lowQualScore : 3333333333333333 11111111111 1111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11 2222222 11111
lowQualScore : 1 1 2 444444 1 55 444 2 33 11 1 11 1 1 2222222222222222 333 222 1 5555 1 22222222222 1 1 1 0000 11 1 1 1 3333 7777 1 1 2222 333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 222 1 1 66666 33333 3333 1 11 8888888 3333 1 1 1 66 777 1 2 2 11 1 1 1 66666 1 1 1 3333333 55 1 2222222 33333 5 33 00000 22 1
lowQualScore : . . . ...... . .. ... . .. .. . .. . . ................ ... ... . .... . ........... . . . .... .. . . . .... .... . . .... ... ........................................................................................ ... . . ..... ..... .... . .. ....... .... . . . .. ... . . . .. . . . ..... . . . ....... .. . ....... ..... . .. ..... .. .
lowQualScore : 5 5 9 111111 4 22 666 8 22 99 4 88 3 3 0000000000000000 444 222 2 0000 3 77777777777 3 3 3 7777 88 2 2 2 8888 8888 2 2 7777 555 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 2 2 00000 22222 9999 2 77 1111111 8888 2 2 2 00 000 2 4 4 77 2 2 2 22222 2 2 3 9999999 88 4 6666666 77777 7 55 00000 22 6
consensus : TGTATAGCGG-G-TTA------ATA-T-CG-C-GG-TC-GG--A-A--A-A-A--TC----GC-GA---TTT---T---T-T----CACT-T----A------GCAA-CA-AAT-CG---CGGTCG-GTT-GA-AT-TC----GCG---GA-AAA-ACAA----ATCT---T-AAT---A----T--CCTGAA--C-C-CG--A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACTG-A--A--TG-----TTAA----A-TT--CGC-----GG----A-A-A-TT-TTG---TTT-C-AGCG-A--A-T-ATAG-C----GAA-AA-TT-AACTC-----C-GC-GA-GTT-----AA-----TTT--C--C--C-GCTAT-ACAGT
Reference ( gi|7 ) : TGTACAGCGG-G-TTA------ATA-T-TG-T-GG-TC-GG--A-A--A-A-A--TC----AC-AG---TTT---T---T-T----CACT-T----A------GCAA-CA-AAT-CG---TGGTCG-GTT-GA-AT-TC----GCA---GA-AAA-ACAA----ATCT---T-AAT---A----T--CCTGAA--C-C-CA--A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACTG-A--C--TG-----TTAA----A-TT--CAT-----GG----A-A-A-TA-TTG---TTT-C-AGCG-A--A-T-ATAG-C----AAA-AA-TT-AACTC-----C-GC-AA-G-T-----AA-----TCT--C--T--C-ACTAT-ACAGT
gi|3 : TGTATAGCGG-G-TTACCGGTAATA-T-CA-C-GG-CC-GG--A-A--A-A-A--TT----GT-AA---TTT---T---T-T----CACT-T----A------GCAA-CA-AAT-TG---TAGTCA-GTT-GA-AT-TC----TCA---GA-AAA-ATAA----ATCT---T-ATT---G----T--CCTGAA--C-CACA--AATT-TC---A---ATTT--T--A-----T---T--------ATTG-----------A---TATT-AATTCATTG-A--A--TG-----TTAA----A-TT--CAC-----AA----A-A-A-TT-TTG---TTT-C-AGCG-A--A-T-ATGG-C----AAA-AA-AT-ACCTC-----T-GT-GG-GTT-----AC-----TTT--C--T--C-GCTAT-ACAGT
gi|2 : TGTATAGTGG-G-TTA------ATA-T-CG-C-GA-TT-GG--A-A--A-A-AA-TCGAAAAA-AA---ATT---T---C-T----CTCT-A----A------GCAA-CA-AAT-CA---CGGTTA-GTT-GA-AT-TC----ACG---GA-AAA-ACAATTAAATCC---T-AAT-----------CCTGAA--C-C-CG--A--T-TC---A---A--T--T--ACAA--A---T--------A-TT----A--G---A---A-TC-AATTCACTG-A--A--TG-----TTAA----A-TT--TGC-----AG----A-A-A-TT-TTG---TTT-C-AGTG-A--A-A-ATAG-C----GAA-AA-TT-AACTC-----C-AC-GA-GTT-----AA-----TTTAAT--TACC-ACGAT-ACAGT
gi|10 : cTGTATAGCGG---TCA------ATA-C-AG-C-AG-TC-GA--A-A--A-A-AA-TC----AC-AA---TTT---T---T-C----CACT-T----A------TCAA-CA-AAT-CA---TGGTTG-GTT-GA-AT-TT----GC----GG-AAA-ACAA----ATTT---T-GA----A----T--CCTGAA--C-C-----A--T-TC---A---A--T--T--ATTGATA---T--------A-TGTAACA--A---A---AATT-AATTCACTG-A--A--TG-----TTAAC---A-TT--TGC-----GGA---A-A-A-TT-TTG---TGT-C-AGCG-A--A-T-ATAG-C----GAACAA-TG-AACTC-----T-GC-GA-A-T-----a
gi|12 : TGTATAGCGG-G-TTA------ATA-T-TG-C-AG-TC-GG--A-A--A-A-AAATC----GC-GA---TTT---T---T-T----CACT-T----ACCAATGGCAA-CA-AAT-CA----------GTT-GA-AT-TT----GCG---GA-ACA-ACCA----ATCT---T-AAT---A----T--CCTG---------------T-T--------A--T--C--A-----A---T--------A-TG----A--C---A---AATT-AATTTATTG-A--A--TG-----TTTA----G-TT--CAT-----GA----A-A-A-TT-TTG---TTT-C-AGCG-A--A-T-ATCG-C----GAA-AA--T-A--TC-----C-AT-GA-GTT-----AA-----TTT--C-----C-GCTAT-ACAGTtccc
gi|19 : TGTATAGCAG-G-TTA------ACA-T-TG-T-GG-TC-GG--A-A--A-TTA--TT----GC-AA---TTT---T---T-T----CA---------------------------------------GTT-GA-AT-TT----GCT---GA-AAA-ATAA----ATAT---T-AAT-----------CCTGAA--C-C-CA--A--T-TC---A---A--T--TTTAC----G---T--------A-TG----A--A---A---ATCT-A-TTCACTG-A--A--TG-----TTAA----A-TT--CGC-----GA----A-A-A-TT-TTG---TTT-C-AGAG-A--A-T-ATAG-C----GAA-AA-TT-AATTC-----T-GC-AA-GTT-----AA-----TTTC-C--T--C-ATTAT-ACAGTa
gi|22 : cTGTATAGCAG-G-TTA------ATA-T-CG-C-GT-T------------------TT----A--AG---TTT---TTTTT-T----CACT-T----A------GCAA-CA-AAT-TG---CGGCCG-GTT-GA-AT-TT----GTG---GA-AAA-ACAA----ATC------------------------------------A--T-TC----------------------A---T--------A-TG----A--A---A---TATT-AATTTACTG-A--A--TG-----TTAA----A-TT--CAC-----GG----A-A-A-TT-TTA---TTT-C-AGCG-A--A-T-ATAG-G----AAA-AA-TT-AATTC-----C-TCGAA-T-T-----GA-----TTT--C--C--C-GATAT-GCAGT
gi|1 : cTGTATAGCAG-G-TTT------ACA-TATG-CAGG-TCTGG--A-ATAA-A-A--TC----ACGAT---TTT---T---T-T----CACT-TTAATA------GCAA-CA-AAT-CA---AGGTTG-GTT-GA-AT-TC------A---GA-AAA--CAA----ATCT---T-ACT------------CTGAT--C-C-CG--A--T-TC---A---G--T--T--A---------T--------A-AG----A--T---T---AATT-AATTCACTG-AAGC--AGATTAATTAA----A-TT--TCTTTCTGAG----A-A-A-TT-TTG---TTT-T-AGCG-C--A-T-ATAG-C----GAA-AA-TT--ACTC-----C-AC-GA-GTT-----AA-----CTT--C--C--CTGCTAT-ACAGT
gi|23 : acTGTATAGCAG-G-TTA------ATA-T-CG-C-GG-TA-AA--A-A--A-A-A-----------A----------------------ACC-T-----------GTGA-T----T-CA---CGGTCG-GTA-GA-AT-AC----GCG---AA-AAA-ACAA----ATCT---T------------------------------------TC---A---A--T--T--A-----AACGT--------A-TT----A--A---A---A-TT-AATTCACTG-A--A--TG-----TTAA----A-TT--CAC-----TG----A-A-A-TT-TTG---TTT-C-AGCG-A--A-T-ATAG-C----GAA-AA-TG-AACTC-----T-GC-GA-GTT-----AA-----TTT--C--C--C-ACTAT-ACAGTa
gi|6 : TGTATAGCGG-A-TTT------ATA-T-CG-C-AGATG-GA--A-A--A-A-A--TT----G--AGATTTTT---T---T-T----TACT-TTAATA------GCAA-CA-AAT-TGAAATAAT---GTT-GA-AT-TC----ACA---GA-AAA-ACAC----ATCT---T-ACT-----------CCTGAA--C-C-TG--A--T-TC---A---A--T--T--A---------T--------A-CG----T--ATCCA---AATT-AATTCACTG-A--A--TG-----TTAA------------------------A-A-A-T--TTT---TTA-A-AGTG-A--A-T-TTTG-T----AAA-AA-TT-AACTC-----T-GTGAA-T-T-----AA-----TTT--C--C--C-ACTAT-ACAG
gi|8 : cTGTATAGCGG-A-TTT------ATA-T-CG-C-AG-AT-GG--A-A--A-A-A--TT----G--AGATTTTT---T---T-T----TACT-TTAATA------GCAA-CA-AAT-TGAAATAAT-G-TTT-GA-AT-TC----ACA---GA-AAA-CCCA-----TCT---T-ACT-----------CCTGAA--C-C-TG--A--T-TC---A---A--T--T--A---------T--------A-CG----T--ATCCA---AATT-AATTCACTG-A--A--TG-----TTAA----A--------------------------A-TTT---TTTAA-AGTG-A--A-T-TTTG-T----AAA-AA-TTAAACTC-----T-GTGAA-T-T-----AA-----TTT--C--C--C-ACTAT-ACAGT
gi|29 : cTGTATAGCAG-G-TTA------ATA-T-CG-C-AG-TC-AG--A-A--A-A-AAATC----GT-GA---TTT---T---T-T----CACT-T----C------GCAA-CA-AAT-CG---CGAATG-ATT-GA-AT-TT----GTG---GA-GAA-ACAA----ATCT---T-AAT---A----T--CCTTGA--C-C-TG--A--T-TC---A---A--T--C--------A---T-----------------------A---AGTT-AATTCCCTG-A--
gi|30 : acTGTATAGCGG-G-TTA------ATG-T-CG-T-GG-AC-AG--A-A--A-A-AA-TC----GT-GT---TTT---T---T-T----CACT-C----A------GCAA-CA-AAT-TG---CAGTTA-GTT-GA-AT-TC----GCA---GA-AAA-ATAT----ATCT---T----------------TTG---------------T-T--------A--T--C--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACa
gi|15 : TGTGCAGCGT-G-TTA------ATT-T-CG-C-GG-TT-GG--A-A--A-A-AA-TC----TC-GA---CTC---T---T-T-----ACT-T----G------GCAA-CA-AAT-AG---CAGTCA-GTT-GA-AT-TT-----TG---GA-AAA-ACAA----ACC------ATT---A----T-------A--C-------A--T----------A--T--T--------------------------------A---A---AATT-AATTTGCTG-A--T--TG-----ATAAGGTTG-TT--AAA-----AA----A-A-A-CA-TAG---AGT-CAAACG-A--G-TGACAG-C----AAA-AA-TT-AACTC-----C-GT----G-T-----AATATATTTT--C--TG-C-TCTAT-ACAG
gi|39 : cTGTAC-GCAG-G-TTA------ATA-T-CG-C-AG-TC-AT--A-A--A-A-A-----------AA------------------------------A------GCAA-CA-AAT-CG---CGGTCG-GTT-GA-AT-TT----GCA---GA-AAA-ACAA----ATCT---
gi|42 : TGTGCAGCGC-G-TTA------ATT-T-CA-C-GA-TT-GG--A-A--AAA-A--TC----TC-GA---CTC---T---T-T-----ACT-T----G------GCAA-
gi|35 : TGTGTAGTGG-G-TTA------AAA-T-CA-T-GGATG-GA--A-A--A-A-A--TC----GT-GA---TTT---T---TCT----CGCG-T----T------GAAG-CA-GAT-C-----AGTCA---T-AA-AT-TCTTGGACA---AG-AAA-A-AA----AT
gi|11 : tacGTATAGCGG-GGTTA------AT--T-CG-T-GG-TC-GA--ATG--A-A-A--TC----GC-AA---TTTCTTT---T-T----C-CT-T----T------GCAG-CA-AAT-CG---TGGTC--GTT-AA-A--TC----GC-----G-AAA-ACAA----ATCT---T-GGT---T----T--TTTG-----------------------------T--T--A-----A---T--------A-TG----A--T---A---AATT-AATTCACTG-A--A--GG-----TTAA----A-TT--CGC-----GG----A-A-A-TT-TTG---TCA-C-AGGG-AATA-T-ATAG-C----GAA-AA-TT-AACTC-----C-GC-Ata
