gi|9 : gcacatgctcgcttgatccttgaatattccatgtcaaaaaatctcttgtttattgttcataaatattgattttatacttaatatcgctacatagaaagttattcaaaatcatagatttgaaattatgtctctagtatcttctgcaatagtgttacgcagacttgagaactctctaattctcagtccagacagttttgacgacaatctgttccaccaatcagtggatcaattaattactagtggttacaattgtgtcagtgtatgtgtgggggtgtttattggggagggggagtgtgggtaggTG--TG--TGC--TT---------G-TGTG----TGT--------AT----C--TGTAAGT--------A--T-G-C-A---TG-T-ATATGT-G--TATG-CATG-GA--GGCA--TGGG------T-GTG--TC---TGT-T---T-----TG-TG--TA-CA----TGAATGCAGTTGC-AT----A--TCT------GTATTCTT--GTATTGaagtagggaggtatagatagtcgatagtatcgataattatcgatgtcaatgcgcacgg
gi|17 : gcacatgctcgcttgatccttgaatatttccatgtcaaaaaatctcttgtttatgttcataatattgattttaaatacttaatatcgctacatagaaagttattcaaatatcatagattttgaaattatgtctctagtatcttctgcaatagtgtacgcagacttgagaactctctaattctcagtccaggacagttttgacgacaatctgttccaccaatcagtggatcaattaattactagtggtacaattgtgtcagtgtatggtgggggtgtttattggggaggggagtgtgggtagg------T-GTG--TG---TAC----------ATG-TG--TG-CAG---TATGTATA----T-AT----G--TAT------GTACaagtagggagtatagatagtcgatagtatcgataattatcgatgtcaatgcgcacgg
gi|26 : tgtaca---T--ATGTG-TG--TG-CATGCATGCGTGTA----T-GT----G--TGT------GTACAT-T---TATCACCATtatacatgaatgtatgtatgaggaacaaaggaaagaaagaaaatttttattcataatgtaattttatttcatattggtgacatgctcttgcttcgctatgtttgatggttagcttttgtgtattccttcccattttaaggacgggtgggatt
gi|17 : tgtgacA----C-AT----G--TGT------GTACATGT--GTaaagatcctgactatcat
gi|2 : tgtGGAACAA--ATG-AAAAAAAAGACA-ATT-TTT-A-TT-CAT---------AAT-GTA-AT---TT-TATT-CA---TAT-------TCGG----TAAC-TTCTC-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--TAT-TCCTTT---CATTT-----T-AGG---GGTTTTTTGTTTTTTTTGTTTTGTT-TTTTTA----------TTTTTTGTATTCCTTCCCATTTTAAGGTGTGTTTTTTTCAGGCAGTT-AAAATC-TATTTCCTTCCT-CTCCA-TTTCTATGCTAGATGTTA-TTGGTA--TTTATC--A-AGTTA-CTCAA-TT--TTCC--TC-AAT--AAT---AGT-GCTCGAC--AAG--TT-ATA-------AACAACATT-GAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAAT-GAGG------AGTG-A--TGA-----CATCAGAAA-----AC-T--T--TTT---TTCCAGA-GT--TA--TCTTTCT---TGGC--AA------------ATTTAAATATTTTTTA-TTT-AAGTATACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATGTT-AGAA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-AT----GATA-GA--AT---AACTAAT-TT--------TTAGG----GCAAATT-CCTAGT-CTAAA-TGAAGTTTTTGGGTTGAAATAAGAGAAATTAAATGTACACT-C-TCC--AGGGTTATTCAA-AGAACTT-CCTT-GTTGG-CCAATTTAGTCATTGTT-GTTTAAGAAA-TAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAgcagtatgtatatatgtatgtactatacatgaatgtatgtatgaggaacaaaggaaagaaagaaaatttttattcataatgtaattttatttcatattggtgacatgctcttgcttcgctatgtttgatggttagcttttgtgtattccttcccattttaaggacgggtgggatt
gi|3 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtatggataaGGAACAA--ATG-AAAAAAAAGACA-ATT-TCT-ATT--CAT---------AAT-GTACAT---TT---TT-CA---TATCTCCTGATC-GGG--TAACATGCT-GCTTC-TTCGCTGTT-TGTTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--TAT-TCCTGTTC-CATTT-----T-AGG---AGTT------------------GTTGTTTTT-----------TTTTTTAA-----------TTTT--------TGTTCTTCTGGCAGT-CAAAATC-TCTTCCCTTCCT-CTCCCATTTCTATGCGA-ATGATCATTG--A-ATT--TT--ACAGTCACTTTAA-TTTCTCC---TCAA-TTAAAT---AG-TGCTTGAGAAAAG--TTCGTA-------AGGCATGTT-GAT-CGTA-AC--TTAGGCTT-AGC-GAACTGTTG--------ACATCCACAAT-GAGGCAACAAG-TG-AG-GGA-----CATCAG-AA----GACTT--T--TTT---TTCCAG--AGTTTA--TCTCTGTG--TGGC--AA--------------TT---TTTTTTATAATTT-AAGTCTACATTTTCATATTT-AAGGAAATATT----ATCA--TT-AGAATTTATTTATGGGAAGT--CGCATTGAC-GT----GAGA-GA--AT---AACTAATA-T--------TTAGG----GCAAATCGCCTAGTATTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAAT-AGAGA----AAATGTACACT-CTTTC--AGGGTTGTTCAA-AGAGCTTTCCTTAATTGGTCCA--TTAGTCAAAGATTGTTT--GAAA-TAGTAGTAAATTT-CACTTTG-A--ATTCTTAAATGAaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacaattaccaaggaggataactcttgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|21 : aGGAACAA--A-G-GAAAGAAAGAAA-TTT-TTT-A-T--TCTT-------AA-T-GTA-AT---TT-TATT-CA-A-TAT-------TT---G--TGACATGCTC-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--CT-TTGTG------TA--T-T-CCTTCC---CATTT-----T-AGG---Gaatatctataattgattcgagttcagataattaggctataattccattttgggactttcatatttcgcattttctcaaacattaccaagtggggagtaactcttgtttgactgctcgaaaacaaatgacgttaagatctcgcattgatctaatccttttattttagaatagatttcgataaaccccacatgtgtgaactcgcttttgatttcgccaagtcttccaattttcaacgcgcataggtgaatttataagttgtttaagaattttgcagtgtttaa
gi|17 : atgtatgtacctatacatgaatgtattgttgcaGGAACAA--A-G-GAAAGAAAGAAA-ATT-TTT-ATT--CAT---------AAT-GTA-AT---TT-TATT-TC-A-TAT-------T---GG--TGACATGCTC-TTGC-TTCGCTA-TGT-TTGATGGTTAG--CT-TT-TG------TGTAT-T-CCTTCC---CATTT-----T-AAG---Gacgg
gi|19 : tgtacatgtgtgtacatgtgtgcagtatgtatatatgtatgtactatacatgaatgtatgtatgaGGAACAA--A-G-GAAAGAAAGAAA-ATT-TTTTA-TT-CAT---------AAT-GTA-AT---TT-TATT-CA---TAT-------TT---G--TGACATGCTC-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--TT-TTGTG------TA--T-T-CCTTCC---CATTT-----T-AAG---Gacgggtgggatt
gi|20 : tgtaaatgtgttgtacatgtgtgcagtatgtatatagtatgtactatacatgaatgtattataGAACAA--ATG-AAAGAAA-GACA-ATT-TTT-A-TT-CAT---------AAT-GTA-TT---TT-TAAT-CA---TAT-------TTAG----TAACATGCTTGT-GC-TTCACTGTTGTTTT-ATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T-TGTCCTTC---CATCTAAAGGC-AGG---GG--------------------GTacgg
gi|5 : gtagatcgatcgatagatgcatgcatgtatgtatgtatgtatgtataatAACAA--ATGGAAAAAAAAGACA-ATT-TTT-A-TTTCAT---------AAT-GTA-AT---TT-TATT-CA---TAT-------TCG-----TAACATGCTC-TTGCCTTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAGGCTT-TT-TT------TA--T-T-CCTTTC---CATTT-----TTAGGT--GG--------------------GGT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTCT-----------TTTTCTGGCAG--CAAAATCGTCTTTCCTTCCT--TCCA-TTTCTATGCTAGATGCTA-TTGG-A-ATTCATC--A-AGTCA-CTCAA-TT--TTCC--TC-AAT--AAT---AG--GCTTGAG--TAG--TT-GTA-------A-CAATATT-GAT-C-TA-CA--TTAG-CTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAAT-GAGG------AGTG-A--TGA-----CATCAGGAA----GACTT--TCTTTT---TTCCAGA-GT--TA--TCTTTCT---TGGCCAAA------------TTTT---TTTTTTTTAATTTTAAGTCTACATTTTC-TATTTGAAGGAAA-ATT----ATCATGTTTAGAAATTATTTAT-TGAAGTTGGA---TGA--AT----GATAGAGATTC---AACTAATATT--------TAGGC----G-AAATT-CTAAGT-TTAAAT-GAAGTTTTTCGGCTGAAATAAGAGA----AAATG-ACACTAC-TTC--AGGGTTGTTC-A-AGAACTT--CTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGTT-GTTTTAGAAA-TAA-AGTAATATTTCACTTTGAAATATTCTTAAATAA
gi|15 : aTTGATGGGCGG--CT-TT-TTG-----TA--T-T-CCTTCC---CATTC-----T-AAG---GG------------------------TTTTTAAAGAAAAAAATT------------------------------------CTGGCAATC-AAAATA-TCTTTCCTTCCT-CTCCA-TTTCTATGCTAGAT------TGGTATAT--ATC--A-AGTCA-CTCAAATT--TCC---TC-AAT--AAC---AGT-ACTCGAG--AAG--TT-GTA-------AACAATATT-GAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGC-GAACTG-Tatttctataatatgattctgagtcagaataataggctataattccattttggactttatttcccatttttcaaaaattaccaagggggtgataacttcttgttgttgactgctgaaaaccaaatgacgttaagattgcattttctaatcctttatttcagacattagttgttcgataaacccccatgtggtatacatctttttattcggcaagtcttcaattttcaaccgcatagttaattttatagtgtttaagaatttttgcaatctttaa
gi|13 : TTCATTCTA-AGACC-TTCAA-TT--TGCAACTC-A-C--AATGATAGTAGCTCGAG--TAAGCTT-GCGCACAGACAACAAT-ATAGATGC-TAACAATTTGGTCTTTAGCG-AACTG-TGGGGTATGCACTT-AACAAT-GAGG------A-TG----TGATTGATCATCAGAAATTATGCCGCAGT--ATA---TTCTCGATAT--CA--TCTTTCA---TGGC--AAATTTTACTTTTTTTTT---TTTTTTTTTATCT-AAGTCAACATTTTC-TATTT-GAGGAAA-ATT----ATCATGTT-AGAA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-AT----GATA-GA--AT---AACTCAT-TT--------GTAAG----GTAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTttaaatgaagtttttgggctgaaataagagaaaatgtacactctccagggttattcacaaaacttttgcatttccatcgtca
gi|25 : tTAGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACCT--ACAATTGAGG------AGTGGA--TGA-----CATCAGAA-----GACTT--T--TTT---TTCCAGA-GT--TA--T-TTTCT---T-GC--AA------------ATTT---TTTTTT---ATTT--AGTCTACATCTg
gi|24 : AGA------G-TG-AATTGA-----CATCAGAAA----GACTT--T--TTTTTCTTCCAGA-GT--TAATTCTTCCTTTCTGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTTTTTT-A--TTT---TTTTT-TTTTT-A--TAAA-ATTTAAAATCACATT-
gi|11 : aAGTCTACATTTTC-TATTT-AAG
gi|15 : A---TAACAGTACTCGAGA-AG--TTGTAAAC-AATATTGATCTACATTGGGCTTAGCGAACT-----GT-TTAAAT-GAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TCC--AGGGTTATTCAC-AAAACTTctttcaagggttgtcaatagaattccttattggccaatttagtcaatgattgttttagaaaataaagtaatatttcactttgaaattcttaaataattctataattgatctgatgtcagaataattagcgctactatttcaattttgggactttatatcatctcaagtatattaccagggggataactctttgagtttgttgactgctgaagaaaacaaatgacgtttaagattgcatttctaaactattattttcagtgacatagttttcgataaacccccattgtgtgatacatccttttatcgagcaagtcttcaatttttcaaccgataggtaatttaataagtctttgaagcatttttgcagtcttaa
gi|11 : ttgatgggcggctttttgtattccttcccattctaagggtttttaaagaaaaaaattctggcaatcaaaatatctttccttcctctccatttctatgctagattggtatatatcaagtcactcaaatttcctcaAATAGA----AAATGTAGACT-C-TTTCAAGGG-TTGTCAATAGAATT--CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAGAAAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAttgcatttccatcgtca
gi|28 : cttaTTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAttctataattgatctgatgtcagaataattagcgctactatttcaattttgggactttatatcatctcaagtatattaccagggggataactctttgagtttgttgactgctgaagaaaacaaatgacgtttaagattgcatttctaaactattattttcagtgacatagttttcgataaacccccattgtgtgatacatccttttatcgagcaagtcttcaatttttcaaccgataggtaatttaataagtctttgaagcatttttgcagtcttaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|29 ): TCCTACCCATTTTAAGGGTTTTTTAAAAAAAGAAAAATTCTGGCAGTCAAAAT
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 222 111 11111 11111 11111 111 11 1111 2 77777777777777777777777777777777 11111 1 1 33333333333333333333 1111 11 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111111111 111111111 111111 111 22222222222 111 111 22222222222 22222222222222222 11111111 111111 4444444444444444 1111 111111111 222222222222222222222222222 4444444444444444 1111 11 1 111111 111111 1 3333333 22222 1 33333333333333333 111 1111 11 11 1111111 1111 4444444444444444 111111 11 111 2222222222 555555555555555555555555555 2 111 222222 1 111 11111 2222222222 11111 111111 1111 11111111 111 222222222222 111 11111 1111 111 11 111 11 11 22 3 1111 11 1
lowQualScore : 000 5 5 55 2 5 66 5 5 5 0 9 5 6 55 5 333 222 1 666 55 4 4 111 55 44444 1 555 4 4 8 4 5 00000 8 55 4 88888 4 55 4 4 4 000 777 5 33 8888 4444 4 0 6 9 5 8 4 4 4 77777777777777777777777777777777 5 66 11111 5 1 5 0 666 0 1 5 00000000000000000000 0000 66 66 66 888 11 5 5 3333333333333333333333333333333333333333 5 777 4 4 999 1 00000000000 66 4 55 777777777 4 4 4 555555 4 222 55 4 11111111111 222 5 4 222 4 66 4 88888888888 4 4 4 4 44444444444444444 88 4 33333333 1 222222 77 1111111111111111 7 0 1111 4 77 333333333 999 1 3 77 444444444444444444444444444 3 0 1 00 9999999999999999 77 6 5555 11 5 5 0 333333 000000 7 9999999 6 22222 6 4 66 7 0 4 4 4 11111111111111111 222 3333 00 00 4 777 6666666 4 3333 0000000000000000 4 4 8 4 55 4 8 555555 55 00 3 9999 99999 3 0 000 999 7777777777 555555555555555555555555555 6 5 0 0 0 8 8 8 8 3 111 5 88 5 99 6 6 111111 99 3 6 99 888 66666 1 1 6 6 6 99 0 5 5 3333333333 1 88 5 22222 5 999999 66 5 5 5 0000 44444444 66 888 4 66 333 66 555555555555 000 22222 6 6 6 4444 222 8 8 8 11 444 00 8 11 11 8 8 0 11 7777 0 8 8 11 0 0 0 8 8 8 8 8 0 6 6 8 8 0 99
lowQualScore : ... . . .. . . .. . . . . . . . .. . ... ... . ... .. . . ... .. ..... . ... . . . . . ..... . .. . ..... . .. . . . ... ... . .. .... .... . . . . . . . . . ................................ . .. ..... . . . . ... . . . .................... .... .. .. .. ... .. . . ........................................ . ... . . ... . ........... .. . .. ......... . . . ...... . ... .. . ........... ... . . ... . .. . ........... . . . . ................. .. . ........ . ...... .. ................ . . .... . .. ......... ... . . .. ........................... . . . .. ................ .. . .... .. . . . ...... ...... . ....... . ..... . . .. . . . . . ................. ... .... .. .. . ... ....... . .... ................ . . . . .. . . ...... .. .. . .... ..... . . ... ... .......... ........................... . . . . . . . . . . ... . .. . .. . . ...... .. . . .. ... ..... . . . . . .. . . . .......... . .. . ..... . ...... .. . . . .... ........ .. ... . .. ... .. ............ ... ..... . . . .... ... . . . .. ... .. . .. .. . . . .. .... . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 000 0 0 88 5 0 99 0 0 0 8 4 0 5 11 0 888 222 9 777 55 0 0 000 22 00000 0 222 0 0 0 0 8 00000 3 55 0 77777 0 55 0 0 9 111 000 0 55 5555 0000 0 3 6 4 2 9 4 4 4 11111111111111111111111111111111 0 99 55555 0 0 0 1 222 8 0 0 66666666666666666666 6666 99 99 99 888 99 0 0 9999999999999999999999999999999999999999 0 888 4 8 333 1 11111111111 33 0 55 444444444 0 0 0 555555 0 555 55 0 11111111111 555 8 0 555 0 11 4 88888888888 4 4 4 4 00000000000000000 44 4 22222222 0 000000 99 7777777777777777 9 3 6666 3 11 111111111 444 4 0 99 777777777777777777777777777 7 7 9 33 0000000000000000 55 7 9999 22 8 8 0 000000 444444 2 8888888 7 55555 8 5 11 3 9 4 4 4 11111111111111111 222 9999 66 66 4 888 3333333 4 9999 4444444444444444 4 4 9 0 55 0 0 555555 55 00 6 0000 11111 6 4 000 444 6666666666 000000000000000000000000000 7 7 6 8 0 0 0 0 0 8 888 6 88 2 22 7 7 555555 22 3 7 22 333 77777 7 7 7 7 7 22 7 7 7 6666666666 6 77 7 55555 0 444444 99 0 0 0 6666 99999999 99 888 4 11 888 99 666666666666 000 11111 7 7 7 2222 555 0 0 0 00 000 88 0 00 22 0 0 2 66 0000 8 0 0 00 8 8 8 0 0 0 0 0 8 6 0 0 0 8 22
consensus : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC-ATTA-N-TG---TTACGCA--GAC----TTGAGAAA----TCTCTAA-TTCTC-AGTCCCAGAC-AGTCT-T-GA-CGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA-ATC-T--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA---GGC--A-T---G-------TGTG---TGTTT-TTGT-GTGT-GC--ATG-A-----A-TGC-AGT-TG-C-AT-ATCTG-AA----T----A----C-NTGT-AT---TT--AGCGTG--CG--TGC--AT---GTGTGCAT-C-GCATGCATGTGTA--T-GTCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TAC--A-TGTGTGCACATGTGTGTACAT-TGTA-TGGC-ATG-GTGTGC-ATGCA-TGCATGTA---ATATGTACNTTGATACAC-CGTAAANTATGNATCTAGACTAT-TATGTATTGTACGTTATACATG-A---TNGTATGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTTTTTTTAA--------ATTTTTT-------------T--TTT--------TT-TTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CTCC-A-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCACTC-AATTT----T-CCTCAAT--AATAGT-GCTCGAG-AA--GTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTGT-G--------ACATC-ACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-G-A-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTT-A--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AATT-ATTTATTG-AAGT--GA---TGACA-TGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
Reference ( family-3985 ) : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC-ANTA-T-TG---TTACGCA--GAC----TTGAGAAA----TCTCTAA-TTCTCAAGTCCCAGGC-AGTCT-T-GA-CGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGAC-TC-T--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA---GGC--A-T---G-------TGTG---TGTTT-TTGT-ATGT-GC--ATG-A-----A-TGCAAGT-TG-C-AT-ATCTG-AA----T----A----C-ATGT-AT---TT--AGCATG--CG--TGC--AT-A-GTGTGCAT-C-GCATGCATGTGTA--T-GTCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTACTTATATGTG-TGC--ANTGTGTGCACATGTGTGTACATNTGTATTGNC-ATG-GTGTGC-ATGCA-TGCATGTA---ATATGTACTTTGATACAC-TGTAAATTATGAATCTAGATTAT-TATGTATTGTACGTTAT-TATG-A---TAGTGTCTATAAGGAACAA--ATGGAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTTTTTTTAA--------ATTTTTT-------------T--TTT--------TT-TTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CTCC-A-TTTCTATGCTAGATGNT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCACTC-AATTT----C-CCTCAAT--AATAGT-GCTCGAG-AA--GTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTGT-G--------ACATC-ACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-G-A-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTT-A--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCACG-TTAG-AATT-ATTTATTG-AAGT--GA---TGACG-TGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAATTGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGNTTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|1 : GCACATGCC-A-G-CTT-GAAATCTT-GAAT--AT---CA-GT-CA-AATTTATC-TCTTGTT--AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTTATT-G-TACTT---ATTATCAACT-----AAAGAGAAAAGATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--CCTGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--TTA-T-TG---TTACGGATGAAC----TTGAGAAA----TCTCCAA-T-CTCAAGTCCCAGACCAGTCT-T-GA-CGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTTGGTAAGAAA-TA-TCAGTTC----TA-TCAATCAGTGGGAT-C-AATTAATTTCTTGTTG-TTA------TGA---T----G--TTTG----T--G--T--GT----TGT--GT-G-G----------------TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TAATGCA-T--GCATT--G-----TGT-GATATCG------TAT-GGA---GGA--A-T---G-------TGTG---TGTTT-TTGT-ATGT-GC--ATG-A-----A-TGCAAGT-TG-C-AT-ATCTG-AA----T----A----C-ATGT-AT---TTTAAGCATG--TG--TGC--AT-A-GTGTGCAT-T-GCAT-CATGTGTA--T-GTCTGT-AT--ATGT--ATATGAAT-TCATGCA--TGTT-GTGTGTATTTATATGTG-TGC--ATTGTGTACACATGTGTGTACATGTGTATTGCC-ATG-CNNNNN-NNNNN-NNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-N---NNNNNNNNNNNNGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---AT-----CATTAAAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-AG---TAT-------TCG---GGGTAACATGCT-CGTTGC-TTCGCTGTTGTGTTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TTCT-T---GTCATTT-----T-AGG---GG--GTTTTTTTAA--------ATTTTTT-------------T--TTT--------CT-TTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCTGCTCC-AATTCCTATGCTAGATGCT-AATTGGTA-ATTCATC--A-AGTCATGC-AATTT----T-C-TCA-T--AATAGTTGCTTGAG-TA--GTT---GTA-----AACAAT-TTGAT-C-TA-CA--TTAGGCTT-AGCGGAACTGT-G--------ACATC-ACAA-TGAGG-----A--T------GA--T-G-A-CATCAGAAA----GAC----GT--T--TTT---TTCCAGAAGT-A--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AATT-ATTTATTG-AAGT--GA---TGACAATGATAAG-TT--AACTAATATTTTGGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAATTGAAGTTTTTCGGGTGAAATAAGAGG----AAATGTACACT-C-TTC--AGGG-TGTTCAA-AGAAC-TTCCCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGTTGGTTTTAG-AAATAA-AGTAATTTTCCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|10 : GCACATGCC-A-C-TTT-GAA-CCTTTGAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTT-AT--GTTC---ATAACTTATTAATTCG-TTT--T-A-TACTTTATATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA---TCA--AGAAT-----TAGTAAG-ATGC--T-TGTA--ATTTATTCC--T-CTGC-A-TA-T--G---TTACGGA--GCT----TCGAGAAAAA--TCTCTAA-TTCCTCAGTCC-AGACCAGTCT-TTGA--GACAAGC-ATT--TTTTTTTTTG-TTTGGTAATGAAATC-T--GT-C----TA-TTTCCCAGTGGGAT---AATTAATTTCTTGTTG-T-G------TA----T----G--TTTG----T--G--T--TTTTTGT-T--GT-G-TGC------T-----G-TGGGGG---------G---------GGG-GAGGTGTGGTGTGAT-TGTGTGTG-GC-CCTGTAAG--TATG----T--TGCA-TTGGCAT---GGTTGATAT-G-TAG-G------TAT-G-A---GGCCCACT---GAGCTCGATGTG---TGTGT-TTGT--TGT-
gi|11 : aCTTAAATA---GA----AAATGTAGACT-C-TTTCAAGGGTTGT-CAATAGAA--TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAGAAAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAa
gi|12 : CATGCC-A-GGCTT-GAA-C-TT-GAATTGATT-CCATGGGCA-ATAGTCTC-T-TTGTTTTAT-TGTTCTGAATAA---GGTATTT-A-TTT--T-AATACTTT--ATTATCA-CTG----AAAGAGAAA-TATATGTCAAA-AATCA-TAGAGCAAAACTGG-AATT-TGTTCC-TGTGGTATTTAT-CC--T-CTGC-ATTA-T-TGGTTTTACGGA--AACGTTCTTGAGAAAGTCTTCTCTAAATTCTCA-GTCC--AGC-AGTCT-T-GAACGACAAGC-G-T--TTTTT----G-TTTG-TAATGACATC-T--TTTCTAGATA-TCTCTCAGTGGACTGC-AATTAATTCTTATTTGTTTAATATACTAA---T----GAATTGG----T--GTTT--GT---GTGT--GT-G-GGG------G-----CACAGGGG---------G---------GGG-ttctataattgatctgatgtcagaataattagcgctactatttcaattttgggactttatatcatctcaagtatattaccagggggataactctttgagtttgttgactgctgaagaaaacaaatgacgtttaagattgcatttctaaactattattttcagtgacatagttttcgataaacccccattgtgtgatacatccttttatcgagcaagtcttcaatttttcaaccgataggtaatttaataagtctttgaagcatttttgcagtcttaa
gi|13 : TTCATTCTA-AGACCTTC-AATTTGCAAC-TCACAAT--GATAGTAGCTCGAGTAA--GCTTGCGCACAGACAACAATATAGATGC-TAACAATTTGGTCTTTAGCG-AACTGT-GGGGTATGCACTTA-ACAA-TGAGG-----ATGT------GA--TTG-ATCATCAGAAATTATGCCGCAGTA--T--ATT---CTCGATA-TC-A--TCTTTCA---TGGC--AAATTTTACTTTTTTTTT---TTTTTTTTTA-TCTAAGTCAACATTTTC-TATTT-GAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AATT-ATTTATTG-AAGT--GA---TGACA-TGATAGA-AT--AACTCAT-TTGTAAGGTAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGggggggggg
gi|14 : tGTG---TGAT-TG-GTGTGTGC-GCT-TAAGGTTATGGTAATA-T-CA-T--GC-T---G-----TGT-G-TAT--------TAT-GGAGGTGGC--A-T---G-------T-TG---TGTGT-CTGTAATGT-TT---TG-ATCGAGA-TGC-AGT-TGCC-AT-ATCTT-AAG---T----AACATC-ATGTGAT---TT--AAGAAAACCG--GGCCAAT-CTGTGTGCATCC-GAATGCACGTGTAACTGGTCTGT-ATTCATGC----ATGAAT-TCATG-----GCT-GTGTG-GC--ATGTGTG-TACAGATTGTGTGCA---GTG-GTGCA-----AATGGC-A---GTGTTC--TGCAGTGCATGTT---AT
gi|15 : -TTGATGGGCGG--CT-TT-TTG-----TA--T--TCCT-T---CCCATTC-----T-AAG---GG-----TTTTTAAAGAAAAAAATT---------------------------------------CTGGCAATC-AAAATA-TCTTTCCTTCCT-CTCC-A-TTTCTATGCTAGAT-------TGGTATAT--ATC--A-AGTCACTC-AAATT----T-CCTCAAT--AACAGT-ACTCGAG-AA--GTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTGT-------------TT-A-AA-TGA-------A-GTTTTTGGGC--T-G-A-AATAAGAGA----AAA----TG--TACACT---CTCCAGGGTT-A--Ttattgttatg
gi|16 : TATG---TAAC-TGTATGTGCG------TAAA--TGTG----TA---CA-T--GCAA---A-----TGT-G-TAT-G------GAT-TAA---G------T---A-------TGTG---TAATT-GTG--ATGT-GTTAATGTAAAT--A-TGTAAATGTG-C-TT-ATGTA-AATATGT----A----C-ATGT-ATATGTT--GGTGTG--CA--TGT--ATAA-ATATGCAT-CTGAAT-TATGTATA--T-GTATAT-AT--ATGTAAGTGTAAA----ATGCAGGTGTCAATGTATATTTGTAAATA-TGC----T-TATGCAAAAGTGT-T-CATTTGTAtcacaaaacttttgcatttccatcgtca
gi|17 : caaaTGTACATGTGTGTACATGTGT----GC-A---GTATGT-ATATA-TGTATGTA---CTAT
gi|17 : TG-TAC--A-TGTGTGTACATGTGTGCA-GTATGTAT--AT-ATGTATGTACTATACA-TGAATGTAT--GTATGacatgaatgtatgtatgaggaacaaaggaaagaaagaaaatttttattcataatgtaattttatttcatattggtgacatgctcttgcttcgctatgtttgatggttagcttttgtgtattccttcccattttaaggacgggtgggatt
gi|17 : TATATATGTAT-GTAC--TATACATG-A---ATGTATGTATGAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TATTTC-A----TAT-------T-----GG-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTA-TGT-TTGATGGTTAG--CT-TT-TG------TGTAT--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---Gaggaacaaaggaaagaaagaaaatttttattcataatgtaattttatttcatattggtgacatgctcttgcttcgctatgtttgatggttagcttttgtgtattccttcccattttaaggacgggtgggatt
gi|18 : tgtacatgtgtgtacatgtgtgcagtatgGCA-T--GTGT---G-----TGT-G-TGT-GATTAGATATTGGA---GGT--G-T---G-------TGTG---TG-TT-TTGT-GTGT-AC--A-------------CAGAC-TG---AT-A---G-AA----TGTACA----C-GTAT-AT---GT--ACTGTG---G--TAC--AT-C-TT----NT-C-G-GTGCATGTGTG--T-GTGTGTGAT---TAG--ATATGG-----AGGTG--TGT--GTGTGTGTTT---TGTGATAG--AGTGTATACACATATATGTACA---GTACTGacgggtgggatt
gi|19 : TGTA---A-ATGTG--TTG-TACATGTGTGCAGTATGTATATAG------TATGTACTATAC-------ATG-A---ATGTAT-TATA-GGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TTT--ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--TT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---G
gi|2 : ATAAGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-TTTATTCATAATGTAATTTT---ATT----CAT--ATTCGGTA-AC---TTCTCTTGCTTC-GCTGTTGT-------TTGATGGG-CAGCTT--T-T-TTGTATTC-CTTTCAT-TTTAGGGG------T-TT-TT------TG--T--TTTT-T---TT-GTTT-----T-----------GTTTTTTTA----------TTTTTTGTATTCCTTCCCAT--TTTAAGGTGTGTT-TTTTTCAGGCAGTT-AAAATC-TATTTCCTTCCT-CTCC-A-TTTCTATGCTAGATGTT-A-TTGGTA--TTTATC--A-AGTTACTC-AATTT----T-CCTCAAT--AATAGT-GCTCGAC-AA--GTT---ATA-----AACAACATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTGT-G--------ACATC-ACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-G-A-CATCAGAAA-----AC-----T--T--TTT---TTCCAGAGTT-A--TCTTTCT---TGGC--AA------------ATTTAAATATTTTTT-A-TTTAAGTATACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AATT-ATTTATTG-AAGT--GA---TGACA-TGATAGA-AT--AACTAAT-TTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-CTAAA-TGAAGTTTTTGGGTTGAAATAAGAGAAATTAAATGTACACT-C-TCC--AGGGTTATTCAA-AGAAC-TT-CCTT-GTTGG-CCAATTTAGTCATTG-TTGTTTAAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAacgg
gi|2 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtatggAGAGTT-A--TCCTCCT---TGGT--AA------------TTaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacaattaccaaggaggataactcttgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|20 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtatggataaggaacaaatgaaaaaaaagacaatttttattcataatgtaattttattcatattcggtaacttctcttgcttcgctgttgtttgatgggcagcttttttgtattcctttcattttaggggttttttgttttttttgttttgtttttttattttttgtattccttcccattttaaggtgtgtttttttcaggcagttaaaatctatttccttcctctccatttctatgctagatgttattggtatttatcaagttactcaattttcctcaataatagtgctcgacaagttataaacaacattgatctacattgggcttagcgaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaaaactttttttccagagttatctttcttggcaaatttaaatattttttatttaagtatacattttctatttaaggaaaattatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataactaatttttagggcaaattcctagtctaaatgaagtttttgggttgaaataagagaaattaaatgtacactctccagggttattcaaagaacttccttgttggccaatttagtcattgttgtttaagaaataaagtaatatttcactttgaaattcttaaataaaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacATGCAT-GCATGT-ATGTATGTA---T-GTATGTATAATGAACAA--ATG-AAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-TT---TT----TA-ATC-A----TAT-------TTA---G--TAACATGCT-T-GTGC-TTCACTGTTGT-TTTATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--TTGTCCT-T----CCATCTAAAGGC-AGG---GG--GTtgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|21 : gtagatcgatcgatagATGTAT-GTAC-CTATACATG-AATGTATTGT-TGCA-GGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-TTT-T-----------------TT---ATT----CTT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTCAA----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--CT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---G
gi|22 : -TTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GAAGAGAAA-TATAT-TCAAA-A-TCA-TAAATT-----TG-TAATTATAT--T-TGTA---TTTAT-CC--T-CTGC-ATTA-G-TA---TTACGCA--GAC----TTGAGAAA----TCCCTAA-TTCTC-AGT-GAAGTC-AGTTT-T-GA-CGACAAGC-ATA--TTTTT----G-TTT--acgg
gi|23 : a---ATTAATT-----T--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GTAGAGAAA-GATAT-TCAAA-ACTCA-CAGA-T-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--A--TAT-CC--T-CTGC-ATTA-G-CA---TTGCGCA--GAC----TTGAGAAA----TTTCTAA-TTCTC-AGTCC
gi|24 : aaatAAG-----A-GT------GAATT-G-A-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTTTTCTTCCAGAGTT-AATTCTTCCTTTCTGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTTT-TTTA--TTT---TTTTT-TTTTT-A--TAAA-ATTTAAAATCACA-TT
gi|25 : TAGGCTT-AGCG-AACTGT-G--------ACCT--ACAATTGAGG-----A-GTG-----GA--T-G-A-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTT-A--T-TTTCT---T-GC--AA------------ATTT---TTTTTT---A-TTT-AGTCTACATCT
gi|26 : TGACTATGTGTGTGC-ATGCA-TGCGTGTATGTGTGTGTACATTTAT-CAC-CATAAA-----GATCCTGACTAT-CAT
gi|27 : tgCATG--CA--TGC--AT-------GCGT---GCATGCAAGAGTA--T-GTCTCT--T---TGC--GTATGAGT-TCGTACA--TGT
gi|28 : TTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAgt
gi|29 : --TCCT-A---CCCATTT-----T-AAG---GG----TTTTTTAA--------Aatttctgaaattgattctgaatcaaaataata
gi|3 : AGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------CT---ATT----CAT--AAT--GTACAT---TT----T---TC-A----TATCTCCTGATCG---GG-TAACATGCTGC-TT-C-TTCGCTGTTTG-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--TATTCCTGT---TCCATTT-----T-AGG---AGTTGTTGTTTT-----------TTTTTT-------------TAATTT--------TTGTTCTTCTGGCAGTC-AAAATC-TCTTCCCTTCCT-CTCCCA-TTTCTATGCGA-ATGATCA-TTG--A-ATT--TT--ACAGTCACTTTAATTT----CTCCTCAATTAAATAGT-GCTTGAG-AAAAGTTC--GTA-----AGGCATGTTGAT-CGTA-AC--TTAGGCTT-AGCG-AACTGTTG--------ACATCCACAA-TGAGGCAACAA-GT------GA--G-GGA-CATCAGAA-----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTTTA--TCTCTGTG--TGGC--AA------------TTTT---TTTTAT--AA-TTTAAGTCTACATTTTCATATTT-AAGGAAATATT----ATCA---TTAG-AATTTATTTATGGGAAGT--CGCATTGACG-TGAGAGA-AT--AACTAATA-TTTAGGGCAAATCGCCTAGTATTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAAT-AGAGA----AAATGTACACT-CTTTC--AGGGTTGTTCAA-AGAGCTTT-CCTTAATTGGTCCA--TTAGTCAAAGATTGTTT--G-AAATAGTAGTAA-ATTTCACTTTG-A--ATTCTTAAATGAaaaagaaaaattctggcagtcaaaat
gi|4 : ACATGCC-AAG-CTT-AAA-C--T-GAAT--ATT-CCAT---CATAAAATATC-T----TTT-ATCTGT-C---ATAA----TTAATT----------A-TACTT---AT-ACCA-CT-----AAA-AGAAA---TAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAA-TATGT--C-TGAT--ATTT-T-CT--TACTGC-ATTA-TATG---TTAGGAAT-GAC-------AGAAA----TCTCT---TTCTCATATCCAGGAC-A---C-T-GA-CGACAAGC-ATTTATTTTT----T-TTT--TAATGACATC-T--GTTC----TAGCTTATCAGTGGA---C-AATTAATT-CTTGTT--TTA------TAA---TTGCCG--TTTG----T--G--T--GT---GGGTAAGT-GTGTG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGGATAGTTGTG----AATATGT-TGAGTGC-CTTTTAAG--T-T-----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-GA-----TAT-GAA---GGC--A-T---GA------TGTG---TG----CTGT-ATGT-GC--ATG-A---------TCAGT-TG-C-ATAATCTG--A----T----A----C-ATGT-A----TT--AGCATG--CA--T---------GTG------------------GTA----GT-TGT-AT--A-GC--GTATGAGTATCA---A--TGT--GT---TA-TTAT--------T--AATGT----ACAAGTGTG-ACA-------------TG-GTGTGC-ATGCA-TGCATGTA---ATATGTACTTTGATACAC-TGTAAATTATGAATCTAGATTAT-TATGTATTGTACGTTAT-TATG-A---TAGTGTCTATAAGGAACAAGTATGG-AAAAAA-GACAGATTAT-----------------TTAAAATTCCAACATG-AATA-GTA-ATAAATCA---TATTTC-A----TGCTA-----TCGAT-GC-TTAAATGCT-C-CTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CCATT-CTACATGATA--T--TCCT-TGTATCCATTT-----C-TTGCTTGT--GTTTTTTTTT--------ATTTTTT-------------C--TTT--------TT-TTTTaatatctataattgattcgagttcagataattaggctataattccattttgggactttcatatttcgcattttctcaaacattaccaagtggggagtaactcttgtttgactgctcgaaaacaaatgacgttaagatctcgcattgatctaatccttttattttagaatagatttcgataaaccccacatgtgtgaactcgcttttgatttcgccaagtcttccaattttcaacgcgcataggtgaatttataagttgtttaagaattttgcagtgtttaa
gi|5 : AACAA--ATGGAAAAAAAAGACA-ATT-T-----------------TT---ATTT---CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG------TAACATGCT-C-TTGCCTTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAGGCTT-TT-TT------TA--T--TCCT-T---TCCATTT-----TTAGGT--GG--GGTTTTTTAA--------ATTTTTT-------------T--TCT--------TT-TT---CTGGCAG--CAAAATCGTCTTTCCTTCCT--TCC-A-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGG-A-ATTCATC--A-AGTCACTC-AATTT----T-CCTCAAT--AATAG--GCTTGAG-TA--GTT---GTA-----A-CAATATTGAT-C-TA-CA--TTAG-CTT-AGCG-AACTGT-G--------ACATC-ACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-G-A-CATCAGGAA----GAC----TTTCT--TTT---TTCCAGAGTT-A--TCTTTCT---TGGCCAAA------------TTTT---TTTTTTTTAATTTTAAGTCTACATTTTC-TATTTGAAGGAAA-ATT----ATCATGTTTAGAAATT-ATTTATTG-AAGTTGGA---TGA-A-TGATAGAGATTCAACTAATA-TTTAGGCGAAATT-CTAAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTCGGCTGAAATAAGAGA----AAATG-ACACTAC-TTC--AGGGTTGTTC-A-AGAAC-TT--CTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATG-TTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAAATATTCTTAAATAAatttcttatataaagtatttattaatttttagcttctggcagcaaaatcatctttccttatcctattgtcgccatttctatgtagtagtgtagtgggtgtttatttattttatcaagtacgactgcaatttaattctattctaatcatag
gi|6 : aCACATGCCCA-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTG-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-AATTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCAGTAGA-T-----TGGTAATTATGT--C-TGTAT-ATTTAT-CCTGT-CTGC-ATTA-T-TG---TTACG-A--GAC----TTGAGAAA----TCTCTAA-TTCTTCAGTTCCAGAC-AGTCTCT-GA-CACCAAGCAATT--TTTTT----GCTTT--TGATAAT-ACAT--CTTC----TA-TCTATCAAT-GGAT-C-AATTAATT-CTTGTTG-TTA------TAATG-T----G--TTTGTGGAT--G--T--GT---GTGT--GT-G-GG----------------GGGGT---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTG-GTG--CCTGTAAG--TATG----TA-TGCATT--GCATGCAG-----TGT-G-TAT-G------TAT--GA---GCC--A-T---G-------TGTG------TT-CTGT--TGT-GC--ATG-A-----ATTGC-AGT-TG-C-AT-ATCTGAAA----T----A----CTCTGT-A----------CATG--CGGTTGC--AT----TGTGCAT---GCATGCATGTGTA--T-GTCTG---T--ATGC--ATAGGAAT-TCATGCA--TGTatttctataatatgattctgagtcagaataataggctataattccattttggactttatttcccatttttcaaaaattaccaagggggtgataacttcttgttgttgactgctgaaaaccaaatgacgttaagattgcattttctaatcctttatttcagacattagttgttcgataaacccccatgtggtatacatctttttattcggcaagtcttcaattttcaaccgcatagttaattttatagtgtttaagaatttttgcaatctttaa
gi|7 : aACATGCT-C-G-CTTTGAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATCTTCTTGTTT-AT-TGTTCG--ATAA---A-TAGTT-GATTT--TAA-TACTT---AATATCG-CTTTACCATAGA-AAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--G--TAT-CT--T-CTGCAAATAGC-TG---TTACGCAG-GAC----TTGAG-AC----TCTCTAA-TTCTC-AGT-CCAGAC-AGTTT-T-GA-CGACAA--------------------------------TC-T--GTTC-----A-CCAATTCGT-GGAT-CAAATTAATTACTAGTGG-TTA------CAA---T-------TGTG----TCAG--T--GT---ATGT--GT-G-GGGGTGTTAT-----T-TGGGGAGGGGAGTGTG---------GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTG-GTGTATCTGTAAG--TATG----C----CA-T--GTAT---A-----TGTGG-TAT-G------C-T-GGAAG-GGC--A-TGGGG-------TGTGTTCTGTTT-TTTT-GTGTAAC--ATG-A-----A-TGC-AGT-TG-CAAT-ATCTG-TA----T----T----C-TTGT-g
gi|8 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-GATTT--T-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC-AATA-G-TG---TTACGCA--GAC----TTGAGAAC----TCTCTAA-TTCTC-AGT-CCAGAC-AGTTT-T-GA-CGACAA--------------------------------TC-T--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAGTGG-TTA------CAATTGT----G--TCAG----T--G--T--AT---GTGT--G--G-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGGAGTGTGGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA---GGC--A-TGG-G-------TGTGTC-TGTTT-TTG---TGT-AC--ATG-A-----A-TGC-AGT-TG-C-AT-ATCTG-TA----T----T----C-TTGT-AT---Tctgaagtagggaggtaatagatagtcgatagtatcgataattatgcgaatgtcaatgcgcacg
gi|9 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATTTCCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-A--TGTTC---ATAAT--ATTGATT---TTA--A-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAATA-TCA-TAGATT-----TTGAAATTATGT--C-TCTA--G--TAT-CT--T-CTGC-AATA-G-TG----TACGCA--GAC----TTGAGAAC----TCTCTAA-TTCTC-AGTCCAGGAC-AGTTT-T-GA-CGACAA--------------------------------TC-T--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAG-TG-GTA------CAA------------TTG----T--G--TCAGT---GTATG-GTGG-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGAGTGT-GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA---GGC--A-T---G-------GGTG---TGTCTGTTTT-GTGT-AC--ATG-A-----A-TGC-AGT-TG-C-AT-ATCTG-TA----T----T----C-TTGT-AT---Tgaagtagggaggtatagatagtcgatagtatcgataattatcgatgtcaatgcgcacgg
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 222 111 11111 11111 11111 11 1111 1 66666666666666666666666666666666666 11111 1 1 33333333333333333333 1111 11 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111111111 111111111 111111 1111111 1111 22222222222222222 3333333333333333 111 1111111 2222 111111111 22 22222 33333333333 222222 1 111 11 11 2222222222 33333333 11 33333333333333333 111 1111 11 11 1111111 1111 4444444444444444 111111 11 111 2222222222 5555555555555555555555555 111 111 1 11 111 11111 22222222 11111 111111 11 1111 11111111 111 2222222222222 111 1111 11 111 11 22 1111 11 1
lowQualScore : 000 5 5 55 2 5 66 5 5 5 0 9 5 6 55 88 333 222 1 666 55 4 4 111 55 44444 1 555 4 4 8 4 0 00000 8 55 4 33333 4 55 4 55 55 777 5 33 8888 4444 4 8 8 1 3 8 4 4 4 22222222222222222222222222222222222 5 66 11111 5 1 5 0 666 0 1 5 00000000000000000000 0000 66 66 66 888 11 5 5 3333333333333333333333333333333333333333 5 777 4 4 999 1 00000000000 66 4 55 777777777 4 4 4 555555 4 55 999999 4 777 7777777 4 777 1111 4 8 3 66 4 9999 4 0 777 4 4 4 8 4 44444444444444444 55 4 9999999999999999 111 7777777 33 3333 7 0 77 5 4 77 333333333 999 1 3 77 44 0 5 3 999999 77777 8 6 1 777 77777777777 333333 5 0 444 2 2 1 8 33 2 77 2 8 1 5555555555 22222222 3 6 33 88 66 7 0 2 4 4 4 11111111111111111 222 3333 00 00 4 777 6666666 4 3333 0000000000000000 4 4 8 4 55 4 8 555555 11 55 3 9999 99999 3 0 000 999999 7777777777 5555555555555555555555555 5 0 999 8 8 8 8 3 111 5 88 5 99 6 6 6 99 99 99 3 55 888 66666 1 1 6 6 6 99 0 5 5 5 00000000 1 88 5 22222 5 999999 11 5 5 5 0000 44444444 66 888 4 66 333 66 9999999999999 000 1 999 6 6 6 4444 1 6 8 8 8 11 444 8 8 11 11 8 8 8 11 7777 0 8 8 11 0 0 0 8 8 8 8 8 0 5 6 8 8 0 99
lowQualScore : ... . . .. . . .. . . . . . . . .. .. ... ... . ... .. . . ... .. ..... . ... . . . . . ..... . .. . ..... . .. . .. .. ... . .. .... .... . . . . . . . . . ................................... . .. ..... . . . . ... . . . .................... .... .. .. .. ... .. . . ........................................ . ... . . ... . ........... .. . .. ......... . . . ...... . .. ...... . ... ....... . ... .... . . . .. . .... . . ... . . . . . ................. .. . ................ ... ....... .. .... . . .. . . .. ......... ... . . .. .. . . . ...... ..... . . . ... ........... ...... . . ... . . . . .. . .. . . . .......... ........ . . .. .. .. . . . . . . ................. ... .... .. .. . ... ....... . .... ................ . . . . .. . . ...... .. .. . .... ..... . . ... ...... .......... ......................... . . ... . . . . . ... . .. . .. . . . .. .. .. . .. ... ..... . . . . . .. . . . . ........ . .. . ..... . ...... .. . . . .... ........ .. ... . .. ... .. ............. ... . ... . . . .... . . . . . .. ... . . .. .. . . . .. .... . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 000 0 0 88 5 0 99 0 0 0 8 4 0 5 11 22 888 222 9 777 55 0 0 000 22 00000 0 222 0 0 0 0 9 00000 3 55 0 99999 0 55 0 55 00 000 0 55 5555 0000 0 0 0 6 9 9 4 4 4 22222222222222222222222222222222222 0 99 55555 0 0 0 1 222 8 0 0 66666666666666666666 6666 99 99 99 888 99 0 0 9999999999999999999999999999999999999999 0 888 4 8 333 1 11111111111 33 0 55 444444444 0 0 0 555555 0 55 111111 0 000 0000000 0 000 6666 0 0 2 77 4 7777 4 1 888 4 4 4 9 4 00000000000000000 44 4 2222222222222222 999 6666666 11 0000 9 3 99 7 3 11 111111111 444 4 0 99 44 8 6 8 888888 88888 0 4 4 000 77777777777 000000 8 0 000 8 8 0 0 88 8 88 6 8 0 2222222222 55555555 3 7 22 00 11 3 9 7 4 4 4 11111111111111111 222 9999 66 66 4 888 3333333 4 9999 4444444444444444 4 4 9 0 55 0 0 555555 00 00 6 0000 11111 6 4 000 555555 6666666666 0000000000000000000000000 7 6 000 0 0 0 0 2 888 6 88 2 22 7 7 7 22 22 22 3 88 333 77777 7 7 7 7 7 22 7 7 7 7 77777777 6 77 7 55555 0 444444 99 0 0 1 6666 99999999 99 888 4 11 888 99 2222222222222 000 7 333 7 7 7 2222 7 7 0 0 0 00 000 0 0 00 22 0 0 0 66 0000 8 0 0 00 8 8 8 0 0 0 0 0 8 8 0 0 0 8 22
consensus : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-ATCTG-AA----T----A----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCATC-GCATGCATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TACAG--T-GTGTGCACANGTGTGTACAT-TGTATGGCCATG-GTGTGCATGCA-TGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGNATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATG-AATGTAT-GTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
Reference ( family-3985 ) : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-ATCTG-AA----T----A----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCATC-GCATGCATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TACA---T-GTGTGCACATGTGTGTACAT-TGTATGGC-ATG-GTGTGCATGCA-TGCATGTA---ATATGTACNT-TG-ATACAC-CGTAAANTATGNATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATG-ATNGTAT-GTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|1 : GCACATGCC-A-G-CTT-GAAATCTT-GAAT--AT---CA-GT-CA-AATTTATC-TCTTGTT--AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTTATT-G-TACTT---ATTATCAACT-----AAAGAGAAAAGATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--CCTGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC---TTA-TTG---TTACGGATGAA----CTTGAGAAA----TCTCC-AAT-C-TCAAGTCCCAGACCAGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTTGGTAAGAA---A-TATCAGTTC----TA-TCAATCAGTGGGAT-C-AATTAATTTCTTGTTG-TTA------TGA---T----G--TTTG----T--G--T--GT----TGT--GT-G-G----------------TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TAATGCA-T--GCATT--G-----TGT-GATATCG------TAT-GGA--GG---A--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TATGT-GCAT-G--A-A-TGC---AAG-T-TGC-AT-ATCTG-AA----T----A----C-ATGT-AT---TTTAAG------CATGTG--TGCA---TA-GTGTGCATT-GCAT-CATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGT--ATATGAAT-TCATGCA--TGTT-GTGTGTATTTATATGTG-TGCA---TTGTGTACACATGTGTGTACATGTGTATTGCCATG--CNNNNNNNNN-NNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-NNNNNNGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---AT-----CATTAAAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-AG---TAT-------TCG---GGGTAACATGCT-CGTTGC-TTCGCTGTTGTGTTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TTCT-T---GTCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------CTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCTGCT-CCAATTCCTATGCTAGATGCT-AATTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAT-GCAATTT-TC---TCA---T--AATAGTTGCTTGAG--TAGTT---GTA-----AACAAT-TTGAT-C-TA-CA--TTAGGCTT-AGCGGAACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A--T------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----GT--T--TTT---TTCCAGAA-GTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGACAATGATAAG-TT--AACTAATATTTTGGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAATTGAAGTTTTTCGGGTGAAATAAGAGG----AAATGTACACT-C-TTC--AGGG-TGTTCAA-AGAAC-TTCCCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGTTGGTTTTAG-AAATAA-AGTAATTTTCCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|10 : GCACATGCC-A-C-TTT-GAA-CCTTTGAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTT-AT--GTTC---ATAACTTATTAATTCG-TTT--T-A-TACTTTATATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA---TCA--AGAAT-----TAGTAAG-ATGC--T-TGTA--ATTTATTCC--T-CTGC--AT---ATG---TTACGGA--GC----TTCGAGAAAAA--TCTCT-AATTCCTCA-GTCC-AGACCAGTCT-TTG-A-GACAAGC-ATT--TTTTTTTTTG-TTTGGTAATGA---AATCT--GT-C----TA-TTTCCCAGTGGGAT---AATTAATTTCTTGTTG-T-G------TA----T----G--TTTG----T--G--T--TTTTTGT-T--GT-G-TGC------T-----G-TGGGGG---------G---------GGG-GAGGTGTGGTGTGAT-TGTGTGTG-GC-CCTGTAAG--TATG----T--TGCA-TTGGCAT---GGTTGATAT-G-TAG-G------TAT-G-A--GG---CCCACT---GAGCTCGAT-GTG---TGTG--T-TTG-T-TGT-
gi|11 : aCTTAAATA---GA----AAATGTAGACT-C-TTTCAAGGGTTGT-CAATAGAA--TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAGAAAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAa
gi|12 : CATGCC-A-GGCTT-GAA-C-TT-GAATTGATT-CCATGGGCA-ATAGTCTC-T-TTGTTTTAT-TGTTCTGAATAA---GGTATTT-A-TTT--T-AATACTTT--ATTATCA-CTG----AAAGAGAAA-TATATGTCAAA-AATCA-TAGAGCAAAACTGG-AATT-TGTTCC-TGTGGTATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-TTGGTTTTACGGA--AACGTTCTTGAGAAAGTCTTCTCTAAATTC-TCA-GT-CCAG-C-AGTCT-T-GAACGACAAGC-G-T--TTTTT----G-TTTG-TAATGAC--A-TCT--TTTCTAGATA-TCTCTCAGTGGACTGC-AATTAATTCTTATTTGTTTAATATACTAA---T----GAATTGG----T--GTTT--GT---GTGT--GT-G-GGG------G-----CACAGGGG---------G---------GGG-ttctataattgatctgatgtcagaataattagcgctactatttcaattttgggactttatatcatctcaagtatattaccagggggataactctttgagtttgttgactgctgaagaaaacaaatgacgtttaagattgcatttctaaactattattttcagtgacatagttttcgataaacccccattgtgtgatacatccttttatcgagcaagtcttcaatttttcaaccgataggtaatttaataagtctttgaagcatttttgcagtcttaa
gi|13 : TTCATTCTA-AGACCT-TCAATTT-GCAACTCACAAT--GATAGTAGCTCGAGT-AAGCTTGCGCACAGACAACAATATAGATGC-TAACAATTTGGTCTTTAGCG-AACTG-TGGGGTATGCACTT-AACAA-TGAGG-----ATGT------GA--TTGATCATCAGAAATTATGCCGCAGTA--T--ATT---CTCGATA--TCA--TCTTTCA---TGGC--AAATTTTACTTTTTTTTT---TTTTTTTTTA-TCTAAGTCAACATTTTC-TATTT-GAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTCAT-TTGTAAGGTAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGggggggggg
gi|14 : tGTG---TGAT-TG-GTGTGTGC-GCT-TAAGGTTATGGTAATA-T-CA-T--GC-T---G-----TGT-G-TAT--------TAT-GGA--GGTGGC--A-T---G-------TTGTG---TGTC--T-GTAATGTTT-TGATCG--AGA-TGC---A-G-T-TGCCAT-ATCTT-AAG---T----AACATC-ATGTGAT---TT--AAGAAAACCGGGC-----CAATCT--GTGTGCATCCGAATGCACGTGTAACTGGTCTGT-ATTCATGC----ATGAAT-TCATG-----GCT-GTGTG---GCATGTGTG-TACAGATT-GTGTGCA---GTG-GTGCA----AATGGC-A---GTGTTC-TGCAGTGCATGTT---AT
gi|15 : -TTGATGGGCGG--CT-TT-TTG-----TA--T--TCCT-T---CCCATTC-----T-AAG---GG------TTTTTAAAGAAAAAAATT------------------------------------CTGGCAATC-AAAATA-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGAT-------TGGTATAT--ATC--A-AGTCAC-TCAAATT-TC--CTCA--AT--AACAGT-ACTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-T------------T-TA-AA-TGA-------A-GTTTTTGGGC--T-GA-AATAAGAGA----AAA----TG--TACACT---CTCCAGGG-TTA--Ttattgttatg
gi|16 : TATG---TAAC-TGTATGTGCG------TAAA--TGTG----TA---CA-T--GCAA---A-----TGT-G-TAT-G------GAT-TAA--G---------T---A-------T-GTG---TAAT--T-GTGATGTGT-TAAT-GTAA-A-TATGTAA-A-TGTGC-TT-ATGTA-AATATGT----A----C-ATGT-ATATGTT--GG------TGTGCA--TGTA---TAAATATGCATCTGAAT-TATGTATA--TG-TATAT-AT--ATGTAAGTGTAAA----ATGCAGGTGTCAATGTATATTTGTAAATA-TGC----T--TATGCAAAAGTGTTCAT-T-TGTAtcacaaaacttttgcatttccatcgtca
gi|17 : caaaTGTACATGTGTGTACATGTGTGCAGTATGTAT-------AT-ATGTAT-GTAC--TATACATG-AATGTAT-GTATGAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TATTTC-A----TAT-------T-----GG-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTA-TGT-TTGATGGTTAG--CT-TT-TG------TGTAT--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---G
gi|18 : GCA-T--GTGT---G-----TGT-G-TGT-GATTAGATATTGGA--GG---T--G-T---G-------T-GTG---TG-T--T-TTG-TGTGT-ACA-----------C---A-GAC-TG--AT-A---G-AA----TGTACA----C-GTAT-AT---GT--AC------TGTG-G--TACA---T--CT---TNTC-G-GTGCATGTGTG--TG-TGTGTGAT---TAG--ATATGG-----AGGTG--TGT--GTGTGTGTTT---TGTGATAGAG--T-GTATACACATATATGTACAacgggtgggatt
gi|19 : TGTA---A-ATGT--GT-TG--TACATGTGTGCAGTATGTATATAG-----TATGTACT-------ATACATG-AATGTAT--TATA-GGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TTT--ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--TT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---Ggtactg
gi|2 : GTAT-GGATAAGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-TTTATTCATAATGTAATTTT---ATT----CAT--ATTCGGTA-AC---TTCTCTTGCTTC-GCTGTTGT-------TTGATGGG-CAGCTT--T-T-TTGTATTC-CTTTCAT-TTTAGGGG------T-TT-TT------TG--T--TTTT-T---TT-GTTT-----T-----------GTT-TTTTTA----------TTTTTTGTATTCCTTCCCATTTTAAGGTGTGTTTTTTTCAGGCAGTT-AAAATC-TATTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGTT-A-TTGGTA--TTTATC--A-AGTTAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAC--AAGTT---ATA-----AACAACATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA-----AC-----T--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------ATTTAAATATTTTTT-A-TTTAAGTATACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAAT-TTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-CTAAA-TGAAGTTTTTGGGTTGAAATAAGAGAAATTAAATGTACACT-C-TCC--AGGGTTATTCAA-AGAAC-TT-CCTT-GTTGG-CCAATTTAGTCATTG-TTGTTTAAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAacgg
gi|2 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatAGAG-TTA--TCCTCCT---TGGT--AA------------TTaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacaattaccaaggaggataactcttgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|20 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtatggataaggaacaaatgaaaaaaaagacaatttttattcataatgtaattttattcatattcggtaacttctcttgcttcgctgttgtttgatgggcagcttttttgtattcctttcattttaggggttttttgttttttttgttttgtttttttattttttgtattccttcccattttaaggtgtgtttttttcaggcagttaaaatctatttccttcctctccatttctatgctagatgttattggtatttatcaagttactcaattttcctcaataatagtgctcgacaagttataaacaacattgatctacattgggcttagcgaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaaaactttttttccagagttatctttcttggcaaatttaaatattttttatttaagtatacattttctatttaaggaaaattatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataactaatttttagggcaaattcctagtctaaatgaagtttttgggttgaaataagagaaattaaatgtacactctccagggttattcaaagaacttccttgttggccaatttagtcattgttgtttaagaaataaagtaatatttcactttgaaattcttaaataaaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacATGCAT-GCATGT-ATGTATGTAT-GTAT-GTATAATGAACAA--ATG-AAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-TT---TT----TA-ATC-A----TAT-------TTA---G--TAACATGCT-T-GTGC-TTCACTGTTGT-TTTATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--TTGTCCT-T----CCATCTAAAGGC-AGG---GG--GTtgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|21 : gtagatcgatcgatagATGTAT-GTAC-CTATACATG-AATGTATTGTTGCAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-TTT-T-----------------TT---ATT----CTT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTCAA----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--CT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---G
gi|22 : -TTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GAAGAGAAA-TATAT-TCAAA-A-TCA-TAAATT-----TG-TAATTATAT--T-TGTA---TTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-GTA---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCCCT-AATTC-TCA-GT-GAAGTC-AGTTT-T-G-ACGACAAGC-ATA--TTTTT----G-TTT--acgg
gi|23 : a---ATTAATT-----T--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GTAGAGAAA-GATAT-TCAAA-ACTCA-CAGATT------GGTAATTATGT--C-TGTA--AT--AT-CC--T-CTGC--ATTA-GCA---TTGCGCA--GA----CTTGAGAAA----TTTCT-AATTC-TCA-GTCC
gi|24 : aaatAAG-----A-GT------GAATT-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTTTTCTTCCAGAG-TTAATTCTTCCTTTCTGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTTT-TTTA--TTT---TTTTT-TTTTT-A--TAAA-ATTTAAAATCACA-TT
gi|25 : TAGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACCT--ACAATTGAGG-----A-GTG-----GA--T-GA-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--T-TTTCT---T-GC--AA------------ATTT---TTTTTT---A-TTT-AGTCTACATCT
gi|26 : TGTGACTATGTGTGTGCATGCA-TGCGTGTATGTGTGTGTACAT-TT-AT-CAC-CATAAA-----GATCCTGACTATCAT
gi|27 : CA--TGCA---T--GCATGCGT--GCATGCAAGAGTA--TG-TCTCT--T---TGC--GTATGAGT-TCGTACA--TGT
