lowQualScore                  :                                                                                      111111                                            22                    33333                          33333                                               111          22222222222                                                         11      1                11   11                             444                                          11111111111111                      111111                                   2    111                                                111111111111                   3333333333333              2222                                            22222222222222222222        11111111              1111                    22    111        1111111111                                                     33333333333333333           111111111                                              444444444444444444444444444444444444444444444444444         333333                                                                        11111                                    11                   11                                                  11                               2                                                     
lowQualScore                  :      3    2    77 2 2 33 5  5 33  2 33      2  2 5    5  33     555 3 3 44     3 3   444444  3  3   66   2 2  5   33          2 2 6666 99    2  2    33 33   11111  2 33 2    2  3    2     88888   555   3 999  999  3  44 3    44 3  3 3      222  3     3 77777777777 4  44 3  3      6   77   3  3  44  3         6    3  55 88 3 55 4 7   3  55      44 2 66    3    3 3 7    3   3   3  000           77 3    3 3   3 88888 44  6    33333333333333 3      3   44 3  44  000000   55  7      55  3       3      3 1 3  444    3     3  3  3  6 3        44  3 44  77 3    555555555555 3        3     44 4444444444444 3 3 3 3    6 2222   3  3      3 77 44 3  3 3 3        6    2 66666666666666666666  33 2  00000000        2     7777     2  2  33       00    222   33   3333333333    2   2    55    2  5555     2  55 2  5555  555555 44444444444444444 33  88    444444444 444 2  2      2   5555   2  666 444   55  2  999999999999999999999999999999999999999999999999999     444 222222 5555   2 2   55  4444   88  33  2    33   5            2      2     5  33333   33    2  2     6666 2 5  2 555   00     9   555  77   44 3 3 44 44   3 3   77 44     999 3   2 33 2    2  22 2 33 2    5  33    66   2  2  5     2  2 2 2  5555 2    6666    2 33 2   6  3       
lowQualScore                  :      .    .    .. . . .. .  . ..  . ..      .  . .    .  ..     ... . . ..     . .   ......  .  .   ..   . .  .   ..          . . .... ..    .  .    .. ..   .....  . .. .    .  .    .     .....   ...   . ...  ...  .  .. .    .. .  . .      ...  .     . ........... .  .. .  .      .   ..   .  .  ..  .         .    .  .. .. . .. . .   .  ..      .. . ..    .    . . .    .   .   .  ...           .. .    . .   . ..... ..  .    .............. .      .   .. .  ..  ......   ..  .      ..  .       .      . . .  ...    .     .  .  .  . .        ..  . ..  .. .    ............ .        .     .. ............. . . . .    . ....   .  .      . .. .. .  . . .        .    . ....................  .. .  ........        .     ....     .  .  ..       ..    ...   ..   ..........    .   .    ..    .  ....     .  .. .  ....  ...... ................. ..  ..    ......... ... .  .      .   ....   .  ... ...   ..  .  ...................................................     ... ...... ....   . .   ..  ....   ..  ..  .    ..   .            .      .     .  .....   ..    .  .     .... . .  . ...   ..     .   ...  ..   .. . . .. ..   . .   .. ..     ... .   . .. .    .  .. . .. .    .  ..    ..   .  .  .     .  . . .  .... .    ....    . .. .   .  .       
lowQualScore                  :      3    9    22 9 9 99 7  7 99  9 99      9  9 7    7  99     444 1 1 22     1 1   222222  1  1   88   9 9  7   99          9 9 1111 66    9  9    99 99   44444  9 99 9    9  9    9     66666   000   1 666  666  1  22 1    22 1  1 1      777  1     1 66666666666 8  22 1  1      2   33   3  3  66  3         7    6  00 66 6 00 5 3   6  00      11 3 66    6    6 6 3    6   6   6  888           99 3    3 3   3 33333 66  7    22222222222222 3      3   66 3  66  555555   00  3      00  6       6      1 5 1  666    1     1  1  1  2 1        22  1 22  33 1    888888888888 1        1     22 4444444444444 1 1 1 1    2 2222   1  1      1 33 22 1  1 1 1        2    9 11111111111111111111  99 9  44444444        9     9999     9  9  99       11    555   44   4444444444    5   5    99    4  0000     4  66 4  0000  666666 44444444444444444 22  88    111111111 333 4  4      4   0000   4  555 111   66  4  888888888888888888888888888888888888888888888888888     111 666666 0000   4 4   99  9999   44  44  5    44   0            5      5     3  11111   99    9  9     1111 9 7  9 000   44     2   888  99   66 3 3 66 66   3 3   99 66     222 3   9 99 9    9  55 9 99 7    3  77    88   9  9  2     9  7 7 7  7777 7    1111    9 99 9   2  3       
consensus                     :  TGGA-GAAA-TTTTT-A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G----AG-AAAA-AT-ATTT--A--AAA---TTAC-A--A-TTGT-AANCTGA-CCTCT--GC-ATA---AAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-C-GCATTT---CA-TTCTC-C--AT-------GGTC--G-CA-TTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--AC-TTTCAATGC-AACT-GG--T--A-A--A-T-ATT-CG--GAGTTC-GATTTTACAA-TTAA-A-G-TTTT-GAA-GCG-GA---GAGCCCCATTT--A-ATCC-A-TTA-T-----A--AA-CAGT---A--C-------A-ACAATC-TTT--G-AA--AA------TCA--CA-GAAAGT--GC-ACTTTCT-CACTTC-GAA-AA---GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-ATGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------C-ATCGGAAA-CGGAA--A----------A--T-G-A-G-AAGT-G---GTTT-TC-CGGAAT-A--T--G-TT-G-A-CAACTTTA-TTGA-A--------------------TT--A-TT--------TTTCAAGA-AAGTT-CC-TTTTC-AA-AT--CAAAATCA-ACCG--TTTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GG--A-CA----CC---G--A-------------A---G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------A------------T--------------A------------TAAAT---AG-----A----AAT-G-TCA--TC--C-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTG-ACGTCA-GGAGG-CC--T--AAC--AAGG-GA-TATCT----A-C-AA-A---ATA--TTTCA-TGA-T-TT--CGG--A-A-A--G--TTA-C-ATG--C--TTAAT---G-ATT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAG-AT--CACG--TGG-TA-CT-AAGCT-CA-T-G-AA----T-AAAG----TGGT-A--A-GAA-TT-TCTCCAT
Reference ( gi|12 )           :  TGGA-GAAA-TTTTT-A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G----A--AAAA-AT-ATTT--A--AAA---T-AC-A--A-TTGT-AATCTGA-CCTCT--G--ATA---AAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-C-GCATTT---CA-TTCTC-C--GT-------GATC--G-CA-TTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--AC-TTTCAATGC-AACT-GG--T--A-A--A-T-ATT-CG--GAGTTC-CATTTTACAA-TTAA-A-G-TTTT-GAA-GCG-GAAG-GAGCCCCATTT--A-ATCC-A-TTA-T-----A--AA-CAGT---A--C-------A-ACAATC-TTT--G-AA--AA------TCA--CA-GAAAGT--GC-ACTTTCT-CACTTC-G-A-AA---GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-ATGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------C-ATCGGAAA-CGGAA--A----------A--T-G-A-G-AAGT-G---CTTT-TC-CGGAAT-A--T--G-TT-G-A-CAACTTTA-TTGA-A--------------------TT--A-TT--------TTTCAAGA-AAGTT-CCTTTTTC-AA-AT--CAAAATCA-ACCG--TTTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GG--A-CA----CC---A--A-------------A---G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------A------------T--------------A------------TAAAT---A------A----AAT-G-TCA--TC--C-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTG-ACGTCA-GGAGG-CC--T--AAC--AAGG-GA-TATCT----A-C-AA-A---ATA--TTTCA-TGA-T-TT--CGG--A-A-A--G--TTA-C-ATG--C--TTAAT---G-ATT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAG-AT--CACG--TGG-TA-CTAAAGCT-CA-T-G-AA----T-AAAG----TGGT-A--A-GAA-TT-TCTCCAT
