lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 66666666666666666666666666666666666666666 22222222 4444444444444444444444444 555555 2222222222 1111111 111 22 111 111 1111 33333333333333333333333333333 1111 22222222222222222 222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 1111111111111 11 1111 1 1 1111111111 22 1111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 3333333 44 1111 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6666666666666666666666666666666666666666 44444444444444444444 222222222222 11111111111111111111 111111111111111111111 1111 1111111 1
lowQualScore : 3 22222222222222222222222222222222222222222 4 4 55 4 4 0 6 4 11111111 2 4 0000000000000000000000000 4 0 4 55 111111 4 777 4 4444444444 3 1 1111111 55 3 6666 3 77 000 22 3 3 7 888 3 000 2222 8 4 55555555555555555555555555555 3 3 1111 55555555555555555 3 3 3 3 3 000 3 44 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 7 88 55 6666666666666 3 3 3 666 44 888 77 44 00 44 44 0000 44 77 3 3 6 3 3 6 3 555 6 3 3 99 55 4 999 0 4 0 2222222222 7 55 3 4 8 8 00 4 4 4 6666666666 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 4 888 55 00 4 444 3 3 3 88 6666666 3 55 3 88 7 3 3 3 88 5555 3 3 333 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 66 5 99 8 3333 444 33 5555 0000000000000000000000000000000000000000 2 77 2 33 2 55 333 55555 2 22 2 2 44444444444444444444 2 333333333333 88888888888888888888 7 777777777777777777777 1 99 1 555 1 333 22 555 3 1 3 44 3 22 2 22 77777 4 4 4 2 4 22 9999 0000 1 1 22 3 2 2 555 2 55 2 55 9999999 2 2 1 4 2 2 4 2 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : . ......................................... . . .. . . . . . ........ . . ......................... . . . .. ...... . ... . .......... . . ....... .. . .... . .. ... .. . . . ... . ... .... . . ............................. . . .... ................. . . . . . ... . .. ............................................................. .. . .. .. ............. . . . ... .. ... .. .. .. .. .. .... .. .. . . . . . . . ... . . . .. .. . ... . . . .......... . .. . . . . .. . . . .......... .................................................................. .. . ... .. .. . ... . . . .. ....... . .. . .. . . . . .. .... . . ... . ...................................................................... . .. . .. . .... ... .. .... ........................................ . .. . .. . .. ... ..... . .. . . .................... . ............ .................... . ..................... . .. . ... . ... .. ... . . . .. . .. . .. ..... . . . . . .. .... .... . . .. . . . ... . .. . .. ....... . . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 3 22222222222222222222222222222222222222222 0 0 55 0 0 8 2 0 77777777 3 0 0000000000000000000000000 0 8 0 55 222222 9 000 1 5555555555 6 3 8888888 00 6 9999 6 33 999 22 6 6 3 555 6 000 5555 0 0 00000000000000000000000000000 6 6 5555 66666666666666666 6 6 6 6 6 555 3 66 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 66 3 66 00 1111111111111 6 6 6 444 66 111 99 55 11 66 66 4444 66 99 3 3 7 3 3 7 3 888 7 6 6 77 00 0 888 9 3 9 8888888888 3 00 6 0 0 0 55 0 0 0 0000000000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 55 0 555 00 22 6 111 6 6 6 66 2222222 6 00 6 00 3 6 6 6 66 5555 6 6 555 6 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 88 3 66 0 9999 444 44 3333 2222222222222222222222222222222222222222 5 22 2 11 2 33 999 33333 1 99 1 1 77777777777777777777 1 777777777777 55555555555555555555 6 000000000000000000000 9 88 9 111 9 111 66 222 8 9 8 55 8 66 0 88 00000 0 0 0 0 0 88 8888 5555 9 9 66 8 0 0 555 1 88 1 00 4444444 1 1 4 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
consensus : CATCAAATCA-TCTTCTTCT-GG-GATATCGTTATAATGGAAA---------------AAAATGGAA-AG-T--T-T-CTATG-TAC-G------AGT-TAT-------------------------C-AAAT-TAAAA--AAA-A--TCGG---TGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---G-G-GTA--CTGCACAAT-TT-GT-TC-AAG-C-GC-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-TC-GTGG-C--ATCAA-------------A---CN---------A------A-------------T-----------TTTCT--GC-AG--T--TC--A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAA-TC--AAT-CCGAAA-T-G-TCGT-AGAGC-----A----AGA-CAT--CT-GAAT-ATG-CCA-AG--T-A-CT-AC-----T----AC------NGANANACNTTTTATTACNNTNAATNANNNGANGNNTCCCCNNACCCNNNTAAACT----C--A-GCGA--GGGGG--CC-GAGA-C-A-CAGA-C-TA--TTCT-----AAC-T--AGC-CA--A-GT-A-CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TCAAC--TTC-TGATAT-ACT---G--CAA-GTA-C-GAGTCTGTTAACA-TT-TNAAATT-CTGA-TATT---------T-TGAA-TTT-GAAT-AAA-AC-T--T-G---AATTT--T----AAAT-AAA---T--CTT-A-CAAT---------CACTT-G--AGGTGA-AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTC---TT-----AT-T--GAAA-T-A----------------A--GTTT-A------------TTT-T------------------AAA-A---C--A-----A-T------ATGC-T--A-T-A-A-AA-C-GGT--GAA---TT-A-CT-AA--A-A--TTCC-C--AATGT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-A-T-T---CC-C--A-A--TTC-G---A-AA-GGCCCA-GG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
Reference ( gi|8 ) : CATCAAATCA-TCTTCTTGT-GG-GATATTGTTAGAATGGAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAATGGAA-AG-T--T-T-CTACG-TAT-G------AGT-TAT-------------------------C-AAAT-TAAAA--AAA-AAATCAG---TGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---G-G-GTA--CTGCACAAT-AT-GT-TC-AAG-A-GC-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CA--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-TG-ATGG-C--ATCAA-------------A---CA---------A------A-------------T-----------TTTCT--GC-AG--T--TC--A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--TGGGA--GA-AAA-CGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAA-CC--AAT-CTGAAA-T-G-TCAT-AGAGC-----A----AGA-CAT--CT-GAAT-ATG-CCA-AA--T-A-CT-AC-----T----AC------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----C--A-GTGA--GGGGG--CC-GAAA-C-A-CAGA-C-TA--TTGT-----AAC-T--AGC-CATTA-GT-A-CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TCAAA--TTC-TGANGTAACT--AGC-CAA-GTA-C-GAGTCTGTTAACC-TT-TCAAATT-CTGA-TATT---------T-TGAA-TTT-GAAT-AAA-AC-T--T-G---AATTT--T----AAATTTAA---T--CTT-A-CAAT---------TAC---A--AGGTGA-AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTC---TT-----AT-T--GAAA-T-A----------------A--CTTT-A------------TTT-T------------------AAA-A---C--A-----A-T------ATGC-T--A-T-A-A-AA-C-GGT--GAA---TT-A-CT-AA--A-A--TTCC-C--AATGT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-A-T-T---CC-C--A-A--TCT-G---A-AA-GGTCCA-GG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|6 : CATCAAATCA-TCTCCTTCT-CG--ATAC----ATAATGGAAA------------------ATGGAAGAG-C--T-T-CTATG-TAC-GG-----AGT--------------------------------AAT-CAAAACTAAA-AAATCGG---TG-CTGGG------T-AA-AACA-------TTTTTA-TTCGGTG---G-G--TA--CTGCACAAT-TT-GT-TCGAAG-C-GC-T---TT----G--T-AACATATA----CT-CG--T-----G--C-A-TT-A-TG-C--G-AGC-----------------TTCTGTAA---AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-TT-CGTG-C--ATCAA-------------AACCCAATCACATTCA------G-------------T-----------TTTCT--GCAAG--T--TCAGA--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--TG--C-GGA--GA-A----TTCGACCA--T--T----G--TG-G-ACG-ATT-AC-A-GTCT---GC-AAG-CG-AGAA-TC--AAT-CCAAAG-T-GTTCGT-ACAGC-----A----AGA-CAT--CT-GAATGATG-CCA-AG--T-A-CT-ACG----T----ACTAGATGAATCGTTATTTTAATATCATTAAATGACCAGATGTCCTCCGTAACCCATTTAAACT----C--A-GCGA--GGGGG--CC-AAGA-C-A-CAGA-C-TA--TTCCA----AAC-T------CACAA-GT-A-CAA-GT--C-GTT----AACA-TT-TCAGC--TTC-TGA
gi|7 : gattttcccaccctgtgtaggggtcaaattcggccccgattcccaattgcagaattaaagcttgtttcccaattgttgacaaaaagttccccaatcttattttaaaATCAAATCAATCTTCTTGC-G---ATATCGATATA--------------------TGAAAATTGAA-G-----T-T-CTATG-TAT-G------AATGTAT-------------------------C-AAAT-TATAA--AAA-A--TCGG---TGACTT--------TTAA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---G-G--TA--CTGCACATT--T-GT-TC-AAA-ACGC-T---TT----GG-T-AACATACA----CT-CG--T-----G--T-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAAACTC-AAAGTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAA-TC-TTTG-TC-GTTG-C--ATCAA-------------A---CA---------ATCACTCAGT-----------T-----------TTTCT--GC-AG--T--TC--A--A-AA----C-G-TTGAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAAATGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAA-TC--AAT-CTGAAA-T-G-TCGTGAGAGC-----A----AGA-CAT--CT-GAAT-ATA-AAA-AAAGT-A-CT-AC-----T----AC------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NTAA-GTGA---GGGG--CC-GAGA-C-ACCAGA-C-TA--TTCT-----AAC-T--AGC-CA-AA-GT-A-CAA-GTC-CTGTTTTAAAACA-TT-TCAAC--TTC-TGATAT---------------TT-T-GAATTTG--AA------TAAAACT-TGGA--ATT---------T-T-AA-TT---AAT-AAA-TC-T--T-G---CA----------GAAT----------------CACT---------T-----G--AGGTGA-AG-AAT-GT-TT--GT-A--T-----CT-----AT-T--GAAC-T-A----------------A--GTTT-A------------TTTAT------------------AAACA---A--A-----A-A------ATAC-T--A-A-ATA-AA-C-GGT--GAA---TTAA-CA-AA--A-A--TTTT-C--AATGT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-tttgaattttaataaacttgaattttaaataaatcttacaatcacttgaggtgaaggaatgttcatattcttaatgaaataagtttatttaaaaacaatcatgctataaatgggtgagaattactaaattcccaatgtggacaaaatgacgtaaatcccaatttcgagaaagcccaggcccgattcaaaaatgtgtagaaaatccc
gi|10 : gggattttccaccctgttgtagggtcccgaaattcggcccattccacaacacgcagattaagcattttttcccaatttgttgacaaaaattccatattttatttagatAATCA-TCTTCTTCTTGGCGCTATTGTTA--ATGGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C-ACG-TAC--------AGT-TAT-------------------------C-AA-T-TAAAA--TA-----TCGG---TGTCTT--------T-AA-A-CG-------TTT--A-TTCTGTG---G-GTGTA---TGCACATT-TT-GT-TC-AAACG-GC-T---TT----GG-TCAACACATAT------CG--T--------T-G-TT-ACTGGCCGA-AGCCATAA-CTC-A--GTA--------AGA-AAAT-T-A-AGAAATC-TTTGCTC-ATGG-C--ATCAA-------------A---CA---------A------A-------------T-----------TTTCT--GCCAG--T--TT--T--A-A-----TTG-T-GAA---TTA--CG--CTGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAA-CC--AAT-CTGAAA-CGG-TCTTCAGAGC-----A----AGA-CAT--CT-GAAT-ATA-CCA-AAG-T-T-CT-AC-----T----AC------TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCT----C--A-GTGAGGGGGGG--AC-GAGA-C-A-C-GA-C-TA--TTCT-----AAC-T--AGCGCA--A-GTAA-CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TTCAC--TTC-TGATAT
gi|9 : TCTTCT-GC-GATATCGTTA--ATGGAAA------------------ATGAAA-AG-T--T-T-CTATG-TAC-G------AGT-TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAAT-TAAAA--AAA-A--TCGG---TGTCTT----------AA-AACG-------TT---A-TTCTGTG---G-G-TAA--GCGCACAAT--T-GT-C---AG-C-GC-T---TTT---GG-T-AACATATA----CT-CG--TA----G--C-G-GT-A-TGGC--GGAGCATTAA-CTCCG--GTATTTCTGTACGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTTT-TC-CTGG-C--ATCAA-------------A---CC---------A------ATCACTACAGT---T-----------TTTCTG-GC-AGT-T--TC--A--A-A-----C-G-T-GAA---TGATTTG--CGGGA--GA-AAA-TGTTCGCCA--T--TG---G--TAGA-ACG-A-T-AC-ATGT-T---GC-A------AGAA-TC--AAT-CTGAAACT-GATCGT-AGAGC-----AAG--AGA-CAT--CTAGAAT-ATGTCCA-AG--T-A-CT-ACCNNNNN----NN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----C--A-GTGG--AGGGGCTCC-GAGA-C-A-CAGACC-TATTTTTT-----AAT-T--AGC-CAGTA-A--A-CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TTCAA--CTC-TG----------------A-GTA-T----TCTG--------------ATT-CTTA-TA---------------AA-TTTCGAAT-AAATACTT--T-G---AATAT--T----AAA--TAAATCT--CTT-ATCAAT---------CACTT-G--AGGTGA-A-AAAT-GT-TCCAAT-A--TTC---TT-----AT-T--GAAA-T-A----------------A--GTTTAA------------TTT-T------------------AAATA---C--A-----A-T------ATGC-T--A-T-A-A-AA-C-AGT--GAAT--TT-A-CT-AA--ATA--TTTC-C--AATGT-----G-AC-C-A-A-A--ATGA-----GT----T-A-A--A-A-T-T---CCAC--A-AGTTCG-A---A-AA-GGCCCA-GG-CCCC-ATGT-CC-CA-AAAT-GGT-GTGGAAAAA-TCCtttgaatttgaataaaacttatgaactttaataaatcttcaatcactgaggtgaagaaatgttcatattcttatctgaaataagtttattttaaaacagatatgctataaaaacagtgaattactaatattccaatgtggacaacaatgacgcgtaaatatcccaattcgaaaaaaggcccaggccccatcccaaaatggttggaatccc
gi|4 : AAAATTGGA-AG-T--T-C-TTATG-TAT-G------AAT-TAT-------------------------C-AAAT-TATAA--AAA-A--TCGG---TGACTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---G-G-GTA--CTGC-C-AT-TT-GT-TC-AAG-ACGC-TG--TT----GG-T-AACA---ATACACTACG--T-----G--TGG-TT-A-TGGC--G-AG-CATAA-CTCAA--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-TAGAATC-TTTG-TC-GTTG-CTAATCAACCAATCACTTCTTA---CA---------G------T-------------T-----------TTTCT--GC-AG--T--TCA-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--G--AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-A-G-A-T-AC-ACGT-T---GC-AAG--G-AGAT-GC--AAT-CTGATA-T-G-TCGTGAGAGC-----A----AGA-CAT--CT-GAAT-ATA-ATA-AAAGT-A-CTAAC-----T----ACN-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACT----A--A-GTGA--GGGGG--CC-GAGACC-A-CAGA-CTTA--TTCTA----AAC-T--AGC-CA-AA-GT-ATCAACGTCCCTGTTTTAAAACA-TT-TCAAC--TTC-TGATAT---------------TT-T-GAATTTG--AA------TAAAACT-TGGA--ATT---------T-T-AA-TTT--AAT-AAA-TC-T----------TTG--C----AG----AA---T--C---A-C--T---------T-----G--AGGTGC-AG-AAT-GT-TT--GT-A--TTC---TT-----AT-T--G-AA-T-A----------------A--GTTT-A-------------TT-T------------------AAA-A---CAAA-----A-T------AAAC-TAAA-T-A-T-AA-C-GGT--GAA---TT-A-ATCAAATA-A--TTTT-C--AATGT-----G-GA-CAA-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--AGA-T-T---CC-C--A-A--TTC-G---A-GA-GGCCCA-GA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-
gi|11 : gggattcttcaacctgttgtaggggtccgaaatttcgcgcccattcacaaccgcagattaaagcaattttttacccagatttgttgacaaattcctccaattttatttagatatcaataatcttctgcgatatcgatatatggAAAAGGGAA-AGCT--T-T-CTATG-TAC-G------AGT-TAT-------------------------C-AA-T-TAAAA--A-------CGG---TGTCTT--------T-AA-AACA-------TTT------CTGTG---G-T-GTA--C-GCACAAT-TG-GT-TC-AAG-C-GC-T---TT----G--T-AACATAT---TACT-CG--T-----G--C-A-T--A-TGGC----AGC-----------------TTCTGTAAGAGAAAT-TTA-AGAAACT-TTTG-TC-GTGGCC--ATCAA-------------A---CC---------ACTC---ACTCAGCT------T-----------TTTCT--GC-AG--T--TC--A--C-A-----C-GAT-GAA---TGA--TG--CGGG------AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACG-A---AC-A-GG-T---GC-AAG-CG-AG-A-TC--AAT-CCGAAA-T-GCTCAT-ACAGC-----A----AGACCAT--CT-G-AT-ATA-GCACAA--TAA-CT-AC-----T----ACNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCACT----C--A-GCGA---GGGG--CC--AAA-G-A-CAGA-T-TAT-TTCC-----AAC-TCCAGC-CA--ACGT-A-CAA-GT--CGGTT----AACA-TTCTCAAC--TTC-TGAgtc
gi|1 : ctgcggatatcattaattcgggAAATGGAA-AG-T--T-TTCTA-A-TAT-AC-----AAT-TAT-------------------------C-AAAT-TAAAA--AA-----TCAG---TGCCTT--------TTAA-AACG-------TTT--AATTCTGTT---G-G-GTA---TGCACAAT--T-GTGTC-AAG-C-GCGT---TT----GGGT-AAC-TATATATCCTGCAATT-----GACT-G-TT-G-CGG-----AGCCATA--CTC-A--GTATTTCTGTAAAG-AAAT-TTA-AGAAATC-TTT--TGCATGG-C--ATCAA-------------A---CC---------A------A-------------TCACCTTCAGTTTTTCTAAGC-AGATT--TC--ATTACG-----C-G-T-GAA---TGA--CG--TGGGAC-GA-AAA-TGTCGACCAATT--T----G--T--G-ACG-A-T-AC-A-GC-T---GTGAAG-CG-AGAATCC--AAT-ATGATA---G-TCGT-AGAGCATTTTA----AGC-TA---CT-GAAT-ATGACCACAG--T-A-CT-AC-----T----AC------AGATAAACGTTTTATTATCGTTAATTACATGATTGATTCCTCGTACCCAGTAACGTTTTAC--A-GTGA--GGGAG--CC--AGA-CAA-CAGA-C-CA--GTATTCCCAAAC-T--AGC-CA--AGGT-A-AG--GT--CTGTT----AA-A-TT-TCAAC--TTCATGAT---ATT---GT-TGA-ATA---AAATTT-TTGATA-TT---GAA----TAA-AACT---------T-TGAA--TT-GAATAAAA-AC-T--TAG---AATTT--T----AA--TAAA---T--CTTGA-C-AT---------CAC---CTTGAGTGA-AGAAAT-G--TC--AT-ACGTTC---TT-----AA-T--GAAA-T-ATTTTAGTATTCACC--A--TTTT-AATAGCATATTTGTTT-T------------------AAATAAATC--A-----A-T------ATGC-TTAA-T---A-AA-T-GGT--GAA---TT-A--T-AA--A-AACTTCC-C--AATGT-----GCGAGCAA-A-A--ATGAC----GCA---TAA-A--A-A-T-T---CC-CTGA-A--TTC-G---C-AA-GG-CCACGG---CC-AT-T-CC-AA-AATT-GGT-GTGG-AAAA-TCattgaattgaataaacttgaattttaaatcatcttaacaatcacttgaggtaagaaaatgttcatattctaatcaaagaatttattttaaaaacaatatgctataaaagtgactaaactataatcccgaatgttggacaaaatgacgctaaaaattcccaatttcgaaaggccaggtccccattccaaattgatggtggaaaacc
gi|2 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtatctaatcatccccttaactcgatatcgttattggAAATGGAA-AG-TGTTGT-CTATACTAC-A------A-T-TAT-------------------------C-AAAT-TAAAA--AA-----TCAG---TGCCTT--------TTAACAACG-------TTT--A-TTCTGTT---G-G-GTA---TGCACAAT-ATTGT-TC-AAG-C-GC-TCGTTT----GGGT-AACATATAT------CC--T-----G--C-AATT-G-TG-C--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-C--ATGG-C--ATCAA-------------A---CC---------A------ATCGACTCAG----T-----------TTTCTGAGC-AG--TCATT--A--ACG-----C-G-T-GAA---TGA--CG--TGGGACCGA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGAA-TAAC-A-GC-TTTAGTGAAGCCGTAGAATCC--AATATTGAA----G-TCGT-AGAGC-----ATTTTAAG-CATCACT-GAAT-ATG-CCA-AG--T-A-CT-AC-----T----AC------AGATAAACGTTTTATTACGTTAATTACAGATCAGATTCCTCGTACACCAGAATTA-----C--ATGTGA--GGGGG--CC--AGA-C-A-CAGA-C-CA--GTATTCCCAAACTT--AGC-CA--A-GT-A-AG--GT--CTGTT----AA-A-TT-TCAAACTTTC-TGATAT-----------------------TTTG--AA------TAAAATT-TTGA-TATTGATAAAAACT-TGAATTTT-GAATAAAA-AC-T--T-G----------T----GAATTTAA---TAACTTGA-CAAT---------CACCTTG--AG--GA-AGAAATCGTGTC--A--G--TTC---TT-----AA-T--GAAA-T-ATTATTAGTAATTCACCA--TTTT-ATAGGCATATTTGTTT-T------------------AAA-A---T--AAAT--A-T------ATCT-T--A-T-A-A-A-----TT--GAA---TT-A-TA-AA--A-A--TTCC-C--AATGT-----GCGAGC-A-A-AATATGACA---GCAT--C-A-AACA-A-T-T---CC-CAGA-A--TTC-G---C-AA-GG-CCACGG---CC-AT-T-CC-AA-ACAT-GGT-GTGG--AAA-TCC
gi|3 : agggatttttcgcacctgtgtagggtccgaaaaattcggcgcgcattcccatgcagaattacaaatgcattttgtttcgccatttgttgacaaaatatcccaatgctaatcagtccccttaactcggatatcgttattggAAGTGGAA-AG-T--T-T-T--CG-TTT-GTTAGCGAGT-TAT-------------------------CCAAAT-TAAAA--A------TT-----TGTCTT--------T-AA-A-CA-------TTT--A-TTCTGT----G-G-CTG--CAGCACAAT-TT-GT-TT-CAG-C-GC-----TT----GG-T-AAC-----TATACT-CG--TGGGAGG--C-A-TTGA-TGGC----------AA-C----------TTC-GTAAG--AAAT-TTA-AGAAATC-TTTT-CG-TTGG-C--ATCAA-------------A---CAATCACTCC-A------G-------------T-----------TTTCC--GC-AG--T--TC--A--C-A------------AA---AGA--TG--CGGGA--G--AAA-TGTTCGCCA--T--T----AATT--GTAC--A-T-GCAA-GT-T---GC-TAG-CG--GAA-TCAGAAT-CCGAAT-G-G-TCAT---AGC-----A----AGATCAT--CT-GAAT-ATG-CC--AG--T-ACCT-AC-----CTCGAAC------TTAGAGACTGTTTTCTAATATCAAACAATGAAGATGTCTCCGTACCAGTTTTAACT----C--A-GCGG--AGGGG--CC-AAGA-C-A-CAGA-C-TA--AT-C-----CAC-T--AG--CA--A-GA-G-CAA-GC--TTGTT----AACAGTT-TCAAC--TTC-TGATAT
gi|5 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggGGA-AG-T--T-T-CTATG-TATCG------ATT-AAT-------------------------C-AAATATAAAA--AAATATCTCAGAGTTGTCTTATTCTTTAT-AA-AGCATTGTAATTTT--A-TGTTGTGTTCT-A-GTACTCTGCACAAT-TT-GT-TCAAAG-C-GC-T---TTCACAGG-T-AACA-----ATACT-CG--T-----G--C-ATTT-A-TGGC--G-AGCTA----------------TCTGT-ACA-AAATGTTACAGAAATC-TTCG-TC-ATGG-C--ATCAA-------------A---CACC-------A------AATCAACTCACAGTT-----------TTTCT--GC-AG--T--TC--A--A-AACATGC-G-T-GAAATTTGA--TGCTCGACA--GAGAAA-TGTCAACCA--TAGT----G--T--G-ACG-ACT-AC-A-AG-T---GC-Atttgaattgaataaaactgaatttattaaataaattacaacaactaagtatactttgaggtgagaatatgtctatattctttaagaattataatgtcttatttaaaacaatatctataaaaatgctgaatttacaaaaattccgcaagtggacaataatgacgctaaaattcccaattcgaaaaggccccggcccgatatccacacaaatgggtgtggaaaagtccc
gi|1 : t--------T-AA-AACG-------TTT--A--TCTGTA---GTA-GTA--CTG--TGGTCAT-AT-TC-AGT-A-GC-T---Tctgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatctcagccgagcggggccggaagacacaagacctatttcccaacaagtagccgaacggttatcaagtactgagttaacattttaactttctgaatatttgtaaatttgaaaatacttgcgaaattttgtttaaataaaatcttacaatcacttgaggtgagaaaaatgttcatattcttactatgaaatatagttttatttcaaaacattttaatttgctctataataattggtgaaattttactaaattcccctaatatttataggacacaaatgactgcatataaattgtcctcaattcgaaaaggcccagccccctattacccaaaatggtgtggaaaatccct
gi|23 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtatctaatcatccccttaactcgatatcgttattggaaatggaaagttttctaatatacaattatcaaattaaaaaatcagtgccttttaaaacgtttaattctgttgggtatgcacaattgtgtcaagcgcgtttgggtaactatatatcctgcaattgactgttgcggagccatactcagtatttctgtaaagaaatttaagaaatcttttgcatggcatcaaaccaatcaccttcagtttttctaagcagatttcattacgcgtgaatgacgtgggacgaaaatgtcgaccaatttgtgacgatacagctgtgaagcgagaatccaatatgatagtcgtagagcattttACATATAAT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCTATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AAAAATC-TTTG-TC-TTGG-C--ATCAA-------------A---CC---------A------A-------------T-----------ttatcgttaattacatgattgattcctcgtacccagtaacgttttacagtgagggagccagacaacagaccagtattcccaaactagccaaggtaaggtctgttaaatttcaacttcatgatattgttgaataaaatttttgatattgaataaaactttgaattgaataaaaacttagaattttaataaatcttgacatcaccttgagtgaagaaatgtcatacgttcttaatgaaatattttagtattcaccattttaatagcatatttgttttaaataaatcaatatgcttaataaatggtgaattataaaaacttcccaatgtgcgagcaaaaatgacgcataaaaattccctgaattcgcaaggccacggccattccaaaattggtgtggaaaatc
gi|20 : a-C--ATCAA-------------A---CC---------A------A-------------TCACTCAGTT--TTTCT--GC-AA--G--TC--A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAA-TCTCGACCA--T--T----G--T--G-ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAA-CG-AGAA-TC--AAT-CTGAAA-C-G-TGGT-AGAGC-----A----AGA-CAT--CT-cactcagtttttctg
gi|24 : GA--TG--CGGGA--GA-A---TGTCGACCA--T--TAATTG--T--G-ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAA-TC--
gi|27 : aaaacattcctcaatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaTGAAA-T-G-TCGT-AGAGC-----A----AGA-CAT--CT-GAAT-ATA-ATA-AAAGT-A-CT-AC-----T----A
gi|13 : T----C--A-GTGG--AGGGG--CC-GAGA---A-CAGA-C-TA--TTCT-----AAC-T--AGC-CA--A-GT-A-CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TC-AA--TTC-TGAT---ATT--------------T-GAATTTG--AA------TAAAACT--TGA-------------------A-TTT-GAAT-AAA-AC-T--T-G---AATTT--T----TAA-TAAA---T--CTT-G-C--------------------------A-AGAAAT-GT-TT--GT-A--TTC---TT-----AT-T--GAAA-T-AC---------------AGTTTTT-A------------TTT---------------------AA-A---C--A-----A-A------ATAC-T--A-T---A-AA-C-AGT--GAA---TT-A-CA-AA--A-A--TTCC-C--AATGT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T---A--A-A-T-T---CC-C--ACA--TTC-GA--A-AA-GGCCCA-GG---CC-AT-T-AC-CA-AAAT-AA--GTGG-AAAA-TCCCT
gi|12 : GA--GGGGG--CCCGAGA-C-A-CAGA-C-TA--TTTT-----AAT-T--AGC-CA--A-GT-A-CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TCAAC--TTC-TGATAT-----------------------TCTG--------------ATT-CTTA-TA---------------AA-TTTCGAAT-AAATACTT--T-G---AATAT--T----AAA--TAAATCT--CTT-ATCAAT---------CACT--G--AGGTGC-AAAAAT-GT-CC--ATAA--TTC---TT-----AT-T--GAAA-T-A----------------AAGCTTT-AT-----------TTT-T------------------AAATA---C--A-----A--------ATGC-T--A-T-A-A-AA-C-AGT--GAA---TT-A-CT-AA--ATA--TTTC-C--AATGT-----G-GA-C-A-A-T--AAGA-----GT----T-A-A--A-A-T-T---CC-C--A-A--TTC-GACAA-GA-GGCCCA-GG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|10 : TAACT--AGCGCAA-GTAAC-GAGTCTGTTAACA-TT-TTCACTT-CTGA-TATT---------T-TGAA-TTT-GAAT-AAA-AC-TTAT-G---AACTT--T----AA--TAAA---T--CTT---CAAT---------CACT--G--AGGTGA-AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTC---TT-----ATCT--GAAA-T-A----------------A--GTTT-A------------TTT-T------------------AAA-A---C--AG----A-T------ATGC-T--A-TAA-A-AA-C-AGT--GAA---TT-A-CT-AA--T-A--TT-C-C--AATGT-----G-GA-C-A-ACA--ATGAC----GC----G-T-A--A-A-TAT---CC-C--A-A--TTC-GAAAA-AA-GGCCCA-GG-CCCC-A--T-CC-CA-AAAT-GGT--TGG---AA-TCCC
gi|11 : aatcatcttcttcttggcgctattgttaatggaaaaatggaaagtttcacgtacagttatcaattaaaatatcggtgtctttaaacgtttattctgtgggtgtatgcacattttgttcaaacggctttggtcaacacatatcgttgttactggccgaagccataactcagtaagaaaattaagaaatctttgctcatggcatcaaacaaattttctgccagttttaattgtgaattacgctggagaaaatgtcgaccattgtgacgatacagttgcaagcgagaaccaatctgaaacggtcttcagagcaagacatctgaatataccaaagttctactactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcagtgagggggggacgagacacgactattcAACTCCAGC-CAACGTA-C-AAGTCGGTTAACA-TTCTCAACTT-CTGA--ATT------------GAA-TT--GAAT-AAA--C-T--T-G---AATTT--T----AAATC--A---T--CTT-AACAAT---------CACTT-G--AGGTAA-GAAAAT-GT-TC--AT-A--TTC---TA-----AT-C---AAA-G-A----------------A---TTT-A------------TTT-T------------------AAA-AA--C--A-----A-T------ATGC-T--A-T-A-A-AA----GT--GAC---TA-AACT-AT--A-A--TCCC-G--AATGTT----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AAT-T---CC-C--A-A--TTTCG---A-AA-GG-CCA-GGTCCCC-AT-T--C-CA-AATT-GATGGTGG-AAAA-CC
gi|3 : ctgcggatatcattaattcgggaaaagggaaagctttctatgtacgagttatcaattaaaaacggtgtctttaaaacatttctgtggtgtacgcacaattggttcaagcgctttgtaacatattactcgtgcatatggcagcttctgtaagagaaatttaagaaacttttgtcgtggccatcaaaccactcactcagctttttctgcagttcacacgatgaatgatgcgggaaatgtcgaccattgtgacgaacaggtgcaagcgagatcaatccgaaatgctcatacagcaagaccatctgatatagcacaataactactacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactcagcgaggggccaaagacagattatttccACT--AGC--AA-GAG-C-AAGCTTGTTAACAGTT-TCAACTT-CTGA-TATT---------T-TGAA-TT--GAAT-AAA-AC-T----G---AATTTATT----AAAT--AA------ATT-A-CAACAACTAAGTATACTTTG--AGGTGA-GAATAT-GT-CT--AT-A--TTC---TTTAAGAAT-T--ATAA-T-G----------------T--CTT--A------------TTT--------------------AAA-A---C--A-----A-T------AT-C-T--A-T-A-A-AAAT-GCT--GAA---TTTA-CA-AA--A-A--TTCCGC--AA-GT-----G-GA-C-A-ATA--ATGAC----GC----T-A-A--A-A-T-T---CC-C--A-A--TTC-GA--A-AA-GGCCCC-GG-CCCG-ATAT-CCACACAAATGGGT-GTGG-AAAAGTCCC
gi|6 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggaagtggaaagttttcgtttgttagcgagttatccaaattaaaaatttgtctttaaacatttattctgtggctgcagcacaatttgtttcagcgcttggtaactatactcgtgggaggcattgatggcaacttcgtaagaaatttaagaaatcttttcgttggcatcaaacaatcactccagttttccgcagttcacaaaagatgcgggagaaatgttcgccattaattgtacatgcaagttgctagcggaatcagaatccgaatggtcatagcaagatcatctgaatatgccagtacctacctcgaacttagagactgttttctaatatcaaacaatgaagatgtctccgtaccagttttaactcagcggaggggccaagacacagactaatcc-CAA-GTA-C-AAGTC-GTTAACA-TT-TCAGCTT-CTGA-T------------T-TGAA-TTT-TAAT-AAA--C-T--T-G---AATTT--T----AAATA-AA---T--CTT-A-CAAT---------CACTT-G--AGGTGA-AGGAAT-GT-TC--AT-A--TTC---TT-----AA-T--GAAA-T-A----------------A--GTTT-A------------TTT-A------------------AAA-A---C--A-----A-TC-----ATGC-T--A-T-A-A-AT-G-GGTGAGAA---TT-A-CT--A--A-A--TTCC-C--AATGT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----G-----T-A-A--A-----T---CC-C--A-A--TTTCG---AGAA-AGCCCA-GG-CCCG-AT-T--C-AA-AAAT--GT-GTAG-AAAA-TCCC
gi|5 : gattttcccaccctgtgtaggggtcaaattcggccccgattcccaattgcagaattaaagcttgtttcccaattgttgacaaaaagttccccaatcttattttaaacatcaaatcatctccttctcgatacataatggaaaatggaagagcttctatgtacggagtaatcaaaactaaaaaatcggtgctgggtaaaacatttttattcggtgggtactgcacaatttgttcgaagcgctttgtaacatatactcgtgcattatgcgagcttctgtaaaaatttaagaaatctttgttcgtgcatcaaaacccaatcacattcagttttctgcaagttcagaaacgtgaatgatgcggagaattcgaccattgtggacgattacagtctgcaagcgagaatcaatccaaagtgttcgtacagcaagacatctgaatgatgccaagtactacgtactagatgaatcgttattttaatatcattaaatgaccagatgtcctccgtaacccatttaaactcagcgagggggccaagacacagactattccaaactca-CAA-GTA-CTGAGT----TAACA-TT-TTAACTTTCTGAATATT---------TGTAAA-TTT-GAA--AAT-AC-T--T-GCGAAATTT--TGTTTAAATAAAA---T--CTT-A-CAAT---------CACTT-G--AGGTGAGAAAAAT-GT-TC--AT-A--TTC---TT-----AC-TATGAAA-T-ATA--------------G--TTTT-A------------TTT-C------------------AAA-A---C--ATTTTAA-T------TTGC-TCTA-T-A-ATAA-TTGGT--GAAATTTT-A-CT-AA--A----TTCC-CCTAATATTTATAG-GA-C-ACA-A--ATGACT---GCA---T-ATA--A-A-T-TGTCCT-C--A-A--TTC-G---A-AAAGGCCCA-GC-CCCCTAT-TACC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|14 : tggaagtttctatgtatcgattaatcaaatataaaaaaatatctcagagttgtcttattctttataaagcattgtaattttatgttgtgttctagtactctgcacaatttgttcaaagcgctttcacaggtaacaatactcgtgcatttatggcgagctatctgtacaaaatgttacagaaatcttcgtcatggcatcaaacaccaaatcaactcacagtttttctgcagttcaaaacatgcgtgaaatttgatgctcgacagagaaatgtcaaccatagtgtgacgactacaagtgcactgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatctcagccgagcggggccggaagacacaagacctatttcccaacaagtagccgaacggttat-TT-TCGAGCC-CTGA--ATT------------GAA-TTT-GAAT-AAA--C-T--T-T---CATTT--T----AAAATAAA---T--CTT-A-CAAT---------CACTTGA--CGGTGA-AGAA-T-GT-TC--AT-A--TTC---TT-----AT-T--GAAA-T-A----------------A--GTTT-A------------TTT-TAA----------------AAA-A---C--AT----A-TATC---ATGC-TA-A-T-ATA-AA-C-GGT--GAA---TT-A-CT-AA--A-A--TT-C-C--AATGT-----G-GA-C-A-A-A--ATGACG---GC----T-A-A--A-A-T-T------C--A-AT-TCG-G---A-AA-GGCCT---G-CCCC-AT-T--C-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|25 : caaacccaaatttaactgccatcgtttaT---------T-TGAA-TTT-GAAT-AAA-AC-T--T-T---AATTT--T----AAA-TAAA---T--CTT-A-CAAT---------CAC---
gi|16 : aaa-GAAC-AAA-ATGT--T-A---AGATT--T----AAAGAAAA---T--TTT-C-CA-----------TAA---A--TGAAGA-AAAAAT-AT-T----T-G--TTT---CA-----AT-T--GAAA-TTA----------------A--GTGT-G------------TTT-T------------------AAG-A---A--A-----A-TGTTTTTATGT-T--T-C-T-A-AA-C-TGT--CAA---TT-T-TTTAA--A-C--TTCC-C--ATTTT-----G-GA----------ATTTTTTTTGT----T-A-A--A-A-T-T---CC-C--A-A--TTC-C---A-AA-GGCCCA-AG-CCCC-AT-T-CC-CA-GATT-TGA-GTGG-AAAA-TCTCtt
gi|17 : gta---AATTT--T----AAATA-AA---T--CTT-A-CAAT---------CACTT-G--AGGTGA-AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTC---TT-----AT-T--GAAA-T-A----------------A--GTTT-A------------TTT-T------------------AAA-A---C--A-----A-T------ATGC-T--A-T-A-A-AA-C-GGT--GAA---TT-A-CT-AA--A-A--TTCC-C--AATGT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-A-T-T---CC-C--A-A--TGC-G---A-AA-GGCCCA-GG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|15 : GA-AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTC---AA-----AT-T--GAAATT-A----------------A--GTGT-G------------TTT-T------------------AAG-A------A-----T-T------ATAT-T--T-C-T-A-AA-C-TGT--GAA---TT-T-TT-AA--A-C--TTCC-C--ATTAT-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-A-T-T---CC-C--A-A--TTC-G---A-AA-GGCCCA---------------C-CG-A--------GTGG-AAAA-TCTCTg
gi|2 : actttaaatatttttattgcaatgaaaaacaaactgttcagttcgaagaaaattttccatgaatgaaGGAAT-TT-TT--AT-AA-TTCAATTT-----AT----AAGA-T-A----------------T--ATTT-A------------TTT-T------------------AAA-A---C--A-----AAT------ATGCCT--A-T-A-A-AA-T-GGT--GAA---TT-A-CT-AAT-A-A--T
gi|18 : agggatttttcgcacctgtgtagggtccgaaaaattcggcgcgcattcccatgcagaattacaaatgcattttgtttcgccatttgttgacaaaatatcccaatgctaatcagtccccttaactcggatatcgttattggaaatggaaagtgttgtctatactacaattatcaaattaaaaaatcagtgccttttaacaacgtttattctgttgggtatgcacaatattgttcaagcgctcgtttgggtaacatatatcctgcaattgtgcgagccataactcagtatttctgtaagaaaatttaagaaatctttgcatggcatcaaaccaatcgactcagttttctgagcagtcattaacgcgtgaatgacgtgggaccgaaaatgtcgaccattgtgacgaataacagctttagtgaagccgtagaatccaatattgaagtcgtagagcattttaagcatcactgaatatgccaagtactactacagataaacgttttattacgttaattacagatcagattcctcgtacaccagaattacatgtgagggggccagacacagaccagtattcccaaacttagccaagtaaggtctgttaaatttcaaactttctgatattttgaataaaattttgatattgataaaaacttgaattttgaataaaaacttgtgaatttaataacttgacaatcaccttgaggaagaaatcgtgtcagttcttaatgaaatAAT-GT-TC--AT-A--TTC---TT-----AT-T--GGAA-T-A----------------A--GTTT-G------------TTT-TTTTGTTTTGTTTTTTTTTAAA-A---------------------ATAC-T--A-T-A-A-AA-C-GGC--GAT---TT-A-CT-AA--A-A--TTCC-C--AAAGT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-A-T-T---CC-C--A-A--TTC-G---A-AC-GGCCCA-GG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-TGT-GTGG-AAAA-TCCCTcaatgtgcgagcaaaatatgacagcatcaaacaattcccagaattcgcaaggccacggccattccaaacatggtgtggaaatcc
gi|1 : T-----AT-T--GA--------------------------TTT-A------------TTT--------------------AAA-A---C--A-----AAT------ATGC-T--ATT-A-A-AA-T-GGT--GAA----T-A-CT-AA--A-A--T
gi|22 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtatctaatcatccccttaactcgatatcgttattggaaatggaaagttttctaatatacaattatcaaattaaaaaatcagtgccttttaaaacgtttaattctgttgggtatgcacaattgtgtcaagcgcgtttgggtaactatatatcctgcaattgactgttgcggagccatactcagtatttctgtaaagaaatttaagaaatcttttgcatggcatcaaaccaatcaccttcagtttttctaagcagatttcattacgcgtgaatgacgtgggacgaaaatgtcgaccaatttgtgacgatacagctgtgaagcgagaatccaatatgatagtcgtagagcattttaagctactgaatatgaccacagtactactacagataaacgttttattatcgttaattacatgattgattcctcgtacccagtaacgttttacagtgagggagccagacaacagaccagtattcccaaactagccaaggtaaggtctgttaaatttcaacttcatgatattgttgaataaaatttttgatattgaataaaactttgaattgaataaaaacttagaattttaataaatcttgacatcaccttgagtgaagaaatgtcatacgttcttaatgaaatTT-T------------------AAG-A------A-----A-T------ATGT-T--T-C-T-A-AG-C-TGT--GCA---T-------AA--A-C--TTCC-C--ATTTT-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-A-T-C---CC-C--A-A--TTC-C---A-AA-AGCCCA-GG-CCCC-AT-T-CC-CA-CATT-TGA-GTGG-AGAA-TCtgcttaataaatggtgaattataaaaacttcccaatgtgcgagcaaaaatgacgcataaaaattccctgaattcgcaaggccacggccattccaaaattggtgtggaaaatc
gi|19 : T-T------------------AAA-A---C--A-----A-T------ATGC-T--A-T-A-A-AA-T-GGT--GAA---TT-A-AT-AA--A-A--TTCC-C--AATGT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GCCNTAT-A-A--ATA-T-T---C
gi|26 : ttttataaatctttatcatagtgactcagaaatgctgtnnnnnnnnnnnnnnnn-C--AATGT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-A-T-TC--CC-C--A-A--TTC-G---A-AA-GGCCCA-GG-CCC
gi|21 : C----GC----T-A-A--A-A-T-T---CC-C--A-A--TTC-G---A-AA-GGCCCA-GA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|28 : acagtttggggttataaataaaatagacgctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TTCCT
gi|29 : -AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTgc
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1111111111 222 5555555555555555555 3333333333333333333333333 22222 2222222222 1111111 111 111 1111 1111 111111111111 1111111111111 11111111 111111111111111111111111111111111 1111111111111 11 1 1 11111 11 222222222 1111111111 111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222 1111 222 11 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222 11111 333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 111111111111111111 111111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 3 5555555555 666 55 9999999999999999999 3 3 55 3 3 55 3 3 55 3 3 4 3 6666666666666666666666666 3 3 3 55555 99999 2 4444444444 3 1 1111111 55 3 666 99 000 3 3 7 7 3 3 000 1111 7 3 3 9999 6 44 222222222222 3 3 9999 4444444444444 3 3 3 3 777 44 3 44 44 55555555 1 222222222222222222222222222222222 44 77 6 44 44 3 2222222222222 3 3 3 555 44 44 77 33 3 44 44 6666 77 3 77 9 3 3 6 3 555 6 3 3 11 3 1 888 0 0 55555 11 44 3 3 111111111 3 3 3 3333333333 111111111111 1 1 111111111111111111111111111111111111111111111 7777 6 44 3 33 8888 44 1111 3 6 3 000 3 44 88 888 44 6 6 44 3 3 3 77 55 77 3333 3 3 3 44 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 4 2 55 0000000000000000000 77777 2 2 55 44444 22 2 33 55 666 2 2 22 55 55 22 4 000000000000000000000000000000000000000000 2 000000000000 666666666666666666 66 8 333333333333333333333 22 44 8888 2 2 22 777 2 2 4 22 4 22 1 22 1 44444 3 3 3 1 3 22 9999 0000 3 1 22 3 1 555 2 55 2 6 2 111 555 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .......... ... .. ................... . . .. . . .. . . .. . . . . ......................... . . . ..... ..... . .......... . . ....... .. . ... .. ... . . . . . . ... .... . . . .... . .. ............ . . .... ............. . . . . ... .. . .. .. ........ . ................................. .. .. . .. .. . ............. . . . ... .. .. .. .. . .. .. .... .. . .. . . . . . ... . . . .. . . ... . . ..... .. .. . . ......... . . . .......... ............ . . ............................................. .... . .. . .. .... .. .... . . . ... . .. .. ... .. . . .. . . . .. .. .. .... . . . .. . .............................................................. . . . .. ................... ..... . . .. ..... .. . .. .. ... . . .. .. .. .. . .......................................... . ............ .................. .. . ..................... .. .. .... . . .. ... . . . .. . .. . .. . ..... . . . . . .. .... .... . . .. . . ... . .. . . . ... ... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 3 3333333333 666 55 0000000000000000000 6 6 00 6 6 00 6 6 00 6 6 3 6 4444444444444444444444444 6 6 6 99999 11111 9 5555555555 6 3 8888888 00 6 444 55 999 6 6 3 3 6 6 000 4444 3 6 5 7777 7 66 444444444444 3 3 7777 0000000000000 1 3 3 3 111 22 1 22 22 44444444 0 888888888888888888888888888888888 66 99 7 66 66 3 5555555555555 3 3 3 888 22 22 33 55 1 22 22 5555 33 1 33 2 1 1 2 1 444 2 3 3 22 6 6 222 0 0 44444 22 66 3 6 000000000 6 6 6 7777777777 111111111111 0 1 888888888888888888888888888888888888888888888 1111 7 66 3 77 7777 22 3333 1 2 1 000 1 22 88 555 22 2 2 22 1 1 1 33 44 33 1111 1 1 1 22 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 7 4 66 7777777777777777777 33333 1 1 88 66666 99 1 44 33 111 1 1 99 00 00 99 2 333333333333333333333333333333333333333333 1 222222222222 888888888888888888 88 0 888888888888888888888 88 88 1111 0 0 88 555 0 0 0 88 0 88 9 66 9 88888 8 8 8 9 8 66 3333 0000 6 8 55 6 9 222 0 55 0 0 0 555 555 0 9 8 9 9 9 9 9 9 9
consensus : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA---------------AA--TGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-T-TGTTC-AAG-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGG-C--ATCAA--A--------CCA------A--------------T-----------TTTCT--G--C-AG--T--T-C--A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T-G--ACGA-TA-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCGAAA-T-G-TCGT-AGAGCA-----AGA--CATC--T-GAAT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-NGATAAA----CGTTTTANTA-CNGTNAATNACCGGA--N-GNNTCCCCGTACCCGNTTNA-----AC----T-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-CA-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G-T-A--CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGATAT---------A--T-----TCTGTTAA-ATT-TNAAATT-CTGA-TATT---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATTTT----AAA-TAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C-TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
Reference ( family-3547 ) : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA---------------AAAATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-T-TGTTC-AAG-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGG-C--ATCAA--A--------CNA------A--------------T-----------TTTCT--G--C-AG--T--T-C--A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T-G--ACGA-TA-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCGAAA-T-G-TCGT-AGAGCA-----AGA--CATC--T-GAAT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-NGANANA----CNTTTTATTA-CNNTNAATNANNNGA--N-GNNTCCCCNNACCCNNNTAA-----AC----T-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-CA-CA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-C-A--A-G-T-A--CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGATAT-ACTG--CAA-GTACGAGTCTGTTAACATT-TNAAATT-CTGA-TATT---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATTTT----AAA-TAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C-TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|1 : ATCTAATCA-TCCCCTTAACT-C-G--ATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-T--T-TTC--TAATA-T--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAA-AACG-------TTT--AATTCTGTT---GG-GTA---TGCACAAT-TGTGT-C-AAG-CG-CGT---TT----GGGT-AAC-TATATATCCTGCAATT-----GACT-G-TT-G-CGG-----AGCCATA--CTC-A--GTATTTCTGTAAAG-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-G-CA-TGG-C--ATCAA--A--------CCA------A--------------TCACCTTCAGTTTTTCTAAG--C-AGATT--T-C--ATTACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGAC-GA-AAA-TGTCGACCAATT--T----G--T-G--ACGA-TA-C-A-GC-T---GTGAAGC-G-AGAATCC-AAT-ATGATA---G-TCGT-AGAGCATTTTAAGC--TA-C--T-GAAT-AT--GAC-C--ACAGTA-CT-AC-----T----AC-AGATAAA----CGTTTTATTA-TCGTTAATTACATGA--TTGATTCCTCGTACCCAGT--A-----ACGTTTTAC--A-GT-GA--G-GGAGC--C----AGA-CAACA-GACCAGTA-TT--CCCAAAC---T--AGC-C-A--A-GGT-A--AG--GT--CTGTT----AA-A-TT-T-CAA--CTTCATGATATTGTTG----A-ATA-AAATTT-TTGATATT--GAA-----TAA-AACT---------T-TGAA-TT--G-AAT--AAA-AAC------T--TAG---AATTTT----AA--TAAA-TCT--TG--A-C--A-TCA-CCTTGA--G-TGA---AGAAAT-G--TC--ATACGTTCTTAA--TGAA--AT-ATTTT-A-G-----------TATTCACCATTTTAATAGCATATTT-GT------------TT------------------T--AAATAAATC-----A---AT------ATG--CT---T-AATA-AA-TGGT--GAA---T-T-A-T-AA--A-AACTTCC-C--AATG-T-----GCGAGCAA-A-A--ATGAC----GCA---TAA-A--A-AT-T---CC-CTGA-A-TTC-G---C---AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-AATT-GGT-GTGG-AAAA-TC