gi|28 : TTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAgt
gi|29 : --TCCT-A---CCCATTT-----T-AAG---GG----T-TTTTTAA--------Aatttctgaaattgattctgaatcaaaataata
gi|3 : AGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------CT---ATT----CAT--AAT--GTACAT---TT----T---TC-A----TATCTCCTGATCG---GG-TAACATGCTGC-TT-C-TTCGCTGTTTG-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TGTAT--TCCTGT---TCCATTT-----T-AGG---AGTTGTTGTTTTT-----------TTTTTTAA-----------TTTT--------TGTTCTTCTGGCAGT-CAAAATC-TCTTCCCTTCCT-CTCCCA-TTTCTATGCGA-ATGATCA-TTG--A-ATT--TT--ACAGTCACTTTAATTTCTC--CTCA--ATTAAATAGT-GCTTGAGAAAAGTTC--GTA-----AGGCATGTTGAT-CGTA-AC--TTAGGCTT-AGCG-AACTGTTG--------ACATCCACAA-TGAGGCAACAA-GT------GAG-G-GA-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTTTA--TCTCTGTG--TGGC--AA--------------TT---TTTTTTATAA-TTTAAGTCTACATTTTCATATTT-AAGGAAATATT----ATCA---TTAG-AATTTATTTATGGGAAGT--CGCATTGAC-GTGAGAGA-AT--AACTAATA-TTTAGGGCAAATCGCCTAGTATTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAAT-AGAGA----AAATGTACACT-CTTTC--AGGGTTGTTCAA-AGAGCTTT-CCTTAATTGGTCCA--TTAGTCAAAGATTGTTT--G-AAATAGTAGTAA-ATTTCACTTTG-A--ATTCTTAAATGAaaaagaaaaattctggcagtcaaaat
gi|4 : ACATGCC-AAG-CTT-AAA-C--T-GAAT--ATT-CCAT---CATAAAATATC-T----TTT-ATCTGT-C---ATAA----TTAATT----------A-TACTT---AT-ACCA-CT-----AAA-AGAAA---TAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAA-TATGT--C-TGAT--ATTT-T-CT--TACTGC--ATTATATG---TTAGGAAT-GA----C---AGAAA----TCTCT---TTC-TCATATCCAGGAC-A---C-T-G-ACGACAAGC-ATTTATTTTT----T-TTT--TAATGAC--A-TCT--GTTC----TAGCTTATCAGTGGA---C-AATTAATT-CTTGTT--TTA------TAA---TTGCCG--TTTG----T--G--T--GT---GGGTAAGT-GTGTG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGGATAGTTGTG----AATATGT-TGAGTGC-CTTTTAAG--T-T-----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-GA-----TAT-GAA--GG---C--A-T---GA------T-GTG---TG------CTG-TATGT-GCAT-G----A-T-C---A-G-T-TGC-ATAATCTG--A----T----A----C-ATGT-A----TT--A----------GCA--TGCA---T--GTG-----------------GTA---G-T-TGT-AT--A-GC--GTATGAGTATCA---A--TGT--GT---TA-TTAT------TA-A---T-GT----ACAAGTG------------TGAC-ATG-GTGTGCATGCA-TGCATGTA---ATATGTACTT-TG-ATACAC-TGTAAATTATGAATCTAGATTATTATGTATTGTACGTTAT-TATG-ATAGTGT-CTATAAGGAACAAGTATGGAAA-AAA-GACAGATTAT-----------------TTAAAATTCCAACATG-AATA-GTA-ATAAATCA---TATTTC-A----TGCTA-----TCGAT-GC-TTAAATGCT-C-CTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CCATT-CTACATGATA--T--TCCT-TGTATCCATTT-----C-TTGCTTGT--GTT-TTTTTTT--------ATTTTTT-------------CTTT--------TTTTTTaatatctataattgattcgagttcagataattaggctataattccattttgggactttcatatttcgcattttctcaaacattaccaagtggggagtaactcttgtttgactgctcgaaaacaaatgacgttaagatctcgcattgatctaatccttttattttagaatagatttcgataaaccccacatgtgtgaactcgcttttgatttcgccaagtcttccaattttcaacgcgcataggtgaatttataagttgtttaagaattttgcagtgtttaa
gi|5 : AACAA--ATGGAAAAAAAAGACA-ATT-T-----------------TT---ATTT---CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG------TAACATGCT-C-TTGCCTTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAGGCTT-TT-TT------TA--T--TCCT-T---TCCATTT-----TTAGGT--GG--GGT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTCT--------TTTT---CTGGCAG--CAAAATCGTCTTTCCTTCCT--T-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGG-A-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAG--GCTTGAG--TAGTT---GTA-----A-CAATATTGAT-C-TA-CA--TTAG-CTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGGAA----GAC----TTTCT--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGCCAAA------------TTTT---TTTTTTTTAATTTTAAGTCTACATTTTC-TATTTGAAGGAAA-ATT----ATCATGTTTAGAAA-TTATTTAT-TGAAGTTGGA---TGA--ATGATAGAGATTCAACTAATA-TTTAGGCGAAATT-CTAAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTCGGCTGAAATAAGAGA----AAATG-ACACTAC-TTC--AGGGTTGTTC-A-AGAAC-TT--CTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATG-TTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAAATATTCTTAAATAAatttcttatataaagtatttattaatttttagcttctggcagcaaaatcatctttccttatcctattgtcgccatttctatgtagtagtgtagtgggtgtttatttattttatcaagtacgactgcaatttaattctattctaatcatag
gi|6 : aCACATGCCCA-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTG-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-AATTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCAGTAGA-T-----TGGTAATTATGT--C-TGTAT-ATTTAT-CCTGT-CTGC--ATTA-TTG---TTACG-A--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTCTTCA-GTTCCAGAC-AGTCTCT-G-ACACCAAGCAATT--TTTTT----GCTTT--TGATAATACA-TC----TTC----TA-TCTATCAAT-GGAT-C-AATTAATT-CTTGTTG-TTA------TAATG-T----G--TTTGTGGAT--G--T--GT---GTGT--GT-G-GG----------------GGGGT---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTG-GTG--CCTGTAAG--TATG----TA-TGCATT--GCATGCAG-----TGT-G-TAT-G------TAT--GA--GC---C--A-T---G-------T-GTG------T--T-CTG-T-TGT-GCAT-G--A-ATTGC---A-G-T-TGC-AT-ATCTGAAA----T----A----CTCTGT-A----------------CATGCGGTTGCA---T---TGTGCAT--GCATGCATGTGTA--TG-TCTG---T--ATGC--ATAGGAAT-TCATGCA--TGTatttctataatatgattctgagtcagaataataggctataattccattttggactttatttcccatttttcaaaaattaccaagggggtgataacttcttgttgttgactgctgaaaaccaaatgacgttaagattgcattttctaatcctttatttcagacattagttgttcgataaacccccatgtggtatacatctttttattcggcaagtcttcaattttcaaccgcatagttaattttatagtgtttaagaatttttgcaatctttaa
gi|7 : aACATGCT-C-G-CTTTGAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATCTTCTTGTTT-AT-TGTTCG--ATAA---A-TAGTT-GATTT--TAA-TACTT---AATATCG-CTTTACCATAGA-AAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--G--TAT-CT--T-CTGCAAATAG-CTG---TTACGCAG-GA----CTTGAG-AC----TCTCT-AATTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC-----A-CCAATTCGT-GGAT-CAAATTAATTACTAGTGG-TTA------CAA---T-------TGTG----TCAG--T--GT---ATGT--GT-G-GGGGTGTTAT-----T-TGGGGAGGGGAGTGTG---------GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTG-GTGTATCTGTAAG--TATG----C----CA-T--GTAT---A-----TGTGG-TAT-G------C-T-GGAAGGG---C--A-TGGGG-------T-GTGTTCTGTT--T-TTT-TGTGTAACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGCAAT-ATCTG-TA----T----T----C-TTGT-g
gi|8 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-GATTT--T-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAC----TCTCT-AATTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAGTGG-TTA------CAATTGT----G--TCAG----T--G--T--AT---GTGT--G--G-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGGAGTGTGGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTCTGT-TTT-TGTGT-ACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-ATCTG-TA----T----T----C-TTGT-AT---Tctgaagtagggaggtaatagatagtcgatagtatcgataattatgcgaatgtcaatgcgcacg
gi|9 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATTTCCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT--GTTC---ATAAT--ATTGATT---TTA--A-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAATA-TCA-TAGATT-----TTGAAATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---T-ACGCA--GA----CTTGAGAAC----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCAGGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAG-TG-GTA------CAA------------TTG----T--G--TCAGT---GTATG-GTGG-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGAGTGT-GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTC--TGTTT-TGTGT-ACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-ATCTG-TA----T----T----C-TTGT-AT---Tgaagtagggaggtatagatagtcgatagtatcgataattatcgatgtcaatgcgcacgg
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 222 111 11111 11111 11111 11 1111 1 66666666666666666666666666666666666 11111 1 1 33333333333333333333 1111 11 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111111111 111111111 111111 1111111 222222222 2222222222222 4444444444444444444 111 111111 2222222 1111 11 222222 111 444444444 11 1 22222 11 11 2222222222 33333333 33333333333333333 111 1111 11 11 1111111 1111 4444444444444444 111111 11 111 2222222222 5555555555555555555555555 111 111 1 11 111 11111 22222222 11111 111111 11 1111 11111111 111 2222222222222 111 1111 11 111 11 22 1111 11 1
lowQualScore : 000 5 5 55 2 5 66 5 5 5 0 9 5 6 55 88 333 222 1 666 55 4 4 111 55 44444 1 555 4 4 8 4 0 00000 8 55 4 33333 4 55 4 55 55 777 5 33 8888 4444 4 8 8 1 3 8 4 4 4 22222222222222222222222222222222222 5 66 11111 5 1 5 0 666 0 1 5 00000000000000000000 0000 66 66 66 888 11 5 5 3333333333333333333333333333333333333333 5 777 4 4 999 1 00000000000 66 4 55 777777777 4 4 4 555555 4 55 999999 4 777 7777777 4 777 6666 4 8 3 66 222222222 7777 4 777 4 4 8 4 777 2222222222222 55 4444444444444444444 444 444444 9999999 0 999 5 4 3 888 999 0 5 0000 99 22 99 666 666666 000 3 333333333 22 0 22 0 00000 2 3 8 33 2 44 1 2 3 5555555555 22222222 3 5 2 33 66 7 0 2 4 4 4 11111111111111111 222 3333 00 00 4 777 6666666 4 3333 0000000000000000 4 4 8 4 55 4 8 555555 11 55 3 9999 99999 3 0 000 999999 7777777777 5555555555555555555555555 5 0 999 8 8 8 8 3 111 5 88 5 99 6 6 6 99 99 99 3 55 888 66666 1 1 6 6 6 99 0 5 5 5 00000000 1 88 5 22222 5 999999 11 5 5 5 0000 44444444 66 888 4 66 333 66 9999999999999 000 1 999 6 6 6 4444 1 6 8 8 8 11 444 8 8 11 11 8 8 8 11 7777 0 8 8 11 0 0 0 8 8 8 8 8 0 5 6 8 8 0 99
lowQualScore : ... . . .. . . .. . . . . . . . .. .. ... ... . ... .. . . ... .. ..... . ... . . . . . ..... . .. . ..... . .. . .. .. ... . .. .... .... . . . . . . . . . ................................... . .. ..... . . . . ... . . . .................... .... .. .. .. ... .. . . ........................................ . ... . . ... . ........... .. . .. ......... . . . ...... . .. ...... . ... ....... . ... .... . . . .. ......... .... . ... . . . . ... ............. .. ................... ... ...... ....... . ... . . . ... ... . . .... .. .. .. ... ...... ... . ......... .. . .. . ..... . . . .. . .. . . . .......... ........ . . . .. .. . . . . . . ................. ... .... .. .. . ... ....... . .... ................ . . . . .. . . ...... .. .. . .... ..... . . ... ...... .......... ......................... . . ... . . . . . ... . .. . .. . . . .. .. .. . .. ... ..... . . . . . .. . . . . ........ . .. . ..... . ...... .. . . . .... ........ .. ... . .. ... .. ............. ... . ... . . . .... . . . . . .. ... . . .. .. . . . .. .... . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 000 0 0 88 5 0 99 0 0 0 8 4 0 5 11 22 888 222 9 777 55 0 0 000 22 00000 0 222 0 0 0 0 9 00000 3 55 0 99999 0 55 0 55 00 000 0 55 5555 0000 0 0 0 6 9 9 4 4 4 22222222222222222222222222222222222 0 99 55555 0 0 0 1 222 8 0 0 66666666666666666666 6666 99 99 99 888 99 0 0 9999999999999999999999999999999999999999 0 888 4 8 333 1 11111111111 33 0 55 444444444 0 0 0 555555 0 55 111111 0 000 0000000 0 000 7777 0 0 2 77 222222222 0000 4 888 4 4 9 4 888 3333333333333 44 0000000000000000000 111 666666 3333333 3 333 7 3 6 000 666 1 7 1111 44 22 66 222 111111 222 2 222222222 88 2 55 0 55555 8 6 0 88 8 00 0 8 8 2222222222 55555555 3 7 3 77 11 3 9 7 4 4 4 11111111111111111 222 9999 66 66 4 888 3333333 4 9999 4444444444444444 4 4 9 0 55 0 0 555555 00 00 6 0000 11111 6 4 000 555555 6666666666 0000000000000000000000000 7 6 000 0 0 0 0 2 888 6 88 2 22 7 7 7 22 22 22 3 88 333 77777 7 7 7 7 7 22 7 7 7 7 77777777 6 77 7 55555 0 444444 99 0 0 1 6666 99999999 99 888 4 11 888 99 2222222222222 000 7 333 7 7 7 2222 7 7 0 0 0 00 000 0 0 00 22 0 0 0 66 0000 8 0 0 00 8 8 8 0 0 0 0 0 8 8 0 0 0 8 22
consensus : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT---------G--A-A-TGC---A-GT-TGC-AT-AT---CTG-NA----TA----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCGT--GNATGCATGTGTA--TG-TCTGTAT--ATGC--GTATGAAT-TCGTGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTGTACAG--TGTGTGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCCATG-NTGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGTATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
Reference ( family-3985 ) : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT---------G--A-A-TGC---A-GT-TGC-AT-AT---CTG-AA----TA----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCATC-GCATGCATGTGTA--TG-TCTGTAT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTGTACAG--TGTGTGCACANGTGTGTACAT-TGTATGGCCATG-GTGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGNATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|1 : GCACATGCC-A-G-CTT-GAAATCTT-GAAT--AT---CA-GT-CA-AATTTATC-TCTTGTT--AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTTATT-G-TACTT---ATTATCAACT-----AAAGAGAAAAGATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--CCTGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC---TTA-TTG---TTACGGATGAA----CTTGAGAAA----TCTCC-AAT-C-TCAAGTCCCAGACCAGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTTGGTAAGAA---A-TATCAGTTC----TA-TCAATCAGTGGGAT-C-AATTAATTTCTTGTTG-TTA------TGA---T----G--TTTG----T--G--T--GT----TGT--GT-G-G----------------TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TAATGCA-T--GCATT--G-----TGT-GATATCG------TAT-GGA--GG---A--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TATGT-GCAT---------G--A-A-TGC---AAGT-TGC-AT-AT---CTG-AA----TA----C-ATGT-AT---TTTAAG------CATGTG--TGCA---TA-GTGTGCATT-GCAT-CATGTGTA--TG-TCTGTAT--ATGT--ATATGAAT-TCATGCA--TGTT-GTGTGTATTTATATGTGTGCAT--TGTGTACACATGTGTGTACATGTGTATTGCCATG-CNNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--GGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---AT-----CATTAAAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-AG---TAT-------TCG---GGGTAACATGCT-CGTTGC-TTCGCTGTTGTGTTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TTCT-T---GTCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------CTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCTGCT-CCAATTCCTATGCTAGATGCT-AATTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAT-GCAATTT-TC---TCA---T--AATAGTTGCTTGAG--TAGTT---GTA-----AACAAT-TTGAT-C-TA-CA--TTAGGCTT-AGCGGAACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A--T------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----GT--T--TTT---TTCCAGAA-GTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGACAATGATAAG-TT--AACTAATATTTTGGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAATTGAAGTTTTTCGGGTGAAATAAGAGG----AAATGTACACT-C-TTC--AGGG-TGTTCAA-AGAAC-TTCCCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGTTGGTTTTAG-AAATAA-AGTAATTTTCCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|10 : GCACATGCC-A-C-TTT-GAA-CCTTTGAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTT-AT--GTTC---ATAACTTATTAATTCG-TTT--T-A-TACTTTATATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA---TCA--AGAAT-----TAGTAAG-ATGC--T-TGTA--ATTTATTCC--T-CTGC--AT---ATG---TTACGGA--GC----TTCGAGAAAAA--TCTCT-AATTCCTCA-GTCC-AGACCAGTCT-TTG-A-GACAAGC-ATT--TTTTTTTTTG-TTTGGTAATGA---AATCT--GT-C----TA-TTTCCCAGTGGGAT---AATTAATTTCTTGTTG-T-G------TA----T----G--TTTG----T--G--T--TTTTTGT-T--GT-G-TGC------T-----G-TGGGGG---------G---------GGG-GAGGTGTGGTGTGAT-TGTGTGTG-GC-CCTGTAAG--TATG----T--TGCA-TTGGCAT---GGTTGATAT-G-TAG-G------TAT-G-A--GG---CCCACT---GAGCTCGAT-GTG---TGTG--T-TTG-T-TGT-
gi|11 : aCTTAAATA---GA----AAATGTAGACT-C-TTTCAAGGGTTGT-CAATAGAA--TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAGAAAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAa
gi|12 : CATGCC-A-GGCTT-GAA-C-TT-GAATTGATT-CCATGGGCA-ATAGTCTC-T-TTGTTTTAT-TGTTCTGAATAA---GGTATTT-A-TTT--T-AATACTTT--ATTATCA-CTG----AAAGAGAAA-TATATGTCAAA-AATCA-TAGAGCAAAACTGG-AATT-TGTTCC-TGTGGTATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-TTGGTTTTACGGA--AACGTTCTTGAGAAAGTCTTCTCTAAATTC-TCA-GT-CCAG-C-AGTCT-T-GAACGACAAGC-G-T--TTTTT----G-TTTG-TAATGAC--A-TCT--TTTCTAGATA-TCTCTCAGTGGACTGC-AATTAATTCTTATTTGTTTAATATACTAA---T----GAATTGG----T--GTTT--GT---GTGT--GT-G-GGG------G-----CACAGGGG---------G---------GGG-ttctataattgatctgatgtcagaataattagcgctactatttcaattttgggactttatatcatctcaagtatattaccagggggataactctttgagtttgttgactgctgaagaaaacaaatgacgtttaagattgcatttctaaactattattttcagtgacatagttttcgataaacccccattgtgtgatacatccttttatcgagcaagtcttcaatttttcaaccgataggtaatttaataagtctttgaagcatttttgcagtcttaa
gi|13 : TTCATTCTA-AGACCT-TCAATTT-GCAACTCACAAT--GATAGTAGCTCGAGT-AAGCTTGCGCACAGACAACAATATAGATGC-TAACAATTTGGTCTTTAGCG-AACTG-TGGGGTATGCACTT-AACAA-TGAGG-----ATGT------GA--TTGATCATCAGAAATTATGCCGCAGTA--T--ATT---CTCGATA--TCA--TCTTTCA---TGGC--AAATTTTACTTTTTTTTT---TTTTTTTTTA-TCTAAGTCAACATTTTC-TATTT-GAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTCAT-TTGTAAGGTAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGggggggggg
gi|14 : tGTG---TGAT-TG-GTGTGTGC-GCT-TAAGGTTATGGTAATA-T-CA-T--GC-T---G-----TGT-G-TAT--------TAT-GGA--GGTGGC--A-T---G-------TTGTG---TGTC--T-GTAATGTTT-TGATC--------G--AGA-TGC---A-GT-TGCCAT-AT---CTT-AAG---TAACATC-ATGTGAT---TT--AAGAAAACCGGGC-----CAATCT--GTGTGCATCCGAATGCACGTGTAACTGGTCTGTATTCATGC----ATGAAT-TCATG-----GCT-GTGTG---GCATGTGTGTACAGATTGTGTGCA---GTG-GTGCA----AATGGCAGTG-TTCTGCAGTGCATG
gi|15 : -TTGATGGGCGG--CT-TT-TTG-----TA--T--TCCT-T---CCCATTC-----T-AAG---GG------TTTTTAAAGAAAAAAATT------------------------------------CTGGCAATC-AAAATA-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGAT-------TGGTATAT--ATC--A-AGTCAC-TCAAATT-TC--CTCA--AT--AACAGT-ACTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-T------------T-TA-AA-TGA-------A-GTTTTTGGGC--T-GA-AATAAGAGA----AAA----TG--TACACT---CTCCAGGG-TTA--Tttattattgttatg
gi|16 : TATG---TAAC-TGTATGTGCG------TAAA--TGTG----TA---CA-T--GCAA---A-----TGT-G-TAT-G------GAT-TAA--G---------T---A-------T-GTG---TAAT--T-GTGATGTGT-TAAT---------GTAA-A-TATGTAA-ATGTGC-TT-AT---GTA-AATATGTA----C-ATGT-ATATGTT--GG------TGTGCA--TGTA---TAAATATGCATCTGAAT-TATGTATA--TG-TATATAT--ATGTAAGTGTAAA----ATGCAGGTGTCAATGTATATTTGTAAATATGC----T-TATGCAAAAGTGTTCAT-T-TGTAtcacaaaacttttgcatttccatcgtca
gi|17 : caaaTGTACATGTGTGTACATGTGTGCAGTATGTAT-------AT-ATGTAT-GTAC--TATACATGAATGTA-TGTATGAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TATTTC-A----TAT-------T-----GG-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTA-TGT-TTGATGGTTAG--CT-TT-TG------TGTAT--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---G
gi|18 : GCA-T--GTGT---G-----TGT-G-TGT-GATTAGATATTGGA--GG---T--G-T---G-------T-GTG---TGTT--T-T-G-TGTGT-ACACAGACTGATAG--A-A-TGT---A-CA-CGT-AT-ATGTACTGTGG----TA----C-ATCT--T---NT--CG-------GTGCA--TGTG---T--GTGTGTGT--GATTAGATATGGA--GG-TGTGTGT--GTGT--GT-----T-TTGTG-A--TAGA-GTGTATACACATATATGTACAG--Tacgggtgggatt
gi|19 : TGTA---A-ATGT--GT-TG--TACATGTGTGCAGTATGTATATAG-----TATGTACT-------ATACATGAATGTA-T-TATA-GGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TTT--ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--TT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---Gactg
gi|2 : ATGTA-TGGATAAGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-TTTATTCATAATGTAATTTT---ATT----CAT--ATTCGGTA-AC---TTCTCTTGCTTC-GCTGTTGT-------TTGATGGG-CAGCTT--T-T-TTGTATTC-CTTTCAT-TTTAGGGG------T-TT-TT------TG--T--TTTT-T---TT-GTTT-----T-----------GTT-TTTTTA----------TTTTTTGTATTCCTTCCCATTTTAAGGTGTGTTTTTTTCAGGCAGTT-AAAATC-TATTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGTT-A-TTGGTA--TTTATC--A-AGTTAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAC--AAGTT---ATA-----AACAACATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA-----AC-----T--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------ATTTAAATATTTTTT-A-TTTAAGTATACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAAT-TTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-CTAAA-TGAAGTTTTTGGGTTGAAATAAGAGAAATTAAATGTACACT-C-TCC--AGGGTTATTCAA-AGAAC-TT-CCTT-GTTGG-CCAATTTAGTCATTG-TTGTTTAAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAacgg
gi|2 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacAGAG-TTA--TCCTCCT---TGGT--AA------------TTaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacaattaccaaggaggataactcttgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|20 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtatggataaggaacaaatgaaaaaaaagacaatttttattcataatgtaattttattcatattcggtaacttctcttgcttcgctgttgtttgatgggcagcttttttgtattcctttcattttaggggttttttgttttttttgttttgtttttttattttttgtattccttcccattttaaggtgtgtttttttcaggcagttaaaatctatttccttcctctccatttctatgctagatgttattggtatttatcaagttactcaattttcctcaataatagtgctcgacaagttataaacaacattgatctacattgggcttagcgaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaaaactttttttccagagttatctttcttggcaaatttaaatattttttatttaagtatacattttctatttaaggaaaattatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataactaatttttagggcaaattcctagtctaaatgaagtttttgggttgaaataagagaaattaaatgtacactctccagggttattcaaagaacttccttgttggccaatttagtcattgttgtttaagaaataaagtaatatttcactttgaaattcttaaataaaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacATGCAT-GCATGT-ATGTATGTATGTA-TGTATAATGAACAA--ATG-AAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-TT---TT----TA-ATC-A----TAT-------TTA---G--TAACATGCT-T-GTGC-TTCACTGTTGT-TTTATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--TTGTCCT-T----CCATCTAAAGGC-AGG---GG--GTtgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|21 : gtagatcgatcgatagATGTAT-GTAC-CTATACATGAATGTATTGTTGCAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-TTT-T-----------------TT---ATT----CTT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTCAA----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--CT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---G
gi|22 : -TTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GAAGAGAAA-TATAT-TCAAA-A-TCA-TAAATT-----TG-TAATTATAT--T-TGTA---TTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-GTA---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCCCT-AATTC-TCA-GT-GAAGTC-AGTTT-T-G-ACGACAAGC-ATA--TTTTT----G-TTT--acgg
gi|23 : a---ATTAATT-----T--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GTAGAGAAA-GATAT-TCAAA-ACTCA-CAGATT------GGTAATTATGT--C-TGTA--AT--AT-CC--T-CTGC--ATTA-GCA---TTGCGCA--GA----CTTGAGAAA----TTTCT-AATTC-TCA-GTCC
gi|24 : aaatAAG-----A-GT------GAATT-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTTTTCTTCCAGAG-TTAATTCTTCCTTTCTGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTTT-TTTA--TTT---TTTTT-TTTTT-A--TAAA-ATTTAAAATCACA-TT
gi|25 : TAGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACCT--ACAATTGAGG-----A-GTG-----GA--T-GA-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--T-TTTCT---T-GC--AA------------ATTT---TTTTTT---A-TTT-AGTCTACATCT
gi|26 : TGTGACTATGTGTGTGCA-TGCATGCGTGTATGTGTGTGTACAT-TT-AT-CAC-CATAAAG-----ATCCTGACTATCAT
gi|27 : CA--TGCA---T--GCATGCGT--GCATGCAAGAGTA--TG-TCTCT-T---TGC--GTATGAGT-TCGTACA--TGT
gi|28 : TTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAgt
gi|29 : --TCCT-A---CCCATTT-----T-AAG---GG----T-TTTTTAA--------Aatttctgaaattgattctgaatcaaaataata
gi|3 : AGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------CT---ATT----CAT--AAT--GTACAT---TT----T---TC-A----TATCTCCTGATCG---GG-TAACATGCTGC-TT-C-TTCGCTGTTTG-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TGTAT--TCCTGT---TCCATTT-----T-AGG---AGTTGTTGTTTTT-----------TTTTTTAA-----------TTTT--------TGTTCTTCTGGCAGT-CAAAATC-TCTTCCCTTCCT-CTCCCA-TTTCTATGCGA-ATGATCA-TTG--A-ATT--TT--ACAGTCACTTTAATTTCTC--CTCA--ATTAAATAGT-GCTTGAGAAAAGTTC--GTA-----AGGCATGTTGAT-CGTA-AC--TTAGGCTT-AGCG-AACTGTTG--------ACATCCACAA-TGAGGCAACAA-GT------GAG-G-GA-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTTTA--TCTCTGTG--TGGC--AA--------------TT---TTTTTTATAA-TTTAAGTCTACATTTTCATATTT-AAGGAAATATT----ATCA---TTAG-AATTTATTTATGGGAAGT--CGCATTGAC-GTGAGAGA-AT--AACTAATA-TTTAGGGCAAATCGCCTAGTATTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAAT-AGAGA----AAATGTACACT-CTTTC--AGGGTTGTTCAA-AGAGCTTT-CCTTAATTGGTCCA--TTAGTCAAAGATTGTTT--G-AAATAGTAGTAA-ATTTCACTTTG-A--ATTCTTAAATGAaaaagaaaaattctggcagtcaaaat
gi|4 : ACATGCC-AAG-CTT-AAA-C--T-GAAT--ATT-CCAT---CATAAAATATC-T----TTT-ATCTGT-C---ATAA----TTAATT----------A-TACTT---AT-ACCA-CT-----AAA-AGAAA---TAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAA-TATGT--C-TGAT--ATTT-T-CT--TACTGC--ATTATATG---TTAGGAAT-GA----C---AGAAA----TCTCT---TTC-TCATATCCAGGAC-A---C-T-G-ACGACAAGC-ATTTATTTTT----T-TTT--TAATGAC--A-TCT--GTTC----TAGCTTATCAGTGGA---C-AATTAATT-CTTGTT--TTA------TAA---TTGCCG--TTTG----T--G--T--GT---GGGTAAGT-GTGTG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGGATAGTTGTG----AATATGT-TGAGTGC-CTTTTAAG--T-T-----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-GA-----TAT-GAA--GG---C--A-T---GA------T-GTG---TG------CTG-TATGT-GCAT---------G----A-T-C---A-GT-TGC-ATAAT---CTG--A----TA----C-ATGT-A----TT--A----------GCA--TGCA---T--GTG-----------------GTA---G-T-TGTAT--A-GC--GTATGAGTATCA---A--TGT--GT---TA-TTAT-----TA--------ATGTACAAGTGTG-A------------CATG-GTGTGCA-TGCATGCATGTA---ATATGTACTT-TG-ATACAC-TGTAAATTATGAATCTAGATTATTATGTATTGTACGTTAT-TATGATAGTG-TCTATAAGGAACAAGTATGGAAA-AAA-GACAGATTAT-----------------TTAAAATTCCAACATG-AATA-GTA-ATAAATCA---TATTTC-A----TGCTA-----TCGAT-GC-TTAAATGCT-C-CTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CCATT-CTACATGATA--T--TCCT-TGTATCCATTT-----C-TTGCTTGT--GTT-TTTTTTT--------ATTTTTT-------------CTTT--------TTTTTTaatatctataattgattcgagttcagataattaggctataattccattttgggactttcatatttcgcattttctcaaacattaccaagtggggagtaactcttgtttgactgctcgaaaacaaatgacgttaagatctcgcattgatctaatccttttattttagaatagatttcgataaaccccacatgtgtgaactcgcttttgatttcgccaagtcttccaattttcaacgcgcataggtgaatttataagttgtttaagaattttgcagtgtttaa
