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Reference ( gi|4 ) : AGCGAGATGAAACCGGT--AC--G-CG-CAA--TAGATT-----T-CGCTGC-AG---TCAAAACAT--TT-T--TT---TA-G---A--AT---A---A-CAC--C------CG-TTG--T-CAAG--C--A-A--T--G--T--G--G-C---------CG--T-T-GT-TA---GC-GT-T--CT----C--ACA-C-A-C-G-G-T-G-G-G---CGC--GG-GTTTG---G--TC-A-TT--C--A-G----C----GG-GTGC-CAGTCT-AT-TTT-TAT-CAAAG------G-T-T----TCT--CA-AC--C-A-------AGTC-AGA-----ATC--AAG----TA--TTAC-ATGAAAGGTATAATA
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Reference ( family-34 ) : NNNNAGATGAAACCGGT--AC--G-CG-CA--A--TAAATT-T-CG-C-GC-A-G---TCA-ACACATTT-T--TT---T-GG---AAT---AA---CAC--C------CG-TTG--T-CAAG--C--A-A--T--G--T--GG--C---------CG--T-T-GT-TA-G---C-GT-T--CT----C--ACA-C--A-C-NG-TG---G-G---C-GC--G-G-GTTT-N---AT-C-A-TT--C--A-G----C----GG-GTG-ACAGTC-T-ATTTT-TAT-CAAAG------G-T-T----TC-T--CA-AC--C-A----AG-------TC-AGA-----ATC--AAGTA--TTTTAC-ATGAAAGGTATAATA
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gi|9 : AGATGAAAC--GT--AC--G-CG-GC--A--TAGATT-T-CG-C-GC-A-G---TCC-A-ACATTT-T--TT---TAAG---AAT---AA---CACG-G------CG-TTG--T-CAAG--C--A-A--T--GCTT--AA--C---------CGT-T-T-GT-TT-A---CGGT-T--CT----C--ACA-CG-A-C-TG-TG---G-G-----GC--G-G-GTTTGA---AT-C-ACTT--C--A-G----ca
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gi|9 : AGATGAAAC--GT--AC--G-CG-GC--A--TAGATT-T-CG-C-GC-A-G---TCC-A-ACATTT-T--TT---TAAG---AAT---AA---CACG-G------CG-TTG--T-CAAG--C--A---A-T--GC--T-TAA-C---CGT-T-T-GT-TT-A---CGG-T-T--CT----C--ACA-CGA-C-T----G-T--G---G-G----GC--G-G-GTTTG--A--AT-C-ACTT--C--A-G----ca
blockSeqs : G . CG A A AAT . T A T A A ATT AT TAT . . GGCGGG TGG AAGA TA TAGCGGC T G C AT AAA C TCG A GA GT TC G AAAGA G T G GC ACGAC A A G A AGGC C TG TGG A GGCC AGG . ATCT A C C TA TC CGCTCGG A G G CA T T T T TGTT A A TATG T . . GA AGGGGGGGGG A . CA AA T A G
blockSeqs : G . . . . A . . . . . . GC C CAT . . TAGCT . AT G AAC . G . . TAA . AG . GC T AT . ACG . . . TA CCA A G . . . T . . . GCC GT . TGC . G . . A GACCTC . . . C . T C . A . . . . . . . ATGGGGG . . . . T . G
blockSeqs : G . . . . T . . . . . . . A CAT . . TGGGA . A . C . . . . AC . AG . C . T . TG . . . . CC . . . . . . . . . GC G . GA . G . . . GCCG . . . C . T T . . . . . . . . . AAAA . . . . T . G
blockSeqs : G . . . . A . . . . . . . A CAT . . TAAG . T . C . . . . AT . GA . C . G . AC . . . . TC . . . . . . . . . T G . G . . . . . CCTG . . . C . T A . . . . . . . . . CAT . . . . T . G
blockSeqs : G . . . . A . . . . . . . A GAC . . TGG . T . C . . . . TA . GC . C . T . AG . . . . C . . . . . . . . . G G . A . . . . . GC . . . C . T T . . . . . . . . . AAG . . . . A . G
blockSeqs : G . . . . A . . . . . . . A CAT . . TGG . T . C . . . . A . G . C . T . AC . . . . G . . . . . . . . . C G . T . . . . . TC . . . C . T T . . . . . . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . A CAT . . TAG . A . T . . . . A . G . C . T . TA . . . . A . . . . . . . . . C C . G . . . . . GC . . . G . T T . . . . . . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . G CT . . TGA . A . C . . . . A . G . C . T . A . . . . C . . . . . . . . . T G . G . . . . . GC . . . G . . T . . . . . . . . . AA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A TA . . GGG . A . C . . . . A . G . C . T . A . . . . C . . . . . . . . . C G . T . . . . . GC . . . . . . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C C . . TA . T . C . . . . A . G . A . T . A . . . . C . . . . . . . . . C G . G . . . . . GC . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TG . T . C . . . . A . G . C . T . A . . . . C . . . . . . . . . C G . T . . . . . C . . .
