lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22 11111 3333333333333333 11111111111 11 2222 2222 111 1111 222222222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222 33333333 22222 2222 11
lowQualScore : 6 55 4 1 4 8 4 4 0 11 2 55555 2 33 9999 55 2 4 2 77777 4444 0 55 22 2 2 2 0000000000000000 11111111111 33 3 3 3 7777 3 44 3 3 3 6 999 3 2 3 0 1111 3 55 55 7 1 7 666 7777 55 3 3 77 3 44 44 3 44 3 44 3 3 9999999999 3 777 3 55 7 3 3 2 3 8888 3 3 3 7777 3 4 3 3 3 3 7 7777 3 3 88 3 3 222222222222 3 7777 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 777 55 4 8 55 3 3 6666 7 3 3 77777777777777 00000000 11111 3333 444 3 88 7 55 3 3 33 33 55 44 3 3 3 77 3 3 77
lowQualScore : . .. . . . . . . . .. . ..... . .. .... .. . . . ..... .... . .. .. . . . ................ ........... .. . . . .... . .. . . . . ... . . . . .... . .. .. . . . ... .... .. . . .. . .. .. . .. . .. . . .......... . ... . .. . . . . . .... . . . .... . . . . . . . .... . . .. . . ............ . .... . ................................................................................. . ... .. . . .. . . .... . . . .............. ........ ..... .... ... . .. . .. . . .. .. .. .. . . . .. . . ..
lowQualScore : 0 55 4 0 4 0 0 0 7 22 5 77777 4 22 2222 88 1 2 1 99999 5555 6 00 88 2 2 2 9999999999999999 99999999999 88 3 3 3 1111 3 66 3 3 3 7 222 6 0 6 5 2222 6 00 00 3 6 3 444 5555 00 6 6 99 3 66 66 3 66 3 66 3 3 8888888888 3 111 6 00 3 6 6 3 6 4444 6 6 6 7777 6 1 6 6 6 6 3 7777 6 6 00 6 6 333333333333 6 7777 6 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 111 55 0 0 00 6 6 9999 3 6 6 77777777777777 33333333 88888 4444 777 6 66 3 00 6 6 88 55 00 66 3 3 3 99 3 3 99
consensus : ATAGTTTA-TC-AGT-GTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAAAGGGGCAAGA-CGCCT----CAC-GC--A----TG--GG-G-CAA-A-AGGCCCA----CTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-AC-TG-GGCGTTT-----------TACC-CCAAAC-T-GA-C----A-TAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG--A-TT-G--TTTT--G-CTTGACAC-TAG---AAT-GA--A-GGTAA-TAG-A-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---A------CA-CAGA-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TAAA--C-GG-T-T----A-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGA-T-G--------------GCATACGT-AA-G--GAAGCT--AA-AAAAAAT-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TGAT-TT--CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
Reference ( gi|5 ) : ATAGCTTT-TC-AAT-GTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAAAGGGGCAAGA-CGCCT----CAC-GC--A----TG--GG-G-CAA-A-TGGTCCA----CTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGTAC-TA-T-AC-TG-GGCGTTT-----------TACC-ACAAAC-T-GA-C----A-TAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG--T-TT-G--TTTT--G-CTTGACGC-TAG---ACT-CA--A-GGTAA-TAA-A-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---A------CA-CAGG-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TATA--C-GG-T-T----A-CACATGATATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGA-T-G--------------GCATACGT-TA-T--GAAGCT--AA-AAAAAAT-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TG-TGAA-TT--CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|2 : ATAGTTTA-TCTAGT-GTATCCTTC-ATA-ATATTAAAAAAGGGGCGAGA-CGCCT----CAA-GC--A----TG--GG-G-CAA-A-AGGCCCA----CTG--TAGGCG-TT-T-TG-CC-CAGCAC-TA-T-AC-TA-GGCGTTT-----------TACC-CCAAAC-T-GA-C----A-TAGGTCA--TCATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG--A-TT-G--TTTT--GACTCTACACATAG---AAT-AATGA-AGTAA-TAG-A-A--GC--CTCT----ACA-A--TT-C-A-T---A------CA-CAGACCATTTGTT--TTTT-AT-TTA-TTACATTAAA--CGGG-T-T----A-CACATGACATTT-T-GA-GAA-GAGT----GATG-A-TGC--AAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--AACAAAATTTATTTGAGCTGCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGCTTTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGA-T-G--------------GCATACGC-AA-G--GAAGCT-----AAAAAAT---AT-C-ACATG-AT-CTTGCTG-CA--T-CA-TATTGAT-TT--CCAAAATAT--CAAGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGACTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|7 : gATAGTTTA-TC-AGT-GTACCCTTC-AAA-A-ATTATAAA-GGGGCAAAA-CGCCT----CAC-GT--A----TG--GG-G-CAA-A-AGGCCCA----CTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAG-TA-T-AC-TG-GGCGTTT-----------TACC-CCAAAC-T-GA-C----A-TAGGCCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGGGA---TCT-GAATCGCAACA-GCCTAGT-T-TT-G--CTTT--C-CTTGACGC-TAG---A-T-AA--A-GGTAA-TAG-A-A--CC--CTCT-A--ACG-A--TTGC-A-T---A------CA-CA-A-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TAAA--C-GG-T-T----A-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAAC----GATA-A-TGA-ACAAA-T-TAT-----------TT-A----AA-C--G------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCATC--GTC--ATC-TGGTTGC-TTTGG--GATC-TCT-TGC-A--AG-AATGA-T-G--------------GCATACAT-AA-G--GAAGCT--TA-AA------AAAT-C-ATATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TG-TGCT-TT--CCAAAATAG--AAGAACTA----GTTT-TAC-CCCGATTGGGCAT--T-T-TGCCCCAG--cc
gi|12 : ATAGTTTA-TC-AGT-GTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAGA-GGGGCAAGA-CGCCT----CAC-GC--A----TG--GG-G-CAA-A-AGGCCCA----CTG--TAGTTA-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-AC-TA-GGCGTTT-----------TACC-CCAAAC-T-GA-C----A-TAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG--A-TT-G--TTTT--G-CTTGACAC-TAG---AAT-GA--A-GGTAA-TAA-A-A--CC--TTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---A------CA-CAt
gi|14 : ATAGTTTA-TC-AAT-GTATCCTTC-ATA-A-AAT-AAAAAGGGGCAAAA-CGCCT----CAT-GC--A----TG--GG-G-C---T-TGGGGCAAAGGCTG--TAAGGGTTT-T-TGCCCACA-CACTTATT-AC-TG-GGCGTTT-------------CC-ACAAA--T-GA-A----A-TAGGAAT--T-ATGAA--GGA-T-AGAGA---atgaaacgaacaatttttcatgctt
