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consensus                     :           NAGGGCAGTGG---TTTTC--GGTGCNAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAT--CATTGCGATTATTATCTTTATCATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACC-AAAATT-TG-AATTTC--GCAACGC-AAGGGTTCTGACT--GGATNC----AGGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCATATGATGAT----------------G-TAGAAAATGT--GTAGCGAATT---------------C-ACTTG-T-----TTGTGTTGCTCGTAA-AG-ANGTNAATCAAA-AATT-CTNGGAG-AGTATATTGC-GC---CN-----AG-AAG---------------TT--GA--TGNCA-----A----T--C--AA----TC-GTTCATAT-C-TTCATCTA-C-AT-GAT-TTGC---------------CT---------A--------C-CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---ATA-T------------TG-AATATTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGT--TTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TTCC--T--TTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGATTGCAG-A----TCAACTGAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTACAAA
Reference ( gi|2 )            :           AAGAGCAGTGG---TTTTT--GGTACAAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAC--CATTGTGATTATTATCTTTATTATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACC-AAAATTATA-AATTGT--GCATCGC-AAGGGTTCTGACT--AGATGA----AGGA-CG-GA-----TCAAAAATAGTTGTATGATGGT----------------G-TAGAAAATGT--GTAACAAATT---------------C-AATTG-T-----TTGTATTGCTCATAA-AG-ATGTCGATCAAA-AATTACTGGGAA-GGTATATTGC-AC---TT-----AG-AAG---------------TT--GA--TGTCA-----A----T--C--AA----TC-GTTCATAT-C-TTCATCTA-C-AT-TAT-TTGC---------------CT---------A--------C-CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---ATA-C------------TG-AATATTTACATGGG-------TGATATAATTGATAGT--TTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TTCT--T--TTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGATTGCAA-A----TCAACTAAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTACAGA
gi|11                         :            AGGACAATGG---TGTT---GGTACCAAAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAT--CATTGTG---ATTATCTTCGTCATTTG
gi|1                          :              tGCAGTGGGGCTTTTCACGGTGCA-GAGT-AG-AAGCCTCTGATAATTGATATCTTTGCGATTATTATCATTAC-ATGTGATAAGAAA---GTGTTTAATTGTACCCAAAATT-TATAATTCTCCGCAACGC-AAGG-TTCTAATT--GATTGATACCAGTG-CGCGACTCGCTCCAA--TAGT-ATATGATGGTTTATATTGCATGGTCCG-TAGAAA-TGTCCGTTG-AAATTGAATCTGATGCATGCC-AACTG-TCATTATTGTATTACTCATAATAA-AGGTGGAT-ATA-AACT-CT----A-TATAGATGCC-AT---TTGGCCAAG-AAGAT-------------TTCCGAC-TG-CA-----AACG-T--C--AA----TC-GTTCATAT-C-TTCATATAAC-AT-GATCTTGCAAACCTATCATT---TT---------A--------C-CT-----------------TG----CAATCA-G--------------------------------------CA---A-A-C------------TGCAGGA---ACATGG--------TGATATGCTTGATAAT--TTTTAAGTTACA-----A----AAAATAAGTGC--TTCC--T--TTCTC--TTG-TT--CTACC-------TGAA-TCCCATA---GC--ATTGCAT-A----TCAACTGAAAGGATTGGTTACAATTT-ctagcgctaggggttctgaatggatccaaggcagatttagaataatcatatgatgatatagaaaatgtgtagcgaa
gi|13                         : tcatagtcagatattgAGTGG---TTTT---GTTGCCAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAT--CAATGCGATTATTATCTTTATCGTTTGA----AAG---AACTT-----GTGCC--AAACTGTG-AATTTC--GCAATGC-AAGGGTTCTGACT--GGATacgtgcatgggcaattcatcagcaataaacaa
gi|3                          :                ttGTGG---TTTTT--GGTACAAGAGTGAGCA-GCT----AGAAT-TAC--CATTGTGATTATTATCTTTATTATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACA-AAAATTATA-AATTGT--GC-TCGC-AAGG-TTCTGACT--AG-TGA----AGGAACG-GACGA--TCAAAAATAGTTGTAT-ATGGT----------------GGTAGAAAATGT--GTAACAAATT---------------CCAATTG-T-----TTGTATTGCTCATAA-AGGATGTCGATCAAA-AATTACTGGGAA-GGTATATTGC-AC---T------AG-AAG---------------TT--GA--TGTCA-----A----T--C--AA----TC-GTTCATAT-C-TTCATCTA-C-AT-TAT-TTGC---------------CT---------A--------C-CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---ATA-C------------TG-AATATTTACATGG--------TGATATAATTGATAGT--TTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TTCT--T--TTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGA-TGCAACA----ACAACTAAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTACctag
gi|6                          :                                                                          ATTATTCTTTTTACCGTTTGA----AAGAAAGGGAT-----GTACC-AAGATT-TG-AATTTA--GCATCCC-AAGGG--CGGACTCTAGA----------G-CG-GA-----TCTATAATAGTCGTATAAT--T------------------TATACAATGT--TTAGCAAGCT---------------T-ATTAG-T-----TTACATTGCTCATAA-AG-AGGTGAATGAAA-AATTGCTAAGAG-AGTGGATTGC-TC---CA-----AATAAT---------------TT--GATTTGTTGGATATA----T--T--TG----TCAGTTT-TAT-C-TTCATCTA-C-AT-GAT-TTAT---------------CTCATCATGTCA--------A-CC-----------------TT----CAATCA-AGATC-------AGTTAAAACATGT---AT---------CA---ACA-T------------CG-AATGTTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGT--ATTAAGG--ACAATAGTA----A---------T--TTTC--T--TTCTC--TCGTTT--CT
gi|7                          :                                                                            TATTTTCTTTATCATTTGACAG-AAA---GTGTT-----GTG-----AATT-TA---------GCAACGC-AAAGGTTCTGACG--GAATCC----AGGG-TG-GA-----TCAAAAATAGTCAGATGATAAT----------------T-TCGAAAATGT---TAACAAATT---------------C-ACTTG-T-----TTGTGTTGCTCGTAA-A--------ATC----AATT----GTAG-GGTATATTGC-GC---AT-----AG-AAG---------------TT--GA--TGACA-----A----TAACAAAA----CCAGTTAAATT-C-TTCATTTA-T-GT-GAT-TTGCATGGCATTTTTGTTTTT---------A----------CT-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---ATA-T------------TT-AATAATCG-ATAGG-------TGATATGATTGATAGC--TTTTAAG--ACA-----A----AAGTCC----T--TTTC--T--TTCTC--TTGTTT--TTACCT------TGggaggatttgatgcaatttttacatgcaaatggacatttc
gi|16                         :                                                                            TGTTATCTTTATTATTTGA----AGGAAAGCATT-----GTACC-AAA---------------GCAACAC-AAGGA-----ACC--AG----------GG-TG-GA-----TCCAAAATAGTCATATGATGGT----------------G-TAGAAAg
