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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ggatgttaagttacattttaggtgtGTTTCGCTCC-GAAAAAC-GGTT----CGC-----TCC--GAGAC---G-ATT--C----gtcccg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taggtgcGTTTCGCTCG-ACAAGAC-GCTTTATCCGCCTTCACCC--AAGAC---GAATT--CGCGTCTC-CCAAGAAGAA-C-TTTCA--------------GCCTCACAGA-AGACA-GCG--G--TTTAAGC-A-CAACAT---GTCTT-CGCTAGAGC-AATG-TTTTGTCGTGTGTAGAGT--AATCACTCCAATCGCTG-G-TTTAAATGGCAT----------TTT-GTC---TATATATTCATT-ACCGATT---TTTA--ACAAGATT-TTT--AAACGG--A-TTCACA-CAAC------AA-AG-----AA-TC---A-ATGC---CAACCA-A--------GGGTT-------C--G------------ATTGAAGCAGT----AAACTT--A---AA--G----------AA-AAGAAAGCTACCCGCCA--TTATGG--G------TACTTCTTACC-TCAAAAAATCTGA-TGA--T--------T-Agtcccgttac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cggttgcgggaccTTTCGCTCC-GA-AGAC-GGTT----CAC-----TTC--GAGAC---G-ATT--C----a
gi|4                          :       aaagacgtttcgctctaagacgattcgcgccgaaaggcggttaccccaaaattttcgctagcaatgtttgtctgataattatttgatattattttgtcttttgatattcttaccgaatttaaaagattttatgtaaaagtaatgaagcacaataaacggattcacaaaactagtaatggtgattgaagtaaaactaccgccatagtactcttctctcaaaatctgataaatttacatctgctgggatcatttttaatttggagacatgatgagactcttaattatgagatgccaggccgtttataatatattggggtattgaaaaatgcatggatgttaaattacattatagtgcTTTCGCTCT-GAAAGAG-ATTT----CGC-----TCC--AAGAC---G-ATT--CG---CTC-C--AAAAGAC-G-TTTCGCCTCAAGACGTTTAGCTCT---GA-AA--G-GTG--G--TT--AGC-CCCAAAAT---AT-TC-CGCA--AGC-AATG--CTTGTC-TG------AT--AATCATT--------TA-A-T----AT--AAT----------TTT-GTCTTTTTGATATTCA-T-ACCGA-T---TTTA--A-AACA-T-TTTGAAAGCTG--C-TT---A-TGATG---TAAA-AG----TAC-TG---A-A-GCA--CAATTA-AG-------GGATTCAGAAAAC--AAATCAA-TGCCAACC--AACGGT----GA--TTG-A---AG--TAAGATTAAAGAA-AA-----CTA-CCGTCA--T----ATGG------TAC-TCTTA-C-AC--AAATTCTGA-TAA--T--------G-AAATC---TGCT-GGGG-TTA---TTCTT---AATTTGGAGACCCTCTTAGGAGAATATAATGAGAC-TCT-T-TAAAATTTT-ATGA--GA---TG-CGAGG-CCGTT---------TA-TA-----AT-acgtcccgttac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ggacaTTC-CTCC-AACAAAC-GTTT----CGC-----TCC--CAGAC---G-ATG--CG---CTC-C--AAAAGA--G-TTTCGCG------------GCC-----GA-AA--GTGC------TT--AG--CTCAA--------------------T-AAT--GTTTGTC-TT------AT--AATTA-T--------TG-ATT----AT--TA-----------TTT-GTCTTTTTGATATTCA-T-ACCGA-A---TTTAAGA-AAGATT-TTTAAAAAC----T-TT---A-TGATG---TAAATAG----TAA-TATGTA-A-GCA--CAATAA-AT-------CGATTC-----ATCAAA---AA-T----ATT--AAC-GT----GA--TTAAA---AA--T----------AATAA-----CTA-CCCCAA--T----A---------TAC-TCTTA-C-TC--AAAATCTCA-TAA--T--------T-ACATC----GCT-GGAA-TTA----TTTT---AATTTAG-------------AGAC-ATAATGAGA--TC--T-TAA----TT-ATGA--GA---TG-CCAGG--CGTTAT--A-A--TA-T------AT-T--------------GGTA----TT--GAAAAA--GCAT--GGG--ATGTT----TAAATACATT-ATCA--T-G-TGCGAA--T-CG---T--C--T--CTG-A-TG-A--T--------C-G---C-TG-TC--G-ATC-G-A-A-AC--TCCCGTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gTTCACTCC-AAAAGAC-GTTT----CGC-----ac
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ctccaagacaaTTCGCTCC-GAAAGAC-GTTT----CGC-----GCCGAAAGTC---G-GTTAGC----C-C-C--AAA--AT-G-TTTCgccgaaaggcggttagccccaaaatgtttcgcttgcaattgtttgtctgataattatttcatattattttgtctttttatattcatattgaatttaaaagatttttaaaactgt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acgaTTC-CTCCGAAAAGAC-GTTT----CGC-----CCC--CAGAT---G-GTT--CG---CCC-T--CGAGGACGG-GTTCGCG------------GGC-----GAGAA--G-ACG--GGTTT--AGC-CCCAAATA---GT-AT-CGCT--AGC-GATT-G--TGTC--G------AT--A--------------TG-A-T----AT--TGTAAGTTAAAAACTT-GTC-TTTTGATA--CA-T-ACGGT-ATGTTTTG--A-AAAAtctgataattatttgatattattttgtcttt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cgagtgcgggactattcgctcccaaagaacgtgcgcgccagagacccaAGAC-GTTT----CGC-----TCT--AAGAC---G-AT---------------------------TCGC-------------GCC-----GA-AA--G-GCG--G--TT--A-C-CCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTTGATATTCT-TTACCGA-A---TTTA--A-AAGATT-TT----------------------ATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTC-----AC--AA---AACT----AGT--AATGGT----GA--TTG-A---AG--T----------AA-AA-----CTA-CCGCCA--T----A--G------TAC-TCTTT-C-TC--AAAATCTGATAAAATT--------T-ACATC---TGCT-GGGA-TCA---TTTTT---AATTTGG-------------AGACA-TGATGAGACT-CT-T-TAA----TT-ATGA--GA---TG-CCAGG-CCGTT-T----A--TAATAT----AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-A--G-G-TGCGAA--T-CG---T--C--T--CGA-AGTGAA--C--------C-GT--C-TT-ACG-G-AGC-G-A-A-AC-GTCCCGTTagagtctccacgagtttttaggaaagactctacaata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaAGAC-GTTT----CGC-----TCT--AAGAC---G-AT---------------------------TCGC-------------GCC-----GA-AA--G-GCG--G--TT--A-C-CCCAAAAT----T-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTTGATATTCT-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGATT-TT----------------------ATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTC-----AC--AA---AACT----AGT--AATGGT----GA--TTG-A---AG--T----------AA-AA-----CTA-CCGCCA--T----A--G------TAC-TCTTCTC-TC--AAAATCTGATAAA--T--------TTACATC---TGCT-GGGA-TCA---TTTTT---AATTTGG-------------AGACA-TGATGAGACTC---T-TAA----TT-ATGA--GA---TG-CCAGG-CCGTT-T----A--TAATAT----AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GG---ATGTT----AAATTACATT-AT-A--G---TGCGAA--T-CG---T--C--T--CGA-AGTGAA--C--------C-GT--C--T-TCG-G-AGC-GAA-A-AC-GTCCCGTTac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaGAC-GTTT----CGC-----TCCGTAAGAC---G-GTT--CA---CTT-C----GAGAC-G-ATTCGC-------------ACC-----ac
gi|17                         :                     aaagacgtttcgctctaagacgattcgcgccgaaaggcggttaccccaaaatgtttcgctagcaatgtttgtctgataattatttgatattattttgtcttttgatattctttaccgaatttaaaagattttatgtaaaagtaatgaagcacaataaacggattcacaaaactagtaatggtgattgaagtaaaactaccgccatagtactctttctcaaaatctgataaaatttacatctgctgggatcatttttaatttggagacatgatgagactctttaattatgagatgccaggccgtttataatatattggggtattgaaaaatgcatgggatgttaaattacattataGAC-GTTT----CGC-----TCCAAAAGAC---G-GTT--CG---CTC-C----GAGAC-G-ATTCAC-------------ACC-----TA-AA--ccgttac
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ggatgttaagttacatGAC-GTTT----CGC-----TCCGAAAAAC---G-GTT--CG---CTC-C----GAGAC-G-ATTCGC-------------ACC-----ccg
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taC-----TCC--AAGAC---A-ATT--CA---CTC-C--AAAAGAC-G-TTTCGC-------------GCC-----GA-AA--G-GCG--G--TT--AGC-CCCAAAAT---GT-TT-CGCT--TGC-AATT-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TC-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTTTATATTCA-T-ATTGA-A---TTTA--A-AAGATT-TTT-AAAACTG--T-ccgttac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GAC---G-TTT--CGC--CTC-T--A---GAC-G-GTTCGC-------------GCC-----GA-AA--G-GCG--G--TT--AGC-CCCAAAATAATGT-TT-CGCT--AGC-GATGCGT--GTC-TG------TA--AATCATT--------TA-A-T----AC--TAT----------TTT-GTC-TTTTGATATTCA-T-ACCGA-T---TTTG--A-AACATT-TTT-ACAACAG--T-TT---
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GAC---G-TTT--CG---CTC-C--AAAAGAC-G-GTTCGC-------------TCC-----G---A--G-ACG--A--TT--CACACCTAAAAT---GT-t
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ggatgttaagttAC---G-ATT--CG---CTC-C--GAAAGAC-G-TTTCGC-------------GCC-----GA-AA--G-TCG--G--TT--AGC-CCCAAAAT---GT-TT-C-------------------TC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTccg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ----CTCGC--GAAAGAC-G-GTTCAC-------------TCC-----AA-AA--G-GCGAAG--TT--CGC-
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                       ctaccgccatagtactcttactcaaaatctgataaattacatctgctgggatattaatttggagacataatgagactctttatatatgagatgccagcgtttataatatcatctggtagggcgatattaagaaaaactgcatggggcatgttaaattacattaataggtGAC-G-TTTCGC-------------TCC-----GT-AA--G-ACG--G--TT--CAC-TTCGAGAC---GA-TT-CGCcgacaacttcccgttac
gi|6                          :                                                                          aaagacgtttcgctctaagacgattcgcgccgaaaggcggttaccccaaaatgtttcgctagcaatgtttgtctgataattatttgatattattttgtcttttgatattctttaccgaatttaaaagattttatgtaaaagtaatgaagcacaataaacggattcacaaaactagtaatggtgattgaagtaaaactaccgccatagtactctttctcaaaatctgataaaatttacatctgctgggatcatttttaatttggagacatgatgagactctttaattatgagatgccaggccgtttataatatattggggtattgaaaaatgcatgggatgttaaattacattataggtGAC-GTTTTCGC-------------TCC-----G--AA--G-ACG--G--TT--CAC-TTCGAGAC---GA-TT-CGCccgttac
gi|18                         :                                                                               aaagacgtttcgctctaagacgattcgcgccgaaaggcggttaccccaaaattttcgctagcaatgtttgtctgataattatttgatattattttgtcttttgatattcttaccgaatttaaaagattttatgtaaaagtaatgaagcacaataaacggattcacaaaactagtaatggtgattgaagtaaaactaccgccatagtactcttctctcaaaatctgataaatttacatctgctgggatcatttttaatttggagacatgatgagactcttaattatgagatgccaggccgtttataatatattggggtattgaaaaatgcatggatgttaaattacattatagtGAC-G-TTTCGC-------------TCC-----GA-AA--A-ACG--G--TT--CGC-TCCGAGAC---GA-TT-CGCccgttac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taggt-CCCAGAATT--GT-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTT-TG------AT--AAT-----------------------------------------------------TATTTA-T-----------TTTA--A-AAGATT-TTTGGAAAATG--T-TT---A-TGATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-ATTTAAAAGGGATTCACAAAAC--AA---AA-TGCCAGCC--AACGGA----GA--TTG-A---AG--TAAGATTAAAGAA-AA-----CTA-CCGCCATGT----G--G------TACTTCTTA-C-TC--AAAATCTGA-TAA--G--------T-ACATC---TGCT-GG-A-TTA---TTCTT---AATTTGG-------------AGAT-ATAATCAGA-TTCT-T-TAA----TT-ATGA--AA---TG-CGAGG-CCGTT---------TA-TA-----AT-ccgttac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            A--G-AAGATA-TTTTAAAACTGGGTGTT---ACTGATAGTTTACA-AGAATATAA-TG---A-AAGCAGACAGTAG-AC-------G-ATTTCAC--AC--AA---AC-T----ATT----CGGTCGGGGA--TTGCA---AGATT----------AA-AA-----------ACCA--T----A--GCTGAGTTAA-CGTTA-A-AC--AAAAATTGAATAA--T--------T-ACATCACTTG-T-GGAATTTAATTTTTTT---AACTCAA-----------TGAGA-GATAA-GAGACTCTTAT-TAA----TTAATGAAGAA---TGCCCAGGCCCGTT-TA-T-A--TA-TAAGAATAT-TTACTTAGG------GGTATATTTT--GAAAAAGTGCATTGGGA--ATGTTTTAAAAGTTACATT-AT-T--GTG-GGCGAA--T-CG---TCCC--T--CGGAAGTGGAATC--------CAGTTCC-TT-TCG-G-AGCGG-G-A-AA-GTCg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AGATTGTTTTAAAACTG--T-TT---A-CGATG---TAAA-AA----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------AGATTC-----AC--AA---AACT----ATT--AAACGT----GA---C--G---AG--T----------AA-AA-----CTA-CCGCCA--T----A---------TAC-TCTTA-CTTC--AAAATCTGATGAAT-T--------T-ACAT----TGCTGGGGA-TTA---TTTTA---CATTTGT-----------T-AGACATAAATAA---CTCT-T-T-A----TT-A-GA--GA---TG-TCAGG-CC-CT-T--T-A--TA-
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -----CTA-CCGCCA--T----A--G------TAC-TCTTA-C-TC--AAAATCTGATAAA--T--------T-ACATC---TGCT-GGGA--TA------TT---AATTTGG-------------AGAC-ATAATGAGAC-TCT-T-TAT----AT-ATGA--GA---TG-CCAG---CGTT-TA-TAA--TA-TC-----ATCT------GGTAGGGCGATA----TTAAGAAAAACTGCAT--GGGGCATGTT----AAATTACATTAAT-A--G-G-TGCGAACTT-CG---C--CTTT--TGG-AGTGAA--C--------C-GT--C-TT-TCGCG-AGC-G-ACA-AC-TTCCCGTTg
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              G-----------GAAAACA-TAATGAGACTCAT-T-TAAAATTTT-ATGA--GA---ac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gttacttagtttggagacgctccaaGG--ATGTT----AAGTTACATT-TT-A--G-G-TGTGAA--T-CG---T--C--T--CGG-AGCGAA--C--------C-GT--C-TT-TTG-G-AGC-G-A-A-AC-GTCCCGatcgaagcaggttatgatg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ACATT-TT-G--G-G--GT-AA--C-CG---C--C--TTTCGG-CGCGAA--T--------C-GT--C-TT---A-G-AGC-G-A-A-AC-GTC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaaACATT-TT-G--G-G--GCTAA--C-CG---C--C--TTTCGG-CGCGAA--A--------C-GT--C-TT-TTG-G-AGT-G-A-A-TT-GTCttcgctagcaatgtttgtctgataattatttgatattattttgtcttttgatattctttaccgaatttaaaagattttatgtaaaagtaatgaagcacaataaacggattcacaaaactagtaatggtgattgaagtaaaactaccgccatagtactctttctcaaaatctgataaaatttacatctgctgggatcatttttaatttggagacatgatgagactctttaattatgagatgccaggccgtttataatatattggggtattgaaaaatgcatgggatgttaaattacattataggtgcgaatcgtctcgaagtgaaccgtcttacggagcgaaacgtcccgttac
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctccaaACATT-AT-TTTG-G-GGCTAA--C-CG---C--C--TTTCGG-CGCGAA--C--------C-GT--C----TAG-A-GGC-G-A-A-AC-GTCttcgcttgcaattgtttgtctgataattatttcatattattttgtctttttatattcatattgaatttaaaagatttttaaaactgt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ACATT-TT-G--G-G--GCTAA--C-CGAC-T--T--T--CGG-CGCGAA--A--------C-GT--C-TT-TCG-G-AGC-G-A-A-TC-GTttcgctagcgatgcgtgtctgtaaatcatttaatactattttgtcttttgatattcataccgattttgaaacatttttacaacagtttt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T-A--G-G-TGCGAA--T-CG---T--C--T--CGG-AGCGAA--C--------C-GT--T-TT-TCG-G-AGC-G-A-A-AC-GTCCCGTTttctctgataattatttgatattattttgtcttt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -A--G-G--GCGAA--C-CA---T--C--T--GGG-GGCGAA--A--------C-GT--CTTT-TCG-G-AG--G-A-A-ac
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cgagtgcgggactattcgctcccaaagaacgtgcgcgccagagaccca-A--G-A-CGCGAA--TTCG---T--C--T--TGG--GTGAAGGCGGATAAAGC-GT--C-TTGTCG---AGC-G-A-A-ACGGTCCCGcgaggacgggttcgcgggcgagaagacgggtttagccccaaatagtatcgctagcgattgtgtcgatatgatattgtaagttaaaaacttgtcttttgatacatacggtatgttttgaaaaaagagtctccacgagtttttaggaaagactctacaata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           cggttg--G-G-CGCGAA--T-CG---T--C--T--TAG-AGCGAA--A--------C-GT--C-TT-Tcccaagaagaactttcagcctcacagaagacagcggtttaagcacaacatgtcttcgctagagcaatgttttgtcgtgtgtagagtaatcactccaatcgctggtttaaatggcattttgtctatatattcattaccgatttttaacaagatttttaaacggattcacacaacaaagaatcaatgccaaccaagggttcgattgaagcagtaaacttaaagaaaagaaagctacccgccattatgggtacttcttacctcaaaaaatctgatgattaa
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consensus                     :             GTTTCGCTCCGA-AA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAA-CTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCAC--A-AAACT------------A---------TT--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----T----------AA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATTAA--T--------TACATC---TGCT-GGGA-TTA---TTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A-------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TT-ATGA--GA---TG-CCAGG-CCGTTTA-T-A--T-ATA-----AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGG-AGTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
Reference ( family-3477 )     :             GTTTCGCTCCGA-AA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAA-CTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCAC--A-AAA-T------------A---------TT--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----T----------AA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATTAA--T--------TACATC---TGCT-GGGA-TTA---TTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A-------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TT-ATGA--GA---TG-CCAGG-CCGTTT--T-A--T-ATA-----AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-NGCGAA--TCG--T--C--TCGG-AGCGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|1                          :             GTTTCGCTCGGA-CA-G-ACAGTTT----CG------TCCA-AGA-CATCG-AT-CG---CTCC---G-AA-GA---------------C-TTGTCGC-GCC-----GA-AA--G-GTG---TT--AGCCC-AAAAT---GT-TTTCTCC--AGCCAACG-GTTGGTCCTG------ATCCAATTATT--------TATA-T----AT--TAT----------TTTTGTC-TTT--GATACTCAAT-ACCGA-A---TTTA--A-AAGTT-T--TTT-A-AA---TG--T-T----AT-GATT---TAAA-AG----TAACTG---ACA-GCA--CAATAATAC-------G-ATTCAC--A-AAAAT------------A---------TT--CACGGT----GA--TTAG-ACAG----T----------AA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-ATTA-C-T---AACATCTA--TAA--TTCTAAGGATACGGCT--TGC--GGAA-TTG---TTTTTTACAATTTGC-G--ACGAC--------------ATAATGAGACATCT-TATAA----TT-GTGA--GAGATTG-CTAGG-CCGTTTACT-AACT-ACT-----AT-T------GGCGTCC-GGTA----TC--GAAA----GCAC--GGG--ATG-C----GAATTAC--T-AT-AG-GATGCGAAT-TCGCTT--C--TCGG-GATGAA--CT--C--CTTTCG-GAAGC-G-A-ACATGTCCCGTT
gi|10                         :             acTTCGCTCCCA-AA-GAAC-G-TG----CGC-----GCCAGAGACC---C-ATTC----CTCC---GAAAAGA---------------C-GTTTCGC-CCC--------CA--G-ATGG--TT--CGCCCac
gi|10                         : cgagtgcgggactaTTC-CTCCGA-AAAG-AC-GTTT----CGC-----CCCC-AGA-T---G-GTTCG---CCCT---C-GAGGA---------------CGGGTTCGCGGGC-----GAGAA--G-ACGGGTTT--AGCCCCAAATA---GT-AT-CGCT--AGC-GATT-G--TGTC--G------AT--A--------------TG-A-T----AT--TGTAAGTTAAAAACTT-GTC-TTTT-GATA--CA-T-ACGGT-ATGTTTTG--A-AAAAtcgaggacgggttcgcgggcgagaagacgggtttagccccaaatagtatcgctagcgattgtgtcgatatgatattgtaagttaaaaacttgtcttttgatacatacggtatgttttgaaaaaagagtctccacgagtttttaggaaagactctacaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           cgagtgcgggactattcgctcccaaagaacgtgcgcgccagagacccaCTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATAAA--T--------TACATC---TGCT-GGGA--TA------TT---AATTTG--G--A-GAC--------------ATAATGAGAC-TCT-T-TAT----AT-ATGA--GA---TG-CCAG---CGTTTA-TAA--T-ATC-----ATCT------GGTAGGGCGATA----TTAAGAAAAACTGCAT--GGGGCATGTT----AAATTACATTAAT-AG-G-TGCGAACTTCG--C--CTTTTGG-AGTGAA--CC-GT--CTTTCGCG-AGC-G-ACA-ACTTCCCGTTagagtctccacgagtttttaggaaagactctacaata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGAT-TGTTTT-A-AAA-CTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AA----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------AGATTCAC--A-AAACT------------A---------TT--AAACGT----GA--C----G-AG----T----------AA----------AACTA-CCGCCAT----A---------TAC-T-CTTA-CTTC--AAAATCTGATGAAT-T--------TACAT----TGCTGGGGA-TTA---TTTTA---CATTTGT-T--A-GAC------A-------TAAATAA---CTCT-T-T-A----TT-A-GA--GA---TG-TCAGG-CC-CTT--T-A--T-Aac
gi|13                         :                                            C-----TCCA-AGA-C---A-ATTCA---CTCC---A-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--TGC-AATT-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TC-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-TATATTCA-T-ATTGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAA-CTG--T-g
gi|14                         :                                                        GA-C---G-TTTCG---CCTC---T-A--GA---------------C-GGTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAATAATGT-TT-CGCT--AGC-GATGCGT--GTC-TG------TA--AATCATT--------TA-A-T----AC--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-T---TTTG--A-AACAT-T--TTT-A-CAA-CAG--T-TT---