gi|24 : actgGTATAGCAG-G-TTA------ATAAT-CG-C-GG-TA-AA--A-A--A-A-A--AA----AC-TG---TGA---T---T------CAC--------------------------------GGTCG-GTA-GA-AT-AC----GCG---AA-AAA-ACAA----ATCT---T-------------------------------------C---A---A--T--T--A-----ACG-T--------A-TT----A--A---A---A-TT-AATTCACTG-A--A--TG-----TTAA----A-TT--CAC-----TG----A-A-A-TT-TTT---GTT-C-AGCGAA--A-T-ATAG-C----GAA-AA-TG-AACTC-----T-GC-GA-G-TTA---AA-----TTT--C--C--C-ACTAT-ACAGTgctacatacatgtacatgta
gi|18 : TACAACGG-G-TTT------ATA-T-CG-C-G--TT-GG--A-A--A-A-AAATC----AC-AA---TTT---T---T------CACT-T----G------GCAA-CA-AAT-CG---CGGTCT-GTT-GA-AT-TC----ACG---AT-AAA-ATAA----ATCTG--T---T---A----T--TTT---------------------------A--T--T--A-----A---T--------A-TT----G--A---A---AATT-AATTCACTG-A--A--TG-----TTAA----A-TT--CGC-----GG----A-A-A-TT-TTG---TTT-C-AGCG-A--A-T-ATAG-C----GAA-AA-TT-AACTC-----C-GC-AA-GTT-----GA-----TTT--T--T--C-GCTAT-ACAGT
gi|9 : TATAGCAG-G-TTA------ATA-T-CA-C-GA-TT-GG--A-A--A-A-A--TC----AT-GA---TTT---T---T-T----GACT-T----G------GCAA-CA-AAT-TG---CAGTCG-GTT-GA-AT-TT----GCA---GA-AAA-AGAA----ATCT---T-A-----A----T--CCTGAA--C-C-AC--A--T-TC---A---A--T--T--AT----A---T--------A-T-----ATTA---A---AATC-AATTCAATG-A--A--TG-----CTAA----A-TT--CTC-----GG----A-A-A-TT-TTG---TTT-T-AGCA-A--A-T-AT-------------A-TT-AACCC-----T-GTGAG-G-T-----AA-----TTT--C--C--T-GTTAT-ACAGTg
gi|20 : tcTACAGCTGCA-TTA-------TA-T-CG-T-----T-GG--A-A--A-A-T--TT----AC-A----TTT---T---T-T----CACT-T----A------ACAATCA-AAT-C----CCTTCA-GTT-GA-AT-TA----TTG---GG-AAA-ACAA----AACT---T-----------------TG------T-TA--A--TGT-----------T--T--GC----A---T--------A-TG----T--A---A---AATTAAATTCACTG-G--A--TG-----TTAA----A--T--CG------GG----ACA-G-TATTTGT--TTT-C-AGAG-A--A-T-ATTG-C------G-AA-TG-AAGT------C-GC-AG-GATA----AA-----TCC--CGTT--C-AGTAC-ACat
gi|4 : ACAGCGG---TTA------ATA-T-CG-C-AG-TT-GG--A-A--A-A-AAATC----TC-GA---TTT---T---T-TTTTTCATT-T----A------GCAA-CA-AAT-CA---CGGTCA-CCT-GA-AT-TT----GCT---AA-AAT-ACAC----TTCT---TTAATCGAA----T--CCTGAA--C-C-CG--A--T-TC---A---A--G--T--A---------T--------A-CGT---ATTA---A---AATT-ACTTCACTG-A--T--TG-----TAAA----A-TT--TGC-----GG----A-A-A-TT-TTG---TTT-C-AGTG-A--A-T-TTAG-C----GAA-AT-TT-AACCC-----C-AC-AA-GTT-----AA-----TTT--C--C--C-ACTAA-ACGG
gi|37 : ATAGCAG-G-TTA------ATA-T-CA-C-CG-TC-AG--A-A--A-A-A-----------AA---TCT---T---G-T----CACG-T----A------GCAA-CA-AAT-TA---TGGTTG-GTT-GA-AT-TT----GCC---GA-AAA-AC
gi|26 : ATAGCGG-GGTTG------ATA-T-CG-C-GA-TC-GA--A-A--A-A-A--TCGGG-AT-AA---TTT---T---T-
gi|32 : CAGCTG-A-TTG------ATA-T-CG-C-GG-TT-GG--A-A--A-A-AAATT----GC-AA---TAT---T---T-T----CACT-T----G------ACAG-CA-AAT-CG---CTGTCA-GCT-GA-AT-TA----TTG---GA-TAA-ACAA----ATCT---T-ctgaaatcttattatttaatattaatatgagaaatcaattaactgaatatcaaattctcggaaatgtggtttcagcgaatatagtgagaagtaacttcactggttaatatcctgttaa
gi|5 : AGCAG-G-TTA------ATA-T-CG-C-GG-TC-GG--A-A--A-A-AA-TC----CC-GA---TTT---T---T-TTTT-CACT-T----A------CCAA-CA-AAT-CG---CGGTCG-GTT-GAGAT-TC----GCG---GA-AAA-ACAA----ATCT---A-AAT---A----T--TTTTAA--T-A-AT--A--T-TT---GTT-A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--C---A---AATT-AATACATTA-A--A--TG-----TTGA----A-TT--CGC-----GG----A-A-T-TT-TTG---TTT-A-AACG-A--A-T-ATAA-C----GAA-AA-TG-AACCT-----C-GC-GA-GTT-----AA-----TTC--C--C--C-GCTAC-tgttatttgttttcaatat
gi|13 : tGCGG-G-TTA------ATA-T-CT-T-GG-TC-AGGAA-A--A-A-A--TC----GT-GA---TTT---A---T-T----CACT-T----A------GCAA-CA-AAT-CG---CAGTCA-GTT-GA-AT-TT----GCG---GA-AAACACAA----ATCT---T-A-----A----T--CCTGAA--T-C-CG--A--T-TCAAAA---A--T--T--C-----G---T--------A-TC----A--A---AATCAATT--ATTAACTG-A--A--TG-----TTAG----A-TT--CGT-----GG------A-T-TT-TTG---TTT-A-GGCG-A--A-T----------------A-TT-AACTC-----T-GC-AA-GTT-----AA-----TTT--C--A--C-ATTtgtata
gi|16 : gatg-TTG------ATA-T-TGCT-GG-CA-GA--A-A--A-A-A--TT----GC-GA---TTT---C---T-T----CACT-T----G------GCAA-CA-AAT-TG---CGGTCA-GTT-GA-AT-TC----GTG---GGGAAA-ACAA----ATCT---T-ATT--------T--C---AA--TAT-CA--A--T-GT---T---A--T--T--A-----A---A--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCGCTG-A--A--TG-----TTAA----A-TT--TGT-----GG----A-C-A-TT-TTG---TTT-C-AGCA-A--A-T-TTAG-C----AAA-AA-TG-AACTC-----CTGG-AG-T-T-----AA-----TTT--C--C--C-GCTAT-ACAGTct
gi|14 : TA-T-TC-T-GG-CA-GA--A-A--A-A-A--TT-----C-GA---TTT---C---T-T----CACT-T----G------CCAA-CACAATTCG----GGTCA-GTTTGA-ATCTC----GTG---GG-AAA-ACAA----ATCT---T-ATT--------T--CAATAA--T-C-GA--A--TGTT---A---------T--A-----A---A--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCGCTC-G--CAATG-----TTAA----ATTT--TGT-----GG----A-CTA-T--TTG---TTT-CAAGCA-A--ATT-TTAG-C----AAA-AA-TG-AACTC-----C--T-GA-G-TA----AA-----TTT--C--C--C-GCAAT-ACA
gi|25 : --A-A-A--TC----AC--G---ATT---C---T-T----CACT-T----T------GCAA-CA-AAT-CG---CGGTCG-GTT-GC-AT-TC----GCG---GA-GAA-ACAA----ATC----T-AAT--------T--ACTGAA--C-C-CG--A--T-TC---A---A--T--T--A-----AACGT--------A-TG-------A---A---AATT-CATTAACTG-T--A--TG-----TTAA----A-TT--CGC-----AG----A-A-A-TT-GTG---TTT-C-CGCG-A--A-T-ATAta
gi|17 : -A--TC----GC-GA---ATT---T---T-T----CACT-T----A------GCAA-CA-AGT-GG---CGGTCG-GTT-GA-AT-TC----GCG---GA-AAA-ACAA----ATTG---T-AAT---A----T--CCTGAA--C-C-CG--A--T-CC---ATGTA--TA-T--A-----T---T--------A-T-----A--A---A---AATT-AATTCACTG-C--A--TA-----TTAA----A-TT--TGC-----GG----A-A-A-TT-TTG---TTT-C-ACCG-A--A-T-ATAG-T-----GA-AA-TT--GC----------C-AT-T-T-----AA-----TTT--C--C--C-GTTAT-ACAGatgagtgaagttcccgctacaca
gi|21 : tactgtatagcactacagtatatG---TTTA--T---T-T----CGTTAT----A------GCGG-TT-AAT--A---TG--CGTGTG-GA-AT-TC----ATG---GA-AA---CAA----ATCT---T-AA----A----T--CGTGAA--C-C-CC--A--T-TT---A---A--A--T--A---------T--------A-TT----A--T---A---TATT-AATTCACTG-A-----TG-----TTGA----A-T----AG-----AG----A-A-G-T--TTGC--TTT-C-AGCGAA--A-C-ATAG-C----AAA-AA--T-AA-TC-----T-GC-GG-G--------A-----TTT--C--C--C-GCTATCACA
gi|26 : ttaaattttattctgatgtacaatacG-GTT-GA-TA-TC----GCGATCGA-AAA-A-------ATCG---G-GAT---AATTTT--TCTGAAATC-T-TATTA--T-TT---A---A--TATT--A-----A---T--------A-TG----A--G---A---AATC-AATTAACTG-A--A--TA-----TCAA----A-TT--CTC-----GG----A-A-A-TG-TGG---TTT-C-AGCG-A--A-T-ATAG-T----GAG-AA-GT-AACTT-----C-AC-TG-GTT-----AA-----TAT--C--tta
gi|27 : atagcggTT-GA-AT-TCC---GCG---GA-AAA-ATAA----ATCTCCTT-AAT---A----TATCCTGAAT-C-C-CA--A--TATC---ATAGA--T--T--T-----A---TTTTGTACAA-TG----C--AT--A---CATT-AATTC-CTG-A--ctgttaa
gi|28 : atcgcggattttggatttcaaacttaggcaaaaccatcggccccgccgaaat-GA-AT-TC----GCT---GA-AAA-ACAA----ATCT---T-AAT---A----T--CCCGAA--T-C-CG--A--T-TC---A---T--T--T--A---------T--------A-TGTT--A--T---A---AATT-AATTCACTG-A--A--TG-----TCAA----G-TT--TGT-----GG----A-A-A-TT-TTG---TTT-C-AGTG-A--A-C-ATAG-C----GAA-AA-TT-AACTC-----tataaatatgcggacaa
gi|33 : -----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-ATATCACTG-A--A--TG-----TTAA----A-TT--CAC-----GG----A-A-T-TT-TTG---TTT-C-AGCG-A--A-T-ATAG-CGGGAAAA-AA----AACTC-----T-GC-GATA-T-----AA-----TTT--C--C--A-GCTAC-gatccacgagttttaaaaattccctcatgcagtac
gi|41 : -----A---T--------A-TG----A--T---A---TATT-AATTCACTG-A--A--TG-----TGAA----A-TT--CAT-----CG----A-A-A-TT-TTG---TCT-C-AGCC-T--A-T-ATAG-C----GAA-AA-Ttgtatgc
gi|34 : c-TA----A--A---G---AATT-A-TTCACTG-C--A--TA-----GTGA----A-TTTGCAT-----AACTTAA-A-A-TT-TTGA--TTT-C-CGCA-A--A-T-ATAG-T----GAA-AA-TT-
gi|31 : ccatcaaattt---A---AAT--AATTCACTGTA--C---A-----TTTA----A-TT--TGT-----GA----A-A-C-TT-CTA---TTT-C-TGTG-G--A-A-ATAGAA----AAA-AA-TC-ACCTC-----A-GT-GA-GTT-----AA-----TTT--C--C--T-GCCAT-ACAGTtcatttctgctatttagt
gi|36 : caaatcatcttcatcaagtttc-AATTCACTG-A--T--GG-----TTAA----A-TT--CAT-----GG----A-A-ATTT-TTG---TTT-C-AACT-A--A-T-GTAA-C----GAA-AATTT-AACTC-----C-AC-AA-GTT-----AT-----TTT--C--C--C-ACTAT-ACAGat
gi|38 : ----A-TT--CAT-----GG----A-A-A-TA-TTGT--TTT-T-AGCG----A-T-ATAG-C----GAA-AA-TT-GACTG-----G-GC-AA-G-TTTTAAGA-----TTT--C--C--C-GCTTT-ATAGT
gi|40 : ----A-A-A-AA-TTGCAATTT-C-AACA-A--A-T-ATAG-C----AAA-AA-TT-AACTCAACTGT-GT-GA-GTT-----AA-----TTT--C--C--T-GCTAT-TCAGatt
Alignments
lowQualScore : 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111
lowQualScore : 1 444444 1 1 2 2 11 1 11 1 11 1 1 33 22 1 11 2222 222 2222 1 6666 11 11 2222 99999999999 1 1 1 11 1 222 11 1 222 1 1 1 1 222 1 1 2222 2222 222 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44444444 1 11111111111 222 1 1 1 333333 1 1 1 22222 2222 333333 1 1 1 1 3 3 2 11 1 1 11 1 1 2 2222 33333 1 6666 2222 1 1 11 1
lowQualScore : . ...... . . . . .. . .. . .. . . .. .. . .. .... ... .... . .... .. .. .... ........... . . . .. . ... .. . ... . . . . ... . . .... .... ... . ................................................................... ........ . ........... ... . . . ...... . . . ..... .... ...... . . . . . . . .. . . .. . . . .... ..... . .... .... . . .. .