gi|4                          :                                                                                               ----AAA---GTGTT-----GTAC--AAAATTGTG-AATTTC--ACAACGT-AGGGGTTCTGACT--GGATTC----AAGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCATATGATGAT----------------G-TCGAAAATGT--GTAGCGAATT---------------A-TCTTGTT-----TTGTG-TGC-----------TGTCG--TAAT-AATCTTTTGGAATAATATATTGT-GC---CT-----AG-AAG---------------TT--GA--TGACA-----A----T--C--AA----TT-GGTCATAT-C-TTCATCTA-T-ATAGAT-TTGC---------------AT---------A--------C-CCCCCCCCCTTGTTTTACTTT----CAATCACAAAT--------A---------------AT---------GC---ATA-T------------TT-AATATTTACACGGG-------TGGTATGATTGATAGC--TTTTAAA--ACA-----G----ACGTCT----T--TTCC--T--TTTTC--TTGTTT--CTACCTATTCCGTGGA-TT----ATCCGTGGATTGCAG-ATCGGTCAACTGAATGAATTTGGTGCAATTT-GTATA
gi|5                          :                                                                                            cag----AAA---GTGTT-----GTACC-AAA---------TT-T--CCACAGT-AGGGGTTCTGACT--GGATTC----AAGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCATATGATGAT----------------G-TCGAAAATGT--GTAGCGAATT---------------A-TCTTG-T-----TTGTGTTGCTCGTAA--------TAATC------TT--TTGGAA---TATATTGTTGC---CT-----AG-AAG---------------TT--GA--TGACA-----A----T--C--AA----TT-GGTCATAT-C-TTCATCTA-TTAT-GAT-TTGC---------------ATC--------A--------C-CCCCCCCTTGTTTTACT--TT----CAATCA-AAAT--------A---------------AT---------GC---ATA-T------------TT-AATATTTACACGGGTGGTTGATGGTATGATTGATAGC--TTTTAAA--ACA-----G----ACGTCT----T--TTCC--T--TTTTC--TTGTTT--CTACCTATTCCGTGGA-TT----ATCCGTGGATTGCAG-ATCGGTCAACTGAATGAATTTGGTGCAATTT-GTATAtctaaggcagtacagtcagctttataagcagt
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gi|15                         :                                                                                                                              taggacaatggtgttggtaccaaagtagagctagaatgatcattgtgattatcttcgtcatttgctagTAGTCATATGATGAT----------------G-TCGAAAATGT--GTAGCGAATT---------------A-TCTTG-T-----TTGTGTTGCTCGTAA--------TAATC------TT--TTGGAA-TATATATTGT-GC---CT-----AG-AAG---------------TT--GA--TGACA-----A----T--C--A
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCACGTCTTCGTCTACAGGATTTATCTAATCCTTTCTATCTTCACAGCCCATACACACAAATATCAATACAATGTTTACTCGGGAGATAGGACTGATCGTTTTGA






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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttTAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----T---TGTGTTGCTCGTAA--------TAATC------T-TTTGG-AA-T-AT-ATATTGT-GC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGTTATCTTTATTATTTGA----AGGAAAGCATT-----GTACC-AAA---------------GC-AACAC-AAGG-----AAC---------C-AGGG-TG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGGT--G-TAGAAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TG--------------GTGAT--A-TAGAAAATGT--GT----AGCAAATT----------C-ATTTAT-----T---TAAG------GTAA-AC-AAAT-AATCA-------CCGGG-AG-A-GT-GTATTGC-GC-CAAG-AAG--T-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T----CAATCA-AGAG--------A---------------AT---------CA---A------------TA-TTGA-ATATTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGTTAATAAA--GCA-----A----A---------C--TT---CCTTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aT-----T---TTTATTCATCATCA-AG-AGGTGAATGAAAAATTGCTTGG-AG-A-GT-GGATTGC-TC-CAAG-AA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaAGAGCAGTGG---TTTTT--GGTACAAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAC--CATTGTGATTATTATCTTTATTATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACC-AAAATTATA-AATTG--TGC-ATCGC-AAGGGTTCTGACTA---GATGA-AGGA-CG-GA-----TCAAAAATAGTTGTATG--------------ATGGT--G-TAGAAAATGT--GT----AACAAATT----------C-AATTGT-----T---TGTATTGCTCATAA-AG-ATGTCGATCAAAAATTACTGGG-AA-G-GT-ATATTGC-AC-TTAG-AAG--T-T--GAT-----------GTCA-A---T--CAA--TC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-TAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-CTGA-ATATTTACATGGG-------TGATATAATTGATAGTTTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TT---CTTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGATTGCAA-A----TCAACTAAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTACAGAa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              a---T--CAA---C-GTTCATGTC-TTAATCTA-C-AT---T-TTA-----------------T---------A--------C-----T------------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------GT---------CA---A------------TA-TTGA-TTAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TGTTT--CTATCT------TGAA-TT----C---GTGGATTGCAG-A----TCAACTGAAAGGATGGGGTG-AAGTA-TTACA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTGG---TTTTT--GGTACAAGAGTGAGCA-GCT----AGAAT-TAC--CATTGTGATTATTATCTTTATTATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACA-AAAATTATA-AATTG--TGC-T-CGC-AAGG-TTCTGACTA---G-TGA-AGGAACG-GACGA--TCAAAAATAGTTGTAT---------------ATGGT--GGTAGAAAATGT--GT----AACAAATT----------CCAATTGT-----T---TGTATTGCTCATAA-AGGATGTCGATCAAAAATTACTGGG-AA-G-GT-ATATTGC-AC--TAG-AAG--T-T--GAT-----------GTCA-A---T--CAA--TC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-TAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-CTGA-ATATTTACATGG--------TGATATAATTGATAGTTTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TT---CTTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGA-TGCAACA----ACAACTAAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ----AAA---GTGTT-----GTAC--AAAATTGTG-AATTT--CAC-AACGT-AGGGGTTCTGACTG---GATTC-AAGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----TTTGTGTGCTG-TCGTAA--------TAATC-----TT-TTGGA-AT-A-AT-ATATTGT-GC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CAA--TT-GGTCATATC-TTCATCTA-T-ATAGAT-TTGC---------------AT---------A--------C-----CCCCCCCCCTTGTTTTACTTT----CAATCACAAAT--------A---------------AT---------GC---A------------TA-TTTA-ATATTTACACGGG-------TGGTATGATTGATAGCTTTTAAA--ACA-----G----ACGTCT----T--TT---CCTTTTTC--TTGTTT--CTACCTATTCCGTGGA-TT----ATCCGTGGATTGCAG-ATCGGTCAACTGAATGAATTTGGTGCAATTT-GTATA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tTTCATGTA-ATCATGCA-C-AT-AGT-ATGC---------------CT---------AGTCATCTCCA----CC-----------------TT----CAGTTA-AGATC-------A---------------AT---------TA---ACACATGTATAAATA-TCGA-ATATTTATAGGTG-------TGATACGATTCTTCG-TTTTAAG--GCC-----A----A---------T--
