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Reference ( gi|3 ) : AAAATTAAAGGGTAA----AAAACACAA----CAT----TTTTAAGA-GTAGCAGGGCCTTAATAAA--TCAT----ATC----TGAAA------ATGTTTTC----------AA----------TT-----AAT------AT--TT-TTATCATGG--AC--TGTA--GGGTTAG-GACCAGGCTCAAATTGGGGATA------AAA----TT--A-GA-CA-T--GC---TACATGAA-CA----AAATTGGGA-----A-A---------------TCTT-----AAA---A---------------ATCT------CC------AA-AACAGT--GGGGCCATAT-GTGT-CATATT----T--TTAC---G-CA--T-C--TTT-ATGTTGTTTGCATGG---ATTCATATTC-----AGT----T----TA-------A--TCATAA-----CCC-CATGTGG-TT---AGGTTGGG--------AT----------CATA-A-----C------A-T---G-GGATT----AA---AAT-AA-----AG--TGCATATAGA--TCTTTTTTA--AAATCTTC--TGTTCGGAAGAAC-AG---GGTCT-AG-GTGACACAGATGAGCATTGTAGCCCATGGGCCTAT
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gi|15 : gTGA---ATTCAAGTTT-----AGT----T-----A-------G--TCATGA-----CCT-TGTGGGG-CT---AGGATGGG--------GT----------TATA-T-----T------A-C---T-GGTTC----AA---AAT-ATTTTCTGG--TA-ATAAAGA--GGGT----A--AAATTGTC--TG-----AAGA----G---AGCCT----------CAGGTGAATATTATAGCCCATGGcttgcttt
gi|14 : g-----AGT----T----CA-------A--TCGTAA-----CCC-CATTGGG-CT---AGGTTGAG--------GT----------CATA-A-----T------A-T---G-cc
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15 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|14 : atacgaaatctcgttttatacgagaatgtatatacagcattcct-----AAA---A---------------A------TTCT-----CC--A-GTA-CG-GC--AAAG-TGA-CG--T-TAAT-CATAT----TCA-----AA-TGGAAGCA-TT-------------------------A---A--TT--CC-A-GTGG-----AGT-T--C------AATCGTAA------CCCCAT--------T-GGG-CTAGGTTGAG--------G-TCATA-AT-----AT------GAA---T-----CA---TA------------A------T-----GT--------G----atgtccctatgactaagagtgagttaaattgt
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gi|22 : t--TT--CA-A-GTTG-----GGT----A------AGTCATGA------CCCAAT--------TTGGG-CTTAGATGGG--------G-ACATG-AT-----AT-----GGGT---T-----CA---AA------------A------T-----AT--------
gi|23 : tgat----T-TT-TTT-TTATG------GTCCCTGCATGGGGTT--A-G-G-TAA-----GGC-TAAAATTGG-----GGATAAA-A--TTTTAC---ATGA-TACATGAA--T---A--TTGGatatcgatagtacaagaggtaa
gi|25 : TTCAAGAG-TA-CAGGA-CCACGCTAAA--TCATAT----AATTGATGTGCAAACATTTCCATGTTG-TGCAGAT
gi|26 : CACACTAAA--TCAAATCCAATAT--ATATACAAATGTTCGCAAGTTG-TGTAGATTGA--A----T-AT-TTT-
gi|27 : tACATTAAA--TCATAT----T--CAA-ATGCAAGTATTTCCAAATTC-TGTGGATT-
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gi|3 : ctAAAAT-TAAAGGGTAA----AAAACACAA----CAT----TTTTAAGAG-TAGCAGGG-CCTTAATAAA--TCAT-------ATC----TGAAAATGTTTTCAA-----------TT-A--A----TATT-TTTATCATG------GACTGTA----GGGTT--A-G-GACCA-----GGC-TCAAATTGG-----GGATAAA-A--TTAGAC---ATGC-TACATGAA--CA--AAATTGGGA-----A----------------------A--TCTT-----AAA---A---------------A------T-CT-----CC--A-AAA-CA-GT--GGGG-CCA-TA--T-GTGT-CATAT----T----------TTTACGCA-TCTT---T-ATGTTG----TTTGCATGG---A--TT--CA-T-ATTC-----AGT-T--T------AATCATAA------CCCCAT--------G-TGG-TTAGGTTGGG--------A-TCATA-AC-----AT-----GGGA---T-----TA---AA------------A------T-----AA--------A----GTGCA--T-ATAGA--T-----C--T----TTTTTA--A-A-ATC-----TT--CTG----T---TCGGAAG---AACAG---G--GTCTAGGTGA--CA-CAG--ATGAGCATTGTAGCCCATGGGCCTattgct
gi|30 : AGGTGA--CT-AGG--GTGTGTGTTGTGGCCCATGGGTCTat
gi|31 : CCAAGGTGA--CT-TGG--GTAAGCGATGTGGCCTGTGGtttgagata
gi|32 : CAG---G--GCCAAGGTCA--CT-CAG--GTGctttttgt
gi|33 : taatgtctatccctgtgagcGGTCA--CA-CAG--TTGAGCGATGTAGTTCATGGGCCT
gi|34 : -CAG--GTGAGCGATGTGGCCTATGGGCCTtttgta
