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Reference ( gi|2 ) : CATTTGATCAACAGAATAA-AAACAGGGACCACTAAGATAGTAAATCACAGATGGGGTTGGATTA-CTA---TTAATACATGGAAACA-CATCACAGATGGG-ACTGA-TGA--AAACA-GTTCAAC--TACACTCAAATATATATAC--ATATGTAGAAATAGAGCAATAAAAACCTGT-ATGTTTTTTTAGAAT-AT-ACCTTATTACGCG--------GTGTGA-----GTA---TCTTC-TGAAAAAA-GGAGGGG-----------AAACGAAAACTTTGGGGGC-GAGGGTTTG--AAA---ATCTC-ATA-TAAAA-A-TGGGG--GGG-------G---GT-G-GTG----------TAGT----A-GC-ATC----ATA------------------------AATA-GAAA-G-TGGGGGCGA-TT-GGCAATA-CA--CTA----T--AAAT--ATTGGCG--GTGCGA-G-----T-GG-T--CACCAC-A--C---T-AAAA---AGGTGG-GGGCGA-TTT-G---T-A-G--CA-TTA-T-------------ATAG-AA-G--------------T--G--GGG-CGAG--T----------------GT--TA--------AT-------A---AAA----------ATTTGGTTGCCAA--TT--GG-----T--AAA----AT-TTA----------GGT--G-GA--CGA--GTT-G-GT--GA--AC--A---G--TGGGG-CCGAGT-TGG-----TTCAA---AT-------A--TT-G-----G-----GGGCGAAGTGGTCT--G-CA-TTCT------------AC-------CACTGA-CACTAAAGGATCTTAGAGTAGCTA-CA-TGT-AC--TGGGAAG-TAACTTCAATAACTGTTTGGTTTTGGTAAGCT--CAATGTAC-AAAAATATTAGGCGATCAACTTA--AAGTTA-TATAATTGATACTTTAG-CATAAATA--T-GT-A-CC-AACTTACCAGATCCCA-TTGGCAAAATATAT-TCCTCA---G-AGCG-CATTAAAACTGT--CTTCAT-AGC-CT-CAGG-CT--A-TCA---ATGAACT-TTAC-AAACGGTGTC-AGACACTGGGAC-----GTG--AA----CAGA-C--G-CAT-A-----T---CGTTT-CCTCTC--C--AAA-GTTT-AATCCAAG-AT-AA-TTGCAA-ATGG-TAT-GGACA-TACA--TAAAAAAAAA-AA-----AAAC---GC-CAT-------------GAAA------C----------T----------GCCAAAC-T--GA-T-CACAAAC-TCTGTCAAC--G--TGTTT---CCAT-CGTT-TG-AAACGTTG-------TA-GAGA-------CG-TAA-T-G-ACCCG-AC-A-C-AATCTTA---T-C-ACAGTCTTTTATACAT-GC----AA-CA-AATT----AAA-----------------TG---CCATTTC---ATCT--CCT---AAT-GCAAATT-GCG-AT-TTT-AT-AG-A--CAA--GCGAAA-CGTT---G---CAT----TTGTG-GTGTCGCCTGC-A--C-GGCCGA--G-CG-A-----T-TTA-CCCCGCCATGTTGTA--CGT-AT-G--TTG-TCATACGACAATCCTAC-C--TTCAA-TAC--AT--AAG-AAGT--AACGTAAG--GGAG-ATAAT--TTAAAA-CA-GGAATTT-CACGATC-AT-TAA-TCG--AA-C-T--CTGCCTG-TATT-CA-TCTTTCG--C--TC-CAAAT----A-GTTTGTAAAACATGTTTCTC-CTCTT-GAAACA-TTG------ATCT--TTTAGATTTTAAACTTCGGTTTATTGTGT--A-TTTTCAA------GATA-ATTTTTTGT-ACAT-CATTCAACT--GA-AAT--TGGAAC-GT-TTTCATAG---------------------GAA-TATA----------ATA-GGAAATGGCAA-ATA-----TA-TA--AAAATTTGA-A--T---T--TTTG--TAAATAAC---TATTTT-G-GTGGAC-ATT-GAA-TG-AATTTTT--ATG--ATCAAAAGAC-AA-C-CTAATGGATTACTT---------------C---TTTTAATTCAC---TTTTAGAGGAAA--CATTC----AGAT-ACGGATATG-CCA---C---TTT-TT--CGAT--TTT-GCA----TTGATT-CTTAACAGAGACTGT
gi|1 : CATTTGATCAACAGAATAATAAACAGGG-CAACTAA-ATAGTAAAACACAGATAGGCTTGGATTAACTAATTCTAATACATG-AAGCAACATCACAGATGGGTGCTGAATGAGCAAACAAGCTCAAAAGTACACTT---TATA-ATGAGAATAAATAGAAACAAAGCAATAAAAA--TGTCATAATTTTTGAGAATCATCATTTTGT-ACGCGAGTGGTGTGTGTGATGTGTGTGGGGTCTCA-TGAAAAAAAGGAGGGGCAGTTGGTAATAAA--AAAACGTTGGGGGC-GAGTG---G--AAC---AT-TC-GTA-TAAAA---TGGGG--AGGTGGGTGTG---GT-G-GTGAGTGAGGGATTAGT----A-GC-ATT----ATAACGAAGCGGGACGAGTTGAAATACAATA-TAAACA-TTGGGGCGAGTT-GG----G-CA--CCACCGTT--AAAA--A-----G--GTGGGG-GCATTTT-TG-TAGCATTAT-A--T---T-AGAA-----GTGG-GGGCGA-GTT-GG--T-A-G--CAATCA-T-------------GAAG-AAAG--------------TA-G--GGG-CTAG--TTGGGATTATAAACTACAT--TA--------AC-------A---AAA-----------TTTGGT-GCAAG--TT--GG-----T--AAA-------TTA----------AGT--G-GGG-CGA--GTT-G-GTTCAA--AT--A---T--TGGGG-GCGAGT-TGG-----CGTGG---GC-------GGGTT-G-----GCAATGGGGCGAAATG-TCT--GGCA-TTCT------------ACGGTAGGTCATGAA-TACTAAGAGATCTGA-AGTAGCTA-CAATGTCAT--TTGGAAGCTAAATT--GTAA-TGCTTG---TTGAGGAGCTTACAATGTAGGAAAAATAT--AGCGATT--CTGATTAAGTTAATAAAATTA----TTTAGGCATAA-TACTT-GT-A-C---ACT-ACCAGATCCGA-TTGACAAAA-ATATATCCTCAT--G-AGCG-GG---------------CAT-AAC-CT--A-------A-TCA---ATAAACT-TTGC-AAACG-TGTCTAAACAGTGGGAC-----TGG--AA----CAGA-C--G-CAT-A-----TATCCTTTTACCTCTT--C--ACATGACT-AGCCCAAG-AT-AA-TTGCGA--TGA-TAT-GGACG--ACGG-TAAAAAACCA-AT-----GAGCTA-GC---T-------------GAAATATAGCC----------T----------TCCAT-C-TTCAA-T-C-CACAC-TCGGTCAAC--G--TGTTT---TCAT-CGTT-TG-AA-CTTTT-------AA-AAGAA------CG-TAA-G-G-ACACGCAC-A-C-AATCTTACTCT-C-ACAGTCTATTA-ACAT-GC----AT-CA-CATT----AAAATATATCAAAACTACAATA---CCTTTTC---ATCT--GCTCATGAT-GCAAATT-CAC-ATATTT-AT-AGGA--CAG--CC--AC-CGTT---ATGTCATGA--TTGTG-G-GT-ACCTGC-AATC-GGCCGA--G-CA-T-----T-TTA-CCC-GC-ATGTTATG--TGT--T-G--TTGGTCCTACGACAATCCTACAC--TTCAA-GACC-ATCTAAG-A-GTTAAACGTAAG--CTAG-ATAAT--TCAAA--CA-GAA--TT-C-CGATCCATATAGCTCG--AAAC-TACCTGC-TG-TATT-CAATCTTTCGATT--TC-CAAAT----ACGTTGATAAA-CATGTT-CTC-TCCTT-GAAACA-TTG------ATCTAATTTAGA-TTTGAACTTGACTTTATTGGGTGAA-TTTCCGA-------ATACATTGTTT-----AT-CA-TCAACT--GACAATTCTGGACCGGT-TTTC--------------------------GA-T-TA----------ATA-TTATTTGTCAA-AT------TACT------ATTTG---------------G--TGGAC-AC---T--------CTGAAG-ATT------G-AATTCTC--ATC--CTTGAATCAC-AATC-CTAA---A-TGTTT---------------CAATTTTTAACTCACACTTTTCAGAGGACA--CA-TA----ACATCACGAATATG--CA---CTGATTT-TT--CTATAATTG-ACA----TGAATTACATTACAGAGA
gi|18 : TGTGG-----GTA---TCTTCGTGAAAAAA--------------------AAGGA---------GGGT-GAAG---TG--AAGC--ATCTC-GTA-TAGAA-A-TGGGG--GGG-------G---GGAG-GGG----------GAGTTGGCA-GC-ATT----ATA------------------------A--A-GAAG-G-C-GGGGCAAGTG-GGTAATA-CA--ATA-------AAAC--ATTGG
gi|15 : cactttttacgtggtgtggtgtgtgtTGTGGCG---GTA---TCTTCGTAAAAAAA-AG--------------------GA-------GGGGGT-GAG---TTG--AAC---ATCTCGATA-TAAGA-A-TGGGG--GGG-------GGGAGG-G-GGG----------GAGTTGGCA-GC-ATT----ATA------------------------A--A-GAAG-G-C--GGGCAAGTT-GGTAATAGCA--ATA----TAAAAAC--ATTGG-G--GTg
gi|3 : ttttttacgtggtgtgttgtgtgtcACTAAAATATTGGGGGC-GAG---TTG--GTC---ACCAC-ACG-TAAAA-A---GGT--GGG-------G---AT----T-----------TGGT----A-GC-ATT----AT--------------------------ATA-G-AA-G-T-GGGGCGAGTT-GTTAATA---------------AAA---ATT---G--GTGCAA-G-----T-agaggtaa
gi|17 : cgattccataaagaaatgggggcgatttggcaatacAAAACGTTGGGGCCCG-----TTG--AAC---ATCTC-GTA-TAA-A-A-TGGGGGAGGG-------G---GC-G-ATT----------TAGT----A-GCAATT----ACA------------------------A--A-GAAA-G-C-GGGGCGAGTT-GGTAATA-CA--ATA----T--AAAC--ATTGG-G--G---GA-GGC---T-GG-T--CA-AAC-G--T---T--TAA---AGGTCG-TGGCGATTTT-G---TAA-G--CA-TTA-ttgggtaatttaggtgagacgaatgttggtgaacagtgggggcgagttggttcaaaattgggggcgaagtgtctggcattctacactgaacactaaggatcttaagtagctacatgtcactgggaagaacttcataaaatgttggtggtagctcaatgtacaaaataatttagcatctaataagttataaatatatactttacataaatatgttaccgaacttaccagattccagttggcaaaatatattcctcatgagcagcgcataaacgtcttcatagcctcagggctatcagatgaactttacaaacgtgtctagacactgggacttggaacagaacgcatatcgtttcctctccaaagtttaatcaaagataattggcaatggtatggaagacagtaaaaaaaaacacccatgaaactgccaactgatcacaaactctgtcaacgtgttttcatacgtttgaaacgtttagagaaacggtaattgtacccgaccacaatcttattcacagctttaacatgcaacaaattaaattcattcacttcctaatgcaaattgcgatttatagacagcgaaacgttgcatttgtgtgtcgcctgcacgccgagcgatttacccgccatgttgtacgtatgttgtcatacgacaatcctaccttcaatacataaagtaacgtaagggagataattaaacagaatttcacgatcattatcgaactctgctgtattcatctttcgctttccaaatagtttgttaaacatgttctccctctgaaacattgatctttttgattttaaactcagtttattgtgtattttcagataatttttgtaatatcaaactgaaatggacggttttcataggaatctaaggaaatggcaaatatatacaaaaattgatattttgataataactattttgagtggacattgaatgaatttatgatcaaaagacaacctaatgattactttttataatcacttttagagaaatatcagataggatatgccactttttcgattttggcatgatttgattcttacagagactagtact
gi|8 : aaaCTTTTGGGGC-GAG---TTGTTACATGCATCTC-GTA--AAAA-A-TAAGG--GAG-------G---GG-G-GT
gi|3 : tatcgttacttattggtatttattgttgcttattgttacttattgttgcttattgtTGGGGGC-GA---TTTG--GCA---AT----ACACTAAAATATTGGGG--GCG-------A---GT----------------TGGT-------C-ACC----ACA------------------------CGTA-AAAAGG-TGGGGAT---TT-GGTA--G-CA--TTA----T----AT--AGAAGTG--GGGCGA-G-----T-TG-T--TA--A---------T-AAAA---A--TTG-GTGCAAGTTT-G-----G-G--TA---A-T-------------TTAG----G--------------T--G--AGA-CGAA--T----------------GT--TG--------GT-------G---AAC----------A-GTGGGGGCGAG--TT--GG-----TTCAAA----AT-T------------GG---G-GG--CGA--tggttggtaaaaaaacctacgttgggggcgacttggtcaccgcgtaaagatgtgggggcgagttggtaatacaatatatatacgttaggggcgagttggtcaccgcgtaaaaaggtgggggcgatttggtgaatataggtgggggcgatttggtgaccagtggggcgatttggttcaagtattgggggcgatttgtgtggtgcgatttggcaatgggcgatgtgtctggcatt
