lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 11111111 11 1
lowQualScore : 1 4 22 3 22 22 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 6666666666 1 33333 2222 2222 222 333 5 111 222 11 5 222 11 11 222 11 44444 8 1 11 33333333 1 3333 1 1 33 22 222 66666666 777 6 1
lowQualScore : . . .. . .. .. ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .......... . ..... .... .... ... ... . ... ... .. . ... .. .. ... .. ..... . . .. ........ . .... . . .. .. ... ........ ... . .
lowQualScore : 6 4 55 8 55 55 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 7777777777 2 11111 7777 9999 222 333 8 999 111 66 2 111 77 33 111 77 55555 4 2 77 88888888 3 2222 3 3 22 55 999 33333333 555 8 2
consensus : NNAACGGGTATTTTCT--GCGGT--T--GTCCATT---------T----------T--------T-----------TGC----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A--------A-TC----C-GCAAAA--A-T---TAC-AA--------T---------C-G-----T---A--------NA--C-A-------T------G--C-A---------------CAT---A-----------G--------T------------A----C----A-----G-G----TA----T-------AA-T----------GC-A-----A----C---CG---CA---GAAATTGGAAACGCAGA---AT--ATA---AT--TTGC-T---AC--CT----TTTANG-GA--TC------AAA-T-C--G-CAA-A--AATTTCC-A---ACC--G----CAG--AAAATACCCGTTATAT
Reference ( gi|18 ) : AGAATGGTTAGTTTCT--GCAGT--T--GTCCATT---------T----------T--------T-----------TGC----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A--------A-TC----T-GCAAAG--A-T---TAC-AA--------T---------T-G-----T---A--------CA--C-A-------T------G--C-A---------------CAT---A-----------G--------T------------A----C----A-----G-G----TA----T-------CA-T----------GC-A-----A----C---TG---CA---GAAATCGGAAACATAGA---AT--ACA---AT--TTGC-T---AC--CT----TTTATG-GA--TC------ATA-T-T--G-CAA-A--AATTTCA-A---ACT--G----CAG--GAGATACCCGGTATAT
gi|7 : AACGGGTAATTTCT--ATGGT--T--GTCCATT---------T----------TGTGTGAAAT-----------TGCGGATAC----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A--------A-TC----T-GCAAAA--A-T---TAC-AT--------T---------C-G-----C---AAAATATATTA--C-A-------T------G--C-A---------------TGG---A-----------GGT------T------------A----C----ATAGAAG-G----TA----T-------AA-T----------GC-T-----A----C---AA---CA---GAAATTAGACACA-AGA---GT--ATA---AT--TTGC-T---AC--CA----TTTATG-GA--TC------AAA-T-C--T-C-A-A--AATTTCA-A---ACC--A----TAG--AAAATACCCATTATA
gi|2 : acAACGGCTATGTTCT--GTTGT--T--GCCCATG---------T----------T--------G-----------TGC----------------A----------------A--------------------A---------------ATTTGGGGATAAGAAAT-------A-TC----T-GCAAAC--T-T---TAC-AA--------T---------T-A-----C---A--------AAA-C-A-------TTATA--G--C-AACAAAATTAAGGGGTTATTAAA-----------G--------T------------G----C----ATC---G-T----TA----T-------GA-T----------GC-A-----A----C---CG---CAC--AAAATTGGAAACA---G---AT--ACA---AT--TTGC-T---AC--CT----TTTG-G-GA--TC------AAA-T-C--G-CAA-A--CATTTCC-A---ACC--G----CAA--AAAA-GTCCGTTATAc
gi|8 : atAACGGATGTTTTCT--GTTAT--T--GTCCATT---------TCATGTGGAAAT--------T-----------TGTGGATAT----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A--------A-TC----C-GCAAAA--A-T---TAC-AA--------TCACAAAA--T-A-----T---A--------TA--T-AATATCGAT------A--C-A----------------AT---A-----------GG-------T------------A----T----A-----G-AGTCCTA----T-------AA-T----------GT-A-----A----C---TG---CA---GTAATTGAAAAC-CAGA---AT--ATA---AT--TTGA-T---CC--CT----TTTGGG-GA--T--------------------A-G--AATTTCT-G---CTC--A----CAG--GAAATACCCATTATATc
gi|19 : tatAACAGGTATTTTTC--GCGGT--T--GTCCCTC---------T----------T--------T-----------GGT----------------A----------------A--------------------G---------------A--------------A--------T-TA----T-TCACAA--A-T---TAG-AA--------------------G-----T---G--------CA--A-A-------------------A---------------CAT---T-----------A--------TTTCCA-------A----C----ATC---G-T----TA----C-------AA-T----------GC-A-----C----T---CG---CA---GAAATTGGAAACGCAAA---AT--AAA---AT--TTGT-T---GT--CC----TCTAAG-GA--TC------AAA-T-C--G-CAA-A--ATTTTCC-A---ACA--G----CAT--TA-ATACCTGTTATAg
gi|16 : AAAGGATATTTCCT--GCAGT--T--GTCCATT---------T----------C--------C-----------TGT----------------T----------------A---------------------------------------------------------------C----T-GCGAGA--A-T---TAC-GA--------T---------C-A-----T---A--------AA--A-A-------T------T--T-A---------------AAT---A-----------GATA-----C------------A----C----A-----A-G----TA----C-------AA---------------A-----G----C---TG---CA---TACATTCAAAATATGAA---AT--ACA---ATTGTTGC-T---ACTGCT----TAGAAA-GA--AA------ATA-T-A--G---A-A--AATTTTC-A---ACT--G----CAG--AAAATAC
gi|17 : ccgtttAATGAGTATTTTCT--GCAGAAAC--GTCAATT---------T----------T--------T-----------TGC----------------AGAAATTTGTAGGGAGGA--------------------A---------------A--------------A--------A-TC----C-ACCAAA--A-T---TAC-TG--------T---------T-G-----C---A--------AA--TAA-------T------G--T-A---------------TGA---A-----------G---------------------G----T----A-----G-G----CA------------CA-T----------AT-AGATATA----C---T-----A---GTAATTGGAAATTTAGA---GT--ATA---AT--TTGTGTCAGAC--CA----TCTATG-GA--TC------AAATT-T--G-CAA-A--AATGTCA-A---ttgctctgtggta
gi|35 : cAATGGGTA--TTCT--GTGGG--T--TTCCATT---------T----------T--------TG----------TGG----------------A----------------A--------------------AGAA------------A--------------A--------A-TC----TTGCAAAA--A-T---TAC-AA--------T---------c
gi|3 : tatATGGGTATTTTCT--GTGCT--T--GTTCATT---------T----------T--------TAGCGGAGT---TGC----------------ACATACCCCAGTAGT--A--------------------A---------------A--------------A--------A-TA----C-GCCGAG--A-T---TAC-AA--------T---------C-G-----T---A--------AAAAT-A-------T------G--T-ATTGATA---------CAT---G-----------GAGGTG---T------------AAG--T----A-----G-G----TA----T-------AA-T----------AC-A-----A----C---TG---CA---AAAATTGGAAAGACAGA---AT--GTA---AT--TTAA-T---AC--CT----TTT-TGTGA--TC------AGA-T-T--G-CAA-A--AATTTCC-A---TCT--G----AAG--AAAATACCCATTATAccgttaaaactatatatatattgaatgtatacat
gi|21 : ATGGATATTTTCA--AAAGT--T--GCCAACT---------G----------T--------T-----------TGC----------------A----------------A--------------------ATGGAAG---------A--------------A--------T-TC----C-GCTATA--A-T---CAC-AA--------T---------T-------T---A--------T-------------T------G--C-AAAA------------CATT--G-----------G--------T------------A---------------GTG----TA----T-------AA-T----------GC-A-----A----T---CA---TA---GAAATTGGAAATGTAGG---AT--ATG---AT--ATAA-T---GC---T----TTCAAG-TA--TG------AAA-T-C--G-CAA-A--AACTTTG-G---GCT--G----CAG--AAAATAc
gi|36 : ATGGGTA--TTCT--GTGGG--T--TTCCATT---------T----------T--------TG----------TGA----------------A----------------AGA------------------A---------------A--------------A--------A-TC----TTGCAAAA--A-T---TAC-AA--------T---------aattgt
gi|32 : ACGGGTATTTTTT--GCTGT--T--GTCCATTCCTGCGGAAT----------T--------T-----------TGCGGATAG----------G----------------A--------------------A---------------A--------------A--------A-TC----C-ACAATA--A-T---TAC-Accgttaaaactatatatatattgaatgtatacat
gi|10 : cTGTTCAGTTTTT--GCAGA--TAGGTCCA--------------------------------------------GG----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------G--------T-TC----A-G-AAAA--A-T---TAC-AG--------TCACAGAATAT-A-----T---A--------TATCC-A-------T------G--T-A---------------TAT---A-----------GGTATGTAAT------------A----CT---A-----T-G----TA----TA------CA-TAAGGTGAAGTGC-A-----A----C---TA---CA---AAAATTGCAAACACAGA---AT--ATA---AT--TTGC-T---GC--CA----TTTAGA-GA--TC------AAA-T-ctagcaaaaatatctaatgatgatcatataggttatatatcactggtaat
gi|11 : tgtataacaggtattttctactgtattactggGGGTATTTCCT--GCAGT--T--ATCCATT---------T----------T--------T-----------TAC----------------ATATATTGG--------A--------------------A---------------A--------------A--------A-TC----C-ACAAAA--A-T---TTC-AT--------T---------C-A-----C---AAAA-----TA--C-G-------T------G--T-A---------------CA----A-----------G--------TT-----------A----C----ATATT-G-G----TA----A-------AA-T----------GC-A-----G----C---CT---CA---GAAATTGGAAATGCAGA---AT--ATA---AT--TTGC-T---AC--CA----TTTACA-GA--TC------AAT-T-T--G-CAA-A--CATTTCC-A---ATC--A----CTG--AAAATACCTGCTATAca
gi|12 : ataacaGGGTAGTTTCTCTGC--T--T--GTCCATT---------T----------T--------T------------GC----------------AGACAGTA---------A--------------------A---------------A--------------A--------A-TC------ACAAAA--A-T-----C-AA--------T---------C-A-----T---A--------TA--C-A-------T------G--T-A---------------CAT---GCTCATTGGTGCA--------T------------A----T----A-----G-G----TA----T-------AA-C----------TC-A-----ATTCAC---TG---CAAAAGGAATTGGAAACA--GA---AT--ATA---AA--TTGC-T---AC--CA----TTTATG-GA--TC------AAA-T-T--G-CAA-A--TAATTCA-A---ACC--G----CAG--AAAATGCTCc
gi|22 : aaGATTATTTTCT--ACAGT--T--GTCCATT---------T----------T--------T-----------TGC----------------A----------------A--------------------ATAAGGA---------A--------------A--------ACTT----T-GCAAAC----T---TAG-GA--------G---------T-G-----T---A--------AA----A-------T------G--T-A---------------TAT---AT----------G--------T------------A----TCT--A-----G-G----TA----T-------AA-T----------GC-A-----A----C---CA---AA---GATATTGGAAAAACAGA---AT--ATA---GT--TTGC-C---TC--CT----TTTATG-A-------------A-T-T--G-CAA-A--AATTTCattgta
gi|20 : TATTTTCT--GCAAT--T--GTCCATA---------T----------T--------T-----------TG----------------------------------A--------------------G---------------G--------------T--------A-TT----T-GC--AG--A-TCTATGCAAA--------T---------T-A-----T---A--------TA--T-A-------C------A--C-ACT-------------CAT---A-----------GGTATA---T------------A----T----A-----T-G----TA----A-------AA-T----------GC-G-----A----C--------CA---GAAATTGGAAAGGCGGA---AT--ATA---A----------------------TTTATG-TA--TC------AAA-T-C--GAAAA-A--AATTTCC-A---ACC--A----CAG--AAAATACcactcgcaaaaattcctat
gi|5 : taacaacTTTCT--GCAGT--T--GTCCATT---------T----------T--------TCTACAGAATTTTGTGGACAG----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A--------A-TC----C-GCAAAA--ACT---TAC-AAATGCCAAATAGA------T-G-----T---A--------TA--C-A-------T------GATC-----------------CAT---A-----------G---------------------G----T----A-----A-G----CA----T-------AAAT----------GC-A-----A----C---CG---TG---TAAACTGAAAATACAAA---ATTAATA---AA--TT---T---AC--CTGTCATTTAAG-GA--TC------AAA-T-T--G-CAA-AC-AATTTCC-A---ACC--AC---CAG--AAAATACCCATTATtaatacccatta
gi|6 : gctaatTTTCT--GCAGC--T--GTCAATT---------T----------T--------T-----------TGCCA--------------A----------------ATTTTTGTGGATACTATTAGGA---------------A--------------A--------A-T-----T-CCATAGTAA-T---TAC-TA--------T---------T-G-----C---AAAA-----CA--T-A-------TATATTTG--C-T---------------CAT---A-----------GG-------T------------A----C----C-----CTG----TG----T-------AA-T----------GC-A-----A----C---CA---TT---AAAATTGGAAACACAGA---AT--ATA---AT--AAAC-T---AC--CA----CTTGCA-GA--TC------AAA-T-C--A-CAA-A--AATTTTC-A---ACC--A----CAG--AAAATACCTGTTATca
gi|1 : cacaggcatTTTCT--GC--C--C--ATCCAAT---------T----------A--------C-----------TGC----------------AGACAGGA---------A--------------------A---------------A--------------A--------A-TC----T-ACAAAA--A-T---TTA-AA--------T---------C-G-----CTAAA--------AA--T-A-------T------G--TGA---------------TATCT-A-----------G--------TCATTACGTATACA----T----A-----C-G----AA----T-------AA-T----------GC-A-----A----C---TG---CA---GATATTGGAAACGCATG---GT--ATA---AT--TTAC-T---AC--AT----TTTAGT-AA--CC------ATA-T-T--G-TAA-A--A
gi|26 : gtatacctggcatTTCT--GCAGT--T--GCCCATT---------T----------T--------TGGAGAAT----CGT----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------AGCAGCAAAA-TG----T-ATGAAG--A-T----AC-AAAA------T---------T-A-----T---A--------TA--T-C-------T------G----------------------T---G-----------G--------T------------T----T----G-----T-G----TG----T-------TA-T----------GC-A-----A----C---TG---CT---AAAATTGGAAACACAGA---AA--AAA---AT-----C-A---AT--CA----TTT--------TC------ACA---T--G-CAG-A--AAtaaccagtcatcgaaaaatacgtgctatacggcattaggctgacgttcttgtctagcaagataagattttcctacataca
gi|13 : cagcatacagccatcTCT--ACGGT--T--GTCCATT---------A----------T--------T-----------TGC----------------G----------------A--------------------ACTTTTCAGGATAGAAA--------------A--------A-TC----C-GCAAAA--A-T---TAC-AA--------T---------C-G-----C---A--------AA--A-A-------TCAA---G--T-A---------------CA----A-----------G--------T------------ATGGTT----A-----G-G----TA----T-------AC-T----------GCAA-----A----C---CG---CA---GAAATTGGAACTGCAGAAATAT--ATA---AA--CCG----------CT----TTTAGA-TA--TC------GGA-T-C--G-CAA-A--AAAATC-------CTCCG----CAG--AAAATAC
gi|14 : taCT--ACGGT--T--GTCCATT---------A----------T--------T-----------TGCGAACTTTTCAGGATAGA----------------A--------------------A---------------A--------------A--------A-TC----C-GCAAAA--A-T---TAC-AA--------T---------C-G-----C---A--------AA--A-A-------TCAA---G--T-A---------------CA----A-----------G--------T------------A----TGGTTA-----G-G----TA----T-------AC-T----------GC-A-----A----C---CG---CA---GAAATTGGAACTGCAGA---AT--ATA---AT--AAAC-C---GC--CT----TTTAGA-TA--TC------GGA-T-C--G-CAA-A--AAAATCC-T---CCC--G----CAG--AAAATACGTGTTATAgtgtttac
gi|15 : T---------T----------T--------T-----------TCC----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------ATTTCA---A-TC------GCAAAC--T-T---TA--AA--------TG--------TAG-----T---A---------A--C-A-------T------G--T-A---------------CAT------------------------------------------C----------G-G----TA------------CA-T----------GC-A-----G----C---TG---TA---GAAATTGGAAATGCAGA---AT------------TGGC-T---AC--CA----TTTATG-AA--TT------AAA-T-C--G-CAA-AAAAATTCCA-A---TCT-------CAG--AAAGTATCCATTATA
gi|9 : tggctgttcatattttgtgggactttgcagatagaaaa---------T----------T--------T-----------TGC----------------AGATAGG----------A--------------------A---------------A--------------G--------A-TT----G-GTAAAA--A-T---TAC-AA--------T------------------------------CA--C-A--------------A--A-A---------------TAT---A-----------T--------T------------T----T----A-----G-A----TA----TAGATCTATA-TA---------GC-A-----A----C---TG---CA---GAAATTGACAATGCAGA---AT--ACACTCAT--ATA--T---A---------TTTAAG-GA--TT------GGA-T-C--A-CAA-G--AATTTcgg
gi|23 : tattctgtggttgtcctttttttattttttatttttgcagaa----------T--------T-----------CGC----------------A----------------A--------------------A---------------AC-------------A--------A-TC----T-A-------A-T---TAC-AAAA------T---------A-A-----G---A--------TA--T-A-------T------GG-C-AT--------------CAA---A-----------G--------T------------G----C----ATC---G-T----TG----T-------AA-T----------GC-A-----A----C---CG---CA---GAAAATGGAAACAAAG----------A---AT--TTGC-T---TC--CT----TTTAGG-TATTTT------AAA-T-C--T-C-A-A--AATTTCC-A---ACC--G----Ctggcacacagaaaatagctgttttacagt
gi|27 : aactttcaggaaagatgaggtatacaaatgacagaGC----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------ATTACA---A-TC----C-GCAAAA--A-T---CTC-AA--------T---------C-G-----C---AAAAG----CA----A-------T------G--T-ATCGATA---------CGTTTAA-----------G--------T------------A----T----T-----G-A----TA----T-------AA-T----------GC-A-----C----T---CG---CT---GAAACCGGAAACGCAGA---AT--gaaa
gi|29 : ataacggttcatatttgcggaatttgcggataggaaaaatcc----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A--------A-TTCAATT-GCAAAA--A-C---TAGGAA--------T---------T-AA----T---A--------CA--T-A-------T------A--G-T---------------TAT---A-----------G---------------------A----C----A-----T-G----TG----C-------AA-T----------GT-A-----A----C---TG---CA---GAAACTGAAAATGCAGA---AT--ATA---AT--TTGA-T---CT--CT----TTTAGG-AA--TC------gt
gi|25 : cataaaaatccat----------------A--------------------A---------------A--------------A--------A-TC----T-GCAGAA--A-T---TAA-TA--------T---------T-ACAAAAT---A--------TA--C-A-------T------A--C-AAGTT-----------CCT---A-----------GGTACA---T------------A----T----A-----G-G----TA----T-------AA-T----------GC-A-----A----CCACTGATTCA---GAAATTGTATAGAAAGG---AT--ATG---AT--TTAC-T---A------------ACA-GA--TC------AAA-T-T--G-CAA-A--AATTTCC-A---GCC--A----TAG--AAAACACCcaa
gi|34 : ggatagg---------------A--------------A--------T-TC----T-GTGAAA--A-T---TAC-AG--------T---------C-G-----C---A--------CA----A-------TAG----G--T-A---------------CAT---A-----------A-------------------------------A-----G-G----TA----T-------GC-T----------GC-A-----A----C---TG---CA---AAAATTGGTACTGC-GA---TT--ATA---AT--TTGC-T---AC--TT----TTaatcat
gi|30 : cggAAA--A-TA--TAC-A---------T---------T-GA----T---A--------CG--T-A-------T------A--G-A---------------TAT---A-----------G---------------------A----C----T-----G-G----AA----T-------AA-T----------GC-A-----A----C---AG---CT---GAAATTAAAAATGCAGA---AT--ATA---AT--TTGA-T---AC--CT----ATTAGG-GA--TT------GAA-T-A--A-CAA-A--AATTTCC-A---CAG--G----CAG--AAAATagaat
gi|4 : -T---CAC-AA--------TA--------T-G-----T---G--------TA--G-A-------T------A--C-A---------------TAT---G-----------A--------T------------A----A----A-----G-----------------------------------C-A-----A----C---CA---TA---GATATTGGAAAGTTAGA---AT--ATA---TT--TTGC-T---AC--CA----TTTACG-AA--TC------AAA-T-T--G-CAA-A--AATTCC
gi|24 : aaaaaatgtgaggaagtttgaaacataaaatatatatattcact-AA--------A---------T-G-----T---A--------TA--G-A-------T-----------A---------------CATGGAA-----------G--------T------------A----A----A-----G-A----TAGGCGT-------AA-T----------G--------A----C---TG---CA---GAAATTGGAAACACAGA---AT--ATA---AT--TTGC-T---GC--CT----TTTAGG-GA--TG------GGA-T-C--G-CAA-A--AAATTCT-A---TCG--G----CAT--AAATTACCTGTTATAggcgcacataaaatctctattgaatacggtattcactttgataaactgtacagtaatagatgagggagagttt
gi|28 : cagacagaagacagacaacaggtgatcaga-G----TA----T-------AA-T----------GC-A-----A----C---TG---CA---GAAATTG-------AAA---AT--ATA---AT--TTGA-T---GC--AT----ATTAGG-AA--TC------AAA-T-T--G-CAA-A--CATTTCC-ACCCACT--GGCCACAA--AAAATACCCcacagta
gi|31 : atattgatacaatatagctatggatcatctA-T----------AC-A-----A----C---CG---CA---GAAATTTGAAAAGCAAA---AC--ATA---AG--TTGC-T---AC--CA----TTCACG-GA--TC------AAG-T-TTAA-AAA-A--AAATACC-A---ACT--G----CAGAAAAAATA-CCGGTAatc
gi|39 : tatatattcatatga-T----------GA-A-----A----C---CA---CA---GAAATAGGAAGCGCAGA---AT--ATA---AT--TTAC-T---AC--AA----CGTAGG-GA--TC------AAA-T-C--A-CAGTA--AATgttagacggtaa
gi|40 : ---GAAATTGGAAATGCAGA---AT--ATA---AT--TTAC-A---AC--CT----TTTatgtgttatacag
gi|26 : ---AT--ACA---TT--TTGC-T---GC--TT----TTTACG-AT--TC------------T--C-CAA-A--AATGGGC-A---ACT--G----CAG--AAGATcgggactgaatcacaatttttttttatctgttata
gi|11 : cagcatacagccT----TTTGTG-GA--TTTTTCCAATA-TAT--G-TAA-A--AAATGGATA---ACT--G----CAG--GAAATACCCTGT-TATgaagatacaaaattatatatctgtggtttgtgtgttatgcaactgctaaaattggaaacacagaaaaaaatcaatcattttcacatgcagaaa
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TATACTGTAAAAAGCATTTTCAATGGTTGTCCCATTTTTTGTGAAATTTCAGGCAAGGAAAAAATCCTTCAAAAATTTACAAATGGCAAAATTACAAAATACA
Unaligned ( gi|37 ): AATGATAATTCGCTAACTAATACTATTTTAAGATCAAATCGCAAAAAAAATCCAATAGCAGAAAGCATCAATTATACGATATGTAA
Unaligned ( gi|38 ): CACAGAAATTGAAAGCGCAGAATTCGCTGTCTATAAGACATTGGATGGCAGAAATCTATATCCGTAGATAATACCCGTTTTCAAG
Unaligned ( gi|41 ): TATATGTTTAAAAGATTTGTTTAACAAGTCAGAATTTATTTGCTGGTAC
Unaligned ( gi|42 ): GTAAATGATAAATTACAGGAATGTGGGAGAAAATTT
Unaligned ( gi|43 ): GGTATGTAGTGTTGTCCAAGCTATTTATTTT
Unaligned ( gi|44 ): ACTTTTCTGTGCTTTGCATACGTGTACATTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 88888888 5555555 444444 77777777777777777777 55555555 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 1 5555 1 6666666666 1 1 1 2222 333333 333 33 111 22 222 11 1 222 888888888 1 0 11 1 11 1 2 1 1 11 66666666 1 2 22
lowQualScore : . . ........ ....... ...... .................... ........ ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . .... . .......... . . . .... ...... ... .. ... .. ... .. . ... ......... . . .. . .. . . . . .. ........ . . ..
lowQualScore : 2 9 33333333 4444444 888888 88888888888888888888 88888888 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 2 0000 2 3333333333 2 2 2 6666 444444 111 66 999 66 000 66 2 111 777777777 0 5 77 2 77 3 6 3 3 99 77777777 4 9 00
consensus : NNAAC-GGGTATTTTCTGCGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-GCAAA--------A---A-T-----TA------CAA--T-CG-----C---AAA-----------C---------AT--------G------T-A---------------CAT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A-----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAAACGCAGA---AT--ATA---AT--TTGC-T---ACCT--------TTTAGGGA--TCAAA-TC--G-C-AA-A-AATTTC--CA-------AC-CG-CAG--AAAATACCCGTTATAT
Reference ( family-3624 ) : NNAAC-GGGTATTTTCTGCGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-GCAAA--------A---A-T-----TA------CAA--T-CG-----T---ANA-----------C---------AT--------G------C-A---------------CAT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A-----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAAACGCAGA---AT--ATA---AT--TTGC-T---ACCT--------TTTANGGA--TCAAA-TC--G-C-AA-A-AATTTC--CA-------AC-CG-CAG--AAAATACCCGTTATAT
gi|1 : GGCATTTTCTGC--C--------CATCC-------AA------T---------T----------A--------C-----------TG-----C----------------AGACAGGA---------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-ACAAA--------A---A-T-----TT------AAA--T-CG-----CTAAAAA-----------T---------AT--------G------TGA---------------TATCT-A-----------G-----------------TCATTACGTATACA----T---------A-----C-GA-A----T-A----------A-T-GC-AA----CTG------CA---GATATTGGAAACGCATG---GT--ATA---AT--TTAC-T---ACAT--------TTTAGTAA--CCATA-TT--G-T--A-A-AATAAC--CA-------GT-CATCGA--AAAATACGTGCTATA
gi|10 : gtatacctAAC-AGGTATTTTCTACTGTATTACTGGTGTTC-------AG------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------AGATAGGTCCAGG----A--------------------A---------------A--------------A-----G-T-TC-AGAAA--------A---A-T-----TA------CAG--T-CA-----C---AGAATATATATATCC---------AT--------G------T-A---------------TAT---A-----------GGTATGTAATACTATGTAT------------A----C---------ATAA--G-GT-G----A-A----------G-T-GC-AA----CTA------CA---AAAATTGCAAACACAGA---AT--ATA---AT--TTGC-T---GCCA--------TTTAGAGA--TCAAA-TC--cggcattaggctgacgttcttgtctagcaagataagattttcctacataca
gi|11 : tgtatAACAGGGTATTTCCTGCAGT--------TATCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TA-----C----------------ATATATTGG--------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-ACAAA--------A---A-T-----TT------CAT--T-CA-----C---AAAATA--------C---------GT--------G------T-A---------------CA----A-----------G-----------------TT-----------A----C---------ATATT-G-GT-A----A-A----------A-T-GC-AG----CCT------CA---GAAATTGGAAATGCAGA---AT--ATA---AT--TTGC-T---ACCA--------TTTACAGA--TCAAT-TT--G-C-AA-A-CATTTC--CA-------AT-CA-CTG--AAAATACCTGCTATAa
gi|12 : at-GGGTAGTTTCTCTGCT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T------------G-----C----------------AGACAGTA---------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-C--ACAAA--------A---A-T-------------CAA--T-CA-----T---ATA-----------C---------AT--------G------T-A---------------CAT---GCTCATTGGTGCA-----------------T------------A----T---------A-----G-GT-A----T-A----------A-C-TC-AATTCACTG------CAAAAGGAATTGGAAAC--AGA---AT--ATA---AA--TTGC-T---ACCA--------TTTATGGA--TCAAA-TT--G-C-AA-A-TAATTC--AA-------AC-CG-CAG--AAAATGCTCATTGTAc
gi|13 : aaTCTACGGT--------TGTCC-------AT------T---------A----------T--------T-----------TG-----C----------------G----------------A--------------------ACTTTTCAGGATAGAAA--------------A-----A-T-CC-GCAAA--------A---A-T-----TA------CAA--T-CG-----C---AAA-----------A---------ATCAA-----G------T-A---------------CA----A-----------G-----------------T------------ATGGTT---------A-----G-GT-A----T-A----------C-T-GCAAA----CCG------CA---GAAATTGGAACTGCAGAAATAT--ATA---AA--CCG--------CT--------TTTAGATA--TCGGA-TC--G-C-AA-A-AAAATC--C--------TC-CG-CAG--AAAATACGTGTT
gi|14 : taCTACGGT--------TGTCC-------AT------T---------A----------T--------T-----------TG-----CGAACTTTTCAGGATAGA----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-GCAAA--------A---A-T-----TA------CAA--T-CG-----C---AAA-----------A---------ATCAA-----G------T-A---------------CA----A-----------G-----------------T------------A----TGGTT-----A-----G-GT-A----T-A----------C-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAACTGCAGA---AT--ATA---AT--AAAC-C---GCCT--------TTTAGATA--TCGGA-TC--G-C-AA-A-AAAATC--CT-------CC-CG-CAG--AAAATACGTGTTATAtac
gi|15 : CAAA--------A---A-T-----TT------CAA--T-CG-----C---AAA-----------CTTTAA----AT--------G------T-AGTAA-----------CAT---------------G-----------------T------------A----C---------ATC---G-GT-A----C-A------------T-GC-AG----CTG------TA---GAAATTGGAAATGCAGA---AT------------TGGC-T---ACCA--------TTTATGAA--TTAAA-TC--G-CAAA-A-AAATTC--CA-------AT-CT-CAG--AAAGTATCCATTATA
gi|16 : tggctgttcatattttgtgggactttgcagatagaaaatttttcAAA-GGATATTTCCTGCAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------C--------C-----------TG-----T----------------T----------------A-------------------------------------------------------------CT-GCGAG--------A---A-T-----TA------CGA--T-CA-----T---AAA-----------A---------AT--------T------T-A---------------AAT---A-----------GATA--------------C------------A----C---------A-----A-GT-A----C-A----------A------AG----CTG------CA---TACATTCAAAATATGAA---AT--ACA---ATTGTTGC-T---ACTG--------CTTAGAAA--GAAAA-TA--T-A-GA-A-AATTTT--CA-------AC-TG-CAG--AAAATACTTGCTcgg
gi|17 : ccgtttAAT-GAGTATTTTCTGCAGAAA------CGTCA-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------AGAAATTTGTAGGGAGGA--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-ACCAA--------A---A-T-----TA------CTG--T-TG-----C---AAATAATG------T---------AT--------G------A-A---------------GGT---A-----------GGCACA------------T------------A----T---------A-----G-AT-A----T-A----------C-T--------------------A---GTAATTGGAAATTTAGA---GT--ATA---AT--TTGTGTCAGACCA--------TCTATGGA--TCAAATTT--G-C-AA-A-AATGT---CA-------AC-ctgtggta
gi|18 : cAAT-GGTTAGTTTCTGCAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-GCAAA--------G---A-T-----TA------CAA--T-TG-----T---ACA-----------C---------AT--------G------C-A---------------CAT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A-----G-GT-A----T-C----------A-T-GC-AA----CTG------CA---GAAATCGGAAACATAGA---AT--ACA---AT--TTGC-T---ACCT--------TTTATGGA--TCATA-TT--G-C-AA-A-AATTTC--AA-------AC-TG-CAG--GAGATACCCGGTATAT
