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gi|3                          :                                                                                                                        agct--A--A---------------TTAGTG---CAAGGATAT-----T--T-T--GAT--TTGATTGT-----TCATT--GT-G--GT-GC-A--AATGATATAGGC--G-----GCAG-C-AATCTGTA-TTCATT----ACT--TAGGCTTCTTCCGT---CA--CCGATACT-CGA-AATA-A--ACTTTTTCTAAG--TGT-GA-GGTT-----------AGTGG-TCTT----CCCTT--CTGC-CT-AAGTT-GGTTGTTATTCCTCG------------CA--G-GTAA----AGGCGA--T-GAAGAG-CA-----CCCTAG-CAATAA--TTA-TCAGAGA-GAG---CATT---AGGTTCAT-AG-CTT-CA-AGAGATTGAGCATCT-T------------TG---T-T--AA-ACA-CC---CACAG--T-T--TGAA-GTC-AA---TTC---TA-ATT------AAC----TGT--A--TCA--TT-C-T------------GAG-GGTGT-GC--AT----TTG--C---AACAG----CTT--GGT--------AAA-GA---TGTG---TTCCTGAA--A-AATTTACA-----AGG------A--AC-TCTGGA-AAG-CT--TCAT---A--TATGGCAGGTGTA-ATGTGTTTTCTT------ACCCTCT-----G-C-GGCAATACTGGCA-AGC-GGTGACCA-TTTGAGTTGGAG-TAC-TGC-TG-CCGTC-A-CC--ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGGT-GGCG-G---TTGC--AGT--TC-C-ACATA-C-GCTC-CTGT---TC--CAATGG--------CG-T-AGGTGGCA-CAT-GCAAGtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctgatttcgttggacaattgatgattgaattgtcttaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcggcttctgtggctacgcaacccataccattggaaatccatcaccgccccgggggatgcagctagatctgccataacacaataaataatcgttcat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ggtcatgggggtatggatttatatgagtttgtgctaaaactcaagatattagTACTGG-CCTTACGTCCCTT--CTGC-CTGAAGTT-ATTAGT--------GTTGATTCCTCGTCA--GTGTTA----AGG-GA--T-GGAGAG-CG-----CCCGA--C--CAAAATT--TCATGGA-GAG---CATT---AGGTTCAT-AG-CTTGCA-AGAGGTGGTGGGT-TAT-----AT-A---TG---T------------C---CAAAG--T-T--TAAAAGCC-AA----CC---CA-TTT------CAT----TGT--A--TCA--TT-C-GT-----------GAA-GGGGT-GC--AT----TT--TC---AC-AG----CTT--GGG--------AAT-GA---TTTG---T-TCTGTA--T-AATTTACA-----AGG------AGCAC-TGGA---AAG-CT--TAGT---A--AGTGGCAGGTGTA-ATG--CTTTCTT------ACACTCT-----G-C-AGCAAACCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TTTGAGTTGGAG-TAC-TGC-TGGCCGTC-A-CC--ACA---A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGGTTGGCG-G---TTGC--AGT--TCCC-ACATG-C-GCTC-CTGT---T---CCACTG--------CG-TGATGTG--A-CATGGCAAGtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgttggacaattgattgactgattgtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  --------G------------CA--G-GTTA----AGG-GA--T-GTAGAG-GG-----CTCGAG-T--AAAAAGTA-TCAGGGA-G-GG--CATT---AGGTTCAT-AG-CTT-CA-AGATGTGGGGAGTATAT-----AC-A---TG---T-ATCAA-ACA-CC---TACAG--T-T--TGAA-TCC-AA---ACC---CA-TTT------AAC----GGT--G--TCA--TT-C-TA------------AG-GGTGT-GC--AT----TTG-TC---AC-AG----CTTG-GG---------AAT-GA---TTTA---T-TCTGAA---TAATTTACA-----AGG------AGCACTTT-----AAG-CT--TCAT---A--GGTGGCAGGTGTA-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaatttgttggacaactgatgattgattgttatttaatta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                           aatccgtgtatgaaaatccgctaaacttgtccacgtgatggaaaggttatggggacatatatttatacgagtttgtgcctaaactcaagataccagaatgagtgaaagtatatttcagatttgattttctttgtggtgcaaataatataggccgaaccaatctgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcATAT-----ACCA---TG---T-TTCAA-AAAACC---CACAG--T-T--GAGA-CCC-AACAGACC---CA-ATTCATTAAAACAAAACAC--AAATCA--TT-CATA-----------GGG-G-TGT-GC--ATATCATAG-TC---AC-AG----CTC--GGGAAAAAAAAAAT-GA---ATTAG--T-CCTGAAACATAA-TTACC-----AGGCAAACAAGTAC-AT-----AAG-AT--TTAT--------TAATAGGTCAA-ATGAAca
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-3520 )     :                                                                                           AAATCCGTGTA-TGCAAA---C-TA--GCTAAA-CTTGTCC-A-T-G-T-G-ATGGCAAAGTTATGGGGG--CAT-GGATT---AT-------------------A--N---------------------A-TA--CCNN-------------AATGAGTG---CA-AGTAT--A-G-T-CC---AGAT--TTGATT-T-----CCATT--GT-G--GT-GC-AA--TGATATAGGC--C-----GC--AC-C-AACCTGTA-TTCACT----ACTAATATGCTTC---AGT---CG-CCGA-A-CT-TGA-AATA-ACAACTTTTTCTGGG--TGT-CA-GGTTTAATA-----TAGTGG-TCTT----CCCTT--CTGC-CT-ANGTT-AGTTGT--------G------------CA--G-GTTG----AGG-GA----T-GTAGAGCGT---CCCGAG-C--CAA--TTA-TCGGGGAG-G---CATT---AGGTTCAT-AG-CTT-CA-AGAGGTGGGGCGTA-----TATAC-A---TG---T-TT-CAA-ACA-CC---CACAGT-T--T--GAA-GCCAA---A-CC---CATTT------AAC----TGC--A--TCA--TT-C-TA-----------GGG-GGTGT-GCA--T----TTG-TC--ACA----N---C-TT--GG---------AAT-GA---TTTA---T-CCTGA---A-T-AATTTACC-----AGG------AGCAC-TT-----AAGC-TT--T----AT----AG--GTGGCAGGTGTA-ATGGACTTTCTT------ACACTCT-----G-C-GGCGATCCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TTTGAGTTGGAG-TAC-T-GC-T-G-CCGTCN-CC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-GTT---GC--AGTT-CCACAT-AC-GCTC-CTG--T-T-CCAATGG--------CG-T-ATGTGGCA-CAT-GCAAG
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      agct-CTTGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-GTT---GC--AGTT-CTACTT-GC-GCTC-CTG--T-T-CCAATGG--------CG-T-ATGTGGCA-CAT-GCAAGtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctgatttcgttggacaattgatgattgaattgtcttaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcggcttctgtggctacgcaacccataccattggaaatccatcaccgccccgggggatgcagctagatctgccataacacaataaataatcgttcat