gi|15                         :                                                         A-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-TCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-C-------------------TC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GG--ATGTT----AAGTTACATT-TT-AG-G-TGTGAA--TCG--T--C--TCGG-AGCGAA--CC-GT--CTTTTG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGG-AGCGAA--CC-GT--TTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|2                          :             GTTTCGCTCCAA-CA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTC----CTCC---A-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCTCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTA-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAAACTG--T-TT---AT-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATT-AC--A-AAA-T------------A---------TT--AACGGT----GA--TT---A-AG----T----------AA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATTAA--T--------TACATC---TGCT-GGAA-TTA---TTTTT---AATTTG--GGAA-GAC------A-------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TT-ATGA--GA---TG-CCAGG-CCGTTT--T-A--T-ATA-----AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGG-AGTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTTac
gi|3                          :               TTC-CTCCAA-CA-A-AC-GTTT----CGC-----TCCC-AGA-C---G-ATGCG---CTCC---A-AAAGA-----------------GTTTCGCGGCC-----GA-AA--GTGC----TT--AGCTC---AAT-------------------AAT--GTTTGTC-TT------AT--AATTA-T--------TG-ATT----AT--TA-----------TTT-GTCTTTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTAAGA-AAGAT-T--TTTAA-AAA-C----T-TT---AT-GATG---TAAATAG----TAA-TATGTA-A-GCA--CAATAA-AT-------CGATTCATCAA-AAA-T------------A---------TT--AAC-GT----GA--TTAA-A-AA----T----------AAT---------AACTA-CCCCAAT----A---------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTCA-TAA--T--------TACATC----GCT-GGAA-TTA----TTTT---AATTTA--G--A-GAC--------------ATAATGAGA--TC--T-TAA----TT-ATGA--GA---TG-CCAGG--CGTTA--T-A----ATAT----AT-T--------------GGTA----TT--GAAAAA--GCAT--GGG--ATGTT----TAAATACATT-ATCAT-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCTG-A-TG-A--TC-G---CTGTC--G-ATC-G-A-A-AC-TCCCGTT
gi|4                          :             gTTTCGCTCTGA-AA-G-AG-ATTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---A-AAAGACGTTTCGCCTCAAGAC-GTTTAGC-TCT-----GA-AA--G-GTGG--TT--AGCCCCAAAAT---AT-TC-CGCA--AGC-AATG--CTTGTC-TG------AT--AATCATT--------TA-A-T----AT--AAT----------TTT-GTC-TTTTTGATATTCA-T-ACCGA-T---TTTA--A-AACAT-T--TTG-A-AAG-CTG--C-TT---AT-GATG---TAAA-AG----TAC-TG---A-A-GCA--CAATTA-AG-------GGATTCAG--A-AAA-CAAATCAATGCCAA---------CC--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAAGATTAAAGAA----------AACTA-CCGTCAT----ATGG------TAC-T-CTTA-C-AC--AAATTCTGA-TAA--T--------GAAATC---TGCT-GGGG-TTA---TTCTT---AATTTG--G--A-GACCCTCTTAGGAGAATATAATGAGAC-TCT-T-TAAAATTTT-ATGA--GA---TG-CGAGG-CCGTT--------T-ATA-----AT-ac
gi|5                          :                                                ggacaA-AGA-C---G-TTTCG---CTCT------AAGA---------------C-GATTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--A-CCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCT-TTACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TT------------------------ATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCAC--A-AAACT------------A---------GT--AATGGT----GA--TT-G-A-AG----T----------AA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTT-C-TC--AAAATCTGATAAAATT--------TACATC---TGCT-GGGA-TCA---TTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A--------TGATGAGACT-CT-T-TAA----TT-ATGA--GA---TG-CCAGG-CCGTTTA-T-AA-T-ATA------T-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGA-AGTGAA--CC-GT--CTTACG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|6                          :                                                    aA-AGA-C---G-TTTCG---CTCT------AAGA---------------C-GATTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--A-CCCCAAAAT----T-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCT-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TT------------------------ATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCAC--A-AAACT------------A---------GT--AATGGT----GA--TT-G-A-AG----T----------AA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTCTC-TC--AAAATCTGATAAAT-T--------TACATC---TGCT-GGGA-TCA---TTTTT---AATTTG--G--A-GAC--------------ATGATGAGACT--C-T-TAA----TT-ATGA--GA---TG-CCAGG-CCG-TT--T-A--TAATAT----AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT---GG--ATGTT----AAATTACATT-AT-A--G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGA-AGTGAA--CC-GT--C-TTCG-G-AGC-GAA-A-ACGTCCCGTTac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                aA--G-AAGATAT--TTT-A-AAA-CTGGGTGTT---ACTGATAGTTTACA-AGAATATAA-TG---A-AAGCAGACAGTAG-AC-------GATTTCAC--ACAAACT------------A---------TT----CGGTCGGGGA--TT-GCA-AGAT--T----------AA----------AA------ACCAT----A--GCTGAGTTAA-C-GTTA-A-AC--AAAAATTGAATAA--T--------TACATCACTTG-T-GGAATTTAATTTTTTT---AACTCAATG--A-GA-------G-------ATAA-GAGACTCTTAT-TAA----TTAATGAAGAA---TGCCCAGGCCCGTTTA-T-A--T-ATAAGAATAT-TTACTTAGG------GGTATATTTT--GAAAAAGTGCATTGGGA--ATGTTTTAAAAGTTACATT-AT-TGTG-GGCGAA--TCG--TCCC--TCGGAAGTGGAATCCAGTTCCTTTCG-G-AGCGG-G-A-AAGTCac
gi|8                          :             GTTTCGCT-CGACAA-G-AC-GCTTTATCCGCCTTCACCCA-AGA-C---GAATTCGCGTCTCCCAAG-AAGAA---------------C--TTTCA--GCCTCACAGA-AGACA-GCGG--TTTAAG-CACAACAT---GTCTT-CGCTAGAGC-AATG-TTTTGTCGTGTGTAGAGT--AATCACTCCAATCGCTG-G-TTTAAATGGCAT----------TTT-GTC-TAT---ATATTCATT-ACCGATT---TTTA--ACAAGAT-T--TTT---AAA-CGG--A-TTCACAC-AAC------AA-AG-----AA-TC---A-ATGC---CAACCA-A--------GGGTTCG----------------------A---------TTGAAGCAGT----AAACTT-A-A-AGAAAAG----------AA----------AGCTACCCGCCATTATGG--G------TACTT-CTTACC-TCAAAAAATCTGA-TGA--T--------TA
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Reference ( family-3477 )     :             GTTTCGCTCCGA-AA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAACTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATTAA--T--------TACATC---TGCT-GGGATT--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A-------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-T-A--TATA-----AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGG-AGTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|1                          :             GTTTCGCTCGGA-CA-G-ACAGTTT----CG------TCCA-AGA-CATCG-AT-CG---CTCC---G-AA-GA---------------C-TTGTCGC-GCC-----GA-AA--G-GTG---TT--AGCCC-AAAAT---GT-TTTCTCC--AGCCAACG-GTTGGTCCTG------ATCCAATTATT--------TATA-T----AT--TAT----------TTTTGTC-TTT--GATACTCAAT-ACCGA-A---TTTA--A-AAGTT-T--TTT-A-AA--TG--T-T----AT-GATT---TAAA-AG----TAACTG---ACA-GCA--CAATAATAC-------G-ATTCA-CA-AAAA-------T----A--------TT--CACGGT----GA--TTAG-ACAG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-ATTA-C-T---AACATCTA--TAA--TTCTAAGGATACGGCT--TGC--GGAATT--GTTTTTTACAATTTGC-G--ACGAC--------------ATAATGAGACATCT-TATAA----TTG-TGAG--AGATTGCT-AGGCC-GTTTACT-AACTACT-----AT-T------GGCGTCC-GGTA----TC--GAAA----GCAC--GGG--ATG-C----GAATTAC--T-AT-AG-GATGCGAAT-TCGCTT--C--TCGG-GATGAA--CT--C--CTTTCG-GAAGC-G-A-ACATGTCCCGTT
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gi|10                         : cgagtgcgggactaTTC-CTCCGA-AAAG-AC-GTTT----CGC-----CCCC-AGA-T---G-GTTCG---CCCT---C-GAGGA---------------CGGGTTCGCGGGC-----GAGAA--G-ACGGGTTT--AGCCCCAAATA---GT-AT-CGCT--AGC-GATT-G--TGTC--G------AT--A--------------TG-A-T----AT--TGTAAGTTAAAAACTT-GTC-TTTT-GATA--CA-T-ACGGT-ATGTTTTG--A-AAAAtcgaggacgggttcgcgggcgagaagacgggtttagccccaaatagtatcgctagcgattgtgtcgatatgatattgtaagttaaaaacttgtcttttgatacatacggtatgttttgaaaaaagagtctccacgagtttttaggaaagactctacaata
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGAT-TGTTTT-A-AAACTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AA----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------AGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------TT--AAACGT----GA--C----G-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A---------TAC-T-CTTA-CTTC--AAAATCTGATGAAT-T--------TACAT----TGCTGGGGATT--ATTTTA---CATTTGT-T--A-GAC------A-------TAAATAA---CTCT-T-T-A----TTA--GAG--A---TGTC-AGGCC-CTTTA-T-A--ac
gi|13                         :                                            C-----TCCA-AGA-C---A-ATTCA---CTCC---A-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--TGC-AATT-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TC-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-TATATTCA-T-ATTGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAACTG--T-g
gi|14                         :                                                        GA-C---G-TTTCG---CCTC---T-A--GA---------------C-GGTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAATAATGT-TT-CGCT--AGC-GATGCGT--GTC-TG------TA--AATCATT--------TA-A-T----AC--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-T---TTTG--A-AACAT-T--TTT-A-CAACAG--T-TT---
