lowQualScore : 1111111 88888888888888888888888888888888888888888888 111 111111 11111111 1111111111111111111111111111 2222222222222222 11 11111111111 2222222222222222222222222222222222222 2222 1
lowQualScore : 99 333 555 22 22 1 3333 3 3 3 1 4 1 33333 1 22 55 555 22 3 33 3 88 444 1 33333 22 222 22 22 1 1 444 222 0 44 7777777 1 1 22 5555555 0 6666666 22 1 2222222 4444 44 11111111111111111111111111111111111111111111 777777 2 55 66666 5555 444 2 4 666666 33 2 2 8888 2 33 33 2 4 2 333 33 33 555 2 888888 2 33 2 5 55 2 33333333 33 5 888 2 5555 5555555555555555555555555555 2 33 2 2 33 7 2 9999999999999999 5555 2 44 5 11111111111 7777777777777777777777777777777777777 2 444 2 777 6 3 44 6 3 777 1 1111 55 3 3 3 3 999 3 3 4 7777 55 55 55 3 3 4 55
lowQualScore : .. ... ... .. .. . .... . . . . . . ..... . .. .. ... .. . .. . .. ... . ..... .. ... .. .. . . ... ... . .. ....... . . .. ....... . ....... .. . ....... .... .. ............................................ ...... . .. ..... .... ... . . ...... .. . . .... . .. .. . . . ... .. .. ... . ...... . .. . . .. . ........ .. . ... . .... ............................ . .. . . .. . . ................ .... . .. . ........... ..................................... . ... . ... . . .. . . ... . .... .. . . . . ... . . . .... .. .. .. . . . ..
lowQualScore : 77 777 888 55 55 8 5555 3 2 1 5 6 5 88888 5 11 22 888 22 1 77 1 33 555 5 88888 11 555 11 11 5 6 444 999 5 33 7777777 8 8 44 7777777 8 2222222 66 9 9999999 0000 55 22222222222222222222222222222222222222222222 222222 5 66 22222 0000 888 4 7 444444 11 2 2 6666 2 11 22 4 4 2 999 99 99 000 9 111111 5 44 5 0 99 5 44444444 44 0 888 5 3333 9999999999999999999999999999 4 22 4 4 22 1 5 2222222222222222 3333 5 44 0 99999999999 0000000000000000000000000000000000000 9 777 7 999 7 3 66 7 6 000 9 7777 00 6 6 6 6 222 6 6 6 7777 00 00 00 6 6 6 00
consensus : ATGAG--ATG---A---TAT--T--CAT-G----A-C-T-T-T-A-A-----G-A--A--C---TTTTAT--GATTTG-T--T-CAT--AAT-A-GT-TCA-----TGAA--T--GA--CTCA--TAAA-AG-ATT---CT---TGACA--GTT-------C-A-T--A-------AAAGT-------G--G-T-------T----CA--TGAATA-AA-----------------AT------------A---------T------TC-AT--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--T--T---G-AA-----GTG-AAATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACA-T----TT-T--------A--T--------------TC-A--T-G-A--A-CA-T---------NC-----AT----G-A--T-TCAT-----------GA-----------------AC------------------ATTCATG-A---TT-C---TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
Reference ( gi|7 ) : ATGAG--ATG---A---TAT--T--CAT-G----A-C-T-T-T-A-A-----G-A--A--C---TTTTAT--GATTTG-T--T-CAT--AAT-A-GT-TCA-----TGAA--T--GA--CTCA--TAAA-AG-ATT---CT---TGACA--GTT-------C-A-T--A-------AAAGT-------G--G-T-------T----CA--TGAATA-AA-----------------AT------------A---------T------TC-AT--AAC-----TCAT----AA--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--T--T---G-AA-----TTG-AAATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACA-T----TT-T--------A--T--------------TC-A--T-G-A--A-CA-T---------AC-----AT----G-A--T-TCAT-----------GA-----------------AC------------------ATTCATG-A---TT-C---TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GATCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATACCAACA--TTAAATAG
gi|14 : ATGAGTTATGGATA---TGT--T--CAT-G----A-A-T-T-T-T-ATTCATG-G--A--CCATTTTTAT--GAACTA-T--C-AAG--AAT-C-TT-TTA-----TGAG--T--CA--TTCA--TGAA-CG-ATT---AT---GAACA--AAT-------C-A-T--A-------AAA---------G--G-TCTTAAAGT----CA--TGAATA-
gi|18 : tgcgagatgaATGAGTTATG---AACATGT--T--CAT-G----A-A-T-T-T-A-T-----G-A--A--C---TCTCAA--GAATCG-T--T-TAT--G---A-G--TCA-----TGAA--C--AA--ATCA--TAAA-A--CTT---CT---T-ACA--agtagtattagttataatgaagcatacttatgaactt
gi|30 : actATGAG--ATG---A---TAT--T--CAT-G----A-C-T-T-T-A-A-----G-A--A--C---TTagtaatattagttcatga
gi|8 : cccctTGAGTTATG---AA--TAT--T--T----------T-T-T-C-A-T-----G-A--A--CA--TTTTAT--GAACTG-T--C-AAG--AAT-C-TT-TTA-----TGAG--T------TTCA--TGAA-CT-ATT---AT---GAACA--AAT-------C-A-T--A-------AAAGT-------T--C-TTAAG---T----CA--TGAATA-
gi|10 : agatgaTAAG--ATG---A---TAT--T--CAT-G----A-C-C-T-TGA-A-----G-A--A--C---TTTAAT--GATTTG-T--T-CAT--AAT-A-GT-TCA-----TGAA--C--GA--CTCA--TAAA-AG-ATT---CT---TGACA--GTT-------C-A-T--A-------AAAGT-------G--G---------T----CA--TAAA------------------------------------A---------T------TC-AT--GAaataatattagttcatgaataatgaagaatagttatgacttaatattgaattgaaattctctaataatttcaacattttattcatgaacatacatgattcatgaacattcatgatcttcatcaaagagttttgttccattatctttttttttctttcataaaaagagttattgatcttggaatgttataccaacataaatag
gi|6 : TGAG--ATG---A---TAT--T--CAT-G----A-C-T-T-T-A-A-----G-A--A--C---TTTTAT--acatattcttcttcttcctgtacaagtgcgggactcccagaggagtgtaaatatgcactgacgcatagtaatattagttcatgaataatatttatgaactttatattgaagtgaaagcctctgtatatgtcaacatctgattcattttcatgaacattcgcagacttcgtggactttgtgatcct
gi|4 : acccctgGAG--ATG---A---TAT--TTCCAT-T----A-C-T-T-TTA-A-----G-A--A--C---TTTTATTGGATTTT-TCGT-CATTTAATTA-GT-TCA-----TGAA--T--GGATCTCA--TAAA-AGCATT---CT----GA-A--GTTT------C-A-T--A-------AAAGT-------G--G-T-------T----CA--TGAACA---------------------T------------A---------T------TCCACTAAAC-----TCAT----AGGTTAAAT-AT------TTTAGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-TTGAAC---TTTATA--T--T---G-AA-----GTG-AAATT--CCTCGTGAA--TA-AT--------T--TTC---AACA-T----TT-T--------A--T--------------TC-A--T-G-ACAA-CA-T---------TC-----AT----GCAC-T-TCAT-----------GA-----------------ACC-----------------ATTCATG-A---TT-C---TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTGTTTC---CATT-CT-TTTTTTCT----T-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGGAAAA--TGTT-TATGCCAACATTTTAAATAttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcttcatcaaagagttttgttccatttttgttttctttcataaaaagagatttttcttgtggaatgttatgtcaacattaaatagc
gi|2 : gcGAG--ATG---A---TAT-----CAC-A----A-C-T-T-T-A-A-----G-A--A--T---TTTTGT--GATTTT-G--T-CAT--AAT-A-GT-TCA-----CAAA--T--GA--CCTACTTAAA-AG-ATT---TTCTTTGACA--GTT-------C-A-T--A-------AAAGT-------G--C-T-------T----CAATTGAATA-AATTCATGAAGGCTTCAACAT------------A---------T------TC-AT--AAC-----TCAT----AG--TAT-TGAT------T--AGT-TCAA----TGGA--A--TAAGGAAGAATGCTTTACT-GAAC----TTATA--T--T---G-AA-----GTGAAAATT--C-TC-TGAA--TAGAT--------T--T-C---AATA-T----TTCT--------A--T--------------TC-A--T-GAA--A-CA-T---------TC-----AT----G-A--T-TCAT-----------GA-----------------ACATTTCATGGCTTCATAATATTCATG-A---TT-C---TTCAGTCA-A--AGAGTTTTTG-TTC---CATT-C-----TTATTT--CT-TTCATT-AAAAA-GAG-T-A-TTAGTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TCAAAT
gi|1 : GAG--ATG---A---TAT--T--CAT-GGGACA-T-T-T-T-A-A-----G-A--A--C---TTTTAT--GATTTG-T--TTCAT--AATTA-GT-TCA-----TGAA--T--GA--CTCA--TAAT-AG-ATTT--CT---TGACAA-GTT-------C-A-T--ACACATGTAAAGT-------G--G-T-------T----CA--ATAATA-AA-----------------ATTCATGAACACATA---------T------TC-ATT-AAC-----TCATCTATAG--TAA-T-AT------T--AGT-CC-AAGT-T-GA--AAATAATGAAGAATA-T------GAAC---TTTATA--T--T---GCAA-----GTG-CAATT--C-TC-TGAAT-TA-AT--------T--TCC---AACA-T----TT-G--------A--A--------------TC-A--TGG-A--A-CAGT---------AC-----AT----G-A--T-TCATCTTTTTTTTTGAA-----------------AC------------------A-TCATG-A---TTCC---TTCA-TCA-AATAGAGTTTTTG-TTTTCGCATTGC----TTTTTTT--CTATTCA-T-ACAA---AGTT-A-TT-GTTCT----TGCTTGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--t
gi|14 : gccGAG--ATG---A---TAT--T--CAT-G----A-C-T-T-T-A-A-----G-A--C--C---TTTTAT--GATTTG-T--T-CAT--AAT-C-GT-TCA-----TGAA--T--GA--CTCA--TAAA-AG-ATT---CT---TGATA--GTT-------C-A-T--A-------AAAAT-------G--G-T-------C----CA--TGAATA-AAATTCATGAAC-------AT------------A---------T------CC-AT--AAC-----TCAT----AG--TAG-T-AT------T--AGT-T-------------A--TAATGAAGCATA-CTTA-T-GAAC---TT
gi|15 : tgcGAG--ATG---A---TAT--T--CAT-G----A-C-T-T-T-A-A-----G-A--C--C---TTTTAT--G-TTTG-T--T-CAT--AAT-C-GT-TCA-----TGAA--T--GG--ATCA--TAAA-AG-ATT---CT---TGATA--GTT-------C-A-TAAA-------AAAGT-------G--G-T-------C----CA--TGAATA-AA-----------------ATTC----------A---------TGAAATACC-AT--AAC-----TGAT----AAG-TAG-T-AT------T--AGT-T-------------A--TAATGAAGCATA-CTTA-T-GAAC---TT
gi|9 : gcGAG--ATG---A---TAT--T--CAT-G----A-C-T-T-TAA-A-----G-A--AACT---TTTTAT--GATTTGTT--T-CAT--AAT-A-TT-TCA-----TGGA--T--GA--CTC----AAA-AG-ATT---CT---TGAGA--GTTANNNNNNN-N-N--N-------NNNNN-------N--N-N-------N----NN--NNNNNN-NN-----------------NN------------N---------N------NN-NN--NNN-----NNNN----NN--NNN-N-NN------N--NNN-NC-AAAAGT-GG--T--TCATGAATAAAA-TTCA-T-GAACATATTCATAACT--C---A-TA-----GTA-ATATTAGT-TCATGAA--TA-ATGAAGAATAT--T-TATGAACT-T----TA-T--------A--T--------------TG-AAGT-G-A--A--A-TTCTCTGA--AT-----TT----G-A--T-TCAT-----------GA-----------------AC------------------ATTCATG-A---
gi|3 : cGAG--ATG---A---TAT--T--CAT-G----A-C-T-T-T-A-C-----A-A--A--CT--TTTTAT--GATTTGTT--T-CAT--AAT-A-TT-TCA-----TGGATTT--GA--CTCA--T-AA-AG-ATT---CT---TGAacatacacgattcatgaac
gi|8 : cAG--ATG---A---TAT--T--CAT-G----A-C-T-T---A-A-----G-A--A--C---TTTTAT--GATTTG-T--T-CAT--AAT-A-GT-TCA-----TGAA------A--CTCA--TAAA-AG-ATT---CT---TGACA--GTT-------C-A-T--A-------AAA-T-------G----T-------T----CA--TGAA-A-AA-----------------AT------------A---------T------TC-AT--AAC-----TCA-----AA--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-GTTA-T-GA-C---TTAATA--T--T---G-AA-----TTG-AAATT--C-TC-T-AA--TA-AT--------T--T-C---AACA-T----TT-T--------A--T--------------TC-A--T-G-A--A-CA-T---------AC-----AT----G-A--T-TCAT-----------GA-----------------AC------------------ATTCATG-A----T-C---TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-ATCTTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GATCT--------TGG--AA--TG-T-TATACCAACA---TAAATAGatgttactcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacaaaagtggtgctcagaataaaattccatgaacatatctataactcatagtaatgattagttcctgatgataatgaagaatatttagtgaactttatattttggaagtgaaattctctgaattattgattcatgaacatgtcatgaaacatacacgaatcatgaaatacatcaccgattcatgaacatacatgaattctttcattgcaagagttttgtt