gi|10 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtAATCA-TCTTCTT--CTTG-GCGCTATTGTTA--AT--GGAAA---------------AA--TGGAA-AG-T--T-T-C---A-CG-T--A-C--AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAATA-----TC-----GGTGTCTT--------T-AA-A-CG-------TTT--A-TTCTGTG---GGTGTA---TGCACATT-T-TGTTC-AAA-CGGC-T---TT----GG-TCAACACATAT------CG--T--------T-G-TT-ACTGGCCGA-AGCCATAA-CTC-A--GTA--------AGA-AAAT-T-A-AGAAATCTTTGCT-CA-TGG-C--ATCAA--A--------CAA------A--------------T-----------TTTCT--G--CCAG--T--T-T--T--A-A-----TTG-T-GAA---TTAC--G--CTGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T-G--ACGA-TA-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAACC--AAT-CTGAAA-CGG-TCTTCAGAGCA-----AGA--CATC--T-GAAT-AT--A-C-CA-A-AGTT-CT-AC-----T----AC-TNNNNNN----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NC----T-C--A-GT-GAGGG-GGGGA--C-G--AGA-CA-C--GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGCGC-A--A-G-TAA--CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-T-TCA--CTTC-TGATAT------------TTTGAATTTG--AA-----TAAAACT------TA-------------TGAA-CTT-T-AAT--A-------------------------------------AA-TCT--T-----C--AATCA-C--TGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTATC-TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----AG--AT------ATG--CT--ATAA--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--T-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-ACA--ATGAC----GC----G-T-A--A-ATAT---CC-C--A-A-TTC-GAAAA---AAGGCCCAGG-CCCC-A--T-CC-CA-AAAT-GGT--TGG---AA-TCCC
gi|11 : --CT-GCG-GATATCATTA--ATTCGGGAA---------------AAG--GGAA-AGCT--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAAA-------C-----GGTGTCTT--------T-AA-AACA-------TTT------CTGTG---GT-GTA--C-GCACAAT-T-GGTTC-AAG-CG-C-T---TT----G--T-AACATAT---TACT-CG--T-----G--C-A-T--A-TGGC----AGC-----------------TTCTGTAAGAGAAAT-TTA-AGAAACTTTTG-T-CG-TGGCC--ATCAA--A--------CCACTC---ACTCAGCT-------T-----------TTTCT--G--C-AG--T--T-C--A--C-A-----C-GAT-GAA---TGAT--G--CGGG------AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T-G--ACGA--A-C-A-GG-T---GC-AAGC-G-AG-ATC--AAT-CCGAAA-T-GCTCAT-ACAGCA-----AGAC-CATC--T-G-AT-ATA-G-CAC--A-ATAA-CT-AC-----T----AC-NNNNNNN----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAC----T-C--A-GC-GA----GGGGC--C----AAA-GA-CA-GAT---TATTT--CC--AAC---TCCAGC-C-A--ACG-T-A--CAA-GT--CGGTT----AACA-TTCT-CAA--CTTC-TGA
gi|11 : --CAACGTACAAGTCGGTTAACATTCTCAACTT-CTGA--ATT------------GAA-TT--G-AAT--AAA---C------T--T-G---AATTTT----AAA-T-CA-TCT--TA--A-C--AATCA-C-TTGA--GGTAA---GAAAAT-GT-TC--ATA--TTCTAAT--C-AA--AG-A-----A-------------T----------------------TT-AT------------TT------------------TA-AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA---GT--GAC---TAA-ACT-AT--A-A--TCCC-G--AATGTT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----TAA-A--A-AT-T---CC-C--A-ATTTC-G---A---AAGG-CCAGGTCCCC-AT-T--C-CA-AATT-GATGGTGG-AAAA-CCattgaattgaataaacttgaattttaaatcatcttaacaatcacttgaggtaagaaaatgttcatattctaatcaaagaatttattttaaaaacaatatgctataaaagtgactaaactataatcccgaatgttggacaaaatgacgctaaaaattcccaatttcgaaaggccaggtccccattccaaattgatggtggaaaacc
gi|12 : ctgcggatatcattaattcgggaaaagggaaagctttctatgtacgagttatcaattaaaaacggtgtctttaaaacatttctgtggtgtacgcacaattggttcaagcgctttgtaacatattactcgtgcatatggcagcttctgtaagagaaatttaagaaacttttgtcgtggccatcaaaccactcactcagctttttctgcagttcacacgatgaatgatgcgggaaatgtcgaccattgtgacgaacaggtgcaagcgagatcaatccgaaatgctcatacagcaagaccatctgatatagcacaataactactacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncactcagcgaggggccaaagacagattatttccaactccagc-GA--G-GGGGC--CCG--AGA-CA-CA-GAC---TA-TT--TT--AAT---T--AGC-C-A--A-G-T-A--CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGATAT------------------TCTG-------------ATT-CTTA-TA---------------AA-TTTCG-AAT--AAATA-C------T--TTG---AATATT----AAA-TAAA-TCTCTT---ATC--AATCA-C-T-GA--GGTGC---AAAAAT-GT-CC--ATAA-TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-AGC---------T----------------------TT-AT------------TT------------------TT-AAATA---C-----A---A-------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-T--AAGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---ACAAGAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|13 : ----T-C--A-GT-GG--A-GGGGC--C-G--AGA--A-CA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-C-A--A-G-T-A--CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-T-CAA---TTC-TGATAT----------------------TTGA-ATT-TGAA-----TAA-AACT---------T--GAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATTTT----TAA-TAAA-TCT--T---G-C--AA---------------------GAAAT-GT-TT--GTA--TTCTTAT--TGAA--AT-AC----A-G-----------T----------------------TT-TT------------AT------------------T--TAA-A---C-----A---AA------ATA--CT--AT----A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T---A--A-AT-T---CC-C--ACA-TTC-GA--A---AAGGCCCAGG---CC-AT-T-AC-CA-AAAT-AA--GTGG-AAAA-TCCCT
gi|14 : ATT-TCGAGCC-CTGA--ATT------------GAA-TTT-G-AAT---AA-A-C------T--T-T---CATTTTA---AAA-TAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C-TTGAC-GGTGA---AG-AAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------TAAAAA-A---C-----AT--ATATC---ATG--CTA-AT-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGACG---GC----T-A-A--A-AT-T------C--A-A-TTCGG---A---AAGGCCT--G-CCCC-AT-T--C-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|15 : caaacccaaatttaactgccatcgtttA-TATT---------T-TTA---TT-GCAATGAAAA-A-CAAACTGT--T-C---AGTTCG----AAG-AAAA-TTT--T---C-C--A--------TGAATGAAGA---AGAAAT-AT-TC--ATA--TTCAAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-GT------------TT------------------T--AAG-A---------A---TT------ATA--TT--TC-T--A-AA-CTGT--GAA---T-T-TTT-AA--A-C--TTCC-C--ATTA-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCA--------------C-CG-A--------GTGG-AAAA-TCTCT
gi|16 : actttaa-G-AAC--AAA-A-TG-----T--T-A---AGATTT----AAA-GAAA-ATT--T---T-C--CATAA-A-T-GA--AG--A---AAAAAT-AT-T----TG--TTTCAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-GT------------TT------------------T--AAG-A---A-----A---ATGTTTTTATG--TT--TC-T--A-AA-CTGT--CAA---T-T-TTTTAA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----G-GA----------ATTTTTTTTGT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-C---A---AAGGCCCAAG-CCCC-AT-T-CC-CA-GATT-TGA-GTGG-AAAA-TCTC
gi|17 : gta---AATTTT----AAA-TAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C-TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TGC-G---A---AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|18 : AAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGGA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-GT------------TTTTTTGTTTTGTTTTTTTTT--AAA-A---------------------ATA--CT--AT-A--A-AA-CGGC--GAT---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AAAG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---ACGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-TGT-GTGG-AAAA-TCCCTg
gi|19 : TTTT----A---TAAA-TCT--T--------TATCA-T-------AGTGACTCAGAAAT-G-------------CTGTN--NNNN--NN-N-----N-N-----------N----------------------NN-NN------------NT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-TGGT--GAA---T-T-AAT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GCCNTAT-A-A--ATAT-T---C
gi|2 : AATCAGTCCCCTTAACT-C-G-GATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-TGTTGT-C--TA-TACT--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAACAACG-------TTT--A-TTCTGTT---GG-GTA---TGCACAATAT-TGTTC-AAG-CG-C-TCGTTT----GGGT-AACATATAT------CC--T-----G--C-AATT-G-TG-C--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG---CA-TGG-C--ATCAA--A--------CCA------A--------------TCGACTCAGT--TTTCT--GAGC-AG--TCAT-T--A--ACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGACCGA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T-G--ACGAATAAC-A-GC-TTTAGTGAAGCCGTAGAATCC-AATATTGAA----G-TCGT-AGAGCATTTT-AAG--CATCACT-GAAT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-AGATAAA----CGTTTTATTA-C-GTTAATTA-CAGATCA-GATTCCTCGTACACCAG--A-----AT----TAC--ATGT-GA--G-GGGGC--C----AGA-CA-CA-GACCAGTA-TT--CCCAAACT--T--AGC-C-A--A-G-T-A--AG--GT--CTGTT----AA-A-TT-T-CAAACTTTC-TGATAT------------------TTTG--AA-----TAAAATT-TTGA-TATTGATAAAAACT-TGAATTTT-G-AATA-AAA-A-C------TTGT-G---AATTT------AA-TAA---CT--TG--A-C--AATCACC-TTGA--G--GA---AGAAATCGTGTC--A-G--TTCTTAA--TGAA--AT-ATTATTA-GTAATTCACCATT----------------------TT-ATAGGCATATTTGTTT------------------T--AAA-A---T-----AAATAT------ATC--TT--AT-A--A-A----TT--GAA---T-T-ATA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----GCGAGC-A-A-AATATGACA---GCAT--C-A-AACA-AT-T---CC-CAGA-A-TTC-G---C---AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-ACAT-GGT-GTGG--AAA-TCC
gi|20 : agggatttttcgcacctgtgtagggtccgaaaaattcggcgcgcattcccatgcagaattacaaatgcattttgtttcgccatttgttgacaaaatatcccaatgct-C--ATCAA--A--------CCA------A--------------TCACTCAGTT--TTTCT--G--C-AA--G--T-C--A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TCTCGACCA--T--T----G--T-G--ACGA-TA-C-A-GT-T---GC-AAAC-G-AGAATC--AAT-CTGAAA-C-G-TGGT-AGAGCA-----AGA--CATC--T-
gi|21 : C----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|22 : acagtttggggttataaataaaatagacgctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT------------------T--AAG-A---------A---AT------ATG--TT--TC-T--A-AG-CTGT--GCA---T-------AA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-C---CC-C--A-A-TTC-C---A---AAAGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-CATT-TGA-GTGG-AGAA-TC
gi|23 : ACATATAAT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCTATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AAAAATCTTTG-T-CT-TGG-C--ATCAA--A--------CCA------A--------------T-----------
gi|24 : aGAT--G--CGGGA--GA-A---TGTCGACCA--T--TAATTG--T-G--ACGA-TA-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--cactcagtttttctg
gi|25 : aaaacattcctcaatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaT---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-T---AATTTT----AAA-TAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C-TT
gi|26 : aaa-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-TC--CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGG-CCC
gi|27 : GAAA-T-G-TCGT-AGAGCA-----AGA--CATC--T-GAAT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CT-AC-----T----A
gi|28 : tCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TTCCT
gi|29 : -AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTgc
gi|3 : GTTCTA----GGCAG---------------GAAGTGGAA-AG-T--T-T-TCGTT-TG-TTAG-CG-AGT-TAT-------------------------CCAAA-T-TAAAAA------TT-------TGTCTT--------T-AA-A-CA-------TTT--A-TTCTGTG---GC--TG--CAGCACAAT-T-TGTTT-CAG-CG-C-----TT----GG-T-AAC-----TATACT-CG--TGGGAGG--C-A-TTGA-TGGC----------AA-C----------TTC-GTAAG--AAAT-TTA-AGAAATCTTT--T-CGTTGG-C--ATCAA--ACAATCACTCCA------G--------------T-----------TTTCC--G--C-AG--T--T-C--A--C-A------------AA---AGAT--G--CGGGA--G--AAA-TGTTCGCCA--T--T----AATT-GT-AC-A-TG-CAA-GT-T---GC-TAGC-G--GAATCAGAAT-CCGAAT-G-G-TCAT---AGCA-----AGAT-CATC--T-GAAT-AT--G-C-C----AGTACCT-AC-----CTCGAAC-TTAGAGA----CTGTTTTCTA-ATATCAAACAATGAA--G-ATGTCTCCGTACCAGTTTTA-----AC----T-C--A-GC-GG--A-GGGGC--C-A--AGA-CA-CA-GAC---TA-AT--CC---AC---T--AG--C-A--A-G-A-G--CAA-GC--TTGTT----AACAGTT-T-CAA--CTTC-TGATAT-TTTG---AA---------TTG--AA-----TAAAA---CTGA--ATT---------T---A---TT-A-AAT--AAA----------T--T-AC--AA---C----AAC-TAAG-TA---T---A-C--------T-TTGA--GGTGA---GAATAT-GT-CT--ATA--TTCTTTA--AGAATTAT-A-----ATG-----------TC---------------------TT-A-------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------AT---CT--ATAA--A-AA-TGCT--GAAT--T-T-ACA-AA--A-A--TTCCGC--AA-G-T-----G-GA-C-A-ATA--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GA--A---AAGGCCCCGG-CCCG-ATAT-CCACACAAATGGGT-GTGG-AAAAGTCCCgc
gi|4 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgaTCTT--CT-G-C-GATATCGATATA-T--GGAAA---------------A---TTGGA-AG-T--T-C-T--TA-TG-T--A-TG-AAT-TAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGC-C-AT-T-TGTTC-AAGACG-C-TG--TT----GG-T-AACA---ATACACTACG--T-----G--TGG-TT-A-TGGC--G-AG-CATAA-CTCAA--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-TAGAATCTTTG-T-CG-TTG-CTAATC-A--A--------CCA------ATCACTTCTTACAGTT-----------TTTCT--G--C-AG--T--T-CA-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--G--AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T-G--A-GA-TA-C-ACGT-T---GC-AAG--G-AGATGC--AAT-CTGATA-T-G-TCGTGAGAGCA-----AGA--CATC--T-GAAT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CTAAC-----T----ACNNNNNNNN----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----AC----T-A--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AGACCA-CA-GACT--TA-TT--CTA-AAC---T--AGC-CAA--A-G-T-AT-CAACGTCCCTGTTTTAAAACA-TT-T-CAA--CTTC-TGAT-----------------------------ATT-TTGAATT-TGAA-TA--------------AAA-CTT-G-------GA-A-T------T--T-T---AATTT------AA-TAAA-TCT--TTGCA-G--AATCA-C-TTGA--GGTGC---AG-AAT-GT-TT--GTA--TTCTTAT--TG-A--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-------------TT------------------T--AAA-A---CAA---A---AT------AAA--CTAAAT-A--T-AA-CGGT--GAA---T-T-AATCAAATA-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-CAA-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--AGAT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---GAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-
gi|5 : gggattcttcaacctgttgtaggggtccgaaatttcgcgcccattcacaaccgcagattaaagcaattttttacccagatttgttgacaaattcctccaattttatttagatatcaataaGGA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--ATCG-ATT-AAT-------------------------C-AAA-TATAAAAAAATA--TCTCAGAGTTGTCTTATTCTTTAT-AA-AGCATTGTAATTTT--A-TGTTGTGTTCTA-GTACTCTGCACAAT-T-TGTTCAAAG-CG-C-T---TTCACAGG-T-AACA-----ATACT-CG--T-----G--C-ATTT-A-TGGC--G-AGCTA----------------TCTGT-ACA-AAATGTTACAGAAATCTTCG-T-CA-TGG-C--ATCAAACA--------CCA------AATCAACTCACAGT-T-----------TTTCT--G--C-AG--T--T-C--A--A-AACATGC-G-T-GAAATTTGAT--GCTCGACA--GAGAAA-TGTCAACCA--TAGT----G--T-G--ACGACTA-C-A-AG-T---GC-Agtc
gi|5 : tC----T-C--A-GCCGA--GCGGGGC--C-GGAAGA-CA-CAAGACC--TA-TTTCCC--AACAAGT--AGC-C-G--A-----A--CG--------GTT----A-------T-CAA--GTAC-TGA------------------------GTTAACATT-TTAACTTTCTGAATATT---------TGTAAA-TTT-G-AA---AAT-A-C------T--T-GCGAAATTTTGTTTAAA-TAAAATCT--T---A-C--AATCA-C-TTGA--GGTGAG--AAAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTACTATGAA--AT-AT----A-GT----------T----------------------TT-AT------------TT------------------C--AAA-A---CATTTTA---AT------TTGCTCT--AT-A--ATAATTGGT--GAAATTT-T-ACT--A--A-A--TTCC-CCTAATA-TTTATAG-GA-C-ACA-A--ATGACT---GCA---T-ATA--A-AT-TGTCCT-C--A-A-TTC-GA--A---AAGGCCCAGC-CCCCTAT-TACC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTctgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatctcagccgagcggggccggaagacacaagacctatttcccaacaagtagccgaacggttatcaagtactgagttaacattttaactttctgaatatttgtaaatttgaaaatacttgcgaaattttgtttaaataaaatcttacaatcacttgaggtgagaaaaatgttcatattcttactatgaaatatagttttatttcaaaacattttaatttgctctataataattggtgaaattttactaaattcccctaatatttataggacacaaatgactgcatataaattgtcctcaattcgaaaaggcccagccccctattacccaaaatggtgtggaaaatccct
gi|6 : tggaagtttctatgtatcgattaatcaaatataaaaaaatatctcagagttgtcttattctttataaagcattgtaattttatgttgtgttctagtactctgcacaatttgttcaaagcgctttcacaggtaacaatactcgtgcatttatggcgagctatctgtacaaaatgttacagaaatcttcgtcatggcatcaaacaccaaatcaactcacagtttttctgcagttcaaaacatgcgtgaaatttgatgctcgacagagaaatgtcaaccatagtgtgacgactacaagtgcactgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatCATCAAATCA-TCTCCTT--CT-C-G--ATAC----ATAAT--GGAAA---------------A---TGGAAGAG-C--T-T-C--TA-TG-T--A-CGGAGT-AAT-------------------------C-AAAAC-TAAAAAA-----TC-----GGTG-CTGGG------T-AA-AACA-------TTTTTA-TTCGGTG---GG--TA--CTGCACAAT-T-TGTTCGAAG-CG-C-T---TT----G--T-AACATATA----CT-CG--T-----G--C-A-TT-A-TG-C--G-AGC-----------------TTCTGTAA---AAAT-TTA-AGAAATCTTTGTT-CG-T-G-C--ATCAA--AAC------CCA------ATCACATTCAG----T-----------TTTCT--G--CAAG--T--T-CAGA--A-A-----C-G-T-GAA---TGAT--G--CG-----GA-GAA-T-TCGACCA--T--T----G--TGG--ACGATTA-C-A-GTCT---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCAAAG-T-GTTCGT-ACAGCA-----AGA--CATC--T-GAATGAT--G-C-C--A-AGTA-CT-ACG----T----ACTAGATGAATCGTTATTTTAATATCATTAAATGACCAGA--T-GTCCTCCGTAACCCATTTAA-----AC----T-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-A--AGA-CA-CA-GAC---TA-TT--CCA-AAC---T----CAC-A--A-G-T-A--CAA-GT--C-GTT----AACA-TT-T-CAG--CTTC-TGAT------------------------TTGA-ATT-TTAA-----TAA--A-C---------T-TGAA-TTT-----T--AAA------------------------T----AAA------TCT--T---A-C--AATCA-C-TTGA--GGTGA---AGGAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAA--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------A--AAA-A---C-----A---ATC-----ATG--CT--AT-A--A-AT-GGGTGAGAA---T-T-ACT--A--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----G-----T-A-A--A----T---CC-C--A-ATTTC-G---AG--AAAGCCCAGG-CCCG-AT-T--C-AA-AAAT--GT-GTAG-AAAA-TCCC
gi|7 : gattttcccaccctgtgtaggggtcaaattcggccccgattcccaattgcagaattaaagcttgtttcccaattgttgacaaaaagttccccaatcttattttaaaATCAAATCAATCTTCTT-----G-C-GATATCGATATA-T--G-------------------AAAATTGAA-G-----T-T-C--TA-TG-T--A-TG-AATGTAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------TTAA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG--TA--CTGCACA-T-T-TGTTC-AAAACG-C-T---TT----GG-T-AACATACA----CT-CG--T-----G--T-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAAACTC-AAAGTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAA-TCTTTG-T-CG-TTG-C--ATCAA--A--------CAATCACTCAGT------------T-----------TTTCT--G--C-AG--T--T-C--A--A-AA----C-G-TTGAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAAATGTCGACCA--T--T----G--T-G--ACGA-TA-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CTGAAA-T-G-TCGTGAGAGCA-----AGA--CATC--T-GAAT-ATAAA-A-A--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-NNNNNNN----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN----N-NTAA-GT-GA----GGGGC--C-G--AGA-CACCA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-CAA--A-G-T-A--CAA-GTC-CTGTTTTAAAACA-TT-T-CAA--CTTC-TGAT-----------------------------ATT-TTGAATT-TGAA-TA--------------AAA-CTT-G-------GA-A-T------T--T-T---AATT-------AA-TAAA-TCT--T---G-CAGAATCA-C-TTGA--GGTGA---AG-AAT-GT-TT--GTA--T--CTAT--TGAA--CT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TTA-----------------T--AAACA---A-----A---AA------ATA--CT--AA-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-TAACA-AA--A-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-
gi|8 : gggattttccaccctgttgtagggtcccgaaattcggcccattccacaacacgcagattaagcattttttcccaatttgttgacaaaaattccatattttatttagatCATCAAATCA-TCTTCTT--GT-G-G-GATATTGTTAGAAT--GGAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-CG-T--A-TG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-AAATC-----AGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-A-TGTTC-AAG-AG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CA--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-GA-TGG-C--ATCAA--A--------CAA------A--------------T-----------TTTCT--G--C-AG--T--T-C--A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGA--GA-AAA-CGTCGACCA--T--T----G--T-G--ACGA-TA-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAACC--AAT-CTGAAA-T-G-TCAT-AGAGCA-----AGA--CATC--T-GAAT-AT--G-C-C--A-AATA-CT-AC-----T----AC-NNNNNNN----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN----T-C--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AAA-CA-CA-GAC---TA-TT--GT--AAC---T--AGC-C-ATTA-G-T-A--CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-T-CAA--ATTC-TGANGTAACTAGCCAA-GTACGAGTCTGTTAACCTT-TCAAATT-CTGA-TATT---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATTTT----AAATTTAA-TCT--T---A-C--AATTA-C---AA--GGTGA---AGAAAT-AT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-C-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TCT-G---A---AAGGTCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|9 : TCTT--CT-G-C-GATATCGTTA--AT--GGAAA---------------A---TGAAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT----------AA-AACG-------TT---A-TTCTGTG---GG-TAA--GCGCACAAT-T--GTC---AG-CG-C-T---TTT---GG-T-AACATATA----CT-CG--TA----G--C-G-GT-A-TGGC--GGAGCATTAA-CTCCG--GTATTTCTGTACGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-TTCC-TGG-C--ATCAA--A--------CCA------A--------------TCACTACAGTT-TTTCT--GG-C-AG--T--TTC--A--A-A-----C-G-T-GAA---TGATTTG--CGGGA--GA-AAA-TGTTCGCCA--T--T----GG-T-AGAACGA-TA-C-ATGT-T---GC-AAG------AATC--AAT-CTGAAACT-GATCGT-AGAGCA-----AGAGACATC--TAGAAT-AT--GTC-C--A-AGTA-CT-ACCNNNNN----NN-NNNNNNN----NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----NN----T-C--A-GT-GG--A-GGGGCTCC-G--AGA-CA-CA-GACC--TA-TT--TTTTAAT---T--AGC-C-A----G-T-AAACGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TTCAA--CT-----------CTG----A-GTAT---TCTG-------------ATT-CTTA-TA---------------AA-TTTCG-AAT--AAATA-C------T--TTG---AATATT----AAA-TAAA-TCTCTT---ATC--AATCA-C-TTGA--GGTGA---A-AAAT-GT-TCCAATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TTAAT------------TT------------------T--AAATA---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAAT--T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-AC-C-A-A-A--ATGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CCAC--A-AGTTC-GA--A---AAGGCCCAGG-CCCC-ATGT-CC-CA-AAAT-GGT-GTGGAAAAA-TCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111111 222 3333333333333333333 3333333333333333333333333 22222 2222222222 1111111 111 111 1111 1111 111111111111 1111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 11 1 22222 111111111 1111111111 1111 1111111111111 222222222222222222222 111 111111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111111 11111 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 111111111111111111 111111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 3 5555555555 777 66 8888888888888888888 3 3 55 3 3 55 3 3 55 3 3 4 3 6666666666666666666666666 3 3 3 55555 99999 2 4444444444 3 1 1111111 55 3 666 99 000 3 3 7 7 3 3 000 1111 7 3 3 9999 6 44 222222222222 3 3 9999 4444444444444 3 3 3 3 3 333 44 77 44 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 77 44 3 3 77 44 3 6666666666 3 3 3 555 44 44 77 33 3 44 44 9999 44 44 6 6 3 3 3 6 3 555 6 3 3 11 3 1 888 6 3 0 00000 3 3 44 3 3 3 777777777 3 3 3 3333333333 999 444 777 22 0000 1 1 2222222222222 0 3 999999999999999999999 3 44 3 33 4444 44 8888 3 6 3 3 666 44 444444 888 44 6 3 44 3 1111111 3 6 44 6666 6 555 3 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 4 2 55 4 2 22222222222 22 2 8888 2 55 22 44444 22 2 22222222222 55 666 2 2 22 55 55 22 4 000000000000000000000000000000000000000000 2 000000000000 666666666666666666 66 8 333333333333333333333 22 44 8888 2 2 22 777 2 2 4 22 4 22 1 22 1 44444 3 3 3 1 3 22 9999 0000 3 1 22 3 1 555 2 55 2 6 2 111 555 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .......... ... .. ................... . . .. . . .. . . .. . . . . ......................... . . . ..... ..... . .......... . . ....... .. . ... .. ... . . . . . . ... .... . . . .... . .. ............ . . .... ............. . . . . . ... .. .. .. .................................................... . .. .. . . .. .. . .......... . . . ... .. .. .. .. . .. .. .... .. .. . . . . . . . ... . . . .. . . ... . . . ..... . . .. . . . ......... . . . .......... ... ... ... .. .... . . ............. . . ..................... . .. . .. .... .. .... . . . . ... .. ...... ... .. . . .. . ....... . . .. .... . ... . . ............................................................... . . . .. . . ........... .. . .... . .. .. ..... .. . ........... .. ... . . .. .. .. .. . .......................................... . ............ .................. .. . ..................... .. .. .... . . .. ... . . . .. . .. . .. . ..... . . . . . .. .... .... . . .. . . ... . .. . . . ... ... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 3 3333333333 111 11 5555555555555555555 6 6 00 6 6 00 6 6 00 6 6 3 6 4444444444444444444444444 6 6 6 99999 11111 9 5555555555 6 3 8888888 00 6 444 55 999 6 6 3 3 6 6 000 4444 3 6 5 7777 7 66 444444444444 3 3 7777 0000000000000 1 3 3 3 3 888 22 33 22 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 99 66 3 3 99 66 3 0000000000 3 3 3 888 22 22 33 55 1 22 22 6666 22 22 2 2 1 1 1 2 1 444 2 3 3 22 6 6 222 7 3 0 00000 3 3 66 3 6 6 444444444 6 6 6 7777777777 000 666 000 99 3333 0 0 7777777777777 4 6 555555555555555555555 3 66 3 77 8888 22 7777 1 2 1 1 999 22 999999 555 22 2 1 22 1 8888888 1 2 22 5555 2 111 1 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 7 4 66 7 4 22222222222 99 1 2222 1 00 99 66666 99 1 66666666666 33 111 1 1 99 00 00 99 2 333333333333333333333333333333333333333333 1 222222222222 888888888888888888 88 0 888888888888888888888 88 88 1111 0 0 88 555 0 0 0 88 0 88 9 66 9 88888 8 8 8 9 8 66 3333 0000 6 8 55 6 9 222 0 55 0 0 0 555 555 0 9 8 9 9 9 9 9 9 9
consensus : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-T-TGTTC-AAG-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-T-CG-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--N-GNTTCTCCGTA-C-CC------GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGG--CC-G--AGA-CA-CA-GA-C---TA--TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T--A-CGAGT-CTG--TT----AACA-TTTCAA--CTT-C-TGATAT---T-------------T-TGTTGA---ATTTNAAATTCT-GATATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-GAATT--TT-A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
Reference ( family-3547 ) : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-T-TGTTC-AAG-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-T-CG-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--N-GNNTCCCCGTA-C-CC------GNTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGG--CC-G--AGA-CA-CA-GA-C---TA--TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T--A-CGAGT-CTG--TT----AACA-TTTCAA--CTT-C-TGATATA--T-------------TCTGTTAA---ATTTNAAATTCT-GATATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-GAATT--TT-A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|1 : ATCTAATCA-TCCCCTTAACT-C-G--ATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-T--T-TTC--TAATA-T--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAA-AACG-------TTT--AATTCTGTT---GG-GTA---TGCACAAT-TGTGT-C-AAG-CG-CGT---TT----GGGT-AAC-TATATATCCTGCAATT-----GACT-G-TT-G-CGG-----AGCCATA--CTC-A--GTATTTCTGTAAAG-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTT-G-CA-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCACCTTCAGTTTTT-CTAAG--C-A-GATT--TC-ATTACG-----C-G-T-GAA---TGA--CG--TGGGAC-GA-AAA-TGTCGACCAATT--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GC-T---GTGAAGC-G-AGAATCC-AAT-ATGATA---G-T-CGT-AGAGCATTTTAAGC-T-A-C--T-GA-AT-AT--GAC-C--ACAGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-TCGTTAATTACATGA--TTGATTCCTCGTA-C-CCAGTAACGTTTTA---------C--A-GT-GA--G-GGAG--CC----AGA-CAACA-GA-CCAGTA--TT--CCCAAAC---T--AGC-C-A--A-GG---T--A-AG-GT-CTG--TT----AA-A-TTTCAA--CTT-CATGATAT-------------------TGTTGA---AT--AAAATTTTTGATATTGAATAAAACTT-TGAA-TT--G-AAT--AAA-AAC------T--TAGAATT--TT-A----A--TAAA--TCT--TG--A-C--A-TCA-CC---------TTGA--G-TGA---AGAAAT-G--TC--ATACGTTCTTAA--TGAA--AT-ATTTT-A-G-----------TATTCACCATTTTAATAGCATATTT-GT------------TT------------------T--AAATAAATC-----A---AT------ATG--CT---T-AATA-AA-TGGT--GAA---T-T-A-T-AA--A-AACTTCC-C--AATG-T-----GCGAGCAA-A-A--ATGAC----GCA---TAA-A--A-AT-T---CC-CTGA-A-TTC-G---C---AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-AATT-GGT-GTGG-AAAA-TC
gi|10 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtAATCA-TCTTCTT--CTTG-GCGCTATTGTTA--AT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C---A-CG-T--A-C--AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAATA-----TC-----GGTGTCTT--------T-AA-A-CG-------TTT--A-TTCTGTG---GGTGTA---TGCACATT-T-TGTTC-AAA-CGGC-T---TT----GG-TCAACACATAT------CG--T--------T-G-TT-ACTGGCCGA-AGCCATAA-CTC-A--GTA--------AGA-AAAT-T-A-AGAAATC-TTTGCT-CA-TGGC--ATCAA--A--------C-------AA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--CCA-G--T--TT-T--A-A-----TTG-T-GAA---TTA--CG--CTGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAACC--AAT-CTGAAA-CGG-T-CTTCAGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--A-C-CA-A-AGTT-CT-AC-----T----AC-T-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NCT-C--A-GT-GAGGG-GGGG--AC-G--AGA-CA-C--GA-C---TA--TT--CT--AAC---T--AGCGC-A--A-G----TA-A-CGAGT-CTG--TT----AACA-TTTTCA--CTT-C-TGATAT-----------------------------TTT----------------------------GAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------TTAT-GAACT--TT------AA-TAAA--TCT--T-----C--AATCA-C-----------TGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTATC-TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----AG--AT------ATG--CT--ATAA--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--T-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-ACA--ATGAC----GC----G-T-A--A-ATAT---CC-C--A-A-TTC-GAAAA---AAGGCCCAGG-CCCC-A--T-CC-CA-AAAT-GGT--TGG---AA-TCCC
gi|11 : --CT-GCG-GATATCATTA--ATTCGGGAA-----------------AAGGGAA-AGCT--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAAA-------C-----GGTGTCTT--------T-AA-AACA-------TTT------CTGTG---GT-GTA--C-GCACAAT-T-GGTTC-AAG-CG-C-T---TT----G--T-AACATAT---TACT-CG--T-----G--C-A-T--A-TGGC----AGC-----------------TTCTGTAAGAGAAAT-TTA-AGAAACT-TTTG-T-CG-TGGCC-ATCAA--A--------C-------CACTCACTCAGCT-----------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--C-A-----C-GAT-GAA---TGA--TG--CGGGA------AA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA---A-C-A-GG-T---GC-AAGC-G-AGA-TC--AAT-CCGAAA-T-GCT-CAT-ACAGCA-----AGA-CCATC--T-GATAT-A---G-CAC--A-ATAA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNNNNNNCACT-C--A-GC-GA--G-GGG---CC-A--A-A-GA-CA-GA-T---TA--TTT-CC--AAC---TCCAGC-C-A--ACG----T--A-CAAGT-CGG--TT----AACA-T------------------------------------------------TCTCAACTTCT-GA-ATT-------------GAA-TT--G-AAT--AAA---C------T--T-GAATT--TT-A----AA-T-CA--TCT--TA--A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTAA---GAAAAT-GT-TC--ATA--TTCTAAT--C-AA--AG-A-----A-------------T----------------------TT-AT------------TT------------------TA-AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA---GT--GAC---TAA-ACT-AT--A-A--TCCC-G--AATGTT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----TAA-A--A-AT-T---CC-C--A-ATTTC-G---A---AAGG-CCAGGTCCCC-AT-T--C-CA-AATT-GATGGTGG-AAAA-CC
gi|12 : -GA--G-GGGG--CCCG--AGA-CA-CA-GA-C---TA--TT--TT--AAT---T--AGC-C-A--A-G----T--A-CGAGT-CTG--TT----AACA-TTTCAA--CTT-C-TGATAT-----------------TCTG--------------ATTCT-TATA----------------AA-TTTCG-AAT--AAATA-C------T--TTGAATA--TT-A----AA-TAAA--TCTCTT---ATC--AATCA-C----------T-GA--GGTGC---AAAAAT-GT-CC--ATAA-TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-AGC---------T----------------------TT-AT------------TT------------------TT-AAATA---C-----A---A-------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-T--AAGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---ACAAGAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|13 : T-C--A-GT-GG--A-GGGG--CC-G--AGA--A-CA-GA-C---TA--TT--CT--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T--A-CGAGT-CTG--TT----AACA-TTTCAA---TT-C-TGATAT---------------------TTGA---ATTTGAA----T-AAAACT----------T--GAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-GAATT--TT-T----AA-TAAA--TCT--T---G-C--AA------------------------------GAAAT-GT-TT--GTA--TTCTTAT--TGAA--AT-AC----A-G-----------T----------------------TT-TT------------AT------------------T--TAA-A---C-----A---AA------ATA--CT--AT----A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T---A--A-AT-T---CC-C--ACA-TTC-GA--A---AAGGCCCAGG---CC-AT-T-AC-CA-AAAT-AA--GTGG-AAAA-TCCCT
gi|14 : ---ATTTCGAGCCCT-GA-ATT-------------GAA-TTT-G-AAT---AA-A-C------T--T-TCATT--TTAA----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGAC-GGTGA---AG-AAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------TAAAAA-A---C-----AT--ATATC---ATG--CTA-AT-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGACG---GC----T-A-A--A-AT-T------C--A-A-TTCGG---A---AAGGCCT--G-CCCC-AT-T--C-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|15 : caaacccaaatttaactgccatcgtttATATT----------T-TTA---TT-GCAATGAAAA-A-CAAACTGT--T-CAGTT--CG-A----AG-AAAA--TTT--T---C-C--A-----------------TGAATGAAGA---AGAAAT-AT-TC--ATA--TTCAAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-GT------------TT------------------T--AAG-A---------A---TT------ATA--TT--TC-T--A-AA-CTGT--GAA---T-T-TTT-AA--A-C--TTCC-C--ATTA-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCA--------------C-CG-A--------GTGG-AAAA-TCTCT
gi|16 : actttaa-G-AAC--AAA-A-TG-----T--T-AAGAT--TT-A----AA-GAAA--ATT--T---T-C--CATAA-A----------T-GA--AG--A---AAAAAT-AT-T----TG--TTTCAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-GT------------TT------------------T--AAG-A---A-----A---ATGTTTTTATG--TT--TC-T--A-AA-CTGT--CAA---T-T-TTTTAA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----G-GA----------ATTTTTTTTGT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-C---A---AAGGCCCAAG-CCCC-AT-T-CC-CA-GATT-TGA-GTGG-AAAA-TCTC
gi|17 : gtaAATT--TT-A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TGC-G---A---AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|18 : AAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGGA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-GT------------TTTTTTGTTTTGTTTTTTTTT--AAA-A---------------------ATA--CT--AT-A--A-AA-CGGC--GAT---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AAAG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---ACGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-TGT-GTGG-AAAA-TCCCTg
gi|19 : TT--TT-A-------TAAA--TCT--T--------TATCA-T----------------AGTGACTCAGAAAT-G-------------CTGTN--NNNN--NN-N-----N-N-----------N----------------------NN-NN------------NT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-TGGT--GAA---T-T-AAT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GCCNTAT-A-A--ATAT-T---C
gi|2 : AATCAGTCCCCTTAACT-C-G-GATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-TGTTGT-C--TA-TACT--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAACAACG-------TTT--A-TTCTGTT---GG-GTA---TGCACAATAT-TGTTC-AAG-CG-C-TCGTTT----GGGT-AACATATAT------CC--T-----G--C-AATT-G-TG-C--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG---CA-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCGACTCAGT--TTT-CT--GAGC-A-G--TCATT-A--ACG-----C-G-T-GAA---TGA--CG--TGGGACCGA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGAAT-AAC-A-GC-TTTAGTGAAGCCGTAGAATCC-AATATTGAA----G-T-CGT-AGAGCATTTT-AAG-C-ATCACT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-C-GTTAATTA-CAGATCA-GATTCCTCGTA-CACC------A---GA-----ATTAC--ATGT-GA--G-GGGG--CC----AGA-CA-CA-GA-CCAGTA--TT--CCCAAACT--T--AGC-C-A--A-G----T--A-AG-GT-CTG--TT----AA-A-TTTCAAACTTT-C-TG--ATA--T-------------TTTG--AA------TAAAATTTT-GATATTGATAAAAAC-T-TGAATTTT-G-AATA-AAA-A-C------TTGT-GAATT--T-------AA-TAA----CT--TG--A-C--AATCACC----------TTGA--G--GA---AGAAATCGTGTC--A-G--TTCTTAA--TGAA--AT-ATTATTA-GTAATTCACCATT----------------------TT-ATAGGCATATTTGTTT------------------T--AAA-A---T-----AAATAT------ATC--TT--AT-A--A-A----TT--GAA---T-T-ATA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----GCGAGC-A-A-AATATGACA---GCAT--C-A-AACA-AT-T---CC-CAGA-A-TTC-G---C---AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-ACAT-GGT-GTGG--AAA-TCC
gi|20 : agggatttttcgcacctgtgtagggtccgaaaaattcggcgcgcattcccatgcagaattacaaatgcattttgtttcgccatttgttgacaaaatatcccaatgctC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCACTCAGTT--TTT-CT--G--C-A-A--G--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAA-TCTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAAC-G-AGAATC--AAT-CTGAAA-C-G-T-GGT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-
gi|21 : C----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|22 : acagtttggggttataaataaaatagacgctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT------------------T--AAG-A---------A---AT------ATG--TT--TC-T--A-AG-CTGT--GCA---T-------AA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-C---CC-C--A-A-TTC-C---A---AAAGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-CATT-TGA-GTGG-AGAA-TC
gi|23 : ACATATAAT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCTATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AAAAATC-TTTG-T-CT-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------T-----------
gi|24 : aGA--TG--CGGGA--GA-A---TGTCGACCA--T--TAATTG--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--cactcagtttttctg
gi|25 : aaaacattcctcaatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-TAATT--TT-A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TT
gi|26 : aaa-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-TC--CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGG-CCC
gi|27 : GAAA-T-G-T-CGT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CT-AC-----T----A
gi|28 : tCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TTCCT
gi|29 : -AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTgc
gi|3 : A-----------------AGTGGAA-AG-T--T-T-TCGTT-TG-TTAG-CG-AGT-TAT-------------------------CCAAA-T-TAAAAA------TT-------TGTCTT--------T-AA-A-CA-------TTT--A-TTCTGTG---GC--TG--CAGCACAAT-T-TGTTT-CAG-CG-C-----TT----GG-T-AAC-----TATACT-CG--TGGGAGG--C-A-TTGA-TGGC----------AA-C----------TTC-GTAAG--AAAT-TTA-AGAAATC-TTT--T-CGTTGGC--ATCAA--ACAATCACTC-------CA-------G--------------T-----------TTT-CC--G--C-A-G--T--TC-A--C-A------------AA---AGA--TG--CGGGA--G--AAA-TGTTCGCCA--T--T----AATT--GTAC-A-T-G-CAA-GT-T---GC-TAGC-G--GAATCAGAAT-CCGAAT-G-G-T-CAT---AGCA-----AGATC-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C----AGTACCT-AC-----CTCGAAC-T-TAGAGA-CTGTT---TT-CTA-ATATCAAACAATGAA--G-ATGTCTCCGTA-C-CA------GTTTTA-----ACT-C--A-GC-GG--A-GGGG--CC-A--AGA-CA-CA-GA-C---TA--AT--CC---AC---T--AG--C-A--A-G----A--G-CAAGC-TTG--TT----AACAGTTTCAA--CTT-C-TGATAT-----------------------------TTTGAA------------------------------TT-G-AAT--AAA-A-C---------T-GAATTTATT-A----AA-TAAA----T--T---A-C--AACAA-CTAAGTATACTTTGA--GGTGA---GAATAT-GT-CT--ATA--TTCTTTA--AGAATTAT-A-----ATG-----------TC---------------------TT-A-------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------AT---CT--ATAA--A-AA-TGCT--GAAT--T-T-ACA-AA--A-A--TTCCGC--AA-G-T-----G-GA-C-A-ATA--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GA--A---AAGGCCCCGG-CCCG-ATAT-CCACACAAATGGGT-GTGG-AAAAGTCCCgc