gi|5 : AACAA--ATGGAAAAAAAAGACA-ATT-T-----------------TT---ATTT---CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG------TAACATGCT-C-TTGCCTTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAGGCTT-TT-TT------TA--T--TCCT-T---TCCATTT-----TTAGGT--GG--GGT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTCT--------TTTT---CTGGCAG--CAAAATCGTCTTTCCTTCCT--T-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGG-A-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAG--GCTTGAG--TAGTT---GTA-----A-CAATATTGAT-C-TA-CA--TTAG-CTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGGAA----GAC----TTTCT--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGCCAAA------------TTTT---TTTTTTTTAATTTTAAGTCTACATTTTC-TATTTGAAGGAAA-ATT----ATCATGTTTAGAAA-TTATTTAT-TGAAGTTGGA---TGA--ATGATAGAGATTCAACTAATA-TTTAGGCGAAATT-CTAAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTCGGCTGAAATAAGAGA----AAATG-ACACTAC-TTC--AGGGTTGTTC-A-AGAAC-TT--CTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATG-TTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAAATATTCTTAAATAAatttcttatataaagtatttattaatttttagcttctggcagcaaaatcatctttccttatcctattgtcgccatttctatgtagtagtgtagtgggtgtttatttattttatcaagtacgactgcaatttaattctattctaatcatag
gi|6 : aCACATGCCCA-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTG-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-AATTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCAGTAGA-T-----TGGTAATTATGT--C-TGTAT-ATTTAT-CCTGT-CTGC--ATTA-TTG---TTACG-A--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTCTTCA-GTTCCAGAC-AGTCTCT-G-ACACCAAGCAATT--TTTTT----GCTTT--TGATAATACA-TC----TTC----TA-TCTATCAAT-GGAT-C-AATTAATT-CTTGTTG-TTA------TAATG-T----G--TTTGTGGAT--G--T--GT---GTGT--GT-G-GG----------------GGGGT---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTG-GTG--CCTGTAAG--TATG----TA-TGCATT--GCATGCAG-----TGT-G-TAT-G------TAT--GA--GC---C--A-T---G-------T-GTG------T--T-CTG-T-TGT-GCAT---------G--A-ATTGC---A-GT-TGC-AT-AT---CTGAAA----TA----CTCTGT-A----------------CATGCGGTTGCA---T---TGTGCAT--GCATGCATGTGTA--TG-TCTG--T--ATGC--ATAGGAAT-TCATGCA--TGTatttctataatatgattctgagtcagaataataggctataattccattttggactttatttcccatttttcaaaaattaccaagggggtgataacttcttgttgttgactgctgaaaaccaaatgacgttaagattgcattttctaatcctttatttcagacattagttgttcgataaacccccatgtggtatacatctttttattcggcaagtcttcaattttcaaccgcatagttaattttatagtgtttaagaatttttgcaatctttaa
gi|7 : aACATGCT-C-G-CTTTGAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATCTTCTTGTTT-AT-TGTTCG--ATAA---A-TAGTT-GATTT--TAA-TACTT---AATATCG-CTTTACCATAGA-AAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--G--TAT-CT--T-CTGCAAATAG-CTG---TTACGCAG-GA----CTTGAG-AC----TCTCT-AATTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC-----A-CCAATTCGT-GGAT-CAAATTAATTACTAGTGG-TTA------CAA---T-------TGTG----TCAG--T--GT---ATGT--GT-G-GGGGTGTTAT-----T-TGGGGAGGGGAGTGTG---------GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTG-GTGTATCTGTAAG--TATG----C----CA-T--GTAT---A-----TGTGG-TAT-G------C-T-GGAAGGG---C--A-TGGGG-------T-GTGTTCTGTT--T-TTT-TGTGTAACAT---------G--A-A-TGC---A-GT-TGCAAT-AT---CTG-TA----TT----C-TTGT-g
gi|8 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-GATTT--T-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAC----TCTCT-AATTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAGTGG-TTA------CAATTGT----G--TCAG----T--G--T--AT---GTGT--G--G-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGGAGTGTGGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTCTGT-TTT-TGTGT-ACAT---------G--A-A-TGC---A-GT-TGC-AT-AT---CTG-TA----TT----C-TTGT-AT---Tctgaagtagggaggtaatagatagtcgatagtatcgataattatgcgaatgtcaatgcgcacg
gi|9 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATTTCCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT--GTTC---ATAAT--ATTGATT---TTA--A-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAATA-TCA-TAGATT-----TTGAAATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---T-ACGCA--GA----CTTGAGAAC----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCAGGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAG-TG-GTA------CAA------------TTG----T--G--TCAGT---GTATG-GTGG-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGAGTGT-GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTC--TGTTT-TGTGT-ACAT---------G--A-A-TGC---A-GT-TGC-AT-AT---CTG-TA----TT----C-TTGT-AT---Tgaagtagggaggtatagatagtcgatagtatcgataattatcgatgtcaatgcgcacgg
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 222 111 11111 11111 11111 11 1111 1 66666666666666666666666666666666666 11111 1 1 33333333333333333333 1111 11 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111111111 111111111 111111 1111111 1111 1111111111111 3333333333333333 111 1111111 22222222 1111 111111111 11111111111 22 2222222 3333333 11 1 22222 11 11 2222222222 33333333 33333333333333333 111 1111 11 11 1111111 1111 4444444444444444 111111 11 111 2222222222 5555555555555555555555555 111 111 1 11 111 11111 22222222 11111 111111 11 1111 11111111 111 2222222222222 111 1111 11 111 11 22 1111 11 1
lowQualScore : 000 5 5 55 2 5 66 5 5 5 0 9 5 6 55 88 333 222 1 666 55 4 4 111 55 44444 1 555 4 4 8 4 0 00000 8 55 4 33333 4 55 4 55 55 777 5 33 8888 4444 4 8 8 1 3 8 4 4 4 22222222222222222222222222222222222 5 66 11111 5 1 5 0 666 0 1 5 00000000000000000000 0000 66 66 66 888 11 5 5 3333333333333333333333333333333333333333 5 777 4 4 999 1 00000000000 66 4 55 777777777 4 4 4 555555 4 55 999999 4 777 7777777 4 777 1111 4 8 3 66 4 9999 4 0 777 4 4 4 4 4 4 4 6666666666666 55 4 9999999999999999 111 7777777 77777777 7 0 1111 4 77 333333333 44444444444 44 0 5 3 999999 7777777 0 1 0 3 4444444 22 0 11 0 00000 2 3 8 33 2 44 1 2 3 5555555555 22222222 3 5 2 33 66 7 0 2 4 4 4 11111111111111111 222 3333 00 00 4 777 6666666 4 3333 0000000000000000 4 4 8 4 55 4 8 555555 11 55 3 9999 99999 3 0 000 999999 7777777777 5555555555555555555555555 5 0 999 8 8 8 8 3 111 5 88 5 99 6 6 6 99 99 99 3 55 888 66666 1 1 6 6 6 99 0 5 5 5 00000000 1 88 5 22222 5 999999 11 5 5 5 0000 44444444 66 888 4 66 333 66 9999999999999 000 1 999 6 6 6 4444 1 6 8 8 8 11 444 8 8 11 11 8 8 8 11 7777 0 8 8 11 0 0 0 8 8 8 8 8 0 5 6 8 8 0 99
lowQualScore : ... . . .. . . .. . . . . . . . .. .. ... ... . ... .. . . ... .. ..... . ... . . . . . ..... . .. . ..... . .. . .. .. ... . .. .... .... . . . . . . . . . ................................... . .. ..... . . . . ... . . . .................... .... .. .. .. ... .. . . ........................................ . ... . . ... . ........... .. . .. ......... . . . ...... . .. ...... . ... ....... . ... .... . . . .. . .... . . ... . . . . . . . ............. .. . ................ ... ....... ........ . . .... . .. ......... ........... .. . . . ...... ....... . . . . ....... .. . .. . ..... . . . .. . .. . . . .......... ........ . . . .. .. . . . . . . ................. ... .... .. .. . ... ....... . .... ................ . . . . .. . . ...... .. .. . .... ..... . . ... ...... .......... ......................... . . ... . . . . . ... . .. . .. . . . .. .. .. . .. ... ..... . . . . . .. . . . . ........ . .. . ..... . ...... .. . . . .... ........ .. ... . .. ... .. ............. ... . ... . . . .... . . . . . .. ... . . .. .. . . . .. .... . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 000 0 0 88 5 0 99 0 0 0 8 4 0 5 11 22 888 222 9 777 55 0 0 000 22 00000 0 222 0 0 0 0 9 00000 3 55 0 99999 0 55 0 55 00 000 0 55 5555 0000 0 0 0 6 9 9 4 4 4 22222222222222222222222222222222222 0 99 55555 0 0 0 1 222 8 0 0 66666666666666666666 6666 99 99 99 888 99 0 0 9999999999999999999999999999999999999999 0 888 4 8 333 1 11111111111 33 0 55 444444444 0 0 0 555555 0 55 111111 0 000 0000000 0 000 6666 0 0 2 77 4 7777 4 1 888 4 4 4 4 4 4 4 4444444444444 44 4 2222222222222222 999 6666666 77777777 9 3 6666 3 11 111111111 66666666666 44 8 6 8 888888 4444444 8 4 8 8 5555555 88 2 00 0 55555 8 6 0 88 8 00 0 8 0 2222222222 55555555 3 7 3 77 11 3 9 7 4 4 4 11111111111111111 222 9999 66 66 4 888 3333333 4 9999 4444444444444444 4 4 9 0 55 0 0 555555 00 00 6 0000 11111 6 4 000 555555 6666666666 0000000000000000000000000 7 6 000 0 0 0 0 2 888 6 88 2 22 7 7 7 22 22 22 3 88 333 77777 7 7 7 7 7 22 7 7 7 7 77777777 6 77 7 55555 0 444444 99 0 0 1 6666 99999999 99 888 4 11 888 99 2222222222222 000 7 333 7 7 7 2222 7 7 0 0 0 00 000 0 0 00 22 0 0 0 66 0000 8 0 0 00 8 8 8 0 0 0 0 0 8 8 0 0 0 8 22
consensus : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TG-C-AT-AT-CTG-NA----TA----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCG--T--GCATGCATGTGTA--T-GTCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TACAG--TGTATGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCCATGT-TGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGTATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
Reference ( family-3985 ) : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TG-C-AT-AT-CTG-NA----TA----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCG--T--GNATGCATGTGTA--T-GTCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCGTGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TACAG--TGTGTGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCCATGN-TGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGTATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|1 : GCACATGCC-A-G-CTT-GAAATCTT-GAAT--AT---CA-GT-CA-AATTTATC-TCTTGTT--AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTTATT-G-TACTT---ATTATCAACT-----AAAGAGAAAAGATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--CCTGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC---TTA-TTG---TTACGGATGAA----CTTGAGAAA----TCTCC-AAT-C-TCAAGTCCCAGACCAGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTTGGTAAGAA---A-TATCAGTTC----TA-TCAATCAGTGGGAT-C-AATTAATTTCTTGTTG-TTA------TGA---T----G--TTTG----T--G--T--GT----TGT--GT-G-G----------------TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TAATGCA-T--GCATT--G-----TGT-GATATCG------TAT-GGA--GG---A--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TATGT-GCAT-G--A-A-TGC---AAG-T-TG-C-AT-AT-CTG-AA----TA----C-ATGT-AT---TTTAAG------CATGTG--TGCA---TA-GTGTGCA--TT-GCAT-CATGTGTA--T-GTCTGT-AT--ATGT--ATATGAAT-TCATGCA--TGTT-GTGTGTATTTATATGTG-TGCAT--TGTGTACACATGTGTGTACATGTGTATTGCCATGC-NNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--GGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---AT-----CATTAAAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-AG---TAT-------TCG---GGGTAACATGCT-CGTTGC-TTCGCTGTTGTGTTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TTCT-T---GTCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------CTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCTGCT-CCAATTCCTATGCTAGATGCT-AATTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAT-GCAATTT-TC---TCA---T--AATAGTTGCTTGAG--TAGTT---GTA-----AACAAT-TTGAT-C-TA-CA--TTAGGCTT-AGCGGAACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A--T------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----GT--T--TTT---TTCCAGAA-GTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGACAATGATAAG-TT--AACTAATATTTTGGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAATTGAAGTTTTTCGGGTGAAATAAGAGG----AAATGTACACT-C-TTC--AGGG-TGTTCAA-AGAAC-TTCCCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGTTGGTTTTAG-AAATAA-AGTAATTTTCCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|10 : GCACATGCC-A-C-TTT-GAA-CCTTTGAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTT-AT--GTTC---ATAACTTATTAATTCG-TTT--T-A-TACTTTATATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA---TCA--AGAAT-----TAGTAAG-ATGC--T-TGTA--ATTTATTCC--T-CTGC--AT---ATG---TTACGGA--GC----TTCGAGAAAAA--TCTCT-AATTCCTCA-GTCC-AGACCAGTCT-TTG-A-GACAAGC-ATT--TTTTTTTTTG-TTTGGTAATGA---AATCT--GT-C----TA-TTTCCCAGTGGGAT---AATTAATTTCTTGTTG-T-G------TA----T----G--TTTG----T--G--T--TTTTTGT-T--GT-G-TGC------T-----G-TGGGGG---------G---------GGG-GAGGTGTGGTGTGAT-TGTGTGTG-GC-CCTGTAAG--TATG----T--TGCA-TTGGCAT---GGTTGATAT-G-TAG-G------TAT-G-A--GG---CCCACT---GAGCTCGAT-GTG---TGTG--T-TTG-T-TGT-
gi|11 : aCTTAAATA---GA----AAATGTAGACT-C-TTTCAAGGGTTGT-CAATAGAA--TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAGAAAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAa
gi|12 : CATGCC-A-GGCTT-GAA-C-TT-GAATTGATT-CCATGGGCA-ATAGTCTC-T-TTGTTTTAT-TGTTCTGAATAA---GGTATTT-A-TTT--T-AATACTTT--ATTATCA-CTG----AAAGAGAAA-TATATGTCAAA-AATCA-TAGAGCAAAACTGG-AATT-TGTTCC-TGTGGTATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-TTGGTTTTACGGA--AACGTTCTTGAGAAAGTCTTCTCTAAATTC-TCA-GT-CCAG-C-AGTCT-T-GAACGACAAGC-G-T--TTTTT----G-TTTG-TAATGAC--A-TCT--TTTCTAGATA-TCTCTCAGTGGACTGC-AATTAATTCTTATTTGTTTAATATACTAA---T----GAATTGG----T--GTTT--GT---GTGT--GT-G-GGG------G-----CACAGGGG---------G---------GGG-ttctataattgatctgatgtcagaataattagcgctactatttcaattttgggactttatatcatctcaagtatattaccagggggataactctttgagtttgttgactgctgaagaaaacaaatgacgtttaagattgcatttctaaactattattttcagtgacatagttttcgataaacccccattgtgtgatacatccttttatcgagcaagtcttcaatttttcaaccgataggtaatttaataagtctttgaagcatttttgcagtcttaa
gi|13 : TTCATTCTA-AGACCT-TCAATTT-GCAACTCACAAT--GATAGTAGCTCGAGT-AAGCTTGCGCACAGACAACAATATAGATGC-TAACAATTTGGTCTTTAGCG-AACTG-TGGGGTATGCACTT-AACAA-TGAGG-----ATGT------GA--TTGATCATCAGAAATTATGCCGCAGTA--T--ATT---CTCGATA--TCA--TCTTTCA---TGGC--AAATTTTACTTTTTTTTT---TTTTTTTTTA-TCTAAGTCAACATTTTC-TATTT-GAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTCAT-TTGTAAGGTAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGggggggggg
gi|14 : tGTG---TGAT-TG-GTGTGTGC-GCT-TAAGGTTATGGTAATA-T-CA-T--GC-T---G-----TGT-G-TAT--------TAT-GGA--GGTGGC--A-T---G-------TTGTG---TGTC--T-GTAATGTTT-TGATCG--AGA-TGC---A-G-T-TGCC-AT-AT-CTT-AAG---TAACATC-ATGTGAT---TT--AAGAAAACCGGGC-----CAATCT--GTGTGCA--TCCGAATGCACGTGTAACTGGTCTGT-ATTCATGC----ATGAAT-TCATG-----GCT-GTGTG---GCATGTGTG-TACAGATTGTGTGC---AGTG-GTGCA----AATGGCAGTGT-TCTGCAGTGCATG
gi|15 : -TTGATGGGCGG--CT-TT-TTG-----TA--T--TCCT-T---CCCATTC-----T-AAG---GG------TTTTTAAAGAAAAAAATT------------------------------------CTGGCAATC-AAAATA-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGAT-------TGGTATAT--ATC--A-AGTCAC-TCAAATT-TC--CTCA--AT--AACAGT-ACTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-T------------T-TA-AA-TGA-------A-GTTTTTGGGC--T-GA-AATAAGAGA----AAA----TG--TACACT---CTCCAGGG-TTA--Tttattattgttatg
gi|16 : TATG---TAAC-TGTATGTGCG------TAAA--TGTG----TA---CA-T--GCAA---A-----TGT-G-TAT-G------GAT-TAA--G---------T---A-------T-GTG---TAAT--T-GTGATGTGT-TAAT-GTAA-A-TATGTAA-A-TGTG-C-TT-AT-GTA-AATATGTA----C-ATGT-ATATGTT--GG------TGTGCA--TGTA---TAAATATGCATCT--GAAT-TATGTATA--T-GTATAT-AT--ATGTAAGTGTAAA----ATGCAGGTGTCAATGTATATTTGTAAATA-TGC----T-TATGCAAAAGTGTTCAT-T-TGTAtcacaaaacttttgcatttccatcgtca
gi|17 : caaaTGTACATGTGTGTACATGTGTGCAGTATGTAT-------AT-ATGTAT-GTAC--TATACATGAATGTA-TGTATGAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TATTTC-A----TAT-------T-----GG-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTA-TGT-TTGATGGTTAG--CT-TT-TG------TGTAT--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---G
gi|18 : GCA-T--GTGT---G-----TGT-G-TGT-GATTAGATATTGGA--GG---T--G-T---G-------T-GTG---TG-T--T-TTG-TGTGT-ACA-----------C---A-GAC-TG---AT-AGAATG-TA----CA----C-GTAT-AT---GT--AC------TGTG-G--TACA---T--CTTNTCG-------GTGCATGTGTG--T-GTGTGTGAT---TAG--ATATGGA---GGTG----TGT--GTGTGTGTTT---TGTGATAGAG--TGTATACACATATATGTACAacgggtgggatt
gi|19 : TGTA---A-ATGT--GT-TG--TACATGTGTGCAGTATGTATATAG-----TATGTACT-------ATACATGAATGTA-T-TATA-GGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TTT--ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--TT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---Ggtactg
gi|2 : ATGTA-TGGATAAGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-TTTATTCATAATGTAATTTT---ATT----CAT--ATTCGGTA-AC---TTCTCTTGCTTC-GCTGTTGT-------TTGATGGG-CAGCTT--T-T-TTGTATTC-CTTTCAT-TTTAGGGG------T-TT-TT------TG--T--TTTT-T---TT-GTTT-----T-----------GTT-TTTTTA----------TTTTTTGTATTCCTTCCCATTTTAAGGTGTGTTTTTTTCAGGCAGTT-AAAATC-TATTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGTT-A-TTGGTA--TTTATC--A-AGTTAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAC--AAGTT---ATA-----AACAACATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA-----AC-----T--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------ATTTAAATATTTTTT-A-TTTAAGTATACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAAT-TTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-CTAAA-TGAAGTTTTTGGGTTGAAATAAGAGAAATTAAATGTACACT-C-TCC--AGGGTTATTCAA-AGAAC-TT-CCTT-GTTGG-CCAATTTAGTCATTG-TTGTTTAAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAacgg
gi|2 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacAGAG-TTA--TCCTCCT---TGGT--AA------------TTaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacaattaccaaggaggataactcttgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|20 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtatggataaggaacaaatgaaaaaaaagacaatttttattcataatgtaattttattcatattcggtaacttctcttgcttcgctgttgtttgatgggcagcttttttgtattcctttcattttaggggttttttgttttttttgttttgtttttttattttttgtattccttcccattttaaggtgtgtttttttcaggcagttaaaatctatttccttcctctccatttctatgctagatgttattggtatttatcaagttactcaattttcctcaataatagtgctcgacaagttataaacaacattgatctacattgggcttagcgaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaaaactttttttccagagttatctttcttggcaaatttaaatattttttatttaagtatacattttctatttaaggaaaattatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataactaatttttagggcaaattcctagtctaaatgaagtttttgggttgaaataagagaaattaaatgtacactctccagggttattcaaagaacttccttgttggccaatttagtcattgttgtttaagaaataaagtaatatttcactttgaaattcttaaataaaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacATGCAT-GCATGT-ATGTATGTATGTA-TGTATAATGAACAA--ATG-AAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-TT---TT----TA-ATC-A----TAT-------TTA---G--TAACATGCT-T-GTGC-TTCACTGTTGT-TTTATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--TTGTCCT-T----CCATCTAAAGGC-AGG---GG--GTtgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|21 : gtagatcgatcgatagATGTAT-GTAC-CTATACATGAATGTATTGTTGCAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-TTT-T-----------------TT---ATT----CTT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTCAA----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--CT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---G
gi|22 : -TTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GAAGAGAAA-TATAT-TCAAA-A-TCA-TAAATT-----TG-TAATTATAT--T-TGTA---TTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-GTA---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCCCT-AATTC-TCA-GT-GAAGTC-AGTTT-T-G-ACGACAAGC-ATA--TTTTT----G-TTT--acgg
gi|23 : a---ATTAATT-----T--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GTAGAGAAA-GATAT-TCAAA-ACTCA-CAGATT------GGTAATTATGT--C-TGTA--AT--AT-CC--T-CTGC--ATTA-GCA---TTGCGCA--GA----CTTGAGAAA----TTTCT-AATTC-TCA-GTCC
gi|24 : aaatAAG-----A-GT------GAATT-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTTTTCTTCCAGAG-TTAATTCTTCCTTTCTGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTTT-TTTA--TTT---TTTTT-TTTTT-A--TAAA-ATTTAAAATCACA-TT
gi|25 : TAGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACCT--ACAATTGAGG-----A-GTG-----GA--T-GA-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--T-TTTCT---T-GC--AA------------ATTT---TTTTTT---A-TTT-AGTCTACATCT
gi|26 : TGTGACTATGTGTGTGCA-TGCATGCGTGTATGTGTGTGTACAT-TT-AT-CAC-CATAAAG-----ATCCTGACTATCAT
gi|27 : CA--TGCA---T--GCATGCG--T--GCATGCAAGAGTA--T-GTCTCT--T---TGC--GTATGAGT-TCGTACA--TGT
gi|28 : TTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAgt
gi|29 : --TCCT-A---CCCATTT-----T-AAG---GG----T-TTTTTAA--------Aatttctgaaattgattctgaatcaaaataata
gi|3 : AGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------CT---ATT----CAT--AAT--GTACAT---TT----T---TC-A----TATCTCCTGATCG---GG-TAACATGCTGC-TT-C-TTCGCTGTTTG-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TGTAT--TCCTGT---TCCATTT-----T-AGG---AGTTGTTGTTTTT-----------TTTTTTAA-----------TTTT--------TGTTCTTCTGGCAGT-CAAAATC-TCTTCCCTTCCT-CTCCCA-TTTCTATGCGA-ATGATCA-TTG--A-ATT--TT--ACAGTCACTTTAATTTCTC--CTCA--ATTAAATAGT-GCTTGAGAAAAGTTC--GTA-----AGGCATGTTGAT-CGTA-AC--TTAGGCTT-AGCG-AACTGTTG--------ACATCCACAA-TGAGGCAACAA-GT------GAG-G-GA-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTTTA--TCTCTGTG--TGGC--AA--------------TT---TTTTTTATAA-TTTAAGTCTACATTTTCATATTT-AAGGAAATATT----ATCA---TTAG-AATTTATTTATGGGAAGT--CGCATTGAC-GTGAGAGA-AT--AACTAATA-TTTAGGGCAAATCGCCTAGTATTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAAT-AGAGA----AAATGTACACT-CTTTC--AGGGTTGTTCAA-AGAGCTTT-CCTTAATTGGTCCA--TTAGTCAAAGATTGTTT--G-AAATAGTAGTAA-ATTTCACTTTG-A--ATTCTTAAATGAaaaagaaaaattctggcagtcaaaat
gi|4 : ACATGCC-AAG-CTT-AAA-C--T-GAAT--ATT-CCAT---CATAAAATATC-T----TTT-ATCTGT-C---ATAA----TTAATT----------A-TACTT---AT-ACCA-CT-----AAA-AGAAA---TAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAA-TATGT--C-TGAT--ATTT-T-CT--TACTGC--ATTATATG---TTAGGAAT-GA----C---AGAAA----TCTCT---TTC-TCATATCCAGGAC-A---C-T-G-ACGACAAGC-ATTTATTTTT----T-TTT--TAATGAC--A-TCT--GTTC----TAGCTTATCAGTGGA---C-AATTAATT-CTTGTT--TTA------TAA---TTGCCG--TTTG----T--G--T--GT---GGGTAAGT-GTGTG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGGATAGTTGTG----AATATGT-TGAGTGC-CTTTTAAG--T-T-----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-GA-----TAT-GAA--GG---C--A-T---GA------T-GTG---TG------CTG-TATGT-GCAT-G----A-T-C---A-G-T-TG-C-ATAAT-CTG--A----TA----C-ATGT-A----TT--A----------GCA--TGCA---T--GTG-------------------GTA----GT-TGT-AT--A-GC--GTATGAGTATCA---A--TGT--GT---TA-TTAT------TA--------ATGTACAAGTGTG-A------------CATGG-TGTGCA-TGCATGCATGTA---ATATGTACTT-TG-ATACAC-TGTAAATTATGAATCTAGATTATTATGTATTGTACGTTAT-TATGATAGTG-TCTATAAGGAACAAGTATGGAAA-AAA-GACAGATTAT-----------------TTAAAATTCCAACATG-AATA-GTA-ATAAATCA---TATTTC-A----TGCTA-----TCGAT-GC-TTAAATGCT-C-CTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CCATT-CTACATGATA--T--TCCT-TGTATCCATTT-----C-TTGCTTGT--GTT-TTTTTTT--------ATTTTTT-------------CTTT--------TTTTTTaatatctataattgattcgagttcagataattaggctataattccattttgggactttcatatttcgcattttctcaaacattaccaagtggggagtaactcttgtttgactgctcgaaaacaaatgacgttaagatctcgcattgatctaatccttttattttagaatagatttcgataaaccccacatgtgtgaactcgcttttgatttcgccaagtcttccaattttcaacgcgcataggtgaatttataagttgtttaagaattttgcagtgtttaa
gi|5 : AACAA--ATGGAAAAAAAAGACA-ATT-T-----------------TT---ATTT---CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG------TAACATGCT-C-TTGCCTTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAGGCTT-TT-TT------TA--T--TCCT-T---TCCATTT-----TTAGGT--GG--GGT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTCT--------TTTT---CTGGCAG--CAAAATCGTCTTTCCTTCCT--T-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGG-A-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAG--GCTTGAG--TAGTT---GTA-----A-CAATATTGAT-C-TA-CA--TTAG-CTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGGAA----GAC----TTTCT--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGCCAAA------------TTTT---TTTTTTTTAATTTTAAGTCTACATTTTC-TATTTGAAGGAAA-ATT----ATCATGTTTAGAAA-TTATTTAT-TGAAGTTGGA---TGA--ATGATAGAGATTCAACTAATA-TTTAGGCGAAATT-CTAAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTCGGCTGAAATAAGAGA----AAATG-ACACTAC-TTC--AGGGTTGTTC-A-AGAAC-TT--CTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATG-TTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAAATATTCTTAAATAAatttcttatataaagtatttattaatttttagcttctggcagcaaaatcatctttccttatcctattgtcgccatttctatgtagtagtgtagtgggtgtttatttattttatcaagtacgactgcaatttaattctattctaatcatag