gi|3 : TAGTTTA-TC-AGT-GTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAA-GGGGCGAGAACGCCT----CAA-GC--A----TG--GG-GGCAA-A-AGGCCCA----CTG--TAGGCG-TTCT-TGCCC--AGCAC-TA-T-AC-TA-GGCGTTT-----------TACC-CCAAAC-T-GA-C----AATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG--A-TT-G--TTTT--GACTT-ACAC-TAGTAAAAT-GA--ACGGTAA-TAG-A-A--GC--CTCTCA--CCA-A--TTGC-A-T---A------CA-CAGA-CATTT-TGTTTTTT-AT-TTA-TTACA-TAAA--C-GG-T-T----A-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATG-A-TGC--AAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--AACAAATTTATTTGAGCT-GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGCTTTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGA-T-G--------------GCATACGC-AA-G--GAAGCT-----AAAAAAT---AT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TGAT-TT--CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTTATA--CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCC
gi|8 : TAGTTTA-TC-AGT-GTATCCTTC-ATA-A-AT---AAAAGGGACAAGA-CGCCT----GAC-GC--A----TG--GG-G-CAA-A-AGGCCCA----CTG--TAGGAG-AT-T-TGCCC-CG---C-CA------------GTTT-----------TACC-CCAAAC-T-GA-C----A-TAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-ATAGA---TCT-AAATCGTGGTA-TCCCAG--A-TT-G--TTTT--G-CTTGACAC-TAG---AAT-GA--A-GGTAA-TAG-A-A--CC--C-CT-A--ACA-A--TTGCAA-T---A------CA-CAGA-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TAAAA-T--------------------ACACGACATTT-T-GA-G-AGGAGT----GATA-A-TGC--AAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------ACAAATT-----------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GTTCTTTT-GGC-G--AGAAATGA-C-G--------------ACATACGT-AA-G--GAAGCT------AAAAAT---AT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TGAT-TT--CCAAAATAC---AGGATTA-GGCGTTT-AAC-CCCGACTGGGCTCTTT-T-TGCCC
gi|6 : AGTTTTATC-AGT-GTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAA--GGGACAAGA-CGCTT----GAC-GC--A----TG--GG-GGCAA-A-AGGCCCA----CTG--TAGGAG-AT-T-TGCCC-CAA----------------GCCATT-----------TACCTCCAAAC-T-GA-C----A-TAGGTCA--T-ATGAA-TGGACT-ATAGA---TCT-AAATCGTGGTAATCCCAG--AATT-G--TTTT--G-CT-GACAC-TAG---AAT-GA--A-GGTA--TAAGA-A--CC--CTCT-A--ACA-AATTTGC-A-T---A------CAACAGA-CATTT-TG--TTTT-AT-T-A-T-ACA-TATAA-C-GG-T-T----A-CACATGAC--TT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAAAT-TG------------TG------CA-TT-A------------------ACA---------------------A---------------ATTAAA--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GTTC-TTT-GGC-G--AGAAATGA-C-G--------------ACATACG--TA-A--GGAGCT--AA-AAAATAT----C-C-ACATG-AACTTTGCTG-CA--T-CA-TA-TGAT-TT--CCAAAATAC--AA-GATTA-GGCGTTT-AACGCCCGACTGGGCTCT-T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|9 : T-TC-TATCGTATACTTCTCTA-A-ATTAACA--GGGGCA-GA-CGCCT----CAC-GC--A----TG--GG---CAA-A-AGG-CCA----CT---TAG-CG-TT-T-TGCCA-CA---C-CT-T-AC-TA-GG--TTT-----------TACC--CAA-C-T-AC-C----A-TAG--TA--T-ATGAA-TGAA-T-AGAGA---TCTTAAATCGTG-CA-TCCCAG--A-TT-G--TTTG--G--TTGA-AC-TAG---AT---A--A-GGTAA-TAT-A-A--CC--CTCT-A--ACC-A--ATGC-ACT---A------CA--AGA-CATTT-T----TTT--T-TT--TTACA-TAAA--C-GC-T-T----A-CACATC---CTT-T-GA-G-A-GATT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-T-------------TG-A----CT-T--AACAATTATTGAGCT----GCA---------------------A---------------A----A--------------TACTGCCCT--GTC--ATC-GGCATGC-TTT-G--GATC-TTT-G-----------TGATT-GCAC-----------GCATACG--TA-A--GGAGCT---A-AAAAAAT---AT-C-A-AT--A--CT--CTG-CA--C-TA-TA-TG-A-TT--CC-AAATAC--AAGTATTA--GC-TTT-TAC-CCC-AC---GCTC--T-T-TGCCc
gi|1 : tg-AAT-GTATCCTTCCATACA-ATTAAAA--GGGGCAAG--CGC-T----CAC-GCCGA----TG--GGCA-CAA-A-AGGCCCA----CTGGTTAGGCG-TT-TGCACCC-CAGCAC-TA-TGAC-TG-G-CGTTT-----------ACCC-AGAAGC-T-G--C----A-TAGGTAAGCT-ATGAAGTGGA-TTAGAGACAATCT-AAATCGTGGCA-TCCCAGATC-TC-GGATTTTGCG-CTTGACACTTAG---AATACA--G-GGTAATTAG-ATA--CCCACTCT-ACGACG-A---TAC-A-T---AACACATCA-CA---TATTT-TG--TTTTAAT-TTA-TTACA-TAAA--C-GG-TAT----A-CACATGACATTTAT-GATG-ACGAGT----GAAA-ATTGC-AAAAA-TGTG------------TG-ATGAGCA-TTAA------------------ACA---------------------AATTAATTGAAGCTGCA----G--------------CA-TGCTTATTGTCGTATT-TGGTTGC-ATTGGGCGATT-TCT-GGCGG--AG-AATGA-T-G--------------ACATATGTATA-G--GAAGCT---A-AAAAAAT-AAATAT-ACATG-A--CTTG-TGCCA--T-CACTG-TGAA-TTTGCCAAAATACGAAGGGATCT-GGCGTTT-TA--CCCGACT-GGCTC--T-TGTGCCagc
gi|4 : gtttatcagaTTT-ATC-A-GTTCAAATAAGGGCAAGA-CGCCT----CAC-GC--A----TG--GG-G-CAA-A--AGCCCA----CTGC-TAGGCG-TT-T-AACCC-CAGTACGTA-T-AC-TG-GGCG-TT-----------TACC-CCAAAC-T-GA-C----A-GAGGTCA--T-ATAAA-TAGA-T-ATAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TGCCAG--T-TT-G--TTTT--G-CTTGACGC-TAG---AAT-CA--A-GGTAA-TAG-A-A--CC--CTCT-A--ACATA--TTGC-A-TATAA------TA-CAGA-CATTT-TT--TTTTAAT-TTG-CTACA-TAAA--C-GG-T-T----A-CACATAATATTT-C-GA-A-A-GAGT----GAT--A-TGCAAAAAA-A-TA------------TG-A----CA-T--A------------------ACA---------------------A---------------ATT--ATTTGATATACAAATCA-TGCCTC--TTC--ATC-TGGCTGC-TTTAG--GGTC-TCT-GGG-G--AG-AATGA-T-G--------------GTATACGT-AA-TTGGCAGCT--AATAAAACATCACAT---GCATG-A--CTTGCTG-TA--T-CA-TG-TGAT-TT--CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTA--T-T-TGCCCaagg
gi|3 : tatagGGGGTAAAA-CGCCT----AGT-AT--AG---TGCTGG-G-CAAGA-ACGCCTA----CAG--TGGGCC-TT-T-TGCCC-CCATGC-T-------TGAGGCGTTC-----------T
gi|2 : tagtttatcagtgtatccttcataaattaaaaaggggcgGGGGTAAAA-CGCCT----AGT-AT--AG---TGCTGG-G-CAA-A-ACGCCTA----CAG--TGGGCC-TT-T-TGCCC-CA-TGC-T-------TGAGGCGTCT-----------CGCC-aaactgacaataggtcatatgaatggatagagatctaaatcgtggcatcccagattgttttgacttacactagtaaaatgaacggtaatagaagcctctcaccaattgcatacacagacattttgttttttatttattacataaacggttacacatgacattttgagagagtgatgatgcaaaattgtgacataacaaatttatttgagctgcaaaacatgcctggtcatcgggttgcttttgggatctttggcgagaatgatggcatacgcaaggaagctaaaaaatatcacatgacttgctgcatcatatgatttccaaaatacaaggattaggcgtttatacccgactgggctctttgcccc