gi|10                         :  TAGA-GAAT-TTTTTTA-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G----AG-AAAA-AT-ATTT--A--AAA---TTAC-A--A-TTGT-AAACTGA-CCTCT--GC-ATA---AAT-A---CA---CG-TT--TTCCAG--C-AT-C-GCATTT---CA-TTTTC-C--ATT------GGTC--G-CA-TTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--AC-TTTCAATGC-AGCT-GG--T--A-A--AAT-ATT-CG--GAGTTC-GATTT-ACAA-TTAA-A-G-TTTTTGAA-GCG-GA---GAGCCCCATTT--A-ATCC-A-TTA-T-----A--AA-CAGT---A--C-------A-ACAATC-TTT--G-AA--AA------TCA--CA-GAAAGT--GC-A-TTTCT-CACTTC-G-ATAA---GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-ATGGGACA--CT-A--AT--T-CCAG------------C-ATCGGAAA-CGGAA--A----------AT-T-G-A-G-AAGTGG---TTTT-TC-CGGAAT-A--T--G-TT-G-A-CAACTTTA-TTGA-A--------------------TT--A--T--------TTTCAAGA-AAGTT-CCTTTTC---A-AT--CAAAATC--ACTGTTTTTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATT--GG--A-CA----CC---A--AG------------G---G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------A------------T--------------A------------TAAAT---AG-----A----AAT-G-TCA--TC--T-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTG-ACGCCA-GGA-G-CC--T--AAC--AAGGTGA-TATTT----A-C-AA-A---ATA--TTTCA-TGATT-TT--CGGA-A-A-A--G--TTT-C-ATG--C--TTAAT---G-ATT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAG-AT--CACG--TGG-TA-CT-AAGCT-CA-T-G-AA----T-AAAG----TGGT-A--A-GAA-TT-TCTCC
gi|8                          :  TGGA-GAAA-TTTT--A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-AATGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTCT-ATT-AACG-TAA--AGAAATTAAT-A-G----AG-AAAA-AT-ATTT--A--AAA---TTAC-A--A-TTGT-AATCTGA-CCTCT--GC-ATA---AAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-C-G-ATTT---CA-TTCTC-C--AT-------GGTC--G-CA-TTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--AA-TTTCAATGC-AACT-GG--T--A-A--AAT-ATT-CG--GAGTTC-GATTT-ACAAATTAA-AAG-TTTT-GAA-GCG-GA---GAGCCCTATTT--A-ATCC-A-TTA-T-----A-----CAGT---G--C-------A-ACAATC-TTT--G-AA--A-------TCA--CA-GAAAGT--GC-ACTTTCT-C-CTTC-GAA-AA---GCAA-CGGAT-AT-G--AA-C-ATGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------C-ATCGGAAA-CGGAA--A----------AT-T-G-A-G-AAGT-G---GTTT-TC-CGGAAT-A--T--G-TG-G-A-CAACTTTA-ATGA-A--------------------TT--A-TT--------TTTCTAGA-AAGTT-C--TTTTCAAA-AT--CAAAATCA-CCCG--TTTT--TGG----------CA-T-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GGACA-CA----CC---G--A-------------ATGGG--GG--GAAC---------T---A-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------A------------T--------------A------------TAAAT---AG-----A----AAT-G-TCA--TC--C-TTG--TT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTGCTG-ACTTCA-GGAGGCCC--T--AAC--AAGG-GA-TATCTCGTGA-C-AA-A---A-A--TTTCA-TGA---TT--CGGAAA-A-A--G--TTA-C-ACG--C--TTAAT---G-ATT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAG-AT--CACG--TGG-TA-CT-AAGCT-CA-T-G-AA----TAAAAA----TGGT-A--A-GAATTT-TCTCC
gi|7                          : aTGGA-GAAA-TTTTT-A-CAC--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCA-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CGGTAA--AGAAATTA-T-A-G----A--GAAA-AT-ATTTTAA--AAA---TTACCA--A-TTGT-AATCTGA-CCTCTT-GC-ATA---AATTA---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-C-GCATTT---CA-TTCTC-C---T-------GGTC--G-CA-TTTTTTTCAA--TGA-A--CA---C-TTTCAATGC-AGCT-GT--A--A-A--A-T-ATT-CG--GAGTTC-GATTT-ACAA-TTAA-A-G-TTT--GAA-GCG-GA---GAGCCC-ATTT--A-ATCC-A-TTA-T-----A--AA-CAGT---A--C-------A-ACAATC-TTT--G-AA--AA------TCA--CA-GAAAGT--GC-ACTTTCT-CACTTC-GAA-AA---GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-AT-GGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------C-ATCGGAAA-CGGAA--A----------AATT-G-A-G-AAGT-G---GTTT-TC-CGGAAT----T--G-TT-G-A-CAACTTTA--TGA-A--------------------TT--A-TT--------TTTCAAGA-AAGTT-CC-TTTTC-AA-AT--CAAAATC--ACCGT-TTTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GG--A-CA----CC---A--A-------------AG--G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G----CA--TG-CA--C-------A------------T--------------A------------TAAAT---AG-----A----AAT-G-TCA--TC--T-TTG--CT--ACAATCA--TTG-ACACTTGTACTG-ACGTCAGGGAGG-CCCTT--AACGAAAGG-GAGTA-CT----A-C-AATA---ATA--TTTCATTGA-TGTT--AGGA-A-A-A--G--TTA-C-CTG--C--TTAA----G-ATT-A--T-CTAT-AA--A-T--T-TTAG-A---CACG--TGG-TAGCTTAAGCTGCATT-A-AA----T-AAAG----TGGT-A--A-GAA-TT-TCTCCA
gi|9                          :  TGGA-GAAA-TTTTT-A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GT-AATGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCA-A-ATA------TT-TG-ATC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G----A--GAAA-AT-ATTT--A--AAAT--T-AC-A--A-TTGT-AAACTGA-CCTCT--GC-ATA---AAT-A---CA---CA-TT--T-CCAG--C-AT-T-GCATTTCA-CA-TTTTC-C--ATTC-----GGTC--G-CATTTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--AC-TTTCAATGC-AACT-GG--T--A-A--AGT-ATT-CT--GAGTTC-GA-TTTAC-A-TTAA-A-G-TTTT-GAA-GCG-GGAGTG---CCCA-TT--A-ATCC-A-TTA-T-----A--AA-CAGT---T--C-------A-ACAATC-TTTGAG-AA--AA------TCA--CA-GAAAGT--GC-ACTTTTT-CACTTC-GAA-AA---GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-AAGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------C-ATCGGAAA-CGGAA--A----------AT-T-G-AGG-AAGT-G------G-TC-CGGAAT-A--T--G-TT-G-A-AAAC-TTA-TTGA-A--------------------TT--ATTT--------TTTCAAGA-AAGTT--CGTTTTC-AA-AT--CAAAATCA-ACAA---TTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GA----CATTA-GG--A-CA----CC---A--A-------------AGG-G--GG--GATT---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------ATGTATTAATTT-T--------------A------------TAAAT---AG-----A----AAT-G-TCC--TC--T-TTG--CC--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTG-ACGCCA-GGAGG-CCT-T--AAC--AAGG-GA-TATCT----A-C-AA-A---ATA--TTTC-----------------A-A-A--G--TTA-C-ATG--C--TTAAT---G-AAT-A--T-TAAT-AA--C-T--T-TTAG-AT--CACG--TGA-TA-CT-AAGCT-CA-T-G-AA----T-GAAA----TGGT-A--A-GAA-TT-TCTCC
gi|6                          : aTGGACGAAA-TGTTT-A-C-CGAA-TTGT--GG-C--TAATTT-GC-A-GGCCTGC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ACTCCTCAGAT-CT-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G----AG-AAAA-AT-ATTT--A--AAA---TTGC-A--A-CTTT-AAACTGG-CCTCT--GC-ATA---AAT-A---AA---CG-TC--T-CCAG--C-AT-C-GCATTT---CA-TTCTC-C--AT-------GATC--G-TA-TCTTGT-CAA--AGA-AA-CA--AC-TTTCAATGC-AACT-GG--T--ACA--A-T-ATT-CG--GAGTTC-CATTTC-CAA-TTAA-A-G-TTTT-GAA-GCG-GA---GAGCCTCATTT--A-ATCA-A-TTA-T-----A--AA-CATT---T--C-------A-ACAATC-TTT--G-AA--AA------TCA--CA-GAAATT--GC-ACTTTAT-CACTTC-GAA-AA---GCAA-CGGAT-AT-GT-AA-C-AAGGGTCA--CT-A--AT--T-----------------C-ATCGGAAA-AGGAA--A----------GT-T-G-A-G-AAGT-G---GTTT-TC-GTGAAT-A--T--G-TT-G-A-CAACATTA-TTGA-A--------------------TT--A-TT--------TTTCAAGA-ACGTT-CGTTTTT--AA-AT--CAAAATC--ACCG---TTT--TGG----------CATT-TCT-TGCT--TCGC-AG----CATTG-GG--A-CA----CC---G--A-------------G---G--GGGAAAAT---------T--AA-GA-CATTAG-AAA----ATG-CA---A---CCA--TG-CA--C-------ATGTAATTCATTTT--------------A------------TAAAT---AG-----A----AAG-G-TCA--TG--T-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTA-ACGTCA-GGGGG-CCT-T--AAC--AAGG-GA-TATCT----A-C-AA-A---ATA--GTTTA-TGA-T-TTC-CGA--A-A-A--G--TTA-C-GTG--C--TTAAT---G-AAT-A--T-TCAT-AAG-T-T--T-TTAG-AT--CACC--TCA-TA-CT-AAGTT-CA-T-G-AA----T-AAAG----TGGT-A--A-GAA-
gi|5                          :  TGGA-GAAA-TTCTT-AAC-C--AATT-T--AG-TCGTAATTT-GC-A-TGCCCGC--CATCT-----G-A--TTGCGGA-ATT------AT-CG-GTCCCATTTA-CG-TAA--AGAAAATAAT-AAG----AT-AAAA-ATTATTT--ATTAAA---TTAC-A--A-TTGT-AATCTGA-CCTCT--GC-ATA---AAT-AAT-CATT-CG-TT--C-GCAGGCC-AT-T-GCATTC---TT-GTCTC-C--AT-------GGTC--G-CA-TTTTTTTCAA--TAA-AAACATTAC-TTTCAATGC-AAC--GG--TTAA-A--A-T-ATT-CG--GATTTC-GATT--ACAA-TTAA-A-G-TTTT-GAA-GCG-GA---GAGCCCCATTTTTA-ATCC-A-TTA-T-----A--AAACAGT---A--CGCGTTACA-ACAATC-TTG--G-AA--AAAAATTTTCAAGCA-GAAAGT--GC-ACTT-CT-TAGCTC-G-A-AAA--GCAA-CCGAT-AT-GATAA-CTATGGGTCAACTT-A--AT--T-CCAG------------CCATCGGAAAACGAAA--A----------T--T-G-A-G-AAGT-G---GTTT-TC-CG-AAT-A--TTTG-TT-G-A-CAACTTTA-TTGA-AT-------------------TT--A-TT--------TTTC-AGA-AAGTT-CC--TTTC-AATAT--AAAATTCATACCGT-TTTT--TGT----------CATT-TC--AGCC--TCA--GG----CATTG-GGA-A-CA----CC---A--A-------------A---G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG--AA----ATG-CA---GCCCCCA--TG-CA--C-------A------------T--------------G------------TTAAT---ATATTTGA----AAT-A-TCA--TCTTC-TTG--C---AC-ATCA--TTG--CATTTGTACTG-ACCTCA-GGAGG-CC--TTAAAC--AAGT-GA-TATCT----A-C-AA-A---ATA--TTTCATTGA-T-TT--CGG--A-A-AATG--TTA-C-ATG--A--TTAATTGAA-ATT-A--TGTCAA-AAGTCGT--T-TCAA-AT--C
gi|16                         :  TGGA-GCAA-TTTTT-A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G----AG-AAAA-AT-ATTT--A--AAAT--T-AC-A--T-TTGT-AAACTGA-CCTCT--GC-ATA---AAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-C-GCATTT---AA-TTCCC-C--AT-------GGTC--G-CA-TTTTTT-CAG--TGA-AA-CA--AC-TTTCAATGC-A
gi|24                         :  TGGA-GAAA-GTTTT-A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--C
gi|4                          : taGGA-GAAAATTTTT-A-C-C--AATT-T--AG-C--TAATTT-GCCA-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A--G-TAA--AGAAATTAAT-A-G----AG-AAAA-AT-ATTT--A--AAAT--T-AC-A--A-TTGT--ATCTGA--CTCT--GC-ATA---AAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-CGGCATTT---CA-TTCTC-C--AT-------CGTCCGG-CA-TTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--ACTTTTCAATGCGAACTGGG--T--A-AAGA-TGATT-CG--GAGTTC-GA-TTTACAA-ATAA-A-G-TTTT-GAA-GCGAGATG-AAGCCTCATTTA-A-ATCC-A-TTA-T-----A--AA-CAGT---A--C-------A-ACAATCTTTT--G-AAACAA------TCA--CATGAAAGT--GTGACTTTCTCCACTTC-GAA-AA---GCAA-CGGAT-AG-GA-AA-C-ATGGGTCA--CG-A--AT--T-CCAG------------C-ATCGGAAA-CGGGA--A----------AATT-G-A-GAAAGT-G------T-TC-CGGAATCA--T--G-TTGG-A-CAACTTTATTTGA-A--------------------TT--A-TT--------TTTCAAGA-AAGTT-CC-TTTTC-AA-ATTCCAAA--C--ACCG--TTTT--TGG----------CATTGTCT-AGCCA-TCAC-GG----CATTG-GG--ACCA----CC---A--AAG-----------A---G--GG--AAAC---------CTAAA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------A------------T--------------AT-----------TAAATAGGA------A----AAT-G-CTA--TC--C--TG--CT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTG-AC-TCA-GGAGC-CC--T--AAC--AA-G-GA-TATCT----A-A-CA-C---ATAT-TTTCA-TGA-T-TT--CGG--A-A-A--G--ATACC-ATG--C--TTAAT---GAATT-A--T-TCATAAA--C-T--TCTTAG-AT--CACGT-TGG-TA-CTAAG--T-CA-T-GAAA----T-AAAG----TGGT-A--AGGAA-TTCTCTCCA
gi|2                          :   GGA-GCAA-TTTTTTA-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGC--GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G----AGAAAAA-AT-ATTT--A--AAA---TTAC-A--T-TTGT-AAACTGA-CCTCT--GC-ATA---AAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--CCAT-C-GCATT----AA-TTTCCAC--AT-------GGTC--G-CA-TTTTT--CAG--TGA-AA-CA--AC-TTTCAATGCCAACT-GG--TTAA-A--A-T-ATT-CGCAGAGTTC-GATT--ACAA-TTAA-A-AATTTT-GAA-GCG-GA---GAGCCCCATTT--A-ATCCCA-TTA-T-----A--AA-CAGT------C-------A-ACAACC-TTT--G-AA--AA------TCA--CA-GAAAGT--GC-ACTTTTT-CACTTC-G-A-AAA--GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-AAGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------C-ATCGGAAA-CGGAA--A----------A--T-G-G-G-AAGTGG---TTTT-TC-CGGAAT-A--T--T-TT-G-A-CATCTNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTTT--A-TTGAATTATTTTTCAAGA-AAGTT--CGTTTTC-AA-AT--CAAAATC--ACCG--TTTT--TGG----------TATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GG--A-CA----CC---A--AAGGAGATCAAAGGA---G--GA--AAAT---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATGCCA---G---TCAAGTG-CAC-C-------A------------T--------------GCTATTCATTTATTAAAA---G------A----AAT-G-TCA--TG--T-TTGT-TT--AC-ATCA--TTG-ACACTTGTACTG-ACGTCA-GGAGC-CT--T--AAC--AAGG-GA-TATCT----A-CAAA-A---ATA--TTC------------------A-A-A--G--TTA---ATG--C--TTAAT---G-AAT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAG-ATCACACG--TGA-TA-CT-AAGCT-TA-T-A-AA----T-AAAG----TGGT-A--A-GAA-TT-TCTCC
gi|3                          :   GGA-GAAA-TTTT--A-C----A-TT-TTAAG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-TC--CATCT---TTG-ACATTGCG-A-CTT------AT-CG--TC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTGATTA-G----GC-AAAA-AT-ATTT--A--AAAATTT-AC-A--A-TTGT-AATCTGAACCTCT--GGCATA---AAT-A---CA---CG-TT--C-CCAG--C-AT-C-GCATTTT--CA-TTCTC-T--GTTATGCCTGGTC--G-CA-TTTGTT-CAAG-TAA-AA-CA--AC-TT-CAATGC-AACT-GG--TTAA-A--A-TTATTTCG--GAGTTC-GATT---CAA-TAAA-A-GGTTTT-GAACGCG-GGAG--AGCCCCATTT--A-ATCC-AATTAAT-----A--AAACAGT---GAGC-------A-ACAATC-TTT--G-AA--AA------TCA--CAAGAAAGT--GC-ACTTTCT-CACTTCCG-A-AA---GCAA-CGGAT-AT-GA-AAAC-ATGGGTCA--CT-A--AT--TTCCAG------------C-ATCGGAAA-CGGTATTA----------T--T-GTA-G-AAGT-G---GTTTATC-CAGAAT-A--T--G-TT-G-A-CAAACTTA-TTGA-A--------------------TT--A-TT--------TTTCAAGA-AAGTT-TC-TTTTC-AA-AT--CGAAATCC-ACTG----TT--TG------------ATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GG--A-CA----CC---A--A-------------AGG-G--GG--AAAC---------T---A-AA-CTTTAGAAAA----ATG-CA---G---TCA--TGCCA--C-------AT-----------T--------------A------------TAAAT---A------G----AAT-GTTTA--TC--C-TTGTACT--AC-ATC---TTG--CATTTG-ACTG---GTCG-GGAGGCCC--T--AAC--CTTG-GA--ATCT----ACC-AA-A---ATATTTTTCATTGA-T-TTCGCGA--A-A-A--G--TTA-C-ATG--CCTTTAAT---G-ATT-ATTT-TCAT-AA--C-T--T-TTAG-AT--CACG--TGG-TA-CT-AAGCT-CA-T-G-AA----T-AAAG----TGGT-AAGA-GAA-TT-TCTC
gi|1                          :  gGAA-GAAA-TTTT--A-C-C--A-TTAT--AGTC--TAATTTTGC-A-TGCC-GCTCCATCTCTTT-GTA--TTGCG-ACATTTTT---ATTCGAGTC--ATT-A-CGGTGAGAAGAAATTAAT-A-GTGAGA--AAAA-AT-ATTT--A--AAAAT-T-AC-A--ACTTGTTAATCTGA-CCTCT-----ACATTCAAT-AACGTA---CG-TTAAT-CCAG--C-ATGC-GCACTTATCCAATTCTT-CTCATAGAAA--GGTC--GGCA-TTAATT-CAGGTTGACAA-CA--AC-T--CAATTG-AACT-GGAGT--A-A--AAT-ATT-CG--GAGTCCTCGATTTACAA-TAGATA-G-T----GAA-GCG-GA---GAGCC--ATTT--ATATCC-A-TTA-TTCAATATTAA-CAGTGACA--C-------AGAAAATC-TTT--GGAA--AA------TCA--CA-GAAAG----C-ATTCT-T-CA-TTC-G-A-AAAAAGCAA-CGGATTAT-GA-AA-A-CTGGGTCA--CTGA--ATA-T-CCAG------------C-ACTGGAAG-CGGAA--A----------T--T-A-A-G-AAGT-G---GTTT-TCGCGAAAT-GGTT--G-TT-A-ACCAACTTTATTTGATA--------------------TTTAA-TT--------TTTCAAGATAAGTTGTCAATTTC-AA-AT--CAAAATC--ACCG--TCTTTATAGAGCACCAGCCCATT-TCT-GACCCTTCAC-AGGGGCCATTGTGT--A-CA----CC---ATTA-------------A---GGCGG--AAGCG--------T--AA-AACCTTTAG-AAA----ATG--A---G---CCAT-TG-CAG-C-------A------------T--------------A------------TAAAT---A------G----ATT-G-TCAAGTC--CATTGC-CT--AC-ATCA--TTGCACATTTGTACTGAACGTCA-G--AG-CC--T--AAC--AAGG-A---ATCT----A-C-AA-AATTATA--TTTCA--GA-T-TT--CTG--A-ACA--ATTTTA-CGGTGTTC--TT-AT-----ATTAA--T-TCAT-CC--C-TTCT-TTAG-AT---ACG--TGGTTA-CT
gi|11                         :          A-TTTTT-A-C-C--A-TT----AG-C--TA-TTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------A--CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTTAT-A-G----AG-AAAA-AT-ATTT--A--AAT---T-AC-A--A-TTGT-AATCTGA-CCTCTCTGC-ATG---AAT-A---CATCACGATT--G-GCAG--C-AT-C-G-ATTT---CA-TTCTC-C--AT-------GGTC--G-CA-TTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--AC-TTTCAATGC-AACT-GG--TA-A-A--A-T-ATT-CG--GAG-TC-GATTTTACAA-TTAA-A-G--TTT-GAA-GCG-GA---GAGCCCCATTT--A-ATCC-A-TTA-T-----A--AA-CAGT---A--C-------A-ACAATC-TTT--G-AA--AA------TCA--CA-GAAAGTACGT-ACTTTCT-CACTTC-GAA-AA---GCAA-CGCAT-AT-GA-AA-C-ATGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------C-ATCGGAAA-C-GAA--T----------T--T-G-A-G-AAGT-A---GTTT-TC-TCGGAT-A--T--GCTT-G-A-CAACTTTA-TTGA-A--------------------TT--A-TT--------TTTCAAGA-AGGTT-CC-TTTTC-AA-A---CACAAT-A-ACCG--TTTT--TGG----------CATT-TCTAAGCC--TCACGGG----CATTG-GG--A-C-----CC------A-------------A---G--GG--GAAC---------T---A-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---TCA--TG-CA--C-------A------------T--------------A------------TAAAT---AG-----A----AAT-G-TCA--TC--C-TTG--CTAAAC-ATCAGTCTG-ACATTTGTACTG-CCGTCA-GGAGG-CC--TC-AAT--AAGG-GA-TATCT----A-C-AA-T---AAA--TTTCA-TG--T-TT--CGG--ACA-A--G--TTA-C-ATAT-C--TTAATG--G-ATT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAG-AT--TACGTTTGG-TA-CT-AAGCT-CA-TGG-AA----T-AAAG----TGGT-A--A-GAAGTG-TCTCCccatccatgtaattatattaatgcgtaagagaatat
gi|18                         :           -TTTTT-A-C-C--A-TT-T--GT-C--TAATTT-GC-A-TACC-GC--CATCT---T-G-A--CTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G----AG-AAAA-AT-ATGT--A--AAA---TAAC-AATA-TTGT-ACGCTGA-CCTCT--GC-ATA---A
gi|19                         :                                                                                                  tTC--ATT-G-CG-TAA--ATAAATTAAT-A-G----A--GAAACAT-ATCT--A--AAA---TTAC-T--T-TTGT-AAACTGA-CCTCT--GC-ATA---GTT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-C-GCACTT---AA-TTCTC-C--AT-------GGTC--G-CA-TTTTTT-CAA--TG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TT--A-ATCC-A-TTA-T-----A--AA-CAGT---A--C-------A-ACAATC-TTC--G-GA--
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CTTT-GCA-AA---GCAAACGGAT-AT-AA-AAAC-ACGG-TCA--CT-A--ATCAT-CCAAAAACAACACCGCC-ATCGGAAA-CAAAA--AGAAAGAAAAAA--T-G-A-A-GAGT-GGTTTTTT-TT-TTGAAT-AG-T--G-TT-GGA-CAACTTTA-TTGA-A--------------------TT--A-TT--------TTTCAAGA-A------CTTTTTC-AA-AT--CAAAATCA---CG--TTTT--TGGC---------CATT-TCT-AGCT--TCAC-GA----CATTG-GG--A-CA----CC---G--ATGC----------A---G--GAT-AATT---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CAG--G---TCA--TG-CA--C-------A------------TGTATTGCCTTTGTAA------------TAAAT---AG-----A----AATAG-CCA--TG--T-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACA-CTGTACTG-ACGTCA-GGAGG-
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTC-G-A-AAA--GCAA-CGGAT-ATTGA-AA-C-ATGGGTCA--CT-ATAAT--T-CCAG------------C-ATCGGAAA-CGGAA--A----------A--TTG-A-G-AAGT-G---GTTT-TC-CGGAAT-A--T--G-TT-G-A-CAACTTTA-TTGA----------------------TT--A-TT--------TTTCAAGA-AAGTT-CCTTTT-C-AA-AT--CAAAATC--ACCGT-TTTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----C-TTG-GA--A-CA-----A---A--G-------------G---G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA----------A------------T--------------A------------TAAAT---A------GAAATAAT-G-TCAT-TC--C-TTG--CT--AC-ATCA--TTGAACATTTGTACTG-ATGTCA-GGAGG-CC--T---AC--AAGG-GA-TATCT----A-CAAA-A---ACAT-TTTCA-TGA-T-TT--CGGA-A-A-A--G--TTA-C-ATG--C--TTAAT---G-ATT-A--T-TCAT--A--C-T--T-TTAG-AT--CACG--TGG-TA-CTTAAGCT-CA-T-G-AA----T-AAAGAAACTGGT-A--A-GAA-TT-TCTCCA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -A--------------------TT--A-TT--------TTTCAAGA-AAGTG-TGTTTTCA-AA-AT--CAAAATCA--CAA--TTTA--CGG----------TAAT-TGT-AACA--TTTC-GG----TATTG-TG--A-CA----CT---G--AC------------A---G--GA--AAAAA--------T--AA-GA-ATTTAG-AAATTCAATG-CA---T---TCA--TT-T------------------------T--------------A------------TAAAT---AG-----A----AAT-G-TCA--TG--T-TTC--CT--AC-ATCA--TTG-ACAATTGTATTG-ACGTCA-GGACG-CC--TA-AAC--AAGG-GA-TACCT----A-C-AA-A---CTA--TTTCA-TG
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --TTTT--TGG----------CATT-TGT-AGCT--CTGC-AG----CATTG-AG--A-CA----CC---G--A-------------C---G--GGGAAAAT---------T--AA-GA-ATTTAG-TAA----ACG-CA---G---CCA--TG-TATTC-------A------------TTTT-----------A------------TAAAT---AG-----A----AAT-G-CAA--TG--T-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACACTTCTACTG-ACGTTA-GGAGG-CCT-T--AAC--AAGG-GA-TACCT----A-C-AA-A---
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         caaaatcaccgggtttttgggttt--TGG----------CATT-TCT-AGCT--TCAC-GG----CATTG-GG--A-CA---------A--A-------------A---T--GC--AA-----------------------TA---------ATG-CATATG---TTA--TT-CA--T-------T------------TT-------------A------------TAAAT---AG-----A----AAT-G-TCG--TG--T-TTA--TT--AC-ATCA--TTG-ACACTTGTACTG-ACGTCA-G
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  C-AG----CATTG-AG--A-CAAAATCCTAGA--A-------------C---G--GG--AGACGAATAAATCT--AAGAA-TTTCAG-TAA----ACG-CA---G---CCA--TG-TA--CTTTCATTG------------T--------------A------------TAAAT---AG-----A----AAT-G-
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TT-A--T-TCAT-GAG-C-T--T---AGTAC--CACG--TGA-T--CTAAAAGT-TA-T-G-AA----T-AAcaatgt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tagagaatttttttaccatttagctaatttgcatgccgccatcttgattgcgaattatcggtcattacgtaaagaaattaatagagaaaaatatttaaaattacaattgtaaactgacctctgcataaatacacgttttccagcatcgcatttcattttccattggtcgcattttttcaatgaaacaactttcaatgcagctggtaaaatattcggagttcgatttacaattaaagtttttgaagcggagagccccatttaatccattataaacagtacaacaatctttgaaaatcacagaaagtgcatttctcacttcgataagcaacggatatgaaacatgggacactaattccagcatcggaaacggaaaattgagaagtggtttttccggaatatgttgacaactttattgaattattttcaagaaagttccttttcaatcaaaatcactgtttttttggcatttctagcctcacggcattggacaccaagggggaaactaaaactttagaaaatgcagccatgcacatataaatagaaatgtcatctttgctacatcattgacatttgtactgacgccaggagcctaacaaggtgatatttacaaaatatttcatgattttcggaaaagtttcatgcttaatgaTT-A--T-TCAT-GAG-C-T--T---AGTAC--CACG--TGA-T--CTAAAAGT-TA-T-G-AA----T-AAagtggtaagaatttctcc
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 atggagaaattttaccatttagctaatttgcaatgccgccatcttgattgcgaattatcggtctattaacgtaaagaaattaatagagaaaaatatttaaaattacaattgtaatctgacctctgcataaatacacgtttccagcatcgatttcattctccatggtcgcattttttcaatgaaacaaatttcaatgcaactggtaaaatattcggagttcgatttacaaattaaaagttttgaagcggagagccctatttaatccattatacagtgcaacaatctttgaaatcacagaaagtgcactttctccttcgaaaagcaacggatatgaacatgggtcactaattccagcatcggaaacggaaaattgagaagtggttttccggaatatgtggacaactttaatgaattatttttctagaaagttcttttcaaaatcaaaatcacccgtttttggcattctagcctcacggcattgggacacaccgaatggggggaactaaactttagaaaatgcagccatgcacatataaatagaaatgtcatccttgttacatcattgacatttgtgctgacttcaggaggccctaacaagggatatctcgtgacaaaaatttcatgattcggaaaaagttacacgcttaatga-TTAG-AT--CACG--TGG-TA-CT-AAGCT-CA-T-G-AATATTT-AAAG----TGGT-A--A-GAaaatggtaagaattttctcc
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          T-TA-C-G-AC----T-AAAT----TGGTTA--A-GAA-TT-TCTCCA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             A-T-G-AA----T-AAAG----TGGT-A--A-GAA-TT-TCTCCATtttgcatgcccgccatctgattgcggaattatcggtcccatttacgtaaagaaaataataagataaaaattatttattaaattacaattgtaatctgacctctgcataaataatcattcgttcgcaggccattgcattcttgtctccatggtcgcatttttttcaataaaaacattactttcaatgcaacggttaaaatattcggatttcgattacaattaaagttttgaagcggagagccccatttttaatccattataaaacagtacgcgttacaacaatcttggaaaaaaattttcaagcagaaagtgcacttcttagctcgaaaagcaaccgatatgataactatgggtcaacttaattccagccatcggaaaacgaaaattgagaagtggttttccgaatatttgttgacaactttattgaatttatttttcagaaagttcctttcaatataaaattcataccgttttttgtcatttcagcctcaggcattgggaacaccaaagggaaactaaaactttagaaatgcagcccccatgcacatgttaatatatttgaaatatcatcttcttgcacatcattgcatttgtactgacctcaggaggccttaaacaagtgatatctacaaaatatttcattgatttcggaaaatgttacatgattaattgaaattatgtcaaaagtcgtttcaaatc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAA----TGGT-A--A-AAA-TT-TCTCCATat

Unaligned ( gi|22 ): TATGAGAAAAAGGTCATTTATTAATGTCAAATAAATGACAAAAAGTTTCGTTTCTTGCATTCCGTTCGTTTGTTGGTTTTCGATT

lowQualScore                  :                                                                                                    111111                                                                                                                                                           1111111     11111                                                    11111    22                      22                                                             11111         11111111111111                                                                                                                    111111111111           1111111111        11              111               11                                                  111111111111         2222222222222222            11    111        1111111111                                               333333333333333333333333           111111111                                              44444444444444444444444444444444444444                                                                                       11                                                            11                                                                                                                                         
lowQualScore                  :                    3    2    66 2 2 33 5  5 33  2 33      2  2 5    5  33     555 2 2 33     2 2   333333  2  2   66   2 2  5   33          2 2 33       5 2    33 33   66    2 33 2    2  1    2     66 2   2    2 888  888  2  33 2    33 2  2  2     777  66     2222222 33  33333    33 2        8   66   3  3  44     3      6      44444 3  11 6   3  44    44      66    3    3 3 6   44   3   3 3 99    3    44    3 3 3   3   3 00000 44  3   11111111111111  3         3 3 44  44 999999   44  6        77        3          33    2     2  2  2  5 2        33  2 33  66 2    777777777777      2    2222222222    33  66 5 2 2 2      000   2  2 0    2 00  2  5  2        5    2 2  33 2          2    33  333333333333     2   0000000000000000 2 33       88    111   33   2222222222    2   2    55    2  4444     2  2 2  4444 33 888888888888888888888888 33  88    333333333 33  2  2      2   4444   2  666 333   55  2  99999999999999999999999999999999999999 2      55555 33 333   2 2   55  4444   77  33  2    33   4            2      2     5  11 99   33    2  2     5555 2 5  2 444   99     8   444  77   33 3 3 44 44   3 3   77 44     888 3   3 44 3    3  77 3 44 2      33    77   3  44 3 3     3  3 3 3  6666 3    6666     44 3   6  3       
lowQualScore                  :                    .    .    .. . . .. .  . ..  . ..      .  . .    .  ..     ... . . ..     . .   ......  .  .   ..   . .  .   ..          . . ..       . .    .. ..   ..    . .. .    .  .    .     .. .   .    . ...  ...  .  .. .    .. .  .  .     ...  ..     ....... ..  .....    .. .        .   ..   .  .  ..     .      .      ..... .  .. .   .  ..    ..      ..    .    . . .   ..   .   . . ..    .    ..    . . .   .   . ..... ..  .   ..............  .         . . ..  .. ......   ..  .        ..        .          ..    .     .  .  .  . .        ..  . ..  .. .    ............      .    ..........    ..  .. . . . .      ...   .  . .    . ..  .  .  .        .    . .  .. .          .    ..  ............     .   ................ . ..       ..    ...   ..   ..........    .   .    ..    .  ....     .  . .  .... .. ........................ ..  ..    ......... ..  .  .      .   ....   .  ... ...   ..  .  ...................................... .      ..... .. ...   . .   ..  ....   ..  ..  .    ..   .            .      .     .  .. ..   ..    .  .     .... . .  . ...   ..     .   ...  ..   .. . . .. ..   . .   .. ..     ... .   . .. .    .  .. . .. .      ..    ..   .  .. . .     .  . . .  .... .    ....     .. .   .  .       
lowQualScore                  :                    1    7    11 7 7 77 3  3 77  7 77      7  7 3    3  77     000 9 9 99     9 9   222222  9  9   33   7 7  3   77          7 7 77       3 7    77 77   33    7 77 7    7  0    7     33 7   7    9 999  999  9  99 9    99 9  9  9     999  88     1111111 99  99999    99 9        6   88   1  1  22     1      2      88888 3  22 7   3  66    66      00    3    3 3 7   55   3   3 3 22    3    66    1 1 1   1   1 88888 22  1   77777777777777  1         1 1 22  66 666666   66  7        99        3          99    9     9  9  9  7 9        99  9 99  88 9    555555555555      9    5555555555    99  44 7 9 9 9      777   9  9 1    9 77  9  7  9        7    7 7  77 7          7    77  777777777777     7   3333333333333333 7 77       11    111   22   6666666666    4   4    66    2  7777     2  2 2  7777 11 444444444444444444444444 11  33    333333333 11  2  2      2   7777   2  111 999   33  2  33333333333333333333333333333333333333 2      66666 11 999   2 2   66  1111   99  22  4    22   7            4      4     0  77 00   77    7  7     7777 7 3  7 777   66     6   666  33   55 1 1 22 22   1 1   33 22     555 1   1 22 1    1  33 1 22 9      99    33   1  22 1 1     3  1 1 1  5555 1    5555     22 1   7  6       
consensus                     :                TGGA-GAAA-TTTTT-A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G--AGAAAAA-T-ATTT--A--AAA--TTAC-A--A-TTGT-AANCTGA-CCTCT--G-CAT-AAAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-CG-CATTT---CA--TTCTC-------C--AT-----GGTC--G-CATTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--ACTTT-CAATGC-AACTGG--T--A-AAA-T-ATT-CG--GAGT--TCGATTT-ACAA-TTAA-A-G-TTTT-GAA-GCG-G-A--GAGC-CCCA--TTTA-A-T-CCA-TTA-T-----A--AA-CAG-------T---A--CA-ACAATCTTT-G-A--AA--A------TCA--CA-GAAAGTGC--ACTTTCTC-ACTTCGAAAA--GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-ATGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------CATCGG-AAAC----------GGAA--AA--T-G-A-G-AAGTGG---TTT-TC-CGGAAT-A--TG-TT-GA-CAACTTTA-TTGA-A-TT--A-TTTTTCAAGA-AAGT--TC------------CTTTT-CAA----------------A-T--CAAAATCA-ACCG--TTTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GG-A-CA----C--C-------------G--A---A---G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------A------------T--------------A-TAAATA-----G--A---AAT-G-TCA--TC--C-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTG-ACGTCA-GGAGG-CC--T--AAC--AAGG-GA-TATCT----A-C-AA-A---ATA--TTTCA-TGA-T-TT--CGG--A-A-A--G--TTA-C-ATG--C--TTAAT---G-ATT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAGAT--CACG--TGG-TA--C-T-AAGCT-CA-T-G-AA----T-AAAG----TGGTA--A-GAA-TT-TCTCCAT
Reference ( family-3379 )     :                TGGA-GAAA-TTTTT-A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G--AGAAAAA-T-ATTT--A--AAA--TTAC-A--A-TTGT-AANCTGA-CCTCT--G-CAT-AAAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-CG-CATTT---CA--TTCTC-------C--AT-----GGTC--G-CATTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--ACTTT-CAATGC-AACTGG--T--A-AA--T-ATT-CG--GAGT--TCGATTTTACAA-TTAA-A-G-TTTT-GAA-GCG-G-A--GAGC-CCCA--TTTA-A-T-CCA-TTA-T-----A--AA-CAG-------T---A--CA-ACAATCTTT-G-A--AA--A------TCA--CA-GAAAGTGC--ACTTTCTC-ACTTCGAAAA--GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-ATGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------CATCGG-AAAC----------GGAA--AA--T-G-A-G-AAGTGG---TTT-TC-CGGAAT-A--TG-TT-GA-CAACTTTA-TTGA-A-TT--A-TTTTTCAAGA-AAGT--TC------------CTTTT-CAA----------------A-T--CAAAATCA-ACCG--TTTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GG-A-CA----C--C-------------G--A---A---G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------A------------T--------------A-TAAATA-----G--A---AAT-G-TCA--TC--C-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTG-ACGTCA-GGAGG-CC--T--AAC--AAGG-GA-TATCT----A-C-AA-A---ATA--TTTCA-TGA-T-TT--CGG--A-A-A--G--TTA-C-ATG--C--TTAAT---G-ATT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAGAT--CACG--TGG-TA--C-T-AAGCT-CA-T-G-AA----T-AAAG----TGGTA--A-GAA-TT-TCTCCAT
gi|1                          :                 GAA-GAAA-TTTT--A-C-C--A-TTAT--AGTC--TAATTTTGC-A-TGCC-GCTCCATCTCTTT-GTA--TTGCG-ACATTTTT---ATTCGAGTC--ATT-A-CGGTGAGAAGAAATTAAT-A-GTGAGAAAAAAT-ATTT--A--AAAA-TTAC-A--ACTTGTTAATCTGA-CCTCT--A-CATTCAAT-AACGTA---CG-TTAAT-CCAG--C-ATGCG-CACTTATCCAA-TTCTT-------CTCATAGAAAGGTC--GGCATTAATT-CAGGTTGACAA-CA--ACT---CAATTG-AACTGGAGT--A-AAA-T-ATT-CG--GAGTCCTCGATTT-ACAA-TAGATA-G-T----GAA-GCG-G-A--GAGC-C--A--TTTATA-T-CCA-TTA-TTCAATATTAA-CAG-------TGACA--CAGAAAATCTTT-GGA--AA--A------TCA--CA-GAAAG--C--ATTCT-TC-A-TTCGAAAAAAGCAA-CGGATTAT-GA-AA-A-CTGGGTCA--CTGA--ATA-T-CCAG------------CACTGG-AAGC----------GGAA--AT--T-A-A-G-AAGTGG---TTT-TCGCGAAAT-GGTTG-TT-AACCAACTTTATTTGATA-TTTAA-TTTTTCAAGATAAGTTGTC------------AATTT-CAA----------------A-T--CAAAATC--ACCG--TCTTTATAGAGCACCAGCCCATT-TCT-GACCCTTCAC-AGGGGCCATTGTGT-A-CA----C--C-------------ATTA---A---GGCGG--AAGCG--------T--AA-AACCTTTAG-AAA----ATG--A---G---CCAT-TG-CAG-C-------A------------T--------------A-TAAATA-----G------ATT-G-TCAAGTC--CATTGC-CT--AC-ATCA--TTGCACATTTGTACTGAACGTCA-G--AG-CC--T--AAC--AAGG-A---ATCT----A-C-AA-AATTATA--TTTCA--GA-T-TT--CTG--A-ACA--ATTTTA-CGGTGTTC--TT-AT-----ATTAA--T-TCAT-CC--C-TTCT-TTAGAT---ACG--TGGTTA--C-T-
gi|10                         :                TAGA-GAAT-TTTTTTA-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G--AGAAAAA-T-ATTT--A--AAA--TTAC-A--A-TTGT-AAACTGA-CCTCT--G-CAT-AAAT-A---CA---CG-TT--TTCCAG--C-AT-CG-CATTT---CA--TTTTC-------C--ATT----GGTC--G-CATTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--ACTTT-CAATGC-AGCTGG--T--A-AAA-T-ATT-CG--GAGT--TCGATTT-ACAA-TTAA-A-G-TTTTTGAA-GCG-G-A--GAGC-CCCA--TTTA-A-T-CCA-TTA-T-----A--AA-CAG-------T---A--CA-ACAATCTTT-G-A--AA--A------TCA--CA-GAAAGTGC--A-TTTCTC-ACTTCGATAA--GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-ATGGGACA--CT-A--AT--T-CCAG------------CATCGG-AAAC----------GGAA--AA--TTG-A-G-AAGTGGT--TTT-TC-CGGAAT-A--TG-TT-GA-CAACTTTA-TTGA-A-TT--A--TTTTCAAGA-AAGT--TC------------CTTTT-C-A----------------A-T--CAAAATC--ACTGTTTTTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATT--GG-A-CA----C--C-------------A--AG--G---G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------A------------T--------------A-TAAATA-----G--A---AAT-G-TCA--TC--T-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTG-ACGCCA-GGA-G-CC--T--AAC--AAGGTGA-TATTT----A-C-AA-A---ATA--TTTCA-TGATT-TT--CGGA-A-A-A--G--TTT-C-ATG--C--TTAAT---G-ATT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAGAT--CACG--TGG-TA--C-T-AAGCT-CA-T-G-AA----T-AAAG----TGGTA--A-GAA-TT-TCTCCccatccatgtaattatattaatgcgtaagagaatat
gi|11                         :                        A-TTTTT-A-C-C--A-TT----AG-C--TA-TTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------A--CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTTAT-A-G--AGAAAAA-T-ATTT--A--AA---TTAC-A--A-TTGT-AATCTGA-CCTCTCTG-CAT-GAAT-A---CATCACGATT--G-GCAG--C-AT-CG--ATTT---CA--TTCTC-------C--AT-----GGTC--G-CATTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--ACTTT-CAATGC-AACTGG--T--A-AAA-T-ATT-CG--GAGT---CGATTTTACAA-TTAA-A-G-TTT--GAA-GCG-G-A--GAGC-CCCA--TTTA-A-T-CCA-TTA-T-----A--AA-CAG-------T---A--CA-ACAATCTTT-G-A--AA--A------TCA--CA-GAAAGTACGTACTTTCTC-ACTTCGAAAA--GCAA-CGCAT-AT-GA-AA-C-ATGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------CATCGG-AAAC-----------GAA--TT--T-G-A-G-AAGTAG---TTT-TC-TCGGAT-A--TGCTT-GA-CAACTTTA-TTGA-A-TT--A-TTTTTCAAGA-AGGT--TC------------CTTTT-CAA----------------A----CACAAT-A-ACCG--TTTT--TGG----------CATT-TCTAAGCC--TCACGGG----CATTG-GG-A-C-----C--C----------------A---A---G--GG--GAAC---------T---A-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---TCA--TG-CA--C-------A------------T--------------A-TAAATA-----G--A---AAT-G-TCA--TC--C-TTG--CTAAAC-ATCAGTCTG-ACATTTGTACTG-CCGTCA-GGAGG-CC--TC-AAT--AAGG-GA-TATCT----A-C-AA-T---AAA--TTTCA-TG--T-TT--CGG--ACA-A--G--TTA-C-ATAT-C--TTAATG--G-ATT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAGAT--TACGTTTGG-TA--C-T-AAGCT-CA-TGG-AA----T-AAAG----TGGTA--A-GAAGTG-TCTCC
gi|12                         :                TGGA-GAAA-TTTTT-A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G--A-AAAAA-T-ATTT--A--AAA--T-AC-A--A-TTGT-AATCTGA-CCTCT--G--AT-AAAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-CG-CATTT---CA--TTCTC-------C--GT-----GATC--G-CATTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--ACTTT-CAATGC-AACTGG--T--A-AA--T-ATT-CG--GAGT--TCCATTTTACAA-TTAA-A-G-TTTT-GAA-GCG-G-AAGGAGC-CCCA--TTTA-A-T-CCA-TTA-T-----A--AA-CAG-------T---A--CA-ACAATCTTT-G-A--AA--A------TCA--CA-GAAAGTGC--ACTTTCTC-ACTTCGAAA---GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-ATGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------CATCGG-AAAC----------GGAA--AA--T-G-A-G-AAGTGC---TTT-TC-CGGAAT-A--TG-TT-GA-CAACTTTA-TTGA-A-TT--A-TTTTTCAAGA-AAGT--TC------------CTTTTTCAA----------------A-T--CAAAATCA-ACCG--TTTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GG-A-CA----C--C-------------A--A---A---G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------A------------T--------------A-TAAATA--------A---AAT-G-TCA--TC--C-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTG-ACGTCA-GGAGG-CC--T--AAC--AAGG-GA-TATCT----A-C-AA-A---ATA--TTTCA-TGA-T-TT--CGG--A-A-A--G--TTA-C-ATG--C--TTAAT---G-ATT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAGAT--CACG--TGG-TA--C-TAAAGCT-CA-T-G-AA----T-AAAG----TGGTA--A-GAA-TT-TCTCCAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTCGAAAA--GCAA-CGGAT-ATTGA-AA-C-ATGGGTCA--CT-ATAAT--T-CCAG------------CATCGG-AAAC----------GGAA--AAT-T-G-A-G-AAGTGG---TTT-TC-CGGAAT-A--TG-TT-GA-CAACTTTA-TTG--A-TT--A-TTTTTCAAGA-AAGT--TC------------CTTTT-CAA----------------A-T--CAAAATC--ACCGT-TTTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----C-TTG-GA-A-CA------------------------A---AGG-G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA----------A------------T--------------A-TAAATA-----G--AAATAAT-G-TCAT-TC--C-TTG--CT--AC-ATCA--TTGAACATTTGTACTG-ATGTCA-GGAGG-CC--T---AC--AAGG-GA-TATCT----A-CAAA-A---ACAT-TTTCA-TGA-T-TT--CGGA-A-A-A--G--TTA-C-ATG--C--TTAAT---G-ATT-A--T-TCAT--A--C-T--T-TTAGAT--CACG--TGG-TA--CTT-AAGCT-CA-T-G-AA----T-AAAGAAACTGGTA--A-GAA-TT-TCTCCA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CTTTGCAAA--GCAAACGGAT-AT-AA-AAAC-ACGG-TCA--CT-A--ATCAT-CCAAAAACAACACCGCCATCGG-AAACAAAAAGAAAGAAAA--AA--T-G-A-A-GAGTGGTTTTTT-TT-TTGAAT-AG-TG-TTGGA-CAACTTTA-TTGA-A-TT--A-TTTTTCAAGA-A------C------------TTTTT-CAA----------------A-T--CAAAATCA---CG--TTTT--TGGC---------CATT-TCT-AGCT--TCAC-GA----CATTG-GG-A-CA----C--C-------------G--ATGCA---G--GAT-AATT---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CAG--G---TCA--TG-CA--C-------A------------TGTATTGCCTTTGTAA-TAAATA-----G--A---AATAG-CCA--TG--T-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACA-CTGTACTG-ACGTCA-GGAGG-
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -A-TT--A-TTTTTCAAGA-AAGT--GT------------GTTTT-CAA----------------AAT--CAAAATCA--CAA--TTTA--CGG----------TAAT-TGT-AACA--TTTC-GG----TATTG-TG-A-CA----C--T-------------G--AC--A---G--GA--AAAAA--------T--AA-GA-ATTTAG-AAATTCAATG-CA---T---TCA--TT-T------------------------T--------------A-TAAATA-----G--A---AAT-G-TCA--TG--T-TTC--CT--AC-ATCA--TTG-ACAATTGTATTG-ACGTCA-GGACG-CC--TA-AAC--AAGG-GA-TACCT----A-C-AA-A---CTA--TTTCA-TG
gi|16                         :                TGGA-GCAA-TTTTT-A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G--AGAAAAA-T-ATTT--A--AAA--TTAC-A--T-TTGT-AAACTGA-CCTCT--G-CAT-AAAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-CG-CATTT---AA--TTCCC-------C--AT-----GGTC--G-CATTTTTT-CAG--TGA-AA-CA--ACTTT-CAATGC-A
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                --TTTT--TGG----------CATT-TGT-AGCT--CTGC-AG----CATTG-AG-A-CA----C--C-------------G--A---C---G--GGGAAAAT---------T--AA-GA-ATTTAG-TAA----ACG-CA---G---CCA--TG-TATTC-------A------------TTTT-----------A-TAAATA-----G--A---AAT-G-CAA--TG--T-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACACTTCTACTG-ACGTTA-GGAGG-CCT-T--AAC--AAGG-GA-TACCT----A-C-AA-A---
gi|18                         : caaaatcaccgggtttttgggttt-TTTTT-A-C-C--A-TT-T--GT-C--TAATTT-GC-A-TACC-GC--CATCT---T-G-A--CTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G--AGAAAAA-T-ATGT--A--AAA--TAAC-AATA-TTGT-ACGCTGA-CCTCT--G-CAT-AA
gi|19                         :                                                                                                                tTC--ATT-G-CG-TAA--ATAAATTAAT-A-G--AGAAACA-T-ATCT--A--AAA--TTAC-T--T-TTGT-AAACTGA-CCTCT--G-CAT-AGTT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-CG-CACTT---AA--TTCTC-------C--AT-----GGTC--G-CATTTTTT-CAA--TG
gi|2                          :                 GGA-GCAA-TTTTTTA-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGC--GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G--AGAAAAAAT-ATTT--A--AAA--TTAC-A--T-TTGT-AAACTGA-CCTCT--G-CAT-AAAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--CCAT-CG-CATT----AA--TTTCCA------C--AT-----GGTC--G-CATTTTT--CAG--TGA-AA-CA--ACTTT-CAATGCCAACTGG--TTAA-AA--T-ATT-CGCAGAGT--TCGATT--ACAA-TTAA-A-AATTTT-GAA-GCG-G-A--GAGC-CCCA--TTTA-A-TCCCA-TTA-T-----A--AA-CAG-------T------CA-ACAACCTTT-G-A--AA--A------TCA--CA-GAAAGTGC--ACTTTTTC-ACTTCGAAAA--GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-AAGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------CATCGG-AAAC----------GGAA--AA--T-G-G-G-AAGTGGT--TTT-TC-CGGAAT-A--TT-TT-GA-CATCTNNN-NNNN-N-NN--N-NNNNNNNNNN-NNNN--TCTTTATTGAATTATTTTT-CAAGAAAGTTCGTTTTCAAA-T--CAAAATC--ACCG--TTTT--TGG----------TATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GG-A-CA----C--CAAAGGAGATCAAAG--G---A---G--GA--AAAT---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATGCCA---G---TCAAGTG-CAC-C-------ATGCTATTCATT-T--------------A-TTAAAA-----G--A---AAT-G-TCA--TG--T-TTGT-TT--AC-ATCA--TTG-ACACTTGTACTG-ACGTCA-GGAGC-CT--T--AAC--AAGG-GA-TATCT----A-CAAA-A---ATA--TTC------------------A-A-A--G--TTA---ATG--C--TTAAT---G-AAT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAGATCACACG--TGA-TA--C-T-AAGCT-TA-T-A-AA----T-AAAG----TGGTA--A-GAA-TT-TCTCC
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      --TGG----------CATT-TCT-AGCT--TCAC-GG----CATTG-GG-A-CA---------------------------------------AAA----------T--GC-AA-T--------A----ATG-CATATG---TTA--TT-CA--T-------T------------TT-------------A-TAAATA-----G--A---AAT-G-TCG--TG--T-TTA--TT--AC-ATCA--TTG-ACACTTGTACTG-ACGTCA-G
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       C-AG----CATTG-AG-A-CAAAATC--CTA-----------G--A---AC--G--GG--AGACGAATAAATCT--AAGAA-TTTCAG-TAA----ACG-CA---G---CCA--TG-TA--CTTTCATTG------------T--------------A-TAAATA-----G--A---AAT-G-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -TTAGAT--CACG--TGG-TA--C-T-AAGCT-CA-T-G-AATATTT-AAAG----TGGTA--A-GAcaatgt
gi|24                         :                TGGA-GAAA-GTTTT-A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--C
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taTTA-A-T-CCA-TTA-T-----A--AA-CAG-------T---A--CA-ACAATCTTC-G-G--A
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A-T-G-AA----T-AAAG----TGGTA--A-GAA-TT-TCTCCAT
gi|3                          :                 GGA-GAAA-TTTT--A-C----A-TT-TTAAG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-TC--CATCT---TTG-ACATTGCG-A-CTT------AT-CG--TC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTGATTA-G--GCAAAAA-T-ATTT--A--AAAATTTAC-A--A-TTGT-AATCTGAACCTCT--GGCAT-AAAT-A---CA---CG-TT--C-CCAG--C-AT-CG-CATTTT--CA--TTCTCTGTTATGC--CT-----GGTC--G-CATTTGTT-CAAG-TAA-AA-CA--ACTT--CAATGC-AACTGG--TTAA-AA--TTATTTCG--GAGT--TCGATT---CAA-TAAA-A-GGTTTT-GAACGCG-GGA--GAGC-CCCA--TTTA-A-T-CCAATTAAT-----A--AAACAG-------T---GAGCA-ACAATCTTT-G-A--AA--A------TCA--CAAGAAAGTGC--ACTTTCTC-ACTTCCGAAA--GCAA-CGGAT-AT-GA-AAAC-ATGGGTCA--CT-A--AT--TTCCAG------------CATCGG-AAAC----------GGTATTAT--T-GTA-G-AAGTGG---TTTATC-CAGAAT-A--TG-TT-GA-CAAACTTA-TTGA-A-TT--A-TTTTTCAAGA-AAGT--TT------------CTTTT-CAA----------------A-T--CGAAATCC-ACTG----TT--TG------------ATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GG-A-CA----C--C-------------A--A---AGG-G--GG--AAAC---------T---A-AA-CTTTAGAAAA----ATG-CA---G---TCA--TGCCA--C-------AT-----------T--------------A-TAAATA-----G------AAT-GTTTA--TC--C-TTGTACT--AC-ATC---TTG--CATTTG-ACTG---GTCG-GGAGGCCC--T--AAC--CTTG-GA--ATCT----ACC-AA-A---ATATTTTTCATTGA-T-TTCGCGA--A-A-A--G--TTA-C-ATG--CCTTTAAT---G-ATT-ATTT-TCAT-AA--C-T--T-TTAGAT--CACG--TGG-TA--C-T-AAGCT-CA-T-G-AA----T-AAAG----TGGTAAGA-GAA-TT-TCTCat
gi|4                          :                gGGA-GAAAATTTTT-A-C-C--AATT-T--AG-C--TAATTT-GCCA-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A--G-TAA--AGAAATTAAT-A-G--AGAAAAA-T-ATTT--A--AAA--TTAC-A--A-TTGT-A-TCTGA-C-TCT--G-CAT-AAAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-CGGCATTT---CA--TTCTC-------C--AT-----CGTCCGG-CATTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--ACTTTTCAATGCGAACTGGG-T--A-AAGATGATT-CG--GAGT--TCGATTT-ACAA-ATAA-A-G-TTTT-GAA-GCGAG-ATGAAGC-CTCA--TTTA-AAT-CCA-TTA-T-----A--AA-CAG-------T---A--CA-ACAATCTTTTG-A--AACAA------TCA--CATGAAAGTGTG-ACTTTCTCCACTTCGAAAA--GCAA-CGGAT-AG-GA-AA-C-ATGGGTCA--CG-A--AT--T-CCAG------------CATCGG-AAAC----------GGGA--AAATT-G-A-GAAAGTG------T-TC-CGGAATCA--TG-TTGGA-CAACTTTATTTGA-A-TT--A-TTTTTCAAGA-AAGT--TC------------CTTTT-CAA----------------A-TTCCAAA--C--ACCG--TTTT--TGG----------CATTGTCT-AGCCA-TCAC-GG----CATTG-GG-ACCA----C--C-------------A--AAG-A---G--GG--AAAC---------CTAAA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------A------------T--------------ATTAAATA-----GGAA---AAT-G-CTA--TC--C--TG--CT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTG-AC-TCA-GGAGC-CC--T--AAC--AA-G-GA-TATCT----A-A-CA-C---ATAT-TTTCA-TGA-T-TT--CGG--A-A-A--G--ATACC-ATG--C--TTAAT---GAATT-A--T-TCATAAA--C-T--TCTTAGAT--CACGT-TGG-TA--C-T-AAG-T-CA-T-GAAA----T-AAAG----TGGTA--AGGAA-TTCTCTCCA
gi|5                          :                TGGA-GAAA-TTCTT-AAC-C--AATT-T--AG-TCGTAATTT-GC-A-TGCCCGC--CATCT-----G-A--TTGCGGA-ATT------AT-CG-GTCCCATTTA-CG-TAA--AGAAAATAAT-AAG--ATAAAAA-TTATTT--ATTAAA--TTAC-A--A-TTGT-AATCTGA-CCTCT--G-CAT-AAAT-AAT-CATT-CG-TT--C-GCAGGCC-AT-TG-CATTC---TT--GTCTC-------C--AT-----GGTC--G-CATTTTTTTCAA--TAA-AAACATTACTTT-CAATGC-AAC-GG--TTAA-AA--T-ATT-CG--GATT--TCGATT--ACAA-TTAA-A-G-TTTT-GAA-GCG-G-A--GAGC-CCCATTTTTA-A-T-CCA-TTA-TA----A--AA-CAGTACGCGTT---A--CA-ACAATCTTG-G-A--AA--AAAATTTTCAAGCA-GAAAGTGC--AC-TTCTT-AGCTCGAAAA--GCAA-CCGAT-AT-GATAA-CTATGGGTCAACTT-A--AT--T-CCAGC-----------CATCGGAAAAC----------GAAA--AT--T-G-A-G-AAGTGG---TTT-TC-C-GAAT-ATTTG-TT-GA-CAACTTTA-TTGA-ATTT--A-TTTTTC-AGA-AAGT--TC------------C-TTT-CAAT---------------A-T--AAAATTCATACCGT-TTTT--TGT----------CATT-TC--AGCC--TCA--GG----CATTG-GGAA-CA----C--C-------------A--A---A---G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG--AA----ATG-CA---GCCCCCA--TG-CA--C-------A------------T--------------G-TTAATATATTTG--A---AAT-A-TCA--TCTTC-TTG--C---AC-ATCA--TTG--CATTTGTACTG-ACCTCA-GGAGG-CC--TTAAAC--AAGT-GA-TATCT----A-C-AA-A---ATA--TTTCATTGA-T-TT--CGG--A-A-AATG--TTA-C-ATG--A--TTAATTGAA-ATT-A--TGTCAA-AAGTCGT--T-TCAAAT--C
gi|6                          :                TGGACGAAA-TGTTT-A-C-CGAA-TTGT--GG-C--TAATTT-GC-A-GGCCTGC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ACTCCTCAGAT-CT-GTC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G--AGAAAAA-T-ATTT--A--AAA--TTGC-A--A-CTTT-AAACTGG-CCTCT--G-CAT-AAAT-A---AA---CG-TC--T-CCAG--C-AT-CG-CATTT---CA--TTCTC-------C--AT-----GATC--G-TATCTTGT-CAA--AGA-AA-CA--ACTTT-CAATGC-AACTGG--T--ACAA--T-ATT-CG--GAGT--TCCATTTC-CAA-TTAA-A-G-TTTT-GAA-GCG-G-A--GAGC-CTCA--TTTA-A-T-CAA-TTA-T-----A--AA-CAT-------T---T--CA-ACAATCTTT-G-A--AA--A------TCA--CA-GAAATTGC--ACTTTATC-ACTTCGAAAA--GCAA-CGGAT-AT-GT-AA-C-AAGGGTCA--CT-A--AT--T-----------------CATCGG-AAAA----------GGAA--AGT-T-G-A-G-AAGTGG---TTT-TC-GTGAAT-A--TG-TT-GA-CAACATTA-TTGA-A-TT--A-TTTTTCAAGA-ACGT--TC------------GTTTT-TAA----------------A-T--CAAAATC--ACCG---TTT--TGG----------CATT-TCT-TGCT--TCGC-AG----CATTG-GG-A-CA----C--C-------------G--A---G---G--GGGAAAAT---------T--AA-GA-CATTAG-AAA----ATG-CA---A---CCA--TG-CA--C-------ATGTAATTCATTTT--------------A-TAAATA-----G--A---AAG-G-TCA--TG--T-TTG--CT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTA-ACGTCA-GGGGG-CCT-T--AAC--AAGG-GA-TATCT----A-C-AA-A---ATA--GTTTA-TGA-T-TTC-CGA--A-A-A--G--TTA-C-GTG--C--TTAAT---G-AAT-A--T-TCAT-AAG-T-T--T-TTAGAT--CACC--TCA-TA--C-T-AAGTT-CA-T-G-AA----T-AAAG----TGGTA--A-GAA-
gi|7                          :                TGGA-GAAA-TTTTT-A-CAC--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-A-TGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCA-A-ATT------AT-CG-GTC--ATT-A-CGGTAA--AGAAATTA-T-A-G--AGAAAA--T-ATTTTAA--AAA--TTACCA--A-TTGT-AATCTGA-CCTCTT-G-CAT-AAATTA---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-CG-CATTT---CA--TTCTC-------C---T-----GGTC--G-CATTTTTTTCAA--TGA-A--CA---CTTT-CAATGC-AGCTGT--A--A-AA--T-ATT-CG--GAGT--TCGATTT-ACAA-TTAA-A-G-TTT--GAA-GCG-G-A--GAGC-CC-A--TTTA-A-T-CCA-TTA-T-----A--AA-CAG-------T---A--CA-ACAATCTTT-G-A--AA--A------TCA--CA-GAAAGTGC--ACTTTCTC-ACTTCGAAAA--GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-ATGG-TCA--CT-A--AT--T-CCAG------------CATCGG-AAAC----------GGAA--AAATT-G-A-G-AAGTGG---TTT-TC-CGGAAT----TG-TT-GA-CAACTTTA--TGA-A-TT--A-TTTTTCAAGA-AAGT--TC------------CTTTT-CAA----------------A-T--CAAAATC--ACCGT-TTTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GG-A-CA----C--C-------------A--A---AG--G--GG--AAAC---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G----CA--TG-CA--C-------A------------T--------------A-TAAATA-----G--A---AAT-G-TCA--TC--T-TTG--CT--ACAATCA--TTG-ACACTTGTACTG-ACGTCAGGGAGG-CCCTT--AACGAAAGG-GAGTA-CT----A-C-AATA---ATA--TTTCATTGA-TGTT--AGGA-A-A-A--G--TTA-C-CTG--C--TTAA----G-ATT-A--T-CTAT-AA--A-T--T-TTAGA---CACG--TGG-TAGCT-T-AAGCTGCATT-A-AA----T-AAAG----TGGTA--A-GAA-TT-TCTCCA
gi|8                          :                TGGA-GAAA-TTTT--A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GC-AATGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCG-A-ATT------AT-CG-GTCT-ATT-AACG-TAA--AGAAATTAAT-A-G--AGAAAAA-T-ATTT--A--AAA--TTAC-A--A-TTGT-AATCTGA-CCTCT--G-CAT-AAAT-A---CA---CG-TT--T-CCAG--C-AT-CG--ATTT---CA--TTCTC-------C--AT-----GGTC--G-CATTTTTT-CAA--TGA-AA-CA--AATTT-CAATGC-AACTGG--T--A-AAA-T-ATT-CG--GAGT--TCGATTT-ACAAATTAA-AAG-TTTT-GAA-GCG-G-A--GAGC-CCTA--TTTA-A-T-CCA-TTA-T-----A-----CAG-------T---G--CA-ACAATCTTT-G-A--AA---------TCA--CA-GAAAGTGC--ACTTTCTC--CTTCGAAAA--GCAA-CGGAT-AT-GA-A--C-ATGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------CATCGG-AAAC----------GGAA--AA--TTG-A-G-AAGTGG---TTT-TC-CGGAAT-A--TG-TG-GA-CAACTTTA-ATGA-A-TT--A-TTTTTCTAGA-AAGT--TC------------TTTTC-AAA----------------A-T--CAAAATCA-CCCG--TTTT--TGG----------CATT--CT-AGCC--TCAC-GG----CATTG-GG-A-CA----CACC-------------G--A---ATGGG--GG--GAAC---------T--AA-A--CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------A------------T--------------A-TAAATA-----G--A---AAT-G-TCA--TC--C-TTG--TT--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTGCTG-ACTTCA-GGAGGCCC--T--AAC--AAGG-GA-TATCTCGTGA-C-AA-A---A-A--TTTCA-TGA---TT--CGGAAA-A-A--G--TTA-C-ACG--C--TTAAT---G-ATT-A--T-TCAT-AA--C-T--T-TTAGAT--CACG--TGG-TA--C-T-AAGCT-CA-T-G-AA----TAAAAA----TGGTA--A-GAATTT-TCTCC
gi|9                          :               aTGGA-GAAA-TTTTT-A-C-C--A-TT-T--AG-C--TAATTT-GT-AATGCC-GC--CATCT---T-G-A--TTGCA-A-ATA------TT-TG-ATC--ATT-A-CG-TAA--AGAAATTAAT-A-G--AGAAAA--T-ATTT--A--AAA--TTAC-A--A-TTGT-AAACTGA-CCTCT--G-CAT-AAAT-A---CA---CA-TT--T-CCAG--C-AT-TG-CATTT---CACATTTTC-------C--ATTC---GGTC--G-CATTTTTTTCAA--TGA-AA-CA--ACTTT-CAATGC-AACTGG--T--A-AAG-T-ATT-CT--GAGT--TCGATTT-ACA--TTAA-A-G-TTTT-GAA-GCG-G----GAGTGCCCA--TT-A-A-T-CCA-TTA-T-----A--AA-CAG-------T---T--CA-ACAATCTTT-G-AGAAA--A------TCA--CA-GAAAGTGC--ACTTTTTC-ACTTCGAAAA--GCAA-CGGAT-AT-GA-AA-C-AAGGGTCA--CT-A--AT--T-CCAG------------CATCGG-AAAC----------GGAA--AAT-T-G-AGG-AAGTGG-------TC-CGGAAT-A--TG-TT-GA-AAAC-TTA-TTGA-A-TT--ATTTTTTCAAGA-AAGT--TC------------GTTTT-CAA----------------A-T--CAAAATCA-ACAA---TTT--TGG----------CATT-TCT-AGCC--TCAC-GA----CATTA-GG-A-CA----C--C-------------A--A---AGG-G--GG--GATT---------T--AA-AA-CTTTAG-AAA----ATG-CA---G---CCA--TG-CA--C-------ATGTATTAATTT-T--------------A-TAAATA-----G--A---AAT-G-TCC--TC--T-TTG--CC--AC-ATCA--TTG-ACATTTGTACTG-ACGCCA-GGAGG-CCT-T--AAC--AAGG-GA-TATCT----A-C-AA-A---ATA--TTTC-----------------A-A-A--G--TTA-C-ATG--C--TTAAT---G-AAT-A--T-TAAT-AA--C-T--T-TTAGAT--CACG--TGA-TA--C-T-AAGCT-CA-T-G-AA----T-GAAA----TGGTA--A-GAA-TT-TCTCC