lowQualScore : 3 2222222222 444 111 11 33 2222222222 111 3333333333 444 11 222 333333333 22222 55555555555555555555 11 33333333 1111 555555555555555555555555 2222222 888888888888888888888888888888888888888 222222222222222 33 4444444444444444444444 11111 2222222 44 777777777777777777777777777 11 11111 222222 1111 555555 11 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444444 11111 11 22 111 1111 2222 4444444444444444444444444 1111 111 22222222222 1111 55555555555555555555 1111 2 11111 11111 1111 1 11111 222222 111 1
lowQualScore : 0 88 8 8 8888888888 222 444 8 8 11 0 88 0 00 1111111111 999 2222222222 6 5 77 1 8 444 8 8 88 55 6 6 22 77 0 5 111 5 222222222 5 55555 5 5 77 00000000000000000000 00 5 77 5 77 3 5 5 88888888 888 4444 77 777777777777777777777777 2222222 5 333333333333333333333333333333333333333 5 5 5 444444444444444 66 888 3333333333333333333333 5 44444 5555555 2 1 9999 1 11 5 999999999999999999999999999 44 66666 0 8 333333 0 8 8 3 4444 000000 33 0 2 7 6 777 6 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111111111 88888 55 1 99 22 5 2 333 6 99 6 9999 99 6 0000 5555555555555555555555555 6 888 4444 99 111 99999999999 6 4444 55555555555555555555 99 7 1 4444 0 99999 77777 6 6 3 3 8 8 4 3 5555 55 3 9 3 0 55 7 99999 55 333333 4 111 55 6 55 2 2
lowQualScore : . .. . . .......... ... ... . . .. . .. . .. .......... ... .......... . . .. . . ... . . .. .. . . .. .. . . ... . ......... . ..... . . .. .................... .. . .. . .. . . . ........ ... .... .. ........................ ....... . ....................................... . . . ............... .. ... ...................... . ..... ....... . . .... . .. . ........................... .. ..... . . ...... . . . . .... ...... .. . . . . ... . . ........................................................ .............. ..... .. . .. .. . . ... . .. . .... .. . .... ......................... . ... .... .. ... ........... . .... .................... .. . . .... . ..... ..... . . . . . . . . .... .. . . . . .. . ..... .. ...... . ... .. . .. . .
lowQualScore : 0 66 0 0 0000000000 000 000 0 0 00 8 66 8 00 0000000000 333 0000000000 7 7 99 0 0 000 0 0 88 88 7 7 77 99 1 7 444 7 999999999 7 77777 7 7 44 00000000000000000000 77 7 99 7 99 0 7 7 22222222 777 2222 99 777777777777777777777777 7777777 7 888888888888888888888888888888888888888 7 7 7 999999999999999 44 000 4444444444444444444444 7 33333 0000000 5 7 3333 7 77 7 888888888888888888888888888 00 00000 8 0 000000 8 0 0 2 8888 555555 88 8 5 5 7 555 7 3 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999 66666666666666 55555 88 0 22 55 2 5 000 7 22 7 2222 22 7 2222 6666666666666666666666666 7 333 8888 22 777 33333333333 7 2222 88888888888888888888 22 3 0 2222 0 22222 55555 7 7 6 6 0 0 0 6 9999 00 6 5 6 4 55 3 55555 55 777777 0 777 55 0 55 1 2
consensus : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T-------A--CAACAAATA---C-AA-TG--TAAA-TTATGGTAAAAA-----A-T--CCA-C-AACT-T-G-CCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCAT-CCACCA-A-CTTGG-C-TTGTAAAT--ACAT-G-ATGT--GCTTC-CC--TCG-CC-G--CC--AGGAA-AA-----C-CATA-GAT-AAA-----------T-----T--TG-TGAAAA-A--C-TATGGA--AACCTG-TG-TG--TCCGCGGCAATG-A-AT----TGC--G-------------------A-GGTAAACAAAAT---AA--TGG-CGGAC---C-C-TC---A--TT-AT---A-G-CGAAC---AA-AA-TGTATTG-CTA-TTA-AAT------ATA-ACAATAT-GC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CTC-----GAG-A--GG-GCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACGTA--------------A-AA-T-------TAT-AAGGGA-G-T-GAA-GG----GGTAGGT-GG-AGGGAAATTG--A-AGAAGN-TTAGAG--GTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-C-ACAGA-TTAACGCTN---AGTG-TGA---AAG------ATT----------AC-A-TAACGAC-TG-ACGCTAACTGTGCACGGG-ACCCAAGG-CCTCGN---CCAA--TCAGCGGCC-GGGA-AANCTCACTAANC-G-G--AGGT-TA--C-TAC--G-GG--T-TAAAT-----------TC-----GG-----TA-AC-A-A-A--GG--GT---AAT--T--------AA-AG----ATC-------A--TTAAC-CAA-AA--TTCAGTCGTCN---ACAT-AAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----AA--A--T---TTTACTC-AA-T-ACT--GAGAT--AANTTTTNTAT
Reference ( gi|4 ) : TAGAGAAAT-TTCTAA-G-T-------A--CAA---ATA---C-AA-TG--TAAA-TTATGGT--AAA-----A-T--CCA-C-AACT-T-G-CCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCAT-CCAC---A-CTTGG-C-TTGTAAAT--ACAT-G-ATGT--GCTTC-C---TCG-C--G--CC--AGGAA-AA-----C-CATA-GAT-AAA-----------T-----T--TG-TGAAAA-A--C-TATGGA--AACCTG-TG-TG--T-CGC-GCAATG-A-AT----TGC--G-------------------A-GG-AAACAAAAT---AA--TGG-CGGA----C-C-TC---A--TT-AT---ACGTCGAAC---AA-AA-TGTATTG-CTA-TT--AAT------ATA-ACAATA--GC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CTC-----GAG-G--AG-GCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGA-CTTCTCAAG-AACACGTA--------------A-AA-C-------TAT-AAGGGA-G-T-GAA-GG----G-TAGGT-GG-AGGGAAATTG--A-AGAAG--TTA-AG--GTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-C-ACAGA-TTGACGCCT---AGTG-TGG---AAG------ATT----------AC-A-TAACG-C-TA-ACGCTAACTGTGCAC-GT-ACCCAAGG-GCTCGT---CCAA--TCAGCGGCC-AGG--AACCTCACTAAAC-G-G--AGGT-TA--C-TAC--G-GG--T-TAAAT-----------TC-----GG-----TA-AC-A-A-A--GG--GT---AAT--T--------AA-AG----ATC-------A--TTAAC-C---AA--TTCAATCGTCG---ACAT-AAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----AA--A--T---TTTACTC-AA-T-ACT--GA-AT--AATTTTTTTAT
gi|3 : TAGA-AAAT-GTCTAA-G-T-------AAACAA---ATAAACC-AT-TG--TAAAGTTATGGTTAAAA-----A-T--CCA-CCAACT-T-GGCCTT-TGTAG-GGGT--AACA-TTCCCAT-CCCC---AACTTGG-CATTGTAAAT--ACAT-G-ATGT--GCTTC-C---TCG-C--G---C--AGGAA-AA-----C-CATA-GAT--AA-----------T-----T--TG--GAAAA-A--C-TATGGA--AA-CTG-TG-TG--TCCGCGGCAATG-A-AT----TGC--G-------------------A-GGTAAACAAAACTAAAA--TGC-GGGAC---C-C-TC---AT-TT-AT---A---CGAACACAAA-AA-TGTATTGCCTA-TTAAAAT------ATA-CCAATAT-GCATATTAGAAA------T--A--TA--------CTCGTCTC-----GAG-AGCAG-GT---CACTAGAA--TG-A--CAATACAACTCGAG-ATTCT-AAG-AACACGTA--------------A-CATT-------TAT--AGGGA-GTT-GAA-GGGGTAG-TAAGT-GG-AGGGAAATTG--A-AGAAAGCTTAGAG--GTAAACATTCACTG-ATG-GTA-CACC-ACA-A-TTAACGCCT---GGGGTTGA---AAG------ATT----------AC-ATTAACGAC-TGTACGCTAACTGTGCACGGG-ACCCAA---GCTATC---CCAA--TCAGC-GCC-GGGA-AACCTCACT--AC-G-G--AGGT-TA--CTTAC--G-GT--TATAAAT-----------TC-----GG-----TA-AC-A-A-A--AGGTGT---AAT--T--------AA-AG----ATC-------AGTTTAACACAA-AA--TTC-ATCGTCG---ACAT-AAAA-A---AGTT-----TGTG-A-TAA-CTTACATT-T--TG-C-TT-CCT-C-TTCATTT-T--ACGCCACA-AA-CACGCGA-TGA-AA-TT-CGAA---AA--A--T---TTTTCTCGAA-T-ATG--AA-AT--AAATTTTATA
gi|2 : gtcaaaattagaaaaagtagtatgacgTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T-------A--CAACCAATA---C-AA-TG--TAAA-GTATGGTA-AAA-----A-T--CCACC-AACTATGG-CCTG-TA-A--GGTC---AC-GT-CCCAT-CCACCAAA-CTTGG-C--TGTAAATC-ACAT-G-A-GT--GC-TC-C---TCGCC--GC-CC--AGAAA-AA-----C-CATA-GATAAAA-----------T-----TAATG-TGAAAA-A--C-TATGGACCAACCTG-TG-TG--TCCGCGGCAATG-A-AT----T-C--G-------------------A-GGTAAACAAAAT---AAATTGG-CGGA----C-C-TC---C--TT-AT---A-G--AAAC---AATAA-TGTATT--CTA--T--AAT------AT--ACAATGT-GC---TTAGAAC------A--A--GT--------CTTG-CTC-----GAA-A--GA-GCGT-C-CT--GAAGTGAA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAAACACGTA--------------ACAA-T-------TAT--AGGGA---T-G-A-GG----G-T-GGT-GG-AGGGAAATTG--ATAGAAGC-TTAGAG--GT-AACATTCACTGTCTGAGTA-CA-C-ACAGA-TTAACGCCC---TG-G-TGGAAAAAG------ATT----------AC-A-T-ACGAC-TG-A-GCTAACTGTGCACGGG-ACCCCAGGCCCTCAT---CCAACCTCAGCGGCC-CGGGAAAACTCAACAACG-G-G--AGGT-TACCC-TAC--GCGG--T-TTAAT-----------TC-----CGCCT--CACAC-A-A-C--CG--GT---AAT--C--------AA-AG----ATC-------AT-TTAACACAA-AA--TTC-ATC-TCGCGAACATCCAAA-CCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-CCCACATT-TAATGCC-TT-CCTCCATTCGTTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGA-AAGTTGCG-----AA--A--CAAATTTACTC-AAGT-ACT--GG-AT--aaaagaataaaacatgtataacaaatacattaaattccaataaaaacatgtaacaatacattaatacaaaca
gi|1 : atgtaattccaataaatattataacaaaactaccaattaaacatacaccatgtaataacaaaatcagtaaattacaatacatacatgtatacaaaaacatgtatcaaaatacaaaaacgtagtagacTAGA-AAATGTTCTAA-GAT-------A--CAACAAATA---C-AAATG--TAAA-GTATGGTAAAAA-----A-T--CCACC-AACT-T-G-CCTTGTC-AG-GGTTCAAACAGTCCCtaactacatttataaaaagccaatacagaacatggtatacacaaaatacattgtaaattccaaataaaaaccatgtaaacaaaaaccaccctgtaaacaat
gi|9 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgacTAGA-AAAT-TGCTAAAG-T-------A--CAACAAATA---C-AA-AGGTTAAA-TTATGGT--AAA-----AAT--CCA-CCAGCT-T-GGCCTTGTA-AG-GGTC--AACAGTCCCATT-CCACC--A-CTTGG-C-TTGTAAATCAACAT-GCATGT--GCTTT-CCACTCG-CCGG--CCCCAGGAA-AAA----C-CATA-GAT-TAA-----------A-----T--TG-TGAAAA-A--CTTATGAA--AACCTGATGTTG--T-Ctgaacaatttgtaagtggtcaacagtccccattccaccaacttggcttggaaatcattgattgcttccctcgccgcccaggaaaaaccatatgataaatgtgtgaaaaaactatggaaaccttgtggtccgcggcaatgaaattgcgaggtaaacaaaataaatggcggaccctcgatttatacgaaccaaaaatgtattgctagttaaatattacaatactgcattagaaaaatatacttgctctccgagaggagcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccacctacaacccgaattctcaagaacactaacaatatagggagttgaaggggtagtgggagggaaatgagaaagcttagaggtaaacattcactgtctgtgtaccacacagatttaacgcttgcgagtggaaaagattacaataacacttgacgctaactgtgcaccccaagcctcatccaattcagcggccggaaagggaggtacactacggtttaaatacgtaaacaaaagggtaattaaagatcatttaaccaaaatgcaaccgtcgacagaaaaacagttaggtgcataagcttacatttatgcctcctctacaacacaaacgccgactgaaattgcgaaaattttacgcaaactgagaaaaattttaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|18 : acatgtatacaaaatacatgtaagaagtacaaaattagaaaaaagtagtatatgacAGAAAT-TTCTAA-G-TTACGATAA--CAA---ATA---CAAA-TG--T-AG-TT-TGGT--AAATAGTGA-TTGCTG-T-AAC-----------TA-AG-GGTC--AAaa
gi|1 : aatacaaactgtatacaaaatacatgtaaagtcaaaattagaaaaagtagttatgactA-C-AATT-T-G------TA-AGTGGTC--AACAGTCCCCATTCCACCA-A-CTTGG-C-TTGGAAAT---CATTG-AT-T--GCTTC-CC--TCG-CC-G--CCC-AGGAA-AAA----C-CATATGAT-AAA-----------T-----G--TG-TGAAAAAA--C-TATGGA--AACCT--TG-TGGTC-CGCGGCAATGAA-AT----TGC--G-------------------A-GGTAAACAAAATA--AA--TGG-CGGAC---C-C-TC---GATTT-AT---A---CGAACCA-AA-AA-TGTATTG-CTAGTTA-AAT------ATT-ACAATACTGC--ATTAGAAA------AATA--TA--------CTTG-CTCTCCGAGAG-G--AG-
gi|6 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgactagaaaatgttctaagatacaacaaatacaaatgtaaagtatggtaaaaaatccaccaacttgccttgtcagggttcaaacagtccctga-GGTC--AACAGTCCCCAT-CCACCA-A-CTTGGTC-TTGTAAAT--ACAT-G-ATGT--TCTTC-CC--TCG-C--CACCC--AGGAA-AA-----AACATA-GAT-AAA-----------T-----A--TG-TGAAGA-A--C-TATGGA--AATCTG-TG-TG--TCCGCGGCAATG-A-AT----TGC--G-------------------A-GGTAAACAAAATA--AA--TGG-CGGAC---C-C-TC---A--TT----------------------A-TGTATTG-CTT-TTA-AAT------AT--TCAATAT-GC--GTTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CTC-----GAGAG--GA-GCGTGCACTAGAAAGTG-A--AAATACAACCCCGAGATTCTCAAG-AACACGTAACAATTTTGCTTTTA-AG-CATACATGTAT-AAGGGAGG-T-GAAGGG----G-TAGGTGGG-AGGGcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccacctacaacccgaattctcaagaacactaacaatatagggagttgaaggggtagtgggagggaaatgagaaagcttagaggtaaacattcactgtctgtgtaccacacagatttaacgcttgcgagtggaaaagattacaataacacttgacgctaactgtgcaccccaagcctcatccaattcagcggccggaaagggaggtacactacggtttaaatacgtaaacaaaagggtaattaaagatcatttaaccaaaatgcaaccgtcgacagaaaaacagttaggtgcataagcttacatttatgcctcctctacaacacaaacgccgactgaaattgcgaaaattttacgcaaactgagaaaaattttaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|8 : AT--ATAT-A-ACATAAGCCTC-A---TC--C--G--CC--AGGAA-AAGAAAAC-CATA-GAT-AAAAA---------TCAAAAT--TG----AAA-ATCC-TATGGA--AACCTG-TG-TA--T-C-C-GCAGAA-ATAT----TGC--GGAAGTAAGCAAAAAAAAAAA-AA-AAAAAAAAT---AAG-TGG-CGGATCTTC-C-TCTTGA--TTAATCAAATGTTGATT---A------GCATTG-GCA-TG--AATTTTCCAATA-AAGACA--A---ATTGAAAATGTTTGA--A--TAAAAGTCGGCTTG-CTC-----GTG-A--GA-GCGTGCGCTAGGAAGTG-GATCACTACAAC
gi|13 : T--GCTTCTC---TCG-CC-G--CCT-AGGAAGAA-----C-CATA-GAA-AAAAACAAAACAATT-----T--TGTTCAAAG-A--C-TATAGA--AAACTA-TG-TA--TCCACTGCAATA-T-ATCTGGTGCTTG-------------------ATGT-AAGCAAAAT---AA--AGGACGAA----CTC-AC---A--TT-
gi|12 : GC--G-------------------A-GGTAAACAAAAT---AAA-TGG-CGGA----C-CCTC---A--TTTAT---ACG---AAC---AA-AAATGTATTG-CTA-TT--AA-------ATATACAATAT-GC--ATTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CTC-----GAG-A--GGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACGTtttctccaaaaaacttgcagtgtacgtatttaactgtatgaacacaatat
gi|16 : A-AA-TGTATTG-CTA-TT--AA-------ATATACAATAT-GC--ATTAGAAA------A--A--TATA------CTTG-CTC-----GAG-A--GGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACGTA--------------ACAA-T-------TAT-AAGGAA-G-T-ttactaacaattttgcttttaagcatataag
gi|1 : TACAAC-CCGA-ATTCTCAAG-AACAC-TA--------------A-CA-A-------TAT-A-GGGA-G-TTGAA-GG----GGTAGTG-GG-AGGGAAAT-G--A-GAAAGC-TTAGAG--GTAAACATTCACTGTCTGTGTACCA-C-ACAGATTTAACGCTTGCGAGTG-GAA---AAG------ATT----------ACAA-TAACA-CTTG-ACGCTAACTGTGCAC-----CCCAA-G-CCTCAT---CCAAT-TCAGCGGCC-GG------------AAAG-G-G--AGGTACA--C-TAC--G-GT--T-TAAAT-----------AC-----GT-----AA-ACAA-A-A--GG--GT---AAT--T--------AA-AG----ATC-------AT-TTAAC-CAA-AA--TGCAACCGTCG---ACAGAAAAA-C---AGTT--A--GGTGCA-TAAGCTTACATT-T-ATG-C-CT-CCTC----------T--ACAACACA-AA-CGC-CGACTGA-AA-TTGCGA----AA--A--T---TTTACGC-AA---ACTGAGA-AA--AATTTTttttctaatgcatattgt
gi|5 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgactagaaaatgttctaagatacaacaaatacaaatgtaaagtatggtaaaaaatccaccaacttgccttgtcagggttcaaacagtccctgaacaatttgtaagtggtcaacagtccccattccaccaacttggcttggaaatcattgattgcttccctcgccgcccaggaaaaaccatatgataaatgtgtgaaaaaactatggaaaccttgtggtccgcggcaatgaaattgcgaggtaaacaaaataaatggcggaccctcgatttatacgaaccaaaaatgtattgctagttaaatattacaatactgcattagaaaaatatacttgctctccgagaggagcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccaccCAAA-TACAGGTA--------------AGAA-CA------TATGAAGGGA-G-TTGAA-GG----GGTAGGT-GGGAGGTAAATTGTAA-AGAAGG-CTA-AGATGTACACAATGACTGT-------------GCAG---TGACGC-------TA-TCG---AAG--------------------T-G-TAAC--------------CAGTGGAT-GT-A-----GG-TCTCGA---CCAA--TCAGAGATCGAGG--AGTCTCACTAGTC-GAG--AGGC-TA--C-GAATGG-GG--TCTAAAT-----------TAAGTGGGG-----TA-AC-ATATA--GG--GT---AATGAT--------AATAG----ATC-------G--TTGAA-C---AAGATTCAGTTGTCC---ACAT-AAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAG-CTTACATT-T-ATGCC-TT-CCTCC-TTCA-CTGT--GTAACACA-AA-CAC-CGATTGG-AA-TTGCG-----AA--AACA---TTTACTC-AA-A-ACT--GAGAT--AAATTTTTTATaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|7 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccaTAAACATTCACTGTCTAAGTA-CA-C-AAAGA-CTAACGCTA---ATTG-TGC---AAGTGACCGACTGTCTAAGTAAAC-A-AAAGA-C-TA-ACGCTAAGTGTGAAA-GGGACCGAATA-CCTCAA---CCAA--TCAGCGGTC-GGGA-AACCTCAATAATCGG-G--AGGT-TAC-C-TAC--G-GGT-T-TAAATTACCTCACTAATC-----GGGAGGTTA-CC-C-A-C--GG--GTTTAAAT--TCCGTAACAAA-AGGGTAATCAAAAATCA--TTAAT-CAAAAA--TTCAGTCGTCT---ACATAAAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATaaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|21 : ACTGTCTAAGTA-AA-CAAAAGA-TGAACGCTA---AGTG-TGA---AAG------
gi|17 : acacaaagactaacgctaattgtgaaagtgatcgAGG-GCCTGCTGACCAA--TCAGCG-CC-AGG--AAACTCACTAATC-G-GTAAGAT-TA--CGTAA--G-GGGAT-TAAAT-----------CT-----GG-----ggaccgaaggcct
gi|22 : AAAT-----------TC-----GG-----TA-AC-A-A-AAAGG--GT---AAT--C--------AA-AG----ATC-------A--TTA-C-A---AA--TTCAGT-GTCT---ACAT-AAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-A-ATaagtgccgacagatctaagttttggggtgaccaagggtaaacaaaaccaaatgtcaatctcacataaa
gi|14 : ATTAT-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--AAAATACA-AA-CAC-CAATTGA-CG-TTGCG-----AAACA--T---TTTACTC-AA-A-ACT--GAGAT--A
gi|15 : ttATT-T-ATG-C-CT-TCGTC-TTCA-TTGT--ACAA---G-AAACAC-CGATTGG-AA-TTGCG-----AA--AAAT---TTTAGTC-TT-T----------T--AATTTTCTcaaacatgtataactaaatacatgtaaggtacaaaatcataagtatatatattcattatatggtaagaaaaacacatgaacaattg
gi|19 : tctttTT-T-ATC-T-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACATAACT-C-CGACTG--AA-TGGAA-----AA--A--T---TTTACTC-AA-TAACT--GAGAT--AAtagataaaaataaacatgtatacatgataatatatagggaattaaaagaaagtattttaagagaaggctacactaata
gi|25 : taaaacattgtTT-T-ATG-C-TTTCCTCC-TTCATTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGT-AA-aatttataaaaagaatacaaaacatgtataacaaa
gi|11 : tT-T-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--ACAACAC--AACCAC-CGATTGG-AA-TTGCGAAAAAAA--A--A---TTTACTC-AA-A-ACT--GAGATTAAATTTTTATA
gi|23 : -T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----AA--A--T---TTTACTC-AA-T-ACT--GA-AT--AATTTTTTTATaaaataaatataaacatgtacatacataacaaaatacatgtaaagtacaaaattataaaaattattatgacaagaaaaattctaactacaacaaatacaaatataa
gi|10 : CC-ATCA-TT-TTTACAATACA-AAC-AC-CGACTGACAACTTGCG-----AA--AA-TA--TTTACTC-AA-T-ACG--AG-AT--AAATTTTC
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTTTACTCCTACATAACTGAGATAACATTTATAAAAAGAATACAAACACGTATAACAAATACAATCGTACAATTCCAATAAAAACATTAACAAAAGACATGTAATAATAACAAC
Unaligned ( gi|24 ): GGTAATCAAAGATCATTTAACACAAAATTCATCTCGCGAACATCCAAACCCAAATTCCACTTGTGCACTAACCC
Unaligned ( gi|26 ): GCATAAACAAATCGAGTTTCAAAATATTTAGAAAAGACGCAAAAC
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 5555555555555555555555555555555555 111 1 2222222 33333333 11 2 22222 44444444444444444444 1111 11 33333333333333333 111 11 11 33333333333 1111111 11 3333333333333333333333 2 11 666666666666666666666666 11 1 111111 11 1111 111 555555555555555555555555555 11 2222222 1111 11 11 1111 1111 1111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111 2222222222 1 11 1 22222 22222 1 1 1 1 22222 111111 111
lowQualScore : 6 6 6 6 4444 1 55555 6666666666666666666666666666666666 1 111 99 6 3333333 1 6 11111111 6 5 2 6 6 6 6 55 6 6 999 5 2 888 0 5 22222 5 5 66666666666666666666 88 5 66 5 66 5 5 5 5 2222 11 55555555555555555 888 66 5 4 11 66 33333333333 5 5 66 5 5 4444444 99 9999 4 66 3333333333333333333333 4 777 0 4 0 33 0 0 5 222222222222222222222222 5 00 888 1 444444 0 11 8 8 8 8 3 5 5 0 5 5 1111 1 5 000 111111111111111111111111111 5 22 1 4444444 2222 0 77 11 0 5 66 11 33 5 44 0 1111 5 77 5 5555 77 5 6666 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 777 99999999999 4 9999 777 6666666666 3 4 2 55 5 7 00000 44444 0 5 3 3 7 7 3 3 0 3 44 3 7 3 44 6 66666 777777 3 111 3 55 1 777 1
lowQualScore : . . . . .... . ..... .................................. . ... .. . ....... . . ........ . . . . . . . .. . . ... . . ... . . ..... . . .................... .. . .. . .. . . . . .... .. ................. ... .. . . .. .. ........... . . .. . . ....... .. .... . .. ...................... . ... . . . .. . . . ........................ . .. ... . ...... . .. . . . . . . . . . . .... . . ... ........................... . .. . ....... .... . .. .. . . .. .. .. . .. . .... . .. . .... .. . .... .................................................... .. ... ........... . .... ... .......... . . . .. . . ..... ..... . . . . . . . . . . .. . . . .. . ..... ...... . ... . .. . ... .