gi|15                         :                                                         A-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-TCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-C-------------------TC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GG--ATGTT----AAGTTACATT-TT-AG-G-TGTGAA--TCG--T--C--TCGG-AGCGAA--CC-GT--CTTTTG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       T-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGG-AGCGAA--CC-GT--TTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|2                          :             GTTTCGCTCCAA-CA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTC----CTCC---A-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCTCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTA-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTTAA-AAACTG--T-TT---AT-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATT-A-CA-AAA--------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT---A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATTAA--T--------TACATC---TGCT-GGAATT--ATTTTT---AATTTG--GGAA-GAC------A-------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTT--T-A--TATA-----AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGG-AGTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTTac
gi|3                          :               TTC-CTCCAA-CA-A-AC-GTTT----CGC-----TCCC-AGA-C---G-ATGCG---CTCC---A-AAAGA-----------------GTTTCGCGGCC-----GA-AA--GTGC----TT--AGCTC---AAT-------------------AAT--GTTTGTC-TT------AT--AATTA-T--------TG-ATT----AT--TA-----------TTT-GTCTTTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTAAGA-AAGAT-T--TTTAA-AAAC----T-TT---AT-GATG---TAAATAG----TAA-TATGTA-A-GCA--CAATAA-AT-------CGATTCATCA-AAAA-------T----A--------TT--AAC-GT----GA--TTAA-A-AA----TAAT---------AACTA-CCCCAAT----A---------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTCA-TAA--T--------TACATC----GCT-GGAATT--A-TTTT---AATTTA--G--A-GAC--------------ATAATGAGA--TC--T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGG-C-G-TTA-T-A---ATAT----AT-T--------------GGTA----TT--GAAAAA--GCAT--GGG--ATGTT----TAAATACATT-ATCAT-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCTG-A-TG-A--TC-G---CTGTC--G-ATC-G-A-A-AC-TCCCGTT
gi|4                          :             gTTTCGCTCTGA-AA-G-AG-ATTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---A-AAAGACGTTTCGCCTCAAGAC-GTTTAGC-TCT-----GA-AA--G-GTGG--TT--AGCCCCAAAAT---AT-TC-CGCA--AGC-AATG--CTTGTC-TG------AT--AATCATT--------TA-A-T----AT--AAT----------TTT-GTC-TTTTTGATATTCA-T-ACCGA-T---TTTA--A-AACAT-T--TTG-A-AAGCTG--C-TT---AT-GATG---TAAA-AG----TAC-TG---A-A-GCA--CAATTA-AG-------GGATTCA-GA-AAACAAATCAATGCCAA--------CC--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAAGATTAAAGAAAACTA-CCGTCAT----ATGG------TAC-T-CTTA-C-AC--AAATTCTGAT-AA--T--------GAAATC---TGCT-GGGGTT--ATTCTT---AATTTG--G--A-GACCCTCTTAGGAGAATATAATGAGAC-TCT-T-TAAAATTTTA-TGAG--A---TGCG-AGGCC-GTTTA-T-A--ac
gi|5                          :                                                ggacaA-AGA-C---G-TTTCG---CTCT------AAGA---------------C-GATTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--A-CCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCT-TTACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TT-----------------------ATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------GT--AATGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTT-C-TC--AAAATCTGATAAAATT--------TACATC---TGCT-GGGATC--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A--------TGATGAGACT-CT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-T-A---ATAT----AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGA-AGTGAA--CC-GT--CTTACG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTTat
gi|6                          :                                                    aA-AGA-C---G-TTTCG---CTCT------AAGA---------------C-GATTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--A-CCCCAAAAT----T-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCT-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TT-----------------------ATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------GT--AATGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTCTC-TC--AAAATCTGATAAAT-T--------TACATC---TGCT-GGGATC--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC--------------ATGATGAGACT--C-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-T-A---ATAT----AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT---GG--ATGTT----AAATTACATT-AT-A--G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGA-AGTGAA--CC-GT--C-TTCG-G-AGC-GAA-A-ACGTCCCGTTac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                aA--G-AAGATAT--TTT-A-AAACTGGGTGTT---ACTGATAGTTTACA-AGAATATAA-TG---A-AAGCAGACAGTAG-AC-------GATTTCA-CACAAAC-------T----A--------TT----CGGTCGGGGA--TT-GCA-AGAT--TAA----------AA------ACCAT----A--GCTGAGTTAA-C-GTTA-A-AC--AAAAATTGAATAA--T--------TACATCACTTG-T-GGAATTTAATTTTTTT-AACTCAATG--A-GA-------G-------ATAA-GAGACTCTTAT-TAA----TTAATGAAGAA---TGCCCAGGCCCGTTTA-T-A--TATAAGAATAT-TTACTTAGG------GGTATATTTT--GAAAAAGTGCATTGGGA--ATGTTTTAAAAGTTACATT-AT-TGTG-GGCGAA--TCG--TCCC--TCGGAAGTGGAATCCAGTTCCTTTCG-G-AGCGG-G-A-AAGTCac
gi|8                          :             GTTTCGCT-CGACAA-G-AC-GCTTTATCCGCCTTCACCCA-AGA-C---GAATTCGCGTCTCCCAAG-AAGAA---------------C--TTTCA--GCCTCACAGA-AGACA-GCGG--TTTAAG-CACAACAT---GTCTT-CGCTAGAGC-AATG-TTTTGTCGTGTGTAGAGT--AATCACTCCAATCGCTG-G-TTTAAATGGCAT----------TTT-GTC-TAT---ATATTCATT-ACCGATT---TTTA--ACAAGAT-T--TTT---AAACGG--A-TTCACAC-AAC------AA-AG-----AA-TC---A-ATGC---CAACCA-A--------GGGTTCG--------------------A--------TTGAAGCAGT----AAACTT-A-A-AGAAAAGAA----------AGCTACCCGCCATTATGG--G------TACTT-CTTACC-TCAAAAAATCTGA-TGA--T--------TA
gi|9                          :                                                                                                                                 cggttgcgggaccCCCAGAATT--GT-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTT-TG------AT--AAT------------------------------------------------------TATTTA-T-----------TTTA--A-AAGAT-T--TTT-GGAAAATG--T-TT---AT-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-ATTTAAAAGGGATTCA-CA-AAAC-------A----AAATGCCAGCC--AACGGA----GA--TT-G-A-AG----TAAGATTAAAGAAAACTA-CCGCCAT----GTGG------TAC-TTCTTA-C-TC--AAAATCTGAT-AA--G--------TACATC---TGCT-GG-ATT--ATTCTT---AATTTG--G--A-GAT------A--------TAATCAGA-TTCT-T-TAA----TTA-TGAA--A---TGCG-AGGCC-GTTTA-T-A--a
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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consensus                     :             GTTTCGCTCCGA-AA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAACTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATAAA--T-------TACATC---TGCT-GGGATT--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A-------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TA-AT----A-T-AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGG-AGTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
Reference ( family-3477 )     :             GTTTCGCTCCGA-AA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAACTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATNAA--T-------TACATC---TGCT-GGGATT--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A-------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TATAT----A-T-AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGG-AGTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|1                          :             GTTTCGCTCGGA-CA-G-ACAGTTT----CG------TCCA-AGA-CATCG-AT-CG---CTCC---G-AA-GA---------------C-TTGTCGC-GCC-----GA-AA--G-GTG---TT--AGCCC-AAAAT---GT-TTTCTCC--AGCCAACG-GTTGGTCCTG------ATCCAATTATT--------TATA-T----AT--TAT----------TTTTGTC-TTT--GATACTCAAT-ACCGA-A---TTTA--A-AAGTT-T--TTT-A-AA--TG--T-T----AT-GATT---TAAA-AG----TAACTG---ACA-GCA--CAATAATAC-------G-ATTCA-CA-AAAA-------T----A--------TT--CACGGT----GA--TTAG-ACAG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-ATTA-C-T---AACATCT-ATAAT--TCTAAGGATACGGCT--TGC--GGAATT--GTTTTTTACAATTTGC-G--ACGAC--------------ATAATGAGACATCT-TATAA----TTG-TGAG--AGATTGCT-AGGCC-GTTTACTAACT----ACT-AT-T------GGCGTCC-GGTA----TC--GAAA----GCAC--GGG--ATG-C----GAATTAC--T-AT-AG-GATGCGAAT-TCGCTT--C--TCGG-GATGAA--CT--C--CTTTCG-GAAGC-G-A-ACATGTCCCGTT
gi|10                         :             acTTCGCTCCCA-AA-GAAC-G-TG----CGC-----GCCAGAGACC---C-ATTC----CTCC---GAAAAGA---------------C-GTTTCGC-CCC--------CA--G-ATGG--TT--CGCCCac
gi|10                         : cgagtgcgggactaTTC-CTCCGA-AAAG-AC-GTTT----CGC-----CCCC-AGA-T---G-GTTCG---CCCT---C-GAGGA---------------CGGGTTCGCGGGC-----GAGAA--G-ACGGGTTT--AGCCCCAAATA---GT-AT-CGCT--AGC-GATT-G--TGTC--G------AT--A--------------TG-A-T----AT--TGTAAGTTAAAAACTT-GTC-TTTT-GATA--CA-T-ACGGT-ATGTTTTG--A-AAAAtcgaggacgggttcgcgggcgagaagacgggtttagccccaaatagtatcgctagcgattgtgtcgatatgatattgtaagttaaaaacttgtcttttgatacatacggtatgttttgaaaaaagagtctccacgagtttttaggaaagactctacaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cgagtgcgggactattcgctcccaaagaacgtgcgcgccagagacccaCTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATAAA--T-------TACATC---TGCT-GGGA-T--A---TT---AATTTG--G--A-GAC--------------ATAATGAGAC-TCT-T-TAT----ATA-TGAG--A---TGCC-AG--C-GTTTA-TA-AT----A-TCATCT------GGTAGGGCGATA----TTAAGAAAAACTGCAT--GGGGCATGTT----AAATTACATTAAT-AG-G-TGCGAACTTCG--C--CTTTTGG-AGTGAA--CC-GT--CTTTCGCG-AGC-G-ACA-ACTTCCCGTTagagtctccacgagtttttaggaaagactctacaata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGAT-TGTTTT-A-AAACTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AA----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------AGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------TT--AAACGT----GA--C----G-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A---------TAC-T-CTTA-CTTC--AAAATCTGATGAAT-T-------TACAT----TGCTGGGGATT--ATTTTA---CATTTGT-T--A-GAC------A-------TAAATAA---CTCT-T-T-A----TTA--GAG--A---TGTC-AGGCC-CTTTA-TAac
