lowQualScore : 111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 66666666666666666666666666 111111111 66666666666 000000000000000000000000000 44444444 77777777777777777777 111111111 66666 1 1 111111 11111111111 111 111111111111 000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 2 999 2 55555 4444 2 4 111 2 777777 22 55 88 22222222222222222222222222 2 66 2 777777777 22222222222 3 88 3 2 000000000000000000000000000 55 3 1 2 77777777 2 888888 66666666666666666666 3 88 777777777 4 4 0 55 4 4 0 44444 4 1 4 4 2 5 3 3 3 1 3 3 111111 2 44444444444 2 2 2 555 55555 6 33 99999 111 000000000000 44 555555 77777 2 2 8888 888888888 3 2 2 2 222222222222222222222222222222222 44 5 3 1
lowQualScore : . ... . ..... .... . . ... . ...... .. .. .. .......................... . .. . ......... ........... . .. . . ........................... .. . . . ........ . ...... .................... . .. ......... . . . .. . . . ..... . . . . . . . . . . . . ...... . ........... . . . ... ..... . .. ..... ... ............ .. ...... ..... . . .... ......... . . . . ................................. .. . . .
lowQualScore : 2 111 2 66666 7777 9 3 444 0 666666 88 66 11 77777777777777777777777777 4 55 4 777777777 77777777777 1 55 1 7 333333333333333333333333333 99 6 5 8 55555555 5 888888 99999999999999999999 6 66 888888888 0 0 7 55 0 0 1 22222 4 9 4 4 9 2 6 6 3 9 1 1 999999 8 88888888888 4 4 4 000 99999 3 11 88888 333 222222222222 88 888888 88888 1 1 9999 777777777 3 1 1 2 666666666666666666666666666666666 66 7 3 2
consensus : GATTAAAAC-CA--GAT-CTTT-----GAT----CCGCTCC-G-ATATT-CT--G---ATGTC-GCT--AATA-CAAAGATCT--------G---TGA-AGACA-TCC-CGT-ATA--GGGT-CACGTCA--GCATG-CACTTT---TGA-AT-AGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAAT--T--TC-GTTGGCGGTAGGAAT-AAGTGACAC------AGTCAATC---C--CGAA---------A----------TAATGACT-TC--CGAAGGAAC-CG-TA---AA-T-GCTGA--ATTC-AA-CATGTAA-----GAATA-GGTTTGA-TTGG-TTCTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACC-TT-A------GGTCACC----------AAA-GT-GC-ATG--CT-----GACGTGA--CC--C--TATAC-GGGATGT------------C--TT------CA-----GAT-C-TTTG-TA-TT-AG--CG--ACATC-AG-AAT-AT------CGGA---------GCG-GATCAA----AGA--TNTG-GTTTTAATC
Reference ( gi|2 ) : GATTAAAAC-CA--AAT-CTTT-----GAT----CTGCTTC-A-ATATT-CT--G-C-ATGTC-GCT--AATG-CAAAGATCT--------G-CATGA-ATACA-CCC-CGT-ATA--GGGT-CACATCA--ACATA-CACTTT-T-TAAAAT-AGATAAAC-CAA--TCAA-ATTGT--C-CA-G--GGCAAAATCTTAATC-ATTGGCAGTAGGAAT-AAATGACAC-AC---AGTCAATC---C--TGAA---------A----------TAATGACT-TC--CAAAGGAAC-CA-TA---AA-T-GCTGA--ATTC-AA-CATGTAAATTT-GAATA-GGTTGGA-TTGG-TTCTAGTAGAGGCATTTGA-TTGG-A-TGATC-TT-A------GGTCACC----------AAA-GT-GC-ATG--CT-----GACATGA--CC--T--TATAC-AAGATGT------------C--TT------CA-----GAT-C-TTTG-CA-TT-AA--CA--ATATC-AG-AAT-AT------CAGAT-TATCAGTGTG-GAGCAG----AGA--TATG-GTTTTCATC
gi|1 : GATTAAAAC-CATAAAT-CTT------GAT----CTGCTTC-A-AT-TT-CT--G-C-A-GTCCGCT--A-TG-CAAAGATCT--------GACATGA-ATACA-CCC-CGT-ATATAGGGTTCACATCA--ACATAACACTTT-T-TAAAAT-AGATAAAC-C-A--TCAA-TATGT--C-CA-G--GGCAAAATCTTAATCAATTGGCAGTA-GAATAAAATGACAC-AC---AGTCAATC---CT-TGAAC--------A----------TAATGA-T-TC--CAAAGGAACACACTA---AA-T-GCTGAATATTC-AA-CAGGTAAATTT-GAATA-GGTTGGACTTGGTTTCTAGT--AGGCATTTGA-TTGGCA-TGATCTTT-AC-----GGTCACC----------ACA-GTCGC-AT---CT-----GAC-TGA--CC--T--TATAC-AAGATGT------------CT-TT------CA-----GAT-CATTTG-C--TT-AA--CA--ATATC-AG-AATGAT------CA-AT-TATCAGTGTGAGAG--A----AGA--TATG-GTTTTCATC
gi|4 : gttGATTAAAAC-CA--GAC-AATC-----GAT----CCACTGT-G-ATATT-CT--T-T--TGTC-ACC--AATA-CAA-----------------------------TC-CGT-ATA--AGGT-CACATCA--GAATG-AATATT-T---------GATAAAC-CAAATTCAA-ATGGT--TGCATGTTGGCAAAATTGT------TTGA-GGTAGGAAT-AAGTGGCAT-GAGTGAGTCAATC---T--TGGA---------AGTGTTTCAGATAATGACT-TC--CAAAGGAAT------------T-GTTGA--ATTT-AA-CATGTAA-----GAATA-GGTTTGA-TTGG-TTCTTGTGGAAGCATGTGA-TTGG-A-TGACC-TT-A------GGTCAC-----------GAA-GT-GC-ATG--AT-----GACGTGA--CC--C--TTTAC-AGGATGT------------C--TT------CA-----GGT-C-TTTG-TA-TT-AA--CG--ACATC-AG-AAT-ATAGGAG-CAGATCTAT-----------CAA----AGA--AATG-GTTTTAATCag
gi|4 : tGATTAAAAC-CA--TTT-CTTT-----GATAGATCTGCTCC-T-ATATT-CT--G---ATGTC-GTT--AATA-CAAAGACCT--------G-----A-AGACA-TCC-TGT-AAA--GGGT-CACGTCA--TCATG-CACTTC-G-TGACCTAAGGTCATC-CAA--TCAC-ATagg
gi|5 : tgattaaaaccagacaatcgatccactgtgatattcttttgtcaccaatacaatccgtataaggtcacatcagaatgaatatttgataaaccaaattcaaatggttgcatgttggcaaaattgtttgaggtaggaataagtggcatgagtgagtcaatcttggaagtgtttcagataatgacttccaaaggaattgttgaatttaacatgtaagaataggtttgattggttcttgtggaagcGATTAAAAA-CC--CGT-CTTT-----GAT----CCACTCC-G-ATATTGCT--GAC-AT-CC-ACTCAAGCA-CAAAGATCT--------G-----A-AGACA-TTC-AGT-ATA--A---------------AT--TACTTT-------AT-A--TAAAC-CAA--TGAA-ATTGT--C-AC-T--GGCAAAATAGTA-------GGTAGTAATTAC-AAGCGACA--------GTCAGTC---C--TGAGGCATTACAGA----------TAATGACT-TC--AGAAGGAAT-TG-TA---AA-T-GACGA--ATTC-AA-CATGTAA-----GAATA-GGTTTGA-TTGG-TTCTTGCAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGATC-GT-A------GGTCATCGTAGGTCACGGAA-GT-GT-GTG--AT-----GACCTGA--CC--C--TATAG-GGGATGT------------C--TT------CA-----GAT-C-TTGG-----T-GA--CA--TTAT--AG-AAT-AT------CGGA---------GTA-GATCAA----AGA--TCTG-GTTTTAATCagg
gi|5 : ttGATTAAAAC-CA--GAT-CTTT-----GAT----CTACTCC-G-ATATT-CT--A-TAATGTC-ACC---------AAGATC-------------TGA-AGACA-TCC-CCT-ATA--GGGT-CAGGTCA--TCACA-CACTTaa
gi|6 : ttgattaaaaacccgtctttgatccactccgatattgctgacatccactcaagcacaaagatctgaagacattcagtataaattactttatataaaccaatgaaattgtcactggcaaaatagtaggtagtaattacaagcgacagtcagtcctgaggcattacagataatgacttcagaaggaattgtaaatgacgaattcaacatgtaagaataggtttgattggttcttgcagaagcatttgattggatgatcgtaggtcatcgtaggtcacggGATTAAATC-CA--GAT-CTTT-----GAT----CCACCCC-A-ATATT-CT----T-ATATC-ACT--GA------AG------------G-CAT----------CC-CAG-GTT--GGGT-CACATAA--GAATG-AA--TT-T-TAGAA------AAAC-AAT--TCGACACTGA--C-----------AAAT-----TC-GACGGCAGTAGAAAC-AAGTGACA--------GTCAATC---C--CAAA---------A----------CA-----T-TC--TGCAGGAAA-TG-TA---AT-G-GCTGA--ATTTTAA-CATGTAA-----GAATA-GGTTTGA-TTGG-TTCTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACC-TC-A------GGTCACC----------AAA-GT-GC-ATG--CT-----GATGAGA--CC--C--TATCG-GGGATGT------------C--TT------CA-----GAC-C-TTTG-AA-TT-AG--CG--ACTTC-AG-AAT-AT------Caa
gi|3 : ctGATAAAAAC-CA--GAC-AATC-----GAT----CCACGTG-G-ATATT-CT--T-T--TGTC-ACC--AATA-CAA------------------------------T-CGT-A-A--AGGT-CACATCA--GAATG-----------AATAT-TGATAAACACAAATTCAA-ATGGT--TGCATGTTGGCAAAATTGT------TTGA-GGTAGGAAT-AAGTGGCATGATG--AGTCAATC---T--GGAAGTGTTCAG-A----------TAATGACT-TC--AAAAGGAAT------------T-G-TGA--ATTT-AA-CATGTAA-----GAATA-GGTTTGA-TTGG-TTCTTGTGGAAGCATGTGA-TTGG-A-TGACC-TT-A------GGTCACG----------AAA-GT-GC-ATGAAAT-----GACGTGA--CCCTT--TA-ACGAAGATGT------------C--TT------CA-----GGT-C-TTTG-TA-TTAAA--CG--ACATC-AG-AAT-ATAGGAGGCAAATCTATCA
gi|7 : ctGATTAAAAC--A--GAT-CTTT-----GAT----CCGCTCC-A-ATATT-CT--G---ATG--------AGTA-CAATGATCT--------G-aaagaaactggttttaacag
gi|9 : atgacatcctgtatacagggtcacatcagagtgaactttagataaactaatcaaaattgttggcggtaaaaataagtgacagtgaatcctgaagtaactttcgaagggtccgtaaaatgctgaattcaacatacaagaataactggttcttgtagacgcatttgattggatgaccttgtttcatctcgatgtcttGATTAACAC-CA--GAT-CTTT-----GGT----CCAATCT-G-ATATT-CT--G---ATGTT-GCT--AATA-CAAAGATCT--------G-----A-AAACA---------ACA--GTGT--------------G-CACTT-----------AGATAAAT--AA--TCAA-ATTGT--TGCA-G--GCCAAA-------TC-GTTGGTGATAGGAAT-AAGTG---C--C---AGTCAGTC---C--CGAAGTGTTCCACA----------TAATGACT-TT--TAAACAAAA-TG-GA---AA-T-GCTGA--ATTC-AA-CATGTAA-----GAATA-
gi|12 : GATTTAAAC-CA--GAT-CTTT-----GAT-----TACCTCTG-ATATT-CTTAA-T-ATGTT-GCC--AGTA-GAAATGTCTGAAGCCCAG-TATGA-AGACA-TCA-CAT-CTA--GGGT-CAAATCA--
gi|22 : ggtatgttaagaagacatactcaatcagtctcaatctGATTACAAC-CA--GGT-CTTT-----GAT----CCACTCT-G-ATATT-Cgaatgaaatttagataa
gi|24 : attagGATTAAAGA-CA--GAC-CATT-----GAT----C-GCTCC-T-ATATT-CT--G-agcctgaaattattaaat
gi|13 : atATTAAAAT-CA--GAT-ATTT-----GAT----CCGCTCC-T-ATATT-TT--G---ATATC-TTT--AATA-CAAAGATCT--------G--ATGA-CTTCA-----CGC-GTA--AGTT-CACGTCA--GCATG-CACGTT-aa
gi|16 : tgattggttgtggtagaagcatttgaatgaatgaccttacatgtaggtcaccATTAAA-T-CA--TAT-CTTT-----CAT----CCGCTCC-A-ATATC-CT--G---ATTTT-GCT--AATA-CAAAGATCT--------G-----A-AGGTA-TTC-TGT-ATA--GGAT-CACATCA--GCATG-CACTTT-ta
