lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111
lowQualScore : 99999999 444444444 5555555555 3333333333 1111 222222 333333 1111 111 1111111 555555555555555 11 2222222222222 11 22 3333 1111 111 333333333333333 11 777777777777777777777777777777777 333333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 33 222222222222222 11 1111 22 222222 1111 11 22222 1111 1 666666666666666666666666666666666666666 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 111 11111 222222 111111 22222222 333 1111 33333333333333 22 333333 111111 11111 1111 22 111111 33333 222 111111111 11111 33333333 1 11 111 2 99999999999999999999 1111 22222 22 11 555555555555555 1111 111 22222222 1 3333333333 1 111
lowQualScore : 00000000 111111111 6 6 9999999999 6 6 99 2222222222 1111 555555 555555 5 5 0000 66 222 6666666 77 66 3 777777777777777 2 55 5 5555555555555 5 33 5 88 2222 5 7777 77 5 555 5 0 5 444444444444444 77 66 33 77 555555555555555555555555555555555 6 6 222222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 88 8 0 888888888888888 33 8 2 7777 55 111111 6666 888 2 2 11 00000 6666 4 7 222222222222222222222222222222222222222 888 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 5 0 000 88888 888888 999999 44444444 111 5 2222 77777777777777 666 99 888 555555 888 5 444444 0 5 5 44444 5 5 7777 77 66 66 222222 5 55 0 00000 5 0 888 66 4 777777777 22222 66 55555555 4 7 99 000 5 0 1 11111111111111111111 2222 55 77777 4 2 33 2 6 4 00 8888 77 444444444444444 1111 2 888 66666666 3 3 7777777777 5 4 3 666
lowQualScore : ........ ......... . . .......... . . .. .......... .... ...... ...... . . .... .. ... ....... .. .. . ............... . .. . ............. . .. . .. .... . .... .. . ... . . . ............... .. .. .. .. ................................. . . ...... ................................................................................................. . .. . . ............... .. . . .... .. ...... .... ... . . .. ..... .... . . ....................................... ... ........................................................ . . . ... ..... ...... ...... ........ ... . .... .............. ... .. ... ...... ... . ...... . . . ..... . . .... .. .. .. ...... . .. . ..... . . ... .. . ......... ..... .. ........ . . .. ... . . . .................... .... .. ..... . . .. . . . .. .... .. ............... .... . ... ........ . . .......... . . . ...
lowQualScore : 88888888 333333333 7 7 0000000000 7 7 22 2222222222 2222 444444 000000 7 0 6666 99 666 9999999 99 99 2 111111111111111 0 66 0 0000000000000 7 66 7 44 1111 7 9999 99 7 777 7 4 7 000000000000000 99 00 66 99 888888888888888888888888888888888 7 7 222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 00 0 8 000000000000000 00 0 2 0000 22 444444 8888 222 8 8 00 00000 2222 3 2 333333333333333333333333333333333333333 888 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 7 3 000 33333 333333 222222 77777777 777 7 1111 88888888888888 666 88 888 666666 888 0 444444 2 0 0 66666 0 0 5555 55 99 11 888888 0 11 1 55555 0 1 333 11 4 888888888 11111 99 11111111 3 1 33 000 7 6 3 99999999999999999999 2222 66 44444 2 0 99 0 0 0 55 5555 55 444444444444444 2222 5 888 99999999 3 6 7777777777 7 0 5 333
consensus : NTTTTGAAA----TACCTTTTTA---AN----GAT-GACAATATT-CAATAT-A-CCC-GA-CTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GTCA-----TCA-GAG-ACACTG----ATAGTAAA--TCTAG--CAATG-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA---AATGGCATAAT-TTTTCTGGA-TAGCAGTTGAAAGG-T-GAC--GG-AGAAAT--AAACGAAGNTTGACTTGAC-ATT----AT--G-AATA---CAG-ACATACACGG-A-------------TGATC--CCATA--CTA--A----------G--TAC-GTGT---AGGTA-AACAAAAAC-ATTC-GACAGAGGACAAGCGAT------------CCA--TTTA-G---------TA----------------T--AT---GC--AAA-CT--AACC--CCAATC-C--G---GG---C-GTCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TAATTT-------TT--TC--TCGAGATG-TTCGGTTTT-CCTAT----GTACTCCCATC----CCTTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCAT-GCCTT---TACAGATTGT-------------TAC---CGCGGT---GTCACGTTAT--ATGGAC-GGCCAA--TTTCTT-------TT---------AAA-----A----GTTTTT-AAAACTTTGGA---AAA--CT-TACT------TACTAC------CAAAT---GT---ATTTATCCACAG-GAATAAAAGT-AAT----ACTTCT-----A-------CTTACG-TCGT-AATTAT---ACGTTAA--T---TG-TTGT------TCTT-A-C----AA-GT-TTCC----TTTTCCC--CC--A------ATAAAA-TTAT-CTAT-NN-TAG-ATATCCAGTGGCGTAAGCTG--GGCTA-AAA---------AAAAAAGG----G--GGGGGG------GGCACAAAATTT--CA---TAA-AAGATG-GGCTAAAA-AAA-------AAAAAAAGT---G--GGAG-GGGGCA-CAAACTTTC-ATA-A-A-G-CT-GGGCT----A--AAA---A---A----NG-GGA----G-GGGT--CACA-AA--CNTT-CATAAAGCT-TGGGCT--AAAA-ANANTGGGGAA--TGGGGCACAAACGTTC
Reference ( gi|4 ) : TTTTTGAAAGTTCTGATTTTTTA---TT----GAT-GACAATATT-CAATATTA-CCG-GC-CTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GTCA----ATCA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTAA--CAATA-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA---AATGACCTAAT-TTTTCTTGA-TAACAATTGAAAGG-T-GAC--GG-AGAAAT-TAAACGAATTTTGACTTGAC-ATT----AT--G-AATA---CAG-ACATACACGG-A-------------TTATC--CCATA--CTA--A----------A--TAC-ATGGGA-AAGTA-AACAAAAAC-ATTC-GACAGAGGACAAGCGAT------------TCA--TTTA-G---------TA----------------T--AT---GC--AAA-CT--AACC--CCAATC-C--T---CG---C-GTCT-GAAATATTTTC-GCGGCGA-TAATTTA-ATGAATT-TTC--TCGAGATG-CTCGGTTTT-CCTAT----GTAATCCCATC----CCTTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCAT-CCTTT---TAC-GATTAT-------------TAA---TGCGGT---GTCACGTTATGTATGGAC-GGCCAA--TTTCTT-------TT---------AAA-----A----GTTTTT-AAAACTATGGA---AAA--CT-TACT------TACTAC------CAAAT---TT---ATTTATCCACAGGGAATAAAAGT-AAT----ACTTCA-----A-------CTTACG-TCGTTAATTAT---ACG------T---TG-TTGT------TCTT-A-C----GA-GT-TTCC----TTT--CC--CC--A------ATAAAA-TTAT-CTAT-AT-TAG-ATATCCAGTGGCGTAAACTG--GGCTA-AAA---------AAAAAAAA----G--GGGGGG-----CGACACAAAA-TT--CA---TAA-AGGATGCGGCGAAAAAAAA-------AAAAAAAGT---G--GGAA-GTGGCA-CAAACTTTC-AT--A-A-G-CT-AGGCT----A--AAA---G-TTA----TG-GGA----G-GGGT--CAC--AA--TGTT-CATTAAGCTTTGGG-T--AAAA-ATACTGAGGAA--TGGGGCACAAACGTTCTG
gi|2 : TTTGGAAAATACC---TTTTTA---AA----GATTGACA-TATT-CAATAT-A-CCC-GA-CTGAGT-TAC-TTTGTCTC--TTGGGTTGA-TGTTATGGAAC--GTCA----TTCA-GAG-ACACTG----ATAGTAAA--TCTA---CAATG-AGTGAAGC--CTGTGCTAGAAA---ATGGA--TA---TTTTC--GAATAGCAGTTGAAAAGAT-GAC--GG-AGAAAT-AAAACGAAGCTGGCCTTGAC-ATT----AT--G-AATA---CAG-ACTTATACGG-A-------------TGATC--TCTTA--CTA--A----------G--TAC-G-------------------AC-ATTC-GACAGAG-ACA-GCGATCATTTTAGATCATTA--TTTATA---------TA----------------T--ATT--GC--AAAACT--CAAC--CCAATC-C--G---GG---CCGTCT-GAAATATTTTTTGCGGC-A-TAATTT------------C--TCGA-ATG-TTCGGTTTT-C-TAT----GTA--TCCATC----CCTTTTTTCA----TTT-GATG-AAT--CATCAGTATTTGCCGCGGTATTTTGCAT-GGCTT---TACAGATTGT-------------TAT---CGCGGT---GTCGCGTTATGAA-------GTCAA--TT-CT--------------------AA-----A----GTTTTA-AAGATT-TGGATTAAAA--CT--ACTGT----TACT-T------CAAAT---GT---ATTTATCCACAT--AATAAAAGTGAAT----ACTTCAGTTCTA-------CTTA-A-TCGT-AATTAT---ACG------TAATTG-TTGT------TTTG-AAC----AA-GT-TTCC----TTTTCCC--CC--A------ATAAAAATTAT-CTAT-TA-TAG-ATATCC--TGGCGTAG-CTG--GGCTA-AAA---------AAAG--------G--GGGGGG-----C---ACAAAA-TTT-CA---TAA-AAGATG--GCTAAAA-----------AAAAAAAGT---G--GGAG-GGGGCA-CAAAATTTC-AT--A-A-A-CT-GGGCT----AATAAA---A-TTA----AG-GGA------GGGT--CAA--AA--
gi|5 : ttaaagcaagtataatgaaaattaaaaaaaccctccaaatggataccattgtaatttaacttaaaaattatcatttgtaagttctgattttttttattgtaattacgtaaaTTTGAAA----TACCTTTTTA---AA----GAT-GACAATATT-CAATAT-A-CCC-GA-CTGAGT-TAC-GTT--CC---T------GA-T--TATG--AC--GTCA-----TCA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTAG--CAATG-A-T-AAGC--CTATA--AG-AA---AATGGCATA---TTTTCTGGA-TAGCAGTGGAA--G-T-GAC--GG-AGAAA--TAAACGAA-GTTGACTTGAC-ATT----AT--G-AATA---CAG-ACATACAC-G-A-------------TGATC--CGATGATCTA--A----------G--TAC-ATGT---AGGTACAGCAAAAACAATTC-GACAGA-GAC-AGCGAT------------CGA--TTTA-G-----------------------------------------------AACC--CCAATC-C--G---GGC--C-GTCT-GAAAacgtttcataa
gi|10 : cttaaaggtcaagtataatgaaaataaattaaaataaaaaaccttcaaattgttgataatattgtaaatttcacataaaaattattatttttgtaagtttctgattttttattgatacataaatgTTTGAAA----TACCTTTTTA---AA----GAT-GACAATATT-CAATAT-A-CCC-GA-CTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATG--AC--GTCA-----TCA-GAG-ACACTG----ATAGTAAA--TCTAG--CAATG-A-T-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaccgcggtgtcacgttatgacggccaatattttaaaactttggaaaactatacttactaccaaatgtatttatccacaggataaaagtaatacttctttagatcgcaattatacgttaattttgttgtttttacaagttttcttttcccccaataaaattatctattgtagatatccagtggcgtagtgtgggataaaaaagaggg
gi|3 : acattaaaggtcaagtataatgaaaataaaaacccttcaaatgttgatatattgtaaatttcactttaaaattgtcatttttgtaagtttctgattttttattgatacataaatgTTTTTTAAATTC----GAT-GACAAT--T-CAATAT-A-CC---CACTGAGT-TAC-GTT--CCT--TTG----AA-T--TATG--AT--GTCA-----TCAAGAG-ACACTG----ATAGTAAA--ATTAG--CAATGCA-T-AAGC--CTATA--AGAAAGGGAAT------AT-CTTTCTGGA-TAGGCAGTGAA--G-T-GAC--GGTAGAAAT--AAACGAAGATTGACTTGACCATTT---AT--G-A-TAT--CAG-ACATATTCGG-A-------------TGATC--CCATAA-CTA--A----------G--TAC-ATGT-A-AGGTA-CACAAATAC-ATT--GACAGAGAACTAGCG-T------------TCGATTTTA-GATTACATTTTA----------------T--ATTTTAC--AAA-CT--CAAC--CCAATC-T--G---GG---C-GTCTTGAAATATTTTTTGCGGCGA-TAATTT------------C--TCGAGCTGATTCGGTTTTTCCTATACAAGTATTCCCATC----C-TTTTTTAAA---TTT-G-TGTA-T--CG-----ATT---CACACTTTTT-GCAT-GCTTT----ACAGATTGT-------------TAC---CGCGGT---GTCACGAT-TTTATGAA--AGCCAAATTTTCTT-------TTTAAAAAAAAAAG-----A----GTTTTTAAAAACTTTGGA---AAA--C--TACT------TACTAC------CAAAT---GT---ATTTATCCACAGTAATTAAACGT-AAT----ACTTCA-----GTTCTATTCTTAAGATCG-TAATTAT---ACGTTAA--T---TG-TTGT------TCTT-A-C----AA-GG-TTCCTA--TTT--AC--CC--AGGTCCGAAAGAA-TTA--CTAT-TTATAGAATATCCAG-GGCAT--GCTGGCGGCTATAAG---------AAAAAAAAGAGGG--GGGGGG-----GGACA-AGAA-TTTCCA---TAA-AAGAT--GGT----------------ATAAAAAGTGGGG--GGAG-GGGGCA-CAAACTTTC-AT--ATATG-CT-GGGCT----AT-AAA---A-ATA----AGCGGA----GTGGGTC-CAC--AA--AGTT-CATAAAGC
gi|1 : taattgatacataaatgttgaaataccTTTA---TTAGAAGAT-GACAATATTTCAAGATAAACCACGA-CGGAGTGTACCGTT--CCTCGT------GA-A--TCTATGAC--GTTGTGTCATCA-GAGGAAATCGCAATATAGTAAACGTCTAATGCCATC-A-T----------CA--AGAAA---AATGGCATGAT-TTT-CTGGA-TAG-AG--GAAAAG-T-GACT-GG-AGAAAT--AAACGAAGTTGAACTGAAC-ATGGAGGATCAG-AATAACACAG-ACATCAATGG-ACAGAATCCTCACTTTACCTTCGATA--GTACGA----------A--TGTTGTAGGACAAGCC-AA-ATAATC-ATTC-GACAGAA-ACA-GCGAT------------CCA--TCT--G---------TAAGATCATTCATCAGATT--GT---GCTCAAA-CCGCAGCCAACCAATCGC--TGGGCG-----GTCT-GAAATACTTTT-GCGGCGA-TA---TATAT---TT-CTCGATCGAGATG-TTTCGTTTT-CCTCT----GTACGTACACCAGAACCCTTTTTCAAATATTTAG-TGTAATACCG-----ATT----ACGCTTTTG-GCAT-GCCTTAGATGCAGATTGTGTCCCCCAGGACCCGACTCTGCG-T---GTTACGTT---TATGGACTGAGCAT--AGTCTT-------AT---------AAA-----AAAAAGTTTTT-AAAACTTTGGA---AAAACCT-TACTGTGGGCTACTACAAATAACAAATGTGCT---ATCTATCAA-AGAGAATAAAAGT-AAT-----CT--------A--------TTACG-TCGT-AATTATGAAATG------T---TAATTGTCTCGCTTCTTCA-C----AAAGTCTTCCCCTTTTT--CC--CT--A------ATAAAA-TTGTTCTATTAC-AAG-ATAGGCAGTGGCGTAG-CTG--GGCTA-AAA---------AAAAAAGA----G--GGGGGGGGGGTCAACG-AAAA-TT--CGAATTAACAAGATG-GGCG------AA-------AAAAAAAGTGG-G--GGAA-G-GGCACCAAAC-TTC-ATA-A-A-G-CTCAGTCT----A--AAA---A-ATA----AG-GGG----A-GGAT--
gi|7 : ttgaaagtcaagttaatgaaaatacaccctcaaatgtgatatattgtaggaaattcacttagacaatgagttatgattatttgaaaggagttttgctgcgattttttattataataatgtttgaaatacccT----AAT-GTCCATATT-CTGTAC---CCATGA-CTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GACT--TATGGA----GTC-----ATCA-GAG-AC-TTG----ATAGTAAA--TCTTA--CAATG-A---AAGCCTCTATA--AG-------ATGGC--------------A-TA--AACT----GG-T-GACTTGG-AGTAATATAAACGAA-GTTGA-TTGAC-GTT----AT--G-AAT----CAGTACATACACGGCA-------------TGATC--CC-TA--CTA--A----------AGCTAC-ATgagggaagttcaaaac
gi|15 : ttaagaactttaatgttcattgtatagagaaaactgaccctctcaaatttgttaatggttggttaattccactgtaatattttttaattttttgaaagattctgattttttcattgatttacatacatgtttgaaatataacgctcgttttaaaagatcgacagaTGGGCCAAGTCA-----TGA-GAG-ACAGTG----GTACTAAA--ACGCC--CAACA-A-T-AAAC--TTAC---ACAAA---ATTGACATA---TTTCCTAGA-TAACttatt
gi|9 : atgcatacaatatttaaaataaatgac-ACATCG----ATAGTAAA--TCTAA--------------GC--CTATA--AGAAA---A-TGGCATA---TTTTCTGGA-TAGCAGT-GAAAG--T-GAC--GG-AGAAAT--AAACGAAGTT-GACTTGAC-ATT----AT--G-AATA---CAG-ACATACACGG-A-------------TGATC--CCATA--CTA--A----------G--TAC-ATGT---AGGTACACCAAAAAC-ATTC-GACAGA-AAC-AGCGAT------------CCA--TTTA-AAGATCAT--TA----------------TCAGT---GC--AAA-CTC-ACCC--CCAATC-C--G---GGC--C-GTCT-GAAATATTTT
gi|6 : ATA--AGAAAT--AATGG---AATATTTTCTAGA-TAGCAGT-GAAAGT-TTGAT--G--AGAAAT--AAACGAAGT--GACTTGAC-ATT----AT--GTAATA---CAG-ACATATACGG-A-------------TGATC--C-ATA--CTA--ACTTAATGTAGG--TAC-ATG----ATGTA-CAAAAAAAC-ATTCCGACAAGAGACA-GCGAT------------CGA--TTTA-G----------A----------------T--AA---TC--AA--TT--GATA--TCAACC-CAAT---CGGGCC-GTCT-GAAATATTTTTTGCGGCGAATAATTT---------------TCGAGATG-TTCGGTTTT-CCTAT----GTA-TCCCATC----C-TTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACG--TTTTTGCAT-GC--T---TACGGATTGT-------------TAC---CGAGGTTTGGTCACGT----TATGGAC-AGGCAA--TTTCCT-------TT---------AAAAAAATA----GTTTTT-AAAACTTTGGA---AA----C-TACT------TACTAC------CAAAT---GT---ATTT-TCCATA--GAATGAAAGG-TAT----ACTTCT-----A-------CTAAGA-TC--TAATTAT---ACGTTAA--T---TG-TTGT------TCTT-C-A----AA-GT-TTTC----TTT--TC--CCCAA------ATAAAA-TT------------------TCGAGTGG-GT-AGTTG--GGCTA-AAA---------AAAAAAAG----G--GGGGGG------GGCACAGAATTT--CA---TAA-A-GATG-GGCT-------A-------AAAAAAAGTG--G--GGGA-GTGGTACCAAATGTTC-ATA-A-A-G-CT-GGGCT----A--AAA---A-ATAC---TGAGGAAATTG-GGG---CACA-AA--CGTT-TATAAAGCT
gi|8 : TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TAATTTC-TGGAATTGTTC--T---GNNN-NNNNNNNNN-NNNNN----NNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN---NNN-N-NNNNNN--NN-----NNN---NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNN-NNNNNN-------------NNN---NNNNNN---NNCACGTTATG-----AC-GGCCAA--TTTCTTAATAGCTTT---------AAA-----AA---GGTTTT-AAAACTTTGAA---AAA--AC-TACT------TACAAC------CAAAT---GTAAAATTTATCCACA--GAATAAAAgg
gi|22 : CGCTTTTT-GCACGCCTT-----ACAGATTGT-------------TAC---CGCGGT---GTCACGCTAT-----GAC-GGCCAA--TTTATT-------TTTAAA-----AAA-----A----G-TTTT-AAAACTTTGGA---AA
gi|5 : T-------------TAC---CGCGGT---GTCACGTTAT-----GAC-GGCCAA----------------T---------A--------------TTTT-AAAACTTTGGA---AAA--CTATACT------TACTAC------CAAAT---GT---ATTTATCCACAGG--ATAAAAGT-AAT----ACTTC--------------TTTAGA-TCG-CAATTAT---ACGTTAATTT---TG-TTGT------TTTT-A-C----AA-GT-TTTC----TTTTCCC--CC--A------ATAAAA-TTAT-CTAT-TG-TAG-ATATCCAGTGGCGTAGTGTG--GGATA-AAA---------AAGA
gi|27 : cttaaaggtcaagtataatgaaaataaattaaaataaaaaaccttcaaattgttgataatattgtaaatttcacataaaaattattatttttgtaagtttctgattttttattgatacataaatgtttgaaatacctttttaaagatgacaatattcaatatacccgactgagttacgttcctgattatgacgtcatcagagacattgatagtaaatctagcaatgataagcctataagaaaatggcatattttctggatagcagtggaagtgacggagaaataaacgaagttgacttgacattatgaatacagacatacacgatgatccgatgatctaagtacatgtaggtacagcaaaaacaattcgacagagacagcgatcgatttagaaccccaatccgggccgtctgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncCGGT---GTCACGTTAT-----GAC-GGCCAA--TTTCTT-------ggg
gi|19 : taccaAAT---GT---ATTTATCCACAG--AATAAAAGT-AATTAATACTTCT-----A-------CGAACG-TCGT-AATTAG---ACG------T---TG-TTGT------TCTT-A-CCTGTAA-GT-TTCC----TTTTCCC--CC--A------ATAAA
gi|13 : AATT-AAT----ACTTCT-----A-------CTTACG-TCGT-AATTGT---ACA------T---TG-TTGT------TCTT-A-C----GA-GT-TTCC----TTT--CCCTCC--A------ATAAAA-TTAT-CTAT-GA-TAG-ATGTCCAGTGGCGT-AACTG--GGCTA-AAC---------AGAAGGGG----G--GGGGGG-----
gi|12 : TCT-----A-------CGTACG-TCGT-AATTAT---ACG------T---TG-TTAT------T----A-C----AA-GT-TTCC----TTTTCCC--CC--A------AT-AAG-TTAT-C------------TATCCAGTGGTGT-AGCTG--GGCAA-AAAAAAAGGAAGAAAAAAAA----GAAGGGGGG------GGCACAAAATTT--CA----AA-AAGCTG-GGCT-------A-------AAAAAAAGT---GGTGGAG-GGGGCA-CAAACTTTC-ATA-A-A-G-CT-GGg
gi|18 : C--A------ATAAAA-TTAT-CTAT-AA-TAG-ATATCCAGGTTCGT-AACTG--GGCT---------------AAAAAAG----G--GGGGGG-----GGGCACAAACTTT--CA---TCA-A-GCTG-GGCTAAAAGATA-------A
gi|17 : AAGCTG--AGCTA-AAA---------AAAAAAGG----G--GGAGGG------GTCACAAAC-TTC-CA---TAA-A-GCTG-GGCT---------------AAAAATGGT---GA-GGAATGGGGCA-CAAACGTTC-tgggag
gi|12 : ggcacaaacttttataGGCAAAAAAAAAGGAAGAAAAAAAAGAA---G--GGGG-G-GGCA-CAAAATTTCAAA--A-A-G-CT-GGGCTAAAAA--AAA---G-TGG----T--GGA----G-GGGG--CACA-AA--CTTT-CATAAAGCT
gi|6 : tctacgtacgtcgtaattatacgttgttattacaagtttccttttcccccaataagttatctatccagtggtgtagctgAAAA-------AAAAAAAG----G--GGGG-GGGGCA-CAGAATTTC-ATA-A-A-G-AT-GGGCTAAAAA--AAA---G--TG----GG-GGA----G-TGGTACCA---AA--TGTT-CATAAAGC--TGGG-CTAAAAA-ATACTGAGGAAATTGGGGCACAAACGTTgg
gi|17 : ataagaaataatggaatattttctagatagcagtgaaagtttgatgagaaataaacgaagtgacttgacattatgtaatacagacatatacggatgatccatactaacttaatgtaggtacatgatgtacaaaaaaacattccgacaagagacagcgatcgatttagataatcaattgatatcaacccaatcgggccgtctgaaatattttttgcggcgaataattttcgagatgttcggttttcctatgtatcccatccttttttcaatttgtgtaatcgattcacgtttttgcatgcttacggattgttaccgaggtttggtcacgttatggacaggcaatttcctttaaaaaaatagtttttaaaactttggaaactacttactaccaaatgtattttccatagaatgaaaggtatacttctactaagatctaattatacgttaattgttgttcttcaaagttttcttttccccaaataaaatttcgagtgggtagttgggctAAA-------AAAAAAAGG---G--GGAG-GGGTCA-CAAACTTCC-ATA-A-A-G-CT-GGGCT----A--AAA---A-TGG----TGAGGAAT--G-GGG---CACA-AA--CGTT-Ctataaagctgg
gi|11 : ggcacaaacttttataaagctgagctA-------AAGAAAAGT---G--AG-----GGAA-C--ATTTTC-ATA-A-A-A-CT-TTGCT----ATCAAA----------------AA----G-GGGA--AACA-AA--CTTT-CATAAAGC-TAGGT-T--AAAA-AAA--GGGGAG--GGGGTTACAAACTTTC
gi|2 : ttaaaagtgatggttctttagaacaatgtattaaataaatacatatctatgtacagagtgacgtacgaagatgtgct-------AAAAAAAGG---G--GGG----GGCA-CAAAATTTC-ATAAA-A-G-AT--GGCT----A--AAA---A-AAAAAAGTG-GGA----G-GGGG--CACAAAA--T-TT-CA-TAAAC--TGGGCT--AATA-AAATTAAGGGA---GGGTCAAAAACGTTataaaaattgcaaagcaata
gi|14 : ttaaagcaagtataatgaaaattaaaaaaaccctccaaatggataccattgtaatttaacttaaaaattatcatttgtaagttctgattttttttattgtaattacgtaaatttggaaaatacctttttaaagattgacatattcaatatacccgactgagttactttgtctcttgggttgatgttatggaacgtcattcagagacactgatagtaaatctacaatgagtgaagcctgtgctagaaaatggatattttcgaatagcagttgaaaagatgacggagaaataaaacgaagctggccttgacattatgaatacagacttatacggatgatctcttactaagtacgacattcgacagagacagcgatcattttagatcattatttatatatattgcaaaactcaacccaatccgggccgtctgaaatattttttgcggcataatttctcgaatgttcggttttctatgtatccatcccttttttcatttgatgaatcatcagtatttgccgcggtattttgcatggctttacagattgttatcgcggtgtcgcgttatgaagtcaattctaaagttttaaagatttggattaaaactactgttacttcaaatgtatttatccacataataaaagtgaatacttcagttctacttaatcgtaattatacgtaattgttgttttgaacaagtttccttttcccccaataaaaattatctattatagatatcctggcgtagctgggct-------AGAATAATT---G--GGG----GACA-CAAACTTTA-AT--A-A-ATCT-GGGCT----A--AAA-------A----CG-GGG----G-GGGtcataa
gi|18 : aacaaatgtgggtgtgggggtaaacgttaataatgctcggctatAAAAAAGG---G--GGGG-GGGGCA-CAAACTTTC-ATC-A-A-G-CT-GGGCT----A--AAA---GATAA----TG-GGA----G-gggggcaaaag
gi|11 : caataaaattatctataatagatatccaggttcgtaactgggctAAAAAG----G--GGAA------A-CAAACTTTC-AT--A-AAG-CT-AGGTT----A--AAA---A--AA----GG-GGAG---G-GGGT--TACA-AA--CTTT-CATAAA
gi|24 : ttaaaagtgatggttctttagaacaatgtattaaataaatacatatctatgtacagagtgacgtacgaagatgtgctaaagaaaagtgagggaacattttcataaaactttgctatcAAAAAAT---G--TGAG-GAGGCA-CACACTTTC-ATA-A-A-G-CT-GGTCT----A--AAA---aattgcaaagcaata
gi|21 : taaatatatatacagtggcgtagcatggcttAAACAAT---G--GG---GGGGGA-CAAACTTTC-ATA-A-A-G-CT--GACT----A--AAA---ag
gi|23 : cgcaagatgggctaaagatcgaaattgagggggaacaaacttagcttatatAAAAAT---G--TTAG-G-GGCA-CAAACTTTC-AT--A-A-ATCT-GGGCT----A--AAA---aaa
gi|17 : tcatgcaatataatccatatcagtggcgtagctgggctGGCA-CAAACTTTT-AT--A-AAG-CT-GAGCT----A--AAA---A-AAAAAG-GG-GGA----G-GGGT--CAC--AA--ACTTCCATAAAGC--TGGGCT--AAAA-ATGGTGAGGAA--TGGGGCACAAACGTTCaa
gi|28 : GGCA-CAAACGTTC-ATA-A-A-G-CT-GGGCT----A--AGA---
gi|18 : tggTTC-GT--A-A---CT-GGGCT----A--AAAAAGG---------G-GGG----G-GGGG--CACA-AA--CTTT-CATCAAGC--TGGGCT--AAAAGATAATGGGt
gi|23 : caataaaattatctataatagatatccagg-A-G-CT-GGGCT----A--AAA-------A----TG-TTA----G-GGG---CACA-AA--CTTT-CATAAA--TCTGGGCT--AAAA-Aag
gi|12 : tcatgcaatataatccatatcagtggcgt----A--AAA---G---A----AG-GGG----G-GGG---CAC--AAAAT-TT-CAAAAAGCT--GGG-CTAAAAA-AAAGTGGTGGA--GGGGGCACAAACTTTCa
gi|28 : tctacgtacgtcgtaattatacgttgttattacaagtttccttttcccccaataagttatctatccagtggtgtagctgggcaaaaaaaaaggaagaaaa--TGGGGCACAAACGTTCataaagctgg
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATAAAAATGAAAGTATCTCAAGTGTTGATATCTTGTCAAAATCATTTAGAAATTATAATTACGAAAGTTTTTGATTTTTTTATATTGATGGATAAATTTTTGGAAT
Unaligned ( gi|20 ): TAAAGATCAAGACATTAGTGTAATGATAATGAAAAAACCCAAAAGTTGACATATTTTCAATTTCACTTAGAAATTGTAATTTTTGAAAGTTTCTAATT
Unaligned ( gi|25 ): TAATGAAAATAAAACCCCCTCAAATGTTAATATATTTTGTAAATTTTACTTAAAAATTATCATTTTTGT
Unaligned ( gi|26 ): TGTGGCGTGAGAGAGAAGTACAAAAATGGTCACAAAACGTCATAAAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 1111111 11111111111 1 2222222222 222222 11 11111 111 1 33 11 1111 11 2 1111 1111 111111 11 1111 2222222222 2222222222222222222222 11 22 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 6666666666666 2222222 1111 11 111111 1111 11111 1111 1 111 11111111 1111111 333 444444444444444444444444444 11111 222222 111111 111 111 11111111111 11111 111111 111 222222 11111111111 1111111 11111 2222222 111 222222222222222222 111111111 11 2
lowQualScore : 77 2222 8888888 00000000000 1 5555555555 5 5 77 5 77 5 5 77 77 444444 8888 00 0 66 22222 5 5 5 4 1 9999 66 333 4 8888 66 66 1 4 0 1 00 0 4 88 0000 5 11 5 5 5 5 5 0 5 5555 66 5 5 2222 5 5 66 333333 11 0000 5 1111111111 9999999999999999999999 5 5 5 5 77 00 4 5 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777 77 77 1 5 5 5 7 6 6 6 1111111111111 1 6 1111111 6 0 4444 44 444444 2222 6 6 0 0 99 66666 1111 2 3 8 000 1 4 66666666 4444444 777 4 66 444 55 66 888888888888888888888888888 3 5 888 33333 444444 666666 777 888 5 5 33333333333 11111 66 3 4 4 777 888888 66 4 4 4 9999 4 777 4 4 9999 3 4 4 4 3 000 555 111111 44 88888 55555555555 8888888 3 55 4 0 4 33333 3 4 3 5555555 666 55 3 3 6 1 3 3 000 3 666 999999999999999999 888888888 11 66 0 1 88 0
lowQualScore : .. .... ....... ........... . .......... . . .. . .. . . .. .. ...... .... .. . .. ..... . . . . . .... .. ... . .... .. .. . . . . .. . . .. .... . .. . . . . . . . .... .. . . .... . . .. ...... .. .... . .......... ...................... . . . . .. .. . . ........................................................ .. .. . . . . . . . . ............. . . ....... . . .... .. ...... .... . . . . .. ..... .... . . . ... . . ........ ....... ... . .. ... .. .. ........................... . . ... ..... ...... ...... ... ... . . ........... ..... .. . . . ... ...... .. . . . .... . ... . . .... . . . . . ... ... ...... .. ..... ........... ....... . .. . . . ..... . . . ....... ... .. . . . . . . ... . ... .................. ......... .. .. . . .. .
