lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222 1 1 3333333333333 4444444444444444 33333333333 2 666666666666666666666666666666666666666666 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 33333 7777777777777777
lowQualScore : 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 3 2 5 1 8888 8888 5 11111111111111111111111111111111111111111111111 5 66666666666 3 6 5 6666666666666 6 1111111111111111 9 33333333333 6 6 2 8 1 2 66 999999999999999999999999999999999999999999 0 888 4 33 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 0 66 5 0 22222 6666666666666666 5 4 2 1
lowQualScore : ........................................................................................... . . . . . .... .... . ............................................... . ........... . . . ............. . ................ . ........... . . . . . . .. .......................................... . ... . .. .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. ..... . .. . . ..... ................ . . . .
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 2 5 7 7 0000 0000 7 99999999999999999999999999999999999999999999999 7 11111111111 3 7 0 0000000000000 0 0000000000000000 3 22222222222 0 0 8 0 2 8 88 000000000000000000000000000000000000000000 7 111 2 88 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 8 11 7 6 55555 5555555555555555 0 2 0 2
consensus : ATACATAATCTAATACTACGTT----CA---TAG--TT-----CAC---CCAGAAATTCCGTATA--------CT--TATACTTCCCA--A-AAAT-TATGCAGAAATCAATT-CAGA-A--AA-ACGCC-TATTA-NT-TTT-ACTTG-----A---A-TT-----T-A-CTTGGGCCCTGGCAC-TG-T-ACCACT--AA-C-AGAATGTTTGTG------------NATTGCAACAAA--C-AATTA--CATAGAATGCGCAACATTAAATAT--TATTT-N-AAGTTGAATTTCTTAC-CCTAATTCGTAAA--CC------GAAGTCCGTAATAGCTCCAAGGGACTG-A-AATTGTAAAACCGTCTGCGCTTTCACTTGCGACCA-T----GCC-------G--TNNT---T-TTACCCCAA-AGGATGAAA-GGACCCAAAACGATTTAGAGACTC--AAATAT-TAATTTCGATNA-ATANTAA--T---A------ATT----CAATATNGTACA----------------TAA------ATTAT----------G-ATATTNATAA----------AT----------ACGCANAGCTC---TTAT-TATG----TCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGAC---GTTTCATGAT----GAA----GTCAATTT----GGGTAAT---------TAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTT----GC-GA-AAGTGAAAGT-GCAGACGGTT-TA-CAA--TTTTCA-GTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCA--G--TTTATGAATTGGGGTAAG----------A-----AA---TTC-----------A-T-----CT-----A----------TAAT-------GTTGCACATTCTATGT--AATTGCTTGTTGCA----A-CT-----G-A-AT-CACAAACATT-CTGT---GT-ANAG-----TG-GT----ATACAG-T------G-------CCANG-CTCA----AGTAA-A--AA----------GACA----TTT--T-TC-TGAATTN--ATTTCTG--CAT----ATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-G-GATGAA----------NT---TNNNT--------AGT-AT----GTAG-------A-------TG-TATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATA-CA---T--AT-AT-TGGTTTT-----------G-TAT-A---TT--TTT-----TCATCG--GCGAACTTGGGTACCCTATATTTAGAGTTCTATACCTTTACTNTTTAGCAGTAAATTCGAACTCAAGCAATATAC
Reference ( gi|1 ) : ATACATAATCTAATATTACTTT----CA---TAA--TT-----TAC---CCAGAAATTTCGTATA--------CTAGTATACTTCCCACGATAAGTGTATGCAGAGATCAATT-CAGA-A--AA-ATACC-TATTA-GT-TTT-ACTTG-----A---AATT-----T-A-CTTGGACCCTAGCAC-TG-T-ACTACT--AA-C-AGAATCTTTGTG------------AATTGTAA-AAA--T-AGTTG--TATAGAATCTGCAACATTAGATAT-ATATTT-A-AAATTAAACTTCTTAC-CCTATTTTATAAA--TT------GAAGTCCATAGTAGCTCCAAGTGACTGTATAGTTGCAAAACTGTCTGCGCTATCACTCACGCCC-------GCC-------G--TCTT---T-TTACCCCAACAGGACAGAA-GGACCCAAAACGATATTGAGATTC--AAATAT-TAATTATAGTGA-ATATTAA--C---A------ACT----TAATATTGTACA----------------CAG------ACGAT----------G-ATCTTAATAA----------AT----------GCGCAGAACTC---TTAT-TATG----TCTG-T-TTC----AACCCAAACCACCTC---AACACAGAAACTTGAC---ATTTGATAAT----GAA----GTCAATTT----GGGTAAT---------TATTGGCAATGGTC-AAGACGGTT----GT-GACACGTGAAAAT-ACAGATGGTTGTA-CAA--TTTCCA-GTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCA--A--TCTATGAATTGGGGTAAG----------A-----AA---T-------------A-T-----CT-----A----------TAAC-------GTTGCATGTTCTATGTGTAATTGCTTGTTACA----A-CT-----G-ATATTCAGTAACATT-CTGT---GT-ATAG-----TA-GT----ATACAG-T------G-------CCAGG-CTCG----AGT------------------GACA----TTT--T-TC-TGAGTTG--ATTTCTA--TAT----ATCTTGGGAAGTATAC--GAAATTTCG-G-GATGAA----------GT---AAGCT--------AGT-AT----GTAG-------A-------TG-TATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAAAGTAGGATTTTATA-CA---TGTATCATGTGGTTTT-----------GGTGT-A---TT--TTT-----TTATCG--GCGAACTTGGGTACCCTATATTTAGAGTGTTTTACCTTTACTGTTAAATAATAAATTCAAACCCAAGCGATATACGC
gi|2 : ATACATA---TAATATT---------TA---TAG--TTAAGATTACGA-CTATAAAGTTCATATATAAAATTCCTTGTATACTTTCCAAGATA------TGCAGAAATCAATT-AAGA-A--AA--TGTC-TGTTA----CTT-ACATG-----A---G--T-----T---CTGGCACC---GCACATG-T-AC-ACT--AAAC-AGAATGTTTGTG------------ATTTGCAACAAA--C-AATTA--CATAAAATGTGTGACAATAAATAT--TATTTTC-AAGTTGAATTTCTTACTCCTA-TTCGTAAA--T--------------------GGTTCAAGTGACTG-AAAATTGTAAA------CGTGC-ATTACTCGCAACCATTTTGGACT-------GATTCCTTCAT-TTACCCCAAAAGGATGAAA-TGACCCAAAGCGATTTAGAGACTC--AAATAT-TAATTTTGATT---TAATGA--T---A------ATT----CAACACAGTAGA----------------TAA------ATTAT----------G----CTAATAACCTTTTTTTTAT---------------AAACTC---TTAG-TATG----TCTATT-TTC----ATCCAAAAGCACATT---GAAATAGGAGTTTGGC---AGTTCATGAT-----AA----GTCCACTT----GGGTGAT---------TAGTGGTA
gi|3 : agctctactataactgagagtagaggcatataaggatgacgctaaatatagggtacacgagatcgccgaaaataaattattaatacaaacgatatataattatattctgtattctgataatatttATACATACTC-AAT-CTACGTT----AAATCTGAAGTT-----CAT---CCCGAAATTCCGTATA--------TT--------TCCCA----AAAT--ATGCAGA------------------A-ATGCC-TATTA-CT-TTTTACTTG-----A----------------CCTGGGCCCAGACAC-TG-T-ACCATT--AAAC-AGATTGTCTGTG------------AATTGCAA-AAGG-C-AATTA--CATAGAATCTGCAACATCAAATATCAT-TTT-A-GAGTTGAATGTCTTGT-CCTAATCCCTAAATGTC------GATGTCCGTAATAGCTCCAA
gi|6 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactatatatatatagggtatacaagttcgcagacgaaaacataataaactaattattggtgtaacattctactttgtattctagtctatgcACACATAATC-AAT-CTACATTATACCA---AAG--TT-----CAT---CCAGTAATTCCATAT-----------------CTTCCCA--AAAA---TAAGAAGAAATGAATT-CAGATA--AA-ACCCT-TATCA-TTATTT-ACTTTTTTCTA---ATTT-----T-AGCTGGGCCCCTA-CAC-TG-T-AACACTT-AA-C-AGAATGCTTGTG------------CATTGCACCAAG--C-AATTACATATAGAATATACAACATTAGATAT-CCTTTC-T-AAGCTGAATTTCTTAC-CCagtacttttctgccgatcttgggaagtacatggaatttagggacgaaacttggtagtatgtatgaattttattagaatacagagaattctttacaatttggattattttgtttttcattgacgaccttacgtaccctatatttagagttgcacacctttacactttagtagttgatcgaacacaagcgatagagttgcctatg
gi|14 : ttTAATCTA-CATTACTAT----CA----AA--TT-----T-CTCACCAAAAAT----------------CCA-TATACTTCC------AAATGTAAGCAGAAATGAATT-CATA-A--AATAAATCGTA-TA-AT-TTT---TTG-----GTCCAATT-----TCA-GCTGGGCCCTGTCAC-TATT-TCCATTAAAA-C-AGAATaaatatatcggaatacaaatttggtttataggtcttttttatcggtgaactttggt
gi|4 : TATGCAGACATCAGTTACAAA-A--CA-A-GTC-TGTTA----TTT-----------------TT-----T-A-CTCGAA-----GCAT-TG-------CT--AA-TTAAAATGTTTGTG------------AATTGCAATAAA--C-AA-TA--CATAGAATGCGCAACTTTAGATAT--TATTG-T-AAGTTGAATTTCGTAT-CGAAATTCATAAA--CTCATTCATAAGCTCATAATAGCTCAGAGGGTCTGTAattt
gi|21 : tgaaaattgtaaatttattctgtctgcattttcacttatccatgctatgttggctggttccaaaggatgaaaggatgaagattcaatatacaagtgccgtgacataaattctgctaatagtggatctttataaagatacatcgctctcatctatatttttatccacatcaattaacacaggcgtttgacatcttataatgaataaagtcaatttaggtaattcgtggcaccgctcaaaatggttgcgaaatcgcagattgttCAGAAATCAATT-TAGA-A--AA-AATCC-TATTATAT-TTT-ACTTG-----A---CTTTC----T-A-C-TGGAGCCAGGCAA-TG-T-Agggaatgaagtttagtagatcatgta
gi|7 : -CAAA-AGGAA-ATGCC-TATTA-CA-ATT-ACTCG-----AG--AATTACATGT-A-TTTCGGCCATGCCCC-TG-TCACTA----AG-C-AAAATGTTTGTGTATTTCTACGAAGATTGCAA-CAA--TCAATTA--CATGGAATGTGCAAC
gi|10 : agggtacccaagctcactaatgaaaaacaaaaatgacaacaagccaaattgtataagataaactttgtatagttgtatatgatcaaatcatagtactacaaaatttcatcccaaactaaagatattgaggaatgaGTG------------TATTGCAA-CAAGCT-A-TTA--CATAGAATTCGTAACATTAAGTA--GCATTT-ATAAGTTGAACCTCTTAC-CCCAATTCATGAA--CT------GAAATCCTCAATAGCTCCA-------------TTGCAAAACCGTCTGCACTTTCACTt
gi|5 : gatgacaccagtcaaaatggttcaagaCCATGGT---TCCAAAGGACTAAA-AATTGTAAAACCGTCTGCTCTTTCATTT-TGACCAGT----GCCACTACATG--TAAT---TATTACCCATTTAGGATGAAA-GGACCAATAAGGATTTAAAGACTC--AATTAT-TAATT-T--TGA-CCATTTA--C---ATGTATAATT----CATTATCGTATATGAATTAAGTTAATAACAGGTATTTACAAT----------GTATATACATAG----------AT----------ACACAG--CTC---CTAT-CATGAATGTCTC-T-TTA----TATCCAAATCACACC---AACACTGGTGTATGAC---GATTCATGGT----AA------TCAATTT--------AAT-----------------ATGGTT-AGTACATTTTTATGTAGATATGTTAGAAT-ACAG-----TGTAGAAA--TTTATA--TCATTTGGtgtatactcattattgcgaggtcaaggtctatagctcccatgtcacttcatttttcatgggtatttcttcatatc
gi|4 : cCTGTCTGCATTTTCACTTATCCAT-------GCT-------A--TGTTGG-C-TGGTTCCAA-AGGATGAAA-GGAT-------GA-----AGATTC--AA-TATACAAGTGCCGTGACATA----------A------ATTCTGCTAATAGTG--------------------------------------------G-ATCTTTATAA----------AG----------ATACATCGCTC---TCATCTATA----TTT----TT------ATCCACATCAATT----AACACAGGCGTTTGAC---ATCTTATAAT----GAATAAAGTCAATTT----AGGTAAT---------TCGTGGCACCGCTC-AAAATGGTT----GC-G--------AAATCGCAGA---TTG--------TTTACA-GACCCTCTGAGCTATTATGAGCTTATGAATGA--G--TTTATGAATTTCGATACG----------A-----AA---TTCAACTTACAATAA-T-----AT-----C----------TAAA-------GTTGCGCATTCTATGT---ATTGTTTATTGCA-----------------ATTCACAAACATT-TT
gi|12 : tgaaaattgtaaatttattGGATGGAAAGGACTCAAAACGGCTTAGAGACTCTTGAATGC-TAATTTTGTTCA-ATAATAA--T-----------TT----TAATGTAGTACATCAATG----------TAA------ACGA-------------ATACTAAT------------CT----------CCGT-GA--TC---TTAT-TACG----TCTA-C-TTCTTATAAATCATATTACATTTAAAACACAG-TGTTTGACGAAATATAATGAT----GAA----GTaattagcaatgcttcgagtaaaaaataacagacttgttttgtaactgatgtctgcatagggaatgaagtttagtagatcatgta
gi|15 : TC--AAATTC-TAATCTCGATTA-ATACTAATTC---A--------T----TA-TATAGTACA----------------TAA------ATTAT----------A-CTAATAATAA----------ATCTCTATAGAGATGCACAGCTTAAATTAT-TATG----TCTA-T-TTT----A-CCCAAACCACATC---AACACAG
gi|9 : cATTAA--TGAAA------ATT----CAACATGGTACA----------------CAA------ATTATACTAATAACAG-GTTTTTAGAG----------AG----------GAACACATCTC---CTAT-TCTG----TCTA-TGTTC----A-CCTAAAC--------------AGGTGCGTGGC---GTTTTATAATTAATGAA----GTCGATTT----GGGTAAT---------TAgtg
gi|8 : cGAT---ATTT--TAAT------------CCAACTTTTCGAGGTATT---------TAGTGGCACCGGTCCAAAATAGCT----GT-GATAAGAGAAAATGAAAGACGATT-TA-CAAATTTTTCACGACA-TTGGAG-TATGTCGGACC-------CA--G--TTTATAATTTGGGGTATG----------A-----AA---gagacaccagagcagacaattttccctattactgaattcagtatttatgaattggagtaaattgagcttataaatgatatttaatgctgtacattgtatg
gi|18 : ttactgggccctgtacccacctaaggcattaaatgtgttgtgcattgcaacaagcaaatcatttctatttgttgaagtttttttgaatTTT----GGGTAAT---------TAGTGGCACCTGTC-AAAATGGCT----GA-TA-AAGTGAAAGT-ccaaaaggatttagagatcaaatactaaat
gi|5 : T----GGGTAATAATTACATGTAGTGGCACTGGTC-AAAA------------------TGAAAGA-GCAGACGGTTTTA-CAA--TTTTTA-GTCCTTTGGAACCATaaggataaaaataactcataactatgaagcgactcaaatatatatgacaatttacttttaa
gi|10 : cccTGACACCAGTC-AAAATGGTT-----C-AAGAAGTGAAAGT-GCAGACGGTTTTG-CAA--T-------------GGAGCTATTGAGGATT------TCA--G--TTCATGAATTGGGGTAAG----------AGGTTCAACT-T-------------A-TAAATGCT-----ACT--------TAAT-------GTTACGAATTCTA--TGTAATAGCTTGTTGCAATACA-CT-----GTATACTCATT---ATTGCGAG---GT-CAAG--------GT----CTATAGCT------C-------CCATG--TCA----CTT--------------------CA----TTT--T-TCATGGGT----ATTTCTT--CAT----ATCtttaggatgaaaggaccaataaggatttaaagactcaattattaattttgaccatttacatgtataattcattatcgtatatgaattaagttaataacaggtatttacaatgtatatacatagatacacagctcctatcatgaatgtctctttatatccaaatcacaccaacactggtgtatgacgattcatggtaatcaatttaatatggttagtacatttttatgtagatatgttagaatacagtgtagaaatttatatcatttgg
gi|2 : gaC-AAAATGGTT----GC-GA---GT---AAT-GCAC---GTT-TA-CAA--TTTTCA-GTCACTTGAA-CCATT-----------------------TACGAATAGGAGTAAG----------A-----AA---TTC-----------A-A-----CTTGAAAA----------TAATATTTATTGTCACACATTTTATGT--AATTGTTTGTTGCA----A-AT-----C-ACA------AACATT-CTGT---TT-AGTG-----TACAT----GTGCGG-T------G-------CCAGAACTCATGTAAGTAACA--------------GACA----TTT--T--C-TTAATTG--ATTTCTG--CAT----ATCTTGGAAAGTATACAAGGAATTTTATA-TATGAACTTTATAGTCGT---AATCTTAACTATAAAT-AT-----TAT-------A-------TG-TATAAATATT-ATCAGAA-T--ACAGAATATAATT-------A---TATATCGT-TTGTATT-----------AATA--A---TT--TAT-----TT-TCG--GCGATCTCGTGTACCCTATATTTAGCGT
gi|3 : agctctactataactgagagtagaggcatataaggatgTTGGAGCTATTACGGACA------TCG--ACATTTAGGGATTAGGACAAG----------A-----CA---TTCA----------ACT-----CT-----AAAATGATATTTGAT-------GTTGCAGATTCTATGT--AATTGCCTTTTGCA----A-TT-----C-A----CAG--ACAAT-CTGT----T--TAA-----TG-GT----A--CAG-T------GTCTGGGCCCAGG--TCA----AGT------------------AAAA----AGT---------AATAGGCATTTCTG--CAT----ATTTTGGGAAATATAC--GGAATTTCG-G-GATGAA----------CTTCAGATTT--------A---AC----GTAGATTGAGTA-------TG-TATGCATA-G-ACTAGAA-T--ACAAAGTAGAATGTTACACCA------ATAAT-TAGTTT-------------AT-T-A---TG--TTT-----TCGTCT--GCGAACTTGTATACCCTATATATAgactgattccttcatttaccccaaaaggatgaaatgacccaaagcgatttagagactcaaatattaattttgatttaatgataattcaacacagtagataaattatgctaataaccttttttttataaactcttagtatgtctattttcatccaaaagcacattgaaataggagtttggcagttcatgataagtccacttgggtgattagtggta
gi|9 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactataCTATTACTGAAT------TCAGTA--TTTATGAATTGGAGTAAATTGAGCTTATA-----AA---TG------------A-T-----AT-----T----------TAAT-------GCTGTACATTGTATGagtacttttctgccgatcttgggaagtacatggaatttagggacgaaacttggtagtatgtatgaattttattagaatacagagaattctttacaatttggattattttgtttttcattgacgaccttacgtaccctatatttagagttgcacacctttacactttagtagttgatcgaacacaagcgatagagttgcctatg
gi|6 : cattaatgaaaattcaacatggtacacaaattatactaataacaggtttttagagaggaacacatctcctattctgtctatgttcacctaaacaggtgcgtggcgttttataattaatgaagtcgatttgggtaattagagacaccagagcagacaattttccAATTCAGCTTAG----------A-----AAGGAT-------------A-T-----CT-----A------------AT-------GTTGTATATTCTATATGTAATTGCTTGGTGCA----A--T-----G------CACAAGCATT-CTGT----T-A-AG-----T--GT-----TACAG-TGTAGGGG-------CCCAG-CTAA----AATTAGAAAAAAGTAAATAATGATAAGGGTTT--TATC-TGAATTC--ATTTCTTCTTAT-----TTTTGGGAAG-ATAT--GGAATTACT-G-GATGAA----------CT---TTGGT--------ATA-AT----GTAGATTGATTA-------TG-TGTAAATA-T-ATCGGAA-T--ACAAATTTGG--TTTATA----------------GGT------------------------CT--TTT-----TTATCG--GTGAACTTTGGT
gi|7 : ttgggtaaga-------GTTGCACATTCCATGT--AATTGATTGTTGCA----ATCTTCGTAG-AAATACACAAACATT-TTGCTTAGTGACAGGGGCATG-GCCGAAATACA--T------G-------TAATT-CTCG----AGTAATTGTAATA--------GGCA----TTTCCT-TT-TG---TC--ATTCCTC--AAT----ATCTTTAG---------------TTTG-G-GATGAA----------AT------------------T-TT----GTAGTACT---A-------TGATTTGATCA-T-AT-ACAACTATACAAAGT-TTATCTTATA-CA---------ATTTGGCTT------------GTTGTCA---TT--TTTGTTTTTCATTA--GTGAGCTTGGGTACCCT
gi|14 : TT--T-TA-TGAATTC--ATTTCTG--CTT----ACATTTGGAAGTATAT--GGATTTTTG-GTGA-GAA----------AT---TTGAT--------AGTAAT----GTAG-------A-------Tt
gi|11 : attctgttttaatggaaatagtgacagggcccagctgaaattggaccaaaaaattatacgatttaTTG--CTTTTAA--TATTTTTATCTTTCGATATATAC--GGAATTTTG-G-AATAAA----------AT---TTGGT--------AGT-ATAAATGTAG-------ACTGATTGTG-TGTGAATA-T-ACTAGAA--A-ACAGACTAATA-TCTAT--CG---TTTAT--TG-GGTTTTAGGGGGGGGGGGGTG------------------TCATCG--GCGAATTTGGGTGCCCTATATtaattt
gi|3 : ttaaggctatattTTTCTG--CCG----ATCTTGGGAAGTACAT--GGAATTTAG-G-GACGAA----------------ACTT--------GGT-A-----GTA----------------TG-TATGAATT-TTATTAGAA-TA--CAGAG---AATTCTTTA-CAATTTGGATTAT-----TTT-----------G----------T--TTT-----TCATTG--ACGACCTTACGTACCCTATATTTAGAGTTGCACACCTTTACACTTTAGTAGTTGA-TCGAACACAAGCGATagtgattattttttttatttaat
gi|13 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactatatatatatagggtatacaagttcgcagacgaaaacataataaactaattattggtgtaacattctactttgtattctagtctatgcatacatactcaatctacgttaaatctgaagttcatcccgaaattccgtatatttcccaaaatatgcagaaatgcctattactttttacttgacctgggcccagacactgtaccattaaacagattgtctgtgaattgcaaaaggcaattacatagaatctgcaacatcaaatatcattttagagttgaatgtcttgtcctaatccctaaatgtcgatgtccgtaatagctccaaagtactAT----TTCGTGGGAAGTTTAC--AGAATTTCG-G-GATGAC----------CT---TTTGT--------AGTGAT----GTAG-------A-------C----TGATTA-T-GT---AT-TA-ACTTATTACAATTTTAT-------------------TT---------------TAT-ACCCTT--TTT-----CCATCG--GTGCACTTGGG-------CATTT------TTATACCTTTACTG-------------TCTAACCCAAGCAAAATAgagttgcctatg
gi|17 : AAGTAGGATTTCATA-C---------CAT-----TTT-----------G-TAT-A---TTATTTT-----TTATTG--ACAAATTTGGGTACTCTATGTTTGAAGTTCTAAACCTTTA-----A---AGTAAATTTGAACTCTAGCAACATACattgcctgtgta
gi|19 : TT-----TTCTCGTTGCGAACTTGGGTACCCGATATTTCGAGTTCTATACCTTTATTTTTTAACAGTAAATTCAAACTCAAACAATATAaatttacctg
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTCAATGTACATATAGTACATAAATTATGCTAAAACAGATCTAAATATAGATACCCAGATCTTATATCCAAGTTACGATAACACAGGTGTTCCACGATTTATAAACGTGAAGTCAGTTTGAGTAA
Unaligned ( gi|20 ): ATTATCATTTAGATCAATAATTATTCATTATAGTACATACATTATACTACTAACAAGTCTTTATAAAGATATGCGGCTCTTATTATGTCTATT
Unaligned ( gi|22 ): TTGGTTCCATGACATTGTACCATTAAACAAATGTTTGTGCATGGCAAAA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2222 11 1 6666666 333333333 1 111 1111 3333333333 111 1 2222 22 111 1111 111 1111 11 22222 333333333333333333333 1 111 222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222 111 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1111111 1111 111111111 1111 2 11111111111111 2222222 111 2222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111 111 22222
lowQualScore : 44 88 3 8888 88 0 3 3 1111111 444444444 7 0 0 444 2222 3 1111111111 111 1 6 1111 6 3 8 8 77 444 8 1 2 1111 44 222 1 1 4444 77 00000 8 0 2 2 222222222222222222222 5 3 6 888 0 555555 8 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777 8 999999999 6 6 2 1 77 5 66 2 3 1 555 444 6 66 1 0 4 66 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 11111 4 4 7777777 3 9999 1111 4 777777777 2222 0 6 6 0 1 555 8 3 8 8 77777777777777 2 22 6666666 222 6 8888888888888888888888888888888888888888888888 6 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 2 66 1 5 5 1 666666 0000000000000000000000000000000000000000000000000 555 22 4444 0 444 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 77777777 333 111 88888 3 1
lowQualScore : .. .. . .... .. . . . ....... ......... . . . ... .... . .......... ... . . .... . . . . .. ... . . . .... .. ... . . .... .. ..... . . . . ..................... . . . ... . ...... . . .................................................. . ......... . . . . .. . .. . . . ... ... . .. . . . .. ......................................................................... ... ..... . . ....... . .... .... . ......... .... . . . . . ... . . . . .............. . .. ....... ... . .............................................. . .. ........................................................................................................................................................ . . .. . . . . ...... ................................................. ... .. .... . ... . ............................................................ . ........ ... ... ..... . .