lowQualScore : 7 7 7 7 2222 0 00000 3333333333333333333333333333333333 7 777 22 3 3333333 0 7 55555555 7 7 5 7 7 7 7 88 7 7 444 0 5 888 0 0 55555 0 0 55555555555555555555 22 0 99 0 99 0 0 0 7 1111 99 00000000000000000 888 99 0 5 99 77 77777777777 0 0 99 0 0 6666666 22 4444 4 11 9999999999999999999999 4 888 0 3 1 66 1 7 0 999999999999999999999999 7 77 666 4 222222 8 00 0 0 8 0 5 7 7 7 7 7 0000 4 7 000 777777777777777777777777777 7 99 4 3333333 1111 7 99 44 7 0 99 44 66 7 44 7 4444 7 99 7 0000 99 7 0000 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 888 99999999999 4 4444 888 6666666666 3 4 0 33 3 8 66666 66666 0 0 3 3 3 3 6 3 0 3 66 3 1 3 33 7 44444 111111 6 777 2 55 0 888 0
consensus : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAATA---C-AAT----------G--TAAA-----------------TTAT---GGT--AAAAAGTCC----ACCAACT-TGGCCTT---TA-AG-GGTCAACAGTCCCCAT-CCACCAA-CTTGG-C-TTGTAAAT--ACAT-G-ATGTGCTTCCC--TCG-CCG---CCCAGGAA-AA-----C-CATA-GATAAAA----------T-----T--TG-TGAAAA-A--C-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AA--TGG-CGGACCCTCA--TT-ATA---CGAAC---AA-AA-TGT--ATTG-CTA-T-----T-AAATATA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTGA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAA-CACGTAACAAT--------------------TAT-A-AGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AAGCTT-AGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTAACGCC---NAGTG-TG---AAA------G------AT-T----------AC-A-TAACGACTG-------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-CCGGGAAACCTCACTAATC-G-G--AGGT-TA--C-TAC--G-GG--T-TAAAT-----------TC-----GG-----TA------AC-A-A-A-----------GG--GT---AAT--C--------AA-AG----AT---C-------A--TTAAC-C-AAAATTCA-GTCGTCGACAT-AAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCGA----AAA--T---TTTACTC-AA-T-ACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
Reference ( family-3692 ) : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAATA---C-AAT----------G--TAAA-----------------TTAT---GGT--AAAAAATCC----AC-AACT-TG-CCTT---TA-AG-GGTCAACAGTCCCCAT-CCACCAA-CTTGG-C-TTGTAAAT--ACAT-G-ATGTGCTTCCC--TCG-CCG---CC-AGGAA-AA-----C-CATA-GATAAA-----------T-----T--TG-TGAAAA-A--C-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AA--TGG-CGGACCCTCA--TT-ATA-G-CGAAC---AA-AA-TGT--ATTG-CTA-T-----T-AAATATAACAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGG-GCGTGCACTAGAAAGTGA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAA-CACGTAA-AAT--------------------TAT-A-AGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AAGNTT-AGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTAACGCT---NAGTG-TG---AAA------G------AT-T----------AC-A-TAACGACTG-------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-CCGGGAAANCTCACTAANC-G-G--AGGT-TA--C-TAC--G-GG--T-TAAAT-----------TC-----GG-----TA------AC-A-A-A-----------GG--GT---AAT--T--------AA-AG----AT---C-------A--TTAAC-C-AAAATTCA-GTCGTCNACAT-AAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----AAA--T---TTTACTC-AA-T-ACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
gi|1 : TAGA-AAATGTTCTAA-GAT----ACAACAAATA---CAAATGTAAAGTATGG--TAAAAAATCCACCAACTTGCCTTGTCAGGGTTCAAACAGTCCCTGAAC-AATT-TG--------TA-AGTGGTCAACAGTCCCCATTCCACCAA-CTTGG-C-TTGGAAAT---CATTG-AT-TGCTTCCC--TCG-CCG---CCCAGGAA-AAA----C-CATATGATAAA-----------T-----G--TG-TGAAAAAA--C-TATGGA--AACCTTG-TG--GTCCGCGGCAATGAAAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAATA--AA--TGG-CGGACCCTCGATTT-ATA---CGAACCA-AA-AA-TGT--ATTG-CTAGT-----T-AAATATTACAAT----ACTGC--ATTAGAAA------AATA--TA--------CTTG-CTCTCCGAGAGGAGCG
gi|1 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgacTACAAC-CCGA-ATTCTCAAGAA-CAC-TAA-CAA--------------------TAT-A--GGGA-G-TTGAAGGGGTAG---TG-GGAGGGAAAT-G--A-GA-AAGCTT-AGAGGTAAACATTCACTGTCTGTGTACCA-CACA-GATTTAACGCTTGCGAGTG-GA---AAA------G------AT-T----------ACAA-TAACACTTG-------ACGCTA----ACTGTG--CAC----CCCAA-G-CCT--CATCCAAT-TCAGCGG-CCGGAAAG------------G-G--AGGTACA--C-TAC--G-GT--T-TAAAT-----------AC-----GT-----AA------ACAA-A-A-----------GG--GT---AAT--T--------AA-AG----AT---C-------AT-TTAAC-C-AAAATGCA-ACCGTCGACAGAAAAA-C---AGTT--A--GGTGCA-TAAGCTTACATT-T-ATG-C-CT-CCTC----------T--ACAACACA-AA-CGC-CGACTGA-AA-TTGCGA----AAA--T---TTTACGC-AA---ACTGAGAA--AAAT---TTTctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccacctacaacccgaattctcaagaacactaacaatatagggagttgaaggggtagtgggagggaaatgagaaagcttagaggtaaacattcactgtctgtgtaccacacagatttaacgcttgcgagtggaaaagattacaataacacttgacgctaactgtgcaccccaagcctcatccaattcagcggccggaaagggaggtacactacggtttaaatacgtaaacaaaagggtaattaaagatcatttaaccaaaatgcaaccgtcgacagaaaaacagttaggtgcataagcttacatttatgcctcctctacaacacaaacgccgactgaaattgcgaaaattttacgcaaactgagaaaaattttaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|10 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgactagaaaatgttctaagatacaacaaatacaaatgtaaagtatggtaaaaaatccaccaacttgccttgtcagggttcaaacagtccctgaacaatttgtaagtggtcaacagtccccattccaccaacttggcttggaaatcattgattgcttccctcgccgcccaggaaaaaccatatgataaatgtgtgaaaaaactatggaaaccttgtggtccgcggcaatgaaattgcgaggtaaacaaaataaatggcggaccctcgatttatacgaaccaaaaatgtattgctagttaaatattacaatactgcattagaaaaatatacttgctctccgagaggagcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccaccCC-ATCA-TT-TTTACAATACA-AA-CAC-CGACTGACAACTTGCGA----AAA--TA--TTTACTC-AA-T-AC-GAGAT--AAAT---TTTCaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|11 : T-T-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--ACAACAC--AACCAC-CGATTGG-AA-TTGCGAAAAAAAA--A---TTTACTC-AA-A-ACTGAGATTAAATT---TTTATAccttttataaaagaatacaaacatgtataacaaataatgtaattaacaatacaacattatccaaataacatgtaaatttacaatacaaacactgtatacaaactaatgtaaagtaaaaattagaaaagtaattatgactagaaattttctaactacaacaaataaaat
gi|12 : GC--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AAA-TGG-CGGACCCTCA--TTTATA---CGAAC---AA-AAATGT--ATTG-CTA-T-----T-AAATATA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTGA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAA-CACGTaaaataaatataaacatgtacatacataacaaaatacatgtaaagtacaaaattataaaaattattatgacaagaaaaattctaactacaacaaatacaaatataa
gi|13 : TGCTTCTC--TCG-CCG---CCTAGGAAGAA-----C-CATA-GAAAAAAACAAAACAATT-----T--TGTTCAAAG-A--C-TATAGA--AAAC-TA-TG-TATCCACTGCAATA-TATCTGGTGCTTGATGTAAGC-----------------AAAAT---AA--AGGACGAACTCACA--TT-ttactaacaattttgcttttaagcatataag
gi|14 : ATTAT-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--AAAATACA-AAC-AC-CAATTGA-CG-TTGCG-----AAACAT---TTTACTC-AA-A-ACTGAGAT--Atttctccaaaaaacttgcagtgtacgtatttaactgtatgaacacaatat
gi|15 : ttATT-T-ATG-C-CT-TCGTC-TTCA-TTGT--ACAA---G-AAACAC-CGATTGG-AA-TTGCGAA---AAA--T---TTTAGTC-caaacatgtataactaaatacatgtaaggtacaaaatcataagtatatatattcattatatggtaagaaaaacacatgaacaattg
gi|16 : tctttA-AA-TGT--ATTG-CTA-T-----T-AAATATA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TATA------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTGA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAA-CACGTAACAAT--------------------TAT-A-AGGAA-G-T-ttttaattttctttagataaaaataaacatgtatacatgataatatatagggaattaaaagaaagtattttaagagaaggctacactaata
gi|16 : ACAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A------A--------CTTC-CT---ttttctaatgcatattgt
gi|17 : aaatgtattgctattaaatatacaatatgcattagaaaaatatacttgctcgagaggagcgtgcactagaaagtgacaatacaactccgagattctcaagaacacgtaacaattataAGGG-CCTGCTGACCAA--TCAGCG--CCAGGAAA-CTCACTAATC-G-GTAAGAT-TA--CGTAA--G-GGGAT-TAAAT-----------CT-----GG-----AAGTGCCGAC-A-G-ATCTAAGTTTTGGG--GT---GAC--C--------AA-GG----GTAAAC-------A---AAAC-C-AAATGTCA-ATC-TC-ACAT-AAA
gi|18 : TAGA-AA-T-TTCTAA-G-TTACGATAACAAATA---CAAAT----------G--T-AG-----------------TT-T---GGT--AAATAGT---------GA-T-TG-CTGTAACTA-AG-GGTCAA
gi|19 : aatacaaactgtatacaaaatacatgtaaagtcaaaattagaaaaagtagttatgacTT-T-ATC-T-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACATAACT-C-CGACTG--AA-TGGAA-----AAA--T---TTTACTC-AA-TAACTGAGAT--AAAA---TTTATA
gi|2 : taaaacattgtTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T----ACAACCAATA---C-AAT----------G--TAAA-----------------GTAT---GGT--AAAAA-TCC----ACCAACTATGGCCTG---TA-AG-G-TCA-C-GTCCC-AT-CCACCAAACTTGG-C-T-GTAAATC-ACAT-G-A-GTGCT--CC--TCG-CCG---CCCAGAAA-AA-----C-CATA-GATAAAA----------T-----TAATG-TGAAAA-A--C-TATGGACCAACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----T-C--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AAATTGG-CGGACC-TCC--TT-ATA-G--AAAC---AATAA-TGT--ATT--CTA-T--------AATATA-CAAT----G-TGC---TTAGAAC------A--A--GT--------CTTG-CT---CGAAAGA-GCGT-C-CTG--AAGTGAA-CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAAACACGTAACAAT--------------------TAT-A--GGGA---T-GA--GGGT-G---GT-GGAGGGAAATTG--ATAG-AAGCTT-AGAGGT-AACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTAACGCC---CTG-G-TGGAAAAA------G------AT-T----------AC-A-T-ACGACTG-------A-GCTA----ACTGTG--CACGGGACCCCAGGCCCT--CATCCAACCTCAGCGGCCCGGGAAAACTCAACAACG-G-G--AGGT-TACCC-TAC--GCGG--T-TTAAT-----------TC-----CGCCT--CAC-----AC-A-A-C-----------CG--GT---AAT--C--------AA-AG----AT---C-------AT-TTAACAC-AAAATTCATCTCGCGAACATCCAAA-CCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-CCCACATT-TAATGCC-TT-CCTCCATTCGTTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGA-AAGTTGCG-----AAA--CAAATTTACTC-AAGT-ACTGGATT--AACTACATTTATAaaaagaatacaaaacatgtataacaaa
gi|21 : atgtaattccaataaatattataacaaaactaccaattaaacatacaccatgtaataacaaaatcagtaaattacaatacatacatgtatacaaaaacatgtatcaaaatacaaaaacgtagtagacA-CA-CAAA-GA-CTAACGCT---AATTG-TG---AAA------GTGATCGAC-TGTCTAAGTAAAC-A--AAAGATGA-------ACGCTA----AGTGTG--AAAGGGACCGAAGG-CCT--aaaagccaatacagaacatggtatacacaaaatacattgtaaattccaaataaaaaccatgtaaacaaaaaccaccctgtaaacaat
gi|21 : ACTGTCTAAGTA-AA-CAAAAGA-TGAACGCT---AAGTG-TG---AAA------G------
gi|22 : acacaaagactaacgctaattgtgaaagtgatcgAAAT-----------TC-----GG-----TA------AC-A-A-AAA---------GG--GT---AAT--C--------AA-AG----AT---C-------A--TTA---C-AAA-TTCA-GT-GTCTACAT-AAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-A-ATggaccgaaggcct
gi|23 : -T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----AAA--T---TTTACTC-AA-T-ACTGA-AT--AATT---TTTTTAT
gi|24 : G--GT---AAT--C--------AA-AG----AT---C-------AT-TTAACAC-AAAATTCATCTCGCGAACATCCAAA-CCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-C
gi|25 : TT-T-ATG-C-TTTCCTCC-TTCATTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGT-AA-cc
gi|3 : tTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T----A-AACAAATAAACC-ATT----------G--TAAAG----------------TTAT---GGT--TAAAAATCC----ACCAACT-TGGCCTT---TGTAG-GGGTAACA-TTCCCAT-CC-CCAA-CTTGG-CATTGTAAAT--ACAT-G-ATGTGCTTCC---TCG-C-G---C--AGGAA-AA-----C-CATA-GATAA------------T-----T--TG--GAAAA-A--C-TATGGA--AAC--TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAACTAAAA--TGC-GGGACCCTCAT-TT-ATA---CGAACACAAA-AA-TGT--ATTGCCTA-T-----TAAAATATACCAAT----A-TGCATATTAGAAA------T--A--TA--------CTCGTCT---CGAGAGC-AGGT-CACTAGAA--TGA--CAATACAACT-CGAGATTCT-AAGAA-CACGTAA-CAT--------------------T-T-ATAGGGA-GTT-GAAGGGGTAGTAAGT-GGAGGGAAATTG--A-AGAAAGCTT-AGAGGTAAACATTCACTG-ATG-GTA-CACCACA--A-TTAACGCC---TGGGGTTG---AAA------G------AT-T----------AC-ATTAACGACTGT------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAG---CT--ATCCCAA--TCAGC-G-CCGGGAAACCTCACTA--C-G-G--AGGT-TA--CTTAC--G-GT--TATAAAT-----------TC-----GG-----TA------AC-A-A-A-----------AGGTGT---AAT--T--------AA-AG----AT---C-------AGTTTAACAC-AAAATTCA--TCGTCGACAT-AAAA-A---AGTT-----TGTG-A-TAA-CTTACATT-T--TG-C-TT-CCT-C-TTCATTT-T--ACGCCACA-AA-CACGCGA-TGA-AA-TT-CGAA---AAA--T---TTTTCTCGAA-T-A-TGAAAT--AAAT---TTTATA
gi|4 : gtcaaaattagaaaaagtagtatgacgTAGAGAAAT-TTCTAA-G-T----ACAA---ATA---C-AAT----------G--TAAA-----------------TTAT---GGT--AAAA--TCC----AC-AACT-TG-CCTT---TA-AG-GGTCAACAGTCCCCAT-CCAC--A-CTTGG-C-TTGTAAAT--ACAT-G-ATGTGCTTCC---TCG-C-G---CC-AGGAA-AA-----C-CATA-GATAAA-----------T-----T--TG-TGAAAA-A--C-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTC-GCG-CAATG-AAT----TGC--GAGG-AAAC-----------------AAAAT---AA--TGG-CGGACC-TCA--TT-ATACGTCGAAC---AA-AA-TGT--ATTG-CTA-T-----T-AA-TATAACAAT----A--GC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGGAG-GCGTGCACTAGAAAGTGA--CAATACAACTCCGAC-TTCTCAAGAA-CACGTAA-AAC--------------------TAT-A-AGGGA-G-T-GAAGGG-TAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AAG-TT-A-AGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTGACGCC---TAGTG-TG---GAA------G------AT-T----------AC-A-TAACG-CTA-------ACGCTA----ACTGTG--CACGT-ACCCAAGG-GCT--CGTCCAA--TCAGCGG-CCAGGAA-CCTCACTAAAC-G-G--AGGT-TA--C-TAC--G-GG--T-TAAAT-----------TC-----GG-----TA------AC-A-A-A-----------GG--GT---AAT--T--------AA-AG----AT---C-------A--TTAAC-C-AA--TTCA-ATCGTCGACAT-AAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----AAA--T---TTTACTC-AA-T-ACTGA-AT--AATT---TTTTTATaaaagaataaaacatgtataacaaatacattaaattccaataaaaacatgtaacaatacattaatacaaaca
gi|5 : CAAATA-CAGGTAAGAACA-------------------TATGA-AGGGA-G-TTGAAGGGGTAG---GTGGGAGGTAAATTGTAA-AG-AAGGCTAAGATGTACACAATGACTGT
gi|5 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccaAA------G------ATGT----------AC-A-CAATGACTGTGCAGTGACGCTATCGAAGTGTAACCAGTGGATGTA-GG-TCT--CGACCAA--TCAGAGA-TCGAGGAGTCTCACTAGTC-GAG--AGGC-TA--C-GAATGG-GG--TCTAAAT-----------TAAGTGGGG-----TA------AC-ATATA-----------GG--GT---AATGAT--------AATAG----AT---C-------G--TTGAA-C-AAGATTCA-GTTGTCCACAT-AAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAG-CTTACATT-T-ATGCC-TT-CCTCC-TTCA-CTGT--GTAACACA-AA-CAC-CGATTGG-AA-TTGCG-----AAAACA---TTTACTC-AA-A-ACTGAGAT--AAAT---TTTTTATgcagtgacgctatcgaagtgtaaccagtggatgtaggtctcgaccaatcagagatcgaggagtctcactagtcgagaggctacgaatggggtctaaattaagtggggtaacatatagggtaatgataatagatcgttgaacaagattcagttgtccacataaaaacagttatgtgcatagcttacatttatgccttcctccttcactgtgtaacacaaacaccgattggaattgcgaaaacatttactcaaaactgagataaattttttataaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|6 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccacaaatacaggtaagaacatatgaagggagttgaaggggtaggtgggaggtaaattgtaaagaaggct-GGTCAACAGTCCCCAT-CCACCAA-CTTGGTC-TTGTAAAT--ACAT-G-ATGTTCTTCCC--TCG-CCA---CCCAGGAA-AA-----AACATA-GATAAA-----------T-----A--TG-TGAAGA-A--C-TATGGA--AATC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAATA--AA--TGG-CGGACCCTCA--TT-------------------A-TGT--ATTG-CTT-T-----T-AAATAT-TCAAT----A-TGC--GTTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTGA--AAATACAACCCCGAGATTCTCAAGAA-CACGTAACAATTTTGCTTTTAAGCATACATGTAT-A-AGGGAGG-T-GAAGGGGTAG---GTGGGAGGGaaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|7 : TAAACATTCACTGTCTAAGTA-CA-CAAA-GA-CTAACGCT---AATTG-TG---CAAGTGACCG------AC-TGTCTAAGTAAAC-A--AAAGACTA-------ACGCTA----AGTGTG--AAAGGGACCGAATA-CCT--CAACCAA--TCAGCGG-TCGGGAAACCTCAATAATCGG-G--AGGT-TAC-C-TAC--G-GGT-T-TAAATTACCTCACTAATC-----GGGAGGTTA------CC-C-A-C-----------GG--GTTTAAAT--TCCGTAACAAA-AGGGTAAT---CAAAAATCA--TTAAT-CAAAAATTCA-GTCGTCTACATAAAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACAT
gi|8 : CC--TCATCCG---CC-AGGAA-AAGAAAAC-CATA-GATAAAAA---------TCAAAAT--TG----AAA-ATCC-TATGGA--AACC-TG-TG-TATCCGCAGAAAT---AT----TGCG-GAAGTAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT---AAG-TGG-CGGATCTTCC--TC-TTG-A-TTAAT---CA-AA-TGTTGATTA-GCA-TTGGCAT-GAATTTTCCAATAAAGA-CAA--ATTGAAAATGTTTGA--A--TAAAAGTCGGCTTG-CT---CGTGAGA-GCGTGCGCTAGGAAGTGGATCACTACAAC