lowQualScore : 99 1111 6666666 77777777777 4 0000000000 7 7 99 7 99 7 7 99 99 333333 3333 11 1 99 55555 0 0 0 4 7 4444 11 666 4 1111 99 11 9 4 2 1 99 8 4 55 9999 0 99 0 0 0 0 0 5 0 6666 99 0 0 0000 0 0 99 555555 99 6666 0 9999999999 7777777777777777777777 7 7 7 7 77 77 3 7 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99 99 4 7 0 0 3 7 7 7 2222222222222 0 7 7777777 7 2 2222 55 555555 5555 7 7 8 8 22 77777 8888 3 4 1 000 6 4 11111111 4444444 888 4 11 666 66 11 444444444444444444444444444 1 0 888 00000 333333 444444 555 222 0 0 44444444444 11111 11 9 4 4 888 666666 11 4 4 4 4444 4 888 4 4 4444 6 0 0 0 6 444 000 444444 66 33333 88888888888 0000000 6 55 0 6 0 55555 6 2 6 2222222 444 00 3 3 7 1 3 3 000 6 444 222222222222222222 111111111 55 00 4 0 33 7
consensus : NTTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T--A-AA--GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGGCATA--TTTTCTGGATAG-CAGT-GAAAGG-T-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TTGACTTGAC-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------GTACG-----TGT--A-GGTA-AA--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATCGATTT-AGA------------TA----------------T--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CGGG-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA-AT-TT-------T--C--TCGAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTANTCCCATC----CCTTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATGCCTT---TACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG-TTA--T--GGAC-GGCCAA--TTTCTT-------TT---------AAAAA----GTTTTT-AAAACTTTGGA---AAA--CT-TACT------TACTAC------CAAATGT---ATTTATCCACA-GGAA-TAAAAGT-AAT----AC-----TTC-----TA--CTTACG-TCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTGTT--G-TTCTT-A-C----AA-GTTT---CCT-TTT-CCC----CCAATAAA-A-T-TAT-CTA-TNA-TA-G-ATATCCAGTGGCGTA---AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---TAA-AAGATG-GGCT-AAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---A----N-----G---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTTCATAAAGCTTGGGCTAAAAACGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
Reference ( family-3526 ) : NTTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T--A-AN--GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACACTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGGCATAATTTTTCTGGATAG-CAGTTGAAAGG-T-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAGNTTGACTTGAC-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------GTACG-----TGT--A-GGTA-AA--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATCCATTT-AG-------------TA----------------T--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CGGG-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA-AT-TT-------TTTC--TCGAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTACTCCCATC----CCTTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATGCCTT---TACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG-TTA--TATGGAC-GGCCAA--TTTCTT-------TT---------AAAA-----GTTTTT-AAAACTTTGGA---AAA--CT-TACT------TACTAC------CAAATGT---ATTTATCCACA-GGAA-TAAAAGT-AAT----AC-----TTC-----TA--CTTACG-TCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTGTT--G-TTCTT-A-C----AA-GTTT---CCT-TTT-CCC----CCAATAAA-A-T-TAT-CTA-TNN-TA-G-ATATCCAGTGGCGTA---AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---TAA-AAGATG-GGCT-AAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---A----N-----G---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-NTTCATAAAGCTTGGGCTAAAAANANTGGGGAATGGGGCACAAACGTTC
gi|1 : TTTG--AAA----TA-------CCCTTTATT--AGAA--GAT-GACA----------ATATTTCAAGAT-AAACCAC--GACGGAGTGTACCGTT--CCTCGT------GA-A--TCTATGAC--GTTGTGTCA-T-CA-GAGGAAATCGCAATATAGTAAACGTCTAATGCCATC-A-T----------CA--AGAAA-AATGGCATGATTTT-CTGGATAG--AG--GAAAAG-T-GACT-GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAGTTGAACTGAAC-ATGGAGGATCAG-A-ATAACACAG-ACATCAATGG-ACAGAATCCTCACTTTA--CCTTCGATA----------GTACGAATGTTGT--A-GGAC-AAGCCAAATAATC-ATTC-GACAGAA-ACA-GCGATCCATCT--G-------------TAAGATCATTCATCAGATT--GT---GCTCAA-----A-CCGCAGCCAACCAATCGCTGGG-C-GGTCT-GAAATACTTTT-GCGGCGA-TATATATT-------TCTCGATCGAGATG-TTT-------CGTTTT-CCTCT----GTACGTACACCAGAACCCTTTTTCAAATATTTAG-TGTAATACCG-----ATT----ACGCTTTTG-GCATGCCTTAGATGCAGATTGTGTCCCCCAGGACCCGACTCTGCG-T---GTTACG-TT---TATGGACTGAGCAT--AGTCTT-------AT---------AAAAAAAA-GTTTTT-AAAACTTTGGA---AAAACCT-TACTGTGGGCTACTACAAATAACAAATGTGCTATCTATCAAAG-AGAA-TAAAAGT-AAT-------------C-----TA---TTACG-TCG-TAATTATGAAATGTTAA--TTGTCTCGCTTCTTCA-C----AAAGTCTTCCCCT-TTT-TCC----CTAATAAA-A-T-TGTTCTA-TTA-CAAG-ATAGGCAGTGGCGT----AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAAAGAGGGGGGGGG-GGTCAACGA-AAATT-CGAATTAACAAGATG-GGC------GAAAAAAAAAGT---G--GGGGAAG-GGCACCAAAC-TTCATA-AAGCTCAGTCTA---A-AAAATA---A----G-----G---GG--A----G-G
gi|10 : ttgaaagtcaagttaatgaaaatacaccctcaaatgtgatatattgtaggaaattcacttagacaatgagttatgattatttgaaaggagttttgctgcgattttttattataataatgTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T--A-AA--GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TAT--GAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACACTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-atgagggaagttcaaaac
gi|11 : acattaaaggtcaagtataatgaaaataaaaacccttcaaatgttgatatattgtaaatttcactttaaaattgtcatttttgtaagtttctgattttttattgatacataaatgAATAAATA-CATAT-CTA-TGTACA-G-A------GTGACGTACGAAGATG--TGCT-----AA-----------AGAAAA------GTGAGGG-AAC--AT-----TTT-CA---TAA-AAC-TT-TGCT-ATCAAAAA-----------------G-GG-GAAA-CAAACTTTCATA-AAGCT-AGGTTA---A-AA---A---A----A-----G---GGGAG----G-GGGT-TACAAAC-TTTCATAAAAATTG
gi|12 : ttaaaagtgatggttctttagaacaatgtattaTC-----TA--CGTACG-TCG-TAATTAT---ACGTT-----------G-TTATT-A-C----AA-GTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT-AA-G-T-TAT-C-------------TATCCAGTGGTGT----AGCTG--GGCA-----AAAAAAAAGGAAGAAAAAAA--AGAAGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA----AA-AAGCTG-GGCT-------AAAAAAAAGT---GGTGGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGcaaagcaata
gi|13 : AATT-AAT----AC-----TTC-----TA--CTTACG-TCG-TAATTGT---AC----A--TTGTT--G-TTCTT-A-C----GA-GTTT---CCT-TTC-CCT----CCAATAAA-A-T-TAT-CTA-TGA-TA-G-ATGTCCAGTGGCGTA---A-CTG--GGCT-----AA-----------ACAGAAG--GGGGGGGGGG-G
gi|14 : AACAAATGT---G--GGTG-TG-GGGG-TAAACGTTAATA-ATGCT-CGGCTATAGA-AT---A---A----T-----T---GG---------GGGA-CACAAAC-TTTAATAAATCT-GGGCTAAAAACGG-GGGGGGGGGGGCAAAA
gi|15 : TGGGCCAAGT-----CA-T-GA-GAG-ACAGTG----GTACTAAA--ACGC--CCAACA-A-T-AAAC--TTAC---ACAAA-ATTGACATA--TTTCCTAGATAA-Cg
gi|17 : atgcatacaatatttaaaataaatgac-GGCA-CAAACTTTTATA-AAGCT-GAGCTA---A-AA---A---A----AAAAGGG---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTCCATAAAGCT-GGGCTAAAAATGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
gi|18 : CAATAAA-A-T-TAT-CTA-TAA-TA-G-ATATCCAGGTTCGTA---A-CTG--GGCT-----AA-----------AA----A--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-ACTTT-CA---T-C-AAGCTG-GGCT-AAAAGATAA------T---G--GGAG-
gi|19 : AATGT---ATTTATCCACA-G-AA-TAAAAGT-AATTAATAC-----TTC-----TA--CGAACG-TCG-TAATTAG---ACG------TTGTT--G-TTCTT-A-CCTGTAA-GTTT---CCT-TTT-CCC----CCAATAAA-
gi|2 : TTTGGAAAA----TA-------CCTTTT--T--A-AA--GATTGACA-----------TATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-TTTGTCTC--TTGGGTTGA-TGTTATGGAAC--GT-----CA-TTCA-GAG-ACACTG----ATAGTAAA--TCTA---CAATG-AGTGAAGC--CTGTGCTAGAAA-A-TGG-ATA--TTTTC-GAATAG-CAGTTGAAAAGAT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAAACGAAGCTGGCCTTGAC-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACTTATACGG-ATG--ATCT-CT---TA--CT----A-A----------GTACG---------------------------A-C-ATTC-GACAGAG-ACA-GCGATCATTTT-AGATCATTATTTATATA----------------T--ATT--GC--AA-----AACT--CAAC--CCAATC--CGGG-CCG-TCT-GAAATATTTTTTGCGGC-A-TA-AT-TT----------C--TCGA-ATG-TTC-------GGTTTT-C-TAT----GTAT--CCATC----CCTTTTTTCA----TTT-GATG-AAT--CATCAGTATTTGCCGCGGTATTTTGCATGGCTT---TACAGATTGT-T--------ATC-------GCGGT---GTCGCG-TTA--T---GA--AGTCAA--TT-CT--------------------AAA-----GTTTT--AAAGATTTGGATTAAAA--CT--ACTGT----TACT-T------CAAATGT---ATTTATCCACA-T-AA-TAAAAGTGAAT----AC-----TTCAGTTCTA--CTTA-A-TCG-TAATTAT---ACGT-AA--TTGTT--G-TTTTG-AAC----AA-GTTT---CCT-TTT-CCC----CCAATAAA-AAT-TAT-CTA-TTA-TA-G-ATATCC--TGGCGTA----GCTG--GGCT-----AA-----------AAAAA--------GGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---TAA-AAGAT--GGCT----AAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAAATTTCATA-AA-CT-GGGCTA---ATAA---AATTA----A-----G---GG--A------GGGT-CAAAAACGTTTCATAA
gi|21 : ttaaagcaagtataatgaaaattaaaaaaaccctccaaatggataccattgtaatttaacttaaaaattatcatttgtaagttctgattttttttattgtaattacgtaaa-AAGATG-GGCT-AAAGATCGAAA----T---T--G-AG-GG-GGAA-CAAACTT-------AGCT-TATATA---A-AC---A---A----T-----G---GG--G----G-GGG---ACAAAC-TTTCATAAAGCT--GACTAAAAAAA
gi|22 : cgcCGCTTTTT-GCACGCCTT----ACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG-CTA--T---GAC-GGCCAA--TTTATT-------TTTAAA-----AAAA-----G-TTTT-AAAACTTTGGA---AA
gi|23 : TA-TAA-TC-C-ATATC-AGTGGCGTA----GCTG--GGCT-----AA-----------AAA---------TGTTAGG-GGC--ACAA-ACTTT-CA---T-A-AATCTG-GGCT-AAAAAA
gi|24 : tcatgcaa-TA-T-ATATACAGTGGCGTA----GCAT--GGCT-----TA-----------AAAAA------TGTGAGGA-GGC--ACAC-ACTTT-CA---T-A-AAGCTG-GTCT-AAAAA
gi|24 : taaaAAAAAAT---G--TGAG-GA-GGCA-CACACTTTCATA-AAGCT-GGTCTA---A-AA---A---g
gi|27 : taaatatatatacagtggcgtagcatggctt-T--------ACC-------ACGGT---GTCACG-TTA--T---GAC-GGCCAA--TTTCTT-------g
gi|28 : -GG-GGCA-CAAACGTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-GA---
gi|3 : tTTG--AAA----TA-------CCTTTT--TTAA-ATTCGAT-GACA----------AT--T-CAATAT-A--CC-C---ACTGAGT-TAC-GTT--CCT--TTG----AA-T--TATG--AT--GT-----CA-T-CAAGAG-ACACTG----ATAGTAAA--ATTA--GCAATGCA-T-AAGC--CTATA--AGAAA-G--GGAATA-TCTTTCTGGATAGGCAGT-GAA--G-T-GAC--GGTAG-AA-AT-AAA-CGAAGATTGACTTGACCATTT---AT--G-ATAT----CAG-ACATATTCGG-ATG--ATCC-CA---TAA-CT----A-A----------GTACA-----TGT--AAGGTA-CA--CAAA-TA-C-ATT--GACAGAGAACTAGCGTTCGATTTTAGATTACATTT----TA----------------T--ATTTTAC--AA-----A-CT--CAAC--CCAATC--TGGG-C-G-TCTTGAAATATTTTTTGCGGCGA-TA-AT-TT----------C--TCGAGCTGATTC-------GGTTTTTCCTATACAAGTATTCCCATC----C-TTTTTTAAA---TTT-G-TGTA-T--CG-----ATT---CACACTTTTT-GCATGC-TT---TACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACGATTT--TATGAA--AGCCAAATTTTCTT-------TTTAAAAAAAAAAGA-----GTTTTTAAAAACTTTGGA---AAA--C--TACT------TACTAC------CAAATGT---ATTTATCCACA-GTAATTAAACGT-AAT----ACTTCAGTTC-----TATTCTTAAGATCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTGTT--G-TTCTT-A-C----AA-GGTT---CCTATTTACCCAGGTCCGAAAGA-A-T-TA--CTATTTA-TA-GAATATCCAG-GGCAT-----GCTGGCGGCTATAAGAA-----------AAAAAAG--AGGGGGGGGG-GG---ACAAGAATTTCCA---TAA-AAGATG-G--T--------ATAAAAAGTGGGG--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATATATGCT-GGGCTAT--A-AA---A---A----T-----AAGCGG--A----GTGGGTCCACAAA--GTTCATAAAGCt
gi|4 : taattgatacataaatgTTTTG--AAAGTTCTG-------ATTTTT--T--A-TT--GAT-GACA----------ATATT-CAATATTA--CC-G--GCCTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CAAT-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--ACAATA-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGACCTAATTTTTCTTGATAA-CAATTGAAAGG-T-GAC--GG-AG-AA-ATTAAA-CGAATTTTGACTTGAC-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATT--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------ATACA-----TGGGAA-AGTA-AA--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATTCATTT-AG-------------TA----------------T--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CTCG-C-G-TCT-GAAATATTTTC-GCGGCGA-TA-AT-TTAATGAATTTTC--TCGAGATG-CTC-------GGTTTT-CCTAT----GTAATCCCATC----CCTTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATCCTTT---TAC-GATTAT-T--------AAT-------GCGGT---GTCACG-TTATGTATGGAC-GGCCAA--TTTCTT-------TT---------AAAA-----GTTTTT-AAAACTATGGA---AAA--CT-TACT------TACTAC------CAAATTT---ATTTATCCACAGGGAA-TAAAAGT-AAT----AC-----TTC-----AA--CTTACG-TCGTTAATTAT---ACG------TTGTT--G-TTCTT-A-C----GA-GTTT---CCT-TT---CC----CCAATAAA-A-T-TAT-CTA-TAT-TA-G-ATATCCAGTGGCGTA---AACTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AAAGGGGGGGCGAC--ACAA-AA-TT-CA---TAA-AGGATGCGGCGAAAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAA-GT-GGCA-CAAACTTTCAT--AAGCT-AGGCTA---A-AA---GTT-A----T-----G---GG--A----G-GGGT-CAC-AAT-GTTCATTAAGCTTTGGGTAAAAATACTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
gi|5 : tTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T--A-AA--GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT---CC--T------GA-T--TAT--GAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AG-AA-AATGGCATA--TTTTCTGGATAG-CAGTGGAA--G-T-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TTGACTTGAC-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACAC-G-ATG--ATCC-GA---TGATCT----A-A----------GTACA-----TGT--A-GGTACAG--CAAA-AA-CAATTC-GACAGA-GAC-AGCGATCGATTT-AG--------------------------------------------------------AACC--CCAATC--CGGGCC-G-TCT-GAAAtg
