lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 1 111 666666666666666666666666666666666666666666666 5555555555555555 333333333 333 11111111 22222222222222222 33333333 11111 2222222 33 1111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1 111111 1 111 111111 11 777777777
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 5 0 2 4 4 77 4 666 4 999999999999999999999999999999999999999999999 4 777 4444444444444444 4 66 1 777777777 9999 66 5 99 4 000 4 0 99999999 4 4 0 33333333333333333 22222222 66666 0 9999999 3 666 99999 3 3 44 55 88888 1 9 3 55 99999 3 8888888888888888 55 333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 6 222222 1 55 555 66 4 3 7777 777 55 4 000000 66 3 3 0 3 55 666666666 1
lowQualScore : .............................................................................................. . . . . . . .. . ... . ............................................. . ... ................ . .. . ......... .... .. . .. . ... . . ........ . . . ................. ........ ..... . ....... . ... ..... . . .. .. ..... . . . .. ..... . ................ .. ...................................................... ..... . ...... . .. ... .. . . .... ... .. . ...... .. . . . . .. ......... .
lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 0 1 4 4 33 4 666 4 111111111111111111111111111111111111111111111 4 888 9999999999999999 4 11 9 666666666 4444 11 8 55 0 000 1 7 99999999 0 0 9 88888888888888888 00000000 33333 9 0000000 6 444 11111 6 6 11 00 33333 2 0 6 00 11111 6 5555555555555555 55 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 8 000000 8 55 222 55 0 8 9999 000 55 6 555555 44 6 6 5 6 00 222222222 0
consensus : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTTCTCCT-AT-AC-AAT-CA-N-ATTA-ATT----CTNATT---GATTTT-------CTT---T------------C-AT---GTTTTGAA-AT----T-TAT-NNTAATTTACC-TAA--ATCATCA-C-T---CATCATC----T--TGCACATGTA--AACTGTCC-AGAA-CCAAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAAATGAAAT-A-A--CA----ATTATATACA------GT-T---GAAACAAAA-----GC-A-CACA-CAC--CATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----AT-AGGA--------TA------AATCAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C------A-----------TT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTTA-GANTT---A---T--TTATCC------TATA-TAATAATT-CACTG-GAGAATTT-ATC--CCATATA-A---A---GTATCATTTTGCTGGAGAATT
Reference ( gi|2 ) : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTTTTCCT-AT-AC-AAT-CA-A-ATTA-ATT----TTAATT---GAATTT-------ATT---T------------C-AT---GTTTTGAATAT----T-TAT-CACAATTTACC-TAA--ATCATCAGCAT---CATCATC----T--TGCATATGTA--AACTGTCC-AGAA-C-AAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAAATGAAAT-A-G--CA----ATTATATAC-------GT-T---GAAACAAAA-----GC-A-CAC--CAC--CATTTT-----CAGCTTCTTAAAAATTAC-TAGT--G-----AT-AGGA--------TA------AATCAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C------A-----------TT-----TAAATATTACAT----GAGATAAATCCTATA--TAAAGACTC-TTTA-GATTT---A---T--TTATTC------TATC-TAATAATT-CATTG-GAGAATTT-ATC--CCATATA-A-GTACATGTATCATTTTATTGGAGAATT
gi|3 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATA
gi|6 : tCCTATGATGTTCAATAGGATAATTAATCCTATAtagcatagcttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatagtgagggatttttctcccatacaatcaaattaattcgtattgatttttgtatcaatttacctaaatcatcatcattatctcgcatatatataaactgtccagaactaaacagattcctctgaaaaagggacaagggacttatttggtacttgactgacaaatgaaatacacaattatatacatatgaaacaaaagcacacacaccattttcagcttcgtaaaaatactaatgataggatcataggataatacatcccattcatttaaataatacatgggattaatcctatataaagatttatcctatataattattcattgaataatttatcctatataagtatcattttactggaga
gi|20 : tCCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATAtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtacatgtattagtgaggaatattcctttaaactcttattgattttctgctatattttgaaaatgatattattataatttacctaaacttcatcatcttacacgtgtaagctgtccagaaccaaacaggttactttcaaaaaggacaaggggcaaatgaaataaacatttataatatacagatgaaacacacacacacacaccttcagtttcttaaaagttactagatataggat
gi|24 : tCCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTAgaaatt
gi|22 : tCCTATGATTTTCAATAGGATAAGTACTCCTATA
gi|21 : tCCTATGGTTTTCAATAGGATAATTACTCCTTTAtaac
gi|1 : atATGACTTTCAATAGGATAATTAATCCAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATAAGA-ACA-TTTCTCCT-GT-AT-AAT-CA-T-ATTA-ATT----CTTATT---GA------------TT---T------------C-AT---GTTTTGAACAT----G--ATGTAAAATTATCT-TAA--ATCATCATCAT---CATCATCATTATCGTGCACATGTA--AACTGTCC-AGAACC-CACCAGATTCCTCT-CCA-C--GGAG-ACAAGGATCTTACT-TGGTACTC------ACTGACAAATGAtaac
gi|3 : ---TAG-TGAGGGATT-TTTCTCCC-AT-AC-AAT-CA-A-ATTA-ATT----CGTATT---GA---------------------------------T----TTTTG-----------TAT-CA--ATTTACC-TAA--ATCATCA---T---CATTATC----T--CGCATATATATAAACTGTCC-AGAA-CTAAACAGATTCCTCT-GAA-AAAGG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAAATGAAAT-ACA--CA----ATTATATAC-------ATAT---GAAACAAAA-----GC-A-CACA-CAC--CATTTT-----CAGCTTCGTAAAAAT-AC-TAAT--G-----AT-AGGATCATAGGATA------ATACAT--CCCAT------------------------T---------------C------A-----------TT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAG------------------A---T--TTATCC------TATA-TAATTATT-CATTG-AATAATTT-ATC--CTATATA-A-------GTATCATTTTACTGGAGAccataaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagcttcgtaaaaattactagtgataggaaaaatcttcttaccaaaaatataggataatatatcccattaatttaaataatacatgggattaatcctatgtttgactgtttaggattttacatttatcctatataataactcattggataatttatcccatatcagtttgctggagaat
gi|6 : tcctatgattttcaataggataattactcctatatagcatagcttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaa---TAG-TGAGG-AAT-ATT--CCT-TT-A--------------A-ACT----CTTATT---GATTTT-------CTG---C------------T-AT---ATTTTGAAAATGATAT-TAT-TATAATTTACC-TAA--A-------CTT---CATCATC----T--TACACGTGTA--AGCTGTCC-AGAACC-AAACAGGTTACTTTCAAA-A--AG-G-ACAAGG--------------------------GGCAAATGAAATAA-A--CATTT-ATAATATACA------GA-T---GAAACACAC-----AC-A-CACA-CAC--C---TT-----CAGTTTCTTAAAAGTTAC-TAGA--T-----AT-AGGA--------T
gi|7 : tcctatgatgttcaataggataattaatcctatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtacatgtatAG-CGAGG-AATATTTTTCCTTAT-A--AAC-CATC-GTTG-ATTCGCATTGATTTCTGATTTT-------CTT---T------------C-AT---GTTT--AA----------AT-TA-AATCTACTGTAA--A--ATCCTGGT---CACCATC----T--TGCACATGCAG-GACTGTCCGAGA
gi|5 : G-TGAGG-ACT-TCT--CCT-AT-AC-AAT-CA-A-ATTA-ATT----TCA-TT---GATTTT-------CTT---T------------C-AT---GTTTTGAA-AT----T-TAT-ATCAATTTACC-TAA--GTCATCA---------TCATC----T---------GTA--AACAGTCC-CGAA-CCAAACAGATTCCTAT-GAACA--AG-G-ACAAGGGACCTATT-TGATACTTG-----ACTGACAAATGAAGT-A-AA-CA----ATTATAT------------T---GAAACAAAA-----GC-A-CACA-CAC--CATTTT-----CAGCTTCGTACAAATTAC-TAGT--G-----AT-AGGA--------TA------AATTAT--CCTACCAAAA-ACATA---GA-------ATACTATATCC------C------A-----------CTAATTATAAATAATACAT----GGGATTGATCCTATA--TAAAGACTC-TTTA-GATTT---A---T--TTATCC------TATA-TAATAATT-CATAG-GAGAATTT-ATC--CCATATA-A-GTATA------ATTCTATTGGAGAATTgttgggtactttcctgacaaatgaataacacgggatgtacatgctgagcaaaaagcggcagcacgccattttcgcttcttaaaattactagtgaaagggttaaaaatctaccaaaatattaggaatcaattcctattaatttgaatagtacttggattcacctatgtttcattttgattaagaatcgttatcccatatactaatttcactgcgataattttattattcatataagtatcatttgctgaaga
gi|9 : G-TGAGG-ACT-TTTTCTCT-GGGAC-AAT-CA-A-TTTATATC----TTA-TT---GATTTTCTGGA--ATT---C------------CCGTCCAGTTTTGAA-AT----T-TAT-ATCAATTTGCT-AGA--ATTATCA---T---CATCATC----T--TGCATGTGTA--AAATGTTT-AGAA-CCAAATAGGCTCATCT-GGATA--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGATAATTGATAT-A-AA-CA----ATTTTATACA------GT-T---GAAACAAAA-----GC-A-CACA-CAT--CATT-------------CTTAAAAATTAC-TAGT--G-----AA-AGGA--------TA------AATCAT--CCTACCAAAA-AC--A---
gi|4 : AGG-ACTGTTTCTCCT-AT-AC-AAT-CA-T-AATA-ATT----CTTATT----AATTTTCTTGGTATTCCTT------------C-AT---GTTTTGAA-AG----T-TAT-ATTAATTTACT-TAA--ATCAT----------A--ATC----T--TGCATATGCA--AACTGTCA-AGAA-CCAAACAGATTCTTCT-GAA-AA-GG-G-ACAAGAGACTTAATATGGTACATGTACTTACTGACAAATGAAAT-A-AAACA----ATTATATACA------GT-T---GAAACAAAATAAAAGC-A-CATA-CAT--CATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATCAC-TAGT--G-----AT-AGAA--------TA------ACTCAT--CCTACCAAAACAT--A---GGATAATATAT---------------CCCATTAA-----------TT-----TAAATAATACAT----GGGATAAATCTTATA--TTCA-ACTG-TTTA-GAATT---A---T--TTATCCTACATGTATA-TAGTAACT-CACTG-GGGAATTT-ATC--CCTTATA-----AC---TATCATTTCGTTAGAGtagga
gi|10 : a-TTTATCCC-AT-ACCAATTCA-T-ATCA-ATTCA--TTA-TT---GATTTT-------GTT---TTTCACTGATTTTC-AT---GTTTTGAAAAT----G--AT-GTTAATTTACA-TAATTATCATCATCATATTCTTCTCC----T--TGGACATGTA--AACTGTCC-ACAG-CCAAACAGATTC---------------------GGGACTTA-------------------------ATAAA--------CA----ATTATGTACATGTACAGT-T---GAAACAAAA-----GC-A-CACAGCAC--CATTTT-----T-GCTTCGT-AACATTACATAGT--T------T-AGGA--------TACT----AGTAATAACCTACCAAAACAT--A---GG-------AT---------------A------A-----------T
gi|8 : taTCCT-AT-AC---T-TG-CTATTG-ATT----TTCTTT---GT-TTT-------CTT---C------------C-AT---GTTTTGAAAAT----CATAT-TA--ATTGAAC-GAA--ATCA---GCAT---CATTATC----T--TGCA-A-GTA--AACTGGCT-AGCATC-AAACAGATTGCTCCCAAA-A--GG-G-ACAAGGG---------GG--CTT------ACTGATAAATAAA--------CA----ATTATATGCA------GT-T---GTAACAAAA-----GG-A-TACA-CAC--CATTTT-----CAGCAACGTAATAATTAC-TAGT--G-----AT-AGAA--------CA------AATAAT--CCTATCAATA-AC--A---CA-------ATATAATATACCCCACCT------A-----------TT-----TAAATAATATAT----GGGATTAATCCTTTGCTTA---ATTG-TTCG-GGAAT---A---T--TTATCC------TATA-TAATAATT-CACTA-GACAATTT-ATC--CTATATA-A-------GTGTCATTGTGCTGAAGAATTa
gi|11 : taACATGTA--AACTGTCC-ACAG-CCAAACAGATTC----------------------GGACTTA-----ATA------------AACAATT---AT-G-A--CA------TGTACAA-------GT-T---GAAACAAAA-----GCCA-CAG--CAC--CATTTTTTTTTCAGCTTCGTAAACATTAC--AGT--G-----TTTAGGA--------TACTAGTAAATCAT--CCTACCAAAA-