gi|7 : cgattccataaagaaa-TGGGG--GCG-------A---GT----TG----------TTAC----ATGC-ATCTCGTAAA------------------------AATAAGGAG-G-TGAGGGAG--TT-GGTAAAA-AA--AAA----A--AACT--ACTAACGTGGGGCGA-G-----C-T--T--CGTCAC-G--CGTTT-AAAA---ATGTGGCGGGCGA-GTT-GG--T-A-A--TA-AAA-T-------------ATAT-AC-G--------------TT-A--GGG-CGA---C----------------GT--TG--------GTCACCGCGA---AAA----------GGTAGG--GCGAA--TT--TG-----C--GTT----AT-ATA----------GGT--G-GGG-CGA--TTT-GAGT--GA--AC--A---G--TGGG---CGATTCTGG-----TTCAA---GT-------A--TT-G-----G-----GGGCGAagtgtctggcattctacactgaacactaaggatcttaagtagctacatgtcactgggaagaacttcataaaatgttggtggtagctcaatgtacaaaataatttagcatctaataagttataaatatatactttacataaatatgttaccgaacttaccagattccagttggcaaaatatattcctcatgagcagcgcataaacgtcttcatagcctcagggctatcagatgaactttacaaacgtgtctagacactgggacttggaacagaacgcatatcgtttcctctccaaagtttaatcaaagataattggcaatggtatggaagacagtaaaaaaaaacacccatgaaactgccaactgatcacaaactctgtcaacgtgttttcatacgtttgaaacgtttagagaaacggtaattgtacccgaccacaatcttattcacagctttaacatgcaacaaattaaattcattcacttcctaatgcaaattgcgatttatagacagcgaaacgttgcatttgtgtgtcgcctgcacgccgagcgatttacccgccatgttgtacgtatgttgtcatacgacaatcctaccttcaatacataaagtaacgtaagggagataattaaacagaatttcacgatcattatcgaactctgctgtattcatctttcgctttccaaatagtttgttaaacatgttctccctctgaaacattgatctttttgattttaaactcagtttattgtgtattttcagataatttttgtaatatcaaactgaaatggacggttttcataggaatctaaggaaatggcaaatatatacaaaaattgatattttgataataactattttgagtggacattgaatgaatttatgatcaaaagacaacctaatgattactttttataatcacttttagagaaatatcagataggatatgccactttttcgattttggcatgatttgattcttacagagactagtact
gi|10 : tatcgttacttattggtatttattgttgcttatttcttattttactatattgttgcttattgtcttt--GGG-------G---GT-GAGT-----------TGGT----A-TC-CTT----GCA------------------------AA----AAA-GATGGGGGCGAGTT-GGTAATA-AA--ATA----A--AAAC--ACTGGGG--GT--GA-GT----T-GG-T--TACTGC-A------T-AAAAAG-AGATGG-GAACGA-GTT-G-----A-T--CT-TTC-C-------------G-AG-AA---------------------------AA-------------------------A--------AA-------A---AAA----------GCTTGG-GGCGAG--TT--GG-----T---AA----AT-ATA----------GGTGGG-GG--CGT--GTT-G-GTTCCA--AT--A---T--TGGGG-GCAAGT-TGG-------CAA---A--------------------G-----GGACGAAGT-GTCTG-G-CA-Tttggaaaacatcggggcatttgctggtgcgatttaggcaatgggggatgaatgtctgg
gi|9 : taagcaattagaaggagggagcgagttgatagcttcaattgatatcctcat----------TGGT----A-GC-ATT----ATA------------------------AA---GAGG-C-CGGGGGAG--TT-GGTAACA-AA--G-A----T--AAA---ATTGG------GCGA-GA----T-GGGT--CACCA--G--C---TCGAAA---AGGTTG-CGGCGAGTTT-G---T-A-G--CA-TTA-TTAAAGAAACTATCATAA-AA-GAACTTTAAGAAGGTT--GGGGGG-CTAGTTT----------------GG--TA--------AT-------ATTTAAA----------A------TACAAA--TT--AAAAT--T--AAATAATAT-TTT----------GGT--A-G---C-A--GTT-G-GT--AA--AT--ATAGG--TGGGG-C---GT-T-G-----TTCAT---ATGGGGCGAG--TT-GGCAATG-----GGGCGAAGT-GTCTTGG-CA-TTCT------------
gi|3 : ggagtC----ATA------------------------AA---GAAA---TGGGGGCGA-TTTGGCAATA-CA--CTA-------AAAT--ATTGG-G--G-GCGA-G-----TTGG-T--CACCAC-A--CG--T-AAAA---AGGTGG-GG---A-TTT-GG--T-A-G--CA-TTA-T-------------ATAG-AA-G--------------T--G--GGG-CGAG--TT---------------GT--TA--------AT-------A---AAA----------ATT-GGT-GCAAG--TTTGGG-----T--AA------T-TTA----------GGT--GAGA--CGAATGTT-G-GT--GA--AC--A---G--TGGGG-GCGAGT-TGG-----TTCAA---A--------A--TT-G-----G-----GGGCGAAGTG-TCT--GGCA-TTCT------------AC--------ACTGAACACTAA-GGATCTTA-AGTAGCTA-CA-TGTCAC--TGGGAAG--AACTTCATAAAATGTT-GGT---GGTA-GCT--CAATGTAC-AAAATAATTTAGC-ATCTAAT----AAGTTA-TA-AATATATACTTTA--CATAAATA--T-GTTA-CCGAACTTACCAGATTCCAGTTGGCAAAATATAT-TCCTCATGAGCAGCG-CAT--AAAC-GT--CTTCAT-AGC-CT-CAGGGCT--A-TCAG--ATGAACT-TTAC-AAACG-TGTCTAGACACTGGGAC-----TTGG-AA----CAGAAC--G-CAT-A-----T---CGTTT-CCTCTC--C--AAA-GTTT-AATCAAAG-AT-AA-TTGGCA-ATGG-TAT-GGA----AGA--CAGTAAAAAA-AA-----ACAC----C-CAT-------------GAAA------C----------T----------GCCAA-C-T--GA-T-CACAAAC-TCTGTCAAC--G--TGTTT---TCATACGTT-TG-AAACGTT--------TA-GAGAAA-----CGGTAA-TTGTACCCG-ACCA-C-AATCTTA---TTC-ACAGC--TTTA-ACAT-GC----AA-CA-AATT----AAA-----------------T----TCATT-C---ACTT--CCT---AAT-GCAAATT-GCG-AT-TT--AT-AG-A--CA---GCGAAA-CGTT---G---CAT----TTGTG--TGTCGCCTGC-A--C-G-CCGA--G-CG-A-----T-TTA-CCC-GCCATGTTGTA--CGT-AT-G--TTG-TCATACGACAATCCTAC-C--TTCAA-TAC--AT--A---AAGT--AACGTAAG--GGAG-ATAAT--T--AAA-CA--GAATTT-CACGATC-AT-T-A-TCG--AA-C-T--CTG-CTG-TATT-CA-TCTTTCG--CTTTC-CAAAT----A-GTTTGTTAAACATG-TTCTC-CCTCT-GAAACA-TTG------ATCT--TTTTGATTTTAAAC-TCAGTTTATTGTGT--A-TTTTC-A------GATA-A-TTTTTGTAATAT-CA---AACT--GA-AA---TGGACG-GT-TTTCATAG---------------------GAA-TCTA------------A-GGAAATGGCAA-ATA-----TA-TAC-AAAAATTGATA--T---T--TTGA--T-AATAAC---TATTTT-GAGTGGAC-ATT-GAA-TG-AA--TTT--ATG--ATCAAAAGAC-AA-C-CTAAT-GATTACTT---------------T---TTATAA-TCAC---TTTTAGA-GAAA--TA-TC----AGAT-A-GGATATG-CCA---C---TTT-TT--CGAT--TTTGGCATGATTTGATT-CTT-ACAGAGACT
gi|11 : cgattcC----ATA------------------------TAAA-GAAA-GCTGGGGGGGG-GG-GGTAATA-CA--ATA----T--AACCTCATTGGAG--G--CAA-T-----TTGG-T--CAC-GT-G--C---T-AAA-----GGTGG-AGG--A-TTTTG---T-AAG--CA-TTA-TC------------ATAGGAA-G--------------T--G--GGG-CAAG--T----------------GTGGTAGCATC---AT-------G---AAA----------AAGTGG--GGCGA---T--GGTAATAT--AAA----ATACTAAAACAAAAATGAT--G-----CGA--GTT-G-GT--AAATAT--A---GGTTGGGG-CCGAG--TGG-------CAA---TT-------A--TTGG-----G-----GGGCGTGGTGagtact
gi|8 : aaA------------------------AATAAGGGA-G-GGGGGTTGG-TT-GGTAAAA-AAACCTA----C--G------TTGG-G--G-GCGA-C-----TTGG-T--CACCGC-G------T-AAAG---ATGTGG-GGGCGA-GTT-GG--T-A-ATACA-ATA-T-------------ATAT-AC-G--------------TTAG--GGG-CGAG--TTG--------------GT--CACCGC----GT-------A---AAA----------AGGTGGGGGCGAT--TT--GG-----T--GAA-----T-ATA----------GGT--G-GGGGCGA--TTT-G-GT--GA--CC--A---G--TGGGG-C-GATT-TGG-----TTCAA---GT-------A--TT-G-----G-----GGGCGAagttggatatggggcgagtgtctggcattcgtg
gi|19 : tatcgttacttattggtatttattgttgcttattgttacttattgttgcttattgtcttttggggcgagttgttacatgcatctcgtaaaA-AAAATG-TGGGGGTGAGTT-GGT--TA-CA--CTAT---T--AAAG--A--GGTG--GGGCGATT-----T-GG-T--GA--AT-A--T------------AGGTGA-GGGCGA-TTT-G---tttgtgtggtgcgatttggcaatgggcgatgtgtctggcatt
gi|28 : GTAATA-CA--ATA----T--AAAC--ATTGG-G--G-GCGA-GC----T-AG-T--CACCAC-gttcaagtattgggggcgatttggaaaacatattgggggcgattggcaatggggcgatgtg
gi|19 : --AAAT--GTGGG-G--GTG--A-G-----TTGG-T--TAC-ACTA--T---T-AAAG---AGGTG--GGGCGA-TTTGG---T-G-A-------A-T-------------ATAG----G--------------T--GA-GGG-CG-------------------------------------------------------------ATTTGGTT--CAA-------G-----T--A---------TTG----------G----G-GG--CGA--TTT-G-GA--AA--ACATA---T--TGGGG-GCGA-T-TGG-----C---A---AT-------------------G-----GGGCGATGTGgtataaa
gi|27 : aaGCGA-G-----TTGG-T--CACCGC-G--C---T-AAAA---AGGTGG-GGACAAGTTG-G---T-A-G--CA-TTA-T-------------ATA
gi|13 : GG-G-----T-GA-T--TGTCAC-ATGC---T-AAAA----GTTGG-GGGCAA-GT--G---T-A-G---A-TTA-T-------------ATAG-AA----------------T--G--GG--CGAG--T-----------------T--TG--------GT-------A---AAT----------A-TAGGTGGGCGACGTT--GG-----G--AAC----AG-TTG----------GG---G-GG--C-A--GTTCG-GT--AT--AC--A---G--TGGGGAGTGAGT-TGG-----TAAGA---AC-------A--GT-G-----G-----GAGCGAAGT
gi|17 : ---T-AAAATGGGGGAGG-GGGCGA-TTTAG---T-A-G--CAATTA-C-------------AAAG-AAAG--------------C--G--GGG-CGAGT-T----------------GG--TA--------AT-------A---CAA----------tgcgtaaatttttgggggcgattgcaatggacaaagtggtctggcattc
gi|19 : aaaaaaacgttggggcccgttgaacatctcgta-AAAA---ATGTGG-GGGTGA-GTT-GGT-T-A----CA-CTATT-------------AAAG-AG-G--------------T--G--GGG-CG-------------------------------------------------------------ATTTGGT-----------------------GA----AT-ATA----------GGTGAG-GG--CGA--TTT-G-GTTCAA--GT--A---T--TGGGG-GCGATT-TGG--------AAAACAT-------A--TT-G-----G-----GGGCGAtataaacattgggggaggctggtcaaacgtttaaaggtcgtggcgattttgtaagcatta
gi|15 : GGAGG-GGGGGA-GTT-GG--C-A-G--CA-TTA-T-------------AAAG-AA-G--------------G--C--GGG-CAAGT-T----------------GG--TA--------AT-------A---GCA----------ATttggcaatggggcgatgtg
gi|21 : ttttttacgtggtgtgttgtgtgtctgtggcggtatcttcgtaaaaaaaaggagggggtgagttgaacatctcgatataagaatggggggggTGG-GGGCGA-GTT-GGTAT-A-G--CA-TTA-T-------------AAAG-AAGG--------------T--G--GGGACGAG--T----------------ataaaaacattggggtagaggtaa
gi|20 : A-TTA-T-------------ATAG-AA-G--------------T--G--GGGGCAAG--TTG--------------GT--TATATATAATAT-------A---AAATGCTAAAAATATTTGGA-GCGGG--TT--GG-----C--AAA-----T-ATA----------GGT--GAGG--TGA--GTT-G-GT--GA--AC--A---G--TGGGG-GCGacggggactacacgtactacatgtatataaaagtttggggcga
gi|14 : ----------ATTTGGTT--CAA-------G-----T--A---------TTG----------GG-----GG--CGA--TTT-G-GA--AA--AC--A---T--TGGAG-GCGATT-TGGCGTGGTGCGA---GT-----------T-GACAATG-----GGGCGAAGT-GTCTG-G-CA-TTCC------------A
gi|19 : ttggtgaccagtggggggTTGGTTAC--A--CT--AT-----T--AAA----G----A----------GGT--G-GGG-CGA--TTT-G-GT--GA--AT--ATAGG--TGAGG-GCGATT-TGG-----TTCAA---GT-------A--TT-G-----G-----GGGCGAaatgatatcctttgtgtgtacgtatattctatgtatatactgaataaagatttattttatgttgttgagcat
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9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-3948 ) : CATTTGATCAACAGAATAATAAACAGGG-CAACTAA-ATAGTAAAACACAGATAGGCTTGGATTAACTAATTCTAATACATG-AAGCAACATCACAGATGGGTGCTGAATGAGCAAACAAGCTCAAAAGTACACTT---TATA-ATGAGAATAAATAGAAACAAAGCAATAAAAA--TGTCATAATTTTTGAGAATCATCATTTTGT-ACGCGA-GTG--GTGTGT--GTG------GCGG-TATCTTCGTGAAAAA--AGGAAG-----------------AAAACGTTGGGGGCGAG---TTG----A---A-CATC--TCG-TATAAAAA--TGGGG-G--GG-------GGT-GGTG----------TGGTAGCA-TTAT-AAATA-GAAA-G-CGG-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-CA---ATAT--A-A-A--CATTGG-GG-GCGA-G-T-GGT--CA-CCAC-GC---T-AAAA--AGGTGG-GGGCGANTTGG--T-AG--CATTA-T-------------AT-A-GAA-G--------------T--G--GGG-CGA-G--T--GT--TA--------ATA---AAA----------AT--TTGGT-G-CGA-GT-T--GG-----T-A--AA----ATNT--------AG---GT--G-G-G--CGA--GTT-G-G-----T--GA--AC------------A---G--TGGG---------------G-----GCGAGT-TGG-----T---TCAAG--TA--TT-G-----G-----GGG-CGAAGTGGTCT--G-CA-TTCT------------AC-------CACTGAATACTAAGGGATCT--AAGTAGCTA-CA-TGTCATTTGGAAG-TAACTT-CN-TAA--TGCT-GGT---GGNA-GCT--CAATGTAG-AAAA--ATATTAG-CGAT-CTAA--TAAAGTTA-TAAAATTA-A--CTTTAG-CATAAGTA--T-GT-A-CC-AACTTACCAGAT-CCGATTGACAAAATATAT-TCCTCAT-GAGC---G-CAT--A--AACTGTCCTC--AT-GGC-CT-CAGG-CT--A-TCA---ATGAACT-TTAC-AAACG-T-GTCTAGACACTGGGACTN----TGGAA---CAG-AC--G-C--AT-A-----TCGTTT--CCTCTC--C--AAA-GTTT-AATCCAAG-AT-AA-TTGCGA-ATGG-TAT-GGACA-GAC-GGT-AAAAAAAAA--AA-----GAAC---------T-GCCA-TGAAA------C----------T---GCCAA-CT--G---------A-T-CACAAAC-TCTGTCAAC--G--TGTTTT--CA-T-CGTT-TGAAA-CGTT-------TTA-GAG-AAC-----CGTAATTGTACCCG-A-CA-C-AATCTTA---TT-ACAGTCTTTTAAACAT-GC----AA-CA-AATT-----A-----------------A--ATACCATTTC---ATCTG--C---TAATG-CAAATT-GCG-AT-TTTA-T-AGATCA-A--GCGAAA-CGTT---G---CATG-TTGT---G-GTGTCGCCTGC-A--C-GCC-GA--GC-G-AT-T-----TACCCC-GCCATGTTGTA--TGT-ATG--TT-GTCATACGACAATCCTAC-C-TT--CAA-TA-C--A--TAAG-AAGT--AACGTAAG--GGAG-ATAAT--TTAAAAC-A-GGAATTT-CACGAT-CAT-TAA-TCGTA-AC-T--CTGCCTG-TATT-C-ATCTTTCG--C--TC-CAAAT----A-GTTTGTAAAACATGTTTCTC-CTCTT-GAAACA-TTGA------TCT--TTTAGATTTTAAACTTC-G--TTTATTGTGT-AA--TTTTC-A------GATA-A-TTTTTTGTA-ATC--A-TC-AAC-TGA-AA--T--TGGANC-GT-TTTCATAG---------------------GAA-TATA----------ATA-GGAAATGGCAA-ATATA-TA----AAAATTTGATA--TTTTTG--TAAATAAC---TATTTT-G-GTGGAC-ATT-GAA-TG-AATTTTT--ATG--ATCAAAAGAC-AA-C-CTAAT-GATTACTT---------------C---TTTTAA-TCAC---TTTTAGAGG-AAATCA-T-----CAGAT-ACGGATATG-CCA---C---TTT-TT--CGAT--TTT-GCA----TTGATT-C-TT-ACAGAGACT
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gi|10 : catttgatcaacagaataataaacagggcaactaaatagtaaaacacagataggcttggattaactaattctaatacatgaagcaacatcacagatgggtgctgaatgagcaaacaagctcaaaagtacactttataatgagaataaatagaaacaaagcaataaaaatgtcataatttttgagaatcatcattttgtacgcgagtggtgtgtgtgatgtgtgtggggtctcatgaaaaaaaggaggggcagttggtaataaaaaaacgttgggggcgagtggaacattcgtataaaatggggaggtgggtgtggtggtgagtgagggattagtagcattataacgaagcGGGAGCGAG---TTG----ATA-G-CTTCAATTGATATCCTCA--TGGGG-G--TG-------AGT---------------TGGTATCC-TTGC-AAA----AAA-GATGG-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-AA---ATAA--A-A-A--CACTGG-GG-GTGA-GTT-GGT--TA-CTGC-A----T-AAAAAGAGATGG-GAACGAGTTGA--T-----CTTTC-C-------------G--A-GAA---------------------------AA------------A--------AAA---AAA----------GC--TTGGG-G-CGA-GT-T--GG-----T----AA----ATAT--------AG---GTGGG-G-G--CGT--GTT-G-G-----TTCCA--AT------------A---T--TGGG---------------G-----GCAAGT-TGG----------CAA----------A-----G-----GGA-CGAAGT-GTCTG-G-CA-T
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gi|12 : aacaA-TT-A------TCT--GATAGACTTGAAACTT-----------GTGT-A----TTTC-C------GATA-A-TTTTTT-TA-ATC--A-TC-AAC-TGA-AA--T--TGGACG-GT-TTTCATAG---------------------GAA-TATA-----------TA-GGAAATGGCAATATATA-CA----AAAATT-GATA--TTTTTG--TAAATAA----TAATTT-G-GTGGAC-ATT-GAA-TG-AATTTT---ATG--ATCAAAAGAC-AA-C-CTAAT-G-TTACTT---------------------TTAA-TCAC---TTTTAGAGG-AAATCA-T-----CAGAT-ACGGATATG-CCA---C---TTT-TTTCCGAT--TTT-GCA-----TGATagttggatatggggcgagtgtctggcattcgtg
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gi|14 : TT-G-G-----T--GA--CC------------A---G--TGGG---------------G-----G-GATT-TGG-----T---TCAAG--TA--TT-G-----G-----GGG-CGAtgcgtaaatttttgggggcgattgcaatggacaaagtggtctggcattc
gi|14 : TGGG-G-GGA-TT-T--GG-----TTC--AA----GTAT--------TG---G---G-G-G--CGA--TTT-G-G-----A--AA--AC------------A---T--TGGA---------------G-----GCGATT-TGGCGTGGT---GCGAG--T----T-GACAATG-----GGG-CGAAGT-GTCTG-G-CA-TTCC------------Atttggaaaacattggaggcgatttggcgtggtgcgagttgacaatggggcgaagtgtctggcattccaaatgatatcctttgtgtgtacgtatattctatgtatatactgaataaagatttattttatgttgttgagcat
gi|15 : ttggtgaccagTTTTTT-ACGTGGTGTGTTGTGTGTCTGTG------GCGG-TATCTTCGTAAAAAA--AAGGA--------------------------GGGGGTGAG---TTG----A---A-CATC--TCGATATAAGAA--TGGGG-G--GG-------GGG-AGGGGGGGAGT---TGGCAGCA-TTAT-AA--A-GAAG-G-C---GGGCAAGT-TG----------GTAATAGCA---ATATAAA-A-A--CATTGG-GG-aatgatatcctttgtgtgtacgtatattctatgtatatactgaataaagatttattttatgttgttgagcat
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gi|18 : CACTTTTT-ACGTGGTGTG--GTGTGT--GTT------GTGGGTATCTTCGTGAAAAA--A--AAG-------------------------GAGGGTGAA---GTG----A---AGCATC--TCG-TATAGAAA--TGGGG-G--GG-------GGG-AGGGGGAGT-----TGGCAGCA-TTAT-AA--A-GAAG-G-C-G-GGGCAAGT-GG----------GTAATA-CA---ATA---A-A-A--CATTGG-G
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gi|10 : catttgatcaacagaataataaacagggcaactaaatagtaaaacacagataggcttggattaactaattctaatacatgaagcaacatcacagatgggtgctgaatgagcaaacaagctcaaaagtacactttataatgagaataaatagaaacaaagcaataaaaatgtcataatttttgagaatcatcattttgtacgcgagtggtgtgtgtgatgtgtgtggggtctcatgaaaaaaaggaggggcagttggtaataaaaaaacgttgggggcgagtggaacattcgtataaaatggggaggtgggtgtggtggtgagtgagggattagtagcattataacgaagcgggacgagttgaaatacaatat-GGGAGCGAG---TTG--ATA-G-CTTCAATTGATATCCTCA---------TGGGG--GTG-------AGT---------------TGGT-A--TC-CTT--GCAAA-AAA-GA-TGG-GGGCGA---GT-TG----------GTAATA-AA---ATAA--AAA--CACTGG-GG-GTGA-GT-T-GGTTACTGC-A---T-AAAAAGAGAT--GG-GAACGAGTT-GA---T---------CTTT--C-C-G--A-GAA-----------------------------A-----AAAAA--AAAGCTT-G-G-G-G-CGA-G-T-T--GG-----T--A-AA-----------------T-AT--------A-GGTGGG-G-G---CGT--GTTG-G-----TTCCA--AT------------A---T--TGGGG-----GCA-AGT-TGG--------------CAA----------A-----GGGA-CG-------------AAGT-GTCTG-G-C-AT
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Reference ( family-3948 ) : CATTTGATCAACAGAATAATAAACAGGGACNACTAAGATAGTAAANCACAGATGGGNTTGGATTAACTAATTCTAATACATGGAAGCAACATCACAGATGGGTGCTGAATGAGCAAACAAGCTCAANAGTACACTCAAATATATATGNGAATANGTAGAAACAGAGCAATAAAAACCTGTCATGNTTTTTNAGAATCATCACTTTTTACGCGGTGTG--GTGTGT--GTG------GC-GGTATCTTCGTGAAAAAAAG----GA---G-----------------AAAAC--T--GGGGGCGAG---TTG----A---A-CATC--TCG-TATAAAAA---------TGGGG--GGG-------GGCG-GTG----------TGGT-A--GC-ATTATAAA-AGAAAGC------GG-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-CA---ATAT--AAA--CAT-TGG-GG-GCGA-G--T-GGT--CA-CCGC-GC-T-A---AAA--AGGT--GG-GGGCGAGTT-GG-----T-AG----CATT--A-T-AT-A-GAA------G-TGGG-G-CGA-GT--GT--TA-----ATAAA--AATG--T-G-G-G-G-CGA-G-T-T--GG-----T-AA-AA-----------------T-AT--------A-GGT--G-G-G---CGA--GTTG-G-----T--GA--AC------------A---G--TGGGG-----GCGA-GT-TGG-----T---TCAAGTATT-G-----GGGG-CGA-------------AGTGGTCTG-------GCAT-----TCTAC-------CACTGAACACTAAGGGATCTT-GAGTAGCTA-CAGTGTCACTGGGAAG-TAACTT-CA-TAA--TGCT-GGTT--G-GNA-GCT--CAATGTA-NAAAA--ATATTAG-CGA-TCTAATTAA-GTT-ATAAAATTA-A--CTTTA-GCATAAATA--T-GT-A-CC-AACTTACCAGAT-CCGATTGGCAAAATATAT-TCCTCAT-GAGC---G-CAT--A--AACTGTCCTC--AT-GGC-CT-CAGG-CT--A-TCA---ATGAACT-TTAC-AAACG-T-GTCTAGACACTGGGACT----GTGGAA---CAG-AC--G-C--AT-A-----TCGTTT--CCTCTC--C--AAA-GTTT-AATCCAAG-AT-AA-TTGCGA-ATGG-TAT-GGACA-GAC-GGT-AAAAAAAAA--AA-----GAAC---------TGGCA-TGAAA------C----------T---GCCAA-CT--G---------A-T-CACAAAC-TCTGTCAAC--G--TGTTTT--CA-T-CGTT-TGAAA-CGTT-------TTA-GAG-AAC-----CGTAATTGTACCCG-A-CA-C-AATCTTA---TT-ACAGTCTTTTAAACAT-GC----AA-CA-AATT-----A-----------------A--ATACCATTTC---ATCTG--C---TAATG-CAAATT-GCG-AT-TTTA-T-A-GA--CAA--GCGAAA-CGTT---G---CAT----TTGTG-GTGTCGCCTGC-A--C-G-CC-GA--GC-G-AT-T-----TACCCC-GCCATGTTGTA--CGT-ATG--TT-GTCATACGACAATCCTAC-C-TT--CAA-TA-C--A--TAAG-AAGT--AACGTAAG--GGAG-ATAAT--TTAAAAC-A-GGAATTT-CACGAT-CAT-TAA-TCGTA-AC-T--CTG-C-TG-TATT-C-ATCTTTCG--C--TC-CAAAT----A-GTTTGTAAAACATGTTTCTC-CTCTT-GAAACA-TTG------ATCT--TTTAGATTTTAAACTC--G--TTTATTGTGT-AA--TTTTC-------NGATA-A-TTTTTTGTA-ATC--A-TC-AAC-TGA-AA--T--TGGANC-GT-TTTCATAG---------------------GAA-TATA----------ATA-GGAAATGGCAAATATA---TA-CAAAAATTGA-TA--TTTTTG--TAAATAAC---TATTTT-G-GTGGAC-A--TT-GAA---TG-AATTTTT--ATG--ATCAAAAGAC-AA-C-CTAAT-GATTACTT---------------C---TTTTAA-TCAC---TTTTAGAGG-AAATCA-T-----CAGAT-ACGGATATG-CCA---C---TTT-TT--CGAT--TTT-GCA----TTGATT-C-TT-ACAGAGACT
