lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 111111 3 3333333333 333333333333333333 1111 11 11 6666666666666666666666666 1 1 222 1 4444 88888888888888888888888888888888888888888 33333333 4444 1111 1 11 111 111 111 1 11 1 2222222 11 33333333333 55555555555555555
lowQualScore : 1 0 55 3 111111 44 333 0 33 6 2 5555555555 44 99999 44 000000000000000000 3 44444 6666 3 3 3 11 1 666 11 3 8 777 8888 8 5 4444444444444444444444444 0 0 777 3 7777 9999 11111111111111111111111111111111111111111 1 1 88888888 0 2222 9999 0 6 33 666 2 6 77 777 2 111 0 0 11 0 3 3333333 11 8 5 1 77777777777 3 2 22222222222222222
lowQualScore : . . .. . ...... .. ... . .. . . .......... .. ..... .. .................. . ..... .... . . . .. . ... .. . . ... .... . . ......................... . . ... . .... .... ......................................... . . ........ . .... .... . . .. ... . . .. ... . ... . . .. . . ....... .. . . . ........... . . .................
lowQualScore : 2 0 55 6 777777 22 555 7 99 6 9 5555555555 22 22222 66 444444444444444444 3 77777 2222 6 6 6 55 8 444 33 2 1 000 5555 8 0 9999999999999999999999999 0 0 777 3 7777 0000 55555555555555555555555555555555555555555 0 0 77777777 7 0000 5555 0 0 33 888 5 5 00 555 5 000 0 8 22 0 0 7777777 00 0 0 0 77777777777 2 5 88888888888888888
consensus : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGTA-CAA----GGACAAA--CAG-ACAT-AGAAA--CAGTA-CAAGGC-ATA-A--CAAT--ACACA-G---AAA--G----C----AT-AAAA-TAA-ACA--A--A----CTGCAA-AC-AT-GCATT-AANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC-AGA-AA---CTAAAANACTAAAAC--AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A-TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAGACAAGA------ACAAG--AGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAAG---AA--AAAATAATAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAGC-TGGACAACTACAGAGAGGATCTTCCCAGGTCTGGAGCANCCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGGAA--A-ANTTTCAAACCATATCTGGT--AGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGC-TTGC--TTTCTCTCCTGGAATAATAAGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA------GTATAAATAAGATTTGTT
Reference ( gi|1 ) : GGTAAAACACAAACAAAA-GC--TGTA-CAA----GGACAAA--CAG-ACATTAGAAA--CAGCA-CAAGGC-CTA-A-ACAAT--ACACA-G---AAA--G----C----AC-ACAG-CAA-ACA--A--A----CTGCAA-AC-AT-GCATT-AATT---AG-ATAACTAAAAAGATAG---G----TTAAAATAGGC-AGACAA---CTAAAAGACTAAAAAACAATAC-AAGCA-CTTGCTTAGA-TATAA-TAAAACAAAAAAAACTTCAGACAAGAAGAAAAATAAGGAAGAAAGAACACCCCCCCCCCAAAATGAAGAAAAAAATGAAA--AAAACAACAA-CACAT-AGCTAGGTTAATTAGTTACAAGC-TGGACAACCACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCAGTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTTGTAACGGAA--A-ATTTTCAAACCATATCTGGT--GGTATTAACCT-TTGGTTGAAAG-GC-TTGCTTTTTCTCTCCTGGAATAATAAGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA------GTA-AGGTGGAATTTGTT
gi|3 : GGTAAAAAACAACAAAAA-GC--TGTA-CAA------ACAAA--C-T-ACAT-AGAAA--CAGTA-CAAG-C-ATA-A--CAAT--ACACA-G---AAA--G----C----AT-AAAA-TAA-ACA--G--AAGTACTGCAA-AC-AT-GCATT-AATT---AA-ATAACTAAAAAGATAG---G----TTAATATAGCC-A---AA---CTAAAACA---------AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A-TATAAATAAAACAAAAA----TTCAGACAAGA--------------GAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAAG---AA--AAAATAATAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAGCCTGGACAACTACAGAGAG-ATCT--CCAGGTCTG-AGCACGCTGC-AAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTG-TC-CAGATC--GGGTGCCTCGTAACGGAA--AGA--TTCAAACCATATCTGGT--AGTGTTAACCTCTTGGTTGAAAGAGC-TTG---TTTCTCTCCTGGAATAA
gi|2 : aGGTAAAAAACAACAAAAA-GCGGTGTA-CA-----TAACAAA--CAT-ACAT-AGAA---CAGTA-CAAG-C-ATA-A--CAAT--ACACA-G---AAA--G----C----ATTAAAA-TAA-ACA--G--AAGA-CTGCAA-AC-AT-GCAT--AATT---AA-ATAACTAAAAGAATAG---G----TTAATATAG-C-A--CAA----------ACTAAAACA-AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A-TATAA-TAAAA----AAAAA-TTCAGA-----------ACAAG--AGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAAG---AA--AAAATAATAAACACATCAGTTAGGTTAATTAGTTACAAGC-TGGACAACTACAGAGA-GATCCT-CCAGGTCTGGA-CGGCCTGCCAAGGAGTTATGTGTAGTTATCT-CTTGTCTGATTAT-CATTTTCGCAGGCTGTTTACAGAT-CGGTGTGCCTCGTAACGATA--G-AGATTCAAACCA-ACTCGGTTAAGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGCATTG---TTTCTCTCCTGGAATACTA
gi|10 : aGGTAAAA-ACAAACAAAAAGC--TGTA-CAA----GGACAAA--CGG-ACAT-AGAAA--CAGTA-CAAGGC-ATA-A--CAAT--ACACA-A---AAA--A----C----AT-AAAA-TAA-ACA--A--A----CTGCAA-AC-AT-GCATT-AAAT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC-gaaactgtcctatggactaataccgattttacataaacattattattgttagaaa
gi|11 : GGTAAAA-ACAAACAAAAAGC--TGTA-CAA----GGACAAA--CGG-ACAT-AGAAA--CAGTA-TTAGGCACCA----CAAT--ACACA-A---AAA--AAAAAC----AT-AAAA-TAA-ACA--A--A----CTGCAA-AC-AT-GCATT-AAAT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTA
gi|6 : aGGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGTAACAA----AGACAAAACTAT-ACATAGAAAA--CAGTAACAA--C-ATA-A--CAATCAACACAAG---AAA--G----G----AT-AAAAATAA-ACA--ACAA----CTGCAA-AC-A--GCAT--AATT---AACATAACTAAAAAAGAAGAGCG----TTAAGATAGGC-AGAAAAAAACTAAAAGACTAAAATCAAATACAAAGCACCTTGGTTAGATTACAA-TAAAACAA
gi|12 : aGTAAAAAACAAACAAAA-AG--TGTA-CAA----GAGAAAA--CAG-ACAT-AGAAAACCAGTA-CAAGGC-ATA-A--CAAT--ACACA-AGTTACA--G----CGGCGGC-ATAA-CAATACAATA--A----CAACAATAC-ATAACAAT-AACC---AG-cc
gi|9 : AAAAAACAAACAAAAAGC--TGTA-CA-------------------TAT-AGAAA--CAGTA-CAAGGC-ATA-A--CAAT--ACACA-A---AAA--G----C----AT-AAAA-TAA-ACA--A--A----CTGCAA-GC-AA-GCATT-AAATGAAAA-ATAGCTAAAATGATAG---GTTATTTAAGATAGGC-AAA-AA---CTAAAATAC
gi|8 : AAAACAAACAAAAAGC--TGTA-CAA----G-ACAA---CAG-ACAT-AGAAA--CAGTA---AG---CTA-A--CAA---ACACA-G---AAA--G----A----AT-AAAA-TAA-ACA--A--AA---CTGCAA-AC-AT-GCATT-AATT---AA-ATAACT--AAAGATAG---G----TTAAGATAGGCAAGAAAA---ATAAAAGACTAAGA
gi|17 : AAAA-GC--TGTA-CAAACAAGGACAAA--CAG-ACAT-AGAGA--CAGTA-CAAGGC-ATA-C--CAAT--ACACA-G---AAA--G----C----AT-AAAA-TAA-ACA--A--A----caaat