gi|13 : ggATTCCTTT-GAA-A--GG-GGACAAAGAACTTATT-TTGTACTTA-----AACGACAAATGAAATAA-G--CA-------ATATAC-------GG-TATAGAAATAAAA-----GT-A-CACA-CGT--CATTTT-----TAGCTTAGTAAAAATTAC-TAGTTAGTGCATAC-AGAA--------TA------AATCTT--TCTACCAAAA-cataggaataa
gi|7 : aTT-GGGTACTTT-----CCTGACAAATGAA-T-A-A--CACGGGAT-GTACAT-------GC-T---GAGCAAAAA-----GC-GGCAG--CACGCCATTTT-----C-GCTTCTTAAAA-TTAC-TAGT--G-----AA-AGGG--------TT------AAAAAT--C-TACCAAAATATTAG---GA-------AT---------------C------AATTCCTATTAATT-----TGAATAGTACTT----G-GATTCA-CCTATG--T-----TTCATTTT-GATTA---AGAATCGTTATCC------CATA-TACTAATTTCACTGCGATAATTTTATTATTCATATA-A-------GTATCA-TTTGCTGAAGAca
gi|23 : agcgaggaatatttttccttataaaccatcgttgattcgcattgatttctgattttctttcatgtttaaattaaatctactgtaaaatcctggtcaccatcttgcacatgcaggactgtccgagag-T---GAAATTAAA-----GC-A-CACA-CAC--TATTTT-----CAGCTTCGTAA
gi|1 : -----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----AT-AGGA--------AA------AATCTT--CTTACCAAAA-AT--ATAGGATAATAT-AT---------------CCCATTAA-----------TT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATG--T-TTGACTG-TTTAGGATTTTACA---T--TTATCC------TATA-TAATAACT-CATTG-GATAATTT-ATC--CCA--------------TATCAGTTTGCTGGAGAAT
gi|16 : atgactttcaataggataattaatccaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataagaacatttctcctgtataatcatattaattcttattgatttcatgttttgaacatgatgtaaaattatcttaaatcatcatcatcatcatcattatcgtgcacatgtaaactgtccagaacccaccagattcctctccacggagacaaggatcttacttggtactcactgacaaatgaccataaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngT---------------T------A-----------TT-----TAAATAATACTT----TGGATTAATACTGTA--CAAAGATTC-TTCA-GATTT---A---G--TTATCC------TATA-TAATAACT-CATTG-GAGAATTC-ATC--CCATATA-A-TTA
gi|15 : tatattccgt------A-----------TT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATC-TATA--TAAAGACTC-TTTA-GAATT---A---T--TTATCC------TTTA-TGATAATT-CACTG-CAAAATTT-ATC--CCATATA-A-------GTATCATTTTATTGGA
gi|14 : cccttta------A-----------TT-----CAAATAATACATATATGGGATTAATCTTATA--TTT-GACTG-TTTA-GAATT---A---T--TTATCC------TATA-TAATAATT-CACTG-GAGAATTT-ATC--CCATATACATGTGTAAGTATCATTTTGCTGGAGA
gi|18 : atatatcccattaATAAAGATTATA--TAAAGACTC-TTTA-GATT----A---T--TTATCC------TATA-TAATAATT-CATCG-GAGAATTT-ATC--CCATACA-A-------GTATCATTTCGTTG
gi|19 : taatttaataTTC------T-TCATAAAAACT-CCTTG-GAGAATAT-ATC--CCATATA-A-GCAC
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTACACCATGGGTTTTTCAATAGGATAATATTCACATCCTATATACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTATT
Unaligned ( gi|17 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTGAGGACTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1111 44444444444444444444444444444444444 11111 4444444444 111111111 1111111 111111 1111 111 11111 111111111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000 111 111111 33333333 11111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 8 4 4 4 4 44 4 2222 1 777 99999999999999999999999999999999999 4 4 22222 666 4 8888888888 666666666 2 55 6 0000000 3 44 0 2 33 1 555555 44 1 3 8888 000 1 3 3 3 88888 3 3 6 77777 0 3 44 11111 666666666666666 3 55 66666666666666666666666666666666666666666666666 99999 7777 55 111 55 000000 5 7777 999999 3 3 3 44 22222222 00000
lowQualScore : ............................................................................................. . . . . . . . .. . .... . ... ................................... . . ..... ... . .......... ......... . .. . ....... . .. . . .. . ...... .. . . .... ... . . . . ..... . . . ..... . . .. ..... ............... . .. ............................................... ..... .... .. ... .. ...... . .... ...... . . . .. ........ .....
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 0 9 4 0 0 0 33 0 5555 0 000 99999999999999999999999999999999999 0 0 11111 444 0 2222222222 000000000 6 00 7 2222222 3 22 2 5 66 2 666666 66 2 6 5555 000 4 6 3 3 33333 3 3 7 77777 4 3 66 77777 222222222222222 6 00 33333333333333333333333333333333333333333333333 11111 7777 00 444 00 555555 8 1111 666666 3 3 3 66 44444444 00000
consensus : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAN-ATTAAT-TC----TTATT---GATTTT------------CT----------T---------TCATGTTTTG-AA-AN----TTATNTTAATTTACCT-AAATCATCA----------TCATCAT---------CTTGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCAAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-A--CA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATAT--------AA-----GTATCATTTTGCTGGAGAATT
Reference ( family-3330 ) : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAN-ATTAAT-TC----TNATT---GATTTT------------CT----------T---------TCATGTTTTG-AA-AT----TTATNNTAATTTACCT-AAATCATCA-C--------TCATCAT---------CTTGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCAAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-A--CA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGANTT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCACTG-GAGAA-TTTAT--CCCATATA-------AA-----GTATCATTTTGCTGGAGAATT
gi|1 : ATGACTTTCAATAGGATAATTAATCCAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATAAGA-ACA-TTT-CTCCT-GTAT-AAT-CAT-ATTAAT-TC----TTATT---GATTT------------------------------------CATGTTTTG-AA-CA----TGATGTAAAATTATCTTAAATCATCA-TCATCATCATCATTAT---------CGTGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCCACCAGATTCCTCT-CCA-C--GGAG-ACAAGGATCTTACT-TGGTACTC------ACTGACAA--ATGA
gi|1 : -----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------A-A------AAT-CTT--CTTACCAAAA-AT--ATAGGATAATAT-AT---------------CCCATTA-----ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATG--T-TTGACTG-TTT------AGGATTTTACATTTATCC------TATATAATAA-CTCATTG-GATAA-TTTAT--CCCA-------------------TATCAGTTTGCTGGAGAATccataaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagcttcgtaaaaattactagtgataggaaaaatcttcttaccaaaaatataggataatatatcccattaatttaaataatacatgggattaatcctatgtttgactgtttaggattttacatttatcctatataataactcattggataatttatcccatatcagtttgctggagaat
gi|10 : atgactttcaataggataattaatccaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataagaacatttctcctgtataatcatattaattcttattgatttcatgttttgaacatgatgtaaaattatcttaaatcatcatcatcatcatcattatcgtgcacatgtaaactgtccagaacccaccagattcctctccacggagacaaggatcttacttggtactcactgacaaatgaccataaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-TTT-ATCCC-ATACCAATTCAT-ATCAAT-TCA---TTATT---GATTTTGTTTTTCACTGATT----------T---------TCATGTTTTG-AA-AA----TGATGTTAATTTACAT-AA-TTATCA----------TCATCATATTCTTCTCCTTGGACATGTA--AACTGTCCACAGCCAAACAGATTC---------------------GGGACTTA-----ATA------------AACAATTATG---T-A-----------CATGTACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CAGCACCATTTT-----T-GCTTCGT-AACATTACATAGT--T------TAGGA------T-ACT----AGT-AATAACCTACCAAAACAT--A---GG-------AT---------------A-----------AT