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tAGTGG---TTTT---GTTGCCAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAT--CAATGCGATTATTATCTTTATCGTTTGA----AAG---AACTT-----GTGCC-AAACTG-TG-AATTT--CGC-AATGC-AAGGGTTCTGACTG---GAT-CTAGa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttTAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----T---TGTGTTGCTCGTAA----------TAATC------T-TTTGG-AA-T-AT-ATATTG-TGC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGTTATCTTTATTATTTGA----AGGAAAGCATT-----GTACC-AAA---------------GC-AACAC-AAGG--------------AA-CCAGGG-TG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGGT--G-TAGAAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TG--------------GTGAT--A-TAGAAAATGT--GT----AGCAAATT----------C-ATTTAT-----T---TAAG------GTAA--ACA--A-ATAATCA-------CCGGG-AG-A-GT-GTATTG-CGC-CAAG-AAG--T-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            T----CAATCA-AGAG--------A---------------AT---------CA---A------------TA-TTGA-ATATTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGTTAATAAA--GCA-----A----A---------C--TT---CCTTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aT-----T---TTTATTCATCATCA--AGA--GGTGAATGAAAAATTGCTTGG-AG-A-GT-GGATTG-CTC-CAAG-AA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaAGAGCAGTGG---TTTTT--GGTACAAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAC--CATTGTGATTATTATCTTTATTATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACC-AAAATTATA-AATTG--TGC-ATCGC-AAGGGTTCTGACTA---GAT-GAAGGA-CG-GA-----TCAAAAATAGTTGTATG--------------ATGGT--G-TAGAAAATGT--GT----AACAAATT----------C-AATTGT-----T---TGTATTGCTCATAA--AGAT-G-TCGATCAAAAATTACTGGG-AA-G-GT-ATATTG-CAC-TTAG-AAG--T-T--GAT-----------GTCA-A---T--CAA--TC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-TAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-CTGA-ATATTTACATGGG-------TGATATAATTGATAGTTTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TT---CTTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGATTGCAA-A----TCAACTAAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTACAGAa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                a---T--CAA---C-GTTCATGTC-TTAATCTA-C-AT---T-TTA-----------------T---------A--------C-----T------------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------GT---------CA---A------------TA-TTGA-TTAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTTT--CTATCT------TGAA-TT----C---GTGGATTGCAG-A----TCAACTGAAAGGATGGGGTG-AAGTA-TTACA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTGG---TTTTT--GGTACAAGAGTGAGCA-GCT----AGAAT-TAC--CATTGTGATTATTATCTTTATTATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACA-AAAATTATA-AATTG--TGC-T-CGC-AAGG-TTCTGACTA---G-T-GAAGGAACG-GACGA--TCAAAAATAGTTGTAT---------------ATGGT--GGTAGAAAATGT--GT----AACAAATT----------CCAATTGT-----T---TGTATTGCTCATAA--AGGATG-TCGATCAAAAATTACTGGG-AA-G-GT-ATATTG-CAC--TAG-AAG--T-T--GAT-----------GTCA-A---T--CAA--TC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-TAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-CTGA-ATATTTACATGG--------TGATATAATTGATAGTTTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TT---CTTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGA-TGCAACA----ACAACTAAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ----AAA---GTGTT-----GTAC--AAAATTGTG-AATTT--CAC-AACGT-AGGGGTTCTGACTG---GAT-TCAAGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----TTTGTGTGCTG-TCGTAA----------TAATC-----TT-TTGGA-AT-A-AT-ATATTG-TGC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CAA--TT-GGTCATATC-TTCATCTA-T-ATAGAT-TTGC---------------AT---------A--------C-----CCCCCCCCCTTGTTTTACTTT----CAATCACAAAT--------A---------------AT---------GC---A------------TA-TTTA-ATATTTACACGGG-------TGGTATGATTGATAGCTTTTAAA--ACA-----G----ACGTCT----T--TT---CCTTTTTC--TTGTTT--CTACCTATTCCGTGGA-TT----ATCCGTGGATTGCAG-ATCGGTCAACTGAATGAATTTGGTGCAATTT-GTATA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cag----AAA---GTGTT-----GTACC-AAA---------TTT--C-C-ACAGT-AGGGGTTCTGACTG---GAT-TCAAGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----T---TGTGTTGCTCGTAA----------TAATC------T-TTTG---G-A-AT-ATATTGTTGC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CAA--TT-GGTCATATC-TTCATCTATT-AT-GAT-TTGC---------------ATC--------A--------C-----CCCCCCCTTGTTTTACT--TT----CAATCA-AAAT--------A---------------AT---------GC---A------------TA-TTTA-ATATTTACACGGGTGGTTGATGGTATGATTGATAGCTTTTAAA--ACA-----G----ACGTCT----T--TT---CCTTTTTC--TTGTTT--CTACCTATTCCGTGGA-TT----ATCCGTGGATTGCAG-ATCGGTCAACTGAATGAATTTGGTGCAATTT-GTATAtctaaggcagtacagtcagctttataagcagt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agATTATTCTTTTTACCGTTTGA----AAGAAAGGGAT-----GTACC-AAGATT-TG-AATTT--AGC-ATCCC-AAGGG--CGGAC-------T-CTAGAG-CG-GA-----TCTATAATAGTCGTATA--------------AT--T----TATACAATGT--TT----AGCAAGCT----------T-ATTAGT-----T---TACATTGCTCATAA--AGAG-G-TGAATGAAAAATTGCTAAG-AG-A-GT-GGATTG-CTC-CAAATAAT--T-T--GATTTGTTG-----GATATA---T--TTG--TCAGTTT-TATC-TTCATCTA-C-AT-GAT-TTAT---------------CTCATCATGTCA--------A-----CC-----------------TT----CAATCA-AGATC-------AGTTAAAACATGT---AT---------CA---A------------CA-TCGA-ATGTTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGTATTAAGG--ACAATAGTA----A---------T--TT---TCTTTCTC--TCGTTT--CTtctaagggcagtacgtcagctttataagcagt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AGGATTTGATGCAATTT-TTACAggaggatttgatgcaatttttacatgcaaatggacatttc
