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lowQualScore                  :                 1  1  1  1          333333   77777777777777777777777777777777777777777777777777777          1  1  1  1               
lowQualScore                  :                 .  .  .  .          ......   .....................................................          .  .  .  .               
lowQualScore                  :                 4  4  4  4          888888   44444444444444444444444444444444444444444444444444444          2  3  3  3               
consensus                     :              CAC-GG-GT-GA-TCTCGTCTTC------TACTT---------AT--C-A---CG-T---G--ATAAGT---------A------GAAGACGAGA-TC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
Reference ( gi|7 )            :              CAC-GG-GT-GA-TCTCGTCTTC------TACTT---------AT--C-A---CG-T---G--ATAAGT---------A------GAAGACGAGA-TC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
gi|8                          :              CAC-GT-GT-GA-TCTCGTCTTC------TACTT---------AT--C-A----G-TAATG--ATAAGT---------A------GACGACGAGA-TC-AC-CC-GAGGGTATCC
gi|1                          :            ccCAC-GA-AT-GA-TCTTGTCTTC------TACTT---------AT--CTA---C--T---G--ATAAGTACTTAAAGTA------GAAGACGAGA-TC-AC-CT-GTGGGTATCCGACG
gi|1                          :        gataccCAC-AG-GT-GA-TCTCGTCTTC------TACTTTAAGTACTTAT--C-A----G-TA--G--ATAAGT---------A------GAAGACAAGA-TC-AT-TC-GTGGGTATC
gi|3                          :              CAC-GG-GT-GA-ACTCGACTTC------TACAT---------AT-----------T---G--ATAAAT---------A------GAAAACAAGA-AC-AC-CC-GCAGGTATCCGggtatccgacg
gi|9                          :              CAC-GG-GT-GA-TC---------------AC-----------AC--C-C---GG-T---G--ATAAGT---------A------GAAGACGAGA-TC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGggtatccgacg
gi|9                          :     tcagataccCAC-GG-GT-GA-TCTCGTCTTC------TACTT---------AT--C-A---CC-G---G--GT--GT------------------------GA-TC-AC-CC-GTGGGTATCTGA
gi|6                          :              CAC-GG-AT-GA-TCTCGTCTTA------CAC-----------AA--C-A---GG-T---G--ATGAGA---------A------GAAGACGAGA-TC-TA-CC-GTTGGTATCCGACGggtatccgacg
gi|4                          :         atatcCAC-GG-AT-GA-TCTCGTCTTA------CAC-----------AA--C-A---GG-T---G--ATGAGA---------A------GAAGACGAGA-TC-TA-CC-GTTGGTATCCGACG
gi|15                         :        gatatcCAC-GG-GT-GA-TCTCGTCTTC------TACTT---------AT--T-A---C
gi|5                          :   cgtcggataccCAC-AG-GT-GA-TCTCG-CTTC-------ACTT---------ATGCC-A---C--C---G--ATAAG----------A------GAGACCGAGA-TC-AC-CCTGTGGG-ATCCGACGAccatgggtatctgacga
gi|5                          :          gtacCACAGG-GT-GA-TCTCGGTCTC------T-CTT---------AT--C-G----G-T---GGCATAAGT----------------GAAG-CGAGA-TC-AC-CT-GTGGt
gi|20                         :           gtaCAC-GG-GT-GA-TCTCGTCTTC------TGCTT---------AT--C-A---Cggatccgacgat
gi|13                         :              CAC-GG-GT-GA-TCTCGTCTCC------TA------------------------------------------------------GAAGACAAGA-TT-AC-CC-GTGGGTATCCGACGAggtttccgacga
gi|13                         :   cgtcggataccCAC-GG-GT-AA-TCTTGTCTTC------TA------------------------------------------------------GGAGACGAGA-TC-AC-CC-GTGGGTATCCGACG
gi|17                         :              CAC-GG-GT-GA-TCTCGTCTTC------TACTT---------ggtatccgacga
gi|2                          : atcgtcggataccCAT-GA-TT-GA-TTATGTCTCC------TACT--------------C-A---AG-T---G--ATGAGT---------GAAGTGTGGAGACGAGA-TC-AG-CC-GTGGGTATCCtagtgggtatccgacga
gi|2                          :             cCAC-GG-CT-GA-TCTCGTCTCCACACTTCACTC---------AT--C-A---CT-T---G-----AGT---------A------GGAGACATAA-TC-AA-TC-ATGGactgatg
gi|18                         :              CAT-GG-GT-GA-TCTCGTCTTC------TACggtatccactgatg
