lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 7777777777777777777777 5555555555555555555555555555555 33333333 333333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 11 44444444444444444444 11 3333 22222 5555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 222222222 2222 1111 555555555 222 2222222 111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111 1 333 111 22222222 111 55555555555555555555 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 111 2222222 22222222 1 11 1
lowQualScore : 3 3 4 4 3333333333333333333333 4 7 5 2222222222222222222222222222222 99999999 5 6 3 3 666666 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555 8 6 44 33333333333333333333 1 66 6 0 1111 00000 6666666666666666666666666666666666666666666666 9 3 1111111 999999999 0000 6 4444 000000000 999 77 1111111 777777 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1 0 333 5 5 000 5 5 5 5 00000000 000 77 1 55555555555555555555 5 5 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 444 3 2222222 99999999 0 33 0 1
lowQualScore : . . . . ...................... . . . ............................... ........ . . . . ...... ................................................................... ... . . .. .................... . .. . . .... ..... .............................................. . . ....... ......... .... . .... ......... ... .. ....... ...... ................................................. . . ... . . ... . . . . ........ ... .. . .................... . . . .................................................................................................................................................................................................................. .. ... . ....... ........ . .. . .
lowQualScore : 6 6 3 4 5555555555555555555555 4 7 0 4444444444444444444444444444444 66666666 0 2 2 1 333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 666 0 0 00 77777777777777777777 0 00 7 8 2222 00000 5555555555555555555555555555555555555555555555 0 2 7777777 888888888 8888 7 2222 333333333 777 33 7777777 888888 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 999 7 7 000 7 7 7 7 77777777 000 99 4 00000000000000000000 7 7 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 00 000 2 5555555 88888888 0 22 0 0
consensus : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCACGGTT-T-GGGGGTANCGCAAAT-CTTT-ACGAC-TCGACGTC-TTTTT---C-GTGTATNNCA-TTTC---AT----T-GTGACGTAACAATTGNNT-TGATAGTATTGACTGATG-ATAAAGAGCGTAAAAATTAAATTA--CCGGATATA--TCAATTATGAAT-AT--TAACAACA-AGCTGCTTTA-----CCATACTG--AGG-TATATCAAGGTTTCCGTT-TAAA-GT-TT-G-TAAGTCTC-TTCCTTT-CGTTT-C--CGA-----TGCAA--AAC---TTG---AG---GATAACG----GC-GTTTC--CA---CTCCCTTTATTTT-A----TGAAGTC-----TAA-CAGCGGA----CAAT-TTG----GGGAA-GCCGA---GACA-GGCTGT-C-------AAACTTTACA-A-A--AATTAGGC-------GGA-GATCC-----TATGCA-----CTTT-AA----------AGTTTTATTCAGAAA---TT-TGA-C---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAAAATTT------TTCAG-AC------AAA-GAGAGAAA-AAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TATA--------TGG-------TTA--TC---ATTTGTCC--AG-TAATAGTTGAAAAA-TA-GAACGA---------GAA----------TTACTC-G----TCATGTTTTAA-A----TTGGTAAAAT---CACAAATTGC-TTCC-----TATA----ATG-CAC--TTGT---GTATG----CA-TTG-TAA--C-AGTA-C-AGACA-AGGTTACA
Reference ( gi|1 ) : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTTACGGTT-T-GAGGGTCCCGCAAAT-CTTTCACGAC-TCGACGTC-TTTTT---T-CTGTACAACA-TTTC---AT----T-GTGACGTAACAATTGCGT-TGATAGTATTGACTTA-A-ATAAAGAGCGTAAAAATTAAATTAAGCCGGATATAATTCAATTACGAAT-ATAATAACAACACAGCTGCTTTAGTGGACCAT-TTG--GGG-TATATCAAGGTTTCCATT-TAAAAGT-TT-G-TAAGTCTC-TTCCTTT-CGTTTTC--CGA-----TGCAA--AAC---TTG---AA---GATAACA----GC-GTTTC--CA---CTCCCTCTATTTT-A----TGAAGTC-----TAAACAGCGGA----CAAT-TTG----GGGAATGCCGA---GACA-AGCTGC-C-------AAACTTTACA-A-A--AATTAGGC-CAAAGGGGA-GATCC-----CATGCA-----CTT--AA----------AGTTTCATTCAGAAA--ATT-TGA-C---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAAAATTT------TCCAGAAC------AAA-GAGAGAAA-AAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TA-A--------TGG-------TTA--TCA--ATTTGTCC--AG-TGATAATTGAAAAA-TACGAACGA---------GAA---------TTTACTC-G----TCATGTTTTAA-A----TTGGTAAAAT---CACAAATTGC-TTCT-----TATA----ATGCCAC--TTGT---GTATG----CA-TTG-T-A--C-AGTA-C-AGACA-AAGTTACA
gi|3 : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCACGATT-TTGNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNN-NNNNNNNN-NNNNN---N-NNNNNNNNNN-NNNN---NN----N-NNNNNNNNN-------GT-TGATAG---------------AAAGAGCGTAAAATTAAAATTAA-CCG-ATATA--TCAATTATGAAT-AT--TA-CAACA--GCTGCTTTA-----CCATATTG--AGG-TAAATCAAGGTTTC-ATT-TAAA-GT-TT-G-TAAGTCT---TCCTTT-CGTTT-C--CGA-----TGCAA--AAC---T-G---AATGAGATA-C-----GC-GTTTC---A----TCCCTTTATTT--A----TGAAGTC-----TAA-CAGCGGAA---CAAT-TTG----GGGGAAGC-GA---GACA--GCTGC-C-------AAACTTTACAGA-A--AATTAGGC------AGGA-GATCC------ATGCA-----CTTT-AA----------AGTTTTATTCAGAAA---TT-TGAAC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAAAATTT------T-CAG-AC------AAA-GAGAGAAA-AAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCATTATA--------TGGT------TTA--TC---ATTTGTCC--AG-TAATAATTGAAAAA-TA-GAACGA---------GAA---------ATTACTC-G----TCATGTTAT-G-A----TTGTT-AAAT---CAC-AATTGC-TTCC-----TATG--------CAC--TTGT---G
gi|13 : tTAACGTATA-TC-ACAGGTTTGTTTACGTCACGATTAT-GTGGTTCC--CAAAT-A--TAACGAC-TCGGCGTCTTTTTT---T-CTATATGACAGTCTCGCTAT----TGGTGACG
gi|16 : tTAACGTAGGGTC-GCGGTTTTGCCTACGTCACGGTT-T-G-GAGT-ACGC--AT-CTT--ACGAC-TCGACGTA-TTT
gi|17 : attTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCATGGTT-T-TGGGGT-ACGTAAAC-C---CGCGAT-TT-ACGT
gi|11 : ttTAACATAGG-TC-GCGGGTTTGCTTATGTCATGGTT-T--------------ATGCTT--ACGAC-TCAATGTC-TNNNN---N-NNNNNNNNNN-NNNN---NN----N-NNNNNNNNNNNNNGGT-T-TGATAGTATTGACT
gi|18 : ctTAACGTACG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCACGGTT-T-
gi|19 : tTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTt
gi|20 : cattctatTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACG
gi|4 : tgctattACGTAGG-TCCGCGGGTT-GCCTAC--TACGGT-----GGGGTAAC-CAA----TTTAACGACGTC-ACGTC-TTTTT---CGCTG----ACA-CTC----------T-GTG-CGTAA-AG--GGGTATGAAAG------CTTA-G--TAAA---TGTAAAAA--AAAGTA---CGAA----ATTCAAT-AC-AAT-AT--TACCAA------TGCCTTAC----CCAT-TTG--AGGCTA-ATCA--GTT--CAT-----AAGT-T--G-TAAGTCCT-TTC--TT-CGT------CGA-----TGCAA--A-----CTG---AG---TA-AACG----GC-GTTTC--AA---C-CCCTATGT----A----T-AAGTC-----TA--CAGCGG-----CAAT-TTG----GGGAAT--CGAA--GACA----TGC-C-------AAATTTAACC-A-AT-AAT--GGC------AGGA--ATCC-----TA---------CTT--AA----------AGTT--ATTCAGGAA----T-TAA-C---GGCG-TATGTA-GCGG--------ACACGGCTC--TCAAA---T------TTCAGC-C------AAA-GTAAGAAA-AA-GATA------C-------AT----------------AT--ACTCT------A--------TGT-------TCA--TC------TGTCC--AGGTGATG-TTGAAA---TA-GAACGA---------GAA------------ATAC-G----TC-TGT----A-A----T--GTAAA-T---CACAA-TTGC-TTC--------TA----ATG-CAC--TT-T---G-ATG----CATTTG-T-A--C-ATTATC-AGACAGAAGTT
gi|8 : gcaaatgcgttgtG-TC-GCGGGCTTGCATACATCACCAGT-T-AGGGGTACGAC-AAT-CTCT--CGAT-TCAACGTC-TTTTTAAGT-GTTTATTTCA--TTC---AA----T-GTGATGTAAC-ATTGGTT-TAAT-TTATTGACTGA-AGATAATGACCGTAGTAATcg
gi|9 : -TC-GCGGGCTTGCATACATCACCAGT-T-AGGGGTACGAC-AAT-CTCT--CGAT-TCAACGTC-TTTTA---A-GTGT---TTA-TTTC---ATTCAAT-GTGATGTAAC-ATTGGTT-TAAT-TTATTGACTGA-AGATAATGACCGTAGTAATT
gi|6 : AAAT-CTT--ACGAC-TCGACGNN-NNNNN---N-NNNNNNNNNN-NNNN---NN----N-NNNNNNNNNNNNNNNN---TGATAGTATTGACTGATG-ATAAAGAGTGTAAAAA---GAT---ACCG---ATA--TCAATTATG-------------------CTGCTTTA-----CCATACTG--CGG-TATATCAAGGTT-CCGTT-TAA---T-TTCG-TAAGTCT---TCCTTT-CGTTT-C--CGA-----TGCAA--AAT---T-----AA---GATAAC-----GC-GTTTC---A----TCCCTATATGTT-A----TGAAGTC-----TAA-CAGCGGA----CAAT-TTG----GGGGAAGC-GA---GACA--GCTGT-C-------AAACTTTACAGA-A--AATTAGGC---------A-GATCTACATGTATGCA-----CTTC-AA----------AGTTTTATTCAGACA---TT-TGA-C---G-CG-TAT-TA-GTGG--------ACA-----C--TTAAAATTT------T-CAG-AC------AAA-GACAG-AG-AAAGATA------CATTTAGTAT----------------AT-TACGTTCA-TATG--------TGG-------GTC--T-----TTTGT-----A-TGAAAGTTGAAAAA-CAC