gi|11                         :                                                                                           AAATCCGTGTA-TGCAAA---C-TA--GCTAAA-CT-GTCC-A-T---T-G-ATGGCAA-GTTATGGGGG--CAT-GGATC----T-------------------A--G---------------------ACTA--CCAT-------------AATTAGTG---CA-AGTAT--AAG-T-CC---TGAT--TTGATT-T-----CCATT--GT-G--GT-GC-GACATGATATAGGC--C-----GCGCAC-C-AACTCGTA-TTCACT----ACTAATAGGCTTC---AGT---GG-CCAA-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgttggacaaccgattgattgattgtcttaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          A-----TATACCA---TG---T-TT-CAA-AAAACC---CACAGT-T--G--AGA-CCCAACAGA-CC---CAATTCATTAAAACAAAACAC--AAATCA--TT-CATA-----------GGG-G-TGT-GCA--TATCATAG-TC--ACA----G---C-TC--GGGAAAAAAAAAAT-GA---ATTAG--T-CCTGAAACA-T-AA-TTACC-----AGGCAAACAAGTAC-AT-----AAGA-TT--TATTAAT----AG--GT--CAAATGAA-ATGgatcgccaatacaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     G-GTT---GC--AGTT-CCACATTAC-GCTCGCTG--TGTACCAATGGTGGTTCTGCG-T-ATGTGGCA-CAT-GCAAG
gi|14                         : gagatactgcatgccgtccaccacttgatatctgttaatgtggattaactgggctcactcctccttatggtgagcatacatgtatgattaAAATCC-TGTA-TTCAAAA--C-TA--GC-AAA-CTTGTCC-A-T-A-TTG-ATGGCAAGTTCATGG-----CAT-G-ATT---CT-------------------A--ATC-------------------A-TA--C-AG-------------AATGA-TG---AATAGTAT--A-G-TTCC---AGAT--TTGATT-C-----Ctgg
gi|15                         :                                                                                           AAATCCGTGTA-TGCAAAAAAC-TA--GCTAAA-CTTGTAC-A---G-T-G-AT-GCAAAGTTATGGGGGGCTAT-GGATT---CT-------------------AGGG---------------------A-TA--CCAT-------------AATGAGT
gi|2                          :                                                                                             ATCCGTGTA-TGCAAAA--CATA--GCTAAA-CTTGTCC-AAT-G-T-G-ATTGCAAA-TTATGGGGG--CAT-GGATT---ATTAGATAC------------A--T---------------------G-TA--CCAT-------------AATGGGTG---CA-AGTAT--A-G-C-CC---AGAT--TTGATT-T-----CCATT--GTTG--GTTGC-AA--TGATATAGGCGCC-----GC--AC-CCAACCTGTACTTCACT----ACTAATATGCTTC---AGT---CA-CCGA---CT-TGACAATA-ACAACTTTTTCTGG---TGTACA-GGTTTAATA-------GTGGGTCTT----CCCTT--CTGC-CT-ATGTTTAGATGT--------G------------CA--G-GTTGG---AGG-GA----TTGT-GAGCATT--CCCGAG-C--CAA--TTA-TCGGGGAG-GG--CATT---AAGT-CAT-AG-CTT-CA-AGAGGTGGGGCGGA-----TATAC-A---TG---T-TTTCAA-ACA-CC---CACAGT-T--TTTGAA-GCCAA---AACC---CATTT------AAC----TGC--A--TCA--TT-C-TA-----------GGG-G-TGT-G-A--T----TTG-TC--ACA----AAACC-TT--GA---------A---GA---T--A---T-CCTGA---A-T-AATTTACC-----AGG------AGTAC-TT-----AAGT-TTATT----AT----AGTGGTAGCAGGTGTA-ATGGA-TTTCTT------ACACTCT-----GTC-GGCGATCCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TT-GAGTTGGAG-TAC-TTGC-TTG-CCGTCCACC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-GTT---GC--AGTT-CCACAT-ACGGCTC-CTG--T-T-CCAAT-G--------CGTT-ATGTGGCA-CAT-GCAAtgc
gi|3                          :                                                                                                                                                       GTCATGGGGG--TAT-GGATTTATATGAGTTTGTGCTAAAACTCAA--G---------------------A-TA--TTAG-------------AATTAGTG---CA-AGGAT--A-T-T-TT----GAT--TTGATTGT-----TCATT--GT-G--GT-GC-AAA-TGATATAGGC--G-----GC--AG-C-AATCTGTA-TTCATT----ACT--TAGGCTTCTTCCGT---CA-CCGATA-CT-CGA-AATA-A--ACTTTTTCTAAG--TGT-GA-GGTT-----------AGTGG-TCTT----CCCTT--CTGC-CT-AAGTT-GGTTGTTATTCCTCG------------CA--G-GTAA----AGGCGA----T-GAAGAGCA----CCCTAG-CAATAA--TTA-TCAGAGAGAG---CATT---AGGTTCAT-AG-CTT-CA-AGAGATTGAGCATC-----T-T-------TG---T-T---AA-ACA-CC---CACAGT-T--T--GAA-GTCAA---T-TC---TAATT------AAC----TGT--A--TCA--TT-C-T------------GAG-GGTGT-GCA--T----TTG-CA--ACA----G---C-TT--GGT--------AAA-GA---TGTG---TTCCTGA---A-A-AATTTACA-----AGG------AACTC-TGGA---AAGC-TT--C----AT----AT--ATGGCAGGTGTA-ATGTGTTTTCTT------ACCCTCT-----G-C-GGCAATACTGGCA-AGC-GGTGACCA-TTTGAGTTGGAG-TAC-T-GC-T-G-CCGTCA-CC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-GTT---GC--AGTT-CCACAT-AC-GCTC-CTG--T-T-CCAATGG--------CG-T-AGGTGGCA-CAT-GCAAGtggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgttggacaattgtaattgattgattgtcttaatttattcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcg
gi|4                          :                                                                                          gAAATCCGTGTAGTGCAAA---C-TAACGCTAACTCTTGTAC-A-T-GAT-G-ATGGCAAAGTTATGGGGG--CAT-GGATTT--CT-------------------A--G---------------------A-TA--CATC-------------A-TGAGTG---CA-AGTAT--A-G-T-TC---AGAT--TTGATT-C-----CCATT--GT-GTCG--GC-AA--TGATAT-GGC--C-----GC--CA-A-AACCTGTA-TGCACT----ACTAATAGGCTTC---AGT---CAACCTG-A-CG-TGA-AATA-ACAACTTTTTCTGGG--TGT-CA-GGTTTAAT------TA-TGG-TCTT----TCCCG--TTGCGCT-AC-TT-AGTT-T--------G------------CA--G-GTTG----AGG-G-------GTTGAGGATATGCCCGAG-C--CAA--GTA-TCGGGGAG-GGCATATC---AGGTTCATTAGACTT-CATAGAG-TGGGGC-TA-----TATAC-----TG---TGTT-CAA-ACA-CA---CCC-GT-TATT--GAA-GCCAA---A-CC---CATTTT-----AAC----T-C--A--TCA--TTAC-TA-----------AGG-GGTGT-GCA--T----TTG-TC--ACT----G---CATG--GG---------AAT-GA---TTTA---T-CCTGA---A-T-AATTTACC-----A-G------AGTAC-TA-----GAGT-TT--G----AT----AG--GTAGTCAGTGTAGATTGA-TTTCTT------ACACTCT-----G-T-GGCGATCCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TTTGGGTTGGAG-TAC-T-GC-T-GCCCGTCA-CC---ACGGT-ACCTGGG----CT-CCTT-TGG-T-GGC--GTT---GC--AGTT-CCACAT-AC-Gtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgttggacaattgattgactgattgtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|5                          :                                                                                           AAATCCGTGTA-TGCAAA---C-TA--GCTAAA-CTTGTCT-A-T-G-T-G-ATGGCAAAGTTATGGGG---CAT-GGATT---AT-------------------A--T---------------------A-TA--CCTA-------------AATGGGTG---CA-AGTATT-A-G-T-CC---AGAT--TTGATT-T-----CCATT--GT-G--GT-GC-AA--TGATATAGGC--C-----GC--AC-C-AACCTGTA-TTCACT----ACTAATATACTTC---AGT---CA-CCGA---CT-TGA-AATA-ACAACTTTTTCTGGG--TGT-CA-GGTTTAATACTAAATAGTGG-TCTT----CCCTT--CTGC-CT-ATGTT-AGTTGT--------G------------CA--G-GTTG----AGG-GA----T-GT-GAGCAT---CCCGAG-C--CAA--TTA-TCGGGGAG-G---CATT---AGGTTCAT-AG-CTT-CA-AGAGGTGGGGCGTA-----TATAC-A---TG---T-TT-CAA-ACA-CC---CACAGT-T--T--GAA-GCCAA---A-CC---CATTT------AAC----TGC--A--TCA--TT-C-TA-----------GGG-GGTGT-GCT--T----TTG-TC--AAA----C---C-TT--GG---------AAT-GA---TTTA---T-CCTGA---ATT-AATTTACC-----AGG------AGTAC-TT-----AAGT-TT--T----AT----AG--GTAGCAGGTGTA-ATGGATTTTCTT------ACACTCT-----G-C-GGCGATCCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TTTGAGTTGGAG-TAC-A-GC-T-G-CCGTCC-CC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-GTT---GC--AGTT--CACAT--C-GCTC-CTG--T-T--CAATGG--------CG-T-ATGTGGCA-CAT-GCAAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagttgacaattgaattgattgattgtctta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -----TACTGG-CCTTACGTCCCTT--CTGC-CTGAAGTT-ATTAGT--------GTTGATTCCTCGTCA--GTGTTA----AGG-GA----T-GGAGAGCG----CCCGA--C--CAAAATT--TCATGGAGAG---CATT---AGGTTCAT-AG-CTTGCA-AGAGGTGGTGGGT------TATAT-A---TG---T-------------C---CAAAGT-T--T--AAAAGCCAA-----CC---CATTT------CAT----TGT--A--TCA--TT-C-GT-----------GAA-GGGGT-GCA--T----TT--TC--ACA----G---C-TT--GGG--------AAT-GA---TTTG---T-TCTGT---A-T-AATTTACA-----AGG------AGCAC-TGGA---AAGC-TT--A----GT----AA--GTGGCAGGTGTA-ATG--CTTTCTT------ACACTCT-----G-C-AGCAAACCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TTTGAGTTGGAG-TAC-T-GC-TGG-CCGTCA-CC---ACA---A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGGTT-GGCG-GTT---GC--AGTTCCCACAT-GC-GCTC-CTG--T-T-CCACT-G--------CG-TGATGTG--A-CATGGCAAG
gi|7                          :                                                                                            AATCCGTGTA-TGAAAA---T-CC--GCTAAA-CTTGTCC-A-C-G-T-G-ATGGAAAGGTTATGGGGA--CAT-ATATTT--AT-------------------A--CGAGTTTGTGCCTAAACTCAAGA-TA--CCAG-------------AATGAGTG---AA-AGTAT--A-T-T-TC---AGAT--TTGATT-T-----TCTTT--GT-G--GT-GCAAA--TAATATAGGC--C-----GA--AC-C-AATCTGTA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaatttgttggacaactgatgattgattgttatttaatta
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Reference ( family-3520 )     :                                                                                           AAATCCGTGTA-TGCAAAA--C-TA--GCTAAA-CTTGTCC-A-T-G-TG-ATGGCAAAGTTATGGGGG--CAT-GGATT---AT-------------------A---------------------G--A-TA--C------CAN-------------AATGAGTG---CA-AGTAT--A-G-TCC---AGAT--TTGATT-T-----CCATT--GT-G--GT-GC-AA--TGATATAGGC--C-----GC--AC-C-AACCTGTA-TTCACT----ACTAATANGCTTC---AGT---CG-CCGA-A-CT-TGA-AATA-ACAACTTTTTCTGGG--TGT-CA-GGTTTAATA-----TAGTGG-TCTT----CCCTT--CTGC-CT-ANGTT-AGTTGT--------G------------CA--G-GTTG----AGG-GA----T-GTAGAGCGT---CCCGAG-C--CAA--TTA-TCGGGGAGGGCAT--T---AGGTTCAT-AG-CTT-CA-AGAGGTGGGGCGTA-----TATAC-A---TG---T-TT-CAA-ACA-CC---CACAGT-T--T--GAA-GCCAA---A-CC---CATTT------AAC----TGC--A--TCA--TT-C-TA-----------GGG-GGTGT-GCA--T----TTG-TC--ACA--G---C--TT--GG---------AAT-GA---TTTA---T-CCTGA---AT-AATTTACC-----AGG------AGCAC-TT-----AAGC-TT--T----AT----AG--GTGGCAGGTGTA-ATGGACTTTCTT------ACACTCT-----G-C-GGCGATCCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TTTGAGTTGGAG-TAC-T-GC-T-G-CCGT-C-ACC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-G---TTGC--AGTT-CCACAT-AC-GCTC-CTG--T-T-CCAATGG--------CG-T-ATGTGGCA-CAT-GCAAG
gi|1                          :                                                                                                                    --GCTAGA-GTTGTCCCA-TAG-TGCATGGGCAAGTTATGGGGG--CATCGGATT---AT-------------------A---------------------G--A-TAAAC------CAGGCAATTTCGTGCTAATGGGTGACACA-TGTATCAA-GATACGCAAGATACTTGATT-TACTTCCCATCTAGT-G--GT-GC-AA--TGATA-AGGT--CCAGGGGC--ACACGAACCTGTACTTCACTCAGTACTAATATGCTTC----GTACACG-CTGA-AACTCTGA-AATATACAACTTTGTCTAGGGCTGT-CTTGGTTTAATA-------GTGG-TCTT----CCCTTAGCTGC--T-ATGTT-AGTTGT--------GGG----------CAATG-CTTGTCTAAGG-GAGATTT-G-AGACAAT---CCCGAGAC--CAA--TTAATCAGG-ATGTCAT--TTTAAGATT-A--AG-ATT-TA-AGAGATGGAGCGTAATGAGTA-AC-AATTTGCTCT-TC-TAATACA-CCTACCACAGTAT--T--GAATGCCAA---A-CCTCCCATTT------AAC----TGCAGA--TCACGTC-C-TAATGTAAAAAGGAGG-GGTGT-GCAT-T----TTGTTC--ACACTA---CTTTT--GG---------AGT-GAATTTTTA---T-CCTG----AT-AATTTACCAGGCTAGG------AGTAC-TT-----AAGCTTT--T----ATC---AG--GTAGCAGGTGTA-ATGA--TTTCTTAC----ACACTCT-----G-CGGGCGATCCTGG-T-AGCGGGTGACCATTTTGAGTTGGAGCTACAA-GCTT-G-CCGT-C-ACTCGGACGGTAA-TTGGGCACTCT-CCCTGTGG-TGGGCG-G---TTGC--AGTT-CCACAT-AC-AGTCGCTG--T-T--CAATGG---------G-T-ATGTGGCAGCAT-GCAAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        agct-CTTGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-G---TTGC--AGTT-CTACTT-GC-GCTC-CTG--T-T-CCAATGG--------CG-T-ATGTGGCA-CAT-GCAAGtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctgatttcgttggacaattgatgattgaattgtcttaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcggcttctgtggctacgcaacccataccattggaaatccatcaccgccccgggggatgcagctagatctgccataacacaataaataatcgttcat