gi|5 : cttaaaggtcaagtataatgaaaataaattaaaataaaaaaccttcaaattgttgataatattgtaaatttcacataaaaattattatttttgtaagtttctgattttttattgatacataaatgT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG-TTA--T---GAC-GGCCAA----------------T---------A----------TTTT-AAAACTTTGGA---AAA--CTATACT------TACTAC------CAAATGT---ATTTATCCACA-GG-A-TAAAAGT-AAT----AC-----TTC-----T----TTAGA-TCG-CAATTAT---ACGTTAATTTTGTT--G-TTTTT-A-C----AA-GTTT---TCT-TTT-CCC----CCAATAAA-A-T-TAT-CTA-TTG-TA-G-ATATCCAGTGGCGTA---GTGTG--GGAT-----AA-----------AAAAGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncttaccgcggtgtcacgttatgacggccaatattttaaaactttggaaaactatacttactaccaaatgtatttatccacaggataaaagtaatacttctttagatcgcaattatacgttaattttgttgtttttacaagttttcttttcccccaataaaattatctattgtagatatccagtggcgtagtgtgggataaaaaagaggg
gi|6 : cttaaaggtcaagtataatgaaaataaattaaaataaaaaaccttcaaattgttgataatattgtaaatttcacataaaaattattatttttgtaagtttctgattttttattgatacataaatgtttgaaatacctttttaaagatgacaatattcaatatacccgactgagttacgttcctgattatgacgtcatcagagacattgatagtaaatctagcaatgataagcctataagaaaatggcatattttctggatagcagtggaagtgacggagaaataaacgaagttgacttgacattatgaatacagacatacacgatgatccgatgatctaagtacatgtaggtacagcaaaaacaattcgacagagacagcgatcgatttagaaccccaatccgggccgtctgaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncATA--AGAAATAATGGAATA--TTTTCTAGATAG-CAGT-GAAAGT-TTGAT--G--AG-AA-AT-AAA-CGAAG--TGACTTGAC-ATT----AT--GTA-ATA---CAG-ACATATACGG-ATG--ATCC--A---TA--CT----A-ACTTAATGTAGGTACA-----TG---A-TGTA-CA--AAAA-AA-C-ATTCCGACAAGAGACA-GCGATCGATTT-AG--------------A----------------T--AA---TC--AATTGATA-TC--AACC--C-AATC--GGGC-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGAATA-AT-TT-------T------CGAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTA-TCCCATC----C-TTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACG--TTTTTGCATGC--T---TACGGATTGT-T--------ACC-------GAGGTTTGGTCACG-TTA--T--GGAC-AGGCAA--TTTCCT-------TT---------AAAAAAATAGTTTTT-AAAACTTTGGA---AA----C-TACT------TACTAC------CAAATGT---ATTT-TCCATA-G-AA-TGAAAGG-TAT----AC-----TTC-----TA--CTAAGA-TC--TAATTAT---ACGTTAA--TTGTT--G-TTCTT-C-A----AA-GTTT---TCT-TTT-CCC----CAAATAAA-A-T-T-------------------TCGAGTGG-GT----AGTTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AAGGGGGGGG-GGC--ACAG-AATTT-CA---T-A-AAGATG-GGCT-------AAAAAAAAGT---G--GGGG-AGTGGTACCAAATGTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---ATACTG-----A---GG--AAATTG-GGG--CACAAAC-GTTTATAAAGCTggg
gi|7 : TTTG--AAA----TATAACGCTCGTTTT--A--A-AA--GATCGACAGATAATGTCCATATT-C--TGT-A--CC-CATGACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GACT--TATGGA----GT-----CA-T-CA-GAG-AC-TTG----ATAGTAAA--TCTT--ACAATG-A---AAGCCTCTATA--AG-----ATGGCATAAACT--------------------GG-T-GACTTGG-AGTAATAT-AAA-CGAAG-TTGA-TTGAC-GTT----AT--G-A-AT----CAGTACATACACGGCATG--ATCC-C----TA--CT----A-A----------gg
gi|8 : ttaagaactttaatgttcattgtatagagaaaactgaccctctcaaatttgttaatggttggttaattccactgtaatattttttaattttttgaaagattctgattttttcattgatttacatacatg-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA-AT-TT----------C--TGGAATTG-TTCTGNNNNNNNNNNN-NNNNN----NNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN---NNN-N-NNNNNN--NN-----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-N--------NNN-------NNNNN---NNCACG-TTA--T---GAC-GGCCAA--TTTCTTAATAGCTTT---------AAAAA----GGTTTT-AAAACTTTGAA---AAA--AC-TACT------TACAAC------CAAATGTAAAATTTATCCACA--GAA-TAAAAagctacatttatt
gi|9 : -ACATCG----ATAGTAAA--TCTA--------------AGC--CTATA--AGAAA-A-TGGCATA--TTTTCTGGATAG-CAGT-GAAAG--T-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TTGACTTGAC-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------GTACA-----TGT--A-GGTACAC--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGA-AAC-AGCGATCCATTT-AAAGATCAT------TA----------------TCAGT---GC--AA-----A-CTC-ACCC--CCAATC--CGGGCC-G-TCT-GAAATATTTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATAAAAATGAAAGTATCTCAAGTGTTGATATCTTGTCAAAATCATTTAGAAATTATAATTACGAAAGTTTTTGATTTTTTTATATTGATGGATAAATTTTTGGAAT
Unaligned ( gi|20 ): TAAAGATCAAGACATTAGTGTAATGATAATGAAAAAACCCAAAAGTTGACATATTTTCAATTTCACTTAGAAATTGTAATTTTTGAAAGTTTCTAATT
Unaligned ( gi|25 ): TAATGAAAATAAAACCCCCTCAAATGTTAATATATTTTGTAAATTTTACTTAAAAATTATCATTTTTGT
Unaligned ( gi|26 ): TGTGGCGTGAGAGAGAAGTACAAAAATGGTCACAAAACGTCATAAAG
Alignments
lowQualScore : 1111 1111111 111 1 2222222222 222222 11 11111 111 1 11 11 1111 1111 111111 11 1111 2222222222 2222222222222222222222 11 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 111 333333333333 1111111 1111 11 111111 1111 11111 1111 1 11111111 1111111 111 4444444444444444444444444444444 22222 111111 111111 111 1111 22222 111111 11 1111 222222 11111111111 1111111 11111 2222222 111 222222222222222222 111111111 11 2
lowQualScore : 77 2222 8888888 8888 5 000 1 5555555555 5 5 77 5 77 5 5 77 77 444444 8888 00 0 66 22222 5 5 5 4 9999 66 333 4 8888 66 66 1 4 0 1 4 7777 4 11 222 5 11 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5555 66 5 5 2222 5 5 66 333333 11 0000 5 1111111111 9999999999999999999999 5 5 5 5 77 00 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 77 1 5 5 5 6 5 000 444444444444 77 1 5 8888888 5 0 2222 00 222222 0000 5 5 0 0 77 44444 0000 2 1 7 888 6 4 66666666 4444444 777 99999999 4 6 55 000 1111111111111111111111111111111 5 888 00000 77 666666 666666 888 888 888 5 5 0000 55555 66 3 4 4 777 888888 66 4 0 00 3333 777 4 4 9999 3 3 4 4 3 66 3 3 111111 44 88888 55555555555 6666666 3 55 4 0 4 33333 3 4 3 5555555 666 55 3 3 6 1 3 3 000 3 666 999999999999999999 888888888 11 5 0 0 7
lowQualScore : .. .... ....... .... . ... . .......... . . .. . .. . . .. .. ...... .... .. . .. ..... . . . . .... .. ... . .... .. .. . . . . . .... . .. ... . .. . . . . . . . . . . .... .. . . .... . . .. ...... .. .... . .......... ...................... . . . . .. .. ............................................................................. .. .. . . . . . . ... ............ .. . . ....... . . .... .. ...... .... . . . . .. ..... .... . . . ... . . ........ ....... ... ........ . . .. ... ............................... . ... ..... .. ...... ...... ... ... ... . . .... ..... .. . . . ... ...... .. . . .. .... ... . . .... . . . . . .. . . ...... .. ..... ........... ....... . .. . . . ..... . . . ....... ... .. . . . . . . ... . ... .................. ......... .. . . . .
lowQualScore : 99 1111 6666666 3333 7 000 4 0000000000 7 7 99 7 99 7 7 99 99 333333 3333 11 1 99 55555 0 0 0 4 4444 11 666 4 1111 99 11 9 4 2 1 4 0000 4 99 999 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6666 99 0 0 0000 0 0 99 555555 99 6666 0 9999999999 7777777777777777777777 7 7 7 7 77 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 99 4 7 0 0 4 7 000 444444444444 99 0 7 6666666 7 3 1111 99 777777 9999 7 7 9 9 99 33333 3333 1 9 2 888 4 4 11111111 4444444 888 99999999 4 7 66 999 4444444444444444444444444444444 0 888 00000 99 444444 444444 888 888 222 0 0 6666 00000 11 9 4 4 888 666666 11 4 1 66 9999 888 4 4 4444 6 6 0 0 6 99 3 3 444444 66 33333 88888888888 0000000 6 55 0 6 0 55555 6 2 6 2222222 444 00 3 3 7 1 3 3 000 6 444 222222222222222222 111111111 55 0 4 7 3
consensus : NTTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GAAAGGT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------GTACG-----TGT--A-GGTA-AA--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATC---------G------------AT------TT-AGA------T--------AT--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CGGG-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T-TC--TCGAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTANTCCCATC----CCTTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATGCCTT---TACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG---T----T-ATGGAC-GGCCAA--TTTCTT-------TT--------AAAA---A----GTTTTT-AAAACTTTGG---AAAA--CT-TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATCCACA-GGAA-TAAAAGT-AAT----AC-----TTCTA--CTTACG-TCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--AC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TN-AT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---TAA-AAGATG-GGCT-AAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---A----N-----G---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTTCATAAAGCTTGGGCTAAAAACGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
Reference ( family-3526 ) : NTTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GAAAGGT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------GTACG-----TGT--A-GGTA-AA--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATC---------G------------AT------TT-AGA------T--------AT--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CGGG-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T-TC--TCGAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTANTCCCATC----CCTTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATGCCTT---TACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG---T----T-ATGGAC-GGCCAA--TTTCTT-------TT--------AAAA---A----GTTTTT-AAAACTTTGG---AAAA--CT-TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATCCACA-GGAA-TAAAAGT-AAT----AC-----TTCTA--CTTACG-TCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--AC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TN-AT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---TAA-AAGATG-GGCT-AAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---A----N-----G---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTTCATAAAGCTTGGGCTAAAAACGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
gi|1 : TTTG--AAA----TA-------CCCTTTATT-AGAA---GAT-GACA----------ATATTTCAAGAT-AAACCAC--GACGGAGTGTACCGTT--CCTCGT------GA-A--TCTATGAC--GTTGTGTCA-T-CA-GAGGAAATCGCAATATAGTAAACGTCTAATGCCATC-A-T----------CA--AGAAA-AATGGCATGA--T-TTTCTGGATAG--AG---GAAAAGT-GACT-GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAA-CTGAAC-ATGGAGGATCAG-A-ATAACACAG-ACATCAATGG-ACAGAATCCTCACTTTA--CCTTCGATA----------GTACGAATGTTGT--A-GGAC-AAGCCAAATAATC-ATTC-GACAGAA-ACA-GCGATCCATCTGTAAG------------ATCATTCATC-AGA------T---------T--GT---GCTCAA-----A-CCGCAGCCAACCAATCGCTGGG-C-GGTCT-GAAATACTTTT-GCGGCGA-TATATATT---------TCTCGATCGAGATG-TTT-------CGTTTT-CCTCT----GTACGTACACCAGAACCCTTTTTCAAATATTTAG-TGTAATACCG-----ATT----ACGCTTTTG-GCATGCCTTAGATGCAGATTGTGTCCCCCAGGACCCGACTCTGCG-T---GTTACG---T----TTATGGACTGAGCAT--AGTCTT-------AT--------AAAAAAAA----GTTTTT-AAAACTTTGG---AAAAACCT-TAC--TGTGGGCTACTACAAATAACAAATGTGCT---ATCTATCAAAG-AGAA-TAAAAGT-AA-------------TCTA---TTACG-TCG-TAATTATGAAATGTTAA--TTGTCTCGCTTCTTC-ACA---AAGTCTTCCCCT-TTT-TCC----CTAAT-AAA-AT-TGTTCTA-TT-ACAAG-ATAGGCAGTGGCGT----AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAAAGAGGGGGGGGG-GGTCAACGA-AAATT-CGAATTAACAAGATG-GGC------GAAAAAAAAAGT---G--GGGGAAG-GGCACCAAAC-TTCATA-AAGCTCAGTCTA---A-AAAATA---A----G-----G---GG--A----G-G
gi|10 : ttgaaagtcaagttaatgaaaatacaccctcaaatgtgatatattgtaggaaattcacttagacaatgagttatgattatttgaaaggagttttgctgcgattttttattataataatgTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TAT--GAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACACTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-atgagggaagttcaaaac
gi|11 : acattaaaggtcaagtataatgaaaataaaaacccttcaaatgttgatatattgtaaatttcactttaaaattgtcatttttgtaagtttctgattttttattgatacataaatgAAT-AAATACATA-TCTA-TGTAC-AG-A------GTGACGTACGAAGATG--TGCT-----AA-----------AGAAAA------GTGAGGG-AAC--AT-----TTT-CA---TAA-AAC-TT-TGCT-ATCAAAAA-----------------G-GG-GAAA-CAAACTTTCATA-AAGCT-AGGTTA---A-AA---A---A----A-----G---GGGAG----G-GGGT-TACAAAC-TTTCATAAAAATTG
gi|12 : ttaaaagtgatggttctttagaacaatgtattaTCTA--CGTACG-TCG-TAATTAT---ACGTT-----------G-TTATT--AC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT--AA-GT-TA-TC-------------TATCCAGTGGTGT----AGCTG--GGCA-----AAAAAAAAGGAAGAAAAAAA--AGAAGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA----AA-AAGCTG-GGCT-------AAAAAAAAGT---GGTGGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGcaaagcaata
gi|13 : AATT-AAT----AC-----TTCTA--CTTACG-TCG-TAATTGT---AC----A--TTG--TTG-TTCTT--AC----GAGTTT---CCT-TTC-CCT----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TG-AT-AG-ATGTCCAGTGGCGTA---A-CTG--GGCT-----AA-----------ACAGAAG--GGGGGGGGGG-G
gi|14 : AACAAATGT---G--GGTG-TG-GGGG-TAAACGTTAATA-ATGCT-CGGCTATAGA-AT---A---A----T-----T---GG---------GGGA-CACAAAC-TTTAATAAATCT-GGGCTAAAAACGG-GGGGGGGGGGGCAAAA