gi|14 : CA-TTTC---TTA---T-GTGACGTAACAATTGCTT-TGATCGTATTGACTGATG-ATAAAGAGCGTAAAATTTTTTTTA--CC-GATA----TCAATTATGAAT-AT
gi|5 : -TTTC---AT----TTGTGACGTAACA--TGCAT-TGATAGTAT-GACTGATG-ATAAAGAGCG-AAAAAT--AATTA---CG---ATA--TCAATTATGAATCATTA-AACTACA-AGCTGCTTTA------CATACTGACGGC-CATATCA--GTTT--GTT-TAA---T-TT---CGAATGTC-TTCCTTT-CGTTT-C--CGA-----TGCAC--AACCTTTTG---AG---ACTAAC-----GC-GTT-A--CA---TTCCCTTTATTTTTA----TGAAATC-----TAA-CAATGGA-----AAT-T-G----GGGAAC----A---GACA-G--TGTTC-------AAACTTTACA-A-A--AATTAGGCAC------GACGATC-------ATGCA-----CTTT-AA----------AGTTTTATTCAGAAA----T-T-A-C---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAAAATTT------T--AG-AT------AAA-CAGAGAGA-AGAGACATTTAATT-------AT----------------AT-TAC-TTTA-T--A--------TGG------------------TTTATCC--AA---------GAAAA-----------------------------------ACTC-G----T-ATATTTTAATA----T--GC--AAT---CAC-AATTGCTTTCC-----T-------ATGC--C--TTGT---GTATG----GA-TTG-T-ATGT-AGTG-C--GACA-AGGTTACAtaa
gi|12 : -ATAAAGAGCGTAAAAAATA-------CC-GATA----TCAAATATGAAT-AT--TAAC--TATAGCTGCTTTAA-----CATACTG--AGG-TATATCAA-GTTTTCGTT-TAA---T-TT---CGAATGTC-TTCCTTT-CGTgatnnnnnnnnnnnn
gi|2 : gAGGTTTTCATTATTAATGTATT-GGTAAAGTTCATTCCTTTTCGTTTTCTTCGGATTTTTGCAATCAAC---TTGTGGAGT--GATAATACGATGCTGTTTTGGCATCTCTTCCTTTATTTT-ATTTGTGAAGTTTTCGGTTAACAGCGGATAAGCAATGTTGAGGTGGGAA-GGCGAGATGACA-GGCTGT-CACAAGAGAGATTCTACA-ACAATAATTAGGC-------AGA-GAATC-----CATGCAATCGTTTT--AACCGTTTTTCTAGTTT--TCTAGAAATTATTAGGA-CCGTG-CGTTAT-TATGCCGCTTAGCCCACAC---TCATTTAAGAATT------TTAGGAACAAAAGAAAA-GAGAAAAA-AAGGATG------G-------ATAGGTAGTGATGATTTAAT-TACGTTCA-TACG--------TGGGTTGTTCTTAGTTCATTATATGTTCAGAG-TAATAATTGAAAAATTATGAATGACGTTATTGTGAAAATAATTTTTTTACTCTGGTTTTCAT-TTTTAA-AACTTTTGTTATAATATGCACATATT---TTATATACATATACGCTATGTTACTATTGTGTCGTATGGGTTTA-TTGATAA--CAAGTA-CAAGACA-A
gi|7 : ctcaccatagggg---TTG---A----GATAACG----G---TTTC--T----TTCCTTTTATTTTTA----TGAAGTC-----TAA-CAGCGGA----CA---TTG----GGGAA-GCC-A---GACAGAGCTGT-C-------AAACCTT-CA-A-A--A-TTAGGG-CA----GGA-GATCC------ATGCA-----CTTTTAA----------AGTTTAATTCCAAGA--ATT-TGA-C---G-CG-TAT-TA-TCGG--------ACAC---TC--TTAAACTCTTAAATGTTCAG-AC------AAACGAAGGAGG-AAAGATA------CTTTAT--AT----------------AT-TAAGATAATTA-AGTTCAATTTGG-------TTA--TTC--ACTTG-CC--AG-CAATAGATAGAAAA-TA-GAACGA---------GAA-----------AACTC-G------------TAA-G----T--GTA--------ACTACTTGC-TCC---------A----ATG-CAC--TTGT---GTATG----CA-TTG-TAA--C-AGTA-C-AGACA-AGGTTAttgttaacaga
gi|10 : TTCAT-CAGAAA---TT-TGA-A---G-TG-TAT-TG-GCGG---------CAC---TC--TTAAAATT-----------AAAG------AGA-AAGAGAAAGAGAGAGA------A-------AT----------------ATACATGTTCA-a
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 333333333333333333333333333 222222222 11111111 3333333333333333 111 222222222 11111 111 111111111 11 1111 1111 1111111111111111 22222 33333333 1 1111 222222 111111 1111 11111 111 222 1111111 1 33333333 222222 1111 2222222222 1111111 111 11111111 1111111111 1111111111 77777777777777777777777777777777 444444444444 111 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 1 555555555555555 1 111 1111 11
lowQualScore : 3 3 111111111111111111111111111 4 2 66 222222222 22 99 33333333 7 66 4 1 1 2 6 1111111111111111 222 5 77 999999999 66666 6 7 6 666 3 99 111 77 5 5 777777777 22 5 5 4444 4444 99 6666666666666666 77 22222 44444444 0 1 2222 222222 555555 5 2222 55555 000 000 5 8888888 77 1 8888 5 77777777 5 777777 2222 0 5 5555555555 5 5 1111111 333 5 5 5 88888888 888 66 5 6666666666 8 5555555555 5 3 66666666666666666666666666666666 5 2 55 11 777777777777 5 000 8888 11 11 0 5 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 9 6 000000000000000 3 99 111 0 7777 8 8 88 8 8 88 8
lowQualScore : . . ........................... . . .. ......... .. .. ........ . .. . . . . . ................ ... . .. ......... ..... . . . ... . .. ... .. . . ......... .. . . .... .... .. ................ .. ..... ........ . . .... ...... ...... . .... ..... ... ... . ....... .. . .... . ........ . ...... .... . . .......... . . ....... ... . . . ........ ... .. . .......... . .......... . . ................................ . . .. .. ............ . ... .... .. .. . . . ........................................................... ... . . ............... . .. ... . .... . . .. . . .. .
lowQualScore : 3 3 777777777777777777777777777 4 1 11 555555555 00 33 66666666 9 33 6 9 8 5 6 3333333333333333 999 7 99 666666666 77777 7 3 7 888 5 33 000 99 7 7 999999999 33 7 7 2222 2222 22 1111111111111111 99 11111 99999999 3 4 1111 111111 999999 7 1111 44444 000 111 7 6666666 99 4 3333 7 66666666 7 000000 1111 1 7 0000000000 0 0 0000000 888 0 0 0 11111111 888 99 0 8888888888 4 4444444444 0 2 55555555555555555555555555555555 0 5 11 33 666666666666 7 000 0000 00 99 1 7 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 8 7 777777777777777 3 22 777 8 0000 0 0 66 0 0 88 0
consensus : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCACGGTTT-GGGGTA-CGCAAATC-----TTT-A-CGAC-TCGACGTC--TTTTT---CGTG--TATNNCA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACAATTGGTTTGATAGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAAAT-AAATTA--CCGGATATA--TCAATTACGAAT-AT--TAA-CAACA--GCTGCTTT-----ACC-ATACTGA-GG-T-ATATCAAGGTTTCCGTT--T-A-AAGT-TT-G-TAAGTCTC-TTCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---AG-GATAA--CG--GC-GTTTC--CA---CTCCCTTTATTTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAA-GNCGAGA---CAG-GCTGC-CA-------AACTTTA--CA-A--A-AATTAGG-C------G-GA-GATCC-----CATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-T---G-AC---GCG-TAT-TA-GCGG--------ACA---CTC--TTAA-AATTT------TTCAG--AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TATGTGG-------TTA--TC-ATT---TGTCC--A-GTGATAGTTGAAAAA-TA-GAACGA---------G-AA----------TTACTC-G----TCATGTTTTAA-A----TTGGTAAAAT---CAC-AATTGC-TT-----CCT-TA----ATG-CAC--TTGT---GTATG----CA-TTG-TA-AC-AGTA-C-AGACA-AGGTTACA
Reference ( family-3595 ) : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCACGGTTTGGGGGTANCGCAAATC-----TTT-A-CGAC-TCGACGTC--TTTTT---CGTG--TATNNCA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACAATTGNNTTGATAGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAAATTAAATTA--CCGGATATA--TCAATTATGAAT-AT--TAA-CAACA-AGCTGCTTT-----ACC-ATACTGA-GG-T-ATATCAAGGTTTCCGTT--T-A-AAGT-TT-G-TAAGTCTC-TTCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---AG-GATAA--CG--GC-GTTTC--CA---CTCCCTTTATTTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAA-GCCGAGA---CAG-GCTGT-CA-------AACTTTA--CA-A--A-AATTAGG-C------G-GA-GATCC-----TATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-T---G-AC---GCG-TAT-TA-GCGG--------ACA---CTC--TTAA-AATTT------TTCAG--AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TATATGG-------TTA--TC-ATT---TGTCC--A-GTAATAGTTGAAAAA-TA-GAACGA---------G-AA----------TTACTC-G----TCATGTTTTAA-A----TTGGTAAAAT---CACAAATTGC-TT-----CCTATA----ATG-CAC--TTGT---GTATG----CA-TTG-TA-AC-AGTA-C-AGACA-AGGTTACA
gi|1 : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTTACGGTTTGAGGGTCCCGCAAATC-----TTTCA-CGAC-TCGACGTC--TTTTT---TCTG--TACAACA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACAATTGCGTTGATAGTATTGACTTA-AATAAAGAGCGTAAAAATTAAATTAAGCCGGATATAATTCAATTACGAAT-ATAATAA-CAACACAGCTGCTTTAGTGGACC-AT-TTGG-GG-T-ATATCAAGGTTTCCATT--TAA-AAGT-TT-G-TAAGTCTC-TTCCTTT-CGTTTTCC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---AA-GATAA--CA--GC-GTTTC--CA---CTCCCTCTATTTT-AT----GAAGTCTA-----AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAATGCCGAGA---CAA-GCTGC-CA-------AACTTTA--CA-A--A-AATTAGG-CCAAAGGG-GA-GATCC-----CATGCA----C-TT-AA----------AGTTTCATTC-AGAAAATT-T---G-AC---GCG-TAT-TA-GCGG--------ACA---CTC--TTAA-AATTT------TCCAGA-AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TA-ATGG-------TTA--TCAATT---TGTCC--A-GTGATAATTGAAAAA-TACGAACGA---------G-AAT---------TTACTC-G----TCATGTTTTAA-A----TTGGTAAAAT---CACAAATTGC-TT-----CTTATA----ATGCCAC--TTGT---GTATG----CA-TTG-T--AC-AGTA-C-AGACA-AAGTTACA