gi|9 : atatataacataagTAGA-AAAT-TGCTAAAG-T----ACAACAAATA---C-AAA----------GGTTAAA-----------------TTAT---GGT--AAAAA-TCC----ACCAGCT-TGGCCTTG--TA-AG-GGTCAACAGTCCCATT-CCACCA--CTTGG-C-TTGTAAATCAACAT-GCATGTGCTTTCCACTCG-CCGGCCCC-AGGAA-AAA----C-CATA-GATTAA-----------A-----T--TG-TGAAAA-A--CTTATGAA--AACC-TGATGTTGTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTTTACTCCTACATAACTGAGATAACATTTATAAAAAGAATACAAACACGTATAACAAATACAATCGTACAATTCCAATAAAAACATTAACAAAAGACATGTAATAATAACAAC
Unaligned ( gi|26 ): GCATAAACAAATCGAGTTTCAAAATATTTAGAAAAGACGCAAAAC
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 44444444444444444444444444444444444 111 1 111 11 111111 1 22222222222222222222 1111 11 33333333333333333 111 11 11 1111111111 111 11111111 3333333333333333333333 11 11111 44444444444444444444 1 111111 11 1 5555555555555555555555555555555 111 2222222 1111 11 11111111 1111 11 111111 1111 222222222222222222 33333333333 11 1 1 1111 1 22222 22222 1 1 1 1 1111 111
lowQualScore : 5 5 5 5 2222 5 55555 99999999999999999999999999999999999 0 000 77 7 111 2 6 6 88 8 6 2 6 3 6 6 6 55 6 6 999 5 66 1 777777 5 5 2 66666666666666666666 5 5 5 66 1 5 5 5 5 2222 11 55555555555555555 888 66 5 4 11 0000000000 777 5 5 88888888 5 5 55 5 5 4 9999 4 66 3333333333333333333333 4 777 4 0 33 0 0 5 22222 55555555555555555555 888 888 1 444444 0 11 8 8 8 1 5 5 2 0 5 888 1 0 5 888 7777777777777777777777777777777 5 333 0 1111111 0000 66 1 888 66 22 11 88888888 0000 9999 5555 5 11 5 222222 66 5 2222 4 000000000000000000 5 5 5 55555555555 66 66 4 777 99 3 66 2 6 9999 3 55555 44444 0 5 3 3 7 7 3 3 0 3 44 3 7 3 3 6 5555 55 3 7 3 111 3 55 1 777 1
lowQualScore : . . . . .... . ..... ................................... . ... .. . ... . . . .. . . . . . . . . .. . . ... . .. . ...... . . . .................... . . . .. . . . . . .... .. ................. ... .. . . .. .......... ... . . ........ . . .. . . . .... . .. ...................... . ... . . .. . . . ..... .................... ... ... . ...... . .. . . . . . . . . . ... . . . ... ............................... . ... . ....... .... .. . ... .. .. .. ........ .... .... .... . .. . ...... .. . .... . .................. . . . ........... .. .. . ... .. . .. . . .... . ..... ..... . . . . . . . . . . .. . . . . . .... .. . . . ... . .. . ... .
lowQualScore : 7 7 7 7 1111 7 00000 66666666666666666666666666666666666 1 000 99 3 777 5 7 7 66 0 7 5 7 2 7 7 7 88 7 7 444 0 99 4 666666 0 0 6 99999999999999999999 0 0 0 99 4 0 0 0 7 1111 99 00000000000000000 888 99 0 5 99 1111111111 999 0 0 11111111 0 0 11 0 0 4 4444 4 11 9999999999999999999999 4 888 3 1 66 1 7 0 55555 66666666666666666666 777 666 4 222222 8 00 0 0 0 7 0 0 5 0 0 888 0 1 0 888 9999999999999999999999999999999 0 444 1 2222222 6666 99 4 444 11 11 99 44444444 6666 1111 4444 0 99 0 888888 99 0 9999 4 444444444444444444 0 0 0 66666666666 11 11 4 888 44 3 44 0 7 4444 3 66666 66666 0 0 3 3 3 3 6 3 0 3 66 3 1 3 3 7 0000 00 6 3 6 777 2 55 0 888 0
consensus : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAAT-A---C-AAT----------G--T-AAA-----------------TTAT---GGT--AAAAA-TCC---ACCAACT-TGGCCTT-TA-AG-GGTCAACAGTCCCCA-TCCACCAA-CTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAG----GAAA-AACCATA-GATAAAA----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AA--TGG-CGGACCCTCA--TT-AT-ACG---AAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTGA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAA-CACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CANA-GA-TTAACGC---CNAGTG-TG---AAA------G------AT-T--------------AC-A-TAACGACTG-------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-----C--CGGG----AA--ACCTCACTAATC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTAAC-CAAAA-TTCAGTCGTCG---ACAT-AAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
Reference ( family-3692 ) : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAAT-A---C-AAT----------G--T-AAA-----------------TTAT---GGT--AAAAAGTCC---ACCAACT-TGGCCTT-TA-AG-GGTCAACAGTCCCCA-TCCACCAA-CTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAG----G-AA-AACCATA-GATAAAA----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AA--TGG-CGGACCCTCA--TT-AT-ACG---AAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTGA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAA-CACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTAACGC---CNAGTG-TG---AAA------G------AT-T--------------AC-A-TAACGACTG-------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-----C--CGGG----AA--ACCTCACTAATC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTAAC-CAAAA-TTCAGTCGTCG---ACAT-AAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
gi|1 : TAGA-AAATGTTCTAA-GAT----ACAACAAAT-A---CAAATGTAAAGTATGG--T-AAAAAATCCACCAACTTGCCTTGTCAGGGTTCAAACAGTCCCTGAACAATT-TG------TA-AGTGGTCAACAGTCCCCATTCCACCAA-CTTGG-C-TTGGAAAT---CATTG-AT-TGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAG----GAAA-AACCATATGAT-AAA----------TG--TG----TGAAAAA-AC-TATGGA--AACCTTG-TG--GTCCGCGGCAATGAAAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAATA--AA--TGG-CGGACCCTCGATTT-AT-ACG---AACCA-AA-AA-TGT--------ATTG-CTAGTT-AA-ATATTA-CAAT----ACTGC--ATTAGAAA------AATA--TA--------CTTG-CTCTCCGAGAGGAGCG
gi|1 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgacTACAAC-CCGA-ATTCTCAAGAA-CAC------TAACAAT---------------------AT-A-GGGA-G-TTGAAGGGGTAG---TG-GGAGGGAAAT-G--A-GA-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGTGTACCA-CACA-GATTTAACGCTTGCGAGTG-GA---AAA------G------AT-T--------------ACAA-TAACACTTG-------ACGCTA----ACTGTG--CAC----CCCAA-G-CCT--CATCCAAT-TCAGCGG-----C--CGGA----AA--G------------G-G--AGGTACA--C-T-AC--G-GT--T-T-AAATAC-----GT---AA------ACAA-A-A-----------GG--GTAAT--TAA-AGAT---CAT-TTAAC-CAAAA-TGCAACCGTCG---ACAGAAAAA-C---AGTT--A--GGTGCA-TAAGCTTACATT-T-ATG-C-CT-CCTC----------T--ACAACACA-AA-CGC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACGC-AA---ACTGAGAA--AAAT---TTTctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccacctacaacccgaattctcaagaacactaacaatatagggagttgaaggggtagtgggagggaaatgagaaagcttagaggtaaacattcactgtctgtgtaccacacagatttaacgcttgcgagtggaaaagattacaataacacttgacgctaactgtgcaccccaagcctcatccaattcagcggccggaaagggaggtacactacggtttaaatacgtaaacaaaagggtaattaaagatcatttaaccaaaatgcaaccgtcgacagaaaaacagttaggtgcataagcttacatttatgcctcctctacaacacaaacgccgactgaaattgcgaaaattttacgcaaactgagaaaaattttaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|10 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgactagaaaatgttctaagatacaacaaatacaaatgtaaagtatggtaaaaaatccaccaacttgccttgtcagggttcaaacagtccctgaacaatttgtaagtggtcaacagtccccattccaccaacttggcttggaaatcattgattgcttccctcgccgcccaggaaaaaccatatgataaatgtgtgaaaaaactatggaaaccttgtggtccgcggcaatgaaattgcgaggtaaacaaaataaatggcggaccctcgatttatacgaaccaaaaatgtattgctagttaaatattacaatactgcattagaaaaatatacttgctctccgagaggagcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccaccCC-ATCA-TT-TTTACAATACA-AA-CAC-CGACTGACAACTTGCG----AA--A-ATATTTACTC-AA-T-AC-GAGAT--AAAT---TTTCaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|11 : T-T-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--ACAACAC--AACCAC-CGATTGG-AA-TTGCGAAAAAA--A-AA-TTTACTC-AA-A-ACTGAGATTAAATT---TTTATAccttttataaaagaatacaaacatgtataacaaataatgtaattaacaatacaacattatccaaataacatgtaaatttacaatacaaacactgtatacaaactaatgtaaagtaaaaattagaaaagtaattatgactagaaattttctaactacaacaaataaaat
gi|12 : GC--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AAA-TGG-CGGACCCTCA--TTTAT-ACG---AAC---AA-AAATGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTGA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAA-CACGTTTACTAACAAT--------------------Taaaataaatataaacatgtacatacataacaaaatacatgtaaagtacaaaattataaaaattattatgacaagaaaaattctaactacaacaaatacaaatataa
gi|13 : TGCTTCT--CTCG-CCG--CCTAG----G-AAGAACCATA-GAAAAAAACAAAACAATTT--TGT---TC-AAAG-AC-TATAGA--AAAC-TA-TG-TATCCACTGCAATA-TATCTGGTGCTTGATGTAAGC-----------------AAAAT---AA--AGGACGAACTCACA--TT-ttgcttttaagcatataag
gi|14 : ATTAT-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--AAAATACA-AAC-AC-CAATTGA-CG-TTGCG----AA--ACAT-TTTACTC-AA-A-ACTGAGAT--Atttctccaaaaaacttgcagtgtacgtatttaactgtatgaacacaatat
gi|15 : ttATT-T-ATG-C-CT-TCGTC-TTCA-TTGT--ACAA---G-AAACAC-CGATTGG-AA-TTGCGA---AA--A-AT-TTTAGTC-caaacatgtataactaaatacatgtaaggtacaaaatcataagtatatatattcattatatggtaagaaaaacacatgaacaattg
gi|16 : tctttA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TATA------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTGA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAA-CACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGAA-G-T-ttttaattttctttagataaaaataaacatgtatacatgataatatatagggaattaaaagaaagtattttaagagaaggctacactaata
gi|16 : A-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A------A--------CTTC-CT---ttttctaatgcatattgt
gi|17 : aaatgtattgctattaaatatacaatatgcattagaaaaatatacttgctcgagaggagcgtgcactagaaagtgacaatacaactccgagattctcaagaacacgtaacaattataAGGG-CCTGCTGACCAA--TCAGCG------C--CAGG----AA--AC-TCACTAATC-G-GTAAGAT-TA--CGT-AA--G-GGGAT-T-AAATCT-----GG---AAGTGCCGAC-A-G-ATCTAAGTTTTGGG--GTGAC--CAA-GGGTAAACA---AAAC-CAAAT-GTCAATC-TC----ACAT-AAA
gi|18 : TAGA-AA-T-TTCTAA-G-TTACGATAACAAAT-A---CAAAT----------G--T--AG-----------------TT-T---GGT--AAATAGT
gi|19 : aatacaaactgtatacaaaatacatgtaaagtcaaaattagaaaaagtagttatgacTT-T-ATC-T-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACATAACT-C-CGACTGA-A---TGGA----AA--A-AT-TTTACTC-AA-TAACTGAGAT--AAAA---TTTATAgattgctgtaactaagggtcaa
gi|2 : taaaacattgtTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T----ACAACCAAT-A---C-AAT----------G--T-AAA-----------------GTAT---GGT--AAAAA-TCC---ACCAACTATGGCCTG-TA-AG-G-TCA-C-GTCCC-A-TCCACCAAACTTGG-C-T-GTAAATC-ACA-TG-A-GTGCT--C--CTCG-CCG--CCCAG----A-AA-AACCATA-GATAAAA----------TTAATG----TG-AAAA-AC-TATGGACCAACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----T-C--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AAATTGG-CGGACC-TCC--TT-AT-AGA---AAC---AATAA-TGT--------ATT--CTA-T---A-ATA-TA-CAAT----G-TGC---TTAGAAC------A--A--GT--------CTTG-CT---CGAAAG-AGCGT-C-CTG--AAGTGAA-CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAAACACG-----TAACAAT--------------------TAT-A-GGGA---T-GA--GGGT-G---GT-GGAGGGAAATTG--ATAG-AA-GCTTAGAGGT-AACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTAACGC---CCTG-G-TGGAAAAA------G------AT-T--------------AC-A-T-ACGACTG-------A-GCTA----ACTGTG--CACGGGACCCCAGGCCCT--CATCCAACCTCAGCGGC----C--CGGG----AA--AACTCAACAACG-G-G--AGGT-TACCC-T-AC--GCGG--T-T-TAATTC-----CGCCTCAC-----AC-A-A-C-----------CG--GTAAT--CAA-AGAT---CAT-TTAACACAAAA-TTCA-TC-TCGCGAACATCCAAA-CCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-CCCACATT-TAATGCC-TT-CCTCCATTCGTTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGA-AAGTTGCG----AAACA-AA-TTTACTC-AAGT-ACTGGATT--AACTACATTTATAaaaagaatacaaaacatgtataacaaa
gi|21 : atgtaattccaataaatattataacaaaactaccaattaaacatacaccatgtaataacaaaatcagtaaattacaatacatacatgtatacaaaaacatgtatcaaaatacaaaaacgtagtagacA-CA-CAAA-GA-CTAACGC---TAATTG-TG---AAAGT----G------AT-CGACTGTCTAAGTAAAC-A--AAAGATGA-------ACGCTA----AGTGTG--AAAGGGACCGAAGG-CCT--aaaagccaatacagaacatggtatacacaaaatacattgtaaattccaaataaaaaccatgtaaacaaaaaccaccctgtaaacaat
gi|21 : ACTGTCTAAGTA-AA-CAAAAGA-TGAACGC---TAAGTG-TG---AAA------G------
gi|22 : acacaaagactaacgctaattgtgaaagtgatcg-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-AAA---------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTA---CAAA--TTCAGT-GTCT---ACAT-AAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-A-ATggaccgaaggcct
gi|23 : -T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----A--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGA-AT--AATT---TTTTTAT
gi|24 : G--GTAAT--CAA-AGAT---CAT-TTAACACAAAA-TTCA-TC-TCGCGAACATCCAAA-CCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-C
gi|25 : TT-T-ATG-C-TTTCCTCC-TTCATTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGT-AA-cc
gi|3 : tTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T----A-AACAAAT-AAACC-ATT----------G--T-AAAG----------------TTAT---GGT--TAAAAATCC---ACCAACT-TGGCCTT-TGTAG-GGGTAACA-TTCCCA-TCC-CCAA-CTTGG-CATTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC-------TCG--CGCAG----G-AA-AACCATA-GAT--AA----------TT--TG-----G-AAAA-AC-TATGGA--AA-C-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAACTAAAA--TGC-GGGACCCTCAT-TT-AT-ACG---AACACAAA-AA-TGT--------ATTGCCTA-TTAAA-ATA-TACCAAT----A-TGCATATTAGAAA------T--A--TA--------CTCGTCT---CGAGAGCAG-GT-CACTAGAA--TGA--CAATACAACT-CGAGATTCT-AAGAA-CACG-----TAACATT--------------------TAT--AGGGA-GTT-GAAGGGGTAGTAAGT-GGAGGGAAATTG--A-AGAAA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTG-ATG-GTA-CACCACA--A-TTAACGC---CTGGGGTTG---AAA------G------AT-T--------------AC-ATTAACGACTGT------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAG---CT--ATCCCAA--TCAGC-G-----C--CGGG----AA--ACCTCACTA--C-G-G--AGGT-TA--CTT-AC--G-GT--TAT-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------AGGTGTAAT--TAA-AGAT---CAGTTTAACACAAAA-TTCA-TCGTCG---ACAT-AAAA-A---AGTT-----TGTG-A-TAA-CTTACATT-T--TG-C-TT-CCT-C-TTCATTT-T--ACGCCACA-AA-CACGCGA-TGA-AA-TT-CGA---AA--A-AT-TTTTCTCGAA-T-A-TGAAAT--AAAT---TTTATA
gi|4 : gtcaaaattagaaaaagtagtatgacgTAGAGAAAT-TTCTAA-G-T----ACAA---AT-A---C-AAT----------G--T-AAA-----------------TTAT---GGT--AAAA--TCC---AC-AACT-TG-CCTT-TA-AG-GGTCAACAGTCCCCA-TCCAC--A-CTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC---TCG-C-G--CC-AG----G-AA-AACCATA-GATAAA-----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTC-GCG-CAATG-AAT----TGC--GAGG-AAAC-----------------AAAAT---AA--TGG-CGGACC-TCA--TT-AT-ACGTCGAAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AATATA--A-CAAT----A--GC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGGAG-GCGTGCACTAGAAAGTGA--CAATACAACTCCGAC-TTCTCAAGAA-CACG-----TAA-AAC--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGG-TAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-G-TTA-AGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTGACGC---CTAGTG-TG---GAA------G------AT-T--------------AC-A-TAACG-CTA-------ACGCTA----ACTGTG--CACGT-ACCCAAGG-GCT--CGTCCAA--TCAGCGG-----C--CAGG----AA---CCTCACTAAAC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--TAA-AGAT---CA--TTAAC-CAA---TTCAATCGTCG---ACAT-AAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----A--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGA-AT--AATT---TTTTTATaaaagaataaaacatgtataacaaatacattaaattccaataaaaacatgtaacaatacattaatacaaaca
gi|5 : CAAATA-CAGG-----TAAGAACA-------------------TATGAAGGGA-G-TTGAAGGGGTAG---GTGGGAGGTAAATTGTAA-AG-AAGGCTAAGATGTACACAATGACTGT
