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gi|8                          :  gCGGATT--TACA-----A----A--CATTGCATGG---CTTG-CTTT--C-T-AATCTCTTTTGA-------TAC-TT-GTA-CCTTG-TAATTAT----------T-------GTCA--T--TAA--CT--TAT---CA--AAT-A-AATAATG-TTTAAAtc
gi|7                          :  tCGGATTTACATA-----A----G-TCATTGTATGA---CTG--CTTT--C-C-TA-CTCTGTTGT-------TAC-TT-ATG-TT-----AGTAAT------A---C-------ATCA--T--TGT--TA--AAT---TGGTAATAATAATATTG-TTTGAAt
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gi|11                         : agCGGATTTACATA-----A----G-TCATTGTATGA---TTT--T----------ATCTCTGTTTG-------TGC-TT-ATG-TTAGG-TAATTAC------A---T-------CTTGT-T--AAAT-TG--TAT---TA--AAT-A-AATA-TG-TTTAAAc
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gi|9                          :     GATT-ACACA-----A----G-TCATTGCATTA---CAT--CTTT--C-C-AATCTCTGATGT-------TGC-TT-GTA-TTTTG-AAATTAC------A---T-------GGCA--T--AAA--TT--TAT---TG--AATAA-AATATTG-TTTAAAc
gi|13                         :     GATTGATATA-----A----G-CCTTTG----G---CTT--GTTT--CTC-AATCTTTAAAAT-------T-C-TT-GTA-TGT----AAT---------A---T-------G--------AAA--TG--AATGTATG--AATAA-A-TATTG-TTTAAA
gi|10                         : agacgaTT-ACATA-----A----T-TCATTGCATGA---CTT--GCTT--C-C-CATCTGTGTTGT-------TGG-TT-ATA-TTTTG-TAATTAA------A---T-------GTTGT-T--AAAT-TG--TAT---TG--AAT-G-AATATTG-TTTAAct
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gi|16                         :              A-----A----G-T-ATTGCATGA---CGTG-CTTT--A-G-AATATCTGTTAT-------TGC-TT-GTATTTTTG-TAATCAC------A---T-------GTTGTCT--AAA--TT---AT---TG--AAT---AATATTG-TGTAAAaa
gi|15                         :                   cg----G-TTATTGTATTATGACTTG-CTTT--C-C-CATCTCTGTTGT-------TGC-TT-ATA-TTTTG-TAATTAC------A---T-------GTTGT-T--AAAT-TG--TAT---TT--AAT-A-AATATTG-CTTAA
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8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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lowQualScore                  :                                6   3  22 1111 9         111     222   33333           5555555  0   0  0 0      0  0    888888  555 555 6666666666   88 0  0    99  1 3 99       1      
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Reference ( family-3635 )     :                         CGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGCAT---GACTTG-CTTT-CC-AATCTCTGTTGT-------TG-CTT-GT-A-TTTTGT-AA-TTAC------AT---G---TC-G---T---AAA--T-GT-ATTG--AA-T-A--AATATTG-TTTAAA
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gi|11                         :                         CGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGTAT---GATTT---T-------ATCTCTGTTTG-------TG-CTT-AT-G-TTAGGT-AA-TTAC------AT---C---TT-GT--T---AAAT-T-GT-ATTA--AA-T-A--AATA-TG-TTTAAA
gi|12                         :                                                       AT---GACTTGGCTTT-CC-AATCTTTCTTGT-------TG-CTTGGT-A-GCTTGTAAA-TTAC------AT---G---TT-G---TCC-AAA--T-GA-ATTc
gi|13                         :                      ggtttGATTG-ATA-TA--A----G-CC-TT---T---GGCTTG-TTTC-TC-AATCTTTAAAAT-------T--CTT-GT-A-T---GT-AA-T---------AT---G---AA-A---T---GAA--T-GT-AT-G--AA-T-A--AATATTG-TTTAAAttcgtctaaacttaaagcttaaac
gi|14                         :                    agacgaGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGTAT---GATTT-----------ATCTCTGTTGT-------TG-CTT-AT-G-TTAGGT-AA-TTAC------AT---C---TT-GT--T---AAAT-T-GT-ATTA--AA-T-A--AATATTG-TTTAAAct
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gi|19                         :                                                     GTAT---AACTTG-CTTT-CCCAATCTCTGTTGT-------AA-ATTAGT-T-ATCTGT-AA-TTAC------AT---G---TT-G---TTT-AAA--T-TTTAATG--AA-T-A--AATATTG-TTTAAaa
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gi|23                         :                                                                              gTCTGTTGT-------TG-CTT-AT-A-TTTTGT-AA-TTACATTAATAT---G---TT-A-------AAA--T-GT-ATTG--AA-T-A--AATATTG-TTTTAAtc
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gi|25                         :                                                                                   TTGC-------TA-CTT-GT-A-TTTTGA-AA-TTGC------AT---G---TT-G---TCATAAA--T-GT-ATTA--AA-T-A--AACATTG-TTTAAc
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gi|9                          :                             tTT-ACA-CA--A----G-TCATTGCAT---TACAT--CTTT-CC-AATCTCTGATGT-------TG-CTT-GT-A-TTTTGA-AA-TTAC------AT---G---GC-A---T---AAA--T-TT-ATTG--AA-TAA--AATATTG-TTTAAAt
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore                  :                                6   3  22 1111 9         111     222   33333           5555555  0   0  0 0      0  0    888888  555 555 6666666666   88 0  0    99  1 3 99       1      
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Reference ( family-3635 )     :                         CGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGCAT---GACTTG-CTTT-CC-AATCTCTGTTGT-------TG-CTT-GT-A-TTTTGT-AA-TTAC------AT---G---TC-G---T---AAA--T-GT-ATTG--AA-T-A--AATATTG-TTTAAA
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gi|11                         :                         CGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGTAT---GATTT---T-------ATCTCTGTTTG-------TG-CTT-AT-G-TTAGGT-AA-TTAC------AT---C---TT-GT--T---AAAT-T-GT-ATTA--AA-T-A--AATA-TG-TTTAAA
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gi|14                         :                    agacgaGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGTAT---GATTT-----------ATCTCTGTTGT-------TG-CTT-AT-G-TTAGGT-AA-TTAC------AT---C---TT-GT--T---AAAT-T-GT-ATTA--AA-T-A--AATATTG-TTTAAAct
gi|15                         :                                          ----G-TTATTGTATTATGACTTG-CTTT-CC-CATCTCTGTTGT-------TG-CTT-AT-A-TTTTGT-AA-TTAC------AT---G---TT-GT--T---AAAT-T-GT-ATTT--AA-T-A--AATATTG-CTTAAc
gi|16                         :                                      A--A----G-T-ATTGCAT---GACGTG-CTTT-AG-AATATCTGTTAT-------TG-CTT-GT-ATTTTTGT-AA-TCAC------AT---G---TT-GTC-T---AAA--T--T-ATTG--AA-T----AATATTG-TGTAAA
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gi|19                         :                                                     GTAT---AACTTG-CTTT-CCCAATCTCTGTTGT-------AA-ATTAGT-T-ATCTGT-AA-TTAC------AT---G---TT-G---TTT-AAA--T-TTTAATG--AA-T-A--AATATTG-TTTAAaa
gi|2                          :                         CGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGCGT---GATTTG-ATTT--T-AATCTCTATTATTACACTGTA-CCT-GT-A-TCTTGA-AA-TTAC------AT---A---TC-GTTAT---AAA--T-GT-ACTG--AA-T-A--A--GTTG--TTAAA
gi|23                         :                                                                              gTCTGTTGT-------TG-CTT-AT-A-TTTTGT-AA-TTACATTAATAT---G---TT-A-------AAA--T-GT-ATTG--AA-T-A--AATATTG-TTTTAAtc
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gi|25                         :                                                                                   TTGC-------TA-CTT-GT-A-TTTTGA-AA-TTGC------AT---G---TT-G---TCATAAA--T-GT-ATTA--AA-T-A--AACATTG-TTTAAc
gi|3                          :                                                        T---GACTTA-TTTT-TC-AATCTCTTTCGA-------TA-CTT-GT-A-CTTTGC-AA-T--C------AT---GGTCTC-----C---AAA--TCGT-ATTG--AA-T-A--AATACTA-TACAAAgc
gi|4                          : gacatcaaaataggaaatattcttCGGATTT-ACA-TA--ATTAAG-TCATTGTAT---GACTTG----------AT-TCTGTTGT-------TG-CTT-AT-ACTTTTGT-AAATTAC------ATTAAA---TCTG---TTA-AAA--T-GT--TTG--AAAT-A--AATATTGTTTTAAActaat
gi|6                          :                         CGGATT--ACA-CA--A----G-TCATTGCAT---TACTT--CTTT-CC-AATCTCTAATGT-------TG-CTT-GT-A-TTTTGA-AA-TTAC------AT---G---TC-A---T---AAA--T-GA-ATTG--AA-TAA--AATATTG-TTTAAA
gi|7                          :                         CGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGTAT---GAC-TG-CTTT-CC-TA-CTCTGTTGT-------TA-CTT-AT-G--TTAGT-AA--TAC------ATC--A---TT-G---T---TAA-------ATTGGTAA-T-AATAATATTG-TTTGAA
gi|8                          :                         CGGATTT-ACA--A--A-------CATTGCAT---GGCTTG-CTTT-CT-AATCTCTTTTGA-------TA-CTT-GT-A-CCTTGT-AA-TTAT-------T---G---TC-A---T---TAA--C-TT-ATCA--AA-T-A--AATAATG-TTTAAAa
gi|9                          :                             tTT-ACA-CA--A----G-TCATTGCAT---TACAT--CTTT-CC-AATCTCTGATGT-------TG-CTT-GT-A-TTTTGA-AA-TTAC------AT---G---GC-A---T---AAA--T-TT-ATTG--AA-TAA--AATATTG-TTTAAAt


blockSeqs                     :                                .   .  .  TTAA .         TAT     GGC   CCCC            TACACTG  .   G  A T      A  A    ATTAAT  TAA GTC CGTTAT       T  C  T    GT  A A AT       T
blockSeqs                     :                                .   .  .  .    .         .       GC    CCCA            .        .   A  . C      .  .    .       C   .   TGTCAT       T  .  .    .   . A .        .
blockSeqs                     :                                .   .  .  .    .         .       GT    CCA             .        .   .  . .      .  .    .       .   .   TGTCAT       T  .  .    .   . A .        .
blockSeqs                     :                                .   .  .  .    .         .       GC    CCA             .        .   .  . .      .  .    .       .   .   CTGTTA       T  .  .    .   . . .        .
blockSeqs                     :                                .   .  .  .    .         .       GC    TCA             .        .   .  . .      .  .    .       .   .   TGTCC        .  .  .    .   . . .        .
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blockSeqs                     :                                .   .  .  .    .         .       GA    TCA             .        .   .  . .      .  .    .       .   .   TGTTT        .  .  .    .   . . .        .
blockSeqs                     :                                .   .  .  .    .         .       AT    CCA             .        .   .  . .      .  .    .       .   .   TGTT         .  .  .    .   . . .        .
blockSeqs                     :                                .   .  .  .    .         .       GC    CCT             .        .   .  . .      .  .    .       .   .   TGTT         .  .  .    .   . . .        .
blockSeqs                     :                                    .  .  .    .         .       GC    CTA             .        .   .  . .      .  .    .       .   .   TGTT         .  .  .    .   . . .        .
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blockSeqs                     :                                          .    .         .       C     TA              .        .   .  . .      .  .    .       .   .   AAT          .  .  .    .   . . .        .
blockSeqs                     :                                                         .       C     .               .        .   .  . .      .  .    .       .   .   CAT          .  .  .    .   . . .        .
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finalCons                     :                         CGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGCAT---GACTTG-CTTT-CC-AATCTCTGTTGT-------TG-CTT-GT-A-TTTTGT-AA-TTAC------AT---G---TTGTCAT----AAA--T-GT-ATTG--AA-T-A--AATATTG-TTTAAA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): ATAGAGACGTTTAACTGCCTGTTGGCTTGTTTCCTAATCTTATCAATGATTGTTTAGTATGATAACTCTGAAAGACTACATCAAATAAATATTGTTTAAACTA
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lowQualScore                  :                                6   3  22 1111 9         111     222   33333             66 1111111  8  9 8 66 9    8        999  8   444   5 55      0   0     0   0      
consensus                     :                         CGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGCAT---GACTTG-CTTT-CC-AATCTCTGTTGTTG--C-------TT-GT-A-T--T-TTGT-AATTACAT---GT-TGTCATAAA-T--GTATTG-AAT-AAATA-TTG-TTTAAA
Reference ( family-3635 )     :                         CGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGCAT---GACTTG-CTTT-CC-AATCTCTGTTGTTG--C-------TT-GT-A-T--T-TTGT-AATTACAT---GT-TGTCATAAA-T--GTATTG-AAT-AAATA-TTG-TTTAAA
gi|1                          :                         CGGATTTCACAGTAGAA----GATCATTGTAT---GACTTG-CTTT-CC-TATCTCTTTTGTTA--CC------TT-AT-G-T--T-ATGT-AATTACAT---GC-TGTTAAAAT-T--GTAATG-AAT-AAATA--TG-TTTAAA
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gi|11                         :                         CGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGTAT---GATTT---T-------ATCTCTGTTTGTG--C-------TT-AT-G-T--T-AGGT-AATTACAT---CT-TGT--TAAATT--GTATTA-AAT-AAATA--TG-TTTAAA
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gi|13                         :                      ggtttGATTG-ATA-TA--A----G-CC-TT---T---GGCTTG-TTTC-TC-AATCTTTAAAATT---C-------TT-GT-A-T------GT-AAT---AT---GA----AATGAA-T--GTAT-G-AAT-AAATA-TTG-TTTAAAttcgtctaaacttaaagcttaaac
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gi|15                         :                                          ----G-TTATTGTATTATGACTTG-CTTT-CC-CATCTCTGTTGTTG--C-------TT-AT-A-T--T-TTGT-AATTACAT---GT-TGT--TAAATT--GTATTT-AAT-AAATA-TTG-CTTAAc
gi|16                         :                                      A--A----G-T-ATTGCAT---GACGTG-CTTT-AG-AATATCTGTTATTG--C-------TT-GT-ATT--T-TTGT-AATCACAT---GT-TGTC-TAAA-T---TATTG-AAT--AATA-TTG-TGTAAA
gi|17                         :                                 cgA-CA--A----G-TCATTGCAT---AACTTG-TTTTCCC-CGTCTCTGTTGTCA--C-------TT-GTAA-T--T-TT-----CTACAT---GT-TGTCA-AAA-T--GCATTG-AATAAAATA-TTG-
gi|19                         :                                                     GTAT---AACTTG-CTTT-CCCAATCTCTGTTGTAA--A-------TTAGT-T-A--T-CTGT-AATTACAT---GT-TGTT-TAAATT--TTAATG-AAT-AAATA-TTG-TTTAAaa
gi|2                          :                         CGGATTT-ACA-TA--A----G-TCATTGCGT---GATTTG-ATTT-T--AATCTCTATTATTA--CACTGTACCT-GT-A-T--C-TTGA-AATTACAT---AT-CGTTATAAA-T--GTACTG-AAT-AA--G-TTG--TTAAA
gi|22                         :                                                                                  gTTGTTATAC-------TT-CT-A-TGTTATTGT-AATTACAT---GT-TGTTAT----T--GTAATG-A---AAATATTTG-TTTAAAtc
gi|23                         :                                                                  cctaaccctacacTCTGTTGTTG--C-------TT-AT-A-T--T-TTGT-AATTACATTA-ATATGTTA-AAA-T--GTATTG-AAT-AAATA-TTG-TTTTAAct
gi|24                         :                                                                                  GTTGTTA--C-------TT-CT-A-T--T-TTGA-AATTACAT---GT-TGTCATAAA-T--GTATTA-AAT-AAGTA-TTG-TTCAAA
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gi|4                          : gacatcaaaataggaaatattcttCGGATTT-ACA-TA--ATTAAG-TCATTGTAT---GACTTG----------AT-TCTGTTGTTG--C-------TT-AT-ACT--T-TTGTAAATTACATTAAATCTGTTA-AAA-T--GT-TTGAAAT-AAATA-TTGTTTTAAActaat
gi|6                          :                         CGGATT--ACA-CA--A----G-TCATTGCAT---TACTT--CTTT-CC-AATCTCTAATGTTG--C-------TT-GT-A-T--T-TTGA-AATTACA-------TGTCATAAA-T--GAATTG-AATAAAATA-TTG-TTTAAA
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gi|9                          :                             tTT-ACA-CA--A----G-TCATTGCAT---TACAT--CTTT-CC-AATCTCTGATGTTG--C-------TT-GT-A-T--T-TTGA-AATTACAT---G---G-CATAAA-T--TTATTG-AATAAAATA-TTG-TTTAAAt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|18 ): TTTGTGCTTGTTTCTCTGAAACTCTTTTAAAATGTATTGTTATATAAACATGAACTGAACTTATTTCTGAATAAATATTGTTTAAACTA
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