gi|7                          : attattctttttaccgtttgaaagaaagggatgtaccaagatttgaatttagcatcccaagggcggactctagagcggatctataatagtcgtataatttatacaatgtttagcaagcttattagtttacattgctcataaagaggtgaatgaaaaattgctaagagagtggattgctccaaataatttgatttgttggatatatttgtcagttttatcttcatctacatgatttatctcatcatgtcaaccttcaatcaagatcagttaaaacatgtatcaacatcgaatgtttacacgggtgatatgattgatagtattaaggacaatagtaattttctttctctcgtttctggTATTTTCTTTATCATTTGACAG-AAA---GTGTT-----GT------------G-AATTT--AGC-AACGC-AAAGGTTCTGACGG---AAT-CCAGGG-TG-GA-----TCAAAAATAGTCAGATG--------------ATAAT--T-TCGAAAATGT---T----AACAAATT----------C-ACTTGT-----T---TGTGTTGCTCGTAA--A---------ATCAA-------TTGT-AG-G-GT-ATATTG-CGC-ATAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---TAACAAAACCAGTTAAATTC-TTCATTTA-T-GT-GAT-TTGCATGGCATTTTTGTTTTT---------A--------C-----T------------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-TTTA-ATAATCG-ATAGG-------TGATATGATTGATAGCTTTTAAG--ACA-----A----AAGTCC----T--TT---TCTTTCTC--TTGTTT--TTACCT------TGtgcaaatggacatttc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    T--GT----A-CAAATT----------C-ACTTGT-----T---TGTATTGCTCATAA--AAAA-G-TTAATGAAACATC-ATCAG-AGGA-GC-GCATTG-CTCTCCAG-TAG--CGT--GATTTTGTTGTATTGACA-----T--CAG--AG-TTTCAAGTC-TTCGTCCA-C-AT-GCT-TCGC---------------CTTATC-----A--------TTTCTACC-----------------TT----TAATCA-AGATCAATTAACATGT------------AT---------CA---A------------TA-TTGA-ATATTTACTTGGA-------TGATATGATTAAAGGATTTGAAG--ACA-----ATGGCAC--------T--TT---ACTTTCTCATTTGCTTAACTACCT------TAAA-CC----A---CTGTTTAGCAA-A----TCAAg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --TC-ATGTATATCGTTCATCCA-CTAT-GAT-TTGC---------------CT---------AAAAA----T-----TC-----------------TG----CCTTCA-AGAT--------AGGATTTAACAAACGCAT---------CA---A------------TAACTGATGT-TTTATGCAGG-------CAGAATGAT-AATGGTTTC-AAGCTATA-----ATGG-A---------TCCTT---TTTTTCTC--TTGCTT--CTGCCA------TAAAATC----T---GTT--TTGCAA-A----TCAGTTCAAAAGAGGCGGTGCAATCTATTATAAAgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCACGTCTTCGTCTACAGGATTTATCTAATCCTTTCTATCTTCACAGCCCATACACACAAATATCAATACAATGTTTACTCGGGAGATAGGACTGATCGTTTTGA






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Reference ( family-3740 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    NAGGGCAGTGG---TTTTC--GGTACNAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAC--CATTGCGATTATTATCTTTATCATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACC-AAAATT-TG-AATTT--CGC-AACGC-AAGGGTTCTGACTG---GAT-CCAGGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCGTATG--------------ATGAT--G-TAGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------C-ACTTGT-----T---TGTGTTGCTCGTAA--AGA--GTT-AATCAAAAATT-CTNGG-AG-A-GT-ATATTGC-GC-CNAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CAA--TC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-GAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-TTGA-ATATTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGTTTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TT---CCTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGATTGCAA-A----TCAACTGAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTACAGA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tTTCATGTA-ATCATGCA-C-AT-AGT-ATGC---------------CT---------AGTCATCTCCA----CC-----------------TT----CAGTTA-AGATC-------A---------------AT---------TA---ACACATGTATAAATA-TCGA-ATATTTATAGGTG-------TGATACGATTCTTCG-TTTTAAG--GCC-----A----A---------T--
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tAGTGG---TTTT---GTTGCCAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAT--CAATGCGATTATTATCTTTATCGTTTGA----AAG---AACTT-----GTGCC-AAACTG-TG-AATTT--CGC-AATGC-AAGGGTTCTGACTG---GAT-CTAGa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttTAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----T---TGTGTTGCTCGTAA---------T-AATC------T-TTTGG-AA-T-AT-ATATTGT-GC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGTTATCTTTATTATTTGA----AGGAAAGCATT-----GTACC-AAA---------------GC-AACAC-AAGG--------------AA-CCAGGG-TG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGGT--G-TAGAAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TG--------------GTGAT--A-TAGAAAATGT--GT----AGCAAATT----------C-ATTTAT-----T---TAAG------GTAA--ACA--AAT-AATCA-------CCGGG-AG-A-GT-GTATTGC-GC-CAAG-AAG--T-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            T----CAATCA-AGAG--------A---------------AT---------CA---A------------TA-TTGA-ATATTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGTTAATAAA--GCA-----A----A---------C--TT---CCTTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aT-----T---TTTATTCATCATCA--AGA--GGTGAATGAAAAATTGCTTGG-AG-A-GT-GGATTGC-TC-CAAG-AA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaAGAGCAGTGG---TTTTT--GGTACAAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAC--CATTGTGATTATTATCTTTATTATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACC-AAAATTATA-AATTG--TGC-ATCGC-AAGGGTTCTGACTA---GAT-GAAGGA-CG-GA-----TCAAAAATAGTTGTATG--------------ATGGT--G-TAGAAAATGT--GT----AACAAATT----------C-AATTGT-----T---TGTATTGCTCATAA--AGAT-GTC-GATCAAAAATTACTGGG-AA-G-GT-ATATTGC-AC-TTAG-AAG--T-T--GAT-----------GTCA-A---T--CAA--TC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-TAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-CTGA-ATATTTACATGGG-------TGATATAATTGATAGTTTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TT---CTTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGATTGCAA-A----TCAACTAAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTACAGAa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                