gi|13                         :                                            C-----TCCA-AGA-C---A-ATTCA---CTCC---A-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--TGC-AATT-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TC-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-TATATTCA-T-ATTGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAACTG--T-g
gi|14                         :                                                        GA-C---G-TTTCG---CCTC---T-A--GA---------------C-GGTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAATAATGT-TT-CGCT--AGC-GATGCGT--GTC-TG------TA--AATCATT--------TA-A-T----AC--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-T---TTTG--A-AACAT-T--TTT-A-CAACAG--T-TT---
gi|15                         :                                                         A-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-TCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-C-------------------TC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            GG--ATGTT----AAGTTACATT-TT-AG-G-TGTGAA--TCG--T--C--TCGG-AGCGAA--CC-GT--CTTTTG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGG-AGCGAA--CC-GT--TTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|2                          :             GTTTCGCTCCAA-CA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTC----CTCC---A-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCTCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTA-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTTAA-AAACTG--T-TT---AT-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATT-A-CA-AAA--------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT---A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATTAA--T-------TACATC---TGCT-GGAATT--ATTTTT---AATTTG--GGAA-GAC------A-------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTT--TATAT----A---AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGG-AGTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTTac
gi|3                          :               TTC-CTCCAA-CA-A-AC-GTTT----CGC-----TCCC-AGA-C---G-ATGCG---CTCC---A-AAAGA-----------------GTTTCGCGGCC-----GA-AA--GTGC----TT--AGCTC---AAT-------------------AAT--GTTTGTC-TT------AT--AATTA-T--------TG-ATT----AT--TA-----------TTT-GTCTTTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTAAGA-AAGAT-T--TTTAA-AAAC----T-TT---AT-GATG---TAAATAG----TAA-TATGTA-A-GCA--CAATAA-AT-------CGATTCATCA-AAAA-------T----A--------TT--AAC-GT----GA--TTAA-A-AA----TAAT---------AACTA-CCCCAAT----A---------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTCAT-AA--T-------TACATC----GCT-GGAATT--A-TTTT---AATTTA--G--A-GAC--------------ATAATGAGA--TC--T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGG-C-G-TTA-TA-AT----A-T-AT-T--------------GGTA----TT--GAAAAA--GCAT--GGG--ATGTT----TAAATACATT-ATCAT-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCTG-A-TG-A--TC-G---CTGTC--G-ATC-G-A-A-AC-TCCCGTT
gi|4                          :             gTTTCGCTCTGA-AA-G-AG-ATTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---A-AAAGACGTTTCGCCTCAAGAC-GTTTAGC-TCT-----GA-AA--G-GTGG--TT--AGCCCCAAAAT---AT-TC-CGCA--AGC-AATG--CTTGTC-TG------AT--AATCATT--------TA-A-T----AT--AAT----------TTT-GTC-TTTTTGATATTCA-T-ACCGA-T---TTTA--A-AACAT-T--TTG-A-AAGCTG--C-TT---AT-GATG---TAAA-AG----TAC-TG---A-A-GCA--CAATTA-AG-------GGATTCA-GA-AAACAAATCAATGCCAA--------CC--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAAGATTAAAGAAAACTA-CCGTCAT----ATGG------TAC-T-CTTA-C-AC--AAATTCTGAT-AA--T-------GAAATC---TGCT-GGGGTT--ATTCTT---AATTTG--G--A-GACCCTCTTAGGAGAATATAATGAGAC-TCT-T-TAAAATTTTA-TGAG--A---TGCG-AGGCC-GTTTA-TAac
gi|5                          :                                                ggacaA-AGA-C---G-TTTCG---CTCT------AAGA---------------C-GATTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--A-CCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCT-TTACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TT-----------------------ATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------GT--AATGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTT-C-TC--AAAATCTGATAAAATT-------TACATC---TGCT-GGGATC--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A--------TGATGAGACT-CT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TA-AT----A-T-AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGA-AGTGAA--CC-GT--CTTACG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTTat
gi|6                          :                                                    aA-AGA-C---G-TTTCG---CTCT------AAGA---------------C-GATTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--A-CCCCAAAAT----T-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCT-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TT-----------------------ATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------GT--AATGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTCTC-TC--AAAATCTGATAAAT-T-------TACATC---TGCT-GGGATC--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC--------------ATGATGAGACT--C-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TA-AT----A-T-AT-T------GG------GGTA----TT--GAAAAA-TGCAT---GG--ATGTT----AAATTACATT-AT-A--G-TGCGAA--TCG--T--C--TCGA-AGTGAA--CC-GT--C-TTCG-G-AGC-GAA-A-ACGTCCCGTTac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                aA--G-AAGATAT--TTT-A-AAACTGGGTGTT---ACTGATAGTTTACA-AGAATATAA-TG---A-AAGCAGACAGTAG-AC-------GATTTCA-CACAAAC-------T----A--------TT----CGGTCGGGGA--TT-GCA-AGAT--TAA----------AA------ACCAT----A--GCTGAGTTAA-C-GTTA-A-AC--AAAAATTGAATAA--T-------TACATCACTTG-T-GGAATTTAATTTTTTT-AACTCAATG--A-GA-------G-------ATAA-GAGACTCTTAT-TAA----TTAATGAAGAA---TGCCCAGGCCCGTTTA-TATATAAGAA-T-AT-TTACTTAGG------GGTATATTTT--GAAAAAGTGCATTGGGA--ATGTTTTAAAAGTTACATT-AT-TGTG-GGCGAA--TCG--TCCC--TCGGAAGTGGAATCCAGTTCCTTTCG-G-AGCGG-G-A-AAGTCac
gi|8                          :             GTTTCGCT-CGACAA-G-AC-GCTTTATCCGCCTTCACCCA-AGA-C---GAATTCGCGTCTCCCAAG-AAGAA---------------C--TTTCA--GCCTCACAGA-AGACA-GCGG--TTTAAG-CACAACAT---GTCTT-CGCTAGAGC-AATG-TTTTGTCGTGTGTAGAGT--AATCACTCCAATCGCTG-G-TTTAAATGGCAT----------TTT-GTC-TAT---ATATTCATT-ACCGATT---TTTA--ACAAGAT-T--TTT---AAACGG--A-TTCACAC-AAC------AA-AG-----AA-TC---A-ATGC---CAACCA-A--------GGGTTCG--------------------A--------TTGAAGCAGT----AAACTT-A-A-AGAAAAGAA----------AGCTACCCGCCATTATGG--G------TACTT-CTTACC-TCAAAAAATCTGATG-A--T-------TA
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Reference ( family-3477 )     :             GTTTCGCTCCGA-AA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAACTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATAAA--T-------TACATC---TGCT-GGGATT--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A-------------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TA-A-TA----T-AT-T------GG------GGTAT----T--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGGA-GTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|1                          :             GTTTCGCTCGGA-CA-G-ACAGTTT----CG------TCCA-AGA-CATCG-AT-CG---CTCC---G-AA-GA---------------C-TTGTCGC-GCC-----GA-AA--G-GTG---TT--AGCCC-AAAAT---GT-TTTCTCC--AGCCAACG-GTTGGTCCTG------ATCCAATTATT--------TATA-T----AT--TAT----------TTTTGTC-TTT--GATACTCAAT-ACCGA-A---TTTA--A-AAGTT-T--TTT-A-AA--TG--T-T----AT-GATT---TAAA-AG----TAACTG---ACA-GCA--CAATAATAC-------G-ATTCA-CA-AAAA-------T----A--------TT--CACGGT----GA--TTAG-ACAG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-ATTA-C-T---AACATCT-ATAAT--TCTAAGGATACGGCT--TGC--GGAATT--GTTTTTTACAATTTGC-G--ACGAC--------------------ATAATGAGACATCT-TATAA----TTG-TGAG--AGATTGCT-AGGCC-GTTTACTA-ACTAC---T-AT-T------GGCGTCC-GGTAT----C--GAAA----GCAC--GGG--ATG-C----GAATTAC--T-AT-AG-GATGCGAAT-TCGCTTC--TCGGG-ATGAA--CT--C--CTTTCG-GAAGC-G-A-ACATGTCCCGTT
gi|10                         :             acTTCGCTCCCA-AA-GAAC-G-TG----CGC-----GCCAGAGACC---C-ATTC----CTCC---GAAAAGA---------------C-GTTTCGC-CCC--------CA--G-ATGG--TT--CGCCCac
gi|10                         : cgagtgcgggactaTTC-CTCCGA-AAAG-AC-GTTT----CGC-----CCCC-AGA-T---G-GTTCG---CCCT---C-GAGGA---------------CGGGTTCGCGGGC-----GAGAA--G-ACGGGTTT--AGCCCCAAATA---GT-AT-CGCT--AGC-GATT-G--TGTC--G------AT--A--------------TG-A-T----AT--TGTAAGTTAAAAACTT-GTC-TTTT-GATA--CA-T-ACGGT-ATGTTTTG--A-AAAAtcgaggacgggttcgcgggcgagaagacgggtttagccccaaatagtatcgctagcgattgtgtcgatatgatattgtaagttaaaaacttgtcttttgatacatacggtatgttttgaaaaaagagtctccacgagtttttaggaaagactctacaata
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGAT-TGTTTT-A-AAACTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AA----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------AGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------TT--AAACGT----GA--C----G-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A---------TAC-T-CTTA-CTTC--AAAATCTGATGAAT-T-------TACAT----TGCTGGGGATT--ATTTTA---CATTTGT-T--A-GAC------A-------------TAAATAA---CTCT-T-T-A----TTA--GAG--A---TGTC-AGGCC-CTTTA-TA-ac