gi|11                         :                                                                                           AAATCCGTGTA-TGCAAA---C-TA--GCTAAA-CT-GTCC-A-T---TG-ATGGCAA-GTTATGGGGG--CAT-GGATC----T-------------------A---------------------G--ACTA--C------CAT-------------AATTAGTG---CA-AGTAT--AAG-TCC---TGAT--TTGATT-T-----CCATT--GT-G--GT-GC-GACATGATATAGGC--C-----GCGCAC-C-AACTCGTA-TTCACT----ACTAATAGGCTTC---AGT---GG-CCAA-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgttggacaaccgattgattgattgtcttaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A-----TATACCA---TG---T-TT-CAA-AAAACC---CACAGT-T--G--AGA-CCCAACAGA-CC---CAATTCATTAAAACAAAACAC--AAATCA--TT-CATA-----------GGG-G-TGT-GCA--TATCATAG-TC--ACA--G---C--TC--GGGAAAAAAAAAAT-GA---ATTAG--T-CCTGAAACAT-AA-TTACC-----AGGCAAACAAGTAC-AT-----AAGA-TT--TATTAAT----AG--GT--CAAATGAA-ATGgatcgccaatacaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       G-G---TTGC--AGTT-CCACATTAC-GCTCGCTG--TGTACCAATGGTGGTTCTGCG-T-ATGTGGCA-CAT-GCAAG
gi|14                         : gagatactgcatgccgtccaccacttgatatctgttaatgtggattaactgggctcactcctccttatggtgagcatacatgtatgattaAAATCC-TGTA-TTCAAAA--C-TA--GC-AAA-CTTGTCC-A-T-ATTG-ATGGCAAGTTCAT---GG--CAT--GATT---CT-------------------A---------------------ATCA-TA---------CAG-------------AATGA-TG---AATAGTAT--A-GTTCC---AGAT--TTGATT-C-----Ctgg
gi|15                         :                                                                                           AAATCCGTGTA-TGCAAAAAAC-TA--GCTAAA-CTTGTAC-A---G-TG-AT-GCAAAGTTATGGGGGGCTAT-GGATT---CT-------------------AGG-------------------G--A-TA--C------CAT-------------AATGAGT
gi|2                          :                                                                                             ATCCGTGTA-TGCAAAA--CATA--GCTAAA-CTTGTCC-AAT-G-TG-ATTGCAAA-TTATGGGGG--CAT-GGATT---ATT------------------A---------------------G--A-TA--CATGTACCAT-------------AATGGGTG---CA-AGTAT--A-G-CCC---AGAT--TTGATT-T-----CCATT--GTTG--GTTGC-AA--TGATATAGGCGCC-----GC--AC-CCAACCTGTACTTCACT----ACTAATATGCTTC---AGT---CA-CCGA---CT-TGACAATA-ACAACTTTTTCTGG---TGTACA-GGTTTAATA-------GTGGGTCTT----CCCTT--CTGC-CT-ATGTTTAGATGT--------G------------CA--G-GTTGG---AGG-GA----TTGT-GAGCATT--CCCGAG-C--CAA--TTA-TCGGGGAGGGCAT--T---AAGT-CAT-AG-CTT-CA-AGAGGTGGGGCGGA-----TATAC-A---TG---T-TTTCAA-ACA-CC---CACAGT-T--TTTGAA-GCCAA---AACC---CATTT------AAC----TGC--A--TCA--TT-C-TA-----------GGG-G-TGT-G-A--T----TTG-TC--ACA--AAACC--TT--GA---------A---GA---T--A---T-CCTGA---AT-AATTTACC-----AGG------AGTAC-TT-----AAGT-TTATT----AT----AGTGGTAGCAGGTGTA-ATGGA-TTTCTT------ACACTCT-----GTC-GGCGATCCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TT-GAGTTGGAG-TAC-TTGC-TTG-CCGT-CCACC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-G---TTGC--AGTT-CCACAT-ACGGCTC-CTG--T-T-CCAAT-G--------CGTT-ATGTGGCA-CAT-GCAAtgc
gi|3                          :                                                                                                                                                      GTCATGGGGG--TAT-GGATTTATATGAGTTTGTGCTAAAACTCAA---------------------G--A-TA--T------TAG-------------AATTAGTG---CA-AGGAT--A-T-TTT----GAT--TTGATTGT-----TCATT--GT-G--GT-GC-AAA-TGATATAGGC--G-----GC--AG-C-AATCTGTA-TTCATT----ACT--TAGGCTTCTTCCGT---CA-CCGATA-CT-CGA-AATA-A--ACTTTTTCTAAG--TGT-GA-GGTT-----------AGTGG-TCTT----CCCTT--CTGC-CT-AAGTT-GGTTGTTATTCCTCG------------CA--G-GTAA----AGGCGA----T-GAAGAGCA----CCCTAG-CAATAA--TTA-TCAGAGAGAGCAT--T---AGGTTCAT-AG-CTT-CA-AGAGATTGAGCATC-----T-T-------TG---T-T---AA-ACA-CC---CACAGT-T--T--GAA-GTCAA---T-TC---TAATT------AAC----TGT--A--TCA--TT-C-T------------GAG-GGTGT-GCA--T----TTG-CA--ACA--G---C--TT--GGT--------AAA-GA---TGTG---TTCCTGA---AA-AATTTACA-----AGG------AACTC-TGGA---AAGC-TT--C----AT----AT--ATGGCAGGTGTA-ATGTGTTTTCTT------ACCCTCT-----G-C-GGCAATACTGGCA-AGC-GGTGACCA-TTTGAGTTGGAG-TAC-T-GC-T-G-CCGT-C-ACC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-G---TTGC--AGTT-CCACAT-AC-GCTC-CTG--T-T-CCAATGG--------CG-T-AGGTGGCA-CAT-GCAAGtggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgttggacaattgtaattgattgattgtcttaatttattcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcg
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gi|5                          :                                                                                           AAATCCGTGTA-TGCAAA---C-TA--GCTAAA-CTTGTCT-A-T-G-TG-ATGGCAAAGTTATGGGG---CAT-GGATT---AT-------------------A---------------------T--A-TA--C------CTA-------------AATGGGTG---CA-AGTATT-A-G-TCC---AGAT--TTGATT-T-----CCATT--GT-G--GT-GC-AA--TGATATAGGC--C-----GC--AC-C-AACCTGTA-TTCACT----ACTAATATACTTC---AGT---CA-CCGA---CT-TGA-AATA-ACAACTTTTTCTGGG--TGT-CA-GGTTTAATACTAAATAGTGG-TCTT----CCCTT--CTGC-CT-ATGTT-AGTTGT--------G------------CA--G-GTTG----AGG-GA----T-GT-GAGCAT---CCCGAG-C--CAA--TTA-TCGGGGAGG-CAT--T---AGGTTCAT-AG-CTT-CA-AGAGGTGGGGCGTA-----TATAC-A---TG---T-TT-CAA-ACA-CC---CACAGT-T--T--GAA-GCCAA---A-CC---CATTT------AAC----TGC--A--TCA--TT-C-TA-----------GGG-GGTGT-GCT--T----TTG-TC--AAA--C---C--TT--GG---------AAT-GA---TTTA---T-CCTGA---ATTAATTTACC-----AGG------AGTAC-TT-----AAGT-TT--T----AT----AG--GTAGCAGGTGTA-ATGGATTTTCTT------ACACTCT-----G-C-GGCGATCCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TTTGAGTTGGAG-TAC-A-GC-T-G-CCGT-C-CCC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-G---TTGC--AGTT--CACAT--C-GCTC-CTG--T-T--CAATGG--------CG-T-ATGTGGCA-CAT-GCAAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagttgacaattgaattgattgattgtctta
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gi|15                         :                                                                                           AAATCCGTGTA-TGCAAAAAAC-TA--GCTAAA-CTTGTAC-A---G-TG-AT-GCAAAGTTATGGGGGGCTAT-GGATT---CT-------------------AGG-------------------G--A-TA--C------CAT-------------AATGAGT
gi|2                          :                                                                                             ATCCGTGTA-TGCAAAA--CATA--GCTAAA-CTTGTCC-AAT-G-TG-ATTGCAAA-TTATGGGGG--CAT-GGATT---ATT------------------A---------------------G--A-TA--CATGTACCAT-------------AATGGGTG---CA-AGTAT--A-G-CCC---AGAT--TTGATT-T-----CCATT--GTTG--GTTGC-AA--TGATATAGGCGCC-----GC--AC-CCAACCTGTACTTCACT----ACTAATATGCTTC---AGT---CA-CCGA---CT-TGACAATA-ACAACTTTTTCTGG---TGTACA-GGTTTAATA-------GTGGGTCTT----CCCTT--CTGC-CT-ATGTTTAGATGT--------G------------CA--G-GTTGG---AGG-GA----TTGT-GAGCATT--CCCGAG-C--CAA--TTA-TCGGGGAGGGCAT--T---AAGT-CAT-AG-CTT-CA-AGAGGTGGGGCGGA-----TATAC-A---TG---T-TTTCAA-ACA-CC---CACAGT-T--TTTGAA-GCCAA---AACC---CATTT------AAC----TGC--A--TCA--TT-C-TA-----------GGG-G-TGT-G-A--T----TTG-TC--ACA--AAACC--TT--GA---------A---GA---T--A---T-CCTGA---AT-AATTTACC-----AGG------AGTAC-TT-----AAGT-TTATT----AT----AGTGGTAGCAGGTGTA-ATGGA-TTTCTT------ACACTCT-----GTC-GGCGATCCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TT-GAGTTGGAG-TAC-TTGC-TTG-CCGT-CCACC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-G---TTGC--AGTT-CCACAT-ACGGCTC-CTG--T-T-CCAAT-G--------CGTT-ATGTGGCA-CAT-GCAAtgc
gi|3                          :                                                                                                                                                      GTCATGGGGG--TAT-GGATTTATATGAGTTTGTGCTAAAACTCAA---------------------G--A-TA--T------TAG-------------AATTAGTG---CA-AGGAT--A-T-TTT----GAT--TTGATTGT-----TCATT--GT-G--GT-GC-AAA-TGATATAGGC--G-----GC--AG-C-AATCTGTA-TTCATT----ACT--TAGGCTTCTTCCGT---CA-CCGATA-CT-CGA-AATA-A--ACTTTTTCTAAG--TGT-GA-GGTT-----------AGTGG-TCTT----CCCTT--CTGC-CT-AAGTT-GGTTGTTATTCCTCG------------CA--G-GTAA----AGGCGA----T-GAAGAGCA----CCCTAG-CAATAA--TTA-TCAGAGAGAGCAT--T---AGGTTCAT-AG-CTT-CA-AGAGATTGAGCATC-----T-T-------TG---T-T---AA-ACA-CC---CACAGT-T--T--GAA-GTCAA---T-TC---TAATT------AAC----TGT--A--TCA--TT-C-T------------GAG-GGTGT-GCA--T----TTG-CA--ACA--G---C--TT--GGT--------AAA-GA---TGTG---TTCCTGA---AA-AATTTACA-----AGG------AACTC-TGGA---AAGC-TT--C----AT----AT--ATGGCAGGTGTA-ATGTGTTTTCTT------ACCCTCT-----G-C-GGCAATACTGGCA-AGC-GGTGACCA-TTTGAGTTGGAG-TAC-T-GC-T-G-CCGT-C-ACC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-G---TTGC--AGTT-CCACAT-AC-GCTC-CTG--T-T-CCAATGG--------CG-T-AGGTGGCA-CAT-GCAAGtggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgttggacaattgtaattgattgattgtcttaatttattcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcg
gi|4                          :                                                                                          gAAATCCGTGTAGTGCAAA---C-TAACGCTAACTCTTGTAC-A-T-GATG-ATGGCAAAGTTATGGGGG--CAT-GGATTT--CT-------------------A---------------------G--A-TA--C-------AT-------------CATGAGTG---CA-AGTAT--A-G-TTC---AGAT--TTGATT-C-----CCATT--GT-GTCG--GC-AA--TGATAT-GGC--C-----GC--CA-A-AACCTGTA-TGCACT----ACTAATAGGCTTC---AGT---CAACCTG-A-CG-TGA-AATA-ACAACTTTTTCTGGG--TGT-CA-GGTTTAAT------TA-TGG-TCTT----TCCCG--TTGCGCT-AC-TT-AGTT-T--------G------------CA--G-GTTG----AGG-G-------GTTGAGGATATGCCCGAG-C--CAA--GTA-TCGGGGAGGGCATATC---AGGTTCATTAGACTT-CATAGAG-TGGGGC-TA-----TATAC-----TG---TGTT-CAA-ACA-CA---CCC-GT-TATT--GAA-GCCAA---A-CC---CATTTT-----AAC----T-C--A--TCA--TTAC-TA-----------AGG-GGTGT-GCA--T----TTG-TC--ACT--G---CA-TG--GG---------AAT-GA---TTTA---T-CCTGA---AT-AATTTACC-----A-G------AGTAC-TA-----GAGT-TT--G----AT----AG--GTAGTCAGTGTAGATTGA-TTTCTT------ACACTCT-----G-T-GGCGATCCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TTTGGGTTGGAG-TAC-T-GC-T-GCCCGT-C-ACC---ACGGT-ACCTGGG----CT-CCTT-TGG-T-GGC--G---TTGC--AGTT-CCACAT-AC-Gtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgttggacaattgattgactgattgtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aatccgtgtatgaaaatccgctaaacttgtccacgtgatggaaaggttatggggacatatatttatacgagtttgtgcctaaactcaagataccagaatgagtgaaagtatatttcagatttgattttctttgtggtgcaaataatataggccgaaccaatctgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcA-GCCAA---A-CC---CATTTC-----AAC----TTTT-A--TCA--TT---TG-----------GGATGGTGTTGCAGTT----CTG-TCCAACA--G---C--TTTGGG---------AATTGA---TTTTGTTT-TCTGA---ATTGATTTAC------AGG------AGC-C-ATGGGGAAAGG-CT--T----ATTTTGGG--GTGG---GTA-A-AT--ACTTCCCTTGAGTAGCA-TCTTATAGG-T-GGCAATTCTGGTTTAGC-GGTGAC---TTTGAGTTGGAG-T-C-T-GC-C-G-CCGTCC-ACC---ACGTG-A-TTGGGCA--CTGCCCT-TGA-G-GGCGCGTTTTTGCCGAGTCACCACAT-AT-GCTC-CTGTTT-T-CCACGGG--------TG-T-ATGTGGCA-C-T-GCAAca