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gi|10 : catttgatcaacagaataataaacagggcaactaaatagtaaaacacagataggcttggattaactaattctaatacatgaagcaacatcacagatgggtgctgaatgagcaaacaagctcaaaagtacactttataatgagaataaatagaaacaaagcaataaaaatgtcataatttttgagaatcatcattttgtacgcgagtggtgtgtgtgatgtgtgtggggtctcatgaaaaaaaggaggggcagttggtaataaaaaaacgttgggggcgagtggaacattcgtataaaatggggaggtgggtgtggtggtgagtgagggattagtagcattataacgaagc--GGGAGCGAG---TTG----ATA-G-CTTCAATTGATATCCTCA---------TGGGG--GTG-------AGT---------------TGGT-A--TC-CTTGCAAA-AAAGA-T------GG-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-AA---ATAA--AAA--CAC-TGG-GG-GTGA-GT-T-GGT--TA-CTGC-A--T-A---AAAAGAGAT--GG-GAACGAGTT-GA-----T-------CTTT--C-C-G--A-GAA----------------------------A-----AAAAA--AAAGCTT-G-G-G-G-CGA-G-T-T--GG-----T--A-AA-----------------T-AT--------A-GGTGGG-G-G---CGT--GTTG-G-----TTCCA--AT------------A---T--TGGGG-----GCAA-GT-TGG----------CAA------A-----GGGA-CGA-------------AGT-GTCTG-------GCAT-----
gi|11 : taagcaattagaaggaTATAAA--GAAAGC------TG-GGGGGGGG-GG----------GTAATA-CA---ATAT--AACCTCAT-TGG-AG-GCAATT--T-GGT--CA--CGT-GC-T------AA--AGGT--GG-AG--GATTT-TG-----TAAG----CATT--A-TCAT-AGGAA------G-TGGG-G-CAA-GT--GTGGTAGCATCATGAA--AAAG--T-G-G-G-G-CGA-----T--GGTAATAT-AA-AA-----------------T-ACTAAAACAAA-AAT--G-ATG---CGA--GTTG-G-----T--AAATAT------------A---GGTTGGGG-----CCGA-G--TGG----------CAATTATTGG-----GGGG-CGT-------------GGTGAGTTG-------G
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gi|14 : TTG-G-----T--GA--CC------------A---G--TGGGG-----G-GA-TT-TGG-----T---TCAAGTATT-G-----GGGG-CGA-------------
gi|14 : G--T-G-G-G-G-GGA-T-T-T--GG-----TTCA-AG-----------------T-AT--------T-GG---G-G-G---CGA--TTTG-G-----A--AA--AC------------A---T--TGGAG-----GCGA-TT-TGGCGTGGT---GCGAGT--T-GACAATGGGG-CGA-------------AGTG-TCTG-------GCAT-----TCCAtttggaaaacattggaggcgatttggcgtggtgcgagttgacaatggggcgaagtgtctggcattccaaatgatatcctttgtgtgtacgtatattctatgtatatactgaataaagatttattttatgttgttgagcat
gi|15 : ttggtgaccaTTTTTACGTGGTGTGTTGTGTGTCTGTG------GC-GGTATCTTCGTAAAAAAAAG----GA-------------------------------GGGGGTGAG---TTG----A---A-CATC--TCGATATAAGAA---------TGGGG--GGG-------GGGA-GGGGGGGAGT---TGGC-A--GC-ATTAT-AA-AGAAGGC---------GGGCAAGT-TG----------GTAATAGCA---ATATAAAAA--CAT-TGG-GG-aatgatatcctttgtgtgtacgtatattctatgtatatactgaataaagatttattttatgttgttgagcat
gi|17 : tA---A-----------------AAAACG-T--TGGGGCCCG---TTG----A---A-CATC--TCG-TAT-AAAA---------TGGGGGAGGG-------GGCG-ATT----------TAGT-A--GCAATTAC-AA-AGAAAGC-------G-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-CA---ATAT--AAA--CAT-TGG-GG-GAGG-C--T-GGT--CA--AAC-GT-T-----TAA--AGGT--CG-TGGCGATTT-TG-----TAAG----CATT--A-tagaggtaa
gi|18 : aCACTTTTTACGTGGTGTG--GTGTGT--GTT------GTGGGTATCTTCGTGAAAAAAAA----G--------------------------------GAGGGTGAA---GTG----A---AGCATC--TCG-TATAGAAA---------TGGGG--GGG-------GGGA-GGGGGAGT-----TGGC-A--GC-ATTAT-AA-AGAAGGC-------G-GGGCAAGT-GG----------GTAATA-CA---ATA---AAA--CAT-TGG-G
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gi|2 : CATTTGATCAACAGAATAA-AAACAGGGACCACTAAGATAGTAAATCACAGATGGGGTTGGATTA-CTA---TTAATACATGGAAACA-CATCACAGATGGG-ACTGA-TGA--AAACA-GTTCAAC--TACACTCAAATATATATAC--ATATGTAGAAATAGAGCAATAAAAACCTGT-ATGTTTTTTTAGAAT-ATACCTTATTACGCGGTGTG--A--------------------GTATCTTC-TGAAAAAAGGAGGGGAAACG-----------------AAAAC--TTTGGGGGCGAGGGTTTG----A---A-AATC--TCA-TATAAAAA---------TGGGG--GGG-------GGTG-GTG----------TAGT-A--GC-ATCATAAATAGAAAGT------GG-GGGCGA-T-TG----------GCAATA-CA---CTAT--AAA--TAT-TGGCGGTGCGA-G--T-GGT--CA-CCAC-AC-T-A---AAA--AGGT--GG-GGGCGATTT-G------T-AG----CATT--A-T-AT-A-GAA------G-TGGG-G-CGA-GT--GT--TA-----ATAAA--AATT--T-G-G-TTG-CCA-A-T-T--GG-----T-AA-AA-----------------T-TT--------A-GGT--G-G-A---CGA--GTTG-G-----T--GA--AC------------A---G--TGGGG-----CCGA-GT-TGG-----T---TCAAATATT-G-----GGGG-CGA-------------AGTGGTCTG--------CAT-----TCTAC-------CACTGA-CACTAAAGGATCTTAGAGTAGCTA-CA-TGT-ACTGGGAAG-TAACTT-CAATAAC-TGTTTGGTTTTG-GTAAGCT--CAATGTA-CAAAA--ATATTAGGCGA-TCAACTTAAAGTT-ATATAATTG-ATACTTTA-GCATAAATA--T-GT-A-CC-AACTTACCAGAT-CCCATTGGCAAAATATAT-TCCTCA--GAGC---G-CATTAA--AACTGTCTTC--AT-AGC-CT-CAGG-CT--A-TCA---ATGAACT-TTAC-AAACGGT-GTC-AGACACTGGGAC-----GTG-AA---CAG-AC--G-C--AT-A-----TCGTTT--CCTCTC--C--AAA-GTTT-AATCCAAG-AT-AA-TTGCAA-ATGG-TAT-GGACA-TAC-A-T-AAAAAAAAA--AA-----AAAC----------GCCA-TGAAA------C----------T---GCCAAACT--G---------A-T-CACAAAC-TCTGTCAAC--G--TGTTTC--CA-T-CGTT-TGAAA-CGTT-------GTA-GAG-A-------CGTAAT-G-ACCCG-A-CA-C-AATCTTA---TC-ACAGTCTTTTATACAT-GC----AA-CA-AATT-----A-----------------A--ATGCCATTTC---ATCTC--C---TAATG-CAAATT-GCG-AT-TTTA-T-A-GA--CAA--GCGAAA-CGTT---G---CAT----TTGTG-GTGTCGCCTGC-A--C-GGCC-GA--GC-G-AT-T-----TACCCC-GCCATGTTGTA--CGT-ATG--TT-GTCATACGACAATCCTAC-C-TT--CAA-TA-C--A--TAAG-AAGT--AACGTAAG--GGAG-ATAAT--TTAAAAC-A-GGAATTT-CACGAT-CAT-TAA-TCG-A-AC-T--CTGCC-TG-TATT-C-ATCTTTCG--C--TC-CAAAT----A-GTTTGTAAAACATGTTTCTC-CTCTT-GAAACA-TTG------ATCT--TTTAGATTTTAAACTTCGG--TTTATTGTGT--A--TTTTCA------AGATA-A-TTTTTTGTACATC--ATTC-AAC-TGA-AA--T--TGGAAC-GT-TTTCATAG---------------------GAA-TATA----------ATA-GGAAATGGCAAATATA---TA--AAAATTTGA--A--TTTTTG--TAAATAAC---TATTTT-G-GTGGAC-A--TT-GAA---TG-AATTTTT--ATG--ATCAAAAGAC-AA-C-CTAATGGATTACTT---------------C---TTTTAATTCAC---TTTTAGAGG-AAA-CATT-----CAGAT-ACGGATATG-CCA---C---TTT-TT--CGAT--TTT-GCA----TTGATT-C-TTAACAGAGACT
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lowQualScore : 5 5 0 0 0 0 5 555 0 5 5 5 55 5 000 555 5 000 0 55 0 0 0 0 2 88 2 88888888888888 5 0 3333333333333333333333333333333333333 9 888 444444444444444 999999999 99 8888888 2222222222222222 2 999 1 1111 6 555 3 3 7 9999999999 44 444 222222 44 5 5 888 4 4 4 999999 99 9 1 9 99 7 44 44 5 4 44 22222 2222222 44 0 7 7 7 00000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 5 5 444 5 44 333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5 444 444 7 111111111111111111111111111111111 99999 44 0 8888888888888888888888888 5 8888888888888 55 8888888 11111 00000000 5 2 22 222 0 0 5 5 22 0 5 0 88 8888888888888 88 00 88 55 0 5 0 2 0 0 0000 55 2 8888 0 55 2 0 2 0 88 7 888 7 33333 22 22 0000 7 7 3333 333 7 7 3 7 777777 0 777 7 22 7 22 8888888 33 22 7 7 7 7 7 00 7 7 7 00 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 7 777 22 22 7 7 7 7 3 7777777 7 7 555555 3333 7 7 7 7 777 3 3 55 7 2222222 7 55555555555555555555555555 7 3 777 7 22 777 7 7 7 7 3 7 7777777 5 7 0000000 3333 33 2 7 888888888 22 7 7 7 77777 0 7 888 7 88 7 7 7 22 7 7 00000 33 22 222 7 22 88 7 33 3 2 7 7 7 7 222222222 222 7 7 7 888888 7 2222 7 7 5 7 7 7 444444 99 1 9 333333 77777 33333333 7 77 9 7 99 7 7 7 7 77777 666 7 7777777777777777777777777777777777777777 7 000 999 7 99 99 4 4 4444 7 7 4 99 4 777 7 0 111 66 1 7 7 7 7 7777777777777777777 3 777 7 0 7 33333 7 7 9999999 7 99 99 0 000000 666 7
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Reference ( family-3948 ) : CATTTGATCAACAGAATAATAAACAGGGACNACTAAGATAGTAAANCACAGATGGGNTTGGATTAACTAATTCTAATACATGGAAGCAACATCACAGATGGGTGCTGAATGAGCAAACAAGCTCAANAGTACACTCAAATATATATGNGAATANGTAGAAACAGAGCAATAAAAACCTGTCATGNTTTTTNAGAATCATCACTTTTTACGCGGTGTG--GTGTGT--GTG------GC-GGTATCTTCGTGAAAAAAAG----GA---G-----------------AAAAC--T--GGGGGCGAG---TTGA--A-CATC--TCG-TATAAAAA---------TGGGG--GGG-------GGCG-GTG----------TGGT-A---GC-AT----TATAAA-AGAAGGCGG-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-CA---A------TAT--A-A-A--CATTGG-GG-GCGA-G--T-GGT--CA-CCGC-GC-T-AAAA--AGGT--GG-GGGCGAGTT-GG-----T-AG----CATT--A-T-AT-A-GAA------G-T-GGG-GCGA-GT--GT--TA-----ATAAA--AATG--TG-G-G-G-CGA-G-T-T--GG-----T-AA-AA-----------------T-AT--------A-GGT--G-G-G---CGA--GTTG-G-----T--GA--AC------------A---G--TGGGG-----GCGA-GT-TGG-----T---TCAAGTATT-G-----GGGG-CGA-------------AGTGGTCTG-------GCAT-----TCTAC-------CACTGAACACTAAGGGATCTT-GAGTAGCT-ACAGTGTCACTGGGAAG-TAAC-TTCA-TAA--TGCT-GGTT--G-GNA-GCT--CAATGTA-NAAAA--ATATTAG-CGA-TCTAATTAA-GTT-ATAAAATTA-A--CTTTA-GCATAAATA--T-GT-ACC-AACTTACCAGAT-CCGATTGGCAAAATATAT-TCCTCAT-GAGC---G-CAT--A--AACTGTCCTC--AT-GG-CCT-CAGG-CT--A-TCA---ATGAACT-TTAC-AAACG-T-GTCTAGACACTGGGACT----GTGGAA---CAG-AC--G-C--AT-A-----TCGTTT--CCTCTC--CAAA-GTTT-AATCCAAG-AT-AA-TTGCGA-AT-GGTAT-GGACA-GAC-GGT-AAAAAAAAA--AA-----GAACC---------GGCA-TGAAA------C----------T---GCCAA-CT--G---------A-T-CACAAAC-TCTGTCAAC--G--TGTTTT--CA-T-CGTT-TGAAA-CGTT-------TTA-GAG-AAC-----CGTAATTGTACCCG-A-C-AC-AATCTTA---TT-ACAGTCTTTTAAACAT-GC----AA-CA-AATT-----A-----------------A--ATACCATTTC---ATCTG--C---TAATG-CAAATT-GCG-AT-TTTA-TA-GA--CAA--GCGAAA-CGTT---G---CAT----TTGTG-GTGTCGCCTGC-A--C-G-CC-GA--G-CG-AT-T-----TACCCC-GCCATGTTGTA--CGT-ATG--TT-GTCATACGACAATCCTAC-C-TT--CAA-TA-C--A--TAAG-AAGT--AACGTAAG--GGAG-ATAAT--TTAAAAC-A-GGAATTT-CACGAT-CAT-TAA-TCGTA-AC-T--CTG-C-TG-TATT-C-ATCTTTCG--C--TC-CAAAT----A-GTTTGTAAAACATGTTTCTC-CTCTT-GAAACA-TTG------ATCT--TTTAGATTTTAAACTC--G--TTTATTGTGT-AA--TTTTC-------NGATA-A-TTTTTTGTA-ATC--A-TC-AAC-TGA-AA--T--TGGANC-GT-TTTCATAG---------------------GAA-TATA----------ATA-GGAAATGGCAAATATA---TA-CAAAAATTGA-TA--TTTTTG--TAAATAAC---TATTTT-G-GTGGAC-A--TT-GAA---TG-AATTTTT--ATG--ATCAAAAGAC-AA-C-CTAAT-GATTACTT---------------C---TTTTAA-TCAC---TTTTAGAGG-AAATCA-T-----CAGAT-ACGGATATG-CCA---C---TTT-TT--CGAT--TTT-GCA----TTGATT-C-TT-ACAGAGACT
gi|1 : CATTTGATCAACAGAATAATAAACAGGG-CAACTAA-ATAGTAAAACACAGATAGGCTTGGATTAACTAATTCTAATACATG-AAGCAACATCACAGATGGGTGCTGAATGAGCAAACAAGCTCAAAAGTACACTT---TATA-ATGAGAATAAATAGAAACAAAGCAATAAAAA--TGTCATAATTTTTGAGAATCATCATTTTGTACGCGA-GTG--GTGTGT--GTGATGTGTGT-GGGGTCT-CATGAAAAAAAG----GA---GGGGCAGTTGGTAATAAAAAAACGTT--GGGGGCGAG---TGGA--A-CAT---TCG-TATAAAA----------TGGGG--AGGTGGGTGTGGTG-GTGAGTGAGGGATTAGT-A---GC-AT----TATAAC--GAAG-CGG-GA-CGAGT-TG----------A-AATA-CA---A------TAT--A-A-A--CATTGG-GG--CGA-G--TTGGG--CA-CCACCGT-T-AAAA--AGGT--GG-GGGCATTTT-TG-----T-AG----CATT--A-T-ATTA-GAA------G-T-GGG-G---------------------------------------G-CGA-G-T-T--GG-----T-AGCAA-----------------TCATGAAGA---A-AGTAGG-G-G---CTA--GTTG-GGATTAT--AA--ACTACATTAACAAAA---T--TTGGT-----GCAA-GT-TGG-----TAAATTAAGT----------GGGG-CGA-------------GTTGGT
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gi|10 : catttgatcaacagaataataaacagggcaactaaatagtaaaacacagataggcttggattaactaattctaatacatgaagcaacatcacagatgggtgctgaatgagcaaacaagctcaaaagtacactttataatgagaataaatagaaacaaagcaataaaaatgtcataatttttgagaatcatcattttgtacgcgagtggtgtgtgtgatgtgtgtggggtctcatgaaaaaaaggaggggcagttggtaataaaaaaacgttgggggcgagtggaacattcgtataaaatggggaggtgggtgtggtggtgagtgagggattagtagcattataacgaagc--GGGAGCGAG---TTGATAG-CTTCAATTGATATCCTCA---------TGGGG--GTG-------AGT---------------TGGT-A---TC-CT----TGCAAA-A-AAGATGG-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-AA---A------TAA--A-A-A--CACTGG-GG-GTGA-GT-T-GGT--TA-CTGC-A--T-AAAAAGAGAT--GG-GAACGAGTT-GA-----T-------CTTT--C-C-G--A-GAA----------------------------A-----AAAAA--AAAGCTTG-G-G-G-CGA-G-T-T--GG-----T--A-AA-----------------T-AT--------A-GGTGGG-G-G---CGT--GTTG-G-----TTCCA--AT------------A---T--TGGGG-----GCAA-GT-TGG----------CAA------A-----GGGA-CGA-------------AGT-GTCTG-------GCAT-----
gi|11 : taagcaattagaagga----TATAAA--GAAAGCTG-GGGGGGGG-GG----------GTAATA-CA---A------TAT--A-A-CCTCATTGG-AG-GCAATT--T-GGT--CA--CGT-GC-T---AA--AGGT--GG-AG--GATTT-TG-----TAAG----CATT--A-TCAT-AGGAA------G-T-GGG-GCAA-GT--GTGGTAGCATCATGAA--AAAG--TG-G-G-G-CGA-----T--GGTAATAT-AA-AA-----------------T-ACTAAAACAAA-AAT--G-ATG---CGA--GTTG-G-----T--AAATAT------------A---GGTTGGGG-----CCGA-G--TGG----------CAATTATTGG-----GGGG-CGT-------------GGTGAGTTG-------G
gi|12 : aacaA-TT-------ATCT--GATAGACTTGAAACT-----------TGTGT-A----TTTC-------CGATA-A-TTTTTT-TA-ATC--A-TC-AAC-TGA-AA--T--TGGACG-GT-TTTCATAG---------------------GAA-TATA-----------TA-GGAAATGGCAA-TATA---TA-CAAAAATTGA-TA--TTTTTG--TAAATAA----TAATTT-G-GTGGAC-A--TT-GAA---TG-AATTTT---ATG--ATCAAAAGAC-AA-C-CTAAT-G-TTACTT---------------------TTAA-TCAC---TTTTAGAGG-AAATCA-T-----CAGAT-ACGGATATG-CCA---C---TTT-TTTCCGAT--TTT-GCA-----TGATatatggggcgagtgtctggcattcgtg
gi|13 : t-GG-GTGA-T--T-G-T--CA-C-AT-GC-T-AAAA---GTT--GG-GGGCAAGT---G-----T-AG-----ATT--A-T-AT-A-GAA--------T-GGG--CGA-GT---T--TG-----GTAAA--TATA--GGTG-G-G-CGACG-T-T--GG-----G-AA-CAGTTGGGGGGCAGTTCGGT-AT--------ACAGT--G-G-GGAGTGA--GTTG-G-----TAAGA--AC------------A---G--TGGGA-----GCGAAGT-TGC-----G---TAAATTTTT-G-----GGGG-CGATTGCAATGGACAAAGTGGTCTG-------GCAT-----TC
gi|14 : TTG-G-----T--GA--CC------------A---G--TGGGG-----G-GA-TT-TGG-----T---TCAAGTATT-G-----GGGG-CGA-------------
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gi|15 : ttggtgaccaTTTTTACGTGGTGTGTTGTGTGTCTGTG------GC-GGTATCTTCGTAAAAAAAAG----GA-------------------------------GGGGGTGAG---TTGA--A-CATC--TCGATATAAGAA---------TGGGG--GGG-------GGGA-GGGGGGGAGT---TGGC-A---GC-AT----TAT-AA-AGAAGGC---GGGCAAGT-TG----------GTAATAGCA---A------TATAAA-A-A--CATTGG-GG-aatgatatcctttgtgtgtacgtatattctatgtatatactgaataaagatttattttatgttgttgagcat
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gi|10 : catttgatcaacagaataataaacagggcaactaaatagtaaaacacagataggcttggattaactaattctaatacatgaagcaacatcacagatgggtgctgaatgagcaaacaagctcaaaagtacactttataatgagaataaatagaaacaaagcaataaaaatgtcataatttttgagaatcatcattttgtacgcgagtggtgtgtgtgatgtgtgtggggtctcatgaaaaaaaggaggggcagttggtaataaaaaaacgttgggggcgagtggaacattcgtataaaatggggaggtgggtgtggtggtgagtgagggattagtagcattataacgaagc--GGGAGCGAG---TTGATAG-CTTCAATTGATATCCTCA---------TGGGG--GTG-------AGT---------------TGGT-A---TC-CT----TGCAAA-A-AAGATGG-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-AA---A------TAA--A-A-A--CACTGG-GG-GTGA-GT-T-GGT--TA-CTGC-A--T-AAAAAGAGAT--GG-GAACGAGTT-GA-----T-------CTTT--C-C-G--A-GAA----------------------------A-----AAAAA--AAAGCTTG-G-G-G-CGA-G-T-T--GG-----T--A-AA-----------------T-AT--------A-GGTGGG-G-G---CGT--GTTG-G-----TTCCA--AT------------A---T--TGGGG-----GCAA-GT-TGG----------CAA------A-----GGGA-CGA-------------AGT-GTCTG-------GCAT-----
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gi|6 : tcatgagcgcataaactgcgctcatggcctcaggctaatccatgaactgttacaacgttgtctagacactgggactatggaagcacagacaggcatcatcgtttcctctctccaaagtttaatccagataaattgcgatggtatcggacaagacagttaaaaaaaaaaacccctgaactgggctgaaataatagccgattgccaactgactcacaaacatctgtcaacgggcgttttatcaatcgtttgaaaacgttgaaaacgtttgagaaccgtaattgacccgacacatacttattacagtctttaaacatgcaacacaattaaataccatttccaaatccgctaatggcaaattgcgcattttaatagaaagcgaaacgttgcatttgtgtggtcgcctgcgactgcccgagcgattgactttacccccgcactgttgtatttatggttgtcatacgaaatcctacccttccaatacaataagagtcacgtaagggaaatattttaaaaccacgaaatttgcacgatcattaatcgtaacctctggctgtattcataattccaaatagtttgtaaaacatgttctctctcttgaaacattgaaaaaaatcctttagatttaaacctgtttattgtgtaattttctatttttcgataattttcgtaatcatcaactgaaattggaagtattccataggaagtatatacggaaatgcaaatatataccaaaaattgatatttttttgtacataactattttggtggacaattgaagtgaaattttttaatgcaatcaaacgacaacctaatggatataaggtggttacaggctgtctaccgtggcggttattaaaggtctccaaaggcaatttgcctcggAAAATATAG-TTCTCATCGAGT---GGCAT--AGAAACTGTGCTTTTATTGG-CCTGCAGG-CCTGA-TCATACATGAACT-TTACTAAACGGT-G-CTAGACACTGGGACTACATGTGGAA---CAG-AC--GGC--TT-AATTAGTCGTTT--CCTCTC--CAAA-GTTTTAATCCAAGGATGAA-TTGCGA--T-GGTAT-GGACA-TACAGGT-AAAAAAAAACAAA-----GACCCATTGAAAATGGTACTGAAA------C----------TATAGCCGA-CT--GCCAAACGTGA-T-CACAAAC-TCTGTCAAGTAG--TGTTTT--CA-T-CGTTATTAAA-CGTT-------TTACGAG-AACAAGACCGTAATTGCACCCG-A-C-ACCAATCTTA---TTTAC--TCATTTAAGCATTGCTGATAC-CG-AATTTTACGA-----------------ATGATCCCATT-C---ATCTGGCC---TA-TG-CTA-TT-GCG-AT-G--A-TA-GATCCTATTGCTAAT-C-TTATAG---CATGTGGTCGCGCGTGTCGC--AC-A--C-G-T--GATGG-CGGATGT-----TACCC--GCCATGTTGTAATTGTTATG--TT-GTCATACGACAATCCTAC-CGTC--CAAGTA-CGTA--TAAGGAAGT--AACGGAAATTGGAGCATAATGATTAAAAC-A-GGAATTTTCACGAT-CAT-TAT-CCGTAGACAT--CTG-CGTGATATTTC-ATCGTTTG--C--TCGCTGTTCCTGA-GTTTGTAAACAATGTTCTCC-CTCTTTGAAACA-TTG------ATCT--TTTAGATTTTTAACTC--T--GTTATTGGGT-AAATTTTCC-------GGATA-A--TTTTTGTA-ATCCAG-TC-AACTTGA-AAATT--TGGA-C-G--TTTCATAGAGGACTTGAGTTGCAGACGATGAA-TGTAGGGGAATATTATA-GGAAATGGCAAATATGTATTA-CAAAAATTAA-TT--TCTTTGGTTAAATAACT--TATATT-G-GTGGACAA--TTGGAA---TG-AA-TTTT--ATGT-AT-AGAAGAC-AG-CATTAAT-GATTACTT-------------------TTTTAA-agtac
gi|7 : --GGG-------GGCGAGT-----------TGTT-ACATGC-ATCTCGTA-AAA-ATAAGGAGGTGAGGGAGT-TG----------GTAAAA-AA---AAAAAACTAC--T-A-A--CGT--G-GG-GCGA-GCTT-CGT--CA-C-GC-GT-TTAAAA--ATGT--GGCGGGCGAGTT-GG-----T-AA----TAAA--A-T-AT-A-TAC------GTT-AGG-GCGACGTTGGT--CACC---GCGAA--AAGG--TA-G-G-G-CGA-A-T-T--TG-----C-GT-TA-----------------T-AT--------A-GGTG-G-G-G---CGA--TTTGAG-----T--GA--AC------------A---G--T--GG-----GCGA-TTCTGG-----T---TCAAGTATT-G-----GGGG-CGA-------------gc
gi|7 : tatcgttacttattggtatttattgttgcttatttcttattttactatattgttgcttattgtcttttGCATCT-CGTAAAAATAAG----GA---G-----------------G------T--GAGGG--AG---TTG-------------G-TAAAAAAAAAAAACTACTAACG--TGG-------GGCGAGCT----------TCGTCAC--GC-GT----T-TAAA-A--ATGTGGCGGGCGAGT-TG----------GTAATA-AA---A------TAT--A-T-A--CGTT-A-GG-GCGACGT-T-GGT--CA-CCGC-G-----AAA--AGGT---A-GGGCGAATT--------T--G----CGTT--A-T-AT-A-G--------G-T-GGG-GCGA--T--TT--GA-----GTGAA--CA-G--T--G-G-G-CGA-T-TCT--GGT----T-CA-AG-----------------T-AT--------T-GG---G-G-G---CGA---TTG-G-----A--AA--AC------------A---T--CGGGGCATTTGCTG-GTGCGA-----T---TTAGGCAAT-G-----GGGGATGA-------------A-T-GTCTG-------Gttggaaaacatcggggcatttgctggtgcgatttaggcaatgggggatgaatgtctgg
gi|8 : tatcgttacttattggtatttattgttgcttatttcttattttactatattgttgcttattgtcttttgggggcgagttgttacatGCATCT-CGTAAAAAATAA----GG---G-----------------AG--------GGGGGTTGG---TTG-------------G-TAAAAAAACC-------TACGTT-GGG-------GGCG-ACT----------TGGTCACC-GC-GT--------AA-AGA-TGTGG-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-CA---A------TAT--ATATA--CGTTAG-GG-GCGA-GT-T-GGT--CA-CCGC-G--T-AAAA--AGGT--GG-GGGCGATTT-GG-----T-GA----------A-T-AT-A-G--------G-TGGGG-GCGA--T---T--TG-----GTGAC--CA-G--TG-G-G-G-CGA-T-T-T--GGT----T-CA-AG-----------------T-AT--------T-GG---G-G-G---CGA--TTTGTG-----T--G---------------------G--T---------GCGA-TT-TGG----------CAA-T-----------GGG-CGA-------------TGT-GTCTG-------GCAT-----T
gi|9 : tatcgttacttattggtatttattgttgcttattgttacttattgttgcttattgtcttttggggcgagttgttacat----------TGGT-A---GC-AT----TATAAA-G--AGGCCG-GGG-GAGT-TG----------GTAACA--A---A------GAT--A-A-A---ATTGG-GC-GAGA-T--G-GGT--CA-CCA--GC-TCGAAA--AGGT--TG-CGGCGAGTT-TG-----T-AG----CATT--ATT-AA-A-GAAACTATCA-T-AAA-A-GA-AC--TT--TA-----AGAAG--GTTG--GG-G-G-G-CTA-GTT-T--GG-----T-AA-TA-----------------T-TT--------A-
gi|9 : ggagt-T-AAGA--AGGTTGGG-GGGCTAGTTTGG-----T-AA----TATTTAA-A-AT-A-CAA------A-T-TAA----A-AT---T--AA-----ATAAT--ATTT--TG-GTA-G-C-A-G-T-T--GG-----T-AA-A------------------T-AT--------A-GGT--G-G-G----GC--GTTG-T-----T-------C------------A---T--ATGGG-----GCGA-GT-TGG----------CAA----T-G-----GGG--CGA-------------AGTGTCTTG-------GCAT-----TCTaaatacaaattaaaattaaataatattttggtagcagttggtaaatataggtggggcgttgttcatatggggcgagttggcaatggggcgaagtgtcttggcattct
blockSeqs : . A C G T G . . G . . . . . C AAA T C T CC . T T . T TT T CTGTGGC T G AGGGGAAACGAAAACTTT GGT ATAGCTTCAATTGA AAAAACTAC GA . GAGGGGGGGAGT C CAT A CTCG T TAG G T A GGGACTACAC GC TGT AAAAAC AA T T CTC C T GCTT AG A . TA T AG TG C TG GATTA AAACTA TA T C . G GTGGGGCAAGTGTGGTAGCATCATGAAAAAG T T T G CG C TG GAACAGTTGGGGGGCAGTTCGGTATACAGT A T GAG ATG A TAAATATAGGT CATTT AG C CGTGGTGCGAGTTGACAAT A TTGCAATGGACAA GA CAATTAT ACATG C C A GG TTA A G C G T T C A AA TGGTTTTGGTAA . C TA AT G G . T A . ATA G A TA T CG T T T T C AGC G TAA TC TT GGA G G TGA TAC G T G T TACATG G GCA A AG G . AATTAG TC TC . T G G A GA G C A AG T CAAAGACCCATTGAAAATGGTACTGAAACTATAGCCGACTGCCAAACGTG C A A GTA GG AT A A A A T GAAAACG C A CAAGAC TTGT . C A C . C T TA T TGATAC C TTACGAATG G T CAA T GC . G C C . T . TCCTATT G G ATAG GTGG GC T G CTGCCC TG C G G GACTT C C ATT T GT . . G TC G . GTA GA . ATT C GA TA C CG G A . . A . TAGACAT CC A T . GCTT G CCTG . A T T T T AAAAAA . C A TCGG AAAT TATTTTTC . CT G C CA T A T . ATT CG A AGGACTTGAGTTGCAGACGATGAATGTAGGGGAATATTA C TAT CCA T TT GT A T CGGA G A A . G G A T TTA CA A . A G TAACAAAAAAGATTAC T . A T T TCCCC . T ATTT G TC . G TGATTT C A
blockSeqs : T . T GTTGTG T G GAGGT . AACATCTCGA CC T . GAGGGGGAGT C TA . . A AG G C . . T . . . . . A . . CGTT . . . CG C . . . G . AAG . T . . . GTTAGGGCGACGTTGGTCACCGCGAAAAGG . . . . GT . . TAATATAAAATACTAAAACAAAAAT . . G G T TGAATATAGG . G G GTAAATTTTTG . . GG . . T C A G TT . . C G T . C . C GGTGGTA . C . AT . G . T . . TA G A T A C T . T T . . . AGA TC . TGG . . AA G . . G . TG A . . . . . CA . . . . . . . A . . . A . AACCCCTGAACTGGGCTGAAATAATAGCCGATTGCCAACTG . . . C . . . . . . T . . . C TTGC . . . . . T T TA . CAT . AA A T . C . . . . . . A . TCAT G . G . G T . CGGCC . . . . . C . C . G . . . . . . AA A . G . . TA . G T A . . G . TAACCT GC . . . GC . . . T T . . . . . T A CAG AG AA . T G . . . . . . T AC . GAATATAA . . CA . . . A T CT . . A . G . . T T T . . . . C . . . T . . . . CTT . . . . TT C .
blockSeqs : T . . . T G GGGAG . AAGCATCTCG . . . CGAGCT . CC . . A AG T . . . A . . . . . C . . GTT . . . C . . . . G . AAG . . . . . ACTATCATAAAAGAACTTTAAGAAGGTTG . . . . G . . TTACACTATTAAAGAGGT . . A G . TTCCAATAT . G . TTCAAGTATTG . . GG . . . C . . T . . . . . . C . . GTGGAAT . G . T . . . . . . A . A T . T T . A T . . . A TC . AG . . A . . . . . TA G . . . . . A . . . . . . . A . . . A . AAAAACGCCATGAAACTGCCAAACTG . . . C . . . . . . T . . . C TGT . . . . . . T TA . AA . AA A T . T . . . . . . . . CAA G . G . G T . CGCC . . . . . C . C . . . . . . . . A A . G . . TA . G . C . . A . AACT CG . . . GC . . . A T . . . . . T A CTG AA C . T T . . . . . . T CG . GAAGTATA . . CA . . . A T C . . . . . . . T T . . . . . T . . . T . . . . CA . . . . CT C .
blockSeqs : . G GA . AACATCTCG . . . CGATT . C . . A AG G . . . C . . . . . C . . GTT . . . C . . . . T . AG . . . . . GTGGGGCGATTTGGTGAATATAGGTG . . . . G . . TAAATATAGGTGG . . . G . TAAGAACAG . G . TTCAAGTATTG . . GT . . T . . . . C CG . AG . . A . . . . . G G . . . . . A . . . . . . . . . . . A . AAGAACCCACACGAAGCTTGGG . . . C . . . . . . . . . . . TTG . . . . . . . A . AA . AA C . . T . . . . . . . . CA G . G . . G . TGC . . . . . . . T . . . . . . . . A G . G . . TA . . . A . . A . AACT C . . . . . . . A . . . . . . T A TG A A . . G . . . . . . T AC . GAATATA . . CA . . . A T C . . . . . . . T C . . . . . . . . . T . . . . C . . . . T C .
blockSeqs : . . G . AAAATCTCA . . . TGGTG . . . . A AG G . . . C . . . . . C . . TTT . . . T . . . . T . TA . . . . . TTTGGTGCAAGTTGGTAAATTAAG . . . . T . . CGTTATATAGGTG . . . G . AAAACATAT . T . TTCAAATATTG . . GT . . . . . A TG . GG . . G . . . . . T . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . CACCCATGAAACTGCCAACTG . . . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . AA . AA . . . . . . . . . . . . AA T . G . . T . CGT . . . . . . . T . . . . . . . . A A . . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . T T CT A C . . G . . . . . . T A . GAATCTA . . A . . . A T C . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . . C . . . . T C .
blockSeqs : . AAATACAA . . . CGAGT . . . . A AG G . . . C . . . . . C . . GAT . . . C . . . . G . AG . . . . . GTGGGGCGAGTGTTAATAAAAATT . . . . G . . TTCAAATATTGG . . . T . TGACCAG . T . TTCAAGTATTG . . G . . . . . . . . A G . . . . . . . . . . C . GGAATAA . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . T . .
blockSeqs : . G . . . CGAGT . . . . A AT G . . . C . . . . . T . . GTT . . . C . . . . G . AG . . . . . GTGGGGCGAGTTGTTAATAAAAAT . . . . T . . TTCAAGTATTGG . . . T . AAAACAT . T . TTTAGGCAATG . . G . . . . T
blockSeqs : . G . . . CGACT . . . . A AG G . . . C . . . . . A . . GCT . . . T . . . . G . AG . . . . . GTGGGGCGATTTGAGTGAACAG . . . . A . . TTCAAGTATTGG . . . T . TGAACAG . G . CAATTATTGG . . G . .
blockSeqs : . . GAGT . . . . . A G . . . C . . . . . C . . GTT . . . C . . . . G . AA . . . . . GTGGGGGCGATTTGGTGACCAG . . . . G . . TAAAATTTAGGT . . . G . TGAACAG . G . TTCAAAATTG . . G .
blockSeqs : . . TTG . . . . . A G . . . C . . . . . T . . GTT . . . . . . . . G . GA . . . . . TGGGCGAGTTTGGTAAATATA . . . . G . . TTCAAGTATTGG . . . G . TGAACAG . G . CAATG . . G .
blockSeqs : . . T . . . . . G C . . . A . . . . . C . . TT . . . . . . . . G . AG . . . . . TATAAAATGCTAAAAATATT . . . . A . . TTCAAGTATTGG . . . G . TGAACAG . T . CAATG . . G
blockSeqs : . . . . . G . . . . A . . . . . C . . CT . . . . . . . . G . AA . . . . . ATTAAAATTAAATAATATTT . . . . T . . CAAATATAGGT . . . T . AAAACAT . G . CAATG . .
blockSeqs : . . A . . . . C . . . . . C . . GT . . . . . . . . T . G . . . . . AAAAAAAAAGCT . . . . T . . TAAATATAGGT . . . T . TCAT . T . CAAA . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . G . . TAATTTAGGT . . . G . TGG . G . CAAT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CG . . . CAAT . .
blockSeqs : . . . . CG .
blockSeqCons : GGGG********************************* AACATCTCG****** ******* CGAGT*********** AG* GTGGGGCGAGTTGTAATAAAAAT************************ TTCAAATATNGGT*********************************** TGAACAG************************** TTCAATATTG*************** G* T* *** TC AG** TG**** ** ** A* TTGC *** TA AA************************ *** TCAA*** G****** **** CGCC***** A**** A* ** TA TAACT**** CC* GC**** ** CNG*** A**** T* T**** NN* GAATATA********************************* CA* C*** ** *** C****************** *** C****** ** T***** C**
originalCons : CATTTGATCAACAGAATAATAAACAGGGACNACTAAGATAGTAAANCACAGATGGGNTTGGATTAACTAATTCTAATACATGGAAGCAACATCACAGATGGGTGCTGAATGAGCAAACAAGCTCAANAGTACACTCAAATATATATGNGAATANGTAGAAACAGAGCAATAAAAACCTGTCATGNTTTTTNAGAATCATCACTTTTTACGCGGTGTG--GTGTGT--GTG------GC-GGTATCTTCGTGAAAAAAAG----GA---G-----------------AAAAC--T--GGGGGCGAG---TTGA--A-CATC--TCG-TATAAAAA---------TGGGG--GGG-------GGCG-GTG----------TGGT-A---GC-AT----TATAAA-AGAAGGCGG-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-CA---A------TAT--A-A-A--CATTGG-GG-GCGA-G--T-GGT--CA-CCGC-GC-T-AAAA--AGGT--GG-GGGCGAGTT-GG-----T-AG----CATT--A-T-AT-A-GAA------G-T-GGG-GCGA-GT--GT--TA-----ATAAA--AATG--TG-G-G-G-CGA-G-T-T--GG-----T-AA-AA-----------------T-AT--------A-GGT--G-G-G---CGA--GTTG-G-----T--GA--AC------------A---G--TGGGG-----GCGA-GT-TGG-----T---TCAAGTATT-G-----GGGG-CGA-------------AGTGGTCTG-------GCAT-----TCTAC-------CACTGAACACTAAGGGATCTT-GAGTAGCT-ACAGTGTCACTGGGAAG-TAAC-TTCA-TAA--TGCT-GGTT--G-GNA-GCT--CAATGTA-NAAAA--ATATTAG-CGA-TCTAATTAA-GTT-ATAAAATTA-A--CTTTA-GCATAAATA--T-GT-ACC-AACTTACCAGAT-CCGATTGGCAAAATATAT-TCCTCAT-GAGC---G-CAT--A--AACTGTCCTC--AT-GG-CCT-CAGG-CT--A-TCA---ATGAACT-TTAC-AAACG-T-GTCTAGACACTGGGACT----GTGGAA---CAG-AC--G-C--AT-A-----TCGTTT--CCTCTC--CAAA-GTTT-AATCCAAG-AT-AA-TTGCGA-AT-GGTAT-GGACA-GAC-GGT-AAAAAAAAA--AA-----GAACC---------GGCA-TGAAA------C----------T---GCCAA-CT--G---------A-T-CACAAAC-TCTGTCAAC--G--TGTTTT--CA-T-CGTT-TGAAA-CGTT-------TTA-GAG-AAC-----CGTAATTGTACCCG-A-C-AC-AATCTTA---TT-ACAGTCTTTTAAACAT-GC----AA-CA-AATT-----A-----------------A--ATACCATTTC---ATCTG--C---TAATG-CAAATT-GCG-AT-TTTA-TA-GA--CAA--GCGAAA-CGTT---G---CAT----TTGTG-GTGTCGCCTGC-A--C-G-CC-GA--G-CG-AT-T-----TACCCC-GCCATGTTGTA--CGT-ATG--TT-GTCATACGACAATCCTAC-C-TT--CAA-TA-C--A--TAAG-AAGT--AACGTAAG--GGAG-ATAAT--TTAAAAC-A-GGAATTT-CACGAT-CAT-TAA-TCGTA-AC-T--CTG-C-TG-TATT-C-ATCTTTCG--C--TC-CAAAT----A-GTTTGTAAAACATGTTTCTC-CTCTT-GAAACA-TTG------ATCT--TTTAGATTTTAAACTC--G--TTTATTGTGT-AA--TTTTC-------NGATA-A-TTTTTTGTA-ATC--A-TC-AAC-TGA-AA--T--TGGANC-GT-TTTCATAG---------------------GAA-TATA----------ATA-GGAAATGGCAAATATA---TA-CAAAAATTGA-TA--TTTTTG--TAAATAAC---TATTTT-G-GTGGAC-A--TT-GAA---TG-AATTTTT--ATG--ATCAAAAGAC-AA-C-CTAAT-GATTACTT---------------C---TTTTAA-TCAC---TTTTAGAGG-AAATCA-T-----CAGAT-ACGGATATG-CCA---C---TTT-TT--CGAT--TTT-GCA----TTGATT-C-TT-ACAGAGACT
finalCons : CATTTGATCAACAGAATAATAAACAGGGACNACTAAGATAGTAAANCACAGATGGGNTTGGATTAACTAATTCTAATACATGGAAGCAACATCACAGATGGGTGCTGAATGAGCAAACAAGCTCAANAGTACACTCAAATATATATGNGAATANGTAGAAACAGAGCAATAAAAACCTGTCATGNTTTTTNAGAATCATCACTTTTTACGCGGTGTG--GTGTGT--GTG------GC-GGTATCTTCGTGAAAAAAAGGGGG---------------------------------GGGGGCGAG---TTGAACATCTCG------TATAAAAA---------TGGGG--GGG-------GGCGAGT-----------TGGT-A---GC-AT----TATAAAAG-AAGGCGG-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-CA---A------TAT--A-A-A--CATTGG-GG-GCGA-G--T-GGT--CA-CCGC-GC-T-AAAA--AGGT--GG-GGGCGAGTT-GG-----T-AG----CATT--A-T-AT-A-GAAGTGGGGCGAGTTGTAATAAAAAT------------------------TG-G-G-G-CGA-G-T-T--GGTTCAAATATNGGT-----------------------------------G-G-G---CGA--GTTG-GTGAACAG--------------------------TGGGG-----GCGA-GT-TGGTTCAATATTG---------------GGGG-CGA-------------AGTG-TCTG-------GCAT-----TCTAC-------CACTGAACACTAAGGGATCTT-GAGTAGCT-ACAGTGTCACTGGGAAG-TAAC-TTCA-TAA--TGCT-GGTT--G-GNA-GCT--CAATGTA-NAAAA--ATATTAG-CGA-TCTAATTAA-GTT-ATAAAATTA-A--CTTTA-GCATAAATA--T-GT-ACC-AACTTACCAGAT-CCGATTGGCAAAATATATT-CCTCAT-GAGC---G-CAT--A--AACTGTCCTC--ATAG--CCT-CAGG-CT--A-TCA---ATGAACT-TTAC-AAACG-T-GTCTAGACACTGGGACTG----TGGAA---CAG-AC--G-C--AT-A-----TCGTTT--CCTCTC--CAAA-GTTT-AATCCAAG-AT-AA-TTGCGAA-T-GGTAT-GGACA-GAC-GGT-AAAAAAAAA--AA-----GAACC---------GGCA-TGAAA------C----------T---GCCAA-CT--G---------A-T-CACAAAC-TCTGTCAAC--G--TGTTTT--CA-T-CGTT-TGAAA-CGTT-------TTA-GAG-AAC-----CGTAATTGCACCCG-A-C-AC-AATCTTA---TT-ACAGTCTTTTAAACAT-GC----AA-CA-AATTAA------------------------ATACCATTTC---ATCTG--C---TAATG-CAAATT-GCG-AT-TTTA-TA-GATCAA---GCGAAA-CGTTG------CAT----TTGTG-GTGTCGCCTGC-ACGCC-----GA--G-CG-AT-T-----TACCCC-GCCATGTTGTA--CGT-ATG--TT-GTCATACGACAATCCTAC-C-TT--CAA-TA-CA----TAAGA-AGT--AACGTAAG--GGAG-ATAAT--TTAAAAC-A-GGAATTT-CACGAT-CAT-TAA-TCGTAACT----CTGCC-TG-TATT-C-ATCTTTCGC----TC-CAAAT----A-GTTTGTAAAACATGTTTCTC-CTCTT-GAAACA-TTG------ATCT--TTTAGATTTTAAACTCNG---TTTATTGTGTA----TTTTC-------NGATA-AT-TTTTTGTA-ATC--A-TC-AAC-TGA-AAT----TGGANN-GT-TTTCATAGGAATATA---------------------------------TA-GGAAATGGCAAATATA---TACA-AAAATTGA-TA--TTTTTG--TAAATAAC---TATTTT-G-GTGGAC-A--TT-GAA---TG-AATTTTT--ATG--ATCAAAAGAC-AA-C-CTAAT-GATTACTTC------------------TTTTAA-TCAC---TTTTAGAGG-AAATCA-T-----CAGAT-ACGGATATG-CCAC------TTT-TT--CGAT--TTT-GCAT-----GATTC--TT-ACAGAGACT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGTGAATAAGGTGGGGGCGACTTTGGTGCTAGTGGGGGCGGATTTGGTGACAAGAGAGGTGGGAGCGATTTGTTCTAAGTTATTCGGGGGAGCCGCCTATTTATGGGAAAACATCGGGGCGATATTGGCGTGGTCGCGCATTTGGCATTGGGGCAATGATGTCC
Unaligned ( gi|23 ): GGGGTTGTCAAAAGTTGGGGGTGAGTTGGCATGGGACGAGTAGGCAATGAGGCAAAGTGTCTTCTGACATTCTTCTGTT
Unaligned ( gi|24 ): CCATTGAAAAAAATTGAATAAATATGATCTTTAGGTAACAAAGATAATCATAGTAACATTTTGACACTGATCTGGA
Unaligned ( gi|26 ): GGTGCGATTTGGCAATGGGGCGATGTGTCTGGCATTCCCTTTAATACCCTATGTGTT
Unaligned ( gi|29 ): AGTTGGTCACATGTAAAAGTTGGGGGCCAATTTGGTA
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Unaligned ( gi|32 ): TGGCAATGGGGCGATGTGTCTGGCATTC
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gi|1 : G--------GTGTG--GTGGTGA--GTGAGGG--AT--TAGTAGCATTAT-AACGAAGC------------------------GGGACGAG---TTGA--A-ATA--CAA-TATAAACA---------TTGGG-------G-------------------CGAG-------T-TGG-----GC-ACCACCGTTAAA-A--AGGTGG-GGGCATTT-TT----------GTAGCA-TT---ATAT--T-A-G--AAGTGG-GG-GCGA-G-TTGGTAGCAATCA-TG----AAGA--AAGTAGGGGCTAGTTGGGATTAT-AAACTACATTA---------------A-CA-AAAT--------------T-T--GGTG-CAAGT-T----G------------------G-----T------A---AATTAA--G---TG--GG--GCGA-GT-T--GG--T----T--------------CAAATA-----T--------TGG---G-G-G-CGA--GTT-G-GC--G--------------TG---------------GG---CGG---GTTGG--------C-AA-T-----------------GGGGCG--------------------AAATG---TC-TG-------GCAT-----TCTACGGTAGGTCA-TGAATACTAAGAGATCTG-AAGTAGCT-ACAATGTCATTTGGAAGCTAAA-TT-G-TAA--TGCT-TGTT--GAGGA-GCTTACAATGTAGGAAAA--ATA-TAG-CGATTCTGATTAA-GTTAATAAAATTA-----TTTAGGCAT-AATACTT-GT-AC---AC-TACCAGAT-CCGATTGACAAAA-ATATATCCTCAT-GAGC---G-GG---------------CATA---A-CCT--A-------A-TCA---ATAAACT-TTGC-AAACG-T-GTCTAAACAGTGGGAC------TGGAA---CAG-AC--G-CATAT-A-----TCCTTTTACCTCTT--CACATG-ACTAGCCCAA-GAT-AA-TTGCG--AT-GATAT-GGAC--GAC-GGT-AAAAAACC--AAT-----GAGCT---------AGC--TGAAATATAGCC----------T---TCCAT-C---------TTCAA-T-C-CACAC-TCGGTCAA--CG--TGTTTT--CA-T-CGTT-TG-AA-CTTT-------TAA-AAG-A-----A-CGTAA--GGACACGCA-C-A-CAATCTTACTCTC-ACAGTCTATT-AACA-TGC----AT-CA-CATT-----AAAATATATCAAAACTACA--ATACCTTTTC---ATCTG--CTCATGATG-CAAATT-CAC-ATATTTA-TAGGACA-G--CC--AC-CGTT---ATGTCATGA--TTGTG-G-GT-ACCTGC-AATCGG-CC-GA--G-C-ATT-T-----TA-CCC-G-CATGTTATG--TG-T-TG--TTGGTCCTACGACAATCCTACAC-TT--CAA-GACC--ATCTAA-G-AGTTAAACGTAAG--CTAG-ATAAT--TC-AAAC-A-GAA---TT-C-CGATCCATATAGCTCGAA-AC-TACCTG-CTG-TA-TTCAATCTTTCGATT--TC-CAAAT----ACGTTGAT-AAACATG-TTCTC-TCC-TTGAAACA-TTG------ATCTAATTTAGA-TTTGAAC-TTGACTTTATTGGG--------TGAA---TTTCC-GAATACA-TTGTTT----ATC--A-TC-AAC-TGACAA--TTCTGGACCGGT-TTTC--------------------------GAT-T--------A--AT---A-TTATTTGTCAAAT------TA-C----------TA---TTTGG--TGGAC-AC---T--------CTGAAG-ATT------G-AATTCTC--ATC--CTTGAATCAC-AATC-CTAA---A-TGTTT---------------CAATTTTTAACTCACACTTTTCAGAGG-ACA-CA-T-----AACATCACGAATATG--CA---CTGATTT-TT--CTATAATTG-ACA-----TGAATTACATT-ACAGAGAgggcgggttggcaatggggcgaaatgtctggcattctacggtaggtcatgaatactaagagatctgaagtagctacaatgtcatttggaagctaaattgtaatgcttgttgaggagcttacaatgtaggaaaaatatagcgattctgattaagttaataaaattatttaggcataatacttgtacactaccagatccgattgacaaaaatatatcctcatgagcgggcataacctaatcaataaactttgcaaacgtgtctaaacagtgggactggaacagacgcatatatccttttacctcttcacatgactagcccaagataattgcgatgatatggacgacggtaaaaaaccaatgagctagctgaaatatagccttccatcttcaatccacactcggtcaacgtgttttcatcgtttgaacttttaaaagaacgtaaggacacgcacacaatcttactctcacagtctattaacatgcatcacattaaaatatatcaaaactacaataccttttcatctgctcatgatgcaaattcacatatttataggacagccaccgttatgtcatgattgtgggtacctgcaatcggccgagcattttacccgcatgttatgtgttgttggtcctacgacaatcctacacttcaagaccatctaagagttaaacgtaagctagataattcaaacagaattccgatccatatagctcgaaactacctgctgtattcaatctttcgatttccaaatacgttgataaacatgttctctccttgaaacattgatctaatttagatttgaacttgactttattgggtgaatttccgaatacattgtttatcatcaactgacaattctggaccggttttcgattaatattatttgtcaaattactatttggtggacactctgaagattgaattctcatccttgaatcacaatcctaaatgtttcaatttttaactcacacttttcagaggacacataacatcacgaatatgcactgatttttctataattgacatgaattacattacagaga
gi|10 : catttgatcaacagaataataaacagggcaactaaatagtaaaacacagataggcttggattaactaattctaatacatgaagcaacatcacagatgggtgctgaatgagcaaacaagctcaaaagtacactttataatgagaataaatagaaacaaagcaataaaaatgtcataatttttgagaatcatcattttgtacgcgagtggtgtgtgtgatgtgtgtggggtctcatgaaaaaaaggaggggcagttggtaataaaaaaacgttgggggcgagtggaacattcgtataaaatggggaggtgGGAG------------------------GGAGCGAG---TTGATAGCTTCAATTGATATCCTCA---------TGGGG-------G-------------------TGAG-------T-TGGT-A--TC-CTTG----CAAA-A-AAGATGG-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-AA---ATAA--A-A-A--CACTGG-GG-GTGA-GTT-GGT--TA-CTG-CA--T-AAAAAGAGATGGGAACGAGTTGA-----T-------CTTTC-C-------------G--A-GAAA---------------------------------------------------A--A-----A------A---AA--AAGCT---TG--GG--GCGA-GT-T--GG--T--------------------AAATA-----T--------AGGTGGG-G-G-CGT--GTT-G-GTTCCA--AT--A---T--TG---------------GGG-GCAA---GTTGG--------C-AA-------------A-----GGGACG--------------------AAGTG---TC-TG-------GCAT-----
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gi|14 : TT-G-GT--GA--CC--A---G--TG---------------GGG-G-GA---TTTGG-----T-TC-AAGT-------ATT-G-----GGGGCG--------------------Atgcgtaaatttttgggggcgattgcaatggacaaagtggtctggcattc
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gi|15 : ttggtgaccagTTTTTACGTG--------GTGTGTTGTG-TGTCTGTGGCGG-TATCTTCGTAAAA--AA-AA--GGAG------------------------GGGGTGAG---TTGA--ACATC--TCGATATAAGAA---------TGGGGGGGGGGAGG-----G----------GGGGAG-------T-TGGC-A--GC-ATTA----T-AA-AGAAGGC---GGGCAAGT-TG----------GTAATAGCA---ATATAAA-A-A--CATTGG-GG-aatgatatcctttgtgtgtacgtatattctatgtatatactgaataaagatttattttatgttgttgagcat
gi|17 : t------------------------GGGGCCCG---TTGA--ACATC--TCG-TAT-AAAA---------TGGGGGA-----GG-----G----------GGCGAT-------T-TAGT-A--GCAATTA----C-AA-AGAAAGC-G-GGGCGAGT-TG----------GTAATA-CA---ATAT--A-A-A--CATTGG-GG-GAGG-C-T-GGT--CA--AA-CGT-T--TAA--AGGTCGTGGCGATTTTG-----TAAG----CATTA-tagaggtaa
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gi|21 : -------GG-----G----------GGCGAG-------T-TGGT-ATAGC-ATTA----TAAA--GAAGGTGG-GGACGAGTACGGGGACTACACGTACTA-CATGTATAT--A-A-A--AGTTTG-GG-GCGA-
gi|22 : tGG-------GG-----G----------AAGGAG-------T-TGGT-A--GC-ATTA----T-AA-AGAGGCCGG-GG--GAGT-TG----------GTAACA--A---AGAT--A-A-A---ATT---GG-GCGA-GAT-GG
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gi|28 : ----------GTAATA-CA---ATAT--A-A-A--CATTGG-GG-GCGA-GCT-AGT--CA-CCA-CGTAT-AAA
gi|3 : AA-AGAAA-TGG-GGGCGATT-TG----------GCAATA-CA---CTA---A-A-A--TATTGG-GG-GCGA-G-TTGGT--CA-CCA-CACGT-AAAA--AGGTGGGG---ATTTGG-----T-AG----CATTA-T-------------A-TA-GAAG--------------T-G--GG-G-CGAGT-T----G-------------TTA--A-----T------A---AA--AA--T---TG--GT--GCAA-GT-TTGGG--T---------------------AATT-----T--------AGGT--G-A-GACGAATGTT-G-GT--GA--AC--A---G--TG---------------GGG-GCGA---GTTGG-----T-TC-AA-A-------ATT-G-----GGGGCG--------------------AAGTG---TC-TG-------GCAT-----TCTAC--------ACTGAACACTAAGG-ATCTT-AAGTAGCT-ACA-TGTCACTGGGAAG--AAC-TTCA-TAAAATGTT-GGT---G-GTA-GCT--CAATGTA-CAAAATAAT-TTAG-C-A-TCTAAT-AA-GTT-ATAAATATATA--CTTTA--CATAAATA--T-GTTACCGAACTTACCAGATTCCAGTTGGCAAAATATAT-TCCTCAT-GAGCAGCG-CAT--A--AAC-GTCTTCATA---G-CCT-CAGGGCT--A-TCAG--ATGAACT-TTAC-AAACG-T-GTCTAGACACTGGGACT-----TGGAA---CAGAAC--G-C--AT-A-----TCGTTT--CCTCTC--CAAA-G-TTTAATCAAA-GAT-AA-TTGGCA-AT-GGTAT-GGA-A-GAC-AGT-AAAAAAAA--A--------CACC-----------CA-TGAAA------C----------T---GCCAA-C---------T--GA-T-CACAAAC-TCTGTCAA--CG--TGTTTT--CA-TACGTT-TGAAA-CG-T-------TTA-GAGAA-----ACGGTAATTGTACCCG-ACC-A-CAATCTTA---TTCACAG-CTTT--AACA-TGC----AA-CA-AATT-----A-----------------A--AT-TCA-TTC---ACTTC--C---TAATG-CAAATT-GCG-A--TTTA-TAGAC---A--GCGAAA-CGTT---G---CAT----TTGT--GTGTCGCCTGC-A--C-G-CC-GA--G-C-GAT-T-----TA-CCC-GCCATGTTGTA--CG-TATG--TT-GTCATACGACAATCCTAC-C-TT--CAA-TA-C--A--TA---AAGT--AACGTAAG--GGAG-ATAAT--T--AAAC-A--GAA-TTT-CACGAT-CAT-T-A-TCG-A-AC-T--CTG-CTG-TA-TTC-ATCTTTCG--CTTTC-CAAAT----A-GTTTGTTAAACATG-TTCTC-CCT-CTGAAACA-TTG------ATCT--TTTTGATTTTAAAC-TCAG-TTTATTGTG--------T--A---TTTTC-AGATA-A--TTTTTGTA-AT---A-TCAAAC-TGA-AA-----TGGA-CGGT-TTTCATA-G---------------------GAA-T--------CT-A----A-GGAAATGGCAAATATA---TA-CAAAAATTGA-TA--TTTTGA--T-AATAAC---TATTTT-GAGTGGAC-ATT-GAA-TG-AA--TTT--ATG--ATCAAAAGAC-AA-C-CTAAT-GATTACTT---------------T---TTATAA-TCAC---TTTTAGA-G-AAAT-A-T-----CAGAT-A-GGATATG-CCA---C---TTT-TT--CGAT--TTTGGCATGATTTG-ATT-C-TT-ACAGAGACT
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gi|5 : TCAT-GAGC---G-CAT--A--AACTGCGCTCATG---G-CCT-CAGG-CT--AATCC---ATGAACTGTTAC-AA-CG-TTGTCTAGACACTGGGACT----ATGGAAGCACAG-ACAGG-C--ATCA-----TCGTTT--CCTCTCTCCAAA-G-TTTAATCCA--GAT-AAATTGCGA--T-GGTATCGGACAAGAC-AGTTAAAAAAAA--AAACCCCTGAACT---------GGGC-TGAAA------TAATAGCCGATT---GCCAA-C---------T--GACT-CACAAACATCTGTCAA--CGGGCGTTTTATCAAT-CGTT-TGAAAACGTTGAAAACGTTT-GAG-A-----ACCGTAATTG-ACCCG-A-C-A-CATACTTA---TT-ACAGTCTTT-AAACA-TGC----AA-CACAATT-----A-----------------A--ATACCATTTCCAAATCCG--C---TAATGGCAAATT-GCGCAT-TTTAATAGA--A-A--GCGAAA-CGTT---G---CAT----TTGTG-TGGTCGCCTGCGA--CTG-CCCGA--G-C-GAT-TGACTTTACCCCCGCACTGTTGTA--TT-TATGG-TT-GTCATACGA-AATCCTAC-C-CTTCCAA-TA-C--AA-TAA-GA-GT--CACGTAAG--GGAA-ATATT--TTAAAACCACGAAA-TTTGCACGAT-CAT-TAA-TCGTA-ACCT--CTGGCTG-TA-TTC-ATAATTC---------CAAAT----A-GTTTGTAAAACATG-TTCTCTCTC-TTGAAACA-TTGAAAAAAATCC--TTTAGA-TTTAAAC--CTG-TTTATTGTGTAATTTTCT--A---TTTTT-CGATA-A--TTTTCGTA-ATC--A-TC-AAC-TGA-AA--T--TGGA--AGTATTCCATA-G---------------------GAAGT--------AT-AT---ACGGAAAT-GCAAATATA---TACCAAAAATTGA-TATTTTTTTG--TACATAAC---TATTTT-G-GTGGACAATT-GAAGTGAAATTTTTTAATGCAATCAAACGAC-AA-C-CTAAT-Gaatattta
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