gi|24 : AG--ATG---A---TAT--T--CAT-G----A-CGT-T-T-A-A-----G-A--A--C---TTTTAT--GATTTG-T--T-CTT--CAT-A-AT-TCA-----TGAG--T--GA--CTCA--TGAA-AG-ATT---C
gi|12 : aG--ATG---A---TAT--T--CAT-G----A-C-T-T-T-A-A-----G-A--A--C---TTTTAT--GATTTG-T--T-CAT--GAT-A-GT-TCA-----TGAA--T--GA--CTCA--CAAA-AA-AGT---CT---TGACA--GTT-------C-A-T--A-------AAAGT-------G--G-T-------T----CA--TGAATG-AA-----------------ATTC----------ATGAACATC-T------TC-AT--AAC-----TCAT----AG--TGA-T-AT------T--AAT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTT---------------------------ATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACA-T----TT-T--------A--T--------------TA-A--T-G-A--A-TA-T---------TT-----AT----G-A--T-TCAT-----------GA-----------------AC------------------ATTCATG-A---TT-
gi|11 : --ATG---A---TAT--T--CATTG----A-C-T-T-T-A-A-----G-A--A--C---TTTTAT--GATTTG-T--T-CAT--GAT-A-GT-TCA-----TGAA--T--GA--CTCA--CAAA-AA-AGT---CT---TGACA--GTT-------C-A-T--A-------AAAGT-------G--G-T-------T----CA--TGAATG-AA-----------------ATTC----------ATGAAACATCT------TC-AT--AAC-----TCAT----AG--TGA-T-AT------T--AATATC-A----T-GA--A--TAAGGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTT---------------------------ATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACA-T----TT-T--------A--T--------------TA-A--T-G-A--A-TA-T---------TT-----AT----G-A--T-TCAT-----------GA-----------------AC------------------ATTCATG-A---TT-C---TTCA-TCA-A--AGAA-T
gi|16 : G---A---TATAGT--CAT-G----A-T-T-T-T-A-A-----G-A--A--C---TTTCAT--GTTCTG-T--TTCATT-AAT-A-GT-TCA-----TGA---T--GA--CTCA--TAAA-AG-ATT---CT---GGACA--G-T-------C-A-T----------AAAGT-------G--GTT-------T----CA--TGAATA-A
gi|10 : ---A---TGT--T--CAT-G----AAT-T-T-T-A-T-----G-ACCA--C---TTTTAT--GAACTG-T--C-AAG--AAT-C-TT-TTA-----TGAG--T--CG--TTCA--TGAA-CT-ATT---AT---GAACA--AAT-------C-A-T--T-------AAAGTTCTTCAAG--G---------T----CA--TGAATA-tgtcatgaact
gi|15 : taagatgaT--T--TAT-G----AAC-TAT-C-A-A-----G-A--AT-C---TTTTAT--GATCCA-T--T-CATG-AAC-G-AT-T-A-----TGAA--C--AA--A-CA--TAAA-AG-G-T---CT---TAA-A--G-T-------C-A-T--G-------AAattcttcttcttcctgtacaagtgcgggactcccagaggagtgtaaatatgcactgacgcatagtaatattagttcatgaataatatttatgaactttatattgaagtgaaagcctctgtatatgtcaacatctgattcattttcatgaacattcgcagacttcgtggactttgtgatcct
gi|23 : gcgagatgataT--T--CAT-G----A-C-T-T-T-A-A-----C-A--A--C---TTTTAC--AATTTG-T--T-CAT--AAT-A-GT-TCA-----TTAA--T--GA--CTCA--TAAA-Aaaagtggtccatgaataaaattcatgaaataccataactgataagtagtattagttataatgaagcatacttatgaactt
gi|22 : T--T--CAT-G----A-CCT-T-T-A-A-----ACA--A--C---TTTTAC--AATTGT-T--T-CAT--AAT-A-GT-TCA-----TGAA--T--GA--CTCG--TAAA-Aatgttaaaattattcagagaatttc
gi|5 : ----A-C-TGT-C-A-A-----G-A--AT-C---TTTTAT--AAGTTA-T--C-CAT--GAA-C-GTATTA-----TGAA--C--AA--ATCA--TAAA-AG--TT---CT---atgttaaaattattcagagaattttc
gi|18 : ttat----A-C-T-TGT-A-A-----G-A--A--G---TTTTAT--GATTTG-T--T-CAT----------------------------GA--CTCA--TAAA-CG-ATT---CT---TGAGA--GTT-------C-A-T--A-------AA---------------T-------T----CA--TGAACA---------------------T------------G---------T------TC-AT--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--tcactaaaagtagttcattgaatataaatttcagaacattattcatactcatatagttaatagttcatgataatgaagaatatttatgaaacttatattgaagtgatttgaaattctccgaataatttcaacatttttattctaagaacattgcatgttgacattttatgattttatgacaaatcatgatcttcagtcaaagagttttgttccattgcgtttttttctttcataaaaaagagtattgttcttgtaatttgtatgccaacattaaata
gi|20 : -T-T-T-A-A-----T-A--A--C---TTTTAT--GATT-G-TG-T-CATC-AAT-A-GT-TCAATGCACGCA--T--AC--CTCA--AAAA-AG-ATT---CT---TAACA--GTT-------CAA-T--A-------A
gi|5 : aaaacatttttt-T-T-ATA-----G-A--A--C---TTTTAT--GATTTG-T--T-CAT--AAT-ACGT-TCA-----TGGA--T--AA--CTTA--TAAA-AG-ATT---CT---TGACA--GTT-------C-ACT--A-------AAAGT-------A--G-T-------T----CAT-TGAATATAA-----------------AT----------------------T------TC-AG--AACATTATTCAT----AC--TCA-T-ATAGTTAAT--AGT-TC-A----T-G---A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAA---CTTATA--T--T---G-AAGTGATTTG-AAATT--C-TC-CGAA--TA-AT--------T--T-C---AACATT----TT-T--------A--T--------------TCTA--A-G-A--A-CA-TTGCATGTTGACATTTTAT----G-AT-T-TTAT-----------GA-----------------CA------------------AATCATG-A----T-C---TTCAGTCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATTGC---GTTTTTTT--CT-TTCA-TAAAAAA-GAG-T-A-TT-GTTCT----TG--T----AA--TT-TGTATGCCAACA--TTAAATA
gi|12 : TG-T--T-CAT--GA--A----TCA-----TAAA--T---A--TTCA--TTAATAA-AAT---GT---TGAAATTATT-------C-A-G--A-------GAA-T-------AAAG-T-------T----CA--TAAATA-T-------------------T------------C---------T------TC-AT--TAT-----TCAT----GAATTAA-T-AT------C--ACT----A----T-GA--G--TTATGAAGA-TG-TTCA-T-GAAT---TTCAT---TCAT---G-AA-----CC---ACTT--T-TA-TGAA--C---T--------G--T-C---AAGA-C----TT-T-----------T--------------TT-G--T-G-A--GTCA-T---------TC-----AT----G-AACTATCAT-----------GA-----------------ACA-----------------AATCATA-AAAGTT-C---TT
gi|9 : gatgatattcatgactttTG-T--T-CATG-AAT---GT-TCA-----TGAA--TCAAA--TTCA--GAGA----ATTTCACT---T--CA--AT----------A-T--A-------AA-------------G-T-------T----CA--TAAAT---A-----------------TT------------C---------T------TC-AT--TAT-----TCAT----GAACTAA-T-AT------T--ACT----A----T-GA--G--TTATGAAT-ATG-TTCA-T-GAAT---TTTATttcatgatt
gi|27 : cgagatgatattcatgactttaaagaaactttttatgatttgtttcataatatttcatggatgactcaaaagattcttgagagttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaaagtggttcatgaAAA-AG-ATT---CT---TGAAA--GTT-------C-A-T--A-------AAAGT-------G--G-T-------TTGAACA--TGAATA-AA-----------------AT------------tacacgattcatgaac
gi|3 : -------C-A-C--A-------AAAGT-------G--G-TGC-----T----CA---GAATA-AA-----------------ATTCCATGAACAT-A---------T------CT-AT--AAC-----TCAT----AG--TAA-TGAT------T--AGT-TC-C----T-GATGA--TAATGAAGAATA-TTTAGT-GAAC---TTTATA--T--TTTGG-AA-----GTG-AAATT--C-TC-TGAA--TT-ATTGA-----T--T-CATGAACA-T----GT-C--------A--TGAAACATACACGAATC-A--T-G-A--A--A-T---------AC-----ATCACCG-A--T-TCAT-----------GA-----------------AC------------------ATACATGAA---TT-CT--TTCA-TTGCA--AGAG-TTTTG-TTtcaaga
gi|9 : cgagatgatattcatgactttacaaactttttatgatttgtttcataatatttcatggatttgactcataaagattcttgaatgttactcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--A-------AAAGT-------G--G-T-------T----CA--TGAATA-AA-----------------ATTCATGAACAT--A---------T------TC-AT--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--T--T---G-AA-----GTG-AAATT--C-TC-TGAATTTG-AT--------TCAT-G---AAC-------------------A--T--------------TC-A--T-G-A--A-CA-T---------AC-----AC----G-A--T-TCAT-----------GA-----------------AC------------------
gi|28 : cgagatgatattcatgactttaaagaaactttttatgatttgtttcataatatttcatggatgactcaaaagattcttgagagttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncT--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------C--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATAAAGAATA-TCTA-T-GAAC---
gi|10 : CAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAAT-------A-TTTA-T-GAAC---TTTATA--T--T---G-AA-----GTG-AAAGC--C-TC-TGTA--T--AT--------G--T-C---AACA-TCTGATT-C--------ATTT--------------TC-A--T-G-A--A-CA-TTC-------GC-----A-----G-AC-T-TCGT-----------GG-----------------AC-------------------TTTGTG-A---TC-C---T
gi|13 : taagatgatattcatgaccttgaagaactttaatgatttgttcataatagttcatgaacgactcataaaagattcttgacagttcataaaagtggtcataaaattcatgaacatattcttcttcttcctgtacaagtgcgggactcccagaggagtgtaaatatgcactgacgT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--T--T---G-AA-----GAG-AAATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACA-T----TT-T--------A--T--------------TC-A--T-G-A--A-CA-T---------TC-----AT----G-A--T-TCAT-----------GACAATTAATGGTTCATGAAC------------------ATTCATG-A---TT-C---TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTTTCCT-TTCA-T-AAAAA-GAGTTAA-AT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|29 : A-T-GAAC---TTTATA--T--T---G-AA-----GTG-AAATT--C-TC-TGGA--TA-AT--------T--T-C---TACA-T----T
gi|23 : G-AAATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-T---AACA-T----T--------------T--------------TT-A--T-G-A--GTCA-T---------TA-----AT----G-AACTATTAT-----------GA-----------------AC------------------A
gi|22 : ttcatgactttaacaacttttacaatt-AAATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-T---AACA-T----TT-TTACGAGTCA--T--------------TC-A--T-G-A--A-C
gi|9 : ttcatgacctttaaacaacttttacaattgtttcataata--T--------------TC-A--T-G-A--ATCG-T---------GT-----AT----G----T-TCAT-----------GA-----------------AT------------------GTTCATG-A---AT-CAAAT----TCA-G--AGAA-TTTCA-CTT---CAtc
gi|11 : cgagatgatattcatgactttaaagaaactttttatgatttgtttcataatatttcatggatgactcaaaagattcttgagagttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncaaaagtggttcatgaataaaattcatgaacatattcataactcatagtaatattagttcatgaataatgaagaatatttatgaactttatat--------------TC-A--T-G-A--A-TG-T---------TC-----AT----G-A--A-TCAT-----------AA-----------------AT------------------ATTCATc