lowQualScore : 00 00 7 3333 33 7 3 7 7777777 333333333 3 2 0 000 0000 2 0000000000 888 3 7 2222 7 2 0 0 00 222 0 0 5 2222 00 444 0 8 0000 00 00000 0 8 2 0 888888888888888888888 0 3 7 333 8 888888 0 4 88888888888888888888888888888888888888888888888888 0 777777777 7 7 5 7 99 7 99 7 9 0 777 888 5 11 0 1 4 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 888 22222 4 4 9999999 9 9999 9999 0 444444444 1111 4 7 7 0 0 888 0 2 0 0 22222222222222 5 88 7777777 888 7 6666666666666666666666666666666666666666666666 6 99 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 9 99 1 0 0 0 666666 1111111111111111111111111111111111111111111111111 999 44 4444 4 111 9 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 88888888 777 777 55555 2 2
consensus : ACACATAATCTAATATTACGTT----CATA--GTTCATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGT-TATGCAGAAATCAATTCAGA-AAAATNCCTATTA-NT-TTTACTT------GAN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TGTACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-TA-TTT-NAAGT-----TGAA-TTTCTTACCCCAATTCATAA--ACTGAAGTCCGTAATGGCTCCAAGGGACTG-A-AA---TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCACTC------GC-------GACC-A-T-----GCC-------G--TNNT---T-TTACCCC-AA---A-----GGATG-AAAGGA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTA--ATTTCGATCA---ATANTAATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----A--T----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGT-C-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTG-CAGACGGTT-T-ACAA--TTTTCA-GNCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--TTTATGAATTGGGGTAAG-AAATTCAA-------T--------CT-----A----------TAAT-------GTTGCGCATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCA----A-CT------G--A-T-CACAA-ACATTC--TGT---NT-ANAG-----T---G-G---T----A-T-ACAG-TG-------CCAGG-CTCGAGT------AA----AA-A--G----A-----C-A---TTT---TTC-TG-AATTNAT-TTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-G-GATGAANTT---TNGTAG-------------T----ATG-----TA-G-------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TT--TT------------GT-A-T-----AT---T--T-TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATATTTAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAAT---AGTAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
Reference ( family-341 ) : ATACATAATCTAATACTACGTT----CATA--GTTCACCCA-GAAATTCCGTATACT--TATACTTCCCA--A-AAAT-TATGCAGAAATCAATTCAGA-AAAACGCCTATTA-NT-TTTACTT------GAA-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TGTACCAC-T-AA--CA--GAATGT-TTGTGNATTGCAACAAACAATTAC--ATAGAATGCGCAACATTAAATAT-TA-TTT-NAAGT-----TGAA-TTTCTTACCCTAATTCGTAA--ACCGAAGTCCGTAATAGCTCCAAGGGACTG-A-AA---TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCACTT------GC-------GACC-A-T-----GCC-------G--TNNT---T-TTACCCC-AA---A-----GGATG-AAAGGA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATATTA--ATTTCGATNA---ATANTAATAATTCA--ATATNGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----A--T----------AC------G--CANAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTCATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGT-C-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTG-CAGACGGTT-T-ACAA--TTTTCA-GTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--TTTATGAATTGGGGTAAG-AAATTCA--------T--------CT-----A----------TAAT-------GTTGCACATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCA----A-CT------GA-A-T-CACAA-ACATTC--TGT---GT-ANAG-----T---G-G---T----A-T-ACAG-TG-------CCANG-CTCAAGT------AA----AA-A--G----A-----C-A---TTT---TTC-TG-AATTNAT-TTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-G-GATGAANTT---NNNTAG-------------T----ATG-----TA-G-------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TT--TT------------GT-A-T-----AT---T--T-TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATATTTAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAGC---AGTAAATTCGAACTCAAGCAATATAC
gi|1 : ATACATAATCTAATATTACTTT----CATA--ATTTACCCA-GAAATTTCGTATACTAGTATACTTCCCACGATAAGTGTATGCAGAGATCAATTCAGA-AAAATACCTATTA-GT-TTTACTT------GAAATT--TACTTGGAC-CC-TAGCAC-TGTACTAC-T-AA--CA--GAATCT-TTGTGAATTGTAA-AAATAGTTGT--ATAGAATCTGCAACATTAGATATATA-TTT-AAAAT-----TAAA-CTTCTTACCCTATTTTATAA--ATTGAAGTCCATAGTAGCTCCAAGTGACTGTATAG---TTGCAAA---A--CTGTC-TGCGCTATCACTC------AC-------GCCC---------GCC-------G--TCTT---T-TTACCCC-AAC--A-----GGACA-GAAGGA-CCCAAAACGATATTGAGATTC--AA-ATATTA--ATTATAGTGA---ATATTAACAACTTA--ATATTGTACACAGAC-G--A--T--------G---ATC----------TTAA---TAA-----A--T----------GC------G--CAGAACTC---TTATT----ATGTCTG-T-TTC----AACCCAAACCACCTC---AACACAGAAACTTGACA---TTTGATAA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTATTGGCAATGGT-C-AAGACGGTTGTGACACGTGAAAATA-CAGATGGTTGT-ACAA--TTTCCA-GTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAA--TCTATGAATTGGGGTAAG-AAAT--A--------T--------CT-----A----------TAAC-------GTTGCATGTTCTATGTGTAATTGCTTGTTACA----A-CT------GATATT-CAGTA-ACATTC--TGT---GT-ATAG-----T---A-G---T----A-T-ACAG-TG-------CCAGG-CTCGAGT------------------G----A-----C-A---TTT---TTC-TG-AGTTGAT-TTCTATATATCTTGGGAAGTATAC--GAAATTTCG-G-GATGAAGTA---AGCTAG-------------T----ATG-----TA-G-------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAAAGTAGGATTTTATAC--ATGTATCATGT-GG----TT--TTG-----------GT-G-T-----AT---T--T-TTTTATCGGCGAACTTGGGTACCCTATATTTAGAGT--GT----TTTACCTTTACTGT---TAAAT---AATAAATTCAAACCCAAGCGATATAC
gi|10 : TGACACCAGT-C-AAAATGGTT-CAAGAAGTGAAAGTG-CAGACGGTT-TTGCAA--T-------------GGAGCTATTGAGGATT------TCAG--TTCATGAATTGGGGTAAG-AGGTTCAAC------TTATAAATGCT-----ACT--------TAAT-------GTTACGAATTCTA--TGTAATAGCTTGTTGCAATACA-CT------GT-A-T--AC---TCATTA--T-T---GC-GAGG-----TCAAG-G---T----C-T-ATAGCTC-------CCATG--TCACTT-----------------------------C-A---TTT---TTCATG-GGT--AT-TTCTTCATATCgc
gi|11 : gaTTAAAT------AA----AA-A--A----AATAATC-A---CTT---TGC-TT---TTAATATTTT---TATCTTTCGATATATAC--GGAATTTTG-G-AATAAAATT---TGGTAG-------------TATAAATG-----TA-G-------ACTGATTGTGTGTGAATA-T-ACTAGAA--A-ACAGACTAATA-TCTAT-C--GTTTAT----TGGG----TT--TTAGGGGGGGGGGGGT-G-------------------TCATCGGCGAATTTGGGTGCCCTATAT
gi|12 : ttaaggctatatt-----GGATGGAAAGGA-CTCAAAACGGCTTAGAGACTCTTGA-ATGCTA--ATTTTGTTCA---ATAATAAT--TTTA--ATGTAGTACATCAATGTAAA--C--------GA--ATA----------CTAA---T-------C--T----------CC------G--T---GATC---TTATT----ACGTCTA-C-TTCTTATAAATCATATTACATTTAAAACACA-GTGTTTGACGAAATATAATGA---T----GAA----GTt
gi|13 : ATTTCGTGGGAAGTTTAC--AGAATTTCG-G-GATGACCTT---TTGTAG-------------TG---ATG-----TA-G-------A-------C---TGATTA-T-GT---AT-TA-ACTTATTACAATTTTA-----------------------TT--TT------------AT-ACC-----CT---T--T-TTCCATCGGTGCACTTGGGCAT-------------T--TT----TATACCTTTACTGT---CTAACCCAAGCAAA
gi|14 : ATTC--TGT---TT--TAA-----T---G-GAAAT----AGTGACAG-GG-------CCCAG-CTGAAATTGGACCAA----AA-A--ATTATA-----CGA---TTTATTTTA-TG-AATTCAT-TTCTGCTTACATTTGGAAGTATAT--GGATTTTTG-GTGA-GAAATT---TGATAG-------------TA---ATG-----TA-G-------A-------Tataattgcctgtgta
gi|15 : CTC--AA-ATTCTA--ATCTCGATTA---ATACTAAT---TCATTATATAGTACATAAAT-T--A--T--------A---CTA----------ATAA---TAA-----A--TCTCTATAGAGAT------G--CACAGCTTAAATTATT----ATGTCTA-T-TTT-----ACCCAAACCACATC---AACACAGGTGtaattt
gi|16 : --ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---CTAAAACAGAT--CTAAATATAG-----A--T----------AC------C--CAGA--TC---TTAT-----------------------ATCCAAGTTACGAT---AACACAGGTGTTCCACG---ATTTATAAACGT----GAA----GTCAGTTTGAGTAA
gi|17 : ttcaatgtacAGTAGGATTTCATAC-----CAT----T-----------TT------------GT-A-T-----AT---TATT-TTTTATTGACAAATTTGGGTACTCTATGTTTGAAGT--TC----TAAACCTTTA---------A-----AGTAAATTTGAACTCTAGCAACATAC
gi|18 : aTTTGGGTAATTAGTGGCACCTGT-C-AAAATGGCTGATA-AAGTGAAAGTaatttacctg
gi|19 : -T-----GT---T--T-TCTCGTTG-CGAACTTGGGTACCCGATATTTCGAGT--TC----TATACCTTTATTTT---TTAAC---AGTAAATTCAAACTCAAACAATATAaaggataaaaataactcataactatgaagcgactcaaatatatatgacaatttacttttaa
gi|2 : tttcTTGGGGTAAATGAAGGAATCAGT-CCAAAATGGTTGCGA---GTAA---TG-CA--CG-TT-T-ACAA--TTTTCA-GTCACTTGAA-------------------CCA---TTTACGAATAGGAGTAAG-AAATTCA--------A--------CTTGAAAA----------TAATATTTATTGTCACACATTTTA--TGTAATTGTTTGTTGCA----A------------A-T-CACAA-ACATTC--TGT---TT-AGTG-----T---ACA---T----G-T-GCGG-TG-------CCAGAACTCATGT------AAGT--AACA--G----A-----C-A---TTT---T-C-TT-AATTGAT-TTCTGCATATCTTGGAAAGTATACAAGGAATTTTATA-TATGAACTT----TATAGTCGTAATCTTAACT----ATAAATATTA-T-------A-------TGTATAAATATT-ATCAGAA-T--ACAGAATATAATT--------ATATAT----C-G------T--TT------------GT-A-TTAATAAT---T--TATTT--TCGGCGATCTCGTGTACCCTATATTTAGCGTCATCCTTATATGCCTCTACTCTCAGTTA-T---AGTAGAatttcctgtgat
gi|2 : agcATAGT-TAAGATTACGAC----TATAAAGTTCATATATAAAATTCCTTGTA------TACTTTCCA--A-GA---TATGCAGAAATCAATTAAGA-AAA-TGTCTGTTA-CT-T--ACAT------GAG-TT----CT--GGCACC---GCACATGTAC-AC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGATTTGCAACAAACAATTAC--ATAAAATGTGTGACAATAAATAT-TATTTT-CAAGT-----TGAA-TTTCTTACTCCTATTCGTA---------------AATGG-TTCAAGTGACTGAA-AA---TTGTAAA-------CGT-----GCATT-ACTC------GC-------AACC-A-TTTTGGACT-------GATTCCTTCAT-TTACCCCAAA---A-----GGATG-AAATGA-CCCAAAGCGATTTAGAGACTC--AA-ATATTA--ATTTTGATT-----TAATGATAATTCA--ACACAGTAGATAAAT-T--A--T--------GCTAATAACCTTTTT--TTTA---TAA-----A-----------------------------CTC---TTAGT----ATGTCTATT-TTC----ATCCAAAAGCACATT---GAAATAGGAGTTTGGCA---GTTCATGA---T-----AA----GTCCACTTGGGTGATTAGTGGTAaaggatgaaatgacccaaagcgatttagagactcaaatattaattttgatttaatgataattcaacacagtagataaattatgctaataaccttttttttataaactcttagtatgtctattttcatccaaaagcacattgaaataggagtttggcagttcatgataagtccacttgggtgattagtggta
gi|20 : agctctactataactgagagtagaggcatataaggatgacgctaaatatagggtacacgagatcgccgaaaataaattattaatacaaacgatatataattatattctgtattctgataatatttatacatataatatttATTATCATTTAGATCA---ATA---ATTATTCA--TTATAGTACATACAT-T--A--T--------A---CTACTAACAAGTCTTTA---TAA-----AGAT----------AT------G--CG--GCTC---TTATT----ATGTCTA-T-T
gi|21 : CAGAAATCAATTTAGA-AAAAATCCTATTATAT-TTTACTT------GAC-TTTCTACTGGAGC-CA--GGCAA-TGTA
gi|22 : TTGGTT-CCATGACAT-TGTACCAT-T-AAA-CA---AATGT-TTGTGCATGGCAA
gi|3 : TTGGAGCTATTACGGACA------TCGACATTTAGGGATTAGGACAAG-ACATTCAAC------T--------CT-----AAAATGATATTTGAT-------GTTGCAGATTCTA--TGTAATTGCCTTTTGCA----A-T------------T-CACAG-ACAATC--TGT---TT-AA-------T---G-G----------T-ACAG-TGTCTGGGCCCAGG--TCAAGT------AA----AA-A--G----T-----A-A---T-------------AGGCAT-TTCTGCATATTTTGGGAAATATAC--GGAATTTCG-G-GATGAACTTCAGATTTA-------------------ACG-----TA-GATTGAGTA-------TGTATGCATA-G-ACTAGAA-T--ACAAAGTAGAATGTTACACCAATA-AT----T-AG-----T--TT------------AT---T-----AT---G--T-TTTCGTCTGCGAACTTGTATACCCTATATATAaa
gi|3 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactataT-TTCTGCCGATCTTGGGAAGTACAT--GGAATTTAG-G-GACGAAACT---TGGTAG-------------T----ATG-----TA---------------------TGAATT-TTATTAGAA-TA--CAGAG---AATTCTTTAC--A-AT-T----T-GGATTATT--TT------------GT-----------------T-TTTCATTGACGACCTTACGTACCCTATATTTAGAGT--TG----CACACCTTTACACT---TTAGT---AGTTGA-TCGAACACAAGCGATAagtacttttctgccgatcttgggaagtacatggaatttagggacgaaacttggtagtatgtatgaattttattagaatacagagaattctttacaatttggattattttgtttttcattgacgaccttacgtaccctatatttagagttgcacacctttacactttagtagttgatcgaacacaagcgatagagttgcctatg
gi|4 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactatatatatatagggtatacaagttcgcagacgaaaacataataaactaattattggtgtaacattctactttgtattctagtctatgcatacatactcaatctacgttaaatctgaagttcatcccgaaattccgtatatttcccaaaatatgcagaaatgcctattactttttacttgacctgggcccagacactgtaccattaaacagattgtctgtgaattgcaaaaggcaattacatagaatctgcaacatcaaatatcattttagagttgaatgtcttgtcctaatccctaaatgtcgatgtccgtaatagctccaaagtact-A-AA---TTGTAAATTTATTCTGTC-TGCATTTTCACTT------AT---------CC-A-T-----GCT-------A--TGTTGG-C-TGGTTCC-AA---A-----GGATG-AAAGGA-------------TGAAGATTC--AATATACAA--GTGCCG-TGAC--ATA-----AATTC------TGCTA-ATAG---T--G-----------G---ATC----------TTTA---TAA-----A--G----------AT------A--CATCGCTC---TCATC-------TATA-T-TTT----TATCCACATCA-ATT---AACACAGGCGTTTGACA---TCTTATAA---T----GAATAAAGTCAATTTAGGTAATTCGTGGCACCGCT-C-AAAATGGTTGCGA-AA-T-----CG-CAGATTGTT-T-A---------CA-GACCCTCTGAGCTATTATGAGCTTATGAATGAG--TTTATGAATTTCGATACG-AAATTCA--------A--------CTTACA-A----------TAATATCTAAAGTTGCGCATTCTA--TGT-ATTGTTTATTGCA----A-T------------T-CACAA-ACATTT--T---------AAT-----T---A-G-------------CAA-TG-------C-----TTCGAGT------AA----AA-AATA----A-----C-AGACTTG---TTT-TGTAACTGAT-GTCTGCATA----GGGAAgagttgcctatg
gi|5 : tgaATGGTTCCAAAGGACTA-A-AAA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCTCTTTCATTT-------T-------GACC-AGT-----GCCACTACATG--TAAT---TATTACCC---ATTTA-----GGATG-AAAGGA-CCAATAAGGATTTAAAGACTC--AA-TTATTA--ATTTTGACCATTTACATGTATAATTCA--TTATCGTATATGAAT-T--AAGTTAATAACAG---GTA----------TTTA---CAATGTATA--T----------ACATAGATA--CACAGCTC---CTATCATGAATGTCTC-T-TTA----TATCCAAATCACACC---AACACTGGTGTATGACG---ATTCATGG---T------A----ATCAATTTtgaagtttagtagatcatgta
gi|6 : cccACACATAATC-AAT-CTACATTATACCAAA--GTTCATCCA-GTAATTCCATAT---------CTTCCCA--A-AAAT-AA-GAAGAAATGAATTCAGATAAAACCCTTATCA-TTATTTACTTTTTTCTAAT-TT--TAGCTGGGC-CC-CTACAC-TGTAACAC-TTAA--CA--GAATGC-TTGTGCATTGCACCAAGCAATTACATATAGAATATACAACATTAGATAT-CC-TTTCTAAGC-----TGAA-TTTCTTACCCaatatggttagtacatttttatgtagatatgttagaatacagtgtagaaatttatatcatttgg
gi|7 : tt-------GTTGCACATTCCA--TGTAATTGATTGTTGCA----ATCTTCGTAGAA-A-TACACAA-ACATTT--TGCTTAGTGACAGGGGCAT---G-G---CCGAAA-T-ACA--TG-------TAATT-CTCGAGT------AATTGTAATA--G----G-----C-A---TTTCC-TTT-TG----TCAT-TCCTCAATATCTTTAG---------------TTTG-G-GATGAAATT---TTGTAG-------------T----AC------TATG-------A-------T-T-TGATCA-T-A-TACAACTATACAAAGT-TTATCTTATAC--A-AT-T----T-GG----CTTGTT------------GTCA-T-----TTTTGT--T-TTTCATTAGTGAGCTTGGGTACCCTaaatatatcggaatacaaatttggtttataggtcttttttatcggtgaactttggt
gi|8 : T--TACT-GGGC-CC-TG-TAC-----CCACCT-AAGGCATTAAATGTGTTGTGCATTGCAACAAGCAAAT-C--AT----TTC-----------TAT-TT-GTT-GAAGTTTTTTTGAATTTTCATACCCCAAATTATAA--ACTG-GGTCCGACATA-CTCCAATGTCGTG-A-AAAATTTGT-AA---A--TCGTCTTTCATTTTCTCTTATCACAGCTATTTTGGACCGG-T-----GCC-------AC-TAA------ATACCTC-GA---AAAGTTGGATT-AAAATATCCCAAAAGGATTTAGAGA-TC--AA-ATACTA--At
gi|8 : GGTATTTAGTGGCACCGGTCC-AAAATAGCTGTGATAAGAGAAAATGAAAGACGATT-T-ACAAATTTTTCACGACA-TTGGAG-TATGTCGGAC-------CCAG--TTTATAATTTGGGGTATGAAAATTCAAAAAAACTT--------CA-----A----------CAA--------ATAGAA------A--TG-ATTTGCTTGTTGCA----A--T------G------CACAACACATTTAATGC---CT-TAGG-----T---G-G--------G-T-ACAG-GG-------CCat
gi|9 : ttactgTAATGAAAATTCA--ACATGGTACACAAAT-T--A--T--------ACTAATAACAGG-----TTTT---TAG-----A--G----------AG------GAACACATCTC---CTATT----CTGTCTA-TGTTC----A-CCTAAA--------------CAGGTGCGTGGCG---TTTTATAA---TTAATGAA----GTCGATTTGGGTAATTAGAGACACCAGtcgaaaagttggattaaaatatcccaaaaggatttagagatcaaatactaaat
gi|9 : catC--ATACAATGTACAGCATTAAATAT-CA-TTTATAAGC-----TCAA-T---TTACTCCAATTCATAAATACTGAATTCAGTAAT-------AGGGA----A-AA---TTGTagcagacaattttccctattactgaattcagtatttatgaattggagtaaattgagcttataaatgatatttaatgctgtacattgtatg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 111 11 1 3333333 333333333333 11 333333333333 111 1111 111 11 1111 111 22222 222222222222222222222 1 111 222222 999999999999999999999999999999999999999999999 222222222 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111 1111 111111111 1111 2 111111 2222222 111 11111111111111111111111111111111111111111 77777777777777777 7777777777777777777777 22222222222222 555555555555555555555555555555555555 111 77777777777777777777777777777777777777 1111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 111 111
lowQualScore : 55 777 6666666 4 444 33 7 0 99 2222222 2 111111111111 8 11 666 0 99 8 0 0 666666666666 99 000 8 5 7777 5 5 1 6 6 88 000 8 2 3 0 11 44 3 1 4 22 4444 777 00000 8 1 111111111111111111111 5 3 6 888 0 555555 8 1 666666666666666666666666666666666666666666666 8 999999999 88 1 6 2 3 1 77 5 2 2222 0 888 5 2 6 66 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 11111 4 4 7777777 3 9999 1111 1 777777777 2222 0 6 6 0 1 555 8 3 8 8 666666 8 3 55 2 22 6666666 222 6 00000000000000000000000000000000000000000 3 77 66666666666666666 6 99 11 4444444444444444444444 1 77777777777777 888888888888888888888888888888888888 1 5 3 77 0 5 1 77 1 000 00000000000000000000000000000000000000 555 22 4444 0 444 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 5 5 666666666 3 000 0 111 0 1
lowQualScore : .. ... ....... . ... .. . . .. ....... . ............ . .. ... . .. . . . ............ .. ... . . .... . . . . . .. ... . . . . .. .. . . . .. .... ... ..... . . ..................... . . . ... . ...... . . ............................................. . ......... .. . . . . . .. . . .... . ... . . . .. . ........................................................................... ... ..... . . ....... . .... .... . ......... .... . . . . . ... . . . . ...... . . .. . .. ....... ... . ......................................... . .. ................. . .. .. ...................... . .............. .................................... . . . .. . . . .. . ... ...................................... ... .. .... . ... . ............................................................ . . . ......... . ... . ... . .
