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Reference ( family-3687 ) : TTA-TNG-GGATA--AA-T-T--CACTNCT----G-A-----G---TAA--G-AATT--TC-GG-NC----G---CACG-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAG-AC-TC-CGGAGCGTT--GCTAT--A-AACA----AA-GTG-AT---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGAG-A-----TAA--AATATG---ATTGTTTACA-GAGTTTGTT-T--TAC-----A-ATTATAA-----T-ATGTCT--ATC-A-TG---T---A----A-ATGGACATAAATATA-T-AT-T-ACAATTTAATT--A-A-CGGTCCAATAGTTCCATAATTTTATGN-GCGTT-ATAAAA-CGGG--CTAAAAA---ATACGAG-TT----C----GT---AT---TT---T-A-A--TGCACTATTANT-AGAGT-AGTCCGTGG-GATGTTGGAATGTTTCTATTGTGTG-AGGATTGTGA-CGTTTTCAAT-TTGTGA--CGA---TTNGG----TGTGA--CGTATGGTAGTA-C-TTCTG-TTG-AAGGTTCACGAGT--AAA-C-----TTGAA-GAT-ACGGCG----AA--TTTGT-T-CAG-ACGAGA-CGT--G-AGGG-T-TA--T----A--GATC-----CCCGCTAA---------AA---------------CT-TTCGGTGCTGGTACACTC-TCT-A-----------GT-A-AA-----TTTTNCGT----G-TN------------T----------TT---GG----GG-------TTTTAA-T---TTGTCC--------CTG-G----TTT----TA-------------TT-AA-TT-C-G-----------------CATCA-GANA--T-CGGTCG-TTCCT-CGT-GTGTC-TC-TAA-CTGTTCA-TTGATGAGCGGATTGTACTGGAATA--CGGT-GCA---TTTCGGGCGGATTGTGTNGACTCAATTTCCTTTNCG-TTTAGT--TT-T-T-AATTTA--ATNAT-GGNCCTGTGGTAATGTTCTGTGA---CC-T--CTGAAGATCGT--TGCATTTTCATCGGACA--------------TT---ATNT--------A--TATCTGCCA-TC--AACGTGGTGAT----TGGTTCTGCCG-TGTCC-CGT-TCAGCTGTG--------TCCT--------TATT--CTGT-GGT----TGTATCGGNGTGCG--G-A-TA---TTTGCGATTTTTTTGGGAGGTTACT-GATGTGTCTTCGTTGAATGG-TCC-AT-T-CA----CTCAT-CTT-TCGTAGG---TTCTCGAAGCTTTGGGT-TAG--GG--GGTGGCCATAANGTTACANNGCNGNTCTCAGNTATGGTGGATACCGAANGNTATGCAGGGGTCCCAGNAACAANGT
gi|1 : TA--AA-TCT--CACTG------A-A-----G---TAA--A-AAATAAT--GG-AC----G---CATG-TT-TC--CA---A-AA-TATG----G-AC-GC-T----CGTT--GCTA---A-AACATATGGA-GTT-AT---AA-TAG-CTTG---CA-TGACAAC--G-TAATTGAA-A-----TTACCAATGTACATATTCTT-----GAGTGTTTTGT--TAC-----G--TGATAAAAAGGT-AT-TTT--GTA-A-TA---C---A----ACATGGACAGAAATATA-TCACAT-ACAAATTATCT--A-AATGGTC--ATAGTTTC-TAATTTTATGA-GCGTT-ATAAAA-CGGG--CTAAAAACATATACGAG-TT----C----GT---AT---TT---TTA-AGTTGCACTATTAAT-AGAGT-AGTCCGTGG-GATGTTGGAATGTTTCTATTATGT---GGATTATGA-CGTTTTCAA--TTGTGA--CGA---TTTAGGGCATGTGA--CGTATGGTAGTA-C-TTCTG-TTGCAAAGTTCACAAGT--AAA-C-----TTGAA-GAT-ACGGCG----AA---TTAT-T-CAG-ACG----TGG--G-AGGG-T-T---T----A--ACTC-----CCCGCTAA---------AA---------------CT-T---------ATTCACTCGTCA-A-----------GA-A-AAGAAAGTATCACGT----G-TT------------T----------TTTTCGGTGCTGGTACACTCTTTTAG-TAA-TTGTCCGTTGCATTTTG-GGGTTTTT----TAATAGTCCCTGGTTTT-AA-TTAT-T-----------------CATCA-GACA--T--GG-CG-TT--T-CGT-GTGTC-TCTTAA-C-GTTCATTTGATGAGCGGATTGTA----AATATTCGGTCGCA---TTACAGGCAGGATGAGT-GACTCAATTTCGTTTCCGCTTTAGTTGTT-T-T-AATTAAATATGAT-GACGCTGTGGTAATA-TCTG-GA---TC-TAACTGAAGA-CGTTCTGCATTATCATCGGATT--------------TTTTAATTTGGGATACGA--TATCTGCCA-TC--AA-GAAGGGAT----T-GTTCTGCCG-TGTTC-CGT-TGAGCTGTG--------TCCT--------TGTT--C--T-GGT----TGTA-CGGAGTGTG--GAA-TAGGTTTTGCGA-TTTTTTGGGA-GTTACTAGATATATCTTCTTTGAATG---CC-AT-TACA----ATC---CTT-TCGTAGG---TTCTTGAAGCTTTGGGT-AAT--GG--GGTGGCCATAAAGTTACATGGCAGTTTTCAGGTATGGTGGATATCAAAGGTTATGC-GGGGT-CCAGGAACA
gi|10 : aacaaaatttcagtgtaacaat-----------------CATCA-AGGA--TTCGGTCG-TTCCTGCGTCGTGTC-TC--AA--TGTT---TTGATGAGCGGATTGTA--AGAA-A--CGGT-GCAGCATTT--GGCG-ATTGTGTTGA----ATTTCCTTTGTGGTTTAGT--TTGT-T-AATTTA--ATCATTGGCCCTGTGG-AATGGTTT-------CA-T--CAGAC-ATCTT--T-TATTTT----GGA----------------TG---ATCT--------A--TA-CTGCCAATCTGCACGTGGTGATGACTTGGTTC-GCCGATGTCCTCGTCTCAGCTGTG--------T------------ATTAGCTGT-AGT----T-TATCGGCGTGCGACG-G-TG---TTC-TGATTTTTTTGGGAGGTTACT-GGTG-GTCTTC-TTGAATGGCTCCTATAT-CAATATTTCGT--TT-TGGTAGG---TTCTCAAAGCtgttggat
gi|11 : agattTTA-TCG-AGATA--AA-T-T--CACTCCTTT--G-------G---TAA--A-AATT--TC-GG-TT----G---CATG-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAG-AA-TC-CGGAGCGTT--GCT--------CA----AA-GTG-AT---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGAGAA-----TAA--A--------ATTGTTTACA-GAGTTTGTT-C--TAT-----A-CATGTAA-----T--TATCT--AACTACTG---T---A----A-ATGGACATAAATATA-T-AT-T-ACAATTTAATT--A-A-CAGT-CAATAGTTCCATAATTTTATGC-GCGGT-AT----------------AA---ATGCGAG-TT----CATGTGT---AT---TTA--T-A-A--TGCACTA--ATT--GAAT-GGTCAGTGG-GAAGTTGGAATG-TTCTATTGTGTG-AGGATTGTGA-CGATTTC
gi|12 : acaaaCA---TTTTGGGCGGATTGTGTTGA----ATTTCCTTAGTG-TTTAGT--T-------GTTTA--ATCAT-G-TCCTGTGG-AATGTTCTATAATGTCC-T--CTGAAGGTCGC--TGTATTTTCATAAGACAATTTTAATTTTGGATT---ATAT--------AATTATCTGCAA-TC--AGTGTGGTGAC----TGGAGCTGCCG-TGTCC-TGT-TCAGCTGTGTATTCTATTCCTGAGTGTG-TATT--CTGT-AGT----TGTATCAGCGTGCG--G-CTTA---TTTGCAA-TTTTTGGGGAGGTTACT-GA--TGTCTTCTTTGAATGG-TCC-AT-T-ggtgt
gi|13 : A-GAT-ACGGTG----AAATTTTGT-T-CGG-ACGAGA-TAT--G-AGGG-TATA--CCGGCA--GATC-----ACCTCTAATGATAAGAAAATATCGTGT-------CTCTTCGGTGCTGGTATACTC-TCT-ACGTAATTTTACGT-ATAG-----TTTTCCGT----A-TA------------T----------TT---GG----GG-------GTTTAA-T---TCATTC--------CTG-G----TTT----TA-------------TT-AA-TT---------------------TATCA-GAAA--TCCAGTTG-TTTCT-CGT-GTGTCTTC-TTT-CTGTTCA-TTGATGAa
gi|14 : gTAG-AA-TC-CGGAGCGTT--GCTAT--A-AACA----AA-GTG-AT---AA-TGG-C--GAGTCT-TAACAACATG-CAGATGA--A-----TAA--A--------ATTGTTTACA-GAGTTTG-T-T--CAT-----A-ATTATCT-----T-ATACTT-------------T---A----A-ATTGACATAAATATA-T-AT-T-ACAATTTAATT--A-A-CAGT-CAATAGTTCCATA
gi|14 : G-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAG-Attcaccattacaagaaatgaacatcaacattctatgtatatttatagaaac