gi|18 : caAA-AC--TGTA-CAA----AGACTAA--CAG-ACA-TAGAAA--CAGTA-CAAA---TTATA-ACAAT--Aaccg
gi|19 : A-CAA----GGACAAA--CAG-ACA-TAGAAA--CAGTA-CAaaa
gi|4 : ACAAA--CCG-ACAT-AGAAA--CAGGA-CAAATC-AT--A-ACAAT--A---------AAA--G---------------G-TA----------------TGCAA-GTAAT-GCATG-AAAT---A--ATAACT-AAATCATAG---G----TTAAGACATGC-A-ATAG---CTAGAGCA---------AATAC-TAGCA-CTTGgacata
gi|13 : AAA--CTGTACAT-GGAAA--CAGTA-CAAGGC-ATA-A--CGAT--ACAGA-A---AAAAAG----C----AT-AAAA-AAA-ACA--A--A----CTGCAA-G--AT-GCATTAAATG---AA-GTAACTCATATGGTAG---G----TTAAaacactgagacaaggagaggaaaggaaaaaatgaaatgaaaacaaacatgattagttagaaactggacaattacagagaggttcttcccaggtctggagcattctgccaaagagtttgtagttatctgcttttctgatttacatttggcaggctgttcagatcgaggtgcctcgtaatggaaagaatttaaactatatctggtggtgttaacttgatagcttgcatttctctcatggaataataagtttttgtttgaaattaaccacattttgtataaataagatttgtttg
gi|15 : a--CAATA-AAAGGT-ATG-ACACCAC--ACATA-A---AAA--G----C----AT-GAAA-TAT-ACA--A--A----CTGCAA-GC-AT-GCATGAAATA---AA-ATAACAAAAATCATAG---T----TTAAGATGGGC-At
gi|4 : AAGGAAAAAATGAAATGAAAACAA-----ACAT-G---------ATTAGTTAGAAAC-TGGACAATTACAGAGAGGTTCTTCCCAGGTCTGGAGCATTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTTTCTGATT-TACA-TTTGGCAGGCTGTT--CAGAT-CGAGGTGCCTCGTAATGGAAAGA-ATTT--AAACTATATCTGGT--GGTGTTAAC-------TTGATA--GC-TTGC-ATTTCTCTCATGGAATAATAAGTTT-TTGTTTGAAATTAACCACATTTTGTATAAATAAGATTTGTT
gi|5 : acaaaccgacatagaaacaggacaaatcataacaataaaaggtatgcaagtaatgcatgaaataataactaaatcataggttaagacatgcaatagctagagcaaatactagcacttgaacactgagacaaggagaggaAT-AATTAGGTTAATTAGTTACAAGC-TGGACAACtg
gi|16 : tCCCGGATCTGGGACAGCCTGCCAAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcaaacaatatctgatggtattaacctttggttgaaaagcttgcattaataagtttggtgtttgaaattaactagattttgtatataaa
gi|16 : ccaaagagtttgtagttatctgcttgtctggtttcaCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGGTT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTCC-CAGATCCGGGGTGCCTTGTAACGGAA--A-GATTTCAAACCATATCTGgtgccttgtaacggaaagatttcaaaccatatctg
gi|7 : GCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTACCGAAG--A-GATTTCAAACCATATCTGGT--AGTATTAACCC-TTG----------------TTTTTCTCTCCTAGAATAATAACTTTGTTGTTTAAAATTAACTA------G
gi|5 : TCTTCAAACAATATCTGAT--GGTATTAACCT-TTGGTTGAAAA-GC-TTGC--------------ATTAATAAGTTTGGTGTTTGAAATTAACTA------Gattttgtatataaaagggtgattggttgtgtaaaattttgtatgcttccctggc
gi|14 : tataattaggttaattagttacaagctggacaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-TTGCTTTT-CTCTCCTGGAATAATAAGTTCGTTCTTTAAAATTAACTA------Gattttgtatataaa
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111111111 1111 111 333333333 55555555555 1111 222222222 88888888888888888888888888888888888888 22222 1 11 111 222 55555555555 2222
lowQualScore : 4 1 55 3 3 111111 33 1 2 2 2 33 2 2 2 33 33 44 44444444444444 6 3 3 44 5555 3 1 222 3 2 666 7777 000000000 1 22222222222 8 8 5 7777 8 222222222 2 00000000000000000000000000000000000000 11111 1 3 2 8 8 5 22 2 2 55 444 8 8 8 77 6 999 99 6 2 99 5 111 5 33333333333 3 7 1111
lowQualScore : . . .. . . ...... .. . . . . .. . . . .. .. .. .............. . . . .. .... . . ... . . ... .... ......... . ........... . . . .... . ......... . ...................................... ..... . . . . . . .. . . .. ... . . . .. . ... .. . . .. . ... . ........... . . ....
lowQualScore : 6 9 00 3 3 999999 99 9 9 9 9 77 7 7 9 99 99 22 88888888888888 2 1 1 22 0000 3 0 555 3 5 444 7777 444444444 0 44444444444 0 0 0 8888 0 555555555 5 55555555555555555555555555555555555555 55555 2 2 5 0 0 0 00 5 5 22 000 0 0 0 77 7 888 22 7 5 88 7 444 7 00000000000 2 8 2222
consensus : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAAC-ATGCATTAANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGCA--A----A-AACTAAAANACTAAAA--C--AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAGACAAG-A------CGAG--AGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAACAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCANTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGGAAAGATTTCAAACCATATCTGGT--GGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGC-TTGC--TTT-CTCTCCTGGAATAATAAGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA-ATTTTG----TATANATAA----GATTCGTT
Reference ( family-3686 ) : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAAC-ATGCATTAANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGCA--G----A-AACTAAAANACTAAAA--C--AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAGACAAGAA------CAAG--AGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAATAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGAGGATCTTCCCAGGTCTGGAGCANCCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGGAAAANTTTCAAACCATATCTGGT--AGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGC-TTGC--TTT-CTCTCCTGGAATAATAAGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA------G----TATAAATAA----GATTTGTT
gi|1 : GGTAAAACACAAACAAAA-GC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACATTAG-AAA--CAGC-ACAAGGCCTAAACA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAC-AC-AGCA-AACA--AA----CTGCAAAC-ATGCATTAATT---AG-ATAACTAAAAAGATAG---G----TTAAAATAGGCA--G----ACAACTAAAAGACTAAAAAAC--AATAC-AAGCA-CTTGCTTAGA--TATAA-TAAAACAAAAAAAACTTCAGACAAGAAGAAAAATAAGGAAGAAAGAACACCCCCCCCCCAAAATGAAGAAAAAA-ATGAAAAAAACAACAA-CACAT-AGCTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACCACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCAGTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTTGTAACGGAAAATTTTCAAACCATATCTGGT--GGTATTAACCT-TTGGTTGAAAG-GC-TTGCTTTTT-CTCTCCTGGAATAATAAGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA------G----TA-AGGTGG----AATTTGTT
gi|10 : GGTAAAA-ACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CGG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------AAAAACAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAAC-ATGCATTAAAT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC
gi|11 : GGTAAAA-ACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CGG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ATTAGGCACCA-CA--AT--AC--ACAAAAA---------AAAAACAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAAC-ATGCATTAAAT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTA
gi|12 : aGTAAAAAACAAACAAAAAG---TGT-ACA-A----GAGAAAA--CAG-ACAT-AG-AAAACCAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----AAGTTACAGCGGCGGCAT-AACAATACAATA--A--------CAACA-ATACA-TAAC-----A-ATAACCA
gi|13 : AAA--CTGTACAT-GG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CG--AT--ACAGAA----A---------AAAAGCAT-AA-AAAA-AACA--AA----CTGCAAG--ATGCATTAAATG--AA-GTAACTCATATGGTAG---G----TTAAg
gi|14 : aC-TTGC--TTTTCTCTCCTGGAATAATAAGTTCGTTCTTTAAAATTAACTAGATTTTG----TATATACAAGGGTGATTCGTTt
gi|15 : --CAAT-AAAAGGTATGA-CACCAC--AC--AT----A---------AAAAGCAT-GA-AATA-TACA--AA----CTGCAAGC-ATGCATGAAATA--AA-ATAACAAAAATCATAG---T----TTAAGATGGGCA--gtgtaaaattttgtatgcttccctg
gi|16 : CCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGGTT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTCC-CAGATCCGGGGTGCCTTGTAACGGAAAGATTTCAAACCATATCTG
gi|17 : CAAAAAGC--TGT-ACA-AACAAGGACAAA--CAG-ACAT-AG-AGA--CAGT-ACAAGGCATAC-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----
gi|18 : AAAC--TGT-ACA-A----AGACTAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAATTATAA-CA--AT--Aaccg
gi|19 : -ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-AC-AGACATAaaa
gi|2 : GGTAAAAAACAA-CAAAAAGCGGTGT-ACATA------ACAAA--CAT-ACAT-AG-AA---CAGT-ACAAG-CATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCATTAA-AATA-AACA--GAAGA-CTGCAAAC-ATGCAT-AATT---AA-ATAACTAAAAGAATAG---G----TTAATATAG-CA--C----A-AACTAAAACA-----------AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAA----AAAAA-TTCAGA-----A------CAAG--AGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAATAAACACATCAGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGA-GATCCT-CCAGGTCTGGA-CGGCCTGCCAAGGAGTTATGTGTAGTTATCT-CTTGTCTGATTAT-CATTTTCGCAGGCTGTTTACAGAT-CGGTGTGCCTCGTAACGATAGAGATTCAAACCA-ACTCGGTTAAGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGCATTG---TTT-CTCTCCTGGAATACTA
gi|3 : aGGTAAAAAACAA-CAAAAAGC--TGT-ACA-A------ACAAA--C-T-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAG-CATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--GAAGTACTGCAAAC-ATGCATTAATT---AA-ATAACTAAAAAGATAG---G----TTAATATAGCCA---------AACTAAAACA-----------AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAAATAAAACAAAAA----TTCAGACAA------------G--AGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAATAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAGCCTGGACAACTACAGAGA-GATCT--CCAGGTCT-GAGCACGCTG-CAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTG-TC-CAGATC--GGGTGCCTCGTAACGGAAAGA-TTCAAACCATATCTGGT--AGTGTTAACCTCTTGGTTGAAAGAGC-TTG---TTT-CTCTCCTGGAATAAgaaactgtcctatggactaataccgattttacataaacattattattgttagaaa
gi|4 : aACAAA--CCG-ACAT-AG-AAA--CAGG-ACAAATCATAA-CA--AT--A--------------------AAAG-GT-A--------------------TGCAAGTAATGCATGAAAT----A-ATAACT-AAATCATAG---G----TTAAGACATGCA--A----T-AGCTAGAGCA-----------AATAC-TAGCA-CTTG-----------------AAC-------A-CTGAGACAAG---------GAG--AGGAA---------------------AGGAAAAAATG---AAATGAAAACAAACA------------TGATTAGTTAGAAA-CTGGACAATTACAGAGAGGTTCTTCCCAGGTCTGGAGCATTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTTTCTGATT-TACA-TTTGGCAGGCTGTT--CAGAT-CGAGGTGCCTCGTAATGGAAAGAATTTAAACTATATCTGGT--GGTGTTAAC---TTGAT------AGC-TTGCA-TTT-CTCTCATGGAATAATAAGTTT-TTGTTTGAAATTAACCACATTTTG----TATAAATAA----GATTTGTT
gi|5 : AT-AATTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACtg
gi|5 : tTTCAAACAATATCTGAT--GGTATTAACCT-TTGGTTGAAA-AGC-TTGC---------------ATTAATAAGTTTGGTGTTTGAAATTAACTA------G----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcaaacaatatctgatggtattaacctttggttgaaaagcttgcattaataagtttggtgtttgaaattaactagattttgtatataaa
gi|6 : tataattaggttaattagttacaagctggacaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcGGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGTAACA-A----AGACAAAACTAT-ACAT-AGAAAA--CAGTAACAA--CATAA-CA--ATCAAC--ACA---A---------GAAAGGATAAA-AATA-AACAACAA----CTGCAAAC-A-GCA-TAATT---AACATAACTAAAAAAGAAGAGCG----TTAAGATAGGCA--GAAAAA-AACTAAAAGACTAAAA--TCAAATACAAAGCACCTTGGTTA-GATTACAA-TAAAACAAattttgtatataaa
gi|7 : aGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTACCGAAGAGATTTCAAACCATATCTGGT--AGTATTAACCC-TT-GTT---------------TTT-CTCTCCTAGAATAATAACTTTGTTGTTTAAAATTAACTA------GATTTTGTATATAA----AAcc
gi|8 : AAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----G-ACAA---CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-A---AGC-TAA-CA--A---AC--AC----A---------GAAAGAAT-AA-AATA-AACA--AAA---CTGCAAAC-ATGCATTAATT---AA-ATAACTAAA--GATAG---G----TTAAGATAGGCAAGA----A-AAATAAAAGACTAAGA--C--AAgggtgattggttgtgtaaaattttgtatgcttccctggc
gi|9 : AAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA--------------------TAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------AAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAGC-AAGCATTAAATGAAAA-ATAGCTAAAATGATAG---GTTATTTAAGATAGGCA--A----A-AACTAAAATACat
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111111111 1111 111 55555555555 1111 22222222 7777777777777777777777777777777777777 22222 1 111 111 1 222 2 2222
lowQualScore : 4 1 55 3 3 111111 33 1 2 2 2 33 2 2 2 33 33 44 44444444444444 6 3 3 44 5555 3 1 222 3 2 666 7777 9999 66 5 1 22222222222 8 8 5 7777 8 77777777 2 8888888888888888888888888888888888888 11111 1 3 2 8 8 5 000 2 2 11 444 8 8 8 77 6 6 1 99 6 2 99 5 111 5 6 6 6 1 5 8888
lowQualScore : . . .. . . ...... .. . . . . .. . . . .. .. .. .............. . . . .. .... . . ... . . ... .... .... .. . . ........... . . . .... . ........ . ..................................... ..... . . . . . . ... . . .. ... . . . .. . . . .. . . .. . ... . . . . . . ....