gi|5 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccaAA------G------ATGT--------------AC-A-CAATGACTGTGCAGTGACGCTATCGAAGTGTAACCAGTGGATGTA-GG-TCT--CGACCAA--TCAGAGA-----T--CGAG----GA--GTCTCACTAGTC-GAG--AGGC-TA--C-G-AATGG-GG--TCT-AAATTAAGTGGGG---TA------AC-ATATA-----------GG--GTAATGATAATAGAT---CG--TTGAA-CAAGA-TTCAGTTGTCC---ACAT-AAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAG-CTTACATT-T-ATGCC-TT-CCTCC-TTCA-CTGT--GTAACACA-AA-CAC-CGATTGG-AA-TTGCG----AA--A-ACATTTACTC-AA-A-ACTGAGAT--AAAT---TTTTTATgcagtgacgctatcgaagtgtaaccagtggatgtaggtctcgaccaatcagagatcgaggagtctcactagtcgagaggctacgaatggggtctaaattaagtggggtaacatatagggtaatgataatagatcgttgaacaagattcagttgtccacataaaaacagttatgtgcatagcttacatttatgccttcctccttcactgtgtaacacaaacaccgattggaattgcgaaaacatttactcaaaactgagataaattttttataaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|5 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccacaaatacaggtaagaacatatgaagggagttgaaggggtaggtgggaggtaaattgtaaagaaggctAAA-AAAT-TT--AA-C-T----ACAACAAATAA---A-AAT----------G--TCAAG-----------------TTAT---GTT--AAAAA-TCA---ACAAACT-TGGaaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|6 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccacaaatacaggtaagaacatatgaagggagttgaaggggtaggtgggaggtaaattgtaaagaaggctaagatgtacacaatgactgtgcagtgacgctatcgaagtgtaaccagtggatgtaggtctcgaccaatcagagatcgaggagtctcactagtcgagaggctacgaatggggtctaaattaagtggggtaacatatagggtaatgataatagatcgttgaacaagattcagttgtccacataaaaacagttatgtgcatagcttacatttatgccttcctccttcactgtgtaacacaaacaccgattggaattgcgaaaacatttactcaaaactgagataaattttttataaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaag-GGTCAACAGTCCCCA-TCCACCAA-CTTGGTC-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTTCTTCC--CTCG-CCA--CCCAG----GAAA-AAACATA-GAT-AAA----------TA--TG----TG-AAGA-AC-TATGGA--AATC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAATA--AA--TGG-CGGACCCTCA--TT--------------------A-TGT--------ATTG-CTT-TT-AA-ATA-TT-CAAT----A-TGC--GTTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTGA--AAATACAACCCCGAGATTCTCAAGAA-CACG-----TAACAATTTTGCTTTTAAGCATACATGTAT-AAGGGAGG-T-GAAGGGGTAG---GTGGGAGGGtt
gi|7 : TAAACATTCACTGTCTAAGTA-CA-CAAA-GA-CTAACGC---TAATTG-TG---CAAGTGACCG------AC-TGTCTAAGTAA----AC-A--AAAGACTA-------ACGCTA----AGTGTG--AAAGGGACCGAATA-CCT--CAACCAA--TCAGCGG-----T--CGGG----AA--ACCTCAATAATCGG-G--AGGT-TAC-C-T-AC--G-GGT-T-T-AAATT
gi|7 : ACTGTCTAAGTA-AA-CAAAAGA-CTAACGC---TAAGTG-TG---AAA------GGGACCGAA-T--------------AC-C-T--CAACCA-------AT--CA----GCGGT-----CGGGA---AA---CCT--CAAT-AA--TCGGGAGGTTACCTACGGGTTTAAATTACCTCACTAATC-G-GG-AGGT-TA--C-CCAC--G-GG--T-TTAAATTC-----CG---TA------AC-A-A-AA----------GG--GTAAT--CAA-AAAT---CA--TTAAT-CAAAAATTCAGTCGTCT---ACAT-AAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATacctcactaatcgggaggttacccacgggtttaaattccgtaacaaaagggtaatcaaaaatcattaatcaaaaattcagtcgtctacataaaaacagttatgtgcataacttacat
gi|8 : taaacattcactgtctaagtacacaaagactaacgctaattgtgcaagtgaccgC--CTCATCCG--CCAGGAAAAG-AA-AACCATA-GATAAAA----------AT--CAAAATTG-AAAATCC-TATGGA--AACC-TG-TG-TATCCGCAGAAAT---AT----TGCG-GAAGTAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT---AAG-TGG-CGGATCTTCC--TC-TTGATT---AAT---CA-AA-TGTTGATTAGCATTG-GCA-TG-AA-TTT-TC-CAATAAAGA-CAA--ATTGAAAATGTTTGA--A--TAAAAGTCGGCTTG-CT---CGTGA-GAGCGTGCGCTAGGAAGTGGATCACTACAAC
gi|9 : atatataacataagTAGA-AAAT-TGCTAAAG-T----ACAACAAAT-A---C-AAA----------GGTT-AAA-----------------TTAT---GGT--AAAAA-TCC---ACCAGCT-TGGCCTTGTA-AG-GGTCAACAGTCCCAT-TCCACC-A-CTTGG-C-TTGTAAATCAACA-TGCATGTGCTTTCCACTCG-CCGGCCCCAG----GAAA-AACCATA-GATTAAA-----------T--TG----TG-AAAA-ACTTATGAA--AACC-TGATGTTGTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTTTACTCCTACATAACTGAGATAACATTTATAAAAAGAATACAAACACGTATAACAAATACAATCGTACAATTCCAATAAAAACATTAACAAAAGACATGTAATAATAACAAC
Unaligned ( gi|26 ): GCATAAACAAATCGAGTTTCAAAATATTTAGAAAAGACGCAAAAC
Alignments
lowQualScore : 1111 111 1 1 11 1111 333333333333333333333 1111 11 33333333333333333 111 22 11 1111111 111 11111111 3333333333333333333333 11111 44444444444444444444 11 1 111111 11 1 5555555555555555555555555555555 111 2222222 1111 11 11111111 1111 11 111111 1111 222222222222222222 33333333333 11 1 1 1111 111 22222 1 1 1 1 1111 111
lowQualScore : 5 5 5 5 2222 000 5 1 77 5 5 5 6 0 5 4 3 6 5 77 6 99 6 6 55 6 6 999 5 66 4 0000 5 6 000000000000000000000 5 5 5 66 1 5 5 5 5 2222 11 55555555555555555 333 11 5 11 5 2222222 777 5 5 88888888 5 5 55 5 5 4 9999 4 66 3333333333333333333333 4 777 0 4 0 5 77 0 0 5 22222 55555555555555555555 00 888 1 444444 0 11 8 8 8 1 5 5 1 0 5 888 1 0 5 888 7777777777777777777777777777777 5 333 0 1111111 0000 66 1 888 66 22 11 88888888 0000 9999 5555 5 11 5 222222 66 5 2222 4 000000000000000000 5 5 5 55555555555 66 66 4 777 99 3 66 2 6 9999 777 44444 0 5 3 3 7 7 3 3 0 3 44 3 7 3 3 6 5555 55 3 7 3 111 3 55 1 777 1
lowQualScore : . . . . .... ... . . .. . . . . . . . . . . .. . .. . . .. . . ... . .. . .... . . ..................... . . . .. . . . . . .... .. ................. ... .. . .. . ....... ... . . ........ . . .. . . . .... . .. ...................... . ... . . . . .. . . . ..... .................... .. ... . ...... . .. . . . . . . . . . ... . . . ... ............................... . ... . ....... .... .. . ... .. .. .. ........ .... .... .... . .. . ...... .. . .... . .................. . . . ........... .. .. . ... .. . .. . . .... ... ..... . . . . . . . . . . .. . . . . . .... .. . . . ... . .. . ... .
lowQualScore : 7 7 7 7 1111 000 7 4 99 7 7 7 7 7 7 3 3 7 7 99 7 88 7 7 88 7 7 444 0 99 5 6666 0 5 111111111111111111111 0 0 0 99 4 0 0 0 7 1111 99 00000000000000000 888 99 0 99 0 6666666 999 0 0 11111111 0 0 11 0 0 4 4444 4 11 9999999999999999999999 4 888 2 3 1 7 99 1 7 0 55555 66666666666666666666 77 666 4 222222 8 00 0 0 0 7 0 0 0 0 0 888 0 1 0 888 9999999999999999999999999999999 0 444 1 2222222 6666 99 4 444 11 11 99 44444444 6666 1111 4444 0 99 0 888888 99 0 9999 4 444444444444444444 0 0 0 66666666666 11 11 4 888 44 3 44 0 7 4444 555 66666 0 0 3 3 3 3 6 3 0 3 66 3 1 3 3 7 0000 00 6 3 6 777 2 55 0 888 0
consensus : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AAA-TGG-CGGACCCTCA--TT-AT-ACG---AAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CANA-GA-TTAACGC---CNAGTG-TG---AAA------G------AT-T--------------AC-A-TAACGACTG-------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-----C--CGGG----AA--ACCTCACTAATC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTAAC-CAAAA-TTCAGTCGTCG---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
Reference ( family-3692 ) : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AA--TGG-CGGACCCTCA--TT-AT-ACG---AAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CANA-GA-TTAACGC---CNAGTG-TG---AAA------G------AT-T--------------AC-A-TAACGACTG-------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-----C--CGGG----AA--ACCTCACTAATC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTAAC-CAAAA-TTCAGTCGTCG---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
gi|1 : TAGA-AAATGTTCTAA-GAT----ACAACAAATA---C-AAATG--T-AAA-GTATGGT-AAAAAATCCACCAACT-T-GCCTTGTC-AG-GGTTCAAACAGTCCC
gi|1 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgacCAATT-TG------TA-AGTGGTC--AACAGTCCCCATTCCACC-AACTTGG-C-TTGGAAAT---CATTG-AT-TGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATATGAT-AAA----------TG--TG----TGAAAAA-AC-TATGGA--AACCTTG-TG--GTCCGCGGCAATGAAAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAATA--AA--TGG-CGGACCCTCGATTT-AT-ACG---AACCA-AA-AA-TGT--------ATTG-CTAGTT-AA-ATATTA-CAAT----ACTGC--ATTAGAAA------AATA--TA--------CTTG-CTCTCCGAGAGGAGCGtgaacaatttgtaagtggtcaacagtccccattccaccaacttggcttggaaatcattgattgcttccctcgccgcccaggaaaaaccatatgataaatgtgtgaaaaaactatggaaaccttgtggtccgcggcaatgaaattgcgaggtaaacaaaataaatggcggaccctcgatttatacgaaccaaaaatgtattgctagttaaatattacaatactgcattagaaaaatatacttgctctccgagaggagcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccacctacaacccgaattctcaagaacactaacaatatagggagttgaaggggtagtgggagggaaatgagaaagcttagaggtaaacattcactgtctgtgtaccacacagatttaacgcttgcgagtggaaaagattacaataacacttgacgctaactgtgcaccccaagcctcatccaattcagcggccggaaagggaggtacactacggtttaaatacgtaaacaaaagggtaattaaagatcatttaaccaaaatgcaaccgtcgacagaaaaacagttaggtgcataagcttacatttatgcctcctctacaacacaaacgccgactgaaattgcgaaaattttacgcaaactgagaaaaattttaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|1 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgactagaaaatgttctaagatacaacaaatacaaatgtaaagtatggtaaaaaatccaccaacttgccttgtcagggttcaaacagtccctgaaTACAAC-CCGA-ATTCTCAAG-AACAC------TAACAAT---------------------AT-A-GGGA-G-TTGAAGGGGTAG---TG-GGAGGGAAAT-G--A-GA-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGTGTACCA-CACA-GATTTAACGCTTGCGAGTG-GA---AAA------G------AT-T--------------ACAA-TAACACTTG-------ACGCTA----ACTGTG--CAC----CCCAA-G-CCT--CATCCAAT-TCAGCGG-----C--CGGA----AA--G------------G-G--AGGTACA--C-T-AC--G-GT--T-T-AAATAC-----GT---AA------ACAA-A-A-----------GG--GTAAT--TAA-AGAT---CAT-TTAAC-CAAAA-TGCAACCGTCG---ACAGAAAAAC---AGTT--A--GGTGCA-TAAGCTTACATT-T-ATG-C-CT-CCTC----------T--ACAACACA-AA-CGC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACGC-AA---ACTGAGAA--AAAT---TTTctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccacctacaacccgaattctcaagaacactaacaatatagggagttgaaggggtagtgggagggaaatgagaaagcttagaggtaaacattcactgtctgtgtaccacacagatttaacgcttgcgagtggaaaagattacaataacacttgacgctaactgtgcaccccaagcctcatccaattcagcggccggaaagggaggtacactacggtttaaatacgtaaacaaaagggtaattaaagatcatttaaccaaaatgcaaccgtcgacagaaaaacagttaggtgcataagcttacatttatgcctcctctacaacacaaacgccgactgaaattgcgaaaattttacgcaaactgagaaaaattttaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|10 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgactagaaaatgttctaagatacaacaaatacaaatgtaaagtatggtaaaaaatccaccaacttgccttgtcagggttcaaacagtccctgaacaatttgtaagtggtcaacagtccccattccaccaacttggcttggaaatcattgattgcttccctcgccgcccaggaaaaaccatatgataaatgtgtgaaaaaactatggaaaccttgtggtccgcggcaatgaaattgcgaggtaaacaaaataaatggcggaccctcgatttatacgaaccaaaaatgtattgctagttaaatattacaatactgcattagaaaaatatacttgctctccgagaggagcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccaccCC-ATCA-TT-TTTACAATACA-AA-CAC-CGACTGACAACTTGCG----AA--A-ATATTTACTC-AA-T-AC-GAGAT--AAAT---TTTCaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|11 : T-T-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--ACAACAC--AACCAC-CGATTGG-AA-TTGCGAAAAAA--A-AA-TTTACTC-AA-A-ACTGAGATTAAATT---TTTATAccttttataaaagaatacaaacatgtataacaaataatgtaattaacaatacaacattatccaaataacatgtaaatttacaatacaaacactgtatacaaactaatgtaaagtaaaaattagaaaagtaattatgactagaaattttctaactacaacaaataaaat
gi|12 : GC--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AAA-TGG-CGGACCCTCA--TTTAT-ACG---AAC---AA-AAATGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACGTTTACTAACAAT--------------------Taaaataaatataaacatgtacatacataacaaaatacatgtaaagtacaaaattataaaaattattatgacaagaaaaattctaactacaacaaatacaaatataa
gi|13 : TGCTTCT--CTCG-CCG--CCTAGGAAGA----ACCATA-GAAAAAAACAAAACAATTT--TGT---TC-AAAG-AC-TATAGA--AAAC-TA-TG-TATCCACTGCAATA-TATCTGGTGCTTGATGTAAGC-----------------AAAAT---AA--AGGACGAACTCACA--TT-ttgcttttaagcatataag
gi|14 : ATTAT-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--AAAATACA-AAC-AC-CAATTGA-CG-TTGCG----AA--ACAT-TTTACTC-AA-A-ACTGAGAT--Atttctccaaaaaacttgcagtgtacgtatttaactgtatgaacacaatat
gi|15 : ttATT-T-ATG-C-CT-TCGTC-TTCA-TTGT--ACAA---G-AAACAC-CGATTGG-AA-TTGCGA---AA--A-AT-TTTAGTC-caaacatgtataactaaatacatgtaaggtacaaaatcataagtatatatattcattatatggtaagaaaaacacatgaacaattg
gi|16 : tctttA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TATA------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGAA-G-T-ttttaattttctttagataaaaataaacatgtatacatgataatatatagggaattaaaagaaagtattttaagagaaggctacactaata
gi|16 : A-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A------A--------CTTC-CT---ttttctaatgcatattgt
gi|17 : aaatgtattgctattaaatatacaatatgcattagaaaaatatacttgctcgagaggagcgtgcactagaaagtgacaatacaactccgagattctcaagaacacgtaacaattataAGGG-CCTGCTGACCAA--TCAGCG------C--CAGG----AA--AC-TCACTAATC-G-GTAAGAT-TA--CGT-AA--G-GGGAT-T-AAATCT-----GG---AAGTGCCGAC-A-G-ATCTAAGTTTTGGG--GTGAC--CAA-GGGTAAACA---AAAC-CAAAT-GTCAATC-TC----ACATAAA
gi|18 : TAGA-AA-T-TTCTAA-G-TTACGATAACAAATA---CAAA-TG--T--AG-TT-TGGT-AAA
gi|19 : aatacaaactgtatacaaaatacatgtaaagtcaaaattagaaaaagtagttatgacTT-T-ATC-T-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACATAACT-C-CGACTGA-A---TGGA----AA--A-AT-TTTACTC-AA-TAACTGAGAT--AAAA---TTTATAtagtgattgctgtaactaagggtcaa
gi|2 : taaaacattgtTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T----ACAACCAATA---C-AA-TG--T-AAA-GTATGGT-AAAA-ATCCACCAACTATGGCCTG-TA-A--GGTC---AC-GT-CCCA-TCCACCAAACTTGG-C--TGTAAATC-ACA-TG-A-GTGCT--C--CTCG-CCG--CCCA-GAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TTAATG----TG-AAAA-AC-TATGGACCAACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----T-C--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AAATTGG-CGGA-CCTCC--TT-AT-AGA---AAC---AATAA-TGT--------ATT--CTA-T---A-ATA-TA-CAAT----G-TGC---TTAGAAC------A--A--GT--------CTTG-CT---CGA-AAGAGCGT-C-CT--GAAGTGAA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAAACACG-----TAACAAT--------------------TAT--AGGGA---T-GA--GGGT-G---GT-GGAGGGAAATTG--ATAG-AA-GCTTAGAGGT-AACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTAACGC---CCTG-G-TGGAAAAA------G------AT-T--------------AC-A-T-ACGACTG-------A-GCTA----ACTGTG--CACGGGACCCCAGGCCCT--CATCCAACCTCAGCGGC----C--CGGG----AA--AACTCAACAACG-G-G--AGGT-TACCC-T-AC--GCGG--T-T-TAATTC-----CGCCTCAC-----AC-A-A-C-----------CG--GTAAT--CAA-AGAT---CAT-TTAACACAAAA-TTCA-TC-TCGCGAACATCCAAACCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-CCCACATT-TAATGCC-TT-CCTCCATTCGTTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGA-AAGTTGCG----AAACA-AA-TTTACTC-AAGT-ACTGGATT--AACTACATTTATAaaaagaatacaaaacatgtataacaaa
gi|21 : atgtaattccaataaatattataacaaaactaccaattaaacatacaccatgtaataacaaaatcagtaaattacaatacatacatgtatacaaaaacatgtatcaaaatacaaaaacgtagtagacA-CA-CAAA-GA-CTAACGC---TAATTG-TG---AAAGT----G------AT-CGACTGTCTAAGTAAAC-A--AAAGATGA-------ACGCTA----AGTGTG--AAAGGGACCGAAGG-CCT--aaaagccaatacagaacatggtatacacaaaatacattgtaaattccaaataaaaaccatgtaaacaaaaaccaccctgtaaacaat
gi|21 : ACTGTCTAAGTA-AA-CAAAAGA-TGAACGC---TAAGTG-TG---AAA------G------
gi|22 : acacaaagactaacgctaattgtgaaagtgatcg-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-AAA---------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTA---CAAA--TTCAGT-GTCT---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-A-ATggaccgaaggcct
gi|23 : -T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----A--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGA-AT--AATT---TTTTTAT
gi|24 : G--GTAAT--CAA-AGAT---CAT-TTAACACAAAA-TTCA-TC-TCGCGAACATCCAAACCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-C
gi|25 : TT-T-ATG-C-TTTCCTCC-TTCATTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGT-AA-cc
gi|3 : tTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T----A-AACAAATAAACC-AT-TG--T-AAAGTTATGGTTAAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TGTAG-GGGT--AACA-TTCCCA-TCC-CC-AACTTGG-CATTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC-------TCG--CGCAGG-AAA----ACCATA-GAT--AA----------TT--TG-----G-AAAA-AC-TATGGA--AA-C-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAACTAAAA--TGC-GGGACCCTCAT-TT-AT-ACG---AACACAAA-AA-TGT--------ATTGCCTA-TTAAA-ATA-TACCAAT----A-TGCATATTAGAAA------T--A--TA--------CTCGTCT---CGAGAGCAG-GT-CACTAGAA--TG-A--CAATACAACT-CGAGATTCT-AAG-AACACG-----TAACATT--------------------TAT--AGGGA-GTT-GAAGGGGTAGTAAGT-GGAGGGAAATTG--A-AGAAA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTG-ATG-GTA-CACCACA--A-TTAACGC---CTGGGGTTG---AAA------G------AT-T--------------AC-ATTAACGACTGT------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAG---CT--ATCCCAA--TCAGC-G-----C--CGGG----AA--ACCTCACTA--C-G-G--AGGT-TA--CTT-AC--G-GT--TAT-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------AGGTGTAAT--TAA-AGAT---CAGTTTAACACAAAA-TTCA-TCGTCG---ACATAAAAA----AGTT-----TGTG-A-TAA-CTTACATT-T--TG-C-TT-CCT-C-TTCATTT-T--ACGCCACA-AA-CACGCGA-TGA-AA-TT-CGA---AA--A-AT-TTTTCTCGAA-T-A-TGAAAT--AAAT---TTTATA
gi|4 : gtcaaaattagaaaaagtagtatgacgTAGAGAAAT-TTCTAA-G-T----ACAA---ATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA--TCCAC-AACT-TG-CCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCAC---ACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC---TCG-C-G--CC-AGGAAAA-----CCATA-GATAAA-----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTC-GCG-CAATG-AAT----TGC--GAGG-AAAC-----------------AAAAT---AA--TGG-CGGACC-TCA--TT-AT-ACGTCGAAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AATATA--A-CAAT----A--GC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGGAG-GCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAC-TTCTCAAG-AACACG-----TAA-AAC--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGG-TAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-G-TTA-AGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTGACGC---CTAGTG-TG---GAA------G------AT-T--------------AC-A-TAACG-CTA-------ACGCTA----ACTGTG--CACGT-ACCCAAGG-GCT--CGTCCAA--TCAGCGG-----C--CAGG----AA---CCTCACTAAAC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--TAA-AGAT---CA--TTAAC-CAA---TTCAATCGTCG---ACATAAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----A--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGA-AT--AATT---TTTTTATaaaagaataaaacatgtataacaaatacattaaattccaataaaaacatgtaacaatacattaatacaaaca
gi|5 : CAAA-TACAGG-----TAAGAACA-------------------TATGAAGGGA-G-TTGAAGGGGTAG---GTGGGAGGTAAATTGTAA-AG-AAGGCTAAGATGTACACAATGACTGT
gi|5 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccaAA------G------ATGT--------------AC-A-CAATGACTGTGCAGTGACGCTATCGAAGTGTAACCAGTGGATGTA-GG-TCT--CGACCAA--TCAGAGA-----T--CGAG----GA--GTCTCACTAGTC-GAG--AGGC-TA--C-G-AATGG-GG--TCT-AAATTAAGTGGGG---TA------AC-ATATA-----------GG--GTAATGATAATAGAT---CG--TTGAA-CAAGA-TTCAGTTGTCC---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAG-CTTACATT-T-ATGCC-TT-CCTCC-TTCA-CTGT--GTAACACA-AA-CAC-CGATTGG-AA-TTGCG----AA--A-ACATTTACTC-AA-A-ACTGAGAT--AAAT---TTTTTATgcagtgacgctatcgaagtgtaaccagtggatgtaggtctcgaccaatcagagatcgaggagtctcactagtcgagaggctacgaatggggtctaaattaagtggggtaacatatagggtaatgataatagatcgttgaacaagattcagttgtccacataaaaacagttatgtgcatagcttacatttatgccttcctccttcactgtgtaacacaaacaccgattggaattgcgaaaacatttactcaaaactgagataaattttttataaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|5 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccacaaatacaggtaagaacatatgaagggagttgaaggggtaggtgggaggtaaattgtaaagaaggctAAA-AAAT-TT--AA-C-T----ACAACAAATA---A-AAATG--TCAAG-TTATGTT-AAAA-ATCAACAAACT-TGGaaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|6 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccacaaatacaggtaagaacatatgaagggagttgaaggggtaggtgggaggtaaattgtaaagaaggctaagatgtacacaatgactgtgcagtgacgctatcgaagtgtaaccagtggatgtaggtctcgaccaatcagagatcgaggagtctcactagtcgagaggctacgaatggggtctaaattaagtggggtaacatatagggtaatgataatagatcgttgaacaagattcagttgtccacataaaaacagttatgtgcatagcttacatttatgccttcctccttcactgtgtaacacaaacaccgattggaattgcgaaaacatttactcaaaactgagataaattttttataaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaag-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGGTC-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTTCTTCC--CTCG-CCA--CCCAGGAAAA----AACATA-GATAAA-----------TA--TG----TG-AAGA-AC-TATGGA--AATC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAAC-----------------AAAAT---AAA-TGG-CGGACCCTCA--TT-AT--------------------GT--------ATTG-CTT-TT-AA-ATA-TT-CAAT----A-TGC--GTTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--AAATACAACCCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAATTTTGCTTTTAAGCATACATGTAT-AAGGGAGG-T-GAAGGGGTAG---GTGGGAGGGtt
gi|7 : TAAACATTCACTGTCTAAGTA-CA-CAAA-GA-CTAACGC---TAATTG-TG---CAAGTGACCG------AC-TGTCTAAGTAA----AC-A--AAAGACTA-------ACGCTA----AGTGTG--AAAGGGACCGAATA-CCT--CAACCAA--TCAGCGG-----T--CGGG----AA--ACCTCAATAATCGG-G--AGGT-TAC-C-T-AC--G-GGT-T-T-AAATT
gi|7 : ACTGTCTAAGTA-AA-CAAAAGA-CTAACGC---TAAGTG-TG---AAA------GGGACCGAA-T--------------AC-C-T--CAACCA-------AT--CA----GCGGT-----CGGGA---AA---CCT--CAAT-AA--TCGGGAGGTTACCTACGGGTTTAAATTACCTCACTAATC-G-GG-AGGT-TA--C-CCAC--G-GG--T-TTAAATTC-----CG---TA------AC-A-A-AA----------GG--GTAAT--CAA-AAAT---CA--TTAAT-CAAAAATTCAGTCGTCT---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATacctcactaatcgggaggttacccacgggtttaaattccgtaacaaaagggtaatcaaaaatcattaatcaaaaattcagtcgtctacataaaaacagttatgtgcataacttacat
gi|8 : taaacattcactgtctaagtacacaaagactaacgctaattgtgcaagtgaccgC--CTCATCCG--CC-AGGAAAAGAAAACCATA-GATAAAA----------AT--CAAAATTG-AAAATCC-TATGGA--AACC-TG-TG-TATCCGCAGAAAT---AT----TGCG-GAAGTAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT---AAG-TGG-CGGATCTTCC--TC-TTGATT---AAT---CA-AA-TGTTGATTAGCATTG-GCA-TG-AA-TTT-TC-CAATAAAGA-CAA--ATTGAAAATGTTTGA--A--TAAAAGTCGGCTTG-CT---CGTGA-GAGCGTGCGCTAGGAAGTG-GATCACTACAAC
gi|9 : atatataacataagTAGA-AAAT-TGCTAAAG-T----ACAACAAATA---C-AA-AGGTT-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAGCT-TGGCCTTGTA-AG-GGTC--AACAGTCCCAT-TCCACC--ACTTGG-C-TTGTAAATCAACA-TGCATGTGCTTTCCACTCG-CCGGCCCCAGGAAAA----ACCATA-GATTAAA-----------T--TG----TG-AAAA-ACTTATGAA--AACC-TGATGTTGTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTTTACTCCTACATAACTGAGATAACATTTATAAAAAGAATACAAACACGTATAACAAATACAATCGTACAATTCCAATAAAAACATTAACAAAAGACATGTAATAATAACAAC
Unaligned ( gi|26 ): GCATAAACAAATCGAGTTTCAAAATATTTAGAAAAGACGCAAAAC
Alignments
lowQualScore : 1111 111 1 1 11 1111 333333333333333333333 1111 11 33333333333333333 11 1111111111 111 11111111 3333333333333333333333 11111 44444444444444444444 11 1 111111 11 1 555555555555555555555555555 111 2222222 1111 11 11111111 1111 11 111111 1111 222222222222222222 33333333333 11 1 1 1111 111 22222 1 1 1 1 1111 111
lowQualScore : 5 5 5 5 2222 000 5 1 77 5 5 5 6 0 5 4 3 6 5 77 6 99 6 6 55 6 6 999 5 66 4 0000 5 6 000000000000000000000 5 5 5 66 1 5 5 5 5 2222 11 55555555555555555 66 5 11 0000000000 777 5 5 88888888 5 5 55 5 5 4 9999 4 66 3333333333333333333333 4 777 0 4 0 5 77 0 0 5 22222 55555555555555555555 00 888 1 444444 0 11 8 8 8 1 5 5 1 0 5 888 1 0 5 888 777777777777777777777777777 5 333 0 1111111 0000 66 1 888 66 22 11 88888888 0000 9999 5555 5 11 5 222222 66 5 2222 4 000000000000000000 5 5 5 55555555555 66 66 4 777 99 3 66 2 6 9999 777 44444 0 5 3 3 7 7 3 3 0 3 44 3 7 3 3 6 5555 55 3 7 3 111 3 55 1 777 1
lowQualScore : . . . . .... ... . . .. . . . . . . . . . . .. . .. . . .. . . ... . .. . .... . . ..................... . . . .. . . . . . .... .. ................. .. . .. .......... ... . . ........ . . .. . . . .... . .. ...................... . ... . . . . .. . . . ..... .................... .. ... . ...... . .. . . . . . . . . . ... . . . ... ........................... . ... . ....... .... .. . ... .. .. .. ........ .... .... .... . .. . ...... .. . .... . .................. . . . ........... .. .. . ... .. . .. . . .... ... ..... . . . . . . . . . . .. . . . . . .... .. . . . ... . .. . ... .
lowQualScore : 7 7 7 7 1111 000 7 4 99 7 7 7 7 7 7 3 3 7 7 99 7 88 7 7 88 7 7 444 0 99 5 6666 0 5 111111111111111111111 0 0 0 99 4 0 0 0 7 1111 99 00000000000000000 99 0 99 1111111111 999 0 0 11111111 0 0 11 0 0 4 4444 4 11 9999999999999999999999 4 888 2 3 1 7 99 1 7 0 55555 66666666666666666666 77 666 4 222222 8 00 0 0 0 7 0 0 0 0 0 888 0 1 0 888 111111111111111111111111111 0 444 1 2222222 6666 99 4 444 11 11 99 44444444 6666 1111 4444 0 99 0 888888 99 0 9999 4 444444444444444444 0 0 0 66666666666 11 11 4 888 44 3 44 0 7 4444 555 66666 0 0 3 3 3 3 6 3 0 3 66 3 1 3 3 7 0000 00 6 3 6 777 2 55 0 888 0
consensus : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TT-AT-ACG---AAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CANA-GA-TTAACGC---CNAGTG-TG---AAA------G------AT-T----------AC-A-TAACGACTG-------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-----C--CGGG----AA--ACCTCACTAATC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTAAC-CAAAA-TTCAGTCGTCG---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
Reference ( family-3692 ) : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TT-AT-ACG---AAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CANA-GA-TTAACGC---CNAGTG-TG---AAA------G------AT-T----------AC-A-TAACGACTG-------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-----C--CGGG----AA--ACCTCACTAATC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTAAC-CAAAA-TTCAGTCGTCG---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
gi|1 : TAGA-AAATGTTCTAA-GAT----ACAACAAATA---C-AAATG--T-AAA-GTATGGT-AAAAAATCCACCAACT-T-GCCTTGTC-AG-GGTTCAAACAGTCCC
gi|1 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgacCAATT-TG------TA-AGTGGTC--AACAGTCCCCATTCCACC-AACTTGG-C-TTGGAAAT---CATTG-AT-TGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATATGAT-AAA----------TG--TG----TGAAAAA-AC-TATGGA--AACCTTG-TG--GTCCGCGGCAATGAAAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCGATTT-AT-ACG---AACCA-AA-AA-TGT--------ATTG-CTAGTT-AA-ATATTA-CAAT----ACTGC--ATTAGAAA------AATA--TA--------CTTG-CTCTCCGAGAGGAGCGtgaacaatttgtaagtggtcaacagtccccattccaccaacttggcttggaaatcattgattgcttccctcgccgcccaggaaaaaccatatgataaatgtgtgaaaaaactatggaaaccttgtggtccgcggcaatgaaattgcgaggtaaacaaaataaatggcggaccctcgatttatacgaaccaaaaatgtattgctagttaaatattacaatactgcattagaaaaatatacttgctctccgagaggagcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccacctacaacccgaattctcaagaacactaacaatatagggagttgaaggggtagtgggagggaaatgagaaagcttagaggtaaacattcactgtctgtgtaccacacagatttaacgcttgcgagtggaaaagattacaataacacttgacgctaactgtgcaccccaagcctcatccaattcagcggccggaaagggaggtacactacggtttaaatacgtaaacaaaagggtaattaaagatcatttaaccaaaatgcaaccgtcgacagaaaaacagttaggtgcataagcttacatttatgcctcctctacaacacaaacgccgactgaaattgcgaaaattttacgcaaactgagaaaaattttaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|1 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgactagaaaatgttctaagatacaacaaatacaaatgtaaagtatggtaaaaaatccaccaacttgccttgtcagggttcaaacagtccctgaaTACAAC-CCGA-ATTCTCAAG-AACAC------TAACAAT---------------------AT-A-GGGA-G-TTGAAGGGGTAG---TG-GGAGGGAAAT-G--A-GA-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGTGTACCA-CACA-GATTTAACGCTTGCGAGTG-GA---AAA------G------AT-T----------ACAA-TAACACTTG-------ACGCTA----ACTGTG--CAC----CCCAA-G-CCT--CATCCAAT-TCAGCGG-----C--CGGA----AA--G------------G-G--AGGTACA--C-T-AC--G-GT--T-T-AAATAC-----GT---AA------ACAA-A-A-----------GG--GTAAT--TAA-AGAT---CAT-TTAAC-CAAAA-TGCAACCGTCG---ACAGAAAAAC---AGTT--A--GGTGCA-TAAGCTTACATT-T-ATG-C-CT-CCTC----------T--ACAACACA-AA-CGC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACGC-AA---ACTGAGAA--AAAT---TTTctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccacctacaacccgaattctcaagaacactaacaatatagggagttgaaggggtagtgggagggaaatgagaaagcttagaggtaaacattcactgtctgtgtaccacacagatttaacgcttgcgagtggaaaagattacaataacacttgacgctaactgtgcaccccaagcctcatccaattcagcggccggaaagggaggtacactacggtttaaatacgtaaacaaaagggtaattaaagatcatttaaccaaaatgcaaccgtcgacagaaaaacagttaggtgcataagcttacatttatgcctcctctacaacacaaacgccgactgaaattgcgaaaattttacgcaaactgagaaaaattttaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|10 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgactagaaaatgttctaagatacaacaaatacaaatgtaaagtatggtaaaaaatccaccaacttgccttgtcagggttcaaacagtccctgaacaatttgtaagtggtcaacagtccccattccaccaacttggcttggaaatcattgattgcttccctcgccgcccaggaaaaaccatatgataaatgtgtgaaaaaactatggaaaccttgtggtccgcggcaatgaaattgcgaggtaaacaaaataaatggcggaccctcgatttatacgaaccaaaaatgtattgctagttaaatattacaatactgcattagaaaaatatacttgctctccgagaggagcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccaccCC-ATCA-TT-TTTACAATACA-AA-CAC-CGACTGACAACTTGCG----AA--A-ATATTTACTC-AA-T-AC-GAGAT--AAAT---TTTCaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|11 : T-T-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--ACAACAC--AACCAC-CGATTGG-AA-TTGCGAAAAAA--A-AA-TTTACTC-AA-A-ACTGAGATTAAATT---TTTATAccttttataaaagaatacaaacatgtataacaaataatgtaattaacaatacaacattatccaaataacatgtaaatttacaatacaaacactgtatacaaactaatgtaaagtaaaaattagaaaagtaattatgactagaaattttctaactacaacaaataaaat
gi|12 : GC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TTTAT-ACG---AAC---AA-AAATGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACGTTTACTAACAAT--------------------Taaaataaatataaacatgtacatacataacaaaatacatgtaaagtacaaaattataaaaattattatgacaagaaaaattctaactacaacaaatacaaatataa
gi|13 : TGCTTCT--CTCG-CCG--CCTAGGAAGA----ACCATA-GAAAAAAACAAAACAATTT--TGT---TC-AAAG-AC-TATAGA--AAAC-TA-TG-TATCCACTGCAATA-TATCTGGTGCTTGATGTAAGCA-----------------AAAT--AAA-GGACGAACTCACA--TT-ttgcttttaagcatataag
gi|14 : ATTAT-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--AAAATACA-AAC-AC-CAATTGA-CG-TTGCG----AA--ACAT-TTTACTC-AA-A-ACTGAGAT--Atttctccaaaaaacttgcagtgtacgtatttaactgtatgaacacaatat
gi|15 : ttATT-T-ATG-C-CT-TCGTC-TTCA-TTGT--ACAA---G-AAACAC-CGATTGG-AA-TTGCGA---AA--A-AT-TTTAGTC-caaacatgtataactaaatacatgtaaggtacaaaatcataagtatatatattcattatatggtaagaaaaacacatgaacaattg
gi|16 : tctttA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TATA------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGAA-G-T-ttttaattttctttagataaaaataaacatgtatacatgataatatatagggaattaaaagaaagtattttaagagaaggctacactaata
gi|16 : A-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A------A--------CTTC-CT---ttttctaatgcatattgt
gi|17 : aaatgtattgctattaaatatacaatatgcattagaaaaatatacttgctcgagaggagcgtgcactagaaagtgacaatacaactccgagattctcaagaacacgtaacaattataAGGG-CCTGCTGACCAA--TCAGCG------C--CAGG----AA--AC-TCACTAATC-G-GTAAGAT-TA--CGT-AA--G-GGGAT-T-AAATCT-----GG---AAGTGCCGAC-A-G-ATCTAAGTTTTGGG--GTGAC--CAA-GGGTAAACA---AAAC-CAAAT-GTCAATC-TC----ACATAAA
gi|18 : TAGA-AA-T-TTCTAA-G-TTACGATAACAAATA---CAAA-TG--T--AG-TT-TGGT-AAA
gi|19 : aatacaaactgtatacaaaatacatgtaaagtcaaaattagaaaaagtagttatgacTT-T-ATC-T-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACATAACT-C-CGACTGA-A---TGGA----AA--A-AT-TTTACTC-AA-TAACTGAGAT--AAAA---TTTATAtagtgattgctgtaactaagggtcaa
gi|2 : taaaacattgtTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T----ACAACCAATA---C-AA-TG--T-AAA-GTATGGT-AAAA-ATCCACCAACTATGGCCTG-TA-A--GGTC---AC-GT-CCCA-TCCACCAAACTTGG-C--TGTAAATC-ACA-TG-A-GTGCT--C--CTCG-CCG--CCCA-GAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TTAATG----TG-AAAA-AC-TATGGACCAACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----T-C--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAATTGGCGGA-CCTCC--TT-AT-AGA---AAC---AATAA-TGT--------ATT--CTA-T---A-ATA-TA-CAAT----G-TGC---TTAGAAC------A--A--GT--------CTTG-CT---CGA-AAGAGCGT-C-CT--GAAGTGAA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAAACACG-----TAACAAT--------------------TAT--AGGGA---T-GA--GGGT-G---GT-GGAGGGAAATTG--ATAG-AA-GCTTAGAGGT-AACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTAACGC---CCTG-G-TGGAAAAA------G------AT-T----------AC-A-T-ACGACTG-------A-GCTA----ACTGTG--CACGGGACCCCAGGCCCT--CATCCAACCTCAGCGGC----C--CGGG----AA--AACTCAACAACG-G-G--AGGT-TACCC-T-AC--GCGG--T-T-TAATTC-----CGCCTCAC-----AC-A-A-C-----------CG--GTAAT--CAA-AGAT---CAT-TTAACACAAAA-TTCA-TC-TCGCGAACATCCAAACCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-CCCACATT-TAATGCC-TT-CCTCCATTCGTTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGA-AAGTTGCG----AAACA-AA-TTTACTC-AAGT-ACTGGATT--AACTACATTTATAaaaagaatacaaaacatgtataacaaa
gi|21 : atgtaattccaataaatattataacaaaactaccaattaaacatacaccatgtaataacaaaatcagtaaattacaatacatacatgtatacaaaaacatgtatcaaaatacaaaaacgtagtagacA-CA-CAAA-GA-CTAACGC---TAATTG-TG---AAA------GTGATCGAC-TGTCTAAGTAAAC-A--AAAGATGA-------ACGCTA----AGTGTG--AAAGGGACCGAAGG-CCT--aaaagccaatacagaacatggtatacacaaaatacattgtaaattccaaataaaaaccatgtaaacaaaaaccaccctgtaaacaat
gi|21 : ACTGTCTAAGTA-AA-CAAAAGA-TGAACGC---TAAGTG-TG---AAA------G------
gi|22 : acacaaagactaacgctaattgtgaaagtgatcg-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-AAA---------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTA---CAAA--TTCAGT-GTCT---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-A-ATggaccgaaggcct
gi|23 : -T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----A--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGA-AT--AATT---TTTTTAT
gi|24 : G--GTAAT--CAA-AGAT---CAT-TTAACACAAAA-TTCA-TC-TCGCGAACATCCAAACCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-C
gi|25 : TT-T-ATG-C-TTTCCTCC-TTCATTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGT-AA-cc
gi|3 : tTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T----A-AACAAATAAACC-AT-TG--T-AAAGTTATGGTTAAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TGTAG-GGGT--AACA-TTCCCA-TCC-CC-AACTTGG-CATTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC-------TCG--CGCAGG-AAA----ACCATA-GAT--AA----------TT--TG-----G-AAAA-AC-TATGGA--AA-C-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAACTAAAA-TGCGGGACCCTCAT-TT-AT-ACG---AACACAAA-AA-TGT--------ATTGCCTA-TTAAA-ATA-TACCAAT----A-TGCATATTAGAAA------T--A--TA--------CTCGTCT---CGAGAGCAG-GT-CACTAGAA--TG-A--CAATACAACT-CGAGATTCT-AAG-AACACG-----TAACATT--------------------TAT--AGGGA-GTT-GAAGGGGTAGTAAGT-GGAGGGAAATTG--A-AGAAA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTG-ATG-GTA-CACCACA--A-TTAACGC---CTGGGGTTG---AAA------G------AT-T----------AC-ATTAACGACTGT------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAG---CT--ATCCCAA--TCAGC-G-----C--CGGG----AA--ACCTCACTA--C-G-G--AGGT-TA--CTT-AC--G-GT--TAT-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------AGGTGTAAT--TAA-AGAT---CAGTTTAACACAAAA-TTCA-TCGTCG---ACATAAAAA----AGTT-----TGTG-A-TAA-CTTACATT-T--TG-C-TT-CCT-C-TTCATTT-T--ACGCCACA-AA-CACGCGA-TGA-AA-TT-CGA---AA--A-AT-TTTTCTCGAA-T-A-TGAAAT--AAAT---TTTATA
gi|4 : gtcaaaattagaaaaagtagtatgacgTAGAGAAAT-TTCTAA-G-T----ACAA---ATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA--TCCAC-AACT-TG-CCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCAC---ACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC---TCG-C-G--CC-AGGAAAA-----CCATA-GATAAA-----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTC-GCG-CAATG-AAT----TGC--GAGG-AAACA-----------------AAAT--AA--TGGCGGACC-TCA--TT-AT-ACGTCGAAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AATATA--A-CAAT----A--GC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGGAG-GCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAC-TTCTCAAG-AACACG-----TAA-AAC--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGG-TAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-G-TTA-AGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTGACGC---CTAGTG-TG---GAA------G------AT-T----------AC-A-TAACG-CTA-------ACGCTA----ACTGTG--CACGT-ACCCAAGG-GCT--CGTCCAA--TCAGCGG-----C--CAGG----AA---CCTCACTAAAC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--TAA-AGAT---CA--TTAAC-CAA---TTCAATCGTCG---ACATAAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----A--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGA-AT--AATT---TTTTTATaaaagaataaaacatgtataacaaatacattaaattccaataaaaacatgtaacaatacattaatacaaaca
gi|5 : CAAA-TACAGG-----TAAGAACA-------------------TATGAAGGGA-G-TTGAAGGGGTAG---GTGGGAGGTAAATTGTAA-AG-AAGGCTAAGATGTACACAATGACTGT
gi|5 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccaAA------G------ATGT----------AC-A-CAATGACTGTGCAGTGACGCTATCGAAGTGTAACCAGTGGATGTA-GG-TCT--CGACCAA--TCAGAGA-----T--CGAG----GA--GTCTCACTAGTC-GAG--AGGC-TA--C-G-AATGG-GG--TCT-AAATTAAGTGGGG---TA------AC-ATATA-----------GG--GTAATGATAATAGAT---CG--TTGAA-CAAGA-TTCAGTTGTCC---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAG-CTTACATT-T-ATGCC-TT-CCTCC-TTCA-CTGT--GTAACACA-AA-CAC-CGATTGG-AA-TTGCG----AA--A-ACATTTACTC-AA-A-ACTGAGAT--AAAT---TTTTTATgcagtgacgctatcgaagtgtaaccagtggatgtaggtctcgaccaatcagagatcgaggagtctcactagtcgagaggctacgaatggggtctaaattaagtggggtaacatatagggtaatgataatagatcgttgaacaagattcagttgtccacataaaaacagttatgtgcatagcttacatttatgccttcctccttcactgtgtaacacaaacaccgattggaattgcgaaaacatttactcaaaactgagataaattttttataaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|5 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccacaaatacaggtaagaacatatgaagggagttgaaggggtaggtgggaggtaaattgtaaagaaggctAAA-AAAT-TT--AA-C-T----ACAACAAATA---A-AAATG--TCAAG-TTATGTT-AAAA-ATCAACAAACT-TGGaaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|6 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccacaaatacaggtaagaacatatgaagggagttgaaggggtaggtgggaggtaaattgtaaagaaggctaagatgtacacaatgactgtgcagtgacgctatcgaagtgtaaccagtggatgtaggtctcgaccaatcagagatcgaggagtctcactagtcgagaggctacgaatggggtctaaattaagtggggtaacatatagggtaatgataatagatcgttgaacaagattcagttgtccacataaaaacagttatgtgcatagcttacatttatgccttcctccttcactgtgtaacacaaacaccgattggaattgcgaaaacatttactcaaaactgagataaattttttataaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaag-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGGTC-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTTCTTCC--CTCG-CCA--CCCAGGAAAA----AACATA-GATAAA-----------TA--TG----TG-AAGA-AC-TATGGA--AATC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TT--------------------A-TGT--------ATTG-CTT-TT-AA-ATA-TT-CAAT----A-TGC--GTTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--AAATACAACCCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAATTTTGCTTTTAAGCATACATGTAT-AAGGGAGG-T-GAAGGGGTAG---GTGGGAGGGtt
gi|7 : TAAACATTCACTGTCTAAGTA-CA-CAAA-GA-CTAACGC---TAATTG-TG---CAAGTGACCG------AC-TGTCTAAGTAAAC-A--AAAGACTA-------ACGCTA----AGTGTG--AAAGGGACCGAATA-CCT--CAACCAA--TCAGCGG-----T--CGGG----AA--ACCTCAATAATCGG-G--AGGT-TAC-C-T-AC--G-GGT-T-T-AAATT
gi|7 : ACTGTCTAAGTA-AA-CAAAAGA-CTAACGC---TAAGTG-TG---AAA------GGGACCGAA-T----------AC-C-T--CAACCA-------AT--CA----GCGGT-----CGGGA---AA---CCT--CAAT-AA--TCGGGAGGTTACCTACGGGTTTAAATTACCTCACTAATC-G-GG-AGGT-TA--C-CCAC--G-GG--T-TTAAATTC-----CG---TA------AC-A-A-AA----------GG--GTAAT--CAA-AAAT---CA--TTAAT-CAAAAATTCAGTCGTCT---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATacctcactaatcgggaggttacccacgggtttaaattccgtaacaaaagggtaatcaaaaatcattaatcaaaaattcagtcgtctacataaaaacagttatgtgcataacttacat
gi|8 : taaacattcactgtctaagtacacaaagactaacgctaattgtgcaagtgaccgC--CTCATCCG--CC-AGGAAAAGAAAACCATA-GATAAAA----------AT--CAAAATTG-AAAATCC-TATGGA--AACC-TG-TG-TATCCGCAGAAAT---AT----TGCG-GAAGTAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT--AAG-TGGCGGATCTTCC--TC-TTGATT---AAT---CA-AA-TGTTGATTAGCATTG-GCA-TG-AA-TTT-TC-CAATAAAGA-CAA--ATTGAAAATGTTTGA--A--TAAAAGTCGGCTTG-CT---CGTGA-GAGCGTGCGCTAGGAAGTG-GATCACTACAAC
gi|9 : atatataacataagTAGA-AAAT-TGCTAAAG-T----ACAACAAATA---C-AA-AGGTT-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAGCT-TGGCCTTGTA-AG-GGTC--AACAGTCCCAT-TCCACC--ACTTGG-C-TTGTAAATCAACA-TGCATGTGCTTTCCACTCG-CCGGCCCCAGGAAAA----ACCATA-GATTAAA-----------T--TG----TG-AAAA-ACTTATGAA--AACC-TGATGTTGTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTTTACTCCTACATAACTGAGATAACATTTATAAAAAGAATACAAACACGTATAACAAATACAATCGTACAATTCCAATAAAAACATTAACAAAAGACATGTAATAATAACAAC
Unaligned ( gi|26 ): GCATAAACAAATCGAGTTTCAAAATATTTAGAAAAGACGCAAAAC
Alignments
lowQualScore : 1111 111 1 1 11 1111 333333333333333333333 1111 11 33333333333333333 11 1111111111 111 11111111 3333333333333333333333 11111 44444444444444444444 11 1 111111 11 1 555555555555555555555555555 111 2222222 1111 11 11111111 1111 11 111111 1111 222222222222222222 33333333333 11 1 1 1111 111 22222 1 1 1 1 1111 111
lowQualScore : 5 5 5 5 2222 000 5 1 77 5 5 5 6 0 5 4 3 6 5 77 6 99 6 6 55 6 6 999 5 66 4 0000 5 6 000000000000000000000 5 5 5 66 1 5 5 5 5 2222 11 55555555555555555 66 5 11 0000000000 777 5 5 88888888 5 5 55 5 5 4 9999 4 66 3333333333333333333333 4 777 0 4 0 5 77 0 0 5 22222 55555555555555555555 00 888 1 444444 0 11 8 8 8 1 5 5 1 0 5 888 1 0 5 888 777777777777777777777777777 5 333 0 1111111 0000 66 1 888 66 22 11 88888888 0000 9999 5555 5 11 5 222222 66 5 2222 4 000000000000000000 5 5 5 55555555555 66 66 4 777 99 3 66 2 6 9999 777 44444 0 5 3 3 7 7 3 3 0 3 44 3 7 3 3 6 5555 55 3 7 3 111 3 55 1 777 1
lowQualScore : . . . . .... ... . . .. . . . . . . . . . . .. . .. . . .. . . ... . .. . .... . . ..................... . . . .. . . . . . .... .. ................. .. . .. .......... ... . . ........ . . .. . . . .... . .. ...................... . ... . . . . .. . . . ..... .................... .. ... . ...... . .. . . . . . . . . . ... . . . ... ........................... . ... . ....... .... .. . ... .. .. .. ........ .... .... .... . .. . ...... .. . .... . .................. . . . ........... .. .. . ... .. . .. . . .... ... ..... . . . . . . . . . . .. . . . . . .... .. . . . ... . .. . ... .
lowQualScore : 7 7 7 7 1111 000 7 4 99 7 7 7 7 7 7 3 3 7 7 99 7 88 7 7 88 7 7 444 0 99 5 6666 0 5 111111111111111111111 0 0 0 99 4 0 0 0 7 1111 99 00000000000000000 99 0 99 1111111111 999 0 0 11111111 0 0 11 0 0 4 4444 4 11 9999999999999999999999 4 888 2 3 1 7 99 1 7 0 55555 66666666666666666666 77 666 4 222222 8 00 0 0 0 7 0 0 0 0 0 888 0 1 0 888 111111111111111111111111111 0 444 1 2222222 6666 99 4 444 11 11 99 44444444 6666 1111 4444 0 99 0 888888 99 0 9999 4 444444444444444444 0 0 0 66666666666 11 11 4 888 44 3 44 0 7 4444 555 66666 0 0 3 3 3 3 6 3 0 3 66 3 1 3 3 7 0000 00 6 3 6 777 2 55 0 888 0
consensus : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TT-AT-ACG---AAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CANA-GA-TTAACGC---CNAGTG-TG---AAA------G------AT-T----------AC-A-TAACGACTG-------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-----C--CGGG----AA--ACCTCACTAATC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTAAC-CAAAA-TTCAGTCGTCG---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
Reference ( family-3692 ) : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TT-AT-ACG---AAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CANA-GA-TTAACGC---CNAGTG-TG---AAA------G------AT-T----------AC-A-TAACGACTG-------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-----C--CGGG----AA--ACCTCACTAATC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTAAC-CAAAA-TTCAGTCGTCG---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
gi|1 : TAGA-AAATGTTCTAA-GAT----ACAACAAATA---C-AAATG--T-AAA-GTATGGT-AAAAAATCCACCAACT-T-GCCTTGTC-AG-GGTTCAAACAGTCCC
gi|1 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgacCAATT-TG------TA-AGTGGTC--AACAGTCCCCATTCCACC-AACTTGG-C-TTGGAAAT---CATTG-AT-TGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATATGAT-AAA----------TG--TG----TGAAAAA-AC-TATGGA--AACCTTG-TG--GTCCGCGGCAATGAAAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCGATTT-AT-ACG---AACCA-AA-AA-TGT--------ATTG-CTAGTT-AA-ATATTA-CAAT----ACTGC--ATTAGAAA------AATA--TA--------CTTG-CTCTCCGAGAGGAGCGtgaacaatttgtaagtggtcaacagtccccattccaccaacttggcttggaaatcattgattgcttccctcgccgcccaggaaaaaccatatgataaatgtgtgaaaaaactatggaaaccttgtggtccgcggcaatgaaattgcgaggtaaacaaaataaatggcggaccctcgatttatacgaaccaaaaatgtattgctagttaaatattacaatactgcattagaaaaatatacttgctctccgagaggagcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccacctacaacccgaattctcaagaacactaacaatatagggagttgaaggggtagtgggagggaaatgagaaagcttagaggtaaacattcactgtctgtgtaccacacagatttaacgcttgcgagtggaaaagattacaataacacttgacgctaactgtgcaccccaagcctcatccaattcagcggccggaaagggaggtacactacggtttaaatacgtaaacaaaagggtaattaaagatcatttaaccaaaatgcaaccgtcgacagaaaaacagttaggtgcataagcttacatttatgcctcctctacaacacaaacgccgactgaaattgcgaaaattttacgcaaactgagaaaaattttaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|1 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgactagaaaatgttctaagatacaacaaatacaaatgtaaagtatggtaaaaaatccaccaacttgccttgtcagggttcaaacagtccctgaaTACAAC-CCGA-ATTCTCAAG-AACAC------TAACAAT---------------------AT-A-GGGA-G-TTGAAGGGGTAG---TG-GGAGGGAAAT-G--A-GA-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGTGTACCA-CACA-GATTTAACGCTTGCGAGTG-GA---AAA------G------AT-T----------ACAA-TAACACTTG-------ACGCTA----ACTGTG--CAC----CCCAA-G-CCT--CATCCAAT-TCAGCGG-----C--CGGA----AA--G------------G-G--AGGTACA--C-T-AC--G-GT--T-T-AAATAC-----GT---AA------ACAA-A-A-----------GG--GTAAT--TAA-AGAT---CAT-TTAAC-CAAAA-TGCAACCGTCG---ACAGAAAAAC---AGTT--A--GGTGCA-TAAGCTTACATT-T-ATG-C-CT-CCTC----------T--ACAACACA-AA-CGC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACGC-AA---ACTGAGAA--AAAT---TTTctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccacctacaacccgaattctcaagaacactaacaatatagggagttgaaggggtagtgggagggaaatgagaaagcttagaggtaaacattcactgtctgtgtaccacacagatttaacgcttgcgagtggaaaagattacaataacacttgacgctaactgtgcaccccaagcctcatccaattcagcggccggaaagggaggtacactacggtttaaatacgtaaacaaaagggtaattaaagatcatttaaccaaaatgcaaccgtcgacagaaaaacagttaggtgcataagcttacatttatgcctcctctacaacacaaacgccgactgaaattgcgaaaattttacgcaaactgagaaaaattttaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|10 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgactagaaaatgttctaagatacaacaaatacaaatgtaaagtatggtaaaaaatccaccaacttgccttgtcagggttcaaacagtccctgaacaatttgtaagtggtcaacagtccccattccaccaacttggcttggaaatcattgattgcttccctcgccgcccaggaaaaaccatatgataaatgtgtgaaaaaactatggaaaccttgtggtccgcggcaatgaaattgcgaggtaaacaaaataaatggcggaccctcgatttatacgaaccaaaaatgtattgctagttaaatattacaatactgcattagaaaaatatacttgctctccgagaggagcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccaccCC-ATCA-TT-TTTACAATACA-AA-CAC-CGACTGACAACTTGCG----AA--A-ATATTTACTC-AA-T-AC-GAGAT--AAAT---TTTCaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|11 : T-T-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--ACAACAC--AACCAC-CGATTGG-AA-TTGCGAAAAAA--A-AA-TTTACTC-AA-A-ACTGAGATTAAATT---TTTATAccttttataaaagaatacaaacatgtataacaaataatgtaattaacaatacaacattatccaaataacatgtaaatttacaatacaaacactgtatacaaactaatgtaaagtaaaaattagaaaagtaattatgactagaaattttctaactacaacaaataaaat
gi|12 : GC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TTTAT-ACG---AAC---AA-AAATGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACGTTTACTAACAAT--------------------Taaaataaatataaacatgtacatacataacaaaatacatgtaaagtacaaaattataaaaattattatgacaagaaaaattctaactacaacaaatacaaatataa
gi|13 : TGCTTCT--CTCG-CCG--CCTAGGAAGA----ACCATA-GAAAAAAACAAAACAATTT--TGT---TC-AAAG-AC-TATAGA--AAAC-TA-TG-TATCCACTGCAATA-TATCTGGTGCTTGATGTAAGCA-----------------AAAT--AAA-GGACGAACTCACA--TT-ttgcttttaagcatataag
gi|14 : ATTAT-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--AAAATACA-AAC-AC-CAATTGA-CG-TTGCG----AA--ACAT-TTTACTC-AA-A-ACTGAGAT--Atttctccaaaaaacttgcagtgtacgtatttaactgtatgaacacaatat
gi|15 : ttATT-T-ATG-C-CT-TCGTC-TTCA-TTGT--ACAA---G-AAACAC-CGATTGG-AA-TTGCGA---AA--A-AT-TTTAGTC-caaacatgtataactaaatacatgtaaggtacaaaatcataagtatatatattcattatatggtaagaaaaacacatgaacaattg
gi|16 : tctttA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TATA------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGAA-G-T-ttttaattttctttagataaaaataaacatgtatacatgataatatatagggaattaaaagaaagtattttaagagaaggctacactaata
gi|16 : A-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A------A--------CTTC-CT---ttttctaatgcatattgt
gi|17 : aaatgtattgctattaaatatacaatatgcattagaaaaatatacttgctcgagaggagcgtgcactagaaagtgacaatacaactccgagattctcaagaacacgtaacaattataAGGG-CCTGCTGACCAA--TCAGCG------C--CAGG----AA--AC-TCACTAATC-G-GTAAGAT-TA--CGT-AA--G-GGGAT-T-AAATCT-----GG---AAGTGCCGAC-A-G-ATCTAAGTTTTGGG--GTGAC--CAA-GGGTAAACA---AAAC-CAAAT-GTCAATC-TC----ACATAAA
gi|18 : TAGA-AA-T-TTCTAA-G-TTACGATAACAAATA---CAAA-TG--T--AG-TT-TGGT-AAA
gi|19 : aatacaaactgtatacaaaatacatgtaaagtcaaaattagaaaaagtagttatgacTT-T-ATC-T-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACATAACT-C-CGACTGA-A---TGGA----AA--A-AT-TTTACTC-AA-TAACTGAGAT--AAAA---TTTATAtagtgattgctgtaactaagggtcaa
gi|2 : taaaacattgtTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T----ACAACCAATA---C-AA-TG--T-AAA-GTATGGT-AAAA-ATCCACCAACTATGGCCTG-TA-A--GGTC---AC-GT-CCCA-TCCACCAAACTTGG-C--TGTAAATC-ACA-TG-A-GTGCT--C--CTCG-CCG--CCCA-GAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TTAATG----TG-AAAA-AC-TATGGACCAACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----T-C--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAATTGGCGGA-CCTCC--TT-AT-AGA---AAC---AATAA-TGT--------ATT--CTA-T---A-ATA-TA-CAAT----G-TGC---TTAGAAC------A--A--GT--------CTTG-CT---CGA-AAGAGCGT-C-CT--GAAGTGAA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAAACACG-----TAACAAT--------------------TAT--AGGGA---T-GA--GGGT-G---GT-GGAGGGAAATTG--ATAG-AA-GCTTAGAGGT-AACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTAACGC---CCTG-G-TGGAAAAA------G------AT-T----------AC-A-T-ACGACTG-------A-GCTA----ACTGTG--CACGGGACCCCAGGCCCT--CATCCAACCTCAGCGGC----C--CGGG----AA--AACTCAACAACG-G-G--AGGT-TACCC-T-AC--GCGG--T-T-TAATTC-----CGCCTCAC-----AC-A-A-C-----------CG--GTAAT--CAA-AGAT---CAT-TTAACACAAAA-TTCA-TC-TCGCGAACATCCAAACCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-CCCACATT-TAATGCC-TT-CCTCCATTCGTTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGA-AAGTTGCG----AAACA-AA-TTTACTC-AAGT-ACTGGATT--AACTACATTTATAaaaagaatacaaaacatgtataacaaa
gi|21 : atgtaattccaataaatattataacaaaactaccaattaaacatacaccatgtaataacaaaatcagtaaattacaatacatacatgtatacaaaaacatgtatcaaaatacaaaaacgtagtagacA-CA-CAAA-GA-CTAACGC---TAATTG-TG---AAA------GTGATCGAC-TGTCTAAGTAAAC-A--AAAGATGA-------ACGCTA----AGTGTG--AAAGGGACCGAAGG-CCT--aaaagccaatacagaacatggtatacacaaaatacattgtaaattccaaataaaaaccatgtaaacaaaaaccaccctgtaaacaat
gi|21 : ACTGTCTAAGTA-AA-CAAAAGA-TGAACGC---TAAGTG-TG---AAA------G------
gi|22 : acacaaagactaacgctaattgtgaaagtgatcg-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-AAA---------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTA---CAAA--TTCAGT-GTCT---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-A-ATggaccgaaggcct
gi|23 : -T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----A--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGA-AT--AATT---TTTTTAT
gi|24 : G--GTAAT--CAA-AGAT---CAT-TTAACACAAAA-TTCA-TC-TCGCGAACATCCAAACCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-C
gi|25 : TT-T-ATG-C-TTTCCTCC-TTCATTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGT-AA-cc
gi|3 : tTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T----A-AACAAATAAACC-AT-TG--T-AAAGTTATGGTTAAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TGTAG-GGGT--AACA-TTCCCA-TCC-CC-AACTTGG-CATTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC-------TCG--CGCAGG-AAA----ACCATA-GAT--AA----------TT--TG-----G-AAAA-AC-TATGGA--AA-C-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAACTAAAA-TGCGGGACCCTCAT-TT-AT-ACG---AACACAAA-AA-TGT--------ATTGCCTA-TTAAA-ATA-TACCAAT----A-TGCATATTAGAAA------T--A--TA--------CTCGTCT---CGAGAGCAG-GT-CACTAGAA--TG-A--CAATACAACT-CGAGATTCT-AAG-AACACG-----TAACATT--------------------TAT--AGGGA-GTT-GAAGGGGTAGTAAGT-GGAGGGAAATTG--A-AGAAA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTG-ATG-GTA-CACCACA--A-TTAACGC---CTGGGGTTG---AAA------G------AT-T----------AC-ATTAACGACTGT------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAG---CT--ATCCCAA--TCAGC-G-----C--CGGG----AA--ACCTCACTA--C-G-G--AGGT-TA--CTT-AC--G-GT--TAT-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------AGGTGTAAT--TAA-AGAT---CAGTTTAACACAAAA-TTCA-TCGTCG---ACATAAAAA----AGTT-----TGTG-A-TAA-CTTACATT-T--TG-C-TT-CCT-C-TTCATTT-T--ACGCCACA-AA-CACGCGA-TGA-AA-TT-CGA---AA--A-AT-TTTTCTCGAA-T-A-TGAAAT--AAAT---TTTATA
gi|4 : gtcaaaattagaaaaagtagtatgacgTAGAGAAAT-TTCTAA-G-T----ACAA---ATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA--TCCAC-AACT-TG-CCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCAC---ACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC---TCG-C-G--CC-AGGAAAA-----CCATA-GATAAA-----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTC-GCG-CAATG-AAT----TGC--GAGG-AAACA-----------------AAAT--AA--TGGCGGACC-TCA--TT-AT-ACGTCGAAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AATATA--A-CAAT----A--GC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGGAG-GCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAC-TTCTCAAG-AACACG-----TAA-AAC--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGG-TAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-G-TTA-AGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTGACGC---CTAGTG-TG---GAA------G------AT-T----------AC-A-TAACG-CTA-------ACGCTA----ACTGTG--CACGT-ACCCAAGG-GCT--CGTCCAA--TCAGCGG-----C--CAGG----AA---CCTCACTAAAC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--TAA-AGAT---CA--TTAAC-CAA---TTCAATCGTCG---ACATAAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----A--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGA-AT--AATT---TTTTTATaaaagaataaaacatgtataacaaatacattaaattccaataaaaacatgtaacaatacattaatacaaaca
gi|5 : CAAA-TACAGG-----TAAGAACA-------------------TATGAAGGGA-G-TTGAAGGGGTAG---GTGGGAGGTAAATTGTAA-AG-AAGGCTAAGATGTACACAATGACTGT
gi|5 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccaAA------G------ATGT----------AC-A-CAATGACTGTGCAGTGACGCTATCGAAGTGTAACCAGTGGATGTA-GG-TCT--CGACCAA--TCAGAGA-----T--CGAG----GA--GTCTCACTAGTC-GAG--AGGC-TA--C-G-AATGG-GG--TCT-AAATTAAGTGGGG---TA------AC-ATATA-----------GG--GTAATGATAATAGAT---CG--TTGAA-CAAGA-TTCAGTTGTCC---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAG-CTTACATT-T-ATGCC-TT-CCTCC-TTCA-CTGT--GTAACACA-AA-CAC-CGATTGG-AA-TTGCG----AA--A-ACATTTACTC-AA-A-ACTGAGAT--AAAT---TTTTTATgcagtgacgctatcgaagtgtaaccagtggatgtaggtctcgaccaatcagagatcgaggagtctcactagtcgagaggctacgaatggggtctaaattaagtggggtaacatatagggtaatgataatagatcgttgaacaagattcagttgtccacataaaaacagttatgtgcatagcttacatttatgccttcctccttcactgtgtaacacaaacaccgattggaattgcgaaaacatttactcaaaactgagataaattttttataaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|5 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccacaaatacaggtaagaacatatgaagggagttgaaggggtaggtgggaggtaaattgtaaagaaggctAAA-AAAT-TT--AA-C-T----ACAACAAATA---A-AAATG--TCAAG-TTATGTT-AAAA-ATCAACAAACT-TGGaaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|6 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccacaaatacaggtaagaacatatgaagggagttgaaggggtaggtgggaggtaaattgtaaagaaggctaagatgtacacaatgactgtgcagtgacgctatcgaagtgtaaccagtggatgtaggtctcgaccaatcagagatcgaggagtctcactagtcgagaggctacgaatggggtctaaattaagtggggtaacatatagggtaatgataatagatcgttgaacaagattcagttgtccacataaaaacagttatgtgcatagcttacatttatgccttcctccttcactgtgtaacacaaacaccgattggaattgcgaaaacatttactcaaaactgagataaattttttataaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaag-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGGTC-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTTCTTCC--CTCG-CCA--CCCAGGAAAA----AACATA-GATAAA-----------TA--TG----TG-AAGA-AC-TATGGA--AATC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TT--------------------A-TGT--------ATTG-CTT-TT-AA-ATA-TT-CAAT----A-TGC--GTTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--AAATACAACCCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAATTTTGCTTTTAAGCATACATGTAT-AAGGGAGG-T-GAAGGGGTAG---GTGGGAGGGtt
gi|7 : TAAACATTCACTGTCTAAGTA-CA-CAAA-GA-CTAACGC---TAATTG-TG---CAAGTGACCG------AC-TGTCTAAGTAAAC-A--AAAGACTA-------ACGCTA----AGTGTG--AAAGGGACCGAATA-CCT--CAACCAA--TCAGCGG-----T--CGGG----AA--ACCTCAATAATCGG-G--AGGT-TAC-C-T-AC--G-GGT-T-T-AAATT
gi|7 : ACTGTCTAAGTA-AA-CAAAAGA-CTAACGC---TAAGTG-TG---AAA------GGGACCGAA-T----------AC-C-T--CAACCA-------AT--CA----GCGGT-----CGGGA---AA---CCT--CAAT-AA--TCGGGAGGTTACCTACGGGTTTAAATTACCTCACTAATC-G-GG-AGGT-TA--C-CCAC--G-GG--T-TTAAATTC-----CG---TA------AC-A-A-AA----------GG--GTAAT--CAA-AAAT---CA--TTAAT-CAAAAATTCAGTCGTCT---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATacctcactaatcgggaggttacccacgggtttaaattccgtaacaaaagggtaatcaaaaatcattaatcaaaaattcagtcgtctacataaaaacagttatgtgcataacttacat
gi|8 : taaacattcactgtctaagtacacaaagactaacgctaattgtgcaagtgaccgC--CTCATCCG--CC-AGGAAAAGAAAACCATA-GATAAAA----------AT--CAAAATTG-AAAATCC-TATGGA--AACC-TG-TG-TATCCGCAGAAAT---AT----TGCG-GAAGTAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT--AAG-TGGCGGATCTTCC--TC-TTGATT---AAT---CA-AA-TGTTGATTAGCATTG-GCA-TG-AA-TTT-TC-CAATAAAGA-CAA--ATTGAAAATGTTTGA--A--TAAAAGTCGGCTTG-CT---CGTGA-GAGCGTGCGCTAGGAAGTG-GATCACTACAAC
gi|9 : atatataacataagTAGA-AAAT-TGCTAAAG-T----ACAACAAATA---C-AA-AGGTT-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAGCT-TGGCCTTGTA-AG-GGTC--AACAGTCCCAT-TCCACC--ACTTGG-C-TTGTAAATCAACA-TGCATGTGCTTTCCACTCG-CCGGCCCCAGGAAAA----ACCATA-GATTAAA-----------T--TG----TG-AAAA-ACTTATGAA--AACC-TGATGTTGTC
blockSeqs : G . A . TACG AAC A A GT C G T . A G G T T . . AA T A CA . C CAC T GC T GAAA . A AACAAAACAATTTTGT . T T CC A . A T . CTGG TT AAAAAAAAAAAAAAAAA TA T T ATACGTCG ACA T A TGATTAGC C . TA T . C AAAG . AT TGTTTGAATAAAAGTCGG T . G A AT A TTTAC TTTGCTTTTAAGCATACATG GA GT T TAAGT TA T A G A . C C A . . C T GAA GTGATCGACTGTCTAAGTAA . TTA TGCAGTG TCGA AC C GGC GC GA CC GTTACCTA TTTA TTAC ATCG A TA . CCCT TG C GAT T GGAAGTGCCG . T T TCTAAGTTTTG GT GA T AAA GT A AA A G GCGA CCA CCACT C . A A C C T A T A TT T C G C C AAAA AC C A G TA G TA A ACA A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . . C . . C . . C . . A AATCAAAAT . . . . C . . . . . G . . . . TATACG . . . . . . T . . . . . . AAATTA . . G . . . . A A GG . GTG . . . . A . . A A . . A . . GTGACCGACTGTCTAAGTAA . TA T . . G GG . AT . CC . AC ATC . G . CGT . . TA . AGTGGGGTA . . . AA . . . . T A T G G GCGA CCA CCACT C . . . C C . . T A . . C . . G A . . A . GT G . T . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . A . . . . . C . . C . . A ATTAATG . . . . C . . . . . . . . . . TTGATT . . . . . . T . . . . . . AATATA . . G . . . . . A G . GTG . . . . A . . A . . . A . . GGGACCGAAT . CA . . . C GG . TC . C . AA ACG . . . CTT . . TC . CGCCTCAC . . . A . . . . T A A A G T . A . . . . . . . . T G . . A . . . A . . . . T G . A . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . C . . C . . A ATTTG . . . . T . . . . . . . . . . ATAGA . . . . . . T . . . . . . AAATTA . . G . . . . . A G . GT . . . . A . . C . . . T . . GATGT . T . . . C GG . GT . C . AC AAC . . . CCT . . TT . GGTA . . . . . . . . . . A G G G . A . . . . . . . . . G . . C . . . . . . . . A G . C . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . C . . A TTTG . . . . C . . . . . . . . . . ATACG . . . . . . T . . . . . . AAGT . . . . . . . . . G . GT A . . C . . . T . . GATT . A . . . T GG . GA . C . GT GTC . . . CCC . . T . GGTA . . . . . . . . . . A G G G . A . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . A A . T . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T TATG . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . TATA . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . GATT . A . . . G TA . AA . T . AC ATC . . . CT . . T . GGTA . . . . . . . . . . A . . C . A . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T A . A . T
blockSeqs : . . . . . . . ATTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATA . . . . . . . A . . . A . . GATT . T . . . . G . AA . T . C C . . . CG . . T . CGTA . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T G . T . T
blockSeqs : . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** A* ATTTG**************** ** *** AATA****************** *** *** N** GG* ** AC** ATC* CCT*** ** N**
originalCons : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TT-AT-ACG---AAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CANA-GA-TTAACGC---CNAGTG-TG---AAA------G------AT-T----------AC-A-TAACGACTG-------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-----C--CGGG----AA--ACCTCACTAATC-G-G--AGGT-TA--C-T-AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTAAC-CAAAA-TTCAGTCGTCG---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACTC-AA-T-ACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
finalCons : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACCA-ACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATA-GATAAAATTTG----------------TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TT-AT-ACG---AAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAAAATA------------------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CANA-GA-TTAACGC---CNAGTG-TG---AAA------G------AT-T----------AC-AN--ACGACTG-------ACGCTA----ACTGTG--CACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-----C--CGGG----AAAC--CTCACTAATC-G-G--AGGT-TACCT---AC--G-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTAAC-CAAAA-TTCAGTCGTCG---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACTC-AAN--ACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTTTACTCCTACATAACTGAGATAACATTTATAAAAAGAATACAAACACGTATAACAAATACAATCGTACAATTCCAATAAAAACATTAACAAAAGACATGTAATAATAACAAC
Unaligned ( gi|26 ): GCATAAACAAATCGAGTTTCAAAATATTTAGAAAAGACGCAAAAC
Alignments
lowQualScore : 1111 111 1 1 11 1111 333333333333333333333 1111 11 33333333333333333 11 1111111111 111 11111111 3333333333333333333333 11111 44444444444444444444 11 1 111111 11 111 111 66666666666666666666666666 111 11 11111111 1111 11 11 222222222222222222 33333333333 11 1 1 1111 111 22222 1 1 1 1 1111 11
lowQualScore : 5 5 5 5 2222 000 5 1 77 5 5 5 6 0 5 4 3 6 5 77 6 99 6 6 55 6 6 999 5 66 4 0000 5 6 000000000000000000000 5 5 5 66 1 5 5 5 5 2222 11 55555555555555555 66 5 11 0000000000 777 5 5 88888888 5 5 55 5 5 4 9999 4 66 3333333333333333333333 4 777 0 4 0 5 77 0 0 5 22222 55555555555555555555 00 888 1 444444 0 11 8 8 8 3 5 5 1 5 5 000 1 1 5 000 22222222222222222222222222 666 7777 66 4 5 0 0 0 888 66 22 11 88888888 0000 9999 5555 5 11 5 99 5 88 5 4 000000000000000000 5 5 5 55555555555 66 66 4 777 99 3 66 2 6 9999 777 44444 0 5 3 3 7 7 3 3 0 3 44 3 7 3 3 6 5555 55 3 7 3 22 3 55 1 777 1
lowQualScore : . . . . .... ... . . .. . . . . . . . . . . .. . .. . . .. . . ... . .. . .... . . ..................... . . . .. . . . . . .... .. ................. .. . .. .......... ... . . ........ . . .. . . . .... . .. ...................... . ... . . . . .. . . . ..... .................... .. ... . ...... . .. . . . . . . . . . ... . . . ... .......................... ... .... .. . . . . . ... .. .. .. ........ .... .... .... . .. . .. . .. . . .................. . . . ........... .. .. . ... .. . .. . . .... ... ..... . . . . . . . . . . .. . . . . . .... .. . . . .. . .. . ... .