gi|6 : aCACATGCCCA-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTG-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-AATTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCAGTAGA-T-----TGGTAATTATGT--C-TGTAT-ATTTAT-CCTGT-CTGC--ATTA-TTG---TTACG-A--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTCTTCA-GTTCCAGAC-AGTCTCT-G-ACACCAAGCAATT--TTTTT----GCTTT--TGATAATACA-TC----TTC----TA-TCTATCAAT-GGAT-C-AATTAATT-CTTGTTG-TTA------TAATG-T----G--TTTGTGGAT--G--T--GT---GTGT--GT-G-GG----------------GGGGT---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTG-GTG--CCTGTAAG--TATG----TA-TGCATT--GCATGCAG-----TGT-G-TAT-G------TAT--GA--GC---C--A-T---G-------T-GTG------T--T-CTG-T-TGT-GCAT-G--A-ATTGC---A-G-T-TG-C-AT-AT-CTGAAA----TA----CTCTGT-A----------------CATGCGGTTGCA---T---TGTGCA--T--GCATGCATGTGTA--T-GTCTG---T--ATGC--ATAGGAAT-TCATGCA--TGTatttctataatatgattctgagtcagaataataggctataattccattttggactttatttcccatttttcaaaaattaccaagggggtgataacttcttgttgttgactgctgaaaaccaaatgacgttaagattgcattttctaatcctttatttcagacattagttgttcgataaacccccatgtggtatacatctttttattcggcaagtcttcaattttcaaccgcatagttaattttatagtgtttaagaatttttgcaatctttaa
gi|7 : aACATGCT-C-G-CTTTGAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATCTTCTTGTTT-AT-TGTTCG--ATAA---A-TAGTT-GATTT--TAA-TACTT---AATATCG-CTTTACCATAGA-AAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--G--TAT-CT--T-CTGCAAATAG-CTG---TTACGCAG-GA----CTTGAG-AC----TCTCT-AATTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC-----A-CCAATTCGT-GGAT-CAAATTAATTACTAGTGG-TTA------CAA---T-------TGTG----TCAG--T--GT---ATGT--GT-G-GGGGTGTTAT-----T-TGGGGAGGGGAGTGTG---------GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTG-GTGTATCTGTAAG--TATG----C----CA-T--GTAT---A-----TGTGG-TAT-G------C-T-GGAAGGG---C--A-TGGGG-------T-GTGTTCTGTT--T-TTT-TGTGTAACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TG-CAAT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-g
gi|8 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-GATTT--T-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAC----TCTCT-AATTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAGTGG-TTA------CAATTGT----G--TCAG----T--G--T--AT---GTGT--G--G-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGGAGTGTGGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTCTGT-TTT-TGTGT-ACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TG-C-AT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-AT---Tctgaagtagggaggtaatagatagtcgatagtatcgataattatgcgaatgtcaatgcgcacg
gi|9 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATTTCCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT--GTTC---ATAAT--ATTGATT---TTA--A-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAATA-TCA-TAGATT-----TTGAAATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---T-ACGCA--GA----CTTGAGAAC----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCAGGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAG-TG-GTA------CAA------------TTG----T--G--TCAGT---GTATG-GTGG-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGAGTGT-GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTC--TGTTT-TGTGT-ACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TG-C-AT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-AT---Tgaagtagggaggtatagatagtcgatagtatcgataattatcgatgtcaatgcgcacgg
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 222 111 11111 11111 11111 11 1111 1 66666666666666666666666666666666666 11111 1 1 33333333333333333333 1111 11 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111111111 111111111 111111 1111111 1111 1111111111111 3333333333333333 111 1111111 22222222 1111 111111111 22 2222222 333333 1111111 1 22222 11 11 2222222222 33333333 33333333333333333 111 1111 11 11 1111111 1111 4444444444444444 111111 11 111 2222222222 5555555555555555555555555 111 111 1 11 111 11111 22222222 11111 111111 11 1111 11111111 111 2222222222222 111 1111 11 111 11 22 1111 11 1
lowQualScore : 000 5 5 55 2 5 66 5 5 5 0 9 5 6 55 88 333 222 1 666 55 4 4 111 55 44444 1 555 4 4 8 4 0 00000 8 55 4 33333 4 55 4 55 55 777 5 33 8888 4444 4 8 8 1 3 8 4 4 4 22222222222222222222222222222222222 5 66 11111 5 1 5 0 666 0 1 5 00000000000000000000 0000 66 66 66 888 11 5 5 3333333333333333333333333333333333333333 5 777 4 4 999 1 00000000000 66 4 55 777777777 4 4 4 555555 4 55 999999 4 777 7777777 4 777 1111 4 8 3 66 4 9999 4 0 777 4 4 4 4 4 4 4 6666666666666 55 4 9999999999999999 111 7777777 77777777 7 0 1111 4 77 333333333 999 1 3 77 44 0 5 3 999999 7777777 0 1 0 3 666666 3333333 0 00000 2 3 8 33 2 44 1 2 3 5555555555 22222222 3 5 2 33 66 7 0 2 4 4 4 11111111111111111 222 3333 00 00 4 777 6666666 4 3333 0000000000000000 4 4 8 4 55 4 8 555555 11 55 3 9999 99999 3 0 000 999999 7777777777 5555555555555555555555555 5 0 999 8 8 8 8 3 111 5 88 5 99 6 6 6 99 99 99 3 55 888 66666 1 1 6 6 6 99 0 5 5 5 00000000 1 88 5 22222 5 999999 11 5 5 5 0000 44444444 66 888 4 66 333 66 9999999999999 000 1 999 6 6 6 4444 1 6 8 8 8 11 444 8 8 11 11 8 8 8 11 7777 0 8 8 11 0 0 0 8 8 8 8 8 0 5 6 8 8 0 99
lowQualScore : ... . . .. . . .. . . . . . . . .. .. ... ... . ... .. . . ... .. ..... . ... . . . . . ..... . .. . ..... . .. . .. .. ... . .. .... .... . . . . . . . . . ................................... . .. ..... . . . . ... . . . .................... .... .. .. .. ... .. . . ........................................ . ... . . ... . ........... .. . .. ......... . . . ...... . .. ...... . ... ....... . ... .... . . . .. . .... . . ... . . . . . . . ............. .. . ................ ... ....... ........ . . .... . .. ......... ... . . .. .. . . . ...... ....... . . . . ...... ....... . ..... . . . .. . .. . . . .......... ........ . . . .. .. . . . . . . ................. ... .... .. .. . ... ....... . .... ................ . . . . .. . . ...... .. .. . .... ..... . . ... ...... .......... ......................... . . ... . . . . . ... . .. . .. . . . .. .. .. . .. ... ..... . . . . . .. . . . . ........ . .. . ..... . ...... .. . . . .... ........ .. ... . .. ... .. ............. ... . ... . . . .... . . . . . .. ... . . .. .. . . . .. .... . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 000 0 0 88 5 0 99 0 0 0 8 4 0 5 11 22 888 222 9 777 55 0 0 000 22 00000 0 222 0 0 0 0 9 00000 3 55 0 99999 0 55 0 55 00 000 0 55 5555 0000 0 0 0 6 9 9 4 4 4 22222222222222222222222222222222222 0 99 55555 0 0 0 1 222 8 0 0 66666666666666666666 6666 99 99 99 888 99 0 0 9999999999999999999999999999999999999999 0 888 4 8 333 1 11111111111 33 0 55 444444444 0 0 0 555555 0 55 111111 0 000 0000000 0 000 6666 0 0 2 77 4 7777 4 1 888 4 4 4 4 4 4 4 4444444444444 44 4 2222222222222222 999 6666666 00000000 9 3 6666 3 11 111111111 444 4 0 99 44 8 6 8 888888 4444444 8 4 8 8 333333 8888888 0 55555 8 6 0 88 8 00 0 8 0 2222222222 55555555 3 7 3 77 11 3 9 7 4 4 4 11111111111111111 222 9999 66 66 4 888 3333333 4 9999 4444444444444444 4 4 9 0 55 0 0 555555 00 00 6 0000 11111 6 4 000 555555 6666666666 0000000000000000000000000 7 6 000 0 0 0 0 2 888 6 88 2 22 7 7 7 22 22 22 3 88 333 77777 7 7 7 7 7 22 7 7 7 7 77777777 6 77 7 55555 0 444444 99 0 0 1 6666 99999999 99 888 4 11 888 99 2222222222222 000 7 333 7 7 7 2222 7 7 0 0 0 00 000 0 0 00 22 0 0 0 66 0000 8 0 0 00 8 8 8 0 0 0 0 0 8 8 0 0 0 8 22
consensus : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TG-C-AT-AT-CTG-NA----TA----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCG--T--GCATGCATGTGTA--T-GTCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TACAG--TGTATGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCNATGT-TGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGTATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
Reference ( family-3985 ) : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TG-C-AT-AT-CTG-NA----TA----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCG--T--GCATGCATGTGTA--T-GTCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TACAG--TGTATGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCCATGT-TGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGTATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|1 : GCACATGCC-A-G-CTT-GAAATCTT-GAAT--AT---CA-GT-CA-AATTTATC-TCTTGTT--AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTTATT-G-TACTT---ATTATCAACT-----AAAGAGAAAAGATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--CCTGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC---TTA-TTG---TTACGGATGAA----CTTGAGAAA----TCTCC-AAT-C-TCAAGTCCCAGACCAGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTTGGTAAGAA---A-TATCAGTTC----TA-TCAATCAGTGGGAT-C-AATTAATTTCTTGTTG-TTA------TGA---T----G--TTTG----T--G--T--GT----TGT--GT-G-G----------------TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TAATGCA-T--GCATT--G-----TGT-GATATCG------TAT-GGA--GG---A--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TATGT-GCAT-G--A-A-TGC---AAG-T-TG-C-AT-AT-CTG-AA----TA----C-ATGT-AT---TTTAAG------CATGTG--TGCA---TA-GTGTGCA--TT-GCAT-CATGTGTA--T-GTCTGT-AT--ATGT--ATATGAAT-TCATGCA--TGTT-GTGTGTATTTATATGTG-TGCAT--TGTGTACACATGTGTGTACATGTGTATTGCCATGC-NNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--GGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---AT-----CATTAAAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-AG---TAT-------TCG---GGGTAACATGCT-CGTTGC-TTCGCTGTTGTGTTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TTCT-T---GTCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------CTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCTGCT-CCAATTCCTATGCTAGATGCT-AATTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAT-GCAATTT-TC---TCA---T--AATAGTTGCTTGAG--TAGTT---GTA-----AACAAT-TTGAT-C-TA-CA--TTAGGCTT-AGCGGAACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A--T------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----GT--T--TTT---TTCCAGAA-GTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGACAATGATAAG-TT--AACTAATATTTTGGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAATTGAAGTTTTTCGGGTGAAATAAGAGG----AAATGTACACT-C-TTC--AGGG-TGTTCAA-AGAAC-TTCCCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGTTGGTTTTAG-AAATAA-AGTAATTTTCCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|10 : GCACATGCC-A-C-TTT-GAA-CCTTTGAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTT-AT--GTTC---ATAACTTATTAATTCG-TTT--T-A-TACTTTATATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA---TCA--AGAAT-----TAGTAAG-ATGC--T-TGTA--ATTTATTCC--T-CTGC--AT---ATG---TTACGGA--GC----TTCGAGAAAAA--TCTCT-AATTCCTCA-GTCC-AGACCAGTCT-TTG-A-GACAAGC-ATT--TTTTTTTTTG-TTTGGTAATGA---AATCT--GT-C----TA-TTTCCCAGTGGGAT---AATTAATTTCTTGTTG-T-G------TA----T----G--TTTG----T--G--T--TTTTTGT-T--GT-G-TGC------T-----G-TGGGGG---------G---------GGG-GAGGTGTGGTGTGAT-TGTGTGTG-GC-CCTGTAAG--TATG----T--TGCA-TTGGCAT---GGTTGATAT-G-TAG-G------TAT-G-A--GG---CCCACT---GAGCTCGAT-GTG---TGTG--T-TTG-T-TGT-
gi|11 : aCTTAAATA---GA----AAATGTAGACT-C-TTTCAAGGGTTGT-CAATAGAA--TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAGAAAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAa
gi|12 : CATGCC-A-GGCTT-GAA-C-TT-GAATTGATT-CCATGGGCA-ATAGTCTC-T-TTGTTTTAT-TGTTCTGAATAA---GGTATTT-A-TTT--T-AATACTTT--ATTATCA-CTG----AAAGAGAAA-TATATGTCAAA-AATCA-TAGAGCAAAACTGG-AATT-TGTTCC-TGTGGTATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-TTGGTTTTACGGA--AACGTTCTTGAGAAAGTCTTCTCTAAATTC-TCA-GT-CCAG-C-AGTCT-T-GAACGACAAGC-G-T--TTTTT----G-TTTG-TAATGAC--A-TCT--TTTCTAGATA-TCTCTCAGTGGACTGC-AATTAATTCTTATTTGTTTAATATACTAA---T----GAATTGG----T--GTTT--GT---GTGT--GT-G-GGG------G-----CACAGGGG---------G---------GGG-ttctataattgatctgatgtcagaataattagcgctactatttcaattttgggactttatatcatctcaagtatattaccagggggataactctttgagtttgttgactgctgaagaaaacaaatgacgtttaagattgcatttctaaactattattttcagtgacatagttttcgataaacccccattgtgtgatacatccttttatcgagcaagtcttcaatttttcaaccgataggtaatttaataagtctttgaagcatttttgcagtcttaa
gi|13 : TTCATTCTA-AGACCT-TCAATTT-GCAACTCACAAT--GATAGTAGCTCGAGT-AAGCTTGCGCACAGACAACAATATAGATGC-TAACAATTTGGTCTTTAGCG-AACTG-TGGGGTATGCACTT-AACAA-TGAGG-----ATGT------GA--TTGATCATCAGAAATTATGCCGCAGTA--T--ATT---CTCGATA--TCA--TCTTTCA---TGGC--AAATTTTACTTTTTTTTT---TTTTTTTTTA-TCTAAGTCAACATTTTC-TATTT-GAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTCAT-TTGTAAGGTAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGggggggggg
gi|14 : tGTG---TGAT-TG-GTGTGTGC-GCT-TAAGGTTATGGTAATA-T-CA-T--GC-T---G-----TGT-G-TAT--------TAT-GGA--GGTGGC--A-T---G-------TTGTG---TGTC--T-GTAATGTTT-TGATCG--AGA-TGC---A-G-T-TGCC-AT-AT-CTT-AAG---TAACATC-ATGTGAT---TT--AAGAAAACCGGGC-----CAATCT--GTGTGCA--TCCGAATGCACGTGTAACTGGTCTGT-ATTCATGC----ATGAAT-TCATG-----GCT-GTGTG---GCATGTGTG-TACAGATTGTGTGC---AGTG-GTGCA----AATGGCAGTGT-TCTGCAGTGCATG
gi|15 : -TTGATGGGCGG--CT-TT-TTG-----TA--T--TCCT-T---CCCATTC-----T-AAG---GG------TTTTTAAAGAAAAAAATT------------------------------------CTGGCAATC-AAAATA-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGAT-------TGGTATAT--ATC--A-AGTCAC-TCAAATT-TC--CTCA--AT--AACAGT-ACTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-T------------T-TA-AA-TGA-------A-GTTTTTGGGC--T-GA-AATAAGAGA----AAA----TG--TACACT---CTCCAGGG-TTA--Tttattattgttatg
gi|16 : TATG---TAAC-TGTATGTGCG------TAAA--TGTG----TA---CA-T--GCAA---A-----TGT-G-TAT-G------GAT-TAA--G---------T---A-------T-GTG---TAAT--T-GTGATGTGT-TAAT-GTAA-A-TATGTAA-A-TGTG-C-TT-AT-GTA-AATATGTA----C-ATGT-ATATGTT--GG------TGTGCA--TGTA---TAAATATGCATCT--GAAT-TATGTATA--T-GTATAT-AT--ATGTAAGTGTAAA----ATGCAGGTGTCAATGTATATTTGTAAATA-TGC----T-TATGCAAAAGTGTTCAT-T-TGTAtcacaaaacttttgcatttccatcgtca
gi|17 : caaaTGTACATGTGTGTACATGTGTGCAGTATGTAT-------AT-ATGTAT-GTAC--TATACATGAATGTA-TGTATGAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TATTTC-A----TAT-------T-----GG-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTA-TGT-TTGATGGTTAG--CT-TT-TG------TGTAT--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---G
gi|18 : GCA-T--GTGT---G-----TGT-G-TGT-GATTAGATATTGGA--GG---T--G-T---G-------T-GTG---TG-T--T-TTG-TGTGT-ACA-----------C---A-GAC-TG---AT-AGAATG-TA----CA----C-GTAT-AT---GT--AC------TGTG-G--TACA---T--CTTNTCG-------GTGCATGTGTG--T-GTGTGTGAT---TAG--ATATGG-----AGGTG--TGT--GTGTGTGTTT---TGTGATAGAG--TGTATACACATATATGTACAacgggtgggatt
gi|19 : TGTA---A-ATGT--GT-TG--TACATGTGTGCAGTATGTATATAG-----TATGTACT-------ATACATGAATGTA-T-TATA-GGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TTT--ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--TT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---Ggtactg
gi|2 : ATGTA-TGGATAAGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-TTTATTCATAATGTAATTTT---ATT----CAT--ATTCGGTA-AC---TTCTCTTGCTTC-GCTGTTGT-------TTGATGGG-CAGCTT--T-T-TTGTATTC-CTTTCAT-TTTAGGGG------T-TT-TT------TG--T--TTTT-T---TT-GTTT-----T-----------GTT-TTTTTA----------TTTTTTGTATTCCTTCCCATTTTAAGGTGTGTTTTTTTCAGGCAGTT-AAAATC-TATTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGTT-A-TTGGTA--TTTATC--A-AGTTAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAC--AAGTT---ATA-----AACAACATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA-----AC-----T--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------ATTTAAATATTTTTT-A-TTTAAGTATACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAAT-TTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-CTAAA-TGAAGTTTTTGGGTTGAAATAAGAGAAATTAAATGTACACT-C-TCC--AGGGTTATTCAA-AGAAC-TT-CCTT-GTTGG-CCAATTTAGTCATTG-TTGTTTAAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAacgg
gi|2 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacAGAG-TTA--TCCTCCT---TGGT--AA------------TTaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacaattaccaaggaggataactcttgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|20 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtatggataaggaacaaatgaaaaaaaagacaatttttattcataatgtaattttattcatattcggtaacttctcttgcttcgctgttgtttgatgggcagcttttttgtattcctttcattttaggggttttttgttttttttgttttgtttttttattttttgtattccttcccattttaaggtgtgtttttttcaggcagttaaaatctatttccttcctctccatttctatgctagatgttattggtatttatcaagttactcaattttcctcaataatagtgctcgacaagttataaacaacattgatctacattgggcttagcgaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaaaactttttttccagagttatctttcttggcaaatttaaatattttttatttaagtatacattttctatttaaggaaaattatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataactaatttttagggcaaattcctagtctaaatgaagtttttgggttgaaataagagaaattaaatgtacactctccagggttattcaaagaacttccttgttggccaatttagtcattgttgtttaagaaataaagtaatatttcactttgaaattcttaaataaaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacATGCAT-GCATGT-ATGTATGTATGTA-TGTATAATGAACAA--ATG-AAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-TT---TT----TA-ATC-A----TAT-------TTA---G--TAACATGCT-T-GTGC-TTCACTGTTGT-TTTATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--TTGTCCT-T----CCATCTAAAGGC-AGG---GG--GTtgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|21 : gtagatcgatcgatagATGTAT-GTAC-CTATACATGAATGTATTGTTGCAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-TTT-T-----------------TT---ATT----CTT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTCAA----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--CT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---G
gi|22 : -TTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GAAGAGAAA-TATAT-TCAAA-A-TCA-TAAATT-----TG-TAATTATAT--T-TGTA---TTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-GTA---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCCCT-AATTC-TCA-GT-GAAGTC-AGTTT-T-G-ACGACAAGC-ATA--TTTTT----G-TTT--acgg
gi|23 : a---ATTAATT-----T--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GTAGAGAAA-GATAT-TCAAA-ACTCA-CAGATT------GGTAATTATGT--C-TGTA--AT--AT-CC--T-CTGC--ATTA-GCA---TTGCGCA--GA----CTTGAGAAA----TTTCT-AATTC-TCA-GTCC
gi|24 : aaatAAG-----A-GT------GAATT-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTTTTCTTCCAGAG-TTAATTCTTCCTTTCTGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTTT-TTTA--TTT---TTTTT-TTTTT-A--TAAA-ATTTAAAATCACA-TT
gi|25 : TAGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACCT--ACAATTGAGG-----A-GTG-----GA--T-GA-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--T-TTTCT---T-GC--AA------------ATTT---TTTTTT---A-TTT-AGTCTACATCT
gi|26 : TGTGACTATGTGTGTGCA-TGCATGCGTGTATGTGTGTGTACAT-TT-AT-CAC-CATAAAG-----ATCCTGACTATCAT
gi|27 : CA--TGCA---T--GCATGCG--T--GCATGCAAGAGTA--T-GTCTCT--T---TGC--GTATGAGT-TCGTACA--TGT
gi|28 : TTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAgt
gi|29 : --TCCT-A---CCCATTT-----T-AAG---GG----T-TTTTTAA--------Aatttctgaaattgattctgaatcaaaataata
gi|3 : AGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------CT---ATT----CAT--AAT--GTACAT---TT----T---TC-A----TATCTCCTGATCG---GG-TAACATGCTGC-TT-C-TTCGCTGTTTG-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TGTAT--TCCTGT---TCCATTT-----T-AGG---AGTTGTTGTTTTT-----------TTTTTTAA-----------TTTT--------TGTTCTTCTGGCAGT-CAAAATC-TCTTCCCTTCCT-CTCCCA-TTTCTATGCGA-ATGATCA-TTG--A-ATT--TT--ACAGTCACTTTAATTTCTC--CTCA--ATTAAATAGT-GCTTGAGAAAAGTTC--GTA-----AGGCATGTTGAT-CGTA-AC--TTAGGCTT-AGCG-AACTGTTG--------ACATCCACAA-TGAGGCAACAA-GT------GAG-G-GA-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTTTA--TCTCTGTG--TGGC--AA--------------TT---TTTTTTATAA-TTTAAGTCTACATTTTCATATTT-AAGGAAATATT----ATCA---TTAG-AATTTATTTATGGGAAGT--CGCATTGAC-GTGAGAGA-AT--AACTAATA-TTTAGGGCAAATCGCCTAGTATTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAAT-AGAGA----AAATGTACACT-CTTTC--AGGGTTGTTCAA-AGAGCTTT-CCTTAATTGGTCCA--TTAGTCAAAGATTGTTT--G-AAATAGTAGTAA-ATTTCACTTTG-A--ATTCTTAAATGAaaaagaaaaattctggcagtcaaaat
gi|4 : ACATGCC-AAG-CTT-AAA-C--T-GAAT--ATT-CCAT---CATAAAATATC-T----TTT-ATCTGT-C---ATAA----TTAATT----------A-TACTT---AT-ACCA-CT-----AAA-AGAAA---TAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAA-TATGT--C-TGAT--ATTT-T-CT--TACTGC--ATTATATG---TTAGGAAT-GA----C---AGAAA----TCTCT---TTC-TCATATCCAGGAC-A---C-T-G-ACGACAAGC-ATTTATTTTT----T-TTT--TAATGAC--A-TCT--GTTC----TAGCTTATCAGTGGA---C-AATTAATT-CTTGTT--TTA------TAA---TTGCCG--TTTG----T--G--T--GT---GGGTAAGT-GTGTG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGGATAGTTGTG----AATATGT-TGAGTGC-CTTTTAAG--T-T-----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-GA-----TAT-GAA--GG---C--A-T---GA------T-GTG---TG------CTG-TATGT-GCAT-G----A-T-C---A-G-T-TG-C-ATAAT-CTG--A----TA----C-ATGT-A----TT--A----------GCA--TGCA---T--GTG-------------------GTA----GT-TGT-AT--A-GC--GTATGAGTATCA---A--TGT--GT---TA-TTAT------TA--------ATGTACAAGTGTG-AC------ATGG-------TGTGCA-TGCATGCATGTA---ATATGTACTT-TG-ATACAC-TGTAAATTATGAATCTAGATTATTATGTATTGTACGTTAT-TATGATAGTG-TCTATAAGGAACAAGTATGGAAA-AAA-GACAGATTAT-----------------TTAAAATTCCAACATG-AATA-GTA-ATAAATCA---TATTTC-A----TGCTA-----TCGAT-GC-TTAAATGCT-C-CTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CCATT-CTACATGATA--T--TCCT-TGTATCCATTT-----C-TTGCTTGT--GTT-TTTTTTT--------ATTTTTT-------------CTTT--------TTTTTTaatatctataattgattcgagttcagataattaggctataattccattttgggactttcatatttcgcattttctcaaacattaccaagtggggagtaactcttgtttgactgctcgaaaacaaatgacgttaagatctcgcattgatctaatccttttattttagaatagatttcgataaaccccacatgtgtgaactcgcttttgatttcgccaagtcttccaattttcaacgcgcataggtgaatttataagttgtttaagaattttgcagtgtttaa
gi|5 : AACAA--ATGGAAAAAAAAGACA-ATT-T-----------------TT---ATTT---CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG------TAACATGCT-C-TTGCCTTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAGGCTT-TT-TT------TA--T--TCCT-T---TCCATTT-----TTAGGT--GG--GGT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTCT--------TTTT---CTGGCAG--CAAAATCGTCTTTCCTTCCT--T-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGG-A-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAG--GCTTGAG--TAGTT---GTA-----A-CAATATTGAT-C-TA-CA--TTAG-CTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGGAA----GAC----TTTCT--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGCCAAA------------TTTT---TTTTTTTTAATTTTAAGTCTACATTTTC-TATTTGAAGGAAA-ATT----ATCATGTTTAGAAA-TTATTTAT-TGAAGTTGGA---TGA--ATGATAGAGATTCAACTAATA-TTTAGGCGAAATT-CTAAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTCGGCTGAAATAAGAGA----AAATG-ACACTAC-TTC--AGGGTTGTTC-A-AGAAC-TT--CTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATG-TTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAAATATTCTTAAATAAatttcttatataaagtatttattaatttttagcttctggcagcaaaatcatctttccttatcctattgtcgccatttctatgtagtagtgtagtgggtgtttatttattttatcaagtacgactgcaatttaattctattctaatcatag
gi|6 : aCACATGCCCA-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTG-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-AATTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCAGTAGA-T-----TGGTAATTATGT--C-TGTAT-ATTTAT-CCTGT-CTGC--ATTA-TTG---TTACG-A--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTCTTCA-GTTCCAGAC-AGTCTCT-G-ACACCAAGCAATT--TTTTT----GCTTT--TGATAATACA-TC----TTC----TA-TCTATCAAT-GGAT-C-AATTAATT-CTTGTTG-TTA------TAATG-T----G--TTTGTGGAT--G--T--GT---GTGT--GT-G-GG----------------GGGGT---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTG-GTG--CCTGTAAG--TATG----TA-TGCATT--GCATGCAG-----TGT-G-TAT-G------TAT--GA--GC---C--A-T---G-------T-GTG------T--T-CTG-T-TGT-GCAT-G--A-ATTGC---A-G-T-TG-C-AT-AT-CTGAAA----TA----CTCTGT-A----------------CATGCGGTTGCA---T---TGTGCA--T--GCATGCATGTGTA--T-GTCTG---T--ATGC--ATAGGAAT-TCATGCA--TGTatttctataatatgattctgagtcagaataataggctataattccattttggactttatttcccatttttcaaaaattaccaagggggtgataacttcttgttgttgactgctgaaaaccaaatgacgttaagattgcattttctaatcctttatttcagacattagttgttcgataaacccccatgtggtatacatctttttattcggcaagtcttcaattttcaaccgcatagttaattttatagtgtttaagaatttttgcaatctttaa
gi|7 : aACATGCT-C-G-CTTTGAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATCTTCTTGTTT-AT-TGTTCG--ATAA---A-TAGTT-GATTT--TAA-TACTT---AATATCG-CTTTACCATAGA-AAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--G--TAT-CT--T-CTGCAAATAG-CTG---TTACGCAG-GA----CTTGAG-AC----TCTCT-AATTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC-----A-CCAATTCGT-GGAT-CAAATTAATTACTAGTGG-TTA------CAA---T-------TGTG----TCAG--T--GT---ATGT--GT-G-GGGGTGTTAT-----T-TGGGGAGGGGAGTGTG---------GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTG-GTGTATCTGTAAG--TATG----C----CA-T--GTAT---A-----TGTGG-TAT-G------C-T-GGAAGGG---C--A-TGGGG-------T-GTGTTCTGTT--T-TTT-TGTGTAACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TG-CAAT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-g
gi|8 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-GATTT--T-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAC----TCTCT-AATTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAGTGG-TTA------CAATTGT----G--TCAG----T--G--T--AT---GTGT--G--G-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGGAGTGTGGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTCTGT-TTT-TGTGT-ACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TG-C-AT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-AT---Tctgaagtagggaggtaatagatagtcgatagtatcgataattatgcgaatgtcaatgcgcacg