lowQualScore : 88 222 5555555 0 000 88 0 0 00 0000000 5 000000000000 0 00 222 8 00 0 8 8 222222222222 00 888 4 7 6666 7 7 0 7 7 33 222 0 5 2 8 00 00 8 4 6 22 0000 000 00000 0 0 111111111111111111111 0 3 7 333 8 888888 0 4 222222222222222222222222222222222222222222222 0 777777777 33 0 7 5 5 7 99 7 7 1111 2 888 9 9 5 11 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 22222 4 4 9999999 9 9999 9999 0 444444444 1111 4 7 7 0 0 888 0 2 0 0 666666 0 8 66 5 88 7777777 888 7 44444444444444444444444444444444444444444 0 99 44444444444444444 7 22 33 3333333333333333333333 0 00000000000000 555555555555555555555555555555555555 0 7 0 99 4 7 0 99 0 000 99999999999999999999999999999999999999 999 44 4444 4 111 9 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 0 7 333333333 0 000 1 777 8 2
consensus : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGT-NATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATGTGCGACATTAGATAT-TA-TTT-N-AAG-----TTGAA-TTTCTTACCCCAATTCATAA--ACTGAAGTCCGTAATGGCTCCAAGGGACTG-A-AA---TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TCACGACCA-TTTTGGGCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAGGA-CCCAAAANGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGT-C-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTG-CAGACGGTT-T-ACAA--TTTTCA-GNCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--TTTATGAATTGGGGTAAG-AAATTCAA-------CCT----A-----------T-AAT----------GTTGCGNATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT-------GA---T-CACAA-ACATTC--TGTTTAG-----G-----TG-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--TTCTG-AATTGAT-TTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTT--TGG---TAGT----A--------TGTA-G-------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TT--TT------------GT-A-T-----AT---T--T-TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
Reference ( family-341 ) : ACACATAATCTAATATTACGTT----CATA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGT-TATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AATNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-TA-TTT-N-AAG-----TTGAA-TTTCTTACCCCAATTCATAA--ACTGAAGTCCGTAATGGCTCCAAGGGACTG-A-AA---TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TCGCGACCA-T-----GCC-------G--TNNT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAGGA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTAATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGT-C-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTG-CAGACGGTT-T-ACAA--TTTTCA-GNCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--TTTATGAATTGGGGTAAG-AAATTCAA-------TCT----A-----------T-AAT----------GTTGCGCATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT-------GA---T-CACAA-ACATTC--TGTNTAN----AG-----TG-GT----ATACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--TTCTG-AATTNAT-TTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTT--TNG---TAGT----A--------TGTA-G-------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TT--TT------------GT-A-T-----AT---T--T-TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
gi|1 : ATACATAATCTAATATTACTTT----CATA--ATTT--ACCCA-GAAATTTCGTATACTAGTATACTTCCCACGATAAGTGTATGCAGAGATCAATTCAGA-AA--AATACCTATTA-GT-TTTACTT------G-----AAATT--TACTTGGAC-CC-TAGCAC-TG-TACTAC-T-AA--CA--GAATCT-TTGTGAATTGTAA-AAATAGTTGT--ATAGAATCTGCAACATTAGATATATA-TTT-A-AAA-----TTAAA-CTTCTTACCCTATTTTATAA--ATTGAAGTCCATAGTAGCTCCAAGTGACTGTATAG---TTGCAAA---A--CTGTC-TGCGCTATCAC---TCACGCCC--------GCC-------G--TCTT---T-T---TACCCC-AAC--A-----GGACA-GAAGGA-CCCAAAACGATATTGAGATTC--AA-ATATTAATTATA----GTGA---ATATTAACAACTTA--ATATTGTACACAGAC-G--A--T--------G---ATC----------TTAA---TAA-----AT----------GC------G--CAGAACTC---TTATT----ATGTCTG-T-TTC----AACCCAAACCACCTC---AACACAGAAACTTGACA---TTTGATAA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTATTGGCAATGGT-C-AAGACGGTTGTGACACGTGAAAATA-CAGATGGTTGT-ACAA--TTTCCA-GTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAA--TCTATGAATTGGGGTAAG-AAAT---A-------TCT----A-----------T-AAC----------GTTGCATGTTCTATGTGTAATTGCTTGTTACAA-CT-------GATATT-CAGTA-ACATTC--TGTGTAT----AG-----TA-GT----ATACAGTG-------CCAGG-CTCGAGT------------GA-----CA---TTT--TTCTG-AGTTGAT-TTCTATATATCTTGGGAAGTATAC--GAAATTTCG-GGATGAAGTA--AGC---TAGT----A--------TGTA-G-------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAAAGTAGGATTTTATAC--ATGTATCATGT-GG----TT--TTG-----------GT-G-T-----AT---T--T-TTTTATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--GT----TTTACCTTTACTGT---TAAATAA---TAAATTCAAACCCAAGCGATATAC
gi|10 : TGACACCAGT-C-AAAATGGTT-CAAGAAGTGAAAGTG-CAGACGGTT-TTGCAA--T-------------GGAGCTATTGAGGATT------TCAG--TTCATGAATTGGGGTAAG-AGGTTCAA-------CTT----ATAAATGCTACTT-AAT----------GTTACGAATTCTA--TGTAATAGCTTGTTGCAA-gc
gi|11 : gaAATAA----AA-A--AAATAATCA---CTT--TGCTT---TTAATATTTT---TATCTTTCGATATATAC--GGAATTTTG-GAATAAAATT--TGG---TAGTATAAA--------TGTA-G-------ACTGATTGTGTGTGAATA-T-ACTAGAA--A-ACAGACTAATA-TCTAT-C--GTTTAT----TGGG----TT--TTAGGGGGGGGGGGGT-G-------------------TCATCGGCGAATTTGGGTGCCCTATAT-tacactgtatactcattattgcgaggtcaaggtctatagctcccatgtcacttcatttttcatgggtatttcttcatatc
gi|12 : ttaaggctatatt-----GGATGGAAAGGA-CTCAAAACGGCTTAGAGACTCTTGA-ATGCTAATTTTG----TTCA---ATAATAAT--TTTA--ATGTAGTACATCAATGTAAA--C--------GA--ATA----------CTAA---T-------CT----------CC------G--T---GATC---TTATT----ACGTCTA-C-TTCTTATAAATCATATTACATTTAAAACACA-GTGTTTGACGAAATATAATGA---T----GAA----GTtaat
gi|13 : ATTTCGTGGGAAGTTTAC--AGAATTTCG-GGATGACCTT--TTG---TAGTG---A--------TGTA-G-------A-------C---TGATTA-T-GT---AT-TA-ACTTATTACAATTTTA-----------------------TT--TT------------AT-ACC-----CT---T--T-TTCCATCGGTGCACTTGGGCAT---------------T--TT----TATACCTTTACTGT---CTAA
gi|14 : TAATCTA-CATTACTAT----CAAA--TTTCTCA-CCA-AAAATCC---ATA------TACTTCC-A--A-ATGT-AA-GCAGAAATGAATTCATA-AAATAAATCGTA-TA-AT-TTT--TT------GGTCCAAT-TT--CAGCTGGGC-CC-TGTCAC-TATTTCCAT-TAAAA-CA--GAATcccaagcaaaataattgcctgtgta
gi|15 : CTC--AA-ATTCTAATCTCG----ATTA---ATACTAAT---TCATTATATAGTACATAAAT-T--A--T--------A---CTA----------ATAA---TAA-----ATCTCTATAGAGAT------G--CACAGCTTAAATTATT----ATGTCTA-T-TTT----A-CCCAAACCACATC---AACACAGGTGattt
gi|16 : --ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---CTAAAACAGAT--CTAAATATAG-----AT----------AC---------C-CAGATC---TTAT-----------------------ATCCAAGTTACGAT---AACACAGGTGTTCCACG---ATTTATAAACGT----GAA----GTCAGTTTGAGTAA
gi|17 : ttcaatgtacAGTAGGATTTCATAC-----CAT----T-----------TT------------GT-A-T-----AT---TATT-TTTTATTGACAAATTTGGGTACTCTATGT-T-TGAAGT--TC----TAAACCTTTA---------A--AG---TAAATTTGAACTCTAGCAACATAC
gi|18 : aTTTGGGTAATTAGTGGCACCTGT-C-AAAATGGCTGATA-AAGTGAAAGTaatttacctg
gi|19 : -T-----GT---T--T-TCTCGTTG-CGAACTTGGGTACCCGATAT-T-TCGAGT--TC----TATACCTTTATTTT---TTAACAG---TAAATTCAAACTCAAACAATATAaaggataaaaataactcataactatgaagcgactcaaatatatatgacaatttacttttaa
gi|2 : tttcTTGGGGTAAATGAAGGAATCAGT-CCAAAATGGTTGCGA---GTAA---TG-CA--CG-TT-T-ACAA--TTTTCA-GTCACTTGAA-------------------CCA---TTTACGAATAGGAGTAAG-AAATTCAA-------CTTGAAAA-----------T-AATATTTATT---GTCACACATTTTA--TGTAATTGTTTGTTGCAA-----------A---T-CACAA-ACATTC--TGTTTAG----TG-----TACAT----GTGCGGTG-------CCAGAACTCATGTAAGT--AACA--GA-----CA---TTT--T-CTT-AATTGAT-TTCTGCATATCTTGGAAAGTATACAAGGAATTTTATATATGAACTTTATAG---TCGT----AATCTTAACTATA-AATATTATA-------TGTATAAATATT-ATCAGAA-T--ACAGAATATAATT--------ATATAT----C-G------T--TT------------GT-A-TTAATAAT---T--TATTT--TCGGCGATCTCGTGTACCCTATAT-T-TAGCGTCATCCTTATATGCCTCTACTCTCAGTT-ATAG---TAGAatttcctgtgat
gi|2 : agcATAGT-TAAGATTACGAC----TATAAAGTTC--ATATATAAAATTCCTTGTA------TACTTTCCA--A-GA---TATGCAGAAATCAATTAAGA-AA--A-TGTCTGTTA-CT-T--ACAT------G-----AG-TT----CT--GGCACC---GCACATG-TAC-AC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGATTTGCAACAAACAATTAC--ATAAAATGTGTGACAATAAATAT-TATTTT-C-AAG-----TTGAA-TTTCTTACTCCTATTCGTA---------------AATGG-TTCAAGTGACTGAA-AA---TTGTAAA-------CGT-----GCATT-AC---TCGCAACCA-TTTTGGACT-------GATTCCTTCAT-T---TACCCCAAA---A-----GGATG-AAATGA-CCCAAAGCGATTTAGAGACTC--AA-ATATTAATTTTG----ATT-----TAATGATAATTCA--ACACAGTAGATAAAT-T--A--T--------GCTAATAACCTTTTT--TTTA---TAA-----A---------------------------CTC---TTAGT----ATGTCTATT-TTC----ATCCAAAAGCACATT---GAAATAGGAGTTTGGCA---GTTCATGA---T-----AA----GTCCACTTGGGTGATTAGTGGTAaaggatgaaatgacccaaagcgatttagagactcaaatattaattttgatttaatgataattcaacacagtagataaattatgctaataaccttttttttataaactcttagtatgtctattttcatccaaaagcacattgaaataggagtttggcagttcatgataagtccacttgggtgattagtggta
gi|20 : agctctactataactgagagtagaggcatataaggatgacgctaaatatagggtacacgagatcgccgaaaataaattattaatacaaacgatatataattatattctgtattctgataatatttatacatataatatttATTTAG----ATCA---ATA---ATTATTCA--TTATAGTACATACAT-T--A--T--------A---CTACTAACAAGTCTTTA---TAA-----AG----------AT------A--TGCGGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-T
gi|21 : attatcCAGAAATCAATTTAGA-AA--AAATCCTATTATAT-TTTACTT------G-----AC-TTTCTACTGGAGC-CA--GGCAA-TG-TA
gi|22 : TTGGTT-CCATGACAT-TG-TACCAT-T-AAA-CA---AATGT-TTGTGCATGGCAA
gi|3 : TTGGAGCTATTACGGACA------TCGACATTTAGGGATTAGGACAAG-ACATTCAAC------TCT----AAAATGATATT-T-GAT----------GTTGCAGATTCTA--TGTAATTGCCTTTTGCAA-T-------------T-CACAG-ACAATC--TGTTTAA-----------TG-G------TACAGTGTCTGGGCCCAGG--TCAAGTAA----AA-A--GT-----AA---T-----------AGGCAT-TTCTGCATATTTTGGGAAATATAC--GGAATTTCG-GGATGAACTT--CAGATTTA------A--------CGTA-GATTGAGTA-------TGTATGCATA-G-ACTAGAA-T--ACAAAGTAGAATGTTACACCAATA-AT----T-AG-----T--TT------------AT---T-----AT---G--T-TTTCGTCTGCGAACTTGTATACCCTATATATATATAGT--TA-----ATA--TTGCCTGT---GTAATAAAACTAAATaa
gi|3 : atcaagtatgtcatccttttT-TTCTGCCGATCTTGGGAAGTACAT--GGAATTTAG-GGACGAAACT--TGG---TAGT----A--------TGTA---------------------TGAATT-TTATTAGAA-TA--CAGAG---AATTCTTTAC--A-AT-T----T-GGATTATT--TT------------GT-----------------T-TTTCATTGACGACCTTACGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TG----CACACCTTTACACT---TTAGTAG---TTGA-TCGAACACAAGCGATAagtacttttctgccgatcttgggaagtacatggaatttagggacgaaacttggtagtatgtatgaattttattagaatacagagaattctttacaatttggattattttgtttttcattgacgaccttacgtaccctatatttagagttgcacacctttacactttagtagttgatcgaacacaagcgatagagttgcctatg
gi|4 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactatatatatatagggtatacaagttcgcagacgaaaacataataaactaattattggtgtaacattctactttgtattctagtctatgcatacatactcaatctacgttaaatctgaagttcatcccgaaattccgtatatttcccaaaatatgcagaaatgcctattactttttacttgacctgggcccagacactgtaccattaaacagattgtctgtgaattgcaaaaggcaattacatagaatctgcaacatcaaatatcattttagagttgaatgtcttgtcctaatccctaaatgtcgatgtccgtaatagctccaaagtact-A-AA---TTGTAAATTTATTCTGTC-TGCATTTTCAC---TTAT--CCA-T-----GCT-------A--TGTTGG-C-T---GGTTCC-AA---A-----GGATG------------AAAGGAT--GAAGATTC--AATATACAAGTGCCGTGACATAA---ATTCTGCTAAT---------AGTG-----------------------G---ATC----------TTTA---TAA-----AG----------AT------A--CATCGCTC---TCATC-------TATA-T-TTT----TATCCACATCA-ATT---AACACAGGCGTTTGACA---TCTTATAA---T----GAATAAAGTCAATTTAGGTAATTCGTGGCACCGCT-C-AAAATGGTTGCGA-AA-T-----CG-CAGATTGTT-T-A---------CA-GACCCTCTGAGCTATTATGAGCTTATGAATGAG--TTTATGAATTTCGATACG-AAATTCAA-------CTT----A-----------C-AATAATATCTAAAGTTGCGCATTCTA--TGT-ATTGTTTATTGCAA-T-------------T-CACAA-ACATTT--TAATTAG-----------------------CAATG-------C-----TTCGAGTAA----AA-AATAA-----CAGACTTG--TTTTGTAACTGAT-GTCTGCATA----GGGAAgagttgcctatg
gi|5 : tgaATGGTTCCAAAGGACTA-A-AAA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCTCTTTCAT---TT-TGACCAGT-----GCCACTACATG--TAAT---TAT---TACCC---ATTTA-----GGATG-AAAGGA-CCAATAAGGATTTAAAGACTC--AA-TTATTAATTTTG----ACCATTTACATGTATAATTCA--TTATCGTATATGAAT-T--AAGTTAATAACAG---GTA----------TTTA---CAATGTATAT----------ACATAGATA--CACAGCTC---CTATCATGAATGTCTC-T-TTA----TATCCAAATCACACC---AACACTGGTGTATGACG---ATTCATGG---T------A----ATCAATTTtgaagtttagtagatcatgta
gi|6 : cccACACATAATC-AAT-CTACATTATACCAAA--GTTC--ATCCA-GTAATTCCATAT---------CTTCCCA--A-AAAT-AA-GAAGAAATGAATTCAGATAA--AACCCTTATCA-TTATTTACTTTTTTCTA-----AT-TT--TAGCTGGGC-CC-CTACAC-TG-TAACAC-T-TAA-CA--GAATGC-TTGTGCATTGCACCAAGCAATTACATATAGAATATACAACATTAGATAT-CC-TTTCT-AAG-----CTGAA-TTTCTTACCCaatatggttagtacatttttatgtagatatgttagaatacagtgtagaaatttatatcatttgg
gi|7 : tt----------GTTGCACATTCCA--TGTAATTGATTGTTGCAATCTTCGTAGAAA---TACACAA-ACATTT--TGCTTAGTGACAGGGGCATG-GCCGAAATACA-TG-------TAATT-CTCGAGTAATTGTAATA--GG-----CA---TTTCCTTTTG----TCAT-TCCTCAATATCTTTAG---------------TTTG-GGATGAAATT--TTG---TAGT----A--------C-TATG-------A-------T-T-TGATCA-T-A-TACAACTATACAAAGT-TTATCTTATAC--A-AT-T----T-GG----CTTGTT------------GTCA-T-----TTTTGT--T-TTTCATTAGTGAGCTTGGGTACCCTaaatatatcggaatacaaatttggtttataggtcttttttatcggtgaactttggt
gi|8 : T--TACT-GGGC-CC-TG-TAC------CCACCT-AAGGCATTAAATGTGTTGTGCATTGCAACAAGCAA------AT-----------CATT-TCTAT-TT-GTT-G-AAGTTTTTTTGAATTTTCATACCCCAAATTATAA--ACTG-GGTCCGACAT-ACTCCAATGTCGTG-A-AAAATTTGT-AA---A--TCGTCTTTCATTTTCTCTTATCACAGCTA-TTTTGGACCG------G--TGCCA--C-TAAATACCTC-GA---AAAGTTGGATT-AAAATATCCCAAAAGGATTTAGAGA-TC--AA-ATACTAAt
gi|8 : GGTATTTAGTGGCACCGGTCC-AAAATAGCTGTGATAAGAGAAAATGAAAGACGATT-T-ACAAATTTTTCACGACA-TTGGAG-TATGTCGGAC-------CCAG--TTTATAATTTGGGGTATGAAAATTCAAAAAAACTTCA----A-----------CAAAT----------A----GAA----A--TG-ATTTGCTTGTTGCAA--T-------G------CACAACACATTTAATGCCTTA----GG-----TG-G-----GTACAGGG-------CCat
gi|9 : ttactgCA---TTAATGAAAATTCA--ACATGGTACACAAAT-T--A--T--------ACTAATAACAGG-----TTTT---TAG-----AG----------AG------GAACACATCTC---CTATT----CTGTCTA-TGTTC----A-CCTAAA--------------CAGGTGCGTGGCG---TTTTATAA---TTAATGAA----GTCGATTTGGGTAATTAGAGACACCAGtcgaaaagttggattaaaatatcccaaaaggatttagagatcaaatactaaat
gi|9 : C--ATACAATGTACAGCATTAAATAT-CA-TTT-ATAAG-----CTCAA-TTT---ACTCCAATTCATAAATACTGAATTCAGTAAT-------AGGGA----A-AA---TTGTagcagacaattttccctattactgaattcagtatttatgaattggagtaaattgagcttataaatgatatttaatgctgtacattgtatg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 111 11 1 3333333 222222222222 11 333333333333 111 1111 111 11 1111 111 22222 222222222222222222222 1 111 222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111 1111 111111111 1111 111 111 111 2222222222222 000000000000000000000000000000 777777777777777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 7777777777777777777777777777777777 2222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 111 111
lowQualScore : 55 777 22 1111 1 444 33 7 0 99 2222222 2 888888888888 8 11 222 0 99 8 0 0 666666666666 99 000 8 5 7777 5 5 1 6 6 88 000 8 2 3 0 11 3 8 1 4 22 4444 777 00000 999 111111111111111111111 5 3 6 888 0 555555 8 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 6 1 1 1 77 5 2 2222 0 888 999 0 66 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 11111 4 4 7777777 3 9999 1111 1 777777777 2222 2 8 777 3 999 2 2 111 2 999 4 3 3 4444444444444 0 8 444444444444444444444444444444 11 99 777777777777777 8 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 77 0 5 1 00000000 5555555555555555555555555555555555 4 3 5 5 7 1111 0 2 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 666666666 3 000 0 111 0 1
lowQualScore : .. ... .. .... . ... .. . . .. ....... . ............ . .. ... . .. . . . ............ .. ... . . .... . . . . . .. ... . . . . .. . . . . .. .... ... ..... ... ..................... . . . ... . ...... . . .................................................................. . . . . . .. . . .... . ... ... . .. . ........................................................................... ... ..... . . ....... . .... .... . ......... .... . . ... . ... . . ... . ... . . . ............. . . .............................. .. .. ............... . .............................................................................................. . .. . . . ........ .................................. . . . . . .... . . . ............................................................. . . ......... . ... . ... . .
lowQualScore : 88 222 00 2222 0 000 88 0 0 00 0000000 5 000000000000 0 00 888 8 00 0 8 8 222222222222 00 888 4 7 6666 7 7 0 7 7 33 222 0 5 2 8 00 2 2 4 6 22 0000 000 00000 000 111111111111111111111 0 3 7 333 8 888888 0 4 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 0 7 7 99 7 7 1111 2 888 444 4 11 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 22222 4 4 9999999 9 9999 9999 0 444444444 1111 2 0 444 2 444 5 5 000 5 000 5 0 2 4444444444444 8 0 888888888888888888888888888888 77 22 333333333333333 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 99 4 7 0 00000000 4444444444444444444444444444444444 3 6 7 7 1 4444 4 8 9 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 7 333333333 0 000 1 777 8 2
consensus : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATGTGCGACATTAGATAT-TA-TTT-N-AAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTCATAA--ACTGAAGTCCGTAATGGCTCCAAGGGACTG-A-AA---TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---T----CACGACCATTTTGGGCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAGGA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--TTTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAAC-TT----A-AA--------TAAT----------GTTGCGCATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A---T-CACAAACATTCTGTTTA-GT---------GTG-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTT--TGG---TAGT----A--------CGTA-G-------A-------TGTATGAA-TA-TATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
Reference ( family-341 ) : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTN-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATGTGCGACATTAGATAT-TA-TTT-N-AAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTCATAA--ACTGAAGTCCGTAATGGCTCCAAGGGACTG-A-AA---TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---T----CACGACCATTTTGGGCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAGGA-CCCAAAANGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTTCAGNCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--TTTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAAC-CT----A-----------TAAT----------GTTGCGNATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT-------GA---T-CACAAACATTCTGTTTA-G----------GTG-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TCTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTT--TGG---TAGT----A--------TGTA-G-------A-------TGTATGAA-TA-TATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
gi|1 : ATACATAATCTAATATTACTTT----CATA--ATTT--ACCCA-GAAATTTCGTATACTAGTATACTTCCCACGATAAGTGTATGCAGAGATCAATTCAGA-AA--AATACCTATTA-GT-TTTACTT------G-----AAATT--TACTTGGAC-CC-TAGCAC-TG-TACTAC-T-AA--CA--GAATCT-TTGTGAATTGTAA-AAATAGTTGT--ATAGAATCTGCAACATTAGATATATA-TTT-A-AAATT-----AAACTT-CTTACCCTATTTTATAA--ATTGAAGTCCATAGTAGCTCCAAGTGACTGTATAG---TTGCAAA---A--CTGTC-TGCGCTATCAC---T----CACGCCC-------GCC-------G--TCTT---T-T---TACCCC-AAC--A-----GGACA-GAAGGA-CCCAAAACGATATTGAGATTC--AA-ATATTAATTATA----GTGA---ATATTAACAACTTA--ATATTGTACACAGAC-G--A--T--------G---ATC----------TTAA---TAA-----AT----------GC------G--CAGAACTC---TTATT----ATGTCTG-T-TTC----AACCCAAACCACCTC---AACACAGAAACTTGACA---TTTGATAA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTATTGGCAATGGTC-AAGACGGTTGTGACACGTGAAAATACAGATGGTTGT-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAA--TCTATGAATTGGGGTAAGAAAT---AT-CT----A-----------TAAC----------GTTGCATGTTCTATGTGTAATTGCTTGTTACAA-CT-------GATATT-CAGTAACATTCTGTGTATA----------GTA-GT----ATACAGTG-------CCAGG-CTCGAGT------------GA-----CA---TTT--T--TCTG-AGTTG--ATTTCTATATATCTTGGGAAGTATAC--GAAATTTCG-GGATGAAGTA--AGC---TAGT----A--------TGTA-G-------A-------TGTATGAA-TA-TATTAGAA-TA-ACAAAGTAGGATTTTATAC--ATGTATCATGT-GG----TTT--TG-----------GT-G-T-----ATT--T---TTTTATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--GT----TTTACCTTTACTGT---TAAATAA---TAAATTCAAACCCAAGCGATATAC
gi|10 : TGACACCAGTC-AAAATGGTT-CAAGAAGTGAAAGTGCAGACGGTT-TTGCAAT------------GGAGCTATTGAGGATT------TCAG--TTCATGAATTGGGGTAAGAGGTTCAAC-TT----ATAAATGCTACTTAAT----------GTTACGAATTCTA--TGTAATAGCTTGTTGCAA-gc
gi|11 : gaAATAA----AA-A--AAATAATCA---CTT--TGCTTTT-AAT----ATTTTT----ATCTTTCGATATATAC--GGAATTTTG-GAATAAAATT--TGG---TAGTATAAA--------TGTA-G-------ACTGATTGTGTGTGAA-TA-TACTAGAA--A-ACAGACTAATA-TCTAT-C--GTTTAT----TGGG----TTT--TAGGGGGGGGGGGGT-G------------------TCATCGGCGAATTTGGGTGCCCTATAT-tacactgtatactcattattgcgaggtcaaggtctatagctcccatgtcacttcatttttcatgggtatttcttcatatc
gi|12 : ttaaggctatatt-----GGATGGAAAGGA-CTCAAAACGGCTTAGAGACTCTTGA-ATGCTAATTTTG----TTCA---ATAATAAT--TTTA--ATGTAGTACATCAATGTAAA--C--------GA--ATA----------CTAA---T-------CT----------CC------G--T---GATC---TTATT----ACGTCTA-C-TTCTTATAAATCATATTACATTTAAAACACA-GTGTTTGACGAAATATAATGA---T----GAA----GTtaat
gi|13 : ATTTCGTGGGAAGTTTAC--AGAATTTCG-GGATGACCTT--TTG---TAGTG---A--------TGTA-G-------A-------C---TGAT-TA-TGT---AT-TA-ACTTATTACAATTTTA-----------------------TTT--T------------AT-ACC-----CTT--T---TTCCATCGGTGCACTTGGGCAT---------------T--TT----TATACCTTTACTGT---CTAA
gi|14 : TAATCTA-CATTACTAT----CAAA--TTTCTCA-CCA-AAAATCC---ATA------TACTTCC-A--A-ATGTA-A-GCAGAAATGAATTCATA-AAATAAATCGTA-TA-AT-TTT--TT------GGTCCAAT-TT--CAGCTGGGC-CC-TGTCAC-TATTTCCAT-TAAAA-CA--GAATcccaagcaaaataattgcctgtgta
gi|15 : CTC--AA-ATTCTAATCTCG----ATTA---ATACT---AATTCATTATATAGTACATAAAT-T--A--T--------A---CTA----------ATAA---TAA-----ATCTCTATAGAGAT------G--CACAGCTTAAATTATT----ATGTCTA-T-TTT----A-CCCAAACCACATC---AACACAGGTGattt
gi|16 : --ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---CTAAAACAGAT--CTAAATATAG-----AT----------AC---------C-CAGATC---TTAT-----------------------ATCCAAGTTACGAT---AACACAGGTGTTCCACG---ATTTATAAACGT----GAA----GTCAGTTTGAGTAA
gi|17 : ttcaatgtacAGTAGGATTTCATAC-----CAT----T---------T--T------------GT-A-T-----ATTATT---TTTTATTGACAAATTTGGGTACTCTATGT-T-TGAAGT--TC----TAAACCTTTA---------A--AG---TAAATTTGAACTCTAGCAACATAC
gi|18 : aTTTGGGTAATTAGTGGCACCTGTC-AAAATGGCTGATA-AAGTGAAAGTaatttacctg
gi|19 : -T-----GTT--T---TCTCGTTG-CGAACTTGGGTACCCGATAT-T-TCGAGT--TC----TATACCTTTATTTT---TTAACAG---TAAATTCAAACTCAAACAATATAaaggataaaaataactcataactatgaagcgactcaaatatatatgacaatttacttttaa
gi|2 : tttcTTGGGGTAAATGAAGGAATCAGTCCAAAATGGTTGCGA---GTAA---TGCA--CG-TT-T-ACAATTTTCAGTCACTTGAA-------------------CCA---TTTACGAATAGGAGTAAGAAATTCAAC-TTGAAAA-----------TAATATTTATT---GTCACACATTTTA--TGTAATTGTTTGTTGCAA-----------A---T-CACAAACATTCTGTTTA-GT---------GTACAT----GTGCGGTG-------CCAGAACTCATGTAAGT--AACA--GA-----CA---TTT--T---CTT-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGAAAGTATACAAGGAATTTTATATATGAACTTTATAG---TCGT----AATCTTAACTATA-AATATTATA-------TGTATAAA-TATTATCAGAA-T--ACAGAATATAATT--------ATATAT----C-G------TT--T------------GT-A-TTAATAATT--TA--TTT--TCGGCGATCTCGTGTACCCTATAT-T-TAGCGTCATCCTTATATGCCTCTACTCTCAGTT-ATAG---TAGAatttcctgtgat
gi|2 : agcATAGT-TAAGATTACGAC----TATAAAGTTC--ATATATAAAATTCCTTGTA------TACTTTCCA--A-GA--T-ATGCAGAAATCAATTAAGA-AA--A-TGTCTGTTA-CT-T--ACAT------G-----AG-TT----CT--GGCACC---GCACATG-TAC-AC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGATTTGCAACAAACAATTAC--ATAAAATGTGTGACAATAAATAT-TATTTT-C-AAGTT-----GAATTT-CTTACTCCTATTCGTA---------------AATGG-TTCAAGTGACTGAA-AA---TTGTAAA-------CGT-----GCATT-AC---T----CGCAACCATTTTGGACT-------GATTCCTTCAT-T---TACCCCAAA---A-----GGATG-AAATGA-CCCAAAGCGATTTAGAGACTC--AA-ATATTAATTTTG----ATT-----TAATGATAATTCA--ACACAGTAGATAAAT-T--A--T--------GCTAATAACCTTTTT--TTTA---TAA-----A---------------------------CTC---TTAGT----ATGTCTATT-TTC----ATCCAAAAGCACATT---GAAATAGGAGTTTGGCA---GTTCATGA---T-----AA----GTCCACTTGGGTGATTAGTGGTAaaggatgaaatgacccaaagcgatttagagactcaaatattaattttgatttaatgataattcaacacagtagataaattatgctaataaccttttttttataaactcttagtatgtctattttcatccaaaagcacattgaaataggagtttggcagttcatgataagtccacttgggtgattagtggta
gi|20 : agctctactataactgagagtagaggcatataaggatgacgctaaatatagggtacacgagatcgccgaaaataaattattaatacaaacgatatataattatattctgtattctgataatatttatacatataatatttATTTAG----ATCA---ATA---ATTATTCA--TTATAGTACATACAT-T--A--T--------A---CTACTAACAAGTCTTTA---TAA-----AG----------AT------A--TGCGGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-T
gi|21 : attatcCAGAAATCAATTTAGA-AA--AAATCCTATTATAT-TTTACTT------G-----AC-TTTCTACTGGAGC-CA--GGCAA-TG-TA
gi|22 : TTGGTT-CCATGACAT-TG-TACCAT-T-AAA-CA---AATGT-TTGTGCATGGCAA
gi|3 : TTGGAGCTATTACGGACA------TCGACATTTAGGGATTAGGACAAGACATTCAACTCT----AAAATGATATT-TGAT----------GTTGCAGATTCTA--TGTAATTGCCTTTTGCAA-T-------------T-CACAGACAATCTGTTTA------------ATG-------GTACAGTGTCTGGGCCCAGG--TCAAGTAA----AA-A--G-----------T------------AATAGGCATTTCTGCATATTTTGGGAAATATAC--GGAATTTCG-GGATGAACTT--CAGATTTA------A--------CGTA-GATTGAGTA-------TGTATGCA-TA-GACTAGAA-T--ACAAAGTAGAATGTTACACCAATA-AT----T-AG-----TT--T------------AT---T-----ATG--T---TTTCGTCTGCGAACTTGTATACCCTATATATATATAGT--TA-----ATA--TTGCCTGT---GTAATAAAACTAAATaa
gi|3 : atcaagtatgtcatccttttTTTCTGCCGATCTTGGGAAGTACAT--GGAATTTAG-GGACGAAACT--TGG---TAGT--------------------------A-------TGTATGAATTT-TATTAGAA-T--ACAGAG---AATTCTTTAC--A-AT-T----T-GGATTATTT--T------------G------------T--T---TTTCATTGACGACCTTACGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TG----CACACCTTTACACT---TTAGTAG---TTGA-TCGAACACAAGCGATAagtacttttctgccgatcttgggaagtacatggaatttagggacgaaacttggtagtatgtatgaattttattagaatacagagaattctttacaatttggattattttgtttttcattgacgaccttacgtaccctatatttagagttgcacacctttacactttagtagttgatcgaacacaagcgatagagttgcctatg
gi|4 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactatatatatatagggtatacaagttcgcagacgaaaacataataaactaattattggtgtaacattctactttgtattctagtctatgcatacatactcaatctacgttaaatctgaagttcatcccgaaattccgtatatttcccaaaatatgcagaaatgcctattactttttacttgacctgggcccagacactgtaccattaaacagattgtctgtgaattgcaaaaggcaattacatagaatctgcaacatcaaatatcattttagagttgaatgtcttgtcctaatccctaaatgtcgatgtccgtaatagctccaaagtact-A-AA---TTGTAAATTTATTCTGTC-TGCATTTTCAC---TTATCCATG-CTATGTTGGCTG-------G--TTC---------------C-AA---A-----GGATG-AAAGGA--------TGA-----AGATTC--AATATACAAGTGCCGTGACATAA---ATTCTGCTAAT---------AGTG-----------------------G---ATC----------TTTA---TAA-----AG----------AT------A--CATCGCTC---TCATC-------TATA-T-TTT----TATCCACATCA-ATT---AACACAGGCGTTTGACA---TCTTATAA---T----GAATAAAGTCAATTTAGGTAATTCGTGGCACCGCTC-AAAATGGTTGCGA-AA-T-----CGCAGATTGTT-T-A-------CAGACCCTCTGAGCTATTATGAGCTTATGAATGAG--TTTATGAATTTCGATACGAAATTCAAC-TT----A-----------CAATAATATCTAAAGTTGCGCATTCTA--TGT-ATTGTTTATTGCAA-T-------------T-CACAAACATTTTAATTA-G-----------------------CAATG-------C-----TTCGAGTAA----AA-AATAA-----CAGACTTG--T--TTTGTAACTG--ATGTCTGCATA----GGGAAgagttgcctatg
gi|5 : tgaATGGTTCCAAAGGACTA-A-AAA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCTCTTTCAT---T----T-TGACCA----GTGCCACTACATG--TAAT---TAT---TACCC---ATTTA-----GGATG-AAAGGA-CCAATAAGGATTTAAAGACTC--AA-TTATTAATTTTG----ACCATTTACATGTATAATTCA--TTATCGTATATGAAT-T--AAGTTAATAACAG---GTA----------TTTA---CAATGTATAT----------ACATAGATA--CACAGCTC---CTATCATGAATGTCTC-T-TTA----TATCCAAATCACACC---AACACTGGTGTATGACG---ATTCATGG---T------A----ATCAATTTtgaagtttagtagatcatgta
gi|6 : cccACACATAATC-AAT-CTACATTATACCAAA--GTTC--ATCCA-GTAATTCCATAT---------CTTCCCA--A-AAATA-A-GAAGAAATGAATTCAGATAA--AACCCTTATCA-TTATTTACTTTTTTCTA-----AT-TT--TAGCTGGGC-CC-CTACAC-TG-TAACAC-T-TAA-CA--GAATGC-TTGTGCATTGCACCAAGCAATTACATATAGAATATACAACATTAGATAT-CC-TTTCT-AAGCT-----GAATTT-CTTACCCaatatggttagtacatttttatgtagatatgttagaatacagtgtagaaatttatatcatttgg
gi|7 : tt----------GTTGCACATTCCA--TGTAATTGATTGTTGCAATCTTCGTAGAAA---TACACAAACATTTTGCTTA-GTGACAGGGGCATG-GCCGAAATACA-TG-------TAATT-CTCGAGTAATTGTAATA--GG-----CA---TTTCCT--TTTG----TC--ATTCCTCAATATCTTTAG---------------TTTG-GGATGAAATT--TTG---TAGT----A--------C-TATG-------A-------T-T-TGAT-CA-TAT-ACAACTATACAAAGTTTA-TCTTATAC--A-AT-T----T-GG----CTTGTT------------GTCA-T-----TTT--TGTTTTTCATTAGTGAGCTTGGGTACCCTaaatatatcggaatacaaatttggtttataggtcttttttatcggtgaactttggt
gi|8 : T--TACT-GGGC-CC-TG-TAC------CCACCT-AAGGCATTAAATGTGTTGTGCATTGCAACAAGCAA-----------AT------CATT-TCTAT-TT-GTT-G-AAGTTTTTTTGAATTTTCATACCCCAAATTATAA--ACTG-GGTCCGACAT-ACTCCAATGTCGTG-A-AAAATTTGT-AA---A--TCGTCTTTCATTTTCTCTTAT----CACAGCTATTTTGGACCG------G--TGCCA--C-TAAATACCTC-GA---AAAGTTGGATT-AAAATATCCCAAAAGGATTTAGAGA-TC--AA-ATACTAAt
gi|9 : CA---TTAATGAAAATTCA--ACATGGTACACAAAT-T--A--T--------ACTAATAACAGG-----TTTT---TAG-----AG----------AG------GAACACATCTC---CTATT----CTGTCTA-TGTTC----A-CCTAAA--------------CAGGTGCGTGGCG---TTTTATAA---TTAATGAA----GTCGATTTGGGTAATTAGAGACACCAGat
gi|9 : C--ATACAATGTACAGCATTAAATAT-CA-TTT-ATAAGCT-----CAATTT----ACTCCAATTCATAAATACTGAATTCAGTAAT-------AGGGA----A-AA---TTGTagcagacaattttccctattactgaattcagtatttatgaattggagtaaattgagcttataaatgatatttaatgctgtacattgtatg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 111 11 1 3333333 1111 222 11 333333333333 111 1111 111 11 1111 111 22222 222222222222222222222 1 111 222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111 1111 111111111 1111 111 111 111 2222222222222 888888888888888888888888888 777777777777777777 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 88888888888888888888888888888888888888 1111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 111 111
lowQualScore : 55 777 22 1111 1 444 33 7 0 99 2222222 2 4444 6 888 8 11 222 0 99 8 0 0 666666666666 99 000 8 5 7777 5 5 1 6 6 88 000 8 2 3 0 11 3 8 1 4 22 4444 777 00000 999 111111111111111111111 5 3 6 888 0 555555 8 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 5 5 1 0 1 0 66 5 2 2222 0 888 999 0 66 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 11111 4 4 7777777 3 9999 1111 1 777777777 2222 2 8 777 3 999 2 2 111 2 888 3 3 3 4444444444444 0 999999999999999999999999999 11 99 777777777777777777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 77 0 5 1 22222 66666666666666666666666666666666666666 4 3 555 7 4444 0 2 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 666666666 3 000 0 111 0 1
lowQualScore : .. ... .. .... . ... .. . . .. ....... . .... . ... . .. ... . .. . . . ............ .. ... . . .... . . . . . .. ... . . . . .. . . . . .. .... ... ..... ... ..................... . . . ... . ...... . . ......................................................................... . . . . . . . .. . . .... . ... ... . .. . ........................................................................... ... ..... . . ....... . .... .... . ......... .... . . ... . ... . . ... . ... . . . ............. . ........................... .. .. .................. ............................................................................................ . .. . . . ..... ...................................... . . ... . .... . . . ............................................................. . . ......... . ... . ... . .
lowQualScore : 88 222 00 2222 0 000 88 0 0 00 0000000 5 8888 5 888 0 00 888 8 00 0 8 8 222222222222 00 888 4 7 6666 7 7 0 7 7 33 222 0 5 2 8 00 2 2 4 6 22 0000 000 00000 000 111111111111111111111 0 3 7 333 8 888888 0 4 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 7 7 9 7 6 2 99 0 7 1111 2 888 444 4 11 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 22222 4 4 9999999 9 9999 9999 0 444444444 1111 2 0 444 2 444 5 5 000 5 888 5 0 2 4444444444444 8 777777777777777777777777777 77 22 111111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 99 4 7 0 44444 99999999999999999999999999999999999999 3 6 999 1 4444 4 8 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 7 333333333 0 000 1 777 8 2
consensus : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATGTGCGACATTAGATAT-TA-TTT-N-AAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTCATAA--ACTGAAGTCCGTAATGGCTCCAAGGGACTG-A-AA---TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---T----C-A-CGGCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--TTTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T--A-AAATG-TA-TTAAT-------GTTGCGCATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
Reference ( family-341 ) : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATGTGCGACATTAGATAT-TA-TTT-N-AAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTCATAA--ACTGAAGTCCGTAATGGCTCCAAGGGACTG-A-AA---TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---T----C-A-CGACCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--TTTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T--A-AA--------TAAT-------GTTGCGCATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TG-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
gi|1 : ATACATAATCTAATATTACTTT----CATA--ATTT--ACCCA-GAAATTTCGTATACTAGTATACTTCCCACGATAAGTGTATGCAGAGATCAATTCAGA-AA--AATACCTATTA-GT-TTTACTT------G-----AAATT--TACTTGGAC-CC-TAGCAC-TG-TACTAC-T-AA--CA--GAATCT-TTGTGAATTGTAA-AAATAGTTGT--ATAGAATCTGCAACATTAGATATATA-TTT-A-AAATT-----AAACTT-CTTACCCTATTTTATAA--ATTGAAGTCCATAGTAGCTCCAAGTGACTGTATAG---TTGCAAA---A--CTGTC-TGCGCTATCAC---T----C-A-CGCCC------------GCC-------G--TCTT---T-T---TACCCC-AAC--A-----GGACA-GAAG-GA-CCCAAAACGATATTGAGATTC--AA-ATATTAATTATA----GTGA---ATATTAACAACTTA--ATATTGTACACAGAC-G--A--T--------G---ATC----------TTAA---TAA-----AT----------GC------G--CAGAACTC---TTATT----ATGTCTG-T-TTC----AACCCAAACCACCTC---AACACAGAAACTTGACA---TTTGATAA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTATTGGCAATGGTC-AAGACGGTTGTGACACGTGAAAATACAGATGGTTGT-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAA--TCTATGAATTGGGGTAAGAAAT--ATCT-------A--------TAAC-------GTTGCATGTTCTATGTGTAATTGCTTGTTACAA-CT--------GATATT-CAGTAACATTCTGTGTATAG---------TA-GT----ATACAGTG-------CCAGG-CTCGAGT------------GA-----CA---TTT--T--TCTG-AGTTG--ATTTCTATATATCTTGGGAAGTATAC--GAAATTTCG-GGATGAAGTAAGC---TAGT----ATGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAAAGTAGGATTTTATAC--ATGTATCATGT-GG----TTT--TG-----------GT-G-T-----ATT--T---TTTTATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--GT----TTTACCTTTACTGT---TAAATAA---TAAATTCAAACCCAAGCGATATAC
gi|10 : TGACACCAGTC-AAAATGGTT-CAAGAAGTGAAAGTGCAGACGGTT-TTGCAAT------------GGAGCTATTGAGGATT------TCAG--TTCATGAATTGGGGTAAGAGGTTCAACT-T--ATAAATGCTACTTAAT-------GTTACGAATTCTA--TGTAATAGCTTGTTGCAA-gc
gi|11 : gaAATAA----AA-A--AAATAATCA---CTT--TGCTTTT-AAT----ATTTTT----ATCTTTCGATATATAC--GGAATTTTG-GAATAAAATTTGG---TAGTATAAATGTA-G-------------------ACTGATTGTGTGTGAATA-T-ACTAGAA--A-ACAGACTAATA-TCTAT-C--GTTTAT----TGGG----TTT--TAGGGGGGGGGGGGT-G------------------TCATCGGCGAATTTGGGTGCCCTATAT-tacactgtatactcattattgcgaggtcaaggtctatagctcccatgtcacttcatttttcatgggtatttcttcatatc
gi|12 : ttaaggctatatt-----GGATGGAAAG-GA-CTCAAAACGGCTTAGAGACTCTTGA-ATGCTAATTTTG----TTCA---ATAATAAT--TTTA--ATGTAGTACATCAATGTAAA--C--------GA--ATA----------CTAA---T-------CT----------CC------G--T---GATC---TTATT----ACGTCTA-C-TTCTTATAAATCATATTACATTTAAAACACA-GTGTTTGACGAAATATAATGA---T----GAA----GTtaat
gi|13 : ATTTCGTGGGAAGTTTAC--AGAATTTCG-GGATGACCTTTTG---TAGTG---ATGTA-G-------------------A-------C---TGATTA-T-GT---AT-TA-ACTTATTACAATTTTA-----------------------TTT--T------------AT-ACC-----CTT--T---TTCCATCGGTGCACTTGGGCAT---------------T--TT----TATACCTTTACTGT---CTAA
gi|14 : TAATCTA-CATTACTAT----CAAA--TTTCTCA-CCA-AAAATCC---ATA------TACTTCC-A--A-ATGTA-A-GCAGAAATGAATTCATA-AAATAAATCGTA-TA-AT-TTT--TT------GGTCCAAT-TT--CAGCTGGGC-CC-TGTCAC-TATTTCCAT-TAAAA-CA--GAATcccaagcaaaataattgcctgtgta
gi|15 : CTC--AA-ATTCTAATCTCG----ATTA---ATACT---AATTCATTATATAGTACATAAAT-T--A--T--------A---CTA----------ATAA---TAA-----ATCTCTATAGAGAT------G--CACAGCTTAAATTATT----ATGTCTA-T-TTT-----ACCCAAACCACATC---AACACAGGTGattt
gi|16 : --ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---CTAAAACAGAT--CTAAATATAG-----AT----------AC---------C-CAGATC---TTAT-----------------------ATCCAAGTTACGAT---AACACAGGTGTTCCACG---ATTTATAAACGT----GAA----GTCAGTTTGAGTAA
gi|17 : ttcaatgtacAGTAGGATTTCATAC-----CAT----T---------T--T------------GT-A-T-----ATTATT---TTTTATTGACAAATTTGGGTACTCTATGT-T-TGAAGT--TC----TAAACCTTTA---------A--AG---TAAATTTGAACTCTAGCAACATAC
gi|18 : aTTTGGGTAATTAGTGGCACCTGTC-AAAATGGCTGATA-AAGTGAAAGTaatttacctg
gi|18 : CTTTCAC---T----TTATCAGCCATTTTGACAGGTGCC-----------ACT---AAT---TACCCA-AA---AA----GGATA-AAAATAA-CTCATAACTATGAAGCGACTC--AA-ATAaaggataaaaataactcataactatgaagcgactcaaatatatatgacaatttacttttaa
gi|19 : a-T-----GTT--T---TCTCGTTG-CGAACTTGGGTACCCGATAT-T-TCGAGT--TC----TATACCTTTATTTT---TTAACAG---TAAATTCAAACTCAAACAATATAtatatgacaatttacttttaa
gi|2 : tttcTTGGGGTAAATGAAGGAATCAGTCCAAAATGGTTGCGA---GTAA---TGCA--CG-TT-T-ACAATTTTCAGTCACTTGAA-------------------CCA---TTTACGAATAGGAGTAAGAAATTCAACT-TGAA-AA--------TAATATTTATTGTCACACATTTTA--TGTAATTGTTTGTTGCAA-----------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TACAT----GTGCGGTG-------CCAGAACTCATGTAAGT--AACA--GA-----CA---TTT--T--CTT--AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGAAAGTATACAAGGAATTTTATATATGAACTTT-A---TAGT-----CGTA-ATCTTAACTATAAATATTATA-------TGTATAAATATT-ATCAGAA-T--ACAGAATATAATT--------ATATAT----C-G------TT--T------------GT-A-TTAATAATT--TA--TTT--TCGGCGATCTCGTGTACCCTATAT-T-TAGCGTCATCCTTATATGCCTCTACTCTCAGTT-ATAG---TAGAatttcctgtgat
gi|2 : agcATAGT-TAAGATTACGAC----TATAAAGTTC--ATATATAAAATTCCTTGTA------TACTTTCCA--A-GA-TA--TGCAGAAATCAATTAAGA-AA--A-TGTCTGTTA-CT-T--ACAT------G-----AG-TT----CT--GGCACC---GCACATG-TAC-AC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGATTTGCAACAAACAATTAC--ATAAAATGTGTGACAATAAATAT-TATTTT-C-AAGTT-----GAATTT-CTTACTCCTATTCGTA---------------AATGG-TTCAAGTGACTGAA-AA---TTGTAAA-------CGT-----GCATT-AC---T----C-G-CAACCATTTTGG-----ACT-------GATTCCTTCAT-T---TACCCCAAA---A-----GGATG-AAAT-GA-CCCAAAGCGATTTAGAGACTC--AA-ATATTAATTTTG----ATT-----TAATGATAATTCA--ACACAGTAGATAAAT-T--A--T--------GCTAATAACCTTTTT--TTTA---TAA-----A---------------------------CTC---TTAGT----ATGTCTATT-TTC----ATCCAAAAGCACATT---GAAATAGGAGTTTGGCA---GTTCATGA---T-----AA----GTCCACTTGGGTGATTAGTGGTAaaggatgaaatgacccaaagcgatttagagactcaaatattaattttgatttaatgataattcaacacagtagataaattatgctaataaccttttttttataaactcttagtatgtctattttcatccaaaagcacattgaaataggagtttggcagttcatgataagtccacttgggtgattagtggta
gi|20 : agctctactataactgagagtagaggcatataaggatgacgctaaatatagggtacacgagatcgccgaaaataaattattaatacaaacgatatataattatattctgtattctgataatatttatacatataatatttATTTAG----ATCA---ATA---ATTATTCA--TTATAGTACATACAT-T--A--T--------A---CTACTAACAAGTCTTTA---TAA-----AG----------AT------A--TGCGGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-T
gi|21 : attatcCAGAAATCAATTTAGA-AA--AAATCCTATTATAT-TTTACTT------G-----AC-TTTCTACTGGAGC-CA--GGCAA-TG-TA
gi|22 : TTGGTT-CCATGACAT-TG-TACCAT-T-AAA-CA---AATGT-TTGTGCATGGCAA
gi|3 : TTGGAGCTATTACGGACA------TCGACATTTAGGGATTAGGACAAGACATTCAACTCT--A-AAATGATATTTGAT-------GTTGCAGATTCTA--TGTAATTGCCTTTTGCAA-TT---------------CACAGACAATCTGTTTAATG------------------GTACAGTGTCTGGGCCCAGG--TCAAGTAA----AA-A--G---------------------T--AATAGGCATTTCTGCATATTTTGGGAAATATAC--GGAATTTCG-GGATGAACTTCAGATTTA------ACGTA-GATTGAGT------------A-------TGTATGCATA-G-ACTAGAA-T--ACAAAGTAGAATGTTACACCAATA-AT----T-AG-----TT--T------------AT---T-----ATG--T---TTTCGTCTGCGAACTTGTATACCCTATATATATATAGT--TA-----ATA--TTGCCTGT---GTAATAAAACTAAATaa
gi|3 : atcaagtatgtcatccttttTTTCTGCCGATCTTGGGAAGTACAT--GGAATTTAG-GGACGAAACTTGG---TAGT----A---------------------------------TGTATGAATT-TTATTAGAA-TA--CAGAG---AATTCTTTAC--A-AT-T----T-GGATTATTT--T------------GT--------------T---TTTCATTGACGACCTTACGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TG----CACACCTTTACACT---TTAGTAG---TTGA-TCGAACACAAGCGATAagtacttttctgccgatcttgggaagtacatggaatttagggacgaaacttggtagtatgtatgaattttattagaatacagagaattctttacaatttggattattttgtttttcattgacgaccttacgtaccctatatttagagttgcacacctttacactttagtagttgatcgaacacaagcgatagagttgcctatg
gi|4 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactatatatatatagggtatacaagttcgcagacgaaaacataataaactaattattggtgtaacattctactttgtattctagtctatgcatacatactcaatctacgttaaatctgaagttcatcccgaaattccgtatatttcccaaaatatgcagaaatgcctattactttttacttgacctgggcccagacactgtaccattaaacagattgtctgtgaattgcaaaaggcaattacatagaatctgcaacatcaaatatcattttagagttgaatgtcttgtcctaatccctaaatgtcgatgtccgtaatagctccaaagtact-A-AA---TTGTAAATTTATTCTGTC-TGCATTTTCAC---TTATCC-A-TG-CTATGTTGG-----CTG-------G--TTC---------------C-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-------------TGAAGATTC--AATATACAAGTGCCGTGACATAA---ATTCTGCTAAT---------AGTG-----------------------G---ATC----------TTTA---TAA-----AG----------AT------A--CATCGCTC---TCATC-------TATA-T-TTT----TATCCACATCA-ATT---AACACAGGCGTTTGACA---TCTTATAA---T----GAATAAAGTCAATTTAGGTAATTCGTGGCACCGCTC-AAAATGGTTGCGA-AA-T-----CGCAGATTGTT-T-A-------CAGACCCTCTGAGCTATTATGAGCTTATGAATGAG--TTTATGAATTTCGATACGAAATTCAACT-T--ACAA--------TAATATCTAAAGTTGCGCATTCTA--TGT-ATTGTTTATTGCAA-T--------------T-CACAAACATTTTAATTAG-----------------------CAATG-------C-----TTCGAGTAA----AA-AATAA-----CAGACTTG--T--TTTGTAACTG--ATGTCTGCATA----GGGAAgagttgcctatg
gi|5 : tgaATGGTTCCAAAGGACTA-A-AAA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCTCTTTCAT---T----T---TGACCA----GT-----GCCACTACATG--TAAT---TAT---TACCC---ATTTA-----GGATG-AAAG-GA-CCAATAAGGATTTAAAGACTC--AA-TTATTAATTTTG----ACCATTTACATGTATAATTCA--TTATCGTATATGAAT-T--AAGTTAATAACAG---GTA----------TTTA---CAATGTATAT----------ACATAGATA--CACAGCTC---CTATCATGAATGTCTC-T-TTA----TATCCAAATCACACC---AACACTGGTGTATGACG---ATTCATGG---T------A----ATCAATTTtgaagtttagtagatcatgta
gi|6 : cccACACATAATC-AAT-CTACATTATACCAAA--GTTC--ATCCA-GTAATTCCATAT---------CTTCCCA--A-AAATA-A-GAAGAAATGAATTCAGATAA--AACCCTTATCA-TTATTTACTTTTTTCTA-----AT-TT--TAGCTGGGC-CC-CTACAC-TG-TAACAC-T-TAA-CA--GAATGC-TTGTGCATTGCACCAAGCAATTACATATAGAATATACAACATTAGATAT-CC-TTTCT-AAGCT-----GAATTT-CTTACCCaatatggttagtacatttttatgtagatatgttagaatacagtgtagaaatttatatcatttgg
gi|7 : tt-------GTTGCACATTCCA--TGTAATTGATTGTTGCAATCTTCGTAGAAA----TACACAAACATTTTGCTTAGTGACAGGGGCATG-GCCGAAATACA-TG-------TAATT-CTCGAGTAATTGTAATA--GG-----CA---TTTCCT--TTTG----TC--ATTCCTCAATATCTTTAG---------------TTTG-GGATGAAATTTTG---TAGT----AC-TATG-------------------A-------T-T-TGATCA-T-AT-ACAACTATACAAAGTTTA-TCTTATAC--A-AT-T----T-GG----CTTGTT------------GTCA-T-----TTT--TGTTTTTCATTAGTGAGCTTGGGTACCCTaaatatatcggaatacaaatttggtttataggtcttttttatcggtgaactttggt
gi|8 : T--TACT-GGGC-CC-TG-TAC------CCACCT-AAGGCATTAAATGTGTTGTGCATTGCAACAAGCAA-----------AT------CATT-TCTAT-TT-GTT-G-AAGTTTTTTTGAATTTTCATACCCCAAATTATAA--ACTG-GGTCCGACAT-ACTCCAATGTCGTG-A-AAAATTTGT-AA---A--TCGTCTTTCATTTTCTCTTAT----C-A-CAGCTATTTTGG-----ACCG------G--TGCCA--C-TAAATACCTC-GA---AAAGTTGGATT-AAAA-TATCCCAAAAGGATTTAGAGA-TC--AA-ATACTAAt
gi|9 : CA---TTAATGAAAATTCA--ACATGGTACACAAAT-T--A--T--------ACTAATAACAGG-----TTTT---TAG-----AG----------AG------GAACACATCTC---CTATT----CTGTCTA-TGTTC----A-CCTAAA--------------CAGGTGCGTGGCG---TTTTATAA---TTAATGAA----GTCGATTTGGGTAATTAGAGACACCAGat
gi|9 : C--ATACAATGTACAGCATTAAATAT-CA-TTT-ATAAGCT-----CAATTT----ACTCCAATTCATAAATACTGAATTCAGTAAT-------AGGGA----A-AA---TTGTagcagacaattttccctattactgaattcagtatttatgaattggagtaaattgagcttataaatgatatttaatgctgtacattgtatg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 111 11 1 3333333 1111 222 11 1111 333333333333 111 1111 111 11 1111 111 22222 222222222222222222222 1 111 222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111 1111 111111111 1111 111 111 111 2222222222222 111111 333 111 777777777777777777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 88888888888888888888888888888888888888 1111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 111 111
lowQualScore : 55 777 22 1111 1 444 33 7 0 99 2222222 2 4444 6 888 88 11 22 0 7777 0 666666666666 99 000 8 5 7777 5 5 2 6 6 88 000 8 2 3 0 11 3 8 1 4 22 4444 777 00000 999 111111111111111111111 5 3 6 888 0 555555 8 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 5 1 0 1 0 66 5 2 2222 0 888 999 0 66 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 11111 4 4 7777777 3 9999 1111 1 777777777 2222 2 8 777 3 999 2 2 111 2 888 3 3 3 4444444444444 0 666666 333 666 8 6 11 99 777777777777777777 0 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 77 0 5 1 22222 66666666666666666666666666666666666666 4 3 555 7 4444 0 2 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 666666666 3 000 0 111 0 1
lowQualScore : .. ... .. .... . ... .. . . .. ....... . .... . ... .. .. .. . .... . ............ .. ... . . .... . . . . . .. ... . . . . .. . . . . .. .... ... ..... ... ..................... . . . ... . ...... . . ....................................................................... . . . . . . . .. . . .... . ... ... . .. . ........................................................................... ... ..... . . ....... . .... .... . ......... .... . . ... . ... . . ... . ... . . . ............. . ...... ... ... . . .. .. .................. . . .......................................................................................... . .. . . . ..... ...................................... . . ... . .... . . . ............................................................. . . ......... . ... . ... . .