gi|15 : TGGGCCAAGT-----CA-T-GA-GAG-ACAGTG----GTACTAAA--ACGC--CCAACA-A-T-AAAC--TTAC---ACAAA-ATTGACAT-A--T-TTCCTAGATAA-Cg
gi|17 : atgcatacaatatttaaaataaatgac-GGCA-CAAACTTTTATA-AAGCT-GAGCTA---A-AA---A---A----AAAAGGG---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTCCATAAAGCT-GGGCTAAAAATGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
gi|18 : CAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TA-AT-AG-ATATCCAGGTTCGTA---A-CTG--GGCT--------------------AAAAA--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-ACTTT-CA---T-C-AAGCTG-GGCT-AAAAGATAA------T---G--GGAG-
gi|19 : AATG---T---ATTTATCCACA-G-AA-TAAAAGT-AATTAATAC-----TTCTA--CGAACG-TCG-TAATTAG---ACG------TTG--TTG-TTCTT--ACCTGTAAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-
gi|2 : TTTGGAAAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GATTGACA-----------TATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-TTTGTCTC--TTGGGTTGA-TGTTATGGAAC--GT-----CA-TTCA-GAG-ACACTG----ATAGTAAA--TCTA---CAATG-AGTGAAGC--CTGTGCTAGAAA-A-TGG-AT-A--T-TTTC-GAATAG-CAGTTGAAAAGAT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAAACGAAG-CT-GGCCTTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACTTATACGG-ATG--ATCT-CT---TA--CT----A-A----------GTACG---------------------------A-C-ATTC-GACAGAG-ACA-GCGATC---------ATTTTAGATCATTAT------TT-ATA------T--------AT--ATT--GC--AA-----AACT--CAAC--CCAATC--CGGG-CCG-TCT-GAAATATTTTTTGCGGC-A-TA---ATT---------T--C--TCGA-ATG-TTC-------GGTTTT-C-TAT----GTAT--CCATC----CCTTTTTTCA----TTT-GATG-AAT--CATCAGTATTTGCCGCGGTATTTTGCATGGCTT---TACAGATTGT-T--------ATC-------GCGGT---GTCGCG---T----T-ATGAA---GTCAA---TTCT--------------------AA---A----G-TTTT-AAAGATTTGGATTAAAA--C--TACTGT------TACT-T------CAAATG---T---ATTTATCCACA--TAA-TAAAAGTGAAT----ACTTCAGTTCTA--CTTA-A-TCG-TAATTAT---ACG-TAA--TTG--TTG-TT-TTGAAC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAATAAAA-AT-TA-TCTA-TT-AT-AG-ATATCC--TGGCGT----AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAA--------GGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---TAA-AAGAT--GGCT----AAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAAATTTCATA-AA-CT-GGGCTA---ATAA---AATTA----A-----G---GG--A------GGGT-CAAAAACGTTTCATAA
gi|21 : ttaaagcaagtataatgaaaattaaaaaaaccctccaaatggataccattgtaatttaacttaaaaattatcatttgtaagttctgattttttttattgtaattacgtaaa-AAGATG-GGCT-AAAGATCGAAA----T---T--G-AG-GG-GGAA-CAAACTT-------AGCT-TATATA---A-AC---A---A----T-----G---GG--G----G-GGG---ACAAAC-TTTCATAAAGCT--GACTAAAAA
gi|22 : cgcCGCTTTTT-GCACGCCTT----ACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG---C----T-AT-GAC-GGCCAA--TTTATT-------TTTAA-----AAAA---A----G-TTTT-AAAACTTTGG---AAAaa
gi|23 : TA-TA-AT-CC-ATATC-AGTGGCGTA----GCTG--GGCT-----AA-----------AAA---------TGTTAGG-GGC--ACAA-ACTTT-CA---T-A-AATCTG-GGCT-AAAAAA
gi|24 : tcatgcaa-AT-AT-ATATACAGTGGCGT----AGCAT--GGCT-----TA-----------AAAAA------TGTGAGGA-GGC--ACAC-ACTTT-CA---T-A-AAGCTG-GTCT-AAAAA
gi|24 : taaAAAAAAT---G--TGAG-GA-GGCA-CACACTTTCATA-AAGCT-GGTCTA---A-AA---A---g
gi|27 : taaatatatatacagtggcgtagcatggctt-T--------ACC-------ACGGT---GTCACG---T----T-AT-GAC-GGCCAA--TTTCTT-------g
gi|28 : -GG-GGCA-CAAACGTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-GA---
gi|3 : tTTG--AAA----TA-------CCTTTT--TTA-AATTCGAT-GACA----------AT--T-CAATAT-A--CC-C---ACTGAGT-TAC-GTT--CCT--TTG----AA-T--TATG--AT--GT-----CA-T-CAAGAG-ACACTG----ATAGTAAA--ATTA--GCAATGCA-T-AAGC--CTATA--AGAAA-G--GGAAT-A--TCTTTCTGGATAGGCAGT--GAA--GT-GAC--GGTAG-AA-AT-AAA-CGAAGATT-GAC-TTGA-CCATTT---AT--G-ATAT----CAG-ACATATTCGG-ATG--ATCC-CA---TAA-CT----A-A----------GTACA-----TGT--AAGGTA-CA--CAAA-TA-C-ATT--GACAGAGAACTAGCGTTC---------G------------AT------TTTAGA------TTACATTTTAT--ATTTTAC--AA-----A-CT--CAAC--CCAATC--TGGG-C-G-TCTTGAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T--C--TCGAGCTGATTC-------GGTTTTTCCTATACAAGTATTCCCATC----C-TTTTTTAAA---TTT-G-TGTA-T--CG-----ATT---CACACTTTTT-GCATGC-TT---TACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACGATTT----T-ATGAA--AGCCAAATTTTCTT-------TTTAAAAAAAAAAG---A----GTTTTTAAAAACTTTGG---AAAA--C--TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATCCACA-GTAATTAAACGT-AAT----ACTTCAGTTCTATTCTTAAGATCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--AC----AAGGTT---CCTATTTACCCAGGTCCGAA-AGA-AT-TA--CTATTT-AT-AGAATATCCAG-GGCAT-----GCTGGCGGCTATAAGAA-----------AAAAAAG--AGGGGGGGGG-GG---ACAAGAATTTCCA---TAA-AAGATG-G--T--------ATAAAAAGTGGGG--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATATATGCT-GGGCTAT--A-AA---A---A----T-----AAGCGG--A----GTGGGTCCACAAA--GTTCATAAAGCt
gi|4 : taattgatacataaatgTTTTG--AAAGTTCTG-------ATTTTT--T-A-TT---GAT-GACA----------ATATT-CAATATTA--CC-G--GCCTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CAAT-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--ACAATA-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGACCT-AATT-TTTCTTGATAA-CAATT-GAAAGGT-GAC--GG-AG-AA-ATTAAA-CGAAT-TTTGAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATT--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------ATACA-----TGGGAA-AGTA-AA--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATT---------C------------AT------TT-AG-------T--------AT--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CTCG-C-G-TCT-GAAATATTTTC-GCGGCGA-TA---ATTTAATGAATTT-TC--TCGAGATG-CTC-------GGTTTT-CCTAT----GTAATCCCATC----CCTTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATCCTTT---TAC-GATTAT-T--------AAT-------GCGGT---GTCACG---TTATGT-ATGGAC-GGCCAA--TTTCTT-------TT---------AAA---A----GTTTTT-AAAACTATGG---AAAA--CT-TAC--T------TACTAC------CAAATT---T---ATTTATCCACAGGGAA-TAAAAGT-AAT----AC-----TTCAA--CTTACG-TCGTTAATTAT---ACG------TTG--TTG-TTCTT--AC----GAGTTT---CCT-TT---CC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TA-TT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---AACTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AAAGGGGGGGCGAC--ACAA-AA-TT-CA---TAA-AGGATGCGGCGAAAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAA-GT-GGCA-CAAACTTTCAT--AAGCT-AGGCTA---A-AA---GTT-A----T-----G---GG--A----G-GGGT-CAC-AAT-GTTCATTAAGCTTTGGGTAAAAATACTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
gi|5 : tTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT---CC--T------GA-T--TAT--GAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AG-AA-AATGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GGAA-GT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACAC-G-ATG--ATCC-GA---TGATCT----A-A----------GTACA-----TGT--A-GGTACAG--CAAA-AA-CAATTC-GACAGA-GAC-AGCGATC---------G------------AT------TT-AG------------------------------------------AACC--CCAATC--CGGGCC-G-TCT-GAAANNNNNNNNNNNNNNN-NN---NNN---------N-NN--NNNNNNNN-NNN-------NNNNNN-NNNNN----NNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN---NNN-N-NNNNNN--NN-----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNC------T-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG---T----T-AT-GAC-GGCCAA----------------T--------A-------------TTTT-AAAACTTTGG---AAAA--CTATAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATCCACA-GG-A-TAAAAGT-AAT----AC-----TTCT----TTAGA-TCG-CAATTAT---ACGTTAATTTTG--TTG-TTTTT--AC----AAGTTT---TCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TT-GT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---GTGTG--GGAT-----AA-----------AAAAGAtg
gi|6 : cttaaaggtcaagtataatgaaaataaattaaaataaaaaaccttcaaattgttgataatattgtaaatttcacataaaaattattatttttgtaagtttctgattttttattgatacataaatgATA--AGAAATAATGGAAT-A--T-TTTCTAGATAG-CAGT--GAAAGTTTGAT--G--AG-AA-AT-AAA-CGAAG-T--GAC-TTGA-C-ATT----AT--GTA-ATA---CAG-ACATATACGG-ATG--ATCC--A---TA--CT----A-ACTTAATGTAGGTACA-----TG---A-TGTA-CA--AAAA-AA-C-ATTCCGACAAGAGACA-GCGATC---------G------------AT------TT-AGA------T--------A---AT----C--AATTGATA-TC--AACC--C-AATC--GGGC-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGAATA---ATT---------T-TC----GAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTA-TCCCATC----C-TTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACG--TTTTTGCATGC--T---TACGGATTGT-T--------ACC-------GAGGTTTGGTCACG---T----T-ATGGAC-AGGCAA--TTTCCT-------TT--------AAAA---AAATAGTTTTT-AAAACTTTGG---AAA----C-TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTT-TCCATA-G-AA-TGAAAGG-TAT----AC-----TTCTA--CTAAGA-TC--TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--CA----AAGTTT---TCT-TTT-CCC----CAAAT-AAA-AT-T-------------------TCGAGTGG-GT----AGTTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AAGGGGGGGG-GGC--ACAG-AATTT-CA---T-A-AAGATG-GGCT-------AAAAAAAAGT---G--GGGG-AGTGGTACCAAATGTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---ATACTG-----A---GG--AAATTG-GGG--CACAAAC-GTTTATAAAGCTggg
gi|7 : TTTG--AAA----TATAACGCTCGTTTT--A-A-AA---GATCGACAGATAATGTCCATATT-C--TGT-A--CC-CATGACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GACT--TATGGA----GT-----CA-T-CA-GAG-AC-TTG----ATAGTAAA--TCTT--ACAATG-A---AAGCCTCTATA--AG-----ATGGCAT-A-------------AA-C--T------GGT-GACTTGG-AGTAATAT-AAA-CGAAG-TT-GA--TTGA-C-GTT----AT--G-A-AT----CAGTACATACACGGCATG--ATCC-C----TA--CT----A-A----------gg
gi|8 : ttaagaactttaatgttcattgtatagagaaaactgaccctctcaaatttgttaatggttggttaattccactgtaatattttttaattttttgaaagattctgattttttcattgatttacatacatg-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T--C--TGGAATTG-TTCTGNNNNNNNNNNN-NNNNN----NNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN---NNN-N-NNNNNN--NN-----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-N--------NNN-------NNNNN---NNCACG---T----T-ATG-AC-GGCCAA--TTTCTTAATAGCTTT--------AAAA---A----GGTTTT-AAAACTTTGA---AAAA--AC-TAC--T------TACAAC------CAAATG---TAAAATTTATCCACA--GAA-TAAAAagctacatttatt
gi|9 : -ACATCG----ATAGTAAA--TCTA--------------AGC--CTATA--AGAAA-A-TGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GAAAG-T-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------GTACA-----TGT--A-GGTACAC--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGA-AAC-AGCGATC---------C------------AT------TT-AAAGATCATT--------ATCAGT---GC--AA-----A-CTC-ACCC--CCAATC--CGGGCC-G-TCT-GAAATATTTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATAAAAATGAAAGTATCTCAAGTGTTGATATCTTGTCAAAATCATTTAGAAATTATAATTACGAAAGTTTTTGATTTTTTTATATTGATGGATAAATTTTTGGAAT
Unaligned ( gi|20 ): TAAAGATCAAGACATTAGTGTAATGATAATGAAAAAACCCAAAAGTTGACATATTTTCAATTTCACTTAGAAATTGTAATTTTTGAAAGTTTCTAATT
Unaligned ( gi|25 ): TAATGAAAATAAAACCCCCTCAAATGTTAATATATTTTGTAAATTTTACTTAAAAATTATCATTTTTGT
Unaligned ( gi|26 ): TGTGGCGTGAGAGAGAAGTACAAAAATGGTCACAAAACGTCATAAAG
Alignments
lowQualScore : 1111 1111111 111 1 2222222222 222222 11 11111 111 1 11 11 1111 1111 111111 11 1111 2222222222 2222222222222222222222 11 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 111 333333333333 1111111 1111 11 111111 1111 11111 1111 1 11111111 1111111 111 4444444444444444444444444444444 22222 111111 111111 111 1111 22222 111111 11 1111 222222 11111111111 1111111 11111 2222222 111 222222222222222222 111111111 11 2
lowQualScore : 77 2222 8888888 8888 5 000 1 5555555555 5 5 77 5 77 5 5 77 77 444444 8888 00 0 66 22222 5 5 5 4 9999 66 333 4 8888 66 66 1 4 0 1 4 7777 4 11 222 5 11 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5555 66 5 5 2222 5 5 66 333333 11 0000 5 1111111111 9999999999999999999999 5 5 5 5 77 00 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 77 1 5 5 5 6 5 000 444444444444 77 1 5 8888888 5 0 2222 00 222222 0000 5 5 0 0 77 44444 0000 2 1 7 888 6 4 66666666 4444444 777 99999999 4 6 55 000 1111111111111111111111111111111 5 888 00000 77 666666 666666 888 888 888 5 5 0000 55555 66 3 4 4 777 888888 66 4 0 00 3333 777 4 4 9999 3 3 4 4 3 66 3 3 111111 44 88888 55555555555 6666666 3 55 4 0 4 33333 3 4 3 5555555 666 55 3 3 6 1 3 3 000 3 666 999999999999999999 888888888 11 5 0 0 7
lowQualScore : .. .... ....... .... . ... . .......... . . .. . .. . . .. .. ...... .... .. . .. ..... . . . . .... .. ... . .... .. .. . . . . . .... . .. ... . .. . . . . . . . . . . .... .. . . .... . . .. ...... .. .... . .......... ...................... . . . . .. .. ............................................................................. .. .. . . . . . . ... ............ .. . . ....... . . .... .. ...... .... . . . . .. ..... .... . . . ... . . ........ ....... ... ........ . . .. ... ............................... . ... ..... .. ...... ...... ... ... ... . . .... ..... .. . . . ... ...... .. . . .. .... ... . . .... . . . . . .. . . ...... .. ..... ........... ....... . .. . . . ..... . . . ....... ... .. . . . . . . ... . ... .................. ......... .. . . . .