gi|20 : tataacctttaggtcaccATTAAAACGCA--AAT-CTTT-----GAC----CCGCTCC---GT-TT-CT--G---ATGTC-GCT--AATGACAAAAATCT--------G-C
gi|3 : tgaTTAAAAC-CA--GTTTCTTTTGATAGAT----TTGCCTC-CTATATT-CT--G---ATGTC-GTTT-AATA-CAAAGACCT--------G-----A-AGACA-TCTTCGTTAAA--GGGT-CACGTCATTTCATG-CACTTT-CGTGACCTAAGGTCATC-CAA--TCAC-ATgctcatgcatat
gi|25 : ctgataaaaaccagacaatcgatccacgtggatattcttttgtcaccaatacaatcgtaaaggtcacatcagaatgaatattgataaacacaaattcaaatggttgcatgttggcaaaattgtttgaggtaggaataagtggcatgatgagtcaatctggaagtgttcagataatgacttcaaaaggaattgtgaatttaacatgtaagaataggtttgattggttcttgtggaagcAAC-GA--GAT-TTTT-----GAT----CCGCTCC-G-ATATT-CT--G---ATGTC-cag
gi|17 : gg-CA--GAT-CTTT-----TAT----CTGCT-----------CT--G---AT---------AATA-CAAATGTCT----------TAGGAGATTCA------GT-ATA--GGGT-CACATCA--GGGTG-CACTTT-
gi|11 : caccCTTC-G-ATATT-CT----C-ATATC-TCT--TGTA-CAAATATCT--------A-----A-AGACA-TCT-CAT-TAA--GGGT-CA--TGA--A--TG-AACTT-------AAT-G--TAAAC-CAA--TCGA-ATCGT--T-GC-G--GACAAA----T--TC-GTTGATTGTAGGAAT-GAATGGCAA-TC---AATGAGTCTTTC--TGT---------------------TAATGACA-TC--CAAAGGAAC-CG-TA---AA-T-GTTAA--ATTC-AA-t
gi|6 : ccca-ATATT-CT--G-A-A-GTC-GCT--AATT-CAAAGGTCT--------G-----A-AGACATCCC-CG--ATA--GGGT-CTCATCA--GCATG-CACTTTGG-TGACCTGAGGTCATC-CAA--TCAA-AT
gi|14 : ctgattaaatccagatctttgatccaccccaatattcttatatcactgaaggcatcccaggttgggtcacataagaatgaattttagaaaaacaattcgacactgacaaattcgacggcagtagaaacaagtgacagtcaatcccaaaacattctgcaggaaatgtaatggctgaattttaacatgtaagaataggtttgattggttcttgtagaagcTGA-AGACT-TTC-CTT-ATA--AGGT-CACATCA--GGA-A-TGCT------------AGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGTTGC-TA-----GCAA------AATC-ATTGGCGGTAGGAAT-Ac
gi|7 : tcACA-TCC-TGT-ATACAGGGT-CACATCA--GAGTG-AACTTT----------AGATAAAC-TAA--TCAA-A--------------------------ATT-GTTGGCGGTAAAAAT-AAGTGACA--------GTGAATC---C--TGAA---------G----------TAA---CT-TT--CGAAGGGTC-CG-TA---AAAT-GCTGA--ATTC-AA-CATACAA-----GAATA-------A-CTGG-TTCTTGTAGACGCATTTGA-TTGG-A-TGACC-TT-cccagtataatggagcgggtaaaaaatctggctttgatcagatatagcttacaaa
gi|15 : atgAT-AGATAAAC-CAA--TCAA-GTCAT--C-AT-T--GGCAAAATC-------ATTGGCAGTAGGAGT-AAGTGAGA--------GTGAATC---CAATAAATTTCAGG--A----------GAACGATT-TC--TGACGGAAC-CA-TA---gtttcatctcgatgtcttcagatcattgtactcatcagaatattggagcggatcaaagatctgttttaatc
gi|10 : atatcagaatgacctacatatT-AAAT--CCC-AA---AGT--ATT---C--CGGATAT------A----------TATTGACT-TTT-CGAGGAAAC-TG-TG---AA-T-GCTGA--ATTG-AG-GAT-----TTTAGAATCTAGTTTGA-CT-G-TTCTTATAGAAGCACTTGG-TGGG-ATTAACC-TTAA------GATCGCCA---------AAA-GT-GC-ATG--C------GACTTAG------T--TACCC-CCTATGT------------CGGTTCCTGTGCC-----GAT-A-TTTG-CA-TT-TA--C-----ATC-AG-AAT-AT------caggtttgatggtt
gi|8 : aagt--TGGA---------T----------TAATGATTCTCTACATAACAAC-TA-TATAGAA-TTGCTGA--ATTC-AATCATTCAAG----GAGTA-GGTTTGA-TTGG-TTCTTATACAAGCATTTGAGTTGG-A-TGACC-TT-A------G-TCACC----------AAA-GT-GC-ATG--CT-----GATATGA--TG--G--GATGT-TGGATTG------------C--TT------CAAG---AATGC-TTTG-TG-TT-AG--CA--ACATC-AT-AAT-AT------TG-------CAG---G-GATCA-----AGA--TGTA-GTT
gi|13 : GA-TTGG-TTGTGGTAGAAGCATTTGA-ATGA-A-TGACC-TT-ACATGTAGGTCACC----------AAC-GT-GC-ATG--CT-----GACGTGA--AC--T--TACGC-GTGAAGT------------C--AT------CA-----GAT-C-TTTG-TA-TT-AA--AG--ATATC-AA-AAT-AT------AGGA---------GCG-GATCAA----ATA--TCTG-ATTTTAATgttaattag
gi|14 : tATTTGA-TTGG-T-TTATC-T--A------G--CAT----------------------TC--CT-----GATGTGA--CC--T--TATAA-GGAAAGT------------C--TT------CA-----GAta
gi|7 : TTTGA-TTAG-T-TTATC-T--------------------------AAA-GT-TC-ACT--CT-----GATGTGA--CC--CTGTATAC-AGGATGT------------C--cgttgctagcaaaatcattggcggtaggaatacccagtataatggagcgggtaaaaaatctggctttgatcagatatagcttacaaa
gi|4 : at-TGAAT-TT-G------GTTTATC----------AAATAT-TC-ATT--CT-----GATGTGA--CC--T--TATAC-attgttggcggtaaaaataagtgacagtgaatcctgaagtaactttcgaagggtccgtaaaatgctgaattcaacatacaagaataactggttcttgtagacgcatttgattggatgaccttgtttcatctcgatgtcttcagatcattgtactcatcagaatattggagcggatcaaagatctgttttaatc
gi|16 : tgattaaaaccagacaatcgatccactgtgatattcttttgtcaccaatacaatcc-TT-A------GGTCACC----------AAA-GT-GC-ATG--CT-----GATGTGA--TC--C--TATAC-AGAATAC------------C--TT------CA-----GAT-C-TTTG-TA-TT-AG--CA--AAATC-AG-GAT-AT------TGGA---------GCG-GATGAA----AGA--TATG-ATTTaatggttgcatgttggcaaaattgtttgaggtaggaataagtggcatgagtgagtcaatcttggaagtgtttcagataatgacttccaaaggaattgttgaatttaacatgtaagaataggtttgattggttcttgtggaagcatgtgattggatgaccttaggtcacgaagtgcatgatgacgtgaccctttacaggatgtcttcaggtctttgtattaacgacatcagaatataggagcagatctatcaaagaaatggttttaatcagg
gi|21 : tataacct------GGTCACT----------CAA-GT-GC-CTT--TT-----CACATGA--GC--C--TGTAT-TGGTTGT------------T--TT------CA-----TAT-C-TTTT-TA-TT-GA--CG--ACATC-AG----------------AT-Taat
gi|17 : CACC----------AAA-GT-GC-ACC--CT-----GATGTGA--CC--C--TATAC-TGAATCT------------C--CT------AA-----GAC-A-TTTG-TA-TT-AT--CA--G-AGC-AG-A
gi|12 : CT----------AAA-TT-TC-ATT--CT-----GATTTGA--CC--C--TAGAT-GTGATGTCTTCATACTGGGC--TT------CA-----GAC-A-TTTC-TA-CT-GG--CAACATATTAAG-AAT-AT------CAGA------GGT----AATCAA----AGA--TCTG-GTTTtaaaagatctgt
gi|1 : ggtatgttaagaagacatactcaatcagtctcaatctgattt----------AAA-GT-GTTATG--TT-----GATGTGAACCC--TA-TATAC-GGGGTGT------------A--TT------CATGTCAGAT-C-TTTG-C-------------ATAGC-GG-ACT-G-------CAGA------AAT-TG-AAGCAGATCAAGATTTATG-GTTTTAATCataa
gi|19 : gtt----------AAT-GT-GC-ATG--CTGTCTAGACATG------------TAC-AGGCTAT------------C--TT------CA------AT-A-TTTG-TG-TT-AG--CC--ACATC-AG-GAT-AT------ttaaaatagataaaccatcaatatgtccagggcaaaatcttaatcaattggcagtagaataaaatgacacacagtcaatccttgaacataatgattccaaaggaacacactaaatgctgaatattcaacaggtaaatttgaataggttggacttggtttctagtaggcatttgattggcatgatctttacggtcaccacagtcgcatctgactgaccttatacaagatgtctttcagatcatttgcttaacaatatcagaatgatcaattatcagtgtgagagaagatatggttttcatcag
gi|11 : tttggtttttCATGA--CCC-T--TA-AT-GAGATGT------------C--TT------TA-----GAT-A-TTTG-TA-CA-AG--AG--ATATG-AG-AAT-AT------C
gi|5 : cccacttc--T--TATAC-TGAATGT------------C--TT------CA-----GAT-C-TTTG-TGCTT-GAGTGG--ATGTC-AGCAAT-AT------CGGA---------GTG-GATCAA----AGA--CG-G-GTTTTTaatgaacttaatgtaaaccaatcgaatcgttgcggacaaattcgttgattgtaggaatgaatggcaatcaatgagtctttctgttaatgacatccaaaggaaccgtaaatgttaaattcaa
gi|7 : ttgatGATGT------------C--TT------CA-----GAT-C-ATTG-TA-CT----------CATC-AG-AAT-AT------TGGA---------GCG-GATCAA----AGA--TCT--GTTTTAATCattactttatataaaccaatgaaattgtcactggcaaaatagtaggtagtaattacaagcgacagtcagtcctgaggcattacagataatgacttcagaaggaattgtaaatgacgaattcaacatgtaagaataggtttgattggttcttgcagaagcatttgattggatgatcgtaggtcatcgtaggtcacggaagtgtgtgatgacctgaccctataggggatgtcttcagatcttggtgacattatagaatatcggagtagatcaaagatctggttttaatcaa
gi|9 : atgacatcctgtatacagggtcacatcagagtgaactttagataaactaatcaaaattgttggcggtaaaaataagtgacagtgaatcctgaagtaactttcgaagggtccgtaaaatgctgaattcaacatacaagaataactggttcttgtagacgcatttgattggatgaccttgtttcatctcTGT------------T--TT------CA-----GAT-C-TTTG-TA-TT-AG--CA--ACATC-AG-AAT-AT------CAGAT---------TG-GACCAA----AGA--TCTG-GTGTTAATC
gi|20 : ------CA-----GAT-T-TTTGTCA-TT-AG--CG--ACATC-AG-AA--A-------CGGA---------GCG-GGTCAA----AGA--TTTGCGTTTTAATacagtgtgcacttagataaataatcaaattgttgcaggccaaatcgttggtgataggaataagtgccagtcagtcccgaagtgttccacataatgacttttaaacaaaatggaaatgctgaattcaacatgtaagaata
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTAATGTCGGACTTCAACAACGTATCCGCGCCGTATACTCTGTGTCGTACGCGGATCAAAGAAGTCTGATTTTGAT
Unaligned ( gi|23 ): ATCTTACGCAGAGTATACGGCGCGGGTCTCAAAAGTCTGATTTTAATTAGATTG
Alignments
lowQualScore : 444444444444 11 5555555555555 11 3333333333 333333333333333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11111111 1111111111 11111 11111111 11111111 11111
lowQualScore : 2 2 33 33 33 2 2 2 66666 7 6666 4 77 000000000000 0 2 00 3 999999 3 5555555555555 555 3 00 3 5 9999999999 555555555555555 4 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 3 0 33 55 3 3 7777 4 4 4 4 4 3 3 99999999 5555555555 2 33 5555 33 0 0 2 4444 9999999 777 33 2 2 0 00000 33 11111111 1 88888888 4 8888 00000 4 1 4
lowQualScore : . . .. .. .. . . . ..... . .... . .. ............ . . .. . ...... . ............. ... . .. . . .......... ............... . . .................................................... . . . . .. .. . . .... . . . . . . . ........ .......... . .. .... .. . . . .... ....... ... .. . . . ..... .. ........ . ........ . .... ..... . . .