lowQualScore : 5 111111 4 4 9 9 66 4 99 4 88 3 2 66 11 2 77 7777 222 7777 2 1111 77 77 7777 44444444444 2 2 3 77 2 222 77 2 111 2 2 2 2 111 2 2 6666 6666 222 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555555 2 88888888888 111 1 2 2 444444 2 2 2 99999 5555 444444 2 2 2 2 5 5 4 66 2 2 66 2 2 4 7777 11111 2 6666 8888 4 4 99 4
consensus : TGTATAGCGGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TC-G-G--A-A--A-A-A--TCGCG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCG-AGTT----AAT----TTCC-C-G--CTAT-ACAGT
Reference ( family-3851 ) : TGTATAGCGGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TC-G-G--A-A--A-A-A--TCGCG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCG-AGTT----AAT----TTCC-C-G--CTAT-ACAGT
gi|1 : TGTATAGCAGG-TTT------ACA-TATGCAGG-TCTG-G--A-ATAA-A-A--TCACG-A--T----TT---T----T-TT---C--A--CT----TTAATA------G-CAA-CA-A--AT-CA---AGGT--TG-G---TT-GA-AT-TC-A------G-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----CT----------CTGAT-CC-CG----A--T-TC---A---G--T--T--A---------T--------A-AG----A--T---T---AATT-AATTCACT-G-AAGCAGATTAATTAA-A-TTTCTTTCTG----A------G-A-AAT-TTT-G-TTTT-AGCG-C--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT--AC----TC-----CACG-AGTT----AAC----TTCC-CTG--CTAT-ACAGT
gi|10 : acTGTATAGC-GG-TCA------ATA-C-AGC-AG-TC-GAA--A-A--A-A-A--TCACA-A--T----TT---T----T-C----C--A--CT----T----A------T-CAA-CA-A--AT-CA---TGGT--TG-G---TT-GA-AT-TT-GCG---G--AAA-ACAA----A----T---TT-T-G-----A----A----TCCTGAA-CC-------A--T-TC---A---A--T--T--ATTGATA---T--------A-TGTAACA--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAACA-TT-----TGC----G------GAA-AAT-TTT-G-TGTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAACAA-TG-AAC----TC-----TGCG-AATT----a
gi|11 : GTATAGCGGGGTTA------AT--T-CGT-GG-TC-G-A--ATG--A-A-A--TCGCA-A--T----TTCTTT----T-T----C-----CT----T----T------G-CAG-CA-A--AT-CG---TGGT--C--G---TT-AA-A--TC-GCG------AAA-ACAA----A----T---CT-T-G-----GT---T----TTTTG-----------------------------T--T--A-----A---T--------A-TG----A--T---A---AATT-AATTCACT-G-AA------GG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TCAC-AGGG-AATA-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGC--AGCT----Accc
gi|12 : actgTGTATAGCGGG-TTA------ATA-T-TGC-AG-TC-G-G--A-A--A-A-AAATCGCG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----ACCAATGG-CAA-CA-A--AT-CA------------G---TT-GA-AT-TT-GCG---GA-ACA-ACCA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTG---------------T-T--------A--T--C--A-----A---T--------A-TG----A--C---A---AATT-AATTTATT-G-AA------TG-TTTA-G-TT-----CAT----G------A-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATCGC--GAA-AA--T-A------TC-----CATG-AGTT----AAT----TT-C-C-G--CTAT-ACAGTcatacatgtacatgta
gi|13 : ATGGCGGG-TTA------ATA-T-CTT-GG-TC-A-GGAA-A--A-A-A--TCGTG-A--T----TT---A----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CAGT--CA-G---TT-GA-AT-TT-GCG---GA-AAACACAA----A----T---CT-T-A----------A----TCCTGAA-TC-CG----A--T-TCAAAA---A--T--T--C-----G---T--------A-TC----A--A---AATCAATT--ATTAACT-G-AA------TG-TTAG-A-TT-----CGT----G------G---ATT-TTT-G-TTTA-GGCG-A--A-T-------------A-TT-AAC----TC-----TGCA-AGTT----AAT----TTCa
gi|14 : g-G-A--A-A--A-A-A--TT-CG-A--T----TT---C----T-T----C--A--CT----T----G------C-CAA-CACA--ATTCG----GGT--CA-G---TTTGA-ATCTC-GTG---GG-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----TT--------TCAATAA-TC-GA----A--TGTT---A---------T--A-----A---A--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCGCTCGCAA------TG-TTAA-ATTT-----TGT----G------G-A-CTA-TTT-G-TTTCAAGCA-A--ATT-TTAGC--AAA-AA-TG-AAC----TC-----C-TG-AGTA----AAT----TTCC-C-G--CAAT-ACAacattct
gi|15 : tattctggcaTGTGCAGCGTG-TTA------ATT-T-CGC-GG-TT-G-G--A-A--A-A-AA-TCTCG-A--C----TC---T----T-T-------A--CT----T----G------G-CAA-CA-A--AT-AG---CAGT--CA-G---TT-GA-AT-TT--TG---GA-AAA-ACAA----A----C---C----A-----TT---A----T-----A-C--------A--T----------A--T--T--------------------------------A---A---AATT-AATTTGCT-G-AT------TG-ATAA-G-GT-----TGTTAAAA------A-A-AAC-ATA-G-AGTCAAACG-A--G-TGACAGC--AAA-AA-TT-AAC----TC-----CGTGTAATA----TAT----TTTC-T-GCTCTAT-ACAGta
gi|16 : c-TTG------ATA-T-TGCTGG-CA-G-A--A-A--A-A-A--TTGCG-A--T----TT---C----T-T----C--A--CT----T----G------G-CAA-CA-A--AT-TG---CGGT--CA-G---TT-GA-AT-TC-GTG---GGGAAA-ACAA----A----T---CT-T-ATTTCAAT---A----TC---AA-T--------G--T-T--------A--T--T--A-----A---A--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCGCT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----TGT----G------G-A-CAT-TTT-G-TTTC-AGCA-A--A-T-TTAGC--AAA-AA-TG-AAC----TC-----CTGG-AGTT----AAT----TTCC-C-G--CTAT-ACAGT
gi|17 : -A--TCGCG-A--A----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--GT-GG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---TG-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CG----A--T-CC---ATGTA--TA-T--A-----T---T--------A-T-----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-CA------TA-TTAA-A-TT-----TGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-ACCG-A--A-T-ATAGT--G-A-AA-TT----------------GCC-ATTT----AAT----TTCC-C-G--TTAT-ACAG
gi|18 : tactgtatagcactacagtatatTACAACGGG-TTT------ATA-T-CGC-G--TT-G-G--A-A--A-A-AAATCACA-A--T----TT---T----T------C--A--CT----T----G------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CT-G---TT-GA-AT-TC-ACG---AT-AAA-ATAA----A----T---CTGT--------T---A----TTTT---------------------------A--T--T--A-----A---T--------A-TT----G--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCA-AGTT----GAT----TTTT-C-G--CTAT-ACAGT
gi|19 : TGTATAGCAGG-TTA------ACA-T-TGT-GG-TC-G-G--A-A--A-TTA--TTGCA-A--T----TT---T----T-T----C--A-------------------------------------------------G---TT-GA-AT-TT-GCT---GA-AAA-ATAA----A----T---AT-T-A-----AT---------CCTGAA-CC-CA----A--T-TC---A---A--T--TTTAC----G---T--------A-TG----A--A---A---ATCT-A-TTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------A-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGAG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAT----TC-----TGCA-AGTT----AAT----TTCCTC-A--TTAT-ACAGTg
gi|2 : cTGTATAGTGGG-TTA------ATA-T-CGC-GA-TT-G-G--A-A--A-A-AA-TCGAA-A--AAAAATT---T----C-T----C--T--CT----A----A------G-CAA-CA-A--AT-CA---CGGT--TA-G---TT-GA-AT-TC-ACG---GA-AAA-ACAATTAAA----T---CC-T-A-----AT---------CCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--ACAA--A---T--------A-TT----A--G---A---A-TC-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----TGC----A------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGTG-A--A-A-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CACG-AGTT----AATTTAATTAC-C-A--CGAT-ACAGT
gi|20 : c------ATA-T-CG-----TT-G-G--A-A--A-A-T--TTAC--A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------A-CAATCA-A--AT-C----CCTT--CA-G---TT-GA-AT-TA-TTG---GG-AAA-ACAA----AACTTT---GT-T-A-----AT---G----T-TTG---C-------------------------------------A---T--------A-TG----T--A---A---AATTAAATTCACT-G-GA------TG-TTAA-A--T-----CG-----G------G-ACAGTATTT-GTTTTC-AGAG-A--A-T-ATTGC--G---AA-TG-AAG----T------CGCA-GGAT----AA-----ATCC-C-G--TT----CAGTa
gi|21 : tacagctgcatt-G---TG-GA-AT-TC-ATG---GA-AA---CAA----A----T---CT-T-A-----A----A----TCGTGAA-CC-CC----A--T-TT---A---A--A--T--A---------T--------A-TT----A--T---A---TATT-AATTCACT-G--A------TG-TTGA-A-T--------A----G------A-G-AAG-TTT-GCTTTC-AGCGAA--A-C-ATAGC--AAA-AA--T-AA-----TC-----TGCG-GG-------AT----TTCC-C-G--CTATCACAacac
gi|22 : ttaaattttattctgatgtacaatacgtttatttcgttatagcggttaatatgcgtTGTATAGCAGG-TTA------ATA-T-CGC-GT-TT-T---------A-A-G--TTT------T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-TG---CGGC--CG-G---TT-GA-AT-TT-GTG---GA-AAA-ACAA----A----T---C-------------------------------------A--T-TC---A----------------------T--------A-TG----A--A---A---TATT-AATTTACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----G------G-A-AAT-TTT-A-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGG--AAA-AA-TT-AAT----TC-----CTCG-AATT----GAT----TTCC-C-G--ATAT-GCAGTtta
gi|23 : cTGTATAGCAGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TA-A-A--A-A--A-A-A--------A---------------------------A--CC----T-----------G-TGA-T------T-CA---CGGT--CG-G---TA-GA-AT-AC-GCG---AA-AAA-ACAA----A----T---CT-T---------------------------------------TC---A---A--T--T--A-----AACGT--------A-TT----A--A---A---A-TT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----T------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TG-AAC----TC-----TGCG-AGTT----AAT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGT
gi|24 : GTATAGCAGG-TTA------ATAAT-CGC-GG-TA-A-A--A-A--A-A-A------A-A---------------------------A--CT----------------G-TGA-T------T-CA---CGGT--CG-G---TA-GA-AT-AC-GCG---AA-AAA-ACAA----A----T---CT-T----------------------------------------C---A---A--T--T--A-----ACG-T--------A-TT----A--A---A---A-TT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----T------G-A-AAT-TTT-T-GTTC-AGCGAA--A-T-ATAGC--GAA-AA-TG-AAC----TC-----TGCG-AGTTA---AAT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGT
gi|25 : --A-A-A--TCACG-A--T----TC---T----T------C--A--CT----T----T------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GC-AT-TC-GCG---GA-GAA-ACAA----A----T---C--T-A-----AT--------TACTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--A-----AACGT--------A-TG-------A---A---AATT-CATTAACT-G-TA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----A------G-A-AAT-TGT-G-TTTC-CGCG-A--A-T-AT---------AA-T-------------------G-AGTG----AAG----TTCC-C-G--CTAC-ACA
gi|26 : --AT-AG---CGG----G-G---TT-GA-TA-TC-GCGATCGA-AAA-A-------A----T---CG-G-G-----AT---AATTTTTCTGAA-AT-CTTATTA--T-TT---A---A--TATT--A-----A---T--------A-TG----A--G---A---AATC-AATTAACT-G-AA------TA-TCAA-A-TT-----CTC----G------G-A-AAT-GTG-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGT--GAG-AA-GT-AAC----TT-----CACT-GGTT----AAT----ATCC-T-G--TTA
gi|27 : -A--TCGCGGA--T----TT---TGGATT-T----C--AAACT----T----A------GGCAA--A-ACCAT-CGGCCCCGC--CG-AAATTT-GA-AT-TCCGCG---GA-AAA-ATAA----A----TCTCCT-T-AAT---AT---A----TCCTGAATCC-CA----A--TATC---ATAGA--T--T--T-----A---TTTTGTACAA-TG----C--AT--A---CATT-AATTC-CT-G--A------TA--TAA-A-TA-----TGC----G------G-A-a
gi|28 : -GA-AT-TC-GCT---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCCGAA-TC-CG----A--T-TC---A---T--T--T--A---------T--------A-TGTT--A--T---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TCAA-G-TT-----TGT----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGTG-A--A-C-ATAGC--GAA-AA-TT-AACTCGATC-----CACG-AGTTTTAAAAA----TTCC-C-T--C-AT-GCAGTcaa
gi|29 : TGTATAGCAGG-TTA------ATA-T-CGC-AG-TC-A-G--A-A--A-A-AAATCGTG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----C------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGAA--TG-A---TT-GA-AT-TT-GTG---GA-GAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTTGA-CC-TG----A--T-TC---A---A--T--C--------A---T-----------------------A---AGTT-AATTCCCT-G-AA------ac
gi|3 : acTGTATAGCGGG-TTACCGGTAATA-T-CAC-GG-CC-G-G--A-A--A-A-A--TTGTA-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-TG---TAGT--CA-G---TT-GA-AT-TC-TCA---GA-AAA-ATAA----A----T---CT-T-A-----TT---G----TCCTGAA-CCACA----AATT-TC---A---ATTT--T--A-----T---T--------ATTG-----------A---TATT-AATTCATT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----A------A-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATGGC--AAA-AA-AT-ACC----TC-----TGTG-GGTT----ACT----TTCT-C-G--CTAT-ACAGT
gi|30 : TGTATAGCGGG-TTA------ATG-T-CGT-GG-AC-A-G--A-A--A-A-AA-TCGTG-T--T----TT---T----T-T----C--A--CT----C----A------G-CAA-CA-A--AT-TG---CAGT--TA-G---TT-GA-AT-TC-GCA---GA-AAA-ATAT----A----T---CT-T-------------------TTG---------------T-T--------A--T--C--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCAC
gi|31 : ---A---AAT--AATTCACT-G-TA------CA-TTTA-A-TT-----TGT----G------A-A-ACT-TCT-A-TTTC-TGTG-G--A-A-ATAGA--AAA-AAATC-ACC----TC-----AGTG-AGTT----AAT----TTCC-T-G--CCAT-ACAGT
gi|32 : caaatcatcttcatcaagtttcAGCTGA-TTG------ATA-T-CGC-GG-TT-G-G--A-A--A-A-AAATTGCA-A--T----AT---T----T-T----C--A--CT----T----G------A-CAG-CA-A--AT-CG---CTGT--CA-G---CT-GA-AT-TA-TTG---GA-TAA-ACAA----A----T---CT-T-at
gi|33 : c-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-ATATCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----G------G-A-ATT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGCGGGAA-AA-AA-AAC----TC-----TGCG-ATAT----AAT----TTCC-A-G--CTAC-tgttatttgttttcaatat
gi|34 : -TA----A--A---G---AATT-A-TTCACT-G-CA------TA-GTGA-A-TT-----TGC----ATAACTTA-A-AAT-TTT-GATTTC-CGCA-A--A-T-ATAGT--GAA-AA-TT-tgtatgc
gi|35 : ccatcaaatttTGTGTAGTGGG-TTA------AAA-T-CAT-GGATG-G-A--A-A--A-A-A--TCGTG-A--T----TT---T----TCT----C--G--CG----T----T------G-AAG-CA-G--AT------CAGT--CA------T-AA-AT-TC-TTG---GA-CAA-GAAA----A----tcatttctgctatttagt
gi|36 : tac-AATTCACT-G-AT------GG-TTAA-A-TT-----CAT----G------G-A-AAT-TTTTG-TTTC-AACT-A--A-T-GTAAC--GAA-AA-TTTAAC----TC-----CACA-AGTT----ATT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGaaatta
gi|37 : ATAGCAGG-TTA------ATA-T-CAC-CG-TC-A-G--A-A--A-A-A------A-A--T----CT---T----G-T----C--A--CG----T----A------G-CAA-CA-A--AT-TA---TGGT--TG-G---TT-GA-AT-TT-GCC---GA-AAA-AC
gi|38 : -A-TT-----CAT----G------G-A-AAT-ATT-G-TTTTTAGCG-A----T-ATAGC--GAA-AA-TT-GAC----TG-----GGCA-AGTTTTAAGAT----TTCC-C-G--CTTT-ATAGT
gi|39 : TGTAC-GCAGG-TTA------ATA-T-CGC-AG-TC-A-T--A-A--A-A-A------A-A-----------------------------------------A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TT-GCA---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-att
gi|4 : ACAGCGG--TTA------ATA-T-CGC-AG-TT-G-G--A-A--A-A-AAATCTCG-A--T----TT---T----T-TTTTTC--A--TT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CA---CGGT--CA-C---CT-GA-AT-TT-GCT---AA-AAT-ACAC----T----T---CT-TTA-----ATCGAA----TCCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--G--T--A---------T--------A-CGT---ATTA---A---AATT-ACTTCACT-G-AT------TG-TAAA-A-TT-----TGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGTG-A--A-T-TTAGC--GAA-AT-TT-AAC----CC-----CACA-AGTT----AAT----TTCC-C-A--CTAA-ACGG
gi|40 : -TTTC-AACA-A--A-T-ATAGC--AAA-AA-TT-AAC----TCAACTGTGTG-AGTT----AAT----TTCC-T-G--CTAT-TCAG
gi|41 : aaaaattgcaa-----A---T--------A-TG----A--T---A---TATT-AATTCACT-G-AA------TG-TGAA-A-TT-----CAT----C------G-A-AAT-TTT-G-TCTC-AGCC-T--A-T-ATAGC--GAA-AA-T
gi|42 : cTGTGCAGCGCG-TTA------ATT-T-CAC-GA-TT-G-G--A-A--AAA-A--TCTCG-A--C----TC---T----T-T-------A--CT----T----G------G-CAA-
gi|5 : TAGCAGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TC-G-G--A-A--A-A-AA-TCCCG-A--T----TT---T----T-TTTT-C--A--CT----T----A------C-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GAGAT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-A-A-----AT---A----TTTTTAA-TA-AT----A--T-TT---GTT-A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--C---A---AATT-AATACATT-A-AA------TG-TTGA-A-TT-----CGC----G------G-A-ATT-TTT-G-TTTA-AACG-A--A-T-ATAAC--GAA-AA-TG-AAC----CT-----CGCG-AGTT----AAT----TCCC-C-G--CTAC-
gi|6 : TGTATAGCGGA-TTT------ATA-T-CGC-AGATG-G-A--A-A--A-A-A--TTGAG-A--T----TT---T----T-T----TTTA--CT----TTAATA------G-CAA-CA-A--AT-TG---AAAT--AATG---TT-GA-AT-TC-ACA---GA-AAA-ACAC----A----T---CT-T-A-----CT---------CCTGAA-CC-TG----A--T-TC---A---A--T--T--A---------T--------A-CG----T--ATCCA---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A--------------------------AAT-TTT---TTAA-AGTG-A--A-T-TTTGT--AAA-AA-TT-AAC----TC-----TGTG-AATT----AAT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGtgtata
gi|7 : cTGTACAGCGGG-TTA------ATA-T-TGT-GG-TC-G-G--A-A--A-A-A--TCACA-G--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---TGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCA---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CA----A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-AC------TG-TTAA-A-TT-----CAT----G------G-A-AAT-ATT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--AAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCA-AG-T----AAT----CTCT-C-A--CTAT-ACAGT
gi|8 : TGTATAGCGGA-TTT------ATA-T-CGC-AG-AT-G-G--A-A--A-A-A--TTGAG-ATTT----TT---T----T-T----T--A--CTTTAAT----A------G-CAA-CA-A--AT-TG---AAATAATG-T---TT-GA-AT-TC-ACA---G--AAA-ACCC----A----T---CT-T-A----------C----TCCTGAA-CC-TG----A--T-TC---A---A--T--T--------A---T--------A-CG----T--ATCCA---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTA---------------------------A-AAT-TTT---TTAA-AGTG-A--A-T-TTTGT--AAA-AA-TTAAAC----TC-----TGTG-AATT----AAT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGT
gi|9 : cTATAGCAGG-TTA------ATA-T-CAC-GA-TT-G-G--A-A--A-A-A--TCATG-A--T----TT---T----T-T----G--A--CT----T----G------G-CAA-CA-A--AT-TG---CAGT--CG-G---TT-GA-AT-TT-GCA---GA-AAA-AGAA----A----T---CT-T-A-----AT---------CCTGAA-CC-AC----A--T-TC---A---A--T--T--AT----A---T--------A-T-----ATTA---A---AATC-AATTCAAT-G-AA------TG-CTAA-A-TT-----CTC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTT-AGCA-A--A-T-AT----------A-TT-AAC----CC-----TGTG-AGGT----AAT----TTCC-T-G--TTAT-ACAGT
Alignments
lowQualScore : 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111
lowQualScore : 1 444444 1 1 2 2 11 1 11 1 11 1 1 33 22 1 11 2222 222 2222 1 6666 11 11 2222 99999999999 1 1 1 11 1 222 11 1 222 1 1 1 1 222 1 1 2222 2222 222 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44444444 1 11111111111 222 1 1 1 333333 1 1 1 22222 2222 333333 1 1 1 1 3 3 2 11 1 1 11 1 1 2 2222 33333 1 6666 2222 1 1 11 1
lowQualScore : . ...... . . . . .. . .. . .. . . .. .. . .. .... ... .... . .... .. .. .... ........... . . . .. . ... .. . ... . . . . ... . . .... .... ... . ................................................................... ........ . ........... ... . . . ...... . . . ..... .... ...... . . . . . . . .. . . .. . . . .... ..... . .... .... . . .. .
lowQualScore : 5 111111 4 4 9 9 66 4 99 4 88 3 2 66 11 2 77 7777 222 7777 2 1111 77 77 7777 44444444444 2 2 3 77 2 222 77 2 111 2 2 2 2 111 2 2 6666 6666 222 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555555 2 88888888888 111 1 2 2 444444 2 2 2 99999 5555 444444 2 2 2 2 5 5 4 66 2 2 66 2 2 4 7777 11111 2 6666 8888 4 4 99 4
consensus : TGTATAGCGGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TC-G-G--A-A--A-A-A--TCGCG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCG-AGTT----AAT----TTCC-C-G--CTAT-ACAGT
Reference ( family-3851 ) : TGTATAGCGGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TC-G-G--A-A--A-A-A--TCGCG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCG-AGTT----AAT----TTCC-C-G--CTAT-ACAGT
gi|1 : TGTATAGCAGG-TTT------ACA-TATGCAGG-TCTG-G--A-ATAA-A-A--TCACG-A--T----TT---T----T-TT---C--A--CT----TTAATA------G-CAA-CA-A--AT-CA---AGGT--TG-G---TT-GA-AT-TC-A------G-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----CT----------CTGAT-CC-CG----A--T-TC---A---G--T--T--A---------T--------A-AG----A--T---T---AATT-AATTCACT-G-AAGCAGATTAATTAA-A-TTTCTTTCTG----A------G-A-AAT-TTT-G-TTTT-AGCG-C--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT--AC----TC-----CACG-AGTT----AAC----TTCC-CTG--CTAT-ACAGT
gi|10 : acTGTATAGC-GG-TCA------ATA-C-AGC-AG-TC-GAA--A-A--A-A-A--TCACA-A--T----TT---T----T-C----C--A--CT----T----A------T-CAA-CA-A--AT-CA---TGGT--TG-G---TT-GA-AT-TT-GCG---G--AAA-ACAA----A----T---TT-T-G-----A----A----TCCTGAA-CC-------A--T-TC---A---A--T--T--ATTGATA---T--------A-TGTAACA--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAACA-TT-----TGC----G------GAA-AAT-TTT-G-TGTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAACAA-TG-AAC----TC-----TGCG-AATT----a
gi|11 : GTATAGCGGGGTTA------AT--T-CGT-GG-TC-G-A--ATG--A-A-A--TCGCA-A--T----TTCTTT----T-T----C-----CT----T----T------G-CAG-CA-A--AT-CG---TGGT--C--G---TT-AA-A--TC-GCG------AAA-ACAA----A----T---CT-T-G-----GT---T----TTTTG-----------------------------T--T--A-----A---T--------A-TG----A--T---A---AATT-AATTCACT-G-AA------GG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TCAC-AGGG-AATA-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGC--AGCT----Accc
gi|12 : actgTGTATAGCGGG-TTA------ATA-T-TGC-AG-TC-G-G--A-A--A-A-AAATCGCG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----ACCAATGG-CAA-CA-A--AT-CA------------G---TT-GA-AT-TT-GCG---GA-ACA-ACCA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTG---------------T-T--------A--T--C--A-----A---T--------A-TG----A--C---A---AATT-AATTTATT-G-AA------TG-TTTA-G-TT-----CAT----G------A-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATCGC--GAA-AA--T-A------TC-----CATG-AGTT----AAT----TT-C-C-G--CTAT-ACAGTcatacatgtacatgta
gi|13 : ATGGCGGG-TTA------ATA-T-CTT-GG-TC-A-GGAA-A--A-A-A--TCGTG-A--T----TT---A----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CAGT--CA-G---TT-GA-AT-TT-GCG---GA-AAACACAA----A----T---CT-T-A----------A----TCCTGAA-TC-CG----A--T-TCAAAA---A--T--T--C-----G---T--------A-TC----A--A---AATCAATT--ATTAACT-G-AA------TG-TTAG-A-TT-----CGT----G------G---ATT-TTT-G-TTTA-GGCG-A--A-T-------------A-TT-AAC----TC-----TGCA-AGTT----AAT----TTCa
gi|14 : g-G-A--A-A--A-A-A--TT-CG-A--T----TT---C----T-T----C--A--CT----T----G------C-CAA-CACA--ATTCG----GGT--CA-G---TTTGA-ATCTC-GTG---GG-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----TT--------TCAATAA-TC-GA----A--TGTT---A---------T--A-----A---A--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCGCTCGCAA------TG-TTAA-ATTT-----TGT----G------G-A-CTA-TTT-G-TTTCAAGCA-A--ATT-TTAGC--AAA-AA-TG-AAC----TC-----C-TG-AGTA----AAT----TTCC-C-G--CAAT-ACAacattct
gi|15 : tattctggcaTGTGCAGCGTG-TTA------ATT-T-CGC-GG-TT-G-G--A-A--A-A-AA-TCTCG-A--C----TC---T----T-T-------A--CT----T----G------G-CAA-CA-A--AT-AG---CAGT--CA-G---TT-GA-AT-TT--TG---GA-AAA-ACAA----A----C---C----A-----TT---A----T-----A-C--------A--T----------A--T--T--------------------------------A---A---AATT-AATTTGCT-G-AT------TG-ATAA-G-GT-----TGTTAAAA------A-A-AAC-ATA-G-AGTCAAACG-A--G-TGACAGC--AAA-AA-TT-AAC----TC-----CGTGTAATA----TAT----TTTC-T-GCTCTAT-ACAGta
gi|16 : c-TTG------ATA-T-TGCTGG-CA-G-A--A-A--A-A-A--TTGCG-A--T----TT---C----T-T----C--A--CT----T----G------G-CAA-CA-A--AT-TG---CGGT--CA-G---TT-GA-AT-TC-GTG---GGGAAA-ACAA----A----T---CT-T-ATTTCAAT---A----TC---AA-T--------G--T-T--------A--T--T--A-----A---A--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCGCT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----TGT----G------G-A-CAT-TTT-G-TTTC-AGCA-A--A-T-TTAGC--AAA-AA-TG-AAC----TC-----CTGG-AGTT----AAT----TTCC-C-G--CTAT-ACAGT
gi|17 : -A--TCGCG-A--A----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--GT-GG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---TG-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CG----A--T-CC---ATGTA--TA-T--A-----T---T--------A-T-----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-CA------TA-TTAA-A-TT-----TGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-ACCG-A--A-T-ATAGT--G-A-AA-TT----------------GCC-ATTT----AAT----TTCC-C-G--TTAT-ACAG
gi|18 : tactgtatagcactacagtatatTACAACGGG-TTT------ATA-T-CGC-G--TT-G-G--A-A--A-A-AAATCACA-A--T----TT---T----T------C--A--CT----T----G------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CT-G---TT-GA-AT-TC-ACG---AT-AAA-ATAA----A----T---CTGT--------T---A----TTTT---------------------------A--T--T--A-----A---T--------A-TT----G--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCA-AGTT----GAT----TTTT-C-G--CTAT-ACAGT
gi|19 : TGTATAGCAGG-TTA------ACA-T-TGT-GG-TC-G-G--A-A--A-TTA--TTGCA-A--T----TT---T----T-T----C--A-------------------------------------------------G---TT-GA-AT-TT-GCT---GA-AAA-ATAA----A----T---AT-T-A-----AT---------CCTGAA-CC-CA----A--T-TC---A---A--T--TTTAC----G---T--------A-TG----A--A---A---ATCT-A-TTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------A-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGAG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAT----TC-----TGCA-AGTT----AAT----TTCCTC-A--TTAT-ACAGTg
gi|2 : cTGTATAGTGGG-TTA------ATA-T-CGC-GA-TT-G-G--A-A--A-A-AA-TCGAA-A--AAAAATT---T----C-T----C--T--CT----A----A------G-CAA-CA-A--AT-CA---CGGT--TA-G---TT-GA-AT-TC-ACG---GA-AAA-ACAATTAAA----T---CC-T-A-----AT---------CCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--ACAA--A---T--------A-TT----A--G---A---A-TC-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----TGC----A------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGTG-A--A-A-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CACG-AGTT----AATTTAATTAC-C-A--CGAT-ACAGT
gi|20 : c------ATA-T-CG-----TT-G-G--A-A--A-A-T--TTAC--A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------A-CAATCA-A--AT-C----CCTT--CA-G---TT-GA-AT-TA-TTG---GG-AAA-ACAA----AACTTT---GT-T-A-----AT---G----T-TTG---C-------------------------------------A---T--------A-TG----T--A---A---AATTAAATTCACT-G-GA------TG-TTAA-A--T-----CG-----G------G-ACAGTATTT-GTTTTC-AGAG-A--A-T-ATTGC--G---AA-TG-AAG----T------CGCA-GGAT----AA-----ATCC-C-G--TT----CAGTa
gi|21 : tacagctgcatt-G---TG-GA-AT-TC-ATG---GA-AA---CAA----A----T---CT-T-A-----A----A----TCGTGAA-CC-CC----A--T-TT---A---A--A--T--A---------T--------A-TT----A--T---A---TATT-AATTCACT-G--A------TG-TTGA-A-T--------A----G------A-G-AAG-TTT-GCTTTC-AGCGAA--A-C-ATAGC--AAA-AA--T-AA-----TC-----TGCG-GG-------AT----TTCC-C-G--CTATCACAacac
gi|22 : ttaaattttattctgatgtacaatacgtttatttcgttatagcggttaatatgcgtTGTATAGCAGG-TTA------ATA-T-CGC-GT-TT-T---------A-A-G--TTT------T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-TG---CGGC--CG-G---TT-GA-AT-TT-GTG---GA-AAA-ACAA----A----T---C-------------------------------------A--T-TC---A----------------------T--------A-TG----A--A---A---TATT-AATTTACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----G------G-A-AAT-TTT-A-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGG--AAA-AA-TT-AAT----TC-----CTCG-AATT----GAT----TTCC-C-G--ATAT-GCAGTtta
gi|23 : cTGTATAGCAGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TA-A-A--A-A--A-A-A--------A---------------------------A--CC----T-----------G-TGA-T------T-CA---CGGT--CG-G---TA-GA-AT-AC-GCG---AA-AAA-ACAA----A----T---CT-T---------------------------------------TC---A---A--T--T--A-----AACGT--------A-TT----A--A---A---A-TT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----T------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TG-AAC----TC-----TGCG-AGTT----AAT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGT
gi|24 : GTATAGCAGG-TTA------ATAAT-CGC-GG-TA-A-A--A-A--A-A-A------A-A---------------------------A--CT----------------G-TGA-T------T-CA---CGGT--CG-G---TA-GA-AT-AC-GCG---AA-AAA-ACAA----A----T---CT-T----------------------------------------C---A---A--T--T--A-----ACG-T--------A-TT----A--A---A---A-TT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----T------G-A-AAT-TTT-T-GTTC-AGCGAA--A-T-ATAGC--GAA-AA-TG-AAC----TC-----TGCG-AGTTA---AAT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGT
gi|25 : --A-A-A--TCACG-A--T----TC---T----T------C--A--CT----T----T------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GC-AT-TC-GCG---GA-GAA-ACAA----A----T---C--T-A-----AT--------TACTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--A-----AACGT--------A-TG-------A---A---AATT-CATTAACT-G-TA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----A------G-A-AAT-TGT-G-TTTC-CGCG-A--A-T-AT---------AA-T-------------------G-AGTG----AAG----TTCC-C-G--CTAC-ACA
gi|26 : --AT-AG---CGG----G-G---TT-GA-TA-TC-GCGATCGA-AAA-A-------A----T---CG-G-G-----AT---AATTTTTCTGAA-AT-CTTATTA--T-TT---A---A--TATT--A-----A---T--------A-TG----A--G---A---AATC-AATTAACT-G-AA------TA-TCAA-A-TT-----CTC----G------G-A-AAT-GTG-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGT--GAG-AA-GT-AAC----TT-----CACT-GGTT----AAT----ATCC-T-G--TTA
gi|27 : -A--TCGCGGA--T----TT---TGGATT-T----C--AAACT----T----A------GGCAA--A-ACCAT-CGGCCCCGC--CG-AAATTT-GA-AT-TCCGCG---GA-AAA-ATAA----A----TCTCCT-T-AAT---AT---A----TCCTGAATCC-CA----A--TATC---ATAGA--T--T--T-----A---TTTTGTACAA-TG----C--AT--A---CATT-AATTC-CT-G--A------TA--TAA-A-TA-----TGC----G------G-A-a
gi|28 : -GA-AT-TC-GCT---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCCGAA-TC-CG----A--T-TC---A---T--T--T--A---------T--------A-TGTT--A--T---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TCAA-G-TT-----TGT----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGTG-A--A-C-ATAGC--GAA-AA-TT-AACTCGATC-----CACG-AGTTTTAAAAA----TTCC-C-T--C-AT-GCAGTcaa
gi|29 : TGTATAGCAGG-TTA------ATA-T-CGC-AG-TC-A-G--A-A--A-A-AAATCGTG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----C------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGAA--TG-A---TT-GA-AT-TT-GTG---GA-GAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTTGA-CC-TG----A--T-TC---A---A--T--C--------A---T-----------------------A---AGTT-AATTCCCT-G-AA------ac
gi|3 : acTGTATAGCGGG-TTACCGGTAATA-T-CAC-GG-CC-G-G--A-A--A-A-A--TTGTA-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-TG---TAGT--CA-G---TT-GA-AT-TC-TCA---GA-AAA-ATAA----A----T---CT-T-A-----TT---G----TCCTGAA-CCACA----AATT-TC---A---ATTT--T--A-----T---T--------ATTG-----------A---TATT-AATTCATT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----A------A-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATGGC--AAA-AA-AT-ACC----TC-----TGTG-GGTT----ACT----TTCT-C-G--CTAT-ACAGT
gi|30 : TGTATAGCGGG-TTA------ATG-T-CGT-GG-AC-A-G--A-A--A-A-AA-TCGTG-T--T----TT---T----T-T----C--A--CT----C----A------G-CAA-CA-A--AT-TG---CAGT--TA-G---TT-GA-AT-TC-GCA---GA-AAA-ATAT----A----T---CT-T-------------------TTG---------------T-T--------A--T--C--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCAC
gi|31 : ---A---AAT--AATTCACT-G-TA------CA-TTTA-A-TT-----TGT----G------A-A-ACT-TCT-A-TTTC-TGTG-G--A-A-ATAGA--AAA-AAATC-ACC----TC-----AGTG-AGTT----AAT----TTCC-T-G--CCAT-ACAGT
gi|32 : caaatcatcttcatcaagtttcAGCTGA-TTG------ATA-T-CGC-GG-TT-G-G--A-A--A-A-AAATTGCA-A--T----AT---T----T-T----C--A--CT----T----G------A-CAG-CA-A--AT-CG---CTGT--CA-G---CT-GA-AT-TA-TTG---GA-TAA-ACAA----A----T---CT-T-at
gi|33 : c-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-ATATCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----G------G-A-ATT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGCGGGAA-AA-AA-AAC----TC-----TGCG-ATAT----AAT----TTCC-A-G--CTAC-tgttatttgttttcaatat
gi|34 : -TA----A--A---G---AATT-A-TTCACT-G-CA------TA-GTGA-A-TT-----TGC----ATAACTTA-A-AAT-TTT-GATTTC-CGCA-A--A-T-ATAGT--GAA-AA-TT-tgtatgc
gi|35 : ccatcaaatttTGTGTAGTGGG-TTA------AAA-T-CAT-GGATG-G-A--A-A--A-A-A--TCGTG-A--T----TT---T----TCT----C--G--CG----T----T------G-AAG-CA-G--AT------CAGT--CA------T-AA-AT-TC-TTG---GA-CAA-GAAA----A----tcatttctgctatttagt
gi|36 : tac-AATTCACT-G-AT------GG-TTAA-A-TT-----CAT----G------G-A-AAT-TTTTG-TTTC-AACT-A--A-T-GTAAC--GAA-AA-TTTAAC----TC-----CACA-AGTT----ATT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGaaatta
gi|37 : ATAGCAGG-TTA------ATA-T-CAC-CG-TC-A-G--A-A--A-A-A------A-A--T----CT---T----G-T----C--A--CG----T----A------G-CAA-CA-A--AT-TA---TGGT--TG-G---TT-GA-AT-TT-GCC---GA-AAA-AC
gi|38 : -A-TT-----CAT----G------G-A-AAT-ATT-G-TTTTTAGCG-A----T-ATAGC--GAA-AA-TT-GAC----TG-----GGCA-AGTTTTAAGAT----TTCC-C-G--CTTT-ATAGT
gi|39 : TGTAC-GCAGG-TTA------ATA-T-CGC-AG-TC-A-T--A-A--A-A-A------A-A-----------------------------------------A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TT-GCA---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-att
gi|4 : ACAGCGG--TTA------ATA-T-CGC-AG-TT-G-G--A-A--A-A-AAATCTCG-A--T----TT---T----T-TTTTTC--A--TT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CA---CGGT--CA-C---CT-GA-AT-TT-GCT---AA-AAT-ACAC----T----T---CT-TTA-----ATCGAA----TCCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--G--T--A---------T--------A-CGT---ATTA---A---AATT-ACTTCACT-G-AT------TG-TAAA-A-TT-----TGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGTG-A--A-T-TTAGC--GAA-AT-TT-AAC----CC-----CACA-AGTT----AAT----TTCC-C-A--CTAA-ACGG
gi|40 : -TTTC-AACA-A--A-T-ATAGC--AAA-AA-TT-AAC----TCAACTGTGTG-AGTT----AAT----TTCC-T-G--CTAT-TCAG
gi|41 : aaaaattgcaa-----A---T--------A-TG----A--T---A---TATT-AATTCACT-G-AA------TG-TGAA-A-TT-----CAT----C------G-A-AAT-TTT-G-TCTC-AGCC-T--A-T-ATAGC--GAA-AA-T
gi|42 : cTGTGCAGCGCG-TTA------ATT-T-CAC-GA-TT-G-G--A-A--AAA-A--TCTCG-A--C----TC---T----T-T-------A--CT----T----G------G-CAA-
gi|5 : TAGCAGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TC-G-G--A-A--A-A-AA-TCCCG-A--T----TT---T----T-TTTT-C--A--CT----T----A------C-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GAGAT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-A-A-----AT---A----TTTTTAA-TA-AT----A--T-TT---GTT-A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--C---A---AATT-AATACATT-A-AA------TG-TTGA-A-TT-----CGC----G------G-A-ATT-TTT-G-TTTA-AACG-A--A-T-ATAAC--GAA-AA-TG-AAC----CT-----CGCG-AGTT----AAT----TCCC-C-G--CTAC-
gi|6 : TGTATAGCGGA-TTT------ATA-T-CGC-AGATG-G-A--A-A--A-A-A--TTGAG-A--T----TT---T----T-T----TTTA--CT----TTAATA------G-CAA-CA-A--AT-TG---AAAT--AATG---TT-GA-AT-TC-ACA---GA-AAA-ACAC----A----T---CT-T-A-----CT---------CCTGAA-CC-TG----A--T-TC---A---A--T--T--A---------T--------A-CG----T--ATCCA---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A--------------------------AAT-TTT---TTAA-AGTG-A--A-T-TTTGT--AAA-AA-TT-AAC----TC-----TGTG-AATT----AAT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGtgtata
gi|7 : cTGTACAGCGGG-TTA------ATA-T-TGT-GG-TC-G-G--A-A--A-A-A--TCACA-G--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---TGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCA---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CA----A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-AC------TG-TTAA-A-TT-----CAT----G------G-A-AAT-ATT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--AAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCA-AG-T----AAT----CTCT-C-A--CTAT-ACAGT
gi|8 : TGTATAGCGGA-TTT------ATA-T-CGC-AG-AT-G-G--A-A--A-A-A--TTGAG-ATTT----TT---T----T-T----T--A--CTTTAAT----A------G-CAA-CA-A--AT-TG---AAATAATG-T---TT-GA-AT-TC-ACA---G--AAA-ACCC----A----T---CT-T-A----------C----TCCTGAA-CC-TG----A--T-TC---A---A--T--T--------A---T--------A-CG----T--ATCCA---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTA---------------------------A-AAT-TTT---TTAA-AGTG-A--A-T-TTTGT--AAA-AA-TTAAAC----TC-----TGTG-AATT----AAT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGT
gi|9 : cTATAGCAGG-TTA------ATA-T-CAC-GA-TT-G-G--A-A--A-A-A--TCATG-A--T----TT---T----T-T----G--A--CT----T----G------G-CAA-CA-A--AT-TG---CAGT--CG-G---TT-GA-AT-TT-GCA---GA-AAA-AGAA----A----T---CT-T-A-----AT---------CCTGAA-CC-AC----A--T-TC---A---A--T--T--AT----A---T--------A-T-----ATTA---A---AATC-AATTCAAT-G-AA------TG-CTAA-A-TT-----CTC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTT-AGCA-A--A-T-AT----------A-TT-AAC----CC-----TGTG-AGGT----AAT----TTCC-T-G--TTAT-ACAGT
blockSeqs : G CCGGTA A . T A C A GA T . A T AA AC G TT AAAA CTT GGAT C TTTT TT AA TTAA ACCAATG G T C CC T GCC AA T AAT T G C C ATC G C TTAA ACTT CTC G GATAATTTTTCTGAAATCTTATTATTTAATATTAA TTTGTACA T TAACAA ATC A C C . . C T . TAAA TAACTT A C A T T A A AT T G GG C A T TCGA AACTG T TTAA TTAA T . CT C
blockSeqs : . . . . . A C . . . . . . AA GC . . . . . . TTT . . . TAATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATATATCCTGAATCCCAATATCATAGATTTA . . TATTA . . . . . . . . . . . . . . . C A A . . . . . . A . . . TTAA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . AA GC . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTGTCCTGAACCACAAATTTCAATTTTAT . . TATCC . . . . . . . . . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . AA GT . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATATCCTGAACCCGATCCATGTATATAT . . TATCC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . AA TC . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TAATCGAATCCTGAACCCGATTCAAGTA . . TTAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . A GC . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GAATCCTGAACCATTCAATTATTGATA . . ATTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . A GC . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATTACTGAACCCGATTCAATTAAACG . . CAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . A AC . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATATTTTTAATAATATTTGTTATTAA . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . A GC . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATCCTGAATCCGATTCAAAAATTCG . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . GA . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATCCTGAACCCAATTCAATTTTACG . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . AC . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATCCTGAACCCGATTCAATTACAAA . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . AC . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATATCCTGAACCCAATTCAATTAA . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . GC . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATATCCCGAATCCGATTCATTTA . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . GT . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATATCCTTGACCTGATTCAATCA . . GA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . GT . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATCCTGAACCACATTCAATTATA . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . GT . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTCAATAATCGAATGTTATAA . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . GC . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAATCGTGAACCCCATTTAAATA . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . GT . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTCAATATCAATGTTATTAA . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . TC . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTCCTGAACCTGATTCAATTA . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . TC . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTCCTGAACCTGATTCAATTA . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . CC . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATATCCTGTTATCAA . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . GA . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GGTTTTTTGTTAA . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . AC . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTATACATATT . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . . . GA . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATTTTATTAA . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . AT . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TCAATTAAACG . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . C . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATGTTTGCA . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTGTTATCAA . . AC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CAATTAACG . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTCA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : C* ** **** A********** ****** *****
originalCons : TGTATAGCGGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TC-G-G--A-A--A-A-A--TCGCG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCG-AGTT----AAT----TTCC-C-G--CTAT-ACAGT
finalCons : TGTATAGCGGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TC-G-G--A-A--A-A-A--TCGCG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----TA----------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCG-AGTT----AAT----TTCC-C-G--CTAT-ACAGT
Alignments
lowQualScore : 11 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111
lowQualScore : 1 444444 1 1 2 2 11 1 11 1 11 1 1 33 22 1 11 2222 222 2222 1 6666 11 11 2222 99999999999 1 1 1 11 1 222 11 1 222 1 1 1 1 222 1 1 2222 2222 222 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 44444444 1 11111111111 222 1 1 1 333333 1 1 1 22222 2222 333333 1 1 1 1 3 3 2 11 1 1 11 1 1 2 2222 33333 1 6666 2222 1 1 11 1
lowQualScore : . ...... . . . . .. . .. . .. . . .. .. . .. .... ... .... . .... .. .. .... ........... . . . .. . ... .. . ... . . . . ... . . .... .... ... . ................................................................... ........ . ........... ... . . . ...... . . . ..... .... ...... . . . . . . . .. . . .. . . . .... ..... . .... .... . . .. .
lowQualScore : 5 111111 4 4 9 9 66 4 99 4 88 3 2 66 11 2 77 7777 222 7777 2 1111 77 77 7777 44444444444 2 2 3 77 2 222 77 2 111 2 2 2 2 111 2 2 6666 6666 222 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555555 2 88888888888 111 1 2 2 444444 2 2 2 99999 5555 444444 2 2 2 2 5 5 4 66 2 2 66 2 2 4 7777 11111 2 6666 8888 4 4 99 4
consensus : TGTATAGCGGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TC-G-G--A-A--A-A-A--TCGCG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCG-AGTT----AAT----TTCC-C-G--CTAT-ACAGT
Reference ( family-3851 ) : TGTATAGCGGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TC-G-G--A-A--A-A-A--TCGCG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCG-AGTT----AAT----TTCC-C-G--CTAT-ACAGT
gi|1 : TGTATAGCAGG-TTT------ACA-TATGCAGG-TCTG-G--A-ATAA-A-A--TCACG-A--T----TT---T----T-TT---C--A--CT----TTAATA------G-CAA-CA-A--AT-CA---AGGT--TG-G---TT-GA-AT-TC-A------G-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----CT----------CTGAT-CC-CG----A--T-TC---A---G--T--T--A---------T--------A-AG----A--T---T---AATT-AATTCACT-G-AAGCAGATTAATTAA-A-TTTCTTTCTG----A------G-A-AAT-TTT-G-TTTT-AGCG-C--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT--AC----TC-----CACG-AGTT----AAC----TTCC-CTG--CTAT-ACAGT
gi|10 : acTGTATAGC-GG-TCA------ATA-C-AGC-AG-TC-GAA--A-A--A-A-A--TCACA-A--T----TT---T----T-C----C--A--CT----T----A------T-CAA-CA-A--AT-CA---TGGT--TG-G---TT-GA-AT-TT-GCG---G--AAA-ACAA----A----T---TT-T-G-----A----A----TCCTGAA-CC-------A--T-TC---A---A--T--T--ATTGATA---T--------A-TGTAACA--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAACA-TT-----TGC----G------GAA-AAT-TTT-G-TGTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAACAA-TG-AAC----TC-----TGCG-AATT----a
gi|11 : GTATAGCGGGGTTA------AT--T-CGT-GG-TC-G-A--ATG--A-A-A--TCGCA-A--T----TTCTTT----T-T----C-----CT----T----T------G-CAG-CA-A--AT-CG---TGGT--C--G---TT-AA-A--TC-GCG------AAA-ACAA----A----T---CT-T-G-----GT---T----TTTTG-----------------------------T--T--A-----A---T--------A-TG----A--T---A---AATT-AATTCACT-G-AA------GG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TCAC-AGGG-AATA-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGC--AGCT----Accc
gi|12 : actgTGTATAGCGGG-TTA------ATA-T-TGC-AG-TC-G-G--A-A--A-A-AAATCGCG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----ACCAATGG-CAA-CA-A--AT-CA------------G---TT-GA-AT-TT-GCG---GA-ACA-ACCA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTG---------------T-T--------A--T--C--A-----A---T--------A-TG----A--C---A---AATT-AATTTATT-G-AA------TG-TTTA-G-TT-----CAT----G------A-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATCGC--GAA-AA--T-A------TC-----CATG-AGTT----AAT----TT-C-C-G--CTAT-ACAGTcatacatgtacatgta
gi|13 : ATGGCGGG-TTA------ATA-T-CTT-GG-TC-A-GGAA-A--A-A-A--TCGTG-A--T----TT---A----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CAGT--CA-G---TT-GA-AT-TT-GCG---GA-AAACACAA----A----T---CT-T-A----------A----TCCTGAA-TC-CG----A--T-TCAAAA---A--T--T--C-----G---T--------A-TC----A--A---AATCAATT--ATTAACT-G-AA------TG-TTAG-A-TT-----CGT----G------G---ATT-TTT-G-TTTA-GGCG-A--A-T-------------A-TT-AAC----TC-----TGCA-AGTT----AAT----TTCa
gi|14 : g-G-A--A-A--A-A-A--TT-CG-A--T----TT---C----T-T----C--A--CT----T----G------C-CAA-CACA--ATTCG----GGT--CA-G---TTTGA-ATCTC-GTG---GG-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----TT--------TCAATAA-TC-GA----A--TGTT---A---------T--A-----A---A--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCGCTCGCAA------TG-TTAA-ATTT-----TGT----G------G-A-CTA-TTT-G-TTTCAAGCA-A--ATT-TTAGC--AAA-AA-TG-AAC----TC-----C-TG-AGTA----AAT----TTCC-C-G--CAAT-ACAacattct
gi|15 : tattctggcaTGTGCAGCGTG-TTA------ATT-T-CGC-GG-TT-G-G--A-A--A-A-AA-TCTCG-A--C----TC---T----T-T-------A--CT----T----G------G-CAA-CA-A--AT-AG---CAGT--CA-G---TT-GA-AT-TT--TG---GA-AAA-ACAA----A----C---C----A-----TT---A----T-----A-C--------A--T----------A--T--T--------------------------------A---A---AATT-AATTTGCT-G-AT------TG-ATAA-G-GT-----TGTTAAAA------A-A-AAC-ATA-G-AGTCAAACG-A--G-TGACAGC--AAA-AA-TT-AAC----TC-----CGTGTAATA----TAT----TTTC-T-GCTCTAT-ACAGta
gi|16 : c-TTG------ATA-T-TGCTGG-CA-G-A--A-A--A-A-A--TTGCG-A--T----TT---C----T-T----C--A--CT----T----G------G-CAA-CA-A--AT-TG---CGGT--CA-G---TT-GA-AT-TC-GTG---GGGAAA-ACAA----A----T---CT-T-ATTTCAAT---A----TC---AA-T--------G--T-T--------A--T--T--A-----A---A--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCGCT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----TGT----G------G-A-CAT-TTT-G-TTTC-AGCA-A--A-T-TTAGC--AAA-AA-TG-AAC----TC-----CTGG-AGTT----AAT----TTCC-C-G--CTAT-ACAGT
gi|17 : -A--TCGCG-A--A----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--GT-GG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---TG-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CG----A--T-CC---ATGTA--TA-T--A-----T---T--------A-T-----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-CA------TA-TTAA-A-TT-----TGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-ACCG-A--A-T-ATAGT--G-A-AA-TT----------------GCC-ATTT----AAT----TTCC-C-G--TTAT-ACAG
gi|18 : tactgtatagcactacagtatatTACAACGGG-TTT------ATA-T-CGC-G--TT-G-G--A-A--A-A-AAATCACA-A--T----TT---T----T------C--A--CT----T----G------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CT-G---TT-GA-AT-TC-ACG---AT-AAA-ATAA----A----T---CTGT--------T---A----TTTT---------------------------A--T--T--A-----A---T--------A-TT----G--A---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCA-AGTT----GAT----TTTT-C-G--CTAT-ACAGT
gi|19 : TGTATAGCAGG-TTA------ACA-T-TGT-GG-TC-G-G--A-A--A-TTA--TTGCA-A--T----TT---T----T-T----C--A-------------------------------------------------G---TT-GA-AT-TT-GCT---GA-AAA-ATAA----A----T---AT-T-A-----AT---------CCTGAA-CC-CA----A--T-TC---A---A--T--TTTAC----G---T--------A-TG----A--A---A---ATCT-A-TTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----G------A-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGAG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TT-AAT----TC-----TGCA-AGTT----AAT----TTCCTC-A--TTAT-ACAGTg
gi|2 : cTGTATAGTGGG-TTA------ATA-T-CGC-GA-TT-G-G--A-A--A-A-AA-TCGAA-A--AAAAATT---T----C-T----C--T--CT----A----A------G-CAA-CA-A--AT-CA---CGGT--TA-G---TT-GA-AT-TC-ACG---GA-AAA-ACAATTAAA----T---CC-T-A-----AT---------CCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--ACAA--A---T--------A-TT----A--G---A---A-TC-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----TGC----A------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGTG-A--A-A-ATAGC--GAA-AA-TT-AAC----TC-----CACG-AGTT----AATTTAATTAC-C-A--CGAT-ACAGT
gi|20 : c------ATA-T-CG-----TT-G-G--A-A--A-A-T--TTAC--A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------A-CAATCA-A--AT-C----CCTT--CA-G---TT-GA-AT-TA-TTG---GG-AAA-ACAA----AACTTT---GT-T-A-----AT---G----T-TTG---C-------------------------------------A---T--------A-TG----T--A---A---AATTAAATTCACT-G-GA------TG-TTAA-A--T-----CG-----G------G-ACAGTATTT-GTTTTC-AGAG-A--A-T-ATTGC--G---AA-TG-AAG----T------CGCA-GGAT----AA-----ATCC-C-G--TT----CAGTa
gi|21 : tacagctgcatt-G---TG-GA-AT-TC-ATG---GA-AA---CAA----A----T---CT-T-A-----A----A----TCGTGAA-CC-CC----A--T-TT---A---A--A--T--A---------T--------A-TT----A--T---A---TATT-AATTCACT-G--A------TG-TTGA-A-T--------A----G------A-G-AAG-TTT-GCTTTC-AGCGAA--A-C-ATAGC--AAA-AA--T-AA-----TC-----TGCG-GG-------AT----TTCC-C-G--CTATCACAacac
gi|22 : ttaaattttattctgatgtacaatacgtttatttcgttatagcggttaatatgcgtTGTATAGCAGG-TTA------ATA-T-CGC-GT-TT-T---------A-A-G--TTT------T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-TG---CGGC--CG-G---TT-GA-AT-TT-GTG---GA-AAA-ACAA----A----T---C-------------------------------------A--T-TC---A----------------------T--------A-TG----A--A---A---TATT-AATTTACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----G------G-A-AAT-TTT-A-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGG--AAA-AA-TT-AAT----TC-----CTCG-AATT----GAT----TTCC-C-G--ATAT-GCAGTtta
gi|23 : cTGTATAGCAGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TA-A-A--A-A--A-A-A--------A---------------------------A--CC----T-----------G-TGA-T------T-CA---CGGT--CG-G---TA-GA-AT-AC-GCG---AA-AAA-ACAA----A----T---CT-T---------------------------------------TC---A---A--T--T--A-----AACGT--------A-TT----A--A---A---A-TT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----T------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--GAA-AA-TG-AAC----TC-----TGCG-AGTT----AAT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGT
gi|24 : GTATAGCAGG-TTA------ATAAT-CGC-GG-TA-A-A--A-A--A-A-A------A-A---------------------------A--CT----------------G-TGA-T------T-CA---CGGT--CG-G---TA-GA-AT-AC-GCG---AA-AAA-ACAA----A----T---CT-T----------------------------------------C---A---A--T--T--A-----ACG-T--------A-TT----A--A---A---A-TT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----T------G-A-AAT-TTT-T-GTTC-AGCGAA--A-T-ATAGC--GAA-AA-TG-AAC----TC-----TGCG-AGTTA---AAT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGT
gi|25 : --A-A-A--TCACG-A--T----TC---T----T------C--A--CT----T----T------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GC-AT-TC-GCG---GA-GAA-ACAA----A----T---C--T-A-----AT--------TACTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--T--T--A-----AACGT--------A-TG-------A---A---AATT-CATTAACT-G-TA------TG-TTAA-A-TT-----CGC----A------G-A-AAT-TGT-G-TTTC-CGCG-A--A-T-AT---------AA-T-------------------G-AGTG----AAG----TTCC-C-G--CTAC-ACA
gi|26 : --AT-AG---CGG----G-G---TT-GA-TA-TC-GCGATCGA-AAA-A-------A----T---CG-G-G-----AT---AATTTTTCTGAA-AT-CTTATTA--T-TT---A---A--TATT--A-----A---T--------A-TG----A--G---A---AATC-AATTAACT-G-AA------TA-TCAA-A-TT-----CTC----G------G-A-AAT-GTG-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGT--GAG-AA-GT-AAC----TT-----CACT-GGTT----AAT----ATCC-T-G--TTA
gi|27 : -A--TCGCGGA--T----TT---TGGATT-T----C--AAACT----T----A------GGCAA--A-ACCAT-CGGCCCCGC--CG-AAATTT-GA-AT-TCCGCG---GA-AAA-ATAA----A----TCTCCT-T-AAT---AT---A----TCCTGAATCC-CA----A--TATC---ATAGA--T--T--T-----A---TTTTGTACAA-TG----C--AT--A---CATT-AATTC-CT-G--A------TA--TAA-A-TA-----TGC----G------G-A-a
gi|28 : -GA-AT-TC-GCT---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCCGAA-TC-CG----A--T-TC---A---T--T--T--A---------T--------A-TGTT--A--T---A---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TCAA-G-TT-----TGT----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGTG-A--A-C-ATAGC--GAA-AA-TT-AACTCGATC-----CACG-AGTTTTAAAAA----TTCC-C-T--C-AT-GCAGTcaa
gi|29 : TGTATAGCAGG-TTA------ATA-T-CGC-AG-TC-A-G--A-A--A-A-AAATCGTG-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----C------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGAA--TG-A---TT-GA-AT-TT-GTG---GA-GAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTTGA-CC-TG----A--T-TC---A---A--T--C--------A---T-----------------------A---AGTT-AATTCCCT-G-AA------ac
gi|3 : acTGTATAGCGGG-TTACCGGTAATA-T-CAC-GG-CC-G-G--A-A--A-A-A--TTGTA-A--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-TG---TAGT--CA-G---TT-GA-AT-TC-TCA---GA-AAA-ATAA----A----T---CT-T-A-----TT---G----TCCTGAA-CCACA----AATT-TC---A---ATTT--T--A-----T---T--------ATTG-----------A---TATT-AATTCATT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----A------A-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATGGC--AAA-AA-AT-ACC----TC-----TGTG-GGTT----ACT----TTCT-C-G--CTAT-ACAGT
gi|30 : TGTATAGCGGG-TTA------ATG-T-CGT-GG-AC-A-G--A-A--A-A-AA-TCGTG-T--T----TT---T----T-T----C--A--CT----C----A------G-CAA-CA-A--AT-TG---CAGT--TA-G---TT-GA-AT-TC-GCA---GA-AAA-ATAT----A----T---CT-T-------------------TTG---------------T-T--------A--T--C--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCAC
gi|31 : ---A---AAT--AATTCACT-G-TA------CA-TTTA-A-TT-----TGT----G------A-A-ACT-TCT-A-TTTC-TGTG-G--A-A-ATAGA--AAA-AAATC-ACC----TC-----AGTG-AGTT----AAT----TTCC-T-G--CCAT-ACAGT
gi|32 : caaatcatcttcatcaagtttcAGCTGA-TTG------ATA-T-CGC-GG-TT-G-G--A-A--A-A-AAATTGCA-A--T----AT---T----T-T----C--A--CT----T----G------A-CAG-CA-A--AT-CG---CTGT--CA-G---CT-GA-AT-TA-TTG---GA-TAA-ACAA----A----T---CT-T-at
gi|33 : c-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-ATATCACT-G-AA------TG-TTAA-A-TT-----CAC----G------G-A-ATT-TTT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGCGGGAA-AA-AA-AAC----TC-----TGCG-ATAT----AAT----TTCC-A-G--CTAC-tgttatttgttttcaatat
gi|34 : -TA----A--A---G---AATT-A-TTCACT-G-CA------TA-GTGA-A-TT-----TGC----ATAACTTA-A-AAT-TTT-GATTTC-CGCA-A--A-T-ATAGT--GAA-AA-TT-tgtatgc
gi|35 : ccatcaaatttTGTGTAGTGGG-TTA------AAA-T-CAT-GGATG-G-A--A-A--A-A-A--TCGTG-A--T----TT---T----TCT----C--G--CG----T----T------G-AAG-CA-G--AT------CAGT--CA------T-AA-AT-TC-TTG---GA-CAA-GAAA----A----tcatttctgctatttagt
gi|36 : tac-AATTCACT-G-AT------GG-TTAA-A-TT-----CAT----G------G-A-AAT-TTTTG-TTTC-AACT-A--A-T-GTAAC--GAA-AA-TTTAAC----TC-----CACA-AGTT----ATT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGaaatta
gi|37 : ATAGCAGG-TTA------ATA-T-CAC-CG-TC-A-G--A-A--A-A-A------A-A--T----CT---T----G-T----C--A--CG----T----A------G-CAA-CA-A--AT-TA---TGGT--TG-G---TT-GA-AT-TT-GCC---GA-AAA-AC
gi|38 : -A-TT-----CAT----G------G-A-AAT-ATT-G-TTTTTAGCG-A----T-ATAGC--GAA-AA-TT-GAC----TG-----GGCA-AGTTTTAAGAT----TTCC-C-G--CTTT-ATAGT
gi|39 : TGTAC-GCAGG-TTA------ATA-T-CGC-AG-TC-A-T--A-A--A-A-A------A-A-----------------------------------------A------G-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GA-AT-TT-GCA---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-att
gi|4 : ACAGCGG--TTA------ATA-T-CGC-AG-TT-G-G--A-A--A-A-AAATCTCG-A--T----TT---T----T-TTTTTC--A--TT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CA---CGGT--CA-C---CT-GA-AT-TT-GCT---AA-AAT-ACAC----T----T---CT-TTA-----ATCGAA----TCCTGAA-CC-CG----A--T-TC---A---A--G--T--A---------T--------A-CGT---ATTA---A---AATT-ACTTCACT-G-AT------TG-TAAA-A-TT-----TGC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTC-AGTG-A--A-T-TTAGC--GAA-AT-TT-AAC----CC-----CACA-AGTT----AAT----TTCC-C-A--CTAA-ACGG
gi|40 : -TTTC-AACA-A--A-T-ATAGC--AAA-AA-TT-AAC----TCAACTGTGTG-AGTT----AAT----TTCC-T-G--CTAT-TCAG
gi|41 : aaaaattgcaa-----A---T--------A-TG----A--T---A---TATT-AATTCACT-G-AA------TG-TGAA-A-TT-----CAT----C------G-A-AAT-TTT-G-TCTC-AGCC-T--A-T-ATAGC--GAA-AA-T
gi|42 : cTGTGCAGCGCG-TTA------ATT-T-CAC-GA-TT-G-G--A-A--AAA-A--TCTCG-A--C----TC---T----T-T-------A--CT----T----G------G-CAA-
gi|5 : TAGCAGG-TTA------ATA-T-CGC-GG-TC-G-G--A-A--A-A-AA-TCCCG-A--T----TT---T----T-TTTT-C--A--CT----T----A------C-CAA-CA-A--AT-CG---CGGT--CG-G---TT-GAGAT-TC-GCG---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-A-A-----AT---A----TTTTTAA-TA-AT----A--T-TT---GTT-A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--C---A---AATT-AATACATT-A-AA------TG-TTGA-A-TT-----CGC----G------G-A-ATT-TTT-G-TTTA-AACG-A--A-T-ATAAC--GAA-AA-TG-AAC----CT-----CGCG-AGTT----AAT----TCCC-C-G--CTAC-
gi|6 : TGTATAGCGGA-TTT------ATA-T-CGC-AGATG-G-A--A-A--A-A-A--TTGAG-A--T----TT---T----T-T----TTTA--CT----TTAATA------G-CAA-CA-A--AT-TG---AAAT--AATG---TT-GA-AT-TC-ACA---GA-AAA-ACAC----A----T---CT-T-A-----CT---------CCTGAA-CC-TG----A--T-TC---A---A--T--T--A---------T--------A-CG----T--ATCCA---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTAA-A--------------------------AAT-TTT---TTAA-AGTG-A--A-T-TTTGT--AAA-AA-TT-AAC----TC-----TGTG-AATT----AAT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGtgtata
gi|7 : cTGTACAGCGGG-TTA------ATA-T-TGT-GG-TC-G-G--A-A--A-A-A--TCACA-G--T----TT---T----T-T----C--A--CT----T----A------G-CAA-CA-A--AT-CG---TGGT--CG-G---TT-GA-AT-TC-GCA---GA-AAA-ACAA----A----T---CT-T-A-----AT---A----TCCTGAA-CC-CA----A--T-TC---A---A--T--T--A-----A---T--------A-TG----A--A---A---AATT-AATTCACT-G-AC------TG-TTAA-A-TT-----CAT----G------G-A-AAT-ATT-G-TTTC-AGCG-A--A-T-ATAGC--AAA-AA-TT-AAC----TC-----CGCA-AG-T----AAT----CTCT-C-A--CTAT-ACAGT
gi|8 : TGTATAGCGGA-TTT------ATA-T-CGC-AG-AT-G-G--A-A--A-A-A--TTGAG-ATTT----TT---T----T-T----T--A--CTTTAAT----A------G-CAA-CA-A--AT-TG---AAATAATG-T---TT-GA-AT-TC-ACA---G--AAA-ACCC----A----T---CT-T-A----------C----TCCTGAA-CC-TG----A--T-TC---A---A--T--T--------A---T--------A-CG----T--ATCCA---AATT-AATTCACT-G-AA------TG-TTA---------------------------A-AAT-TTT---TTAA-AGTG-A--A-T-TTTGT--AAA-AA-TTAAAC----TC-----TGTG-AATT----AAT----TTCC-C-A--CTAT-ACAGT
gi|9 : cTATAGCAGG-TTA------ATA-T-CAC-GA-TT-G-G--A-A--A-A-A--TCATG-A--T----TT---T----T-T----G--A--CT----T----G------G-CAA-CA-A--AT-TG---CAGT--CG-G---TT-GA-AT-TT-GCA---GA-AAA-AGAA----A----T---CT-T-A-----AT---------CCTGAA-CC-AC----A--T-TC---A---A--T--T--AT----A---T--------A-T-----ATTA---A---AATC-AATTCAAT-G-AA------TG-CTAA-A-TT-----CTC----G------G-A-AAT-TTT-G-TTTT-AGCA-A--A-T-AT----------A-TT-AAC----CC-----TGTG-AGGT----AAT----TTCC-T-G--TTAT-ACAGT