a---T--CAA---C-GTTCATGTC-TTAATCTA-C-AT---T-TTA-----------------T---------A--------C-----T------------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------GT---------CA---A------------TA-TTGA-TTAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTTT--CTATCT------TGAA-TT----C---GTGGATTGCAG-A----TCAACTGAAAGGATGGGGTG-AAGTA-TTACA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTGG---TTTTT--GGTACAAGAGTGAGCA-GCT----AGAAT-TAC--CATTGTGATTATTATCTTTATTATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACA-AAAATTATA-AATTG--TGC-T-CGC-AAGG-TTCTGACTA---G-T-GAAGGAACG-GACGA--TCAAAAATAGTTGTAT---------------ATGGT--GGTAGAAAATGT--GT----AACAAATT----------CCAATTGT-----T---TGTATTGCTCATAA--AGGATGTC-GATCAAAAATTACTGGG-AA-G-GT-ATATTGC-AC--TAG-AAG--T-T--GAT-----------GTCA-A---T--CAA--TC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-TAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-CTGA-ATATTTACATGG--------TGATATAATTGATAGTTTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TT---CTTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGA-TGCAACA----ACAACTAAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ----AAA---GTGTT-----GTAC--AAAATTGTG-AATTT--CAC-AACGT-AGGGGTTCTGACTG---GAT-TCAAGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----TTTGTGTGCTG-TCGTAA---------T-AATC-----TT-TTGGA-AT-A-AT-ATATTGT-GC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CAA--TT-GGTCATATC-TTCATCTA-T-ATAGAT-TTGC---------------AT---------A--------C-----CCCCCCCCCTTGTTTTACTTT----CAATCACAAAT--------A---------------AT---------GC---A------------TA-TTTA-ATATTTACACGGG-------TGGTATGATTGATAGCTTTTAAA--ACA-----G----ACGTCT----T--TT---CCTTTTTC--TTGTTT--CTACCTATTCCGTGGA-TT----ATCCGTGGATTGCAG-ATCGGTCAACTGAATGAATTTGGTGCAATTT-GTATA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cag----AAA---GTGTT-----GTACC-AAA---------TTT--C-C-ACAGT-AGGGGTTCTGACTG---GAT-TCAAGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----T---TGTGTTGCTCGTAA---------T-AATC------T-TTTGG-AA----T-ATATTGTTGC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CAA--TT-GGTCATATC-TTCATCTA-TTAT-GAT-TTGC---------------ATC--------A--------C-----CCCCCCCTTGTTTTACT--TT----CAATCA-AAAT--------A---------------AT---------GC---A------------TA-TTTA-ATATTTACACGGGTGGTTGATGGTATGATTGATAGCTTTTAAA--ACA-----G----ACGTCT----T--TT---CCTTTTTC--TTGTTT--CTACCTATTCCGTGGA-TT----ATCCGTGGATTGCAG-ATCGGTCAACTGAATGAATTTGGTGCAATTT-GTATAtctaaggcagtacagtcagctttataagcagt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agATTATTCTTTTTACCGTTTGA----AAGAAAGGGAT-----GTACC-AAGATT-TG-AATTT--AGC-ATCCC-AAGGG--CGGAC-------T-CTAGAG-CG-GA-----TCTATAATAGTCGTATA--------------AT--T----TATACAATGT--TT----AGCAAGCT----------T-ATTAGT-----T---TACATTGCTCATAA--AGAG-GTG-AATGAAAAATTGCTAAG-AG-A-GT-GGATTGC-TC-CAAATAAT--T-T--GATTTGTTG-----GATATA---T--TTG--TCAGTTT-TATC-TTCATCTA-C-AT-GAT-TTAT---------------CTCATCATGTCA--------A-----CC-----------------TT----CAATCA-AGATC-------AGTTAAAACATGT---AT---------CA---A------------CA-TCGA-ATGTTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGTATTAAGG--ACAATAGTA----A---------T--TT---TCTTTCTC--TCGTTT--CTtctaagggcagtacgtcagctttataagcagt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AGGATTTGATGCAATTT-TTACAggaggatttgatgcaatttttacatgcaaatggacatttc
gi|7                          : attattctttttaccgtttgaaagaaagggatgtaccaagatttgaatttagcatcccaagggcggactctagagcggatctataatagtcgtataatttatacaatgtttagcaagcttattagtttacattgctcataaagaggtgaatgaaaaattgctaagagagtggattgctccaaataatttgatttgttggatatatttgtcagttttatcttcatctacatgatttatctcatcatgtcaaccttcaatcaagatcagttaaaacatgtatcaacatcgaatgtttacacgggtgatatgattgatagtattaaggacaatagtaattttctttctctcgtttctggTATTTTCTTTATCATTTGACAG-AAA---GTGTT-----GT------------G-AATTT--AGC-AACGC-AAAGGTTCTGACGG---AAT-CCAGGG-TG-GA-----TCAAAAATAGTCAGATG--------------ATAAT--T-TCGAAAATGT---T----AACAAATT----------C-ACTTGT-----T---TGTGTTGCTCGTAA--A---------ATCAA-------TTGT-AG-G-GT-ATATTGC-GC-ATAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---TAACAAAACCAGTTAAATTC-TTCATTTA-T-GT-GAT-TTGCATGGCATTTTTGTTTTT---------A--------C-----T------------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-TTTA-ATAATCG-ATAGG-------TGATATGATTGATAGCTTTTAAG--ACA-----A----AAGTCC----T--TT---TCTTTCTC--TTGTTT--TTACCT------TGtgcaaatggacatttc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    T--GT----A-CAAATT----------C-ACTTGT-----T---TGTATTGCTCATAA--AAAA-GTT-AATGAAACATC-ATCAG-AGGA-GC-GCATTGC-TCTCCAG-TAG--CGT--GATTTTGTTGTATTGACA-----T--CAG--AG-TTTCAAGTC-TTCGTCCA-C-AT-GCT-TCGC---------------CTTATC-----A--------TTTCTACC-----------------TT----TAATCA-AGATCAATTAACATGT------------AT---------CA---A------------TA-TTGA-ATATTTACTTGGA-------TGATATGATTAAAGGATTTGAAG--ACA-----ATGGCAC--------T--TT---ACTTTCTCATTTGCTTAACTACCT------TAAA-CC----A---CTGTTTAGCAA-A----TCAAg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --TC-ATGTATATCGTTCATCCA-CTAT-GAT-TTGC---------------CT---------AAAAA----T-----TC-----------------TG----CCTTCA-AGAT--------AGGATTTAACAAACGCAT---------CA---A------------TAACTGATGT-TTTATGCAGG-------CAGAATGAT-AATGGTTTC-AAGCTATA-----ATGG-A---------TCCTT---TTTTTCTC--TTGCTT--CTGCCA------TAAAATC----T---GTT--TTGCAA-A----TCAGTTCAAAAGAGGCGGTGCAATCTATTATAAAgt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCACGTCTTCGTCTACAGGATTTATCTAATCCTTTCTATCTTCACAGCCCATACACACAAATATCAATACAATGTTTACTCGGGAGATAGGACTGATCGTTTTGA