gi|14                         : atcgtccgataccCAC-GA-CT-CA-TCTCGTCTGC------TGTTC---------AT--C-A---C------G--AT---C---------A------GAAGACAAGA-Tccgtgggaatccgacaatg
gi|16                         :              CAC-GG--T-GA-TCTCGTCTTC------TACTT---------AT------------------------------------------AGACGAGATTC-AC-CC----GGTATCCggcatcagacga
gi|10                         :            cgCAT-GG-CT-GA-TCTCGTCTTC------CACTC---------AC--C-A-------------AT---T---------------------C-----TC-AG-TT-GTGGGTATCCGACGAggtccgcg
gi|19                         :             aCAC-GGTGTTGA-TCTCGTCTTC------TGCTT---------Aggtatccgatcat
gi|6                          :              gAC-GG-TA-GA-TCTCGTCTTC------TTCTC---------AT--C-A---CC-T---G--TT--GT---------G------TAAGACGAGA-TC-AT-CC-GTGGATATggtttccgacgatg
gi|4                          :               AC-GG-TA-GA-TCTCGTCTTC------TTCTC---------AT--C-A---CC-T---G--TT--GT---------G------TAAGACGAGA-TC-AT-CC-GTGGATATCtggtatccgacg
gi|8                          :                C-GG-GT-GA-TCTCGTCGTC------TACTT---------AT--C-ATTAC--T---G--ATAAGT---------A------GAAGACGAGA-TC-AC-AC-GTGGGtggtatccgacg
gi|3                          :                C-GG-GT-GT-TCTTGTTTTC------TATTT---------AT--C-A-------------ATATGT---------A------GAAGTCGAGT-TC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGagggtatcc
gi|16                         :      cggatacctgC-GG-GT-GAATCTCGTCT------------------------------------------ATAAGT---------A------GAAGACGAGA-TC-A--CC-GTGGGT
gi|21                         :         cgggatac-GG-GT-GA-TCTAGTCTTC------TACTT---------AT--ccgcg
gi|14                         :           cgtgggatacccgaA-TCTTGTCTTC------TG------------AT--C------G-T---G--ATGAAC---------A------GCAGACGAGA-TG-AG-TC-GTGGGCATCAGACGA
gi|11                         :                             TCGTCCGA------TACCT-------------C-A---CGGT---G--ATGAAT---------AAAAAAAGAAGACAAGA-TT-AG-CC-ATGGGTATC
gi|15                         :                                                             attgtatG-T---A--ATAAGT---------A------GAAGACGAGA-TC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGtg
gi|20                         :                                                                    G-T---G--ATAAGC---------A------GAAGACGAGA-TC-AC-CC-GTGGGTTTCCGACGAccatgggtatctgacga
gi|10                         :                                                                     -T---G--GTGAGT---------G------GAAGACGAGA-TC-AG-CC-ATGGGTATCCGA
gi|21                         :                                                 atcgtcggatacccacaactgagaat--ATAAGT---------A------GAAGACTAGA-TC-AC-CC-TCGGGTATCCCACGtcat
gi|19                         :                                                                              TAAGC---------A------GAAGACGAGA-TCAACACC-GTGGGTTTCCGACGA
gi|17                         :                                                                              gAAGT---------A------GAAGACGAGA-TC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGAtg
gi|18                         :                                                                                aGT---------A------GAAGACGAGA-TC-AC-CC-ATGGGTATCGGACGAtagtgggtatccgacga
gi|22                         :                                                                                                         aAGA-TC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGAccgtgggaatccgacaatg
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CGTCAGATAGTCACGGCTGATTTCGTCTAAGGTAAGAGACAACCCGTGCTGGTAATCCGACGAT






Alignments
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lowQualScore                  :                        3        0 1 66666666666666666       4444444444444444            1 22  1               
lowQualScore                  :                        .        . . .................       ................            . ..  .               
