lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 22 4444444444444444444444444444 111 11111 33333333333 1111 222 4444444 222 1 33333333333333333 1 1111111111 11111111 222222 11111 444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 222222 1111111 111 5555555555555555555555555555 3333 44444444444 1 22222222222
lowQualScore : 11 66 0000000000000000000000000000 55 1 55 3 666 3 3 99 11111 33333333333 1 8888 3333 2 666 2222222 88 7 666 0 55555555555555555 33 4 33 22 2 1 444 4 4 6 2 4444444444 33333333 111111 444 33 444 777 55555 2 2 6666 111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 44 6666 666666 8888888 3 44 0 3 44 44 3 111 3 3 4 4444444444444444444444444444 55 3 2222 6 88888888888 2 7 6 55555555555 6
lowQualScore : .. .. ............................ .. . .. . ... . . .. ..... ........... . .... .... . ... ....... .. . ... . ................. .. . .. .. . . ... . . . . .......... ........ ...... ... .. ... ... ..... . . .... ................................................... .. .. .... ...... ....... . .. . . .. .. . ... . . . ............................ .. . .... . ........... . . . ........... .
lowQualScore : 77 99 0000000000000000000000000000 55 4 00 6 666 3 3 22 77777 22222222222 7 8888 4444 2 000 0000000 33 2 333 5 11111111111111111 22 4 22 55 4 6 111 4 4 6 2 4444444444 88888888 555555 111 22 444 555 11111 9 9 1111 888888888888888888888888888888888888888888888888888 22 11 5555 000000 3333333 3 66 4 3 66 66 0 777 3 6 0 5555555555555555555555555555 55 6 3333 0 22222222222 5 0 0 00000000000 0
consensus : TAGGCGCCT-GGGTCAAGGA--TATTG-CACCGT----T-ACA---TA-T-A---TGTAAACAATG-GAGGA--AATTCG-AACCA-TGA-A-TAA--ATA---TTTTTTTC---TC----CGATATA---TGT--CGTCTCTTATCGCACAAN------TANNTATNTTAGNATCAGTGGGATA-----A--T---G----T--TTTTNA--AAA-CG-TGGATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-A-------TG-ACACA--TG----TAGTT-A----A---GC--TTCC---TGAA-ACA-T-G-A-A-A----AATG-----------------T--AAAAAAGA----GACG--ATAT--A-N---ATCGGA--GA-AAAAAT----AT---T--TATT--CA--TGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TG--TTTACA---T-A-T-AT----G-----T-AAC-GN---------TGCAATA--TCCTTGACCCGGGCGCCTA-T-------GNTTGCGACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATC
Reference ( gi|1 ) : TAGGCGCCT-CGGTCAAGGA--TATTG-AACTGT----T-AC----TA-T-A---TGTAAACAATA-GAGGA--AATTCG-AACCG-CGA-A-TAA--ATG---TTTTTTTC---TC----AGATATA---TGT--CATTTCTTATCCCACAAG------TAGTTATTTTAGTATCTGTGGGATA-----A--T---G----T--TTTTGA--AAA-CG-TGGATA---AATTAGT-ATTC-TATGGTA-A-------TA-ACACA--TA----TAGTT-T----A---GC--TTCC---TGGA-ACA-T-A-A-A-A----AATG-----------------T--GAAAAAG-----GATG--ATAT--A-T---GTTGGA--GA-AAAAAT----AT---A--TATC--CG--TGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TG--TTTATA---T-A-T-A-----G-----T-AAC-GT---------TGCAATA--TCCTTGACCAAATCGTCTA-T-------GCTTGCGACTTTGAT----TTATA-AAGGTAAAATCC
gi|6 : TAGGCGCCT--GGTCA-GGA--TAT----GCCGT----TCAC----TA---A---TGTAAACAATG-GAGGA--AATTCG-ACCCA--GA-A-TAA--ATA---TTTTTTCCA--TC----A
gi|7 : attagggaatagatgtttttttttaaacgctggataaattagaatccatggtaatgaacatgtagttaagcttcctgaacatgaaaaatgtgaaagaggaTAGGCGCCT-GGGTCAAGGA--TATTG-CAC------------------------TGTAAACTATG-GAGGA--AATTCG-AACAA-TGA-A-TAA--tcggaggagtttgcaacattaataaacttgtctgagataaaatc
gi|4 : gtgttttacaaTAGGCGCCT-GGGTC-AGAA--TATTGCAACAG-----T-ACAA--TA-T-AAATTACAGACAATG-GA-GA--AATTTA-AATCA-TG--A-TAACGATA---TCTTTT------------GATATACATTGT--C-TCTCTTttcgaatgagtgggataagatgtttttaaaacgttgataaatttgtaatccatggtaatgacacacgtagttaagcttcctgaaacatgaaaaaatgtgaaaagagatgacacatgttggagaaaaacatttattcat
gi|3 : gatgtctcaatcaaAGGCGCCTGCCGTCAATGAAATATTG-CACCGT----T-ACA---TA-TTA---TGTAAACATTATGAGGAACAATTCG-ACCAGACGA-T-GAA--ATA-------TTTC---TC----CAACATA---TGCTACATCTCTTtttcattgtattttttgtctcaggaagctttaaaactaaatgtacgtgtctttacatatgaattattggatattttggtttttcagaacatgagtaaatcatttatttttggtaatgacacatgtagtaaagtttcct
gi|5 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaaatttatcccacgttttaaaaacatcttatcgcgcctctgatagagggataagatgttttttaacgtggataaattgctaatctatggtaattgcacacttgtgagttagaggcttctgaaacatgtaaaaatgtataaCGCCT-GGGTCAAGAA--TATTGCAACAGT----A-ACA---TA-T-AAATTACAGACAATG-GA-GA--AATTTA-AATCA-TGA-A-TAACGATA---TCTTTTT-----------GATATA---CAT--TGTCTCTT
gi|9 : aggaaactttactacatgtgtcattaccacaaaataaatgatttactcatgttctgaaaaataccaaaatatcccaataattcatatgtaaagacacgtacatttagttttaaaagcttcctgagacaaaaaatacaaatgaaaaaagaGCCT-GGATTAAGGA--TATTG-CAATAT----A-AC----CAAT-A---TGTAAGCAATG-GCGGA--AATTCA-AACCA-TAA-A-TAA--ACA-----TTTTTC---TA----CGATCTA---TAT--AATCTCT
gi|2 : ggtatttttaaaaaacgtagataaattagtattctgtggtattgacatgtgtaattaagcttcctgaaacatgacaaaatgttttgtttgttgttttttaaaagGGTCAATGA--TATTA-CACTACAACAT-ACATTGTA-T-A---TGTAAACAATG-GATGC--ACTTCG-AACAA-TGA-A-TAA--ATA---TTTCTCTCCAATCTAATGGATAT----TGT--C-TCTTTTA----ACAAT------TATTCATGTT
gi|14 : atgtaaacaatggaggaaattcgaaccatgaataaatatttttctccaatctatattgtttctttttttgacattttttcatacctctggggctaagatacctgtgctattaccacaaaatactaatttgtccacgttttaaatacacatgccatcaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaAGGGA--TATTG-CACTGT----T-AC----TA-T-A---TGTAAACAATA-GAGGA--AATTCG-AACCT-TGA-A-TAA--ATA---TTTTTCTC----C----A-ACCTA---TGT--ta
gi|8 : aatatttgattattttcttttttaatatttc----TA-T-A---TGTAAACAACA-GAGGG--TATTTG-AACCA-TGA-A-TAA--ATA---TTTTTCTC---atggccctctga
gi|12 : gttgggatatggcattttttaaaatgtggataaatgtgtaatctctggtaatgacacatatagttaattttcctgaaacatgagaaaatttaaagagatatagcattggatg-T-A---TGTAAATAATG-GAGGA--AATTCGAAACCA-TAATATTAA--ATGACAATATTTCC---TC----CGATCTT---TGT--AATTT-TAATTGCATAAGGAAGCTTAACTACTTTAtacatgtaggttaacggtgcagtataactatctctatgacta
gi|2 : gtgggataatgatattttttgaaaaatataaaatagtttttgtgg-A---TGTAAACAATG-GAGGA--AATTCG-AACCA-TGA-A-TAA--ATA---TTTTTCTC----C----A-ATCTA---TAT--TGTTTCTTaggt
gi|7 : GA-A-TAA--ATG---TTT--TTC---TC----CAACATG---TGT--CATCTCTTTTCACAtttttgacattttttcatacctctggggctaagatacctgtgctattaccacaaaatactaatttgtccacgttttaaatacacatgccatcaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaaacatgaataattgttaaaagagacaatatccattagattggagagaaatatttattcattgttcgaagtgcatccattgtttacatatacaatgtatgttgtagtgtaatatcattgaccta
gi|10 : gtgttttacaataggcgcctgggtcaaggatattgcactgtaaactatggaggaaattcgaacaatgaataattcgaatgagtgggataagatgtttttaaaacgttgataaatttgtaatccatggtaatgacacacgtagttaagcttcctgaaacatgaaaaaaAAA------CAGATATCTTA-T-TCTAT----TA-----A--T---TC---T--TTTTTA--AAA-CG-TGCATG---AATTAGC-ATTC-TGTGGTA-AGGTCATGTACATGTA--TG----TAGTTATA---A---GC--TCCC---T--A-AAA-T-G-A-A-A----AAat
gi|13 : ATATTAGAATCAGTGGGATGTG---A--C---A----T--TTTTTA--AAA-TG-TGTAAA---AATTAGT-AATC-TCTGGTA-A-------TG-ACACA--TG----TAGTT-A----A---GT--GTCC---TAG---CAGG-A-G-A-A----AATT-----------------T--TAAAAAGA----GA----AAAC--A-G---GTTTGA--G--AAAAAT----AT---taaaaagtaataaattggtatgctgtggtaatgacacatattgttagcttccggagcatgaaaaaaagtaaaatagac
gi|2 : ATCAATGGGATA-----A--G---G----TAATTTTTA--AAA-CG-TGGATA---AATTAGT-ATTC-T---GTA-A--------A-ATA---------------------A---GC--TTCC---TGAA-ACA-T-G-A-ATA----ATTG-----------------T--TAAAAGA-----GACA--ATATCCA-TTAGATTGGA--G--AGAAAT----AT---T--TATT--CA--TTG-TTCGAAG--TGCATCCA-T--TG--TTTACA---T-A-T-A-----------C-AAT-GTATGTTGTAGTGTAATA--TCATTGACCtt
gi|16 : atgtaaacaatggaggaaattcgaaccatgaataaatatttttctccaatctatattgtttctttttttgacattttttcatacctctggggctaagatacctgtgctattaccacaaaatactaatttgtccacgttttaaatacacatgccTCAGTGGGGTATG---A--T---A----T--TTTTAA--AAA-CG-GGGATA---AATTAGT-ATTC-TGTGATA-ta
gi|7 : acgttttgagcaatgatGTGGGATA-----AGAT---G----T--TTTT-A--AAA-CG-TTGATA---AATTTGT-AATC-CATGGTA-A-------TG-ACACA--CG----TAGTT-A----A---GC--TTCC---TGAA-ACA-TGA-A-A-A----AATG-----------------T--GAAAAGA-----GATG--ACAC--A-T---GTTGGA--G--AAAAAC----AT---T--TATT--CA--Tt
gi|15 : gtgttttacaataggcgcctgggtcaaggatattgcactgtaaactatggaggaaattcgaacaatgaataattcgaatgaGTGGGATATGCA-A--T---A----T--CTTTTA--AAA-TT-TGGATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-A-------TG-ACACA--TG----TAGTT-A----A---GC--T
gi|12 : aattcatatcaaactgattctaaaaGTGGGATA-----A--T---GATATT--TTTTGA--AAA--A-T--ATA---AAATAGT--TTT-TGTGGTA-A--------------A---G----TAGTT-A----A---GC--TTCCTTATGCA-AT--T-A-A-A-A-------------------------T--TACAAAG-----------------------ATCGGA--GG-AAATATTGTCATTTAA--TAT---TA--TGGTTTCGAAT--TTCCTCCA-T--TA--TTTACA---T-A-
gi|2 : TGGCATG--------T---G----T--ATTT-A--AAA-CG-TGGACA---AATTAGT-ATTT-TGTGGTA-A-------TA-GCACA--GG----TATCT-T----A---GC----CC---CAGAGGTA-TGA-A-A-A----AATG-----------------TCAAAAAAAGA----AACA--ATAT--A-G---ATTGGA--G--AAAAAT----AT---T--TATT--CA--TGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TG--TTTACA---T-aggt
gi|8 : TGGGATA--------T---GGCA-T--TTTTTA--AAA-TG-TGGATA---AATGTGT-AATC-TCTGGTA-A-------TG-ACACA--TA----TAGTT-A----A---TT--TTCC---TGAA-ACA-TGA-G-A-A----AATT-----------------T--AAAGA----------G--ATAT--AGC---ATTGGATGGAGAAAAAT----AT---T--TATT--CA--TGG-TTCAAAT--ACCCTCTG-T--TG--TTTACA---T-A-T-ATACATGTAGGTT-AAC-GG---------TGCAGTA--Ttcaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaaacatgaataattgttaaaagagacaatatccattagattggagagaaatatttattcattgttcgaagtgcatccattgtttacatatacaatgtatgttgtagtgtaatatcattgaccta
gi|5 : gtTGGGATATTTTGG--T---A----T--TTTTCA--GAA-CA-TGAGTA---AATCATTTATTT-TGTGGTA-A-------TG-ACACA--TG----TAGTA-A----A---GT--TTCC---Taactatctctatgacta
gi|6 : GGAATAG----A--T---G----T--TTTTTTTTAAA-CGCTGGATA---AATTAGA-ATCC--ATGGTA-A-------TG-A-ACA--TG----TAGTT-A----A---GC--TTCC---TG-A-ACA-T-G-A-A-A----AATG-----------------T--GAAAGAG-----GATG--AT---------------G--GA-AAAAAT----AT---T--TATT--C---TGG-GTCGAAT--TTCCTCCA-T--TG--TTTACA---T---T-A-----G-----TGAAC-G-----------GC-ATA--TCC-TGACCAGG-CGCCTA-TCGGAGGAGTTTGCAACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATCataattcatatgtaaagacacgtacatttagttttaaaagcttcctgagacaaaaaatacaaatgaaaaaagaaagagacaatgtatatcaaaaagatatcgttattcatgatttaaatttctccattgtctgtaatttatatgttactgttgcaatattcttgacccaggcg
gi|3 : attagGGGATA-----AGAT---G----T--TTTTTA--A---CG-TGGATA---AATTGCT-AATC-TATGGTA-A-------TT-GCACACTTG----TGAGT-T----AGAGGC--TT-C---TGAA-ACA-T-GTA-A-A----AATG-----------------T--ATAAAAGA----GATGTAGCAT--A-T---GTTGGA--GA-A---------AT---A--TTTCATCGTCTGG--TCGAATTGTTCCT-CA-TAATG--TTTACA---TAA-T-AT----G-----T-AAC-GG---------TGCAATATTTCATTGAC
gi|4 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaaatttatcccacgttttaaaaacatcttatcgcgcctctgatagaGGATA-----T--TTTGG----T--TTTTCA--GAA-CA-TGAGTA---AATCATTTATTT-T-TGGTA-A-------TG-ACACA--TG----TAGTA-A----A---GT--TTCC---Tggcaggcgcct
gi|11 : gatgtctcaatcaataggcgcctgggtcagaatattgcaacagtacaatataaattacagacaatggagaaatttaaatcatgataacgatatcttttgatatacattgtctctctttttcattgtattttttgtctcaggaagctttaaaactaaatgtacgtgtctttacatatgaattattA-----A--T---A----T--TTCTAA--AAA--G-TGTATG---AATTAGT-AAT--TGTTGTCTA-------TG-ACACA--TG----TATTT-A----A---ACAATTCC---TTTG-ACA-T-T-A-A-A----AA-------------------------AATA-----GATG---CATC-A-A---GTTGGA--GA-TACAAT----AA---C--TATT--CA--TAG-TTTTAA---TTCCTCCATT--TGATTCTATA---T-A-TCA-----G-----T-AAT-ACTAG------TGTAATG--TCCTTG
gi|4 : atcagggtaatc-----A--T---G----T--TCTGAA--AAA-CC-AAAATATCCAAT-A---ATTCATATG-TA-A-------AG-ACACG--TACATTTAGTT-TTAA-A---GC--TTCC---TGAG-ACA-----A-A-A----AATACAA--------------T--GAAAAAGAGA--GACA--ATGT--A-T---ATC------A-AAAGAT----AT---CGTTATC---A--TGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TG--TCTGTAATTT-A-T-ATT---G-----T-ACT-GT---------TGCAATA--TTC-TGACCCAGGCGCCTATT-------GATTGAGAC
gi|9 : gat--T---A----T--TTTTAA--AAAACG-TAGATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-T-------TG-ACATG--TG----TAATT-A----A---GC--TTCC---TGAA-ACA-T-G-ACA-A----AATGTTTTGTTTGTTGTTTTTT--AAAAGAGA----GATT--ATAT--A-G---ATCGTA--G--AAAAAT----GT---T--TATT--TA--TGG-TTTGAAT--TTCCGCCA-T--TG--CTTACA---T-ATT-G-----G-----T-TAT-AT---------TGCAATA--TCCTTAATCgagtaaatcatttatttttggtaatgacacatgtagtaaagtttcct
gi|10 : gg--T---G----T--TTT--A--AAA-AG-TA-ATA---AATTGGT-ATGC-TGTGGTA-A-------TG-ACACA--TA----TTG-T-T----A---GC--TTCC----GGA-GCA-TGA-A-A-A----AAAG-----------------T--AAAATAG-----caggc
gi|5 : tttttcattttagggagcttataactacatacatgtacatgaccttaccacagaatgctaattcatgcacgttttaaaaaagaattaatagaataagatatc-ATTCATATG-TA-A-------AG-ACACG--TACATTTAGTT-TTAAAA---GC--TTCC---TGAG-ACA-A-A-A-A-ATACAAATG--------------------AAAAAAGAAAGAGACA--ATGT--A-T---ATCA-----A-AAAGAT----AT---CGTTATT--CA--TGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TG--TCTGTAATTT-A-T-AT----G-----T-TACTGT---------TGCAATA--TTCTTGACCac
gi|14 : aggaaactttactacatgtgtcattaccacaaaataaatgatttactcatgttctgaaaaataccaaaatatcccaata--ACAT--A-G---GTTGGA--GA-AAAA-T----AT---T--TATT--CA--AGG-TTCGAAT--TTCCTCTA-T--TG--TTTACA---T-A-T-A-----G-----T-AAC-AG---------TGCAATA--TCCCTcaggcg
gi|7 : aatatttgattattttcttttttaatatttc--TATT--CA--TTG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--AG--TT-------T-A-C-A-----G----------------------TGCAATA--TCCTTGACCCAGGCGCCTA-T-------atggccctctga
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): AGTGCAATATTTTTGATCCTGGCACCAATGCTT
Alignments
lowQualScore : 11 4444444 11 1 2222 333333333333333333333 1111 1111 22222222222222222222222 1111 11 111 33333333333333333333333333333333 333333333 2222 11
lowQualScore : 88 2222222 0 4 88 2 3 6 6 55 4 22 7777 1 444 2 222222222222222222222 22 2 5 22 2 2 22 333 4 2 77777 2 33 9999 33 2 33 1111 33 2 888 0000 2 44444444444444444444444 555 1 2222 777777 55 1 44 00 6666 88 3 3 77 0 3 55 1 3 55 222 3 33333333333333333333333333333333 55 1 5 88 333333333 1 4444 88
lowQualScore : .. ....... . . .. . . . . .. . .. .... . ... . ..................... .. . . .. . . .. ... . . ..... . .. .... .. . .. .... .. . ... .... . ....................... ... . .... ...... .. . .. .. .... .. . . .. . . .. . . .. ... . ................................ .. . . .. ......... . .... ..
