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lowQualScore                  :        ..  . .  . . . .  ..  .   . ... ......... . .  ...  . .  .....  . ..   . . .. .. ....... .... .. ....   ...........  ..... ......... .  ... ... . ..  .. .. .. . . . .  .. .  .. . .. .   ....   .      
lowQualScore                  :        77  2 2  2 2 1 3  55  2   1 000 999999999 0 0  999  0 0  77777  0 44   0 0 44 44 8888888 2222 44 2222   77777777777  66666 555555555 1  888 777 1 66  44 99 44 1 2 1 1  66 3  77 3 77 1   3333   9      
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Reference ( gi|19 )           :  AGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------A-A-AA---TT-A-AT-A---GG-C--CCA-T-T--G--A-------A----T--T----TTT-----------TT-----T---A-A---T-TT---T---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-AGTG---GTC-TGTAAC
gi|12                         :  AGGAAG--TG-A-TT-G-C-GGTG--GG-TAT-T---GGA-------A-A-AA---TT-A-AT-----GG-C--CCA-T-T--GGAA-------A----T--T----TTT-----------TG-----T---A-T---T-TA---T---A-C--GT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-AC-A-AGT----GTC-TGTAA
gi|2                          :  AGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAG-T---GAAA------A-A-AA---TT-A-AT-----GG-CCTCCATT-T--G--A-------A----T--T----TTT-----------CT-----TCTAA-A---T-TT---TTCAA-C--AT--A--T--T-T-TCG-TA--G-TT--GCA--ACAGTG---TCT-TGTAAC
gi|33                         :  AGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------A-ACAA---TT-A-AT-----GG-C--CCA-T-T--G--A-------A----T--T----TTT-----------CT-----a
gi|3                          :  AGGAAG--TG-A-TT-G-C-GGTG--GG-TAT-T---AGTA------A-A-AA---TT-A-AA-T---GG-C--CCA-T-T--G--A-------A----T--T----TTT-----------TT-----T---A-AT--T-TT---T---A-C--ATTAA--T--A-T-T-A-TA--ctctttcatcctcatgatcaacagtaa
gi|1                          :  AGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-TC--A---------A-A-AA---TT-A-AT-----GG-C--CCA-T-T--C--G-------ATTTTT--T----TTT-----------TT-----T---T-T---T-TT---T---A-C--AT--A--T--T-T-T-ccattaaacatgcaaggctttacat
gi|40                         :  AGGATG--TA-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---GC--------G-G-AA-----------A---GG-C--CCA-T-T--G--A-------A-------T----TTT-----------TT-----T---G-A---T-TT---T---acatgtaatgtacaaagctatttacatattttgtacttaacagtgtctgtagcgt
gi|14                         :  AGGAAG--TG-A-TT-G-C-C-TG--TG-TAT-T---GA--------A-A-AA---TT----T-A---GA-----AA-TGT--G--A-------C----TG-T----TTT-----------CT-----T---A-A---T-TT---T---G----AT--A--T--C-T-T-G-TA--G-TT--T-A--A-AGTGTGCATG-TGTAACt
gi|25                         :   GGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------A-A-AA---TT-A-AT-----GA-C--CCA-T-T--G--C-------A----T--T----TTT-----------TT-----------A---T-TT---T---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G--T--G-A--A-AGT----GTC-TGTAACa
gi|22                         :   GGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---GA--------A-A-AA---TT-A-AT-----GG-C--CCA-T-T--A--A---------------T----TTT-----------TT-----T---A-T---T-TT---T---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-GT--T-A--A-AGTT---GTCTTGTAACg
gi|23                         :   GGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GT-AAT-T---G---------A-A-AA------A-AT-ACATGG-C--CCA-T-T--G--A-------A----T--T----TTT-----------TT-----T---C-T---TATT---T---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-AGTG-----C-TGTA
gi|27                         :   GAAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---GA--------A-A-AA---TT-A-AT-G----------CA---T--G--A-------A-------T----TTT-----------TT-----T---A-T---T-TT---T---A-C--AT--A--T--T-TAT-G-TA--G-TT--G-A--A-AGT----GTC-TGTAA
gi|26                         :  gGAAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---GA--------A-A-AA---TT-A-AT-G----------CA---T--G--A-------A-------T----TTT-----------TT-----T---A-T---T-TT---T---A-C--AT--A--T--T-TAT-G-TA--G-TT--G-A--A-AGT----GTC-TGTAA
gi|9                          :  gGGAAG--TG-AGTT-G-C-G-TG--GG-TGT-T---G---------A-A-AA------A-ATTAT--GG-C--CCAGT-T--G--A-------T----T--T----TTT-----------TT-----T---TTA---T-TT---T---A-CGCAA--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--GAA--A-AGT----GTC-TGTAAC
gi|8                          :   GGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---GGGTATGGAAA-A-AG---TT-A-AT-----GG-C--CAG-T-T--GA-A-------A----G--T----TTT-----------TT-----T---A-T---T-TTC--T---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA-----T--G-AATA-AGT----GTC-TGTAa
gi|7                          :   GGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TGT-TTGAA---------A-A-AA---TT---AT-----GG-C--CCAGT-T--G--AT------T----T--T----TTT-----------TT-----T---T-A---T-TTTACT---A-C--AA--A--TCGT-T-T-G-TA--G-TTCGA-A--A-AGT----GTC-TGTAACcg
