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5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|3 : gA-G-TT-G-C--A--A-A-A-A-A-AA-T--A--------T-GG-C----C-T------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-C--A-G-ACAcaaatgacattttaaa
gi|30 : ACA-G-GT-G-CCAA--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-Gaactctccaaaaggcaaaat
gi|31 : GACA-G-GTTG-C--A--A-A---C-A-A--T--A--------T-GC-C----CAC------C-TC---------T---T--T--TC---AACCA--G-G--G-G-GCggca
gi|32 : cA-G-TT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---TAAA--TC---GA--A--G-GT-G-A-GCATt
gi|33 : --A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------CGTC------T--T---T--T--TC---AAC-A--G-GGCG-G-GCAaa
gi|34 : gtgggccaT-G-C--A--A-T---C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C--------TC------T--T---T--T--T-----A--A--G-G--G-G-G
gi|35 : aaACA-C-GT-G-C--A--A-A-G-C-CTA--T--A--------T-GC------C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--A-G--G-G-Gggggggggggggc
gi|36 : --A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---TAAA--TC---GA--A--G-GT-G-A-GCATggggtc
gi|37 : gttgccaA-G-TT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--G--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--A-G-ACAa
gi|38 : GATA-G-CT-G-C--A--A-A-A-C-A-T--T--A--------T-GG-T----C-C------C-TC------A--C---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-GTATaatga
gi|39 : cGACA-G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-G--C----T-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--AG-G-G--G-G-GCAT
gi|4 : A-G-TT-G-C--A--A-A-A---A-G--T--T--------T-GG-C----G-C------C-TC------T--T---T--T--TT---AA--A--G-G--A-G-ACAa
gi|40 : --A-A-A-C-A-A--T--A--------T--T-C----T-C------C-TC---------T---T--T--TC---AC--A--G-G--G-A-GCatcacatttgaaaaaaagaa
gi|41 : caggacgcacattACA-G-AC-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------C-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TCAAAAA--A--G-G--G-G-Gca
gi|42 : -GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-T----C-T------C-TC------T--T---T--T--TTG--AA--A--G-G--G-G-Gg
gi|43 : ACA-G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--G--------T---------C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--A-G--G-G-Ggggggca
gi|44 : A-G-TT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--G--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--A-G-ACAggggggc
gi|45 : T-G-C--A--A-A-A-C-A-AG-T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------TTAT---T--T--TC---AA--A--G-G--A-G-Gaatg
gi|46 : ggttt--A-A-A-C-A-A--T--G--------T-AC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--A-G-ACAg
gi|47 : CA-A-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--C--A--------T-GT-T----C-C------C-TC------T--T---T--T--AC---AA--A--G-G--GAG-ACATaatgacataaa
gi|48 : CA-G-TT-G-C--A--T-A-A-T-A-A--T--A--------T-GC-T----C-C------C-TC------T--A---T--T--TC---AA--A--A-G--G-G-GCATa
gi|49 : A-A-GC-G-C--A--A-A-C-C-T-A--T--T--------C-GCGC----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--AG-G-G--G-G-GCATaa
gi|5 : -G-AT-G-C--A--A-A-A---A-G--T--A--------T-GG-C----G-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--a
gi|50 : CA-G-GT-G-C--A--A-A-----A-G--TTAA--------G-GC-C----C-T------C-TC------A--T---T--T--TCA--AA--A--G-G--G-G-GCATatacaatcacatttgaaaaaagaaag
gi|51 : T-G-C--A--A-A-A-C-G-A--T--A--------T-GC-C----T-C------C-CC------T--T---T--T--TC---AA--AC-GTG--G-G-GCATa
gi|52 : aatGACA-G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-GCATa
gi|53 : A-G-TT-G-C--A--A-A-A-T-G-A--T--A--------T-GC-C----CTC------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--AG-G-G--G-G-GCAT
gi|54 : GACA-G-GT-G-C--A--A-A---C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--AG-G-G--G-G-GCATa
gi|55 : GACA-G-GTTG-C--A--A-A-AAC-A-C--TG-A--------T----C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-G
gi|56 : cc-G-GT-G-TTAA--A-A-A-C-A-A--G--AA-------T-GC-C----C-C--------TC------T--T---T--T--TC---AA--AG-G-G--G-G-GCAT
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gi|58 : aACA-G-TT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-G--C----C-C------C-TC------G--T---T--T--TC---AG--A--G-G--GAG-GC
gi|59 : caT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-A----C-C------C-TC------T--T---T--TCCTC---AA--A--G-G--A-G-G
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gi|61 : CA-G-GT-G-C--A--A-A-C-C-A-A--T--A--------T-AT-C----A-C------C-T-------T--T---T--T--TA---AA--A--G-G--A-G-GCa
gi|62 : -G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-AATAAT-T------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-ACAgagc