gi|19 : atgatattcattgactttaagaacttttatgatttgttcatgatagttcatgaatgactcacaaaaaagtcttgacagttcataaaagtggttcatgaatgaaattcatgaaacatcttcataactcatagtgatattaatatcatgaataaggaagaatatttatgaactttattctctgaataatttcaacattttattaG-A---TT-C---TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CA----T-TTTTGTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAG---A-TT-TTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGTCAACA--TTATATAGttcttcatcaaagaat
gi|6 : gaa---TT-C---TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CA----T-TTTTGTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAG---A-TT-TTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGTCAACA--TTAAATAG
gi|21 : acccctgtgagatgatattcatgactttaagaacttttatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-C---TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CG-TTTTTTT----CT-TTCA-T-AAAAAAGAGTT-A-TT-GTTCT----TG--T----AATTTG-T-TATGCCAACA--TTAAATAGc
gi|25 : TCTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCCTTTATG--TGG--AA--TT-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|26 : TTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTC-AATT-GTTAT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAGc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGATATATCATAATTGAAGAAATACTTTATGTAATATATATTTTCGTACATGTATAAAAGTATAAACATCACAGAGGATAAAGGAAGAAGGAAAATTAACGATTCTCGAAA
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 11111111 1111111111111111 1111111111111 2222222222222222 33333333333333333333333333333333333333 1111111 11111111111 1111
lowQualScore : 2 22 22 2 4444 4444 3 3 5 1 1 22 1 22 2 4 22 4 66 4 2 22 55555 22 22 22 1 2 2 333 2 9999999 77777 2 22 6666666 4444 2 33 4444 4444 33 2 4 222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 55 66666 7777 33 2 5 666666 33 2 1111 2 33 33 2 4 2 444 33 555 2 66666 2 33 2 5 55 2 33333333 33 5 888 3333333333333333 33 2 33 2 2 33 5 2 2 5555555555555 444 2 1111111111111111 2 2 22222222222222222222222222222222222222 2222222 3 44444444444 2 3 6 3 44 3 3 3 777 7777 44 3 6 3 666 3 3 7777 44 44 44 3 3 44
lowQualScore : . .. .. . .... .... . . . . . .. . .. . . .. . .. . . .. ..... .. .. .. . . . ... . ....... ..... . .. ....... .... . .. .... .... .. . . ................................................ . . .. ..... .... .. . . ...... .. . .... . .. .. . . . ... .. ... . ..... . .. . . .. . ........ .. . ... ................ .. . .. . . .. . . . ............. ... . ................ . . ...................................... ....... . ........... . . . . .. . . . ... .... .. . . . ... . . .... .. .. .. . . ..
lowQualScore : 1 99 99 1 2222 2222 8 6 5 8 8 55 8 66 0 0 88 0 88 0 0 88 00000 88 88 88 9 1 1 999 4 4444444 88888 2 99 8888888 7777 2 11 7777 7777 11 2 4 000000000000000000000000000000000000000000000000 5 4 66 22222 8888 44 5 0 888888 22 4 5555 4 22 44 5 7 4 111 99 000 9 22222 5 44 5 0 99 5 44444444 44 0 888 5555555555555555 77 7 77 7 7 77 3 7 7 1111111111111 777 7 0000000000000000 9 9 11111111111111111111111111111111111111 1111111 3 66666666666 9 1 7 3 66 3 6 6 000 6666 66 3 7 3 999 3 3 1111 66 66 66 3 3 66
consensus : ATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TCA----TG-A--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTGA-----AA-TT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-A-TT-------C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------G------------------A-------AC-------AT-TCATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTT-G-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCAT-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
Reference ( family-395 ) : ATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TCA----TG-A--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTGA-----AA-TT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-A-TN-------C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------G------------------A-------AC-------AT-TCATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTT-G-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCAT-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|1 : GAGATGATA-T--T--CAT-GGGACA----T-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--TTCAT--AATTA-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAT-AG-ATTTCT---TGACAAGTT-------C-----A-T--ACACATGTAAAGTG----G-T--T----C----A--A-TAATA-AA-----------------ATTCATGAACACATA---------T------TC-A-TT-AAC-----TCATCTATAG--TAA-T-AT------T--AGT-CCAAGT-TG-A--AAATAATGAAGAATA-T------GAAC---TTTATA--TT---GCAAGTGC-----AA-TT--C-TC-TGAAT-TA-AT--------T--TCC---AACAT----TT-G--------A--ATC-A--TGG-A--A-C-AGTA-------C----A---T-G-----A----------T-TC-ATCTTTTTTTTTGA------------------A-------AC-------A--TCATG-----------ATTCC-TTCA-TCA-AATAGAGTTTTT-G-TTTTCGCATTGC----TTTTTTT--CTATTCAT-ACAA---AGTT-A-TT-GTTCT----TGCTTGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--
gi|10 : gccTAAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-CT-TGA-AG-AA--C-TTTAAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--CGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G----T----C----A--T-AAA------------------------------------A---------T------TC-A-T--GA
gi|10 : ATAATAGT--T--CAT-G----AACGAC-TCAT-A-AA-AG--A-TTCT-T--GACA--G-T--T-CAT--AAA-A-GTGGTCA-----TAAA----A--TTCA--TGAACAT-ATT-CT---T--C---TT-------CTTCCTG-T--A-------CAAGTGCGGGA-C--T----CCCAGA--G-GAGTGTAA-----------------AT------------A---------T------GC-ACT--GAC-----GCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TCA----TG-A--A--TAAT-------A-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTGA-----AA-GC--C-TC-TGTA--T--AT--------G--T-C---AACATCTGATT-C--------ATTTTC-A--T-G-A--A-C-A-TT-------C----G---CAG-----AC---------T-TC-GT-----------G------------------G-------AC--------T-TTGTG-----------ATC-C-Tacatattcttcttcttcctgtacaagtgcgggactcccagaggagtgtaaatatgcactgacgcatagtaatattagttcatgaataatatttatgaactttatattgaagtgaaagcctctgtatatgtcaacatctgattcattttcatgaacattcgcagacttcgtggactttgtgatcct
gi|11 : taagatgatattcatgaccttgaagaactttaatgatttgttcATGATA-T--T--CATTG----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--GAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--CAAA-AA-AGT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATG-AA-----------------ATTC----------ATGAAACATCT------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TGA-T-AT------T--AATATCA----TG-A--A--TAAGGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTT------------------------A-TT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTA-A--T-G-A--A-T-A-TT-------T----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------G------------------A-------AC-------AT-TCATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAA-T
gi|12 : GATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--GAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--CAAA-AA-AGT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATG-AA-----------------ATTCATGAAC----A---------TCT----TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TGA-T-AT------T--AAT-TCA----TG-A--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTAT-------------------------T--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTA-A--T-G-A--A-T-A-TT-------T----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------G------------------A-------AC-------AT-TCATG-----------ATT-
gi|13 : T------T--AGT-TCA----TG-A--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGAGA-----AA-TT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-A-TTCATGATTC----A---T-G-----ACAATTAATGGT-TC-AT-----------G------------------A-------AC-------AT-TCATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTT-G-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTTTCCT-TTCAT-AAAAA-GAGTTAA-AT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|14 : GAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AC--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-C-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGATA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAATG----G-T--C----C----A--T-GAATA-AAATTCATGAAC-------AT------------A---------T------CC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAG-T-AT------T--AGT-T------------A--TAATGAAGCATA-CTTA-T-GAAC---TT
gi|15 : tgcGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AC--C-TTTTAT--G-TT-TG-T--T-CAT--AAT-C-GT--TCA-----TGAA--TGG--ATCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGATA-GTT-------C-----A-TAAA-------AAAGTG----G-T--C----C----A--T-GAATA-AA-----------------ATTC----------A---------TGAAATACC-A-T--AAC-----TGATA---AG--TAG-T-AT------T--AGT-T------------A--TAATGAAGCATA-CTTA-T-GAAC---TT
gi|16 : gcGATA-TAGT--CAT-G----A----T-TT-T-A-AG-AA--C-TTTCAT--GTTC-TG-T--TTCATT-AAT-A-GT--TCA-----TGA---TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---GGACA-G-T-------C-----A-T----------AAAGTG----GTT--T----C----A--T-GAATA-A
gi|18 : ----A----C-TTGT-A-AG-AA--G-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT---------------------------GA--CTCA--TAAA-CG-ATT-CT---TGAGA-GTT-------C-----A-T--A-------AA----------T--T----C----A--T-GAACA---------------------T------------G---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TCA----TG-A--tgtcatgaact
gi|19 : G-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTT-G-TTC---CA----T-TTTTGTTTT--CT-TTCAT-AAAAA-GAG---A-TT-TTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGTCAACA--TTATATAG