gi|10 : TC-AG-AAATT-T---G-AA---GTG-TAT-TG-GCGG---------CA---CTC--TTAA-AA--T------TAAAG--AG------AAA-GAGA-AAGAGAGAGA------A-------AT----------------ATACATGTTCA-
gi|11 : ttcaTAACATAGG-TC-GCGGGTTTGCTTATGTCATGGTTT-------------ATG-----CTT-A-CGAC-TCAATGTC---TNNN---NNNN--NNNNNNN-NNNN---NN-N-NNNNNNNNNNNNNNGGTTTGATAGTATTGACTaagcttaatacatgtatattacatttaatggtttatcatg
gi|12 : ctGATAAAGAGCGTAAAAA----AT-A--CCG---ATA--TCAAATATGAAT-AT--TAA-CTATA--GCTGCTTT-----AAC-ATACTGA-GG-T-ATATCAA-GTTTTCGTT--T-A-A--T-TT---CGAATGTC-TTCCTTT-CG-T
gi|13 : TAACGTATA-TC-ACAGGTTTGTTTACGTCACGATTATGTGGT-TCCCAAATA------TA-A-CGAC-TCGGCGTCTTTTTTT---C-TA--TATGACAGTCTCGCTAT-TGGTGACG
gi|14 : tCA-TTTC---TTAT-GTGACGTAACAATTGCTTTGATCGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAATTTTTTTTA--CCG---ATA--TCAATTATGAAT-AT--TAA-
gi|16 : TAACGTAGGGTC-GCGGTTTTGCCTACGTCACGGTTT-GGAGTA-CGC--ATC------TT-A-CGAC-TCGACGTA--TTT
gi|17 : attTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCATGGTTTTGGGGTA-CGTAAACCCGCGATTT-A-CG
gi|18 : ttTAACGTACG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCACGGTTTt
gi|19 : tTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTt
gi|2 : cattctatAGGTTTTCATTATT-A-ATGTATT-GGTAAAGTTCATTCCTTTTCG-TTTTCTTCGGATTTTTGCAATCAAC---T---TGTGGAGTGATAATACGATGCTGTTTTGGCATCTCTTCCTTTATTTT-ATTTGTGAAGTTTTCGGTTAACAGCGG-ATAAGCAATGTTGAGGTGGGAA-GGCGAGATGACAG-GCTGT-CACAAGAGAGATTCTA--CA-ACAATAATTAGG-C------A-GA-GAATC-----CATGCAATCGTTTT-AACCGTTTTTCTAGTTTTCT---AG-AAATTATTAGG-ACCGTGCGTTAT-TATGCCGCTTAGCCCACA---CTCATTTAAGAATTT------T--AGGAACAAAAGAAAA-GAGAAAAAAAGGATG------G-------ATAGGTAGTGATGATTTAAT-TACGTTCA-TACGTGGGTTGTTCTTAGTTC-ATTATATGTTCAGA-GTAATAATTGAAAAATTATGAATGACGTTATTGTG-AAAATAATTTTTTTACTCTGGTTTTCAT-TTTTAA-AACTTTTGTTATAATATGCACATATT---TTATATACATATACGCTATGTTACTATTGTGTCGTATGGGTTTA-TTGATA-ACAAGTA-CAAGACA-
gi|20 : ctcaccataggggTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGttgttaacaga
gi|3 : tgctattTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCACGATTT-----TGNNNNNNNNN-----NNN-N-NNNN-NNNNNNNN--NNNNN---NNNN--NNNNNNN-NNNN---NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNGTTGATAG--------------AAAGAGCGTAAAATTAAAATTA--ACCGATATA--TCAATTATGAAT-AT--TA--CAACA--GCTGCTTT-----ACC-ATATTGA-GG-T-AAATCAAGGTTTC-ATT--T-A-AAGT-TT-G-TAAGTCT---TCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAC---TGAATG---AG--ATA---CG---C-GTTTC---A----TCCCTTTA-TTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGGAA----CAAT-TTG----GGGGA-AGCGAGA---CA--GCTGC-CA-------AACTTTA--CAGA--A-AATTAGG-CA-----G-GA-GATCC------ATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-T---GAAC---GCG-TAT-TA-GCGG--------ACA---CTC--TTAA-AA-TT------TTCAG--AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCATTATATGGT------TTA--TC-ATT---TGTCC--A-GTAATAATTGAAAAA-TA-GAACGA---------GAAA----------TTACTC-G----TCATGTTAT-G-A----TTGTT-AAAT---CAC-AATTGC-TT-----CCT-------ATG-CAC--TTGT---G
gi|4 : tACGTAGG-TCCGCGGGTT-GCCTAC--TACGGT---GGGGTAAC-CAA--------TTT-AACGACGTC-ACGTC--TTTTT---CGC-----TGACA-CTC-------T-GTG-CGTAA--AGGGGTATGAAAG------CT--TAGTAAA---TGTAAAAA--AAAGTA--C--GAAAT---TCAAT-AC-AAT-AT--TAC-CAA------TGCCTT-----ACCCAT-TTGA-GGCT-A-ATCA--------GTT--C-ATAAGT-T--G-TAAGTCCT-TTC--TT-CG-T---C----GAT----GCAA--A-----C---TG---AG-TA-AA--CG--GC-GTTTC--AA---CCCC---TATGT--AT-----AAGTCT------A-CAGCGG------CAAT-TTG----GGGAA-TCGAAGA---CA----TGC-CA-------AA-TTTAACCA-A--T-AAT--GG-C------A-GG-AATCC-----TA---------CTT-AA----------AG--TTATTC-AG-GAA-T-T---A-ACG--GCG-TATGTA-GCGG--------ACACGGCTC--TCAA-A---T------TTCAG--CC------AAA-GTAAG-AAAAAGATA------C-------AT----------------A--TAC--TC--TATGT--------------TC-ATC---TGTCC--AGGTGAT-GTTG--AAA-TA-GAACGA---------G-AA----------ATA--C-G----TC-TGT----A-A----T--GT-AAAT---CAC-AATTGC-TT-----C---TA----ATG-CAC--TT-T---G-ATG----CATTTG-T--AC-ATTATC-AGACAGAAGTT
gi|5 : gcaaatgcgttgt-TTTC---AT-TTGTGACGTAACA--TGCATTGATAGTAT-GACTGATGATAAAGAGCG-AAAAAT--AATTA--C--GATAT----CAATTATGAATCAT--TAAACTACA-AGCTGCTTT-----AC--ATACTGACGG-CCATATCA--GTTT--GTT--T-A-A--T-TT---CGAATGTC-TTCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAC--AACCTTT---TG---AG-ACTAA--CG---C-GTT-A--CA---TTCCCTTTATTTTTAT----GAAATCT------AACAATGG-A-----AAT-T-G----GGGAA---C-AGA---CAG---TGTTCA-------AACTTTA--CA-A--A-AATTAGG-C------ACGACGATC-------ATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-------AC---GCG-TAT-TA-GCGG--------ACA---CTC--TTAA-AATTT------T--AG--AT------AAA-CAGAGAGAAGAGACATTTAATT-------AT----------------AT-TAC-TT---TATATGG----------------TT---TATCC--A-A--------GAAAA------------------------------------ACTC-G----T-ATATTTTAATA----T--GC--AAT---CAC-AATTGCTTT-----CCT-------ATG-C-C--TTGT---GTATG----GA-TTG-TATGT-AGTG-C--GACA-AGGTTACAcg
gi|6 : AAATC-----TT--A-CGAC-TCGACGNN--NNNNN---NNNN--NNNNNNN-NNNN---NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNN--TGATAGTATTGACTGATGATAAAGAGTGTAAAAA---GAT-A--CCG---ATA--TCAATTATG--------------------CTGCTTT-----ACC-ATACTGC-GG-T-ATATCAAGGTT-CCGTT--T-A-A--T-TTCG-TAAGTCT---TCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAT---T--------AA-GATAA--CG---C-GTTTC---A----TCCCTATATGTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGGA-AGCGAGA---CAG--CTGT-CA-------AACTTTA--CAGA--A-AATTAGG-C---------A-GATCTACATGTATGCA----CTTC-AA----------AGTTTTATTC-AG-ACATT-T---G-AC---GCG-TAT-TA-GTGG--------ACA-----C--TTAA-AA-TT------TTCAG--AC------AAA-GACAG-AGAAAGATA------CATTTAGTAT----------------AT-TACGTTCA-TATGTGG---------G--TC-TTT---TGT------ATGAAAGTTGAAAAA-CA-gatnnnnnnnnnnnn
gi|7 : ---T---TG---AG--ATAA--CG--G---TTTC--T----TTCCTTTTATTTTTAT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CA---TTG----GGGAA-GCC-AGA---CAGAGCTGT-CA-------AACCTT---CA-A--A-A-TTAGGGCA-----G-GA-GATCC------ATGCA----CTTTTAA----------AGTTTAATTCCAA-GAATT-T---G-AC---GCG-TAT-TA-TCGG--------ACA---CTC--TTAA-ACTCTTAAATGTTCAG--AC------AAACGAAGGAGGAAAGATA------CTTT----ATATATTAAGATA-----AT-TAAGTTCA--ATTTGG-------TTAT-TC-ACT---TG-CC--A-GCAATAGATAGAAAA-TA-GAACGA---------G-AA-----------AACTC-G------------TAA-G----T--GTA--------ACTACTTGC-TC-----C----A----ATG-CAC--TTGT---GTATG----CA-TTG-TA-AC-AGTA-C-AGACA-AGGTTAc
gi|8 : G-TC-GCGGGCTTGCATACATCACCAGTTAGGGGTA-CGACAATC-----TCT---CGAT-TCAACGTC--TTTTTAAGTGTT--TATTTCA--TTC---AA-T-GTGATGTAAC-ATTGGTTTAAT-TTATTGACTGAAGATAATGACCGTAGTAATa
gi|9 : -TC-GCGGGCTTGCATACATCACCAGTTAGGGGTA-CGACAATC-----TCT---CGAT-TCAACGTC--TTTTA---AGTGTTTATTTCA--TTC---AA-T-GTGATGTAAC-ATTGGTTTAAT-TTATTGACTGAAGATAATGACCGTAGTAATT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11111111111 222222222 11111111 44444444444444444444 111 2222222222 11111 111 111111111 11 1111 1111 1111111111111111 22222 33333333 1 1111 222222 111111 1111 111 111 111 1111111 111111 33333333 11111111 1111 2222222222 1111111 11111111 1111111111 1111111111 77777777777777777777777777777777 444444444444 111 111 33333333333333333333 33333 1 22 1 1
lowQualScore : 3 3 8 4 77 4 4 9 88888888888 4 2 66 222222222 22 99 33333333 8888 4 1 1 2 6 55555555555555555555 222 1 5 77 3333333333 66666 6 7 6 666 3 99 111 77 5 5 777777777 22 5 5 4444 4444 99 6666666666666666 77 22222 44444444 0 1 2222 222222 555555 5 2222 777 4 5 000 888 0 8888888 222222 5 77777777 5 88888888 2222 1 5 5555555555 0 5 5 7777777 888 5 5 5 5 88888888 888 66 5 6666666666 8 5555555555 5 66666666666666666666666666666666 5 2 5 0 0 444444444444 5 000 77 666 11 1 6 8 999 0 66666666666666666666 0 88 66666 8 0 3 0 55 0 3 0
lowQualScore : . . . . .. . . . ........... . . .. ......... .. .. ........ .... . . . . . .................... ... . . .. .......... ..... . . . ... . .. ... .. . . ......... .. . . .... .... .. ................ .. ..... ........ . . .... ...... ...... . .... ... . . ... ... . ....... ...... . ........ . ........ .... . . .......... . . . ....... ... . . . . ........ ... .. . .......... . .......... . ................................ . . . . . ............ . ... .. ... .. . . . ... . .................... . .. ..... . . . . .. . . .
