lowQualScore : 222222 333333 1111 1111 1111 111111 1 1111 1 11111111 2222222222222 1111111111111 1111 11111 111111
lowQualScore : 3 77 3 3 55 55 55 3 3 3 3 3 44 3 3 44 3 555 3 44 88888 44 333333 1 3 3 44 3 55 4 55 777 4 3 44 44 777777 0000 2 3 666 8888 4 4 55 4 55 55 4 4 3 1111 3 999999 3 0000 333 3 000000 3 3 55 55 3 3 777 3 3 7777 0 55 3 7777 3 3 4444 55 7 2 555 77777 33 777777 11111111 3 99999 3 55 55 0000000000000 4 66 4 3333333333333 0 77 77 0000 5 44444 666666 3 77 77
lowQualScore : . .. . . .. .. .. . . . . . .. . . .. . ... . .. ..... .. ...... . . . .. . .. . .. ... . . .. .. ...... .... . . ... .... . . .. . .. .. . . . .... . ...... . .... ... . ...... . . .. .. . . ... . . .... . .. . .... . . .... .. . . ... ..... .. ...... ........ . ..... . .. .. ............. . .. . ............. . .. .. .... . ..... ...... . .. ..
lowQualScore : 3 00 3 3 00 00 00 6 6 6 3 3 66 3 3 66 1 444 1 66 33333 66 444444 2 3 3 66 3 00 0 55 000 0 6 66 66 000000 4444 1 6 444 5555 0 0 55 0 55 55 0 0 6 4444 3 666666 3 4444 777 3 555555 6 6 00 00 6 6 333 6 6 7777 9 55 6 7777 6 6 1111 00 3 9 000 11111 99 777777 22222222 3 11111 6 00 00 0000000000000 4 11 4 0000000000000 4 99 99 7777 7 33333 444444 0 99 99
consensus : NATTTATGTCGGTTGT-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--GAT-N----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAA-AGG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-AT-GCAA--T-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG--CC-------------ACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
Reference ( gi|3 ) : GATTTATGTCGGTTGT-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--GAT-A----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAA-AGG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A--GCAA--T-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG--CC-------------ACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
gi|2 : ATTTATGTCGGTTGT-CTACTATTGGGCA--AAT-TAG--AC--AAAA-A--CG--ATC-A-AGG-A-ATAA-A--AAGGT-CCA--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--GAT-A----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAAAGG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-AT-ACAA--T-ATG-CCAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GC--AAA----AATAAACAAA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG--CC-------------ACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAAT---A--GT-T-TAT-A-----AC-AAAC------CT-G--CTTG--TTACC
gi|8 : tatATTTATGTCGGTTGT-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-G-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTA--CA-----------------GAC-----AAAGTAAT--GAT-T----CAAATG-ACAAT-GG--CATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAA-AGG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTATT-AT-GCAA--T-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAT--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---ATACAC-----AA--AA------A--------ACACAgcccccacacctatagc
gi|9 : atATTTATGTCGGTTGT-CTACTA--GGGCA-GAGT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--GAT-T----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAA-AGG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACACTATT-AT-GCAA--T-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTGCA-CTA--GGAG-CCGGCAAAAAG-TAGGCA-AAA----AATAAGC-AA------A-TGA---AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGT-C-CT--G-GACATTG--CTG-T-GAC---AAC-CTA-TT----C-
gi|17 : cATTTATGTCGGTTGT-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--GAT-A----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--A
gi|1 : cATTTCTATTGGTTG--CT-CT-TT---CA-AAATATAG--ACCAAAGACAAACGTTATCTATAGG-ATATAAAG--AAG-T-C-AAATTTATTCAATA-GAAATTA-AGGATGACTCAAGAAAGTAATAAGATCA----TATATG-ACAAT-AGGTTATATTCACAACTTAAGA-TAAATTGCGCGCACAAGTAAATAAAA-TTGACAAG---CCAAGTGGGAC---CAATA--AACAATGAAC-GTA-T-A--GTAT--TAATG--------ACACT-AGCAAGTCAAGTTATTTTG-AGCTA--TGAGCC--GC--AAAGTTA-GCACAAATAACAATAAGC-AA------A-TG----ATCATTGATAAATAATTCTATA-TATTTCCTCTTAGAGAC-TTGCACTG-TGGACCAAAACACTA-TTTCTAT-A--ATAAT-CTTCTAA-CAGCC-AAAAC-AAGTGAACAAACACAAACAGTATCGAGT-CAC-----AACTAATATAACA--------ACACATAACAAGAT-----TGGTCGTCATTA-GACCCC-------------ACCTGT--AACCAAGGTCT-AG-T-----GGAATAATA--A--GTAT-TAT-AAGCAGACAACAC------CTAGAACT----TTACC
gi|19 : aaaaatatttaatgtcaggttgatcttatgctATGTATGTCGGTTGT-CTACTAT--GGCA-GAAT-CAGGAAA--GAAACA--CAT-CTT-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--GAT-T----CACATG-ACAAT-GG--TATA-Tgctccacaccttata
gi|21 : ATTTATGTCGGTTAT-CTACTATTACGCA-GAAT-TAG--AT--AAAACA--CGT-ATT-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TATAT---ATA-TA---TA-tggga
gi|23 : ttATTTATGTCGGTTGT-CTACTATTGGGCA-NAAT-
gi|10 : ctTTTATGTCGGTTGT-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--GAT-T----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTGAATAAAA-AGG--AAGT--TCAAATTTGATCAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A--GCAA--T-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAAaa
gi|7 : cgTTTATGTCG-TTGTGCTACTAT--GACAAGAAT-TAG--AC--AAAACA--C-T-ATC-A-AGGGA-ATAAGATAAAGGTTC-A--TTTATTCAATATGC---TATA--ATGAC-----AAAGTAAT--GATCA----CAAGTGCACAATCGG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAC--GG--AAGTCTTCA--TTTACTTAGCAATGACAAAAATGA-CAGTAAT-A--GCAAAGT-ATGACAAAA-TACACTAAG---ATCAAG-----TTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TGTGCTAT---TGA-AAAC-A------A-TATCTCC-CT--GAGACATTG--CTGTT-GAC---AAC-CTA-TT----C-ACCAAGATGCT----AGCAGGCAAA----AAGTGAACAA--ACAAAC---------TAGAC-----AA--AA------