lowQualScore : 88 222 00 2222 0 000 88 0 0 00 0000000 5 8888 5 888 88 00 00 8 8888 8 222222222222 00 888 4 7 6666 7 7 5 7 7 33 222 0 5 2 8 00 2 2 4 6 22 0000 000 00000 000 111111111111111111111 0 3 7 333 8 888888 0 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 7 9 7 6 2 99 0 7 1111 2 888 444 4 11 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 22222 4 4 9999999 9 9999 9999 0 444444444 1111 2 0 444 2 444 5 5 000 5 888 5 0 2 4444444444444 8 222222 444 888 0 7 77 22 111111111111111111 8 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 99 4 7 0 44444 99999999999999999999999999999999999999 3 6 999 1 4444 4 8 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 7 333333333 0 000 1 777 8 2
consensus : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATGTGCGACATTAGATAT-TA-TTT-N-AAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTCATAA--ACTGAAGTCCGTAATGGCTCCAAGGGACTG-A-AA---TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--TTTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAAT-GATA-T-T-AAT-GTTGCGCATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
Reference ( family-341 ) : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATGTGCGACATTAGATAT-TA-TTT-N-AAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTCATAA--ACTGAAGTCCGTAATGGCTCCAAGGGACTG-A-AA---TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--TTTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAAT-G-TA-T-T-AAT-GTTGCGCATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
gi|1 : ATACATAATCTAATATTACTTT----CATA--ATTT--ACCCA-GAAATTTCGTATACTAGTATACTTCCCACGATAAGTGTATGCAGAGATCAATTCAGA-AA--AATACCTATTA-GT-TTTACTT------G-----AAATT--TACTTGGAC-CC-TAGCAC-TG-TACTAC-T-AA--CA--GAATCT-TTGTGAATTGTAA-AAATAGTTGT--ATAGAATCTGCAACATTAGATATATA-TTT-A-AAATT-----AAACTT-CTTACCCTATTTTATAA--ATTGAAGTCCATAGTAGCTCCAAGTGACTGTATAG---TTGCAAA---A--CTGTC-TGCGCTATCAC---TC-A--CG-CCC------------GCC-------G--TCTT---T-T---TACCCC-AAC--A-----GGACA-GAAG-GA-CCCAAAACGATATTGAGATTC--AA-ATATTAATTATA----GTGA---ATATTAACAACTTA--ATATTGTACACAGAC-G--A--T--------G---ATC----------TTAA---TAA-----AT----------GC------G--CAGAACTC---TTATT----ATGTCTG-T-TTC----AACCCAAACCACCTC---AACACAGAAACTTGACA---TTTGATAA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTATTGGCAATGGTC-AAGACGGTTGTGACACGTGAAAATACAGATGGTTGT-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAA--TCTATGAATTGGGGTAAGAAAT-------------AT-C-TA---T-AAC-GTTGCATGTTCTATGTGTAATTGCTTGTTACAA-CT--------GATATT-CAGTAACATTCTGTGTATAG---------TA-GT----ATACAGTG-------CCAGG-CTCGAGT------------GA-----CA---TTT--T--TCTG-AGTTG--ATTTCTATATATCTTGGGAAGTATAC--GAAATTTCG-GGATGAAGTAAGC---TAGT----ATGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAAAGTAGGATTTTATAC--ATGTATCATGT-GG----TTT--TG-----------GT-G-T-----ATT--T---TTTTATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--GT----TTTACCTTTACTGT---TAAATAA---TAAATTCAAACCCAAGCGATATAC
gi|10 : TGACACCAGTC-AAAATGGTT-CAAGAAGTGAAAGTGCAGACGGTT-TTGCAAT------------GGAGCTATTGAGGATT------TCAG--TTCATGAATTGGGGTAAGAGGTTCAACT-T-ATAAAT-GCTACT-T-AAT-GTTACGAATTCTA--TGTAATAGCTTGTTGCAA-gc
gi|11 : gaAATAA----AA-A--AAATAATCA---CTT--TGCTTTT-AAT----ATTTTT----ATCTTTCGATATATAC--GGAATTTTG-GAATAAAATTTGG---TAGTATAAATGTA-G-------------------ACTGATTGTGTGTGAATA-T-ACTAGAA--A-ACAGACTAATA-TCTAT-C--GTTTAT----TGGG----TTT--TAGGGGGGGGGGGGT-G------------------TCATCGGCGAATTTGGGTGCCCTATAT-tacactgtatactcattattgcgaggtcaaggtctatagctcccatgtcacttcatttttcatgggtatttcttcatatc
gi|12 : ttaaggctatatt-----GGATGGAAAG-GA-CTCAAAACGGCTTAGAGACTCTTGA-ATGCTAATTTTG----TTCA---ATAATAAT--TTTA--ATGTAGTACATCAATGTAAA--C--------GA--ATA----------CTAA---T-------CT----------CC------G--T---GATC---TTATT----ACGTCTA-C-TTCTTATAAATCATATTACATTTAAAACACA-GTGTTTGACGAAATATAATGA---T----GAA----GTtaat
gi|13 : ATTTCGTGGGAAGTTTAC--AGAATTTCG-GGATGACCTTTTG---TAGTG---ATGTA-G-------------------A-------C---TGATTA-T-GT---AT-TA-ACTTATTACAATTTTA-----------------------TTT--T------------AT-ACC-----CTT--T---TTCCATCGGTGCACTTGGGCAT---------------T--TT----TATACCTTTACTGT---CTAA
gi|14 : TAATCTA-CATTACTAT----CAAA--TTTCTCA-CCA-AAAATCC---ATA------TACTTCC-A--A-ATGTA-A-GCAGAAATGAATTCATA-AAATAAATCGTA-TA-AT-TTT--TT------GGTCCAAT-TT--CAGCTGGGC-CC-TGTCAC-TATTTCCAT-TAAAA-CA--GAATcccaagcaaaataattgcctgtgta
gi|15 : CTC--AA-ATTCTAATCTCG----ATTA---ATACT---AATTCATTATATAGTACATAAAT-T--A--T--------A---CTA----------ATAA---TAA-----ATCTCTATAGAGAT------G--CACAGCTTAAATTATT----ATGTCTA-T-TTT----A-CCCAAACCACATC---AACACAGGTGattt
gi|16 : --ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---CTAAAACAGAT--CTAAATATAG-----AT----------AC---------C-CAGATC---TTAT-----------------------ATCCAAGTTACGAT---AACACAGGTGTTCCACG---ATTTATAAACGT----GAA----GTCAGTTTGAGTAA
gi|17 : ttcaatgtacAGTAGGATTTCATAC-----CAT----T---------T--T------------GT-A-T-----ATTATT---TTTTATTGACAAATTTGGGTACTCTATGT-T-TGAAGT--TC----TAAACCTTTA---------A--AG---TAAATTTGAACTCTAGCAACATAC
gi|18 : aTTTGGGTAATTAGTGGCACCTGTC-AAAATGGCTGATA-AAGTGAAAGTaatttacctg
gi|18 : CTTTCAC---TTTAT-CA-GCCATTTTGACAGGTGCC-----------ACT---AAT---TACCCA-AA---AA----GGATA-AAAATAA-CTCATAACTATGAAGCGACTC--AA-ATAaaggataaaaataactcataactatgaagcgactcaaatatatatgacaatttacttttaa
gi|19 : a-T-----GTT--T---TCTCGTTG-CGAACTTGGGTACCCGATAT-T-TCGAGT--TC----TATACCTTTATTTT---TTAACAG---TAAATTCAAACTCAAACAATATAtatatgacaatttacttttaa
gi|2 : tttcTTGGGGTAAATGAAGGAATCAGTCCAAAATGGTTGCGA---GTAA---TGCA--CG-TT-T-ACAATTTTCAGTCACTTGAA-------------------CCA---TTTACGAATAGGAGTAAGAAATTCAACT-TGA-AAAT-AATA-T-T-TATTGTCACACATTTTA--TGTAATTGTTTGTTGCAA-----------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TACAT----GTGCGGTG-------CCAGAACTCATGTAAGT--AACA--GA-----CA---TTT--T--CTT--AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGAAAGTATACAAGGAATTTTATATATGAACTTT-A---TAGT-----CGTA-ATCTTAACTATAAATATTATA-------TGTATAAATATT-ATCAGAA-T--ACAGAATATAATT--------ATATAT----C-G------TT--T------------GT-A-TTAATAATT--TA--TTT--TCGGCGATCTCGTGTACCCTATAT-T-TAGCGTCATCCTTATATGCCTCTACTCTCAGTT-ATAG---TAGAatttcctgtgat
gi|2 : agcATAGT-TAAGATTACGAC----TATAAAGTTC--ATATATAAAATTCCTTGTA------TACTTTCCA--A-GA-TA--TGCAGAAATCAATTAAG--AA--AATGTCTGTTA-C---TTACAT------G-----AG-TT----CT--GGCACC---GCACATG-TA-CAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGATTTGCAACAAACAATTAC--ATAAAATGTGTGACAATAAATAT-TATTTT-C-AAGTT-----GAATTT-CTTACTCCTATTCGTA---------------AATGG-TTCAAGTGACTGAA-AA---TTGTAAA-------CGT-----GCATT-AC---TC-G--CA-ACCATTTTGG-----ACT-------GATTCCTTCAT-T---TACCCCAAA---A-----GGATG-AAAT-GA-CCCAAAGCGATTTAGAGACTC--AA-ATATTAATTTTG----ATT-----TAATGATAATTCA--ACACAGTAGATAAAT-T--A--T--------GCTAATAACCTTTTT--TTTA---TAA-----A---------------------------CTC---TTAGT----ATGTCTATT-TTC----ATCCAAAAGCACATT---GAAATAGGAGTTTGGCA---GTTCATGA---T-----AA----GTCCACTTGGGTGATTAGTGGTAaaggatgaaatgacccaaagcgatttagagactcaaatattaattttgatttaatgataattcaacacagtagataaattatgctaataaccttttttttataaactcttagtatgtctattttcatccaaaagcacattgaaataggagtttggcagttcatgataagtccacttgggtgattagtggta
gi|20 : agctctactataactgagagtagaggcatataaggatgacgctaaatatagggtacacgagatcgccgaaaataaattattaatacaaacgatatataattatattctgtattctgataatatttatacatataatatttATTTAG----ATCA---ATA---ATTATTCA--TTATAGTACATACAT-T--A--T--------A---CTACTAACAAGTCTTTA---TAA-----AG----------AT------A--TGCGGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-T
gi|21 : attatcCAGAAATCAATTTAGA-AA--AAATCCTATTATAT-TTTACTT------G-----AC-TTTCTACTGGAGC-CA--GGCAA-TG-TA
gi|22 : TTGGTT-CCATGACAT-TG-TACCAT-T-AAA-CA---AATGT-TTGTGCATGGCAA
gi|3 : TTGGAGCTATTACGGACA------TCGACATTTAGGGATTAGGACAAGACATTCAACTCT-A-AAAT-GATA-T-TTGAT-GTTGCAGATTCTA--TGTAATTGCCTTTTGCAA-TT---------------CACAGACAATCTGTTTAATG------------------GTACAGTGTCTGGGCCCAGG--TCAAGTAA----AA-A--G---------------------T--AATAGGCATTTCTGCATATTTTGGGAAATATAC--GGAATTTCG-GGATGAACTTCAGATTTA------ACGTA-GATTGAGT------------A-------TGTATGCATA-G-ACTAGAA-T--ACAAAGTAGAATGTTACACCAATA-AT----T-AG-----TT--T------------AT---T-----ATG--T---TTTCGTCTGCGAACTTGTATACCCTATATATATATAGT--TA-----ATA--TTGCCTGT---GTAATAAAACTAAATaa
gi|3 : atcaagtatgtcatccttttTTTCTGCCGATCTTGGGAAGTACAT--GGAATTTAG-GGACGAAACTTGG---TAGT----A---------------------------------TGTATGAATT-TTATTAGAA-TA--CAGAG---AATTCTTTAC--A-AT-T----T-GGATTATTT--T------------GT--------------T---TTTCATTGACGACCTTACGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TG----CACACCTTTACACT---TTAGTAG---TTGA-TCGAACACAAGCGATAagtacttttctgccgatcttgggaagtacatggaatttagggacgaaacttggtagtatgtatgaattttattagaatacagagaattctttacaatttggattattttgtttttcattgacgaccttacgtaccctatatttagagttgcacacctttacactttagtagttgatcgaacacaagcgatagagttgcctatg
gi|4 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactatatatatatagggtatacaagttcgcagacgaaaacataataaactaattattggtgtaacattctactttgtattctagtctatgcatacatactcaatctacgttaaatctgaagttcatcccgaaattccgtatatttcccaaaatatgcagaaatgcctattactttttacttgacctgggcccagacactgtaccattaaacagattgtctgtgaattgcaaaaggcaattacatagaatctgcaacatcaaatatcattttagagttgaatgtcttgtcctaatccctaaatgtcgatgtccgtaatagctccaaagtact-A-AA---TTGTAAATTTATTCTGTC-TGCATTTTCAC---TT-ATCCATGCTATGTTGG-----CTG-------G--TTC---------------C-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-------------TGAAGATTC--AATATACAAGTGCCGTGACATAA---ATTCTGCTAAT---------AGTG-----------------------G---ATC----------TTTA---TAA-----AG----------AT------A--CATCGCTC---TCATC-------TATA-T-TTT----TATCCACATCA-ATT---AACACAGGCGTTTGACA---TCTTATAA---T----GAATAAAGTCAATTTAGGTAATTCGTGGCACCGCTC-AAAATGGTTGCGA-AA-T-----CGCAGATTGTT-T-A-------CAGACCCTCTGAGCTATTATGAGCTTATGAATGAG--TTTATGAATTTCGATACGAAATTCAACT-T-A-CAATAA-TA-TCT-AAA-GTTGCGCATTCTA--TGT-ATTGTTTATTGCAA-T--------------T-CACAAACAT----TTTAAT----------TA-G--------CAATG-------C-----TTCGAGTAA----AA-AATAA-----CAGACTTG--T--TTTGTAACTG--ATGTCTGCATA----GGGAAgagttgcctatg
gi|5 : tgaATGGTTCCAAAGGACTA-A-AAA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCTCTTTCAT---TT----TG-ACCA----GT-----GCCACTACATG--TAAT---TAT---TACCC---ATTTA-----GGATG-AAAG-GA-CCAATAAGGATTTAAAGACTC--AA-TTATTAATTTTG----ACCATTTACATGTATAATTCA--TTATCGTATATGAAT-T--AAGTTAATAACAG---GTA----------TTTA---CAATGTATAT----------ACATAGATA--CACAGCTC---CTATCATGAATGTCTC-T-TTA----TATCCAAATCACACC---AACACTGGTGTATGACG---ATTCATGG---T------A----ATCAATTTtgaagtttagtagatcatgta
gi|6 : cccACACATAATC-AAT-CTACATTATACCAAA--GTTC--ATCCA-GTAATTCCATAT---------CTTCCCA--A-AAATA-A-GAAGAAATGAATTCAGATAA--AACCCTTATCA-TTATTTACTTTTTTCTA-----AT-TT--TAGCTGGGC-CC-CTACAC-TG-TAACAC-T-TAA-CA--GAATGC-TTGTGCATTGCACCAAGCAATTACATATAGAATATACAACATTAGATAT-CC-TTTCT-AAGCT-----GAATTT-CTTACCCaatatggttagtacatttttatgtagatatgttagaatacagtgtagaaatttatatcatttgg
gi|7 : tt-GTTGCACATTCCA--TGTAATTGATTGTTGCAATCTTCGTAGAAA----TACACAAACATTTTGCTTAGTGACAGGGGCATG-GCCGAAATACA-TG-------TAATT-CTCGAGTAATTGTAATA--GG-----CA---TTTCCT--TTTG----TC--ATTCCTCAATATCTTTAG---------------TTTG-GGATGAAATTTTG---TAGT----AC-TATG-------------------A-------T-T-TGATCA-T-AT-ACAACTATACAAAGTTTA-TCTTATAC--A-AT-T----T-GG----CTTGTT------------GTCA-T-----TTT--TGTTTTTCATTAGTGAGCTTGGGTACCCTaaatatatcggaatacaaatttggtttataggtcttttttatcggtgaactttggt
gi|8 : T--TACT-GGGC-CC-TG-TAC------CCACCT-AAGGCATTAAATGTGTTGTGCATTGCAACAAGCAA-----------AT------CATT-TCTAT-TT-GTT-G-AAGTTTTTTTGAATTTTCATACCCCAAATTATAA--ACTG-GGTCCGACAT-ACTCCAATGTCGTG-A-AAAATTTGT-AA---A--TCGTCTTTCATTTTCTCTTATC-A--CA-GCTATTTTGG-----ACCG------G--TGCCA--C-TAAATACCTC-GA---AAAGTTGGATT-AAAA-TATCCCAAAAGGATTTAGAGA-TC--AA-ATACTAAt
gi|9 : CA---TTAATGAAAATTCA--ACATGGTACACAAAT-T--A--T--------ACTAATAACAGG-----TTTT---TAG-----AG----------AG------GAACACATCTC---CTATT----CTGTCTA-TGTTC----A-CCTAAA--------------CAGGTGCGTGGCG---TTTTATAA---TTAATGAA----GTCGATTTGGGTAATTAGAGACACCAGat
gi|9 : C--ATACAATGTACAGCATTAAATAT-CA-TTT-ATAAGCT-----CAATTT----ACTCCAATTCATAAATACTGAATTCAGTAAT-------AGGGA----A-AA---TTGTagcagacaattttccctattactgaattcagtatttatgaattggagtaaattgagcttataaatgatatttaatgctgtacattgtatg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 111 11 1 3333333 1111 222 11 333333333333 111 1111 111 111111 11111 1111 11 22222 1 3333333333333 1 222 222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111 1111 111111111 1111 111 111 111 11111111 111111 11 111 7777777777777777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 88888888888888888888888888888888888888 1111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 111 111
lowQualScore : 55 777 22 1111 1 444 33 7 0 99 2222222 2 4444 6 888 8 11 222 0 99 8 0 0 666666666666 99 000 8 5 7777 5 5 1 6 6 88 000 8 2 555555 0 44444 33 8888 11 55555 0 0 2222222222222 777 22 6 8 222 0 555555 8 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 5 1 0 1 0 66 5 2 2222 0 888 999 0 66 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 11111 4 4 7777777 3 9999 1111 1 777777777 2222 2 8 777 3 999 2 2 111 2 888 3 3 1 99999999 333333 6 6 66 555 6 5 1 77 8888888888888888 8 0 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 77 0 5 1 22222 66666666666666666666666666666666666666 4 3 555 7 4444 0 2 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 666666666 3 000 0 111 0 1
lowQualScore : .. ... .. .... . ... .. . . .. ....... . .... . ... . .. ... . .. . . . ............ .. ... . . .... . . . . . .. ... . . ...... . ..... .. .... .. ..... . . ............. ... .. . . ... . ...... . . ....................................................................... . . . . . . . .. . . .... . ... ... . .. . ........................................................................... ... ..... . . ....... . .... .... . ......... .... . . ... . ... . . ... . ... . . . ........ ...... . . .. ... . . . .. ................ . . . .......................................................................................... . .. . . . ..... ...................................... . . ... . .... . . . ............................................................. . . ......... . ... . ... . .
lowQualScore : 88 222 00 2222 0 000 88 0 0 00 0000000 5 8888 5 888 0 00 888 8 00 0 8 8 222222222222 00 888 4 7 6666 7 7 0 7 7 33 222 0 5 000000 2 55555 55 2222 00 00000 0 7 0000000000000 000 88 0 0 000 8 888888 0 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 7 9 7 6 2 99 0 7 1111 2 888 444 4 11 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 22222 4 4 9999999 9 9999 9999 0 444444444 1111 2 0 444 2 444 5 5 000 5 888 5 0 0 55555555 000000 7 7 55 000 7 7 4 99 1111111111111111 0 8 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 99 4 7 0 44444 99999999999999999999999999999999999999 3 6 999 1 4444 4 8 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 7 333333333 0 000 1 777 8 2
consensus : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-TN-TTT-NAAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTTATAAACTG-GGTCCG-AATGGCTCCAAGNGACTG-A-AAA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--T--TTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAATGATA-T-T-AAT-GTTGCACATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
Reference ( family-341 ) : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATGTGCGACATTAGATAT-TA-TTT-NAAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTCATAAACTGAAGTCCGTAATGGCTCCAAGGGACTG-A-AA---TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--T--TTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAATGATA-T-T-AAT-GTTGCGCATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
gi|1 : ATACATAATCTAATATTACTTT----CATA--ATTT--ACCCA-GAAATTTCGTATACTAGTATACTTCCCACGATAAGTGTATGCAGAGATCAATTCAGA-AA--AATACCTATTA-GT-TTTACTT------G-----AAATT--TACTTGGAC-CC-TAGCAC-TG-TACTAC-T-AA--CA--GAATCT-TTGTGAATTGTAA-AAATAGTTGT--ATAGAATCTGCAACATTAGATATATA-TTT-AAAATT-----AAACTT-CTTACCCTATTTTATAAATTGAAGTCCATAGTAGCTCCAAGTGACTGTATAG---TTGCAAA---A--CTGTC-TGCGCTATCAC---TC-A--CG-CCC------------GCC-------G--TCTT---T-T---TACCCC-AAC--A-----GGACA-GAAG-GA-CCCAAAACGATATTGAGATTC--AA-ATATTAATTATA----GTGA---ATATTAACAACTTA--ATATTGTACACAGAC-G--A--T--------G---ATC----------TTAA---TAA-----AT----------GC------G--CAGAACTC---TTATT----ATGTCTG-T-TTC----AACCCAAACCACCTC---AACACAGAAACTTGACA---TTTGATAA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTATTGGCAATGGTC-AAGACGGTTGTGACACGTGAAAATACAGATGGTTGT-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAA--T--CTATGAATTGGGGTAAGAAAT---ATC-T-A------------T-AAC-GTTGCATGTTCTATGTGTAATTGCTTGTTACAA-CT--------GATATT-CAGTAACATTCTGTGTATAG---------TA-GT----ATACAGTG-------CCAGG-CTCGAGT------------GA-----CA---TTT--T--TCTG-AGTTG--ATTTCTATATATCTTGGGAAGTATAC--GAAATTTCG-GGATGAAGTAAGC---TAGT----ATGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAAAGTAGGATTTTATAC--ATGTATCATGT-GG----TTT--TG-----------GT-G-T-----ATT--T---TTTTATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--GT----TTTACCTTTACTGT---TAAATAA---TAAATTCAAACCCAAGCGATATAC
gi|10 : TGACACCAGTC-AAAATGGTT-CAAGAAGTGAAAGTGCAGACGGTT-TTGCAAT------------GGAGCTATTGAGGATT------TCAG--T--TCATGAATTGGGGTAAGAGGTTCAACT-T-ATAAATGCTACT-T-AAT-GTTACGAATTCTA--TGTAATAGCTTGTTGCAA-gc
gi|11 : gaAATAA----AA-A--AAATAATCA---CTT--TGCTTTT-AAT----ATTTTT----ATCTTTCGATATATAC--GGAATTTTG-GAATAAAATTTGG---TAGTATAAATGTA-G-------------------ACTGATTGTGTGTGAATA-T-ACTAGAA--A-ACAGACTAATA-TCTAT-C--GTTTAT----TGGG----TTT--TAGGGGGGGGGGGGT-G------------------TCATCGGCGAATTTGGGTGCCCTATAT-tacactgtatactcattattgcgaggtcaaggtctatagctcccatgtcacttcatttttcatgggtatttcttcatatc
gi|12 : ttaaggctatatt-----GGATGGAAAG-GA-CTCAAAACGGCTTAGAGACTCTTGA-ATGCTAATTTTG----TTCA---ATAATAAT--TTTA--ATGTAGTACATCAATGTAAA--C--------GA--ATA----------CTAA---T-------CT----------CC------G--T---GATC---TTATT----ACGTCTA-C-TTCTTATAAATCATATTACATTTAAAACACA-GTGTTTGACGAAATATAATGA---T----GAA----GTtaat
gi|13 : ATTTCGTGGGAAGTTTAC--AGAATTTCG-GGATGACCTTTTG---TAGTG---ATGTA-G-------------------A-------C---TGATTA-T-GT---AT-TA-ACTTATTACAATTTTA-----------------------TTT--T------------AT-ACC-----CTT--T---TTCCATCGGTGCACTTGGGCAT---------------T--TT----TATACCTTTACTGT---CTAA
gi|14 : TAATCTA-CATTACTAT----CAAA--TTTCTCA-CCA-AAAATCC---ATA------TACTTCC-A--A-ATGTA-A-GCAGAAATGAATTCATA-AAATAAATCGTA-TA-AT-TTT--TT------GGTCCAAT-TT--CAGCTGGGC-CC-TGTCAC-TATTTCCAT-TAAAA-CA--GAATcccaagcaaaataattgcctgtgta
gi|15 : CTC--AA-ATTCTAATCTCG----ATTA---ATACT---AATTCATTATATAGTACATAAAT-T--A--T--------A---CTA----------ATAA---TAA-----ATCTCTATAGAGAT------G--CACAGCTTAAATTATT----ATGTCTA-T-TTT----A-CCCAAACCACATC---AACACAGGTGattt
gi|16 : --ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---CTAAAACAGAT--CTAAATATAG-----AT----------AC---------C-CAGATC---TTAT-----------------------ATCCAAGTTACGAT---AACACAGGTGTTCCACG---ATTTATAAACGT----GAA----GTCAGTTTGAGTAA
gi|17 : ttcaatgtacAGTAGGATTTCATAC-----CAT----T---------T--T------------GT-A-T-----ATTATT---TTTTATTGACAAATTTGGGTACTCTATGT-T-TGAAGT--TC----TAAACCTTTA---------A--AG---TAAATTTGAACTCTAGCAACATAC
gi|18 : aTTTGGGTAATTAGTGGCACCTGTC-AAAATGGCTGATA-AAGTGAAAGTaatttacctg
gi|18 : CTTTCAC---TTTAT-CA-GCCATTTTGACAGGTGCC-----------ACT---AAT---TACCCA-AA---AA----GGATA-AAAATAA-CTCATAACTATGAAGCGACTC--AA-ATAaaggataaaaataactcataactatgaagcgactcaaatatatatgacaatttacttttaa
gi|19 : a-T-----GTT--T---TCTCGTTG-CGAACTTGGGTACCCGATAT-T-TCGAGT--TC----TATACCTTTATTTT---TTAACAG---TAAATTCAAACTCAAACAATATAtatatgacaatttacttttaa
gi|2 : tttcTTGGGGTAAATGAAGGAATCAGTCCAAAATGGTTGCGA---GTAA---TGCA--CG-TT-T-ACAATTTTCAGTCACTTGAA-------------------CCA---T--TTACGAATAGGAGTAAGAAATTCAACT-TGA-AAATAATA-T-T-TATTGTCACACATTTTA--TGTAATTGTTTGTTGCAA-----------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TACAT----GTGCGGTG-------CCAGAACTCATGTAAGT--AACA--GA-----CA---TTT--T--CTT--AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGAAAGTATACAAGGAATTTTATATATGAACTTT-A---TAGT-----CGTA-ATCTTAACTATAAATATTATA-------TGTATAAATATT-ATCAGAA-T--ACAGAATATAATT--------ATATAT----C-G------TT--T------------GT-A-TTAATAATT--TA--TTT--TCGGCGATCTCGTGTACCCTATAT-T-TAGCGTCATCCTTATATGCCTCTACTCTCAGTT-ATAG---TAGAatttcctgtgat
gi|2 : agcATAGT-TAAGATTACGAC----TATAAAGTTC--ATATATAAAATTCCTTGTA------TACTTTCCA--A-GA-TA--TGCAGAAATCAATTAAGA-AA--A-TGTCTGTTA-CT-T--ACAT------G-----AG-TT----CT--GGCACC---GCACATG-TAC-AC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGATTTGCAACAAACAATTAC--ATAAAATGTGTGACAATAAATAT-TATTTT-CAAGTT-----GAATTT-CTTACTCCTATTCGTA-------------AATGG-TTCAAGTGACTGAA-AA---TTGTAAA-------CGT-----GCATT-AC---TC-G--CA-ACCATTTTGG-----ACT-------GATTCCTTCAT-T---TACCCCAAA---A-----GGATG-AAAT-GA-CCCAAAGCGATTTAGAGACTC--AA-ATATTAATTTTG----ATT-----TAATGATAATTCA--ACACAGTAGATAAAT-T--A--T--------GCTAATAACCTTTTT--TTTA---TAA-----A---------------------------CTC---TTAGT----ATGTCTATT-TTC----ATCCAAAAGCACATT---GAAATAGGAGTTTGGCA---GTTCATGA---T-----AA----GTCCACTTGGGTGATTAGTGGTAaaggatgaaatgacccaaagcgatttagagactcaaatattaattttgatttaatgataattcaacacagtagataaattatgctaataaccttttttttataaactcttagtatgtctattttcatccaaaagcacattgaaataggagtttggcagttcatgataagtccacttgggtgattagtggta
gi|20 : agctctactataactgagagtagaggcatataaggatgacgctaaatatagggtacacgagatcgccgaaaataaattattaatacaaacgatatataattatattctgtattctgataatatttatacatataatatttATTTAG----ATCA---ATA---ATTATTCA--TTATAGTACATACAT-T--A--T--------A---CTACTAACAAGTCTTTA---TAA-----AG----------AT------A--TGCGGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-T
gi|21 : attatcCAGAAATCAATTTAGA-AA--AAATCCTATTATAT-TTTACTT------G-----AC-TTTCTACTGGAGC-CA--GGCAA-TG-TA
gi|22 : TTGGTT-CCATGACAT-TG-TACCAT-T-AAA-CA---AATGT-TTGTGCATGGCAA
gi|3 : TTGGAGCTATTACGGACA------TCGACAT--TTAGGGATTAGGACAAGACATTCAACTCT-A-AAATGATA-T-TTGAT-GTTGCAGATTCTA--TGTAATTGCCTTTTGCAA-T--------------T-CACAGACAATCTGTTTAATG------------------GTACAGTGTCTGGGCCCAGG--TCAAGTAA----AA-A--G-----------T------------AATAGGCATTTCTGCATATTTTGGGAAATATAC--GGAATTTCG-GGATGAACTTCAGATTTA------ACGTA-GATTGAGT------------A-------TGTATGCATA-G-ACTAGAA-T--ACAAAGTAGAATGTTACACCAATA-AT----T-AG-----TT--T------------AT---T-----ATG--T---TTTCGTCTGCGAACTTGTATACCCTATATATATATAGT--TA-----ATA--TTGCCTGT---GTAATAAAACTAAATaa
gi|3 : atcaagtatgtcatccttttTTTCTGCCGATCTTGGGAAGTACAT--GGAATTTAG-GGACGAAACTTGG---TAGT----A---------------------------------TGTATGAATT-TTATTAGAA-TA--CAGAG---AATTCTTTAC--A-AT-T----T-GGATTATTT--T------------GT--------------T---TTTCATTGACGACCTTACGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TG----CACACCTTTACACT---TTAGTAG---TTGA-TCGAACACAAGCGATAagtacttttctgccgatcttgggaagtacatggaatttagggacgaaacttggtagtatgtatgaattttattagaatacagagaattctttacaatttggattattttgtttttcattgacgaccttacgtaccctatatttagagttgcacacctttacactttagtagttgatcgaacacaagcgatagagttgcctatg
gi|4 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactatatatatatagggtatacaagttcgcagacgaaaacataataaactaattattggtgtaacattctactttgtattctagtctatgcatacatactcaatctacgttaaatctgaagttcatcccgaaattccgtatatttcccaaaatatgcagaaatgcctattactttttacttgacctgggcccagacactgtaccattaaacagattgtctgtgaattgcaaaaggcaattacatagaatctgcaacatcaaatatcattttagagttgaatgtcttgtcctaatccctaaatgtcgatgtccgtaatagctccaaagtact-A-AA---TTGTAAATTTATTCTGTC-TGCATTTTCAC---TT-ATCCATGCTATGTTGG-----CTG-------G--TTC---------------C-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-------------TGAAGATTC--AATATACAAGTGCCGTGACATAA---ATTCTGCTAAT---------AGTG-----------------------G---ATC----------TTTA---TAA-----AG----------AT------A--CATCGCTC---TCATC-------TATA-T-TTT----TATCCACATCA-ATT---AACACAGGCGTTTGACA---TCTTATAA---T----GAATAAAGTCAATTTAGGTAATTCGTGGCACCGCTC-AAAATGGTTGCGA-AA-T-----CGCAGATTGTT-T-A-------CAGACCCTCTGAGCTATTATGAGCTTATGAATGAG--T--TTATGAATTTCGATACGAAATTCAACT-T-A-CAATAATA-TCT-AAA-GTTGCGCATTCTA--TGT-ATTGTTTATTGCAA-T--------------T-CACAAACAT----TTTAAT----------TA-G--------CAATG-------C-----TTCGAGTAA----AA-AATAA-----CAGACTTG--T--TTTGTAACTG--ATGTCTGCATA----GGGAAgagttgcctatg
gi|5 : tgaATGGTTCCAAAGGACTA-A-AAA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCTCTTTCAT---TT----TG-ACCA----GT-----GCCACTACATG--TAAT---TAT---TACCC---ATTTA-----GGATG-AAAG-GA-CCAATAAGGATTTAAAGACTC--AA-TTATTAATTTTG----ACCATTTACATGTATAATTCA--TTATCGTATATGAAT-T--AAGTTAATAACAG---GTA----------TTTA---CAATGTATAT----------ACATAGATA--CACAGCTC---CTATCATGAATGTCTC-T-TTA----TATCCAAATCACACC---AACACTGGTGTATGACG---ATTCATGG---T------A----ATCAATTTtgaagtttagtagatcatgta
gi|6 : cccACACATAATC-AAT-CTACATTATACCAAA--GTTC--ATCCA-GTAATTCCATAT---------CTTCCCA--A-AAATA-A-GAAGAAATGAATTCAGATAA--AACCCTTATCA-TTATTTACTTTTTTCTA-----AT-TT--TAGCTGGGC-CC-CTACAC-TG-TAACAC-T-TAA-CA--GAATGC-TTGTGCATTGCACCAAGCAATTACATATAGAATATACAACATTAGATAT-CC-TTTCTAAGCT-----GAATTT-CTTACCCaatatggttagtacatttttatgtagatatgttagaatacagtgtagaaatttatatcatttgg
gi|7 : tt-GTTGCACATTCCA--TGTAATTGATTGTTGCAATCTTCGTAGAAA----TACACAAACATTTTGCTTAGTGACAGGGGCATG-GCCGAAATACA-TG-------TAATT-CTCGAGTAATTGTAATA--GG-----CA---TTTCCT--TTTG----TC--ATTCCTCAATATCTTTAG---------------TTTG-GGATGAAATTTTG---TAGT----AC-TATG-------------------A-------T-T-TGATCA-T-AT-ACAACTATACAAAGTTTA-TCTTATAC--A-AT-T----T-GG----CTTGTT------------GTCA-T-----TTT--TGTTTTTCATTAGTGAGCTTGGGTACCCTaaatatatcggaatacaaatttggtttataggtcttttttatcggtgaactttggt
gi|8 : T--TACT-GGGC-CC-TG-TAC------CCACCT-AAGGCATTAAATGTGTTGTGCATTGCAACAAGCAA-----------AT------CATT-TCTAT-TT-GTT-GAAGTTTTTTTGAATTTTCATACCCCAAATTATAAACTG-GGTCCGACAT-ACTCCAATGTCGTG-A-AAAATTTGT-AA---A--TCGTCTTTCATTTTCTCTTATC-A--CA-GCTATTTTGG-----ACCG------G--TGCCA--C-TAAATACCTC-GA---AAAGTTGGATT-AAAA-TATCCCAAAAGGATTTAGAGA-TC--AA-ATACTAAt
gi|9 : CA---TTAATGAAAATTCA--ACATGGTACACAAAT-T--A--T--------ACTAATAACAGG-----TTTT---TAG-----AG----------AG------GAACACATCTC---CTATT----CTGTCTA-TGTTC----A-CCTAAA--------------CAGGTGCGTGGCG---TTTTATAA---TTAATGAA----GTCGATTTGGGTAATTAGAGACACCAGat
gi|9 : CTATTACTGAAT------TCAG--TATTTATGAATTGGAGT---AAATTGAGCT-T-ATAAATGATATT-T-AAT-GCTGTACATTGTA--TGagcagacaattttccctattactgaattcagtatttatgaattggagtaaattgagcttataaatgatatttaatgctgtacattgtatg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 111 11 1 3333333 1111 222 11 1111 333333333333 111 1111 111 111111 11111 1111 11 22222 1 1 55555555555555 11 222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111 1111 111111111 1111 111 111 111 11111111 111111 11 111 7777777777777777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 88888888888888888888888888888888888888 1111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 111 111
lowQualScore : 55 777 22 1111 1 444 33 7 0 99 2222222 2 4444 6 888 88 11 22 0 7777 0 666666666666 99 000 8 5 7777 5 5 2 6 6 88 000 8 2 555555 0 22222 33 5555 11 55555 0 2 22222222222222 77 8 8 11 0 555555 8 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 5 1 0 1 0 66 5 2 2222 0 888 999 0 66 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 11111 4 4 7777777 3 9999 1111 1 777777777 2222 2 8 777 3 999 2 2 111 2 888 3 3 1 99999999 333333 6 6 66 555 6 5 77 8888888888888888 8 0 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 77 0 5 1 22222 66666666666666666666666666666666666666 4 3 555 22 4444 0 444 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 5 5 666666666 3 000 0 111 0 1
lowQualScore : .. ... .. .... . ... .. . . .. ....... . .... . ... .. .. .. . .... . ............ .. ... . . .... . . . . . .. ... . . ...... . ..... .. .... .. ..... . . .............. .. . . .. . ...... . . ....................................................................... . . . . . . . .. . . .... . ... ... . .. . ........................................................................... ... ..... . . ....... . .... .... . ......... .... . . ... . ... . . ... . ... . . . ........ ...... . . .. ... . . .. ................ . . . .......................................................................................... . .. . . . ..... ...................................... . . ... .. .... . ... . ............................................................ . . . ......... . ... . ... . .