gi|21                         :   GGTAG--TG-A-TT-G-C-T-AG--GA-TAT-T---G---------A-A-AA---AT-G-AA-A---GC-C--TCT-C-T--G--A-------A----T--A----TTT-----------TT-----G---A-T---T-TT---T---G-A--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-AAT----GCC-TGTAACa
gi|35                         :   GAAAG--TG-A-TTTG-C-G-TGAGGG-TATCT---G---------A-A-AAAT-CT-A-AT-G---GG-C--CCA-T----G--A-------A----T--T----TTT-----------TA-----A---A-A---T-TT---TT--A-C--AT--G--T--T-
gi|5                          : aagGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--AG-TAT-T---G---------A-A-AA---TTTA-AT-A---GA-A--C-A-C-T--G--ATTTTTTTA----T--T----TTTTTT--------TT-----T---A-T---T-TT---C---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--A-A--A-AGT----GTC-TGTAACaat
gi|20                         :    GAAGATTG---TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------A-A-AA---TT-A-AT-----GG-T--CCA-C-------A-------A----T--T----TTT-----------TT-----T---T-T---T-TT---T---A-CA-AT--A--T--G-T-T-GATA--G-TT--G-A--A-AGTG---TTC-TGTAACgt
gi|38                         :    GAAG--TG-C-AT-G-C---TG--CG-T-T-T---G---------A-A-AA---TT-A-AT------G-C--CCA-TGT--G--A------------T--T----TTT-----------TT-----T-----A---T-TT---T---A-CT-AT--A--C--T-T-T-G-T---G-TT--G-A--A-Agt
gi|18                         :     AAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---GA--------A-A-AA---TT-A-AT-----GG-C--CTA-T-T--G--A-------A----T--TTTTATTT-----------TT-----T---A-T---T-TT---T---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-AGT----GTC-TGTAAC
gi|32                         :     AAG--CG-A-TT-C-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------ACA-CA---TT-A-A--A---AG-T--TCA-T-T--G----------A----T--T----TTT-----------TT-----T---A-A---T-TT---TG--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-AGTG---
gi|41                         :     AAG--TG-A-TT-G-C-A-TG--GG-TAT-TG--G---------A-A-AA---TT-A-AT-----GG-C--CCA-T-T--G--A-------tc
gi|15                         :      AG--TGGA-TT-G-C-G-TG--GA-TAT-T---GA--------A-A-AA---TG-A-AT-----GG-C--CCA-T-TGAG--A-------A----T--T----TTT-----------TT-----T---T-ATT-T-TT---T---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G--T--G-A--A-AGT----GTC-TGTAAC
gi|11                         :      AG--TT-A-TT-G-C-G-TG--GGGTAT-T---G---------A-A-AAAA-TT-A-AT-----GG-C--CCA-T-T--G--A-------A----T--T----TTG-----------TT-----T---T-A---T-TG---T---AAC--AT--A--T--T-T-T-G-TA--GTTT--G-A--A-AGT----GTC--GTAACgt
gi|16                         :  aacgAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-TC--G---------A-AGAA---AT-A-AT-----GG-C--CCATT-T--G--A-------A----T--T----TTT-----------TT-----T---T-T---T-TT---TTA-A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TAC-G-TT--G-A--A-AGT----GTCGTGTAAg
gi|24                         :     gAG--TG-A-TT-G-C-G--G--GG-TAC-T---G---------A-A-AAA--TT-G-AA-A---TG-G--CCA-T-T--G--A-------A----T--T----TTT-----------TT-----T---A-T---T-TT---T---A-A--A---------T-T-T-G-TA--G-TT--G----A-AGTGT--GTC-TGTAAC
gi|4                          :    gtAG--TG-G-TT-T-T-G-AG--GG-TAT-T---G---------A-A-AA---AT-G-GA-A---GG-C--TCA-T-T--G--A-------A----T--T----TTTATTTTTTTTTTTT-----T---G-A---T-TT---TT--G-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--T-AGTG----TC-TGTAACg
gi|31                         :    gtAG--TG-A----G-CTG-TG--GT-AAT-T---G---------A-A-AAA--TT-A-AT------G-C--CCA-T-T--G--A-------A----T--T----TTT-----------TT-----T---A-T---T-TA---T---A-C--AT--A-------T-T-G-TA--GATT--G-A--A-AGT----GTC-TGGAAt
gi|6                          :      AG--TG-A-TT-G---G-TG--GGGTAT-T---G---------A-G-AAAAGTT-ATAT-T---GG-C--CCA-T-T--G--A-------A----TTAT----TTT-----------TT-----T---ATT---T-TT---T---A-C--AT--ATTT--T-T-T-G-TATGA-TT--G-A--A-AGT----GTCATGTAACt
gi|29                         :     gAG--TG-A-TT-G-C-G-AG--GG-TGA-T---G---------A-A-AA---AT-A-AA-A---AT-C--TC--T-T-------------A----T--T----TTT-----------TA-----G---A-T---T-TT---C---G-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--A-TT--G-G--A-AGT----GCC-TGTAACg
gi|17                         :       t--TA-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------A-A-AAG--TT-A-AT-----GG-C--CCA-T-G--G--ATTTTT--A----T--T----TTT-----------TT-----T---G-T---T-TT---T---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-AGT----GTT-TATAACt
gi|10                         :        --TG-A-TT-GTC-G-TG--AGATAT-T---G---------A-A-AA---A--A-AT-GAT-GG-C--CCA-T-TT-G--A-------A----T--C----TTT-----------TT-----T---T-A---T-TT---TTT-A-C--AT--A--T--TAT-T-G-TA--G-TT--G----A-AGT----GTC-TGTAACgt
gi|36                         :        agcG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---GA--------A-A-AA---TT-A-A--A---AG-T--TCA-T-T--G--A-------A----T--T----TTC-----------TT-----G---A-A---G-TT---T---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-AGTG---g
gi|28                         :                     -G-TG--GG-GGT-T---G---------A-A-AAAT-TT-ATAT-A---GGGC--CCAAT-T--G--AC------A----T--T----TTT-----------TA-----T---------T-TT---T---A-C--AT--ATTT--T-T-T-G-TA--G--T--G-A--T-AGTG---TCC-TGTtc