lowQualScore : 3 3 0 0 55 4 4 0 22222222222 4 1 11 555555555 00 33 66666666 7777 6 9 8 5 6 44444444444444444444 999 4 7 99 4444444444 77777 7 3 7 888 5 33 000 99 7 7 999999999 33 7 7 2222 2222 22 1111111111111111 99 11111 99999999 3 4 1111 111111 999999 7 1111 666 3 7 000 777 4 6666666 777777 7 66666666 7 44444444 1111 4 7 0000000000 3 0 0 1111111 888 0 0 0 0 11111111 888 99 0 8888888888 4 4444444444 0 55555555555555555555555555555555 0 5 0 1 7 000000000000 7 000 99 333 99 4 7 0 888 8 44444444444444444444 8 88 00000 0 8 2 0 55 0 2 0
consensus : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-TG-GGGTAC-GCAAATC-----TTT-ACGAC-TCGACGTC--TTTTT---CGTG--TATNNCA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACAATTGGTTTGATAGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAAA-TAAA----TTA--CCGGATATA--TCAATTACGAAT-AT--TAA-CA--ACA-GCTGCTTT-----ACC-ATACTGA-GG-T-ATATCAAGGTTTCCGTT--T-A-AAGT-TT-G-TAAGTCTC-TTCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---AG-GATAA--CG--GC-GTTTC--CA---CTCCCTTTATTTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAA-GNCGA-GA---CAG-GCTGCCA-------AACTTTACA-A--A-AATTAGG-C------G-GA-GATCC-----CATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAA-AATTT------TTCAG--AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TATGTGG-------TTA--TC-ATT---TGTCC--AG-TGATAGTTGAAAAATA-GAACGAG-AA-TTACTCGTCATGTTTTAA-ATTGGTAAAATCAC-AATTGCTTCCT-TAATG-CACTTGTGTATGCA-TTGTA-ACAGTA-CAGACA-AGGTTACA
Reference ( family-3595 ) : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-TG-GGGTAC-GCAAATC-----TTT-ACGAC-TCGACGTC--TTTTT---CGTG--TATNNCA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACAATTGGTTTGATAGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAAA-TAAA----TTA--CCGGATATA--TCAATTACGAAT-AT--TAA-CA--ACA-GCTGCTTT-----ACC-ATACTGA-GG-T-ATATCAAGGTTTCCGTT--T-A-AAGT-TT-G-TAAGTCTC-TTCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---AG-GATAA--CG--GC-GTTTC--CA---CTCCCTTTATTTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAA-GNCGA-GA---CAG-GCTGCCA-------AACTTTACA-A--A-AATTAGG-C------G-GA-GATCC-----CATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAA-AATTT------TTCAG--AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TATGTGG-------TTA--TC-ATT---TGTCC--AG-TGATAGTTGAAAAATA-GAACGAG-AA-TTACTCGTCATGTTTTAA-ATTGGTAAAATCAC-AATTGCTTCCT-TAATG-CACTTGTGTATGCA-TTGTA-ACAGTA-CAGACA-AGGTTACA
gi|1 : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTTAC-GG-TT-TGAGGGTCCCGCAAATC-----TTTCACGAC-TCGACGTC--TTTTT---TCTG--TACAACA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACAATTGCGTTGATAGTATTGACTTA-AATAAAGAGCGTAAAAATTAAA----TTAAGCCGGATATAATTCAATTACGAAT-ATAATAA-CAACACA-GCTGCTTTAGTGGACC-AT-TTGG-GG-T-ATATCAAGGTTTCCATT--TAA-AAGT-TT-G-TAAGTCTC-TTCCTTT-CGTTTTCC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---AA-GATAA--CA--GC-GTTTC--CA---CTCCCTCTATTTT-AT----GAAGTCTA-----AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAATGCCGA-GA---CAA-GCTGCCA-------AACTTTACA-A--A-AATTAGG-CCAAAGGG-GA-GATCC-----CATGCA----C-TT-AA----------AGTTTCATTC-AGAAAATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAA-AATTT------TCCAGA-AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TA-ATGG-------TTA--TCAATT---TGTCC--AG-TGATAATTGAAAAATACGAACGAG-AATTTACTCGTCATGTTTTAA-ATTGGTAAAATCACAAATTGCTTCTTATAATGCCACTTGTGTATGCA-TTGT--ACAGTA-CAGACA-AAGTTACA
gi|10 : TC-AG-AAATT-T---G-AA---G-TG-TAT-TG-GCGG---------CAC---TC--TTAA-AA--T------TAAAG--AG------AAA-GAGA-AAGAGAGAGA------A-------AT----------------ATACATGTTCA-
gi|11 : ttcaTAACATAGG-TC-GCGGGTTTGCTTATGTCAT-GG-TT-------TAT-GC-----------TT-ACGAC-TCAATGTC---TNNN---NNNN--NNNNNNN-NNNN---NN-N-NNNNNNNNNNNNNNGGTTTGATAGTATTGACTaagcttaatacatgtatattacatttaatggtttatcatg
gi|12 : ctGATAAAGAGCGTAAAAA----A----T-A--CCG---ATA--TCAAATATGAAT-AT--TAA-CT--ATA-GCTGCTTT-----AAC-ATACTGA-GG-T-ATATCAA-GTTTTCGTT--T-A-A--T-TT---CGAATGTC-TTCCTTT-CG-T
gi|13 : TAACGTATA-TC-ACAGGTTTGTTTACGTCAC-GA-TTATG-TGGTTC-CCAAATA------TA-ACGAC-TCGGCGTCTTTTTTT---C-TA--TATGACAGTCTCGCTAT-TGGTGACG
gi|14 : tCA-TTTC---TTAT-GTGACGTAACAATTGCTTTGATCGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAAT-T---TTTTTTA--CCG---ATA--TCAATTATGAAT-AT--TAA-
gi|16 : TAACGTAGGGTC-GCGGTTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-TG-GAGTAC-GC--ATC------TT-ACGAC-TCGACGTA--TTT
gi|17 : attTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAT-GGTTT-TG-GGGTAC-GTAAACCCGCGATTT-ACG
gi|18 : ttTAACGTACG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-Tt
gi|19 : tTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTt
gi|2 : cattctatAGGTTTTCATTATT-A-ATGTATT-GGTAAAGTTCATTCCTTTTCG-TTTTCTTCGGATTTTTGCAATCAAC---T---TGTGGAGTGATAATACGATGCTGTTTTGGCATCTCTTCCTTTATTTT-ATTTGTGAAGTTTTCGGTTAACAGCGG-ATAAGCAATGTTGAGGTGGGAA-GGCGA-GATGACAG-GCTGTCACAAGAGAGATTCTACA-ACAATAATTAGG-C------A-GA-GAATC-----CATGCAATCGTTTT-AACCGTTTTTCTAGTTTTCT---AG-AAATTATTAGG-ACCGTG-CGTTAT-TATGCCGCTTAGCCCACAC---TCATTTAAGAATTT------T--AGGAACAAAAGAAAA-GAGAAAAAAAGGATG------G-------ATAGGTAGTGATGATTTAAT-TACGTTCA-TACGTGGGTTGTTCTTAGTTC-ATTATATGTTCAGAG-TAATAATTGAAAAAT
gi|20 : ctcaccataggggTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGtatgaatgacgttattgtgaaaataatttttttactctggttttcatttttaaaacttttgttataatatgcacatattttatatacatatacgctatgttactattgtgtcgtatgggtttattgataacaagtacaagacaattgttaacaga
gi|3 : tgctattTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GA-TT-TT-GNNNNN-NNNNNNN-----NNN-NNNNN-NNNNNNNN--NNNNN---NNNN--NNNNNNN-NNNN---NN-N-NNNNNNNNNNNNN--GTT-GATAG--------------AAAGAGCGTAAAAT-TAAAA---TTA--ACCGATATA--TCAATTATGAAT-AT--TA--CA--ACA-GCTGCTTT-----ACC-ATATTGA-GG-T-AAATCAAGGTTTC-ATT--T-A-AAGT-TT-G-TAAGTCT---TCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAC---TGAATG---AG--ATA---CG---C-GTTTC---A----TCCCTTTA-TTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGGAA----CAAT-TTG----GGGGA-AGCGA-GA---CA--GCTGCCA-------AACTTTACAGA--A-AATTAGG-CA-----G-GA-GAT-C-----CATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-T---GAAC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAA-AA-TT------TTCAG--AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCATTATATGGT------TTA--TC-ATT---TGTCC--AG-TAATAATTGAAAAATA-GAACGAGAAA-TTACTCGTCATGTTAT-G-ATTGTT-AAATCAC-AATTGCTTCCT---ATG-CACTTGTG
gi|4 : tACGTAGG-TCCGCGGGTT-GCCTAC--TAC-GG-T---G-GGGTA--ACCAAT------TTA-ACGACGTC-ACGTC--TTTTT---CGC-----TGACA-CTC-------T-GTG-CGTAA--AGGGGTATGAAAG------CT--TAGTAAA---TGTAAAAA--AAA----GTA--C--GAAAT---TCAAT-AC-AAT-AT--TAC-CA--A-----TGCCTT-----ACCCAT-TTGA-GGCT-A-ATCA--------GTT--C-ATAAGT-T--G-TAAGTCCT-TTC--TT-CG-T---C----GAT----GCAA--A-----C---TG---AG-TA-AA--CG--GC-GTTTC--AA---CCCC---TATGT--AT-----AAGTCT------A-CAGCGG------CAAT-TTG----GGGAA--TCGAAGA---CA----TGCCA-------AATTTAACC-A--ATAAT--GG-C------A-GG-AATCC-----TAC---------TT-AA----------AGTT--ATTC-AG-GAATT-----A-AC---GGCG-TATGTA-GCGG--------ACACGGCTC--TCAA-A---T------TTCAG--CC------AAA-GTAAGAAAAA-GATA------C-------AT----------------AT--AC--TC--TATGT--------------TC-ATC---TGTCC--AGGTGAT-GTTGAAA--TA-GAACGAG-AA-ATAC--GTC-TGT----A-AT--GTAAA-TCAC-AATTGCTTC---TAATG-CACTT-TG-ATGCATTTGT--ACATTATCAGACAGAAGTT
gi|5 : gcaaatgcgttgt-TTTC---AT-TTGTGACGTAACA--TGCATTGATAGTAT-GACTGATGATAAAGAGCG-AAAAA-TAA-----TTA--C--GATAT----CAATTATGAATCAT--TAAACT--ACAAGCTGCTTT-----AC--ATACTGACGG-CCATATCA--GTTT--GTT--T-A-A--T-TT---CGAATGTC-TTCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAC--AACCTTT---TG---AG-ACTAA--CG---C-GTT-A--CA---TTCCCTTTATTTTTAT----GAAATCT------AACAATGG-A-----AAT-T-G----GGGAA---C-A-GA---CAGTGTT--CA-------AACTTTACA-A--A-AATTAGG-C------ACGACGAT-------CATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-------AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAA-AATTT------T--AG--AT------AAA-CAGAGAGAAGAGACATTTAATT-------AT----------------AT-TAC-TTTA-TATG------------------GTT---TATCC--AA---------GAAAA-----------------ACTCGT-ATATTTTAATAT--GC--AATCAC-AATTGCTTTCC-T-ATG-C-CTTGTGTATGGA-TTGTATGTAGTG-C-GACA-AGGTTACAcg
gi|6 : AAATC-----TT--ACGAC-TCGACGNN--NNNNN---NNNN--NNNNNNN-NNNN---NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNT--GATAGTATTGACTGATGATAAAGAGTGTAAAAA-GA-------TA--CCG---ATA--TCAATTATG---------------------CTGCTTT-----ACC-ATACTGC-GG-T-ATATCAAGGTT-CCGTT--T-A-A--T-TTCG-TAAGTCT---TCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAT---T--------AA-GATAA--CG---C-GTTTC---A----TCCCTATATGTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGGA-AGCGA-GA---CAG--CTGTCA-------AACTTTACAGA--A-AATTAGG-C---------A-GATCTACATGTATGCA----CTTC-AA----------AGTTTTATTC-AG-ACATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GTGG--------ACA-----C--TTAA-AA-TT------TTCAG--AC------AAA-GACAG-AGAAAGATA------CATTTAGTAT----------------AT-TACGTTCA-TATGTGG---------G--TC-TTT---TGT-----A-TGAAAGTTGAAAAACA-gatnnnnnnnnnnnn
gi|7 : ---T---TG---AG--ATAA--CG--G---TTTC--T----TTCCTTTTATTTTTAT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CA---TTG----GGGAA-GCC-A-GA---CAGAGCTGTCA-------AACCTT-CA-A--A-A-TTAGGGCA-----G-GA-GATCC------ATGCA----CTTTTAA----------AGTTTAATTCCAA-GAATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-TCGG--------ACAC---TC--TTAA-ACTCTTAAATGTTCAG--AC------AAACGAAGGAGGAAAGATA------CTTT----ATATATTAAGATA-----AT-TAAGTTCA--ATTTGG-------TTAT-TC-ACT---TG-CC--AG-CAATAGATAGAAAATA-GAACGAG-AA--AACTCG--------TAA-GT--GT--AACTAC---TTGCTCC----AATG-CACTTGTGTATGCA-TTGTA-ACAGTA-CAGACA-AGGTTAc
gi|8 : G-TC-GCGGGCTTGCATACATCACCAG-TT-AG-GGGTAC-GACAATC-----TCT--CGAT-TCAACGTC--TTTTTAAGTGTT--TATTTCA--TTC---AA-T-GTGATGTAAC-ATTGGTTTAAT-TTATTGACTGAAGATAATGACCGTAGTAA-Ta
gi|9 : -TC-GCGGGCTTGCATACATCACCAG-TT-AG-GGGTAC-GACAATC-----TCT--CGAT-TCAACGTC--TTTTA---AGTGTTTATTTCA--TTC---AA-T-GTGATGTAAC-ATTGGTTTAAT-TTATTGACTGAAGATAATGACCGTAGTAA-T
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 11111111111 222222222 11111111 44444444444444444444 111 2222222222 11111 111 111111111 11 1111 1111 1111111111111111 22222 33333333 1 1111 222222 111111 1111 111 111 111 1111111 111111 33333333 11111111 1111 2222222222 1111111 11111111 1111111111 1111111111 77777777777777777777777777777777 444444444444 111 111 33333333333333333333 33333 1 22 1 1
lowQualScore : 3 3 8 4 77 4 4 9 88888888888 4 2 66 222222222 22 99 33333333 8888 4 1 1 2 6 55555555555555555555 222 1 5 77 3333333333 66666 6 7 6 666 3 99 111 77 5 5 777777777 22 5 5 4444 4444 99 6666666666666666 77 22222 44444444 0 1 2222 222222 555555 5 2222 777 4 5 000 888 0 8888888 222222 5 77777777 5 88888888 2222 1 5 5555555555 0 5 5 7777777 888 5 5 5 5 88888888 888 66 5 6666666666 8 5555555555 5 66666666666666666666666666666666 5 2 5 0 0 444444444444 5 000 77 666 11 1 6 8 999 0 66666666666666666666 0 88 66666 8 0 3 0 55 0 3 0
lowQualScore : . . . . .. . . . ........... . . .. ......... .. .. ........ .... . . . . . .................... ... . . .. .......... ..... . . . ... . .. ... .. . . ......... .. . . .... .... .. ................ .. ..... ........ . . .... ...... ...... . .... ... . . ... ... . ....... ...... . ........ . ........ .... . . .......... . . . ....... ... . . . . ........ ... .. . .......... . .......... . ................................ . . . . . ............ . ... .. ... .. . . . ... . .................... . .. ..... . . . . .. . . .
lowQualScore : 3 3 0 0 55 4 4 0 22222222222 4 1 11 555555555 00 33 66666666 7777 6 9 8 5 6 44444444444444444444 999 4 7 99 4444444444 77777 7 3 7 888 5 33 000 99 7 7 999999999 33 7 7 2222 2222 22 1111111111111111 99 11111 99999999 3 4 1111 111111 999999 7 1111 666 3 7 000 777 4 6666666 777777 7 66666666 7 44444444 1111 4 7 0000000000 3 0 0 1111111 888 0 0 0 0 11111111 888 99 0 8888888888 4 4444444444 0 55555555555555555555555555555555 0 5 0 1 7 000000000000 7 000 99 333 99 4 7 0 888 8 44444444444444444444 8 88 00000 0 8 2 0 55 0 2 0
consensus : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-TG-GGGTAC-GCAAATC-----TTT-ACGAC-TCGACGTC--TTTTT---CGTG--TATNNCA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACAATTGGTTTGATAGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAAA-TAAA----TTA--CCGGATATA--TCAATTACGAAT-AT--TAA-CA--ACA-GCTGCTTT-----ACC-ATACTGA-GG-T-ATATCAAGGTTTCCGTT--T-A-AAGT-TT-G-TAAGTCTC-TTCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---AG-GATAA--CG--GC-GTTTC--CA---CTCCCTTTATTTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAA-GNCGA-GA---CAG-GCTGCCA-------AACTTTACA-A--A-AATTAGG-C------G-GA-GATCC-----CATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAA-AATTT------TTCAG--AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TATGTGG-------TTA--TC-ATT---TGTCC--AG-TGATAGTTGAAAAATA-GAACGAG-AA-TTACTCGTCATGTTTTAA-ATTGGTAAAATCAC-AATTGCTTCCT-TAATG-CACTTGTGTATGCA-TTGTA-ACAGTA-CAGACA-AGGTTACA
Reference ( family-3595 ) : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-TG-GGGTAC-GCAAATC-----TTT-ACGAC-TCGACGTC--TTTTT---CGTG--TATNNCA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACAATTGGTTTGATAGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAAA-TAAA----TTA--CCGGATATA--TCAATTACGAAT-AT--TAA-CA--ACA-GCTGCTTT-----ACC-ATACTGA-GG-T-ATATCAAGGTTTCCGTT--T-A-AAGT-TT-G-TAAGTCTC-TTCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---AG-GATAA--CG--GC-GTTTC--CA---CTCCCTTTATTTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAA-GNCGA-GA---CAG-GCTGCCA-------AACTTTACA-A--A-AATTAGG-C------G-GA-GATCC-----CATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAA-AATTT------TTCAG--AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TATGTGG-------TTA--TC-ATT---TGTCC--AG-TGATAGTTGAAAAATA-GAACGAG-AA-TTACTCGTCATGTTTTAA-ATTGGTAAAATCAC-AATTGCTTCCT-TAATG-CACTTGTGTATGCA-TTGTA-ACAGTA-CAGACA-AGGTTACA
gi|1 : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTTAC-GG-TT-TGAGGGTCCCGCAAATC-----TTTCACGAC-TCGACGTC--TTTTT---TCTG--TACAACA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACAATTGCGTTGATAGTATTGACTTA-AATAAAGAGCGTAAAAATTAAA----TTAAGCCGGATATAATTCAATTACGAAT-ATAATAA-CAACACA-GCTGCTTTAGTGGACC-AT-TTGG-GG-T-ATATCAAGGTTTCCATT--TAA-AAGT-TT-G-TAAGTCTC-TTCCTTT-CGTTTTCC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---AA-GATAA--CA--GC-GTTTC--CA---CTCCCTCTATTTT-AT----GAAGTCTA-----AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAATGCCGA-GA---CAA-GCTGCCA-------AACTTTACA-A--A-AATTAGG-CCAAAGGG-GA-GATCC-----CATGCA----C-TT-AA----------AGTTTCATTC-AGAAAATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAA-AATTT------TCCAGA-AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TA-ATGG-------TTA--TCAATT---TGTCC--AG-TGATAATTGAAAAATACGAACGAG-AATTTACTCGTCATGTTTTAA-ATTGGTAAAATCACAAATTGCTTCTTATAATGCCACTTGTGTATGCA-TTGT--ACAGTA-CAGACA-AAGTTACA
gi|10 : TC-AG-AAATT-T---G-AA---G-TG-TAT-TG-GCGG---------CAC---TC--TTAA-AA--T------TAAAG--AG------AAA-GAGA-AAGAGAGAGA------A-------AT----------------ATACATGTTCA-
gi|11 : ttcaTAACATAGG-TC-GCGGGTTTGCTTATGTCAT-GG-TT-------TAT-GC-----------TT-ACGAC-TCAATGTC---TNNN---NNNN--NNNNNNN-NNNN---NN-N-NNNNNNNNNNNNNNGGTTTGATAGTATTGACTaagcttaatacatgtatattacatttaatggtttatcatg
gi|12 : ctGATAAAGAGCGTAAAAA----A----T-A--CCG---ATA--TCAAATATGAAT-AT--TAA-CT--ATA-GCTGCTTT-----AAC-ATACTGA-GG-T-ATATCAA-GTTTTCGTT--T-A-A--T-TT---CGAATGTC-TTCCTTT-CG-T
gi|13 : TAACGTATA-TC-ACAGGTTTGTTTACGTCAC-GA-TTATG-TGGTTC-CCAAATA------TA-ACGAC-TCGGCGTCTTTTTTT---C-TA--TATGACAGTCTCGCTAT-TGGTGACG
gi|14 : tCA-TTTC---TTAT-GTGACGTAACAATTGCTTTGATCGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAAT-T---TTTTTTA--CCG---ATA--TCAATTATGAAT-AT--TAA-
gi|16 : TAACGTAGGGTC-GCGGTTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-TG-GAGTAC-GC--ATC------TT-ACGAC-TCGACGTA--TTT
gi|17 : attTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAT-GGTTT-TG-GGGTAC-GTAAACCCGCGATTT-ACG
gi|18 : ttTAACGTACG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-Tt
gi|19 : tTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTt
gi|2 : cattctatAGGTTTTCATTATT-A-ATGTATT-GGTAAAGTTCATTCCTTTTCG-TTTTCTTCGGATTTTTGCAATCAAC---T---TGTGGAGTGATAATACGATGCTGTTTTGGCATCTCTTCCTTTATTTT-ATTTGTGAAGTTTTCGGTTAACAGCGG-ATAAGCAATGTTGAGGTGGGAA-GGCGA-GATGACAG-GCTGTCACAAGAGAGATTCTACA-ACAATAATTAGG-C------A-GA-GAATC-----CATGCAATCGTTTT-AACCGTTTTTCTAGTTTTCT---AG-AAATTATTAGG-ACCGTG-CGTTAT-TATGCCGCTTAGCCCACAC---TCATTTAAGAATTT------T--AGGAACAAAAGAAAA-GAGAAAAAAAGGATG------G-------ATAGGTAGTGATGATTTAAT-TACGTTCA-TACGTGGGTTGTTCTTAGTTC-ATTATATGTTCAGAG-TAATAATTGAAAAAT
gi|20 : ctcaccataggggTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGtatgaatgacgttattgtgaaaataatttttttactctggttttcatttttaaaacttttgttataatatgcacatattttatatacatatacgctatgttactattgtgtcgtatgggtttattgataacaagtacaagacaattgttaacaga
gi|3 : tgctattTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GA-TT-TT-GNNNNN-NNNNNNN-----NNN-NNNNN-NNNNNNNN--NNNNN---NNNN--NNNNNNN-NNNN---NN-N-NNNNNNNNNNNNN--GTT-GATAG--------------AAAGAGCGTAAAAT-TAAAA---TTA--ACCGATATA--TCAATTATGAAT-AT--TA--CA--ACA-GCTGCTTT-----ACC-ATATTGA-GG-T-AAATCAAGGTTTC-ATT--T-A-AAGT-TT-G-TAAGTCT---TCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAC---TGAATG---AG--ATA---CG---C-GTTTC---A----TCCCTTTA-TTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGGAA----CAAT-TTG----GGGGA-AGCGA-GA---CA--GCTGCCA-------AACTTTACAGA--A-AATTAGG-CA-----G-GA-GAT-C-----CATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-T---GAAC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAA-AA-TT------TTCAG--AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCATTATATGGT------TTA--TC-ATT---TGTCC--AG-TAATAATTGAAAAATA-GAACGAGAAA-TTACTCGTCATGTTAT-G-ATTGTT-AAATCAC-AATTGCTTCCT---ATG-CACTTGTG
gi|4 : tACGTAGG-TCCGCGGGTT-GCCTAC--TAC-GG-T---G-GGGTA--ACCAAT------TTA-ACGACGTC-ACGTC--TTTTT---CGC-----TGACA-CTC-------T-GTG-CGTAA--AGGGGTATGAAAG------CT--TAGTAAA---TGTAAAAA--AAA----GTA--C--GAAAT---TCAAT-AC-AAT-AT--TAC-CA--A-----TGCCTT-----ACCCAT-TTGA-GGCT-A-ATCA--------GTT--C-ATAAGT-T--G-TAAGTCCT-TTC--TT-CG-T---C----GAT----GCAA--A-----C---TG---AG-TA-AA--CG--GC-GTTTC--AA---CCCC---TATGT--AT-----AAGTCT------A-CAGCGG------CAAT-TTG----GGGAA--TCGAAGA---CA----TGCCA-------AATTTAACC-A--ATAAT--GG-C------A-GG-AATCC-----TAC---------TT-AA----------AGTT--ATTC-AG-GAATT-----A-AC---GGCG-TATGTA-GCGG--------ACACGGCTC--TCAA-A---T------TTCAG--CC------AAA-GTAAGAAAAA-GATA------C-------AT----------------AT--AC--TC--TATGT--------------TC-ATC---TGTCC--AGGTGAT-GTTGAAA--TA-GAACGAG-AA-ATAC--GTC-TGT----A-AT--GTAAA-TCAC-AATTGCTTC---TAATG-CACTT-TG-ATGCATTTGT--ACATTATCAGACAGAAGTT
gi|5 : gcaaatgcgttgt-TTTC---AT-TTGTGACGTAACA--TGCATTGATAGTAT-GACTGATGATAAAGAGCG-AAAAA-TAA-----TTA--C--GATAT----CAATTATGAATCAT--TAAACT--ACAAGCTGCTTT-----AC--ATACTGACGG-CCATATCA--GTTT--GTT--T-A-A--T-TT---CGAATGTC-TTCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAC--AACCTTT---TG---AG-ACTAA--CG---C-GTT-A--CA---TTCCCTTTATTTTTAT----GAAATCT------AACAATGG-A-----AAT-T-G----GGGAA---C-A-GA---CAGTGTT--CA-------AACTTTACA-A--A-AATTAGG-C------ACGACGAT-------CATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-------AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAA-AATTT------T--AG--AT------AAA-CAGAGAGAAGAGACATTTAATT-------AT----------------AT-TAC-TTTA-TATG------------------GTT---TATCC--AA---------GAAAA-----------------ACTCGT-ATATTTTAATAT--GC--AATCAC-AATTGCTTTCC-T-ATG-C-CTTGTGTATGGA-TTGTATGTAGTG-C-GACA-AGGTTACAcg
gi|6 : AAATC-----TT--ACGAC-TCGACGNN--NNNNN---NNNN--NNNNNNN-NNNN---NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNT--GATAGTATTGACTGATGATAAAGAGTGTAAAAA-GA-------TA--CCG---ATA--TCAATTATG---------------------CTGCTTT-----ACC-ATACTGC-GG-T-ATATCAAGGTT-CCGTT--T-A-A--T-TTCG-TAAGTCT---TCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAT---T--------AA-GATAA--CG---C-GTTTC---A----TCCCTATATGTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGGA-AGCGA-GA---CAG--CTGTCA-------AACTTTACAGA--A-AATTAGG-C---------A-GATCTACATGTATGCA----CTTC-AA----------AGTTTTATTC-AG-ACATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GTGG--------ACA-----C--TTAA-AA-TT------TTCAG--AC------AAA-GACAG-AGAAAGATA------CATTTAGTAT----------------AT-TACGTTCA-TATGTGG---------G--TC-TTT---TGT-----A-TGAAAGTTGAAAAACA-gatnnnnnnnnnnnn
gi|7 : ---T---TG---AG--ATAA--CG--G---TTTC--T----TTCCTTTTATTTTTAT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CA---TTG----GGGAA-GCC-A-GA---CAGAGCTGTCA-------AACCTT-CA-A--A-A-TTAGGGCA-----G-GA-GATCC------ATGCA----CTTTTAA----------AGTTTAATTCCAA-GAATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-TCGG--------ACAC---TC--TTAA-ACTCTTAAATGTTCAG--AC------AAACGAAGGAGGAAAGATA------CTTT----ATATATTAAGATA-----AT-TAAGTTCA--ATTTGG-------TTAT-TC-ACT---TG-CC--AG-CAATAGATAGAAAATA-GAACGAG-AA--AACTCG--------TAA-GT--GT--AACTAC---TTGCTCC----AATG-CACTTGTGTATGCA-TTGTA-ACAGTA-CAGACA-AGGTTAc
gi|8 : G-TC-GCGGGCTTGCATACATCACCAG-TT-AG-GGGTAC-GACAATC-----TCT--CGAT-TCAACGTC--TTTTTAAGTGTT--TATTTCA--TTC---AA-T-GTGATGTAAC-ATTGGTTTAAT-TTATTGACTGAAGATAATGACCGTAGTAA-Ta
gi|9 : -TC-GCGGGCTTGCATACATCACCAG-TT-AG-GGGTAC-GACAATC-----TCT--CGAT-TCAACGTC--TTTTA---AGTGTTTATTTCA--TTC---AA-T-GTGATGTAAC-ATTGGTTTAAT-TTATTGACTGAAGATAATGACCGTAGTAA-T
blockSeqs : G C C T AT . . A CCGCGATTTA G A TT AAGTGTT NN GT GCTATTG NNNN A T T G T TAAAATTAACCGAT A T C . AACTACAA . C A C CT T AG TTC AT . T TGTATTGG CA T . TTCG TTTT TC TTGTGGAGTG TA ATGCT GGCATCTC T TTGT TCGGTT ATAAG G AGGT GG G A TGA GTG CAAGAGA ACAAT G AG C CTACATGT ATCG T T CCGTTTTTCT C . ATTAGG CGT G T G T CTTAGCCC GGC AT G CTCTTAAATG A GAACAAAAGA C GATAGGTAGTGATGATTTA A G T GTTGTTCTTAGT . ATA AG GTG AA A . A TT TCATGTTATGATTGTTA A CCT . T T AT T A G
blockSeqs : . . C . T . . A NNNNN . G . AGTGTT GA N TTAT AATT C T T G T TTTTTTTACCG A T . . ACTATA . . A . CC A AG TTC . . . AGTTTG C . . . . . CTTTTGAGA . GC AAC T . . AA . . AG G . . GAG . GAA . AC . TCC . T . . . . TGA . . . . . . . . . ATTT T AG . CTTTATATATTAAGATA . G . TTTA . . . TA AA A . . AT TATATTTTAATATGC A CT . T . A . A .
blockSeqs : . . . . T . . N ATAA . G . NNNN NN T ATTT NNNN A T T G T AAAGTACGAA A T . . CAACA . . A . T T AG TC . . . AGTTG T . . . . . TGAATGAG . C CAT . . . A . . AG G . . GG . AAT . AG . CCT . T . . . . TG . . . . . . . . . ATTT T AC . CATTTAGTAT . G . TTAT . . . TA AG A . . A TCTGTAATGTAA A TA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . C CTTA . N . NNNN GA N NNN NNN A T T G T TAATTACGAT A C . . CCAA . . A . T T A CC . . . TTTCG C . . . . . CTGAGT . C TT . . . A . . GC G . . G . GAA . A . CC . T . . . . TG . . . . . . . . . ATT T CC . TTTAATTAT . G . G . . . TG AG A . . . TAAGTGT . A .
blockSeqs : . . . . T . . A TTAA . G . NNNN NN C NNN AGG A T T G A GATACCG . T . . . . . . . T . . T . . . TTT . . . . . . TTGAG . C A . . . A . . T . . . G . AA . A . CC . T . . . . TG . . . . . . . . . ATT T AT . AAT . G . . . . . CA G . .
blockSeqs : . . . . A . . C CTTA . A . CTA TT T NNN ATT A T . . A ATACCG . T . . . . . . . TTT . . . TAAG . G A . . . . . . . . . . . . AA . . . C . . . . . . A . . . . . . . . . AT . AC . CAT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . A . . C CTCT . A . CGC TT N AAT ATT . . . . . . . . . . . . . . . . . T . AC . CAT . . .
blockSeqs : . . . . . . . . CTCT . . . . AAT AT . . .
blockSeqs : . . . . . . TTA . T
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CTNA******* ATT* NAATTACGG*********** A** ** ***** TTTG***** TTGAG*********** C**** NT****** ****** GG* GG* GAAT** A******* CC****** ATT******* AC******** NTT********* *** TATGTAATGT********** A* N****
originalCons : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-TG-GGGTAC-GCAAATC-----TTT-ACGAC-TCGACGTC--TTTTT---CGTG--TATNNCA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACAATTGGTTTGATAGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAAA-TAAA----TTA--CCGGATATA--TCAATTACGAAT-AT--TAA-CA--ACA-GCTGCTTT-----ACC-ATACTGA-GG-T-ATATCAAGGTTTCCGTT--T-A-AAGT-TT-G-TAAGTCTC-TTCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---AG-GATAA--CG--GC-GTTTC--CA---CTCCCTTTATTTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAA-GNCGA-GA---CAG-GCTGCCA-------AACTTTACA-A--A-AATTAGG-C------G-GA-GATCC-----CATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAA-AATTT------TTCAG--AC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TATGTGG-------TTA--TC-ATT---TGTCC--AG-TGATAGTTGAAAAATA-GAACGAG-AA-TTACTCGTCATGTTTTAA-ATTGGTAAAATCAC-AATTGCTTCCT-TAATG-CACTTGTGTATGCA-TTGTA-ACAGTA-CAGACA-AGGTTACA
finalCons : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-TG-GGGTAC-GCAAATCTNA-------CGAC-TCGACGTC--TTTTT---CGTG--TATNNCA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACATT-GGTTTGATAGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAAANAATTACGG-----------ATA--TCAATTACGAAT-AT--TAA-CA--ACA-GCTGCTTT-----ACC-ATACTGA-GG-T-ATATCAAGGTTTCCGTT--T-A-ATTTG-----TAAGTCTC-TTCCTTT-CG-TTTCC----GAT----GCAA--AACTTGAG-----------ATAA--CGC----GTTTCNT------TCCCTTTATTTT-AT----GAAGTCT------AACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAAGG-CGA-GA---CAGG-CTGCCA-------AACTTTACAGAAT--AATTAGG-CA-------GA-GATCC------ATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AG-AAATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAA-AATT-------TTCAGAC--------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------AT----------------AT-TACGTTCA-TATGTGGNTT---------TC-ATT---TGTCC--AG-TGATAGTTGAAAAATA-GAACGAG-AA---ACTCGTATGTAATGT----------AATCACA-ATTGCTTCN----ATG-CACTTGTGTATGCA-TTGTA-ACAGTA-CAGACA-AGGTTACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Alignments
lowQualScore : 1111 2222222222 11111111 222222222 111 1111 222222222 11111 111 111 22222222 1 1111 1111 11111111 111 22222222 1111 1111 1 1111 111111 111111 1111 11 11 111 22 1111111 11 22 22222222222222222 1111 11 2222222222 1111111 11111111 111111111 11111111111 77777777777777777777777777777777777777 4444444444444444 111 222 777777777777777777777777777 33333333 1 22 1 1
lowQualScore : 3 3 8 4 77 4 0000 666 4 5 66 0000000000 22 44 0 33333333 8 2 1 4 1 1 2 6 777777777 777 888 2222 1 5 77 333333333 66666 6 7 6 666 3 99 111 77 777 11111111 0 5 6 4444 4444 99 55555555 000 5 8888 5 5 00000000 2222 2222 0 1 1 2222 666666 5 555555 5 2222 33 00 5 000 55 0 8888888 22 33 5 99999999999999999 5 2222 22 5555555555 0 5 5 7777777 888 5 5 5 5 88888888 888 66 666666666 66 55555555555 5 11111111111111111111111111111111111111 5 5 2 5 0 0 1111111111111111 000 77 5 0 11 1 6 888 8 111111111111111111111111111 88 55555555 8 0 3 0 55 0 3 0
lowQualScore : . . . . .. . .... ... . . .. .......... .. .. . ........ . . . . . . . . ......... ... ... .... . . .. ......... ..... . . . ... . .. ... .. ... ........ . . . .... .... .. ........ ... . .... . . ........ .... .... . . . .... ...... . ...... . .... .. .. . ... .. . ....... .. .. . ................. . .... .. .......... . . . ....... ... . . . . ........ ... .. ......... .. ........... . ...................................... . . . . . . ................ ... .. . . .. . . ... . ........................... .. ........ . . . . .. . . .
lowQualScore : 3 3 0 0 55 4 8888 555 0 9 11 2222222222 00 44 4 66666666 9 4 9 6 9 8 5 6 444444444 999 111 1111 4 7 99 444444444 77777 7 3 7 888 5 33 000 99 999 99999999 1 7 7 2222 2222 22 66666666 000 7 3333 7 7 77777777 1111 9999 6 4 4 1111 444444 7 999999 7 1111 11 00 7 000 11 4 6666666 00 99 7 33333333333333333 7 1111 99 0000000000 3 0 0 1111111 888 0 0 0 0 11111111 888 99 888888888 44 44444444444 0 55555555555555555555555555555555555555 0 0 5 0 1 7 7777777777777777 000 99 7 4 99 4 7 000 0 888888888888888888888888888 88 00000000 0 8 2 0 55 0 2 0
consensus : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-TG-GGGTAC-GCAAATCTC--ACGAC-TCGACGTC--TTTTT---CGTGT--ATNNCA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACA-TTGGTTTGATAGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAA--AN--AATTA---CGG-ATAT----CAATTACGAAT-AT--TAA-CAACA--GCTGCTTTA-----CC-ATACTGA-GG-T-ATATCAAGGTTTCCGTT--TAA---TTT-GT-----AAGTCTCTTCCTTT-CGTTT-CC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---A-G--A-TAAC-G-CG--------TT----TCA-TTCCCTTTATTTT-AT----GAAGTCT------AA-CAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAANGC-GA-GA---CAG-GCTGCCA-------AACTTTACAA-AATAATTAGG-C------A-G----A-G-ATCC-ATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AGAAA-TT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAAA-------ATTTTC-AG--A-C------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------------AT----------------A-T-TACGTTCA-TATGTGGTT---------T-TC-ATT---TGTCC--AG-TGATAGTTGAAAAATA-GAACGAGAA-TTA-CTCGTCATG---T----A--AT--G-TA----AATCAC-AATTGCTT--CT---AATG-CACTTGTGTATGCA-TTGTA-ACAGTA-CAGACA-AGGTTACA
Reference ( family-3595 ) : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-TG-GGGTAC-GCAAATCTN--ACGAC-TCGACGTC--TTTTT---CGTGT--ATNNCA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACA-TTGGTTTGATAGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAA--AN--AATTA---CGG-ATAT----CAATTACGAAT-AT--TAA-CAACA--GCTGCTTTA-----CC-ATACTGA-GG-T-ATATCAAGGTTTCCGTT--TAA---TTT-GT-----AAGTCTCTTCCTTT-CGTTT-CC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---A-G--A-TAAC-G-CG--------TT----TCN-TTCCCTTTATTTT-AT----GAAGTCT------AA-CAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAAGGC-GA-GA---CAG-GCTGCCA-------AACTTTACAG-AATAATTAGG-C------A-G----A-G-ATCC-ATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AGAAA-TT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAAA-------ATTTTC-AG--A-C------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------------AT----------------A-T-TACGTTCA-TATGTGGNT---------T-TC-ATT---TGTCC--AG-TGATAGTTGAAAAATA-GAACGAGAA---A-CTCGT-ATG---T----A--AT--G-T-----AATCAC-AATTGCTT--C----NATG-CACTTGTGTATGCA-TTGTA-ACAGTA-CAGACA-AGGTTACA
gi|1 : TAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTTAC-GG-TT-TGAGGGTCCCGCAAATCTTTCACGAC-TCGACGTC--TTTTT---TCTGT--ACAACA-TTTC---AT-T-GTGACGTAACAATTGCGTTGATAGTATTGACTTA-AATAAAGAGCGTAAAA--ATTAAATTAAGCCGG-ATATAATTCAATTACGAAT-ATAATAA-CAACACAGCTGCTTTAGTGGACC-AT-TTGG-GG-T-ATATCAAGGTTTCCATT--TAAAAGTTT-GT-----AAGTCTCTTCCTTT-CGTTTTCC----GAT----GCAA--AAC---T---TG---AAG--A-TAACAG-CG--------TT----TCCACTCCCTCTATTTT-AT----GAAGTCT------AAACAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGAATGCCGA-GA---CAA-GCTGCCA-------AACTTTACAA-AA--ATTAGG-CCAAAGGG-G----A-G-ATCCCATGCA----CTT--AA----------AGTTTCATTC-AGAAAATT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAAA-------ATTTTCCAG--AAC------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------------AT----------------A-T-TACGTTCA-TA-ATGGTT---------A-TCAATT---TGTCC--AG-TGATAATTGAAAAATACGAACGAGAATTTA-CTCGTCATG---TTTTAA--ATTGG-TAA---AATCACAAATTGCTT--CTTATAATGCCACTTGTGTATGCA-TTGT--ACAGTA-CAGACA-AAGTTACA
gi|10 : TC-AGAAA-TT-T---G-AA---G-TG-TAT-TG-GCGG---------CAC---TC--TTAAA-------A-TTAA-AG--A-G------AAA-GAGA-AAGAGAGAGA------A-------------AT----------------A-TACATGTTCA-
gi|11 : ttcaTAACATAGG-TC-GCGGGTTTGCTTATGTCAT-GG-TT-------TAT-G-----CTT--ACGAC-TCAATGTC--TNNNN---NNNNN--NNNNNN-NNNN---NN-N-NNNNNNNNNNN-NNGGTTTGATAGTATTGACTaagcttaatacatgtatattacatttaatggtttatcatg
gi|12 : ctGATAAAGAGCGTAAAA--AA-----TA---CCG-ATAT----CAAATATGAAT-AT--TAA-CTATA--GCTGCTTTA-----AC-ATACTGA-GG-T-ATATCAA-GTTTTCGTT--TAA---TTT--C-----GAATGTCTTCCTTT-CGT
gi|13 : TAACGTATA-TC-ACAGGTTTGTTTACGTCAC-GA-TTATG-TGGTTC-CCAAATATA--ACGAC-TCGGCGTCTTTTTTT---C-TAT--ATGACAGTCTCGCTAT-TGGTGACG
gi|14 : tCA-TTTC---TTAT-GTGACGTAACAATTGCTTTGATCGTATTGACTGATGATAAAGAGCGTAAAATTTT--TTTTA---CCG-ATAT----CAATTATGAAT-AT--TAA-
gi|16 : TAACGTAGGGTC-GCGGTTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-TG-GAGTAC-GC--ATCTT--ACGAC-TCGACGTA--TTT
gi|17 : attTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAT-GGTTT-TG-GGGTAC-GTAAA-CCC--GCGAT-TT-ACGT
gi|18 : ttTAACGTACG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GG-TT-T
gi|19 : tTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTt
gi|2 : cattctatAGGTTTTCATTATTAA---TGT-ATTGGTAAAGTTCATTCCTTTTCGTTT-TCTTCGGATTTTTGCAATCAAC---T---TGTGGA-GTGA-TAAT-A-CGATGCTGTTTTGGCATCT-CTTCCTTTATTTT-ATTTGTGAAGTTTTCGGTTAA-CAGCGG-ATAAGCAATGTTGAGGTGGGAAGGC-GA-GATGACAG-GCTGTCACAAGAGAGATTCTACAACAATAATTAGG-C------A-G----A-GAATCC-ATGCAATCGTTTT-AACCGTTTTTCTAGTTTTCT---AGAAA-TTATTAGG-ACCGTG-CGTTAT-TATGCCGCTTAGCCCACAC---TCATTTAAG-------AATTTT-AGGAA-CAAAAGAAAA-GAGAAAAAAAGGATG------G-------------ATAGGTAGTGATGATTTAA-T-TACGTTCA-TACGTGGGTTGTTCTTAGT-TC-ATTATATGTTCAGAG-TAATAATTGAAAAAT
gi|20 : ctcaccataggggTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGtatgaatgacgttattgtgaaaataatttttttactctggttttcatttttaaaacttttgttataatatgcacatattttatatacatatacgctatgttactattgtgtcgtatgggtttattgataacaagtacaagacaattgttaacaga
gi|3 : tgctattTAACGTAGG-TC-GCGGGTTTGCCTACGTCAC-GA-TT-TT-GNNNNN-NNNNNNNNN--NNNNN-NNNNNNNN--NNNNN---NNNNN--NNNNNN-NNNN---NN-N-NNNNNNNNNNN-NNNGTT-GATAG--------------AAAGAGCGTAAAATTAA--AATTAAC-CGATATAT----CAATTATGAAT-AT--TA--CAACA--GCTGCTTTA-----CC-ATATTGA-GG-T-AAATCAAGGTTTC-ATT--TAAAG-TTT-GT-----AAGTCT--TCCTTT-CGTTT-CC----GAT----GCAA--AAC---TGAATG---A-G--A-T-AC-G-CG--------TT----TCA--TCCCTTTA-TTT-AT----GAAGTCT------AA-CAGCGGAA----CAAT-TTG----GGGGAAGC-GA-GA---CA--GCTGCCA-------AACTTTACAG-AA-AATTAGG-C------AGG----A-G-ATCC-ATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AGAAA-TT-T---GAAC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAAA-------ATTTTC-AG--A-C------AAA-GAGAGAAAAAAGATA------C-------------AT----------------A-T-TACGTTCATTATATGGTT---------TATC-ATT---TGTCC--AG-TAATAATTGAAAAATA-GAACGAGAAATTA-CTCGTCATG---T----T--AT--GATTGTTAAATCAC-AATTGCTTC-C----TATG-CACTTGTG
gi|4 : tACGTAGG-TCCGCGGGTT-GCCTAC--TAC-GG-T---G-GGGTA--ACCAATTTA--ACGACGTC-ACGTC--TTTTT---CGC-----TGACA-CTC-------T-GTG-CGTAA-A-GGGGTATGAAAG------CT--TAGTAAA---TGTAAAA--AA--AAGTA---CGA-AATT----CAAT-AC-AAT-AT--TAC-CAA------TGCCTTA-----CCCAT-TTGA-GGCT-A-ATCA--GTT--CAT----AA---GTT-GT-----AAGTCCTTTC--TT-CGT----C----GAT----GCAA--A-----C---TG---A-G--T-AAAC-GGCG--------TT----TCA-ACCCCTATGT----AT-----AAGTCT------A--CAGCGG------CAAT-TTG----GGGAAT-C-GAAGA---CA----TGCCA-------AATTTAACC--AATAAT--GG-C------A-G----G-A-ATCC----TA----CTT--AA----------AGTT--ATTC-AGGAA-TT-----A-AC---GGCG-TATGTA-GCGG--------ACACGGCTC--TCAAA---------TTTC-AG--C-C------AAA-GTAAGAAAAA-GATA------C-------------AT----------------A-T--AC--TC--TATGT---------------TC-ATC---TGTCC--AGGTGAT-GTTGAAA--TA-GAACGAGAA---A-TACGT-CTG---T----A--AT--G-TA----AATCAC-AATTGCTT--CT---AATG-CACTT-TG-ATGCATTTGT--ACATTATCAGACAGAAGTT
gi|5 : gcaaatgcgttgt-TTTC---AT-TTGTGACGTAACA-T-GCATTGATAGTAT-GACTGATGATAAAGAGCG-AAAA--AT--AATTA---CG--ATAT----CAATTATGAATCAT--TAAACTACAA-GCTGCTTTA-----C--ATACTGACGG-CCATATCA--GTTT--GTT--TAA---TTT--C-----GAATGTCTTCCTTT-CGTTT-CC----GAT----GCAC--AACCTTT---TG---A-G--ACTAAC-G-CG--------TT----ACA-TTCCCTTTATTTTTAT----GAAATCT------AA-CAATGG-A-----AAT-T-G----GGGAA--C--A-GA---CAGTGTT--CA-------AACTTTACAA-AA--ATTAGG-C------ACG----ACG-ATC--ATGCA----CTTT-AA----------AGTTTTATTC-AGAAA-TT-------AC---G-CG-TAT-TA-GCGG--------ACAC---TC--TTAAA-------ATTTT--AG--A-T------AAA-CAGAGAGAAGAGACATTTAATT-------------AT----------------A-T-TAC-TTTA-TATG-------------------GTT---TATCC--A-----------------A-GAA----AA---A-CTCGT-ATATTTT----AATAT--G-C-----AATCAC-AATTGCTTTCC----TATG-C-CTTGTGTATGGA-TTGTATGTAGTG-C-GACA-AGGTTACAcg
gi|6 : AAATCTT--ACGAC-TCGACGNN--NNNNN---NNNNN--NNNNNN-NNNN---NN-N-NNNNNNNNNNN-NNNNNT-GATAGTATTGACTGATGATAAAGAGTGTAAAA--AG--A--TA---CCG-ATAT----CAATTATG--------------------CTGCTTTA-----CC-ATACTGC-GG-T-ATATCAAGGTT-CCGTT--TAA---TTTCGT-----AAGTCT--TCCTTT-CGTTT-CC----GAT----GCAA--AA----T---TA---A-G--A-TAAC-G-CG--------TT----TCA-T-CCCTATATGTT-AT----GAAGTCT------AA-CAGCGG-A----CAAT-TTG----GGGGAAGC-GA-GA---CA--GCTGTCA-------AACTTTACAG-AA-AATTAGG-C------A-GATCTA-C-ATGT-ATGCA----CTTC-AA----------AGTTTTATTC-AGACA-TT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-GTGG--------ACA-----C--TTAAA-------ATTTTC-AG--A-C------AAA-GACAG-AGAAAGATA------CATTTAGT------AT----------------A-T-TACGTTCA-TATGTGGGT---------C-T---TT---TGT-----A-TGAAAGTTGAAAAACA-gatnnnnnnnnnnnn
gi|7 : ---T---TG---A-G--A-TAAC-G--G--------TT----TCT-TTCCTTTTATTTTTAT----GAAGTCT------AA-CAGCGG-A----CA---TTG----GGGAAGCC--A-GA---CAGAGCTGTCA-------AACCTT-CAA-AAT---TAGGGC------A-GG---A-G-ATCC-ATGCA----CTTTTAA----------AGTTTAATTCCAAGAA-TT-T---G-AC---G-CG-TAT-TA-TCGG--------ACAC---TC--TTAAACTCTTAAATGTTC-AG--A-C------AAACGAAGGAGGAAAGATA------CTTTATATATTAAGAT----------------AAT-TAAGTTCA--ATTTGGTTA--------T-TC-ACT---TG-CC--AG-CAATAGATAGAAAATA-GAACGAGAA---AACTCGT-A----------A--GT--G-T-----AACTAC---TTGCTC--C----AATG-CACTTGTGTATGCA-TTGTA-ACAGTA-CAGACA-AGGTTAc
gi|8 : G-TC-GCGGGCTTGCATACATCACCAG-TT-AG-GGGTAC-GACAATCTC--TCGAT-TCAACGTC--TTTTTAAGTGTTT--ATTTCA--TTC---AA-T-GTGATGTAACA-TTGGTTTAAT-TTATTGACTGAAGATAATGACCGTAa
gi|9 : -TC-GCGGGCTTGCATACATCACCAG-TT-AG-GGGTAC-GACAATCTC--TCGAT-TCAACGTC--TTTTA---AGTGTTTATTTCA-TT-C---AA-T-GTGATGTAACA-TTGGTTTAAT-TTATTGACTGAAGATAATGACCGTAgtaat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN