lowQualScore : 111111111111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111
lowQualScore : 11 1 44444 1 55555555 1 555555 222222222222 55555 1 333333333 222 4 1 44444 2 1 1 222 7777777 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 2 77777777777777777777777 444 888888888888888888 1 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 22222 44444 11 1 11 1111 222 1 44 1 4444 11 77777777777777777777777777777777777777777777 2222 222222222 11 2222 1 222222 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111 444444 222222222 22 555555 2 55555555555 2222222222222 111 11111 33333333333333 666666666666666666666 3333 555555555 33333333333333 11 33333333 1 11 1 3 555 1 111 11 111 33333 1 2222 11 88888888888888888888888888888 55555555555555 777777777777777777777 6666 11 444444444444444444 1 222 1111 55555555555555555555 11 44444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1 22 33 22 33 111111111111111111
lowQualScore : 3 99 7 11111 3 11111111 9 3 555555 1 0 6 888888888888 99999 2 1 777777777 222 0 5 88888 3 5 5 111 3333333 2 0 2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 6 0 8 66666666666666666666666 3 000 000000000000000000 7 6 0 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 77777 88888 6 3 3 33 2 0 55 99 3333 000 2 0 22 0 1111 33 55555555555555555555555555555555555555555555 1111 777777777 33 8 2222 77 0 333333 8 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 8 444 222222 333333333 77 33 5 000000 6 0 99999999999 8888888888888 6 888 22222 1 77 77 999 1 77 00000000000000 88 555555555555555555555 6 7777 3 888888888 3 55555555555555 8 11 6 55555555 8 8 0 8 11 8 5 5 888 8 6 444 11 0 3 444 8 88888 0 0 3 7777 0 11 33333333333333333333333333333 0 8 8 66666666666666 2 444444444444444444444 0 0 5 1111 8 55 111111111111111111 6 6 2 6 444 1111 44444444444444444444 0 11 00000 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5555 3 00 00 11 66 7 000000000000000000 1 99
lowQualScore : . .. . ..... . ........ . . ...... . . . ............ ..... . . ......... ... . . ..... . . . ... ....... . . . ............................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . . . ....................... . ... .................. . . . . .................................................................................................. .. ..... ..... . . . .. . . .. .. .... ... . . .. . .... .. ............................................ .... ......... .. . .... .. . ...... . ................................................................................................................................................................................................................................. . . ... ...... ......... .. .. . ...... . . ........... ............. . ... ..... . .. .. ... . .. .............. .. ..................... . .... . ......... . .............. . .. . ........ . . . . .. . . . ... . . ... .. . . ... . ..... . . . .... . .. ............................. . . . .............. . ..................... . . . .... . .. .................. . . . . ... .... .................... . .. ..... ........................................................ .... . .. .. .. .. . .................. . ..
lowQualScore : 0 55 3 00000 3 00000000 7 3 333333 0 7 7 333333333333 77777 3 0 222222222 000 0 0 55555 0 0 0 555 0000000 5 5 5 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 8 0 0 88888888888888888888888 2 000 000000000000000000 0 0 0 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88 00000 22222 0 2 2 88 5 0 55 22 5555 888 5 0 88 0 0000 88 22222222222222222222222222222222222222222222 2222 555555555 88 0 8888 44 6 666666 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 0 000 666666 222222222 99 77 7 000000 7 0 88888888888 2222222222222 7 333 77777 0 99 99 444 7 99 33333333333333 66 666666666666666666666 7 5555 2 888888888 8 99999999999999 0 88 0 88888888 0 0 6 0 00 0 0 0 444 0 0 222 00 8 2 000 0 66666 8 8 8 4444 8 00 00000000000000000000000000000 8 0 0 22222222222222 5 444444444444444444444 8 8 6 4444 0 88 444444444444444444 7 7 0 7 222 2222 33333333333333333333 8 44 88888 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000 3 00 55 77 00 3 888888888888888888 0 22
consensus : NCGCNTTNAGAATGTATA--T--AGGTGTA-TTG-TTCAC--AGGGG-AGGGGTATTN-----GGGAGGGGTTGCAC-C-----CA---CCCAGTATT----TCGCTCTCTCTCTC-CTTC-TAAGCAATCTC-CTCTCTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTATACATGTACCTTTGTAAATGAAGGCTTATTCAACACGGATATGTGACGAATGGGCGAGANCNCAATACTT----------CT-----CTCTCTCTCCT-------CTCTCTCT-TCTCATATATCTCTCGTGTCGTATTCT---ATCCCTCCCTC--TCCTTCACTCCC--CTCCTCATACTCTTCG-TCATCT-ATCTCTCGCAACCTCTCGACTCCTCTAAATTCTCCGAGTCTCTCTCTCNTCTAGAATTCTGTGTATGTGTGA-TCCCG---TTC--T----CTCT---GCCTA--AC-TTACAAA-AACTAAA-CTAATAT-TGAAAN-GC----TT--TTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCAC--CCCGGGTAC--TT-TGTTAGCTTTTTTTTAGAATGTCCATCTATTAAAAAGTTTCACAATTTAAGACAATAATGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCATG-TATTCTCTAATAGGCCANGGAGCAGCGA-------AG-CGC-CC--GAAATCTTGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GTTG-TTTTTTTA--TTGATGT---CACAAACA--T-TTTTAATCAA--ACTGGG-GGNG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCGGCACTA-GA--TCGGCC-TTTGG-AGAAAA--AGTA-AA-AA-ACG-AAAATAGTAACCGGGA-CG----C---C----CACC----CTACA-ATA--ACCC--CTCTCCCC-T--T-TGAACAACAC-TT-G-T-ATACGC--GCAT---TTTTTTTAGT-TATAG-TATTT--CG--G--GGTTCTTT---GTGGTAAA-A----CG-GTGATACCC--CATCAATACGGTCCTNACNTCCGGNG----CTTTCGAGTT-GCTCC--TGGG--GCCGC---TTTTGATTTCCNACCCAAACTTCCNGNCCTAATGA-GGCCCT---CCTC-TTTCGCAC----TCC---CCC-TTTTTT---TGCGACAAATC-CC---GAATCCGCCACTCTGCT----T--AACGTCTA--ATGACGGAGAA-ATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTTCAG--T-TTTACTAA-T--TAAT--A-ACG-AA---TA--AAGTTGGAAAATTGCGAGT--C--GTAA-T-AAGT--CGA-------ATT----TTTATTCCC--TCC--G-CA------ATA-TCAATCA-GCTGA--GATTTGTTTCCAA-GTAATTAGAATA-AACGT-ATTACC-ATAT-ATGA-TGTTTGG-T-ATT--GT-TGG-AAAT-GG--T-AGAGAAA-GTAATTTTC---ATA-TTC-TG--CAGAA--CTACCT---T-GGA--AT-AANTAAAATAAAAT--TTTCTTTT--AAA---A----TCN-TATG-----T-CTATC-AGAA-ATGCAG-TAA-ANAATA-CTT--ACACCTCTCTTGTCC-ATCGGCCTTA--CTT--CTCTACAAATGACCAGAGGC----GTCT-GT-TGTC-------CG-NA------CG-GC-CCNCT-GTCG--GAAGG--C-TT-GATGTTGAAC--AA-CT-TTGATGTTTACCGCG-T-CTTTTTTTTTTTCAACTGAG--AAG--G-GACTGAAATGTCGC---TGAAATGTA-GTG-C-----GT-TCAGGCGA-CG-AAT-GTCACTGAAGAGGTCACCTGAA-TGGTACC------TTTTC----G--TTTTAACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
Reference ( gi|1 ) : CCGCTTTAAGAATGCATA--T--AGGTGTA-TTG-T-CACTAAGAGG-AGGGGTATTG-----GAGGGGGGTTGCACACACCTTCACCACCCAGTATTAGTCTTGTTTTCTCTCTCTCTTCATAATCTATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTAGACATG-AC--TTGTAAATGGAAGGTTATTGAA-AGGAATA------GAATGGGGAAAAACCCAATACTTCATCTCTTCTCTTTATGCTCTCTCTTCTACTTTTGCTCTCTCTCTCTC-----TCTCTCGCATCTCTCTCTCATATCTCTTCCTCATTCATTC-CTCCGTACTTCTCAT-CTCTTCTCTCCTCTCATCTCTTTTTTTCTCTTCTCTTCTCTAA--TCTTAA-----TTCTCTCCTCT------C---GC-TGTGTGA-TCCTG---TT---T----CGCT---GT-TA--A--TTACAAA-AACTAAATCTAACAT-TGATAA-GC----TT--TTTCACCAGGAC-GAATGGGGAGAGG--TGCA---ACAAGATAC--TTATGTTAGCTTTTTTTTAATTTGTCCA-ATAGTTAATGGTTTT-TAATTAAAAACAAT-ATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCC----TGGGCCAGGGA--AGCAA-------AG-CGC-CTTGGAAATCTGGACGAATTCTT--TAACAGAC---------GTTTCGAGTAGGTTTTTTTA--TTGATGT---CACAAACAGTT-TCTTAATCAA--ACTGGG-GGTG-TGGA-GGAGGGGGACGCTC-ATACTA-GAACTCGGCC-TTTGA-AGAAAA--AGT--AACAA-ACT-AAAATAATAA--GGGA-CA----C---C----CACC----CTAC--ATA--A-CC--CTCTTCCT-T--T-TGATCAACAC-TT-G-T-ATACAT--ACAT---TTTTCTTAGTATGCAGCTATTTTCCA--G--GGTTC-TT---GTGGTAAAAAAAGACAAGTGATATCC--CATTA--A--GCCCTAA-ATCCGGGGGAAATTTAGGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGCCTTTTTTGATTATCAACTCAAACTTCCAAGTT--ATGA-GGCCGCGTACCTCGTTTCACAC----ACC---CCTATTTTTTATATGTGACAAATC-CC---GAATCCGCAACTCTGCT----T--A-CGTCTA--ATGACGGATGA-ATAAATACTGTCATA-TTACTAATATAGGTAATGTTTCAGAGT-TTTACTAAAT--TAAT--A-ACG-AA---TA--AATTTGGAAAATTGCGAGT--C--GTAA-T-AAGT--CGA-------ATT----TTTATTCCC--TC---G-CA------ATACTCAATCA-GCTGA-TAATTTGTTT--AA-GTAATTAGAATATAACGT-ATTACC-ATAT-ATGA-TGTTCGG-T-ACT--GT-TGG-AAAT-GG--T-AGAGCAACGTAATTTTTTCAATA-TTC-TG--CAGAA--CTACCT---T-GGA--A--AATTAAAATAAAAT--TTTCTTTT--AAA---A----TCC-TAT------T-CTAT--AGAA-ATGCAG-TAA-AGAGTAACTTAAACACCTCTTTTGTTC-CTCGGACTTAATCTC--CTCTACAAATGACCAGAGGCAAG-GTCT-GC-TGTC-------CG-AA------CG-GC-CCGCT-GTCT--GAAGG--C-TT-GAAGTTGAAT--AA-CTATTGATGTTTACCGCG-TGCTTTTTTTTTTTCAACTGAA--AAGCTGTGACTGAAATGTTG----TGAAATGTACGTG-C-----AT-TCAGGTGA-TG-AAT-GTCACTGAACAGGTCACCTGAAGTGGTACCGC---GTGTTC----G--TTTTAACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|3 : CACTTTA-GAATG-ATAAAT--AGGTGTAATTG-TTCAACGAGGGG-AGGGGTATTC-----AGGAGGGGTTGGACCCA----CA-CACCCAGTATT----TTGTTCTCGCC---------TAAGCAATCTC-CTCTCTCG
gi|8 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtCGCGTTTAGAATGTAAA--TGCAGGTGTA-TTGTT-CAC--AGTGGTAGGGGTATTGAT---GGGAGAGGTTGCACGC-----CACACCCCAGTATT----TTG-TTTCTCTCTC-CTTCaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|17 : caggatatattggtaaaatcatttacccccccctccccttctgcctatggaggaaataccaaattccgacttgttaaaattgaacatttattatatgtgggggggggcatgcttcttcgtgttaatctattaagactaaaaaaatcgggttatttttctggcaatcggtcaagaatctaaattgtatttcggattgaaaatcatgtttgattttatgcctgaaatgtaaatccaaactttttcaatttttttttgatgatagactaacatgcaagcagtatagaggggcccaatcgaccccccccccttctccctttttaaaactaaatagattaaatgtcattTGTATA--TT-ACGTGTA-TTG-TTCAC--AGGGG-TGGGCTATTACGAATGAGGGGG--TGCAC------------CCCAGTAT-ACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTc
gi|2 : ttaacttcgccttttTACTATACATGTACCTTTGTAAATG-AAGCTTATTCAA-AAGGAT-------GAATGGGGAAAAGCGCAATACTTct
gi|3 : --TTGTAAATGAAGGCTTATTCAACACAAATATGTGACGAATGGGCGAGACCCTAATACT-----------CT-----CTCTCTCTCCT-------CTCTCTCT-TCTCATATATCTCTCGTGTCGTATTCT---ATCCCTCCCTC--TCCTTCACTCCC--CTCCTCATACTCTTCG-TCATCT-ATCTCTCGCAACCTCTCGACTCCTC------CTCCG-----TTCTCTCATCT------CTGTGTATGTGTAC-TTCTG---TCC--T----CTCT---GC-TATAACTTTACAAA----CAAA-CTA---T-TGACAT-GC----TTATTTCCACAGGGAC-GAAATGGTAGAGGTTTGCACCTCCAAG-TGCTTTTGTGTTAGC---TTTTTAGAATGTCCATCTATTAAAAAGTTTCACAATTTAAGACAATAATGACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacaTCTCTAAATTCTTAAAGTCTCTCTCTCCTCTAGAATTC---GTATGTGTGAATCACA---TTCTCT----CTCT---GC-TA--AC-TTACAAA---CTAAAT--AATAT--GAAAACGCCTTGTT--TTCCACAGGGACTGAATGTGGAGAGGT-TGCA---CCCA-ATAC--TT-TGTTAGCTatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|6 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattcGTGTG--TCTTG---TT---CTTTCCTCT---GTCTA--C--TTACAAACAAC-------AATATGTGA-AA-AC----TG--TT-CACAGGGAC-AGATGGGGAGAAGGTTGCAC--ACAG---AC--TT-TGTTAGCTTTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|15 : GTGTGA-CTCTGATCTT---T----CTCTCTGGTCTA--A--TTA-ACA-AACTAA--CTAATAT-TGAAAG-GC----TT--GTTCAC-AGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCA---CCCCAGTAC--TT-TGTTAGCTTTTaaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcaaagcgcgattcttggcgatcctacaacaagagtgttgttttttttattgatgtagcaaaccttttaatcaactggggtgggatggaggggacgcgcgcatagataggctttagaaaatcagtaaacaatactgttgtaacgggatcacccccacaccctacagaataccctctccctgtgtgaacacactgtaaatacgtggcttcttttgtttatagtatttcaggaggttctttgtggtaaaaagagtgattcctacattaatagcctaacatccgggg
gi|13 : ggtatgAT-TGA-AT-GC----TT--TTTGAAAAGGAC-GATTGGGAAGAGGC-TGCA---a
gi|3 : taactaactacatgactgtaattaattacattgtaTTCATG-TATTCTCTAATAGGCCATGGAGCAGCGACACAAAGAG-CGCACC--GAAATTATGACGAAATCTTAATATCAAACCAGAAGGGAGCTTTTAAT---CTTTTTTAATTTGATATGTTCAAAAACATCTGTTTTAA--AA--ACTGGGTGGGA-TGGA-GAAGTGGGACGCTC-GTACGACTAAATCGGCCATTTGAGAAAAAA--AGTAAAAAAA-ACGAAAAATAGTAAACGGGA-CA----CAATC----CACCACAACTACAAATA--A-CCCGCTCCTCCC-TTGT-TGAACAACAC-TT-G-T-ATACGT--cccccccccccctctctctctctatctctgattctctgcatgtctctgt
gi|2 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaaCAGGGA---GCAA-------AGGCGC-CCGAAAAATCTGGACGAATTC-T--TACCAAAC---------GTT--GTGTTGGGTTTTTTA--TTGATGG---TACAAACA--T-TTTTAATCAAAGACTGGG-GGGGATGGA-G--GGGGGACGCTCGACACTA-GA--TCGGCC-TT--G-AGAAAA--AGT-----AA-ACA-AAAAT-ATAACTGAGA-GC----C---C----CCCC----CTACA-ATA--ACCC--CTCTCCCC-T--T-GGATCAACACGTTGG-TAATACGCTGACAA---TTTTTTTAGT-TATAG--ATTT--AG--G--GGTTCTTT---GTGGT----AAAGAC--GTGATACCC--
gi|6 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCAA-------AG-CGC------GATTCTTGGCGA-TCCTA--CAACAAGA---------GT-----GTTGTTTTTTTTA--TTGATGT---AGCAAAC---C-TTTTAATC-A--ACT-GG-GGTG--GGA-TGGAGGGGACGCGC-GCA-TA-GA--TAGGCT-TT----AGAAAATCAGTA-AACAATACT----GTTGTAAC-GGGATCA----C---CCCCACACC----CTAC--AGAATA-CC--CTCTCCCTGT--G-TGAAC-ACAC------T-GTAAAT--ACGTGGCTTCTTTT-GTTTATAG-TATTT--CA--GGAGGTTCTTT---GTGGTAAAAA-----GAGTGAT-TCCTACATTAATA--G-CCTAACATCCGGGGacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|5 : gtgtgtcttgttctttcctctgtctacttacaaacaacaatatgtgaaaactgttcacagggacagatggggagaaggttgcacacagactttgttagcttttaaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggTTTTTTTA--TTGATG----CACAAATA--T-TTTTAATCAA--ATTGGG-G-TG-GGGATGGAGGGGGACGCTCGACACTA-GA--TCGGCC-TTTG--AGAAAA--AGT--A--AA-AC--AAAATAGTAAT-GGGA-TGCTACC---C----CACC----CTAG--ATA--ACCC--CTCTCCCC-T--TGTGAACAACAC-TT-GTT-ATACGT--G-AT---TTGT-TTAGT-TACAG-TATTT--CAGGG--GGTTCTTT---GTGGTAAA
gi|4 : tTCCT-TG-T-TG-TC--CAC-TT-GGT-GTCCAC---CAC---TTTT--TGG---GTTACTATTTTC----A--GGTTC-TTTGGGTGGTA--------CGCGTG-TA------ATCA--ACGGTCCTTA-CTCCGGC-----CTTTCGAGTT-GCTCC--TGGG--GCCGC---TTTTGATTTCCCATTT----TTCCC-GTCTAATGACGGCC-----CCTCCTCTGGTACTCCTACCTTCCCT-TTTTTT---TG-GGCA--TCTCC---GACTCCGCG---CTGCTGTAAC--A-CGTTC----TG-CGGCGCA-ATAAA-ACTG-CATACTTATTA------GTAAT--TCC---GT-TTTCCTA--T--TTAT--C-ACGCAACACTA--ACGTTGGAA--TTG---GT--C--ACAG---AGGCTCCGACAGCTCCACTCCCCTCTCTTCCT--TC-----CACGCCACATAC---ATCC-TCTAACTGATTTGTTTTCAA-GTC-TTGAAATA-AACGT-AT-AC--ATAT-ATAG-TGTTTGG-T-A-T--GT-TGG-AA-T-GG--T-AGAGAAA-GTAATTTTC---ATA-TTCCTG--CAAAAAACTAC-T---T-GGA--CT-AATT----TGAAAT--T--CTTTT--AGATTAA----TCC-TAT------C-------AGAATGTGCAGGTC---GAATA-CT---ACAC---TCTTGT-C-AT--GGCTT---CTTATCTCTACAAATGACCAGAGGC----GTCT-GT-TGTCTCTTGCCCG-AAGCCCCCCGCGC-CC-CT-GTCGCGGAAGG--C-CT-----TTGATT--AAACT--TGATGTTTACCGCG-T---CTTTTTGTTTCAACTGAGGTAAGAGG-GA-TGAAG-GTCAC---TGAAATGT--GTG-CCATTAGT-TCAGG--ACTG-AAT---CACTGAAGAGGTCAC-TGAA-TGG-ACT--------TTCATCAG--TTTTCACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGcagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttaacgtctaatgacggagaaataaaatgtcatgctactaataaaggtaatttttcagttttactaattaattacgaataaagttggaaaatctcgagtcataataaatcgaatttatttccaacagcaaatcaatcagctggatttgtttcaagcattaagataaacg
gi|12 : cctactatcTTTTGATT--CAACCCAAACTTCCGGTCT--ATGA-AGCCCT---CCCC-TTTCA-AC----TTC---C----TTTTT-----TGACAAATC-CC---GAATCTGCCACT--GCT----T--AACGTCTA--ATGACGAAGAA-ATAAA-A-TGCCATA-TTACTAATAAAGGTAAT-TTTCAta
gi|20 : TGA-GGCCCT---CCTC-TTTCA-AC----TTC---CCC-TTTTCT---TG-GACAAATT-CC---GAATCCGCCA--CTGCT----T--A-
gi|7 : CAC----CCC---CCC-TTTTTT-----CGACAAATC-CC---GAATCCCCCACT--GTT----T--AACGCCTATAGTGA-GGATAA-TTGAATGC---CATG-T-ACTAATAAAGGTAAT--TTCA-----TTTACTAA-T--TATT--A-ACG-AAA--TA--CAGT--GAGAATTGCGAGT--C--GTAA-T-AAGT--AGA-------A-T----TTTA-TCCT--CC---A-CAG-----ATA-TCAATCC-ACTGA-T--TTGGTTTC-AACGT-ATTAG-ATATAAC----TT--T-GTAT-ATG--TGTTTGG-T-A-T--GG-TG---AAT-GG--T-AGAAGAA-GTCATTTTC---ATA-TTC-GG----AAA--CTACCC---T-GGAATA--AAGTAAAAT--AAT--TTTCTTTT--AAA---A--------CATG-----T-CTAT--AG-A-ATGCAG-TAA-----TTACTTTAA----TCTCTTGT---CTCGG-CTTA----T--CTCTAC-AATGAGC-GAGGC----GTCT-GTGTGTC-------CG--A------CG-GA-CAGCTGGTCG--AAAGGATT-TT-GATGTTG-----AA-CTTGTGATGTTT-CCGCG-T-CTTTTTTaagt
gi|19 : ctaacatccgggggaagAATC-TCAAGGAATCCGCCACT--GCT----TT-A-CGTCTA--ATGACGGAGAA-ATAAAc
gi|9 : ttttgatcatcgagTGCT----TTAA-CGTCTA--GTGACGGAGAA-ATAAAT--TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTTCAG--TATTTACTTAATGTCATT--A-ACG-AA---TACAAGTTTGCAAAATTGCGAGTAAC--GTAA-TTAAGT--CGA-------ATT----T--ATTCTC--TTCCAG-CA------ATA-TCAAT-A-GCTGA---ATTTGTTTCAAA-GTA-TTAGAATA-AAAGTGACTGCCCATATTATGA-TGTTTGG-G-ATG--GT-TGG-ATATTGGCTT-AGAGAAA-GTAATTTTC---ATA-TTCATGGTTAGAA--CTACCT---TTGGA--AT-AAATAAAATAAA----TTTCTTTT--AAA---AAAAATCTATATGTTACAT-CTATC-AGAA-ATGCAG-TAA-ATAATAGCTT--ACACCTCTCTTGTCC-atgccat
gi|5 : CT----T--AACGTCTA--ATGACGGAGAA-ATAAA-A-TGTCATG-CTACTAATAAAGGTAATTTTTCAG--T-TTTACTAA-T--TAAT--T-ACG-AA---TA--AAGTTGGAAAATCTCGAGT--C--ATAA-T-AAAT--CGA-------A------TTTATTTCCAACA---G-CA------A-A-TCAATCA-GCTG---GATTTGTTTC-AA-GC-ATTAAGATA-AACG
gi|2 : ttttttttattgatgcacaaatatttttaatcaaattggggtggggatggagggggacgctcgacactagatcggcctttgagaaaaagtaaaacaaaatagtaatgggatgctaccccaccctagataacccctctccccttgtgaacaacacttgttatacgtgatttgtttagttacagtatttcagggggttctttgtggtaaacagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnna--A-CCTCTA--ATGACGGA--ATATAAA-A--GTCATA-TTACTAATA-AGGTAAT-TTTCAG--TCTTTACTAAAT--TAATC-ATACG-AA---TA--AAGTTGGAAAAATGCGAGT--CCCGTAAAT-AA-T--CGA-------ATT----TT-ATTCCCC-TCCA-G-CA------ATA-TCAATCAAGCTGA--AATT-GTTTTCAA-GTA--TAGAATA-AACG--ATTACC-ATAT-ATGA-TGTTTGGGT-AATAGGTATGGCAAAT-GG--TTAGAGAAAGTTAATATTT-CATTAATTC-TG--CAGAA--C-ACCTACTT-GGA--C--TATTAAAATAAA----TTTCTTTT--AAA---------CA-TAT------TTCTATCAAGAA-ATGCAG-TAACAGAATA-CTTA--CACCTCTTTTGTCCATTCGGCCT--ATCTC-----TACAA-TGAC---AGACAGGCGTCCCGT-TGTC-------CGCAG------CG-GCTCCACT-GTCG--GAAGG--C-TTTGATGTTGAAC-----CT-TTG-TGTTT--CGCGGTCTTTTTTTTTTTTCAACTGAA--AAG--GTGAC--GAATG--GCCACTGAAATGTACGTGCC-----ATATCATGCGA-CGAAAT-GTCACTGA--AGGTCA-CTGAAA-GGTACC------TTTTC----AGTTTTTAACTGAAGGTCCTGGCTTCTTTACCTG
gi|16 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaAATAATGGTAAT-TTTCAGA---TTTACTA--T--TCATTTA-ACG-TA---TA--AAGCTGGAAAATTGTAAGT--C--GTAA-T-AAAT--CGA-------ATT----TT-ATTTTC--TCCA-A-CA------ATA-TCAATCA-GCTG---AATTT
gi|22 : AGT--C--GTAA-T-AAGT--CGA-------A-T----TTTATTCCCA-AC---ACCA------ATA-TCAATC
gi|10 : C-ATAT-ACGAGTGTTTGG-TTATG--GT-TGG-AA-T-GG--T-AGAGGAA-GTAATTTTTC--ATA-TTC-TG--CAGAA--CTA-TT---T-GGA--ATGAA-TAAAATAAATTTCTTTCTTTTAAAAA---A----TCA-TAC------C-ATATC-AGAA-ATGCAG-TAA-ATAATA--TT--ACACCTC-TTTGTCC-ATCGGCGTTA----T--CTCTACAGATGACCATAGGC----GTCT-GA-TGTC-------CG-CA------CG-GC-GCCCT-GTTG--GAAGG--CTTT-GATGTTGAAC-----CT-TTGATGTTTACCGCG-T-CTTTTTT
gi|18 : gcagtgtACACCTCTTT-GTCC-ATCGGCCTT---CTC---TCCATAAATGACCAGAGGC----GTCT-GT-CGTC-------CG-CA------CG-GC-CCCCT-GTCG--GAAGG--C-TT-
gi|11 : -GC-CCA---GTCG--GAAGC--T-TT-GA---TGAATTGAA-C-GTTTATGTT-ACCGCACTG------TTTTTTC----------------GACTGAAAT-TTG----TTAGCTG-A----------------AGGTGA-TG-AATGGTCACTGAtg
gi|21 : tttttattagggattaaacagtattaaataattaccacattgtcaatcgagcttctcactacaaaatgcaccgttctctgttttcctcggcgacCTGAA-TGGTACCTTTCAGTTTTT----T--TTTTTACTGAAAGGTCTCGTTTCTT--CCTGTtgca
gi|23 : tcga--TTTTAATTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTG
gi|25 : tcagtTTTAACTGAAAGGTCTGGCTTTTT--CCTGTGAcatgt
gi|26 : TTAACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGCTTCTTCCTGTG
Unaligned ( gi|24 ): GTATGTTGGAATGGTAGAGAAAGTAATTTTCATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22 1 1 22 1 22222222 2222 666666666666666 222222 1 111 1 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 33333333 1 77777777777777 11 1 1 333333 2222 3333333 22222 111 1 333 22 11 1 1 22222 4444444444444 1 44444444444444444 11 1111 111 222222 111 33333333333 1111111 333333 222 11 1 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2222 3333333 22222 11 222 66666666666666666666666666666 11 1111 1111111 11 11 22222 11 222 11 111 22 22 3333333333333333 1111 11 1111 2222 333333 33333 55555555 1111 555555 22 333333 2 22 22 222 11 44444 1 22222 222222 11 333333 111 222 1 1111 222222 1 111 1111 11 22222 2222 2222 1 22 1 1111111 222 1 11 111 1 111 22222 1 1111 4444444444444444 11 111 1111 111 44444 1111 111 333333333333333333 1 22222 44444 11 444444444444 2222 111 666666666666666 1 1 1 11 11 2 1 111 1111111 111111
lowQualScore : 1 1 0 4 33 0 3 0 33 0 66666666 1111 999999999999999 666666 2 0 3 111 0 2 4 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 7 44444444 2 2 66666666666666 88 1 1 3 9 3 3 888888 8888 7777777 00000 555 5 3 555 77 88 5 5 66666 4 9999999999999 3 1 99999999999999999 3 8 33 2 7777 444 999999 222 0 33333333333 6 1 4444444 2 6 888 444444 222 0 88 88 3 4 4 5 4 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 4444 1 6 66 2222222 66666 33 3 3 000 1 22222222222222222222222222222 8 11 9999 9999999 0 0 11 8 1 88 8 3 22222 11 8 888 11 111 5 66 3 66 8888888888888888 7777 99 0 0 8 8 4444 1 0 6 6 0000 333333 0 8 0 88 11111 0 0 8 77777777 3 3333 0 444444 1 00 666666 66 0 77 77 333 99 1 0 7 1 33333 0 22222 222222 77 8 99 333333 6 111 000 4 4 0 5 5 0 55 6 55 5 7777 5 444444 8 999 1 000 5 5 2222 5 66 33 5 5 3 00000 0 5 1 4444 5 5 5 3333 4 6 66 1 3 6666666 1 6 88 6 5 333 5 5 5 5 33 5 5 5 5 000 77 3 000 99 55555 88 1 1 1 99 4444 3333333333333333 5 22 0 5 000 5 9999 5 66 66 5 2 9 999 222 77777 5 5 5 0 0000 000 5 5 111111111111111111 1 1 5 77 11111 99 44444 7 6 6 6 88 999999999999 55 4444 000 3 111111111111111 0 0 0 22 44 3 0 3 777 6666666 666666 77
lowQualScore : . . . . .. . . . .. . ........ .... ............... ...... . . . ... . . . . ............................................................................................................ .. . ........ . . .............. .. . . . . . . ...... .... ....... ..... ... . . ... .. .. . . ..... . ............. . . ................. . . .. . .... ... ...... ... . ........... . . ....... . . ... ...... ... . .. .. . . . . . . ...................................................... . .... . . .. ....... ..... .. . . ... . ............................. . .. .... ....... . . .. . . .. . . ..... .. . ... .. ... . .. . .. ................ .... .. . . . . .... . . . . .... ...... . . . .. ..... . . . ........ . .... . ...... . .. ...... .. . .. .. ... .. . . . . ..... . ..... ...... .. . .. ...... . ... ... . . . . . . .. . .. . .... . ...... . ... . ... . . .... . .. .. . . . ..... . . . .... . . . .... . . .. . . ....... . . .. . . ... . . . . .. . . . . ... .. . ... .. ..... .. . . . .. .... ................ . .. . . ... . .... . .. .. . . . ... ... ..... . . . . .... ... . . .................. . . . .. ..... .. ..... . . . . .. ............ .. .... ... . ............... . . . .. .. . . . ... ....... ...... ..