lowQualScore : 88 222 00 2222 0 000 88 0 0 00 0000000 5 8888 5 888 88 00 00 8 8888 8 222222222222 00 888 4 7 6666 7 7 5 7 7 33 222 0 5 000000 2 55555 55 8888 00 00000 0 0 77777777777777 55 0 0 00 8 888888 0 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 7 9 7 6 2 99 0 7 1111 2 888 444 4 11 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 22222 4 4 9999999 9 9999 9999 0 444444444 1111 2 0 444 2 444 5 5 000 5 888 5 0 0 55555555 000000 7 7 55 000 7 7 99 1111111111111111 0 8 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 99 4 7 0 44444 99999999999999999999999999999999999999 3 6 999 44 4444 4 111 9 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 0 7 333333333 0 000 1 777 8 2
consensus : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-T-TTTT-NAAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTTATAAACTGG-GTCCG-A-ATGGCTCCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--T--TTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAATGATA-T-T-AAT-GTTGCACATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TT--TT------------GT-A-T-----AT---T--T-TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
Reference ( family-341 ) : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-T-NTTT-NAAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTTATAAACTGG-GTCCG-A-ATGGCTCCAAGNGAC-TGAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--T--TTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAATGATA-T-T-AAT-GTTGCACATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TT--TT------------GT-A-T-----AT---T--T-TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
gi|1 : ATACATAATCTAATATTACTTT----CATA--ATTT--ACCCA-GAAATTTCGTATACTAGTATACTTCCCACGATAAGTGTATGCAGAGATCAATTCAGA-AA--AATACCTATTA-GT-TTTACTT------G-----AAATT--TACTTGGAC-CC-TAGCAC-TG-TACTAC-T-AA--CA--GAATCT-TTGTGAATTGTAA-AAATAGTTGT--ATAGAATCTGCAACATTAGATATAT-ATTT-AAAATT-----AAACTT-CTTACCCTATTTTATAAATTGAAGTCCATA-GTAGCTCCAAGTGAC-TGTATAG--TTGCAAA---A--CTGTC-TGCGCTATCAC---TC-A--CG-CCC------------GCC-------G--TCTT---T-T---TACCCC-AAC--A-----GGACA-GAAG-GA-CCCAAAACGATATTGAGATTC--AA-ATATTAATTATA----GTGA---ATATTAACAACTTA--ATATTGTACACAGAC-G--A--T--------G---ATC----------TTAA---TAA-----AT----------GC------G--CAGAACTC---TTATT----ATGTCTG-T-TTC----AACCCAAACCACCTC---AACACAGAAACTTGACA---TTTGATAA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTATTGGCAATGGTC-AAGACGGTTGTGACACGTGAAAATACAGATGGTTGT-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAA--T--CTATGAATTGGGGTAAGAAAT---ATC-T-A------------T-AAC-GTTGCATGTTCTATGTGTAATTGCTTGTTACAA-CT--------GATATT-CAGTAACATTCTGTGTATAG---------TA-GT----ATACAGTG-------CCAGG-CTCGAGT------------GA-----CA---TTT--T--TCTG-AGTTG--ATTTCTATATATCTTGGGAAGTATAC--GAAATTTCG-GGATGAAGTAAGC---TAGT----ATGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAAAGTAGGATTTTATAC--ATGTATCATGT-GG----TT--TTG-----------GT-G-T-----AT---T--T-TTTTATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--GT----TTTACCTTTACTGT---TAAATAA---TAAATTCAAACCCAAGCGATATAC
gi|10 : TGACACCAGTC-AAAATGGTT-CAAGAAGTGAAAGTGCAGACGGTT-TTGCAAT------------GGAGCTATTGAGGATT------TCAG--T--TCATGAATTGGGGTAAGAGGTTCAACT-T-ATAAATGCTACT-T-AAT-GTTACGAATTCTA--TGTAATAGCTTGTTGCAA-gc
gi|11 : gaAATAA----AA-A--AAATAATCA---CTT--TGCTTTT-AAT----ATTTTT----ATCTTTCGATATATAC--GGAATTTTG-GAATAAAATTTGG---TAGTATAAATGTA-G-------------------ACTGATTGTGTGTGAATA-T-ACTAGAA--A-ACAGACTAATA-TCTAT-C--GTTTAT----TGGG----TT--TTAGGGGGGGGGGGGT-G-------------------TCATCGGCGAATTTGGGTGCCCTATAT-tacactgtatactcattattgcgaggtcaaggtctatagctcccatgtcacttcatttttcatgggtatttcttcatatc
gi|12 : ttaaggctatatt-----GGATGGAAAG-GA-CTCAAAACGGCTTAGAGACTCTTGA-ATGCTAATTTTG----TTCA---ATAATAAT--TTTA--ATGTAGTACATCAATGTAAA--C--------GA--ATA----------CTAA---T-------CT----------CC------G--T---GATC---TTATT----ACGTCTA-C-TTCTTATAAATCATATTACATTTAAAACACA-GTGTTTGACGAAATATAATGA---T----GAA----GTtaat
gi|13 : ATTTCGTGGGAAGTTTAC--AGAATTTCG-GGATGACCTTTTG---TAGTG---ATGTA-G-------------------A-------C---TGATTA-T-GT---AT-TA-ACTTATTACAATTTTA-----------------------TT--TT------------AT-ACC-----CT---T--T-TTCCATCGGTGCACTTGGGCAT---------------T--TT----TATACCTTTACTGT---CTAA
gi|14 : TAATCTA-CATTACTAT----CAAA--TTTCTCA-CCA-AAAATCC---ATA------TACTTCC-A--A-ATGTA-A-GCAGAAATGAATTCATA-AAATAAATCGTA-TA-AT-TTT--TT------GGTCCAAT-TT--CAGCTGGGC-CC-TGTCAC-TATTTCCAT-TAAAA-CA--GAATcccaagcaaaataattgcctgtgta
gi|15 : CTC--AA-ATTCTAATCTCG----ATTA---ATACT---AATTCATTATATAGTACATAAAT-T--A--T--------A---CTA----------ATAA---TAA-----ATCTCTATAGAGAT------G--CACAGCTTAAATTATT----ATGTCTA-T-TTT----A-CCCAAACCACATC---AACACAGGTGattt
gi|16 : --ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---CTAAAACAGAT--CTAAATATAG-----AT----------AC---------C-CAGATC---TTAT-----------------------ATCCAAGTTACGAT---AACACAGGTGTTCCACG---ATTTATAAACGT----GAA----GTCAGTTTGAGTAA
gi|17 : ttcaatgtacAGTAGGATTTCATAC-----CAT----T-----------TT------------GT-A-T-----AT---TATT-TTTTATTGACAAATTTGGGTACTCTATGT-T-TGAAGT--TC----TAAACCTTTA---------A--AG---TAAATTTGAACTCTAGCAACATAC
gi|18 : aTTTGGGTAATTAGTGGCACCTGTC-AAAATGGCTGATA-AAGTGAAAGTaatttacctg
gi|18 : CTTTCAC---TTTAT-CA-GCCATTTTGACAGGTGCC-----------ACT---AAT---TACCCA-AA---AA----GGATA-AAAATAA-CTCATAACTATGAAGCGACTC--AA-ATAaaggataaaaataactcataactatgaagcgactcaaatatatatgacaatttacttttaa
gi|19 : a-T-----GT---T--T-TCTCGTTG-CGAACTTGGGTACCCGATAT-T-TCGAGT--TC----TATACCTTTATTTT---TTAACAG---TAAATTCAAACTCAAACAATATAtatatgacaatttacttttaa
gi|2 : tttcTTGGGGTAAATGAAGGAATCAGTCCAAAATGGTTGCGA---GTAA---TGCA--CG-TT-T-ACAATTTTCAGTCACTTGAA-------------------CCA---T--TTACGAATAGGAGTAAGAAATTCAACT-TGA-AAATAATA-T-T-TATTGTCACACATTTTA--TGTAATTGTTTGTTGCAA-----------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TACAT----GTGCGGTG-------CCAGAACTCATGTAAGT--AACA--GA-----CA---TTT--T--CTT--AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGAAAGTATACAAGGAATTTTATATATGAACTTT-A---TAGT-----CGTA-ATCTTAACTATAAATATTATA-------TGTATAAATATT-ATCAGAA-T--ACAGAATATAATT--------ATATAT----C-G------T--TT------------GT-A-TTAATAAT---T--TATTT--TCGGCGATCTCGTGTACCCTATAT-T-TAGCGTCATCCTTATATGCCTCTACTCTCAGTT-ATAG---TAGAatttcctgtgat
gi|2 : agcATAGT-TAAGATTACGAC----TATAAAGTTC--ATATATAAAATTCCTTGTA------TACTTTCCA--A-GA-TA--TGCAGAAATCAATTAAG--AA--AATGTCTGTTA-C---TTACAT------G-----AG-TT----CT--GGCACC---GCACATG-TA-CAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGATTTGCAACAAACAATTAC--ATAAAATGTGTGACAATAAATAT-TATTTT-CAAGTT-----GAATTT-CTTACTCCTATTCGTAAA-TGG--------------TTCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA-------CGT-----GCATT-AC---TC-G--CA-ACCATTTTGG-----ACT-------GATTCCTTCAT-T---TACCCCAAA---A-----GGATG-AAAT-GA-CCCAAAGCGATTTAGAGACTC--AA-ATATTAATTTTG----ATT-----TAATGATAATTCA--ACACAGTAGATAAAT-T--A--T--------GCTAATAACCTTTTT--TTTA---TAA-----A---------------------------CTC---TTAGT----ATGTCTATT-TTC----ATCCAAAAGCACATT---GAAATAGGAGTTTGGCA---GTTCATGA---T-----AA----GTCCACTTGGGTGATTAGTGGTAaaggatgaaatgacccaaagcgatttagagactcaaatattaattttgatttaatgataattcaacacagtagataaattatgctaataaccttttttttataaactcttagtatgtctattttcatccaaaagcacattgaaataggagtttggcagttcatgataagtccacttgggtgattagtggta
gi|20 : agctctactataactgagagtagaggcatataaggatgacgctaaatatagggtacacgagatcgccgaaaataaattattaatacaaacgatatataattatattctgtattctgataatatttatacatataatatttATTTAG----ATCA---ATA---ATTATTCA--TTATAGTACATACAT-T--A--T--------A---CTACTAACAAGTCTTTA---TAA-----AG----------AT------A--TGCGGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-T
gi|21 : attatcCAGAAATCAATTTAGA-AA--AAATCCTATTATAT-TTTACTT------G-----AC-TTTCTACTGGAGC-CA--GGCAA-TG-TA
gi|22 : TTGGTT-CCATGACAT-TG-TACCAT-T-AAA-CA---AATGT-TTGTGCATGGCAA
gi|3 : TTGGAGCTATTACGGACA------TCGACAT--TTAGGGATTAGGACAAGACATTCAACTCT-A-AAATGATA-T-TTGAT-GTTGCAGATTCTA--TGTAATTGCCTTTTGCAA-T--------------T-CACAGACAATCTGTTTAATG------------------GTACAGTGTCTGGGCCCAGG--TCAAGTAA----AA-A--G-----------T------------AATAGGCATTTCTGCATATTTTGGGAAATATAC--GGAATTTCG-GGATGAACTTCAGATTTA------ACGTA-GATTGAGT------------A-------TGTATGCATA-G-ACTAGAA-T--ACAAAGTAGAATGTTACACCAATA-AT----T-AG-----T--TT------------AT---T-----AT---G--T-TTTCGTCTGCGAACTTGTATACCCTATATATATATAGT--TA-----ATA--TTGCCTGT---GTAATAAAACTAAATaa
gi|3 : atcaagtatgtcatccttttTTTCTGCCGATCTTGGGAAGTACAT--GGAATTTAG-GGACGAAACTTGG---TAGT----A---------------------------------TGTATGAATT-TTATTAGAA-TA--CAGAG---AATTCTTTAC--A-AT-T----T-GGATTATT--TT------------GT-----------------T-TTTCATTGACGACCTTACGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TG----CACACCTTTACACT---TTAGTAG---TTGA-TCGAACACAAGCGATAagtacttttctgccgatcttgggaagtacatggaatttagggacgaaacttggtagtatgtatgaattttattagaatacagagaattctttacaatttggattattttgtttttcattgacgaccttacgtaccctatatttagagttgcacacctttacactttagtagttgatcgaacacaagcgatagagttgcctatg
gi|4 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactatatatatatagggtatacaagttcgcagacgaaaacataataaactaattattggtgtaacattctactttgtattctagtctatgcatacatactcaatctacgttaaatctgaagttcatcccgaaattccgtatatttcccaaaatatgcagaaatgcctattactttttacttgacctgggcccagacactgtaccattaaacagattgtctgtgaattgcaaaaggcaattacatagaatctgcaacatcaaatatcattttagagttgaatgtcttgtcctaatccctaaatgtcgatgtccgtaatagctccaaagtact-TGAA-AA--TTGTAAATTTATTCTGTC-TGCATTTTCAC---TT-ATCCATGCTATGTTGG-----CTG-------G--TTC---------------C-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-------------TGAAGATTC--AATATACAAGTGCCGTGACATAA---ATTCTGCTAAT---------AGTG-----------------------G---ATC----------TTTA---TAA-----AG----------AT------A--CATCGCTC---TCATC-------TATA-T-TTT----TATCCACATCA-ATT---AACACAGGCGTTTGACA---TCTTATAA---T----GAATAAAGTCAATTTAGGTAATTCGTGGCACCGCTC-AAAATGGTTGCGA-AA-T-----CGCAGATTGTT-T-A-------CAGACCCTCTGAGCTATTATGAGCTTATGAATGAG--T--TTATGAATTTCGATACGAAATTCAACT-T-A-CAATAATA-TCT-AAA-GTTGCGCATTCTA--TGT-ATTGTTTATTGCAA-T--------------T-CACAAACAT----TTTAAT----------TA-G--------CAATG-------C-----TTCGAGTAA----AA-AATAA-----CAGACTTG--T--TTTGTAACTG--ATGTCTGCATA----GGGAAgagttgcctatg
gi|5 : -ATGGTTCCAAAGGAC-TAAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCTCTTTCAT---TT----TG-ACCA----GT-----GCCACTACATG--TAAT---TAT---TACCC---ATTTA-----GGATG-AAAG-GA-CCAATAAGGATTTAAAGACTC--AA-TTATTAATTTTG----ACCATTTACATGTATAATTCA--TTATCGTATATGAAT-T--AAGTTAATAACAG---GTA----------TTTA---CAATGTATAT----------ACATAGATA--CACAGCTC---CTATCATGAATGTCTC-T-TTA----TATCCAAATCACACC---AACACTGGTGTATGACG---ATTCATGG---T------A----ATCAATTTtgaagtttagtagatcatgta
gi|6 : cccACACATAATC-AAT-CTACATTATACCAAA--GTTC--ATCCA-GTAATTCCATAT---------CTTCCCA--A-AAATA-A-GAAGAAATGAATTCAGATAA--AACCCTTATCA-TTATTTACTTTTTTCTA-----AT-TT--TAGCTGGGC-CC-CTACAC-TG-TAACAC-T-TAA-CA--GAATGC-TTGTGCATTGCACCAAGCAATTACATATAGAATATACAACATTAGATAT-C-CTTTCTAAGCT-----GAATTT-CTTACCCaatatggttagtacatttttatgtagatatgttagaatacagtgtagaaatttatatcatttgg
gi|7 : tt-GTTGCACATTCCA--TGTAATTGATTGTTGCAATCTTCGTAGAAA----TACACAAACATTTTGCTTAGTGACAGGGGCATG-GCCGAAATACA-TG-------TAATT-CTCGAGTAATTGTAATA--GG-----CA---TTTCCT--TTTG----TC--ATTCCTCAATATCTTTAG---------------TTTG-GGATGAAATTTTG---TAGT----AC-TATG-------------------A-------T-T-TGATCA-T-A-TACAACTATACAAAGT-TTATCTTATAC--A-AT-T----T-GG----CTTGTT------------GTCA-T-----TTTTGT--T-TTTCATTAGTGAGCTTGGGTACCCTaaatatatcggaatacaaatttggtttataggtcttttttatcggtgaactttggt
gi|8 : T--TACT-GGGC-CC-TG-TAC------CCACCT-AAGGCATTAAATGTGTTGTGCATTGCAACAAGCAA-----------AT------CATT-TCTAT-T-TGTT-GAAGTTTTTTTGAATTTTCATACCCCAAATTATAAACTGG-GTCCG-ACAT-ACTCCAA-TGTCGTGAA-AAATTTGT-AA---A--TCGTCTTTCATTTTCTCTTATC-A--CA-GCTATTTTGG-----ACCG------G--TGCCA--C-TAAATACCTC-GA---AAAGTTGGATT-AAAA-TATCCCAAAAGGATTTAGAGA-TC--AA-ATACTAAt
gi|9 : CA---TTAATGAAAATTCA--ACATGGTACACAAAT-T--A--T--------ACTAATAACAGG-----TTTT---TAG-----AG----------AG------GAACACATCTC---CTATT----CTGTCTA-TGTTC----A-CCTAAA--------------CAGGTGCGTGGCG---TTTTATAA---TTAATGAA----GTCGATTTGGGTAATTAGAGACACCAGat
gi|9 : CTATTACTGAAT------TCAG--TATTTATGAATTGGAGT---AAATTGAGCT-T-ATAAATGATATT-T-AAT-GCTGTACATTGTA--TGagcagacaattttccctattactgaattcagtatttatgaattggagtaaattgagcttataaatgatatttaatgctgtacattgtatg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 111 11 1 3333333 1111 222 11 1111 333333333333 111 1111 111 111111 11111 22222 22222 1 1 55555555555555 11 222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111 1111 111111111 1111 111 111 111 11111111 111111 11 111 7777777777777777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 88888888888888888888888888888888888888 1111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 111 111
lowQualScore : 55 777 22 1111 1 444 33 7 0 99 2222222 2 4444 6 888 88 11 22 0 7777 0 666666666666 99 000 8 5 7777 5 5 2 6 6 88 000 8 2 555555 0 22222 33 22222 1 55555 0 2 22222222222222 6 8 8 11 0 555555 8 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 5 1 0 1 0 66 5 2 2222 0 888 999 0 66 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 11111 4 4 7777777 3 9999 1111 1 777777777 2222 2 8 777 3 999 2 2 111 2 888 3 3 1 99999999 333333 6 6 66 555 6 5 77 8888888888888888 8 0 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 77 0 5 1 22222 66666666666666666666666666666666666666 4 3 555 7 4444 0 2 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 666666666 3 000 0 111 0 1
lowQualScore : .. ... .. .... . ... .. . . .. ....... . .... . ... .. .. .. . .... . ............ .. ... . . .... . . . . . .. ... . . ...... . ..... .. ..... . ..... . . .............. . . . .. . ...... . . ....................................................................... . . . . . . . .. . . .... . ... ... . .. . ........................................................................... ... ..... . . ....... . .... .... . ......... .... . . ... . ... . . ... . ... . . . ........ ...... . . .. ... . . .. ................ . . . .......................................................................................... . .. . . . ..... ...................................... . . ... . .... . . . ............................................................. . . ......... . ... . ... . .
lowQualScore : 88 222 00 2222 0 000 88 0 0 00 0000000 5 8888 5 888 88 00 00 8 8888 8 222222222222 00 888 4 7 6666 7 7 5 7 7 33 222 0 5 000000 2 55555 55 22222 0 00000 0 0 77777777777777 5 0 0 00 8 888888 0 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 7 9 7 6 2 99 0 7 1111 2 888 444 4 11 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 22222 4 4 9999999 9 9999 9999 0 444444444 1111 2 0 444 2 444 5 5 000 5 888 5 0 0 55555555 000000 7 7 55 000 7 7 99 1111111111111111 0 8 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 99 4 7 0 44444 99999999999999999999999999999999999999 3 6 999 1 4444 4 8 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 7 333333333 0 000 1 777 8 2
consensus : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-T-T-TTTNAAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTTATAAACTGG-GTCCG-A-ATGGCTCCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--T--TTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAATGATA-T-T-AAT-GTTGCACATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
Reference ( family-341 ) : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-T-T-TTTNAAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTTATAAACTGG-GTCCG-A-ATGGCTCCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--T--TTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAATGATA-T-T-AAT-GTTGCACATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
gi|1 : ATACATAATCTAATATTACTTT----CATA--ATTT--ACCCA-GAAATTTCGTATACTAGTATACTTCCCACGATAAGTGTATGCAGAGATCAATTCAGA-AA--AATACCTATTA-GT-TTTACTT------G-----AAATT--TACTTGGAC-CC-TAGCAC-TG-TACTAC-T-AA--CA--GAATCT-TTGTGAATTGTAA-AAATAGTTGT--ATAGAATCTGCAACATTAGATAT-A-TATTTAAAATT-----AAACTT-CTTACCCTATTTTATAAATTGAAGTCCATA-GTAGCTCCAAGTGAC-TGTATAG--TTGCAAA---A--CTGTC-TGCGCTATCAC---TC-A--CG-CCC------------GCC-------G--TCTT---T-T---TACCCC-AAC--A-----GGACA-GAAG-GA-CCCAAAACGATATTGAGATTC--AA-ATATTAATTATA----GTGA---ATATTAACAACTTA--ATATTGTACACAGAC-G--A--T--------G---ATC----------TTAA---TAA-----AT----------GC------G--CAGAACTC---TTATT----ATGTCTG-T-TTC----AACCCAAACCACCTC---AACACAGAAACTTGACA---TTTGATAA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTATTGGCAATGGTC-AAGACGGTTGTGACACGTGAAAATACAGATGGTTGT-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAA--T--CTATGAATTGGGGTAAGAAAT---ATC-T-A------------T-AAC-GTTGCATGTTCTATGTGTAATTGCTTGTTACAA-CT--------GATATT-CAGTAACATTCTGTGTATAG---------TA-GT----ATACAGTG-------CCAGG-CTCGAGT------------GA-----CA---TTT--T--TCTG-AGTTG--ATTTCTATATATCTTGGGAAGTATAC--GAAATTTCG-GGATGAAGTAAGC---TAGT----ATGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAAAGTAGGATTTTATAC--ATGTATCATGT-GG----TTT--TG-----------GT-G-T-----ATT--T---TTTTATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--GT----TTTACCTTTACTGT---TAAATAA---TAAATTCAAACCCAAGCGATATAC
gi|10 : TGACACCAGTC-AAAATGGTT-CAAGAAGTGAAAGTGCAGACGGTT-TTGCAAT------------GGAGCTATTGAGGATT------TCAG--T--TCATGAATTGGGGTAAGAGGTTCAACT-T-ATAAATGCTACT-T-AAT-GTTACGAATTCTA--TGTAATAGCTTGTTGCAA-gc
gi|11 : gaAATAA----AA-A--AAATAATCA---CTT--TGCTTTT-AAT----ATTTTT----ATCTTTCGATATATAC--GGAATTTTG-GAATAAAATTTGG---TAGTATAAATGTA-G-------------------ACTGATTGTGTGTGAATA-T-ACTAGAA--A-ACAGACTAATA-TCTAT-C--GTTTAT----TGGG----TTT--TAGGGGGGGGGGGGT-G------------------TCATCGGCGAATTTGGGTGCCCTATAT-tacactgtatactcattattgcgaggtcaaggtctatagctcccatgtcacttcatttttcatgggtatttcttcatatc
gi|12 : ttaaggctatatt-----GGATGGAAAG-GA-CTCAAAACGGCTTAGAGACTCTTGA-ATGCTAATTTTG----TTCA---ATAATAAT--TTTA--ATGTAGTACATCAATGTAAA--C--------GA--ATA----------CTAA---T-------CT----------CC------G--T---GATC---TTATT----ACGTCTA-C-TTCTTATAAATCATATTACATTTAAAACACA-GTGTTTGACGAAATATAATGA---T----GAA----GTtaat
gi|13 : ATTTCGTGGGAAGTTTAC--AGAATTTCG-GGATGACCTTTTG---TAGTG---ATGTA-G-------------------A-------C---TGATTA-T-GT---AT-TA-ACTTATTACAATTTTA-----------------------TTT--T------------AT-ACC-----CTT--T---TTCCATCGGTGCACTTGGGCAT---------------T--TT----TATACCTTTACTGT---CTAA
gi|14 : TAATCTA-CATTACTAT----CAAA--TTTCTCA-CCA-AAAATCC---ATA------TACTTCC-A--A-ATGTA-A-GCAGAAATGAATTCATA-AAATAAATCGTA-TA-AT-TTT--TT------GGTCCAAT-TT--CAGCTGGGC-CC-TGTCAC-TATTTCCAT-TAAAA-CA--GAATcccaagcaaaataattgcctgtgta
gi|15 : CTC--AA-ATTCTAATCTCG----ATTA---ATACT---AATTCATTATATAGTACATAAAT-T--A--T--------A---CTA----------ATAA---TAA-----ATCTCTATAGAGAT------G--CACAGCTTAAATTATT----ATGTCTA-T-TTT-----ACCCAAACCACATC---AACACAGGTGattt
gi|16 : --ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---CTAAAACAGAT--CTAAATATAG-----AT----------AC---------C-CAGATC---TTAT-----------------------ATCCAAGTTACGAT---AACACAGGTGTTCCACG---ATTTATAAACGT----GAA----GTCAGTTTGAGTAA
gi|17 : ttcaatgtacAGTAGGATTTCATAC-----CAT----T---------T--T------------GT-A-T-----ATTATT---TTTTATTGACAAATTTGGGTACTCTATGT-T-TGAAGT--TC----TAAACCTTTA---------A--AG---TAAATTTGAACTCTAGCAACATAC
gi|18 : aTTTGGGTAATTAGTGGCACCTGTC-AAAATGGCTGATA-AAGTGAAAGTaatttacctg
gi|18 : CTTTCAC---TTTAT-CA-GCCATTTTGACAGGTGCC-----------ACT---AAT---TACCCA-AA---AA----GGATA-AAAATAA-CTCATAACTATGAAGCGACTC--AA-ATAaaggataaaaataactcataactatgaagcgactcaaatatatatgacaatttacttttaa
gi|19 : a-T-----GTT--T---TCTCGTTG-CGAACTTGGGTACCCGATAT-T-TCGAGT--TC----TATACCTTTATTTT---TTAACAG---TAAATTCAAACTCAAACAATATAtatatgacaatttacttttaa
gi|2 : tttcTTGGGGTAAATGAAGGAATCAGTCCAAAATGGTTGCGA---GTAA---TGCA--CG-TT-T-ACAATTTTCAGTCACTTGAA-------------------CCA---T--TTACGAATAGGAGTAAGAAATTCAACT-TGA-AAATAATA-T-T-TATTGTCACACATTTTA--TGTAATTGTTTGTTGCAA-----------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TACAT----GTGCGGTG-------CCAGAACTCATGTAAGT--AACA--GA-----CA---TTT--T--CTT--AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGAAAGTATACAAGGAATTTTATATATGAACTTT-A---TAGT-----CGTA-ATCTTAACTATAAATATTATA-------TGTATAAATATT-ATCAGAA-T--ACAGAATATAATT--------ATATAT----C-G------TT--T------------GT-A-TTAATAATT--TA--TTT--TCGGCGATCTCGTGTACCCTATAT-T-TAGCGTCATCCTTATATGCCTCTACTCTCAGTT-ATAG---TAGAatttcctgtgat
gi|2 : agcATAGT-TAAGATTACGAC----TATAAAGTTC--ATATATAAAATTCCTTGTA------TACTTTCCA--A-GA-TA--TGCAGAAATCAATTAAG--AA--AATGTCTGTTA-C---TTACAT------G-----AG-TT----CT--GGCACC---GCACATG-TA-CAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGATTTGCAACAAACAATTAC--ATAAAATGTGTGACAATAAATAT-TAT-TTTCAAGTT-----GAATTT-CTTACTCCTATTCGTAAA-TGG--------------TTCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA-------CGT-----GCATT-AC---TC-G--CA-ACCATTTTGG-----ACT-------GATTCCTTCAT-T---TACCCCAAA---A-----GGATG-AAAT-GA-CCCAAAGCGATTTAGAGACTC--AA-ATATTAATTTTG----ATT-----TAATGATAATTCA--ACACAGTAGATAAAT-T--A--T--------GCTAATAACCTTTTT--TTTA---TAA-----A---------------------------CTC---TTAGT----ATGTCTATT-TTC----ATCCAAAAGCACATT---GAAATAGGAGTTTGGCA---GTTCATGA---T-----AA----GTCCACTTGGGTGATTAGTGGTAaaggatgaaatgacccaaagcgatttagagactcaaatattaattttgatttaatgataattcaacacagtagataaattatgctaataaccttttttttataaactcttagtatgtctattttcatccaaaagcacattgaaataggagtttggcagttcatgataagtccacttgggtgattagtggta
gi|20 : agctctactataactgagagtagaggcatataaggatgacgctaaatatagggtacacgagatcgccgaaaataaattattaatacaaacgatatataattatattctgtattctgataatatttatacatataatatttATTTAG----ATCA---ATA---ATTATTCA--TTATAGTACATACAT-T--A--T--------A---CTACTAACAAGTCTTTA---TAA-----AG----------AT------A--TGCGGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-T
gi|21 : attatcCAGAAATCAATTTAGA-AA--AAATCCTATTATAT-TTTACTT------G-----AC-TTTCTACTGGAGC-CA--GGCAA-TG-TA
gi|22 : TTGGTT-CCATGACAT-TG-TACCAT-T-AAA-CA---AATGT-TTGTGCATGGCAA
gi|3 : TTGGAGCTATTACGGACA------TCGACAT--TTAGGGATTAGGACAAGACATTCAACTCT-A-AAATGATA-T-TTGAT-GTTGCAGATTCTA--TGTAATTGCCTTTTGCAA-T--------------T-CACAGACAATCTGTTTAATG------------------GTACAGTGTCTGGGCCCAGG--TCAAGTAA----AA-A--G-----------T------------AATAGGCATTTCTGCATATTTTGGGAAATATAC--GGAATTTCG-GGATGAACTTCAGATTTA------ACGTA-GATTGAGT------------A-------TGTATGCATA-G-ACTAGAA-T--ACAAAGTAGAATGTTACACCAATA-AT----T-AG-----TT--T------------AT---T-----ATG--T---TTTCGTCTGCGAACTTGTATACCCTATATATATATAGT--TA-----ATA--TTGCCTGT---GTAATAAAACTAAATaa
gi|3 : atcaagtatgtcatccttttTTTCTGCCGATCTTGGGAAGTACAT--GGAATTTAG-GGACGAAACTTGG---TAGT----A---------------------------------TGTATGAATT-TTATTAGAA-TA--CAGAG---AATTCTTTAC--A-AT-T----T-GGATTATTT--T------------GT--------------T---TTTCATTGACGACCTTACGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TG----CACACCTTTACACT---TTAGTAG---TTGA-TCGAACACAAGCGATAagtacttttctgccgatcttgggaagtacatggaatttagggacgaaacttggtagtatgtatgaattttattagaatacagagaattctttacaatttggattattttgtttttcattgacgaccttacgtaccctatatttagagttgcacacctttacactttagtagttgatcgaacacaagcgatagagttgcctatg
gi|4 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactatatatatatagggtatacaagttcgcagacgaaaacataataaactaattattggtgtaacattctactttgtattctagtctatgcatacatactcaatctacgttaaatctgaagttcatcccgaaattccgtatatttcccaaaatatgcagaaatgcctattactttttacttgacctgggcccagacactgtaccattaaacagattgtctgtgaattgcaaaaggcaattacatagaatctgcaacatcaaatatcattttagagttgaatgtcttgtcctaatccctaaatgtcgatgtccgtaatagctccaaagtact-TGAA-AA--TTGTAAATTTATTCTGTC-TGCATTTTCAC---TT-ATCCATGCTATGTTGG-----CTG-------G--TTC---------------C-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-------------TGAAGATTC--AATATACAAGTGCCGTGACATAA---ATTCTGCTAAT---------AGTG-----------------------G---ATC----------TTTA---TAA-----AG----------AT------A--CATCGCTC---TCATC-------TATA-T-TTT----TATCCACATCA-ATT---AACACAGGCGTTTGACA---TCTTATAA---T----GAATAAAGTCAATTTAGGTAATTCGTGGCACCGCTC-AAAATGGTTGCGA-AA-T-----CGCAGATTGTT-T-A-------CAGACCCTCTGAGCTATTATGAGCTTATGAATGAG--T--TTATGAATTTCGATACGAAATTCAACT-T-A-CAATAATA-TCT-AAA-GTTGCGCATTCTA--TGT-ATTGTTTATTGCAA-T--------------T-CACAAACAT----TTTAAT----------TA-G--------CAATG-------C-----TTCGAGTAA----AA-AATAA-----CAGACTTG--T--TTTGTAACTG--ATGTCTGCATA----GGGAAgagttgcctatg
gi|5 : -ATGGTTCCAAAGGAC-TAAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCTCTTTCAT---TT----TG-ACCA----GT-----GCCACTACATG--TAAT---TAT---TACCC---ATTTA-----GGATG-AAAG-GA-CCAATAAGGATTTAAAGACTC--AA-TTATTAATTTTG----ACCATTTACATGTATAATTCA--TTATCGTATATGAAT-T--AAGTTAATAACAG---GTA----------TTTA---CAATGTATAT----------ACATAGATA--CACAGCTC---CTATCATGAATGTCTC-T-TTA----TATCCAAATCACACC---AACACTGGTGTATGACG---ATTCATGG---T------A----ATCAATTTtgaagtttagtagatcatgta
gi|6 : cccACACATAATC-AAT-CTACATTATACCAAA--GTTC--ATCCA-GTAATTCCATAT---------CTTCCCA--A-AAATA-A-GAAGAAATGAATTCAGATAA--AACCCTTATCA-TTATTTACTTTTTTCTA-----AT-TT--TAGCTGGGC-CC-CTACAC-TG-TAACAC-T-TAA-CA--GAATGC-TTGTGCATTGCACCAAGCAATTACATATAGAATATACAACATTAGATATCC-T-TTCTAAGCT-----GAATTT-CTTACCCaatatggttagtacatttttatgtagatatgttagaatacagtgtagaaatttatatcatttgg
gi|7 : tt-GTTGCACATTCCA--TGTAATTGATTGTTGCAATCTTCGTAGAAA----TACACAAACATTTTGCTTAGTGACAGGGGCATG-GCCGAAATACA-TG-------TAATT-CTCGAGTAATTGTAATA--GG-----CA---TTTCCT--TTTG----TC--ATTCCTCAATATCTTTAG---------------TTTG-GGATGAAATTTTG---TAGT----AC-TATG-------------------A-------T-T-TGATCA-T-AT-ACAACTATACAAAGTTTA-TCTTATAC--A-AT-T----T-GG----CTTGTT------------GTCA-T-----TTT--TGTTTTTCATTAGTGAGCTTGGGTACCCTaaatatatcggaatacaaatttggtttataggtcttttttatcggtgaactttggt
gi|8 : T--TACT-GGGC-CC-TG-TAC------CCACCT-AAGGCATTAAATGTGTTGTGCATTGCAACAAGCAA-----------AT------CATT-TCTAT-T-T-GTTGAAGTTTTTTTGAATTTTCATACCCCAAATTATAAACTGG-GTCCG-ACAT-ACTCCAA-TGTCGTGAA-AAATTTGT-AA---A--TCGTCTTTCATTTTCTCTTATC-A--CA-GCTATTTTGG-----ACCG------G--TGCCA--C-TAAATACCTC-GA---AAAGTTGGATT-AAAA-TATCCCAAAAGGATTTAGAGA-TC--AA-ATACTAAt
gi|9 : CA---TTAATGAAAATTCA--ACATGGTACACAAAT-T--A--T--------ACTAATAACAGG-----TTTT---TAG-----AG----------AG------GAACACATCTC---CTATT----CTGTCTA-TGTTC----A-CCTAAA--------------CAGGTGCGTGGCG---TTTTATAA---TTAATGAA----GTCGATTTGGGTAATTAGAGACACCAGat
gi|9 : CTATTACTGAAT------TCAG--TATTTATGAATTGGAGT---AAATTGAGCT-T-ATAAATGATATT-T-AAT-GCTGTACATTGTA--TGagcagacaattttccctattactgaattcagtatttatgaattggagtaaattgagcttataaatgatatttaatgctgtacattgtatg
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 111 11 1 3333333 1111 222 11 1111 333333333333 111 1111 111 111111 11111 22222 22222 1 1 55555555555555 11 222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111 1111 111111111 1111 111 111 111 11111111 111111 11 111 7777777777777777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 88888888888888888888888888888888888888 1111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 111 111
lowQualScore : 55 777 22 1111 1 444 33 7 0 99 2222222 2 4444 6 888 88 11 22 0 7777 0 666666666666 99 000 8 5 7777 5 5 2 6 6 88 000 8 2 555555 0 22222 33 22222 1 55555 0 2 22222222222222 6 8 8 11 0 555555 8 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 5 1 0 1 0 66 5 2 2222 0 888 999 0 66 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 11111 4 4 7777777 3 9999 1111 1 777777777 2222 2 8 777 3 999 2 2 111 2 888 3 3 1 99999999 333333 6 6 66 555 6 5 77 8888888888888888 8 0 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 77 0 5 1 22222 66666666666666666666666666666666666666 4 3 555 7 4444 0 2 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 666666666 3 000 0 111 0 1
lowQualScore : .. ... .. .... . ... .. . . .. ....... . .... . ... .. .. .. . .... . ............ .. ... . . .... . . . . . .. ... . . ...... . ..... .. ..... . ..... . . .............. . . . .. . ...... . . ....................................................................... . . . . . . . .. . . .... . ... ... . .. . ........................................................................... ... ..... . . ....... . .... .... . ......... .... . . ... . ... . . ... . ... . . . ........ ...... . . .. ... . . .. ................ . . . .......................................................................................... . .. . . . ..... ...................................... . . ... . .... . . . ............................................................. . . ......... . ... . ... . .
lowQualScore : 88 222 00 2222 0 000 88 0 0 00 0000000 5 8888 5 888 88 00 00 8 8888 8 222222222222 00 888 4 7 6666 7 7 5 7 7 33 222 0 5 000000 2 55555 55 22222 0 00000 0 0 77777777777777 5 0 0 00 8 888888 0 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 7 9 7 6 2 99 0 7 1111 2 888 444 4 11 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 22222 4 4 9999999 9 9999 9999 0 444444444 1111 2 0 444 2 444 5 5 000 5 888 5 0 0 55555555 000000 7 7 55 000 7 7 99 1111111111111111 0 8 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 99 4 7 0 44444 99999999999999999999999999999999999999 3 6 999 1 4444 4 8 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 7 333333333 0 000 1 777 8 2
consensus : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-T-T-TTTNAAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTTATAAACTGG-GTCCG-A-ATGGCTCCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--T--TTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAATGATA-T-T-AAT-GTTGCACATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
Reference ( family-341 ) : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-T-T-TTTNAAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTTATAAACTGG-GTCCG-A-ATGGCTCCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--T--TTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAATGATA-T-T-AAT-GTTGCACATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
gi|1 : ATACATAATCTAATATTACTTT----CATA--ATTT--ACCCA-GAAATTTCGTATACTAGTATACTTCCCACGATAAGTGTATGCAGAGATCAATTCAGA-AA--AATACCTATTA-GT-TTTACTT------G-----AAATT--TACTTGGAC-CC-TAGCAC-TG-TACTAC-T-AA--CA--GAATCT-TTGTGAATTGTAA-AAATAGTTGT--ATAGAATCTGCAACATTAGATAT-A-TATTTAAAATT-----AAACTT-CTTACCCTATTTTATAAATTGAAGTCCATA-GTAGCTCCAAGTGAC-TGTATAG--TTGCAAA---A--CTGTC-TGCGCTATCAC---TC-A--CG-CCC------------GCC-------G--TCTT---T-T---TACCCC-AAC--A-----GGACA-GAAG-GA-CCCAAAACGATATTGAGATTC--AA-ATATTAATTATA----GTGA---ATATTAACAACTTA--ATATTGTACACAGAC-G--A--T--------G---ATC----------TTAA---TAA-----AT----------GC------G--CAGAACTC---TTATT----ATGTCTG-T-TTC----AACCCAAACCACCTC---AACACAGAAACTTGACA---TTTGATAA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTATTGGCAATGGTC-AAGACGGTTGTGACACGTGAAAATACAGATGGTTGT-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAA--T--CTATGAATTGGGGTAAGAAAT---ATC-T-A------------T-AAC-GTTGCATGTTCTATGTGTAATTGCTTGTTACAA-CT--------GATATT-CAGTAACATTCTGTGTATAG---------TA-GT----ATACAGTG-------CCAGG-CTCGAGT------------GA-----CA---TTT--T--TCTG-AGTTG--ATTTCTATATATCTTGGGAAGTATAC--GAAATTTCG-GGATGAAGTAAGC---TAGT----ATGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAAAGTAGGATTTTATAC--ATGTATCATGT-GG----TTT--TG-----------GT-G-T-----ATT--T---TTTTATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--GT----TTTACCTTTACTGT---TAAATAA---TAAATTCAAACCCAAGCGATATAC
gi|10 : TGACACCAGTC-AAAATGGTT-CAAGAAGTGAAAGTGCAGACGGTT-TTGCAAT------------GGAGCTATTGAGGATT------TCAG--T--TCATGAATTGGGGTAAGAGGTTCAACT-T-ATAAATGCTACT-T-AAT-GTTACGAATTCTA--TGTAATAGCTTGTTGCAA-gc
gi|11 : gaAATAA----AA-A--AAATAATCA---CTT--TGCTTTT-AAT----ATTTTT----ATCTTTCGATATATAC--GGAATTTTG-GAATAAAATTTGG---TAGTATAAATGTA-G-------------------ACTGATTGTGTGTGAATA-T-ACTAGAA--A-ACAGACTAATA-TCTAT-C--GTTTAT----TGGG----TTT--TAGGGGGGGGGGGGT-G------------------TCATCGGCGAATTTGGGTGCCCTATAT-tacactgtatactcattattgcgaggtcaaggtctatagctcccatgtcacttcatttttcatgggtatttcttcatatc
gi|12 : ttaaggctatatt-----GGATGGAAAG-GA-CTCAAAACGGCTTAGAGACTCTTGA-ATGCTAATTTTG----TTCA---ATAATAAT--TTTA--ATGTAGTACATCAATGTAAA--C--------GA--ATA----------CTAA---T-------CT----------CC------G--T---GATC---TTATT----ACGTCTA-C-TTCTTATAAATCATATTACATTTAAAACACA-GTGTTTGACGAAATATAATGA---T----GAA----GTtaat
gi|13 : ATTTCGTGGGAAGTTTAC--AGAATTTCG-GGATGACCTTTTG---TAGTG---ATGTA-G-------------------A-------C---TGATTA-T-GT---AT-TA-ACTTATTACAATTTTA-----------------------TTT--T------------AT-ACC-----CTT--T---TTCCATCGGTGCACTTGGGCAT---------------T--TT----TATACCTTTACTGT---CTAA
gi|14 : TAATCTA-CATTACTAT----CAAA--TTTCTCA-CCA-AAAATCC---ATA------TACTTCC-A--A-ATGTA-A-GCAGAAATGAATTCATA-AAATAAATCGTA-TA-AT-TTT--TT------GGTCCAAT-TT--CAGCTGGGC-CC-TGTCAC-TATTTCCAT-TAAAA-CA--GAATcccaagcaaaataattgcctgtgta
gi|15 : CTC--AA-ATTCTAATCTCG----ATTA---ATACT---AATTCATTATATAGTACATAAAT-T--A--T--------A---CTA----------ATAA---TAA-----ATCTCTATAGAGAT------G--CACAGCTTAAATTATT----ATGTCTA-T-TTT-----ACCCAAACCACATC---AACACAGGTGattt
gi|16 : --ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---CTAAAACAGAT--CTAAATATAG-----AT----------AC---------C-CAGATC---TTAT-----------------------ATCCAAGTTACGAT---AACACAGGTGTTCCACG---ATTTATAAACGT----GAA----GTCAGTTTGAGTAA
gi|17 : ttcaatgtacAGTAGGATTTCATAC-----CAT----T---------T--T------------GT-A-T-----ATTATT---TTTTATTGACAAATTTGGGTACTCTATGT-T-TGAAGT--TC----TAAACCTTTA---------A--AG---TAAATTTGAACTCTAGCAACATAC
gi|18 : aTTTGGGTAATTAGTGGCACCTGTC-AAAATGGCTGATA-AAGTGAAAGTaatttacctg
gi|18 : CTTTCAC---TTTAT-CA-GCCATTTTGACAGGTGCC-----------ACT---AAT---TACCCA-AA---AA----GGATA-AAAATAA-CTCATAACTATGAAGCGACTC--AA-ATAaaggataaaaataactcataactatgaagcgactcaaatatatatgacaatttacttttaa
gi|19 : a-T-----GTT--T---TCTCGTTG-CGAACTTGGGTACCCGATAT-T-TCGAGT--TC----TATACCTTTATTTT---TTAACAG---TAAATTCAAACTCAAACAATATAtatatgacaatttacttttaa
gi|2 : tttcTTGGGGTAAATGAAGGAATCAGTCCAAAATGGTTGCGA---GTAA---TGCA--CG-TT-T-ACAATTTTCAGTCACTTGAA-------------------CCA---T--TTACGAATAGGAGTAAGAAATTCAACT-TGA-AAATAATA-T-T-TATTGTCACACATTTTA--TGTAATTGTTTGTTGCAA-----------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TACAT----GTGCGGTG-------CCAGAACTCATGTAAGT--AACA--GA-----CA---TTT--T--CTT--AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGAAAGTATACAAGGAATTTTATATATGAACTTT-A---TAGT-----CGTA-ATCTTAACTATAAATATTATA-------TGTATAAATATT-ATCAGAA-T--ACAGAATATAATT--------ATATAT----C-G------TT--T------------GT-A-TTAATAATT--TA--TTT--TCGGCGATCTCGTGTACCCTATAT-T-TAGCGTCATCCTTATATGCCTCTACTCTCAGTT-ATAG---TAGAatttcctgtgat
gi|2 : agcATAGT-TAAGATTACGAC----TATAAAGTTC--ATATATAAAATTCCTTGTA------TACTTTCCA--A-GA-TA--TGCAGAAATCAATTAAG--AA--AATGTCTGTTA-C---TTACAT------G-----AG-TT----CT--GGCACC---GCACATG-TA-CAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGATTTGCAACAAACAATTAC--ATAAAATGTGTGACAATAAATAT-TAT-TTTCAAGTT-----GAATTT-CTTACTCCTATTCGTAAA-TGG--------------TTCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA-------CGT-----GCATT-AC---TC-G--CA-ACCATTTTGG-----ACT-------GATTCCTTCAT-T---TACCCCAAA---A-----GGATG-AAAT-GA-CCCAAAGCGATTTAGAGACTC--AA-ATATTAATTTTG----ATT-----TAATGATAATTCA--ACACAGTAGATAAAT-T--A--T--------GCTAATAACCTTTTT--TTTA---TAA-----A---------------------------CTC---TTAGT----ATGTCTATT-TTC----ATCCAAAAGCACATT---GAAATAGGAGTTTGGCA---GTTCATGA---T-----AA----GTCCACTTGGGTGATTAGTGGTAaaggatgaaatgacccaaagcgatttagagactcaaatattaattttgatttaatgataattcaacacagtagataaattatgctaataaccttttttttataaactcttagtatgtctattttcatccaaaagcacattgaaataggagtttggcagttcatgataagtccacttgggtgattagtggta
gi|20 : agctctactataactgagagtagaggcatataaggatgacgctaaatatagggtacacgagatcgccgaaaataaattattaatacaaacgatatataattatattctgtattctgataatatttatacatataatatttATTTAG----ATCA---ATA---ATTATTCA--TTATAGTACATACAT-T--A--T--------A---CTACTAACAAGTCTTTA---TAA-----AG----------AT------A--TGCGGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-T
gi|21 : attatcCAGAAATCAATTTAGA-AA--AAATCCTATTATAT-TTTACTT------G-----AC-TTTCTACTGGAGC-CA--GGCAA-TG-TA
gi|22 : TTGGTT-CCATGACAT-TG-TACCAT-T-AAA-CA---AATGT-TTGTGCATGGCAA
gi|3 : TTGGAGCTATTACGGACA------TCGACAT--TTAGGGATTAGGACAAGACATTCAACTCT-A-AAATGATA-T-TTGAT-GTTGCAGATTCTA--TGTAATTGCCTTTTGCAA-T--------------T-CACAGACAATCTGTTTAATG------------------GTACAGTGTCTGGGCCCAGG--TCAAGTAA----AA-A--G-----------T------------AATAGGCATTTCTGCATATTTTGGGAAATATAC--GGAATTTCG-GGATGAACTTCAGATTTA------ACGTA-GATTGAGT------------A-------TGTATGCATA-G-ACTAGAA-T--ACAAAGTAGAATGTTACACCAATA-AT----T-AG-----TT--T------------AT---T-----ATG--T---TTTCGTCTGCGAACTTGTATACCCTATATATATATAGT--TA-----ATA--TTGCCTGT---GTAATAAAACTAAATaa
gi|3 : atcaagtatgtcatccttttTTTCTGCCGATCTTGGGAAGTACAT--GGAATTTAG-GGACGAAACTTGG---TAGT----A---------------------------------TGTATGAATT-TTATTAGAA-TA--CAGAG---AATTCTTTAC--A-AT-T----T-GGATTATTT--T------------GT--------------T---TTTCATTGACGACCTTACGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TG----CACACCTTTACACT---TTAGTAG---TTGA-TCGAACACAAGCGATAagtacttttctgccgatcttgggaagtacatggaatttagggacgaaacttggtagtatgtatgaattttattagaatacagagaattctttacaatttggattattttgtttttcattgacgaccttacgtaccctatatttagagttgcacacctttacactttagtagttgatcgaacacaagcgatagagttgcctatg
gi|4 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactatatatatatagggtatacaagttcgcagacgaaaacataataaactaattattggtgtaacattctactttgtattctagtctatgcatacatactcaatctacgttaaatctgaagttcatcccgaaattccgtatatttcccaaaatatgcagaaatgcctattactttttacttgacctgggcccagacactgtaccattaaacagattgtctgtgaattgcaaaaggcaattacatagaatctgcaacatcaaatatcattttagagttgaatgtcttgtcctaatccctaaatgtcgatgtccgtaatagctccaaagtact-TGAA-AA--TTGTAAATTTATTCTGTC-TGCATTTTCAC---TT-ATCCATGCTATGTTGG-----CTG-------G--TTC---------------C-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-------------TGAAGATTC--AATATACAAGTGCCGTGACATAA---ATTCTGCTAAT---------AGTG-----------------------G---ATC----------TTTA---TAA-----AG----------AT------A--CATCGCTC---TCATC-------TATA-T-TTT----TATCCACATCA-ATT---AACACAGGCGTTTGACA---TCTTATAA---T----GAATAAAGTCAATTTAGGTAATTCGTGGCACCGCTC-AAAATGGTTGCGA-AA-T-----CGCAGATTGTT-T-A-------CAGACCCTCTGAGCTATTATGAGCTTATGAATGAG--T--TTATGAATTTCGATACGAAATTCAACT-T-A-CAATAATA-TCT-AAA-GTTGCGCATTCTA--TGT-ATTGTTTATTGCAA-T--------------T-CACAAACAT----TTTAAT----------TA-G--------CAATG-------C-----TTCGAGTAA----AA-AATAA-----CAGACTTG--T--TTTGTAACTG--ATGTCTGCATA----GGGAAgagttgcctatg
gi|5 : -ATGGTTCCAAAGGAC-TAAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCTCTTTCAT---TT----TG-ACCA----GT-----GCCACTACATG--TAAT---TAT---TACCC---ATTTA-----GGATG-AAAG-GA-CCAATAAGGATTTAAAGACTC--AA-TTATTAATTTTG----ACCATTTACATGTATAATTCA--TTATCGTATATGAAT-T--AAGTTAATAACAG---GTA----------TTTA---CAATGTATAT----------ACATAGATA--CACAGCTC---CTATCATGAATGTCTC-T-TTA----TATCCAAATCACACC---AACACTGGTGTATGACG---ATTCATGG---T------A----ATCAATTTtgaagtttagtagatcatgta
gi|6 : cccACACATAATC-AAT-CTACATTATACCAAA--GTTC--ATCCA-GTAATTCCATAT---------CTTCCCA--A-AAATA-A-GAAGAAATGAATTCAGATAA--AACCCTTATCA-TTATTTACTTTTTTCTA-----AT-TT--TAGCTGGGC-CC-CTACAC-TG-TAACAC-T-TAA-CA--GAATGC-TTGTGCATTGCACCAAGCAATTACATATAGAATATACAACATTAGATATCC-T-TTCTAAGCT-----GAATTT-CTTACCCaatatggttagtacatttttatgtagatatgttagaatacagtgtagaaatttatatcatttgg
gi|7 : tt-GTTGCACATTCCA--TGTAATTGATTGTTGCAATCTTCGTAGAAA----TACACAAACATTTTGCTTAGTGACAGGGGCATG-GCCGAAATACA-TG-------TAATT-CTCGAGTAATTGTAATA--GG-----CA---TTTCCT--TTTG----TC--ATTCCTCAATATCTTTAG---------------TTTG-GGATGAAATTTTG---TAGT----AC-TATG-------------------A-------T-T-TGATCA-T-AT-ACAACTATACAAAGTTTA-TCTTATAC--A-AT-T----T-GG----CTTGTT------------GTCA-T-----TTT--TGTTTTTCATTAGTGAGCTTGGGTACCCTaaatatatcggaatacaaatttggtttataggtcttttttatcggtgaactttggt
gi|8 : T--TACT-GGGC-CC-TG-TAC------CCACCT-AAGGCATTAAATGTGTTGTGCATTGCAACAAGCAA-----------AT------CATT-TCTAT-T-T-GTTGAAGTTTTTTTGAATTTTCATACCCCAAATTATAAACTGG-GTCCG-ACAT-ACTCCAA-TGTCGTGAA-AAATTTGT-AA---A--TCGTCTTTCATTTTCTCTTATC-A--CA-GCTATTTTGG-----ACCG------G--TGCCA--C-TAAATACCTC-GA---AAAGTTGGATT-AAAA-TATCCCAAAAGGATTTAGAGA-TC--AA-ATACTAAt
gi|9 : CA---TTAATGAAAATTCA--ACATGGTACACAAAT-T--A--T--------ACTAATAACAGG-----TTTT---TAG-----AG----------AG------GAACACATCTC---CTATT----CTGTCTA-TGTTC----A-CCTAAA--------------CAGGTGCGTGGCG---TTTTATAA---TTAATGAA----GTCGATTTGGGTAATTAGAGACACCAGat
gi|9 : CTATTACTGAAT------TCAG--TATTTATGAATTGGAGT---AAATTGAGCT-T-ATAAATGATATT-T-AAT-GCTGTACATTGTA--TGagcagacaattttccctattactgaattcagtatttatgaattggagtaaattgagcttataaatgatatttaatgctgtacattgtatg
blockSeqs : CT AGA TA ATAC A AAG TC T T CT A C A G A AT AT AT TAT TTTTCTA T TCT T A ATGA A T C C A GG TTA G C TTACAT GTGTG AA TAT C TTTTT T C GTCCGACATAC G G . AT TTTATT T G TTATCACAGCTATTTTGGACCGGTGCCACTAAATACCTCGAAAAGTT G T T A T TT T T TGAC TTT ATA TT TAAGTTAATAACAGGTATTTACAATGTATATACATAGATACACA AAA ATGAA T G CTTATAA T TTAA AAAT A TTAATG TAAA A C GAA G AAG G G TT C TTT T A A CTTATGAA ACAT C G TA CT T T . TCTTCGTAGAAA A G ACAGGGGCATGGCCGAAATACATGTAATTCTCGAGTAATTGTAATAGGCATTTCCTTTTGTC G AA T A AGATT CGTAATCTTAACTATAAATATTATA G G TT T CTAT A TCGTTTATTGGGTTTTAGGGGGGGGGGGGTG A A CATCCTTAT G CAG AAC T
blockSeqs : T CA GA . T T . T . CA A C A A T A . TG TTA GGTCCA G C G . TGT . . C . . A G . C TTAC ATACA AG CCT T . . . . A . . . A . A TTTATCAGCCATTTTGACAGGTGCCACTAATTACCCAAAAA . . . T G . . C . . ATG . TATACTAATAATAAATCTCTATAGAGATGCACA . A . . CAT C C A T ACGTG . T . AA G AAG G G T C . A C C TT GTAT . . TA TC . . . A . A TACATGTGCGGTGCCAGAACTCATGTAAGTAACAGACATTTTCTTAATTG G . . C GG ATAAATGTAGACTGATTG G A TT C TA C TACAATTTGGCTTGTTGTCATTTTTGTT . . TTT T . . T
blockSeqs : C AT AT . A G . . . . . . A . A A . AT AT G C T T . CTA . . A . . A G . C . . T TT G . . . . . . A . T TCGCAACCATTTTGGACTGATTCCTTCATTTACCCCAAAA . . . A T . . T . . CTG . TATACTACTAACAAGTCTTTATAAAGATATGCG . A . . TTA T T G C TG . A . AA A . . . T . . . . T CA GT . . A TT . . . T . A TAGCAATGCTTCGAGTAAAAAATAACAGACTTGTTTTGTAACTG G . . C TG ACGTAGATTGAGTA G A T T TA G ATATATCGTTTGTATTAATAATTTA . . TCT C . . A
blockSeqs : . . CC C G T T T . GG . . C . . A G . . . . . . A TTTGACCAGTGCCACTACATGTAATTATTACCCATTTA . . . T T . . A . . TGT . TATACTAATAACAGGTTTTTAGAGAGGAACACA . A . . ATA G T T T TG . G . . . . C AT GT . . A T . . . T . G GTACAGTGTCTGGGCCCAGGTCAAGTAAAAAGTAATAGGC G . . C GG GATGTAGA G A T T A T CACCAATAATTAGTTTATTATGT . . TCT G . .
blockSeqs : . . . TG . . . . . A . TTATCCATGCTATGTTGGCTGGTTCCAAA . . . A T . . C . . ATG . TATGCTAAAACAGATCTAAATATAGATACCCA . A . . TA T T A C T . A . . T . . C T . . . C . . A TG ACTATGA . . G . T G TACAATTTGGATTATTTTGTT . . TGC C . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . . T . . CT . TATGCTAATAACCTTTTTTTTATAAA . C . . CA T C T T T . . . . . . A A A . . T . T T TACCATTTTGTATATTATT . . TA . .
blockSeqs : . . . . . GTAAACGAATACTAATCTCCGT . . . . A . . . TTTTATACCCTTT .
blockSeqs : . GATCTTTATAAAGATACATC . . . .
blockSeqCons : N*** T* TG** A* AA* *** A* TT* ** T*************** ACGTAGATGTA*************************** TA**
originalCons : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTA-NT-TTTACTT------G-----AN-TT--TACTTGGGC-CC-TGGCAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-T-T-TTTNAAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTTATAAACTGG-GTCCG-A-ATGGCTCCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTGAAAGTGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--T--TTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAATGATA-T-T-AAT-GTTGCACATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAA-CT--------A----T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGT----ACGTA-G-------------------A-------TGTATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
finalCons : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTATTAN---TTTACTT------G-----AT-TT--TACTTGGGC-CCTG--CAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-T-T-TTTNAAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTTATAAACTGG-GTCCG-A-ATGGCTCCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGAAA-GTGA---TGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACT------TCAG--T--TTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-AA-AATGATATT-T-AAT-GTTGCACATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCAAT---------------T-CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAGG-CTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTGG---TAGTACGTAGATGTA---------------------------TGTATGAATA-T-ATTAGAATA--ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 111 11 1 3333333 1111 222 11 11 111111 44444444444444444 11111 111 111111 11111 22222 22222 1 1 55555555555555 11 222222 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111 1111111 1111 111111111 1111 3333333333333 111 2222222 2222222222222 11111 333333333333333333333 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 8888888888888888888888 22222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111111 111 111
lowQualScore : 55 777 22 1111 1 444 33 7 0 99 2222222 2 4444 6 888 8 11 222 11 1 111111 77777777777777777 1 8 77777 5 5 1 6 6 88 000 8 2 555555 0 22222 33 22222 1 55555 0 2 22222222222222 6 8 8 11 0 555555 8 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 5 1 0 1 0 66 5 2 2222 0 888 999 0 66 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777 11111 4 4 7777777 3 9999 1111 1 777777777 2222 2 8 5555555555555 2 2 111 4444444 3 3 1 1 5555555555555 66666 77 777777777777777777777 0 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 77 0 5 1 9999999999 5555555555555555555555 5 555 7 22222 0 2 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5 666666666 3 000 0 111 0 1
lowQualScore : .. ... .. .... . ... .. . . .. ....... . .... . ... . .. ... .. . ...... ................. . . ..... . . . . . .. ... . . ...... . ..... .. ..... . ..... . . .............. . . . .. . ...... . . ....................................................................... . . . . . . . .. . . .... . ... ... . .. . ........................................................................... ... ..... . . ....... . .... .... . ......... .... . . ............. . . ... ....... . . . . ............. ..... .. ..................... . . .......................................................................................... . .. . . . .......... ...................... . ... . ..... . . . ............................................................. . . ......... . ... . ... . .
lowQualScore : 88 222 00 2222 0 000 88 0 0 00 0000000 5 8888 5 888 0 00 888 00 0 666666 22222222222222222 7 4 44444 7 7 0 7 7 33 222 0 5 000000 2 55555 55 22222 0 00000 0 0 77777777777777 5 0 0 00 8 888888 0 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 7 7 9 7 6 2 99 0 7 1111 2 888 444 4 11 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 888 22222 4 4 9999999 9 9999 9999 0 444444444 1111 2 0 4444444444444 5 5 000 5555555 5 0 0 0 7777777777777 77777 99 555555555555555555555 8 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 99 4 7 0 6666666666 1111111111111111111111 7 999 1 77777 4 8 9 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 7 333333333 0 000 1 777 8 2
consensus : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTAT--TATT--TT-ACTT------G-----A--T-TTTACTTGGGCCC-T-G-CAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-T-T-TTTNAAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTTATAAACTGG-GTCCG-A-ATGGCTCCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTG---A---TGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACTTC------AG--T--TTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAATGATATTTAATGTTGCACATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCA------ATT------------CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAG-GCTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTG-----G---TAGT----AC-GTAGA---T---G--TATG-TATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
Reference ( family-341 ) : ACACATAATCTAATATTACNNT----CANA--GTTC--ATCCA-GAAATTCCGTATA------TACTTCCCA--A-AAGTA-ATGCAGAAATCAATTCAGA-AA--AANNCCTAT--TANT--TT-ACTT------G-----A--T-TTTACTTGGGCCC-T-G-CAC-TG-TACCAC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGCATTGCAACAAGCAATTAC--ATAGAATNTGCGACATTAGATAT-T-T-TTTNAAGTT-----GAATTT-CTTACCCCAATTTATAAACTGG-GTCCG-A-ATGGCTCCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCGCTTTCAC---TC-A--CG-GCCATTTTGG-----GCC-------G--TNCT---T-T---TACCCC-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-CCCAAAACGATTTAGAGACTC--AA-ATACTAATTTCG----ATCA---ATANTGATAATTCA--ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---ATA----------TTNA---TAA-----AT----------AC------G--CACAGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-TTC----AACCCAAATCACATC---AACACAGGTGTTTGACG---TTTNATGA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTAGTGGCACCGGTC-AAAATGGTTGCGA-AAGTG---A---TGCAGACGGTT-T-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACTTC------AG--T--TTATGAATTGGGGTAAGAAATTCAACT-T-A-AAATGATATTTAATGTTGCACATTCTA--TGTAATTGCTTGTTGCA------ATT------------CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TA-GC----GTACAGTG-------CCAG-GCTCGAGTAA----AA-A--GA-----CA---TTT--T--TTTG-AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGGAAGTATAC--GGAATTTCG-GGATGAANTTTG-----G---TAGT----AC-GTAGA---T---G--TATG-TATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAGAGTANAATTTTATAC--ATATAT----T-GG----TTT--T------------GT-A-T-----ATT--T---TTTCATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TC----TATACCTTTACTNT---TTAATAG---TAAATTCGAACTCAAGCGATATAC
gi|1 : ATACATAATCTAATATTACTTT----CATA--ATTT--ACCCA-GAAATTTCGTATACTAGTATACTTCCCACGATAAGTGTATGCAGAGATCAATTCAGA-AA--AATACCTAT--TAGT--TTTACTT------G-----A--AATTTACTTGGACCC-TAG-CAC-TG-TACTAC-T-AA--CA--GAATCT-TTGTGAATTGTAA-AAATAGTTGT--ATAGAATCTGCAACATTAGATAT-A-TATTTAAAATT-----AAACTT-CTTACCCTATTTTATAAATTGAAGTCCATA-GTAGCTCCAAGTGAC-TGTATAG--TTGCAAA---A--CTGTC-TGCGCTATCAC---TC-A--CG-CCC------------GCC-------G--TCTT---T-T---TACCCC-AAC--A-----GGACA-GAAG-GA-CCCAAAACGATATTGAGATTC--AA-ATATTAATTATA----GTGA---ATATTAACAACTTA--ATATTGTACACAGAC-G--A--T--------G---ATC----------TTAA---TAA-----AT----------GC------G--CAGAACTC---TTATT----ATGTCTG-T-TTC----AACCCAAACCACCTC---AACACAGAAACTTGACA---TTTGATAA---T----GAA----GTCAATTTGGGTAATTATTGGCAATGGTC-AAGACGGTTGTGACACGTGAAAA---TACAGATGGTTGT-ACAATTTCCAGTCACTTGGAGCTATTACGGACTTC------AA--T--CTATGAATTGGGGTAAGAAAT----------------ATCTATAACGTTGCATGTTCTATGTGTAATTGCTTGTTACAACTGATATT------------CAGTAACATTCTGTGTATAG---------TA-GT----ATACAGTG-------CCAG-GCTCGAGT------------GA-----CA---TTT--T--TCTG-AGTTG--ATTTCTATATATCTTGGGAAGTATAC--GAAATTTCG-GGATGAAGTAAG-----C---TAGT----AT-GTAG------------ATG-TATGAATA-T-ATTAGAA-TA-ACAAAGTAGGATTTTATAC--ATGTATCATGT-GG----TTT--TG-----------GT-G-T-----ATT--T---TTTTATCGGCGAACTTGGGTACCCTATAT-T-TAGAGT--GT----TTTACCTTTACTGT---TAAATAA---TAAATTCAAACCCAAGCGATATAC
gi|10 : TGACACCAGTC-AAAATGGTT-CAAGAAGTG---AAAGTGCAGACGGTT-TTGCAAT------------GGAGCTATTGAGGATTTC------AG--T--TCATGAATTGGGGTAAGAGGTTCAACT-T-ATAAATGCTACTTAATGTTACGAATTCTA--TGTAATAGCTTGTTGCA------ATA------------CACgc
gi|11 : gaAATAA----AA-A--AAATAATCA---CTT--TGCTTTT-AAT----ATTTTT----ATCTTTCGATATATAC--GGAATTTTG-GAATAAAATTTG-----G---TAGTATAAAT-GTAGAC--T---GATTGTG-TGTGAATA-T-ACTAGAA--A-ACAGACTAATA-TCTAT-C--GTTTAT----TGGG----TTT--TAGGGGGGGGGGGGT-G------------------TCATCGGCGAATTTGGGTGCCCTATAT-tgtatactcattattgcgaggtcaaggtctatagctcccatgtcacttcatttttcatgggtatttcttcatatc
gi|12 : ttaaggctatatt-----GGATGGAAAG-GA-CTCAAAACGGCTTAGAGACTCTTGA-ATGCTAATTTTG----TTCA---ATAATAAT--TTTA--ATGTAGTACATCAATGTAAA--C--------GA--ATA----------CTAA---T-------CT----------CC------G--T---GATC---TTATT----ACGTCTA-C-TTCTTATAAATCATATTACATTTAAAACACA-GTGTTTGACGAAATATAATGA---T----GAA----GTtaat
gi|13 : ATTTCGTGGGAAGTTTAC--AGAATTTCG-GGATGACCTTTT-----G---TAGTG---AT-GTAGAC--T---GATTATG-TATTAACT-T-AT---------------TACAATTTTA-----------------------TTT--T------------AT-ACC-----CTT--T---TTCCATCGGTGCACTTGGGCAT---------------T--TT----TATACCTTTACTGT---CTAA
gi|14 : TAATCTA-CATTACTAT----CAAA--TTTCTCA-CCA-AAAATCC---ATA------TACTTCC-A--A-ATGTA-A-GCAGAAATGAATTCATA-AAATAAATCGTAT--AATT--TT---TT------GGTCCAA--T-TTCAGCTGGGCCC-T-GTCAC-TATTTCCAT-TAAAA-CA--GAATcccaagcaaaataattgcctgtgta
gi|15 : CTC--AA-ATTCTAATCTCG----ATTA---ATACT---AATTCATTATATAGTACATAAAT-T--A--T--------A---CTA----------ATAA---TAA-----ATCTCTATAGAGAT------G--CACAGCTTAAATTATT----ATGTCTA-T-TTT----A-CCCAAACCACATC---AACACAGGTGattt
gi|16 : --ATATAGTACATAAAT-T--A--T--------G---CTAAAACAGAT--CTAAATATAG-----AT----------AC---------C-CAGATC---TTAT-----------------------ATCCAAGTTACGAT---AACACAGGTGTTCCACG---ATTTATAAACGT----GAA----GTCAGTTTGAGTAA
gi|17 : ttcaatgtacAGTAGGATTTCATAC-----CAT----T---------T--T------------GT-A-T-----ATTATT---TTTTATTGACAAATTTGGGTACTCTATGT-T-TGAAGT--TC----TAAACCTTTA---------A--AG---TAAATTTGAACTCTAGCAACATAC
gi|18 : aCTTTCAC---TTTAT-CA-GCCATTTTGACAGGTGCC-----------ACT---AAT---TACCCA-AA---AA----GGATA-AAAATAA-CTCATAACTATGAAGCGACTC--AA-ATAaatttacctg
gi|18 : aTTTGGGTAATTAGTGGCACCTGTC-AAAATGGCTGATA-AAGTG---A---tatatgacaatttacttttaa
gi|19 : actt-T-----GTT--T---TCTCGTTG-CGAACTTGGGTACCCGATAT-T-TCGAGT--TC----TATACCTTTATTTT---TTAACAG---TAAATTCAAACTCAAACAATATAaaggataaaaataactcataactatgaagcgactcaaatatatatgacaatttacttttaa
gi|2 : tttcTTGGGGTAAATGAAGGAATCAGTCCAAAATGGTTGCGA---GTA---A---TGCA--CG-TT-T-ACAATTTTCAGTCACTTGAA-------------CC------A---T--TTACGAATAGGAGTAAGAAATTCAACT-TGA-AAATAATATTTATTGTCACACATTTTA--TGTAATTGTTTGTTGCA------AAT------------CACAAACATTCTGTTTAGTG---------TACAT----GTGCGGTG-------CCAGAACTCATGTAAGT--AACA--GA-----CA---TTT--T--CTT--AATTG--ATTTCTGCATATCTTGGAAAGTATACAAGGAATTTTATATATGAACTTTATAGTCG---TAATCTTAACTATAAATATT---A--TATG-TATAAATATT-ATCAGAA-T--ACAGAATATAATT--------ATATAT----C-G------TT--T------------GT-A-TTAATAATT--TA--TTT--TCGGCGATCTCGTGTACCCTATAT-T-TAGCGTCATCCTTATATGCCTCTACTCTCAGTT-ATAG---TAGAatttcctgtgat
gi|2 : agcATAGT-TAAGATTACGAC----TATAAAGTTC--ATATATAAAATTCCTTGTA------TACTTTCCA--A-GA-TA--TGCAGAAATCAATTAAGA-AA--A-TGTCTGT--TACT--T--ACAT------G-----A--G-TT--CT--GGCAC-C-G-CACATG-TAC-AC-T-AAA-CA--GAATGT-TTGTGATTTGCAACAAACAATTAC--ATAAAATGTGTGACAATAAATAT-TAT-TTTCAAGTT-----GAATTT-CTTACTCCTATTCGTAAA-TGG--------------TTCAAGTGAC-TGAA-AA--TTGTAAA-------CGT-----GCATT-AC---TC-G--CA-ACCATTTTGG-----ACT-------GATTCCTTCAT-T---TACCCCAAA---A-----GGATG-AAAT-GA-CCCAAAGCGATTTAGAGACTC--AA-ATATTAATTTTG----ATT-----TAATGATAATTCA--ACACAGTAGATAAAT-T--A--T--------GCTAATAACCTTTTT--TTTA---TAA-----A---------------------------CTC---TTAGT----ATGTCTATT-TTC----ATCCAAAAGCACATT---GAAATAGGAGTTTGGCA---GTTCATGA---T-----AA----GTCCACTTGGGTGATTAGTGGTAaaggatgaaatgacccaaagcgatttagagactcaaatattaattttgatttaatgataattcaacacagtagataaattatgctaataaccttttttttataaactcttagtatgtctattttcatccaaaagcacattgaaataggagtttggcagttcatgataagtccacttgggtgattagtggta
gi|20 : agctctactataactgagagtagaggcatataaggatgacgctaaatatagggtacacgagatcgccgaaaataaattattaatacaaacgatatataattatattctgtattctgataatatttatacatataatatttATTTAG----ATCA---ATA---ATTATTCA--TTATAGTACATACAT-T--A--T--------A---CTACTAACAAGTCTTTA---TAA-----AG----------AT------A--TGCGGCTC---TTATT----ATGTCTA-T-T
gi|21 : attatcCAGAAATCAATTTAGA-AA--AAATCCTATTATATT--TT-ACTT------G-----ACTT-TCTACTGGAGCCA-G-G-CAA-TG-TA
gi|22 : TTGGTTCCAT-GACAT-TG-TACCAT-T-AAA-CA---AATGT-TTGTGCATGGCAA
gi|3 : TTGGAGCTATTACGGACATC------GACAT--TTAGGGATTAGGACAAGACATTCAACTCT-A-AAATGATATTTGATGTTGCAGATTCTA--TGTAATTGCCTTTTGCA------ATT------------CACAGACAATCTGTTTAATG------------------GTACAGTGTCTGGGCCCAG-G-TCAAGTAA----AA-A--G-----------T------------AATAGGCATTTCTGCATATTTTGGGAAATATAC--GGAATTTCG-GGATGAACTTCA-----GATTTA------AC-GTAGA---TTGAG--TATG-TATGCATA-G-ACTAGAA-T--ACAAAGTAGAATGTTACACCAATA-AT----T-AG-----TT--T------------AT---T-----ATG--T---TTTCGTCTGCGAACTTGTATACCCTATATATATATAGT--TA-----ATA--TTGCCTGT---GTAATAAAACTAAATaa
gi|3 : atcaagtatgtcatccttttTTTCTGCCGATCTTGGGAAGTACAT--GGAATTTAG-GGACGAAACTTG-----G---TAGT----A-------------------TG-TATGAATT-TTATTAGAA-TA--CAGAG---AATTCTTTAC--A-AT-T----T-GGATTATTT--T------------GT--------------T---TTTCATTGACGACCTTACGTACCCTATAT-T-TAGAGT--TG----CACACCTTTACACT---TTAGTAG---TTGA-TCGAACACAAGCGATAagtacttttctgccgatcttgggaagtacatggaatttagggacgaaacttggtagtatgtatgaattttattagaatacagagaattctttacaatttggattattttgtttttcattgacgaccttacgtaccctatatttagagttgcacacctttacactttagtagttgatcgaacacaagcgatagagttgcctatg
gi|4 : atcaagtatgtcatccttttatttagttttattacacaggcaatattaactatatatatatagggtatacaagttcgcagacgaaaacataataaactaattattggtgtaacattctactttgtattctagtctatgcatacatactcaatctacgttaaatctgaagttcatcccgaaattccgtatatttcccaaaatatgcagaaatgcctattactttttacttgacctgggcccagacactgtaccattaaacagattgtctgtgaattgcaaaaggcaattacatagaatctgcaacatcaaatatcattttagagttgaatgtcttgtcctaatccctaaatgtcgatgtccgtaatagctccaaagtact-TGAA-AA--TTGTAAATTTATTCTGTC-TGCATTTTCAC---TT-ATCCATGCTATGTTGG-----CTG-------G--TTC---------------C-AA---A-----GGATG-AAAG-GA-------------TGAAGATTC--AATATACAAGTGCCGTGACATAA---ATTCTGCTAAT---------AGTG-----------------------G---ATC----------TTTA---TAA-----AG----------AT------A--CATCGCTC---TCATC-------TATA-T-TTT----TATCCACATCA-ATT---AACACAGGCGTTTGACA---TCTTATAA---T----GAATAAAGTCAATTTAGGTAATTCGTGGCACCGCTC-AAAATGGTTGCGA-AA-T--------CGCAGATTGTT-T-ACA-------GACCCTCTGAGCTATTATGAGCTTATGAATGAG--T--TTATGAATTTCGATACGAAATTCAACT-T-A-CAATAATATCTAAAGTTGCGCATTCTA--TGT-ATTGTTTATTGCA------ATT------------CACAAACAT----TTTAAT----------TA-G--------CAATG-------C-----TTCGAGTAA----AA-AATAA-----CAGACTTG--T--TTTGTAACTG--ATGTCTGCATA----GGGAAgagttgcctatg
gi|5 : -ATGGTTCCAAAGGAC-TAAA-AA--TTGTAAA---A--CCGTC-TGCTCTTTCAT---TT----TG-ACCA----GT-----GCCACTACATG--TAAT---TAT---TACCC---ATTTA-----GGATG-AAAG-GA-CCAATAAGGATTTAAAGACTC--AA-TTATTAATTTTG----ACCATTTACATGTATAATTCA--TTATCGTATATGAAT-T--AAGTTAATAACAG---GTA----------TTTA---CAATGTATAT----------ACATAGATA--CACAGCTC---CTATCATGAATGTCTC-T-TTA----TATCCAAATCACACC---AACACTGGTGTATGACG---ATTCATGG---T------A----ATCAATTTtgaagtttagtagatcatgta
gi|6 : cccACACATAATC-AAT-CTACATTATACCAAA--GTTC--ATCCA-GTAATTCCATAT---------CTTCCCA--A-AAATA-A-GAAGAAATGAATTCAGATAA--AACCCTTAT--CATTATTT-ACTTTTTTCTA-----A--T-TTTAGCTGGGCCCCT-A-CAC-TG-TAACAC-T-TAA-CA--GAATGC-TTGTGCATTGCACCAAGCAATTACATATAGAATATACAACATTAGATATCC-T-TTCTAAGCT-----GAATTT-CTTACCCaatatggttagtacatttttatgtagatatgttagaatacagtgtagaaatttatatcatttgg
gi|7 : ttGTTGCACATTCCA--TGTAATTGATTGTTGCA------ATCTTCGTAGAAATACACAAACATTTTGCTTAGTGACAGGGGCATG-GCCGAAATACA-TG-------TAAT-TCTCGAGTAATTGTAATA--GG-----CA---TTTCCT--TTTG----TC--ATTCCTCAATATCTTTAG---------------TTTG-GGATGAAATTTT-----G---TAGT----AC----------------TATGATTTGATCA-T-AT-ACAACTATACAAAGTTTA-TCTTATAC--A-AT-T----T-GG----CTTGTT------------GTCA-T-----TTT--TGTTTTTCATTAGTGAGCTTGGGTACCCTaaatatatcggaatacaaatttggtttataggtcttttttatcggtgaactttggt
gi|8 : TTACT-GGGCCC-T-G-TAC------CCACCT-AAGGCATTAAATGTGTTGTGCATTGCAACAAGCAA-----------AT------CATT-TCTAT-T-T-GTTGAAGTTTTTTTGAATTTTCATACCCCAAATTATAAACTGG-GTCCG-ACAT-ACTCCAA-TGTCGTGAA-AAATTTGT-AA---A--TCGTCTTTCATTTTCTCTTATC-A--CA-GCTATTTTGG-----ACCG------G--TGCCA--C-TAAATACCTC-GA---AAAGTTGGATT-AAAA-TATCCCAAAAGGATTTAGAGA-TC--AA-ATACTAAt
gi|9 : CA---TTAATGAAAATTCA--ACATGGTACACAAAT-T--A--T--------ACTAATAACAGG-----TTTT---TAG-----AG----------AG------GAACACATCTC---CTATT----CTGTCTA-TGTTC----A-CCTAAA--------------CAGGTGCGTGGCG---TTTTATAA---TTAATGAA----GTCGATTTGGGTAATTAGAGACACCAGat
gi|9 : CTATTACTGAATTC------AG--TATTTATGAATTGGAGT---AAATTGAGCT-T-ATAAATGATATTTAATGCTGTACATTGTA--TGagcagacaattttccctattactgaattcagtatttatgaattggagtaaattgagcttataaatgatatttaatgctgtacattgtatg