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Reference ( gi|4 )            :   AGAACAGTATCTATATATATCCTCA----C-G--TA--G----CTAACT---TTCTTTTA------AG---ATTTAATT-T---GTGTAAA----GAAAAAT-----TTC--AT---C-AA-----TGT-ATC-CA--T-T---CCTTACTTT-C-AT-GAAA-T---G--AATTG--A-A----G--AGC-A--CG-T-GT------G-A-GGACC-C-TTT-T---TA----------GGAC-A-G---T-ACTA-TG--TTGA-------ATAGT---ATG-AA---TG--GC-TAC-C---A---TGCAACAGG--ACCATAATTTGTCA----CCTG---CTT---GT--TCAGA-GTG-CT-C-GCTTTTTGTATTT-C-A--GCA--A-GTGAA--AT--AG--TTGAATG--GTT-TT--TTATC---AG-CA-GGGGCTTCC-GTT-TA---GGGATTTT
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Reference ( family-3451 )     :           AGAACAGTATCTATATATATCCTCA----C-G--TAG----C--TAACT---TTCTT-T--AGA-------TTTA----ATT-T---GNGTAAA----GAAAAAT-----TTCA--T---C-AAC--TGT-ATC-CA--T-T-C-CCT---ACTTT-CA-T-GAAA-T---GA--A-TT---G---AG-------AGC-A--CG-T-GT------G---A-G-GACC-C-TTTTGT--A----------GGA-C-A-G---T-AC----TACT--G--TTGA-------ATAGT---ATGAA---TG--G-TA-C-CA--T------GCAACAGG--ACCATAATTTGTCA----CCT-GA-TT-----GT--TCAGA-GTG-CT-C-GCTNT-TTGTATTT-CA--GCAA--GTG-A---AT--AG--TTGAATG--GTT-TT--TTATC---AG-CAGGGGCCTCC-GTT-TA---GGGATTTT
gi|1                          :                      TATATATATCCTCAACCCC-G--TAG----C--TAACT---TTCCT-TCTAGA-------TTTA----ATT-T---GTGTAAA----TGAACATAGACAGTCA--T---T-AGC--T---ATC-CA--TAC-C-CCT---ACTTT-CAAT-GAAA-T---GACAA-TT---G---AGTCACGTCAACGA--CG-TAGTTTGGGAG---A-A-GACC-T-CTTTCT--AATAGACCAGTGGA-C-T-GCTCT-AC----TACT--GCTTTGA-------ATA-----ATGAAAT-CG--G-TA-C-CA--TAAT---GCGACAGC--ACCATA-CTTGTCAACTCCCT-GA-TT-----GTCATTAGT-G-G-CT-CTGCTTT-AGTTATTT-CAA-GCAATAGTG-AGACAT--AG--TTGAATGCCG-T-TT--TTA-C---AG-CAGGGGCCCCCGGTT-TA---GG
gi|10                         : tgagaaaaagtctACAGTATCTATA----TCCTCAC---C-G--TAG----C--TAACT---TTTTT-T--AGA-------TTTA----ATT-T---GAGT-AA----GGAGCAT-----TCCA--T---C-AAC--TGA-ATC-CC--T-T-T-CCT---ACTTT-TG-T-GAAA-T---GA--A-TT---G---TG-------AGC-A--CG-T-GT------A---A-G-GACC-C-TCTTAT--A-----------GA-C-A-G---T-AC----TACT--G--TAGA-------ATA-T---ATGAA---TG--G-TA-C-CA--T------GCAACA-T--ACTAT-ATCTGTC-------------T-----AT--TCAGA-GTA-C-----CTGTATTGTATTT-CA--GCAA--GTA-A---AT--AG--TTGATTA--G-T-AT--CTATC---AG-CA-AGGCCTCC-ATT-AA---GAGagacattt
gi|11                         :                                                                                                                                      AC--TGTTATT-CA--T-T-T-AAA---ACTTT--A-T-GGAAGT---GC--A-TT---GCACAT-------AGC-A--CG-TCGT------G---ATG-GACC-C-TTTTGTCTA----------GCA-C-ATG---T-AC----TACT--G--TTGA--------TAG----ATGAA---TG----TAGC-CA--TCGGAGTGCAACAGACCACCATA--TTGT-A----CCT-GG-CTCTTGTGT--CCAGA-GT-----T-GCT-T-TTGTATTTTCA--GCAAT-GTG-AC--ATTAGG--TTGAATG--GTT-TT--TTATC---AG-CAGGGG-GTCC-GTT-TAAGGGGGATTTT
gi|12                         :        tattcAACAGTATCTATATA----CTCA----CCG--TAG----C--TAACT---T-CTT-T--AGA-------TTTA----ATT-C---GAGTAAA----G-AAAAT-----TTCA--T---C-GAC--TGA-ATC-CAT-T-T-C-CCT---ACT-----------------------TT---G---AA-------AGC-A--CG-T-GT------G---A-G-GACC-C-TTTTAT--A-----------GA-C-A-G---T-AC----TACT--G--TTGA-------ATAG----ATAAT---TG--G-TG-C-CT--T------GCAACA-G--ACCAT-ATCTGTCA----CCT-GA-CT-----AT--TCA------------------TTGTATTT-CA--GCAA--GTG-A---AT--AG--TTGAATG--G-T-TC--CTAGC---AG-CAGGGGC
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gi|14                         :                                                                                                                                                  tc--T-T-C-CCT---ACTTT-CA-T-GAAA-T---GA----------------------------------------------------CC-C-----G---A----------GGA-C-A-G---T-AC----TACT--G--TTGA-------ACAGT----TGAA---TG--G-CA-C-CA--T------GCAACAG---ACCATA-TCTGTCA----CCT-GA-TT-----GT--TCAGA-GTG-CT-C---TCA-TTGTATTT-CA--GCCA--ATG-G---AT--AG--TTGAATG--G-T-TT--CTGTT---AG-AAGGGccaccgcgagtgagct
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gi|14                         :                                                                                                                                                  tc--T-T-C-CCT---ACTTT-C-A-T-GAAA-T---GA--CCC---G---A-G---------------------------------------------------------G-AC-A-GT----------AC----TACT--G--TTGA-------ACAGT----TGAA--T---G--G-CA-C-CA--T------GCAACAG-ACCATA-T-CTGTCA----CCT-GA-TT-----GT--TCAGA-GTG--CT-C-TC-ATT--GT-ATTT-CA--GCCA--ATGG---A-T--AG--TTGAATG--G-T-TT--CTGTT---AG-AAGGGccaccgcgagtgagct
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gi|7                          :         tgAAAACAGTATCTATAT----CCTCA----CCG--TAA----CGTTAGTTAGCTTCTT-T--AGA-------TTTG----ATT-T---GTGGAAA----GAAAA-T-----TTCA--T---C-AAC--TGT-ATC-CA--T-T-T-CCT---ACGTT-C-A-T-GAAA-T---GA--ATT---G---A-G-------AGC-A--C-G-T-GT------G---A-G-GACC---CTTT-T---AT--AG-AC-A-GT----------AC----TACT--G--TTGA-------ATAG----ATGAA--T---T--G-CA-C-CA--T------GCTACAT-ACAAT-AT-CTATCA----CC-----------------------TG--CT-C-GC--TTT-GT-ATTT-CA--GCAA--GTGA---A-T--AG--TTGAAT---GTT-TT--TTATC---AG-CAGGGG-TTCC-GTT-AA---GGAATTTT
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Reference ( family-3451 )     :           AGAACAGTATCTATATATATCCTCA----C-G--TAG----C--TAACT---TTCTT-T--AGA-------TTTA----ATT-T---GNGTAAA----GAAAAAT-----TTCA--T---C-AAC--TGT-ATC-CA--T-T-C-CCT---ACTTT-C-A-T-GAAA-T---GA--ATT---G---A-G-------AGC-A--C-G-T-GT------G---A-G-GACC---CTTT-T---AT--AG-AC-A-GT----------AC----TACT--G--TTGA-------ATAGT---ATGAA--T---G--G-TA-C-CA--T------GCAACAG-ACCATAAT-TTGTCA----CCT-GA-TT-----GT--TCAGA-GTG--CT-C-GC-TTTT-GT-ATTT-CA--GCAA--GTGA---A-T--AG--TTGAATG--GTT-TT--TTATC---AG-CAGGGGCCTCC-GTT-TA---GGGATTTT
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gi|16                         :              gCAGTATCTATAC----CCTT-----C-G--TAA----C--TAACT---T-ATT-A--AGA-------TTTA----ATT-T---GAGTAAA----G-AAAAT-----TTCA--T---C-
gi|2                          :           AGAACAGTATCTATATCT-TCACCC----C-GATCAGA---C--TAAATC--TTCTTCT--AGACTCCATATTCA----GTT-TT--GGGTAAA----GAAAA-T-----TTC-------C-AACCTTGTTGTT-CT--T-T-A-CCTCTTACTTT-C-A-T-GAAG-T---GA--ATTT--G---A-G-------AGC-A--CCG-T-GT------G---A-G-GACT---TTTT-TGT-AT--AG-ACCA-GT----------AC----TACT--G--TAGACACTTAGATGAT----TGAA--TTCTG--G----C-CACTT------GCAACAG-ACCACTAT-TTGTCA----CCTGGA-CTG----GT--TCAGA-GTG--CT-C-GC-TGGT--T-A-TC-CAACGCAA--ATTC---A-G--GA--TTGATTT--AGT-TT--TTA-C---AGTCAGGGGCTGCC-GT
gi|3                          :           AGAA-AGT--CAATCTATATCCTCAAC--C-G--TAG----C--TAA---------T-C--AGT-------TTTG----ATTCT---CTGTAAAACGGGAAAATT-----TTCA--T---C-AAC--TTT-ATCTCA--T-T-C-CCT---ACTTT-C-A-T-GAAG-T---GA--ATTGGAG---A-G-------AGC-A--C-G-T-GTC-----GCTTA-GAGACCG--TTTT-T---AT--AG-AC-A-GT----------------TACTAAA--CTGA-------ATAGTTTCATG-A--T---GGTG-TA-CTCA--T------GCAACAG-ACCAT--T-TTAT------CCT-GG-TTTTC--GT--TTCAA-GT---CTAC-ACAATCT-GT-ATTT-CAAGGCAC--ACAC---A-T--AG--TTGAATG--GTT-TTAGTTATCTATGC-CACGGGGCTCC-G
gi|4                          :          gAGAACAGTATCTATATATATCCTCA----C-G--TAG----C--TAACT---TTCTT-TTAAGA-------TTTA----ATT-T---GTGTAAA----GAAAAAT-----TTCA--T---C-AA---TGT-ATC-CA--T-T-C-CTT---ACTTT-C-A-T-GAAA-T---GA--ATT---G---AAG-------AGC-A--C-G-T-GT------G---A-G-GACC---CTTT-T----T--AGGAC-A-GT----------AC----TA-T--G--TTGA-------ATAGT---ATGAA--T---G--GCTA-C-CA--T------GCAACAGGACCATAAT-TTGTCA----CCT-GC-TT-----GT--TCAGA-GTG--CT-C-GC-TTTTTGT-ATTT-CA--GCAA--GTGA---AAT--AG--TTGAATG--GTT-TT--TTATC---AG-CAGGGGCTTCC-GTT-TA---GGGATTTTgg
gi|5                          :              ACAGTATCTATAT----CCT-A----C-G--TAG----C--TAAAT---CTCTT----AAA-------TTTATTCAGTT-TTTAGTGTTAA----AGAAAAT-----TTCA--T---CCAAC--TGT-ATC-CA--T-T-C-CAT---ACTAT-C-A-T-GAAG-TTTGGA--AT----G---A-G-------AGC----C-G-T--T------G---A-G-GACT---CTTT-----AT--TA-AC-C-GT-----------C----TACT--G--TTGA-------ATAGC----TGAAATT---G--G-TG-C-CA--T------GCAACAG-ACCATATC-TTGTCA----CCT-GGTTT-----GT--TCAGA-GTG--CT-C-GC--TTT-GT-ATTT-CA--GCAAT-GTG----A-T--AT--TTGAATG--GTT-TT--TATTC---AG-CGGGG--CTCC-GTT-TA---GGGA
gi|6                          :       tgagAGAACAGTATCTATATATATCCTCA----CCG--TAG----C--TAAAC---TTCTT----AGA-------TTTA----ATT-T---GTGTAAC----GAAAA-T-----TTCAAAT---C-AAC--TGT-ATC-CAATT-C-C-CCT---ACTTT-CAA-T-GAAA-T---GA--ATT-------A-G-------AG--A--C-G-T-GT------G---A-G-GACC---CTTT-T---AT--AG-ACAA-GT----------AC----TACT--G--TTGA-------ATAGA---ATGAA--T---G--G-TA-C-CA--T------GC-ACAG-ACCA-ATT-TTGTCA----CCT-GA--T-----GTA-TCAGAGGTGC-CT-C-GC-TTTT-GT-ATTT-CA--GCAA--GTGA---A-T--AG--TTGAATG--G-T-TT--TTATC---AG-CAGGG--CTCC-GTT-TA---GGGaattt
gi|7                          :         tgAAAACAGTATCTATAT----CCTCA----CCG--TAA----CGTTAGTTAGCTTCTT-T--AGA-------TTTG----ATT-T---GTGGAAA----GAAAA-T-----TTCA--T---C-AAC--TGT-ATC-CA--T-T-T-CCT---ACGTT-C-A-T-GAAA-T---GA--ATT---G---A-G-------AGC-A--C-G-T-GT------G---A-G-GACC---CTTT-T---AT--AG-AC-A-GT----------AC----TACT--G--TTGA-------ATAG----ATGAA--T---T--G-CA-C-CA--T------GCTACAT-ACAAT-AT-CTATCA----CC-----------------------TG--CT-C-GC--TTT-GT-ATTT-CA--GCAA--GTGA---A-T--AG--TTGAAT---GTT-TT--TTATC---AG-CAGGGG-TTCC-GTT-AA---GGAATTTT
gi|8                          :          gAGAACAGTATCTATAT----CCTCA----CTG--TAG----T--TAACT-----CCT-T--AAA-------T---------------------A----GAAAA-T-----TTCA--TGATC-AAC--TAA-ATC-CA--T-TTC-CCA---AATTT-C-A-T-GAAA-T---GA--ATT---G---A-G-------AAC-T--T-A-T-GT------A---A-G-AGCC---TTTT-T---AT--AG-AC-A-GT----------AC----AACT--G--TTGA-------ATAG----ATGAA--T---T--G-TA-C-CA--T------GCAACAG-ACCAT-AT-CTGTCA----CCT-GA-CT-----GC--TCAGG-GTG--TT-C-TC--ATT-GT-ATTT-CA--GC----------------CG--TTGGTTT--GTTACT--ATACC---AG-CAAGGG-CTCT-GTTATG---GGAATTTTt
gi|9                          :                               gCTCA----CCG--TA-----C--GAATC---TTCTT-T--AGT-------TCTA----ATT-T---GTGTAAA----GAAAA-------TTCA--T---C-T-C--TGT-ATC-CA--T-T-C-ACT---GCTTTAC-A-TAGAAA-T---GA--AAT---A---T-G-------AGC-AGAC-GGT-GT------A---A-G-G-CCTCACTTTGT---AT--AA-GA-A-GTT---------AT----TACT--G--TTGA-------ATGG----ATGAA--T---G--G-TA----A--T------GCAACAG-ACCATAAT-T---CT----CCT-GA-TT-----GT--TCAGA-GTG--CT-C-GC-GTTT-GT-ATTT-CA--GCAA--GTGA---A-T--AGTTTTGAATG--G---TT--TTATC---AG-CAGGGGC--CC-GTT-TA---GGGAATTTt


blockSeqs                     :                           GTAT     ACC    AT   ATCT GT   C AGC T   TTA    CTCCATA    TTCA   C TTA A     ACGG G   AT         AA GAT C   CT  TT   T  AT . T A   CTT     A A . A    G TTG  .    GGA CAC A .         AGA  C G C  CGCTT      T A    TCA    G GT   CT  C  C T  T           TAAG    AA .     CACTTAG    TTTCA    AT TCT GT C  G T  CT CGGAGT       G     CA A      .      G GCTCTTGT   A      G  GTT  A .  AA   T  .    T  AC    T    AC   A TA  TT      A   T A  AG   T TAT  T      CC   .   A  AGG
blockSeqs                     :                           ATAT     CC     .    A    .    C C   C   CT     .          .      . T   A     .    A   AT         .  .   .   .   TT   .  T  . . .   .       . . . .    . .    .    T   .   . .         A    . . .  A          . .    G      . .    .   G  A .  .           .       .  .     .          TA       .  .   .  .  . .  .  .            .     TA .      .      . GTTTTC     .      .  GC   . .  T    .  .    .  AG    T    A    . .   .       G   T .  .    T .    .      CT   .   .  .  
blockSeqs                     :                           ATAT     CC     .    .    .    C .   T   T      .          .      . .   A     .    A   AA         .  .   .   .   A    .  .  . . .   .       . . . .    . .    .    .   .   . .         A    . . .  G          . .    .      . .    .   .  . .  .           .       .  .     .          TA       .  .   .  .  . .  .  .            .     AA .      .      . ACTG       .      .  A    . .  T    .  .    .  .     .    A    . .   .       G   G .  .    G .    .      GC   .   .  .  
blockSeqs                     :                           ATAT     CT     .    .    .    C .   T   T      .          .      . .   A     .    A   AT         .  .   .   .   A    .  .  . . .   .       . . . .    . .    .    .   .   . .         A    . . .  G          . .    .      . .    .   .  . .  .           .       .  .     .          AA       .  .   .  .  . .  .  .            .     AT .      .      . GTTT       .      .  G    . .  A    .  .    .  .     .    A    . .   .       T   T .  .    T .    .      CT   .   .  .  
blockSeqs                     :                           ATAT     CC     .    .    .    C .   T   C      .          .      . .   A     .    A   TT         .  .   .   .   A    .  .  . . .   .       . . . .    . .    .    .   .   . .         T    . . .  A          . .    .      . .    .   .  . .  .           .       .  .     .          A        .  .   .  .  . .  .  .            .     AT .      .      . ACT        .      .  G    . .  T    .  .    .  .     .    G    . .   .       G   T .  .    T .    .      G    .   .  .  
blockSeqs                     :                           CTT      CC     .    .    .    A .   T   A      .          .      . .   G     .    A   AT         .  .   .   .   T    .  .  . . .   .       . . . .    . .    .    .   .   . .         A    . . .  G          . .    .      . .    .   .  . .  .           .       .  .     .          A        .  .   .  .  . .  .  .            .     AA .      .      . ATT        .      .  G    . .  T    .  .    .  .     .    C    . .   .       T   T .  .    T .    .      C    .   .  .  
blockSeqs                     :                           T        CT     .    .    .    C .   T   C      .          .      . .   T     .    G   AT         .  .   .   .   T    .  .  . . .   .       . . . .    . .    .    .   .   . .         A    . . .  G          . .    .      . .    .   .  . .  .           .       .  .     .          T        .  .   .  .  . .  .  .            .     A  .      .      . CTT        .      .  G    . .  T    .  .    .  .     .    C    . .   .       G   T .  .    T .    .      C    .   .  .  
blockSeqs                     :                           A        CC     .    .    .    A .   T   T      .          .      . .   T     .    A   T          .  .   .   .   T    .  .  . . .   .       . . . .    . .    .    .   .   . .         A    . . .  G          . .    .      . .    .   .  . .  .           .       .  .     .          T        .  .   .  .  . .  .  .            .     A  .      .      . ACT        .      .  G    . .  G    .  .    .  .     .    A    . .   .       G   T .  .    T .    .      T    .   .  .  
blockSeqs                     :                           .        C      .    .    .    A .   T   T      .          .      . .   T     .    A   T          .  .   .   .   T    .  .  . . .   .       . . . .    . .    .    .   .   . .         A    . . .  G          . .    .      . .    .   .  . .  .           .       .  .     .          T        .  .   .  .  . .  .  .            .     A  .      .      . ATT        .      .  G    . .  .    .  .    .  .     .    A    . .   .       G   . .  .    T .    .      C    .         
blockSeqs                     :                           .        C      .    .    .    T .   .   T      .          .      . .   T     .    A   T          .  .   .   .   T    .  .  . . .   .       . . . .    . .    .    .   .   . .         A    . . .  G          . .    .      . .    .   .  . .  .           .       .  .     .          C        .  .   .  .  . .  .  .            .     A  .      .      . AT         .      .  G    . .  .    .  .    .  .     .    A    . .   .       G   . .  .    C .    .      C    .         
blockSeqs                     :                           .        C      .    .    .    C .   .   .      .          .      . .   T     .    A   T          .  .   .   .   A    .  .  . . .   .       . . . .    . .    .    .   .   . .         T    . . .  A          . .    .      . .    .   .  . .  .           .       .  .     .          A        .  .   .  .  . .  .  .            .     A  .      .      . T          .      .  .    . .  .    .  .    .  .     .    A    . .   .       T   . .  .    T .    .                     
blockSeqs                     :                           .        C      .    .    .    T .   .   .      .          .      . .   T     .    .   .          .  .   .   .   T    .  .  . . .   .       . . . .    . .    .    .   .   . .         .    . . .  A          . .    .      . .    .   .  . .  .           .       .  .     .          A        .  .   .  .  . .  .  .            .     .  .      .      . T          .      .  .    . .  .    .  .    .  .     .    .    . .   .       G   . .  .    . .    .                     
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blockSeqCons                  :                                    CC****                          T***                                          AT*****                   T*                                           **             *******   A***        G*********                 ***              **********             **                        **                   ******             A*        ****                **                                  **    **   A***               G**                         C*
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