gi|13 : cTTTATGTCGGTTGT-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--GAT-T----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---TGAC-AGTAAATAAAA-AGG--AAGT--TC
gi|24 : TTTATGTCGGTTGT-CTACTAT--GGCA-GAAT-T
gi|4 : atAG--AC--AAAACA--CAT-ATT-A-AGG-A-AAAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAC--G------------TG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAA-AGG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTACT-GT-GCAA--A-ATGACAAAAATACTCT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAGG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-AT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----CAA--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--A-AAATA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG------------------CC-TT--GA-TAAGG--T-AA-A----CGGAGTAAT
gi|5 : GG-A-A-AAGA--AAGGT-C-A--TTTAATCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--GGT-AATT-CACATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAA-AGG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-TTAT-GCAA--A-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----CAA--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG--CC-------------
gi|6 : TCAATA------TA-A--ATGAC-----AAAGTTAT--GGT-AATTTCACATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGAAT--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAA-AGG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTATT-AT-GCAA--A-ATGACAAAA--ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAAC-A------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----CAA--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTTAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC---------AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTC--TA--G--CC-------------ACC-AC---A-CAAGG--C-A--C----AGAAAATACA--AATGT-TGTGT-A-----GCAAAAC---------G--CATG--TTATCtggcattaacttaaataaattgaaacta
gi|11 : aaTAAAA-AGA--AAGT--TCATATTTGACTAGCAATGGCA----------GTA-T-AACGCAA--T-ATGACAAAAACACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTATAGGAG-C--GC--AAAG-TA-TCA-AAAT---AATAAAC-AACTGATTACTG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTAC-CT--TAGTCATTG--CTG-T-GAC--TAAC-CTA-TT----C-A--TAAAT-CT----A-CAGCC-AA----AAGTGAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------
gi|12 : GG--AAGT--TCAAATTCGTCTAGCAAT----------AACAGTA-T-AACGCAA--TTATGACAAAAATACACT-AG---ATCAA
gi|12 : -AAA----AATACAC-TA---------G----AT-C-----AACCAA------A-TATGTAC-CT--TAGTCATTG--ATG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAAGC-AA----AAGTGAACAA--A-AAAC---AT---GTACAC-----AA--AA------AAAACCCACACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG--CC-------------ACccaaatatgtaccttagtcattgatgtgacaaacctattcaaaaatctacaagcaaaagtgaacaaaaaacatgtacacaaaaaaaacccacacacatacaagatggggcgtcataggccacattcaagcaaaataaacaaa
gi|16 : ggaagttcaaattcgtctagcaataacagtataacgcaattatgac-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------AATATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTAATT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT------GGGCGTCA-TA--G--CC-------------ACC-TTGAAA-CAAattcaagcaaaataaacaaa
gi|22 : AAAT-CT----A-CAGGT-AATTAAAAGTGAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC------A--AA------A--------ACACAT-ACAAGaattgaaagaa
gi|18 : ACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TATGG--CC-------------ACC-GT--AA-CAAGGC-C-AGCC----AGGAATAATA--A--G--T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTGGTTTACC
gi|14 : ACA-TAT---GTACATGTACTAC--AA------A--------ATG----ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TC-TG--CC-------------GCC-GT--AA-AAAAG--T-AG-C----ATAAA-AATACCA--GG-G-CACGG-----GAAAAACTTTAGGCTGG--CTTG--TTACCcgccccacacctatagcata
gi|15 : CA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGATTAGATGGGGCGTCA-CA-GG--CC-------------ACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAAAA--A--GG-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG---TACCattggatttgtcaacttgtgacaatgttcatgaaatctaaaaaaaa
gi|20 : ------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG--CCCCCGGCATAGGCCACC-GT--AA-CAAAG--CCAG-CCAAGAGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG---TTG--TTACCgccccatttgtcgtaactacctccattcacaatttcaaaatgtaagaaaaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAAAAACATAAGGTGGAGGAGAGGGTGGTGGC
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222 1111 1 1111 1 11111111 2222222222222 11 11111 111111
lowQualScore : 3 3 55 3 3 44 44 44 3 3 3 3 3 44 3 3 44 2 555 2 44 77777 44 555 444444 0 3 3 44 3 44 3 55 666 3 3 44 44 1111111 5555 3 3 555 7777 3 3 55 3 55 55 3 3 3 0000 3 888888 3 9999 3 3 3 999999 3 3 44 44 3 3 555 3 3 7777 0 55 3 7777 3 3 2222 44 5 2 444 66666 33 777777 00000000 3 88888 3 33 2222222222222 4 55 4 00 4 4 9999 66 66 88 5 5 22222 444444 1 66 66
lowQualScore : . . .. . . .. .. .. . . . . . .. . . .. . ... . .. ..... .. ... ...... . . . .. . .. . .. ... . . .. .. ....... .... . . ... .... . . .. . .. .. . . . .... . ...... . .... . . . ...... . . .. .. . . ... . . .... . .. . .... . . .... .. . . ... ..... .. ...... ........ . ..... . .. ............. . .. . .. . . .... .. .. .. . . ..... ...... . .. ..