gi|19 : agAAC-AGGTATTTTTCGCGGT--------TGTCC-------CT------C---------T----------T--------T-----------GG-----T----------------A----------------A--------------------G---------------A--------------ATT---A-T-TC-ACAAA--------------T-----TA------GAA--G-TG-----C---AAA----------------------------------------A---------------CAT---T-----------A-----------------TTTCCA-------A----C---------ATC---G-TT-A----C-A----------A-T-GC-AC----TCG------CA---GAAATTGGAAACGCAAA---AT--AAA---AT--TTGT-T---GTCC--------TCTAAGGA--TCAAA-TC--G-C-AA-A-ATTTTC--CA-------AC-AG-CAT---TAATACCTGTTATA
gi|2 : AAC-GGCTATGTTCTGTTGT--------TGCCC-------AT------G---------T----------T--------G-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------ATTTGGGGATAAGAAAT----A-T-CT-GCAAA--------C---T-T-----TA------CAA--T-TA-----C---AAAA----------C---------ATTATA----G------C-AACAAAATTAAGGGGTTATTAAA-----------G-----------------T------------G----C---------ATC---G-TT-A----T-G----------A-T-GC-AA----CCG------CAC--AAAATTGGAAAC--AGA----T--ACA---AT--TTGC-T---ACCT--------TTT-GGGA--TCAAA-TC--G-C-AA-A-CATTTC--CA-------AC-CG-CAA--AAAA-GTCCGTTATA
gi|20 : atAAC-AACTATTTTCTGCAAT--------TGTCC-------AT------A---------T----------T--------T-----------TG---------------------------------------A--------------------G---------------G--------------T-----A-T-TT-GCAGATCTATGCAA---A-T-----TA------TA------------T---ATA-----------C---------AC--------A------C-T---------------CAT---A-----------GGTATA------------T------------A----T---------A-----T-GT-A----A-A----------A-T-GC-GA----CC--------A---GAAATTGGAAAGGCGGA---AT--ATA---A------------------------TTTATGTA--TCAAA-TC--GAA-AA-A-AATTTC--CA-------AC-CA-CAG--AAAATACc
gi|21 : tAT-GGATATTTTCAAAAGT--------TGCCA-------AC------T---------G----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------ATGGAAG---------A--------------A-----T-T-CC-GCTAT--------A---A-T-----CA------CAA--T-T------T---AT-----------------------T--------G------C-AAAA------------CATT--G-----------G-----------------T------------A--------------------GTGT-A----T-A----------A-T-GC-AA----TCA------TA---GAAATTGGAAATGTAGG---AT--ATG---AT--ATAA-T---G-CT--------TTCAAGTA--TGAAA-TC--G-C-AA-A-AACTTT--GG-------GC-TG-CAG--AAAATAtaatacccatta
gi|22 : TATTTTCTACAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------ATAAGGA---------A--------------A-----ACT-TT-GCAAA--------C-----T-----TA------GGA--G-TG-----T---AAA---------------------AT--------G------T-A---------------TAT---AT----------G-----------------T------------A----TCT-------A-----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCA------AA---GATATTGGAAAAACAGA---AT--ATA---GT--TTGC-C---TCCT--------TTTATG-------AA-TT--G-C-AA-A-AATTTC--CA-------CT-CG-CA---AAAATTCCaattgt
gi|23 : gat----------T--------T-----------CG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------AC-------------A-----A-T-CT--------------A---A-T-----TA------CAAAAT-AA-----G---ATA-----------T---------AT--------GG-----C-AT--------------CAA---A-----------G-----------------T------------G----C---------ATC---G-TT-G----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAAATGGAAACAAAG----------A---AT--TTGC-T---TCCT--------TTTAGGTATTTTAAA-TC--T-C--A-A-AATTTC--CA-------AC-CG-C-G--AAAtat
gi|24 : aactttcaggaaagatgaggtatacaaatgacaga---ATA-----------C---------AT--------G------G-A---------------------A-----------G-----------------T------------A----A---------A-----G-AT-AGGCGT-A----------A-T-G---A----CTG------CA---GAAATTGGAAACACAGA---AT--ATA---AT--TTGC-T---GCCT--------TTTAGGGA--TGGGA-TC--G-C-AA-A-AAATTC--TA-------TC-GG-CAT--AAATTACCTGTTATA
gi|25 : cagacagaagacagacaacaggtgatcagaaaatgtatag----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-GCAGA--------A---A-T-----TAATATTACAA----AA-----T---ATA-----------C---------AT--------A------C-AAGTT-----------CCT---A-----------GGTACA------------T------------A----T---------A-----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCACTGATTCA---GAAATTGTATAGAAAGG---AT--ATG---AT--TTAC-T---A--------------ACAGA--TCAAA-TT--G-C-AA-A-AATTTC--CA-------GC-CA-TAG--AAAACACCcacagta
gi|26 : ggataggAC-AGCCATCTTCTGCAGT--------TGCCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------GGAGAATC----------------GT---------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-G-CA-GCAAA--------ATGTA-TGAAGATA------CAAAAT-TA-----T---ATA-----------T---------CT--------G--------------------------T---G-----------G-----------------T------------T----T---------G-----T-GT-G----T-T----------A-T-GC-AA----CTG------CT---AAAATTGGAAACACAGA---AA--AAA---AT--aatcat
gi|27 : cagcatG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------ATTACAA-T-CC-GCAAA--------A---A-T-----CT------CAA--T-CG-----C---AAAAG---------CA--------AT--------GTATCGAT-A---------------CGTTTAA-----------G-----------------T------------A----T---------T-----G-AT-A----T-A----------A-T-GC-AC----TCG------CT---GAAACCGGAAACGCAGA---AT--GTcaatcattttcacatgcagaaa
gi|28 : ataacggttcatatttgcggaatttgcggataggaaaaatcc-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CTG------CA---GAAATTGAAAA----------T--ATA---AT--TTGA-T---GCAT--------ATTAGGAA--TCAAA-TT--G-C-AA-A-CATTTC--CACCCACTGGC-CA-CAA--AAAATACCCAT
gi|29 : atattgatacaatatagctatggatcatct----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-ATAAA--------A---A-A-----TT------CAA--T-TG-----C---AAAAA---------CTAGGAATTAAT--------A------C-A---------------TAT---A-----------G-----------------TTATAG-------A----C---------A-----T-GT-G----C-A----------A-T-GT-AA----CTG------CA---GAAACTGAAAATGCAGA---AT--ATA---AT--TTGA-T---CTCT--------TTTAGGAA--TCCAA-c
gi|3 : catAT-GGGTATTTTCTGTGCT--------TGTTC-------AT------T---------T----------T--------TAGCGGAGT---TG-----C----------------ACATACCCCAGTAGT--A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-AC-GCCGA--------G---A-T-----TA------CAA--T-CG-----TAA-AAA-----------T---------AT--------GTATTGAT-A---------------CAT---GGAGGT------G-----------------T------------AAG--T---------A-----G-GT-A----T-A----------A-T-AC-AA----CTG------CA---AAAATTGGAAAGACAGA---AT--GTA---AT--TTAA-T---ACCT--------TTTTGTGA--TCAGA-TT--G-C-AA-A-AATTTC--CA-------TC-TG-AAG--AAAATACCCATTATA
gi|30 : AA--------A---A-TA----TA------CAT--T-GA-----T---ACG-----------T---------AT--------A------G-A---------------TAT---A-----------G------------------------------A----C---------T-----G-GA-A----T-A----------A-T-GC-AA----CAG------CT---GAAATTAAAAATGCAGA---AT--ATA---AT--TTGA-T---ACCT--------ATTAGGGA--TTGAA-TA--A-C-AA-A-AATTTC--CA-------CA-GG-CAG--AAAATc
gi|31 : T-A----TGA----------A-T-AC-AA----CCG------CA---GAAATTTGAAAAGCAAA---AC--ATA---AG--TTGC-T---ACCA--------TTCACGGA--TCAAG-TTTAA-A-AA-A-AAATAC--CA-------AC-TG-CAGAAAAAATACCGGT
gi|32 : tatatattcaAC-GGGTATTTTTTGCTGT--------TGTCC-------AT------TCCTGCGGAAT----------T--------T-----------TG-----CGGATAG----------G----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-ACAAT--------A---A-T-----TA------CAC--T-AG-----C---AAA-----------A---------AT--------agttagacggtaa
gi|34 : c---------------A--------------A-----T-T-CT-GTGAA--------A---A-T-----TA------CAG--T-CG-----C---ACAA----------T---------AG--------G------T-A---------------CAT---A-----------A---------------------------------------------A-----G-GT-A----T-G----------C-T-GC-AA----CTG------CA---AAAATTGGTACTGC-GA---TT--ATA---AT--TTGC-T---ACTT--------TTatctaatgatgatcatataggttatatatcactggtaat
gi|35 : cggAAT-GGGTATTCTGTG-GGT--------T-TCC-------AT------T---------T----------T--------TG----------TG-----G----------------A----------------A--------------------AGAA------------A--------------A-----A-T-CTTGCAAA--------A---A-T-----TA------CAA--TCCG-----TTA-AAA-----------CT--------AT--------A------T-A---------------TAT---A-----------T-----------------T------------G----A---------A-----T-GT-A----T-A----------agaat
gi|36 : tatAT-GGGTATTCTGTG-GGT--------T-TCC-------AT------T---------T----------T--------TG----------TG-----A----------------A----------------AGA------------------A---------------A--------------A-----A-T-CTTGCAAA--------A---A-T-----TA------CAA--TCCG-----TTA-AAA-----------CT--------AT--------A------T-A---------------TAT---A-----------T-----------------T------------G----A---------A-----T-GT-A----T-A----------cat
gi|37 : A---ATG-ATA---AT--TCGC-T---AACTAATACTATTTTAAG-A--TCAAA-TC--G-CAAA-A-AAAATC--CA-------AT-AG-CAG--AAAGCATCAATTATAcat
gi|38 : CA------CA---GAAATTGAAAGCGCAGA---AT------------TCGC-T---GTCT--------ATAAGACA--TTGGA-TG--G-C-AG-A-AATCTA--TA-------TC-CG-TAG--ATAATACCCGTTcgatatgtaa
gi|39 : -T-GA-AA----CCA------CA---GAAATAGGAAGCGCAGA---AT--ATA---AT--TTAC-T---ACAA--------CGTAGGGA--TCAAA-TC--A-C-AGTA-AATttcaag
gi|4 : T---A-----------GA----------------T------------A----C---------A-----T-ATGA----T-A----------A-A-GC-AA----CCA------TA---GATATTGGAAAGTTAGA---AT--ATA---TT--TTGC-T---ACCA--------TTTACGAA--TCAAA-TT--G-C-AA-A-AA-TTC--CG-------GCGCA-CAT--AAAATatgtgttatacag
gi|40 : aaaaaatgtgaggaagtttgaaacataaaatatatatattcacttcacaatatgtg---GAAATTGGAAATGCAGA---AT--ATA---AT--TTAC-A---ACCT--------TTTCGGGA--CTGAA-TC--A-C-AA-ctctattgaatacggtattcactttgataaactgtacagtaatagatgagggagagttt
gi|5 : ATTTTCTGCAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------TCTACAGAATTTTG-----TGGACAG----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-GCAAA--------A---ACT-----TA------CAA--A-TGCCAAAT---AGA-----------T---------GT--------A------T-A---------------CAT---G-----------A-----------------TCC----------A----T---------A-----G-GT-AAGCAT-A----------AAT-GC-AA----CCG------TG---TAAACTGAAAATACAAA---ATTAATA---AA--TT---T---ACCTGTCA----TTTAAGGA--TCAAA-TT--G-C-AA-ACAATTTC--CA-------AC-CACCAG--AAAATACCCATTATtttttttttatctgttata
gi|6 : gctaAC-AGGCATTTTCTGCAGC--------TGTCA-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----CCA--------------A----------------ATTTTTGTGGATACTATTAGGA---------------A--------------A-----A-TTCC-ATAGT--------A---A-T-----TA------CTA--T-TG-----C---AAAA----------C---------ATATATATTTG------C-T---------------CAT---A-----------GG----------------T------------A----C---------C-----CTGT-G----T-A----------A-T-GC-AA----CCA------TT---AAAATTGGAAACACAGA---AT--ATA---AT--AAAC-T---ACCA--------CTTGCAGA--TCAAA-TC--A-C-AA-A-AATTTT--CA-------AC-CA-CAG--AAAATACCTGTTATca
gi|7 : cAAC-GGGTAATTTCTATGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------TGTGTGAAAT-----------TG-----CGGATAC----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-GCAAA--------A---A-T-----TA------CAT--T-CG-----C---AAAATATATTA---C---------AT--------G------C-A---------------TGG---A-----------GGT---------------T------------A----C---------ATAGAAG-GT-A----T-A----------A-T-GC-TA----CAA------CA---GAAATTAGACACA-AGA---GT--ATA---AT--TTGC-T---ACCA--------TTTATGGA--TCAAA-TC--T-C--A-A-AATTTC--AA-------AC-CA-TAG--AAAATACCCATTATA
gi|8 : acAAC-GGATGTTTTCTGTTAT--------TGTCC-------AT------T---------TCATGTGGAAAT--------T-----------TG-----TGGATAT----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-GCAAA--------A---A-T-----TA------CAA--T-CA-----C---AAA---------------------AT--------A------T-A---------------TAT---A-----------A-----------------T------------A----TCGATACAATA-----G-GT-A----T-AGAGTCCTATAA-T-GT-AA----CTG------CA---GTAATTGAAAAC-CAGA---AT--ATA---AT--TTGA-T---CCCT--------TTTGGGGA--T--------------A-G-AATTTC--TG-------CT-CA-CAG--GAAATACCCATTATATc
gi|9 : tatTTCTGTGGT--------TGTCCTTTTTTTATTTTTTAT---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------AGAATTTTGCAGATAGGA--------------------A---------------A--------------G-----A-T-TG-GTAAA--------A---A-T-----TA------CAA--T-CA-----C---AAA---------------------AT--------A------T-AT--------------TTT---A-----------GA----------------T------------A----T---------A-----G-AT-C----T-AT---------A-TAGC-AA----CTG------CA---GAAATTGACAATGCAGA---AT--ACACTCAT--ATA--T---A-----------TTTAAGGA--TTGGA-TC--A-C-AA-G-AATTTTGGCA----------CA-CAG--AAAATAGCTGTTTTAg
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TATACTGTAAAAAGCATTTTCAATGGTTGTCCCATTTTTTGTGAAATTTCAGGCAAGGAAAAAATCCTTCAAAAATTTACAAATGGCAAAATTACAAAATACA
Unaligned ( gi|41 ): TATATGTTTAAAAGATTTGTTTAACAAGTCAGAATTTATTTGCTGGTAC
Unaligned ( gi|42 ): GTAAATGATAAATTACAGGAATGTGGGAGAAAATTT
Unaligned ( gi|43 ): GGTATGTAGTGTTGTCCAAGCTATTTATTTT
Unaligned ( gi|44 ): ACTTTTCTGTGCTTTGCATACGTGTACATTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 2 88888888 6666666 444444 77777777777777777777 55555555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 5555 1 7777777777 1 1 1 2222 333333 333 33 111 22 222 11 1 222 999999999 1 0 11 1 11 2 1 1 1 11 66666666 1 2 22
lowQualScore : . . ........ ....... ...... .................... ........ ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .... . .......... . . . .... ...... ... .. ... .. ... .. . ... ......... . . .. . .. . . . . .. ........ . . ..