lowQualScore : 0 0 0 0 88 0 2 0 88 0 55555555 2222 555555555555555 000000 0 5 2 000 0 5 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 3 44444444 8 5 00000000000000 88 0 0 2 2 3 3 333333 3333 7777777 33333 333 5 0 000 55 00 5 5 00000 0 3333333333333 3 0 11111111111111111 2 0 66 8 0000 000 888888 000 8 88888888888 7 0 3333333 5 7 000 111111 000 8 00 00 0 0 0 5 0 5 000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0000 0 7 88 5555555 55555 88 0 2 888 0 88888888888888888888888888888 0 00 6666 8888888 8 8 00 0 0 66 0 8 00000 00 0 666 00 888 6 22 2 44 8888888888888888 0000 00 8 8 0 0 8888 4 8 7 7 2222 444444 8 0 8 88 22222 8 8 0 88888888 2 0000 7 777777 0 77 000000 55 0 55 55 333 77 0 7 3 0 00000 0 22222 222222 88 0 44 000000 7 777 555 4 4 4 0 0 0 99 5 11 0 4444 7 000000 9 666 4 000 7 7 1111 7 99 88 0 0 4 11111 1 0 4 8888 0 0 0 9999 7 7 88 7 3 0000000 0 7 33 7 7 111 7 7 7 7 66 7 7 7 7 000 99 3 222 22 00000 33 0 7 7 22 2222 6666666666666666 7 33 1 7 000 7 0000 7 44 99 0 5 6 222 111 66666 0 7 7 7 0000 000 7 7 000000000000000000 4 0 7 99 77777 22 00000 3 7 7 7 55 555555555555 88 2222 555 2 222222222222222 5 0 0 55 00 3 0 2 555 0000000 444444 99
consensus : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AG-GGGAGGGGTATT--NGG---GAGGGGTTG----CACG--------CCA---CCCAGTAT-T----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAANCNATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA-ANGAATA-G-GACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TCTCT-CTCTC------CTCTCT----CTCT---T---CTC-TAT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCT---TTCTCCG--TCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-T------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTG-T--C-TAAC-TTACAAA-AACTAAA-CTAATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAGTACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TT-TTTA--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAAA--CTGGG-GGGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-GAGAAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGTAA-CGGGA-CG----C---C----CACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCC-T--T-TGAACAACAC-TT-G-T--ATACGC--GCACTTTTTTTAGT-TACAG-TATTT--CAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-A-----CGAGTGATACCC-CATTAA---GGCCCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTC-T-ATGA-GGCCC-T---CCTC-T----TTCACAC-TTCCCC-TTTTTT---TG-GACAAATC-CC---GAATCCGCCACTCTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-CAG--T-TTTAC-TA---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--CGT-AA-TAAGTCGAATT---TTTATT-CCCTCC--G-CA-ATA-TCAATC-AGCTGA--GATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTT-GGT-ATG--GT-TGG-A-AATGG--TAGAG-AAAG-TAAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTAC---C-TTGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAA--TC-ATAT------TC-TATC-AGAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCA-TCGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAG--AGGC---GT-CTGT-TGTC-------C--GNA-----CGGC-CCCCT-GTCG--GAAGG--C--TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTGAAA----AG--GTGACTGAAA--TGTC-GCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AAT-GTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
Reference ( family-3500 ) : NCGCNTTNAGAATG-TATAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AG-GGGAGGGGTATT--NGG---GAGGGGTTG----CAC---------CCA---CCCAGTAT-T----TCGCTCTCTCTCTC-CTTC-TAAGCAATCTC-CTCTCTCGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAAGGCTTATTCAACACGGATATGTGACGAATGGGC-GAGANCNCAATACTTC-TCTCT-CTCTC------CTCTCT----CTCT---T---CTCATATATCTCT-CGTGTCGTATTCTATCCCTC---CCTCTCCTTCACTC--CCCTCCTCATACTCTTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGACTCCTCTAAATTCTCCGAGTCTCT-CTCTCNTCTAGAATTCTGT------GTATG-TGTG-ATCCCG----TTCT---CTCTG-C--C-TAAC-TTACAAA-AACTAAA-CTAATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCGGGTACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGAATGTCCATCTATTAAAAAGTTTCACAATTTAAGACAATAATGACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTCATG-TATTCTCTAATAGGCCANGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTTGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TT-TTTA--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAAA--CTGGG-GGNG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-GC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-GAGAAAA--AGT--AAAAAACG-AAAATAGTAACCGGGA-CG----C---C----CACC----CTAC--AATAACCC-CTCTCCCC-T--T-TGAACAACAC-TT-G-T--ATACGC--GCATTTTTTTTAGT-TATAG-TATTT--C--GGGGTTCTTTGTGGTAAA-A-----CG-GTGATACCC-CATCAATACGGTCCTNACNTCCGGNG----CTTTCGAGTT-GCTCC--TGGG--GCCGC---TTTTGATTTCCNACCCAAACTTCCNGNCCTAATGA-GGCCC-T---CCTC-T----TTCGCAC-TCCCCC-TTTTTT---TGCGACAAATC-CC---GAATCCGCCACTCTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-CAG--T-TTTAC-TA---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--CGT-AA-TAAGTCGAATT---TTTATT-CCCTCC--G-CA-ATA-TCAATC-AGCTGA--GATTTGTTTCCAA-GTAATTAGAATA-AACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTT-GGT-ATT--GT-TGG-A-AATGG--TAGAG-AAAG-TAAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTAC---C-TTGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAA--TC-NTATG-----TC-TATC-AGAA-AT---GCAG-TAA-ANAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCA-TCGGC--CTTA--CTTCTCTACAAA-TG-ACCAG--AGGC---GT-CTGT-TGTC-------C--GNA-----CGGC-CCNCT-GTCG--GAAGG--C--TTGATG--TTGAACAACT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTGAGA----AG--G-GACTGAAA--TGTC-GCTGAAATGTA-GTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AAT-GTCACTGAAGAGGTCACCTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
gi|1 : CGCTTTAAGAATG-CATAT--AGGTGTA-TTGT-CA-CTAAG-AGGAGGGGTATT--GGA---GGGGGGTTG----CACACACCTTCACCA---CCCAGTAT-TAGTCTTGTTTTCTCTCTCTCTTCATAATCTATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--GACATG-AC--------TTGTAAATGGAAGGTTATTGAA-AGGAATA------GAATGGGG-AAAAACCCAATACTTCATCTCTTCTCTTTATGCTCTCTCTTCTACTTT---TGCTCTC-TCTCTCTCT-C-TCTCGCAT-CTCTCTCTCATATCTCTTCCTCATTCATTCCTCC--GTACTTCTCATC-TCT-TCTCTC-----CTCTCATCTCTTTTT--TTCTCT---TCTCTTCTCTAATCT-TAATTCTCTCCTCTCGC-TG-TGTG-ATCCTG----TT-T---CGCTG-T----TAA--TTACAAA-AACTAAATCTAACAT-TGATAAGC----T--TTTTCACCAGGAC-GAATGGGGAGAGGT--GCAAC-A-AGATACTTA--TGTTAGCTTTTTTTTAATTTGTCCA-ATAGTTAATGGTTTT-TAATTAAAAACAATA-TGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCC----TGGGCCAGGGA--AGCAA-------AGCGC-CTTGGAAA--TCTGGACGAATTCTT--TAACAGAC---------GTTTCGAGTAGG--TT----TT-TTTA--TTGATG---TCACAAACAGTT---TCTTAATCAAA--CTGGG-GGTG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCA--T-ACTAGAACTCGGCC-TTTG-AAGAAAA--AGT--AACAAACT-AAAATAATAA--GGGA-CA----C---C----CACC----CTAC--A-TAACCC--TCTTCCT-T--T-TGATCAACAC-TT-G-T--ATACAT--ACATTTTTCTTAGTATGCAGCTATTTTCC--AGGGTTCTT-GTGGTAAA-AAAAGACAAGTGATATCC-CATTAA----GCCCTAA-ATCCGGGGGAAATTTAGGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGCCTTTTTTGATTATCAACTCAAACTTCCAAG--TTATGA-GGCCG-CGTACCTCGT----TTCACAC-ACCCCTATTTTTTATATGTGACAAATC-CC---GAATCCGCAACTCTGCT-T-A-CGTCTAATGACGGATG-AATAAATACTGTCATA-TTACTAATATAGGTAATGTTT-CAGAGT-TTTAC-TA---AA-TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAT-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--CGT-AA-TAAGTCGAATT---TTTATT-CCCT-C--G-CA-ATACTCAATC-AGCTGAT-AATTTGTTT--AA-GTAATTAGAATATAACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTC-GGT-ACT--GT-TGG-A-AATGG--TAGAGCAACG-TAAT-TTT-TTCAAT--ATTC-TG--CAGAA--CTAC---C-TTGGAA--AATTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAA--TC-CTAT------TC-TAT--AGAA-AT---GCAG-TAA-AGAGTAA-CTTAAAC-ACCTCTTTTGTTCC-TCGGA--CTTAATCTCCTCTACAAA-TG-ACCAG--AGGCAAGGT-CTGC-TGTC-------C--GAA-----CGGC-CCGCT-GTCT--GAAGG--C--TTGAAG--TTGAATAACTATTGATGTTTACCGC-GTGC-TTTTTTTTTTTCAACTGAAA----AGCTGTGACTGAAA--TGTT-G-TGAAATGTACGTG-C-----AT-TCAGGTGAT-G-AAT-GTCACTGAACAGGTCACCTGAAGTGGTACCGCGTGT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|10 : cCATA-TACGAGTGTTT-GGTTATG--GT-TGG-A-A-TGG--TAGAG-GAAG-TAAT-TTTTC---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTAT-----TTGGAAT-GAATAAAATAAATTTCTTTCTTTT----AAAAAATC-ATAC-------CATATC-AGAA-AT---GCAG-TAA-ATAAT-A--TT--AC-ACCTCT-TTGTCCA-TCGGC--GTTA----TCTCTACAGA-TG-ACCAT--AGGC---GT-CTGA-TGTC-------C--GCA-----CGGC-GCCCT-GTTG--GAAGG--CT-TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTT
gi|11 : gcagtgt-----TT-TATT-AGGG-ATTAAACAG-TAT-TAAAT-A-ATT--ACCACAT----TGTCAA-TCGAG--CTT----CTCACTACAAAATGCACC-----GTT---CT-CTGT-TTTC-------CTCGG------CGAC-GCCCA-GTCG--GAAGC--T--TTGATGAATTGAACG--T-TT-ATG-TTACCGC-A--C-TGTTTTTTC---------------------GACTGAAATTTGTTAGCTGA----------------------AGGTGAT-G-AATGGTCACTGA
gi|12 : tt---TTTTGATT--CAACCCAAACTTCCGGTCT--ATGA-AGCCC-T---CCCC-T----TTCA-AC-TTCC----TTTTT---TG--ACAAATC-CC---GAATCTGCCACT--GCT-T-AACGTCTAATGACGAAGA-AATAAA-A-TGCCATA-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-CAtgca
gi|13 : ------TTGTAATTGAATGCTTTTTGAAAA-------G-GACGATTGGGAAGAGGCTGCA------C-CCCCC-CCCCC------CTCTCT----CTCTCTAT---CTCTGAT-TCTCTGCATGTC
gi|13 : taactaactacatgactgtaattaattacaAT-TGAA-TGC----T--TTTTGAAAAGGAC-GATTGGGAAGAGGCT-GCACC-CCtctgt
gi|15 : taactaactacatgactgtaattaattacattgta------GTATGGTGTG-ACTCTGATCTTTCT---CTCTGGT--C-TAAT-TAACAAA---CTAA--CTAATAT-TGAAAGGC----T--TGTTCACAGG-AC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CC-AGTACTT---TGTTAGCTTTTcccccccctctctctctctatctctgattctctgcatgtctctgt
gi|16 : gAATAATGGTAAT-TTT-CAG--A-TTTAC-TATTCA--TT--T-A-ACG-TA---TA-AAG-CTGGAAAATTG----T-AAG--T--CGT-AA-TAAATCGAATT---TT-ATT-TTCTCC--AACA-ATA-TCAATC-AGCTGA---ATTTa
gi|17 : TG-TATATT-ACGTGTA-TTGTTCA-C--AG-GGGTGGGCTATT--ACGAATGAGGGGGTG----CAC---------------CCCAGTATAC----TCTCTCTCTCTCTC-TCTC-T
gi|18 : ttaacttcgcctttt--AC-ACCTCT-TTGTCCA-TCGGC--CTT----CTCTCCATAAA-TG-ACCAG--AGGC---GT-CTGT-CGTC-------C--GCA-----CGGC-CCCCT-GTCG--GAAGG--C--TTct
gi|19 : AATC-TCAAGGAATCCGCCACT--GCT-T-TACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATtg
gi|2 : ttttgatcatcgagTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAA-GCTTATTCAA-AAGGAT-------GAATGGGG-AAAAGCGCAATACTT
gi|2 : CTCTAAATTCTTAAAGTCTCT-CTCTCCTCTAGAATTC---------GTATG-TGTGAATCACA----TTCT---CTCT--CTGC-TAAC-TTAC--A-AACTAAA--TAATAT-GAAAACGCCTTGT--TTTCCACAGGGACTGAATGTGGAGAGG-TTGCACC-C--AATACTT---TGTTAGCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctCAGGGAGCAA--A-------GGCGC-CC--GAAAAATCTGGACGAATTCTT---ACCAAAC---------GTT----GT--G--TTGGGTTT-TTTA--TTGATG---GTACAAACA--T---TTTTAATCAAAGACTGGG-GGGGATGGA-GG--GGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TT---GAGAAAA--AGT--AAA---CA-AAAATA-TAACTGAGA-GC----C---C----CCCC----CTAC--AATAACCC-CTCTCCCC-T--T-GGATCAACACGTTGG-TA-ATACGCTGACAATTTTTTTAGT-TATAG--ATTT--A--GGGGTTCTTTGTGGTAAAGA-----C--GTGATACCC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-T-AACCTCTAATGACGGA-A-TATAAA-A--GTCATA-TTACTAATAA-GGTAAT-TTT-CAG--TCTTTAC-TA---AA-TTAATCATACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAAATG----C-GAG--TCCCGTAAA-TAA-TCGAA-T---TTTATTCCCCTCCA-G-CA-ATA-TCAATCAAGCTGA--AA-TTGTTTTCAA-GTA--TAGAATA-AACG--ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGGGT-AATAGGTATGGCA-AATGGT-TAGAG-AAAGTTAATATTT-C---ATTAATTC-TG--CAGAA--C-ACCTAC-TTGGACT--ATTAAAATAAA--T--TTCTTTT----AAA----C-ATATT-----TC-TATCAAGAA-AT---GCAG-TAACAGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTTTTGTCCATTCGGC--C-TA----TCTCTAC-AA-TG-A-CAGACAGGC---GTCCCGT-TGTC-------C--GCAG----CGGCTCCACT-GTCG--GAAGG--CT-TTGATG--TTGAAC--CT-TTG-TGTTT--CGCGGT-CTTTTTTTTTTTTCAACTGAAA----AG--GTGAC-GAAT--GGCC-ACTGAAATGTACGTGCC-----ATATCATGCGAC-GAAAT-GTCACTGA--AGGTCA-CTGAA-AGGTACC---TTT-TC-AGTTTTTA------ACTGAAGGTCCTGGCTTCTTTACCTGacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|20 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGA-GGCCC-T---CCTC-T----TTCA-AC-TTCCCC-TTTTCT---TG-GACAAATT-CC---GAATCCGCCA--CTGCT-T-AAAGT
gi|21 : CTGAA-TGGTACC---TTT-CA-G--TTTTTTTTTTTACTGAAAGGTCTCGTTTCTT--CCTGT
gi|22 : tcgaAG--T--CGT-AA-TAAGTCGAA-T---TTTATT-CCCAAC--ACCA-ATA-TCAATC-
gi|23 : --TTTTA------ATTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTG
gi|24 : tcagtGT-AT---GT-TGG-A-A-TGG--TAGAG-AAAG-TAAT-TTT-C---AT--Acatgt
gi|25 : TTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTTTT--CCTGTGA
gi|26 : TTA------ACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|3 : TTTAGAATGATAAAT--AGGTGTAATTGTTCAACG-AG-GGGAGGGGTATT--CAG---GAGGGGTTGGACCCAC---------ACA---CCCAGTAT-T----TTGTTCTCGC--------C-TAAGCAATCTC-CTCTCTCGa
gi|3 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcacACTAACTACATGTACCTAACACATTGTAAATGAAGGCTTATTCAACACAAATATGTGACGAATGGGC-GAGACCCTAATACT-C-TCTCT-CTCTC------CTCTCT----CTCT---T---CTCATATATCTCT-CGTGTCGTATTCTATCCCTC---CCTCTCCTTCACTC--CCCTCCTCATACTCTTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGACTCCTC------CTCCG-----TT-CTCTCATC------TCTGT------GTATG-TGTA-CTTCTG----TCCT---CTCTG-C--TATAACTTTACAAA----CAAA-C---TAT-TGACATGC----TTATTTCCACAGGGAC-GAAATGGTAGAGGTTTGCACCTCCAAGTGCTTTTGTGTTAGC---TTTTTAGAATGTCCATCTATTAAAAAGTTTCACAATTTAAGACAATAATGACAaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|3 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataTTCATG-TATTCTCTAATAGGCCATGGAGCAGCGACACAAAGAGCGCACC--GAAA--TTATGACGAAATCTTAATATCAAACCAGAAGGGAGCT----TT-TAATCT----TT-TTTAATTTGATATGTTCAAAAACA--TCTGTTTTAA--AAA--CTGGGTGGGA-TGGA-GAAGTGGGACGCTCGTACGACTAAA--TCGGCCATTTGAGAAAAAA--AGTAAAAAAAACGAAAAATAGTAAACGGGA-CA----CAATC----CACCACAACTACA-AATAACCCGCTCCTCCC-TTGT-TGAACAACAC-TT-G-T--ATACGatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|4 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaaCAC-TT-GGT--GTCCAC---CACTTTTTG-GGT-TAC---TATTT--T--CAGGTTCTTTG-GGTGGT-A-----CGCGTG-TA-----ATCAA--CGGTCCTTAC-TCCGGC-----CTTTCGAGTT-GCTCC--TGGG--GCCGC---TTTTGATTTCCCATTT----TTCCCGTC-TAATGACGGCCCCT---CCTC-TGGTACTCCTACCTTCCCT-TTTTTT---TG-GGCA--TCTCC---GACTCCGCG---CTGCTGT-AACACGTTCTG-CGGCGC-AATAAA-ACTGC-ATACTTATTAGTAA---------TT-CCG--T-TTTCC-TA---T--TTA-T-C-ACGCAACACTA-ACG-TTGGAA--TTGGTCACAGAGGCT--C-C-GA-CAGCTCCACTCCCCTCTCTT-CCTTCCACG-CC-ACA-TACATC-CTCTAACTGATTTGTTTTCAA-GTC-TTGAAATA-AACGT-AT-A-C-ATA-TATAG-TGTTT-GGT-AT---GT-TGG-A-A-TGG--TAGAG-AAAG-TAAT-TTT-C---AT--ATTCCTG--CAAAAAACTAC-----TTGGACT-AATT----TGAAATT----CTTTT----AGAT--TA-AT--------CC-TATC-AGAATGT---GCAGGTC---GAAT-A-CT---AC-AC---TCTTGTC-A-T-GGCTTCTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAG--AGGC---GT-CTGT-TGTCTCTTGCCC--GAAGCCCCCCGCGCCCCT-GTCGCGGAAGG--CCTTTGAT----TAAAC-----TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTGTTT--CAACTGAGGTAAGAG--G-GA-TGAAG---GTC-ACTGAAATGT--GTG-CCATTAGT-TCAGG--ACTG-AAT---CACTGAAGAGGTCA-CTGAA-TGG-ACT---TTCATCAG--TTTTC------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGt
gi|5 : cctactatctccttgttgtc--TT----TT-TTTA--TTGATG----CACAAATA--T---TTTTAATCAAA--TTGGG-GTGG--GGATGGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTT--GAGAAAA--AGT----AAAAC--AAAATAGTAA-TGGGA-TGCTACC---C----CACC----CTA---GATAACCC-CTCTCCCC-T--TGTGAACAACAC-TT-GTT--ATACGT--G-A-TTTGTTTAGT-TACAG-TATTT--CAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-ta
gi|5 : tCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGTCATG-CTACTAATAAAGGTAAT-TTTTCAG--T-TTTAC-TA---A--TTAAT-T-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATCT----C-GAG--T--CAT-AA-TAAATCGAATT---TAT-TT-CCAACA--G-CA-A-A-TCAATC-AGCTG---GATTTGTTT-CAA-GC-ATTAAGATA-AACGcagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttaacgtctaatgacggagaaataaaatgtcatgctactaataaaggtaatttttcagttttactaattaattacgaataaagttggaaaatctcgagtcataataaatcgaatttatttccaacagcaaatcaatcagctggatttgtttcaagcattaagataaacg
gi|6 : ttttttttattgatgcacaaatatttttaatcaaattggggtggggatggagggggacgctcgacactagatcggcctttgagaaaaagtaaaacaaaatagtaatgggatgctaccccaccctagataacccctctccccttgtgaacaacacttgttatacgtgatttgtttagttacagtatttcagggggttctttgtggtaaacagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-TGTG--TCTTG----TTCTTTCCTCTG-T--C-TA-C-TTACAAACAAC-------AATATGTGAAAA-C----T--GTTC-ACAGGGAC-AGATGGGGAGAAGGTTGCACA-CAG---ACTT---TGTTAGCTTTT
gi|6 : GCAA-------AGCGC------GAT--TCTTGGCGA-TCCTA--CAACAAGA---------GT-----GT-TG--TT----TTTTTTA--TTGATG---TAGCAAAC---C---TTTTAATC-AA--CT-GG-GGTG--GGA-TGGAGGGGACGCGC--GC-A-TAGA--TAGGCT-TT----AGAAAATCAGT--AAACAAT--ACTGTTGTAA-CGGGATCA----C---CCCCACACC----CTACAGAATA--CC-CTCTCCCTGT--G-TGAAC-ACAC--T-G-TAAATACGT--G-GCTTCTTTTGTT-TATAG-TATTT--CAGGAGGTTCTTTGTGGTAAA-A-----AGAGTGATTCCTACATTAATA-G--CCTAACATCCGGGG----aaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcaaagcgcgattcttggcgatcctacaacaagagtgttgttttttttattgatgtagcaaaccttttaatcaactggggtgggatggaggggacgcgcgcatagataggctttagaaaatcagtaaacaatactgttgtaacgggatcacccccacaccctacagaataccctctccctgtgtgaacacactgtaaatacgtggcttcttttgtttatagtatttcaggaggttctttgtggtaaaaagagtgattcctacattaatagcctaacatccgggg
gi|7 : gtgtgtcttgttctttcctctgtctacttacaaacaacaatatgtgaaaactgttcacagggacagatggggagaaggttgcacacagactttgttagcttttaaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggGCAC-CCCCCC-TTTTTT-----CGACAAATC-CC---GAATCCCCCA--CTGTT-T-AACGCCT-ATAGTGAGGATAATTGA-A-TGCCATG--TACTAATAAAGGTAA--TTT-CA-----TTTAC-TA---A--TTATT-A-ACGAAA---TA-CAG-T--GAGAATTG----C-GAG--T--CGT-AA-TAAGTAGAA-T---TTTAT---CCTCC--A-CAGATA-TCAATC-CACT----GATTTGGTTTCAACGT-ATTAG-ATATAAC----TT---TGTA-TATG--TGTTT-GGT-ATG--GT-----G-AATGG--TAGAA-GAAG-TCAT-TTT-C---AT--ATTC-GG----AAA--CTAC---C-CTGGAATAAAGTAAAAT--AATT--TTCTTTT----AAAA------CATG-----TC-TAT--AG-A-AT---GCAG-TA----ATT-A-CTT--TA-A--TCTCTTGTC---TCGG---CTTA----TCTCTAC-AA-TG-AGC-G--AGGC---GT-CTGTGTGTC-------C--G-A-----CGGA-CAGCTGGTCG--AAAGGATT--TTGATG--TTGAAC--TT-GTGATGTTT-CCGC-GT-C-TTTTTT
gi|8 : ctaacatccgggggaaCGCGTTTAGAATG-TAAATGCAGGTGTA-TTGTTCA-C--AGTGGTAGGGGTATTGATGG---GAGAGGTTG----CACG--------CCACACCCCAGTAT-T----TTG-TTTCTCTCTC-CTTC-c
gi|9 : caggatatattggtaaaatcatttacccccccctccccttctgcctatggaggaaataccaaattccgacttgttaaaattgaacatttattatatgtgggggggggcatgcttcttcgtgttaatctattaagactaaaaaaatcgggttatttttctggcaatcggtcaagaatctaaattgtatttcggattgaaaatcatgtttgattttatgcctgaaatgtaaatccaaactttttcaatttttttttgatgatagactaacatgcaagcagtatagaggggcccaatcgaccccccccccttctccctttttaaaactaaatagattaaatgtcattTGCT-TTAACGTCTAGTGACGGAGA-AATAAA-T-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-CAG--TATTTACTTA---ATGTCATT-A-ACG-AA---TACAAGTTTGCAAAATTG----C-GAG--TAACGT-AATTAAGTCGAA-----TTTATT-CTCTTCCAG-CA-ATA-TCAAT--AGCTGA---ATTTGTTTCAAA-GT-ATTAGAATA-AAAGTGACTGCCCATATTATGA-TGTTT-GGG-ATG--GT-TGG-ATATTGGCTTAGAG-AAAG-TAAT-TTT-C---AT--ATTCATGGTTAGAA--CTAC---CTTTGGAAT-AAATAAAATAAA--T--TTCTTTTAAAAAAAA--TCTATATGTTACATC-TATC-AGAA-AT---GCAG-TAA-ATAAT-AGCTT--AC-ACCTCTCTTGTCCc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGCTTCTTCCTGTG
Alignments
lowQualScore : 1 22 1 1 22 1 22222222 777777777777777 22222 333333333333 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 33333333 1 444444444444 11 1 1 2222 666666666666666666666666 111 1 222 11 11 1 1 22222 222 1 777777777777777777 11 1111 111 2222 111 33333333333 1111111 3333 222 11 1 1 1 2222 3333333 22222 11 222 66666666666666666666666666666 11 1111 1111111 111 11 1111 11 222 11 111 11 11 33333333333 1111 1111 11 1111 111111 222222 11 2222222222 1111 22 11 33333 1 11 11 222 222 1 1 22222 2222222 1111 111 11 111 222 1 1 111111 1 111 1111 1 11111 2222 2222 1 1111111 111111 1 111 1 111 111111 1 2222 11 111111111 111 1111 111 1111 111 1111111 2222222 22222 11111 1111 555555555555555555 11 11 22 4444444444 11 111 2 1 1 111 1111111 111111
lowQualScore : 1 2 0 1 33 0 3 0 33 0 66666666 333333333333333 44444 6 3 777777777777 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 7 44444444 0 1 000000000000 0 00 1 2 3 9 3 3 8888 222222222222222222222222 555 5 1 111 88 88 5 5 66666 1 111 6 3 444444444444444444 3 8 33 7777 444 0000 222 0 33333333333 8 1 1 9999999 8 66 3333 88 222 0 22 66 1 1 1 5 1 5 5 4444 6 66 2222222 66666 33 1 3 000 1 22222222222222222222222222222 8 11 9999 9999999 0 111 8 11 88 8 88 0000 11 8 888 11 111 0 0 99 3 8 11 11111111111 7777 7777 0 88 55 8 8888 1 0 6 6 333333 999999 0 8 0 88 99 3 3 0 0 6666666666 3 3333 88 3 44 55555 22 5 88 88 333 888 7 3 0 0 22222 6666666 1111 99 444 88 6 111 000 4 4 0 5 5 0 55 6 55 5 66 1 5 5 888888 8 999 1 000 5 5 2222 5 66 66 66 0 3 44444 33 5 1 4444 5 5 5 3333 3 1 6 6 1 3 6666666 1 6 88 222222 0 4 5 5 5 5 77 5 5 5 5 5 000 77 3 000 99 888888 6 1 1 1 99 3333 00 6 777777777 6 5 0 5 000 5 9999 5 66 66 5 2 9 5 5 222 2222 5 5 5 77 000 5 5 8888888 77 4444444 5 5 5 77 11111 3 99 66666 7 6 0000 444444444444444444 33 3 88 33 44 7 1111111111 00 666 7 7 6 0 0 3 777 6666666 666666 77
lowQualScore : . . . . .. . . . .. . ........ ............... ..... . . ............ . ...................................................................................... .. . ........ . . ............ . .. . . . . . . .... ........................ ... . . ... .. .. . . ..... . ... . . .................. . . .. .... ... .... ... . ........... . . . ....... . .. .... .. ... . .. .. . . . . . . . .... . .. ....... ..... .. . . ... . ............................. . .. .... ....... . ... . .. .. . .. .... .. . ... .. ... . . .. . . .. ........... .... .... . .. .. . .... . . . . ...... ...... . . . .. .. . . . . .......... . .... .. . .. ..... .. . .. .. ... ... . . . . ..... ....... .... .. ... .. . ... ... . . . . . . .. . .. . .. . . . ...... . ... . ... . . .... . .. .. .. . . ..... .. . . .... . . . .... . . . . . . ....... . . .. ...... . . . . . . .. . . . . . ... .. . ... .. ...... . . . . .. .... .. . ......... . . . . ... . .... . .. .. . . . . . ... .... . . . .. ... . . ....... .. ....... . . . .. ..... . .. ..... . . .... .................. .. . .. .. .. . .......... .. ... . . . . . . ... ....... ...... ..
lowQualScore : 0 5 0 0 88 0 2 0 88 0 55555555 555555555555555 55555 5 2 777777777777 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 3 44444444 8 0 555555555555 2 22 0 5 2 2 3 3 3333 333333333333333333333333 333 5 0 555 55 00 5 5 00000 0 555 7 3 222222222222222222 2 0 66 0000 000 0000 000 8 88888888888 0 0 0 0000000 0 44 4444 88 000 8 00 55 0 0 0 5 0 5 0 0000 7 88 5555555 55555 88 0 2 888 0 88888888888888888888888888888 0 00 6666 8888888 8 888 0 00 88 0 88 0000 00 0 666 00 888 6 8 00 2 0 22 88888888888 0000 0000 8 66 88 0 0000 4 8 7 7 777777 666666 8 0 8 88 00 2 2 8 8 8888888888 2 0000 33 7 00 00000 00 5 55 00 333 777 3 7 0 0 22222 0000000 8888 44 000 00 7 777 555 4 4 4 0 0 0 99 5 11 0 99 4 7 7 333333 9 666 4 000 7 7 1111 7 99 99 99 0 4 00000 44 0 4 8888 0 0 7 9999 2 7 7 7 7 3 0000000 0 7 33 333333 1 3 7 7 7 7 99 7 7 7 7 7 000 99 3 222 22 555555 7 0 7 7 22 3333 55 7 666666666 6 7 1 7 000 7 0000 7 44 99 0 5 6 6 7 111 1111 7 7 0 99 000 7 7 6666666 99 6666666 7 7 7 99 77777 5 22 00000 3 7 7777 555555555555555555 88 2 22 00 55 3 7777777777 33 777 3 3 7 0 0 2 555 0000000 444444 99
consensus : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AG-GGGAGGGGTATT--NGG---GAGGGGTTGCACGCAC------CA---CCCAGTATT----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAA-C-ATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA-A-GAATA-G-GACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TCTCT-CTCTC----CTCTCTCT----CT---T-----CTC-T-AT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCTTTCCCCGTCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-C-------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTG-T-CTAAC-TTACAAA-AACTAAA-CTAATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAG-TACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAA--ACTGGG-G--GGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-GAGAAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGT-AAC-GGGA-CG----C---CC----ACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCCT--TGTGAACAACAC-TT-G-T-A--TACGC--GCACTTTTTTTAGT-TACAG-TATTTT-CAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ACGA-GTGATACCC-CATTAA--GNCCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTCTA-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-ACACTTCCCC-TTTTTT---TG-GACAAATC-CC---GAATCCGCCACTCTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-TCC--G-CA-ATA-TCAATCA-GCTGA--GATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGG----T-ATGGT-TGG-A-AATGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-ATAT------T-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCAT-CGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGT-------CC--GNA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGACTGAANGGTCGCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AATGTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
Reference ( family-3500 ) : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AG-GGGAGGGGTATT--NGG---GAGGGGTTGCACGC--------CA---CCCAGTATT----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAANCNATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA-ANGAATA-G-GACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TCTCT-CTCTC----CTCTCTCT----CT---T-----CTC-T-AT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCTTTCTCCGTCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-T-------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTG-T-CTAAC-TTACAAA-AACTAAA-CTAATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAG-TACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAA--ACTGGG-G--GGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-GAGAAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGT-AAC-GGGA-CG----C---CC----ACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCCT--T-TGAACAACAC-TT-G-T-A--TACGC--GCACTTTTTTTAGT-TACAG-TATTT--CAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ACGA-GTGATACCC-CATTAA-GGCCCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTCTA-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-ACACTTCCCC-TTTTTT---TG-GACAAATC-CC---GAATCCGCCACTCTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-TCC--G-CA-ATA-TCAATCA-GCTGA--GATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGG----T-ATGGT-TGG-A-AATGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-ATAT------T-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCAT-CGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGT-------CC--GNA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGACTGAAATGTCGCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AATGTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
gi|1 : CGCTTTAAGAATG-CATAT--AGGTGTA-TTGT-CA-CTAAG-AGGAGGGGTATT--GGA---GGGGGGTTGCACACACCTTCACCA---CCCAGTATTAGTCTTGTTTTCTCTCTCTCTTCATAATCTATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--GACATG-AC--------TTGTAAATGGAAGGTTATTGAA-AGGAATA-G-----AATGGGG-AAAAACCCAATACTTCATCTCTTCTCTTTATGCTCTCTCTTCTACT---TTTGCTCTC-T-CTCTCTCT-C-TCTCGCAT-CTCTCTCTCATATCTCTTCCTCATTCATTCCTCC--GTACTTCTCATC-TCT-TCTCTC-----CTCTCATCTCTTTTTTTCTCTTCTCTTCTCTAATCTT-AATTCT-CTCCTCTCGC-TG-TGTG-ATCCTG----TT-T---CGCTG-T--TAA--TTACAAA-AACTAAATCTAACAT-TGATAAGC----T--TTTTCACCAGGAC-GAATGGGGAGAGGT--GCAAC---AAGATACTTA--TGTTAGCTTTTTTTTAATTTGTCCA-ATAGTTAATGGTTTT-TAATTAAAAACAATA-TGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCC----TGGGCCAGGGA--AGCAA-------AGCGC-CTTGGAAA--TCTGGACGAATTCTT--TAACAGAC---------GTTTCGAGTAGG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACAGTT---TCTTAATCAA--ACTGGG-G--GTG-TGGA-GGAGGGGGACGCTC--AT-ACTAGAACTCGGCC-TTTG-AAGAAAA--AGT--AACAAACT-AAAATAAT-AA--GGGA-CA----C---CC----ACC----CTAC---ATAA-CC-CTCTTCCTT--T-TGATCAACAC-TT-G-T-A--TACAT--ACATTTTTCTTAGTATGCAGCTATTTTCCA--GGGTTC-TTGTGGTAAAAAAAGACAA-GTGATATCC-CATTAA--GCCCTAA-ATCCGGGGGAAATTTAGGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGCCTTTTTTGATTATCAACTCAAACTTCCAAGTTA-TGA-GGCCG-CGTACCTCGT-----TTC-ACACACCCCTATTTTTTATATGTGACAAATC-CC---GAATCCGCAACTCTGCT-T--ACGTCTAATGACGGATG-AATAAATACTGTCATA-TTACTAATATAGGTAATGTTT-CAGAGT-TTTAC-TAA---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAT-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-T-C--G-CA-ATACTCAATCA-GCTGAT-AATTTGTTT--AA-GTAATTAGAATATAACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTCGG----T-ACTGT-TGG-A-AATGG--T-AGAGCAACGT-AAT-TTT-TTCAAT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAA--AATTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-CTAT------T-CTAT-A-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAGTAA-CTTAAAC-ACCTCTTTTGTTCCT-CGGA--CTTAATCTCCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGCAAGGTCT-GC-TGT-------CC--GAA-----CGGC-CCG-CT-GT--CTGAAGG--C--TTGAAG--TTGAATAACTATTGATGTTTACCGC-GTGC-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAGCTGTGACTGAAATGTTG-TGAAATGTACGTG-C-----AT-TCAGGTGAT-G-AATGTCACTGAACAGGTCACCTGAAGTGGTACCGCGTGT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|10 : cCATA-TACGAGTGTTTGG----TTATGGT-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-GAAGT-AAT-TTTTC---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTAT--T---TGGAAT-GAATAAAATAAATTTCTTTCTTTTAA--AAAATC-ATAC------C-ATATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-ATAAT-A--TT--AC-ACCTCT-TTGTCCAT-CGGC--GTTA----TCTCTACAGA-TG-ACCATA--GGC---GTCT-GA-TGT-------CC--GCA-----CGGC-GCC-CT-GT--TGGAAGG--CT-TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTT
gi|11 : gcagtgtT------T-TTATTA-GGG-ATTAAACAG-TAT-TAAAT-A-ATT--ACCACAT----TGTCAAT-CGAG--CTTC----TCACTACAAAATGCACC-----GTT---CTCT-GT-TTT-------CCTCGG------CGAC-GCC-CA-GT--CGGAAGC--T--TTGATGAATTGAAC--GT-TT-ATG-TTACCGC-A------CTGTTTTTTCGACTG----AAATTTGTTAGCTGAAG--GTGA-TGAATGGTCACTGA
gi|12 : t---TTTTGATT-C-AACCCAAACTTCCGGTCTA-TGA-AGCCC-T---CCCC-T-----TTC-A-ACTTCC----TTTTT---TG--ACAAATC-CC---GAATCTGCCACT--GCT-T-AACGTCTAATGACGAAGA-AATAAA-A-TGCCATA-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--Atgca
gi|13 : ------TTGTAATTGAATGCTTTTTGAA-A-----A-G-GACGATTGGGAAGAGGCTGCA------C-CCCCC-CCCCC----CTCTCTCT----CTCTAT-----CTC-TGAT-TCTCTGCATGTC
gi|15 : taactaactacatgactgtaattaattaca-------GTATGGTGTG-ACTCTGATCTTTCT---CTCTGGT-CTAAT-TAACAAA---CTAA--CTAATAT-TGAAAGGC----T--TGTTCACAGG-AC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CC-AG-TACTT---TGTTAGCTTTTtctgt
gi|16 : gAATAATGGTAAT-TTT-C--AGA-TTTAC-T-ATTCA--TT--T-A-ACG-TA---TA-AAG-CTGGAAAATTG----T-AAG--T--C--GTAA-TAAATCGAATT---TT-ATTTTC-TCC--AACA-ATA-TCAATCA-GCTGA---ATTTa
gi|17 : CGCCTTTT---TG-TATATT-ACGTGTA-TTGTTCA-C--AG-GGGTGGGCTATT--ACGAATGAGGGGGTGCAC---------------CCCAGTAT-------ACTCTCTCTCTC-------------TCTCTCTCTCT
gi|18 : ttaactt--AC-ACCTCT-TTGTCCAT-CGGC--CTTC----TCTCCATAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-CGT-------CC--GCA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TT
gi|19 : AATC-TCAAGGAATCCGCCACT--GCT-T-TACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATtg
gi|2 : ttttgatcatcgagTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAA-GCTTATTCAA-A-----A-G-GATGAATGGGG-AAAAGCGCAATACTT
gi|2 : GTCTCT-CTCTCCTCTAGAATTC----------GTATG-TGTGAATCACA----TTCT---CTCTC-TGCTAAC-TTAC--A-AACTAAA--TAATAT-GAAAACGCCTTGT--TTTCCACAGGGACTGAATGTGGAGAGG-TTGCACC-C--AA-TACTT---TGTTAGCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaaCAGGGAGCAA--A-------GGCGC-CC--GAAAAATCTGGACGAATTCTT---ACCAAAC---------GTT----GT--G--TTGGGTTTTTT-A--TTGATG---GTACAAACA--T---TTTTAATCAAAGACTGGG-G--GGGATGGA-G--GGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TT---GAGAAAA--AGT--AAACA----AAAATA-T-AACTGAGA-GC----C---CC----CCC----CTAC--AATAACCC-CTCTCCCCT--T-GGATCAACACGTTGG-TAA--TACGCTGACAATTTTTTTAGT-TATAG--ATTT----AGGGGTTCTTTGTGGTAAA-------GACGTGATACCC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-T-AACCTCTAATGACGGA-A-TATAAA-A--GTCATA-TTACTAATAA-GGTAAT-TTT-C--AGTCTTTAC-T-A---AA-TTAATCATACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAAATG----C-GAG--T--CCCGTAAATAA-TCGAATT---TT-ATTCCCCTCCA-G-CA-ATA-TCAATCAAGCTGA--AATT-GTTTTCAA-GT-AT-AGAATA-AACG--ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGGGTAAT-A-GGTATGGCA-AATGG--TTAGAG-AAAGTTAATATTT-C---ATTAATTC-TG--CAGAA--C-ACC-TACTTGGACT-A-TTAAAATAAA--T--TTCTTTT----AAA--C-ATAT------TTCTATCAAGAA-AT---GCAG-TAACAGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTTTTGTCCATTCGGC--CT-A----TCTCTACAA--TG-AC-AGACAGGC---GTCCCGT-TGT-------CC--GCAG----CGGC-TCCACT-GT--CGGAAGG--CT-TTGATG--TTGAAC--CT-TTG-TGTTT--CGCGGT-CTTTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGAC-GAATGGCCACTGAAATGTACGTGCC-----ATATCATGCGAC-GAAATGTCACTG-A-AGGTCA-CTGAA-AGGTACC---TTT-TC-AGTTTTTA------ACTGAAGGTCCTGGCTTCTTTACCTGacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|20 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-A-ACTTCCCC-TTTTCT---TG-GACAAATT-CC---GAATCCGCCA--CTGCT-T-AAAGT
gi|21 : A-CTGAA-TGGTACC---TTT-CA-G--TTTTTTTTTTTACTGAAAGGTCTCGTTTCTT--CCTGT
gi|22 : tcgAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAA-T---TTTATTCCC-AAC--ACCA-ATA-TCAATC
gi|23 : --TTTTA------ATTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTG
gi|24 : tcagtG----T-ATG-T-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--Acatgt
gi|25 : TTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTTTT--CCTGTGA
gi|26 : TTA------ACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|3 : TTTAGAATGATAAAT--AGGTGTAATTGTTCAACG-AG-GGGAGGGGTATT--CAG---GAGGGGTTGGACCCACA-----CA---CCCAGTATT----TTGTTCTCGC--------C-TAAGCAATCTC-CTCTCTCGa
gi|3 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcacACTAACTACATGTACCTAACACATTGTAAATGAAGGCTTATTCAACACAAATATGTGACGAATGGGC-GAGACCCTAATACT-C-TCTCT-CTCTC----CTCTCTCT----CT---T-----CTCAT-ATATCTCT-CGTGTCGTATTCTATCCCTC---CCTCTCCTTCACTC--CCCTCCTCATACTCTTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGACTCCTC---CTCCGT---T-CTCTCATC------TCTGT-------GTATG-TGTA-CTTCTG----TCCT---CTCTGCT-ATAACTTTACAAA----CAAA-C---TAT-TGACATGC----TTATTTCCACAGGGAC-GAAATGGTAGAGGTTTGCACCTCCAAG-TGCTTTTGTGTTAGC---TTTTTAGAATGTCCATCTATTAAAAAGTTTCACAATTTAAGACAATAATGACAaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|3 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataTTCATG-TATTCTCTAATAGGCCATGGAGCAGCGACACAAAGAGCGCACC--GAAA--TTATGACGAAATCTTAATATCAAACCAGAAGGGAGCT----TT-TAATCT----TTTTT-AATTTGATATGTTCAAAAACA--TCTGTTTTAA--AA--ACTGGGTG--GGA-TGGA-GAAGTGGGACGCTCGTACGACTAAA--TCGGCCATTTGAGAAAAAA--AGTAAAAAAAACGAAAAATAGTAAAC-GGGA-CA----CAATCC----ACCACAACTACA-AATAACCCGCTCCTCCCTTGT-TGAACAACAC-TT-G-T-A--TACGatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|4 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaaCAC-TT-GGT-G--TCCAC---CACTTTTTG-GGT-TAC---TATTTT-CAGG---TTCTTTG-GGTGGT-----ACGC-GTG-TA-----ATCAACGGTCCTTAC-TCCGGC-----CTTTCGAGTT-GCTCC--TGGG--GCCGC---TTTTGATTTCCCATTT----TTCCCGTCTAATGACGGCCCCT---CCTC-TGGTACTCCTAC-CTTCCCT-TTTTTT---TG-GGCA--TCTCC---GACTCCGCG---CTGCTGT-AACACGTTCTG-CGGCGC-AATAAA-ACTGC-ATACTTATTAGTAA---------TT-C--CGT-TTTCC-T-A---T--TTA-T-C-ACGCAACACTA-ACG-TTGGAA--TTGGTCACAGAGGCT--C---CGA-CAGCTCCACTCCCCTCTCTTCCT-TCCACG-CC-ACA-TACATCC-TCTAACTGATTTGTTTTCAA-GT-CTTGAAATA-AACGT-AT-A-C-ATA-TATAG-TGTTTGG----T-ATG-T-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTCCTG--CAAAAAACTAC--T---TGGACT-AATT----TGAAATT----CTTTT----AGA-TT-A-AT------C-CTATCA-GAATGT---GCAGGTC---GAAT-A-CT---AC-AC---TCTTGTC-AT--GGCTTCTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGTCTCTTGCCC--GAAGCCCCCCGCGCCC-CT-GTCGCGGAAGG--CCTTTGA----TTAAAC-----TTGATGTTTACCGC-GT-C---TTTTTGTTTCAACTGAGGTAA------------GAG--G-GA-TGAAG-GTCACTGAAATGT--GTG-CCATTAGT-TCAG--GACTG-AA--TCACTGAAGAGGTCA-CTGAA-TGG-ACT---TTCATCAG--TTTTC------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGt
gi|5 : cctactatctccttgttgtc--TT----TTTTT-A--TTGATG----CACAAATA--T---TTTTAATCAA--ATTGGG-G--TGG--GGATGGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTT--GAGAAAA--AGT----AAAAC--AAAATAGT-AAT-GGGA-TGCTACC---CC----ACC----CT--A-GATAACCC-CTCTCCCCT--TGTGAACAACAC-TT-GTT-A--TACGT--G-A-TTTGTTTAGT-TACAG-TATTT--CAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ta
gi|5 : tCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGTCATG-CTACTAATAAAGGTAAT-TTTTC--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-T-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATCT----C-GAG--T--C--ATAA-TAAATCGAATT---TAT-TTCCA-ACA--G-CA-A-A-TCAATCA-GCTG---GATTTG-TTTCAA-GC-ATTAAGATA-AACGcagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttaacgtctaatgacggagaaataaaatgtcatgctactaataaaggtaatttttcagttttactaattaattacgaataaagttggaaaatctcgagtcataataaatcgaatttatttccaacagcaaatcaatcagctggatttgtttcaagcattaagataaacg
gi|6 : ttttttttattgatgcacaaatatttttaatcaaattggggtggggatggagggggacgctcgacactagatcggcctttgagaaaaagtaaaacaaaatagtaatgggatgctaccccaccctagataacccctctccccttgtgaacaacacttgttatacgtgatttgtttagttacagtatttcagggggttctttgtggtaaacagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-TGTG--TCTTG----TTCTTTCCTCTG-T-CTA-C-TTACAAACAAC-------AATATGTGAAAA-C----T--GTTC-ACAGGGAC-AGATGGGGAGAAGGTTGCACA-C--AG--ACTT---TGTTAGCTTTT
gi|6 : GCAA-------AGCGC------GAT--TCTTGGCGA-TCCTA--CAACAAGA---------GT-----GT-TG--TT----TTTTTTA--TTGATG---TAGCAAAC---C---TTTTAATCAA---CTGGG-GTGGGA-TGGA-GG----GGACGCGCG--C-A-TAGA--TAGGCT-TT----AGAAAATCAGT--AAACAAT--ACTGTTGT-AAC-GGGATCA----C---CCCCACACC----CTACAGAATA--CC-CTCTCCCTG--TGTGAACA-CAC-T--G-T-AAATACGT--G-GCTTCTTTTGTT-TATAG-TATTT--CAGGAGGTTCTTTGTGGTAAA-----AAGA-GTGATTCCTACATTAA-TAGCCTAACATCCGGGG----aaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcaaagcgcgattcttggcgatcctacaacaagagtgttgttttttttattgatgtagcaaaccttttaatcaactggggtgggatggaggggacgcgcgcatagataggctttagaaaatcagtaaacaatactgttgtaacgggatcacccccacaccctacagaataccctctccctgtgtgaacacactgtaaatacgtggcttcttttgtttatagtatttcaggaggttctttgtggtaaaaagagtgattcctacattaatagcctaacatccgggg