lowQualScore : 1 1 00 1 1 66 66 66 3 3 3 1 1 22 1 1 22 9 000 9 22 77777 22 444 888888 4 1 1 22 1 66 6 00 444 6 1 22 22 8888888 4444 3 3 888 7777 6 6 00 6 00 00 6 6 3 4444 1 888888 1 6666 1 1 1 666666 3 3 66 66 3 3 999 3 3 1111 0 00 3 1111 3 3 9999 66 0 7 777 77777 77 222222 44444444 1 33333 3 88 9999999999999 0 55 0 66 4 4 4444 99 99 11 0 0 55555 444444 4 99 99
consensus : NATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-N----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A-T-GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
Reference ( family-3916 ) : NATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-N----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A-T-GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
gi|1 : ATTTCTATTGGTTGCT-CT----TT---CA-AAATATAG--ACCAAAGACAAACGTTATCTATAGG-ATATAAAG--AAG-T-C-AAATTTATTCAATA-GAAATTA-AGGATGACTCAAGAAAGTAATAAG---ATCA----TATATG-ACAAT-AGGTTATATTCACAACTTAAGA-TAAATTGCGCGCACAAGTAAATAAAAT-TGACAAG---CCAAGTGGGAC---CAATA--AACAATGAAC-GTA-T-------AG--T-ATT-----AATGACACT-AGCAAGTCAAGTTATTTTG-AGCTA--TGAGCC--GC--AAAGTTA-GCACAAATAACAATAAGC-AA------A-TG----ATCATTGATAAATAATTCTATA-TATTTCCTCTTAGAGAC-TTGCACTG-TGGACCAAAACACTA-TTTCTAT-A--ATAAT-CTTCTAA-CAGCC-AAAAC-AAGTGAACAAACACAAACAGTATCGAGT-CAC-----AACTAATATAACA--------ACACATAACAAGAT-----TGGTCGTCATTA-GACC-----------CCACCTGT--AACCAAGGTCT-AG-T-----GGAATAATA--A--GTAT-TAT-AAGCAGACAACAC------CTAGAACT----TTACC
gi|10 : aaaaatatttaatgtcaggttgatcttatgctTTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-T----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTGAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGATCAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A---GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAAgctccacaccttata
gi|11 : cgTAAAAA-GA--AAGT--TCATATTTGACTAGCAATGGCA----------GTA-T-AAC-GCAA--T-ATGACAAAAAC-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTATAGGAG-C--GC--AAAG-TA-TCA-AAAT---AATAAAC-AACTGATTACTG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTAC-CT--TAGTCATTG--CTG-T-GAC--TAAC-CTA-TT----C-A--TAAAT-CT----A-CAGCC-AA----AAGTGAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------
gi|12 : -GG--AAGT--TCAAATTCGTCTAGCAAT----------AACAGTA-T-AAC-GCAA--TTATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAA
gi|12 : -AAA----AATACAC-TA---------G----AT-C-----AACCAA------A-TATGTAC-CT--TAGTCATTG--ATG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAAGC-AA----AAGTGAACAA--A-AAAC---AT---GTACAC-----AA--AA------AAAACCCACACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACccaaatatgtaccttagtcattgatgtgacaaacctattcaaaaatctacaagcaaaagtgaacaaaaaacatgtacacaaaaaaaacccacacacatacaagatggggcgtcataggccacattcaagcaaaataaacaaa
gi|13 : ggaagttcaaattcgtctagcaataacagtataacgcaattatgacTTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-T----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---TGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCattcaagcaaaataaacaaa
gi|14 : ACA-TAT---GTACATGTACTAC--AA------A--------ATG----ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TC-TG-------------CCGCC-GT--AA-AAAAG--T-AG-C----ATAAA-AATACCA--GG-G-CACGG-----GAAAAACTTTAGGCTGG--CTTG--TTACC
gi|15 : CA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGATTAGATGGGGCGTCA-CA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAAAA--A--GG-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG---TACCattggatttgtcaacttgtgacaatgttcatgaaatctaaaaaaaa
gi|16 : -AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------AATATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTAATT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT------GGGCGTCA-TA--G-------------CCACC-TTGAAA-CAAgccccatttgtcgtaactacctccattcacaatttcaaaatgtaagaaaaa
gi|17 : ATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-A----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--Aaattgaaagaa
gi|18 : cACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TATGG-------------CCACC-GT--AA-CAAGGC-C-AGCC----AGGAATAATA--A--G--T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTGGTTTACC
gi|19 : ATGTATGTCGGTTG-T-CTACTAT--GGCA-GAAT-CAGGAAA--GAAACA--CAT-CTT-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-T----CACATG-ACAAT-GG--TATA-Tcgccccacacctatagcata
gi|2 : ATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA--AAT-TAG--AC--AAAA-A--CG--ATC-A-AGG-A-ATAA-A--AAGGT-CCA--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-A----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAAAGG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A-T-ACAA--T-ATGCCAAAA-T-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GC--AAA----AATAAACAAA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAAT---A--GT-T-TAT-A-----AC-AAAC------CT-G--CTTG--TTACCtggga
