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consensus                     :    AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA--C-G--TA--T-TC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-GAA-TCC-----GGCGAA----A--T---G-----CC-ATAG-AAAATCC---GAAA-TGGAT--GAA-----AAACCC-GA----NT-T-----CATT-A---C--C-G--AA--TGTTG-A------A----TTTGG--T--G-A-C-AT-T----TT---------T--------G------T------------A--T------A----T--------T-GT---G--------A--GTG----G--AAT----TCTG-C----CAG---AATTNNGAGGT-ACA----AAGAT-GA-C--AATTC-GTAC-----A-AACT---ATT---ACT-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTG---TCA----CATGA-CC-GG-GT--AA-C-GT-TT-------T-------C-T-ACCTCC-ATGCGT-AAG--AGTTCCGATA-T-C-CAGGAAACGAC
Reference ( gi|6 )            :    AATGGA-AG-CGGATG-A-AA--C-G--TG--T-TC-CGAGT-C-C-T-CTGTCAATA--G-A-AC-TG-TT-GAG-TCC-----GGCGAA----A--T---G-----CC-ATAG-AAAATAT---GAAA-TGGAT--GAATTTAAAAACCC-GA----TA-T-----CATA-A---C--C-G--AA--TGTTG-A------A----TTTGG--T--G-A-C-AT-T----TT---------T--------A------T------------A--C------A----T--------T-GT---A--------A--GTA----G--AAT----TCTG-C----CAG---AATTATGAGGT-ACA----AAGGT-GA-C--AATTT-GTGC-----A-AATT---ATT---ACT-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTG---TCA----CATGA-CC-AG-GT--AA-C-GT-TT-------T-------T-T-ACCTCC-ATGAGT-AAG--AGTTCCGATA-T-C-CAGGAAATGAC
gi|5                          :    AGTGGA-AG-TGGATG-A-AA--T-G--TG--T-TC-CAAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TT-AT-GAA-TCA-----GGCAAA----A--TAT-G-----TC-ATAG-AAAATCA---GAAA-TGGAT--GAA-----AATCTT-GA----AT-T-----CATC-A---C--C-A--AA--TGTTG-ATTCAAAA----TTTGG--T--G-A-A-AT-T----TT---------T--------A------TTTATCCGT----A--T------A----T--------T-GT---G--------A--GTG----G--AAT----TCTG-C----TAG---AATTAAGAGGT-ACA----AAGAT-GA-C--AATT-----C-----A----------T---ACT-AA-------CA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTG---TCA----CATGA-CC-AG-GC--AA-C-ATCTT-------T-------C-T-ACCTCC-ATGCGT-AAG--AGTTCCGACA-T-C-CAGGAAATGAC
gi|4                          :  aaAGTGAA-AT-TGGATG-A-AA--C-G--TA--T-AC-TGAGT-C-C-T---GTTAATA--G-TTAC-TG-TT-TAA-TCC-----GGCGAA----A--TAT-G-----CC-ACAG-AAAATCC---GAAA-TGGAT--GAA-----AAGCCC-GA----AT-T-----CATT-A---C--C-A--AA--TGTTG-A------A----TTTGG--T--G-A-C-AT-T----TT---------T--------G------TTG----------A--TCTGTCTA----T--------C-GT---G--------A--ATG----G--AAT----TCTG-C----CAG---ATTTAAGAGGT-ACA----AAGAC-GA-C--CATTC-GTAC-----A-AACT---ATT---GCT-AA-------TA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-TCCTAAA--TTACG-TA--G-CTG---TCA----CATGA-CC-GA-GT--AA-C-GT-CT-------T-------TGT-ACCTCC-TTGCAT-AAG--AGTTCCGATA-T-C-CAGGAAACGAC
gi|7                          :    AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA--C-G--TA--T-TC-CGAGT-C-CTT-CTGTTAATA--G-A-GCATG-TT-GGA-TCCT----GGTGAA----A--T---G-----CC-ATAG-GAAA-AT---GAAA-TGGAT--GAA-TTAAATAACC-G------A-T-----CATT-A------C-G--AA--TGTTG--------A----TTTGG--T--G-A-C-AT-T----TT---------T---------------T------------A--T------A----T--------T-GT---G--------A--GTG----G--AAT----TCTG------CAG---AATTTTGATGT-ACAT---AAGGT-GA-C--AA-TT-GTGC-------AATT---A-T---A-T-AAT------TG---TA-A---T-C--AA-ACATG-CCCTAAAC-TTACG-TA--G-TTA---TCA----CATGA-CT--G-GT--AA-T-G--TT-------T-------T-T-A-CTC-----AGT-AGT--AGTTCCGATA-T-C-CAGGAAACGAC
gi|3                          :  aaAGTGGA-AG-CGGATG-A-AA--CCG--TA--T-TC--GAGTTC-C-TGCTGTTA-TA--G-A-AT-AG-TT-GAG-TCC-----GGCAGA----A--T---A-----CC--TAGAAAAATCC---GAAA-TGGAT--GAATTTAAAAA-CC-GA----TACC-----CATT-A---C--G-A--AA--TGTTG-A------A----TTTGAGTT--G-A-C-AT-T----TT---------T--------G------T------------A--C------A----T--------TCGTG--G--------A--GTT----GGAAAT----TCTG-C----CAG---AA-TGTGAGGT-ACA----ACGGT-GA-C--AATTC-GTGC-----A-AATTC--ATTC--ACT--A-------TGA--TA-A---TAC-AAA-ACATGATCCTAAAATCTACG-TA--T-TTG---TCA----CATGA-CC-GG-GT--AACC-GT-TT-------T-------TCT-ACCTCC-ATGAGT-AAG--AG-TGCGATA-T---CAGGAAAC
gi|10                         :   aAGTGGA-GG-CGGATG-A-AA--C-G--TG--T-TC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--T-T-CT-TG-TT-GAA-TCC-----GACGAA----A--T---G-----CC-GTAG-AAAATCC---GAAATTTGAT--G-----AAAAACCC-GA----AT-T-----CATT-A---C--CAA--AA--CGTTG-G------A----TTTGG--T--T-A-C-ATGT----TTGTATATC--T--------G------T------------A--C------A----T--------T-GT---G--------G--GTG----G--AAT----TATG-C----CAG---AATTTTGAAGT-AC----------------------------------AATT---ATT---ACT-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-TCATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTG---ACA----CATGG-CC-AG-GT--AA-C-GT-TT-------T-------TCT-ACCTCC-ATGCGC-AAG--AGTTCCGATA-T-C-
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gi|31                         : gaaAGTGGA-AG-CAGATG-A-AA--C-G--TT--T-TC-CGAGT-C-C-T-CTGTTAATA--G-A-Aa
gi|33                         : aaaAGTGGA-AG-CGGGTG-A-AA--C----TA--T-TC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-
gi|29                         :   aAGTGGT-AG-CGGATGTG-AG--A-G--TC--T-TCTTGAGT---C-T-C-GTTAATA--GAA-AC-TG-TT-G
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gi|16                         :            taaGGATG-A-AA--C-G--TA--T-TC-TGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-A------------TCT-----AGCTAA----A--T---A-----CC-ATAG-AAAATCC---AAAA-TGGAT--GAA-----AATCAC-GA-----A-TTTTGACATA-AATAC--C-A--AAA-TGTTA-A------AAAAATTTTG--T--------AT-G----TC---------T--------G------T------------A--T------A----T--------T-GT---G--------A--GTG----A--AAT----TTTG-C----CAG---AATTTTGAGGT-ACAAATTAAGAT-GA-C--AATGC-GTAC-----A-ATTT---TTT---ACT-
gi|9                          :                                          GAGT-C-T-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-GAA-TC------GGCCAA----A--TAT-G-----CC-ACAG-AAAATCC---AAAA-TGGA---GAA-----AAGCCC-GA----TT-T-----CATT-A---C--C-A--AA--TGTTG-A------A----TTTGA--T--G-G-A-AT-T----TT---------T--------A------TTTATCTATATGTA--A------A----T--------T-GT---G--------A--GTG----G--AAT----TCTG-C----CAA---AATTAAGAAGT-ACA----AAGGT-GA-C--AATTC-GTAC-----A-AACT---ATT---ACA-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-CCACG-CCCTAAA--TCACG-TA--G-CTG---TCA----CATGA-CC-GG-GT--AA-C-GTCTT-------T-------C-T-ACCTCC-GTGTGT-AAG--AGCTTTTATG-T-C-CAGGAAAT
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gi|13                         :                                                                          tattga-TCC-----GGCGAA----A--T---G-----CC-ATAG-AAAATCC---GAAG-AGGAT--GAA-----AAACCC-GA----AT-T-----CATT-A---C--C-A--AAATTGT-G-A------A----TTTGG--T--G-A-C-AT-T----TT---------T--------G------T------------A--T------A----TCTGTATATT-GT---G--------A--GTG----G--AAT----TTTG-C----CAG---AATTTTGAGGT-ACA----AAGAT-GA-C--AATTC-GTACTTGTCA-ATTT---ATT---ACT-AT-------TG---CA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--A-TTG---TCA----CATGA-CC-GG-GT--AA-C-GTCTT-------T-------C-T-ACCTCC-ATGCGT-AAG--AGTTCCGATA-T-C-CAGGAAA
gi|11                         :                                                                                              a----A--T---G-----CCGATAG-AAAA-ATCAGAAAA-TGGATTCGAACTCGAATA----GA----TT-T-----TA-------C--T-G--AA--TAGTA-ATATACCA----TTTGA--T--G-A-C-AT-C----TTATATTTATCT--------AATCTGTT------------A--A------A----C--------T-GTCTTG--------A--GGA----G--TAA----TCTG-T----CAG---CATTAAGAGGC-ACA----AAGA--GA-C--AAAAT-GTAC-----TTAACT---ATA---ACTGAA-------AG---AT-A---T-C-AAA--CATT-CCCTAAC--ATATGGTAACG-CTG---TCAGACACATGA-CC-CGTGT--AA-C-AT-CT-------T-------TGT-ACCTCC-ATGCGT-AAG--AATT-CGATA-T-C-CAGGAAACGACc
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|30 ): AAGTGAAAGCGGATAAAAAGTATTAACACATTGTCTACTAAGCCAATTTA






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consensus                     :     AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-G-AATCC-----GGC--GA---A----A-T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-A-TGG---AT--GA----A-----AANC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C--C-G--A-A--TGTTG-A------A----TTTGG--T--GA-------C-ATT----T-----------T------------T--------G----T--A--------T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTG-CCAGAATTNTGA--GGT-ACA----AAGATG-A-CAA-TTCGTA-----C-A-AACT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTG---TCA----CATGA-CC-GG-GT--AA-C-G-TCTT-------T-------CT-ACCTCC-ATGCGT-AAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
