lowQualScore : 222222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 333333333333333333333 2 22 1 2222222 666666666666666666666666666666666 1 11 2222222 11 1 22 1 333333 111 1 1 33333 1111 111 1111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222222222 11 333333333333333 111 1111 1111 444444444444444 1111 222 11111111111 11111111 888888888888888888888888888888888888 1111 11111 11 1111 5555555 11111 1111 333333333333333333333 11 1111111 000000000000000000000000000000000000000000000 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111 11111 888888888888888888888 1 4444444444444444444444444444 111 11111 11111 2 11 111111111 11111 1111 22 22222 11 333333333 1 66666666666666666666666666666666 111 222222
lowQualScore : 888 666666666666666666666 0 99 6 1 0 2 6666666 888888888888888888888888888888888 0 33 6666666 22 2 0 8 22 8 0 666666 6 000 99 88 77 3 5 1 66 5 5 00000 3 8 2222 4 444 5 6666666666 5 5 6 66 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8 9999999999999999 11 777777777777777 444 8 7777 0 7777 222222222222222 8888 6 1111 5 5 111 77 44444444444 00000000 5 777777777777777777777777777777777777 777 0000 5 22222 5 5 88 9999 4 66 5555 66 1111111 66 33333 2 5 5 2222 111111111111111111111 00 6 8888888 444444444444444444444444444444444444444444444 4 6 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 2 88 4 11111 5 66 111111111111111111111 5 1 9999999999999999999999999999 0 888 55 55 4 4 33333 4 4 4 11111 1 00 5 666 3 6 6 3 777777777 77777 6 6 4444 00 11111 7 55 666666666 99 7 77777777777777777777777777777777 111 333333
lowQualScore : ... ..................... . .. . . . . ....... ................................. . .. ....... .. . . . .. . . ...... . ... .. .. .. . . . .. . . ..... . . .... . ... . .......... . . . .. ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. . ................ .. ............... ... . .... . .... ............... .... . .... . . ... .. ........... ........ . .................................... ... .... . ..... . . .. .... . .. .... .. ....... .. ..... . . . .... ..................... .. . ....... ............................................. . . ... ................................................................................................. ... . .. . ..... . .. ..................... . . ............................ . ... .. .. . . ..... . . . ..... . .. . ... . . . . ......... ..... . . .... .. ..... . .. ......... .. . ................................ ... ......
lowQualScore : 000 000000000000000000000 0 77 0 2 0 5 0000000 888888888888888888888888888888888 0 88 0000000 55 2 0 2 55 8 5 777777 7 222 22 77 99 7 7 4 99 7 7 00000 6 4 3333 0 666 0 9999999999 0 0 0 99 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 6666666666666666 00 444444444444444 000 0 0000 8 0000 777777777777777 5555 7 6666 7 7 444 99 66666666666 66666666 7 777777777777777777777777777777777777 111 6666 0 55555 0 0 88 6666 4 11 1111 11 2222222 99 00000 5 0 7 1111 222222222222222222222 00 7 7777777 999999999999999999999999999999999999999999999 0 7 777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222 7 66 4 11111 6 11 000000000000000000000 0 2 6666666666666666666666666666 4 000 55 55 0 0 55555 0 0 0 77777 2 44 0 222 5 7 7 5 555555555 77777 7 7 2222 22 77777 5 88 777777777 77 0 88888888888888888888888888888888 888 000000
consensus : GATTATACGTTCCTTC-TGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GAT--TAAA-NT--TTGA-AGT-ACAC-G-AGA-TG----TAGAAAAATGAA--TCANT-GGTAATGAGCNTA----A-TG-TGTCATTT--GA-----------A----------C-TACA---TTAAANGCTACA---C----ATGT---ACTTTA-TG-AATAGCAGT------GATG--CATC-AATATT--------GATAACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-A-A---AAAGAAA-----ANTTCACAT-----------CAA-NAA--TAATTTC---ATAAC---TAC---CCAG-------TCACAA-----G-A-T-------------------T-----------------TG--T-C----TA---TG-------AGTT-----GCT-TCTTTT-TCT---TA-T-----------TAAAAG----C-----TGTTTAA-T--TAATT-------------CTT-CNACAGCA-----G--T--G----CATTG-AA-A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----C---ACC---TGC---AT-CC----AGACTTG----GTGACT--------------GTCTAT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT--CAA--NCC--A---TGA---C---T-CT------CT----AT-------C--T-CT-T------AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CGACA-AGACTC--GA-AA--TG--C-TGAT--CAA---TAATACTA--TCATATNTGAA-GA-A----ATA--------TCA---A------TTA-GATAT-AT----G--TATA--------------TTATTATCT--A-A-----AAAT-AA-----TTGTNT-GAAAA---AGAAAAC--C----CGAG---TG-G-CATT--G-AAGAC-----TTGTA----------TT----TT-----------ACTTT---T-----G-----------ATCT---GGATTTGTAT-AACA-----CGAGA--TAC---------TGTA-TT-ATTTATAACAA-TGTTTT---TTCCGCTC-----NGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAAT-CA-AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAAAG-C-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTT-CACAAT-C---CAACAAACC--ATCC--N-GCA--GTTCGN-CCATTATCTTN------GGGGG-----AAAANC-----CN--CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
Reference ( gi|2 ) : GATTATGTATTCCTTCGTG------TC-----CGTGTAATA-GCTAACTCCTTGCACTGGGCAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCA----------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTAAGCA-CCGCCCATTAAGAAAGCATC-T----TAC-TC--AAT--TAAA-GT--TTCA-AGT-ACAT-G-AGA-TG----CAGAAAAATGAA--TCACT-GATGATGAACTTA----A-TG-TGCCATTT--GA-----------A----------C-TACA---TTAAATGCTACA---C----ATCT---ACTTCA-TG-AATAGCAAT------GGTG--CATC-AATATT--------GATGACAT-TTTAAATGTGTA---TT-TACA-TGTGT---G-TA--TACAA---TTG-ACTTTTT--------AAAGACA-----ATTTCACAT-----------CAA-TAA--TAATTTT---ATA-----------CCAG-------TTACAA-----G-A-T-------------------T-----------------TG-----------------------AGT------GTT-TCTTTT-TCT---TA-T-----------CAAAGG----C-----TGTTTAA-T--TAATT-------------CTT-CTACAACA-----A--T--A----CATTG-AA-T--A-TTGG------TTGCT--GAC-----C---ACC---TGC---AT-CC----AGACTTG----GTGACT--------------ATCTAT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT--CAA--ATC--A---TGA---C---T-CT------CT----AT-------C--T-C---------AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CAAC--GGACTC--GA-AA--TG--C-TGAT--CAAATTTACTACTA--TCACATCTGAA-GA-A----ATA--------TCA---A------TTG-GATAT-AT----G--TATA--------------ATAACATCT--A-A-----AAAT-AA-----TTGTAT-GAAAA---AGAAAAC--T----CG-----TG-G-CATT--G-GAGAC-----TTGTA----------TT----TC-----------ACTT----------G-----------ATCT---GAATTTTCAT-AACA-----TGAAA--TAC---------TG----------ATAACAA-TGTTTT---TTTCGCTC-----TGAAAAT--ACTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAAT-TA-AC-A-GATTT--TG-AATAGAAAAA-C-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---ATTGT-C-ACT----TTT-GACAAT-T---CAACAAACC--ATCC--T-GCT--GTTCGA-CCATAATCTTC------GGGGG-----AAAACC-----TC--CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
gi|8 : GATTATACGTTCCTTC-TGAATAAATCAAAAGCATTAAATAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGTGA-GCTGTCAGA--ATTGTCA-CAAAAACAG-G-----TTAGCA----------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA--TAAGCA-CCACCT-TTAAGAATGCATCAT----TAC-TT--GAT--TTAA-GT--ATGA-AGT-ACAT-G-AAA-TG--------------------ATT-GGTAATGACCTTA----A-TG-TGTCATTT--GA-----------A----------
gi|6 : tcttgaaatcagatgtcaaacaaccattaatgcaaAGTA-GCTA-TTCCTTGCACTGGACAGGGA-A-TG----A--ATTGTTA---------------------CA----------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCGTTTAATAATGCATC-TAAATTAC-TC--GAT--TAAA-TT--TTGA-AGT-GCTC-G-AGA-TG----TAGAAAA-TGAA--TCATT-GGTAATGAGTATA----A-TG-TTTCATTT--GA-----------G------------TACT---TT---TGCTACA---TTCAGATGT---ACTTTA-TG-AATAGCAGT------GATG--CATT-AATTTT--------GACAATAT-TTT-AATGTG--------TACA---TAT---G-TA--TATAA---TTA-ACATTTT--------AAAGAAA-----AATTCACATTAGAAAATATCTAA-TAA--CAGTTTT---ATATATCATACGATTTAGCT-----TCATAT-----A-A-TA------------------T-----------------TG-----------------------AGT------GCC-CCTGTT-TCTCGGTA-T------------AAACA----T-----TTTATAA-TACTATTC-------------CGT-TTA-A--A-----G--T--G----CATTG-GA-A--A-TCGG------TTCCT--GAC-----C---ACC---TGC---AT-CC----AAACTTG----GTG--T--------------GTCTAT--T---G-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT--CAA--TCC--A---TGA---C---T-TT------CT----ATGTATCTGC--T-TTATA-----AT--CC----CAA-TAACTT-----GGG-TA-TGAC--AGGCTC--TA-AA--TG--C-TGAT--TAAATCTAATACTG--CCAAATAT-AA-GA-A----tatttttcctaca
gi|11 : aATTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAAC-AAAACAG-G-----TTAGCACTAGTAAAGTCTTG-AT--GGTAGATTTTT--TA-CTGAGCA-CCACCCTTTAA-AATGTATC------TACTTC--GAT--TAGA-AT--CTGA-AGT-GCAA-G-AGGTTGT---TTGAAAAATGAA--TCATTAGTTAATGA
gi|5 : cattacataggatatatactAAAGATACTA----ATTATTGTCCACATAAACAACGATTTTTTAGCTT---------CTTGTATTGAGTAGA----TAACAACTGAGCAACCTCGCCTTAAGAAAGCATT-C----TGC-TC--AATTCTAGA-GTGATTTA-AGTAACATCGCAGA-TG----AAGGAAAATGAACTTGACT-TTTCATA---TTATTGCA-TA-TGTTAT-----------------A----------CTTACA---TTTAAAGGTACA---C----ATGTGTAATTTCATTG-AATTATTATTCTCTAGGTGTACATCTAAAATTTAACTTTATATTATAT-TTGAGCTGT-TA---TT-TACAGTGTG----G-TA--TATAA---CC--CCTTTTTTAAAAGAAAAAAACACAGAGATTCTAC-------------CA---AG--TAATTTCGTAATA-----------CCAGTATCCACTCACAA-----G-ATT-------------------T-----------------TGTATTCCAATTATCATGTAATTGTAGT------GCTATCTTTT-TCT---TA-T-----------TAAA-G----C-----TGTTGAA-T--TAATT-------------CTT-T--CAACATGCTCA--G--AGTGCCATGG-AATT--A-TTCG------TTGTC--TAC-----CTTTTCC---TACCAGAT-TCTATAGGACTTGTTTCTTAAGC--------------ATTGAT-AT-TAGATG----AGG-AT-CCCTAGTTTT--CAAAGATC--A---TGT---CATGT-CTGCTACGTT----AT-------A--T-C---------A---CC----TAA-TAACAT-----AGA-TATCAACATAGACTCTAAA-AA--GGA-G-TGAT--CAA---TACTAGGA--TCATACTAGAA-GA-ATAATATA--------TCATATA------TTA-CAT-T-AT----A--TACA--------------TTA
gi|19 : GCATC-TAAATTAC-TC--GAT--TAAA-TT--TTGA-GGT-ATAC-G-AAA-TG----TAGAAAA-TGAA--TCAAT-ATTAATGAGCAT-----A-TG-TTTCATTT--GA-----------A------------TACT---TT---TGCTACA---ggtaaaagctcgaaacgaa
gi|1 : atC-T----TGC-TCCCAAT--TAAAAGT--TTGAGAGTGAGGT-G--GA-TGATAATAGAAGAAGGGA----AAT-AGAGATC--CTTA----A-TG-TGTCATTTTTGACATAATGGTTTG----------C-TACAATCTCAAAAGCTACATCCC----ATGT---ACTTGC-TGCAATGGAAAT------A------ACC-A-TACTC-------GATAGC----TCAATTGTGTAGCCTA-TGAA-TG-GTC--G-TG--TATAA---TTG--CTTTTT--------AAAGAAA-----AATTCA-AT-----------AAA-AGAATTAATTTA---ATAACCAGTAC---CCAG-------TCACAAAGAGTG-A-TGTTGTTATTTTCATTATAAT-----------------TG-----------------------AGCTCGCTCATT-CTTTTT-TCT---TAAT-----------TATAAG----CACCTGTGTTTAACT--TAATTATCTTTTTTAAATCTT-CTATG-CA-----G--TTTG----TATTG-AA-CTAA-CTGGATATCTCTGAT--GACTTTATC---ATCGACTGC---ATGCC----AGACTTG----GTGACTTGTCACGAATCATAGTCTATTATATAG-GGGCA-CAG-AT-C----ATTTT--CAA--GCC--GGACTGATACC---T-CT------CTTGTTAT-------C--T-T---------ACGACC----TAAATAATTTCATAGAGA-TA-TATC--GGACTG--GA-AAAGTG----TGATAGCAA--TTAACACTAAATGATATATGAAAGA-A----ATAATAAGAATTCG---AATATATTTG-TATATTATTTGGG--TATAGATCTATCAATTTCATAACA-----A-A-----AAAT-AAAGGTTCTCTATTGCAAATACAGAAAACGAC----CGAACA-TGCG-CATTTAG-CAGAA-----CTGTGGGTATTTTTTTT----TC-----------ATTT----------GTTGCATGGTCAATCTTGAGGATTTTTAT-AATAACATATGAAAATTAC---------TG----------ATAA-AA-TATTTTGTTTTTTGTTCCACTATGAATATTTAGTTAG---T--G--CACGTGATTTCATACATATAC-AAGATTTC-TG-AA-AGAAAGAGC-AG---ATTCATAATTTG-TCCCTGGTATGTT--AAC----GCAATTCATTTAATGCGGAAGTGCACGACT----TTT-CACAAT-CACATAACACACTTAATCCGAC-GCTAAGTTCGAGCCATTATCTGT------GGGGGGA---AAAACCGGATGCA--CATGAAA--TTATTTAATAAAAAAt
gi|20 : AAA-TT--TTGA-AGT-ACAC-G-AGA-TG----TAG-AAAATAAA--TTACT-GGTAATGAGTATA----A-TT-TTTCAATT--TA-----------A------------TACG---TT---TGTTACA---TTCAGATGT---ACTTTA-TG-AATgaaatgctaaacaaattgaatagatatatcatttt
gi|3 : CTTA----AATGGTGTCATTT--GA-----------ATATGTTTCTGC-TACA---TTAAAT-CTACA---C----AT
gi|4 : c-TG-TGTCATTC--GA-----------ATATTTTTG--C-CACACT-TTAAAAGCTACA---T----AT-----AC---A-TG---TA-CAGT------GATA--CAT----------------GAT-AGGT-TTTAGATGTGTA---TA--ACA-TGTAT---GATA--TACAACAATTG-ACTTTTTT-------AAAGAAA-----AGTTATCGT-----------TAA-GCA--TAATTTT---ATA-----------CCAG-------TTACAA-----GGA-T-------------------T-----------------TGGTTCCATTATAAGTTGAGTC---AGT------GCT-TCTTTTCTCTG--TA-TTGAACATTTTATAAAGA----C-----TTTCTGGTT--TAAAT-------------CTT-CAACAGCA-----G--T--G----CATTGAAA-A--A-CTGG------TTCCT--GAC-----C---A-C---TGC---AT-CC----AGACTCG----GTGACT--------------GTCC-T-AAATAG-TG--A-AGGAATATC---ATTTT--CAA--GCC--A---TGA---C---T-CA------CTGTGCAT-------C--TACTTTATA---AC--CC----T---TAACTT-----GGA-TA-CAACA-GGACTC--GA-AA--TG--CGTGAT--CAAATTTAATAATC--TCACATAT-AA-GA-A----ATG--------CC----A------TTA-GATAT-GT----A--CATA--------------A-----------------------AA-----TTGTAT-GAAAA---ACAAAAC-------GG-----TG-G-CATG--A-GGGAC-----TTGTA----------TT----TCATTTTTCAATTACTT----------G-----------ATCTG--GGATTTGTATAAACA-----CGATA--TACTGTATTTTATG----------ATAACAG-TGTTTT---TTCCG-TC-----AGAA-----ATTTAG---T--ACTCA-GTG-TTTC--AT-CA-AC-A-A--TT--GG-AAGAGAAAAG-C-AGAC-ATTCATAA-CTGTTCC-TGGTATGAT--TTA----GCAATTAATTTAATCT---AGTTT-C-ACTTTCATTT-CACAAT-C---CAACAAACC--ATCC--T-GCA--GTTCGC-CCCTTATTGTTGGGGGGGGGGG-----GGGA------------CTGAAA--TTA------AAAGAAAataacatgtttagatgtgcattgtacatgtgttcggtacgtataattggactttttttagaagaaaagaatttcacatcaaatattaataccgtaacccattcacagattgtgtttcattattagattgagttgcttcttgttcttattaaaagggagctggttaattatttctttcaacagcagcgtgcattgaaaagctggttgcttgaaccactgcatccagcttcgtgactgtctatatatagtgacaggatcccattttttcacagccgatgactgctcttttgttcaccctaataacttggattacaacagggactgggcaatggcttgatctactatcttgaagagaatatcaattacgatatatggttatatcattatctacaagaataaaatgtttgaaaaaggaaaaccgagactggccattgaaagacttgtattttatttttcattgctggatctggatttttataatatgaggtacttgataacaagtgttttatttagtgcagtgtttcaattaacaagattttctgaagagaaacgcgagcaattctgaatttgtcctggtagttacagcaattcatttaatccagtgtcacttttcaacaatgccaacaaaccaatccagcagttcgaccattatcttggggggaaaaacctcctgaaattttaaaaaaagaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|3 : --------GATAACATGTTTAGATGTGCA---TTGTACA-TGTGTTCGG-TACGTATAA---TTGGACTTTTTTTAGAA--GAAAAGA-----ATTTCACAT-----------CAAATAT--TAATACC---GTAAC---------CCAT-------TCACA------G-A-T-------------------TGTGTTTCATTATTAGATTG-----------------------AGTT-----GCT-TCTTGT-TCT---TA-T-----------TAAAAGGGAGC-----TGGTTAA-T--TATTT-------------CTTTCAACAGCA-----GCGT--G----CATTG-AA-A--AGCTGG------TTGCTTGAAC-----C---AC----TGC---AT-CC----AG-CTTC----GTGACT--------------GTCTAT-ATATAG-TG--ACAGG-AT-CCC--ATTTTTTCAC--AGCCGA---TGA---C---TGCT------CT----TT-------TGTT-C---------AC--CC----TAA-TAACTT-----GGATTA-CAACAGGGACTG--GGCAA--TGGCT-TGAT----------CTACTA--TC----TTGAA-GAGA----ATA--------TCA---A------TTACGATAT-AT----GGTTATA--------------TCATTATCTACA-A-----GAATAAA-----ATGTTT-GAAAA---AGGAAAA--C----CGAGAC-TG-GCCATT--GAAAGAC-----TTGTA----------TT----TT-----------ATTTTTCATTGCTGG-----------ATCT---GGATTTTTAT-AATA-----TGAGG--TACT--------TG----------ATAACAAGTGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTC-AAT-TA-ACAA-GATTTTCTG-AAGAGAAACG-CGAG-CAATTCTGAATTTG-TCC-TGGTA-GTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTCAACAATGC---CAACAAACCA-ATCC--A-GCA--GTTCGA-CCATTATCTTG------GGGGG-----AAAAAC-----CT--CCTGAAATTTTA------AAAAAAaaaccaactgaattaccaaagaagtattgtgtgcaaggaataatcattgcattagtaagtggaactgcag
gi|17 : catgtgtagatttaatgtagcagaaacatattcaaatgacaccatttaaGACT--------------GTCTAT-ATATAG-TG--A-AGG----CCA--AGACT--C-G--ATC--A---TAT---C---T-CT------TT----A-----------T-C---------AC--CCTAATTAA-TAATTT-----GGA-TA-CAAC--AGACTA--AA-AA--TG--C-TGAT--CA-------TACTA--TCATATCTGAA-Ggaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|21 : --A-AGG-AT-TC---ATTTT--CAA--TCC--A---TGG---C---T-CT------CT----AT-------CCAT-CTGTTTTATAAT--CC----CAA-TAACTT-----GGA-TA-TGAC--AACCTC--TA-AA--TG--C-TGAT--CATATTTAATATT
gi|9 : t-C---------AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CAAC--AGACTG--GG-AA--TG--C-TCAT--CA-------TACTA--TCATATCTGAA-GA-A----ATA--------TCA---A------TTA-GATAT-AT----G--TATA--------------TTATTATCT--ATATGTACAAATAAA-----TTGTTT-GAAAA---AGAAAAC-------AGAGAGATG-G-CATT--G-AAGAC-----TTTTA----------TT----TT-----------ATTTTAATTGCTG-G-----------ATCT---GGATTTTCAT-AACA-----TGAGA--TAC---------TG----------AAAAC
gi|10 : -AA--TG--C-TGAT--CA-------TACTA--TC-----TGAA-GA-A----ATA--------TCA---A------TTA-GATAT-AT----G--TATA--------------TCATTATCT--A-C-----AAAT-AAA----TTGTTT-GAAAA---AGAAAAC--CGAGACA-----TG-G-CATT--G-AAGAC-----TTGTA----------TT----TT-----------ATTTTCATTGCTG-G-----------ATCT---GGATTTTTAT-AATA-----TGAGA--TAC---------TG----------ATAACAA-TGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAAT-TA-AC-A-GATT
gi|12 : -AA-----TTGTAT-GAAAA---AGAAAGC--A----CA-----TG-G-TGTT--G-AAGACTCTCATTTTA----------TTTTCATT-----------ACTT----------G-----------GTCT---GAATTTGTAT-AACA-----CGAGA--TAA---------TGTATTTAATTTATAACAA-TA-CTT---TTCCGCTCG----TG-AAAT--A-TTAGGTAT--G--TA-GTG-TTTC-AAT-CA-AC-A-GATTT--T
gi|7 : ta----TT-----------ACTT----------G-----------ATCT---GAATTTGTAT-AACA-----CAAGA--TAA---------TGTATTTTATTTATAACAA-TGCTTT---TC-CGCTCG----TGAAA-T--ATTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-T-CA-AC-A-GATTT--TC-AA--GAAAAAGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGCATGTTCTACATGTAGCAATTCATTTAACCC---AGTGT-C-ACT----TTT-CACAAT-C---CAACA-------------------GTTCAC-CCAATATCTT-------GAGAGAGAAAAAAACC-----CA--CATAAAA--TAA------AACAAGA
gi|15 : cattttattttcaCT---GGATTTGTAT-A-CA-----TGAGA--TAC---------TGTAATTTATTTATAACAA-TG-CTT---TTCCGCCG-----GGAAAAT--GTTTGGTA-T--G--TA-GTG-TTTCAA---TC-AC-A-TATTT--TC-AAGAAAAAAG-C-AG-C-AT
gi|16 : taT---GGATTTGTAT-AACA-----TGAGA--TAC---------TGTAATTTATTTATAACAA-TG-CTT---TTCCGCTC-----GGGAAAT--GTTTGGTA-T--G--TA-GTG-TTTC-AAT-CA-AC-A-TATTT--TC-AAGAAAAAAG-C-AG-C-AT
gi|14 : AAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAAG-TA-AC-A-GATTT--TG-AAGAGAAAAG-C-AG-C-ATCCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTTATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTT-CACAAT-C---C
gi|13 : AAAT--ATTT-----T--G--TA-GTG-TTC--ACT-CA-TC-G-AATTT--TCTAAGAGAATAA-A-AG-C-ATTCATAAACTA-TCC-TGGTATG-C--ATT----GCAATTCGTTTAATCC---AGTGA-C-GCT----TTT-CATTAT-C---CAACGTTCC--ATCCAGTGGCT--GTTCCA-CTAT
gi|23 : ACAAT-C---CAACAAACC--ATCC--A-GCA--GTTGGC-CAATTATCTTG------AAAAA-----AAAAAC-----CCAACCTGAAA---TA------AAAA
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATATGTAAAACACAAATATTCACATAACAACTGATTTGATAACAGTTATATATCATTTAAGATGTGGCTTCATATAATTGAGCGCCTCTTTTTCCCTGTATGAACAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACCTGAAATTAAAATAAGAAATACAGAATGCAACAAAGCAGCATAGTGTACAAGGAAATAATCATTGCATTATGCAAGTGGAACTGCAGAA
Unaligned ( gi|24 ): ATTAAATTATGTTAAAAAAAAAGTAAACACAATAACGTTGAAAACTTGCATTTTATTTTCAT
Unaligned ( gi|25 ): CTTTAAACCGGATGTCAAACAATCATCAATGCAAGATATGAATCACCTCCTTAATAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 1111 2222222 5555555555 11 1111111 333333 11111 111 1111 55555555555555555555555 111 1111 22222222 111 33333333333 333333333333333 1111111 111111 111 111 11 333 1111 222222222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 333333333333333333 11111 4444444444444444 111111111111 1111111 111111 111111111111 111 33333333333333 22222222222 111111 1111 55555555555555555555555555555 11 11111 222 1111 4444444444 1111 1111111 7777777777777777777777777777777777777 1 111 111 111 55555555555 1111 999999999999999999999999999999999999999 4444444444444 111111111 111 1 1111 111 1111 11 1111 1111 2222222222 111111
lowQualScore : 7 0 8 9999999 2222 3333333 2222222222 8 11 9999999 8 8 5 5 000000 5 77 66 66 66 5 55 55 5 5 33333 0 66 1 1 5 5 000 1 0000 4 66 99999999999999999999999 5 555 3333 99999999 0 111 4 6 6 11111111111 5 666 333333333333333 2222222 3 222222 2 6 3 888 6 99 111 44 444 2222 111111111111111111 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 888 6 6 6 6 555555555555555555 66666 666 6 99 9999999999999999 1 666666666666 99 8888888 999999 99 888888888888 6 111 5 33333333333333 77777777777 5 5 5 9999 5 555555 0000 999 888 888 888 5 66 5 99999999999999999999999999999 22 9999 4 11111 4 4 6 222 777 4 55 2222 55 5555555555 66 44 2 1 4 5 0000 8888888 5 5 88888 2 4444444444444444444444444444444444444 7 000 1 000 000 44444444444 5 5 77 5 0000 888888888888888888888888888888888888888 777 4 2 4 4 0000000000000 4 9 888888888 1 1 6666 55 666 55 55 3 3 1 666 3 3 55555 4 4 4 4 1 5 5 77 2222 000 5 5 2222 5 5 888 1 33 3 2222 66 6 6 1 4444 1 6666666666 99 999999
lowQualScore : . . . ....... .... ....... .......... . .. ....... . . . . ...... . .. .. .. .. . .. .. . . ..... . .. . . . . ... . .... . .. ....................... . ... .... ........ . ... . . . ........... . ... ............... ....... . ...... . . . ... . .. ... .. ... .... .................. . ........................................................................................... . ... . . . . .................. ..... ... . .. ................ . ............ .. ....... ...... .. ............ . ... . .............. ........... . . . .... . ...... .... ... ... ... ... . .. . ............................. .. .... . ..... . . . ... ... . .. .... .. .......... .. .. . . . . .... ....... . . ..... . ..................................... . ... . ... ... ........... . . .. . .... ....................................... ... . . . . ............. . . ......... . . .... .. ... .. .. . . . ... . . ..... . . . . . . . .. .... ... . . .... . . ... . .. . .... .. . . . .... . .......... .. ......