gi|20 : tat------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GGCCCCCGGCATAGGCCACC-GT--AA-CAAAG--CCAG-CCAAGAGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG---TTG--TTACCgcccccacacctatagc
gi|21 : ATTTATGTCGGTTA-T-CTACTATTACGCA-GAAT-TAG--AT--AAAACA--CGT-ATT-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TATAT---ATA-TA---TA-gcccacacctatagcata
gi|22 : ttAAAT-CT----A-CAGGT-AATTAAAAGTGAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC------A--AA------A--------ACACAT-ACAAG
gi|23 : ATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-NAAT-
gi|24 : ctTTTATGTCGGTTG-T-CTACTAT--GGCA-GAAT-Taa
gi|3 : atATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-A----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A---GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
gi|4 : gAG--AC--AAAACA--CAT-ATT-A-AGG-A-AAAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAC--G---------------TG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTACT-G-T-GCAA--A-ATGACAAAAAT-ACTCT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAGG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-AT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----CAA--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--A-AAATA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG----------------CC-TT--GA-TAAGG--T-AA-A----CGGAGTAAT
gi|5 : GG-A-A-AAGA--AAGGT-C-A--TTTAATCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--GGTAAT-T----CACATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-TTA-T-GCAA--A-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----CAA--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CC
gi|6 : TCAATA------TA-A--ATGAC-----AAAGTTAT--G---GT-AATTTCACATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGAAT--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-TTA-T-GCAA--A-ATGACAAAAA---CACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAAC-A------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----CAA--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTTAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC---------AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTC--TA--G-------------CCACC-AC---A-CAAGG--C-A--C----AGAAAATACA--AATGT-TGTGT-A-----GCAAAAC---------G--CATG--TTATCtggcattaacttaaataaattgaaacta
gi|7 : aaTTTATGTCG-TTG-TGCTACTAT--GACAAGAAT-TAG--AC--AAAACA--C-T-ATC-A-AGGGA-ATAAGATAAAGGTTC-A--TTTATTCAATATGC---TATA--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-CA---CAAGTGCACAATCGG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAC--GG--AAGTCTTCA--TTTACTTAGCAATGACAAAAATG-ACAGTA---A-TAGCAAAGT-ATGAC-AAAAT-ACACTAAG---ATCAAG-----TTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TGTGCTAT---TGA-AAAC-A------A-TATCTCC-CT--GAGACATTG--CTGTT-GAC---AAC-CTA-TT----C-ACCAAGATGCT----AGCAGGCAAA----AAGTGAACAA--ACAAAC---------TAGAC-----AA--AA------
gi|8 : cATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-G-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTA--CA-----------------GAC-----AAAGTAAT--G---AT-T----CAAATG-ACAAT-GG--CATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTATT-A-T-GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAT--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---ATACAC-----AA--AA------A--------ACACA
gi|9 : atATTTATGTCGGTTG-T-CTACTA--GGGCA-GAGT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-T----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACACTATT-A-T-GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTGCA-CTA--GGAG-CCGGCAAAAAG-TAGGCA-AAA----AATAAGC-AA------A-TGA---AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGT-C-CT--G-GACATTG--CTG-T-GAC---AAC-CTA-TT----C-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAAAAACATAAGGTGGAGGAGAGGGTGGTGGC
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222 1111 1 1111 1 11111111 2222222222222 11 11111 111111
lowQualScore : 3 3 55 3 3 44 44 44 3 3 3 3 3 44 3 3 44 2 555 2 44 77777 44 555 444444 0 3 3 44 3 44 3 55 666 3 3 44 44 1111111 5555 3 3 555 7777 3 3 55 3 55 55 3 3 3 0000 3 888888 3 9999 3 3 3 999999 3 3 44 44 3 3 555 3 3 7777 0 55 3 7777 3 3 2222 44 5 2 444 66666 33 777777 00000000 3 88888 3 33 2222222222222 4 55 4 00 4 4 9999 66 66 88 5 5 22222 444444 1 66 66
lowQualScore : . . .. . . .. .. .. . . . . . .. . . .. . ... . .. ..... .. ... ...... . . . .. . .. . .. ... . . .. .. ....... .... . . ... .... . . .. . .. .. . . . .... . ...... . .... . . . ...... . . .. .. . . ... . . .... . .. . .... . . .... .. . . ... ..... .. ...... ........ . ..... . .. ............. . .. . .. . . .... .. .. .. . . ..... ...... . .. ..
lowQualScore : 1 1 00 1 1 66 66 66 3 3 3 1 1 22 1 1 22 9 000 9 22 77777 22 444 888888 4 1 1 22 1 66 6 00 444 6 1 22 22 8888888 4444 3 3 888 7777 6 6 00 6 00 00 6 6 3 4444 1 888888 1 6666 1 1 1 666666 3 3 66 66 3 3 999 3 3 1111 0 00 3 1111 3 3 9999 66 0 7 777 77777 77 222222 44444444 1 33333 3 88 9999999999999 0 55 0 66 4 4 4444 99 99 11 0 0 55555 444444 4 99 99
consensus : NATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-N----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A-T-GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
Reference ( family-3916 ) : NATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-N----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A-T-GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
gi|1 : ATTTCTATTGGTTGCT-CT----TT---CA-AAATATAG--ACCAAAGACAAACGTTATCTATAGG-ATATAAAG--AAG-T-C-AAATTTATTCAATA-GAAATTA-AGGATGACTCAAGAAAGTAATAAG---ATCA----TATATG-ACAAT-AGGTTATATTCACAACTTAAGA-TAAATTGCGCGCACAAGTAAATAAAAT-TGACAAG---CCAAGTGGGAC---CAATA--AACAATGAAC-GTA-T-------AG--T-ATT-----AATGACACT-AGCAAGTCAAGTTATTTTG-AGCTA--TGAGCC--GC--AAAGTTA-GCACAAATAACAATAAGC-AA------A-TG----ATCATTGATAAATAATTCTATA-TATTTCCTCTTAGAGAC-TTGCACTG-TGGACCAAAACACTA-TTTCTAT-A--ATAAT-CTTCTAA-CAGCC-AAAAC-AAGTGAACAAACACAAACAGTATCGAGT-CAC-----AACTAATATAACA--------ACACATAACAAGAT-----TGGTCGTCATTA-GACC-----------CCACCTGT--AACCAAGGTCT-AG-T-----GGAATAATA--A--GTAT-TAT-AAGCAGACAACAC------CTAGAACT----TTACC
gi|10 : aaaaatatttaatgtcaggttgatcttatgctTTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-T----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTGAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGATCAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A---GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAAgctccacaccttata
gi|11 : cgTAAAAA-GA--AAGT--TCATATTTGACTAGCAATGGCA----------GTA-T-AAC-GCAA--T-ATGACAAAAAC-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTATAGGAG-C--GC--AAAG-TA-TCA-AAAT---AATAAAC-AACTGATTACTG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTAC-CT--TAGTCATTG--CTG-T-GAC--TAAC-CTA-TT----C-A--TAAAT-CT----A-CAGCC-AA----AAGTGAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------
gi|12 : -GG--AAGT--TCAAATTCGTCTAGCAAT----------AACAGTA-T-AAC-GCAA--TTATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAA
gi|12 : -AAA----AATACAC-TA---------G----AT-C-----AACCAA------A-TATGTAC-CT--TAGTCATTG--ATG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAAGC-AA----AAGTGAACAA--A-AAAC---AT---GTACAC-----AA--AA------AAAACCCACACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACccaaatatgtaccttagtcattgatgtgacaaacctattcaaaaatctacaagcaaaagtgaacaaaaaacatgtacacaaaaaaaacccacacacatacaagatggggcgtcataggccacattcaagcaaaataaacaaa
gi|13 : ggaagttcaaattcgtctagcaataacagtataacgcaattatgacTTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-T----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---TGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCattcaagcaaaataaacaaa
gi|14 : ACA-TAT---GTACATGTACTAC--AA------A--------ATG----ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TC-TG-------------CCGCC-GT--AA-AAAAG--T-AG-C----ATAAA-AATACCA--GG-G-CACGG-----GAAAAACTTTAGGCTGG--CTTG--TTACC
gi|15 : CA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGATTAGATGGGGCGTCA-CA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAAAA--A--GG-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG---TACCattggatttgtcaacttgtgacaatgttcatgaaatctaaaaaaaa
gi|16 : -AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------AATATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTAATT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT------GGGCGTCA-TA--G-------------CCACC-TTGAAA-CAAgccccatttgtcgtaactacctccattcacaatttcaaaatgtaagaaaaa
gi|17 : ATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-A----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--Aaattgaaagaa
gi|18 : cACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TATGG-------------CCACC-GT--AA-CAAGGC-C-AGCC----AGGAATAATA--A--G--T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTGGTTTACC
gi|19 : ATGTATGTCGGTTG-T-CTACTAT--GGCA-GAAT-CAGGAAA--GAAACA--CAT-CTT-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-T----CACATG-ACAAT-GG--TATA-Tcgccccacacctatagcata
gi|2 : ATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA--AAT-TAG--AC--AAAA-A--CG--ATC-A-AGG-A-ATAA-A--AAGGT-CCA--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-A----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAAAGG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A-T-ACAA--T-ATGCCAAAA-T-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GC--AAA----AATAAACAAA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAAT---A--GT-T-TAT-A-----AC-AAAC------CT-G--CTTG--TTACCtggga
gi|20 : tat------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GGCCCCCGGCATAGGCCACC-GT--AA-CAAAG--CCAG-CCAAGAGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG---TTG--TTACCgcccccacacctatagc
gi|21 : ATTTATGTCGGTTA-T-CTACTATTACGCA-GAAT-TAG--AT--AAAACA--CGT-ATT-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TATAT---ATA-TA---TA-gcccacacctatagcata
gi|22 : ttAAAT-CT----A-CAGGT-AATTAAAAGTGAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC------A--AA------A--------ACACAT-ACAAG
gi|23 : ATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-NAAT-
gi|24 : ctTTTATGTCGGTTG-T-CTACTAT--GGCA-GAAT-Taa
gi|3 : atATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-A----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A---GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
gi|4 : gAG--AC--AAAACA--CAT-ATT-A-AGG-A-AAAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAC--G---------------TG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTACT-G-T-GCAA--A-ATGACAAAAAT-ACTCT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAGG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-AT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----CAA--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--A-AAATA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG----------------CC-TT--GA-TAAGG--T-AA-A----CGGAGTAAT
gi|5 : GG-A-A-AAGA--AAGGT-C-A--TTTAATCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--GGTAAT-T----CACATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-TTA-T-GCAA--A-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----CAA--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CC
gi|6 : TCAATA------TA-A--ATGAC-----AAAGTTAT--G---GT-AATTTCACATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGAAT--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-TTA-T-GCAA--A-ATGACAAAAA---CACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAAC-A------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----CAA--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTTAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC---------AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTC--TA--G-------------CCACC-AC---A-CAAGG--C-A--C----AGAAAATACA--AATGT-TGTGT-A-----GCAAAAC---------G--CATG--TTATCtggcattaacttaaataaattgaaacta
gi|7 : aaTTTATGTCG-TTG-TGCTACTAT--GACAAGAAT-TAG--AC--AAAACA--C-T-ATC-A-AGGGA-ATAAGATAAAGGTTC-A--TTTATTCAATATGC---TATA--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-CA---CAAGTGCACAATCGG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAC--GG--AAGTCTTCA--TTTACTTAGCAATGACAAAAATG-ACAGTA---A-TAGCAAAGT-ATGAC-AAAAT-ACACTAAG---ATCAAG-----TTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TGTGCTAT---TGA-AAAC-A------A-TATCTCC-CT--GAGACATTG--CTGTT-GAC---AAC-CTA-TT----C-ACCAAGATGCT----AGCAGGCAAA----AAGTGAACAA--ACAAAC---------TAGAC-----AA--AA------
gi|8 : cATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-G-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTA--CA-----------------GAC-----AAAGTAAT--G---AT-T----CAAATG-ACAAT-GG--CATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTATT-A-T-GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAT--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---ATACAC-----AA--AA------A--------ACACA
gi|9 : atATTTATGTCGGTTG-T-CTACTA--GGGCA-GAGT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-T----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACACTATT-A-T-GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTGCA-CTA--GGAG-CCGGCAAAAAG-TAGGCA-AAA----AATAAGC-AA------A-TGA---AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGT-C-CT--G-GACATTG--CTG-T-GAC---AAC-CTA-TT----C-
blockSeqs : . G TG A . GA . . . . . G . TA T C . T . T . . . GTA AATTT C C . . . A . . . A . CT TAAC AGT . A . . C . TA . CG AA . G . T A CTGATT C TGCT . . . . A . . . T . T . A . A CC G . G A TTAA . C . . GTACT . . AAACCCAC . TAGAT . TG CCCCCGGCATAGG . GA . C C C CAAG CC AT G G G . TTTAGG G . GT
blockSeqs : . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . TAAC TT . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . C . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . G . . . . G . .
blockSeqs : . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . CTGT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . . . . . C . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . T . . . . G . .
blockSeqs : . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . TTAT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . . . G . .
blockSeqs : . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TTAT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . . . G . .
blockSeqs : . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . TTAT T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TTAT A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . TAT A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . ATA A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . TA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . TA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TG ** ** ** *** ** ***** ** T***** ** ** ** *** ** TTAT*** *** **** **** ****** ** ** A** **** **** **** ** *** ** ****** ************* ** T* ***** **
originalCons : NATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT-N----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTA-T-A-T-GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
finalCons : NATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---ATT-----CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAACAGTATTAT---GCAA--T-ATGACAAAAAT-ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GACA--AAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAAAAACATAAGGTGGAGGAGAGGGTGGTGGC
Alignments
lowQualScore : 111111 1111 1 1111 1 11111111 2222222222222 11 11111 111111
lowQualScore : 3 3 55 3 3 44 44 44 3 3 3 3 3 44 3 3 44 2 555 2 44 77777 44 555 333333 0 3 3 44 3 44 3 55 666 3 3 44 44 7777 3 9 7777 5 3 555 7777 3 3 55 3 55 55 3 3 3 0000 3 888888 3 9999 3 3 3 999999 3 3 44 44 3 3 555 3 3 7777 0 55 3 7777 3 3 2222 44 5 2 444 66666 33 777777 00000000 3 88888 3 33 2222222222222 4 55 4 00 4 4 9999 66 66 88 5 5 22222 444444 1 66 66
lowQualScore : . . .. . . .. .. .. . . . . . .. . . .. . ... . .. ..... .. ... ...... . . . .. . .. . .. ... . . .. .. .... . . .... . . ... .... . . .. . .. .. . . . .... . ...... . .... . . . ...... . . .. .. . . ... . . .... . .. . .... . . .... .. . . ... ..... .. ...... ........ . ..... . .. ............. . .. . .. . . .... .. .. .. . . ..... ...... . .. ..
lowQualScore : 1 1 00 1 1 66 66 66 3 3 3 1 1 22 1 1 22 9 000 9 22 77777 22 444 888888 4 1 1 22 1 66 6 00 444 6 1 22 22 1111 5 8 4444 2 3 888 7777 6 6 00 6 00 00 6 6 3 4444 1 888888 1 6666 1 1 1 666666 3 3 66 66 3 3 999 3 3 1111 0 00 3 1111 3 3 9999 66 0 7 777 77777 77 222222 44444444 1 33333 3 88 9999999999999 0 55 0 66 4 4 4444 99 99 11 0 0 55555 444444 4 99 99
consensus : NATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT----T-CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAAC----AGTATTATGCAA--T-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
Reference ( family-3916 ) : NATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT----T-CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAAC----AGTATTATGCAA--T-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
gi|1 : ATTTCTATTGGTTGCT-CT----TT---CA-AAATATAG--ACCAAAGACAAACGTTATCTATAGG-ATATAAAG--AAG-T-C-AAATTTATTCAATA-GAAATTA-AGGATGACTCAAGAAAGTAATAAG---AT----CATATATG-ACAAT-AGGTTATATTCACAACTTAAGA-TAAATTGCGCGCACAAGTAAATAAAAT-TGACAAG---CCAAGTGGGAC---CAATA--AACAATGAACGTATAGTATTA---------ATG--------ACACT-AGCAAGTCAAGTTATTTTG-AGCTA--TGAGCC--GC--AAAGTTA-GCACAAATAACAATAAGC-AA------A-TG----ATCATTGATAAATAATTCTATA-TATTTCCTCTTAGAGAC-TTGCACTG-TGGACCAAAACACTA-TTTCTAT-A--ATAAT-CTTCTAA-CAGCC-AAAAC-AAGTGAACAAACACAAACAGTATCGAGT-CAC-----AACTAATATAACA--------ACACATAACAAGAT-----TGGTCGTCATTA-GACC-----------CCACCTGT--AACCAAGGTCT-AG-T-----GGAATAATA--A--GTAT-TAT-AAGCAGACAACAC------CTAGAACT----TTACC
gi|10 : aaaaatatttaatgtcaggttgatcttatgctTTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT----T-CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTGAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGATCAGCAATGACAAAAATGAAC----AGTA-TA-GCAA--T-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAAgctccacaccttata
gi|11 : cgTAAAAA-GA--AAGT--TCATATTTGACTAGCAATGGCA--------------GTATAACGCAA--T-ATGACAAAAACACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTATAGGAG-C--GC--AAAG-TA-TCA-AAAT---AATAAAC-AACTGATTACTG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTAC-CT--TAGTCATTG--CTG-T-GAC--TAAC-CTA-TT----C-A--TAAAT-CT----A-CAGCC-AA----AAGTGAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------
gi|12 : -GG--AAGT--TCAAATTCGTCTAGCAAT----------AAC----AGTATAACGCAA--TTATGACAAAAATACACT-AG---ATCAA
gi|12 : -AAA----AATACAC-TA---------G----AT-C-----AACCAA------A-TATGTAC-CT--TAGTCATTG--ATG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAAGC-AA----AAGTGAACAA--A-AAAC---AT---GTACAC-----AA--AA------AAAACCCACACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACccaaatatgtaccttagtcattgatgtgacaaacctattcaaaaatctacaagcaaaagtgaacaaaaaacatgtacacaaaaaaaacccacacacatacaagatggggcgtcataggccacattcaagcaaaataaacaaa
gi|13 : ggaagttcaaattcgtctagcaataacagtataacgcaattatgacTTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT----T-CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---TGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCattcaagcaaaataaacaaa
gi|14 : ACA-TAT---GTACATGTACTAC--AA------A--------ATG----ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TC-TG-------------CCGCC-GT--AA-AAAAG--T-AG-C----ATAAA-AATACCA--GG-G-CACGG-----GAAAAACTTTAGGCTGG--CTTG--TTACC
gi|15 : CA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGATTAGATGGGGCGTCA-CA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAAAA--A--GG-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG---TACCattggatttgtcaacttgtgacaatgttcatgaaatctaaaaaaaa
gi|16 : -AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------AATATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTAATT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT------GGGCGTCA-TA--G-------------CCACC-TTGAAA-CAAgccccatttgtcgtaactacctccattcacaatttcaaaatgtaagaaaaa
gi|17 : ATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT----A-CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--Aaattgaaagaa
gi|18 : cACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TATGG-------------CCACC-GT--AA-CAAGGC-C-AGCC----AGGAATAATA--A--G--T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTGGTTTACC
gi|19 : ATGTATGTCGGTTG-T-CTACTAT--GGCA-GAAT-CAGGAAA--GAAACA--CAT-CTT-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT----T-CACATG-ACAAT-GG--TATA-Tcgccccacacctatagcata
gi|2 : ATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA--AAT-TAG--AC--AAAA-A--CG--ATC-A-AGG-A-ATAA-A--AAGGT-CCA--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT----A-CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAAAGG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAAC----AGTAT-ATACAA--T-ATGCCAAAA-TACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GC--AAA----AATAAACAAA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAAT---A--GT-T-TAT-A-----AC-AAAC------CT-G--CTTG--TTACCtggga
gi|20 : tat------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GGCCCCCGGCATAGGCCACC-GT--AA-CAAAG--CCAG-CCAAGAGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG---TTG--TTACCgcccccacacctatagc
gi|21 : ATTTATGTCGGTTA-T-CTACTATTACGCA-GAAT-TAG--AT--AAAACA--CGT-ATT-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TATAT---ATA-TA---TA-gcccacacctatagcata
gi|22 : ttAAAT-CT----A-CAGGT-AATTAAAAGTGAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC------A--AA------A--------ACACAT-ACAAG
gi|23 : ATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-NAAT-
gi|24 : ctTTTATGTCGGTTG-T-CTACTAT--GGCA-GAAT-Taa
gi|3 : atATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT----A-CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAAC----AGTAT-A-GCAA--T-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CCACC-GT--AA-CAAGG--C-AG-C----AGAAATAATA--A--GT-T-TAT-A-----ACAAAAC------CTGG--CTTG--TTACC
gi|4 : gAG--AC--AAAACA--CAT-ATT-A-AGG-A-AAAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAC--G---------------TG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAAC----AGTACTGTGCAA--A-ATGACAAAAATACTCT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAGG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-AT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----CAA--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--A-AAATA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG----------------CC-TT--GA-TAAGG--T-AA-A----CGGAGTAAT
gi|5 : GG-A-A-AAGA--AAGGT-C-A--TTTAATCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--GGTAAT----T-CACATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAAC----AGTATTATGCAA--A-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----CAA--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC-----AA--AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTCA-TA-GG-------------CC
gi|6 : TCAATA------TA-A--ATGAC-----AAAGTTAT--G---GTAATTT-CACATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGAAT--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAAC----AGTATTATGCAA--A-ATGACAAAA--ACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAAC-A------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAC--AAAC-CTA-TT----CAA--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTTAACAA--A-AAACA-TAT---GTACAC---------AA------A--------ACACAT-ACAAGAT-----GGGGCGTC--TA--G-------------CCACC-AC---A-CAAGG--C-A--C----AGAAAATACA--AATGT-TGTGT-A-----GCAAAAC---------G--CATG--TTATCtggcattaacttaaataaattgaaacta
gi|7 : aaTTTATGTCG-TTG-TGCTACTAT--GACAAGAAT-TAG--AC--AAAACA--C-T-ATC-A-AGGGA-ATAAGATAAAGGTTC-A--TTTATTCAATATGC---TATA--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT----CACAAGTGCACAATCGG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAC--GG--AAGTCTTCA--TTTACTTAGCAATGACAAAAATGA-C----AGTAATA-GCAAAGT-ATGACAAAA-TACACTAAG---ATCAAG-----TTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TGTGCTAT---TGA-AAAC-A------A-TATCTCC-CT--GAGACATTG--CTGTT-GAC---AAC-CTA-TT----C-ACCAAGATGCT----AGCAGGCAAA----AAGTGAACAA--ACAAAC---------TAGAC-----AA--AA------
gi|8 : cATTTATGTCGGTTG-T-CTACTATTGGGCA-GAAT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-G-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTA--CA-----------------GAC-----AAAGTAAT--G---AT----T-CAAATG-ACAAT-GG--CATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAAC----AGTATTATGCAA--T-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTG-A-CTA--GGAG-C--GC--AAAG-TA-GCA-AAA----AATAAAC-AA------A-TG----AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGTCC-CT--GAGACATTG--CTG-T-GAT--AAAC-CTA-TT----C-A--AAAAT-CT----A-CAGGC-AA----AAGTGAACAA--ACAAACA-TAT---ATACAC-----AA--AA------A--------ACACA
gi|9 : atATTTATGTCGGTTG-T-CTACTA--GGGCA-GAGT-TAG--AC--AAAACA--CGT-ATC-A-AGG-A-ATAAGA--AAGGT-C-A--TTTATTCAATA-GA---TA-A--ATGAC-----AAAGTAAT--G---AT----T-CAAATG-ACAAT-GG--TATA-TCACAACT--AGA-T--ATTG---GGAC-AGTAAATAAAAA-GG--AAGT--TCAAATTTGACTAGCAATGACAAAAATGAAC----ACTATTATGCAA--T-ATGACAAAAATACACT-AG---ATCAAG----TTTGCA-CTA--GGAG-CCGGCAAAAAG-TAGGCA-AAA----AATAAGC-AA------A-TGA---AT-A-TGA-AAACAA------A-TATGT-C-CT--G-GACATTG--CTG-T-GAC---AAC-CTA-TT----C-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): AAAAAACATAAGGTGGAGGAGAGGGTGGTGGC