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Reference ( gi|7 )            :                                                                           CGATTGAG---TATA-CTCG-A-CTAGT-----TT---------------T-----AT------T-------------TACT-C--CT--G-------------AA-G---A--ACTGT-----A--GAA-A----C--TAG-----T-CGAG----T--AT-A---C-T-C-A-AT---CGGCCTTC--A---A-ATA-TT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTAATACCTA--CTTATTTG
gi|1                          :                                                                           CGATTAAG---TATA-CTCGCA-CTAGT-----TC---------------T-----ACAA----T-------------T-CT-C--CT--G-------------AA-GA--A--ATTGT-----A--GAA-A----A--TAG-----T-C-AG----T--AT-A---C-T-T-A-AT---CGGCCTTC--A---ATAT--TT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTAATACCTA--TTT
gi|1                          : gtatatatatatatagtattctatgtagatactacacacttggtatattagtattatctaaaaattttgaaggcCGATTAAG---TATA-CT-G-A-CTATT-----TT---------------CTACA-AT------T-------------T-CT-T--CA--G-------------GA-G---A--ATTGT-----A--GAA------C--TAG-----TGCGAG----T--AT-A---C-T-T-A-AT---CGGCCTTC--A---A-A-A-TT--TTTA-----GATAA-T-A-CT-AA--TAg
gi|17                         :                              gtatatatatatatagtattctatgtagatactacacacttggtaCGATTGAG---TGTA-CTCG-A-CTAGT-----TT---------------gccttcaatatttttttattatactactacttgtgtggattttttaatacctatttg
gi|3                          :                                                               gaagaattgtagCAATTGAG---TA-A-C-CG-A-CTAGT-----TT---------------CTTACAAT------TCTTTCAGGAAGTATATT-C--CT--A-------------AA-G---A--ATTGA-----A--GAA-A----TAATAG-----T-CGAG----T--AT-ACTTC-T-C-A-ATATACGGCCTTC--AT--C-ATA--T--TTT------TATTA-T-A-CTCAC--TACTTGTGTG---A--TTT--TTAAT--CTA--TTTgccttctaatatttttattatactactacttgtgtggatttttga
gi|2                          :                                                           atatactatattcctcCGATTGAG---TATA-CTCG-A-CTAGTAATTCTTCAGGAAGTAATGAGAT-----AC------TCA-----------TACT-T--CC--G-------------A--G---A--ATTGT-----A--GAA-GAT--C--TAG-----T-CTGA----T--AT-A---C-TGC-A-AT---CGGCCTTCCAA---G-ATA-TTCGTTTATTGTATATTG-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTgccttcaaatatttttaaatattaat
gi|5                          :                                                               caagtcaattacCGATTGAG---TATA-CTTG-A-CCAGT-----TT---------------T-----CT------T-------------TTCT-T--CT--GGAGTATACAACTGAA-G---A--ATTAC-----A--GAA-A----C--TAG-----T-CGTG----T--AC-A---C-C-C-G-AG---CAGCTTTG--T---G-ATA--T--TTT------TGTCA-T-A-CT-AC--TATGTGTGTA---GATgccttcaatatatatatatatatatgattaaggaataactgaagc
gi|6                          :                                                                           CGAATGAG---TATA-CTCA-G-CTAGT-----TT---------------TTGCA-AT------T---------------CT-T--CA--G-------------AA-G---A---------------------------TAG-----T-CGAG----T--AT-A---C-T-C-A-TT---CGGCTTTG--A---G-ATA--T--TTT------TATTA-T-A-CT-ACTATACATGTGTC---GATTTT-----ATA--TA--CTTaccatgtgatagttttatcatat
gi|6                          :                                                       tataaaaaatatctcaacacCGAATGAG---TATA-CTCG-A-CTA----------------------------------------------------T-CT-T--CT--G-------------AA-G---A--ATTGC-----A--AAA-A----C--TAG-----C-TGAG----T--AT-A---C-T-C-A-TT---CGGTGTTG--A---G-ATA-TT--TTT------TATg
gi|26                         :                                                                          tCGATTGAG---TATA-CTCG-A-CTAGT-----TT---------------gctttgagatatttttattatactactatacatgtgtcgattttatatacttg
gi|4                          :                                                           tcctgaagaattgtagCGATTGAG---TAAAACTCG-AACTAGT-----TT---------------T-----CT------A-------------TAAT-T--CT--T-------------CA-G---GTGAGTAT-----AATGAACA----T--TGC-----T-AGGT----T--ACCA---C-A-C-A-AT---CGGCCTTC--T---A-ATA-TA--TTT------Tgccttcaa
gi|15                         :                         gttttaaaaatccacacagtagtagtataatcaaaatattaaaaaaaaacCGATTGAG---TATA-TTCA-A-CTAGT-----TT---------------C-----A
gi|22                         :                                                         atactactgaagaattgtCGACTGAG---TATA-CTCG-A-CTAAT-----TT---------------gccttttaaaattttttaatatatatatatatgtatatg
gi|27                         :                                                                        gagCGATTGAG---TATA-CTCG-G-CTAGT-----Tcctttataatatttttattatatctgctatctgtgtagatttctc
gi|9                          :                                                                           CGATCGAA---CATA-CTCG-A-CCA-T-----CT---------------G-----ATGAATAATCA-----------TACT-C--CT--G-------------AA-A---A--AACAA-----G--GAA-A----T--TAG-----T-CTAG----T--AT-A---CTT-T-ATAT---CGA---TC--C---G-ATA-TT--TCT------gccttcaaatatttttat
gi|28                         :                                                              gatatcacaaagcCGATTGGG---TATA-TTCG-A-CTAG
gi|24                         :                                                                           CGATTGAA---TATA-CTCA-A-CTAGT-----TT---------------TA----AT------T-------------Tgctttgcgatatttctatta
gi|23                         :                                                                          gaGATTGAG---TATA-CTCG-ATCCA-------TT---------------T-----CT------T-------------TACT-C--Cacagtgtgatattttattacacaca
gi|12                         :                                            gcgcacacatacatgtagaaatatcacaaagctATTGAG---TATA-CTCG-A-CTAG------TT---------------T-----AT------T-------------T
gi|3                          :                           aaataatatatctacaaaagtagtagtataataaaaatataagaaggcctATTGAGAAGTATA-CTCG-A-CTATTA----TT---------------TCTTCAAT------TCTTTAGGAATA--TACTTC--CT--G-------------AAAG---A--ATTGT-----AA-GAA-A----C--TAG-----T-CG-G----T---T-A---C-T-C-A-AT---TGGCCTTC--A---A-ATA-TT--TTTAAA---TATTA-ctacaattcttcaggag
gi|8                          :   atatactatattcctcaaatagattaaaaatcacacaagtagtgagtataataaaaatatgatgaaggccgtatATTGAG---TATG-CTTA-A-CAAGT-----TT---------------C------T------G-------------TAAT-T--CTTCG-------------GA-G---A--ATTAC-----A--GAA-A----C--TAG-----T-CATA----T--AT-A---T-T-T-A-at
gi|5                          :                                                   attgtggttatgacaactttatatataTCGGG---TGTA-CACG-A-CTAGT-----TT---------------CTGTA-AT------TCTTCAGTTGTA--TACT-C--CA--G-------------AA-G---A--AA--------A--GAA-AA---C--TGG-----T-CAAG----T--AT-A---C-T-C-A-AT---CGACCATG--T---G-ATA--G--TTT------TATCA-T-A-atatatatgatattttcattacatatataca
gi|8                          :                                     atctacacacatagtagtatgacaaaaatatcacaaagctgcTAAA---TATA-TATG-A-CTAGT-----TTCTG------------T-----AA------T-------------T-CT-C--C---G-------------AA-G---A--ATTAC-----A--GAA-A----C--TTG-----T-TAAG----C--AT-A---C-T-C-A-AT---t
gi|14                         :                                                     attgtggttatgacaactttatatataGAG---TATG-CTGG-A-CTAGT-----TT---------------C------T------T-------------TACT-T--Catatatatgatattttcattacatatataca
gi|9                          :                           ataaagaaaaatctctacaagttgtactataataaaaatatcacaaagctgacaAG---TATA-CTAG-A-CTAAT-----TTCCT------------T-----GT------T-------------T-TT-T--CA--G-------------GA-GTATG--ATTATTCATCA--GA----------TGG-----T-CGAG----T--AT-G---T-T-C-G-AT---CGGCTTTattag
gi|4                          :                                                                                               gatatcac-----TT---------------C-----AT------TA------------TACT-CACCT--G-------------AA-G---A--ATTAT-----A--GAA-AA---C--TAG-----TTCGAG----T--TTTA---C-T-C-A-AT---CGGTTTTT--TTTTA-ATA-TT--TTG-------ATTA-T-A-CT-AC--TAC-TGTGTG---GATTTT--TAAAttatatcgatccgatatttct
gi|25                         :                                                                                                                            gt-----AT------TG------------TATT-T--CT--G-------------AA-G---A--ATTGT-----A--GAA-A----CTATAGTCGACT-CGAG----T--AT-A---C-T-T-A-AT---Ccattgctaggttaccacacaatcggccttctaatatatttt
gi|2                          :                                                                                                                                   tg------T-------------TACTTC--CT--G-------------AA-G---A--ATT--------------A----C--TAG-----T-CGAG----T--AT-A---C-T-C-A-AT---CGGCCTTC--A---ATATA-T
gi|15                         :                     caagtcaattacaatccacacaagtagtagtacaatatacaataaacgaatatcttggaaggccgattgcagtatatcagactagatcttctacaattctcggaagtatgagtatctca-------------TACT-A--CT--G-------------AA-G---A--ATTGT-----T--GAA-A----C--TAG-----T-TGAA----T--AT-A---C-T-C-A-AT---CGGCCTTT--T---A-AAA-TT--TTT------TAATA-T-A-atatatatatatgattaaggaataactgaagc
gi|12                         :                                                                                                                                                          aCT-C--CT--G-------------AA-G---A--ATTGT-----A--GAA-ATAAAC--TAG-----T-CGAG----T--AT-A---C-T-C-A-AT---AGGCCTTC--T---T-ATA--T--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTTTGTA---GATATA--TTAtatatatatgtatatg
gi|26                         :                                                                                                                                                         aaaT-C--CT--G-------------AA-G---A--ATTGT-----A--GAA-A----C--TAG-----T-CGAG----T--AT-A---C-T-C-A-AT---CGGCCTTC--A---A-
gi|16                         :                                                                                                                                                             -C--CT--G-------------AA-G---A--ATTAT-----A--AAA-A----A--TAG-----T-CGAG----TACAT-A---C-T-CTG-AT---C-------------A-ATA-----TTT------TA---------------TGCTTGTGTG---GATTTT--
gi|14                         :                                                                                                                                                               --CT--A-------------AT-G---A--AGTAA-----A--GAA-A----C--TAG-----T-CCAG----C--AT-A---C-T-C-T-GT---CAGCTTTG--T---G-ATA--T--TTT------TATTA-T-A-GT-AC--AACTTGTAGA---GATTTT--Tagatactagtttgtgg
gi|10                         :                                                                                                                                                            ataaagT--G-------------AA-G---A--ATTGT-----A--GAA-A----C--TAG-----T-CGAGCATAT--AT-A---C-T-C---AT---CGGTCTTC--T---G-ATA-TT--TTT------T-TCA-T-A-CT-AT--TTCTTGTGTG---GATTTTCGTCGATACTTA--TTTGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                   --G-------------AA-G---A--ATTGT-----A--GAA-A----C--TAG-----T-CGAG----T--AC-A---C-T-C-A-AT---CGGCCTTC--T---A-ATA--T--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--Tggaat
gi|11                         :                                                                                                                                                                   --G-------------AA-G---A--ATTGT-----A--GAA-AA---C--TGC-----T-CGAG-------AT-AT--C-T-C-A-GT----GG--TTC--T---G-ATA-TT--TTT-------ATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGGA---TATTTT--TTAATACCTA--Tga
gi|13                         :                                                                                                                                                                              atatcaattcact--ATTGT-----A--GAA-A----C--TAG-----TCCGAG-------AC-A---C-T-C---AT---C-GCCTTT--G---A-ATATTT--TTT------TATTA-TGA-CT-AC--TA-TTGTGTG---GATTTT--T--ATACCTA--TTT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                  -----A--GAA-A----T--TAG-----T-CGAG----T--AT-A---C-T-C-A-GT---C-GCCTTT--AT--A-ATA--T--TTT------TATTA-T-ATCT-GC--TATCTGTGTA---GATTTC--Tttggaaata
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gi|24                         :                                                                                                                                                                                           gcgcacacatacatgtAA-A----C--TAG-----T-TGAG----T--AT-A---T-T-C-A-AT---CGACAGTG--T---G-ATA-----TTT------TATTA-C-A-Cttactcc
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gi|28                         :                                                                                                                                                                                                               ----C--TAG-----T-CGAA----T--AT-A---C-C-C-A-AT---CGGCTTTG--C---G-ATA--T--TTC------TATTA-at
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                               -CGAG----T--AT-G---C-T-C-A-AT---CGGCGTTC--T---G-ATA-TT--TTT-------ATTA-T-A-CC-AC--TACTTGTGTG---GA-TTT--TCGATACTTA--GTTGT
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                    tataa-AT---CGACTTTG--T---G-ATA-TT--TT-------TATTA-T-A-CT-GC--T-CTTGTGTG---GA-TTT--TCGATACCTATTTTTATTTGtggaatat
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            at-ATA-TT--TTT-------ATTA-T-A-GT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--tggaagatatatat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATGTTGTGTCATCATTACTCCTGAAGAAGTAAAG






Alignments
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consensus                     :                                                   CGATTGAG---T-ATACTCG-ACTAGT-----TT---------------T-----AT------T-------------TACT-C--CT--G-------------AA-G--AATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-C-A-AT---CGG---CCT-TC-T--GATA-TT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTAATACC--TA--TTTGTTTG
Reference ( family-3562 )     :                                                   CGATTGAG---T-ATACTCG-ACTAGT-----TT---------------T-----AT------T-------------TACT-C--CT--G-------------AA-G--AATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-C-A-AT---CGG---CCT-TC-N--GATA-TT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTAATACC--TA--TTTATTTG
