lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 111 111 3333333333 11 111111111 1111111 2222222222 777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222222222 11111111 111111111 2222222 111111 1111 1111111111 111111 111 11 333333333333333 222 1 66666666666666666666 22222222 1 2222222222 33333333333 1111 222222222222222 1 1111 11 555555555555555 11 11111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 11 111111 11111 11 11111 3333333333 11 11111 22222222 22222222 11 333333 444444444444444 22 666 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5 888 5 1111111 2 4 000 777 66 4 3 222 4 777 9999 66 0000000000 4 3 3 3 999 77 3 44 999999999 666666 2 3 7777777 3 3 5555555555 3 3 3 3 44 99 6666 3 777777777777777777777777777777777777 5555555555555555555555555 1 888888 555 77777 555 2 33333333 2 2 2 5 7777 666666666 0 8888888 4 4 3 66 55 7 111111 4 777 4 4 1111 5555555555 444444 555 22 777 999999999999999 88 777 4 3 5 00000000000000000000 1 5 22222222 5 66 888 0 3333333333 3 5 5 22222222222 5 5 7777 444444444444444 5 0 5 2222 77 5 333333333333333 33 77777777777 5 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 3 55 111111 22222 5 66 11 44444 5 7777777777 11 66 55555 6 6 99999999 2 88888888 2 0 33 777777 6 888888888888888 2 55 77 6 111 9999999999999999999999999999999999999 6 6
lowQualScore : . ... . ....... . . ... ... .. . . ... . ... .... .. .......... . . . . ... .. . .. ......... ...... . . ....... . . .......... . . . . .. .. .... . .................................... ......................... . ...... ... ..... ... . ........ . . . . .... ......... . ....... . . . .. .. . ...... . ... . . .... .......... ...... ... .. ... ............... .. ... . . . .................... . . ........ . .. ... . .......... . . . ........... . . .... ............... . . . .... .. . ............... .. ........... . . ....................................................................................................... ... . .. ...... ..... . .. .. ..... . .......... .. .. ..... . . ........ . ........ . . .. ...... . ............... . .. .. . ... ..................................... . .
lowQualScore : 0 888 0 5555555 0 4 444 888 11 4 9 222 4 888 4444 11 8888888888 0 6 6 3 222 11 3 66 555555555 666666 5 3 9999999 3 1 2222222222 1 1 1 1 22 33 5555 1 888888888888888888888888888888888888 2222222222222222222222222 9 222222 000 11111 000 9 22222222 9 9 9 7 8888 777777777 8 7777777 0 0 8 33 55 3 555555 0 000 0 0 9999 0000000000 999999 666 22 444 888888888888888 33 000 0 0 5 88888888888888888888 2 7 99999999 7 99 888 2 4444444444 4 0 0 22222222222 0 0 1111 999999999999999 0 0 7 1111 33 7 111111111111111 11 44444444444 0 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 9 88 666666 55555 0 99 99 33333 7 3333333333 00 99 99999 7 7 88888888 5 55555555 5 8 88 000000 0 555555555555555 5 55 55 0 000 0000000000000000000000000000000000000 0 0
consensus : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG-----A-GGCTTACTTT-TAC--GA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA---------TAAA-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--AC-A----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------T----TATA-------A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----A---CTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-TC-ATNTC-TATG--TTTCAG------C-C---AA-TA-GGAA-CTTGT-A---T---CTGTA-G----ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTCGAATGAATGTAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATANGNATGTTCGA---A---TG---GAGNNG--GAAAAAAAAGGG-GG---G----GGC-ACTAA--ATCAA---AGAAAG---TTG----ANT-TAC-C----AC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AAT-A----GAG---GGGAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TT---AGATC-TGGTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGG--GGAGAC-AC-AAAGG--T-CGNTTGA-TTA----TTTGTTTGTTTTTAC--GGC-----CCGTCGAGAATNTGCTCATTCATAACCATATNANNACATCCATTCTCACGGTCCTTAGTT---AATCTCCGGGAATA-TCACGTTAGAATATAGGCAGTCCTCGGCACAC
Reference ( gi|1 ) : TTGGAGTT-TTAC---GA-AG-----G-GGCTTACTTT-TAT--GA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA---------GAAA-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--AT-A----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------C----TATA-------A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----A---CTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-TC-ATATC-TATG--TTTCAG------C-C---AA-TA-GTAA-CTTGC-A---T---CTGTA-A----ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTCGAATGAA-GAAAAATTGTTTCCTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGTTATAAGTATATTCGA---A---TA---AAGAAG--AAAAAAAAAGGG-GG---G----GGC-ACTAA--ATCAA---AGTAAG---T-G----AGT-TAC-C----AT-G---C-ATA-TCGTT--A-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-AAT-A----GAC---GTCAAAAATGATGTATG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TT---ACATC-GGGTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-CTA--TAGG--AGAGAC-AC-AACCG--T-TGGTTGA-TTA----TTTGTTTGTTTTTAC--GGC-----ACGTCGAGGATT---TTATTTAT-A-CATATCACTAC--CTATTCTTACG--TCTTAGTTTTGAATCT-CGTGAACATTTAGTTTAGAATA-----GGTCCTCAGTACACC
gi|6 : TGGAGTT-TTAC---AA-AG-----A-GGCTTACTTT-TAC--GA---TC--GAC-GGC---GG-AC---TTT----TACA--ATA---------TAAA-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAAGA--AT--T-A--ATGAG----G-TAT---------TT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--AC-A----AAT-GTCT-A-T--------A---------T-------T----TATA-------A----GT-A---------CATCA------T---AT-----A---CTAGCAT-A--------CCTG-GAG-AGAT--A-ATTTA---------TTTTCGT-------GGGG-TT-ATTTC-TACG--TTTCAG------T-C---GA-TA-GGAA-CTTGT-A---T---CTGTA-G----ATCT---GTTTACTTT--TGAA--GGT--A----TAT---AATGAATGTAAAA
gi|11 : TGGAGTT-TTAC---GA-AG-----A-GGCTTACTTT-TAC--GA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA---------TAAA-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--A---A-A--------------------CAA-A---------CAA-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--AC-A----AAT-GTC--A-AGTGGTTATA---------T-------T----TACA-------A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----A---CTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCgatgtcatgaaatcatggaatagagggaacactaaatcaaggaaagttgagttaccagatattttgttgattctacatttagacattgaatttaaacacataatagagggaaaaaggatgtgtgaccaatttaaaaaaattatgggggaggggtctacgccaaaatctaacaccctgttaggtctggtataaagctgctgtcc
gi|9 : GGAGTT-TTAC---GA-AG-----A-GGCTTACTTT-TAC--GA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA---------TAAA-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATTCATG---C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--AC-A----AAT-GTC--A-A--------A---------TGG-----T----TATA-------------T----------------------T---AT-----A---CTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTCA---------TTTCCGT-------GGGG-TC-ATATC---TG--TTTTAG------C-C---AA-TA-GTAA-CTTGT-A---T---CTGTta
gi|5 : GGAGTTCTTAC---GA-AG-----AAGGCTCACCTT-TTTCGAA---TC--GAC-G-C---T--AC---TATAATATAAA--ATC---------TAAA-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATG-AAAAAA-A--AT--A-A---TTGG----A-TATTTTCTAA-ATC-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--AC-AGTCAAATAGTT--A-T--------A---------T-------T----TATA-------A----GT-A---------CAACG------T---AT-----A---CTAGCAT-A--------CCAG-G-T-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTA------GGGG-TC-ATATC-TATG--TTTTAG------C-C---AA-TA-TGAA-CT-------------TGTA-G----ATCT---GTTT--TTA--T-A----TCGAA----CATTTGAA
gi|7 : aGGAGTT-TTAC---GA-AG-----A-GGCTTACTTT-AAC--GA---TC--GAC-G-C---TG-AC---TTT----TACA--TCA---------ATCA-GGGAC--AA-CTCC-AA-T----T--GAAAAA-A--AT--ATA--ATGGGTACGG-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--AC-A----AAT-GT---A-A--------A---------TGGTTATAT----TATA-------AGTATGT-A---------CATCA------T---AT-----A---CTAGCATAA--------CCAG-G-G-A-AT----ACTCA---------TTT-CGT--------GGG-TT-ATTTC-TATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGT---CTTGTAA---T---CTGTA-G----ATCTGGGGTTT--TTATGT-AATCGTT--G----CGTTCGAAggtacatgtatatatgtatattcgagagatgtctgatatggagaaaaaagggggtactaaatcaaagaaagttgatttaccacacatcgttgattctacatttagacattgaattttaacaaaatatagagggaaaaggatgtgtgatcgtttaaaaataatcagggatctatgataaaacctgccccccccccccattagatctggtataaagctgctgtccaaatgggagggggctacatttatagggcagacaca
gi|3 : GGAGTT-TAACCGCGA-AG-----A-GGCT-ACTTTCTAC--GA---TCCGGAC-GCCC--TG-ACCACTTT----TACA--ATA---------TAAAGGGGACC-AA-CTCCAAAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G---TTATCTAA-ATTTCATTGCC-A-AAGA--C-------TACAG-CA-GATCTGTCAGGCAC-A----AAT-GTC--AGA--------A---------TGGC----T----TAT--------------------------CATTA------T----T-----A---CTAGCAT-A--------CCAG-G-GAA-ATAAA-ATTCA---------TTTCCGTGCGC---GGGG-TC-ATATC---TG--CTT-AG------C-C---AATTA-GTAACCTTGT-A---TCTGCTGTATACACCATTT---GCTT--TTA--T-AGATGTC--AAAGCTTTTCGAATaatcagggaaactgggggggggggggaggtggcacttaatcaaagaaagttgagttacacacatattgctgattgtaatattaacatctgccacataataagaggaaaaaggatgaagataatcaggaggttgatg
gi|4 : GGAGTT-TT-T---GTTAG-----A-GGCTTATTTT-TAC--GA---TC--GACGGGC---TGAAT---TTT----TACA--ATACAACTTAGTAAAG-GGGACCAAA-CTCC-AAATA--AT--GAAAAA-A--A---A-ATTATGGG----T-TTTTTCTTAATATT-------C-AGAAGA--C-------TAAAG-TA-G-GCTG-CAG--ATCA----AAT-GTCGTA-A--------ATGGTTATATT-------T----CATA-------C----GTCA---------CAGCATTAGATT---AT-----A---CTAGTTT-AAGCGCGAGCCAG-G-G-A-AT--AGATTT----------TTTCCATG------GGGG--G-ACATCTTATG--TTT-AA------C-C---AA-TA-G-GA-GTTGT-ATACT---CTGTA-G----GTCT----TTT--TTA--T-----GTC--A----aggtatagtattatattcgtaaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgaataatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|2 : gGGAGTT-TTAC---GA-AGTGAGGG-AGCTGACTTT-TAC--GGGACTC--GAC-GGCGTCTG-AC-----------ACATTATA---------TAAA-GGGACC-AAACTCC-ATAT---AT--GAAAAA-ATTATGAA-A--ATGGG----GGTATTTTC-AA-ATT-------C-A-AAAAACC-------TACAAACAAG-TCTG-CAG--AC-A----AAT-GTCA-A-A--------A---------T-------TGTGGTATATTT----A----GT-ATAGTACTGTCAGTA------T---ACTATAAA---CTAGCAT-AG-------CCAGTG-G-ACATA-A-ATTTAGGAGTGGGGTTCTCGTGCAAGCAGGGGCTC-ATCTC-TATGGCCTGTAGTAGGCAC-CGAAAA-TA-GGAAGTTTGA-G---T---CTGT--A----ATCT---GTTT--Tagttttctggttgaaggtataataagtataattcagtggtgtcttgtaaatggaggggaaaataaaagggggggggggtgctgaatcaaagaaaatgttacatttaccacaacaatatagttgattctaagcatttagaacattgaattttttagaacacaaaatgaggggtcaaaggatgtgtgtatcgttttaaaaatatattcgggggatatgggctaaaacctgctgactccctaccaaagggttaggatatctggcattaaagccttgcggttcgcaaatgggaagggggggggttacattgttagggcaaggactacagaaggcttggtttagttatggttttgtttgttttggcggc
gi|13 : TT-TAC--AA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA---------TGAA-GGGACA-AA-CTCC-ATTC---AT--GAAGAA-A--A-------------------------------TT-------C-A-AAGAGTT-------TACAG-CA-T-TCTG-TTG--AC-A----GAT-GTC--A-A--------A---------TGG-----T----TATATTTTAAAA----GT-A---------TAGCA------T---AT-----AATACTAGCAT-------------G-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTTCGTT------GGgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgatggggggcgactaaatcaaagaaaagtatgggtgtaccacgaagcatactcgttggattacatagacattgtttagacgttgaattgttaacacaacaatagggagggggaaagatggtgtgtaaccgtttaaaggataattaactagcagttgggtgaaaaggtggactaaatgacacatgggcaaaagcctgccacccctccccaaggttcttagatctggtattaaagactgctgtctcaaatgggaggctggggggggggctgcatttgattagggtgacta
gi|8 : A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--ATA--ATGGG----G-TA
gi|21 : GACC-AA-CTCC-AAATTCAAA--AAAAAA-A--AT--A-ATAATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--CAACAGCATACAG-CA-G-TCTG-CAG--AC-A----ACT-GTC--ccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatgtacatcatatactagcataccagggaatacttcattttcgtgggggttatttctatgtttcagccaataggatcttgtatctgtagatctggggtttttatgtatactcgtgagatgtctgaaatcatgggaaaatggggg
gi|15 : C-AAAT---TT--GAAAAA-A--AA--A-A--ATGGG----G-TATTTTTTAA-ATT-------C-A-AAAA--CTACTGCATACAG-CA-G-TCTG-CAA--AG-A----ACT-GTC--A-AATGGTTATA---------T-------T----TATA-------A----GC-A---------TATCA------T---AT-----A---CTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A-AT--A-A
gi|12 : ----G-TGTTTTCAAA-ATT-------C-A-AAGAATT-------TACGG-CA-A-TCC---------------AAT-TTC--A-A--------AAGCG-----T-------A----TATACAT----A----AT-G---------C-GCA------TTACAT-----A---ATAGTAA-A--------CGAT-T-G-A-GT--T-ATCTAT--------TTTCCGT-------GGGG-TCGATATT-CGTG--TT---G------CGC---AA-TT-TAAA-CATGA-A---T---TCGTA-A----CTCT---GCTT--TCC--T-AT--GTC--
gi|20 : -AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--AC-A----AAT-GTC--A-AGTGGTTATA---------T-------T----TACA-------A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----A---CTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--
gi|8 : tttatttctatgtttcagccan----TACA-------T----GT-A---------CATCA------T---AT-----A---CTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-CTTCA---------TTTTCGTG------GGGG-TT-ATTTC-TATG--TTTCAG------C-C---AA-TA-GGAT-CTTGT-A---T---CTGTA-G----ATCTGGGGTTT--TTA--T-----GT---A----TACTCG
gi|16 : agggaccaactccaaatatgaaaaaaaaatataatggggtaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnA-------A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----A---CTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A--T--G-ATTTA---------TTTTCGTG------GGG--TT-ATTTC-TATG--TCTCAG------T-C---GA-TA-GGAA-CTTGT-A---T---CTGTA-G----ATCT---ATTTACTTT--TGAA--GGT--A----TAT---AATGAA-tgagatgtctgaaatcatgggaaaatggggg
gi|5 : TATATGTATATTCGAGAGA---TGTCTGATATG--GAGAAAAAAGGG-GG----------T-ACTAA--ATCAA---AGAAAG---TTG----ATT-TAC-C----A------C-ACA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-TAT-A----GAG---G--GAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GAT------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGCCCC--------C--CC--CC---C--C--CA-----------TT---AGATC-TGGTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----------GGGGGCTACAT-TTA--TAGG--GCAGAC-AC-Atgt
gi|3 : aggagttcttacgaagaaggctcacctttttcgaatcgacgctactataatataaaatctaaagggaccaactccaaatatgaaaaaaaataattggatattttctaaatccaaagactacagcagtctgcagacagtcaaatagttatatttataagtacaacgtatactagcataccaggtaataatttatttccgtaggggtcatatctatgttttagccaatatgaacttgtagatctgtttttatatcgaacatttgaaggtacatgtaTAAGGATGT-CGA---AAATTA---AGGCAGCGGAAAAAAATAGG-CG---C----GAC-ACAAATTATCAATCTAGTAAG---T-G----AAT-TACGCGGAGA--G---C-ATA-TCATTAAA-ATTCTA--CTCATG-------T-CTAGAACATTGAAT
gi|4 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttttcgaataggtatagtattatattcgA---A---TG---GAGGGG--AAAATAAAAGGG-GGGGGG----GGT-GCTGA--ATCAA---AGAAAA---T-GTTACATT-TAC-C----ACAA---CAATA-TAGTT--G-ATTCTAAGC----A-------T-TTAGAACATTGAATT-TTTTAGAACAC-AA-AATGA----GGG---GTCAAAG--GATGTGTGTATC-GTTTTAAA-AATATATTC----------GG----------GGG------AT--ATGGGCTA---------AAACC-TG---C--------TGACT--CC---CTAC--CAAAGGG------TTAGGATATC-TGGCATT----AAA-----G-CCTTGCGGTTCGCAAAT-----GGGAA-----GGG--GGGGGGTTACAT-TGT--TAGGGCAAGGACTAC-AGAAGGCT-TGGTTTAGTTATGGTTTTGTTTGTTTTGGC--GGC-----aatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|14 : gggagtttttgttagaggcttatttttacgatcgacgggctgaatttttacaatacaacttagtaaaggggaccaaactccaaataatgaaaaaaaaattatgggttttttcttaatattcagaagactaaagtaggctgcagatcaaatgtcgtaaatggttatatttcatacgtcacagcattagattatactagtttaagcgcgagccagggaatagattttttccatggggggacatcttatgtttaaccaataggagttgtatactctgtaggtcttttttatgtcaagttttctggttgaaggtataataagtataattcagtggtgtcttgtaG--AAAAATGGGGGGAGG---G----GGC-ACTA----------------------G----ACT-TAC-C----AT-A---C-ATA-TCGTT--C-ATTTTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-TA-AAT-AAAGGGAT---G---AAAATGA
gi|7 : gagatgtctgaaatcatgGGG-GG---GAGGTGGC-ACTTA--ATCAA---AGAAAGT--T-G----AGT-TA--C----AC-A---C-ATA-TTGCT--G-ATTGTA-------A-------TATTA--ACA------T-CT----GCCAC-AT-AATAA----GAG---G--AAAAAGGATG---------------AA-GATA-ATCA----------GG----------AGG------TTG-ATGagaaataattag
gi|6 : ggagttttacgaagaggcttactttaacgatcgacgctgacttttacatcaatcagggacaactccaattgaaaaaaatataatgggtacggtattttctaaattcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtaaatggttatattataagtatgtacatcatatactagcataaccagggaatactcatttcgtgggttatttctatgtttcagccaataggtcttgtaatctgtagatctggggtttttatgtaatcgttgcgttcgaaaatcagggaaactgggggggGA-GG---G----AAC-ACTAA--ATCAA---GGAAAG---TTG----AGT-TAC-C----AG-A---T-ATT-TTGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TA----AACAC-AT-AAT-A----GA----GGGAAAAAGGATGTGTG-ACCAA-TTTAAA-AA-A-ATTAT---------GG----------GGGAGGGGTCT--ACGC--CA---------AAATC-TA---A--------C--AC--CC---T-----------G------TT---AGGTC-TGGTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--C
gi|2 : tggagttttacaaagaggcttacttttacgatcgacggcggacttttacaatataaagggaccaactccaaatataaaaaagaattaatgaggtatttcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtctatatttataagtacatcatatactagcatacctggagagataatttattttcgtggggttatttctacgtttcagtcgataggaacttgtatctgtagatctgtttacttttgaaggtatataatgaatgtaaaagatgtcatgaaatcatggaataG-GG---G----GGCGACTAA--ATCAA---AGAAAAGTAT-G----GGTGTAC-C----AC-GAAGC-ATACTCGTT--GGATTACA--T----AGACATTGT-TTAG-ACGTTGAATTGTT----AACAC-AACAAT-A----GGGAGGGGGAAAGATGGTGTGTA-ACC-G-TTTAAAGGATA-ATTAACTAGCAGTTGGGTGAAAAGGTGGA------CTAAATGA--CACATGGGCAAAAGCC-TGCCAC--------C--CC--TC---C--C--CAA---GGTTC--TT---AGATC-TGGTATT----AAA-----GAC--TGCTGTCT-CAAAT-----GGG-AGGCTGGGG--GGGGGGCTGCAT-TTGATTAGG--
gi|10 : ggagttttacgaagtgagggagctgacttttacgggactcgacggcgtctgacacattatataaagggaccaaactccatatatgaaaaaattatgaaaatgggggtattttcaaattcaaaaaacctacaaacaagtctgcagacaaatgtcaaaattgtggtatatttagtatagtactgtcagtatactataaactagcatagccagtggacataaatttaggagtggggttctcgtgcaagcaggggctcatctctatggcctgtagtaggcaccgaaaataggaagtttgagtctgtaatctgttttgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgatAA--ATCAA---AGTAAG---TTG----AAT-TAC-C----AC-A---C-CTA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATT-------T----AACACTAA-AAT-A----AAG---GGGGAAA---------------G-GCTGAA-AATA-ATCA----------GG----------AGG------TTT-ATG-----------------CC-C----C--------C--CC--CC---C--C--CAA---GGTTAGGTT---AGGTC-TGGTA-TTTTAAAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A----------GGGAGGCTACAT-TTA--TAGG--GGTGAC-AC-AAgtgacta
gi|18 : atggattagaggaaggagttgttgaGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-A-TA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGTTTC--------C--CT--CC---C--C--CAA---G------TT---AGATT-AGGAA-T----AAA-----G-C--TTCTGTC--CAAAT-----GGG-A----------GGGGGTCTACAT-TTA--T
gi|3 : -AATA-ATCA----------GG----------GC-------CT--ATGA--TG---------AAACCTTG---CTTATCACAC--CCAACC---C--CTTCAA---A------TT---AGATCTGCGTA-T----AAATATCTG-C--TGCCATC--AAAATATATGGGG-A-----AGGAAGGGGGCCTACATATTA--T-GG--AG-CAC-ACAAACAG--TGCGCTTGA-TTA----TGT-TTTGTTTATCCCTGACTCTCTGCTTCGATAATG---TTA--TAT-ACCATATCACGACATCTATTTTCACGGTCCTTAGTT---AATCTCCGGGAATA-TCACGTTAGAATATAGGCAGTCCTCGGCACAC
gi|17 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttttcgaataggtatagtattatattcgtaaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattg---C--------C--CC--CCTCAC--C--AAA---G------TT---AGATC-TGGTT-T----AAA-----G-C--TGCTATC--CAAAT-----TGG-A-----GGG--GG----CTGCAT-TTA--TAGG--GCAGAC-AC-AAAGG--T-AGGTTGA---------TTGTTTGTTTTTAC--GGC-----CCGTCGAG
gi|19 : GGCTACAT-TTA--TAGG--GGAGAC-AC-AAAGG--T-TGCTTGA-TTA----TTTGTTTGTTTTTAC--GGC-----CGGTCGAGAATTTGCTCATTCATAA-TATATGAATAC--CCATTC
Alignments
lowQualScore : 111 111 11111111 11 111111111 1111111 2222222222 5555555555555555555555555555555 1111111111111111 111111111 11111111 111111111 2222222 111111 11111111 111 11 333333333333333 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444444 111111111 11 111 222222222222222 1111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222 333333333333 2222222222 11111 11 11111 111111 11111 3333 11 444444 333 33 11 333 1 2 22222
lowQualScore : 4 777 4 66 4 777 0 4 4 111 55 4 2 111 4 777 8888 55 44444444 55 7 3 3 3 888 55 3 44 333333333 6666 2 1 3 6666666 3 2 2222222222 2 2 2 2 33 2 6666 2 99 3 8888888888888888888888888888888 7777777777777777 2 000000000 1 777777 999 66666 2 22222222 2 2 2 5 6666 555555555 5555555 3 3 3 1 1 55 5 000000 3 666 3 7 3 666 44444444 444 11 66 555555555555555 666 66 5 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1 0 7 22222222222222 222 66 111111111 5 66 777 2 00 4 4 1 4 4 4 555 4 4 6666 000000000000000 4 8 5 0000 5 5 0 888 66 3 5 0 888 4 4 66666666666666666666666666666666666 22222222222222 5 222222222222 66 66 777 77777 4444444444 777 4 8 9999 11111 4 66 00 22222 5 777777 66 1 4 66 0 77 5 5 5 8 66666 1 0 1111 8 0 33 000000 0 555 1 22 00 0 88 555 5 2 0 55 66666
lowQualScore : . ... . .. . ... . . . ... .. . . ... . ... .... .. ........ .. . . . . ... .. . .. ......... .... . . . ....... . . .......... . . . . .. . .... . .. . ............................... ................ . ......... . ...... ... ..... . ........ . . . . .... ......... ....... . . . . . .. . ...... . ... . . . ... ........ ... .. .. ............... ... .. . . ...................................................................... . . . . .............. ... .. ......... . .. ... . .. . . . . . . ... . . .... ............... . . . .... . . . ... .. . . . ... . . ................................... .............. . ............ .. .. ... ..... .......... ... . . .... ..... . .. .. ..... . ...... .. . . .. . .. . . . . ..... . . .... . . .. ...... . ... . .. .. . .. ... . . . .. .....
lowQualScore : 4 888 4 11 4 888 8 4 0 000 55 0 5 000 0 000 5555 55 55555555 00 3 3 3 1 555 88 1 22 444444444 1111 9 6 1 5555555 1 9 6666666666 9 9 9 9 99 9 1111 9 66 1 4444444444444444444444444444444 1111111111111111 7 777777777 1 777777 333 77777 7 33333333 7 7 7 3 6666 444444444 5555555 6 6 6 0 3 00 7 555555 6 444 6 3 6 444 55555555 000 00 11 888888888888888 555 99 7 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 7 3 22222222222222 222 99 666666666 0 11 888 3 66 4 4 0 4 4 4 666 4 4 9999 000000000000000 4 9 0 6666 0 0 2 888 99 2 0 8 222 4 4 77777777777777777777777777777777777 55555555555555 0 222222222222 11 11 888 88888 6666666666 888 4 9 4444 11111 4 11 66 55555 0 000000 99 1 4 11 7 99 7 7 7 0 44444 0 8 0000 0 2 88 777777 7 777 0 00 77 7 00 000 0 5 0 00 00000
consensus : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-ATGTAAAATTGTTTCCTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGTTATAAGTATATTCGA---A---T--G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TCATTTATA-A-CATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
Reference ( family-3733 ) : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-ATGTAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATANGNATGTTCGA---A---T--G---GAGNNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-ANT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-CGNTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATNTGCTCATTCATA-ACCATATNANNACATCCATTCTCACGGTCCTTAGTT---AATCTCCGGGAATA-TCACGTTAGAATATAGGCAGTCCTCGGCACAC
gi|1 : TGGAGTT-TTAC---GA-AG--G-GG---CTTAC-TTT-TATGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------GAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-TA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------C----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATATCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGTAA-CTTGC-A---TCTGTAA--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-A-GAAAAATTGTTTCCTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGTTATAAGTATATTCGA---A---T--A---AAGAAGAAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGTAA--GT--G-AGT-TAC-CAT-G---C-ATA-TCGTT--A-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-AATAGAC---GT--CAAAAATGATGTATG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAC---ATCGG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-CTA--TAGGAGA--G-AC-ACA-AC-CG--T-TGGTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCACG--TCGAGGATT---TTATTTATA---CATATCACTAC--CTATTCTTACG--TCTTAGTTTTGAATCT-CGTGAACATTTAGTTTAGAATA-----GGTCCTCAGTACAC
gi|10 : tAA--ATCAA---AGTAA--GT-TG-AAT-TAC-CAC-A---C-CTA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATT-------T----AACACTAA-AATAAAG---GG--GGAAA-GGCTG---------------AA-AATA-ATCA----------GG----------AGG------TTT-ATG-----------------CC-C----C--------C--CC--CC---C--C--CAA---GGTTAGGTTAG---GTCTG-GTA-TTTTAAAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--AGG---CTACAT-TTA--TAGGGGT--G-AC-ACA-Ac
gi|11 : atggattagaggaaggagttgttgaTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--A---A-A--------------------CAA-A---------CAA-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-AGTGGTTATA---------T-------T----TAC-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTC
gi|12 : ----G-TGTTTTCAAA-ATT-------C-A-AAGAATT-------TACGG-CA-A-TCC---------------AAT-TTC--A-A--------AAGCG-----T-------A----TAT-------ACATA----AT-G---------C-GCA------TTACAT-----AATAGTAA-A--------CGAT-T-G-A-GT--T-ATCTAT--------TTTCCGT-------GGGG-T-CGATATTCGTG--TT---G------CGC---AA-TTTAAA-CATGA-A---TTCGTAA--------CTCT---GCTT--TCC--T-AT--GTC--ta
gi|13 : TT-TACAA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TGA--A-GGGACA-AA-CTCC-ATTC---AT--GAAGAA-A--AT-------------------------------T-------C-A-AAGAGTT-------TACAG-CA-T-TCTG-TTG--A-CA----GAT-GTC--A-A--------A---------TGG-----T----TATATTTTAAA---A----GT-A---------TAGCA------TATAAT-----ACTAGCAT-------------G-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTTCGTT------GG
gi|14 : GGAAAAATGGGGGGAGGG----GG---C-ACTA----------------------G-ACT-TAC-CAT-A---C-ATA-TCGTT--C-ATTTTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-TA-AATAAAG---GGATGAAAA
gi|15 : gagatgtctgaaatcatC-AAAT---TT--GAAAAA-A--AA--A-A--ATGGG----G-TATTTTTTAA-ATT-------C-A-AAAA--CTACTGCATACAG-CA-G-TCTG-CAA--A-GA----ACT-GTC--A-AATGGTTATA---------T-------T----TAT-------A---A----GC-A---------TATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A-AT--A-Atgaagaaataattag
gi|16 : -------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A--T--G-ATTTA---------TTTTCGTG------GGG--T-T-ATTTCTATG--TCTCAG------T-C---GA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---ATTTACTTT--TGAA--GGT--A----TAT----AA--TGA-ATGT
gi|17 : ---C--------C--CC--CCTCAC--C--AAA---G------TTAG---ATCTG-GTT-T----AAA-----G-C--TGCTATC--CAAAT-----TGG-A-----GGG--GG----CTGCAT-TTA--TAGGGCA--G-AC-ACA-AA-GG--T-AGGTTGA--------TTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAG
gi|18 : GATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-A-TA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGTTTC--------C--CT--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATTAG-GAA-T----AAA-----G-C--TTCTGTC--CAAAT-----GGG-A----------GGGGGTCTACAT-TTA--T
gi|19 : GGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-TGCTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCGG--TCGAGAATTTGCTCATTCATA-A-TATATGAATAC--CCATTC
gi|2 : GGAGTT-TTAC---GA-AGTGA-GGGAGCTGAC-TTT-TACGGGACTC--GAC-GGCGTCTG-AC-----------ACATTATA--------TAA--A-GGGACC-AAACTCC-ATAT---AT--GAAAAA-ATTATGAA-A--ATGGG----GGTATTTTC-AA-ATT-------C-A-AAAAACC-------TACAAACAAG-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTCA-A-A--------A---------T-------TGTGGTAT-------ATTTA----GT-ATAGTACTGTCAGTA------T---ACTATAAACTAGCAT-AG-------CCAGTG-G-ACATA-A-ATTTAGGAGTGGGGTTCTCGTGCAAGCAGGGGCT-C-ATCTCTATGGCCTGTAGTAGGCAC-CGAAAA-TAGGAAGTTTGA-G---TCTGTA---------ATCT---GTTT--Tat
gi|2 : GG--GG----GG---CGACTAA--ATCAA---AGAAAA-GTATG-GGTGTAC-CAC-GAAGC-ATACTCGTT--GGATTACA--T----AGACATTGT-TTAG-ACGTTGAATTGTT----AACAC-AACAATAGGGAGGGG--GAAAGATGGTGTGTA-ACC-G-TTTAAAGGATA-ATTAACTAGCAGTTGGGTGAAAAGGTGGA------CTAAATGA--CACATGGGCAAAAGCC-TGCCAC--------C--CC--TC---C--C--CAA---GGTTC--TTAG---ATCTG-GTATT----AAA-----GAC--TGCTGTCT-CAAAT-----GGG-AGGCTGGGG--GGGGGGCTGCAT-TTGATTAGGGgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgatggggggcgactaaatcaaagaaaagtatgggtgtaccacgaagcatactcgttggattacatagacattgtttagacgttgaattgttaacacaacaatagggagggggaaagatggtgtgtaaccgtttaaaggataattaactagcagttgggtgaaaaggtggactaaatgacacatgggcaaaagcctgccacccctccccaaggttcttagatctggtattaaagactgctgtctcaaatgggaggctggggggggggctgcatttgattagggtgacta
gi|20 : ggagttttacgaagtgagggagctgacttttacgggactcgacggcgtctgacacattatataaagggaccaaactccatatatgaaaaaattatgaaaatgggggtattttcaaattcaaaaaacctacaaacaagtctgcagacaaatgtcaaaattgtggtatatttagtatagtactgtcagtatactataaactagcatagccagtggacataaatttaggagtggggttctcgtgcaagcaggggctcatctctatggcctgtagtaggcaccgaaaataggaagtttgagtctgtaatctgttttgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgat-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-AGTGGTTATA---------T-------T----TAC-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--tgacta
gi|21 : tttatttctatgtttcagccanGACC-AA-CTCC-AAATTCAAA--AAAAAA-A--AT--A-ATAATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--CAACAGCATACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----ACT-GTC--
gi|3 : GGAGTT-TAACCGCGA-AG--A-GG---CT-AC-TTTCTACGA---TCCGGAC-GCCC--TG-ACCACTTT----TACA--ATA--------TAA--AGGGGACC-AA-CTCCAAAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G---TTATCTAA-ATTTCATTGCC-A-AAGA--C-------TACAG-CA-GATCTGTCAGGCA-CA----AAT-GTC--AGA--------A---------TGGC----T----TAT-----------------------------CATTA------T----T-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-GAA-ATAAA-ATTCA---------TTTCCGTGCGC---GGGG-T-C-ATATC--TG--CTT-AG------C-C---AATTAGTAACCTTGT-A---TCTGCTGTATACACCATTT---GCTT--TTA--T-AGATGTC--AAAGCTTTTC-GAA--TAG-GTATA
gi|3 : TAAGGATGT-CGA---AAATTAAG---GCAGCGGAAAAAAATAGGC--GC----GA---C-ACAAATTATCAATCTAGTAA--G--TG-AAT-TACGCGG-AGAGC-ATA-TCATTAAA-ATTCTA--CTCATG-------T-CTAGAACATTGAATgtattatattcgtaaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgaataatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|3 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttttcgaataggtatagtattatattcg-AATA-ATCA----------GG----------GC-------CT--ATGA--TG---------AAACCTTG---CTTATCACAC--CCAACC---C--CTTCAA---A------TTAG---ATCTGCGTA-T----AAATATCTG-C--TGCCATC--AAAATATATGGGG-A-----AGGAAGGGGGCCTACATATTA--T---GGA--GCAC-ACA-AACAG--TGCGCTTGATTATGT-TTTGTTTATCCCTGACTCTCTGCTTCGATAATG-------TTATATACCATATCACGACATCTATTTTCACGGTCCTTAGTT---AATCTCCGGGAATA-TCACGTTAGAATATAGGCAGTCCTCGGCACACaatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|4 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttttcgaataggtatagtattatattcgtaaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgGGAGTT-TT-T---GTTAG--A-GG---CTTAT-TTT-TACGA---TC--GACGGGC---TGAAT---TTT----TACA--ATACAACTTAGTAA--AGGGGACCAAA-CTCC-AAATA--AT--GAAAAA-A--A---A-ATTATGGG----T-TTTTTCTTAATATT-------C-AGAAGA--C-------TAAAG-TA-G-GCTG-CAG--ATCA----AAT-GTCGTA-A--------ATGGTTATATT-------T----CAT-------A---C----GTCA---------CAGCATTAGATT---AT-----ACTAGTTT-AAGCGCGAGCCAG-G-G-A-AT--AGATTT----------TTTCCATG------GGGG-GAC-ATCT-TATG--TTT-AA------C-C---AA-TAGGAG--TTGT-ATACTCTGTAG--------GTCT----TTT--TTA--T-----GTC--AAG--TTTTCTGGT--TGA-AGGTATAA
gi|4 : gA---A---T--G---GAGGGGAAAATAAAAGGGG--GG----GGGGGT-GCTGA--ATCAA---AGAAAATGT-TACATT-TAC-CACAA---CAATA-TAGTT--G-ATTCTAAGC----A-------T-TTAGAACATTGAATT-TTTTAGAACAC-AA-AAT-GAG---GG--GTCAAAGGATGTGTGTATC-GTTTTAAA-AATATATTC----------GG----------GGG------AT--ATGGGCTA---------AAACC-TG---C--------TGACT--CC---CTAC--CAAAGGG------TTAGGATATCTG-GCATT----AAA-----G-CCTTGCGGTTCGCAAAT-----GGGAA-----GGG--GGGGGGTTACAT-TGT--TAGGGCAAGG-ACTACAGAA-GGCTT-GGTTTAGTTATGGTTTTGTTTGTTTTG-GCGGCtaagtataattcagtggtgtcttgtaaatggaggggaaaataaaagggggggggggtgctgaatcaaagaaaatgttacatttaccacaacaatatagttgattctaagcatttagaacattgaattttttagaacacaaaatgaggggtcaaaggatgtgtgtatcgttttaaaaatatattcgggggatatgggctaaaacctgctgactccctaccaaagggttaggatatctggcattaaagccttgcggttcgcaaatgggaagggggggggttacattgttagggcaaggactacagaaggcttggtttagttatggttttgtttgttttggcggc
gi|5 : gggagtttttgttagaggcttatttttacgatcgacgggctgaatttttacaatacaacttagtaaaggggaccaaactccaaataatgaaaaaaaaattatgggttttttcttaatattcagaagactaaagtaggctgcagatcaaatgtcgtaaatggttatatttcatacgtcacagcattagattatactagtttaagcgcgagccagggaatagattttttccatggggggacatcttatgtttaaccaataggagttgtatactctgtaggtcttttttatgtcaagttttctggttgaaggtataataagtataattcagtggtgtcttgtaGGAGTTCTTAC---GA-AG--AAGG---CTCACCTTT-TTCGAA--TC--GAC-G-C---T--AC---TATAATATAAA--ATC--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATG-AAAAAA-A--AT--A-A---TTGG----A-TATTTTCTAA-ATC-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAGTCAAATAGTT--A-T--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAACG------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-T-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTA------GGGG-T-C-ATATCTATG--TTTTAG------C-C---AA-TATGAA-CT----------TGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-A----TCGAA----CATTT-GAAGGTAC-ATGTA
gi|5 : aTATATGTATATTCGAGAGA---T--GTCTGATATGGAGAAAAAAGGGG--G----------T-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-ATT-TAC-CAC-A---C-AT---CGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-TATAGAG---GG----AAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GAT------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGCCCC--------C--CC--CC---C--C--CA-----------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----------GGGGGCTACAT-TTA--TAGGGCA--G-AC-ACA-tatatgtatattcgagagatgtctgatatggagaaaaaagggggtactaaatcaaagaaagttgatttaccacacatcgttgattctacatttagacattgaattttaacaaaatatagagggaaaaggatgtgtgatcgtttaaaaataatcagggatctatgataaaacctgccccccccccccattagatctggtataaagctgctgtccaaatgggagggggctacatttatagggcagacaca
gi|6 : aggagttcttacgaagaaggctcacctttttcgaatcgacgctactataatataaaatctaaagggaccaactccaaatatgaaaaaaaataattggatattttctaaatccaaagactacagcagtctgcagacagtcaaatagttatatttataagtacaacgtatactagcataccaggtaataatttatttccgtaggggtcatatctatgttttagccaatatgaacttgtagatctgtttttatatcgaacatttgaaggtacatgtaTGGAGTT-TTAC---AA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---GG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAAGA--AT--T-A--ATGAG----G-TAT---------TT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTCT-A-T--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCTG-GAG-AGAT--A-ATTTA---------TTTTCGT-------GGGG-T-T-ATTTCTACG--TTTCAG------T-C---GA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTTACTTT--TGAA--GGT--A----TAT----AA--TGA-ATGTAAAA
gi|6 : GAG--GG----AA---C-ACTAA--ATCAA---GGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAG-A---T-ATT-TTGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TA----AACAC-AT-AATAGA----GG--GAAAAAGGATGTGTG-ACCAA-TTTAAA-AA-A-ATTAT---------GG----------GGGAGGGGTCT--ACGC--CA---------AAATC-TA---A--------C--AC--CC---T-----------G------TTAG---GTCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--Cgatgtcatgaaatcatggaatagagggaacactaaatcaaggaaagttgagttaccagatattttgttgattctacatttagacattgaatttaaacacataatagagggaaaaaggatgtgtgaccaatttaaaaaaattatgggggaggggtctacgccaaaatctaacaccctgttaggtctggtataaagctgctgtcc
gi|7 : tggagttttacaaagaggcttacttttacgatcgacggcggacttttacaatataaagggaccaactccaaatataaaaaagaattaatgaggtatttcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtctatatttataagtacatcatatactagcatacctggagagataatttattttcgtggggttatttctacgtttcagtcgataggaacttgtatctgtagatctgtttacttttgaaggtatataatgaatgtaaaagatgtcatgaaatcatggaataGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-AACGA---TC--GAC-G-C---TG-AC---TTT----TACA---T---------CAATCA-GGGAC--AA-CTCC-AA-T----T--GAAAAA-A--AT--ATA--ATGGGTACGG-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GT---A-A--------A---------TGGTTATAT----TAT-------A---AGTATGT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCATAA--------CCAG-G-G-A-AT----ACTCA---------TTT-CGT--------GGG-T-T-ATTTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGG-T-CTTGTAA---TCTGTAG--------ATCTGGGGTTT--TTATGT-AATCGTT--G----CGTTC-GAA--
gi|7 : GGGG--GGAGGTGG---C-ACTTA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TA--CAC-A---C-ATA-TTGCT--G-ATTGTA-------A-------TATTA--ACA------T-CT----GCCAC-AT-AATA-AG---AG--GAAAAAGGATG---------------AA-GATA-ATCA----------GG----------AGG------TTG-ATGaatcagggaaactgggggggggggggaggtggcacttaatcaaagaaagttgagttacacacatattgctgattgtaatattaacatctgccacataataagaggaaaaaggatgaagataatcaggaggttgatg
gi|8 : ggagttttacgaagaggcttactttaacgatcgacgctgacttttacatcaatcagggacaactccaattgaaaaaaatataatgggtacggtattttctaaattcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtaaatggttatattataagtatgtacatcatatactagcataaccagggaatactcatttcgtgggttatttctatgtttcagccaataggtcttgtaatctgtagatctggggtttttatgtaatcgttgcgttcgaaaatcagggaaactggggggg--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--ATA--ATGGG----G-TA
gi|8 : ----TAC-------A---T----GT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-CTTCA---------TTTTCGTG------GGGG-T-T-ATTTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAT-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCTGGGGTTT--TTA--T-----GT---A----TACTC-G----TGAGATGTccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatgtacatcatatactagcataccagggaatacttcattttcgtgggggttatttctatgtttcagccaataggatcttgtatctgtagatctggggtttttatgtatactcgtgagatgtctgaaatcatgggaaaatggggg
gi|9 : agggaccaactccaaatatgaaaaaaaaatataatggggtaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATTCATG---C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------TGG-----T----TAT-------A---------T----------------------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTCA---------TTTCCGT-------GGGG-T-C-ATATC--TG--TTTTAG------C-C---AA-TAGTAA-CTTGT-A---TCTGTctgaaatcatgggaaaatggggg
Alignments
lowQualScore : 111 111 11111111 11 111111111 1111111 2222222222 5555555555555555555555555555555 1111111111111111 111111111 11111111 111111111 2222222 111111 11111111 111 11 333333333333333 2 1 11 77777777777777777777777777 111111111 11111 111 222222222222222 1111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222 333333333333 2222222222 11111 11 11111 2222222222 11 3333 11 222 11 11 222 1 1 22222
lowQualScore : 4 777 4 66 4 777 0 4 4 111 55 4 2 111 4 777 8888 55 44444444 55 7 3 3 3 888 55 3 44 333333333 6666 2 1 3 6666666 3 2 2222222222 2 2 2 2 33 2 6666 2 99 3 8888888888888888888888888888888 7777777777777777 2 000000000 1 777777 999 66666 2 22222222 2 2 2 5 6666 555555555 5555555 3 3 3 1 1 55 5 000000 3 666 3 7 3 666 44444444 444 11 66 555555555555555 666 66 5 1 1 0 2 5 3 88 44444444444444444444444444 0 1 66 111111111 5 66 777 2 22222 4 1 4 4 4 555 4 4 6666 000000000000000 4 8 5 0000 5 5 0 888 66 3 5 0 888 4 4 66666666666666666666666666666666666 22222222222222 5 222222222222 66 66 777 77777 4444444444 777 4 8 9999 11111 4 66 00 22222 5 8888888888 4 66 0 77 5 5 5 8 11 99 1 0 9999 8 0 33 333 0 7 7 88 88 111 5 1 5 22 66666
lowQualScore : . ... . .. . ... . . . ... .. . . ... . ... .... .. ........ .. . . . . ... .. . .. ......... .... . . . ....... . . .......... . . . . .. . .... . .. . ............................... ................ . ......... . ...... ... ..... . ........ . . . . .... ......... ....... . . . . . .. . ...... . ... . . . ... ........ ... .. .. ............... ... .. . . . . . . . .. .......................... . . .. ......... . .. ... . ..... . . . . . ... . . .... ............... . . . .... . . . ... .. . . . ... . . ................................... .............. . ............ .. .. ... ..... .......... ... . . .... ..... . .. .. ..... . .......... . .. . .. . . . . .. .. . . .... . . .. ... . . . .. .. ... . . . .. .....
lowQualScore : 4 888 4 11 4 888 8 4 0 000 55 0 5 000 0 000 5555 55 55555555 00 3 3 3 1 555 88 1 22 444444444 1111 9 6 1 5555555 1 9 6666666666 9 9 9 9 99 9 1111 9 66 1 4444444444444444444444444444444 1111111111111111 7 777777777 1 777777 333 77777 7 33333333 7 7 7 3 6666 444444444 5555555 6 6 6 0 3 00 7 555555 6 444 6 3 6 444 55555555 000 00 11 888888888888888 555 99 7 4 2 0 5 0 0 33 55555555555555555555555555 2 0 99 666666666 0 11 888 3 33333 4 9 4 4 4 666 4 4 9999 000000000000000 4 9 0 6666 0 0 2 888 99 2 0 8 222 4 4 77777777777777777777777777777777777 55555555555555 0 222222222222 11 11 888 88888 6666666666 888 4 9 4444 11111 4 11 66 55555 0 9999999999 4 11 7 99 7 7 7 0 00 00 0 8 4444 0 2 88 333 7 3 3 33 00 000 0 0 5 00 00000
consensus : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-ATGTAAAATTGTATTCNTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGNTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TTATTTATAACATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
Reference ( family-3733 ) : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-ATGTAAAATTGT-TTCCTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGTTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TCATTTATAACATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
gi|1 : TGGAGTT-TTAC---GA-AG--G-GG---CTTAC-TTT-TATGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------GAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-TA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------C----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATATCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGTAA-CTTGC-A---TCTGTAA--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-A-GAAAAATTGT-TTCCTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGTTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---A---AAGAAGAAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGTAA--G--TG-AGT-TAC-CAT-G---C-ATA-TCGTT--A-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-AATAGAC---GT--CAAAAATGATGTATG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAC---ATCGG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-CTA--TAGGAGA--G-AC-ACA-AC-CG--T-TGGTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCACG--TCGAGGATT---TTATTTAT-ACATATCACTAC--CTATTCTTACG--TCTTAGTTTTGAATCT-CGTGAACATTTAGTTTAGAATA-----GGTCCTCAGTACAC
gi|10 : tAA--ATCAA---AGTAA--GT-TG-AAT-TAC-CAC-A---C-CTA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATT-------T----AACACTAA-AATAAAG---GG--GGAAA-GGCTG---------------AA-AATA-ATCA----------GG----------AGG------TTT-ATG-----------------CC-C----C--------C--CC--CC---C--C--CAA---GGTTAGGTTAG---GTCTG-GTA-TTTTAAAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--AGG---CTACAT-TTA--TAGGGGT--G-AC-ACA-Ac
gi|11 : atggattagaggaaggagttgttgaTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--A---A-A--------------------CAA-A---------CAA-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-AGTGGTTATA---------T-------T----TAC-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTC
gi|12 : ----G-TGTTTTCAAA-ATT-------C-A-AAGAATT-------TACGG-CA-A-TCC---------------AAT-TTC--A-A--------AAGCG-----T-------A----TAT-------ACATA----AT-G---------C-GCA------TTACAT-----AATAGTAA-A--------CGAT-T-G-A-GT--T-ATCTAT--------TTTCCGT-------GGGG-T-CGATATTCGTG--TT---G------CGC---AA-TTTAAA-CATGA-A---TTCGTAA--------CTCT---GCTT--TCC--T-AT--GTC--ta
gi|13 : TT-TACAA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TGA--A-GGGACA-AA-CTCC-ATTC---AT--GAAGAA-A--AT-------------------------------T-------C-A-AAGAGTT-------TACAG-CA-T-TCTG-TTG--A-CA----GAT-GTC--A-A--------A---------TGG-----T----TATATTTTAAA---A----GT-A---------TAGCA------TATAAT-----ACTAGCAT-------------G-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTTCGTT------GG
gi|14 : GGAAAAATGGGGGGAGGG----GG---C-ACTA----------------------G-ACT-TAC-CAT-A---C-ATA-TCGTT--C-ATTTTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-TA-AATAAAG---GGATGAAAA
gi|15 : gagatgtctgaaatcatC-AAAT---TT--GAAAAA-A--AA--A-A--ATGGG----G-TATTTTTTAA-ATT-------C-A-AAAA--CTACTGCATACAG-CA-G-TCTG-CAA--A-GA----ACT-GTC--A-AATGGTTATA---------T-------T----TAT-------A---A----GC-A---------TATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A-AT--A-Atgaagaaataattag
gi|16 : -------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A--T--G-ATTTA---------TTTTCGTG------GGG--T-T-ATTTCTATG--TCTCAG------T-C---GA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---ATTTACTTT--TGAA--GGT--A----TAT----AA--TGA-ATGT
gi|17 : ---C--------C--CC--CCTCAC--C--AAA---G------TTAG---ATCTG-GTT-T----AAA-----G-C--TGCTATC--CAAAT-----TGG-A-----------GGGGGCTGCAT-TTA--TAGGGCA--G-AC-ACA-AA-GG--T-AGGTTGA--------TTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAG
gi|18 : GATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-A-TA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGTTTC--------C--CT--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATTAG-GAA-T----AAA-----G-C--TTCTGTC--CAAAT-----GGG-A----------GGGGGTCTACAT-TTA--T
gi|19 : GGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-TGCTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCGG--TCGAGAATTTGCTCATTCATAATATATGAATAC--CCATTC
gi|2 : GGAGTT-TTAC---GA-AGTGA-GGGAGCTGAC-TTT-TACGGGACTC--GAC-GGCGTCTG-AC-----------ACATTATA--------TAA--A-GGGACC-AAACTCC-ATAT---AT--GAAAAA-ATTATGAA-A--ATGGG----GGTATTTTC-AA-ATT-------C-A-AAAAACC-------TACAAACAAG-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTCA-A-A--------A---------T-------TGTGGTAT-------ATTTA----GT-ATAGTACTGTCAGTA------T---ACTATAAACTAGCAT-AG-------CCAGTG-G-ACATA-A-ATTTAGGAGTGGGGTTCTCGTGCAAGCAGGGGCT-C-ATCTCTATGGCCTGTAGTAGGCAC-CGAAAA-TAGGAAGTTTGA-G---TCTGTA---------ATCT---GTTT--Tat
gi|2 : GG--GG----GG---CGACTAA--ATCAA---AGAAAA-GTATG-GGTGTAC-CAC-GAAGC-ATACTCGTT--GGATTACA--T----AGACATTGT-TTAG-ACGTTGAATTGTT----AACAC-AACAATAGGGAGGGG--GAAAGATGGTGTGTA-ACC-G-TTTAAAGGATA-ATTAACTAGCAGTTGGGTGAAAAGGTGGA------CTAAATGA--CACATGGGCAAAAGCC-TGCCAC--------C--CC--TC---C--C--CAA---GGTTC--TTAG---ATCTG-GTATT----AAA-----GAC--TGCTGTCT-CAAAT-----GGG-AGGCTGGGG--GGGGGGCTGCAT-TTGATTAGGGgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgatggggggcgactaaatcaaagaaaagtatgggtgtaccacgaagcatactcgttggattacatagacattgtttagacgttgaattgttaacacaacaatagggagggggaaagatggtgtgtaaccgtttaaaggataattaactagcagttgggtgaaaaggtggactaaatgacacatgggcaaaagcctgccacccctccccaaggttcttagatctggtattaaagactgctgtctcaaatgggaggctggggggggggctgcatttgattagggtgacta
gi|20 : ggagttttacgaagtgagggagctgacttttacgggactcgacggcgtctgacacattatataaagggaccaaactccatatatgaaaaaattatgaaaatgggggtattttcaaattcaaaaaacctacaaacaagtctgcagacaaatgtcaaaattgtggtatatttagtatagtactgtcagtatactataaactagcatagccagtggacataaatttaggagtggggttctcgtgcaagcaggggctcatctctatggcctgtagtaggcaccgaaaataggaagtttgagtctgtaatctgttttgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgat-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-AGTGGTTATA---------T-------T----TAC-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--tgacta
gi|21 : tttatttctatgtttcagccanGACC-AA-CTCC-AAATTCAAA--AAAAAA-A--AT--A-ATAATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--CAACAGCATACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----ACT-GTC--
gi|3 : GGAGTT-TAACCGCGA-AG--A-GG---CT-AC-TTTCTACGA---TCCGGAC-GCCC--TG-ACCACTTT----TACA--ATA--------TAA--AGGGGACC-AA-CTCCAAAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G---TTATCTAA-ATTTCATTGCC-A-AAGA--C-------TACAG-CA-GATCTGTCAGGCA-CA----AAT-GTC--AGA--------A---------TGGC----T----TAT-----------------------------CATTA------T----T-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-GAA-ATAAA-ATTCA---------TTTCCGTGCGC---GGGG-T-C-ATATC--TG--CTT-AG------C-C---AATTAGTAACCTTGT-A---TCTGCTGTATACACCATTT---GCTT--TTA--T-AGATGTC--AAAGCTTTTC-GAA--TAG-GTATAGTATTATATTCGTA
gi|3 : TCGAAT-AGGTATAGTATTATATTCGTAAGGATGTCGAAA---ATTAAG---GCAGCGGAAAAAAATAGGC--GC----GA---C-ACAAATTATCAATCTAGTAA--G--TG-AAT-TACGCGG-AGAGC-ATA-TCATTAAA-ATTCTA--CTCATG-------T-CTAGAACATTGAATaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgaataatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|3 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttt-AATA-ATCA----------GG----------GC-------CT--ATGA--TG---------AAACCTTG---CTTATCACAC--CCAACC---C--CTTCAA---A------TTAG---ATCTGCGTA-T----AAATATCTG-C--TGCCATC--AAAATATATGGGG-A-----AGGAAGGGGGCCTACATATTA--T---GGA--GCAC-ACA-AACAG--TGCGCTTGATTATGT-TTTGTTTATCCCTGACTCTCTGCTTCGATAATG---TTA--TATACCATATCACGACATCTATTTTCACGGTCCTTAGTT---AATCTCCGGGAATA-TCACGTTAGAATATAGGCAGTCCTCGGCACACaatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|4 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttttcgaataggtatagtattatattcgtaaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgGGAGTT-TT-T---GTTAG--A-GG---CTTAT-TTT-TACGA---TC--GACGGGC---TGAAT---TTT----TACA--ATACAACTTAGTAA--AGGGGACCAAA-CTCC-AAATA--AT--GAAAAA-A--A---A-ATTATGGG----T-TTTTTCTTAATATT-------C-AGAAGA--C-------TAAAG-TA-G-GCTG-CAG--ATCA----AAT-GTCGTA-A--------ATGGTTATATT-------T----CAT-------A---C----GTCA---------CAGCATTAGATT---AT-----ACTAGTTT-AAGCGCGAGCCAG-G-G-A-AT--AGATTT----------TTTCCATG------GGGG-GAC-ATCT-TATG--TTT-AA------C-C---AA-TAGGAG--TTGT-ATACTCTGTAG--------GTCT----TTT--TTA--T-----GTC--AAG--TTTTCTGGT--TGA-AGGTATAAT
gi|4 : g-------------A---AT---G---GAGGGGAAAATAAAAGGGG--GG----GGGGGT-GCTGA--ATCAA---AGAAAATGT-TACATT-TAC-CACAA---CAATA-TAGTT--G-ATTCTAAGC----A-------T-TTAGAACATTGAATT-TTTTAGAACAC-AA-AAT-GAG---GG--GTCAAAGGATGTGTGTATC-GTTTTAAA-AATATATTC----------GG----------GGG------AT--ATGGGCTA---------AAACC-TG---C--------TGACT--CC---CTAC--CAAAGGG------TTAGGATATCTG-GCATT----AAA-----G-CCTTGCGGTTCGCAAAT-----GGGAA-----GGG--GGGGGGTTACAT-TGT--TAGGGCAAGG-ACTACAGAA-GGCTT-GGTTTAGTTATGGTTTTGTTTGTTTTG-GCGGCaagtataattcagtggtgtcttgtaaatggaggggaaaataaaagggggggggggtgctgaatcaaagaaaatgttacatttaccacaacaatatagttgattctaagcatttagaacattgaattttttagaacacaaaatgaggggtcaaaggatgtgtgtatcgttttaaaaatatattcgggggatatgggctaaaacctgctgactccctaccaaagggttaggatatctggcattaaagccttgcggttcgcaaatgggaagggggggggttacattgttagggcaaggactacagaaggcttggtttagttatggttttgtttgttttggcggc
gi|5 : gggagtttttgttagaggcttatttttacgatcgacgggctgaatttttacaatacaacttagtaaaggggaccaaactccaaataatgaaaaaaaaattatgggttttttcttaatattcagaagactaaagtaggctgcagatcaaatgtcgtaaatggttatatttcatacgtcacagcattagattatactagtttaagcgcgagccagggaatagattttttccatggggggacatcttatgtttaaccaataggagttgtatactctgtaggtcttttttatgtcaagttttctggttgaaggtataataagtataattcagtggtgtcttgtaGGAGTTCTTAC---GA-AG--AAGG---CTCACCTTT-TTCGAA--TC--GAC-G-C---T--AC---TATAATATAAA--ATC--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATG-AAAAAA-A--AT--A-A---TTGG----A-TATTTTCTAA-ATC-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAGTCAAATAGTT--A-T--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAACG------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-T-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTA------GGGG-T-C-ATATCTATG--TTTTAG------C-C---AA-TATGAA-CT----------TGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-A----TCGAA----CATTT-GAAGGTAC-ATGTA
gi|5 : aTATA--TGTATATTCG-------------AGAGAT---GTCTGATATGGAGAAAAAAGGGG--G----------T-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-ATT-TAC-CAC-A---C-AT---CGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-TATAGAG---GG----AAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GAT------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGCCCC--------C--CC--CC---C--C--CA-----------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----------GGGGGCTACAT-TTA--TAGGGCA--G-AC-ACA-tatatgtatattcgagagatgtctgatatggagaaaaaagggggtactaaatcaaagaaagttgatttaccacacatcgttgattctacatttagacattgaattttaacaaaatatagagggaaaaggatgtgtgatcgtttaaaaataatcagggatctatgataaaacctgccccccccccccattagatctggtataaagctgctgtccaaatgggagggggctacatttatagggcagacaca
gi|6 : aggagttcttacgaagaaggctcacctttttcgaatcgacgctactataatataaaatctaaagggaccaactccaaatatgaaaaaaaataattggatattttctaaatccaaagactacagcagtctgcagacagtcaaatagttatatttataagtacaacgtatactagcataccaggtaataatttatttccgtaggggtcatatctatgttttagccaatatgaacttgtagatctgtttttatatcgaacatttgaaggtacatgtaTGGAGTT-TTAC---AA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---GG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAAGA--AT--T-A--ATGAG----G-TAT---------TT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTCT-A-T--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCTG-GAG-AGAT--A-ATTTA---------TTTTCGT-------GGGG-T-T-ATTTCTACG--TTTCAG------T-C---GA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTTACTTT--TGAA--GGT--A----TAT----AA--TGA-ATGTAAAA
gi|6 : GAG--GG----AA---C-ACTAA--ATCAA---GGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAG-A---T-ATT-TTGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TA----AACAC-AT-AATAGA----GG--GAAAAAGGATGTGTG-ACCAA-TTTAAA-AA-A-ATTAT---------GG----------GGGAGGGGTCT--ACGC--CA---------AAATC-TA---A--------C--AC--CC---T-----------G------TTAG---GTCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--Cgatgtcatgaaatcatggaatagagggaacactaaatcaaggaaagttgagttaccagatattttgttgattctacatttagacattgaatttaaacacataatagagggaaaaaggatgtgtgaccaatttaaaaaaattatgggggaggggtctacgccaaaatctaacaccctgttaggtctggtataaagctgctgtcc
gi|7 : tggagttttacaaagaggcttacttttacgatcgacggcggacttttacaatataaagggaccaactccaaatataaaaaagaattaatgaggtatttcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtctatatttataagtacatcatatactagcatacctggagagataatttattttcgtggggttatttctacgtttcagtcgataggaacttgtatctgtagatctgtttacttttgaaggtatataatgaatgtaaaagatgtcatgaaatcatggaataGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-AACGA---TC--GAC-G-C---TG-AC---TTT----TACA---T---------CAATCA-GGGAC--AA-CTCC-AA-T----T--GAAAAA-A--AT--ATA--ATGGGTACGG-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GT---A-A--------A---------TGGTTATAT----TAT-------A---AGTATGT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCATAA--------CCAG-G-G-A-AT----ACTCA---------TTT-CGT--------GGG-T-T-ATTTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGG-T-CTTGTAA---TCTGTAG--------ATCTGGGGTTT--TTATGT-AATCGTT--G----CGTTC-GAA--
gi|7 : GGGG--GGAGGTGG---C-ACTTA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TA--CAC-A---C-ATA-TTGCT--G-ATTGTA-------A-------TATTA--ACA------T-CT----GCCAC-AT-AATA-AG---AG--GAAAAAGGATG---------------AA-GATA-ATCA----------GG----------AGG------TTG-ATGaatcagggaaactgggggggggggggaggtggcacttaatcaaagaaagttgagttacacacatattgctgattgtaatattaacatctgccacataataagaggaaaaaggatgaagataatcaggaggttgatg
gi|8 : ggagttttacgaagaggcttactttaacgatcgacgctgacttttacatcaatcagggacaactccaattgaaaaaaatataatgggtacggtattttctaaattcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtaaatggttatattataagtatgtacatcatatactagcataaccagggaatactcatttcgtgggttatttctatgtttcagccaataggtcttgtaatctgtagatctggggtttttatgtaatcgttgcgttcgaaaatcagggaaactggggggg--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--ATA--ATGGG----G-TA
gi|8 : ----TAC-------A---T----GT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-CTTCA---------TTTTCGTG------GGGG-T-T-ATTTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAT-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCTGGGGTTT--TTA--T-----GT---A----TACTC-G----TGAGATGTccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatgtacatcatatactagcataccagggaatacttcattttcgtgggggttatttctatgtttcagccaataggatcttgtatctgtagatctggggtttttatgtatactcgtgagatgtctgaaatcatgggaaaatggggg
gi|9 : agggaccaactccaaatatgaaaaaaaaatataatggggtaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATTCATG---C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------TGG-----T----TAT-------A---------T----------------------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTCA---------TTTCCGT-------GGGG-T-C-ATATC--TG--TTTTAG------C-C---AA-TAGTAA-CTTGT-A---TCTGTctgaaatcatgggaaaatggggg
Alignments
lowQualScore : 111 111 11111111 11 111111111 1111111 2222222222 5555555555555555555555555555555 1111111111111111 111111111 11111111 111111111 2222222 111111 11111111 111 11 333333333333333 1 1 11 77777777777777777777777777 111111111 11111 111 222222222222222 1111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222 333333333333 2222222222 11111 11 11111 2222222222 11 3333 11 222 11 11 222 1 1 22222
lowQualScore : 4 777 4 66 4 777 0 4 4 111 55 4 2 111 4 777 8888 55 44444444 55 7 3 3 3 888 55 3 44 333333333 6666 2 1 3 6666666 3 2 2222222222 2 2 2 2 33 2 6666 2 99 3 8888888888888888888888888888888 7777777777777777 2 000000000 1 777777 999 66666 2 22222222 2 2 2 5 6666 555555555 5555555 3 3 3 1 1 55 5 000000 3 666 3 7 3 666 44444444 444 11 66 555555555555555 666 66 5 1 888 0 0 7 1 5 1 88 44444444444444444444444444 0 1 66 111111111 5 66 777 2 22222 4 1 4 4 4 555 4 4 6666 000000000000000 4 8 5 0000 5 5 0 888 66 3 5 0 888 4 4 66666666666666666666666666666666666 22222222222222 5 222222222222 66 66 777 77777 4444444444 777 4 8 9999 11111 4 66 00 22222 5 8888888888 4 66 0 77 5 5 5 8 11 99 1 0 9999 8 0 33 333 7 7 88 88 111 5 1 5 22 66666
lowQualScore : . ... . .. . ... . . . ... .. . . ... . ... .... .. ........ .. . . . . ... .. . .. ......... .... . . . ....... . . .......... . . . . .. . .... . .. . ............................... ................ . ......... . ...... ... ..... . ........ . . . . .... ......... ....... . . . . . .. . ...... . ... . . . ... ........ ... .. .. ............... ... .. . . ... . . . . . . .. .......................... . . .. ......... . .. ... . ..... . . . . . ... . . .... ............... . . . .... . . . ... .. . . . ... . . ................................... .............. . ............ .. .. ... ..... .......... ... . . .... ..... . .. .. ..... . .......... . .. . .. . . . . .. .. . . .... . . .. ... . . .. .. ... . . . .. .....
lowQualScore : 4 888 4 11 4 888 8 4 0 000 55 0 5 000 0 000 5555 55 55555555 00 3 3 3 1 555 88 1 22 444444444 1111 9 6 1 5555555 1 9 6666666666 9 9 9 9 99 9 1111 9 66 1 4444444444444444444444444444444 1111111111111111 7 777777777 1 777777 333 77777 7 33333333 7 7 7 3 6666 444444444 5555555 6 6 6 0 3 00 7 555555 6 444 6 3 6 444 55555555 000 00 11 888888888888888 555 99 7 4 666 0 7 3 0 0 0 33 55555555555555555555555555 2 0 99 666666666 0 11 888 3 33333 4 9 4 4 4 666 4 4 9999 000000000000000 4 9 0 6666 0 0 2 888 99 2 0 8 222 4 4 77777777777777777777777777777777777 55555555555555 0 222222222222 11 11 888 88888 6666666666 888 4 9 4444 11111 4 11 66 55555 0 9999999999 4 11 7 99 7 7 7 0 00 00 0 8 4444 0 2 88 333 3 3 33 00 000 0 0 5 00 00000
consensus : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-ATGTA-AAAT-TATATTCNTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGNTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TTATTTATAACATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
Reference ( family-3733 ) : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-ATGTA-AAAT-TGTATTCNTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGNTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TTATTTATAACATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
gi|1 : TGGAGTT-TTAC---GA-AG--G-GG---CTTAC-TTT-TATGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------GAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-TA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------C----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATATCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGTAA-CTTGC-A---TCTGTAA--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-A-GAA-AAAT-TGT-TTCCTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGTTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---A---AAGAAGAAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGTAA--G--TG-AGT-TAC-CAT-G---C-ATA-TCGTT--A-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-AATAGAC---GT--CAAAAATGATGTATG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAC---ATCGG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-CTA--TAGGAGA--G-AC-ACA-AC-CG--T-TGGTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCACG--TCGAGGATT---TTATTTAT-ACATATCACTAC--CTATTCTTACG--TCTTAGTTTTGAATCT-CGTGAACATTTAGTTTAGAATA-----GGTCCTCAGTACAC
gi|10 : tAA--ATCAA---AGTAA--GT-TG-AAT-TAC-CAC-A---C-CTA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATT-------T----AACACTAA-AATAAAG---GG--GGAAA-GGCTG---------------AA-AATA-ATCA----------GG----------AGG------TTT-ATG-----------------CC-C----C--------C--CC--CC---C--C--CAA---GGTTAGGTTAG---GTCTG-GTA-TTTTAAAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--AGG---CTACAT-TTA--TAGGGGT--G-AC-ACA-Ac
gi|11 : atggattagaggaaggagttgttgaTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--A---A-A--------------------CAA-A---------CAA-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-AGTGGTTATA---------T-------T----TAC-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTC
gi|12 : ----G-TGTTTTCAAA-ATT-------C-A-AAGAATT-------TACGG-CA-A-TCC---------------AAT-TTC--A-A--------AAGCG-----T-------A----TAT-------ACATA----AT-G---------C-GCA------TTACAT-----AATAGTAA-A--------CGAT-T-G-A-GT--T-ATCTAT--------TTTCCGT-------GGGG-T-CGATATTCGTG--TT---G------CGC---AA-TTTAAA-CATGA-A---TTCGTAA--------CTCT---GCTT--TCC--T-AT--GTC--ta
gi|13 : TT-TACAA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TGA--A-GGGACA-AA-CTCC-ATTC---AT--GAAGAA-A--AT-------------------------------T-------C-A-AAGAGTT-------TACAG-CA-T-TCTG-TTG--A-CA----GAT-GTC--A-A--------A---------TGG-----T----TATATTTTAAA---A----GT-A---------TAGCA------TATAAT-----ACTAGCAT-------------G-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTTCGTT------GG
gi|14 : GGAAAAATGGGGGGAGGG----GG---C-ACTA----------------------G-ACT-TAC-CAT-A---C-ATA-TCGTT--C-ATTTTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-TA-AATAAAG---GGATGAAAA
gi|15 : gagatgtctgaaatcatC-AAAT---TT--GAAAAA-A--AA--A-A--ATGGG----G-TATTTTTTAA-ATT-------C-A-AAAA--CTACTGCATACAG-CA-G-TCTG-CAA--A-GA----ACT-GTC--A-AATGGTTATA---------T-------T----TAT-------A---A----GC-A---------TATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A-AT--A-Atgaagaaataattag
gi|16 : -------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A--T--G-ATTTA---------TTTTCGTG------GGG--T-T-ATTTCTATG--TCTCAG------T-C---GA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---ATTTACTTT--TGAA--GGT--A----TAT----AA--TGA-ATGT
gi|17 : ---C--------C--CC--CCTCAC--C--AAA---G------TTAG---ATCTG-GTT-T----AAA-----G-C--TGCTATC--CAAAT-----TGG-A-----------GGGGGCTGCAT-TTA--TAGGGCA--G-AC-ACA-AA-GG--T-AGGTTGA--------TTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAG
gi|18 : GATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-A-TA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGTTTC--------C--CT--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATTAG-GAA-T----AAA-----G-C--TTCTGTC--CAAAT-----GGG-A----------GGGGGTCTACAT-TTA--T
gi|19 : GGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-TGCTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCGG--TCGAGAATTTGCTCATTCATAATATATGAATAC--CCATTC
gi|2 : GGAGTT-TTAC---GA-AGTGA-GGGAGCTGAC-TTT-TACGGGACTC--GAC-GGCGTCTG-AC-----------ACATTATA--------TAA--A-GGGACC-AAACTCC-ATAT---AT--GAAAAA-ATTATGAA-A--ATGGG----GGTATTTTC-AA-ATT-------C-A-AAAAACC-------TACAAACAAG-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTCA-A-A--------A---------T-------TGTGGTAT-------ATTTA----GT-ATAGTACTGTCAGTA------T---ACTATAAACTAGCAT-AG-------CCAGTG-G-ACATA-A-ATTTAGGAGTGGGGTTCTCGTGCAAGCAGGGGCT-C-ATCTCTATGGCCTGTAGTAGGCAC-CGAAAA-TAGGAAGTTTGA-G---TCTGTA---------ATCT---GTTT--Tat
gi|2 : GG--GG----GG---CGACTAA--ATCAA---AGAAAA-GTATG-GGTGTAC-CAC-GAAGC-ATACTCGTT--GGATTACA--T----AGACATTGT-TTAG-ACGTTGAATTGTT----AACAC-AACAATAGGGAGGGG--GAAAGATGGTGTGTA-ACC-G-TTTAAAGGATA-ATTAACTAGCAGTTGGGTGAAAAGGTGGA------CTAAATGA--CACATGGGCAAAAGCC-TGCCAC--------C--CC--TC---C--C--CAA---GGTTC--TTAG---ATCTG-GTATT----AAA-----GAC--TGCTGTCT-CAAAT-----GGG-AGGCTGGGG--GGGGGGCTGCAT-TTGATTAGGGgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgatggggggcgactaaatcaaagaaaagtatgggtgtaccacgaagcatactcgttggattacatagacattgtttagacgttgaattgttaacacaacaatagggagggggaaagatggtgtgtaaccgtttaaaggataattaactagcagttgggtgaaaaggtggactaaatgacacatgggcaaaagcctgccacccctccccaaggttcttagatctggtattaaagactgctgtctcaaatgggaggctggggggggggctgcatttgattagggtgacta
gi|20 : ggagttttacgaagtgagggagctgacttttacgggactcgacggcgtctgacacattatataaagggaccaaactccatatatgaaaaaattatgaaaatgggggtattttcaaattcaaaaaacctacaaacaagtctgcagacaaatgtcaaaattgtggtatatttagtatagtactgtcagtatactataaactagcatagccagtggacataaatttaggagtggggttctcgtgcaagcaggggctcatctctatggcctgtagtaggcaccgaaaataggaagtttgagtctgtaatctgttttgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgat-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-AGTGGTTATA---------T-------T----TAC-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--tgacta
gi|21 : tttatttctatgtttcagccanGACC-AA-CTCC-AAATTCAAA--AAAAAA-A--AT--A-ATAATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--CAACAGCATACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----ACT-GTC--
gi|3 : GGAGTT-TAACCGCGA-AG--A-GG---CT-AC-TTTCTACGA---TCCGGAC-GCCC--TG-ACCACTTT----TACA--ATA--------TAA--AGGGGACC-AA-CTCCAAAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G---TTATCTAA-ATTTCATTGCC-A-AAGA--C-------TACAG-CA-GATCTGTCAGGCA-CA----AAT-GTC--AGA--------A---------TGGC----T----TAT-----------------------------CATTA------T----T-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-GAA-ATAAA-ATTCA---------TTTCCGTGCGC---GGGG-T-C-ATATC--TG--CTT-AG------C-C---AATTAGTAACCTTGT-A---TCTGCTGTATACACCATTT---GCTT--TTA--T-AGATGTC--AAAGCTTTTC-GAA--TAG-GTATA-GTAT-TATATTCGTA
gi|3 : TCGAAT-AGGTATAGTATTATATTCGTAAGGATGTCGAAA---ATTAAG---GCAGCGGAAAAAAATAGGC--GC----GA---C-ACAAATTATCAATCTAGTAA--G--TG-AAT-TACGCGG-AGAGC-ATA-TCATTAAA-ATTCTA--CTCATG-------T-CTAGAACATTGAATaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgaataatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|3 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttt-AATA-ATCA----------GG----------GC-------CT--ATGA--TG---------AAACCTTG---CTTATCACAC--CCAACC---C--CTTCAA---A------TTAG---ATCTGCGTA-T----AAATATCTG-C--TGCCATC--AAAATATATGGGG-A-----AGGAAGGGGGCCTACATATTA--T---GGA--GCAC-ACA-AACAG--TGCGCTTGATTATGT-TTTGTTTATCCCTGACTCTCTGCTTCGATAATG---TTA--TATACCATATCACGACATCTATTTTCACGGTCCTTAGTT---AATCTCCGGGAATA-TCACGTTAGAATATAGGCAGTCCTCGGCACACaatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|4 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttttcgaataggtatagtattatattcgtaaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgGGAGTT-TT-T---GTTAG--A-GG---CTTAT-TTT-TACGA---TC--GACGGGC---TGAAT---TTT----TACA--ATACAACTTAGTAA--AGGGGACCAAA-CTCC-AAATA--AT--GAAAAA-A--A---A-ATTATGGG----T-TTTTTCTTAATATT-------C-AGAAGA--C-------TAAAG-TA-G-GCTG-CAG--ATCA----AAT-GTCGTA-A--------ATGGTTATATT-------T----CAT-------A---C----GTCA---------CAGCATTAGATT---AT-----ACTAGTTT-AAGCGCGAGCCAG-G-G-A-AT--AGATTT----------TTTCCATG------GGGG-GAC-ATCT-TATG--TTT-AA------C-C---AA-TAGGAG--TTGT-ATACTCTGTAG--------GTCT----TTT--TTA--T-----GTC--AAG--TTTTCTGGT--TGA-AGGTA-TAAT-
gi|4 : g-------------A---AT---G---GAGGGGAAAATAAAAGGGG--GG----GGGGGT-GCTGA--ATCAA---AGAAAATGT-TACATT-TAC-CACAA---CAATA-TAGTT--G-ATTCTAAGC----A-------T-TTAGAACATTGAATT-TTTTAGAACAC-AA-AAT-GAG---GG--GTCAAAGGATGTGTGTATC-GTTTTAAA-AATATATTC----------GG----------GGG------AT--ATGGGCTA---------AAACC-TG---C--------TGACT--CC---CTAC--CAAAGGG------TTAGGATATCTG-GCATT----AAA-----G-CCTTGCGGTTCGCAAAT-----GGGAA-----GGG--GGGGGGTTACAT-TGT--TAGGGCAAGG-ACTACAGAA-GGCTT-GGTTTAGTTATGGTTTTGTTTGTTTTG-GCGGCaagtataattcagtggtgtcttgtaaatggaggggaaaataaaagggggggggggtgctgaatcaaagaaaatgttacatttaccacaacaatatagttgattctaagcatttagaacattgaattttttagaacacaaaatgaggggtcaaaggatgtgtgtatcgttttaaaaatatattcgggggatatgggctaaaacctgctgactccctaccaaagggttaggatatctggcattaaagccttgcggttcgcaaatgggaagggggggggttacattgttagggcaaggactacagaaggcttggtttagttatggttttgtttgttttggcggc
gi|5 : gggagtttttgttagaggcttatttttacgatcgacgggctgaatttttacaatacaacttagtaaaggggaccaaactccaaataatgaaaaaaaaattatgggttttttcttaatattcagaagactaaagtaggctgcagatcaaatgtcgtaaatggttatatttcatacgtcacagcattagattatactagtttaagcgcgagccagggaatagattttttccatggggggacatcttatgtttaaccaataggagttgtatactctgtaggtcttttttatgtcaagttttctggttgaaggtataataagtataattcagtggtgtcttgtaGGAGTTCTTAC---GA-AG--AAGG---CTCACCTTT-TTCGAA--TC--GAC-G-C---T--AC---TATAATATAAA--ATC--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATG-AAAAAA-A--AT--A-A---TTGG----A-TATTTTCTAA-ATC-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAGTCAAATAGTT--A-T--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAACG------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-T-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTA------GGGG-T-C-ATATCTATG--TTTTAG------C-C---AA-TATGAA-CT----------TGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-A----TCGAA----CATTT-GAAGGTAC-ATGTATATATGTATATTC