lowQualScore                  :                        1        1 1 77777777777777777       5555555555555555            8 00  8               
consensus                     :               CACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-A-G-T---GATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
Reference ( family-3730 )     :               CACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-ACG-T---GATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
gi|1                          :               CACGAATGA-TCTTGTCTTCTACTTAT--CTAC--T---GATAAGTACTTAAAGTA------GAAGACGAGATC-AC-CT-GTGGGTATCCGACG
gi|10                         :         gataccCATGGCTGA-TCTCGTCTTCCACTCAC--C-A--------AT---T---------------------C----TC-AG-TT-GTGGGTATCCGACGA
gi|10                         :                                                a-T---GGTGAGT---------G------GAAGACGAGATC-AG-CC-ATGGGTATCCGAggtatccgatcat
gi|11                         : atcgtcggatacccacaactgagaatTCGTCCGATACCT----C-ACGGT---GATGAAT---------AAAAAAAGAAGACAAGATT-AG-CC-ATGGGTATCtcat
gi|13                         :        attgtatCACGGGTGA-TCTCGTCTCCTA----------------------------------------GAAGACAAGATT-AC-CC-GTGGGTATCCGACGAtg
gi|14                         :            cgtcggataccA-TCTTGTCTTCTG---AT--C---G-T---GATGAAC---------A------GCAGACGAGATG-AG-TC-GTGGGCATCAGACGA
gi|15                         :                                                G-T---AATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACG
gi|16                         :                 CGGGTGAATCTCGTCT----------------------ATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-A--CC-GTGGGTccatgggtatctgacga
gi|17                         :                                                 cgggatacAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGAccgcg
gi|18                         :                                                          aGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-ATGGGTATCGGACGAtagtgggtatccgacga
gi|19                         :                                                       aTAAGC---------A------GAAGACGAGATCAACACC-GTGGGTTTCCGACGAccgtgggaatccgacaatg
gi|2                          :              gCATGATTGA-TTATGTCTCCTACT-----C-AAG-T---GATGAGT---------GAAGTGTGGAGACGAGATC-AG-CC-GTGGGTATCCtg
gi|20                         :                                               cG-T---GATAAGC---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTTTCCGACGAactgatg
gi|21                         :                                                       ATAAGT---------A------GAAGACTAGATC-AC-CC-TCGGGTATCCCACG
gi|22                         :                                                                                    AGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
gi|3                          :                 CGGGTGT-TCTTGTTTTCTATTTAT--C-A--------ATATGT---------A------GAAGTCGAGTTC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGtg
gi|4                          :     cggatacctgCACGGATGA-TCTCGTCTTACAC--AA--C-AGG-T---GATGAGA---------A------GAAGACGAGATC-TA-CC-GTTGGTATCCGACG
gi|5                          :         gatatcCACAGGTGA-TCTCG-CTTC-ACTTATGCC-AC--C---GATAAG----------A------GAGACCGAGATC-AC-CCTGTGGG-ATCCGACGA
gi|6                          :           gtacCACGGATGA-TCTCGTCTTACAC--AA--C-AGG-T---GATGAGA---------A------GAAGACGAGATC-TA-CC-GTTGGTATCCGACGt
gi|7                          :          atatcCACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-ACG-T---GATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
gi|8                          :               CACGTGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-A-G-TAATGATAAGT---------A------GACGACGAGATC-AC-CC-GAGGGTATCC
gi|9                          :             ccCACGGGTGA-TC---------AC--AC--C-CGG-T---GATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CGTCAGATAGTCACGGCTGATTTCGTCTAAGGTAAGAGACAACCCGTGCTGGTAATCCGACGAT






Alignments
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lowQualScore                  :                        3        111 888888888888888        4444444444444444            1 22  1               
lowQualScore                  :                        .        ... ...............        ................            . ..  .               
