lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555 1 2222222222222 66666666666666666666666666 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 2222 111 11111 000000000000000000000000000000000000 11111 44444444444444444444 1111 99999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 1
lowQualScore : 2 5555555555555 77 0 6 5 2222222222222 55 88888888888888888888888888 4 1 9999 777 9 0 0 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 00 1111 555 7 3 22222 2 0 9 0 222222222222222222222222222222222222 77 5 55555 55555555555555555555 5 4444 00000000000000000000000000000000000000000000000000 3333 5
lowQualScore : . ............. .. . . . ............. .. .......................... . . .... ... . . . . ......................................................... .. .. .... ... . . ..... . . . . .................................... .. . ..... .................... . .... .................................................. .... .
lowQualScore : 5 1111111111111 99 2 2 0 0000000000000 55 99999999999999999999999999 0 6 4444 888 8 9 1 7 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 11 8888 555 2 6 55555 2 7 6 3 000000000000000000000000000000000000 99 7 22222 22222222222222222222 7 9999 55555555555555555555555555555555555555555555555555 5555 5
consensus : TCNTTTCCACAG----CC----T-A--GCGTAAAAATGCGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T----GTGACC-CCCTGC----G---CTGGGCCCCAGGGGA---GGATAT---A--------A--C--AT--TTGGTATA-T-TAGNAATTCG----NAAGGGGAAGTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAA--NATCTGCCTTTATTCT-----GTCCAATTCT-TATANATCCT--C---T--AT--C----G----ACAAG--C-A-GGGCAATTTCA-TGACGGCA--T-------TTT-CCGGATTTACATACCNTG-CCAA-----ATTGAACC-----GGTTCCGCTT-ATGGTA----C--------ACGCACAATCC-AGGCGTCAAAAGA
Reference ( gi|2 ) : TCCTTTCCACAG----AC----T-A--GCGTAAATATGCGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T----ATGCCC-CCCTGC----G---CTAGGCCCCAGGGGA---TGACAT---A--------A--C--AT--TTGGTATA-C-TAGTAATTCG----AAAGGGGAAGTTGTATCCTAT--TGGTTGCAAAAATTACAAA--TATCTGCCTTTATTTT-----GTCCATTTCTTTATACATCCT--T---T--AT--T----A----GCAAG--C-A-GTGCAATTTCT-TGACAACA--T-------TTT-CTGGATTTACATACCATG-CCAA-----ACTGAATC-----GGTTTCGCTT-ATGGT-----C--------AAACACAATCC-AGGCTTCAAAAGA
gi|12 : TCATTTCCACAG-----C----T-ATAGCGTAAAAATACGT-AAAGG-------------GCAAAACA----AA---GA------TTTTGACG-TC-TCCTGC----G---CTTGGTCCC-GGGGA---GAATATCGCA--------A--CATAT--TTGTTA--------TGATTTG----GAAGG
gi|11 : ctttctgcaatttctgtaTCCTTTCTACA-----ACCATAT-A--G-ATAAA-ATGAGT-AATGA-------------CCACC--A----A----GAT-----T----TTGACC-CCCT-C----G---CT--GCCCC
gi|16 : ataTCCTTTCCAGAA----CCA---T-A--ATGTAAA-ATGCGT-AATGC-------------CCAAA--A----AC---CATATTGTT----ATGATC-CCAGAC----A---CTAGGCTTCAttcccaacccccctgggggggggggtcgtatggggaagttgcatcttatcgcggttgtcaaaattacaaattct
gi|15 : ataTCATTTCCACAA----CCA---T-A--GCGTATAAATGCGC-AATTG-------------CCAAA--ATT--A----GAGAT---T----GTGACC-CCCTG
gi|8 : tttcagtattcccaataTTTCACAGCCTTACCA--T-A--CCGTCAATATTCAT-AATGG-------------CTAAA--A----AT---AT------T----GTGACCACCCTGT----G---CTGGGCCCCAGGGGA---GGATAC---A--------ATTC--AT--A-AATAGA-T-TAG--ATT-G----TAGGAGGAAGTTGCATCCTAT--CAGTTGTTACAATTACAAAGTTATGCCCCTTTATTCT-----GTC
gi|5 : TTCCATAC-----C----C-A--TTGTAAAAATGCGT-AATGG-------------TCCAA--A----ACAGAGAC-----T----GTGGCC-CT-TCC----G---C-AGGT----AAATA---TATCAT---A--------AGGT--GT--TTGGTATA-TATCGGAA---G----GAAGGAAAAGTTGTATCCTAT--TGCCTGTGAAAATTACAAA--GGTGTCATTTTATTCT-----GTCAAATGC--TATAAATCCT--CG--T--AT--TGCGCA----ACAAG--C-A-GAACAATTTCA-TGACGGCATTT-------TTT-CCGGATTt
gi|6 : TTCCACAG----CC----CGA--GCGTAAAAATACTT-TACGGTACCCCCCCCCCCCCGAA--G----AT-----------T----GTGACC-CCTTGT----G---CTGGGCCCCAGGGCAAGTTATCGT---A--------G--C--ATATTTAG--------AATAGTTCG----TAAGGAGGAGTTGCATCCTAT--TGATTGGTGAAATTA-------ATCTG--TTTATTgaaat
gi|3 : CGTAAATG-GCGTGAATGA-------------C-AAA--A----ACAGAGA------TT---GTGAAC-CCCAGT----G---CTGGTCCGCACGGGA---GGATAT---ACATGTAGCA--T--AT--TTGATATAGT-TTGGAATTTATATAGAAGCTGAAGTTTTATCCTAT--TGATTGTGAATATTACAAA--GGTCTG-TTTTATTCT-----GTTAAATTC--TATAAATCCTAATG--T--ACG-C----G----ACAAG--C-A-GGTCAAT---------------T-------TTT-CTGCATTAACATTCC--G-CCAA-----ATTGGACC-----AG------TA-ATGGCA----C--------ACACACAACCT-AAGCACCAATAGAaattctataaattatcaaatacgcgacaagcataggagcttcatcatgaaagcatttcccca
gi|1 : ATGC-------------CGAAA--A----AA---GA------T----AT--------TGT----GACTCT-GGCCTCAGGGAA----GGC-----------------T--AT--CTGGAA------AGGA--TCG----CACGAGATAGTTGCATTCTAT--CGGTTGTTAAAATTATAAG--T-TCTTCCTTT-TTCT-----A---ATGCC---ATATATTCT--C---TAAATCGT----G----ACAAG--C-ATATG-AGTTTCG-TGAAAGTA--TCCCCCCCCCC-CCGGATTTCCATACCAT---TAA---------AATA-----GGTTCCGTTT-Aaagaa
gi|4 : G-------------CCAAA--ATTAGA----GA------TT---GTGACC-CCCTGTTCTAG---CGAGGCCTCAGGGAA---GGATAT---ataaacatgcgcactactaagatgtcaagagaaagataaaactcagtagaatgtaactagagaaaagaagggaagaaaga
gi|13 : ttA---TGATAT---G---------------T--TTGTCATA-C-T-----TTT-----AAAGGGAAAATTGTATCCTGT--TGGTCGTGAAAATGATAA----AGCTGT-----TTCT-----GTCCAACTCTGTA-----GCT--C---T--AT--A----A----ACACGACC-A-GGACAATTTCA-CGACActagccatcattggaagggggatattatctgcttttattatgccccattctacagatccataaatacgcgacaagcagacaaattttatgaaagcaatttctgaatttacataccattcaaaattggcaccaaaagaaaaagaaaacttgataggtgaaaaaaagagagggaagaacg