gi|13                         :                          --GG-TAT-T---G---------A-A-AA---TT-A-AT-G---AA-C--CCA---G--G--A-------A----T--A----TTT-----------TT-----T---A-AAATT-TT---T---A-T--GC--A--T--G-T-T-A-CA--A-TT--G-A--C-AGTA---G-C-TGTtgcgt
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gi|39                         :                        cgtggattccggccgt---------A-A-AA---TT-A-AT-----GG-C--CCA-T-T--G--A-------A----T--T----TTG-----------TT-----G---A-T---T-TT---T---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-GG--G-TT--A-A--A-AGT----GTG-TGTAACt
gi|37                         :                                     tga---------A-A-AA---TT-A--T-G---CG-C--CCA-T-T--G--A-------A----T--T----TTT-----------TTAGTTTT---A-T---T-TT---T---AAC--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TTG-G-A--A-AGTG-----C-TGTAACg
gi|1                          :                                                                                                                                            a-TT---T---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--C-TT--A-A--C-AGT----GTC-TGTAGCgt





Alignments
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Reference ( family-3889 )     :                                                                                      AGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------AA-A-A---T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----TT-----T-----------AN-T-TT--T---A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-A-G-T-G-T-C---TGTAAC
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Reference ( family-3889 )     :                                                                                      AGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------AA-A-A---T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TT--T--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-A-G-T-G-T-C---TGTAAC
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gi|3                          :                                                                                     tAGGAAG--TG-A-TT-G-C-GGTG--GG-TAT-T---AGTA------AA-A-A---T--T----A-AAT--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----TT-----TA----------A-T-T-TT--T--A-C--ATTAA--T--A-T-T-A-TA--t
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gi|33                         :                                                                                      AGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------AACA-A---T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----CT-----C-------------T-C-TT--T----C--AT--
gi|34                         :                                                                                                                  -TAT-T---G---------AACA-A---T--T----A-A-T--G-------CA-T-T-GG-A-------A----T-T--TT-T----TT-----T-----------A-T-TATT--T--A-C--AT--A--T--TCT-T-G-T---G-TT--C-G--A-A-G-T-G-T-cctcatgatcaacagtaa
gi|35                         :                                                                       cgtggattccggccgtGAAAG--TG-A-TTTG-C-G-TGAGGG-TATCT---G---------AA-A-AAT-C--T----A-A-T--G-GGC--CCA-T---G--A-------A----T-T--TT-T----TA-----A-----------AAT-T-TT--T--A-C--AT--G--T--T-
gi|36                         :                                                                                            aagG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------AA-A-AA--T--T----A-A-A--A-G-T--TCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-C----TT-----G-----------A-A-G-TT--T--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-A-G-T-G-T-C---aat
gi|37                         :                                                                                                                            ---------AA-A-A---T--T----A---T--GCG-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----TTAGTTTT-----------A-T-T-TT--T--AAC--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TTG-G-A--A-A-G-T-G---C---TGTAAC
gi|38                         :                                                                                       aGAAG--TG-C-AT-G-C---TG--CG-T-T-T---G---------AA-A-A---T--T----A-A-T--G---C--CCA-TGT-G--A------------T-T--TT-T----TT-----T-----------A---T-TT--T--A-CT-AT--A--C--T-T-T-G-T---G-TT--G-A--A-A-gt
gi|39                         :                                                                                                                            ---------AA-A-A---T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-G----TT-----G-----------A-T-T-TT--T--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-GG--G-TT--A-A--A-A-G-T-G-T-G---TGTAAC