gi|5 : aTATA--TGTATATTCG-------------AGAGAT---GTCTGATATGGAGAAAAAAGGGG--G----------T-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-ATT-TAC-CAC-A---C-AT---CGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-TATAGAG---GG----AAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GAT------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGCCCC--------C--CC--CC---C--C--CA-----------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----------GGGGGCTACAT-TTA--TAGGGCA--G-AC-ACA-gagagatgtctgatatggagaaaaaagggggtactaaatcaaagaaagttgatttaccacacatcgttgattctacatttagacattgaattttaacaaaatatagagggaaaaggatgtgtgatcgtttaaaaataatcagggatctatgataaaacctgccccccccccccattagatctggtataaagctgctgtccaaatgggagggggctacatttatagggcagacaca
gi|6 : aggagttcttacgaagaaggctcacctttttcgaatcgacgctactataatataaaatctaaagggaccaactccaaatatgaaaaaaaataattggatattttctaaatccaaagactacagcagtctgcagacagtcaaatagttatatttataagtacaacgtatactagcataccaggtaataatttatttccgtaggggtcatatctatgttttagccaatatgaacttgtagatctgtttttatatcgaacatttgaaggtacatgtaTGGAGTT-TTAC---AA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---GG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAAGA--AT--T-A--ATGAG----G-TAT---------TT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTCT-A-T--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCTG-GAG-AGAT--A-ATTTA---------TTTTCGT-------GGGG-T-T-ATTTCTACG--TTTCAG------T-C---GA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTTACTTT--TGAA--GGT--A----TAT----AA--TGA-ATGTA-AAA
gi|6 : GAG--GG----AA---C-ACTAA--ATCAA---GGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAG-A---T-ATT-TTGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TA----AACAC-AT-AATAGA----GG--GAAAAAGGATGTGTG-ACCAA-TTTAAA-AA-A-ATTAT---------GG----------GGGAGGGGTCT--ACGC--CA---------AAATC-TA---A--------C--AC--CC---T-----------G------TTAG---GTCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--Cgatgtcatgaaatcatggaatagagggaacactaaatcaaggaaagttgagttaccagatattttgttgattctacatttagacattgaatttaaacacataatagagggaaaaaggatgtgtgaccaatttaaaaaaattatgggggaggggtctacgccaaaatctaacaccctgttaggtctggtataaagctgctgtcc
gi|7 : tggagttttacaaagaggcttacttttacgatcgacggcggacttttacaatataaagggaccaactccaaatataaaaaagaattaatgaggtatttcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtctatatttataagtacatcatatactagcatacctggagagataatttattttcgtggggttatttctacgtttcagtcgataggaacttgtatctgtagatctgtttacttttgaaggtatataatgaatgtaaaagatgtcatgaaatcatggaataGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-AACGA---TC--GAC-G-C---TG-AC---TTT----TACA---T---------CAATCA-GGGAC--AA-CTCC-AA-T----T--GAAAAA-A--AT--ATA--ATGGGTACGG-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GT---A-A--------A---------TGGTTATAT----TAT-------A---AGTATGT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCATAA--------CCAG-G-G-A-AT----ACTCA---------TTT-CGT--------GGG-T-T-ATTTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGG-T-CTTGTAA---TCTGTAG--------ATCTGGGGTTT--TTATGT-AATCGTT--G----CGTTC-GAA--
gi|7 : GGGG--GGAGGTGG---C-ACTTA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TA--CAC-A---C-ATA-TTGCT--G-ATTGTA-------A-------TATTA--ACA------T-CT----GCCAC-AT-AATA-AG---AG--GAAAAAGGATG---------------AA-GATA-ATCA----------GG----------AGG------TTG-ATGaatcagggaaactgggggggggggggaggtggcacttaatcaaagaaagttgagttacacacatattgctgattgtaatattaacatctgccacataataagaggaaaaaggatgaagataatcaggaggttgatg
gi|8 : ggagttttacgaagaggcttactttaacgatcgacgctgacttttacatcaatcagggacaactccaattgaaaaaaatataatgggtacggtattttctaaattcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtaaatggttatattataagtatgtacatcatatactagcataaccagggaatactcatttcgtgggttatttctatgtttcagccaataggtcttgtaatctgtagatctggggtttttatgtaatcgttgcgttcgaaaatcagggaaactggggggg--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--ATA--ATGGG----G-TA
gi|8 : ----TAC-------A---T----GT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-CTTCA---------TTTTCGTG------GGGG-T-T-ATTTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAT-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCTGGGGTTT--TTA--T-----GT---A----TACTC-G----TGAGATGTccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatgtacatcatatactagcataccagggaatacttcattttcgtgggggttatttctatgtttcagccaataggatcttgtatctgtagatctggggtttttatgtatactcgtgagatgtctgaaatcatgggaaaatggggg
gi|9 : agggaccaactccaaatatgaaaaaaaaatataatggggtaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATTCATG---C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------TGG-----T----TAT-------A---------T----------------------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTCA---------TTTCCGT-------GGGG-T-C-ATATC--TG--TTTTAG------C-C---AA-TAGTAA-CTTGT-A---TCTGTctgaaatcatgggaaaatggggg
Alignments
lowQualScore : 111 111 11111111 11 111111111 1111111 2222222222 5555555555555555555555555555555 1111111111111111 111111111 11111111 111111111 2222222 111111 11111111 111 11 333333333333333 222 11 1 11 77777777777777777777777777 111111111 11111 111 222222222222222 1111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222 333333333333 2222222222 11111 11 11111 2222222222 11 3333 11 222 11 11 222 1 1 22222
lowQualScore : 4 777 4 66 4 777 0 4 4 111 55 4 2 111 4 777 8888 55 44444444 55 7 3 3 3 888 55 3 44 333333333 6666 2 1 3 6666666 3 2 2222222222 2 2 2 2 33 2 6666 2 99 3 8888888888888888888888888888888 7777777777777777 2 000000000 1 777777 999 66666 2 22222222 2 2 2 5 6666 555555555 5555555 3 3 3 1 1 55 5 000000 3 666 3 7 3 666 44444444 444 11 66 555555555555555 666 66 5 1 77 6 222 11 1 5 1 88 44444444444444444444444444 0 1 66 111111111 5 66 777 2 22222 4 1 4 4 4 555 4 4 6666 000000000000000 4 8 5 0000 5 5 0 888 66 3 5 0 888 4 4 66666666666666666666666666666666666 22222222222222 5 222222222222 66 66 777 77777 4444444444 777 4 8 9999 11111 4 66 00 22222 5 8888888888 4 66 0 77 5 5 5 8 11 99 1 0 9999 8 0 33 333 7 7 88 88 111 5 1 5 22 66666
lowQualScore : . ... . .. . ... . . . ... .. . . ... . ... .... .. ........ .. . . . . ... .. . .. ......... .... . . . ....... . . .......... . . . . .. . .... . .. . ............................... ................ . ......... . ...... ... ..... . ........ . . . . .... ......... ....... . . . . . .. . ...... . ... . . . ... ........ ... .. .. ............... ... .. . . .. . ... .. . . . .. .......................... . . .. ......... . .. ... . ..... . . . . . ... . . .... ............... . . . .... . . . ... .. . . . ... . . ................................... .............. . ............ .. .. ... ..... .......... ... . . .... ..... . .. .. ..... . .......... . .. . .. . . . . .. .. . . .... . . .. ... . . .. .. ... . . . .. .....
lowQualScore : 4 888 4 11 4 888 8 4 0 000 55 0 5 000 0 000 5555 55 55555555 00 3 3 3 1 555 88 1 22 444444444 1111 9 6 1 5555555 1 9 6666666666 9 9 9 9 99 9 1111 9 66 1 4444444444444444444444444444444 1111111111111111 7 777777777 1 777777 333 77777 7 33333333 7 7 7 3 6666 444444444 5555555 6 6 6 0 3 00 7 555555 6 444 6 3 6 444 55555555 000 00 11 888888888888888 555 99 7 4 99 7 000 22 0 0 0 33 55555555555555555555555555 2 0 99 666666666 0 11 888 3 33333 4 9 4 4 4 666 4 4 9999 000000000000000 4 9 0 6666 0 0 2 888 99 2 0 8 222 4 4 77777777777777777777777777777777777 55555555555555 0 222222222222 11 11 888 88888 6666666666 888 4 9 4444 11111 4 11 66 55555 0 9999999999 4 11 7 99 7 7 7 0 00 00 0 8 4444 0 2 88 333 3 3 33 00 000 0 0 5 00 00000
consensus : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-ATG--TA-AAAT---TAT-ATTCNTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGNTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TTATTTATAACATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
Reference ( family-3733 ) : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-ATG--TA-AAAT---TAT-ATTCNTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGNTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TTATTTATAACATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
gi|1 : TGGAGTT-TTAC---GA-AG--G-GG---CTTAC-TTT-TATGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------GAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-TA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------C----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATATCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGTAA-CTTGC-A---TCTGTAA--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-A-G--AA-AAAT---TGT--TTCCTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGTTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---A---AAGAAGAAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGTAA--G--TG-AGT-TAC-CAT-G---C-ATA-TCGTT--A-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-AATAGAC---GT--CAAAAATGATGTATG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAC---ATCGG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-CTA--TAGGAGA--G-AC-ACA-AC-CG--T-TGGTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCACG--TCGAGGATT---TTATTTAT-ACATATCACTAC--CTATTCTTACG--TCTTAGTTTTGAATCT-CGTGAACATTTAGTTTAGAATA-----GGTCCTCAGTACAC
gi|10 : tAA--ATCAA---AGTAA--GT-TG-AAT-TAC-CAC-A---C-CTA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATT-------T----AACACTAA-AATAAAG---GG--GGAAA-GGCTG---------------AA-AATA-ATCA----------GG----------AGG------TTT-ATG-----------------CC-C----C--------C--CC--CC---C--C--CAA---GGTTAGGTTAG---GTCTG-GTA-TTTTAAAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--AGG---CTACAT-TTA--TAGGGGT--G-AC-ACA-Ac
gi|11 : atggattagaggaaggagttgttgaTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--A---A-A--------------------CAA-A---------CAA-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-AGTGGTTATA---------T-------T----TAC-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTC
gi|12 : ----G-TGTTTTCAAA-ATT-------C-A-AAGAATT-------TACGG-CA-A-TCC---------------AAT-TTC--A-A--------AAGCG-----T-------A----TAT-------ACATA----AT-G---------C-GCA------TTACAT-----AATAGTAA-A--------CGAT-T-G-A-GT--T-ATCTAT--------TTTCCGT-------GGGG-T-CGATATTCGTG--TT---G------CGC---AA-TTTAAA-CATGA-A---TTCGTAA--------CTCT---GCTT--TCC--T-AT--GTC--ta
gi|13 : TT-TACAA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TGA--A-GGGACA-AA-CTCC-ATTC---AT--GAAGAA-A--AT-------------------------------T-------C-A-AAGAGTT-------TACAG-CA-T-TCTG-TTG--A-CA----GAT-GTC--A-A--------A---------TGG-----T----TATATTTTAAA---A----GT-A---------TAGCA------TATAAT-----ACTAGCAT-------------G-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTTCGTT------GG
gi|14 : GGAAAAATGGGGGGAGGG----GG---C-ACTA----------------------G-ACT-TAC-CAT-A---C-ATA-TCGTT--C-ATTTTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-TA-AATAAAG---GGATGAAAA
gi|15 : gagatgtctgaaatcatC-AAAT---TT--GAAAAA-A--AA--A-A--ATGGG----G-TATTTTTTAA-ATT-------C-A-AAAA--CTACTGCATACAG-CA-G-TCTG-CAA--A-GA----ACT-GTC--A-AATGGTTATA---------T-------T----TAT-------A---A----GC-A---------TATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A-AT--A-Atgaagaaataattag
gi|16 : -------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A--T--G-ATTTA---------TTTTCGTG------GGG--T-T-ATTTCTATG--TCTCAG------T-C---GA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---ATTTACTTT--TGAA--GGT--A----TAT----AA--TGA-ATG--T
gi|17 : ---C--------C--CC--CCTCAC--C--AAA---G------TTAG---ATCTG-GTT-T----AAA-----G-C--TGCTATC--CAAAT-----TGG-A-----------GGGGGCTGCAT-TTA--TAGGGCA--G-AC-ACA-AA-GG--T-AGGTTGA--------TTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAG
gi|18 : GATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-A-TA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGTTTC--------C--CT--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATTAG-GAA-T----AAA-----G-C--TTCTGTC--CAAAT-----GGG-A----------GGGGGTCTACAT-TTA--T
gi|19 : GGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-TGCTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCGG--TCGAGAATTTGCTCATTCATAATATATGAATAC--CCATTC
gi|2 : GGAGTT-TTAC---GA-AGTGA-GGGAGCTGAC-TTT-TACGGGACTC--GAC-GGCGTCTG-AC-----------ACATTATA--------TAA--A-GGGACC-AAACTCC-ATAT---AT--GAAAAA-ATTATGAA-A--ATGGG----GGTATTTTC-AA-ATT-------C-A-AAAAACC-------TACAAACAAG-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTCA-A-A--------A---------T-------TGTGGTAT-------ATTTA----GT-ATAGTACTGTCAGTA------T---ACTATAAACTAGCAT-AG-------CCAGTG-G-ACATA-A-ATTTAGGAGTGGGGTTCTCGTGCAAGCAGGGGCT-C-ATCTCTATGGCCTGTAGTAGGCAC-CGAAAA-TAGGAAGTTTGA-G---TCTGTA---------ATCT---GTTT--Tat
gi|2 : GG--GG----GG---CGACTAA--ATCAA---AGAAAA-GTATG-GGTGTAC-CAC-GAAGC-ATACTCGTT--GGATTACA--T----AGACATTGT-TTAG-ACGTTGAATTGTT----AACAC-AACAATAGGGAGGGG--GAAAGATGGTGTGTA-ACC-G-TTTAAAGGATA-ATTAACTAGCAGTTGGGTGAAAAGGTGGA------CTAAATGA--CACATGGGCAAAAGCC-TGCCAC--------C--CC--TC---C--C--CAA---GGTTC--TTAG---ATCTG-GTATT----AAA-----GAC--TGCTGTCT-CAAAT-----GGG-AGGCTGGGG--GGGGGGCTGCAT-TTGATTAGGGgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgatggggggcgactaaatcaaagaaaagtatgggtgtaccacgaagcatactcgttggattacatagacattgtttagacgttgaattgttaacacaacaatagggagggggaaagatggtgtgtaaccgtttaaaggataattaactagcagttgggtgaaaaggtggactaaatgacacatgggcaaaagcctgccacccctccccaaggttcttagatctggtattaaagactgctgtctcaaatgggaggctggggggggggctgcatttgattagggtgacta
gi|20 : ggagttttacgaagtgagggagctgacttttacgggactcgacggcgtctgacacattatataaagggaccaaactccatatatgaaaaaattatgaaaatgggggtattttcaaattcaaaaaacctacaaacaagtctgcagacaaatgtcaaaattgtggtatatttagtatagtactgtcagtatactataaactagcatagccagtggacataaatttaggagtggggttctcgtgcaagcaggggctcatctctatggcctgtagtaggcaccgaaaataggaagtttgagtctgtaatctgttttgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgat-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-AGTGGTTATA---------T-------T----TAC-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--tgacta
gi|21 : tttatttctatgtttcagccanGACC-AA-CTCC-AAATTCAAA--AAAAAA-A--AT--A-ATAATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--CAACAGCATACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----ACT-GTC--
gi|3 : GGAGTT-TAACCGCGA-AG--A-GG---CT-AC-TTTCTACGA---TCCGGAC-GCCC--TG-ACCACTTT----TACA--ATA--------TAA--AGGGGACC-AA-CTCCAAAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G---TTATCTAA-ATTTCATTGCC-A-AAGA--C-------TACAG-CA-GATCTGTCAGGCA-CA----AAT-GTC--AGA--------A---------TGGC----T----TAT-----------------------------CATTA------T----T-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-GAA-ATAAA-ATTCA---------TTTCCGTGCGC---GGGG-T-C-ATATC--TG--CTT-AG------C-C---AATTAGTAACCTTGT-A---TCTGCTGTATACACCATTT---GCTT--TTA--T-AGATGTC--AAAGCTTTTC-GAA--TAG-GTA--TA-GTAT---TAT-ATTCGTA
gi|3 : TCGAAT-AGGTATAGTATTATATTCGTAAGGATGTCGAAA---ATTAAG---GCAGCGGAAAAAAATAGGC--GC----GA---C-ACAAATTATCAATCTAGTAA--G--TG-AAT-TACGCGG-AGAGC-ATA-TCATTAAA-ATTCTA--CTCATG-------T-CTAGAACATTGAATaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgaataatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|3 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttt-AATA-ATCA----------GG----------GC-------CT--ATGA--TG---------AAACCTTG---CTTATCACAC--CCAACC---C--CTTCAA---A------TTAG---ATCTGCGTA-T----AAATATCTG-C--TGCCATC--AAAATATATGGGG-A-----AGGAAGGGGGCCTACATATTA--T---GGA--GCAC-ACA-AACAG--TGCGCTTGATTATGT-TTTGTTTATCCCTGACTCTCTGCTTCGATAATG---TTA--TATACCATATCACGACATCTATTTTCACGGTCCTTAGTT---AATCTCCGGGAATA-TCACGTTAGAATATAGGCAGTCCTCGGCACACaatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|4 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttttcgaataggtatagtattatattcgtaaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgGGAGTT-TT-T---GTTAG--A-GG---CTTAT-TTT-TACGA---TC--GACGGGC---TGAAT---TTT----TACA--ATACAACTTAGTAA--AGGGGACCAAA-CTCC-AAATA--AT--GAAAAA-A--A---A-ATTATGGG----T-TTTTTCTTAATATT-------C-AGAAGA--C-------TAAAG-TA-G-GCTG-CAG--ATCA----AAT-GTCGTA-A--------ATGGTTATATT-------T----CAT-------A---C----GTCA---------CAGCATTAGATT---AT-----ACTAGTTT-AAGCGCGAGCCAG-G-G-A-AT--AGATTT----------TTTCCATG------GGGG-GAC-ATCT-TATG--TTT-AA------C-C---AA-TAGGAG--TTGT-ATACTCTGTAG--------GTCT----TTT--TTA--T-----GTC--AAG--TTTTCTGGT--TGA-AGG--TA-TAATAAGTATAATTC
gi|4 : g-------------A---AT---G---GAGGGGAAAATAAAAGGGG--GG----GGGGGT-GCTGA--ATCAA---AGAAAATGT-TACATT-TAC-CACAA---CAATA-TAGTT--G-ATTCTAAGC----A-------T-TTAGAACATTGAATT-TTTTAGAACAC-AA-AAT-GAG---GG--GTCAAAGGATGTGTGTATC-GTTTTAAA-AATATATTC----------GG----------GGG------AT--ATGGGCTA---------AAACC-TG---C--------TGACT--CC---CTAC--CAAAGGG------TTAGGATATCTG-GCATT----AAA-----G-CCTTGCGGTTCGCAAAT-----GGGAA-----GGG--GGGGGGTTACAT-TGT--TAGGGCAAGG-ACTACAGAA-GGCTT-GGTTTAGTTATGGTTTTGTTTGTTTTG-GCGGCagtggtgtcttgtaaatggaggggaaaataaaagggggggggggtgctgaatcaaagaaaatgttacatttaccacaacaatatagttgattctaagcatttagaacattgaattttttagaacacaaaatgaggggtcaaaggatgtgtgtatcgttttaaaaatatattcgggggatatgggctaaaacctgctgactccctaccaaagggttaggatatctggcattaaagccttgcggttcgcaaatgggaagggggggggttacattgttagggcaaggactacagaaggcttggtttagttatggttttgtttgttttggcggc
gi|5 : gggagtttttgttagaggcttatttttacgatcgacgggctgaatttttacaatacaacttagtaaaggggaccaaactccaaataatgaaaaaaaaattatgggttttttcttaatattcagaagactaaagtaggctgcagatcaaatgtcgtaaatggttatatttcatacgtcacagcattagattatactagtttaagcgcgagccagggaatagattttttccatggggggacatcttatgtttaaccaataggagttgtatactctgtaggtcttttttatgtcaagttttctggttgaaggtataataagtataattcagtggtgtcttgtaGGAGTTCTTAC---GA-AG--AAGG---CTCACCTTT-TTCGAA--TC--GAC-G-C---T--AC---TATAATATAAA--ATC--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATG-AAAAAA-A--AT--A-A---TTGG----A-TATTTTCTAA-ATC-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAGTCAAATAGTT--A-T--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAACG------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-T-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTA------GGGG-T-C-ATATCTATG--TTTTAG------C-C---AA-TATGAA-CT----------TGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-A----TCGAA----CATTT-GAAGGTAC-ATG--TATATATG--TAT-ATTC
gi|5 : aTATA--TGTATATTCG-------------AGAGAT---GTCTGATATGGAGAAAAAAGGGG--G----------T-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-ATT-TAC-CAC-A---C-AT---CGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-TATAGAG---GG----AAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GAT------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGCCCC--------C--CC--CC---C--C--CA-----------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----------GGGGGCTACAT-TTA--TAGGGCA--G-AC-ACA-gagagatgtctgatatggagaaaaaagggggtactaaatcaaagaaagttgatttaccacacatcgttgattctacatttagacattgaattttaacaaaatatagagggaaaaggatgtgtgatcgtttaaaaataatcagggatctatgataaaacctgccccccccccccattagatctggtataaagctgctgtccaaatgggagggggctacatttatagggcagacaca
gi|6 : aggagttcttacgaagaaggctcacctttttcgaatcgacgctactataatataaaatctaaagggaccaactccaaatatgaaaaaaaataattggatattttctaaatccaaagactacagcagtctgcagacagtcaaatagttatatttataagtacaacgtatactagcataccaggtaataatttatttccgtaggggtcatatctatgttttagccaatatgaacttgtagatctgtttttatatcgaacatttgaaggtacatgtaTGGAGTT-TTAC---AA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---GG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAAGA--AT--T-A--ATGAG----G-TAT---------TT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTCT-A-T--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCTG-GAG-AGAT--A-ATTTA---------TTTTCGT-------GGGG-T-T-ATTTCTACG--TTTCAG------T-C---GA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTTACTTT--TGAA--GGT--A----TAT----AA--TGA-ATG--TA-AAA
gi|6 : GAG--GG----AA---C-ACTAA--ATCAA---GGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAG-A---T-ATT-TTGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TA----AACAC-AT-AATAGA----GG--GAAAAAGGATGTGTG-ACCAA-TTTAAA-AA-A-ATTAT---------GG----------GGGAGGGGTCT--ACGC--CA---------AAATC-TA---A--------C--AC--CC---T-----------G------TTAG---GTCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--Cgatgtcatgaaatcatggaatagagggaacactaaatcaaggaaagttgagttaccagatattttgttgattctacatttagacattgaatttaaacacataatagagggaaaaaggatgtgtgaccaatttaaaaaaattatgggggaggggtctacgccaaaatctaacaccctgttaggtctggtataaagctgctgtcc
gi|7 : tggagttttacaaagaggcttacttttacgatcgacggcggacttttacaatataaagggaccaactccaaatataaaaaagaattaatgaggtatttcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtctatatttataagtacatcatatactagcatacctggagagataatttattttcgtggggttatttctacgtttcagtcgataggaacttgtatctgtagatctgtttacttttgaaggtatataatgaatgtaaaagatgtcatgaaatcatggaataGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-AACGA---TC--GAC-G-C---TG-AC---TTT----TACA---T---------CAATCA-GGGAC--AA-CTCC-AA-T----T--GAAAAA-A--AT--ATA--ATGGGTACGG-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GT---A-A--------A---------TGGTTATAT----TAT-------A---AGTATGT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCATAA--------CCAG-G-G-A-AT----ACTCA---------TTT-CGT--------GGG-T-T-ATTTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGG-T-CTTGTAA---TCTGTAG--------ATCTGGGGTTT--TTATGT-AATCGTT--G----CGTTC-GAA--
gi|7 : GGGG--GGAGGTGG---C-ACTTA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TA--CAC-A---C-ATA-TTGCT--G-ATTGTA-------A-------TATTA--ACA------T-CT----GCCAC-AT-AATA-AG---AG--GAAAAAGGATG---------------AA-GATA-ATCA----------GG----------AGG------TTG-ATGaatcagggaaactgggggggggggggaggtggcacttaatcaaagaaagttgagttacacacatattgctgattgtaatattaacatctgccacataataagaggaaaaaggatgaagataatcaggaggttgatg
gi|8 : ggagttttacgaagaggcttactttaacgatcgacgctgacttttacatcaatcagggacaactccaattgaaaaaaatataatgggtacggtattttctaaattcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtaaatggttatattataagtatgtacatcatatactagcataaccagggaatactcatttcgtgggttatttctatgtttcagccaataggtcttgtaatctgtagatctggggtttttatgtaatcgttgcgttcgaaaatcagggaaactggggggg--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--ATA--ATGGG----G-TA
gi|8 : ----TAC-------A---T----GT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-CTTCA---------TTTTCGTG------GGGG-T-T-ATTTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAT-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCTGGGGTTT--TTA--T-----GT---A----TACTC-G----TGAGATGTCTG-AAAT---CAT-ccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatgtacatcatatactagcataccagggaatacttcattttcgtgggggttatttctatgtttcagccaataggatcttgtatctgtagatctggggtttttatgtatactcgtgagatgtctgaaatcatgggaaaatggggg
gi|9 : agggaccaactccaaatatgaaaaaaaaatataatggggtaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATTCATG---C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------TGG-----T----TAT-------A---------T----------------------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTCA---------TTTCCGT-------GGGG-T-C-ATATC--TG--TTTTAG------C-C---AA-TAGTAA-CTTGT-A---TCTGTgggaaaatggggg
Alignments
lowQualScore : 111 111 11111111 11 111111111 1111111 2222222222 5555555555555555555555555555555 1111111111111111 111111111 11111111 111111111 2222222 111111 11111111 111 11 333333333333333 222 11 1 11 77777777777777777777777777 111111111 11111 111 222222222222222 1111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222 333333333333 2222222222 11111 11 11111 2222222222 11 3333 11 222 11 11 222 1 1 22222
lowQualScore : 4 777 4 66 4 777 0 4 4 111 55 4 2 111 4 777 8888 55 44444444 55 7 3 3 3 888 55 3 44 333333333 6666 2 1 3 6666666 3 2 2222222222 2 2 2 2 33 2 6666 2 99 3 8888888888888888888888888888888 7777777777777777 2 000000000 1 777777 999 66666 2 22222222 2 2 2 5 6666 555555555 5555555 3 3 3 1 1 55 5 000000 3 666 3 7 3 666 44444444 444 11 66 555555555555555 666 66 5 1 77 6 222 11 1 5 1 88 44444444444444444444444444 0 1 66 111111111 5 66 777 2 22222 4 1 4 4 4 555 4 4 6666 000000000000000 4 8 5 0000 5 5 0 888 66 3 5 0 888 4 4 66666666666666666666666666666666666 22222222222222 5 222222222222 66 66 777 77777 4444444444 777 4 8 9999 11111 4 66 00 22222 5 8888888888 4 66 0 77 5 5 5 8 11 99 1 0 9999 8 0 33 333 7 7 88 88 111 5 1 5 22 66666
lowQualScore : . ... . .. . ... . . . ... .. . . ... . ... .... .. ........ .. . . . . ... .. . .. ......... .... . . . ....... . . .......... . . . . .. . .... . .. . ............................... ................ . ......... . ...... ... ..... . ........ . . . . .... ......... ....... . . . . . .. . ...... . ... . . . ... ........ ... .. .. ............... ... .. . . .. . ... .. . . . .. .......................... . . .. ......... . .. ... . ..... . . . . . ... . . .... ............... . . . .... . . . ... .. . . . ... . . ................................... .............. . ............ .. .. ... ..... .......... ... . . .... ..... . .. .. ..... . .......... . .. . .. . . . . .. .. . . .... . . .. ... . . .. .. ... . . . .. .....
lowQualScore : 4 888 4 11 4 888 8 4 0 000 55 0 5 000 0 000 5555 55 55555555 00 3 3 3 1 555 88 1 22 444444444 1111 9 6 1 5555555 1 9 6666666666 9 9 9 9 99 9 1111 9 66 1 4444444444444444444444444444444 1111111111111111 7 777777777 1 777777 333 77777 7 33333333 7 7 7 3 6666 444444444 5555555 6 6 6 0 3 00 7 555555 6 444 6 3 6 444 55555555 000 00 11 888888888888888 555 99 7 4 99 7 000 22 0 0 0 33 55555555555555555555555555 2 0 99 666666666 0 11 888 3 33333 4 9 4 4 4 666 4 4 9999 000000000000000 4 9 0 6666 0 0 2 888 99 2 0 8 222 4 4 77777777777777777777777777777777777 55555555555555 0 222222222222 11 11 888 88888 6666666666 888 4 9 4444 11111 4 11 66 55555 0 9999999999 4 11 7 99 7 7 7 0 00 00 0 8 4444 0 2 88 333 3 3 33 00 000 0 0 5 00 00000
consensus : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-ATG--TA-AAAT---TAT-ATTCNTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGNTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TTATTTATAACATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
Reference ( family-3733 ) : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-ATG--TA-AAAT---TAT-ATTCNTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGNTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TTATTTATAACATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
gi|1 : TGGAGTT-TTAC---GA-AG--G-GG---CTTAC-TTT-TATGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------GAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-TA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------C----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATATCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGTAA-CTTGC-A---TCTGTAA--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-A-G--AA-AAAT---TGT--TTCCTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGTTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---A---AAGAAGAAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGTAA--G--TG-AGT-TAC-CAT-G---C-ATA-TCGTT--A-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-AATAGAC---GT--CAAAAATGATGTATG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAC---ATCGG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-CTA--TAGGAGA--G-AC-ACA-AC-CG--T-TGGTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCACG--TCGAGGATT---TTATTTAT-ACATATCACTAC--CTATTCTTACG--TCTTAGTTTTGAATCT-CGTGAACATTTAGTTTAGAATA-----GGTCCTCAGTACAC
gi|10 : tAA--ATCAA---AGTAA--GT-TG-AAT-TAC-CAC-A---C-CTA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATT-------T----AACACTAA-AATAAAG---GG--GGAAA-GGCTG---------------AA-AATA-ATCA----------GG----------AGG------TTT-ATG-----------------CC-C----C--------C--CC--CC---C--C--CAA---GGTTAGGTTAG---GTCTG-GTA-TTTTAAAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--AGG---CTACAT-TTA--TAGGGGT--G-AC-ACA-Ac
gi|11 : atggattagaggaaggagttgttgaTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--A---A-A--------------------CAA-A---------CAA-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-AGTGGTTATA---------T-------T----TAC-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTC
gi|12 : ----G-TGTTTTCAAA-ATT-------C-A-AAGAATT-------TACGG-CA-A-TCC---------------AAT-TTC--A-A--------AAGCG-----T-------A----TAT-------ACATA----AT-G---------C-GCA------TTACAT-----AATAGTAA-A--------CGAT-T-G-A-GT--T-ATCTAT--------TTTCCGT-------GGGG-T-CGATATTCGTG--TT---G------CGC---AA-TTTAAA-CATGA-A---TTCGTAA--------CTCT---GCTT--TCC--T-AT--GTC--ta
gi|13 : TT-TACAA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TGA--A-GGGACA-AA-CTCC-ATTC---AT--GAAGAA-A--AT-------------------------------T-------C-A-AAGAGTT-------TACAG-CA-T-TCTG-TTG--A-CA----GAT-GTC--A-A--------A---------TGG-----T----TATATTTTAAA---A----GT-A---------TAGCA------TATAAT-----ACTAGCAT-------------G-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTTCGTT------GG
gi|14 : GGAAAAATGGGGGGAGGG----GG---C-ACTA----------------------G-ACT-TAC-CAT-A---C-ATA-TCGTT--C-ATTTTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-TA-AATAAAG---GGATGAAAA
gi|15 : gagatgtctgaaatcatC-AAAT---TT--GAAAAA-A--AA--A-A--ATGGG----G-TATTTTTTAA-ATT-------C-A-AAAA--CTACTGCATACAG-CA-G-TCTG-CAA--A-GA----ACT-GTC--A-AATGGTTATA---------T-------T----TAT-------A---A----GC-A---------TATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A-AT--A-Atgaagaaataattag
gi|16 : -------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A--T--G-ATTTA---------TTTTCGTG------GGG--T-T-ATTTCTATG--TCTCAG------T-C---GA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---ATTTACTTT--TGAA--GGT--A----TAT----AA--TGA-ATG--T
gi|17 : ---C--------C--CC--CCTCAC--C--AAA---G------TTAG---ATCTG-GTT-T----AAA-----G-C--TGCTATC--CAAAT-----TGG-A-----------GGGGGCTGCAT-TTA--TAGGGCA--G-AC-ACA-AA-GG--T-AGGTTGA--------TTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAG
gi|18 : GATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-A-TA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGTTTC--------C--CT--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATTAG-GAA-T----AAA-----G-C--TTCTGTC--CAAAT-----GGG-A----------GGGGGTCTACAT-TTA--T
gi|19 : GGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-TGCTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCGG--TCGAGAATTTGCTCATTCATAATATATGAATAC--CCATTC
gi|2 : GGAGTT-TTAC---GA-AGTGA-GGGAGCTGAC-TTT-TACGGGACTC--GAC-GGCGTCTG-AC-----------ACATTATA--------TAA--A-GGGACC-AAACTCC-ATAT---AT--GAAAAA-ATTATGAA-A--ATGGG----GGTATTTTC-AA-ATT-------C-A-AAAAACC-------TACAAACAAG-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTCA-A-A--------A---------T-------TGTGGTAT-------ATTTA----GT-ATAGTACTGTCAGTA------T---ACTATAAACTAGCAT-AG-------CCAGTG-G-ACATA-A-ATTTAGGAGTGGGGTTCTCGTGCAAGCAGGGGCT-C-ATCTCTATGGCCTGTAGTAGGCAC-CGAAAA-TAGGAAGTTTGA-G---TCTGTA---------ATCT---GTTT--Tat
gi|2 : GG--GG----GG---CGACTAA--ATCAA---AGAAAA-GTATG-GGTGTAC-CAC-GAAGC-ATACTCGTT--GGATTACA--T----AGACATTGT-TTAG-ACGTTGAATTGTT----AACAC-AACAATAGGGAGGGG--GAAAGATGGTGTGTA-ACC-G-TTTAAAGGATA-ATTAACTAGCAGTTGGGTGAAAAGGTGGA------CTAAATGA--CACATGGGCAAAAGCC-TGCCAC--------C--CC--TC---C--C--CAA---GGTTC--TTAG---ATCTG-GTATT----AAA-----GAC--TGCTGTCT-CAAAT-----GGG-AGGCTGGGG--GGGGGGCTGCAT-TTGATTAGGGgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgatggggggcgactaaatcaaagaaaagtatgggtgtaccacgaagcatactcgttggattacatagacattgtttagacgttgaattgttaacacaacaatagggagggggaaagatggtgtgtaaccgtttaaaggataattaactagcagttgggtgaaaaggtggactaaatgacacatgggcaaaagcctgccacccctccccaaggttcttagatctggtattaaagactgctgtctcaaatgggaggctggggggggggctgcatttgattagggtgacta
gi|20 : ggagttttacgaagtgagggagctgacttttacgggactcgacggcgtctgacacattatataaagggaccaaactccatatatgaaaaaattatgaaaatgggggtattttcaaattcaaaaaacctacaaacaagtctgcagacaaatgtcaaaattgtggtatatttagtatagtactgtcagtatactataaactagcatagccagtggacataaatttaggagtggggttctcgtgcaagcaggggctcatctctatggcctgtagtaggcaccgaaaataggaagtttgagtctgtaatctgttttgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgat-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-AGTGGTTATA---------T-------T----TAC-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--tgacta
gi|21 : tttatttctatgtttcagccanGACC-AA-CTCC-AAATTCAAA--AAAAAA-A--AT--A-ATAATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--CAACAGCATACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----ACT-GTC--
gi|3 : GGAGTT-TAACCGCGA-AG--A-GG---CT-AC-TTTCTACGA---TCCGGAC-GCCC--TG-ACCACTTT----TACA--ATA--------TAA--AGGGGACC-AA-CTCCAAAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G---TTATCTAA-ATTTCATTGCC-A-AAGA--C-------TACAG-CA-GATCTGTCAGGCA-CA----AAT-GTC--AGA--------A---------TGGC----T----TAT-----------------------------CATTA------T----T-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-GAA-ATAAA-ATTCA---------TTTCCGTGCGC---GGGG-T-C-ATATC--TG--CTT-AG------C-C---AATTAGTAACCTTGT-A---TCTGCTGTATACACCATTT---GCTT--TTA--T-AGATGTC--AAAGCTTTTC-GAA--TAG-GTA--TA-GTAT---TAT-ATTCGTA
gi|3 : TCGAAT-AGGTATAGTATTATATTCGTAAGGATGTCGAAA---ATTAAG---GCAGCGGAAAAAAATAGGC--GC----GA---C-ACAAATTATCAATCTAGTAA--G--TG-AAT-TACGCGG-AGAGC-ATA-TCATTAAA-ATTCTA--CTCATG-------T-CTAGAACATTGAATaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgaataatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|3 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttt-AATA-ATCA----------GG----------GC-------CT--ATGA--TG---------AAACCTTG---CTTATCACAC--CCAACC---C--CTTCAA---A------TTAG---ATCTGCGTA-T----AAATATCTG-C--TGCCATC--AAAATATATGGGG-A-----AGGAAGGGGGCCTACATATTA--T---GGA--GCAC-ACA-AACAG--TGCGCTTGATTATGT-TTTGTTTATCCCTGACTCTCTGCTTCGATAATG---TTA--TATACCATATCACGACATCTATTTTCACGGTCCTTAGTT---AATCTCCGGGAATA-TCACGTTAGAATATAGGCAGTCCTCGGCACACaatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|4 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttttcgaataggtatagtattatattcgtaaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgGGAGTT-TT-T---GTTAG--A-GG---CTTAT-TTT-TACGA---TC--GACGGGC---TGAAT---TTT----TACA--ATACAACTTAGTAA--AGGGGACCAAA-CTCC-AAATA--AT--GAAAAA-A--A---A-ATTATGGG----T-TTTTTCTTAATATT-------C-AGAAGA--C-------TAAAG-TA-G-GCTG-CAG--ATCA----AAT-GTCGTA-A--------ATGGTTATATT-------T----CAT-------A---C----GTCA---------CAGCATTAGATT---AT-----ACTAGTTT-AAGCGCGAGCCAG-G-G-A-AT--AGATTT----------TTTCCATG------GGGG-GAC-ATCT-TATG--TTT-AA------C-C---AA-TAGGAG--TTGT-ATACTCTGTAG--------GTCT----TTT--TTA--T-----GTC--AAG--TTTTCTGGT--TGA-AGG--TA-TAATAAGTATAATTC
gi|4 : g-------------A---AT---G---GAGGGGAAAATAAAAGGGG--GG----GGGGGT-GCTGA--ATCAA---AGAAAATGT-TACATT-TAC-CACAA---CAATA-TAGTT--G-ATTCTAAGC----A-------T-TTAGAACATTGAATT-TTTTAGAACAC-AA-AAT-GAG---GG--GTCAAAGGATGTGTGTATC-GTTTTAAA-AATATATTC----------GG----------GGG------AT--ATGGGCTA---------AAACC-TG---C--------TGACT--CC---CTAC--CAAAGGG------TTAGGATATCTG-GCATT----AAA-----G-CCTTGCGGTTCGCAAAT-----GGGAA-----GGG--GGGGGGTTACAT-TGT--TAGGGCAAGG-ACTACAGAA-GGCTT-GGTTTAGTTATGGTTTTGTTTGTTTTG-GCGGCagtggtgtcttgtaaatggaggggaaaataaaagggggggggggtgctgaatcaaagaaaatgttacatttaccacaacaatatagttgattctaagcatttagaacattgaattttttagaacacaaaatgaggggtcaaaggatgtgtgtatcgttttaaaaatatattcgggggatatgggctaaaacctgctgactccctaccaaagggttaggatatctggcattaaagccttgcggttcgcaaatgggaagggggggggttacattgttagggcaaggactacagaaggcttggtttagttatggttttgtttgttttggcggc
gi|5 : gggagtttttgttagaggcttatttttacgatcgacgggctgaatttttacaatacaacttagtaaaggggaccaaactccaaataatgaaaaaaaaattatgggttttttcttaatattcagaagactaaagtaggctgcagatcaaatgtcgtaaatggttatatttcatacgtcacagcattagattatactagtttaagcgcgagccagggaatagattttttccatggggggacatcttatgtttaaccaataggagttgtatactctgtaggtcttttttatgtcaagttttctggttgaaggtataataagtataattcagtggtgtcttgtaGGAGTTCTTAC---GA-AG--AAGG---CTCACCTTT-TTCGAA--TC--GAC-G-C---T--AC---TATAATATAAA--ATC--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATG-AAAAAA-A--AT--A-A---TTGG----A-TATTTTCTAA-ATC-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAGTCAAATAGTT--A-T--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAACG------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-T-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTA------GGGG-T-C-ATATCTATG--TTTTAG------C-C---AA-TATGAA-CT----------TGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-A----TCGAA----CATTT-GAAGGTAC-ATG--TATATATG--TAT-ATTC
gi|5 : aTATA--TGTATATTCG-------------AGAGAT---GTCTGATATGGAGAAAAAAGGGG--G----------T-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-ATT-TAC-CAC-A---C-AT---CGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-TATAGAG---GG----AAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GAT------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGCCCC--------C--CC--CC---C--C--CA-----------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----------GGGGGCTACAT-TTA--TAGGGCA--G-AC-ACA-gagagatgtctgatatggagaaaaaagggggtactaaatcaaagaaagttgatttaccacacatcgttgattctacatttagacattgaattttaacaaaatatagagggaaaaggatgtgtgatcgtttaaaaataatcagggatctatgataaaacctgccccccccccccattagatctggtataaagctgctgtccaaatgggagggggctacatttatagggcagacaca
gi|6 : aggagttcttacgaagaaggctcacctttttcgaatcgacgctactataatataaaatctaaagggaccaactccaaatatgaaaaaaaataattggatattttctaaatccaaagactacagcagtctgcagacagtcaaatagttatatttataagtacaacgtatactagcataccaggtaataatttatttccgtaggggtcatatctatgttttagccaatatgaacttgtagatctgtttttatatcgaacatttgaaggtacatgtaTGGAGTT-TTAC---AA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---GG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAAGA--AT--T-A--ATGAG----G-TAT---------TT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTCT-A-T--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCTG-GAG-AGAT--A-ATTTA---------TTTTCGT-------GGGG-T-T-ATTTCTACG--TTTCAG------T-C---GA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTTACTTT--TGAA--GGT--A----TAT----AA--TGA-ATG--TA-AAA
gi|6 : GAG--GG----AA---C-ACTAA--ATCAA---GGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAG-A---T-ATT-TTGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TA----AACAC-AT-AATAGA----GG--GAAAAAGGATGTGTG-ACCAA-TTTAAA-AA-A-ATTAT---------GG----------GGGAGGGGTCT--ACGC--CA---------AAATC-TA---A--------C--AC--CC---T-----------G------TTAG---GTCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--Cgatgtcatgaaatcatggaatagagggaacactaaatcaaggaaagttgagttaccagatattttgttgattctacatttagacattgaatttaaacacataatagagggaaaaaggatgtgtgaccaatttaaaaaaattatgggggaggggtctacgccaaaatctaacaccctgttaggtctggtataaagctgctgtcc
gi|7 : tggagttttacaaagaggcttacttttacgatcgacggcggacttttacaatataaagggaccaactccaaatataaaaaagaattaatgaggtatttcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtctatatttataagtacatcatatactagcatacctggagagataatttattttcgtggggttatttctacgtttcagtcgataggaacttgtatctgtagatctgtttacttttgaaggtatataatgaatgtaaaagatgtcatgaaatcatggaataGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-AACGA---TC--GAC-G-C---TG-AC---TTT----TACA---T---------CAATCA-GGGAC--AA-CTCC-AA-T----T--GAAAAA-A--AT--ATA--ATGGGTACGG-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GT---A-A--------A---------TGGTTATAT----TAT-------A---AGTATGT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCATAA--------CCAG-G-G-A-AT----ACTCA---------TTT-CGT--------GGG-T-T-ATTTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGG-T-CTTGTAA---TCTGTAG--------ATCTGGGGTTT--TTATGT-AATCGTT--G----CGTTC-GAA--
gi|7 : GGGG--GGAGGTGG---C-ACTTA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TA--CAC-A---C-ATA-TTGCT--G-ATTGTA-------A-------TATTA--ACA------T-CT----GCCAC-AT-AATA-AG---AG--GAAAAAGGATG---------------AA-GATA-ATCA----------GG----------AGG------TTG-ATGaatcagggaaactgggggggggggggaggtggcacttaatcaaagaaagttgagttacacacatattgctgattgtaatattaacatctgccacataataagaggaaaaaggatgaagataatcaggaggttgatg
gi|8 : ggagttttacgaagaggcttactttaacgatcgacgctgacttttacatcaatcagggacaactccaattgaaaaaaatataatgggtacggtattttctaaattcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtaaatggttatattataagtatgtacatcatatactagcataaccagggaatactcatttcgtgggttatttctatgtttcagccaataggtcttgtaatctgtagatctggggtttttatgtaatcgttgcgttcgaaaatcagggaaactggggggg--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--ATA--ATGGG----G-TA
gi|8 : ----TAC-------A---T----GT-A---------CATCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-CTTCA---------TTTTCGTG------GGGG-T-T-ATTTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAT-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCTGGGGTTT--TTA--T-----GT---A----TACTC-G----TGAGATGTCTG-AAAT---CAT-ccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatgtacatcatatactagcataccagggaatacttcattttcgtgggggttatttctatgtttcagccaataggatcttgtatctgtagatctggggtttttatgtatactcgtgagatgtctgaaatcatgggaaaatggggg
gi|9 : agggaccaactccaaatatgaaaaaaaaatataatggggtaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATTCATG---C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------TGG-----T----TAT-------A---------T----------------------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTCA---------TTTCCGT-------GGGG-T-C-ATATC--TG--TTTTAG------C-C---AA-TAGTAA-CTTGT-A---TCTGTgggaaaatggggg
blockSeqs : C CGC T TG A GAG C C GAC CG G G GTC A CAC AATA TT CAACTTAG TC G A A A TCA GA G TT TGAAAA TACG G C T TCATTGC A G CTACTGCA A A A T GC T GTCA A GT G ATGGTTATATTT ATTTTAAAA C TAGTACTGT G TTAGAT TAC TATAA A AGCGCGAG T A A C AAA GGAGTGGGG GCAAGCA C A G A C GC C TAGGCA G GAA T G A TAC TATACACC GGG AC TG AGATGTCAAAGC TCT GG G T TC T AAG AA G . G GT TAAGGATGTCGAAAATTAAG C AG AGGTGG G TT TCT T AGTA C A G G A AAG A C AAA TAGACATTG A A G TTAG T C AGG AT T T GT G T ACTAGCAGTTGGGTGAAAAGGTGGACTAA ACACATGGGCAA T CTTATCACA GA AA TCA CTT GGTTAGG GAT C T TTTA TATCT A CT CG ATATG A GGCTGGGG A AT AG C T G C CT GC G TGGT G CT TGC T A AT GT . C G . CG TAGGC
blockSeqs : . . . . . . . . A . . G C . . . . . . G . . . A GA . . TAATAA . . A . CATG . . CAACAGCA . . . . . . . . A . GTGGTTATATT AAGTAT . . G . ATA . . G . . . G AA T GCGC . . . T T . T . . . . C . . . GGG AC . AATCGTTG TC . . T . . G A . AGAGATGTCT G . GGGGG . . . A ATGT . C . . . GAG . . GG CTCATG . A . . . . . . T . AA . . TGGGGGAGGGGTCT GGCTA . TTTC . . . TAC GGTTC . . T . . . . T . . AGGAA . . . . . . . . A C TGT . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . GA . . AATTA . . T . . . . ATT . . . . . . . . T . ATGGTTATATT ACATA . . G . . . . . . . . . AG . T . . . C T . T . . . . . . . . . . . GAAGGTA TT . . G . . . A AATG T . GG . . . T GT . G . . . . . . G AGCA . . . . . . . . T . G . . GGAGGTTT ATA . CCAC . . . C AGGG . . . . . . . . . . GGG . . . . . . . . T C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . G . . TATAA . . T . . . . GTT . . . . . . . . . . GTGGTTATATT ATTTA . . T . . . . . . . . . A . G . . . A T . C . . . . . . . . . . . GAAGGTA TC . . T . . . . GG . . . A GT . A . . . . . . C CA . . . . . . . . T . G . . GGAGGTTG ATG . CCCC . . . C G . . . . . . . . . . GGG . . . . . . . . G T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TATAA . . T . . . . ACC . . . . . . . . . . ATGGTTATAT AA . . G . . . . . . . . . T . G . . . C T . C . . . . . . . . . . . GTCAAG TC . . T . . . GA . . . A GT . T . . . . . . G CA . . . . . . . . T . G . . GGGGGCT ATA . C . . . C G . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . AAAA . . T . . . . C . . . . . . . . . . AAGCGTA AA . . G . . . . . . . . . A . A . . . A T . C . . . . . . . . . . . ATCGAA . . . T . . AA . . . A GT . T . . . . . . G CA . . . . . . . . . . . . . GGGGGAT CCA . C . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TTAA . . T . . . . C . . . . . . . . . . ATTGTGG AA . . G . . . . . . . . . A . G . . . T T . T . . . . . . . . . . . GTA . . . . . . . A G . G . . . . . . G CA . . . . . . . . . . . . . GGGATCT . . C . . . C G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTAA . . T . . . . C . . . . . . . . . . ATGGCT AA . . T . . . . . . . . . G . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . G A . . . . GGGCCT A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTAA . . T . . . . C . . . . . . . . . . ATGGT AC . . G . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TAA . . . . . . . C . . . . . . . . . . ATGGT AA . . A . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AA . . . . . . . C . . . . . . . . . . ATT AA . . T . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . C . . . . . . . . . . ATT AT . . T . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . A . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ATGGTTATAT********************* GAAGGTA******** GT*** GGG*******
originalCons : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-A--------A---------T-------T----TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--T-AA--GTC--A----TATTC-GAA--TGA-ATG--TA-AAAT---TAT-ATTCNTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGNTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TTATTTATAACATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
finalCons : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA----AAT-GTC--A-AATGGTTATAT---------------------TAT-------A---A----GT-A---------CAGCA------T---AT-----ACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GTTT--TTA--TGAAGGTA--------TATTC-GAA--TGA-ATG--TA-AAAT---TAT-ATTCNTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGNTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAAGT---TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-AGGG-------GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TTATTTATAACATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
Alignments
lowQualScore : 111 111 11111111 11 111111111 1111111 2222222222 22222222222222222222222222 11111111 111111111 2222222 111111 11111111 1111111 11 2222222222222222 222 11 1 11 77777777777777777777777777 111111111 11 111 222222222222222 1111 22222222222222222222222222222222222 22222222222222 333333333333 2222222222 11111 11 11111 2222222222 11 3333 11 222 11 11 222 1 1 22222
lowQualScore : 4 777 4 66 4 777 0 4 4 111 55 4 2 111 4 777 8888 55 44444444 55 7 3 3 3 888 55 3 44 333333333 6666 2 1 3 6666666 3 2 2222222222 2 2 2 2 33 2 33 3 6666 33 3 11111111111111111111111111 2 4 777777 444 2 22222222 2 2 2 5 6666 555555555 5555555 3 3 3 1 1 55 5 000000 3 666 3 7 3 666 44444444 0000000 11 55 8888888888888888 666 66 5 1 77 6 222 11 1 5 1 88 44444444444444444444444444 0 1 66 111111111 5 66 777 2 00 4 4 1 4 4 4 555 4 4 6666 000000000000000 4 8 5 0000 5 5 0 888 66 3 5 0 888 4 4 66666666666666666666666666666666666 22222222222222 5 222222222222 66 66 777 77777 4444444444 777 4 8 9999 11111 4 66 00 22222 5 8888888888 4 66 0 77 5 5 5 8 11 99 1 0 9999 8 0 33 333 7 7 88 88 111 5 1 5 22 66666
lowQualScore : . ... . .. . ... . . . ... .. . . ... . ... .... .. ........ .. . . . . ... .. . .. ......... .... . . . ....... . . .......... . . . . .. . .. . .... .. . .......................... . . ...... ... . ........ . . . . .... ......... ....... . . . . . .. . ...... . ... . . . ... ........ ....... .. .. ................ ... .. . . .. . ... .. . . . .. .......................... . . .. ......... . .. ... . .. . . . . . . ... . . .... ............... . . . .... . . . ... .. . . . ... . . ................................... .............. . ............ .. .. ... ..... .......... ... . . .... ..... . .. .. ..... . .......... . .. . .. . . . . .. .. . . .... . . .. ... . . .. .. ... . . . .. .....
lowQualScore : 4 888 4 11 4 888 8 4 0 000 55 0 5 000 0 000 5555 55 55555555 00 3 3 3 1 555 88 1 22 444444444 1111 9 6 1 5555555 1 9 6666666666 9 9 9 9 99 9 99 1 5555 44 1 99999999999999999999999999 7 4 777777 777 7 33333333 7 7 7 3 6666 444444444 5555555 6 6 6 0 3 00 7 555555 6 444 6 3 6 444 55555555 6666666 00 55 5555555555555555 555 99 7 4 99 7 000 22 0 0 0 33 55555555555555555555555555 2 0 99 666666666 0 11 888 3 66 4 4 9 4 4 4 666 4 4 9999 000000000000000 4 9 0 6666 0 0 2 888 99 2 0 8 222 4 4 77777777777777777777777777777777777 55555555555555 0 222222222222 11 11 888 88888 6666666666 888 4 9 4444 11111 4 11 66 55555 0 9999999999 4 11 7 99 7 7 7 0 00 00 0 8 4444 0 2 88 333 3 3 33 00 000 0 0 5 00 00000
consensus : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAAATGTC--A-AA----TGG-TTAT-AT-T----T--ATA--------A----GT-ACANCA------T---ATACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---G---TTT--T--TATG--AA--GGT-A----TATTC-GAA--TGA-ATG--TA-AAAT---TAT-ATTCNTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGNTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TTATTTATAACATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
Reference ( family-3733 ) : NTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAAATGTC--A-AA----TGG-TTAT-A--T----T--ATA--------A----GT-ACAGCA------T---ATACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATNTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---G---TTT--T--TATG--AA--GGT-A----TATTC-GAA--TGA-ATG--TA-AAAT---TAT-ATTCNTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGNTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---G---GAGGNGGAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAC-A---C-ATA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-AA-AATAGAG---GG--GAAAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-NGNTTGATTATG--TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAGAATT---TTATTTATAACATATCACTAC--CTATTCTCACGGTCCTTAGTTTTGAATCTCCGNGAACATTCANNTTAGAATATAGGCGGTCCTCGGCACAC
gi|1 : TGGAGTT-TTAC---GA-AG--G-GG---CTTAC-TTT-TATGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------GAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--AT--A-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-TAAATGTC--A-AA----T-----------C----T--ATA--------A----GT-ACAGCA------T---ATACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTG------GGGG-T-C-ATATCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGTAA-CTTGC-A---TCTGTAA--------ATCT---G---TTT--T--TAT---AA--GTC-A----TATTC-GAA--TGA-A-G--AA-AAAT---TGT--TTCCTATAAGACATGATGAACTATTCCAACTTATGATAAATCATTATATAGTCATATCGAATGAGTTATA--AGTATATTCG-------------A---AT---A---AAGAAGAAAAAAAAAGGGG--GG----GG---C-ACTAA--ATCAA---AGTAA--GT--G-AGT-TAC-CAT-G---C-ATA-TCGTT--A-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-AATAGAC---GT--CAAAAATGATGTATG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TG---C--------C--CC--CC---C--C--CAA---G------TTAC---ATCGG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--GGGGGGCTACAT-CTA--TAGGAGA--G-AC-ACA-AC-CG--T-TGGTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCACG--TCGAGGATT---TTATTTAT-ACATATCACTAC--CTATTCTTACG--TCTTAGTTTTGAATCT-CGTGAACATTTAGTTTAGAATA-----GGTCCTCAGTACAC
gi|10 : tAA--ATCAA---AGTAA--GT-TG-AAT-TAC-CAC-A---C-CTA-TCGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATT-------T----AACACTAA-AATAAAG---GG--GGAAA-GGCTG---------------AA-AATA-ATCA----------GG----------AGG------TTT-ATG-----------------CC-C----C--------C--CC--CC---C--C--CAA---GGTTAGGTTAG---GTCTG-GTA-TTTTAAAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----GGG--AGG---CTACAT-TTA--TAGGGGT--G-AC-ACA-Ac
gi|11 : atggattagaggaaggagttgttgaTGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAA-A--A---A-A--------------------CAA-A---------CAA-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAAATGTC--A-AG----TGG-TTAT-AT-T----T--ACA--------A----GT-ACAGCA------T---ATACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTC
gi|12 : ----G-TGTTTTCAAA-ATT-------C-A-AAGAATT-------TACGG-CA-A-TCC-----------AATTTC--A-AA----AGC-GTAT-A--TA---C--ATA--------AT---GC-GCATTA------C---ATAATAGTAA-A--------CGAT-T-G-A-GT--T-ATCTAT--------TTTCCGT-------GGGG-T-CGATATTCGTG--TT---G------CGC---AA-TTTAAA-CATGA-A---TTCGTAA--------CTCT---G---CTT--TCCTATG--ta
gi|13 : TT-TACAA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TGA--A-GGGACA-AA-CTCC-ATTC---AT--GAAGAA-A--AT-------------------------------T-------C-A-AAGAGTT-------TACAG-CA-T-TCTG-TTG--A-CAGATGTC--A-AA----TGG-TTAT-ATTT----T--AAA--------A----GT-ATAGCA------TATAATACTAGCAT-------------G-G-G-A-AT--A-ATTTA---------TTTTCGTT------GGtc
gi|14 : GGAAAAATGGGGGGAGGG----GG---C-ACTA----------------------G-ACT-TAC-CAT-A---C-ATA-TCGTT--C-ATTTTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAC-TA-AATAAAG---GGATGAAAA
gi|15 : gagatgtctgaaatcatC-AAAT---TT--GAAAAA-A--AA--A-A--ATGGG----G-TATTTTTTAA-ATT-------C-A-AAAA--CTACTGCATACAG-CA-G-TCTG-CAA--A-GAACTGTC--A-AA----TGG-TTAT-AT-T----T--ATA--------A----GC-ATATCA------T---ATACTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A-AT--A-Atgaagaaataattag
gi|16 : A--------A----GT-ACAGCA------T---ATACTAGCAT-A--------CCAG-A-G-A--T--G-ATTTA---------TTTTCGTG------GGG--T-T-ATTTCTATG--TCTCAG------T-C---GA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---A---TTTACT--TTTG--AA--GGT-A----TAT----AA--TGA-ATG--T
gi|17 : ---C--------C--CC--CCTCAC--C--AAA---G------TTAG---ATCTG-GTT-T----AAA-----G-C--TGCTATC--CAAAT-----TGG-A-----------GGGGGCTGCAT-TTA--TAGGGCA--G-AC-ACA-AA-GG--T-AGGTTGA--------TTGTTTGTTTTT-ACGGCCCG--TCGAG
gi|18 : GATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-A-TA-ATCA----------GG----------GGG------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGTTTC--------C--CT--CC---C--C--CAA---G------TTAG---ATTAG-GAA-T----AAA-----G-C--TTCTGTC--CAAAT-----GGG-A----------GGGGGTCTACAT-TTA--T
gi|19 : GGCTACAT-TTA--TAGGGGA--G-AC-ACA-AA-GG--T-TGCTTGATTA----TTTGTTTGTTTTT-ACGGCCGG--TCGAGAATTTGCTCATTCATAATATATGAATAC--CCATTC
gi|2 : GGAGTT-TTAC---GA-AGTGA-GGGAGCTGAC-TTT-TACGGGACTC--GAC-GGCGTCTG-AC-----------ACATTATA--------TAA--A-GGGACC-AAACTCC-ATAT---AT--GAAAAA-ATTATGAA-A--ATGGG----GGTATTTTC-AA-ATT-------C-A-AAAAACC-------TACAAACAAG-TCTG-CAG--A-CAAATGTC--A-AAATTGTGG--TAT-A--TTTAGT--ATAGTACTGTCA----GT-ATACTA------T---AAACTAGCAT-AG-------CCAGTG-G-ACATA-A-ATTTAGGAGTGGGGTTCTCGTGCAAGCAGGGGCT-C-ATCTCTATGGCCTGTAGTAGGCAC-CGAAAA-TAGGAAGTTTGA-G---TCTGTA---------ATCT---G---TTT--T--at
gi|2 : GG--GG----GG---CGACTAA--ATCAA---AGAAAA-GTATG-GGTGTAC-CAC-GAAGC-ATACTCGTT--GGATTACA--T----AGACATTGT-TTAG-ACGTTGAATTGTT----AACAC-AACAATAGGGAGGGG--GAAAGATGGTGTGTA-ACC-G-TTTAAAGGATA-ATTAACTAGCAGTTGGGTGAAAAGGTGGA------CTAAATGA--CACATGGGCAAAAGCC-TGCCAC--------C--CC--TC---C--C--CAA---GGTTC--TTAG---ATCTG-GTATT----AAA-----GAC--TGCTGTCT-CAAAT-----GGG-AGGCTGGGG--GGGGGGCTGCAT-TTGATTAGGGgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgatggggggcgactaaatcaaagaaaagtatgggtgtaccacgaagcatactcgttggattacatagacattgtttagacgttgaattgttaacacaacaatagggagggggaaagatggtgtgtaaccgtttaaaggataattaactagcagttgggtgaaaaggtggactaaatgacacatgggcaaaagcctgccacccctccccaaggttcttagatctggtattaaagactgctgtctcaaatgggaggctggggggggggctgcatttgattagggtgacta
gi|20 : ggagttttacgaagtgagggagctgacttttacgggactcgacggcgtctgacacattatataaagggaccaaactccatatatgaaaaaattatgaaaatgggggtattttcaaattcaaaaaacctacaaacaagtctgcagacaaatgtcaaaattgtggtatatttagtatagtactgtcagtatactataaactagcatagccagtggacataaatttaggagtggggttctcgtgcaagcaggggctcatctctatggcctgtagtaggcaccgaaaataggaagtttgagtctgtaatctgttttgtccatgtcaagttttttggaagattataatagtggaggagtatttcgtcagagtgtctttataaatgagaggataaaagcagacgcacatagaaaaagagaagggtcggtcgtgat-AAAA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAAATGTC--A-AG----TGG-TTAT-AT-T----T--ACA--------A----GT-ACAGCA------T---ATACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--tgacta
gi|21 : tttatttctatgtttcagccanGACC-AA-CTCC-AAATTCAAA--AAAAAA-A--AT--A-ATAATGGG----G-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--CAACAGCATACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAACTGTC--
gi|3 : GGAGTT-TAACCGCGA-AG--A-GG---CT-AC-TTTCTACGA---TCCGGAC-GCCC--TG-ACCACTTT----TACA--ATA--------TAA--AGGGGACC-AA-CTCCAAAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G---TTATCTAA-ATTTCATTGCC-A-AAGA--C-------TACAG-CA-GATCTGTCAGGCA-CAAATGTC--AGAA----TGGCTTATCA--T----T--AT----------------------------------TACTAGCAT-A--------CCAG-G-GAA-ATAAA-ATTCA---------TTTCCGTGCGC---GGGG-T-C-ATATC--TG--CTT-AG------C-C---AATTAGTAACCTTGT-A---TCTGCTGTATACACCATTT---G---CTT--T--TATA--GA--TGTCAAAGCTTTTC-GAA--TAG-GTA--TA-GTAT---TAT-ATTCGTA
gi|3 : TCGAAT-AGGTATAGTATTATATTCGTAAGGATGTCGAAA---ATTAAG---GCAGCGGAAAAAAATAGGC--GC----GA---C-ACAAATTATCAATCTAGTAA--G--TG-AAT-TACGCGG-AGAGC-ATA-TCATTAAA-ATTCTA--CTCATG-------T-CTAGAACATTGAATaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgaataatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|3 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttt-AATA-ATCA----------GG----------GC-------CT--ATGA--TG---------AAACCTTG---CTTATCACAC--CCAACC---C--CTTCAA---A------TTAG---ATCTGCGTA-T----AAATATCTG-C--TGCCATC--AAAATATATGGGG-A-----AGGAAGGGGGCCTACATATTA--T---GGA--GCAC-ACA-AACAG--TGCGCTTGATTATGT-TTTGTTTATCCCTGACTCTCTGCTTCGATAATG---TTA--TATACCATATCACGACATCTATTTTCACGGTCCTTAGTT---AATCTCCGGGAATA-TCACGTTAGAATATAGGCAGTCCTCGGCACACaatcagggcctatgatgaaaccttgcttatcacacccaaccccttcaaattagatctgcgtataaatatctgctgccatcaaaatatatggggaaggaagggggcctacatattatggagcacacaaacagtgcgcttgattatgttttgtttatccctgactctctgcttcgataatgttatataccatatcacgacatctattttcacggtccttagttaatctccgggaatatcacgttagaatataggcagtcctcggcacac
gi|4 : ggagtttaaccgcgaagaggctactttctacgatccggacgccctgaccacttttacaatataaaggggaccaactccaaaatatgaaaaaaaaattaatggggttatctaaatttcattgccaaagactacagcagatctgtcaggcacaaatgtcagaatggcttatcattattactagcataccagggaaataaaattcatttccgtgcgcggggtcatatctgcttagccaattagtaaccttgtatctgctgtatacaccatttgcttttatagatgtcaaagcttttcgaataggtatagtattatattcgtaaggatgtcgaaaattaaggcagcggaaaaaaataggcgcgacacaaattatcaatctagtaagtgaattacgcggagagcatatcattaaaattctactcatgtctagaacattgGGAGTT-TT-T---GTTAG--A-GG---CTTAT-TTT-TACGA---TC--GACGGGC---TGAAT---TTT----TACA--ATACAACTTAGTAA--AGGGGACCAAA-CTCC-AAATA--AT--GAAAAA-A--A---A-ATTATGGG----T-TTTTTCTTAATATT-------C-AGAAGA--C-------TAAAG-TA-G-GCTG-CAG--ATCAAATGTCGTA-AA----TGG-TTAT-A--T----TTCATA--------C----GTCACAGCATTAGATT---ATACTAGTTT-AAGCGCGAGCCAG-G-G-A-AT--AGATTT----------TTTCCATG------GGGG-GAC-ATCT-TATG--TTT-AA------C-C---AA-TAGGAG--TTGT-ATACTCTGTAG--------GTCT-------TTT--T--TATGTCAA--GTT--------TTCTGGT--TGA-AGG--TA-TAATAAGTATAATTC
gi|4 : g-------------A---AT---G---GAGGGGAAAATAAAAGGGG--GG----GGGGGT-GCTGA--ATCAA---AGAAAATGT-TACATT-TAC-CACAA---CAATA-TAGTT--G-ATTCTAAGC----A-------T-TTAGAACATTGAATT-TTTTAGAACAC-AA-AAT-GAG---GG--GTCAAAGGATGTGTGTATC-GTTTTAAA-AATATATTC----------GG----------GGG------AT--ATGGGCTA---------AAACC-TG---C--------TGACT--CC---CTAC--CAAAGGG------TTAGGATATCTG-GCATT----AAA-----G-CCTTGCGGTTCGCAAAT-----GGGAA-----GGG--GGGGGGTTACAT-TGT--TAGGGCAAGG-ACTACAGAA-GGCTT-GGTTTAGTTATGGTTTTGTTTGTTTTG-GCGGCagtggtgtcttgtaaatggaggggaaaataaaagggggggggggtgctgaatcaaagaaaatgttacatttaccacaacaatatagttgattctaagcatttagaacattgaattttttagaacacaaaatgaggggtcaaaggatgtgtgtatcgttttaaaaatatattcgggggatatgggctaaaacctgctgactccctaccaaagggttaggatatctggcattaaagccttgcggttcgcaaatgggaagggggggggttacattgttagggcaaggactacagaaggcttggtttagttatggttttgtttgttttggcggc
gi|5 : gggagtttttgttagaggcttatttttacgatcgacgggctgaatttttacaatacaacttagtaaaggggaccaaactccaaataatgaaaaaaaaattatgggttttttcttaatattcagaagactaaagtaggctgcagatcaaatgtcgtaaatggttatatttcatacgtcacagcattagattatactagtttaagcgcgagccagggaatagattttttccatggggggacatcttatgtttaaccaataggagttgtatactctgtaggtcttttttatgtcaagttttctggttgaaggtataataagtataattcagtggtgtcttgtaGGAGTTCTTAC---GA-AG--AAGG---CTCACCTTT-TTCGAA--TC--GAC-G-C---T--AC---TATAATATAAA--ATC--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATG-AAAAAA-A--AT--A-A---TTGG----A-TATTTTCTAA-ATC-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CA---GTC--A-AA----TAG-TTAT-A--T----TT-ATA--------A----GT-ACAACG------T---ATACTAGCAT-A--------CCAG-G-T-A-AT--A-ATTTA---------TTTCCGTA------GGGG-T-C-ATATCTATG--TTTTAG------C-C---AA-TATGAA-CT----------TGTAG--------ATCT---G---TTT--T--TAT---AT--CGA-A----CATTT-GAAGGTAC-ATG--TATATATG--TAT-ATTC
gi|5 : aTATA--TGTATATTCG-------------AGAGAT---GTCTGATATGGAGAAAAAAGGGG--G----------T-ACTAA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-ATT-TAC-CAC-A---C-AT---CGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TT----AACAA-AA-TATAGAG---GG----AAAAGGATGTGTG-ATC-G-TTTAAA-AATA-ATCA----------GG----------GAT------CT--ATGA--TA---------AAACC-TGCCCC--------C--CC--CC---C--C--CA-----------TTAG---ATCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--CAAAT-----GGG-A-----------GGGGGCTACAT-TTA--TAGGGCA--G-AC-ACA-gagagatgtctgatatggagaaaaaagggggtactaaatcaaagaaagttgatttaccacacatcgttgattctacatttagacattgaattttaacaaaatatagagggaaaaggatgtgtgatcgtttaaaaataatcagggatctatgataaaacctgccccccccccccattagatctggtataaagctgctgtccaaatgggagggggctacatttatagggcagacaca
gi|6 : aggagttcttacgaagaaggctcacctttttcgaatcgacgctactataatataaaatctaaagggaccaactccaaatatgaaaaaaaataattggatattttctaaatccaaagactacagcagtctgcagacagtcaaatagttatatttataagtacaacgtatactagcataccaggtaataatttatttccgtaggggtcatatctatgttttagccaatatgaacttgtagatctgtttttatatcgaacatttgaaggtacatgtaTGGAGTT-TTAC---AA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---GG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---AT--AAAAAAGA--AT--T-A--ATGAG----G-TAT---------TT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAAATGTC---------------TAT-AT-T----T--ATA--------A----GT-ACATCA------T---ATACTAGCAT-A--------CCTG-GAG-AGAT--A-ATTTA---------TTTTCGT-------GGGG-T-T-ATTTCTACG--TTTCAG------T-C---GA-TAGGAA-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---G---TTTACT--TTTG--AA--GGT-A----TAT----AA--TGA-ATG--TA-AAA
gi|6 : GAG--GG----AA---C-ACTAA--ATCAA---GGAAA--GT-TG-AGT-TAC-CAG-A---T-ATT-TTGTT--G-ATTCTA--C----A-------T-TTAG-ACATTGAATT-TA----AACAC-AT-AATAGA----GG--GAAAAAGGATGTGTG-ACCAA-TTTAAA-AA-A-ATTAT---------GG----------GGGAGGGGTCT--ACGC--CA---------AAATC-TA---A--------C--AC--CC---T-----------G------TTAG---GTCTG-GTA-T----AAA-----G-C--TGCTGTC--Cgatgtcatgaaatcatggaatagagggaacactaaatcaaggaaagttgagttaccagatattttgttgattctacatttagacattgaatttaaacacataatagagggaaaaaggatgtgtgaccaatttaaaaaaattatgggggaggggtctacgccaaaatctaacaccctgttaggtctggtataaagctgctgtcc
gi|7 : tggagttttacaaagaggcttacttttacgatcgacggcggacttttacaatataaagggaccaactccaaatataaaaaagaattaatgaggtatttcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtctatatttataagtacatcatatactagcatacctggagagataatttattttcgtggggttatttctacgtttcagtcgataggaacttgtatctgtagatctgtttacttttgaaggtatataatgaatgtaaaagatgtcatgaaatcatggaataGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-AACGA---TC--GAC-G-C---TG-AC---TTT----TACA---T---------CAATCA-GGGAC--AA-CTCC-AA-T----T--GAAAAA-A--AT--ATA--ATGGGTACGG-TATTTTCTAA-ATT-------C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAAATGT---A-AA----TGG-TTAT-A--T----T--ATA--------AGTATGT-ACATCA------T---ATACTAGCATAA--------CCAG-G-G-A-AT----ACTCA---------TTT-CGT--------GGG-T-T-ATTTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGG-T-CTTGTAA---TCTGTAG--------ATCTGGGG---TTT--T--TATGT-AATCGTT-G----CGTTC-GAA--
gi|7 : GGGG--GGAGGTGG---C-ACTTA--ATCAA---AGAAA--GT-TG-AGT-TA--CAC-A---C-ATA-TTGCT--G-ATTGTA-------A-------TATTA--ACA------T-CT----GCCAC-AT-AATA-AG---AG--GAAAAAGGATG---------------AA-GATA-ATCA----------GG----------AGG------TTG-ATGaatcagggaaactgggggggggggggaggtggcacttaatcaaagaaagttgagttacacacatattgctgattgtaatattaacatctgccacataataagaggaaaaaggatgaagataatcaggaggttgatg
gi|8 : ggagttttacgaagaggcttactttaacgatcgacgctgacttttacatcaatcagggacaactccaattgaaaaaaatataatgggtacggtattttctaaattcaaagactacagcagtctgcagacaaatgtaaatggttatattataagtatgtacatcatatactagcataaccagggaatactcatttcgtgggttatttctatgtttcagccaataggtcttgtaatctgtagatctggggtttttatgtaatcgttgcgttcgaaaatcagggaaactggggggg--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--ATA--ATGGG----G-TA
gi|8 : ----T--ACA--------T----GT-ACATCA------T---ATACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-CTTCA---------TTTTCGTG------GGGG-T-T-ATTTCTATG--TTTCAG------C-C---AA-TAGGAT-CTTGT-A---TCTGTAG--------ATCT---GGGGTTT--T--TAT--------GT-A----TACTC-G----TGAGATGTCTG-AAAT---CAT-ccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntacatgtacatcatatactagcataccagggaatacttcattttcgtgggggttatttctatgtttcagccaataggatcttgtatctgtagatctggggtttttatgtatactcgtgagatgtctgaaatcatgggaaaatggggg
gi|9 : agggaccaactccaaatatgaaaaaaaaatataatggggtaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGAGTT-TTAC---GA-AG--A-GG---CTTAC-TTT-TACGA---TC--GAC-GGC---TG-AC---TTT----TACA--ATA--------TAA--A-GGGACC-AA-CTCC-AAAT---ATGAAAAAAA-A--AT--T-A--ATGGG----G-TATTTTCTAA-ATTCATG---C-A-AAGA--C-------TACAG-CA-G-TCTG-CAG--A-CAAATGTC--A-AA----TGG-TTAT-A--T--------------------------------------T---ATACTAGCAT-A--------CCAG-G-G-A-AT--A-ATTCA---------TTTCCGT-------GGGG-T-C-ATATC--TG--TTTTAG------C-C---AA-TAGTAA-CTTGT-A---TCTGTgggaaaatggggg