lowQualScore : 7 7 7 7 1111 000 7 4 99 7 7 7 7 7 7 3 3 7 7 99 7 88 7 7 88 7 7 444 0 99 5 6666 0 5 111111111111111111111 0 0 0 99 4 0 0 0 7 1111 99 00000000000000000 99 0 99 1111111111 999 0 0 11111111 0 0 11 0 0 4 4444 4 11 9999999999999999999999 4 888 2 3 1 7 99 1 7 0 55555 66666666666666666666 77 666 4 222222 8 00 0 0 0 5 7 7 0 7 7 000 0 4 7 000 33333333333333333333333333 777 1111 11 3 7 7 7 7 444 11 11 99 44444444 6666 1111 4444 0 99 0 55 0 88 0 4 444444444444444444 0 0 0 66666666666 11 11 4 888 44 3 44 0 7 4444 555 66666 0 0 3 3 3 3 6 3 0 3 66 3 1 3 3 7 0000 00 6 3 6 99 2 55 0 888 0
consensus : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TT-AT-ACG---AAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-CTAACGC---CNAGTG-TG---AAA------G------ACT----------ACA--NA-CGACTG-ACGCTAA-CTGTGCACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-----C--CGGG----AA--ACCTCACTAATC-G-G--AGGTTA-C-CTACG-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTAAC-CAAAA-TTCAGTCGTCG---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACTC-AA-NACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
Reference ( family-3692 ) : TAGA-AAAT-TTCTAA-G-T----ACAACAAATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TT-AT-ACG---AAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGGGTAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CANA-GA-TTAACGC---CNAGTG-TG---AAA------G------ATT----------ACA--NA-CGACTG-ACGCTAA-CTGTGCACGGGACCCAAGG-CCT--CGNCCAA--TCAGCGG-----C--CGGG----AA--ACCTCACTAATC-G-G--AGGTTA-C-CTACG-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTAAC-CAAAA-TTCAGTCGTCG---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACTC-AA-NACTGAGAT--AANT---TTTNTAT
gi|1 : TAGA-AAATGTTCTAA-GAT----ACAACAAATA---C-AAATG--T-AAA-GTATGGT-AAAAAATCCACCAACT-T-GCCTTGTC-AG-GGTTCAAACAGTCCC
gi|1 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgacCAATT-TG------TA-AGTGGTC--AACAGTCCCCATTCCACC-AACTTGG-C-TTGGAAAT---CATTG-AT-TGCTTCC--CTCG-CCG--CCCAGGAAAA----ACCATATGAT-AAA----------TG--TG----TGAAAAA-AC-TATGGA--AACCTTG-TG--GTCCGCGGCAATGAAAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCGATTT-AT-ACG---AACCA-AA-AA-TGT--------ATTG-CTAGTT-AA-ATATTA-CAAT----ACTGC--ATTAGAAA------AATA--TA--------CTTG-CTCTCCGAGAGGAGCGtgaacaatttgtaagtggtcaacagtccccattccaccaacttggcttggaaatcattgattgcttccctcgccgcccaggaaaaaccatatgataaatgtgtgaaaaaactatggaaaccttgtggtccgcggcaatgaaattgcgaggtaaacaaaataaatggcggaccctcgatttatacgaaccaaaaatgtattgctagttaaatattacaatactgcattagaaaaatatacttgctctccgagaggagcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccacctacaacccgaattctcaagaacactaacaatatagggagttgaaggggtagtgggagggaaatgagaaagcttagaggtaaacattcactgtctgtgtaccacacagatttaacgcttgcgagtggaaaagattacaataacacttgacgctaactgtgcaccccaagcctcatccaattcagcggccggaaagggaggtacactacggtttaaatacgtaaacaaaagggtaattaaagatcatttaaccaaaatgcaaccgtcgacagaaaaacagttaggtgcataagcttacatttatgcctcctctacaacacaaacgccgactgaaattgcgaaaattttacgcaaactgagaaaaattttaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|1 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgactagaaaatgttctaagatacaacaaatacaaatgtaaagtatggtaaaaaatccaccaacttgccttgtcagggttcaaacagtccctgaaTACAAC-CCGA-ATTCTCAAG-AACAC------TAACAAT---------------------AT-A-GGGA-G-TTGAAGGGGTAG---TG-GGAGGGAAAT-G--A-GA-AA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTGTCTGTGTACCA-CACA-GATTTAACGCTTGCGAGTG-GA---AAA------G------ATT----------ACAATAA-CACTTG-ACGCTAA-CTGTGCAC----CCCAA-G-CCT--CATCCAAT-TCAGCGG-----C--CGGA----AA--G------------G-G--AGG-TA-CACTACG-GT--T-T-AAATAC-----GT---AA------ACAA-A-A-----------GG--GTAAT--TAA-AGAT---CAT-TTAAC-CAAAA-TGCAACCGTCG---ACAGAAAAAC---AGTT--A--GGTGCA-TAAGCTTACATT-T-ATG-C-CT-CCTC----------T--ACAACACA-AA-CGC-CGACTGA-AA-TTGCG----AA--A-AT-TTTACGC-AA--ACTGAGAA--AAAT---TTTctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccacctacaacccgaattctcaagaacactaacaatatagggagttgaaggggtagtgggagggaaatgagaaagcttagaggtaaacattcactgtctgtgtaccacacagatttaacgcttgcgagtggaaaagattacaataacacttgacgctaactgtgcaccccaagcctcatccaattcagcggccggaaagggaggtacactacggtttaaatacgtaaacaaaagggtaattaaagatcatttaaccaaaatgcaaccgtcgacagaaaaacagttaggtgcataagcttacatttatgcctcctctacaacacaaacgccgactgaaattgcgaaaattttacgcaaactgagaaaaattttaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|10 : aattacaatacaacattataacaaaaacatggtatctctccttataattacaacatatcattaacaataaatatgtaaagtacaaaattagaaaaatttagtatgactagaaaatgttctaagatacaacaaatacaaatgtaaagtatggtaaaaaatccaccaacttgccttgtcagggttcaaacagtccctgaacaatttgtaagtggtcaacagtccccattccaccaacttggcttggaaatcattgattgcttccctcgccgcccaggaaaaaccatatgataaatgtgtgaaaaaactatggaaaccttgtggtccgcggcaatgaaattgcgaggtaaacaaaataaatggcggaccctcgatttatacgaaccaaaaatgtattgctagttaaatattacaatactgcattagaaaaatatacttgctctccgagaggagcgctcatcccctacgggccccttctcgctgcctctcccactgccaccCC-ATCA-TT-TTTACAATACA-AA-CAC-CGACTGACAACTTGCG----AA--A-ATATTTACTC-AA-TAC-GAGAT--AAAT---TTTCaaaaagaataaaacatgataacaaaatacatgtaaattccaataaaaacaatgtataacaaaattacattgtacaataag
gi|11 : T-T-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--ACAACAC--AACCAC-CGATTGG-AA-TTGCGAAAAAA--A-AA-TTTACTC-AA-AACTGAGATTAAATT---TTTATAccttttataaaagaatacaaacatgtataacaaataatgtaattaacaatacaacattatccaaataacatgtaaatttacaatacaaacactgtatacaaactaatgtaaagtaaaaattagaaaagtaattatgactagaaattttctaactacaacaaataaaat
gi|12 : GC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TTTAT-ACG---AAC---AA-AAATGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACGTTTACTAACAAT--------------------Taaaataaatataaacatgtacatacataacaaaatacatgtaaagtacaaaattataaaaattattatgacaagaaaaattctaactacaacaaatacaaatataa
gi|13 : TGCTTCT--CTCG-CCG--CCTAGGAAGA----ACCATA-GAAAAAAACAAAACAATTT--TGT---TC-AAAG-AC-TATAGA--AAAC-TA-TG-TATCCACTGCAATA-TATCTGGTGCTTGATGTAAGCA-----------------AAAT--AAA-GGACGAACTCACA--TT-ttgcttttaagcatataag
gi|14 : ATTAT-ATG-CCTT-CCTCC-TTCA-TCAT--AAAATACA-AAC-AC-CAATTGA-CG-TTGCG----AA--ACAT-TTTACTC-AA-AACTGAGAT--Atttctccaaaaaacttgcagtgtacgtatttaactgtatgaacacaatat
gi|15 : ttATT-T-ATG-C-CT-TCGTC-TTCA-TTGT--ACAA---G-AAACAC-CGATTGG-AA-TTGCGA---AA--A-AT-TTTAGTC-caaacatgtataactaaatacatgtaaggtacaaaatcataagtatatatattcattatatggtaagaaaaacacatgaacaattg
gi|16 : tctttA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AA-ATA-TA-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A--A--TATA------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAAT--------------------TAT-AAGGAA-G-T-ttttaattttctttagataaaaataaacatgtatacatgataatatatagggaattaaaagaaagtattttaagagaaggctacactaata
gi|16 : A-CAAT----A-TGC--ATTAGAAA------A------A--------CTTC-CT---ttttctaatgcatattgt
gi|17 : aaatgtattgctattaaatatacaatatgcattagaaaaatatacttgctcgagaggagcgtgcactagaaagtgacaatacaactccgagattctcaagaacacgtaacaattataAGGG-CCTGCTGACCAA--TCAGCG------C--CAGG----AA--AC-TCACTAATC-G-GTAAGATTA-C-GTAAG-GGGAT-T-AAATCT-----GG---AAGTGCCGAC-A-G-ATCTAAGTTTTGGG--GTGAC--CAA-GGGTAAACA---AAAC-CAAAT-GTCAATC-TC----ACATAAA
gi|18 : TAGA-AA-T-TTCTAA-G-TTACGATAACAAATA---CAAA-TG--T--AG-TT-TGGT-AAA
gi|19 : aatacaaactgtatacaaaatacatgtaaagtcaaaattagaaaaagtagttatgacTT-T-ATC-T-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACATAACT-C-CGACTGA-A---TGGA----AA--A-AT-TTTACTC-AATAACTGAGAT--AAAA---TTTATAtagtgattgctgtaactaagggtcaa
gi|2 : taaaacattgtTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T----ACAACCAATA---C-AA-TG--T-AAA-GTATGGT-AAAA-ATCCACCAACTATGGCCTG-TA-A--GGTC---AC-GT-CCCA-TCCACCAAACTTGG-C--TGTAAATC-ACA-TG-A-GTGCT--C--CTCG-CCG--CCCA-GAAAA----ACCATA-GATAAAA----------TTAATG----TG-AAAA-AC-TATGGACCAACC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----T-C--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAATTGGCGGA-CCTCC--TT-AT-AGA---AAC---AATAA-TGT--------ATT--CTA-T---A-ATA-TA-CAAT----G-TGC---TTAGAAC------A--A--GT--------CTTG-CT---CGA-AAGAGCGT-C-CT--GAAGTGAA--CAATACAACTCCGAGATTCTCAAGAAACACG-----TAACAAT--------------------TAT--AGGGA---T-GA--GGGT-G---GT-GGAGGGAAATTG--ATAG-AA-GCTTAGAGGT-AACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTAACGC---CCTG-G-TGGAAAAA------G------ATT----------ACA--TA-CGACTG-A-GCTAA-CTGTGCACGGGACCCCAGGCCCT--CATCCAACCTCAGCGGC----C--CGGG----AA--AACTCAACAACG-G-G--AGGTTACC-CTACGCGG--T-T-TAATTC-----CGCCTCAC-----AC-A-A-C-----------CG--GTAAT--CAA-AGAT---CAT-TTAACACAAAA-TTCA-TC-TCGCGAACATCCAAACCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-CCCACATT-TAATGCC-TT-CCTCCATTCGTTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGA-AAGTTGCG----AAACA-AA-TTTACTC-AAGTACTGGATT--AACTACATTTATAaaaagaatacaaaacatgtataacaaa
gi|21 : atgtaattccaataaatattataacaaaactaccaattaaacatacaccatgtaataacaaaatcagtaaattacaatacatacatgtatacaaaaacatgtatcaaaatacaaaaacgtagtagacA-CA-CAAA-GA-CTAACGC---TAATTG-TG---AAA------GTGATCGACTGTCTAAGTAAACA--AA-AGATGA-ACGCTAA-GTGTGAAAGGGACCGAAGG-CCT--aaaagccaatacagaacatggtatacacaaaatacattgtaaattccaaataaaaaccatgtaaacaaaaaccaccctgtaaacaat
gi|22 : -AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-AAA---------GG--GTAAT--CAA-AGAT---CA--TTA---CAAA--TTCAGT-GTCT---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-A-AT
gi|23 : -T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----A--A-AT-TTTACTC-AA-TACTGA-AT--AATT---TTTTTAT
gi|24 : G--GTAAT--CAA-AGAT---CAT-TTAACACAAAA-TTCA-TC-TCGCGAACATCCAAACCCAAATTCCACTTGTGCACTAA-C
gi|25 : TT-T-ATG-C-TTTCCTCC-TTCATTT-T--ACAACACA-AA-CAC-CGACTGT-AA-cc
gi|3 : tTAGA-AAAT-GTCTAA-G-T----A-AACAAATAAACC-AT-TG--T-AAAGTTATGGTTAAAA-ATCCACCAACT-TGGCCTT-TGTAG-GGGT--AACA-TTCCCA-TCC-CC-AACTTGG-CATTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC-------TCG--CGCAGG-AAA----ACCATA-GAT--AA----------TT--TG-----G-AAAA-AC-TATGGA--AA-C-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAACTAAAA-TGCGGGACCCTCAT-TT-AT-ACG---AACACAAA-AA-TGT--------ATTGCCTA-TTAAA-ATA-TACCAAT----A-TGCATATTAGAAA------T--A--TA--------CTCGTCT---CGAGAGCAG-GT-CACTAGAA--TG-A--CAATACAACT-CGAGATTCT-AAG-AACACG-----TAACATT--------------------TAT--AGGGA-GTT-GAAGGGGTAGTAAGT-GGAGGGAAATTG--A-AGAAA-GCTTAGAGGTAAACATTCACTG-ATG-GTA-CACCACA--A-TTAACGC---CTGGGGTTG---AAA------G------ATT----------ACATTAA-CGACTGTACGCTAA-CTGTGCACGGGACCCAAG---CT--ATCCCAA--TCAGC-G-----C--CGGG----AA--ACCTCACTA--C-G-G--AGGTTA-C-TTACG-GT--TAT-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------AGGTGTAAT--TAA-AGAT---CAGTTTAACACAAAA-TTCA-TCGTCG---ACATAAAAA----AGTT-----TGTG-A-TAA-CTTACATT-T--TG-C-TT-CCT-C-TTCATTT-T--ACGCCACA-AA-CACGCGA-TGA-AA-TT-CGA---AA--A-AT-TTTTCTCGAA-TA-TGAAAT--AAAT---TTTATA
gi|4 : gtcaaaattagaaaaagtagtatgacgTAGAGAAAT-TTCTAA-G-T----ACAA---ATA---C-AA-TG--T-AAA-TTATGGT-AAAA--TCCAC-AACT-TG-CCTT-TA-AG-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCAC---ACTTGG-C-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTGCTTCC---TCG-C-G--CC-AGGAAAA-----CCATA-GATAAA-----------TT--TG----TG-AAAA-AC-TATGGA--AACC-TG-TG-TGTC-GCG-CAATG-AAT----TGC--GAGG-AAACA-----------------AAAT--AA--TGGCGGACC-TCA--TT-AT-ACGTCGAAC---AA-AA-TGT--------ATTG-CTA-TT-AATATA--A-CAAT----A--GC--ATTAGAAA------A--A--TA--------CTTG-CT---CGAGGAG-GCGTGCACTAGAAAGTG-A--CAATACAACTCCGAC-TTCTCAAG-AACACG-----TAA-AAC--------------------TAT-AAGGGA-G-T-GAAGGG-TAG---GT-GGAGGGAAATTG--A-AG-AA-G-TTA-AGGTAAACATTCACTGTCTGAGTA-CA-CACA-GA-TTGACGC---CTAGTG-TG---GAA------G------ATT----------ACA--TAACG-CTA-ACGCTAA-CTGTGCACGT-ACCCAAGG-GCT--CGTCCAA--TCAGCGG-----C--CAGG----AA---CCTCACTAAAC-G-G--AGGTTA-C--TACG-GG--T-T-AAATTC-----GG---TA------AC-A-A-A-----------GG--GTAAT--TAA-AGAT---CA--TTAAC-CAA---TTCAATCGTCG---ACATAAAA-C---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATT-T-ATG-C-TT-CCTCC-TTCA-TT-T--ACAACACA-AACCAC-CGACTGA-AA-TTGCG-----A--A-AT-TTTACTC-AA-TACTGA-AT--AATT---TTTTTATaaaagaataaaacatgtataacaaatacattaaattccaataaaaacatgtaacaatacattaatacaaaca
gi|5 : CAAA-TACAGG-----TAAGAACA-------------------TATGAAGGGA-G-TTGAAGGGGTAG---GTGGGAGGTAAATTGTAA-AG-AAGGCTAAGATGTACACAATGACTGT
gi|5 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccaAGG-TCT--CGACCAA--TCAGAGA-----T--CGAG----GA--GTCTCACTAGTC-GAG--AGGCTA-C-GAATG-GGGTC-T-AAATTAAGTGGGG---TA------AC-ATATA-----------GG--GTAATGATAATAGAT---CG--TTGAA-CAAGA-TTCAGTTGTCC---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAG-CTTACATT-T-ATGCC-TT-CCTCC-TTCA-CTGT--GTAACACA-AA-CAC-CGATTGG-AA-TTGCG----AA--A-ACATTTACTC-AA-AACTGAGAT--AAAT---TTTTTATgcagtgacgctatcgaagtgtaaccagtggatgtaggtctcgaccaatcagagatcgaggagtctcactagtcgagaggctacgaatggggtctaaattaagtggggtaacatatagggtaatgataatagatcgttgaacaagattcagttgtccacataaaaacagttatgtgcatagcttacatttatgccttcctccttcactgtgtaacacaaacaccgattggaattgcgaaaacatttactcaaaactgagataaattttttataaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|5 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccacaaatacaggtaagaacatatgaagggagttgaaggggtaggtgggaggtaaattgtaaagaaggctaagatgtacacaatgactgtgcagtgacgctatcgaagtgtaaccagtggatgtAAA-AAAT-TT--AA-C-T----ACAACAAATA---A-AAATG--TCAAG-TTATGTT-AAAA-ATCAACAAACT-TGGaaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaagaaaaaatttaactacaacaaataaaaatgtcaagttatgttaaaaatcaacaaacttggtt
gi|6 : tccctaaagcaaagaaaaataatataccacaaatacaggtaagaacatatgaagggagttgaaggggtaggtgggaggtaaattgtaaagaaggctaagatgtacacaatgactgtgcagtgacgctatcgaagtgtaaccagtggatgtaggtctcgaccaatcagagatcgaggagtctcactagtcgagaggctacgaatggggtctaaattaagtggggtaacatatagggtaatgataatagatcgttgaacaagattcagttgtccacataaaaacagttatgtgcatagcttacatttatgccttcctccttcactgtgtaacacaaacaccgattggaattgcgaaaacatttactcaaaactgagataaattttttataaataagaatacaaacatgtataacaaaaaacatgtaaagtacaaaattataaaaagtattatgacaag-GGTC--AACAGTCCCCA-TCCACC-AACTTGGTC-TTGTAAAT--ACA-TG-ATGTTCTTCC--CTCG-CCA--CCCAGGAAAA----AACATA-GATAAA-----------TA--TG----TG-AAGA-AC-TATGGA--AATC-TG-TG-TGTCCGCGGCAATG-AAT----TGC--GAGGTAAACA-----------------AAAT--AAA-TGGCGGACCCTCA--TT--------------------A-TGT--------ATTG-CTT-TT-AA-ATA-TT-CAAT----A-TGC--GTTAGAAA------A--AATTA--------CTTG-CT---CGAGAGGAGCGTGCACTAGAAAGTG-A--AAATACAACCCCGAGATTCTCAAG-AACACG-----TAACAATTTTGCTTTTAAGCATACATGTAT-AAGGGAGG-T-GAAGGGGTAG---GTGGGAGGGtt
gi|7 : TAAACATTCACTGTCTAAGTA-CA-CAAA-GA-CTAACGC---TAATTG-TG---CAAGTGACCG------ACTGTCTAAGTAAACA--AA-AGACTA-ACGCTAA-GTGTGAAAGGGACCGAATA-CCT--CAACCAA--TCAGCGG-----T--CGGG----AA--ACCTCAATAATCGG-G--AGGTTA-C-CTACG-GGT-T-T-AAATT
gi|7 : ACTGTCTAAGTA-AA-CAAAAGA-CTAACGC---TAAGTG-TG---AAA------GGG----ACC----------GAA--TA-C--CTC-A-ACCAATCAGCGGTCGGGA---AA---CCT--CAAT-AA--TCGGGAGGTTACCTACGGGTTTAAATTACCTCACTAATC-G-GG-AGGTTA-C-CCACG-GG--T-TTAAATTC-----CG---TA------AC-A-A-AA----------GG--GTAAT--CAA-AAAT---CA--TTAAT-CAAAAATTCAGTCGTCT---ACATAAAAAC---AGTT--A--TGTGCA-TAA-CTTACATacctcactaatcgggaggttacccacgggtttaaattccgtaacaaaagggtaatcaaaaatcattaatcaaaaattcagtcgtctacataaaaacagttatgtgcataacttacat
gi|8 : taaacattcactgtctaagtacacaaagactaacgctaattgtgcaagtgaccgC--CTCATCCG--CC-AGGAAAAGAAAACCATA-GATAAAA----------AT--CAAAATTG-AAAATCC-TATGGA--AACC-TG-TG-TATCCGCAGAAAT---AT----TGCG-GAAGTAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAT--AAG-TGGCGGATCTTCC--TC-TTGATT---AAT---CA-AA-TGTTGATTAGCATTG-GCA-TG-AA-TTT-TC-CAATAAAGA-CAA--ATTGAAAATGTTTGA--A--TAAAAGTCGGCTTG-CT---CGTGA-GAGCGTGCGCTAGGAAGTG-GATCACTACAAC
gi|9 : atatataacataagTAGA-AAAT-TGCTAAAG-T----ACAACAAATA---C-AA-AGGTT-AAA-TTATGGT-AAAA-ATCCACCAGCT-TGGCCTTGTA-AG-GGTC--AACAGTCCCAT-TCCACC--ACTTGG-C-TTGTAAATCAACA-TGCATGTGCTTTCCACTCG-CCGGCCCCAGGAAAA----ACCATA-GATTAAA-----------T--TG----TG-AAAA-ACTTATGAA--AACC-TGATGTTGTC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ATTTTACTCCTACATAACTGAGATAACATTTATAAAAAGAATACAAACACGTATAACAAATACAATCGTACAATTCCAATAAAAACATTAACAAAAGACATGTAATAATAACAAC
Unaligned ( gi|26 ): GCATAAACAAATCGAGTTTCAAAATATTTAGAAAAGACGCAAAAC