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blockSeqs                     :                                                                                                      .      A   .  .       .       . ATG    .                  .    .     TATACGAGTTTGTGCCTAAACTCAAGATACCAG                                                     .    .     AGT      A      .       . .         .   . .   .  .  A           C         .   . .        .      .          T     A     GG        A    .   .    .               .    .  .        AG          .    .        .     .  . A   .      TATTCCTCG              .  .    .      .  TGAA        CATT        . .    AA   .             T             .  .   .  .    A        A          A      .   GTT    .   .  .        . ATT     .     AA     .       T        TTTT      .    .   . . A              . G   .   GTT       .  .    GCA        G   T           .  .      G   .     .    T       C        .          TGGA       T   ATT      .     .   G         .   GAT      .            .     C               .   .        .            .   T    . G .    . .   .       . .       .   .    .   . .    . .      .     A      .  .    .   .  . C     G .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                                                                                      .      A   .  .       .       . TGA    .                  .    .     ATTAGATACATGTACCAT                                                                    .    .     TAG      A      .       . .         .   . .   .  .  .           G         .   . .        .      .          G     A     CA        .    .   .    .               .    .  .        AG          .    .        .     .  . C   .      G                      .  .    .      .  TGGA        CAT         . .    .    .             T             .  .   .  .    G        C          A      .   TT     .   .  .        . G       .     T      .       C        TGC       .    .   . . A              . G   .   T         .  .    GC         .   G           .  .      .   .     .    .       A        .          TGGA       C   C        .     .   A         .   GA       .            .     T               .   .        .            .   T    . . .    . .   .       . .       .   .    .   . .    . .      .     .      .  .    .   .  . C     G .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                                                                                      .      A   .  .       .       . TG     .                  .    .     CTAGGGATACCAT                                                                         .    .     AG       A      .       . .         .   . .   .  .  .           C         .   . .        .      .          G     A     CA        .    .   .    .               .    .  .        TA          .    .        .     .  . T   .      G                      .  .    .      .  TGTA        CA          . .    .    .             T             .  .   .  .    G        A          A      .   TT     .   .  .        . T       .     A      .       .        TGT       .    .   . . A              . G   .   T         .  .    GC         .   .           .  .      .   .     .    .       C        .          TTT        T   G        .     .   A         .   GA       .            .     C               .   .        .            .   A    . . .    . .   .       . .       .   .    .   . .    . .      .     .      .  .    .   .  . C     G .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                                                                                      .      .   .  .       .       . CG     .                  .    .     CTAATCATACAG                                                                          .    .     AT       A      .       . .         .   . .   .  .  .           C         .   . .        .      .          T     A     CA                                                                   .    .        .     .  . A   .      G                      .  .    .      .  GTT         CG          . .    .    .             T             .  .   .  .    G        A          A      .   AT     .   .  .        . T       .     A      .       .        TGC       .    .   . . T              . G   .   T         .  .    CC         .   .           .  .      .   .     .    .       C        .          AT         T   T        .     .   G         .   AC       .            .     C               .   .        .            .   T    . . .    . .   .       . .       .   .    .   . .    . .      .     .      .  .    .   .  . C     G .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                                                                                      .      .   .  .       .       . T      .                  .    .     TAGACTACCAT                                                                           .    .     AG       A      .       . .         .   . .   .  .  .           C         .   . .        .                                                                                                                                      G                      .  .    .      .  TGT         GG          . .    .    .             T             .  .   .  .    .        A          .      .   T      .   .  .        . T       .     A      .       .        TGT       .    .   . . A              . G   .   T         .  .    GC         .   .           .  .      .   .     .    .       A        .          TT         C   A        .     .   G         .   C        .            .     T               .   .        .            .   T    . . .    . .   .       . .       .   .    .   . .    . .      .     .      .  .    .   .  . C     . .         . .        .   .