lowQualScore : 33 7777777 7 7 55 5 0 0 0 00 0 00 4444 0 777 7 111111111111111111111 99 1 8 99 1 1 55 777 4 2 44444 2 11 4444 11 2 11 7777 11 1 666 3333 7 22222222222222222222222 000 4 4444 999999 22 8 22 33 5555 55 1 3 99 4 6 00 4 6 00 777 6 33333333333333333333333333333333 55 9 0 00 555555555 0 0000 00
consensus : TAGGCGCCTGGGTCA--AGGATATTGCACTGTTAC-TATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCGCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACNTATGTCATTTCTTATCNNACAAGTACATAT-TTAGAATCAGTGG---GAT-A-----A------T---G----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---A-T--G---------TA----A---C-GNTGCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
Reference ( family-368 ) : TAGGCGCCTGGGTCA--AGGATATTGCACCGTTACATATATGTAAACAATGGAGGAAATTCGAACCATGAATAAATATTTTTTTCTCCGATATATGTCGTCTCTTATCGCACAANTANNTATNTTAGNATCAGTGG---GAT-A-----A------T---G----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---A-T--G---------TA----A---C-GNTGCAATA--TCCTTGAC-CCGGGCGCCTA-T-------GNTTGCGACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATC
gi|1 : TAGGCGCCTCGGTCA--AGGATATTGAACTGTTAC-TATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCGCGAATAAATGTTTTTTTCTCAGATATATGTCATTTCTTATCCCACAAGTAGTTATTTTAGTATCTGTGG---GAT-A-----A------T---G----T--TT-TTGA--AAA-CG-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TATGGTA-----ATA-ACA--C----A--TAT-AGT--T----TAGC--TTCCTGGAACATA-A-AA----AA-T-G-----------------T--GAAAA---AG-GATG--ATAT-----A-TGTTGGA--GA-AAAAAT----AT--AT-A-T--CCGTGGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTATA---T-AT---A----G---------TA----A---C-GTTGCAATA--TCCTTGAC-CAAATCGTCTA-T-------GCTTGCGACTTTGAT----TTATA-AAGGTAAAATC
gi|10 : ----T--TT-TTTA--AAA-CG-TGC-ATG---AATTAGC-ATTC-TGTGGTAAGGTCATGTACATGT----A--TGT-AGTTAT----AAGC--TCCCTAAA--ATG-A-AA----AA-c
gi|10 : AGAATTAATAG---AAT-A-----AGATATCT---G----T--TT-T--A--AAA-AG-TA--ATA---AATTGGT-ATGC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-TGT--T-----AGC--TTCC-GGAGCATGAA-AA----AA-A-G-----------------T--AAAAT---AGAgaattaatagaataagatatctgttttaaaaagtaataaattggtatgctgtggtaatgacacatattgttagcttccggagcatgaaaaaaagtaaaatagac
gi|11 : tttttcattttagggagcttataactacatacatgtacatgaccttaccacagaatgctaattcatgcacgttttaaaaaATCAGGGT---AATCA-----A------T---A----T--TT-CTAA--AAA--G-TGT-ATG---AATTAGT-AAT--TGTTGTCT----ATG-ACA--C----A--TGT-ATT--T----AAACAATTCCTTTGACATT-A-AA----AA----------------------------A---ATAGATGC-AT-C-----A-AGTTGGA--GA-TACAAT----AA--CT-A-T--TCATAGTT-TTAA---TTCCTCCATT--TGATTCTA---T-AT---A-TCAG---------TA----ATACT-AGTGTAATG--TCCTTGc
gi|12 : GTGG---GAT-A-----A------T---GATATT--TT-TTGA--AAA--A-T---ATA---AAATAGT--TTT-TGTGGTA-----A-------------A---GT-AGT--T----AAGC--TTCCT----TATG-C-AA-------T-------------------T--AAAA---------TT--ACAA-----A-GATCGGA--GG-AAATATTGTCAT--TT-AATA-TTATGGTTTCGAAT--TTCCTCCA-T--TATTTACA---T-A
gi|13 : ATATTAGAATCAGTGG---GAT-GTG---A------C---A----T--TT-TTTA--AAA-TG-TGT-AAA---AATTAGT-AATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGT--GTCCT--AGCAGG-AGAA----AA-T-T-----------------T--TAAAA---AGAGA----AAAC-----A-GGTTTGA--G--AAAAAT----AT--TT-aggt
gi|14 : GGGCCATAGGGATATTGCACTGTTAC-TATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCTTGAATAAATA--TTTTTCTCCAACCTATGT
gi|15 : aatatttgattattttcttttttaatatttcAGTGG---GAT-ATGCA-A------T---A----T--CT-TTTA--AAA-TT-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--Ttctga
gi|16 : aattcatatcaaactgattctaaaTCAGTGG---GGT-ATG---A------T---A----T--TT-TTAA--AAA-CG-GGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGATA-----
gi|17 : acgttttgagcaatgatTGCAATA--TTTTTGAT-CCTGGCACCAA-T-------GCTTt
gi|2 : ag-----A------T---G----T--GTATTTA--AAA-CG-TGG-ACA---AATTAGT-ATTT-TGTGGTA-----ATA-GCA--C----A--GGT-ATC--T----TAGC--C-CCAGAGGTATG-A-AA----AAAT-G-----------------TCAAAAAA---AGAAACA--ATAT-----A-GATTGGA--GA-AAA-AT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-
gi|2 : AAATACACATGC---CATCAATGG---GAT-A-----A------G---G----TAATT-TTTA--AAA-CG-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTAA-A-----AT-----------------------------AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AT----AA-TTG-----------------T--TAAAA----GAGACA--ATATCCATTA-GATTGGA--GA-GAAA-T----AT--TT-A-T--TCATTGTT-CGAAG--TGCATCCA-T--TGTTTACA---T-ATACAA-T--G---------TATGTTG---T-AGTGTAATA--TCATTGAC-Cgccatcaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaaacatgaataattgttaaaagagacaatatccattagattggagagaaatatttattcattgttcgaagtgcatccattgtttacatatacaatgtatgttgtagtgtaatatcattgaccta
gi|3 : atgtaaacaatggaggaaattcgaaccatgaataaatatttttctccaatctatattgtttctttttttgacattttttcatacctctggggctaagatacctgtgctattaccacaaaatactaatttgtccacgttttATCAGAGGCGCGAT-A-----AGA----T---G----T--TT-TT-A--AAA-CG-TGGGATA---AATTta
gi|3 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaAGAGG---GAT-A-----AGA----T---G----T--TT-TTTA--A---CG-TGG-ATA---AATTGCT-AATC-TATGGTA-----ATT-GCA--C----ACTTGTGAGT--TAG--AGGC--TT-CTGAAACATGTA-AA----AA-T-G-----------------T--ATAAA---AGAGATGTAGCAT-----A-TGTTGGA--G----AAAT----AT--TTCA-TCGTC-TGG-T-CGAATTGTTCCT-CA-TAATGTTTACA---TAAT---A-T--G---------TA----A---C-GGTGCAATATTTCATTGACGGCAGGCGCCTagagggataagatgttttttaacgtggataaattgctaatctatggtaattgcacacttgtgagttagaggcttctgaaacatgtaaaaatgtataaaagagatgtagcatatgttggagaaatatttcatcgtctggtcgaattgttcctcataatgtttacataatatgtaacggtgcaatatttcattgacggcaggcgcct
gi|4 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaaatttatcccacgttttaaaaacatcttatcgcgcctctgat-----A------T---G----T--TC-TGAA--AAA-CC-AAA-ATATCCAAT-A---ATTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTA-AAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATAC-AA-T-G-----------------A--AAAAG---AGAGACA--ATGT-----A-TATC------A-AAAGAT----ATCGTT-A-T---CATGATT-TAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---A-TT-G---------TA----C---T-GTTGCAATA--TTCT-GAC-CCAGGCGCCTATT-------GATTGAGACAT
gi|4 : gTACATAT----GAATTATTGG----AT-A-----T------TTTGG----T--TT-TTCA--GAA-CA-TGA-GTA---AATCATTTATTT-T-TGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--A----AAGT--TTCCTgagtaaatcatttatttttggtaatgacacatgtagtaaagtttcct
gi|5 : gatgtctcaatcaataggcgcctgggtcagaatattgcaacagtacaatataaattacagacaatggagaaatttaaatcatgataacgatatcttttgatatacattgtctctctttttcattgtattttttgtctcaggaagctttaaaactaaatgtacgtgtcttTACATAT----GAATTATTGG---GAT-ATTTTGG------T---A----T--TT-TTCA--GAA-CA-TGA-GTA---AATCATTTATTT-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--A----AAGT--TTCCT
gi|5 : GTA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTAAAAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATACAAA-T-G-----------------A--AAAAAGAAAGAGACA--ATGT-----A-TATCA-----A-AAAGAT----ATCGTT-A-T--TCATGATT-TAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---A-T--G---------TT----A---CTGTTGCAATA--TTCTTGAC-CCAGGCGaagacacgtacatttagttttaaaagcttcctgagacaaaaaatacaaatgaaaaaagaaagagacaatgtatatcaaaaagatatcgttattcatgatttaaatttctccattgtctgtaatttatatgttactgttgcaatattcttgacccaggcg
gi|6 : aggaaactttactacatgtgtcattaccacaaaataaatgatttactcatgttctgaaaaataccaaaatatcccaataattcatatATTAG-GG---AAT-AG----A------T---G----T--TT-TTTTTTAAA-CGCTGG-ATA---AATTAGA-ATCC--ATGGTA-----ATG-A-A--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAA-CATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--GAAAG---AG-GATG--ATG-----------------GA-AAAAAT----AT--TT-A-T--TC-TGGGT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T--T---AGT--G----------A----A---C-G--GCA-TA--TCCT-GAC-C-AGGCGCCTA-TCGGAGGAGTTTGCAACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATC
gi|7 : TAGGCGCCTGGGTCA--AGGATATTGCAC-----------TGTAAACTATGGAGGAAATTCGAACAATGAATAA
gi|7 : gtgttttacaaTCGAACAA-TGAATA-ATTCGAATGAGTGG---GAT-A-----AGA----T---G----T--TT-TT-A--AAA-CG-TTG-ATA---AATTTGT-AATC-CATGGTA-----ATG-ACA--C----A--CGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATGAA-AA----AA-T-G-----------------T---GAAA---AGAGATG--ACAC-----A-TGTTGGA--G--AAAAAC----AT--TT-A-T--TCATttcgaatgagtgggataagatgtttttaaaacgttgataaatttgtaatccatggtaatgacacacgtagttaagcttcctgaaacatgaaaaaatgtgaaaagagatgacacatgttggagaaaaacatttattcat
gi|8 : gtgttttacaataggcgcctgggtcaaggatattgcactgtaaactatggaggaaatTGG---GAT-A------------T---GGCA-T--TT-TTTA--AAA-TG-TGG-ATA---AATGTGT-AATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-AGT--T----AATT--TTCCTGAAACATG-AGAA----AA-T-T-----------------T--AAAGA---------G--ATAT-----AGCATTGGATGGAGAAAAAT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CAAAT--ACCCTCTG-T--TGTTTACA---T-AT---A-T--ACATGTAGGTTA----A---C-GGTGCAGTA--T
gi|9 : gt------T---A----T--TT-TTAA--AAAACG-TAG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-----TTG-ACA--T----G--TGT-AAT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-ACAA----AA-T-GTTTTGTTTGTTGTTTTTT--AAAAG---AGAGATT--ATAT-----A-GATCGTA--G--AAAAAT----GT--TT-A-T--TTATGGTT-TGAAT--TTCCGCCA-T--TGCTTACA---T-AT---T-G--G---------TT----A---T-ATTGCAATA--TCCTTAAT-CCAGGCaactatctctatgacta
Alignments
lowQualScore : 22 11 1 22222 333333333333333333333 1111 1111 22222222222222222222222 1111 11 444444444444444444444444444444444444444 2222222 2222 11
lowQualScore : 2 77 2 2 88 2 1 22 5 2 88888 444 2 222222222222222222222 22 2 5 22 2 2 22 333 4 2 77777 2 33 9999 33 2 33 1111 33 2 888 0000 2 44444444444444444444444 555 1 2222 777777 55 1 44 00 6666 77 2 3 77 3 44 0 3 44 333333333333333333333333333333333333333 55 4 8 6666666 0 4444 66
lowQualScore : . .. . . .. . . .. . . ..... ... . ..................... .. . . .. . . .. ... . . ..... . .. .... .. . .. .... .. . ... .... . ....................... ... . .... ...... .. . .. .. .... .. . . .. . .. . . .. ....................................... .. . . ....... . .... ..
lowQualScore : 5 55 5 5 55 5 0 00 0 5 22222 777 7 111111111111111111111 99 1 8 99 1 1 55 777 4 2 44444 2 11 4444 11 2 11 7777 11 1 666 3333 7 22222222222222222222222 000 4 4444 999999 22 8 22 33 5555 99 9 1 33 3 66 4 3 66 222222222222222222222222222222222222222 00 4 0 0000000 2 0000 55
consensus : TAGGCGCCTNGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACNTATGTCATTTCTTATCNNACAAGTANATA-TTTAGAATCAGTGG---GAT-A-----A------T---G----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---C-GGTGCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
Reference ( family-368 ) : TAGGCGCCTGGGTCA--AGGATATTGCACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCGCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACNTATGTCATTTCTTATCNNACAAGTACATA-TTTAGAATCAGTGG---GAT-A-----A------T---G----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---C-GNTGCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
gi|1 : TAGGCGCCTCGGTCA--AGGATATTGAACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCGCGAATAAATGTTTTTTTCTCAGATATATGTCATTTCTTATCCCACAAGTAGTTATTTTAGTATCTGTGG---GAT-A-----A------T---G----T--TT-TTGA--AAA-CG-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TATGGTA-----ATA-ACA--C----A--TAT-AGT--T----TAGC--TTCCTGGAACATA-A-AA----AA-T-G-----------------T--GAAAA---AG-GATG--ATAT-----A-TGTTGGA--GA-AAAAAT----AT--AT-A-T--CCGTGGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTATA---T-AT---A---G---------T-A----A---C-GTTGCAATA--TCCTTGAC-CAAATCGTCTA-T-------GCTTGCGACTTTGAT----TTATA-AAGGTAAAATC
gi|10 : ----T--TT-TTTA--AAA-CG-TGC-ATG---AATTAGC-ATTC-TGTGGTAAGGTCATGTACATGT----A--TGT-AGTTAT----AAGC--TCCCTAAA--ATG-A-AA----AA-c
gi|10 : AGAATTAATAG---AAT-A-----AGATATCT---G----T--TT-T--A--AAA-AG-TA--ATA---AATTGGT-ATGC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-TGT--T-----AGC--TTCC-GGAGCATGAA-AA----AA-A-G-----------------T--AAAAT---AGAgaattaatagaataagatatctgttttaaaaagtaataaattggtatgctgtggtaatgacacatattgttagcttccggagcatgaaaaaaagtaaaatagac
gi|11 : tttttcattttagggagcttataactacatacatgtacatgaccttaccacagaatgctaattcatgcacgttttaaaaaATCAGGGT---AATCA-----A------T---A----T--TT-CTAA--AAA--G-TGT-ATG---AATTAGT-AAT--TGTTGTCT----ATG-ACA--C----A--TGT-ATT--T----AAACAATTCCTTTGACATT-A-AA----AA----------------------------A---ATAGATGC-AT-C-----A-AGTTGGA--GA-TACAAT----AA--CT-A-T--TCATAGTT-TTAA---TTCCTCCATT--TGATTCTA---T-AT---ATCAG---------T-A----ATACT-AGTGTAATG--TCCTTGc
gi|12 : GTGG---GAT-A-----A------T---GATATT--TT-TTGA--AAA--A-T---ATA---AAATAGT--TTT-TGTGGTA-----A-------------A---GT-AGT--T----AAGC--TTCCT----TATG-C-AA-------T-------------------T--AAAA---------TT--ACAA-----A-GATCGGA--GG-AAATATTGTCAT--TT-AATA-TTATGGTTTCGAAT--TTCCTCCA-T--TATTTACA---T-A
gi|13 : ATA-TT-AGAATCAGTGG---GAT-GTG---A------C---A----T--TT-TTTA--AAA-TG-TGT-AAA---AATTAGT-AATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGT--GTCCT--AGCAGG-AGAA----AA-T-T-----------------T--TAAAA---AGAGA----AAAC-----A-GGTTTGA--G--AAAAAT----AT--TT-aggt
gi|14 : GGGCCATAGGGATATTGCACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCTTGAATAAATA--TTTTTCTCCAACCTATGT
gi|15 : aatatttgattattttcttttttaatatttcAGTGG---GAT-ATGCA-A------T---A----T--CT-TTTA--AAA-TT-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--Ttctga
gi|16 : aattcatatcaaactgattctaaaGATTCAGTGG---GGT-ATG---A------T---A----T--TT-TTAA--AAA-CG-GGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGATA-----
gi|17 : acgttttgagcaatTGCAATA--TTTTTGAT-CCTGGCACCAA-T-------GCTTt
gi|2 : ag-----A------T---G----T--GTATTTA--AAA-CG-TGG-ACA---AATTAGT-ATTT-TGTGGTA-----ATA-GCA--C----A--GGT-ATC--T----TAGC--C-CCAGAGGTATG-A-AA----AAAT-G-----------------TCAAAAAA---AGAAACA--ATAT-----A-GATTGGA--GA-AAA-AT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-
gi|2 : ATCAATGG---GAT-A-----A------G---G----TAATT-TTTA--AAA-CG-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTAA-A-----AT-----------------------------AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AT----AA-TTG-----------------T--TAAAA----GAGACA--ATATCCATTA-GATTGGA--GA-GAAA-T----AT--TT-A-T--TCATTGTT-CGAAG--TGCATCCA-T--TGTTTACA---T-ATACAAT--G---------T-ATGTTG---T-AGTGTAATA--TCATTGAC-CTAgccatcaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaaacatgaataattgttaaaagagacaatatccattagattggagagaaatatttattcattgttcgaagtgcatccattgtttacatatacaatgtatgttgtagtgtaatatcattgaccta
gi|3 : atgtaaacaatggaggaaattcgaaccatgaataaatatttttctccaatctatattgtttctttttttgacattttttcatacctctggggctaagatacctgtgctattaccacaaaatactaatttgtccacgttttaaatacacatgccATCAGAGGCGCGAT-A-----AGA----T---G----T--TT-TT-A--AAA-CG-TGGGATA---AATT
gi|3 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaAGAGG---GAT-A-----AGA----T---G----T--TT-TTTA--A---CG-TGG-ATA---AATTGCT-AATC-TATGGTA-----ATT-GCA--C----ACTTGTGAGT--TAG--AGGC--TT-CTGAAACATGTA-AA----AA-T-G-----------------T--ATAAA---AGAGATGTAGCAT-----A-TGTTGGA--G----AAAT----AT--TTCA-TCGTC-TGG-T-CGAATTGTTCCT-CA-TAATGTTTACA---TAAT---AT--G---------T-A----A---C-GGTGCAATATTTCATTGACGGCAGGCGCCTagagggataagatgttttttaacgtggataaattgctaatctatggtaattgcacacttgtgagttagaggcttctgaaacatgtaaaaatgtataaaagagatgtagcatatgttggagaaatatttcatcgtctggtcgaattgttcctcataatgtttacataatatgtaacggtgcaatatttcattgacggcaggcgcct
gi|4 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaaatttatcccacgttttaaaaacatcttatcgcgcctctgat-----A------T---G----T--TC-TGAA--AAA-CC-AAA-ATATCCAAT-A---ATTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTA-AAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATAC-AA-T-G-----------------A--AAAAG---AGAGACA--ATGT-----A-TATC------A-AAAGAT----ATCGTT-A-T---CATGATT-TAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---ATT-G---------T-A----C---T-GTTGCAATA--TTCT-GAC-CCAGGCGCCTATT-------GATTGAGACAT
gi|4 : gTACATA-T---GAATTATTGG----AT-A-----T------TTTGG----T--TT-TTCA--GAA-CA-TGA-GTA---AATCATTTATTT-T-TGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--A----AAGT--TTCCTgagtaaatcatttatttttggtaatgacacatgtagtaaagtttcct
gi|5 : gatgtctcaatcaataggcgcctgggtcagaatattgcaacagtacaatataaattacagacaatggagaaatttaaatcatgataacgatatcttttgatatacattgtctctctttttcattgtattttttgtctcaggaagctttaaaactaaatgtacgtgtcttTACATA-T---GAATTATTGG---GAT-ATTTTGG------T---A----T--TT-TTCA--GAA-CA-TGA-GTA---AATCATTTATTT-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--A----AAGT--TTCCT
gi|5 : GTA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTAAAAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATACAAA-T-G-----------------A--AAAAAGAAAGAGACA--ATGT-----A-TATCA-----A-AAAGAT----ATCGTT-A-T--TCATGATT-TAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---AT--G---------T-T----A---CTGTTGCAATA--TTCTTGAC-CCAGGCGaagacacgtacatttagttttaaaagcttcctgagacaaaaaatacaaatgaaaaaagaaagagacaatgtatatcaaaaagatatcgttattcatgatttaaatttctccattgtctgtaatttatatgttactgttgcaatattcttgacccaggcg
gi|6 : aggaaactttactacatgtgtcattaccacaaaataaatgatttactcatgttctgaaaaataccaaaatatcccaataattcatatATTAG-GG---AAT-AG----A------T---G----T--TT-TTTTTTAAA-CGCTGG-ATA---AATTAGA-ATCC--ATGGTA-----ATG-A-A--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAA-CATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--GAAAG---AG-GATG--ATG-----------------GA-AAAAAT----AT--TT-A-T--TC-TGGGT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T--T---A---G---------TGA----A---C-G--GC-ATA--TCC-TGA--CCAGGCGCCTA-TCGGAGGAGTTTGCAACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATC
gi|7 : --TT-A-T--TCATTGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--AGTTTACA--------------------------------------GTGCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------
gi|7 : gtgttttacaTCGAACAA-TGAATA-ATTCGAATGAGTGG---GAT-A-----AGA----T---G----T--TT-TT-A--AAA-CG-TTG-ATA---AATTTGT-AATC-CATGGTA-----ATG-ACA--C----A--CGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATGAA-AA----AA-T-G-----------------T---GAAA---AGAGATG--ACAC-----A-TGTTGGA--G--AAAAAC----AT--TT-A-T--TCATttcgaatgagtgggataagatgtttttaaaacgttgataaatttgtaatccatggtaatgacacacgtagttaagcttcctgaaacatgaaaaaatgtgaaaagagatgacacatgttggagaaaaacatttattcat
gi|8 : gtgttttacaataggcgcctgggtcaaggatattgcactgtaaactatggaggaaatTGG---GAT-A------------T---GGCA-T--TT-TTTA--AAA-TG-TGG-ATA---AATGTGT-AATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-AGT--T----AATT--TTCCTGAAACATG-AGAA----AA-T-T-----------------T--AAAGA---------G--ATAT-----AGCATTGGATGGAGAAAAAT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CAAAT--ACCCTCTG-T--TGTTTACA---T-AT---AT--ACATGTAGGTT-A----A---C-GGTGCAGTA--T
gi|9 : gt------T---A----T--TT-TTAA--AAAACG-TAG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-----TTG-ACA--T----G--TGT-AAT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-ACAA----AA-T-GTTTTGTTTGTTGTTTTTT--AAAAG---AGAGATT--ATAT-----A-GATCGTA--G--AAAAAT----GT--TT-A-T--TTATGGTT-TGAAT--TTCCGCCA-T--TGCTTACA---T-AT---TG--G---------T-T----A---T-ATTGCAATA--TCCTTAAT-CCAGGCaactatctctatgacta
Alignments
lowQualScore : 11 11 2222 1 1111 333333333333 1111 1111 1111 222222222222222222 1111 33333333333333333333333333333333333 2222222 2222 11
lowQualScore : 1 88 1 1 88 2 1 4444 22 6 2 1 8 0000 1 0 444 2 333333333333 8888 33 2 6 33 2 2 22 333 2 2 77777 2 33 0000 33 2 33 2222 33 2 888 0000 2 2 666666666666666666 555 1 2222 777777 55 1 44 66 6666 77 2 3 77 3 44 0 3 44 88888888888888888888888888888888888 3 55 4 8 6666666 0 4444 66
lowQualScore : . .. . . .. . . .... .. . . . . .... . . ... . ............ .... .. . . .. . . .. ... . . ..... . .. .... .. . .. .... .. . ... .... . . .................. ... . .... ...... .. . .. .. .... .. . . .. . .. . . .. ................................... . .. . . ....... . .... ..
lowQualScore : 0 55 0 0 55 5 0 0000 00 7 0 0 0 6666 7 9 777 7 999999999999 6666 11 2 1 11 2 2 33 999 4 4 88888 4 22 0000 22 4 22 4444 22 1 666 3333 7 9 000000000000000000 000 4 4444 999999 22 8 22 55 5555 99 9 1 33 3 66 4 3 66 11111111111111111111111111111111111 6 00 4 0 0000000 2 0000 55
consensus : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATATGTCATTTCTTATCGAACAAGTAAAT-A-TTTAGAATCAGTGG---GAT-A-----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-GT-----------------AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
Reference ( family-368 ) : TAGGCGCCTNGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACNTATGTCATTTCTTATCNNACAAGTANAT-A-TTTAGAATCAGTGG---GAT-A-----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-GT-----------------AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
gi|1 : TAGGCGCCTCGGTCA--AGGATATTGAACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCGCGAATAAATGTTTTTTTCTCAGATATATGTCATTTCTTATCCCACAAGTAGTT-ATTTTAGTATCTGTGG---GAT-A-----A------TG----T--TT-TTGA--AAA-CG-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TATGGTA-----ATA-ACA--C----A--TAT-AGT--T----TAGC--TTCCTGGAACATA-A-AA----AA-T-GT-----------------GAAAA---AG-GATG--ATAT-----A-TGTTGGA--GA-AAAAAT----AT--AT-A-T--CCGTGGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTATA---T-AT---A---G---------T-A----A---CGTT-GCAATA--TCCTTGAC-CAAATCGTCTA-T-------GCTTGCGACTTTGAT----TTATA-AAGGTAAAATC
gi|10 : ----T--TT-TTTA--AAA-CG-TGC-ATG---AATTAGC-ATTC-TGTGGTAAGGTCATGTACATGT----A--TGT-AGTTAT----AAGC--TCCCTAAA--ATG-A-AA----AA-c
gi|10 : AGAATTAATAG---AAT-A-----AGATATCTG----T--TT-T--A--AAA-AG-TA--ATA---AATTGGT-ATGC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-TGT--T-----AGC--TTCC-GGAGCATGAA-AA----AA-A-GT-----------------AAAAT---AGAgaattaatagaataagatatctgttttaaaaagtaataaattggtatgctgtggtaatgacacatattgttagcttccggagcatgaaaaaaagtaaaatagac
gi|11 : tttttcattttagggagcttataactacatacatgtacatgaccttaccacagaatgctaattcatgcacgttttaaaaaATCAGGGT---AATCA-----A------TA----T--TT-CTAA--AAA--G-TGT-ATG---AATTAGT-AAT--TGTTGTCT----ATG-ACA--C----A--TGT-ATT--T----AAACAATTCCTTTGACATT-A-AA----AA--------------------------A---ATAGATGC-AT-C-----A-AGTTGGA--GA-TACAAT----AA--CT-A-T--TCATAGTT-TTAA---TTCCTCCATT--TGATTCTA---T-AT---ATCAG---------T-A----ATACTAGT-GTAATG--TCCTTGc
gi|12 : GTGG---GAT-A-----A------TGATATT--TT-TTGA--AAA--A-T---ATA---AAATAGT--TTT-TGTGGTA-----A-------------A---GT-AGT--T----AAGC--TTCCT----TATG-C-AA-------T--T-----------------AAAA---------TT--ACAA-----A-GATCGGA--GG-AAATATTGTCAT--TT-AATA-TTATGGTTTCGAAT--TTCCTCCA-T--TATTTACA---T-A
gi|13 : AT-A-TT-AGAATCAGTGG---GAT-GTG---A------CA----T--TT-TTTA--AAA-TG-TGT-AAA---AATTAGT-AATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGT--GTCCT--AGCAGG-AGAA----AA-T-TT-----------------TAAAA---AGAGA----AAAC-----A-GGTTTGA--G--AAAAAT----AT--TT-aggt
gi|14 : GGCCATAGGGATATTGCACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCTTGAATAAATA--TTTTTCTCCAACCTATGT
gi|15 : aatatttgattattttcttttttaatatttcAGTGG---GAT-ATGCA-A------TA----T--CT-TTTA--AAA-TT-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--Tctctga
gi|16 : aattcatatcaaactgattctaaaGATTCAGTGG---GGT-ATG---A------TA----T--TT-TTAA--AAA-CG-GGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGATA-----
gi|17 : acgttttgagcaatGT-GCAATA--TTTTTGAT-CCTGGCACCAA-T-------GCTTt
gi|2 : a-----A------TG----T--GTATTTA--AAA-CG-TGG-ACA---AATTAGT-ATTT-TGTGGTA-----ATA-GCA--C----A--GGT-ATC--T----TAGC--C-CCAGAGGTATG-A-AA----AAAT-GTCA---------------AAAAA---AGAAACA--ATAT-----A-GATTGGA--GA-AAA-AT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-
gi|2 : ATCAATGG---GAT-A-----A------GG----TAATT-TTTA--AAA-CG-TGG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTAA-A-----AT-----------------------------AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AT----AA-TTGT-----------------TAAAA----GAGACA--ATATCCATTA-GATTGGA--GA-GAAA-T----AT--TT-A-T--TCATTGTT-CGAAG--TGCATCCA-T--TGTTTACA---T-ATACAAT--G---------T-ATGTTG---TAGT-GTAATA--TCATTGAC-CTAgccatcaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaaacatgaataattgttaaaagagacaatatccattagattggagagaaatatttattcattgttcgaagtgcatccattgtttacatatacaatgtatgttgtagtgtaatatcattgaccta
gi|3 : atgtaaacaatggaggaaattcgaaccatgaataaatatttttctccaatctatattgtttctttttttgacattttttcatacctctggggctaagatacctgtgctattaccacaaaatactaatttgtccacgttttaaatacacatgccATCAGAGGCGCGAT-A-----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-TGGGATA---AATT
gi|3 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaAGAGG---GAT-A-----AGA----TG----T--TT-TTTA--A---CG-TGG-ATA---AATTGCT-AATC-TATGGTA-----ATT-GCA--C----ACTTGTGAGT--TAG--AGGC--TT-CTGAAACATGTA-AA----AA-T-GT-----------------ATAAA---AGAGATGTAGCAT-----A-TGTTGGA--G----AAAT----AT--TTCA-TCGTC-TGG-T-CGAATTGTTCCT-CA-TAATGTTTACA---TAAT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATATTTCATTGACGGCAGGCGCCTagagggataagatgttttttaacgtggataaattgctaatctatggtaattgcacacttgtgagttagaggcttctgaaacatgtaaaaatgtataaaagagatgtagcatatgttggagaaatatttcatcgtctggtcgaattgttcctcataatgtttacataatatgtaacggtgcaatatttcattgacggcaggcgcct
gi|4 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaaatttatcccacgttttaaaaacatcttatcgcgcctctgatACATGTGTCATT----ACCAAA--AATAAATGA-TTTAC--TCA------------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-CC-AAA-ATATCCAAT-A---ATTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTA-AAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATAC-AA-T-GA-----------------AAAAG---AGAGACA--ATGT-----A-TATC------A-AAAGAT----ATCGTT-A-T---CATGATT-TAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---ATT-G---------T-A----C---TGTT-GCAATA--TTCT-GAC-CCAGGCGCCTATT-------GATTGAGACAT
gi|5 : gTACAT-A-T---GAATTATTGG---GAT-ATTTTGG------TA----T--TT-TTCA--GAA-CA-TGA-GTA---AATCATTTATTT-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--A----AAGT--TTCCTagtaaagtttcct
gi|5 : GTA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTAAAAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATACAAA-T-GA-----------------AAAAAGAAAGAGACA--ATGT-----A-TATCA-----A-AAAGAT----ATCGTT-A-T--TCATGATT-TAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---AT--G---------T-T----A---CTGTTGCAATA--TTCTTGAC-CCAGGCGaagacacgtacatttagttttaaaagcttcctgagacaaaaaatacaaatgaaaaaagaaagagacaatgtatatcaaaaagatatcgttattcatgatttaaatttctccattgtctgtaatttatatgttactgttgcaatattcttgacccaggcg
gi|6 : aggaaactttactacatgtgtcattaccacaaaataaatgatttactcatgttctgaaaaataccaaaatatcccaataattcatatATTAG-GG---AAT-AG----A------TG----T--TT-TTTTTTAAA-CGCTGG-ATA---AATTAGA-ATCC--ATGGTA-----ATG-A-A--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAA-CATG-A-AA----AA-T-GT-----------------GAAAG---AG-GATG--ATG-----------------GA-AAAAAT----AT--TT-A-T--TC-TGGGT-CGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T--T---A---G---------TGA----A---CGGC----ATA--TCC-TGA--CCAGGCGCCTA-TCGGAGGAGTTTGCAACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATC
gi|7 : --TT-A-T--TCATTGTT-CGAAT--TTCCTCCA-T--AGTTTACA-------------------------------------GT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------
gi|7 : gtgttttacaTCGAACAA-TGAAT-A-ATTCGAATGAGTGG---GAT-A-----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-TTG-ATA---AATTTGT-AATC-CATGGTA-----ATG-ACA--C----A--CGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATGAA-AA----AA-T-GT------------------GAAA---AGAGATG--ACAC-----A-TGTTGGA--G--AAAAAC----AT--TT-A-T--TCATttcgaatgagtgggataagatgtttttaaaacgttgataaatttgtaatccatggtaatgacacacgtagttaagcttcctgaaacatgaaaaaatgtgaaaagagatgacacatgttggagaaaaacatttattcat
gi|8 : gtgttttacaataggcgcctgggtcaaggatattgcactgtaaactatggaggaaatTGG---GAT-A------------TGGCA-T--TT-TTTA--AAA-TG-TGG-ATA---AATGTGT-AATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-AGT--T----AATT--TTCCTGAAACATG-AGAA----AA-T-TT-----------------AAAGA---------G--ATAT-----AGCATTGGATGGAGAAAAAT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CAAAT--ACCCTCTG-T--TGTTTACA---T-AT---AT--ACATGTAGGTT-A----A---CGGT-GCAGTA--T
gi|9 : gt------TA----T--TT-TTAA--AAAACG-TAG-ATA---AATTAGT-ATTC-TGTGGTA-----TTG-ACA--T----G--TGT-AAT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-ACAA----AA-T-GTTTTGTTTGTTGTTTTTTAAAAG---AGAGATT--ATAT-----A-GATCGTA--GA-AAAA-T----GT--TT-A-T--TTATGGTT-TGAAT--TTCCGCCA-T--TGCTTACA---T-AT---TG--G---------T-T----A---TATT-GCAATA--TCCTTAAT-CCAGGCaactatctctatgacta
Alignments
lowQualScore : 11 11 333333333 11 1 22222222222 1111 1111 111111111 222222222222222222 1111 33333333333333333333333333333333333 2222222 2222 11
lowQualScore : 88 1 1 88 2 666666666 5 44 3 6 0 8 2 444 2 88888888888 8888 33 2 6 33 22 2 22 333 33 2 4 88888 2 33 0000 33 2 33 3333 33 2 222222222 2 2 444444444444444444 555 1 2222 777777 55 1 44 66 6666 77 5 77 3 44 0 3 44 88888888888888888888888888888888888 3 55 4 8 6666666 0 4444 66
lowQualScore : .. . . .. . ......... . .. . . . . . ... . ........... .... .. . . .. .. . .. ... .. . . ..... . .. .... .. . .. .... .. . ......... . . .................. ... . .... ...... .. . .. .. .... .. . .. . .. . . .. ................................... . .. . . ....... . .... ..
lowQualScore : 55 0 0 55 5 999999999 0 44 3 7 8 7 5 777 7 22222222222 6666 11 2 1 11 77 2 33 999 11 4 7 22222 5 44 6666 44 5 44 1111 44 1 444444444 7 9 333333333333333333 000 4 4444 999999 22 8 22 55 5555 99 7 33 3 66 4 3 66 11111111111111111111111111111111111 6 00 4 0 0000000 2 0000 55
consensus : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGTCATTT-TTACC-AACAAG-TAAAT-A-TTTAGAATCAGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-GT-----------------AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
Reference ( family-368 ) : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATATGTCATTTCTTATCGAACAAG-TAAAT-A-TTTAGAATCAGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-GT-----------------AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
gi|1 : TAGGCGCCTCGGTCA--AGGATATTGAACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCGCGAATAAATGTTTTTTTCTCAGATATATGTCATTTCTTATCCCACAAG-TAGTT-ATTTTAGTATCTGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTGA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TATGGTA-----ATA-ACA--C----A--TAT-AGT--T----TAGC--TTCCTGGAACATA-A-AA----AA-T-GT-----------------GAAAA---AG-GATG--ATAT-----A-TGTTGGA--GA-AAAAAT----AT--AT-AT--CCGTGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTATA---T-AT---A---G---------T-A----A---CGTT-GCAATA--TCCTTGAC-CAAATCGTCTA-T-------GCTTGCGACTTTGAT----TTATA-AAGGTAAAATC
gi|10 : ----T--TT-TTTA--AAA-CG-TGC-ATG---AATT--AGCA-TTC-TGTGGTAAGGTCATGTACATGT----A--TGT-AGTTAT----AAGC--TCCCTAAA--ATG-A-AA----AA-c
gi|10 : AGAATTAATAG---AAT-A----AGATATCTG----T--TT-T--A--AAA-AG-TA--ATA---AATT--GGTA-TGC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-TGT--T-----AGC--TTCC-GGAGCATGAA-AA----AA-A-GT-----------------AAAAT---AGAgaattaatagaataagatatctgttttaaaaagtaataaattggtatgctgtggtaatgacacatattgttagcttccggagcatgaaaaaaagtaaaatagac
gi|11 : tttttcattttagggagcttataactacatacatgtacatgaccttaccacagaatgctaattcatgcacgttttaaaaaATCAGGGT---AATCA----A------TA----T--TT-CTAA--AAA--G-TGT-ATG---AATT--AGTA-AT--TGTTGTCT----ATG-ACA--C----A--TGT-ATT--T----AAACAATTCCTTTGACATT-A-------------------------------AAAAA---ATAGATGC-AT-C-----A-AGTTGGA--GA-TACAAT----AA--CT-AT--TCATAG-TTTTAA---TTCCTCCATT--TGATTCTA---T-AT---ATCAG---------T-A----ATACTAGT-GTAATG--TCCTTGc
gi|12 : GTGG---GAT-A----A------TGATATT--TT-TTGA--AAA--A-T---ATA---AAAT--AGT--TTT-TGTGGTA-----A-------------A---GT-AGT--T----AAGC--TTCCT----TATG----C----AA-T--T-----------------AAA---------ATT--ACAA-----A-GATCGGA--GG-AAATATTGTCAT--TTAATA-TTATGGTTTCGAAT--TTCCTCCA-T--TATTTACA---T-A
gi|13 : AT-A-TT-AGAATCAGTGG---GAT-GTG--A------CA----T--TT-TTTA--AAA-TG-TGT-AAA---AATT--AGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGT--GTCCT--AGCAGG-AGAA----AA-T-TT-----------------TAAAA---AGAGA----AAAC-----A-GGTTTGA--G--AAAAAT----AT--TT-aggt
gi|14 : GGCCATAGGGATATTGCACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCTTGAATAAATA--TTTTTCTCCAACCTATGTGAAATATTA---AAAAAG-AAAAT-A-
gi|15 : aatatttgatAGTGG---GAT-ATGCAA------TA----T--CT-TTTA--AAA-TT-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--Tctctga
gi|16 : aattcatatcaaactgattctaaaGATTCAGTGG---GGT-ATG--A------TA----T--TT-TTAA--AAA-CG-GGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGATA-----
gi|17 : acgttttgagcaatGT-GCAATA--TTTTTGAT-CCTGGCACCAA-T-------GCTTt
gi|2 : a----A------TG----T--GTATTTA--AAA-CG-TGG-ACA---AATT--AGTA-TTT-TGTGGTA-----ATA-GCA--C----A--GGT-ATC--T----TAGC--C-CCAGAGGTATG-A-AA----AAAT-GTCA---------------AAAAA---AGAAACA--ATAT-----A-GATTGGA--GA-AAA-AT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-
gi|2 : ATCAATGG---GAT-A----A------GG----TAATT-TTTA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTAA-A-----AT-----------------------------AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AT----AA-TTGT-----------------TAAAA----GAGACA--ATATCCATTA-GATTGGA--GA-GAAA-T----AT--TT-AT--TCATTG-TTCGAAG--TGCATCCA-T--TGTTTACA---T-ATACAAT--G---------T-ATGTTG---TAGT-GTAATA--TCATTGAC-CTAgccatcaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaaacatgaataattgttaaaagagacaatatccattagattggagagaaatatttattcattgttcgaagtgcatccattgtttacatatacaatgtatgttgtagtgtaatatcattgaccta
gi|3 : atgtaaacaatggaggaaattcgaaccatgaataaatatttttctccaatctatattgtttctttttttgacattttttcatacctctggggctaagatacctgtgctattaccacaaaatactaatttgtccacgttttaaatacacatgccATCAGAGGCGCGAT-A----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-TGGGATA---AATT--
gi|3 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaAGAGG---GAT-A----AGA----TG----T--TT-TTTA--A---CG-TGG-ATA---AATT--GCTA-ATC-TATGGTA-----ATT-GCA--C----ACTTGTGAGT--TAG--AGGC--TT-CTGAAACATGTA-AA----AA-T-GT-----------------ATAAA---AGAGATGTAGCAT-----A-TGTTGGA--G----AAAT----AT--TTCATCGTC-TGG--TCGAATTGTTCCT-CA-TAATGTTTACA---TAAT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATATTTCATTGACGGCAGGCGCCTagagggataagatgttttttaacgtggataaattgctaatctatggtaattgcacacttgtgagttagaggcttctgaaacatgtaaaaatgtataaaagagatgtagcatatgttggagaaatatttcatcgtctggtcgaattgttcctcataatgtttacataatatgtaacggtgcaatatttcattgacggcaggcgcct
gi|4 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaaatttatcccacgttttaaaaacatcttatcgcgcctctgatACATGTGTCATT----ACCAAA--AA-TAAATGA-TTTAC--TCA-----------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-CC-AAA-ATATCCAAT---A--A-TTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTA-AAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATAC-AA-T-GA-----------------AAAAG---AGAGACA--ATGT-----A-TATC------A-AAAGAT----ATCGTT-AT---CATGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---ATT-G---------T-A----C---TGTT-GCAATA--TTCT-GAC-CCAGGCGCCTATT-------GATTGAGACAT
gi|5 : gACATGTGTCATT----ACC--ACAAAATAAATGA-TTTAC--TCA-----------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-TA-CCA-AAA---TATCCCAATAATTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTAAAAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATACAAA-T-GA-----------------AAAAAGAAAGAGACA--ATGT-----A-TATCA-----A-AAAGAT----ATCGTT-AT--TCATGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---AT--G---------T-T----A---CTGTTGCAATA--TTCTTGAC-CCAGGCGagtaaagtttcct
gi|6 : aggaaactttactATTAG-GG---AAT-AG---A------TG----T--TT-TTTTTTAAA-CGCTGG-ATA---AATT--AGAA-TCC--ATGGTA-----ATG-A-A--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAA-CATG-A-AA----AA-T-GT-----------------GAAAG---AG-GATG--ATG-----------------GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TC-TGG-GTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T--T---A---G---------TGA----A---CGGC----ATA--TCC-TGA--CCAGGCGCCTA-TCGGAGGAGTTTGCAACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATC
gi|7 : --TT-AT--TCATTG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--AGTTTACA-------------------------------------GT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------
gi|7 : gtgttttacaTCGAACAA--TGAAT-A-ATTCGAATGAGTGG---GAT-A----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-TTG-ATA---AATT--TGTA-ATC-CATGGTA-----ATG-ACA--C----A--CGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATGAA-AA----AA-T-GT------------------GAAA---AGAGATG--ACAC-----A-TGTTGGA--G--AAAAAC----AT--TT-AT--TCATttcgaatgagtgggataagatgtttttaaaacgttgataaatttgtaatccatggtaatgacacacgtagttaagcttcctgaaacatgaaaaaatgtgaaaagagatgacacatgttggagaaaaacatttattcat
gi|8 : gtgttttacaataggcgcctgggtcaaggatattgcactgtaaactatggaggaaatTGG---GAT-A-----------TGGCA-T--TT-TTTA--AAA-TG-TGG-ATA---AATG--TGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-AGT--T----AATT--TTCCTGAAACATG-AGAA----AA-T-TT-----------------AAAGA---------G--ATAT-----AGCATTGGATGGAGAAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCAAAT--ACCCTCTG-T--TGTTTACA---T-AT---AT--ACATGTAGGTT-A----A---CGGT-GCAGTA--T
gi|9 : gt------TA----T--TT-TTAA--AAAACG-TAG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----TTG-ACA--T----G--TGT-AAT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-ACAA----AA-T-GTTTTGTTTGTTGTTTTTTAAAAG---AGAGATT--ATAT-----A-GATCGTA--GA-AAAA-T----GT--TT-AT--TTATGG-TTTGAAT--TTCCGCCA-T--TGCTTACA---T-AT---TG--G---------T-T----A---TATT-GCAATA--TCCTTAAT-CCAGGCaactatctctatgacta
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 555555 1 1 22222222222 1111 1111 111111111 222222222222222222 1111 33333333333333333333333333333333333 2222222 2222 11
lowQualScore : 88 1 1 88 2 33 555555 8 0 6 77 8 2 444 2 88888888888 8888 33 2 6 33 22 2 2 0 333 33 2 4 88888 2 33 0000 33 2 33 3333 33 2 222222222 2 2 444444444444444444 555 1 2222 777777 55 1 44 66 6666 77 5 77 3 44 0 3 44 88888888888888888888888888888888888 3 55 4 8 6666666 0 4444 66
lowQualScore : .. . . .. . .. ...... . . . .. . . ... . ........... .... .. . . .. .. . . . ... .. . . ..... . .. .... .. . .. .... .. . ......... . . .................. ... . .... ...... .. . .. .. .... .. . .. . .. . . .. ................................... . .. . . ....... . .... ..