gi|4                          :                                                                                       tgaAG--TG-G-TT-T-T-G-AG--GG-TAT-T---G---------AA-A-A---A--TGG--A-A----G-G-C--TCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-TA---TT-----TTTTTTTTTTTGA-T-T-TT--T--G-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--T-A-G-T-G-T-C---TGTAACg
gi|40                         :                                                                                    gtAGGATG--TA-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---GCG-------GA-A-A------------------G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----TT-----G-----------A-T-T-TT--T--t
gi|41                         :                                                                                         AAG--TG-A-TT-G-C-A-TG--GG-TAT-TG--G---------AA-A-A---T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------
gi|5                          :                                                                                        GAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--AG-TAT-T---G---------AA-A-AT--T--T----A-A-T--A-G-A--ACA-C-T-G--ATTTTTTTATTT-T-T--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TT--C--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--A-A--A-A-G-T-G-T-C---TGTAAC
gi|6                          :                                                                                          AG--TG-A-TT-G---G-TG--GGGTAT-T---G---------AG-A-AAAGT--T----ATA-TT-G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-TATTT-T----TT-----T-----------A-T-T-TT--TT-A-C--AT--ATTT--T-T-T-G-TATGA-TT--G-A--A-A-G-T-G-T-CA--TGTAACgt
gi|7                          :                                                                                      gGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TGT-TTGAA---------AA-A-A---T--T------A-T--G-G-C--CCAGT-T-G--ATT-----T----T-T--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TTACT--A-C--AA--A--TCGT-T-T-G-TA--G-TTCGA-A--A-A-G-T-G-T-C---TGTAACg
gi|8                          :                                                                                       GGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---GGGTATGGAAAA-A-G---T--T----A-A-T--G-G-C--CAG-T-T-GA-A-------A----G-T--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TTC-T--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA-----T--G-AATA-A-G-T-G-T-C---TGTAa
gi|9                          :                                                                                       GGAAG--TG-AGTT-G-C-G-TG--GG-TGT-T---G---------AA-A-AAA-T--T----A---T--G-G-C--CCAGT-T-G--A-------T----T-T--TT-T----TT-----T-----------T-TAT-TT--T--A-CGCAA--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--GAA--A-A-G-T-G-T-C---TGTAACcg


blockSeqs                     :                                                                                            AT  G G  T T T G  AG  A   C TGA GGTATGGAA  G   AAG AA TAGA C   AG A   CT   T C T GA TTTTTTTATTT  C AT  G ATTT  AGTTT TTTTTTTTTTG A A A  AC TA A GC  TA TT CG A A C A  TG T  CG C AT C T T G T G ATG
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . G  .   G   . C   AAA        C   AA  A  GA   T   A  C   .    A G T G  TTTTTA       G .   . A     .     CTAA        . . A  C  CA . A   .  TT .  C A . .  C  A  G  A C  . . . . . C G  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   G   . G   GTA        C   AT  .  GG   T   T  .   .    G . . A  GAAT         . .   . .     .     AAA         . . .  .  T  . T   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . T  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   GA         .   AT  .  .    .   .  .   .    G . . .  TTT          . .   . .     .     A           . . .  .  T  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . T  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   CG         .   AA  .  .    .   .  .   .    . . . .  CA           . .   . .     .     .           . . .  .  T  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . A  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   A          .   A   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   A          .   G   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   A          .   A   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   A   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   A   .  .    .   .  .   .    . . . .  C            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   A   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   A   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   T   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  T            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                            .   . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . . .  
blockSeqs                     :                                                                                                . .  . . . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . . . . . .    
blockSeqs                     :                                                                                                         . .  .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .  .  .  . .  . .            
blockSeqs                     :                                                                                                              .   .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  A            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . . .  .                            
blockSeqs                     :                                                                                                                  .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  T            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  . . .                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                  .   . .   .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  .            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .  .  .  .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                            .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .  .            . .   . .     .     .           . . .  .  .  . .   .                                              
blockSeqs                     :                                                                                                                            .          .   .   .  .    .   .  .   .    . . . .                                                   .  .  .                                                       


blockSeqCons                  :                                                                                                                        ***                                                     A***********
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lowQualScore                  :                                                                                            66  1 1  1 1 1 2  55  1   0 999 999999999  9 0 999 33 8888 9 0 33 0 0 33   9 0 0 33 999999999999 0 44  0 1111  55555 66666666666 0 0 0  33 66 0 44  44 88 44 1 1 1 1  66 2  66 2 66 1 1 1 1 1 3 888      
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Reference ( family-3889 )     :                                                                                      AGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------AA-A-A---T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TT--T--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-A-G-T-G-T-C---TGTAAC
gi|1                          :                                                                                      AGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-TC--A---------AA-A-A---T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-C--G-------ATTTTT-T--TT-T----TT-----T-----------T-T-T-TT--T--A-C--AT--A--T--T-T-T-
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                 -TT--T--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--C-TT--A-A--C-A-G-T-G-T-C---TGTAGCacatgtaatgtacaaagctatttacatattttgtacttaacagtgtctgtagcgt
gi|10                         : aggaagtgattgcgtgggtattcaaaaattaatggcccattcgattttttttttttttttttacatattttacatgtaatgtacaaagcta--TG-A-TT-GTC-G-TG--AGATAT-T---G---------AA-A-A---AAAT----G-A-T--G-G-C--CCA-T-TTG--A-------A----TCT--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TT--TT-A-C--AT--A--T--TAT-T-G-TA--G-TT--G-A--A---G-T-G-T-C---TGTAACgt
gi|11                         :                                                                                       agcAG--TT-A-TT-G-C-G-TG--GGGTAT-T---G---------AA-A-AAA-T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TTGT----TT-----T-----------A-T-T-GT--A--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--GTTT--G-A--A-A-G-T-G-T-C----GTAACg
gi|12                         :                                                                                  aacgAGGAAG--TG-A-TT-G-C-GGTG--GG-TAT-T---GGA-------AA-A-A---T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-GGAA-------A----T-T--TT-T----TG-----T-----------A-T-T-TA--T--A-C--GT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-AC-A-A-G-T-G-T-C---TGTAAg
gi|13                         :                                                                                                              --GG-TAT-T---G---------AA-A-A---T--T----A-A-T--GAA-C--CCA---G-G--A-------A----T-A--TT-T----TT-----TAAA--------A-T-T-TT--T--A-T--GC--A--T--G-T-T-A-CA--A-TT--G-A--C-A-G-T-A-G-C---TGT
gi|14                         :                                                                 cgtaggggttacatggaatgaAGGAAG--TG-A-TT-G-C-C-TG--TG-TAT-T---GA--------AA-A-A---T--TTAGAA-A-T--G------------T-G--A-------C----TGT--TT-T----CT-----T-----------A-A-T-TT--T--G----AT--A--T--C-T-T-G-TA--G-TT--T-A--A-A-G-T-G-TGCATGTGTAAC