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Reference ( family-3740 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    NAGGGCAGTGG---TTTTC--GGTACNAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAC--CATTGCGATTATTATCTTTATCATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACC-AAAATT-TG-AATTT--CGC-AACGC-AAGGGTTCTGACTG---GAT-CCAGGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCGTATG--------------ATGAT--G-TAGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------C-ACTTGT-----T---TGTGTTGCTCGTAA--AGA--GTT-AATCAAAAATT-CTNGG-AG-A-GT-ATATTGC-GC-CNAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CAA--TC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-GAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-TTGA-ATATTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGTTTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TT---CCTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGATTGCAA-A----TCAACTGAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTACAGA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tTTCATGTA-ATCATGCA-C-AT-AGT-ATGC---------------CT---------AGTCATCTCCA----CC-----------------TT----CAGTTA-AGATC-------A---------------AT---------TA---ACACATGTATAAATA-TCGA-ATATTTATAGGTG-------TGATACGATTCTTCG-TTTTAAG--GCC-----A----A---------T--
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tAGTGG---TTTT---GTTGCCAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAT--CAATGCGATTATTATCTTTATCGTTTGA----AAG---AACTT-----GTGCC-AAACTG-TG-AATTT--CGC-AATGC-AAGGGTTCTGACTG---GAT-CTAGa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttTAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----T---TGTGTTGCTCGTAA---------T-AATC------T-TTTGG-AA-T-AT-ATATTGT-GC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGTTATCTTTATTATTTGA----AGGAAAGCATT-----GTACC-AAA---------------GC-AACAC-AAGG--------------AA-CCAGGG-TG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGGT--G-TAGAAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TG--------------GTGAT--A-TAGAAAATGT--GT----AGCAAATT----------C-ATTTAT-----T---TAAG------GTAA--ACA--AAT-AATCA-------CCGGG-AG-A-GT-GTATTGC-GC-CAAG-AAG--T-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            T----CAATCA-AGAG--------A---------------AT---------CA---A------------TA-TTGA-ATATTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGTTAATAAA--GCA-----A----A---------C--TT---CCTTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aT-----T---TTTATTCATCATCA--AGA--GGTGAATGAAAAATTGCTTGG-AG-A-GT-GGATTGC-TC-CAAG-AA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaAGAGCAGTGG---TTTTT--GGTACAAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAC--CATTGTGATTATTATCTTTATTATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACC-AAAATTATA-AATTG--TGC-ATCGC-AAGGGTTCTGACTA---GAT-GAAGGA-CG-GA-----TCAAAAATAGTTGTATG--------------ATGGT--G-TAGAAAATGT--GT----AACAAATT----------C-AATTGT-----T---TGTATTGCTCATAA--AGAT-GTC-GATCAAAAATTACTGGG-AA-G-GT-ATATTGC-AC-TTAG-AAG--T-T--GAT-----------GTCA-A---T--CAA--TC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-TAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-CTGA-ATATTTACATGGG-------TGATATAATTGATAGTTTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TT---CTTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGATTGCAA-A----TCAACTAAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTACAGAa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                a---T--CAA---C-GTTCATGTC-TTAATCTA-C-AT---T-TTA-----------------T---------A--------C-----T------------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------GT---------CA---A------------TA-TTGA-TTAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTTT--CTATCT------TGAA-TT----C---GTGGATTGCAG-A----TCAACTGAAAGGATGGGGTG-AAGTA-TTACA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTGG---TTTTT--GGTACAAGAGTGAGCA-GCT----AGAAT-TAC--CATTGTGATTATTATCTTTATTATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACA-AAAATTATA-AATTG--TGC-T-CGC-AAGG-TTCTGACTA---G-T-GAAGGAACG-GACGA--TCAAAAATAGTTGTAT---------------ATGGT--GGTAGAAAATGT--GT----AACAAATT----------CCAATTGT-----T---TGTATTGCTCATAA--AGGATGTC-GATCAAAAATTACTGGG-AA-G-GT-ATATTGC-AC--TAG-AAG--T-T--GAT-----------GTCA-A---T--CAA--TC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-TAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-CTGA-ATATTTACATGG--------TGATATAATTGATAGTTTTTAAG--ACA-----A----A---------T--TT---CTTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGAA-TC----A---GTGGA-TGCAACA----ACAACTAAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ----AAA---GTGTT-----GTAC--AAAATTGTG-AATTT--CAC-AACGT-AGGGGTTCTGACTG---GAT-TCAAGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----TTTGTGTGCTG-TCGTAA---------T-AATC-----TT-TTGGA-AT-A-AT-ATATTGT-GC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CAA--TT-GGTCATATC-TTCATCTA-T-ATAGAT-TTGC---------------AT---------A--------C-----CCCCCCCCCTTGTTTTACTTT----CAATCACAAAT--------A---------------AT---------GC---A------------TA-TTTA-ATATTTACACGGG-------TGGTATGATTGATAGCTTTTAAA--ACA-----G----ACGTCT----T--TT---CCTTTTTC--TTGTTT--CTACCTATTCCGTGGA-TT----ATCCGTGGATTGCAG-ATCGGTCAACTGAATGAATTTGGTGCAATTT-GTATA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cag----AAA---GTGTT-----GTACC-AAA---------TTT--C-C-ACAGT-AGGGGTTCTGACTG---GAT-TCAAGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----T---TGTGTTGCTCGTAA---------T-AATC------T-TTTGG-AA----T-ATATTGTTGC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--CAA--TT-GGTCATATC-TTCATCTA-