lowQualScore : 99 1111 6666666 3333 7 000 4 0000000000 7 7 99 7 99 7 7 99 99 333333 3333 11 1 99 55555 0 0 0 4 4444 11 666 4 1111 99 11 9 4 2 1 4 0000 4 99 999 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6666 99 0 0 0000 0 0 99 555555 99 6666 0 9999999999 7777777777777777777777 7 7 7 7 77 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 99 4 7 0 0 4 7 000 444444444444 99 0 7 6666666 7 3 1111 99 777777 9999 7 7 9 9 99 33333 3333 1 9 2 888 4 4 11111111 4444444 888 99999999 4 7 66 999 4444444444444444444444444444444 0 888 00000 99 444444 444444 888 888 222 0 0 6666 00000 11 9 4 4 888 666666 11 4 1 66 9999 888 4 4 4444 6 6 0 0 6 99 3 3 444444 66 33333 88888888888 0000000 6 55 0 6 0 55555 6 2 6 2222222 444 00 3 3 7 1 3 3 000 6 444 222222222222222222 111111111 55 0 4 7 3
consensus : NTTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GAAAGGT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------GTACG-----TGT--A-GGTA-AA--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATC---------G------------AT------TT-AGA------T--------AT--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CGGG-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T-TC--TCGAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTANTCCCATC----CCTTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATGCCTT---TACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG---T----T-ATGGAC-GGCCAA--TTTCTT-------TT--------AAAA---A----GTTTTT-AAAACTTTGG---AAAA--CT-TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATCCACA-GGAA-TAAAAGT-AAT----AC-----TTCTA--CTTACG-TCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--AC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TN-AT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---TAA-AAGATG-GGCT-AAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---A----N-----G---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTTCATAAAGCTTGGGCTAAAAACGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
Reference ( family-3526 ) : NTTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GAAAGGT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------GTACG-----TGT--A-GGTA-AA--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATC---------G------------AT------TT-AGA------T--------AT--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CGGG-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T-TC--TCGAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTANTCCCATC----CCTTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATGCCTT---TACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG---T----T-ATGGAC-GGCCAA--TTTCTT-------TT--------AAAA---A----GTTTTT-AAAACTTTGG---AAAA--CT-TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATCCACA-GGAA-TAAAAGT-AAT----AC-----TTCTA--CTTACG-TCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--AC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TN-AT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---TAA-AAGATG-GGCT-AAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---A----N-----G---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTTCATAAAGCTTGGGCTAAAAACGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
gi|1 : TTTG--AAA----TA-------CCCTTTATT-AGAA---GAT-GACA----------ATATTTCAAGAT-AAACCAC--GACGGAGTGTACCGTT--CCTCGT------GA-A--TCTATGAC--GTTGTGTCA-T-CA-GAGGAAATCGCAATATAGTAAACGTCTAATGCCATC-A-T----------CA--AGAAA-AATGGCATGA--T-TTTCTGGATAG--AG---GAAAAGT-GACT-GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAA-CTGAAC-ATGGAGGATCAG-A-ATAACACAG-ACATCAATGG-ACAGAATCCTCACTTTA--CCTTCGATA----------GTACGAATGTTGT--A-GGAC-AAGCCAAATAATC-ATTC-GACAGAA-ACA-GCGATCCATCTGTAAG------------ATCATTCATC-AGA------T---------T--GT---GCTCAA-----A-CCGCAGCCAACCAATCGCTGGG-C-GGTCT-GAAATACTTTT-GCGGCGA-TATATATT---------TCTCGATCGAGATG-TTT-------CGTTTT-CCTCT----GTACGTACACCAGAACCCTTTTTCAAATATTTAG-TGTAATACCG-----ATT----ACGCTTTTG-GCATGCCTTAGATGCAGATTGTGTCCCCCAGGACCCGACTCTGCG-T---GTTACG---T----TTATGGACTGAGCAT--AGTCTT-------AT--------AAAAAAAA----GTTTTT-AAAACTTTGG---AAAAACCT-TAC--TGTGGGCTACTACAAATAACAAATGTGCT---ATCTATCAAAG-AGAA-TAAAAGT-AA-------------TCTA---TTACG-TCG-TAATTATGAAATGTTAA--TTGTCTCGCTTCTTC-ACA---AAGTCTTCCCCT-TTT-TCC----CTAAT-AAA-AT-TGTTCTA-TT-ACAAG-ATAGGCAGTGGCGT----AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAAAGAGGGGGGGGG-GGTCAACGA-AAATT-CGAATTAACAAGATG-GGC------GAAAAAAAAAGT---G--GGGGAAG-GGCACCAAAC-TTCATA-AAGCTCAGTCTA---A-AAAATA---A----G-----G---GG--A----G-G
gi|10 : ttgaaagtcaagttaatgaaaatacaccctcaaatgtgatatattgtaggaaattcacttagacaatgagttatgattatttgaaaggagttttgctgcgattttttattataataatgTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TAT--GAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACACTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-atgagggaagttcaaaac
gi|11 : acattaaaggtcaagtataatgaaaataaaaacccttcaaatgttgatatattgtaaatttcactttaaaattgtcatttttgtaagtttctgattttttattgatacataaatgAAT-AAATACATA-TCTA-TGTAC-AG-A------GTGACGTACGAAGATG--TGCT-----AA-----------AGAAAA------GTGAGGG-AAC--AT-----TTT-CA---TAA-AAC-TT-TGCT-ATCAAAAA-----------------G-GG-GAAA-CAAACTTTCATA-AAGCT-AGGTTA---A-AA---A---A----A-----G---GGGAG----G-GGGT-TACAAAC-TTTCATAAAAATTG
gi|12 : ttaaaagtgatggttctttagaacaatgtattaTCTA--CGTACG-TCG-TAATTAT---ACGTT-----------G-TTATT--AC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT--AA-GT-TA-TC-------------TATCCAGTGGTGT----AGCTG--GGCA-----AAAAAAAAGGAAGAAAAAAA--AGAAGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA----AA-AAGCTG-GGCT-------AAAAAAAAGT---GGTGGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGcaaagcaata
gi|13 : AATT-AAT----AC-----TTCTA--CTTACG-TCG-TAATTGT---AC----A--TTG--TTG-TTCTT--AC----GAGTTT---CCT-TTC-CCT----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TG-AT-AG-ATGTCCAGTGGCGTA---A-CTG--GGCT-----AA-----------ACAGAAG--GGGGGGGGGG-G
gi|14 : AACAAATGT---G--GGTG-TG-GGGG-TAAACGTTAATA-ATGCT-CGGCTATAGA-AT---A---A----T-----T---GG---------GGGA-CACAAAC-TTTAATAAATCT-GGGCTAAAAACGG-GGGGGGGGGGGCAAAA
gi|15 : TGGGCCAAGT-----CA-T-GA-GAG-ACAGTG----GTACTAAA--ACGC--CCAACA-A-T-AAAC--TTAC---ACAAA-ATTGACAT-A--T-TTCCTAGATAA-Cg
gi|17 : atgcatacaatatttaaaataaatgac-GGCA-CAAACTTTTATA-AAGCT-GAGCTA---A-AA---A---A----AAAAGGG---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTCCATAAAGCT-GGGCTAAAAATGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
gi|18 : CAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TA-AT-AG-ATATCCAGGTTCGTA---A-CTG--GGCT--------------------AAAAA--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-ACTTT-CA---T-C-AAGCTG-GGCT-AAAAGATAA------T---G--GGAG-
gi|19 : AATG---T---ATTTATCCACA-G-AA-TAAAAGT-AATTAATAC-----TTCTA--CGAACG-TCG-TAATTAG---ACG------TTG--TTG-TTCTT--ACCTGTAAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-
gi|2 : TTTGGAAAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GATTGACA-----------TATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-TTTGTCTC--TTGGGTTGA-TGTTATGGAAC--GT-----CA-TTCA-GAG-ACACTG----ATAGTAAA--TCTA---CAATG-AGTGAAGC--CTGTGCTAGAAA-A-TGG-AT-A--T-TTTC-GAATAG-CAGTTGAAAAGAT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAAACGAAG-CT-GGCCTTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACTTATACGG-ATG--ATCT-CT---TA--CT----A-A----------GTACG---------------------------A-C-ATTC-GACAGAG-ACA-GCGATC---------ATTTTAGATCATTAT------TT-ATA------T--------AT--ATT--GC--AA-----AACT--CAAC--CCAATC--CGGG-CCG-TCT-GAAATATTTTTTGCGGC-A-TA---ATT---------T--C--TCGA-ATG-TTC-------GGTTTT-C-TAT----GTAT--CCATC----CCTTTTTTCA----TTT-GATG-AAT--CATCAGTATTTGCCGCGGTATTTTGCATGGCTT---TACAGATTGT-T--------ATC-------GCGGT---GTCGCG---T----T-ATGAA---GTCAA---TTCT--------------------AA---A----G-TTTT-AAAGATTTGGATTAAAA--C--TACTGT------TACT-T------CAAATG---T---ATTTATCCACA--TAA-TAAAAGTGAAT----ACTTCAGTTCTA--CTTA-A-TCG-TAATTAT---ACG-TAA--TTG--TTG-TT-TTGAAC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAATAAAA-AT-TA-TCTA-TT-AT-AG-ATATCC--TGGCGT----AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAA--------GGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---TAA-AAGAT--GGCT----AAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAAATTTCATA-AA-CT-GGGCTA---ATAA---AATTA----A-----G---GG--A------GGGT-CAAAAACGTTTCATAA
gi|21 : ttaaagcaagtataatgaaaattaaaaaaaccctccaaatggataccattgtaatttaacttaaaaattatcatttgtaagttctgattttttttattgtaattacgtaaa-AAGATG-GGCT-AAAGATCGAAA----T---T--G-AG-GG-GGAA-CAAACTT-------AGCT-TATATA---A-AC---A---A----T-----G---GG--G----G-GGG---ACAAAC-TTTCATAAAGCT--GACTAAAAA
gi|22 : cgcCGCTTTTT-GCACGCCTT----ACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG---C----T-AT-GAC-GGCCAA--TTTATT-------TTTAA-----AAAA---A----G-TTTT-AAAACTTTGG---AAAaa
gi|23 : TA-TA-AT-CC-ATATC-AGTGGCGTA----GCTG--GGCT-----AA-----------AAA---------TGTTAGG-GGC--ACAA-ACTTT-CA---T-A-AATCTG-GGCT-AAAAAA
gi|24 : tcatgcaa-AT-AT-ATATACAGTGGCGT----AGCAT--GGCT-----TA-----------AAAAA------TGTGAGGA-GGC--ACAC-ACTTT-CA---T-A-AAGCTG-GTCT-AAAAA
gi|24 : taaAAAAAAT---G--TGAG-GA-GGCA-CACACTTTCATA-AAGCT-GGTCTA---A-AA---A---g
gi|27 : taaatatatatacagtggcgtagcatggctt-T--------ACC-------ACGGT---GTCACG---T----T-AT-GAC-GGCCAA--TTTCTT-------g
gi|28 : -GG-GGCA-CAAACGTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-GA---
gi|3 : tTTG--AAA----TA-------CCTTTT--TTA-AATTCGAT-GACA----------AT--T-CAATAT-A--CC-C---ACTGAGT-TAC-GTT--CCT--TTG----AA-T--TATG--AT--GT-----CA-T-CAAGAG-ACACTG----ATAGTAAA--ATTA--GCAATGCA-T-AAGC--CTATA--AGAAA-G--GGAAT-A--TCTTTCTGGATAGGCAGT--GAA--GT-GAC--GGTAG-AA-AT-AAA-CGAAGATT-GAC-TTGA-CCATTT---AT--G-ATAT----CAG-ACATATTCGG-ATG--ATCC-CA---TAA-CT----A-A----------GTACA-----TGT--AAGGTA-CA--CAAA-TA-C-ATT--GACAGAGAACTAGCGTTC---------G------------AT------TTTAGA------TTACATTTTAT--ATTTTAC--AA-----A-CT--CAAC--CCAATC--TGGG-C-G-TCTTGAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T--C--TCGAGCTGATTC-------GGTTTTTCCTATACAAGTATTCCCATC----C-TTTTTTAAA---TTT-G-TGTA-T--CG-----ATT---CACACTTTTT-GCATGC-TT---TACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACGATTT----T-ATGAA--AGCCAAATTTTCTT-------TTTAAAAAAAAAAG---A----GTTTTTAAAAACTTTGG---AAAA--C--TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATCCACA-GTAATTAAACGT-AAT----ACTTCAGTTCTATTCTTAAGATCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--AC----AAGGTT---CCTATTTACCCAGGTCCGAA-AGA-AT-TA--CTATTT-AT-AGAATATCCAG-GGCAT-----GCTGGCGGCTATAAGAA-----------AAAAAAG--AGGGGGGGGG-GG---ACAAGAATTTCCA---TAA-AAGATG-G--T--------ATAAAAAGTGGGG--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATATATGCT-GGGCTAT--A-AA---A---A----T-----AAGCGG--A----GTGGGTCCACAAA--GTTCATAAAGCt
gi|4 : taattgatacataaatgTTTTG--AAAGTTCTG-------ATTTTT--T-A-TT---GAT-GACA----------ATATT-CAATATTA--CC-G--GCCTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CAAT-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--ACAATA-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGACCT-AATT-TTTCTTGATAA-CAATT-GAAAGGT-GAC--GG-AG-AA-ATTAAA-CGAAT-TTTGAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATT--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------ATACA-----TGGGAA-AGTA-AA--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATT---------C------------AT------TT-AG-------T--------AT--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CTCG-C-G-TCT-GAAATATTTTC-GCGGCGA-TA---ATTTAATGAATTT-TC--TCGAGATG-CTC-------GGTTTT-CCTAT----GTAATCCCATC----CCTTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATCCTTT---TAC-GATTAT-T--------AAT-------GCGGT---GTCACG---TTATGT-ATGGAC-GGCCAA--TTTCTT-------TT---------AAA---A----GTTTTT-AAAACTATGG---AAAA--CT-TAC--T------TACTAC------CAAATT---T---ATTTATCCACAGGGAA-TAAAAGT-AAT----AC-----TTCAA--CTTACG-TCGTTAATTAT---ACG------TTG--TTG-TTCTT--AC----GAGTTT---CCT-TT---CC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TA-TT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---AACTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AAAGGGGGGGCGAC--ACAA-AA-TT-CA---TAA-AGGATGCGGCGAAAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAA-GT-GGCA-CAAACTTTCAT--AAGCT-AGGCTA---A-AA---GTT-A----T-----G---GG--A----G-GGGT-CAC-AAT-GTTCATTAAGCTTTGGGTAAAAATACTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
gi|5 : tTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT---CC--T------GA-T--TAT--GAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AG-AA-AATGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GGAA-GT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACAC-G-ATG--ATCC-GA---TGATCT----A-A----------GTACA-----TGT--A-GGTACAG--CAAA-AA-CAATTC-GACAGA-GAC-AGCGATC---------G------------AT------TT-AG------------------------------------------AACC--CCAATC--CGGGCC-G-TCT-GAAANNNNNNNNNNNNNNN-NN---NNN---------N-NN--NNNNNNNN-NNN-------NNNNNN-NNNNN----NNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN---NNN-N-NNNNNN--NN-----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNC------T-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG---T----T-AT-GAC-GGCCAA----------------T--------A-------------TTTT-AAAACTTTGG---AAAA--CTATAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATCCACA-GG-A-TAAAAGT-AAT----AC-----TTCT----TTAGA-TCG-CAATTAT---ACGTTAATTTTG--TTG-TTTTT--AC----AAGTTT---TCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TT-GT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---GTGTG--GGAT-----AA-----------AAAAGAtg
gi|6 : cttaaaggtcaagtataatgaaaataaattaaaataaaaaaccttcaaattgttgataatattgtaaatttcacataaaaattattatttttgtaagtttctgattttttattgatacataaatgATA--AGAAATAATGGAAT-A--T-TTTCTAGATAG-CAGT--GAAAGTTTGAT--G--AG-AA-AT-AAA-CGAAG-T--GAC-TTGA-C-ATT----AT--GTA-ATA---CAG-ACATATACGG-ATG--ATCC--A---TA--CT----A-ACTTAATGTAGGTACA-----TG---A-TGTA-CA--AAAA-AA-C-ATTCCGACAAGAGACA-GCGATC---------G------------AT------TT-AGA------T--------A---AT----C--AATTGATA-TC--AACC--C-AATC--GGGC-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGAATA---ATT---------T-TC----GAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTA-TCCCATC----C-TTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACG--TTTTTGCATGC--T---TACGGATTGT-T--------ACC-------GAGGTTTGGTCACG---T----T-ATGGAC-AGGCAA--TTTCCT-------TT--------AAAA---AAATAGTTTTT-AAAACTTTGG---AAA----C-TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTT-TCCATA-G-AA-TGAAAGG-TAT----AC-----TTCTA--CTAAGA-TC--TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--CA----AAGTTT---TCT-TTT-CCC----CAAAT-AAA-AT-T-------------------TCGAGTGG-GT----AGTTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AAGGGGGGGG-GGC--ACAG-AATTT-CA---T-A-AAGATG-GGCT-------AAAAAAAAGT---G--GGGG-AGTGGTACCAAATGTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---ATACTG-----A---GG--AAATTG-GGG--CACAAAC-GTTTATAAAGCTggg
gi|7 : TTTG--AAA----TATAACGCTCGTTTT--A-A-AA---GATCGACAGATAATGTCCATATT-C--TGT-A--CC-CATGACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GACT--TATGGA----GT-----CA-T-CA-GAG-AC-TTG----ATAGTAAA--TCTT--ACAATG-A---AAGCCTCTATA--AG-----ATGGCAT-A-------------AA-C--T------GGT-GACTTGG-AGTAATAT-AAA-CGAAG-TT-GA--TTGA-C-GTT----AT--G-A-AT----CAGTACATACACGGCATG--ATCC-C----TA--CT----A-A----------gg
gi|8 : ttaagaactttaatgttcattgtatagagaaaactgaccctctcaaatttgttaatggttggttaattccactgtaatattttttaattttttgaaagattctgattttttcattgatttacatacatg-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T--C--TGGAATTG-TTCTGNNNNNNNNNNN-NNNNN----NNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNN---NNN-N-NNNNNN--NN-----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-N--------NNN-------NNNNN---NNCACG---T----T-ATG-AC-GGCCAA--TTTCTTAATAGCTTT--------AAAA---A----GGTTTT-AAAACTTTGA---AAAA--AC-TAC--T------TACAAC------CAAATG---TAAAATTTATCCACA--GAA-TAAAAagctacatttatt
gi|9 : -ACATCG----ATAGTAAA--TCTA--------------AGC--CTATA--AGAAA-A-TGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GAAAG-T-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------GTACA-----TGT--A-GGTACAC--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGA-AAC-AGCGATC---------C------------AT------TT-AAAGATCATT--------ATCAGT---GC--AA-----A-CTC-ACCC--CCAATC--CGGGCC-G-TCT-GAAATATTTT
blockSeqs : GA GTTC TAACGCT TT . TTC T GATAATGTCC . T . . AT . . GT . TGGGTT TGT GG AA . A T A . . . G C GTGA CT CT A T T C . ATT G TG AGA T TT T T T T A A T C . C T . T T A T C . CT AT . . CTTAATGTAG ATGGGAAAGTAAA . . A C GA TA ATTTTAGATCATTATTTATATATATTGCAAAACT . . C C . T T A . TAATGAATTTT . G A TGNNNNN T ACAA TT CC A . A . TCAGT TGCC G T C . A . . . TTG TTATG . G C ATT TTTAAAAAAAAAAGAGT A ATT CTA TG . . . AAA GGG T G TAAT TTCAG TT C A T . TTAATT . . GA CTGT . A A AGGT A T A . T GT . A ACGAAG GC ATAAG AAAAAAGGAAG AAAGA C . G C TA . C C AAAAAAA GGG GT . T C T T . TAG T . AAAAAGGG AAATTG TC G T T
blockSeqs : . . . T . . C . . . . . . . . . . TG CT GG . . . . . . . . C . TA . . A . A A . TC . T AGG . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CA A . . . ATGTAAGGTACA . . . . GG AA GATTTTAGATTACATTTTATATTTTACAAACT . . C . . . T . . NN . G . . . . AT CC A . . . . C C T C . A . . . . ATTT . G C T AATAGCTTTAAAAAGG . . CT . . . . . GT . . . TTCAG . C . . . TTAA . . . . . . . . . . . . . G . . AAA . . . AGGGG . . . . TA . C . ATCAAA . . . . . T . . T . . ATACTGA GAGG A . . T
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . T GG . . . . . . . . G . TA . . A . A C . T . . AGT . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CA . . . . ATGTAGGTACAG . . . . AG A CATTTAAAGATCATTATCAGTGCAAACTC . . . . . . N . . TT . N . . . . NN NN N . . . . C C N T . A . . . . T . G C T TTAAAAAAATAGT . . AC . . . . . GG . . . . . C . . . TTAA . . . . . . . . . . . . . A . . AGT . . . AAAGG . . . . TA . A . AAAAGA . . . . . G . . . . . ATTAAG AGT T . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . T GG . . . . . . . . A . TA . . A . A C . T . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . GA . . . . ATGTAGGTACAC . . . . G A GATTTAGATAATCAATTGATATC . . . . . . T . . T . G . . . . NN NN A . . . . N C T N . G . . . . C . G C T TTTAAAAAAAG . . C . . . . . G . . . . . A . . . TAA . . . . . . . . . . . . . T . . AG . . . AGAGG . . . . TA . A . AAAGAT . . . . . T . . . . . ATAAGC AG T . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . . . . . T G . . . . . . . . G . TA . . A . A A . T . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CA . . . . ATGATGTACA . . . . G A CATTTAGTATATGCAAACT . . . . . . T . . T . A . . . . T C N . . . . C N N N . N . . . . T . G C T TTAAAAGT . . C . . . . . T . . . . . C . . . TT . . . . . . . . . . . . . A . . AA . . . AAAAA . . . . A . C . AAAAAA . . . . . T . . . . . TTATG GG T .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A . A . . A . . C . T . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . . A A GATTTAG . . . . . . . . . T . . . . . . T C . . . . . N N . . . . . . . . T . . C T AAAG . . C . . . . . G . . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . T . . AA . . . AAAAG . . . . T . C . AAA . . . . . T . . . . . AAG AG . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . TA . . . . G . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . AG . . . A . . . . T . A . . . . . . . T . . . . . ATT A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . AG . . . T . . . . T . A . . . . . . . G . . . . . ATG .
blockSeqs : . . . . . . . . AG . . . . . . . . T . A . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . G . .
blockSeqCons : T*** ** ** ***** **** ** G** TA** ** **** ** A*** ** CA**** **** ATGTAAGGTACA********** ** ** *** TT********** ** CC**** A*** ** C*** *** ******** ******* C* TTAAAAAAAG********************* CT*** ****** ****** *** G** *** ** ** **** *** AAAGG** ** T**** AAAAAA* ***
originalCons : NTTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GAAAGGT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------GTACG-----TGT--A-GGTA-AA--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATC---------G------------AT------TT-AGA------T--------AT--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CGGG-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T-TC--TCGAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTANTCCCATC----CCTTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATGCCTT---TACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG---T----T-ATGGAC-GGCCAA--TTTCTT-------TT--------AAAA---A----GTTTTT-AAAACTTTGG---AAAA--CT-TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATCCACA-GGAA-TAAAAGT-AAT----AC-----TTCTA--CTTACG-TCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--AC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TN-AT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---TAA-AAGATG-GGCT-AAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---A----N-----G---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTTCATAAAGCTTGGGCTAAAAACGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
finalCons : NTTTTG--AAA----TA-------CCTTTTT---A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTAG--CAATG-ATA--AGC--CTATA--AGAAA-AATGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GAAAGGT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCCCA----TA--CT----A-A----------GTACATGTAAGGTACA----------CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATC---------G------------AT------TT-AGA------T--------AT--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CGGG-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATTTT----------C--TCGAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTANTCCCATCCC----TTTTTTCAA---TTT-G-TGTAAT--CG-----ATTC---ACGCTTTTTTGCATGCCTT---TACAGATTGT-T--------ACC-------GCGGT---GTCACG---T----T-ATGGAC-GGCCAA--TTTCTTTTAAAAAAAG---------------------TTTT-AAAACTTTGG---AAAACT---TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATCCACAG--AA-TAAAAGT-AAT----AC-----TTCTA--CTTACG-TCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--AC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TN-AT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAAAGG--GGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CAT----A-AAGATG-GGCTAAAAAA-AAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---A----N-----G---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTTCATAAAGCTTGGGCTAAAAACGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATAAAAATGAAAGTATCTCAAGTGTTGATATCTTGTCAAAATCATTTAGAAATTATAATTACGAAAGTTTTTGATTTTTTTATATTGATGGATAAATTTTTGGAAT
Unaligned ( gi|20 ): TAAAGATCAAGACATTAGTGTAATGATAATGAAAAAACCCAAAAGTTGACATATTTTCAATTTCACTTAGAAATTGTAATTTTTGAAAGTTTCTAATT
Unaligned ( gi|25 ): TAATGAAAATAAAACCCCCTCAAATGTTAATATATTTTGTAAATTTTACTTAAAAATTATCATTTTTGT
Unaligned ( gi|26 ): TGTGGCGTGAGAGAGAAGTACAAAAATGGTCACAAAACGTCATAAAG
Alignments
lowQualScore : 1111 1111111 111 1 2222222222 222222 11 11111 111 1 11 11 1111 1111 111111 11 1111 2222222222222 22222 222 11 22 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 111 333333333333 1111111 1111 11 111111 1111 11111 1111 11111111 1111111 11111111 333333333333333 11111 11 11111 111111 111111 1111 11111 11111 111111 11 1111 222222 11111111111 1111111 2222222 111 333333333333333333 111111111 11 2
lowQualScore : 77 2222 8888888 8888 5 000 1 5555555555 5 5 77 5 77 5 5 77 77 444444 8888 00 0 66 22222 5 5 5 4 9999 66 333 4 8888 66 66 1 4 0 1 4 7777 4 11 222 5 11 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5555 66 5 5 2222 5 5 66 333333 11 0000 5 2222222222222 66 77777 1 111 5 5 5 5 77 00 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 77 77 1 5 5 5 6 5 000 444444444444 77 1 5 8888888 5 0 2222 00 222222 0000 5 5 0 0 77 44444 0000 44 8 7 888 6 4 66666666 4444444 777 44444444 6 55 66 4 000000000000000 22222 11 888 33333 77 666666 666666 888 888 5 66 5 5 5 0000 22222 11111 66 3 4 4 777 888888 66 4 0 00 3333 777 4 4 9999 3 3 4 4 3 66 3 3 111111 44 88888 55555555555 8888888 3 55 4 0 4 88888 55 3 1 3 5555555 0 0 0 777777 3 3 7 2 3 3 111 4 777 000000000000000000 888888888 11 5 0 0 7
lowQualScore : .. .... ....... .... . ... . .......... . . .. . .. . . .. .. ...... .... .. . .. ..... . . . . .... .. ... . .... .. .. . . . . . .... . .. ... . .. . . . . . . . . . . .... .. . . .... . . .. ...... .. .... . ............. .. ..... . ... . . . . .. .. ............................................................................. .. .. . . . . . . ... ............ .. . . ....... . . .... .. ...... .... . . . . .. ..... .... .. . . ... . . ........ ....... ... ........ . .. .. . ............... ..... .. ... ..... .. ...... ...... ... ... . .. . . . .... ..... ..... .. . . . ... ...... .. . . .. .... ... . . .... . . . . . .. . . ...... .. ..... ........... ....... . .. . . . ..... .. . . . ....... . . . ...... . . . . . . ... . ... .................. ......... .. . . . .
lowQualScore : 99 1111 6666666 3333 7 000 4 0000000000 7 7 99 7 99 7 7 99 99 333333 3333 11 1 99 55555 0 0 0 4 4444 11 666 4 1111 99 11 9 4 2 1 4 0000 4 99 999 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6666 99 0 0 0000 0 0 99 555555 99 6666 0 8888888888888 99 55555 4 444 7 7 7 7 77 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 99 4 7 0 0 4 7 000 444444444444 99 0 7 6666666 7 3 1111 99 777777 9999 7 7 9 9 99 33333 3333 88 8 2 888 4 4 11111111 4444444 888 33333333 7 66 11 4 888888888888888 88888 99 888 00000 99 444444 444444 888 888 0 99 0 0 0 6666 55555 11111 11 9 4 4 888 666666 11 4 1 66 9999 888 4 4 4444 6 6 0 0 6 99 3 3 444444 66 33333 88888888888 0000000 6 55 0 6 0 66666 00 6 9 6 2222222 7 7 8 555555 6 6 3 0 6 6 000 0 000 666666666666666666 111111111 55 0 4 7 3
consensus : NTTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GAAAGGT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------G--TAC--ATGT----AGGTACA---CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATC---------G------------AT------TT-AGA------T--------AT--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CGGG-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T-TC--TCGAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTANTCCCATC----CCTTTTTTCA---ATTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATGCCTT---TACAGATTGT-T--------ACCGCG-------GT---GTCACG---T----TATGGAC-GGCCAA--TTT-CTT------TT------AAAAAAA--G--TTTT--AAAACTTTGG---AAAA--CT-TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATC-CACA--G-AAT-AAAAGT-AAT----AC-----TTC-----TA--CTTACG-TCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--AC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TN-AT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---T-A--AA-GATG-GGCT-AAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---A----N-----G---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTTCATAAAGCTTGGGCTAAAAACGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