Reference ( family-348 )      :     AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-G-AATCC-----GGC--GA---A----A-T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-A-TGG---AT--GA----A-----AAAC--CCGA-N-TT----CAT---T--A-C--C-G--A-A--TGTTG-A------A----TTTGG--T--GA-------C-ATT----T-----------T------------T--------G----T--A--------T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTG-CCAGAATTNNGA--GGT-ACA----AAGATG-A-CAA-TTCGTA-----C-A-AACT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTG---TCA----CATGA-CC-GG-GT--AA-C-G-T-TT-------T-------CT-ACCTCC-ATGCGT-AAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|1                          :     AGTGGA-AGTCTGTTG-A-AAAACT-G--TA--T-C-CGAGT-C-C-T-TTTATGACA--G-T-TC-TG-TT-GAAATCCACGAAGACAAAA---A----A-T--G-----CA-ATA-GAAAC-TACGAAGG-TGG---AT--GA----A-----AATC--CGAA-G-TG----TAT---T--A-CA-CAG--A-C--TTCTG-AT-----C----TTTAG--TG-GA-------CGATT----TTAACACGCACCT------------T--------G----T--A--------T--------A--------------T-GT-G-------A----GT-----GGAAGGAGACCTA-TAAATATAATGA--AGG-ACA----AAGATGAA-CAA-TACATA-----A-ACAATT---TTT---AT-T-AG-------CGAATTATA---T-C-AAACACA-A-TCTTATA--TTACG-TA--G-TTG---TCAC---CATTATCC-AGCGT--AA-CAG-T-CTATGTGAAT-------CC-ACTGCCAATGCGT-AAGATAG-TCCAATA-TGC-CAG----GAAA
gi|10                         :  aaaAGTGGA-GG-CGGATG-A-AA---C-G--TG--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--T-T-CT-TG-TT-G-AATCC-----GAC--GA---A----A-T--G-----CC-GTA-GAAAA-TCCGAA-ATTTG---AT--GA----A-----AAAC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C--CAA--A-A--CGTTG-G------A----TTTGG--T--TA-------C-ATG----T-----------T------------T--------G----T--A--------TATCTGTACA-----T--------T-GT-G-------G----GT-----GGAAT----TATG-CCAGAATTTTGA--AGT-AC---------------------------------AATT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-TCATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTG---ACA----CATGG-CC-AG-GT--AA-C-GTT-TT-------T-------CT-ACCTCC-ATGCGC-AAG--AGTTCCGATA-T-C-
gi|11                         :                                                                                                  aaa----A-T--G-----CCGATA-GAAAAATCAGAA-AATGG---ATTCGA----A--------C--TCGA-A-TA----GAT---TTTA-C--T-G--A-A--TAGTA-ATATACCA----TTTGA--T--GA-------C-ATC----T-----------TA-----------T--------A----T--T--------T--------A-----TCTAATC--T-GT-T-------AAACTGTCTTGAGGAGTAA--TCTG-TCAGCATTAAGA--GGC-ACA----AAGA-G-A-CAA-AATGTA-----C-TTAACT---ATA---AC-TGAA-------AG---AT-A---T-C-AAA--CATT-CCCTAAC--ATATGGTAACG-CTG---TCAGACACATGA-CC-CGTGT--AA-C-A-TCTT-------T-------GT-ACCTCC-ATGCGT-AAG--AATT-CGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|12                         : aaatAGTGGA-GG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTT-CGAGT-TTC-G-CTGTTGATATAG-A-AC-TGCTT-G-AATCT-----CGC--GA---A----AAT--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-G-AGA---AT--GA----A--------C--CCGA-AATT----CAT---TT-A-C--C-A--A-AA-TGGTG-G------ACA--TTTGG--TTTGA-------C-ATT----T-----------T------------T--------G----T--A--------T--------A-----TCTGTATATT-GT-GC------A----GT-----GGAAT----TTTG-CCAGAATTTTGA--GGT-ACA----AAGATG-A-CAGTTTCGTA-----C-A-ATTT---ATT---AC-T--A-------TG---CA-A---T-CAAAA-ACATG-CCCTAAAT-TTACG-TA--A-TTG---TCA----CATGA-CC-GG-
gi|13                         :                                                                               aaATCC-----GGC--GA---A----A-T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-G-AGG---AT--GA----A-----AAAC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C--C-A--A-AATTGT-G-A------A----TTTGG--T--GA-------C-ATT----T-----------T------------T--------G----T--ATATCTGTAT--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TTTG-CCAGAATTTTGA--GGT-ACA----AAGATG-A-CAA-TTCGTACTTGTC-A-ATTT---ATT---AC-T-AT-------TG---CA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--A-TTG---TCA----CATGA-CC-GG-GT--AA-C-G-TCTT-------T-------CT-ACCTCC-ATGCGT-AAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAAC
gi|14                         :                                --TA--TTG-AGAGT-C-C-T-CTATTGATA--G-A-AC-GG-TT-G-AATCC-----GGC--GA---A----A-T--GATATGCC-ACA-GAAAA-TTTTAA-A-TGG---AC--GA----A-----AACC--CTGA-G-TT----CAT---T-------------------TTG---------------TGG--T--GA-------A-ATTGTTAT-----------T------------T--------A----T--G--------T--------T-----T--------T-GT------------------------AT----ATTG-C--GAATTCTGCCTGGT-TTA----G-GAGG-A----------A-----C-A-AATT---A---------------------------------C-AAA----TG-ACCTAAA--TTATG-TA--T-CTG---TCA----CAAGA-CC-AC-GT--AA-C-GTT-TT-------T-------CT-ACCTCC-A
gi|15                         :     AGTGGA-GG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-T-TC-TG-TT-G-AATCC-----GGC--TA---AATATA-T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-A-TGG---AT--GA----A-----AAAC--CCAA-A-CT----CAT---T--A----C-GAAA-A--TGTTG-A------A----TTTGA--T--GA-------C-ATT----T-----------T------------TGTATGTCGG----T--A--------T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TTTG-GCAGAATTCTGA--GGT-ACA----AAGATG-A-CAA-TTAGTA-----C-A-A
gi|16                         :              aaGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-TGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-A------------TCT-----AGC--TA---A----A-T--A-----CC-ATA-GAAAA-TCCAAA-A-TGG---AT--GA----A-----AATC--ACGA-A-TTTTGACATAAAT--A-C--C-A--A-AA-TGTTA-A------AAAAATTTTG--T-------------ATG----T-----------C------------T--------G----T--A--------T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GAAAT----TTTG-CCAGAATTTTGA--GGT-ACAAATTAAGATG-A-CAA-TGCGTA-----C-A-ATTT---TTT---AC-T-tttg
gi|17                         :     AGTGGA-AG-CGAGTG-A-AA---C----TAACTTC-GAAGT-C-C-T--TGTTGAT---G-A-AC-TG-TTAG-AATCC-----TGC--AAAATA----A-T--G-----CC-AAA-GAAAA-TC--AA-A-TGA---AT--GA----A-----AAGC--CTTA-T-TT----C-----T--ATC--C-T--A-A--TGTTGCA------A----TTTGG--T--GA-------C-ATTCTA-T-----------T------------T--------ATT--T--C--------T--------A-----T--------T-GT-GTAATTGCA----AT-----GG-AT----TCTGTCCCACATTAAGG--GGTCACA----
gi|18                         :                                                                                                                         gaaAAAA-TCCGAC-A-TGG---AT--GA----A-----GA----CTGA-A-TT----C-----T--A-C--C-T--ATA--TGTTG-AT-----A----TGTGG--C--GATCATTTTC-ATT----T-----------C------------T--------T----T--A--------T--------CTGTTTT--------T-GTGG-------A----GT-----GGAAT----T------GGA-----GA--GGC---------AGAC----CGA-ACCGTG-----C-A----------C---AC-T-AA-------GG---TA-ACGTT-CTAAA-A-------CTACA--TTACG-TA--ACCTG---TCA----CGTGA-CC-GG-GT--AACC-G-T-CT-------C-------CTAAACTCC-A
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                    --A-A--TGTTG-A------A----TGTGG--C--GA-------C-ATT----T-----------TCATTTCTTTATCT--------G----T--T--------T--------------T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----T-------GA-----GA--GGC-A-----------G-A-CGA-ACCGTG-----C-A-CACT---ACA---GG-T-AA-------C-----A-G---T-C-TAC-ACAT------------TACG-TA--A-CTG---TCA----CGTGA-CC-GG-GT--AC-C-G-TCTT-------C-------CT-ACCTCC-
gi|2                          :   ctAGTGGAGAG-CGGATG-ATAA---C-GGCTA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATG--A-A-AC-TGTTT-G-AGATC-----GAC--G----A----A-T--G-----CC-ATA-G-AAA-TCTGAAGA-AGGAATAT--G-----A-----AAAC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-CAAA-A--A-A--TGGTG-A------A----TTTGG--TG-GA-------C-ATT----T-----------T------------T--------G----TA-A--------TCTGTA---A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----G--AT----T-TG-CCAGAATTTTGA--GGT-AC-----AAGATG-ACCAA-TTCGTA-----CTA-TATTTTAATTTTAAC-T-AACGGTATTTG---CA-A---T-C-AAA-ACAGC-CCCTAAA--TTACG-TA--G-GCGTGTTCA----TATGA-CCGGG-GT--AA-C-G-TCTT-------T-------CT-ACCTCC-ATGCGT-AAG--AGTTACGATAGT-CACAG----GAAAC
gi|20                         :                                                                                                                                                                        aA-C-CT----CAC---A--A-C--C-A--A-AA-TGTTG-A------A----TTTGG--T--GA-------A-ATT----a
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTGTGA--GGT-ACA----AGGATG-A-CAA-TTCGTA-----C-A-ATTT---TTT---AC-T-AA-------AG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTacaaggatgacaattcgtacaattttttactaaagtaatcaaaacatgccctaaattacgtagtt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aatttcaccaaattcaacattttggT-G-------A----AT-----GGACT----TCTG-CCCGAGTTAAGA--TAT-ACA----AAGACC-A-CAT-TACGTA-----C-A-AACT---ATT---AC-T-CA-------TG---TG-A---T-C-AAA-ACATA-CCCTATA--TT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                        tctctatctaaTT----T-----------T------------T--------GAAAGT--A--------T--------A-----T--------T-GT-T-------A----GT-----GGAAT----TATG-CCAGAATGTTGA--GGT-ACA----AAGATG-A-CGA-TTCGTA-----C-A-AACT---ATT---AC-----------------TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttg-C-AAA-AGATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CAT---TCA-----A--------------AA-C-A-TCTT-------C-------CT-ACTTCG-ATGTGG-AAG--TTTTACGATA-T-C-CAGCAGTGAAAC
gi|25                         :     AGTGGG-AG-CAGACG-A-AA---C-G--TA--CTT-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-G-AATCC-----GGC--GA---A----A-T--
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gaaGATG-A-AAA-TTCATA-----C-A-AACG---ATT---AC-T-GA-------TA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CC----A--T---------G-TT----TCA----CATGG-CA-GG-GT--AA-a