TTAT-GAT-TTGC---------------ATC--------A--------C-----CCCCCCCTTGTTTTACT--TT----CAATCA-AAAT--------A---------------AT---------GC---A------------TA-TTTA-ATATTTACACGGGTGGTTGATGGTATGATTGATAGCTTTTAAA--ACA-----G----ACGTCT----T--TT---CCTTTTTC--TTGTTT--CTACCTATTCCGTGGA-TT----ATCCGTGGATTGCAG-ATCGGTCAACTGAATGAATTTGGTGCAATTT-GTATAtctaaggcagtacagtcagctttataagcagt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agATTATTCTTTTTACCGTTTGA----AAGAAAGGGAT-----GTACC-AAGATT-TG-AATTT--AGC-ATCCC-AAGGG--CGGAC-------T-CTAGAG-CG-GA-----TCTATAATAGTCGTATA--------------AT--T----TATACAATGT--TT----AGCAAGCT----------T-ATTAGT-----T---TACATTGCTCATAA--AGAG-GTG-AATGAAAAATTGCTAAG-AG-A-GT-GGATTGC-TC-CAAATAAT--T-T--GATTTGTTG-----GATATA---T--TTG--TCAGTTT-TATC-TTCATCTA-C-AT-GAT-TTAT---------------CTCATCATGTCA--------A-----CC-----------------TT----CAATCA-AGATC-------AGTTAAAACATGT---AT---------CA---A------------CA-TCGA-ATGTTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGTATTAAGG--ACAATAGTA----A---------T--TT---TCTTTCTC--TCGTTT--CTtctaagggcagtacgtcagctttataagcagt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AGGATTTGATGCAATTT-TTACAggaggatttgatgcaatttttacatgcaaatggacatttc
gi|7                          : attattctttttaccgtttgaaagaaagggatgtaccaagatttgaatttagcatcccaagggcggactctagagcggatctataatagtcgtataatttatacaatgtttagcaagcttattagtttacattgctcataaagaggtgaatgaaaaattgctaagagagtggattgctccaaataatttgatttgttggatatatttgtcagttttatcttcatctacatgatttatctcatcatgtcaaccttcaatcaagatcagttaaaacatgtatcaacatcgaatgtttacacgggtgatatgattgatagtattaaggacaatagtaattttctttctctcgtttctggTATTTTCTTTATCATTTGACAG-AAA---GTGTT-----GT------------G-AATTT--AGC-AACGC-AAAGGTTCTGACGG---AAT-CCAGGG-TG-GA-----TCAAAAATAGTCAGATG--------------ATAAT--T-TCGAAAATGT---T----AACAAATT----------C-ACTTGT-----T---TGTGTTGCTCGTAA--A---------ATCAA-------TTGT-AG-G-GT-ATATTGC-GC-ATAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---TAACAAAACCAGTTAAATTC-TTCATTTA-T-GT-GAT-TTGCATGGCATTTTTGTTTTT---------A--------C-----T------------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-TTTA-ATAATCG-ATAGG-------TGATATGATTGATAGCTTTTAAG--ACA-----A----AAGTCC----T--TT---TCTTTCTC--TTGTTT--TTACCT------TGtgcaaatggacatttc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    T--GT----A-CAAATT----------C-ACTTGT-----T---TGTATTGCTCATAA--AAAA-GTT-AATGAAACATC-ATCAG-AGGA-GC-GCATTGC-TCTCCAG-TAG--CGT--GATTTTGTTGTATTGACA-----T--CAG--AG-TTTCAAGTC-TTCGTCCA-C-AT-GCT-TCGC---------------CTTATC-----A--------TTTCTACC-----------------TT----TAATCA-AGATCAATTAACATGT------------AT---------CA---A------------TA-TTGA-ATATTTACTTGGA-------TGATATGATTAAAGGATTTGAAG--ACA-----ATGGCAC--------T--TT---ACTTTCTCATTTGCTTAACTACCT------TAAA-CC----A---CTGTTTAGCAA-A----TCAAg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          --TC-ATGTATATCGTTCATCCA-CTAT-GAT-TTGC---------------CT---------AAAAA----T-----TC-----------------TG----CCTTCA-AGAT--------AGGATTTAACAAACGCAT---------CA---A------------TAACTGATGT-TTTATGCAGG-------CAGAATGAT-AATGGTTTC-AAGCTATA-----ATGG-A---------TCCTT---TTTTTCTC--TTGCTT--CTGCCA------TAAAATC----T---GTT--TTGCAA-A----TCAGTTCAAAAGAGGCGGTGCAATCTATTATAAAgt


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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TCACGTCTTCGTCTACAGGATTTATCTAATCCTTTCTATCTTCACAGCCCATACACACAAATATCAATACAATGTTTACTCGGGAGATAGGACTGATCGTTTTGA






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Reference ( family-3740 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    NAGGGCAGTGG---TTTT---GGTACNAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAC--CATTGCGATTATTATCTTTATCATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACC-AAAATT-TG-AATTT--CGC-AACGC-AAGGGTTCTGACTG---GAT-CCAGGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCGTATG--------------ATGAT--G-TAGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------C-ACTTGT-----TT-GTGTTGCTCGTAA--AGA-G--T-A---ATCAAA-AATCGCTN-GGAG-G-GTATATTGC-GC-CNAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--C--AATC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-GAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-TTGA-ATATTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGTTTTTAAG--ACA-A--------T----A----T--TT--CCTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGA---A-T-CNGTGG-ATTGCAA-A----TCAACTGAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTACAGA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tTTCATGTA-ATCATGCA-C-AT-AGT-ATGC---------------CT---------AGTCATCTCCA----CC-----------------TT----CAGTTA-AGATC-------A---------------AT---------TA---ACACATGTATAAATA-TCGA-ATATTTATAGGTG-------TGATACGATTCTTCGTTTTAAGG--CCA-A--------T----A----
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tAGTGG---TTTT---GTTGCCAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAT--CAATGCGATTATTATCTTTATCGTTTGA----AAG---AACTT-----GTGCC-AAACTG-TG-AATTT--CGC-AATGC-AAGGGTTCTGACTG---GAT-CTAG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ttTAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----TT-GTGTTGCTCGTAA---------T-A---ATC------TT--TT-GGAA-T-ATATATTGT-GC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--C--A
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TGTTATCTTTATTATTTGA----AGGAAAGCATT-----GTACC-AAA---------------GC-AACAC-AAGG--------------AA-CCAGGG-TG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGGT--G-TAGAAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TG--------------GTGAT--A-TAGAAAATGT--GT----AGCAAATT----------C-ATTTAT-----TT-------------A--AG--G--T-A---AACAAATAATCACCG-GGAG-A-GTGTATTGC-GC-CAAG-AAG--T-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             T----CAATCA-AGAG--------A---------------AT---------CA---A------------TA-TTGA-ATATTTACACGGG-------TGATATGATTGATAGTTAATAAA--GCA-A-------------A----C--TT--CCTTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aAGAGCAGTGG---TTTTT--GGTACAAGAGT-AG-A-GCT----AGAAT-GAC--CATTGTGATTATTATCTTTATTATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACC-AAAATTATA-AATTG--TGC-ATCGC-AAGGGTTCTGACTA---GAT-GAAGGA-CG-GA-----TCAAAAATAGTTGTATG--------------ATGGT--G-TAGAAAATGT--GT----AACAAATT----------C-AATTGT-----TT-GTATTGCTCATAA--AGATG--TCG---ATCAAA-AATTACTG-GGAA-G-GTATATTGC-AC-TTAG-AAG--T-T--GAT-----------GTCA-A---T--C--AATC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-TAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-CTGA-ATATTTACATGGG-------TGATATAATTGATAGTTTTTAAG--ACA-A-------------A----T--TT--CTTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGA---A-T-CAGTGG-ATTGCAA-A----TCAACTAAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTACAGA
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 a---T--C--AA-C-GTTCATGTC-TTAATCTA-C-AT---T-TTA-----------------T---------A--------C-----T------------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------GT---------CA---A------------TA-TTGA-TTAT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTTT--CTATCT------TGA---A-T-TCGTGG-ATTGCAG-A----TCAACTGAAAGGATGGGGTG-AAGTA-TTACA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GTGG---TTTTT--GGTACAAGAGTGAGCA-GCT----AGAAT-TAC--CATTGTGATTATTATCTTTATTATTTGA----AAG---GTGTT-----GTACA-AAAATTATA-AATTG--TGC-T-CGC-AAGG-TTCTGACTA---G-T-GAAGGAACG-GACGA--TCAAAAATAGTTGTAT---------------ATGGT--GGTAGAAAATGT--GT----AACAAATT----------CCAATTGT-----TT-GTATTGCTCATAA--AGG-A--T-GTCGATCAAA-AATTACTG-GGAA-G-GTATATTGC-AC--TAG-AAG--T-T--GAT-----------GTCA-A---T--C--AATC-GTTCATATC-TTCATCTA-C-AT-TAT-TTGC---------------CT---------A--------C-----CC-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-CTGA-ATATTTACAT-GG-------TGATATAATTGATAGTTTTTAAG--ACA-A-------------A----T--TT--CTTTTCTC--TTGTTT--CTACCT------TGA---A-T-CAGTGG-A-TGCAACA----ACAACTAAAAGGATTTGGTGCAATTT-TTAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ----AAA---GTGTT-----GTAC--AAAATTGTG-AATTT--CAC-AACGT-AGGGGTTCTGACTG---GAT-TCAAGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----TTTGTGT-GCT-GTC-------G--T-A---AT-----AATCTTTT-GGAATA-ATATATTGT-GC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--C--AATT-GGTCATATC-TTCATCTA-T-ATAGAT-TTGC---------------AT---------A--------C-----CCCCCCCCCTTGTTTTACTTT----CAATCACAAAT--------A---------------AT---------GC---A------------TA-TTTA-ATATTTACACGGG-------TGGTATGATTGATAGCTTTTAAA--ACAGA--------C----GTCT-T--TT--CCTTTTTC--TTGTTT--CTACCTATTCCGTGGATTA-T-CCGTGG-ATTGCAG-ATCGGTCAACTGAATGAATTTGGTGCAATTT-GTATA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cag----AAA---GTGTT-----GTACC-AAA---------TTT--C-C-ACAGT-AGGGGTTCTGACTG---GAT-TCAAGG-CG-GA-----TCCAAAATAGTCATATG--------------ATGAT--G-TCGAAAATGT--GT----AGCGAATT----------A-TCTTGT-----TT-GTGTTGCTCGTAA---------T-A---ATC------TT--TT-GGAA----TATATTGTTGC-CTAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---T--C--AATT-GGTCATATC-TTCATCTA-TTAT-GAT-TTGC---------------ATC--------A--------C-----CCCCCCCTTGTTTTACT--TT----CAATCA-AAAT--------A---------------AT---------GC---A------------TA-TTTA-ATATTTACACGGGTGGTTGATGGTATGATTGATAGCTTTTAAA--ACAGA--------C----GTCT-T--TT--CCTTTTTC--TTGTTT--CTACCTATTCCGTGGATTA-T-CCGTGG-ATTGCAG-ATCGGTCAACTGAATGAATTTGGTGCAATTT-GTATAtctaaggcagtacagtcagctttataagcagt
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGGATTTGATGCAATTT-TTACAggaggatttgatgcaatttttacatgcaaatggacatttc
gi|7                          : attattctttttaccgtttgaaagaaagggatgtaccaagatttgaatttagcatcccaagggcggactctagagcggatctataatagtcgtataatttatacaatgtttagcaagcttattagtttacattgctcataaagaggtgaatgaaaaattgctaagagagtggattgctccaaataatttgatttgttggatatatttgtcagttttatcttcatctacatgatttatctcatcatgtcaaccttcaatcaagatcagttaaaacatgtatcaacatcgaatgtttacacgggtgatatgattgatagtattaaggacaatagtaattttctttctctcgtttctggTATTTTCTTTATCATTTGACAG-AAA---GTGTT-----GT------------G-AATTT--AGC-AACGC-AAAGGTTCTGACGG---AAT-CCAGGG-TG-GA-----TCAAAAATAGTCAGATG--------------ATAAT--T-TCGAAAATGT---T----AACAAATT----------C-ACTTGT-----TT-GTGTTGCTCGTAA-----------A---ATCAA--------TT-GTAG-G-GTATATTGC-GC-ATAG-AAG--T-T--GAT-----------GACA-A---TAACAAAACCAGTTAAATTC-TTCATTTA-T-GT-GAT-TTGCATGGCATTTTTGTTTTT---------A--------------CT-----------------TT----CAATCA-AGAT--------A---------------AT---------CA---A------------TA-TTTA-ATAATCG-ATAGG-------TGATATGATTGATAGCTTTTAAG--ACA-A--------A----AGTCCT--TT--TCTTTCTC--TTGTTT--TTACCT------TGtgcaaatggacatttc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    T--GT----A-CAAATT----------C-ACTTGT-----TT-GTATTGCTCATAA--AAA-AGTT-A---ATGAAA-CATCA-TC-AGAG-GAGCGCATTGC-TCTCCAG-TAG--CGT--GATTTTGTTGTATTGACA-----T--C--AGAG-TTTCAAGTC-TTCGTCCA-C-AT-GCT-TCGC---------------CTTATC-----A--------TTTCTACC-----------------TT----TAATCA-AGATCAATTAACATGT------------AT---------CA---A------------TA-TTGA-ATATTTACTTGGA-------TGATATGATTAAAGGATTTGAAG--ACA-A--------T----GGCACT--TT--ACTTTCTCATTTGCTTAACTACCT------TAA---A-C-CACTGT-TTAGCAA-A----TCAAg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TC-ATGTATATCGTTCATCCA-CTAT-GAT-TTGC---------------CT---------AAAAA----T-----TC-----------------TG----CCTTCA-AGAT--------AGGATTTAACAAACGCAT---------CA---A------------TAACTGATGT-TTTATGCAGG-------CAGAATGAT-AATGGTTTC-AAGCTATA-A--------TGG--A----TCCTT--TTTTTCTC--TTGCTT--CTGCCA------TAA---AAT-CTGTT---TTGCAA-A----TCAGTTCAAAAGAGGCGGTGCAATCTATTATAAAgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|19 ): AATTTTTATTCATCATCAAGAGGTGAATGAAAAATTGCTTGGAGAGTGGATTGCTCCAAGAAA