gi|2 : gaaGAGATGATA-T-----CAC-A----A----C-TT-T-A-AG-AA--T-TTTTGT--GATT-TT-G--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----CAAA--TGA--CCTACTTAAA-AG-ATT-TTCTTTGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----C-T--T----C----AATT-GAATA-AATTCATGAAGGCTTCAACAT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAT-TGAT------T--AGT-TCAA---TGGA--A--TAAGGAAGAATGCTTTACT-GAAC---TT-ATA--TT---G-AAGTGA-----AAATT--C-TC-TGAA--TAGAT--------T--T-C---AATAT----TTCT--------A--TTC-A--T-G-A--AAC-A-TT-------C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GAACATTTCATGGCTTCATA-------AT-------AT-TCATG-----------ATT-C-TTCAGTCA-A--AGAG-TTTTTG-TTC---CATT-CT-TATTT------CT-TTCATTAAAAA-GAGT--A-TTAGTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TCAAAT
gi|20 : -TT-T-A-AT-AA--C-TTTTAT--GATTGTG-T----CATC-AAT-A-GT--TCAATGCACGCA--TAC--CTCA--AAAA-AG-ATT-CT---TAACA-GTT-------CA----A-T--A-------At
gi|21 : aaaacatttttt-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTT-G-TTC---CATT-CG-TTTTTTT----CT-TTCAT-AAAAAAGAGTT-A-TT-GTTCT----TG--T----AATTTG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|22 : -T--T--CAT-G----A----CCTT-T-A-AACAA--C-TTTTAC--AATT-GT-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCG--TAAA-A
gi|22 : A-----AA-TT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-T---AACAT----TT-TTACGAGTCA--TTC-A--T-G-A--A-CTA-TT------------A---T-G-----A----------atgttaaaattattcagagaattttc
gi|23 : ttcatgacctttaaacaacttttacaattgtt-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AC-AA--C-TTTTAC--AATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TTAA--TGA--CTCA--TAAA-Atc
gi|23 : GA-----AA-TT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-T---AACAT----T--------------TTT-A--T-G-A--GTC-A-TT-------A----A---T-G-----AAC--------TATT-AT-----------G------------------A-------AC-------Aatgttaaaattattcagagaatttc
gi|24 : ttcatgactttaacaacttttacaattAGATGATA-T--T--CAT-G----A----CGTT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CTT--CAT-A-AT--TCA-----TGAG--TGA--CTCA--TGAA-AG-ATT-C
gi|25 : aTCTTTT--CT-TTCAT-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCCTTTATG--TGG--AA--TT-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|26 : TTT--CT-TTCAT-AAAAA-GAGTC-AATT-GTTAT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAGc
gi|27 : AAA-AG-ATT-CT---TGAAA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--TTGAAC----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------c
gi|28 : -T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------C--AGT-TCA----TG-A--A--TAATAAAGAATA-TCTA-T-GAAC---tcaaga
gi|29 : A-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTGA-----AA-TT--C-TC-TGGA--TA-AT--------T--T-C---TACAT----T
gi|3 : GAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-CA-AA--CTTTTTAT--GATT-TGTT--T-CAT--AAT-A-TT--TCA-----TGGATTTGA--CTCA--T-AA-AG-ATT-CT---TGA
gi|3 : c-------C-----A-C--A-------AAAGTG----G-TGCT----C----A----GAATA-AA-----------------ATTCCATGAACAT-A---------T------CT-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-TGAT------T--AGT-TCC----TG-ATGA--TAATGAAGAATA-TTTAGT-GAAC---TTTATA--TTTTGG-AAGTGA-----AA-TT--C-TC-TGAA--TT-ATTGA-----T--T-CATGAACAT-------------------GTC-A--T-GAA--A-C-A-TA-------C----A---C-G-----A----------A-TC-AT-----------G------------------AAAT----ACATCACCGAT-TCATGAACATACATGAATT-CTTTCA-TTGCA--AGAG-TTTT-G-TTatgttactcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacaaaagtggtgctcagaataaaattccatgaacatatctataactcatagtaatgattagttcctgatgataatgaagaatatttagtgaactttatattttggaagtgaaattctctgaattattgattcatgaacatgtcatgaaacatacacgaatcatgaaatacatcaccgattcatgaacatacatgaattctttcattgcaagagttttgtt
gi|30 : cgagatgatattcatgactttacaaactttttatgatttgtttcataatatttcatggatttgactcataaagattcttgaatgttactcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TT
gi|4 : cccctGAGATGATA-T--TTCCAT-T----A----C-TT-TTA-AG-AA--C-TTTTATTGGATT-TT-TCGT-CATTTAATTA-GT--TCA-----TGAA--TGGATCTCA--TAAA-AGCATT-CT----GA-A-GTTT------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAACA---------------------T------------A---------T------TCCA-CTAAAC-----TCAT----AGGTTAAAT-AT------TTTAGT-TCA----TG-A--A--TAATGAAGAATA-TTTA-TTGAAC---TTTATA--TT---G-AAGTGA-----AA-TT--CCTCGTGAA--TA-AT--------T--TTC---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-ACAA-C-A-TT-------C----A---T-GC----AC---------T-TC-AT-----------G------------------A-------ACC------AT-TCATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTT-GTTTC---CATT-CT-TTTTTTCT----T-TTCAT-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGGAAAA--TGTT-TATGCCAACATTTTAAATA
gi|5 : gcT-T-ATAG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-ACGT--TCA-----TGGA--TAA--CTTA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----ACT--A-------AAAGTA----G-T--T----C----A--TTGAATATAA-----------------AT----------------------T------TC-A-G--AACATTATTCAT----AC--TCA-T-ATAGTTAAT--AGT-TCA----TG-A-----TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAA---CTTATA--TT---G-AAGTGATTTGAAA-TT--C-TC-CGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-TT-------A--TTCTA--A-G-A--A-C-A-TTG------C----A---T-GTTGACA----------T-TTTAT-----------G------------------ATTTTATGAC-------AAATCATG-----------AT--C-TTCAGTCA-A--AGAG-TTTT-G-TTC---CATTGC---GTTTTTTT--CT-TTCATAAAAAA-GAG-T-A-TT-GTTCT----TG--T----AA--TT-TGTATGCCAACA--TTAAATA
gi|6 : TGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--
gi|6 : acccctgTT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTT-G-TTC---CATT-----TTTGTTTT--CT-TTCAT-AAAAA-GAG---A-TT-TTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGTCAACA--TTAAATAGttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcttcatcaaagagttttgttccatttttgttttctttcataaaaagagatttttcttgtggaatgttatgtcaacattaaatagc
gi|7 : acccctgtgagatgatattcatgactttaagaacttttatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AA--TAA-T-AT------T--AGT-TCA----TG-A--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AATTGA-----AA-TT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-A-TA-------C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------G------------------A-------AC-------AT-TCATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTT-G-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCAT-AAAAA-GAGTT-A-TT-GATCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATACCAACA--TTAAATAGc
gi|8 : AGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT---A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA----A--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAA-TG------T--T----C----A--T-GAA-A-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCA-----AA--TAA-T-AT------T--AGT-TCA----TG-A--A--TAATGAAGAATA-GTTA-T-GA-C---TTAATA--TT---G-AATTGA-----AA-TT--C-TC-T-AA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-A-TA-------C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------G------------------A-------AC-------AT-TCATG-----------A-T-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTT-G-TTC---CATT-ATCTTTTTTTTT--CT-TTCAT-AAAAA-GAGTT-A-TT-GATCT--------TGG--AA--TG-T-TATACCAACA---TAAATAG
gi|9 : GAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-TAA-AG-AAACT-TTTTAT--GATT-TGTT--T-CAT--AAT-A-TT--TCA-----TGGA--TGA--CTC----AAA-AG-ATT-CT---TGAGA-GTTANNNNNNN-----N-N--N-------NNNNNN----N-N--N----N----N--N-NNNNN-NN-----------------NN------------N---------N------NN-N-N--NNN-----NNNN----NN--NNN-N-NN------N--NNN-NCAAAAGTG-G--T--TCATGAATAAAA-TTCA-T-GAACATATTCATAACTC---A-TAGTAA-----TA-TTAGT-TCATGAA--TA-ATGAAGAATAT--T-TATGAACTT----TA-T--------A--TTG-AAGT-G-A--A---A-TT-------CTCTGAATTT-G-----A----------T-TC-AT-----------G------------------A-------AC-------AT-TCATG-----------A
gi|9 : c--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------ATTCATGAACAT--A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TCA----TG-A--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTGA-----AA-TT--C-TC-TGAATTTG-AT--------TCAT-G---AAC------------------A--TTC-A--T-G-A--A-C-A-TA-------C----A---C-G-----A----------T-TC-AT-----------G------------------A-------AC-------acatacacgattcatgaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGATATATCATAATTGAAGAAATACTTTATGTAATATATATTTTCGTACATGTATAAAAGTATAAACATCACAGAGGATAAAGGAAGAAGGAAAATTAACGATTCTCGAAA
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 1111111111111111 11111111111111 2222222222222222 11111111111 1111111 1111111 222222222222222222 11111111111 22222
lowQualScore : 2 22 22 2 4444 4444 3 3 5 1 1 22 1 22 2 4 22 4 66 4 2 22 55555 22 22 22 1 2 2 333 2 9999999 77777 2 22 6666666 4444 2 33 4444 4444 33 2 4 222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 55 66666 7777 33 2 5 666666 33 2 2 9999 2 33 33 2 4 2 444 33 555 2 2 66666 33 2 5 55 2 33333333 33 5 888 3333333333333333 33 2 33 2 5 33 2 2 44444444444444 444 2 1111111111111111 2 2 33333333333 4444444 2222222 3 444444444444444444 44444444444 2 3 6 3 44 6 3 777 33333 44 3 3 3 3 7 3 3 3 7777 44 44 44 3 3 44
lowQualScore : . .. .. . .... .... . . . . . .. . .. . . .. . .. . . .. ..... .. .. .. . . . ... . ....... ..... . .. ....... .... . .. .... .... .. . . ................................................ . . .. ..... .... .. . . ...... .. . . .... . .. .. . . . ... .. ... . . ..... .. . . .. . ........ .. . ... ................ .. . .. . . .. . . .............. ... . ................ . . ........... ....... ....... . .................. ........... . . . . .. . . ... ..... .. . . . . . . . . .... .. .. .. . . ..