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             --------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTG-CCAGAATCAAGA--AAT-ACA----ATGATG-A-CAA-TTCGTA-----G-A-AACT---AT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ATGA-CC-GG-GTTTAA-C-G-TCTT-------T-------CT-ACCTT--ATGCGTTAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGA
gi|29                         :     AGTGGT-AG-CGGATGTG-AG---A-G--TC--TTCTTGAGT---C-T-C-GTTAATA--GAA-AC-TG-TT-G-
gi|3                          : gaatAGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---CCG--TA--TTC--GAGTTC-C-TGCTGTT-ATA--G-A-AT-AG-TT-G-AGTCC-----GGC--AG---A----A-T--A-----CC--TA-GAAAAATCCGAA-A-TGG---AT--GAATTTA-----AAAA--CCGATA-CC----CAT---T--A-C--G-A--A-A--TGTTG-A------A----TTTGAGTT--GA-------C-ATT----T-----------T------------T--------G----T--A--------C--------A-----T--------TCGTGG-------A----GTTG---GAAAT----TCTG-CCAGAA-TGTGA--GGT-ACA----ACGGTG-A-CAA-TTCGTG-----C-A-AATTC--ATTC--AC-T--A-------TGA--TA-A---TAC-AAA-ACATGATCCTAAAATCTACG-TA--T-TTG---TCA----CATGA-CC-GG-GT--AACC-GTT-TT-------T-------CT-ACCTCC-ATGAGT-AAG--AG-TGCGATA-T---CAG----GAAACG
gi|31                         :    aAGTGGA-AG-CAGATG-A-AA---C-G--TT--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTAATA--G-A-A
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaa-T-TT-------T-------CT-ACCTCC-ATGCGC-AAG--AGGTCCCATA-T-T-CAG----GAAACG
gi|33                         : acatAGTGGA-AG-CGGGTG-A-AA---C----TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aT-ACCTCC-ATGCGT-AAG--AGTATCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|4                          :     AGTGAA-AT-TGGATG-A-AA---C-G--TA--TAC-TGAGT-C-C-T---GTTAATA--G-TTAC-TG-TT-T-AATCC-----GGC--GA---A----A-TATG-----CC-ACA-GAAAA-TCCGAA-A-TGG---AT--GA----A-----AAGC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C--C-A--A-A--TGTTG-A------A----TTTGG--T--GA-------C-ATT----T-----------T------------T--------G----TTGA--------TCTGTCT--A-----T--------C-GT-G-------A----AT-----GGAAT----TCTG-CCAGATTTAAGA--GGT-ACA----AAGACG-A-CCA-TTCGTA-----C-A-AACT---ATT---GC-T-AA-------TA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-TCCTAAA--TTACG-TA--G-CTG---TCA----CATGA-CC-GA-GT--AA-C-G-TCTT-------T-------GT-ACCTCC-TTGCAT-AAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|5                          :     AGTGGA-AG-TGGATG-A-AA---T-G--TG--TTC-CAAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TT-AT-G-AATCA-----GGC--AA---A----A-TATG-----TC-ATA-GAAAA-TCAGAA-A-TGG---AT--GA----A-----AATC--TTGA-A-TT----CAT---C--A-C--C-A--A-A--TGTTG-ATTCAAAA----TTTGG--T--GA-------A-ATT----T-----------T------------TATTTATCCG----T--A--------T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTG-CTAGAATTAAGA--GGT-ACA----AAGATG-A-CAA-TTCATA-----C-------------------T-AA-------CA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTG---TCA----CATGA-CC-AG-GC--AA-C-A-TCTT-------T-------CT-ACCTCC-ATGCGT-AAG--AGTTCCGACA-T-C-CAG----GAAATGAC
gi|6                          :   aaAATGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TG--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTCAATA--G-A-AC-TG-TT-G-AGTCC-----GGC--GA---A----A-T--G-----CC-ATA-GAAAA-TATGAA-A-TGG---AT--GA----ATTTAAAAAC--CCGA-T-AT----CAT---A--A-C--C-G--A-A--TGTTG-A------A----TTTGG--T--GA-------C-ATT----T-----------T------------T--------A----T--A--------C--------A-----T--------T-GT-A-------A----GT-----AGAAT----TCTG-CCAGAATTATGA--GGT-ACA----AAGGTG-A-CAA-TTTGTG-----C-A-AATT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTG---TCA----CATGA-CC-AG-GT--AA-C-G-T-TT-------T-------TT-ACCTCC-ATGAGT-AAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAATGAC
gi|7                          :     AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-CTT-CTGTTAATA--G-A-GCATG-TT-G-GATCCT----GGT--GA---A----A-T--G-----CC-ATAGGAAAA-T--GAA-A-TGG---AT--GA----ATT---AAATAACCGA----T----CAT---T--A----C-G--A-A--TGTTG--------A----TTTGG--T--GA-------C-ATT----T-----------T------------T-------------T--A--------T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTG--CAGAATTTTGA--TGT-ACAT---AAGGTG-A-CAA-TT-GTG-----C-A--------ATT---ATAT-AAT------TG---TA-A---T-C--AA-ACATG-CCCTAAAC-TTACG-TA--G-TTA---TCA----CATGA-CT--G-GT--AA-T-G-T-TT-------T--------T-AC--TC-A---GT-AGT--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|8                          :        aaA-AG-GGGGTG-A-AA---T-G--TA--TTC-CGAGT-T-C-T-TTGCTAATT--A-G-AC-TT-TT-T-AATCC-----GGC--GA---A------T------------TA--------CCGAA-A-TGG---AT--GA----A-----AAGC--CTGA-A-TT-----AT---T--A-C--C-G--A-A--TGCTG-A------A----TATGG--A--GA-------C-GTT----T-----------T---------------------A----T-----------T--------A-----T--------T-AT-G-------A----AT-----ACAAT----AAAG-ACAGAATTAAGA--ACT-CCT----AAAATG-A-CAA-TTCGTA-----C-A-AACT---TTT---AA-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTGAA--TTACC-TA--G-CTG---TTA----CATGA-CC-GG-GT--AA-T-G-T-CT-------TAAGCTTGCT-ACCTCC-TAGCGT-AGG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|9                          :                                        taaGAGT-C-T-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-G-AAT-C-----GGC--CA---AAT--A-T--G-----CC-ACA-GAAAA-TCCAAA-A-TGG---A---GA----A-----AAGC--CCGA-T-TT----CAT---T--A-C--C-A--A-A--TGTTG-A------A----TTTGA--T--GG-------A-ATT----T-----------TTATTTATCTATAT--------G----T--A--------A--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTG-CCAAAATTAAGA--AGT-ACA----AAGGTG-A-CAA-TTCGTA-----C-A-AACT---ATT---AC-A-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-CCACG-CCCTAAA--TCACG-TA--G-CTG---TCA----CATGA-CC-GG-GT--AA-C-G-TCTT-------T-------CT-ACCTCC-GTGTGT-AAG--AGCTTTTATG-T-C-CAG----GAAATG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|30 ): AAGTGAAAGCGGATAAAAAGTATTAACACATTGTCTACTAAGCCAATTTA






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consensus                     :     AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-GAA-TCC-----GGCGA---A----A--T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AANC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-C-G--A-A--TGTTG-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCCAGAATTNTGA--GGTACA----AAGATGA-C-AA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCGG-G-T--AA-C-GTCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
Reference ( family-348 )      :     AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-GAA-TCC-----GGCGA---A----A--T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AANC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-C-G--A-A--TGTTG-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCCAGAATTNTGA--GGTACA----AAGATGA-C-AA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCGG-G-T--AA-C-GTCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|1                          :     AGTGGA-AGTCTGTTG-A-AAAACT-G--TA--T-C-CGAGT-C-C-T-TTTATGACA--G-T-TC-TG-TT-GAAATCCACGAAGACAA---A----AAAT--G-----CA-ATA-GAAAC-TACGAA-GGTGGA---T--GA----A-----AATC--CGAA-G-TG----TAT---T--A-CACAG--A-C--TTCTG-AT-----C----TTTAG--T--GGA-------CGATT----TTAACACGCACCT-T--------G----T--A-----T--------A-----T----------GT-G-------A----GT-----GGAAGGAGACCTATAAATATAATGA--AGGACA----AAGATGAAC-AA-TACATAA-----ACA-ATT---TTT---AT-T-AG-------CGAATTATA---T-C-AAACACA-A-TCTTATA--TTACG-TA--G-TTGT---CAC---CATTATCCAGCG-T--AA-CAGTCTATGTGAAT--CCACTGCCAATGCG-TAAGATAG-TCCAATA-TGC-CAG----GAAA
gi|10                         :  aaaAGTGGA-GG-CGGATG-A-AA---C-G--TG--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--T-T-CT-TG-TT-GAA-TCC-----GACGA---A----A--T--G-----CC-GTA-GAAAA-TCCGAA-ATTTGA---T--GA----A-----AAAC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-CAA--A-A--CGTTG-G------A----TTTGG--T--T-A-------C-ATG----TT------------T--------G----T--A-----TATCTGTACA-----T--------T-GT-G-------G----GT-----GGAAT----TATGCCAGAATTTTGA--AGTAC--------------------------------A-ATT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-TCATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTGA---CA----CATGG-CCAG-G-T--AA-C-GTTT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-CAAG--AGTTCCGATA-T-C-
gi|11                         :                                                                                                aaa----A--T--G-----CCGATA-GAAAAATCAGAA-AATGGA---TTCGA----A--------C--TCGA-A-TA----GAT---TTTA-C-T-G--A-A--TAGTA-ATATACCA----TTTGA--T--G-A-------C-ATC----TTA-----------T--------A----T--T-----T--------A-----TCTAATC--T-GT-T-------AAACTGTCTTGAGGAGTAA--TCTGTCAGCATTAAGA--GGCACA----AAGA-GA-C-AA-AATGTAC-----TTA-ACT---ATA---AC-TGAA-------AG---AT-A---T-C-AAA--CATT-CCCTAAC--ATATGGTAACG-CTGT---CAGACACATGA-CCCGTG-T--AA-C-ATCT-T-----T--GTACCTCC-ATGCG-TAAG--AATT-CGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|12                         : aaatAGTGGA-GG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTT-CGAGT-TTC-G-CTGTTGATATAG-A-AC-TGCTT-GAA-TCT-----CGCGA---A----AA-T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-G-AGAA---T--GA----A--------C--CCGA-AATT----CAT---TT-A-C-C-A--A-AA-TGGTG-G------ACA--TTTGG--TTTG-A-------C-ATT----TT------------T--------G----T--A-----T--------A-----TCTGTATATT-GT-GC------A----GT-----GGAAT----TTTGCCAGAATTTTGA--GGTACA----AAGATGA-C-AGTTTCGTAC-----A-A-TTT---ATT---AC-T--A-------TG---CA-A---T-CAAAA-ACATG-CCCTAAAT-TTACG-TA--A-TTGT---CA----CATGA-CCGG-
gi|13                         :                                                                              aaA-TCC-----GGCGA---A----A--T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-G-AGGA---T--GA----A-----AAAC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-C-A--A-AATTGT-G-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----T--A-----T--------A-----TCTGTATATT-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TTTGCCAGAATTTTGA--GGTACA----AAGATGA-C-AA-TTCGTACTTGTCA-A-TTT---ATT---AC-T-AT-------TG---CA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--A-TTGT---CA----CATGA-CCGG-G-T--AA-C-GTCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAAC
gi|14                         :                                --TA--TTG-AGAGT-C-C-T-CTATTGATA--G-A-AC-GG-TT-GAA-TCC-----GGCGA---A----A--T--GATATGCC-ACA-GAAAA-TTTTAA-A-TGGA---C--GA----A-----AACC--CTGA-G-TT----CAT---T------------------TTG---------------TGG--T--G-A-------A-ATTGTTATT------------T--------A----T--G-----T--------T-----T--------T-GT------------------------AT----ATTGC--GAATTCTGCCTGGTTTA----G-GAGGA-----------AC-----A-A-ATT---A---------------------------------C-AAA----TG-ACCTAAA--TTATG-TA--T-CTGT---CA----CAAGA-CCAC-G-T--AA-C-GTTT-T-----T--CTACCTCC-A
gi|15                         :     AGTGGA-GG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-T-TC-TG-TT-GAA-TCC-----GGCTA---AATATA--T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AAAC--CCAA-A-CT----CAT---T--A---C-GAAA-A--TGTTG-A------A----TTTGA--T--G-A-------C-ATT----TT------------TGTATGTCGG----T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TTTGGCAGAATTCTGA--GGTACA----AAGATGA-C-AA-TTAGTAC-----A-A-
gi|16                         :              aaGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-TGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-A------------TCT-----AGCTA---A----A--T--A-----CC-ATA-GAAAA-TCCAAA-A-TGGA---T--GA----A-----AATC--ACGA-A-TTTTGACATAAAT--A-C-C-A--A-AA-TGTTA-A------AAAAATTTTG--T--------------ATG----TC------------T--------G----T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GAAAT----TTTGCCAGAATTTTGA--GGTACAAATTAAGATGA-C-AA-TGCGTAC-----A-A-TTT---TTT---AC-T-tttg
gi|17                         :     AGTGGA-AG-CGAGTG-A-AA---C----TAACTTC-GAAGT-C-C-T--TGTTGAT---G-A-AC-TG-TTAGAA-TCC-----TGCAAAATA----A--T--G-----CC-AAA-GAAAA-TC--AA-A-TGAA---T--GA----A-----AAGC--CTTA-T-TT----C-----T--ATC-C-T--A-A--TGTTGCA------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATTCTA-TT------------T--------ATT--T--C-----T--------A-----T--------T-GT-GTAATTGCA----AT-----GG-AT----TCTGTC
gi|18                         :                                                                                                                        gaaAAAA-TCCGAC-A-TGGA---T--GA----A-----GA----CTGA-A-TT----C-----T--A-C-C-T--ATA--TGTTG-AT-----A----TGTGG--C--G-ATCATTTTC-ATT----TC------------T--------T----T--A-----T--------CTGTTTT--------T-GTGG-------A----GT-----GGAAT----T-----GGA-----GA--GGC--------AGAC---C-GA-ACCGTGC-----A-----------C---AC-T-AA-------GG---TA-ACGTT-CTAAA-A-------CTACA--TTACG-TA--ACCTGT---CA----CGTGA-CCGG-G-T--AACC-GTCT-C-----C--TAAACTCC-Accacattaaggggtcaca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                  --A-A--TGTTG-A------A----TGTGG--C--G-A-------C-ATT----TTCATTTCTTTATCT--------G----T--T-----T--------------T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----T------GA-----GA--GGCA-----------GA-C-GA-ACCGTGC-----A-C-ACT---ACA---GG-T-AA-------C-----A-G---T-C-TAC-ACAT------------TACG-TA--A-CTGT---CA----CGTGA-CCGG-G-T--AC-C-GTCT-T-----C--CTACCTCC-
gi|2                          :   ctAGTGGAGAG-CGGATG-ATAA---C-GGCTA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATG--A-A-AC-TG-TTTGAG-ATC-----GACGA---A-------T--G-----CC-ATA-GAAA--TCTGAAGA-AGGAATAT--GA----A-----AA-C--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-A-A--A-AAATGGTG-A------A----TTTGG--T--GGA-------C-ATT----TT------------T--------G----T--AATCTGT--------AA----T--------T-GT-G-------A----GT-----G--AT----T-TGCCAGAATTTTGA--GGTACA----A-GATGA-CCAA-TTCGTAC-----T-ATATTTTAATTTTAAC-T-AACGGTATTTG---CA-A---T-C-AAA-ACAGC-CCCTAAA--TTACG-TA--G-GCGTGTTCA----TATGA-CCGG-GGT--AA-C-GTCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTACGATAGT-CACAG----GAAAC
gi|20                         :                                                                                                                                                                            aT----CAC---A--A-C-C-A--A-AA-TGTTG-A------A----TTTGG--T--G-A-------A-ATT----a
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTGTGA--GGTACA----AGGATGA-C-AA-TTCGTAC-----A-A-TTT---TTT---AC-T-AA-------AG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTggtacaaggatgacaattcgtacaattttttactaaagtaatcaaaacatgccctaaattacgtagtt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               aatttcaccaaattcaacattttggT-G-------A----AT-----GGACT----TCTGCCCGAGTTAAGA--TATACA----AAGACCA-C-AT-TACGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-T-CA-------TG---TG-A---T-C-AAA-ACATA-CCCTATA--TT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                       tctctatctaaTT----TT------------T--------GAAAGT--A-----T--------A-----T--------T-GT-T-------A----GT-----GGAAT----TATGCCAGAATGTTGA--GGTACA----AAGATGA-C-GA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-----------------TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttg-C-AAA-AGATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CATT---CA-----A--------------AA-C-ATCT-T-----C--CTACTTCG-ATGTG-GAAG--TTTTACGATA-T-C-CAGCAGTGAAAC
gi|25                         :     AGTGGG-AG-CAGACG-A-AA---C-G--TA--CTT-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-GAA-TCC-----GGCGA---A----A--T--
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gaaGATGA-A-AA-TTCATAC-----A-A-ACG---ATT---AC-T-GA-------TA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CC----A--T---------G-TT-T---CA----CATGG-CAGG-G-T--AA-a
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              --------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCCAGAATCAAGA--AATACA----ATGATGA-C-AA-TTCGTAG-----A-A-ACT---AT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATGA-CCGG-G-TTTAA-C-GTCT-T-----T--CTACCT-T-ATGCGTTAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGA
gi|29                         :     AGTGGT-AG-CGGATGTG-AG---A-G--TC--TTCTTGAGT---C-T-C-GTTAATA--GAA-AC-TG-TT-G
gi|3                          : gaatAGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---CCG--TA--TTC--GAGTTC-C-TGCTGTT-ATA--G-A-AT-AG-TT-GAG-TCC-----GGCAG---A----A--T--A-----CC--TA-GAAAAATCCGAA-A-TGGA---T--GAATTTA-----AAAA--CCGATA-CC----CAT---T--A-C-G-A--A-A--TGTTG-A------A----TTTGAGTT--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----T--A-----C--------A-----T--------TCGTGG-------A----GTTG---GAAAT----TCTGCCAGAA-TGTGA--GGTACA----ACGGTGA-C-AA-TTCGTGC-----A-A-ATTC--ATTC--AC-T--A-------TGA--TA-A---TAC-AAA-ACATGATCCTAAAATCTACG-TA--T-TTGT---CA----CATGA-CCGG-G-T--AACC-GTTT-T-----T--CTACCTCC-ATGAG-TAAG--AG-TGCGATA-T---CAG----GAAACG
gi|31                         :    aAGTGGA-AG-CAGATG-A-AA---C-G--TT--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTAATA--G-A-A
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaaA-C-ATTT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-CAAG--AGGTCCCATA-T-T-CAG----GAAACG
gi|33                         :     AGTGGA-AG-CGGGTG-A-AA---C----TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTATCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|4                          :     AGTGAA-AT-TGGATG-A-AA---C-G--TA--TAC-TGAGT-C-C-T---GTTAATA--G-TTAC-TG-TT-TAA-TCC-----GGCGA---A----A--TATG-----CC-ACA-GAAAA-TCCGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AAGC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-C-A--A-A--TGTTG-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----TTGA-----TCTGTCT--A-----T--------C-GT-G-------A----AT-----GGAAT----TCTGCCAGATTTAAGA--GGTACA----AAGACGA-C-CA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---GC-T-AA-------TA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-TCCTAAA--TTACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCGA-G-T--AA-C-GTCT-T-----T--GTACCTCC-TTGCA-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|5                          :     AGTGGA-AG-TGGATG-A-AA---T-G--TG--TTC-CAAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TT-AT-GAA-TCA-----GGCAA---A----A--TATG-----TC-ATA-GAAAA-TCAGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AATC--TTGA-A-TT----CAT---C--A-C-C-A--A-A--TGTTG-ATTCAAAA----TTTGG--T--G-A-------A-ATT----TT------------TATTTATCCG----T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCTAGAATTAAGA--GGTACA----AAGATGA-C-AA-TTCATAC------------------------T-AA-------CA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCAG-G-C--AA-C-ATCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTCCGACA-T-C-CAG----GAAATGAC
gi|6                          :   aaAATGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TG--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTCAATA--G-A-AC-TG-TT-GAG-TCC-----GGCGA---A----A--T--G-----CC-ATA-GAAAA-TATGAA-A-TGGA---T--GA----ATTTAAAAAC--CCGA-T-AT----CAT---A--A-C-C-G--A-A--TGTTG-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------A----T--A-----C--------A-----T--------T-GT-A-------A----GT-----AGAAT----TCTGCCAGAATTATGA--GGTACA----AAGGTGA-C-AA-TTTGTGC-----A-A-ATT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTGT---CA----CATGA-CCAG-G-T--AA-C-GT-T-T-----T--TTACCTCC-ATGAG-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAATGAC
gi|7                          :     AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-CTT-CTGTTAATA--G-A-GCATG-TT-GGA-TCCT----GGTGA---A----A--T--G-----CC-ATAGGAAAA-T--GAA-A-TGGA---T--GA----ATT---AAATAACCGA----T----CAT---T--A---C-G--A-A--TGTTG--------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T-------------T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTG-CAGAATTTTGA--TGTACAT---AAGGTGA-C-AA-TT-GTGC-----A---------ATT---ATAT-AAT------TG---TA-A---T-C--AA-ACATG-CCCTAAAC-TTACG-TA--G-TTAT---CA----CATGA-CT-G-G-T--AA-T-G--T-T-----T--TTAC--TC-A---G-TAGT--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-348 )      :     AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-GAA-TCC-----GGCGA---A----A--T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AANC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-C-G--A-A--TGTTG-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCCAGAATTNTGA--GGTACA----AAGATGA-C-AA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCGG-G-T--AA-C-GTCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|1                          :     AGTGGA-AGTCTGTTG-A-AAAACT-G--TA--T-C-CGAGT-C-C-T-TTTATGACA--G-T-TC-TG-TT-GAAATCCACGAAGACAA---A----AAAT--G-----CA-ATA-GAAAC-TACGAA-GGTGGA---T--GA----A-----AATC--CGAA-G-TG----TAT---T--A-CACAG--A-C--TTCTG-AT-----C----TTTAG--T--GGA-------CGATT----TTAACACGCACCT-T--------G----T--A-----T--------A-----T----------GT-G-------A----GT-----GGAAGGAGACCTATAAATATAATGA--AGGACA----AAGATGAAC-AA-TACATAA-----ACA-ATT---TTT---AT-T-AG-------CGAATTATA---T-C-AAACACA-A-TCTTATA--TTACG-TA--G-TTGT---CAC---CATTATCCAGCG-T--AA-CAGTCTATGTGAAT--CCACTGCCAATGCG-TAAGATAG-TCCAATA-TGC-CAG----GAAA
gi|10                         :  aaaAGTGGA-GG-CGGATG-A-AA---C-G--TG--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--T-T-CT-TG-TT-GAA-TCC-----GACGA---A----A--T--G-----CC-GTA-GAAAA-TCCGAA-ATTTGA---T--GA----A-----AAAC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-CAA--A-A--CGTTG-G------A----TTTGG--T--T-A-------C-ATG----TT------------T--------G----T--A-----TATCTGTACA-----T--------T-GT-G-------G----GT-----GGAAT----TATGCCAGAATTTTGA--AGTAC--------------------------------A-ATT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-TCATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTGA---CA----CATGG-CCAG-G-T--AA-C-GTTT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-CAAG--AGTTCCGATA-T-C-
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                  --A-A--TGTTG-A------A----TGTGG--C--G-A-------C-ATT----TTCATTTCTTTATCT--------G----T--T-----T--------------T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----T------GA-----GA--GGCA-----------GA-C-GA-ACCGTGC-----A-C-ACT---ACA---GG-T-AA-------C-----A-G---T-C-TAC-ACAT------------TACG-TA--A-CTGT---CA----CGTGA-CCGG-G-T--AC-C-GTCT-T-----C--CTACCTCC-
gi|2                          :   ctAGTGGAGAG-CGGATG-ATAA---C-GGCTA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATG--A-A-AC-TG-TTTGAG-ATC-----GACGA---A-------T--G-----CC-ATA-GAAA--TCTGAAGA-AGGAATAT--GA----A-----AA-C--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-A-A--A-AAATGGTG-A------A----TTTGG--T--GGA-------C-ATT----TT------------T--------G----T--AATCTGT--------AA----T--------T-GT-G-------A----GT-----G--AT----T-TGCCAGAATTTTGA--GGTACA----A-GATGA-CCAA-TTCGTAC-----T-ATATTTTAATTTTAAC-T-AACGGTATTTG---CA-A---T-C-AAA-ACAGC-CCCTAAA--TTACG-TA--G-GCGTGTTCA----TATGA-CCGG-GGT--AA-C-GTCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTACGATAGT-CACAG----GAAAC
gi|20                         :                                                                                                                                                                            aT----CAC---A--A-C-C-A--A-AA-TGTTG-A------A----TTTGG--T--G-A-------A-ATT----a
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTGTGA--GGTACA----AGGATGA-C-AA-TTCGTAC-----A-A-TTT---TTT---AC-T-AA-------AG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTggtacaaggatgacaattcgtacaattttttactaaagtaatcaaaacatgccctaaattacgtagtt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               aatttcaccaaattcaacattttggT-G-------A----AT-----GGACT----TCTGCCCGAGTTAAGA--TATACA----AAGACCA-C-AT-TACGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-T-CA-------TG---TG-A---T-C-AAA-ACATA-CCCTATA--TT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                       tctctatctaaTT----TT------------T--------GAAAGT--A-----T--------A-----T--------T-GT-T-------A----GT-----GGAAT----TATGCCAGAATGTTGA--GGTACA----AAGATGA-C-GA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-----------------TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttg-C-AAA-AGATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CATT---CA-----A--------------AA-C-ATCT-T-----C--CTACTTCG-ATGTG-GAAG--TTTTACGATA-T-C-CAGCAGTGAAAC
gi|25                         :     AGTGGG-AG-CAGACG-A-AA---C-G--TA--CTT-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-GAA-TCC-----GGCGA---A----A--T--
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gaaGATGA-A-AA-TTCATAC-----A-A-ACG---ATT---AC-T-GA-------TA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CC----A--T---------G-TT-T---CA----CATGG-CAGG-G-T--AA-a
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              --------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCCAGAATCAAGA--AATACA----ATGATGA-C-AA-TTCGTAG-----A-A-ACT---AT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ATGA-CCGG-G-TTTAA-C-GTCT-T-----T--CTACCT-T-ATGCGTTAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGA
gi|29                         :     AGTGGT-AG-CGGATGTG-AG---A-G--TC--TTCTTGAGT---C-T-C-GTTAATA--GAA-AC-TG-TT-G
gi|3                          : gaatAGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---CCG--TA--TTC--GAGTTC-C-TGCTGTT-ATA--G-A-AT-AG-TT-GAG-TCC-----GGCAG---A----A--T--A-----CC--TA-GAAAAATCCGAA-A-TGGA---T--GAATTTA-----AAAA--CCGATA-CC----CAT---T--A-C-G-A--A-A--TGTTG-A------A----TTTGAGTT--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----T--A-----C--------A-----T--------TCGTGG-------A----GTTG---GAAAT----TCTGCCAGAA-TGTGA--GGTACA----ACGGTGA-C-AA-TTCGTGC-----A-A-ATTC--ATTC--AC-T--A-------TGA--TA-A---TAC-AAA-ACATGATCCTAAAATCTACG-TA--T-TTGT---CA----CATGA-CCGG-G-T--AACC-GTTT-T-----T--CTACCTCC-ATGAG-TAAG--AG-TGCGATA-T---CAG----GAAACG
gi|31                         :    aAGTGGA-AG-CAGATG-A-AA---C-G--TT--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTAATA--G-A-A
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaaA-C-ATTT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-CAAG--AGGTCCCATA-T-T-CAG----GAAACG
gi|33                         :     AGTGGA-AG-CGGGTG-A-AA---C----TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTATCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|4                          :     AGTGAA-AT-TGGATG-A-AA---C-G--TA--TAC-TGAGT-C-C-T---GTTAATA--G-TTAC-TG-TT-TAA-TCC-----GGCGA---A----A--TATG-----CC-ACA-GAAAA-TCCGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AAGC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-C-A--A-A--TGTTG-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----TTGA-----TCTGTCT--A-----T--------C-GT-G-------A----AT-----GGAAT----TCTGCCAGATTTAAGA--GGTACA----AAGACGA-C-CA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---GC-T-AA-------TA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-TCCTAAA--TTACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCGA-G-T--AA-C-GTCT-T-----T--GTACCTCC-TTGCA-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|5                          :     AGTGGA-AG-TGGATG-A-AA---T-G--TG--TTC-CAAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TT-AT-GAA-TCA-----GGCAA---A----A--TATG-----TC-ATA-GAAAA-TCAGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AATC--TTGA-A-TT----CAT---C--A-C-C-A--A-A--TGTTG-ATTCAAAA----TTTGG--T--G-A-------A-ATT----TT------------TATTTATCCG----T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCTAGAATTAAGA--GGTACA----AAGATGA-C-AA-TTCATAC------------------------T-AA-------CA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCAG-G-C--AA-C-ATCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTCCGACA-T-C-CAG----GAAATGAC
gi|6                          :   aaAATGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TG--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTCAATA--G-A-AC-TG-TT-GAG-TCC-----GGCGA---A----A--T--G-----CC-ATA-GAAAA-TATGAA-A-TGGA---T--GA----ATTTAAAAAC--CCGA-T-AT----CAT---A--A-C-C-G--A-A--TGTTG-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------A----T--A-----C--------A-----T--------T-GT-A-------A----GT-----AGAAT----TCTGCCAGAATTATGA--GGTACA----AAGGTGA-C-AA-TTTGTGC-----A-A-ATT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTGT---CA----CATGA-CCAG-G-T--AA-C-GT-T-T-----T--TTACCTCC-ATGAG-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAATGAC
gi|7                          :     AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-CTT-CTGTTAATA--G-A-GCATG-TT-GGA-TCCT----GGTGA---A----A--T--G-----CC-ATAGGAAAA-T--GAA-A-TGGA---T--GA----ATT---AAATAACCGA----T----CAT---T--A---C-G--A-A--TGTTG--------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T-------------T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTG-CAGAATTTTGA--TGTACAT---AAGGTGA-C-AA-TT-GTGC-----A---------ATT---ATAT-AAT------TG---TA-A---T-C--AA-ACATG-CCCTAAAC-TTACG-TA--G-TTAT---CA----CATGA-CT-G-G-T--AA-T-G--T-T-----T--TTAC--TC-A---G-TAGT--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|8                          :        aaA-AG-GGGGTG-A-AA---T-G--TA--TTC-CGAGT-T-C-T-TTGCTAATT--A-G-AC-TT-TT-TAA-TCC-----GGCGA---A-------T------------TA--------CCGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AAGC--CTGA-A-TT-----AT---T--A-C-C-G--A-A--TGCTG-A------A----TATGG--A--G-A-------C-GTT----TT---------------------A----T--------T--------A-----T--------T-AT-G-------A----AT-----ACAAT----AAAGACAGAATTAAGA--ACTCCT----AAAATGA-C-AA-TTCGTAC-----A-A-ACT---TTT---AA-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTGAA--TTACC-TA--G-CTGT---TA----CATGA-CCGG-G-T--AA-T-GTCT-TAAGC-TTGCTACCTCC-TAGCG-TAGG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|9                          :                                        taaGAGT-C-T-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-GAA-T-C-----GGCCA---AAT--A--T--G-----CC-ACA-GAAAA-TCCAAA-A-TGGA------GA----A-----AAGC--CCGA-T-TT----CAT---T--A-C-C-A--A-A--TGTTG-A------A----TTTGA--T--G-G-------A-ATT----TTTATTTATCTATAT--------G----T--A-----A--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCCAAAATTAAGA--AGTACA----AAGGTGA-C-AA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-A-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-CCACG-CCCTAAA--TCACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCGG-G-T--AA-C-GTCT-T-----T--CTACCTCC-GTGTG-TAAG--AGCTTTTATG-T-C-CAG----GAAATG


blockSeqs                     :           G  .      T T  .   C GC  AC   T     T T T G         TA A T  A  C  A   .   T         AAT ATATA   GATATG    G   G     A      G T    ATA TC  ATTT TTTAA  A AA    AA   TTGA   AAA TT T . GAA  T AT     C TATACCA         GT TT G TCATTTT .   GTTA  TATTTATCTATATGTAAAT                                         C  G TAATTGC AACT  CTTGA     AA   A          TT  CT      AATT       . C  T       TTGTC T T   TTA   TTA  A GA CGGTATTTG     . CGT A A   .     A       AT     G  AC C    GTT  GACA     .    T G TT  C .    . AAGC  TG        .     T    .           G . A   CAGT
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  T   .   .         .   ATA     ATG       .   .     A      . A    .   .   .    TT     A .     TA   .      .   T  . . AA   . AA     . TTCAAAA         .  .  . .       .   CTA   CATTTCTTTATCTGTTTT                                          .  G C       .     TG        .    C          AA  .       T          . .  .       .     . .   C     C    . A  TGA           . .   . T   .     .       T      .  .  .    .    .        .    . . .   C .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   AA      ATG       .   .     .      . .    .   .   .    .      C .     A    .      .   .  . . G    . A      . AAAAA           .  .  . .       .   .     TGTATATCTGTACAT                                             .  . .       .     .         .    T          TT  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . A  TTG           . .   . .   .     .       C      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   A       G         .   .     .      . .    .   .   .    .      A .     A    .      .   .  . . A    . A      . ACA             .  .  . .       .   .     TGTATATCTGTATAT                                             .  . .       .     .         .    T          TT  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . A  TG            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   A       G         .   .     .      . .    .   .   .    .      T .     A    .      .   .  . . A    . A      . TA              .  .  . .       .   .     TGTATATCTGTATAT                                             .  . .       .     .         .    T          CT  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . A  AG            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   A       G         .   .     .      . .    .   .   .    .      G .     G    .      .   .  . . A    . .      . A               .  .  . .       .   .     TGTATGTCGGTATAT                                             .  . .       .     .         .    T          CT  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . A  TG            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   A       G         .   .     .      . .    .   .   .    .      A .     A    .      .   .  . . T    . .      . A               .  .  . .       .   .     TGTTGATCTGTCTAT                                             .  . .       .     .         .    T          TT  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . A  TG            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   A       G         .   .     .      . .    .   .   .    .      G .     A    .      .   .  . . T    . .      . A               .  .  . .       .   .     TATTTATCCGTATAT                                             .  . .       .     .         .    C          TT  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . C  GG            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   A       A         .   .     .      . .    .   .   .    .      T .     T    .      .   .  . . A    . .      . A               .  .  . .       .   .     ATATTTATCTAATC                                              .  . .       .     .         .    C          GT  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . G  AG            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   A       G         .   .     .      . .    .   .   .    .      A .     A    .      .   .  . . A    . .      . A               .  .  . .       .   .     TGTAATCTGTAAT                                               .  . .       .     .         .    A          AA  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . A  TG            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   A       G         .   .     .      . .    .   .   .    .      A .     A    .      .   .  . . A    . .      . A               .  .  . .       .   .     TTTATCTGTTTT                                                .  . .       .     .         .    C          TT  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . A  TA            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   A       A         .   .     .      . .    .   .   .    .      G .     A    .      .   .  . . A    . .      . A               .  .  . .       .   .     TGAAAGTATAT                                                 .  . .       .     .         .    C          AA  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . A  TA            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   A       G         .   .     .      . .    .   .   .    .      G .     A    .      .   .  . . A    . .      . A               .  .  . .       .   .     TATTTCTAT                                                   .  . .       .     .         .    C          GT  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . A  CA            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   A       G         .   .     .      . .    .   .   .    .      . .     T    .      .   .  . . G    . .      . A               .  .  . .       .   .     TATGTTT                                                     .  . .       .     .         .    C          AA  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . A  TG            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .   .   
blockSeqs                     :           .  .      . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   A       G         .   .     .      . .    .   .   .    .      . .     A    .      .   .  . . G    . .      . A               .  .  . .       .   .     TGTATAT                                                     .  . .       .     .         .    C          AA  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . A  TG            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .     .    .           . . .       
blockSeqs                     :                     . .  .   . .   .    .     . . . .         .  . .  .  .  .   .   .         .   .       .         .   .     .      . .    .   .   .    .      . .     T    .      .   .  . . G    . .      . A               .  .  . .       .   .     TGTACAT                                                     .  . .       .     .         .    C          AT  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . .  TG            . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .                                  
blockSeqs                     :                                .   .    .     . . . .         .  . .                              .                           .      . .    .   .   .    .      . .     .    .      .   .  . . A    . .      . A               .  .  . .       .   .     TATACAT                                                     .  . .       .     .         .    A          TT  .       .          . .  .       .     . .   .     .    . .  C             . .   . .   .     .       .      .  .  .    .    .        .    . . .   . .    . .     .         .                                  
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGAAAATCTAACATGTTTCTTCCCTGAGTGAATTGAATTTGATGGAACTATTTTTATCAGAATATATGAATCAAGTTATGAGTAGAATATTATGCCAA
Unaligned ( gi|30 ): AAGTGAAAGCGGATAAAAAGTATTAACACATTGTCTACTAAGCCAATTTA






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consensus                     :     AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-GAA-TCC-----GGCGA---A----A--T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AANC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-C-AAA--TGT-TG-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCCAGAATTNTGA--GGTACA----AAGATGA-C-AA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCGG-G-T--AA-C-GTCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
Reference ( family-348 )      :     AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-GAA-TCC-----GGCGA---A----A--T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AANC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-C-AAA--TGT-TG-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCCAGAATTNTGA--GGTACA----AAGATGA-C-AA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCGG-G-T--AA-C-GTCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|1                          :     AGTGGA-AGTCTGTTG-A-AAAACT-G--TA--T-C-CGAGT-C-C-T-TTTATGACA--G-T-TC-TG-TT-GAAATCCACGAAGACAA---A----AAAT--G-----CA-ATA-GAAAC-TACGAA-GGTGGA---T--GA----A-----AATC--CGAA-G-TG----TAT---T--A-CAC-AGA--CTTCTG-AT-----C----TTTAG--T--GGA-------CGATT----TTAACACGCACCT-T--------G----T--A-----T--------A-----T----------GT-G-------A----GT-----GGAAGGAGACCTATAAATATAATGA--AGGACA----AAGATGAAC-AA-TACATAA-----ACA-ATT---TTT---AT-T-AG-------CGAATTATA---T-C-AAACACA-A-TCTTATA--TTACG-TA--G-TTGT---CAC---CATTATCCAGCG-T--AA-CAGTCTATGTGAAT--CCACTGCCAATGCG-TAAGATAG-TCCAATA-TGC-CAG----GAAA
gi|10                         :  aaaAGTGGA-GG-CGGATG-A-AA---C-G--TG--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--T-T-CT-TG-TT-GAA-TCC-----GACGA---A----A--T--G-----CC-GTA-GAAAA-TCCGAA-ATTTGA---T--GA----A-----AAAC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-CAAAA--CGT-TG-G------A----TTTGG--T--T-A-------C-ATG----TT------------T--------G----T--A-----TATCTGTACA-----T--------T-GT-G-------G----GT-----GGAAT----TATGCCAGAATTTTGA--AGTAC--------------------------------A-ATT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-TCATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTGA---CA----CATGG-CCAG-G-T--AA-C-GTTT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-CAAG--AGTTCCGATA-T-C-
gi|11                         :                                                                                                aaa----A--T--G-----CCGATA-GAAAAATCAGAA-AATGGA---TTCGA----A--------C--TCGA-A-TA----GAT---TTTA-C-T-GAA--TAG-TA-ATATACCA----TTTGA--T--G-A-------C-ATC----TTA-----------T--------A----T--T-----T--------A-----TCTAATC--T-GT-T-------AAACTGTCTTGAGGAGTAA--TCTGTCAGCATTAAGA--GGCACA----AAGA-GA-C-AA-AATGTAC-----TTA-ACT---ATA---AC-TGAA-------AG---AT-A---T-C-AAA--CATT-CCCTAAC--ATATGGTAACG-CTGT---CAGACACATGA-CCCGTG-T--AA-C-ATCT-T-----T--GTACCTCC-ATGCG-TAAG--AATT-CGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|12                         : aaatAGTGGA-GG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTT-CGAGT-TTC-G-CTGTTGATATAG-A-AC-TGCTT-GAA-TCT-----CGCGA---A----AA-T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-G-AGAA---T--GA----A--------C--CCGA-AATT----CAT---TT-A-C-C-AAAA-TGG-TG-G------ACA--TTTGG--TTTG-A-------C-ATT----TT------------T--------G----T--A-----T--------A-----TCTGTATATT-GT-GC------A----GT-----GGAAT----TTTGCCAGAATTTTGA--GGTACA----AAGATGA-C-AGTTTCGTAC-----A-A-TTT---ATT---AC-T--A-------TG---CA-A---T-CAAAA-ACATG-CCCTAAAT-TTACG-TA--A-TTGT---CA----CATGA-CCGG-
gi|13                         :                                                                              aaA-TCC-----GGCGA---A----A--T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-G-AGGA---T--GA----A-----AAAC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-C-AAAATTGT--G-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----T--A-----T--------A-----TCTGTATATT-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TTTGCCAGAATTTTGA--GGTACA----AAGATGA-C-AA-TTCGTACTTGTCA-A-TTT---ATT---AC-T-AT-------TG---CA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--A-TTGT---CA----CATGA-CCGG-G-T--AA-C-GTCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAAC
gi|14                         :                                --TA--TTG-AGAGT-C-C-T-CTATTGATA--G-A-AC-GG-TT-GAA-TCC-----GGCGA---A----A--T--GATATGCC-ACA-GAAAA-TTTTAA-A-TGGA---C--GA----A-----AACC--CTGA-G-TT----CAT---T---------------T-TG---------------TGG--T--G-A-------A-ATTGTTATT------------T--------A----T--G-----T--------T-----T--------T-GT------------------------AT----ATTGC--GAATTCTGCCTGGTTTA----G-GAGGA-----------AC-----A-A-ATT---A---------------------------------C-AAA----TG-ACCTAAA--TTATG-TA--T-CTGT---CA----CAAGA-CCAC-G-T--AA-C-GTTT-T-----T--CTACCTCC-A
gi|15                         :     AGTGGA-GG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-T-TC-TG-TT-GAA-TCC-----GGCTA---AATATA--T--G-----CC-ATA-GAAAA-TCCGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AAAC--CCAA-A-CT----CAT---T--A-CGA-AAA--TGT-TG-A------A----TTTGA--T--G-A-------C-ATT----TT------------TGTATGTCGG----T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TTTGGCAGAATTCTGA--GGTACA----AAGATGA-C-AA-TTAGTAC-----A-A-
gi|16                         :              aaGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-TGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-A------------TCT-----AGCTA---A----A--T--A-----CC-ATA-GAAAA-TCCAAA-A-TGGA---T--GA----A-----AATC--ACGA-A-TTTTGACATAAAT--A-C-C-AAAA-TGT-TA-A------AAAAATTTTG--T--------------ATG----TC------------T--------G----T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GAAAT----TTTGCCAGAATTTTGA--GGTACAAATTAAGATGA-C-AA-TGCGTAC-----A-A-TTT---TTT---AC-T-tttg
gi|17                         :     AGTGGA-AG-CGAGTG-A-AA---C----TAACTTC-GAAGT-C-C-T--TGTTGAT---G-A-AC-TG-TTAGAA-TCC-----TGCAAAATA----A--T--G-----CC-AAA-GAAAA-TC--AA-A-TGAA---T--GA----A-----AAGC--CTTA-T-TT----C-----T--ATC-C-TAA--TGT-TGCA------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATTCTA-TT------------T--------ATT--T--C-----T--------A-----T--------T-GT-GTAATTGCA----AT-----GG-AT----TCTGTC
gi|18                         :                                                                                                                        gaaAAAA-TCCGAC-A-TGGA---T--GA----A-----GA----CTGA-A-TT----C-----T--A-C-CTATA--TGT-TG-AT-----A----TGTGG--C--G-ATCATTTTC-ATT----TC------------T--------T----T--A-----T--------CTGTTTT--------T-GTGG-------A----GT-----GGAAT----T-----GGA-----GA--GGC--------AGAC---C-GA-ACCGTGC-----A-----------C---AC-T-AA-------GG---TA-ACGTT-CTAAA-A-------CTACA--TTACG-TA--ACCTGT---CA----CGTGA-CCGG-G-T--AACC-GTCT-C-----C--TAAACTCC-Accacattaaggggtcaca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                  AA--TGT-TG-A------A----TGTGG--C--G-A-------C-ATT----TTCATTTCTTTATCT--------G----T--T-----T--------------T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----T------GA-----GA--GGCA-----------GA-C-GA-ACCGTGC-----A-C-ACT---ACA---GG-T-AA-------C-----A-G---T-C-TAC-ACAT------------TACG-TA--A-CTGT---CA----CGTGA-CCGG-G-T--AC-C-GTCT-T-----C--CTACCTCC-
gi|2                          :   ctAGTGGAGAG-CGGATG-ATAA---C-GGCTA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATG--A-A-AC-TG-TTTGAG-ATC-----GACGA---A-------T--G-----CC-ATA-GAAA--TCTGAAGA-AGGAATAT--GA----A-----AA-C--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-A-AAAAATGG-TG-A------A----TTTGG--T--GGA-------C-ATT----TT------------T--------G----T--AATCTGT--------AA----T--------T-GT-G-------A----GT-----G--AT----T-TGCCAGAATTTTGA--GGTACA----A-GATGA-CCAA-TTCGTAC-----T-ATATTTTAATTTTAAC-T-AACGGTATTTG---CA-A---T-C-AAA-ACAGC-CCCTAAA--TTACG-TA--G-GCGTGTTCA----TATGA-CCGG-GGT--AA-C-GTCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTACGATAGT-CACAG----GAAAC
gi|20                         :                                                                                                                                                                            aT----CAC---A--A-C-C-AAAA-TGT-TG-A------A----TTTGG--T--G-A-------A-ATT----a
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTGTGA--GGTACA----AGGATGA-C-AA-TTCGTAC-----A-A-TTT---TTT---AC-T-AA-------AG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTggtacaaggatgacaattcgtacaattttttactaaagtaatcaaaacatgccctaaattacgtagtt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             aatttcaccaaattcaacattttggT-G-------A----AT-----GGACT----TCTGCCCGAGTTAAGA--TATACA----AAGACCA-C-AT-TACGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-T-CA-------TG---TG-A---T-C-AAA-ACATA-CCCTATA--TT
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                     tctctatctaaTT----TT------------T--------GAAAGT--A-----T--------A-----T--------T-GT-T-------A----GT-----GGAAT----TATGCCAGAATGTTGA--GGTACA----AAGATGA-C-GA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-----------------TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttg-C-AAA-AGATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CATT---CA-----A--------------AA-C-ATCT-T-----C--CTACTTCG-ATGTG-GAAG--TTTTACGATA-T-C-CAGCAGTGAAAC
gi|25                         :     AGTGGG-AG-CAGACG-A-AA---C-G--TA--CTT-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-GAA-TCC-----GGCGA---A----A--T--
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gaaGATGA-A-AA-TTCATAC-----A-A-ACG---ATT---AC-T-GA-------TA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CC----A--T---------G-TT-T---CA----CATGG-CAGG-G-T--AA-a
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            --------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCCAGAATCAAGA--AATACA----ATGATGA-C-AA-TTCGTAG-----A-A-ACT---AT
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ATGA-CCGG-G-TTTAA-C-GTCT-T-----T--CTACCT-T-ATGCGTTAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGA
gi|29                         :     AGTGGT-AG-CGGATGTG-AG---A-G--TC--TTCTTGAGT---C-T-C-GTTAATA--GAA-AC-TG-TT-G
gi|3                          : gaatAGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---CCG--TA--TTC--GAGTTC-C-TGCTGTT-ATA--G-A-AT-AG-TT-GAG-TCC-----GGCAG---A----A--T--A-----CC--TA-GAAAAATCCGAA-A-TGGA---T--GAATTTA-----AAAA--CCGATA-CC----CAT---T--A-C-G-AAA--TGT-TG-A------A----TTTGAGTT--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----T--A-----C--------A-----T--------TCGTGG-------A----GTTG---GAAAT----TCTGCCAGAA-TGTGA--GGTACA----ACGGTGA-C-AA-TTCGTGC-----A-A-ATTC--ATTC--AC-T--A-------TGA--TA-A---TAC-AAA-ACATGATCCTAAAATCTACG-TA--T-TTGT---CA----CATGA-CCGG-G-T--AACC-GTTT-T-----T--CTACCTCC-ATGAG-TAAG--AG-TGCGATA-T---CAG----GAAACG
gi|31                         :    aAGTGGA-AG-CAGATG-A-AA---C-G--TT--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTAATA--G-A-A
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aaaA-C-ATTT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-CAAG--AGGTCCCATA-T-T-CAG----GAAACG
gi|33                         :     AGTGGA-AG-CGGGTG-A-AA---C----TA--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTATCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|4                          :     AGTGAA-AT-TGGATG-A-AA---C-G--TA--TAC-TGAGT-C-C-T---GTTAATA--G-TTAC-TG-TT-TAA-TCC-----GGCGA---A----A--TATG-----CC-ACA-GAAAA-TCCGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AAGC--CCGA-A-TT----CAT---T--A-C-C-AAA--TGT-TG-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------G----TTGA-----TCTGTCT--A-----T--------C-GT-G-------A----AT-----GGAAT----TCTGCCAGATTTAAGA--GGTACA----AAGACGA-C-CA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---GC-T-AA-------TA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-TCCTAAA--TTACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCGA-G-T--AA-C-GTCT-T-----T--GTACCTCC-TTGCA-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|5                          :     AGTGGA-AG-TGGATG-A-AA---T-G--TG--TTC-CAAGT-C-C-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TT-AT-GAA-TCA-----GGCAA---A----A--TATG-----TC-ATA-GAAAA-TCAGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AATC--TTGA-A-TT----CAT---C--A-C-C-AAA--TGT-TG-ATTCAAAA----TTTGG--T--G-A-------A-ATT----TT------------TATTTATCCG----T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCTAGAATTAAGA--GGTACA----AAGATGA-C-AA-TTCATAC------------------------T-AA-------CA---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCAG-G-C--AA-C-ATCT-T-----T--CTACCTCC-ATGCG-TAAG--AGTTCCGACA-T-C-CAG----GAAATGAC
gi|6                          :   aaAATGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TG--TTC-CGAGT-C-C-T-CTGTCAATA--G-A-AC-TG-TT-GAG-TCC-----GGCGA---A----A--T--G-----CC-ATA-GAAAA-TATGAA-A-TGGA---T--GA----ATTTAAAAAC--CCGA-T-AT----CAT---A--A-C-C-GAA--TGT-TG-A------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T--------A----T--A-----C--------A-----T--------T-GT-A-------A----GT-----AGAAT----TCTGCCAGAATTATGA--GGTACA----AAGGTGA-C-AA-TTTGTGC-----A-A-ATT---ATT---AC-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTAAA--TTACG-TA--G-TTGT---CA----CATGA-CCAG-G-T--AA-C-GT-T-T-----T--TTACCTCC-ATGAG-TAAG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAATGAC
gi|7                          :     AGTGGA-AG-CGGATG-A-AA---C-G--TA--TTC-CGAGT-C-CTT-CTGTTAATA--G-A-GCATG-TT-GGA-TCCT----GGTGA---A----A--T--G-----CC-ATAGGAAAA-T--GAA-A-TGGA---T--GA----ATT---AAATAACCGA----T----CAT---T--A---C-GAA--TGT-TG--------A----TTTGG--T--G-A-------C-ATT----TT------------T-------------T--A-----T--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTG-CAGAATTTTGA--TGTACAT---AAGGTGA-C-AA-TT-GTGC-----A---------ATT---ATAT-AAT------TG---TA-A---T-C--AA-ACATG-CCCTAAAC-TTACG-TA--G-TTAT---CA----CATGA-CT-G-G-T--AA-T-G--T-T-----T--TTAC--TC-A---G-TAGT--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|8                          :        aaA-AG-GGGGTG-A-AA---T-G--TA--TTC-CGAGT-T-C-T-TTGCTAATT--A-G-AC-TT-TT-TAA-TCC-----GGCGA---A-------T------------TA--------CCGAA-A-TGGA---T--GA----A-----AAGC--CTGA-A-TT-----AT---T--A-C-C-GAA--TGC-TG-A------A----TATGG--A--G-A-------C-GTT----TT---------------------A----T--------T--------A-----T--------T-AT-G-------A----AT-----ACAAT----AAAGACAGAATTAAGA--ACTCCT----AAAATGA-C-AA-TTCGTAC-----A-A-ACT---TTT---AA-T-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-ACATG-CCCTGAA--TTACC-TA--G-CTGT---TA----CATGA-CCGG-G-T--AA-T-GTCT-TAAGC-TTGCTACCTCC-TAGCG-TAGG--AGTTCCGATA-T-C-CAG----GAAACGAC
gi|9                          :                                        taaGAGT-C-T-T-CTGTTGATA--G-A-AC-TG-TT-GAA-T-C-----GGCCA---AAT--A--T--G-----CC-ACA-GAAAA-TCCAAA-A-TGGA------GA----A-----AAGC--CCGA-T-TT----CAT---T--A-C-C-AAA--TGT-TG-A------A----TTTGA--T--G-G-------A-ATT----TTTATTTATCTATAT--------G----T--A-----A--------A-----T--------T-GT-G-------A----GT-----GGAAT----TCTGCCAAAATTAAGA--AGTACA----AAGGTGA-C-AA-TTCGTAC-----A-A-ACT---ATT---AC-A-AA-------TG---TA-A---T-C-AAA-CCACG-CCCTAAA--TCACG-TA--G-CTGT---CA----CATGA-CCGG-G-T--AA-C-GTCT-T-----T--CTACCTCC-GTGTG-TAAG--AGCTTTTATG-T-C-CAG----GAAATG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGAAAATCTAACATGTTTCTTCCCTGAGTGAATTGAATTTGATGGAACTATTTTTATCAGAATATATGAATCAAGTTATGAGTAGAATATTATGCCAA
Unaligned ( gi|30 ): AAGTGAAAGCGGATAAAAAGTATTAACACATTGTCTACTAAGCCAATTTA