blockSeqs                     :                                                                                                                    .       .       . G      .                  .    .     TCTAGATACAT                                                                           .    .     AT       .      .       . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .          .      .   .      .   .  .        . T       .     A      .       .        GGT       .    .   . . G              . .   .   T         .  .    GC         .   .           .  .      .   .     .    .       A        .          TA         C   C        .     .   G         .                                                                                                           .       .   .    .   . .    . .      .     .      .  .    .   .  . .     . .         . .        .   .
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gi|2                          :                                                                                             ATCCGTGTA-TGCAAAA--CATA--GCTAAA-CTTGTCC-AAT-G-TG-ATTGCAAA-TTATGGGGG--CAT-GGA-TT---ATT------------------A---------------------G--A-TA--CATGTACCAT-------------AATGGGTG----------CA-AGTAT-A-G-CCCAGAT--TTGATT-T-----CCATT--GTTG--GTTGC-AA--TGATATAGGCGCC-----GC--AC-CCAACCTGTACTTCACT----ACTAATATGCTTC---AGT---CA--CCGA--CT-TGACAATA-ACAACTTTTTCTGG---TGTACA-GGTTTAATA-------GTGGGTCTT----CCCTT--CTGC-CT-ATGTTTAGATGT--------G------------CA--G-GTTGG---AGG-GA---TTGTGAGCATTCCCGAG-C--CAA--TTA-TCGGGGAGGGC--ATT---AAGT-CA-TAG-CTT-CA-AGAGGTGGGGCGGA-----TATAC-A---TG---T-TTTCAA-ACA-CC---CACAGT--TTTTGAA-GCCAA---AACC---CA-TTT-----------AAC-TGC--ATCA--TT-C-TA-----------GGG-G-TGT-G-A--T----TTG-TC--ACA--AAACC--TT--GA---------A---GA---T--A---T-CCTGA---AT-AATTTACC-----AGG------AGTAC-TT-----AAGT-TTATT----AT----AGTGGTAGCAGGTGTA-ATGGA-TTTCTT------ACACTCT-----GTC-GGCGATCCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TT-GAGTTGGAG-TAC-TTGC-TTG-CCGT-CCACC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-G---TTGC--AGTT-CCACAT-ACGGCTC-CTG--T-T-CCAAT-G--------CGTT-ATGTGGCA-CAT-GCAAtgc
gi|3                          :                                                                                                                                                      GTCATGGGGG--TAT-GGA-TTTATATGAGTTTGTGCTAAAACTCAA---------------------G--A-TA--T------TAG-------------AATTAGTG----------CA-AGGAT-A-T-TTT-GAT--TTGATTGT-----TCATT--GT-G--GT-GC-AAA-TGATATAGGC--G-----GC--AG-C-AATCTGTA-TTCATT----ACT--TAGGCTTCTTCCGT---CA--CCGATACT-CGA-AATA-A--ACTTTTTCTAAG--TGT-GA-GGTT-----------AGTGG-TCTT----CCCTT--CTGC-CT-AAGTT-GGTTGTTATTCCTCG------------CA--G-GTAA----AGGCGA---TGAAGAGCA--CCCTAG-CAATAA--TTA-TCAGAGAGAGC--ATT---AGGTTCA-TAG-CTT-CA-AGAGATTGAGCATC-----T-T-------TG---T-T---AA-ACA-CC---CACAGT--TT--GAA-GTCAA---T-TC---TA-ATT-----------AAC-TGT--ATCA--TT-C-T------------GAG-GGTGT-GCA--T----TTG-CA--ACA--G---C--TT--GGT--------AAA-GA---TGTG---TTCCTGA---AA-AATTTACA-----AGG------AACTC-TGGA---AAGC-TT--C----AT----AT--ATGGCAGGTGTA-ATGTGTTTTCTT------ACCCTCT-----G-C-GGCAATACTGGCA-AGC-GGTGACCA-TTTGAGTTGGAG-TAC-T-GC-T-G-CCGT-C-ACC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-G---TTGC--AGTT-CCACAT-AC-GCTC-CTG--T-T-CCAATGG--------CG-T-AGGTGGCA-CAT-GCAAGtggcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgttggacaattgtaattgattgattgtcttaatttattcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcg
gi|4                          :                                                                                          