gi|1                          :                                                   CGATTAAG---T-ATACT-G-ACTATT-----TT---------------CTACA-AT------T-------------T-CT-T--CA--G-------------GA-G--AATTGTA--G--A-A----C--TAG-----TGCGAG----T--A-TA---C-T-T-A-AT---CGG---CCT-TC-A--AA-A-TT--TTTA-----GATAA-T-A-CT-AA--TA
gi|1                          :      gtatatatatatatagtattctatgtagatactacacacttggtaCGATTAAG---T-ATACTCGCACTAGT-----TC---------------T-----ACAA----T-------------T-CT-C--CT--G-------------AA-GA-AATTGTA--G-AA-A----A--TAG-----T-C-AG----T--A-TA---C-T-T-A-AT---CGG---CCT-TC-A---ATATTT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTAATACC--TA--TTTgccttcaatatttttttattatactactacttgtgtggattttttaatacctatttg
gi|10                         :                                                               gtatatatatatatagtattctatgtagatactacacacttggtatattagtattatctaaaaattttgaaggcT--G-------------AA-G--AATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAGCATAT--A-TA---C-T-C---AT---CGG---TCT-TC-T--GATA-TT--TTT------T-TCA-T-A-CT-AT--TTCTTGTGTG---GATTTTCGTCGATACT--TA--TTTGg
gi|11                         :                                                                                                                                          --G-------------AA-G--AATTGTA--G-AA-AA---C--TGC-----T-CGAGA---T--A-T----C-T-C-A-GT----GG-----T-TC-T--GATA-TT--TT-------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGGA---TATTTT--TTAATACC--TA--TTggaat
gi|12                         :                                                                                                                     atatcaattcactCT-C--CT--G-------------AA-G--AATTGTA--G-AA-ATAAAC--TAG-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-C-A-AT---AGG---CCT-TC-T--TATA--T--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTTTGTA---GATATA--TTA
gi|13                         :                                                                                                                                                              aaaATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----TCCGAG-------A-CA---C-T-C---AT---C-G---CCT-TT-G--AATATTT--TTT------TATTA-TGA-CT-AC--TA-TTGTGTG---GATTTT--T--ATACC--TA--TTT
gi|14                         :                                                                                                                                      --CT--A-------------AT-G--AAGTAAA--G-AA-A----C--TAG-----T-CCAG----C--A-TA---C-T-C-T-GT---CAG---CTT-TG-T--GATA--T--TTT------TATTA-T-A-GT-AC--AACTTGTAGA---GATTTT--Tttggaaata
gi|15                         :                                                                                                             ataaag-------------TACT-A--CT--G-------------AA-G--AATTGTT--G-AA-A----C--TAG-----T-TGAA----T--A-TA---C-T-C-A-AT---CGG---CCT-TT-T--AAAA-TT--TTT------TAATA-T-A-
gi|16                         :                                                                                                                                   a-C--CT--G-------------AA-G--AATTATA--A-AA-A----A--TAG-----T-CGAG----TACA-TA---C-T-CTG-AT---C---------------AATA-----TTT------TA---------------TGCTTGTGTG---GATTTT--tatatatatgtatatg
gi|17                         :                                                                                                                                          --G-------------AA-G--AATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----T--A-CA---C-T-C-A-AT---CGG---CCT-TC-T--AATA--T--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--Tagatactagtttgtgg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                   G----T--A-TA---C-T-C-A-AC---AGG---CCT-TC-T--AA-A-TT--ATT------TATTATT-A-CT-AC--TA-TTGTGTGAGCGAGTTT--TTAATAGCAATA--TTTGga
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                       tt-AT---CGA---CTT-TG-T--GATA-TT--TT-------TATTA-T-A-CT-GC--T-CTTGTGTG---GA-TTT--TCGATACC--TATTTTTATTTGggaa
gi|2                          :                                                 atCGATTGAG---T-ATACTCG-ACTAGTAATTCTTCAGGAAGTAATGAGAT-----AC------TCA-----------TACT-T--CC--G-------------A--G--AATTGTA--G-AA-GAT--C--TAG-----T-CTGA----T--A-TA---C-TGC-A-AT---CGG---CCT-TC-CAAGATA-TTCGTTTATTGTATATTG-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTtggaagatatatat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                   caagtcaattac-CGAG----T--A-TG---C-T-C-A-AT---CGG---CGT-TC-T--GATA-TT--TT-------TATTA-T-A-CC-AC--TACTTGTGTG---GA-TTT--TCGATACT--TA--GTTGgccttcaatatatatatatatatatgattaaggaataactgaagc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                   cc-C-A-AT---CGG---CTT-TG-T--GATA-TT--TT-------TATTA-T-A-CT-AC--TACCTCTGAG---GA-TTT--TCGATACT--TA--TTTG
gi|22                         :                                                                                                                                                                 tataaA--G-AA-A----T--TAG-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-C-A-GT---CGC---CTT-TA-T--AATA--T--TTT------TATTA-T-ATCT-GC--TATCTGTGTA---GATTTC--Tggaatat
gi|23                         :                                                                                                                                                                     gA--G-AA-A----T--GGA-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-C-A-AT---CAG---CTT-TG-T--GATA-TT--TCT------c
gi|24                         :                                                                                                                                                          gcgcacacatacatgt-AA-A----C--TAG-----T-TGAG----T--A-TA---T-T-C-A-AT---CGA---CAG-TG-T--GATA-----TTT------TATTA-C-A-Cttactcc
gi|25                         :                                                                                             gaaaatta-----AT------TG------------TATT-T--CT--G-------------AA-G--AATTGTA--G-AA-A----CTATAGTCGACT-CGAG----T--A-TA---C-T-T-A-AT---Caca
gi|26                         :                                                                                                                                 tgT-C--CT--G-------------AA-G--AATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-C-A-AT---CGG---CCT-TC-
gi|27                         :                                                                                                                                                                            A-A----C--TAG-----C-CGAG----T--A-TA---C-T-C-A-AT---CGG---CCT-TC-A--AATA-TT--TTT------aa
gi|28                         :                                                                                                                                                                               ----C--TAG-----T-CGAA----T--A-TA---C-C-C-A-AT---CGG---CTT-TG-C--GATA--T--TTC------TATTA-at
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                ATA-TT--TT-------TATTA-T-A-GT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--
gi|3                          :                                               atctCAATTGAG---T-A-AC-CG-ACTAGT-----TT---------------CTTACAAT------TCTTTCAGGAAGTATATT-C--CT--A-------------AA-G--AATTGAA--G-AA-A----TAATAG-----T-CGAG----T--A-TACTTC-T-C-A-ATATACGG---CCT-TCAT--CATA--T--TTT------TATTA-T-A-CTCAC--TACTTGTGTG---A--TTT--TTAAT--C--TA--TTT
gi|3                          :                                     atatactatattcctcATTGAGAAGT-ATACTCG-ACTATTA----TT---------------TCTTCAAT------TCTTTAGGAATA--TACTTC--CT--G-------------AAAG--AATTGTAA-G-AA-A----C--TAG-----T-CG-G----T----TA---C-T-C-A-AT---TGG---CCT-TC-A--AATA-TT--TTTAAA---TATTA-gccttcaaatatttttaaatattaat
gi|4                          :    atatactatattcctcaaatagattaaaaatcacacaagtagtgagtataataaaaatatgatgaaggccgtat-----TT---------------C-----AT------TA------------TACT-CACCT--G-------------AA-G--AATTATA--GAAA-A----C--TAGT----T-CGAGT---T--T-TA---C-T-C-A-AT---CGGTTTTTT-TT-T--AATA--T--TTT------GATTA-T-A-CT-AC--TAC-TGTGTG---GATTTT--TAAAat
gi|4                          :                                                 gtCGATTGAG---TAAAACTCGAACTAGT-----TT---------------T-----CT------A-------------TAAT-T--CT--T-------------CA-GGTGAGTATAATG-AACA----T--TGC-----T-AGGT----T--ACCA---C-A-C-A-AT---CGG---CCT-TC-T--AATA-TA--TTT------Tcattgctaggttaccacacaatcggccttctaatatatttt
gi|5                          : gttttaaaaatccacacagtagtagtataatcaaaatattaaaaaaaaacCGATTGAG---T-ATACTTG-ACCAGT-----TT---------------T-----CT------T-------------TTCT-T--CT--GGAGTATACAACTGAA-G--AATTACA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGTG----T--A-CA---C-C-C-G-AG---CAG---CTT-TG-T--GATA--T--TTT------TGTCA-T-A-CT-AC--TATGTGTGTA---GAT
gi|5                          :                                                      TCGGG---T-GTACACG-ACTAGT-----TT---------------CTGTA-AT------TCTTCAGTTGTA--TACT-C--CA--G-------------AA-G--AAA---A--G-AA-AA---C--TGG-----T-CAAG----T--A-TA---C-T-C-A-AT---CGA---CCA-TG-T--GATA--G--TTT------TATCA-T-A-accatgtgatagttttatcatat
gi|6                          :         atctacacacatagtagtatgacaaaaatatcacaaagctgcCGAATGAG---T-ATACTCG-ACTA----------------------------------------------------T-CT-T--CT--G-------------AA-G--AATTGCA--A-AA-A----C--TAG-----C-TGAG----T--A-TA---C-T-C-A-TT---CGG---TGT-TG-A--GATA-TT--TTT------TATt
gi|6                          :                                                  tCGAATGAG---T-ATACTCA-GCTAGT-----TT---------------TTGCA-AT------T---------------CT-T--CA--G-------------AA-G--A---------------------TAG-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-C-A-TT---CGG---CTT-TG-A--GATA--T--TTT------TATTA-T-A-CT-ACTATACATGTGTC---GATTTT--AT-ATACT--Tgctttgagatatttttattatactactatacatgtgtcgattttatatacttg
gi|7                          :                               tataaaaaatatctcaacacCGATTGAG---T-ATACTCG-ACTAGT-----TT---------------T-----AT------T-------------TACT-C--CT--G-------------AA-G--AACTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-C-A-AT---CGG---CCT-TC-A--AATA-TT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTAATACC--TA--CTTATTTGg
gi|8                          :                                                     ATTGAG---T-ATGCTTA-ACAAGT-----TT---------------C------T------G-------------TAAT-T--CTTCG-------------GA-G--AATTACA--G-AA-A----C--TAG-----T-CATA----T--A-TA---T-T-T-A-
gi|8                          :                            attgtggttatgacaactttatatataTAAA---T-ATATATG-ACTAGT-----TTCTG------------T-----AA------T-------------T-CT-C--C---G-------------AA-G--AATTACA--G-AA-A----C--TTG-----T-TAAG----C--A-TA---C-T-C-A-AT-----A---TATATA-T--GATA--T--TTT------CATTA-C-A-atatatatgatattttcattacatatataca
gi|9                          :                        attgtggttatgacaactttatatataCGATCGAA---C-ATACTCG-ACCA-T-----CT---------------G-----ATGAATAATCA-----------TACT-C--CT--G-------------AA-A--AAACAAG--G-AA-A----T--TAG-----T-CTAG----T--A-TA---CTT-T-ATAT---CGA-------TC-C--GATA-TT--TCT------tatataca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATGTTGTGTCATCATTACTCCTGAAGAAGTAAAG






Alignments
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consensus                     :                                                   CGATTGAG---TATA-CTCG-A-CTAGT-----TT---------------T-----AT------T-------------TACT-C--CT--G-------------AA-G-A--ATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----TAT-A---C-T-CA-AT---CGG---CCT-TC-T--GAT--A-TT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTA-ATACC--TA--TTTGTTTG
Reference ( family-3562 )     :                                                   CGATTGAG---TATA-CTCG-A-CTAGT-----TT---------------T-----AT------T-------------TACT-C--CT--G-------------AA-G-A--ATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----TAT-A---C-T-CA-AT---CGG---CCT-TC-T--GAT--A-TT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTA-ATACC--TA--TTTGTTTG
gi|1                          :                                                   CGATTAAG---TATA-CT-G-A-CTATT-----TT---------------CTACA-AT------T-------------T-CT-T--CA--G-------------GA-G-A--ATTGTA--G--A-A----C--TAG-----TGCGAG----TAT-A---C-T-TA-AT---CGG---CCT-TC----AAA--A-TT--TTTA-----GATAA-T-A-CT-AA--TA
gi|1                          :      gtatatatatatatagtattctatgtagatactacacacttggtaCGATTAAG---TATA-CTCGCA-CTAGT-----TC---------------T-----ACAA----T-------------T-CT-C--CT--G-------------AA-GAA--ATTGTA--G-AA-A----A--TAG-----T-C-AG----TAT-A---C-T-TA-AT---CGG---CCT-TC----AAT--ATTT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTA-ATACC--TA--TTTGgccttcaatatttttttattatactactacttgtgtggattttttaatacctatttg
gi|10                         :                                                                gtatatatatatatagtattctatgtagatactacacacttggtatattagtattatctaaaaattttgaaggcT--G-------------AA-G-A--ATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAGCATATAT-A---C-T-C--AT---CGG---TCT-TC-T--GAT--A-TT--TTT------T-TCA-T-A-CT-AT--TTCTTGTGTG---GATTTTCGTCG-ATACT--TA--TTTGT
gi|11                         :                                                                                                                                           --G-------------AA-G-A--ATTGTA--G-AA-AA---C--TGC-----T-CGAGA---TAT-----C-T-CA-GT----GG-----T-TC-T--GAT--A-TT--TT-------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGGA---TATTTT--TTA-ATACC--TA--TTAGTggaat
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gi|13                         :                                                                                                                                                              aaa--ATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----TCCGAG-----AC-A---C-T-C--AT---C-G---CCT-TT-G--AAT--ATTT--TTT------TATTA-TGA-CT-AC--TA-TTGTGTG---GATTTT--T---ATACC--TA--TTT
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gi|15                         :                                                                                                              ataaag-------------TACT-A--CT--G-------------AA-G-A--ATTGTT--G-AA-A----C--TAG-----T-TGAA----TAT-A---C-T-CA-AT---CGG---CCT-TT-T--AAA--A-TT--TTT------TAATA-T-A-
gi|16                         :                                                                                                                                    a-C--CT--G-------------AA-G-A--ATTATA--A-AA-A----A--TAG-----T-CGAG----TAC-A---T-A-C-----------------TC-T--GATCAA-TA--TTT------TA---------------TGCTTGTGTG---GA--TT--TTAGATACT--AG--TTTGTtatatatatgtatatg
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                      tt-AT---CGA---CTT-TG-T--GAT--A-TT--TT-------TATTA-T-A-CT-GC--T-CTTGTGTG---GA-TTT--TCG-ATACC--TATTTTTATTTGggaa
gi|2                          :                                                 atCGATTGAG---TATA-CTCG-A-CTAGTAATTCTTCAGGAAGTAATGAGAT-----AC------TCA-----------TACT-T--CC--G-------------A--G-A--ATTGTA--G-AA-GAT--C--TAG-----T-CTGA----TAT-A---C-TGCA-AT---CGG---CCT-TC-CAAGAT--A-TTCGTTTATTGTATATTG-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTtggaagatatatat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                     caagtcaattac-CGAG----TAT-G---C-T-CA-AT---CGG---CGT-TC-T--GAT--A-TT--TT-------TATTA-T-A-CC-AC--TACTTGTGTG---GA-TTT--TCG-ATACT--TA--GTTGTgccttcaatatatatatatatatatgattaaggaataactgaagc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                   cc-CA-AT---CGG---CTT-TG-T--GAT--A-TT--TT-------TATTA-T-A-CT-AC--TACCTCTGAG---GA-TTT--TCG-ATACT--TA--TTTGT
gi|22                         :                                                                                                                                                                   tataaA--G-AA-A----T--TAG-----T-CGAG----TAT-A---C-T-CA-GT---CGC---CTT-TA-T--AAT--A--T--TTT------TATTA-T-ATCT-GC--TATCTGTGTA---GATTTC--Tggaatat
gi|23                         :                                                                                                                                                                       gA--G-AA-A----T--GGA-----T-CGAG----TAT-A---C-T-CA-AT---CAG---CTT-TG-T--GAT--A-TT--TCT------c
gi|24                         :                                                                                                                                                            gcgcacacatacatgt-AA-A----C--TAG-----T-TGAG----TAT-A---T-T-CA-AT---CGA---CAG-TG-T--GAT--A-T----TT------TATTA-C-A-Cttactcc
gi|25                         :                                                                                              gaaaatta-----AT------TG------------TATT-T--CT--G-------------AA-G-A--ATTGTA--G-AA-A----CTATAGTCGACT-CGAG----TAT-A---C-T-TA-AT---Caca
gi|26                         :                                                                                                                                  tgT-C--CT--G-------------AA-G-A--ATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----TAT-A---C-T-CA-AT---CGG---CCT-TC-
gi|27                         :                                                                                                                                                                              A-A----C--TAG-----C-CGAG----TAT-A---C-T-CA-AT---CGG---CCT-TC-A--AAT--A-TT--TTT------aa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                 ----C--TAG-----T-CGAA----TAT-A---C-C-CA-AT---CGG---CTT-TG-C--GAT--A--T--TTC------TATTA-at
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                               AT--A-TT--TT-------TATTA-T-A-GT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--
gi|3                          :                                               atctCAATTGAG---TA-A-C-CG-A-CTAGT-----TT---------------CTTACAAT------TCTTTCAGGAAGTATATT-C--CT--A-------------AA-G-A--ATTGAA--G-AA-A----TAATAG-----T-CGAG----TAT-ACTTC-T-CA-ATATACGG---CCT-TCAT--CAT--A--T--TTT------TATTA-T-A-CTCAC--TACTTGTGTG---A--TTT--TTA-AT--C--TA--TTTG
gi|3                          :                                      atatactatattcctATTGAGAAGTATA-CTCG-A-CTATTA----TT---------------TCTTCAAT------TCTTTAGGAATA--TACTTC--CT--G-------------AAAG-A--ATTGTAA-G-AA-A----C--TAG-----T-CG-G----T-T-A---C-T-CA-AT---TGG---CCT-TC-A--AAT--A-TT--TTTAAA---TATTA-gccttcaaatatttttaaatattaat
gi|4                          :     atatactatattcctcaaatagattaaaaatcacacaagtagtgagtataataaaaatatgatgaaggccgtat-----TT---------------C-----AT------TA------------TACT-CACCT--G-------------AA-G-A--ATTATA--GAAA-A----C--TAGT----T-CGAGT---TTT-A---C-T-CA-AT---CGGTTTTTT-TT-T--AAT--A--T--TTT------GATTA-T-A-CT-AC--TAC-TGTGTG---GATTTT--TAA-Aat
gi|4                          :                                                 gtCGATTGAG---TAAAACTCG-AACTAGT-----TT---------------T-----CT------A-------------TAAT-T--CT--T-------------CA-G-GTGAGTATAATG-AACA----T--TGC-----T-AGGT----TACCA---C-A-CA-AT---CGG---CCT-TC-T--AAT--A-TA--TTT------Tcattgctaggttaccacacaatcggccttctaatatatttt
gi|5                          : gttttaaaaatccacacagtagtagtataatcaaaatattaaaaaaaaacCGATTGAG---TATA-CTTG-A-CCAGT-----TT---------------T-----CT------T-------------TTCT-T--CT--GGAGTATACAACTGAA-G-A--ATTACA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGTG----TAC-A---C-C-CG-AG---CAG---CTT-TG-T--GAT--A--T--TTT------TGTCA-T-A-CT-AC--TATGTGTGTA---GAT
gi|5                          :                                                      TCGGG---TGTA-CACG-A-CTAGT-----TT---------------CTGTA-AT------TCTTCAGTTGTA--TACT-C--CA--G-------------AA-G-A--AA---A--G-AA-AA---C--TGG-----T-CAAG----TAT-A---C-T-CA-AT---CGA---CCA-TG-T--GAT--A--G--TTT------TATCA-T-A-accatgtgatagttttatcatat
gi|6                          :         atctacacacatagtagtatgacaaaaatatcacaaagctgcCGAATGAG---TATA-CTCG-A-CTA----------------------------------------------------T-CT-T--CT--G-------------AA-G-A--ATTGCA--A-AA-A----C--TAG-----C-TGAG----TAT-A---C-T-CA-TT---CGG---TGT-TG-A--GAT--A-TT--TTT------TATt
gi|6                          :                                                  tCGAATGAG---TATA-CTCA-G-CTAGT-----TT---------------TTGCA-AT------T---------------CT-T--CA--G-------------AA-G-A-----------------------TAG-----T-CGAG----TAT-A---C-T-CA-TT---CGG---CTT-TG-A--GAT--A--T--TTT------TATTA-T-A-CT-ACTATACATGTGTC---GATTTT--AT--ATACT--Tgctttgagatatttttattatactactatacatgtgtcgattttatatacttg
gi|7                          :                               tataaaaaatatctcaacacCGATTGAG---TATA-CTCG-A-CTAGT-----TT---------------T-----AT------T-------------TACT-C--CT--G-------------AA-G-A--ACTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----TAT-A---C-T-CA-AT---CGG---CCT-TC-A--AAT--A-TT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTA-ATACC--TA--CTTATTTGg
gi|8                          :                                                     ATTGAG---TATG-CTTA-A-CAAGT-----TT---------------C------T------G-------------TAAT-T--CTTCG-------------GA-G-A--ATTACA--G-AA-A----C--TAG-----T-CATA----TAT-A---T-T-TA-