lowQualScore : 1 99 99 1 2222 2222 8 6 5 8 8 55 8 66 0 0 88 0 88 0 0 88 00000 88 88 88 9 1 1 999 4 4444444 88888 2 99 8888888 7777 2 11 7777 7777 11 2 4 000000000000000000000000000000000000000000000000 5 4 66 22222 8888 44 5 0 888888 22 4 4 1111 4 22 44 5 7 4 111 99 000 9 5 22222 44 5 0 99 5 44444444 44 0 888 5555555555555555 77 7 77 7 3 77 7 7 77777777777777 777 7 0000000000000000 9 9 66666666666 3333333 1111111 3 666666666666666666 66666666666 9 1 7 3 66 7 6 000 11111 66 3 3 3 3 3 3 3 3 1111 66 66 66 3 3 66
consensus : ATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------T-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
Reference ( family-395 ) : ATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------T-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|1 : GAGATGATA-T--T--CAT-GGGACA----T-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--TTCAT--AATTA-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAT-AG-ATTTCT---TGACAAGTT-------C-----A-T--ACACATGTAAAGTG----G-T--T----C----A--A-TAATA-AA-----------------ATTCATGAACACATA---------T------TC-A-TT-AAC-----TCATCTATAG--TAA-T-AT------T--AGT-CC-AAGT-T-GA--AAATAATGAAGAATA-T------GAAC---TTTATA--TT---GCAAGTG-C-----AATT--C-TC-TGAAT-TA-AT--------T--TCC---AACAT----TT-G--------A--ATC-A--TGG-A--A-C-AG-------TAC----A---T-G-----A----------T-TC-ATCTTTTTTTTTGAA-------AC-------A--T------------------CATG-----------ATTCC-TTCA-TCA-AATAGAGTTTTTG-TTTTCGCATTGC----TTTTTTT--CTATTCA-T-ACAA---AGTT-A-TT-GTTCT----TGCTTGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--
gi|10 : gccTAAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-CT-TGA-AG-AA--C-TTTAAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--CGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G----T----C----A--T-AAA------------------------------------A---------T------TC-A-T--GA
gi|10 : ATAATAGT--T--CAT-G----AACGAC-TCAT-A-AA-AG--A-TTCT-T--GACA--G-T--T-CAT--AAA-A-GTGGTCA-----TAAA----A--TTCA--TGAACAT-ATT-CT---T--C---TT-------CTTCCTG-T--A-------CAAGTGCGGGA-C--T----CCCAGA--G-GAGTGTAA-----------------AT------------A---------T------GC-ACT--GAC-----GCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAAT-------A-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AAGC--C-TC-TGTA--T--AT--------G--T-C---AACATCTGATT-C--------ATTTTC-A--T-G-A--A-C-AT-------T-C----G---CAG-----AC---------T-TC-GT-----------GG-------AC--------T-T------------------TGTG-----------ATC-C-Tacatattcttcttcttcctgtacaagtgcgggactcccagaggagtgtaaatatgcactgacgcatagtaatattagttcatgaataatatttatgaactttatattgaagtgaaagcctctgtatatgtcaacatctgattcattttcatgaacattcgcagacttcgtggactttgtgatcct
gi|11 : taagatgatattcatgaccttgaagaactttaatgatttgttcATGATA-T--T--CATTG----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--GAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--CAAA-AA-AGT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATG-AA-----------------ATTC----------ATGAAACATCT------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TGA-T-AT------T--AATATC-A----T-GA--A--TAAGGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTT-------------------------ATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTA-A--T-G-A--A-T-AT-------T-T----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAA-T
gi|12 : GATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--GAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--CAAA-AA-AGT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATG-AA-----------------ATTCATGAAC----A---------TCT----TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TGA-T-AT------T--AAT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTAT-------------------------T--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTA-A--T-G-A--A-T-AT-------T-T----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-
gi|13 : T------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGAG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-ATTCATGATT-C----A---T-G-----ACAATTAATGGT-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTTTCCT-TTCA-T-AAAAA-GAGTTAA-AT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|14 : GAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AC--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-C-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGATA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAATG----G-T--C----C----A--T-GAATA-AAATTCATGAAC-------AT------------A---------T------CC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAG-T-AT------T--AGT-T-------------A--TAATGAAGCATA-CTTA-T-GAAC---TT
gi|15 : tgcGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AC--C-TTTTAT--G-TT-TG-T--T-CAT--AAT-C-GT--TCA-----TGAA--TGG--ATCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGATA-GTT-------C-----A-TAAA-------AAAGTG----G-T--C----C----A--T-GAATA-AA-----------------ATTC----------A---------TGAAATACC-A-T--AAC-----TGATA---AG--TAG-T-AT------T--AGT-T-------------A--TAATGAAGCATA-CTTA-T-GAAC---TT
gi|16 : gcGATA-TAGT--CAT-G----A----T-TT-T-A-AG-AA--C-TTTCAT--GTTC-TG-T--TTCATT-AAT-A-GT--TCA-----TGA---TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---GGACA-G-T-------C-----A-T----------AAAGTG----GTT--T----C----A--T-GAATA-A
gi|18 : ----A----C-TTGT-A-AG-AA--G-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT---------------------------GA--CTCA--TAAA-CG-ATT-CT---TGAGA-GTT-------C-----A-T--A-------AA----------T--T----C----A--T-GAACA---------------------T------------G---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--tgtcatgaact
gi|19 : G-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CA----T-TTTTGTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAG---A-TT-TTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGTCAACA--TTATATAG
gi|2 : gaaGAGATGATA-T-----CAC-A----A----C-TT-T-A-AG-AA--T-TTTTGT--GATT-TT-G--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----CAAA--TGA--CCTACTTAAA-AG-ATT-TTCTTTGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----C-T--T----C----AATT-GAATA-AATTCATGAAGGCTTCAACAT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAT-TGAT------T--AGT-TCAA----TGGA--A--TAAGGAAGAATGCTTTACT-GAAC----TTATA--TT---G-AAGTGAA-----AATT--C-TC-TGAA--TAGAT--------T--T-C---AATAT----TTCT--------A--TTC-A--T-GAA--A-C-AT-------T-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-TTCATGGCTTCATAATATTCATG-----------ATT-C-TTCAGTCA-A--AGAGTTTTTG-TTC---CATT-C-----TTATTT--CT-TTCATT-AAAAA-GAG-T-A-TTAGTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TCAAAT
gi|20 : -TT-T-A-AT-AA--C-TTTTAT--GATTGTG-T----CATC-AAT-A-GT--TCAATGCACGCA--TAC--CTCA--AAAA-AG-ATT-CT---TAACA-GTT-------CA----A-T--A-------At
gi|21 : aaaacatttttt-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CG-TTTTTTT----CT-TTCA-T-AAAAAAGAGTT-A-TT-GTTCT----TG--T----AATTTG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|22 : -T--T--CAT-G----A----CCTT-T-A-AACAA--C-TTTTAC--AATT-GT-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCG--TAAA-A
gi|22 : -A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-T---AACAT----TT-TTACGAGTCA--TTC-A--T-G-A--A-CTAT-------T------A---T-G-----A----------atgttaaaattattcagagaattttc
gi|23 : ttcatgacctttaaacaacttttacaattgtt-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AC-AA--C-TTTTAC--AATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TTAA--TGA--CTCA--TAAA-Atc
gi|23 : G-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-T---AACAT----T--------------TTT-A--T-G-A--GTC-AT-------T-A----A---T-G-----AAC--------TATT-AT-----------GA-------AC-------Aatgttaaaattattcagagaatttc
gi|24 : ttcatgactttaacaacttttacaattAGATGATA-T--T--CAT-G----A----CGTT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CTT--CAT-A-AT--TCA-----TGAG--TGA--CTCA--TGAA-AG-ATT-C
gi|25 : aTCTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCCTTTATG--TGG--AA--TT-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|26 : TTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTC-AATT-GTTAT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAGc
gi|27 : AAA-AG-ATT-CT---TGAAA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--TTGAAC----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------c
gi|28 : -T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------C--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATAAAGAATA-TCTA-T-GAAC---tcaaga
gi|29 : A-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGGA--TA-AT--------T--T-C---TACAT----T
gi|3 : GAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-CA-AA--CTTTTTAT--GATT-TGTT--T-CAT--AAT-A-TT--TCA-----TGGATTTGA--CTCA--T-AA-AG-ATT-CT---TGA
gi|3 : c-------C-----A-C--A-------AAAGTG----G-TGCT----C----A----GAATA-AA-----------------ATTCCATGAACAT-A---------T------CT-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-TGAT------T--AGT-TC-C----T-GATGA--TAATGAAGAATA-TTTAGT-GAAC---TTTATA--TTTTGG-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TT-ATTGA-----T--T-CATGAACAT-------------------GTC-A--T-GAA--A-C-AT-------A-C----A---C-G-----A----------A-TC-AT-----------GAAAT----ACATCACCGAT-T------------------CATGAACATACATGAATT-CTTTCA-TTGCA--AGAG-TTTTG-TTatgttactcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacaaaagtggtgctcagaataaaattccatgaacatatctataactcatagtaatgattagttcctgatgataatgaagaatatttagtgaactttatattttggaagtgaaattctctgaattattgattcatgaacatgtcatgaaacatacacgaatcatgaaatacatcaccgattcatgaacatacatgaattctttcattgcaagagttttgtt
gi|30 : cgagatgatattcatgactttacaaactttttatgatttgtttcataatatttcatggatttgactcataaagattcttgaatgttactcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TT
gi|4 : cccctGAGATGATA-T--TTCCAT-T----A----C-TT-TTA-AG-AA--C-TTTTATTGGATT-TT-TCGT-CATTTAATTA-GT--TCA-----TGAA--TGGATCTCA--TAAA-AGCATT-CT----GA-A-GTTT------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAACA---------------------T------------A---------T------TCCA-CTAAAC-----TCAT----AGGTTAAAT-AT------TTTAGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-TTGAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--CCTCGTGAA--TA-AT--------T--TTC---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-ACAA-C-AT-------T-C----A---T-GC----AC---------T-TC-AT-----------GA-------ACC------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTGTTTC---CATT-CT-TTTTTTCT----T-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGGAAAA--TGTT-TATGCCAACATTTTAAATA
gi|5 : gcT-T-ATAG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-ACGT--TCA-----TGGA--TAA--CTTA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----ACT--A-------AAAGTA----G-T--T----C----A--TTGAATATAA-----------------AT----------------------T------TC-A-G--AACATTATTCAT----AC--TCA-T-ATAGTTAAT--AGT-TC-A----T-GA-----TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAA---CTTATA--TT---G-AAGTG-ATTTGAAATT--C-TC-CGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-TT-------A--TTCTA--A-G-A--A-C-AT-------TGC----A---T-GTTGACA----------T-TTTAT-----------GATTTTATGAC-------AAAT------------------CATG-----------AT--C-TTCAGTCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATTGC---GTTTTTTT--CT-TTCA-TAAAAAA-GAG-T-A-TT-GTTCT----TG--T----AA--TT-TGTATGCCAACA--TTAAATA
gi|6 : TGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--
gi|6 : acccctgTT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-----TTTGTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAG---A-TT-TTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGTCAACA--TTAAATAGttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcttcatcaaagagttttgttccatttttgttttctttcataaaaagagatttttcttgtggaatgttatgtcaacattaaatagc
gi|7 : acccctgtgagatgatattcatgactttaagaacttttatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AA--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AATTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------A-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GATCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATACCAACA--TTAAATAGc
gi|8 : AGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT---A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA----A--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAA-TG------T--T----C----A--T-GAA-A-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCA-----AA--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-GTTA-T-GA-C---TTAATA--TT---G-AATTG-A-----AATT--C-TC-T-AA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------A-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------A-T-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-ATCTTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GATCT--------TGG--AA--TG-T-TATACCAACA---TAAATAG
gi|9 : GAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-TAA-AG-AAACT-TTTTAT--GATT-TGTT--T-CAT--AAT-A-TT--TCA-----TGGA--TGA--CTC----AAA-AG-ATT-CT---TGAGA-GTTANNNNNNN-----N-N--N-------NNNNNN----N-N--N----N----N--N-NNNNN-NN-----------------NN------------N---------N------NN-N-N--NNN-----NNNN----NN--NNN-N-NN------N--NNN-NC-AAAAGT-GG--T--TCATGAATAAAA-TTCA-T-GAACATATTCATAACTC---A-TAGTA-A-----TATTAGT-TCATGAA--TA-ATGAAGAATAT--T-TATGAACTT----TA-T--------A--TTG-AAGT-G-A--A---AT-------T-CTCTGAATTT-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------A
gi|9 : c--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------ATTCATGAACAT--A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAATTTG-AT--------TCAT-G---AAC------------------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------A-C----A---C-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------acatacacgattcatgaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGATATATCATAATTGAAGAAATACTTTATGTAATATATATTTTCGTACATGTATAAAAGTATAAACATCACAGAGGATAAAGGAAGAAGGAAAATTAACGATTCTCGAAA
Alignments
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 1111111111111111 11111111111111 2222222222222222 11111111111 1111111 1111111 222222222222222222 11111111111 22222
lowQualScore : 2 22 22 2 4444 4444 3 3 5 1 1 22 1 22 2 4 22 4 66 4 2 22 55555 22 22 22 1 2 2 333 2 9999999 77777 2 22 6666666 4444 2 33 4444 4444 33 2 4 222222222222222222222222222222222222222222222222 2 2 55 66666 7777 33 2 5 666666 33 2 2 9999 2 33 33 2 4 2 444 33 555 2 2 66666 33 2 5 55 2 33333333 33 5 888 3333333333333333 33 2 33 2 5 33 2 2 44444444444444 444 2 1111111111111111 2 2 33333333333 4444444 2222222 3 444444444444444444 44444444444 2 3 6 3 44 6 3 777 33333 44 3 3 3 3 7 3 3 3 7777 44 44 44 3 3 44
lowQualScore : . .. .. . .... .... . . . . . .. . .. . . .. . .. . . .. ..... .. .. .. . . . ... . ....... ..... . .. ....... .... . .. .... .... .. . . ................................................ . . .. ..... .... .. . . ...... .. . . .... . .. .. . . . ... .. ... . . ..... .. . . .. . ........ .. . ... ................ .. . .. . . .. . . .............. ... . ................ . . ........... ....... ....... . .................. ........... . . . . .. . . ... ..... .. . . . . . . . . .... .. .. .. . . ..