lowQualScore : 6 9 00 3 3 999999 99 9 9 9 9 77 7 7 9 99 99 22 88888888888888 2 1 1 22 0000 3 0 555 3 5 444 7777 4444 99 7 0 44444444444 0 0 0 8888 0 99999999 5 5555555555555555555555555555555555555 55555 2 2 5 0 0 0 000 5 5 88 000 0 0 0 77 7 7 7 22 7 5 88 7 444 7 7 7 7 0 0 3333
consensus : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAANACTAAAA--C--AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAGACAAGA-GAGA---------GAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAACAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCANTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTGGT--GGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGC-TTGC--TTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTA-ACTAGATTTTGTATATACAA----GATTCGTT
Reference ( family-3686 ) : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAANACTAAAA--C--AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAGACAAGACGAGA---------GAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAACAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCANTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTGGT--GGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGC-TTGC--TTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTA-ACTA-ATTTTGTATANATAA----GATTCGTT
gi|1 : GGTAAAACACAAACAAAA-GC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACATTAG-AAA--CAGC-ACAAGGCCTAAACA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAC-AC-AGCA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAATT---AG-ATAACTAAAAAGATAG---G----TTAAAATAGGC----A--GACAACTAAAAGACTAAAAAAC--AATAC-AAGCA-CTTGCTTAGA--TATAA-TAAAACAAAAAAAACTTCAGACAAGAAGAAAAATAAGGAAGAAAGAACACCCCCCCCCCAAAATGAAGAAAAAA-ATGAAAAAAACAACAA-CACAT-AGCTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACCACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCAGTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTTGTAACGG-AAAATTTTCAAACCATATCTGGT--GGTATTAACCT-TTGGTTGAAAG-GC-TTGCTTTTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTA-ACTA-GT
gi|10 : GGTAAAA-ACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CGG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------AAAAACAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAAAT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----aaggtggaatttgtt
gi|11 : GGTAAAA-ACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CGG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ATTAGGCACCA-CA--AT--AC--ACAAAAA---------AAAAACAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAAAT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTA
gi|12 : aGTAAAAAACAAACAAAAAG---TGT-ACA-A----GAGAAAA--CAG-ACAT-AG-AAAACCAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----AAGTTACAGCGGCGGCAT-AACAATACAATA--A--------CAACAA-TACA-TAAC-----A-ATAACCA
gi|13 : AAA--CTGTACAT-GG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CG--AT--ACAGAA----A---------AAAAGCAT-AA-AAAA-AACA--AA----CTGCAAG-A-TGCATTAAATG--AA-GTAACTCATATGGTAG---G----TTAAg
gi|14 : aC-TTGC--TTTTCTCTCCTGGAATAATA-AGTTCGTTCTTTAAAATTA-ACTAGATTTTGTATATACAAGGGTGATTCGTTt
gi|15 : --CAAT-AAAAGGTATGA-CACCAC--AC--AT----A---------AAAAGCAT-GA-AATA-TACA--AA----CTGCAAGCA-TGCATGAAATA--AA-ATAACAAAAATCATAG---T----TTAAGATGGGC----A--gtgtaaaattttgtatgcttccctg
gi|16 : CCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGGTT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTCC-CAGATCCGGGGTGCCTTGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTG
gi|17 : CAAAAAGC--TGT-ACA-AACAAGGACAAA--CAG-ACAT-AG-AGA--CAGT-ACAAGGCATAC-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----
gi|18 : AAAC--TGT-ACA-A----AGACTAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAATTATAA-CA--AT--Aaccg
gi|19 : -ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-AC-AGACATAaaa
gi|2 : GGTAAAAAACAA-CAAAAAGCGGTGT-ACATA------ACAAA--CAT-ACAT-AG-AA---CAGT-ACAAG-CATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCATTAA-AATA-AACA--GAAGA-CTGCAAACA-TGCAT-AATT---AA-ATAACTAAAAGAATAG---G----TTAATATAG-C----A--CA-AACTAAAACA-----------AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAA----AAAAA-TTCAGA----ACAAGA---------GAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAATAAACACATCAGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGA-GATCCT-CCAGGTCTGGA-CGGCCTGCCAAGGAGTTATGTGTAGTTATCT-CTTGTCTGATTAT-CATTTTCGCAGGCTGTTTACAGAT-CGGTGTGCCTCGTAACGATAGAGA-TTCAAACCA-ACTCGGTTAAGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGCATTG---TTT-CTCTCCTGGAATACTAGAAACTGTCCTATGGACTAATACCG-ATTTTACATAAACA
gi|3 : aGGTAAAAAACAA-CAAAAAGC--TGT-ACA-A------ACAAA--C-T-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAG-CATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--GAAGTACTGCAAACA-TGCATTAATT---AA-ATAACTAAAAAGATAG---G----TTAATATAGCC----A--AA---CTAAAACA-----------AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAAATAAAACAAAAA----TTCAGACAAGA--------------GAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAATAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAGCCTGGACAACTACAGAGA-GATC--TCCAGGTCT-GAGCACGCTG-CAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTG-TC-CAGATC--GGGTGCCTCGTAACGG-AAAGA-TTCAAACCATATCTGGT--AGTGTTAACCTCTTGGTTGAAAGAGC-TTG---TTT-CTCTCCTGGAATAAttattattgttagaaa
gi|4 : aACAAA--CCG-ACAT-AG-AAA--CAGG-ACAAATCATAA-CA--AT--A--------------------AAAG--------GTA--------------TGCAAGTAATGCATGAAAT---AA--TAACTAAA-TCATAG---G----TTAAGACATGC----A--AT-AGCTAGAGCA-----------AATAC-TAGCA-CTTG-----------------AACA--------CTGAGACAAG--GAGA---------GGAA---------------------AGGAAAAAATG---AAATGAAAACAAACA------------TGATTAGTTAGAAA-CTGGACAATTACAGAGAGGTTCTTCCCAGGTCTGGAGCATTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTTTCTGATT-TACA-TTTGGCAGGCTGTT--CAGAT-CGAGGTGCCTCGTAATGG-AAAGAATTTAAACTATATCTGGT--GGTGTTAAC---TTGAT------AGC-TTGCA-TTT-CTCTCATGGAATAATA-AGTTT-TTGTTTGAAATTA-ACCACATTTTGTATAAATAA----GATTTGTT
gi|5 : AT-AATTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACtg
gi|5 : tTTCAAACAATATCTGAT--GGTATTAACCT-TTGGTTGAAA-AGC-TTGC---------------ATTAATA-AGTTTGGTGTTTGAAATTA-ACTAGATTTTGTATATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcaaacaatatctgatggtattaacctttggttgaaaagcttgcattaataagtttggtgtttgaaattaactagattttgtatataaa
gi|6 : tataattaggttaattagttacaagctggacaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcGGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGTAACA-A----AGACAAAACTAT-ACAT-AGAAAA--CAGTAACAA--CATAA-CA--ATCAAC--ACA---A---------GAAAGGATAAA-AATA-AACAACAA----CTGCAAACA--GCA-TAATT---AACATAACTAAAAAAGAAGAGCG----TTAAGATAGGCAGAAA--AA-AACTAAAAGACTAAAA--TCAAATACAAAGCACCTTGGTTA-GATTACAA-TAAAACAAaa
gi|7 : aGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTACCGA-AGAGATTTCAAACCATATCTGGT--AGTATTAACCC-TT-GTT---------------TTT-CTCTCCTAGAATAATA-ACTTTGTTGTTTAAAATTA-ACTAGATTTTGTATATAAAA----cc
gi|8 : AAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----G-ACAA---CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-A---AGC-TAA-CA--A---AC--AC----A---------GAAAGAAT-AA-AATA-AACA--AAA---CTGCAAACA-TGCATTAATT---AA-ATAACTAAA--GATAG---G----TTAAGATAGGC----AAGAA-AAATAAAAGACTAAGA--C--AAggtgattggttgtgtaaaattttgtatgcttccctggc
gi|9 : AAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA--------------------TAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------AAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAGCA-AGCATTAAATGAAAA-ATAGCTAAAATGATAG---GTTATTTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAATACat
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11111111111111 1111 111 55555555555 1111 22222222 1 0000000000000000000000000000000000000 22222 1 111 111 1 222 2222
lowQualScore : 4 1 55 3 3 111111 33 1 2 2 2 33 2 2 2 33 33 44 44444444444444 6 3 3 44 5555 3 1 222 3 2 666 7777 9999 66 5 1 22222222222 8 8 5 7777 8 77777777 0 4444444444444444444444444444444444444 11111 1 3 2 8 8 5 000 2 2 11 444 8 8 8 77 6 6 1 99 6 2 99 5 111 5 6 99 1 0 8888
lowQualScore : . . .. . . ...... .. . . . . .. . . . .. .. .. .............. . . . .. .... . . ... . . ... .... .... .. . . ........... . . . .... . ........ . ..................................... ..... . . . . . . ... . . .. ... . . . .. . . . .. . . .. . ... . . .. . . ....
lowQualScore : 6 9 00 3 3 999999 99 9 9 9 9 77 7 7 9 99 99 22 88888888888888 2 1 1 22 0000 3 0 555 3 5 444 7777 4444 99 7 0 44444444444 0 0 0 8888 0 99999999 0 0000000000000000000000000000000000000 55555 2 2 5 0 0 0 000 5 5 88 000 0 0 0 77 7 7 7 22 7 5 88 7 444 7 7 22 4 2 3333
consensus : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAANACTAAAA--C--AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAGA-CAAGA----------GGGAGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAACAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCANTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTGGT--GGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGC-TTGC--TTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA--GATTTTGTATATACAA----GATTCGTT
Reference ( family-3686 ) : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAANACTAAAA--C--AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAGA-CAAGA----------GAGAGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAACAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCANTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTGGT--GGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGC-TTGC--TTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA--GATTTTGTATATACAA----GATTCGTT
gi|1 : GGTAAAACACAAACAAAA-GC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACATTAG-AAA--CAGC-ACAAGGCCTAAACA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAC-AC-AGCA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAATT---AG-ATAACTAAAAAGATAG---G----TTAAAATAGGC----A--GACAACTAAAAGACTAAAAAAC--AATAC-AAGCA-CTTGCTTAGA--TATAA-TAAAACAAAAAAAACTTCAGA-CAAGAAGAAAAATAAGGAAGAAAGAACACCCCCCCCCCAAAATGAAGAAAAAA-ATGAAAAAAACAACAA-CACAT-AGCTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACCACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCAGTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTTGTAACGG-AAAATTTTCAAACCATATCTGGT--GGTATTAACCT-TTGGTTGAAAG-GC-TTGCTTTTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA--G
gi|10 : GGTAAAA-ACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CGG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------AAAAACAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAAAT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----taaggtggaatttgtt
gi|11 : GGTAAAA-ACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CGG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ATTAGGCACCA-CA--AT--AC--ACAAAAA---------AAAAACAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAAAT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTA
gi|12 : aGTAAAAAACAAACAAAAAG---TGT-ACA-A----GAGAAAA--CAG-ACAT-AG-AAAACCAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----AAGTTACAGCGGCGGCAT-AACAATACAATA--A--------CAACAA-TACA-TAAC-----A-ATAACCA
gi|13 : AAA--CTGTACAT-GG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CG--AT--ACAGAA----A---------AAAAGCAT-AA-AAAA-AACA--AA----CTGCAAG-A-TGCATTAAATG--AA-GTAACTCATATGGTAG---G----TTAAg
gi|14 : aC-TTGC--TTTTCTCTCCTGGAATAATA-AGTTCGTTCTTTAAAATTAACTA--GATTTTGTATATACAAGGGTGATTCGTTt
gi|15 : --CAAT-AAAAGGTATGA-CACCAC--AC--AT----A---------AAAAGCAT-GA-AATA-TACA--AA----CTGCAAGCA-TGCATGAAATA--AA-ATAACAAAAATCATAG---T----TTAAGATGGGC----A--gtgtaaaattttgtatgcttccctg
gi|16 : CCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGGTT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTCC-CAGATCCGGGGTGCCTTGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTG
gi|17 : CAAAAAGC--TGT-ACA-AACAAGGACAAA--CAG-ACAT-AG-AGA--CAGT-ACAAGGCATAC-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----
gi|18 : AAAC--TGT-ACA-A----AGACTAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAATTATAA-CA--AT--Aaccg
gi|19 : -ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-AC-AGACATAaaa
gi|2 : GGTAAAAAACAA-CAAAAAGCGGTGT-ACATA------ACAAA--CAT-ACAT-AG-AA---CAGT-ACAAG-CATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCATTAA-AATA-AACA--GAAGA-CTGCAAACA-TGCAT-AATT---AA-ATAACTAAAAGAATAG---G----TTAATATAG-C----A--CA-AACTAAAACA-----------AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAA----AAAAA-TTCAGAACAAGA----------G----AAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAATAAACACATCAGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGA-GATCCT-CCAGGTCTGGA-CGGCCTGCCAAGGAGTTATGTGTAGTTATCT-CTTGTCTGATTAT-CATTTTCGCAGGCTGTTTACAGAT-CGGTGTGCCTCGTAACGATAGAGA-TTCAAACCA-ACTCGGTTAAGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGCATTG---TTT-CTCTCCTGGAATACTAGAAACTGTCCTATG-GACTAA-TACCGATTTTACATAAACA
gi|3 : aGGTAAAAAACAA-CAAAAAGC--TGT-ACA-A------ACAAA--C-T-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAG-CATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--GAAGTACTGCAAACA-TGCATTAATT---AA-ATAACTAAAAAGATAG---G----TTAATATAGCC----A--AA---CTAAAACA-----------AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAAATAAAACAAAAA----TTCAGA-CAAGA----------G----AAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAATAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAGCCTGGACAACTACAGAGA-GATC--TCCAGGTCT-GAGCACGCTG-CAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTG-TC-CAGATC--GGGTGCCTCGTAACGG-AAAGA-TTCAAACCATATCTGGT--AGTGTTAACCTCTTGGTTGAAAGAGC-TTG---TTT-CTCTCCTGGAATAAttattattgttagaaa
gi|4 : aACAAA--CCG-ACAT-AG-AAA--CAGG-ACAAATCATAA-CA--AT--A--------------------AAAG--------GTA--------------TGCAAGTAATGCATGAAAT---AA--TAACTAAA-TCATAG---G----TTAAGACATGC----A--AT-AGCTAGAGCA-----------AATAC-TAGCA-CTTG-----------------AACA--------CTGAGA-CAAG-----------GAGAGGAA---------------------AGGAAAAAATG---AAATGAAAACAAACA------------TGATTAGTTAGAAA-CTGGACAATTACAGAGAGGTTCTTCCCAGGTCTGGAGCATTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTTTCTGATT-TACA-TTTGGCAGGCTGTT--CAGAT-CGAGGTGCCTCGTAATGG-AAAGAATTTAAACTATATCTGGT--GGTGTTAAC---TTGAT------AGC-TTGCA-TTT-CTCTCATGGAATAATA-AGTTT-TTGTTTGAAATTAACCA--CATTTTGTATAAATAA----GATTTGTT
gi|5 : AT-AATTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACtg
gi|5 : tTTCAAACAATATCTGAT--GGTATTAACCT-TTGGTTGAAA-AGC-TTGC---------------ATTAATA-AGTTTGGTGTTTGAAATTAACTA--GATTTTGTATATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcaaacaatatctgatggtattaacctttggttgaaaagcttgcattaataagtttggtgtttgaaattaactagattttgtatataaa
gi|6 : tataattaggttaattagttacaagctggacaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcGGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGTAACA-A----AGACAAAACTAT-ACAT-AGAAAA--CAGTAACAA--CATAA-CA--ATCAAC--ACA---A---------GAAAGGATAAA-AATA-AACAACAA----CTGCAAACA--GCA-TAATT---AACATAACTAAAAAAGAAGAGCG----TTAAGATAGGCAGAAA--AA-AACTAAAAGACTAAAA--TCAAATACAAAGCACCTTGGTTA-GATTACAA-TAAAACAAaa
gi|7 : aGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTACCGA-AGAGATTTCAAACCATATCTGGT--AGTATTAACCC-TT-GTT---------------TTT-CTCTCCTAGAATAATA-ACTTTGTTGTTTAAAATTAACTA--GATTTTGTATATAAAA----cc
gi|8 : AAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----G-ACAA---CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-A---AGC-TAA-CA--A---AC--AC----A---------GAAAGAAT-AA-AATA-AACA--AAA---CTGCAAACA-TGCATTAATT---AA-ATAACTAAA--GATAG---G----TTAAGATAGGC----AAGAA-AAATAAAAGACTAAGA--C--AAggtgattggttgtgtaaaattttgtatgcttccctggc
gi|9 : AAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA--------------------TAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------AAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAGCA-AGCATTAAATGAAAA-ATAGCTAAAATGATAG---GTTATTTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAATACat
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11111111111111 1111 111 55555555555 1111 22222222 1 0000000000000000000000000000000000000 22222 1 111 111 1 222 2222
lowQualScore : 4 1 55 3 3 111111 33 1 2 2 2 33 2 2 2 33 33 44 44444444444444 6 3 3 44 5555 3 1 222 3 2 666 7777 9999 66 5 1 22222222222 8 8 5 7777 8 77777777 0 3333333333333333333333333333333333333 11111 1 3 2 8 8 5 000 2 2 11 444 8 8 8 77 6 6 1 99 6 2 99 5 111 5 6 99 1 0 8888
lowQualScore : . . .. . . ...... .. . . . . .. . . . .. .. .. .............. . . . .. .... . . ... . . ... .... .... .. . . ........... . . . .... . ........ . ..................................... ..... . . . . . . ... . . .. ... . . . .. . . . .. . . .. . ... . . .. . . ....