gi|4 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggTCTT--CT-G-C-GATATCGATATA-T--GGAAA-----------------ATTGGAA--G-T--T-C-T--TA-TG-T--A-TG-AAT-TAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGC-C-AT-T-TGTTC-AAGACG-C-TG--TT----GG-T-AACA---ATACACTACG--T-----G--TGG-TT-A-TGGC--G-AG-CATAA-CTCAA--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-TAGAATC-TTTG-T-CG-TTGCTAATC-A--A--------C-------CA-------ATCACTTCTTACAGTT-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TCAA--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--G--AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-A-GA-T-A-C-ACGT-T---GC-AAG--G-AGATGC--AAT-CTGATA-T-G-T-CGTGAGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CTAAC-----T----ACNN-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----ACT-A--A-GT-GA--G-GGGG--CC-G--AGACCA-CA-GA-CT--TA--TT--CTA-AAC---T--AGC-C-A--A-------------AG---TA--TC----AACG-TCCC---------------TG--T-------------T---TTAAAACATTTCAACTTCT-GATATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--TGGAATT--TT-AATTTAA-TAAA--TCT--TTGCA-G--AATCA-C----------TTGA--GGTGC---AG-AAT-GT-TT--GTA--TTCTTAT--TG-A--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-------------TT------------------T--AAA-A---CAA---A---AT------AAA--CTAAAT-A--T-AA-CGGT--GAA---T-T-AATCAAATA-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-CAA-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--AGAT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---GAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-
gi|5 : gggattcttcaacctgttgtaggggtccgaaatttcgcgcccattcacaaccgcagattaaagcaattttttacccagatttgttgacaaattcctccaattttatttagatatcaataaGGA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--ATCG-ATT-AAT-------------------------C-AAA-TATAAAAAAATA--TCTCAGAGTTGTCTTATTCTTTAT-AA-AGCATTGTAATTTT--A-TGTTGTGTTCTA-GTACTCTGCACAAT-T-TGTTCAAAG-CG-C-T---TTCACAGG-T-AACA-----ATACT-CG--T-----G--C-ATTT-A-TGGC--G-AGCTA----------------TCTGT-ACA-AAATGTTACAGAAATC-TTCG-T-CA-TGGC--ATCAAACA--------C-------CA-------AATCAACTCACAGT-T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--A-AACATGC-G-T-GAAATTTGA--TGCTCGACA--GAGAAA-TGTCAACCA--TAGT----G--T--G-ACGACT-A-C-A-AG-T---GC-Agtc
gi|5 : tGAA--T-GGTCCTCTGTA-CACCAAT---GTTATA-----TCT-C--A-GCCGA--GCGGGG--CC-GGAAGA-CA-CAAGA-CC--TA--TTTCCC--AACAAGT--AGC-C-G--A-ACGGTT--ATCAAGTACTGAGTT----AACA-TTTTAA--CTTTC-TGA-ATA--T-------------T-TGT-AA---ATTTGAAA------ATACT----------TGCGAA-ATT---------------------T--T-G---T--TT-A----AA-TAAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGAG--AAAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTACTATGAA--AT-AT----A-GT----------T----------------------TT-AT------------TT------------------C--AAA-A---CATTTTA---AT------TTGCTCT--AT-A--ATAATTGGT--GAAATTT-T-ACT--A--A-A--TTCC-CCTAATA-TTTATAG-GA-C-ACA-A--ATGACT---GCA---T-ATA--A-AT-TGTCCT-C--A-A-TTC-GA--A---AAGGCCCAGC-CCCCTAT-TACC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTctgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatctcagccgagcggggccggaagacacaagacctatttcccaacaagtagccgaacggttatcaagtactgagttaacattttaactttctgaatatttgtaaatttgaaaatacttgcgaaattttgtttaaataaaatcttacaatcacttgaggtgagaaaaatgttcatattcttactatgaaatatagttttatttcaaaacattttaatttgctctataataattggtgaaattttactaaattcccctaatatttataggacacaaatgactgcatataaattgtcctcaattcgaaaaggcccagccccctattacccaaaatggtgtggaaaatccct
gi|6 : tggaagtttctatgtatcgattaatcaaatataaaaaaatatctcagagttgtcttattctttataaagcattgtaattttatgttgtgttctagtactctgcacaatttgttcaaagcgctttcacaggtaacaatactcgtgcatttatggcgagctatctgtacaaaatgttacagaaatcttcgtcatggcatcaaacaccaaatcaactcacagtttttctgcagttcaaaacatgcgtgaaatttgatgctcgacagagaaatgtcaaccatagtgtgacgactacaagtgcactgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctaCATCAAATCA-TCTCCTT--CT-C-G--ATAC----ATAAT--GGAAA-----------------A-TGGAAGAG-C--T-T-C--TA-TG-T--A-CGGAGT-AAT-------------------------C-AAAAC-TAAAAAA-----TC-----GGTG-CTGGG------T-AA-AACA-------TTTTTA-TTCGGTG---GG--TA--CTGCACAAT-T-TGTTCGAAG-CG-C-T---TT----G--T-AACATATA----CT-CG--T-----G--C-A-TT-A-TG-C--G-AGC-----------------TTCTGTAA---AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-TTCG-TG-C--ATCAA--AAC------C-------CA-------A--------------TCACATTCAGT-TTT-CT--G--C-AAG--T--TC-AGAA-A-----C-G-T-GAA---TGA--TG--CGG-----A-GAA-T-TCGACCA--T--T----G--T--GGACGA-TTA-C-A-GTCT---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCAAAG-T-G-TTCGT-ACAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-ATGAT--G-C-C--A-AGTA-CT-ACG----T----AC-TAGATGAATC-GTTATTTTAATATCATTAAATGACCAGA--T-GTC-CTCCGTAAC-CC------ATTTAA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGG--CC-A--AGA-CA-CA-GA-C---TA--TT--CCA-AAC---T----CAC-A--A-G----T--A-CAAGT-C-G--TT----AACA-TTTCAG--CTT-C-TGAT-----------------------TTGA---ATTTT-AAT---------------------------------------AA-A-C------T--T-GAATT--TT-A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGGAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAA--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------A--AAA-A---C-----A---ATC-----ATG--CT--AT-A--A-AT-GGGTGAGAA---T-T-ACT--A--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----G-----T-A-A--A----T---CC-C--A-ATTTC-G---AG--AAAGCCCAGG-CCCG-AT-T--C-AA-AAAT--GT-GTAG-AAAA-TCCC
gi|7 : gattttcccaccctgtgtaggggtcaaattcggccccgattcccaattgcagaattaaagcttgtttcccaattgttgacaaaaagttccccaatcttattttaaaATCAAATCAATCTTCTT-----G-C-GATATCGATATA-T--G--AA-----------------AATTGAA-G-----T-T-C--TA-TG-T--A-TG-AATGTAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------TTAA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG--TA--CTGCACA-T-T-TGTTC-AAAACG-C-T---TT----GG-T-AACATACA----CT-CG--T-----G--T-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAAACTC-AAAGTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAA-TC-TTTG-T-CG-TTGC--ATCAA--A--------CAATCACTCA-------G--------------T-----------TTTTCT--G--C-A-G--T--TC-A--A-AA----C-G-TTGAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAAATGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CTGAAA-T-G-T-CGTGAGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-ATAAA-A-A--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NNN-NTAA-GT-GA----GGGG--CC-G--AGA-CACCA-GA-C---TA--TT--CT--AAC---T--AGC-CAA--A-G----T--A-CAAGTCCTG--TTTTAAAACA-TTTCAA--CTT-C-TGATAT-----------------------------TTT----------------------------GAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--TGGAATT--TT-AATT-AA-TAAA--TCT--T---G-CAGAATCA-C----------TTGA--GGTGA---AG-AAT-GT-TT--GTA--T--CTAT--TGAA--CT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TTA-----------------T--AAACA---A-----A---AA------ATA--CT--AA-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-TAACA-AA--A-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-
gi|8 : gggattttccaccctgttgtagggtcccgaaattcggcccattccacaacacgcagattaagcattttttcccaatttgttgacaaaaattccatattttatttagatCATCAAATCA-TCTTCTT--GT-G-G-GATATTGTTAGAAT--GGAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-CG-T--A-TG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-AAATC-----AGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-A-TGTTC-AAG-AG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CA--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-T-GA-TGGC--ATCAA--A--------C-------AA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--TGGGA--GA-AAA-CGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAACC--AAT-CTGAAA-T-G-T-CAT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AATA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GA--G-GGGG--CC-G--AAA-CA-CA-GA-C---TA--TT--GT--AAC---T--AGC-C-ATTA-G----T--A-CGAGT-CTG--TT----AACA-TTTCAA--ATT-C-TGANGTAACTAGCCAAGTACGAGTCTGTTAAC--CTTTCAAATTCT-GATATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-GAATT--TT-A----AATTTAA--TCT--T---A-C--AATTA-C------------AA--GGTGA---AGAAAT-AT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-C-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TCT-G---A---AAGGTCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|9 : TCTT--CT-G-C-GATATCGTTA--AT--GGAAA-----------------A-TGAAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT----------AA-AACG-------TT---A-TTCTGTG---GG-TAA--GCGCACAAT-T--GTC---AG-CG-C-T---TTT---GG-T-AACATATA----CT-CG--TA----G--C-G-GT-A-TGGC--GGAGCATTAA-CTCCG--GTATTTCTGTACGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTTT-T-CC-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------ATCACTACAGT----T-----------TTT-CTG-G--C-A-GT-T--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGATTTG--CGGGA--GA-AAA-TGTTCGCCA--T--TG---G--TAGA-ACGA-T-A-C-ATGT-T---GC-A------AGAATC--AAT-CTGAAACT-GAT-CGT-AGAGCAAG---AGA-C-ATC--TAGA-AT-AT--GTC-C--A-AGTA-CT-ACCNNNNN----NN-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GG--A-GGGGCTCC-G--AGA-CA-CA-GACC---TATTTT--TT--AAT---T--AGC-C----A-G----TAAA-CGAGT-CTG--TT----AACATTTTCAA--C-T-C-TGA-GTA--T-------------TCTG--------------ATTCT-TATA----------------AA-TTTCG-AAT--AAATA-CT-----T--T-GAATA--TT-A----AA-TAAATCTCT--T---ATC--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---A-AAAT-GT-TCCAATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TTAAT------------TT------------------T--AAATA---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAAT--T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-AC-C-A-A-A--ATGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CCAC--A-AGTTC-GA--A---AAGGCCCAGG-CCCC-ATGT-CC-CA-AAAT-GGT-GTGGAAAAA-TCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111111 222 3333333333333333333 3333333333333333333333333 22222 2222222222 1111111 111 111 1111 1111 111111111111 1111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 11 1 22222 111111111 1111111111 1111 11111111111 222222222222222222222 111 111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 111111111 11111 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 111111111111111111 111111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 3 5555555555 777 66 8888888888888888888 3 3 55 3 3 55 3 3 55 3 3 4 3 6666666666666666666666666 3 3 3 55555 99999 2 4444444444 3 1 1111111 55 3 666 99 000 3 3 7 7 3 3 000 1111 7 3 3 9999 6 44 222222222222 3 3 9999 4444444444444 3 3 3 3 3 333 44 77 44 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 77 44 3 3 77 44 3 6666666666 3 3 3 555 44 44 77 33 3 44 44 9999 44 44 6 6 3 3 3 6 3 555 6 3 3 11 3 1 888 6 3 0 00000 3 3 44 3 3 3 777777777 3 3 3 3333333333 999 444 777 22 0000 1 1 33333333333 3 555555555555555555555 3 44 3 33 4444 44 8888 3 6 3 3 666 44 444444 888 44 6 3 44 777777 2 3 6666 6 3 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 4 2 55 4 2 22222222222 333 22 000000000 2 55 22 44444 22 2 22222222222 55 666 2 2 22 55 55 22 4 000000000000000000000000000000000000000000 2 000000000000 666666666666666666 66 8 333333333333333333333 22 44 8888 2 2 22 777 2 2 4 22 4 22 1 22 1 44444 3 3 3 1 3 22 9999 0000 3 1 22 3 1 555 2 55 2 6 2 111 555 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .......... ... .. ................... . . .. . . .. . . .. . . . . ......................... . . . ..... ..... . .......... . . ....... .. . ... .. ... . . . . . . ... .... . . . .... . .. ............ . . .... ............. . . . . . ... .. .. .. .................................................... . .. .. . . .. .. . .......... . . . ... .. .. .. .. . .. .. .... .. .. . . . . . . . ... . . . .. . . ... . . . ..... . . .. . . . ......... . . . .......... ... ... ... .. .... . . ........... . ..................... . .. . .. .... .. .... . . . . ... .. ...... ... .. . . .. ...... . . .... . . .......................................................................... . . . .. . . ........... ... .. ......... . .. .. ..... .. . ........... .. ... . . .. .. .. .. . .......................................... . ............ .................. .. . ..................... .. .. .... . . .. ... . . . .. . .. . .. . ..... . . . . . .. .... .... . . .. . . ... . .. . . . ... ... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 3 3333333333 111 11 5555555555555555555 6 6 00 6 6 00 6 6 00 6 6 3 6 4444444444444444444444444 6 6 6 99999 11111 9 5555555555 6 3 8888888 00 6 444 55 999 6 6 3 3 6 6 000 4444 3 6 5 7777 7 66 444444444444 3 3 7777 0000000000000 1 3 3 3 3 888 22 33 22 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 99 66 3 3 99 66 3 0000000000 3 3 3 888 22 22 33 55 1 22 22 6666 22 22 2 2 1 1 1 2 1 444 2 3 3 22 6 6 222 7 3 0 00000 3 3 66 3 6 6 444444444 6 6 6 7777777777 000 666 000 99 3333 0 0 00000000000 6 888888888888888888888 3 66 3 77 8888 22 7777 1 2 1 1 999 22 999999 555 22 2 1 22 888888 3 1 5555 2 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 7 4 66 7 4 22222222222 999 99 999999999 1 00 99 66666 99 1 66666666666 33 111 1 1 99 00 00 99 2 333333333333333333333333333333333333333333 1 222222222222 888888888888888888 88 0 888888888888888888888 88 88 1111 0 0 88 555 0 0 0 88 0 88 9 66 9 88888 8 8 8 9 8 66 3333 0000 6 8 55 6 9 222 0 55 0 0 0 555 555 0 9 8 9 9 9 9 9 9 9
consensus : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-T-TGTTC-AAG-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-T-CG-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--N-GNTTCTCCGTA-C-CC------GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGG--CC-G--AGA-CA-CA-GA-C---TA--TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G-T--ACGAGT-CTGTT----AACA-TT-TCAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T--GTTGA-ATTT-AAATT-CT-GA-TATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
Reference ( family-3547 ) : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-T-TGTTC-AAG-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-T-CG-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--N-GNTTCTCCGTA-C-CC------GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGG--CC-G--AGA-CA-CA-GA-C---TA--TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G-T--ACGAGT-CTGTT----AACA-TT-TCAA--CTTC-TGA-TAT-----------------TTTGTTGA-ATTTNAAATT-CT-GA-TATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|1 : ATCTAATCA-TCCCCTTAACT-C-G--ATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-T--T-TTC--TAATA-T--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAA-AACG-------TTT--AATTCTGTT---GG-GTA---TGCACAAT-TGTGT-C-AAG-CG-CGT---TT----GGGT-AAC-TATATATCCTGCAATT-----GACT-G-TT-G-CGG-----AGCCATA--CTC-A--GTATTTCTGTAAAG-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTT-G-CA-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCACCTTCAGTTTTT-CTAAG--C-A-GATT--TC-ATTACG-----C-G-T-GAA---TGA--CG--TGGGAC-GA-AAA-TGTCGACCAATT--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GC-T---GTGAAGC-G-AGAATCC-AAT-ATGATA---G-T-CGT-AGAGCATTTTAAGC-T-A-C--T-GA-AT-AT--GAC-C--ACAGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-TCGTTAATTACATGA--TTGATTCCTCGTA-C-CCAGTAACGTTTTA---------C--A-GT-GA--G-GGAG--CC----AGA-CAACA-GA-CCAGTA--TT--CCCAAAC---T--AGC-C-A--A-GGT--AAG-GT-CTGTT----AA-A-TT-TCAA--CTTCATGA-TAT-----------------T--GTTGA-AT--AAAATT-TTTGA-TATTGAATAAAACTT-TGAA-TT--G-AAT--AAA-AAC------T--TAG---AATT--TT----A----A--TAAA--TCT--TG--A-C--A-TCA-CC---------TTGA--G-TGA---AGAAAT-G--TC--ATACGTTCTTAA--TGAA--AT-ATTTT-A-G-----------TATTCACCATTTTAATAGCATATTT-GT------------TT------------------T--AAATAAATC-----A---AT------ATG--CT---T-AATA-AA-TGGT--GAA---T-T-A-T-AA--A-AACTTCC-C--AATG-T-----GCGAGCAA-A-A--ATGAC----GCA---TAA-A--A-AT-T---CC-CTGA-A-TTC-G---C---AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-AATT-GGT-GTGG-AAAA-TC
gi|10 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtAATCA-TCTTCTT--CTTG-GCGCTATTGTTA--AT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C---A-CG-T--A-C--AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAATA-----TC-----GGTGTCTT--------T-AA-A-CG-------TTT--A-TTCTGTG---GGTGTA---TGCACATT-T-TGTTC-AAA-CGGC-T---TT----GG-TCAACACATAT------CG--T--------T-G-TT-ACTGGCCGA-AGCCATAA-CTC-A--GTA--------AGA-AAAT-T-A-AGAAATC-TTTGCT-CA-TGGC--ATCAA--A--------C-------AA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--CCA-G--T--TT-T--A-A-----TTG-T-GAA---TTA--CG--CTGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAACC--AAT-CTGAAA-CGG-T-CTTCAGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--A-C-CA-A-AGTT-CT-AC-----T----AC-T-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NCT-C--A-GT-GAGGG-GGGG--AC-G--AGA-CA-C--GA-C---TA--TT--CT--AAC---T--AGCGC-A--A-G-TA-ACGAGT-CTGTT----AACA-TT-TTCA--C---------------------------------------------TT-CT-GA-TATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------TTAT-G---AACT--TT---------AA-TAAA--TCT--T-----C--AATCA-C-----------TGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTATC-TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----AG--AT------ATG--CT--ATAA--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--T-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-ACA--ATGAC----GC----G-T-A--A-ATAT---CC-C--A-A-TTC-GAAAA---AAGGCCCAGG-CCCC-A--T-CC-CA-AAAT-GGT--TGG---AA-TCCC
gi|11 : --CT-GCG-GATATCATTA--ATTCGGGAA-----------------AAGGGAA-AGCT--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAAA-------C-----GGTGTCTT--------T-AA-AACA-------TTT------CTGTG---GT-GTA--C-GCACAAT-T-GGTTC-AAG-CG-C-T---TT----G--T-AACATAT---TACT-CG--T-----G--C-A-T--A-TGGC----AGC-----------------TTCTGTAAGAGAAAT-TTA-AGAAACT-TTTG-T-CG-TGGCC-ATCAA--A--------C-------CACTCACTCAGCT-----------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--C-A-----C-GAT-GAA---TGA--TG--CGGGA------AA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA---A-C-A-GG-T---GC-AAGC-G-AGA-TC--AAT-CCGAAA-T-GCT-CAT-ACAGCA-----AGA-CCATC--T-GATAT-A---G-CAC--A-ATAA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNNNNNNCACT-C--A-GC-GA--G-GGG---CC-A--A-A-GA-CA-GA-T---TA--TTT-CC--AAC---TCCAGC-C-A--ACG-T--ACAAGT-CGGTT----AACA-TTCTCAA--CTTC------------------------------TGA-ATT-------------------------------GAA-TT--G-AAT--AAA---C------T--T-G---AATT--TT----A----AA-T-CA--TCT--TA--A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTAA---GAAAAT-GT-TC--ATA--TTCTAAT--C-AA--AG-A-----A-------------T----------------------TT-AT------------TT------------------TA-AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA---GT--GAC---TAA-ACT-AT--A-A--TCCC-G--AATGTT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----TAA-A--A-AT-T---CC-C--A-ATTTC-G---A---AAGG-CCAGGTCCCC-AT-T--C-CA-AATT-GATGGTGG-AAAA-CC
gi|12 : -GA--G-GGGG--CCCG--AGA-CA-CA-GA-C---TA--TT--TT--AAT---T--AGC-C-A--A-G-T--ACGAGT-CTGTT----AACA-TT-TCAA--CTTC-TGA-TAT-----------------TCTG------------ATT-CT-TA-TA----------------AA-TTTCG-AAT--AAATA-C------T--TTG---AATA--TT----A----AA-TAAA--TCTCTT---ATC--AATCA-C----------T-GA--GGTGC---AAAAAT-GT-CC--ATAA-TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-AGC---------T----------------------TT-AT------------TT------------------TT-AAATA---C-----A---A-------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-T--AAGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---ACAAGAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|13 : T-C--A-GT-GG--A-GGGG--CC-G--AGA--A-CA-GA-C---TA--TT--CT--AAC---T--AGC-C-A--A-G-T--ACGAGT-CTGTT----AACA-TT-TCAA---TTC-TGA-TAT-----------------TT----GA-ATTTGAA-----T-AA-AACT----------T--GAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATT--TT----T----AA-TAAA--TCT--T---G-C--AA------------------------------GAAAT-GT-TT--GTA--TTCTTAT--TGAA--AT-AC----A-G-----------T----------------------TT-TT------------AT------------------T--TAA-A---C-----A---AA------ATA--CT--AT----A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T---A--A-AT-T---CC-C--ACA-TTC-GA--A---AAGGCCCAGG---CC-AT-T-AC-CA-AAAT-AA--GTGG-AAAA-TCCCT
gi|14 : -ATTTCGAGCC-CT-GA--ATT-------------GAA-TTT-G-AAT---AA-A-C------T--T-T---CATT--TTA---A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGAC-GGTGA---AG-AAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------TAAAAA-A---C-----AT--ATATC---ATG--CTA-AT-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGACG---GC----T-A-A--A-AT-T------C--A-A-TTCGG---A---AAGGCCT--G-CCCC-AT-T--C-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|15 : caaacccaaatttaactgccatcgtttA-TATT----------T-TTA---TT-GCAATGAAAA-A-CAAACTGT--T-C---AGTT--CG----A----AG-AAAA--TTT--T---C-C--A-----------------TGAATGAAGA---AGAAAT-AT-TC--ATA--TTCAAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-GT------------TT------------------T--AAG-A---------A---TT------ATA--TT--TC-T--A-AA-CTGT--GAA---T-T-TTT-AA--A-C--TTCC-C--ATTA-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCA--------------C-CG-A--------GTGG-AAAA-TCTCT
gi|16 : actttaa-G-AAC--AAA-A-TG-----T--T-A---AGAT--TT----A----AA-GAAA--ATT--T---T-C--CATAA-A----------T-GA--AG--A---AAAAAT-AT-T----TG--TTTCAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-GT------------TT------------------T--AAG-A---A-----A---ATGTTTTTATG--TT--TC-T--A-AA-CTGT--CAA---T-T-TTTTAA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----G-GA----------ATTTTTTTTGT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-C---A---AAGGCCCAAG-CCCC-AT-T-CC-CA-GATT-TGA-GTGG-AAAA-TCTC
gi|17 : gta---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TGC-G---A---AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|18 : AAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGGA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-GT------------TTTTTTGTTTTGTTTTTTTTT--AAA-A---------------------ATA--CT--AT-A--A-AA-CGGC--GAT---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AAAG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---ACGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-TGT-GTGG-AAAA-TCCCTg
gi|19 : TT--TT----A-------TAAA--TCT--T--------TATCA-T----------------AGTGACTCAGAAAT-G-------------CTGTN--NNNN--NN-N-----N-N-----------N----------------------NN-NN------------NT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-TGGT--GAA---T-T-AAT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GCCNTAT-A-A--ATAT-T---C
gi|2 : AATCAGTCCCCTTAACT-C-G-GATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-TGTTGT-C--TA-TACT--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAACAACG-------TTT--A-TTCTGTT---GG-GTA---TGCACAATAT-TGTTC-AAG-CG-C-TCGTTT----GGGT-AACATATAT------CC--T-----G--C-AATT-G-TG-C--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG---CA-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCGACTCAGT--TTT-CT--GAGC-A-G--TCATT-A--ACG-----C-G-T-GAA---TGA--CG--TGGGACCGA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGAAT-AAC-A-GC-TTTAGTGAAGCCGTAGAATCC-AATATTGAA----G-T-CGT-AGAGCATTTT-AAG-C-ATCACT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-C-GTTAATTA-CAGATCA-GATTCCTCGTA-CACC------A---GA-----ATTAC--ATGT-GA--G-GGGG--CC----AGA-CA-CA-GA-CCAGTA--TT--CCCAAACT--T--AGC-C-A--A-G-T--AAG-GT-CTGTT----AA-A-TT-TCAAACTTTC-TGA-TAT-----------------T---TTGA-A--TAAAATT-TT-GA-TATTGATAAAAAC-T-TGAATTTT-G-AATA-AAA-A-C------TTGT-G---AATT--T----------AA-TAA----CT--TG--A-C--AATCACC----------TTGA--G--GA---AGAAATCGTGTC--A-G--TTCTTAA--TGAA--AT-ATTATTA-GTAATTCACCATT----------------------TT-ATAGGCATATTTGTTT------------------T--AAA-A---T-----AAATAT------ATC--TT--AT-A--A-A----TT--GAA---T-T-ATA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----GCGAGC-A-A-AATATGACA---GCAT--C-A-AACA-AT-T---CC-CAGA-A-TTC-G---C---AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-ACAT-GGT-GTGG--AAA-TCC
gi|20 : agggatttttcgcacctgtgtagggtccgaaaaattcggcgcgcattcccatgcagaattacaaatgcattttgtttcgccatttgttgacaaaatatcccaatgctC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCACTCAGTT--TTT-CT--G--C-A-A--G--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAA-TCTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAAC-G-AGAATC--AAT-CTGAAA-C-G-T-GGT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-
gi|21 : C----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|22 : acagtttggggttataaataaaatagacgctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT------------------T--AAG-A---------A---AT------ATG--TT--TC-T--A-AG-CTGT--GCA---T-------AA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-C---CC-C--A-A-TTC-C---A---AAAGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-CATT-TGA-GTGG-AGAA-TC
gi|23 : ACATATAAT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCTATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AAAAATC-TTTG-T-CT-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------T-----------
gi|24 : aGA--TG--CGGGA--GA-A---TGTCGACCA--T--TAATTG--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--cactcagtttttctg
gi|25 : aaaacattcctcaatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-T---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TT
gi|26 : aaa-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-TC--CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGG-CCC
gi|27 : GAAA-T-G-T-CGT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CT-AC-----T----A
gi|28 : tCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TTCCT
gi|29 : -AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTgc
gi|3 : A-----------------AGTGGAA-AG-T--T-T-TCGTT-TG-TTAG-CG-AGT-TAT-------------------------CCAAA-T-TAAAAA------TT-------TGTCTT--------T-AA-A-CA-------TTT--A-TTCTGTG---GC--TG--CAGCACAAT-T-TGTTT-CAG-CG-C-----TT----GG-T-AAC-----TATACT-CG--TGGGAGG--C-A-TTGA-TGGC----------AA-C----------TTC-GTAAG--AAAT-TTA-AGAAATC-TTT--T-CGTTGGC--ATCAA--ACAATCACTC-------CA-------G--------------T-----------TTT-CC--G--C-A-G--T--TC-A--C-A------------AA---AGA--TG--CGGGA--G--AAA-TGTTCGCCA--T--T----AATT--GTAC-A-T-G-CAA-GT-T---GC-TAGC-G--GAATCAGAAT-CCGAAT-G-G-T-CAT---AGCA-----AGATC-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C----AGTACCT-AC-----CTCGAAC-T-TAGAGA-CTGTT---TT-CTA-ATATCAAACAATGAA--G-ATGTCTCCGTA-C-CA------GTTTTA-----ACT-C--A-GC-GG--A-GGGG--CC-A--AGA-CA-CA-GA-C---TA--AT--CC---AC---T--AG--C-A--A-G-A--GCAAGC-TTGTT----AACAGTT-TCAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T---TTGA-AT--------------------------------------T-G-AAT--AAA-A-C---------T-G---AATTTATT----A----AA-TAAA----T--T---A-C--AACAA-CTAAGTATACTTTGA--GGTGA---GAATAT-GT-CT--ATA--TTCTTTA--AGAATTAT-A-----ATG-----------TC---------------------TT-A-------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------AT---CT--ATAA--A-AA-TGCT--GAAT--T-T-ACA-AA--A-A--TTCCGC--AA-G-T-----G-GA-C-A-ATA--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GA--A---AAGGCCCCGG-CCCG-ATAT-CCACACAAATGGGT-GTGG-AAAAGTCCCgc
gi|4 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggTCTT--CT-G-C-GATATCGATATA-T--GGAAA-----------------ATTGGAA--G-T--T-C-T--TA-TG-T--A-TG-AAT-TAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGC-C-AT-T-TGTTC-AAGACG-C-TG--TT----GG-T-AACA---ATACACTACG--T-----G--TGG-TT-A-TGGC--G-AG-CATAA-CTCAA--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-TAGAATC-TTTG-T-CG-TTGCTAATC-A--A--------C-------CA-------ATCACTTCTTACAGTT-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TCAA--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--G--AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-A-GA-T-A-C-ACGT-T---GC-AAG--G-AGATGC--AAT-CTGATA-T-G-T-CGTGAGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CTAAC-----T----ACNN-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----ACT-A--A-GT-GA--G-GGGG--CC-G--AGACCA-CA-GA-CT--TA--TT--CTA-AAC---T--AGC-C-A--A---------AG---TATC----AACG-TC-CC-------------TGT-----------------TTTAAAAC-ATTTCAACTT-CT-GA-TATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--TGG---AATT--TT----AATTTAA-TAAA--TCT--TTGCA-G--AATCA-C----------TTGA--GGTGC---AG-AAT-GT-TT--GTA--TTCTTAT--TG-A--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-------------TT------------------T--AAA-A---CAA---A---AT------AAA--CTAAAT-A--T-AA-CGGT--GAA---T-T-AATCAAATA-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-CAA-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--AGAT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---GAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-
gi|5 : gggattcttcaacctgttgtaggggtccgaaatttcgcgcccattcacaaccgcagattaaagcaattttttacccagatttgttgacaaattcctccaattttatttagatatcaataaGGA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--ATCG-ATT-AAT-------------------------C-AAA-TATAAAAAAATA--TCTCAGAGTTGTCTTATTCTTTAT-AA-AGCATTGTAATTTT--A-TGTTGTGTTCTA-GTACTCTGCACAAT-T-TGTTCAAAG-CG-C-T---TTCACAGG-T-AACA-----ATACT-CG--T-----G--C-ATTT-A-TGGC--G-AGCTA----------------TCTGT-ACA-AAATGTTACAGAAATC-TTCG-T-CA-TGGC--ATCAAACA--------C-------CA-------AATCAACTCACAGT-T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--A-AACATGC-G-T-GAAATTTGA--TGCTCGACA--GAGAAA-TGTCAACCA--TAGT----G--T--G-ACGACT-A-C-A-AG-T---GC-Agtc
gi|5 : tGAA--T-GGTCCTCTGTA-CACCAAT---GTTATA-----TCT-C--A-GCCGA--GCGGGG--CC-GGAAGA-CA-CAAGA-CC--TA--TTTCCC--AACAAGT--AGC-C-G--A------ACG------GTT----A-------TCAA--GTAC-TGA------------------------GTTAACATTTTAACTTTCT-GAATATT----------TGTAAA-TTT-G-AA---AAT-A-C------T--T-GCGAAATT--TTGTTTA----AA-TAAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGAG--AAAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTACTATGAA--AT-AT----A-GT----------T----------------------TT-AT------------TT------------------C--AAA-A---CATTTTA---AT------TTGCTCT--AT-A--ATAATTGGT--GAAATTT-T-ACT--A--A-A--TTCC-CCTAATA-TTTATAG-GA-C-ACA-A--ATGACT---GCA---T-ATA--A-AT-TGTCCT-C--A-A-TTC-GA--A---AAGGCCCAGC-CCCCTAT-TACC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTctgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatctcagccgagcggggccggaagacacaagacctatttcccaacaagtagccgaacggttatcaagtactgagttaacattttaactttctgaatatttgtaaatttgaaaatacttgcgaaattttgtttaaataaaatcttacaatcacttgaggtgagaaaaatgttcatattcttactatgaaatatagttttatttcaaaacattttaatttgctctataataattggtgaaattttactaaattcccctaatatttataggacacaaatgactgcatataaattgtcctcaattcgaaaaggcccagccccctattacccaaaatggtgtggaaaatccct
gi|6 : tggaagtttctatgtatcgattaatcaaatataaaaaaatatctcagagttgtcttattctttataaagcattgtaattttatgttgtgttctagtactctgcacaatttgttcaaagcgctttcacaggtaacaatactcgtgcatttatggcgagctatctgtacaaaatgttacagaaatcttcgtcatggcatcaaacaccaaatcaactcacagtttttctgcagttcaaaacatgcgtgaaatttgatgctcgacagagaaatgtcaaccatagtgtgacgactacaagtgcactgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctaCATCAAATCA-TCTCCTT--CT-C-G--ATAC----ATAAT--GGAAA-----------------A-TGGAAGAG-C--T-T-C--TA-TG-T--A-CGGAGT-AAT-------------------------C-AAAAC-TAAAAAA-----TC-----GGTG-CTGGG------T-AA-AACA-------TTTTTA-TTCGGTG---GG--TA--CTGCACAAT-T-TGTTCGAAG-CG-C-T---TT----G--T-AACATATA----CT-CG--T-----G--C-A-TT-A-TG-C--G-AGC-----------------TTCTGTAA---AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-TTCG-TG-C--ATCAA--AAC------C-------CA-------A--------------TCACATTCAGT-TTT-CT--G--C-AAG--T--TC-AGAA-A-----C-G-T-GAA---TGA--TG--CGG-----A-GAA-T-TCGACCA--T--T----G--T--GGACGA-TTA-C-A-GTCT---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCAAAG-T-G-TTCGT-ACAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-ATGAT--G-C-C--A-AGTA-CT-ACG----T----AC-TAGATGAATC-GTTATTTTAATATCATTAAATGACCAGA--T-G-TCCTCCGTAAC-CC------ATTTAA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGG--CC-A--AGA-CA-CA-GA-C---TA--TT--CCA-AAC---T----CAC-A--A-G-T--ACAAGT-C-GTT----AACA-TT-TCAG--CTTC-TGA-T-----------------------TTGA-ATTTT-AAT-----------------------------------------AA-A-C------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGGAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAA--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------A--AAA-A---C-----A---ATC-----ATG--CT--AT-A--A-AT-GGGTGAGAA---T-T-ACT--A--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----G-----T-A-A--A----T---CC-C--A-ATTTC-G---AG--AAAGCCCAGG-CCCG-AT-T--C-AA-AAAT--GT-GTAG-AAAA-TCCC
gi|7 : gattttcccaccctgtgtaggggtcaaattcggccccgattcccaattgcagaattaaagcttgtttcccaattgttgacaaaaagttccccaatcttattttaaaATCAAATCAATCTTCTT-----G-C-GATATCGATATA-T--G--AA-----------------AATTGAA-G-----T-T-C--TA-TG-T--A-TG-AATGTAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------TTAA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG--TA--CTGCACA-T-T-TGTTC-AAAACG-C-T---TT----GG-T-AACATACA----CT-CG--T-----G--T-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAAACTC-AAAGTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAA-TC-TTTG-T-CG-TTGC--ATCAA--A--------CAATCACTCA-------G--------------T-----------TTTTCT--G--C-A-G--T--TC-A--A-AA----C-G-TTGAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAAATGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CTGAAA-T-G-T-CGTGAGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-ATAAA-A-A--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NNN-NTAA-GT-GA----GGGG--CC-G--AGA-CACCA-GA-C---TA--TT--CT--AAC---T--AGC-CAA--A-G-T--ACAAGTCCTGTTTTAAAACA-TT-TCAA--C---------------------------------------------TT-CT-GA-TATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--TGG---AATT--TT----AATT-AA-TAAA--TCT--T---G-CAGAATCA-C----------TTGA--GGTGA---AG-AAT-GT-TT--GTA--T--CTAT--TGAA--CT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TTA-----------------T--AAACA---A-----A---AA------ATA--CT--AA-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-TAACA-AA--A-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-
gi|8 : gggattttccaccctgttgtagggtcccgaaattcggcccattccacaacacgcagattaagcattttttcccaatttgttgacaaaaattccatattttatttagatCATCAAATCA-TCTTCTT--GT-G-G-GATATTGTTAGAAT--GGAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-CG-T--A-TG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-AAATC-----AGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-A-TGTTC-AAG-AG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CA--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-T-GA-TGGC--ATCAA--A--------C-------AA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--TGGGA--GA-AAA-CGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAACC--AAT-CTGAAA-T-G-T-CAT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AATA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GA--G-GGGG--CC-G--AAA-CA-CA-GA-C---TA--TT--GT--AAC---T--AGC-C-ATTA-G-T--ACGAGT-CTGTT----AACA-TT-TCAA--ATTC-TGA-NGTAACTAGCCAAGTACGAGTCTGTTAACCTTTCAAATT-CT-GA-TATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATT--TT----A----AATTTAA--TCT--T---A-C--AATTA-C------------AA--GGTGA---AGAAAT-AT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-C-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TCT-G---A---AAGGTCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|9 : TCTT--CT-G-C-GATATCGTTA--AT--GGAAA-----------------A-TGAAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT----------AA-AACG-------TT---A-TTCTGTG---GG-TAA--GCGCACAAT-T--GTC---AG-CG-C-T---TTT---GG-T-AACATATA----CT-CG--TA----G--C-G-GT-A-TGGC--GGAGCATTAA-CTCCG--GTATTTCTGTACGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTTT-T-CC-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------ATCACTACAGT----T-----------TTT-CTG-G--C-A-GT-T--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGATTTG--CGGGA--GA-AAA-TGTTCGCCA--T--TG---G--TAGA-ACGA-T-A-C-ATGT-T---GC-A------AGAATC--AAT-CTGAAACT-GAT-CGT-AGAGCAAG---AGA-C-ATC--TAGA-AT-AT--GTC-C--A-AGTA-CT-ACCNNNNN----NN-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GG--A-GGGGCTCC-G--AGA-CA-CA-GACC---TATTTT--TT--AAT---T--AGC-C----A-G-TAAACGAGT-CTGTT----AACATTT-TCAA--C-TC-TGAGTAT-----------------TCTG------------ATT-CT-TA-TA----------------AA-TTTCG-AAT--AAATA-CT-----T--T-G---AATA--TT----A----AA-TAAATCTCT--T---ATC--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---A-AAAT-GT-TCCAATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TTAAT------------TT------------------T--AAATA---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAAT--T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-AC-C-A-A-A--ATGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CCAC--A-AGTTC-GA--A---AAGGCCCAGG-CCCC-ATGT-CC-CA-AAAT-GGT-GTGGAAAAA-TCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111111 222 3333333333333333333 3333333333333333333333333 22222 2222222222 1111111 111 111 1111 1111 111111111111 1111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 11 1 22222 111111111 1111111111 1111 11111111111 222222222222222222222 111 111111 1111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111 111111111 11111 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 111111111111111111 111111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 3 5555555555 777 66 8888888888888888888 3 3 55 3 3 55 3 3 55 3 3 4 3 6666666666666666666666666 3 3 3 55555 99999 2 4444444444 3 1 1111111 55 3 666 99 000 3 3 7 7 3 3 000 1111 7 3 3 9999 6 44 222222222222 3 3 9999 4444444444444 3 3 3 3 3 333 44 77 44 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 77 44 3 3 77 44 3 6666666666 3 3 3 555 44 44 77 33 3 44 44 9999 44 44 6 6 3 3 3 6 3 555 6 3 3 11 3 1 888 6 3 0 00000 3 3 44 3 3 3 777777777 3 3 3 3333333333 999 444 777 22 0000 1 1 33333333333 3 555555555555555555555 3 44 3 33 4444 44 8888 3 6 3 3 666 44 444444 888 44 6 6666 3 3 77 3 55 77 3333 6 3 9999 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 4 2 55 4 2 22222222222 333 22 000000000 2 55 22 44444 22 2 22222222222 55 666 2 2 22 55 55 22 4 000000000000000000000000000000000000000000 2 000000000000 666666666666666666 66 8 333333333333333333333 22 44 8888 2 2 22 777 2 2 4 22 4 22 1 22 1 44444 3 3 3 1 3 22 9999 0000 3 1 22 3 1 555 2 55 2 6 2 111 555 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .......... ... .. ................... . . .. . . .. . . .. . . . . ......................... . . . ..... ..... . .......... . . ....... .. . ... .. ... . . . . . . ... .... . . . .... . .. ............ . . .... ............. . . . . . ... .. .. .. .................................................... . .. .. . . .. .. . .......... . . . ... .. .. .. .. . .. .. .... .. .. . . . . . . . ... . . . .. . . ... . . . ..... . . .. . . . ......... . . . .......... ... ... ... .. .... . . ........... . ..................... . .. . .. .... .. .... . . . . ... .. ...... ... .. . .... . . .. . .. .. .... . . .... . ................................................................. . . . .. . . ........... ... .. ......... . .. .. ..... .. . ........... .. ... . . .. .. .. .. . .......................................... . ............ .................. .. . ..................... .. .. .... . . .. ... . . . .. . .. . .. . ..... . . . . . .. .... .... . . .. . . ... . .. . . . ... ... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 3 3333333333 111 11 5555555555555555555 6 6 00 6 6 00 6 6 00 6 6 3 6 4444444444444444444444444 6 6 6 99999 11111 9 5555555555 6 3 8888888 00 6 444 55 999 6 6 3 3 6 6 000 4444 3 6 5 7777 7 66 444444444444 3 3 7777 0000000000000 1 3 3 3 3 888 22 33 22 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 99 66 3 3 99 66 3 0000000000 3 3 3 888 22 22 33 55 1 22 22 6666 22 22 2 2 1 1 1 2 1 444 2 3 3 22 6 6 222 7 3 0 00000 3 3 66 3 6 6 444444444 6 6 6 7777777777 000 666 000 99 3333 0 0 00000000000 6 888888888888888888888 3 66 3 77 8888 22 7777 1 2 1 1 999 22 999999 555 22 2 3333 1 1 33 1 44 33 1111 2 1 2222 9 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 7 4 66 7 4 22222222222 999 99 999999999 1 00 99 66666 99 1 66666666666 33 111 1 1 99 00 00 99 2 333333333333333333333333333333333333333333 1 222222222222 888888888888888888 88 0 888888888888888888888 88 88 1111 0 0 88 555 0 0 0 88 0 88 9 66 9 88888 8 8 8 9 8 66 3333 0000 6 8 55 6 9 222 0 55 0 0 0 555 555 0 9 8 9 9 9 9 9 9 9
consensus : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-T-TGTTC-AAG-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-T-CG-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--N-GNTTCTCCGTA-C-CC------GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGG--CC-G--AGA-CA-CA-GA-C---TA--TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G-T--A-CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TCAA--CTTC-TGATAT-------------------T-TTGA-A-------AA--TTCTGA-TATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
Reference ( family-3547 ) : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-T-TGTTC-AAG-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-T-CG-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--N-GNTTCTCCGTA-C-CC------GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGG--CC-G--AGA-CA-CA-GA-C---TA--TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G-T--A-CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TCAA--CTTC-TGATAT-------------------TGTTGA-A---TTTAAA--TTCTGA-TATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|1 : ATCTAATCA-TCCCCTTAACT-C-G--ATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-T--T-TTC--TAATA-T--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAA-AACG-------TTT--AATTCTGTT---GG-GTA---TGCACAAT-TGTGT-C-AAG-CG-CGT---TT----GGGT-AAC-TATATATCCTGCAATT-----GACT-G-TT-G-CGG-----AGCCATA--CTC-A--GTATTTCTGTAAAG-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTT-G-CA-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCACCTTCAGTTTTT-CTAAG--C-A-GATT--TC-ATTACG-----C-G-T-GAA---TGA--CG--TGGGAC-GA-AAA-TGTCGACCAATT--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GC-T---GTGAAGC-G-AGAATCC-AAT-ATGATA---G-T-CGT-AGAGCATTTTAAGC-T-A-C--T-GA-AT-AT--GAC-C--ACAGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-TCGTTAATTACATGA--TTGATTCCTCGTA-C-CCAGTAACGTTTTA---------C--A-GT-GA--G-GGAG--CC----AGA-CAACA-GA-CCAGTA--TT--CCCAAAC---T--AGC-C-A--A-GGT--A-AG--GT--CTGTT----AA-A-TT-TCAA--CTTCATGATAT-------------------TGTTGA-A---TAAAAT--TTTTGA-TATTGAATAAAACTT-TGAA-TT--G-AAT--AAA-AAC------T--TAG---AATT--TT----A----A--TAAA--TCT--TG--A-C--A-TCA-CC---------TTGA--G-TGA---AGAAAT-G--TC--ATACGTTCTTAA--TGAA--AT-ATTTT-A-G-----------TATTCACCATTTTAATAGCATATTT-GT------------TT------------------T--AAATAAATC-----A---AT------ATG--CT---T-AATA-AA-TGGT--GAA---T-T-A-T-AA--A-AACTTCC-C--AATG-T-----GCGAGCAA-A-A--ATGAC----GCA---TAA-A--A-AT-T---CC-CTGA-A-TTC-G---C---AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-AATT-GGT-GTGG-AAAA-TC
gi|10 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtAATCA-TCTTCTT--CTTG-GCGCTATTGTTA--AT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C---A-CG-T--A-C--AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAATA-----TC-----GGTGTCTT--------T-AA-A-CG-------TTT--A-TTCTGTG---GGTGTA---TGCACATT-T-TGTTC-AAA-CGGC-T---TT----GG-TCAACACATAT------CG--T--------T-G-TT-ACTGGCCGA-AGCCATAA-CTC-A--GTA--------AGA-AAAT-T-A-AGAAATC-TTTGCT-CA-TGGC--ATCAA--A--------C-------AA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--CCA-G--T--TT-T--A-A-----TTG-T-GAA---TTA--CG--CTGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAACC--AAT-CTGAAA-CGG-T-CTTCAGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--A-C-CA-A-AGTT-CT-AC-----T----AC-T-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NCT-C--A-GT-GAGGG-GGGG--AC-G--AGA-CA-C--GA-C---TA--TT--CT--AAC---T--AGCGC-A--A-G-TA-A-CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TTCA--C------------------------------------------------TTCTGA-TATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------TTAT-G---AACT--TT---------AA-TAAA--TCT--T-----C--AATCA-C-----------TGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTATC-TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----AG--AT------ATG--CT--ATAA--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--T-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-ACA--ATGAC----GC----G-T-A--A-ATAT---CC-C--A-A-TTC-GAAAA---AAGGCCCAGG-CCCC-A--T-CC-CA-AAAT-GGT--TGG---AA-TCCC
gi|11 : --CT-GCG-GATATCATTA--ATTCGGGAA-----------------AAGGGAA-AGCT--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAAA-------C-----GGTGTCTT--------T-AA-AACA-------TTT------CTGTG---GT-GTA--C-GCACAAT-T-GGTTC-AAG-CG-C-T---TT----G--T-AACATAT---TACT-CG--T-----G--C-A-T--A-TGGC----AGC-----------------TTCTGTAAGAGAAAT-TTA-AGAAACT-TTTG-T-CG-TGGCC-ATCAA--A--------C-------CACTCACTCAGCT-----------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--C-A-----C-GAT-GAA---TGA--TG--CGGGA------AA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA---A-C-A-GG-T---GC-AAGC-G-AGA-TC--AAT-CCGAAA-T-GCT-CAT-ACAGCA-----AGA-CCATC--T-GATAT-A---G-CAC--A-ATAA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNNNNNNCACT-C--A-GC-GA--G-GGG---CC-A--A-A-GA-CA-GA-T---TA--TTT-CC--AAC---TCCAGC-C-A--ACG-T--A-CAA-GT--CGGTT----AACA-TTCTCAA--CTTC-TG--------------------------------------AA--TT----------------------GAA-TT--G-AAT--AAA---C------T--T-G---AATT--TT----A----AA-T-CA--TCT--TA--A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTAA---GAAAAT-GT-TC--ATA--TTCTAAT--C-AA--AG-A-----A-------------T----------------------TT-AT------------TT------------------TA-AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA---GT--GAC---TAA-ACT-AT--A-A--TCCC-G--AATGTT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----TAA-A--A-AT-T---CC-C--A-ATTTC-G---A---AAGG-CCAGGTCCCC-AT-T--C-CA-AATT-GATGGTGG-AAAA-CC
gi|12 : -GA--G-GGGG--CCCG--AGA-CA-CA-GA-C---TA--TT--TT--AAT---T--AGC-C-A--A-G-T--A-CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TCAA--CTTC-TGATAT-------------------T-CTGA-------------TTCTTA-TA----------------AA-TTTCG-AAT--AAATA-C------T--TTG---AATA--TT----A----AA-TAAA--TCTCTT---ATC--AATCA-C----------T-GA--GGTGC---AAAAAT-GT-CC--ATAA-TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-AGC---------T----------------------TT-AT------------TT------------------TT-AAATA---C-----A---A-------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-T--AAGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---ACAAGAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|13 : T-C--A-GT-GG--A-GGGG--CC-G--AGA--A-CA-GA-C---TA--TT--CT--AAC---T--AGC-C-A--A-G-T--A-CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TCAA---TTC-TGATAT-------------------T--TGA-A---TTTGAA--T----A-AAAC----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATT--TT----T----AA-TAAA--TCT--T---G-C--AA------------------------------GAAAT-GT-TT--GTA--TTCTTAT--TGAA--AT-AC----A-G-----------T----------------------TT-TT------------AT------------------T--TAA-A---C-----A---AA------ATA--CT--AT----A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T---A--A-AT-T---CC-C--ACA-TTC-GA--A---AAGGCCCAGG---CC-AT-T-AC-CA-AAAT-AA--GTGG-AAAA-TCCCT
gi|14 : C-TGCCAT-------------------CGTTTA-T---TTCGAG--CCCTGA--ATT-------------GAA-TTT-G-AAT---AA-A-C------T--T-T---CATT--TTA---A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGAC-GGTGA---AG-AAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------TAAAAA-A---C-----AT--ATATC---ATG--CTA-AT-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGACG---GC----T-A-A--A-AT-T------C--A-A-TTCGG---A---AAGGCCT--G-CCCC-AT-T--C-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|15 : caaacccaaatttaaA-TATT----------T-TTA---TT-GCAATGAAAA-A-CAAACTGT--T-C---AGTT--CG----A----AG-AAAA--TTT--T---C-C--A-----------------TGAATGAAGA---AGAAAT-AT-TC--ATA--TTCAAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-GT------------TT------------------T--AAG-A---------A---TT------ATA--TT--TC-T--A-AA-CTGT--GAA---T-T-TTT-AA--A-C--TTCC-C--ATTA-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCA--------------C-CG-A--------GTGG-AAAA-TCTCT
gi|16 : actttaa-G-AAC--AAA-A-TG-----T--T-A---AGAT--TT----A----AA-GAAA--ATT--T---T-C--CATAA-A----------T-GA--AG--A---AAAAAT-AT-T----TG--TTTCAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-GT------------TT------------------T--AAG-A---A-----A---ATGTTTTTATG--TT--TC-T--A-AA-CTGT--CAA---T-T-TTTTAA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----G-GA----------ATTTTTTTTGT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-C---A---AAGGCCCAAG-CCCC-AT-T-CC-CA-GATT-TGA-GTGG-AAAA-TCTC
gi|17 : gta---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TGC-G---A---AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|18 : AAT-GT-TC--ATA--TTCTTAT--TGGA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-GT------------TTTTTTGTTTTGTTTTTTTTT--AAA-A---------------------ATA--CT--AT-A--A-AA-CGGC--GAT---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AAAG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---ACGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-TGT-GTGG-AAAA-TCCCTg
gi|19 : TT--TT----A-------TAAA--TCT--T--------TATCA-T----------------AGTGACTCAGAAAT-G-------------CTGTN--NNNN--NN-N-----N-N-----------N----------------------NN-NN------------NT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-TGGT--GAA---T-T-AAT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GCCNTAT-A-A--ATAT-T---C
gi|2 : AATCAGTCCCCTTAACT-C-G-GATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-TGTTGT-C--TA-TACT--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAACAACG-------TTT--A-TTCTGTT---GG-GTA---TGCACAATAT-TGTTC-AAG-CG-C-TCGTTT----GGGT-AACATATAT------CC--T-----G--C-AATT-G-TG-C--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG---CA-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCGACTCAGT--TTT-CT--GAGC-A-G--TCATT-A--ACG-----C-G-T-GAA---TGA--CG--TGGGACCGA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGAAT-AAC-A-GC-TTTAGTGAAGCCGTAGAATCC-AATATTGAA----G-T-CGT-AGAGCATTTT-AAG-C-ATCACT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-C-GTTAATTA-CAGATCA-GATTCCTCGTA-CACC------A---GA-----ATTAC--ATGT-GA--G-GGGG--CC----AGA-CA-CA-GA-CCAGTA--TT--CCCAAACT--T--AGC-C-A--A-G-T--A-AG--GT--CTGTT----AA-A-TT-TCAAACTTTC-TGATAT-------------------T-TTGA-A----TAAAA--TTTTGA-TATTGATAAAAAC-T-TGAATTTT-G-AATA-AAA-A-C------TTGT-G---AATT--T----------AA-TAA----CT--TG--A-C--AATCACC----------TTGA--G--GA---AGAAATCGTGTC--A-G--TTCTTAA--TGAA--AT-ATTATTA-GTAATTCACCATT----------------------TT-ATAGGCATATTTGTTT------------------T--AAA-A---T-----AAATAT------ATC--TT--AT-A--A-A----TT--GAA---T-T-ATA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----GCGAGC-A-A-AATATGACA---GCAT--C-A-AACA-AT-T---CC-CAGA-A-TTC-G---C---AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-ACAT-GGT-GTGG--AAA-TCC
gi|20 : agggatttttcgcacctgtgtagggtccgaaaaattcggcgcgcattcccatgcagaattacaaatgcattttgtttcgccatttgttgacaaaatatcccaatgctC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCACTCAGTT--TTT-CT--G--C-A-A--G--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAA-TCTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAAC-G-AGAATC--AAT-CTGAAA-C-G-T-GGT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-
gi|21 : C----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|22 : acagtttggggttataaataaaatagacgctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT------------------T--AAG-A---------A---AT------ATG--TT--TC-T--A-AG-CTGT--GCA---T-------AA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-C---CC-C--A-A-TTC-C---A---AAAGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-CATT-TGA-GTGG-AGAA-TC
gi|23 : ACATATAAT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCTATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AAAAATC-TTTG-T-CT-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------T-----------
gi|24 : aGA--TG--CGGGA--GA-A---TGTCGACCA--T--TAATTG--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--cactcagtttttctg
gi|25 : aaaacattcctcaatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-T---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TT
gi|26 : aaa-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-TC--CC-C--A-A-TTC-G---A---AAGGCCCAGG-CCC
gi|27 : GAAA-T-G-T-CGT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CT-AC-----T----A
gi|28 : tCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TTCCT
gi|29 : -AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTgc
gi|3 : A-----------------AGTGGAA-AG-T--T-T-TCGTT-TG-TTAG-CG-AGT-TAT-------------------------CCAAA-T-TAAAAA------TT-------TGTCTT--------T-AA-A-CA-------TTT--A-TTCTGTG---GC--TG--CAGCACAAT-T-TGTTT-CAG-CG-C-----TT----GG-T-AAC-----TATACT-CG--TGGGAGG--C-A-TTGA-TGGC----------AA-C----------TTC-GTAAG--AAAT-TTA-AGAAATC-TTT--T-CGTTGGC--ATCAA--ACAATCACTC-------CA-------G--------------T-----------TTT-CC--G--C-A-G--T--TC-A--C-A------------AA---AGA--TG--CGGGA--G--AAA-TGTTCGCCA--T--T----AATT--GTAC-A-T-G-CAA-GT-T---GC-TAGC-G--GAATCAGAAT-CCGAAT-G-G-T-CAT---AGCA-----AGATC-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C----AGTACCT-AC-----CTCGAAC-T-TAGAGA-CTGTT---TT-CTA-ATATCAAACAATGAA--G-ATGTCTCCGTA-C-CA------GTTTTA-----ACT-C--A-GC-GG--A-GGGG--CC-A--AGA-CA-CA-GA-C---TA--AT--CC---AC---T--AG--C-A--A-G-A--G-CAA-GC--TTGTT----AACAGTT-TCAA--CTTC-TGATAT-------------------T-TTGA-A----------------------------------------TT-G-AAT--AAA-A-C---------T-G---AATTTATT----A----AA-TAAA----T--T---A-C--AACAA-CTAAGTATACTTTGA--GGTGA---GAATAT-GT-CT--ATA--TTCTTTA--AGAATTAT-A-----ATG-----------TC---------------------TT-A-------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------AT---CT--ATAA--A-AA-TGCT--GAAT--T-T-ACA-AA--A-A--TTCCGC--AA-G-T-----G-GA-C-A-ATA--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GA--A---AAGGCCCCGG-CCCG-ATAT-CCACACAAATGGGT-GTGG-AAAAGTCCCgc
gi|4 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggTCTT--CT-G-C-GATATCGATATA-T--GGAAA-----------------ATTGGAA--G-T--T-C-T--TA-TG-T--A-TG-AAT-TAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGC-C-AT-T-TGTTC-AAGACG-C-TG--TT----GG-T-AACA---ATACACTACG--T-----G--TGG-TT-A-TGGC--G-AG-CATAA-CTCAA--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-TAGAATC-TTTG-T-CG-TTGCTAATC-A--A--------C-------CA-------ATCACTTCTTACAGTT-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TCAA--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--CGGGA--G--AAA-TGTCGACCA--T--T----G--T--G-A-GA-T-A-C-ACGT-T---GC-AAG--G-AGATGC--AAT-CTGATA-T-G-T-CGTGAGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CTAAC-----T----ACNN-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----ACT-A--A-GT-GA--G-GGGG--CC-G--AGACCA-CA-GA-CT--TA--TT--CTA-AAC---T--AGC-CAA--A-G-T--ATCAACGTCCCTGTTTTAAAACA-TT-TCAA--C------------------------------------------------TTCTGA-TATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--TGG---AATT--TT----AATTTAA-TAAA--TCT--TTGCA-G--AATCA-C----------TTGA--GGTGC---AG-AAT-GT-TT--GTA--TTCTTAT--TG-A--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-------------TT------------------T--AAA-A---CAA---A---AT------AAA--CTAAAT-A--T-AA-CGGT--GAA---T-T-AATCAAATA-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-CAA-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--AGAT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A---GAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-
gi|5 : gggattcttcaacctgttgtaggggtccgaaatttcgcgcccattcacaaccgcagattaaagcaattttttacccagatttgttgacaaattcctccaattttatttagatatcaataaGGA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--ATCG-ATT-AAT-------------------------C-AAA-TATAAAAAAATA--TCTCAGAGTTGTCTTATTCTTTAT-AA-AGCATTGTAATTTT--A-TGTTGTGTTCTA-GTACTCTGCACAAT-T-TGTTCAAAG-CG-C-T---TTCACAGG-T-AACA-----ATACT-CG--T-----G--C-ATTT-A-TGGC--G-AGCTA----------------TCTGT-ACA-AAATGTTACAGAAATC-TTCG-T-CA-TGGC--ATCAAACA--------C-------CA-------AATCAACTCACAGT-T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--A-AACATGC-G-T-GAAATTTGA--TGCTCGACA--GAGAAA-TGTCAACCA--TAGT----G--T--G-ACGACT-A-C-A-AG-T---GC-Agtc
gi|5 : tGAA--T-GGTCCTCTGTA-CACCAAT---GTTATA-----TCT-C--A-GCCGA--GCGGGG--CC-GGAAGA-CA-CAAGA-CC--TA--TTTCCC--AACAAGT--AGC-C-G--A------A-CG--------GTT----A-------TCAA--GTAC-TGA-----------------------GTTAACA---TTTTAACTTTCTGAATATT----------TGTAAA-TTT-G-AA---AAT-A-C------T--T-GCGAAATT--TTGTTTA----AA-TAAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGAG--AAAAAT-GT-TC--ATA--TTCTTACTATGAA--AT-AT----A-GT----------T----------------------TT-AT------------TT------------------C--AAA-A---CATTTTA---AT------TTGCTCT--AT-A--ATAATTGGT--GAAATTT-T-ACT--A--A-A--TTCC-CCTAATA-TTTATAG-GA-C-ACA-A--ATGACT---GCA---T-ATA--A-AT-TGTCCT-C--A-A-TTC-GA--A---AAGGCCCAGC-CCCCTAT-TACC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTctgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatctcagccgagcggggccggaagacacaagacctatttcccaacaagtagccgaacggttatcaagtactgagttaacattttaactttctgaatatttgtaaatttgaaaatacttgcgaaattttgtttaaataaaatcttacaatcacttgaggtgagaaaaatgttcatattcttactatgaaatatagttttatttcaaaacattttaatttgctctataataattggtgaaattttactaaattcccctaatatttataggacacaaatgactgcatataaattgtcctcaattcgaaaaggcccagccccctattacccaaaatggtgtggaaaatccct
gi|6 : tggaagtttctatgtatcgattaatcaaatataaaaaaatatctcagagttgtcttattctttataaagcattgtaattttatgttgtgttctagtactctgcacaatttgttcaaagcgctttcacaggtaacaatactcgtgcatttatggcgagctatctgtacaaaatgttacagaaatcttcgtcatggcatcaaacaccaaatcaactcacagtttttctgcagttcaaaacatgcgtgaaatttgatgctcgacagagaaatgtcaaccatagtgtgacgactacaagtgcactgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctaCATCAAATCA-TCTCCTT--CT-C-G--ATAC----ATAAT--GGAAA-----------------A-TGGAAGAG-C--T-T-C--TA-TG-T--A-CGGAGT-AAT-------------------------C-AAAAC-TAAAAAA-----TC-----GGTG-CTGGG------T-AA-AACA-------TTTTTA-TTCGGTG---GG--TA--CTGCACAAT-T-TGTTCGAAG-CG-C-T---TT----G--T-AACATATA----CT-CG--T-----G--C-A-TT-A-TG-C--G-AGC-----------------TTCTGTAA---AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-TTCG-TG-C--ATCAA--AAC------C-------CA-------A--------------TCACATTCAGT-TTT-CT--G--C-AAG--T--TC-AGAA-A-----C-G-T-GAA---TGA--TG--CGG-----A-GAA-T-TCGACCA--T--T----G--T--GGACGA-TTA-C-A-GTCT---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCAAAG-T-G-TTCGT-ACAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-ATGAT--G-C-C--A-AGTA-CT-ACG----T----AC-TAGATGAATC-GTTATTTTAATATCATTAAATGACCAGA--T-G-TCCTCCGTAAC-CC------ATTTAA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGG--CC-A--AGA-CA-CA-GA-C---TA--TT--CCA-AAC---T----CAC-A--A-G-T--A-CAA-GT--C-GTT----AACA-TT-TCAG--CTTC-TGA---------------------------------------------------T----------T-TGAA-TTT-T-AAT---AA-A-C------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGGAAT-GT-TC--ATA--TTCTTAA--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------A--AAA-A---C-----A---ATC-----ATG--CT--AT-A--A-AT-GGGTGAGAA---T-T-ACT--A--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----G-----T-A-A--A----T---CC-C--A-ATTTC-G---AG--AAAGCCCAGG-CCCG-AT-T--C-AA-AAAT--GT-GTAG-AAAA-TCCC
gi|7 : gattttcccaccctgtgtaggggtcaaattcggccccgattcccaattgcagaattaaagcttgtttcccaattgttgacaaaaagttccccaatcttattttaaaATCAAATCAATCTTCTT-----G-C-GATATCGATATA-T--G--AA-----------------AATTGAA-G-----T-T-C--TA-TG-T--A-TG-AATGTAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------TTAA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG--TA--CTGCACA-T-T-TGTTC-AAAACG-C-T---TT----GG-T-AACATACA----CT-CG--T-----G--T-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAAACTC-AAAGTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAA-TC-TTTG-T-CG-TTGC--ATCAA--A--------CAATCACTCA-------G--------------T-----------TTTTCT--G--C-A-G--T--TC-A--A-AA----C-G-TTGAA---TGA--CG--CGGGA--GA-AAAATGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CTGAAA-T-G-T-CGTGAGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-ATAAA-A-A--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NNN-NTAA-GT-GA----GGGG--CC-G--AGA-CACCA-GA-C---TA--TT--CT--AAC---T--AGC-CAA--A-G-T--A-CAA-GTC-CTGTTTTAAAACA-TT-TCAA--C------------------------------------------------TTCTGA-TATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--TGG---AATT--TT----AATT-AA-TAAA--TCT--T---G-CAGAATCA-C----------TTGA--GGTGA---AG-AAT-GT-TT--GTA--T--CTAT--TGAA--CT-A-----A-G-----------T----------------------TT-AT------------TTA-----------------T--AAACA---A-----A---AA------ATA--CT--AA-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-TAACA-AA--A-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-
gi|8 : gggattttccaccctgttgtagggtcccgaaattcggcccattccacaacacgcagattaagcattttttcccaatttgttgacaaaaattccatattttatttagatCATCAAATCA-TCTTCTT--GT-G-G-GATATTGTTAGAAT--GGAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-CG-T--A-TG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-AAATC-----AGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-A-TGTTC-AAG-AG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CA--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATC-TTTG-T-GA-TGGC--ATCAA--A--------C-------AA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGA--CG--TGGGA--GA-AAA-CGTCGACCA--T--T----G--T--G-ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAACC--AAT-CTGAAA-T-G-T-CAT-AGAGCA-----AGA-C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AATA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GA--G-GGGG--CC-G--AAA-CA-CA-GA-C---TA--TT--GT--AAC---T--AGC-C-ATTA-G-T--A-CGA-GT--CTGTT----AACA-TT-TCAA--ATTC-TGANGTAACTAGCCAAGTACGAGTCTGTT-A-ACCTTTCAAA--TTCTGA-TATT----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATT--TT----A----AATTTAA--TCT--T---A-C--AATTA-C------------AA--GGTGA---AGAAAT-AT-TC--ATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-C-----------T----------------------TT-AT------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TCT-G---A---AAGGTCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|9 : TCTT--CT-G-C-GATATCGTTA--AT--GGAAA-----------------A-TGAAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT----------AA-AACG-------TT---A-TTCTGTG---GG-TAA--GCGCACAAT-T--GTC---AG-CG-C-T---TTT---GG-T-AACATATA----CT-CG--TA----G--C-G-GT-A-TGGC--GGAGCATTAA-CTCCG--GTATTTCTGTACGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTTT-T-CC-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------ATCACTACAGT----T-----------TTT-CTG-G--C-A-GT-T--TC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGATTTG--CGGGA--GA-AAA-TGTTCGCCA--T--TG---G--TAGA-ACGA-T-A-C-ATGT-T---GC-A------AGAATC--AAT-CTGAAACT-GAT-CGT-AGAGCAAG---AGA-C-ATC--TAGA-AT-AT--GTC-C--A-AGTA-CT-ACCNNNNN----NN-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GG--A-GGGGCTCC-G--AGA-CA-CA-GACC---TATTTT--TT--AAT---T--AGC-C----A-G-TAAA-CGA-GT--CTGTT----AACATTT-TCAA--C-TC-TGA-----------------------GT-------------A--TTCTGA-TTCT----------TATAAA-TTTCG-AAT--AAATA-CT-----T--T-G---AATA--TT----A----AA-TAAATCTCT--T---ATC--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---A-AAAT-GT-TCCAATA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TTAAT------------TT------------------T--AAATA---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAAT--T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-AC-C-A-A-A--ATGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CCAC--A-AGTTC-GA--A---AAGGCCCAGG-CCCC-ATGT-CC-CA-AAAT-GGT-GTGGAAAAA-TCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111111111 222 3333333333333333333 3333333333333333333333333 22222 2222222222 1111111 111 111 1111 1111 111111111111 1111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 11 11 1 11111 111111111 1111111111 1111 11111111111 222222222222222222222 222 111111 11 11 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111 111111111 11111 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 111111111111111111 111111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 3 5555555555 777 66 8888888888888888888 3 3 55 3 3 55 3 3 55 3 3 4 3 6666666666666666666666666 3 3 3 55555 99999 2 4444444444 3 1 1111111 55 3 666 99 000 3 3 7 7 3 3 000 1111 7 3 3 9999 6 44 222222222222 3 3 9999 4444444444444 3 3 3 3 777 44 77 44 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 44 77 3 3 44 44 3 3 6666666666 3 3 3 555 44 44 77 33 3 44 44 6666 77 00 6 3 3 3 6 3 555 6 3 3 11 3 1 888 6 3 0 55555 77 3 44 3 3 3 777777777 3 3 3 3333333333 999 444 777 22 0000 1 1 33333333333 3 555555555555555555555 3 44 3 33 4444 44 8888 3 6 3 000 999999 888 44 6 6 44 3 9999 3 00 3 00 44 3333 3 3 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 4 2 55 4 2 22222222222 333 22 000000000 2 55 22 44444 22 2 55555555555 55 666 2 2 22 2 22 55 22 4 000000000000000000000000000000000000000000 2 2 000000000000 666666666666666666 44 8 333333333333333333333 22 44 8888 2 2 22 777 2 2 4 22 4 22 1 22 1 44444 3 3 3 1 3 22 9999 0000 3 1 22 3 1 555 2 55 2 6 2 555 2 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .......... ... .. ................... . . .. . . .. . . .. . . . . ......................... . . . ..... ..... . .......... . . ....... .. . ... .. ... . . . . . . ... .... . . . .... . .. ............ . . .... ............. . . . . ... .. .. .. .................................................... . .. .. . . .. .. . . .......... . . . ... .. .. .. .. . .. .. .... .. .. . . . . . . ... . . . .. . . ... . . . ..... .. . .. . . . ......... . . . .......... ... ... ... .. .... . . ........... . ..................... . .. . .. .... .. .... . . . ... ...... ... .. . . .. . .... . .. . .. .. .... . . . ............................................................................. . . . .. . . ........... ... .. ......... . .. .. ..... .. . ........... .. ... . . .. . .. .. .. . .......................................... . . ............ .................. .. . ..................... .. .. .... . . .. ... . . . .. . .. . .. . ..... . . . . . .. .... .... . . .. . . ... . .. . . . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 3 3333333333 111 11 5555555555555555555 6 6 00 6 6 00 6 6 00 6 6 3 6 4444444444444444444444444 6 6 6 99999 11111 9 5555555555 6 3 8888888 00 6 444 55 999 6 6 3 3 6 6 000 4444 3 6 5 7777 7 66 444444444444 3 3 7777 0000000000000 1 3 3 3 111 22 33 22 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 66 99 3 3 66 66 3 3 0000000000 3 3 3 888 22 22 33 55 1 22 22 5555 33 44 2 1 1 1 2 1 444 2 3 3 22 6 6 222 7 3 0 44444 99 3 66 3 6 6 444444444 6 6 6 7777777777 000 666 000 99 3333 0 0 00000000000 6 888888888888888888888 3 66 3 77 8888 22 7777 1 2 1 000 222222 555 22 2 2 22 1 6666 1 44 1 44 22 1111 1 1 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 5 7 4 66 7 4 22222222222 999 99 999999999 1 00 99 66666 99 1 22222222222 33 111 1 1 99 1 99 00 99 2 333333333333333333333333333333333333333333 1 1 222222222222 888888888888888888 88 0 888888888888888888888 88 88 1111 0 0 88 555 0 0 0 88 0 88 9 66 9 88888 8 8 8 9 8 66 3333 0000 6 8 55 6 9 222 0 55 0 0 0 000 0 0 9 8 9 9 9 9 9 9 9
consensus : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-T-TGTTC-AAG-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TC----------TTT-CT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGCA-----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--N-GNTTCTCCGTA-C-CC------GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-CA-CA-GAC---TATT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG---AA---------TTCT-GATAT----T----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
Reference ( family-3547 ) : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-T-TGTTC-AAG-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGCA-----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--N-GNTTCTCCGTA-C-CC------GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-CA-CA-GAC---TATT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-TTG---AA-------AATTCT-GATAT----T----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|1 : ATCTAATCA-TCCCCTTAACT-C-G--ATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-T--T-TTC--TAATA-T--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAA-AACG-------TTT--AATTCTGTT---GG-GTA---TGCACAAT-TGTGT-C-AAG-CG-CGT---TT----GGGT-AAC-TATATATCCTGCAATT-----GACT-G-TT-G-CGG-----AGCCATA--CTC-A--GTATTTCTGTAAAG-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-G-CA-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCACCTTCAGTTTTT-CTAAG--C-A-GATT--T-C-ATTACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGAC-GA-AAA-TGTCGACCAATT--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GC-T---GTGAAGC-G-AGAATCC-AAT-ATGATA---G-T-CGT-AGAGCATTTTAAGC--T-A-C--T-GA-AT-AT--GAC-C--ACAGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-TCGTTAATTACATGA--TTGATTCCTCGTA-C-CCAGTAACGTTTTA---------C--A-GT-GA--G-GGAGC--C----AGA-CAACA-GACCAGTATT--CCCAAAC---T--AGC-C-A--A-GG---T-A--AG--GT--CTG--TT----AA-A-TT-T-CAA--CTTCATGA-TAT-----------------TGTTG---AATAA----AATTTTTGATAT----TGAATAAAACTT-TGAA-TT--G-AAT--AAA-AAC------T--TAG---AATT--TT----A----A--TAAA--TCT--TG--A-C--A-TCA-CC---------TTGA--G-TGA---AGAAAT-G--TC--AT-ACGTTCTTAA--TGAA--AT-ATTTT-A-G-----------TATTCACCATTTTAATAGCATATTT-G-T------------TT------------------T--AAATAAATC-----A---AT------ATG--CT---T-AATA-AA-TGGT--GAA---T-T-A-T-AA--A-AACTTCC-C--AATG-T-----GCGAGCAA-A-A--ATGAC----GCA---TAA-A--A-AT-T---CC-CTGA-A-TTC-G---C-AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-AATT-GGT-GTGG-AAAA-TC
gi|10 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtAATCA-TCTTCTT--CTTG-GCGCTATTGTTA--AT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C---A-CG-T--A-C--AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAATA-----TC-----GGTGTCTT--------T-AA-A-CG-------TTT--A-TTCTGTG---GGTGTA---TGCACATT-T-TGTTC-AAA-CGGC-T---TT----GG-TCAACACATAT------CG--T--------T-G-TT-ACTGGCCGA-AGCCATAA-CTC-A--GTA--------AGA-AAAT-T-A-AGAAATCTTTGCT-CA-TGGC--ATCAA--A--------C-------AA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--CCA-G--T--T-T-T--A-A-----TTG-T-GAA---TTAC--G--CTGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAACC--AAT-CTGAAA-CGG-T-CTTCAGAGCA-----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--A-C-CA-A-AGTT-CT-AC-----T----AC-T-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NCT-C--A-GT-GAGGG-GGGGA--C-G--AGA-CA-C--GAC---TATT--CT--AAC---T--AGCGC-A--A-G----TAA--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-TCA--C-----------------------------------------------TTCT-GATAT----T----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------TTAT-G---AACT--TT---------AA-TAAA--TCT--T-----C--AATCA-C-----------TGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTATC-TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----AG--AT------ATG--CT--ATAA--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--T-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-ACA--ATGAC----GC----G-T-A--A-ATAT---CC-C--A-A-TTC-GAAAA-AAGGCCCAGG-CCCC-A--T-CC-CA-AAAT-GGT--TGG---AA-TCCC
gi|11 : --CT-GCG-GATATCATTA--ATTCGGGAA-----------------AAGGGAA-AGCT--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAAA-------C-----GGTGTCTT--------T-AA-AACA-------TTT------CTGTG---GT-GTA--C-GCACAAT-T-GGTTC-AAG-CG-C-T---TT----G--T-AACATAT---TACT-CG--T-----G--C-A-T--A-TGGC----AGC-----------------TTCTGTAAGAGAAAT-TTA-AGAAACTTTTG-T-CG-TGGCC-ATCAA--A--------C-------CACTCACTCAGCT-----------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--T-C-A--C-A-----C-GAT-GAA---TGAT--G--CGGGA------AA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA---A-C-A-GG-T---GC-AAGC-G-AGA-TC--AAT-CCGAAA-T-GCT-CAT-ACAGCA-----AGA--CCATC--T-GATAT-A---G-CAC--A-ATAA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNNNNNNCACT-C--A-GC-GA--G-GGG-C--C-A--A-A-GA-CA-GAT---TATTT-CC--AAC---TCCAGC-C-A--ACG----T-A--CAA-GT--CGG--TT----AACA-TTCT-CAA--CTTC-TGA------------------------------------------------AT----T-------------GAA-TT--G-AAT--AAA---C------T--T-G---AATT--TT----A----AA-T-CA--TCT--TA--A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTAA---GAAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTAAT--C-AA--AG-A-----A-------------T----------------------TT-A-T------------TT------------------TA-AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA---GT--GAC---TAA-ACT-AT--A-A--TCCC-G--AATGTT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----TAA-A--A-AT-T---CC-C--A-ATTTC-G---A-AAGG-CCAGGTCCCC-AT-T--C-CA-AATT-GATGGTGG-AAAA-CC
gi|12 : -GA--G-GGGGC--CCG--AGA-CA-CA-GAC---TATT--TT--AAT---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-------------ATTCT-TATA--------------------AA-TTTCG-AAT--AAATA-CT-----T--T-G---AATA--TT----A----AA-TAAATCTCT--T---ATC--AATCA-C-----------TGA--GGTGC---AAAAAT-GT-CC--ATAA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-AGC---------T----------------------TT-ATT------------TT------------------T--AAATA---C-----A---A-------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-T--AAGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GACAA-GAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|13 : T-C--A-GT-GG--A-GGGGC--C-G--AGA--A-CA-GAC---TATT--CT--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA---TTC-TGA-TAT-----------------T-T-G---AA----------TTT-GA-ATAAAAC----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATT--TT----T----AA-TAAA--TCT--T---G-C--AA------------------------------GAAAT-GT-TT--GT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-AC----A-G-----------T----------------------TT-T-T------------AT------------------T--TAA-A---C-----A---AA------ATA--CT--AT----A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T---A--A-AT-T---CC-C--ACA-TTC-GA--A-AAGGCCCAGG---CC-AT-T-AC-CA-AAAT-AA--GTGG-AAAA-TCCCT
gi|14 : -TAT-----------------T-TCG---AG---------CCCT-GA-AT----T-------------GAA-TTT-G-AAT---AA-A-C------T--T-T---CATT--TTA---A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGAC-GGTGA---AG-AAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------TAAAAA-A---C-----AT--ATATC---ATG--CTA-AT-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGACG---GC----T-A-A--A-AT-T------C--A-A-TTCGG---A-AAGGCCT--G-CCCC-AT-T--C-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|15 : caaacccaaatttaactgccatcgttATAT----T----------T-TTA---TT-GCAATGAAAA-A-CAAACTGT--T-C---AGTT--CG----A----AG-AAAA--TTT--T---C-C--A-----------------TGAATGAAGA---AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTCAAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-G-T------------TT------------------T--AAG-A---------A---TT------ATA--TT--TC-T--A-AA-CTGT--GAA---T-T-TTT-AA--A-C--TTCC-C--ATTA-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCA--------------C-CG-A--------GTGG-AAAA-TCTCT
gi|16 : actttaa-G-AAC--AAA-A-TG-----T--T-A---AGAT--TT----A----AA-GAAA--ATT--T---T-C--CATAA-A----------T-GA--AG--A---AAAAAT-AT-T----T-G--TTTCAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-G-T------------TT------------------T--AAG-A---A-----A---ATGTTTTTATG--TT--TC-T--A-AA-CTGT--CAA---T-T-TTTTAA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----G-GA----------ATTTTTTTTGT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-C---A-AAGGCCCAAG-CCCC-AT-T-CC-CA-GATT-TGA-GTGG-AAAA-TCTC
gi|17 : gta---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TGC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|18 : AAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGGA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-G-T------------TTTTTTGTTTTGTTTTTTTTT--AAA-A---------------------ATA--CT--AT-A--A-AA-CGGC--GAT---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AAAG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-ACGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-TGT-GTGG-AAAA-TCCCTg
gi|19 : TT--TT----A-------TAAA--TCT--T--------TATCA-T----------------AGTGACTCAGAAAT-G--------------CTGTN--NNNN--NN-N-----N-N-----------N----------------------NN-N-N------------NT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-TGGT--GAA---T-T-AAT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GCCNTAT-A-A--ATAT-T---C
gi|2 : AATCAGTCCCCTTAACT-C-G-GATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-TGTTGT-C--TA-TACT--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAACAACG-------TTT--A-TTCTGTT---GG-GTA---TGCACAATAT-TGTTC-AAG-CG-C-TCGTTT----GGGT-AACATATAT------CC--T-----G--C-AATT-G-TG-C--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG---CA-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCGACTCAGT--TTT-CT--GAGC-A-G--TCAT-T-A--ACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGACCGA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGAAT-AAC-A-GC-TTTAGTGAAGCCGTAGAATCC-AATATTGAA----G-T-CGT-AGAGCATTTT-AAG--C-ATCACT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-C-GTTAATTA-CAGATCA-GATTCCTCGTA-CACC------A---GA-----ATTAC--ATGT-GA--G-GGGGC--C----AGA-CA-CA-GACCAGTATT--CCCAAACT--T--AGC-C-A--A-G----T-A--AG--GT--CTG--TT----AA-A-TT-T-CAAACTTTC-TGA-TAT-----------------T-TTGAATAA-------AATTTT-GATAT----TGATAAAAAC-T-TGAATTTT-G-AATA-AAA-A-C------TTGT-G---AATT--T----------AA-TAA----CT--TG--A-C--AATCACC----------TTGA--G--GA---AGAAATCGTGTC--A--G--TTCTTAA--TGAA--AT-ATTATTA-GTAATTCACCATT----------------------TT-A-TAGGCATATTTGTTT------------------T--AAA-A---T-----AAATAT------ATC--TT--AT-A--A-A----TT--GAA---T-T-ATA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----GCGAGC-A-A-AATATGACA---GCAT--C-A-AACA-AT-T---CC-CAGA-A-TTC-G---C-AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-ACAT-GGT-GTGG--AAA-TCC
gi|20 : agggatttttcgcacctgtgtagggtccgaaaaattcggcgcgcattcccatgcagaattacaaatgcattttgtttcgccatttgttgacaaaatatcccaatgctC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCACTCAGTT--TTT-CT--G--C-A-A--G--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TCTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAAC-G-AGAATC--AAT-CTGAAA-C-G-T-GGT-AGAGCA-----AGA--C-ATC--T-
gi|21 : C----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|22 : acagtttggggttataaataaaatagacgctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT------------------T--AAG-A---------A---AT------ATG--TT--TC-T--A-AG-CTGT--GCA---T-------AA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-C---CC-C--A-A-TTC-C---A-AAAGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-CATT-TGA-GTGG-AGAA-TC
gi|23 : ACATATAAT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCTATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AAAAATCTTTG-T-CT-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------T-----------
gi|24 : aGAT--G--CGGGA--GA-A---TGTCGACCA--T--TAATTG--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--cactcagtttttctg
gi|25 : aaaacattcctcaatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----T----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-T---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TT
gi|26 : aaa-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-TC--CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCC
gi|27 : GAAA-T-G-T-CGT-AGAGCA-----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CT-AC-----T----A
gi|28 : tCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TTCCT
gi|29 : -AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTgc
gi|3 : A-----------------AGTGGAA-AG-T--T-T-TCGTT-TG-TTAG-CG-AGT-TAT-------------------------CCAAA-T-TAAAAA------TT-------TGTCTT--------T-AA-A-CA-------TTT--A-TTCTGTG---GC--TG--CAGCACAAT-T-TGTTT-CAG-CG-C-----TT----GG-T-AAC-----TATACT-CG--TGGGAGG--C-A-TTGA-TGGC----------AA-C----------TTC-GTAAG--AAAT-TTA-AGAAATCTTT--T-CGTTGGC--ATCAA--ACAATCACTC-------CA-------G--------------T-----------TTT-CC--G--C-A-G--T--T-C-A--C-A------------AA---AGAT--G--CGGGA--G--AAA-TGTTCGCCA--T--T----AATTGT-AC-A-T-G-CAA-GT-T---GC-TAGC-G--GAATCAGAAT-CCGAAT-G-G-T-CAT---AGCA-----AGAT-C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C----AGTACCT-AC-----CTCGAAC-T-TAGAGA-CTGTT---TT-CTA-ATATCAAACAATGAA--G-ATGTCTCCGTA-C-CA------GTTTTA-----ACT-C--A-GC-GG--A-GGGGC--C-A--AGA-CA-CA-GAC---TAAT--CC---AC---T--AG--C-A--A-G----A-G--CAA-GC--TTG--TT----AACAGTT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-TTG---AA------------------------------------------TT-G-AAT--AAA-A-C---------T-G---AATTTATT----A----AA-TAAA----T--T---A-C--AACAA-CTAAGTATACTTTGA--GGTGA---GAATAT-GT-CT--AT-A--TTCTTTA--AGAATTAT-A-----ATG-----------TC---------------------TT-A--------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------AT---CT--ATAA--A-AA-TGCT--GAAT--T-T-ACA-AA--A-A--TTCCGC--AA-G-T-----G-GA-C-A-ATA--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GA--A-AAGGCCCCGG-CCCG-ATAT-CCACACAAATGGGT-GTGG-AAAAGTCCCgc
gi|4 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggTCTT--CT-G-C-GATATCGATATA-T--GGAAA-----------------ATTGGAA--G-T--T-C-T--TA-TG-T--A-TG-AAT-TAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGC-C-AT-T-TGTTC-AAGACG-C-TG--TT----GG-T-AACA---ATACACTACG--T-----G--TGG-TT-A-TGGC--G-AG-CATAA-CTCAA--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-TAGAATCTTTG-T-CG-TTGCTAATC-A--A--------C-------CA-------ATCACTTCTTACAGTT-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--T-CAA--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--G--AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--A-GA-T-A-C-ACGT-T---GC-AAG--G-AGATGC--AAT-CTGATA-T-G-T-CGTGAGAGCA-----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CTAAC-----T----ACNN-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----ACT-A--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AGACCA-CA-GACT--TATT--CTA-AAC---T--AGC-CAA--A-G----T-AT-CAACGTCCCTG--TTTTAAAACA-TT-T-CAA--C-----------------------------------------------TTCT-GATAT----T----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--TGG---AATT--TT----AATTTAA-TAAA--TCT--TTGCA-G--AATCA-C----------TTGA--GGTGC---AG-AAT-GT-TT--GT-A--TTCTTAT--TG-A--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A--------------TT------------------T--AAA-A---CAA---A---AT------AAA--CTAAAT-A--T-AA-CGGT--GAA---T-T-AATCAAATA-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-CAA-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--AGAT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-GAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-
gi|5 : gggattcttcaacctgttgtaggggtccgaaatttcgcgcccattcacaaccgcagattaaagcaattttttacccagatttgttgacaaattcctccaattttatttagatatcaataaGGA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--ATCG-ATT-AAT-------------------------C-AAA-TATAAAAAAATA--TCTCAGAGTTGTCTTATTCTTTAT-AA-AGCATTGTAATTTT--A-TGTTGTGTTCTA-GTACTCTGCACAAT-T-TGTTCAAAG-CG-C-T---TTCACAGG-T-AACA-----ATACT-CG--T-----G--C-ATTT-A-TGGC--G-AGCTA----------------TCTGT-ACA-AAATGTTACAGAAATCTTCG-T-CA-TGGC--ATCAAACA--------C-------CA-------AATCAACTCACAGT-T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-AACATGC-G-T-GAAATTTGAT--GCTCGACA--GAGAAA-TGTCAACCA--TAGT----G--TG--ACGACT-A-C-A-AG-T---GC-Agtc
gi|5 : tGAA--T-GGTCCTCTGTA-CACCAAT---GTTATA-----TCT-C--A-GCCGA--GCGGGGC--C-GGAAGA-CA-CAAGACC--TATTTCCC--AACAAGT--AGC-C-G--A-ACGGTT-AT-CAA-GTA-CTGAGTT----AACA-TT-T-TAA--CTT--------------------------T-CTG---AA----------------TAT----T----------TGTAAA-TTT-G-AA---AAT-A-C------T--T-GCGAAATT--TTGTTTA----AA-TAAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGAG--AAAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTACTATGAA--AT-AT----A-GT----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------C--AAA-A---CATTTTA---AT------TTGCTCT--AT-A--ATAATTGGT--GAAATTT-T-ACT--A--A-A--TTCC-CCTAATA-TTTATAG-GA-C-ACA-A--ATGACT---GCA---T-ATA--A-AT-TGTCCT-C--A-A-TTC-GA--A-AAGGCCCAGC-CCCCTAT-TACC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTctgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatctcagccgagcggggccggaagacacaagacctatttcccaacaagtagccgaacggttatcaagtactgagttaacattttaactttctgaatatttgtaaatttgaaaatacttgcgaaattttgtttaaataaaatcttacaatcacttgaggtgagaaaaatgttcatattcttactatgaaatatagttttatttcaaaacattttaatttgctctataataattggtgaaattttactaaattcccctaatatttataggacacaaatgactgcatataaattgtcctcaattcgaaaaggcccagccccctattacccaaaatggtgtggaaaatccct
gi|6 : tggaagtttctatgtatcgattaatcaaatataaaaaaatatctcagagttgtcttattctttataaagcattgtaattttatgttgtgttctagtactctgcacaatttgttcaaagcgctttcacaggtaacaatactcgtgcatttatggcgagctatctgtacaaaatgttacagaaatcttcgtcatggcatcaaacaccaaatcaactcacagtttttctgcagttcaaaacatgcgtgaaatttgatgctcgacagagaaatgtcaaccatagtgtgacgactacaagtgcactgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctaCATCAAATCA-TCTCCTT--CT-C-G--ATAC----ATAAT--GGAAA-----------------A-TGGAAGAG-C--T-T-C--TA-TG-T--A-CGGAGT-AAT-------------------------C-AAAAC-TAAAAAA-----TC-----GGTG-CTGGG------T-AA-AACA-------TTTTTA-TTCGGTG---GG--TA--CTGCACAAT-T-TGTTCGAAG-CG-C-T---TT----G--T-AACATATA----CT-CG--T-----G--C-A-TT-A-TG-C--G-AGC-----------------TTCTGTAA---AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-TTCG-TG-C--ATCAA--AAC------C-------CA-------A--------------TCACATTCAGT-TTT-CT--G--C-AAG--T--T-C-AGAA-A-----C-G-T-GAA---TGAT--G--CGG-----A-GAA-T-TCGACCA--T--T----G--TGG-ACGA-TTA-C-A-GTCT---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CCAAAG-T-G-TTCGT-ACAGCA-----AGA--C-ATC--T-GA-ATGAT--G-C-C--A-AGTA-CT-ACG----T----AC-TAGATGAATC-GTTATTTTAATATCATTAAATGACCAGA--T-G-TCCTCCGTAAC-CC------ATTTAA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-A--AGA-CA-CA-GAC---TATT--CCA-AAC---T----CAC-A--A-G----T-A--CAA-GT--C-G--TT----AACA-TT-T-CAG--CTTC-TGA------------------------------------------------------T----------T-TGAA-TTT-T-AAT---AA-A-C------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGGAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAA--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------A--AAA-A---C-----A---ATC-----ATG--CT--AT-A--A-AT-GGGTGAGAA---T-T-ACT--A--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----G-----T-A-A--A----T---CC-C--A-ATTTC-G---AGAAAGCCCAGG-CCCG-AT-T--C-AA-AAAT--GT-GTAG-AAAA-TCCC
gi|7 : gattttcccaccctgtgtaggggtcaaattcggccccgattcccaattgcagaattaaagcttgtttcccaattgttgacaaaaagttccccaatcttattttaaaATCAAATCAATCTTCTT-----G-C-GATATCGATATA-T--G--AA-----------------AATTGAA-G-----T-T-C--TA-TG-T--A-TG-AATGTAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------TTAA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG--TA--CTGCACA-T-T-TGTTC-AAAACG-C-T---TT----GG-T-AACATACA----CT-CG--T-----G--T-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAAACTC-AAAGTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAA-TCTTTG-T-CG-TTGC--ATCAA--A--------CAATCACTCA-------G--------------T-----------TTTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-AA----C-G-TTGAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAAATGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAATC--AAT-CTGAAA-T-G-T-CGTGAGAGCA-----AGA--C-ATC--T-GA-AT-ATAAA-A-A--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NNN-NTAA-GT-GA----GGGGC--C-G--AGA-CACCA-GAC---TATT--CT--AAC---T--AGC-CAA--A-G----T-A--CAA-GTC-CTG--TTTTAAAACA-TT-T-CAA--C-----------------------------------------------TTCT-GATAT----T----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--TGG---AATT--TT----AATT-AA-TAAA--TCT--T---G-CAGAATCA-C----------TTGA--GGTGA---AG-AAT-GT-TT--GT-A--T--CTAT--TGAA--CT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TTA-----------------T--AAACA---A-----A---AA------ATA--CT--AA-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-TAACA-AA--A-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-
gi|8 : gggattttccaccctgttgtagggtcccgaaattcggcccattccacaacacgcagattaagcattttttcccaatttgttgacaaaaattccatattttatttagatCATCAAATCA-TCTTCTT--GT-G-G-GATATTGTTAGAAT--GGAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-CG-T--A-TG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-AAATC-----AGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-A-TGTTC-AAG-AG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CA--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-GA-TGGC--ATCAA--A--------C-------AA-------A--------------T-----------TTT-CT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGA--GA-AAA-CGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAACC--AAT-CTGAAA-T-G-T-CAT-AGAGCA-----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AATA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AAA-CA-CA-GAC---TATT--GT--AAC---T--AGC-C-ATTA-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--ATTC-TGA-NGTAACTAGCCAAGTACGAGT-CTGTT-AACCTTTCAAATTCT-GATAT----T----------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-A-C------T--T-G---AATT--TT----A----AATTTAA--TCT--T---A-C--AATTA-C------------AA--GGTGA---AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-C-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TCT-G---A-AAGGTCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|9 : TCTT--CT-G-C-GATATCGTTA--AT--GGAAA-----------------A-TGAAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT----------AA-AACG-------TT---A-TTCTGTG---GG-TAA--GCGCACAAT-T--GTC---AG-CG-C-T---TTT---GG-T-AACATATA----CT-CG--TA----G--C-G-GT-A-TGGC--GGAGCATTAA-CTCCG--GTATTTCTGTACGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-TTCC-TGGC--ATCAA--A--------C-------CA-------A--------------TCACTACAGTT-TTT-CT--GG-C-A-G--T--TTC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGATTTG--CGGGA--GA-AAA-TGTTCGCCA--T--T----GG-TAGAACGA-T-A-C-ATGT-T---GC-AAG------AATC--AAT-CTGAAACT-GAT-CGT-AGAGCA-----AGAGAC-ATC--TAGA-AT-AT--GTC-C--A-AGTA-CT-ACCNNNNN----NN-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--N-NNNNNNNNNNN-N-NN------NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GG--A-GGGGCTCC-G--AGA-CA-CA-GACC--TATT--TTTTAAT---T--AGC-C-A----G----T-AAACGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-TTCAA--CT-C-TGAGTAT-----------------T-CTG---A----------TTCT-TATA--------------------AA-TTTCG-AAT--AAATA-C------T--TTG---AATA--TT----A----AA-TAAA--TCTCTT---ATC--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---A-AAAT-GT-TCCAAT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TTAA-T------------TT------------------T--AAATA---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAAT--T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-AC-C-A-A-A--ATGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CCAC--A-AGTTC-GA--A-AAGGCCCAGG-CCCC-ATGT-CC-CA-AAAT-GGT-GTGGAAAAA-TCC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111
lowQualScore : 1 1111111111 222 3333333333333333333 3333333333333333333333333 22222 2222222222 1111111 111 111 1111 1111 111111111111 1111111111111 22222222222222 00000000000000 1111111111 11 1 111111111 1111111111 1111 1111111111 222222222222222222222222 1111 222 11 11 11 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 111111111 11111 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 111111111111111111 111111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 3 5555555555 777 66 8888888888888888888 3 3 55 3 3 55 3 3 55 3 3 4 3 6666666666666666666666666 3 3 3 55555 99999 2 4444444444 3 1 1111111 55 3 666 99 000 3 3 7 7 3 3 000 1111 7 3 3 9999 6 44 222222222222 3 3 9999 4444444444444 3 3 3 3 777 44 77 44 88888888888888 00000000000000 44 77 3 3 44 44 3 3 6666666666 3 3 3 555 44 44 77 33 3 44 44 6666 77 00 6 3 3 3 6 3 555 6 3 3 3 77 3 1 888 6 3 0 88888 7777 77 3 44 3 3 3 777777777 3 3 3 3333333333 999 444 777 22 0000 1 1 3333333333 3 555555555555555555555555 3 44 3 33 8888 44 1111 3 3 3 3 000 3 44 88 888 44 6 6 44 6 6666 3 00 3 00 44 3333 3 3 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 4 2 77 4 22222222222 333 22 333333333 2 55 22 44444 22 4 33333333333 55 666 2 2 22 2 22 55 22 4 000000000000000000000000000000000000000000 2 2 000000000000 666666666666666666 44 8 333333333333333333333 22 44 8888 2 2 22 777 2 2 4 22 4 22 1 22 1 44444 3 3 3 1 3 22 9999 0000 3 1 22 3 1 555 2 55 2 6 2 555 2 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .......... ... .. ................... . . .. . . .. . . .. . . . . ......................... . . . ..... ..... . .......... . . ....... .. . ... .. ... . . . . . . ... .... . . . .... . .. ............ . . .... ............. . . . . ... .. .. .. .............. .............. .. .. . . .. .. . . .......... . . . ... .. .. .. .. . .. .. .... .. .. . . . . . . ... . . . . .. . . ... . . . ..... .... .. . .. . . . ......... . . . .......... ... ... ... .. .... . . .......... . ........................ . .. . .. .... .. .... . . . . ... . .. .. ... .. . . .. . .... . .. . .. .. .... . . . ...................................................................................... . . . .. . ........... ... .. ......... . .. .. ..... .. . ........... .. ... . . .. . .. .. .. . .......................................... . . ............ .................. .. . ..................... .. .. .... . . .. ... . . . .. . .. . .. . ..... . . . . . .. .... .... . . .. . . ... . .. . . . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 3 3333333333 111 11 5555555555555555555 6 6 00 6 6 00 6 6 00 6 6 3 6 4444444444444444444444444 6 6 6 99999 11111 9 5555555555 6 3 8888888 00 6 444 55 999 6 6 3 3 6 6 000 4444 3 6 5 7777 7 66 444444444444 3 3 7777 0000000000000 1 3 3 3 111 22 33 22 11111111111111 99999999999999 66 99 3 3 66 66 3 3 0000000000 3 3 3 888 22 22 33 55 1 22 22 5555 33 44 2 1 1 1 2 1 444 2 3 3 3 99 6 6 222 7 3 0 33333 1111 99 3 66 3 6 6 444444444 6 6 6 7777777777 000 666 000 99 3333 0 0 0000000000 6 888888888888888888888888 3 66 3 77 7777 22 3333 1 1 1 1 000 1 22 88 555 22 2 2 22 2 5555 1 44 1 44 22 1111 1 1 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 7 4 99 7 22222222222 999 99 555555555 1 00 99 66666 99 2 11111111111 33 111 1 1 99 1 99 00 99 2 333333333333333333333333333333333333333333 1 1 222222222222 888888888888888888 88 0 888888888888888888888 88 88 1111 0 0 88 555 0 0 0 88 0 88 9 66 9 88888 8 8 8 9 8 66 3333 0000 6 8 55 6 9 222 0 55 0 0 0 000 0 0 9 8 9 9 9 9 9 9 9
consensus : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-T-TGTTC-AAG-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAAA--C--------------CAATCACTCC--T-----TTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAAT-C--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--NGNTTCTCCGTA-C-C------C---GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-----------AA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
Reference ( family-3547 ) : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-T-TGTTC-AAG-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAAA--C--------------CAATC-------------TTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAAT-C--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--NGNTTCTCCGTA-C-C------C---GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-----------AA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|1 : ATCTAATCA-TCCCCTTAACT-C-G--ATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-T--T-TTC--TAATA-T--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAA-AACG-------TTT--AATTCTGTT---GG-GTA---TGCACAAT-TGTGT-C-AAG-CG-CGT---TT----GGGT-AAC-TATATATCCTGCAATT-----GACT-G-TT-G-CGG-----AGCCATA--CTC-A--GTATTTCTGTAAAG-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-G-CA-TGGC--ATCAAA--C--------------CAATCACCTTCAGTT---TTTCTAAG--C-A-GATT--T-C-ATTACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGAC-GA-AAA-TGTCGACCAATT--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GC-T---GTGAAGC-G-AGAATCC--AAT-ATGATA---G-T-CGT-AGAGCATTTTA----AGC--T-A-C--T-GA-AT-AT--GAC-C--ACAGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-TCGTTAATTACATGAT-TGATTCCTCGTA-C-CCAGTAAC---GTTTTA---------C--A-GT-GA--G-GGAGC--C----AGA-CAA-CA-GACCAGTA-TT--CCCAAAC---T--AGC-C-A--AGG----T-A--AG--GT--CTG--TT----AA-A-TT-T-CAA--CTTCATGA-TAT-----------------TGTTG-----------AATAAAATTTTTGATATTGAATAAAACT---------T-TGAA--TT-G-AATA-AAA-AC------T--TAG---AATT--TT---------AA-TAAA--TCT--TG--A-C---ATCACC----------TTGA---GTGA---AGAAAT-G--TC--AT-ACGTTCTTAA--TGAA--AT-ATTTT-A-G-----------TATTCACCATTTTAATAGCATATTT-G-T------------TT------------------T--AAATAAATC-----A---AT------ATG--CT---T-AATA-AA-TGGT--GAA---T-T-A-T-AA--A-AACTTCC-C--AATG-T-----GCGAGCAA-A-A--ATGAC----GCA---TAA-A--A-AT-T---CC-CTGA-A-TTC-G---C-AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-AATT-GGT-GTGG-AAAA-TC
gi|10 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtAATCA-TCTTCTT--CTTG-GCGCTATTGTTA--AT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C---A-CG-T--A-C--AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAATA-----TC-----GGTGTCTT--------T-AA-A-CG-------TTT--A-TTCTGTG---GGTGTA---TGCACATT-T-TGTTC-AAA-CGGC-T---TT----GG-TCAACACATAT------CG--T--------T-G-TT-ACTGGCCGA-AGCCATAA-CTC-A--GTA--------AGA-AAAT-T-A-AGAAATCTTTGCT-CA-TGGC--ATCAAA--C--------------AAAT--------------TTTCT--G--CCA-G--T--T-T-T--A-A-----TTG-T-GAA---TTAC--G--CTGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAAC-C--AAT-CTGAAA-CGG-T-CTTCAGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--A-C-CA-A-AGTT-CT-AC-----T----AC-T-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NCT-C--A-GT-GAGGG-GGGGA--C-G--AGA-C-A-C--GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGCGC-A--A-G----TAA--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-TCA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------TTAT-G---AACT--TT---------AA-TAAA--TCT--T-----C--AATCA-C-----------TGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTATC-TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----AG--AT------ATG--CT--ATAA--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--T-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-ACA--ATGAC----GC----G-T-A--A-ATAT---CC-C--A-A-TTC-GAAAA-AAGGCCCAGG-CCCC-A--T-CC-CA-AAAT-GGT--TGG---AA-TCCC
gi|11 : --CT-GCG-GATATCATTA--ATTCGGGAA-----------------AAGGGAA-AGCT--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAAA-------C-----GGTGTCTT--------T-AA-AACA-------TTT------CTGTG---GT-GTA--C-GCACAAT-T-GGTTC-AAG-CG-C-T---TT----G--T-AACATAT---TACT-CG--T-----G--C-A-T--A-TGGC----AGC-----------------TTCTGTAAGAGAAAT-TTA-AGAAACTTTTG-T-CG-TGGCC-ATCAAA--C--------------CACTCACTCAGCTT----TTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--C-A-----C-GAT-GAA---TGAT--G--CGGGA------AA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA---A-C-A-GG-T---GC-AAGC-G-AGA-T-C--AAT-CCGAAA-T-GCT-CAT-ACAGC-----A----AGA--CCATC--T-GATAT-A---G-CAC--A-ATAA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNNNNNNCACT-C--A-GC-GA----GGGGC--C----AAA-G-A-CA-GAT---TATTT--CC--AAC---TCCAGC-C-A--ACG----T-A--CAA-GT--CGG--TT----AACA-TTCT-CAA--CTTC-TGA--AT--------------------TG-----------AA-----------------------------------T-TGAA-T-----------AA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-T-CA--TCT--TA--A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTAA---GAAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTAAT--C-AA--AG-A-----A-------------T----------------------TT-A-T------------TT------------------TA-AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA---GT--GAC---TAA-ACT-AT--A-A--TCCC-G--AATGTT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----TAA-A--A-AT-T---CC-C--A-ATTTC-G---A-AAGG-CCAGGTCCCC-AT-T--C-CA-AATT-GATGGTGG-AAAA-CC
gi|12 : -GA--G-GGGGC--CCG--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--TT--AAT---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG------------A------TTCTTATA-------------------------AA-TTTCG-AAT--AAATACT-----T--T-G---AATA--TT----A----AA-TAAATCTCT--T---ATC--AATCA-C-----------TGA--GGTGC---AAAAAT-GT-CC--ATAA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-AGC---------T----------------------TT-ATT------------TT------------------T--AAATA---C-----A---A-------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-T--AAGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GACAA-GAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|13 : T-C--A-GT-GG--A-GGGGC--C-G--AGA---A-CA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA---TTC-TGA-TAT-----------------T--TG-----------AA------TT-TGA-ATAAAA------C---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----T----AA-TAAA--TCT--T---G-C--AA------------------------------GAAAT-GT-TT--GT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-AC----A-G-----------T----------------------TT-T-T------------AT------------------T--TAA-A---C-----A---AA------ATA--CT--AT----A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T---A--A-AT-T---CC-C--ACA-TTC-GA--A-AAGGCCCAGG---CC-AT-T-AC-CA-AAAT-AA--GTGG-AAAA-TCCCT
gi|14 : -TAT-----------------T-TCG-----------AG------CCCTGA-AT----------T------------GAA-TTT-G-AAT---AA-AC------T--T-T---CATT--TTA---A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGAC-GGTGA---AG-AAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------TAAAAA-A---C-----AT--ATATC---ATG--CTA-AT-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGACG---GC----T-A-A--A-AT-T------C--A-A-TTCGG---A-AAGGCCT--G-CCCC-AT-T--C-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|15 : caaacccaaatttaactgccatcgttATAT----------T---------T-TTA---TT-GCAATGAAAA-ACAAACTGT--T-C---AGTT--CG----A----AG-AAAA--TTT--T---C-C--A-----------------TGAATGAAGA---AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTCAAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-G-T------------TT------------------T--AAG-A---------A---TT------ATA--TT--TC-T--A-AA-CTGT--GAA---T-T-TTT-AA--A-C--TTCC-C--ATTA-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCA--------------C-CG-A--------GTGG-AAAA-TCTCT
gi|16 : actttaa-G-AAC--AAA-ATG-----T--T-A---AGAT--TT----A----AA-GAAA--ATT--T---T-C--CATAA-A----------T-GA--AG--A---AAAAAT-AT-T----T-G--TTTCAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-G-T------------TT------------------T--AAG-A---A-----A---ATGTTTTTATG--TT--TC-T--A-AA-CTGT--CAA---T-T-TTTTAA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----G-GA----------ATTTTTTTTGT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-C---A-AAGGCCCAAG-CCCC-AT-T-CC-CA-GATT-TGA-GTGG-AAAA-TCTC
gi|17 : gta---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TGC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|18 : AAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGGA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-G-T------------TTTTTTGTTTTGTTTTTTTTT--AAA-A---------------------ATA--CT--AT-A--A-AA-CGGC--GAT---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AAAG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-ACGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-TGT-GTGG-AAAA-TCCCTg
gi|19 : TT--TT----A-------TAAA--TCT--T--------TATCA-T----------------AGTGACTCAGAAAT-G--------------CTGTN--NNNN--NN-N-----N-N-----------N----------------------NN-N-N------------NT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-TGGT--GAA---T-T-AAT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GCCNTAT-A-A--ATAT-T---C
gi|2 : AATCAGTCCCCTTAACT-C-G-GATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-TGTTGT-C--TA-TACT--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAACAACG-------TTT--A-TTCTGTT---GG-GTA---TGCACAATAT-TGTTC-AAG-CG-C-TCGTTT----GGGT-AACATATAT------CC--T-----G--C-AATT-G-TG-C--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG---CA-TGGC--ATCAAA--C--------------CAATCGACTCAGT-----TTTCT--GAGC-A-G--TCAT-T-A--ACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGACCGA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGAAT-AAC-A-GC-TTTAGTGAAGCCGTAGAAT-CC-AATATTGAA----G-T-CGT-AGAGC-----ATTTTAAG--C-ATCACT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-C-GTTAATTA-CAGATCAGATTCCTCGTA-CAC------C---A---GA-----ATTAC--ATGT-GA--G-GGGGC--C----AGA-C-A-CA-GACCAGTA-TT--CCCAAACT--T--AGC-C-A--A-G----T-A--AG--GT--CTG--TT----AA-A-TT-T-CAAACTTTC-TGA-TAT-----------------T-TTGAATAA------AA------TTTTGATAT----------TGATAAAAACT-TGAATTTT-G-AATA-AAA-AC------TTGT-G---AATT--T----------AA-TAA----CT--TG--A-C--AATCACC----------TTGA--G--GA---AGAAATCGTGTC--A--G--TTCTTAA--TGAA--AT-ATTATTA-GTAATTCACCATT----------------------TT-A-TAGGCATATTTGTTT------------------T--AAA-A---T-----AAATAT------ATC--TT--AT-A--A-A----TT--GAA---T-T-ATA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----GCGAGC-A-A-AATATGACA---GCAT--C-A-AACA-AT-T---CC-CAGA-A-TTC-G---C-AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-ACAT-GGT-GTGG--AAA-TCC
gi|20 : agggatttttcgcacctgtgtagggtccgaaaaattcggcgcgcattcccatgcagaattacaaatgcattttgtttcgccatttgttgacaaaatatcccaatgctC--ATCAAA--C--------------CAATCACTCAGTT-----TTTCT--G--C-A-A--G--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TCTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAAC-G-AGAAT-C--AAT-CTGAAA-C-G-T-GGT-AGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-
gi|21 : C----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|22 : acagtttggggttataaataaaatagacgctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT------------------T--AAG-A---------A---AT------ATG--TT--TC-T--A-AG-CTGT--GCA---T-------AA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-C---CC-C--A-A-TTC-C---A-AAAGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-CATT-TGA-GTGG-AGAA-TC
gi|23 : ACATATAAT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCTATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AAAAATCTTTG-T-CT-TGGC--ATCAAA--C--------------CAATC-------------
gi|24 : aGAT--G--CGGGA--GA-A---TGTCGACCA--T--TAATTG--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAAT-C--actcagtttttctg
gi|25 : aaaacattcctcaatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-T---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TT
gi|26 : aaa-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-TC--CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCC
gi|27 : GAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CT-AC-----T----A
gi|28 : tCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TTCCT
gi|29 : -AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTgc
gi|3 : A-----------------AGTGGAA-AG-T--T-T-TCGTT-TG-TTAG-CG-AGT-TAT-------------------------CCAAA-T-TAAAAA------TT-------TGTCTT--------T-AA-A-CA-------TTT--A-TTCTGTG---GC--TG--CAGCACAAT-T-TGTTT-CAG-CG-C-----TT----GG-T-AAC-----TATACT-CG--TGGGAGG--C-A-TTGA-TGGC----------AA-C----------TTC-GTAAG--AAAT-TTA-AGAAATCTTT--T-CGTTGGC--ATCAAA-----------------CAATCACTCCAGT-----TTTCC--G--C-A-G--T--T-C-A--C-A------------AA---AGAT--G--CGGGA--G--AAA-TGTTCGCCA--T--T----AATTGT-AC-A-T-G-CAA-GT-T---GC-TAGC-G--GAAT-CAGAAT-CCGAAT-G-G-T-CAT---AGC-----A----AGAT-C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C----AGTACCT-AC-----CTCGAAC-T-TAGAGA-CTGTT---TT-CTA-ATATCAAACAATGAA--GATGTCTCCGTA-C-C------A---GTTTTA-----ACT-C--A-GC-GG--A-GGGGC--C-A--AGA-C-A-CA-GAC---TA-AT--CC---AC---T--AG--C-A--A-G----A-G--CAA-GC--TTG--TT----AACAGTT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-TTG-----------AA-------------------------------------------TT-G-AAT--AAA-AC---------T-G---AATTTATT----A----AA-TAAA----T--T---A-C--AACAA-CTAAGTATACTTTGA--GGTGA---GAATAT-GT-CT--AT-A--TTCTTTA--AGAATTAT-A-----ATG-----------TC---------------------TT-A--------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------AT---CT--ATAA--A-AA-TGCT--GAAT--T-T-ACA-AA--A-A--TTCCGC--AA-G-T-----G-GA-C-A-ATA--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GA--A-AAGGCCCCGG-CCCG-ATAT-CCACACAAATGGGT-GTGG-AAAAGTCCCgc
gi|4 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggTCTT--CT-G-C-GATATCGATATA-T--GGAAA-----------------ATTGGAA--G-T--T-C-T--TA-TG-T--A-TG-AAT-TAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGC-C-AT-T-TGTTC-AAGACG-C-TG--TT----GG-T-AACA---ATACACTACG--T-----G--TGG-TT-A-TGGC--G-AG-CATAA-CTCAA--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-TAGAATCTTTG-T-CG-TTGCTAATC-AA--C--------------CAATCACTTCTTACAGTTTTTCT--G--C-A-G--T--T-CAA--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--G--AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--A-GA-T-A-C-ACGT-T---GC-AAG--G-AGATG-C--AAT-CTGATA-T-G-T-CGTGAGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CTAAC-----T----ACNN-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----ACT-A--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AGACC-A-CA-GACT--TA-TT--CTA-AAC---T--AGC-CAA--A-G----T-AT-CAACGTCCCTG--TTTTAAAACA-TT-T-CAA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--TGG---AATT--TT----AATTTAA-TAAA--TCT--TTGCA-G--AATCA-C----------TTGA--GGTGC---AG-AAT-GT-TT--GT-A--TTCTTAT--TG-A--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A--------------TT------------------T--AAA-A---CAA---A---AT------AAA--CTAAAT-A--T-AA-CGGT--GAA---T-T-AATCAAATA-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-CAA-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--AGAT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-GAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-
gi|5 : gggattcttcaacctgttgtaggggtccgaaatttcgcgcccattcacaaccgcagattaaagcaattttttacccagatttgttgacaaattcctccaattttatttagatatcaataaGGA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--ATCG-ATT-AAT-------------------------C-AAA-TATAAAAAAATA--TCTCAGAGTTGTCTTATTCTTTAT-AA-AGCATTGTAATTTT--A-TGTTGTGTTCTA-GTACTCTGCACAAT-T-TGTTCAAAG-CG-C-T---TTCACAGG-T-AACA-----ATACT-CG--T-----G--C-ATTT-A-TGGC--G-AGCTA----------------TCTGT-ACA-AAATGTTACAGAAATCTTCG-T-CA-TGGC--ATCAAA--CACCAAATCAACTCACAGTT-------------TTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-AACATGC-G-T-GAAATTTGAT--GCTCGACA--GAGAAA-TGTCAACCA--TAGT----G--TG--ACGACT-A-C-A-AG-T---GC-Agtc
gi|5 : tGAA--TGGTCCTCTGTA-CAC------CAATGTTATA-----TCT-C--A-GCCGA--GCGGGGC--C-GGAAGA-C-A-CAAGACC--TA-TTTCCC--AACAAGT--AGC-C-G--A-ACGGTT-AT-CAA-GTA-CTGAGTT----AACA-TT-T-TAA--CTT--------------------------T-CTG-----------AA------T------AT----------T---------TGTAAA-TTT-G-AA---AAT-AC------T--T-GCGAAATT--TTGTTTA----AA-TAAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGAG--AAAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTACTATGAA--AT-AT----A-GT----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------C--AAA-A---CATTTTA---AT------TTGCTCT--AT-A--ATAATTGGT--GAAATTT-T-ACT--A--A-A--TTCC-CCTAATA-TTTATAG-GA-C-ACA-A--ATGACT---GCA---T-ATA--A-AT-TGTCCT-C--A-A-TTC-GA--A-AAGGCCCAGC-CCCCTAT-TACC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTctgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatctcagccgagcggggccggaagacacaagacctatttcccaacaagtagccgaacggttatcaagtactgagttaacattttaactttctgaatatttgtaaatttgaaaatacttgcgaaattttgtttaaataaaatcttacaatcacttgaggtgagaaaaatgttcatattcttactatgaaatatagttttatttcaaaacattttaatttgctctataataattggtgaaattttactaaattcccctaatatttataggacacaaatgactgcatataaattgtcctcaattcgaaaaggcccagccccctattacccaaaatggtgtggaaaatccct
gi|6 : tggaagtttctatgtatcgattaatcaaatataaaaaaatatctcagagttgtcttattctttataaagcattgtaattttatgttgtgttctagtactctgcacaatttgttcaaagcgctttcacaggtaacaatactcgtgcatttatggcgagctatctgtacaaaatgttacagaaatcttcgtcatggcatcaaacaccaaatcaactcacagtttttctgcagttcaaaacatgcgtgaaatttgatgctcgacagagaaatgtcaaccatagtgtgacgactacaagtgcactgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctaCATCAAATCA-TCTCCTT--CT-C-G--ATAC----ATAAT--GGAAA-----------------A-TGGAAGAG-C--T-T-C--TA-TG-T--A-CGGAGT-AAT-------------------------C-AAAAC-TAAAAAA-----TC-----GGTG-CTGGG------T-AA-AACA-------TTTTTA-TTCGGTG---GG--TA--CTGCACAAT-T-TGTTCGAAG-CG-C-T---TT----G--T-AACATATA----CT-CG--T-----G--C-A-TT-A-TG-C--G-AGC-----------------TTCTGTAA---AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-TTCG-TG-C--ATCAAAACC--------------CAATCACATTCAGT----TTTCT--G--C-AAG--T--T-C-AGAA-A-----C-G-T-GAA---TGAT--G--CGG-----A-GAA-T-TCGACCA--T--T----G--TGG-ACGA-TTA-C-A-GTCT---GC-AAGC-G-AGAAT-C--AAT-CCAAAG-T-G-TTCGT-ACAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-ATGAT--G-C-C--A-AGTA-CT-ACG----T----AC-TAGATGAATC-GTTATTTTAATATCATTAAATGACCAGA--TG-TCCTCCGTAAC-C------C---ATTTAA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-A--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CCA-AAC---T----CAC-A--A-G----T-A--CAA-GT--C-G--TT----AACA-TT-T-CAG--CTTC-TGA----------------------------------------------------------------T---------T-TGAA-TTT-T-AAT---AA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGGAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAA--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------A--AAA-A---C-----A---ATC-----ATG--CT--AT-A--A-AT-GGGTGAGAA---T-T-ACT--A--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----G-----T-A-A--A----T---CC-C--A-ATTTC-G---AGAAAGCCCAGG-CCCG-AT-T--C-AA-AAAT--GT-GTAG-AAAA-TCCC
gi|7 : gattttcccaccctgtgtaggggtcaaattcggccccgattcccaattgcagaattaaagcttgtttcccaattgttgacaaaaagttccccaatcttattttaaaATCAAATCAATCTTCTT-----G-C-GATATCGATATA-T--G--AA-----------------AATTGAA-G-----T-T-C--TA-TG-T--A-TG-AATGTAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------TTAA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG--TA--CTGCACA-T-T-TGTTC-AAAACG-C-T---TT----GG-T-AACATACA----CT-CG--T-----G--T-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAAACTC-AAAGTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAA-TCTTTG-T-CG-TTGC--ATCAAA--CAATCACT-------CAGTT-------------TTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-AA----C-G-TTGAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAAATGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAAT-C--AAT-CTGAAA-T-G-T-CGTGAGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-ATAAA-A-A--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NNN-NTAA-GT-GA----GGGGC--C-G--AGA-C-ACCA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-CAA--A-G----T-A--CAA-GTC-CTG--TTTTAAAACA-TT-T-CAA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--TGG---AATT--TT----AATT-AA-TAAA--TCT--T---G-CAGAATCA-C----------TTGA--GGTGA---AG-AAT-GT-TT--GT-A--T--CTAT--TGAA--CT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TTA-----------------T--AAACA---A-----A---AA------ATA--CT--AA-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-TAACA-AA--A-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-
gi|8 : gggattttccaccctgttgtagggtcccgaaattcggcccattccacaacacgcagattaagcattttttcccaatttgttgacaaaaattccatattttatttagatCATCAAATCA-TCTTCTT--GT-G-G-GATATTGTTAGAAT--GGAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-CG-T--A-TG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-AAATC-----AGTGTCTT--------T-AA-AACG-------TTT--A-TTCTGTG---GG-GTA--CTGCACAAT-A-TGTTC-AAG-AG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CA--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-GA-TGGC--ATCAAA--C--------------AAAT--------------TTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGA--GA-AAA-CGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAAC-C--AAT-CTGAAA-T-G-T-CAT-AGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AATA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AAA-C-A-CA-GAC---TA-TT--GT--AAC---T--AGC-C-ATTA-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--ATTC-TGA-NGTAACTAGCCAAGTACGAGT-CTGTTAACCTTTCAAA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AATTTAA--TCT--T---A-C--AATTA-C------------AA--GGTGA---AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-C-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TCT-G---A-AAGGTCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|9 : TCTT--CT-G-C-GATATCGTTA--AT--GGAAA-----------------A-TGAAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT----------AA-AACG-------TT---A-TTCTGTG---GG-TAA--GCGCACAAT-T--GTC---AG-CG-C-T---TTT---GG-T-AACATATA----CT-CG--TA----G--C-G-GT-A-TGGC--GGAGCATTAA-CTCCG--GTATTTCTGTACGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-TTCC-TGGC--ATCAAA--C--------------CAATCACTACAGTT----TTTCT--GG-C-A-G--T--TTC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGATTTG--CGGGA--GA-AAA-TGTTCGCCA--T--T----GG-TAGAACGA-T-A-C-ATGT-T---GC-AAG------AAT-C--AAT-CTGAAACT-GAT-CGT-AGAGC-----A----AGAGAC-ATC--TAGA-AT-AT--GTC-C--A-AGTA-CT-ACCNNNNN----NN-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GG--A-GGGGCTCC-G--AGA-C-A-CA-GACC--TA-TT--TTTTAAT---T--AGC-C-A----G----T-AAACGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-TTCAA--CT-C-TGAGTAT-----------------T-CTG-----------A-------TTCTTATA-------------------------AA-TTTCG-AAT--AAATAC------T--TTG---AATA--TT----A----AA-TAAA--TCTCTT---ATC--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---A-AAAT-GT-TCCAAT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TTAA-T------------TT------------------T--AAATA---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAAT--T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-AC-C-A-A-A--ATGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CCAC--A-AGTTC-GA--A-AAGGCCCAGG-CCCC-ATGT-CC-CA-AAAT-GGT-GTGGAAAAA-TCC
Alignments
lowQualScore : 1 1111111111 222 3333333333333333333 3333333333333333333333333 22222 2222222222 1111111111 111111 1111 111 1111 1111 11111 1111111111111 5555555555555555 1111111111 11 1 111111111 1111111111 1111 1111111111 222222222222222222222222 1111 222 11 11 11 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 111111111 11111 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 111111111111111111 111111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 3 5555555555 777 66 8888888888888888888 3 3 55 3 3 55 3 3 55 3 3 4 3 6666666666666666666666666 3 3 3 55555 99999 2 4444444444 3 1 2222222222 3 111111 0000 3 3 3 3 7 3 3 000 1111 7 3 3 9999 6 44 11111 44 3 3 6 3 9999 2222222222222 3 3 3 3 777 44 77 44 5555 6 9999999999999999 44 77 3 3 44 44 3 3 6666666666 3 3 3 555 44 44 77 33 3 44 44 6666 77 00 6 3 3 3 6 3 555 6 3 3 3 77 3 1 888 6 3 0 88888 7777 77 3 44 3 3 3 777777777 3 3 3 3333333333 999 444 777 22 0000 1 1 3333333333 3 555555555555555555555555 3 44 3 33 8888 44 1111 3 3 3 3 000 3 44 88 888 44 6 6 44 6 6666 3 00 3 00 44 3333 3 3 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 4 2 77 4 22222222222 333 22 333333333 2 55 22 44444 22 4 33333333333 55 666 2 2 22 2 22 55 22 4 000000000000000000000000000000000000000000 2 2 000000000000 666666666666666666 44 8 333333333333333333333 22 44 8888 2 2 22 777 2 2 4 22 4 22 1 22 1 44444 3 3 3 1 3 22 9999 0000 3 1 22 3 1 555 2 55 2 6 2 555 2 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .......... ... .. ................... . . .. . . .. . . .. . . . . ......................... . . . ..... ..... . .......... . . .......... . ...... .... . . . . . . . ... .... . . . .... . .. ..... .. . . . . .... ............. . . . . ... .. .. .. .... . ................ .. .. . . .. .. . . .......... . . . ... .. .. .. .. . .. .. .... .. .. . . . . . . ... . . . . .. . . ... . . . ..... .... .. . .. . . . ......... . . . .......... ... ... ... .. .... . . .......... . ........................ . .. . .. .... .. .... . . . . ... . .. .. ... .. . . .. . .... . .. . .. .. .... . . . ...................................................................................... . . . .. . ........... ... .. ......... . .. .. ..... .. . ........... .. ... . . .. . .. .. .. . .......................................... . . ............ .................. .. . ..................... .. .. .... . . .. ... . . . .. . .. . .. . ..... . . . . . .. .... .... . . .. . . ... . .. . . . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 3 3333333333 111 11 5555555555555555555 6 6 00 6 6 00 6 6 00 6 6 3 6 4444444444444444444444444 6 6 6 99999 11111 9 5555555555 6 3 3333333333 6 999999 1111 6 6 6 6 3 6 6 000 4444 3 6 5 7777 7 66 77777 66 3 3 7 3 7777 0000000000000 1 3 3 3 111 22 33 22 0000 2 2222222222222222 22 33 3 3 66 66 3 3 0000000000 3 3 3 888 22 22 33 55 1 22 22 5555 33 44 2 1 1 1 2 1 444 2 3 3 3 99 6 6 222 7 3 0 33333 1111 99 3 66 3 6 6 444444444 6 6 6 7777777777 000 666 000 99 3333 0 0 0000000000 6 888888888888888888888888 3 66 3 77 7777 22 3333 1 1 1 1 000 1 22 88 555 22 2 2 22 2 5555 1 44 1 44 22 1111 1 1 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 7 4 99 7 22222222222 999 99 555555555 1 00 99 66666 99 2 11111111111 33 111 1 1 99 1 99 00 99 2 333333333333333333333333333333333333333333 1 1 222222222222 888888888888888888 88 0 888888888888888888888 88 88 1111 0 0 88 555 0 0 0 88 0 88 9 66 9 88888 8 8 8 9 8 66 3333 0000 6 8 55 6 9 222 0 55 0 0 0 000 0 0 9 8 9 9 9 9 9 9 9
consensus : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-T-TGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--TCAG--T-------TTTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAAT-C--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--NGNTTCTCCGTA-C-C------C---GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-----------AA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
Reference ( family-3547 ) : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-T-TGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--TC----C-------TTTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAAT-C--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--NGNTTCTCCGTA-C-C------C---GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-----------AA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|1 : ATCTAATCA-TCCCCTTAACT-C-G--ATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-T--T-TTC--TAATA-T--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAA-AACGTT-------T--AATTCTGTTG---G-GTA-T--GCACAAT-TGTGT-C-AA-G-CG-CGT---TT----GGGT-AAC-TATATATCCTGCAATT-----GACT-G-TT-G-CGG-----AGCCATA--CTC-A--GTATTTCTGTAAAG-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-G-CA-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-ACCTTCAG--T-------TTTTCTAAG--C-A-GATT--T-C-ATTACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGAC-GA-AAA-TGTCGACCAATT--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GC-T---GTGAAGC-G-AGAATCC--AAT-ATGATA---G-T-CGT-AGAGCATTTTA----AGC--T-A-C--T-GA-AT-AT--GAC-C--ACAGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-TCGTTAATTACATGAT-TGATTCCTCGTA-C-CCAGTAAC---GTTTTA---------C--A-GT-GA--G-GGAGC--C----AGA-CAA-CA-GACCAGTA-TT--CCCAAAC---T--AGC-C-A--AGG----T-A--AG--GT--CTG--TT----AA-A-TT-T-CAA--CTTCATGA-TAT-----------------TGTTG-----------AATAAAATTTTTGATATTGAATAAAACT---------T-TGAA--TT-G-AATA-AAA-AC------T--TAG---AATT--TT---------AA-TAAA--TCT--TG--A-C---ATCACC----------TTGA---GTGA---AGAAAT-G--TC--AT-ACGTTCTTAA--TGAA--AT-ATTTT-A-G-----------TATTCACCATTTTAATAGCATATTT-G-T------------TT------------------T--AAATAAATC-----A---AT------ATG--CT---T-AATA-AA-TGGT--GAA---T-T-A-T-AA--A-AACTTCC-C--AATG-T-----GCGAGCAA-A-A--ATGAC----GCA---TAA-A--A-AT-T---CC-CTGA-A-TTC-G---C-AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-AATT-GGT-GTGG-AAAA-TC
gi|10 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtAATCA-TCTTCTT--CTTG-GCGCTATTGTTA--AT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C---A-CG-T--A-C--AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAATA-----TC-----GGTGTCTT--------T-AA-A-CGTT-------T--A-TTCTGTGG---GTGTA-T--GCACATT-T-TGTTC-AA-A-CGGC-T---TT----GG-TCAACACATAT------CG--T--------T-G-TT-ACTGGCCGA-AGCCATAA-CTC-A--GTA--------AGA-AAAT-T-A-AGAAATCTTTGCT-CA-TGGC--ATCAAA--C-A--AAT---------------------TTTCT--G--CCA-G--T--T-T-T--A-A-----TTG-T-GAA---TTAC--G--CTGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAAC-C--AAT-CTGAAA-CGG-T-CTTCAGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--A-C-CA-A-AGTT-CT-AC-----T----AC-T-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NCT-C--A-GT-GAGGG-GGGGA--C-G--AGA-C-A-C--GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGCGC-A--A-G----TAA--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-TCA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------TTAT-G---AACT--TT---------AA-TAAA--TCT--T-----C--AATCA-C-----------TGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTATC-TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----AG--AT------ATG--CT--ATAA--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--T-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-ACA--ATGAC----GC----G-T-A--A-ATAT---CC-C--A-A-TTC-GAAAA-AAGGCCCAGG-CCCC-A--T-CC-CA-AAAT-GGT--TGG---AA-TCCC
gi|11 : --CT-GCG-GATATCATTA--ATTCGGGAA-----------------AAGGGAA-AGCT--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAAA-------C-----GGTGTCTT--------T-AA-AACATT-------T------CTGTGG---T-GTAC---GCACAAT-T-GGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----G--T-AACATAT---TACT-CG--T-----G--C-A-T--A-TGGC----AGC-----------------TTCTGTAAGAGAAAT-TTA-AGAAACTTTTG-T-CG-TGGCC-ATCAAA--C-C--ACTC-AC--TCAGC-T-------TTTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--C-A-----C-GAT-GAA---TGAT--G--CGGGA------AA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA---A-C-A-GG-T---GC-AAGC-G-AGA-T-C--AAT-CCGAAA-T-GCT-CAT-ACAGC-----A----AGA--CCATC--T-GATAT-A---G-CAC--A-ATAA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNNNNNNCACT-C--A-GC-GA----GGGGC--C----AAA-G-A-CA-GAT---TATTT--CC--AAC---TCCAGC-C-A--ACG----T-A--CAA-GT--CGG--TT----AACA-TTCT-CAA--CTTC-TGA--AT--------------------TG-----------AA-----------------------------------T-TGAA-T-----------AA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-T-CA--TCT--TA--A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTAA---GAAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTAAT--C-AA--AG-A-----A-------------T----------------------TT-A-T------------TT------------------TA-AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA---GT--GAC---TAA-ACT-AT--A-A--TCCC-G--AATGTT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----TAA-A--A-AT-T---CC-C--A-ATTTC-G---A-AAGG-CCAGGTCCCC-AT-T--C-CA-AATT-GATGGTGG-AAAA-CC
gi|12 : -GA--G-GGGGC--CCG--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--TT--AAT---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG------------A------TTCTTATA-------------------------AA-TTTCG-AAT--AAATACT-----T--T-G---AATA--TT----A----AA-TAAATCTCT--T---ATC--AATCA-C-----------TGA--GGTGC---AAAAAT-GT-CC--ATAA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-AGC---------T----------------------TT-ATT------------TT------------------T--AAATA---C-----A---A-------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-T--AAGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GACAA-GAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|13 : T-C--A-GT-GG--A-GGGGC--C-G--AGA---A-CA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA---TTC-TGA-TAT-----------------T--TG-----------AA------TT-TGA-ATAAAA------C---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----T----AA-TAAA--TCT--T---G-C--AA------------------------------GAAAT-GT-TT--GT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-AC----A-G-----------T----------------------TT-T-T------------AT------------------T--TAA-A---C-----A---AA------ATA--CT--AT----A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T---A--A-AT-T---CC-C--ACA-TTC-GA--A-AAGGCCCAGG---CC-AT-T-AC-CA-AAAT-AA--GTGG-AAAA-TCCCT
gi|14 : -TAT-----------------T-TCG-----------AG------CCCTGA-AT----------T------------GAA-TTT-G-AAT---AA-AC------T--T-T---CATT--TTA---A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGAC-GGTGA---AG-AAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------TAAAAA-A---C-----AT--ATATC---ATG--CTA-AT-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGACG---GC----T-A-A--A-AT-T------C--A-A-TTCGG---A-AAGGCCT--G-CCCC-AT-T--C-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|15 : caaacccaaatttaactgccatcgttATAT----------T---------T-TTA---TT-GCAATGAAAA-ACAAACTGT--T-C---AGTT--CG----A----AG-AAAA--TTT--T---C-C--A-----------------TGAATGAAGA---AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTCAAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-G-T------------TT------------------T--AAG-A---------A---TT------ATA--TT--TC-T--A-AA-CTGT--GAA---T-T-TTT-AA--A-C--TTCC-C--ATTA-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCA--------------C-CG-A--------GTGG-AAAA-TCTCT
gi|16 : actttaa-G-AAC--AAA-ATG-----T--T-A---AGAT--TT----A----AA-GAAA--ATT--T---T-C--CATAA-A----------T-GA--AG--A---AAAAAT-AT-T----T-G--TTTCAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-G-T------------TT------------------T--AAG-A---A-----A---ATGTTTTTATG--TT--TC-T--A-AA-CTGT--CAA---T-T-TTTTAA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----G-GA----------ATTTTTTTTGT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-C---A-AAGGCCCAAG-CCCC-AT-T-CC-CA-GATT-TGA-GTGG-AAAA-TCTC
gi|17 : gta---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TGC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|18 : AAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGGA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-G-T------------TTTTTTGTTTTGTTTTTTTTT--AAA-A---------------------ATA--CT--AT-A--A-AA-CGGC--GAT---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AAAG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-ACGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-TGT-GTGG-AAAA-TCCCTg
gi|19 : TT--TT----A-------TAAA--TCT--T--------TATCA-T----------------AGTGACTCAGAAAT-G--------------CTGTN--NNNN--NN-N-----N-N-----------N----------------------NN-N-N------------NT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-TGGT--GAA---T-T-AAT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GCCNTAT-A-A--ATAT-T---C
gi|2 : AATCAGTCCCCTTAACT-C-G-GATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-TGTTGT-C--TA-TACT--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAACAACGTT-------T--A-TTCTGTTG---G-GTA-T--GCACAATAT-TGTTC-AA-G-CG-C-TCGTTT----GGGT-AACATATAT------CC--T-----G--C-AATT-G-TG-C--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG---CA-TGGC--ATCAAA--C-C--AATCGAC--TC----AG------TTTTCT--GAGC-A-G--TCAT-T-A--ACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGACCGA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGAAT-AAC-A-GC-TTTAGTGAAGCCGTAGAAT-CC-AATATTGAA----G-T-CGT-AGAGC-----ATTTTAAG--C-ATCACT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-C-GTTAATTA-CAGATCAGATTCCTCGTA-CAC------C---A---GA-----ATTAC--ATGT-GA--G-GGGGC--C----AGA-C-A-CA-GACCAGTA-TT--CCCAAACT--T--AGC-C-A--A-G----T-A--AG--GT--CTG--TT----AA-A-TT-T-CAAACTTTC-TGA-TAT-----------------T-TTGAATAA------AA------TTTTGATAT----------TGATAAAAACT-TGAATTTT-G-AATA-AAA-AC------TTGT-G---AATT--T----------AA-TAA----CT--TG--A-C--AATCACC----------TTGA--G--GA---AGAAATCGTGTC--A--G--TTCTTAA--TGAA--AT-ATTATTA-GTAATTCACCATT----------------------TT-A-TAGGCATATTTGTTT------------------T--AAA-A---T-----AAATAT------ATC--TT--AT-A--A-A----TT--GAA---T-T-ATA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----GCGAGC-A-A-AATATGACA---GCAT--C-A-AACA-AT-T---CC-CAGA-A-TTC-G---C-AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-ACAT-GGT-GTGG--AAA-TCC
gi|20 : agggatttttcgcacctgtgtagggtccgaaaaattcggcgcgcattcccatgcagaattacaaatgcattttgtttcgccatttgttgacaaaatatcccaatgctC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--TCAG--T-------TTTTCT--G--C-A-A--G--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TCTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAAC-G-AGAAT-C--AAT-CTGAAA-C-G-T-GGT-AGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-
gi|21 : C----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|22 : acagtttggggttataaataaaatagacgctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT------------------T--AAG-A---------A---AT------ATG--TT--TC-T--A-AG-CTGT--GCA---T-------AA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-C---CC-C--A-A-TTC-C---A-AAAGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-CATT-TGA-GTGG-AGAA-TC
gi|23 : ACATATAAT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCTATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AAAAATCTTTG-T-CT-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--TCAG--T-------TTTTCT--G--
gi|24 : aGAT--G--CGGGA--GA-A---TGTCGACCA--T--TAATTG--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAAT-C--
gi|25 : aaaacattcctcaatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-T---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TT
gi|26 : aaa-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-TC--CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCC
gi|27 : GAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CT-AC-----T----A
gi|28 : tCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TTCCT
gi|29 : -AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTgc
gi|3 : A-----------------AGTGGAA-AG-T--T-T-TCGTT-TG-TTAG-CG-AGT-TAT-------------------------CCAAA-T-TAAAAA------TT-------TGTCTT--------T-AA-A-CATT-------T--A-TTCTGTGG---C--TGCA--GCACAAT-T-TGTTT-CA-G-CG-C-----TT----GG-T-AAC-----TATACT-CG--TGGGAGG--C-A-TTGA-TGGC----------AA-C----------TTC-GTAAG--AAAT-TTA-AGAAATCTTT--T-CGTTGGC--ATCAAA----C--AATC-AC--TC----CAG-----TTTTCC--G--C-A-G--T--T-C-A--C-A------------AA---AGAT--G--CGGGA--G--AAA-TGTTCGCCA--T--T----AATTGT-AC-A-T-G-CAA-GT-T---GC-TAGC-G--GAAT-CAGAAT-CCGAAT-G-G-T-CAT---AGC-----A----AGAT-C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C----AGTACCT-AC-----CTCGAAC-T-TAGAGA-CTGTT---TT-CTA-ATATCAAACAATGAA--GATGTCTCCGTA-C-C------A---GTTTTA-----ACT-C--A-GC-GG--A-GGGGC--C-A--AGA-C-A-CA-GAC---TA-AT--CC---AC---T--AG--C-A--A-G----A-G--CAA-GC--TTG--TT----AACAGTT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-TTG-----------AA-------------------------------------------TT-G-AAT--AAA-AC---------T-G---AATTTATT----A----AA-TAAA----T--T---A-C--AACAA-CTAAGTATACTTTGA--GGTGA---GAATAT-GT-CT--AT-A--TTCTTTA--AGAATTAT-A-----ATG-----------TC---------------------TT-A--------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------AT---CT--ATAA--A-AA-TGCT--GAAT--T-T-ACA-AA--A-A--TTCCGC--AA-G-T-----G-GA-C-A-ATA--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GA--A-AAGGCCCCGG-CCCG-ATAT-CCACACAAATGGGT-GTGG-AAAAGTCCCgc
gi|4 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggTCTT--CT-G-C-GATATCGATATA-T--GGAAA-----------------ATTGGAA--G-T--T-C-T--TA-TG-T--A-TG-AAT-TAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GC-C-AT-T-TGTTC-AA-GACG-C-TG--TT----GG-T-AACA---ATACACTACG--T-----G--TGG-TT-A-TGGC--G-AG-CATAA-CTCAA--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-TAGAATCTTTG-T-CG-TTGCTAATC-AA--C-C--AATC-AC--TT----CTTACAGTTTTTCT--G--C-A-G--T--T-CAA--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--G--AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--A-GA-T-A-C-ACGT-T---GC-AAG--G-AGATG-C--AAT-CTGATA-T-G-T-CGTGAGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CTAAC-----T----ACNN-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----ACT-A--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AGACC-A-CA-GACT--TA-TT--CTA-AAC---T--AGC-CAA--A-G----T-AT-CAACGTCCCTG--TTTTAAAACA-TT-T-CAA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--TGG---AATT--TT----AATTTAA-TAAA--TCT--TTGCA-G--AATCA-C----------TTGA--GGTGC---AG-AAT-GT-TT--GT-A--TTCTTAT--TG-A--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A--------------TT------------------T--AAA-A---CAA---A---AT------AAA--CTAAAT-A--T-AA-CGGT--GAA---T-T-AATCAAATA-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-CAA-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--AGAT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-GAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-
gi|5 : gggattcttcaacctgttgtaggggtccgaaatttcgcgcccattcacaaccgcagattaaagcaattttttacccagatttgttgacaaattcctccaattttatttagatatcaataaGGA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--ATCG-ATT-AAT-------------------------C-AAA-TATAAAAAAATA--TCTCAGAGTTGTCTTATTCTTTAT-AA-AGCATTGTAATTTT--A-TGTTGTGTTCTA-GTACTCTGCACAAT-T-TGTTC-AAAG-CG-C-T---TTCACAGG-T-AACA-----ATACT-CG--T-----G--C-A-TTTA-TGGC--G-AGCTAT----------------CTGTAC-A-AAATGTTACAGAAATCTTCG-T-CA-TGGC--ATCAAA--CACCAAATCAAC--TCACAGT-------TTTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-AACATGC-G-T-GAAATTTGAT--GCTCGACA--GAGAAA-TGTCAACCA--TAGT----G--TG--ACGACT-A-C-A-AG-T---GC-Agtc
gi|5 : tGAA--TGGTCCTCTGTA-CAC------CAATGTTATA-----TCT-C--A-GCCGA--GCGGGGC--C-GGAAGA-C-A-CAAGACC--TA-TTTCCC--AACAAGT--AGC-C-G--A-ACGGTT-AT-CAA-GTA-CTGAGTT----AACA-TT-T-TAA--CTT--------------------------T-CTG-----------AA------T------AT----------T---------TGTAAA-TTT-G-AA---AAT-AC------T--T-GCGAAATT--TTGTTTA----AA-TAAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGAG--AAAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTACTATGAA--AT-AT----A-GT----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------C--AAA-A---CATTTTA---AT------TTGCTCT--AT-A--ATAATTGGT--GAAATTT-T-ACT--A--A-A--TTCC-CCTAATA-TTTATAG-GA-C-ACA-A--ATGACT---GCA---T-ATA--A-AT-TGTCCT-C--A-A-TTC-GA--A-AAGGCCCAGC-CCCCTAT-TACC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTctgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatctcagccgagcggggccggaagacacaagacctatttcccaacaagtagccgaacggttatcaagtactgagttaacattttaactttctgaatatttgtaaatttgaaaatacttgcgaaattttgtttaaataaaatcttacaatcacttgaggtgagaaaaatgttcatattcttactatgaaatatagttttatttcaaaacattttaatttgctctataataattggtgaaattttactaaattcccctaatatttataggacacaaatgactgcatataaattgtcctcaattcgaaaaggcccagccccctattacccaaaatggtgtggaaaatccct
gi|6 : tggaagtttctatgtatcgattaatcaaatataaaaaaatatctcagagttgtcttattctttataaagcattgtaattttatgttgtgttctagtactctgcacaatttgttcaaagcgctttcacaggtaacaatactcgtgcatttatggcgagctatctgtacaaaatgttacagaaatcttcgtcatggcatcaaacaccaaatcaactcacagtttttctgcagttcaaaacatgcgtgaaatttgatgctcgacagagaaatgtcaaccatagtgtgacgactacaagtgcactgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctaCATCAAATCA-TCTCCTT--CT-C-G--ATAC----ATAAT--GGAAA-----------------A-TGGAAGAG-C--T-T-C--TA-TG-T--A-CGGAGT-AAT-------------------------C-AAAAC-TAAAAAA-----TC-----GGTG-CTGGG------T-AA-AACATT-------TTTA-TTCGGTGG---G--TACT--GCACAAT-T-TGTTCGAA-G-CG-C-T---TT----G--T-AACATATA----CT-CG--T-----G--C-A-TT-A-TG-C--G-AGC-----------------TTCTGTAA---AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-TTCG-TG-C--ATCAAAACC-C--AATC-ACA-TT----CAG-----TTTTCT--G--C-AAG--T--T-C-AGAA-A-----C-G-T-GAA---TGAT--G--CGG-----A-GAA-T-TCGACCA--T--T----G--TGG-ACGA-TTA-C-A-GTCT---GC-AAGC-G-AGAAT-C--AAT-CCAAAG-T-G-TTCGT-ACAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-ATGAT--G-C-C--A-AGTA-CT-ACG----T----AC-TAGATGAATC-GTTATTTTAATATCATTAAATGACCAGA--TG-TCCTCCGTAAC-C------C---ATTTAA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-A--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CCA-AAC---T----CAC-A--A-G----T-A--CAA-GT--C-G--TT----AACA-TT-T-CAG--CTTC-TGA----------------------------------------------------------------T---------T-TGAA-TTT-T-AAT---AA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGGAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAA--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------A--AAA-A---C-----A---ATC-----ATG--CT--AT-A--A-AT-GGGTGAGAA---T-T-ACT--A--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----G-----T-A-A--A----T---CC-C--A-ATTTC-G---AGAAAGCCCAGG-CCCG-AT-T--C-AA-AAAT--GT-GTAG-AAAA-TCCC
gi|7 : gattttcccaccctgtgtaggggtcaaattcggccccgattcccaattgcagaattaaagcttgtttcccaattgttgacaaaaagttccccaatcttattttaaaATCAAATCAATCTTCTT-----G-C-GATATCGATATA-T--G--AA-----------------AATTGAA-G-----T-T-C--TA-TG-T--A-TG-AATGTAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------TTAA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G--TACT--GCACA-T-T-TGTTC-AA-AACG-C-T---TT----GG-T-AACATACA----CT-CG--T-----G--T-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAAACTC-AAAGTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAA-TCTTTG-T-CG-TTGC--ATCAAA--C----AATC-AC--TCAG--T-------TTTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-AA----C-G-TTGAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAAATGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAAT-C--AAT-CTGAAA-T-G-T-CGTGAGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-ATAAA-A-A--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NNN-NTAA-GT-GA----GGGGC--C-G--AGA-C-ACCA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-CAA--A-G----T-A--CAA-GTC-CTG--TTTTAAAACA-TT-T-CAA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--TGG---AATT--TT----AATT-AA-TAAA--TCT--T---G-CAGAATCA-C----------TTGA--GGTGA---AG-AAT-GT-TT--GT-A--T--CTAT--TGAA--CT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TTA-----------------T--AAACA---A-----A---AA------ATA--CT--AA-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-TAACA-AA--A-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-
gi|8 : gggattttccaccctgttgtagggtcccgaaattcggcccattccacaacacgcagattaagcattttttcccaatttgttgacaaaaattccatattttatttagatCATCAAATCA-TCTTCTT--GT-G-G-GATATTGTTAGAAT--GGAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-CG-T--A-TG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-AAATC-----AGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-A-TGTTC-AA-G-AG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CA--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-GA-TGGC--ATCAAA--C-A--AAT---------------------TTTCT--G--C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGA--GA-AAA-CGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGA-T-A-C-A-GT-T---GC-AAGC-G-AGAAC-C--AAT-CTGAAA-T-G-T-CAT-AGAGC-----A----AGA--C-ATC--T-GA-AT-AT--G-C-C--A-AATA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AAA-C-A-CA-GAC---TA-TT--GT--AAC---T--AGC-C-ATTA-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--ATTC-TGA-NGTAACTAGCCAAGTACGAGT-CTGTTAACCTTTCAAA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AATTTAA--TCT--T---A-C--AATTA-C------------AA--GGTGA---AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-C-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TCT-G---A-AAGGTCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|9 : TCTT--CT-G-C-GATATCGTTA--AT--GGAAA-----------------A-TGAAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT----------AA-AACGTT----------A-TTCTGTGG---G-TAAGC--GCACAAT-T--GTC---A-G-CG-C-T---TTT---GG-T-AACATATA----CT-CG--TA----G--C-G-GT-A-TGGC--GGAGCATTAA-CTCCG--GTATTTCTGTACGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-TTCC-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--TA----CAGT----TTTTCT--GG-C-A-G--T--TTC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGATTTG--CGGGA--GA-AAA-TGTTCGCCA--T--T----GG-TAGAACGA-T-A-C-ATGT-T---GC-AAG------AAT-C--AAT-CTGAAACT-GAT-CGT-AGAGC-----A----AGAGAC-ATC--TAGA-AT-AT--GTC-C--A-AGTA-CT-ACCNNNNN----NN-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GG--A-GGGGCTCC-G--AGA-C-A-CA-GACC--TA-TT--TTTTAAT---T--AGC-C-A----G----T-AAACGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-TTCAA--CT-C-TGAGTAT-----------------T-CTG-----------A-------TTCTTATA-------------------------AA-TTTCG-AAT--AAATAC------T--TTG---AATA--TT----A----AA-TAAA--TCTCTT---ATC--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---A-AAAT-GT-TCCAAT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TTAA-T------------TT------------------T--AAATA---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAAT--T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-AC-C-A-A-A--ATGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CCAC--A-AGTTC-GA--A-AAGGCCCAGG-CCCC-ATGT-CC-CA-AAAT-GGT-GTGGAAAAA-TCC
Alignments
lowQualScore : 1 1111111111 222 3333333333333333333 3333333333333333333333333 22222 2222222222 1111111111 111111 1111 111 1111 1111 11111 1111111111111 22222222 1111111111 11 1 111111111 1111111111 1111 1111111111 222222222222222222222222 1111 222 11 11 11 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 111111111 11111 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 111111111111111111 111111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 3 5555555555 777 66 8888888888888888888 3 3 55 3 3 55 3 3 55 3 3 4 3 6666666666666666666666666 3 3 3 55555 99999 2 4444444444 3 1 2222222222 3 111111 0000 3 3 3 3 7 3 3 000 1111 7 3 3 9999 6 44 11111 44 3 3 6 3 9999 2222222222222 3 3 3 3 777 44 77 44 5555 6 11111111 55 88 3 3 3 44 44 3 3 6666666666 3 3 3 555 44 44 77 33 3 44 44 6666 77 00 3 3 6 3 6 3 555 6 3 3 6 44 3 1 888 6 3 0 88888 7777 77 3 44 3 3 3 777777777 3 3 3 3333333333 999 444 777 22 0000 1 1 3333333333 3 555555555555555555555555 3 44 3 33 8888 44 1111 3 3 3 3 000 3 44 88 888 44 6 6 44 6 6666 3 00 3 00 44 3333 3 3 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 4 2 77 4 22222222222 333 22 333333333 2 55 22 44444 22 4 33333333333 55 666 2 2 22 2 22 55 22 4 000000000000000000000000000000000000000000 2 2 000000000000 666666666666666666 44 8 333333333333333333333 22 44 8888 2 2 22 777 2 2 4 22 4 22 1 22 1 44444 3 3 3 1 3 22 9999 0000 3 1 22 3 1 555 2 55 2 6 2 555 2 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .......... ... .. ................... . . .. . . .. . . .. . . . . ......................... . . . ..... ..... . .......... . . .......... . ...... .... . . . . . . . ... .... . . . .... . .. ..... .. . . . . .... ............. . . . . ... .. .. .. .... . ........ .. .. . . . .. .. . . .......... . . . ... .. .. .. .. . .. .. .... .. .. . . . . . . ... . . . . .. . . ... . . . ..... .... .. . .. . . . ......... . . . .......... ... ... ... .. .... . . .......... . ........................ . .. . .. .... .. .... . . . . ... . .. .. ... .. . . .. . .... . .. . .. .. .... . . . ...................................................................................... . . . .. . ........... ... .. ......... . .. .. ..... .. . ........... .. ... . . .. . .. .. .. . .......................................... . . ............ .................. .. . ..................... .. .. .... . . .. ... . . . .. . .. . .. . ..... . . . . . .. .... .... . . .. . . ... . .. . . . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 3 3333333333 111 11 5555555555555555555 6 6 00 6 6 00 6 6 00 6 6 3 6 4444444444444444444444444 6 6 6 99999 11111 9 5555555555 6 3 3333333333 6 999999 1111 6 6 6 6 3 6 6 000 4444 3 6 5 7777 7 66 77777 66 3 3 7 3 7777 0000000000000 1 3 3 3 111 22 33 22 0000 2 22222222 33 55 1 3 3 66 66 3 3 0000000000 3 3 3 888 22 22 33 55 1 22 22 5555 33 44 1 1 2 1 2 1 444 2 3 3 7 66 6 6 222 7 3 0 33333 1111 99 3 66 3 6 6 444444444 6 6 6 7777777777 000 666 000 99 3333 0 0 0000000000 6 888888888888888888888888 3 66 3 77 7777 22 3333 1 1 1 1 000 1 22 88 555 22 2 2 22 2 5555 1 44 1 44 22 1111 1 1 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 7 4 99 7 22222222222 999 99 555555555 1 00 99 66666 99 2 11111111111 33 111 1 1 99 1 99 00 99 2 333333333333333333333333333333333333333333 1 1 222222222222 888888888888888888 88 0 888888888888888888888 88 88 1111 0 0 88 555 0 0 0 88 0 88 9 66 9 88888 8 8 8 9 8 66 3333 0000 6 8 55 6 9 222 0 55 0 0 0 000 0 0 9 8 9 9 9 9 9 9 9
consensus : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-T-TGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--NGNTTCTCCGTA-C-C------C---GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-----------AA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
Reference ( family-3547 ) : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-T-TGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--NGNTTCTCCGTA-C-C------C---GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-----------AA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|1 : ATCTAATCA-TCCCCTTAACT-C-G--ATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-T--T-TTC--TAATA-T--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAA-AACGTT-------T--AATTCTGTTG---G-GTA-T--GCACAAT-TGTGT-C-AA-G-CG-CGT---TT----GGGT-AAC-TATATATCCTGCAATT-----GACT-G-TT-G-CGG-----AGCCATA--CTC-A--GTATTTCTGTAAAG-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-G-CA-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-ACCTT-----CAG-TTTTTCTAAG-C-A-GATT--T-C-ATTACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGAC-GA-AAA-TGTCGACCAATT--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GC-T---GTGAAG-CG-AGAATCC--AAT-ATGATA---G-T-CGT-AGAGCATTTTA----AGC--T-A---CT-GA-AT-AT--GAC-C--ACAGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-TCGTTAATTACATGAT-TGATTCCTCGTA-C-CCAGTAAC---GTTTTA---------C--A-GT-GA--G-GGAGC--C----AGA-CAA-CA-GACCAGTA-TT--CCCAAAC---T--AGC-C-A--AGG----T-A--AG--GT--CTG--TT----AA-A-TT-T-CAA--CTTCATGA-TAT-----------------TGTTG-----------AATAAAATTTTTGATATTGAATAAAACT---------T-TGAA--TT-G-AATA-AAA-AC------T--TAG---AATT--TT---------AA-TAAA--TCT--TG--A-C---ATCACC----------TTGA---GTGA---AGAAAT-G--TC--AT-ACGTTCTTAA--TGAA--AT-ATTTT-A-G-----------TATTCACCATTTTAATAGCATATTT-G-T------------TT------------------T--AAATAAATC-----A---AT------ATG--CT---T-AATA-AA-TGGT--GAA---T-T-A-T-AA--A-AACTTCC-C--AATG-T-----GCGAGCAA-A-A--ATGAC----GCA---TAA-A--A-AT-T---CC-CTGA-A-TTC-G---C-AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-AATT-GGT-GTGG-AAAA-TC
gi|10 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtAATCA-TCTTCTT--CTTG-GCGCTATTGTTA--AT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C---A-CG-T--A-C--AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAATA-----TC-----GGTGTCTT--------T-AA-A-CGTT-------T--A-TTCTGTGG---GTGTA-T--GCACATT-T-TGTTC-AA-A-CGGC-T---TT----GG-TCAACACATAT------CG--T--------T-G-TT-ACTGGCCGA-AGCCATAA-CTC-A--GTA--------AGA-AAAT-T-A-AGAAATCTTTGCT-CA-TGGC--ATCAAA--C-A--AAT------------------TTTCT--G-CCA-G--T--T-T-T--A-A-----TTG-T-GAA---TTAC--G--CTGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAC-C--AAT-CTGAAA-CGG-T-CTTCAGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--A-C-CA-A-AGTT-CT-AC-----T----AC-T-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NCT-C--A-GT-GAGGG-GGGGA--C-G--AGA-C-A-C--GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGCGC-A--A-G----TAA--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-TCA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------TTAT-G---AACT--TT---------AA-TAAA--TCT--T-----C--AATCA-C-----------TGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTATC-TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----AG--AT------ATG--CT--ATAA--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--T-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-ACA--ATGAC----GC----G-T-A--A-ATAT---CC-C--A-A-TTC-GAAAA-AAGGCCCAGG-CCCC-A--T-CC-CA-AAAT-GGT--TGG---AA-TCCC
gi|11 : --CT-GCG-GATATCATTA--ATTCGGGAA-----------------AAGGGAA-AGCT--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAAA-------C-----GGTGTCTT--------T-AA-AACATT-------T------CTGTGG---T-GTAC---GCACAAT-T-GGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----G--T-AACATAT---TACT-CG--T-----G--C-A-T--A-TGGC----AGC-----------------TTCTGTAAGAGAAAT-TTA-AGAAACTTTTG-T-CG-TGGCC-ATCAAA--C-C--ACTC-AC--T-----CAGCTTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--C-A-----C-GAT-GAA---TGAT--G--CGGGA------AA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A---AC-A-GG-T---GC-AAG-CG-AGA-T-C--AAT-CCGAAA-T-GCT-CAT-ACAGC-----A----AGA--CCAT--CT-GATAT-A---G-CAC--A-ATAA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNNNNNNCACT-C--A-GC-GA----GGGGC--C----AAA-G-A-CA-GAT---TATTT--CC--AAC---TCCAGC-C-A--ACG----T-A--CAA-GT--CGG--TT----AACA-TTCT-CAA--CTTC-TGA--AT--------------------TG-----------AA-----------------------------------T-TGAA-T-----------AA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-T-CA--TCT--TA--A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTAA---GAAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTAAT--C-AA--AG-A-----A-------------T----------------------TT-A-T------------TT------------------TA-AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA---GT--GAC---TAA-ACT-AT--A-A--TCCC-G--AATGTT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----TAA-A--A-AT-T---CC-C--A-ATTTC-G---A-AAGG-CCAGGTCCCC-AT-T--C-CA-AATT-GATGGTGG-AAAA-CC
gi|12 : -GA--G-GGGGC--CCG--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--TT--AAT---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG------------A------TTCTTATA-------------------------AA-TTTCG-AAT--AAATACT-----T--T-G---AATA--TT----A----AA-TAAATCTCT--T---ATC--AATCA-C-----------TGA--GGTGC---AAAAAT-GT-CC--ATAA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-AGC---------T----------------------TT-ATT------------TT------------------T--AAATA---C-----A---A-------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-T--AAGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GACAA-GAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|13 : T-C--A-GT-GG--A-GGGGC--C-G--AGA---A-CA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA---TTC-TGA-TAT-----------------T--TG-----------AA------TT-TGA-ATAAAA------C---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----T----AA-TAAA--TCT--T---G-C--AA------------------------------GAAAT-GT-TT--GT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-AC----A-G-----------T----------------------TT-T-T------------AT------------------T--TAA-A---C-----A---AA------ATA--CT--AT----A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T---A--A-AT-T---CC-C--ACA-TTC-GA--A-AAGGCCCAGG---CC-AT-T-AC-CA-AAAT-AA--GTGG-AAAA-TCCCT
gi|14 : -TAT-----------------T-TCG-----------AG------CCCTGA-AT----------T------------GAA-TTT-G-AAT---AA-AC------T--T-T---CATT--TTA---A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGAC-GGTGA---AG-AAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------TAAAAA-A---C-----AT--ATATC---ATG--CTA-AT-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGACG---GC----T-A-A--A-AT-T------C--A-A-TTCGG---A-AAGGCCT--G-CCCC-AT-T--C-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|15 : caaacccaaatttaactgccatcgttATAT----------T---------T-TTA---TT-GCAATGAAAA-ACAAACTGT--T-C---AGTT--CG----A----AG-AAAA--TTT--T---C-C--A-----------------TGAATGAAGA---AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTCAAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-G-T------------TT------------------T--AAG-A---------A---TT------ATA--TT--TC-T--A-AA-CTGT--GAA---T-T-TTT-AA--A-C--TTCC-C--ATTA-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCA--------------C-CG-A--------GTGG-AAAA-TCTCT
gi|16 : actttaa-G-AAC--AAA-ATG-----T--T-A---AGAT--TT----A----AA-GAAA--ATT--T---T-C--CATAA-A----------T-GA--AG--A---AAAAAT-AT-T----T-G--TTTCAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-G-T------------TT------------------T--AAG-A---A-----A---ATGTTTTTATG--TT--TC-T--A-AA-CTGT--CAA---T-T-TTTTAA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----G-GA----------ATTTTTTTTGT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-C---A-AAGGCCCAAG-CCCC-AT-T-CC-CA-GATT-TGA-GTGG-AAAA-TCTC
gi|17 : gta---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TGC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|18 : AAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGGA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-G-T------------TTTTTTGTTTTGTTTTTTTTT--AAA-A---------------------ATA--CT--AT-A--A-AA-CGGC--GAT---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AAAG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-ACGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-TGT-GTGG-AAAA-TCCCTg
gi|19 : TT--TT----A-------TAAA--TCT--T--------TATCA-T----------------AGTGACTCAGAAAT-G--------------CTGTN--NNNN--NN-N-----N-N-----------N----------------------NN-N-N------------NT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-TGGT--GAA---T-T-AAT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GCCNTAT-A-A--ATAT-T---C
gi|2 : AATCAGTCCCCTTAACT-C-G-GATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-TGTTGT-C--TA-TACT--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAACAACGTT-------T--A-TTCTGTTG---G-GTA-T--GCACAATAT-TGTTC-AA-G-CG-C-TCGTTT----GGGT-AACATATAT------CC--T-----G--C-AATT-G-TG-C--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG---CA-TGGC--ATCAAA--C-C--AATCGAC--T-----CAG--TTTTCTGAG-C-A-G--TCAT-T-A--ACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGACCGA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGAA-TAAC-A-GC-TTTAGTGAAGCCGTAGAATCC--AATATTGAA----G-T-CGT-AGAGC-----ATTTTAAG--C-ATCACT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-C-GTTAATTA-CAGATCAGATTCCTCGTA-CAC------C---A---GA-----ATTAC--ATGT-GA--G-GGGGC--C----AGA-C-A-CA-GACCAGTA-TT--CCCAAACT--T--AGC-C-A--A-G----T-A--AG--GT--CTG--TT----AA-A-TT-T-CAAACTTTC-TGA-TAT-----------------T-TTGAATAA------AA------TTTTGATAT----------TGATAAAAACT-TGAATTTT-G-AATA-AAA-AC------TTGT-G---AATT--T----------AA-TAA----CT--TG--A-C--AATCACC----------TTGA--G--GA---AGAAATCGTGTC--A--G--TTCTTAA--TGAA--AT-ATTATTA-GTAATTCACCATT----------------------TT-A-TAGGCATATTTGTTT------------------T--AAA-A---T-----AAATAT------ATC--TT--AT-A--A-A----TT--GAA---T-T-ATA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----GCGAGC-A-A-AATATGACA---GCAT--C-A-AACA-AT-T---CC-CAGA-A-TTC-G---C-AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-ACAT-GGT-GTGG--AAA-TCC
gi|20 : agggatttttcgcacctgtgtagggtccgaaaaattcggcgcgcattcccatgcagaattacaaatgcattttgtttcgccatttgttgacaaaatatcccaatgctC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-A--G--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TCTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAA-CG-AGAAT-C--AAT-CTGAAA-C-G-T-GGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-
gi|21 : C----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|22 : acagtttggggttataaataaaatagacgctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT------------------T--AAG-A---------A---AT------ATG--TT--TC-T--A-AG-CTGT--GCA---T-------AA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-C---CC-C--A-A-TTC-C---A-AAAGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-CATT-TGA-GTGG-AGAA-TC
gi|23 : ACATATAAT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCTATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AAAAATCTTTG-T-CT-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-
gi|24 : aGAT--G--CGGGA--GA-A---TGTCGACCA--T--TAATTG--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--
gi|25 : aaaacattcctcaatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-T---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TT
gi|26 : aaa-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-TC--CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCC
gi|27 : GAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CT-AC-----T----A
gi|28 : tCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TTCCT
gi|29 : -AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTgc
gi|3 : A-----------------AGTGGAA-AG-T--T-T-TCGTT-TG-TTAG-CG-AGT-TAT-------------------------CCAAA-T-TAAAAA------TT-------TGTCTT--------T-AA-A-CATT-------T--A-TTCTGTGG---C--TGCA--GCACAAT-T-TGTTT-CA-G-CG-C-----TT----GG-T-AAC-----TATACT-CG--TGGGAGG--C-A-TTGA-TGGC----------AA-C----------TTC-GTAAG--AAAT-TTA-AGAAATCTTT--T-CGTTGGC--ATCAAA----C--AATC-AC--TC----CAG--TTTTCC--G-C-A-G--T--T-C-A--C-A------------AA---AGAT--G--CGGGA--G--AAA-TGTTCGCCA--T--T----AATTGT-AC--A-T-GCAA-GT-T---GC-TAG-CG--GAAT-CAGAAT-CCGAAT-G-G-T-CAT---AGC-----A----AGAT-C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C----AGTACCT-AC-----CTCGAAC-T-TAGAGA-CTGTT---TT-CTA-ATATCAAACAATGAA--GATGTCTCCGTA-C-C------A---GTTTTA-----ACT-C--A-GC-GG--A-GGGGC--C-A--AGA-C-A-CA-GAC---TA-AT--CC---AC---T--AG--C-A--A-G----A-G--CAA-GC--TTG--TT----AACAGTT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-TTG-----------AA-------------------------------------------TT-G-AAT--AAA-AC---------T-G---AATTTATT----A----AA-TAAA----T--T---A-C--AACAA-CTAAGTATACTTTGA--GGTGA---GAATAT-GT-CT--AT-A--TTCTTTA--AGAATTAT-A-----ATG-----------TC---------------------TT-A--------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------AT---CT--ATAA--A-AA-TGCT--GAAT--T-T-ACA-AA--A-A--TTCCGC--AA-G-T-----G-GA-C-A-ATA--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GA--A-AAGGCCCCGG-CCCG-ATAT-CCACACAAATGGGT-GTGG-AAAAGTCCCgc
gi|4 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggTCTT--CT-G-C-GATATCGATATA-T--GGAAA-----------------ATTGGAA--G-T--T-C-T--TA-TG-T--A-TG-AAT-TAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GC-C-AT-T-TGTTC-AA-GACG-C-TG--TT----GG-T-AACA---ATACACTACG--T-----G--TGG-TT-A-TGGC--G-AG-CATAA-CTCAA--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-TAGAATCTTTG-T-CG-TTGCTAATC-AA--C-C--AATC-AC--TTCTTACAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-CAA--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--G--AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--A-G-A-T-AC-ACGT-T---GC-AAG--G-AGATG-C--AAT-CTGATA-T-G-T-CGTGAGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CTAAC-----T----ACNN-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----ACT-A--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AGACC-A-CA-GACT--TA-TT--CTA-AAC---T--AGC-CAA--A-G----T-AT-CAACGTCCCTG--TTTTAAAACA-TT-T-CAA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--TGG---AATT--TT----AATTTAA-TAAA--TCT--TTGCA-G--AATCA-C----------TTGA--GGTGC---AG-AAT-GT-TT--GT-A--TTCTTAT--TG-A--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A--------------TT------------------T--AAA-A---CAA---A---AT------AAA--CTAAAT-A--T-AA-CGGT--GAA---T-T-AATCAAATA-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-CAA-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--AGAT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-GAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-
gi|5 : gggattcttcaacctgttgtaggggtccgaaatttcgcgcccattcacaaccgcagattaaagcaattttttacccagatttgttgacaaattcctccaattttatttagatatcaataaGGA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--ATCG-ATT-AAT-------------------------C-AAA-TATAAAAAAATA--TCTCAGAGTTGTCTTATTCTTTAT-AA-AGCATTGTAATTTT--A-TGTTGTGTTCTA-GTACTCTGCACAAT-T-TGTTC-AAAG-CG-C-T---TTCACAGG-T-AACA-----ATACT-CG--T-----G--C-A-TTTA-TGGC--G-AGCTAT----------------CTGTAC-A-AAATGTTACAGAAATCTTCG-T-CA-TGGC--ATCAAA--CACCAAATCAAC--TCA---CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-AACATGC-G-T-GAAATTTGAT--GCTCGACA--GAGAAA-TGTCAACCA--TAGT----G--TG--ACG-ACT-AC-A-AG-T---GC-Agtc
gi|5 : tGAA--TGGTCCTCTGTA-CAC------CAATGTTATA-----TCT-C--A-GCCGA--GCGGGGC--C-GGAAGA-C-A-CAAGACC--TA-TTTCCC--AACAAGT--AGC-C-G--A-ACGGTT-AT-CAA-GTA-CTGAGTT----AACA-TT-T-TAA--CTT--------------------------T-CTG-----------AA------T------AT----------T---------TGTAAA-TTT-G-AA---AAT-AC------T--T-GCGAAATT--TTGTTTA----AA-TAAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGAG--AAAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTACTATGAA--AT-AT----A-GT----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------C--AAA-A---CATTTTA---AT------TTGCTCT--AT-A--ATAATTGGT--GAAATTT-T-ACT--A--A-A--TTCC-CCTAATA-TTTATAG-GA-C-ACA-A--ATGACT---GCA---T-ATA--A-AT-TGTCCT-C--A-A-TTC-GA--A-AAGGCCCAGC-CCCCTAT-TACC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTctgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatctcagccgagcggggccggaagacacaagacctatttcccaacaagtagccgaacggttatcaagtactgagttaacattttaactttctgaatatttgtaaatttgaaaatacttgcgaaattttgtttaaataaaatcttacaatcacttgaggtgagaaaaatgttcatattcttactatgaaatatagttttatttcaaaacattttaatttgctctataataattggtgaaattttactaaattcccctaatatttataggacacaaatgactgcatataaattgtcctcaattcgaaaaggcccagccccctattacccaaaatggtgtggaaaatccct
gi|6 : tggaagtttctatgtatcgattaatcaaatataaaaaaatatctcagagttgtcttattctttataaagcattgtaattttatgttgtgttctagtactctgcacaatttgttcaaagcgctttcacaggtaacaatactcgtgcatttatggcgagctatctgtacaaaatgttacagaaatcttcgtcatggcatcaaacaccaaatcaactcacagtttttctgcagttcaaaacatgcgtgaaatttgatgctcgacagagaaatgtcaaccatagtgtgacgactacaagtgcactgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctaCATCAAATCA-TCTCCTT--CT-C-G--ATAC----ATAAT--GGAAA-----------------A-TGGAAGAG-C--T-T-C--TA-TG-T--A-CGGAGT-AAT-------------------------C-AAAAC-TAAAAAA-----TC-----GGTG-CTGGG------T-AA-AACATT-------TTTA-TTCGGTGG---G--TACT--GCACAAT-T-TGTTCGAA-G-CG-C-T---TT----G--T-AACATATA----CT-CG--T-----G--C-A-TT-A-TG-C--G-AGC-----------------TTCTGTAA---AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-TTCG-TG-C--ATCAAAACC-C--AATC-ACATT-----CAG-TTTT-CT--G-C-AAG--T--T-C-AGAA-A-----C-G-T-GAA---TGAT--G--CGG-----A-GAA-T-TCGACCA--T--T----G--TGG-ACG-A-TTAC-A-GTCT---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CCAAAG-T-G-TTCGT-ACAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-ATGAT--G-C-C--A-AGTA-CT-ACG----T----AC-TAGATGAATC-GTTATTTTAATATCATTAAATGACCAGA--TG-TCCTCCGTAAC-C------C---ATTTAA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-A--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CCA-AAC---T----CAC-A--A-G----T-A--CAA-GT--C-G--TT----AACA-TT-T-CAG--CTTC-TGA----------------------------------------------------------------T---------T-TGAA-TTT-T-AAT---AA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGGAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAA--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------A--AAA-A---C-----A---ATC-----ATG--CT--AT-A--A-AT-GGGTGAGAA---T-T-ACT--A--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----G-----T-A-A--A----T---CC-C--A-ATTTC-G---AGAAAGCCCAGG-CCCG-AT-T--C-AA-AAAT--GT-GTAG-AAAA-TCCC
gi|7 : gattttcccaccctgtgtaggggtcaaattcggccccgattcccaattgcagaattaaagcttgtttcccaattgttgacaaaaagttccccaatcttattttaaaATCAAATCAATCTTCTT-----G-C-GATATCGATATA-T--G--AA-----------------AATTGAA-G-----T-T-C--TA-TG-T--A-TG-AATGTAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------TTAA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G--TACT--GCACA-T-T-TGTTC-AA-AACG-C-T---TT----GG-T-AACATACA----CT-CG--T-----G--T-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAAACTC-AAAGTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAA-TCTTTG-T-CG-TTGC--ATCAAA--C----AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-AA----C-G-TTGAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAAATGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CTGAAA-T-G-T-CGTGAGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-ATAAA-A-A--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NNN-NTAA-GT-GA----GGGGC--C-G--AGA-C-ACCA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-CAA--A-G----T-A--CAA-GTC-CTG--TTTTAAAACA-TT-T-CAA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--TGG---AATT--TT----AATT-AA-TAAA--TCT--T---G-CAGAATCA-C----------TTGA--GGTGA---AG-AAT-GT-TT--GT-A--T--CTAT--TGAA--CT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TTA-----------------T--AAACA---A-----A---AA------ATA--CT--AA-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-TAACA-AA--A-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-
gi|8 : gggattttccaccctgttgtagggtcccgaaattcggcccattccacaacacgcagattaagcattttttcccaatttgttgacaaaaattccatattttatttagatCATCAAATCA-TCTTCTT--GT-G-G-GATATTGTTAGAAT--GGAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-CG-T--A-TG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-AAATC-----AGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-A-TGTTC-AA-G-AG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CA--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-GA-TGGC--ATCAAA--C-A--AAT------------------TTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGA--GA-AAA-CGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAC-C--AAT-CTGAAA-T-G-T-CAT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AATA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AAA-C-A-CA-GAC---TA-TT--GT--AAC---T--AGC-C-ATTA-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--ATTC-TGA-NGTAACTAGCCAAGTACGAGT-CTGTTAACCTTTCAAA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AATTTAA--TCT--T---A-C--AATTA-C------------AA--GGTGA---AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-C-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TCT-G---A-AAGGTCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|9 : TCTT--CT-G-C-GATATCGTTA--AT--GGAAA-----------------A-TGAAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT----------AA-AACGTT----------A-TTCTGTGG---G-TAAGC--GCACAAT-T--GTC---A-G-CG-C-T---TTT---GG-T-AACATATA----CT-CG--TA----G--C-G-GT-A-TGGC--GGAGCATTAA-CTCCG--GTATTTCTGTACGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-TTCC-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--TA----CAG-TTTTTCT--GGC-A-G--T--TTC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGATTTG--CGGGA--GA-AAA-TGTTCGCCA--T--T----GG-TAGAACG-A-T-AC-ATGT-T---GC-AAG------AAT-C--AAT-CTGAAACT-GAT-CGT-AGAGC-----A----AGAGAC-AT--CTAGA-AT-AT--GTC-C--A-AGTA-CT-ACCNNNNN----NN-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GG--A-GGGGCTCC-G--AGA-C-A-CA-GACC--TA-TT--TTTTAAT---T--AGC-C-A----G----T-AAACGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-TTCAA--CT-C-TGAGTAT-----------------T-CTG-----------A-------TTCTTATA-------------------------AA-TTTCG-AAT--AAATAC------T--TTG---AATA--TT----A----AA-TAAA--TCTCTT---ATC--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---A-AAAT-GT-TCCAAT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TTAA-T------------TT------------------T--AAATA---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAAT--T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-AC-C-A-A-A--ATGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CCAC--A-AGTTC-GA--A-AAGGCCCAGG-CCCC-ATGT-CC-CA-AAAT-GGT-GTGGAAAAA-TCC
Alignments
lowQualScore : 1 1111111111 222 3333333333333333333 3333333333333333333333333 22222 2222222222 1111111111 111111 1111 111 1111 1111 11111 1111111111111 22222222 1111111111 11 1 111111111 1111111111 1111 1111111111 222222222222222222222222 1111 222 11 11 11 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 111111111 11111 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 111111111111111111 111111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 3 5555555555 777 66 8888888888888888888 3 3 55 3 3 55 3 3 55 3 3 4 3 6666666666666666666666666 3 3 3 55555 99999 2 4444444444 3 1 2222222222 3 111111 0000 3 3 3 3 7 3 3 000 1111 7 3 3 9999 6 44 11111 44 3 3 6 3 9999 2222222222222 3 3 3 3 777 44 77 44 5555 6 11111111 55 88 3 3 3 44 44 3 3 6666666666 3 3 3 555 44 44 77 33 3 44 44 6666 77 00 3 3 6 3 6 3 555 6 3 3 6 44 3 1 888 6 3 0 88888 7777 77 3 44 3 3 3 777777777 3 3 3 3333333333 999 444 777 22 0000 1 1 3333333333 3 555555555555555555555555 3 44 3 33 8888 44 1111 3 3 3 3 000 3 44 88 888 44 6 6 44 6 6666 3 00 3 00 44 3333 3 3 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 4 2 77 4 22222222222 333 22 333333333 2 55 22 44444 22 4 33333333333 55 666 2 2 22 2 22 55 22 4 000000000000000000000000000000000000000000 2 2 000000000000 666666666666666666 44 8 333333333333333333333 22 44 8888 2 2 22 777 2 2 4 22 4 22 1 22 1 44444 3 3 3 1 3 22 9999 0000 3 1 22 3 1 555 2 55 2 6 2 555 2 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .......... ... .. ................... . . .. . . .. . . .. . . . . ......................... . . . ..... ..... . .......... . . .......... . ...... .... . . . . . . . ... .... . . . .... . .. ..... .. . . . . .... ............. . . . . ... .. .. .. .... . ........ .. .. . . . .. .. . . .......... . . . ... .. .. .. .. . .. .. .... .. .. . . . . . . ... . . . . .. . . ... . . . ..... .... .. . .. . . . ......... . . . .......... ... ... ... .. .... . . .......... . ........................ . .. . .. .... .. .... . . . . ... . .. .. ... .. . . .. . .... . .. . .. .. .... . . . ...................................................................................... . . . .. . ........... ... .. ......... . .. .. ..... .. . ........... .. ... . . .. . .. .. .. . .......................................... . . ............ .................. .. . ..................... .. .. .... . . .. ... . . . .. . .. . .. . ..... . . . . . .. .... .... . . .. . . ... . .. . . . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 3 3333333333 111 11 5555555555555555555 6 6 00 6 6 00 6 6 00 6 6 3 6 4444444444444444444444444 6 6 6 99999 11111 9 5555555555 6 3 3333333333 6 999999 1111 6 6 6 6 3 6 6 000 4444 3 6 5 7777 7 66 77777 66 3 3 7 3 7777 0000000000000 1 3 3 3 111 22 33 22 0000 2 22222222 33 55 1 3 3 66 66 3 3 0000000000 3 3 3 888 22 22 33 55 1 22 22 5555 33 44 1 1 2 1 2 1 444 2 3 3 7 66 6 6 222 7 3 0 33333 1111 99 3 66 3 6 6 444444444 6 6 6 7777777777 000 666 000 99 3333 0 0 0000000000 6 888888888888888888888888 3 66 3 77 7777 22 3333 1 1 1 1 000 1 22 88 555 22 2 2 22 2 5555 1 44 1 44 22 1111 1 1 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 7 4 99 7 22222222222 999 99 555555555 1 00 99 66666 99 2 11111111111 33 111 1 1 99 1 99 00 99 2 333333333333333333333333333333333333333333 1 1 222222222222 888888888888888888 88 0 888888888888888888888 88 88 1111 0 0 88 555 0 0 0 88 0 88 9 66 9 88888 8 8 8 9 8 66 3333 0000 6 8 55 6 9 222 0 55 0 0 0 000 0 0 9 8 9 9 9 9 9 9 9
consensus : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-T-TGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--NGNTTCTCCGTA-C-C------C---GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-----------AA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
Reference ( family-3547 ) : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-T-TGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--NGNTTCTCCGTA-C-C------C---GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-----------AA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|1 : ATCTAATCA-TCCCCTTAACT-C-G--ATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-T--T-TTC--TAATA-T--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAA-AACGTT-------T--AATTCTGTTG---G-GTA-T--GCACAAT-TGTGT-C-AA-G-CG-CGT---TT----GGGT-AAC-TATATATCCTGCAATT-----GACT-G-TT-G-CGG-----AGCCATA--CTC-A--GTATTTCTGTAAAG-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-G-CA-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-ACCTT-----CAG-TTTTTCTAAG-C-A-GATT--T-C-ATTACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGAC-GA-AAA-TGTCGACCAATT--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GC-T---GTGAAG-CG-AGAATCC--AAT-ATGATA---G-T-CGT-AGAGCATTTTA----AGC--T-A---CT-GA-AT-AT--GAC-C--ACAGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-TCGTTAATTACATGAT-TGATTCCTCGTA-C-CCAGTAAC---GTTTTA---------C--A-GT-GA--G-GGAGC--C----AGA-CAA-CA-GACCAGTA-TT--CCCAAAC---T--AGC-C-A--AGG----T-A--AG--GT--CTG--TT----AA-A-TT-T-CAA--CTTCATGA-TAT-----------------TGTTG-----------AATAAAATTTTTGATATTGAATAAAACT---------T-TGAA--TT-G-AATA-AAA-AC------T--TAG---AATT--TT---------AA-TAAA--TCT--TG--A-C---ATCACC----------TTGA---GTGA---AGAAAT-G--TC--AT-ACGTTCTTAA--TGAA--AT-ATTTT-A-G-----------TATTCACCATTTTAATAGCATATTT-G-T------------TT------------------T--AAATAAATC-----A---AT------ATG--CT---T-AATA-AA-TGGT--GAA---T-T-A-T-AA--A-AACTTCC-C--AATG-T-----GCGAGCAA-A-A--ATGAC----GCA---TAA-A--A-AT-T---CC-CTGA-A-TTC-G---C-AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-AATT-GGT-GTGG-AAAA-TC
gi|10 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtAATCA-TCTTCTT--CTTG-GCGCTATTGTTA--AT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C---A-CG-T--A-C--AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAATA-----TC-----GGTGTCTT--------T-AA-A-CGTT-------T--A-TTCTGTGG---GTGTA-T--GCACATT-T-TGTTC-AA-A-CGGC-T---TT----GG-TCAACACATAT------CG--T--------T-G-TT-ACTGGCCGA-AGCCATAA-CTC-A--GTA--------AGA-AAAT-T-A-AGAAATCTTTGCT-CA-TGGC--ATCAAA--C-A--AAT------------------TTTCT--G-CCA-G--T--T-T-T--A-A-----TTG-T-GAA---TTAC--G--CTGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAC-C--AAT-CTGAAA-CGG-T-CTTCAGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--A-C-CA-A-AGTT-CT-AC-----T----AC-T-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NCT-C--A-GT-GAGGG-GGGGA--C-G--AGA-C-A-C--GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGCGC-A--A-G----TAA--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-TCA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------TTAT-G---AACT--TT---------AA-TAAA--TCT--T-----C--AATCA-C-----------TGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTATC-TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----AG--AT------ATG--CT--ATAA--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--T-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-ACA--ATGAC----GC----G-T-A--A-ATAT---CC-C--A-A-TTC-GAAAA-AAGGCCCAGG-CCCC-A--T-CC-CA-AAAT-GGT--TGG---AA-TCCC
gi|11 : --CT-GCG-GATATCATTA--ATTCGGGAA-----------------AAGGGAA-AGCT--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAAA-------C-----GGTGTCTT--------T-AA-AACATT-------T------CTGTGG---T-GTAC---GCACAAT-T-GGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----G--T-AACATAT---TACT-CG--T-----G--C-A-T--A-TGGC----AGC-----------------TTCTGTAAGAGAAAT-TTA-AGAAACTTTTG-T-CG-TGGCC-ATCAAA--C-C--ACTC-AC--T-----CAGCTTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--C-A-----C-GAT-GAA---TGAT--G--CGGGA------AA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A---AC-A-GG-T---GC-AAG-CG-AGA-T-C--AAT-CCGAAA-T-GCT-CAT-ACAGC-----A----AGA--CCAT--CT-GATAT-A---G-CAC--A-ATAA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNNNNNNCACT-C--A-GC-GA----GGGGC--C----AAA-G-A-CA-GAT---TATTT--CC--AAC---TCCAGC-C-A--ACG----T-A--CAA-GT--CGG--TT----AACA-TTCT-CAA--CTTC-TGA--AT--------------------TG-----------AA-----------------------------------T-TGAA-T-----------AA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-T-CA--TCT--TA--A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTAA---GAAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTAAT--C-AA--AG-A-----A-------------T----------------------TT-A-T------------TT------------------TA-AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA---GT--GAC---TAA-ACT-AT--A-A--TCCC-G--AATGTT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----TAA-A--A-AT-T---CC-C--A-ATTTC-G---A-AAGG-CCAGGTCCCC-AT-T--C-CA-AATT-GATGGTGG-AAAA-CC
gi|12 : -GA--G-GGGGC--CCG--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--TT--AAT---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG------------A------TTCTTATA-------------------------AA-TTTCG-AAT--AAATACT-----T--T-G---AATA--TT----A----AA-TAAATCTCT--T---ATC--AATCA-C-----------TGA--GGTGC---AAAAAT-GT-CC--ATAA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-AGC---------T----------------------TT-ATT------------TT------------------T--AAATA---C-----A---A-------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-T--AAGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GACAA-GAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|13 : T-C--A-GT-GG--A-GGGGC--C-G--AGA---A-CA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA---TTC-TGA-TAT-----------------T--TG-----------AA------TT-TGA-ATAAAA------C---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----T----AA-TAAA--TCT--T---G-C--AA------------------------------GAAAT-GT-TT--GT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-AC----A-G-----------T----------------------TT-T-T------------AT------------------T--TAA-A---C-----A---AA------ATA--CT--AT----A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T---A--A-AT-T---CC-C--ACA-TTC-GA--A-AAGGCCCAGG---CC-AT-T-AC-CA-AAAT-AA--GTGG-AAAA-TCCCT
gi|14 : -TAT-----------------T-TCG-----------AG------CCCTGA-AT----------T------------GAA-TTT-G-AAT---AA-AC------T--T-T---CATT--TTA---A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGAC-GGTGA---AG-AAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------TAAAAA-A---C-----AT--ATATC---ATG--CTA-AT-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGACG---GC----T-A-A--A-AT-T------C--A-A-TTCGG---A-AAGGCCT--G-CCCC-AT-T--C-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|15 : caaacccaaatttaactgccatcgttATAT----------T---------T-TTA---TT-GCAATGAAAA-ACAAACTGT--T-C---AGTT--CG----A----AG-AAAA--TTT--T---C-C--A-----------------TGAATGAAGA---AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTCAAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-G-T------------TT------------------T--AAG-A---------A---TT------ATA--TT--TC-T--A-AA-CTGT--GAA---T-T-TTT-AA--A-C--TTCC-C--ATTA-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCA--------------C-CG-A--------GTGG-AAAA-TCTCT
gi|16 : actttaa-G-AAC--AAA-ATG-----T--T-A---AGAT--TT----A----AA-GAAA--ATT--T---T-C--CATAA-A----------T-GA--AG--A---AAAAAT-AT-T----T-G--TTTCAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-G-T------------TT------------------T--AAG-A---A-----A---ATGTTTTTATG--TT--TC-T--A-AA-CTGT--CAA---T-T-TTTTAA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----G-GA----------ATTTTTTTTGT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-C---A-AAGGCCCAAG-CCCC-AT-T-CC-CA-GATT-TGA-GTGG-AAAA-TCTC
gi|17 : gta---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TGC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|18 : AAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGGA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-G-T------------TTTTTTGTTTTGTTTTTTTTT--AAA-A---------------------ATA--CT--AT-A--A-AA-CGGC--GAT---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AAAG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-ACGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-TGT-GTGG-AAAA-TCCCTg
gi|19 : TT--TT----A-------TAAA--TCT--T--------TATCA-T----------------AGTGACTCAGAAAT-G--------------CTGTN--NNNN--NN-N-----N-N-----------N----------------------NN-N-N------------NT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-TGGT--GAA---T-T-AAT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GCCNTAT-A-A--ATAT-T---C
gi|2 : AATCAGTCCCCTTAACT-C-G-GATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-TGTTGT-C--TA-TACT--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAACAACGTT-------T--A-TTCTGTTG---G-GTA-T--GCACAATAT-TGTTC-AA-G-CG-C-TCGTTT----GGGT-AACATATAT------CC--T-----G--C-AATT-G-TG-C--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG---CA-TGGC--ATCAAA--C-C--AATCGAC--T-----CAG--TTTTCTGAG-C-A-G--TCAT-T-A--ACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGACCGA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGAA-TAAC-A-GC-TTTAGTGAAGCCGTAGAATCC--AATATTGAA----G-T-CGT-AGAGC-----ATTTTAAG--C-ATCACT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTA-C-GTTAATTA-CAGATCAGATTCCTCGTA-CAC------C---A---GA-----ATTAC--ATGT-GA--G-GGGGC--C----AGA-C-A-CA-GACCAGTA-TT--CCCAAACT--T--AGC-C-A--A-G----T-A--AG--GT--CTG--TT----AA-A-TT-T-CAAACTTTC-TGA-TAT-----------------T-TTGAATAA------AA------TTTTGATAT----------TGATAAAAACT-TGAATTTT-G-AATA-AAA-AC------TTGT-G---AATT--T----------AA-TAA----CT--TG--A-C--AATCACC----------TTGA--G--GA---AGAAATCGTGTC--A--G--TTCTTAA--TGAA--AT-ATTATTA-GTAATTCACCATT----------------------TT-A-TAGGCATATTTGTTT------------------T--AAA-A---T-----AAATAT------ATC--TT--AT-A--A-A----TT--GAA---T-T-ATA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----GCGAGC-A-A-AATATGACA---GCAT--C-A-AACA-AT-T---CC-CAGA-A-TTC-G---C-AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-ACAT-GGT-GTGG--AAA-TCC
gi|20 : agggatttttcgcacctgtgtagggtccgaaaaattcggcgcgcattcccatgcagaattacaaatgcattttgtttcgccatttgttgacaaaatatcccaatgctC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-A--G--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TCTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAA-CG-AGAAT-C--AAT-CTGAAA-C-G-T-GGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-
gi|21 : C----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|22 : acagtttggggttataaataaaatagacgctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT------------------T--AAG-A---------A---AT------ATG--TT--TC-T--A-AG-CTGT--GCA---T-------AA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-C---CC-C--A-A-TTC-C---A-AAAGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-CATT-TGA-GTGG-AGAA-TC
gi|23 : ACATATAAT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCTATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AAAAATCTTTG-T-CT-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-
gi|24 : aGAT--G--CGGGA--GA-A---TGTCGACCA--T--TAATTG--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--
gi|25 : aaaacattcctcaatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-T---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TT
gi|26 : aaa-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-TC--CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCC
gi|27 : GAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CT-AC-----T----A
gi|28 : tCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TTCCT
gi|29 : -AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTgc
gi|3 : A-----------------AGTGGAA-AG-T--T-T-TCGTT-TG-TTAG-CG-AGT-TAT-------------------------CCAAA-T-TAAAAA------TT-------TGTCTT--------T-AA-A-CATT-------T--A-TTCTGTGG---C--TGCA--GCACAAT-T-TGTTT-CA-G-CG-C-----TT----GG-T-AAC-----TATACT-CG--TGGGAGG--C-A-TTGA-TGGC----------AA-C----------TTC-GTAAG--AAAT-TTA-AGAAATCTTT--T-CGTTGGC--ATCAAA----C--AATC-AC--TC----CAG--TTTTCC--G-C-A-G--T--T-C-A--C-A------------AA---AGAT--G--CGGGA--G--AAA-TGTTCGCCA--T--T----AATTGT-AC--A-T-GCAA-GT-T---GC-TAG-CG--GAAT-CAGAAT-CCGAAT-G-G-T-CAT---AGC-----A----AGAT-C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C----AGTACCT-AC-----CTCGAAC-T-TAGAGA-CTGTT---TT-CTA-ATATCAAACAATGAA--GATGTCTCCGTA-C-C------A---GTTTTA-----ACT-C--A-GC-GG--A-GGGGC--C-A--AGA-C-A-CA-GAC---TA-AT--CC---AC---T--AG--C-A--A-G----A-G--CAA-GC--TTG--TT----AACAGTT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-TTG-----------AA-------------------------------------------TT-G-AAT--AAA-AC---------T-G---AATTTATT----A----AA-TAAA----T--T---A-C--AACAA-CTAAGTATACTTTGA--GGTGA---GAATAT-GT-CT--AT-A--TTCTTTA--AGAATTAT-A-----ATG-----------TC---------------------TT-A--------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------AT---CT--ATAA--A-AA-TGCT--GAAT--T-T-ACA-AA--A-A--TTCCGC--AA-G-T-----G-GA-C-A-ATA--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GA--A-AAGGCCCCGG-CCCG-ATAT-CCACACAAATGGGT-GTGG-AAAAGTCCCgc
gi|4 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggTCTT--CT-G-C-GATATCGATATA-T--GGAAA-----------------ATTGGAA--G-T--T-C-T--TA-TG-T--A-TG-AAT-TAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GC-C-AT-T-TGTTC-AA-GACG-C-TG--TT----GG-T-AACA---ATACACTACG--T-----G--TGG-TT-A-TGGC--G-AG-CATAA-CTCAA--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-TAGAATCTTTG-T-CG-TTGCTAATC-AA--C-C--AATC-AC--TTCTTACAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-CAA--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--G--AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--A-G-A-T-AC-ACGT-T---GC-AAG--G-AGATG-C--AAT-CTGATA-T-G-T-CGTGAGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CTAAC-----T----ACNN-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----ACT-A--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AGACC-A-CA-GACT--TA-TT--CTA-AAC---T--AGC-CAA--A-G----T-AT-CAACGTCCCTG--TTTTAAAACA-TT-T-CAA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--TGG---AATT--TT----AATTTAA-TAAA--TCT--TTGCA-G--AATCA-C----------TTGA--GGTGC---AG-AAT-GT-TT--GT-A--TTCTTAT--TG-A--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A--------------TT------------------T--AAA-A---CAA---A---AT------AAA--CTAAAT-A--T-AA-CGGT--GAA---T-T-AATCAAATA-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-CAA-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--AGAT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-GAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-
gi|5 : gggattcttcaacctgttgtaggggtccgaaatttcgcgcccattcacaaccgcagattaaagcaattttttacccagatttgttgacaaattcctccaattttatttagatatcaataaGGA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--ATCG-ATT-AAT-------------------------C-AAA-TATAAAAAAATA--TCTCAGAGTTGTCTTATTCTTTAT-AA-AGCATTGTAATTTT--A-TGTTGTGTTCTA-GTACTCTGCACAAT-T-TGTTC-AAAG-CG-C-T---TTCACAGG-T-AACA-----ATACT-CG--T-----G--C-A-TTTA-TGGC--G-AGCTAT----------------CTGTAC-A-AAATGTTACAGAAATCTTCG-T-CA-TGGC--ATCAAA--CACCAAATCAAC--TCA---CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-AACATGC-G-T-GAAATTTGAT--GCTCGACA--GAGAAA-TGTCAACCA--TAGT----G--TG--ACG-ACT-AC-A-AG-T---GC-Agtc
gi|5 : tGAA--TGGTCCTCTGTA-CAC------CAATGTTATA-----TCT-C--A-GCCGA--GCGGGGC--C-GGAAGA-C-A-CAAGACC--TA-TTTCCC--AACAAGT--AGC-C-G--A-ACGGTT-AT-CAA-GTA-CTGAGTT----AACA-TT-T-TAA--CTT--------------------------T-CTG-----------AA------T------AT----------T---------TGTAAA-TTT-G-AA---AAT-AC------T--T-GCGAAATT--TTGTTTA----AA-TAAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGAG--AAAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTACTATGAA--AT-AT----A-GT----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------C--AAA-A---CATTTTA---AT------TTGCTCT--AT-A--ATAATTGGT--GAAATTT-T-ACT--A--A-A--TTCC-CCTAATA-TTTATAG-GA-C-ACA-A--ATGACT---GCA---T-ATA--A-AT-TGTCCT-C--A-A-TTC-GA--A-AAGGCCCAGC-CCCCTAT-TACC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTctgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatctcagccgagcggggccggaagacacaagacctatttcccaacaagtagccgaacggttatcaagtactgagttaacattttaactttctgaatatttgtaaatttgaaaatacttgcgaaattttgtttaaataaaatcttacaatcacttgaggtgagaaaaatgttcatattcttactatgaaatatagttttatttcaaaacattttaatttgctctataataattggtgaaattttactaaattcccctaatatttataggacacaaatgactgcatataaattgtcctcaattcgaaaaggcccagccccctattacccaaaatggtgtggaaaatccct
gi|6 : tggaagtttctatgtatcgattaatcaaatataaaaaaatatctcagagttgtcttattctttataaagcattgtaattttatgttgtgttctagtactctgcacaatttgttcaaagcgctttcacaggtaacaatactcgtgcatttatggcgagctatctgtacaaaatgttacagaaatcttcgtcatggcatcaaacaccaaatcaactcacagtttttctgcagttcaaaacatgcgtgaaatttgatgctcgacagagaaatgtcaaccatagtgtgacgactacaagtgcactgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctaCATCAAATCA-TCTCCTT--CT-C-G--ATAC----ATAAT--GGAAA-----------------A-TGGAAGAG-C--T-T-C--TA-TG-T--A-CGGAGT-AAT-------------------------C-AAAAC-TAAAAAA-----TC-----GGTG-CTGGG------T-AA-AACATT-------TTTA-TTCGGTGG---G--TACT--GCACAAT-T-TGTTCGAA-G-CG-C-T---TT----G--T-AACATATA----CT-CG--T-----G--C-A-TT-A-TG-C--G-AGC-----------------TTCTGTAA---AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-TTCG-TG-C--ATCAAAACC-C--AATC-ACATT-----CAG-TTTT-CT--G-C-AAG--T--T-C-AGAA-A-----C-G-T-GAA---TGAT--G--CGG-----A-GAA-T-TCGACCA--T--T----G--TGG-ACG-A-TTAC-A-GTCT---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CCAAAG-T-G-TTCGT-ACAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-ATGAT--G-C-C--A-AGTA-CT-ACG----T----AC-TAGATGAATC-GTTATTTTAATATCATTAAATGACCAGA--TG-TCCTCCGTAAC-C------C---ATTTAA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-A--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CCA-AAC---T----CAC-A--A-G----T-A--CAA-GT--C-G--TT----AACA-TT-T-CAG--CTTC-TGA----------------------------------------------------------------T---------T-TGAA-TTT-T-AAT---AA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGGAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAA--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------A--AAA-A---C-----A---ATC-----ATG--CT--AT-A--A-AT-GGGTGAGAA---T-T-ACT--A--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----G-----T-A-A--A----T---CC-C--A-ATTTC-G---AGAAAGCCCAGG-CCCG-AT-T--C-AA-AAAT--GT-GTAG-AAAA-TCCC
gi|7 : gattttcccaccctgtgtaggggtcaaattcggccccgattcccaattgcagaattaaagcttgtttcccaattgttgacaaaaagttccccaatcttattttaaaATCAAATCAATCTTCTT-----G-C-GATATCGATATA-T--G--AA-----------------AATTGAA-G-----T-T-C--TA-TG-T--A-TG-AATGTAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------TTAA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G--TACT--GCACA-T-T-TGTTC-AA-AACG-C-T---TT----GG-T-AACATACA----CT-CG--T-----G--T-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAAACTC-AAAGTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAA-TCTTTG-T-CG-TTGC--ATCAAA--C----AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-AA----C-G-TTGAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAAATGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CTGAAA-T-G-T-CGTGAGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-ATAAA-A-A--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NNN-NTAA-GT-GA----GGGGC--C-G--AGA-C-ACCA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-CAA--A-G----T-A--CAA-GTC-CTG--TTTTAAAACA-TT-T-CAA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--TGG---AATT--TT----AATT-AA-TAAA--TCT--T---G-CAGAATCA-C----------TTGA--GGTGA---AG-AAT-GT-TT--GT-A--T--CTAT--TGAA--CT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TTA-----------------T--AAACA---A-----A---AA------ATA--CT--AA-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-TAACA-AA--A-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-
gi|8 : gggattttccaccctgttgtagggtcccgaaattcggcccattccacaacacgcagattaagcattttttcccaatttgttgacaaaaattccatattttatttagatCATCAAATCA-TCTTCTT--GT-G-G-GATATTGTTAGAAT--GGAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-CG-T--A-TG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-AAATC-----AGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-A-TGTTC-AA-G-AG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CA--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-GA-TGGC--ATCAAA--C-A--AAT------------------TTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGA--GA-AAA-CGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAC-C--AAT-CTGAAA-T-G-T-CAT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AATA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AAA-C-A-CA-GAC---TA-TT--GT--AAC---T--AGC-C-ATTA-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--ATTC-TGA-NGTAACTAGCCAAGTACGAGT-CTGTTAACCTTTCAAA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AATTTAA--TCT--T---A-C--AATTA-C------------AA--GGTGA---AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-C-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TCT-G---A-AAGGTCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|9 : TCTT--CT-G-C-GATATCGTTA--AT--GGAAA-----------------A-TGAAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT----------AA-AACGTT----------A-TTCTGTGG---G-TAAGC--GCACAAT-T--GTC---A-G-CG-C-T---TTT---GG-T-AACATATA----CT-CG--TA----G--C-G-GT-A-TGGC--GGAGCATTAA-CTCCG--GTATTTCTGTACGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-TTCC-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--TA----CAG-TTTTTCT--GGC-A-G--T--TTC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGATTTG--CGGGA--GA-AAA-TGTTCGCCA--T--T----GG-TAGAACG-A-T-AC-ATGT-T---GC-AAG------AAT-C--AAT-CTGAAACT-GAT-CGT-AGAGC-----A----AGAGAC-AT--CTAGA-AT-AT--GTC-C--A-AGTA-CT-ACCNNNNN----NN-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNN-N-N------N---NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GG--A-GGGGCTCC-G--AGA-C-A-CA-GACC--TA-TT--TTTTAAT---T--AGC-C-A----G----T-AAACGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-TTCAA--CT-C-TGAGTAT-----------------T-CTG-----------A-------TTCTTATA-------------------------AA-TTTCG-AAT--AAATAC------T--TTG---AATA--TT----A----AA-TAAA--TCTCTT---ATC--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---A-AAAT-GT-TCCAAT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TTAA-T------------TT------------------T--AAATA---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAAT--T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-AC-C-A-A-A--ATGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CCAC--A-AGTTC-GA--A-AAGGCCCAGG-CCCC-ATGT-CC-CA-AAAT-GGT-GTGGAAAAA-TCC
blockSeqs : G CTTGGCG TAA TC GGCTCAGGTGAGCTAAAAA G C GT G . CG . C TA T G G G GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C A A AAAA TCAGA T ATTCTTTAT C A GTAATTTT . TCTAG CTCT A . G A A G . CGT CACA G C C TATA A . GGGAG . G A G C CGA CATAAACTCAAA T G G C CT GT TA AC ACCA G TTCTTA CT GA G C A . CA T A AAACATG T A T ATT TT CT CC AG A . AG AATT AT GA A C A A C C TTA G C T C AG A T CG C T C . TTTT GA C CA A T G AATAA . C A CNNNNN NN CT ATT NN TCAT N N CAGATCAGA A NNNNNNNNNNNNCA A TA T CC GGG TC GGA C . C A CAG T TC CA AAG CC G A TT C CGGT A AA C CC AG TTAA G C T ATTCTGANGTAACTAGCCAAGTACGAGTCTGTTAACCTTTCAAATTCTGATATTT T C C GA T AAACTGTT CGA TA AATTT T TC CT TGCA AG C TAAGTATACTT AT CTC C G CA A . TA TT T TTATTAGTAATTCACCATT A T AGGCATATTTGT TTTTGTTTTGTTTTTTTT AA T AAATGTTTTT CT AA AA T T GA ATT A A T AT T . G CT T TTATA C G A C C AT TTTT CNTA A T AC T A GTC A AG C T G AAA G T T A A A C G G A G
blockSeqs : A AACTCGG GAA . AA . . . . . . . . . . . G . . . . . ATA . T GGT . A TTT . GTG CA . . . . A . . G T . . T TATA . . A . . . T . GG CATAACTCAA T . . . TT A C . A A TCA T . . . . . . . . GAAA . . . . . . . A . . . . G T . . T . T . . . . . . . . C CT A . G . . T . . . . . AATAA . . . CTCGA TA TC . NN NNN N N NNNNNNNN . ACCAATGTTATAT . . . T GC . CG . . . . T . . TT T . A A . . . . T . A . TTAA . . . ACTTTCTGATATTTTGAATAAAATTTTGATATTGATAAAAACT . C . A T TTAT . . GTTTA . A . AA . . T C G . . . . . C . T AAGCT . . . A A C CATTTTAAT . A AT . . . T . . C . T . . . . . . . . . T . G AT . . . G . C . . . T . ACA . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . CTGCGG TA . AA . . . . . . . . . . . G . . . . . AA . C TT . A T . TG CT . . . . . . . . . . . T TACA . . . . . . . . G ATTAACTCCG T . . . TT G . . C . ATT T . . . . . . . . ACG . . . . . . . A . . . . . G . . . . . . . . . . . . . T T . . G . . . . . . . . AAAAA . . . GT T N . AT NNN T T NNNNNNNN . NNNNNNNNN . . . C G . G . . . . C . . A . . . . . . . . T . C . . . . . TTCTGATATTTGAATTTGAATAAAACT . . . . . TTGT . . AATT . . . AT . . T . . . . . . . . . . ATGTC . . . . . T CATATATC . . AA . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . G . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CTGCG TA . AG . . . . . . . . . . . A . . . . . AA . T TT . G T . GG CT . . . . . . . . . . . T TATA . . . . . . . . G CATAACTCA T . . . T A . . C . TC T . . . . . . . . AAA . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T C . . . . . . . . . . . ACCA . . . T N N . NN ATA C C ATGAAGAT . CAGTTTTAA . . . T A . G . . . . C . . A . . . . . . . . . . . . . . . . CTTCTGATATTCTGATTCTTATA . . . . . TTT . . AA . . . GA . . T . . . . . . . . . . TAGTT . . . . . . TAAATAT . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . GTGGG A . AT . . . . . . . . . . . T . . . . . AA . A T . A T . GG CT . . . . . . . . . . . T ATA . . . . . . . . G CATAACTCA T . . . T T . . C . TA T . . . . . . . . AA . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . GCAC . . . T A C . AA NNN N N NNNNNNNN . NNNNNNNNA . . . T G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTCTGAGTATTCTGATTCTTATA . . . . . GTT . . A . . . AT . . T . . . . . . . . . . CAGT . . . . . . CAAAAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CTGCG A . AA . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T T . A T . GG CT . . . . . . . . . . . T TA . . . . . . . . G TATAACTCA T . . . T G . . C . T T . . . . . . . . CA . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T G . . . . . . . . . . . GTCC . . . T T N . NN NNN A G NNNNNNNN . CCATTTAAA . . . C A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTTCTGATATTTTGAA . . . . . TTG . . A . . . G . . T . . . . . . . . . . AGT . . . . . . CAGAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CTCG T . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A T . A T . GT GC . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . G CATAACTCA . . . . T A . . C . T T . . . . . . . . AA . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . . . . . . . . . . . GCC . . . T N N . NN NNN N N NNNNNNNN . NNNNNNNNN . . . T G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTTTCTGAATATTTG . . . . . TTG . . T . . . A . . T . . . . . . . . . . AGT . . . . . . CAATC . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : GCG A . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T T . A T . C T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . G AAC . . . . T G . . C . T T . . . . . . . . CA . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . GCC . . . T N N . NN NNN N N NNNNNNNN . NNNNNNNNN . . . C G . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTTCTGAATTGAAT . . . . . TTT . . A . . . C . . T . . . . . . . . . . AGT . . . . . . CAAT . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . T T . . T . G C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G TAT . . . . T G . . C . T . . . . . . . . . AA . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . GCC . . . T N N . C CG N N CCAGATG . NNNNNNNNN . . . T G . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTTCTGATATTT . . . . . TT . . A . . . T . . T . . . . . . . . . . AGT . . . . . . CAAA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . A . T . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . . . . . GCC . . . T . ACCAGAA . . . T A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTTCTGATATTT . . . . . TT . . A . . . A . . T . . . . . . . . . . AGT . . . . . . CAAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . . C . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTTCTGATATTT . . . . . TT . . A . . . A . . T . . . . . . . . . . AGT . . . . . . CAAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTTCTGATT . . . . . TT . . A . . . A . . T . . . . . . . . . . NNN . . . . . . CAAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . AGT . . . . . . AAAA . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . AGT . . . . . . CAAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . A . . . G . . . . . . . . . . . . . AGT . . . . . . CAAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . A . . . A . . . . . . . . . . . . . ACT . . . . . . CAA . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGT . . . . . . ATT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . AAT . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : CTGCG***** AA***************** T********* CT** ** ** G*** CATAACTCA**** T******* ** ** AA******** ** ** T** ***** GCC****** ATGAAGAT** CNGTTTNAA*************** G*** *** ** ** TT********* A******** A**** ** AGT*************************************** CAAT***************** A*** ** **** **
originalCons : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT-G-G-GATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-T-TGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNACCGGA--NGNTTCTCCGTA-C-C------C---GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-----------AA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
finalCons : CATCAAATCA-TCTTCTTCTGCG-----ATATCGTTATAAT--GGAAAAA-----------------TGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTTT---------AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-T-TGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGCG---AGCCATAACTCA----GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-ACT-------CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-AAA--------C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CCGAAAT--G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-ATGCC------A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTA-CNGTNAATNAATGAAGAT--TTCTCCGTA-CCNGTTTNAA---------------CT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--CG---AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-----------AA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-ACTT---------G---AATT--TTA--------AA-TAAA--TCT--TA----C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-AAGT---------------------------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-ACAAT-----------------ATG--CT--ATA---A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
Alignments
lowQualScore : 1 1111111 222 3333333333333333333 3333333333333333333333333 22222 2222222222 1111111111 111111 1111 111 1111 1111 11111 1111111111111 22222222 1111111111 11 1 111111111 1111111111 11111111111111111 22222222222222222222222222222 1111 222 11 11 11 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 111111111 11111 11111111111 333333333333333333333333333333333333333333 111111111111 111111111111111111 111111111111111111111 1111 111
lowQualScore : 3 4444444 4 777 66 8888888888888888888 3 3 55 3 3 55 3 3 55 3 3 4 3 6666666666666666666666666 3 3 3 55555 99999 2 4444444444 3 1 2222222222 3 111111 0000 3 3 3 3 7 3 3 000 1111 7 3 3 9999 6 44 11111 44 3 3 6 3 9999 2222222222222 3 3 3 3 777 44 77 44 5555 6 11111111 55 88 3 3 3 44 44 3 3 6666666666 3 3 3 555 44 44 77 33 3 44 44 6666 77 00 3 3 6 3 6 3 555 6 3 3 6 44 3 1 888 6 3 0 88888 7777 77 3 44 3 3 3 777777777 3 3 3 3333333333 999 444 777 22 66666666666666666 444 5 55555555555555555555555555555 3 44 3 33 8888 44 1111 3 3 3 3 000 3 44 88 888 44 6 6 44 6 6666 3 00 3 00 44 3333 3 3 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 4 2 77 4 22222222222 333 22 333333333 2 55 22 44444 22 4 33333333333 55 666 2 2 22 2 22 55 22 4 000000000000000000000000000000000000000000 2 2 000000000000 666666666666666666 44 8 333333333333333333333 22 44 8888 2 2 22 777 2 2 4 22 4 22 1 22 1 44444 3 3 3 1 3 22 9999 0000 3 1 22 3 1 555 2 55 2 6 2 555 2 2 1 3 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . ....... . ... .. ................... . . .. . . .. . . .. . . . . ......................... . . . ..... ..... . .......... . . .......... . ...... .... . . . . . . . ... .... . . . .... . .. ..... .. . . . . .... ............. . . . . ... .. .. .. .... . ........ .. .. . . . .. .. . . .......... . . . ... .. .. .. .. . .. .. .... .. .. . . . . . . ... . . . . .. . . ... . . . ..... .... .. . .. . . . ......... . . . .......... ... ... ... .. ................. ... . ............................. . .. . .. .... .. .... . . . . ... . .. .. ... .. . . .. . .... . .. . .. .. .... . . . ...................................................................................... . . . .. . ........... ... .. ......... . .. .. ..... .. . ........... .. ... . . .. . .. .. .. . .......................................... . . ............ .................. .. . ..................... .. .. .... . . .. ... . . . .. . .. . .. . ..... . . . . . .. .... .... . . .. . . ... . .. . . . ... . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 3 2222222 4 111 11 5555555555555555555 6 6 00 6 6 00 6 6 00 6 6 3 6 4444444444444444444444444 6 6 6 99999 11111 9 5555555555 6 3 3333333333 6 999999 1111 6 6 6 6 3 6 6 000 4444 3 6 5 7777 7 66 77777 66 3 3 7 3 7777 0000000000000 1 3 3 3 111 22 33 22 0000 2 22222222 33 55 1 3 3 66 66 3 3 0000000000 3 3 3 888 22 22 33 55 1 22 22 5555 33 44 1 1 2 1 2 1 444 2 3 3 7 66 6 6 222 7 3 0 33333 1111 99 3 66 3 6 6 444444444 6 6 6 7777777777 000 666 000 99 55555555555555555 222 1 88888888888888888888888888888 3 66 3 77 7777 22 3333 1 1 1 1 000 1 22 88 555 22 2 2 22 2 5555 1 44 1 44 22 1111 1 1 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 7 4 99 7 22222222222 999 99 555555555 1 00 99 66666 99 2 11111111111 33 111 1 1 99 1 99 00 99 2 333333333333333333333333333333333333333333 1 1 222222222222 888888888888888888 88 0 888888888888888888888 88 88 1111 0 0 88 555 0 0 0 88 0 88 9 66 9 88888 8 8 8 9 8 66 3333 0000 6 8 55 6 9 222 0 55 0 0 0 000 0 0 9 8 9 9 9 9 9 9 9
consensus : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT--GCG-ATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-T-TGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTANCGTCAATNA-ATGA--AGAT-TCCTCCGT--A-C--C------A--GTTTTA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-----------AA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
Reference ( family-3547 ) : CATCAAATCA-TCTTCTT--CT--GCG-ATATCGTTATAAT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-T-TGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-CG-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CCGAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-GATAAA-C-GTT---TTANTACNGTNAATNA-ATGA--AGAT-TTCTCCGT--A-C--C------N--GTTTNA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-G--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CC--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG-----------AA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|1 : ATCTAATCA-TCCCCTTAACT---CG-ATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-T--T-TTC--TAATA-T--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAA-AACGTT-------T--AATTCTGTTG---G-GTA-T--GCACAAT-TGTGT-C-AA-G-CG-CGT---TT----GGGT-AAC-TATATATCCTGCAATT-----GACT-G-TT-G-CGG-----AGCCATA--CTC-A--GTATTTCTGTAAAG-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-G-CA-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-ACCTT-----CAG-TTTTTCTAAG-C-A-GATT--T-C-ATTACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGAC-GA-AAA-TGTCGACCAATT--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GC-T---GTGAAG-CG-AGAATCC--AAT-ATGATA---G-T-CGT-AGAGCATTTTA----AGC--T-A---CT-GA-AT-AT--GAC-C--ACAGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTATCGTTAATTACATGAT-TGAT-TCCT-CGT--A-C--CCAGTAAC--GTTTTA---------C--A-GT-GA--G-GGAGC--C----AGA-CAA-CA-GACCAGTA-TT--CCCAAAC---T--AGC-C-A--AGG----T-A--AG--GT--CTG--TT----AA-A-TT-T-CAA--CTTCATGA-TAT-----------------TGTTG-----------AATAAAATTTTTGATATTGAATAAAACT---------T-TGAA--TT-G-AATA-AAA-AC------T--TAG---AATT--TT---------AA-TAAA--TCT--TG--A-C---ATCACC----------TTGA---GTGA---AGAAAT-G--TC--AT-ACGTTCTTAA--TGAA--AT-ATTTT-A-G-----------TATTCACCATTTTAATAGCATATTT-G-T------------TT------------------T--AAATAAATC-----A---AT------ATG--CT---T-AATA-AA-TGGT--GAA---T-T-A-T-AA--A-AACTTCC-C--AATG-T-----GCGAGCAA-A-A--ATGAC----GCA---TAA-A--A-AT-T---CC-CTGA-A-TTC-G---C-AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-AATT-GGT-GTGG-AAAA-TC
gi|10 : ggatttatccacctgtgtgtaagggtccgaaaaattcgcggccattcccaatgcagaattaaaactgcattttttcgccatttgttgacaaaacatcccagtAATCA-TCTTCTT--CTTGGCG-CTATTGTTA--AT--GGAAA-----------------AATGGAA-AG-T--T-T-C---A-CG-T--A-C--AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAATA-----TC-----GGTGTCTT--------T-AA-A-CGTT-------T--A-TTCTGTGG---GTGTA-T--GCACATT-T-TGTTC-AA-A-CGGC-T---TT----GG-TCAACACATAT------CG--T--------T-G-TT-ACTGGCCGA-AGCCATAA-CTC-A--GTA--------AGA-AAAT-T-A-AGAAATCTTTGCT-CA-TGGC--ATCAAA--C-A--AAT------------------TTTCT--G-CCA-G--T--T-T-T--A-A-----TTG-T-GAA---TTAC--G--CTGGA--GA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAC-C--AAT-CTGAAA-CGG-T-CTTCAGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--A-C-CA-A-AGTT-CT-AC-----T----AC-T-NNNNNN-N-NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNN-NNNNNNNN--N-N--N------N--NNNNNN-----NCT-C--A-GT-GAGGG-GGGGA--C-G--AGA-C-A-C--GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGCGC-A--A-G----TAA--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-TCA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------TTAT-G---AACT--TT---------AA-TAAA--TCT--T-----C--AATCA-C-----------TGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTATC-TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----AG--AT------ATG--CT--ATAA--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--T-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-ACA--ATGAC----GC----G-T-A--A-ATAT---CC-C--A-A-TTC-GAAAA-AAGGCCCAGG-CCCC-A--T-CC-CA-AAAT-GGT--TGG---AA-TCCC
gi|11 : --CT--GCGGATATCATTA--ATTCGGGAA-----------------AAGGGAA-AGCT--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TAT-------------------------C-AA--T-TAAAAA-------C-----GGTGTCTT--------T-AA-AACATT-------T------CTGTGG---T-GTAC---GCACAAT-T-GGTTC-AA-G-CG-C-T---TT----G--T-AACATAT---TACT-CG--T-----G--C-A-T--A-TGGC----AGC-----------------TTCTGTAAGAGAAAT-TTA-AGAAACTTTTG-T-CG-TGGCC-ATCAAA--C-C--ACTC-AC--T-----CAGCTTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--C-A-----C-GAT-GAA---TGAT--G--CGGGA------AA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A---AC-A-GG-T---GC-AAG-CG-AGA-T-C--AAT-CCGAAA-T-GCT-CAT-ACAGC-----A----AGA--CCAT--CT-GATAT-A---G-CAC--A-ATAA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNN-NNNNNNNN--N-N--N------N--NNNNNNNNNNCACT-C--A-GC-GA----GGGGC--C----AAA-G-A-CA-GAT---TATTT--CC--AAC---TCCAGC-C-A--ACG----T-A--CAA-GT--CGG--TT----AACA-TTCT-CAA--CTTC-TGA--AT--------------------TG-----------AA-----------------------------------T-TGAA-T-----------AA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-T-CA--TCT--TA--A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTAA---GAAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTAAT--C-AA--AG-A-----A-------------T----------------------TT-A-T------------TT------------------TA-AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA---GT--GAC---TAA-ACT-AT--A-A--TCCC-G--AATGTT-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----TAA-A--A-AT-T---CC-C--A-ATTTC-G---A-AAGG-CCAGGTCCCC-AT-T--C-CA-AATT-GATGGTGG-AAAA-CC
gi|12 : -GA--G-GGGGC--CCG--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--TT--AAT---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-CTG------------A------TTCTTATA-------------------------AA-TTTCG-AAT--AAATACT-----T--T-G---AATA--TT----A----AA-TAAATCTCT--T---ATC--AATCA-C-----------TGA--GGTGC---AAAAAT-GT-CC--ATAA--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-AGC---------T----------------------TT-ATT------------TT------------------T--AAATA---C-----A---A-------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-T--AAGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GACAA-GAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|13 : T-C--A-GT-GG--A-GGGGC--C-G--AGA---A-CA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-C-A--A-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA---TTC-TGA-TAT-----------------T--TG-----------AA------TT-TGA-ATAAAA------C---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----T----AA-TAAA--TCT--T---G-C--AA------------------------------GAAAT-GT-TT--GT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-AC----A-G-----------T----------------------TT-T-T------------AT------------------T--TAA-A---C-----A---AA------ATA--CT--AT----A-AA-CAGT--GAA---T-T-ACA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T---A--A-AT-T---CC-C--ACA-TTC-GA--A-AAGGCCCAGG---CC-AT-T-AC-CA-AAAT-AA--GTGG-AAAA-TCCCT
gi|14 : -TAT-----------------T-TCG-----------AG------CCCTGA-AT----------T------------GAA-TTT-G-AAT---AA-AC------T--T-T---CATT--TTA---A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGAC-GGTGA---AG-AAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------TAAAAA-A---C-----AT--ATATC---ATG--CTA-AT-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TT-C-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGACG---GC----T-A-A--A-AT-T------C--A-A-TTCGG---A-AAGGCCT--G-CCCC-AT-T--C-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|15 : caaacccaaatttaactgccatcgttATAT----------T---------T-TTA---TT-GCAATGAAAA-ACAAACTGT--T-C---AGTT--CG----A----AG-AAAA--TTT--T---C-C--A-----------------TGAATGAAGA---AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTCAAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-G-T------------TT------------------T--AAG-A---------A---TT------ATA--TT--TC-T--A-AA-CTGT--GAA---T-T-TTT-AA--A-C--TTCC-C--ATTA-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCA--------------C-CG-A--------GTGG-AAAA-TCTCT
gi|16 : actttaa-G-AAC--AAA-ATG-----T--T-A---AGAT--TT----A----AA-GAAA--ATT--T---T-C--CATAA-A----------T-GA--AG--A---AAAAAT-AT-T----T-G--TTTCAAT--TGAA--ATTA-----A-G-----------T----------------------GT-G-T------------TT------------------T--AAG-A---A-----A---ATGTTTTTATG--TT--TC-T--A-AA-CTGT--CAA---T-T-TTTTAA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----G-GA----------ATTTTTTTTGT----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-C---A-AAGGCCCAAG-CCCC-AT-T-CC-CA-GATT-TGA-GTGG-AAAA-TCTC
gi|17 : gta---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TGC-G---A-AAGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|18 : AAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGGA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-G-T------------TTTTTTGTTTTGTTTTTTTTT--AAA-A---------------------ATA--CT--AT-A--A-AA-CGGC--GAT---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AAAG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-ACGGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-TGT-GTGG-AAAA-TCCCTg
gi|19 : TT--TT----A-------TAAA--TCT--T--------TATCA-T----------------AGTGACTCAGAAAT-G--------------CTGTN--NNNN--NN-N-----N-N-----------N----------------------NN-N-N------------NT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-TGGT--GAA---T-T-AAT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GCCNTAT-A-A--ATAT-T---C
gi|2 : AATCAGTCCCCTTAACT--CGG-ATATCGTTAT--T--GGAAA-------------------TGGAA-AG-TGTTGT-C--TA-TACT--A-CA-A-T-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAA-----TC-----AGTGCCTT--------TTAACAACGTT-------T--A-TTCTGTTG---G-GTA-T--GCACAATAT-TGTTC-AA-G-CG-C-TCGTTT----GGGT-AACATATAT------CC--T-----G--C-AATT-G-TG-C--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG---CA-TGGC--ATCAAA--C-C--AATCGAC--T-----CAG--TTTTCTGAG-C-A-G--TCAT-T-A--ACG-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGACCGA-AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--ACGAA-TAAC-A-GC-TTTAGTGAAGCCGTAGAATCC--AATATTGAA----G-T-CGT-AGAGC-----ATTTTAAG--C-ATCACT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-A-GATAAA-C-GTT---TTATTAC-GTTAATTA-CAGATCAGAT-TCCT-CGTACA-C--C------A--G----A-----ATTAC--ATGT-GA--G-GGGGC--C----AGA-C-A-CA-GACCAGTA-TT--CCCAAACT--T--AGC-C-A--A-G----T-A--AG--GT--CTG--TT----AA-A-TT-T-CAAACTTTC-TGA-TAT-----------------T-TTGAATAA------AA------TTTTGATAT----------TGATAAAAACT-TGAATTTT-G-AATA-AAA-AC------TTGT-G---AATT--T----------AA-TAA----CT--TG--A-C--AATCACC----------TTGA--G--GA---AGAAATCGTGTC--A--G--TTCTTAA--TGAA--AT-ATTATTA-GTAATTCACCATT----------------------TT-A-TAGGCATATTTGTTT------------------T--AAA-A---T-----AAATAT------ATC--TT--AT-A--A-A----TT--GAA---T-T-ATA-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----GCGAGC-A-A-AATATGACA---GCAT--C-A-AACA-AT-T---CC-CAGA-A-TTC-G---C-AAGGCCACGG---CC-AT-T-CC-AA-ACAT-GGT-GTGG--AAA-TCC
gi|20 : agggatttttcgcacctgtgtagggtccgaaaaattcggcgcgcattcccatgcagaattacaaatgcattttgtttcgccatttgttgacaaaatatcccaatgctC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-A--G--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAA-TCTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAA-CG-AGAAT-C--AAT-CTGAAA-C-G-T-GGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-
gi|21 : C----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCC
gi|22 : acagtttggggttataaataaaatagacgctattannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn------------TT------------------T--AAG-A---------A---AT------ATG--TT--TC-T--A-AG-CTGT--GCA---T-------AA--A-C--TTCC-C--ATTT-T-----A-GA-C-A-A-A--ATGTC----AC----T-A-A--A-AT-C---CC-C--A-A-TTC-C---A-AAAGCCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-CATT-TGA-GTGG-AGAA-TC
gi|23 : ACATATAAT-CG--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCTATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AAAAATCTTTG-T-CT-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-
gi|24 : aGAT--G--CGGGA--GA-A---TGTCGACCA--T--TAATTG--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--
gi|25 : aaaacattcctcaatttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-T---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TT
gi|26 : aaa-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-TC--CC-C--A-A-TTC-G---A-AAGGCCCAGG-CCC
gi|27 : GAAA-T-G-T-CGT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CT-AC-----T----A
gi|28 : tCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TTCCT
gi|29 : -AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTgc
gi|3 : A-----------------AGTGGAA-AG-T--T-T-TCGTT-TG-TTAG-CG-AGT-TAT-------------------------CCAAA-T-TAAAAA------TT-------TGTCTT--------T-AA-A-CATT-------T--A-TTCTGTGG---C--TGCA--GCACAAT-T-TGTTT-CA-G-CG-C-----TT----GG-T-AAC-----TATACT-CG--TGGGAGG--C-A-TTGA-TGGC----------AA-C----------TTC-GTAAG--AAAT-TTA-AGAAATCTTT--T-CGTTGGC--ATCAAA----C--AATC-AC--TC----CAG--TTTTCC--G-C-A-G--T--T-C-A--C-A------------AA---AGAT--G--CGGGA--G--AAA-TGTTCGCCA--T--T----AATTGT-AC--A-T-GCAA-GT-T---GC-TAG-CG--GAAT-CAGAAT-CCGAAT-G-G-T-CAT---AGC-----A----AGAT-C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C----AGTACCT-AC-----CTCGAAC-T-TAGAGA-CTGTT---TT-CTAATATCAAACA-ATGA--AGAT-GTCTCCGT--A-C--C------A--GTTTTA-----ACT-C--A-GC-GG--A-GGGGC--C-A--AGA-C-A-CA-GAC---TA-AT--CC---AC---T--AG--C-A--A-G----A-G--CAA-GC--TTG--TT----AACAGTT-T-CAA--CTTC-TGA-TAT-----------------T-TTG-----------AA-------------------------------------------TT-G-AAT--AAA-AC---------T-G---AATTTATT----A----AA-TAAA----T--T---A-C--AACAA-CTAAGTATACTTTGA--GGTGA---GAATAT-GT-CT--AT-A--TTCTTTA--AGAATTAT-A-----ATG-----------TC---------------------TT-A--------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------AT---CT--ATAA--A-AA-TGCT--GAAT--T-T-ACA-AA--A-A--TTCCGC--AA-G-T-----G-GA-C-A-ATA--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TTC-GA--A-AAGGCCCCGG-CCCG-ATAT-CCACACAAATGGGT-GTGG-AAAAGTCCCgc
gi|4 : gggattttccaccctgttgtaggggtccaagaaattccggccgccattcccaggtgtggaatgcgaaggggttagagagacatttatattctccaccacattctgctctgacaaagaattcgccaaaccaagtcatttgggcatttaaaacatgcataataatggtctctgcggtagcgaatgagggtcgtttatatggaatgcgagttctaggcaggTCTT--CT--GCG-ATATCGATATA-T--GGAAA-----------------ATTGGAA--G-T--T-C-T--TA-TG-T--A-TG-AAT-TAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GC-C-AT-T-TGTTC-AA-GACG-C-TG--TT----GG-T-AACA---ATACACTACG--T-----G--TGG-TT-A-TGGC--G-AG-CATAA-CTCAA--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-TAGAATCTTTG-T-CG-TTGCTAATC-AA--C-C--AATC-AC--TTCTTACAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-CAA--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--CGGGA--G--AAA-TGTCGACCA--T--T----G--TG--A-G-A-T-AC-ACGT-T---GC-AAG--G-AGATG-C--AAT-CTGATA-T-G-T-CGTGAGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--A-A-TAAA-AGTA-CTAAC-----T----ACNN-NNNNNN-N-NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNN-NNNNNNNN--N-N--N------N--NNNNNN-----ACT-A--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AGACC-A-CA-GACT--TA-TT--CTA-AAC---T--AGC-CAA--A-G----T-AT-CAACGTCCCTG--TTTTAAAACA-TT-T-CAA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--TGG---AATT--TT----AATTTAA-TAAA--TCT--TTGCA-G--AATCA-C----------TTGA--GGTGC---AG-AAT-GT-TT--GT-A--TTCTTAT--TG-A--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A--------------TT------------------T--AAA-A---CAA---A---AT------AAA--CTAAAT-A--T-AA-CGGT--GAA---T-T-AATCAAATA-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-CAA-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--AGAT-T---CC-C--A-A-TTC-G---A-GAGGCCCAGA-CACC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-
gi|5 : gggattcttcaacctgttgtaggggtccgaaatttcgcgcccattcacaaccgcagattaaagcaattttttacccagatttgttgacaaattcctccaattttatttagatatcaataaGGA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--ATCG-ATT-AAT-------------------------C-AAA-TATAAAAAAATA--TCTCAGAGTTGTCTTATTCTTTAT-AA-AGCATTGTAATTTT--A-TGTTGTGTTCTA-GTACTCTGCACAAT-T-TGTTC-AAAG-CG-C-T---TTCACAGG-T-AACA-----ATACT-CG--T-----G--C-A-TTTA-TGGC--G-AGCTAT----------------CTGTAC-A-AAATGTTACAGAAATCTTCG-T-CA-TGGC--ATCAAA--CACCAAATCAAC--TCA---CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-AACATGC-G-T-GAAATTTGAT--GCTCGACA--GAGAAA-TGTCAACCA--TAGT----G--TG--ACG-ACT-AC-A-AG-T---GC-Agtc
gi|5 : t-TCCTCTGT--A-CACC------AATGTTATA-----TCT-C--A-GCCGA--GCGGGGC--C-GGAAGA-C-A-CAAGACC--TA-TTTCCC--AACAAGT--AGC-C-G--A-ACGGTT-AT-CAA-GTA-CTGAGTT----AACA-TT-T-TAA--CTT--------------------------T-CTG-----------AA------T------AT----------T---------TGTAAA-TTT-G-AA---AAT-AC------T--T-GCGAAATT--TTGTTTA----AA-TAAAA-TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGAG--AAAAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTACTATGAA--AT-AT----A-GT----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------C--AAA-A---CATTTTA---AT------TTGCTCT--AT-A--ATAATTGGT--GAAATTT-T-ACT--A--A-A--TTCC-CCTAATA-TTTATAG-GA-C-ACA-A--ATGACT---GCA---T-ATA--A-AT-TGTCCT-C--A-A-TTC-GA--A-AAGGCCCAGC-CCCCTAT-TACC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCTctgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggtcctctgtacaccaatgttatatctcagccgagcggggccggaagacacaagacctatttcccaacaagtagccgaacggttatcaagtactgagttaacattttaactttctgaatatttgtaaatttgaaaatacttgcgaaattttgtttaaataaaatcttacaatcacttgaggtgagaaaaatgttcatattcttactatgaaatatagttttatttcaaaacattttaatttgctctataataattggtgaaattttactaaattcccctaatatttataggacacaaatgactgcatataaattgtcctcaattcgaaaaggcccagccccctattacccaaaatggtgtggaaaatccct
gi|6 : tggaagtttctatgtatcgattaatcaaatataaaaaaatatctcagagttgtcttattctttataaagcattgtaattttatgttgtgttctagtactctgcacaatttgttcaaagcgctttcacaggtaacaatactcgtgcatttatggcgagctatctgtacaaaatgttacagaaatcttcgtcatggcatcaaacaccaaatcaactcacagtttttctgcagttcaaaacatgcgtgaaatttgatgctcgacagagaaatgtcaaccatagtgtgacgactacaagtgcactgtcacttcagagatctcgtccggccacttttgagactacattcgcgtcacccagcatgtacttgaatcatgccacatgtgatagtatcgttaataaactgacgtgaccagttaagagaaatagaaatatatatagctcaattataatccctagaatggCATCAAATCA-TCTCCTT--CT---CG-ATAC----ATAAT--GGAAA-----------------A-TGGAAGAG-C--T-T-C--TA-TG-T--A-CGGAGT-AAT-------------------------C-AAAAC-TAAAAAA-----TC-----GGTG-CTGGG------T-AA-AACATT-------TTTA-TTCGGTGG---G--TACT--GCACAAT-T-TGTTCGAA-G-CG-C-T---TT----G--T-AACATATA----CT-CG--T-----G--C-A-TT-A-TG-C--G-AGC-----------------TTCTGTAA---AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-TTCG-TG-C--ATCAAAACC-C--AATC-ACATT-----CAG-TTTT-CT--G-C-AAG--T--T-C-AGAA-A-----C-G-T-GAA---TGAT--G--CGG-----A-GAA-T-TCGACCA--T--T----G--TGG-ACG-A-TTAC-A-GTCT---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CCAAAG-T-G-TTCGT-ACAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-ATGAT--G-C-C--A-AGTA-CT-ACG----T----AC-TAGATGAATC-GTTATTTTAATA---TCATTAA-ATGACCAGATGTCCTCCGT--AAC--C------C--ATTTAA-----ACT-C--A-GC-GA--G-GGGGC--C-A--AGA-C-A-CA-GAC---TA-TT--CCA-AAC---T----CAC-A--A-G----T-A--CAA-GT--C-G--TT----AACA-TT-T-CAG--CTTC-TGA----------------------------------------------------------------T---------T-TGAA-TTT-T-AAT---AA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AA-TAAA--TCT--T---A-C--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---AGGAAT-GT-TC--AT-A--TTCTTAA--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------A--AAA-A---C-----A---ATC-----ATG--CT--AT-A--A-AT-GGGTGAGAA---T-T-ACT--A--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----G-----T-A-A--A----T---CC-C--A-ATTTC-G---AGAAAGCCCAGG-CCCG-AT-T--C-AA-AAAT--GT-GTAG-AAAA-TCCC
gi|7 : gattttcccaccctgtgtaggggtcaaattcggccccgattcccaattgcagaattaaagcttgtttcccaattgttgacaaaaagttccccaatcttattttaaaATCAAATCAATCTTCTT------GCG-ATATCGATATA-T--G--AA-----------------AATTGAA-G-----T-T-C--TA-TG-T--A-TG-AATGTAT-------------------------C-AAA-T-TATAAAAA-A--TC-----GGTGACTT--------TTAA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G--TACT--GCACA-T-T-TGTTC-AA-AACG-C-T---TT----GG-T-AACATACA----CT-CG--T-----G--T-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAAACTC-AAAGTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAA-TCTTTG-T-CG-TTGC--ATCAAA--C----AATC-AC--T-----CAG-TTTTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-AA----C-G-TTGAA---TGAC--G--CGGGA--GA-AAAATGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAT-C--AAT-CTGAAA-T-G-T-CGTGAGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-ATAAA-A-A--A-AGTA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNN-NNNNNNNN--N-N--N------N--NNNNNN-----NNN-NTAA-GT-GA----GGGGC--C-G--AGA-C-ACCA-GAC---TA-TT--CT--AAC---T--AGC-CAA--A-G----T-A--CAA-GTC-CTG--TTTTAAAACA-TT-T-CAA--C----------------------------------------------------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--TGG---AATT--TT----AATT-AA-TAAA--TCT--T---G-CAGAATCA-C----------TTGA--GGTGA---AG-AAT-GT-TT--GT-A--T--CTAT--TGAA--CT-A-----A-G-----------T----------------------TT-A-T------------TTA-----------------T--AAACA---A-----A---AA------ATA--CT--AA-AT-A-AA-CGGT--GAA---T-TAACA-AA--A-A--TTTT-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-
gi|8 : gggattttccaccctgttgtagggtcccgaaattcggcccattccacaacacgcagattaagcattttttcccaatttgttgacaaaaattccatattttatttagatCATCAAATCA-TCTTCTT--GT--GGG-ATATTGTTAGAAT--GGAAAGGCTCAGGTGAGCTAAAAATGGAA-AG-T--T-T-C--TA-CG-T--A-TG-AGT-TAT-------------------------C-AAA-T-TAAAAAAA-AAATC-----AGTGTCTT--------T-AA-AACGTT-------T--A-TTCTGTGG---G-GTACT--GCACAAT-A-TGTTC-AA-G-AG-C-T---TT----GG-T-AACATATATATACT-CA--T-----G--C-G-TT-A-TGGC--G-AGCCATAA-CTC-A--GTATTTCTGTAAGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTG-T-GA-TGGC--ATCAAA--C-A--AAT------------------TTTCT--G-C-A-G--T--T-C-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGAC--G--TGGGA--GA-AAA-CGTCGACCA--T--T----G--TG--ACG-A-T-AC-A-GT-T---GC-AAG-CG-AGAAC-C--AAT-CTGAAA-T-G-T-CAT-AGAGC-----A----AGA--C-AT--CT-GA-AT-AT--G-C-C--A-AATA-CT-AC-----T----AC-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNN-NNNNNNNN--N-N--N------N--NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GA--G-GGGGC--C-G--AAA-C-A-CA-GAC---TA-TT--GT--AAC---T--AGC-C-ATTA-G----T-A--CGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-T-CAA--ATTC-TGA-NGTAACTAGCCAAGTACGAGT-CTGTTAACCTTTCAAA------TTCTGATAT----------T---------T-TGAA-TTT-G-AAT--AAA-AC------T--T-G---AATT--TT----A----AATTTAA--TCT--T---A-C--AATTA-C------------AA--GGTGA---AGAAAT-AT-TC--AT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-C-----------T----------------------TT-A-T------------TT------------------T--AAA-A---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CGGT--GAA---T-T-ACT-AA--A-A--TTCC-C--AATG-T-----G-GA-C-A-A-A--ATGAC----GC----T-A-A--A-AT-T---CC-C--A-A-TCT-G---A-AAGGTCCAGG-CCCC-AT-T-CC-CA-AAAT-GGT-GTGG-AAAA-TCCCT
gi|9 : TCTT--CT--GCG-ATATCGTTA--AT--GGAAA-----------------A-TGAAA-AG-T--T-T-C--TA-TG-T--A-CG-AGT-TATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-AAA-T-TAAAAAAA-A--TC-----GGTGTCTT----------AA-AACGTT----------A-TTCTGTGG---G-TAAGC--GCACAAT-T--GTC---A-G-CG-C-T---TTT---GG-T-AACATATA----CT-CG--TA----G--C-G-GT-A-TGGC--GGAGCATTAA-CTCCG--GTATTTCTGTACGA-AAAT-TTA-AGAAATCTTTT-TTCC-TGGC--ATCAAA--C-C--AATC-AC--TA----CAG-TTTTTCT--GGC-A-G--T--TTC-A--A-A-----C-G-T-GAA---TGATTTG--CGGGA--GA-AAA-TGTTCGCCA--T--T----GG-TAGAACG-A-T-AC-ATGT-T---GC-AAG------AAT-C--AAT-CTGAAACT-GAT-CGT-AGAGC-----A----AGAGAC-AT--CTAGA-AT-AT--GTC-C--A-AGTA-CT-ACCNNNNN----NN-N-NNNNNN-N-NNN---NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNN-NNNNNNNN--N-N--N------N--NNNNNN-----NNT-C--A-GT-GG--A-GGGGCTCC-G--AGA-C-A-CA-GACC--TA-TT--TTTTAAT---T--AGC-C-A----G----T-AAACGA-GT--CTG--TT----AACA-TT-TTCAA--CT-C-TGAGTAT-----------------T-CTG-----------A-------TTCTTATA-------------------------AA-TTTCG-AAT--AAATAC------T--TTG---AATA--TT----A----AA-TAAA--TCTCTT---ATC--AATCA-C----------TTGA--GGTGA---A-AAAT-GT-TCCAAT-A--TTCTTAT--TGAA--AT-A-----A-G-----------T----------------------TTAA-T------------TT------------------T--AAATA---C-----A---AT------ATG--CT--AT-A--A-AA-CAGT--GAAT--T-T-ACT-AA--ATA--TTTC-C--AATG-T-----G-AC-C-A-A-A--ATGA-----GT----T-A-A--A-AT-T---CCAC--A-AGTTC-GA--A-AAGGCCCAGG-CCCC-ATGT-CC-CA-AAAT-GGT-GTGGAAAAA-TCC