lowQualScore : 1 99 99 1 2222 2222 8 6 5 8 8 55 8 66 0 0 88 0 88 0 0 88 00000 88 88 88 9 1 1 999 4 4444444 88888 2 99 8888888 7777 2 11 7777 7777 11 2 4 000000000000000000000000000000000000000000000000 5 4 66 22222 8888 44 5 0 888888 22 4 4 1111 4 22 44 5 7 4 111 99 000 9 5 22222 44 5 0 99 5 44444444 44 0 888 5555555555555555 77 7 77 7 3 77 7 7 77777777777777 777 7 0000000000000000 9 9 66666666666 3333333 1111111 3 666666666666666666 66666666666 9 1 7 3 66 7 6 000 11111 66 3 3 3 3 3 3 3 3 1111 66 66 66 3 3 66
consensus : ATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------T-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
Reference ( family-395 ) : ATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------T-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|1 : GAGATGATA-T--T--CAT-GGGACA----T-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--TTCAT--AATTA-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAT-AG-ATTTCT---TGACAAGTT-------C-----A-T--ACACATGTAAAGTG----G-T--T----C----A--A-TAATA-AA-----------------ATTCATGAACACATA---------T------TC-A-TT-AAC-----TCATCTATAG--TAA-T-AT------T--AGT-CC-AAGT-T-GA--AAATAATGAAGAATA-T------GAAC---TTTATA--TT---GCAAGTG-C-----AATT--C-TC-TGAAT-TA-AT--------T--TCC---AACAT----TT-G--------A--ATC-A--TGG-A--A-C-AG-------TAC----A---T-G-----A----------T-TC-ATCTTTTTTTTTGAA-------AC-------A--T------------------CATG-----------ATTCC-TTCA-TCA-AATAGAGTTTTTG-TTTTCGCATTGC----TTTTTTT--CTATTCA-T-ACAA---AGTT-A-TT-GTTCT----TGCTTGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--
gi|10 : gccTAAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-CT-TGA-AG-AA--C-TTTAAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--CGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G----T----C----A--T-AAA------------------------------------A---------T------TC-A-T--GA
gi|10 : ATAATAGT--T--CAT-G----AACGAC-TCAT-A-AA-AG--A-TTCT-T--GACA--G-T--T-CAT--AAA-A-GTGGTCA-----TAAA----A--TTCA--TGAACAT-ATT-CT---T--C---TT-------CTTCCTG-T--A-------CAAGTGCGGGA-C--T----CCCAGA--G-GAGTGTAA-----------------AT------------A---------T------GC-ACT--GAC-----GCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAAT-------A-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AAGC--C-TC-TGTA--T--AT--------G--T-C---AACATCTGATT-C--------ATTTTC-A--T-G-A--A-C-AT-------T-C----G---CAG-----AC---------T-TC-GT-----------GG-------AC--------T-T------------------TGTG-----------ATC-C-Tacatattcttcttcttcctgtacaagtgcgggactcccagaggagtgtaaatatgcactgacgcatagtaatattagttcatgaataatatttatgaactttatattgaagtgaaagcctctgtatatgtcaacatctgattcattttcatgaacattcgcagacttcgtggactttgtgatcct
gi|11 : taagatgatattcatgaccttgaagaactttaatgatttgttcATGATA-T--T--CATTG----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--GAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--CAAA-AA-AGT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATG-AA-----------------ATTC----------ATGAAACATCT------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TGA-T-AT------T--AATATC-A----T-GA--A--TAAGGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTT-------------------------ATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTA-A--T-G-A--A-T-AT-------T-T----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAA-T
gi|12 : GATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--GAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--CAAA-AA-AGT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATG-AA-----------------ATTCATGAAC----A---------TCT----TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TGA-T-AT------T--AAT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTAT-------------------------T--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTA-A--T-G-A--A-T-AT-------T-T----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-
gi|13 : T------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGAG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-ATTCATGATT-C----A---T-G-----ACAATTAATGGT-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTTTCCT-TTCA-T-AAAAA-GAGTTAA-AT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|14 : GAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AC--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-C-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGATA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAATG----G-T--C----C----A--T-GAATA-AAATTCATGAAC-------AT------------A---------T------CC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAG-T-AT------T--AGT-T-------------A--TAATGAAGCATA-CTTA-T-GAAC---TT
gi|15 : tgcGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AC--C-TTTTAT--G-TT-TG-T--T-CAT--AAT-C-GT--TCA-----TGAA--TGG--ATCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGATA-GTT-------C-----A-TAAA-------AAAGTG----G-T--C----C----A--T-GAATA-AA-----------------ATTC----------A---------TGAAATACC-A-T--AAC-----TGATA---AG--TAG-T-AT------T--AGT-T-------------A--TAATGAAGCATA-CTTA-T-GAAC---TT
gi|16 : gcGATA-TAGT--CAT-G----A----T-TT-T-A-AG-AA--C-TTTCAT--GTTC-TG-T--TTCATT-AAT-A-GT--TCA-----TGA---TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---GGACA-G-T-------C-----A-T----------AAAGTG----GTT--T----C----A--T-GAATA-A
gi|18 : ----A----C-TTGT-A-AG-AA--G-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT---------------------------GA--CTCA--TAAA-CG-ATT-CT---TGAGA-GTT-------C-----A-T--A-------AA----------T--T----C----A--T-GAACA---------------------T------------G---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--tgtcatgaact
gi|19 : G-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CA----T-TTTTGTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAG---A-TT-TTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGTCAACA--TTATATAG
gi|2 : gaaGAGATGATA-T-----CAC-A----A----C-TT-T-A-AG-AA--T-TTTTGT--GATT-TT-G--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----CAAA--TGA--CCTACTTAAA-AG-ATT-TTCTTTGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----C-T--T----C----AATT-GAATA-AATTCATGAAGGCTTCAACAT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAT-TGAT------T--AGT-TCAA----TGGA--A--TAAGGAAGAATGCTTTACT-GAAC----TTATA--TT---G-AAGTGAA-----AATT--C-TC-TGAA--TAGAT--------T--T-C---AATAT----TTCT--------A--TTC-A--T-GAA--A-C-AT-------T-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-TTCATGGCTTCATAATATTCATG-----------ATT-C-TTCAGTCA-A--AGAGTTTTTG-TTC---CATT-C-----TTATTT--CT-TTCATT-AAAAA-GAG-T-A-TTAGTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TCAAAT
gi|20 : -TT-T-A-AT-AA--C-TTTTAT--GATTGTG-T----CATC-AAT-A-GT--TCAATGCACGCA--TAC--CTCA--AAAA-AG-ATT-CT---TAACA-GTT-------CA----A-T--A-------At
gi|21 : aaaacatttttt-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CG-TTTTTTT----CT-TTCA-T-AAAAAAGAGTT-A-TT-GTTCT----TG--T----AATTTG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|22 : -T--T--CAT-G----A----CCTT-T-A-AACAA--C-TTTTAC--AATT-GT-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCG--TAAA-A
gi|22 : -A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-T---AACAT----TT-TTACGAGTCA--TTC-A--T-G-A--A-CTAT-------T------A---T-G-----A----------atgttaaaattattcagagaattttc
gi|23 : ttcatgacctttaaacaacttttacaattgtt-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AC-AA--C-TTTTAC--AATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TTAA--TGA--CTCA--TAAA-Atc
gi|23 : G-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-T---AACAT----T--------------TTT-A--T-G-A--GTC-AT-------T-A----A---T-G-----AAC--------TATT-AT-----------GA-------AC-------Aatgttaaaattattcagagaatttc
gi|24 : ttcatgactttaacaacttttacaattAGATGATA-T--T--CAT-G----A----CGTT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CTT--CAT-A-AT--TCA-----TGAG--TGA--CTCA--TGAA-AG-ATT-C
gi|25 : aTCTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCCTTTATG--TGG--AA--TT-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|26 : TTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTC-AATT-GTTAT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAGc
gi|27 : AAA-AG-ATT-CT---TGAAA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--TTGAAC----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------c
gi|28 : -T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------C--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATAAAGAATA-TCTA-T-GAAC---tcaaga
gi|29 : A-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGGA--TA-AT--------T--T-C---TACAT----T
gi|3 : GAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-CA-AA--CTTTTTAT--GATT-TGTT--T-CAT--AAT-A-TT--TCA-----TGGATTTGA--CTCA--T-AA-AG-ATT-CT---TGA
gi|3 : c-------C-----A-C--A-------AAAGTG----G-TGCT----C----A----GAATA-AA-----------------ATTCCATGAACAT-A---------T------CT-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-TGAT------T--AGT-TC-C----T-GATGA--TAATGAAGAATA-TTTAGT-GAAC---TTTATA--TTTTGG-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TT-ATTGA-----T--T-CATGAACAT-------------------GTC-A--T-GAA--A-C-AT-------A-C----A---C-G-----A----------A-TC-AT-----------GAAAT----ACATCACCGAT-T------------------CATGAACATACATGAATT-CTTTCA-TTGCA--AGAG-TTTTG-TTatgttactcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacaaaagtggtgctcagaataaaattccatgaacatatctataactcatagtaatgattagttcctgatgataatgaagaatatttagtgaactttatattttggaagtgaaattctctgaattattgattcatgaacatgtcatgaaacatacacgaatcatgaaatacatcaccgattcatgaacatacatgaattctttcattgcaagagttttgtt
gi|30 : cgagatgatattcatgactttacaaactttttatgatttgtttcataatatttcatggatttgactcataaagattcttgaatgttactcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TT
gi|4 : cccctGAGATGATA-T--TTCCAT-T----A----C-TT-TTA-AG-AA--C-TTTTATTGGATT-TT-TCGT-CATTTAATTA-GT--TCA-----TGAA--TGGATCTCA--TAAA-AGCATT-CT----GA-A-GTTT------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAACA---------------------T------------A---------T------TCCA-CTAAAC-----TCAT----AGGTTAAAT-AT------TTTAGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-TTGAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--CCTCGTGAA--TA-AT--------T--TTC---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-ACAA-C-AT-------T-C----A---T-GC----AC---------T-TC-AT-----------GA-------ACC------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTGTTTC---CATT-CT-TTTTTTCT----T-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGGAAAA--TGTT-TATGCCAACATTTTAAATA