gi|7 : tTG-C-CAATAGTATG----GAGAGGGAAGTTGTAGCCAAT--TAATTGTTAATATTACAAAGGCATCT---TTTCTTTTCTTCAGTCCATTTC--TATAC---------------T--C----A----ATAAG--CAA-ATG-AATTTTA-TAAAAGCAC-T-------TTT-GTTTATTTACATACCCTT-CAAAATTTTACCGACCCATGCAGATTCCTCTTAATAGG-----C--------ACACACAATCCGGGGGGTCAAAAGA
gi|11 : gtTCG----TATGGGGAAGTTGCATCTTATCGCGGTTGTCAAAATTACAAA--T-TCTacgagaa
gi|17 : atatcctttctacaaccatatagataaaatgagtaatgaccaccaagattttgaccccctcgctgccccttcccaacccccctgggggggggggGGAAGTTGCATCCTAT--GGGTTGTTAAAATTTCAAA--GTTCTGCCTT
gi|9 : ggattacacaataAAA--GGTCTGCTATT-TTTT-----GACCGATACT--ATAGATCCT--TAAGT--ATG-T----G----ACAAG--C-A-GGGCAATTTCA-TGACGTCT--T-------TTTTCCGGATTTACGTACCCTG-CCAA-----AATGGACC-----GGTATA---T-ATGTT-----CCCCTCAATAGGCACAA--A-AGACGTCAAAAGAactc
gi|4 : --TATCTGCTTTTATTAT-----GCCCCATTCT--ACAGATCCA--T---A--AA--T----ACGCGACAAG--C-A-G-ACAAATTTTATGAAAGCA--A-------TTT-CTGAATTTACATACCATT-CAAA-----ATTGaag
gi|14 : ttgccaaaattagagattgtgaccccctgttctagcgaggcctcagggaaggatatctagccatcattggaagggggatatCAATTTCA-CGACAGTAATT-------TTC-CCGGATTCACAGGGCCTG-TCAA-----ATTGTACC-----GGTgcaccaaaagaaaaagaaaacttgataggtgaaaaaaagagagggaagaacg
gi|10 : aGATTTCCACAC-ACGACCA---------GAATA-----GGTTGCGCTT-A--GTAGGAAC--------ATGCACAGTCC-AGGCGTCGAAAattgattccgtattccgtttaatagatacacacagttaataaaagaaaga
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATATAGTTCTGCTTAATAGGTACACACAAAATCTAGGTATCAAAAAAGAGA
Alignments
lowQualScore : 3333333333 2222222222222 555555555555555555555 1111111 777777777777777777777777777777777777777777 2222 1111 55555555555555555555555555555 2222222222 11111 22222222222222 333333333 11
lowQualScore : 1 2 7777777777 0 1 4 4 0000000000000 55 000000000000000000000 3 55 3 2222222 7 666666666666666666666666666666666666666666 777777 66 1 7777 666 1 2 1111 44 0000 5 3 3 0 55555555555555555555555555555 66 888888 55 55 5555555555 4 777 22 22222 44444444444444 0 111111111 1 0 33
lowQualScore : . . .......... . . . . ............. .. ..................... . .. . ....... . .......................................... ...... .. . .... ... . . .... .. .... . . . . ............................. .. ...... .. .. .......... . ... .. ..... .............. . ......... . . ..
lowQualScore : 0 2 9999999999 2 9 4 4 0000000000000 00 111111111111111111111 6 00 6 6666666 3 666666666666666666666666666666666666666666 222222 33 0 7777 000 3 0 2222 66 5555 6 3 9 9 44444444444444444444444444444 11 777777 55 99 0000000000 4 444 22 55555 77777777777777 7 777777777 7 1 66
consensus : TCCTTTCCACAGCCA--T------AGCGTAAAAATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---GT-GAC--C-CCCTGC----GCTGGGCCCCAGGGGAGGATAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-T-T---AGGAAT--T-CGNA----AGGGGAAGTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAA--GGTC--TG--CCTTTATTCTGTCCAATTC--TATANATCCT-C---T--AT----C--GACAAG--CA---GANCAATT--TCATGACAGCA--T-------TTT-CCGGATTTACATACCCTGCCAAATT-----GAACC-----G--------GTTCCGCTT-A-T-GG-ACACGCACAATCC--AGGCGTCAAAAGA
Reference ( family-3443 ) : TCNTTTCCACAGCC---T------AGCGTAAAAATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---GT-GAC--C-CCCTGC----GCTGGGCCCCAGGGGAGGATAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-T-T---AGNAAT--T-CGNA----AGGGGAAGTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAA--NATC--TG--CCTTTATTCTGTCCAATTC-TTATANATCCT-C---T--AT----C--GACAAG--CA---GGGCAATT--TCATGACGGCA--T-------TTT-CCGGATTTACATACCNTGCCAAATT-----GAACC-----G--------GTTCCGCTT-A-T-GGTACACGCACAATCC--AGGCGTCAAAAGA
gi|1 : ATGC-------------CGAAA--A----AA---GA------TATTGT-GAC--T-CT------------GGCCTCAGGGAAGGCTAT-------------------------CTGGAA----------AGGA----T-CGCA----CGAGATAGTTGCATTCTAT--CGGTTGTTAAAATTATAAG--T-TC--TT--CCTTT-TTCT----AATGC--CATATATTCT-C---TAAAT----CGTGACAAG--CA---TATGAGTT--TCGTGAAAGTA--TCCCCCCCCCC-CCGGATTTCCATACCAT--TAA---------AATA-----G--------GTTCCGTTTAA-T-AA-ACATGCGCACTACTAAGATGTCAAGAGA
gi|10 : GATTTCCACACACGACCA---------GAATA-----G--------GTTGCGCTT-AGTAGGAACATGCACAGTCC--AGGCGTCGAAAaagataaaactcagtagaatgtaactagagaaaagaagggaagaaaga
gi|11 : TCCTTTCTACAACCATAT------AG-ATAAAA-TG-AGT-AATGA-------------CCACC--A----A----GA------T---TTTGAC--C-CCCT-C----GCT--GCCCCactcaataaaaggtttaaaaagaaagggaagaaaaagatggagaaagataacatccttaaagcatactttttgttgcagtgacccctgcg
gi|11 : ata--T-CGTA----TGGGGAAGTTGCATCTTATCGCGGTTGTCAAAATTACAAA--T-TC--Tttcccaacccccctgggggggggggtcgtatggggaagttgcatcttatcgcggttgtcaaaattacaaattct
gi|12 : atatcctttctacaaccatatagataaaatgagtaatgaccaccaagattttgaccccctcgctgccccttcccaacccccctgggggggggggTCATTTCCACAGCTA--T------AGCGTAAAAATA-CGT-AAAGG-------------GCAAAACA----AA---GAT-----T---TT-GACGTC-TCCTGC----GCTTGGTCCC-GGGGAGAATATCGCA--------A--CATA-----TTTGTTATGA-T-T---TGGAA
gi|13 : ctttctgcaatttctgtaA----AGGGAAAATTGTATCCTGT--TGGTCGTGAAAATGATAAA--G--C--TG--T-----TTCTGTCCAACTC-T-GTAG---CT-C---T--AT----A--AACACGACCA---GGACAATT--TCACGACgg
gi|14 : tatgatatgtttgtcatacttttaCAATT--TCACGACAGTAATT-------TTC-CCGGATTCACAGGGCCTGTCAAATT-----GTACC-----G--------GTa
gi|15 : aTCATTTCCACAACCA--T------AGCGTATAAATG-CGC-AATTG-------------CCAAA--ATT--A----GAGAT---T---GT-GAC--C-CCCTGattgattccgtattccgtttaatagatacacacagttaataaaagaaaga
gi|16 : tttcagtattcccaataTCCTTTCCAGAACCA--T------AATGTAAAA-TG-CGT-AATGC-------------CCAAA--A----AC---CATATTGTT---AT-GAT--C-CCAGAC----ACTAGGCTTCA
gi|17 : ataAT--TACACA----ATAGGAAGTTGCATCCTAT--GGGTTGTTAAAATTTCAAA--GTTC--TG--CCTT
gi|18 : gg--------GTTCTGCTT-AATAGGTACACACAAAATCT--AGGTATCAAAAAAactc