gi|8                          :                            attgtggttatgacaactttatatataTAAA---TATA-TATG-A-CTAGT-----TTCTG------------T-----AA------T-------------T-CT-C--C---G-------------AA-G-A--ATTACA--G-AA-A----C--TTG-----T-TAAG----CAT-A---C-T-CA-AT-----A---TATATA-T--GAT--A--T--TTT------CATTA-C-A-atatatatgatattttcattacatatataca
gi|9                          :                        attgtggttatgacaactttatatataCGATCGAA---CATA-CTCG-A-CCA-T-----CT---------------G-----ATGAATAATCA-----------TACT-C--CT--G-------------AA-A-A--AACAAG--G-AA-A----T--TAG-----T-CTAG----TAT-A---CTT-TATAT---CGA-------TC-C--GAT--A-TT--TCT------tatataca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATGTTGTGTCATCATTACTCCTGAAGAAGTAAAG






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lowQualScore                  :                                                           000    9    9 9   7 33333  3333333333333333333333333333333333333333333 5  0 66  33 2222222222222  7 7 22      55 4  4 3333 77   77777 6    2222   2 222 2 2  2  111   222   2 55555   77 33 77   000000     5 6 6  9  66          555  2   11 000     66  00        
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Reference ( family-3562 )     :                                                   CGATTGAG---TATA-CTCG-A-CTAGT-----TT---------------T-----AT------T-------------TACT-C--CT--G-------------AA-G-A--ATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----TAT-A---C-T-CA-AT---CGG---CCT-TC-T--GAT--A-TT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTA-ATACC--TA--TTTGTTTG
gi|1                          :                                                   CGATTAAG---TATA-CT-G-A-CTATT-----TT---------------CTACA-AT------T-------------T-CT-T--CA--G-------------GA-G-A--ATTGTA--G--A-A----C--TAG-----TGCGAG----TAT-A---C-T-TA-AT---CGG---CCT-TC----AAA--A-TT--TTTA-----GATAA-T-A-CT-AA--TA
gi|1                          :      gtatatatatatatagtattctatgtagatactacacacttggtaCGATTAAG---TATA-CTCGCA-CTAGT-----TC---------------T-----ACAA----T-------------T-CT-C--CT--G-------------AA-GAA--ATTGTA--G-AA-A----A--TAG-----T-C-AG----TAT-A---C-T-TA-AT---CGG---CCT-TC----AAT--ATTT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTA-ATACC--TA--TTTGgccttcaatatttttttattatactactacttgtgtggattttttaatacctatttg
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gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                               AT--A-TT--TT-------TATTA-T-A-GT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--
gi|3                          :                                               atctCAATTGAG---TA-A-C-CG-A-CTAGT-----TT---------------CTTACAAT------TCTTTCAGGAAGTATATT-C--CT--A-------------AA-G-A--ATTGAA--G-AA-A----TAATAG-----T-CGAG----TAT-ACTTC-T-CA-ATATACGG---CCT-TCAT--CAT--A--T--TTT------TATTA-T-A-CTCAC--TACTTGTGTG---A--TTT--TTA-AT--C--TA--TTTG
gi|3                          :                                      atatactatattcctATTGAGAAGTATA-CTCG-A-CTATTA----TT---------------TCTTCAAT------TCTTTAGGAATA--TACTTC--CT--G-------------AAAG-A--ATTGTAA-G-AA-A----C--TAG-----T-CG-G----T-T-A---C-T-CA-AT---TGG---CCT-TC-A--AAT--A-TT--TTTAAA---TATTA-gccttcaaatatttttaaatattaat
gi|4                          :     atatactatattcctcaaatagattaaaaatcacacaagtagtgagtataataaaaatatgatgaaggccgtat-----TT---------------C-----AT------TA------------TACT-CACCT--G-------------AA-G-A--ATTATA--GAAA-A----C--TAGT----T-CGAGT---TTT-A---C-T-CA-AT---CGGTTTTTT-TT-T--AAT--A--T--TTT------GATTA-T-A-CT-AC--TAC-TGTGTG---GATTTT--TAA-Aat
gi|4                          :                                                 gtCGATTGAG---TAAAACTCG-AACTAGT-----TT---------------T-----CT------A-------------TAAT-T--CT--T-------------CA-G-GTGAGTATAATG-AACA----T--TGC-----T-AGGT----TACCA---C-A-CA-AT---CGG---CCT-TC-T--AAT--A-TA--TTT------Tcattgctaggttaccacacaatcggccttctaatatatttt
gi|5                          : gttttaaaaatccacacagtagtagtataatcaaaatattaaaaaaaaacCGATTGAG---TATA-CTTG-A-CCAGT-----TT---------------T-----CT------T-------------TTCT-T--CT--GGAGTATACAACTGAA-G-A--ATTACA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGTG----TAC-A---C-C-CG-AG---CAG---CTT-TG-T--GAT--A--T--TTT------TGTCA-T-A-CT-AC--TATGTGTGTA---GAT
gi|5                          :                                                      TCGGG---TGTA-CACG-A-CTAGT-----TT---------------CTGTA-AT------TCTTCAGTTGTA--TACT-C--CA--G-------------AA-G-A--AA---A--G-AA-AA---C--TGG-----T-CAAG----TAT-A---C-T-CA-AT---CGA---CCA-TG-T--GAT--A--G--TTT------TATCA-T-A-accatgtgatagttttatcatat
gi|6                          :         atctacacacatagtagtatgacaaaaatatcacaaagctgcCGAATGAG---TATA-CTCG-A-CTA----------------------------------------------------T-CT-T--CT--G-------------AA-G-A--ATTGCA--A-AA-A----C--TAG-----C-TGAG----TAT-A---C-T-CA-TT---CGG---TGT-TG-A--GAT--A-TT--TTT------TATt
gi|6                          :                                                  tCGAATGAG---TATA-CTCA-G-CTAGT-----TT---------------TTGCA-AT------T---------------CT-T--CA--G-------------AA-G-A-----------------------TAG-----T-CGAG----TAT-A---C-T-CA-TT---CGG---CTT-TG-A--GAT--A--T--TTT------TATTA-T-A-CT-ACTATACATGTGTC---GATTTT--AT--ATACT--Tgctttgagatatttttattatactactatacatgtgtcgattttatatacttg
gi|7                          :                               tataaaaaatatctcaacacCGATTGAG---TATA-CTCG-A-CTAGT-----TT---------------T-----AT------T-------------TACT-C--CT--G-------------AA-G-A--ACTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----TAT-A---C-T-CA-AT---CGG---CCT-TC-A--AAT--A-TT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTA-ATACC--TA--CTTATTTGg
gi|8                          :                                                     ATTGAG---TATG-CTTA-A-CAAGT-----TT---------------C------T------G-------------TAAT-T--CTTCG-------------GA-G-A--ATTACA--G-AA-A----C--TAG-----T-CATA----TAT-A---T-T-TA-
gi|8                          :                            attgtggttatgacaactttatatataTAAA---TATA-TATG-A-CTAGT-----TTCTG------------T-----AA------T-------------T-CT-C--C---G-------------AA-G-A--ATTACA--G-AA-A----C--TTG-----T-TAAG----CAT-A---C-T-CA-AT-----A---TATATA-T--GAT--A--T--TTT------CATTA-C-A-atatatatgatattttcattacatatataca
gi|9                          :                        attgtggttatgacaactttatatataCGATCGAA---CATA-CTCG-A-CCA-T-----CT---------------G-----ATGAATAATCA-----------TACT-C--CT--G-------------AA-A-A--AACAAG--G-AA-A----T--TAG-----T-CTAG----TAT-A---CTT-TATAT---CGA-------TC-C--GAT--A-TT--TCT------tatataca


blockSeqs                     :                                                           AAG    A    C A     AATTC  CTTACAATTCTTTCAGGAAGTA                      A  T AC  TC GAGTATACAACTG  A A TG      AT A  C TAAA TA   TCGAC C    CATA   C CTT T G  T  ATA   TTT   A CCAA    CA TT CG   ATTGTA     T G T  C  TA          AGC  T   CG TAG     AA  TT
blockSeqs                     :                                                           .      .    . .     A      CAGGAAGTAATGAGATACTCA                       A  . .   .  .              . . .       A  .  . AT   AA   T     .    A      . .   . .  .  .     .     . CAT     .  TT .    AAA        . . .  .  .           .    T   .  CG      .   . 
blockSeqs                     :                                                           .      .    . .     .      TCTTCAATTCTTTAGGAATA                        A  . .   .  .              . . .       .  .  . A    .    .     .    T      . .   . .  .  .     .     . CT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    T   .  TA      .   . 
blockSeqs                     :                                                           .      .    . .     .      CTGTAATTCTTCAGTTGTA                         A  . .   .  .              . . .       .  .  . A    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . CT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    T   .  TA      .   . 
blockSeqs                     :                                                           .      .    . .     .      GATGAATAATCA                                A  . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . CT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    T   .  TA      .   . 
blockSeqs                     :                                                           .      .    . .     .      TTGCAATT                                    A  . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . TG      .  T  .    .          . . .  .  .           .    T   .  CG      .   . 
blockSeqs                     :                                                           .      .    . .     .      CTGTAAT                                     A  . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . GT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    G   .  CG      .   . 
blockSeqs                     :                                                           .      .    . .     .      TACAAT                                      T  . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . TT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    T   .  CG      .   . 
blockSeqs                     :                                                           .      .    . .     .      CATTA                                       A  . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . CT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    T   .  TA      .   . 
blockSeqs                     :                                                           .      .    . .     .      TCTA                                        A  . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . CT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    T   .  AA      .   . 
blockSeqs                     :                                                           .      .    . .     .      TCTT                                        A  . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . CT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    T   .  TA      .     
blockSeqs                     :                                                           .      .    . .     .      TATT                                        A  . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . GT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    T   .  T             
blockSeqs                     :                                                           .      .    . .     .      CTG                                         .  . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . CT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    T   .  .             
blockSeqs                     :                                                                               .      .                                           .  . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . GT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    T   .                
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .  . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . AT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    .   .                
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .  . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . GT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    .   .                
blockSeqs                     :                                                                                                                                     . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . GT      .  T  .    .          . . .  .  .           .    .   .                
blockSeqs                     :                                                                                                                                     . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . CA      .  T  .    .          . . .  .  .           .    .                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                     . .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . GC      .  T  .    .          . . .  .  .           .    .                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                       .   .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . CA      .  T  .    .          . . .  .  .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                           .  .              . . .       .  .  . .    .    .     .    .      . .   . .  .  .     .     . TT      .  .  .    .          . . .                                           
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Unaligned ( gi|30 ): ATGTTGTGTCATCATTACTCCTGAAGAAGTAAAG






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Reference ( family-3562 )     :                                                   CGATTGAG---T-ATACTCG-ACTA--G-T--TT---------CT-------G-----TAAT----------T--------------ACT-C--CTGAA-G-AATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-CA-AT---CGG---CCT-T-NT--GAT--A-TT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTA-ATACC--TA--TTTGTTTG
gi|1                          :                                                   CGATTAAG---T-ATACT-G-ACTA--T-T--TT---------CT-------A-----CAAT----------T--------------TCT-T--CAGGA-G-AATTGTA--G--A-A----C--TAG-----TGCGAG----T--A-TA---C-T-TA-AT---CGG---CCT-T-C---AAA--A-TT--TTTA-----GATAA-T-A-CT-AA--TA
gi|1                          :      gtatatatatatatagtattctatgtagatactacacacttggtaCGATTAAG---T-ATACTCGCACTA--G-T--T----------CT-------A-----CAAT----------T---------------CT-C--CTGAA-GAAATTGTA--G-AA-A----A--TAG-----T-C-AG----T--A-TA---C-T-TA-AT---CGG---CCT-T-C---AAT--ATTT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTA-ATACC--TA--TTTGgccttcaatatttttttattatactactacttgtgtggattttttaatacctatttg
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gi|15                         :                                                                                                           ataaag----------T--------------ACT-A--CTGAA-G-AATTGTT--G-AA-A----C--TAG-----T-TGAA----T--A-TA---C-T-CA-AT---CGG---CCT-T-TT--AAA--A-TT--TTT------TAATA-T-A-
gi|16                         :                                                                                                                                            a-C--CTGAA-G-AATTATA--A-AA-A----A--TAG-----T-CGAG----TACA-TA---C-T-C--------------------T--GATCAA-TA--TTT------TA---------------TGCTTGTGTG---GA--TT--TTAGATACT--AG--TTTGTtatatatatgtatatg
gi|17                         :                                                                                                                                                   GAA-G-AATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----T--A-CA---C-T-CA-AT---CGG---CCT-T-CT--AAT--A--T--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--Tgg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                            G----T--A-TA---C-T-CA-AC---AGG---CCT-T-CT--AA---A-TT--ATT------TATTATT-A-CT-AC--TA-TTGTGTGAGCGAGTTT--TTA-ATAGCAATA--TTTGTga
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                               tt-AT---CGA---CTT-T-GT--GAT--A-TT--TT-------TATTA-T-A-CT-GC--T-CTTGTGTG---GA-TTT--TCG-ATACC--TATTTTTATTTGggaa
gi|2                          :                                                 atCGATTGAG---T-ATACTCG-ACTA--G-TAATT---------CTTCAGGAAG-----TAATGAGATACTCAT--------------ACT-T--CCG-A-G-AATTGTA--G-AA-GAT--C--TAG-----T-CTGA----T--A-TA---C-TGCA-AT---CGG---CCT-T-CCAAGAT--A-TTCGTTTATTGTATATTG-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTtggaagatatatat
gi|20                         :                                                                                                                                                                            caagtcaattac-CGAG----T--A-TG---C-T-CA-AT---CGG---CGT-T-CT--GAT--A-TT--TT-------TATTA-T-A-CC-AC--TACTTGTGTG---GA-TTT--TCG-ATACT--TA--GTTGTgccttcaatatatatatatatatatgattaaggaataactgaagc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                            cc-CA-AT---CGG---CTT-T-GT--GAT--A-TT--TT-------TATTA-T-A-CT-AC--TACCTCTGAG---GA-TTT--TCG-ATACT--TA--TTTGT
gi|22                         :                                                                                                                                                          tataaA--G-AA-A----T--TAG-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-CA-GT---CGC---CTT-T-AT--AAT--A--T--TTT------TATTA-T-ATCT-GC--TATCTGTGTA---GATTTC--Tggaatat
gi|23                         :                                                                                                                                                              gA--G-AA-A----T--GGA-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-CA-AT---CAG---CTT-T-GT--GAT--A-TT--TCT------c
gi|24                         :                                                                                                                                                   gcgcacacatacatgt-AA-A----C--TAG-----T-TGAG----T--A-TA---T-T-CA-AT---CGA---CAG-T-GT--GAT--A-T----TT------TATTA-C-A-Cttactcc
gi|25                         :                                                                                                         gaaaatta----------T--------------ATT-T--CTGAA-G-AATTGTA--G-AA-A----CTATAGTCGACT-CGAG----T--A-TA---C-T-TA-AT---Caca
gi|26                         :                                                                                                                                      tgattgT-C--CTGAA-G-AATTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-CA-AT---CGG---CCT-T-
gi|27                         :                                                                                                                                                                     A-A----C--TAG-----C-CGAG----T--A-TA---C-T-CA-AT---CGG---CCT-T-CA--AAT--A-TT--TTT------caa
gi|28                         :                                                                                                                                                                        ----C--TAG-----T-CGAA----T--A-TA---C-C-CA-AT---CGG---CTT-T-GC--GAT--A--T--TTC------TATTA-at
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                        AT--A-TT--TT-------TATTA-T-A-GT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--
gi|3                          :                                               atctCAATTGAG---T-A-AC-CG-ACTA--G-T--TT---------CTT------A-----CAAT----------TCTTTCAGGAAGTATATT-C--CTAAA-G-AATTGAA--G-AA-A----TAATAG-----T-CGAG----T--A-TACTTC-T-CA-ATATACGG---CCT-TCAT--CAT--A--T--TTT------TATTA-T-A-CTCAC--TACTTGTGTG---A--TTT--TTA-AT--C--TA--TTTG
gi|3                          :                                      atatactatattcctATTGAGAAGT-ATACTCG-ACTATTA-T--TT---------CT-------T-----CAAT----------TCTTTAGGAATAT--ACTTC--CTGAAAG-AATTGTAA-G-AA-A----C--TAG-----T-CG-G----T----TA---C-T-CA-AT---TGG---CCT-T-CA--AAT--A-TT--TTTAAA---TATTA-gccttcaaatatttttaaatattaat
gi|4                          :                                       atatactatattcctcaaatagattaaaaatcacacaagtagtgagtataataaaaatatgatgaaggccgtat----------T--------------ACT-CACCTGAA-G-AATTATA--GAAA-A----C--TAGT----T-CGAGT---T--T-TA---C-T-CA-AT---CGGTTTTTT-T-TT--AAT--A--T--TTT------GATTA-T-A-CT-AC--TAC-TGTGTG---GATTTT--TAA-Aat
gi|4                          :                                                 gtCGATTGAG---TAAAACTCGAACTA--GTT--TT---------CT-------A-----TAAT----------T---------------CT-T--CAGGT-G-AG-TATAATG-AACA----T--TGC-----T-AGGT----T--ACCA---C-A-CA-AT---CGG---CCT-T-CT--AAT--A-TA--TTT------Ttaatgaacattgctaggttaccacacaatcggccttctaatatatttt
gi|5                          : gttttaaaaatccacacagtagtagtataatcaaaatattaaaaaaaaacCGATTGAG---T-ATACTTG-ACCA--G-T--TTTCTTTTCTTCT-------G-----GAGTA---------T--------------ACA-A--CTGAA-G-AATTACA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGTG----T--A-CA---C-C-CG-AG---CAG---CTT-T-GT--GAT--A--T--TTT------TGTCA-T-A-CT-AC--TATGTGTGTA---GAT
gi|5                          :                                                      TCGGG---T-GTACACG-ACTA--G-T--TT---------CT-------G-----TAAT----------TCTTCAGTTGTAT--ACT-C--CAGAA-G-AAA---A--G-AA-AA---C--TGG-----T-CAAG----T--A-TA---C-T-CA-AT---CGA---CCA-T-GT--GAT--A--G--TTT------TATCA-T-A-accatgtgatagttttatcatat
gi|6                          :         atctacacacatagtagtatgacaaaaatatcacaaagctgcCGAATGAG---T-ATACTCG-ACTA----T----------------------------------------------------------CT-T--CTGAA-G-AATTGCA--A-AA-A----C--TAG-----C-TGAG----T--A-TA---C-T-CA-TT---CGG---TGT-T-GA--GAT--A-TT--TTT------TATt
gi|6                          :                                                  tCGAATGAG---T-ATACTCA-GCTA--G-T--TT---------TT-------G-----CAAT----------T---------------CT-T--CAGAA-G-A---------------------TAG-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-CA-TT---CGG---CTT-T-GA--GAT--A--T--TTT------TATTA-T-A-CT-ACTATACATGTGTC---GATTTT--AT--ATACT--Tgctttgagatatttttattatactactatacatgtgtcgattttatatacttg
gi|7                          :                               tataaaaaatatctcaacacCGATTGAG---T-ATACTCG-ACTA--G-T--TT------------------------TATT----------T--------------ACT-C--CTGAA-G-AACTGTA--G-AA-A----C--TAG-----T-CGAG----T--A-TA---C-T-CA-AT---CGG---CCT-T-CA--AAT--A-TT--TTT------TATTA-T-A-CT-AC--TACTTGTGTG---GATTTT--TTA-ATACC--TA--CTTATTTGg
gi|8                          :                                                       TAAA---T-ATATATG-ACTA--G-T--TT---------CT-------G-----TAAT----------T---------------CT-C--C-GAA-G-AATTACA--G-AA-A----C--TTG-----T-TAAG----C--A-TA---C-T-CA-AT-----A---TATAT-AT--GAT--A--T--TTT------CATTA-C-A-
gi|9                          :                        attgtggttatgacaactttatatataCGATCGAA---C-ATACTCG-ACCA--------T---------CT-------GATGAATAATCA--------T--------------ACT-C--CTGAA-A-AAACAAG--G-AA-A----T--TAG-----T-CTAG----T--A-TA---CTT-TATAT---CGA-------T-CC--GAT--A-TT--TCT------tatataca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|30 ): ATGTTGTGTCATCATTACTCCTGAAGAAGTAAAG