gi|7 : gtgtgtcttgttctttcctctgtctacttacaaacaacaatatgtgaaaactgttcacagggacagatggggagaaggttgcacacagactttgttagcttttaaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggCACCCCCCC-TTTTTT---CG--ACAAATC-CC---GAATCCCCCA--CTGTT-T-AACGCCT-ATAGTGAGGATAATTGA-A-TGCCATG--TACTAATAAAGGTAA--TTT-C--A---TTTAC-T-A---A--TTATT-A-ACGAAA---TA-CAG-T--GAGAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTAGAA-T---TTTAT--CC-TCC--A-CAGATA-TCAATCC-ACT----GATTTGGTTTCAACGT-ATTAG-ATATAAC----TT---TGTA-TATG--TGTTTGG----T-ATGGT-----G-AATGG--T-AGAA-GAAGT-CAT-TTT-C---AT--ATTC-GG----AAA--CTACC-C---TGGAATAAAGTAAAAT--AATT--TTCTTTT----AAAA-C-ATG-------T-CTAT-A-G-A-AT---GCAG-TA----ATT-A-CTT--TA-A--TCTCTTGTC--T-CGG---CTTA----TCTCTAC-AA-TG-AGC-GA--GGC---GTCT-GTGTGT-------CC--G-A-----CGGA-CAG-CTGGT--CGAAAGGATT--TTGATG--TTGAAC--TT-GTGATGTTT-CCGC-GT-C-TTTTTT
gi|8 : ctaacatccgggggaagCGCGTTTAGAATG-TAAATGCAGGTGTA-TTGTTCA-C--AGTGGTAGGGGTATTGATGG---GAGAGGTTGCACGC--------CACACCCCAGTATT----TTGTT-TCTCTCTC-CTTC-c
gi|9 : caggatatattggtaaaatcatttacccccccctccccttctgcctatggaggaaataccaaattccgacttgttaaaattgaacatttattatatgtgggggggggcatgcttcttcgtgttaatctattaagactaaaaaaatcgggttatttttctggcaatcggtcaagaatctaaattgtatttcggattgaaaatcatgtttgattttatgcctgaaatgtaaatccaaactttttcaatttttttttgatgatagactaacatgcaagcagtatagaggggcccaatcgaccccccccccttctccctttttaaaactaaatagattaaatgtcattTGCT-TTAACGTCTAGTGACGGAGA-AATAAA-T-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGTATTTACTT-A---ATGTCATT-A-ACG-AA---TACAAGTTTGCAAAATTG----C-GAG--TAAC--GTAATTAAGTCGAA-----TTTATTCTC-TTCCAG-CA-ATA-TCAAT-A-GCTGA---ATTTGTTTCAAA-GT-ATTAGAATA-AAAGTGACTGCCCATATTATGA-TGTTTGG----G-ATGGT-TGG-ATATTGGCTT-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTCATGGTTAGAA--CTACCTT---TGGAAT-AAATAAAATAAA--T--TTCTTTTAAAAAAAATCTATATGTTACAT-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-ATAAT-AGCTT--AC-ACCTCTCTTGTCCc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGCTTCTTCCTGTG
Alignments
lowQualScore : 1 22 1 1 22 1 22222222 444444444444 1 22222 7777777777777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 33333333 1 5555555555 11 1 1 2222 666666666666666666666666 111 1 222 11 11 1 1 22222 222 1 777777777777777777 11 1111 111 2222 111 33333333333 1111111 3333 222 11 1 1 1 2222 3333333 22222 11 222 66666666666666666666666666666 11 1111 1111111 111 11 1111 11 222 11 111 11 11 33333333333 1111 1111 11 111111 222222 111 2222222222 1111 33 11 33333 1 11 11 222 222 1 1 22222 2222222 1111 111 11 111 222 1 1 111111 1 111 1111 1 11111 2222 2222 1 1111111 111111 1 111 1 111 111111 1 2222 11 111111111 111 1111 111 1111 111 1111111 2222222 22222 11111 1111 555555555555555555 11 11 1 4444444444 11 111 2 1 1 111 1111111 111111
lowQualScore : 1 2 0 1 33 0 3 0 33 0 0 66666666 999999999999 0 44444 6 3 6666666666666 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 7 44444444 0 1 6666666666 2 0 00 1 2 3 9 3 3 8888 222222222222222222222222 555 5 1 111 88 88 5 5 66666 1 111 6 3 333333333333333333 3 8 33 7777 444 0000 222 0 33333333333 8 1 1 9999999 8 66 3333 88 222 0 22 66 1 1 1 5 1 5 5 4444 6 66 2222222 66666 33 1 3 000 1 22222222222222222222222222222 8 11 9999 9999999 0 111 8 11 88 8 88 0000 11 8 888 11 111 0 0 99 3 8 11 11111111111 7777 7777 0 88 55 6 6 4 3 6 6 333333 999999 0 8 0 88 0 111 3 0 0 6666666666 3 3333 11 1 44 55555 22 5 88 88 333 888 7 3 0 0 22222 6666666 1111 99 444 88 6 111 000 4 4 0 5 5 0 55 6 55 5 66 1 5 5 888888 8 999 1 000 5 5 2222 5 66 66 66 0 3 44444 33 5 1 4444 5 5 5 3333 3 1 6 6 1 3 6666666 1 6 88 222222 0 4 5 5 5 5 77 5 5 5 5 5 000 77 3 000 99 888888 6 1 1 1 99 3333 00 6 777777777 6 5 0 5 000 5 9999 5 66 66 5 2 9 5 5 222 2222 5 5 5 77 000 5 5 8888888 77 4444444 5 5 5 77 11111 3 99 66666 7 6 0000 444444444444444444 33 3 88 0 44 7 1111111111 00 666 7 7 6 0 0 3 777 6666666 666666 77
lowQualScore : . . . . .. . . . .. . . ........ ............ . ..... . . ............. . ...................................................................................... .. . ........ . . .......... . . .. . . . . . . .... ........................ ... . . ... .. .. . . ..... . ... . . .................. . . .. .... ... .... ... . ........... . . . ....... . .. .... .. ... . .. .. . . . . . . . .... . .. ....... ..... .. . . ... . ............................. . .. .... ....... . ... . .. .. . .. .... .. . ... .. ... . . .. . . .. ........... .... .... . .. .. . . . . . . ...... ...... . . . .. . ... . . . .......... . .... .. . .. ..... .. . .. .. ... ... . . . . ..... ....... .... .. ... .. . ... ... . . . . . . .. . .. . .. . . . ...... . ... . ... . . .... . .. .. .. . . ..... .. . . .... . . . .... . . . . . . ....... . . .. ...... . . . . . . .. . . . . . ... .. . ... .. ...... . . . . .. .... .. . ......... . . . . ... . .... . .. .. . . . . . ... .... . . . .. ... . . ....... .. ....... . . . .. ..... . .. ..... . . .... .................. .. . .. . .. . .......... .. ... . . . . . . ... ....... ...... ..
lowQualScore : 0 5 0 0 88 0 2 0 88 2 0 55555555 555555555555 0 55555 5 2 7777777777777 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 3 44444444 8 0 5555555555 5 2 22 0 5 2 2 3 3 3333 333333333333333333333333 333 5 0 555 55 00 5 5 00000 0 555 7 3 888888888888888888 2 0 66 0000 000 0000 000 8 88888888888 0 0 0 0000000 0 44 4444 88 000 8 00 55 0 0 0 5 0 5 0 0000 7 88 5555555 55555 88 0 2 888 0 88888888888888888888888888888 0 00 6666 8888888 8 888 0 00 88 0 88 0000 00 0 666 00 888 6 8 00 2 0 22 88888888888 0000 0000 8 66 88 7 7 0 2 7 7 777777 666666 8 0 8 88 8 222 2 8 8 8888888888 2 0000 77 0 00 00000 00 5 55 00 333 777 3 7 0 0 22222 0000000 8888 44 000 00 7 777 555 4 4 4 0 0 0 99 5 11 0 99 4 7 7 333333 9 666 4 000 7 7 1111 7 99 99 99 0 4 00000 44 0 4 8888 0 0 7 9999 2 7 7 7 7 3 0000000 0 7 33 333333 1 3 7 7 7 7 99 7 7 7 7 7 000 99 3 222 22 555555 7 0 7 7 22 3333 55 7 666666666 6 7 1 7 000 7 0000 7 44 99 0 5 6 6 7 111 1111 7 7 0 99 000 7 7 6666666 99 6666666 7 7 7 99 77777 5 22 00000 3 7 7777 555555555555555555 88 2 22 8 55 3 7777777777 33 777 3 3 7 0 0 2 555 0000000 444444 99
consensus : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-AGGGGTATTG--GG---GAGGGGTTGCACGCAC-C------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAA-C--ATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA---AG-A-ATAGGACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TCTCT-CTCTC----CTCTCTCT----CT---T-----CTC-T-AT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCTTTCCCCGTCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-C-------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTG-T-CTAAC-TTACAAA-AACTAAA-CTAATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAG-TACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAA--ACTGGG-G--GGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-GAGAAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGT-AAC-GGGA-CG----C---CC----ACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGANCAACAC-TT-G-T-A--TACGC--GCACTTTTTTTAGT-TACAG-TATTTTCAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ACGA-GTGATACCC-CATTAAC-GNCCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTCTA-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-ACACTTCCCC-TTTTTT---TG-GACAAATC-CC---GAATCCGCCACTCTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-TCC--G-CA-ATA-TCAATCA-GCTGA--GATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGG----T-ATGGT-TGG-A-AATGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-ATAT------T-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCAT-CGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGT-------CC--GNA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGACTGAATGGTCGCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AATGTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
Reference ( family-3500 ) : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-AGGGGTATTN--GG---GAGGGGTTGCACGCAC-C------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAA-C--ATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA---AG-A-ATAGGACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TCTCT-CTCTC----CTCTCTCT----CT---T-----CTC-T-AT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCTTTCCCCGTCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-C-------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTG-T-CTAAC-TTACAAA-AACTAAA-CTAATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAG-TACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAA--ACTGGG-G--GGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-GAGAAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGT-AAC-GGGA-CG----C---CC----ACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGAACAACAC-TT-G-T-A--TACGC--GCACTTTTTTTAGT-TACAG-TATTTTCAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ACGA-GTGATACCC-CATTAA--GNCCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTCTA-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-ACACTTCCCC-TTTTTT---TG-GACAAATC-CC---GAATCCGCCACTCTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-TCC--G-CA-ATA-TCAATCA-GCTGA--GATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGG----T-ATGGT-TGG-A-AATGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-ATAT------T-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCAT-CGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGT-------CC--GNA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGACTGAANGGTCGCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AATGTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
gi|1 : CGCTTTAAGAATG-CATAT--AGGTGTA-TTGT-CA-CTAAGAGG-AGGGGTATTG--GA---GGGGGGTTGCACACAC-CTTCACCACCC-AGTATTAGTCTTGTTTTCTCTCTCTCTTCATAA-TCTATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--GACATG-AC--------TTGTAAATGGAAGGTTATTGAA---AGGA-ATAG----AATGGGG-AAAAACCCAATACTTCATCTCTTCTCTTTATGCTCTCTCTTCTACT---TTTGCTCTC-T-CTCTCTCT-C-TCTCGCAT-CTCTCTCTCATATCTCTTCCTCATTCATTCCTCC--GTACTTCTCATC-TCT-TCTCTC-----CTCTCATCTCTTTTTTTCTCTTCTCTTCTCTAATCTT-AATTCT-CTCCTCTCGC-TG-TGTG-ATCCTG----TT-T---CGCTG-T--TAA--TTACAAA-AACTAAATCTAACAT-TGATAAGC----T--TTTTCACCAGGAC-GAATGGGGAGAGGT--GCAAC---AAGATACTTA--TGTTAGCTTTTTTTTAATTTGTCCA-ATAGTTAATGGTTTT-TAATTAAAAACAATA-TGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCC----TGGGCCAGGGA--AGCAA-------AGCGC-CTTGGAAA--TCTGGACGAATTCTT--TAACAGAC---------GTTTCGAGTAGG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACAGTT---TCTTAATCAA--ACTGGG-G--GTG-TGGA-GGAGGGGGACGCTC--AT-ACTAGAACTCGGCC-TTTG-AAGAAAA--AGT--AACAAACT-AAAATAAT-AA--GGGA-CA----C---CC----ACC----CTAC---ATAA-CC-CTCTTCCTTT--TGATCAACAC-TT-G-T-A--TACAT--ACATTTTTCTTAGTATGCAGCTATTTTC-CAGGGTTC-TTGTGGTAAAAAAAGACAA-GTGATATCC-CATTAA--GCCCTAA-ATCCGGGGGAAATTTAGGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGCCTTTTTTGATTATCAACTCAAACTTCCAAGTTA-TGA-GGCCG-CGTACCTCGT-----TTC-ACACACCCCTATTTTTTATATGTGACAAATC-CC---GAATCCGCAACTCTGCT-T--ACGTCTAATGACGGATG-AATAAATACTGTCATA-TTACTAATATAGGTAATGTTT-CAGAGT-TTTAC-TAA---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAT-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-T-C--G-CA-ATACTCAATCA-GCTGAT-AATTTGTTT--AA-GTAATTAGAATATAACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTCGG----T-ACTGT-TGG-A-AATGG--T-AGAGCAACGT-AAT-TTT-TTCAAT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAA--AATTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-CTAT------T-CTAT-A-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAGTAA-CTTAAAC-ACCTCTTTTGTTCCT-CGGA--CTTAATCTCCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGCAAGGTCT-GC-TGT-------CC--GAA-----CGGC-CCG-CT-GT--CTGAAGG--C--TTGAAG--TTGAATAACTATTGATGTTTACCGC-GTGC-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAGCTGTGACTGAAATGTTG-TGAAATGTACGTG-C-----AT-TCAGGTGAT-G-AATGTCACTGAACAGGTCACCTGAAGTGGTACCGCGTGT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|10 : cCATA-TACGAGTGTTTGG----TTATGGT-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-GAAGT-AAT-TTTTC---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTAT--T---TGGAAT-GAATAAAATAAATTTCTTTCTTTTAA--AAAATC-ATAC------C-ATATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-ATAAT-A--TT--AC-ACCTCT-TTGTCCAT-CGGC--GTTA----TCTCTACAGA-TG-ACCATA--GGC---GTCT-GA-TGT-------CC--GCA-----CGGC-GCC-CT-GT--TGGAAGG--CT-TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTT
gi|11 : gcagtgtT------T-TTATTA-GGG-ATTAAACAG-TAT-TAAAT-A-ATT--ACCACAT----TGTCAAT-CGAG--CTTC----TCACTACAAAATGCACC-----GTT---CTCT-GT-TTT-------CCTCGG------CGAC-GCC-CA-GT--CGGAAGC--T--TTGATGAATTGAAC--GT-TT-ATG-TTACCGC-A------CTGTTTTTTCGACTG----AAATTTGTTAGCTGAAG--GTGA-TGAATGGTCACTGA
gi|12 : t---TTTTGATT-C-AACCCAAACTTCCGGTCTA-TGA-AGCCC-T---CCCC-T-----TTC-A-ACTTCC----TTTTT---TG--ACAAATC-CC---GAATCTGCCACT--GCT-T-AACGTCTAATGACGAAGA-AATAAA-A-TGCCATA-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--Atgca
gi|13 : ------TTGTAATTGAATGCTTTTTGAA---A------AGGACGATTGGGAAGAGGCTGCA------C-CCCCC-CCCCC----CTCTCTCT----CTCTAT-----CTC-TGAT-TCTCTGCATGTC
gi|15 : taactaactacatgactgtaattaattaca-------GTATGGTGTG-ACTCTGATCTTTCT---CTCTGGT-CTAAT-TAACAAA---CTAA--CTAATAT-TGAAAGGC----T--TGTTCACAGG-AC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CC-AG-TACTT---TGTTAGCTTTTtctgt
gi|16 : gAATAATGGTAAT-TTT-C--AGA-TTTAC-T-ATTCA--TT--T-A-ACG-TA---TA-AAG-CTGGAAAATTG----T-AAG--T--C--GTAA-TAAATCGAATT---TT-ATTTTC-TCC--AACA-ATA-TCAATCA-GCTGA---ATTTa
gi|17 : CGCCTTTT---TG-TATATT-ACGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-TGGGCTATTA--CGAATGAGGGGGTGCAC-------------CCC-AGTAT-------ACTCTCTCTCTC--------------TCTCTCTCTCT
gi|18 : ttaactt--AC-ACCTCT-TTGTCCAT-CGGC--CTTC----TCTCCATAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-CGT-------CC--GCA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TT
gi|19 : AATC-TCAAGGAATCCGCCACT--GCT-T-TACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATtg
gi|2 : ttttgatcatcgagTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAA-GCTTATTCAA---A------AGGATGAATGGGG-AAAAGCGCAATACTT
gi|2 : GTCTCT-CTCTCCTCTAGAAT--T-C-------GTATG-TGTGAATCACA----TTCT---CTCTC-TGCTAAC-TTAC--A-AACTAAA--TAATAT-GAAAACGCCTTGT--TTTCCACAGGGACTGAATGTGGAGAGG-TTGCACC-C--AA-TACTT---TGTTAGCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaaCAGGGAGCAA--A-------GGCGC-CC--GAAAAATCTGGACGAATTCTT---ACCAAAC---------GTT----GT--G--TTGGGTTTTTT-A--TTGATG---GTACAAACA--T---TTTTAATCAAAGACTGGG-G--GGGATGGA-G--GGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TT---GAGAAAA--AGT--AAACA----AAAATA-T-AACTGAGA-GC----C---CC----CCC----CTAC--AATAACCC-CTCTCCCCTTG--GATCAACACGTTGG-TAA--TACGCTGACAATTTTTTTAGT-TATAG--ATTT---AGGGGTTCTTTGTGGTAAA-------GACGTGATACCC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-T-AACCTCTAATGACGGA-A-TATAAA-A--GTCATA-TTACTAATAA-GGTAAT-TTT-C--AGTCTTTAC-T-A---AA-TTAATCATACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAAATG----C-GAG--T--CCCGTAAATAA-TCGAATT---TT-ATTCCCCTCCA-G-CA-ATA-TCAATCAAGCTGA--AATT-GTTTTCAA-GT-AT-AGAATA-AACG--ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGGGTAAT-A-GGTATGGCA-AATGG--TTAGAG-AAAGTTAATATTT-C---ATTAATTC-TG--CAGAA--C-ACC-TACTTGGACT-A-TTAAAATAAA--T--TTCTTTT----AAA--C-ATAT------TTCTATCAAGAA-AT---GCAG-TAACAGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTTTTGTCCATTCGGC--CT-A----TCTCTACAA--TG-AC-AGACAGGC---GTCCCGT-TGT-------CC--GCAG----CGGC-TCCACT-GT--CGGAAGG--CT-TTGATG--TTGAAC--CT-TTG-TGTTT--CGCGGT-CTTTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGAC-GAATGGCCACTGAAATGTACGTGCC-----ATATCATGCGAC-GAAATGTCACTG-A-AGGTCA-CTGAA-AGGTACC---TTT-TC-AGTTTTTA------ACTGAAGGTCCTGGCTTCTTTACCTGacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|20 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-A-ACTTCCCC-TTTTCT---TG-GACAAATT-CC---GAATCCGCCA--CTGCT-T-AAAGT
gi|21 : A-CTGAA-TGGTACC---TTT-CA-G--TTTTTTTTTTTACTGAAAGGTCTCGTTTCTT--CCTGT
gi|22 : tcgAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAA-T---TTTATTCCC-AAC--ACCA-ATA-TCAATC
gi|23 : --TTTTA------ATTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTG
gi|24 : tcagtG----T-ATG-T-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--Acatgt
gi|25 : TTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTTTT--CCTGTGA
gi|26 : TTA------ACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|3 : TTTAGAATGATAAAT--AGGTGTAATTGTTCAACG-AGGGG-AGGGGTATTC--AG---GAGGGGTTGGACCCACAC------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCGC--------C-TAAGCA-ATCTC-CTCTCTCGa
gi|3 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcacACTAACTACATGTACCTAACACATTGTAAATGAAGGCTTATTCAACACAA-ATATGTGACGAATGGGC-GAGACCCTAATACT-C-TCTCT-CTCTC----CTCTCTCT----CT---T-----CTCAT-ATATCTCT-CGTGTCGTATTCTATCCCTC---CCTCTCCTTCACTC--CCCTCCTCATACTCTTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGACTCCTC---CTCCGT---T-CTCTCATC------TCTGT-------GTATG-TGTA-CTTCTG----TCCT---CTCTGCT-ATAACTTTACAAA----CAAA-C---TAT-TGACATGC----TTATTTCCACAGGGAC-GAAATGGTAGAGGTTTGCACCTCCAAG-TGCTTTTGTGTTAGC---TTTTTAGAATGTCCATCTATTAAAAAGTTTCACAATTTAAGACAATAATGACAaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|3 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataTTCATG-TATTCTCTAATAGGCCATGGAGCAGCGACACAAAGAGCGCACC--GAAA--TTATGACGAAATCTTAATATCAAACCAGAAGGGAGCT----TT-TAATCT----TTTTT-AATTTGATATGTTCAAAAACA--TCTGTTTTAA--AA--ACTGGGTG--GGA-TGGA-GAAGTGGGACGCTCGTACGACTAAA--TCGGCCATTTGAGAAAAAA--AGTAAAAAAAACGAAAAATAGTAAAC-GGGA-CA----CAATCC----ACCACAACTACA-AATAACCCGCTCCTCCCTTGTTGAACAACAC-TT-G-T-A--TACGatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|4 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaa-CTATCTCCTTG-TTGTC--CAC-TT-GGT-G--TCCAC---CACTTTTTG-GGT-TAC---TATTTTCAGG---TTCTTTG-GGTGGT-----ACGC-GTG-TA-----ATCAACGGTCCTTAC-TCCGGC-----CTTTCGAGTT-GCTCC--TGGG--GCCGC---TTTTGATTTCCCATTT----TTCCCGTCTAATGACGGCCCCT---CCTC-TGGTACTCCTAC-CTTCCCT-TTTTTT---TG-GGCA--TCTCC---GACTCCGCG---CTGCTGT-AACACGTTCTG-CGGCGC-AATAAA-ACTGC-ATACTTATTAGTAA---------TT-C--CGT-TTTCC-T-A---T--TTA-T-C-ACGCAACACTA-ACG-TTGGAA--TTGGTCACAGAGGCT--C---CGA-CAGCTCCACTCCCCTCTCTTCCT-TCCACG-CC-ACA-TACATCC-TCTAACTGATTTGTTTTCAA-GT-CTTGAAATA-AACGT-AT-A-C-ATA-TATAG-TGTTTGG----T-ATG-T-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTCCTG--CAAAAAACTAC--T---TGGACT-AATT----TGAAATT----CTTTT----AGA-TT-A-AT------C-CTATCA-GAATGT---GCAGGTC---GAAT-A-CT---AC-AC---TCTTGTC-AT--GGCTTCTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGTCTCTTGCCC--GAAGCCCCCCGCGCCC-CT-GTCGCGGAAGG--CCTTTGA----TTAAAC-----TTGATGTTTACCGC-GT-C---TTTTTGTTTCAACTGAGGTAA------------GAG--G-GA-TGAA-GGTCACTGAAATGT--GTG-CCATTAGT-TCAG--GACTG-AA--TCACTGAAGAGGTCA-CTGAA-TGG-ACT---TTCATCAG--TTTTC------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGt
gi|5 : ccta--TT----TTTTT-A--TTGATG----CACAAATA--T---TTTTAATCAA--ATTGGG-G--TGG--GGATGGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTT--GAGAAAA--AGT----AAAAC--AAAATAGT-AAT-GGGA-TGCTACC---CC----ACC----CT--A-GATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGAACAACAC-TT-GTT-A--TACGT--G-A-TTTGTTTAGT-TACAG-TA-TTTCAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ta
gi|5 : tCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGTCATG-CTACTAATAAAGGTAAT-TTTTC--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-T-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATCT----C-GAG--T--C--ATAA-TAAATCGAATT---TAT-TTCCA-ACA--G-CA-A-A-TCAATCA-GCTG---GATTTG-TTTCAA-GC-ATTAAGATA-AACGcagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttaacgtctaatgacggagaaataaaatgtcatgctactaataaaggtaatttttcagttttactaattaattacgaataaagttggaaaatctcgagtcataataaatcgaatttatttccaacagcaaatcaatcagctggatttgtttcaagcattaagataaacg
gi|6 : ttttttttattgatgcacaaatatttttaatcaaattggggtggggatggagggggacgctcgacactagatcggcctttgagaaaaagtaaaacaaaatagtaatgggatgctaccccaccctagataacccctctccccttgtgaacaacacttgttatacgtgatttgtttagttacagtatttcagggggttctttgtggtaaacagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-TGTG--TCTTG----TTCTTTCCTCTG-T-CTA-C-TTACAAACAAC-------AATATGTGAAAA-C----T--GTTC-ACAGGGAC-AGATGGGGAGAAGGTTGCACA-C--AG--ACTT---TGTTAGCTTTT
gi|6 : GCAA-------AGCGC------GAT--TCTTGGCGA-TCCTA--CAACAAGA---------GT-----GT-TG--TT----TTTTTTA--TTGATG---TAGCAAAC---C---TTTTAATCAA---CTGGG-GTGGGA-TGGA-GG----GGACGCGCG--C-A-TAGA--TAGGCT-TT----AGAAAATCAGT--AAACAAT--ACTGTTGT-AAC-GGGATCA----C---CCCCACACC----CTACAGAATA--CC-CTCTCCCTGTG-TGAACA-CAC-T--G-T-AAATACGT--G-GCTTCTTTTGTT-TATAG-TATTT-CAGGAGGTTCTTTGTGGTAAA-----AAGA-GTGATTCCTACATTAAT-AGCCTAACATCCGGGG----aaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcaaagcgcgattcttggcgatcctacaacaagagtgttgttttttttattgatgtagcaaaccttttaatcaactggggtgggatggaggggacgcgcgcatagataggctttagaaaatcagtaaacaatactgttgtaacgggatcacccccacaccctacagaataccctctccctgtgtgaacacactgtaaatacgtggcttcttttgtttatagtatttcaggaggttctttgtggtaaaaagagtgattcctacattaatagcctaacatccgggg
gi|7 : gtgtgtcttgttctttcctctgtctacttacaaacaacaatatgtgaaaactgttcacagggacagatggggagaaggttgcacacagactttgttagcttttaaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggCACCCCCCC-TTTTTT---CG--ACAAATC-CC---GAATCCCCCA--CTGTT-T-AACGCCT-ATAGTGAGGATAATTGA-A-TGCCATG--TACTAATAAAGGTAA--TTT-C--A---TTTAC-T-A---A--TTATT-A-ACGAAA---TA-CAG-T--GAGAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTAGAA-T---TTTAT--CC-TCC--A-CAGATA-TCAATCC-ACT----GATTTGGTTTCAACGT-ATTAG-ATATAAC----TT---TGTA-TATG--TGTTTGG----T-ATGGT-----G-AATGG--T-AGAA-GAAGT-CAT-TTT-C---AT--ATTC-GG----AAA--CTACC-C---TGGAATAAAGTAAAAT--AATT--TTCTTTT----AAAA-C-ATG-------T-CTAT-A-G-A-AT---GCAG-TA----ATT-A-CTT--TA-A--TCTCTTGTC--T-CGG---CTTA----TCTCTAC-AA-TG-AGC-GA--GGC---GTCT-GTGTGT-------CC--G-A-----CGGA-CAG-CTGGT--CGAAAGGATT--TTGATG--TTGAAC--TT-GTGATGTTT-CCGC-GT-C-TTTTTT
gi|8 : ctaacatccgggggaagCGCGTTTAGAATG-TAAATGCAGGTGTA-TTGTTCA-C--AGTGGTAGGGGTATTGATGG---GAGAGGTTGCACGCCA-C------ACCCCAGTATT----TTGTT-TCTCTCTC-CTTC-c
gi|9 : caggatatattggtaaaatcatttacccccccctccccttctgcctatggaggaaataccaaattccgacttgttaaaattgaacatttattatatgtgggggggggcatgcttcttcgtgttaatctattaagactaaaaaaatcgggttatttttctggcaatcggtcaagaatctaaattgtatttcggattgaaaatcatgtttgattttatgcctgaaatgtaaatccaaactttttcaatttttttttgatgatagactaacatgcaagcagtatagaggggcccaatcgaccccccccccttctccctttttaaaactaaatagattaaatgtcattTGCT-TTAACGTCTAGTGACGGAGA-AATAAA-T-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGTATTTACTT-A---ATGTCATT-A-ACG-AA---TACAAGTTTGCAAAATTG----C-GAG--TAAC--GTAATTAAGTCGAA-----TTTATTCTC-TTCCAG-CA-ATA-TCAAT-A-GCTGA---ATTTGTTTCAAA-GT-ATTAGAATA-AAAGTGACTGCCCATATTATGA-TGTTTGG----G-ATGGT-TGG-ATATTGGCTT-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTCATGGTTAGAA--CTACCTT---TGGAAT-AAATAAAATAAA--T--TTCTTTTAAAAAAAATCTATATGTTACAT-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-ATAAT-AGCTT--AC-ACCTCTCTTGTCCc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGCTTCTTCCTGTG
Alignments
lowQualScore : 1 22 1 1 22 1 22222222 444444444444 1 22222 7777777777777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 33333333 1 5555555555 11 1 222 1 44444 77777777777777777777 111 1 222 11 11 1 1 22222 222 1 777777777777777777 11 1111 111 2222 111 33333333333 1111111 3333 222 11 1 1 1 2222 3333333 22222 11 222 66666666666666666666666666666 11 1111 1111111 111 11 1111 11 222 11 111 11 11 33333333333 1111 1111 11 111111 222222 111 2222222222 1111 2222 11 33333 1 11 11 222 222 1 1 22222 2222222 1111 111 11 111 222 1 1 111111 1 111 1111 1 11111 2222 2222 1 1111111 111111 1 111 1 111 111111 1 2222 11 111111111 111 1111 111 1111 111 1111111 2222222 22222 11111 1111 555555555555555555 11 11 4444444444 11 111 2 1 1 111 1111111 111111
lowQualScore : 1 2 0 1 33 0 3 0 33 0 0 55555555 999999999999 0 44444 6 3 6666666666666 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 7 44444444 0 1 6666666666 2 0 00 1 2 7 3 333 3 00000 44444444444444444444 555 5 1 111 88 88 5 5 66666 1 111 6 3 333333333333333333 3 8 33 7777 444 0000 222 0 33333333333 8 1 1 9999999 8 66 3333 88 222 0 22 66 1 1 1 5 1 5 5 4444 6 66 2222222 66666 33 1 3 000 1 22222222222222222222222222222 8 11 9999 9999999 0 111 8 11 88 8 88 0000 11 8 888 11 111 0 0 99 3 8 11 11111111111 7777 7777 0 88 55 6 6 1 3 6 6 333333 999999 0 8 0 88 0 111 3 0 0 6666666666 3 3333 1111 44 55555 22 5 88 88 333 888 7 3 0 0 22222 6666666 1111 99 444 88 6 111 000 4 4 0 5 5 0 55 6 55 5 66 1 5 5 888888 8 999 1 000 5 5 2222 5 66 66 66 0 3 44444 33 5 1 4444 5 5 5 3333 3 1 6 6 1 3 6666666 1 6 88 222222 0 4 5 5 5 5 77 5 5 5 5 5 000 77 3 000 99 888888 6 1 1 1 99 3333 00 6 777777777 6 5 0 5 000 5 9999 5 66 66 5 2 9 5 5 222 2222 5 5 5 77 000 5 5 8888888 77 4444444 5 5 5 77 11111 3 99 66666 7 6 0000 444444444444444444 33 3 88 9 44 7 1111111111 00 666 7 7 6 0 0 3 777 6666666 666666 77
lowQualScore : . . . . .. . . . .. . . ........ ............ . ..... . . ............. . ...................................................................................... .. . ........ . . .......... . . .. . . . . ... . ..... .................... ... . . ... .. .. . . ..... . ... . . .................. . . .. .... ... .... ... . ........... . . . ....... . .. .... .. ... . .. .. . . . . . . . .... . .. ....... ..... .. . . ... . ............................. . .. .... ....... . ... . .. .. . .. .... .. . ... .. ... . . .. . . .. ........... .... .... . .. .. . . . . . . ...... ...... . . . .. . ... . . . .......... . .... .... .. ..... .. . .. .. ... ... . . . . ..... ....... .... .. ... .. . ... ... . . . . . . .. . .. . .. . . . ...... . ... . ... . . .... . .. .. .. . . ..... .. . . .... . . . .... . . . . . . ....... . . .. ...... . . . . . . .. . . . . . ... .. . ... .. ...... . . . . .. .... .. . ......... . . . . ... . .... . .. .. . . . . . ... .... . . . .. ... . . ....... .. ....... . . . .. ..... . .. ..... . . .... .................. .. . .. . .. . .......... .. ... . . . . . . ... ....... ...... ..
lowQualScore : 0 5 0 0 88 0 2 0 88 2 0 88888888 555555555555 0 55555 5 2 7777777777777 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 3 44444444 8 0 5555555555 5 2 22 0 5 0 3 333 3 33333 77777777777777777777 333 5 0 555 55 00 5 5 00000 0 555 7 3 888888888888888888 2 0 66 0000 000 0000 000 8 88888888888 0 0 0 0000000 0 44 4444 88 000 8 00 55 0 0 0 5 0 5 0 0000 7 88 5555555 55555 88 0 2 888 0 88888888888888888888888888888 0 00 6666 8888888 8 888 0 00 88 0 88 0000 00 0 666 00 888 6 8 00 2 0 22 88888888888 0000 0000 8 66 88 7 7 0 2 7 7 777777 666666 8 0 8 88 8 222 2 8 8 8888888888 2 0000 7777 00 00000 00 5 55 00 333 777 3 7 0 0 22222 0000000 8888 44 000 00 7 777 555 4 4 4 0 0 0 99 5 11 0 99 4 7 7 333333 9 666 4 000 7 7 1111 7 99 99 99 0 4 00000 44 0 4 8888 0 0 7 9999 2 7 7 7 7 3 0000000 0 7 33 333333 1 3 7 7 7 7 99 7 7 7 7 7 000 99 3 222 22 555555 7 0 7 7 22 3333 55 7 666666666 6 7 1 7 000 7 0000 7 44 99 0 5 6 6 7 111 1111 7 7 0 99 000 7 7 6666666 99 6666666 7 7 7 99 77777 5 22 00000 3 7 7777 555555555555555555 88 2 22 8 55 3 7777777777 33 777 3 3 7 0 0 2 555 0000000 444444 99
consensus : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-AGGGGTATTG--GG---GAGGGGTTGCACGCAC-C------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAA-C--ATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA---AG-A-ATAGGACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TC---TCT-CTCTC----CTCTCTCT----CTT-----CTC-TAT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCTTTCCCCGTCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-C-------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTG-T-CTAAC-TTACAAA-AACTAAA-CTAATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAG-TACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAA--ACTGGG-G--GGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-GAGAAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGT-AAC-GGGA-CG----C---CC----ACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGANCAACAC-TT-G-T-A--TACGC--GCACTTTTTTTAGT-TACAG-TATTTTCAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ACGA-GTGATACCC-CATTAACGG-CCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTCTA-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-ACACTTCCCC-TTTTTT---TG-GACAAATC-CC---GAATCCGCCACTCTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-TCC--G-CA-ATA-TCAATCA-GCTGA--GATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGG----T-ATGGT-TGG-A-AATGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-ATAT------T-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCAT-CGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGT-------CC--GNA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGACTGAATGGTCGCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AATGTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
Reference ( family-3500 ) : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-AGGGGTATTG--GG---GAGGGGTTGCACGCAC-C------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAA-C--ATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA---AG-A-ATAGGACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TC---TCT-CTCTC----CTCTCTCT----CTT-----CTC-TAT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCTTTCCCCGTCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-C-------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTG-T-CTAAC-TTACAAA-AACTAAA-CTAATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAG-TACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAA--ACTGGG-G--GGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-GAGAAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGT-AAC-GGGA-CG----C---CC----ACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGANCAACAC-TT-G-T-A--TACGC--GCACTTTTTTTAGT-TACAG-TATTTTCAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ACGA-GTGATACCC-CATTAACGN-CCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTCTA-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-ACACTTCCCC-TTTTTT---TG-GACAAATC-CC---GAATCCGCCACTCTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-TCC--G-CA-ATA-TCAATCA-GCTGA--GATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGG----T-ATGGT-TGG-A-AATGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-ATAT------T-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCAT-CGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGT-------CC--GNA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGACTGAATGGTCGCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AATGTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
gi|1 : CGCTTTAAGAATG-CATAT--AGGTGTA-TTGT-CA-CTAAGAGG-AGGGGTATTG--GA---GGGGGGTTGCACACAC-CTTCACCACCC-AGTATTAGTCTTGTTTTCTCTCTCTCTTCATAA-TCTATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--GACATG-AC--------TTGTAAATGGAAGGTTATTGAA---AGGA-ATAG----AATGGGG-AAAAACCCAATACTTCATC---TCTTCTCTTTATGCTCTCTCTTCTACTTTTGCTCTC-TCTCTCTCT-C-TCTCGCAT-CTCTCTCTCATATCTCTTCCTCATTCATTCCTCC--GTACTTCTCATC-TCT-TCTCTC-----CTCTCATCTCTTTTTTTCTCTTCTCTTCTCTAATCTT-AATTCT-CTCCTCTCGC-TG-TGTG-ATCCTG----TT-T---CGCTG-T--TAA--TTACAAA-AACTAAATCTAACAT-TGATAAGC----T--TTTTCACCAGGAC-GAATGGGGAGAGGT--GCAAC---AAGATACTTA--TGTTAGCTTTTTTTTAATTTGTCCA-ATAGTTAATGGTTTT-TAATTAAAAACAATA-TGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCC----TGGGCCAGGGA--AGCAA-------AGCGC-CTTGGAAA--TCTGGACGAATTCTT--TAACAGAC---------GTTTCGAGTAGG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACAGTT---TCTTAATCAA--ACTGGG-G--GTG-TGGA-GGAGGGGGACGCTC--AT-ACTAGAACTCGGCC-TTTG-AAGAAAA--AGT--AACAAACT-AAAATAAT-AA--GGGA-CA----C---CC----ACC----CTAC---ATAA-CC-CTCTTCCTTT--TGATCAACAC-TT-G-T-A--TACAT--ACATTTTTCTTAGTATGCAGCTATTTTC-CAGGGTTC-TTGTGGTAAAAAAAGACAA-GTGATATCC-CATTAA-GC-CCTAA-ATCCGGGGGAAATTTAGGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGCCTTTTTTGATTATCAACTCAAACTTCCAAGTTA-TGA-GGCCG-CGTACCTCGT-----TTC-ACACACCCCTATTTTTTATATGTGACAAATC-CC---GAATCCGCAACTCTGCT-T--ACGTCTAATGACGGATG-AATAAATACTGTCATA-TTACTAATATAGGTAATGTTT-CAGAGT-TTTAC-TAA---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAT-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-T-C--G-CA-ATACTCAATCA-GCTGAT-AATTTGTTT--AA-GTAATTAGAATATAACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTCGG----T-ACTGT-TGG-A-AATGG--T-AGAGCAACGT-AAT-TTT-TTCAAT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAA--AATTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-CTAT------T-CTAT-A-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAGTAA-CTTAAAC-ACCTCTTTTGTTCCT-CGGA--CTTAATCTCCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGCAAGGTCT-GC-TGT-------CC--GAA-----CGGC-CCG-CT-GT--CTGAAGG--C--TTGAAG--TTGAATAACTATTGATGTTTACCGC-GTGC-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAGCTGTGACTGAAATGTTG-TGAAATGTACGTG-C-----AT-TCAGGTGAT-G-AATGTCACTGAACAGGTCACCTGAAGTGGTACCGCGTGT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|10 : cCATA-TACGAGTGTTTGG----TTATGGT-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-GAAGT-AAT-TTTTC---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTAT--T---TGGAAT-GAATAAAATAAATTTCTTTCTTTTAA--AAAATC-ATAC------C-ATATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-ATAAT-A--TT--AC-ACCTCT-TTGTCCAT-CGGC--GTTA----TCTCTACAGA-TG-ACCATA--GGC---GTCT-GA-TGT-------CC--GCA-----CGGC-GCC-CT-GT--TGGAAGG--CT-TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTT
gi|11 : gcagtgtT------T-TTATTA-GGG-ATTAAACAG-TAT-TAAAT-A-ATT--ACCACAT----TGTCAAT-CGAG--CTTC----TCACTACAAAATGCACC-----GTT---CTCT-GT-TTT-------CCTCGG------CGAC-GCC-CA-GT--CGGAAGC--T--TTGATGAATTGAAC--GT-TT-ATG-TTACCGC-A------CTGTTTTTTCGACTG----AAATTTGTTAGCTGAAG--GTGA-TGAATGGTCACTGA
gi|12 : t---TTTTGATT-C-AACCCAAACTTCCGGTCTA-TGA-AGCCC-T---CCCC-T-----TTC-A-ACTTCC----TTTTT---TG--ACAAATC-CC---GAATCTGCCACT--GCT-T-AACGTCTAATGACGAAGA-AATAAA-A-TGCCATA-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--Atgca
gi|13 : ------TTGTAATTGAATGCTTTTTGAA---A------AGGACGATTGGGAAGAGGCTGCACCCCCCC-CCCCCTCT-CTCT-----CTCTATCT----CT----------GAT-TCTCTGCATGTC
gi|15 : taactaactacatgactgtaattaattaca-------GTATGGTGTG-ACTCTGATCTTTCT---CTCTGGT-CTAAT-TAACAAA---CTAA--CTAATAT-TGAAAGGC----T--TGTTCACAGG-AC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CC-AG-TACTT---TGTTAGCTTTTtctgt
gi|16 : gAATAATGGTAAT-TTT-C--AGA-TTTAC-T-ATTCA--TT--T-A-ACG-TA---TA-AAG-CTGGAAAATTG----T-AAG--T--C--GTAA-TAAATCGAATT---TT-ATTTTC-TCC--AACA-ATA-TCAATCA-GCTGA---ATTTa
gi|17 : CGCCTTTT---TG-TATATT-ACGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-TGGGCTATTA--CGAATGAGGGGGTGCAC-------------CCC-AGTAT-------ACTCTCTCTCTC--------------TCTCTCTCTCT
gi|18 : ttaactt--AC-ACCTCT-TTGTCCAT-CGGC--CTTC----TCTCCATAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-CGT-------CC--GCA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TT
gi|19 : AATC-TCAAGGAATCCGCCACT--GCT-T-TACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATtg
gi|2 : ttttgatcatcgagTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAA-GCTTATTCAA---A------AGGATGAATGGGG-AAAAGCGCAATACTT
gi|2 : GTCTCT-CTCTCCTCTAGAAT--T-C-------GTATG-TGTGAATCACA----TTCT---CTCTC-TGCTAAC-TTAC--A-AACTAAA--TAATAT-GAAAACGCCTTGT--TTTCCACAGGGACTGAATGTGGAGAGG-TTGCACC-C--AA-TACTT---TGTTAGCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaaCAGGGAGCAA--A-------GGCGC-CC--GAAAAATCTGGACGAATTCTT---ACCAAAC---------GTT----GT--G--TTGGGTTTTTT-A--TTGATG---GTACAAACA--T---TTTTAATCAAAGACTGGG-G--GGGATGGA-G--GGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TT---GAGAAAA--AGT--AAACA----AAAATA-T-AACTGAGA-GC----C---CC----CCC----CTAC--AATAACCC-CTCTCCCCTTG--GATCAACACGTTGG-TAA--TACGCTGACAATTTTTTTAGT-TATAG--ATTT---AGGGGTTCTTTGTGGTAAA-------GACGTGATACCC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-T-AACCTCTAATGACGGA-A-TATAAA-A--GTCATA-TTACTAATAA-GGTAAT-TTT-C--AGTCTTTAC-T-A---AA-TTAATCATACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAAATG----C-GAG--T--CCCGTAAATAA-TCGAATT---TT-ATTCCCCTCCA-G-CA-ATA-TCAATCAAGCTGA--AATT-GTTTTCAA-GT-AT-AGAATA-AACG--ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGGGTAAT-A-GGTATGGCA-AATGG--TTAGAG-AAAGTTAATATTT-C---ATTAATTC-TG--CAGAA--C-ACC-TACTTGGACT-A-TTAAAATAAA--T--TTCTTTT----AAA--C-ATAT------TTCTATCAAGAA-AT---GCAG-TAACAGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTTTTGTCCATTCGGC--CT-A----TCTCTACAA--TG-AC-AGACAGGC---GTCCCGT-TGT-------CC--GCAG----CGGC-TCCACT-GT--CGGAAGG--CT-TTGATG--TTGAAC--CT-TTG-TGTTT--CGCGGT-CTTTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGAC-GAATGGCCACTGAAATGTACGTGCC-----ATATCATGCGAC-GAAATGTCACTG-A-AGGTCA-CTGAA-AGGTACC---TTT-TC-AGTTTTTA------ACTGAAGGTCCTGGCTTCTTTACCTGacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|20 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-A-ACTTCCCC-TTTTCT---TG-GACAAATT-CC---GAATCCGCCA--CTGCT-T-AAAGT
gi|21 : A-CTGAA-TGGTACC---TTT-CA-G--TTTTTTTTTTTACTGAAAGGTCTCGTTTCTT--CCTGT
gi|22 : tcgAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAA-T---TTTATTCCC-AAC--ACCA-ATA-TCAATC
gi|23 : --TTTTA------ATTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTG
gi|24 : tcagtG----T-ATG-T-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--Acatgt
gi|25 : TTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTTTT--CCTGTGA
gi|26 : TTA------ACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|3 : TTTAGAATGATAAAT--AGGTGTAATTGTTCAACG-AGGGG-AGGGGTATTC--AG---GAGGGGTTGGACCCACAC------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCGC--------C-TAAGCA-ATCTC-CTCTCTCGa
gi|3 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcacACTAACTACATGTACCTAACACATTGTAAATGAAGGCTTATTCAACACAA-ATATGTGACGAATGGGC-GAGACCCTAATACT-C-TC---TCT-CTCTC----CTCTCTCT----CTT-----CTCATATATCTCT-CGTGTCGTATTCTATCCCTC---CCTCTCCTTCACTC--CCCTCCTCATACTCTTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGACTCCTC---CTCCGT---T-CTCTCATC------TCTGT-------GTATG-TGTA-CTTCTG----TCCT---CTCTGCT-ATAACTTTACAAA----CAAA-C---TAT-TGACATGC----TTATTTCCACAGGGAC-GAAATGGTAGAGGTTTGCACCTCCAAG-TGCTTTTGTGTTAGC---TTTTTAGAATGTCCATCTATTAAAAAGTTTCACAATTTAAGACAATAATGACAaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|3 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataTTCATG-TATTCTCTAATAGGCCATGGAGCAGCGACACAAAGAGCGCACC--GAAA--TTATGACGAAATCTTAATATCAAACCAGAAGGGAGCT----TT-TAATCT----TTTTT-AATTTGATATGTTCAAAAACA--TCTGTTTTAA--AA--ACTGGGTG--GGA-TGGA-GAAGTGGGACGCTCGTACGACTAAA--TCGGCCATTTGAGAAAAAA--AGTAAAAAAAACGAAAAATAGTAAAC-GGGA-CA----CAATCC----ACCACAACTACA-AATAACCCGCTCCTCCCTTGTTGAACAACAC-TT-G-T-A--TACGatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|4 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaa-CTATCTCCTTG-TTGTC--CAC-TT-GGT-G--TCCAC---CACTTTTTG-GGT-TAC---TATTTTCAGG---TTCTTTG-GGTGGT-----ACGC-GTG-TA-----ATCAACGGTCCTTAC-TCCGGC-----CTTTCGAGTT-GCTCC--TGGG--GCCGC---TTTTGATTTCCCATTT----TTCCCGTCTAATGACGGCCCCT---CCTC-TGGTACTCCTAC-CTTCCCT-TTTTTT---TG-GGCA--TCTCC---GACTCCGCG---CTGCTGT-AACACGTTCTG-CGGCGC-AATAAA-ACTGC-ATACTTATTAGTAA---------TT-C--CGT-TTTCC-T-A---T--TTA-T-C-ACGCAACACTA-ACG-TTGGAA--TTGGTCACAGAGGCT--C---CGA-CAGCTCCACTCCCCTCTCTTCCT-TCCACG-CC-ACA-TACATCC-TCTAACTGATTTGTTTTCAA-GT-CTTGAAATA-AACGT-AT-A-C-ATA-TATAG-TGTTTGG----T-ATG-T-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTCCTG--CAAAAAACTAC--T---TGGACT-AATT----TGAAATT----CTTTT----AGA-TT-A-AT------C-CTATCA-GAATGT---GCAGGTC---GAAT-A-CT---AC-AC---TCTTGTC-AT--GGCTTCTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGTCTCTTGCCC--GAAGCCCCCCGCGCCC-CT-GTCGCGGAAGG--CCTTTGA----TTAAAC-----TTGATGTTTACCGC-GT-C---TTTTTGTTTCAACTGAGGTAA------------GAG--G-GA-TGAA-GGTCACTGAAATGT--GTG-CCATTAGT-TCAG--GACTG-AA--TCACTGAAGAGGTCA-CTGAA-TGG-ACT---TTCATCAG--TTTTC------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGt
gi|5 : ccta--TT----TTTTT-A--TTGATG----CACAAATA--T---TTTTAATCAA--ATTGGG-G--TGG--GGATGGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTT--GAGAAAA--AGT----AAAAC--AAAATAGT-AAT-GGGA-TGCTACC---CC----ACC----CT--A-GATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGAACAACAC-TT-GTT-A--TACGT--G-A-TTTGTTTAGT-TACAG-TA-TTTCAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ta
gi|5 : tCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGTCATG-CTACTAATAAAGGTAAT-TTTTC--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-T-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATCT----C-GAG--T--C--ATAA-TAAATCGAATT---TAT-TTCCA-ACA--G-CA-A-A-TCAATCA-GCTG---GATTTG-TTTCAA-GC-ATTAAGATA-AACGcagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttaacgtctaatgacggagaaataaaatgtcatgctactaataaaggtaatttttcagttttactaattaattacgaataaagttggaaaatctcgagtcataataaatcgaatttatttccaacagcaaatcaatcagctggatttgtttcaagcattaagataaacg
gi|6 : ttttttttattgatgcacaaatatttttaatcaaattggggtggggatggagggggacgctcgacactagatcggcctttgagaaaaagtaaaacaaaatagtaatgggatgctaccccaccctagataacccctctccccttgtgaacaacacttgttatacgtgatttgtttagttacagtatttcagggggttctttgtggtaaacagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-TGTG--TCTTG----TTCTTTCCTCTG-T-CTA-C-TTACAAACAAC-------AATATGTGAAAA-C----T--GTTC-ACAGGGAC-AGATGGGGAGAAGGTTGCACA-C--AG--ACTT---TGTTAGCTTTT
gi|6 : GCAA-------AGCGC------GAT--TCTTGGCGA-TCCTA--CAACAAGA---------GT-----GT-TG--TT----TTTTTTA--TTGATG---TAGCAAAC---C---TTTTAATCAA---CTGGG-GTGGGA-TGGA-GG----GGACGCGCG--C-A-TAGA--TAGGCT-TT----AGAAAATCAGT--AAACAAT--ACTGTTGT-AAC-GGGATCA----C---CCCCACACC----CTACAGAATA--CC-CTCTCCCTGTG-TGAACA-CAC-T--G-T-AAATACGT--G-GCTTCTTTTGTT-TATAG-TATTT-CAGGAGGTTCTTTGTGGTAAA-----AAGA-GTGATTCCTACATTAATAG-CCTAACATCCGGGG----aaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcaaagcgcgattcttggcgatcctacaacaagagtgttgttttttttattgatgtagcaaaccttttaatcaactggggtgggatggaggggacgcgcgcatagataggctttagaaaatcagtaaacaatactgttgtaacgggatcacccccacaccctacagaataccctctccctgtgtgaacacactgtaaatacgtggcttcttttgtttatagtatttcaggaggttctttgtggtaaaaagagtgattcctacattaatagcctaacatccgggg
gi|7 : gtgtgtcttgttctttcctctgtctacttacaaacaacaatatgtgaaaactgttcacagggacagatggggagaaggttgcacacagactttgttagcttttaaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggCACCCCCCC-TTTTTT---CG--ACAAATC-CC---GAATCCCCCA--CTGTT-T-AACGCCT-ATAGTGAGGATAATTGA-A-TGCCATG--TACTAATAAAGGTAA--TTT-C--A---TTTAC-T-A---A--TTATT-A-ACGAAA---TA-CAG-T--GAGAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTAGAA-T---TTTAT--CC-TCC--A-CAGATA-TCAATCC-ACT----GATTTGGTTTCAACGT-ATTAG-ATATAAC----TT---TGTA-TATG--TGTTTGG----T-ATGGT-----G-AATGG--T-AGAA-GAAGT-CAT-TTT-C---AT--ATTC-GG----AAA--CTACC-C---TGGAATAAAGTAAAAT--AATT--TTCTTTT----AAAA-C-ATG-------T-CTAT-A-G-A-AT---GCAG-TA----ATT-A-CTT--TA-A--TCTCTTGTC--T-CGG---CTTA----TCTCTAC-AA-TG-AGC-GA--GGC---GTCT-GTGTGT-------CC--G-A-----CGGA-CAG-CTGGT--CGAAAGGATT--TTGATG--TTGAAC--TT-GTGATGTTT-CCGC-GT-C-TTTTTT
gi|8 : ctaacatccgggggaagCGCGTTTAGAATG-TAAATGCAGGTGTA-TTGTTCA-C--AGTGGTAGGGGTATTGATGG---GAGAGGTTGCACGCCA-C------ACCCCAGTATT----TTGTT-TCTCTCTC-CTTC-c
gi|9 : caggatatattggtaaaatcatttacccccccctccccttctgcctatggaggaaataccaaattccgacttgttaaaattgaacatttattatatgtgggggggggcatgcttcttcgtgttaatctattaagactaaaaaaatcgggttatttttctggcaatcggtcaagaatctaaattgtatttcggattgaaaatcatgtttgattttatgcctgaaatgtaaatccaaactttttcaatttttttttgatgatagactaacatgcaagcagtatagaggggcccaatcgaccccccccccttctccctttttaaaactaaatagattaaatgtcattTGCT-TTAACGTCTAGTGACGGAGA-AATAAA-T-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGTATTTACTT-A---ATGTCATT-A-ACG-AA---TACAAGTTTGCAAAATTG----C-GAG--TAAC--GTAATTAAGTCGAA-----TTTATTCTC-TTCCAG-CA-ATA-TCAAT-A-GCTGA---ATTTGTTTCAAA-GT-ATTAGAATA-AAAGTGACTGCCCATATTATGA-TGTTTGG----G-ATGGT-TGG-ATATTGGCTT-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTCATGGTTAGAA--CTACCTT---TGGAAT-AAATAAAATAAA--T--TTCTTTTAAAAAAAATCTATATGTTACAT-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-ATAAT-AGCTT--AC-ACCTCTCTTGTCCc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGCTTCTTCCTGTG
Alignments
lowQualScore : 1 22 1 1 22 1 22222222 444444444444 1 22222 7777777777777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 33333333 1 5555555555 11 1 222 1 44444 77777777777777777777 111 1 222 11 11 1 1 22222 222 1 777777777777777777 11 1111 111 2222 111 33333333333 1111111 3333 222 11 1 1 1 2222 3333333 22222 11 222 66666666666666666666666666666 11 1111 1111111 111 11 1111 11 222 11 111 11 11 33333333333 1111 1111 11 111111 222222 111 2222222222 1111 1111 11 33333 1 11 11 222 222 1 1 22222 2222222 1111 111 11 111 222 1 1 111111 1 111 1111 1 11111 2222 2222 1 1111111 111111 1 111 1 111 111111 1 2222 11 111111111 111 1111 111 1111 111 1111111 2222222 22222 11111 1111 555555555555555555 11 11 4444444444 11 111 2 1 1 111 1111111 111111
lowQualScore : 1 2 0 1 33 0 3 0 33 0 0 55555555 999999999999 0 44444 6 3 6666666666666 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 7 44444444 0 1 6666666666 2 0 00 1 2 7 3 333 3 00000 44444444444444444444 555 5 1 111 88 88 5 5 66666 1 111 6 3 333333333333333333 3 8 33 7777 444 0000 222 0 33333333333 8 1 1 9999999 8 66 3333 88 222 0 22 66 1 1 1 5 1 5 5 4444 6 66 2222222 66666 33 1 3 000 1 22222222222222222222222222222 8 11 9999 9999999 0 111 8 11 88 8 88 0000 11 8 888 11 111 0 0 99 3 8 11 11111111111 7777 7777 0 88 55 6 6 1 3 6 6 333333 999999 0 8 0 88 0 111 3 0 0 6666666666 3 3333 9999 44 55555 22 5 88 88 333 888 7 3 0 0 22222 6666666 1111 99 444 88 6 111 000 4 4 0 5 5 0 55 6 55 5 66 1 5 5 888888 8 999 1 000 5 5 2222 5 66 66 66 0 3 44444 33 5 1 4444 5 5 5 3333 3 1 6 6 1 3 6666666 1 6 88 222222 0 4 5 5 5 5 77 5 5 5 5 5 000 77 3 000 99 888888 6 1 1 1 99 3333 00 6 777777777 6 5 0 5 000 5 9999 5 66 66 5 2 9 5 5 222 2222 5 5 5 77 000 5 5 8888888 77 4444444 5 5 5 77 11111 3 99 66666 7 6 0000 444444444444444444 33 3 88 9 44 7 1111111111 00 666 7 7 6 0 0 3 777 6666666 666666 77
lowQualScore : . . . . .. . . . .. . . ........ ............ . ..... . . ............. . ...................................................................................... .. . ........ . . .......... . . .. . . . . ... . ..... .................... ... . . ... .. .. . . ..... . ... . . .................. . . .. .... ... .... ... . ........... . . . ....... . .. .... .. ... . .. .. . . . . . . . .... . .. ....... ..... .. . . ... . ............................. . .. .... ....... . ... . .. .. . .. .... .. . ... .. ... . . .. . . .. ........... .... .... . .. .. . . . . . . ...... ...... . . . .. . ... . . . .......... . .... .... .. ..... .. . .. .. ... ... . . . . ..... ....... .... .. ... .. . ... ... . . . . . . .. . .. . .. . . . ...... . ... . ... . . .... . .. .. .. . . ..... .. . . .... . . . .... . . . . . . ....... . . .. ...... . . . . . . .. . . . . . ... .. . ... .. ...... . . . . .. .... .. . ......... . . . . ... . .... . .. .. . . . . . ... .... . . . .. ... . . ....... .. ....... . . . .. ..... . .. ..... . . .... .................. .. . .. . .. . .......... .. ... . . . . . . ... ....... ...... ..
lowQualScore : 0 5 0 0 88 0 2 0 88 2 0 88888888 555555555555 0 55555 5 2 7777777777777 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 3 44444444 8 0 5555555555 5 2 22 0 5 0 3 333 3 33333 77777777777777777777 333 5 0 555 55 00 5 5 00000 0 555 7 3 888888888888888888 2 0 66 0000 000 0000 000 8 88888888888 0 0 0 0000000 0 44 4444 88 000 8 00 55 0 0 0 5 0 5 0 0000 7 88 5555555 55555 88 0 2 888 0 88888888888888888888888888888 0 00 6666 8888888 8 888 0 00 88 0 88 0000 00 0 666 00 888 6 8 00 2 0 22 88888888888 0000 0000 8 66 88 7 7 0 2 7 7 777777 666666 8 0 8 88 8 222 2 8 8 8888888888 2 0000 0000 00 00000 00 5 55 00 333 777 3 7 0 0 22222 0000000 8888 44 000 00 7 777 555 4 4 4 0 0 0 99 5 11 0 99 4 7 7 333333 9 666 4 000 7 7 1111 7 99 99 99 0 4 00000 44 0 4 8888 0 0 7 9999 2 7 7 7 7 3 0000000 0 7 33 333333 1 3 7 7 7 7 99 7 7 7 7 7 000 99 3 222 22 555555 7 0 7 7 22 3333 55 7 666666666 6 7 1 7 000 7 0000 7 44 99 0 5 6 6 7 111 1111 7 7 0 99 000 7 7 6666666 99 6666666 7 7 7 99 77777 5 22 00000 3 7 7777 555555555555555555 88 2 22 8 55 3 7777777777 33 777 3 3 7 0 0 2 555 0000000 444444 99
consensus : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-AGGGGTATTG--GG---GAGGGGTTGCACGCAC-C------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAA-C--ATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA---AG-A-ATAGGACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TC---TCT-CTCTC----CTCTCTCT----CTT-----CTC-TAT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCTTTCCCCGTCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-C-------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTG-T-CTAAC-TTACAAA-AACTAAA-CTAATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAG-TACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAA--ACTGGG-G--GGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-GAGAAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGT-AAC-GGGA-CG----C---CC----ACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGANCAACAC-TT-G-T-A--TACGC--GCACTTTTTTTAGT-TACAG-TATTTTCAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ACGA-GTGATACCC-CATTAACGG-CCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTCTA-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-ACACTTCCCC-TTTTTT---TG-GACAAATC-CC---GAATCCGCCACTCTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-TCC--G-CA-ATA-TCAATCA-GCTGA--GATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGG----T-ATGGT-TGG-A-AATGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-ATAT------T-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCAT-CGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGT-------CC--GNA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGACTGAATGGTCGCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AATGTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
Reference ( family-3500 ) : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-AGGGGTATTG--GG---GAGGGGTTGCACGCAC-C------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAA-C--ATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA---AG-A-ATAGGACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TC---TCT-CTCTC----CTCTCTCT----CTT-----CTC-TAT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCTTTCCCCGTCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-C-------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTG-T-CTAAC-TTACAAA-AACTAAA-CTAATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAG-TACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAA--ACTGGG-G--GGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-GAGAAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGT-AAC-GGGA-CG----C---CC----ACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGANCAACAC-TT-G-T-A--TACGC--GCACTTTTTTTAGT-TACAG-TATTTTCAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ACGA-GTGATACCC-CATTAACGG-CCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTCTA-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-ACACTTCCCC-TTTTTT---TG-GACAAATC-CC---GAATCCGCCACTCTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-TCC--G-CA-ATA-TCAATCA-GCTGA--GATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGG----T-ATGGT-TGG-A-AATGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-ATAT------T-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCAT-CGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGT-------CC--GNA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGACTGAATGGTCGCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AATGTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
gi|1 : CGCTTTAAGAATG-CATAT--AGGTGTA-TTGT-CA-CTAAGAGG-AGGGGTATTG--GA---GGGGGGTTGCACACAC-CTTCACCACCC-AGTATTAGTCTTGTTTTCTCTCTCTCTTCATAA-TCTATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--GACATG-AC--------TTGTAAATGGAAGGTTATTGAA---AGGA-ATAG----AATGGGG-AAAAACCCAATACTTCATC---TCTTCTCTTTATGCTCTCTCTTCTACTTTTGCTCTC-TCTCTCTCT-C-TCTCGCAT-CTCTCTCTCATATCTCTTCCTCATTCATTCCTCC--GTACTTCTCATC-TCT-TCTCTC-----CTCTCATCTCTTTTTTTCTCTTCTCTTCTCTAATCTT-AATTCT-CTCCTCTCGC-TG-TGTG-ATCCTG----TT-T---CGCTG-T--TAA--TTACAAA-AACTAAATCTAACAT-TGATAAGC----T--TTTTCACCAGGAC-GAATGGGGAGAGGT--GCAAC---AAGATACTTA--TGTTAGCTTTTTTTTAATTTGTCCA-ATAGTTAATGGTTTT-TAATTAAAAACAATA-TGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCC----TGGGCCAGGGA--AGCAA-------AGCGC-CTTGGAAA--TCTGGACGAATTCTT--TAACAGAC---------GTTTCGAGTAGG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACAGTT---TCTTAATCAA--ACTGGG-G--GTG-TGGA-GGAGGGGGACGCTC--AT-ACTAGAACTCGGCC-TTTG-AAGAAAA--AGT--AACAAACT-AAAATAAT-AA--GGGA-CA----C---CC----ACC----CTAC---ATAA-CC-CTCTTCCTTT--TGATCAACAC-TT-G-T-A--TACAT--ACATTTTTCTTAGTATGCAGCTATTTTC-CAGGGTTC-TTGTGGTAAAAAAAGACAA-GTGATATCC-CATTAA-GC-CCTAA-ATCCGGGGGAAATTTAGGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGCCTTTTTTGATTATCAACTCAAACTTCCAAGTTA-TGA-GGCCG-CGTACCTCGT-----TTC-ACACACCCCTATTTTTTATATGTGACAAATC-CC---GAATCCGCAACTCTGCT-T--ACGTCTAATGACGGATG-AATAAATACTGTCATA-TTACTAATATAGGTAATGTTT-CAGAGT-TTTAC-TAA---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAT-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-T-C--G-CA-ATACTCAATCA-GCTGAT-AATTTGTTT--AA-GTAATTAGAATATAACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTCGG----T-ACTGT-TGG-A-AATGG--T-AGAGCAACGT-AAT-TTT-TTCAAT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAA--AATTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-CTAT------T-CTAT-A-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAGTAA-CTTAAAC-ACCTCTTTTGTTCCT-CGGA--CTTAATCTCCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGCAAGGTCT-GC-TGT-------CC--GAA-----CGGC-CCG-CT-GT--CTGAAGG--C--TTGAAG--TTGAATAACTATTGATGTTTACCGC-GTGC-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAGCTGTGACTGAAATGTTG-TGAAATGTACGTG-C-----AT-TCAGGTGAT-G-AATGTCACTGAACAGGTCACCTGAAGTGGTACCGCGTGT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|10 : cCATA-TACGAGTGTTTGG----TTATGGT-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-GAAGT-AAT-TTTTC---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTAT--T---TGGAAT-GAATAAAATAAATTTCTTTCTTTTAA--AAAATC-ATAC------C-ATATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-ATAAT-A--TT--AC-ACCTCT-TTGTCCAT-CGGC--GTTA----TCTCTACAGA-TG-ACCATA--GGC---GTCT-GA-TGT-------CC--GCA-----CGGC-GCC-CT-GT--TGGAAGG--CT-TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTT
gi|11 : gcagtgtT------T-TTATTA-GGG-ATTAAACAG-TAT-TAAAT-A-ATT--ACCACAT----TGTCAAT-CGAG--CTTC----TCACTACAAAATGCACC-----GTT---CTCT-GT-TTT-------CCTCGG------CGAC-GCC-CA-GT--CGGAAGC--T--TTGATGAATTGAAC--GT-TT-ATG-TTACCGC-A------CTGTTTTTTCGACTG----AAATTTGTTAGCTGAAG--GTGA-TGAATGGTCACTGA
gi|12 : t---TTTTGATT-C-AACCCAAACTTCCGGTCTA-TGA-AGCCC-T---CCCC-T-----TTC-A-ACTTCC----TTTTT---TG--ACAAATC-CC---GAATCTGCCACT--GCT-T-AACGTCTAATGACGAAGA-AATAAA-A-TGCCATA-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--Atgca
gi|13 : ------TTGTAATTGAATGCTTTTTGAA---A------AGGACGATTGGGAAGAGGCTGCACCCCCCC-CCCCCTCT-CTCT-----CTCTATCT----CT----------GAT-TCTCTGCATGTC
gi|15 : taactaactacatgactgtaattaattaca-------GTATGGTGTG-ACTCTGATCTTTCT---CTCTGGT-CTAAT-TAACAAA---CTAA--CTAATAT-TGAAAGGC----T--TGTTCACAGG-AC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CC-AG-TACTT---TGTTAGCTTTTtctgt
gi|16 : gAATAATGGTAAT-TTT-C--AGA-TTTAC-T-ATTCA--TT--T-A-ACG-TA---TA-AAG-CTGGAAAATTG----T-AAG--T--C--GTAA-TAAATCGAATT---TT-ATTTTC-TCC--AACA-ATA-TCAATCA-GCTGA---ATTTa
gi|17 : CGCCTTTT---TG-TATATT-ACGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-TGGGCTATTA--CGAATGAGGGGGTGCAC-------------CCC-AGTAT-------ACTCTCTCTCTC--------------TCTCTCTCTCT
gi|18 : ttaactt--AC-ACCTCT-TTGTCCAT-CGGC--CTTC----TCTCCATAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-CGT-------CC--GCA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TT
gi|19 : AATC-TCAAGGAATCCGCCACT--GCT-T-TACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATtg
gi|2 : ttttgatcatcgagTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAA-GCTTATTCAA---A------AGGATGAATGGGG-AAAAGCGCAATACTT