gi|9 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATTTCCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT--GTTC---ATAAT--ATTGATT---TTA--A-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAATA-TCA-TAGATT-----TTGAAATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---T-ACGCA--GA----CTTGAGAAC----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCAGGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAG-TG-GTA------CAA------------TTG----T--G--TCAGT---GTATG-GTGG-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGAGTGT-GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTC--TGTTT-TGTGT-ACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TG-C-AT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-AT---Tgaagtagggaggtatagatagtcgatagtatcgataattatcgatgtcaatgcgcacgg
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 222 111 11111 11111 11111 11 1111 1 66666666666666666666666666666666666 11111 1 1 33333333333333333333 1111 11 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111111111 111111111 111111 1111111 1111 1111111111111 3333333333333333 111 1111111 222222222 111111111 22 2222222 333333 1111111 1 22222 11 11 2222222222 33333333 33333333333333333 111 1111 11 11 1111111 1111 4444444444444444 111111 11 111 2222222222 5555555555555555555555555 111 111 1 11 111 11111 22222222 11111 111111 11 1111 11111111 111 2222222222222 111 1111 11 111 11 22 1111 11 1
lowQualScore : 000 5 5 55 2 5 66 5 5 5 0 9 5 6 55 88 333 222 1 666 55 4 4 111 55 44444 1 555 4 4 8 4 0 00000 8 55 4 33333 4 55 4 55 55 777 5 33 8888 4444 4 8 8 1 3 8 4 4 4 22222222222222222222222222222222222 5 66 11111 5 1 5 0 666 0 1 5 00000000000000000000 0000 66 66 66 888 11 5 5 3333333333333333333333333333333333333333 5 777 4 4 999 1 00000000000 66 4 55 777777777 4 4 4 555555 4 55 999999 4 777 7777777 4 777 1111 4 8 3 66 4 9999 4 0 777 4 4 4 8 4 4 6666666666666 55 4 9999999999999999 111 7777777 777777777 7 0 77 5 4 77 333333333 999 1 3 77 44 0 5 3 999999 7777777 0 1 0 3 666666 1111111 0 00000 2 3 8 33 2 44 1 2 3 5555555555 22222222 3 5 2 33 66 7 0 2 4 4 4 11111111111111111 222 3333 00 00 4 777 6666666 4 3333 0000000000000000 4 4 8 4 55 4 8 555555 11 55 3 9999 99999 3 0 000 999999 7777777777 5555555555555555555555555 5 0 999 8 8 8 8 3 111 5 88 5 99 6 6 6 99 99 99 3 55 888 66666 1 1 6 6 6 99 0 5 5 5 00000000 1 88 5 22222 5 999999 11 5 5 5 0000 44444444 66 888 4 66 333 66 9999999999999 000 1 999 6 6 6 4444 1 6 8 8 8 11 444 8 8 11 11 8 8 8 11 7777 0 8 8 11 0 0 0 8 8 8 8 8 0 5 6 8 8 0 99
lowQualScore : ... . . .. . . .. . . . . . . . .. .. ... ... . ... .. . . ... .. ..... . ... . . . . . ..... . .. . ..... . .. . .. .. ... . .. .... .... . . . . . . . . . ................................... . .. ..... . . . . ... . . . .................... .... .. .. .. ... .. . . ........................................ . ... . . ... . ........... .. . .. ......... . . . ...... . .. ...... . ... ....... . ... .... . . . .. . .... . . ... . . . . . . ............. .. . ................ ... ....... ......... . . .. . . .. ......... ... . . .. .. . . . ...... ....... . . . . ...... ....... . ..... . . . .. . .. . . . .......... ........ . . . .. .. . . . . . . ................. ... .... .. .. . ... ....... . .... ................ . . . . .. . . ...... .. .. . .... ..... . . ... ...... .......... ......................... . . ... . . . . . ... . .. . .. . . . .. .. .. . .. ... ..... . . . . . .. . . . . ........ . .. . ..... . ...... .. . . . .... ........ .. ... . .. ... .. ............. ... . ... . . . .... . . . . . .. ... . . .. .. . . . .. .... . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 000 0 0 88 5 0 99 0 0 0 8 4 0 5 11 22 888 222 9 777 55 0 0 000 22 00000 0 222 0 0 0 0 9 00000 3 55 0 99999 0 55 0 55 00 000 0 55 5555 0000 0 0 0 6 9 9 4 4 4 22222222222222222222222222222222222 0 99 55555 0 0 0 1 222 8 0 0 66666666666666666666 6666 99 99 99 888 99 0 0 9999999999999999999999999999999999999999 0 888 4 8 333 1 11111111111 33 0 55 444444444 0 0 0 555555 0 55 111111 0 000 0000000 0 000 6666 0 0 2 77 4 7777 4 1 888 4 4 4 9 4 4 4444444444444 44 4 2222222222222222 999 6666666 000000000 9 3 99 7 3 11 111111111 444 4 0 99 44 8 6 8 888888 4444444 8 4 8 8 333333 8888888 0 55555 8 6 0 88 8 00 0 8 0 2222222222 55555555 3 7 3 77 11 3 9 7 4 4 4 11111111111111111 222 9999 66 66 4 888 3333333 4 9999 4444444444444444 4 4 9 0 55 0 0 555555 00 00 6 0000 11111 6 4 000 555555 6666666666 0000000000000000000000000 7 6 000 0 0 0 0 2 888 6 88 2 22 7 7 7 22 22 22 3 88 333 77777 7 7 7 7 7 22 7 7 7 7 77777777 6 77 7 55555 0 444444 99 0 0 1 6666 99999999 99 888 4 11 888 99 2222222222222 000 7 333 7 7 7 2222 7 7 0 0 0 00 000 0 0 00 22 0 0 0 66 0000 8 0 0 00 8 8 8 0 0 0 0 0 8 8 0 0 0 8 22
consensus : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-NA----TA----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCG--T-GC--ATGCATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TACAG--TGTATGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCNATGT-TGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGTATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
Reference ( family-3985 ) : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-NA----TA----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCG--T-GC--ATGCATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TACAG--TGTATGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCNATGT-TGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGTATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|1 : GCACATGCC-A-G-CTT-GAAATCTT-GAAT--AT---CA-GT-CA-AATTTATC-TCTTGTT--AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTTATT-G-TACTT---ATTATCAACT-----AAAGAGAAAAGATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--CCTGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC---TTA-TTG---TTACGGATGAA----CTTGAGAAA----TCTCC-AAT-C-TCAAGTCCCAGACCAGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTTGGTAAGAA---A-TATCAGTTC----TA-TCAATCAGTGGGAT-C-AATTAATTTCTTGTTG-TTA------TGA---T----G--TTTG----T--G--T--GT----TGT--GT-G-G----------------TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TAATGCA-T--GCATT--G-----TGT-GATATCG------TAT-GGA--GG---A--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TATGT-GCAT-G--A-A-TGC---AAG-T-TGC-AT-AT-CTG-AA----TA----C-ATGT-AT---TTTAAG------CATGTG--TGCA---TA-GTGTGCA--TTGC--AT-CATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGT--ATATGAAT-TCATGCA--TGTT-GTGTGTATTTATATGTG-TGCAT--TGTGTACACATGTGTGTACATGTGTATTGCCATGC-NNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--GGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---AT-----CATTAAAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-AG---TAT-------TCG---GGGTAACATGCT-CGTTGC-TTCGCTGTTGTGTTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TTCT-T---GTCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------CTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCTGCT-CCAATTCCTATGCTAGATGCT-AATTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAT-GCAATTT-TC---TCA---T--AATAGTTGCTTGAG--TAGTT---GTA-----AACAAT-TTGAT-C-TA-CA--TTAGGCTT-AGCGGAACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A--T------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----GT--T--TTT---TTCCAGAA-GTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGACAATGATAAG-TT--AACTAATATTTTGGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAATTGAAGTTTTTCGGGTGAAATAAGAGG----AAATGTACACT-C-TTC--AGGG-TGTTCAA-AGAAC-TTCCCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGTTGGTTTTAG-AAATAA-AGTAATTTTCCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|10 : GCACATGCC-A-C-TTT-GAA-CCTTTGAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTT-AT--GTTC---ATAACTTATTAATTCG-TTT--T-A-TACTTTATATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA---TCA--AGAAT-----TAGTAAG-ATGC--T-TGTA--ATTTATTCC--T-CTGC--AT---ATG---TTACGGA--GC----TTCGAGAAAAA--TCTCT-AATTCCTCA-GTCC-AGACCAGTCT-TTG-A-GACAAGC-ATT--TTTTTTTTTG-TTTGGTAATGA---AATCT--GT-C----TA-TTTCCCAGTGGGAT---AATTAATTTCTTGTTG-T-G------TA----T----G--TTTG----T--G--T--TTTTTGT-T--GT-G-TGC------T-----G-TGGGGG---------G---------GGG-GAGGTGTGGTGTGAT-TGTGTGTG-GC-CCTGTAAG--TATG----T--TGCA-TTGGCAT---GGTTGATAT-G-TAG-G------TAT-G-A--GG---CCCACT---GAGCTCGAT-GTG---TGTG--T-TTG-T-TGT-
gi|11 : aCTTAAATA---GA----AAATGTAGACT-C-TTTCAAGGGTTGT-CAATAGAA--TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAGAAAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAa
gi|12 : CATGCC-A-GGCTT-GAA-C-TT-GAATTGATT-CCATGGGCA-ATAGTCTC-T-TTGTTTTAT-TGTTCTGAATAA---GGTATTT-A-TTT--T-AATACTTT--ATTATCA-CTG----AAAGAGAAA-TATATGTCAAA-AATCA-TAGAGCAAAACTGG-AATT-TGTTCC-TGTGGTATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-TTGGTTTTACGGA--AACGTTCTTGAGAAAGTCTTCTCTAAATTC-TCA-GT-CCAG-C-AGTCT-T-GAACGACAAGC-G-T--TTTTT----G-TTTG-TAATGAC--A-TCT--TTTCTAGATA-TCTCTCAGTGGACTGC-AATTAATTCTTATTTGTTTAATATACTAA---T----GAATTGG----T--GTTT--GT---GTGT--GT-G-GGG------G-----CACAGGGG---------G---------GGG-ttctataattgatctgatgtcagaataattagcgctactatttcaattttgggactttatatcatctcaagtatattaccagggggataactctttgagtttgttgactgctgaagaaaacaaatgacgtttaagattgcatttctaaactattattttcagtgacatagttttcgataaacccccattgtgtgatacatccttttatcgagcaagtcttcaatttttcaaccgataggtaatttaataagtctttgaagcatttttgcagtcttaa
gi|13 : TTCATTCTA-AGACCT-TCAATTT-GCAACTCACAAT--GATAGTAGCTCGAGT-AAGCTTGCGCACAGACAACAATATAGATGC-TAACAATTTGGTCTTTAGCG-AACTG-TGGGGTATGCACTT-AACAA-TGAGG-----ATGT------GA--TTGATCATCAGAAATTATGCCGCAGTA--T--ATT---CTCGATA--TCA--TCTTTCA---TGGC--AAATTTTACTTTTTTTTT---TTTTTTTTTA-TCTAAGTCAACATTTTC-TATTT-GAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTCAT-TTGTAAGGTAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGggggggggg
gi|14 : tGTG---TGAT-TG-GTGTGTGC-GCT-TAAGGTTATGGTAATA-T-CA-T--GC-T---G-----TGT-G-TAT--------TAT-GGA--GGTGGC--A-T---G-------TTGTG---TGTC--T-GTAATGTTT-TGATCG--AGA-TGC---A-G-T-TGCCAT-AT-CTT-AAG---TAACATC-ATGTGAT---TT--AAGAAAACCGGGC-----CAATCT--GTGTGCA--T-CCGAATGCACGTGTAACTGGTCTGT-ATTCATGC----ATGAAT-TCATG-----GCT-GTGTG---GCATGTGTG-TACAGATTGTGTGC---AGTG-GTGCA----AATGGCAGTGT-TCTGCAGTGCATG
gi|15 : -TTGATGGGCGG--CT-TT-TTG-----TA--T--TCCT-T---CCCATTC-----T-AAG---GG------TTTTTAAAGAAAAAAATT------------------------------------CTGGCAATC-AAAATA-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGAT-------TGGTATAT--ATC--A-AGTCAC-TCAAATT-TC--CTCA--AT--AACAGT-ACTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-T------------T-TA-AA-TGA-------A-GTTTTTGGGC--T-GA-AATAAGAGA----AAA----TG--TACACT---CTCCAGGG-TTA--Tttattattgttatg
gi|16 : TATG---TAAC-TGTATGTGCG------TAAA--TGTG----TA---CA-T--GCAA---A-----TGT-G-TAT-G------GAT-TAA--G---------T---A-------T-GTG---TAAT--T-GTGATGTGT-TAAT-GTAA-A-TATGTAA-A-TGTGC-TT-AT-GTA-AATATGTA----C-ATGT-ATATGTT--GG------TGTGCA--TGTA---TAAATATGCATCT-GA--AT-TATGTATA--TG-TATAT-AT--ATGTAAGTGTAAA----ATGCAGGTGTCAATGTATATTTGTAAATA-TGC----T-TATGCAAAAGTGTTCAT-T-TGTAtcacaaaacttttgcatttccatcgtca
gi|17 : caaaTGTACATGTGTGTACATGTGTGCAGTATGTAT-------AT-ATGTAT-GTAC--TATACATGAATGTA-TGTATGAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TATTTC-A----TAT-------T-----GG-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTA-TGT-TTGATGGTTAG--CT-TT-TG------TGTAT--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---G
gi|18 : GCA-T--GTGT---G-----TGT-G-TGT-GATTAGATATTGGA--GG---T--G-T---G-------T-GTG---TG-T--T-TTG-TGTGT-ACA-----------C---A-GAC-TG--AT-AGAATG-TA----CA----C-GTAT-AT---GT--AC------TGTG-G--TACA---T--CTTNTCG--------GTGCATGTGTG--TG-TGTGTGAT---TAG--ATATGG-----AGGTG--TGT--GTGTGTGTTT---TGTGATAGAG--TGTATACACATATATGTACAacgggtgggatt
gi|19 : TGTA---A-ATGT--GT-TG--TACATGTGTGCAGTATGTATATAG-----TATGTACT-------ATACATGAATGTA-T-TATA-GGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TTT--ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--TT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---Ggtactg
gi|2 : ATGTA-TGGATAAGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-TTTATTCATAATGTAATTTT---ATT----CAT--ATTCGGTA-AC---TTCTCTTGCTTC-GCTGTTGT-------TTGATGGG-CAGCTT--T-T-TTGTATTC-CTTTCAT-TTTAGGGG------T-TT-TT------TG--T--TTTT-T---TT-GTTT-----T-----------GTT-TTTTTA----------TTTTTTGTATTCCTTCCCATTTTAAGGTGTGTTTTTTTCAGGCAGTT-AAAATC-TATTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGTT-A-TTGGTA--TTTATC--A-AGTTAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAC--AAGTT---ATA-----AACAACATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA-----AC-----T--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------ATTTAAATATTTTTT-A-TTTAAGTATACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAAT-TTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-CTAAA-TGAAGTTTTTGGGTTGAAATAAGAGAAATTAAATGTACACT-C-TCC--AGGGTTATTCAA-AGAAC-TT-CCTT-GTTGG-CCAATTTAGTCATTG-TTGTTTAAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAacgg
gi|2 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacAGAG-TTA--TCCTCCT---TGGT--AA------------TTaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacaattaccaaggaggataactcttgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|20 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtatggataaggaacaaatgaaaaaaaagacaatttttattcataatgtaattttattcatattcggtaacttctcttgcttcgctgttgtttgatgggcagcttttttgtattcctttcattttaggggttttttgttttttttgttttgtttttttattttttgtattccttcccattttaaggtgtgtttttttcaggcagttaaaatctatttccttcctctccatttctatgctagatgttattggtatttatcaagttactcaattttcctcaataatagtgctcgacaagttataaacaacattgatctacattgggcttagcgaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaaaactttttttccagagttatctttcttggcaaatttaaatattttttatttaagtatacattttctatttaaggaaaattatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataactaatttttagggcaaattcctagtctaaatgaagtttttgggttgaaataagagaaattaaatgtacactctccagggttattcaaagaacttccttgttggccaatttagtcattgttgtttaagaaataaagtaatatttcactttgaaattcttaaataaaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacATGCAT-GCATGT-ATGTATGTATGTA-TGTATAATGAACAA--ATG-AAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-TT---TT----TA-ATC-A----TAT-------TTA---G--TAACATGCT-T-GTGC-TTCACTGTTGT-TTTATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--TTGTCCT-T----CCATCTAAAGGC-AGG---GG--GTtgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|21 : gtagatcgatcgatagATGTAT-GTAC-CTATACATGAATGTATTGTTGCAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-TTT-T-----------------TT---ATT----CTT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTCAA----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--CT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---G
gi|22 : -TTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GAAGAGAAA-TATAT-TCAAA-A-TCA-TAAATT-----TG-TAATTATAT--T-TGTA---TTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-GTA---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCCCT-AATTC-TCA-GT-GAAGTC-AGTTT-T-G-ACGACAAGC-ATA--TTTTT----G-TTT--acgg
gi|23 : a---ATTAATT-----T--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GTAGAGAAA-GATAT-TCAAA-ACTCA-CAGATT------GGTAATTATGT--C-TGTA--AT--AT-CC--T-CTGC--ATTA-GCA---TTGCGCA--GA----CTTGAGAAA----TTTCT-AATTC-TCA-GTCC
gi|24 : aaatAAG-----A-GT------GAATT-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTTTTCTTCCAGAG-TTAATTCTTCCTTTCTGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTTT-TTTA--TTT---TTTTT-TTTTT-A--TAAA-ATTTAAAATCACA-TT
gi|25 : TAGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACCT--ACAATTGAGG-----A-GTG-----GA--T-GA-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--T-TTTCT---T-GC--AA------------ATTT---TTTTTT---A-TTT-AGTCTACATCT
gi|26 : TGTGACTATGTGTGTGCA-TGCATGCGTGTATGTGTGTGTACAT-TT-AT-CAC-CATAAAG-----ATCCTGACTATCAT
gi|27 : CA--TGCA---T--GCATGCG--T-GC--ATGCAAGAGTA--TG-TCTCT--T---TGC--GTATGAGT-TCGTACA--TGT
gi|28 : TTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAgt
gi|29 : --TCCT-A---CCCATTT-----T-AAG---GG----T-TTTTTAA--------Aatttctgaaattgattctgaatcaaaataata
gi|3 : AGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------CT---ATT----CAT--AAT--GTACAT---TT----T---TC-A----TATCTCCTGATCG---GG-TAACATGCTGC-TT-C-TTCGCTGTTTG-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TGTAT--TCCTGT---TCCATTT-----T-AGG---AGTTGTTGTTTTT-----------TTTTTTAA-----------TTTT--------TGTTCTTCTGGCAGT-CAAAATC-TCTTCCCTTCCT-CTCCCA-TTTCTATGCGA-ATGATCA-TTG--A-ATT--TT--ACAGTCACTTTAATTTCTC--CTCA--ATTAAATAGT-GCTTGAGAAAAGTTC--GTA-----AGGCATGTTGAT-CGTA-AC--TTAGGCTT-AGCG-AACTGTTG--------ACATCCACAA-TGAGGCAACAA-GT------GAG-G-GA-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTTTA--TCTCTGTG--TGGC--AA--------------TT---TTTTTTATAA-TTTAAGTCTACATTTTCATATTT-AAGGAAATATT----ATCA---TTAG-AATTTATTTATGGGAAGT--CGCATTGAC-GTGAGAGA-AT--AACTAATA-TTTAGGGCAAATCGCCTAGTATTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAAT-AGAGA----AAATGTACACT-CTTTC--AGGGTTGTTCAA-AGAGCTTT-CCTTAATTGGTCCA--TTAGTCAAAGATTGTTT--G-AAATAGTAGTAA-ATTTCACTTTG-A--ATTCTTAAATGAaaaagaaaaattctggcagtcaaaat
gi|4 : ACATGCC-AAG-CTT-AAA-C--T-GAAT--ATT-CCAT---CATAAAATATC-T----TTT-ATCTGT-C---ATAA----TTAATT----------A-TACTT---AT-ACCA-CT-----AAA-AGAAA---TAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAA-TATGT--C-TGAT--ATTT-T-CT--TACTGC--ATTATATG---TTAGGAAT-GA----C---AGAAA----TCTCT---TTC-TCATATCCAGGAC-A---C-T-G-ACGACAAGC-ATTTATTTTT----T-TTT--TAATGAC--A-TCT--GTTC----TAGCTTATCAGTGGA---C-AATTAATT-CTTGTT--TTA------TAA---TTGCCG--TTTG----T--G--T--GT---GGGTAAGT-GTGTG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGGATAGTTGTG----AATATGT-TGAGTGC-CTTTTAAG--T-T-----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-GA-----TAT-GAA--GG---C--A-T---GA------T-GTG---TG------CTG-TATGT-GCAT-G----A-T-C---A-G-T-TGC-ATAAT-CTG--A----TA----C-ATGT-A----TT--A----------GCA--TGCA---T--GTG--------------------GTA---G-T-TGT-AT--A-GC--GTATGAGTATCA---A--TGT--GT---TA-TTAT------TA--------ATGTACAAGTGTG-AC------ATGG-------TGTGCA-TGCATGCATGTA---ATATGTACTT-TG-ATACAC-TGTAAATTATGAATCTAGATTATTATGTATTGTACGTTAT-TATGATAGTG-TCTATAAGGAACAAGTATGGAAA-AAA-GACAGATTAT-----------------TTAAAATTCCAACATG-AATA-GTA-ATAAATCA---TATTTC-A----TGCTA-----TCGAT-GC-TTAAATGCT-C-CTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CCATT-CTACATGATA--T--TCCT-TGTATCCATTT-----C-TTGCTTGT--GTT-TTTTTTT--------ATTTTTT-------------CTTT--------TTTTTTaatatctataattgattcgagttcagataattaggctataattccattttgggactttcatatttcgcattttctcaaacattaccaagtggggagtaactcttgtttgactgctcgaaaacaaatgacgttaagatctcgcattgatctaatccttttattttagaatagatttcgataaaccccacatgtgtgaactcgcttttgatttcgccaagtcttccaattttcaacgcgcataggtgaatttataagttgtttaagaattttgcagtgtttaa
gi|5 : AACAA--ATGGAAAAAAAAGACA-ATT-T-----------------TT---ATTT---CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG------TAACATGCT-C-TTGCCTTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAGGCTT-TT-TT------TA--T--TCCT-T---TCCATTT-----TTAGGT--GG--GGT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTCT--------TTTT---CTGGCAG--CAAAATCGTCTTTCCTTCCT--T-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGG-A-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAG--GCTTGAG--TAGTT---GTA-----A-CAATATTGAT-C-TA-CA--TTAG-CTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGGAA----GAC----TTTCT--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGCCAAA------------TTTT---TTTTTTTTAATTTTAAGTCTACATTTTC-TATTTGAAGGAAA-ATT----ATCATGTTTAGAAA-TTATTTAT-TGAAGTTGGA---TGA--ATGATAGAGATTCAACTAATA-TTTAGGCGAAATT-CTAAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTCGGCTGAAATAAGAGA----AAATG-ACACTAC-TTC--AGGGTTGTTC-A-AGAAC-TT--CTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATG-TTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAAATATTCTTAAATAAatttcttatataaagtatttattaatttttagcttctggcagcaaaatcatctttccttatcctattgtcgccatttctatgtagtagtgtagtgggtgtttatttattttatcaagtacgactgcaatttaattctattctaatcatag
gi|6 : aCACATGCCCA-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTG-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-AATTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCAGTAGA-T-----TGGTAATTATGT--C-TGTAT-ATTTAT-CCTGT-CTGC--ATTA-TTG---TTACG-A--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTCTTCA-GTTCCAGAC-AGTCTCT-G-ACACCAAGCAATT--TTTTT----GCTTT--TGATAATACA-TC----TTC----TA-TCTATCAAT-GGAT-C-AATTAATT-CTTGTTG-TTA------TAATG-T----G--TTTGTGGAT--G--T--GT---GTGT--GT-G-GG----------------GGGGT---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTG-GTG--CCTGTAAG--TATG----TA-TGCATT--GCATGCAG-----TGT-G-TAT-G------TAT--GA--GC---C--A-T---G-------T-GTG------T--T-CTG-T-TGT-GCAT-G--A-ATTGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTGAAA----TA----CTCTGT-A----------------CATGCGGTTGCA---T---TGTGCA--T-GC--ATGCATGTGTA--TG-TCTG---T--ATGC--ATAGGAAT-TCATGCA--TGTatttctataatatgattctgagtcagaataataggctataattccattttggactttatttcccatttttcaaaaattaccaagggggtgataacttcttgttgttgactgctgaaaaccaaatgacgttaagattgcattttctaatcctttatttcagacattagttgttcgataaacccccatgtggtatacatctttttattcggcaagtcttcaattttcaaccgcatagttaattttatagtgtttaagaatttttgcaatctttaa
gi|7 : aACATGCT-C-G-CTTTGAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATCTTCTTGTTT-AT-TGTTCG--ATAA---A-TAGTT-GATTT--TAA-TACTT---AATATCG-CTTTACCATAGA-AAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--G--TAT-CT--T-CTGCAAATAG-CTG---TTACGCAG-GA----CTTGAG-AC----TCTCT-AATTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC-----A-CCAATTCGT-GGAT-CAAATTAATTACTAGTGG-TTA------CAA---T-------TGTG----TCAG--T--GT---ATGT--GT-G-GGGGTGTTAT-----T-TGGGGAGGGGAGTGTG---------GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTG-GTGTATCTGTAAG--TATG----C----CA-T--GTAT---A-----TGTGG-TAT-G------C-T-GGAAGGG---C--A-TGGGG-------T-GTGTTCTGTT--T-TTT-TGTGTAACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGCAAT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-g
gi|8 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-GATTT--T-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAC----TCTCT-AATTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAGTGG-TTA------CAATTGT----G--TCAG----T--G--T--AT---GTGT--G--G-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGGAGTGTGGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTCTGT-TTT-TGTGT-ACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-AT---Tctgaagtagggaggtaatagatagtcgatagtatcgataattatgcgaatgtcaatgcgcacg
gi|9 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATTTCCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT--GTTC---ATAAT--ATTGATT---TTA--A-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAATA-TCA-TAGATT-----TTGAAATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---T-ACGCA--GA----CTTGAGAAC----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCAGGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAG-TG-GTA------CAA------------TTG----T--G--TCAGT---GTATG-GTGG-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGAGTGT-GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTC--TGTTT-TGTGT-ACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-AT---Tgaagtagggaggtatagatagtcgatagtatcgataattatcgatgtcaatgcgcacgg
Alignments
lowQualScore : 111 111 111 222 111 11111 11111 11111 11 1111 1 66666666666666666666666666666666666 11111 1 1 33333333333333333333 1111 11 5555555555555555555555555555555555555555 111 11111111111 111111111 111111 1111111 1111 1111111111111 3333333333333333 111 1111111 222222222 111111111 22 2222222 333333 1111111 1 22222 11 11 2222222222 33333333 33333333333333333 111 1111 11 11 1111111 1111 4444444444444444 111111 11 111 2222222222 5555555555555555555555555 111 111 1 11 111 11111 22222222 11111 111111 11 1111 11111111 111 2222222222222 111 1111 11 111 11 22 1111 11 1
lowQualScore : 000 5 5 55 2 5 66 5 5 5 0 9 5 6 55 88 333 222 1 666 55 4 4 111 55 44444 1 555 4 4 8 4 0 00000 8 55 4 33333 4 55 4 55 55 777 5 33 8888 4444 4 8 8 1 3 8 4 4 4 22222222222222222222222222222222222 5 66 11111 5 1 5 0 666 0 1 5 00000000000000000000 0000 66 66 66 888 11 5 5 3333333333333333333333333333333333333333 5 777 4 4 999 1 00000000000 66 4 55 777777777 4 4 4 555555 4 55 999999 4 777 7777777 4 777 1111 4 8 3 66 4 9999 4 0 777 4 4 4 8 4 4 6666666666666 55 4 9999999999999999 111 7777777 777777777 7 0 77 5 4 77 333333333 999 1 3 77 44 0 5 3 999999 7777777 0 1 0 3 666666 1111111 0 00000 2 3 8 33 2 44 1 2 3 5555555555 22222222 3 5 2 33 66 7 0 2 4 4 4 11111111111111111 222 3333 00 00 4 777 6666666 4 3333 0000000000000000 4 4 8 4 55 4 8 555555 11 55 3 9999 99999 3 0 000 999999 7777777777 5555555555555555555555555 5 0 999 8 8 8 8 3 111 5 88 5 99 6 6 6 99 99 99 3 55 888 66666 1 1 6 6 6 99 0 5 5 5 00000000 1 88 5 22222 5 999999 11 5 5 5 0000 44444444 66 888 4 66 333 66 9999999999999 000 1 999 6 6 6 4444 1 6 8 8 8 11 444 8 8 11 11 8 8 8 11 7777 0 8 8 11 0 0 0 8 8 8 8 8 0 5 6 8 8 0 99
lowQualScore : ... . . .. . . .. . . . . . . . .. .. ... ... . ... .. . . ... .. ..... . ... . . . . . ..... . .. . ..... . .. . .. .. ... . .. .... .... . . . . . . . . . ................................... . .. ..... . . . . ... . . . .................... .... .. .. .. ... .. . . ........................................ . ... . . ... . ........... .. . .. ......... . . . ...... . .. ...... . ... ....... . ... .... . . . .. . .... . . ... . . . . . . ............. .. . ................ ... ....... ......... . . .. . . .. ......... ... . . .. .. . . . ...... ....... . . . . ...... ....... . ..... . . . .. . .. . . . .......... ........ . . . .. .. . . . . . . ................. ... .... .. .. . ... ....... . .... ................ . . . . .. . . ...... .. .. . .... ..... . . ... ...... .......... ......................... . . ... . . . . . ... . .. . .. . . . .. .. .. . .. ... ..... . . . . . .. . . . . ........ . .. . ..... . ...... .. . . . .... ........ .. ... . .. ... .. ............. ... . ... . . . .... . . . . . .. ... . . .. .. . . . .. .... . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 000 0 0 88 5 0 99 0 0 0 8 4 0 5 11 22 888 222 9 777 55 0 0 000 22 00000 0 222 0 0 0 0 9 00000 3 55 0 99999 0 55 0 55 00 000 0 55 5555 0000 0 0 0 6 9 9 4 4 4 22222222222222222222222222222222222 0 99 55555 0 0 0 1 222 8 0 0 66666666666666666666 6666 99 99 99 888 99 0 0 9999999999999999999999999999999999999999 0 888 4 8 333 1 11111111111 33 0 55 444444444 0 0 0 555555 0 55 111111 0 000 0000000 0 000 6666 0 0 2 77 4 7777 4 1 888 4 4 4 9 4 4 4444444444444 44 4 2222222222222222 999 6666666 000000000 9 3 99 7 3 11 111111111 444 4 0 99 44 8 6 8 888888 4444444 8 4 8 8 333333 8888888 0 55555 8 6 0 88 8 00 0 8 0 2222222222 55555555 3 7 3 77 11 3 9 7 4 4 4 11111111111111111 222 9999 66 66 4 888 3333333 4 9999 4444444444444444 4 4 9 0 55 0 0 555555 00 00 6 0000 11111 6 4 000 555555 6666666666 0000000000000000000000000 7 6 000 0 0 0 0 2 888 6 88 2 22 7 7 7 22 22 22 3 88 333 77777 7 7 7 7 7 22 7 7 7 7 77777777 6 77 7 55555 0 444444 99 0 0 1 6666 99999999 99 888 4 11 888 99 2222222222222 000 7 333 7 7 7 2222 7 7 0 0 0 00 000 0 0 00 22 0 0 0 66 0000 8 0 0 00 8 8 8 0 0 0 0 0 8 8 0 0 0 8 22
consensus : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-NA----TA----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCG--T-GC--ATGCATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TACAG--TGTATGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCNATGT-TGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGTATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
Reference ( family-3985 ) : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-NA----TA----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCG--T-GC--ATGCATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TACAG--TGTATGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCNATGT-TGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGTATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|1 : GCACATGCC-A-G-CTT-GAAATCTT-GAAT--AT---CA-GT-CA-AATTTATC-TCTTGTT--AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTTATT-G-TACTT---ATTATCAACT-----AAAGAGAAAAGATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--CCTGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC---TTA-TTG---TTACGGATGAA----CTTGAGAAA----TCTCC-AAT-C-TCAAGTCCCAGACCAGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTTGGTAAGAA---A-TATCAGTTC----TA-TCAATCAGTGGGAT-C-AATTAATTTCTTGTTG-TTA------TGA---T----G--TTTG----T--G--T--GT----TGT--GT-G-G----------------TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TAATGCA-T--GCATT--G-----TGT-GATATCG------TAT-GGA--GG---A--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TATGT-GCAT-G--A-A-TGC---AAG-T-TGC-AT-AT-CTG-AA----TA----C-ATGT-AT---TTTAAG------CATGTG--TGCA---TA-GTGTGCA--TTGC--AT-CATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGT--ATATGAAT-TCATGCA--TGTT-GTGTGTATTTATATGTG-TGCAT--TGTGTACACATGTGTGTACATGTGTATTGCCATGC-NNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--GGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---AT-----CATTAAAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-AG---TAT-------TCG---GGGTAACATGCT-CGTTGC-TTCGCTGTTGTGTTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TTCT-T---GTCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------CTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCTGCT-CCAATTCCTATGCTAGATGCT-AATTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAT-GCAATTT-TC---TCA---T--AATAGTTGCTTGAG--TAGTT---GTA-----AACAAT-TTGAT-C-TA-CA--TTAGGCTT-AGCGGAACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A--T------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----GT--T--TTT---TTCCAGAA-GTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGACAATGATAAG-TT--AACTAATATTTTGGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAATTGAAGTTTTTCGGGTGAAATAAGAGG----AAATGTACACT-C-TTC--AGGG-TGTTCAA-AGAAC-TTCCCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGTTGGTTTTAG-AAATAA-AGTAATTTTCCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|10 : GCACATGCC-A-C-TTT-GAA-CCTTTGAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTT-AT--GTTC---ATAACTTATTAATTCG-TTT--T-A-TACTTTATATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA---TCA--AGAAT-----TAGTAAG-ATGC--T-TGTA--ATTTATTCC--T-CTGC--AT---ATG---TTACGGA--GC----TTCGAGAAAAA--TCTCT-AATTCCTCA-GTCC-AGACCAGTCT-TTG-A-GACAAGC-ATT--TTTTTTTTTG-TTTGGTAATGA---AATCT--GT-C----TA-TTTCCCAGTGGGAT---AATTAATTTCTTGTTG-T-G------TA----T----G--TTTG----T--G--T--TTTTTGT-T--GT-G-TGC------T-----G-TGGGGG---------G---------GGG-GAGGTGTGGTGTGAT-TGTGTGTG-GC-CCTGTAAG--TATG----T--TGCA-TTGGCAT---GGTTGATAT-G-TAG-G------TAT-G-A--GG---CCCACT---GAGCTCGAT-GTG---TGTG--T-TTG-T-TGT-
gi|11 : aCTTAAATA---GA----AAATGTAGACT-C-TTTCAAGGGTTGT-CAATAGAA--TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAGAAAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAa
gi|12 : CATGCC-A-GGCTT-GAA-C-TT-GAATTGATT-CCATGGGCA-ATAGTCTC-T-TTGTTTTAT-TGTTCTGAATAA---GGTATTT-A-TTT--T-AATACTTT--ATTATCA-CTG----AAAGAGAAA-TATATGTCAAA-AATCA-TAGAGCAAAACTGG-AATT-TGTTCC-TGTGGTATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-TTGGTTTTACGGA--AACGTTCTTGAGAAAGTCTTCTCTAAATTC-TCA-GT-CCAG-C-AGTCT-T-GAACGACAAGC-G-T--TTTTT----G-TTTG-TAATGAC--A-TCT--TTTCTAGATA-TCTCTCAGTGGACTGC-AATTAATTCTTATTTGTTTAATATACTAA---T----GAATTGG----T--GTTT--GT---GTGT--GT-G-GGG------G-----CACAGGGG---------G---------GGG-ttctataattgatctgatgtcagaataattagcgctactatttcaattttgggactttatatcatctcaagtatattaccagggggataactctttgagtttgttgactgctgaagaaaacaaatgacgtttaagattgcatttctaaactattattttcagtgacatagttttcgataaacccccattgtgtgatacatccttttatcgagcaagtcttcaatttttcaaccgataggtaatttaataagtctttgaagcatttttgcagtcttaa
gi|13 : TTCATTCTA-AGACCT-TCAATTT-GCAACTCACAAT--GATAGTAGCTCGAGT-AAGCTTGCGCACAGACAACAATATAGATGC-TAACAATTTGGTCTTTAGCG-AACTG-TGGGGTATGCACTT-AACAA-TGAGG-----ATGT------GA--TTGATCATCAGAAATTATGCCGCAGTA--T--ATT---CTCGATA--TCA--TCTTTCA---TGGC--AAATTTTACTTTTTTTTT---TTTTTTTTTA-TCTAAGTCAACATTTTC-TATTT-GAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTCAT-TTGTAAGGTAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGggggggggg
gi|14 : tGTG---TGAT-TG-GTGTGTGC-GCT-TAAGGTTATGGTAATA-T-CA-T--GC-T---G-----TGT-G-TAT--------TAT-GGA--GGTGGC--A-T---G-------TTGTG---TGTC--T-GTAATGTTT-TGATCG--AGA-TGC---A-G-T-TGCCAT-AT-CTT-AAG---TAACATC-ATGTGAT---TT--AAGAAAACCGGGC-----CAATCT--GTGTGCA--T-CCGAATGCACGTGTAACTGGTCTGT-ATTCATGC----ATGAAT-TCATG-----GCT-GTGTG---GCATGTGTG-TACAGATTGTGTGC---AGTG-GTGCA----AATGGCAGTGT-TCTGCAGTGCATG
gi|15 : -TTGATGGGCGG--CT-TT-TTG-----TA--T--TCCT-T---CCCATTC-----T-AAG---GG------TTTTTAAAGAAAAAAATT------------------------------------CTGGCAATC-AAAATA-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGAT-------TGGTATAT--ATC--A-AGTCAC-TCAAATT-TC--CTCA--AT--AACAGT-ACTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-T------------T-TA-AA-TGA-------A-GTTTTTGGGC--T-GA-AATAAGAGA----AAA----TG--TACACT---CTCCAGGG-TTA--Tttattattgttatg
gi|16 : TATG---TAAC-TGTATGTGCG------TAAA--TGTG----TA---CA-T--GCAA---A-----TGT-G-TAT-G------GAT-TAA--G---------T---A-------T-GTG---TAAT--T-GTGATGTGT-TAAT-GTAA-A-TATGTAA-A-TGTGC-TT-AT-GTA-AATATGTA----C-ATGT-ATATGTT--GG------TGTGCA--TGTA---TAAATATGCATCT-GA--AT-TATGTATA--TG-TATAT-AT--ATGTAAGTGTAAA----ATGCAGGTGTCAATGTATATTTGTAAATA-TGC----T-TATGCAAAAGTGTTCAT-T-TGTAtcacaaaacttttgcatttccatcgtca
gi|17 : caaaTGTACATGTGTGTACATGTGTGCAGTATGTAT-------AT-ATGTAT-GTAC--TATACATGAATGTA-TGTATGAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TATTTC-A----TAT-------T-----GG-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTA-TGT-TTGATGGTTAG--CT-TT-TG------TGTAT--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---G
gi|18 : GCA-T--GTGT---G-----TGT-G-TGT-GATTAGATATTGGA--GG---T--G-T---G-------T-GTG---TG-T--T-TTG-TGTGT-ACA-----------C---A-GAC-TG--AT-AGAATG-TA----CA----C-GTAT-AT---GT--AC------TGTG-G--TACA---T--CTTNTCG--------GTGCATGTGTG--TG-TGTGTGAT---TAG--ATATGG-----AGGTG--TGT--GTGTGTGTTT---TGTGATAGAG--TGTATACACATATATGTACAacgggtgggatt
gi|19 : TGTA---A-ATGT--GT-TG--TACATGTGTGCAGTATGTATATAG-----TATGTACT-------ATACATGAATGTA-T-TATA-GGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-T-----------------TTT--ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--TT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---Ggtactg
gi|2 : ATGTA-TGGATAAGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-TTTATTCATAATGTAATTTT---ATT----CAT--ATTCGGTA-AC---TTCTCTTGCTTC-GCTGTTGT-------TTGATGGG-CAGCTT--T-T-TTGTATTC-CTTTCAT-TTTAGGGG------T-TT-TT------TG--T--TTTT-T---TT-GTTT-----T-----------GTT-TTTTTA----------TTTTTTGTATTCCTTCCCATTTTAAGGTGTGTTTTTTTCAGGCAGTT-AAAATC-TATTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGTT-A-TTGGTA--TTTATC--A-AGTTAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAC--AAGTT---ATA-----AACAACATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA-----AC-----T--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------ATTTAAATATTTTTT-A-TTTAAGTATACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAAT-TTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-CTAAA-TGAAGTTTTTGGGTTGAAATAAGAGAAATTAAATGTACACT-C-TCC--AGGGTTATTCAA-AGAAC-TT-CCTT-GTTGG-CCAATTTAGTCATTG-TTGTTTAAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAacgg
gi|2 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacAGAG-TTA--TCCTCCT---TGGT--AA------------TTaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacaattaccaaggaggataactcttgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|20 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtatggataaggaacaaatgaaaaaaaagacaatttttattcataatgtaattttattcatattcggtaacttctcttgcttcgctgttgtttgatgggcagcttttttgtattcctttcattttaggggttttttgttttttttgttttgtttttttattttttgtattccttcccattttaaggtgtgtttttttcaggcagttaaaatctatttccttcctctccatttctatgctagatgttattggtatttatcaagttactcaattttcctcaataatagtgctcgacaagttataaacaacattgatctacattgggcttagcgaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaaaactttttttccagagttatctttcttggcaaatttaaatattttttatttaagtatacattttctatttaaggaaaattatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataactaatttttagggcaaattcctagtctaaatgaagtttttgggttgaaataagagaaattaaatgtacactctccagggttattcaaagaacttccttgttggccaatttagtcattgttgtttaagaaataaagtaatatttcactttgaaattcttaaataaaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacATGCAT-GCATGT-ATGTATGTATGTA-TGTATAATGAACAA--ATG-AAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-TT---TT----TA-ATC-A----TAT-------TTA---G--TAACATGCT-T-GTGC-TTCACTGTTGT-TTTATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--TTGTCCT-T----CCATCTAAAGGC-AGG---GG--GTtgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|21 : gtagatcgatcgatagATGTAT-GTAC-CTATACATGAATGTATTGTTGCAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-TTT-T-----------------TT---ATT----CTT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTCAA----TAT-------TT-----G-TGACATGCT-C-TTGC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--CT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---G
gi|22 : -TTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GAAGAGAAA-TATAT-TCAAA-A-TCA-TAAATT-----TG-TAATTATAT--T-TGTA---TTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-GTA---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCCCT-AATTC-TCA-GT-GAAGTC-AGTTT-T-G-ACGACAAGC-ATA--TTTTT----G-TTT--acgg
gi|23 : a---ATTAATT-----T--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----GTAGAGAAA-GATAT-TCAAA-ACTCA-CAGATT------GGTAATTATGT--C-TGTA--AT--AT-CC--T-CTGC--ATTA-GCA---TTGCGCA--GA----CTTGAGAAA----TTTCT-AATTC-TCA-GTCC
gi|24 : aaatAAG-----A-GT------GAATT-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTTTTCTTCCAGAG-TTAATTCTTCCTTTCTGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTTT-TTTA--TTT---TTTTT-TTTTT-A--TAAA-ATTTAAAATCACA-TT
gi|25 : TAGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACCT--ACAATTGAGG-----A-GTG-----GA--T-GA-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--T-TTTCT---T-GC--AA------------ATTT---TTTTTT---A-TTT-AGTCTACATCT
gi|26 : TGTGACTATGTGTGTGCA-TGCATGCGTGTATGTGTGTGTACAT-TT-AT-CAC-CATAAAG-----ATCCTGACTATCAT
gi|27 : CA--TGCA---T--GCATGCG--T-GC--ATGCAAGAGTA--TG-TCTCT--T---TGC--GTATGAGT-TCGTACA--TGT
gi|28 : TTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAgt
gi|29 : --TCCT-A---CCCATTT-----T-AAG---GG----T-TTTTTAA--------Aatttctgaaattgattctgaatcaaaataata
gi|3 : AGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-T-----------------CT---ATT----CAT--AAT--GTACAT---TT----T---TC-A----TATCTCCTGATCG---GG-TAACATGCTGC-TT-C-TTCGCTGTTTG-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TGTAT--TCCTGT---TCCATTT-----T-AGG---AGTTGTTGTTTTT-----------TTTTTTAA-----------TTTT--------TGTTCTTCTGGCAGT-CAAAATC-TCTTCCCTTCCT-CTCCCA-TTTCTATGCGA-ATGATCA-TTG--A-ATT--TT--ACAGTCACTTTAATTTCTC--CTCA--ATTAAATAGT-GCTTGAGAAAAGTTC--GTA-----AGGCATGTTGAT-CGTA-AC--TTAGGCTT-AGCG-AACTGTTG--------ACATCCACAA-TGAGGCAACAA-GT------GAG-G-GA-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTTTA--TCTCTGTG--TGGC--AA--------------TT---TTTTTTATAA-TTTAAGTCTACATTTTCATATTT-AAGGAAATATT----ATCA---TTAG-AATTTATTTATGGGAAGT--CGCATTGAC-GTGAGAGA-AT--AACTAATA-TTTAGGGCAAATCGCCTAGTATTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAAT-AGAGA----AAATGTACACT-CTTTC--AGGGTTGTTCAA-AGAGCTTT-CCTTAATTGGTCCA--TTAGTCAAAGATTGTTT--G-AAATAGTAGTAA-ATTTCACTTTG-A--ATTCTTAAATGAaaaagaaaaattctggcagtcaaaat
gi|4 : ACATGCC-AAG-CTT-AAA-C--T-GAAT--ATT-CCAT---CATAAAATATC-T----TTT-ATCTGT-C---ATAA----TTAATT----------A-TACTT---AT-ACCA-CT-----AAA-AGAAA---TAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAA-TATGT--C-TGAT--ATTT-T-CT--TACTGC--ATTATATG---TTAGGAAT-GA----C---AGAAA----TCTCT---TTC-TCATATCCAGGAC-A---C-T-G-ACGACAAGC-ATTTATTTTT----T-TTT--TAATGAC--A-TCT--GTTC----TAGCTTATCAGTGGA---C-AATTAATT-CTTGTT--TTA------TAA---TTGCCG--TTTG----T--G--T--GT---GGGTAAGT-GTGTG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGGATAGTTGTG----AATATGT-TGAGTGC-CTTTTAAG--T-T-----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-GA-----TAT-GAA--GG---C--A-T---GA------T-GTG---TG------CTG-TATGT-GCAT-G----A-T-C---A-G-T-TGC-ATAAT-CTG--A----TA----C-ATGT-A----TT--A----------GCA--TGCA---T--GTG--------------------GTA---G-T-TGT-AT--A-GC--GTATGAGTATCA---A--TGT--GT---TA-TTAT------TA--------ATGTACAAGTGTG-AC------ATGG-------TGTGCA-TGCATGCATGTA---ATATGTACTT-TG-ATACAC-TGTAAATTATGAATCTAGATTATTATGTATTGTACGTTAT-TATGATAGTG-TCTATAAGGAACAAGTATGGAAA-AAA-GACAGATTAT-----------------TTAAAATTCCAACATG-AATA-GTA-ATAAATCA---TATTTC-A----TGCTA-----TCGAT-GC-TTAAATGCT-C-CTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CCATT-CTACATGATA--T--TCCT-TGTATCCATTT-----C-TTGCTTGT--GTT-TTTTTTT--------ATTTTTT-------------CTTT--------TTTTTTaatatctataattgattcgagttcagataattaggctataattccattttgggactttcatatttcgcattttctcaaacattaccaagtggggagtaactcttgtttgactgctcgaaaacaaatgacgttaagatctcgcattgatctaatccttttattttagaatagatttcgataaaccccacatgtgtgaactcgcttttgatttcgccaagtcttccaattttcaacgcgcataggtgaatttataagttgtttaagaattttgcagtgtttaa
gi|5 : AACAA--ATGGAAAAAAAAGACA-ATT-T-----------------TT---ATTT---CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG------TAACATGCT-C-TTGCCTTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAGGCTT-TT-TT------TA--T--TCCT-T---TCCATTT-----TTAGGT--GG--GGT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTCT--------TTTT---CTGGCAG--CAAAATCGTCTTTCCTTCCT--T-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGG-A-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAG--GCTTGAG--TAGTT---GTA-----A-CAATATTGAT-C-TA-CA--TTAG-CTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGGAA----GAC----TTTCT--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGCCAAA------------TTTT---TTTTTTTTAATTTTAAGTCTACATTTTC-TATTTGAAGGAAA-ATT----ATCATGTTTAGAAA-TTATTTAT-TGAAGTTGGA---TGA--ATGATAGAGATTCAACTAATA-TTTAGGCGAAATT-CTAAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTCGGCTGAAATAAGAGA----AAATG-ACACTAC-TTC--AGGGTTGTTC-A-AGAAC-TT--CTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATG-TTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAAATATTCTTAAATAAatttcttatataaagtatttattaatttttagcttctggcagcaaaatcatctttccttatcctattgtcgccatttctatgtagtagtgtagtgggtgtttatttattttatcaagtacgactgcaatttaattctattctaatcatag
gi|6 : aCACATGCCCA-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTG-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-AATTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCAGTAGA-T-----TGGTAATTATGT--C-TGTAT-ATTTAT-CCTGT-CTGC--ATTA-TTG---TTACG-A--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTCTTCA-GTTCCAGAC-AGTCTCT-G-ACACCAAGCAATT--TTTTT----GCTTT--TGATAATACA-TC----TTC----TA-TCTATCAAT-GGAT-C-AATTAATT-CTTGTTG-TTA------TAATG-T----G--TTTGTGGAT--G--T--GT---GTGT--GT-G-GG----------------GGGGT---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTG-GTG--CCTGTAAG--TATG----TA-TGCATT--GCATGCAG-----TGT-G-TAT-G------TAT--GA--GC---C--A-T---G-------T-GTG------T--T-CTG-T-TGT-GCAT-G--A-ATTGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTGAAA----TA----CTCTGT-A----------------CATGCGGTTGCA---T---TGTGCA--T-GC--ATGCATGTGTA--TG-TCTG---T--ATGC--ATAGGAAT-TCATGCA--TGTatttctataatatgattctgagtcagaataataggctataattccattttggactttatttcccatttttcaaaaattaccaagggggtgataacttcttgttgttgactgctgaaaaccaaatgacgttaagattgcattttctaatcctttatttcagacattagttgttcgataaacccccatgtggtatacatctttttattcggcaagtcttcaattttcaaccgcatagttaattttatagtgtttaagaatttttgcaatctttaa
gi|7 : aACATGCT-C-G-CTTTGAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATCTTCTTGTTT-AT-TGTTCG--ATAA---A-TAGTT-GATTT--TAA-TACTT---AATATCG-CTTTACCATAGA-AAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--G--TAT-CT--T-CTGCAAATAG-CTG---TTACGCAG-GA----CTTGAG-AC----TCTCT-AATTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC-----A-CCAATTCGT-GGAT-CAAATTAATTACTAGTGG-TTA------CAA---T-------TGTG----TCAG--T--GT---ATGT--GT-G-GGGGTGTTAT-----T-TGGGGAGGGGAGTGTG---------GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTG-GTGTATCTGTAAG--TATG----C----CA-T--GTAT---A-----TGTGG-TAT-G------C-T-GGAAGGG---C--A-TGGGG-------T-GTGTTCTGTT--T-TTT-TGTGTAACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGCAAT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-g
gi|8 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-GATTT--T-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAC----TCTCT-AATTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAGTGG-TTA------CAATTGT----G--TCAG----T--G--T--AT---GTGT--G--G-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGGAGTGTGGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTCTGT-TTT-TGTGT-ACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-AT---Tctgaagtagggaggtaatagatagtcgatagtatcgataattatgcgaatgtcaatgcgcacg
gi|9 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATTTCCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT--GTTC---ATAAT--ATTGATT---TTA--A-A-TACTT---AATATCG-CT-----ACATAGAAA-GTTAT-TCAAATA-TCA-TAGATT-----TTGAAATTATGT--C-TCTA--GT--AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---T-ACGCA--GA----CTTGAGAAC----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCAGGAC-AGTTT-T-G-ACGAC-------------------------------A---A-TCT--GTTC----CA-CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAG-TG-GTA------CAA------------TTG----T--G--TCAGT---GTATG-GTGG-GGG------TGTTTAT-TGGGGA---------GGGGAGTGT-GGG-TAGGTGTG---TGCT-TGTGTGTGTA--TCTGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTC--TGTTT-TGTGT-ACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-AT---Tgaagtagggaggtatagatagtcgatagtatcgataattatcgatgtcaatgcgcacgg
blockSeqs : AA G T A C T TG T G T T T T TT CT TGA CTT T CG . A A TAT A TTACC A GA G T A G AAAAC T TC . GTATT T TG A AA TA GTT G T CGTT GTCT A C T C C C C T A AAGCATTTTTTTTTTTGTTTGGTAATGA A . TAGAT G T G GC T T T ATATACTAATGAA TGGA CA TT CA TTT AA G T GGTGTTATTTGGGGAGGGGAGTGTG A GTG A T TAT G GGTTATGGTAA A T TG GGTTGA G . . ATTAGA T AG TGGC C GGG AGCTCGA T TTC TCTG G A G AA C TAA T GTA . A G C A A AAGTAACAT TC G TTTAAGAAAAC GGT ATCTG ATCCGA G AC G C GA ATGTAAG GTA T C GG CA T A GTGTG CAGATTG A T TTGT CTATGTG G TGTGT A A G TG A GT C T T CCTGACTATC TGTACGTT A T G GA GT T G A G A TTATTCATAATGTAATT AAA CCAA G CG C AAA CTCTTGC A CTGT CTCCTGATCGGG G . A . GC A G ACATGA TA TG G GTAT AAAGG T CTT TTGTTG AAAGAAAAAA GTATTCCTTCCCATTTTAAGGTGTG T TC G . C . T CA T TA C CT C T C AA CA TA A AA TGC CAGAC A A G G A AT T . T GGGTATGC T CC T CAACA T TTTTGG AT T T A TTAT GCAGTA AC TTC T AT TTC CA ATTTTACTTTTTT AAA T AAT A G T TAAA T T A T G TG CAT . G TC T G A . AA AATT A T CA T T . A T A T A T AT
blockSeqs : CA . . A C . . . . . T . T T T G T T AA . . . T A G A TA . . C . . T . . TATT . . . . A . G G . AA . T . C A . . . . AAGCAATTTTTTTGCTTTTGATAATAC . . T . T G CA C A . TAATTGCCG . . . . . G . . GTGTTTATTGGGGAGGGGGAGTGT . . . T CC T GTATG A . . GCAG . . . A . . CCC . . A . . TG . A G T . AG . . . . . A . . AATATGTA A . TATGTTGG A TAAA ATCTGA G . . A A TCATGC AT T T . T T G AAATA GAGTG A C AA CAGTGT . AT A G . A A GT C T T CTAGATTATT GCATGT A . G AA . T G . . . . T T . A . . ATAT . . TATCGATGC . . C . . . G G TA . . C . . T GTT AA AATTTT C TT . . . . A A T A T . . . . . . . . T C . A A . . . . . . . . A A . . . G G . . A . TTTC . . . . G . A . T TA . . . . T . . . . . . . . . T . . . AA . . . . . . . . . A A . . .
blockSeqs : A . . A C . . . . . T . C T T . . T GA . . . . A . A TA . . . . . T . . ATT . . . . T . C . . . . . . C A . . . . AAGCATTTATTTTTTTTTTAATGAC . . T . T G C A T . CAATTGTG . . . . . . . . GTGTTTATTGGGGAGGGGAGTGT . . . T CG G ATGTG A . . G . . . . . . T . . . . . TC . . G T . A . . . . . . . . AAATA A . TGTAC G TC GTGC G . . G A ATGCA GT G C . . . A TGTGA CT T T . . . A A A . A A C A T A ATAGT GTACCT G . G AA . T A . . . . . . . . . . TAT . . TTGATGGG . . . . . . . . . . . C . . . GTT TT CTTT T TC . . . . C A . A C . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . C T . . . . . . . A . TG . . . . . . T . T TT . . . . C . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : A . . A C . . . . . T . C G T . . T GA . . . . A . T GA . . . . . T . . ATT . . . . G . C . . . . . . T C . . . . AAGCGTTTTTTGTTTGTAATGAC . . T . T . C A T . TAATGTG . . . . . . . . GGCACAGGGGG . . . A CC G GTATG A . . A . . . . . . C . . . . . AT . . A A . A . . . . . . . . TACA G . TTA A TG ATGC G . . C A TAGA AT T C . . . . . . A . . T . . . T A . . AT GTACT A . G CA . T G . . . . . . . . . . TA . . TTAG . . . . . . . . . . . C . . . GGT AA TTCT . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G G . . . . . . . . A C . . . . . . . A . TT . . . . . . T . A AA . . . . T . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . T C . . . . . . . C T T . . T A . . . . A . A GA . . . . . T . . TT . . . . G . A . . . . . . C C . . . . A . . C . A . C A A . TATG . . . . . . . . CTGTGGGGGG . . . T C G GTATG A . . G . . . . . . C . . . . . TT . . G G . A . . . . . . . . TATT A . . A TG G . . . C . TGCG A T . . T . . C AA . T G . . . . . . . . . . TA . . TGG . . . . . . . . . . . T . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . A C . . . . . . . G . TT . . . . . . A . T A . . . . . . .
blockSeqs : C . . T . . . . . . . . . T . . . T . . . . . A . A GT . . . . . A . . AT . . . . T . C . . . . . . . C . . . . A . . C . A . C . A . CAAT . . . . . . . . GTTTGGGGGG . . . T T G GTT A . . G . . . . . . C . . . . . TC . . G G . A . . . . . . . . TATT T . . T . . . . . . AGCG . . . . . . A . . A . . . . . . . . . . TA . . TTG . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . T . . A
blockSeqs : C . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . G . T GT . . . . . . . . GT . . . . C . C . . . . . . . A . . . . A . . . . A . . . A . CAA . . . . . . . . GGGGTG . . . . T . G . . . A . . . . . . C . . . . . T . . G A . . . . . . . . . . TATT T . . . A . . . . . . . . . . TA . . TTG . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . C GT . . . . . . . . GT . . . . G . C . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . . . . . . C . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . ATA T . . . . . . . . . . . . . . T . . TCG . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . G . C . . . . . . . . . G . . . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : N* T* A** ** A* GA* GTT** ** AAGCATTTTTTTTTTAATA**************** ** CAATGG************** GTGTTTGGGGAGGGGGGTG********************* C** A* G******** TTAC************ TG***** GTGC***** ATGCG**** C* C****** T* GTACT*** AA ** **** TTG************* TC* A** N* A*
originalCons : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTT--T-A-TACTT---ATTATCG-CT-----AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTA--ATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGC-ATT--TTTTT----G-TTT--TAATGA---A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTA------TAA---T----G--TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGG------T-----T-TGGGGG---------G---------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-NA----TA----C-NTGT-AT---TT--AG------CGTGCG--TGCA---T--GTGTGCG--T-GC--ATGCATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TACAG--TGTATGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCNATGT-TGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGTATCTAGACTATTATGTATTGTACGTTATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TAT-------TCG---GG-TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATATTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
finalCons : GCACATGCC-A-G-CTT-GAN-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATTA--TTT--T-A-TACTT---ATTATCA-CT-----AAAGAGAAAGA-TAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TGTAGTT--TAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GA----CTTGAGAAA----TCTCT-AATTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-G-ACGACAAGCATTTTTTTTTTAATA----------------A-TCT--GTTC----TA-CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTG-TTACAATGG--------------TTTG----T--G--T--GT---GTGT--GT-G-GGGTGTTTGGGGAGGGGGGTG---------------------GGG-TAGGTGTG---TGAT-TGTGTGTGTGC--CTGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCATG--------TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-NA----TA----C-NTGT-ATTAC------------CGTGCG--TGCATG-----TGTGCGTGC-----ATGCATGTGTA--TG-TCTGT-ATATGCG----TATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTATATGTG-TAC------TATGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCNATGT-TGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACT-GTGNAGTATGTATCTAGACTATTATGTATGTACT---ATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-T-----------------TT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TATTTG-------------TAACATGCT-C-TTGC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTT-TTTTTAA--------ATTTTTT-------------TTTT--------TTTTTTTCTGGCAGTC-AAAATC-TCTTTCCTTCCT-CT-CCA-TTTCTATGCTAGATGCTA--TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCAC-TCAATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG--AAGTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTG-TG--------ACAT-CACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-GA-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAG-TTA--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AA-TTATTTAT-TGAAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAATN-TTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATA-GAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
Alignments
lowQualScore : 111 111 1111111 111 111 11111 11111 111111 11 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 1 1 22222222222222222222222 3333333333333333 1111111 11111111111 111111111 111111 1111111 1111 1111111111111 4444444444444444444 111 2222222222222222222 111111111 11 22 111 6666666666666666 333333 222222222 1 22222 11 1 3333333333 22 33333333333333333 111 1111 11 11 1111111 1111 3333333333333333333 111111 11 111 2222222222 555555555555555555555555555 111 1 111 11111 2222222222 11111 111111 1111 11111111 111 222222222222 111 11111 1111 11 111 11 2 1111 11 1
lowQualScore : 000 5 5 66 2 5 66 5 5 5 0 9 5 6 55 88 333 7777777 888 55 4 4 111 00000 4 4 1 555 4 4 8 4 0 00000 8 55 4 4 999999 4 55 4 55 55 777 5 33 8888 4444 4 8 8 6 9 8 4 4 4 888888888888888888888888888888888888888888888888 5 5 0 5555 1 5 0 666 0 1 5 33333333333333333333333 888 0 66 2222222222222222 4 7777777 0 4 4 55 8 1 00000000000 66 4 55 777777777 4 4 4 555555 4 55 999999 4 777 7777777 4 777 1111 4 8 3 66 4 9999 4 0 777 4 4 4 8 4 4 6666666666666 55 4 3333333333333333333 000 66 8888888888888888888 0 77 5 4 77 333333333 00 3 77 44 222 8888888888888888 22 0 3 666666 444444444 0 00000 2 3 8 33 2 6 1 2 3 0000000000 6 22 3 5 2 66 7 0 2 4 4 55555555555555555 222 3333 00 00 4 777 6666666 4 3333 8888888888888888888 4 4 4 66 8 4 55 4 8 555555 55 00 3 9999 99999 3 0 000 999 7777777777 555555555555555555555555555 6 5 0 0 8 8 8 8 8 3 111 5 88 5 99 6 6 6 99 99 99 3 6 99 888 66666 1 1 6 6 6 99 0 5 5 3333333333 1 88 5 22222 5 999999 66 5 5 5 0000 44444444 66 888 4 66 333 66 555555555555 000 22222 6 6 6 4444 77 8 8 8 11 444 8 8 11 99 8 8 8 4 7777 0 8 8 11 0 0 0 8 8 8 8 8 0 5 6 8 8 0 99
lowQualScore : ... . . .. . . .. . . . . . . . .. .. ... ....... ... .. . . ... ..... . . . ... . . . . . ..... . .. . . ...... . .. . .. .. ... . .. .... .... . . . . . . . . . ................................................ . . . .... . . . ... . . . ....................... ... . .. ................ . ....... . . . .. . . ........... .. . .. ......... . . . ...... . .. ...... . ... ....... . ... .... . . . .. . .... . . ... . . . . . . ............. .. . ................... ... .. ................... . .. . . .. ......... .. . .. .. ... ................ .. . . ...... ......... . ..... . . . .. . . . . . .......... . .. . . . .. . . . . . ................. ... .... .. .. . ... ....... . .... ................... . . . .. . . .. . . ...... .. .. . .... ..... . . ... ... .......... ........................... . . . . . . . . . . ... . .. . .. . . . .. .. .. . . .. ... ..... . . . . . .. . . . .......... . .. . ..... . ...... .. . . . .... ........ .. ... . .. ... .. ............ ... ..... . . . .... .. . . . .. ... . . .. .. . . . . .... . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 000 0 0 00 5 0 99 0 0 0 8 4 0 5 11 22 888 4444444 999 55 0 0 000 00000 0 0 0 222 0 0 0 0 9 00000 3 55 0 0 999999 0 55 0 55 00 000 0 55 5555 0000 0 0 0 6 4 9 4 4 4 333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 9 6666 0 0 1 222 8 0 0 66666666666666666666666 000 1 99 5555555555555555 6 9999999 7 4 4 33 9 1 11111111111 33 0 55 444444444 0 0 0 555555 0 55 111111 0 000 0000000 0 000 6666 0 0 2 77 4 7777 4 1 888 4 4 4 9 4 4 4444444444444 44 4 3333333333333333333 000 44 3333333333333333333 3 99 7 3 11 111111111 77 0 99 44 000 6666666666666666 22 8 8 333333 222222222 0 55555 8 6 0 88 8 0 0 8 0 0000000000 7 55 3 7 3 11 3 9 7 4 4 66666666666666666 222 9999 66 66 4 888 3333333 4 9999 7777777777777777777 4 4 4 11 9 0 55 0 0 555555 55 00 6 0000 11111 6 4 000 444 6666666666 000000000000000000000000000 7 7 6 8 0 0 0 0 0 2 888 6 88 2 22 7 7 7 22 22 22 3 7 22 333 77777 7 7 7 7 7 22 7 7 7 6666666666 6 77 7 55555 0 444444 99 0 0 0 6666 99999999 99 888 4 11 888 99 666666666666 000 11111 7 7 7 2222 77 0 0 0 00 000 0 0 00 00 0 0 0 0 0000 8 0 0 00 8 8 8 0 0 0 0 0 8 8 0 0 0 8 22
consensus : GCACATGCC-A-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-A-TTT--T-A-TACTT---ATTATC-----A-CT-AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TG-TA-GT--TTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GAC----TTGAGAAA----TCTCTAA-TTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-GA-CGACAAGC----AT-TTTTT---T-TT-T--------AAT--A--A------T-C-TGTTCTA----CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTGT-T------AC-AA-TG--G-TTTCAGTGT--GTGTGT--GTGGGGTG---T---T-TGGGGGGGGGG--GTG-GGGTAGGTGTGTGAT-TGTGT-GTGTGC-C-TGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-NA----TA----C-NTGT-AT-T-------ACCGTGCG--TGCA---T-GTGT--GCGT-GC--A--TG---CATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTAT-AT---GTGTGCA---TATGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCNATG--T-TGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACACGCGTGNAGTATGTATCTAGACTATCATGTA-TGTAC--TATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-----------------TTT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TATT-----T---------G---TGA-CATGCT-C-TT--GC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTTTTTTTAA--------ATTTTTT-------------T--TTT--------TT-TTTTTCTGGCAGTC-AAAATC-TCTTTCCTTCCT-CTCC-A-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCACTC-AATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG-AA--GTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTGT-G--------ACATC-ACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-G-A-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTT-A--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AATT-ATTTATTG-AAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAAT-TTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAATAAGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
Reference ( family-3985 ) : GCACATGCC-A-G-CTT-GAN-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAATATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-A-TTT--T-A-TACTT---ATTATC-----A-CT-AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--C-TG-TA-GT--TTAT-CC--T-CTGC--ATTA-NTG---TTACGCA--GAC----TTGAGAAA----TCTCTAA-TTC-TCA-GTCCCAGAC-AGTCT-T-GA-CGACAAGC----AT-TTTTT---T-TT-T--------AAT--A--A------T-C-TGTTCTA----CCNATCAGTGGGAT-C-AATTAATTNCTNGTTGT-T------AC-AA-TG--G-TTT--GTGT--GTGTGT--GTGGGGTG---T---T-TGGGGAGGGGG--GTG-GGGTAGGTGTGTGAT-TGTGT-GTGTGC-C-TGTAAG--TATG----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-G------TAT-GGA--GG---C--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TGTGT-GCAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-NA----TA----C-NTGT-AT-T-------ACCGTGCG--TGCA---T-GTGT--GCGT-GC--A--TG---CATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGC--GTATGAAT-TCATGCA--TGTC-GTGTGTATTTAT-AT---GTGTAC----TATGCACAAGTGTGTACAT-TGTATGGCNATG--T-TGTGCA-TGCATGCGTGTA---ATATGTACGT-TG-ATACAC-TGTGNAGTATGTATCTAGACTATTATGTA-TGTAC--TATACATGAATGTA-TGTATAAGGAACAA--ATGGAAAGAAA-GACA-ATT-----------------TTT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TATT-----T---------G---TAA-CATGCT-C-TT--GC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---GG--GTTTTTTTAA--------ATTTTTT-------------T--TTT--------TT-TTTTTCTGGCAGTC-AAAATC-TCTTTCCTTCCT-CTCC-A-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGGTA-ATTCATC--A-AGTCACTC-AATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAG-AA--GTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTGT-G--------ACATC-ACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-G-A-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTT-A--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AATT-ATTTATTG-AAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAAT-NTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAAT-AGAGA----AAATGTACACT-C-TTC--AGGGTTGTTCAA-AGAAC-TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|1 : GCACATGCC-A-G-CTT-GAAATCTT-GAAT--AT---CA-GT-CA-AATTTATC-TCTTGTT--AT-TGTTC---ATAA---ATTAATT-G-TTTATT-G-TACTT---ATTATC-----AACT-AAAGAGAAAAGATAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAATTATGT--CCTG-TA-AT--TTAT-CC--T-CTGC---TTA-TTG---TTACGGATGAAC----TTGAGAAA----TCTCCAA-T-C-TCAAGTCCCAGACCAGTCT-T-GA-CGACAAGC----AT-TTTTT---TGTT-T--------GGT--A--AGAAATAT-C-AGTTCTA----TCAATCAGTGGGAT-C-AATTAATTTCTTGTTGT-T------AT-GA-TG----TTT--GTGT--GT-TGT--GTGG-------------TGGGGGGGGG----------TAGGTGTGTGAT-TGTGT-GTGTGC-CCTGTAAG--TATG----TAATGCA-T--GCATT--G-----TGT-GATATCG------TAT-GGA--GG---A--A-T---G-------T-GTG---TGTT--T-TTG-TATGT-GCAT-G--A-A-TGC---AAG-T-TGC-AT-AT-CTG-AA----TA----C-ATGT-AT-TTTA----AGCATGTG--TGCA---TAGTGT--GCATTGC--A--T----CATGTGTA--TG-TCTGT-AT--ATGT--ATATGAAT-TCATGCA--TGTT-GTGTGTATTTAT-AT---GTGTGCATTGTGTACACATGTGTGTACATGTGTATTGCCATGCNN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-NN-NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-----------------TTT---AT-----CATTAAAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-AG---TATT-----C---------GGGGTAA-CATGCT-CGTT--GC-TTCGCTGTTGTGTTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--T--TTCT-T---GTCATTT-----T-AGG---GG--GTTTTTTTAA--------ATTTTTT-------------T--TTT--------CT-TTTTTCTGGCAGTCCAAAATC-TCTTTCCTTCCTGCTCC-AATTCCTATGCTAGATGCT-AATTGGTA-ATTCATC--A-AGTCATGC-AATTT-TC---TCA---T--AATAGTTGCTTGAG-TA--GTT---GTA-----AACAAT-TTGAT-C-TA-CA--TTAGGCTT-AGCGGAACTGT-G--------ACATC-ACAA-TGAGG-----A--T------GA--T-G-A-CATCAGAAA----GAC----GT--T--TTT---TTCCAGAAGT-A--TCTTTCT---TGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTAA-TTTAAGTCTACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AATT-ATTTATTG-AAGT--GA---TGACAATGATAAG-TT--AACTAATATTTTGGGGCAAATT-CCTAGT-TTAAATTGAAGTTTTTCGGGTGAAATAAGAGG----AAATGTACACT-C-TTC--AGGG-TGTTCAA-AGAAC-TTCCCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGTTGGTTTTAG-AAATAA-AGTAATTTTCCACTTTGAA--ATTCTTAAATAA
gi|10 : GCACATGCC-A-C-TTT-GAA-CCTTTGAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTT-AT--GTTC---ATAACTTATTAATTCG-TTT--T-A-TACTTTATATTATC-----A-CT-AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA---TCA--AGAAT-----TAGTAAG-ATGC--T-TG-TA-AT--TTATTCC--T-CTGC--AT---ATG---TTACGGA--GCT----TCGAGAAAAA--TCTCTAA-TTCCTCA-GTCC-AGACCAGTCT-TTGA--GACAAGC----AT-TTTTT---T-TT-TTGTTTGGTAATGAA--A------T-C-TGT-CTA----TTTCCCAGTGGGAT---AATTAATTTCTTGTTGTGT------AT--------G-TTT--GTGT--TTTT-T--GTTGTGTG---C---TGTGGGG-GGGGG--GAG-GTGTGG---TGTGAT-TGTGT-GTGGCC-C-TGTAAG--TATG----T--TGCA-TTGGCAT---GGTTGATAT-G-TAG-G------TAT-G-A--GG---CCCACT---GAGCTCGAT-GTG---TGTG--T-TTG-T-TGT-
gi|11 : aCTTAAAT-AGA------AAATGTAGACT-C-TTTCAAGGGTTGT-CAATAGAA--TT-CCTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATGATTGTTTTAGAAAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAa
gi|12 : CATGCC-A-GGCTT-GAA-C-TT-GAATTGATT-CCATGGGCA-ATAGTCTC-T-TTGTTTTAT-TGTTCTGAATAA---GGTATTT-A-TTT--T-AATACTTT--ATTATC-----A-CTGAAAGAGAAA-TATATGTCAAA-AATCA-TAGAGCAAAACTGG-AATT-TGTTCC-TG-TG-GTATTTAT-CC--T-CTGC--ATTA-TTGGTTTTACGGA--AACGTTCTTGAGAAAGTCTTCTCTAAATTC-TCA-GTCC-AG-C-AGTCT-T-GAACGACAAGC----GT-TTTTTG--T-TTGT--------AAT--G--ACA----T-C-TTTTCTAGATATCTCTCAGTGGACTGC-AATTAATTCTTATTTGT-TTAATATACTAA-TG--AATTG--GTGTTTGTGTGT--GTGGGG-G---C---A-CAGGGGGGGGG--GGG-GGGttctataattgatctgatgtcagaataattagcgctactatttcaattttgggactttatatcatctcaagtatattaccagggggataactctttgagtttgttgactgctgaagaaaacaaatgacgtttaagattgcatttctaaactattattttcagtgacatagttttcgataaacccccattgtgtgatacatccttttatcgagcaagtcttcaatttttcaaccgataggtaatttaataagtctttgaagcatttttgcagtcttaa
gi|13 : TTCATTCTA-AGACCTTC-AATTT-GCAACTCACAAT--GATAGTAGCTCGAGTAA--GCTTGCGCACAGACAACAATATAGATGC-TAACAATTTGGTCTTTAGCG-AACTGT-GGGGTATGCACTTA-ACAA-TGAGG-----ATGT------GA--TTG-ATCATCAGAAATTATGCCGCAGTA--T--ATT---CTCGATA-TC-A--TCTTTCA---TGGC--AAATTTTACTTTTTTTTT---TTTTTTTTTA-TCTAAGTCAACATTTTC-TATTT-GAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AATT-ATTTATTG-AAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTCAT-TTGTAAGGTAAATT-CCTAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTGgg
gi|14 : tGTGTGAT-TG-GT-GTGTGCGC-T-TAAGGTTATGGTAATA-T-CA-T--GC-T---G-----TGT-G-TAT--------TAT-GGA--GGTGGC--A-T---G-------TTGTG---TGTC--T-GTAATGTTT-TGATCG--AGA-TGC---A-G-T-TGCCAT-AT-CTT-AAG---TAACATC-ATGTGAT-TTAAGAAAACCGGGC-----CAATCT-GTGT--GCAT-CCGAA--TG---CACGTGTAACTGGTCTGT-ATTCATGC----ATGAAT-TCATG-----GCT-GTGTG---GCAT-GT---GTGTACAGATTGTGTGC-AGTG-GTGCA----AATGGCAGTG--T-TCTGCAGTGCATG
gi|15 : -TTGATGGGCGG--CT-TT-TTG-----TA--T--TCCT-T---CCCATTC-----T-AAG---GG-----TTTTTAAAGAAAAAAATT---------------------------------------CTGGCAATC-AAAATA-TCTTTCCTTCCT-CTCC-A-TTTCTATGCTAGAT-------TGGTATAT--ATC--A-AGTCACTC-AAATT-TC--CTCA--AT--AACAGT-ACTCGAG-AA--GTT---GTA-----AACAATATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTGT-------------TT-A-AA-TGA-------A-GTTTTTGGGC--T-G-A-AATAAGAGA----AAA----TG--TACACT---CTCCAGGGTT-A--Tttattattgttatg
gi|16 : TATGTAAC-TGTAT-GTGCG------TAAA--TGTG----TA---CA-T--GCAA---A-----TGT-G-TAT-G------GAT-TAA--G---------T---A-------T-GTG---TAAT--T-GTGATGTGT-TAAT-GTAA-A-TATGTAA-A-TGTGC-TT-AT-GTA-AATATGTA----C-ATGT-ATAT-------GTTG-GTG--TGCA---T-GTATAAATAT-GC--ATCTGAATTATGTATA--TG-TATAT-AT--ATGTAAGTGTAAA----ATGCAGGTGTCAATGTATATTTGT-AA---ATATGCT---TATGCAAAAGTGTTCAT-T-TGTAtcacaaaacttttgcatttccatcgtca
gi|17 : caaaTGTACATGTGTGTACATGTGTGCAGTATGTAT-------AT-ATGTA-TGTAC--TATACATGAATGTA-TGTATGAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-----------------TTT---ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TATTTC-A----TATT-----G---------G---TGA-CATGCT-C-TT--GC-TTCGCTA-TGT-TTGATGGTTAG--CT-TT-TG------TGTAT--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---G
gi|18 : GCA-T--GTGT---G-----TGT-G-TGT-GATTAGATATTGGA--GG---T--G-T---G-------T-GTG---TG-T--T-TTG-TGTGT-ACA-----------C---A-GAC-TG--AT-AGAATG-TA----CA----C-GTAT-ATGT-------ACTGTG-G--TACA---T-CTTN--TCG------G--TG---CATGTGTG--TG-TGTGTGAT---TAG--ATATGGA---GGTGTG--TGT--GTGTGT-TTTGTGATAGAGTG-------TATACACATATATGTACAacgggtgggatt
gi|19 : TGTA---A-ATGT--GT-TG--TACATGTGTGCAGTATGTATATAG---------TA-TGTAC--TATACATGAATGTA-T-TATA-GGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-ATT-----------------TTTT--ATT----CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TATT-----T---------G---TGA-CATGCT-C-TT--GC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--TT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AAG---Ggtactg
gi|2 : ATGTA-TGGATAAGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATTTTTATTCATAATGTAATTTT---ATT----CAT--ATTCGGTA-AC---TTCTCTTGCTTC-GCTGTTGTT-----T---------GA--TGGGCA-GCT-T-TTTTGTATTC-CTTTCAT-TTTAGGGG------T-TT-TT------TG--T--TTTT-T---TT-GTTT-----T-----------GTTTTTTTA----------TTTTTTGTATTCCTTCCCAT--TTTAAGGTGTGTT-TTTTTCAGGCAGTT-AAAATC-TATTTCCTTCCT-CTCC-A-TTTCTATGCTAGATGTT-A-TTGGTA--TTTATC--A-AGTTACTC-AATTT-TC--CTCA--AT--AATAGT-GCTCGAC-AA--GTT---ATA-----AACAACATTGAT-C-TA-CA--TTGGGCTT-AGCG-AACTGT-G--------ACATC-ACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-G-A-CATCAGAAA-----AC-----T--T--TTT---TTCCAGAGTT-A--TCTTTCT---TGGC--AA------------ATTTAAATATTTTTT-A-TTTAAGTATACATTTTC-TATTT-AAGGAAA-ATT----ATCATG-TTAG-AATT-ATTTATTG-AAGT--GA---TGAC-ATGATAGA-AT--AACTAAT-TTTTAGGGCAAATT-CCTAGT-CTAAA-TGAAGTTTTTGGGTTGAAATAAGAGAAATTAAATGTACACT-C-TCC--AGGGTTATTCAA-AGAAC-TT-CCTT-GTTGG-CCAATTTAGTCATTG-TTGTTTAAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAacgg
gi|2 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacAGAGTT-A--TCCTCCT---TGGT--AA------------TTaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacaattaccaaggaggataactcttgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|20 : tatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacatgtatggataaggaacaaatgaaaaaaaagacaatttttattcataatgtaattttattcatattcggtaacttctcttgcttcgctgttgtttgatgggcagcttttttgtattcctttcattttaggggttttttgttttttttgttttgtttttttattttttgtattccttcccattttaaggtgtgtttttttcaggcagttaaaatctatttccttcctctccatttctatgctagatgttattggtatttatcaagttactcaattttcctcaataatagtgctcgacaagttataaacaacattgatctacattgggcttagcgaactgtgacatcacaatgaggagtgatgacatcagaaaactttttttccagagttatctttcttggcaaatttaaatattttttatttaagtatacattttctatttaaggaaaattatcatgttagaattatttattgaagtgatgacatgatagaataactaatttttagggcaaattcctagtctaaatgaagtttttgggttgaaataagagaaattaaatgtacactctccagggttattcaaagaacttccttgttggccaatttagtcattgttgtttaagaaataaagtaatatttcactttgaaattcttaaataaaattctataattgattctgaatcaaaataatagactttatctccattttgggaattttattccattttcacATGCA-TGCATG-TATGTATGTATGTA-TGTATAATGAACAA--ATG-AAAGAAA-GACA-ATT-----------------TTT---ATT----CAT--AAT--GTA-TT---TT----TA-ATC-A----TATT-----TA--------G---TAA-CATGCT-T-GT--GC-TTCACTGTTGT-TTTATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--TTGTCCT-T----CCATCTAAAGGC-AGG---GG--GTtgtttgcaactgctgaaacaaatgacgttaagattgcatttctaatcctttatttcaggacatagttttcgataaacctccatgtgtgatacttccttttattcagcaagtcttcaatttttcaaccacataggtattgtatagtttaagattgacttgttaatctgt
gi|21 : gtagatcgatcgatagATGTA-TGTACC-TATACATGAATGTATTGTTGCAGGAACAA--A-GGAAAGAAA-GAAA-TTT-----------------TTT---ATT----CTT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTCAA----TATT-----T---------G---TGA-CATGCT-C-TT--GC-TTCGCTATTGT-TTGATGGTTAG--CT-TTGTG------TA--T--TCCT-T---CCCATTT-----T-AGG---G
gi|22 : -A-TTT--T-A-TACTT---ATTATC-----A-CT-GAAGAGAAA-TATAT-TCAAA-A-TCA-TAAATT-----TG-TAATTATAT--T-TG-TA--T--TTAT-CC--T-CTGC--ATTA-GTA---TTACGCA--GAC----TTGAGAAA----TCCCTAA-TTC-TCA-GT-GAAGTC-AGTTT-T-GA-CGACAAGC----ATATTTTT---G-TT-T--------acgg
gi|23 : AA---AT--ATT-AATTT--T-A-TACTT---ATTATC-----A-CT-GTAGAGAAA-GATAT-TCAAA-ACTCA-CAGATT------GGTAATTATGT--C-TG-TA-AT----AT-CC--T-CTGC--ATTA-GCA---TTGCGCA--GAC----TTGAGAAA----TTTCTAA-TTC-TCA-GTCC
gi|24 : AAG-----A-GT------GAATT-G-A-CATCAGAAA----GAC----TT--T--TTTTTCTTCCAGAGTT-AATTCTTCCTTTCTGGC--AA------------TTTT---TTTTTTTTTT-TTTA--TTT---TTTTT-TTTTT-A--TAAA-ATTTAAAATCACA-TT
gi|25 : TAGGCTT-AGCG-AACTGT-G--------ACCT--ACAATTGAGG-----A-GTG-----GA--T-G-A-CATCAG-AA----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTT-A--T-TTTCT---T-GC--AA------------ATTT---TTTTTT---A-TTT-AGTCTACATCT
gi|26 : TGTGACTATG--TGTGTGCA-TGCATGCGTGTATGTGTGTGTACAT-TT-AT-CAC-CATAAAG-----ATCCTGACTATCAT
gi|27 : CA--TGCA---T-GCAT--GCGT-GC--A--TG---CAAGAGTA--TG-TCTCT--T---TGC--GTATGAGT-TCGTACA--TGT
gi|28 : TTTCACTTTGAA--ATTCTTAAATAAgt
gi|29 : --TCCT-A---CCCATTT-----T-AAG---GG----TTTTTTAA--------Aatttctgaaattgattctgaatcaaaataata
gi|3 : AGGAACAA--ATGAAAAAAAA-GACA-ATT-----------------TCT---ATT----CAT--AAT--GTACAT---TT----T---TC-A----TATC-----TCCTGATCGGG---TAA-CATGCTGC-TT---C-TTCGCTGTTTG-TTGATGGGCAG--CT-TT-TT------TG--TATTCCTGT---TCCATTT-----T-AGG---AGTTGTTGTTTT-----------TTTTTT-------------TAATTT--------TTGTTCTTCTGGCAGTC-AAAATC-TCTTCCCTTCCT-CTCCCA-TTTCTATGCGA-ATGATCA-TTG--A-ATT--TT--ACAGTCACTTTAATTTCTC--CTCA--ATTAAATAGT-GCTTGAG-AAAAGTTC--GTA-----AGGCATGTTGAT-CGTA-AC--TTAGGCTT-AGCG-AACTGTTG--------ACATCCACAA-TGAGGCAACAA-GT------GA--G-GGA-CATCAGAA-----GAC----TT--T--TTT---TTCCAGAGTTTA--TCTCTGTG--TGGC--AA------------TTTT---TTTTAT--AA-TTTAAGTCTACATTTTCATATTT-AAGGAAATATT----ATCAT---TAG-AATTTATTTATGGGAAGT--CGCATTGAC-GTGAGAGA-AT--AACTAAT-ATTTAGGGCAAATCGCCTAGTATTAAA-TGAAGTTTTTGGGCTGAAAT-AGAGA----AAATGTACACT-CTTTC--AGGGTTGTTCAA-AGAGCTTT-CCTTAATTGGTCCA--TTAGTCAAAGATTGTTT--G-AAATAGTAGTAA-ATTTCACTTTG-A--ATTCTTAAATGAaaaagaaaaattctggcagtcaaaat
gi|4 : ACATGCC-AAG-CTT-AAA-C--T-GAAT--ATT-CCAT---CATAAAATATC-T----TTT-ATCTGT-C---ATAA----TTAATT-A-T---------ACTT---AT-ACC-----A-CT-AAA-AGAAA---TAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGGTAA-TATGT--C-TGATA--T--TT-T-CT--TACTGC--ATTATATG---TTAGGAAT-GAC-------AGAAA----TCTCT---TTC-TCATATCCAGGAC-A---C-T-GA-CGACAAGCATTTAT-TTTTT---T-TT-T--------AAT--GACA------T-C-TGTTCTAG---CTTATCAGTGGA---C-AATTAATT-CTTGTT-T-T------AT-AATTGCCG-TTT--GTGT--GTGGGTAAGT-GTGTG---T---T-TGGGGGG--------G-GGATAGTTGTG-AATATGT-T-GAGTGC-CTTTTAAG--T-T-----TA-TGCA-T--GCAT---G-----TGT-G-TAT-GA-----TAT-GAA--GG---C--A-T---GA------T-GTG---TG------CTG-TATGT-GCAT-G----A-T-C---A-G-T-TGC-ATAAT-CTG--A----TA----C-ATGT-AT-T-------A----GCA--TGCA---T-GTG-------------------------GTA---G-T-TGT-AT--A-GC--GTATGAGTATCA---A--TGT--GT---TA-TTAT---------TA------ATGTACAAGTGTG-AC------ATGG---------TGTGCA-TGCATGCATGTA---ATATGTACTT-TG-ATACAC-TGTAAATTATGAATCTAGATTATTATGTATTGTACGTTAT-TATGATAGTG-TCTATAAGGAACAAGTATGGAAA-AAA-GACAGATTA----------------TTTAAAATTCCAACATG-AATA-GTA-ATAAATCA---TATTTC-A----TGCTATCGAT---------GCT-TAA--ATGCT-C-CT--GC-TTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAG--CCATT-CTACATGATA--T--TCCT-TGTATCCATTT-----C-TTGCTTGT--GTTTTTTTTT--------ATTTTTT-------------C--TTT--------TT-TTTTaatatctataattgattcgagttcagataattaggctataattccattttgggactttcatatttcgcattttctcaaacattaccaagtggggagtaactcttgtttgactgctcgaaaacaaatgacgttaagatctcgcattgatctaatccttttattttagaatagatttcgataaaccccacatgtgtgaactcgcttttgatttcgccaagtcttccaattttcaacgcgcataggtgaatttataagttgtttaagaattttgcagtgtttaa
gi|5 : AACAA--ATGGAAAAAAAAGACA-ATT-----------------TTT---ATTT---CAT--AAT--GTA-AT---TT----TA-TTC-A----TATT-----C---------G---TAA-CATGCT-C-TT--GCCTTCGCTGTTGT-TTGATGGGCAGGCTT-TT-TT------TA--T--TCCT-T---TCCATTT-----TTAGGT--GG--GGTTTTTTAA--------ATTTTTT-------------T--TCT--------TT-TT---CTGGCAG-C-AAAATCGTCTTTCCTTCCT--TCC-A-TTTCTATGCTAGATGCT-A-TTGG-A-ATTCATC--A-AGTCACTC-AATTT-TC--CTCA--AT--AATAG--GCTTGAG-TA--GTT---GTA-----A-CAATATTGAT-C-TA-CA--TTAG-CTT-AGCG-AACTGT-G--------ACATC-ACAA-TGAGG-----A-GT------GA--T-G-A-CATCAGGAA----GAC----TTTCT--TTT---TTCCAGAGTT-A--TCTTTCT---TGGCCAAA------------TTTT---TTTTTTTTAATTTTAAGTCTACATTTTC-TATTTGAAGGAAA-ATT----ATCATGTTTAGAAATT-ATTTATTG-AAGTTGGA---TGA--ATGATAGAGATTCAACTAAT-ATTTAGGCGAAATT-CTAAGT-TTAAA-TGAAGTTTTTCGGCTGAAATAAGAGA----AAATG-ACACTAC-TTC--AGGGTTGTTC-A-AGAAC-TT--CTT-ATTGG-CCAATTTAGTCAATG-TTGTTTTAG-AAATAA-AGTAATATTTCACTTTGAAATATTCTTAAATAAatttcttatataaagtatttattaatttttagcttctggcagcaaaatcatctttccttatcctattgtcgccatttctatgtagtagtgtagtgggtgtttatttattttatcaagtacgactgcaatttaattctattctaatcatag
gi|6 : aCACATGCCCA-G-CTT-GAA-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AATATCTC-TTTTGTTG-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATT-AATTT--T-A-TACTT---ATTATC-----A-CT-AAAGAGAAA-GATAT-TCAAA-A-TCAGTAGA-T-----TGGTAATTATGT--C-TG-TATAT--TTAT-CCTGT-CTGC--ATTA-TTG---TTACG-A--GAC----TTGAGAAA----TCTCTAA-TTCTTCA-GTTCCAGAC-AGTCTCT-GA-CACCAAGCA---AT-TTTTTTGCT-TT-T--------GAT--A--A------TACATCTTCTA----TCTATCAAT-GGAT-C-AATTAATT-CTTGTTGT-T------AT-AA-TGT-G-TTT--GTGG--ATGTGT--GT---GTG---T----------GGGGGG--GTG-GGGTAGGTGTGTGAT-TGTGT-G-GTGC-C-TGTAAG--TATG----TA-TGCATT--GCATGCAG-----TGT-G-TAT-G------TAT--GA--GC---C--A-T---G-------T-GTG------T--T-CTG-T-TGT-GCAT-G--A-ATTGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTGAAA----TA----CTCTGT-A------------CATGCGGTTGCA---T--TGT--GCAT-GC--A--TG---CATGTGTA--TG-TCTG---T--ATGC--ATAGGAAT-TCATGCA--TGTatttctataatatgattctgagtcagaataataggctataattccattttggactttatttcccatttttcaaaaattaccaagggggtgataacttcttgttgttgactgctgaaaaccaaatgacgttaagattgcattttctaatcctttatttcagacattagttgttcgataaacccccatgtggtatacatctttttattcggcaagtcttcaattttcaaccgcatagttaattttatagtgtttaagaatttttgcaatctttaa
gi|7 : aACATGCT-C-G-CTTTGAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATCTTCTTGTTT-AT-TGTTCG--ATAA---A-TAGTTGA-TTT--TAA-TACTT---AATATCGCTTTA-CC-ATAGA-AAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TC-TA-G----TAT-CT--T-CTGCAAATAG-CTG---TTACGCAG-GAC----TTGAG-AC----TCTCTAA-TTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-GA-CGAC--------------------------------------A--A------T-C-TGTTC-A----CCAATTCGT-GGAT-CAAATTAATTACTAGTGGT-T------AC-AA-TT--G-TGTCAGTGT--ATGTGT--G-GGGGTGTTAT---T-TGGGGAGGGGAGTGTG-GGGTAGGTGTGTGCT-TGTGTGGTGTAT-C-TGTAAG--TATG----C----CA-T--GTAT---A-----TGTGG-TAT-G------C-T-GGAAGGG---C--A-TGGGG-------T-GTGTTCTGTT--T-TTT-TGTGTAACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGCAAT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-g
gi|8 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATT-CCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT-TGTTC---ATAA---AT--ATTGA-TTT--T-A-TACTT---AATATC-----G-CT-ACATAGAAA-GTTAT-TCAAA-A-TCA-TAGATT-----TGA-AATTATGT--C-TC-TA-GT----AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---TTACGCA--GAC----TTGAGAAC----TCTCTAA-TTC-TCA-GT-CCAGAC-AGTTT-T-GA-CGAC--------------------------------------A--A------T-C-TGTTCCA----CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAGTGGT-T------AC-AA-TT--G-TGTCAGTGT--ATGTGT--G-GGGGTG---TTTAT-TGGGGAGGGGGA-GTGTGGGTAGGTGTGTGCT-TGTGT-GTGTAT-C-TGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTCTGT-TTT-TGTGT-ACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-AT-T-------ctgaagtagggaggtaatagatagtcgatagtatcgataattatgcgaatgtcaatgcgcacg
gi|9 : GCACATGCT-C-G-CTT-GAT-CCTT-GAAT--ATTTCCATGT-CA-AAAA-ATC-TCTTGTTT-AT--GTTC---ATAAT--ATTGATT---TTA--A-A-TACTT---AATATC-----G-CT-ACATAGAAA-GTTAT-TCAAATA-TCA-TAGATT-----TTGAAATTATGT--C-TC-TA-GT----AT-CT--T-CTGC--AATA-GTG---T-ACGCA--GAC----TTGAGAAC----TCTCTAA-TTC-TCA-GTCCAGGAC-AGTTT-T-GA-CGAC--------------------------------------A--A------T-C-TGTTCCA----CCAATCAGT-GGAT-C-AATTAATTACTAG-TGG-T------AC-AA-TT--G-TGTCAGTGT--ATG-GT--G-GGGGTG---TTTAT-TGGGGAGGGGA--GTGTGGGTAGGTGTGTGCT-TGTGT-GTGTAT-C-TGTAA------G----TA-TGCA-T--GTAT---A-----TGT-G-TAT-G------CAT-GGA--GG---C--A-T---G-------G-GTG---TGTC--TGTTT-TGTGT-ACAT-G--A-A-TGC---A-G-T-TGC-AT-AT-CTG-TA----TT----C-TTGT-AT-T-------gaagtagggaggtatagatagtcgatagtatcgataattatcgatgtcaatgcgcacgg