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Reference ( gi|2 )            :                   GAAAACT---AGT-GCC-ATAAAGATAAT-AAAACC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGCT-GATAACAAG------------ATT-------------ACACTGGAAAATGGGCTGAA-TGGGAAAATATCTTATCATC--GC-GGTTGATGACATACAAGCGAC-AATTCATTACGTCTACTGTGCC-TAAAGTACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTCCCAGTATCCATGAAAATGCCAGAGTATA---CCACTTG-TT-TT-GCTACCAAATAAAACCCTAGATTATTCTAAAAATAAAACAAAAACTTTTTAAGTAATGGCACATCTTTCAGAGATTTCTTTGTTCTGAACAAATGTAATAAAAATTCAGAGGATATGCTCAAA-TCGATCAAACTGCTCGAA--AATCATAAAGTGCAAGTAGATCCCTGGTGATATAGATTTGCATGCA--GAGAGACAAAAA---TTCAGTCTATTGATAAATTAAGT--------TC-----CATAACCTTGTATCACACCGCTGAAACATTTAATTGGTGTAGAGTCAAGTGAATGCTGTGGTACATAGCTGGTAGGAGCCATGTACATGTATTTCTAACTCCT-ACAACAT
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gi|12                         :      tttaatttttgatgtAAATT----GT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAATC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGCT-GATAACAGATTTAATCTGTC-ATT-------------ACACTGAAAACTGAGCTGAA-TGGGAA---ATC-TATCATG--GC-GGCTGATGA-GTACAAGCGAC-AATTCATTACGGCTGTT-TGCT-T-ATGCACTAAATGGTTGTAC--AGTAACACTTTCTAattaattttgtcatttacactgaatatcatggcagctgatga
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8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-350 )      :        GAAAACT---GGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAACC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGCTGA-TAACAAG-TTT--A-------AT-------TTACACT-GAAAACTGAGCTGAATGGGAAAATCTCTTATCAT--GGCGG-CTGATGACGTACANGCGGC-AATTCATTACGGCTGCTGTGCC-TAAAGCACTANATGGTTGTAT--AGTAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCAGAGTATAC-CCCCTTG-TT-TT-GTCACCAAATAAAACCCTA--GA--ATTCTNAAAATAAAGCAAAAACTTTTAAAGTACTGGCACATCCTCCAGAGATTTCNTTGTTCTGCAGAAATGTAATAAAAGTTAAGGGGGTATGCTCAAAGGTAACCAAGNTGCTGGANTAGATTGCANNGTNCAAATNNGCTNCCGATGAGGNAGATTTGCACGCAAAGAGAGAGAAAAAAATCTCAATCTNTTGATAAATGAAATCAATCAATTCAATATCATAACCTCCTATCTCACCGCTGAAACACTTAATTAGTGTAGGGTCAAGTGATTTTCCAGGTATTTTGCTGGTAGGAGTCATATAT-----TTTCTAGCTCCTGACA
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gi|12                         :       catAAATT---G-T-ACC-ATAAAGATAAC-AAAATC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGCTGA-TAACAGA-TTT--A-------ATCTGTCA-TTACACT-GAAAACTGAGCTGAATGGG-AAATC---TATCAT--GGCGG-CTGATGA-GTACAAGCGAC-AATTCATTACGGCTGTT-TGCT-T-ATGCACTAAATGGTTGTAC--AGTAACACTTTCTAAtgagcgcaatttaaaagaatgtcacaatgcccacaagtgcgtccaggtttattattcacctgccattttcatcaatccatcccaaattgctggtattttcagttgaagcctcagctaataatgatgaattaaatatcatcactcagcgacaactgtccggaatacattatcaccaaatggcattgtgggaaatattttcgtttaagggcagcctccagcagctgatatgtaactccatctaaaagctgatttcgatgcaagtgattacaatcagatgacaataaccagtggaattaatcaataacaatttattatttgaaatagggtattataattgaagacctt
gi|13                         :           ggaatgtgGT-ACCTATAAAGCTAAC-AAAACCAGTAAGCATAGA-AAGCTAATTGCAGTTAAATAACAAG-TTT--AGCCTATTAT-------TTGCACT-GAA--------T---TGGCAGAATATCGTACTAT--GGCGGGCTGATGACGTACATGCGGCGAATTCATTATGGTTGTTGTGCT-T
gi|14                         :       tGAAAACTTCGGGTTACC-ATAAAGATAACAAAAACC--TA-GCA-GGAG-AACT-ATT-----TGA-T--TAAT-TTT--GTC-----AT-------TTACACT-GAA-------------------------TATCAT--GGCAG-CTGATGA
gi|16                         :                                                                                             tttaatttttgatgtCACT-GAAAACTGAGGTGAAT-------------ATCAT--GGCGG-ATGATTACGCGCAGGCGGC-AATTCATTACGGCTGTTGTGCTATAAA
gi|2                          :        GAAAACT---AGT-GCC-ATAAAGATAAT-AAAACC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGCTGA-TAACAAG--------------AT-------T-ACACT-GGAAAATGGGCTGAATGGGAAAATATCTTATCAT--CGCGG-TTGATGACATACAAGCGAC-AATTCATTACGTCTACTGTGCC-TAAAGTACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTCCCAGTATCCATGAAAATGCCAGAGTATA--CCACTTG-TT-TT-GCTACCAAATAAAACCCTA--GATTATTCTAAAAATAAAACAAAAACTTTTTAAGTAATGGCACATCTTTCAGAGATTTCTTTGTTCTGAACAAATGTAATAAAAATTCAGAGGATATGCTCAAA-TCGATCAAACTGCTCGA--AAATCATAAAGTGCAAGTAGATCCCTGGTGATATAGATTTGCATGC----AGAGAGACAAAAAT-TCAGTCTATTGATAAATTAAGT---TC----------CATAACCTTGTATCACACCGCTGAAACATTTAATTGGTGTAGAGTCAAGTGAATGCTGTGGTACATAGCTGGTAGGAGCCATGTACATGTATTTCTAACTCCT-ACAttagat
gi|4                          :        GAAAACT---GGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAAGC--TA-GCATGGAGAACCTTATTGTAACTGA-TAACAAG-TTTTAATCTGTC-AT-------TTACACT-GAAAACTGAGCTGAATGGGGAAATCTCTTATCAT--GGCGG-CTGATGACGTACAAGCGAC-AATTCATTACGGCTGCTGTACC-CATAGCACTATTTAGTTGTAT--AGTAACACTTTCCAAT----------ATGCCAGAGTATA--CCTCTTG-TTATT-GTTACCAAATAAAACCCTA--GA--AATCTCAAAATAAAGCAAAAACTTTTAAAGTACTTGCACATACTCCAGAGacat
gi|5                          : tatttaattttgatatgtGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAACC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGTTGA-TAACAAG--------------AT-------T-ACACTTGAAAA-TGGGCTGAACGGGAACATCTCTTATCATATGGCGA-CTGATGACGTTCAGGCGAC-AATTCATTACGTCCGCTGTGCC-TAAAGTACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTCCCAATATCCATGAAAATACCAGAGTATAC-CCCCAC--TT-TT-TTTACCAAATAAAACCCTA--GATTATTCTAAAAATGAAGCAAAAACGTTTAAAGTACTGGTACATCTTCCAGAGATTTCATTGTTC
gi|8                          :        GAAAAAT---GGT-ACC-ATACAGAGAAC-AAAACG--TG-GCATGGAGAAAGTAATTGCAGCCGA-TAACAAGATTT--A-------ATCTGCCATTTACATT-GAAAAC--AGTTGAATGGGATAATCTCTTATCAT--GGCGG-CTGATGACGTGTATGAGGC-AATTCATTACGGCTGCTGTGCC-AATAGCACTAAATGG--GTATTAAGTAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCACGGTATA--CCCCTTGTTT-TT-GTCACCAAATGAAACCCTC--GA--ATTCTTAGAATA
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|6 ): TTCCTCTGTCTATTTGATCTCCTCCCAAATCACTAATTTCTTGTTTTCAGTTGAAGCTGCTAATAATTCCCTTTTCATTATTACCCATGCGTTCATATGATATAATTTGCAGTCAGACTGATCGACTGCAATTGTCCGTATACAAATCATCACCAATGATAATGTGGGAAATATATAAAAAGCAGCCATAACTTCATTTGCAAAATTGGCAACCTCCAGCAGCTGATTACTGTAGCTATATTTAATAGCGATTTTCTACACAACTTGTGATAACAATTAGATGGAAAATGACCTGT
Unaligned ( gi|7 ): TTCCTCTGTCATTTTGATCATCCATCCCAAATCACTAACCATGTTTTCAGTGAAGCTGCTAATAATTTCTTTCATTATACCCATGCTCATATTGATATAATTTGCGTCAGACATGATGGACTGCAATTGTCAGTATACATCATCACCGATGATATTGTGGGAAAATATATAAAAGAGCCATCAACTTCATTTTGCAAAATCGGCAACCTCCAGGCAGCTTGATTTGTAGCTATATTTAATAGCCGATTTCTACAGCACTGATAACAATTAGATGGTAAAATGACCTGT
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Reference ( family-350 )      :        GAAAACT---GGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAACC--T-AGCATGGAGAAACTAATTGCAGCT-GATAACAAG-TTT--A------CATTTACACTGAAAACTGAGCTGAATGGGAAAATCTCTTATCAT--GGC-GGCTGATGACGTACANGCGGC-AATTCATTACGGCTGCTGTGCC-TAAAGCACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCAGAGTATA--CCCCTTG-TT-TT-GTTACCAAATAAAACCCTAGATTATTCTNAAAATAAAGCAAAAACTTTTAAAGTACTGGCACATCCTCCAGAGATTTCTTTGTTCTGNANAAATGTAATAAAAGTTNAGGGGGTATGCTCAAAGNTAATCAAACTGCTGGATAGATCGTAAAGTGCAAATAGACTCCCGATGAGANAGATTTGCACGCAGAGAGAGAAAAAAA-TTCAATCTATTGATAAATNAAGTCAATCAATTCAATATCATAACCTCGTATCNCACCGCTGAAACACTTAATTGGTGTAGGGTCAAGTGANTNCCGNGGTACNTNGCTGGTAGGAGCCATGTACATGTATTTCTAGCTCCTGACA
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gi|13                         :           ggaatgtgGT-ACCTATAAAGCTAAC-AAAACCAGTAAGCATAGA-AAGCTAATTGCAGTTAAATAACAAG-TTT--AGCCTATTATTTGCACTGAA---T--------TGGCAGAATATCGTACTAT--GGCGGGCTGATGACGTACATGCGGCGAATTCATTATGGTTGTTGTGCT-T
gi|14                         :       tGAAAACTTCGGGTTACC-ATAAAGATAACAAAAACC--T-AGCA-GGAG-AACT-ATT-----T-GAT--TAAT-TTT--GT-----CATTTACACTGAA-------------------------TATCAT--GGC-AGCTGATGA
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gi|2                          :        GAAAACT---AGT-GCC-ATAAAGATAAT-AAAACC--T-AGCATGGAGAAACTAATTGCAGCT-GATAACAAG--------------ATT-ACACTGGAAAATGGGCTGAATGGGAAAATATCTTATCAT--CGC-GGTTGATGACATACAAGCGAC-AATTCATTACGTCTACTGTGCC-TAAAGTACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTCCCAGTATCCATGAAAATGCCAGAGTATA--CCACTTG-TT-TT-GCTACCAAATAAAACCCTAGATTATTCTAAAAATAAAACAAAAACTTTTTAAGTAATGGCACATCTTTCAGAGATTTCTTTGTTCTGAACAAATGTAATAAAAATTCAGAGGATATGCTCAAA-TCGATCAAACTGCTCGA-AAATCATAAAGTGCAAGTAGATCCCTGGTGATATAGATTTGCATGC--AGAGAGACAAAAA-TTCAGTCTATTGATAAATTAAGT---TC----------CATAACCTTGTATCACACCGCTGAAACATTTAATTGGTGTAGAGTCAAGTGAATGCTGTGGTACATAGCTGGTAGGAGCCATGTACATGTATTTCTAACTCCT-ACAttagat
gi|4                          :        GAAAACT---GGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAAGC--T-AGCATGGAGAACCTTATTGTAACT-GATAACAAG-TTTTAATCTGT-CATTTACACTGAAAACTGAGCTGAATGGGGAAATCTCTTATCAT--GGC-GGCTGATGACGTACAAGCGAC-AATTCATTACGGCTGCTGTACC-CATAGCACTATTTAGTTGTAT--AGTAACACTTTCCAAT----------ATGCCAGAGTATA--CCTCTTG-TTATT-GTTACCAAATAAAACCCTAGA--AATCTCAAAATAAAGCAAAAACTTTTAAAGTACTTGCACATACTCCAGAGacat
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gi|8                          :        GAAAAAT---GGT-ACC-ATACAGAGAAC-AAAACG--T-GGCATGGAGAAAGTAATTGCAGCC-GATAACAAGATTT--AATCTGCCATTTACATTGAAAAC--AGTTGAATGGGATAATCTCTTATCAT--GGC-GGCTGATGACGTGTATGAGGC-AATTCATTACGGCTGCTGTGCC-AATAGCACTAAATGG--GTATTAAGTAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCACGGTATA--CCCCTTGTTT-TT-GTCACCAAATGAAACCCTCGA--ATTCTTAGAATA
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Reference ( family-350 )      :        GAAAACT---GGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAACC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGCTGA-TAACAAG-TTT--ANCC--T--CATTTACAC-TGAAAACTGAGCTGAATGGGAAAATCTCTTATC--ATGGCGG-CTGATGACGTACANGCGGC-AATTCATTACGGCTGCTGTGCC-TAAAGCACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCAGAGTATA--CCCCTTG-TT-TT-GTTACCAAATAAAACCCTAGATTATTCTNAAAATAAAGCAAAAACTTTTAAAGTACTGGCACATCCTCCAGAGATTTCTTTGTTCTGNANAAATGTAATAAAAGTTNAGGGGGTATGCTCAAAGNTAATCAAACTGCTGGATAGATCGTAAAGTGCAAATAGACTCCCGATGAGANAGATTTGCACGCAGAGAGAGAAAAAAA-TTCAATCTATTGATAAATNAAGTCAATCAATTCAATATCATAACCTCGTATCNCACCGCTGAAACACTTAATTGGTGTAGGGTCAAGTGANTNCCGNGGTACNTNGCTGGTAGGAGCCATGTACATGTATTTCTAGCTCCTGACA
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gi|12                         :       catAAATT---G-T-ACC-ATAAAGATAAC-AAAATC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGCTGA-TAACAGA-TTT--AATCTGT--CA-TTACAC-TGAAAACTGAGCTGAATGGG-AAATC---TATC--ATGGCGG-CTGATGA-GTACAAGCGAC-AATTCATTACGGCTGTT-TGCT-T-ATGCACTAAATGGTTGTAC--AGTAACACTTTCTAAtgagcgcaatttaaaagaatgtcacaatgcccacaagtgcgtccaggtttattattcacctgccattttcatcaatccatcccaaattgctggtattttcagttgaagcctcagctaataatgatgaattaaatatcatcactcagcgacaactgtccggaatacattatcaccaaatggcattgtgggaaatattttcgtttaagggcagcctccagcagctgatatgtaactccatctaaaagctgatttcgatgcaagtgattacaatcagatgacaataaccagtggaattaatcaataacaatttattatttgaaatagggtattataattgaagacctt
gi|13                         :           ggaatgtgGT-ACCTATAAAGCTAAC-AAAACCAGTAAGCATAGA-AAGCTAATTGCAGTTAAATAACAAG-TTT--AGCC--TATTATTTGCAC-TGAA--------T---TGGCAGAATATCGTACT--ATGGCGGGCTGATGACGTACATGCGGCGAATTCATTATGGTTGTTGTGCT-T
gi|14                         :       tGAAAACTTCGGGTTACC-ATAAAGATAACAAAAACC--TA-GCA-GGAG-AACT-ATT-----TGA-T--TAAT-TTT--G-----T--CATTTACAC-TGAA-------------------------TATC--ATGGCAG-CTGATGA
gi|16                         :                                                                                        tttaatttttgatgtCAC-TGAAAACTGAGGTGAAT-------------ATC--ATGGCGG-ATGATTACGCGCAGGCGGC-AATTCATTACGGCTGTTGTGCTATAAA
gi|2                          :        GAAAACT---AGT-GCC-ATAAAGATAAT-AAAACC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGCTGA-TAACAAG------A-----------TTACAC-TGGAAAATGGGCTGAATGGGAAAATATCTTATC--ATCGCGG-TTGATGACATACAAGCGAC-AATTCATTACGTCTACTGTGCC-TAAAGTACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTCCCAGTATCCATGAAAATGCCAGAGTATA--CCACTTG-TT-TT-GCTACCAAATAAAACCCTAGATTATTCTAAAAATAAAACAAAAACTTTTTAAGTAATGGCACATCTTTCAGAGATTTCTTTGTTCTGAACAAATGTAATAAAAATTCAGAGGATATGCTCAAA-TCGATCAAACTGCTCGA-AAATCATAAAGTGCAAGTAGATCCCTGGTGATATAGATTTGCATGC--AGAGAGACAAAAA-TTCAGTCTATTGATAAATTAAGT---TC----------CATAACCTTGTATCACACCGCTGAAACATTTAATTGGTGTAGAGTCAAGTGAATGCTGTGGTACATAGCTGGTAGGAGCCATGTACATGTATTTCTAACTCCT-ACAttagat
gi|4                          :        GAAAACT---GGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAAGC--TA-GCATGGAGAACCTTATTGTAACTGA-TAACAAG-TTTTAATCTG-T--CATTTACAC-TGAAAACTGAGCTGAATGGGGAAATCTCTTATC--ATGGCGG-CTGATGACGTACAAGCGAC-AATTCATTACGGCTGCTGTACC-CATAGCACTATTTAGTTGTAT--AGTAACACTTTCCAAT----------ATGCCAGAGTATA--CCTCTTG-TTATT-GTTACCAAATAAAACCCTAGA--AATCTCAAAATAAAGCAAAAACTTTTAAAGTACTTGCACATACTCCAGAGacat
gi|5                          : tatttaattttgatatgtGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAACC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGTTGA-TAACAAG------A-----------TTACACTTGAAAA-TGGGCTGAACGGGAACATCTCTTATCATATGGCGA-CTGATGACGTTCAGGCGAC-AATTCATTACGTCCGCTGTGCC-TAAAGTACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTCCCAATATCCATGAAAATACCAGAGTATA--CCCCCAC-TT-TT-TTTACCAAATAAAACCCTAGATTATTCTAAAAATGAAGCAAAAACGTTTAAAGTACTGGTACATCTTCCAGAGATTTCATTGTTC
gi|8                          :        GAAAAAT---GGT-ACC-ATACAGAGAAC-AAAACG--TG-GCATGGAGAAAGTAATTGCAGCCGA-TAACAAGATTT--AATC--TGCCATTTACAT-TGAAAAC--AGTTGAATGGGATAATCTCTTATC--ATGGCGG-CTGATGACGTGTATGAGGC-AATTCATTACGGCTGCTGTGCC-AATAGCACTAAATGG--GTATTAAGTAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCACGGTATA--CCCCTTGTTT-TT-GTCACCAAATGAAACCCTCGA--ATTCTTAGAATA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                               catttaattttgatatgtTGTAC--AGCAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCAGAGTATATACCCCTTG-TT-TTTGTCACCAAATAAAACACTACAGAATTC-GAAAATAAAGCAAAAACTT----AACACTGGCAAATCCTCCAGAGATTTCTTTGTTCTGCAGAAATGTAATAAAAGTTAAGGGGGTATGCTCAAAGGTAACCAAGCTGCTGGATA-ATTGCACAGTGCAAATAGGCTACCAATGAGAAAGATTTGCATGCAGAGAGAGAAAAAAATTTCAATCTATt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|6 ): TTCCTCTGTCTATTTGATCTCCTCCCAAATCACTAATTTCTTGTTTTCAGTTGAAGCTGCTAATAATTCCCTTTTCATTATTACCCATGCGTTCATATGATATAATTTGCAGTCAGACTGATCGACTGCAATTGTCCGTATACAAATCATCACCAATGATAATGTGGGAAATATATAAAAAGCAGCCATAACTTCATTTGCAAAATTGGCAACCTCCAGCAGCTGATTACTGTAGCTATATTTAATAGCGATTTTCTACACAACTTGTGATAACAATTAGATGGAAAATGACCTGT
Unaligned ( gi|7 ): TTCCTCTGTCATTTTGATCATCCATCCCAAATCACTAACCATGTTTTCAGTGAAGCTGCTAATAATTTCTTTCATTATACCCATGCTCATATTGATATAATTTGCGTCAGACATGATGGACTGCAATTGTCAGTATACATCATCACCGATGATATTGTGGGAAAATATATAAAAGAGCCATCAACTTCATTTTGCAAAATCGGCAACCTCCAGGCAGCTTGATTTGTAGCTATATTTAATAGCCGATTTCTACAGCACTGATAACAATTAGATGGTAAAATGACCTGT
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Reference ( family-350 )      :        GAAAACT---GGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAACC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGCTGA-TAACAAG-TTT--A-CC--T--CATTTACAC-TGAAAACTGAGCTGAATGGGAAAATCTCTTATC--ATGGCGG-CTGATGACGTACANGCGGC-AATTCATTACGGCTGCTGTGCC-TAAAGCACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCAGAGTATA--CCCCTTG-TT-TT-GTTACCAAATAAAACCCTAGATTATTCTNAAAATAAAGCAAAAACTTTTAAAGTACTGGCACATCCTCCAGAGATTTCTTTGTTCTGNANAAATGTAATAAAAGTTNAGGGGGTATGCTCAAAGNTAATCAAACTGCTGGATAGATCGTAAAGTGCAAATAGACTCCCGATGAGANAGATTTGCACGCAGAGAGAGAAAAAAA-TTCAATCTATTGATAAATNAAGTCAATCAATTCAATATCATAACCTCGTATCNCACCGCTGAAACACTTAATTGGTGTAGGGTCAAGTGANTNCCGNGGTACNTNGCTGGTAGGAGCCATGTACATGTATTTCTAGCTCCTGACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAGATAATCAAAATGCTGAATAGAT-GTAATATTTAAATTTACTCCTGATGAGGCAGATTTGCACGCAAAGAGAGAAAAAAA-C-CAATCTTTTGATAAATGAAATCAATCAATTCAATATCATAACCTCCTATCTCACCGCTGAAACACTTAATTAGTGTAGGGTCAAGTGATTTTCCAGGTATTTTGCTGGTAGGAGTCATATAT-----TTTCTAGCTCCTGACA
gi|12                         :       catAAATT---G-T-ACC-ATAAAGATAAC-AAAATC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGCTGA-TAACAGA-TTTA-A-TCTGT--CA-TTACAC-TGAAAACTGAGCTGAATGGG-AAATC---TATC--ATGGCGG-CTGATGA-GTACAAGCGAC-AATTCATTACGGCTGTT-TGCT-T-ATGCACTAAATGGTTGTAC--AGTAACACTTTCTAAtgagcgcaatttaaaagaatgtcacaatgcccacaagtgcgtccaggtttattattcacctgccattttcatcaatccatcccaaattgctggtattttcagttgaagcctcagctaataatgatgaattaaatatcatcactcagcgacaactgtccggaatacattatcaccaaatggcattgtgggaaatattttcgtttaagggcagcctccagcagctgatatgtaactccatctaaaagctgatttcgatgcaagtgattacaatcagatgacaataaccagtggaattaatcaataacaatttattatttgaaatagggtattataattgaagacctt
gi|13                         :           ggaatgtgGT-ACCTATAAAGCTAAC-AAAACCAGTAAGCATAGA-AAGCTAATTGCAGTTAAATAACAAG-TTT--AGCC--TATTATTTGCAC-TGAA--------T---TGGCAGAATATCGTACT--ATGGCGGGCTGATGACGTACATGCGGCGAATTCATTATGGTTGTTGTGCT-T
gi|14                         :       tGAAAACTTCGGGTTACC-ATAAAGATAACAAAAACC--TA-GCA-GGAG-AACT-ATT-----TGA-T--TAAT-TTT--G-----T--CATTTACAC-TGAA-------------------------TATC--ATGGCAG-CTGATGA
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gi|5                          : tatttaattttgatatgtGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAACC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGTTGA-TAACAAG------A-----------TTACACTTGAAAA-TGGGCTGAACGGGAACATCTCTTATCATATGGCGA-CTGATGACGTTCAGGCGAC-AATTCATTACGTCCGCTGTGCC-TAAAGTACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTCCCAATATCCATGAAAATACCAGAGTATA--CCCCCAC-TT-TT-TTTACCAAATAAAACCCTAGATTATTCTAAAAATGAAGCAAAAACGTTTAAAGTACTGGTACATCTTCCAGAGATTTCATTGTTC
gi|8                          :        GAAAAAT---GGT-ACC-ATACAGAGAAC-AAAACG--TG-GCATGGAGAAAGTAATTGCAGCCGA-TAACAAGATTT--AATC--TGCCATTTACAT-TGAAAAC--AGTTGAATGGGATAATCTCTTATC--ATGGCGG-CTGATGACGTGTATGAGGC-AATTCATTACGGCTGCTGTGCC-AATAGCACTAAATGG--GTATTAAGTAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCACGGTATA--CCCCTTGTTT-TT-GTCACCAAATGAAACCCTCGA--ATTCTTAGAATA
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-350 )      :        GAAAACT---GGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAACC--TA-GCATGGAGAAACTAATTGCAGCTGA-TAACAAG-TTT--A-TC---T--CATTTACAC-TGAAAACTGAGCTGAATGGGAAAATCTCTTATC--ATGGCGG-CTGATGACGTACANGCGGC-AATTCATTACGGCTGCTGTGCC-TAAAGCACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCAGAGTATA--CCCCTTG-TT-TT-GTTACCAAATAAAACCCTAGATTATTCTNAAAATAAAGCAAAAACTTTTAAAGTACTGGCACATCCTCCAGAGATTTCTTTGTTCTGNANAAATGTAATAAAAGTTNAGGGGGTATGCTCAAAGNTAATCAAACTGCTGGATAGATCGTAAAGTGCAAATAGACTCCCGATGAGANAGATTTGCACGCAGAGAGAGAAAAAAA-TTCAATCTATTGATAAATNAAGTCAATCAATTCAATATCATAACCTCGTATCNCACCGCTGAAACACTTAATTGGTGTAGGGTCAAGTGANTNCCGNGGTACNTNGCTGGTAGGAGCCATGTACATGTATTTCTAGCTCCTGACA
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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blockSeqs                     :               TCG   T   T           A      AG  A             A           A       TTTTAATCTGTCAT           T    AACTGA G        AGAATATCG    AT       G             T     G                      A          T          TA                                       TA       T  A  T                     TT    TC                  TTA                                     C G                A                GG                T A  C                            T            AG             TTT                T    TC                      G    A                                     A G  GT     A A                   ATGTA            .
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|11 ): GATGGTATTGTGGGAAATATCAAAAAGAGTGATAACTTATATCTTGCAAAATGGCAGCCTCTAACAGCTGTTGTGTAGCTATATTTAATAGCTGATTTCTACATAACTGATAACAAATAGATGGAAATGACCAGTGGAATTAATTACTAACAATTAAATATTTGAAATTTATAAGCAATTATTATTTTGACCTTGCGTTCCC
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lowQualScore                  :               ...   .   .           .      .. .              .         .         ..........     .      .    ...... .        .........    ..     .               .     .                      .          .    .     ..                .                  ..           .  .                    ..   ..    ..                  ...                                     . .                .                ..                . .  .                    .       .         .  ..             ...                .    ...............         .    .                                     . .  ..     . .                   .....            .   
lowQualScore                  :               000   7   7           7      99 7              7         7         4444444444     9      0    222222 4        111111111    99     0               0     7                      7          4    8     22                8                  00           0  0                    00   00    88                  888                                     0 0                0                77                3 0  0                    7       0         7  00             777                0    000000000000000         5    0                                     0 0  55     0 0                   00000            0   
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Reference ( family-350 )      :        GAAAACT---GGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAACC--T-AGCATGGAGAAACTAATTGCAGCT-GATAACAAG-TTT--A--CTGTCATTTACAC-TGAAAACTGAGCTGAATGGGAAAATCTCTTATC--ATGGC-GGCTGATGACGTACANGCGGC-AATTCATTACGGCTGCTGTGCC-TAAAGCACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCAGAG--TATACCCCTTG-TT-TTGTTACCAAATAAAACCCT--AGA--ATTCTNAAAATAAAGCAAAAACTTTTAAAGTACTGGCACATCCTCCAGAGATTTCTTTGTTCTGNANAAATGTAATAAAAGTTNAGGGGGTATGCTCAAAGNTAATCAAACTGCTGGATAGATCGTAAAGTGCAAATAGACTCCCGATGAGANAGATTTGCACGCAGAGAGAGAAAAAAA-TTCAATCTATTGATAAATNAAGTCAATCAATTCAATATCATAACCTCGTATCNCACCGCTGAAACACTTAATTGGTGTAGGGTCAAGTGANTNCCGNGGTACNTNGCTGGTAGGAGCCATGTACATGTATTTCTAGCTCCTGACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AAGATAATCAAAATGCTGAATAGAT-GTAATATTTAAATTTACTCCTGATGAGGCAGATTTGCACGCAAAGAGAGAAAAAAA-C-CAATCTTTTGATAAATGAAATCAATCAATTCAATATCATAACCTCCTATCTCACCGCTGAAACACTTAATTAGTGTAGGGTCAAGTGATTTTCCAGGTATTTTGCTGGTAGGAGTCATATAT-----TTTCTAGCTCCTGACA
gi|12                         :       catAAATT---G-T-ACC-ATAAAGATAAC-AAAATC--T-AGCATGGAGAAACTAATTGCAGCT-GATAACAGA-TTT--AATCTGTCA-TTACAC-TGAAAACTGAGCTGAATGGG-AAATC---TATC--ATGGC-GGCTGATGA-GTACAAGCGAC-AATTCATTACGGCTGTT-TGCT-T-ATGCACTAAATGGTTGTAC--AGTAACACTTTCTAAtgagcgcaatttaaaagaatgtcacaatgcccacaagtgcgtccaggtttattattcacctgccattttcatcaatccatcccaaattgctggtattttcagttgaagcctcagctaataatgatgaattaaatatcatcactcagcgacaactgtccggaatacattatcaccaaatggcattgtgggaaatattttcgtttaagggcagcctccagcagctgatatgtaactccatctaaaagctgatttcgatgcaagtgattacaatcagatgacaataaccagtggaattaatcaataacaatttattatttgaaatagggtattataattgaagacctt
gi|13                         :           ggaatgtgGT-ACCTATAAAGCTAAC-AAAACCAGTAAGCATAGA-AAGCTAATTGCAGTTAAATAACAAG-TTT--AGCCTATTATTTGCAC-TGAA---T--------TGGCAGAATATCGTACT--ATGGCGGGCTGATGACGTACATGCGGCGAATTCATTATGGTTGTTGTGCT-T
gi|14                         :       tGAAAACTTCGGGTTACC-ATAAAGATAACAAAAACC--T-AGCA-GGAG-AACT-ATT-----T-GAT--TAA--TTT------TGTCATTTACAC-TGAA-------------------------TATC--ATGGC-AGCTGATGA
gi|16                         :                                                                                      tttaatttttgatgtCAC-TGAAAACTGAGGTGAAT-------------ATC--ATGGC-GGATGATTACGCGCAGGCGGC-AATTCATTACGGCTGTTGTGCTATAAA
gi|2                          :        GAAAACT---AGT-GCC-ATAAAGATAAT-AAAACC--T-AGCATGGAGAAACTAATTGCAGCT-GATAACAAG------A---------TTACAC-TGGAAAATGGGCTGAATGGGAAAATATCTTATC--ATCGC-GGTTGATGACATACAAGCGAC-AATTCATTACGTCTACTGTGCC-TAAAGTACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTCCCAGTATCCATGAAAATGCCAGAG--TATACCACTTG-TT-TTGCTACCAAATAAAACCCT--AGATTATTCTAAAAATAAAACAAAAACTTTTTAAGTAATGGCACATCTTTCAGAGATTTCTTTGTTCTGAACAAATGTAATAAAAATTCAGAGGATATGCTCAAA-TCGATCAAACTGCTCGA-AAATCATAAAGTGCAAGTAGATCCCTGGTGATATAGATTTGCATGC--AGAGAGACAAAAA-TTCAGTCTATTGATAAATTAAGT---TC----------CATAACCTTGTATCACACCGCTGAAACATTTAATTGGTGTAGAGTCAAGTGAATGCTGTGGTACATAGCTGGTAGGAGCCATGTACATGTATTTCTAACTCCT-ACAttagat
gi|4                          :        GAAAACT---GGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAAGC--T-AGCATGGAGAACCTTATTGTAACT-GATAACAAG-TTTTAAT-CTGTCATTTACAC-TGAAAACTGAGCTGAATGGGGAAATCTCTTATC--ATGGC-GGCTGATGACGTACAAGCGAC-AATTCATTACGGCTGCTGTACC-CATAGCACTATTTAGTTGTAT--AGTAACACTTTCCAAT----------ATGCCAGAG--TATACCTCTTG-TTATTGTTACCAAATAAAACCCT--AGA--AATCTCAAAATAAAGCAAAAACTTTTAAAGTACTTGCACATACTCCAGAGacat
gi|5                          : tatttaattttgatatgtGT-ACC-ATAAAGATAAC-AAAACC--T-AGCATGGAGAAACTAATTGCAGTT-GATAACAAG------A---------TTACACTTGAAAA-TGGGCTGAACGGGAACATCTCTTATCATATGGC-GACTGATGACGTTCAGGCGAC-AATTCATTACGTCCGCTGTGCC-TAAAGTACTATATGGTTGTAT--AGTAACACTTCCCAATATCCATGAAAATACCAGAG--TATACCCCCAC-TT-TTTTTACCAAATAAAACCCT--AGATTATTCTAAAAATGAAGCAAAAACGTTTAAAGTACTGGTACATCTTCCAGAGATTTCATTGTTC
gi|8                          :        GAAAAAT---GGT-ACC-ATACAGAGAAC-AAAACG--T-GGCATGGAGAAAGTAATTGCAGCC-GATAACAAGATTT--AATCTGCCATTTACAT-TGAAAAC--AGTTGAATGGGATAATCTCTTATC--ATGGC-GGCTGATGACGTGTATGAGGC-AATTCATTACGGCTGCTGTGCC-AATAGCACTAAATGG--GTATTAAGTAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCACGG--TATACCCCTTGTTT-TTGTCACCAAATGAAACCCT--CGA--ATTCTTAGAATA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                             catttaattttgatatgtTGTAC--AGCAACACTTTCCAATATCCATGAAAATGCCAGAGTATATACCCCTTGTTT-TTGTCACCAAATAAAACACTACAGA--ATTC-GAAAATAAAGCAAAAACTT----AACACTGGCAAATCCTCCAGAGATTTCTTTGTTCTGCAGAAATGTAATAAAAGTTAAGGGGGTATGCTCAAAGGTAACCAAGCTGCTGGATA-ATTGCACAGTGCAAATAGGCTACCAATGAGAAAGATTTGCATGCAGAGAGAGAAAAAAATTTCAATCTATt
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): AATCTAAAAGAATGTTACAATGTCCTCAAGTGCATCAAGTTTCATCATTTCCTCTGCCATTCTCATTAATTCATCCCAAATCACTGGTATTTGCAGTTGAAGCCGCAGGTAATTATTAAAGCTCATCATCAGGCAATTGCATCCTATGCGTCATCACCAGATGGGATTGTGGGAAATATCAAAAAGAACGATAACTTTATCTAACAAATTAGCAGCCTCTTGCAGCTGATGTGTAGCTATATTTAATAGCTTATTTCTATATAACTGATAGTAATTACATGGAAATAACCAGTGGGATTAAATACTAACAATTCAGTATTTAAAAAAAGAAACTATTTTTGATAACCTTGCGTT
Unaligned ( gi|6 ): TTCCTCTGTCTATTTGATCTCCTCCCAAATCACTAATTTCTTGTTTTCAGTTGAAGCTGCTAATAATTCCCTTTTCATTATTACCCATGCGTTCATATGATATAATTTGCAGTCAGACTGATCGACTGCAATTGTCCGTATACAAATCATCACCAATGATAATGTGGGAAATATATAAAAAGCAGCCATAACTTCATTTGCAAAATTGGCAACCTCCAGCAGCTGATTACTGTAGCTATATTTAATAGCGATTTTCTACACAACTTGTGATAACAATTAGATGGAAAATGACCTGT
Unaligned ( gi|7 ): TTCCTCTGTCATTTTGATCATCCATCCCAAATCACTAACCATGTTTTCAGTGAAGCTGCTAATAATTTCTTTCATTATACCCATGCTCATATTGATATAATTTGCGTCAGACATGATGGACTGCAATTGTCAGTATACATCATCACCGATGATATTGTGGGAAAATATATAAAAGAGCCATCAACTTCATTTTGCAAAATCGGCAACCTCCAGGCAGCTTGATTTGTAGCTATATTTAATAGCCGATTTCTACAGCACTGATAACAATTAGATGGTAAAATGACCTGT
Unaligned ( gi|10 ): GATGGTATTGAGGGAAATATCAAAAAAGAGTGATAACTTATATCTTGCAAAATGGCAGCCTCTAACAGCTGTTTGTGTAGCATATTTAATAGCTGATTTCTACATAACTGATAACACAATAGATGGAAATGACCAGTGGAAATTAATTACTAACAATTAAATATTTGAAATTTATAAAGCAATTATTATTTTTGACCTTGCGTTCC
Unaligned ( gi|11 ): GATGGTATTGTGGGAAATATCAAAAAGAGTGATAACTTATATCTTGCAAAATGGCAGCCTCTAACAGCTGTTGTGTAGCTATATTTAATAGCTGATTTCTACATAACTGATAACAAATAGATGGAAATGACCAGTGGAATTAATTACTAACAATTAAATATTTGAAATTTATAAGCAATTATTATTTTGACCTTGCGTTCCC
Unaligned ( gi|15 ): CTGATTTCCATAAAAATGATAACAATTAGATGGGCGAAACCTGTAGAATTATTTACTAACAAATTAGTATTTCAAATAAGAAAATATTTTTGAATACCTTAC
Unaligned ( gi|17 ): TATCATGGGAAATATCAAAAAGAGAGATAACTTTATCTTGCAAAATGGCAGCCTCCAGCAGCTGATGTGTAGCCATATT
Unaligned ( gi|18 ): GAAATATCAAAAAGAGAGATAACTTATCTTGCAAAATGGCAGCCTCCAGCAGCTGATGTTGTAGC