gi|5 : gcT-T-ATAG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-ACGT--TCA-----TGGA--TAA--CTTA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----ACT--A-------AAAGTA----G-T--T----C----A--TTGAATATAA-----------------AT----------------------T------TC-A-G--AACATTATTCAT----AC--TCA-T-ATAGTTAAT--AGT-TC-A----T-GA-----TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAA---CTTATA--TT---G-AAGTG-ATTTGAAATT--C-TC-CGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-TT-------A--TTCTA--A-G-A--A-C-AT-------TGC----A---T-GTTGACA----------T-TTTAT-----------GATTTTATGAC-------AAAT------------------CATG-----------AT--C-TTCAGTCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATTGC---GTTTTTTT--CT-TTCA-TAAAAAA-GAG-T-A-TT-GTTCT----TG--T----AA--TT-TGTATGCCAACA--TTAAATA
gi|6 : TGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--
gi|6 : acccctgTT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-----TTTGTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAG---A-TT-TTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGTCAACA--TTAAATAGttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcttcatcaaagagttttgttccatttttgttttctttcataaaaagagatttttcttgtggaatgttatgtcaacattaaatagc
gi|7 : acccctgtgagatgatattcatgactttaagaacttttatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AA--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AATTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------A-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GATCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATACCAACA--TTAAATAGc
gi|8 : AGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT---A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA----A--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAA-TG------T--T----C----A--T-GAA-A-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCA-----AA--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-GTTA-T-GA-C---TTAATA--TT---G-AATTG-A-----AATT--C-TC-T-AA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------A-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------A-T-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-ATCTTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GATCT--------TGG--AA--TG-T-TATACCAACA---TAAATAG
gi|9 : GAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-TAA-AG-AAACT-TTTTAT--GATT-TGTT--T-CAT--AAT-A-TT--TCA-----TGGA--TGA--CTC----AAA-AG-ATT-CT---TGAGA-GTTANNNNNNN-----N-N--N-------NNNNNN----N-N--N----N----N--N-NNNNN-NN-----------------NN------------N---------N------NN-N-N--NNN-----NNNN----NN--NNN-N-NN------N--NNN-NC-AAAAGT-GG--T--TCATGAATAAAA-TTCA-T-GAACATATTCATAACTC---A-TAGTA-A-----TATTAGT-TCATGAA--TA-ATGAAGAATAT--T-TATGAACTT----TA-T--------A--TTG-AAGT-G-A--A---AT-------T-CTCTGAATTT-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------A
gi|9 : c--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------ATTCATGAACAT--A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAATTTG-AT--------TCAT-G---AAC------------------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------A-C----A---C-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------acatacacgattcatgaac
blockSeqs : G AG TC T . ACGA C A G T C AC T TG G T CG T TT T C GG ATGCA TT AT CT C C . CTT . ANNNNNN TTCCT C AA . CGGG T GC TGAA CCAG AT T T TTCATGAAGGCTTCAACATAT C C TA ATTAT A GT A G AGTTAA TT A A AAAG G TG . C C T ATA AC TTG . A TTTGA AG C G TT G GAAGAATA CA T ATG TTTTACGAGTC TT T AG . A CA T T TCATGATTC ATT A ACAATTAATGG A T . TTTTATG ATCACCG A TCATGGCTTCATAATATT AACATACATGA . T G C . T T . ATCT TC . T A A T A A A TTTA . AA TT T G TT
blockSeqs : . . . . . . G G T . . . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . T ATTCATGAAACATCT . . . . . . . G . . . . . . . . . G . . . . . . . . . A . . TGA . . ATG CTGATTC . . . . A . . . TCTCTG . . TTGACA . . . AAT C . . . . . G . . . . . CTT . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTCCATGAACATAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTCT . . . . . . . . TGC . . AAC . . . . . . . . . . . . . . . . CGT . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTCATGAACATCT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTT . . . . . . . . TC . . CAC . . . . . . . . . . . . . . . . CTT . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTCATGAACATAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . . TT . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . CTT . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTCATGAACATAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . . TT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTCATGAAATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . . TC . . A . . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . . TA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . . AC . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . . TC . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . NNNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . . AC . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . AC . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : **** ******* ATTCATGAAATAT*********************************** ** **** **** ** ** TC************ *********** ** *** CTT** **
originalCons : ATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AA-----------------AT------------A---------T------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------T-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
finalCons : ATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-ATT-CT---TGACA-GTT-------C-----A-T--A-------AAAGTG----G-T--T----C----A--T-GAATA-AAATTCATGAAATAT-----------------------------------TC-A-T--AAC-----TCAT----AG--TAA-T-AT------T--AGT-TC-A----T-GA--A--TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-ATTC------------A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATTCTT--TTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGATATATCATAATTGAAGAAATACTTTATGTAATATATATTTTCGTACATGTATAAAAGTATAAACATCACAGAGGATAAAGGAAGAAGGAAAATTAACGATTCTCGAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111 222222222 11111111 1111111111111111 11111111111111 2222222222222222 11111111111 1111111 1111111 222222222222222222 11111111111 22222
lowQualScore : 2 22 22 2 4444 4444 3 3 5 1 1 22 1 22 2 4 22 4 66 4 2 22 55555 22 22 22 1 2 2 333 2 111111111 77777 2 22 6666666 2 33 4444 3333 9999999 333 2 2 777777777 3333 5 5555 2 7 33 2 2 444 2 33 33 2 4 2 444 33 555 2 2 66666 33 2 5 55 2 33333333 33 5 888 3333333333333333 33 2 33 2 5 33 2 2 44444444444444 444 2 1111111111111111 2 2 33333333333 4444444 2222222 3 444444444444444444 44444444444 2 3 6 3 44 6 3 777 33333 44 3 3 3 3 7 3 3 3 7777 44 44 44 3 3 44
lowQualScore : . .. .. . .... .... . . . . . .. . .. . . .. . .. . . .. ..... .. .. .. . . . ... . ......... ..... . .. ....... . .. .... .... ....... ... . . ......... .... . .... . . .. . . ... . .. .. . . . ... .. ... . . ..... .. . . .. . ........ .. . ... ................ .. . .. . . .. . . .............. ... . ................ . . ........... ....... ....... . .................. ........... . . . . .. . . ... ..... .. . . . . . . . . .... .. .. .. . . ..
lowQualScore : 1 99 99 1 2222 2222 8 6 5 8 8 55 8 66 0 0 88 0 88 0 0 88 00000 88 88 88 9 1 1 777 4 111111111 88888 2 99 8888888 2 11 7777 7777 1111111 666 2 2 666666666 6666 0 3333 5 5 22 4 4 111 4 22 22 5 7 4 111 99 000 9 5 22222 44 5 0 99 5 44444444 44 0 888 5555555555555555 77 7 77 7 3 77 7 7 77777777777777 777 7 0000000000000000 9 9 66666666666 3333333 1111111 3 666666666666666666 66666666666 9 1 7 3 66 7 6 000 11111 66 3 3 3 3 3 3 3 3 1111 66 66 66 3 3 66
consensus : ATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-A-TT---CTTGAC-AGTT---------C-----A-T--A-------AAAGTGG-T--T----CA--T-GAAT-----A-AAAT-T-C-ATG-AAC--------AT-A--TTCA-TAACTC----AT-AGTAAT-ATT--AGT-TC-A---T-G--A--ATAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------T-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
Reference ( family-395 ) : ATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-A-TT---CTTGAC-AGTT---------C-----A-T--A-------AAAGTGG-T--T----CA--T-GAAT-----A-AAAT-T-C-ATG-AA---------AT-A--TTCA-TAACTC----AT-AGTAAT-ATT--AGT-TC-A---T-G--A--ATAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------T-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|1 : GAGATGATA-T--T--CAT-GGGACA----T-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--TTCAT--AATTA-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAT-AG-ATTT---CTTGACAAGTT---------C-----A-T--ACACATGTAAAGTGG-T--T----CA--A-TAAT-----A-AAAT-T-C-ATG-AACAC------AT-A--TTCATTAACTCATCTAT-AGTAAT-ATT--AGT-CC-AAGTT-GAAA--ATAATGAAGAA-----TA-T-GAAC---TTTATA--TT---GCAAGTG-C-----AATT--C-TC-TGAAT-TA-AT--------T--TCC---AACAT----TT-G--------A--ATC-A--TGG-A--A-C-AG-------TAC----A---T-G-----A----------T-TC-ATCTTTTTTTTTGAA-------AC-------A--T------------------CATG-----------ATTCC-TTCA-TCA-AATAGAGTTTTTG-TTTTCGCATTGC----TTTTTTT--CTATTCA-T-ACAA---AGTT-A-TT-GTTCT----TGCTTGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--
gi|10 : gccTAAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-CT-TGA-AG-AA--C-TTTAAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--CGA--CTCA--TAAA-AG-A-TT---CTTGAC-AGTT---------C-----A-T--A-------AAAGTGG-T--C------------AT-----A-AAAT-T-C-ATG-AAC--------AT-A--TTC
gi|10 : ATAATAGT--T--CAT-G----AACGAC-TCAT-A-AA-AG--A-TTCT-T--GACA--G-T--T-CAT--AAA-A-GTGGTCA-----TAAA----A--TTCA--TGAACAT-A-TT---CTT--C---TT---------CTTCCTG-T--A-------CAAGTG----------CG--G-GACTCCCAGA-GGA------GTGTAA---------AT-A--TGCACTGACGC----AT-AGTAAT-ATT--AGT-TC-A---T-G--A--ATAAT-------A-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AAGC--C-TC-TGTA--T--AT--------G--T-C---AACATCTGATT-C--------ATTTTC-A--T-G-A--A-C-AT-------T-C----G---CAG-----AC---------T-TC-GT-----------GG-------AC--------T-T------------------TGTG-----------ATC-C-Tttcttcttcctgtacaagtgcgggactcccagaggagtgtaaatatgcactgacgcatagtaatattagttcatgaataatatttatgaactttatattgaagtgaaagcctctgtatatgtcaacatctgattcattttcatgaacattcgcagacttcgtggactttgtgatcct
gi|11 : taagatgatattcatgaccttgaagaactttaatgatttgttcATGATA-T--T--CATTG----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--GAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--CAAA-AA-A-GT---CTTGAC-AGTT---------C-----A-T--A-------AAAGTGG-T--T----CA--T-GAAT-----G-AAAT-T-C-ATG-AA---------AC-ATCTTCA-TAACTC----AT-AGTGAT-ATT--AATATC-A---T-G--A--ATAAGGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTT-------------------------ATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTA-A--T-G-A--A-T-AT-------T-T----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAA-T
gi|12 : GATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--GAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--CAAA-AA-A-GT---CTTGAC-AGTT---------C-----A-T--A-------AAAGTGG-T--T----CA--T-GAAT-----G-AAAT-T-C-ATG-AAC--------AT-C--TTCA-TAACTC----AT-AGTGAT-ATT--AAT-TC-A---T-G--A--ATAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTAT-------------------------T--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTA-A--T-G-A--A-T-AT-------T-T----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-
gi|13 : TT--AGT-TC-A---T-G--A--ATAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGAG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-ATTCATGATT-C----A---T-G-----ACAATTAATGGT-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTTTCCT-TTCA-T-AAAAA-GAGTTAA-AT-GTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|14 : GAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AC--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-C-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-A-TT---CTTGAT-AGTT---------C-----A-T--A-------AAAATGG-T--C----CA--T-GAAT-----A-AAAT-T-C-ATG-AAC--------AT-A--TCCA-TAACTC----AT-AGTAGT-ATT--AGT-T--------------ATAATGAAGCATA-CTTA-T-GAAC---TT
gi|15 : tgcGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AC--C-TTTTAT--G-TT-TG-T--T-CAT--AAT-C-GT--TCA-----TGAA--TGG--ATCA--TAAA-AG-A-TT---CTTGAT-AGTT---------C-----A-TAAA-------AAAGTGG-T--C----CA--T-GAAT-----A-AAAT-T-C-ATG-AA---------AT-A---CCA-TAACTG----ATAAGTAGT-ATT--AGT-T--------------ATAATGAAGCATA-CTTA-T-GAAC---TT
gi|16 : gcGATA-TAGT--CAT-G----A----T-TT-T-A-AG-AA--C-TTTCAT--GTTC-TG-T--TTCATT-AAT-A-GT--TCA-----TGA---TGA--CTCA--TAAA-AG-A-TT---CTGGAC-AG-T---------C-----A-T----------AAAGTGGTT--T----CA--T-GAAT--------AATGT-C-ATG-AA---------
gi|18 : ----A----C-TTGT-A-AG-AA--G-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT---------------------------GA--CTCA--TAAA-CG-A-TT---CTTGAG-AGTT---------C-----A-T--A-------AA------T--T----CA--T-GAA---------------C-ATG------------------TTCA-TAACTC----AT-AGTAAT-ATT--AGT-TC-A---T-G--A--ct
gi|19 : G-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CA----T-TTTTGTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAG---A-TT-TTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGTCAACA--TTATATAG
gi|2 : gaaGAGATGATA-T-----CAC-A----A----C-TT-T-A-AG-AA--T-TTTTGT--GATT-TT-G--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----CAAA--TGA--CCTACTTAAA-AG-A-TTTTCTTTGAC-AGTT---------C-----A-T--A-------AAAGTGC-T--T----CAATT-GAAT-------AAAT-T-C-ATG-AAGGCTTCAACAT-A--TTCA-TAACTC----AT-AGTATTGATT--AGT-TCAA---TGG--A--ATAAGGAAGAATGCTTTACT-GAAC----TTATA--TT---G-AAGTGAA-----AATT--C-TC-TGAA--TAGAT--------T--T-C---AATAT----TTCT--------A--TTC-A--T-GAA--A-C-AT-------T-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-TTCATGGCTTCATAATATTCATG-----------ATT-C-TTCAGTCA-A--AGAGTTTTTG-TTC---CATT-C-----TTATTT--CT-TTCATT-AAAAA-GAG-T-A-TTAGTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TCAAAT
gi|20 : -TT-T-A-AT-AA--C-TTTTAT--GATTGTG-T----CATC-AAT-A-GT--TCAATGCACGCA--TAC--CTCA--AAAA-AG-A-TT---CTTAAC-AGTT---------CA----A-T--A-------At
gi|21 : aaaacatttttt-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CG-TTTTTTT----CT-TTCA-T-AAAAAAGAGTT-A-TT-GTTCT----TG--T----AATTTG-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|22 : -T--T--CAT-G----A----CCTT-T-A-AACAA--C-TTTTAC--AATT-GT-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCG--TAAA-A
gi|22 : -A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-T---AACAT----TT-TTACGAGTCA--TTC-A--T-G-A--A-CTAT-------T------A---T-G-----A----------atgttaaaattattcagagaattttc
gi|23 : ttcatgacctttaaacaacttttacaattgtt-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AC-AA--C-TTTTAC--AATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TTAA--TGA--CTCA--TAAA-Atc
gi|23 : G-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-T---AACAT----T--------------TTT-A--T-G-A--GTC-AT-------T-A----A---T-G-----AAC--------TATT-AT-----------GA-------AC-------Aatgttaaaattattcagagaatttc
gi|24 : ttcatgactttaacaacttttacaattAGATGATA-T--T--CAT-G----A----CGTT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CTT--CAT-A-AT--TCA-----TGAG--TGA--CTCA--TGAA-AG-A-TT---C
gi|25 : aTCTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCCTTTATG--TGG--AA--TT-T-TATGCCAACA--TTAAATAG
gi|26 : TTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTC-AATT-GTTAT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGCCAACA--TTAAATAGc
gi|27 : AAA-AG-A-TT---CTTGAA-AGTT---------C-----A-T--A-------AAAGTGG-T--TTGAACA--T-GAAT-----A-AAAT-T-C-AAG-Ac
gi|28 : -TAACTC----AT-AGTAAT-ATC--AGT-TC-A---T-G--A--ATAATAAAGAATA-TCTA-T-GAAC---
gi|29 : A-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGGA--TA-AT--------T--T-C---TACAT----T
gi|3 : GAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-CA-AA--CTTTTTAT--GATT-TGTT--T-CAT--AAT-A-TT--TCA-----TGGATTTGA--CTCA--T-AA-AG-A-TT---CTTGA
gi|3 : c---------C-----A-C--A-------AAAGTGG-TGCT----CA----GAAT-----A-AAAT-T-CCATG-AAC--------AT-A--TCTA-TAACTC----AT-AGTAATGATT--AGT-TC-C---T-G--ATGATAATGAAGAATA-TTTAGT-GAAC---TTTATA--TTTTGG-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TT-ATTGA-----T--T-CATGAACAT-------------------GTC-A--T-GAA--A-C-AT-------A-C----A---C-G-----A----------A-TC-AT-----------GAAAT----ACATCACCGAT-T------------------CATGAACATACATGAATT-CTTTCA-TTGCA--AGAG-TTTTG-TTatgttactcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacaaaagtggtgctcagaataaaattccatgaacatatctataactcatagtaatgattagttcctgatgataatgaagaatatttagtgaactttatattttggaagtgaaattctctgaattattgattcatgaacatgtcatgaaacatacacgaatcatgaaatacatcaccgattcatgaacatacatgaattctttcattgcaagagttttgtt
gi|30 : cgagatgatattcatgactttacaaactttttatgatttgtttcataatatttcatggatttgactcataaagattcttgaatgttactcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TT
gi|4 : cccctGAGATGATA-T--TTCCAT-T----A----C-TT-TTA-AG-AA--C-TTTTATTGGATT-TT-TCGT-CATTTAATTA-GT--TCA-----TGAA--TGGATCTCA--TAAA-AGCA-TT---CT-GA--AGTTT--------C-----A-T--A-------AAAGTGG-T--T----CA--T-GAAC-----A-TATT-C-C-ACT-AA---------AC-----TCA-TAGGTT----A-----AAT-ATTTTAGT-TC-A---T-G--A--ATAATGAAGAATA-TTTA-TTGAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--CCTCGTGAA--TA-AT--------T--TTC---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-ACAA-C-AT-------T-C----A---T-GC----AC---------T-TC-AT-----------GA-------ACC------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTGTTTC---CATT-CT-TTTTTTCT----T-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GTTCT----TG--TGGAAAA--TGTT-TATGCCAACATTTTAAATA
gi|5 : gcT-T-ATAG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-ACGT--TCA-----TGGA--TAA--CTTA--TAAA-AG-A-TT---CTTGAC-AGTT---------C-----ACT--A-------AAAGTAG-T--T----CA--TTGAAT-----ATAAAT-TTC-A-G-AAC--------ATTA--TTCA-TA-CTC----AT-A-TAGTTAAT--AGT-TC-A---T-G--A---TAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAA---CTTATA--TT---G-AAGTG-ATTTGAAATT--C-TC-CGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-TT-------A--TTCTA--A-G-A--A-C-AT-------TGC----A---T-GTTGACA----------T-TTTAT-----------GATTTTATGAC-------AAAT------------------CATG-----------AT--C-TTCAGTCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATTGC---GTTTTTTT--CT-TTCA-TAAAAAA-GAG-T-A-TT-GTTCT----TG--T----AA--TT-TGTATGCCAACA--TTAAATA
gi|6 : TGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--
gi|6 : acccctgTT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-----TTTGTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAG---A-TT-TTTCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATGTCAACA--TTAAATAGttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcttcatcaaagagttttgttccatttttgttttctttcataaaaagagatttttcttgtggaatgttatgtcaacattaaatagc
gi|7 : acccctgtgagatgatattcatgactttaagaacttttatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnATGAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-T-A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA--TGA--CTCA--TAAA-AG-A-TT---CTTGAC-AGTT---------C-----A-T--A-------AAAGTGG-T--T----CA--T-GAAT-----A-AAAT-----------------------A--TTCA-TAACTC----AT-AATAAT-ATT--AGT-TC-A---T-G--A--ATAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AATTG-A-----AATT--C-TC-TGAA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------A-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------ATT-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-CT-TTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GATCT----TG--TGG--AA--TG-T-TATACCAACA--TTAAATAGc
gi|8 : AGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT---A-AG-AA--C-TTTTAT--GATT-TG-T--T-CAT--AAT-A-GT--TCA-----TGAA----A--CTCA--TAAA-AG-A-TT---CTTGAC-AGTT---------C-----A-T--A-------AAA-T-G-T--T----CA--T-GAA-------------------A-AA---------AT-A--TTCA-TAACTC----A--AATAAT-ATT--AGT-TC-A---T-G--A--ATAATGAAGAATA-GTTA-T-G-AC---TTAATA--TT---G-AATTG-A-----AATT--C-TC-T-AA--TA-AT--------T--T-C---AACAT----TT-T--------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------A-C----A---T-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------A-T-C-TTCA-TCA-A--AGAG-TTTTG-TTC---CATT-ATCTTTTTTTTT--CT-TTCA-T-AAAAA-GAGTT-A-TT-GATCT--------TGG--AA--TG-T-TATACCAACA---TAAATAG
gi|9 : GAGATGATA-T--T--CAT-G----A----C-TT-TAA-AG-AAACT-TTTTAT--GATT-TGTT--T-CAT--AAT-A-TT--TCA-----TGGA--TGA--CTC----AAA-AG-A-TT---CTTGAG-AGTTANNNNNNNNN-----N-N--N-------NNNNNNN-N--N----NN--N-NNNN-----N-NNNN-N-N-NNN-NN---------NN-N--NNNN-NNNNNN----NN-NNCAAA-AGT--GGT-TC-A---T-G--A--ATAA--A-----A-TTCA-T-GAACATATTCATAACTC---A-TAGTA-A-----TATTAGT-TCATGAA--TA-ATGAAGAATAT--T-TATGAACTT----TA-T--------A--TTG-AAGT-G-A--A---AT-------T-CTCTGAATTT-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------AT-T------------------CATG-----------A
gi|9 : c--A-------AAAGTGG-T--T----CA--T-GAAT-----A-AAAT-T-C-ATG-AAC--------AT-A--TTCA-TAACTC----AT-AGTAAT-ATT--AGT-TC-A---T-G--A--ATAATGAAGAATA-TTTA-T-GAAC---TTTATA--TT---G-AAGTG-A-----AATT--C-TC-TGAATTTG-AT--------TCAT-G---AAC------------------A--TTC-A--T-G-A--A-C-AT-------A-C----A---C-G-----A----------T-TC-AT-----------GA-------AC-------acatacacgattcatgaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGATATATCATAATTGAAGAAATACTTTATGTAATATATATTTTCGTACATGTATAAAAGTATAAACATCACAGAGGATAAAGGAAGAAGGAAAATTAACGATTCTCGAAA