lowQualScore : 3 0 0 0000000 2222 0000000 0000000000 0 00 0000000 0 0 0 0 111111 7 99 99 00 99 0 99 22 0 0 88888 1 99 4 0 0 0 000 0 6666 4 11 88888888888888888888888 0 666 6666 99999999 7 777 0 7 7 77777777777 0 000 777777777777777 2222222 7 888888 5 7 2 333 7 22 777 00 000 7777 555555555555555555 7 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 333 7 7 7 7 777777777777777777 77777 888 7 22 2222222222222222 0 222222222222 22 0000000 222222 22 333333333333 7 777 7 66666666666666 11111111111 7 0 7 0000 0 222222 6666 666 888 888 888 0 99 0 55555555555555555555555555555 22 4444 4 11111 4 4 2 000 222 0 55 6666 55 1111111111 11 44 6 1 4 0 6666 0000000 7 7 00000 3 0000000000000000000000000000000000000 1 000 0 000 000 00000000000 7 7 99 7 6666 555555555555555555555555555555555555555 000 0 5 0 6 0000000000000 4 0 000000000 8 1 6666 00 444 00 00 6 6 0 444 6 6 88888 4 4 4 4 7 7 7 99 1111 000 7 7 1111 0 0 888 6 66 0 1111 77 7 7 0 2222 0 2222222222 22 222222
consensus : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATC---AAT---A-TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACA-----TC-A-A--NAA--TAATTTNATAAC-----TACCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG---T-------T----------T-A---------T--------GA-GT--------T-GCT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAA----AGC-----TGTTTA-A-TT-A--ATT-------------CT-TTCAACA-GC----A--GT--GCATTGAA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGGA-T-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CGACA-GGACTC--GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A-T-T-AATACTA--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCT--A---------------A-----AAATAAA---TTGTNT---GAAAA---AGAAAAC--CCGAGA--TG-G-CATT--G-AAGACTTGT----ATTTT------ATTT--T-------T---T-----G--------ATCT---GG-ATTTNTATAA-CACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--GC--A-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTGT-CC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACTTT----TC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TGGGGG----GAAAAAC------C--GCCTGAAA--TTA------AAAAAAA
Reference ( family-3556 ) : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCANTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAANGCTACA---C----ATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATC---AAT---A-TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTTAAAAAGAAAAN---TTCACA-----TC-A-A--NAA--TAATTTCATAAC-----TACCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG---T-------C----------T-A---------T--------GA-GT--------T-GCT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAA----AGC-----TGTTTA-A-TT-A--ATT-------------C--TTCNACA-GC----A--GT--GCATTGAA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGGA-T-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CGACA-AGACTC--GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A---T-AATACTA--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCT--A---------------A-----AAAT-AA---TTGTNT---GAAAA---AGAAAAC--CCGAG---TG-G-CATT--G-AAGACTTGT----ATTTT------ACTT--T-------T---------G--------ATCT---GG-ATTTGTATAA-CACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCNGAAAAT--ATTTAG---T--GC--A-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTGT-CC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACTTT----TC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TNGGGG----GAAAANC------C--NCCTGAAA--TTA------AAAAAAA
gi|1 : C-T----TGC-TCCCAATT--AAAAGT--TTGAGAGT------G-AGG-TG-GATGATAATAGA--AGAAGGG-AAATAGAGATCCTTA----ATG-TGTCATTTTTGACATAATGGTTTG----------CT-ACAATCTCAAAAGCTACATCCC----ATGT---ACTTGCT-GCAAT-----------GGAAATAA-----C---CAT---A-CTCGATA--GC----TCAATTGTGTAGCCTA-TGAA-TG-GTC--G-TG--TATAA---TTG--CTTTTT---AAAGAAAAA---TTCA-A-----TA-A-A--AGAATTAATTTAATAACCAG--TACCCAGTCACAAAGAGTG-A-TGT-TG---T-------TATTTTCATTAT-AAT-------T--------GA-GC--------TCGCTCATTCTTTT-TTCT-TAATT-----------ATA----AGCACCTGTGTTTA-ACTT-A--ATTATCTTTTTTAAATC--TTCTAT--GC----A--GTTTGTATTGAACTA--A-CTGGATATCTCTGAT--GACTTTATCATCGACTGCATGCCAGACT---TGGTGAC-TTGTCACGAATCATAGTCT-----------ATTATATAG-GGGCA-CAGA-T-C----ATTTT----CAA--GCCGGACTGATACC---T-C--T-C----T----TGTTA------T-CTT----ACGACC----TAAATAATTTCATAGAGA-TA-T-ATC-GGACTG--GA-AAAGTG----TGATAGCA-A---TTAACACTAAATGATATATGAAAGA-A----ATAATA---AGAATTC-GAATATATTTG--TATATTATTTGGGTATAGATCT--ATCAATTTCATAACAAA-----AAAT-AAAGGTTCTCTATTGCAAATACAGAAAACGACCGAACA-TGCG-CATTTAG-CAGAACTGTGGGTATTTTTTTTTCATTTG-T-------T---------GCATGGTCAATCTTGAGG-ATTTTTATAA-TA--ACATA-TGAAAATT--AC-TGATAA-AA-TATTTTGTTTTTTGTTCCACTATGAATATTTAGTTAG---T--GC--ACGTGATTTCATA-CATATAC-AAGATTT--CT-GAAAGAAAGAGC-AG---ATTCATAATTTGT-CCCTGGTATGTT--AAC----GCAATTCATTTAATGCGGAAGTGCACGACTTT----TC-ACAAT-CACATAACACACTTAATCCGACGCTAAGTTCGAGCCATTATC-TGTGGGGG----GAAAAACCGGATGC--ACATGAAA--TTATTTAATAAAAAA
gi|10 : -AA--TG--C-TGAT--CA---------TACTA--TC-----TGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATCATT---------ATCT--A---------------C-----AAATAAA---TTGTTT---GAAAA---AGAAAA---CCGAGACATG-G-CATT--G-AAGACTTGT----ATTTT------ATTT--T-------CATTGCTG--G--------ATCT---GG-ATTTTTATAA-TATGAGATACTG-------------ATAACAA-TGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--GC--A-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTgaaatgctaaacaaattgaatagatatatcatttt
gi|11 : CTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAAC-AAAACAG-G-----TTAGCACTAGTAAAGTCTTG-AT--GGTAGATTTTT--TA-CTGAGCA-CCACCCTTTAA-AATGTATC------TACTTC--GATT--AGAA-T--CTGA-AGTG-CA-AG-AGGTTGTTTGAAAAATGAA--TCATTAGTTAAT-GA
gi|12 : cattacataggatatata-AA---TTGTAT---GAAAA---AGAAAGC--ACA-----TG-G-TGTT--G-AAGACTCTC----ATTTT------ATTT--TCATTACTT---------G--------GTCT---GA-ATTTGTATAA-CACGAGATAATGTA--TTTAAT-TTATAACAA-TA-CTT--------TTCCGCTCGTGAAAT--A-TTAGGTAT--GT--A-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-GATTT--T
gi|13 : taAAAT--ATTT-----T--GT--A-GTG-TTC--ACTCA---TC-G-AATTT--TCTAAGAGAAT-AAA-AG-C-ATTCATAAACTAT-CC-TGGTATGC---ATT----GCAATTCGTTTAATCC---AGTGA-C-GCTTT----TC-ATTAT-C---CAACGTTCC--ATCCAGT----GGCTGT-TCCACTAT
gi|14 : AAAAT--ATTTAG---T--GC--A-GTG-TTTCAAAGTA---AC-A-GATTT--TG-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATCCATAATCTGT-CC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTTATTTAATCC---AGTGT-C-ACTTT----TC-ACAAT-C---C
gi|15 : CT---GG-ATTTGTAT-A-CATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TG-CTT--------TTCCGCCGGGAAAAT--GTTTGGTA-T--GT--A-GTG-TTTC-AATC----AC-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|16 : taT---GG-ATTTGTATAA-CATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TG-CTT--------TTCCGCTCGGGAAAT--GTTTGGTA-T--GT--A-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|17 : GAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG------------------------CCA---AGA---C---T-CGAT-CA---T----A--TC------T-CTTTATCAC--CCTAATTAA-TAATTT-----GGA-TA-CAAC--AGACTA--AA-AA--TG--C-TGAT--C---------ATACTA--TCATATCTGAA-G
gi|19 : ATGCATC-TAAATTAC-TC--GATT--AAAT-T--TTGA-GGTA-TA-CG-AAA-TG-TAG-AAAATGAA--TCAATAT-TAAT-GAG---CAT-----ATG-TTTCATTT--GA-----------A-----------T-ACT---TT---TGCTACA---
gi|2 : AGCTAACTCCTTGCACTGGGCAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTAAGCA-CCGCCCATTAAGAAAGCATC-T----TAC-TC--AATT--AAAG-T--TTCA-AGTA-CA-TG-AGA-TG-CAGAAAAATGAA--TCACTGA-TGAT-GAA---CTTA----ATG-TGCCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATCT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAATGGTGCATC---AAT---A-TT-GATG--ACAT-TTTAAATGTGTA---TT-TACA-TGTGT---G-TA--TACAA---TTG-ACTTTTT---AAAGACAAT---TTCACA-----TC-A-A--TAA--TAATTTTATA----------CCAGTTACAA-----G-A-T-T-------------------------------------T--------GA-G---------T-GTT---TCTTTT-T-CT-TA-TC-----------AAA----GGC-----TGTTTA-A-TT-A--ATT-------------C--TTCTACA-AC----A--AT--ACATTGAA--T--A-TTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------ATCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGGA-T-CC---ATTTT----CAA--ATCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-C------AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CAAC--GGACTC--GA-AA--TG--C-TGAT--CA-AATTT-ACTACTA--TCACATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTG-GA-TATAT--G--TATAATAAC---------ATCT--A---------------A-----AAAT-AA---TTGTAT---GAAAA---AGAAAAC--TC--G---TG-G-CATT--G-GAGACTTGT----ATTTC------AC----T-------T---------G--------ATCT---GA-ATTTTCATAA-CATGAAATACTG-------------ATAACAA-TGTTTT--------TTTCGCTCTGAAAAT--ACTTAG---T--GC--A-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTT--TG-AATAGAAA-AAC-AG-C-ATTCATAATCTGT-CC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---ATTGT-C-ACTTT----TG-ACAAT-T---CAACAAACC--ATCCTGC----TGTTCG-ACCATAATC-T-TCGGGG----GAAAACC------T--CCCTGAAA--TTA------AAAAAAAt
gi|20 : gattatgtattccttcgtgtccgtgtaat--AAAT-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAG-AAAATAAA--TTACTGG-TAAT-GAG---TATA----ATT-TTTCAATT--TA-----------A-----------T-ACG---TT---TGTTACA---TTCAGATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------
gi|21 : --A-AGGA-T-TC---ATTTT----CAA--TCCA---TGG---C---T-C--T-C----T----A--TCCATCTGT-TTTATA-AT--CC----CAA-TAACTT-----GGA-TA-TGACA-A-CCTC--TA-AA--TG--C-TGAT--CATATT-T-AATATT
gi|23 : t-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCAGC----AGTTGG-CCAATTATC-T-TGAAAA----AAAAAAC------CCAACCTGAAA---TA------AAAA
gi|3 : A----ATGGTGTCATTT--GA-----------ATATGTTTCTGCT-ACA---TTAAAT-CTACA---C----ATGttacagaatataataaaaaggtat
gi|3 : -GATA--ACATGTTTAGATGTGCA---TTGTACA-TGTGTTCGG-TACGTATAA---TTGGACTTTTTTTAGAAGAAAAGAATTTCACA-----TCAA-A--TAT--TAATACCGTA--------ACCCATTCAC-A-----G-A-T-TGTG---T-------T----------TCATTATTAGATT--------GA-GT--------T-GCT---TCTTGT-T-CT-TA-TT-----------AAAAGGGAGC-----TGGTTA-A-TT-A--TTT-------------CT-TTCAACA-GC----AGCGT--GCATTGAA--A--AGCTGG------TTGCTTGAAC-----CA-C---TGCAT-CCAG-CT---TCGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--ACAGGA-TCCC---ATTTTTTCACAG--CCGA---TGA---C---TGC--T-C----T----T--TT------G-TTC----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGATTA-CAACAGGGACTG--GGCAA--TGGCT-TGAT--C----------TACTA--TC----TTGAA-GAGA----ATATCA---A---TTACGA-TATAT--GGTTATATCATT---------ATCTACA---------------A-----GAATAAA---ATGTTT---GAAAA---AGGAAAA--CCGAGAC-TG-GCCATT--GAAAGACTTGT----ATTTT------ATTT--T-------TCATTGCTG-G--------ATCT---GG-ATTTTTATAA-TATGAGGTAC-----------T-TGATAACAAGTGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--GC--A-GTG-TTTC-AATTA---ACAA-GATTTTCTG-AAGAGAAA-CGCGAG-CAATTCTGAATTTGT-CC-TGGTA-GTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACTTT----TCAACAATGC---CAACAAACCA-ATCCAGC----AGTTCG-ACCATTATC-T-TGGGGG----GAAAAAC------C--TCCTGAAATTTTA------AAAAAAtaagataacatgtttagatgtgcattgtacatgtgttcggtacgtataattggactttttttagaagaaaagaatttcacatcaaatattaataccgtaacccattcacagattgtgtttcattattagattgagttgcttcttgttcttattaaaagggagctggttaattatttctttcaacagcagcgtgcattgaaaagctggttgcttgaaccactgcatccagcttcgtgactgtctatatatagtgacaggatcccattttttcacagccgatgactgctcttttgttcaccctaataacttggattacaacagggactgggcaatggcttgatctactatcttgaagagaatatcaattacgatatatggttatatcattatctacaagaataaaatgtttgaaaaaggaaaaccgagactggccattgaaagacttgtattttatttttcattgctggatctggatttttataatatgaggtacttgataacaagtgttttatttagtgcagtgtttcaattaacaagattttctgaagagaaacgcgagcaattctgaatttgtcctggtagttacagcaattcatttaatccagtgtcacttttcaacaatgccaacaaaccaatccagcagttcgaccattatcttggggggaaaaacctcctgaaattttaaaaaaagaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|4 : catgtgtagatttaatgtagcagaaacatattcaaatgacaccatttaaTG-TGTCATTC--GA-----------ATATTTTTG--CC-ACACT-TTAAAAGCTACA---T----AT-----AC---AT-G---T-----------A-CAGTGATACAT---------------GATA--G-GT-TTTAGATGTGTA---TA--ACA-TGTAT---GATA--TACAACAATTG-ACTTTTTTAAA--GAAAAG---TTATCG-----TT-A-A--GCA--TAATTTTATA----------CCAGTTACAA-----GGA-T-T-TGGT-T-------C----------C-A---------TTATAAGTTGA-GTCAG-----T-GCT---TCTTTTCT-CTGTA-TTGAACATTTTATAAA----GAC-----TTTCTG-G-TTTA--AAT-------------C--TTCAACA-GC----A--GT--GCATTGAA--A--AACTGG------TTCCT--GAC-----CAC----TGCAT-CCAGACT---CGGTGAC-T--------------GTCC------------T-AAATAG-TG--A-AGGAATATC---ATTTT----CAA--GCCA---TGA---C---T-C--A-C----TGTGCA--TC------TACTTTATAAC--CC----T---TAACTT-----GGA-TA-CAACA-GGACTC--GA-AA--TG--CGTGAT--CA-AATTT-AATAATC--TCACATAT-AA-GA-A----ATGCCA-------TTA-GA-TAT----G--TACAT------------------------------------------AA--AA---TTGTAT---GAAAA---ACAAAAC-----GG---TG-G-CATG--A-GGGACTTGT----ATTTC------ATTT--T-------TCAATTACTTG--------ATCT---GGGATTTGTATAAACACGATATACTGTA--TT--TTATGATAACAG-TGTTTT--------TTCCG-TCAGAAA-----TTTAG---T--ACTCA-GTG-TTTCA--TCA---AC-A-A--TT--GG-AAGAGAAA-AGC-AGAC-ATTCATAA-CTGTTCC-TGGTATGAT--TTA----GCAATTAATTTAATCT---AGTTT-C-ACTTTCATTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCTGC----AGTTCG-CCCCTTATTGT-TGGGGG----GGGGGGG------G--GACTGAAA--TTA------AAAGAAAgaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|5 : AAAGATACTA----ATTATTGTCCACATAAACAACGATTTTTTAGCTT---------CTTGTATTGAGTAGA----TAACAACTGAGCAACCTCGCCTTAAGAAAGCATT-C----TGC-TC--AATTCTAGAG-TGATTTA-AGTAACATCGCAGA-TG-AAGGAAAATGAACTTGACTTT-TCAT-A------TTATTGCATA-TGTTAT-----------------A----------CTTACA---TTTAAAGGTACA---C----ATGTGTAATTTCATTG-AATTATTATTCTCTAG--GTG-TACATCTAAAATTTAACTT-TATATTATAT-TTGAGCTGT-TA---TT-TACAGTGTG----G-TA--TATAA---CCC--CTTTTTT-AAAAGAAAAA---AACACAGAGATTC-T-ACCAAG--TAATTTCGTAATACCAGTATCCACTCACAA-----G-ATT-T-TG---TATTCCAAT----------T-A---------T--------CATGTAATTGTAGT-GCTA--TCTTTT-T-CT-TA-TT------------AA----AGC-----TGTTGA-A-TT-A--ATT-------------CT-TTCAACATGCTCAGA--GT--GCCATGGA--ATTA-TTCG------TTGTC--TAC-----CTTT---TCCTA-CCAGATTCTATAG-GACTT--------------GTTTCTTAAGCATTGAT-AT-TAGATG----AGGA-T-CCCTAGTTTT----CAAAGATCA---TGT---CATGT-C--TGC----T----A--CG------T-TAT----ATCACC----TAA-TAACAT-----AGA-TATCAACATAGACTCTAAA-AA--GGA-G-TGAT--CA-A---T-ACTAGGA--TCATACTAGAA-GA-ATAATATATCATATA---TTA-CA-T-TAT--A--TACATTAaaaccaactgaattaccaaagaagtattgtgtgcaaggaataatcattgcattagtaagtggaactgcag
gi|6 : AAGTA-GCTA-TTCCTTGCACTGGACAGGGA-A-TG----A--ATTGTTA---------------------CAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCGTTTAATAATGCATC-TAAATTAC-TC--GATT--AAAT-T--TTGA-AGTG-CT-CG-AGA-TG-TAGAAAA-TGAA--TCATTGG-TAAT-GAG---TATA----ATG-TTTCATTT--GA-----------G-----------T-ACT---TT---TGCTACA---TTCAGATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATT---AAT---T-TT-GACA--ATAT-TTTA-ATGTGTA---CA-TA-------T---G-TA--TATAA---TTA-ACATTTT---AAAGAAAAA---TTCACA-----TT-AGA--AAA--T-ATCTAATAACAGTTTTATATA-TCATAC-----G-A-T-T-TAGCTT-------CA---------T-ATAATAT---T--------GA-G---------T-GCC---CCTGTT-T-CT-CG-GT-----------ATA----AAC-----ATTTTATA-AT-ACTATT-------------CCGTTTAA---------A--GT--GCATTGGA--A--A-TCGG------TTCCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAAACT---TGGTG---T--------------GTCT-----------AT--T---G-TG--A-AGGA-T-CC---ATTTT----CAA--TCCA---TGA---C---T-T--T-CTATGT----A--TC------TGCTTTATAAT--CC----CAA-TAACTT-----GGG-TA-TGAC--AGGCTC--TA-AA--TG--C-TGAT--TA-AATCT-AATACTG--CCAAATAT-AA-GA-A----ggtaaaagctcgaaacgaa
gi|7 : TTTT----ATTTT------CATTACT-------T---------G--------ATCT---GA-ATTTGTATAA-CACAAGATAATGTA--TTTTAT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCTCGTGAAAT--ATTTGG---TATGT--A-GTG-TTTCAA-TCA---AC-A-GATTT--TC-AAGA-AAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTGT-CC-TGGCATGTTCTACATGTAGCAATTCATTTAACCC---AGTGT-C-ACTTT----TC-ACAAT-C---CAA--------------C----AGTTCA-CCCAATATC-T-TGAGAGAGAAAAAAACC------C--ACATAAAA--TAA------AACAAGA
gi|8 : caGATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAATAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGTGA-GCTGTCAGA--ATTGTCA-CAAAAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA--TAAGCA-CCACC-TTTAAGAATGCATCAT----TAC-TT--GATT--TAAG-T--ATGA-AGTA-CA-TG-AAA-TG-----------------ATTGG-TAAT-GAC---CTTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------
gi|9 : tcttgaaatcagatgtcaaacaaccattaatgcaa----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CAACA--GACTG--GG-AA--TG--C-TCAT--CA---------TACTA--TCATATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCT--AT--------------ATGTACAAATAAA---TTGTTT---GAAAA---AGAAAA---CAGAGAGATG-G-CATT--G-AAGACTTTT----ATTTT------ATTT--TAA-----TTGCTG----G--------ATCT---GG-ATTTTCATAA-CATGAGATACTGtatttttcctaca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATATGTAAAACACAAATATTCACATAACAACTGATTTGATAACAGTTATATATCATTTAAGATGTGGCTTCATATAATTGAGCGCCTCTTTTTCCCTGTATGAACAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACCTGAAATTAAAATAAGAAATACAGAATGCAACAAAGCAGCATAGTGTACAAGGAAATAATCATTGCATTATGCAAGTGGAACTGCAGAA
Unaligned ( gi|24 ): ATTAAATTATGTTAAAAAAAAAGTAAACACAATAACGTTGAAAACTTGCATTTTATTTTCAT
Unaligned ( gi|25 ): CTTTAAACCGGATGTCAAACAATCATCAATGCAAGATATGAATCACCTCCTTAATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 1111 2222222 5555555555 11 1111111 333333 11111 111 1111 666666666666666666666666 111 1111 22222222 111 33333333333333 333333333333333 1111111 111111 222 111 111 222 1111 22222222222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44444444444444444444444444 1111 333333333333333333 11111 111111 111111111111 111 33333333333333 22222222222 111111 1111 55555555555555555555555555555 11 11111 11 1111 333333333 1111 1111111 11111 7777777777777777777777777777777777777 111 111 333333333333 1111 111111 99999999999999999999999999 111 4444444444444 22222222222 111111 1 1111 111 1111 11 1111 33333333333333 111111
lowQualScore : 7 0 8 9999999 2222 3333333 2222222222 8 11 9999999 8 8 5 5 000000 5 77 77 66 66 5 55 55 5 5 33333 0 66 1 2 5 5 000 1 0000 4 66 444444444444444444444444 555 3333 99999999 111 6 22222222222222 5 666 333333333333333 2222222 3 222222 2 3 3 555 6 99 111 000 555 2222 11111111111111111 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 6 6 6 00000000000000000000000000 6 6 99 6 4444 3 333333333333333333 99 6 33333 6 999999 99 888888888888 6 111 5 33333333333333 77777777777 5 5 5 9999 5 555555 0000 999 888 888 888 5 66 5 99999999999999999999999999999 22 9999 4 11111 4 4 6 11 55 4 55 1111 55 777777777 888888 44 2 1 4 5 0000 1111111 5 5 00000 1 4444444444444444444444444444444444444 77 1 000 000 888888888888 5 5 77 5 0000 444444 00000000000000000000000000 111 1 4 4 0000000000000 4 5 11111111111 1 5555 2 55 222222 55 3 3 1 2 666 3 3 55555 4 4 4 4 1 5 5 77 2222 000 5 5 2222 5 5 888 1 33 3 2222 66 6 6 6 44444444444444 99 999999
lowQualScore : . . . ....... .... ....... .......... . .. ....... . . . . ...... . .. .. .. .. . .. .. . . ..... . .. . . . . ... . .... . .. ........................ ... .... ........ ... . .............. . ... ............... ....... . ...... . . . ... . .. ... ... ... .... ................. . ........................................................................................................... . . . . .......................... . . .. . .... . .................. .. . ..... . ...... .. ............ . ... . .............. ........... . . . .... . ...... .... ... ... ... ... . .. . ............................. .. .... . ..... . . . .. .. . .. .... .. ......... ...... .. . . . . .... ....... . . ..... . ..................................... .. . ... ... ............ . . .. . .... ...... .......................... ... . . . ............. . . ........... . .... . .. ...... .. . . . . ... . . ..... . . . . . . . .. .... ... . . .... . . ... . .. . .... .. . . . .............. .. ......
lowQualScore : 3 0 0 0000000 2222 0000000 0000000000 0 00 0000000 0 0 0 0 111111 7 99 99 00 99 0 99 22 0 0 88888 1 99 4 2 0 0 000 0 6666 4 11 888888888888888888888888 666 4444 99999999 777 7 55555555555555 0 000 777777777777777 2222222 7 888888 5 2 2 000 7 22 777 888 222 0000 00000000000000000 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 7 7 7 33333333333333333333333333 7 7 22 7 2222 2 888888888888888888 22 7 77777 7 222222 22 333333333333 7 777 7 66666666666666 11111111111 7 0 7 0000 0 222222 6666 666 888 888 888 0 99 0 55555555555555555555555555555 22 4444 4 11111 4 4 2 88 66 0 55 1111 55 888888888 444444 44 6 1 4 0 6666 0000000 7 7 33333 7 0000000000000000000000000000000000000 99 0 000 000 999999999999 7 7 99 7 6666 444444 11111111111111111111111111 000 0 0 6 0000000000000 4 2 66666666666 1 4444 2 00 444444 00 6 6 0 1 444 6 6 88888 4 4 4 4 7 7 7 99 1111 000 7 7 1111 0 0 888 6 66 0 1111 77 7 7 7 77777777777777 22 222222
consensus : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GAT--TAAAN-T--TTGA-AGT-ACA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------C-TACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCA-TG-AA-----------TAGCAGTGATGCATC-AA----TA--TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACATGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACA-----TCA-A--AAA--TAATTTNATAACG----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAA----AGC-----TGTT-TAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----A--GT--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CGACA-GGACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A--TTAATACT---A--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCT--A---------------A-----AAATAAA--TTGTNT---GAAAA---AGAAAAC--CCGAG--A-TG-G-CATT--G-AAGACTTGT----ATTTT------ATTTTCA------TT--TG---G--------ATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--G------CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
Reference ( family-3556 ) : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GAT--TAAAN-T--TTGA-AGT-ACA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------C-TACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCA-TG-AA-----------TAGCAGTGATGCATC-AA----TA--TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACATGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACA-----TCA-A--NAA--TAATTTNATAAC-----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAA----AGC-----TGTT-TAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----A--GT--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CGACA-GGACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A--TTAATACT---A--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCT--A---------------A-----AAATAAA--TTGTNT---GAAAA---AGAAAAC--CCGAG--A-TG-G-CATT--G-AAGACTTGT----ATTTT------ATTTT--------TT-------G--------ATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--G------CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
gi|1 : C-T----TGC-TCCCAAT--TAAAAGT--TTGAGAGT------G-AGG-TG-GATGATAATAGA--AGAAGGG-AAATAGAGATCCTTA----ATG-TGTCATTTTTGACATAATGGTTTG----------C-TACAATCTCAAAAGCTACATCCC----ATGT---ACTTGC-TGCAA-----------TGGAAATAA-----C-CA----TA--CTCGATA--GC----TCAATTGTGTAGCCTA-TGAATG-GTC--G-TG--TATAA---TTG--CTTTTT---AAAGAAAAA---TTCA-A-----TAA-A--AGAATTAATTTAATAACCAG--TA-CCCAGTCACAAAGAGTG-A-TGT-TG--T-------TATTTTCATTAT---------AAT------T-GA-GC--------TCG--------CTCATTCTTTT-TTCT-TAATT-----------ATA----AGCACCTGTGTT-TAACT--T-AATTATCTTTTTTAAATCTTCTATGC----A--GTTTGTATTG-AACTA--A-CTGGATATCTCTGAT--GACTTTATCATCGACTGCATGCCAGACT---TGGTGAC-TTGTCACGAATCATAGTCT-----------ATTATATAG-GGGCA-CAG-AT-C----ATTTT----CAA--GCCGGACTGATACC---T-C--T-C----T----TGTTA------T-CTT----ACGACC----TAAATAATTTCATAGAGA-TA-T-ATC-GGACTG-GA-AAAGTG----TGATAGCA-A--TTAACACT---AAATGATATATGAAAGA-A----ATAATA---AGAATTC-GAATATATTTG--TATATTATTTGGGTATAGATCT--ATCAATTTCATAACAAA-----AAATAAAGGTTCTCTATTGCAAATACAGAAAACGACCGAAC-A-TGCG-CATTTAG-CAGAACTGTGGGTATTTTTTTTTCATTTG--------TT-------GCATGGTCAATCTTGAGGATTTTTAT-AATA--ACATA-TGAAAATT--AC-TGATAA-AA-TATTTTGTTTTTTGTTCCACTATGAATATTTAGTTAG---T--G--CACGTGATTTCATA-CATATAC-AAGATTT--CT-GAAAGAAAGAGC-AG---ATTCATAATTTG-TCCCTGGTATGTT--AAC----GCAATTCATTTAATGCGGAAGTGCACGACT----TTTC-ACAAT-CACATAACACACTTAATCCGACGCTAAGTTCGAGCCATTATC-TGTG-GGGGGAAAAA---CC--GGATGCACATGAAA--TTATTTAATAAAAAA
gi|10 : -AA--TG--C-TGAT--CA--------TACT---A--TC-----TGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATCATT---------ATCT--A---------------C-----AAATAAA--TTGTTT---GAAAA---AGAAAA---CCGAGACA-TG-G-CATT--G-AAGACTTGT----ATTTT------ATTTTCA------TTGCTG---G--------ATCT---GGATTTTTAT-AATATGAGATACTG-------------ATAACAA-TGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTgaaatgctaaacaaattgaatagatatatcatttt
gi|11 : CTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAAC-AAAACAG-G-----TTAGCACTAGTAAAGTCTTG-AT--GGTAGATTTTT--TA-CTGAGCA-CCACCCTTTAA-AATGTATC------TACTTC--GAT--TAGAA-T--CTGA-AGT-GCA-AG-AGGTTGTTTGAAAAATGAA--TCATTAGTTAAT-GA
gi|12 : cattacataggatatataTAAA--TTGTAT---GAAAA---AGAAAGC--AC-----A-TG-G-TGTT--G-AAGACTCTC----ATTTT------ATTTTCATTAC--TT-------G--------GTCT---GAATTTGTAT-AACACGAGATAATGTA--TTTAAT-TTATAACAA-TA-CTT--------TTCCGCTCGTGAAAT--A-TTAGGTAT--G--TA-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-GATTT--T
gi|13 : AAAT--ATTT-----T--G--TA-GTG-TTC--ACTCA---TC-G-AATTT--TCTAAGAGAAT-AAA-AG-C-ATTCATAAACTA-TCC-TGGTATGC---ATT----GCAATTCGTTTAATCC---AGTGA-C-GCT----TTTC-ATTAT-C---CAACGTTCC--ATCCAGT----GGCTGT-TCCACTAT
gi|14 : AAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAAGTA---AC-A-GATTT--TG-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATCCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTTATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---C
gi|15 : CT---GGATTTGTAT-A-CATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCCGGGAAAAT--GTTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-TCA----C-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|16 : taT---GGATTTGTAT-AACATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TG-CTT--------TTCCGCTCGGGAAAT--GTTTGGTA-T--G--TA-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|17 : GAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG------------------------CCA---AGA---C---T-CGAT-CA---T----A--TC------T-CTTTATCAC--CCTAATTAA-TAATTT-----GGA-TA-CAACA--GACTA-AA-AA--TG--C-TGAT--C--------ATACT---A--TCATATCTGAA-G
gi|19 : ATGCATC-TAAATTAC-TC--GAT--TAAAT-T--TTGA-GGT-ATA-CG-AAA-TG-TAG-AAAATGAA--TCAATAT-TAAT-GAG---CAT-----ATG-TTTCATTT--GA-----------A------------TACT---TT---TGCTACA---
gi|2 : AGCTAACTCCTTGCACTGGGCAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTAAGCA-CCGCCCATTAAGAAAGCATC-T----TAC-TC--AAT--TAAAG-T--TTCA-AGT-ACA-TG-AGA-TG-CAGAAAAATGAA--TCACTGA-TGAT-GAA---CTTA----ATG-TGCCATTT--GA-----------A----------C-TACA---TTAAATGCTACA---C----ATCT---ACTTCA-TG-AA-----------TAGCAATGGTGCATC-AA----TA--TT-GATG--ACAT-TTTAAATGTGTA---TT-TACATGTGT---G-TA--TACAA---TTG-ACTTTTT---AAAGACAAT---TTCACA-----TCA-A--TAA--TAATTTTATA-----------CCAGTTACAA-----G-A-T-T-------------------------------------------T-GA-G---------T-G--------TT---TCTTTT-T-CT-TA-TC-----------AAA----GGC-----TGTT-TAA-T--T-AATT----C-TTCTA------CA-AC----A--AT--ACATTG-AA--T--A-TTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------ATCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--ATCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-C------AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CAAC--GGACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-AATTTACTACT---A--TCACATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTG-GA-TATAT--G--TATAATAAC---------ATCT--A---------------A-----AAAT-AA--TTGTAT---GAAAA---AGAAAAC--TCG------TG-G-CATT--G-GAGACTTGT----ATTTC------A---C--------TT-------G--------ATCT---GAATTTTCAT-AACATGAAATACTG-------------ATAACAA-TGTTTT--------TTTCGCTCTGAAAAT--ACTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTT--TG-AATAGAAA-AAC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---ATTGT-C-ACT----TTTG-ACAAT-T---CAACAAACC--ATCCTGC----TGTTCG-ACCATAATC-T-TC-GGGGGAAAAC---CT--C------CCTGAAA--TTA------AAAAAAAt
gi|20 : gattatgtattccttcgtgtccgtgtaatAAAT-T--TTGA-AGT-ACA-CG-AGA-TG-TAG-AAAATAAA--TTACTGG-TAAT-GAG---TATA----ATT-TTTCAATT--TA-----------A------------TACG---TT---TGTTACA---TTCAGATGT---ACTTTA-TG-AA-----------T
gi|21 : --A-AGG-AT-TC---ATTTT----CAA--TCCA---TGG---C---T-C--T-C----T----A--TCCATCTGT-TTTATA-AT--CC----CAA-TAACTT-----GGA-TA-TGACA--ACCTC-TA-AA--TG--C-TGAT--CATAT-TTAATATT---
gi|23 : t-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCAGC----AGTTGG-CCAATTATC-T-TG-AAAAAAAAAA---CCCAA------CCTGAAA---TA------AAAA
gi|3 : A----ATGGTGTCATTT--GA-----------ATATGTTTCTGC-TACA---TTAAAT-CTACA---C----ATGttacagaatataataaaaaggtat
gi|3 : -GATA--ACATGTTTAGATGTGCA---TTGTACATGTGTTCGG-TACGTATAA---TTGGACTTTTTTTAGAAGAAAAGAATTTCACA-----TCA-A----A--TA--TTAATACCG----TAACCCATTCACA------G-A-T-TGTG--T-------T----------TCATTATTAGA--------TTGA-GT--------T-G--------CT---TCTTGT-T-CT-TA-TT-----------AAAAGGGAGC-----TGGT-TAA-T--T-ATTT----CTTTCAA------CA-GC----AGCGT--GCATTG-AA--A--AGCTGG------TTGCTTGAAC-----CA-C---TGCAT-CCAG-CT---TCGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--ACAGG-ATCCC---ATTTTTTCACAG--CCGA---TGA---C---TGC--T-C----T----T--TT------G-TTC----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGATTA-CAACAGGGACTG-GGCAA--TGGCT-TGAT--C---------TACT---A--TC----TTGAA-GAGA----ATATCA---A---TTACGA-TATAT--GGTTATATCATT---------ATCTACA---------------A-----GAATAAA--ATGTTT---GAAAA---AGGAAAA--CCGAG--ACTG-GCCATT--GAAAGACTTGT----ATTTT------ATTTT--------TCATTGCTGG--------ATCT---GGATTTTTAT-AATATGAGGTAC-----------T-TGATAACAAGTGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTC-AATTA---ACAA-GATTTTCTG-AAGAGAAA-CGCGAG-CAATTCTGAATTTG-TCC-TGGTA-GTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTCAACAATGC---CAACAAACCA-ATCCAGC----AGTTCG-ACCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--T------CCTGAAATTTTA------AAAAAAtaagataacatgtttagatgtgcattgtacatgtgttcggtacgtataattggactttttttagaagaaaagaatttcacatcaaatattaataccgtaacccattcacagattgtgtttcattattagattgagttgcttcttgttcttattaaaagggagctggttaattatttctttcaacagcagcgtgcattgaaaagctggttgcttgaaccactgcatccagcttcgtgactgtctatatatagtgacaggatcccattttttcacagccgatgactgctcttttgttcaccctaataacttggattacaacagggactgggcaatggcttgatctactatcttgaagagaatatcaattacgatatatggttatatcattatctacaagaataaaatgtttgaaaaaggaaaaccgagactggccattgaaagacttgtattttatttttcattgctggatctggatttttataatatgaggtacttgataacaagtgttttatttagtgcagtgtttcaattaacaagattttctgaagagaaacgcgagcaattctgaatttgtcctggtagttacagcaattcatttaatccagtgtcacttttcaacaatgccaacaaaccaatccagcagttcgaccattatcttggggggaaaaacctcctgaaattttaaaaaaagaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|4 : catgtgtagatttaatgtagcagaaacatattcaaatgacaccatttaaTG-TGTCATTC--GA-----------ATATTTTTG--C-CACACT-TTAAAAGCTACA---T----ATA--------CA-TG--------------TA-CAGTGATACAT---------------GATA--G-GT-TTTAGATGTGTA---TA--ACATGTAT---GATA--TACAACAATTG-ACTTTTTT-AAA-GAAAAG---TTATCG-----TTA-A--GCA--TAATTTTATA-----------CCAGTTACAA-----GGA-T-T-TGGTTCCA----T----------T---------A--------T-AA-GT--------T-GAGTCAGTGCT---TCTTTTCT-CTGTA-TTGAACATTTTATAAA----GAC-----TTTC-TGG-T--TTAAAT----CTT-CAA------CA-GC----A--GT--GCATTGAAA--A--A-CTGG------TTCCT--GAC-----CA-C---TGCAT-CCAGACT---CGGTGAC-T--------------GTCC------------T-AAATAG-TG--A-AGGAATATC---ATTTT----CAA--GCCA---TGA---C---T-C--A-C----TGTGCA--TC------TACTTTATAAC--CC----T---TAACTT-----GGA-TA-CAACA-GGACTC-GA-AA--TG--CGTGAT--CA-AATTTAATAAT---C--TCACATAT-AA-GA-A----ATGCC----A---TTA-GA-TATGT--A--CATA----------------------------------------------AAA--TTGTAT---GAAAA---ACAAAAC------G--G-TG-G-CATG--A-GGGACTTGT----ATTTC------ATTTTTCAATTACTT-------G--------ATCTG--GGATTTGTATAAACACGATATACTGTA--TT--TTATGATAACAG-TGTTTT--------TTCCG-TCAGAA-----ATTTAG---T--ACTCA-GTG-TTTC--ATCA---AC-A-A--TT--GG-AAGAGAAA-AGC-AGAC-ATTCATAA-CTGTTCC-TGGTATGAT--TTA----GCAATTAATTTAATCT---AGTTT-C-ACTTTCATTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCTGC----AGTTCG-CCCCTTATTGT-TG-GGGGGGGGGG---GG--G------ACTGAAA--TTA------AAAGAAAgaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|5 : AAAGATACTA----ATTATTGTCCACATAAACAACGATTTTTTAGCTT---------CTTGTATTGAGTAGA----TAACAACTGAGCAACCTCGCCTTAAGAAAGCATT-C----TGC-TC--AATTCTAGAG-TGATTTA-AGTAACATCGCAGA-TG-AAGGAAAATGAACTTGACTTT-TCAT-A------TTATTGCATA-TGTTAT-----------------A----------CTTACA---TTTAAAGGTACA---C----ATGTGTAATTTCATTG-AATTATTATTCTCTAG--GTG-TACATCTAAAATTTAACTT-TATATTATAT-TTGAGCTGT-TA---TT-TACA-GTGTG--G-TA--TATAA---CC--CCTTTTTT-AAAAGAAAAA---AACACAGAGATTCT-ACCAAG--TAATTTCGTAATACCAGTA-TCCACTCACAA-----G-ATT-T-TG--TATTCCAAT----------T---------A--------T-CATGTAATTGTAGT-G--------CTA--TCTTTT-T-CT-TA-TT------------AA----AGC-----TGTT-GAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CATGCTCAGA--GT--GCCATG-GA--ATTA-TTCG------TTGTC--TAC-----CTTT---TCCTA-CCAGATTCTATAG-GACTT--------------GTTTCTTAAGCATTGAT-AT-TAGATG----AGG-AT-CCCTAGTTTT----CAAAGATCA---TGT---CATGT-C--TGC----T----A--CG------T-TAT----ATCACC----TAA-TAACAT-----AGA-TATCAACATAGACTCTAA-AA--AG-----GAG--TG-A--TCAATACTAGGA--TCATACTAGAA-GA-ATAATATATCATATA---TTA-CA-T-TAT--A--TACATTAaaaccaactgaattaccaaagaagtattgtgtgcaaggaataatcattgcattagtaagtggaactgcag
gi|6 : AAGTA-GCTA-TTCCTTGCACTGGACAGGGA-A-TG----A--ATTGTTA---------------------CAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCGTTTAATAATGCATC-TAAATTAC-TC--GAT--TAAAT-T--TTGA-AGT-GCT-CG-AGA-TG-TAGAAAA-TGAA--TCATTGG-TAAT-GAG---TATA----ATG-TTTCATTT--GA-----------G------------TACT---TT---TGCTACA---TTCAGATGT---ACTTTA-TG-AA-----------TAGCAGTGATGCATT-AA----TT--TT-GACA--ATAT-TTTA-ATGTGTA---CA-TA------T---G-TA--TATAA---TTA-ACATTTT---AAAGAAAAA---TTCACA-----TTAGA--AAA--T-ATCTAATAACAGTTTTA-TATA-TCATAC-----G-A-T-T-TAGCT-------T----------C---------ATATAATATT-GA-G---------T-G--------CC---CCTGTT-T-CT-CG-GT-----------ATA----AACA----TTTTATAA-TACT-ATTC----CGTTTAA---------------A--GT--GCATTG-GA--A--A-TCGG------TTCCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAAACT---TGGTG---T--------------GTCT-----------AT--T---G-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--TCCA---TGA---C---T-T--T-CTATGT----A--TC------TGCTTTATAAT--CC----CAA-TAACTT-----GGG-TA-TGACA-GG-CTC-TA-AA--TG--C-TGAT--TA-AATCTAATACT---G--CCAAATAT-AA-GA-A----ggtaaaagctcgaaacgaa
gi|7 : ----ATTTT------ATTTTCATTAC--TT-------G--------ATCT---GAATTTGTAT-AACACAAGATAATGTA--TTTTAT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCTCGTGAAAT--ATTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-TCA---AC-A-GATTT--TC-AAGA-AAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGCATGTTCTACATGTAGCAATTCATTTAACCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAA--------------C----AGTTCA-CCCAATATC-T-TGAGAGAGAAAAAAACCC--A------CATAAAA--TAA------AACAAGA
gi|8 : cGATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAATAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGTGA-GCTGTCAGA--ATTGTCA-CAAAAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA--TAAGCA-CCACC-TTTAAGAATGCATCAT----TAC-TT--GAT--TTAAG-T--ATGA-AGT-ACA-TG-AAA-TG-----------------ATTGG-TAAT-GAC---CTTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------
gi|9 : tcttgaaatcagatgtcaaacaaccattaatgcaa----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CAACA-G-ACTG-GG-AA--TG--C-TCAT--CA--------TACT---A--TCATATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCT--AT--------------ATGTACAAATAAA--TTGTTT---GAAAA---AGAAAACA-GAGAG--A-TG-G-CATT--G-AAGACTTTT----ATTTT------ATTTTAA------TTGCTG---G--------ATCT---GGATTTTCAT-AACATGAGATACTGtatttttcctaca
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATATGTAAAACACAAATATTCACATAACAACTGATTTGATAACAGTTATATATCATTTAAGATGTGGCTTCATATAATTGAGCGCCTCTTTTTCCCTGTATGAACAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACCTGAAATTAAAATAAGAAATACAGAATGCAACAAAGCAGCATAGTGTACAAGGAAATAATCATTGCATTATGCAAGTGGAACTGCAGAA
Unaligned ( gi|24 ): ATTAAATTATGTTAAAAAAAAAGTAAACACAATAACGTTGAAAACTTGCATTTTATTTTCAT
Unaligned ( gi|25 ): CTTTAAACCGGATGTCAAACAATCATCAATGCAAGATATGAATCACCTCCTTAATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 1111 2222222 5555555555 11 1111111 333333 11111 111 1111 55555555555555555555555 111 1111 22222222 111 33333333333 333333333333333 1111111 111111 111 111 11 222 1111 11111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444444444444444444444444 1111 333333333333333333 11111 111111 111111111111 111 33333333333333 22222222222 111111 1111 55555555555555555555555555555 11 11111 11 1111 333333333 1111 1111111 11111 7777777777777777777777777777777777777 44444444444444444 555555555555555 111 4444444444444 22222222222 111111 1 1111 111 1111 11 1111 33333333333333 111111
lowQualScore : 7 0 8 9999999 2222 3333333 2222222222 8 11 9999999 8 8 5 5 000000 5 77 66 66 66 5 55 55 5 5 33333 0 66 1 2 5 5 000 1 0000 4 66 99999999999999999999999 5 555 3333 99999999 111 6 6 11111111111 5 666 333333333333333 2222222 3 222222 2 6 3 888 6 99 111 44 555 2222 99999999999999999 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 6 6 6 00000000000000000000000000 6 6 99 6 4444 3 333333333333333333 99 6 33333 6 999999 99 888888888888 6 111 5 33333333333333 77777777777 5 5 5 9999 5 555555 0000 999 888 888 888 5 66 5 99999999999999999999999999999 22 9999 4 11111 4 4 6 11 55 4 55 1111 55 777777777 888888 44 2 1 4 5 0000 1111111 5 5 00000 1 4444444444444444444444444444444444444 66 1 888 888 33333333333333333 5 5 66 5 9999 4 66 888888888888888 111 1 4 4 0000000000000 4 5 11111111111 1 5555 2 55 222222 55 3 3 1 2 666 3 3 55555 4 4 4 4 1 5 5 77 2222 000 5 5 2222 5 5 888 1 33 3 2222 66 6 6 6 44444444444444 99 999999
lowQualScore : . . . ....... .... ....... .......... . .. ....... . . . . ...... . .. .. .. .. . .. .. . . ..... . .. . . . . ... . .... . .. ....................... . ... .... ........ ... . . ........... . ... ............... ....... . ...... . . . ... . .. ... .. ... .... ................. . ............................................................................................................... . . . . .......................... . . .. . .... . .................. .. . ..... . ...... .. ............ . ... . .............. ........... . . . .... . ...... .... ... ... ... ... . .. . ............................. .. .... . ..... . . . .. .. . .. .... .. ......... ...... .. . . . . .... ....... . . ..... . ..................................... .. . ... ... ................. . . .. . .... . .. ............... ... . . . ............. . . ........... . .... . .. ...... .. . . . . ... . . ..... . . . . . . . .. .... ... . . .... . . ... . .. . .... .. . . . .............. .. ......
lowQualScore : 3 0 0 0000000 2222 0000000 0000000000 0 00 0000000 0 0 0 0 111111 7 99 99 00 99 0 99 22 0 0 88888 1 99 4 2 0 0 000 0 6666 4 11 88888888888888888888888 0 666 4444 99999999 777 7 7 77777777777 0 000 777777777777777 2222222 7 888888 5 7 2 333 7 22 777 00 222 0000 55555555555555555 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 7 7 33333333333333333333333333 7 7 22 7 2222 2 888888888888888888 22 7 77777 7 222222 22 333333333333 7 777 7 66666666666666 11111111111 7 0 7 0000 0 222222 6666 666 888 888 888 0 99 0 55555555555555555555555555555 22 4444 4 11111 4 4 2 88 66 0 55 1111 55 888888888 444444 44 6 1 4 0 6666 0000000 7 7 33333 7 0000000000000000000000000000000000000 99 0 888 888 44444444444444444 0 0 99 0 4444 4 11 444444444444444 000 0 0 6 0000000000000 4 2 66666666666 1 4444 2 00 444444 00 6 6 0 1 444 6 6 88888 4 4 4 4 7 7 7 99 1111 000 7 7 1111 0 0 888 6 66 0 1111 77 7 7 7 77777777777777 22 222222
consensus : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATC---AAT---A-TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACA-----TCA-A--AAA--TAATTTNATAAC----G----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAA----AGC-----TGTT-TAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----A--GT--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CGACA-GGACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A--TTAATACT---A--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCT--A---------------A-----AAATAAA--TTGTNT---GAAAA---AGAAA----AC--NCGAG--A-TG-G-CATT--G-AAGACTTGT----ATTTTA-TTTTC--ATTGC-TG----------GATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--G------CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
Reference ( family-3556 ) : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATC---AAT---A-TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACA-----TCA-A--AAA--TAATTTNATAAC----G----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAA----AGC-----TGTT-TAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----A--GT--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CGACA-GGACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A--TTAATACT---A--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCT--A---------------A-----AAATAAA--TTGTNT---GAAAA---AGAAA----AC--CCGAG--A-TG-G-CATT--G-AAGACTTGT----ATTTTA-TTTTC--ATT---TG----------GATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--G------CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
gi|1 : C-T----TGC-TCCCAATT--AAAAGT--TTGAGAGT------G-AGG-TG-GATGATAATAGA--AGAAGGG-AAATAGAGATCCTTA----ATG-TGTCATTTTTGACATAATGGTTTG----------CT-ACAATCTCAAAAGCTACATCCC----ATGT---ACTTGCT-GCAAT-----------GGAAATAA-----C---CAT---A-CTCGATA--GC----TCAATTGTGTAGCCTA-TGAA-TG-GTC--G-TG--TATAA---TTG--CTTTTT---AAAGAAAAA---TTCA-A-----TAA-A--AGAATTAATTTAATAACCA--G----TA-CCCAGTCACAAAGAGTG-A-TGT-TG--T-------TATTTTCATTAT---------AAT------T-GA-GC--------TCG--------CTCATTCTTTT-TTCT-TAATT-----------ATA----AGCACCTGTGTT-TAACT--T-AATTATCTTTTTTAAATCTTCTATGC----A--GTTTGTATTG-AACTA--A-CTGGATATCTCTGAT--GACTTTATCATCGACTGCATGCCAGACT---TGGTGAC-TTGTCACGAATCATAGTCT-----------ATTATATAG-GGGCA-CAG-AT-C----ATTTT----CAA--GCCGGACTGATACC---T-C--T-C----T----TGTTA------T-CTT----ACGACC----TAAATAATTTCATAGAGA-TA-T-ATC-GGACTG-GA-AAAGTG----TGATAGCA-A--TTAACACT---AAATGATATATGAAAGA-A----ATAATA---AGAATTC-GAATATATTTG--TATATTATTTGGGTATAGATCT--ATCAATTTCATAACAAA-----AAATAAAGGTTCTCTATTGCAAATACAGAAA----ACGACCGAAC-A-TGCG-CATTTAG-CAGAACTGTGGGTATTTTT-TTTTC--ATT---TGTTGCATGGTCAATCTTGAGGATTTTTAT-AATA--ACATA-TGAAAATT--AC-TGATAA-AA-TATTTTGTTTTTTGTTCCACTATGAATATTTAGTTAG---T--G--CACGTGATTTCATA-CATATAC-AAGATTT--CT-GAAAGAAAGAGC-AG---ATTCATAATTTG-TCCCTGGTATGTT--AAC----GCAATTCATTTAATGCGGAAGTGCACGACT----TTTC-ACAAT-CACATAACACACTTAATCCGACGCTAAGTTCGAGCCATTATC-TGTG-GGGGGAAAAA---CC--GGATGCACATGAAA--TTATTTAATAAAAAA
gi|10 : -AA--TG--C-TGAT--CA--------TACT---A--TC-----TGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATCATT---------ATCT--A---------------C-----AAATAAA--TTGTTT---GAAAA---AGAAA----A---CCGAGACA-TG-G-CATT--G-AAGACTTGT----ATTTTA-TTTTC--ATTGC-TG----------GATCT---GGATTTTTAT-AATATGAGATACTG-------------ATAACAA-TGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTgaaatgctaaacaaattgaatagatatatcatttt
gi|11 : CTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAAC-AAAACAG-G-----TTAGCACTAGTAAAGTCTTG-AT--GGTAGATTTTT--TA-CTGAGCA-CCACCCTTTAA-AATGTATC------TACTTC--GATT--AGAA-T--CTGA-AGTG-CA-AG-AGGTTGTTTGAAAAATGAA--TCATTAGTTAAT-GA
gi|12 : cattacataggatatataTAAA--TTGTAT---GAAAA---AGAAA----GC--AC-----A-TG-G-TGTT--G-AAGACTCTC----ATTTTA-TTTTC--ATTACTTG----------G-TCT---GAATTTGTAT-AACACGAGATAATGTA--TTTAAT-TTATAACAA-TA-CTT--------TTCCGCTCGTGAAAT--A-TTAGGTAT--G--TA-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-GATTT--T
gi|13 : AAAT--ATTT-----T--G--TA-GTG-TTC--ACTCA---TC-G-AATTT--TCTAAGAGAAT-AAA-AG-C-ATTCATAAACTA-TCC-TGGTATGC---ATT----GCAATTCGTTTAATCC---AGTGA-C-GCT----TTTC-ATTAT-C---CAACGTTCC--ATCCAGT----GGCTGT-TCCACTAT
gi|14 : AAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAAGTA---AC-A-GATTT--TG-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATCCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTTATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---C
gi|15 : CT---GGATTTGTAT-A-CATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCCGGGAAAAT--GTTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-TCA----C-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|16 : taT---GGATTTGTAT-AACATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TG-CTT--------TTCCGCTCGGGAAAT--GTTTGGTA-T--G--TA-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|17 : GAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG------------------------CCA---AGA---C---T-CGAT-CA---T----A--TC------T-CTTTATCAC--CCTAATTAA-TAATTT-----GGA-TA-CAACA--GACTA-AA-AA--TG--C-TGAT--C--------ATACT---A--TCATATCTGAA-G
gi|19 : ATGCATC-TAAATTAC-TC--GATT--AAAT-T--TTGA-GGTA-TA-CG-AAA-TG-TAG-AAAATGAA--TCAATAT-TAAT-GAG---CAT-----ATG-TTTCATTT--GA-----------A-----------T-ACT---TT---TGCTACA---
gi|2 : AGCTAACTCCTTGCACTGGGCAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTAAGCA-CCGCCCATTAAGAAAGCATC-T----TAC-TC--AATT--AAAG-T--TTCA-AGTA-CA-TG-AGA-TG-CAGAAAAATGAA--TCACTGA-TGAT-GAA---CTTA----ATG-TGCCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATCT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAATGGTGCATC---AAT---A-TT-GATG--ACAT-TTTAAATGTGTA---TT-TACA-TGTGT---G-TA--TACAA---TTG-ACTTTTT---AAAGACAAT---TTCACA-----TCA-A--TAA--TAATTTTATA---------------CCAGTTACAA-----G-A-T-T-------------------------------------------T-GA-G---------T-G--------TT---TCTTTT-T-CT-TA-TC-----------AAA----GGC-----TGTT-TAA-T--T-AATT----C-TTCTA------CA-AC----A--AT--ACATTG-AA--T--A-TTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------ATCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--ATCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-C------AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CAAC--GGACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-AATTTACTACT---A--TCACATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTG-GA-TATAT--G--TATAATAAC---------ATCT--A---------------A-----AAAT-AA--TTGTAT---GAAAA---AGAAA----AC--TCG------TG-G-CATT--G-GAGACTTGT----ATTTCA-CTT----------------------GATCT---GAATTTTCAT-AACATGAAATACTG-------------ATAACAA-TGTTTT--------TTTCGCTCTGAAAAT--ACTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTT--TG-AATAGAAA-AAC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---ATTGT-C-ACT----TTTG-ACAAT-T---CAACAAACC--ATCCTGC----TGTTCG-ACCATAATC-T-TC-GGGGGAAAAC---CT--C------CCTGAAA--TTA------AAAAAAAt
gi|20 : gattatgtattccttcgtgtccgtgtaat--AAAT-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAG-AAAATAAA--TTACTGG-TAAT-GAG---TATA----ATT-TTTCAATT--TA-----------A-----------T-ACG---TT---TGTTACA---TTCAGATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------
gi|21 : --A-AGG-AT-TC---ATTTT----CAA--TCCA---TGG---C---T-C--T-C----T----A--TCCATCTGT-TTTATA-AT--CC----CAA-TAACTT-----GGA-TA-TGACA--ACCTC-TA-AA--TG--C-TGAT--CATAT-TTAATATT---
gi|23 : t-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCAGC----AGTTGG-CCAATTATC-T-TG-AAAAAAAAAA---CCCAA------CCTGAAA---TA------AAAA
gi|24 : TAAA--TTATGT---TAAAA---AAAAAGTAAAC--ACAA-----TA-A-CGTT--G-AAAACTTGC----ATTTTA-TTTTC--ATttacagaatataataaaaaggtat
gi|3 : atA----ATGGTGTCATTT--GA-----------ATATGTTTCTGCT-ACA---TTAAAT-CTACA---C----ATG
gi|3 : -GATA--ACATGTTTAGATGTGCA---TTGTACA-TGTGTTCGG-TACGTATAA---TTGGACTTTTTTTAGAAGAAAAGAATTTCACA-----TCA-A--A----TA--TTAATACC----G----TAACCCATTCACA------G-A-T-TGTG--T-------T----------TCATTATTAGA--------TTGA-GT--------T-G--------CT---TCTTGT-T-CT-TA-TT-----------AAAAGGGAGC-----TGGT-TAA-T--T-ATTT----CTTTCAA------CA-GC----AGCGT--GCATTG-AA--A--AGCTGG------TTGCTTGAAC-----CA-C---TGCAT-CCAG-CT---TCGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--ACAGG-ATCCC---ATTTTTTCACAG--CCGA---TGA---C---TGC--T-C----T----T--TT------G-TTC----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGATTA-CAACAGGGACTG-GGCAA--TGGCT-TGAT--C---------TACT---A--TC----TTGAA-GAGA----ATATCA---A---TTACGA-TATAT--GGTTATATCATT---------ATCTACA---------------A-----GAATAAA--ATGTTT---GAAAA---AGGAA----AA--CCGAG--ACTG-GCCATT--GAAAGACTTGT----ATTTTATTTTTC--ATTGC-TG----------GATCT---GGATTTTTAT-AATATGAGGTAC-----------T-TGATAACAAGTGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTC-AATTA---ACAA-GATTTTCTG-AAGAGAAA-CGCGAG-CAATTCTGAATTTG-TCC-TGGTA-GTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTCAACAATGC---CAACAAACCA-ATCCAGC----AGTTCG-ACCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--T------CCTGAAATTTTA------AAAAAAtaagataacatgtttagatgtgcattgtacatgtgttcggtacgtataattggactttttttagaagaaaagaatttcacatcaaatattaataccgtaacccattcacagattgtgtttcattattagattgagttgcttcttgttcttattaaaagggagctggttaattatttctttcaacagcagcgtgcattgaaaagctggttgcttgaaccactgcatccagcttcgtgactgtctatatatagtgacaggatcccattttttcacagccgatgactgctcttttgttcaccctaataacttggattacaacagggactgggcaatggcttgatctactatcttgaagagaatatcaattacgatatatggttatatcattatctacaagaataaaatgtttgaaaaaggaaaaccgagactggccattgaaagacttgtattttatttttcattgctggatctggatttttataatatgaggtacttgataacaagtgttttatttagtgcagtgtttcaattaacaagattttctgaagagaaacgcgagcaattctgaatttgtcctggtagttacagcaattcatttaatccagtgtcacttttcaacaatgccaacaaaccaatccagcagttcgaccattatcttggggggaaaaacctcctgaaattttaaaaaaagaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|4 : catgtgtagatttaatgtagcagaaacatattcaaatgacaccatttaaTG-TGTCATTC--GA-----------ATATTTTTG--CC-ACACT-TTAAAAGCTACA---T----ATA--------CAT-G---T-----------A-CAGTGATACAT---------------GATA--G-GT-TTTAGATGTGTA---TA--ACA-TGTAT---GATA--TACAACAATTG-ACTTTTTT-AAA-GAAAAG---TTATCG-----TTA-A--GCA--TAATTTTATA---------------CCAGTTACAA-----GGA-T-T-TGGTTCCA----T----------T---------A--------T-AA-GT--------T-GAGTCAGTGCT---TCTTTTCT-CTGTA-TTGAACATTTTATAAA----GAC-----TTTC-TGG-T--TTAAAT----CTT-CAA------CA-GC----A--GT--GCATTGAAA--A--A-CTGG------TTCCT--GAC-----CA-C---TGCAT-CCAGACT---CGGTGAC-T--------------GTCC------------T-AAATAG-TG--A-AGGAATATC---ATTTT----CAA--GCCA---TGA---C---T-C--A-C----TGTGCA--TC------TACTTTATAAC--CC----T---TAACTT-----GGA-TA-CAACA-GGACTC-GA-AA--TG--CGTGAT--CA-AATTTAATAAT---C--TCACATAT-AA-GA-A----ATGCC----A---TTA-GA-TATGT--A--CATA----------------------------------------------AAA--TTGTAT---GAAAA---ACAAA----AC------G--G-TG-G-CATG--A-GGGACTTGT----ATTTCA-TTTTTCAATTAC-TT----------GATCTG--GGATTTGTATAAACACGATATACTGTA--TT--TTATGATAACAG-TGTTTT--------TTCCG-TCAGAA-----ATTTAG---T--ACTCA-GTG-TTTC--ATCA---AC-A-A--TT--GG-AAGAGAAA-AGC-AGAC-ATTCATAA-CTGTTCC-TGGTATGAT--TTA----GCAATTAATTTAATCT---AGTTT-C-ACTTTCATTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCTGC----AGTTCG-CCCCTTATTGT-TG-GGGGGGGGGG---GG--G------ACTGAAA--TTA------AAAGAAAgaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|5 : AAAGATACTA----ATTATTGTCCACATAAACAACGATTTTTTAGCTT---------CTTGTATTGAGTAGA----TAACAACTGAGCAACCTCGCCTTAAGAAAGCATT-C----TGC-TC--AATTCTAGAG-TGATTTA-AGTAACATCGCAGA-TG-AAGGAAAATGAACTTGACTTT-TCAT-A------TTATTGCATA-TGTTAT-----------------A----------CTTACA---TTTAAAGGTACA---C----ATGTGTAATTTCATTG-AATTATTATTCTCTAG--GTG-TACATCTAAAATTTAACTT-TATATTATAT-TTGAGCTGT-TA---TT-TACAGTGTG----G-TA--TATAA---CCC--CTTTTTT-AAAAGAAAAA---AACACAGAGATTCT-ACCAAG--TAATTTCGTAATACCAG----TA-TCCACTCACAA-----G-ATT-T-TG--TATTCCAAT----------T---------A--------T-CATGTAATTGTAGT-G--------CTA--TCTTTT-T-CT-TA-TT------------AA----AGC-----TGTT-GAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CATGCTCAGA--GT--GCCATG-GA--ATTA-TTCG------TTGTC--TAC-----CTTT---TCCTA-CCAGATTCTATAG-GACTT--------------GTTTCTTAAGCATTGAT-AT-TAGATG----AGG-AT-CCCTAGTTTT----CAAAGATCA---TGT---CATGT-C--TGC----T----A--CG------T-TAT----ATCACC----TAA-TAACAT-----AGA-TATCAACATAGACTCTAA-AA--AG-----GAG--TG-A--TCAATACTAGGA--TCATACTAGAA-GA-ATAATATATCATATA---TTA-CA-T-TAT--A--TACATTAaaaccaactgaattaccaaagaagtattgtgtgcaaggaataatcattgcattagtaagtggaactgcag
gi|6 : AAGTA-GCTA-TTCCTTGCACTGGACAGGGA-A-TG----A--ATTGTTA---------------------CAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCGTTTAATAATGCATC-TAAATTAC-TC--GATT--AAAT-T--TTGA-AGTG-CT-CG-AGA-TG-TAGAAAA-TGAA--TCATTGG-TAAT-GAG---TATA----ATG-TTTCATTT--GA-----------G-----------T-ACT---TT---TGCTACA---TTCAGATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATT---AAT---T-TT-GACA--ATAT-TTTA-ATGTGTA---CA-TA-------T---G-TA--TATAA---TTA-ACATTTT---AAAGAAAAA---TTCACA-----TTAGA--AAA--T-ATCTAATAAC----AGTTTTA-TATA-TCATAC-----G-A-T-T-TAGCT-------T----------C---------ATATAATATT-GA-G---------T-G--------CC---CCTGTT-T-CT-CG-GT-----------ATA----AACA----TTTTATAA-TACT-ATTC----CGTTTAA---------------A--GT--GCATTG-GA--A--A-TCGG------TTCCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAAACT---TGGTG---T--------------GTCT-----------AT--T---G-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--TCCA---TGA---C---T-T--T-CTATGT----A--TC------TGCTTTATAAT--CC----CAA-TAACTT-----GGG-TA-TGACA-GG-CTC-TA-AA--TG--C-TGAT--TA-AATCTAATACT---G--CCAAATAT-AA-GA-A----ggtaaaagctcgaaacgaa
gi|7 : ----ATTTTA-TTTTC--ATTAC-TT----------GATCT---GAATTTGTAT-AACACAAGATAATGTA--TTTTAT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCTCGTGAAAT--ATTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-TCA---AC-A-GATTT--TC-AAGA-AAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGCATGTTCTACATGTAGCAATTCATTTAACCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAA--------------C----AGTTCA-CCCAATATC-T-TGAGAGAGAAAAAAACCC--A------CATAAAA--TAA------AACAAGA
gi|8 : cGATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAATAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGTGA-GCTGTCAGA--ATTGTCA-CAAAAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA--TAAGCA-CCACC-TTTAAGAATGCATCAT----TAC-TT--GATT--TAAG-T--ATGA-AGTA-CA-TG-AAA-TG-----------------ATTGG-TAAT-GAC---CTTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------
gi|9 : tcttgaaatcagatgtcaaacaaccattaatgcaa----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGA-TA-CAACA-G-ACTG-GG-AA--TG--C-TCAT--CA--------TACT---A--TCATATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCT--AT--------------ATGTACAAATAAA--TTGTTT---GAAAA---AGAAA----ACA-GAGAG--A-TG-G-CATT--G-AAGACTTTT----ATTTTA-TTTTA--ATTGC-TG----------GATCT---GGATTTTCAT-AACATGAGATACTGtatttttcctaca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATATGTAAAACACAAATATTCACATAACAACTGATTTGATAACAGTTATATATCATTTAAGATGTGGCTTCATATAATTGAGCGCCTCTTTTTCCCTGTATGAACAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACCTGAAATTAAAATAAGAAATACAGAATGCAACAAAGCAGCATAGTGTACAAGGAAATAATCATTGCATTATGCAAGTGGAACTGCAGAA
Unaligned ( gi|25 ): CTTTAAACCGGATGTCAAACAATCATCAATGCAAGATATGAATCACCTCCTTAATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 1111 2222222 5555555555 11 1111111 333333 11111 111 1111 55555555555555555555555 111 1111 22222222 111 33333333333 333333333333333 1111111 111111 111 111 11 222 1111 11111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444444444444444444444444 1111 333333333333333 11111 111111 111111111111 111 33333333333333 22222222222 111111 1111 55555555555555555555555555555 11 11111 1111 333333333 1111 1111111 11111 7777777777777777777777777777777 1111 444444444444 1111 111 4444444444444 22222222222 111111 1 1111 111 1111 11 1111 33333333333333 111111
lowQualScore : 7 0 8 9999999 2222 3333333 2222222222 8 11 9999999 8 8 5 5 000000 5 77 66 66 66 5 55 55 5 5 33333 0 66 1 2 5 5 000 1 0000 4 66 99999999999999999999999 5 555 3333 99999999 111 6 6 11111111111 5 666 333333333333333 2222222 3 222222 2 6 3 888 6 99 111 44 555 2222 99999999999999999 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 6 6 6 00000000000000000000000000 6 6 99 6 4444 3 333333333333333 99999 6 33333 6 999999 99 888888888888 6 111 5 33333333333333 77777777777 5 5 5 9999 5 555555 0000 999 888 888 888 5 66 5 99999999999999999999999999999 22 9999 4 11111 4 4 6 9999 55 4 55 1111 55 777777777 888888 44 2 1 4 5 0000 1111111 5 5 00000 1 4444444444444444444444444444444 66 1 888 888 0000 333333333333 5 5 66 5 9999 7777 0000 5 2 888 111 1 4 4 0000000000000 4 5 11111111111 1 5555 2 55 222222 55 3 3 1 2 666 3 3 55555 4 4 4 4 1 5 5 77 2222 000 5 5 2222 5 5 888 1 33 3 2222 66 6 6 6 44444444444444 99 999999
lowQualScore : . . . ....... .... ....... .......... . .. ....... . . . . ...... . .. .. .. .. . .. .. . . ..... . .. . . . . ... . .... . .. ....................... . ... .... ........ ... . . ........... . ... ............... ....... . ...... . . . ... . .. ... .. ... .... ................. . ............................................................................................................... . . . . .......................... . . .. . .... . ............... ..... . ..... . ...... .. ............ . ... . .............. ........... . . . .... . ...... .... ... ... ... ... . .. . ............................. .. .... . ..... . . . .... .. . .. .... .. ......... ...... .. . . . . .... ....... . . ..... . ............................... .. . ... ... .... ............ . . .. . .... .... .... . . ... ... . . . ............. . . ........... . .... . .. ...... .. . . . . ... . . ..... . . . . . . . .. .... ... . . .... . . ... . .. . .... .. . . . .............. .. ......
lowQualScore : 3 0 0 0000000 2222 0000000 0000000000 0 00 0000000 0 0 0 0 111111 7 99 99 00 99 0 99 22 0 0 88888 1 99 4 2 0 0 000 0 6666 4 11 88888888888888888888888 0 666 4444 99999999 777 7 7 77777777777 0 000 777777777777777 2222222 7 888888 5 7 2 333 7 22 777 00 222 0000 55555555555555555 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 7 7 33333333333333333333333333 7 7 22 7 2222 2 777777777777777 33333 7 77777 7 222222 22 333333333333 7 777 7 66666666666666 11111111111 7 0 7 0000 0 222222 6666 666 888 888 888 0 99 0 55555555555555555555555555555 22 4444 4 11111 4 4 2 1111 66 0 55 1111 55 888888888 444444 44 6 1 4 0 6666 0000000 7 7 33333 7 0000000000000000000000000000000 99 0 888 888 6666 666666666666 0 0 99 0 4444 9999 6666 0 5 888 000 0 0 6 0000000000000 4 2 66666666666 1 4444 2 00 444444 00 6 6 0 1 444 6 6 88888 4 4 4 4 7 7 7 99 1111 000 7 7 1111 0 0 888 6 66 0 1111 77 7 7 7 77777777777777 22 222222
consensus : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATC---AAT---A-TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACA-----TCA-A--AAA--TAATTTNATAAC----G----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAAAG----C-----TGTT-TAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----AG--T--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CGACA-GG-ACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A--TTAATACT---A--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTAT--------------A-AAATAAA--TTGTNT---GAAAA---AGAAA----ACN--C-GAG-A--TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--G------CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
Reference ( family-3556 ) : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATC---AAT---A-TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACA-----TCA-A--AAA--TAATTTNATAAC----G----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAAAG----C-----TGTT-TAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----AG--T--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CGACA-GG-ACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A--TTAATACT---A--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTA---------------A-AAATAAA--TTGTNT---GAAAA---AGAAA----ACN--C-GAG-A--TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--G------CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
gi|1 : C-T----TGC-TCCCAATT--AAAAGT--TTGAGAGT------G-AGG-TG-GATGATAATAGA--AGAAGGG-AAATAGAGATCCTTA----ATG-TGTCATTTTTGACATAATGGTTTG----------CT-ACAATCTCAAAAGCTACATCCC----ATGT---ACTTGCT-GCAAT-----------GGAAATAA-----C---CAT---A-CTCGATA--GC----TCAATTGTGTAGCCTA-TGAA-TG-GTC--G-TG--TATAA---TTG--CTTTTT---AAAGAAAAA---TTCA-A-----TAA-A--AGAATTAATTTAATAACCA--G----TA-CCCAGTCACAAAGAGTG-A-TGT-TG--T-------TATTTTCATTAT---------AAT------T-GA-GC--------TCG--------CTCATTCTTTT-TTCT-TAATT-----------ATAAG----CACCTGTGTT-TAACT--T-AATTATCTTTTTTAAATCTTCTATGC----AG--TTTGTATTG-AACTA--A-CTGGATATCTCTGAT--GACTTTATCATCGACTGCATGCCAGACT---TGGTGAC-TTGTCACGAATCATAGTCT-----------ATTATATAG-GGGCA-CAG-AT-C----ATTTT----CAA--GCCGGACTGATACC---T-C--T-C----T----TGTTA------T-CTT----ACGACC----TAAATAATTTCATAGAGAT-A-T-ATC-GG-ACTG-GA-AAAGTG----TGATAGCA-A--TTAACACT---AAATGATATATGAAAGA-A----ATAATA---AGAATTC-GAATATATTTG--TATATTATTTGGGTATAGATCTATCAATTTCATAACAAA-AAATAAAGGTTCTCTATTGCAAATACAGAAA----ACGACC-GAACA--TGCGC-ATTTAGCA-GAACTGTGGGTATTTTTTTTT-C--ATTTGTTGCATGGTCAATCTTGAGGATTTTTAT-AATA--ACATA-TGAAAATT--AC-TGATAA-AA-TATTTTGTTTTTTGTTCCACTATGAATATTTAGTTAG---T--G--CACGTGATTTCATA-CATATAC-AAGATTT--CT-GAAAGAAAGAGC-AG---ATTCATAATTTG-TCCCTGGTATGTT--AAC----GCAATTCATTTAATGCGGAAGTGCACGACT----TTTC-ACAAT-CACATAACACACTTAATCCGACGCTAAGTTCGAGCCATTATC-TGTG-GGGGGAAAAA---CC--GGATGCACATGAAA--TTATTTAATAAAAAA
gi|10 : -AA--TG--C-TGAT--CA--------TACT---A--TC-----TGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATCATT---------ATCTA---------------C-AAATAAA--TTGTTT---GAAAA---AGAAA----AC---C-GAG-ACATG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTTTAT-AATATGAGATACTG-------------ATAACAA-TGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTgaaatgctaaacaaattgaatagatatatcatttt
gi|11 : CTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAAC-AAAACAG-G-----TTAGCACTAGTAAAGTCTTG-AT--GGTAGATTTTT--TA-CTGAGCA-CCACCCTTTAA-AATGTATC------TACTTC--GATT--AGAA-T--CTGA-AGTG-CA-AG-AGGTTGTTTGAAAAATGAA--TCATTAGTTAAT-GA
gi|12 : cattacataggatatataTAAA--TTGTAT---GAAAA---AGAAA----GCA--C-----A--TG-GT-GTT--GAA-GACTCTC----ATTTTATTTT-C--ATT----AC-TTG---GTCT---GAATTTGTAT-AACACGAGATAATGTA--TTTAAT-TTATAACAA-TA-CTT--------TTCCGCTCGTGAAAT--A-TTAGGTAT--G--TA-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-GATTT--T
gi|13 : AAAT--ATTT-----T--G--TA-GTG-TTC--ACTCA---TC-G-AATTT--TCTAAGAGAAT-AAA-AG-C-ATTCATAAACTA-TCC-TGGTATGC---ATT----GCAATTCGTTTAATCC---AGTGA-C-GCT----TTTC-ATTAT-C---CAACGTTCC--ATCCAGT----GGCTGT-TCCACTAT
gi|14 : AAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAAGTA---AC-A-GATTT--TG-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATCCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTTATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---C
gi|15 : CT---GGATTTGTAT-A-CATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCCGGGAAAAT--GTTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-TCA----C-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|16 : taT---GGATTTGTAT-AACATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TG-CTT--------TTCCGCTCGGGAAAT--GTTTGGTA-T--G--TA-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|17 : GAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG------------------------CCA---AGA---C---T-CGAT-CA---T----A--TC------T-CTTTATCAC--CCTAATTAA-TAATTT-----GGAT-A-CAACA--G-ACTA-AA-AA--TG--C-TGAT--C--------ATACT---A--TCATATCTGAA-G
gi|19 : ATGCATC-TAAATTAC-TC--GATT--AAAT-T--TTGA-GGTA-TA-CG-AAA-TG-TAG-AAAATGAA--TCAATAT-TAAT-GAG---CAT-----ATG-TTTCATTT--GA-----------A-----------T-ACT---TT---TGCTACA---
gi|2 : AGCTAACTCCTTGCACTGGGCAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTAAGCA-CCGCCCATTAAGAAAGCATC-T----TAC-TC--AATT--AAAG-T--TTCA-AGTA-CA-TG-AGA-TG-CAGAAAAATGAA--TCACTGA-TGAT-GAA---CTTA----ATG-TGCCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATCT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAATGGTGCATC---AAT---A-TT-GATG--ACAT-TTTAAATGTGTA---TT-TACA-TGTGT---G-TA--TACAA---TTG-ACTTTTT---AAAGACAAT---TTCACA-----TCA-A--TAA--TAATTTTATA---------------CCAGTTACAA-----G-A-T-T-------------------------------------------T-GA-G---------T-G--------TT---TCTTTT-T-CT-TA-TC-----------AAAGG----C-----TGTT-TAA-T--T-AATT----C-TTCTA------CA-AC----AA--T--ACATTG-AA--T--A-TTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------ATCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--ATCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-C------AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CAAC--GG-ACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-AATTTACTACT---A--TCACATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTG-GA-TATAT--G--TATAATAAC---------ATCTA---------------A-AAAT-AA--TTGTAT---GAAAA---AGAAA----ACT--C-G------TG-GC-ATT--GGA-GACTTGT----ATTTCACTT-----------------G---ATCT---GAATTTTCAT-AACATGAAATACTG-------------ATAACAA-TGTTTT--------TTTCGCTCTGAAAAT--ACTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTT--TG-AATAGAAA-AAC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---ATTGT-C-ACT----TTTG-ACAAT-T---CAACAAACC--ATCCTGC----TGTTCG-ACCATAATC-T-TC-GGGGGAAAAC---CT--C------CCTGAAA--TTA------AAAAAAAt
gi|20 : gattatgtattccttcgtgtccgtgtaat--AAAT-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAG-AAAATAAA--TTACTGG-TAAT-GAG---TATA----ATT-TTTCAATT--TA-----------A-----------T-ACG---TT---TGTTACA---TTCAGATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------
gi|21 : --A-AGG-AT-TC---ATTTT----CAA--TCCA---TGG---C---T-C--T-C----T----A--TCCATCTGT-TTTATA-AT--CC----CAA-TAACTT-----GGAT-A-TGACA--A-CCTC-TA-AA--TG--C-TGAT--CATAT-TTAATATT---
gi|23 : t-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCAGC----AGTTGG-CCAATTATC-T-TG-AAAAAAAAAA---CCCAA------CCTGAAA---TA------AAAA
gi|24 : TAAA--TTATGT---TAAAA---AAAAAGTAAACA--C-AA-----TA-AC-GTT--GAA-AACTTGC----ATTTTATTTT-C--ATttacagaatataataaaaaggtat
gi|3 : atA----ATGGTGTCATTT--GA-----------ATATGTTTCTGCT-ACA---TTAAAT-CTACA---C----ATG
gi|3 : -GATA--ACATGTTTAGATGTGCA---TTGTACA-TGTGTTCGG-TACGTATAA---TTGGACTTTTTTTAGAAGAAAAGAATTTCACA-----TCA-A--A----TA--TTAATACC----G----TAACCCATTCACA------G-A-T-TGTG--T-------T----------TCATTATTAGA--------TTGA-GT--------T-G--------CT---TCTTGT-T-CT-TA-TT-----------AAAAGGGAGC-----TGGT-TAA-T--T-ATTT----CTTTCAA------CA-GC----AGCGT--GCATTG-AA--A--AGCTGG------TTGCTTGAAC-----CAC----TGCAT-CCAG-CT---TCGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--ACAGG-AT-CCC--ATTTTTTCACAG--CCGA---TGA---C---TGC--T-C----T----T--TT------G-TTC----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGATTA-CAACA-GGGACTG-GGCAA--TGGCT-TGAT--C---------TACT---A--TC----TTGAA-GAGA----ATATCA---A---TTACGA-TATAT--GGTTATATCATT---------ATCTACA-------------A-GAATAAA--ATGTTT---GAAAA---AGGAA----AAC--C-GAG-AC-TG-GCCATT--GAAAGACTTGT----ATTTTATTTTTC--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTTTAT-AATATGAGGTAC-----------T-TGATAACAAGTGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTC-AATTA---ACAA-GATTTTCTG-AAGAGAAA-CGCGAG-CAATTCTGAATTTG-TCC-TGGTA-GTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTCAACAATGC---CAACAAACCA-ATCCAGC----AGTTCG-ACCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--T------CCTGAAATTTTA------AAAAAAtaagataacatgtttagatgtgcattgtacatgtgttcggtacgtataattggactttttttagaagaaaagaatttcacatcaaatattaataccgtaacccattcacagattgtgtttcattattagattgagttgcttcttgttcttattaaaagggagctggttaattatttctttcaacagcagcgtgcattgaaaagctggttgcttgaaccactgcatccagcttcgtgactgtctatatatagtgacaggatcccattttttcacagccgatgactgctcttttgttcaccctaataacttggattacaacagggactgggcaatggcttgatctactatcttgaagagaatatcaattacgatatatggttatatcattatctacaagaataaaatgtttgaaaaaggaaaaccgagactggccattgaaagacttgtattttatttttcattgctggatctggatttttataatatgaggtacttgataacaagtgttttatttagtgcagtgtttcaattaacaagattttctgaagagaaacgcgagcaattctgaatttgtcctggtagttacagcaattcatttaatccagtgtcacttttcaacaatgccaacaaaccaatccagcagttcgaccattatcttggggggaaaaacctcctgaaattttaaaaaaagaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|4 : catgtgtagatttaatgtagcagaaacatattcaaatgacaccatttaaTG-TGTCATTC--GA-----------ATATTTTTG--CC-ACACT-TTAAAAGCTACA---T----ATA--------CAT-G---T-----------A-CAGTGATACAT---------------GATA--G-GT-TTTAGATGTGTA---TA--ACA-TGTAT---GATA--TACAACAATTG-ACTTTTTT-AAA-GAAAAG---TTATCG-----TTA-A--GCA--TAATTTTATA---------------CCAGTTACAA-----GGA-T-T-TGGTTCCA----T----------T---------A--------T-AA-GT--------T-GAGTCAGTGCT---TCTTTTCT-CTGTA-TTGAACATTTTATAAAGA----C-----TTTC-TGG-T--TTAAAT----CTT-CAA------CA-GC----AG--T--GCATTGAAA--A--A-CTGG------TTCCT--GAC-----CA-C---TGCAT-CCAGACT---CGGTGAC-T--------------GTCC------------T-AAATAG-TG--A-AGGAATATC---ATTTT----CAA--GCCA---TGA---C---T-C--A-C----TGTGCA--TC------TACTTTATAAC--CC----T---TAACTT-----GGAT-A-CAACA-GG-ACTC-GA-AA--TG--CGTGAT--CA-AATTTAATAAT---C--TCACATAT-AA-GA-A----ATGCC----A---TTA-GA-TATGT--A--CATA----------------------------------------AAA--TTGTAT---GAAAA---ACAAA----AC-------G-G--TG-GC-ATG--AGG-GACTTGT----ATTTCATTTT-TCAATT----AC-TTG---ATCTG--GGATTTGTATAAACACGATATACTGTA--TT--TTATGATAACAG-TGTTTT--------TTCCG-TCAGAA-----ATTTAG---T--ACTCA-GTG-TTTC--ATCA---AC-A-A--TT--GG-AAGAGAAA-AGC-AGAC-ATTCATAA-CTGTTCC-TGGTATGAT--TTA----GCAATTAATTTAATCT---AGTTT-C-ACTTTCATTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCTGC----AGTTCG-CCCCTTATTGT-TG-GGGGGGGGGG---GG--G------ACTGAAA--TTA------AAAGAAAgaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|5 : AAAGATACTA----ATTATTGTCCACATAAACAACGATTTTTTAGCTT---------CTTGTATTGAGTAGA----TAACAACTGAGCAACCTCGCCTTAAGAAAGCATT-C----TGC-TC--AATTCTAGAG-TGATTTA-AGTAACATCGCAGA-TG-AAGGAAAATGAACTTGACTTT-TCAT-A------TTATTGCATA-TGTTAT-----------------A----------CTTACA---TTTAAAGGTACA---C----ATGTGTAATTTCATTG-AATTATTATTCTCTAG--GTG-TACATCTAAAATTTAACTT-TATATTATAT-TTGAGCTGT-TA---TT-TACAGTGTG----G-TA--TATAA---CCC--CTTTTTT-AAAAGAAAAA---AACACAGAGATTCT-ACCAAG--TAATTTCGTAATACCAG----TA-TCCACTCACAA-----G-ATT-T-TG--TATTCCAAT----------T---------A--------T-CATGTAATTGTAGT-G--------CTA--TCTTTT-T-CT-TA-TT------------AAAG----C-----TGTT-GAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CATGCTCAGAG--T--GCCATG-GA--ATTA-TTCG------TTGTC--TAC-----CTTT---TCCTA-CCAGATTCTATAG-GACTT--------------GTTTCTTAAGCATTGAT-AT-TAGATG----AGG-AT-CCCTAGTTTT----CAAAGATCA---TGT---CATGT-C--TGC----T----A--CG------T-TAT----ATCACC----TAA-TAACAT-----AGAT-ATCAACATAG-ACTCTAA-AA--AG-----GAG--TG-A--TCAATACTAGGA--TCATACTAGAA-GA-ATAATATATCATATA---TTA-CA-T-TAT--A--TACATTAaaaccaactgaattaccaaagaagtattgtgtgcaaggaataatcattgcattagtaagtggaactgcag
gi|6 : AAGTA-GCTA-TTCCTTGCACTGGACAGGGA-A-TG----A--ATTGTTA---------------------CAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCGTTTAATAATGCATC-TAAATTAC-TC--GATT--AAAT-T--TTGA-AGTG-CT-CG-AGA-TG-TAGAAAA-TGAA--TCATTGG-TAAT-GAG---TATA----ATG-TTTCATTT--GA-----------G-----------T-ACT---TT---TGCTACA---TTCAGATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATT---AAT---T-TT-GACA--ATAT-TTTA-ATGTGTA---CA-TA-------T---G-TA--TATAA---TTA-ACATTTT---AAAGAAAAA---TTCACA-----TTAGA--AAA--T-ATCTAATAAC----AGTTTTA-TATA-TCATAC-----G-A-T-T-TAGCT-------T----------C---------ATATAATATT-GA-G---------T-G--------CC---CCTGTT-T-CT-CG-GT-----------ATAAA----CA----TTTTATAA-TACT-ATTC----CGTTTAA---------------AG--T--GCATTG-GA--A--A-TCGG------TTCCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAAACT---TGGTG---T--------------GTCT-----------AT--T---G-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--TCCA---TGA---C---T-T--T-CTATGT----A--TC------TGCTTTATAAT--CC----CAA-TAACTT-----GGGT-A-TGACA-GG--CTC-TA-AA--TG--C-TGAT--TA-AATCTAATACT---G--CCAAATAT-AA-GA-A----ggtaaaagctcgaaacgaa
gi|7 : ----ATTTTATTTT-C--ATT----AC-TTG---ATCT---GAATTTGTAT-AACACAAGATAATGTA--TTTTAT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCTCGTGAAAT--ATTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-TCA---AC-A-GATTT--TC-AAGA-AAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGCATGTTCTACATGTAGCAATTCATTTAACCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAA--------------C----AGTTCA-CCCAATATC-T-TGAGAGAGAAAAAAACCC--A------CATAAAA--TAA------AACAAGA
gi|8 : cGATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAATAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGTGA-GCTGTCAGA--ATTGTCA-CAAAAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA--TAAGCA-CCACC-TTTAAGAATGCATCAT----TAC-TT--GATT--TAAG-T--ATGA-AGTA-CA-TG-AAA-TG-----------------ATTGG-TAAT-GAC---CTTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------
gi|9 : tcttgaaatcagatgtcaaacaaccattaatgcaa----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CAACA-G--ACTG-GG-AA--TG--C-TCAT--CA--------TACT---A--TCATATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTATATGT----------ACAAATAAA--TTGTTT---GAAAA---AGAAA----ACA--GAGAG-A--TG-GC-ATT--GAA-GACTTTT----ATTTTATTTT-A--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTTCAT-AACATGAGATACTGtatttttcctaca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATATGTAAAACACAAATATTCACATAACAACTGATTTGATAACAGTTATATATCATTTAAGATGTGGCTTCATATAATTGAGCGCCTCTTTTTCCCTGTATGAACAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACCTGAAATTAAAATAAGAAATACAGAATGCAACAAAGCAGCATAGTGTACAAGGAAATAATCATTGCATTATGCAAGTGGAACTGCAGAA
Unaligned ( gi|25 ): CTTTAAACCGGATGTCAAACAATCATCAATGCAAGATATGAATCACCTCCTTAATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 1111 2222222 5555555555 11 1111111 333333 11111 111 1111 55555555555555555555555 111 1111 22222222 111 33333333333 333333333333333 1111111 111111 111 111 11 222 1111 11111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444444444444444444444444 1111 333333333333333 11111 111111 111111111111 111 33333333333333 22222222222 111111 1111 55555555555555555555555555555 11 11111 1111 333333333 1111 1111111 11111 6666666666666666666666666666666666666 1111 444444444444 1111 111 4444444444444 22222222222 111111 1 1111 111 1111 11 1111 33333333333333 111111
lowQualScore : 7 0 8 9999999 2222 3333333 2222222222 8 11 9999999 8 8 5 5 000000 5 77 66 66 66 5 55 55 5 5 33333 0 66 1 2 5 5 000 1 0000 4 66 99999999999999999999999 5 555 3333 99999999 111 6 6 11111111111 5 666 333333333333333 2222222 3 222222 2 6 3 888 6 99 111 44 555 2222 99999999999999999 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 6 6 6 00000000000000000000000000 6 6 99 6 4444 3 333333333333333 99999 6 33333 6 999999 99 888888888888 6 111 5 33333333333333 77777777777 5 5 5 9999 5 555555 0000 999 888 888 888 5 66 5 99999999999999999999999999999 22 9999 4 11111 4 4 6 9999 55 4 55 1111 55 777777777 888888 44 2 1 4 5 0000 1111111 5 5 00000 1 9999999999999999999999999999999999999 66 1 888 888 0000 333333333333 5 5 66 5 9999 7777 0000 5 2 888 111 1 4 4 0000000000000 4 5 11111111111 1 5555 2 55 222222 55 3 3 1 2 666 3 3 55555 4 4 4 4 1 5 5 77 2222 000 5 5 2222 5 5 888 1 33 3 2222 66 6 6 6 44444444444444 99 999999
lowQualScore : . . . ....... .... ....... .......... . .. ....... . . . . ...... . .. .. .. .. . .. .. . . ..... . .. . . . . ... . .... . .. ....................... . ... .... ........ ... . . ........... . ... ............... ....... . ...... . . . ... . .. ... .. ... .... ................. . ............................................................................................................... . . . . .......................... . . .. . .... . ............... ..... . ..... . ...... .. ............ . ... . .............. ........... . . . .... . ...... .... ... ... ... ... . .. . ............................. .. .... . ..... . . . .... .. . .. .... .. ......... ...... .. . . . . .... ....... . . ..... . ..................................... .. . ... ... .... ............ . . .. . .... .... .... . . ... ... . . . ............. . . ........... . .... . .. ...... .. . . . . ... . . ..... . . . . . . . .. .... ... . . .... . . ... . .. . .... .. . . . .............. .. ......
lowQualScore : 3 0 0 0000000 2222 0000000 0000000000 0 00 0000000 0 0 0 0 111111 7 99 99 00 99 0 99 22 0 0 88888 1 99 4 2 0 0 000 0 6666 4 11 88888888888888888888888 0 666 4444 99999999 777 7 7 77777777777 0 000 777777777777777 2222222 7 888888 5 7 2 333 7 22 777 00 222 0000 55555555555555555 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 7 7 33333333333333333333333333 7 7 22 7 2222 2 777777777777777 33333 7 77777 7 222222 22 333333333333 7 777 7 66666666666666 11111111111 7 0 7 0000 0 222222 6666 666 888 888 888 0 99 0 55555555555555555555555555555 22 4444 4 11111 4 4 2 1111 66 0 55 1111 55 888888888 444444 44 6 1 4 0 6666 0000000 7 7 33333 7 7777777777777777777777777777777777777 99 0 888 888 6666 666666666666 0 0 99 0 4444 9999 6666 0 5 888 000 0 0 6 0000000000000 4 2 66666666666 1 4444 2 00 444444 00 6 6 0 1 444 6 6 88888 4 4 4 4 7 7 7 99 1111 000 7 7 1111 0 0 888 6 66 0 1111 77 7 7 7 77777777777777 22 222222
consensus : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATC---AAT---A-TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACA-----TCA-A--AAA--TAATTTNATAAC----G----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAAAG----C-----TGTT-TAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----AG--T--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CGACA-GG-ACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A--TTAATACT---A--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTAC--------------A-----A-AATAAA--TTGTNT---GAAAA---AGAAA----ACN--C-GAG--A-TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--G------CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
Reference ( family-3556 ) : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATC---AAT---A-TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACA-----TCA-A--AAA--TAATTTNATAAC----G----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAAAG----C-----TGTT-TAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----AG--T--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CGACA-GG-ACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A--TTAATACT---A--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTAT--------------A-----A-AATAAA--TTGTNT---GAAAA---AGAAA----ACN--C-GAG--A-TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--G------CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
gi|1 : C-T----TGC-TCCCAATT--AAAAGT--TTGAGAGT------G-AGG-TG-GATGATAATAGA--AGAAGGG-AAATAGAGATCCTTA----ATG-TGTCATTTTTGACATAATGGTTTG----------CT-ACAATCTCAAAAGCTACATCCC----ATGT---ACTTGCT-GCAAT-----------GGAAATAA-----C---CAT---A-CTCGATA--GC----TCAATTGTGTAGCCTA-TGAA-TG-GTC--G-TG--TATAA---TTG--CTTTTT---AAAGAAAAA---TTCA-A-----TAA-A--AGAATTAATTTAATAACCA--G----TA-CCCAGTCACAAAGAGTG-A-TGT-TG--T-------TATTTTCATTAT---------AAT------T-GA-GC--------TCG--------CTCATTCTTTT-TTCT-TAATT-----------ATAAG----CACCTGTGTT-TAACT--T-AATTATCTTTTTTAAATCTTCTATGC----AG--TTTGTATTG-AACTA--A-CTGGATATCTCTGAT--GACTTTATCATCGACTGCATGCCAGACT---TGGTGAC-TTGTCACGAATCATAGTCT-----------ATTATATAG-GGGCA-CAG-AT-C----ATTTT----CAA--GCCGGACTGATACC---T-C--T-C----T----TGTTA------T-CTT----ACGACC----TAAATAATTTCATAGAGAT-A-T-ATC-GG-ACTG-GA-AAAGTG----TGATAGCA-A--TTAACACT---AAATGATATATGAAAGA-A----ATAATA---AGAATTC-GAATATATTTG--TATATTATTTGGGTATAGATCTATCAATTTCATAACAAA-----A-AATAAAGGTTCTCTATTGCAAATACAGAAA----ACGACC-GAAC-A-TGCGC-ATTTAGCA-GAACTGTGGGTATTTTTTTTT-C--ATTTGTTGCATGGTCAATCTTGAGGATTTTTAT-AATA--ACATA-TGAAAATT--AC-TGATAA-AA-TATTTTGTTTTTTGTTCCACTATGAATATTTAGTTAG---T--G--CACGTGATTTCATA-CATATAC-AAGATTT--CT-GAAAGAAAGAGC-AG---ATTCATAATTTG-TCCCTGGTATGTT--AAC----GCAATTCATTTAATGCGGAAGTGCACGACT----TTTC-ACAAT-CACATAACACACTTAATCCGACGCTAAGTTCGAGCCATTATC-TGTG-GGGGGAAAAA---CC--GGATGCACATGAAA--TTATTTAATAAAAAA
gi|10 : -AA--TG--C-TGAT--CA--------TACT---A--TC-----TGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATCATT---------ATCTAC--------------------A-AATAAA--TTGTTT---GAAAA---AGAAA----AC---C-GAGACA-TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTTTAT-AATATGAGATACTG-------------ATAACAA-TGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTgaaatgctaaacaaattgaatagatatatcatttt
gi|11 : CTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAAC-AAAACAG-G-----TTAGCACTAGTAAAGTCTTG-AT--GGTAGATTTTT--TA-CTGAGCA-CCACCCTTTAA-AATGTATC------TACTTC--GATT--AGAA-T--CTGA-AGTG-CA-AG-AGGTTGTTTGAAAAATGAA--TCATTAGTTAAT-GA
gi|12 : cattacataggatatataTAAA--TTGTAT---GAAAA---AGAAA----GCA--C------A-TG-GT-GTT--GAA-GACTCTC----ATTTTATTTT-C--ATT----AC-TTG---GTCT---GAATTTGTAT-AACACGAGATAATGTA--TTTAAT-TTATAACAA-TA-CTT--------TTCCGCTCGTGAAAT--A-TTAGGTAT--G--TA-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-GATTT--T
gi|13 : AAAT--ATTT-----T--G--TA-GTG-TTC--ACTCA---TC-G-AATTT--TCTAAGAGAAT-AAA-AG-C-ATTCATAAACTA-TCC-TGGTATGC---ATT----GCAATTCGTTTAATCC---AGTGA-C-GCT----TTTC-ATTAT-C---CAACGTTCC--ATCCAGT----GGCTGT-TCCACTAT
gi|14 : AAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAAGTA---AC-A-GATTT--TG-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATCCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTTATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---C
gi|15 : CT---GGATTTGTAT-A-CATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCCGGGAAAAT--GTTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-TCA----C-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|16 : taT---GGATTTGTAT-AACATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TG-CTT--------TTCCGCTCGGGAAAT--GTTTGGTA-T--G--TA-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|17 : GAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG------------------------CCA---AGA---C---T-CGAT-CA---T----A--TC------T-CTTTATCAC--CCTAATTAA-TAATTT-----GGAT-A-CAACA--G-ACTA-AA-AA--TG--C-TGAT--C--------ATACT---A--TCATATCTGAA-G
gi|19 : ATGCATC-TAAATTAC-TC--GATT--AAAT-T--TTGA-GGTA-TA-CG-AAA-TG-TAG-AAAATGAA--TCAATAT-TAAT-GAG---CAT-----ATG-TTTCATTT--GA-----------A-----------T-ACT---TT---TGCTACA---
gi|2 : AGCTAACTCCTTGCACTGGGCAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTAAGCA-CCGCCCATTAAGAAAGCATC-T----TAC-TC--AATT--AAAG-T--TTCA-AGTA-CA-TG-AGA-TG-CAGAAAAATGAA--TCACTGA-TGAT-GAA---CTTA----ATG-TGCCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATCT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAATGGTGCATC---AAT---A-TT-GATG--ACAT-TTTAAATGTGTA---TT-TACA-TGTGT---G-TA--TACAA---TTG-ACTTTTT---AAAGACAAT---TTCACA-----TCA-A--TAA--TAATTTTATA---------------CCAGTTACAA-----G-A-T-T-------------------------------------------T-GA-G---------T-G--------TT---TCTTTT-T-CT-TA-TC-----------AAAGG----C-----TGTT-TAA-T--T-AATT----C-TTCTA------CA-AC----AA--T--ACATTG-AA--T--A-TTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------ATCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--ATCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-C------AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CAAC--GG-ACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-AATTTACTACT---A--TCACATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTG-GA-TATAT--G--TATAATAAC---------ATCTA---------------A-----A-AAT-AA--TTGTAT---GAAAA---AGAAA----ACT--C-G------TG-GC-ATT--GGA-GACTTGT----ATTTCACTT-----------------G---ATCT---GAATTTTCAT-AACATGAAATACTG-------------ATAACAA-TGTTTT--------TTTCGCTCTGAAAAT--ACTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTT--TG-AATAGAAA-AAC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---ATTGT-C-ACT----TTTG-ACAAT-T---CAACAAACC--ATCCTGC----TGTTCG-ACCATAATC-T-TC-GGGGGAAAAC---CT--C------CCTGAAA--TTA------AAAAAAAt
gi|20 : gattatgtattccttcgtgtccgtgtaat--AAAT-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAG-AAAATAAA--TTACTGG-TAAT-GAG---TATA----ATT-TTTCAATT--TA-----------A-----------T-ACG---TT---TGTTACA---TTCAGATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------
gi|21 : --A-AGG-AT-TC---ATTTT----CAA--TCCA---TGG---C---T-C--T-C----T----A--TCCATCTGT-TTTATA-AT--CC----CAA-TAACTT-----GGAT-A-TGACA--A-CCTC-TA-AA--TG--C-TGAT--CATAT-TTAATATT---
gi|23 : t-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCAGC----AGTTGG-CCAATTATC-T-TG-AAAAAAAAAA---CCCAA------CCTGAAA---TA------AAAA
gi|24 : TAAA--TTATGT---TAAAA---AAAAAGTAAACA--C-AA-----TA-AC-GTT--GAA-AACTTGC----ATTTTATTTT-C--ATttacagaatataataaaaaggtat
gi|3 : atA----ATGGTGTCATTT--GA-----------ATATGTTTCTGCT-ACA---TTAAAT-CTACA---C----ATG
gi|3 : -GATA--ACATGTTTAGATGTGCA---TTGTACA-TGTGTTCGG-TACGTATAA---TTGGACTTTTTTTAGAAGAAAAGAATTTCACA-----TCA-A--A----TA--TTAATACC----G----TAACCCATTCACA------G-A-T-TGTG--T-------T----------TCATTATTAGA--------TTGA-GT--------T-G--------CT---TCTTGT-T-CT-TA-TT-----------AAAAGGGAGC-----TGGT-TAA-T--T-ATTT----CTTTCAA------CA-GC----AGCGT--GCATTG-AA--A--AGCTGG------TTGCTTGAAC-----CAC----TGCAT-CCAG-CT---TCGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--ACAGG-AT-CCC--ATTTTTTCACAG--CCGA---TGA---C---TGC--T-C----T----T--TT------G-TTC----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGATTA-CAACA-GGGACTG-GGCAA--TGGCT-TGAT--C---------TACT---A--TC----TTGAA-GAGA----ATATCA---A---TTACGA-TATAT--GGTTATATCATT---------ATCTAC--------------A-----AGAATAAA--ATGTTT---GAAAA---AGGAA----AAC--C-GAG--ACTG-GCCATT--GAAAGACTTGT----ATTTTATTTTTC--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTTTAT-AATATGAGGTAC-----------T-TGATAACAAGTGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTC-AATTA---ACAA-GATTTTCTG-AAGAGAAA-CGCGAG-CAATTCTGAATTTG-TCC-TGGTA-GTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTCAACAATGC---CAACAAACCA-ATCCAGC----AGTTCG-ACCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--T------CCTGAAATTTTA------AAAAAAtaagataacatgtttagatgtgcattgtacatgtgttcggtacgtataattggactttttttagaagaaaagaatttcacatcaaatattaataccgtaacccattcacagattgtgtttcattattagattgagttgcttcttgttcttattaaaagggagctggttaattatttctttcaacagcagcgtgcattgaaaagctggttgcttgaaccactgcatccagcttcgtgactgtctatatatagtgacaggatcccattttttcacagccgatgactgctcttttgttcaccctaataacttggattacaacagggactgggcaatggcttgatctactatcttgaagagaatatcaattacgatatatggttatatcattatctacaagaataaaatgtttgaaaaaggaaaaccgagactggccattgaaagacttgtattttatttttcattgctggatctggatttttataatatgaggtacttgataacaagtgttttatttagtgcagtgtttcaattaacaagattttctgaagagaaacgcgagcaattctgaatttgtcctggtagttacagcaattcatttaatccagtgtcacttttcaacaatgccaacaaaccaatccagcagttcgaccattatcttggggggaaaaacctcctgaaattttaaaaaaagaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|4 : catgtgtagatttaatgtagcagaaacatattcaaatgacaccatttaaTG-TGTCATTC--GA-----------ATATTTTTG--CC-ACACT-TTAAAAGCTACA---T----ATA--------CAT-G---T-----------A-CAGTGATACAT---------------GATA--G-GT-TTTAGATGTGTA---TA--ACA-TGTAT---GATA--TACAACAATTG-ACTTTTTT-AAA-GAAAAG---TTATCG-----TTA-A--GCA--TAATTTTATA---------------CCAGTTACAA-----GGA-T-T-TGGTTCCA----T----------T---------A--------T-AA-GT--------T-GAGTCAGTGCT---TCTTTTCT-CTGTA-TTGAACATTTTATAAAGA----C-----TTTC-TGG-T--TTAAAT----CTT-CAA------CA-GC----AG--T--GCATTGAAA--A--A-CTGG------TTCCT--GAC-----CA-C---TGCAT-CCAGACT---CGGTGAC-T--------------GTCC------------T-AAATAG-TG--A-AGGAATATC---ATTTT----CAA--GCCA---TGA---C---T-C--A-C----TGTGCA--TC------TACTTTATAAC--CC----T---TAACTT-----GGAT-A-CAACA-GG-ACTC-GA-AA--TG--CGTGAT--CA-AATTTAATAAT---C--TCACATAT-AA-GA-A----ATGCC----A---TTA-GA-TATGT--A--CATA---------------------------------------------AAA--TTGTAT---GAAAA---ACAAA----AC-------G--G-TG-GC-ATG--AGG-GACTTGT----ATTTCATTTT-TCAATT----AC-TTG---ATCTG--GGATTTGTATAAACACGATATACTGTA--TT--TTATGATAACAG-TGTTTT--------TTCCG-TCAGAA-----ATTTAG---T--ACTCA-GTG-TTTC--ATCA---AC-A-A--TT--GG-AAGAGAAA-AGC-AGAC-ATTCATAA-CTGTTCC-TGGTATGAT--TTA----GCAATTAATTTAATCT---AGTTT-C-ACTTTCATTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCTGC----AGTTCG-CCCCTTATTGT-TG-GGGGGGGGGG---GG--G------ACTGAAA--TTA------AAAGAAAgaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|5 : AAAGATACTA----ATTATTGTCCACATAAACAACGATTTTTTAGCTT---------CTTGTATTGAGTAGA----TAACAACTGAGCAACCTCGCCTTAAGAAAGCATT-C----TGC-TC--AATTCTAGAG-TGATTTA-AGTAACATCGCAGA-TG-AAGGAAAATGAACTTGACTTT-TCAT-A------TTATTGCATA-TGTTAT-----------------A----------CTTACA---TTTAAAGGTACA---C----ATGTGTAATTTCATTG-AATTATTATTCTCTAG--GTG-TACATCTAAAATTTAACTT-TATATTATAT-TTGAGCTGT-TA---TT-TACAGTGTG----G-TA--TATAA---CCC--CTTTTTT-AAAAGAAAAA---AACACAGAGATTCT-ACCAAG--TAATTTCGTAATACCAG----TA-TCCACTCACAA-----G-ATT-T-TG--TATTCCAAT----------T---------A--------T-CATGTAATTGTAGT-G--------CTA--TCTTTT-T-CT-TA-TT------------AAAG----C-----TGTT-GAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CATGCTCAGAG--T--GCCATG-GA--ATTA-TTCG------TTGTC--TAC-----CTTT---TCCTA-CCAGATTCTATAG-GACTT--------------GTTTCTTAAGCATTGAT-AT-TAGATG----AGG-AT-CCCTAGTTTT----CAAAGATCA---TGT---CATGT-C--TGC----T----A--CG------T-TAT----ATCACC----TAA-TAACAT-----AGAT-ATCAACATAG-ACTCTAA-AA--AG-----GAG--TG-A--TCAATACTAGGA--TCATACTAGAA-GA-ATAATATATCATATA---TTA-CA-T-TAT--A--TACATTAaaaccaactgaattaccaaagaagtattgtgtgcaaggaataatcattgcattagtaagtggaactgcag
gi|6 : AAGTA-GCTA-TTCCTTGCACTGGACAGGGA-A-TG----A--ATTGTTA---------------------CAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCGTTTAATAATGCATC-TAAATTAC-TC--GATT--AAAT-T--TTGA-AGTG-CT-CG-AGA-TG-TAGAAAA-TGAA--TCATTGG-TAAT-GAG---TATA----ATG-TTTCATTT--GA-----------G-----------T-ACT---TT---TGCTACA---TTCAGATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATT---AAT---T-TT-GACA--ATAT-TTTA-ATGTGTA---CA-TA-------T---G-TA--TATAA---TTA-ACATTTT---AAAGAAAAA---TTCACA-----TTAGA--AAA--T-ATCTAATAAC----AGTTTTA-TATA-TCATAC-----G-A-T-T-TAGCT-------T----------C---------ATATAATATT-GA-G---------T-G--------CC---CCTGTT-T-CT-CG-GT-----------ATAAA----CA----TTTTATAA-TACT-ATTC----CGTTTAA---------------AG--T--GCATTG-GA--A--A-TCGG------TTCCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAAACT---TGGTG---T--------------GTCT-----------AT--T---G-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--TCCA---TGA---C---T-T--T-CTATGT----A--TC------TGCTTTATAAT--CC----CAA-TAACTT-----GGGT-A-TGACA-GG--CTC-TA-AA--TG--C-TGAT--TA-AATCTAATACT---G--CCAAATAT-AA-GA-A----ggtaaaagctcgaaacgaa
gi|7 : ----ATTTTATTTT-C--ATT----AC-TTG---ATCT---GAATTTGTAT-AACACAAGATAATGTA--TTTTAT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCTCGTGAAAT--ATTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-TCA---AC-A-GATTT--TC-AAGA-AAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGCATGTTCTACATGTAGCAATTCATTTAACCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAA--------------C----AGTTCA-CCCAATATC-T-TGAGAGAGAAAAAAACCC--A------CATAAAA--TAA------AACAAGA
gi|8 : cGATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAATAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGTGA-GCTGTCAGA--ATTGTCA-CAAAAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA--TAAGCA-CCACC-TTTAAGAATGCATCAT----TAC-TT--GATT--TAAG-T--ATGA-AGTA-CA-TG-AAA-TG-----------------ATTGG-TAAT-GAC---CTTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------
gi|9 : tcttgaaatcagatgtcaaacaaccattaatgcaa----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CAACA-G--ACTG-GG-AA--TG--C-TCAT--CA--------TACT---A--TCATATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTAT--------------ATGTACA-AATAAA--TTGTTT---GAAAA---AGAAA----ACA--GAGAG--A-TG-GC-ATT--GAA-GACTTTT----ATTTTATTTT-A--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTTCAT-AACATGAGATACTGtatttttcctaca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATATGTAAAACACAAATATTCACATAACAACTGATTTGATAACAGTTATATATCATTTAAGATGTGGCTTCATATAATTGAGCGCCTCTTTTTCCCTGTATGAACAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACCTGAAATTAAAATAAGAAATACAGAATGCAACAAAGCAGCATAGTGTACAAGGAAATAATCATTGCATTATGCAAGTGGAACTGCAGAA
Unaligned ( gi|25 ): CTTTAAACCGGATGTCAAACAATCATCAATGCAAGATATGAATCACCTCCTTAATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 1111 2222222 5555555555 11 1111111 333333 11111 111 1111 55555555555555555555555 111 1111 22222222 111 33333333333 333333333333333 1111111 111111 111 111 11 222 1111 11111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44444444444444444444444444 1111 333333333333333 11111 111111 111111111111 111 33333333333333 22222222222 111111 1111 55555555555555555555555555555 11 11111 1111 333333333 1111 1111111 11111 6666666666666666666666666666666666666 1111 444444444444 1111 111 4444444444444 22222222222 111111 1 1111 111 1111 11 1111 33333333333333 111111
lowQualScore : 7 0 8 9999999 2222 3333333 2222222222 8 11 9999999 8 8 5 5 000000 5 77 66 66 66 5 55 55 5 5 33333 0 66 1 2 5 5 000 1 0000 4 66 99999999999999999999999 5 555 3333 99999999 111 6 6 11111111111 5 666 333333333333333 2222222 3 222222 2 6 3 888 6 99 111 44 555 2222 99999999999999999 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 6 6 6 00000000000000000000000000 6 6 99 6 4444 3 333333333333333 99999 6 33333 6 999999 99 888888888888 6 111 5 33333333333333 77777777777 5 5 5 9999 5 555555 0000 999 888 888 888 5 66 5 99999999999999999999999999999 22 9999 4 11111 4 4 6 9999 55 4 55 1111 55 777777777 888888 44 2 1 4 5 0000 1111111 5 5 00000 1 9999999999999999999999999999999999999 66 1 888 888 0000 333333333333 5 5 66 5 9999 7777 0000 5 2 888 111 1 4 4 0000000000000 4 5 11111111111 1 5555 2 55 222222 55 3 3 1 2 666 3 3 55555 4 4 4 4 1 5 5 77 2222 000 5 5 2222 5 5 888 1 33 3 2222 66 6 6 6 44444444444444 99 999999
lowQualScore : . . . ....... .... ....... .......... . .. ....... . . . . ...... . .. .. .. .. . .. .. . . ..... . .. . . . . ... . .... . .. ....................... . ... .... ........ ... . . ........... . ... ............... ....... . ...... . . . ... . .. ... .. ... .... ................. . ............................................................................................................... . . . . .......................... . . .. . .... . ............... ..... . ..... . ...... .. ............ . ... . .............. ........... . . . .... . ...... .... ... ... ... ... . .. . ............................. .. .... . ..... . . . .... .. . .. .... .. ......... ...... .. . . . . .... ....... . . ..... . ..................................... .. . ... ... .... ............ . . .. . .... .... .... . . ... ... . . . ............. . . ........... . .... . .. ...... .. . . . . ... . . ..... . . . . . . . .. .... ... . . .... . . ... . .. . .... .. . . . .............. .. ......
lowQualScore : 3 0 0 0000000 2222 0000000 0000000000 0 00 0000000 0 0 0 0 111111 7 99 99 00 99 0 99 22 0 0 88888 1 99 4 2 0 0 000 0 6666 4 11 88888888888888888888888 0 666 4444 99999999 777 7 7 77777777777 0 000 777777777777777 2222222 7 888888 5 7 2 333 7 22 777 00 222 0000 55555555555555555 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 7 7 33333333333333333333333333 7 7 22 7 2222 2 777777777777777 33333 7 77777 7 222222 22 333333333333 7 777 7 66666666666666 11111111111 7 0 7 0000 0 222222 6666 666 888 888 888 0 99 0 55555555555555555555555555555 22 4444 4 11111 4 4 2 1111 66 0 55 1111 55 888888888 444444 44 6 1 4 0 6666 0000000 7 7 33333 7 3333333333333333333333333333333333333 99 0 888 888 6666 666666666666 0 0 99 0 4444 9999 6666 0 5 888 000 0 0 6 0000000000000 4 2 66666666666 1 4444 2 00 444444 00 6 6 0 1 444 6 6 88888 4 4 4 4 7 7 7 99 1111 000 7 7 1111 0 0 888 6 66 0 1111 77 7 7 7 77777777777777 22 222222
consensus : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATC---AAT---A-TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACA-----TCA-A--AAA--TAATTTNATAAC----G----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAAAG----C-----TGTT-TAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----AG--T--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CGACA-GG-ACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A--TTAATACT---A--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTAC--------------A-----A-AATAAA--TTGTNT---GAAAA---AGAAA----ACN--C-GAG--A-TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--G------CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
Reference ( family-3556 ) : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATC---AAT---A-TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACA-----TCA-A--AAA--TAATTTNATAAC----G----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAAAG----C-----TGTT-TAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----AG--T--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CGACA-GG-ACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A--TTAATACT---A--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTAC--------------A-----A-AATAAA--TTGTNT---GAAAA---AGAAA----ACN--C-GAG--A-TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--G------CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
gi|1 : C-T----TGC-TCCCAATT--AAAAGT--TTGAGAGT------G-AGG-TG-GATGATAATAGA--AGAAGGG-AAATAGAGATCCTTA----ATG-TGTCATTTTTGACATAATGGTTTG----------CT-ACAATCTCAAAAGCTACATCCC----ATGT---ACTTGCT-GCAAT-----------GGAAATAA-----C---CAT---A-CTCGATA--GC----TCAATTGTGTAGCCTA-TGAA-TG-GTC--G-TG--TATAA---TTG--CTTTTT---AAAGAAAAA---TTCA-A-----TAA-A--AGAATTAATTTAATAACCA--G----TA-CCCAGTCACAAAGAGTG-A-TGT-TG--T-------TATTTTCATTAT---------AAT------T-GA-GC--------TCG--------CTCATTCTTTT-TTCT-TAATT-----------ATAAG----CACCTGTGTT-TAACT--T-AATTATCTTTTTTAAATCTTCTATGC----AG--TTTGTATTG-AACTA--A-CTGGATATCTCTGAT--GACTTTATCATCGACTGCATGCCAGACT---TGGTGAC-TTGTCACGAATCATAGTCT-----------ATTATATAG-GGGCA-CAG-AT-C----ATTTT----CAA--GCCGGACTGATACC---T-C--T-C----T----TGTTA------T-CTT----ACGACC----TAAATAATTTCATAGAGAT-A-T-ATC-GG-ACTG-GA-AAAGTG----TGATAGCA-A--TTAACACT---AAATGATATATGAAAGA-A----ATAATA---AGAATTC-GAATATATTTG--TATATTATTTGGGTATAGATCTATCAATTTCATAACAAA-----A-AATAAAGGTTCTCTATTGCAAATACAGAAA----ACGACC-GAAC-A-TGCGC-ATTTAGCA-GAACTGTGGGTATTTTTTTTT-C--ATTTGTTGCATGGTCAATCTTGAGGATTTTTAT-AATA--ACATA-TGAAAATT--AC-TGATAA-AA-TATTTTGTTTTTTGTTCCACTATGAATATTTAGTTAG---T--G--CACGTGATTTCATA-CATATAC-AAGATTT--CT-GAAAGAAAGAGC-AG---ATTCATAATTTG-TCCCTGGTATGTT--AAC----GCAATTCATTTAATGCGGAAGTGCACGACT----TTTC-ACAAT-CACATAACACACTTAATCCGACGCTAAGTTCGAGCCATTATC-TGTG-GGGGGAAAAA---CC--GGATGCACATGAAA--TTATTTAATAAAAAA
gi|10 : -AA--TG--C-TGAT--CA--------TACT---A--TC-----TGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATCATT---------ATCTAC--------------------A-AATAAA--TTGTTT---GAAAA---AGAAA----AC---C-GAGACA-TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTTTAT-AATATGAGATACTG-------------ATAACAA-TGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTgaaatgctaaacaaattgaatagatatatcatttt
gi|11 : CTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAAC-AAAACAG-G-----TTAGCACTAGTAAAGTCTTG-AT--GGTAGATTTTT--TA-CTGAGCA-CCACCCTTTAA-AATGTATC------TACTTC--GATT--AGAA-T--CTGA-AGTG-CA-AG-AGGTTGTTTGAAAAATGAA--TCATTAGTTAAT-GA
gi|12 : cattacataggatatataTAAA--TTGTAT---GAAAA---AGAAA----GCA--C------A-TG-GT-GTT--GAA-GACTCTC----ATTTTATTTT-C--ATT----AC-TTG---GTCT---GAATTTGTAT-AACACGAGATAATGTA--TTTAAT-TTATAACAA-TA-CTT--------TTCCGCTCGTGAAAT--A-TTAGGTAT--G--TA-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-GATTT--T
gi|13 : AAAT--ATTT-----T--G--TA-GTG-TTC--ACTCA---TC-G-AATTT--TCTAAGAGAAT-AAA-AG-C-ATTCATAAACTA-TCC-TGGTATGC---ATT----GCAATTCGTTTAATCC---AGTGA-C-GCT----TTTC-ATTAT-C---CAACGTTCC--ATCCAGT----GGCTGT-TCCACTAT
gi|14 : AAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAAGTA---AC-A-GATTT--TG-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATCCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTTATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---C
gi|15 : CT---GGATTTGTAT-A-CATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCCGGGAAAAT--GTTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-TCA----C-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|16 : taT---GGATTTGTAT-AACATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TG-CTT--------TTCCGCTCGGGAAAT--GTTTGGTA-T--G--TA-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|17 : GAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG------------------------CCA---AGA---C---T-CGAT-CA---T----A--TC------T-CTTTATCAC--CCTAATTAA-TAATTT-----GGAT-A-CAACA--G-ACTA-AA-AA--TG--C-TGAT--C--------ATACT---A--TCATATCTGAA-G
gi|19 : ATGCATC-TAAATTAC-TC--GATT--AAAT-T--TTGA-GGTA-TA-CG-AAA-TG-TAG-AAAATGAA--TCAATAT-TAAT-GAG---CAT-----ATG-TTTCATTT--GA-----------A-----------T-ACT---TT---TGCTACA---
gi|2 : AGCTAACTCCTTGCACTGGGCAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTAAGCA-CCGCCCATTAAGAAAGCATC-T----TAC-TC--AATT--AAAG-T--TTCA-AGTA-CA-TG-AGA-TG-CAGAAAAATGAA--TCACTGA-TGAT-GAA---CTTA----ATG-TGCCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATCT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAATGGTGCATC---AAT---A-TT-GATG--ACAT-TTTAAATGTGTA---TT-TACA-TGTGT---G-TA--TACAA---TTG-ACTTTTT---AAAGACAAT---TTCACA-----TCA-A--TAA--TAATTTTATA---------------CCAGTTACAA-----G-A-T-T-------------------------------------------T-GA-G---------T-G--------TT---TCTTTT-T-CT-TA-TC-----------AAAGG----C-----TGTT-TAA-T--T-AATT----C-TTCTA------CA-AC----AA--T--ACATTG-AA--T--A-TTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------ATCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--ATCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-C------AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CAAC--GG-ACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-AATTTACTACT---A--TCACATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTG-GA-TATAT--G--TATAATAAC---------ATCTA---------------A-----A-AAT-AA--TTGTAT---GAAAA---AGAAA----ACT--C-G------TG-GC-ATT--GGA-GACTTGT----ATTTCACTT-----------------G---ATCT---GAATTTTCAT-AACATGAAATACTG-------------ATAACAA-TGTTTT--------TTTCGCTCTGAAAAT--ACTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTT--TG-AATAGAAA-AAC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---ATTGT-C-ACT----TTTG-ACAAT-T---CAACAAACC--ATCCTGC----TGTTCG-ACCATAATC-T-TC-GGGGGAAAAC---CT--C------CCTGAAA--TTA------AAAAAAAt
gi|20 : gattatgtattccttcgtgtccgtgtaat--AAAT-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAG-AAAATAAA--TTACTGG-TAAT-GAG---TATA----ATT-TTTCAATT--TA-----------A-----------T-ACG---TT---TGTTACA---TTCAGATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------
gi|21 : --A-AGG-AT-TC---ATTTT----CAA--TCCA---TGG---C---T-C--T-C----T----A--TCCATCTGT-TTTATA-AT--CC----CAA-TAACTT-----GGAT-A-TGACA--A-CCTC-TA-AA--TG--C-TGAT--CATAT-TTAATATT---
gi|23 : t-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCAGC----AGTTGG-CCAATTATC-T-TG-AAAAAAAAAA---CCCAA------CCTGAAA---TA------AAAA
gi|24 : TAAA--TTATGT---TAAAA---AAAAAGTAAACA--C-AA-----TA-AC-GTT--GAA-AACTTGC----ATTTTATTTT-C--ATttacagaatataataaaaaggtat
gi|3 : atA----ATGGTGTCATTT--GA-----------ATATGTTTCTGCT-ACA---TTAAAT-CTACA---C----ATG
gi|3 : -GATA--ACATGTTTAGATGTGCA---TTGTACA-TGTGTTCGG-TACGTATAA---TTGGACTTTTTTTAGAAGAAAAGAATTTCACA-----TCA-A--A----TA--TTAATACC----G----TAACCCATTCACA------G-A-T-TGTG--T-------T----------TCATTATTAGA--------TTGA-GT--------T-G--------CT---TCTTGT-T-CT-TA-TT-----------AAAAGGGAGC-----TGGT-TAA-T--T-ATTT----CTTTCAA------CA-GC----AGCGT--GCATTG-AA--A--AGCTGG------TTGCTTGAAC-----CAC----TGCAT-CCAG-CT---TCGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--ACAGG-AT-CCC--ATTTTTTCACAG--CCGA---TGA---C---TGC--T-C----T----T--TT------G-TTC----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGATTA-CAACA-GGGACTG-GGCAA--TGGCT-TGAT--C---------TACT---A--TC----TTGAA-GAGA----ATATCA---A---TTACGA-TATAT--GGTTATATCATT---------ATCTAC--------------A-----AGAATAAA--ATGTTT---GAAAA---AGGAA----AAC--C-GAG--ACTG-GCCATT--GAAAGACTTGT----ATTTTATTTTTC--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTTTAT-AATATGAGGTAC-----------T-TGATAACAAGTGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTC-AATTA---ACAA-GATTTTCTG-AAGAGAAA-CGCGAG-CAATTCTGAATTTG-TCC-TGGTA-GTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTCAACAATGC---CAACAAACCA-ATCCAGC----AGTTCG-ACCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--T------CCTGAAATTTTA------AAAAAAtaagataacatgtttagatgtgcattgtacatgtgttcggtacgtataattggactttttttagaagaaaagaatttcacatcaaatattaataccgtaacccattcacagattgtgtttcattattagattgagttgcttcttgttcttattaaaagggagctggttaattatttctttcaacagcagcgtgcattgaaaagctggttgcttgaaccactgcatccagcttcgtgactgtctatatatagtgacaggatcccattttttcacagccgatgactgctcttttgttcaccctaataacttggattacaacagggactgggcaatggcttgatctactatcttgaagagaatatcaattacgatatatggttatatcattatctacaagaataaaatgtttgaaaaaggaaaaccgagactggccattgaaagacttgtattttatttttcattgctggatctggatttttataatatgaggtacttgataacaagtgttttatttagtgcagtgtttcaattaacaagattttctgaagagaaacgcgagcaattctgaatttgtcctggtagttacagcaattcatttaatccagtgtcacttttcaacaatgccaacaaaccaatccagcagttcgaccattatcttggggggaaaaacctcctgaaattttaaaaaaagaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|4 : catgtgtagatttaatgtagcagaaacatattcaaatgacaccatttaaTG-TGTCATTC--GA-----------ATATTTTTG--CC-ACACT-TTAAAAGCTACA---T----ATA--------CAT-G---T-----------A-CAGTGATACAT---------------GATA--G-GT-TTTAGATGTGTA---TA--ACA-TGTAT---GATA--TACAACAATTG-ACTTTTTT-AAA-GAAAAG---TTATCG-----TTA-A--GCA--TAATTTTATA---------------CCAGTTACAA-----GGA-T-T-TGGTTCCA----T----------T---------A--------T-AA-GT--------T-GAGTCAGTGCT---TCTTTTCT-CTGTA-TTGAACATTTTATAAAGA----C-----TTTC-TGG-T--TTAAAT----CTT-CAA------CA-GC----AG--T--GCATTGAAA--A--A-CTGG------TTCCT--GAC-----CA-C---TGCAT-CCAGACT---CGGTGAC-T--------------GTCC------------T-AAATAG-TG--A-AGGAATATC---ATTTT----CAA--GCCA---TGA---C---T-C--A-C----TGTGCA--TC------TACTTTATAAC--CC----T---TAACTT-----GGAT-A-CAACA-GG-ACTC-GA-AA--TG--CGTGAT--CA-AATTTAATAAT---C--TCACATAT-AA-GA-A----ATGCC----A---TTA-GA-TATGT--A--CATA---------------------------------------------AAA--TTGTAT---GAAAA---ACAAA----AC-------G--G-TG-GC-ATG--AGG-GACTTGT----ATTTCATTTT-TCAATT----AC-TTG---ATCTG--GGATTTGTATAAACACGATATACTGTA--TT--TTATGATAACAG-TGTTTT--------TTCCG-TCAGAA-----ATTTAG---T--ACTCA-GTG-TTTC--ATCA---AC-A-A--TT--GG-AAGAGAAA-AGC-AGAC-ATTCATAA-CTGTTCC-TGGTATGAT--TTA----GCAATTAATTTAATCT---AGTTT-C-ACTTTCATTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCTGC----AGTTCG-CCCCTTATTGT-TG-GGGGGGGGGG---GG--G------ACTGAAA--TTA------AAAGAAAgaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|5 : AAAGATACTA----ATTATTGTCCACATAAACAACGATTTTTTAGCTT---------CTTGTATTGAGTAGA----TAACAACTGAGCAACCTCGCCTTAAGAAAGCATT-C----TGC-TC--AATTCTAGAG-TGATTTA-AGTAACATCGCAGA-TG-AAGGAAAATGAACTTGACTTT-TCAT-A------TTATTGCATA-TGTTAT-----------------A----------CTTACA---TTTAAAGGTACA---C----ATGTGTAATTTCATTG-AATTATTATTCTCTAG--GTG-TACATCTAAAATTTAACTT-TATATTATAT-TTGAGCTGT-TA---TT-TACAGTGTG----G-TA--TATAA---CCC--CTTTTTT-AAAAGAAAAA---AACACAGAGATTCT-ACCAAG--TAATTTCGTAATACCAG----TA-TCCACTCACAA-----G-ATT-T-TG--TATTCCAAT----------T---------A--------T-CATGTAATTGTAGT-G--------CTA--TCTTTT-T-CT-TA-TT------------AAAG----C-----TGTT-GAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CATGCTCAGAG--T--GCCATG-GA--ATTA-TTCG------TTGTC--TAC-----CTTT---TCCTA-CCAGATTCTATAG-GACTT--------------GTTTCTTAAGCATTGAT-AT-TAGATG----AGG-AT-CCCTAGTTTT----CAAAGATCA---TGT---CATGT-C--TGC----T----A--CG------T-TAT----ATCACC----TAA-TAACAT-----AGAT-ATCAACATAG-ACTCTAA-AA--AG-----GAG--TG-A--TCAATACTAGGA--TCATACTAGAA-GA-ATAATATATCATATA---TTA-CA-T-TAT--A--TACATTAaaaccaactgaattaccaaagaagtattgtgtgcaaggaataatcattgcattagtaagtggaactgcag
gi|6 : AAGTA-GCTA-TTCCTTGCACTGGACAGGGA-A-TG----A--ATTGTTA---------------------CAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCGTTTAATAATGCATC-TAAATTAC-TC--GATT--AAAT-T--TTGA-AGTG-CT-CG-AGA-TG-TAGAAAA-TGAA--TCATTGG-TAAT-GAG---TATA----ATG-TTTCATTT--GA-----------G-----------T-ACT---TT---TGCTACA---TTCAGATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATT---AAT---T-TT-GACA--ATAT-TTTA-ATGTGTA---CA-TA-------T---G-TA--TATAA---TTA-ACATTTT---AAAGAAAAA---TTCACA-----TTAGA--AAA--T-ATCTAATAAC----AGTTTTA-TATA-TCATAC-----G-A-T-T-TAGCT-------T----------C---------ATATAATATT-GA-G---------T-G--------CC---CCTGTT-T-CT-CG-GT-----------ATAAA----CA----TTTTATAA-TACT-ATTC----CGTTTAA---------------AG--T--GCATTG-GA--A--A-TCGG------TTCCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAAACT---TGGTG---T--------------GTCT-----------AT--T---G-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--TCCA---TGA---C---T-T--T-CTATGT----A--TC------TGCTTTATAAT--CC----CAA-TAACTT-----GGGT-A-TGACA-GG--CTC-TA-AA--TG--C-TGAT--TA-AATCTAATACT---G--CCAAATAT-AA-GA-A----ggtaaaagctcgaaacgaa
gi|7 : ----ATTTTATTTT-C--ATT----AC-TTG---ATCT---GAATTTGTAT-AACACAAGATAATGTA--TTTTAT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCTCGTGAAAT--ATTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-TCA---AC-A-GATTT--TC-AAGA-AAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGCATGTTCTACATGTAGCAATTCATTTAACCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAA--------------C----AGTTCA-CCCAATATC-T-TGAGAGAGAAAAAAACCC--A------CATAAAA--TAA------AACAAGA
gi|8 : cGATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAATAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGTGA-GCTGTCAGA--ATTGTCA-CAAAAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGA----T--CA--TAAGCA-CCACC-TTTAAGAATGCATCAT----TAC-TT--GATT--TAAG-T--ATGA-AGTA-CA-TG-AAA-TG-----------------ATTGG-TAAT-GAC---CTTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------
gi|9 : tcttgaaatcagatgtcaaacaaccattaatgcaa----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CAACA-G--ACTG-GG-AA--TG--C-TCAT--CA--------TACT---A--TCATATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTAT--------------ATGTACA-AATAAA--TTGTTT---GAAAA---AGAAA----ACA--GAGAG--A-TG-GC-ATT--GAA-GACTTTT----ATTTTATTTT-A--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTTCAT-AACATGAGATACTGtatttttcctaca
blockSeqs : A A T TCAGA ACAA CGATTTT C T TG TAA A A C G TAAAT T . CT A GA . AA TC C T TTTGA CT C T T . . A TTGC G . ATATGTTTCTGC T CT AAAT TTCAG GTA T . TATTATTCTCT C GTG CTAAAATTTAACTT TTATAT A TTG C G T TCG A CG CAA GA TTA GAAT GAGATTCTACCAAG T ATACCAGTATCCACTCACAAGATTTTGTATTCCAATTATCATGTAATTGTAGTGCTA C . G . GAACATTTTATAAAGAC A . AC T . T CATGCTCAG CGT A ATT G . TG CACC . CTA T . CTTAAGCATTG . A A AC A CCCTA TTCA AGA . . ATG G GA G TATCCATCTGTTTTATA CA TAAT . . T T A GGG CT C . GCT . AAATTTAC AGGA AT C G . G TAAT TATA C . GGT T ATCTATATGTACA . T . . GTAA CGAGACA . C . A . TCA . . G . G T A T TATTTAATTT G T TTT C CGTG A . GTAT CT . . A A . A . TCTG . G A A A T . CT TGTA . . . TTCA A G . T A A . T G . A AACCCA TT .
blockSeqs : . . . ATT ACAT G . . . T . . C G TAAAT . . . T . . G A . . CAGA . C A . . . T . . . ATATTTTTGC . . AAAT TTCAG . . . . C ATA CAATATT ACATG G TT C . T . . . . A TA T TTAGAAAA A ACAGTTTTATATATCATACGATTTAGCTTCATATAATATTGAGTGCC . . . . AAAAGGGAGC . . . . . T CAAC T . T . . . CTTT . . . . . . A . A . CCC . A . . . . . . TGTGCATCTACTTTATA . . . . . . A TAG A . . CG . ATATTTAA A AC C G . . . A . . G A ATCTACAAG . A . . . CCGAGAC . . . . . TC . . T . . G . C TAATTTATTT . C TTT C GGGA A . TAT . . . A A . . . TCT . . . . T . . . . . . . . . . . A . T . A . . . CCCAA . .
blockSeqs : . . A CAA G . . . T . . G T AT . . . G . . A C . . AAGG . C C . . . A . . . AC . . AAAA C . . . . C ATG TAATTTT ACAT G TA C . T . . . . A TA G TCAATAA T CCGTAACCCATTCACAGATTGTGTTTCATTATTAGATTGAGTTGCT . . . . ATAAACA . . . . . T CAGC T . A . . . CACC . . . . . . A . A . ATC . T . . . . . . TATGTATCTGCTTTATA . . . . . . G GG C . . C . AAATTTAA A AC T G . . . A . . G T ATCTACA . A . . . AGAGAGA . . . . . C . . G . . G . T TAATTTATTT . T TTT C CGGG A . TAT . . . A C . . . TG . . . . T . . . . . . . . . . . A . A . C . . . CTC . .
blockSeqs : . A . . . . . T . . . G T . . . T . . A T . . TAGA . T C . . . T . . . AC . . TAAA C . . . . . TA . ATAT G TT C . T . . . . A . A TTAAGCA C CCAGTTACAAGGATTTGGTTCCATTATAAGTTGAGTCAGTGCT . . . . AAAGGC . . . . . G CAGC T . A . . . CAC . . . . . . A . A . CC . C . . . . . . ATATCTCTTTATC . . . . . . A GG C . . C . AAATCTAA A AT A G . . . A . . A T ATCTAAA . G . . . ACAA . . . . . C . . T . . G . T TATTTTATTT . T TTT C CTGA A . TAT . . . A A . . . TC . . . . T . . . . . . . . . . . A . A . A . . . CCT . .
blockSeqs : C . . . G . . A C . . TAG . G C . . . A . . . A . . T T . . . . GGT . CA . . . . . . . . . A TCAAA A CCAGTTACAAGATTTGAGTGTT . . . . AAAGC . . . . . . . T . A . . . CAC . . . . . . . . A . TC . G . . . . . . TTTTGTTC . . . . . . A GG G . . C . GATCAA A AA T G . . . A . . A T . . T . . . ACA . . . . . C . . T . . T . T TATTTTATG . T TT C CAGA A . T . . . A A . . . TC . . . . T . . . . . . . . . . . A . T . C . . . GGG . .
blockSeqs : . . . . T . . G C . . TAG . C T . . . T . . . A . . T C . . . . . . A . CC . T . . . . . . TACGTTAT . . . . . . A G C . . C . A C AT A G . . . A . . G . . A . . . TCG . . . . . C . . G . . T . T TTG . C TT . CGTG A . T . . . . A . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . G . . A T . . . . . T . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . TATCTC . . . . . . G A C . . C . A G . C . . . . . T . . . GG . . . . . A . . . . . G . C . . . . . . A . T . . . . A . . . GG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A G G . . C . A A . . . . . . . G . C . . . . . . . . T . . . . A . . . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . T . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . .
blockSeqCons : CA** ********** T****** AT**** ** N* A* C* *** ** AC********************* *** C******* ATG CAATTT********* ACAT*** TN**** *** A* TCAAA************ AAAGAC******************** **** CAGC*********** T**** A**** ****** CACC******** ************** A*** CC**** *** *** TATGCATCTGCTTTAT************* ** ***** GG** ** C*** ** AATTTAA** A***** A****** G**** ATCTACA****************************** ** *** *** GACA******** ** **** **** *** *** TTT******** ** *** *** *** ** **** C* CNN*********** ******
originalCons : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAACAAAAACAG-G-----TTAGCAC---------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC-T----TAC-TC--GATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATC---AAT---A-TT-GATA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACA-----TCA-A--AAA--TAATTTNATAAC----G----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT-TA-TT-----------AAAAG----C-----TGTT-TAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----AG--T--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-C----T----A--TC------T-CTT----AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CGACA-GG-ACTC-GA-AA--TG--C-TGAT--CA-A--TTAATACT---A--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTAC--------------A-----A-AATAAA--TTGTNT---GAAAA---AGAAA----ACN--C-GAG--A-TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---CC--G------CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
finalCons : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCACA--AAACAG-G-----TTAGCAC----------TTG-AT--GGTAGAT------CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATCAT----TAC-TC--GATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CAC-G-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GAAC---------------------T-ACA---TTAAATGCTACAC-------ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATGCATCAATTT---------GATAACAT---TTTAGATGTGTATN----TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTGA-CTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCACATCAAA------------TAATTTNATAAC----G----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT-TA-TTAAAGAC--------------------TGTT-TAA-T--T-AATT----CTTTCAACAGC-----------AGT----GCATTG-AAA----A-CTGG------TTGCT--GACCACC--------TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TGA---AGG-ATCC----ATTTT----CAA--NCCA---TGA---C---T-C--T-CTATGCATCTGCTTTAT-------------AC--CC----TAA-TAACTT-----GGAT-A-CGACAGG--ACTC-GA-AA--TGC---TGAT--CAATTTAA--TACTA-----TCATATNTGAA-GA-A----ATATCAA------TTA-GA-TATATG----TATATTATTATCTACA------------------------------AATAAA--TTGTNT---GAAAA---AGAAA----ACGACA--------TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTTTT--------CCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCGC-CCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAACNN-----------CCTGAAA--TTA------AAAAAAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATATGTAAAACACAAATATTCACATAACAACTGATTTGATAACAGTTATATATCATTTAAGATGTGGCTTCATATAATTGAGCGCCTCTTTTTCCCTGTATGAACAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACCTGAAATTAAAATAAGAAATACAGAATGCAACAAAGCAGCATAGTGTACAAGGAAATAATCATTGCATTATGCAAGTGGAACTGCAGAA
Unaligned ( gi|25 ): CTTTAAACCGGATGTCAAACAATCATCAATGCAAGATATGAATCACCTCCTTAATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111 1 4444444444444444444444444444444 11 1111111 3333 11111 111 1111 55555555555555555555555 111 1111 22222222 111 33333333333 11 33333333333333333333 1111111 111111 111 111 11 222 1111 333333333333333333333333 555555555555555 111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 33333333333333333333333333 1111 333333333333333 11111 111111 111111111111 111 33333333333333 22222222222 111111 1111 22222222222222222222222 11111 1111 4444444444 1111 1111111 11111 666666666666666666666666666666666666 1111 4444444444444 1111 111 4444444444444 22222222222 111111 1 1111 111 1111 11 11111 333333333333 111111
lowQualScore : 7 0 8 9999999 6 8 9999999999999999999999999999999 8 11 9999999 8 8 5 5 8888 5 66 66 66 5 55 55 5 5 33333 0 66 1 2 5 5 000 1 0000 4 66 99999999999999999999999 5 555 3333 99999999 111 6 6 11111111111 5 1 00 66666666666666666666 2222222 3 222222 2 6 3 888 6 99 111 44 555 2222 222222222222222222222222 1 999999999999999 6 999999 6 6 6 6 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 6 888 6 66666666666666666666666666 6 99 6 4444 7 333333333333333 99999 6 33333 6 999999 99 888888888888 6 111 5 33333333333333 77777777777 5 5 5 9999 5 555555 0000 999 888 888 5 777 55 55555555555555555555555 4 9999 11111 4 4 6 88888 777 4 55 2222 55 1111111111 66 44 2 1 4 5 0000 1111111 5 5 00000 1 222222222222222222222222222222222222 99 66 1 888 888 5 0000 9999999999999 5 5 66 5 9999 7777 0000 5 2 888 111 1 4 4 0000000000000 4 5 11111111111 1 5555 2 55 222222 55 3 3 1 2 666 3 3 55555 4 4 4 4 1 5 5 77 2222 000 5 5 2222 5 5 888 5 33 3 22222 88 6 6 6 666666666666 99 999999
lowQualScore : . . . ....... . . ............................... . .. ....... . . . . .... . .. .. .. . .. .. . . ..... . .. . . . . ... . .... . .. ....................... . ... .... ........ ... . . ........... . . .. .................... ....... . ...... . . . ... . .. ... .. ... .... ........................ . ............... . ...... . . . . ....................................................................... . . ... . .......................... . .. . .... . ............... ..... . ..... . ...... .. ............ . ... . .............. ........... . . . .... . ...... .... ... ... ... . ... .. ....................... . .... ..... . . . ..... ... . .. .... .. .......... .. .. . . . . .... ....... . . ..... . .................................... .. .. . ... ... . .... ............. . . .. . .... .... .... . . ... ... . . . ............. . . ........... . .... . .. ...... .. . . . . ... . . ..... . . . . . . . .. .... ... . . .... . . ... . .. . ..... .. . . . ............ .. ......
lowQualScore : 3 0 0 0000000 0 0 8888888888888888888888888888888 0 00 0000000 0 0 0 0 8888 7 99 00 99 0 99 22 0 0 88888 1 99 4 2 0 0 000 0 6666 4 11 88888888888888888888888 0 666 4444 99999999 777 7 7 77777777777 0 7 33 00000000000000000000 2222222 7 888888 5 7 2 333 7 22 777 00 222 0000 888888888888888888888888 0 222222222222222 7 888888 7 7 7 7 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 7 333 7 55555555555555555555555555 7 22 7 2222 3 777777777777777 33333 7 77777 7 222222 22 333333333333 7 777 7 66666666666666 11111111111 7 0 7 0000 0 222222 6666 666 888 888 0 222 22 55555555555555555555555 4 4444 11111 4 4 2 22222 222 0 55 6666 55 5555555555 11 44 6 1 4 0 6666 0000000 7 7 33333 7 777777777777777777777777777777777777 22 99 0 888 888 0 6666 8888888888888 0 0 99 0 4444 9999 6666 0 5 888 000 0 0 6 0000000000000 4 2 66666666666 1 4444 2 00 444444 00 6 6 0 1 444 6 6 88888 4 4 4 4 7 7 7 99 1111 000 7 7 1111 0 0 888 1 66 0 44444 77 7 7 7 222222222222 22 222222
consensus : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTC-A-CA-AAAACAG-G-----TTAGCA----------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC---ATTAC-TCGATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATG-CATC---AA-T-TT--GA-----TA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCAC---------ATC---AA--A----TAATTTNATAAC----G----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT---TA-TT-----------A-AA---G-A-C---TGTTTAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----AG--T--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---CT-C--TCTATGC-ATCTGCT---TTAT-A-C--CCTAA-T----AACTT-----GGAT-A-CGACA-GG-ACTC--GA-AA--TG--C-TGAT--C-A-A-TTTAATACTA--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTA------C---------------AA--ATAAA--TTGTNT---GAAAA---AG-AAA----AC-GAGAC-----G-TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-NCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---C------CGCCTGAAA--TTA------AAAAAAA
Reference ( family-3556 ) : GATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAGTAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTC-A-CA-AAA-CAG-G-----TTAGCA----------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCCTTTAAGAATGCATC---ATTAC-TCGATT--AAAN-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAGAAAAATGAA--TCACTGG-TAAT-GAG---CNTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATGT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAGTGATG-CATC---AA-T-TT--GA-----TA--ACAT-TTTAGATGTGTA---TN-TACA-TGTGT---G-TA--TATAA---TTG-ACTTTTTT-AAAAGAAAAA---TTCAC---------ATC---AA--A----TAATTTNATAAC----G----TA-CCCAGTCACAA-----G-A-T-T-TG--T-------T----------T---------A--------T-GA-GT--------T-G--------CT---TCTTTT-T-CT---TA-TT-----------A-AA---G-A-C---TGTTTAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CA-GC----AG--T--GCATTG-AA--A--A-CTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--NCCA---TGA---CT-C--TCTATGC-ATCTGCT---TTAT-A-C--CCTAA-T----AACTT-----GGAT-A-CGACA-GG-ACTC--GA-AA--TG--C-TGAT--C-A-A-TTTAATACTA--TCATATNTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTA------C---------------AA--ATAAA--TTGTNT---GAAAA---AG-AAA----AC---GAC-----A-TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTNTAT-AACACGAGATACTGTA--TT--AT-TTATAACAA-TGTTTT--------TTCCGCTCGGAAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATCA---AC-A-GATTT--TN-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCNGC----AGTTCG-CCCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---C------NNCCTGAAA--TTA------AAAAAAA
gi|1 : C-CCAATT--AAAAGT--TTGAGAGT------G-AGG-TG-GATGATAATAGA--AGAAGGG-AAATAGAGATCCTTA----ATG-TGTCATTTTTGACATAATGGTTTG----------CT-ACAATCTCAAAAGCTACATCCC----ATGT---ACTTGCT-GCAAT-----------GGAAATAAC--CAT-----A-C-TC--GA-----TA--GC----TCAATTGTGTAGCCTA-TGAA-TG-GTC--G-TG--TATAA---TTG--CTTTTT---AAAGAAAAA---TTCA----------ATA---AA--AGAATTAATTTAATAACCA--G----TA-CCCAGTCACAAAGAGTG-A-TGT-TG--T-------TATTTTCATTAT---------AAT------T-GA-GC--------TCG--------CTCATTCTTTT-TTCT---TAATT-----------ATAA---GCA-CCTGTGTTTAACT--T-AATTATCTTTTTTAAATCTTCTATGC----AG--TTTGTATTG-AACTA--A-CTGGATATCTCTGAT--GACTTTATCATCGACTGCATGCCAGACT---TGGTGAC-TTGTCACGAATCATAGTCT-----------ATTATATAG-GGGCA-CAG-AT-C----ATTTT----CAA--GCCGGACTGATACCT-C--TCT-TGTTATCT-------TAC-G-A--CCTAAAT----AATTTCATAGAGAT-A-T-ATC-GG-ACTG--GA-AAAGTG----TGATAGC-A-A-TT-AACACTAAATGATATATGAAAGA-A----ATAATA---AGAATTC-GAATATATTTG--TATATTATTTGGGTATAGATCTA------TCAATTTCATAACAAAAA--ATAAAGGTTCTCTATTGCAAATACAG-AAA----AC---GACCGAACA-TGCGC-ATTTAGCA-GAACTGTGGGTATTTTTTTTT-C--ATTTGTTGCATGGTCAATCTTGAGGATTTTTAT-AATA--ACATA-TGAAAATT--AC-TGATAA-AA-TATTTTGTTTTTTGTTCCACTATGAATATTTAGTTAG---T--G--CACGTGATTTCATA-CATATAC-AAGATTT--CT-GAAAGAAAGAGC-AG---ATTCATAATTTG-TCCCTGGTATGTT--AAC----GCAATTCATTTAATGCGGAAGTGCACGACT----TTTC-ACAAT-CACATAACACACTTAATCCGACGCTAAGTTCGAGCCATTATC-TGTG-GGGGGAAAAA---CCGGATGCACATGAAA--TTATTTAATAAAAAA
gi|10 : cttgct-AA--TG--C-TGAT--C-A--------TACTA--TC-----TGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATCATT---------ATCTA------C---------------AA--ATAAA--TTGTTT---GAAAA---AG-AAA----ACCGAGAC-----A-TG-GC-ATT--GAA-GACTTGT----ATTTTATTTT-C--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTTTAT-AATATGAGATACTG-------------ATAACAA-TGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTgaaatgctaaacaaattgaatagatatatcatttt
gi|11 : CTA-TTCCTTGCACTGGACAGAGA-ACTG----A--ATTGTCAA-CA-AAA-CAG-G-----TTAGCACTAGTAAAGTCTTG-AT--GGTAGATTTTT--TA-CTGAGCA-CCACCCTTTAA-AATGTATC-----TACTTCGATT--AGAA-T--CTGA-AGTG-CA-AG-AGGTTGTTTGAAAAATGAA--TCATTAGTTAAT-GA
gi|12 : cattacataggatatataTAAA--TTGTAT---GAAAA---AG-AAA----GC----AC-----A-TG-GT-GTT--GAA-GACTCTC----ATTTTATTTT-C--ATT----AC-TTG---GTCT---GAATTTGTAT-AACACGAGATAATGTA--TTTAAT-TTATAACAA-TA-CTT--------TTCCGCTCGTGAAAT--A-TTAGGTAT--G--TA-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-GATTT--T
gi|13 : AAAT--ATTT-----T--G--TA-GTG-TTC--ACTCA---TC-G-AATTT--TCTAAGAGAAT-AAA-AG-C-ATTCATAAACTA-TCC-TGGTATGC---ATT----GCAATTCGTTTAATCC---AGTGA-C-GCT----TTTC-ATTAT-C---CAACGTTCC--ATCCAGT----GGCTGT-TCCACTAT
gi|14 : AAAAT--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAAGTA---AC-A-GATTT--TG-AAGAGAAA-AGC-AG-C-ATCCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTTATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---C
gi|15 : CT---GGATTTGTAT-A-CATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCCGGGAAAAT--GTTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-TCA----C-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|16 : taT---GGATTTGTAT-AACATGAGATACTGTAATTT--AT-TTATAACAA-TG-CTT--------TTCCGCTCGGGAAAT--GTTTGGTA-T--G--TA-GTG-TTTC-AATCA---AC-A-TATTT--TC-AAGAAAAA-AGC-AG-C-AT
gi|17 : GAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG------------------------CCA---AGA---CT-CGATC-AT---ATCT-CT---TTATCA-C--CCTAA-TTAATAATTT-----GGAT-A-CAACA--G-ACTA--AA-AA--TG--C-TGAT--C---------ATACTA--TCATATCTGAA-G
gi|19 : ATGCATCTAAATTAC-TCGATT--AAAT-T--TTGA-GGTA-TA-CG-AAA-TG-TAG-AAAATGAA--TCAATAT-TAAT-GAG---CAT-----ATG-TTTCATTT--GA-----------A-----------T-ACT---TT---TGCTACA---
gi|2 : AGCTAACTCCTTGCACTGGGCAGAGA-ACTG----A--ATTGTC-AACA-AAAACAG-G-----TTAGCA----------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTAAGCA-CCGCCCATTAAGAAAGCATC----TTAC-TCAATT--AAAG-T--TTCA-AGTA-CA-TG-AGA-TG-CAGAAAAATGAA--TCACTGA-TGAT-GAA---CTTA----ATG-TGCCATTT--GA-----------A----------CT-ACA---TTAAATGCTACA---C----ATCT---ACTTCAT-G-AAT-----------AGCAATGGTG-CATC---AA-TATT--GA-----TG--ACAT-TTTAAATGTGTA---TT-TACA-TGTGT---G-TA--TACAA---TTG-ACTTTTT---AAAGACAAT---TTCAC---------ATC---AATAA----TAATTTTATA---------------CCAGTTACAA-----G-A-T-T-TG-------------------------------------------A-GT----------G--------TT---TCTTTT-T-CT---TA-TC-----------A-AA---G-G-C---TGTTTAA-T--T-AATT----CTT-CTA------CA-AC----AA--T--ACATTG-AA--T--A-TTGG------TTGCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAGACT---TGGTGAC-T--------------ATCT-----------AT-ATATAG-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--ATCA---TGA---CT-C--TCTAT--------CT---C----A-C--CCTAA-T----AACTT-----GGAT-A-CAAC--GG-ACTC--GA-AA--TG--C-TGAT--C-A-AATTTACTACTA--TCACATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTG-GA-TATAT--G--TATAATAAC---------ATCTA------A---------------AA--ATAA---TTGTAT---GAAAA---AG-AAA----AC---T-C-----G-TG-GC-ATT--GGA-GACTTGT----ATTTCACTT-----------------G---ATCT---GAATTTTCAT-AACATGAAATACTG-------------ATAACAA-TGTTTT--------TTTCGCTCTGAAAAT--ACTTAG---T--G--CA-GTG-TTTCAAATTA---AC-A-GATTT--TG-AATAGAAA-AAC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGTATGTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---ATTGT-C-ACT----TTTG-ACAAT-T---CAACAAACC--ATCCTGC----TGTTCG-ACCATAATC-T-TC-GGGGGAAAAC---C------TCCCTGAAA--TTA------AAAAAAAt
gi|20 : gattatgtattccttcgtgtccgtgtaat--AAAT-T--TTGA-AGTA-CA-CG-AGA-TG-TAG-AAAATAAA--TTACTGG-TAAT-GAG---TATA----ATT-TTTCAATT--TA-----------A-----------T-ACG---TT---TGTTACA---TTCAGATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------
gi|21 : --A-AGG-AT-TC---ATTTT----CAA--TCCA---TGG---CT-C--TCTATCC-ATCTGTT---TTAT-AAT--CCCAA-T----AACTT-----GGAT-A-TGACA-AC--CTC--TA-AA--TG--C-TGAT--C-ATA-TTTAATATT
gi|23 : t-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCAGC----AGTTGG-CCAATTATC-T-TG-AAAAAAAAAACC-C------AACCTGAAA---TA------AAAA
gi|24 : TAAA--TTATGT---TAAAA---AA-AAAGTAAAC----AC-----AATA-AC-GTT--GAA-AACTTGC----ATTTTATTTT-C--ATttacagaatataataaaaaggtat
gi|3 : atA----ATGGTGTCATTT--GA-----------ATATGTTTCTGCT-ACA---TTAAAT-CTACA---C----ATG
gi|3 : ATGACACC---A--T-TTAAGA-----TA--ACATGTTTAGATGTGCA---TTGTACA-TGTGTTCGG-TACGTATAA---TTGGACTTTTTTTAGAAGAAAAGAATTTCAC---------ATC---AA--A----TA--TTAATACC----G----TAACCCATTCACA------G-A-T-TGTG--T-------T----------TCATTATTAGA--------TTGA-GT--------T-G--------CT---TCTTGT-T-CT---TA-TT-----------A-AAAGGG-AGC---TGGTTAA-T--T-ATTT----CTTTCAA------CA-GC----AGCGT--GCATTG-AA--A--AGCTGG------TTGCTTGAAC-----CAC----TGCAT-CCAG-CT---TCGTGAC-T--------------GTCT-----------AT-ATATAG-TG--ACAGG-AT-CCC--ATTTTTTCACAG--CCGA---TGA---CTGC--TCT------TTTGTT---C----A-C--CCTAA-T----AACTT-----GGATTA-CAACA-GGGACTG--GGCAA--TGGCT-TGAT--C----------TACTA--TC----TTGAA-GAGA----ATATCA---A---TTACGA-TATAT--GGTTATATCATT---------ATCTA------C---------------AAGAATAAA--ATGTTT---GAAAA---AGGAAA----ACCGAGAC-------TG-GCCATT--GAAAGACTTGT----ATTTTATTTTTC--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTTTAT-AATATGAGGTAC-----------T-TGATAACAAGTGTTT-----------------------T--ATTTAG---T--G--CA-GTG-TTTC-AATTA---ACAA-GATTTTCTG-AAGAGAAA-CGCGAG-CAATTCTGAATTTG-TCC-TGGTA-GTT--ACA----GCAATTCATTTAATCC---AGTGT-C-ACT----TTTCAACAATGC---CAACAAACCA-ATCCAGC----AGTTCG-ACCATTATC-T-TG-GGGGGAAAAA---C------CTCCTGAAATTTTA------AAAAAAtaagataacatgtttagatgtgcattgtacatgtgttcggtacgtataattggactttttttagaagaaaagaatttcacatcaaatattaataccgtaacccattcacagattgtgtttcattattagattgagttgcttcttgttcttattaaaagggagctggttaattatttctttcaacagcagcgtgcattgaaaagctggttgcttgaaccactgcatccagcttcgtgactgtctatatatagtgacaggatcccattttttcacagccgatgactgctcttttgttcaccctaataacttggattacaacagggactgggcaatggcttgatctactatcttgaagagaatatcaattacgatatatggttatatcattatctacaagaataaaatgtttgaaaaaggaaaaccgagactggccattgaaagacttgtattttatttttcattgctggatctggatttttataatatgaggtacttgataacaagtgttttatttagtgcagtgtttcaattaacaagattttctgaagagaaacgcgagcaattctgaatttgtcctggtagttacagcaattcatttaatccagtgtcacttttcaacaatgccaacaaaccaatccagcagttcgaccattatcttggggggaaaaacctcctgaaattttaaaaaaagaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|4 : catgtgtagatttaatgtagcagaaacatattcaaTG-TGTCATTC--GA-----------ATATTTTTG--CC-ACACT-TTAAAAGCTACA---T----ATA--------CAT-G---T-----------A-CAGTGATA-CAT-------------GA-----TA--G-GT-TTTAGATGTGTA---TA--ACA-TGTAT---GATA--TACAACAATTG-ACTTTTTT-AAA-GAAAAG---TTATC---------GTT---AAGCA----TAATTTTATA---------------CCAGTTACAA-----GGA-T-T-TGGTTCCA----T----------T---------A--------T-AA-GT--------T-GAGTCAGTGCT---TCTTTTCT-CTG--TA-TTGAACATTTTATA-AA---G-A-C---TTTCTGG-T--TTAAAT----CTT-CAA------CA-GC----AG--T--GCATTGAAA--A--A-CTGG------TTCCT--GAC-----CA-C---TGCAT-CCAGACT---CGGTGAC-T--------------GTCC------------T-AAATAG-TG--A-AGGAATATC---ATTTT----CAA--GCCA---TGA---CT-C--ACTGTGC-ATCTACT---TTATAA-C--CCT---T----AACTT-----GGAT-A-CAACA-GG-ACTC--GA-AA--TG--CGTGAT--CAA-A-TTTAATAATC--TCACATAT-AA-GA-A----ATGCC----A---TTA-GA-TATGT--A--CATA-----------------------------------------------AAA--TTGTAT---GAAAA---AC-AAA----AC---G-------G-TG-GC-ATG--AGG-GACTTGT----ATTTCATTTT-TCAATT----AC-TTG---ATCTG--GGATTTGTATAAACACGATATACTGTA--TT--TTATGATAACAG-TGTTTT--------TTCCG-TCAGAA-----ATTTAG---T--ACTCA-GTG-TTTC--ATCA---AC-A-A--TT--GG-AAGAGAAA-AGC-AGAC-ATTCATAA-CTGTTCC-TGGTATGAT--TTA----GCAATTAATTTAATCT---AGTTT-C-ACTTTCATTTC-ACAAT-C---CAACAAACC--ATCCTGC----AGTTCG-CCCCTTATTGT-TG-GGGGGGGGGG---G------GGACTGAAA--TTA------AAAGAAAgaattaaaattaaaaatatatatattatattacaaaaaattattgtgtgccaaggaacaataatcattgcattatgtaaggtggaactgcaggaattgtataaacgtatatctacaatgtatgatggaagaat
gi|5 : AAAGATACTA----ATTATTGTCCA-CATAAA-CAACGATTTTTTAGCTT---------CTTGTATTGAGTAGA----TAACAACTGAGCAACCTCGCCTTAAGAAAGCATT----CTGC-TCAATTCTAGAG-TGATTTA-AGTAACATCGCAGA-TG-AAGGAAAATGAACTTGACTTT-TCAT-A------TTATTGCATA-TGTTAT-----------------A----------CTTACA---TTTAAAGGTACA---C----ATGTGTAATTTCATTG-AATTATTATTCTCTAG--GTG-TA-CATCTAAAA-T-TT--AACTTTATATTATAT-TTGAGCTGT-TA---TT-TACAGTGTG----G-TA--TATAA---CCC--CTTTTTT-AAAAGAAAAA---AACACAGAGATTCTACC---AA--G----TAATTTCGTAATACCAG----TA-TCCACTCACAA-----G-ATT-T-TG--TATTCCAAT----------T---------A--------T-CATGTAATTGTAGT-G--------CTA--TCTTTT-T-CT---TA-TT-----------A-AA---G---C---TGTTGAA-T--T-AATT----CTTTCAA------CATGCTCAGAG--T--GCCATG-GA--ATTA-TTCG------TTGTC--TAC-----CTTT---TCCTA-CCAGATTCTATAG-GACTT--------------GTTTCTTAAGCATTGAT-AT-TAGATG----AGG-AT-CCCTAGTTTT----CAAAGATCA---TG-----T-C-----ATG---TCTGCTACGTTAT-A-TCACCTAA-T----AACAT-----AGAT-ATCAACATAG-ACTCTAAA-AA--GGA-G-TGAT--C-A-A---TACTAGGA--TCATACTAGAA-GA-ATAATATATCATATA---TTA-CA-T-TAT--A--TACATTAaaaccaactgaattaccaaagaagtattgtgtgcaaggaataatcattgcattagtaagtggaactgcag
gi|6 : AAGTA-GCTA-TTCCTTGCACTGGACAGGGA-A-TG----A--ATTGTT-A-CA-------------------------------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA-CTGAGCA-CCACCGTTTAATAATGCATCTAAATTAC-TCGATT--AAAT-T--TTGA-AGTG-CT-CG-AGA-TG-TAGAAAA-TGAA--TCATTGG-TAAT-GAG---TATA----ATG-TTTCATTT--GA-----------G-----------T-ACT---TT---TGCTACA---TTCAGATGT---ACTTTAT-G-AAT-----------AGCAGTGATG-CATT---AATT-TT--GA-----CA--ATAT-TTTA-ATGTGTA---CA-TA-------T---G-TA--TATAA---TTA-ACATTTT---AAAGAAAAA---TTCAC---------ATTAGAAA--A----T-ATCTAATAAC----AGTTTTA-TATA-TCATAC-----G-A-T-T-TAGCT-------T----------C---------ATATAATATT-GA-G---------T-G--------CC---CCTGTT-T-CTCGGTA--T-----------A-AA---C-A-T---TTTATAA-TACT-ATTC----CGTTTAA---------------AG--T--GCATTG-GA--A--A-TCGG------TTCCT--GAC-----CACC---TGCAT-CCAAACT---TGGTG---T--------------GTCT-----------AT--T---G-TG--A-AGG-AT-CC---ATTTT----CAA--TCCA---TGA---CT-T--TCTATGT-ATCTGCT---TTATAA-T--CCCAA-T----AACTT-----GGGT-A-TGACA-GG--CTC--TA-AA--TG--C-TGAT--TAA-A-TCTAATACTG--CCAAATAT-AA-GA-A----ggtaaaagctcgaaacgaa
gi|7 : ----ATTTTATTTT-C--ATT----AC-TTG---ATCT---GAATTTGTAT-AACACAAGATAATGTA--TTTTAT-TTATAACAA-TGCTTT--------T-CCGCTCGTGAAAT--ATTTGG---TATG--TA-GTG-TTTCAA-TCA---AC-A-GATTT--TC-AAGA-AAA-AGC-AG-C-ATTCATAATCTG-TCC-TGGCATGTTCTACATGTAGCAATTCATTTAACCC---AGTGT-C-ACT----TTTC-ACAAT-C---CAACA------------------GTTCA-CCCAATATC-T-TGAGAGAGAAAAAAACC------CACATAAAA--TAA------AACAAGA
gi|8 : cGATTATACGTTCCTTCTGAATAAATCAAAAGCATTAAATAAGCTA-TTCCTTGCACTGGACAGTGA-GCTGTCAGA--ATTGTC-A-CA-AAAACAG-G-----TTAGCA----------CTTG-AT--GGTAGA----T--CA--TAAGCA-CCACC-TTTAAGAATGCATC---ATTAC-TTGATT--TAAG-T--ATGA-AGTA-CA-TG-AAA-TG-----------------ATTGG-TAAT-GAC---CTTA----ATG-TGTCATTT--GA-----------A----------
gi|9 : tcttgaaatcagatgtcaaacaaccattaatgcaa-A-C--CCTAA-T----AACTT-----GGAT-A-CAACA-G--ACTG--GG-AA--TG--C-TCAT--C-A--------TACTA--TCATATCTGAA-GA-A----ATATCA---A---TTA-GA-TATAT--G--TATATTATT---------ATCTATATGTAC---------------AA--ATAAA--TTGTTT---GAAAA---AG-AAA----ACAGAGAG-----A-TG-GC-ATT--GAA-GACTTTT----ATTTTATTTT-A--ATT----GC-TGG---ATCT---GGATTTTCAT-AACATGAGATACTGtatttttcctaca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATATGTAAAACACAAATATTCACATAACAACTGATTTGATAACAGTTATATATCATTTAAGATGTGGCTTCATATAATTGAGCGCCTCTTTTTCCCTGTATGAACAT
Unaligned ( gi|22 ): AAACCTGAAATTAAAATAAGAAATACAGAATGCAACAAAGCAGCATAGTGTACAAGGAAATAATCATTGCATTATGCAAGTGGAACTGCAGAA
Unaligned ( gi|25 ): CTTTAAACCGGATGTCAAACAATCATCAATGCAAGATATGAATCACCTCCTTAATAT