gi|63 : T-G-C--A--A-A-A-A-A-G--T--A--------T-GC-G----C-C------C-TC------T------T--T--TC---AA--A--G-G--G-A-G
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gi|65 : gacA-G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--GAG--G-G-ACAT
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gi|71 : -C--A--A-A-A-C-ATA--T--A--------T-AC-C----C-C------T-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--GAG--G-G-ACAT
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gi|75 : -A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----T-C------C-TC------T--T---T--T--TA---AA--A--G-G--G-A-Gaatga
gi|76 : CA-G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-Gggggcggaggc
gi|77 : A-G-GT-G-C--AGTA-A-A-C-A-A--T--A--------T-G--C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-Gg
gi|78 : CA-A-GG-A-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------C-GC-C----C-C------C--C------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-A-GCg
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gi|8 : cgcACA-G-TT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--AAATATATAT-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TTCA-AA--A--G-A--G-G-GCAT
gi|80 : ca-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-CC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-GCATa
gi|81 : ACA-G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-G--C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-Gaa
gi|82 : CA-G-TT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC---------T---T--T--TC---AA--A--G-A--G-
gi|83 : -G-AT-G-C--A--A-A-G-C-G-A--T--A--------T-GC------C-C------C-TC------T--T---T--T--C-----A--A--G-G--G-G-GCATcg
gi|84 : CA-G-TT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------G--T---T--T--AC---AA--A--G-a
gi|85 : catA-G-GT-G-C--A--A-A---C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C-------------------T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-G
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gi|89 : -C--A--A-A-A-C-A-A--T--G--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|6 ): AGTTGCAATAAGTATGGCGCCTCTTTTTCATCAAAGACAATCACATTTGAAAAAAAAA
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Unaligned ( gi|12 ): GACAGGTTGCAAAGCAATGTGCCCCAATTCTTTGAAATAAGGGAGGGGGGGGGG
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Alignments
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lowQualScore : . . . . .. .. . . . . . .. .. ........ . . .... . ...... . ...... .. ... .. .. ... .. .. . .. . .
lowQualScore : 7 7 4 5 99 77 0 5 0 5 0 66 11 77777777 5 5 0000 0 333333 5 555555 77 888 33 77 444 88 88 5 22 0 5
consensus : GACA-G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-GCAT
Reference ( family-352 ) : GACA-G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-GCAT
gi|1 : T-G-C--A--A-A-AAC-A-AAGT--A--------T-GC-C----C-CC-----C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-G
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gi|13 : tT-G-C--A--A-A-A---A-G--T--A--------T-GG-A----G-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--A-G-ACAatcgcatccaaataaaaaaaa
gi|14 : gtGACAAG-GT-GGC--A--A-A-A-C-A-A--T-----------T-GC-C----C-CTCTTTTC-TC------T--T---T--T--TC---AA--AG-G-G--G-G-GCATatcacatttgaaaaaa
gi|15 : --A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----A-C------C-TC------T--T---T--T--TT---AA--A--G-G--G-G-a
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gi|17 : cactgaccaGACA-G-TT-T-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-CC-C----C-C------C-CCCCCTTTT--T---T--T--TCA--AA--A--A-G--G-G-GCAT
gi|18 : tGACA-G-CTTG-C--A--A-A-A-C-A-A--T--G--------T---------C-C------C-TC------T--TAAAT--T--TC---AA--a
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gi|20 : -C--A--A-A-A-T-A-A--T--A--------T-GG-T----C-T------T-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--A-G-atcacataaaaaaaaaag
gi|21 : -G-GT-G-C--A--ACA-A-C-A-A--T--A----------GC-C----C-CT-----C-TT------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-GCATaatcaatcatcaaaaaaaaa
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gi|24 : cA-G-TT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-CG-----T-TT------T--T---T--T--TC---GG--G--G-G--G-G-G
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gi|26 : CA-G-GT-G-C--A--A-A-G-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--A-G--G-G-Gaactcacaaaaaaaaac
gi|27 : GACA-GAGT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-CT-----C-TT------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-GCgggggcat
gi|28 : cac--A--A-A-A-C-A-A--T--G--------T-GC-C----C-G------C-TC---------T---T--T--TC---AT--A--G-G--A-G-
gi|3 : gA-G-TT-G-C--A--A-A-A-A-A-AA-T--A--------T-GG-C----C-T------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-C--A-G-ACAcaaatgacattttaaa
gi|30 : ACA-G-GT-G-CCAA--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-Gaactctccaaaaggcaaaat
gi|31 : GACA-G-GTTG-C--A--A-A---C-A-A--T--A--------T-GC-C----CAC------C-TC---------T---T--T--TC---AACCA--G-G--G-G-GCggca
gi|32 : cA-G-TT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---TAAA--TC---GA--A--G-GT-G-A-GCATt
gi|33 : --A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------CGTC------T--T---T--T--TC---AAC-A--G-GGCG-G-GCAaa
gi|34 : gtgggccaT-G-C--A--A-T---C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C--------TC------T--T---T--T--T-----A--A--G-G--G-G-G
gi|35 : aaACA-C-GT-G-C--A--A-A-G-C-CTA--T--A--------T-GC------C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--A-G--G-G-Gggggggggggggc
gi|36 : --A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---TAAA--TC---GA--A--G-GT-G-A-GCATggggtc
gi|37 : gttgccaA-G-TT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--G--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--A-G-ACAa
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gi|39 : cGACA-G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-G--C----T-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--AG-G-G--G-G-GCAT
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gi|40 : --A-A-A-C-A-A--T--A--------T--T-C----T-C------C-TC---------T---T--T--TC---AC--A--G-G--G-A-GCatcacatttgaaaaaaagaa
gi|41 : caggacgcacattACA-G-AC-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------C-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TCAAAAA--A--G-G--G-G-Gca
gi|42 : -GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-T----C-T------C-TC------T--T---T--T--TTG--AA--A--G-G--G-G-Gg
gi|43 : ACA-G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--G--------T---------C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--A-G--G-G-Ggggggca
gi|44 : A-G-TT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--G--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--A-G-ACAggggggc
gi|45 : T-G-C--A--A-A-A-C-A-AG-T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------TTAT---T--T--TC---AA--A--G-G--A-G-Gaatg
gi|46 : ggttt--A-A-A-C-A-A--T--G--------T-AC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--A-G-ACAg
gi|47 : CA-A-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--C--A--------T-GT-T----C-C------C-TC------T--T---T--T--AC---AA--A--G-G--GAG-ACATaatgacataaa
gi|48 : CA-G-TT-G-C--A--T-A-A-T-A-A--T--A--------T-GC-T----C-C------C-TC------T--A---T--T--TC---AA--A--A-G--G-G-GCATa
gi|49 : A-A-GC-G-C--A--A-A-C-C-T-A--T--T--------C-GCGC----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--AG-G-G--G-G-GCATaa
gi|5 : -G-AT-G-C--A--A-A-A---A-G--T--A--------T-GG-C----G-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--a
gi|50 : CA-G-GT-G-C--A--A-A-----A-G--TTAA--------G-GC-C----C-T------C-TC------A--T---T--T--TCA--AA--A--G-G--G-G-GCATatacaatcacatttgaaaaaagaaag
gi|51 : T-G-C--A--A-A-A-C-G-A--T--A--------T-GC-C----T-C------C-CC------T--T---T--T--TC---AA--AC-GTG--G-G-GCATa
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gi|80 : ca-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-CC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-GCATa
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gi|83 : -G-AT-G-C--A--A-A-G-C-G-A--T--A--------T-GC------C-C------C-TC------T--T---T--T--C-----A--A--G-G--G-G-GCATcg
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originalCons : GACA-G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-GCAT
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): GTTGCAAAAAGTATGGCCGCCTCTTTCAAGAGGAAACAATCACATTAAATAAAAAAAAAAAGA
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Reference ( family-352 ) : GACA-G-GT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-GCAT
gi|1 : T-G-C--A--A-A-AAC-A-AAGT--A--------T-GC-C----C-CC-----C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--G-G-G
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gi|46 : ggttt--A-A-A-C-A-A--T--G--------T-AC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---AA--A--G-G--A-G-ACAg
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gi|88 : A-G-TT-G-C--A--A-A-A-C-A-A--T--A--------T-GC-C----C-C------C-TC------T--T---T--T--TC---
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Unaligned ( gi|6 ): AGTTGCAATAAGTATGGCGCCTCTTTTTCATCAAAGACAATCACATTTGAAAAAAAAA
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