lowQualScore : 2 4 00000000 8888888 666666 22222222222222222222 66666666 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0000 2 5555555555 2 2 2 6666 444444 111 66 999 66 000 66 2 111 444444444 2 5 77 2 77 6 3 3 3 99 77777777 4 9 00
consensus : NNAAC-GGGTATTTTCTGCGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------C---------A----T----G---------T-----A---------------C-AT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAAACGCAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTTAGGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------AC-CG-CAG--AAAATACCCGTTATAT
Reference ( family-3624 ) : NNAAC-GGGTATTTTCTGCGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------C---------A----T----G---------T-----A---------------C-AT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAAACGCAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTTAGGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------AC-CG-CAG--AAAATACCCGTTATAT
gi|1 : GGCATTTTCTGC--C--------CATCC-------AA------T---------T----------A--------C-----------TG-----C----------------AGACAGGA---------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-A-CAAA--------A---A-T-TTA-A-A--T-C----GCTAAA-A--------A-----------T---------A----T----G---------TG----A---------------T-ATCT-A-----------G-----------------TCATTACGTATACA----T---------A----C-GA-A----T-A----------A-T-GC-AA----CTG------CA---GATATTGGAAACGCATG---GT--ATA---ATT--TAC-T---ACAT--------TTTAGTAA--CCATA-TT--GT--A-A-A-ATAAC--CA-------GT-CATCGA--AAAATACGTGCTATA
gi|10 : gtatacctAAC-AGGTATTTTCTACTGTATTACTGGTGTTC-------AG------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------AGATAGGTCCAGG----A--------------------A---------------A--------------A-----G-T-TC-A-GAAA--------A---A-T-TAC-A-G--T-C----AC---A-G--------AATATATATATCC---------A----T----G---------T-----A---------------T-AT---A-----------GGTATGTAATACTATGTAT------------A----C---------ATAA-G-GT-G----A-A----------G-T-GC-AA----CTA------CA---AAAATTGCAAACACAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---GCCA--------TTTAGAGA--TCAAA-TC--cggcattaggctgacgttcttgtctagcaagataagattttcctacataca
gi|11 : tgtatAACAGGGTATTTCCTGCAGT--------TATCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TA-----C----------------ATATATTGG--------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-A-CAAA--------A---A-T-TTC-A-T--T-C----AC---A-A--------AATA--------C---------G----T----G---------T-----A---------------C-A----A-----------G-----------------TT-----------A----C---------ATATTG-GT-A----A-A----------A-T-GC-AG----CCT------CA---GAAATTGGAAATGCAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---ACCA--------TTTACAGA--TCAAT-TT--GC-AA-A-C-ATTTC--CA-------AT-CA-CTG--AAAATACCTGCTATAa
gi|12 : at-GGGTAGTTTCTCTGCT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T------------G-----C----------------AGACAGTA---------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-C--A-CAAA--------A---A-T---C-A-A--T-C----AT---A-T--------A-----------C---------A----T----G---------T-----A---------------C-AT---GCTCATTGGTGCA-----------------T------------A----T---------A----G-GT-A----T-A----------A-C-TC-AATTCACTG------CAAAAGGAATTGGAAAC--AGA---AT--ATA---AAT--TGC-T---ACCA--------TTTATGGA--TCAAA-TT--GC-AA-A-T-AATTC--AA-------AC-CG-CAG--AAAATGCTCATTGTAc
gi|13 : aaTCTACGGT--------TGTCC-------AT------T---------A----------T--------T-----------TG-----C----------------G----------------A--------------------ACTTTTCAGGATAGAAA--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------A---------A----TCAA-G---------T-----A---------------C-A----A-----------G-----------------T------------ATGGTT---------A----G-GT-A----T-A----------C-T-GCAAA----CCG------CA---GAAATTGGAACTGCAGAAATAT--ATA---AAC--CG--------CT--------TTTAGATA--TCGGA-TC--GC-AA-A-A-AAATC--C--------TC-CG-CAG--AAAATACGTGTT
gi|14 : taCTACGGT--------TGTCC-------AT------T---------A----------T--------T-----------TG-----CGAACTTTTCAGGATAGA----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------A---------A----TCAA-G---------T-----A---------------C-A----A-----------G-----------------T------------A----TGGTT-----A----G-GT-A----T-A----------C-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAACTGCAGA---AT--ATA---ATA--AAC-C---GCCT--------TTTAGATA--TCGGA-TC--GC-AA-A-A-AAATC--CT-------CC-CG-CAG--AAAATACGTGTTATAtac
gi|15 : -CAAA--------A---A-T-TTC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------CTTTAA----A----T----G---------T-----AGTAA-----------C-AT---------------G-----------------T------------A----C---------ATC--G-GT-A----C-A------------T-GC-AG----CTG------TA---GAAATTGGAAATGCAG----------A---ATT--GGC-T---ACCA--------TTTATGAA--TTAAA-TC--GCAAA-A-A-AATTC--CA-------AT-CT-CAG--AAAGTATCCATTATA
gi|16 : tggctgttcatattttgtgggactttgcagatagaaaatttttcAAA-GGATATTTCCTGCAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------C--------C-----------TG-----T----------------T----------------A-------------------------------------------------------------CT-G-CGAG--------A---A-T-TAC-G-A--T-C----AT---A-A--------A-----------A---------A----T----T---------T-----A---------------A-AT---A-----------GATA--------------C------------A----C---------A----A-GT-A----C-A----------A------AG----CTG------CA---TACATTCAAAATATGAA---AT--ACA---ATTGTTGC-T---ACTG--------CTTAGAAA--GAAAA-TA--TA-GA-A-A-ATTTT--CA-------AC-TG-CAG--AAAATACTTGCTcgg
gi|17 : ccgtttAAT-GAGTATTTTCTGCAGAAA------CGTCA-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------AGAAATTTGTAGGGAGGA--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-A-CCAA--------A---A-T-TAC-T-G--T-T----GC---A-A--------A-----------TA--------A----T----G---------T-----A---------------TGAA---G-----------G-----------------T------------AGG--C---------A----C-AT-A----T-AG---------A-T-AT--A----C--------TA---GTAATTGGAAATTTAGA---GT--ATA---ATT--TGTGTCAGACCA--------TCTATGGA--TCAAATTT--GC-AA-A-A-ATGT---CA-------AC-ctgtggta
gi|18 : cAAT-GGTTAGTTTCTGCAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-G-CAAA--------G---A-T-TAC-A-A--T-T----GT---A-C--------A-----------C---------A----T----G---------C-----A---------------C-AT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A----G-GT-A----T-C----------A-T-GC-AA----CTG------CA---GAAATCGGAAACATAGA---AT--ACA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTTATGGA--TCATA-TT--GC-AA-A-A-ATTTC--AA-------AC-TG-CAG--GAGATACCCGGTATAT
gi|19 : agAAC-AGGTATTTTTCGCGGT--------TGTCC-------CT------C---------T----------T--------T-----------GG-----T----------------A----------------A--------------------G---------------A--------------ATT---A-T-TC-A-CAAA--------------T-TAG-A-A--G-T----GC---A-A--------AA----------C---------A----TT---A---------TTTCCAA---------------C-AT---C-----------G-----------------T-----------------------------------T-A----C-A----------A-T-GC-AC----TCG------CA---GAAATTGGAAACGCAAA---AT--AAA---ATT--TGT-T---GTCC--------TCTAAGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-A-TTTTC--CA-------AC-AG-CAT---TAATACCTGTTATA
gi|2 : AAC-GGCTATGTTCTGTTGT--------TGCCC-------AT------G---------T----------T--------G-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------ATTTGGGGATAAGAAAT----A-T-CT-G-CAAA--------C---T-T-TAC-A-A--T-T----AC---A-A--------AA----------C---------A----TTATAG---------C-----AACAAAATTAAGGGGTT-ATTAAA-----------G-----------------T------------G----C---------ATC--G-TT-A----T-G----------A-T-GC-AA----CCG------CAC--AAAATTGGAAAC--AGA----T--ACA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTT-GGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-C-ATTTC--CA-------AC-CG-CAA--AAAA-GTCCGTTATA
gi|20 : atAAC-AACTATTTTCTGCAAT--------TGTCC-------AT------A---------T----------T--------T-----------TG---------------------------------------A--------------------G---------------G--------------T-----A-T-TT-G-CAGATCTATGCAA---A-T-TAT-ATA--TAC----AC---A-C--------T-----------C---------A----TAG--G---------T-----A---------------T-AT---A-----------------------------T------------A----T----------------GT-A----A-A----------A-T-GC-GA----CC--------A---GAAATTGGAAAGGCGGA---AT--ATA---ATT--T----------------------ATGTA--TCAAA-TC--GA-AA-A-AAATTTC--CA-------AC-CA-CAG--AAAATACc
gi|21 : tAT-GGATATTTTCAAAAGT--------TGCCA-------AC------T---------G----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------ATGGAAG---------A--------------A-----T-T-CC-G-CTAT--------A---A-T-CAC-A-A--T-TTATTGC---A-A--------AA----------C---------A----T--------------T-----G-----------------GT---A-----------G-----------------T----------------------------------GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----TCA------TA---GAAATTGGAAATGTAGG---AT--ATG---ATA--TAA-T---G-CT--------TTCAAGTA--TGAAA-TC--GC-AA-A-A-ACTTT--GG-------GC-TG-CAG--AAAATAtaatacccatta
gi|22 : TATTTTCTACAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------ATAAGGA---------A--------------A-----ACT-TT-G-CAAA--------C-----T-TAG-G-A--G-T----GT---A-A--------A---------------------A----T----G---------T-----A---------------T-AT---AT----------G-----------------T------------A----TCT-------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCA------AA---GATATTGGAAAAACAGA---AT--ATA---GTT--TGC-C---TCCT--------TTTATG-------AA-TT--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------CT-CG-CA---AAAATTCCaattgt
gi|23 : gat----------T--------T-----------CG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------AC-------------A-----A-T-CT---------------A---A-T-TAC-A-AAAT-------------A--------A-----------G---------A----T----A---------T-----ATGG------------C-ATCAAA-----------G-----------------T------------G----C---------ATC--G-TT-G----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAAATGGAAACAAAG----------A---ATT--TGC-T---TCCT--------TTTAGGTATTTTAAA-TC--TC--A-A-A-ATTTC--CA-------AC-CG-C-G--AAAtat
gi|24 : aactttcaggaaagatgaggtatacaaatgacaga---------T-----A---------------C-ATGGAA-----------G-----------------T------------A----A---------A----G-AT-AGGCGT-A----------A-T-G---A----CTG------CA---GAAATTGGAAACACAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---GCCT--------TTTAGGGA--TGGGA-TC--GC-AA-A-A-AATTC--TA-------TC-GG-CAT--AAATTACCTGTTATA
gi|25 : cagacagaagacagacaacaggtgatcagaaaatgtataga----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-G-CAGA--------A---A-T-TAA-T-A--T-T----AC---A-A--------A---------------------A----T----A---------T-----A---------------C-AT---ACAAGTTCCTAGG-----------------T------------A----C---------ATATAG-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCACTGATTCA---GAAATTGTATAGAAAGG---AT--ATG---ATT--TAC-T---AAC--------------AGA--TCAAA-TT--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------GC-CA-TAG--AAAACACCcacagta
gi|26 : ggataggAC-AGCCATCTTCTGCAGT--------TGCCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------GGAGAATC----------------GT---------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-G-CA-G-CAAA--------ATGTA-T-GAA-G-A--T------AC---A-A--------A---------------------A----T--------------T-----A---------------T-AT---ATCTGTG-----G-----------------T------------T----T---------G----T-GT-G----T-T----------A-T-GC-AA----CTG------CT---AAAATTGGAAACACAGA---AA--AAA---ATaatcat
gi|27 : cagcatG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------ATTACAA-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-CTC-A-A--T-C----GC---A-A--------AAG---------C---------AA---T----G---------T-----ATCGATA---------C-GTTTAA-----------G-----------------T------------A----T---------T----G-AT-A----T-A----------A-T-GC-AC----TCG------CT---GAAACCGGAAACGCAGA---AT--GTcaatcattttcacatgcagaaa
gi|28 : ataacggttcatatttgcggaatttgcggataggaaaaatcc-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CTG------CA---GAAATTGAAAA----------T--ATA---ATT--TGA-T---GCAT--------ATTAGGAA--TCAAA-TT--GC-AA-A-C-ATTTC--CACCCACTGGC-CA-CAA--AAAATACCCAT
gi|29 : atattgatacaatatagctatggatcatct----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-A-TAAA--------A---A-A-TTC-A-A--T-T----GC---A-A--------AAA---------CTAGGAATTAA----T----A---------C-----A---------------T-AT---A-----------G-----------------TTATAG-------A----C---------A----T-GT-G----C-A----------A-T-GT-AA----CTG------CA---GAAACTGAAAATGCAGA---AT--ATA---ATT--TGA-T---CTCT--------TTTAGGAA--TCCAA-c
gi|3 : catAT-GGGTATTTTCTGTGCT--------TGTTC-------AT------T---------T----------T--------TAGCGGAGT---TG-----C----------------ACATACCCCAGTAGT--A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-AC-G-CCGA--------G---A-T-TAC-A-A--T-C----GT---A-A--------AAA---------T---------A----T----G---------T-----ATTGATA---------C-AT---G-----------GAGGTG------------T------------AAG--T---------A----G-GT-A----T-A----------A-T-AC-AA----CTG------CA---AAAATTGGAAAGACAGA---AT--GTA---ATT--TAA-T---ACCT--------TTTTGTGA--TCAGA-TT--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------TC-TG-AAG--AAAATACCCATTATA
gi|30 : AA--------A---A-TATAC-A----T-T----G----A-T--------A-----------C---------G----T----A---------T-----AGA-------------T-AT---A-----------G------------------------------A----C---------T----G-GA-A----T-A----------A-T-GC-AA----CAG------CT---GAAATTAAAAATGCAGA---AT--ATA---ATT--TGA-T---ACCT--------ATTAGGGA--TTGAA-TA--AC-AA-A-A-ATTTC--CA-------CA-GG-CAG--AAAATc