gi|13                         :                                            C-----TCCA-AGA-C---A-ATTCA---CTCC---A-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--TGC-AATT-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TC-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-TATATTCA-T-ATTGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAACTG--T-g
gi|14                         :                                                        GA-C---G-TTTCG---CCTC---T-A--GA---------------C-GGTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAATAATGT-TT-CGCT--AGC-GATGCGT--GTC-TG------TA--AATCATT--------TA-A-T----AC--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-T---TTTG--A-AACAT-T--TTT-A-CAACAG--T-TT---
gi|15                         :                                                         A-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-TCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-C-------------------TC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TT---AGTTTG--G--A-GAC------GCTCCAAGGAAAACATAATGAGACTCAT-T-TAAAATTTTA-TGAG--A---ATCG-AAGCA-GGTTA-TG-A-T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gttacGG--ATGTT----AAGTTACATT-TT-AG-G-TGTGAA--TCG--TC--TCGGA-GCGAA--CC-GT--CTTTTG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGGA-GCGAA--CC-GT--TTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|2                          :             GTTTCGCTCCAA-CA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTC----CTCC---A-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCTCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTA-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTTAA-AAACTG--T-TT---AT-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATT-A-CA-AAA--------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT---A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATTAA--T-------TACATC---TGCT-GGAATT--ATTTTT---AATTTG--GGAA-GAC------A-------------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTT--T--A-TA----TAAT-T------GG------GGTAT----T--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGGA-GTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTTac
gi|3                          :               TTC-CTCCAA-CA-A-AC-GTTT----CGC-----TCCC-AGA-C---G-ATGCG---CTCC---A-AAAGA-----------------GTTTCGCGGCC-----GA-AA--GTGC----TT--AGCTC---AAT-------------------AAT--GTTTGTC-TT------AT--AATTA-T--------TG-ATT----AT--TA-----------TTT-GTCTTTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTAAGA-AAGAT-T--TTTAA-AAAC----T-TT---AT-GATG---TAAATAG----TAA-TATGTA-A-GCA--CAATAA-AT-------CGATTCATCA-AAAA-------T----A--------TT--AAC-GT----GA--TTAA-A-AA----TAAT---------AACTA-CCCCAAT----A---------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTCAT-AA--T-------TACATC----GCT-GGAATT--A-TTTT---AATTTA--G--A-GAC--------------------ATAATGAGA--TC--T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGG-C-G-TTA-TA-A-TA----T-AT-T--------------GGTAT----T--GAAAAA--GCAT--GGG--ATGTT----TAAATACATT-ATCAT-G-TGCGAA--TCG--TC--TCTGA--TG-A--TC-G---CTGTC--G-ATC-G-A-A-AC-TCCCGTT
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consensus                     :             GTTTCGCTCCGA-AA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAACTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATAAA--T-------TACATC---TGCT-GGGATT--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A-------------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TA-A-TA----T-AT-T------GG------GGTAT----T--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGGA-GTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
Reference ( family-3477 )     :             GTTTCGCTCCGA-AA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAACTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATAAA--T-------TACATC---TGCT-GGGATT--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A-------------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TA-A-TA----T-AT-T------GG------GGTAT----T--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGGA-GTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|1                          :             GTTTCGCTCGGA-CA-G-ACAGTTT----CG------TCCA-AGA-CATCG-AT-CG---CTCC---G-AA-GA---------------C-TTGTCGC-GCC-----GA-AA--G-GTG---TT--AGCCC-AAAAT---GT-TTTCTCC--AGCCAACG-GTTGGTCCTG------ATCCAATTATT--------TATA-T----AT--TAT----------TTTTGTC-TTT--GATACTCAAT-ACCGA-A---TTTA--A-AAGTT-T--TTT-A-AA--TG--T-T----AT-GATT---TAAA-AG----TAACTG---ACA-GCA--CAATAATAC-------G-ATTCA-CA-AAAA-------T----A--------TT--CACGGT----GA--TTAG-ACAG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-ATTA-C-T---AACATCT-ATAAT--TCTAAGGATACGGCT--TGC--GGAATT--GTTTTTTACAATTTGC-G--ACGAC--------------------ATAATGAGACATCT-TATAA----TTG-TGAG--AGATTGCT-AGGCC-GTTTACTA-ACTAC---T-AT-T------GGCGTCC-GGTAT----C--GAAA----GCAC--GGG--ATG-C----GAATTAC--T-AT-AG-GATGCGAAT-TCGCTTC--TCGGG-ATGAA--CT--C--CTTTCG-GAAGC-G-A-ACATGTCCCGTT
gi|10                         :             acTTCGCTCCCA-AA-GAAC-G-TG----CGC-----GCCAGAGACC---C-ATTC----CTCC---GAAAAGA---------------C-GTTTCGC-CCC--------CA--G-ATGG--TT--CGCCCac
gi|10                         : cgagtgcgggactaTTC-CTCCGA-AAAG-AC-GTTT----CGC-----CCCC-AGA-T---G-GTTCG---CCCT---C-GAGGA---------------CGGGTTCGCGGGC-----GAGAA--G-ACGGGTTT--AGCCCCAAATA---GT-AT-CGCT--AGC-GATT-G--TGTC--G------AT--A--------------TG-A-T----AT--TGTAAGTTAAAAACTT-GTC-TTTT-GATA--CA-T-ACGGT-ATGTTTTG--A-AAAAtcgaggacgggttcgcgggcgagaagacgggtttagccccaaatagtatcgctagcgattgtgtcgatatgatattgtaagttaaaaacttgtcttttgatacatacggtatgttttgaaaaaagagtctccacgagtttttaggaaagactctacaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cgagtgcgggactattcgctcccaaagaacgtgcgcgccagagacccaCTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATAAA--T-------TACATC---TGCT-GGGA-T--A---TT---AATTTG--G--A-GAC--------------------ATAATGAGAC-TCT-T-TAT----ATA-TGAG--A---TGCC-AG--C-GTTTA-TA-A-TA----TCATCT------GGTAGGGCGATAT----TAAGAAAAACTGCAT--GGGGCATGTT----AAATTACATTAAT-AG-G-TGCGAACTTCG--CCTTTTGGA-GTGAA--CC-GT--CTTTCGCG-AGC-G-ACA-ACTTCCCGTTagagtctccacgagtttttaggaaagactctacaata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGAT-TGTTTT-A-AAACTG--T-TT---AC-GATG---TAAA-AA----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------AGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------TT--AAACGT----GA--C----G-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A---------TAC-T-CTTA-CTTC--AAAATCTGATGAAT-T-------TACAT----TGCTGGGGATT--ATTTTA---CATTTGT-T--A-GAC------A-------------TAAATAA---CTCT-T-T-A----TTA--GAG--A---TGTC-AGGCC-CTTTA-TA-ac
gi|13                         :                                            C-----TCCA-AGA-C---A-ATTCA---CTCC---A-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--TGC-AATT-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TC-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-TATATTCA-T-ATTGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAACTG--T-g
gi|14                         :                                                        GA-C---G-TTTCG---CCTC---T-A--GA---------------C-GGTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAATAATGT-TT-CGCT--AGC-GATGCGT--GTC-TG------TA--AATCATT--------TA-A-T----AC--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-T---TTTG--A-AACAT-T--TTT-A-CAACAG--T-TT---
gi|15                         :                                                         A-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-TCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-C-------------------TC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TT---AGTTTG--G--A-GAC------GCTCCAAGGAAAACATAATGAGACTCAT-T-TAAAATTTTA-TGAG--A---ATCG-AAGCA-GGTTA-TG-A-T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gttacGG--ATGTT----AAGTTACATT-TT-AG-G-TGTGAA--TCG--TC--TCGGA-GCGAA--CC-GT--CTTTTG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGGA-GCGAA--CC-GT--TTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|2                          :             GTTTCGCTCCAA-CA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTC----CTCC---A-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCTCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG-GTTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTA-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTTAA-AAACTG--T-TT---AT-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATT-A-CA-AAA--------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT---A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATTAA--T-------TACATC---TGCT-GGAATT--ATTTTT---AATTTG--GGAA-GAC------A-------------ATAATGAGACTTCT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTT--T--A-TA----TAAT-T------GG------GGTAT----T--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGGA-GTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTTac
gi|3                          :               TTC-CTCCAA-CA-A-AC-GTTT----CGC-----TCCC-AGA-C---G-ATGCG---CTCC---A-AAAGA-----------------GTTTCGCGGCC-----GA-AA--GTGC----TT--AGCTC---AAT-------------------AAT--GTTTGTC-TT------AT--AATTA-T--------TG-ATT----AT--TA-----------TTT-GTCTTTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTAAGA-AAGAT-T--TTTAA-AAAC----T-TT---AT-GATG---TAAATAG----TAA-TATGTA-A-GCA--CAATAA-AT-------CGATTCATCA-AAAA-------T----A--------TT--AAC-GT----GA--TTAA-A-AA----TAAT---------AACTA-CCCCAAT----A---------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTCAT-AA--T-------TACATC----GCT-GGAATT--A-TTTT---AATTTA--G--A-GAC--------------------ATAATGAGA--TC--T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGG-C-G-TTA-TA-A-TA----T-AT-T--------------GGTAT----T--GAAAAA--GCAT--GGG--ATGTT----TAAATACATT-ATCAT-G-TGCGAA--TCG--TC--TCTGA--TG-A--TC-G---CTGTC--G-ATC-G-A-A-AC-TCCCGTT
gi|4                          :             gTTTCGCTCTGA-AA-G-AG-ATTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---A-AAAGACGTTTCGCCTCAAGAC-GTTTAGC-TCT-----GA-AA--G-GTGG--TT--AGCCCCAAAAT---AT-TC-CGCA--AGC-AATG--CTTGTC-TG------AT--AATCATT--------TA-A-T----AT--AAT----------TTT-GTC-TTTTTGATATTCA-T-ACCGA-T---TTTA--A-AACAT-T--TTG-A-AAGCTG--C-TT---AT-GATG---TAAA-AG----TAC-TG---A-A-GCA--CAATTA-AG-------GGATTCA-GA-AAACAAATCAATGCCAA--------CC--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAAGATTAAAGAAAACTA-CCGTCAT----ATGG------TAC-T-CTTA-C-AC--AAATTCTGATAA---T-------GAAATC---TGCT-GGGGTT--ATTCTT---AATTTG--G--A-GACCCTCTTAGGAGAAT------ATAATGAGAC-TCT-T-TAAAATTTTA-TGAG--A---TGCG-AGGCC-GTTTA-TA-A-Tac
gi|5                          :                                                ggacaA-AGA-C---G-TTTCG---CTCT------AAGA---------------C-GATTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--A-CCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCT-TTACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TT-----------------------ATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------GT--AATGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTT-C-TC--AAAATCTGATAAAATT-------TACATC---TGCT-GGGATC--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A--------------TGATGAGACT-CT-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TA-A-TA----T-AT-T------GG------GGTAT----T--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGAA-GTGAA--CC-GT--CTTACG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|6                          :                                                    aA-AGA-C---G-TTTCG---CTCT------AAGA---------------C-GATTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--A-CCCCAAAAT----T-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCT-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TT-----------------------ATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------GT--AATGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTCTC-TC--AAAATCTGATAAAT-T-------TACATC---TGCT-GGGATC--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC--------------------ATGATGAGACT--C-T-TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TA-A-TA----T-AT-T------GG------GGTAT----T--GAAAAA-TGCAT---GG--ATGTT----AAATTACATT-AT-A--G-TGCGAA--TCG--TC--TCGAA-GTGAA--CC-GT--C-TTCG-G-AGC-GAA-A-ACGTCCCGTTac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                aA--G-AAGATAT--TTT-A-AAACTGGGTGTT---ACTGATAGTTTACA-AGAATATAA-TG---A-AAGCAGACAGTAG-AC-------GATTTCA-CACAAAC-------T----A--------TT----CGGTCGGGGA--TT-GCA-AGAT--TAA----------AA------ACCAT----A--GCTGAGTTAA-C-GTTA-A-AC--AAAAATTGAATAA--T-------TACATCACTTG-T-GGAATTTAATTTTTTT-AACTCAATG--A-GA-------G-------------ATAA-GAGACTCTTAT-TAA----TTAATGAAGAA---TGCCCAGGCCCGTTTA-TATA-TAAGAAT-AT-TTACTTAGG------GGTATATTTT--GAAAAAGTGCATTGGGA--ATGTTTTAAAAGTTACATT-AT-TGTG-GGCGAA--TCG--TCCCTCGGAAGTGGAATCCAGTTCCTTTCG-G-AGCGG-G-A-AAGTCac
gi|8                          :             GTTTCGCT-CGACAA-G-AC-GCTTTATCCGCCTTCACCCA-AGA-C---GAATTCGCGTCTCCCAAG-AAGAA---------------C--TTTCA--GCCTCACAGA-AGACA-GCGG--TTTAAG-CACAACAT---GTCTT-CGCTAGAGC-AATG-TTTTGTCGTGTGTAGAGT--AATCACTCCAATCGCTG-G-TTTAAATGGCAT----------TTT-GTC-TAT---ATATTCATT-ACCGATT---TTTA--ACAAGAT-T--TTT---AAACGG--A-TTCACAC-AAC------AA-AG-----AA-TC---A-ATGC---CAACCA-A--------GGGTTCG--------------------A--------TTGAAGCAGT----AAACTT-A-A-AGAAAAGAA----------AGCTACCCGCCATTATGG--G------TACTT-CTTACC-TCAAAAAATCTGAT-GA--T-------TA
gi|9                          :                                                                                                                                 cggttgcgggaccCCCAGAATT--GT-TT-CGCT--AGC-AATG--TTTGTT-TG------AT--AAT------------------------------------------------------TATTTA-T-----------TTTA--A-AAGAT-T--TTT-GGAAAATG--T-TT---AT-GATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-ATTTAAAAGGGATTCA-CA-AAAC-------A----AAATGCCAGCC--AACGGA----GA--TT-G-A-AG----TAAGATTAAAGAAAACTA-CCGCCAT----GTGG------TAC-TTCTTA-C-TC--AAAATCTGATAAG--T--------ACATC---TGCT-GG-ATT--ATTCTT---AATTTG--G--A-GAT------A--------------TAATCAGA-TTCT-T-TAA----TTA-TGAA--A---TGCG-AGGCC-GTTTA-TA-A-Ta


blockSeqs                     :                  G      CA A A  .    TATC   CTTCA    G   C .   A     CGT    CAAG      CGTTTCGCCTCAAGA G       G   TCACA  G  AC T    GT  TA           AAT  C  .    AG   .   GCG      G  TGTAGA  .        CCAATCGC  . T TTAA  GG   AAGTTAAAAA   .   T   TT        T T     ATGT     AG C     A GT  TAAAACTGGGTGTTACT         GTT    T  AATA   .  TGT . A   GA      . TTTAAAAG       T  C   CAAATCAATGCCAA          GA      CGGG  AC  AA  .  AAAA   GATTAAAGAA     C       AGCTGAGT         T T    T T  AA          A  ATT             ACT    G  G   TA      TT       AT GA .   GCTCCAAGGAAAACA              CTC  A .   AATT   A    GA .      C     C     .  T .  AGAAT   C GGTAGGGC           ATTTT        CT    TG   GC     TTAA          A  C  T .      CT   .   TT     A     AT  A  TC      C .   G A C .
blockSeqs                     :                  G      A  . .  .    .      .        .   . .   .     .      GA        .               .       G   .      .  .  .    .   .            T    .  .    .    .   TG       .  .       .        .         . . .     .    .            .   .   T         . .     TT       .  .     . .   TAAACGGATTCACAC           .      .  .      .  .   . T   .       . C              .  .   CAAAATGCCAG             .       .     .   GC  .  AT     GATTAAAGAA     .       TATGGG           . .    C .  .           G  TT              .      .  G   .       .        T  .  .   CCTCTTAGGAGAATA              CTT  . .   AATT   .    .  .      .     .     .  . .  TC      . TACTTAGG           TAA          GT    .    .      .             .  .  . .      .    .   CC     .     .   .  .       . .   . . . .
blockSeqs                     :                  G      A  . .  .    .      .        .   . .   .     .      C         .               .       .   .      .  .  .    .   .            .    .  .    .    .   TG       .  .       .        .         . . .     .    .            .   .   T         . .     A        .  .     . .   TAAAAACTGTTTAT            .      .  .      .  .   . .   .       . C              .  .   CTA                     .       .     .   G   .  .      T              .       ATGG             . .    . .  .           T  TT              .      .  A   .       .        .  .  .   AT                           CTC  . .   .      .    .  .      .     .     .  . .  TA      . GG                 T            T     .    .      .             .  .  . .      .    .   .      .     .   .  .       . .   . . . .
blockSeqs                     :                  G      C  . .  .    .      .        .   . .   .     .      A         .               .       .   .      .  .  .    .   .            .    .  .    .    .   GG       .  .       .        .         . . .     .    .            .   .   T         . .     T        .  .     . .   TGGAAAATGTTTAT            .      .  .      .  .   . .   .       . T              .  .   ATA                     .       .     .   G   .  .      .              .       GTGG             . .    . .  .           A  T               .      .  A   .       .        .  .  .   AA                           CT   . .   .      .    .  .      .     .     .  . .  T       . GG                 T            T     .    .      .             .  .  . .      .    .   .      .     .   .  .       . .   . . . .
blockSeqs                     :                  .      C  . .  .    .      .        .   . .   .     .      T         .               .       .   .      .  .  .    .   .            .    .  .    .    .   GT       .  .       .        .         . . .     .    .            .   .   A         . .     A        .  .     . .   TAAAACTGTTTAC             .      .  .      .  .   . .   .       . G              .  .   CTA                     .       .     .   G   .  .      .              .       AG               . .    . .  .           A  T               .      .  G   .       .        .  .  .   GA                           CT   . .   .      .    .  .      .     .     .  . .  T       . GG                 T            T     .    .      .             .  .  . .      .    .   .      .     .   .  .       . .   . . . .