gi|15 : tagaatccggagcgttgctataaacaaagtgataatggcgagtcttaacaacatgcagatgaataaaattgtttacagagtttgttcataattatcttatactttaaattgacataaatatatattacaatttaattaacagtcaatagttccatattcaccattacaagaaatgaacatcaacatACT--CTGTTGGTCCAATATATACGAGTTCC--G-A--A---TTT----TTTTTTTAGG--GTTACT-GATGT--CTTTGCTGGACGG-TTC-TT-T-CA----CT-AT-TTCCTCGGGGGGGGTTCTTGAAGCGAAGGTT-TAGTGGG--GGTGGCCATAATGT-ATAGCGCTGATC---GTTATGGTGGATACCGAACGGTATGCAGGGGTCCCAGTAACAAAGT
gi|16 : tatcg--AA-TCT--CACTG------A-A-----G---TAA--A-AAAT--AT-GG-AC----G---CATG-TTGTC--CA---A-AA-TATG----G-AC-GC-T----CATT--GCTAT--A-AACA----
gi|17 : agaacaatttttcagtgtaacTTG-TAA-GGATA--AT-T-T--CACTACT----G-AA----G---TAA--G-AATT--TC-TG-GC----A---CACG-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAG-AA-TC-TGGAGCGTT--GCTAT--A-AACA----AA-G-A-ATATAAA-TGG-C--GA--CT-TAACAACAAG-CAGATGGGCA-----TAA--AATATG---ATAGTATACA-GAGTTTGtgtatggagtctataaatagcttgcatgacaacgtaatgaaatttaccatccgtgaattgttacttaagtgtttt
gi|18 : acaaaTTA-TTG-GGATA--AA-T-T--CACTCCT----G-A-----GATTTAA--G-AA-T--TC-GGTTT----G---CATG-TT-TC--TA--TATAA-TATACATAGAAC-TT-CAGAGCGTTTGGCT-T--ATAACA----AAGGTG-AT----A-TGG-C--GA--CTGTAA
gi|19 : acacaaaACGAGT--GAA-CACAAGTTGGA-GATTACGGCG----AA--TCTGTAT-CAGAACGAGACCGTCAGCAGGGCC-TAACT----ACTAATC-----CCCGCTAT---------AA---------------CT-tgcaagactgtaaagtaggaaaatg
gi|2 : TTA-TAA-GGATA--AT-T-T--CACTACT----G-A-----G---TAA--G-AATT--TT-GG-AC----G---CACGGTT-TC--TA--TA-AA-CATACATAG-AT-AA-TGGAGCGTT--GCTAT--A-AACA----AA-ATG-AT---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGGGCA-----TAA--AATATG---ATTGTATGCA-GAGTTTGTT-T--TAC-----A-ATTATAA-----CCATGTCT--ATC-A-TG---T---A----A-ATGGACAGAAATATA-T-AT-T-ACAATTTA-CT--A-A-TGGTCCAATAGTTTCATAATTTTATGA-GCGTT-ATAAAAACAGG--CTAAAAA---ATATGAG-TT----C----GT---AT---TT---T-A-A--TGCACTATTACT-AGAGT-AGTCAGTGGTGAT-CTGGA-TGTTTCTATTATGTGGAGGATTGTGAACGTTTTCAATGTTGTGA--CGA---TTGAG----TGTGA---GTATGGT-GTAAC-TTCTG-TTG-AAGTTTCAAAAGT--AAAAC-----CTGAAAGAT-ACGGGG----AA--TTTGT-T-CAG-ACAAGA-TGT--G-AGGG-TATA--T----A--GATC-----CCCGCTAA---------AA---------------CT-TTCGGTGCTGGTACACTC-TCT-A-----------GT-A-AA-----TTTTCCGT----G-TA------------T----------TT---GG----GG-------TTTTAA-T---TTGTCC--------CTG-G----TTT----TA-------------TT-AA-TT-CGG-----------------CATCA-GACA--T-CGGACG-TTCCT-CGT-GTGCC-TC-TAA-CTGTTCA-TTGATGAGCGGATTGTA----AATT--CGGT-GCA---TTACGGGCAGATTGTGTGGACTCAATTT-CGTTCCG-TTTAGT--TT-T-T-AATTAA--ATGAT--GACCTGTGGTAATATTCTGCGA---CT-T--CTAAAGATCGT--TGTATTTTCATCGGA-A--------------TT---AACT--------A--TATCTGCCA-TC--AATGTGGTGAT----TGGTTCTGCCG-TGTCC-TGT-TGAGCTGTA--------TTCTGTAGGATATATT--CTGT-GGT----TGTATCGGAGTGCG--G-A-TA---TTTGTGATTTTTTTGGGAGGTTACT-GATATATCTTCTTTAAATGG-TCC-AT-T-CA----CTCATCCTT-CCATAGG---TTCTTGAAACTTTGGGTATGG--GG--GGTGGCCATAAAGTTACAGCGCAGTTC---GGTATGGTGGATACCAAGAGGTATGCAGAGGTCCCAGGAACAATGTaccactcgtccgagaaaaagcgaaaggtgtatct
gi|20 : TTA-TGG-GTAGA--AAGT-T--CCCTCCTCGAAG-A-----G---TAAAAG-AATA--TC-GG-TT----GAGTCAAG-TTATCCTTA--TA-AA-TATACATAG-ACTTC-CGGAGCGTT--GT--T--A-AAC-----AA-GTG-AT----A-TG-----GA--CT-TAACgg
gi|21 : caaaTTA-TTG-GGATA--AA-T-T--CACTCCT----GGA-----G---TAA--G-AATT--TC-GG-TT----G---CATG-TT-TC--TA--TA-AT-TATACATAG-AA-TC-CGGAGCGTT--GCTAT--A-AAGA----AA-TTG-AT---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAAC
gi|22 : acaaaT--A-A-TGGTCCAG-AGTTC--TAATTTTATGATGCGTTTATAAAA-CGGGACCTAAAAA---ATATGAGGTT----C----GTTGTAT---TT---TTA-A--TGCACTATTAATTAGAGTTAGTCCGTGG-GATGTT
gi|23 : tcTG-AT---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGAT----------TAA--AATATG---AATGTTTACA-GAGTTTGTT-CTATAT-----A-ATTATAA-----T--TATAT--ATA-A-TG---T---A----A-ATGGACATAAATATA-T-A
gi|24 : -TTGATGAGCGGATTGTACTGGAATA--CTGT-GCA---TTTCGGGCGGATTGGGTA---TAAATTTCCTTAGCG-TTTACT--TG-T-T-ATTTTA--ATCAT--GTCCTGTGG-AATGT
gi|25 : TTA-TCAAGGATA--AT-C-TTACACTACT----G-AA----G---TTA--GCAATC--TG-GG-AC----T---CACG-TT--C--TA--TA-AAAGATACATAG-AA-TCTTGGAG
gi|26 : agaaacaaaaA--AATATG----TTGATTACAAGGGTTTGTT-T--TACAAAATA-ATTATAT-----C-ATGTCTAGATC-A-TGGTTT---ACAACA-ATGGACAGGAA---A-T-AC-T-ATAATgccgtatatac
gi|27 : gcatTTTTGGG-GGTTAAT-GATGT--CTGGGTTAGATGA-TTC-AC-T-CA----CT-AT-CT---CGTTAG---TCCTTGAAGCTTAGGAT-TAG--AGTCGGTAGCCATAATGa
gi|28 : cTTA-TAA-GGATA--AA-T-T--CACGCCT----G-AG----G---TAA--A-AATC--TC-GG-
gi|28 : g-GGCTA--AA-T-T--CACTACT----G-AC----G---TAA--A-AATT--TT-GG-TT----G----GTG-TT-AC--TA--TA-AA-TActaaattcactactgacgtaaaaattttggttggtgttactataaataga
gi|29 : gttataaggataaattcacgcctgaggtaaaaatctcTTA-TAA-GGATA--AA-T-T--CACTACT----G-AA----G---TAA--G-AATT--TC-GG-AC----G---CACG-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAG-AA-TC-CGGAGCGTga
gi|3 : agaacaagATACATAG-AA-TA-TGGAGCGTT--GCTAT--A-AATA----AA-GTG-AT---TA-TGG-C--AA--CT-TAACAACATG-CAGATGGGCA-----TAA--AATATG---ATTGTATACA-GAGTTTGTT-T--TACGATT-A-ATTATAT-----C-ATGTCT--ATC-A-TG---T---A----A-ATGGACAGAAATATA-T-AT-T-ACAATTTATAT--A-A-TGGTCCA-TAGTTTCATAATTTTATGA-GCATT-ATAAAA-TGGG--CGAAATA---ATATGAG-TT----T----GT---AT---TT---TTA-A--TGCACTATTAAT-AGAGT-AGTCGGTGG-GATGTTGGAATGTT-CTATTATGTG-AGGATTGTGA-AGTTTTCAAT-T-GTGA--CGA---TTTGGG---TGTGA--CGTATGGTAGTA-C-TTCTG-TTG-AAAGTTCACAAGTG-AAA-C-----TTGAA-GAT-ACGGCGATCTAA--ATTGT-T-CAA-ACGAGA-TAT--G-AGGG---TA--T----A--GATC-----CCCGCTAA---------AA---------------CT-ATCctagg
gi|3 : T-TCCGGTGCTGGTACGCTC-TCT-A-----------GT-A-AA-----TTTTTCAT----GTTA------------T----------TT---GT----GG-------TTTTAATT---TTGTCC--------CTG-G----TTT----TA--------------T-AA-TT----------------------ATCA-AAAAATC-CGGTCG-T--CT-CAT-GTGTC-TCTTAACCTGTTCA-GTGATGAGCGGATTGTA----AATT--CGGT-GC----TTTAAGGCAGATTGTGTGGACTCAATTTCATTTCCG-TTTAGT--TG-TATAAATTTC--ATGGTAGGACTTGTGGTAAATTTCTGTGA---CTAC--CTGAAGATCGT--TGCATTTTCATCGGA-A--------------TT---actcgtccaagaaaagaaagtatcacatgtttttccggtgctggtacgctctctagtaaatttttcatgttatttgtggttttaattttgtccctggttttataattatcaaaaaatccggtcgtctcatgtgtctcttaacctgttcagtgatgagcggattgtaaattcggtgctttaaggcagattgtgtggactcaatttcatttccgtttagttgtataaatttcatggtaggacttgtggtaaatttctgtgactacctgaagatcgttgcattttcatcggaattt