gi|31 : T-A----TGA----------A-T-AC-AA----CCG------CA---GAAATTTGAAAAGCAAA---AC--ATA---AGT--TGC-T---ACCA--------TTCACGGA--TCAAG-TTTAAA-AA-A-A-AATAC--CA-------AC-TG-CAGAAAAAATACCGGT
gi|32 : tatatattcaAC-GGGTATTTTTTGCTGT--------TGTCC-------AT------TCCTGCGGAAT----------T--------T-----------TG-----CGGATAG----------G----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-A-CAAT--------A---A-T-TAC-A-C--T-A----GC---A-A--------A-----------A---------A----T----A---------T-----agttagacggtaa
gi|33 : cGCATTTTCAATGGT--------TGTCCC------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----TGAAATTTCAGGCAAGGA----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-TTCAAA--------A---ATT-TACAA-A--T-G----GC---A-A--------A---------------------A----T--------------T-----A---------------C-AA---A-----------A-----------------T------------A----C---------A----ctaatgatgatcatataggttatatatcactggtaat
gi|34 : tatactgtaaaaa---------------A--------------A-----T-T-CT-G-TGAA--------A---A-T-TAC-A-G--T-C----GC---ACA--------A-----------T---------A----G----G---------T-----A---------------C-AT---A-----------A---------------------------------------------A----G-GT-A----T-G----------C-T-GC-AA----CTG------CA---AAAATTGGTACTGC-GA---TT--ATA---ATT--TGC-T---A-CT--------TTTAG
gi|35 : cggAAT-GGGTATTCTGTG-GGT--------T-TCC-------AT------T---------T----------T--------TG----------TG-----G----------------A----------------A--------------------AGAA------------A--------------A-----A-T-CTTG-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--TCC----GTTA-A-A--------A-----------CT--------A----T----A---------T-----A---------------T-AT---A-----------T-----------------T------------G----A---------A----T-GT-A----T-A----------aat
gi|36 : tatAT-GGGTATTCTGTG-GGT--------T-TCC-------AT------T---------T----------T--------TG----------TG-----A----------------A----------------AGA------------------A---------------A--------------A-----A-T-CTTG-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--TCC----GTTA-A-A--------A-----------CT--------A----T----A---------T-----A---------------T-AT---A-----------T-----------------T------------G----A---------A----T-GT-A----T-A----------cat
gi|37 : A---ATG-ATA---ATT--CGC-T---AACTAATACTATTTTAAG-A--TCAAA-TC--GCAAA-A-A-AAATC--CA-------AT-AG-CAG--AAAGCATCAATTATAcat
gi|38 : CA------CA---GAAATTGAAAGCGCAGA---AT----------T--CGC-T---GTCT--------ATAAGACA--TTGGA-TG--GC-AG-A-A-ATCTA--TA-------TC-CG-TAG--ATAATACCCGTTcgatatgtaa
gi|39 : -T-GA-AA----CCA------CA---GAAATAGGAAGCGCAGA---AT--ATA---ATT--TAC-T---ACAA--------CGTAGGGA--TCAAA-TC--AC-AGTA-A-ATttcaag
gi|4 : -A--------A-----------T---------A----T----G---------T-----G------------------T---A-----------GA----------------T------------A----C---------A----T-ATGA----T-A----------A-A-GC-AA----CCA------TA---GATATTGGAAAGTTAGA---AT--ATA---TTT--TGC-T---ACCA--------TTTACGAA--TCAAA-TT--GC-AA-A-A-A-TTC--CG-------GCGCA-CAT--AAAATatgtgttatacag
gi|40 : aaaaaatgtgaggaagtttgaaacataaaatatatatattcacttcac---GAAATTGGAAATGCAGA---AT--ATA---ATT--TAC-A---ACCT--------TTTCGGGA--CTGAA-TC--AC-AA-ctctattgaatacggtattcactttgataaactgtacagtaatagatgagggagagttt
gi|5 : ATTTTCTGCAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------TCTACAGAATTTTG-----TGGACAG----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---ACT-TAC-A-A--A-T----GCC--A-A--------A-----------T---------AGATGT----A---------T-----A---------------C-AT---G-----------A-----------------TCC----------A----T---------A----G-GT-AAGCAT-A----------AAT-GC-AA----CCG------TG---TAAACTGAAAATACAAA---ATTAATA---AAT--T---T---ACCTGTCA----TTTAAGGA--TCAAA-TT--GC-AA-ACA-ATTTC--CA-------AC-CACCAG--AAAATACCCATTATtttttttttatctgttata
gi|6 : gctaAC-AGGCATTTTCTGCAGC--------TGTCA-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----CCA--------------A----------------ATTTTTGTGGATACTATTAGGA---------------A--------------A-----A-TTCC-A-TAGT--------A---A-T-TAC-T-A--T-T----GC---A-A--------AA----------C---------A----T----A---------T-----ATATTTGCT-------C-AT---A-----------GG----------------T------------A----C---------C----CTGT-G----T-A----------A-T-GC-AA----CCA------TT---AAAATTGGAAACACAGA---AT--ATA---ATA--AAC-T---ACCA--------CTTGCAGA--TCAAA-TC--AC-AA-A-A-ATTTT--CA-------AC-CA-CAG--AAAATACCTGTTATca
gi|7 : cAAC-GGGTAATTTCTATGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------TGTGTGAAAT-----------TG-----CGGATAC----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-T--T-C----GC---A-AAATATATTA-----------C---------A----T----GCATGGAGGTT-----A---------------C-AT---A-----------G------------------------------A--------------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-TA----CAA------CA---GAAATTAGACACA-AGA---GT--ATA---ATT--TGC-T---ACCA--------TTTATGGA--TCAAA-TC--TC--A-A-A-ATTTC--AA-------AC-CA-TAG--AAAATACCCATTATA
gi|8 : acAAC-GGATGTTTTCTGTTAT--------TGTCC-------AT------T---------TCATGTGGAAAT--------T-----------TG-----TGGATAT----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----AC---A-A--------A---------------------A----T----A---------T-----A---------------T-AT---A-----------A-----------------T------------A----TCGATACAATA----G-GT-A----T-AGAGTCCTATAA-T-GT-AA----CTG------CA---GTAATTGAAAAC-CAGA---AT--ATA---ATT--TGA-T---CCCT--------TTTGGGGA--T-------------A-G-A-ATTTC--TG-------CT-CA-CAG--GAAATACCCATTATATc
gi|9 : tatTTCTGTGGT--------TGTCCTTTTTTTATTTTTTAT---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------AGAATTTTGCAGATAGGA--------------------A---------------A--------------G-----A-T-TG-G-TAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----AC---A-A--------A---------------------A----T----A---------T-----AT--------------T-TT---A-----------GA----------------T------------A----T---------A----G-AT-C----T-AT---------A-TAGC-AA----CTG------CA---GAAATTGACAATGCAGA---AT--ACACTCATA--TA--T---A-----------TTTAAGGA--TTGGA-TC--AC-AA-G-A-ATTTTGGCA----------CA-CAG--AAAATAGCTGTTTTAg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): TATATGTTTAAAAGATTTGTTTAACAAGTCAGAATTTATTTGCTGGTAC
Unaligned ( gi|42 ): GTAAATGATAAATTACAGGAATGTGGGAGAAAATTT
Unaligned ( gi|43 ): GGTATGTAGTGTTGTCCAAGCTATTTATTTT
Unaligned ( gi|44 ): ACTTTTCTGTGCTTTGCATACGTGTACATTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 2 88888888 6666666 444444 77777777777777777777 55555555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 5555 1 7777777777 1 1 1 2222 333333 333 33 111 22 222 11 1 222 999999999 1 0 11 1 11 2 1 1 1 11 66666666 1 2 22
lowQualScore : . . ........ ....... ...... .................... ........ ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .... . .......... . . . .... ...... ... .. ... .. ... .. . ... ......... . . .. . .. . . . . .. ........ . . ..
lowQualScore : 2 4 00000000 8888888 666666 22222222222222222222 66666666 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0000 2 5555555555 2 2 2 6666 444444 111 66 999 66 000 66 2 111 444444444 2 5 77 2 77 6 3 3 3 99 77777777 4 9 00
consensus : NNAAC-GGGTATTTTCTGCGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------C---------A----T----G---------T-----A---------------C-AT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAAACGCAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTTAGGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------AC-CG-CAG--AAAATACCCGTTATAT
Reference ( family-3624 ) : NNAAC-GGGTATTTTCTGCGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------C---------A----T----G---------T-----A---------------C-AT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAAACGCAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTTAGGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------AC-CG-CAG--AAAATACCCGTTATAT
gi|1 : GGCATTTTCTGC--C--------CATCC-------AA------T---------T----------A--------C-----------TG-----C----------------AGACAGGA---------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-A-CAAA--------A---A-T-TTA-A-A--T-C----GCTAAA-A--------A-----------T---------A----T----G---------TG----A---------------T-ATCT-A-----------G-----------------TCATTACGTATACA----T---------A----C-GA-A----T-A----------A-T-GC-AA----CTG------CA---GATATTGGAAACGCATG---GT--ATA---ATT--TAC-T---ACAT--------TTTAGTAA--CCATA-TT--GT--A-A-A-ATAAC--CA-------GT-CATCGA--AAAATACGTGCTATA
gi|10 : gtatacctAAC-AGGTATTTTCTACTGTATTACTGGTGTTC-------AG------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------AGATAGGTCCAGG----A--------------------A---------------A--------------A-----G-T-TC-A-GAAA--------A---A-T-TAC-A-G--T-C----AC---A-G--------AATATATATATCC---------A----T----G---------T-----A---------------T-AT---A-----------GGTATGTAATACTATGTAT------------A----C---------ATAA-G-GT-G----A-A----------G-T-GC-AA----CTA------CA---AAAATTGCAAACACAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---GCCA--------TTTAGAGA--TCAAA-TC--cggcattaggctgacgttcttgtctagcaagataagattttcctacataca
gi|11 : tgtatAACAGGGTATTTCCTGCAGT--------TATCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TA-----C----------------ATATATTGG--------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-A-CAAA--------A---A-T-TTC-A-T--T-C----AC---A-A--------AATA--------C---------G----T----G---------T-----A---------------C-A----A-----------G-----------------TT-----------A----C---------ATATTG-GT-A----A-A----------A-T-GC-AG----CCT------CA---GAAATTGGAAATGCAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---ACCA--------TTTACAGA--TCAAT-TT--GC-AA-A-C-ATTTC--CA-------AT-CA-CTG--AAAATACCTGCTATAa
gi|12 : at-GGGTAGTTTCTCTGCT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T------------G-----C----------------AGACAGTA---------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-C--A-CAAA--------A---A-T---C-A-A--T-C----AT---A-T--------A-----------C---------A----T----G---------T-----A---------------C-AT---GCTCATTGGTGCA-----------------T------------A----T---------A----G-GT-A----T-A----------A-C-TC-AATTCACTG------CAAAAGGAATTGGAAAC--AGA---AT--ATA---AAT--TGC-T---ACCA--------TTTATGGA--TCAAA-TT--GC-AA-A-T-AATTC--AA-------AC-CG-CAG--AAAATGCTCATTGTAc
gi|13 : aaTCTACGGT--------TGTCC-------AT------T---------A----------T--------T-----------TG-----C----------------G----------------A--------------------ACTTTTCAGGATAGAAA--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------A---------A----TCAA-G---------T-----A---------------C-A----A-----------G-----------------T------------ATGGTT---------A----G-GT-A----T-A----------C-T-GCAAA----CCG------CA---GAAATTGGAACTGCAGAAATAT--ATA---AAC--CG--------CT--------TTTAGATA--TCGGA-TC--GC-AA-A-A-AAATC--C--------TC-CG-CAG--AAAATACGTGTT
gi|14 : taCTACGGT--------TGTCC-------AT------T---------A----------T--------T-----------TG-----CGAACTTTTCAGGATAGA----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------A---------A----TCAA-G---------T-----A---------------C-A----A-----------G-----------------T------------A----TGGTT-----A----G-GT-A----T-A----------C-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAACTGCAGA---AT--ATA---ATA--AAC-C---GCCT--------TTTAGATA--TCGGA-TC--GC-AA-A-A-AAATC--CT-------CC-CG-CAG--AAAATACGTGTTATAtac
gi|15 : -CAAA--------A---A-T-TTC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------CTTTAA----A----T----G---------T-----AGTAA-----------C-AT---------------G-----------------T------------A----C---------ATC--G-GT-A----C-A------------T-GC-AG----CTG------TA---GAAATTGGAAATGCAG----------A---ATT--GGC-T---ACCA--------TTTATGAA--TTAAA-TC--GCAAA-A-A-AATTC--CA-------AT-CT-CAG--AAAGTATCCATTATA
gi|16 : tggctgttcatattttgtgggactttgcagatagaaaatttttcAAA-GGATATTTCCTGCAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------C--------C-----------TG-----T----------------T----------------A-------------------------------------------------------------CT-G-CGAG--------A---A-T-TAC-G-A--T-C----AT---A-A--------A-----------A---------A----T----T---------T-----A---------------A-AT---A-----------GATA--------------C------------A----C---------A----A-GT-A----C-A----------A------AG----CTG------CA---TACATTCAAAATATGAA---AT--ACA---ATTGTTGC-T---ACTG--------CTTAGAAA--GAAAA-TA--TA-GA-A-A-ATTTT--CA-------AC-TG-CAG--AAAATACTTGCTcgg
gi|17 : ccgtttAAT-GAGTATTTTCTGCAGAAA------CGTCA-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------AGAAATTTGTAGGGAGGA--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-A-CCAA--------A---A-T-TAC-T-G--T-T----GC---A-A--------A-----------TA--------A----T----G---------T-----A---------------TGAA---G-----------G-----------------T------------AGG--C---------A----C-AT-A----T-AG---------A-T-AT--A----C--------TA---GTAATTGGAAATTTAGA---GT--ATA---ATT--TGTGTCAGACCA--------TCTATGGA--TCAAATTT--GC-AA-A-A-ATGT---CA-------AC-ctgtggta
gi|18 : cAAT-GGTTAGTTTCTGCAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-G-CAAA--------G---A-T-TAC-A-A--T-T----GT---A-C--------A-----------C---------A----T----G---------C-----A---------------C-AT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A----G-GT-A----T-C----------A-T-GC-AA----CTG------CA---GAAATCGGAAACATAGA---AT--ACA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTTATGGA--TCATA-TT--GC-AA-A-A-ATTTC--AA-------AC-TG-CAG--GAGATACCCGGTATAT