gi|2 : tatataTCCTTTCCACAGAC---T------AGCGTAAATATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---AT-GCC--C-CCCTGC----GCTAGGCCCCAGGGGATGACAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-C-T---AGTAAT--T-CGAA----AGGGGAAGTTGTATCCTAT--TGGTTGCAAAAATTACAAA--TATC--TG--CCTTTATTTTGTCCATTTCTTTATACATCCT-T---T--AT----T--AGCAAG--CA---GTGCAATT--TCTTGACAACA--T-------TTT-CTGGATTTACATACCATGCCAAACT-----GAATC-----G--------GTTTCGCTT-A-T-GGT-CAAACACAATCC--AGGCTTCAAAAGAgaga
gi|3 : AAATGGCGTGAATGA-------------C-AAA--A----ACAGAGA------TT--GT-GAA--C-CCCAGT----GCTGGTCCGCACGGGAGGATAT---ACATGTAGCA--T--A-----TTTGATAT-AGT-T---TGGAAT--T-TATATAGAAGCTGAAGTTTTATCCTAT--TGATTGTGAATATTACAAA--GGTC--TG---TTTTATTCTGTTAAATTC--TATAAATCCTAA---T--GTACG-C--GACAAG--CA---GGTCAAT----------------T-------TTT-CTGCATTAACATTCC--GCCAAATT-----GGACC-----A--------G------TA-A-T-GGCACACACACAACCT--AAGCACCAATAGA
gi|4 : cgtG-------------CCAAA--ATTAGA----GA------TT--GT-GAC--C-CCCTGTTCTAGCGAGGCCTCAGGGAAGGATAT-----------------------------------C-T---AGCCATCAT-TGGA----AGGGGGA----TAT--TAT--CTGCTTTT---ATTA------------TG--CC-CCATTCTA-CAGATCC---ATAAATAC----------G----C--GACAAG--CA---GACAAATT--TTATGAAAGCA--A-------TTT-CTGAATTTACATACCATTCAAAATT-----Gaagaa
gi|5 : ttTTCCATA-CC---C------ATTGTAAAAATG-CGT-AATGG-------------TCCAA--A----ACAGAGAC-----T---GT-GGC--C-CTT-------------CCGCAGGTAAATATAT---C--------A--T--AAGGTGTTTGGTAT-A-TAT---CGGAA------GGA----AGGAAAAGTTGTATCCTAT--TGCCTGTGAAAATTACAAA--GGTG--TC--ATTTTATTCTGTCAAATGC--TATAAATCCT-CG--T--ATTGCGC--AACAAG--CA---GAACAATT--TCATGACGGCATTT-------TTT-CCGGATTgcaccaaaagaaaaagaaaacttgataggtgaaaaaaagagagggaagaacg
gi|6 : TTCCACAGCC---CG-----AGCGTAAAAATA-CTT-TACGGTACCCCCCCCCCCCCGAA--G----AT-----------T---GT-GAC--C-CCTTGT----GCTGGGCCCCAGGGCAAGTTAT---------------C--G-----T--AGCAT-A-T-TTAGAATAGT--T-CGTA----AGGAGGAGTTGCATCCTAT--TGATTGGTGAAATTA-------ATC--TG----TTTATT------AATTC--TATAAATTAT-CAAAT--ACG---C--GACAAG--CATAGGAGC--TTCATCATGAAAGCA--T-------TTC-CCgaaat
gi|7 : GGA----GAGGGAAGTTGTAGCCAAT--TAATTGTTAATATTACAAAGGCATCTTTT--CTTTTCTTCAGTCCATTTC--TATAC--------------T----C--AATAAG--CA---AATGAATT--TTATAAAAGCAC-T-------TTT-GTTTATTTACATACCCTTCAAAATTTTACCGACCCATGCAG--------ATTCCTCTTAA-T-AG-GCACACACAATCCG-GGGGGTCAAAAGAca
gi|8 : gttgccaatagtatTTTCACAGCC---TTACCATACCGTCAATATT-CAT-AATGG-------------CTAAA--A----AT---AT------T---GT-GAC--CACCCTGT----GCTGGGCCCCAGGGGAGGATAC---A--------ATTC--A-----TA-AATAG-A-T-T---AG--AT--T--GTA----GGAGGAAGTTGCATCCTAT--CAGTTGTTACAATTACAAA--GTTA--TGCCCCTTTATTCTGTCacgagaa
gi|9 : AAA--GGTC--TG--CTATT-TTTTGACCGATAC-T-ATAGATCCT-TAAGT--ATG---T--GACAAG--CA---GGGCAATT--TCATGACGTCT--T-------TTTTCCGGATTTACGTACCCTGCCAAAAT-----GGACC-----GGTATATATGTTCCCCTC-A------ATAGGCACAA--A--AGACGTCAAAAGAt
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222222222 555555555555555555555 1111111 11111111 88888888888888888888888888888888888888888888888 11111 1111 55555555555555555 2222222222 111 11111 5555555555555555555555555555 22222222 11
lowQualScore : 222222 4 888 4 4 0000000000000 55 000000000000000000000 3 55 3 2222222 2 777 44444444 2 22222222222222222222222222222222222222222222222 66 1 7777 666 1 2 44444 0000 5 333 66 22 1 00000000000000000 66 777 1 55 2 5555555555 4 000 0 77777 1111111111111111111111111111 0 44444444 1 0 55
lowQualScore : ...... . ... . . ............. .. ..................... . .. . ....... . ... ........ . ............................................... .. . .... ... . . ..... .... . ... .. .. . ................. .. ... . .. . .......... . ... . ..... ............................ . ........ . . ..
lowQualScore : 666666 5 888 4 4 0000000000000 00 111111111111111111111 6 00 6 6666666 3 000 55555555 0 11111111111111111111111111111111111111111111111 33 0 7777 000 3 0 33333 5555 6 555 11 99 9 77777777777777777 11 888 0 55 5 0000000000 4 111 1 55555 0000000000000000000000000000 7 00000000 7 1 88
consensus : TCCTTTCCACAGCC-----ATAGCGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---GT-GAC--C-CCCTGC----GCTGGGCC---CCA--------GGGGAGGATAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-T-TNGGAAT---T-CGNA----AGGGGAAGTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAAGG----TCTG--CCTTTATTCTGTCCAATTC--TATANATCCT-C---T--AT----C--GACAAG--CA---GANCAATT--TCATGACAGCA--T-------TTT-CCGGATTTACATACCCTGCCAAATT-----GAACC-----G--------G-------------TTCCGCTTAA-TAG--ACACGCACAATCC--AGGCGTCAAAAGA
Reference ( family-3443 ) : TCCTTTCCACAGCC-----ATAGCGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---GT-GAC--C-CCCTGC----GCTGGGCC---CCA--------GGGGAGGATAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-T-TAGGAAT---T-CGNA----AGGGGAAGTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAAGG----TCTG--CCTTTATTCTGTCCAATTC--TATANATCCT-C---T--AT----C--GACAAG--CA---GANCAATT--TCATGACAGCA--T-------TTT-CCGGATTTACATACCCTGCCAAATT-----GAACC-----G--------G-------------TTCCGCTT-A-TGG--ACACGCACAATCC--AGGCGTCAAAAGA
gi|1 : ATGC-------------CGAAA--A----AA---GA------TATTGT-GAC--T-CT------------GGCC---TCA--------GGGAAGGCTAT-------------------------CTGGAA-------AGGA-----T-CGCA----CGAGATAGTTGCATTCTAT--CGGTTGTTAAAATTAT-AAGT----TCTT--CCTTT-TTCT----AATGC--CATATATTCT-C---TAAAT----CGTGACAAG--CA---TATGAGTT--TCGTGAAAGTA--TCCCCCCCCCC-CCGGATTTCCATACC-------ATTA----AAATA-----G--------G-------------TTCCGTTTAA-TAA--ACATGCGCACTACTAAGATGTCAAGAGA