gi|30 : atacatagaatatggagcgttgctataaataaagtgattatggcaacttaacaacatgcagatgggcataaaatatgattgtatacagagtttgttttacgattaattatatcatgtctatcatgtaaatggacagaaatatatattacaatttatataatggtccatagtttcataattttatgagcattataaaatgggcgaaataatatgagtttgtatttttaatgcactattaatagagtagtcggtgggatgttggaatgttctattatgtgaggattgtgaagttttcaattgtgacgatttgggtgtgacgtatggtagtacttctgttgaaagttcacaagtgaaacttgaagatacggcgatctaaattgttcaaacgagatatgagggtatagatccccgctaaaactatcactcgtccaagaaaagaaagtatcacatgtttTTA-TAA-GGATATAAA-T-T--CACTACT----GAA-----G---TAA--A-CATC--TC-TG-AC----A---GACA-TT-AC--TA--TA-AA-Tt
gi|31 : agaacaagA-T-AA-T-ACAA----ATT--A------TCTAATGGT-CCATA------------GTT-ATAAAA-CGGG--C-AAAAA---ATATGAG-TT----C----GT---AT---
gi|32 : -TG---T---A----A-ATGGACATAAATATA-T-AT-T-A---------------------CAATAGTTCCATAATGTAAGGC-GCG---GTAAAA-
gi|34 : TTA-TAA-GGATA--AA-T-T--CACGCCTAG--A-A-----G---TAA----AATC--TC-GG-GC----t
gi|35 : agaaaaagG----TGTGA--CGTAAAGTTGCA-C-TTCTG-TTG-AAATTTCAC
gi|4 : TTA-TTG-AGATA--AA-T-T--CACTCCT----G-A-----GG--TAA--A-AATT--TC-GG-TT----G---CATG-TT--C--TA--TA-AA-TAT-CATAG-AA-TC-CGGAGCGTT--GCT--------CA----AA--TG-AT---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGAG-A------AA--AA-------ATTGTTTACA-GAGTTTGTT-C--TAT-----A-ATTA----------AT---T--ATA-C-TG---T---A----A-ATGGACATAAATATA-T-AT-T-ACAATTTAATT--A-A-CAGT-CAATAGTTCCATAATTTTATGC-GCGGT-AT----------------AA---ATGCGAG-TT----CGTGTGT---AT---TTA--T-A-A--TGCACTA--ATT--GAAT-GGTCAGTGG-GAAGTTGGAATGTTTCTATTGTGTG-AGGATTGTGA-CGTTTTCAA--TTATGA--CGAT--TTTGG----TGTGA--CGTAAAATTGCA-C-TTCTG-TTG-AAAGTTTACGAGTA-AAA-C-----TTGGA-GAT-ACGGCT----AA--TCTGT-T-CAG-ACGAGA-CGT--G-AAGG---TA--T----A--GATC-----CCCGCTAT---------AA---------------CT-
gi|4 : acaaa-TTCGATGCTGGTACACTC-TCT-A-----------GTGA-AA-----ATTTACGT----G-TAGTTTACCATGTAT----------TT---GG----GG-------TTTTCA-T---TTGTCC--------CTG-T----GTT----TA-------------TT-AAATT-C--------------------ATCAAGAAT--T-CGGTCG-TTCCT-CGT-GTGTC-T-------TGCTAA-T--ATGAGCGGATTGTACTGGAATA--TGGA-GCA---TTTCGGGCGGaccactcatccgagaaaagaaagtatcaggtgtctcttcgatgctggtacactctctagtgaaaatttacgtgtagtttaccatgtatttggggttttcatttgtccctgtgtttattaaattcatcaagaattcggtcgttcctcgtgtgtcttgctaatatgagcggattgtactggaatatggagcatttcgggcgg
gi|5 : acaaattattgagataaattcactcctgaggtaaaaatttcggttgcatgttctataaatatcatagaatccggagcgttgctcaaatgataatggcgacttaacaacatgcagatgagaaaaaattgtttacagagtttgttctataattaattatactgtaaatggacataaatatatattacaatttaattaacagtcaatagttccataattttatgcgcggtataaatgcgagttcgtgtgtatttataatgcactaattgaatggtcagtgggaagttggaatgtttctattgtgtgaggattgtgacgttttcaattatgacgattttggtgtgacgtaaaattgcacttctgttgaaagtttacgagtaaaacttggagatacggctaatctgttcagacgagacgtgaaggtatagatccccgctataactaccactcatccgagaaaagaaagtatcaggtgtctcTTAGTTG-GGATA--AA-T-T--C-CTCCT----G-ACGGTGG---TAA--G-AATT--TCCGG-TCTTCTG---CATG-TT-TC--TAGATA-AAATATACCTAG-AA-TC-CGGACGGTT--GCAATGAA-AACA----AA-GTG-AT---AAGTGGGC--GGACCT-TCACAACATGGCAGATGAG-AATAAATAA--AATA-G---ATTGTTTACA-TAGCTTGTT------C-----ATATTATAA-----T-GT---T--ATC-A-TAAT-TGAAA----A-ATG-AC-TAA-TATAGT-AT-TCACAATTAAATTTAACA-CAGTC-AATAGTTCCATAATTTT---------T-ATG----CGGG--CTATAAT---TTGTGAG-TT----C----TT---GT---GT-----A-C--TGCACT--TAAT-AAAAT-GGTCCGTGG-GAAGTCTGGATGTT-CTATTGTGTGGAGGATTGTGA-CGTTTTCAA--TTGTGACCCGATGTTTCAG----TGTGGACCGTAAGTTGCCA-CTTTCTGTTTG-AAAGTTCACGAGTAAAAA-C-----TTGGA-ATT-ACGGTG----AA---TCGT-TGCAG-ACGAGA-CGT--T-GGGG---TA--T----A--GATCA----CCCGCTAT---------AA---------------TC-TCC
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gi|6 : aacaaattagttgggataaattcctcctgacggtggtaagaatttccggtcttctgcatgtttctagataaaatatacctagaatccggacggttgcaatgaaaacaaagtgataagtgggcggaccttcacaacatggcagatgagaataaataaaatagattgtttacatagcttgttcatattataatgttatcataattgaaaaatgactaatatagtattcacaattaaatttaacacagtcaatagttccataatttttatgcgggctataatttgtgagttcttgtgtactgcacttaataaaatggtccgtgggaagtctggatgttctattgtgtggaggattgtgacgttttcaattgtgacccgatgtttcagtgtggaccgtaagttgccactttctgtttgaaagttcacgagtaaaaacttggaattacggtgaatcgttgcagacgagacgttggggtatagatcacccgctataatctcctcccgaagaaaagaaagtatcacgtgttcctcTTG-TAA-GGATA--AT-T-T--CACTACTT---A-A-----G---TAA--G-AATT--TC-GG-GC----G---CACG-TT-TT--TA--TA-AA-TATACATAG-AA-TC-TGGAGCGTT--GCTAT--A-AACA----AA-GAA-AT---AA-TGG-C--AA--CT-TAACAACATG-CAGATGGGCA-----TAA--AATATG---ATAGTATACA-GAGTTTGGT-T--TACAATA-A-ATTATAT-----C-ATGTCT--AAC-A-TG---T---A----A-ATGGTCAGAAATATA-T-AT-T-ACAAGTTATCT--A-A-TGATCC-ATAGTTTCATAATTTTATGA-GCGTT-ATAAAA-CGGG--CTAAAAA---AT--GAG-TT----C----GT---AT---TT---TAA-A--TGCACTATTAAT-AGAGT-AGTCCGTGG-GATGTTGGAATG-TTCTATTATGAG-TGGATTGTGA-CGGTTTCTA--TTGTTA--CGAT--TTGGG----TGAGA--CTTATGGTAGTT-C-TTCTG-TTG-AAAGTTC----------A-C-----TTGAA-GAT-ACGGCA----AA--TTTGT-T-TAG-ACGAGA-TGT--G-AGGG----A--T----A--GATC-----CCCTCTAA---------AA---------------CT-AT-----------CACTCGTCCGA-----------GT-A-AAGAAAGTATCACGT----G-TT------------T----------TTTC-GGTGCTGGTACACT-TTTTAG-TAGATTTTCC--------GTGTA----TTTGGGGTT-------------TT-AA-TT-T-GTCCCTGGTTTTATTATTCATCA-GACAT-T-CGGTCG-TTCCT-CGT-GTGTC-TC-TA
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Reference ( family-3687 ) : TTA-TNG-GGATA--AA-TT--CACT-C-CT----G-A-----G---TAA--G-AATT--TC-GG-NC----G---CACG-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAGA--A-TC-CGGA-GC--GTT--GCTAT--A-AACA----AA-GTGA-T---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGAG-A-----TAA--AATATG---ATTGTTTACA-G-AGTTTGTT-T--TAC-----A-ATTATAA-----T-ATGTCT--ATC-A-TG---T---A----A-ATGGACATAAATATA-T-AT-T-ACAATTTAATT--A-A-CGGTCCAATAGTTCCATAATTTTATGN-GCGTT-ATAAAA-CGGG--CTAAAAA---ATACGAG-TTC----GT----AT---TT---T-A-A--TGCACTATTAA-TAGAG-TAGTCCGTGG-GATGTTGGAATGTTTCTATTGTGTG-AGGATTGTGA-CGTTTTCAAT--TGTGA--CGA--TTTCG-G---TGTGA--CGTATGGTAGTA-C-TTCTG-TTG-AAAGTTCACGAGT--AAA-C-----TTGGA-GAT-ACGGCG----AA--TTTGT-T-CAG-ACGAGA-TGT--G-AGGGTATA------GATC-----CCCGCTAA---------AA---------------CT-TTCGGTGCTGGTACACTC-TCT-A-GT-AAA-----TTTTACGT----GT-----------T-T----------T---------T---GG----GG-----------------TTTTAAT---TTGTCC--------CT--------GG----TTTTA-------------TTAAT--TT--CAT------C-AGA-NA-T-C-GGTCG-TTCCT-CGT-GTGTC-TC-TAA-CTGTTCA-TTGATGAGCGGATTGTA--GGAATA--CGGT-GCA---TTTCGGGCGGATTGTGTNGACTCAATTTCNTTTNCG-TTTAGT--TT-T-T-AATTTA--ATNAT-GGNCCTGTGGTAATGTTCTGCGA---CC-T--CTGAAGATCGT--TGTATTTTCATCGGA---------------ATT----ATCT--------A--TATCTGCCA-TC--AACGTGGTGAT----TGGTTCTGCCG-TGTCC-CGT-TNAGCTGTG--------TCCTG--G----G---TATTCTGT-GGT----TGTATCGGAGTGCG--G-A-TA---TTTGCGATTTTTTTGGGAGGTTACT-GATGTGTCTTCTTTGAATGG-TCC-AT-T-CA----CTCAT-CTT-TCGTAGG---TTCTTGAAGCTTNGGGT-TAG--GG--GGTGGCCATAANGTTACAGCGCAGTTC---GGTATGGTGGATACCGAANGGTATGCAGGGGTCCCAGGAACAANGT
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gi|15 : tagaatccggagcgttgctataaacaaagtgataatggcgagtcttaacaacatgcagatgaataaaattgtttacagagtttgttcataattatcttatactttaaattgacataaatatatattacaatttaattaacagtcaatagttccatattcaccattacaagaaatgaacatcaacACTCTGTTGGTCCAATATATACGAGTTCC--G-A--A---TTT----TTTTTTTAGG--GTTACT-GATGT--CTTTGCTGGACGG-TTC-TT-T-CA----CT-AT-TTCCTCGGGGGGGGTTCTTGAAGCGAAGGTT-TAGTGGG--GGTGGCCATAATGT-ATAGCGCTGATC---GTTATGGTGGATACCGAACGGTATGCAGGGGTCCCAGTAACAAAGT
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|15 : tagaatccggagcgttgctataaacaaagtgataatggcgagtcttaacaacatgcagatgaataaaattgtttacagagtttgttcataattatcttatactttaaattgacataaatatatattacaatttaattaacagtcaatagttccatattcaccattacaagaaatgaacatcaacACTCTGTTGGTCCAATATATACGAGTTCC--G-A--A---TTT----TTTTTTTAGG--GTTACT-GATGT--CTTTGCTGGACGG-TTC-TT-T-CA----CT-AT-TTCCTCGGGGGGGGTTCTTGAAGCGAAGGTT-TAGTGGG--GGTGGCCATAATGT-ATAGCGCTGATC---GTTATGGTGGATACCGAACGGTATGCAGGGGTCCCAGTAACAAAGT
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gi|27 : gcatTTTTGGG-GGTTAAT-GATGT--CTGGGTTAGATGA-TTC-AC-T-CA----CT-AT-CT---CGTTAG---TCCTTGAAGCTTAGGAT-TAG--AGTCGGTAGCCATAATGa
gi|28 : cTTA-TAA-GGATA--AA-TT--CACG-C-CT----G-AG----G---TAA--A-AATC--TC-GG-
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gi|1 : TA--AA-T-----CT-CACT----G-AA----G---TAA--A-AAATAAT--GG-AC----G---CATG-TT-TC--CA---A-AA-TAT---------------GGACGCTCGTT--GCTA---A-AACATATGGA-GTTA-T---AA-TAG-CTTG---CA-TGACAAC--G-TAATTGAA-A-----TTACCAATGTACATATTCTT-----G-AGTGTTTTGT--TAC-----G--TGATAAAAAGGT-AT-TTT--GTA-A-TA---C---A----ACATGGACAGAAATATA-TCACAT-ACAAATTATCT--A-AATGGTC--ATAGTTTC-TAATTTTATGA-GCGTT-ATAAAA-CGGG--CTAAAAACATATACGAG-TTC----GT----AT---TT---TTA-AGTTGCACTATTAA-TAGAG-TAGTCCGTGG-GATGTTGGAATGTTTCTATTATGT---GGATTATGA-CGTTTTCAAT--TGTGA--CGA--TTTAG-GGCATGTGA--CGTATGGTAGTA-C-TTCTG-TTGCAAAGTTCACAAGT--AAA-C-----TTGAA-GAT-ACGGCG----AA---TTAT-T-CAG-ACG----TGG--G-AGGGTTTA------ACTC-----CCCGCTAA---------AA---------------CT-T-----------ATTCACTCGTCA------A-GAAAAGAAAGTATCACGT---G--TT----TT----TTTCG--GTGCTGGT-ACACTC---TTTT------AGTAA-TT--GT--------C--------CGTTGCATTTT--------GGGGTTTTTTAATAGTCCCTGGT----------T--------------T--------------TAATTATT--CATC-AGACA--T--GG-CG-TT--T-CGT-GTGTC-TCTTAA-C-GTTCATTTGATGAGCGGATTGTA----AATATTCGGTCGCA---TTACAGGCAGGATGAGT-GACTCAATTTCGTTTCCGCTTTAGTTGTT-T-T-AATTAAATATGAT-GACGCTGTGGTAATA-TCTG-GA---TC-TAACTGAAGA-CGTTCTGCATTATCATCGGA---------------TTTTTTAATTTGGGATACGA--TATCTGCCA-TC--AA-GAAGGGAT----T-GTTCTGCCG-TGTTC-CGT-TGAGCTGTG--------TCCT------------TGTTC--T-GGT----TGTA-CGGAGTGTG--GAA-TAGGTTTTGCGA-TTTTTTGGGA-GTTACTAGATATATCTTCTTTGAATG---CC-AT-TACA----ATC---CTT-TCGTAGG---TTCTTGAAGCTTTGGGT-AAT--GG--GGTGGCCATAAAGTTACATGGCAGTTTTCAGGTATGGTGGATATCAAAGGTTATGC-GGGGT-CCAGGAACA
gi|10 : aacaaaatttcagtgtaacaat--TT--CATC-AAGGA--TTCGGTCG-TTCCTGCGTCGTGTC-TC--AA--TGTT---TTGATGAGCGGATTGTA--AGAA-A--CGGT-GCAGCATTT--GGCG-ATTGTGTTGA----ATTTCCTTTGTGGTTTAGT--TTGT-T-AATTTA--ATCATTGGCCCTGTGG-AATGGTTT-------CA-T--CAGAC-ATCTT--T-TATTTT-----GG---------------ATG----ATCT--------A--TA-CTGCCAATCTGCACGTGGTGATGACTTGGTTC-GCCGATGTCCTCGTCTCAGCTGTG--------TATTA--G------------CTGT-AGT----T-TATCGGCGTGCGACG-G-TG---TTC-TGATTTTTTTGGGAGGTTACT-GGTG-GTCTTC-TTGAATGGCTCCTATAT-CAATATTTCGT--TT-TGGTAGG---TTCTCAAAGCtgttggat
gi|11 : agaTTA-TCG-AGATA--AA-TT--CACT-C-CTTT--G-------G---TAA--A-AATT--TC-GG-TT----G---CATG-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAGA--A-TC-CGGA-GC--GTT--GCT--------CA----AA-GTGA-T---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGAG-AA----TAA--AAT--------TGTTTACA-G-AGTTTGTT-C--TAT-----A-CATGTAA-----T--TATCT--AACTACTG---T---A----A-ATGGACATAAATATA-T-AT-T-ACAATTTAATT--A-A-CAGTC-AATAGTTCCATAATTTTATGC-GCGGT-ATAAA-------------------TGCGAG-TTCATGTGT----AT---TTA--T-A-A--TGCACTA---A-TTGAA-TGGTCAGTGG-GAAGTTGGAATGTT-CTATTGTGTG-AGGATTGTGA-CGATTTC
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gi|13 : GA-GAT-ACGGTG----AAATTTTGT-T-CGG-ACGAGA-TAT--G-AGGGTATACCGGCAGATC-----ACCTCTAATGATAAGAAAATATCGTGT-------CTCTTCGGTGCTG--GTATACTC-TCT------ACGT-AA-----TTTTACGTATAG--TT----TT----C---C--GT----AT-AT-TTGGGGGTTT------AAT---TC--AT--------T--------C--------CT--------GG----TTTTA-------------------------------------T--------------TAAT--TT---ATC-AGAAA--TCCAGTTG-TTTCT-CGT-GTGTCTTC-TTT-CTGTTCA-TTGATGAa
gi|14 : TAGA--A-TC-CGGA-GC--GTT--GCTAT--A-AACA----AA-GTGA-T---AA-TGG-C--GAGTCT-TAACAACATG-CAGATGA--A-----TAA--A--------ATTGTTTACA-G-AGTTTG-T-T--CAT-----A-ATTATCT-----T-ATACTT-------------T---A----A-ATTGACATAAATATA-T-AT-T-ACAATTTAATT--A-A-CAGT-CAATAGTTCCATA
gi|14 : G-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAGA--A-Tttcaccattacaagaaatgaacatcaacattctatgtatatttatagaaac
gi|15 : tagaatccggagcgttgctataaacaaagtgataatggcgagtcttaacaacatgcagatgaataaaattgtttacagagtttgttcataattatcttatactttaaattgacataaatatatattacaatttaattaacagtcaatagttccatattcaccattacaagaaatgaacatcaacACTCTGTTGGTCCAATATATACGAGTTCC--G-A--A---TTT----TTTTTTTAGG--GTTACT-GATGT--CTTTGCTGGACGG-TTC-TT-T-CA----CT-AT-TTCCTCGGGGGGGGTTCTTGAAGCGAAGGTT-TAGTGGG--GGTGGCCATAATGT-ATAGCGCTGATC---GTTATGGTGGATACCGAACGGTATGCAGGGGTCCCAGTAACAAAGT
gi|17 : tatcgTTG-TAA-GGATA--AT-TT--CACT-A-CT----G-AA----G---TAA--G-AATT--TC-TG-GC----A---CACG-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAGA--A-TC-TGGA-GC--GTT--GCTAT--A-AACA----AA-G-AA-TATAAA-TGG-C--GA--CT-TAACAACAAG-CAGATGGGCA-----TAA--AATATG---ATAGTATACA-G-AGTTTG
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gi|19 : acacaaaACGAGT--GAA-CACAAGTTGGA-GATTACGGCG----AA--TCTGTAT-CAGAACGAGACCGTCAGCAGGGCCTAACTACTAATC-----CCCGCTAT---------AA---------------CT-tgcaagactgtaaagtaggaaaatg
gi|2 : TTA-TAA-GGATA--AT-TT--CACT-A-CT----G-A-----G---TAA--G-AATT--TT-GG-AC----G---CACGGTT-TC--TA--TA-AA-CATACATAGATAA-T---GGA-GC--GTT--GCTAT--A-AACA----AA-ATGA-T---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGGGCA-----TAA--AATATG---ATTGTATGCA-G-AGTTTGTT-T--TAC-----A-ATTATAA-----CCATGTCT--ATC-A-TG---T---A----A-ATGGACAGAAATATA-T-AT-T-ACAATTTA-CT--A-A-TGGTCCAATAGTTTCATAATTTTATGA-GCGTT-ATAAAAACAGG--CTAAAAA---ATATGAG-TTC----GT----AT---TT---T-A-A--TGCACTATTAC-TAGAG-TAGTCAGTGGTGAT-CTGGA-TGTTTCTATTATGTGGAGGATTGTGAACGTTTTCAATGTTGTGA--CGA--TT--GAG---TGTGA---GTATGGT-GTAAC-TTCTG-TTG-AAGTTTCAAAAGT--AAAAC-----CTGAAAGAT-ACGGGG----AA--TTTGT-T-CAG-ACAAGA-TGT--G-AGGGTATATA----GATC-----CCCGCTAA---------AA---------------CT-TTCGGTGCTG--GTACACTC-TCT------A-GTAAA-----TTTTCCGT---G--TA----TT----T---G--G----GGT-----------TTT------AAT---TT--GT--------C--------C--------CT--------GG----TTTTA-------------------------------------T--------------TAAT--TCGGCATC-AGACA--T-CGGACG-TTCCT-CGT-GTGCC-TC-TAA-CTGTTCA-TTGATGAGCGGATTGTA----AATT--CGGT-GCA---TTACGGGCAGATTGTGTGGACTCAATTTCGTT-CCG-TTTAGT--TT-T-T-AATTAA--ATGAT-G-ACCTGTGGTAATATTCTGCGA---CT-T--CTAAAGATCGT--TGTATTTTCATCGGA---------------ATT----AACT--------A--TATCTGCCA-TC--AATGTGGTGAT----TGGTTCTGCCG-TGTCC-TGT-TGAGCTGTA--------TTCTGTAG----GATATATTCTGT-GGT----TGTATCGGAGTGCG--G-A-TA---TTTGTGATTTTTTTGGGAGGTTACT-GATATATCTTCTTTAAATGG-TCC-AT-T-CA----CTCATCCTT-CCATAGG---TTCTTGAAACTTTGGGTATGG--GG--GGTGGCCATAAAGTTACAGCGCAGTTC---GGTATGGTGGATACCAAGAGGTATGCAGAGGTCCCAGGAACAATGTaccactcgtccgagaaaaagcgaaaggtgtatct
gi|20 : TTA-TGG-GTAGA--AAGTT--CCCT-C-CTCGAAG-A-----G---TAAAAG-AATA--TC-GG-TT----GAGTCAAG-TTATCCTTA--TA-AA-TATACATAGA--CTTC-CGGA-GC--GTT--GT--T--A-AAC-----AA-GTGA-T----A-TG-----GA--CT-TAACgg
gi|21 : caaaTTA-TTG-GGATA--AA-TT--CACT-C-CT----GGA-----G---TAA--G-AATT--TC-GG-TT----G---CATG-TT-TC--TA--TA-AT-TATACATAGA--A-TC-CGGA-GC--GTT--GCTAT--A-AAGA----AA-TTGA-T---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAAC
gi|22 : acaaaT--A-A-TGGTCCAG-AGTTC--TAATTTTATGATGCGTTTATAAAA-CGGGACCTAAAAA---ATATGAGGTTC----GTTGT-AT---TT---TTA-A--TGCACTATTAATTAGAGTTAGTCCGTGG-GATGTT
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gi|24 : -TTGATGAGCGGATTGTACTGGAATA--CTGT-GCA---TTTCGGGCGGATTGGGTA---TAAATTTCCTTAGCG-TTTACT--TG-T-T-ATTTTA--ATCAT--GTCCTGTGG-AATGT
gi|25 : TTA-TCAAGGATA--AT-CTTACACT-A-CT----G-AA----G---TTA--GCAATC--TG-GG-AC----T---CACG-TT--C--TA--TA-AAAGATACATAGA--A-TCTTGGA-G
gi|26 : agaaacaaaaA--AATATG----TTGATTACAAG-GGTTTGTT-T--TACAAAATA-ATTATAT-----C-ATGTCTAGATC-A-TGGTTT---ACAACA-ATGGACAGGAA---A-T-AC-T-ATAATgccgtatatac
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gi|28 : cTTA-TAA-GGATA--AA-TT--CACG-C-CT----G-AG----G---TAA--A-AATC--TC-GG-
gi|28 : g-GGCTA--AA-TT--CACT-A-CT----G-AC----G---TAA--A-AATT--TT-GG-TT----G----GTG-TT-AC--TA--TA-AA-TActaaattcactactgacgtaaaaattttggttggtgttactataaataga
gi|29 : gttataaggataaattcacgcctgaggtaaaaatctcTTA-TAA-GGATA--AA-TT--CACT-A-CT----G-AA----G---TAA--G-AATT--TC-GG-AC----G---CACG-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAGA--A-TC-CGGA-GC--GTga
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gi|32 : -TG---T---A----A-ATGGACATAAATATA-T-AT-T-A---------------------CAATAGTTCCATAATGTAAGGC-GCG---GTAAAA-
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gi|6 : aacaaattagttgggataaattcctcctgacggtggtaagaatttccggtcttctgcatgtttctagataaaatatacctagaatccggacggttgcaatgaaaacaaagtgataagtgggcggaccttcacaacatggcagatgagaataaataaaatagattgtttacatagcttgttcatattataatgttatcataattgaaaaatgactaatatagtattcacaattaaatttaacacagtcaatagttccataatttttatgcgggctataatttgtgagttcttgtgtactgcacttaataaaatggtccgtgggaagtctggatgttctattgtgtggaggattgtgacgttttcaattgtgacccgatgtttcagtgtggaccgtaagttgccactttctgtttgaaagttcacgagtaaaaacttggaattacggtgaatcgttgcagacgagacgttggggtatagatcacccgctataatctcctcccgaagaaaagaaagtatcacgtgttcctcTTG-TAA-GGATA--AT-TT--CACTAC-TT----A-A-----G---TAA--G-AATT--TC-GG-GC----G---CACG-TT-TT--TA--TA-AA-TATACATAGA--A-TC-TGGA-GC--GTT--GCTAT--A-AACA----AA-GAAA-T---AA-TGG-C--AA--CT-TAACAACATG-CAGATGGGCA-----TAA--AATATG---ATAGTATACA-G-AGTTTGGT-T--TACAATA-A-ATTATAT-----C-ATGTCT--AAC-A-TG---T---A----A-ATGGTCAGAAATATA-T-AT-T-ACAAGTTATCT--A-A-TGATCC-ATAGTTTCATAATTTTATGA-GCGTT-ATAAAA-CGGG--CTAAAAA---AT--GAG-TTC----GT----AT---TT---TAA-A--TGCACTATTAA-TAGAG-TAGTCCGTGG-GATGTTGGAATG-TTCTATTATGAG-TGGATTGTGA-CGGTTTCTAT--TGTTA--CGA--TTTGG-G---TGAGA--CTTATGGTAGTT-C-TTCTG-TTG-AAAGTTC----------A-C-----TTGAA-GAT-ACGGCA----AA--TTTGT-T-TAG-ACGAGA-TGT--G-AGGG-ATA------GATC-----CCCTCTAA---------AA---------------CT-AT-------------CACTCGTCCG-----A-GTAAAGAAAGTATCACGT---G--TT----TT----TTC-G--GTGCTGGT-ACACT----TTTT------AGTAGATT--TT--------C--------C--------GTGTATTTGGGG----TTTTAA----------TTTGTCCCTGGT--------------T--------------TTATTATT--CATC-AGACAT-T-CGGTCG-TTCCT-CGT-GTGTC-TC-TA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|5 : aacaaa-TTCGGTG-TG--GTACACTG-CCT------A-GTGAA-----TTT-ACGTTAGCG---TT----TAAC----CA------TGTT-AT-TTGGGT----TTC------ATT---TT--GT--------C--------C--------CT--------GT----TGTTA-------------------------------------T--------------TAAA--TT--CATC-AGA-A--TAC-GGTCGTTTCCT-C-T-GTactgcctagtgaatttacgttagcgtttaaccatgttatttgggtttcattttgtccctgttgttattaaattcatcagaatacggtcgtttcctctgt
gi|6 : aacaaattagttgggataaattcctcctgacggtggtaagaatttccggtcttctgcatgtttctagataaaatatacctagaatccggacggttgcaatgaaaacaaagtgataagtgggcggaccttcacaacatggcagatgagaataaataaaatagattgtttacatagcttgttcatattataatgttatcataattgaaaaatgactaatatagtattcacaattaaatttaacacagtcaatagttccataatttttatgcgggctataatttgtgagttcttgtgtactgcacttaataaaatggtccgtgggaagtctggatgttctattgtgtggaggattgtgacgttttcaattgtgacccgatgtttcagtgtggaccgtaagttgccactttctgtttgaaagttcacgagtaaaaacttggaattacggtgaatcgttgcagacgagacgttggggtatagatcacccgctataatctcctcccgaagaaaagaaagtatcacgtgttcctcTTG-TAA-GGATA--AT-TT--CACTAC-TT----A-A-----G---TAA--G-AATT--TC-GG-GC----G---CACG-TT-TT--TA--TA-AA-TATACATAGA--A-TC-TGGA-GC--GTT--GCTAT--A-AACA----AA-GAAA-T---AA-TGG-C--AA--CT-TAACAACATG-CAGATGGGCA-----TAA--AATATG---ATAGTATACA-G-AGTTTGGT-T--TACAATA-A-ATTATAT-----C-ATGTCT--AAC-A-TG---T---A----A-ATGGTCAGAAATATA-T-AT-T-ACAAGTTATCT--A-A-TGATCC-ATAGTTTCATAATTTTATGA-GCGTT-ATAAAA-CGGG--CTAAAAA---AT--GAG-TTC----GT----AT---TT---TAA-A--TGCACTATTAA-TAGAG-TAGTCCGTGG-GATGTTGGAATG-TTCTATTATGAG-TGGATTGTGA-CGGTTTCTAT--TGTTA--CGA--TTTGG-G---TGAGA--CTTATGGTAGTT-C-TTCTG-TTG-AAAGTTC----------A-C-----TTGAA-GAT-ACGGCA----AA--TTTGT-T-TAG-ACGAGA-TGT--G-AGGG-ATA------GATC-----CCCTCTAA---------AA---------------CT-AT-------------CACTCGTCCG-----A-GTAAAGAAAGTATCACGT----GTT-TT----T--T----CG--GTGCTGGT-ACACT---T----TTT------AGTAGATT--TT--------C--------C--------GTGTATTTGGGG----TTTTAA----------TTTGTCCCTGGT--------------T--------------TTATTATT--CATC-AGACAT-T-C-GGTCG-TTCCT-CGT-GTGTC-TC-TA
gi|7 : acaaaTTA-TTG-GGATA--AA-TT--CACT-C-CT----G-A-----GG--TAA--G-AATT--TC-GG-TT----G---CATG-TT-TC--TA--TA-AA-TTTACATAGA--A-TC-TGGA-GC--GTT--GCTAT--A-AACA----AA-GAGA-T---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGAGAA-----TAA--ATTTTG---ATTGTTTAAAGG-AGTTTGTT-T--TAT-----A-ATTA-------------TCT--ATC-A-TG---T---A----A-ATGGACATAAATATA-T-AT-C-ACAATTTAATT--A-A-TAGT-CAATAGTTCCATAATTTTATGC-GCGGT-ATAAAA-CAGG--CT-AAAA---ATATGAG-TTT----GT----GTGTATTATAT-A-A--TGCAC---TAA-TAGAA-TAGTCCGTAG-GATGTTGGAATG-TTCTATTGTGTG-AGGATTATGA-CGTTTTCAAT--TGTGA--CGA--TTTCG-G---TGTGA--TGTATAGTAGTA-C-TACTG-TTG-AAAGTT-----GT----------------A-GAT-ACGGTG----AA--TTTGT-T-TAG-ACGAGA-TGT--G-AGGGTATAC-----TACCACTTGTCCGAGAA---------AAGAAAGTATAACGTGTCTCTTCGGTGCTG--GTACACTC-TCT------A-GTGAA-----TTT-ACGT----G---TT----T--TCTTACGATGTGTTGGTGAT-CT---G----TTT------TAT---TT--
gi|8 : aaa-GGATA--AA-TT--CACT-C-CT----G-A-----GG--TAA--G-AATT--TC-GG-TT----G---CATG-TT-TC--TA--TA-AA-TTTACATAGA----TC-TGGA-GC--GTT--GCTAT--A-AACA----AA-GAGAAT---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGAG-AA----TAA--ATTTTG---ATTGTTTAAA-GGAGTTTGTT-T---------------ATAA-----T--TATCT--ATC-A-TG-------A----A-ATGGACATAAATATA-T-AT-C-ACAATTTAATT--A-A-TAGTC-AATAGTTCCATAATTTTATGC-GCGT--ATAAAA-CAGG--CTAAAAA----TATGAG-TTT----GTGTGTAT---TA---T-ATA--TGCACTA---A-TAGAA-TAGTCCGTAG--ATGTTGGAATGTT-CTATTGTGTG-AGGATTATGA-CGTTTTCAAT--TGTGA--CGA--TTTCG------GTGA--TGTATAGTAGTA-C-TACTG-TTG-AAAGTT-----GT----------------A-GAT-ACGGTG----AA--TTTGT-T--AG-ACG-GA-TGT--G-AGGGTATAC-----TACCACTTGTCCGAGAA---------AAGAAAGTATAACGTGTCT-CTCGGTGCTG--GTACACTC-TCT------A-GTGAA-----TTT-ACGT----G---TT----T--TTTA-CGATGTGTTGGTGAT-CT---T----TTT-------AT---TT--actttt
blockSeqs : G A A TA G TA AC GACGGTGG AAG . C TCTTCT AGT G A CT GA T A TA C T . . TG ATGA T . G A ATA G G . GT G G AATAAA . ATG A G CTA AAAAT T ACCATG AG T C ATTGAA CAAC . G . . C A TA C CA C AT TTT AA AC T A C G ATGT GTGT GTA ATAT T . T T T T T T G A GT CC TG G A . AC A A T T . CAAA GAACACAAG G A T ATCT ATT A G A C CA C CCGGCA ACTTG TGATAAGAA CTACCACTCATCCGAGAAAAGAAAGTATCAGGTGTCTCTTCGATGCTGGTACACTCTCTAGTGAAAATTTACGTGTAGTTTACCATGTATTTGGGGTTTTCATTTGTCCCTGTGTTTAT TA GG A AAATCC T C G C T TTAACC C . CTGG . . GCA T GGACTC C TG G TGTATA . C TGGC T G ATAATGTCCT . CAATTTTAATTTTGGATTATATAAT T A TGCAC GACT G T A T C C TATTCTATTCCTGAGTGTG T CCAA G ACGGTG GTGAT AG . G T GC T A . ATATTTCGTTT GGG A A TG TC T T . C A C T
blockSeqs : . T . . . . C CGAAGAG GC . . TTT . . . . . . A . T . . . . AT . . . . . . . . AC . . AA . ATG G . C GATT . TTATA . . . GTTT . . . . . . A . . CA C C GT A . T A T . . GTGT . AT . . T . . . T T G . . . . T . . . T . . . . CACA AAAAAC G . . . T . . . . . . ACTACT ACTTG . CTATCACTCGTCCAAGAAAAGAAAGTATCACATGTTTTTCCGGTGCTGGTACGCTCTCTAGTAAATTTTTCATGTTATTTGTGGTTTTAATTTTGTCCCTGGTTTTA . . . GATTC . T . . . TTTC C . CTGG . . . C GGACTC C AG . TTGTT . C AGGA T T GTGACTAC . ATGATCTA T . AGT . G T . . . C TTCTGTAGGATA . . A GCTTA TGAT AG . G G G . . . CTCATCCTT . T . . . A . . A A C
blockSeqs : . A . . . . A GAGATT A . . TT . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . CA . ATG . . T AATA . TCATG . . . T . . . . . . T . . TG C A TT A . G A T . . TGT . TT . . T . . . T T . . . . . C . . . T . . . . TACG AAAAC A . . . T . . . . . . TA A . CTATCACTCGTCCGAGTAAAGAAAGTATCACGTGTTTTTTCGGTGCTGGTACACTTTTTAGTAGATTTTCCGTGTATTTGGGGTTTTAATTTGTCCCTGGTT . . . AATCC . C . . . TAAC C . AG . . . C TGA G AG . TTTT . G GT . T GCGACTT . ATTAACTA . . AAT . G . . . . G TATTAG . . G GATA GCAA AG . A T G . . . CTATTTCC . A . . . T
blockSeqs : . G . . . . C AGAAG G . . GC . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . CA . ATG . . T . . TCATG . . . T . . . . . . A . . TG C A TT A . T A T . . . . TT . . T . . . T T . . . . . G . . . G . . . . CACG GAAAC A . . . A . . . . . . C . . TATCGTGTCTCTTCGGTGCTGGTATACTCTCTACGTAATTTTACGTATAGTTTTCCGTATATTTGGGGGTTTAATTCATTCCTGGTTTTAT . . . CATTC . C . . . AA A . . . . . A TGA C TC . TGTT . C GA . T CAT . . . . GAA T G . . G G . . . CTATCT .
blockSeqs : . T . . . . A TTGG G . . AC . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . CA . ATG . . T . . TCATG . . . T . . . . . . A . . TG T C TT A . T T T . . . . AT . . . . . . T . . . . . . C . . . A . . . . C AAAAC G . . . T . . . . . . C . . CTTTCGGTGCTGGTACACTCTCTAGTAAATTTTCCGTGTATTTGGGGTTTTAATTTGTCCCTGGTTTTAT . . . CATC . C . . . . . . . . . . C ATA A C . T . G GT . T . . . . A . . .
blockSeqs : . C . . . . C GAAG G . . TT . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . CA . ATG . . T . . ATTA . . . T . . . . . . A . . CA C C GT A . T A C . . . . TA . . . . . . T . . . . . . C . . . A . . . . . AC G . . . T . . . . . . . . . . . . ATTC . C . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . C GGAG G . . TT . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . AA . TTG . . C . . ATTA . . . T . . . . . . T . . CA C A TT A . T A T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . ATAC . . . .
blockSeqs : . A . . . . A GAAG A . . AC . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . AA . TTG . . T . . ATGT . . . T . . . . . . A . . TG C C GT A . . . T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . C GAGG A . . TT . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . A . AG . . T . . ATTA . . . T . . . . . . A . . TA . C T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . A GACG G . . AC . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . A . . . . T . . AT . . . T . . . . . . . . . TA . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . A GAAG A . . AC . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . A GAAG A . . GC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . C GAGG G . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . C GAGG G . . GC . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C GAGG G . . TT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C GAG G . . TT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C AAG . . .
blockSeqCons : C** ** ** AT** **** ** CA***** ** ATG*** T*** NCATG****** CG* A*** ** *** AAAAC******* T** ** AATCC*** TAAC** GG** ** TGA*** TGTT***** ** GT** GTGACNT****** ** GNTA******* AG G* CTATCTCT******
originalCons : TTA-TNG-GGATA--AA-TT--CACT-C-CT----G-A-----G---TAA--G-AATT--TC-GG-NC----G---CACG-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAGA--A-TC-CGGA-GC--GTT--GCTAT--A-AACA----AA-GTGA-T---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGAG-A-----TAA--AATATG---ATTGTTTACA-G-AGTTTGTT-T--TAC-----A-ATTATAA-----T-ATGTCT--ATC-A-TG---T---A----A-ATGGACATAAATATA-T-AT-T-ACAATTTAATT--A-A-CGGTCCAATAGTTCCATAATTTTATGN-GCGTT-ATAAAA-CGGG--CTAAAAA---ATACGAG-TTC----GT----AT---TT---T-A-A--TGCACTATTAA-TAGAG-TAGTCCGTGG-GATGTTGGAATGTTTCTATTGTGTG-AGGATTGTGA-CGTTTTCAAT--TGTGA--CGA--TTTCG-G---TGTGA--CGTATGGTAGTA-C-TTCTG-TTG-AAAGTTCACGAGT--AAA-C-----TTGGA-GAT-ACGGCG----AA--TTTGT-T-CAG-ACGAGA-TGT--G-AGGGTATA------GATC-----CCCGCTAA---------AA---------------CT-TTCGGTGCTG--GTACACTC-TCT------A-GTAAA-----TNTCACGT----G---TT----T--T----CG--GTGCTGGT-AC-CT---T----TTT------AAT---TT--GT--------C--------C--------NT--------GG----TTTTAA----------T----------T--------------T--------------TAAT--TT--CATC-AGANA--T-C-GGTCG-TTCCT-CGT-GTGTC-TC-TAA-CTGTTCA-TTGATGAGCGGATTGTA--GGAATA--CGGT-GCA---TTTCGGGCGGATTGTGTNGACTCAATTTCNTTTNCG-TTTAGT--TT-T-T-AATTTA--ATNAT-GGNCCTGTGGTAATGTTCTGCGA---CC-T--CTGAAGATCGT--TGTATTTTCATCGGA---------------ATT----ATCT--------A--TATCTGCCA-TC--AACGTGGTGAT----TGGTTCTGCCG-TGTCC-CGT-TNAGCTGTG--------TCCTG--G----G---TATTCTGT-GGT----TGTATCGGAGTGCG--G-A-TA---TTTGCGATTTTTTTGGGAGGTTACT-GATGTGTCTTCTTTGAATGG-TCC-AT-T-CA----CTCAT-CTT-TCGTAGG---TTCTTGAAGCTTNGGGT-TAG--GG--GGTGGCCATAANGTTACAGCGCAGTTC---GGTATGGTGGATACCGAANGGTATGCAGGGGTCCCAGGAACAANGT
finalCons : TTA-TNG-GGATA--AA-TT--CACTC--CT----G-A-----G---TAA--G-AATT--TC-GG-NC----G---CACG-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAGA--A-TC-CGGA-GC--GTT--GCTAT--A-AACA----AA-GTGA-T---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGAGCA-----TAA--AATATG---ATTGTTTACA-G-AGTTTGTTT---TAC-----A-ATTATANCATG------TCT--ATC-A-TG---T---A----A-ATGGACATAAATATA-T-AT-T-ACAATTTAATT--A-ACG-GTCCAATAGTTCCATAATTTTATGN-GCGTT-ATAAAA-CGGG--CTAAAAAA---TACGAG-TTC----GT----AT---TT---T-A-A--TGCACTATTAA-TAGAG-TAGTCCGTGG-GATGTTGGAATGTTTCTATTGTGTG-AGGATTGTGA-CGTTTTCAAT--TGTGA--CGA--TTTCG-G---TGTGA--CGTATGGTAGTA-C-TTCTG-TTG-AAAGTTCACGAGTAAAAC-------TTGGA-GAT-ACGGCG----AAT--TTGT-T-CAG-ACGAGA-TGT--G-AGGGTATA------GATC-----CCCGCTAA---------AA---------------CT-TTCGGTGCTG--GTACACTC-TCT------A-GTAAA-----TNTCACGT----G---TT----T--T----CG--GTGCTGGT-AC-CT---T----TTT------AAT---TT--GT--------C--------C--------NT--------GG----TTTTAA----------T----------T--------------T--------------TAAT--TT--CATC-AGAAATCC---GGTCG-TTCCT-CGT-GTGTC-TCTAAC--TGTTCA-TTGATGAGCGGATTGTAGG--AATA--CGGT-GCA---TTTCGGGCGGATTGTGTTGA---AATTTCNTTTNCG-TTTAGTTGTT-----AATTTA--ATNATGT--CCTGTGGTAATGTTCTGTGACNT------CTGAAGATCGT--TGTATTTTCATCGGA---------------ATT----ATCT--------A--TATCTGCCA-TC--AACGTGGTGAT----TGGTTCTGCCG-TGTCC-CGT-TNAGCTGTG--------TCCTG--G----G---TATTCTGT-GGT----TGTATCGGAGTGCGGNTA-------TTTGCGATTTTTTTGGGAGGTTACT-GATGTGTCTTCTTTGAATGG-TCC-AT-T-CACTATCTCT------TCGTAGG---TTCTTGAAGCTTNGGGT-TAG--GG--GGTGGCCATAANGTTACAGCGCAGTTC---GGTATGGTGGATACCGAANGGTATGCAGGGGTCCCAGGAACAANGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): CAGAACAATTTTACATGTATAATTTCTTACTGAAGTAAAAAATATGGGCACCGTTACTAAACACAACAAATGTGTTCTAAAAATAGCTTACATAACAACGTAACTAGGTTACAATGGACATAGTTCAAAAATATTTTTAAATGATATAAAAGTCTGCGACAAGTATAATGGACATAAAATATATGATTAATTATGTAATAATTAATTAAAAATGTCCATAATTTCCATAGAATATTAAAATTACTTTATTAAAAAATTTCCGGTGGAAGTCCATCATCATATGGCAGATCGTACTGGTGAAAGTTCAATGAAGTAGATGATGACGCTTTTTAATTGTGACGTGTAGAACTGTGATGTA
Unaligned ( gi|16 ): AGAACAATTTTTCAGTGTAACAATCTCACTGAAGTAAAAAATATGGACGCATGTTGTCCAAAATATGGACGCTCATTGCTATAAACATGTATGGAGTCTATAAATAGCTTGCATGACAACGTAATGAAATTTACCATCCGTGAATTGTTACTTAAGTGTTTT
Unaligned ( gi|33 ): AAAAAATATGGACGCATGCTGTCCAAAATATGGACGCTCGTTGCTATAAACATGTA
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Reference ( family-3687 ) : TTA-TNG-GGATA--AA-TT--CACT-C-CT----G-A-----G---TAA--G-AATT--TC-GG-NC----G---CACG-TT-TC--TA--TA-AA-TATACATAGA--A-TC-CGGA-GC--GTT--GCTAT--A-AACA----AA-GTG-AT---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGAGCATAA--A----ATATG---ATTGTTTACA-GAGTTTGTT-T--TAC-----A-ATTATANC-ATGTCT--ATC-A-TG---T---A----A------ATGGACATAAATATA-T-AT-T-ACAATTTAATT--A-A-CGGTCCAATAGTTCCATAATTTTATGN-GCGTT-ATAAAA-CGGG--CTAAAAA---ATACGAG-TT----C----GT---AT---TT---T-A-A--TGCACTATTAA-TAGAG-TAGTCCGTGG-GATGTTGGAATGTTTCTATTGTGTG-AGGATTGTGA-CGTTTTCAAT--TGTGA--CGA--TTTCG-G---TGTGA--CGTATGGTAGTA-C-TTCTG-TTG-AAAGTTCACGAGT-AAA-AC---TTGGA-GAT-ACGGCG----AA--TTTGT-T-CAG-ACGAGA-TGT--G-AGGGTATA------GATC-----CCCGCTAA---------AA---------------CT-TTCGGTGCTG--GTACACTC-TCT------A-GTAAA-----TNTCACGT----G---TT----T--T----CG--GTGCTGGT-AC-CT---T----TTT------AAT---TT--GT--------C--------C--------NT--------GG----TTTTAA----------T----------T--------------T--------------TAAT--TT--CATC-AGAAATCCGGTCG-TTCCT-CGT-GTGTC-TC-TAA-CTGTTCA-TTGATGAGCGGATTGTA--GGAATA--CGGT-GCA---TTTCGGGCGGATTGTGTTGA---AATTTCNTTTNCG-TTTAGTT-G--T-T-AATTTA--ATNAT--GTC-CTGTGGTAATGTTCTGTGA---C-NT--CTGAAGATCGT--TGTATTTTCATCGGA---------------ATT----ATCT--------A--TATCTGCCA-TC--AACGTGGTGAT----TGGTTCTGCCG-TGTCC-CGT-TNAGCTGTG--------TCCTG--G----G---TATTCTGT-GGT----TGTATCGGAGTGCG--G-NTA---TTTGCGATTTTTTTGGGAGGTTACT-GATGTGTCTTCTTTGAATGG-TCC-AT-TCACT-ATCTC---TTCGTAGG---TTCTTGAAGCTTNGGGT-TAG--GG--GGTGGCCATAANGTTACAGCGCAGTTC---GGTATGGTGGATACCGAANGGTATGCAGGGGTCCCAGGAACAANGT
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gi|31 : agaacaagA-T-AA-T-ACAA----ATT--A------TCTAATGGT-CCATA------------GTT-ATAAAA-CGGG--C-AAAAA---ATATGAG-TT----C----GT---AT---
gi|32 : -TG---T---A----A------ATGGACATAAATATA-T-AT-T-A---------------------CAATAGTTCCATAATGTAAGGC-GCG---GTAAAA-
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gi|35 : agaaaaag-G---TGTGA--CGTAAAGTTGCA-C-TTCTG-TTG-AAATTTCAC
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gi|8 : aaa-GGATA--AA-TT--CACT-C-CT----G-A-----GG--TAA--G-AATT--TC-GG-TT----G---CATG-TT-TC--TA--TA-AA-TTTACATAG---A-TC-TGGA-GC--GTT--GCTAT--A-AACA----AA-GAGAAT---AA-TGG-C--GA--CT-TAACAACATG-CAGATGAGAATAA--A----TTTTG---ATTGTTTAAAGGAGTTTG-T-T--TAT-----A-ATTA--------TCT--ATC-A-TG-------A----A------ATGGACATAAATATA-T-AT-C-ACAATTTAATT--A-A-TAGT-CAATAGTTCCATAATTTTATGC-GCG-T-ATAAAA-CAGG--CT-AAAA---ATATGAG-TTTGTGT----GT---AT---TA---T-ATA--TGCAC---TAA-TAGAA-TAGTCCGT-A-GATGTTGGAATG-TTCTATTGTGTG-AGGATTATGA-CGTTTTCAAT--TGTGA--CGA--TTTCG------GTGA--TGTATAGTAGTA-C-TACTG-TTG-AAAGTT-----GT--------------A-GAT-ACGGTG----AA--TTTGT-T--AG-ACG-GA-TGT--G-AGGGTATAC-----TACCACTTGTCCGAGAA---------AAGAAAGTATAACGTGTCT-CTCGGTGCTG--GTACACTC-TCT------A-GTGAA-----TTT-ACGT----G---TT----T--TTTA-CGATGTGTTGGTGAT-CT---T----TTT-------AT---TT--actttt
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Unaligned ( gi|16 ): AGAACAATTTTTCAGTGTAACAATCTCACTGAAGTAAAAAATATGGACGCATGTTGTCCAAAATATGGACGCTCATTGCTATAAACATGTATGGAGTCTATAAATAGCTTGCATGACAACGTAATGAAATTTACCATCCGTGAATTGTTACTTAAGTGTTTT
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