lowQualScore                  :                        1        555 444444444444444        5555555555555555            8 00  8               
consensus                     :               CACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-A-G---TGATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
Reference ( family-3730 )     :               CACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-A-G---TGATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
gi|1                          :               CACGAATGA-TCTTGTCTTCTACTTAT--CTA-C---TGATAAGTACTTAAAGTA------GAAGACGAGATC-AC-CT-GTGGGTATCCGACG
gi|10                         :         gataccCATGGCTGA-TCTCGTCTTCCACTCAC--C-A-A---TTCTCAGT---------------------------------T-GTGGGTATCCGACGA
gi|10                         :                                                a---TGGTGAGT---------G------GAAGACGAGATC-AG-CC-ATGGGTATCCGAggtatccgatcat
gi|11                         : atcgtcggatacccacaactgagaatTCGTCCGATACCTCA--C-G-G---TGATGAAT---------AAAAAAAGAAGACAAGATT-AG-CC-ATGGGTATCtcat
gi|13                         :        attgtatCACGGGTGA-TCTCGTCTCCTA---------------------------------------GAAGACAAGATT-AC-CC-GTGGGTATCCGACGAtg
gi|14                         :            cgtcggataccA-TCTTGTCTTCTG---AT--C---G---TGATGAAC---------A------GCAGACGAGATG-AG-TC-GTGGGCATCAGACGA
gi|15                         :                           TCGTCAGATACCCAT--G-G-G---TAATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACG
gi|16                         :                 CGGGTGAATCTCGTCT---------------------ATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-A--CC-GTGGGT
gi|17                         :                                                cgggatacAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGAccgcg
gi|18                         :                                                         aGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-ATGGGTATCGGACGAtagtgggtatccgacga
gi|19                         :                                                      aTAAGC---------A------GAAGACGAGATCAACACC-GTGGGTTTCCGACGAccgtgggaatccgacaatg
gi|2                          :              gCATGATTGA-TTATGTCTCCTACTCA-----A-G---TGATGAGT---------GAAGTGTGGAGACGAGATC-AG-CC-GTGGGTATCCtg
gi|20                         :                                              c-G---TGATAAGC---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTTTCCGACGAactgatg
gi|21                         :                                                      ATAAGT---------A------GAAGACTAGATC-AC-CC-TCGGGTATCCCACG
gi|22                         :                                                                                   AGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
gi|3                          :                 CGGGTGT-TCTTGTTTTCTATTTAT--C-A-------ATATGT---------A------GAAGTCGAGTTC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGtg
gi|4                          :     cggatacctgCACGGATGA-TCTCGTCTTACAC--AA--C-A-GG--TGATGAGA---------A------GAAGACGAGATC-TA-CC-GTTGGTATCCGACG
gi|5                          :         gatatcCACAGGTGA-TCTCG-CTTC-ACTTATGCC-A-C---CGATAAG----------A------GAGACCGAGATC-AC-CCTGTGGG-ATCCGACGA
gi|6                          :           gtacCACGGATGA-TCTCGTCTTACAC--AA--C-A-GG--TGATGAGA---------A------GAAGACGAGATC-TA-CC-GTTGGTATCCGACGt
gi|7                          :          atatcCACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-ACG---TGATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
gi|8                          :               CACGTGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-A-GTAATGATAAGT---------A------GACGACGAGATC-AC-CC-GAGGGTATCC
gi|9                          :             ccCACGGGTGA-TCACACC------------C-G-G---TGATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CGTCAGATAGTCACGGCTGATTTCGTCTAAGGTAAGAGACAACCCGTGCTGGTAATCCGACGAT






Alignments
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lowQualScore                  :                        3        111 888888888888888        4444444444444444            1 22  1               
lowQualScore                  :                        .        ... ...............        ................            . ..  .               
lowQualScore                  :                        1        555 444444444444444        5555555555555555            8 00  8               
consensus                     :               CACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-A-G---TGATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
Reference ( family-3730 )     :               CACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-A-G---TGATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
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gi|10                         :         gataccCATGGCTGA-TCTCGTCTTCCACTCAC--C-A-A---TTCTCAGT---------------------------------T-GTGGGTATCCGACGA
gi|10                         :                                                a---TGGTGAGT---------G------GAAGACGAGATC-AG-CC-ATGGGTATCCGAggtatccgatcat
gi|11                         : atcgtcggatacccacaactgagaatTCGTCCGATACCTCA--C-G-G---TGATGAAT---------AAAAAAAGAAGACAAGATT-AG-CC-ATGGGTATCtcat
gi|13                         :        attgtatCACGGGTGA-TCTCGTCTCCTA---------------------------------------GAAGACAAGATT-AC-CC-GTGGGTATCCGACGAtg
gi|14                         :            cgtcggataccA-TCTTGTCTTCTG---AT--C---G---TGATGAAC---------A------GCAGACGAGATG-AG-TC-GTGGGCATCAGACGA
gi|15                         :                           TCGTCAGATACCCAT--G-G-G---TAATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACG
gi|16                         :                 CGGGTGAATCTCGTCT---------------------ATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-A--CC-GTGGGT
gi|17                         :                                                cgggatacAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGAccgcg
gi|18                         :                                                         aGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-ATGGGTATCGGACGAtagtgggtatccgacga
gi|19                         :                                                      aTAAGC---------A------GAAGACGAGATCAACACC-GTGGGTTTCCGACGAccgtgggaatccgacaatg
gi|2                          :              gCATGATTGA-TTATGTCTCCTACTCA-----A-G---TGATGAGT---------GAAGTGTGGAGACGAGATC-AG-CC-GTGGGTATCCtg
gi|20                         :                                              c-G---TGATAAGC---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTTTCCGACGAactgatg
gi|21                         :                                                      ATAAGT---------A------GAAGACTAGATC-AC-CC-TCGGGTATCCCACG
gi|22                         :                                                                                   AGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
gi|3                          :                 CGGGTGT-TCTTGTTTTCTATTTAT--C-A-------ATATGT---------A------GAAGTCGAGTTC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGtg
gi|4                          :     cggatacctgCACGGATGA-TCTCGTCTTACAC--AA--C-A-GG--TGATGAGA---------A------GAAGACGAGATC-TA-CC-GTTGGTATCCGACG
gi|5                          :         gatatcCACAGGTGA-TCTCG-CTTC-ACTTATGCC-A-C---CGATAAG----------A------GAGACCGAGATC-AC-CCTGTGGG-ATCCGACGA
gi|6                          :           gtacCACGGATGA-TCTCGTCTTACAC--AA--C-A-GG--TGATGAGA---------A------GAAGACGAGATC-TA-CC-GTTGGTATCCGACGt
gi|7                          :          atatcCACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-ACG---TGATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
gi|8                          :               CACGTGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-A-GTAATGATAAGT---------A------GACGACGAGATC-AC-CC-GAGGGTATCC
gi|9                          :             ccCACGGGTGA-TCACACC------------C-G-G---TGATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACG


blockSeqs                     :                        A        TCC CTTATCAGTAA            AAAAAAA                     A CA  T
blockSeqs                     :                        .        GAT CTTATGCCAC             GAAGTGT                     . G   .
blockSeqs                     :                        .        CCT CTTATCACG              G                           . G   .
blockSeqs                     :                        .        TCT CTCACCAA               A                           . C   .
blockSeqs                     :                        .        GAT CCTCACGG               A                           . G   .
blockSeqs                     :                        .        CCT CCCATGGG               A                           . C   .
blockSeqs                     :                        .        TCT TTTATCA                A                           . C   .
blockSeqs                     :                        .        TAC CAACAGG                A                           . C   .
blockSeqs                     :                        .        TAC CAACAGG                A                           . G   .
blockSeqs                     :                        .        TCT CTCAAG                 A                           . C   .
blockSeqs                     :                        .        TCT ATCG                   A                           . C   .
blockSeqs                     :                        .        TC  CGG                    A                           . C   .
blockSeqs                     :                                 .   .                      A                           . C   .
blockSeqs                     :                                 .   .                      A                           . A   .
blockSeqs                     :                                                            A                           . C   .
blockSeqs                     :                                                            A                           . A   .
blockSeqs                     :                                                            A                           . C   .
blockSeqs                     :                                                            A                           . C   .
blockSeqs                     :                                                            .                           . C   .
blockSeqs                     :                                                            .                           . .   .
blockSeqs                     :                                                                                        . .   .


blockSeqCons                  :                                     CTATCAG********        A***************
originalCons                  :               CACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-A-G---TGATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
finalCons                     :               CACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACTATCAG--------TGATAAGTA---------------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CGTCAGATAGTCACGGCTGATTTCGTCTAAGGTAAGAGACAACCCGTGCTGGTAATCCGACGAT






Alignments
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lowQualScore                  :                        .          . .................       ................            .  .  .               
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consensus                     :               CACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACT-AT--C-G--GT---GATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
Reference ( family-3730 )     :               CACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACT-AT--C-A--GT---GATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
gi|1                          :               CACGAATGA-TCTTGTCTTCTACTTAT--CTA--CT---GATAAGTACTTAAAGTA------GAAGACGAGATC-AC-CT-GTGGGTATCCGACG
gi|10                         :         gataccCATGGCTGA-TCTCGTCTTCCACTCAC--C-A--AT---TCTCAGT---------------------------------T-GTGGGTATCCGACGA
gi|10                         :                                                 aT---GGTGAGT---------G------GAAGACGAGATC-AG-CC-ATGGGTATCCGAggtatccgatcat
gi|11                         : atcgtcggatacccacaactgagaatTCGTCCGATACC--T--C-ACGGT---GATGAAT---------AAAAAAAGAAGACAAGATT-AG-CC-ATGGGTATCtcat
gi|13                         :        attgtatCACGGGTGA-TCTCGTCTCCTA----------------------------------------GAAGACAAGATT-AC-CC-GTGGGTATCCGACGAtg
gi|14                         :            cgtcggataccA-TCTTGTCTTCTG---AT--C----GT---GATGAAC---------A------GCAGACGAGATG-AG-TC-GTGGGCATCAGACGA
gi|15                         :                                     CC-AT--G-G--GT---AATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACG
gi|15                         :               CACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACT--T--------------------------------------------ATT-AC-CC-ATGGGTATCTGACGAgtatctgacga
gi|16                         :      cgtcggataccCGGGTGAATCTCGTCT----------------------ATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-A--CC-GTGGGT
gi|17                         :                                                 cgggatacAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGAccgcg
gi|18                         :                                                          aGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-ATGGGTATCGGACGAtagtgggtatccgacga
gi|19                         :                                                       aTAAGC---------A------GAAGACGAGATCAACACC-GTGGGTTTCCGACGAccgtgggaatccgacaatg
gi|2                          :              gCATGATTGA-TTATGTCTCCTACT-----C-AA-GT---GATGAGT---------GAAGTGTGGAGACGAGATC-AG-CC-GTGGGTATCCtg
gi|20                         :                                              c--GT---GATAAGC---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTTTCCGACGAactgatg
gi|21                         :                                                       ATAAGT---------A------GAAGACTAGATC-AC-CC-TCGGGTATCCCACG
gi|22                         :                                                                                    AGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
gi|3                          :                 CGGGTGT-TCTTGTTTTCTATTTAT--C-A--------ATATGT---------A------GAAGTCGAGTTC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGtg
gi|4                          :     cggatacctgCACGGATGA-TCTCGTCTTACACA-AC--A-G--GT---GATGAGA---------A------GAAGACGAGATC-TA-CC-GTTGGTATCCGACG
gi|5                          :         gatatcCACAGGTGA-TCTCG-CTTC-ACTTATGCC-A--CC---GATAAG----------A------GAGACCGAGATC-AC-CCTGTGGG-ATCCGACGA
gi|6                          :           gtacCACGGATGA-TCTCGTCTTACACA-AC--A-G--GT---GATGAGA---------A------GAAGACGAGATC-TA-CC-GTTGGTATCCGACGt
gi|7                          :          atatcCACGGGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-AC-GT---GATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACGA
gi|8                          :               CACGTGTGA-TCTCGTCTTCTACTTAT--C-A--GTAATGATAAGT---------A------GACGACGAGATC-AC-CC-GAGGGTATCC
gi|9                          :             ccCACGGGTGA-TCACACC------------C-G--GT---GATAAGT---------A------GAAGACGAGATC-AC-CC-GTGGGTATCCGACG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CGTCAGATAGTCACGGCTGATTTCGTCTAAGGTAAGAGACAACCCGTGCTGGTAATCCGACGAT