gi|2 : GTCTCT-CTCTCCTCTAGAAT--T-C-------GTATG-TGTGAATCACA----TTCT---CTCTC-TGCTAAC-TTAC--A-AACTAAA--TAATAT-GAAAACGCCTTGT--TTTCCACAGGGACTGAATGTGGAGAGG-TTGCACC-C--AA-TACTT---TGTTAGCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaaCAGGGAGCAA--A-------GGCGC-CC--GAAAAATCTGGACGAATTCTT---ACCAAAC---------GTT----GT--G--TTGGGTTTTTT-A--TTGATG---GTACAAACA--T---TTTTAATCAAAGACTGGG-G--GGGATGGA-G--GGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TT---GAGAAAA--AGT--AAACA----AAAATA-T-AACTGAGA-GC----C---CC----CCC----CTAC--AATAACCC-CTCTCCCCTTG--GATCAACACGTTGG-TAA--TACGCTGACAATTTTTTTAGT-TATAG--ATTT---AGGGGTTCTTTGTGGTAAA-------GACGTGATACCC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-T-AACCTCTAATGACGGA-A-TATAAA-A--GTCATA-TTACTAATAA-GGTAAT-TTT-C--AGTCTTTAC-T-A---AA-TTAATCATACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAAATG----C-GAG--T--CCCGTAAATAA-TCGAATT---TT-ATTCCCCTCCA-G-CA-ATA-TCAATCAAGCTGA--AATT-GTTTTCAA-GT-AT-AGAATA-AACG--ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGGGTAAT-A-GGTATGGCA-AATGG--TTAGAG-AAAGTTAATATTT-C---ATTAATTC-TG--CAGAA--C-ACC-TACTTGGACT-A-TTAAAATAAA--T--TTCTTTT----AAA--C-ATAT------TTCTATCAAGAA-AT---GCAG-TAACAGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTTTTGTCCATTCGGC--CT-A----TCTCTACAA--TG-AC-AGACAGGC---GTCCCGT-TGT-------CC--GCAG----CGGC-TCCACT-GT--CGGAAGG--CT-TTGATG--TTGAAC--CT-TTG-TGTTT--CGCGGT-CTTTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGAC-GAATGGCCACTGAAATGTACGTGCC-----ATATCATGCGAC-GAAATGTCACTG-A-AGGTCA-CTGAA-AGGTACC---TTT-TC-AGTTTTTA------ACTGAAGGTCCTGGCTTCTTTACCTGacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|20 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-A-ACTTCCCC-TTTTCT---TG-GACAAATT-CC---GAATCCGCCA--CTGCT-T-AAAGT
gi|21 : A-CTGAA-TGGTACC---TTT-CA-G--TTTTTTTTTTTACTGAAAGGTCTCGTTTCTT--CCTGT
gi|22 : tcgAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAA-T---TTTATTCCC-AAC--ACCA-ATA-TCAATC
gi|23 : --TTTTA------ATTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTG
gi|24 : tcagtG----T-ATG-T-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--Acatgt
gi|25 : TTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTTTT--CCTGTGA
gi|26 : TTA------ACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|3 : TTTAGAATGATAAAT--AGGTGTAATTGTTCAACG-AGGGG-AGGGGTATTC--AG---GAGGGGTTGGACCCACAC------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCGC--------C-TAAGCA-ATCTC-CTCTCTCGa
gi|3 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcacACTAACTACATGTACCTAACACATTGTAAATGAAGGCTTATTCAACACAA-ATATGTGACGAATGGGC-GAGACCCTAATACT-C-TC---TCT-CTCTC----CTCTCTCT----CTT-----CTCATATATCTCT-CGTGTCGTATTCTATCCCTC---CCTCTCCTTCACTC--CCCTCCTCATACTCTTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGACTCCTC---CTCCGT---T-CTCTCATC------TCTGT-------GTATG-TGTA-CTTCTG----TCCT---CTCTGCT-ATAACTTTACAAA----CAAA-C---TAT-TGACATGC----TTATTTCCACAGGGAC-GAAATGGTAGAGGTTTGCACCTCCAAG-TGCTTTTGTGTTAGC---TTTTTAGAATGTCCATCTATTAAAAAGTTTCACAATTTAAGACAATAATGACAaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|3 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataTTCATG-TATTCTCTAATAGGCCATGGAGCAGCGACACAAAGAGCGCACC--GAAA--TTATGACGAAATCTTAATATCAAACCAGAAGGGAGCT----TT-TAATCT----TTTTT-AATTTGATATGTTCAAAAACA--TCTGTTTTAA--AA--ACTGGGTG--GGA-TGGA-GAAGTGGGACGCTCGTACGACTAAA--TCGGCCATTTGAGAAAAAA--AGTAAAAAAAACGAAAAATAGTAAAC-GGGA-CA----CAATCC----ACCACAACTACA-AATAACCCGCTCCTCCCTTGTTGAACAACAC-TT-G-T-A--TACGatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|4 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaa-CTATCTCCTTG-TTGTC--CAC-TT-GGT-G--TCCAC---CACTTTTTG-GGT-TAC---TATTTTCAGG---TTCTTTG-GGTGGT-----ACGC-GTG-TA-----ATCAACGGTCCTTAC-TCCGGC-----CTTTCGAGTT-GCTCC--TGGG--GCCGC---TTTTGATTTCCCATTT----TTCCCGTCTAATGACGGCCCCT---CCTC-TGGTACTCCTAC-CTTCCCT-TTTTTT---TG-GGCA--TCTCC---GACTCCGCG---CTGCTGT-AACACGTTCTG-CGGCGC-AATAAA-ACTGC-ATACTTATTAGTAA---------TT-C--CGT-TTTCC-T-A---T--TTA-T-C-ACGCAACACTA-ACG-TTGGAA--TTGGTCACAGAGGCT--C---CGA-CAGCTCCACTCCCCTCTCTTCCT-TCCACG-CC-ACA-TACATCC-TCTAACTGATTTGTTTTCAA-GT-CTTGAAATA-AACGT-AT-A-C-ATA-TATAG-TGTTTGG----T-ATG-T-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTCCTG--CAAAAAACTAC--T---TGGACT-AATT----TGAAATT----CTTTT----AGA-TT-A-AT------C-CTATCA-GAATGT---GCAGGTC---GAAT-A-CT---AC-AC---TCTTGTC-AT--GGCTTCTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGTCTCTTGCCC--GAAGCCCCCCGCGCCC-CT-GTCGCGGAAGG--CCTTTGA----TTAAAC-----TTGATGTTTACCGC-GT-C---TTTTTGTTTCAACTGAGGTAA------------GAG--G-GA-TGAA-GGTCACTGAAATGT--GTG-CCATTAGT-TCAG--GACTG-AA--TCACTGAAGAGGTCA-CTGAA-TGG-ACT---TTCATCAG--TTTTC------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGt
gi|5 : ccta--TT----TTTTT-A--TTGATG----CACAAATA--T---TTTTAATCAA--ATTGGG-G--TGG--GGATGGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTT--GAGAAAA--AGT----AAAAC--AAAATAGT-AAT-GGGA-TGCTACC---CC----ACC----CT--A-GATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGAACAACAC-TT-GTT-A--TACGT--G-A-TTTGTTTAGT-TACAG-TA-TTTCAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ta
gi|5 : tCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGTCATG-CTACTAATAAAGGTAAT-TTTTC--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-T-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATCT----C-GAG--T--C--ATAA-TAAATCGAATT---TAT-TTCCA-ACA--G-CA-A-A-TCAATCA-GCTG---GATTTG-TTTCAA-GC-ATTAAGATA-AACGcagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttaacgtctaatgacggagaaataaaatgtcatgctactaataaaggtaatttttcagttttactaattaattacgaataaagttggaaaatctcgagtcataataaatcgaatttatttccaacagcaaatcaatcagctggatttgtttcaagcattaagataaacg
gi|6 : ttttttttattgatgcacaaatatttttaatcaaattggggtggggatggagggggacgctcgacactagatcggcctttgagaaaaagtaaaacaaaatagtaatgggatgctaccccaccctagataacccctctccccttgtgaacaacacttgttatacgtgatttgtttagttacagtatttcagggggttctttgtggtaaacagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-TGTG--TCTTG----TTCTTTCCTCTG-T-CTA-C-TTACAAACAAC-------AATATGTGAAAA-C----T--GTTC-ACAGGGAC-AGATGGGGAGAAGGTTGCACA-C--AG--ACTT---TGTTAGCTTTT
gi|6 : GCAA-------AGCGC------GAT--TCTTGGCGA-TCCTA--CAACAAGA---------GT-----GT-TG--TT----TTTTTTA--TTGATG---TAGCAAAC---C---TTTTAATCAA---CTGGG-GTGGGA-TGGA-GG----GGACGCGCG--C-A-TAGA--TAGGCT-TT----AGAAAATCAGT--AAACAAT--ACTGTTGT-AAC-GGGATCA----C---CCCCACACC----CTACAGAATA--CC-CTCTCCCTGTG-TGAACA-CAC-T--G-T-AAATACGT--G-GCTTCTTTTGTT-TATAG-TATTT-CAGGAGGTTCTTTGTGGTAAA-----AAGA-GTGATTCCTACATTAATAG-CCTAACATCCGGGG----aaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcaaagcgcgattcttggcgatcctacaacaagagtgttgttttttttattgatgtagcaaaccttttaatcaactggggtgggatggaggggacgcgcgcatagataggctttagaaaatcagtaaacaatactgttgtaacgggatcacccccacaccctacagaataccctctccctgtgtgaacacactgtaaatacgtggcttcttttgtttatagtatttcaggaggttctttgtggtaaaaagagtgattcctacattaatagcctaacatccgggg
gi|7 : gtgtgtcttgttctttcctctgtctacttacaaacaacaatatgtgaaaactgttcacagggacagatggggagaaggttgcacacagactttgttagcttttaaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggCACCCCCCC-TTTTTT---CG--ACAAATC-CC---GAATCCCCCA--CTGTT-T-AACGCCT-ATAGTGAGGATAATTGA-A-TGCCATG--TACTAATAAAGGTAA--TTT-C--A---TTTAC-T-A---A--TTATT-A-ACGAAA---TA-CAG-T--GAGAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTAGAA-T---TTTAT--CC-TCC--A-CAGATA-TCAATCC-ACT----GATTTGGTTTCAACGT-ATTAG-ATATAAC----TT---TGTA-TATG--TGTTTGG----T-ATGGT-----G-AATGG--T-AGAA-GAAGT-CAT-TTT-C---AT--ATTC-GG----AAA--CTACC-C---TGGAATAAAGTAAAAT--AATT--TTCTTTT----AAAA-C-ATG-------T-CTAT-A-G-A-AT---GCAG-TA----ATT-A-CTT--TA-A--TCTCTTGTC--T-CGG---CTTA----TCTCTAC-AA-TG-AGC-GA--GGC---GTCT-GTGTGT-------CC--G-A-----CGGA-CAG-CTGGT--CGAAAGGATT--TTGATG--TTGAAC--TT-GTGATGTTT-CCGC-GT-C-TTTTTT
gi|8 : ctaacatccgggggaagCGCGTTTAGAATG-TAAATGCAGGTGTA-TTGTTCA-C--AGTGGTAGGGGTATTGATGG---GAGAGGTTGCACGCCA-C------ACCCCAGTATT----TTGTT-TCTCTCTC-CTTC-c
gi|9 : caggatatattggtaaaatcatttacccccccctccccttctgcctatggaggaaataccaaattccgacttgttaaaattgaacatttattatatgtgggggggggcatgcttcttcgtgttaatctattaagactaaaaaaatcgggttatttttctggcaatcggtcaagaatctaaattgtatttcggattgaaaatcatgtttgattttatgcctgaaatgtaaatccaaactttttcaatttttttttgatgatagactaacatgcaagcagtatagaggggcccaatcgaccccccccccttctccctttttaaaactaaatagattaaatgtcattTGCT-TTAACGTCTAGTGACGGAGA-AATAAA-T-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGTATTTACTT-A---ATGTCATT-A-ACG-AA---TACAAGTTTGCAAAATTG----C-GAG--TAAC--GTAATTAAGTCGAA-----TTTATTCTC-TTCCAG-CA-ATA-TCAAT-A-GCTGA---ATTTGTTTCAAA-GT-ATTAGAATA-AAAGTGACTGCCCATATTATGA-TGTTTGG----G-ATGGT-TGG-ATATTGGCTT-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTCATGGTTAGAA--CTACCTT---TGGAAT-AAATAAAATAAA--T--TTCTTTTAAAAAAAATCTATATGTTACAT-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-ATAAT-AGCTT--AC-ACCTCTCTTGTCCc
blockSeqs : C G A T GC A T A G T ACGAAT CCACAC C T C T CTAAGCA T AC T CTAACACA T G CACAAATAT G AA C G C . CCC . C CTTCTCATATA GCA T A . . TC A A GCAAC A . C . TAGAATTC A G AA ATCT TTC GTC ACT AACTAAAT G A G CTTGT T TT TCCA T TTG AA TC T A A A T A . CTAA G CG CACAAAG ACC AA G A AAT C CAGAAGGGAGCTTTTAATCT T AT TGTT ATCTG AGA T TG AT T AA TACG . A TGA TC AAA GA G A CT TGCTACC CCAC ACAA AG AC G T T A G G TAAA TGACAA . T TCA G ACGC A CCTA CGGT CA G TC . . . . TCC A G A C CT TGGTAC TAC C . G T AAG CT G T T . C CT A T T . C T . TTCA A CAT C CAC C T GTCA A GC AA CC A A TCCCC TA C C ACG G . A ACTG T T C . A T TGACTGC C T AG GTAAT G A C T A CT T . T A T . TA C GTT AA CTACT A A A T CT AAAA AT T TGTTACAT C A T TAA G ACAG . GC . C C T C T CTT . A C A CA . C G CTCTTGC TC AAGCCCC G A G CG CCT T AA CT A G CTT AAATTTGTTAGCTG . T T T AC A CCATTAGT GC GA T A G . . T . TCAGT TTTTTT TA
blockSeqs : G G . A T . T . . . GATGG GCCAC . T C T . . . T CT G C A G G G G T . . . . CTGAT CG . . TCTGT A . A . . TGC AT CTAACT . A C TTA . TT CC T . G CA . CC . T A C T GTTGTGTTGGGT . . G AT A . . T . GA AC . . T . A . G . C CACAAT . . A AC . . A A . . TAA CAC . T TCA G AAGA A CCC TAG C . . C . C . . T T AA T . G . . CT . . . . . T T T . . A . . ATG A A A . . . . . . . . T G TT TC . C CAG . . . AA T T . . A . ATTA C . A TT G . . . A . . . . . . . . A C . CTT . T A A . AA AT . TTT T . . . . AAT . A . . A C A . C . . . A . . . . . . CAG . . . . ATT T . GT A . CT AGGTAA . T C T AC . CCATA . TG . . . . . T . ATCAG . .
blockSeqs : . . A . . T . . . CAG . . . . . . C A G C C C . A . C . . CTA AC CAAAC . C T T . GT C T . . . . . T . . A GTGTTGTT . . T AT A . . T . G AC . . . . A . G . T TCAC . . A AC . . T A . . GTG GGC . T CA A GAC . . . . T T AA C . . . . C . . . . . T A T . . . . . AA T C . . . . . . . . . . C TT TA . A AA . . . A G T . . G . TATA T . G T G . . . T . . . . . . . . . C . CC . T G A . . T . CC C . . . . TTA . C . . C C C . G . . . A . . . . . . CA . . . . CT T . CT A . CT AA . . T . AC . . . . CAG . .
blockSeqs : . . . . TC C CAAC . A A T . T C . . . . . C . . . . . . C . . . . . . . . C GCC . . . . . . A . . . TTA GA . . . . . . . . . C . . . . . C A T . . . . . T T T . . . . . . . . . . A TT TA . C AG . . . G T T . . A . TT C . A T G . . . . . . . . . . . . . C . T . G A . . . A . TT C . . . . AAT . C . . C C C . C . . . A . . . . . . CA . . . . CT T . TT . . C . .
blockSeqs : . . A . . . TA . . C . . . . . T A T . . . . . A . A . . . . . . . . . . G T A . C AC . . . G . C . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . TC C . . . . G . C . . C . C . C . . . . . . . . . . G . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . G T A . C G . . . A G . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . C . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . T A . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : NTC* AC* CAAC******* TT T* *** AT***** ** T** ** C* CAC******** A* AC TTA*** GA**** T* CA* C* *** ** C** T* ** AG** G*** NTG**** *** CT**** ** **** *** CA***** CT*** CT*** CT**
originalCons : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-AGGGGTATTG--GG---GAGGGGTTGCACGCAC-C------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAA-C--ATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA---AG-A-ATAGGACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TC---TCT-CTCTC----CTCTCTCT----CTT-----CTC-TAT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCTTTCCCCGTCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-C-------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTG-T-CTAAC-TTACAAA-AACTAAA-CTAATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAG-TACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAA--ACTGGG-G--GGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-GAGAAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGT-AAC-GGGA-CG----C---CC----ACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGANCAACAC-TT-G-T-A--TACGC--GCACTTTTTTTAGT-TACAG-TATTTTCAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ACGA-GTGATACCC-CATTAACGG-CCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTCTA-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-ACACTTCCCC-TTTTTT---TG-GACAAATC-CC---GAATCCGCCACTCTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-TCC--G-CA-ATA-TCAATCA-GCTGA--GATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACGT-ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGG----T-ATGGT-TGG-A-AATGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-ATAT------T-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCAT-CGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGT-------CC--GNA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGG--C--TTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGACTGAATGGTCGCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AATGTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
finalCons : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-AGGGGTATTG--GG---GAGGGGTTGCACGCAC-C------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAA-C--ATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA---AG-A-ATAGGACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TC---TCT-CTCTC----CTCTCTCT----CTT-----CTC-TAT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCTTTCCCCGTCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-C-------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTGNTC-TAAC-TTACAAACAAC-------AATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAGT-ACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACAT-----TTTTAATCAA--ACTGGG-G--GGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTT--GAGAAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGT-AAC-GGGACAC--------CC----ACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGANCAACAC-TT-GTTA---TACGCGA----TTTTTTTAGT-TACAGT-ATTTCA-GGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ACGA-GTGATACCC-CATTAACGG-CCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTCTA-TGA-GGCCC-T---CCTC-T-----TTC-ACACTTCCCC-TTTTTT---TG--ACAAATC-CC---GAATCCGCCAC--TGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTCCC-TCCAG--CA-ATA-TCAATCA-GCTGG---ATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACGNTG----CCATA-TATGA-TGTTTGG----T-ATGGT-TGG-A-AATGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTACCT----TGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-ATAT------T-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCAT-CGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGT-------CC--GCA-----CGGC-CCC-CT-GT--CGGAAGGCT---TTGATG--TTGAACCT---TTGATGTTTACCGC-GTCT--TTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGACTGAATGGTCGCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AATGTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGCTTCTTCCTGTG
Alignments
lowQualScore : 1 22 1 1 22 1 22222222 444444444444 1 22222 7777777777777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 33333333 1 5555555555 11 1 1 2222 666666666666666666666666 111 1 222 11 11 1 1 22222 222 1 777777777777777777 11 1111 111 111 333333333333 1111111 3333 222 11 1 1 1 2222 3333333 22222 11 222 66666666666666666666666666666 11 1111 1111111 111 11 1111 11 11 11 111 11 11 22222222222 1111 1111 11 111111 1111 11 2222222222 1111 1111 11 33333 1 11 11 222 222 1 1 22222 222222 1 22222222 11111 111 1 1 111111 1 111 1111 1 22222 111111 111 1 333333333 111111 1 111 1 111 111111 1 2222 11 111111111 111 1111 111 1111 111 111 1 22222222 1 11111 1111 555555555555555555 11 11 4444444444 11 111 2 1 1 111 1111111 111111
lowQualScore : 1 2 0 1 33 0 3 0 33 0 0 55555555 999999999999 0 44444 6 3 6666666666666 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88 7 44444444 0 1 6666666666 2 0 00 1 2 3 9 3 3 8888 222222222222222222222222 555 5 1 111 88 88 5 5 66666 1 111 6 3 333333333333333333 3 8 33 7777 444 999 222 888888888888 8 1 1 9999999 8 66 3333 88 222 0 22 66 1 1 1 5 1 5 5 4444 6 66 2222222 66666 33 1 3 000 1 22222222222222222222222222222 8 11 9999 9999999 0 111 8 11 88 8 88 0000 11 88 0 8 11 11 111 0 0 99 3 8 11 66666666666 7777 7777 0 88 55 6 6 1 3 6 666666 4444 1 8 8 0 88 99 3 3 0 0 6666666666 3 3333 9999 44 55555 22 5 88 88 333 888 7 3 0 0 22222 222222 3 2 8 66666666 6 66666 6 111 2 99 4 4 0 5 5 0 55 6 55 5 66 1 5 5 888888 8 999 1 000 5 5 2222 5 66 66 66 0 3 99999 5 5 66 5 5 000000 444 3 1 6 6 1 3 222222222 6 88 222222 0 4 5 5 5 5 77 5 5 5 5 5 000 77 3 000 99 888888 6 1 1 1 99 3333 00 6 777777777 6 5 0 5 000 5 9999 5 66 66 5 2 9 5 5 222 2222 5 5 5 77 000 5 5 000 0 1 77 00000000 5 5 77 1 3 99 66666 7 6 0000 444444444444444444 33 3 88 9 44 7 1111111111 00 666 7 7 6 0 0 3 777 6666666 666666 77
lowQualScore : . . . . .. . . . .. . . ........ ............ . ..... . . ............. . ...................................................................................... .. . ........ . . .......... . . .. . . . . . . .... ........................ ... . . ... .. .. . . ..... . ... . . .................. . . .. .... ... ... ... ............ . . . ....... . .. .... .. ... . .. .. . . . . . . . .... . .. ....... ..... .. . . ... . ............................. . .. .... ....... . ... . .. .. . .. .... .. .. . . .. .. ... . . .. . . .. ........... .... .... . .. .. . . . . . ...... .... . . . . .. .. . . . . .......... . .... .... .. ..... .. . .. .. ... ... . . . . ..... ...... . . . ........ . ..... . ... . .. . . . . . . .. . .. . .. . . . ...... . ... . ... . . .... . .. .. .. . . ..... . . .. . . ...... ... . . . . . . ......... . .. ...... . . . . . . .. . . . . . ... .. . ... .. ...... . . . . .. .... .. . ......... . . . . ... . .... . .. .. . . . . . ... .... . . . .. ... . . ... . . .. ........ . . .. . . .. ..... . . .... .................. .. . .. . .. . .......... .. ... . . . . . . ... ....... ...... ..