gi|10 : GATTTCCACACACGACCA---------GAATA-----G--------G-------------TTGCGCTT-AGTAGGAACATGCACAGTCC--AGGCGTCGAAAaagataaaactcagtagaatgtaactagagaaaagaagggaagaaaga
gi|11 : TCCTTTCTACAACC-----ATA---TAGATAAAATG-AGT-AATGA-------------CCACC--A----A----GA------T---TTTGAC--C-CCCT-C----GCTGCCCCTTCCCAACCCCCCTGGGGGGG-------------------------------GG----------GG------T-CGTA----TGGGGAAGTTGCATCTTATCGCGGTTGTCAAAATTACAAAactcaataaaaggtttaaaaagaaagggaagaaaaagatggagaaagataacatccttaaagcatactttttgttgcagtgacccctgcg
gi|12 : ataTCATTTCCACAGCT-----ATAGCGTA---AAAATA-CGT-AAAGG-------------GCAAAACA----AA---GAT-----T---TT-GACGTC-TCCTGC----GCTTGGTC---CC---------GGGGAGAATATCGCA--------A--CATA-----TTTGTTATGA-T-TTGGAAttct
gi|13 : ctttctgcaatttctgtaA----AGGGAAAATTGTATCCTGT--TGGTCGTGAAAATGATAAAG------CTG--T-----TTCTGTCCAACTC--TGTAG---CT-C---T--AT----A--AACACGACCA---GGACAATT--TCACGACAgg
gi|14 : tatgatatgtttgtcatacttttaCAATT--TCACGACAGTAATT-------TTC-CCGGATTCACAGGGCCTGTCAAATT-----GTACC-----G--------GTATTGATTCCGTATTCCGTTTAA-TAG--ATACACACAGT
gi|15 : aTCATTTCCACAACC-----ATAGCGTA---TAAATG-CGC-AATTG-------------CCAAA--ATT--A----GAGAT---T---GT-GAC--C-CCCTGtaataaaagaaaga
gi|16 : tttcagtattcccaataTCCTTTCCAGAACC-----ATAATGTA---AAA-TG-CGT-AATGC-------------CCAAA--A----AC---CATATTGTT---AT-GAT--C-CCAGAC----ACTAGGCT---TCA--------
gi|17 : ataGGAT---TACACA----ATAGGAAGTTGCATCCTAT--GGGTTGTTAAAATTTCAAAGT----TCTG--CCTT
gi|2 : TCCTTTCCACAGAC------TAGCGTA---AATATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---AT-GCC--C-CCCTGC----GCTAGGCC---CCA--------GGGGATGACAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-C-TAGTAAT---T-CGAA----AGGGGAAGTTGTATCCTAT--TGGTTGCAAAAATTACAAATA----TCTG--CCTTTATTTTGTCCATTTCTTTATACATCCT-T---T--AT----T--AGCAAG--CA---GTGCAATT--TCTTGACAACA--T-------TTT-CTGGATTTACATACCATGCCAAACT-----GAATC-----G--------G-------------TTTCGCTT-A-TGG--TCAAACACAATCC--AGGCTTCAAAAGAactc
gi|3 : AAATGGCGTGAATGA-------------C-AAA--A----ACAGAGA------TT--GT-GAA--C-CCCAGT----GCTGGTCC---GCA--------CGGGAGGATAT---ACATGTAGCA--T--A-----TTTGATAT-AGT-TTGGAAT---T-TATATAGAAGCTGAAGTTTTATCCTAT--TGATTGTGAATATTACAAAGG----TCTG---TTTTATTCTGTTAAATTC--TATAAATCCTAA---T--GTACG-C--GACAAG--CA---GGTCAAT----------------T-------TTT-CTGCATTAACATTCC--GCCAAATT-----GGACC-----A--------G-------------------TA-A-TGGC-ACACACACAACCT--AAGCACCAATAGA
gi|4 : cgtG-------------CCAAA--ATTAGA----GA------TT--GT-GAC--C-CCCTGTTCTAGCGAGGCC---TCA--------GGGAAGGAT--------------------A-----TCTAGC-C-A-T-CA--------T-TGGA----AGGGGGA----TAT--TAT--CTGCTTTT---ATTA------------TG--CC-CCATTCTA--CAGATC--CATAAATAC----------G----C--GACAAG--CA---GACAAATT--TTATGAAAGCA--A-------TTT-CTGAATTTACATACCATTCAAAATT-----Gaagaa
gi|5 : ttTTCCATACCC-----AT--TGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------TCCAA--A----ACAGAGAC-----T---GT-GGC--C-CTT-------------CC---GCA--------GGTAAATATAT---C--------A--T--AAGGTGTTTGGTAT-A-TATCGGAA-------GGA----AGGAAAAGTTGTATCCTAT--TGCCTGTGAAAATTACAAAGG----TGTC--ATTTTATTCTGTCAAATGC--TATAAATCCT-CG--T--ATTGCGC--AACAAG--CA---GAACAATT--TCATGACGGCATTT-------TTT-CCGGATTgcaccaaaagaaaaagaaaacttgataggtgaaaaaaagagagggaagaacg
gi|6 : TTCCACAGCC-----CGAGCGTA---AAAATA-CTT-TACGGTACCCCCCCCCCCCCGAA--G----AT-----------T---GT-GAC--C-CCTTGT----GCTGGGCC---CCA--------GGGCAAGTTAT---------------C--G-----T--AGCAT-A-T-TTAGAATAGTT-CGTA----AGGAGGAGTTGCATCCTAT--TGATTGGTGAAATTA-----A----TCTG----TTTATT------AATTC--TATAAATTAT-CAAAT--ACG---C--GACAAG--CATAGGAGC--TTCATCATGAAAGCA--T-------TTC-CCgaaat
gi|7 : GGA----GAGGGAAGTTGTAGCCAAT--TAATTGTTAATATTACAAAGGCATCTTTT--CTTTTCTTCAGTCCATTTC--TATAC--------------T----C--AATAAG--CA---AATGAATT--TTATAAAAGCAC-T-------TTT-GTTTATTTACATACCCTTCAAAATTTTACCGACCCATGCAG--------A-------------TTCCTCTTAA-TAG--GCACACACAATCCG-GGGGGTCAAAAGAca
gi|8 : gttgccaatagtatTTTCACAGCCTTACCATACCGTC---AATATT-CAT-AATGG-------------CTAAA--A----AT---AT------T---GT-GAC--CACCCTGT----GCTGGGCC---CCA--------GGGGAGGATAC---A--------ATTC--A-----TA-AATAG-A-T-TAG--AT---T--GTA----GGAGGAAGTTGCATCCTAT--CAGTTGTTACAATTACAAAGT----TATGCCCCTTTATTCTGTCacgagaa
gi|9 : AAAGG----TCTG--CTATT-TTTTGACCGATAC--TATAGATCCT-TAAGT--ATG---T--GACAAG--CA---GGGCAATT--TCATGACGTCT--T-------TTTTCCGGATTTACGTACCCTGCCAAAAT-----GGACC-----GGTATATATG-------------TTCCCCTC-A------ATAGGCACAA--A--AGACGTCAAAAGAt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TATATAGTTCTGCTTAATAGGTACACACAAAATCTAGGTATCAAAAAAGAGA
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222222222 555555555555555555555 1111111 11111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 1111 55555555555555555 2222222222 111 11111 4444444444444444444444444444 222 11
lowQualScore : 222222 4 888 4 4 0000000000000 55 000000000000000000000 3 55 3 2222222 2 777 44444444 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999 1 7777 666 1 2 44444 0000 5 333 66 22 1 00000000000000000 66 777 1 55 2 5555555555 4 000 0 77777 4444444444444444444444444444 111 0 33
lowQualScore : ...... . ... . . ............. .. ..................... . .. . ....... . ... ........ . .................................................. . .... ... . . ..... .... . ... .. .. . ................. .. ... . .. . .......... . ... . ..... ............................ ... . ..