gi|15                         :                                                                                          AG--TGGA-TT-G-C-G-TG--GA-TAT-T---G---------AA-A-AA--T--G----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------GAAT-T-T--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TT--TT-A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G--T--G-A--A-A-G-T-G-T-C---TGTAACa
gi|16                         :                                                                                          AG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-TC--G---------AAGA-A---A--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-TTG--A-------A----T-T--TT-T----TT-----T-----------T-T-T-TT--TTAA-C--AT--A--T--T-T-T-G-TAC-G-TT--G-A--A-A-G-T-G-T-CG--TGTAAgt
gi|17                         :                                                                                           g--TA-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------AA-A-AG--T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-G-G--ATTTTT--A----T-T--TT-T----TT-----T-----------G-T-T-TT--T--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-A-G-T-G-T-T---TATAAC
gi|18                         :                                                                                         AAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------AA-A-AA--T--T----A-A-T--G-G-C--CTA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-TATTTTT-----T-----------A-T-T-TT--T--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-A-G-T-G-T-C---TGTAACgt
gi|19                         :                                                                                      AGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------AA-A-A---T--T----A-A-TA-G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----TT-----T-----------A-A-T-TT--T--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-A-G-TGG-T-C---TGTAAC
gi|2                          :                                                                                      AGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAG-T---GAAA------AA-A-A---T--T----A-A-T--G-G-CCTCCATT-T-G--A-------A----T-T--TT-T----CT-----TCTAA-------A-T-T-TT--TCAA-C--AT--A--T--T-T-TCG-TA--G-TT--GCA--ACA-G-T-G-T-CT--TGTAAC
gi|20                         :                                                                                        GAAGATTG---TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------AA-A-A---T--T----A-A-T--G-G-T--CCA-C------A-------A----T-T--TT-T----TT-----T-----------T-T-T-TT--T--A-CA-AT--A--T--G-T-T-GATA--G-TT--G-A--A-A-G-T-GTT-C---TGTAACa
gi|21                         :                                                                                       GGTAG--TG-A-TT-G-C-T-AG--GA-TAT-T---G---------AA-A-A---A--T----G-A-A--A-G-C--CTC-TCT-G--A-------A----T-A--TT-T----TT-----G-----------A-T-T-TT--T--G-A--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-A-A-T-G-C-C---TGTAACgt
gi|22                         :                                                                                       GGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------AA-A-AA--T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-A--A--------------T--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TT--T--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-GT--T-A--A-A-GTT-G-T-CT--TGTAAC
gi|23                         :                                                                                       GGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GT-AAT-T---G---------AA-A-A---AA-T----ACA-T--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----TT-----T-----------C-T-TATT--T--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-A-G-T-G---C---TGTA
gi|24                         :                                                                                          AG--TG-A-TT-G-C-G--G--GG-TAC-T---G---------AA-A-AA--T--TGA--A-A-T--G-G-C--C-A-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TT--T--A-A--A---------T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-GTG-T-G-T-C---TGTAAC
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gi|26                         :                                                                                       GAAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---GA--------AA-A-A---T--T----A-A-T--G-------CA---T-G--A-------A------T--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TT--T--A-C--AT--A--T--T-TAT-G-TA--G-TT--G-A--A-A-G-T-G-T-C---TGTAAg
gi|27                         :                                                                                      gGAAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---GA--------AA-A-A---T--T----A-A-T--G-------CA---T-G--A-------A------T--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TT--T--A-C--AT--A--T--T-TAT-G-TA--G-TT--G-A--A-A-G-T-G-T-C---TGTAA
gi|28                         :                                                                                                        g-G-TG--GG-GGT-T---G---------AA-A-AAT-T--T----ATA-TAGG-G-C--CCAAT-T-G--AC------A----T-T--TT-------T-----T-----------A-T-T-TT--T--A-C--AT--ATTT--T-T-T-G-TA--G--T--G-A--T-A-G-T-G-TCC---TGT
gi|29                         :                                                                                          AG--TG-A-TT-G-C-G-AG--GG-TGA-T---G---------AA-A-A---A--T----A-A-A--A-A-T--CTC-T-T------------A----T-T--TT-T----TA-----G-----------A-T-T-TT--C--G-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--A-TT--G-G--A-A-G-T-G-C-C---TGTAACtgcgt
gi|3                          :                                                                                     tAGGAAG--TG-A-TT-G-C-GGTG--GG-TAT-T---AGTA------AA-A-A---T--T----A-AAT--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----TT-----TA----------A-T-T-TT--T--A-C--ATTAA--T--A-T-T-A-TA--t
gi|30                         :                                                                                                                  -TAT-T---T---------AA-A-A---T--T----A------G-G--------T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----TT-----G-----------A-T-T-TT-----A-C--AT--A--T--T-A-T-G-TA--G-TT--G-A--A-A-G-T-A-T-C---TGTAACccattaaacatgcaaggctttacat
gi|31                         :                                                                      ttttgttttcgtagtaaattAG--TG-A----G-CTG-TG--GT-AAT-T---G---------AA-A-AA--T--T----A-A-T--G---C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TA--T--A-C--AT--A-------T-T-G-TA--GATT--G-A--A-A-G-T-G-T-C---TGGAA
gi|32                         :                                                                                         AAG--CG-A-TT-C-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------AC-ACA---T--T----A-A-A--A-G-T--TCA-T-T-G--A-------T----T-T--TT-T----TT-----A-----------A-T-T-TT--G--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--A-A-G-T-G-T-C---t
gi|33                         :                                                                                      AGGAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--GG-TAT-T---G---------AACA-A---T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-T----CT-----C-------------T-C-TT--T----C--AT--
gi|34                         :                                                                                                                  -TAT-T---G---------AACA-A---T--T----A-A-T--G-------CA-T-T-GG-A-------A----T-T--TT-T----TT-----T-----------A-T-TATT--T--A-C--AT--A--T--TCT-T-G-T---G-TT--C-G--A-A-G-T-G-T-cctcatgatcaacagtaa
gi|35                         :                                                                       cgtggattccggccgtGAAAG--TG-A-TTTG-C-G-TGAGGG-TATCT---G---------AA-A-AAT-C--T----A-A-T--G-GGC--CCA-T---G--A-------A----T-T--TT-T----TA-----A-----------AAT-T-TT--T--A-C--AT--G--T--T-
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gi|38                         :                                                                                       aGAAG--TG-C-AT-G-C---TG--CG-T-T-T---G---------AA-A-A---T--T----A-A-T--G---C--CCA-TGT-G--A------------T-T--TT-T----TT-----T-----------A---T-TT--T--A-CT-AT--A--C--T-T-T-G-T---G-TT--G-A--A-A-gt
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gi|4                          :                                                                                       tgaAG--TG-G-TT-T-T-G-AG--GG-TAT-T---G---------AA-A-A---A--TGG--A-A----G-G-C--TCA-T-T-G--A-------A----T-T--TT-TA---TT-----TTTTTTTTTTTGA-T-T-TT--T--G-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--G-A--T-A-G-T-G-T-C---TGTAACg
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gi|41                         :                                                                                         AAG--TG-A-TT-G-C-A-TG--GG-TAT-TG--G---------AA-A-A---T--T----A-A-T--G-G-C--CCA-T-T-G--A-------
gi|5                          :                                                                                        GAAG--TG-A-TT-G-C-G-TG--AG-TAT-T---G---------AA-A-AT--T--T----A-A-T--A-G-A--ACA-C-T-G--ATTTTTTTATTT-T-T--TT-T----TT-----T-----------A-T-T-TT--C--A-C--AT--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--A-A--A-A-G-T-G-T-C---TGTAAC
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gi|9                          :                                                                                       GGAAG--TG-AGTT-G-C-G-TG--GG-TGT-T---G---------AA-A-AAA-T--T----A---T--G-G-C--CCAGT-T-G--A-------T----T-T--TT-T----TT-----T-----------T-TAT-TT--T--A-CGCAA--A--T--T-T-T-G-TA--G-TT--GAA--A-A-G-T-G-T-C---TGTAACcg