lowQualScore : 0 5 0 0 88 0 2 0 88 2 0 88888888 555555555555 0 55555 5 2 7777777777777 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 33 3 44444444 8 0 5555555555 5 2 22 0 5 2 2 3 3 3333 333333333333333333333333 333 5 0 555 55 00 5 5 00000 0 555 7 3 888888888888888888 2 0 66 0000 000 666 000 222222222222 0 0 0 0000000 0 44 4444 88 000 8 00 55 0 0 0 5 0 5 0 0000 7 88 5555555 55555 88 0 2 888 0 88888888888888888888888888888 0 00 6666 8888888 8 888 0 00 88 0 88 0000 00 88 8 0 00 00 888 6 8 00 2 0 22 00000000000 0000 0000 8 66 88 7 7 0 2 7 000000 2222 4 0 0 8 88 00 2 2 8 8 8888888888 2 0000 0000 00 00000 00 5 55 00 333 777 3 7 0 0 22222 222222 2 2 0 00000000 7 77777 7 777 5 22 4 4 4 0 0 0 99 5 11 0 99 4 7 7 333333 9 666 4 000 7 7 1111 7 99 99 99 0 4 22222 0 0 44 0 0 888888 111 2 7 7 7 7 3 222222222 7 33 333333 1 3 7 7 7 7 99 7 7 7 7 7 000 99 3 222 22 555555 7 0 7 7 22 3333 55 7 666666666 6 7 1 7 000 7 0000 7 44 99 0 5 6 6 7 111 1111 7 7 0 99 000 7 7 000 7 4 99 77777777 7 7 99 4 5 22 00000 3 7 7777 555555555555555555 88 2 22 8 55 3 7777777777 33 777 3 3 7 0 0 2 555 0000000 444444 99
consensus : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-AGGGGTATTG--GG---GAGGGGTTGCACGCAC-C------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAA-C--ATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA---AG-A-ATAGGACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TCTCT-CTCTC----CTCTCTCT----CT---T-----CTC-T-AT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCTTTCCCCGTCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-C-------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTGTTCTAAC-TTACAAACT-AACT------AATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAG-TACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAA--ACTGGG-G--GGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-AG--AAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGT-AAC-GGGA-CG----C---CC----ACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGANCAACAC-TTGT-T-A-TACG----CGATTT-TTTTAGT-TACAG-TATTTT-CAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ACGA-GTGATACCC-CATTAACGG-CCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTCTA-TGA-GGCCC-T---CCTC-T----TTCACACCTCCCC-TTTTTT-----T--GA-CA-----AATC-CC---GAATCCGCCA--CTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTC-CC-TCCA-GCA-ATA-TCAATC----A-GCTG--AATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACG---NT-G-CCATA-TATGA-TGTTTGG----T-ATGGT-TGG-A-AATGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-ATAT------T-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCAT-CGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGTC---CGCA-CG--GC--------CCC-CT-GT--CGGAAGG-CTTTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGACTGAATGGTCGCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AATGTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
Reference ( family-3500 ) : NCGCNTTTAGAATG-TANAT--AGGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-AGGGGTATTG--GG---GAGGGGTTGCACGCAC-C------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCTCTCTC-CTTC-TAA-C--ATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAANGCTTATTNAA---AG-A-ATAGGACGAATGGGG-GAGANCGCAATACTTC-TCTCT-CTCTC----CTCTCTCT----CT---T-----CTC-T-AT-TCTCT-CGTGTCGCATTCTNTCCCTCATACCTCTCCCTCACTCATCCCTCCTCGTACTCCTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGNCTCCTCTTTCCCCGTCTCT-CTCTCATCT--AATTCT-C-------GTATG-TGTG-ATCCTG----TTCT---CTCTGNTCTAAC-TTACAAAC--AAC-------AATAT-TGAAANGC----T--TTTCCACAGGGAC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CCAAG-TACTT---TGTTAGCTTTTTTTTAGNNTGTCCATNTANTNAANGGTTTCACAATTNAAGACAATAATGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCCCTAATGGGCCAGGGAGCAGCGA-------AGCGC-CC--GAAA--TCTNGACGAATTCTT--TANCAAAC---------GTT----GT-TG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACA--T---TTTTAATCAA--ACTGGG-G--GGG-TGGA-GGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-AG--AAAA--AGT--AAAAAAC--AAAATAGT-AAC-GGGA-CA----C---CC----ACC----CTACA-AATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGANCAACAC-TTGT-T-A-TACG----CGATTT-TTTTAGT-TACAG-TATTT--CAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ACGA-GTGATACCC-CATTAACGG-CCTAACATCCGGGG----CTTNNGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGC---TTTTGATT-CCAACTCAAACTTCCGGTCTA-TGA-GGCCC-T---CCTC-T----TTCACACTTCCCC-TTTTTT-----T--GA-CA-----AATC-CC---GAATCCGCCA--CTGCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTC-CC-TCCA-GCA-ATA-TCAATC----A-GCTG--GATTTGTTTTCAA-GT-ATTAGAATA-AACG---NT-G-CCATA-TATGA-TGTTTGG----T-ATGGT-TGG-A-AATGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAAT-AANTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-ATAT------T-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTCTTGTCCAT-CGGC--CTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGTC---CGCA-CG--GC--------CCC-CT-GT--CGGAAGG-CTTTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGACTGAATGGTCGCTGAAATGTACGTG-C-----GT-TCAGGCGAC-G-AATGTCACTGAA-AGGTCA-CTGAA-TGGTACC---TTT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGA
gi|1 : CGCTTTAAGAATG-CATAT--AGGTGTA-TTGT-CA-CTAAGAGG-AGGGGTATTG--GA---GGGGGGTTGCACACAC-CTTCACCACCC-AGTATTAGTCTTGTTTTCTCTCTCTCTTCATAA-TCTATCTCTCTCTCTCGTTTCTCTTCTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGATACTTACTA--GACATG-AC--------TTGTAAATGGAAGGTTATTGAA---AGGA-ATAG----AATGGGG-AAAAACCCAATACTTCATCTCTTCTCTTTATGCTCTCTCTTCTACT---TTTGCTCTC-T-CTCTCTCT-C-TCTCGCAT-CTCTCTCTCATATCTCTTCCTCATTCATTCCTCC--GTACTTCTCATC-TCT-TCTCTC-----CTCTCATCTCTTTTTTTCTCTTCTCTTCTCTAATCTT-AATTCT-CTCCTCTCGC-TG-TGTG-ATCCTG----TT-T---CGCTGTT--AA--TTACAAA---AACTAAATCTAACAT-TGATAAGC----T--TTTTCACCAGGAC-GAATGGGGAGAGGT--GCAAC---AAGATACTTA--TGTTAGCTTTTTTTTAATTTGTCCA-ATAGTTAATGGTTTT-TAATTAAAAACAATA-TGGCATTTTACACGTCTTGAAATTTTTTTTATTTTGATATTTAAGTCGAGTATTGGTGTTTCATGGCATTCC----TGGGCCAGGGA--AGCAA-------AGCGC-CTTGGAAA--TCTGGACGAATTCTT--TAACAGAC---------GTTTCGAGTAGG--TT----TTTTT-A--TTGATG---TCACAAACAGTT---TCTTAATCAA--ACTGGG-G--GTG-TGGA-GGAGGGGGACGCTC--AT-ACTAGAACTCGGCC-TTTGAAG--AAAA--AGT--AACAAACT-AAAATAAT-AA--GGGA-CA----C---CC----ACC----CTAC---ATAA-CC-CTCTTCCTTT--TGATCAACAC-TTGTAT-A-CATA----CATTTT-TCTTAGTATGCAGCTATTTTCCA--GGGTTC-TTGTGGTAAAAAAAGACAA-GTGATATCC-CATTAA-GC-CCTAA-ATCCGGGGGAAATTTAGGAGTTTGCTCCATTGGGTCGCCGCCTTTTTTGATTATCAACTCAAACTTCCAAGTTA-TGA-GGCCG-CGTACCTCGT----TTCACACACCCCTATTTTTTATATGT--GA-CA-----AATC-CC---GAATCCGCAACTCTGCT-T--ACGTCTAATGACGGATG-AATAAATACTGTCATA-TTACTAATATAGGTAATGTTT-CAGAGT-TTTAC-TAA---A--TTAAT-A-ACG-AA---TA-AAT-TTGGAAAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAATT---TTTATTC-CC-TC---GCA-ATACTCAATC----A-GCTGATAATTTGTTT--AA-GTAATTAGAATATAACGTA-TT-A-CCATA-TATGA-TGTTCGG----T-ACTGT-TGG-A-AATGG--T-AGAGCAACGT-AAT-TTT-TTCAAT--ATTC-TG--CAGAA--CTACC-T---TGGAA--AATTAAAATAAAATT--TTCTTTT----AAAATC-CTAT------T-CTAT-A-GAA-AT---GCAG-TAA-AGAGTAA-CTTAAAC-ACCTCTTTTGTTCCT-CGGA--CTTAATCTCCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGCAAGGTCT-GC-TGTC---CGAA-CG--GC--------CCG-CT-GT--CTGAAGG-C-TTGAAG--TTGAATAACTATTGATGTTTACCGC-GTGC-TTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAGCTGTGACTGAAATGTTG-TGAAATGTACGTG-C-----AT-TCAGGTGAT-G-AATGTCACTGAACAGGTCACCTGAAGTGGTACCGCGTGT-TC-G--TTTTA------ACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|10 : cCA---GT-G-TCATA-TACGAGTGTTTGG----TTATGGT-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-GAAGT-AAT-TTTTC---AT--ATTC-TG--CAGAA--CTAT--T---TGGAAT-GAATAAAATAAATTTCTTTCTTTTAA--AAAATC-ATAC------C-ATATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-ATAAT-A--TT--AC-ACCTCT-TTGTCCAT-CGGC--GTTA----TCTCTACAGA-TG-ACCATA--GGC---GTCT-GA-TGTC---CGCA-CG--GC--------GCC-CT-GT--TGGAAGG-CTTTGATG--TTGAAC--CT-TTGATGTTTACCGC-GT-C-TTTTTT
gi|11 : gT------T-TTATTA-GGG-ATTAAACAG-TAT-TAAAT-A-ATT--ACCACAT----TGTCAAT-CGAG--CTTC----TCACTACAAAATGCACC-----GTT---CTCT-GT-TTTC---CTCGGCG--AC--------GCC-CA-GT--CGGAA-G-CTTTGATGAATTGAAC--GT-TT-ATG-TTACCGC-A------CTGTTTTTTCGACTG----AAATTTGTTAGCTGAAG--GTGA-TGAATGGTCACTGA
gi|12 : t---TTTTGATT-C-AACCCAAACTTCCGGTCTA-TGA-AGCCC-T---CCCC-T----TTCA-ACTTCC----TTTTT-----T--GA-CA-----AATC-CC---GAATCTGCCA--CTGCT-T-AACGTCTAATGACGAAGA-AATAAA-A-TGCCATA-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--Atgca
gi|13 : ------TTGTAATTGAATGCTTTTTGAA---A------AGGACGATTGGGAAGAGGCTGCA------C-CCCCC-CCCCC----CTCTCTCT----CTCTAT-----CTC-TGAT-TCTCTGCATGTC
gi|15 : taactaactacatgactgtaattaattaca-------GTATGGTGTG-ACTCTGATCTTTCT---CTCTGGTCTAAT-TAACAAACT-AACT------AATAT-TGAAAGGC----T--TGTTCACAGG-AC-GAATGGGGAGAGGTTTGCACC-CC-AG-TACTT---TGTTAGCTTTTtctgt
gi|16 : gAATAATGGTAAT-TTT-C--AGA-TTTAC-T-ATTCA--TT--T-A-ACG-TA---TA-AAG-CTGGAAAATTG----T-AAG--T--C--GTAA-TAAATCGAA-T---TTTATTT-TC-TCCA-ACA-ATA-TCAATC----A-GCTG--AATTTa
gi|17 : CGCCTTTT---TG-TATATT-ACGTGTA-TTGTTCA-C--AGGGG-TGGGCTATTA--CGAATGAGGGGGTGCAC-------------CCC-AGTAT-------ACTCTCTCTCTC--------------TCTCTCTCTCT
gi|18 : ttaactt--AC-ACCTCT-TTGTCCAT-CGGC--CTTC----TCTCCATAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-CGTC---CGCA-CG--GC--------CCC-CT-GT--CGGAAGG-CTTTG
gi|19 : TTT-----T--GATCATCGAGAATC-TCAAGGAATCCGCCA--CTGCT-T-TACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGCCAT
gi|2 : TACTA--TACATGTACCT------TTGTAAATGAA-GCTTATTCAA---A------AGGATGAATGGGG-AAAAGCGCAATACTT
gi|2 : GTCTCT-CTCTCCTCTAGAAT--T-C-------GTATG-TGTGAATCACA----TTCT---CTCTCTGCTAAC-TTACAAACTAAAT-------AATAT-GAAAACGCCTTGT--TTTCCACAGGGACTGAATGTGGAGAGG-TTGCACC-C--AA-TACTT---TGTTAGCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaaCAGGGAGCAA--A-------GGCGC-CC--GAAAAATCTGGACGAATTCTT---ACCAAAC---------GTT----GT--G--TTGGGTTTTTT-A--TTGATG---GTACAAACA--T---TTTTAATCAAAGACTGGG-G--GGGATGGA-G--GGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC--TTG-AG--AAAA--AGT--AAACA----AAAATA-T-AACTGAGA-GC----C---CC----CCC----CTAC--AATAACCC-CTCTCCCCTTG--GATCAACACGTTGG-TAA-TACGCTGACAATTT-TTTTAGT-TATAG--ATTT----AGGGGTTCTTTGTGGTAAA-------GACGTGATACCC-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|2 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnT-T-AACCTCTAATGACGGA-A-TATAAA-A--GTCATA-TTACTAATAA-GGTAAT-TTT-C--AGTCTTTAC-T-A---AA-TTAATCATACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAAATG----C-GAG--T--CCCGTAAATAA-TCGAATT---TT-ATTC-CCCTCCA-GCA-ATA-TCAATC----AAGCTG--AAATTGTTTTCAA-GT-AT-AGAATA-AACG---ATTA-CCATA-TATGA-TGTTTGGGTAAT-A-GGTATGGCA-AATGG--TTAGAG-AAAGTTAATATTT-C---ATTAATTC-TG--CAGAA--C-ACC-TACTTGGACT-A-TTAAAATAAA--T--TTCTTTT----AAA--C-ATAT------TTCTATCAAGAA-AT---GCAG-TAACAGAAT-A-CTT--AC-ACCTCTTTTGTCCATTCGGC--CT-A----TCTCTACAA--TG-AC-AGACAGGC---GTCCCGT-TGTC---CGCAGCG--GC--------TCCACT-GT--CGGAAGG-CTTTGATG--TTGAAC--CT-TTG-TGTTT--CGCGGT-CTTTTTTTTTTTTCAACTG----AA------------AAG--GTGAC-GAATGGCCACTGAAATGTACGTGCC-----ATATCATGCGAC-GAAATGTCACTG-A-AGGTCA-CTGAA-AGGTACC---TTT-TC-AGTTTTTA------ACTGAAGGTCCTGGCTTCTTTACCTGacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaacctctaatgacggaatataaaagtcatattactaataaggtaattttcagtctttactaaattaatcatacgaataaagttggaaaaatgcgagtcccgtaaataatcgaattttattcccctccagcaatatcaatcaagctgaaattgttttcaagtatagaataaacgattaccatatatgatgtttgggtaataggtatggcaaatggttagagaaagttaatatttcattaattctgcagaacacctacttggactattaaaataaatttcttttaaacatatttctatcaagaaatgcagtaacagaatacttacacctcttttgtccattcggcctatctctacaatgacagacaggcgtcccgttgtccgcagcggctccactgtcggaaggctttgatgttgaacctttgtgtttcgcggtcttttttttttttcaactgaaaaggtgacgaatggccactgaaatgtacgtgccatatcatgcgacgaaatgtcactgaaggtcactgaaaggtaccttttcagtttttaactgaaggtcctggcttctttacctg
gi|20 : tactatacatgtacctttgtaaatgaagcttattcaaaaggatgaatggggaaaagcgcaatacttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaattctctctaaattcttaaagtctctctctcctctagaattcgtatgtgtgaatcacattctctctctgctaacttacaaactaaataatatgaaaacgccttgttttccacagggactgaatgtggagaggttgcacccaatactttgttagctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagggagcaaaggcgcccgaaaaatctggacgaattcttaccaaacgttgtgttgggttttttattgatggtacaaacatttttaatcaaagactgggggggatggaggggggacgctcgacactagatcggccttgagaaaaagtaaacaaaaatataactgagagcccccccctacaataacccctctccccttggatcaacacgttggtaatacgctgacaatttttttagttatagatttaggggttctttgtggtaaagacgtgatacccacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn-TGA-GGCCC-T---CCTC-T----TTCA-ACTTCCCC-TTTTCT-----TG-GA-CA-----AATT-CC---GAATCCGCCA--CTGCT-T-AAAGT
gi|21 : A-CTGAA-TGGTACC---TTT-CA-G--TTTTTTTTTTTACTGAAAGGTCTCGTTTCTT--CCTGT
gi|22 : tcgAG--T--C--GTAA-TAAGTCGAA-T---TTTATTC-CC-AACA-CCA-ATA-TCAATC----
gi|23 : --TTTTA------ATTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTG
gi|24 : tcagtG----T-ATG-T-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--Acatgt
gi|25 : TTTA------ACTGAAAGGTCTGGCTTTTT--CCTGTGA
gi|26 : TTA------ACTGAAAGGTCTGGTTTCTT--CCTGTGA
gi|3 : TTTAGAATGATAAAT--AGGTGTAATTGTTCAACG-AGGGG-AGGGGTATTC--AG---GAGGGGTTGGACCCACAC------ACCC-AGTATT----TTGTTCTCGC--------C-TAAGCA-ATCTC-CTCTCTCGa
gi|3 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcacACTAACTACATGTACCTAACACATTGTAAATGAAGGCTTATTCAACACAA-ATATGTGACGAATGGGC-GAGACCCTAATACT-C-TCTCT-CTCTC----CTCTCTCT----CT---T-----CTCAT-ATATCTCT-CGTGTCGTATTCTATCCCTC---CCTCTCCTTCACTC--CCCTCCTCATACTCTTCGTCATCTATCTCTCGCAACCTCTCGACTCCTC---CTCCGT---T-CTCTCATC------TCTGT-------GTATG-TGTA-CTTCTG----TCCT---CTCTGCTATAACTTTACAAAC--AA--------ACTAT-TGACATGC----TTATTTCCACAGGGAC-GAAATGGTAGAGGTTTGCACCTCCAAG-TGCTTTTGTGTTAGC---TTTTTAGAATGTCCATCTATTAAAAAGTTTCACAATTTAAGACAATAATGACAaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|3 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataTTCATG-TATTCTCTAATAGGCCATGGAGCAGCGACACAAAGAGCGCACC--GAAA--TTATGACGAAATCTTAATATCAAACCAGAAGGGAGCT----TT-TAATCT----TTTTT-AATTTGATATGTTCAAAAACA--TCTGTTTTAA--AA--ACTGGGTG--GGA-TGGA-GAAGTGGGACGCTCGTACGACTAAA--TCGGCCATTTG-AGAAAAAA--AGTAAAAAAAACGAAAAATAGTAAAC-GGGA-CA----CAATCC----ACCACAACTACA-AATAACCCGCTCCTCCCTTGTTGAACAACAC-TTG--T-A-TACG----atcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaattcatgtattctctaataggccatggagcagcgacacaaagagcgcaccgaaattatgacgaaatcttaatatcaaaccagaagggagcttttaatcttttttaatttgatatgttcaaaaacatctgttttaaaaactgggtgggatggagaagtgggacgctcgtacgactaaatcggccatttgagaaaaaaagtaaaaaaaacgaaaaatagtaaacgggacacaatccaccacaactacaaataacccgctcctcccttgttgaacaacacttgtatacgt
gi|4 : cctccctgtctgtccgcataaaacttaataatccttaagagcgcgtcactttagaatgataaataggtgtaattgttcaacgaggggaggggtattcaggaggggttggacccacacacccagtattttgttctcgcctaagcaatctcctctctcgaagagtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaggcataactaactacatgtacctaacacattgtaaatgaaggcttattcaacacaaatatgtgacgaatgggcgagaccctaatactctctctctctcctctctctcttctcatatatctctcgtgtcgtattctatccctccctctccttcactcccctcctcatactcttcgtcatctatctctcgcaacctctcgactcctcctccgttctctcatctctgtgtatgtgtacttctgtcctctctgctataactttacaaacaaactattgacatgcttatttccacagggacgaaatggtagaggtttgcacctccaagtgcttttgtgttagctttttagaatgtccatctattaaaaagtttcacaatttaagacaataatgacaatcagtaaattaatataataagtcattaggaaaaagaaaaataataatatgtgactcaataaaagtcttcggagattgtataattgtggtaaa-CTATCTCCTTG-TTGTC--CAC-TTGG-T-G-TCCA----CCACTT-TTTGGGT-TAC---TATTTT-CAGG---TTCTTTG-GGTGGT-----ACGC-GTG-TA-----ATCAACGGTCCTTAC-TCCGGC-----CTTTCGAGTT-GCTCC--TGGG--GCCGC---TTTTGATTTCCCATTT----TTCCCGTCTAATGACGGCCCCT---CCTC-TGGTACTCCTACCTTCCC-TTTTTT-----TTGGG-CA-------TCTCC---GACTCCGC-G--CTGCTGT-AACACGTTCTG-CGGCGC-AATAAA-ACTGC-ATACTTATTAGTAA---------TT-C--CGT-TTTCC-T-A---T--TTA-T-C-ACGCAACACTA-ACG-TTGGAA--TTGGTCACAGAGGCT--C---CGA-CAGCTCCACTCCCCTCTCTTC-CT-TCCACGCC-ACA-TACATCCTCTA-ACTG---ATTTGTTTTCAA-GT-CTTGAAATA-AACG---TA-T-ACATA-TATAG-TGTTTGG----T-ATG-T-TGG-A-A-TGG--T-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTCCTG--CAAAAAACTAC--T---TGGACT-AATT----TGAAATT----CTTTT----AGA-TT-A-AT------C-CTATCA-GAATGT---GCAGGTC---GAAT-A-CT---AC-AC---TCTTGTC-AT--GGCTTCTTA----TCTCTACAAA-TG-ACCAGA--GGC---GTCT-GT-TGTCTCTTGCC-CGAAGCCCCCCGCGCCC-CT-GTCGCGGAAGGCCTTTGA----TTAAAC-----TTGATGTTTACCGC-GT-C---TTTTTGTTTCAACTGAGGTAA------------GAG--G-GA-TGAA-GGTCACTGAAATGT--GTG-CCATTAGT-TCAG--GACTG-AA--TCACTGAAGAGGTCA-CTGAA-TGG-ACT---TTCATCAG--TTTTC------ACTGAAAGGTCTGGCTTCTT--CCTGTGt
gi|5 : ccta--TT----TTTTT-A--TTGATG----CACAAATA--T---TTTTAATCAA--ATTGGG-G--TGG--GGATGGAGGGGGACGCTCG-AC-ACTAGA--TCGGCC-TTTG-AG--AAAA--AGT----AAAAC--AAAATAGT-AAT-GGGA-TGCTACC---CC----ACC----CT--A-GATAACCC-CTCTCCCCTTG-TGAACAACAC-TTGT-T-A-TACG----TGATTT-GTTTAGT-TACAG-TATTT--CAGGGGGTTCTTTGTGGTAAA-----ta
gi|5 : tCT-T-AACGTCTAATGACGGAGA-AATAAA-A-TGTCATG-CTACTAATAAAGGTAAT-TTTTC--AGT-TTTAC-T-A---A--TTAAT-T-ACG-AA---TA-AAG-TTGGAAAATCT----C-GAG--T--C--ATAA-TAAATCGAA-----TTTATTT-CC-AACA-GCA-A-A-TCAATC----A-GCTG--GATTTG-TTTCAA-GC-ATTAAGATA-AACG---cagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacttaacgtctaatgacggagaaataaaatgtcatgctactaataaaggtaatttttcagttttactaattaattacgaataaagttggaaaatctcgagtcataataaatcgaatttatttccaacagcaaatcaatcagctggatttgtttcaagcattaagataaacg
gi|6 : ttttttttattgatgcacaaatatttttaatcaaattggggtggggatggagggggacgctcgacactagatcggcctttgagaaaaagtaaaacaaaatagtaatgggatgctaccccaccctagataacccctctccccttgtgaacaacacttgttatacgtgatttgtttagttacagtatttcagggggttctttgtggtaaacagatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaG-TGTG--TCTTG----TTCTTTCCTCTG-TCTA-C-TTACAAAC--AAC-------AATATGTGAAAA-C----T--GTTC-ACAGGGAC-AGATGGGGAGAAGGTTGCACA-C--AG--ACTT---TGTTAGCTTTT
gi|6 : GCAA-------AGCGC------GAT--TCTTGGCGA-TCCTA--CAACAAGA---------GT-----GT-TG--TT----TTTTTTA--TTGATG---TAGCAAAC---C---TTTTAATCAA---CTGGG-GTGGGA-TGGA-GG----GGACGCGCG--C-A-TAGA--TAGGCT-TT---AG--AAAATCAGT--AAACAAT--ACTGTTGT-AAC-GGGATCA----C---CCCCACACC----CTACAGAATA--CC-CTCTCCCTGTG-TGAACA-CAC-T-GT-A-AATACG----TGGCTTCTTTTGTT-TATAG-TATTT--CAGGAGGTTCTTTGTGGTAAA-----AAGA-GTGATTCCTACATTAATAG-CCTAACATCCGGGG----aaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcaaagcgcgattcttggcgatcctacaacaagagtgttgttttttttattgatgtagcaaaccttttaatcaactggggtgggatggaggggacgcgcgcatagataggctttagaaaatcagtaaacaatactgttgtaacgggatcacccccacaccctacagaataccctctccctgtgtgaacacactgtaaatacgtggcttcttttgtttatagtatttcaggaggttctttgtggtaaaaagagtgattcctacattaatagcctaacatccgggg
gi|7 : gtgtgtcttgttctttcctctgtctacttacaaacaacaatatgtgaaaactgttcacagggacagatggggagaaggttgcacacagactttgttagcttttaaattgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggCACCCCCCC-TTTTTT-----C--GA-CA-----AATC-CC---GAATCCCCCA--CTGTT-T-AACGCCT-ATAGTGAGGATAATTGA-A-TGCCATG--TACTAATAAAGGTAA--TTT-C--A---TTTAC-T-A---A--TTATT-A-ACGAAA---TA-CAG-T--GAGAATTG----C-GAG--T--C--GTAA-TAAGTAGAA-T---TTTAT---CC-TCCA--CAGATA-TCAATC----C-ACT---GATTTGGTTTCAACGT-ATTAG-ATATAACT---TT-G----TA-TATG--TGTTTGG----T-ATGGT-----G-AATGG--T-AGAA-GAAGT-CAT-TTT-C---AT--ATTC-GG----AAA--CTACC-C---TGGAATAAAGTAAAAT--AATT--TTCTTTT----AAAA-C-ATG-------T-CTAT-A-G-A-AT---GCAG-TA----ATT-A-CTT--TA-A--TCTCTTGTC--T-CGG---CTTA----TCTCTAC-AA-TG-AGC-GA--GGC---GTCT-GTGTGTC---CG-A-CG--GA--------CAG-CTGGT--CGAAAGGATTTTGATG--TTGAAC--TT-GTGATGTTT-CCGC-GT-C-TTTTTT
gi|8 : ctaacatccgggggaagCGCGTTTAGAATG-TAAATGCAGGTGTA-TTGTTCA-C--AGTGGTAGGGGTATTGATGG---GAGAGGTTGCACGCCA-C------ACCCCAGTATT----TTGTT-TCTCTCTC-CTTC-c
gi|9 : caggatatattggtaaaatcatttacccccccctccccttctgcctatggaggaaataccaaattccgacttgttaaaattgaacatttattatatgtgggggggggcatgcttcttcgtgttaatctattaagactaaaaaaatcgggttatttttctggcaatcggtcaagaatctaaattgtatttcggattgaaaatcatgtttgattttatgcctgaaatgtaaatccaaactttttcaatttttttttgatgatagactaacatgcaagcagtatagaggggcccaatcgaccccccccccttctccctttttaaaactaaatagattaaatgtcattTGCT-TTAACGTCTAGTGACGGAGA-AATAAA-T-TGCCATG-TTACTAATAAAGGTAAT-TTT-C--AGTATTTACTT-A---ATGTCATT-A-ACG-AA---TACAAGTTTGCAAAATTG----C-GAG--TAAC--GTAATTAAGTCGAA-----TTTATTCTCT-TCCA-GCA-ATA-TCAAT-----A-GCTG--AATTTGTTTCAAA-GT-ATTAGAATA-AAAGTGACT-GCCCATATTATGA-TGTTTGG----G-ATGGT-TGG-ATATTGGCTT-AGAG-AAAGT-AAT-TTT-C---AT--ATTCATGGTTAGAA--CTACCTT---TGGAAT-AAATAAAATAAA--T--TTCTTTTAAAAAAAATCTATATGTTACAT-CTATCA-GAA-AT---GCAG-TAA-ATAAT-AGCTT--AC-ACCTCTCTTGTCCc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGCTTCTTCCTGTG