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lowQualScore : .. . . . .......... ....................... . .... . .. . . .. .. ... . . . . .. . .......... . .. . ... . . . . . . .. . ... . . . . ... . .. . ....... .. .. . .. . . .... ......................................... . . . ..... ............ . . ................... .. . .. . . . . ... . . . ........... . .. ...................... .. . .. . . . . . ..... . . . .
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Reference ( family-3555 ) : TAGGGCTAC--ACAGTG-TTCGGCGA-GAC-TT----------CGCG------------A----------GATTT-CGTTT----CTCGGAGATCAA-CAA-ACA-TGACGCAAT--CACACGTTAA-CAT---GTGCGAT-AACGTTTTCGA-TCTT-GC-ACAC--GGAA-T----------A-TA--CA-TAGT--AGG-AA-G-AGA-A-AT-TTTA--GCA-TT---TTTAATT-A-CTGT-TCATCAGAACCTGT---TGTCAAAGATTAC-AAGTTTAC-GT-------AAAAAAAG-GCG--T-ACCAT--GTCTGTGGT-AAAGC----ATGA-------AG--------CTCAAGC-T-T-------------AGTTCGAACGGAATC-ACCGT-TCGAAT-----GCT-------G----GA-ATGAA-GC--TA----------CT-ANAGTCA--GCTGTTA-CGGTATGTTGCA--TTTTAG-TCCG-TTGAGAGCTAAAATATT--ACTGAGAAAATTA-A-TCTCAAT--ATG--AATTAATTA-ATTCTCTCTCGCCC--GNTTT----TTTTACGATTTCTGATGACGTTTTGGAGGG--GAGAACATGCACG-ACTAATACCCGGGACTAATACACATGCACTCC-CCTCTCAATC--GATG-AACAGTTCTTAAATATTTTATTGATATTT-AAAAGTCAATGATATACACACATGTA
gi|1 : GGCTAC--ACAGTGGCTCGGCGA-GACCTT----------CGCGGACTCGGCGCGGA----------GATTTTCGTT-----CTCGGAGATCAAACAA-ACA-TGACGCAAT--CACACGT-AA-CAT---GTGCGGT-AACGTTTTCGA-TCTT-GCCACAC--GGAA-T----------A-TA--CA-TAGT--AGGCAA-G-AGACA-ACGTTTA--GCA-TT---TTTAGTTCA-CTGTGTCATCAAAACCTGTGTTTGTCAAAGATTACCAAGTTTAC-AT-------AAAAAAAG--CG--TTACCAT--GTCTGTGGT-AAAGC----G------------------------------T-------------AGTTCGAAGCGAATCAACCGTATCGAAT-----GCT-------G----GA-ATGAA-GC--T------------T-A---TCT--ACT-CTATC--TATTTCGCATTTTTTAGTTCTG-TTGATAGCTAATATACT----CGAGAAAA-TA-A-TCT---T--ATG--A--TAATTA-TTTTAATTTCAATT--GGTTTAAAATATTATGATTTCTGATGATGTTTTGGAAGAGTGAGAACATGCACA-ACTAATACCCGGGACTAATACACATGCACTCCGCCTCTCAATC--GATGAAACAGTTCTTAAATATTTTATTGATATTT-AAAAGTCAATGATATACACACATGTA
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gi|3 : GGGCTAC--ACAGTG-CTCG-CGACGAC-TTGCGACTCGG-CGCG------------A----------GATTT-CGTTT----CTGCGAGAT-AA-CAACACAATGACGCAAT--CACACGCTAA-CAT---GT-CGATAAACGTTTTCGATTCTT-GC-ACAC--GGAA-TTACGC-----A-TAGGCC-TAGT--AAG-AAGG-AAA-A-GTATTTA--GCATTT---TTTAATT-A-CTGT-TCATCAAAACCTGC---TGT-AAAGATTAC-AAGTTTACGGTTAGACAAAAAAAAAGAGCG--T-ATCAT--GTCTG-GGT--AAGC----ATGATG-----AG--------CTCAAGC-T-CAAGCTGCAAGCTAAGTTCGAACGGAATC-GCCGT-TCGAAT-----GCT-------GTCCTAG-ATGAA-GCCTTT----------CT-TTAGTCA--GCTGTTA-CGGTATGTTGCA--TTTTAA-GCTGTTTGAGGACTACAATATTAAACTGAGAAAATTA-A-TCT---T--ATGATAATTAATT--ATTCTCta
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gi|6 : GCTAC--ACAGTG-CTCGGCGA-GAC-TT----------CGCG------------ACTCGGCGCGAGATTT-CGTTT----CTCGGAGATCAA-CAA-ACA-TGACGCAAT--CACACGTTAA-CAT---GTGCGAT-AACGTTTTCGA-TCTT-GC-ACAC--GGAA-T----------A-TA--CA-TAGT--AGG-AA-G-AGA-A-GT-TTTA--GCA-TT---TTTAATT-A-CTGT-GCATCAAAACCTGT---TGTCAAAGATTAC-AAGTTTAC-ATTAAAA--AAAAAAAG-GC---T-ACCAT--GTCTGTGGT-AAAGCGTGAATGA-------AG--------CTAAAGTAC-T-------------AGTTCGAACGGAATC-ACCGT-TCGAAT-----GCTCATGCTGA----GATATGAAAGC--TAAGTCCTTACTCT-AAAGTCAAGGCTGTagtgcgccaatttcagttgaaaaacgtcagcaacatttttgttttggaatactaaaaaaccgcataatgtacc
gi|7 : TGC--ACAGTG-TTCGGCGA-GAC-GA----------TGCG------------T----------TACTT-CGTTT----CT-------------A-ACA-TGACGCAATACTACAC
gi|7 : gaCG--T-ACTTT--GTCTGTAGT-AAAGC----ATGA-------AG--------CTCCAGC-T---------------AGTTCAAACAGAATC-ACAGT-TAGAAT-----GCT-------G----GA-ATGAA-TC--TA----------C----AGTCA--TTTATTA-CGGTATGTTGCA--TTTTAG-TCCA-TTGAGAGCTAAcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacacttcgtactttgtctgtagtaaagcatgaagctccagctagttcaaacagaatcacagttagaatgctggaatgaatctacagtcatttattacggtatgttgcattttagtccattgagagctaa
gi|8 : gatgcacagtgttcggcgagacgatgcgttacttcgtttctaacatgacgcaatactacaccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacactt-------AGAAAAAG-TCG--T-ACTTT--GTCGGTATTTAAAGC----ATAA-------AGGTCAGCTCCTCAAAC-T---------------AGTTCGAATAGAATC-ACCGT-TTGAGTCAGCAGCT-------G----GA-ATGTA-GC--TA----------TTCAAAGTCA--GCTGTTA-CGATATGTTGCA--TTTTAA-T----TTTA-ATTTATAAT------------AAATTG-ATTCCCAAT--ATGTAAATT-CTCAGATCCCCTCCCGCCCCAATTTT----TTTTA--ATTT
gi|9 : GAG--GAGAACATGCACA-ACTAATACCCGGGACTAATACACATGCACTCC-CCTCTCAAT----ATG-AACAGTTCTTAAATATTTTATTGATATTTAAAAAGTCAATTATATACACACATGTAtcatttc
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blockSeqs : . . . . . A . . C A . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . G . . . . . AGCTAAAGTACT G . . . G . . TACAA . . . . . . . . . TATGAT A
blockSeqs : . . . . . A . . . A . . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . AGCTCCAGCT A . . . G . . TATCT . . . . .
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blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
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finalCons : TAGGGCTAC--ACAGTG-TTCGGCGA-GAC-TT----------CGCGA----------------------GATTT-CGTTT----CTCGGAGATCAA-CAA-ACA-TGACGCAAT--CACACGTTAA-CAT---GTGCGAT-AACGTTTTCGA-TCTT-GC-ACAC--GGAA-T----------A-TA--CA-TAGT--AGG-AA-G-AGA-A-AT-TTTA--GCA-TT---TTTAATT-A-CTGT-TCATCAGAACCTGT---TGTCAAAGATTACA-AGTTTAC-GT-------AAAAAAAGG-CG--T-ACCAT--GTCTGTGGT-AAAGC----ATGAAGCTCAAGCT-------------------------------AGTTCGAACGGAATC-ACCGT-TCGAAT-----GCT-------G----GA-ATGAA-GCTATCCA-------------AGTCA--GCTGTTA-CGGTATGTTGCA--TTTTAG-TCCG-TTGAGAGCTAAAATATTA--CTGAGAAAATTA-A-TCTCAANAT-----AATTAATTA-ATTCTCTCTCGCCC--GNTTT----TTTTACGATTTCTGATGACGTTTTGGAGGG--GAGAACATGCACG-ACTAATACCCGGGACTAATACACATGCACTCC-CCTCTCAATC--GATG-AACAGTTCTTAAATATTTTATTGATATTT-AAAAGTCAATGATATACACACATGTA
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gi|1 : GGCTAC--ACAGTGGCTCGGCGA-GACCTT----------CGCGGACTCGGCGCGGA----------GATTTTCGTT-----CTCGGAGATCAAACAA-ACA-TGACGCAAT--CACACGT-AA-CAT---GTGCGGT-AA-CGTTTTCGAT-CTT-GCCACAC--GGAA-T----------A-TA--CA-TAGT--AGGCAAG-AGACA-A-CGTTTA--GCATT---TTT-AGTTCA-CTGTGTCATCAAAACCTGTGTTTGTCAAAGATTACCAAGTTTACA--T-----A------AAAAAAG--CG--TTACCAT--GTCTGTGGT-AAAGC----G--------------------------------T--------AGTTCGAAGCGAATCAACCGTATCGAAT-----GCT-------G----GA-ATG-AAGCTTA--TCT--------A------C---TCTATC----TATTTCGCATTTTTTAGTTCTG-TTGATAGCTAATATACT----CGAGAAAA-TA-A-TCTTAT--GAT-AATTATTTT----AATT-----TCAATT--GGTTTAAAATATTATGATTTCTGATGATGTTTTGGAAGAGTGAGAACATGCACA-ACTAATACCCGGGACTAATACACATGCACTCCGCCTCTCAATC--GATGAAACAGTTCTTAAATATTTTATTGATATTT-AAAAGTCAATGATATACACACATGTA
gi|10 : gaAGGGCTAC--ACAGT--CTCGGCGA-GAC-TT----------CGCG------------AAATCCGCGAAGATGT-CGTTT----CTCGGAGATCAA-CAA-ACA-TGACGCAATACTACACGTTAA-CAT---TTGCGACGAA-CATTTTCGAT-CTT-GC-ACAC--GGAA-T----------ATTA--CATTAATTAAAG-AAGTATA-A-A-T-TTTAGTGCATT---TTT-AAatgcacatctaaaatgtgtatcaagtattaatgcaccactgctattcatggagtacatgtgtagatttaatgtagcagaaacatattcaaatgacaccatttaag
gi|11 : TAGGGCTAC--ACAGTG-CTCGGCGA-GAC-TTTGCGACTCGGCGCG------------A----------GATTT-CGTTT----CTCGGAGATCAA-CAA-ACA-TGACGCAAT--CACACGTTAA-CAT---GTGCGAT-AA-CGTTTTCGAT-CTT-GC-ACAC--GGAA-TATACATGATCA-TA--CA-TAGT--GGG-AAG-AGA-A-G-T-TTTA--GCATT---
gi|12 : --ACGGTG-TTCGGTGA-CAC-TT----------TGCG------------A----------GATTT-CGTTT----CT
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gi|13 : acggtgttcggtgacactttgcgagatttcgtttctatacctaCAA-TAA-TCAACGACGCA-T--CACACGATAAGTATAGAGTGCGAT-AA-CGCGTTTGAA-TTT-GC-ACTG--GGAT-T----------A-AC--CA-TATT---GG-AAG-AGA-AGA-T-TTTA--Ggcccatttgcaatattcacatt
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gi|2 : TAGGGCTAC--ACAGTG-TCCGGCGA-GAC-TT----------CGCG------------A----------GATTT-CGTTT----CTCGGAGATCAA-CAA-ACA-TGACGCAAT--CATACGTTGA-CAT---GTGCGAT-AA-CGTTTTCGAT-CTT-GC-ACAG--GGAA-T----------A-TA--CA-TAGC--AGG-AAG-ATA-A-A-T-TTTA--GCATT---TTG-AAAT-A-TTGT-TCATCAGAGCCTGT---TGTGAAAGATTAC-AAGTTTACG--T-----A------AAAA-AG-GTGAAT-ATTA-------------AAAGC----ATGA--------AG--------CTCAAG--CTAT--------AGTTCGGACGGAATC-ACCGT-TCGAAT-----GCT-------A----GG-ATG-AAGC--A--ACT--------AC-A-GTCA--GCTGTTACGGTATGTTGCT--TTTTAG-TCCG-TTTAGAGCTAAAATATT--ACTGAGAAAATTA-A-TCTTAA--TATGAATTA-ATT----AATTCTCTCTCTCTC--TCTTTTC--TTTTTTTATTTCTGATGATGTTTTGGAGGG--AAAAACATGTATGTACTAGTACGC------AATACATAT-C-CCCC-CCCCCCATTCTTG-TG-GACAGTTCTTAAATATTTTATTGACATTT-ATAAATAAA-GGT------ACATGTA
gi|3 : GGGCTAC--ACAGTG-CTCG-CGACGAC-TTGCGACTCGG-CGCG------------A----------GATTT-CGTTT----CTGCGAGAT-AA-CAACACAATGACGCAAT--CACACGCTAA-CAT---GT-CGAT-AAACGTTTTCGATTCTT-GC-ACAC--GGAA-TTACGC-----A-TAGGCC-TAGT--AAG-AAG-GAA-A-AGTATTTA--GCATT---TTTTAATT-A-CTGT-TCATCAAAACCTGC---TGT-AAAGATTAC-AAGTTTACGGTT-----AGACAAAAAAAAAGAGCG--T-ATCAT--GTCTG-GGT-AA-GC----ATGATGAGCTCAAG--------CTCAAG--C--TGCAAGCTAAGTTCGAACGGAATC-GCCGT-TCGAAT-----GCT-------GTCCTAG-ATG-AAGC-CT--TTC--------TTTA-GTCA--GCTGTTACGGTATGTTGCA--TTTTAA-GCTGTTTGAGGACTACAATATTAAACTGAGAAAATTA-A-TCTTAT--GAT-AATTA-ATT-----ATTCTCta
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gi|6 : GCTAC--ACAGTG-CTCGGCGA-GAC-TT----------CGCGACTCGGCGCG--A----------GATTT-CGTTT----CTCGGAGATCAA-CAA-ACA-TGACGCAAT--CACACGTTAA-CAT---GTGCGAT-AA-CGTTTTCGAT-CTT-GC-ACAC--GGAA-T----------A-TA--CA-TAGT--AGG-AAG-AGA-A-G-T-TTTA--GCATT---TTT-AATT-A-CTGT-GCATCAAAACCTGT---TGTCAAAGATTAC-AAGTTTACA--TTAAAAA------AAAAAAG-GC---T-ACCAT--GTCTGTGGT-AAAGCGTGAATGA--------AG--------CTAAAGTAC--T--------AGTTCGAACGGAATC-ACCGT-TCGAAT-----GCTCATGCTGA----GATATGAAAGC-TAAGTCCTTACTCTAA--A-GTCAAGGCTGTagtgcgccaatttcagttgaaaaacgtcagcaacatttttgttttggaatactaaaaaaccgcataatgtacc
gi|7 : TGC--ACAGTG-TTCGGCGA-GAC-GA----------TGCG------------T----------TACTT-CGTTT----CT-------------A-ACA-TGACGCAATACTACAC
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gi|8 : gatgcacagtgttcggcgagacgatgcgttacttcgtttctaacatgacgcaatactacaccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacacactt-----A------GAAAAAG-TCG--T-ACTTT--GTCGGTATTTAAAGC----ATAA--------AGGTCAGCTCCTCAAA--C--T--------AGTTCGAATAGAATC-ACCGT-TTGAGTCAGCAGCT-------G----GA-ATG-TAGC-TA--TTC--------A--AAGTCA--GCTGTTACGATATGTTGCA--TTTTAA-T----TTTA-ATTTATAAT------------AAATTG-ATTCCCAA--TAT--GTAA-ATTCTCAGATCCCCTCCCGCCCCAATTTT----TTTTA--ATTT
gi|9 : GAG--GAGAACATGCACA-ACTAATACCCGGGACTAATACACATGCACTCC-CCTCTCAAT----ATG-AACAGTTCTTAAATATTTTATTGATATTTAAAAAGTCAATTATATACACACATGTAtcatttc