lowQualScore : 6 9 00 3 3 999999 99 9 9 9 9 77 7 7 9 99 99 22 88888888888888 2 1 1 22 0000 3 0 555 3 5 444 7777 4444 99 7 0 44444444444 0 0 0 8888 0 99999999 0 8888888888888888888888888888888888888 55555 2 2 5 0 0 0 000 5 5 88 000 0 0 0 77 7 7 7 22 7 5 88 7 444 7 7 22 4 2 3333
consensus : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAANACTAAAA--C--AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAGA-CAAGA----------GGGAGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAACAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCANTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTGGT--GGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGC-TTGC--TTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA--GATTTTGTATATACAA----GATTCGTT
Reference ( family-3686 ) : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAANACTAAAA--C--AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAGA-CAAGA----------GGGAGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAACAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCANTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTGGT--GGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGC-TTGC--TTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA--GATTTTGTATATACAA----GATTCGTT
gi|1 : GGTAAAACACAAACAAAA-GC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACATTAG-AAA--CAGC-ACAAGGCCTAAACA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAC-AC-AGCA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAATT---AG-ATAACTAAAAAGATAG---G----TTAAAATAGGC----A--GACAACTAAAAGACTAAAAAAC--AATAC-AAGCA-CTTGCTTAGA--TATAA-TAAAACAAAAAAAACTTCAGA-CAAGAAGAAAAATAAGGAAGAAAGAACACCCCCCCCCCAAAATGAAGAAAAAA-ATGAAAAAAACAACAA-CACAT-AGCTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACCACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCAGTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTTGTAACGG-AAAATTTTCAAACCATATCTGGT--GGTATTAACCT-TTGGTTGAAAG-GC-TTGCTTTTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA--G
gi|10 : GGTAAAA-ACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CGG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------AAAAACAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAAAT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----taaggtggaatttgtt
gi|11 : GGTAAAA-ACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CGG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ATTAGGCACCA-CA--AT--AC--ACAAAAA---------AAAAACAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAAAT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTA
gi|12 : aGTAAAAAACAAACAAAAAG---TGT-ACA-A----GAGAAAA--CAG-ACAT-AG-AAAACCAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----AAGTTACAGCGGCGGCAT-AACAATACAATA--A--------CAACAA-TACA-TAAC-----A-ATAACCA
gi|13 : AAA--CTGTACAT-GG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CG--AT--ACAGAA----A---------AAAAGCAT-AA-AAAA-AACA--AA----CTGCAAG-A-TGCATTAAATG--AA-GTAACTCATATGGTAG---G----TTAAg
gi|14 : aC-TTGC--TTTTCTCTCCTGGAATAATA-AGTTCGTTCTTTAAAATTAACTA--GATTTTGTATATACAAGGGTGATTCGTTt
gi|15 : --CAAT-AAAAGGTATGA-CACCAC--AC--AT----A---------AAAAGCAT-GA-AATA-TACA--AA----CTGCAAGCA-TGCATGAAATA--AA-ATAACAAAAATCATAG---T----TTAAGATGGGC----A--gtgtaaaattttgtatgcttccctg
gi|16 : CCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGGTT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTCC-CAGATCCGGGGTGCCTTGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTG
gi|17 : CAAAAAGC--TGT-ACA-AACAAGGACAAA--CAG-ACAT-AG-AGA--CAGT-ACAAGGCATAC-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----
gi|18 : AAAC--TGT-ACA-A----AGACTAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAATTATAA-CA--AT--Aaccg
gi|19 : -ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-AC-AGACATAaaa
gi|2 : GGTAAAAAACAA-CAAAAAGCGGTGT-ACATA------ACAAA--CAT-ACAT-AG-AA---CAGT-ACAAG-CATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCATTAA-AATA-AACA--GAAGA-CTGCAAACA-TGCAT-AATT---AA-ATAACTAAAAGAATAG---G----TTAATATAG-C----A--CA-AACTAAAACA-----------AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAA----AAAAA-TTCAGAACAAGA----------G----AAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAATAAACACATCAGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGA-GATCCT-CCAGGTCTGGA-CGGCCTGCCAAGGAGTTATGTGTAGTTATCT-CTTGTCTGATTAT-CATTTTCGCAGGCTGTTTACAGAT-CGGTGTGCCTCGTAACGATAGAGA-TTCAAACCA-ACTCGGTTAAGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGCATTG---TTT-CTCTCCTGGAATACTAGAAACTGTCCTATG-GACTAA-TACCGATTTTACATAAACA
gi|3 : aGGTAAAAAACAA-CAAAAAGC--TGT-ACA-A------ACAAA--C-T-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAG-CATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--GAAGTACTGCAAACA-TGCATTAATT---AA-ATAACTAAAAAGATAG---G----TTAATATAGCC----A--AA---CTAAAACA-----------AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAAATAAAACAAAAA----TTCAGA-CAAGA----------G----AAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAATAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAGCCTGGACAACTACAGAGA-GATC--TCCAGGTCT-GAGCACGCTG-CAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTG-TC-CAGATC--GGGTGCCTCGTAACGG-AAAGA-TTCAAACCATATCTGGT--AGTGTTAACCTCTTGGTTGAAAGAGC-TTG---TTT-CTCTCCTGGAATAAttattattgttagaaa
gi|4 : aACAAA--CCG-ACAT-AG-AAA--CAGG-ACAAATCATAA-CA--AT--A--------------------AAAG--------GTA--------------TGCAAGTAATGCATGAAAT---AA--TAACTAAA-TCATAG---G----TTAAGACATGC----A--AT-AGCTAGAGCA-----------AATAC-TAGCA-CTTG-----------------AACA--------CTGAGA-CAAG-----------GAGAGGAA---------------------AGGAAAAAATG---AAATGAAAACAAACA------------TGATTAGTTAGAAA-CTGGACAATTACAGAGAGGTTCTTCCCAGGTCTGGAGCATTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTTTCTGATT-TACA-TTTGGCAGGCTGTT--CAGAT-CGAGGTGCCTCGTAATGG-AAAGAATTTAAACTATATCTGGT--GGTGTTAAC---TTGAT------AGC-TTGCA-TTT-CTCTCATGGAATAATA-AGTTT-TTGTTTGAAATTAACCA--CATTTTGTATAAATAA----GATTTGTT
gi|5 : AT-AATTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACtg
gi|5 : tTTCAAACAATATCTGAT--GGTATTAACCT-TTGGTTGAAA-AGC-TTGC---------------ATTAATA-AGTTTGGTGTTTGAAATTAACTA--GATTTTGTATATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcaaacaatatctgatggtattaacctttggttgaaaagcttgcattaataagtttggtgtttgaaattaactagattttgtatataaa
gi|6 : tataattaggttaattagttacaagctggacaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcGGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGTAACA-A----AGACAAAACTAT-ACAT-AGAAAA--CAGTAACAA--CATAA-CA--ATCAAC--ACA---A---------GAAAGGATAAA-AATA-AACAACAA----CTGCAAACA--GCA-TAATT---AACATAACTAAAAAAGAAGAGCG----TTAAGATAGGCAGAAA--AA-AACTAAAAGACTAAAA--TCAAATACAAAGCACCTTGGTTA-GATTACAA-TAAAACAAaa
gi|7 : aGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTACCGA-AGAGATTTCAAACCATATCTGGT--AGTATTAACCC-TT-GTT---------------TTT-CTCTCCTAGAATAATA-ACTTTGTTGTTTAAAATTAACTA--GATTTTGTATATAAAA----cc
gi|8 : AAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----G-ACAA---CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-A---AGC-TAA-CA--A---AC--AC----A---------GAAAGAAT-AA-AATA-AACA--AAA---CTGCAAACA-TGCATTAATT---AA-ATAACTAAA--GATAG---G----TTAAGATAGGC----AAGAA-AAATAAAAGACTAAGA--C--AAggtgattggttgtgtaaaattttgtatgcttccctggc
gi|9 : AAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA--------------------TAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------AAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAGCA-AGCATTAAATGAAAA-ATAGCTAAAATGATAG---GTTATTTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAATACat
blockSeqs : A A GG A T ACAAGG AC G T . A AC A G . CC CA AG AAGTTACAGC T C C AC AGTA A A GAA C T AGC TTAT AGAA AG . C CTAAAATCA A C C GAT A AAAAA A AGAAAGAA TG T A C C C G TTC G G GC ATG A A T TA C T T TA C G GA A CA T G CC A .
blockSeqs : A A . . . GG . G . . . . . G . . . . AAAAA A . . . AGA . A G . T . . . . . C CTAAGAC . . C A . AAAA . AGAAAGAA G T A C . . . CT G G CG . . . . C C . A . . G GA . C . . . A .
blockSeqs : A A . . . GG . A . . . . . G . . . . AA . . . . A . C A . T . . . . . C . . . G A . . . GAGAGGAA G A A . . . . T . . TT . . . . C C . T . . G A . C . . . T
blockSeqs : A A . . . GA . T . . . . . G . . . . A . . . . . . A . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . C . . . . . . A . . . . . T
blockSeqs : A A . . . AG . A . . . . . G . . . . A . . . . . . A . . G . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A A . . . GG . A . . . . . G . . . . A . . . . . . T . . A . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . AG . A . . . . . T . . . . A . . . . . . T . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . G . A . . . . . A . . . . A . . . . . . A . . A . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . T . . . . A . . . . . . T . . T . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . G . . . . A . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . G . . . . A . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : *********** G*** A* C**
originalCons : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAANACTAAAA--C--AATAC-AAGCA-CTTGCTTA-A--TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAGA-CAAGA----------GGGAGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAACAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCANTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTGGT--GGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGC-TTGC--TTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA--GATTTTGTATATACAA----GATTCGTT
finalCons : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAANA-----------AATAC-AAGCA-CTTGCTTAG---TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAGA-CAAGA----------GGGAGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAACAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCANTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTGGT--GGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAA-GC-TTGC--TTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA--GATTTTGTATATACAA----GATTCGTT
Alignments
lowQualScore : 111111 11111111111111 1111 111 44444444444444444444 222 2222 1 99999999999999999999999999999999999999 22222 1 111 111 1 1 222 2222
lowQualScore : 4 1 55 3 3 111111 33 1 2 2 2 33 2 2 2 33 33 44 44444444444444 6 3 3 44 5555 3 1 222 3 2 666 7777 9999 66 5 55555555555555555555 6 8 5 000 8 5 0 5555 0 33333333333333333333333333333333333333 11111 1 3 2 8 8 5 000 2 2 11 444 8 8 8 77 6 6 1 99 6 2 3 5 111 5 6 99 1 0 8888
lowQualScore : . . .. . . ...... .. . . . . .. . . . .. .. .. .............. . . . .. .... . . ... . . ... .... .... .. . .................... . . . ... . . . .... . ...................................... ..... . . . . . . ... . . .. ... . . . .. . . . .. . . . . ... . . .. . . ....
lowQualScore : 6 9 00 3 3 999999 99 9 9 9 9 77 7 7 9 99 99 22 88888888888888 2 1 1 22 0000 3 0 555 3 5 444 7777 4444 99 7 66666666666666666666 7 0 0 444 0 6 8 2222 0 88888888888888888888888888888888888888 55555 2 2 5 0 0 0 000 5 5 88 000 0 0 0 77 7 7 7 22 7 5 3 7 444 7 7 22 4 2 3333
consensus : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAA---------CA---------AATAC-AAGCA-CTTGCTTAGA-TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAG-ACAAGA----------GGGAGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAACAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCANTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTGGT--GGTGTTAACCT-TTGGTTGAAA-AGC-TTGC--TTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA--GATTTTGTATATACAA----GATTCGTT
Reference ( family-3686 ) : GGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAANT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAA---------NA---------AATAC-AAGCA-CTTGCTTAG--TATAA-TAAAACAAAAAAAA-TTCAG-ACAAGA----------GGGAGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAACAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCANTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTGGT--GGTGTTAACCT-TTGGTTGAAA-AGC-TTGC--TTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA--GATTTTGTATATACAA----GATTCGTT
gi|1 : GGTAAAACACAAACAAAA-GC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CAG-ACATTAG-AAA--CAGC-ACAAGGCCTAAACA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAC-AC-AGCA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAATT---AG-ATAACTAAAAAGATAG---G----TTAAAATAGGC----A--GACAACTAAAA---------GACTAAAAAACAATAC-AAGCA-CTTGCTTAGA-TATAA-TAAAACAAAAAAAACTTCAG-ACAAGAAGAAAAATAAGGAAGAAAGAACACCCCCCCCCCAAAATGAAGAAAAAA-ATGAAAAAAACAACAA-CACAT-AGCTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACCACAGAGAGGATCCTCCCAGGTCTGGAGCAGTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTTGTAACGG-AAAATTTTCAAACCATATCTGGT--GGTATTAACCT-TTGGTTGAAA-GGC-TTGCTTTTT-CTCTCCTGGAATAATA-AGTTTGTTGTTTGAAATTAACTA--G
gi|10 : GGTAAAA-ACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CGG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------AAAAACAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAAAT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTAAGATAGGC----taaggtggaatttgtt
gi|11 : GGTAAAA-ACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----GGACAAA--CGG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ATTAGGCACCA-CA--AT--AC--ACAAAAA---------AAAAACAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAACA-TGCATTAAAT---AA-ATAACTAAAATGATAG---G----TTA
gi|12 : aGTAAAAAACAAACAAAAAG---TGT-ACA-A----GAGAAAA--CAG-ACAT-AG-AAAACCAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----AAGTTACAGCGGCGGCAT-AACAATACAATA--A--------CAACAA-TACA-TAAC-----A-ATAACCA
gi|13 : AAA--CTGTACAT-GG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CG--AT--ACAGAA----A---------AAAAGCAT-AA-AAAA-AACA--AA----CTGCAAG-A-TGCATTAAATG--AA-GTAACTCATATGGTAG---G----TTAAg
gi|14 : aC-TTGC--TTTTCTCTCCTGGAATAATA-AGTTCGTTCTTTAAAATTAACTA--GATTTTGTATATACAAGGGTGATTCGTTt
gi|15 : --CAAT-AAAAGGTATGA-CACCAC--AC--AT----A---------AAAAGCAT-GA-AATA-TACA--AA----CTGCAAGCA-TGCATGAAATA--AA-ATAACAAAAATCATAG---T----TTAAGATGGGC----A--gtgtaaaattttgtatgcttccctg
gi|16 : CCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGGTT-T-CA-TTTGGCAGGCTGTCC-CAGATCCGGGGTGCCTTGTAACGG-AAAGATTTCAAACCATATCTG
gi|17 : CAAAAAGC--TGT-ACA-AACAAGGACAAA--CAG-ACAT-AG-AGA--CAGT-ACAAGGCATAC-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----
gi|18 : AAAC--TGT-ACA-A----AGACTAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAATTATAA-CA--AT--Aaccg
gi|19 : -ACA-A----GGACAAA--CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-AC-AGACATAaaa
gi|2 : GGTAAAAAACAA-CAAAAAGCGGTGT-ACATA------ACAAA--CAT-ACAT-AG-AA---CAGT-ACAAG-CATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCATTAA-AATA-AACA--GAAGA-CTGCAAACA-TGCAT-AATT---AA-ATAACTAAAAGAATAG---G----TTAATATAG-C----A--CA-AACTAAAA---------CA---------AATAC-AAGCA-CTTGCTTAA--TATAA-TA----AAAAAAAA-TTCAGAACAA--------------GAGAAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAATAAACACATCAGTTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACTACAGAGA-GATCCT-CCAGGTCTGGA-CGGCCTGCCAAGGAGTTATGTGTAGTTATCT-CTTGTCTGATTAT-CATTTTCGCAGGCTGTTTACAGAT-CGGTGTGCCTCGTAACGATAGAGA-TTCAAACCA-ACTCGGTTAAGTGTTAACCT-TTGGTTGAAAGAGCATTG---TTT-CTCTCCTGGAATACTAGAAACTGTCCTATG-GACTAA-TACCGATTTTACATAAACA
gi|3 : aGGTAAAAAACAA-CAAAAAGC--TGT-ACA-A------ACAAA--C-T-ACAT-AG-AAA--CAGT-ACAAG-CATAA-CA--AT--AC--AC----A---------GAAAGCAT-AA-AATA-AACA--GAAGTACTGCAAACA-TGCATTAATT---AA-ATAACTAAAAAGATAG---G----TTAATATAGCC----A--AA---CTAAAA---------CA---------AATAC-AAGCA-CTTGCTTAA--TATAAATAAAACAAAAA----TTCAG-ACAAGA----------G----AAAGAA---------------ATGAGGAAGAAA-G---AAAAAATAATAAACACAT-AGTTAGGTTAATTAGTTACAAGCCTGGACAACTACAGAGA-GATC--TCCAGGTCT-GAGCACGCTG-CAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTGTCTGATT-T-CA-TTTGGCAGGCTG-TC-CAGATC--GGGTGCCTCGTAACGG-AAAGA-TTCAAACCATATCTGGT--AGTGTTAACCTCTTGGTTGAAAGAGC-TTG---TTT-CTCTCCTGGAATAAttattattgttagaaa
gi|4 : aACAAA--CCG-ACAT-AG-AAA--CAGG-ACAAATCATAA-CA--AT--A--------------------AAAG--------GTA--------------TGCAAGTAATGCATGAAAT---AA--TAACTAAA-TCATAG---G----TTAAGACATGC----A--AT-AGCTAGAG---------CA---------AATAC-TAGCA-CTTG----------------AACA--------CTGAG-ACAAG-----------GAGAGGAA---------------------AGGAAAAAATG---AAATGAAAACAAACA------------TGATTAGTTAGAAA-CTGGACAATTACAGAGAGGTTCTTCCCAGGTCTGGAGCATTCTGCCAAAGAGTT---TGTAGTTATCTGCTTTTCTGATT-TACA-TTTGGCAGGCTGTT--CAGAT-CGAGGTGCCTCGTAATGG-AAAGAATTTAAACTATATCTGGT--GGTGTTAAC---TTGAT------AGC-TTGCA-TTT-CTCTCATGGAATAATA-AGTTT-TTGTTTGAAATTAACCA--CATTTTGTATAAATAA----GATTTGTT
gi|5 : AT-AATTAGGTTAATTAGTTACAAG-CTGGACAACtg
gi|5 : tTTCAAACAATATCTGAT--GGTATTAACCT-TTGGTTGAAA-AGC-TTGC---------------ATTAATA-AGTTTGGTGTTTGAAATTAACTA--GATTTTGTATATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcttcaaacaatatctgatggtattaacctttggttgaaaagcttgcattaataagtttggtgtttgaaattaactagattttgtatataaa
gi|6 : tataattaggttaattagttacaagctggacaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcGGTAAAAAACAAACAAAAAGC--TGTAACA-A----AGACAAAACTAT-ACAT-AGAAAA--CAGTAACAA--CATAA-CA--ATCAAC--ACA---A---------GAAAGGATAAA-AATA-AACAACAA----CTGCAAACA--GCA-TAATT---AACATAACTAAAAAAGAAGAGCG----TTAAGATAGGCAGAAA--AA-AACTAAAAGACTAAAATCA---------AATACAAAGCACCTTGGTTAGATTACAA-TAAAACAAaa
gi|7 : aGCAGGCTGTTC-CAGATCCGGGGTGCCTCGTACCGA-AGAGATTTCAAACCATATCTGGT--AGTATTAACCC-TT-GTT---------------TTT-CTCTCCTAGAATAATA-ACTTTGTTGTTTAAAATTAACTA--GATTTTGTATATAAAA----cc
gi|8 : AAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA-A----G-ACAA---CAG-ACAT-AG-AAA--CAGT-A---AGC-TAA-CA--A---AC--AC----A---------GAAAGAAT-AA-AATA-AACA--AAA---CTGCAAACA-TGCATTAATT---AA-ATAACTAAA--GATAG---G----TTAAGATAGGC----AAGAA-AAATAAAA---------GACT-------AAGAC-AAggtgattggttgtgtaaaattttgtatgcttccctggc
gi|9 : AAAAAACAAACAAAAAGC--TGT-ACA--------------------TAT-AG-AAA--CAGT-ACAAGGCATAA-CA--AT--AC--AC----A---------AAAAGCAT-AA-AATA-AACA--AA----CTGCAAGCA-AGCATTAAATGAAAA-ATAGCTAAAATGATAG---GTTATTTAAGATAGGC----A--AA-AACTAAAA---------TA---------at