lowQualScore : 666666 5 888 4 4 0000000000000 00 111111111111111111111 6 00 6 6666666 3 000 55555555 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666 0 7777 000 3 0 33333 5555 6 555 11 99 9 77777777777777777 11 888 0 55 5 0000000000 4 111 1 55555 2222222222222222222222222222 000 2 66
consensus : TCCTTTCCACAGCC-----ATAGCGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---GT-GAC--C-CCCTGC----GCTGGGCC---CCA--------GGGGAGGATAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-T-TNGGAAT---T-CGNA----AGGGGAAGTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAAGG----TCTG--CCTTTATTCTGTCCAATTC--TATANATCCT-C---T--AT----C--GACAAG--CA---GANCAATT--TCATGACAGCA--T-------TTT-CCGGATTTACATACCCTGCCAAATT-----GAACC-----G--------G-------------TTCCGCTTAATAG--ACACGCACAATCC--AGGCGTCAAAAGA
Reference ( family-3443 ) : TCCTTTCCACAGCC-----ATAGCGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---GT-GAC--C-CCCTGC----GCTGGGCC---CCA--------GGGGAGGATAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-T-TNGGAAT---T-CGNA----AGGGGAAGTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAAGG----TCTG--CCTTTATTCTGTCCAATTC--TATANATCCT-C---T--AT----C--GACAAG--CA---GANCAATT--TCATGACAGCA--T-------TTT-CCGGATTTACATACCCTGCCAAATT-----GAACC-----G--------G-------------TTCCGCTTAATAG--ACACGCACAATCC--AGGCGTCAAAAGA
gi|1 : ATGC-------------CGAAA--A----AA---GA------TATTGT-GAC--T-CT------------GGCC---TCA--------GGGAAGGCTAT-------------------------CTGGAA-------AGGA-----T-CGCA----CGAGATAGTTGCATTCTAT--CGGTTGTTAAAATTAT-AAGT----TCTT--CCTTT-TTCT----AATGC--CATATATTCT-C---TAAAT----CGTGACAAG--CA---TATGAGTT--TCGTGAAAGTA--TCCCCCCCCCC-CCGGATTTCCATACC-------ATTA----AAATA-----G--------G-------------TTCCGTTTAATAA--ACATGCGCACTACTAAGATGTCAAGAGA
gi|10 : GATTTCCACACACGACCA---------GAATA-----G--------G-------------TTGCGCTTAGTAGGAACATGCACAGTCC--AGGCGTCGAAAaagataaaactcagtagaatgtaactagagaaaagaagggaagaaaga
gi|11 : TCCTTTCTACAACC-----ATA---TAGATAAAATG-AGT-AATGA-------------CCACC--A----A----GA------T---TTTGAC--C-CCCT-C----GCTGCCCCTTCCCAACCCCCCTGGGGGGG-------------------------------GG----------GG------T-CGTA----TGGGGAAGTTGCATCTTATCGCGGTTGTCAAAATTACAAAactcaataaaaggtttaaaaagaaagggaagaaaaagatggagaaagataacatccttaaagcatactttttgttgcagtgacccctgcg
gi|12 : ataTCATTTCCACAGCT-----ATAGCGTA---AAAATA-CGT-AAAGG-------------GCAAAACA----AA---GAT-----T---TT-GACGTC-TCCTGC----GCTTGGTC---CC---------GGGGAGAATATCGCA--------A--CATA-----TTTGTTATGA-T-TTGGAAttct
gi|13 : ctttctgcaatttctgtaTGATAT-G-T-TTGTCATACTT-TTAA----AGGGAAAATTGTATCCTGT--TGGTCGTGAAAATGATAAAG------CTG--T-----TTCTGTCCAACTC--TGTAG---CT-C---T--AT----A--AACACGACCA---GGACAATT--TCACGACAgg
gi|14 : taCAATT--TCACGACAGTAATT-------TTC-CCGGATTCACAGGGCCTGTCAAATT-----GTACC-----G--------GTATTGATTCCGTATTCCGTTTAATAG--ATACACACAGT
gi|15 : aTCATTTCCACAACC-----ATAGCGTA---TAAATG-CGC-AATTG-------------CCAAA--ATT--A----GAGAT---T---GT-GAC--C-CCCTGtaataaaagaaaga
gi|16 : tttcagtattcccaataTCCTTTCCAGAACC-----ATAATGTA---AAA-TG-CGT-AATGC-------------CCAAA--A----AC---CATATTGTT---AT-GAT--C-CCAGAC----ACTAGGCT---TCA--------
gi|17 : ataGGAT---TACACA----ATAGGAAGTTGCATCCTAT--GGGTTGTTAAAATTTCAAAGT----TCTG--CCTT
gi|18 : --------G-------------TTCTGCTTAATAGGTACACACAAAATCT--AGGTATCAAAAAAactc
gi|2 : tatataTCCTTTCCACAGAC------TAGCGTA---AATATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---AT-GCC--C-CCCTGC----GCTAGGCC---CCA--------GGGGATGACAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-C-TAGTAAT---T-CGAA----AGGGGAAGTTGTATCCTAT--TGGTTGCAAAAATTACAAATA----TCTG--CCTTTATTTTGTCCATTTCTTTATACATCCT-T---T--AT----T--AGCAAG--CA---GTGCAATT--TCTTGACAACA--T-------TTT-CTGGATTTACATACCATGCCAAACT-----GAATC-----G--------G-------------TTTCGCTT-ATGG--TCAAACACAATCC--AGGCTTCAAAAGAgaga
gi|3 : AAATGGCGTGAATGA-------------C-AAA--A----ACAGAGA------TT--GT-GAA--C-CCCAGT----GCTGGTCC---GCA--------CGGGAGGATAT---ACATGTAGCA--T--A-----TTTGATAT-AGT-TTGGAAT---T-TATATAGAAGCTGAAGTTTTATCCTAT--TGATTGTGAATATTACAAAGG----TCTG---TTTTATTCTGTTAAATTC--TATAAATCCTAA---T--GTACG-C--GACAAG--CA---GGTCAAT----------------T-------TTT-CTGCATTAACATTCC--GCCAAATT-----GGACC-----A--------G--------------------TAATGGC-ACACACACAACCT--AAGCACCAATAGA
gi|4 : cgtG-------------CCAAA--ATTAGA----GA------TT--GT-GAC--C-CCCTGTTCTAGCGAGGCC---TCA--------GGGAAGGAT--------------------A-----TCTAGC-C-A-T-C----AT---T--GGA----AGGGGGA----TAT--TAT--CTGCTTTT---ATTA------------TG--CC-CCATTCTA--CAGATC--CATAAATAC----------G----C--GACAAG--CA---GACAAATT--TTATGAAAGCA--A-------TTT-CTGAATTTACATACCATTCAAAATT-----Gaagaa
gi|5 : ttTTCCATACCC-----AT--TGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------TCCAA--A----ACAGAGAC-----T---GT-GGC--C-CTT-------------CC---GCA--------GGTAAATATAT---C--------A--T--AAGGTGTTTGGTAT-A-TATCGGAA-------GGA----AGGAAAAGTTGTATCCTAT--TGCCTGTGAAAATTACAAAGG----TGTC--ATTTTATTCTGTCAAATGC--TATAAATCCT-CG--T--ATTGCGC--AACAAG--CA---GAACAATT--TCATGACGGCATTT-------TTT-CCGGATTgcaccaaaagaaaaagaaaacttgataggtgaaaaaaagagagggaagaacg
gi|6 : TTCCACAGCC-----CGAGCGTA---AAAATA-CTT-TACGGTACCCCCCCCCCCCCGAA--G----AT-----------T---GT-GAC--C-CCTTGT----GCTGGGCC---CCA--------GGGCAAGTTAT---------------C--G-----T--AGCAT-A-T-TTAGAATAGTT-CGTA----AGGAGGAGTTGCATCCTAT--TGATTGGTGAAATTA-----A----TCTG----TTTATT------AATTC--TATAAATTAT-CAAAT--ACG---C--GACAAG--CATAGGAGC--TTCATCATGAAAGCA--T-------TTC-CCgaaat
gi|7 : GGA----GAGGGAAGTTGTAGCCAAT--TAATTGTTAATATTACAAAGGCATCTTTT--CTTTTCTTCAGTCCATTTC--TATAC--------------T----C--AATAAG--CA---AATGAATT--TTATAAAAGCAC-T-------TTT-GTTTATTTACATACCCTTCAAAATTTTACCGACCCATGCAG--------A-------------TTCCTCTTAATAG--GCACACACAATCCG-GGGGGTCAAAAGAca
gi|8 : gttgccaatagtatTTTCACAGCCTTACCATACCGTC---AATATT-CAT-AATGG-------------CTAAA--A----AT---AT------T---GT-GAC--CACCCTGT----GCTGGGCC---CCA--------GGGGAGGATAC---A--------ATTC--A-----TA-AATAG-A-T-TAG--AT---T--GTA----GGAGGAAGTTGCATCCTAT--CAGTTGTTACAATTACAAAGT----TATGCCCCTTTATTCTGTCacgagaa
gi|9 : AAAGG----TCTG--CTATT-TTTTGACCGATAC--TATAGATCCT-TAAGT--ATG---T--GACAAG--CA---GGGCAATT--TCATGACGTCT--T-------TTTTCCGGATTTACGTACCCTGCCAAAAT-----GGACC-----GGTATATATG-------------TTCCCCTCAATAG------GCACAA--A--AGACGTCAAAAGAt
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222222222 555555555555555555555 1111111 11111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 1111 55555555555555555 2222222222 111 11111 4444444444444444444444444444 222 11
lowQualScore : 222222 4 888 4 4 0000000000000 55 000000000000000000000 3 55 3 2222222 2 777 44444444 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999 1 7777 666 1 2 44444 0000 5 333 66 22 1 00000000000000000 66 777 1 55 2 5555555555 4 000 0 77777 4444444444444444444444444444 111 0 33
lowQualScore : ...... . ... . . ............. .. ..................... . .. . ....... . ... ........ . .................................................. . .... ... . . ..... .... . ... .. .. . ................. .. ... . .. . .......... . ... . ..... ............................ ... . ..
lowQualScore : 666666 5 888 4 4 0000000000000 00 111111111111111111111 6 00 6 6666666 3 000 55555555 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666 0 7777 000 3 0 33333 5555 6 555 11 99 9 77777777777777777 11 888 0 55 5 0000000000 4 111 1 55555 2222222222222222222222222222 000 2 66
consensus : TCCTTTCCACAGCC-----ATAGCGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---GT-GAC--C-CCCTGC----GCTGGGCC---CCA--------GGGGAGGATAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-T-TNGGAAT---T-CGNA----AGGGGAAGTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAAGG----TCTG--CCTTTATTCTGTCCAATTC--TATANATCCT-C---T--AT----C--GACAAG--CA---GANCAATT--TCATGACAGCA--T-------TTT-CCGGATTTACATACCCTGCCAAATT-----GAACC-----G--------G-------------TTCCGCTTAATAG--ACACGCACAATCC--AGGCGTCAAAAGA
Reference ( family-3443 ) : TCCTTTCCACAGCC-----ATAGCGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---GT-GAC--C-CCCTGC----GCTGGGCC---CCA--------GGGGAGGATAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-T-TNGGAAT---T-CGNA----AGGGGAAGTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAAGG----TCTG--CCTTTATTCTGTCCAATTC--TATANATCCT-C---T--AT----C--GACAAG--CA---GANCAATT--TCATGACAGCA--T-------TTT-CCGGATTTACATACCCTGCCAAATT-----GAACC-----G--------G-------------TTCCGCTTAATAG--ACACGCACAATCC--AGGCGTCAAAAGA
gi|1 : ATGC-------------CGAAA--A----AA---GA------TATTGT-GAC--T-CT------------GGCC---TCA--------GGGAAGGCTAT-------------------------CTGGAA-------AGGA-----T-CGCA----CGAGATAGTTGCATTCTAT--CGGTTGTTAAAATTAT-AAGT----TCTT--CCTTT-TTCT----AATGC--CATATATTCT-C---TAAAT----CGTGACAAG--CA---TATGAGTT--TCGTGAAAGTA--TCCCCCCCCCC-CCGGATTTCCATACC-------ATTA----AAATA-----G--------G-------------TTCCGTTTAATAA--ACATGCGCACTACTAAGATGTCAAGAGA
gi|10 : GATTTCCACACACGACCA---------GAATA-----G--------G-------------TTGCGCTTAGTAGGAACATGCACAGTCC--AGGCGTCGAAAaagataaaactcagtagaatgtaactagagaaaagaagggaagaaaga
gi|11 : TCCTTTCTACAACC-----ATA---TAGATAAAATG-AGT-AATGA-------------CCACC--A----A----GA------T---TTTGAC--C-CCCT-C----GCTGCCCCTTCCCAACCCCCCTGGGGGGG-------------------------------GG----------GG------T-CGTA----TGGGGAAGTTGCATCTTATCGCGGTTGTCAAAATTACAAAactcaataaaaggtttaaaaagaaagggaagaaaaagatggagaaagataacatccttaaagcatactttttgttgcagtgacccctgcg
gi|12 : ataTCATTTCCACAGCT-----ATAGCGTA---AAAATA-CGT-AAAGG-------------GCAAAACA----AA---GAT-----T---TT-GACGTC-TCCTGC----GCTTGGTC---CC---------GGGGAGAATATCGCA--------A--CATA-----TTTGTTATGA-T-TTGGAAttct
gi|13 : ctttctgcaatttctgtaTGATAT-G-T-TTGTCATACTT-TTAA----AGGGAAAATTGTATCCTGT--TGGTCGTGAAAATGATAAAG------CTG--T-----TTCTGTCCAACTC--TGTAG---CT-C---T--AT----A--AACACGACCA---GGACAATT--TCACGACAgg
gi|14 : taCAATT--TCACGACAGTAATT-------TTC-CCGGATTCACAGGGCCTGTCAAATT-----GTACC-----G--------GTATTGATTCCGTATTCCGTTTAATAG--ATACACACAGT
gi|15 : aTCATTTCCACAACC-----ATAGCGTA---TAAATG-CGC-AATTG-------------CCAAA--ATT--A----GAGAT---T---GT-GAC--C-CCCTGtaataaaagaaaga
gi|16 : tttcagtattcccaataTCCTTTCCAGAACC-----ATAATGTA---AAA-TG-CGT-AATGC-------------CCAAA--A----AC---CATATTGTT---AT-GAT--C-CCAGAC----ACTAGGCT---TCA--------
gi|17 : ataGGAT---TACACA----ATAGGAAGTTGCATCCTAT--GGGTTGTTAAAATTTCAAAGT----TCTG--CCTT
gi|18 : --------G-------------TTCTGCTTAATAGGTACACACAAAATCT--AGGTATCAAAAAAactc
gi|2 : tatataTCCTTTCCACAGAC------TAGCGTA---AATATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---AT-GCC--C-CCCTGC----GCTAGGCC---CCA--------GGGGATGACAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-C-TAGTAAT---T-CGAA----AGGGGAAGTTGTATCCTAT--TGGTTGCAAAAATTACAAATA----TCTG--CCTTTATTTTGTCCATTTCTTTATACATCCT-T---T--AT----T--AGCAAG--CA---GTGCAATT--TCTTGACAACA--T-------TTT-CTGGATTTACATACCATGCCAAACT-----GAATC-----G--------G-------------TTTCGCTT-ATGG--TCAAACACAATCC--AGGCTTCAAAAGAgaga
gi|3 : AAATGGCGTGAATGA-------------C-AAA--A----ACAGAGA------TT--GT-GAA--C-CCCAGT----GCTGGTCC---GCA--------CGGGAGGATAT---ACATGTAGCA--T--A-----TTTGATAT-AGT-TTGGAAT---T-TATATAGAAGCTGAAGTTTTATCCTAT--TGATTGTGAATATTACAAAGG----TCTG---TTTTATTCTGTTAAATTC--TATAAATCCTAA---T--GTACG-C--GACAAG--CA---GGTCAAT----------------T-------TTT-CTGCATTAACATTCC--GCCAAATT-----GGACC-----A--------G--------------------TAATGGC-ACACACACAACCT--AAGCACCAATAGA
gi|4 : cgtG-------------CCAAA--ATTAGA----GA------TT--GT-GAC--C-CCCTGTTCTAGCGAGGCC---TCA--------GGGAAGGAT--------------------A-----TCTAGC-C-A-T-C----AT---T--GGA----AGGGGGA----TAT--TAT--CTGCTTTT---ATTA------------TG--CC-CCATTCTA--CAGATC--CATAAATAC----------G----C--GACAAG--CA---GACAAATT--TTATGAAAGCA--A-------TTT-CTGAATTTACATACCATTCAAAATT-----Gaagaa
gi|5 : ttTTCCATACCC-----AT--TGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------TCCAA--A----ACAGAGAC-----T---GT-GGC--C-CTT-------------CC---GCA--------GGTAAATATAT---C--------A--T--AAGGTGTTTGGTAT-A-TATCGGAA-------GGA----AGGAAAAGTTGTATCCTAT--TGCCTGTGAAAATTACAAAGG----TGTC--ATTTTATTCTGTCAAATGC--TATAAATCCT-CG--T--ATTGCGC--AACAAG--CA---GAACAATT--TCATGACGGCATTT-------TTT-CCGGATTgcaccaaaagaaaaagaaaacttgataggtgaaaaaaagagagggaagaacg
gi|6 : TTCCACAGCC-----CGAGCGTA---AAAATA-CTT-TACGGTACCCCCCCCCCCCCGAA--G----AT-----------T---GT-GAC--C-CCTTGT----GCTGGGCC---CCA--------GGGCAAGTTAT---------------C--G-----T--AGCAT-A-T-TTAGAATAGTT-CGTA----AGGAGGAGTTGCATCCTAT--TGATTGGTGAAATTA-----A----TCTG----TTTATT------AATTC--TATAAATTAT-CAAAT--ACG---C--GACAAG--CATAGGAGC--TTCATCATGAAAGCA--T-------TTC-CCgaaat
gi|7 : GGA----GAGGGAAGTTGTAGCCAAT--TAATTGTTAATATTACAAAGGCATCTTTT--CTTTTCTTCAGTCCATTTC--TATAC--------------T----C--AATAAG--CA---AATGAATT--TTATAAAAGCAC-T-------TTT-GTTTATTTACATACCCTTCAAAATTTTACCGACCCATGCAG--------A-------------TTCCTCTTAATAG--GCACACACAATCCG-GGGGGTCAAAAGAca
gi|8 : gttgccaatagtatTTTCACAGCCTTACCATACCGTC---AATATT-CAT-AATGG-------------CTAAA--A----AT---AT------T---GT-GAC--CACCCTGT----GCTGGGCC---CCA--------GGGGAGGATAC---A--------ATTC--A-----TA-AATAG-A-T-TAG--AT---T--GTA----GGAGGAAGTTGCATCCTAT--CAGTTGTTACAATTACAAAGT----TATGCCCCTTTATTCTGTCacgagaa
gi|9 : AAAGG----TCTG--CTATT-TTTTGACCGATAC--TATAGATCCT-TAAGT--ATG---T--GACAAG--CA---GGGCAATT--TCATGACGTCT--T-------TTTTCCGGATTTACGTACCCTGCCAAAAT-----GGACC-----GGTATATATG-------------TTCCCCTCAATAG------GCACAA--A--AGACGTCAAAAGAt
blockSeqs : TTACCA G . G G TACCCCCCCCCCC AC ACCATATTGTT T GT A TGTTCTA G TTC ACCCCCCT A ACATGTAGCATATTTGATATAGTTTGGAATTT T TAGA CGC C C GCATC CCCC A TCC TT CA C CGTATTGCGC AC TAG A CA C ATT T CGA TTACC GGTATTGATTCCGTA GAA G
blockSeqs : A G . . . . . TTAGAGATT . . . TGC T . . A CATAAGGTGTTTGGTATATATCGGAA A . T G T T CC A TCC . AA C AATGTACGC . . G . C TTT . CTG . GGTATATATG GTA .
blockSeqs : A A . . . . . ACAGAGATT . . . GAC A . . A AACATTTGGTATACTAGTAATTC C . G T C A CC A TTA . AA A CAAATACGC . . T . C CT . ATG . ATGCAGA CA .
blockSeqs : A G . . . . . TTAGAGATT . . . TGC A . . A CGTAGCATATTTAGAATAGTTC A . T A C G CC A TCA . AA C TAAGTATGT . . C . A T . ATT . GG A .
blockSeqs : A G . . . . . ACAGAGACT . . . AGT G . . A AATTCATAAATAGATTAGATT T . T G C G AT A TCC . AA T CTATA . . A . C T . CTT . GG T .
blockSeqs : C C . . . . . AAGATT . . . TGT A . . T ATCTAGCCATCATT G . C T C A CT C ACC . GA C TTATT . . G . A A . CTG . AG G .
blockSeqs : . . . . . . . ACGAT . . . TGT G . . A GGGGTC G . T G C T CT A C . G . GC . . T . A T . G . .
blockSeqs : . . . . ATATT . . . TC G . . . T . T T C G T . . . C . TC . . G . C T .
blockSeqs : . . AGAT . . . . . . . G . T T . . T . . .
blockSeqs : . . ATT . . . T . C T . . .
blockSeqCons : *** ACAAGATT************* TGC**** CGTAGCATATTTGGNATAGNTC**************************** TCC T********* CTG ***** **
originalCons : TCCTTTCCACAGCC-----ATAGCGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--A----AC---GA------T---GT-GAC--C-CCCTGC----GCTGGGCC---CCA--------GGGGAGGATAT---A--------A--C--A-----TTTGGTAT-A-T-TNGGAAT---T-CGNA----AGGGGAAGTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAAGG----TCTG--CCTTTATTCTGTCCAATTC--TATANATCCT-C---T--AT----C--GACAAG--CA---GANCAATT--TCATGACAGCA--T-------TTT-CCGGATTTACATACCCTGCCAAATT-----GAACC-----G--------G-------------TTCCGCTTAATAG--ACACGCACAATCC--AGGCGTCAAAAGA
finalCons : TCCTTTCCACAGCC-----ATAGCGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------CCAAA--AACAAGATT-------------GT-GAC--C-CCCTGC----GCTGGGCC---CCA--------GGGGAGGATATCGTAGCATATTTGGNATAGNTC----------------------------GNA----AGGGGAAGTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAAGG----TCTG--CCTTTATTCTGTCCAATTC--TATANATCCT-C---T--AT----C--GACAAG--CA---GANCAATT--TCATGACAGCAT---------TTT-CCGGATTTACATACCCTGCCAAATT-----GAACC-----G--------G-------------TTCCGCTTAATAG--ACACGCACAATCC--AGGCGTCAAAAGA
Alignments
lowQualScore : 111111 2222222222222 1111 1111111 1111111111111 111111 111111111111 11111 1111 55555555555555555 2222222222 111 11111 4444444444444444444444444444 222 11
lowQualScore : 222222 4 888 4 4 0000000000000 0 7777 55 666 55 3 2222222 7 0 33 1 5555555555555 44 000000 7777 1 888888888888 44 55 888 1 44444 1111 5 0 1 66 22 4 33333333333333333 66 777 1 55 2 5555555555 4 000 0 77777 4444444444444444444444444444 111 0 33
lowQualScore : ...... . ... . . ............. . .... .. ... .. . ....... . . .. . ............. .. ...... .... . ............ .. .. ... . ..... .... . . . .. .. . ................. .. ... . .. . .......... . ... . ..... ............................ ... . ..
lowQualScore : 666666 5 888 4 4 0000000000000 4 0000 00 444 00 6 6666666 3 8 00 9 2222222222222 66 555555 4444 8 333333333333 66 00 333 3 33333 9999 6 7 1 11 99 4 33333333333333333 11 888 0 55 5 0000000000 4 111 1 55555 2222222222222222222222222222 000 2 66
consensus : TCCTTTCCACAGCC-----ATAGCGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------CCAAAAACAGAGAT--TG---TGAC--C-CCCTGC----GCTGGGCCCCAGGGGAGGATAT---CGTAGCATATTTGGN-A------TAG---TTCG-----------GAAGG--GGAA--GTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAAGG----TCTG--CCTTTATTCTGTCCAATTC--TATANATCC-T-C---T--AT----C--GACAAG--CA---GANCAATT--TCATGACAGCA--T-------TTT-CCGGATTTACATACCCTGCCAAATT-----GAACC-----G--------G-------------TTCCGCTTAATAG--ACACGCACAATCC--AGGCGTCAAAAGA
Reference ( family-3443 ) : TCCTTTCCACAGCC-----ATAGCGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------CCAAAAACA-AGAT--TG---TGAC--C-CCCTGC----GCTGGGCCCCAGGGGAGGATAT---CGTAGCATATTTGGN-A------TAG---NTCG-----------NAAGG--GGAA--GTTGCATCCTAT--CGGTTGTTAAAATTACAAAGG----TCTG--CCTTTATTCTGTCCAATTC--TATANATCC-T-C---T--AT----C--GACAAG--CA---GANCAATT--TCATGACAGCA--T-------TTT-CCGGATTTACATACCCTGCCAAATT-----GAACC-----G--------G-------------TTCCGCTTAATAG--ACACGCACAATCC--AGGCGTCAAAAGA
gi|1 : G-------------CCGAAAA-A-AGATATTG---TGAC--T-CT------------GGCCTCAGGGAAGGCTAT---C----------TGGA-A------AGG---ATCG-----------CACGA--GATA--GTTGCATTCTAT--CGGTTGTTAAAATTAT-AAGT----TCTT--CCTTT-TTCT----AATGC--CATATATTC-T-C---TAAAT----CGTGACAAG--CA---TATGAGTT--TCGTGAAAGTA--TCCCCCCCCCC-CCGGATTTCCATACC-------ATTA----AAATA-----G--------G-------------TTCCGTTTAATAA--ACATGCGCACTACTAAGATGTCAAGAGA
gi|10 : atGATTTCCACACACGACCA---------GAATA-----G--------G-------------TTGCGCTTAGTAGGAACATGCACAGTCC--AGGCGTCGAAAaagataaaactcagtagaatgtaactagagaaaagaagggaagaaaga
gi|11 : TCCTTTCTACAACC-----ATA---TAGATAAAATG-AGT-AATGA-------------CC---ACCA-AGAT--TT---TGAC--C-CCCT-C----GCT--GCCCC---------T-T---CCCAACCCCCCTGGG-G------GGGGGGGTCG-----------TATGG--GGAA--GTTGCATCTTATCGCGGTTGTCAAAATTACAAAactcaataaaaggtttaaaaagaaagggaagaaaaagatggagaaagataacatccttaaagcatactttttgttgcagtgacccctgcg
gi|12 : ataTCATTTCCACAGCT-----ATAGCGTA---AAAATA-CGT-AAAGG-------------GCAAAACAA-AGAT--TT---TGACGTC-TCCTGC----GCTTGGTCCC-GGGGAGAATAT---CGCAACATATTTGTT-A------TGA---TTTG-----------GAAGG--ttct
gi|13 : ctttctgcaatttctgtaATGTTTGTC-A------TAC---TTTT-----------AAAGG--GAAA--ATTGTATCCTGT--TGGTCGTGAAAATGATAAAG------CTG--T-----TTCTGTCCAACTC--TGTAG---C-T-C---T--AT----A--AACACGACCA---GGACAATT--TCACGACA
gi|14 : tatgatCAATT--TCACGACAGTAATT-------TTC-CCGGATTCACAGGGCCTGTCAAATT-----GTACC-----G--------GTATTGATTCCGTATTCCGTTTAATAG--ATACACACAGT
gi|15 : aTCATTTCCACAACC-----ATAGCGTA---TAAATG-CGC-AATTG-------------CCAAAATTAGAGAT--TG---TGAC--C-CCCTGtaataaaagaaaga
gi|16 : tttcagtattcccaataTCCTTTCCAGAACC-----ATAATGTA---AAA-TG-CGT-AATGC-------------CCAAAAACC-ATAT--TGTTATGAT--C-CCAGAC----ACTAGGCTTCA
gi|17 : ata--GGAA--GTTGCATCCTAT--GGGTTGTTAAAATTTCAAAGT----TCTG--CCTT
gi|18 : ggattacacaata--------G-------------TTCTGCTTAATAGGTACACACAAAATCT--AGGTATCAAAAAAactc
gi|2 : tatataTCCTTTCCACAGAC------TAGCGTA---AATATG-CGT-AATGG-------------CCAAAAACG-A-----TA---TGCC--C-CCCTGC----GCTAGGCCCCAGGGGATGA------CATAAC--ATTTGGT-ATACTAGTAA---TTCG-----------AAAGG--GGAA--GTTGTATCCTAT--TGGTTGCAAAAATTACAAATA----TCTG--CCTTTATTTTGTCCATTTCTTTATACATCC-T-T---T--AT----T--AGCAAG--CA---GTGCAATT--TCTTGACAACA--T-------TTT-CTGGATTTACATACCATGCCAAACT-----GAATC-----G--------G-------------TTTCGCTT-ATGG--TCAAACACAATCC--AGGCTTCAAAAGAgaga
gi|3 : AAATGGCGTGAATGA-------------C-AAAAACAGAGAT--TG---TGAA--C-CCCAGT----GCTGGTCCGCACGGGAGGATATACATGTAGCATATTTGAT-A------TAG---TTTGGAATTTATATAGAAGC--TGAA--GTTTTATCCTAT--TGATTGTGAATATTACAAAGG----TCTG---TTTTATTCTGTTAAATTC--TATAAATCC-TAA---T--GTACG-C--GACAAG--CA---GGTCAAT----------------T-------TTT-CTGCATTAACATTCC--GCCAAATT-----GGACC-----A--------G--------------------TAATGGC-ACACACACAACCT--AAGCACCAATAGA
gi|4 : cgtG-------------CCAAAATTAGAGAT--TG---TGAC--C-CCCTGTTCTAGCGAGGCCTCAGG----GA---------AGGATATCTAGCCA------TCA---TT-G-----------GAAGG--GGGA--------------------TATTA----------------TCTG--CTTTTATTATGCCCCATTC--TACAGATCCAT-A---A--ATACG-C--GACAAG--CA---GACAAATT--TTATGAAAGCA--A-------TTT-CTGAATTTACATACCATTCAAAATT-----Gaagaa
gi|5 : ttTTCCATACCC-----AT--TGTA---AAAATG-CGT-AATGG-------------TCCAAAACAGAGAC--TG---TGGC--C-CTT-------------CCGCAGGTAAATATAT---CATAAGGTGTTTGGT-A------TAT---ATCG-----------GAAGGAAGGAAAAGTTGTATCCTAT--TGCCTGTGAAAATTACAAAGG----TGTC--ATTTTATTCTGTCAAATGC--TATAAATCC-T-CG--T--ATTGCGC--AACAAG--CA---GAACAATT--TCATGACGGCATTT-------TTT-CCGGATTgcaccaaaagaaaaagaaaacttgataggtgaaaaaaagagagggaagaacg
gi|6 : TTCCACAGCC-----CGAGCGTA---AAAATA-CTT-TACGGTACCCCCCCCCCCCCGAA------GAT--TG---TGAC--C-CCTTGT----GCTGGGCCCCAGGGCAAGTTAT---CGTAGCATATTTAGA-A------TAG---TTCG-----------TAAGG--AGGA--GTTGCATCCTAT--TGATTGGTGAAATTA-----A----TCTG----TTTATT------AATTC--TATAAATTA-T-CAAAT--ACG---C--GACAAG--CATAGGAGC--TTCATCATGAAAGCA--T-------TTC-CCgaaat
gi|7 : -A------TAG---TATG-----------GAGAG--GGAA--GTTGTAGCCAAT--TAATTGTTAATATTACAAAGGCATCTTTT--CTTTTCTTCAGTCCATTTC--TATAC---------------T----C--AATAAG--CA---AATGAATT--TTATAAAAGCAC-T-------TTT-GTTTATTTACATACCCTTCAAAATTTTACCGACCCATGCAG--------A-------------TTCCTCTTAATAG--GCACACACAATCCG-GGGGGTCAAAAGAca
gi|8 : gttgccaTTTCACAGCCTTACCATACCGTC---AATATT-CAT-AATGG-------------CTAAAAATA----T--TG---TGAC--CACCCTGT----GCTGGGCCCCAGGGGAGGATAC---AAT-TCATAAATAGA-T------TAG---ATTG-----------TAGGA--GGAA--GTTGCATCCTAT--CAGTTGTTACAATTACAAAGT----TATGCCCCTTTATTCTGTCacgagaa
gi|9 : AAAGG----TCTG--CTATT-TTTTGACCGATAC--TATAGATCC-T-TAAGT--ATG---T--GACAAG--CA---GGGCAATT--TCATGACGTCT--T-------TTTTCCGGATTTACGTACCCTGCCAAAAT-----GGACC-----GGTATATATG-------------TTCCCCTCAATAG------GCACAA--A--AGACGTCAAAAGAt