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lowQualScore                  :                  3      00 7 7  7 1  1111   55555    0   3 888 3     888    00000     888888888888888 3       7   33333  3  66 3    66  66           222  3  3    66   3  3  7    66  3  666666  66   8 3 11111111  3 3 1111  66   6666666666   3   3   11        3 6     33333    66 3     3 66  55555555555555555555 0     000    0  5555   0  000 0 0   55      0 77777777       0  0   5555555555555555555555  55      5555  55  777 0  0000   0000000000     6       00000000000000   6 6    3 6  00          0  1111111111      000    0  4   55 8    444      33 00 6   111111111111111111111         3  6  66   5555   6    00 444    6     6     6  6 0  333333  7 99999999999999     1111111      99    99   99     6666          0  4  4 4      66   11  22     4     11  4  11      4 4   4 4 4 4          
consensus                     :             GTTTCGCTCCGA-AA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AA-TG-TTTG--TC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAA-CTG--T-TT---A-TGATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATAAA--T-------TACATC---TGCT-GGGATT--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A-------------ATAATGAGAC-TC-TT--TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TA-A-TA----T-AT-T------GG------GGTAT----T--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGGA-GTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
Reference ( family-3477 )     :             GTTTCGCTCCGA-AA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AA-TG-TTTG--TC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAA-CTG--T-TT---A-TGATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATAAA--T-------TACATC---TGCT-GGGATT--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A-------------ATAATGAGAC-TC-TT--TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TA-A-TA----T-AT-T------GG------GGTAT----T--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGGA-GTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|1                          :             GTTTCGCTCGGA-CA-G-ACAGTTT----CG------TCCA-AGA-CATCG-AT-CG---CTCC---G-AA-GA---------------C-TTGTCGC-GCC-----GA-AA--G-GTG---TT--AGCCC-AAAAT---GT-TTTCTCC--AGCCAA-CG-GTTGGTCC-TG------ATCCAATTATT--------TATA-T----AT--TAT----------TTTTGTC-TTT--GATACTCAAT-ACCGA-A---TTTA--A-AAGTT-T--TTT-A-AA---TG--T-T----A-TGATT---TAAA-AG----TAACTG---ACA-GCA--CAATAATAC-------G-ATTCA-CA-AAAA-------T----A--------TT--CACGGT----GA--TTAG-ACAG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-ATTA-C-T---AACATCT-ATAAT--TCTAAGGATACGGCT--TGC--GGAATT--GTTTTTTACAATTTGC-G--ACGAC--------------------ATAATGAGACATC-TTA-TAA----TTG-TGAG--AGATTGCT-AGGCC-GTTTACTA-ACTAC---T-AT-T------GGCGTCC-GGTAT----C--GAAA----GCAC--GGG--ATG-C----GAATTAC--T-AT-AG-GATGCGAAT-TCGCTTC--TCGGG-ATGAA--CT--C--CTTTCG-GAAGC-G-A-ACATGTCCCGTT
gi|10                         :             acTTCGCTCCCA-AA-GAAC-G-TG----CGC-----GCCAGAGACC---C-ATTC----CTCC---GAAAAGA---------------C-GTTTCGC-CCC--------CA--G-ATGG--TT--CGCCCac
gi|10                         : cgagtgcgggactaTTC-CTCCGA-AAAG-AC-GTTT----CGC-----CCCC-AGA-T---G-GTTCG---CCCT---C-GAGGA---------------CGGGTTCGCGGGC-----GAGAA--G-ACGGGTTT--AGCCCCAAATA---GT-AT-CGCT--AGC-GA-T--TGTG--TC--G------AT--A--------------TG-A-T----AT--TGTAAGTTAAAAACTT-GTC-TTTT-GATA--CA-T-ACGGT-ATGTTTTG--A-AAAAtcgaggacgggttcgcgggcgagaagacgggtttagccccaaatagtatcgctagcgattgtgtcgatatgatattgtaagttaaaaacttgtcttttgatacatacggtatgttttgaaaaaagagtctccacgagtttttaggaaagactctacaata
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cgagtgcgggactattcgctcccaaagaacgtgcgcgccagagacccaCTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATAAA--T-------TACATC---TGCT-GGGA-T--A---TT---AATTTG--G--A-GAC--------------------ATAATGAGAC-TC-TT--TAT----ATA-TGAG--A---TGCC-AG--C-GTTTA-TA-A-TA----TCATCT------GGTAGGGCGATAT----TAAGAAAAACTGCAT--GGGGCATGTT----AAATTACATTAAT-AG-G-TGCGAACTTCG--CCTTTTGGA-GTGAA--CC-GT--CTTTCGCG-AGC-G-ACA-ACTTCCCGTTagagtctccacgagtttttaggaaagactctacaata
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gi|13                         :                                            C-----TCCA-AGA-C---A-ATTCA---CTCC---A-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--TGC-AATTG-TTTG--TC-TG------AT--AATTATT--------TC-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-TATATTCA-T-ATTGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAA-CTG--T-g
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gi|15                         :                                                         A-C---G-ATTCG---CTCC---G-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-TCGG--TT--AGCCCCAAAAT---GT-TT-C---------------------TC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TT---AGTTTG--G--A-GAC------GCTCCAAGGAAAACATAATGAGAC-TCATT--TAAAATTTTA-TGAG--A---ATCG-AAGCA-GGTTA-TG-A-T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gttacGG--ATGTT----AAGTTACATT-TT-AG-G-TGTGAA--TCG--TC--TCGGA-GCGAA--CC-GT--CTTTTG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGGA-GCGAA--CC-GT--TTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|2                          :             GTTTCGCTCCAA-CA-G-AC-GTTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTC----CTCC---A-AAAGA---------------C-GTTTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--AGCCTCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AA-TGGTTTG--TC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTA-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TTT-A-AAAACTG--T-TT---A-TGATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATT-A-CA-AAA--------T----A--------TT--AACGGT----GA--TT---A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTGATTAA--T-------TACATC---TGCT-GGAATT--ATTTTT---AATTTG--GGAA-GAC------A-------------ATAATGAGACTTC-TT--TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTT--T--A-TA----TAAT-T------GG------GGTAT----T--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGGA-GTGAA--CC-GT--CTTTCG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTTac
gi|3                          :               TTC-CTCCAA-CA-A-AC-GTTT----CGC-----TCCC-AGA-C---G-ATGCG---CTCC---A-AAAGA-----------------GTTTCGCGGCC-----GA-AA--GTGC----TT--AGCTC---AAT-------------------AA-TG-TTTG--TC-TT------AT--AATTA-T--------TG-ATT----AT--TA-----------TTT-GTCTTTTT-GATATTCA-T-ACCGA-A---TTTAAGA-AAGAT-T--TTTAA-AAA-C----T-TT---A-TGATG---TAAATAG----TAA-TATGTA-A-GCA--CAATAA-AT-------CGATTCATCA-AAAA-------T----A--------TT--AAC-GT----GA--TTAA-A-AA----TAAT---------AACTA-CCCCAAT----A---------TAC-T-CTTA-C-TC--AAAATCTCAT-AA--T-------TACATC----GCT-GGAATT--A-TTTT---AATTTA--G--A-GAC--------------------ATAATGAGA--TC--T--TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGG-C-G-TTA-TA-A-TA----T-AT-T--------------GGTAT----T--GAAAAA--GCAT--GGG--ATGTT----TAAATACATT-ATCAT-G-TGCGAA--TCG--TC--TCTGA--TG-A--TC-G---CTGTC--G-ATC-G-A-A-AC-TCCCGTT
gi|4                          :             gTTTCGCTCTGA-AA-G-AG-ATTT----CGC-----TCCA-AGA-C---G-ATTCG---CTCC---A-AAAGACGTTTCGCCTCAAGAC-GTTTAGC-TCT-----GA-AA--G-GTGG--TT--AGCCCCAAAAT---AT-TC-CGCA--AGC-AA-TG-CTTG--TC-TG------AT--AATCATT--------TA-A-T----AT--AAT----------TTT-GTC-TTTTTGATATTCA-T-ACCGA-T---TTTA--A-AACAT-T--TTG-A-AAG-CTG--C-TT---A-TGATG---TAAA-AG----TAC-TG---A-A-GCA--CAATTA-AG-------GGATTCA-GA-AAACAAATCAATGCCAA--------CC--AACGGT----GA--TT-G-A-AG----TAAGATTAAAGAAAACTA-CCGTCAT----ATGG------TAC-T-CTTA-C-AC--AAATTCTGATAA---T-------GAAATC---TGCT-GGGGTT--ATTCTT---AATTTG--G--A-GACCCTCTTAGGAGAAT------ATAATGAGAC-TC-TT--TAAAATTTTA-TGAG--A---TGCG-AGGCC-GTTTA-TA-A-Tac
gi|5                          :                                                ggacaA-AGA-C---G-TTTCG---CTCT------AAGA---------------C-GATTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--A-CCCCAAAAT---GT-TT-CGCT--AGC-AA-TG-TTTG--TC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCT-TTACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TT------------------------ATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------GT--AATGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTT-C-TC--AAAATCTGATAAAATT-------TACATC---TGCT-GGGATC--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC------A--------------TGATGAGAC-TC-TT--TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TA-A-TA----T-AT-T------GG------GGTAT----T--GAAAAA-TGCAT--GGG--ATGTT----AAATTACATT-AT-AG-G-TGCGAA--TCG--TC--TCGAA-GTGAA--CC-GT--CTTACG-G-AGC-G-A-A-ACGTCCCGTT
gi|6                          :                                                    aA-AGA-C---G-TTTCG---CTCT------AAGA---------------C-GATTCGC-GCC-----GA-AA--G-GCGG--TT--A-CCCCAAAAT----T-TT-CGCT--AGC-AA-TG-TTTG--TC-TG------AT--AATTATT--------TG-A-T----AT--TAT----------TTT-GTC-TTTT-GATATTCT-T-ACCGA-A---TTTA--A-AAGAT-T--TT------------------------ATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-AC-------GGATTCA-CA-AAAC-------T----A--------GT--AATGGT----GA--TT-G-A-AG----TAA----------AACTA-CCGCCAT----A--G------TAC-T-CTTCTC-TC--AAAATCTGATAAAT-T-------TACATC---TGCT-GGGATC--ATTTTT---AATTTG--G--A-GAC--------------------ATGATGAGAC-TC--T--TAA----TTA-TGAG--A---TGCC-AGGCC-GTTTA-TA-A-TA----T-AT-T------GG------GGTAT----T--GAAAAA-TGCAT---GG--ATGTT----AAATTACATT-AT-A--G-TGCGAA--TCG--TC--TCGAA-GTGAA--CC-GT--C-TTCG-G-AGC-GAA-A-ACGTCCCGTTac
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                  aA--G-AAGATAT--TTT-A-AAA-CTGGGTGTT---ACTGATAGTTTACA-AGAATATAA-TG---A-AAGCAGACAGTAG-AC-------GATTTCA-CACAAAC-------T----A--------TT----CGGTCGGGGA--TT-GCA-AGAT--TAA----------AA------ACCAT----A--GCTGAGTTAA-C-GTTA-A-AC--AAAAATTGAATAA--T-------TACATCACTTG-T-GGAATTTAATTTTTTT-AACTCAATG--A-GA-------G-------------ATAA-GAGAC-TC-TTATTAA----TTAATGAAGAA---TGCCCAGGCCCGTTTA-TATA-TAAGAAT-AT-TTACTTAGG------GGTATATTTT--GAAAAAGTGCATTGGGA--ATGTTTTAAAAGTTACATT-AT-TGTG-GGCGAA--TCG--TCCCTCGGAAGTGGAATCCAGTTCCTTTCG-G-AGCGG-G-A-AAGTCac
gi|8                          :             GTTTCGCT-CGACAA-G-AC-GCTTTATCCGCCTTCACCCA-AGA-C---GAATTCGCGTCTCCCAAG-AAGAA---------------C--TTTCA--GCCTCACAGA-AGACA-GCGG--TTTAAG-CACAACAT---GTCTT-CGCTAGAGC-AA-TGTTTTG--TCGTGTGTAGAGT--AATCACTCCAATCGCTG-G-TTTAAATGGCAT----------TTT-GTC-TAT---ATATTCATT-ACCGATT---TTTA--ACAAGAT-T--TTT---AAA-CGG--A-TTCACA-CAAC------AA-AG-----AA-TC---A-ATGC---CAACCA-A--------GGGTTCG--------------------A--------TTGAAGCAGT----AAACTT-A-A-AGAAAAGAA----------AGCTACCCGCCATTATGG--G------TACTT-CTTACC-TCAAAAAATCTGAT-GA--T-------TA
gi|9                          :                                                                                                                                 cggttgcgggaccCCCAGAATT--GT-TT-CGCT--AGC-AA-TG-TTTG--TT-TG------AT--AAT------------------------------------------------------TATTTA-T-----------TTTA--A-AAGAT-T--TTT-GGAAA-ATG--T-TT---A-TGATG---TAAA-AG----TAA-TG---A-A-GCA--CAATAA-ATTTAAAAGGGATTCA-CA-AAAC-------A----AAATGCCAGCC--AACGGA----GA--TT-G-A-AG----TAAGATTAAAGAAAACTA-CCGCCAT----GTGG------TAC-TTCTTA-C-TC--AAAATCTGATAAG--T--------ACATC---TGCT-GG-ATT--ATTCTT---AATTTG--G--A-GAT------A--------------TAATCAGAT-TC-TT--TAA----TTA-TGAA--A---TGCG-AGGCC-GTTTA-TA-A-Ta