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blockSeqs : T TACG C A TCGT TTGGTATA A C G . CAT T G . ATTA G TGT T A T . G A C T A GA A AC AC GT T CGT . A AGAA A . TT TA . G AA G A C C G G A AA TA CC . G C A A C CA T AAA . C AT G TC . T A A ACT T . . A AAATCT A GTTG TGTTG . TTGT TG G G GT CG G TTCAAT C ATAATAAGAT A . T TTGT TA GA . G A ATTT GC . A T TT . . A TAAT ATACTTGTA TTTGTACT GTACAC . A AAG T TG . G G G A A TTA AC A TT A AT AT T TG A . . TT CT T TC C A . TTC A CG . G GTAG GA T T T . C A T . AG TTTG . . G C
blockSeqs : A T . . . TTC . . . . TC . . . . . T . A . . . . . . . . . . C GG A CG . . T A . GC . . T . . . . . . . . AA . . . . . . . A C . . . C T . . . T . A T . . . . . . . CTTG . TTGT . G . . . . . . . . . T . . TC . . . TA . . . . CA . . . ATT TCACTTGTA . ATAA . . A . . . . . . . . GT G . . . . . . T . . . T GT . . . . . . G G . C GC . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . C GT T AA . . A A . G . . . . . . . . . . . GA . . . . . . . . . . . . C T . . . T . A T . . . . . . . TTG . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . TA . . . . . . . . AT ATACTTGTA . . . . A . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . T . . . . . . . A . . . GC . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . . C AT T CG . . A A . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . GTT . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . AT ACATTGTA . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C . . . T . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . T GT T AG . . T T . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . . . . . . . . AT AACTTGTA . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . T . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . C AT T CG . . A A . C . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . A . . . . . . . . AT A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . C . . . T . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . C GG T CG . . A A . T . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . T . . . . . . . . AT A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C . . . T . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . C G T CG . . T A . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . . . . . . . . AT A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . . T . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T G T A . . T . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . . . . . . . . AT A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . . A . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . G . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ** *** GT ** ** A** ** ** ** T** ** **** ***** ** *** ** **** AT***** ****** *** ************ **** *** T** ** *** C**** *** ***