blockSeqs : . . AG . A . . . . . . A . C . C . T . G . . . . C . . . . . . . . . G G . T . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . A . G . C . . . A . . . . C . . . . . . . . . C G . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . G . . . . . A . . . . C . . . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** A**** ** TGG******* N*** ** A***** G***** C**** T* ****** ** AA************* *****
originalCons : NNNNAGATGAAACCGGT--AC--G-CG-CA--A--TAAATT-T-CG-C-GC-A-G---TCA-ACACATTT-T--TT---T-GG---AAT---AA---CAC--C------CG-TTG--T-CAAG--C--A---A-T--G---T-GGA-C---CG--T-T-GT-TA-G---C-G-T-T--CT----C--ACA-C-A-C-T----G-T--G---G-G---CGC--G-G-GTTT---N--AT-C-A-TT--C--A-G----C----GG-GT-G-ACAGTC-T-ATTTT-TAT-CAAAG------G-T-T----TC-T--CA-AC--C-A----AG-------TC-AGA-----ATC--AAGT--ATTTTAC-ATGAAAGGTATAATA
finalCons : NNNNAGATGAAACCGGT--AC--G-CG-CAA----TAAATT-T-CG-C-GC-A-G---TCA-ACACATTT-T--TTTGG-------AAT---AN---CAC--C------CG-TTG--T-CAAG--CA-----A-TG-----T-GGAC----CG--T-T-GT-TA-G---C-G-T-T--CT----C--ACA-C-A-C-T----G-T--G---G-G---CGC--G-G-GTTT---N--AT-C-A-TT--C--A-G----C----GG-GT-G-ACAGTC-T-ATTTTT-AT-CAAAG------G-T-T----TC-T--CA-AC--CAA-------------TC-AGA-----ATC--AAGT--ATTTTAC-ATGAAAGGTATAATA
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Reference ( family-34 ) : NNNNAGATGAAACCGGT--AC--G-CG-CA--A--TAAATT-T-CG-C-GC-A-G---TCA-ACACATTT-T--TT---T-GG---AAT---AN---CAC--C------CG-TTG--T-CAAG--C--A---A-T--G---T-GGA-C---CG--T-T-GT-TA-G---C-G-T-T--CT----C--ACA-C-A-C-T----G-T--G---G-G---CGC--G-G-GTTT---N--AT-C-A-TT--C--A-G----C----GG-GTG-ACAGTC-T-ATTTT-TAT-CAAAG------G-T-T----TC-T--CA-A-C--C--AA--------T------CAGAATC--AAGTA--TTTTAC-ATGAAAGGTATAATA
gi|1 : GAAACCGATGAAC--GTCG-CATAA--TTACTTAT-CGTC-GC-A-G---TCA-ACATGGTTATGGTT---T-GGGAAAAT---AAT--CAA--C------CG-TTGATT-CAAA--C--ATGGA-T--GACAG-GGA-TTCACG--T-T-GT-T--G---C-G-T-T--CT----C--ACA-C-A-C-T----G-T--G---G-G---CGC--G-GTATTA---T--AT-C-ATTT--C--G-C----C----GG-GTG-ACATTG-T-ATTTTCCAT-CAAGGAGTAAAG-T-T----TC-TTCCACA-C--C---A--------T------CA
gi|10 : TT-T--TT---T-AGCT-AAT---TA---CAC--C------CG-TCG--T-CA----C--A---A-T--G---T-CGA-GA--CG--T-T-GT-AT-G---T---T-T--CT----CC-ACAAC-A-C-T----G-G--T---G-G---TGC--G-C-GTCT---G--AT-C-A------------------------------GTC-T-------TAG-CGAAG------G-G-T----TC-T--CA-A-C--CAAAA--------T------CAGAATCCAAAGTA--TTTTAC-ATAAAAAG-ATAATActcagacacctatcaacgtttaaa
gi|11 : GT--AC--A-CGACA--A---AAATT-T-AGAC-GC-A-AGC-TCC-AAAC-TTC-T--TT---T-GG---AA----AT---CAT--CTAGCGGCG-TTG--T-CAAG--C--AC--A-TTCG---TAGGA-C---CG--T-G-GTGTA-AAGAC-G-T-TGCCTACGAC--ACA-C-A-C-T----G-T--G---G-G---GTC--G-C-GTTT---t
gi|12 : ---C-A-T-T--CTT---C--ACA-C-AGC-T----G-T--G---G-GGC-CGC--G-G-CTTT---TGCAT-C-A-TTTAC--A-G----CCG--GG-ATG-ACAGTC-TTATTTC-CAT-CAAAG------G-T-T----TC-T--CA-AAC--C--AT--------T------CAGAATC--AAGTA--TTTTAC-ATGAAA-GTATAATAatataatca
gi|13 : tgttacgcacccGT--AC--G-CG-CA--T--GAAATT-T-CG-C-GCAA-G---TCA-ACATATTT-T--CTGGCG-GG---AAT---AT---CAC--C------CGTTTG--TCCAAA--CAAA---A-TA-G---T-GGA-C---CG--T-T-GT-TA-----C-A-T-T--CT-------ACA-C-A-CAT----G-T--G---tc
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gi|15 : tccaAACCG-T--AC--A-AG-CA-----TAAATT-C-CG-C-AC-A-G---TC---CACATTT-T--TT---T--G---AAT---AT---CAA--C------CG-Ttt
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gi|18 : g-T-ATTTT-TATTCAAAG------G-T-T----TC-T--CA-G-C--C--GT--------T------AAGAAT------TA--TTTTAC-ATGAAA-GTATAA
gi|19 : AACCG-T--AC--G-CG-CA-----TAAATT-T-CG-C-GC-G-G---TCA-Aata
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gi|5 : agcg--G-CG-CA--A--TAAATT-T-TG-C-GG-A-G---TCG-ACA---TT-T--TT---T-GA---ATT---AT---CAC--C------CG--TG--T-TAA---C--A---A-T--G---T-GGA-----CG--TAT-GT-T--G---T-G-T-T--CT----C--ACA-C---C-T----GTT--G---G-G---CGC----G-GTTT---T--AT-C-A-TT--C--A------C----GGAGTG-A---TC-T-A-TTT-TAT---AAG---------------TC-T--CA-A-C--C--AA--------T------CAGAAT---AAATA---TTTAC-ATTAAAGATATA
gi|6 : gcttatccacactagcatggacgaacgctAACCG-T--AC--A-CG-CA--G--TAATTT-C-CG-C-G--A-G---TCA-ACAC---T-T--TT---G-GG---AGT---AT---CAA--C-------A-TTG--T--AAG--C--A---A-A--C---T-GGG-A---CG--T---GT-TA-C---G-G-T-T--CT----C--ACA-CAA-C-T----G----G---G-T---GGC--G-G-TTTG---T--AT-C-A-TT--C--A-G----C-----G-GTG-GCAGAG-T-ATTTC-TAT-CAAAGA-----G-T-T----CCTT--CA-A-CGAC--AA--------T------CAAAATC--AAGTA----TTAC-ATGAAAGt
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gi|8 : ---AT---CACA-C------CG-TTGG-T-CAAG--CT-A---ACT--G---T-CGA-C---GG--T---GT-TA-----C-G-T----CT----C--TGA-C-A-C-TAGGCG-T--G---G-GGGCCGC--G-C-GTTT---A--AT-CGA-TT--C--A-C----CTG--GG-GTGGACAGT--T-ATTTT--AT-CAAAG------G-TAT----TC-T--CA-A-C--G--AGGGGGGGGGT------CAGAATC--AAGAA--ATTTACAATGAAAGGTATcagataattaatg
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