gi|35 : G---G--ACCAGGTTGA--CT-CAG--GTTAGCATTGTGGCTCAtttatcg
gi|4 : AAGAA-TAGCAGGG-CCACACTGAA--TTATGT----T----ATATGCATATGTTTTTGAGTTG-TGTGAATTAA--A----T-TTATTT-TCATG------AACCTTG----GGG------G-G-TAAATTTTGGCTTAAAATGGGTACATGTATCAA-A--TTTTACACAATTA-TACATGAA--T------TTAGGAGGGGTA----------------------A----TT-----AAA---ATATATATATATATATA------T-TT-----CCT-A-AAG-CA-GC--GTGA-CCA-TG--T-TTGT-CATTT----TGA-----TA-TTGAAGTA-TACC---C-GTGTTG----T----GTGG---A--TT--CA-A-GTTT-----TGT-A--A------AATCTTAA------ACCCA---------G-GGA-CTAGGTGGGA--------G-TTATG-AT-----AT-----TGTG---T-----TA---AA------------A------T-----TT--------G----
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blockSeqs : . G A CGTGAGAATAAATAT . . . TATAATTG T G . ATTAT . . T GTCCCTGCATG AAGTTGG C G . . . . AT TTTAGGAGGGGTAATTAAAATATATATATATATATA . TCT T . . . . . . . TA . . TTATG A . CTTTATGTTGTTTGCA . . . AT CCCATA TTAA . A . . . T . . . . G . . . ATTTTCCTTTGGAATAAAGAAGGCTAACAATCTTTTGGAATCT AA A CA . . A .
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blockSeqs : . . . TGTCA T G . GAAT . . C AACCTTG AAAGTAA C G . . . . TA CAAAATTGGGAAATCTTAAAAA . . . . . . . . . . TA . . TATA A . TTCTGTATTGAG . . . A GA TA . C . . . T . . . . T . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCT GC G CA . . A .
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blockSeqs : . . . TACCA T G . AAAT . . . . AGGTAA . T . . . . AA CGGGGAATATCT . . . . . . . . . . TT . . TTTT C . ACCCGTGTTGTG . . . A CA GA . C . . . T . . . . T . . . ATTTGTCATGGGATTAAACAGGGTAAAAGTCTTAT AA G CA . . A .
blockSeqs : . TGTTA T G . . . . . . . AA . . . . . . . . . . TA . . TATT A . CCACGTGTTGTA . . . A CT TA . A . . . A . . . . G . . . ATTGATGAAAATTCTTTTTAAAATCACCACTGCT A G CA . . G .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . TT . . TA . . ATCTATGCTGGG . . . A TT TA . A . . . T . . . . G . . . . C . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . TT . . ATCCCTTTGTG . . . G CA AA . A . . . T . . . . T . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . T . . . A TG TG . G . . . T . . . . G . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A TA TG . A . . . T . . . . G . . . . . A .
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blockSeqs : . . . . CG A . G . . . . . . . . N . . . . A .
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blockSeqs : . . . . . . . . . .
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originalCons : AAAAT-CAAAGGNTNACGTGAGAAC-CAAAT-TCAT----TTTCAAGAG-TAGCAGGG-CCACACTAAA--TCATGT----TATCAATATGCAAATGTTTCCAAGTTG-TGTGGATT-A--A----T-TT-TTT-TCATG------GACCCTG----GGGTT--A-G-G-TAA-----GGC-TAAAATCGG-----GGATAAA-A--TTTTAC---ATNA-TACATGAA--TG--A--TTGGGA-----A----------------------A--TCTT-----AAA---A---------------A------T-CT-----CC--A-GAA-CA-GC--AAGG-CCA-TG--T-TAGT-CATAT----TGA-----TA-TTGAAGCA-TCCC---C-GTGTTG----T----GTGG---A--TT--CA-A-GTTC-----GGT-T--A------AGTCATAA------CCCCGT--------G-GGG-CTAGGTTGGG--------G-TCATA-AT-----AT-----GGGG---T-----CA---AA------------A------T-----AT--------G----GTG-A--T-AAAGA--G-----C--T----TTTTTA--A-A-ATC-----NT--CTG----C---T--GAAG---AACAG---G--GCCAAGGTGA--CT-CGG--GTGAGCGTTGTGGCCCATGGGCCT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|36 ): GTGACACAGATGAGCATTGTAGCCAACGGGCC
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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