Reference ( family-3526 ) : NTTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GAAAGGT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------G--TAC--ATGT-A--AGGTACA---CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATC---------G------------AT------TT-AGA------T--------AT--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CGGG-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T-TC--TCGAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTANTCCCATC----CCTTTTTTCA---ATTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATGCCTT---TACAGATTGT-T--------ACCGCG-------GT---GTCACG---T----TATGGAC-GGCCAA--TTT-CTT------TT------AAAAAAA--G--TTTT--AAAACTTTGG---AAAA--CT-TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATC-CACA--G-AAT-AAAAGT-AAT----AC-----TTC-----TA--CTTACG-TCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--AC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TN-AT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---T-A--AA-GATG-GGCT-AAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---A----N-----G---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTTCATAAAGCTTGGGCTAAAAACGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
gi|1 : TTTG--AAA----TA-------CCCTTTATT-AGAA---GAT-GACA----------ATATTTCAAGAT-AAACCAC--GACGGAGTGTACCGTT--CCTCGT------GA-A--TCTATGAC--GTTGTGTCA-T-CA-GAGGAAATCGCAATATAGTAAACGTCTAATGCCATC-A-T----------CA--AGAAA-AATGGCATGA--T-TTTCTGGATAG--AG---GAAAAGT-GACT-GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAA-CTGAAC-ATGGAGGATCAG-A-ATAACACAG-ACATCAATGG-ACAGAATCCTCACTTTA--CCTTCGATA----------G--TACGAATGT-TGTAGG-ACAAGCCAAATAATC-ATTC-GACAGAA-ACA-GCGATCCATCTGTAAG------------ATCATTCATC-AGA------T---------T--GT---GCTCAA-----A-CCGCAGCCAACCAATCGCTGGG-C-GGTCT-GAAATACTTTT-GCGGCGA-TATATATT---------TCTCGATCGAGATG-TTT-------CGTTTT-CCTCT----GTACGTACACCAGAACCCTTTTTCAAATATTTAG-TGTAATACCG-----ATT----ACGC-TTTTGGCATGCCTTAGATGCAGATTGTGTCCCCCAGGACC-CGACTCTGCGT---GTTACGT--T----TATGGACTGAGCAT--AGT-CTT------AT------AAAAAAA--AGTTTTT--AAAACTTTGG---AAAAACCT-TAC--TGTGGGCTACTACAAATAACAAATGTGCT---ATCTATCAAAGA--G-AAT-AAAAGT-AA-------------TC-----TA---TTACG-TCG-TAATTATGAAATGTTAA--TTGTCTCGCTTCTTC-ACA---AAGTCTTCCCCT-TTT-TCC----CTAAT-AAA-AT-TGTTCTA-TT-ACAAG-ATAGGCAGTGGCGT----AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAAAGAGGGGGGGGG-GGTCAACGA-AAATT-CGAATT-AACAA-GATG-GGC------GAAAAAAAAAGT---G--GGGGAAG-GGCACCAAAC-TTCATA-AAGCTCAGTCTA---A-AAAATA---A----G-----G---GG--A----G-G
gi|10 : ttgaaagtcaagttaatgaaaatacaccctcaaatgtgatatattgtaggaaattcacttagacaatgagttatgattatttgaaaggagttttgctgcgattttttattataataatgTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TAT--GAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACACTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-atgagggaagttcaaaac
gi|11 : acattaaaggtcaagtataatgaaaataaaaacccttcaaatgttgatatattgtaaatttcactttaaaattgtcatttttgtaagtttctgattttttattgatacataaatgAAT-AAATACATA-TCTA-TGTAC-AG-A------GTGACGTACGAAGATG--TGCT-----AA-----------AGAAAA------GTGAGGG-AAC--AT-----TTT-CA---T-A--AA-ACTT-TGCT-ATCAAAAA-----------------G-GG-GAAA-CAAACTTTCATA-AAGCT-AGGTTA---A-AA---A---A----A-----G---GGGAG----G-GGGT-TACAAAC-TTTCATAAAAATTG
gi|12 : ttaaaagtgatggttctttagaacaatgtattaTC-----TA--CGTACG-TCG-TAATTAT---ACGTT-----------G-TTATT--AC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT--AA-GT-TA-TC-------------TATCCAGTGGTGT----AGCTG--GGCA-----AAAAAAAAGGAAGAAAAAAA--AGAAGGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---A-A--AA-GCTG-GGCT-------AAAAAAAAGT---GGTGGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATA-AAGCT-GGcaaagcaata
gi|13 : AATT-AAT----AC-----TTC-----TA--CTTACG-TCG-TAATTGT---AC----A--TTG--TTG-TTCTT--AC----GAGTTT---CCT-TTC-CCT----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TG-AT-AG-ATGTCCAGTGGCGTA---A-CTG--GGCT-----AA-----------ACAGAAG--GGGGGGGGGG-G
gi|14 : AACAAATGT---G--GGTG-TG-GGGG-TAAACGTTAATA-ATGCT-CGGCTATAGA-AT---A---A----T-----T---GG---------GGGA-CACAAAC-TTTAATAAATCT-GGGCTAAAAACGG-GGGGGGGGGGGCAAAA
gi|15 : TGGGCCAAGT-----CA-T-GA-GAG-ACAGTG----GTACTAAA--ACGC--CCAACA-A-T-AAAC--TTAC---ACAAA-ATTGACAT-A--T-TTCCTAGATAA-Cg
gi|17 : atgcatacaatatttaaaataaatgac-GGCA-CAAACTTTTATA-AAGCT-GAGCTA---A-AA---A---A----AAAAGGG---GG--A----G-GGGT-CACAAAC-TTCCATAAAGCT-GGGCTAAAAATGGTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
gi|18 : CAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TA-AT-AG-ATATCCAGGTTCGTA---A-CTG--GGCT-----AA-----------AA----A--AGGGGGGGGG-GGC--ACAA-ACTTT-CA---T-C--AA-GCTG-GGCT-AAAAGATAA------T---G--GGAG-
gi|19 : AATG---T---ATTTATC-CACA--G-AAT-AAAAGT-AATTAATAC-----TTC-----TA--CGAACG-TCG-TAATTAG---ACG------TTG--TTG-TTCTT--ACCTGTAAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-
gi|2 : TTTGGAAAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GATTGACA-----------TATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-TTTGTCTC--TTGGGTTGA-TGTTATGGAAC--GT-----CA-TTCA-GAG-ACACTG----ATAGTAAA--TCTA---CAATG-AGTGAAGC--CTGTGCTAGAAA-A-TGG-AT-A--T-TTTC-GAATAG-CAGTTGAAAAGAT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAAACGAAG-CT-GGCCTTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACTTATACGG-ATG--ATCT-CT---TA--CT----A-A----------G--TAC--G-----------------------A-C-ATTC-GACAGAG-ACA-GCGATC---------ATTTTAGATCATTAT------TT-ATA------T--------AT--ATT--GC--AA-----AACT--CAAC--CCAATC--CGGG-CCG-TCT-GAAATATTTTTTGCGGC-A-TA---ATT---------T--C--TCGA-ATG-TTC-------GGTTTT-C-TAT----GTAT--CCATC----CCTTTTTTCA----TTT-GATG-AAT--CATCAGTATTTGCCGCGGTATTTTGCATGGCTT---TACAGATTGT-T--------ATCGCG-------GT---GTCGCG---T----TATGAA---GTCAA---TT-CT-------------------AAA--G--TTTT--AAAGATTTGGATTAAAA--C--TACTGT------TACT-T------CAAATG---T---ATTTATC-CACA--T-AAT-AAAAGTGAAT----ACTTCAGTTC-----TA--CTTA-A-TCG-TAATTAT---ACG-TAA--TTG--TTG-TT-TTGAAC----AAGTTT---CCT-TTT-CCC----CCAATAAAA-AT-TA-TCTA-TT-AT-AG-ATATCC--TGGCGT----AGCTG--GGCT-----AA-----------AAAAA--------GGGGGG-GGC--ACAA-AATTT-CA---TAA--AA-GAT--GGCT----AAAAAAAAAAAGT---G--GGAG-GG-GGCA-CAAAATTTCATA-AA-CT-GGGCTA---ATAA---AATTA----A-----G---GG--A------GGGT-CAAAAACGTTTCATAA
gi|21 : ttaaagcaagtataatgaaaattaaaaaaaccctccaaatggataccattgtaatttaacttaaaaattatcatttgtaagttctgattttttttattgtaattacgtaaa--AA-GATG-GGCT-AAAGATCGAAA----T---T--G-AG-GG-GGAA-CAAACTT-------AGCT-TATATA---A-AC---A---A----T-----G---GG--G----G-GGG---ACAAAC-TTTCATAAAGCT--GACTAAAAA
gi|22 : cgcCGCTTTTT-GCACGCCTT----ACAGATTGT-T--------ACCGCG-------GT---GTCACG---C----TAT-GAC-GGCCAA--TTTATTT------TT------AAAAAAA--G--TTTT--AAAACTTTGG---AAAaa
gi|23 : TA-TA-AT-CC-ATATC-AGTGGCGTA----GCTG--GGCT-----AA-----------AAA---------TGTTAGG-GGC--ACAA-ACTTT-CA---T-A--AA-TCTG-GGCT-AAAAAA
gi|24 : tcatgcaa-AT-AT-ATATACAGTGGCGTA----GCAT--GGCT-----TA-----------AAAAA------TGTGAGGA-GGC--ACAC-ACTTT-CA---T-A--AA-GCTG-GTCT-AAAAA
gi|27 : taa-T--------ACCACG-------GT---GTCACG---T----TAT-GAC-GGCCAA--TTT-CTT------g
gi|28 : -GG-GGCA-CAAACGTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-GA---
gi|3 : tTTG--AAA----TA-------CCTTTT--TTA-AATTCGAT-GACA----------AT--T-CAATAT-A--CC-C---ACTGAGT-TAC-GTT--CCT--TTG----AA-T--TATG--AT--GT-----CA-T-CAAGAG-ACACTG----ATAGTAAA--ATTA--GCAATGCA-T-AAGC--CTATA--AGAAA-G--GGAAT-A--TCTTTCTGGATAGGCAGT--GAA--GT-GAC--GGTAG-AA-AT-AAA-CGAAGATT-GAC-TTGA-CCATTT---AT--G-ATAT----CAG-ACATATTCGG-ATG--ATCC-CA---TAA-CT----A-A----------G--TAC--ATGT-A--AGGTACA---CAAA-TA-C-ATT--GACAGAGAACTAGCGTTC---------G------------AT------TTTAGA------TTACATTTTAT--ATTTTAC--AA-----A-CT--CAAC--CCAATC--TGGG-C-G-TCTTGAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T--C--TCGAGCTGATTC-------GGTTTTTCCTATACAAGTATTCCCATC----C-TTTTTTAA---ATTT-G-TGTA-T--CG-----ATT---CACACTTTTT-GCATGC-TT---TACAGATTGT-T--------ACCGCG-------GT---GTCACGATTT----TATGAA--AGCCAAATTTT-CTT------TTTAAAAAAAAAAGA--G--TTTTTAAAAACTTTGG---AAAA--CT--AC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATC-CACA--GTAATTAAACGT-AAT----AC-----TTCAGTTCTATTCTTAAGATCG-TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--AC----AAGGTT---CCTATTTACCCAGGTCCGAA-AGA-AT-TA--CTATTT-AT-AGAATATCCAG-GGCAT-----GCTGGCGGCTATAAGAA-----------AAAAAAG--AGGGGGGGGG-GG---ACAAGAATTTCCA---TAA--AA-GATG-G--T--------ATAAAAAGTGGGG--GGAG-GG-GGCA-CAAACTTTCATATATGCT-GGGCTAT--A-AA---A---A----T-----AAGCGG--A----GTGGGTCCACAAA--GTTCATAAAGCt
gi|4 : taattgatacataaatgTTTTG--AAAGTTCTG-------ATTTTT--T-A-TT---GAT-GACA----------ATATT-CAATATTA--CC-G--GCCTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GA-T--TATGGGAC--GT-----CAAT-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--ACAATA-A-T-AAGC--CTATA--AGAAA-AATGACCT-AATT-TTTCTTGATAA-CAATT-GAAAGGT-GAC--GG-AG-AA-ATTAAA-CGAAT-TTTGAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATT--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------A--TAC--ATGGGA--AAGTAAA---CAAA-AA-C-ATTC-GACAGAGGACAAGCGATT---------C------------AT------TT-AG-------T--------AT--AT---GC--AA-----A-CT--AACC--CCAATC--CTCG-C-G-TCT-GAAATATTTTC-GCGGCGA-TA---ATTTAATGAATTT-TC--TCGAGATG-CTC-------GGTTTT-CCTAT----GTAATCCCATC----CCTTTTTTCA---ATTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACGCTTTTTTGCATCCTTT---TAC-GATTAT-T--------AATGCG-------GT---GTCACG---TTATGTATGGAC-GGCCAA--TTT-CTT------TT---------AAAA--GT-TTTT--AAAACTATGG---AAAA--CT-TAC--T------TACTAC------CAAATT---T---ATTTATC-CACAGGG-AAT-AAAAGT-AAT----AC-----TTC-----AA--CTTACG-TCGTTAATTAT---ACG------TTG--TTG-TTCTT--AC----GAGTTT---CCT-TT---CC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TA-TT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---AACTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AAAGGGGGGGCGAC--ACAA-AA-TT-CA---T-A--AAGGATGCGGCGAAAAAAAAAAAAAAAGT---G--GGAA-GT-GGCA-CAAACTTTCAT--AAGCT-AGGCTA---A-AA---GTT-A----T-----G---GG--A----G-GGGT-CAC-AAT-GTTCATTAAGCTTTGGGTAAAAATACTGAGGAATGGGGCACAAACGTTC
gi|5 : tTTTG--AAA----TA-------CCTTTT--T-A-AA---GAT-GACA----------ATATT-CAATAT-A--CC-C--GACTGAGT-TAC-GTT---CC--T------GA-T--TAT--GAC--GT-----CA-T-CA-GAG-ACATTG----ATAGTAAA--TCTA--GCAATG-A-T-AAGC--CTATA--AG-AA-AATGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GGAA-GT-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACAC-G-ATG--ATCC-GA---TGATCT----A-A----------G--TAC--ATGT----AGGTACAG--CAAA-AA-CAATTC-GACAGA-GAC-AGCGATC---------G------------AT------TT-AG------------------------------------------AACC--CCAATC--CGGGCC-G-TCT-GAAANNNNNNNNNNNNNNN-NN---NNN---------N-NN--NNNNNNNN-NNN-------NNNNNN-NNNNN----NNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNN---NNNN-N-NNNNNN--NN-----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNC------T-T--------ACCGCG-------GT---GTCACG---T----TAT-GAC-GGCCAA--T-----------------------------A--TTTT--AAAACTTTGG---AAAA--CTATAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTTATC-CACA--G-GAT-AAAAGT-AAT----AC-----TTC-----T----TTAGA-TCG-CAATTAT---ACGTTAATTTTG--TTG-TTTTT--AC----AAGTTT---TCT-TTT-CCC----CCAAT-AAA-AT-TA-TCTA-TT-GT-AG-ATATCCAGTGGCGTA---GTGTG--GGAT-----AA-----------AAAAGAtg
gi|6 : cttaaaggtcaagtataatgaaaataaattaaaataaaaaaccttcaaattgttgataatattgtaaatttcacataaaaattattatttttgtaagtttctgattttttattgatacataaatgATA--AGAAATAATGGAAT-A--T-TTTCTAGATAG-CAGT--GAAAGTTTGAT--G--AG-AA-AT-AAA-CGAAG-T--GAC-TTGA-C-ATT----AT--GTA-ATA---CAG-ACATATACGG-ATG--ATCC--A---TA--CT----A-ACTTAATGTAGG--TAC--ATG-----ATGTACA---AAAA-AA-C-ATTCCGACAAGAGACA-GCGATC---------G------------AT------TT-AGA------T--------A---AT----C--AATTGATA-TC--AACC--C-AATC--GGGC-C-G-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGAATA---ATT---------T-TC----GAGATG-TTC-------GGTTTT-CCTAT----GTA-TCCCATC----C-TTTTTTCA---ATTT-G-TGTAAT--CG-----ATT---CACG--TTTTTGCATGC--T---TACGGATTGT-T--------ACCGAG-------GTTTGGTCACG---T----TATGGAC-AGGCAA--TTT-CCT------TT------AAAAAAATAG--TTTTT-AAAACTTTGG---AAA----C-TAC--T------TACTAC------CAAATG---T---ATTT-TC-CATA--G-AAT-GAAAGG-TAT----AC-----TTC-----TA--CTAAGA-TC--TAATTAT---ACGTTAA--TTG--TTG-TTCTT--CA----AAGTTT---TCT-TTT-CCC----CAAAT-AAA-AT-T-------------------TCGAGTGG-GT----AGTTG--GGCT-----AA-----------AAAAAAA--AAGGGGGGGG-GGC--ACAG-AATTT-CA---T-A--AA-GATG-GGCT-------AAAAAAAAGT---G--GGGG-AGTGGTACCAAATGTTCATA-AAGCT-GGGCTA---A-AA---A---ATACTG-----A---GG--AAATTG-GGG--CACAAAC-GTTTATAAAGCTggg
gi|7 : TTTG--AAA----TATAACGCTCGTTTT--A-A-AA---GATCGACAGATAATGTCCATATT-C--TGT-A--CC-CATGACTGAGT-TAC-GTT--CCC--T------GACT--TATGGA----GT-----CA-T-CA-GAG-AC-TTG----ATAGTAAA--TCTT--ACAATG-A---AAGCCTCTATA--AG-----ATGGCAT-A-------------AA-C--T------GGT-GACTTGG-AGTAATAT-AAA-CGAAG-TT-GA--TTGA-C-GTT----AT--G-A-AT----CAGTACATACACGGCATG--ATCC-C----TA--CT----A-A----------AGCTAC--ATTT-A--gg
gi|8 : ttaagaactttaatgttcattgtatagagaaaactgaccctctcaaatttgttaatggttggttaattccactgtaatattttttaattttttgaaagattctgattttttcattgatttacatacatg-TCT-GAAATATTTTTTGCGGCGA-TA---ATT---------T--C--TGGAATTG-TTCTGNNNNNNNNNNN-NNNNN----NNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNN---NNNN-N-NNNNNN--NN-----NNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNN-N--------NNNNNN-------NN---NNCACG---T----TATG-AC-GGCCAA--TTT-CTTAATAGCTT------TAAAAAG--G--TTTT--AAAACTTTGA---AAAA--AC-TAC--T------TACAAC------CAAATG---TAAAATTTATC-CACA--G-AAT-AAAAtt
gi|9 : -ACATCG----ATAGTAAA--TCTA--------------AGC--CTATA--AGAAA-A-TGGCAT-A--T-TTTCTGGATAG-CAGT--GAAAG-T-GAC--GG-AG-AA-AT-AAA-CGAAG-TT-GAC-TTGA-C-ATT----AT--G-A-ATA---CAG-ACATACACGG-ATG--ATCC-CA---TA--CT----A-A----------G--TAC--ATGT----AGGTACAC--CAAA-AA-C-ATTC-GACAGA-AAC-AGCGATC---------C------------AT------TT-AAAGATCATT--------ATCAGT---GC--AA-----A-CTC-ACCC--CCAATC--CGGGCC-G-TCT-GAAATATTTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATAAAAATGAAAGTATCTCAAGTGTTGATATCTTGTCAAAATCATTTAGAAATTATAATTACGAAAGTTTTTGATTTTTTTATATTGATGGATAAATTTTTGGAAT
Unaligned ( gi|20 ): TAAAGATCAAGACATTAGTGTAATGATAATGAAAAAACCCAAAAGTTGACATATTTTCAATTTCACTTAGAAATTGTAATTTTTGAAAGTTTCTAATT
Unaligned ( gi|25 ): TAATGAAAATAAAACCCCCTCAAATGTTAATATATTTTGTAAATTTTACTTAAAAATTATCATTTTTGT
Unaligned ( gi|26 ): TGTGGCGTGAGAGAGAAGTACAAAAATGGTCACAAAACGTCATAAAG