lowQualScore : 7 7 77 77 77 5 5 7 88888 3 8888 0 33 999999999999 5 5 00 6 999999 6 7777777777777 000 6 00 6 7 8888888888 333333333333333 0 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6 4 77 00 6 6 0000 0 0 0 0 0 6 6 33333333 4444444444 9 99 6666 99 6 3 9 4444 3333333 999 99 9 9 1 00000 99 22222222 2 55555555 0 5555 00000 0 0 4
consensus : GATTAAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CT---G-ATGTC-GCT--AAT-ACAAAGATCTG----------TGAAGACATCCCGTATA--GGGT-CACATCAGAA-TG-NACTTT----AATA--GATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAATTT----CG-----TTGGCGGTAGGAATAAG-TGACA-------C-----A--GTCAATC---CC-GAA---------A----------TAATGACTTC-CGAAGGAAC-CG-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---GTGA--CCCTAT-A-CG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATCGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATNTGGTT-TTAATC
Reference ( family-3923 ) : GATTAAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CT---G-ATGTC-GCT--AAT-ACAAAGATCTG----------TGAAGACATCCCGTATA--GGGT-CACGTCAGCA-TG-CACTTTT--GAATA--GATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAATTT----CG-----TTGGCGGTAGGAATAAG-TGACA-------C-----A--GTCAATC---CC-GAA---------A----------TAATGACTTC-CGAAGGAAC-CG-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---GTGA--CCCTAT-A-CG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AGCGACAT--CAGAAT--------ATCGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATNTGGTT-TTAATC
gi|1 : GATTAAAA-C-CATAAA--TCTT---GATCTGC-TTCA-AT-TT-CT---G-CAGTCCGCT--A-T-GCAAAGATCTGACA-------TGAATACACCCCGTATATAGGGTTCACATCAACA-TAACACTTTTTAAAATA--GATAAAC-CA---TCAATAT-GT--C-CA-G--GGCAAAATCT----TAATCAATTGGCAGTAG-AATAAAATGACA-------C-----ACAGTCAATC---CTTGAAC--------A----------TAATGA-TTC-CAAAGGAACACACTAAA-TGCTGAATATTC-AA-CAGGTAAATTTGAA-TA-GGTTGGACTTGGTTTCTAGTAG--GCATTTGA-TTGGCA-TGATCTTTAC-----GGTCACC----------ACAGTCGCAT---CTGAC----TGA--CCTTAT-A-CA-AGATGT-------CTTT--CA--GAT-CATTTGC-TT-AACAATAT--CAGAATGATCAATTATCAGT--------GTGAG----A-------GAAG-ATATGGTT-TTCATC
gi|10 : gttCA-------A-----A--GT--ATT---CC-GGATAT------A----------TATTGACTTTTCGAGGAAAC-TG-TGAA-TGCTGAAT--TG-AG-GATTTTA----GAA-TCTAGTTTGA-CT-GTT-CTTATAGAAGCACTTGG-TGGG-ATTAACCTTAA------GATCGCCA---------AAAGT-GCATG--C-GACTTAGTTACCCCCTAT-GTCG-G--T-T-------CCTGTGCC--GAT-A-TTTGCATT----TACAT--CAGAAT--------ATag
gi|11 : aagttaaatccCCAC-TTCG-ATATT-CT---C-ATATC-TCT--TGT-ACAAATATCTA------------AAGACATCTCATTAA--GGGT-CATG--A--A-TG-AACTT-----AATG----TAAAC-CAA--TCGA-ATCGT--T-GC-G--GACAAA--TT----CG-----TTGATTGTAGGAATGAA-TGGCAAT-----C-----A--ATGAGTCTTTCT-GT---------------------TAATGACATC-CAAAGGAAC-CG-TAAA-TGTTAAAT--TC-AA-
gi|12 : cGATTTAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATTACC-TCTG-ATATT-CTTAAT-ATGTT-GCC--AGT-AGAAATGTCTGAAGCCCAGTATGAAGACATCACATCTA--GGGT-CAAATCAGAA-TG-AAATT-------TA--GATAA
gi|13 : ggtatgttaagaagacatactcaatcagtctcaatctTGA-TTGGTT-GTGGTAGAAGCATTTGA-ATGA-A-TGACCTT-ACATGTAGGTCACC----------AACGT-GCATG--CTGAC---GTGA--ACTTAC-G-CG-TGAAGT-------CAT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AAAGATAT--CAAAAT--------ATAGGA--------GCG-G----ATC-----AAAT-ATCTGATT-TTAAT
gi|14 : ----------TGAAGACTTTCCTTATA--AGGT-CACATCAGGAATG-C-----------TA--GATAAAC-CAA--TCAA-ATCGTTGC-TA-----GCAAAA--T----CA-----TTGGCGGTAGGAATAta
gi|14 : tcGATCAAAG-C-CA--GA--TTTTT--TACCCGC-TCCA-TTATA-CT---G-cccagtataatggagcgggtaaaaaatctggctttgatcagatatagcttacaaa
gi|15 : tctgaagactttccttataaggtcacatcaggaatgctagataaaccaatcaaatcgttgctagcaaaatcattggcggtaggaataccATA--GATAAAC-CAA--TCAA-GTCAT--C-AT-T--GGCAAAA--T----CA-----TTGGCAGTAGGAGTAAG-TGAGAGTGAATCC-----A--ATAAATT---TC-AGG---------A----------GAACGATTTC-TGACGGAAC-CA-TAagatatagcttacaaa
gi|16 : atatcagaatgacctacatat-A-TAACCTTTA------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---GTGA--TCCTAT-A-CA-GAATAC-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AGCAAAAT--CAGGAT--------ATTGGA--------GCG-G----ATG-----AAAG-ATATGA-T-TTAATcaggtttgatggtt
gi|17 : tCACC----------AAAGT-GCACC--CTGAT---GTGA--CCCTAT-A-CT-GAATCT-------CCT---AA--GAC-A-TTTGTAT-----------------T--------ATCAGA--------GCA-G----ATA-----AAAG-ATCTG
gi|18 : ATCAAAA-T-CA--GACTTCTTT--GATCCGCGTACG-ACAt
gi|19 : atttaatgtcggacttcaacaacgtatccgcgccgtatactctg----------AATGT-GCATG--CTGTC---TAGA--CA-TGT-A-CA-GGCTAT-------CTT---CA---AT-A-TTTGTGTT-AGCCACAT--CAGGAT--------AT
gi|2 : tttggtttttGATTAAAA-C-CA--AA--TCTTT--GATCTGC-TTCA-ATATT-CT---GCATGTC-GCT--AAT-GCAAAGATCTGCA--------TGAATACACCCCGTATA--GGGT-CACATCAACA-TA-CACTTTTTAAAATA--GATAAAC-CAA--TCAA-ATTGT--C-CA-G--GGCAAAATCTTAATCA-----TTGGCAGTAGGAATAAA-TGACA-------C-----ACAGTCAATC---CT-GAA---------A----------TAATGACTTC-CAAAGGAAC-CA-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAAATTTGAA-TA-GGTTGGA-TTGGTT-CTAGTAGAGGCATTTGA-TTGG-A-TGATCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---ATGA--CCTTAT-A-CA-AGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGCATT-AACAATAT--CAGAAT--------ATCAGATTATCAGTGTG-G----AGC-----AGAG-ATATGGTT-TTCATC
gi|20 : ATTAAAA-CGCA--AA--TCTTT--GACCCGC-TCCG--T-TT-CT---G-ATGTC-GCT--AATGACAAAAATCTG----------CG
gi|21 : tga------GGTCACT----------CAAGT-GCCTT--TTCAC---ATGA--GCCTGT-A-TT-GGTTGT-------TTT---CA--TAT-C-TTTTTATT-GACGACAT--CAGActcatgcatat
gi|22 : GATTACAA-C-CA--GG--TCTTT--GATCCAC-TCTG-ATATT-Ctt
gi|23 : attagATTAAAA-T-CA--GA--CTTTTGAGACCCGC-GCCGTATACT-CT---G-agcctgaaattattaaat
gi|24 : atcttacgGATTAAAG-A-CA--GA--CCATT--GATC-GC-TCCT-ATATT-CT---G-ATtagattg
gi|25 : AA-C-GA--GA--TTTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CT---G-ATGTC-aa
gi|3 : ggGATAAAAA-C-CA--GA--CAATC--GATCCAC-GTGG-ATATT-CT---T-TTGTC-ACC--AAT-ACAA---------------------------TCGTA-A--AGGT-CACATCAGAA-TG-----------AATATTGATAAACACAAATTCAA-ATGGT--TGCATGTTGGCAAAATT------G-----TTTGAGGTAGGAATAAG-TGGCA-------TGATG-A--GTCAATC---TG-GAAGTGTTCAG-A----------TAATGACTTC-AAAAGGAAT-TG-T--------GAAT--TT-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTGGAAGCATGTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACG----------AAAGT-GCATGAAATGAC---GTGA--CCCTTTAA-CGAAGATGT-------CTT---CA--GGT-C-TTTGTATTAAACGACAT--CAGAAT--------ATAGGAG-------GCA-A----ATCTATCAAAAGAAACTGGTT-TTAA
gi|4 : ctGATTAAAA-C-CA--GA--CAATC--GATCCAC-TGTG-ATATT-CT---T-TTGTC-ACC--AAT-ACAA--------------------------TCCGTATA--AGGT-CACATCAGAA-TG-AATATTT--GA-------TAAAC-CAAATTCAA-ATGGT--TGCATGTTGGCAAAATT------G-----TTTGAGGTAGGAATAAG-TGGCA-------TGAGTGA--GTCAATC---TT-GGA---------AGTGTTTCAGATAATGACTTC-CAAAGGAAT-TG-T-------TGAAT--TT-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTGGAAGCATGTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCA-C----------GAAGT-GCATG--ATGAC---GTGA--CCCTTT-A-CA-GGATGT-------CTT---CA--GGT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATAGGA--------GCA-GATCTATC-----AAAG-AAATGGTT-TTAATCcag
gi|5 : tGATTAAAAAC-CC--G---TCTTT--GATCCAC-TCCG-ATATTGCT---G-ACATCCACTCAAGC-ACAAAGATCTG------------AAGACATTCAGTATA--A-------------A-T--TACTTT-----ATA----TAAAC-CAA--TGAA-ATTGT--C-AC-T--GGCAAAAT------AG-----TAGGTAGTAATTACAAG-CGACA----------------GTCAGTC---CT-GAGGCATTACAGA----------TAATGACTTC-AGAAGGAAT-TG-TAAA-TGACGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGCAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGATCGT-A------GGTCATCGTAGGTCACGGAAGT-GTGTG--ATGAC---CTGA--CCCTAT-A-GG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTGGT-------GACATTATAGAAT--------ATCGGA--------GTA-G----ATC-----AAAG-ATCTGGTT-TTAATCagg
gi|6 : ttGATTAAAT-C-CA--GA--TCTTT--GATCCAC-CCCA-ATATT-CT---T-ATATC-ACT----------------------------GAAGGCATCCCAGGTT--GGGT-CACATAAGAA-TG-AATTTT-------A--GA-AAAA-CAA--T-----TCGA--C-AC-T--GACAAA--TT----CG-----ACGGCAGTAGAAACAAG-TGACA----------------GTCAATC---CC-AAA---------A----------CA-----TTC-TGCAGGAAA-TG-TAAT-GGCTGAAT--TTTAA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTC-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---GAGA--CCCTAT-C-GG-GGATGT-------CTT---CA--GAC-C-TTTGAATT-AGCGACTT--CAGAAT--------ATCaa
gi|7 : ctGACATCCTGTATACAGGGT-CACATCAGAG-TG-AACTTT-------A--GATAAAC-TAA--TCAA-A--------------------ATT------G-----TTGGCGGTAAAAATAAG-TGACA----------------GTGAATC---CT-GAA---------G----------TAA---CTTT-CGAAGGGTC-CG-TAAAATGCTGAAT--TC-AA-CATACAA----GAA-TA-------A-CTGGTT-CTTGTAGACGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT---------GT------------------T-TCATC--TCGAT---GT-----------------------------CTT---CA--GAT-C-ATTGTACT------CAT--CAGAAT--------ATTGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATCT-GTT-TTAATC
gi|8 : atAAT-TGCTGAAT--TC-AATCATTCAA----GGAGTA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTATACAAGCATTTGAGTTGG-A-TGACCTT-A-------GTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---ATG----------A-TG-GGATGTTGGATTGCTT---CAAGAATGC-TTTGTGTT-AGCAACAT--CATAAT--------ATTGCA--------G-G-G----ATC------AAG-ATGTAGTTGTTAAT
gi|9 : tggattaatgattctctacataacaactatatagGATTAACA-C-CA--GA--TCTTT--GGTCCAA-TCTG-ATATT-CT---G-ATGTT-GCT--AAT-ACAAAGATCTG------------AAAACA-----------------AC---AGTG-TG-CACTT--------A--GATAAAT--AA--TCAA-ATTGT--TGCA-G--GCCAAA---T----CG-----TTGGTGATAGGAATAAG-TG-C--------C-----A--GTCAGTC---CC-GAAGTGTTCCACA----------TAATGACTTT-TAAACAAAA-TG-GAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-tag
Alignments
lowQualScore : 444444444444 11 44444444444 11 3333333333 333333333333333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11111111 1111111111 11111111 11111111 11111
lowQualScore : 2 2 33 33 33 2 2 2 66666 7 6666 4 77 000000000000 0 2 00 3 3 77 1 33333333333 0 3 00 3 5 9999999999 555555555555555 4 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 3 0 33 55 3 3 7777 4 4 4 4 4 3 3 99999999 5555555555 2 33 5555 33 0 0 2 4444 9999999 777 33 2 2 0 88888 33 11111111 1 88888888 4 8888 00000 4 1 4
lowQualScore : . . .. .. .. . . . ..... . .... . .. ............ . . .. . . .. . ........... . . .. . . .......... ............... . . .................................................... . . . . .. .. . . .... . . . . . . . ........ .......... . .. .... .. . . . .... ....... ... .. . . . ..... .. ........ . ........ . .... ..... . . .