gi|7 : gatagtttatctagtgtatccttcataatattaaaaaaggGGGGTAAAA-CGCCCAGTATACTGC-------TG--GG-G-CAA-A-ACGCCTA----CAG--TGGGCC-TT-T-TGCCC-C-------A-T-ACGTGAGGCGTTT-----------TGCC-aaactgacataggtcatcatgaatggatagagatctaaatcgtggcatcccagattgttttgactctacacatagaataatgaagtaatagaagcctctacaattcatacacagaccatttgttttttatttattacattaaacgggttacacatgacattttgagaagagtgatgatgcaaaattgtgacataacaaaatttatttgagctgcaaaacatgcctggtcatcgggttgcttttgggatctttggcgagaatgatggcatacgcaaggaagctaaaaaatatcacatgatcttgctgcatcatattgatttccaaaatatcaagattaggcgttttaccccgactggactctttgccccaggctacc
gi|12 : atagtttatcagtgtacccttcaaaaattataaaggGGGGTAAAA-CGCCT----AGT-AT--AGTGCTG--GG-G-CAA-AATAA-CTA----CAG--TGGGCC-TT-T-TGCCC-C-------A-T-GCGTGAGGCGTCT-----------TGCC-aaactgacataggccatatgaatggatagggatctgaatcgcaacagcctagttttgctttccttgacgctagataaaggtaatagaaccctctaacgattgcatacacaacattttgttttatttattacataaacggttacacatgacattttgagagaacgataatgaacaaattatttaaacggcaaaacatgcatcgtcatctggttgctttgggatctcttgcaagaatgatggcatacataaggaagcttaaaaaatcatatgacttgctgcatcatgtgctttccaaaatagaagaactagttttaccccgattgggcattttgccccaggt
gi|13 : atagtttatcagtgtatccttcataaattaaagaggCAAGA-CGCCT----GAC-GC--A----TG--GG-G-CAA-A-AGGCCCA----CTG--TAGGAG-AT-T-TGCCC-CAGCAN-NN-N-NN-NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNATACC-ACCAACTT-GACC----A-TATGTCA--T-ATGAC-T-GA-T-GGAAA---Taaactgacataggtcatatgaatggatagagatctaaatcgtggcatcccagattgttttgcttgacactagaatgaaggtaataaaaccttctaacaattgcatacacaatgaaacgaacaatttttcatgctt
gi|19 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna-CGCCT----CAC-GC--A----TG--GG-G-CAA-A-AGGCCCA----CTG--AAGtata
gi|6 : -GC--T----TG--GG-G-CAA-A-TCTCCTA----CAG--TGGGCC-TT-T-TGCCC-C
gi|13 : agttttatcagtgtatccttcataaattaaaagggacaagacgcttgacgcatg----TG--GG-G-CAA-A-TCTCCTA----CAG--TGGGCC-TT-T-TGCCC-CAcatttacctccaaactgacataggtcatatgaatggactatagatctaaatcgtggtaatcccagaattgttttgctgacactagaatgaaggtataagaaccctctaacaaatttgcatacaacagacattttgttttattatacatataacggttacacatgactttgagagagtgataatgcaaaaaattgtgcattaacaaattaaacatgcctggtcatcgggttgctttgggttctttggcgagaaatgacgacatacgtaaggagctaaaaaatatccacatgaactttgctgcatcatatgatttccaaaatacaagattaggcgtttaacgcccgactgggctcttttgccccaggctac
gi|8 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaagacgcctgacgcaG--GG-G-CAA-A-TCTCCTA----CAG--TGGGCC-TT-T-TGCCC-CAgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnataccaccaacttgaccatatgtcatatgactgatggaaattata
gi|10 : tagtttatcagtgtatccttcataaataaaagggacaagacgcctgacgcaGCGTTT-------------CC-CCCAAC-TCGA-CCACTA-CGGCTCA--T-ATGAA-TGGA-TTAGAGCC--TCT-AAATCGTGG-A-TCC-AG--A-TT-G--TTTT--T-CTTG-CAC-TGG---AAT-GA--A-GGTAA-TAG-A-AGCCC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-TG--A------CA-CAGGACAATT-TG--TTTT-ATCTTACTTACA-TAAAACC-GG-T-T----A--ACATGGCATTT-TTGA-G-A-AAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-A-TGGAATAAATTATTTG-A----GC-T--G------------------GCA---------------------A---------------A-------------------CA-TGCCTG--GTC--ATCCGAGTTGC-TTTGG--GATC-TTTCGGC-GATAG-AATGA-TCGGCATACGCCGGGGCGCATACGT-AA-G--GAAGCT--AA-AAAAAA--AATT-CAACATGAA--CTTGCTG-CATCT-CA-TA-TGAATTT--CCAAA-------------A-GCCGTTT-TAC-CCCGACTGGG-TC----T-TGCCCC-G--GCgccagttttaccccaaactgacataggtcatatgaatggatatagatctaaatcgtggtatcccagattgttttgcttgacactagaatgaaggtaatagaacccctaacaattgcaatacacagacattttgttttatttataaaatacacgacattttgagaggagtgataatgcaaaattgtgacataacaaattaaacatgcctggtcatcgggttgctttgggttcttttggcgagaaatgacgacatacgtaaggaagctaaaaatatcacatgacttgctgcatcatatgatttccaaaatacaggattaggcgtttaaccccgactgggctctttttgccc
gi|11 : cctagc-AGATCGTGG-A-TCC-AG--T-TTTG--CTTT--G-CTTGACGC-TAG---ATA-GG--G-GGTCA-TAG-A-A--CC--TTCA-A--ACA-A--TTGC-A-T---A------CA-CA---TATTT--G--TTTT-AT-TTA-T-ATA-TA-A--C-GGGT-T----AACAC-TGATATTT-T-G------GAGTTTATGATATA-TGC-AAAA--T-TG------------TGGA----CAAT--A------------------ACATAATTTTTAAATTTGAGCTGCA---------------A----A--------------CA-TGC-TC--GTC---TC-TGGTTGC-TTTGG--GAT--TCT-GGC----AG-AATGA-T-G--------------GCATA-GT-CA-----AAGCTTAAA-AAAAAAA-AAAC-T-ACATG-A---TTGCTGGCA--TTCA-TG-TGAT-TT--CAAAGAT-C--AAGGTTTA-GGCGTTT-TAC-CCCGCTTGGG--C--T-T-TG-CCCAG--GCT
gi|16 : -A--CC--CTTT-A--ACA-A--TTAC-A-T---A------CA-CAGA-CATTG-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TAAA--C-GG-T-TGGTTA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-T-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------ACT---------------------A---------------A----t
gi|15 : --GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGA-T-G--------------GCATACGT-AAAG--GAAGCT--AA-AAAAAAA-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TGAT-TT--CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTA-TAC-CCCGACTGGGCTT--T-T-TTCCCCAG--GCTttaat
gi|17 : AAA-AC--AAG-ATTAAGGC-TTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--TAT-TG-CCCAGAAGCTA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TACCTAAAGCCACCAATTTCATGAAATAAATTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111111 1111 111 1111111 222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111 11111 1111
lowQualScore : 3 666 7 3 3 77 3 44 3 6 888888 77 3 3 3 3 6 3 3 0 666666666666 6 3 3 3 9999 44 3 3 3 6 888 3 1 3 666 0000 44 6 6 555 55 44 3 3 3 44 44 3 44 3 44 3 3 111 888 3 3 3 44 6 3 33 1 3 3 1111111 3 3 3 3 3 3 6 7777 3 3 66 3 3 000000000000 3 7777 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 555 55 3 7 44 3 3 5555 6 6 555 99999999999999 3 77 1 88888 9999 333 3 77 6 44 3 3 3 6 3 44 3 3 3 77 3 3 66
lowQualScore : . ... . . . .. . .. . . ...... .. . . . . . . . . ............ . . . . .... .. . . . . ... . . . ... .... .. . . ... .. .. . . . .. .. . .. . .. . . ... ... . . . .. . . .. . . . ....... . . . . . . . .... . . .. . . ............ . .... . ................................................................................. . ... .. . . .. . . .... . . ... .............. . .. . ..... .... ... . .. . .. . . . . . .. . . . .. . . ..
lowQualScore : 6 444 3 6 6 55 1 22 1 2 888888 33 3 3 3 3 7 3 3 4 999999999999 2 1 1 1 6666 22 1 1 1 2 555 3 0 3 333 4444 66 7 7 888 77 66 3 3 1 22 22 1 22 1 22 1 1 555 555 3 3 3 66 7 3 88 2 3 3 2222222 3 3 3 3 3 3 7 1111 3 3 66 3 3 444444444444 3 1111 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 555 00 6 3 66 3 3 5555 7 7 888 66666666666666 3 99 2 55555 2222 555 3 99 7 66 3 3 3 7 3 22 1 1 1 33 1 1 99
consensus : ATAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAAAGGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTA-A--GGAAGCT--AA-AAAAAAT-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
Reference ( family-3573 ) : ATAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAAAGGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACAC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTA-A--GGAAGCT--AA-AAAAAAT-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|1 : GTTTATC-AGAAATGTATCCTTCCATACA-ATTAAAA--GGGGCAAG--CGC-TCACGCCGATGGGCA-C------AAAAGGCCCACTGGTTAGGCG-TT-TGCACCC-CAGCAC-TA-TGACTGG-CGTTT------------ACC-CAGAAGCT-G--C----ATAGGTAAGCT-ATGAAGTGGA-TTAGAGACAATCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TCTCGGATTTTGCG-CTTGACACTTAG---AATACA--G-GGTAATTAGATA--CCCACTCT-ACGACG-A---TAC-A-TA--ACACATCAC-A-TATTT-TG--TTTTAAT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGTATA-CACATGACATTTAT-GATG-ACGAGT----GAAA-ATTGC-AAAAA-TGTG------------TG-ATGAGCA-TTAA------------------ACA---------------------AATTAATTGAAGCTGCA----G--------------CA-TGCTTATTGTCGTATT-TGGTTGC-ATTGGGCGATT-TCT-GGCGG--AG-AATGAT-G---A--------------CATATGTATA--GGAAGCT---A-AAAAAAT-AAATAT-ACATG-A--CTTG-TGCCA--T-CACTG-TGAATTTGCCAAAATACGAAGGGATCT-GGCGTTT-TA--CCCGACT-GGCTC--T-TGTGCC
gi|10 : GCGTTT-------------CC-CCCAA-CTCGA-CCACTACGGCTCA--T-ATGAA-TGGA-TTAGAGCC--TCT-AAATCGTGG-A-TCC-AG-A-TT----GTTTT--T-CTTG-CAC-TGG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-AGCCC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-TG--ACA---CAGGA-CAATT-TG--TTTT-ATCTTACTTACA-TA-AAACC----GGT-TA--ACATGGCATTT-TTGA-G-A-AAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-A-TGGAATAAATTATTTG-A----GC-T--G------------------GCA---------------------A---------------A-------------------CA-TGCCTG--GTC--ATCCGAGTTGC-TTTGG--GATC-TTTCGGC-GATAG-AATGATCG---GCATACGCCGGGGCGCATACGTA-A--GGAAGCT--AA-AAAAAA--AATT-CAACATGAA--CTTGCTG-CATCT-CA-TA-TGAATTT-CCAAA-------------A-GCCGTTT-TAC-CCCGACTGGG-TC----T-TGCCCC-G--GCaagg
gi|11 : cctagc-AGATCGTGG-A-TCC-AG-T-TTT---GCTTT--G-CTTGACGC-TAG---ATAG-G--G-GGTCA-TAGA-A--CC--TTCA-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAT-A----TT-TG--TTTT-AT-TTA-T-ATA-TA-AC--G----GGT-TAACAC-TGATATTT-T-G------GAGTTTATGATATA-TGC-AAAA--T-TG------------TGGA----CAAT--A------------------ACATAATTTTTAAATTTGAGCTGCA---------------A----A--------------CA-TGC-TC--GTC---TC-TGGTTGC-TTTGG--GAT--TCT-GGC----AG-AATGAT-G---G--------------CATA-GTC-A----AAGCTTAAA-AAAAAAA-AAAC-T-ACATG-A---TTGCTGGCA--TTCA-TG-TG-ATTT-CAAAGAT-C--AAGGTTTA-GGCGTTT-TAC-CCCGCTTGGG--C--T-T-TG-CCCAG--GCT
gi|12 : ATAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAGA-GGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGTTA-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-ACTAGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACAC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAAA-A--CC--TTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAt
gi|13 : CAAGA-CGCCTGACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGAG-AT-T-TGCCC-CAGCAN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCACCAAC-TT-GACC----ATATGTCA--T-ATGAC-T-GA-T-GGAAA---Tatgaaacgaacaatttttcatgctt
gi|14 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATAGTTTATC-AA---TGTATCCTTC-ATA-A-AAT-AAAAAGGGGCAAAA-CGCCTCATGC--ATGGG-G-CTTGGGGCAAAGG----CTG--TAAGGGTTT-T-TGCCCACA-CACTTATT-ACTGGGCGTTT-------------CC-ACAAA--T-GA-A----ATAGGAAT--T-ATGAA--GGA-T-AGAGA---tata
gi|15 : --GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTA-AA-GGAAGCT--AA-AAAAAAA-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTA-TAC-CCCGACTGGGCTT--T-T-TTCCCCAG--GCT
gi|16 : -A--CC--CTTT-A--ACA-A--TTAC-A-T---ACA---CAG-A-CATTG-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--CGGTTGGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-T-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------ACT---------------------A---------------A----
gi|17 : AAA-AC--AAG-ATTAAGGC-TTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--TAT-TG-CCCAGAAGCTAttaat
gi|19 : cgg-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--AAGcc
gi|2 : ATAGTTTATCTAG---TGTATCCTTC-ATA-ATATTAAAAAAGGGGCGAGA-CGCCTCAAGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TG-CC-CAGCAC-TA-T-ACTAGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--TCATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--GACTCTACACATAG---AATA-ATGA-AGTAA-TAGA-A--GC--CTCT----ACA-A--TT-C-A-T---ACA---CAG-ACCATTTGTT--TTTT-AT-TTA-TTACATTA-AA--CG---GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-GAA-GAGT----GATG-A-TGC--AAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--AACAAAATTTATTTGAGCTGCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGCTTTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGCA-A--GGAAGCT-----AAAAAAT---AT-C-ACATG-AT-CTTGCTG-CA--T-CA-TATTG-ATTT-CCAAAATAT--CAAGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGACTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|3 : gTAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAA-GGGGCGAGAACGCCTCAAGC--ATGGG-GGC------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TTCT-TG-CC-CAGCAC-TA-T-ACTAGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-CA---ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--GACTT-ACAC-TAGTAAAATG-A--ACGGTAA-TAGA-A--GC--CTCTCA--CCA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-A-CATTT-TGTTTTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATG-A-TGC--AAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--AACAAATTTATTTGAGCT-GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGCTTTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGCA-A--GGAAGCT-----AAAAAAT---AT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTTATA--CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCcc
gi|4 : ATAGTTTATC-AG---T---TC-------A-A-AT------AAGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAA-GCCCACTGC-TAGGCG-TT-T-AACCC-CAGTACGTA-T-ACTGGGCG-TT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----AGAGGTCA--T-ATAAA-TAGA-T-ATAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TGCCAG-T-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---AATC-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACATA--TTGC-A-TATAATA---CAG-A-CATTT-TT--TTTTAAT-TTG-CTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATAATATTT-C-GA-A-A-GAGT----GAT--A-TGCAAAAAA-A-TA------------TG-A----CA-T--A------------------ACA---------------------A---------------ATT--ATTTGATATACAAATCA-TGCCTC--TTC--ATC-TGGCTGC-TTTAG--GGTC-TCT-GGG-G--AG-AATGAT-G---G--------------TATACGTA-ATTGGCAGCT--AATAAAACATCACAT---GCATG-A--CTTGCTG-TA--T-CA-TG-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTA--T-T-TGCCC
gi|5 : tATAGCTTTTC-AA---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAAAGGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAATGGTCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGTAC-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-ACAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-T-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---ACTC-A--A-GGTAA-TAAA-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-G-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-TA--C----GGT-TA-CACATGATATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTT-A--TGAAGCT--AA-AAAAAAT-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TG-TG-AATT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|6 : TTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAA--GGGACAAGA-CGCTTGACGC--ATGGG-GGC------AAAAGGCCCACTG--TAGGAG-AT-T-TGCCC-CAA--------------GCCATT-----------TACCTCCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGACT-ATAGA---TCT-AAATCGTGGTAATCCCAG-AATT----GTTTT--G-CT-GACAC-TAG---AATG-A--A-GGTAT-AAGA-A--CC--CTCT-A--ACA-AATTTGC-A-T---ACAA--CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-T-A-T-ACA-TATAA--C----GGT-TA-CACATGAC--TT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAAAT-TG------------TG------CA-TT-A------------------ACA---------------------A---------------ATTAAA--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GTTC-TTT-GGC-G--AGAAATGAC-G---A--------------CATACGTA-A--GG-AGCT--AA-AAAATAT----C-C-ACATG-AACTTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AA-GATTA-GGCGTTT-AACGCCCGACTGGGCTCT-T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|7 : agtATAGTTTATC-AG---TGTACCCTTC-AAA-A-ATTATAAA-GGGGCAAAA-CGCCTCACGT--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAG-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGCCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGGGA---TCT-GAATCGCAACA-GCCTAGTT-TT----GCTTT--C-CTTGACGC-TAG----ATA-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACG-A--TTGC-A-T---ACA---CA--A-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAAC----GATA-A-TGA-ACAAA-T-TAT-----------TT-A----AA-C--G------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCATC--GTC--ATC-TGGTTGC-TTTGG--GATC-TCT-TGC-A--AG-AATGAT-G---G--------------CATACATA-A--GGAAGCT--TA-AA------AAAT-C-ATATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TG-TG-CTTT-CCAAAATAG--AAGAACTA----GTTT-TAC-CCCGATTGGGCAT--T-T-TGCCCCAG--c
gi|8 : TAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-AT---AAAAGGGACAAGA-CGCCTGACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGAG-AT-T-TGCCC-CGCCA--------------GTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-ATAGA---TCT-AAATCGTGGTA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACAC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--C-CT-A--ACA-A--TTGCAA-T---ACA---CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-TT------A-TA-AA------------A-TACACGACATTT-T-GA-G-AGGAGT----GATA-A-TGC--AAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------ACAAATT-----------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GTTCTTTT-GGC-G--AGAAATGAC-G---A--------------CATACGTA-A--GGAAGCT------AAAAAT---AT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC---AGGATTA-GGCGTTT-AAC-CCCGACTGGGCTCTTT-T-TGCCCt
gi|9 : TCTATC-------GTATACTTCTCTA-A-ATTAACA--GGGGCA-GA-CGCCTCACGC--ATGGG---C------AAAAGGCC-ACT---TAG-CG-TT-T-TGCC----ACAC-CT-T-ACTAGG--TTT-----------TACC-C--AA-CT-AC-C----ATAG--TA--T-ATGAA-TGAA-T-AGAGA---TCTTAAATCGTG-CA-TCCCAG-A-TT----GTTTG--G--TTGA-AC-TAG---A-T--A--A-GGTAA-TATA-A--CC--CTCT-A--ACC-A--ATGC-ACT---ACA----AG-A-CATTT-T----TTT--T-TT--TTACA-TA-AA--C----GCT-TA-CACAT--C-CTT-T-GA-G-A-GATT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-T-------------TG-A----CT-T--AACAATTATTGAGCT----GCA---------------------A---------------A----A--------------TACTGCCCT--GTC--ATC-GGCATGC-TTTGG---ATC-TTT-G-----------TGATTGCACG--------------CATACGTA-A--GG-AGCT---A-AAAAAAT---AT-C-A-AT--A--CT--CTG-CA--C-TA-TA-TG-ATTC-C--AAATAC--AAGTATTA--GC-TTT-TAC-CCC-AC---GCTC--T-T-TGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TACCTAAAGCCACCAATTTCATGAAATAAATTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 111111111111 1111 111 1111111 222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111 11111 1111
lowQualScore : 3 666 7 3 3 77 3 44 3 6 888888 77 3 3 3 3 6 3 3 0 666666666666 6 3 3 3 9999 44 3 3 3 6 888 3 1 3 666 0000 44 6 0 6 555 55 44 3 3 3 44 44 3 44 3 44 3 3 111 888 3 3 3 44 6 3 33 1 3 3 1111111 3 3 3 3 3 3 6 7777 3 3 66 3 3 000000000000 3 7777 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 555 55 3 7 44 3 3 5555 6 6 555 99999999999999 3 77 1 88888 9999 333 3 77 6 44 3 3 3 6 3 44 3 3 3 77 3 3 66
lowQualScore : . ... . . . .. . .. . . ...... .. . . . . . . . . ............ . . . . .... .. . . . . ... . . . ... .... .. . . . ... .. .. . . . .. .. . .. . .. . . ... ... . . . .. . . .. . . . ....... . . . . . . . .... . . .. . . ............ . .... . ................................................................................. . ... .. . . .. . . .... . . ... .............. . .. . ..... .... ... . .. . .. . . . . . .. . . . .. . . ..
lowQualScore : 6 444 3 6 6 55 1 22 1 2 888888 33 3 3 3 3 7 3 3 4 999999999999 2 1 1 1 6666 22 1 1 1 2 555 3 0 3 333 4444 66 7 7 7 888 77 66 3 3 1 22 22 1 22 1 22 1 1 555 555 3 3 3 66 7 3 88 2 3 3 2222222 3 3 3 3 3 3 7 1111 3 3 66 3 3 444444444444 3 1111 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 555 00 6 3 66 3 3 5555 7 7 888 66666666666666 3 99 2 55555 2222 555 3 99 7 66 3 3 3 7 3 22 1 1 1 33 1 1 99
consensus : ATAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAAAGGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTA-A--GGAAGCT--AA-AAAAAAT-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
Reference ( family-3573 ) : ATAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAAAGGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTA-A--GGAAGCT--AA-AAAAAAT-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|1 : GTTTATC-AGAAATGTATCCTTCCATACA-ATTAAAA--GGGGCAAG--CGC-TCACGCCGATGGGCA-C------AAAAGGCCCACTGGTTAGGCG-TT-TGCACCC-CAGCAC-TA-TGACTGG-CGTTT------------ACC-CAGAAGCT-G--C----ATAGGTAAGCT-ATGAAGTGGA-TTAGAGACAATCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TCTCGGATTTTGCG-CTTGACACTTAG---AATACA--G-GGTAATTAGATA--CCCACTCT-ACGACG-A---TAC-A-TA--ACACATCAC-A-TATTT-TG--TTTTAAT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGTATA-CACATGACATTTAT-GATG-ACGAGT----GAAA-ATTGC-AAAAA-TGTG------------TG-ATGAGCA-TTAA------------------ACA---------------------AATTAATTGAAGCTGCA----G--------------CA-TGCTTATTGTCGTATT-TGGTTGC-ATTGGGCGATT-TCT-GGCGG--AG-AATGAT-G---A--------------CATATGTATA--GGAAGCT---A-AAAAAAT-AAATAT-ACATG-A--CTTG-TGCCA--T-CACTG-TGAATTTGCCAAAATACGAAGGGATCT-GGCGTTT-TA--CCCGACT-GGCTC--T-TGTGCC
gi|10 : GCGTTT-------------CC-CCCAA-CTCGA-CCACTACGGCTCA--T-ATGAA-TGGA-TTAGAGCC--TCT-AAATCGTGG-A-TCC-AG-A-TT----GTTTT--T-CTTG-CAC-TGG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-AGCCC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-TG--ACA---CAGGA-CAATT-TG--TTTT-ATCTTACTTACA-TA-AAACC----GGT-TA--ACATGGCATTT-TTGA-G-A-AAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-A-TGGAATAAATTATTTG-A----GC-T--G------------------GCA---------------------A---------------A-------------------CA-TGCCTG--GTC--ATCCGAGTTGC-TTTGG--GATC-TTTCGGC-GATAG-AATGATCG---GCATACGCCGGGGCGCATACGTA-A--GGAAGCT--AA-AAAAAA--AATT-CAACATGAA--CTTGCTG-CATCT-CA-TA-TGAATTT-CCAAA-------------A-GCCGTTT-TAC-CCCGACTGGG-TC----T-TGCCCC-G--GCaagg
gi|11 : cctagc-AGATCGTGG-A-TCC-AG-T-TTT---GCTTT--G-CTTGACGC-TAG---ATAG-G--G-GGTCA-TAGA-A--CC--TTCA-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAT-A----TT-TG--TTTT-AT-TTA-T-ATA-TA-AC--G----GGT-TAACAC-TGATATTT-T-G------GAGTTTATGATATA-TGC-AAAA--T-TG------------TGGA----CAAT--A------------------ACATAATTTTTAAATTTGAGCTGCA---------------A----A--------------CA-TGC-TC--GTC---TC-TGGTTGC-TTTGG--GAT--TCT-GGC----AG-AATGAT-G---G--------------CATA-GTC-A----AAGCTTAAA-AAAAAAA-AAAC-T-ACATG-A---TTGCTGGCA--TTCA-TG-TG-ATTT-CAAAGAT-C--AAGGTTTA-GGCGTTT-TAC-CCCGCTTGGG--C--T-T-TG-CCCAG--GCT
gi|12 : ATAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAGA-GGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGTTA-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-ACTAGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACAC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAAA-A--CC--TTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAt
gi|13 : CAAGA-CGCCTGACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGAG-AT-T-TGCCC-CAGCAN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCACCAAC-TT-GACC----ATATGTCA--T-ATGAC-T-GA-T-GGAAA---Tatgaaacgaacaatttttcatgctt
gi|14 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATAGTTTATC-AA---TGTATCCTTC-ATA-A-AAT-AAAAAGGGGCAAAA-CGCCTCATGC--ATGGG-G-CTTGGGGCAAAGG----CTG--TAAGGGTTT-T-TGCCCACA-CACTTATT-ACTGGGCGTTT-------------CC-ACAAA--T-GA-A----ATAGGAAT--T-ATGAA--GGA-T-AGAGA---tata
gi|15 : --GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTA-AA-GGAAGCT--AA-AAAAAAA-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTA-TAC-CCCGACTGGGCTT--T-T-TTCCCCAG--GCT
gi|16 : -A--CC--CTTT-A--ACA-A--TTAC-A-T---ACA---CAG-A-CATTG-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--CGGTTGGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-T-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------ACT---------------------A---------------A----
gi|17 : AAA-AC--AAG-ATTAAGGC-TTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--TAT-TG-CCCAGAAGCTAttaat
gi|19 : cgg-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--AAGcc
gi|2 : ATAGTTTATCTAG---TGTATCCTTC-ATA-ATATTAAAAAAGGGGCGAGA-CGCCTCAAGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TG-CC-CAGCAC-TA-T-ACTAGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--TCATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--GACTCTACACATAG---AATA-ATGA-AGTAA-TAGA-A--GC--CTCT----ACA-A--TT-C-A-T---ACA---CAG-ACCATTTGTT--TTTT-AT-TTA-TTACATTA-AA--CG---GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-GAA-GAGT----GATG-A-TGC--AAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--AACAAAATTTATTTGAGCTGCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGCTTTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGCA-A--GGAAGCT-----AAAAAAT---AT-C-ACATG-AT-CTTGCTG-CA--T-CA-TATTG-ATTT-CCAAAATAT--CAAGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGACTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|3 : gTAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAA-GGGGCGAGAACGCCTCAAGC--ATGGG-GGC------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TTCT-TG-CC-CAGCAC-TA-T-ACTAGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-CA---ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--GACTT-ACAC-TAGTAAAATG-A--ACGGTAA-TAGA-A--GC--CTCTCA--CCA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-A-CATTT-TGTTTTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATG-A-TGC--AAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--AACAAATTTATTTGAGCT-GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGCTTTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGCA-A--GGAAGCT-----AAAAAAT---AT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTTATA--CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCcc
gi|4 : ATAGTTTATC-AG---T---TC-------A-A-AT------AAGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAA-GCCCACTGC-TAGGCG-TT-T-AACCC-CAGTACGTA-T-ACTGGGCG-TT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----AGAGGTCA--T-ATAAA-TAGA-T-ATAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TGCCAG-T-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---AATC-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACATA--TTGC-A-TATAATA---CAG-A-CATTT-TT--TTTTAAT-TTG-CTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATAATATTT-C-GA-A-A-GAGT----GAT--A-TGCAAAAAA-A-TA------------TG-A----CA-T--A------------------ACA---------------------A---------------ATT--ATTTGATATACAAATCA-TGCCTC--TTC--ATC-TGGCTGC-TTTAG--GGTC-TCT-GGG-G--AG-AATGAT-G---G--------------TATACGTA-ATTGGCAGCT--AATAAAACATCACAT---GCATG-A--CTTGCTG-TA--T-CA-TG-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTA--T-T-TGCCC
gi|5 : tATAGCTTTTC-AA---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAAAGGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAATGGTCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGTAC-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-ACAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-T-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---ACTC-A--A-GGTAA-TAAA-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-G-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-TA--C----GGT-TA-CACATGATATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTT-A--TGAAGCT--AA-AAAAAAT-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TG-TG-AATT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|6 : TTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAA--GGGACAAGA-CGCTTGACGC--ATGGG-GGC------AAAAGGCCCACTG--TAGGAG-AT-T-TGCCC-CAA--------------GCCATT-----------TACCTCCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGACT-ATAGA---TCT-AAATCGTGGTAATCCCAG-AATT----GTTTT--G-CT-GACAC-TAG---AATG-A--A-GGTAT-AAGA-A--CC--CTCT-A--ACA-AATTTGC-A-T---ACAA--CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-T-A-T-ACA-TATAA--C----GGT-TA-CACATGAC--TT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAAAT-TG------------TG------CA-TT-A------------------ACA---------------------A---------------ATTAAA--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GTTC-TTT-GGC-G--AGAAATGAC-G---A--------------CATACGTA-A--GG-AGCT--AA-AAAATAT----C-C-ACATG-AACTTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AA-GATTA-GGCGTTT-AACGCCCGACTGGGCTCT-T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|7 : agtATAGTTTATC-AG---TGTACCCTTC-AAA-A-ATTATAAA-GGGGCAAAA-CGCCTCACGT--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAG-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGCCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGGGA---TCT-GAATCGCAACA-GCCTAGTT-TT----GCTTT--C-CTTGACGC-TAG----ATA-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACG-A--TTGC-A-T---ACA---CA--A-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAAC----GATA-A-TGA-ACAAA-T-TAT-----------TT-A----AA-C--G------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCATC--GTC--ATC-TGGTTGC-TTTGG--GATC-TCT-TGC-A--AG-AATGAT-G---G--------------CATACATA-A--GGAAGCT--TA-AA------AAAT-C-ATATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TG-TG-CTTT-CCAAAATAG--AAGAACTA----GTTT-TAC-CCCGATTGGGCAT--T-T-TGCCCCAG--c
gi|8 : TAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-AT---AAAAGGGACAAGA-CGCCTGACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGAG-AT-T-TGCCC-CGCCA--------------GTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-ATAGA---TCT-AAATCGTGGTA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACAC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--C-CT-A--ACA-A--TTGCAA-T---ACA---CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-TT------A-TA-AA------------A-TACACGACATTT-T-GA-G-AGGAGT----GATA-A-TGC--AAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------ACAAATT-----------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GTTCTTTT-GGC-G--AGAAATGAC-G---A--------------CATACGTA-A--GGAAGCT------AAAAAT---AT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC---AGGATTA-GGCGTTT-AAC-CCCGACTGGGCTCTTT-T-TGCCCt
gi|9 : TCTATC-------GTATACTTCTCTA-A-ATTAACA--GGGGCA-GA-CGCCTCACGC--ATGGG---C------AAAAGGCC-ACT---TAG-CG-TT-T-TGCC----ACAC-CT-T-ACTAGG--TTT-----------TACC-C--AA-CT-AC-C----ATAG--TA--T-ATGAA-TGAA-T-AGAGA---TCTTAAATCGTG-CA-TCCCAG-A-TT----GTTTG--G--TTGA-AC-TAG---A-T--A--A-GGTAA-TATA-A--CC--CTCT-A--ACC-A--ATGC-ACT---ACA----AG-A-CATTT-T----TTT--T-TT--TTACA-TA-AA--C----GCT-TA-CACAT--C-CTT-T-GA-G-A-GATT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-T-------------TG-A----CT-T--AACAATTATTGAGCT----GCA---------------------A---------------A----A--------------TACTGCCCT--GTC--ATC-GGCATGC-TTTGG---ATC-TTT-G-----------TGATTGCACG--------------CATACGTA-A--GG-AGCT---A-AAAAAAT---AT-C-A-AT--A--CT--CTG-CA--C-TA-TA-TG-ATTC-C--AAATAC--AAGTATTA--GC-TTT-TAC-CCC-AC---GCTC--T-T-TGCC
blockSeqs : T . T . T AA A . . G TTGGGG C T C . A T T . NNNNNNNNNNAT A . C C CACT . C . C T C T C A AA T . A A TAA G TG C . . GC . C . T AT A C ATA A G C G TT A C AC T T T CGGTT . A . T . A G TTAT T . AA A . GAATAAATTATT G . A AACATAATTTTTAAATTTGAGCTGCAAA C G . C T . T C GAT A C CAC CATACGCCGGGGCG . TT A TAAA TCAC CA A AC G TC T . T A . . A A G TT A . AA
blockSeqs : . . . . . AA . . . G . . . . . . G . . T T . . . A . . . . . . . C . TT . . A . . G . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . A T . . ACC . . . . . . . . . . A . . T . . . AACAAAATTTATTTGAGCTGCAAAA . C . . T . . . G A T . . . A A AAT AAA T . T . . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . CG . . . . . . . . . . A . . . . . . AACAAATTTATTTGAGCTGCAAAA . G . . . . . . G . . . . . . A AA AAA C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . G . . . . . . . . . . A . . . . . . AACAAATTATTTGATATACAAAT . G . . . . . . G . . . . . . A AA TAA C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . C . . . . . . . . . . A . . . . . . AACAATTATTGAGCTGCAAAA . C . . . . . . G . . . . . . A AA AA C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . . C . . . . . . . . . . A . . . . . . TAACAAATTAAA . G . . . . . . G . . . . . . C AA AA C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . C . . . . . . . . . . A . . . . . . AACAAATTAAA . G . . . . . . G . . . . . . A TA T C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . T . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . . C . . . . . . . . . . A . . . . . . AGCAAAA . C . . . . . . A . . . . . . A A T C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . C . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . GGCAAAA . G . . . . . . G . . . . . . A . T C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . GGCAAA . T . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** A* ** ** T*********** ** *** **** ** G* ** ** *** *** **** G** ** ** G*** AA*** TAA* C** **
originalCons : ATAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAAAGGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTA-A--GGAAGCT--AA-AAAAAAT-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
finalCons : ATAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAA-GGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-ACTGGGCGTTTT-----------ACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGCG---AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTA-A--GGAAGCTAA---AAAAAATAA-ATC--ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TACCTAAAGCCACCAATTTCATGAAATAAATTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111111111 1111 111 1111111 222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111 11111 1111
lowQualScore : 3 666 7 3 3 111 3 44 3 6 888888 77 3 3 3 3 6 3 3 0 666666666666 6 3 3 3 9999 44 3 3 3 6 888 3 1 3 666 0000 44 6 0 6 555 55 44 3 3 3 44 44 3 44 3 44 3 3 111 888 3 3 3 44 6 3 33 1 3 3 1111111 3 3 3 3 3 3 6 7777 3 3 66 3 3 000000000000 3 7777 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 555 55 3 7 44 3 3 5555 6 6 555 99999999999999 3 77 1 88888 9999 333 3 77 6 44 3 3 3 6 3 44 3 3 3 77 3 3 66
lowQualScore : . ... . . . ... . .. . . ...... .. . . . . . . . . ............ . . . . .... .. . . . . ... . . . ... .... .. . . . ... .. .. . . . .. .. . .. . .. . . ... ... . . . .. . . .. . . . ....... . . . . . . . .... . . .. . . ............ . .... . ................................................................................. . ... .. . . .. . . .... . . ... .............. . .. . ..... .... ... . .. . .. . . . . . .. . . . .. . . ..
lowQualScore : 6 444 3 6 6 666 1 22 1 2 888888 33 3 3 3 3 7 3 3 4 999999999999 2 1 1 1 6666 22 1 1 1 2 555 3 0 3 333 4444 66 7 7 7 888 77 66 3 3 1 22 22 1 22 1 22 1 1 555 555 3 3 3 66 7 3 88 2 3 3 2222222 3 3 3 3 3 3 7 1111 3 3 66 3 3 444444444444 3 1111 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 555 00 6 3 66 3 3 5555 7 7 888 66666666666666 3 99 2 55555 2222 555 3 99 7 66 3 3 3 7 3 22 1 1 1 33 1 1 99
consensus : ATAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAA-A-GGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTA-A--GGAAGCT--AA-AAAAAAT-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
Reference ( family-3573 ) : ATAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAA-A-GGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTA-A--GGAAGCT--AA-AAAAAAT-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|1 : GTTTATC-AGAAATGTATCCTTCCATACA-ATTAAAA---GGGGCAAG--CGC-TCACGCCGATGGGCA-C------AAAAGGCCCACTGGTTAGGCG-TT-TGCACCC-CAGCAC-TA-TGACTGG-CGTTT------------ACC-CAGAAGCT-G--C----ATAGGTAAGCT-ATGAAGTGGA-TTAGAGACAATCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TCTCGGATTTTGCG-CTTGACACTTAG---AATACA--G-GGTAATTAGATA--CCCACTCT-ACGACG-A---TAC-A-TA--ACACATCAC-A-TATTT-TG--TTTTAAT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGTATA-CACATGACATTTAT-GATG-ACGAGT----GAAA-ATTGC-AAAAA-TGTG------------TG-ATGAGCA-TTAA------------------ACA---------------------AATTAATTGAAGCTGCA----G--------------CA-TGCTTATTGTCGTATT-TGGTTGC-ATTGGGCGATT-TCT-GGCGG--AG-AATGAT-G---A--------------CATATGTATA--GGAAGCT---A-AAAAAAT-AAATAT-ACATG-A--CTTG-TGCCA--T-CACTG-TGAATTTGCCAAAATACGAAGGGATCT-GGCGTTT-TA--CCCGACT-GGCTC--T-TGTGCC
gi|10 : GCGTTT-------------CC-CCCAA-CTCGA-CCACTACGGCTCA--T-ATGAA-TGGA-TTAGAGCC--TCT-AAATCGTGG-A-TCC-AG-A-TT----GTTTT--T-CTTG-CAC-TGG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-AGCCC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-TG--ACA---CAGGA-CAATT-TG--TTTT-ATCTTACTTACA-TA-AAACC----GGT-TA--ACATGGCATTT-TTGA-G-A-AAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-A-TGGAATAAATTATTTG-A----GC-T--G------------------GCA---------------------A---------------A-------------------CA-TGCCTG--GTC--ATCCGAGTTGC-TTTGG--GATC-TTTCGGC-GATAG-AATGATCG---GCATACGCCGGGGCGCATACGTA-A--GGAAGCT--AA-AAAAAA--AATT-CAACATGAA--CTTGCTG-CATCT-CA-TA-TGAATTT-CCAAA-------------A-GCCGTTT-TAC-CCCGACTGGG-TC----T-TGCCCC-G--GCaagg
gi|11 : cctagc-AGATCGTGG-A-TCC-AG-T-TTT---GCTTT--G-CTTGACGC-TAG---ATAG-G--G-GGTCA-TAGA-A--CC--TTCA-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAT-A----TT-TG--TTTT-AT-TTA-T-ATA-TA-AC--G----GGT-TAACAC-TGATATTT-T-G------GAGTTTATGATATA-TGC-AAAA--T-TG------------TGGA----CAAT--A------------------ACATAATTTTTAAATTTGAGCTGCA---------------A----A--------------CA-TGC-TC--GTC---TC-TGGTTGC-TTTGG--GAT--TCT-GGC----AG-AATGAT-G---G--------------CATA-GTC-A----AAGCTTAAA-AAAAAAA-AAAC-T-ACATG-A---TTGCTGGCA--TTCA-TG-TG-ATTT-CAAAGAT-C--AAGGTTTA-GGCGTTT-TAC-CCCGCTTGGG--C--T-T-TG-CCCAG--GCT
gi|12 : ATAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAG-A-GGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGTTA-TT-T-TGCCC-CAGCAC-TA-T-ACTAGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACAC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAAA-A--CC--TTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAt
gi|13 : CAAGA-CGCCTGACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGAG-AT-T-TGCCC-CAGCAN-NN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATACCACCAAC-TT-GACC----ATATGTCA--T-ATGAC-T-GA-T-GGAAA---Tatgaaacgaacaatttttcatgctt
gi|14 : annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATAGTTTATC-AA---TGTATCCTTC-ATA-A-AATAAAA-A-GGGGCAAAA-CGCCTCATGC--ATGGG-G-CTTGGGGCAAAGG----CTG--TAAGGGTTT-T-TGCCCACA-CACTTATT-ACTGGGCGTTT-------------CC-ACAAA--T-GA-A----ATAGGAAT--T-ATGAA--GGA-T-AGAGA---tata
gi|15 : --GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTA-AA-GGAAGCT--AA-AAAAAAA-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTA-TAC-CCCGACTGGGCTT--T-T-TTCCCCAG--GCT
gi|16 : -A--CC--CTTT-A--ACA-A--TTAC-A-T---ACA---CAG-A-CATTG-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--CGGTTGGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-T-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------ACT---------------------A---------------A----
gi|17 : AAA-AC--AAG-ATTAAGGC-TTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--TAT-TG-CCCAGAAGCTAttaat
gi|19 : cgg-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--AAGcc
gi|2 : ATAGTTTATCTAG---TGTATCCTTC-ATA-ATATTAAAA-AAGGGGCGAGA-CGCCTCAAGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TG-CC-CAGCAC-TA-T-ACTAGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--TCATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--GACTCTACACATAG---AATA-ATGA-AGTAA-TAGA-A--GC--CTCT----ACA-A--TT-C-A-T---ACA---CAG-ACCATTTGTT--TTTT-AT-TTA-TTACATTA-AA--CG---GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-GAA-GAGT----GATG-A-TGC--AAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--AACAAAATTTATTTGAGCTGCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGCTTTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGCA-A--GGAAGCT-----AAAAAAT---AT-C-ACATG-AT-CTTGCTG-CA--T-CA-TATTG-ATTT-CCAAAATAT--CAAGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGACTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|3 : gTAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAA-A-GGGGCGAGAACGCCTCAAGC--ATGGG-GGC------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TTCT-TG-CC-CAGCAC-TA-T-ACTAGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-CA---ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--GACTT-ACAC-TAGTAAAATG-A--ACGGTAA-TAGA-A--GC--CTCTCA--CCA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-A-CATTT-TGTTTTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATG-A-TGC--AAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--AACAAATTTATTTGAGCT-GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGCTTTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGCA-A--GGAAGCT-----AAAAAAT---AT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTTATA--CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCcc
gi|4 : ATAGTTTATC-AG---T---TC-------A-A-AT------A-AGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAAA-GCCCACTGC-TAGGCG-TT-T-AACCC-CAGTACGTA-T-ACTGGGCG-TT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----AGAGGTCA--T-ATAAA-TAGA-T-ATAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TGCCAG-T-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---AATC-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACATA--TTGC-A-TATAATA---CAG-A-CATTT-TT--TTTTAAT-TTG-CTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATAATATTT-C-GA-A-A-GAGT----GAT--A-TGCAAAAAA-A-TA------------TG-A----CA-T--A------------------ACA---------------------A---------------ATT--ATTTGATATACAAATCA-TGCCTC--TTC--ATC-TGGCTGC-TTTAG--GGTC-TCT-GGG-G--AG-AATGAT-G---G--------------TATACGTA-ATTGGCAGCT--AATAAAACATCACAT---GCATG-A--CTTGCTG-TA--T-CA-TG-TG-ATTT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTA--T-T-TGCCC
gi|5 : tATAGCTTTTC-AA---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAAAA-GGGGCAAGA-CGCCTCACGC--ATGGG-G-C------AAATGGTCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGTAC-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-ACAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGAGA---TCT-AAATCGTGGCA-TCCCAG-T-TT----GTTTT--G-CTTGACGC-TAG---ACTC-A--A-GGTAA-TAAA-A--CC--CTCT-A--ACA-A--TTGC-A-T---ACA---CAG-G-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-TA--C----GGT-TA-CACATGATATTT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GATC-TTT-GGC-G--AG-AATGAT-G---G--------------CATACGTT-A--TGAAGCT--AA-AAAAAAT-AAAT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TG-TG-AATT-CCAAAATAC--AAGGATTA-GGCGTTT-TAC-CCCGACTGGGCTC--T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|6 : TTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-ATTAAAA---GGGACAAGA-CGCTTGACGC--ATGGG-GGC------AAAAGGCCCACTG--TAGGAG-AT-T-TGCCC-CAA--------------GCCATT-----------TACCTCCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGACT-ATAGA---TCT-AAATCGTGGTAATCCCAG-AATT----GTTTT--G-CT-GACAC-TAG---AATG-A--A-GGTAT-AAGA-A--CC--CTCT-A--ACA-AATTTGC-A-T---ACAA--CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-T-A-T-ACA-TATAA--C----GGT-TA-CACATGAC--TT-T-GA-G-A-GAGT----GATA-A-TGC-AAAAAAT-TG------------TG------CA-TT-A------------------ACA---------------------A---------------ATTAAA--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GTTC-TTT-GGC-G--AGAAATGAC-G---A--------------CATACGTA-A--GG-AGCT--AA-AAAATAT----C-C-ACATG-AACTTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC--AA-GATTA-GGCGTTT-AACGCCCGACTGGGCTCT-T-T-TGCCCCAG--GCTA
gi|7 : agtATAGTTTATC-AG---TGTACCCTTC-AAA-A-ATTATAA-A-GGGGCAAAA-CGCCTCACGT--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGCG-TT-T-TGCCC-CAGCAG-TA-T-ACTGGGCGTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGCCA--T-ATGAA-TGGA-T-AGGGA---TCT-GAATCGCAACA-GCCTAGTT-TT----GCTTT--C-CTTGACGC-TAG----ATA-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--CTCT-A--ACG-A--TTGC-A-T---ACA---CA--A-CATTT-TG--TTTT-AT-TTA-TTACA-TA-AA--C----GGT-TA-CACATGACATTT-T-GA-G-A-GAAC----GATA-A-TGA-ACAAA-T-TAT-----------TT-A----AA-C--G------------------GCA---------------------A---------------A----A--------------CA-TGCATC--GTC--ATC-TGGTTGC-TTTGG--GATC-TCT-TGC-A--AG-AATGAT-G---G--------------CATACATA-A--GGAAGCT--TA-AA------AAAT-C-ATATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TG-TG-CTTT-CCAAAATAG--AAGAACTA----GTTT-TAC-CCCGATTGGGCAT--T-T-TGCCCCAG--c
gi|8 : TAGTTTATC-AG---TGTATCCTTC-ATA-A-AT--AAA-A-GGGACAAGA-CGCCTGACGC--ATGGG-G-C------AAAAGGCCCACTG--TAGGAG-AT-T-TGCCC-CGCCA--------------GTTT-----------TACC-CCAAA-CT-GA-C----ATAGGTCA--T-ATGAA-TGGA-T-ATAGA---TCT-AAATCGTGGTA-TCCCAG-A-TT----GTTTT--G-CTTGACAC-TAG---AATG-A--A-GGTAA-TAGA-A--CC--C-CT-A--ACA-A--TTGCAA-T---ACA---CAG-A-CATTT-TG--TTTT-AT-TT------A-TA-AA------------A-TACACGACATTT-T-GA-G-AGGAGT----GATA-A-TGC--AAAA-T-TG------------TG-A----CA-T--A------------------ACAAATT-----------------A---------------A----A--------------CA-TGCCTG--GTC--ATC-GGGTTGC-TTTGG--GTTCTTTT-GGC-G--AGAAATGAC-G---A--------------CATACGTA-A--GGAAGCT------AAAAAT---AT-C-ACATG-A--CTTGCTG-CA--T-CA-TA-TG-ATTT-CCAAAATAC---AGGATTA-GGCGTTT-AAC-CCCGACTGGGCTCTTT-T-TGCCCt
gi|9 : TCTATC-------GTATACTTCTCTA-A-ATTAACA---GGGGCA-GA-CGCCTCACGC--ATGGG---C------AAAAGGCC-ACT---TAG-CG-TT-T-TGCC----ACAC-CT-T-ACTAGG--TTT-----------TACC-C--AA-CT-AC-C----ATAG--TA--T-ATGAA-TGAA-T-AGAGA---TCTTAAATCGTG-CA-TCCCAG-A-TT----GTTTG--G--TTGA-AC-TAG---A-T--A--A-GGTAA-TATA-A--CC--CTCT-A--ACC-A--ATGC-ACT---ACA----AG-A-CATTT-T----TTT--T-TT--TTACA-TA-AA--C----GCT-TA-CACAT--C-CTT-T-GA-G-A-GATT----GATA-A-TGC-AAAAA-T-T-------------TG-A----CT-T--AACAATTATTGAGCT----GCA---------------------A---------------A----A--------------TACTGCCCT--GTC--ATC-GGCATGC-TTTGG---ATC-TTT-G-----------TGATTGCACG--------------CATACGTA-A--GG-AGCT---A-AAAAAAT---AT-C-A-AT--A--CT--CTG-CA--C-TA-TA-TG-ATTC-C--AAATAC--AAGTATTA--GC-TTT-TAC-CCC-AC---GCTC--T-T-TGCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TACCTAAAGCCACCAATTTCATGAAATAAATTA