gi|19 : agAAC-AGGTATTTTTCGCGGT--------TGTCC-------CT------C---------T----------T--------T-----------GG-----T----------------A----------------A--------------------G---------------A--------------ATT---A-T-TC-A-CAAA--------------T-TAG-A-A--G-T----GC---A-A--------AA----------C---------A----TT---A---------TTTCCAA---------------C-AT---C-----------G-----------------T-----------------------------------T-A----C-A----------A-T-GC-AC----TCG------CA---GAAATTGGAAACGCAAA---AT--AAA---ATT--TGT-T---GTCC--------TCTAAGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-A-TTTTC--CA-------AC-AG-CAT---TAATACCTGTTATA
gi|2 : AAC-GGCTATGTTCTGTTGT--------TGCCC-------AT------G---------T----------T--------G-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------ATTTGGGGATAAGAAAT----A-T-CT-G-CAAA--------C---T-T-TAC-A-A--T-T----AC---A-A--------AA----------C---------A----TTATAG---------C-----AACAAAATTAAGGGGTT-ATTAAA-----------G-----------------T------------G----C---------ATC--G-TT-A----T-G----------A-T-GC-AA----CCG------CAC--AAAATTGGAAAC--AGA----T--ACA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTT-GGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-C-ATTTC--CA-------AC-CG-CAA--AAAA-GTCCGTTATA
gi|20 : atAAC-AACTATTTTCTGCAAT--------TGTCC-------AT------A---------T----------T--------T-----------TG---------------------------------------A--------------------G---------------G--------------T-----A-T-TT-G-CAGATCTATGCAA---A-T-TAT-ATA--TAC----AC---A-C--------T-----------C---------A----TAG--G---------T-----A---------------T-AT---A-----------------------------T------------A----T----------------GT-A----A-A----------A-T-GC-GA----CC--------A---GAAATTGGAAAGGCGGA---AT--ATA---ATT--T----------------------ATGTA--TCAAA-TC--GA-AA-A-AAATTTC--CA-------AC-CA-CAG--AAAATACc
gi|21 : tAT-GGATATTTTCAAAAGT--------TGCCA-------AC------T---------G----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------ATGGAAG---------A--------------A-----T-T-CC-G-CTAT--------A---A-T-CAC-A-A--T-TTATTGC---A-A--------AA----------C---------A----T--------------T-----G-----------------GT---A-----------G-----------------T----------------------------------GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----TCA------TA---GAAATTGGAAATGTAGG---AT--ATG---ATA--TAA-T---G-CT--------TTCAAGTA--TGAAA-TC--GC-AA-A-A-ACTTT--GG-------GC-TG-CAG--AAAATAtaatacccatta
gi|22 : TATTTTCTACAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------ATAAGGA---------A--------------A-----ACT-TT-G-CAAA--------C-----T-TAG-G-A--G-T----GT---A-A--------A---------------------A----T----G---------T-----A---------------T-AT---AT----------G-----------------T------------A----TCT-------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCA------AA---GATATTGGAAAAACAGA---AT--ATA---GTT--TGC-C---TCCT--------TTTATG-------AA-TT--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------CT-CG-CA---AAAATTCCaattgt
gi|23 : gat----------T--------T-----------CG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------AC-------------A-----A-T-CT---------------A---A-T-TAC-A-AAAT-------------A--------A-----------G---------A----T----A---------T-----ATGG------------C-ATCAAA-----------G-----------------T------------G----C---------ATC--G-TT-G----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAAATGGAAACAAAG----------A---ATT--TGC-T---TCCT--------TTTAGGTATTTTAAA-TC--TC--A-A-A-ATTTC--CA-------AC-CG-C-G--AAAtat
gi|24 : aactttcaggaaagatgaggtatacaaatgacaga---------T-----A---------------C-ATGGAA-----------G-----------------T------------A----A---------A----G-AT-AGGCGT-A----------A-T-G---A----CTG------CA---GAAATTGGAAACACAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---GCCT--------TTTAGGGA--TGGGA-TC--GC-AA-A-A-AATTC--TA-------TC-GG-CAT--AAATTACCTGTTATA
gi|25 : cagacagaagacagacaacaggtgatcagaaaatgtataga----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-G-CAGA--------A---A-T-TAA-T-A--T-T----AC---A-A--------A---------------------A----T----A---------T-----A---------------C-AT---ACAAGTTCCTAGG-----------------T------------A----C---------ATATAG-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCACTGATTCA---GAAATTGTATAGAAAGG---AT--ATG---ATT--TAC-T---AAC--------------AGA--TCAAA-TT--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------GC-CA-TAG--AAAACACCcacagta
gi|26 : ggataggAC-AGCCATCTTCTGCAGT--------TGCCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------GGAGAATC----------------GT---------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-G-CA-G-CAAA--------ATGTA-T-GAA-G-A--T------AC---A-A--------A---------------------A----T--------------T-----A---------------T-AT---ATCTGTG-----G-----------------T------------T----T---------G----T-GT-G----T-T----------A-T-GC-AA----CTG------CT---AAAATTGGAAACACAGA---AA--AAA---ATaatcat
gi|27 : cagcatG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------ATTACAA-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-CTC-A-A--T-C----GC---A-A--------AAG---------C---------AA---T----G---------T-----ATCGATA---------C-GTTTAA-----------G-----------------T------------A----T---------T----G-AT-A----T-A----------A-T-GC-AC----TCG------CT---GAAACCGGAAACGCAGA---AT--GTcaatcattttcacatgcagaaa
gi|28 : ataacggttcatatttgcggaatttgcggataggaaaaatcc-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CTG------CA---GAAATTGAAAA----------T--ATA---ATT--TGA-T---GCAT--------ATTAGGAA--TCAAA-TT--GC-AA-A-C-ATTTC--CACCCACTGGC-CA-CAA--AAAATACCCAT
gi|29 : atattgatacaatatagctatggatcatct----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-A-TAAA--------A---A-A-TTC-A-A--T-T----GC---A-A--------AAA---------CTAGGAATTAA----T----A---------C-----A---------------T-AT---A-----------G-----------------TTATAG-------A----C---------A----T-GT-G----C-A----------A-T-GT-AA----CTG------CA---GAAACTGAAAATGCAGA---AT--ATA---ATT--TGA-T---CTCT--------TTTAGGAA--TCCAA-c
gi|3 : catAT-GGGTATTTTCTGTGCT--------TGTTC-------AT------T---------T----------T--------TAGCGGAGT---TG-----C----------------ACATACCCCAGTAGT--A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-AC-G-CCGA--------G---A-T-TAC-A-A--T-C----GT---A-A--------AAA---------T---------A----T----G---------T-----ATTGATA---------C-AT---G-----------GAGGTG------------T------------AAG--T---------A----G-GT-A----T-A----------A-T-AC-AA----CTG------CA---AAAATTGGAAAGACAGA---AT--GTA---ATT--TAA-T---ACCT--------TTTTGTGA--TCAGA-TT--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------TC-TG-AAG--AAAATACCCATTATA
gi|30 : AA--------A---A-TATAC-A----T-T----G----A-T--------A-----------C---------G----T----A---------T-----AGA-------------T-AT---A-----------G------------------------------A----C---------T----G-GA-A----T-A----------A-T-GC-AA----CAG------CT---GAAATTAAAAATGCAGA---AT--ATA---ATT--TGA-T---ACCT--------ATTAGGGA--TTGAA-TA--AC-AA-A-A-ATTTC--CA-------CA-GG-CAG--AAAATc
gi|31 : T-A----TGA----------A-T-AC-AA----CCG------CA---GAAATTTGAAAAGCAAA---AC--ATA---AGT--TGC-T---ACCA--------TTCACGGA--TCAAG-TTTAAA-AA-A-A-AATAC--CA-------AC-TG-CAGAAAAAATACCGGT
gi|32 : tatatattcaAC-GGGTATTTTTTGCTGT--------TGTCC-------AT------TCCTGCGGAAT----------T--------T-----------TG-----CGGATAG----------G----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-A-CAAT--------A---A-T-TAC-A-C--T-A----GC---A-A--------A-----------A---------A----T----A---------T-----agttagacggtaa
gi|33 : cGCATTTTCAATGGT--------TGTCCC------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----TGAAATTTCAGGCAAGGA----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-TTCAAA--------A---ATT-TACAA-A--T-G----GC---A-A--------A---------------------A----T--------------T-----A---------------C-AA---A-----------A-----------------T------------A----C---------A----ctaatgatgatcatataggttatatatcactggtaat
gi|34 : tatactgtaaaaa---------------A--------------A-----T-T-CT-G-TGAA--------A---A-T-TAC-A-G--T-C----GC---ACA--------A-----------T---------A----G----G---------T-----A---------------C-AT---A-----------A---------------------------------------------A----G-GT-A----T-G----------C-T-GC-AA----CTG------CA---AAAATTGGTACTGC-GA---TT--ATA---ATT--TGC-T---A-CT--------TTTAG
gi|35 : cggAAT-GGGTATTCTGTG-GGT--------T-TCC-------AT------T---------T----------T--------TG----------TG-----G----------------A----------------A--------------------AGAA------------A--------------A-----A-T-CTTG-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--TCC----GTTA-A-A--------A-----------CT--------A----T----A---------T-----A---------------T-AT---A-----------T-----------------T------------G----A---------A----T-GT-A----T-A----------aat
gi|36 : tatAT-GGGTATTCTGTG-GGT--------T-TCC-------AT------T---------T----------T--------TG----------TG-----A----------------A----------------AGA------------------A---------------A--------------A-----A-T-CTTG-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--TCC----GTTA-A-A--------A-----------CT--------A----T----A---------T-----A---------------T-AT---A-----------T-----------------T------------G----A---------A----T-GT-A----T-A----------cat
gi|37 : A---ATG-ATA---ATT--CGC-T---AACTAATACTATTTTAAG-A--TCAAA-TC--GCAAA-A-A-AAATC--CA-------AT-AG-CAG--AAAGCATCAATTATAcat
gi|38 : CA------CA---GAAATTGAAAGCGCAGA---AT----------T--CGC-T---GTCT--------ATAAGACA--TTGGA-TG--GC-AG-A-A-ATCTA--TA-------TC-CG-TAG--ATAATACCCGTTcgatatgtaa
gi|39 : -T-GA-AA----CCA------CA---GAAATAGGAAGCGCAGA---AT--ATA---ATT--TAC-T---ACAA--------CGTAGGGA--TCAAA-TC--AC-AGTA-A-ATttcaag
gi|4 : -A--------A-----------T---------A----T----G---------T-----G------------------T---A-----------GA----------------T------------A----C---------A----T-ATGA----T-A----------A-A-GC-AA----CCA------TA---GATATTGGAAAGTTAGA---AT--ATA---TTT--TGC-T---ACCA--------TTTACGAA--TCAAA-TT--GC-AA-A-A-A-TTC--CG-------GCGCA-CAT--AAAATatgtgttatacag
gi|40 : aaaaaatgtgaggaagtttgaaacataaaatatatatattcacttcac---GAAATTGGAAATGCAGA---AT--ATA---ATT--TAC-A---ACCT--------TTTCGGGA--CTGAA-TC--AC-AA-ctctattgaatacggtattcactttgataaactgtacagtaatagatgagggagagttt
gi|5 : ATTTTCTGCAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------TCTACAGAATTTTG-----TGGACAG----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---ACT-TAC-A-A--A-T----GCC--A-A--------A-----------T---------AGATGT----A---------T-----A---------------C-AT---G-----------A-----------------TCC----------A----T---------A----G-GT-AAGCAT-A----------AAT-GC-AA----CCG------TG---TAAACTGAAAATACAAA---ATTAATA---AAT--T---T---ACCTGTCA----TTTAAGGA--TCAAA-TT--GC-AA-ACA-ATTTC--CA-------AC-CACCAG--AAAATACCCATTATtttttttttatctgttata
gi|6 : gctaAC-AGGCATTTTCTGCAGC--------TGTCA-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----CCA--------------A----------------ATTTTTGTGGATACTATTAGGA---------------A--------------A-----A-TTCC-A-TAGT--------A---A-T-TAC-T-A--T-T----GC---A-A--------AA----------C---------A----T----A---------T-----ATATTTGCT-------C-AT---A-----------GG----------------T------------A----C---------C----CTGT-G----T-A----------A-T-GC-AA----CCA------TT---AAAATTGGAAACACAGA---AT--ATA---ATA--AAC-T---ACCA--------CTTGCAGA--TCAAA-TC--AC-AA-A-A-ATTTT--CA-------AC-CA-CAG--AAAATACCTGTTATca
gi|7 : cAAC-GGGTAATTTCTATGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------TGTGTGAAAT-----------TG-----CGGATAC----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-T--T-C----GC---A-AAATATATTA-----------C---------A----T----GCATGGAGGTT-----A---------------C-AT---A-----------G------------------------------A--------------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-TA----CAA------CA---GAAATTAGACACA-AGA---GT--ATA---ATT--TGC-T---ACCA--------TTTATGGA--TCAAA-TC--TC--A-A-A-ATTTC--AA-------AC-CA-TAG--AAAATACCCATTATA
gi|8 : acAAC-GGATGTTTTCTGTTAT--------TGTCC-------AT------T---------TCATGTGGAAAT--------T-----------TG-----TGGATAT----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----AC---A-A--------A---------------------A----T----A---------T-----A---------------T-AT---A-----------A-----------------T------------A----TCGATACAATA----G-GT-A----T-AGAGTCCTATAA-T-GT-AA----CTG------CA---GTAATTGAAAAC-CAGA---AT--ATA---ATT--TGA-T---CCCT--------TTTGGGGA--T-------------A-G-A-ATTTC--TG-------CT-CA-CAG--GAAATACCCATTATATc
gi|9 : tatTTCTGTGGT--------TGTCCTTTTTTTATTTTTTAT---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------AGAATTTTGCAGATAGGA--------------------A---------------A--------------G-----A-T-TG-G-TAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----AC---A-A--------A---------------------A----T----A---------T-----AT--------------T-TT---A-----------GA----------------T------------A----T---------A----G-AT-C----T-AT---------A-TAGC-AA----CTG------CA---GAAATTGACAATGCAGA---AT--ACACTCATA--TA--T---A-----------TTTAAGGA--TTGGA-TC--AC-AA-G-A-ATTTTGGCA----------CA-CAG--AAAATAGCTGTTTTAg
blockSeqs : A T ATTACTGG TTTTTTT TTTTTA TCATGTGGAAA GTGTGAAA TGCAGATAGGTCCAGGAAAAGTTCAGAAAAATTACAGTCACAGAATATATATATCCATGTATATAGGTATGTAATACTATGTATACATAAG G GGCG G GAGTCCTATA A A A TTCA CTGATT AAA CA AAT TA CTC GT G CAG TAATACTAT G TT T TA A T C A GG CCCACTGG G C AA
blockSeqs : . A AA C . CCTGCGGAAT . TGCAAAATTTGGGGATAAGAAATATCTGCAAACTTTACAATTACAAAACATTATAGCAACAAAATTAAGGGGTTATTAAAGTGCATCG . AGCA . G . . . . . C TG . G . . . . TGTCA C . . . A . . . . A . . .