lowQualScore : 7 7 77 77 77 5 5 7 00000 3 8888 0 33 999999999999 5 5 00 6 3 66 0 11111111111 4 6 00 6 7 8888888888 333333333333333 0 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6 4 77 00 6 6 0000 0 0 0 0 0 6 6 33333333 4444444444 9 99 6666 99 6 3 9 4444 3333333 999 99 9 9 1 11111 99 22222222 2 55555555 0 5555 00000 0 0 4
consensus : GATTAAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CTG-A---TGTC-GCT--AAT-ACAAAGATCTG----------TGAAGACATCCCGTATA--GGGT-CACATCAG-AATGA-ACTT---T----A--TAGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAATTT----CG-----TTGGCGGTAGGAATAAG-TGACA-------C-----A--GTCAATC---CC-GAA---------A----------TAATGACTTC-CGAAGGAAC-CG-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---GTGA--CCCTAT-A-CG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATCGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATNTGGTT-TTAATC
Reference ( family-3923 ) : GATTAAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CTG-A---TGTC-GCT--AAT-ACAAAGATCTG----------TGAAGACATCCCGTATA--GGGT-CACATCAG-AATGN-ACTT---T----A-ATAGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAATTT----CG-----TTGGCGGTAGGAATAAG-TGACA-------C-----A--GTCAATC---CC-GAA---------A----------TAATGACTTC-CGAAGGAAC-CG-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---GTGA--CCCTAT-A-CG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATCGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATNTGGTT-TTAATC
gi|1 : GATTAAAA-C-CATAAA--TCTT---GATCTGC-TTCA-AT-TT-CTG-C---AGTCCGCT--A-T-GCAAAGATCTGACA-------TGAATACACCCCGTATATAGGGTTCACATCAA-CATAACACTT---TTTAAA-ATAGATAAAC-CA---TCAATAT-GT--C-CA-G--GGCAAAATCT----TAATCAATTGGCAGTAG-AATAAAATGACA-------C-----ACAGTCAATC---CTTGAAC--------A----------TAATGA-TTC-CAAAGGAACACACTAAA-TGCTGAATATTC-AA-CAGGTAAATTTGAA-TA-GGTTGGACTTGGTTTCTAGTAG--GCATTTGA-TTGGCA-TGATCTTTAC-----GGTCACC----------ACAGTCGCAT---CTGAC----TGA--CCTTAT-A-CA-AGATGT-------CTTT--CA--GAT-CATTTGC-TT-AACAATAT--CAGAATGATCAATTATCAGT--------GTGAG----A-------GAAG-ATATGGTT-TTCATC
gi|10 : gttCA-------A-----A--GT--ATT---CC-GGATAT------A----------TATTGACTTTTCGAGGAAAC-TG-TGAA-TGCTGAAT--TG-AG-GATTTTA----GAA-TCTAGTTTGA-CT-GTT-CTTATAGAAGCACTTGG-TGGG-ATTAACCTTAA------GATCGCCA---------AAAGT-GCATG--C-GACTTAGTTACCCCCTAT-GTCG-G--T-T-------CCTGTGCC--GAT-A-TTTGCATT----TACAT--CAGAAT--------ATag
gi|11 : aagttaaatccCCAC-TTCG-ATATT-CTC-A---TATC-TCT--TGT-ACAAATATCTA------------AAGACATCTCATTAA--GGGT-CAT----G-AATGA-ACTT--------A-ATG--TAAAC-CAA--TCGA-ATCGT--T-GC-G--GACAAA--TT----CG-----TTGATTGTAGGAATGAA-TGGCAAT-----C-----A--ATGAGTCTTTCT-GT---------------------TAATGACATC-CAAAGGAAC-CG-TAAA-TGTTAAAT--TC-AA-
gi|12 : cGATTTAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATTACC-TCTG-ATATT-CTT-AATATGTT-GCC--AGT-AGAAATGTCTGAAGCCCAGTATGAAGACATCACATCTA--GGGT-CAAATCAG-AATGA-AATT-----------TAGATAA
gi|13 : ggtatgttaagaagacatactcaatcagtctcaatctTGA-TTGGTT-GTGGTAGAAGCATTTGA-ATGA-A-TGACCTT-ACATGTAGGTCACC----------AACGT-GCATG--CTGAC---GTGA--ACTTAC-G-CG-TGAAGT-------CAT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AAAGATAT--CAAAAT--------ATAGGA--------GCG-G----ATC-----AAAT-ATCTGATT-TTAAT
gi|14 : ----------TGAAGACTTTCCTTATA--AGGT-CACATCAGGAATGC----------------TAGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGTTGC-TA-----GCAAAA--T----CA-----TTGGCGGTAGGAATAta
gi|14 : tcGATCAAAG-C-CA--GA--TTTTT--TACCCGC-TCCA-TTATA-CTG-cccagtataatggagcgggtaaaaaatctggctttgatcagatatagcttacaaa
gi|15 : tctgaagactttccttataaggtcacatcaggaatgctagataaaccaatcaaatcgttgctagcaaaatcattggcggtaggaataccATATCAG-AATG--ACCTACAT----ATATAGATAAAC-CAA--TCAA-GTCAT--C-AT-T--GGCAAAA--T----CA-----TTGGCAGTAGGAGTAAG-TGAGAGTGAATCC-----A--ATAAATT---TC-AGG---------A----------GAACGATTTC-TGACGGAAC-CA-TAagatatagcttacaaa
gi|16 : -A-TAACCTTTA------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---GTGA--TCCTAT-A-CA-GAATAC-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AGCAAAAT--CAGGAT--------ATTGGA--------GCG-G----ATG-----AAAG-ATATGA-T-TTAATcaggtttgatggtt
gi|17 : tCACC----------AAAGT-GCACC--CTGAT---GTGA--CCCTAT-A-CT-GAATCT-------CCT---AA--GAC-A-TTTGTAT-----------------T--------ATCAGA--------GCA-G----ATA-----AAAG-ATCTG
gi|18 : ATCAAAA-T-CA--GACTTCTTT--GATCCGCGTACG-ACAt
gi|19 : atttaatgtcggacttcaacaacgtatccgcgccgtatactctg----------AATGT-GCATG--CTGTC---TAGA--CA-TGT-A-CA-GGCTAT-------CTT---CA---AT-A-TTTGTGTT-AGCCACAT--CAGGAT--------AT
gi|2 : tttggtttttGATTAAAA-C-CA--AA--TCTTT--GATCTGC-TTCA-ATATT-CTGCA---TGTC-GCT--AAT-GCAAAGATCTGCA--------TGAATACACCCCGTATA--GGGT-CACATCAA-CATAC-ACTT---TTTAAA-ATAGATAAAC-CAA--TCAA-ATTGT--C-CA-G--GGCAAAATCTTAATCA-----TTGGCAGTAGGAATAAA-TGACA-------C-----ACAGTCAATC---CT-GAA---------A----------TAATGACTTC-CAAAGGAAC-CA-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAAATTTGAA-TA-GGTTGGA-TTGGTT-CTAGTAGAGGCATTTGA-TTGG-A-TGATCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---ATGA--CCTTAT-A-CA-AGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGCATT-AACAATAT--CAGAAT--------ATCAGATTATCAGTGTG-G----AGC-----AGAG-ATATGGTT-TTCATC
gi|20 : ATTAAAA-CGCA--AA--TCTTT--GACCCGC-TCCG--T-TT-CTG-A---TGTC-GCT--AATGACAAAAATCTG----------CG
gi|21 : tga------GGTCACT----------CAAGT-GCCTT--TTCAC---ATGA--GCCTGT-A-TT-GGTTGT-------TTT---CA--TAT-C-TTTTTATT-GACGACAT--CAGActcatgcatat
gi|22 : GATTACAA-C-CA--GG--TCTTT--GATCCAC-TCTG-ATATT-Ctt
gi|23 : attagATTAAAA-T-CA--GA--CTTTTGAGACCCGC-GCCGTATACT-CTG-agcctgaaattattaaat
gi|24 : atcttacgGATTAAAG-A-CA--GA--CCATT--GATC-GC-TCCT-ATATT-CTG-A---Ttagattg
gi|25 : AA-C-GA--GA--TTTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CTG-A---TGTC-aa
gi|3 : ggGATAAAAA-C-CA--GA--CAATC--GATCCAC-GTGG-ATATT-CTT-T---TGTC-ACC--AAT-ACAA---------------------------TCGTA-A--AGGT-CACATCAG-AATGA-ATAT---T---------GATAAACACAAATTCAA-ATGGT--TGCATGTTGGCAAAATT------G-----TTTGAGGTAGGAATAAG-TGGCA-------TGATG-A--GTCAATC---TG-GAAGTGTTCAG-A----------TAATGACTTC-AAAAGGAAT-TG-T--------GAAT--TT-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTGGAAGCATGTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACG----------AAAGT-GCATGAAATGAC---GTGA--CCCTTTAA-CGAAGATGT-------CTT---CA--GGT-C-TTTGTATTAAACGACAT--CAGAAT--------ATAGGAG-------GCA-A----ATCTATCAAAAGAAACTGGTT-TTAA
gi|4 : ctGATTAAAA-C-CA--GA--CAATC--GATCCAC-TGTG-ATATT-CTT-T---TGTC-ACC--AAT-ACAA--------------------------TCCGTATA--AGGT-CACATCAG-AATGA-A------T----A-TTTGATAAAC-CAAATTCAA-ATGGT--TGCATGTTGGCAAAATT------G-----TTTGAGGTAGGAATAAG-TGGCA-------TGAGTGA--GTCAATC---TT-GGA---------AGTGTTTCAGATAATGACTTC-CAAAGGAAT-TG-T-------TGAAT--TT-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTGGAAGCATGTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCA-C----------GAAGT-GCATG--ATGAC---GTGA--CCCTTT-A-CA-GGATGT-------CTT---CA--GGT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATAGGA--------GCA-GATCTATC-----AAAG-AAATGGTT-TTAATCcag
gi|5 : tGATTAAAAAC-CC--G---TCTTT--GATCCAC-TCCG-ATATTGCTG-A---CATCCACTCAAGC-ACAAAGATCTG------------AAGACATTCAGTATA----------------AAT-T-ACTT---T----A--TA--TAAAC-CAA--TGAA-ATTGT--C-AC-T--GGCAAAAT------AG-----TAGGTAGTAATTACAAG-CGACA----------------GTCAGTC---CT-GAGGCATTACAGA----------TAATGACTTC-AGAAGGAAT-TG-TAAA-TGACGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGCAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGATCGT-A------GGTCATCGTAGGTCACGGAAGT-GTGTG--ATGAC---CTGA--CCCTAT-A-GG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTGGT-------GACATTATAGAAT--------ATCGGA--------GTA-G----ATC-----AAAG-ATCTGGTT-TTAATCagg
gi|6 : ttGATTAAAT-C-CA--GA--TCTTT--GATCCAC-CCCA-ATATT-CTT-A---TATC-ACT----------------------------GAAGGCATCCCAGGTT--GGGT-CACATAAG-AATGA-ATTT---T----A----GA-AAAA-CAA--T-----TCGA--C-AC-T--GACAAA--TT----CG-----ACGGCAGTAGAAACAAG-TGACA----------------GTCAATC---CC-AAA---------A----------CA-----TTC-TGCAGGAAA-TG-TAAT-GGCTGAAT--TTTAA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTC-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---GAGA--CCCTAT-C-GG-GGATGT-------CTT---CA--GAC-C-TTTGAATT-AGCGACTT--CAGAAT--------ATCaa
gi|7 : ctGACATCCTGTATACAGGGT-CACATCAG-AGTGA-ACTT---T----A----GATAAAC-TAA--TCAA-A--------------------ATT------G-----TTGGCGGTAAAAATAAG-TGACA----------------GTGAATC---CT-GAA---------G----------TAA---CTTT-CGAAGGGTC-CG-TAAAATGCTGAAT--TC-AA-CATACAA----GAA-TA-------A-CTGGTT-CTTGTAGACGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT---------GT------------------T-TCATC--TCGAT---GT-----------------------------CTT---CA--GAT-C-ATTGTACT------CAT--CAGAAT--------ATTGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATCT-GTT-TTAATC
gi|8 : atAAT-TGCTGAAT--TC-AATCATTCAA----GGAGTA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTATACAAGCATTTGAGTTGG-A-TGACCTT-A-------GTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---ATG----------A-TG-GGATGTTGGATTGCTT---CAAGAATGC-TTTGTGTT-AGCAACAT--CATAAT--------ATTGCA--------G-G-G----ATC------AAG-ATGTAGTTGTTAAT
gi|9 : tggattaatgattctctacataacaactatatagGATTAACA-C-CA--GA--TCTTT--GGTCCAA-TCTG-ATATT-CTG-A---TGTT-GCT--AAT-ACAAAGATCTG------------AAAACA------ACA--GTGT-------------GC-ACTT------------AGATAAAT--AA--TCAA-ATTGT--TGCA-G--GCCAAA---T----CG-----TTGGTGATAGGAATAAG-TG-C--------C-----A--GTCAGTC---CC-GAAGTGTTCCACA----------TAATGACTTT-TAAACAAAA-TG-GAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-tag
Alignments
lowQualScore : 444444444444 11 33333333333333 11 3333333333 333333333333333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11111111 1111111111 11111111 11111111 11111
lowQualScore : 2 2 33 33 33 2 2 2 66666 7 6666 4 77 000000000000 0 2 00 3 3 4444 22222222222222 3 00 3 5 9999999999 555555555555555 4 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 3 0 33 55 3 3 7777 4 4 4 4 4 3 3 99999999 5555555555 2 33 5555 33 0 0 2 4444 9999999 777 33 2 2 0 88888 33 11111111 1 88888888 4 8888 00000 4 1 4
lowQualScore : . . .. .. .. . . . ..... . .... . .. ............ . . .. . . .... .............. . .. . . .......... ............... . . .................................................... . . . . .. .. . . .... . . . . . . . ........ .......... . .. .... .. . . . .... ....... ... .. . . . ..... .. ........ . ........ . .... ..... . . .
lowQualScore : 7 7 77 77 77 5 5 7 00000 3 8888 0 33 999999999999 5 5 00 6 3 7777 99999999999999 6 00 6 7 8888888888 333333333333333 0 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6 4 77 00 6 6 0000 0 0 0 0 0 6 6 33333333 4444444444 9 99 6666 99 6 3 9 4444 3333333 999 99 9 9 1 11111 99 22222222 2 55555555 0 5555 00000 0 0 4
consensus : GATTAAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CTG-A---TGTC-GCT--AAT-ACAAAGATCTG----------TGAAGACATCCCGTATA--GGGT-CACATCAG-AATGA-AC-T---T-T-----ATAGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAATTT----CG-----TTGGCGGTAGGAATAAG-TGACA-------C-----A--GTCAATC---CC-GAA---------A----------TAATGACTTC-CGAAGGAAC-CG-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---GTGA--CCCTAT-A-CG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATCGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATNTGGTT-TTAATC
Reference ( family-3923 ) : GATTAAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CTG-A---TGTC-GCT--AAT-ACAAAGATCTG----------TGAAGACATCCCGTATA--GGGT-CACATCAG-AATGA-AC-T---T-T-----ATAGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAATTT----CG-----TTGGCGGTAGGAATAAG-TGACA-------C-----A--GTCAATC---CC-GAA---------A----------TAATGACTTC-CGAAGGAAC-CG-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---GTGA--CCCTAT-A-CG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATCGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATNTGGTT-TTAATC
gi|1 : GATTAAAA-C-CATAAA--TCTT---GATCTGC-TTCA-AT-TT-CTG-C---AGTCCGCT--A-T-GCAAAGATCTGACA-------TGAATACACCCCGTATATAGGGTTCACATCAA-CATAACAC-T---T-TTTAAAATAGATAAAC-CA---TCAATAT-GT--C-CA-G--GGCAAAATCT----TAATCAATTGGCAGTAG-AATAAAATGACA-------C-----ACAGTCAATC---CTTGAAC--------A----------TAATGA-TTC-CAAAGGAACACACTAAA-TGCTGAATATTC-AA-CAGGTAAATTTGAA-TA-GGTTGGACTTGGTTTCTAGTAG--GCATTTGA-TTGGCA-TGATCTTTAC-----GGTCACC----------ACAGTCGCAT---CTGAC----TGA--CCTTAT-A-CA-AGATGT-------CTTT--CA--GAT-CATTTGC-TT-AACAATAT--CAGAATGATCAATTATCAGT--------GTGAG----A-------GAAG-ATATGGTT-TTCATC
gi|10 : gttCA-------A-----A--GT--ATT---CC-GGATAT------A----------TATTGACTTTTCGAGGAAAC-TG-TGAA-TGCTGAAT--TG-AG-GATTTTA----GAA-TCTAGTTTGA-CT-GTT-CTTATAGAAGCACTTGG-TGGG-ATTAACCTTAA------GATCGCCA---------AAAGT-GCATG--C-GACTTAGTTACCCCCTAT-GTCG-G--T-T-------CCTGTGCC--GAT-A-TTTGCATT----TACAT--CAGAAT--------ATag
gi|11 : aagttaaatccCCAC-TTCG-ATATT-CTC-A---TATC-TCT--TGT-ACAAATATCTA------------AAGACATCTCATTAA--GGGT-CAT----G-AATGA-AC-T---T-A-----ATG--TAAAC-CAA--TCGA-ATCGT--T-GC-G--GACAAA--TT----CG-----TTGATTGTAGGAATGAA-TGGCAAT-----C-----A--ATGAGTCTTTCT-GT---------------------TAATGACATC-CAAAGGAAC-CG-TAAA-TGTTAAAT--TC-AA-
gi|12 : cGATTTAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATTACC-TCTG-ATATT-CTT-AATATGTT-GCC--AGT-AGAAATGTCTGAAGCCCAGTATGAAGACATCACATCTA--GGGT-CAAATCAG-AATGA-AA-T---T--------TAGATAA
gi|13 : ggtatgttaagaagacatactcaatcagtctcaatctTGA-TTGGTT-GTGGTAGAAGCATTTGA-ATGA-A-TGACCTT-ACATGTAGGTCACC----------AACGT-GCATG--CTGAC---GTGA--ACTTAC-G-CG-TGAAGT-------CAT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AAAGATAT--CAAAAT--------ATAGGA--------GCG-G----ATC-----AAAT-ATCTGATT-TTAAT
gi|14 : ----------TGAAGACTTTCCTTATA--AGGT-CACATCAGGAATG---C-T-------------AGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGTTGC-TA-----GCAAAA--T----CA-----TTGGCGGTAGGAATAta
gi|14 : tcGATCAAAG-C-CA--GA--TTTTT--TACCCGC-TCCA-TTATA-CTG-cccagtataatggagcgggtaaaaaatctggctttgatcagatatagcttacaaa
gi|15 : tctgaagactttccttataaggtcacatcaggaatgctagataaaccaatcaaatcgttgctagcaaaatcattggcggtaggaataccATATCAG-AATGA-CC-TACATAT-----ATAGATAAAC-CAA--TCAA-GTCAT--C-AT-T--GGCAAAA--T----CA-----TTGGCAGTAGGAGTAAG-TGAGAGTGAATCC-----A--ATAAATT---TC-AGG---------A----------GAACGATTTC-TGACGGAAC-CA-TAagatatagcttacaaa
gi|16 : -A-TAACCTTTA------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---GTGA--TCCTAT-A-CA-GAATAC-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AGCAAAAT--CAGGAT--------ATTGGA--------GCG-G----ATG-----AAAG-ATATGA-T-TTAATcaggtttgatggtt
gi|17 : tCACC----------AAAGT-GCACC--CTGAT---GTGA--CCCTAT-A-CT-GAATCT-------CCT---AA--GAC-A-TTTGTAT-----------------T--------ATCAGA--------GCA-G----ATA-----AAAG-ATCTG
gi|18 : ATCAAAA-T-CA--GACTTCTTT--GATCCGCGTACG-ACAt
gi|19 : atttaatgtcggacttcaacaacgtatccgcgccgtatactctg----------AATGT-GCATG--CTGTC---TAGA--CA-TGT-A-CA-GGCTAT-------CTT---CA---AT-A-TTTGTGTT-AGCCACAT--CAGGAT--------AT
gi|2 : tttggtttttGATTAAAA-C-CA--AA--TCTTT--GATCTGC-TTCA-ATATT-CTGCA---TGTC-GCT--AAT-GCAAAGATCTGCA--------TGAATACACCCCGTATA--GGGT-CACATCAA-CATAC-AC-T---T-TTTAAAATAGATAAAC-CAA--TCAA-ATTGT--C-CA-G--GGCAAAATCTTAATCA-----TTGGCAGTAGGAATAAA-TGACA-------C-----ACAGTCAATC---CT-GAA---------A----------TAATGACTTC-CAAAGGAAC-CA-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAAATTTGAA-TA-GGTTGGA-TTGGTT-CTAGTAGAGGCATTTGA-TTGG-A-TGATCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---ATGA--CCTTAT-A-CA-AGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGCATT-AACAATAT--CAGAAT--------ATCAGATTATCAGTGTG-G----AGC-----AGAG-ATATGGTT-TTCATC
gi|20 : ATTAAAA-CGCA--AA--TCTTT--GACCCGC-TCCG--T-TT-CTG-A---TGTC-GCT--AATGACAAAAATCTG----------CG
gi|21 : tga------GGTCACT----------CAAGT-GCCTT--TTCAC---ATGA--GCCTGT-A-TT-GGTTGT-------TTT---CA--TAT-C-TTTTTATT-GACGACAT--CAGActcatgcatat
gi|22 : GATTACAA-C-CA--GG--TCTTT--GATCCAC-TCTG-ATATT-Ctt
gi|23 : attagATTAAAA-T-CA--GA--CTTTTGAGACCCGC-GCCGTATACT-CTG-agcctgaaattattaaat
gi|24 : atcttacgGATTAAAG-A-CA--GA--CCATT--GATC-GC-TCCT-ATATT-CTG-A---Ttagattg
gi|25 : AA-C-GA--GA--TTTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CTG-A---TGTC-aa
gi|3 : ggGATAAAAA-C-CA--GA--CAATC--GATCCAC-GTGG-ATATT-CTT-T---TGTC-ACC--AAT-ACAA---------------------------TCGTA-A--AGGT-CACATCAG-AATGA-A--------T-----ATTGATAAACACAAATTCAA-ATGGT--TGCATGTTGGCAAAATT------G-----TTTGAGGTAGGAATAAG-TGGCA-------TGATG-A--GTCAATC---TG-GAAGTGTTCAG-A----------TAATGACTTC-AAAAGGAAT-TG-T--------GAAT--TT-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTGGAAGCATGTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACG----------AAAGT-GCATGAAATGAC---GTGA--CCCTTTAA-CGAAGATGT-------CTT---CA--GGT-C-TTTGTATTAAACGACAT--CAGAAT--------ATAGGAG-------GCA-A----ATCTATCAAAAGAAACTGGTT-TTAA
gi|4 : ctGATTAAAA-C-CA--GA--CAATC--GATCCAC-TGTG-ATATT-CTT-T---TGTC-ACC--AAT-ACAA--------------------------TCCGTATA--AGGT-CACATCAG-AATGA-ATAT---T-T--------GATAAAC-CAAATTCAA-ATGGT--TGCATGTTGGCAAAATT------G-----TTTGAGGTAGGAATAAG-TGGCA-------TGAGTGA--GTCAATC---TT-GGA---------AGTGTTTCAGATAATGACTTC-CAAAGGAAT-TG-T-------TGAAT--TT-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTGGAAGCATGTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCA-C----------GAAGT-GCATG--ATGAC---GTGA--CCCTTT-A-CA-GGATGT-------CTT---CA--GGT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATAGGA--------GCA-GATCTATC-----AAAG-AAATGGTT-TTAATCcag
gi|5 : tGATTAAAAAC-CC--G---TCTTT--GATCCAC-TCCG-ATATTGCTG-A---CATCCACTCAAGC-ACAAAGATCTG------------AAGACATTCAGTATA----------------AATTA--C-T---T-T-----ATA--TAAAC-CAA--TGAA-ATTGT--C-AC-T--GGCAAAAT------AG-----TAGGTAGTAATTACAAG-CGACA----------------GTCAGTC---CT-GAGGCATTACAGA----------TAATGACTTC-AGAAGGAAT-TG-TAAA-TGACGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGCAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGATCGT-A------GGTCATCGTAGGTCACGGAAGT-GTGTG--ATGAC---CTGA--CCCTAT-A-GG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTGGT-------GACATTATAGAAT--------ATCGGA--------GTA-G----ATC-----AAAG-ATCTGGTT-TTAATCagg
gi|6 : ttGATTAAAT-C-CA--GA--TCTTT--GATCCAC-CCCA-ATATT-CTT-A---TATC-ACT----------------------------GAAGGCATCCCAGGTT--GGGT-CACATAAG-AATGA-AT-T---T-T-----A--GA-AAAA-CAA--T-----TCGA--C-AC-T--GACAAA--TT----CG-----ACGGCAGTAGAAACAAG-TGACA----------------GTCAATC---CC-AAA---------A----------CA-----TTC-TGCAGGAAA-TG-TAAT-GGCTGAAT--TTTAA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTC-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---GAGA--CCCTAT-C-GG-GGATGT-------CTT---CA--GAC-C-TTTGAATT-AGCGACTT--CAGAAT--------ATCaa
gi|7 : ctGACATCCTGTATACAGGGT-CACATCAG-AGTGA-AC-T---T-T-----A--GATAAAC-TAA--TCAA-A--------------------ATT------G-----TTGGCGGTAAAAATAAG-TGACA----------------GTGAATC---CT-GAA---------G----------TAA---CTTT-CGAAGGGTC-CG-TAAAATGCTGAAT--TC-AA-CATACAA----GAA-TA-------A-CTGGTT-CTTGTAGACGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT---------GT------------------T-TCATC--TCGAT---GT-----------------------------CTT---CA--GAT-C-ATTGTACT------CAT--CAGAAT--------ATTGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATCT-GTT-TTAATC
gi|8 : atAAT-TGCTGAAT--TC-AATCATTCAA----GGAGTA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTATACAAGCATTTGAGTTGG-A-TGACCTT-A-------GTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---ATG----------A-TG-GGATGTTGGATTGCTT---CAAGAATGC-TTTGTGTT-AGCAACAT--CATAAT--------ATTGCA--------G-G-G----ATC------AAG-ATGTAGTTGTTAAT
gi|9 : tggattaatgattctctacataacaactatatagGATTAACA-C-CA--GA--TCTTT--GGTCCAA-TCTG-ATATT-CTG-A---TGTT-GCT--AAT-ACAAAGATCTG------------AAAACA------ACA--GTGT-------------GC-AC-T---T---------AGATAAAT--AA--TCAA-ATTGT--TGCA-G--GCCAAA---T----CG-----TTGGTGATAGGAATAAG-TG-C--------C-----A--GTCAGTC---CC-GAAGTGTTCCACA----------TAATGACTTT-TAAACAAAA-TG-GAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-tag
Alignments
lowQualScore : 444444444444 11 33333333333333 11 3333333333 333333333333333 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11111111 1111111111 11111111 11111111 11111
lowQualScore : 2 2 33 33 33 2 2 2 66666 7 6666 4 77 000000000000 0 2 00 3 3 4444 22222222222222 3 00 3 5 9999999999 555555555555555 4 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 3 0 33 55 3 3 7777 4 4 4 4 4 3 3 99999999 5555555555 2 33 5555 33 0 0 2 4444 9999999 777 33 2 2 0 88888 33 11111111 1 88888888 4 8888 00000 4 1 4
lowQualScore : . . .. .. .. . . . ..... . .... . .. ............ . . .. . . .... .............. . .. . . .......... ............... . . .................................................... . . . . .. .. . . .... . . . . . . . ........ .......... . .. .... .. . . . .... ....... ... .. . . . ..... .. ........ . ........ . .... ..... . . .
lowQualScore : 7 7 77 77 77 5 5 7 00000 3 8888 0 33 999999999999 5 5 00 6 3 7777 99999999999999 6 00 6 7 8888888888 333333333333333 0 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6 4 77 00 6 6 0000 0 0 0 0 0 6 6 33333333 4444444444 9 99 6666 99 6 3 9 4444 3333333 999 99 9 9 1 11111 99 22222222 2 55555555 0 5555 00000 0 0 4
consensus : GATTAAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CTG-A---TGTC-GCT--AAT-ACAAAGATCTG----------TGAAGACATCCCGTATA--GGGT-CACATCAG-AATGA-AC-T---T-T-----ATAGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAATTT----CG-----TTGGCGGTAGGAATAAG-TGACA-------C-----A--GTCAATC---CC-GAA---------A----------TAATGACTTC-CGAAGGAAC-CG-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---GTGA--CCCTAT-A-CG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATCGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATNTGGTT-TTAATC
Reference ( family-3923 ) : GATTAAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CTG-A---TGTC-GCT--AAT-ACAAAGATCTG----------TGAAGACATCCCGTATA--GGGT-CACATCAG-AATGA-AC-T---T-T-----ATAGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAATTT----CG-----TTGGCGGTAGGAATAAG-TGACA-------C-----A--GTCAATC---CC-GAA---------A----------TAATGACTTC-CGAAGGAAC-CG-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---GTGA--CCCTAT-A-CG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATCGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATNTGGTT-TTAATC
gi|1 : GATTAAAA-C-CATAAA--TCTT---GATCTGC-TTCA-AT-TT-CTG-C---AGTCCGCT--A-T-GCAAAGATCTGACA-------TGAATACACCCCGTATATAGGGTTCACATCAA-CATAACAC-T---T-TTTAAAATAGATAAAC-CA---TCAATAT-GT--C-CA-G--GGCAAAATCT----TAATCAATTGGCAGTAG-AATAAAATGACA-------C-----ACAGTCAATC---CTTGAAC--------A----------TAATGA-TTC-CAAAGGAACACACTAAA-TGCTGAATATTC-AA-CAGGTAAATTTGAA-TA-GGTTGGACTTGGTTTCTAGTAG--GCATTTGA-TTGGCA-TGATCTTTAC-----GGTCACC----------ACAGTCGCAT---CTGAC----TGA--CCTTAT-A-CA-AGATGT-------CTTT--CA--GAT-CATTTGC-TT-AACAATAT--CAGAATGATCAATTATCAGT--------GTGAG----A-------GAAG-ATATGGTT-TTCATC
gi|10 : gttCA-------A-----A--GT--ATT---CC-GGATAT------A----------TATTGACTTTTCGAGGAAAC-TG-TGAA-TGCTGAAT--TG-AG-GATTTTA----GAA-TCTAGTTTGA-CT-GTT-CTTATAGAAGCACTTGG-TGGG-ATTAACCTTAA------GATCGCCA---------AAAGT-GCATG--C-GACTTAGTTACCCCCTAT-GTCG-G--T-T-------CCTGTGCC--GAT-A-TTTGCATT----TACAT--CAGAAT--------ATag
gi|11 : aagttaaatccCCAC-TTCG-ATATT-CTC-A---TATC-TCT--TGT-ACAAATATCTA------------AAGACATCTCATTAA--GGGT-CAT----G-AATGA-AC-T---T-A-----ATG--TAAAC-CAA--TCGA-ATCGT--T-GC-G--GACAAA--TT----CG-----TTGATTGTAGGAATGAA-TGGCAAT-----C-----A--ATGAGTCTTTCT-GT---------------------TAATGACATC-CAAAGGAAC-CG-TAAA-TGTTAAAT--TC-AA-
gi|12 : cGATTTAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATTACC-TCTG-ATATT-CTT-AATATGTT-GCC--AGT-AGAAATGTCTGAAGCCCAGTATGAAGACATCACATCTA--GGGT-CAAATCAG-AATGA-AA-T---T--------TAGATAA
gi|13 : ggtatgttaagaagacatactcaatcagtctcaatctTGA-TTGGTT-GTGGTAGAAGCATTTGA-ATGA-A-TGACCTT-ACATGTAGGTCACC----------AACGT-GCATG--CTGAC---GTGA--ACTTAC-G-CG-TGAAGT-------CAT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AAAGATAT--CAAAAT--------ATAGGA--------GCG-G----ATC-----AAAT-ATCTGATT-TTAAT
gi|14 : ----------TGAAGACTTTCCTTATA--AGGT-CACATCAGGAATG---C-T-------------AGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGTTGC-TA-----GCAAAA--T----CA-----TTGGCGGTAGGAATAta
gi|14 : tcGATCAAAG-C-CA--GA--TTTTT--TACCCGC-TCCA-TTATA-CTG-cccagtataatggagcgggtaaaaaatctggctttgatcagatatagcttacaaa
gi|15 : tctgaagactttccttataaggtcacatcaggaatgctagataaaccaatcaaatcgttgctagcaaaatcattggcggtaggaataccATATCAG-AATGA-CC-TACATAT-----ATAGATAAAC-CAA--TCAA-GTCAT--C-AT-T--GGCAAAA--T----CA-----TTGGCAGTAGGAGTAAG-TGAGAGTGAATCC-----A--ATAAATT---TC-AGG---------A----------GAACGATTTC-TGACGGAAC-CA-TAagatatagcttacaaa
gi|16 : -A-TAACCTTTA------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---GTGA--TCCTAT-A-CA-GAATAC-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AGCAAAAT--CAGGAT--------ATTGGA--------GCG-G----ATG-----AAAG-ATATGA-T-TTAATcaggtttgatggtt
gi|17 : tCACC----------AAAGT-GCACC--CTGAT---GTGA--CCCTAT-A-CT-GAATCT-------CCT---AA--GAC-A-TTTGTAT-----------------T--------ATCAGA--------GCA-G----ATA-----AAAG-ATCTG
gi|18 : ATCAAAA-T-CA--GACTTCTTT--GATCCGCGTACG-ACAt
gi|19 : atttaatgtcggacttcaacaacgtatccgcgccgtatactctg----------AATGT-GCATG--CTGTC---TAGA--CA-TGT-A-CA-GGCTAT-------CTT---CA---AT-A-TTTGTGTT-AGCCACAT--CAGGAT--------AT
gi|2 : tttggtttttGATTAAAA-C-CA--AA--TCTTT--GATCTGC-TTCA-ATATT-CTGCA---TGTC-GCT--AAT-GCAAAGATCTGCA--------TGAATACACCCCGTATA--GGGT-CACATCAA-CATAC-AC-T---T-TTTAAAATAGATAAAC-CAA--TCAA-ATTGT--C-CA-G--GGCAAAATCTTAATCA-----TTGGCAGTAGGAATAAA-TGACA-------C-----ACAGTCAATC---CT-GAA---------A----------TAATGACTTC-CAAAGGAAC-CA-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAAATTTGAA-TA-GGTTGGA-TTGGTT-CTAGTAGAGGCATTTGA-TTGG-A-TGATCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---ATGA--CCTTAT-A-CA-AGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGCATT-AACAATAT--CAGAAT--------ATCAGATTATCAGTGTG-G----AGC-----AGAG-ATATGGTT-TTCATC
gi|20 : ATTAAAA-CGCA--AA--TCTTT--GACCCGC-TCCG--T-TT-CTG-A---TGTC-GCT--AATGACAAAAATCTG----------CG
gi|21 : tga------GGTCACT----------CAAGT-GCCTT--TTCAC---ATGA--GCCTGT-A-TT-GGTTGT-------TTT---CA--TAT-C-TTTTTATT-GACGACAT--CAGActcatgcatat
gi|22 : GATTACAA-C-CA--GG--TCTTT--GATCCAC-TCTG-ATATT-Ctt
gi|23 : attagATTAAAA-T-CA--GA--CTTTTGAGACCCGC-GCCGTATACT-CTG-agcctgaaattattaaat
gi|24 : atcttacgGATTAAAG-A-CA--GA--CCATT--GATC-GC-TCCT-ATATT-CTG-A---Ttagattg
gi|25 : AA-C-GA--GA--TTTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CTG-A---TGTC-aa
gi|3 : ggGATAAAAA-C-CA--GA--CAATC--GATCCAC-GTGG-ATATT-CTT-T---TGTC-ACC--AAT-ACAA---------------------------TCGTA-A--AGGT-CACATCAG-AATGA-A--------T-----ATTGATAAACACAAATTCAA-ATGGT--TGCATGTTGGCAAAATT------G-----TTTGAGGTAGGAATAAG-TGGCA-------TGATG-A--GTCAATC---TG-GAAGTGTTCAG-A----------TAATGACTTC-AAAAGGAAT-TG-T--------GAAT--TT-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTGGAAGCATGTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACG----------AAAGT-GCATGAAATGAC---GTGA--CCCTTTAA-CGAAGATGT-------CTT---CA--GGT-C-TTTGTATTAAACGACAT--CAGAAT--------ATAGGAG-------GCA-A----ATCTATCAAAAGAAACTGGTT-TTAA
gi|4 : ctGATTAAAA-C-CA--GA--CAATC--GATCCAC-TGTG-ATATT-CTT-T---TGTC-ACC--AAT-ACAA--------------------------TCCGTATA--AGGT-CACATCAG-AATGA-ATAT---T-T--------GATAAAC-CAAATTCAA-ATGGT--TGCATGTTGGCAAAATT------G-----TTTGAGGTAGGAATAAG-TGGCA-------TGAGTGA--GTCAATC---TT-GGA---------AGTGTTTCAGATAATGACTTC-CAAAGGAAT-TG-T-------TGAAT--TT-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTGGAAGCATGTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCA-C----------GAAGT-GCATG--ATGAC---GTGA--CCCTTT-A-CA-GGATGT-------CTT---CA--GGT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATAGGA--------GCA-GATCTATC-----AAAG-AAATGGTT-TTAATCcag
gi|5 : tGATTAAAAAC-CC--G---TCTTT--GATCCAC-TCCG-ATATTGCTG-A---CATCCACTCAAGC-ACAAAGATCTG------------AAGACATTCAGTATA----------------AATTA--C-T---T-T-----ATA--TAAAC-CAA--TGAA-ATTGT--C-AC-T--GGCAAAAT------AG-----TAGGTAGTAATTACAAG-CGACA----------------GTCAGTC---CT-GAGGCATTACAGA----------TAATGACTTC-AGAAGGAAT-TG-TAAA-TGACGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGCAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGATCGT-A------GGTCATCGTAGGTCACGGAAGT-GTGTG--ATGAC---CTGA--CCCTAT-A-GG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTGGT-------GACATTATAGAAT--------ATCGGA--------GTA-G----ATC-----AAAG-ATCTGGTT-TTAATCagg
gi|6 : ttGATTAAAT-C-CA--GA--TCTTT--GATCCAC-CCCA-ATATT-CTT-A---TATC-ACT----------------------------GAAGGCATCCCAGGTT--GGGT-CACATAAG-AATGA-AT-T---T-T-----A--GA-AAAA-CAA--T-----TCGA--C-AC-T--GACAAA--TT----CG-----ACGGCAGTAGAAACAAG-TGACA----------------GTCAATC---CC-AAA---------A----------CA-----TTC-TGCAGGAAA-TG-TAAT-GGCTGAAT--TTTAA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTC-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---GAGA--CCCTAT-C-GG-GGATGT-------CTT---CA--GAC-C-TTTGAATT-AGCGACTT--CAGAAT--------ATCaa
gi|7 : ctGACATCCTGTATACAGGGT-CACATCAG-AGTGA-AC-T---T-T-----A--GATAAAC-TAA--TCAA-A--------------------ATT------G-----TTGGCGGTAAAAATAAG-TGACA----------------GTGAATC---CT-GAA---------G----------TAA---CTTT-CGAAGGGTC-CG-TAAAATGCTGAAT--TC-AA-CATACAA----GAA-TA-------A-CTGGTT-CTTGTAGACGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT---------GT------------------T-TCATC--TCGAT---GT-----------------------------CTT---CA--GAT-C-ATTGTACT------CAT--CAGAAT--------ATTGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATCT-GTT-TTAATC
gi|8 : atAAT-TGCTGAAT--TC-AATCATTCAA----GGAGTA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTATACAAGCATTTGAGTTGG-A-TGACCTT-A-------GTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---ATG----------A-TG-GGATGTTGGATTGCTT---CAAGAATGC-TTTGTGTT-AGCAACAT--CATAAT--------ATTGCA--------G-G-G----ATC------AAG-ATGTAGTTGTTAAT
gi|9 : tggattaatgattctctacataacaactatatagGATTAACA-C-CA--GA--TCTTT--GGTCCAA-TCTG-ATATT-CTG-A---TGTT-GCT--AAT-ACAAAGATCTG------------AAAACA------ACA--GTGT-------------GC-AC-T---T---------AGATAAAT--AA--TCAA-ATTGT--TGCA-G--GCCAAA---T----CG-----TTGGTGATAGGAATAAG-TG-C--------C-----A--GTCAGTC---CC-GAAGTGTTCCACA----------TAATGACTTT-TAAACAAAA-TG-GAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-tag
blockSeqs : A G . CT GA G T G AATA C CAAG G AT AAGCCCAGTATG T CA . G ATA TTTTAAAATA A AT . C TGCATGTT ATCTTAATCA . TGAGTGAGTCAATCTTGGAAGTGTTTCAGA T . . AA . T T ATTT G T . . G . T ACATGTA GTAGGTCACG . AA TTAG CC A TCG TGGATTG GTG AG G . AAACG TA . A TTATCAGT . ATCT TATCA A C G
blockSeqs : . . . . . . . . CA . TG . AT CATG T . . . AC ACATATATA . AT . C TGCATGTT TTCG . TGATGAGTCAATCTGGAAGTGTTCAGA . . . A . . . . . . . . . . . AA A . . G . . CGA . . . . . AAAG . . T G . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . A . AG . AG TG T . . . AA TAATG . . . C TGCTA ATCA . CAGTCAGTCCCGAAGTGTTCCACA . . . A . . . . . . . . . . . TA . . . G . . CG . . . . . AGCA . . C . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . A . AA . AA CG C . . . CC TTATA . . . T TGCAG ATCA . GTGAATCCAATAAATTTCAGGA . . . A . . . . . . . . . . . A . . . G . . CA . . . . . AGCC . . C . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . A . AA . AG G T . . . AC TATT . . . G TGCG ATTG . GTCAGTCCTGAGGCATTACAGA . . . A . . . . . . . . . . . A . . . T . . CT . . . . . AACA . . A . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . A . AA . AG . T . . . AT TTA . . . G CATT ATTG . ATCAATGAGTCTTTCTGT . . . T . . . . . . . . . . . A . . . A . . CA . . . . . GACG . . A . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . T . AA . . . T . . . AC TTA . . . T CCAG ATAG . CACAGTCAATCCTGAAA . . . T . . . . . . . . . . . A . . . A . . CA . . . . . AACG . . C . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . T . AA . . . . . . . AC TTA . . . C CACT TTCG . AAGTATTCCGGATATA . . . A . . . . . . . . . . . A . . . G . . TT . . . . . AGCG . . C . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . C TT . . . T CACT ATTG . GTCAATCCCAAAA . . . . . . . . . . . . . . . A . . . G . . CA . . . . . AGCA . . T . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . A TA . . . . . TCG GTGAATCCTGAAG . . . . . . . . . . . . . C . . GG . . . . . T . . T
blockSeqs : . . . . . . . . A . C A . . . G . . GG . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . TG . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** AA** ************ ** AC** TTA*********** ATCG*********** ** **** A******* G*** *** ********
originalCons : GATTAAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CTG-A---TGTC-GCT--AAT-ACAAAGATCTG----------TGAAGACATCCCGTATA--GGGT-CACATCAG-AATGA-AC-T---T-T-----ATAGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAATTT----CG-----TTGGCGGTAGGAATAAG-TGACA-------C-----A--GTCAATC---CC-GAA---------A----------TAATGACTTC-CGAAGGAAC-CG-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---GTGA--CCCTAT-A-CG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATCGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATNTGGTT-TTAATC
finalCons : GATTAAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CTG-A---TGTC-GCTAA--T-ACAAAGATCTG------------AAGACATCCCGTATA--GGGT-CACATCAG-AATGAAC--TTTA-----------GATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAATCG-----------TTGGCGGTAGGAATAAG-TGACA-------C-----A--GTCAATC---CC-GAA---------A----------TAATGACTTC-CGAAGGAAC-CG-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTTA-------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGACG---TGA--CCCTAT-A-CG-GGATGT-------CTT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT--------ATCGGA--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATNTGGTT-TTAATC
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222222222222222 11 2222222222222222222 11 4444444444 2222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 11111111 1111111111 11111111111111 11111
lowQualScore : 2 2 33 33 33 2 2 2 66666 7 6666 4 77777777777777777777777777777 0 2 00 7 1 3 2222222222222222222 3 00 3 5 4444444444 2222222 4 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 3 3 0 33 55 3 3 7777 4 4 4 4 4 3 3 99999999 5555555555 2 33 5555 33 0 0 2 4444 9999999 2 555 33 2 2 0 88888 33 3 1 99999999999999 4 8888 00000 4 1 4
lowQualScore : . . .. .. .. . . . ..... . .... . ............................. . . .. . . . ................... . .. . . .......... ....... . . .................................................... . . . . .. .. . . .... . . . . . . . ........ .......... . .. .... .. . . . .... ....... . ... .. . . . ..... .. . . .............. . .... ..... . . .
lowQualScore : 7 7 77 77 77 5 5 7 88888 3 8888 0 11111111111111111111111111111 5 5 00 3 2 3 7777777777777777777 6 00 6 7 4444444444 3333333 0 4 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 6 6 4 77 00 6 6 0000 0 0 0 0 0 6 6 33333333 4444444444 9 99 6666 99 6 3 9 4444 3333333 9 000 99 9 9 1 11111 99 1 2 55555555555555 0 5555 00000 0 0 4
consensus : GATTAAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CT---G-ATGTC-GCT--AAT-ACAAAGATC------------TG----A-----AGACATCCCGTATA--GGGT-CACATCAG-AATGA-ACT-----T-T-------AGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAATC-------GTTGGCGGTAGGAATAAG-TGACA-------C-----A--GTCAATC---CC-GAA---------A----------TAATGACTTC-CGAAGGAAC-CG-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---GTGA--CCCTAT-A-CG-GGATGT-------C-TT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT-ATCGG-----A--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATNTGGTT-TTAATC
Reference ( family-3923 ) : GATTAAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CT---G-ATGTC-GCT--AAT-ACAAAGATC------------TG----A-----AGACATCCCGTATA--GGGT-CACATCAG-AATGA-ACT-----T-T-------AGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGT--C-CA-G--GGCAAAATC-------GTTGGCGGTAGGAATAAG-TGACA-------C-----A--GTCAATC---CC-GAA---------A----------TAATGACTTC-CGAAGGAAC-CG-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---GTGA--CCCTAT-A-CG-GGATGT-------C-TT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT-ATCGG-----A--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATNTGGTT-TTAATC
gi|1 : GATTAAAA-C-CATAAA--TCTT---GATCTGC-TTCA-AT-TT-CT---G-CAGTCCGCT--A-T-GCAAAGATC------------TG----ACATGAATACACCCCGTATATAGGGTTCACATCAA-CATAACACT-----T-TTTAAAATAGATAAAC-CA---TCAATAT-GT--C-CA-G--GGCAAAATCTTAATCAATTGGCAGTAG-AATAAAATGACA-------C-----ACAGTCAATC---CTTGAAC--------A----------TAATGA-TTC-CAAAGGAACACACTAAA-TGCTGAATATTC-AA-CAGGTAAATTTGAA-TA-GGTTGGACTTGGTTTCTAGTAG--GCATTTGA-TTGGCA-TGATCTTTAC-----GGTCACC----------ACAGTCGCAT---CTGAC----TGA--CCTTAT-A-CA-AGATGT-------CTTT---CA--GAT-CATTTGC-TT-AACAATAT--CAGAATGATCAATTATCA--------GTGTG----AGA-----GAAG-ATATGGTT-TTCATC
gi|10 : gttCA-------A-----A--GT--ATT---CC-GGATAT------A----------TATTGACTTTTCGAGGAAAC-TG-TGAA-TGCTGAAT--TG-AG-GATTTTA----GAA-TCTAGTTTGA-CT-GTT-CTTATAGAAGCACTTGG-TGGG-ATTAACCTTAA------GATCGCCA---------AAAGT-GCATG--C-GACTTAGTTACCCCCTAT-GTCG-G--T-T-------C-CTGTGCC--GAT-A-TTTGCATT----TACAT--CAGAAT-ATag
gi|11 : aagttaaatccCCAC-TTCG-ATATT-CT---C-ATATC-TCT--TGT-ACAAATATC------------TA----A-----AGACATCTCATTAA--GGGT-CAT----G-AATGA-ACT-----T-A-------ATGTAAAC-CAA--TCGA-ATCGT--T-GC-G--GACAAATTC-------GTTGATTGTAGGAATGAA-TGGCAAT-----C-----A--ATGAGTCTTTCT-GT---------------------TAATGACATC-CAAAGGAAC-CG-TAAA-TGTTAAAT--TC-AA-
gi|12 : cGATTTAAA-C-CA--GA--TCTTT--GATTACC-TCTG-ATATT-CTTAAT-ATGTT-GCC--AGT-AGAAATGTCTGAAGCCCAGTATG----A-----AGACATCACATCTA--GGGT-CAAATCAG-AATGA-AAT-----T-T-------AGATAA
gi|13 : ggtatgttaagaagacatactcaatcagtctcaatctTGA-TTGGTT-GTGGTAGAAGCATTTGA-ATGA-A-TGACCTT-ACATGTAGGTCACC----------AACGT-GCATG--CTGAC---GTGA--ACTTAC-G-CG-TGAAGT-------C-AT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AAAGATAT--CAAAAT-ATAGG-----A--------GCG-G----ATC-----AAAT-ATCTGATT-TTAAT
gi|14 : TC------------TG----A-----AGACTTTCCTTATA--AGGT-CACATCAGGAATG----------C-T-------AGATAAAC-CAA--TCAA-ATCGTTGC-TA-----GCAAAATC-------ATTGGCGGTAGGAATAta
gi|14 : GATCAAAG-C-CA--GA--TTTTT--TACCCGC-TCCA-TTATA-CT---G-cccagtataatggagcgggtaaaaaatctggctttgatcagatatagcttacaaa
gi|15 : tctgaagactttccttataaggtcacatcaggaatgctagataaaccaatcaaatcgttgctagcaaaatcattggcggtaggaataccATATCAG-AATGA-CCTACATATAT-------AGATAAAC-CAA--TCAA-GTCAT--C-AT-T--GGCAAAATC-------ATTGGCAGTAGGAGTAAG-TGAGAGTGAATCC-----A--ATAAATT---TC-AGG---------A----------GAACGATTTC-TGACGGAAC-CA-TAagatatagcttacaaa
gi|16 : -A-TAACCTTTA------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---GTGA--TCCTAT-A-CA-GAATAC-------C-TT---CA--GAT-C-TTTGTATT-AGCAAAAT--CAGGAT-ATTGG-----A--------GCG-G----ATG-----AAAG-ATATGA-T-TTAATcaggtttgatggtt
gi|17 : tCACC----------AAAGT-GCACC--CTGAT---GTGA--CCCTAT-A-CT-GAATCT-------C-CT---AA--GAC-A-TTTGTAT-----------------T-ATCAG-----A--------GCA-G----ATA-----AAAG-ATCTG
gi|18 : ATCAAAA-T-CA--GACTTCTTT--GATCCGCGTACG-ACAt
gi|19 : atttaatgtcggacttcaacaacgtatccgcgccgtatactctg----------AATGT-GCATG--CTGTC---TAGA--CA-TGT-A-CA-GGCTAT-------C-TT---CA---AT-A-TTTGTGTT-AGCCACAT--CAGGAT-AT
gi|2 : tttggtttttGATTAAAA-C-CA--AA--TCTTT--GATCTGC-TTCA-ATATT-CT---GCATGTC-GCT--AAT-GCAAAGATC------------TGCATGA-----ATACACCCCGTATA--GGGT-CACATCAA-CATAC-ACT-----T-TTTAAAATAGATAAAC-CAA--TCAA-ATTGT--C-CA-G--GGCAAAATCTTAATC-ATTGGCAGTAGGAATAAA-TGACA-------C-----ACAGTCAATC---CT-GAA---------A----------TAATGACTTC-CAAAGGAAC-CA-TAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAAATTTGAA-TA-GGTTGGA-TTGGTT-CTAGTAGAGGCATTTGA-TTGG-A-TGATCTT-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAC---ATGA--CCTTAT-A-CA-AGATGT-------C-TT---CA--GAT-C-TTTGCATT-AACAATAT--CAGAAT-ATCAG-----ATTATCAGTGTG-G----AGC-----AGAG-ATATGGTT-TTCATC
gi|20 : ATTAAAA-CGCA--AA--TCTTT--GACCCGC-TCCG--T-TT-CT---G-ATGTC-GCT--AATGACAAAAATC------------TG----
gi|21 : tga------GGTCACT----------CAAGT-GCCTT--TTCAC---ATGA--GCCTGT-A-TT-GGTTGT-------T-TT---CA--TAT-C-TTTTTATT-GACGACAT--CAGAcgctcatgcatat
gi|22 : GATTACAA-C-CA--GG--TCTTT--GATCCAC-TCTG-ATATT-Ctt
gi|23 : attagATTAAAA-T-CA--GA--CTTTTGAGACCCGC-GCCGTATACT-CT---G-agcctgaaattattaaat
gi|24 : atcttacgGATTAAAG-A-CA--GA--CCATT--GATC-GC-TCCT-ATATT-CT---G-ATtagattg
gi|25 : AA-C-GA--GA--TTTTT--GATCCGC-TCCG-ATATT-CT---G-ATGTC-aa
gi|3 : ggGATAAAAA-C-CA--GA--CAATC--GATCCAC-GTGG-ATATT-CT---T-TTGTC-ACC--AAT-ACAA------------------------------------TCGTA-A--AGGT-CACATCAG-AATGA-ATA-----T-T--------GATAAACACAAATTCAA-ATGGT--TGCATGTTGGCAAAATT-------GTTTGAGGTAGGAATAAG-TGGCA-------TGATG-A--GTCAATC---TG-GAAGTGTTCAG-A----------TAATGACTTC-AAAAGGAAT-TG-T--------GAAT--TT-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTGGAAGCATGTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCACG----------AAAGT-GCATGAAATGAC---GTGA--CCCTTTAA-CGAAGATGT-------C-TT---CA--GGT-C-TTTGTATTAAACGACAT--CAGAAT-ATAGG-----AG-------GCA-A----ATCTATCAAAAGAAACTGGTT-TTAA
gi|4 : ctGATTAAAA-C-CA--GA--CAATC--GATCCAC-TGTG-ATATT-CT---T-TTGTC-ACC--AAT-ACAA-----------------------------------TCCGTATA--AGGT-CACATCAG-AATGA-ATA-----T-T-------TGATAAAC-CAAATTCAA-ATGGT--TGCATGTTGGCAAAATT-------GTTTGAGGTAGGAATAAG-TGGCA-------TGAGTGA--GTCAATC---TT-GGA---------AGTGTTTCAGATAATGACTTC-CAAAGGAAT-TG-T-------TGAAT--TT-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTGGAAGCATGTGA-TTGG-A-TGACCTT-A------GGTCA-C----------GAAGT-GCATG--ATGAC---GTGA--CCCTTT-A-CA-GGATGT-------C-TT---CA--GGT-C-TTTGTATT-AACGACAT--CAGAAT-ATAGG-----A--------GCA-GATCTATC-----AAAG-AAATGGTT-TTAATCcag
gi|5 : tGATTAAAAAC-CC--G---TCTTT--GATCCAC-TCCG-ATATTGCT---G-ACATCCACTCAAGC-ACAAAGATC------------TG----A-----AGACATTCAGTATA----------------AATTA--CT-----T-T-------ATATAAAC-CAA--TGAA-ATTGT--C-AC-T--GGCAAAATA-------GTAGGTAGTAATTACAAG-CGACA----------------GTCAGTC---CT-GAGGCATTACAGA----------TAATGACTTC-AGAAGGAAT-TG-TAAA-TGACGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGCAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGATCGT-A------GGTCATCGTAGGTCACGGAAGT-GTGTG--ATGAC---CTGA--CCCTAT-A-GG-GGATGT-------C-TT---CA--GAT-C-TTGGT-------GACATTATAGAAT-ATCGG-----A--------GTA-G----ATC-----AAAG-ATCTGGTT-TTAATCagg
gi|6 : ttGATTAAAT-C-CA--GA--TCTTT--GATCCAC-CCCA-ATATT-CT---T-ATATC-ACT----------------------------G----A-----AGGCATCCCAGGTT--GGGT-CACATAAG-AATGA-ATT-----T-T-------AGA-AAAA-CAA--T-----TCGA--C-AC-T--GACAAATTC-------GACGGCAGTAGAAACAAG-TGACA----------------GTCAATC---CC-AAA---------A----------CA-----TTC-TGCAGGAAA-TG-TAAT-GGCTGAAT--TTTAA-CATGTAA----GAA-TA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTGTAGAAGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTC-A------GGTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---GAGA--CCCTAT-C-GG-GGATGT-------C-TT---CA--GAC-C-TTTGAATT-AGCGACTT--CAGAAT-ATCaa
gi|7 : ctGACATCCTGTATACAGGGT-CACATCAG-AGTGA-ACT-----T-T-------AGATAAAC-TAA--TCAA-A--------------------ATT-------GTTGGCGGTAAAAATAAG-TGACA----------------GTGAATC---CT-GAA---------G----------TAA---CTTT-CGAAGGGTC-CG-TAAAATGCTGAAT--TC-AA-CATACAA----GAA-TA-------A-CTGGTT-CTTGTAGACGCATTTGA-TTGG-A-TGACCTT---------GT------------------T-TCATC--TCGAT---GT-----------------------------C-TT---CA--GAT-C-ATTGTACT------CAT--CAGAAT-ATTGG-----A--------GCG-G----ATC-----AAAG-ATCT-GTT-TTAATC
gi|8 : atAAT-TGCTGAAT--TC-AATCATTCAA----GGAGTA-GGTTTGA-TTGGTT-CTTATACAAGCATTTGAGTTGG-A-TGACCTT-A-------GTCACC----------AAAGT-GCATG--CTGAT---ATG----------A-TG-GGATGTTGGATTGC-TT---CAAGAATGC-TTTGTGTT-AGCAACAT--CATAAT-ATTGC-----A--------G-G-G----ATC------AAG-ATGTAGTTGTTAAT
gi|9 : tggattaatgattctctacataacaactatatagGATTAACA-C-CA--GA--TCTTT--GGTCCAA-TCTG-ATATT-CT---G-ATGTT-GCT--AAT-ACAAAGATC------------TG----A-----AAACA------ACA--GTGTGCAC--------------------T-T-------AGATAAA--TAA--TCAA-ATTGT--TGCA----GGCCAAATC-------GTTGGTGATAGGAATAAG-TG-C--------C-----A--GTCAGTC---CC-GAAGTGTTCCACA----------TAATGACTTT-TAAACAAAA-TG-GAAA-TGCTGAAT--TC-AA-CATGTAA----GAA-TA-tag