gAAATCCGTGTAGTGCAAA---C-TAACGCTAACTCTTGTAC-A-T-GATG-ATGGCAAAGTTATGGGGG--CAT-GGATTT---CT-------------------A---------------------G--A-TA---------CAT-------------CATGAGTG----------CA-AGTAT-A-G-TTCAGAT--TTGATT-C-----CCATT--GT-GTCG--GC-AA--TGATAT-GGC--C-----GC--CA-A-AACCTGTA-TGCACT----ACTAATAGGCTTC---AGT---CAACCTGA--CG-TGA-AATA-ACAACTTTTTCTGGG--TGT-CA-GGTTTAAT------TA-TGG-TCTT----TCCCG--TTGCGCT-AC-TT-AGTT-T--------G------------CA--G-GTTG----AGG-GG---TTGAGGATATGCCCGAG-C--CAA--GTA-TCGGGGAGGGCATATC---AGGTTCATTAGACTT-CATAGA-GTGGGGC-TA-----TATAC-----TG---TGTT-CAA-ACA-CA---C-CCGTTATT--GAA-GCCAA---A-CC---CATTTT-----------AAC-T-C--ATCA--TTAC-TA-----------AGG-GGTGT-GCA--T----TTG-TC--ACT--G---CA-TG--GG---------AAT-GA---TTTA---T-CCTGA---AT-AATTTACC-----A-G------AGTAC-TA-----GAGT-TT--G----AT----AG--GTAGTCAGTGTAGATTGA-TTTCTT------ACACTCT-----G-T-GGCGATCCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TTTGGGTTGGAG-TAC-T-GC-T-GCCCGT-C-ACC---ACGGT-ACCTGGG----CT-CCTT-TGG-T-GGC--G---TTGC--AGTT-CCACAT-AC-Gtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattgttggacaattgattgactgattgtctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
gi|5                          :                                                                                           AAATCCGTGTA-TGCAAA---C-TA--GCTAAA-CTTGTCT-A-T-G-TG-ATGGCAAAGTTATGGGG---CAT-GGA-TT---AT-------------------A---------------------T--A-TA--C------CTA-------------AATGGGTG----------CA-AGTATTA-G-TCCAGAT--TTGATT-T-----CCATT--GT-G--GT-GC-AA--TGATATAGGC--C-----GC--AC-C-AACCTGTA-TTCACT----ACTAATATACTTC---AGT---CA--CCGA--CT-TGA-AATA-ACAACTTTTTCTGGG--TGT-CA-GGTTTAATACTAAATAGTGG-TCTT----CCCTT--CTGC-CT-ATGTT-AGTTGT--------G------------CA--G-GTTG----AGG-GA---TGT-GAGCAT-CCCGAG-C--CAA--TTA-TCGGGGAGG-C--ATT---AGGTTCA-TAG-CTT-CA-AGAGGTGGGGCGTA-----TATAC-A---TG---T-TT-CAA-ACA-CC---CACAGT--TT--GAA-GCCAA---A-CC---CA-TTT-----------AAC-TGC--ATCA--TT-C-TA-----------GGG-GGTGT-GCT--T----TTG-TC--AAA--C---C--TT--GG---------AAT-GA---TTTA---T-CCTGA---ATTAATTTACC-----AGG------AGTAC-TT-----AAGT-TT--T----AT----AG--GTAGCAGGTGTA-ATGGATTTTCTT------ACACTCT-----G-C-GGCGATCCTGGTT-AGC-GGTGACCA-TTTGAGTTGGAG-TAC-A-GC-T-G-CCGT-C-CCC---ACGGT-A-CTGGGCA--CT-CCCT-TGG-T-GGCG-G---TTGC--AGTT--CACAT--C-GCTC-CTG--T-T--CAATGG--------CG-T-ATGTGGCA-CAT-GCAAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattagttgacaattgaattgattgattgtctta
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gi|7                          :                                                                                            AATCCGTGTA-TG-AAAA--T-CC--GCTAAA-CTTGTCC-A-C-G-TG-ATGGAAAGGTTATGGGGA--CAT-ATA-TTT--AT-------------------ACGAGTTTGTGCCTAAACTCAAG--A-TA--C------CAG-------------AATGAGTG----------AA-AGTAT-A-T-TTCAGAT--TTGATT-T-----TCTTT--GT-G--GT-GCAAA--TAATATAGGC--C-----GA--AC-C-AATCTGTA-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgaatttgttggacaactgatgattgattgttatttaatta
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --------G------------CA--G-GTTA----AGG-GA---TGTAGAGGG--CTCGAG-T--AAAAAGTA-TCAGGGAGGGC--ATT---AGGTTCA-TAG-CTT-CA-AGATGTGGGGAGTA-----TATAC-A---TG---T-AT-CAA-ACA-CC---TACAGT--TT--GAA-TCCAA---A-CC---CA-TTT-----------AAC-GGT--GTCA--TT-C-TA------------AG-GGTGT-GCA--T----TTG-TC--ACA--G---C--TTG-GG---------AAT-GA---TTTA---T-TCTGA---AT-AATTTACA-----AGG------AGCACTTT-----AAGC-TT--C----AT----AG--GTGGCAGGTGTA-ATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcgcaggttaagggatgtagagggctcgagtaaaaagtatcagggagggcattaggttcatagcttcaagatgtggggagtatatacatgtatcaaacacctacagtttgaatccaaacccatttaacggtgtcattctaagggtgtgcatttgtcacagcttgggaatgatttattctgaataatttacaaggagcactttaagcttcataggtggcaggtgtaatgca
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aatccgtgtatgaaaatccgctaaacttgtccacgtgatggaaaggttatggggacatatatttatacgagtttgtgcctaaactcaagataccagaatgagtgaaagtatatttcagatttgattttctttgtggtgcaaataatataggccgaaccaatctgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcA-GCCAA---A-CC---CA-TTTC----------AAC-TTTT-ATCA--TT---TG-----------GGATGGTGTTGCAGTT----CTG-TCCAACA--G---C--TTTGGG---------AATTGA---TTTTGTTT-TCTGA---ATTGATTTAC------AGG------AGC-C-ATGGGGAAAGG-CT--T----ATTTTGGG--GTGG---GTA-A-AT--ACTTCCCTTGAGTAGCA-TCTTATAGG-T-GGCAATTCTGGTTTAGC-GGTGAC---TTTGAGTTGGAG-T-C-T-GC-C-G-CCGTCC-ACC---ACGTG-A-TTGGGCA--CTGCCCT-TGA-G-GGCGCGTTTTTGCCGAGTCACCACAT-AT-GCTC-CTGTTT-T-CCACGGG--------TG-T-ATGTGGCA-C-T-GCAAca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGTTGGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|16 ): GTACTTCGATTTACTAGAAAAAGGCTTAAATATTGAACGTGACTATAACAAAGTTTTATGGTGTACAGGTCTAGCAGTGGATGACTTCC