originalCons : ATTAGAGGTGTAA-CG----A-TA-T----A--------CC-GG-TG--TA--T-C--GCGAT-AT-TT-T----T-T---CTTT-GG-TT-CGATAA---C-CG-G-TACGCC-AA-T--C-CAGAAAA--C-CGGTTTTTTTTTTTCG-AT-ACGGG-TTA---AAAAATTTGAATT--CA-G-TAA--A--A-CATA--T-TA-CT-T-A-TCT-AG-TCA-A-TTTT--GC--TT--T-TTGG-AT-T-TA-TCC--A-AA---TT--ACT-T-T-GAA--TCAGCAT-G-TT-T-T---G-TT----TTG-TTC-T------TC-T----T-----TT-----GTTG----T--T-T-T--T--TC-TT------GA-A----------T-AAAA--TGTTG----T--T--T-ATA-T-A-A---G--T---T-AAA--TGG--T-TTTAA----TTTAC-AA--A-T--GGTG--------A--------CA--------CT------TGT-TT-T---AAAG-T--TT---A-AAT-A-ACT-C-AA-T--AA------------C-A--G-AACA--CG--ATGGG-AAAGC-G-A----TAC---GTA-T-C--G-AT--A-C-G--TA---TCGC--GA-TACA-CT---C-AC--AA-A-ATA-TCGA---T-ATATC-ACGATACGC-TT---TT--TGT----AT-ATCGAT-A-CTCA-ACCCT
finalCons : ATTAGAGGTGTAA-CG----A-TA-T----A--------CC-GG-TG--TA--T-C--GCGAT-AT-TT-T----T-T---CTTT-GG-TT-CGATAA---C-CG-G-TACGCC-AA-T--C-CAGAAAA--C-CGGTTTTTTTTTTTCG-AT-ACGGG-TTA---AAAAATTTGAATT--CA-G-TAA--A--A-CATA--T-TA-CT-T-A-TCT-AG-TCAA--TTTT--GC--TT--T-TTGG-AT-T-TA-TCC--A-AA---TT--ACTT--T-GAA--TCAGCAT-G-TT-T-T---G-TT----TTG-TTC-T------TC-T----T-----TT-----GTTG----T--T-T-T--T--TC-TT------GA-A----------T-AAAA--TGTTG----T--T--T-ATA-T-A-A---G--T---T-AAA--TGG--T-TTTAA----TTTAC-AAAT-----GGTG--------A--------CA--------CT------TGT-TT-T---AAAG-T--TT---A-AAT-A-ACT-C-AA-T--AA------------C-A--G-AACA--CG--ATGGG-AAAGC-G-A----TAC---GTAT--C--G-AT--A-C-G--TA---TCGC--GA-TACA-CTC----AC--AA-A-ATA-TCGA---T-ATATC-ACGATACGC-TT---TT--TGT----AT-ATCGAT-A-CTCA-ACCCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): GCCCTATGATTAACGAGTTATGTCACCATTTTCTCTAAAGAGT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111 11 111 111 22222 1111 1111111111 44444444444444444 11111111 111111 111 222222222222 11 11111 1111
lowQualScore : 6 9999 3 2 5555 44444444 2 2 55 33 4444 2 2 2 5555 2 111 5 5 2 444 2 2 2 2 2 33 2 33 33 88 1 111 2 2 8888 6 44 777 33 33 5 33 2 2 2 2 2 5 2 555 33 33 33 2 5 2 2 5 99 2 444 33 1 333 2 66 2 8 2 8 000 2 5555 2 2 888888 2 6666 33333 77777 2222 33 5 2 33 33 2 888888 2 2222222222 2 44 3 6666 44 88 3 3 3 99999 44 555 3 77 88 3 6666 3 6666666 44444444444444444 11111111 888888 3 3 111 3 44 555 3 3 3 3 3 5555 555555555555 3 44 3 44 44 3 44 3 6666 555 444 00 3 44 3 3 44 999 3 77 3 6 77777 44 3 3 3 555 3 3 0 3 555 44 0000 3 3 3 3
lowQualScore : . .... . . .... ........ . . .. .. .... . . . .... . ... . . . ... . . . . . .. . .. .. .. . ... . . .... . .. ... .. .. . .. . . . . . . . ... .. .. .. . . . . . .. . ... .. . ... . .. . . . . ... . .... . . ...... . .... ..... ..... .... .. . . .. .. . ...... . .......... . .. . .... .. .. . . . ..... .. ... . .. .. . .... . ....... ................. ........ ...... . . ... . .. ... . . . . . .... ............ . .. . .. .. . .. . .... ... ... .. . .. . . .. ... . .. . . ..... .. . . . ... . . . . ... .. .... . . . .
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consensus : ATTAGAGGTGTAA-CG----A-TA-T----A--------CC-GG-TG--TA--T-C--GCGAT-AT-TT-T----T-T---CTTT-GG-TT-CGATAA---C-CG-G-TACGCC-AA-T--C-CAGAAAA--C-CGGTTTTTTTTTTTCG-AT-ACGGG-TTA---AAAAATTTGAATT--CA-G-TAA--A--A-CATA--T-TA-CT-T-A-TCT-AG-TCA-A-TTTT--GC--TT--T-TTGG-AT-T-TA-TCC--A-AA---TT--ACT-T-T-GAA--TCAGCAT-G-TT-T-T---G-TT----TTG-TTC-T------TC-T----T-----TT-----GTTG----T--T-T-T--T--TC-TT------GA-A----------T-AAAA--TGTTG----T--T--T-ATA-T-A-A---G--T---T-AAA--TGG--T-TTTAA----TTTAC-AA--A-T--GGTG--------A--------CA--------CT------TGT-TT-T---AAAG-T--TT---A-AAT-A-ACT-C-AA-T--AA------------C-A--G-AACA--CG--ATGGG-AAAGC-G-A----TAC---GTA-T-C--G-AT--A-C-G--TA---TCGC--GA-TACA-CT---C-AC--AA-A-ATA-TCGA---T-ATATC-ACGATACGC-TT---TT--TGT----AT-ATCGAT-A-CTCA-ACCCT
Reference ( family-394 ) : ATTAGAGGTGTAA-CG----A-TA-T----A--------CC-GG-TG--TA--T-C--GCGAT-AT-TT-T----T-T---CTTT-GG-TT-CGATAA---C-CG-G-TACGCC-AA-T--C-CAGAAAA--C-CGGTTTTTTTTTTTCG-AT-ACGGG-TTA---AAAAATTTGAATT--CA-G-TAA--A--A-CATA--T-TA-CT-T-A-TCT-AG-TCA-A-TTTT--GC--TT--T-TTGG-AT-T-TA-TCC--A-AA---TT--ACT-T-T-GAA--TCAGCAT-G-TT-T-T---G-TT----TTG-TTC-T------TC-T----T-----TT-----GTTG----T--T-T-T--T--TC-TT------GA-A----------T-AAAA--TGTTG----T--T--T-ATA-T-A-A---G--T---T-AAA--TGG--T-TTTAA----TTTAC-AA--A-T--GGTG--------A--------CA--------CT------TGT-TT-T---AAAG-T--TT---A-AAT-A-ACT-C-AA-T--AA------------C-A--G-AACA--CG--ATGGG-AAAGC-G-A----TAC---GTA-T-C--G-AT--A-C-G--TA---TCGC--GA-TACA-CT---C-AC--AA-A-ATA-TCGA---T-ATATC-ACGATACGC-TT---TT--TGT----AT-ATCGAT-A-CTCA-ACCCT
gi|1 : A-T----A--------CC-GG-TAGATAGAT-C--GCGAT-AT-TTCT----T-T---CTTTCAG-TT-CGATAAACCT-CG-G-TACGCC-AA-T--C-CATAAAA--C-CG-TTTTTTGTGTGCG-ATCACGTT-ATA---AAAAATTTGAATCTCCA-G-TAA--ACAA-TATA--T-AA-CT-T-A-TCTGAG-TAAGA-TTTT---C--TTGGT-TTGTTAT-T-TG-TCCC-A-AA---TTGTACT-TGT-AAAG-TCAGCATTG-TT-T-C---C-TCGATGTTGATTC-T------TC-T----T-----TTCCTTAATTG----A--T-T-T--T--TC-TT------GA-A----------T-AAAACATGTTA----T--T--TTATA-T-A-C---A--TGTAT-AAAATTAG--TGTTTAAAGTTTCTAC-AA--A-TATGATG--------A--------CA--------CTA-----TGTATT-T---AAAG-T--CTTAAA-AAT-A-ACT-C-AA-T--AAAGTAATTCTCACC-A--A-AATG--CG---TGAA-ATAGC-G-AAGAATACCTGATA-TAC--G-AT--A-C-GAATAA--TCAC--GAATACA-CT---TTAC--AA-G-AT--TCGACTCT-A-ATC-ACGATACAC-TTTTGTT--TTT----ATAATCGATAA-CTCA-ACCC
gi|10 : gTAGAGGTGAAA-CG----A-TA-T----A--------CC-AG-TG--TA--T-T--GCAAT-AT-TT-T----T-TT--CTTT-GG-TT-CAATAA---C-CA-G-TACACC-AA-T--C-CAGAAAA--C-CG-----TTTTTTTCG-AT-ACGGG-TTT---AAAAATTTTAATT--CA-G-TAA--A--A-CATA--T-TA-CT-T-A-TCT-AG-TCA-A-TTTT--GC--TC--T-TTGG-AT-T-TA-TCT--A-AA---TT--A-T-T-T-GAA--TCAGCAT-G-TT-TAT---G-TT----TTG-TTC-T------TC-T----T-----TT-----GTTGTTGTT--T-T-T--T--TC-TT------GA-A----------T-AAAA--TGTTG----T--T--T-ATA-T-A-A---G--T---T-AAA--TGG--T-TTTAA----TTTAC-AA--A-T--GGTGATACTTGTA--------CA--------CT------TGT-TT-T---AAAG-T--TT---A-AAT-A-ACT-C-AA-T--AA------------C-A--G-AACA--CT--ATGGG-AAAGT-G-A----
gi|11 : g-AT-TT-T----T-T---TTTT-GG-TT-CGATAA---C-CG-G-TATGCC-A--T--C-GAGAAA---C-CA--TTTTTTTATT----T-ACGGG-TTAGAAAAAAATTGAAATT--CC-G-TAA--A--A-GATAAAT-TAACTCT-A-TCT-AG-TCA-AATTTT--GC--TT--T-TTGG-AA-T-TA-TCC--A-AA---TT--ACT-T-TGGAA--TCAGCAT-G-TT-TAT---G-TT----CTT-CTC-T------TC-T----T-----TT-----GTTG----T--TGT-T--TCGTC-TT------GACA----------T-AAAA--TA-TG-------T--T-ATA-T-ATA---G--T---T-AAA--TGG--T-TTACA----TTTACAAA--A-T--GGTG--------A--------CA--------CTGTACACTGT-TT-T---AAAG-T--TT---A-AAC-AGATT-C-AAGT--AA------------C-A--G-AACA--CG--ATGGG-AAAGTGG-A----TAC---GTA-
gi|12 : TAGAGGTGTAA-GG----A-TA-T----ATTGGTATACC-GG-TT--TA--T-T--GCAAT-AT-TT-T----T-TT--CTTT-GG-TT-CGATAA---C-CA-G-TACGCC-AA-T--C-CAGAAAA--C-CG---TTTTTTTTT---AT-ACGGG-TTA---AAAAATTTAACTT--CA-C-TAA--A--A-CATA--T-TA-TT-T-A-TCT-AG-TCC-A-TTTT--GC--TT--T-TTTG-AT-T-TA-TCC--A-AA---TT--ACC-A-T-GAA--TCAGCAT-G-CT-T-T---G-TA----TTG-TTC-T------TC-T----TTTG--TT-----GTTG----T--T-T-T--T--TC-TT------GA-A----------T-AAAA--TGTTG----T--T--T-ATA-T-A-ATTTG--T---T-AAA--TGG--T-TTTAA----TTTAC-AA--A-T--GGTG--------A--------CA--------CT------TGT-TT-T---AAAG-T--TT---A-AAT-A-ACcgcaata
gi|13 : g--A--A-TATA--T--G-CT-T-A-TCCGAG-TCA-A-TTTT--GC--TT--T-TTGA-AT-TATA-TCC--A-AA---TT--ACT-T-T-GG---TCAACAT-G-TT-T-TT--G-TT----TTG-TTC-T------TG-TGTTGT-----TT-----GTTA----T--T-T-T--T--TC-TTTTCAATGA-A----------T-AAAA--TTATG----T--T--T-ATA-T-A-A---G--T---T-TAA--TGG--T-TTTAA----TTTAC-AA--A-T--GGTGTCACTTGTA--------CA--------CT------TGT-TT-T---AAAG-T--TT---A-GAT-A-ATT-C-AA-T--AA------------C-A--G-AACA---G--ATGGA-AAAGT-G-A----TAC---GTA-T-CCTG-AT---------T----TC------------CT---T-GC--AA-A-ATA-TCGA---T-ATATCAATAATACAC-TT---TTAGTGTTTTGAT-AT--AT-A-CTCA-ACC
gi|14 : atTAGAGGTGTAA-CGTACGA-TA-T----A--------CC-GG-TT--TA--T-C--GCGAT-TT-TT-T----T-T---CTTT-GG-TT-CGATAA---C-CG-G-TACGCC-AA-T--T-CAGAAAA--C---GTTTTTTTTTTT---AT-ACGGG-TTA---AAAA-TTTGAATT--CA-C-TAA--A--A-CATA--T-TA-CT-T-A-TCT-AG-TCA-A-TTTT--GC--TT--T-TTTG-AT-T-TA-TCC--A-AA---TT--ACT-G-T-GGA--TCAACAT-G-TT-T-T---G-TT----TTG-TTC-T------TC-T----T-----TT-----GTTG----T--TGT-T--T--TC-TT------GA-A----------T-AAAA--TGTTG----T--T--T-ATt
gi|15 : A--A--A-CATA--T-TA-CT-T-A-TCT-AG-TCA-A-TTTT--GC--TC--T-TTGG-AT-T-TA-TCT--A-AA---TT--A-T-T-T-GAA--TCAGCAT-G-TT-TAT---G-TT----TTG-TTC-T------TC-T----T-----TT-----GTTG----TTGT-T-T--T--TT-TN------GT-A----------T-AA
gi|16 : TGTG-AAAGC-A-A----TAT---GTA-T-C--G-AT--A-C-G--TA---TCAT--GA-TACA-CT---C-AC--AA-A-ATA-TCGA---T-AGATC-AAGATACAC-TT---TT--TGT----AT-ATCGAT-A-CTCA-ACCCT
gi|17 : AGTGGTGTAA-CG----A-TA-T----A--------CC-GG-TA--TA--T-------AC-AT-GT-A----C-T---C----GGATT-CGATAA---C-CG-G-T------------------AAA--C-TTGGTTTTTTTTTTAA-AT-ACGGG-TTT---TAAAATT
gi|18 : A--TGA--T-GCTGA----TTT-C-AA----------G--------A--------CA--------CC------CAT-CT-T---AAAA-T---------GAT-A----------T--AT------------C-A--C-AATA--C---------AAAGT-G-A----TAC---GTA-T-T--G-AT--A-C-G--TA---TCGC--GA-TACA-Cag
gi|19 : tgTAGAGGTGTAA-CG----A-TA-T----A--------CC-GG-TG--TA--T-T--GCGAT-AT-TT-T----T-T---CTTT-GG-TT-CGATAA---C-CG-G-TACGCC-AA-
gi|2 : tgACTAGAGGT--AA-CGT---ACTA-T----A--------C--GG-TG--TA--T-C--GCGAT-AT-TT-T----TGT---CTTTTGG-TTTCGATAA---CGCG-G--ACGCCTAA-T--C-CAGGAAAACC-CGGTTTT------TCG-AT-ACGGC-TTA---AAAATTTTGAATT--CA-T-TAA--A--A-CATA--T-TA-CT-T-A-TCT-CC-TCA-A-TTTT--GC--TT--T-TT-G-ATAT-TACTCC--ATAA---TT--ACTAT-T-GAA--TCAG-AT-GTTT-T-T---G-TT----TTC-TTC-T------TC-T----T-----TG-----TTTG----T--T-T-T--T--TT-TT------CA-AATAATAAGATT-AAAA--TGCTGTTGTT--T--T-ATA-T-A-A---AGCT---T-AAAT-TGT--T-TTTAA----TTTAC-AA--ATT--GGTGACATTGT-A--------CA--------CT------TGT-TT-TA--AAAG-T--TT---A-AAT-A-ACTAA-AA-A--AA------------C-ATTA-AACA--CGATATGGG-AAAGC-GAA----TAC---GTATT-C--G-AT--A-CAA--TA---TCAC--GA-TGC--CT---C-AC--AA-A-ATATTCGA---T-ATATC-ACGATAC-C-TT---TT--GCT----AT-ACCGAT-AGCTCACACCCat
gi|20 : --AA-A-ATA-TCGA---T-ATATC-ACGATACGC-TT---TT--TGT----AT-ATCGAT-A-CTCA-AC
gi|21 : AGAGGTGTAA-GG----A-TA-T----A--------CC-GG-TG--TA--T-C--GCGAT-AT-TT-T----T-T---CTT
gi|22 : gtgcg---T-ATATC-ACGATACAC-AT---TT--TGT----GT-ATCGAT-A-CTCA-ACCCT
gi|24 : cag---T-ATATC-ACGATATGC-AT---TT--TGT----GT-ATTGAT-A-CTCA-ACCCTa
gi|25 : gTAGAGGTGTAA-CG----A-TA-T----A--------CC-GG-TG--TA--T-a
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Unaligned ( gi|23 ): GCCCTATGATTAACGAGTTATGTCACCATTTTCTCTAAAGAGT