blockSeqs : . G . . . T . AGCGGAGTTGCACATACCCCAGTAGTAAAAATACGCCGAGATTACAATCGTAAAAATATGTATTGATACATGGAGGTGTAAGTAG . . . T . . . . . . TG . . . . . . A T . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . G . . . T . TGCCAAATTTTTGTGGATACTATTAGGAAAATTCCATAGTAATTACTATTGCAAAACATATATATTTGCTCATAGGTACCCT . . . . . . . . . . TG . . . . . . A G . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . G . . . T . CTACAGAATTTTGTGGACAGAAAAAATCCGCAAAAACTTACAAATGCCAAATAGATGTATACATGATCCATAG . . . . . . . . . . TG . . . . . . A G . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . A . . . A . TGCGAACTTTTCAGGATAGAAAAAATCCGCAAAAATTACAATCGCAAAAATCAAGTACAAGTATGGTTAG . . . . . . . . . . TA . . . . . . T T . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . A . . . A . TGCGAACTTTTCAGGATAGAAAAATCCGCAAAAATTACAATCGCAAAAATCAAGTACAAGTATGGTTAG . . . . . . . . . . TT . . . . . . T G . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . A . . . T . TGCGGATACAAAAAATCTGCAAAAATTACATTCGCAAAATATATTACATGCATGGAGGTTACATAGAAG . . . . . . . . . . CA . . . . . . A T . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . G . . . T . TGCAGAAATTTGTAGGGAGGAAAAATCCACCAAAATTACTGTTGCAAATAATGTATGAAGGTAGGCAC . . . . . . . . . . CG . . . . . . G T . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . T . . . T . TGCAGAATTTTGCAGATAGGAAAGATTGGTAAAAATTACAATCACAAAATATATTTTAGATATAG . . . . . . . . . . GG . . . . . . A A . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . A . . . T . TACATATATTGGAAAAATCCACAAAAATTTCATTCACAAAATACGTGTACAAGTTACATATTG . . . . . . . . . . TG . . . . . . T G . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . A . . . T . GCAGACAGTAAAAAATCACAAAAATCAATCATATACATGTACATGCTCATTGGTGCATATAG . . . . . . . . . . AA . . . . . . C T . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . A . . . T . TGTGGATATAAAAAATCCGCAAAAATTACAATCACAAAATATATATAATATCGATACAATAG . . . . . . . . . . CA . . . . . . T A . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . A . . . G . GGAGAATCGTAAAAAGCAGCAAAATGTATGAAGATACAAAATTATATATCTGTGGTTTGT . . . . . . . . . . CA . . . . . . T T . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . G . . . T . GTGGAAAGAAAAATCTTGCAAAAATTACAATCCGTTAAAACTATATATATATTGAAT . . . . . . . . . . GA . . . . . . T G . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . T . . . T . TGCAAATAAGGAAAACTTTGCAAACTTAGGAGTGTAAAATGTATATATGTATCTAG . . . . . . . . . . CA . . . . . . T G . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . G . . . T . GTGAAAGAAAAATCTTGCAAAAATTACAATCCGTTAAAACTATATATATATTGAAT . . . . . . . . . . CG . . . . . . T G . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : G . . . T . TGAGGTATTTGCAGATCTATGCAAATTATATATACACACTCATAGGTATATATAT . . . . . . . . . . TG . . . . . . T G . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : G . . . T . TGCAAATGGAAGAATTCCGCTATAATCACAATTTATTGCAAAACATTGGTAGT . . . . . . . . . . GA . . . . . . T G . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : A . . . T . GGTAAGAATTATTCACAAATTAGAAGTGCAAAACATTATTTCCAACATCGT . . . . . . . . . . TG . . . . . . T G . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : A . . . T . CGCAAAACAATCTAATTACAAAATAAGATATATGGCATCAAAGTGCATCG . . . . . . . . . . AG . . . . . . T C . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : G . . . T . TGCAAAAAATCTGCAAAGATTACAATTGTACACATGCACATAGTACAG . . . . . . . . . . TG . . . . . . A G . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : T . . . T . TGTTACTGCGAGAATTACGATCATAAAAATTTAAATAGATACACAA . . . . . . . . . . CG . . . . . . T A . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : G . . . T . . . . . . . . . . . CG . . . . . . T G . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . GT . . . . . . A G . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TG . . . . . . A C . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TA . . . . . . T G . . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CA . . . . . . A A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CA . . . . . . A C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . TG . . . . . . T T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : NNAAC-GGGTATTTTCTGCGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------C---------A----T----G---------T-----A---------------C-AT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAAACGCAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTTAGGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------AC-CG-CAG--AAAATACCCGTTATAT
finalCons : NNAAC-GGGTATTTTCTGCGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------C---------A----T----G---------T-----A---------------C-AT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAAACGCAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTTAGGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------AC-CG-CAG--AAAATACCCGTTATAT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): TATATGTTTAAAAGATTTGTTTAACAAGTCAGAATTTATTTGCTGGTAC
Unaligned ( gi|42 ): GTAAATGATAAATTACAGGAATGTGGGAGAAAATTT
Unaligned ( gi|43 ): GGTATGTAGTGTTGTCCAAGCTATTTATTTT
Unaligned ( gi|44 ): ACTTTTCTGTGCTTTGCATACGTGTACATTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2 2 88888888 6666666 444444 77777777777777777777 55555555 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 5555 1 7777777777 1 1 1 2222 333333 333 33 111 22 222 11 1 222 999999999 1 0 11 1 11 2 1 1 1 11 66666666 1 2 22
lowQualScore : . . ........ ....... ...... .................... ........ ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . .... . .......... . . . .... ...... ... .. ... .. ... .. . ... ......... . . .. . .. . . . . .. ........ . . ..
lowQualScore : 2 4 00000000 8888888 666666 22222222222222222222 66666666 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 0000 2 5555555555 2 2 2 6666 444444 111 66 999 66 000 66 2 111 444444444 2 5 77 2 77 6 3 3 3 99 77777777 4 9 00
consensus : NNAAC-GGGTATTTTCTGCGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------C---------A----T----G---------T-----A---------------C-AT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAAACGCAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTTAGGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------AC-CG-CAG--AAAATACCCGTTATAT
Reference ( family-3624 ) : NNAAC-GGGTATTTTCTGCGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------C---------A----T----G---------T-----A---------------C-AT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAAACGCAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTTAGGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------AC-CG-CAG--AAAATACCCGTTATAT
gi|1 : GGCATTTTCTGC--C--------CATCC-------AA------T---------T----------A--------C-----------TG-----C----------------AGACAGGA---------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-A-CAAA--------A---A-T-TTA-A-A--T-C----GCTAAA-A--------A-----------T---------A----T----G---------TG----A---------------T-ATCT-A-----------G-----------------TCATTACGTATACA----T---------A----C-GA-A----T-A----------A-T-GC-AA----CTG------CA---GATATTGGAAACGCATG---GT--ATA---ATT--TAC-T---ACAT--------TTTAGTAA--CCATA-TT--GT--A-A-A-ATAAC--CA-------GT-CATCGA--AAAATACGTGCTATA
gi|10 : gtatacctAAC-AGGTATTTTCTACTGTATTACTGGTGTTC-------AG------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------AGATAGGTCCAGG----A--------------------A---------------A--------------A-----G-T-TC-A-GAAA--------A---A-T-TAC-A-G--T-C----AC---A-G--------AATATATATATCC---------A----T----G---------T-----A---------------T-AT---A-----------GGTATGTAATACTATGTAT------------A----C---------ATAA-G-GT-G----A-A----------G-T-GC-AA----CTA------CA---AAAATTGCAAACACAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---GCCA--------TTTAGAGA--TCAAA-TC--cggcattaggctgacgttcttgtctagcaagataagattttcctacataca
gi|11 : tgtatAACAGGGTATTTCCTGCAGT--------TATCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TA-----C----------------ATATATTGG--------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-A-CAAA--------A---A-T-TTC-A-T--T-C----AC---A-A--------AATA--------C---------G----T----G---------T-----A---------------C-A----A-----------G-----------------TT-----------A----C---------ATATTG-GT-A----A-A----------A-T-GC-AG----CCT------CA---GAAATTGGAAATGCAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---ACCA--------TTTACAGA--TCAAT-TT--GC-AA-A-C-ATTTC--CA-------AT-CA-CTG--AAAATACCTGCTATAa
gi|12 : at-GGGTAGTTTCTCTGCT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T------------G-----C----------------AGACAGTA---------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-C--A-CAAA--------A---A-T---C-A-A--T-C----AT---A-T--------A-----------C---------A----T----G---------T-----A---------------C-AT---GCTCATTGGTGCA-----------------T------------A----T---------A----G-GT-A----T-A----------A-C-TC-AATTCACTG------CAAAAGGAATTGGAAAC--AGA---AT--ATA---AAT--TGC-T---ACCA--------TTTATGGA--TCAAA-TT--GC-AA-A-T-AATTC--AA-------AC-CG-CAG--AAAATGCTCATTGTAc
gi|13 : aaTCTACGGT--------TGTCC-------AT------T---------A----------T--------T-----------TG-----C----------------G----------------A--------------------ACTTTTCAGGATAGAAA--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------A---------A----TCAA-G---------T-----A---------------C-A----A-----------G-----------------T------------ATGGTT---------A----G-GT-A----T-A----------C-T-GCAAA----CCG------CA---GAAATTGGAACTGCAGAAATAT--ATA---AAC--CG--------CT--------TTTAGATA--TCGGA-TC--GC-AA-A-A-AAATC--C--------TC-CG-CAG--AAAATACGTGTT
gi|14 : taCTACGGT--------TGTCC-------AT------T---------A----------T--------T-----------TG-----CGAACTTTTCAGGATAGA----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------A---------A----TCAA-G---------T-----A---------------C-A----A-----------G-----------------T------------A----TGGTT-----A----G-GT-A----T-A----------C-T-GC-AA----CCG------CA---GAAATTGGAACTGCAGA---AT--ATA---ATA--AAC-C---GCCT--------TTTAGATA--TCGGA-TC--GC-AA-A-A-AAATC--CT-------CC-CG-CAG--AAAATACGTGTTATAtac
gi|15 : -CAAA--------A---A-T-TTC-A-A--T-C----GC---A-A--------A-----------CTTTAA----A----T----G---------T-----AGTAA-----------C-AT---------------G-----------------T------------A----C---------ATC--G-GT-A----C-A------------T-GC-AG----CTG------TA---GAAATTGGAAATGCAG----------A---ATT--GGC-T---ACCA--------TTTATGAA--TTAAA-TC--GCAAA-A-A-AATTC--CA-------AT-CT-CAG--AAAGTATCCATTATA
gi|16 : tggctgttcatattttgtgggactttgcagatagaaaatttttcAAA-GGATATTTCCTGCAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------C--------C-----------TG-----T----------------T----------------A-------------------------------------------------------------CT-G-CGAG--------A---A-T-TAC-G-A--T-C----AT---A-A--------A-----------A---------A----T----T---------T-----A---------------A-AT---A-----------GATA--------------C------------A----C---------A----A-GT-A----C-A----------A------AG----CTG------CA---TACATTCAAAATATGAA---AT--ACA---ATTGTTGC-T---ACTG--------CTTAGAAA--GAAAA-TA--TA-GA-A-A-ATTTT--CA-------AC-TG-CAG--AAAATACTTGCTcgg
gi|17 : ccgtttAAT-GAGTATTTTCTGCAGAAA------CGTCA-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------AGAAATTTGTAGGGAGGA--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-A-CCAA--------A---A-T-TAC-T-G--T-T----GC---A-A--------A-----------TA--------A----T----G---------T-----A---------------TGAA---G-----------G-----------------T------------AGG--C---------A----C-AT-A----T-AG---------A-T-AT--A----C--------TA---GTAATTGGAAATTTAGA---GT--ATA---ATT--TGTGTCAGACCA--------TCTATGGA--TCAAATTT--GC-AA-A-A-ATGT---CA-------AC-ctgtggta
gi|18 : cAAT-GGTTAGTTTCTGCAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-G-CAAA--------G---A-T-TAC-A-A--T-T----GT---A-C--------A-----------C---------A----T----G---------C-----A---------------C-AT---A-----------G-----------------T------------A----C---------A----G-GT-A----T-C----------A-T-GC-AA----CTG------CA---GAAATCGGAAACATAGA---AT--ACA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTTATGGA--TCATA-TT--GC-AA-A-A-ATTTC--AA-------AC-TG-CAG--GAGATACCCGGTATAT
gi|19 : agAAC-AGGTATTTTTCGCGGT--------TGTCC-------CT------C---------T----------T--------T-----------GG-----T----------------A----------------A--------------------G---------------A--------------ATT---A-T-TC-A-CAAA--------------T-TAG-A-A--G-T----GC---A-A--------AA----------C---------A----TT---A---------TTTCCAA---------------C-AT---C-----------G-----------------T-----------------------------------T-A----C-A----------A-T-GC-AC----TCG------CA---GAAATTGGAAACGCAAA---AT--AAA---ATT--TGT-T---GTCC--------TCTAAGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-A-TTTTC--CA-------AC-AG-CAT---TAATACCTGTTATA
gi|2 : AAC-GGCTATGTTCTGTTGT--------TGCCC-------AT------G---------T----------T--------G-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------ATTTGGGGATAAGAAAT----A-T-CT-G-CAAA--------C---T-T-TAC-A-A--T-T----AC---A-A--------AA----------C---------A----TTATAG---------C-----AACAAAATTAAGGGGTT-ATTAAA-----------G-----------------T------------G----C---------ATC--G-TT-A----T-G----------A-T-GC-AA----CCG------CAC--AAAATTGGAAAC--AGA----T--ACA---ATT--TGC-T---ACCT--------TTT-GGGA--TCAAA-TC--GC-AA-A-C-ATTTC--CA-------AC-CG-CAA--AAAA-GTCCGTTATA
gi|20 : atAAC-AACTATTTTCTGCAAT--------TGTCC-------AT------A---------T----------T--------T-----------TG---------------------------------------A--------------------G---------------G--------------T-----A-T-TT-G-CAGATCTATGCAA---A-T-TAT-ATA--TAC----AC---A-C--------T-----------C---------A----TAG--G---------T-----A---------------T-AT---A-----------------------------T------------A----T----------------GT-A----A-A----------A-T-GC-GA----CC--------A---GAAATTGGAAAGGCGGA---AT--ATA---ATT--T----------------------ATGTA--TCAAA-TC--GA-AA-A-AAATTTC--CA-------AC-CA-CAG--AAAATACc
gi|21 : tAT-GGATATTTTCAAAAGT--------TGCCA-------AC------T---------G----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------ATGGAAG---------A--------------A-----T-T-CC-G-CTAT--------A---A-T-CAC-A-A--T-TTATTGC---A-A--------AA----------C---------A----T--------------T-----G-----------------GT---A-----------G-----------------T----------------------------------GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----TCA------TA---GAAATTGGAAATGTAGG---AT--ATG---ATA--TAA-T---G-CT--------TTCAAGTA--TGAAA-TC--GC-AA-A-A-ACTTT--GG-------GC-TG-CAG--AAAATAtaatacccatta
gi|22 : TATTTTCTACAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------A----------------A--------------------ATAAGGA---------A--------------A-----ACT-TT-G-CAAA--------C-----T-TAG-G-A--G-T----GT---A-A--------A---------------------A----T----G---------T-----A---------------T-AT---AT----------G-----------------T------------A----TCT-------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCA------AA---GATATTGGAAAAACAGA---AT--ATA---GTT--TGC-C---TCCT--------TTTATG-------AA-TT--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------CT-CG-CA---AAAATTCCaattgt
gi|23 : gat----------T--------T-----------CG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------AC-------------A-----A-T-CT---------------A---A-T-TAC-A-AAAT-------------A--------A-----------G---------A----T----A---------T-----ATGG------------C-ATCAAA-----------G-----------------T------------G----C---------ATC--G-TT-G----T-A----------A-T-GC-AA----CCG------CA---GAAAATGGAAACAAAG----------A---ATT--TGC-T---TCCT--------TTTAGGTATTTTAAA-TC--TC--A-A-A-ATTTC--CA-------AC-CG-C-G--AAAtat
gi|24 : aactttcaggaaagatgaggtatacaaatgacaga---------T-----A---------------C-ATGGAA-----------G-----------------T------------A----A---------A----G-AT-AGGCGT-A----------A-T-G---A----CTG------CA---GAAATTGGAAACACAGA---AT--ATA---ATT--TGC-T---GCCT--------TTTAGGGA--TGGGA-TC--GC-AA-A-A-AATTC--TA-------TC-GG-CAT--AAATTACCTGTTATA
gi|25 : cagacagaagacagacaacaggtgatcagaaaatgtataga----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-G-CAGA--------A---A-T-TAA-T-A--T-T----AC---A-A--------A---------------------A----T----A---------T-----A---------------C-AT---ACAAGTTCCTAGG-----------------T------------A----C---------ATATAG-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CCACTGATTCA---GAAATTGTATAGAAAGG---AT--ATG---ATT--TAC-T---AAC--------------AGA--TCAAA-TT--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------GC-CA-TAG--AAAACACCcacagta
gi|26 : ggataggAC-AGCCATCTTCTGCAGT--------TGCCC-------AT------T---------T----------T--------T-----------GGAGAATC----------------GT---------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-G-CA-G-CAAA--------ATGTA-T-GAA-G-A--T------AC---A-A--------A---------------------A----T--------------T-----A---------------T-AT---ATCTGTG-----G-----------------T------------T----T---------G----T-GT-G----T-T----------A-T-GC-AA----CTG------CT---AAAATTGGAAACACAGA---AA--AAA---ATaatcat
gi|27 : cagcatG-----C----------------A----------------A--------------------A---------------A--------------ATTACAA-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-CTC-A-A--T-C----GC---A-A--------AAG---------C---------AA---T----G---------T-----ATCGATA---------C-GTTTAA-----------G-----------------T------------A----T---------T----G-AT-A----T-A----------A-T-GC-AC----TCG------CT---GAAACCGGAAACGCAGA---AT--GTcaatcattttcacatgcagaaa
gi|28 : ataacggttcatatttgcggaatttgcggataggaaaaatcc-GT-A----T-A----------A-T-GC-AA----CTG------CA---GAAATTGAAAA----------T--ATA---ATT--TGA-T---GCAT--------ATTAGGAA--TCAAA-TT--GC-AA-A-C-ATTTC--CACCCACTGGC-CA-CAA--AAAATACCCAT
gi|29 : atattgatacaatatagctatggatcatct----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-A-TAAA--------A---A-A-TTC-A-A--T-T----GC---A-A--------AAA---------CTAGGAATTAA----T----A---------C-----A---------------T-AT---A-----------G-----------------TTATAG-------A----C---------A----T-GT-G----C-A----------A-T-GT-AA----CTG------CA---GAAACTGAAAATGCAGA---AT--ATA---ATT--TGA-T---CTCT--------TTTAGGAA--TCCAA-c
gi|3 : catAT-GGGTATTTTCTGTGCT--------TGTTC-------AT------T---------T----------T--------TAGCGGAGT---TG-----C----------------ACATACCCCAGTAGT--A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-AC-G-CCGA--------G---A-T-TAC-A-A--T-C----GT---A-A--------AAA---------T---------A----T----G---------T-----ATTGATA---------C-AT---G-----------GAGGTG------------T------------AAG--T---------A----G-GT-A----T-A----------A-T-AC-AA----CTG------CA---AAAATTGGAAAGACAGA---AT--GTA---ATT--TAA-T---ACCT--------TTTTGTGA--TCAGA-TT--GC-AA-A-A-ATTTC--CA-------TC-TG-AAG--AAAATACCCATTATA
gi|30 : AA--------A---A-TATAC-A----T-T----G----A-T--------A-----------C---------G----T----A---------T-----AGA-------------T-AT---A-----------G------------------------------A----C---------T----G-GA-A----T-A----------A-T-GC-AA----CAG------CT---GAAATTAAAAATGCAGA---AT--ATA---ATT--TGA-T---ACCT--------ATTAGGGA--TTGAA-TA--AC-AA-A-A-ATTTC--CA-------CA-GG-CAG--AAAATc
gi|31 : T-A----TGA----------A-T-AC-AA----CCG------CA---GAAATTTGAAAAGCAAA---AC--ATA---AGT--TGC-T---ACCA--------TTCACGGA--TCAAG-TTTAAA-AA-A-A-AATAC--CA-------AC-TG-CAGAAAAAATACCGGT
gi|32 : tatatattcaAC-GGGTATTTTTTGCTGT--------TGTCC-------AT------TCCTGCGGAAT----------T--------T-----------TG-----CGGATAG----------G----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-A-CAAT--------A---A-T-TAC-A-C--T-A----GC---A-A--------A-----------A---------A----T----A---------T-----agttagacggtaa
gi|33 : cGCATTTTCAATGGT--------TGTCCC------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----TGAAATTTCAGGCAAGGA----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-TTCAAA--------A---ATT-TACAA-A--T-G----GC---A-A--------A---------------------A----T--------------T-----A---------------C-AA---A-----------A-----------------T------------A----C---------A----ctaatgatgatcatataggttatatatcactggtaat
gi|34 : tatactgtaaaaa---------------A--------------A-----T-T-CT-G-TGAA--------A---A-T-TAC-A-G--T-C----GC---ACA--------A-----------T---------A----G----G---------T-----A---------------C-AT---A-----------A---------------------------------------------A----G-GT-A----T-G----------C-T-GC-AA----CTG------CA---AAAATTGGTACTGC-GA---TT--ATA---ATT--TGC-T---A-CT--------TTTAG
gi|35 : cggAAT-GGGTATTCTGTG-GGT--------T-TCC-------AT------T---------T----------T--------TG----------TG-----G----------------A----------------A--------------------AGAA------------A--------------A-----A-T-CTTG-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--TCC----GTTA-A-A--------A-----------CT--------A----T----A---------T-----A---------------T-AT---A-----------T-----------------T------------G----A---------A----T-GT-A----T-A----------aat
gi|36 : tatAT-GGGTATTCTGTG-GGT--------T-TCC-------AT------T---------T----------T--------TG----------TG-----A----------------A----------------AGA------------------A---------------A--------------A-----A-T-CTTG-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--TCC----GTTA-A-A--------A-----------CT--------A----T----A---------T-----A---------------T-AT---A-----------T-----------------T------------G----A---------A----T-GT-A----T-A----------cat
gi|37 : A---ATG-ATA---ATT--CGC-T---AACTAATACTATTTTAAG-A--TCAAA-TC--GCAAA-A-A-AAATC--CA-------AT-AG-CAG--AAAGCATCAATTATAcat
gi|38 : CA------CA---GAAATTGAAAGCGCAGA---AT----------T--CGC-T---GTCT--------ATAAGACA--TTGGA-TG--GC-AG-A-A-ATCTA--TA-------TC-CG-TAG--ATAATACCCGTTcgatatgtaa
gi|39 : -T-GA-AA----CCA------CA---GAAATAGGAAGCGCAGA---AT--ATA---ATT--TAC-T---ACAA--------CGTAGGGA--TCAAA-TC--AC-AGTA-A-ATttcaag
gi|4 : -A--------A-----------T---------A----T----G---------T-----G------------------T---A-----------GA----------------T------------A----C---------A----T-ATGA----T-A----------A-A-GC-AA----CCA------TA---GATATTGGAAAGTTAGA---AT--ATA---TTT--TGC-T---ACCA--------TTTACGAA--TCAAA-TT--GC-AA-A-A-A-TTC--CG-------GCGCA-CAT--AAAATatgtgttatacag
gi|40 : aaaaaatgtgaggaagtttgaaacataaaatatatatattcacttcac---GAAATTGGAAATGCAGA---AT--ATA---ATT--TAC-A---ACCT--------TTTCGGGA--CTGAA-TC--AC-AA-ctctattgaatacggtattcactttgataaactgtacagtaatagatgagggagagttt
gi|5 : ATTTTCTGCAGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------T--------TCTACAGAATTTTG-----TGGACAG----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---ACT-TAC-A-A--A-T----GCC--A-A--------A-----------T---------AGATGT----A---------T-----A---------------C-AT---G-----------A-----------------TCC----------A----T---------A----G-GT-AAGCAT-A----------AAT-GC-AA----CCG------TG---TAAACTGAAAATACAAA---ATTAATA---AAT--T---T---ACCTGTCA----TTTAAGGA--TCAAA-TT--GC-AA-ACA-ATTTC--CA-------AC-CACCAG--AAAATACCCATTATtttttttttatctgttata
gi|6 : gctaAC-AGGCATTTTCTGCAGC--------TGTCA-------AT------T---------T----------T--------T-----------TG-----CCA--------------A----------------ATTTTTGTGGATACTATTAGGA---------------A--------------A-----A-TTCC-A-TAGT--------A---A-T-TAC-T-A--T-T----GC---A-A--------AA----------C---------A----T----A---------T-----ATATTTGCT-------C-AT---A-----------GG----------------T------------A----C---------C----CTGT-G----T-A----------A-T-GC-AA----CCA------TT---AAAATTGGAAACACAGA---AT--ATA---ATA--AAC-T---ACCA--------CTTGCAGA--TCAAA-TC--AC-AA-A-A-ATTTT--CA-------AC-CA-CAG--AAAATACCTGTTATca
gi|7 : cAAC-GGGTAATTTCTATGGT--------TGTCC-------AT------T---------T----------TGTGTGAAAT-----------TG-----CGGATAC----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CT-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-T--T-C----GC---A-AAATATATTA-----------C---------A----T----GCATGGAGGTT-----A---------------C-AT---A-----------G------------------------------A--------------A----G-GT-A----T-A----------A-T-GC-TA----CAA------CA---GAAATTAGACACA-AGA---GT--ATA---ATT--TGC-T---ACCA--------TTTATGGA--TCAAA-TC--TC--A-A-A-ATTTC--AA-------AC-CA-TAG--AAAATACCCATTATA
gi|8 : acAAC-GGATGTTTTCTGTTAT--------TGTCC-------AT------T---------TCATGTGGAAAT--------T-----------TG-----TGGATAT----------A----------------A--------------------A---------------A--------------A-----A-T-CC-G-CAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----AC---A-A--------A---------------------A----T----A---------T-----A---------------T-AT---A-----------A-----------------T------------A----TCGATACAATA----G-GT-A----T-AGAGTCCTATAA-T-GT-AA----CTG------CA---GTAATTGAAAAC-CAGA---AT--ATA---ATT--TGA-T---CCCT--------TTTGGGGA--T-------------A-G-A-ATTTC--TG-------CT-CA-CAG--GAAATACCCATTATATc
gi|9 : tatTTCTGTGGT--------TGTCCTTTTTTTATTTTTTAT---------T----------T--------T-----------TG-----C----------------AGAATTTTGCAGATAGGA--------------------A---------------A--------------G-----A-T-TG-G-TAAA--------A---A-T-TAC-A-A--T-C----AC---A-A--------A---------------------A----T----A---------T-----AT--------------T-TT---A-----------GA----------------T------------A----T---------A----G-AT-C----T-AT---------A-TAGC-AA----CTG------CA---GAAATTGACAATGCAGA---AT--ACACTCATA--TA--T---A-----------TTTAAGGA--TTGGA-TC--AC-AA-G-A-ATTTTGGCA----------CA-CAG--AAAATAGCTGTTTTAg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|41 ): TATATGTTTAAAAGATTTGTTTAACAAGTCAGAATTTATTTGCTGGTAC
Unaligned ( gi|42 ): GTAAATGATAAATTACAGGAATGTGGGAGAAAATTT
Unaligned ( gi|43 ): GGTATGTAGTGTTGTCCAAGCTATTTATTTT
Unaligned ( gi|44 ): ACTTTTCTGTGCTTTGCATACGTGTACATTA