lowQualScore : 55 0 0 55 5 88 333333 8 5 0 55 7 5 777 7 22222222222 6666 11 2 1 11 77 2 2 1 999 11 4 7 22222 5 44 6666 44 5 44 1111 44 1 444444444 7 9 333333333333333333 000 4 4444 999999 22 8 22 55 5555 99 7 33 3 66 4 3 66 11111111111111111111111111111111111 6 00 4 0 0000000 2 0000 55
consensus : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGAC--ATGTGTCATT----A-CCAACAAATAAATGATTT-AGAATCAGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-GT-----------------AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
Reference ( family-368 ) : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGAC--ATGTGTCATTT-TTA-CCAACAAGTAAAT-ATTT-AGAATCAGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-GT-----------------AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
gi|1 : TAGGCGCCTCGGTCA--AGGATATTGAACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCGCGAATAAATGTTTTTTTCTCAGAT--ATATGTCATTTCTTATCCCACAAGTAGTT-ATTTTAGTATCTGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTGA--AAA-CG-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TATGGTA-----ATA-ACA--C----A--TAT-AGT--T----TAGC--TTCCTGGAACATA-A-AA----AA-T-GT-----------------GAAAA---AG-GATG--ATAT-----A-TGTTGGA--GA-AAAAAT----AT--AT-AT--CCGTGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTATA---T-AT---A---G---------T-A----A---CGTT-GCAATA--TCCTTGAC-CAAATCGTCTA-T-------GCTTGCGACTTTGAT----TTATA-AAGGTAAAATC
gi|10 : ----T--TT-TTTA--AAA-CG-T-GCATG---AATT--AGCA-TTC-TGTGGTAAGGTCATGTACATGT----A--TGT-AGTTAT----AAGC--TCCCTAAA--ATG-A-AA----AA-c
gi|10 : -AGAATTAATAG---AAT-A----AGATATCTG----T--TT-T--A--AAA-AG-T-A-ATA---AATT--GGTA-TGC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-TGT--T-----AGC--TTCC-GGAGCATGAA-AA----AA-A-GT-----------------AAAAT---AGAgaattaatagaataagatatctgttttaaaaagtaataaattggtatgctgtggtaatgacacatattgttagcttccggagcatgaaaaaaagtaaaatagac
gi|11 : tttttcattttagggagcttataactacatacatgtacatgaccttaccacagaatgctaattcatgcacgttttaaaaaATCAGGGT---AATCA----A------TA----T--TT-CTAA--AAA--G-T-GTATG---AATT--AGTA-AT--TGTTGTCT----ATG-ACA--C----A--TGT-ATT--T----AAACAATTCCTTTGACATT-A-------------------------------AAAAA---ATAGATGC-AT-C-----A-AGTTGGA--GA-TACAAT----AA--CT-AT--TCATAG-TTTTAA---TTCCTCCATT--TGATTCTA---T-AT---ATCAG---------T-A----ATACTAGT-GTAATG--TCCTTGc
gi|12 : GTGG---GAT-A----A------TGATATT--TT-TTGA--AAA--A-T---ATA---AAAT--AGT--TTT-TGTGGTA-----A-------------A---GT-AGT--T----AAGC--TTCCT----TATG----C----AA-T--T-----------------AAA---------ATT--ACAA-----A-GATCGGA--GG-AAATATTGTCAT--TTAATA-TTATGGTTTCGAAT--TTCCTCCA-T--TATTTACA---T-A
gi|13 : AT-ATT--AGAATCAGTGG---GAT-GTG--A------CA----T--TT-TTTA--AAA-TG-T-GTAAA---AATT--AGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGT--GTCCT--AGCAGG-AGAA----AA-T-TT-----------------TAAAA---AGAGA----AAAC-----A-GGTTTGA--G--AAAAAT----AT--TT-aggt
gi|14 : GGCCATAGGGATATTGCACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCTTGAATAAATA--TTTTTCTCCAACCTATGTG
gi|15 : aatatttgattattttcttttttaatatttAGTGG---GAT-ATGCAA------TA----T--CT-TTTA--AAA-TT-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--Tctctga
gi|16 : aattcatatcaaactgattctaaaGATTCAGTGG---GGT-ATG--A------TA----T--TT-TTAA--AAA-CG-G-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGATA-----
gi|17 : acgttttgagcaatGT-GCAATA--TTTTTGAT-CCTGGCACCAA-T-------GCTTt
gi|2 : a----A------TG----T--GTATTTA--AAA-CG-T-GGACA---AATT--AGTA-TTT-TGTGGTA-----ATA-GCA--C----A--GGT-ATC--T----TAGC--C-CCAGAGGTATG-A-AA----AAAT-GTCA---------------AAAAA---AGAAACA--ATAT-----A-GATTGGA--GA-AAA-AT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-
gi|2 : ATCAATGG---GAT-A----A------GG----TAATT-TTTA--AAA-CG-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTAA-A-----AT-----------------------------AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AT----AA-TTGT-----------------TAAAA----GAGACA--ATATCCATTA-GATTGGA--GA-GAAA-T----AT--TT-AT--TCATTG-TTCGAAG--TGCATCCA-T--TGTTTACA---T-ATACAAT--G---------T-ATGTTG---TAGT-GTAATA--TCATTGAC-CTAgccatcaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaaacatgaataattgttaaaagagacaatatccattagattggagagaaatatttattcattgttcgaagtgcatccattgtttacatatacaatgtatgttgtagtgtaatatcattgaccta
gi|3 : atgtaaacaatggaggaaattcgaaccatgaataaatatttttctccaatctatattgtttctttttttgacattttttcatacctctggggctaagatacctgtgctattaccacaaaatactaatttgtccacgttttaaatacacatgccATCAGAGGCGCGAT-A----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-TGGGATA---AATT--
gi|3 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaAGAGG---GAT-A----AGA----TG----T--TT-TTTA--A---CG-T-GGATA---AATT--GCTA-ATC-TATGGTA-----ATT-GCA--C----ACTTGTGAGT--TAG--AGGC--TT-CTGAAACATGTA-AA----AA-T-GT-----------------ATAAA---AGAGATGTAGCAT-----A-TGTTGGA--G----AAAT----AT--TTCATCGTC-TGG--TCGAATTGTTCCT-CA-TAATGTTTACA---TAAT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATATTTCATTGACGGCAGGCGCCTagagggataagatgttttttaacgtggataaattgctaatctatggtaattgcacacttgtgagttagaggcttctgaaacatgtaaaaatgtataaaagagatgtagcatatgttggagaaatatttcatcgtctggtcgaattgttcctcataatgtttacataatatgtaacggtgcaatatttcattgacggcaggcgcct
gi|4 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaaatttatcccacgttttaaaaacatcttatcgcgcctctgatAC--ATGTGTCATT----A-CCAA-AAATAAATGATTT-AC--TCA-----------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-CC-A-AAATATCCAAT---A--A-TTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTA-AAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATAC-AA-T-GA-----------------AAAAG---AGAGACA--ATGT-----A-TATC------A-AAAGAT----ATCGTT-AT---CATGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---ATT-G---------T-A----C---TGTT-GCAATA--TTCT-GAC-CCAGGCGCCTATT-------GATTGAGACAT
gi|5 : gAC--ATGTGTCATT----A-CCACAAAATAAATGATTT-AC--TCA-----------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-TA-C-CAAAA---TATCCCAATAATTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTAAAAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATACAAA-T-GA-----------------AAAAAGAAAGAGACA--ATGT-----A-TATCA-----A-AAAGAT----ATCGTT-AT--TCATGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---AT--G---------T-T----A---CTGTTGCAATA--TTCTTGAC-CCAGGCGagtaaagtttcct
gi|6 : aggaaactttactATTAG-GG---AAT-AG---A------TG----T--TT-TTTTTTAAA-CGCT-GGATA---AATT--AGAA-TCC--ATGGTA-----ATG-A-A--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAA-CATG-A-AA----AA-T-GT-----------------GAAAG---AG-GATG--ATG-----------------GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TC-TGG-GTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T--T---A---G---------TGA----A---CGGC----ATA--TCC-TGA--CCAGGCGCCTA-TCGGAGGAGTTTGCAACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATC
gi|7 : --TT-AT--TCATTG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--AGTTTACA-------------------------------------GT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------
gi|7 : gtgttttacaAACAA-TGAAT-AATT-CGAATGAGTGG---GAT-A----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-T-TGATA---AATT--TGTA-ATC-CATGGTA-----ATG-ACA--C----A--CGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATGAA-AA----AA-T-GT------------------GAAA---AGAGATG--ACAC-----A-TGTTGGA--G--AAAAAC----AT--TT-AT--TCATttcgaatgagtgggataagatgtttttaaaacgttgataaatttgtaatccatggtaatgacacacgtagttaagcttcctgaaacatgaaaaaatgtgaaaagagatgacacatgttggagaaaaacatttattcat
gi|8 : gtgttttacaataggcgcctgggtcaaggatattgcactgtaaactatggaggaaattcgTGG---GAT-A-----------TGGCA-T--TT-TTTA--AAA-TG-T-GGATA---AATG--TGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-AGT--T----AATT--TTCCTGAAACATG-AGAA----AA-T-TT-----------------AAAGA---------G--ATAT-----AGCATTGGATGGAGAAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCAAAT--ACCCTCTG-T--TGTTTACA---T-AT---AT--ACATGTAGGTT-A----A---CGGT-GCAGTA--T
gi|9 : gt------TA----T--TT-TTAA--AAAACG-T-AGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----TTG-ACA--T----G--TGT-AAT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-ACAA----AA-T-GTTTTGTTTGTTGTTTTTTAAAAG---AGAGATT--ATAT-----A-GATCGTA--GA-AAAA-T----GT--TT-AT--TTATGG-TTTGAAT--TTCCGCCA-T--TGCTTACA---T-AT---TG--G---------T-T----A---TATT-GCAATA--TCCTTAAT-CCAGGCaactatctctatgacta
Alignments
lowQualScore : 11 11 1111 1111 22222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 1111 1111 111111111 22222222222222222222222 1111 11 33333333333333333333333333333333333 2222222 2222 11
lowQualScore : 88 1 1 88 0 4444 4444 6 22222222 2 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0000 33 2 6 33 22 2 22 333 33 2 4 88888 2 33 0000 33 2 33 3333 33 2 222222222 2 22222222222222222222222 555 1 2222 777777 55 1 44 00 6666 77 5 77 3 44 0 3 44 88888888888888888888888888888888888 3 55 4 8 6666666 0 4444 66
lowQualScore : .. . . .. . .... .... . ........ . .. .................................................................. .... .. . . .. .. . .. ... .. . . ..... . .. .... .. . .. .... .. . ......... . ....................... ... . .... ...... .. . .. .. .... .. . .. . .. . . .. ................................... . .. . . ....... . .... ..
lowQualScore : 55 0 0 55 7 2222 2222 7 11111111 3 11 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 8888 11 2 1 11 77 2 33 999 11 4 7 22222 5 44 6666 44 5 44 1111 44 1 444444444 7 55555555555555555555555 000 4 4444 999999 22 8 22 33 5555 99 7 33 3 66 4 3 66 11111111111111111111111111111111111 6 00 4 0 0000000 2 0000 55
consensus : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGT----CATT----A-CCA------ANAAATA--AAT--------GA---TT-TAGA----------ATCAG---------TGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
Reference ( family-368 ) : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGT----CATT----A-CCA------ACAAATA--AAT--------GA---TT-TAGA----------ATCAG---------TGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
gi|1 : TAGGCGCCTCGGTCA--AGGATATTGAACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCGCGAATAAATGTTTTTTTCTCAGATATATGT----CATTTCTTATCCC------ACAAGTA--GTT--------AT---TT-TAGT----------ATCTG---------TGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTGA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TATGGTA-----ATA-ACA--C----A--TAT-AGT--T----TAGC--TTCCTGGAACATA-A-AA----AA-T-G-----------------T--GAAAA---AG-GATG--ATAT-----A-TGTTGGA--GA-AAAAAT----AT--AT-AT--CCGTGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTATA---T-AT---A---G---------T-A----A---CGTT-GCAATA--TCCTTGAC-CAAATCGTCTA-T-------GCTTGCGACTTTGAT----TTATA-AAGGTAAAATC
gi|10 : CAATATGTGT----CATT----A-CCACAGCATACCAATT--TAT--------TACTTTT-TAAA----------A-CAGATATCTTATTCT---ATT-A----A------TTC---T--TT-TTTA--AAA-CG-TGC-ATG---AATT--AGCA-TTC-TGTGGTAAGGTCATGTACATGT----A--TGT-AGTTAT----AAGC--TCCCTAAA--ATG-A-AA----AA-c
gi|10 : AGA----------ATTAA---------TAG---AAT-A----AGATATCTG----T--TT-T--A--AAA-AG-TA--ATA---AATT--GGTA-TGC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-TGT--T-----AGC--TTCC-GGAGCATGAA-AA----AA-A-G-----------------T--AAAAT---AGAttagcttccggagcatgaaaaaaagtaaaatagac
gi|11 : tttttcattttagggagcttataactacatacatgtacatgaccttaccacagaatgctaattcatgcacgttttaaaaa----------ATCAG---------GGT---AATCA----A------TA----T--TT-CTAA--AAA--G-TGT-ATG---AATT--AGTA-AT--TGTTGTCT----ATG-ACA--C----A--TGT-ATT--T----AAACAATTCCTTTGACATT-A---------------------------------AAAAA---ATAGATGC-AT-C-----A-AGTTGGA--GA-TACAAT----AA--CT-AT--TCATAG-TTTTAA---TTCCTCCATT--TGATTCTA---T-AT---ATCAG---------T-A----ATACTAGT-GTAATG--TCCTTGc
gi|12 : G---------TGG---GAT-A----A------TGATATT--TT-TTGA--AAA--A-T---ATA---AAAT--AGT--TTT-TGTGGTA-----A-------------A---GT-AGT--T----AAGC--TTCCT----TATG----C----AA-T-------------------T--AAA---------ATT--ACAA-----A-GATCGGA--GG-AAATATTGTCAT--TTAATA-TTATGGTTTCGAAT--TTCCTCCA-T--TATTTACA---T-A
gi|13 : T-TAGA----------ATCAG---------TGG---GAT-GTG--A------CA----T--TT-TTTA--AAA-TG-TGT-AAA---AATT--AGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGT--GTCCT--AGCAGG-AGAA----AA-T-T-----------------T--TAAAA---AGAGA----AAAC-----A-GGTTTGA--G--AAAAAT----AT--TT-aggt
gi|14 : ataGGCCATAGGGATATTGCACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCTTGAATAAATA--TTTTTCTCCAACCTATGTGAAATATT----A---A------AAAAGAA--AAT--------AA---T
gi|15 : aatatttgA--ACT--------GA---TTCTAAA----------A---G---------TGG---GAT-ATGCAA------TA----T--CT-TTTA--AAA-TT-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--Tctctga
gi|16 : aattcatatca--AAT--------GA---TT-----------------CAG---------TGG---GGT-ATG--A------TA----T--TT-TTAA--AAA-CG-GGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGATA-----
gi|17 : acgttttgagcGT-GCAATA--TTTTTGAT-CCTGGCACCAA-T-------GCTTt
gi|2 : a----A------TG----T--GTATTTA--AAA-CG-TGG-ACA---AATT--AGTA-TTT-TGTGGTA-----ATA-GCA--C----A--GGT-ATC--T----TAGC--C-CCAGAGGTATG-A-AA----AAAT-G-----------------TCAAAAAA---AGAAACA--ATAT-----A-GATTGGA--GA-AAA-AT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-
gi|2 : ACCTGTGC----TATT----A-CCA------CAAAATACTAATTTGTCCACGT---TT-TAAATACACATGCCATCAA---------TGG---GAT-A----A------GG----TAATT-TTTA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTAA-A-----AT-----------------------------AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AT----AA-TTG-----------------T--TAAAA----GAGACA--ATATCCATTA-GATTGGA--GA-GAAA-T----AT--TT-AT--TCATTG-TTCGAAG--TGCATCCA-T--TGTTTACA---T-ATACAAT--G---------T-ATGTTG---TAGT-GTAATA--TCATTGAC-CTAgccatcaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaaacatgaataattgttaaaagagacaatatccattagattggagagaaatatttattcattgttcgaagtgcatccattgtttacatatacaatgtatgttgtagtgtaatatcattgaccta
gi|3 : atgtaaacaatggaggaaattcgaaccatgaataaatatttttctccaatctatattgtttctttttttgacattttttcatacctctggggctaagat----------ATCAG---------AGGCGCGAT-A----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-TGGGATA---AATT--
gi|3 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaAG---------AGG---GAT-A----AGA----TG----T--TT-TTTA--A---CG-TGG-ATA---AATT--GCTA-ATC-TATGGTA-----ATT-GCA--C----ACTTGTGAGT--TAG--AGGC--TT-CTGAAACATGTA-AA----AA-T-G-----------------T--ATAAA---AGAGATGTAGCAT-----A-TGTTGGA--G----AAAT----AT--TTCATCGTC-TGG--TCGAATTGTTCCT-CA-TAATGTTTACA---TAAT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATATTTCATTGACGGCAGGCGCCTagagggataagatgttttttaacgtggataaattgctaatctatggtaattgcacacttgtgagttagaggcttctgaaacatgtaaaaatgtataaaagagatgtagcatatgttggagaaatatttcatcgtctggtcgaattgttcctcataatgtttacataatatgtaacggtgcaatatttcattgacggcaggcgcct
gi|4 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaaatttatcccacgttttaaaaacatcttatcgcgcctctgatACATGTGT----CATT----A-CCA------A-AAATA--AAT--------GA---TT-TAC------------TCA--------------------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-CC-AAA-ATATCCAAT---A--A-TTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTA-AAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATAC-AA-T-G-----------------A--AAAAG---AGAGACA--ATGT-----A-TATC------A-AAAGAT----ATCGTT-AT---CATGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---ATT-G---------T-A----C---TGTT-GCAATA--TTCT-GAC-CCAGGCGCCTATT-------GATTGAGACAT
gi|5 : gACATGTGT----CATT----A-CCA------CAAAATA--AAT--------GA---TT-TAC------------TCA--------------------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-TA-CCA-AAA---TATCCCAATAATTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTAAAAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATACAAA-T-G-----------------A--AAAAAGAAAGAGACA--ATGT-----A-TATCA-----A-AAAGAT----ATCGTT-AT--TCATGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---AT--G---------T-T----A---CTGTTGCAATA--TTCTTGAC-CCAGGCGagtaaagtttcct
gi|6 : aggaaactttact----------ATTAG----------GG---AAT-AG---A------TG----T--TT-TTTTTTAAA-CGCTGG-ATA---AATT--AGAA-TCC--ATGGTA-----ATG-A-A--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAA-CATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--GAAAG---AG-GATG--ATG-----------------GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TC-TGG-GTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T--T---A---G---------TGA----A---CGGC----ATA--TCC-TGA--CCAGGCGCCTA-TCGGAGGAGTTTGCAACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATC
gi|7 : --TT-AT--TCATTG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--AGTTTACA-------------------------------------GT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------
gi|7 : gtgttttacaA------ACAA-TG--AAT--------AA---TT-C-GA----------ATGAG---------TGG---GAT-A----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-TTG-ATA---AATT--TGTA-ATC-CATGGTA-----ATG-ACA--C----A--CGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATGAA-AA----AA-T-G-----------------T---GAAA---AGAGATG--ACAC-----A-TGTTGGA--G--AAAAAC----AT--TT-AT--TCATttcgaatgagtgggataagatgtttttaaaacgttgataaatttgtaatccatggtaatgacacacgtagttaagcttcctgaaacatgaaaaaatgtgaaaagagatgacacatgttggagaaaaacatttattcat
gi|8 : gtgttttacaataggcgcctgggtcaaggatattgcactgtaaactatggaggaaattcg---------TGG---GAT-A-----------TGGCA-T--TT-TTTA--AAA-TG-TGG-ATA---AATG--TGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-AGT--T----AATT--TTCCTGAAACATG-AGAA----AA-T-T-----------------T--AAAGA---------G--ATAT-----AGCATTGGATGGAGAAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCAAAT--ACCCTCTG-T--TGTTTACA---T-AT---AT--ACATGTAGGTT-A----A---CGGT-GCAGTA--T
gi|9 : gt------TA----T--TT-TTAA--AAAACG-TAG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----TTG-ACA--T----G--TGT-AAT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-ACAA----AA-T-GTTTTGTTTGTTGTTTTTT--AAAAG---AGAGATT--ATAT-----A-GATCGTA--G--AAAAAT----GT--TT-AT--TTATGG-TTTGAAT--TTCCGCCA-T--TGCTTACA---T-AT---TG--G---------T-T----A---TATT-GCAATA--TCCTTAAT-CCAGGCaactatctctatgacta
Alignments
lowQualScore : 11 11 1111 1111 11111111 222222222222222 22222222222 1111 1111 111111111 222222222222222222 1111 33333333333333333333333333333333333 2222222 2222 11
lowQualScore : 88 1 1 88 2 0 7777 7777 8 99 66 88888888 777777777777777 2 444 2 88888888888 8888 33 2 6 33 22 2 2 0 333 33 2 4 88888 2 33 0000 33 2 33 3333 33 2 222222222 2 2 444444444444444444 555 1 2222 777777 55 1 44 66 6666 77 5 77 3 44 0 3 44 88888888888888888888888888888888888 3 55 4 8 6666666 0 4444 66
lowQualScore : .. . . .. . . .... .... . .. .. ........ ............... . ... . ........... .... .. . . .. .. . . . ... .. . . ..... . .. .... .. . .. .... .. . ......... . . .................. ... . .... ...... .. . .. .. .... .. . .. . .. . . .. ................................... . .. . . ....... . .... ..
lowQualScore : 55 0 0 55 5 6 0000 0000 0 44 99 11111111 000000000000000 5 777 7 22222222222 6666 11 2 1 11 77 2 2 1 999 11 4 7 22222 5 44 6666 44 5 44 1111 44 1 444444444 7 9 333333333333333333 000 4 4444 999999 22 8 22 55 5555 99 7 33 3 66 4 3 66 11111111111111111111111111111111111 6 00 4 0 0000000 2 0000 55
consensus : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGT----CATT----A-CCAAAAAATA--AAT--------GATT-TAGA----------ATCAGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-GT-----------------AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
Reference ( family-368 ) : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGT----CATT----A-CCAANAAATA--AAT--------GATT-TAGA----------ATCAGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-GT-----------------AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
gi|1 : TAGGCGCCTCGGTCA--AGGATATTGAACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCGCGAATAAATGTTTTTTTCTCAGATATATGT----CATTTCTTATCCCACAAGTA--GTT--------ATTT-TAGT----------ATCTGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTGA--AAA-CG-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TATGGTA-----ATA-ACA--C----A--TAT-AGT--T----TAGC--TTCCTGGAACATA-A-AA----AA-T-GT-----------------GAAAA---AG-GATG--ATAT-----A-TGTTGGA--GA-AAAAAT----AT--AT-AT--CCGTGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTATA---T-AT---A---G---------T-A----A---CGTT-GCAATA--TCCTTGAC-CAAATCGTCTA-T-------GCTTGCGACTTTGAT----TTATA-AAGGTAAAATC
gi|10 : ----T--TT-TTTA--AAA-CG-T-GCATG---AATT--AGCA-TTC-TGTGGTAAGGTCATGTACATGT----A--TGT-AGTTAT----AAGC--TCCCTAAA--ATG-A-AA----AA-c
gi|10 : AGA----------ATTAATAG---AAT-A----AGATATCTG----T--TT-T--A--AAA-AG-T-A-ATA---AATT--GGTA-TGC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-TGT--T-----AGC--TTCC-GGAGCATGAA-AA----AA-A-GT-----------------AAAAT---AGAgaattaatagaataagatatctgttttaaaaagtaataaattggtatgctgtggtaatgacacatattgttagcttccggagcatgaaaaaaagtaaaatagac
gi|11 : tttttcattttagggagcttataactacatacatgtacatgaccttaccacagaatgctaattcatgcacgttttaaaaa----------ATCAGGGT---AATCA----A------TA----T--TT-CTAA--AAA--G-T-GTATG---AATT--AGTA-AT--TGTTGTCT----ATG-ACA--C----A--TGT-ATT--T----AAACAATTCCTTTGACATT-A-------------------------------AAAAA---ATAGATGC-AT-C-----A-AGTTGGA--GA-TACAAT----AA--CT-AT--TCATAG-TTTTAA---TTCCTCCATT--TGATTCTA---T-AT---ATCAG---------T-A----ATACTAGT-GTAATG--TCCTTGc
gi|12 : GTGG---GAT-A----A------TGATATT--TT-TTGA--AAA--A-T---ATA---AAAT--AGT--TTT-TGTGGTA-----A-------------A---GT-AGT--T----AAGC--TTCCT----TATG----C----AA-T--T-----------------AAA---------ATT--ACAA-----A-GATCGGA--GG-AAATATTGTCAT--TTAATA-TTATGGTTTCGAAT--TTCCTCCA-T--TATTTACA---T-A
gi|13 : T-TAGA----------ATCAGTGG---GAT-GTG--A------CA----T--TT-TTTA--AAA-TG-T-GTAAA---AATT--AGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGT--GTCCT--AGCAGG-AGAA----AA-T-TT-----------------TAAAA---AGAGA----AAAC-----A-GGTTTGA--G--AAAAAT----AT--TT-aggt
gi|14 : ataGGCCATAGGGATATTGCACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCTTGAATAAATA--TTTTTCTCCAACCTATGTGAAATATT----A---AAAAAGAA--AAT--------AAT
gi|15 : aatatttgA--ACT--------GATTCTAAA----------A---GTGG---GAT-ATGCAA------TA----T--CT-TTTA--AAA-TT-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--Tctctga
gi|16 : aattcatatca--AAT--------GATT-----------------CAGTGG---GGT-ATG--A------TA----T--TT-TTAA--AAA-CG-G-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGATA-----
gi|17 : acgttttgagcGT-GCAATA--TTTTTGAT-CCTGGCACCAA-T-------GCTTt
gi|2 : a----A------TG----T--GTATTTA--AAA-CG-T-GGACA---AATT--AGTA-TTT-TGTGGTA-----ATA-GCA--C----A--GGT-ATC--T----TAGC--C-CCAGAGGTATG-A-AA----AAAT-GTCA---------------AAAAA---AGAAACA--ATAT-----A-GATTGGA--GA-AAA-AT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-
gi|2 : ACCTGTGC----TATT----A-CCACAAAATACTAATTTGTCCACGTTT-TAAATACACATGCCATCAATGG---GAT-A----A------GG----TAATT-TTTA--AAA-CG-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTAA-A-----AT-----------------------------AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AT----AA-TTGT-----------------TAAAA----GAGACA--ATATCCATTA-GATTGGA--GA-GAAA-T----AT--TT-AT--TCATTG-TTCGAAG--TGCATCCA-T--TGTTTACA---T-ATACAAT--G---------T-ATGTTG---TAGT-GTAATA--TCATTGAC-CTAgccatcaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaaacatgaataattgttaaaagagacaatatccattagattggagagaaatatttattcattgttcgaagtgcatccattgtttacatatacaatgtatgttgtagtgtaatatcattgaccta
gi|3 : atgtaaacaatggaggaaattcgaaccatgaataaatatttttctccaatctatattgtttctttttttgacattttttcatacctctggggctaagat----------ATCAGAGGCGCGAT-A----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-TGGGATA---AATT--
gi|3 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaAGAGG---GAT-A----AGA----TG----T--TT-TTTA--A---CG-T-GGATA---AATT--GCTA-ATC-TATGGTA-----ATT-GCA--C----ACTTGTGAGT--TAG--AGGC--TT-CTGAAACATGTA-AA----AA-T-GT-----------------ATAAA---AGAGATGTAGCAT-----A-TGTTGGA--G----AAAT----AT--TTCATCGTC-TGG--TCGAATTGTTCCT-CA-TAATGTTTACA---TAAT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATATTTCATTGACGGCAGGCGCCTagagggataagatgttttttaacgtggataaattgctaatctatggtaattgcacacttgtgagttagaggcttctgaaacatgtaaaaatgtataaaagagatgtagcatatgttggagaaatatttcatcgtctggtcgaattgttcctcataatgtttacataatatgtaacggtgcaatatttcattgacggcaggcgcct
gi|4 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaaatttatcccacgttttaaaaacatcttatcgcgcctctgatACATGTGT----CATT----A-CCAA-AAATA--AAT--------GATT-TAC------------TCA-----------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-CC-A-AAATATCCAAT---A--A-TTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTA-AAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATAC-AA-T-GA-----------------AAAAG---AGAGACA--ATGT-----A-TATC------A-AAAGAT----ATCGTT-AT---CATGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---ATT-G---------T-A----C---TGTT-GCAATA--TTCT-GAC-CCAGGCGCCTATT-------GATTGAGACAT
gi|5 : gACATGTGT----CATT----A-CCACAAAATA--AAT--------GATT-TAC------------TCA-----------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-TA-C-CAAAA---TATCCCAATAATTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTAAAAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATACAAA-T-GA-----------------AAAAAGAAAGAGACA--ATGT-----A-TATCA-----A-AAAGAT----ATCGTT-AT--TCATGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---AT--G---------T-T----A---CTGTTGCAATA--TTCTTGAC-CCAGGCGagtaaagtttcct
gi|6 : aggaaactttact----------ATTAG-GG---AAT-AG---A------TG----T--TT-TTTTTTAAA-CGCT-GGATA---AATT--AGAA-TCC--ATGGTA-----ATG-A-A--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAA-CATG-A-AA----AA-T-GT-----------------GAAAG---AG-GATG--ATG-----------------GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TC-TGG-GTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T--T---A---G---------TGA----A---CGGC----ATA--TCC-TGA--CCAGGCGCCTA-TCGGAGGAGTTTGCAACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATC
gi|7 : --TT-AT--TCATTG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--AGTTTACA-------------------------------------GT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------
gi|7 : gtgttttacaAATG--AAT--------AATT-C-GA----------ATGAGTGG---GAT-A----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-T-TGATA---AATT--TGTA-ATC-CATGGTA-----ATG-ACA--C----A--CGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATGAA-AA----AA-T-GT------------------GAAA---AGAGATG--ACAC-----A-TGTTGGA--G--AAAAAC----AT--TT-AT--TCATttcgaatgagtgggataagatgtttttaaaacgttgataaatttgtaatccatggtaatgacacacgtagttaagcttcctgaaacatgaaaaaatgtgaaaagagatgacacatgttggagaaaaacatttattcat
gi|8 : gtgttttacaataggcgcctgggtcaaggatattgcactgtaaactatggaggaaattcgaacTGG---GAT-A-----------TGGCA-T--TT-TTTA--AAA-TG-T-GGATA---AATG--TGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-AGT--T----AATT--TTCCTGAAACATG-AGAA----AA-T-TT-----------------AAAGA---------G--ATAT-----AGCATTGGATGGAGAAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCAAAT--ACCCTCTG-T--TGTTTACA---T-AT---AT--ACATGTAGGTT-A----A---CGGT-GCAGTA--T
gi|9 : gt------TA----T--TT-TTAA--AAAACG-T-AGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----TTG-ACA--T----G--TGT-AAT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-ACAA----AA-T-GTTTTGTTTGTTGTTTTTTAAAAG---AGAGATT--ATAT-----A-GATCGTA--GA-AAAA-T----GT--TT-AT--TTATGG-TTTGAAT--TTCCGCCA-T--TGCTTACA---T-AT---TG--G---------T-T----A---TATT-GCAATA--TCCTTAAT-CCAGGCaactatctctatgacta
Alignments
lowQualScore : 11 11 1111 1111 11111111 222222222222222 22222222222 1111 1111 111111111 22222222222222222222222 1111 11 33333333333333333333333333333333333 2222222 2222 11
lowQualScore : 88 1 1 88 2 0 7777 7777 8 4 66 88888888 777777777777777 2 444 2 88888888888 8888 33 2 6 33 22 2 22 333 33 2 4 88888 2 33 0000 33 2 33 3333 33 2 222222222 2 22222222222222222222222 555 1 2222 777777 55 1 44 00 6666 77 5 77 3 44 0 3 44 88888888888888888888888888888888888 3 55 4 8 6666666 0 4444 66
lowQualScore : .. . . .. . . .... .... . . .. ........ ............... . ... . ........... .... .. . . .. .. . .. ... .. . . ..... . .. .... .. . .. .... .. . ......... . ....................... ... . .... ...... .. . .. .. .... .. . .. . .. . . .. ................................... . .. . . ....... . .... ..
lowQualScore : 55 0 0 55 5 6 0000 0000 0 2 99 11111111 000000000000000 5 777 7 22222222222 6666 11 2 1 11 77 2 33 999 11 4 7 22222 5 44 6666 44 5 44 1111 44 1 444444444 7 55555555555555555555555 000 4 4444 999999 22 8 22 33 5555 99 7 33 3 66 4 3 66 11111111111111111111111111111111111 6 00 4 0 0000000 2 0000 55
consensus : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGT----CATT----A-CCAAAAAATA--AAT--------GATT-TAGA----------ATCAGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
Reference ( family-368 ) : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGT----CATT----A-CCAAAAAATA--AAT--------GATT-TAGA----------ATCAGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
gi|1 : TAGGCGCCTCGGTCA--AGGATATTGAACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCGCGAATAAATGTTTTTTTCTCAGATATATGT----CATTTCTTATCCCACAAGTA--GTT--------ATTT-TAGT----------ATCTGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTGA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TATGGTA-----ATA-ACA--C----A--TAT-AGT--T----TAGC--TTCCTGGAACATA-A-AA----AA-T-G-----------------T--GAAAA---AG-GATG--ATAT-----A-TGTTGGA--GA-AAAAAT----AT--AT-AT--CCGTGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTATA---T-AT---A---G---------T-A----A---CGTT-GCAATA--TCCTTGAC-CAAATCGTCTA-T-------GCTTGCGACTTTGAT----TTATA-AAGGTAAAATC
gi|10 : ----T--TT-TTTA--AAA-CG-TGC-ATG---AATT--AGCA-TTC-TGTGGTAAGGTCATGTACATGT----A--TGT-AGTTAT----AAGC--TCCCTAAA--ATG-A-AA----AA-c
gi|10 : AGA----------ATTAATAG---AAT-A----AGATATCTG----T--TT-T--A--AAA-AG-TA--ATA---AATT--GGTA-TGC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-TGT--T-----AGC--TTCC-GGAGCATGAA-AA----AA-A-G-----------------T--AAAAT---AGAgaattaatagaataagatatctgttttaaaaagtaataaattggtatgctgtggtaatgacacatattgttagcttccggagcatgaaaaaaagtaaaatagac
gi|11 : tttttcattttagggagcttataactacatacatgtacatgaccttaccacagaatgctaattcatgcacgttttaaaaa----------ATCAGGGT---AATCA----A------TA----T--TT-CTAA--AAA--G-TGT-ATG---AATT--AGTA-AT--TGTTGTCT----ATG-ACA--C----A--TGT-ATT--T----AAACAATTCCTTTGACATT-A---------------------------------AAAAA---ATAGATGC-AT-C-----A-AGTTGGA--GA-TACAAT----AA--CT-AT--TCATAG-TTTTAA---TTCCTCCATT--TGATTCTA---T-AT---ATCAG---------T-A----ATACTAGT-GTAATG--TCCTTGc
gi|12 : GTGG---GAT-A----A------TGATATT--TT-TTGA--AAA--A-T---ATA---AAAT--AGT--TTT-TGTGGTA-----A-------------A---GT-AGT--T----AAGC--TTCCT----TATG----C----AA-T-------------------T--AAA---------ATT--ACAA-----A-GATCGGA--GG-AAATATTGTCAT--TTAATA-TTATGGTTTCGAAT--TTCCTCCA-T--TATTTACA---T-A
gi|13 : T-TAGA----------ATCAGTGG---GAT-GTG--A------CA----T--TT-TTTA--AAA-TG-TGT-AAA---AATT--AGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGT--GTCCT--AGCAGG-AGAA----AA-T-T-----------------T--TAAAA---AGAGA----AAAC-----A-GGTTTGA--G--AAAAAT----AT--TT-aggt
gi|14 : ataGGCCATAGGGATATTGCACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCTTGAATAAATA--TTTTTCTCCAACCTATGTGAAATATT----A---AAAAAGAA--AAT--------AAT
gi|15 : aatatttgA--ACT--------GATTCTAAA----------A---GTGG---GAT-ATGCAA------TA----T--CT-TTTA--AAA-TT-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--Tctctga
gi|16 : aattcatatca--AAT--------GATT-----------------CAGTGG---GGT-ATG--A------TA----T--TT-TTAA--AAA-CG-GGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGATA-----
gi|17 : acgttttgagcGT-GCAATA--TTTTTGAT-CCTGGCACCAA-T-------GCTTt
gi|2 : a----A------TG----T--GTATTTA--AAA-CG-TGG-ACA---AATT--AGTA-TTT-TGTGGTA-----ATA-GCA--C----A--GGT-ATC--T----TAGC--C-CCAGAGGTATG-A-AA----AAAT-G-----------------TCAAAAAA---AGAAACA--ATAT-----A-GATTGGA--GA-AAA-AT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-
gi|2 : ACCTGTGC----TATT----A-CCACAAAATACTAATTTGTCCACGTTT-TAAATACACATGCCATCAATGG---GAT-A----A------GG----TAATT-TTTA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTAA-A-----AT-----------------------------AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AT----AA-TTG-----------------T--TAAAA----GAGACA--ATATCCATTA-GATTGGA--GA-GAAA-T----AT--TT-AT--TCATTG-TTCGAAG--TGCATCCA-T--TGTTTACA---T-ATACAAT--G---------T-ATGTTG---TAGT-GTAATA--TCATTGAC-CTAgccatcaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaaacatgaataattgttaaaagagacaatatccattagattggagagaaatatttattcattgttcgaagtgcatccattgtttacatatacaatgtatgttgtagtgtaatatcattgaccta
gi|3 : atgtaaacaatggaggaaattcgaaccatgaataaatatttttctccaatctatattgtttctttttttgacattttttcatacctctggggctaagat----------ATCAGAGGCGCGAT-A----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-TGGGATA---AATT--
gi|3 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaAGAGG---GAT-A----AGA----TG----T--TT-TTTA--A---CG-TGG-ATA---AATT--GCTA-ATC-TATGGTA-----ATT-GCA--C----ACTTGTGAGT--TAG--AGGC--TT-CTGAAACATGTA-AA----AA-T-G-----------------T--ATAAA---AGAGATGTAGCAT-----A-TGTTGGA--G----AAAT----AT--TTCATCGTC-TGG--TCGAATTGTTCCT-CA-TAATGTTTACA---TAAT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATATTTCATTGACGGCAGGCGCCTagagggataagatgttttttaacgtggataaattgctaatctatggtaattgcacacttgtgagttagaggcttctgaaacatgtaaaaatgtataaaagagatgtagcatatgttggagaaatatttcatcgtctggtcgaattgttcctcataatgtttacataatatgtaacggtgcaatatttcattgacggcaggcgcct
gi|4 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaaatttatcccacgttttaaaaacatcttatcgcgcctctgatACATGTGT----CATT----A-CCAAAAA-TA--AAT--------GATT-TAC------------TCA-----------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-CC-AAA-ATATCCAAT---A--A-TTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTA-AAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATAC-AA-T-G-----------------A--AAAAG---AGAGACA--ATGT-----A-TATC------A-AAAGAT----ATCGTT-AT---CATGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---ATT-G---------T-A----C---TGTT-GCAATA--TTCT-GAC-CCAGGCGCCTATT-------GATTGAGACAT
gi|5 : gACATGTGT----CATT----A-CCACAAAATA--AAT--------GATT-TAC------------TCA-----------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-TA-CCA-AAA---TATCCCAATAATTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTAAAAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATACAAA-T-G-----------------A--AAAAAGAAAGAGACA--ATGT-----A-TATCA-----A-AAAGAT----ATCGTT-AT--TCATGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---AT--G---------T-T----A---CTGTTGCAATA--TTCTTGAC-CCAGGCGagtaaagtttcct
gi|6 : aggaaactttact----------ATTAG-GG---AAT-AG---A------TG----T--TT-TTTTTTAAA-CGCTGG-ATA---AATT--AGAA-TCC--ATGGTA-----ATG-A-A--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAA-CATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--GAAAG---AG-GATG--ATG-----------------GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TC-TGG-GTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T--T---A---G---------TGA----A---CGGC----ATA--TCC-TGA--CCAGGCGCCTA-TCGGAGGAGTTTGCAACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATC
gi|7 : --TT-AT--TCATTG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--AGTTTACA-------------------------------------GT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------
gi|7 : gtgttttacaCGAACAATG--AAT--------AATT-C-GA----------ATGAGTGG---GAT-A----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-TTG-ATA---AATT--TGTA-ATC-CATGGTA-----ATG-ACA--C----A--CGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATGAA-AA----AA-T-G-----------------T---GAAA---AGAGATG--ACAC-----A-TGTTGGA--G--AAAAAC----AT--TT-AT--TCATttcgaatgagtgggataagatgtttttaaaacgttgataaatttgtaatccatggtaatgacacacgtagttaagcttcctgaaacatgaaaaaatgtgaaaagagatgacacatgttggagaaaaacatttattcat
gi|8 : gtgttttacaataggcgcctgggtcaaggatattgcactgtaaactatggaggaaattTGG---GAT-A-----------TGGCA-T--TT-TTTA--AAA-TG-TGG-ATA---AATG--TGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-AGT--T----AATT--TTCCTGAAACATG-AGAA----AA-T-T-----------------T--AAAGA---------G--ATAT-----AGCATTGGATGGAGAAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCAAAT--ACCCTCTG-T--TGTTTACA---T-AT---AT--ACATGTAGGTT-A----A---CGGT-GCAGTA--T
gi|9 : gt------TA----T--TT-TTAA--AAAACG-TAG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----TTG-ACA--T----G--TGT-AAT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-ACAA----AA-T-GTTTTGTTTGTTGTTTTTT--AAAAG---AGAGATT--ATAT-----A-GATCGTA--G--AAAAAT----GT--TT-AT--TTATGG-TTTGAAT--TTCCGCCA-T--TGCTTACA---T-AT---TG--G---------T-T----A---TATT-GCAATA--TCCTTAAT-CCAGGCaactatctctatgacta
Alignments
lowQualScore : 11 11 1111 1111 11111111 222222222222222 22222222222 1111 1111 111111111 22222222222222222222222 1111 11 33333333333333333333333333333333333 2222222 2222 11
lowQualScore : 88 1 1 88 2 0 7777 7777 8 4 66 88888888 777777777777777 2 444 2 88888888888 8888 33 2 6 33 22 2 22 333 33 2 4 88888 2 33 0000 33 2 33 3333 33 2 222222222 2 22222222222222222222222 555 1 2222 777777 55 1 44 00 6666 77 5 77 3 44 0 3 44 88888888888888888888888888888888888 3 55 4 8 6666666 0 4444 66
lowQualScore : .. . . .. . . .... .... . . .. ........ ............... . ... . ........... .... .. . . .. .. . .. ... .. . . ..... . .. .... .. . .. .... .. . ......... . ....................... ... . .... ...... .. . .. .. .... .. . .. . .. . . .. ................................... . .. . . ....... . .... ..
lowQualScore : 55 0 0 55 5 6 0000 0000 0 2 99 11111111 000000000000000 5 777 7 22222222222 6666 11 2 1 11 77 2 33 999 11 4 7 22222 5 44 6666 44 5 44 1111 44 1 444444444 7 55555555555555555555555 000 4 4444 999999 22 8 22 33 5555 99 7 33 3 66 4 3 66 11111111111111111111111111111111111 6 00 4 0 0000000 2 0000 55
consensus : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGT----CATT----A-CCAAAAAATA--AAT--------GATT-TAGA----------ATCAGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
Reference ( family-368 ) : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGT----CATT----A-CCAAAAAATA--AAT--------GATT-TAGA----------ATCAGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
gi|1 : TAGGCGCCTCGGTCA--AGGATATTGAACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCGCGAATAAATGTTTTTTTCTCAGATATATGT----CATTTCTTATCCCACAAGTA--GTT--------ATTT-TAGT----------ATCTGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTGA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TATGGTA-----ATA-ACA--C----A--TAT-AGT--T----TAGC--TTCCTGGAACATA-A-AA----AA-T-G-----------------T--GAAAA---AG-GATG--ATAT-----A-TGTTGGA--GA-AAAAAT----AT--AT-AT--CCGTGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTATA---T-AT---A---G---------T-A----A---CGTT-GCAATA--TCCTTGAC-CAAATCGTCTA-T-------GCTTGCGACTTTGAT----TTATA-AAGGTAAAATC
gi|10 : ----T--TT-TTTA--AAA-CG-TGC-ATG---AATT--AGCA-TTC-TGTGGTAAGGTCATGTACATGT----A--TGT-AGTTAT----AAGC--TCCCTAAA--ATG-A-AA----AA-c
gi|10 : AGA----------ATTAATAG---AAT-A----AGATATCTG----T--TT-T--A--AAA-AG-TA--ATA---AATT--GGTA-TGC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-TGT--T-----AGC--TTCC-GGAGCATGAA-AA----AA-A-G-----------------T--AAAAT---AGAgaattaatagaataagatatctgttttaaaaagtaataaattggtatgctgtggtaatgacacatattgttagcttccggagcatgaaaaaaagtaaaatagac
gi|11 : tttttcattttagggagcttataactacatacatgtacatgaccttaccacagaatgctaattcatgcacgttttaaaaa----------ATCAGGGT---AATCA----A------TA----T--TT-CTAA--AAA--G-TGT-ATG---AATT--AGTA-AT--TGTTGTCT----ATG-ACA--C----A--TGT-ATT--T----AAACAATTCCTTTGACATT-A---------------------------------AAAAA---ATAGATGC-AT-C-----A-AGTTGGA--GA-TACAAT----AA--CT-AT--TCATAG-TTTTAA---TTCCTCCATT--TGATTCTA---T-AT---ATCAG---------T-A----ATACTAGT-GTAATG--TCCTTGc
gi|12 : GTGG---GAT-A----A------TGATATT--TT-TTGA--AAA--A-T---ATA---AAAT--AGT--TTT-TGTGGTA-----A-------------A---GT-AGT--T----AAGC--TTCCT----TATG----C----AA-T-------------------T--AAA---------ATT--ACAA-----A-GATCGGA--GG-AAATATTGTCAT--TTAATA-TTATGGTTTCGAAT--TTCCTCCA-T--TATTTACA---T-A
gi|13 : T-TAGA----------ATCAGTGG---GAT-GTG--A------CA----T--TT-TTTA--AAA-TG-TGT-AAA---AATT--AGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGT--GTCCT--AGCAGG-AGAA----AA-T-T-----------------T--TAAAA---AGAGA----AAAC-----A-GGTTTGA--G--AAAAAT----AT--TT-aggt
gi|14 : ataGGCCATAGGGATATTGCACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCTTGAATAAATA--TTTTTCTCCAACCTATGTGAAATATT----A---AAAAAGAA--AAT--------AAT
gi|15 : aatatttgA--ACT--------GATTCTAAA----------A---GTGG---GAT-ATGCAA------TA----T--CT-TTTA--AAA-TT-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--Tctctga
gi|16 : aattcatatca--AAT--------GATT-----------------CAGTGG---GGT-ATG--A------TA----T--TT-TTAA--AAA-CG-GGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGATA-----
gi|17 : acgttttgagcGT-GCAATA--TTTTTGAT-CCTGGCACCAA-T-------GCTTt
gi|2 : a----A------TG----T--GTATTTA--AAA-CG-TGG-ACA---AATT--AGTA-TTT-TGTGGTA-----ATA-GCA--C----A--GGT-ATC--T----TAGC--C-CCAGAGGTATG-A-AA----AAAT-G-----------------TCAAAAAA---AGAAACA--ATAT-----A-GATTGGA--GA-AAA-AT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-
gi|2 : ACCTGTGC----TATT----A-CCACAAAATACTAATTTGTCCACGTTT-TAAATACACATGCCATCAATGG---GAT-A----A------GG----TAATT-TTTA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTAA-A-----AT-----------------------------AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AT----AA-TTG-----------------T--TAAAA----GAGACA--ATATCCATTA-GATTGGA--GA-GAAA-T----AT--TT-AT--TCATTG-TTCGAAG--TGCATCCA-T--TGTTTACA---T-ATACAAT--G---------T-ATGTTG---TAGT-GTAATA--TCATTGAC-CTAgccatcaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaaacatgaataattgttaaaagagacaatatccattagattggagagaaatatttattcattgttcgaagtgcatccattgtttacatatacaatgtatgttgtagtgtaatatcattgaccta
gi|3 : atgtaaacaatggaggaaattcgaaccatgaataaatatttttctccaatctatattgtttctttttttgacattttttcatacctctggggctaagat----------ATCAGAGGCGCGAT-A----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-TGGGATA---AATT--
gi|3 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaAGAGG---GAT-A----AGA----TG----T--TT-TTTA--A---CG-TGG-ATA---AATT--GCTA-ATC-TATGGTA-----ATT-GCA--C----ACTTGTGAGT--TAG--AGGC--TT-CTGAAACATGTA-AA----AA-T-G-----------------T--ATAAA---AGAGATGTAGCAT-----A-TGTTGGA--G----AAAT----AT--TTCATCGTC-TGG--TCGAATTGTTCCT-CA-TAATGTTTACA---TAAT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATATTTCATTGACGGCAGGCGCCTagagggataagatgttttttaacgtggataaattgctaatctatggtaattgcacacttgtgagttagaggcttctgaaacatgtaaaaatgtataaaagagatgtagcatatgttggagaaatatttcatcgtctggtcgaattgttcctcataatgtttacataatatgtaacggtgcaatatttcattgacggcaggcgcct
gi|4 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaaatttatcccacgttttaaaaacatcttatcgcgcctctgatACATGTGT----CATT----A-CCAAAAA-TA--AAT--------GATT-TAC------------TCA-----------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-CC-AAA-ATATCCAAT---A--A-TTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTA-AAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATAC-AA-T-G-----------------A--AAAAG---AGAGACA--ATGT-----A-TATC------A-AAAGAT----ATCGTT-AT---CATGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---ATT-G---------T-A----C---TGTT-GCAATA--TTCT-GAC-CCAGGCGCCTATT-------GATTGAGACAT
gi|5 : gACATGTGT----CATT----A-CCACAAAATA--AAT--------GATT-TAC------------TCA-----------------------TG----T--TC-TGAA--AAA-TA-CCA-AAA---TATCCCAATAATTCATATG-TA-----AAG-ACA--CGTACA--TTT-AGT--TTTAAAAGC--TTCCTGAGACAAA-A-AATACAAA-T-G-----------------A--AAAAAGAAAGAGACA--ATGT-----A-TATCA-----A-AAAGAT----ATCGTT-AT--TCATGA-TTTAAAT--TTC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT-AT---AT--G---------T-T----A---CTGTTGCAATA--TTCTTGAC-CCAGGCGagtaaagtttcct
gi|6 : aggaaactttact----------ATTAG-GG---AAT-AG---A------TG----T--TT-TTTTTTAAA-CGCTGG-ATA---AATT--AGAA-TCC--ATGGTA-----ATG-A-A--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAA-CATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--GAAAG---AG-GATG--ATG-----------------GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TC-TGG-GTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T--T---A---G---------TGA----A---CGGC----ATA--TCC-TGA--CCAGGCGCCTA-TCGGAGGAGTTTGCAACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATC
gi|7 : --TT-AT--TCATTG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--AGTTTACA-------------------------------------GT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------
gi|7 : gtgttttacaCGAACAATG--AAT--------AATT-C-GA----------ATGAGTGG---GAT-A----AGA----TG----T--TT-TT-A--AAA-CG-TTG-ATA---AATT--TGTA-ATC-CATGGTA-----ATG-ACA--C----A--CGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATGAA-AA----AA-T-G-----------------T---GAAA---AGAGATG--ACAC-----A-TGTTGGA--G--AAAAAC----AT--TT-AT--TCATttcgaatgagtgggataagatgtttttaaaacgttgataaatttgtaatccatggtaatgacacacgtagttaagcttcctgaaacatgaaaaaatgtgaaaagagatgacacatgttggagaaaaacatttattcat
gi|8 : gtgttttacaataggcgcctgggtcaaggatattgcactgtaaactatggaggaaattTGG---GAT-A-----------TGGCA-T--TT-TTTA--AAA-TG-TGG-ATA---AATG--TGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TAT-AGT--T----AATT--TTCCTGAAACATG-AGAA----AA-T-T-----------------T--AAAGA---------G--ATAT-----AGCATTGGATGGAGAAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCAAAT--ACCCTCTG-T--TGTTTACA---T-AT---AT--ACATGTAGGTT-A----A---CGGT-GCAGTA--T
gi|9 : gt------TA----T--TT-TTAA--AAAACG-TAG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----TTG-ACA--T----G--TGT-AAT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-ACAA----AA-T-GTTTTGTTTGTTGTTTTTT--AAAAG---AGAGATT--ATAT-----A-GATCGTA--G--AAAAAT----GT--TT-AT--TTATGG-TTTGAAT--TTCCGCCA-T--TGCTTACA---T-AT---TG--G---------T-T----A---TATT-GCAATA--TCCTTAAT-CCAGGCaactatctctatgacta
blockSeqs : TA C T . C GAAA . . G CT TTGTCCAC TAAATACACATGCC T CGC C AGATATC ATAT AA A T TT AC C GG TCC CC A A AGGTC T TG GTAC CT G TA TTAA AA G AAATACA A GTTTTGTTTGTTGTTTTTTA GAA A TGTA TCCATT GC T TG AG TGTC CG A CG T TG T AA TATATACATGTAGGTTAA T TT G T CGGAGGA AAAC CT
blockSeqs : . . . A . . CTAAA G . . TGCAA GCA . . A . C . C . . . A T . . GTAC . . . TTA . A AAATAC . GTCAA . A TGC C A C . A . CG C A . . . . TATACAATGTATGTTG . . . . .
blockSeqs : . . . A . . TAGA T . . TGA . . . G . A . T . . . . . . . . . . . AG . G AAAA . TGTT . A TT A G T . G . . . . . . . . TATATCAGTAATAC . . . . .
blockSeqs : . . . A . . TAC T . . TGA . . . T . T . T . . . . . . . . . . . . . G AGAA . GTA . A CA C G T . A . . . . . . . . ATTTATATTGTAC . . . . .
blockSeqs : . . . TAC T . . AGA . . . T . T . G . . . . . . . . . . . . . A TAAA . TTT . A CA T G T . A . . . . . . . . ATTTATATGTTA . . .
blockSeqs : . . CGA T . . AGA . . . A . C . G . . . . . . . . . . . . . A AAAA . GTA . A CA T G T . A . . . . . . . . TAATATGTAA . . .
blockSeqs : . . . T . . AGA . . . T . C . G . . . . . . . . . . . . . A AGAA . GAA . A CA T T C . A . . . . . . . . TATTGGTTA . . .
blockSeqs : A . . GA . . . T . C . G . . . . . . . . . . . . . A ACAA . GAA . A TG T T C . A . . . . . . . . TTAGTGAA . . .
blockSeqs : A . . A . . . T . C . G . . . . . . . . . . . . . A AAA . GTG . A TG C T T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . A . . . A . C . A . . . . . . . . . . . . . A AAA . TTA . A TT T T T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . A . . . A . C . A . . . . . . . . . . . . . A AAT . TA . . G T G C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . T . T . G . . . . . . . . . . . . . . AAA . GT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . C . G . . . . . . . . . . . . . . A . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . C . G . . . . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . T . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** TAN************ GA********* AAAA***** TAATATGTNA*************************
originalCons : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGT----CATT----A-CCAAAAAATA--AAT--------GATT-TAGA----------ATCAGTGG---GAT-A----A------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATG-A-AA----AA-T-G-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACA---T-AT---AT--G---------T-A----A---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
finalCons : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGT----CATT----A-CCAAAAAATA--AAT--------GATTTAN------------ATCAGTGG---GAT-AGA---------TG----T--TT-TTNA--AAA-CG-TGG-ATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-ACA--C----A--TGT-AGT--T----AAGC--TTCCTGAAACATGAAAA-----AA-T-G-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-AT--TCATGG-TTCGAAT--TTCCTCCA-T--TGTTTACATAATATGTNA-------------------------CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
Alignments
lowQualScore : 11 11 2222222222 11111111 222222222222222222 22222 222222222222222222222 1111 444444444444444444444444444444 2222222 2222 11
lowQualScore : 88 1 1 88 2 0 1111111111 8 5 66 88888888 666666666666666666 2 444 66666 55 5 33 2 2 2 0 333 33 2 4 88888 2 5555 33 5555 33 2 33 9999 33 33 2 2 33 444 444 000000000000000000000 6666 1 3333 7777777 55 1 44 66 0 6666 77 2 3 77 3 44 3 44 555555555555555555555555555555 3 55 0 4 8 6666666 0 4444 66
lowQualScore : .. . . .. . . .......... . . .. ........ .................. . ... ..... .. . .. . . . . ... .. . . ..... . .... .. .... .. . .. .... .. .. . . .. ... ... ..................... .... . .... ....... .. . .. .. . .... .. . . .. . .. . .. .............................. . .. . . . ....... . .... ..
lowQualScore : 55 0 0 55 5 6 4444444444 0 7 99 11111111 888888888888888888 5 444 33333 33 3 11 2 2 2 1 999 11 4 7 22222 5 3333 44 3333 44 5 44 7777 44 44 1 7 77 777 777 777777777777777777777 5555 4 1111 8888888 22 8 22 55 4 5555 99 9 1 33 3 66 3 66 444444444444444444444444444444 6 00 8 4 0 0000000 2 0000 55
consensus : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGT----CA----TTA-CCAAAAAATA--AAT--------GATT-TA-AAT-----------CAGTGG---GATA---G-ATGTTT--TTTA--AAA-CG-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-AC----A--C----A--TGT-AGT--T----AA--GC--TTCCTGAAACATG-AA--A---A---AATG-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CGAATT--TCCTCCA-T--TGTTTACA--TA------ATA-T--G-----T-AA---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
Reference ( family-368 ) : TAGGCGCCTCGGCCATAGGGATATTGNACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCNCGAATAAATGTTTTTTTCTCCGACATGTGT----CA----TTA-CCAAAAAATA--AAT--------GATT-TA-NAT-----------CAGTGG---GATA---G-ATGTTT--TTNA--AAA-CG-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-AC----A--C----A--TGT-AGT--T----AA--GC--TTCCTGAAACATG-AA--A---A---AATG-----------------T--AAAAA---AGAGACG--ATAT-----A-NATCGGA--GA-AAAAAT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CGAATT--TCCTCCA-T--TGTTTACA--TA------ATA-T--G-----T-NA---CGGT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------GCTTGCGACATTGATAAACTTGTNTGAGGTAAAATC
gi|1 : TAGGCGCCTCGGTCA--AGGATATTGAACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCGCGAATAAATGTTTTTTTCTCAGATATATGT----CATTTCTTATCCCACAAGTA--GTT--------ATTT-TAGTAT-----------CTGTGG---GATA-----ATGTTT--TTGA--AAA-CG-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TATGGTA-----ATA-AC----A--C----A--TAT-AGT--T----TA--GC--TTCCTGGAACAT--AA--A---A---AATG-----------------T--GAAAA---AG-GATG--ATAT-----A-TGTTGGA--GA-AAAAAT----AT--AT-A-T--CCGTGGTT-CGAATT--TCCTCCA-T--TGTTTATA--T-------ATA----G-----T-AA---CGTT-GCAATA--TCCTTGAC-CAAATCGTCTA-T-------GCTTGCGACTTTGAT----TTATA-AAGGTAAAATC
gi|10 : TTT--TTTA--AAA-CG-T-GCATG---AATT--AGCA-TTC-TGTGGTAAGGTCATGTAC----ATGT----A--TGT-AGTTAT----AA--GC--TCCCTAAA--ATG-AA--A---A---Ac
gi|10 : AT-----------TAATAG---AATAA--G-ATATCTGTTTTA--AAA-AG-T-A-ATA---AATT--GGTA-TGC-TGTGGTA-----ATG-AC----A--C----A--TAT-TGT--T-----A--GC--TTCC-GGAGCATG-AA--A---A---AAAG-----------------T--AAAAT---AGAgaattaatagaataagatatctgttttaaaaagtaataaattggtatgctgtggtaatgacacatattgttagcttccggagcatgaaaaaaagtaaaatagac
gi|11 : tttttcattttagggagcttataactacatacatgtacatgaccttaccacagaatgctaattcatgcacgttttaaaaaagaAT-----------CAGGGT---AATC---A-ATATTT--CTAA--AAA--G-T-GTATG---AATT--AGTA-AT--TGTTGTCT----ATG-AC----A--C----A--TGT-ATT--T----AA--ACAATTCCTTTGACATT-A-----------------------------------AAAAA---ATAGATGC-AT-C-----A-AGTTGGA--GA-TACAAT----AA--CT-A-T--TCATAGTT-TTAA-T--TCCTCCATT--TGATTCTA--T-------ATA-TCAG-----T-AATACTAGT-GTAATG--TCCTTGc
gi|12 : GTGG---GATAAT-G-ATATTT--TTTG--AAA-AA-T---ATA---AAAT--AGT--TTT-TGTGGTA-----A-----------------A---GT-AGT--T----AA--GC--TTCCT----TATGCAATTA---A---AAT------------------T--ACAAA-----------------------GATCGGA--GG-AAATATTGTCAT--TT-AATA-TTATGGTTTCGAATT--TCCTCCA-T--TATTTACA--TA------A
gi|13 : ATT-AG-AAT-----------CAGTGG---GATGT--G-ACATTT--TTTA--AAA-TG-T-GTAAA---AATT--AGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-AC----A--C----A--TGT-AGT--T----AA--GT--GTCCT--AGCAGG-AG--A---A---AATT-----------------T--TAAAA---AGAGA----AAAC-----A-GGTTTGA--G--AAAAAT----AT--TT-ggt
gi|14 : atGGCCATAGGGATATTGCACTGTTACTATATGTAAACAATAGAGGAAATTCGAACCTTGAATAAATA--TTTTTCTCCAACCTATGTGAAATA----TTA---AAAAAGAA--AAT--------AAT
gi|15 : aatatttgA--ACT--------GATTCTA-AA-------------AGTGG---GATATGCA-ATATCT--TTTA--AAA-TT-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----ATG-AC----A--C----A--TGT-AGT--T----AA--GC--Tctctga
gi|16 : aattcatatca--AAT--------GATT------------------CAGTGG---GGTAT--G-ATATTT--TTAA--AAA-CG-G-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGATA-----
gi|17 : acgttttgagcGT-GCAATA--TTTTTGAT-CCTGGCACCAA-T-------GCTTt
gi|2 : a---GATG---GCATGTGTA-TTTA--AAA-CG-T-GGACA---AATT--AGTA-TTT-TGTGGTA-----ATA-GC----A--C----A--GGT-ATC--T----TA--GC--C-CCAGAGGTATG-AA--A---A---AATG-----------------TCAAAAAA---AGAAACA--ATAT-----A-GATTGGA--GA-AAAA-T----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CGAATT--TCCTCCA-T--TGTTTACA--T
gi|2 : ACCTGTGC----TA----TTA-CCACAAAATACTAATTTGTCCACGTTT-TA-AATACACATGCCATCAATGG---GATAA--G-GTAATT--TTTA--AAA-CG-T-GGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTAA-A-----AT---------------------------------AA--GC--TTCCTGAAACATG-AA--T---A---ATTG-----------------T--TAAAA----GAGACA--ATATCCATTA-GATTGGA--GA-GAAA-T----AT--TT-A-T--TCATTGTT-CGAAGT--GCATCCA-T--TGTTTACA--TATACAATGTA-T--G-----T-TG---TAGT-GTAATA--TCATTGAC-CTAaatgggataaggtaatttttaaaacgtggataaattagtattctgtaaaataagcttcctgaaacatgaataattgttaaaagagacaatatccattagattggagagaaatatttattcattgttcgaagtgcatccattgtttacatatacaatgtatgttgtagtgtaatatcattgaccta
gi|3 : atgtaaacaatggaggaaattcgaaccatgaataaatatttttctccaatctatattgtttctttttttgacattttttcatacctctggggctaagatAT-----------CAGAGGCGCGATAA--G-ATGTTT--TT-A--AAA-CG-TGGGATA---AATT--
gi|3 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaAGAGG---GATAA--G-ATGTTT--TTTA--A---CG-T-GGATA---AATT--GCTA-ATC-TATGGTA-----ATT-GC----A--C----ACTTGTGAGT--T----AGAGGC--TTC-TGAAACATG-TA--A---A---AATG-----------------T--ATAAA---AGAGATGTAGCAT-----A-TGTTGGA--GA-AA---T----AT--TTCA-TCGTC-TGGT--CGAATTGTTCCTC-A-TAATGTTTACA--TA------ATA-T--G-----T-AA---CGGT-GCAATATTTCATTGACGGCAGGCGCCTagagggataagatgttttttaacgtggataaattgctaatctatggtaattgcacacttgtgagttagaggcttctgaaacatgtaaaaatgtataaaagagatgtagcatatgttggagaaatatttcatcgtctggtcgaattgttcctcataatgtttacataatatgtaacggtgcaatatttcattgacggcaggcgcct
gi|4 : aaattcagcgcagaatgaataacaatttttttttttttttttgtgtctttttataaataccatcgcagattccgtttttattagcaaatttatcccacgttttaaaaacatcttatcgcgcctctgatACATGTGT----CA----TTA-CC-AAAAATA--AAT--------GATT-TA-C-T-----------C-----------------ATGTTC--TGAA--AAA-CC-A-AAATATCCAA-T--A--A-TTCATAT-GTA-----AAG-ACACGTA--C----A--TTT-AGT--TTTA-AA--GC--TTCCTGAGACA-A-AA--A---ATACAATG-----------------A--AAAAG---AGAGACA--ATGT-----A-TATC------A-AAAGAT----ATCGTT-A----TCATGATT-TAAATT--T-CTCCA-T--TGTCTGTAATTT------ATATT--G-----T-AC---TGTT-GCAATA--TTC-TGAC-CCAGGCGCCTATT-------GATTGAGACAT
gi|5 : gACATGTGT----CA----TTA-CCACAAAATA--AAT--------GATT-TA-C-T-----------CA-----------------TGTTC--TGAA--AAA-TA-C-CAAAA---TATCCCAATAATTCATATG-TA-----AAG-AC----A--CGTACA--TTT-AGT--TTTAAAA--GC--TTCCTGAGACAAA-AA--ATACA---AATG-----------------A--AAAAAGAAAGAGACA--ATGT-----A-TATCA-----A-AAAGAT----ATCGTT-A-T--TCATGATT-TAAATT--TC-TCCA-T--TGTCTGTAATTT------ATA-T--G-----T-TA---CTGTTGCAATA--TTCTTGAC-CCAGGCGagtaaagtttcct
gi|6 : aggaaactttactAT-----------TAG-GG---AATA---G-ATGTTT--TTTTTTAAA-CGCT-GGATA---AATT--AGAA-TCC--ATGGTA-----ATG-A-----A--C----A--TGT-AGT--T----AA--GC--TTCCTGAA-CATG-AA--A---A---A-TG-----------------T--GAAAG---AG-GATG--ATG-----------------GA-AAAAAT----AT--TT-A-T--TC-TGGGT-CGAATT--TCCTCCA-T--TGTTTACA--T--------TA----G-----TGAA---CGGC----ATA--TCC-TGA--CCAGGCGCCTA-TCGGAGGAGTTTGCAACATTAATAAACTTGTCTGAGATAAAATC
gi|7 : --TT-A-T--TCATTGTT-CGAATT--TCCTCCA-T--AGTTTACA--------------------------------GT-GCAATA--TCCTTGAC-CCAGGCGCCTA-T-------
gi|7 : gtgttttacaCGAACAATG--AAT--------AATT-CG-AAT-----------GAGTGG---GATAA--G-ATGTTT--TT-A--AAA-CG-T-TGATA---AATT--TGTA-ATC-CATGGTA-----ATG-AC----A--C----A--CGT-AGT--T----AA--GC--TTCCTGAAACATG-AA--A---A---AATG-----------------T---GAAA---AGAGATG--ACAC-----A-TGTTGGA--G--AAAAAC----AT--TT-A-T--TCATttcgaatgagtgggataagatgtttttaaaacgttgataaatttgtaatccatggtaatgacacacgtagttaagcttcctgaaacatgaaaaaatgtgaaaagagatgacacatgttggagaaaaacatttattcat
gi|8 : gtgttttacaataggcgcctgggtcaaggatattgcactgtaaactatggaggaaattTGG---GATAT--G-GCATTT--TTTA--AAA-TG-T-GGATA---AATG--TGTA-ATC-TCTGGTA-----ATG-AC----A--C----A--TAT-AGT--T----AA--TT--TTCCTGAAACATG-AG--A---A---AATT-----------------T--AAAGA---------G--ATAT-----AGCATTGGATGGAGAAAAAT----AT--TT-A-T--TCATGGTT-CAAATA--CCCTCTG-T--TGTTTACA--TATAT---ACA-T--GTAGGTT-AA---CGGT-GCAGTA--T
gi|9 : gt---G-GTATTT--TTAA--AAAACG-T-AGATA---AATT--AGTA-TTC-TGTGGTA-----TTG-AC----A--T----G--TGT-AAT--T----AA--GC--TTCCTGAAACATG-AC--A---A---AATGTTTTGTTTGTTGTTTTTT--AAAAG---AGAGATT--ATAT-----A-GATCGTA--G--AAAAAT----GT--TT-A-T--TTATGGTT-TGAATT--TCCGCCA-T--TGCTTACA--TA------TTG----G-----T-TA---TATT-GCAATA--TCCTTAAT-CCAGGCaactatctctatgacta