gi|11 : taACATGTA--AACTGTCCA--------CAG---CC------A-A-------ACAG-------ATT-CGG-ACTTA-----ATAAACAA--TT---AT-G-A--CA-----TGTACA-A-GT-T-GAAACAAAA-----GC--CA-CAGCACCATTTTTTTTTCAGCTTCGTAAACATTAC--AGT--GT----TTAGGATACTAGT-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-a
gi|13 : ggATTCCTTT-GAA-A--GG-GGACAAAGAACTTATT-TTGTACTTA-----AACGACAA--ATGAAAT-A-AG-CA---AT---ATACG-GTATAGAAATAAAA-----GT-ACA-CA-CGTCATTTT-----TAGCTTAGTAAAAATTAC-TAGTTAGTGCATACAGAA------T-A------AAT-CTT--TCTACCAAAA-cataggaataa
gi|14 : a-----------ATT-----CAAATAATACATATATGGGATTAATCTTATA--TTT-GACTG-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCACTG-GAGAA-TTTAT--CCCATATACATGTGTAA-----GTATCATTTTGCTGGAGAca
gi|15 : atatatcccatta-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATC-TATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TTTATGATAA-TTCACTG-CAAAA-TTTAT--CCCATAT--------AA-----GTATCATTTTATTGGA
gi|16 : ccctttaT---------------T-----------ATT-----TAAATAATACTT----TGGATTAATACTGTA--CAAAGATTC-TTC------AGATTT----AGTTATCC------TATATAATAA-CTCATTG-GAGAA-TTCAT--CCCATATA-------A
gi|18 : tatattccgt-----------ATT-----TAA-TAATAAA-------GATTA------TA--TAAAGACTC-TTT------AGA-TT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATCG-GAGAA-TTTAT--CCCATAC--------AA-----GTATCATTTCGTTGtta
gi|19 : taTT----GTTTCTTC---------ATAAAAA-CTCCTTG-GAGAA-TATAT--CCCATATA-------A
gi|2 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-TTCCT-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-TT----TAATT---GAATTT------------AT----------T---------TCATGTTTTG-AATAT----TTATCACAATTTACCT-AAATCATCAGCA-------TCATCAT---------CTTGCATATGTA--AACTGTCCAGAAC-AAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-G--CA---ATTATATAC--GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-C--CACCATTTT-----CAGCTTCTTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATATTACAT----GAGATAAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGATTT----ATTTATTC------TATCTAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATATA-------AGTACATGTATCATTTTATTGGAGAATTgcaccgtcgttagaggggagaaaacatccta
gi|20 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATA
gi|21 : tCCTATGGTTTTCAATAGGATAATTACTCCTTTATgaaatt
gi|22 : atCCTATGATTTTCAATAGGATAAGTACTCCTATATaac
gi|23 : t-T-GAAATTAAA-----GC-ACA-CA-CACTATTTT-----CAGCTTCGTAAaac
gi|24 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTA
gi|3 : tCCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATAT
gi|3 : t---TAG-TGAGGGATT-TTT-CTCCC-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-TC----GTATT---GATTTT------------------------------------------TG-----------TATC--AATTTACCT-AAATCATCA----------TCATTAT---------CTCGCATATATATAAACTGTCCAGAACTAAACAGATTCCTCT-GAA-AAAGG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-ACA--CA---ATTATATACA-TA-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAA-TAC-TAAT--G-----ATAGGA------TCATAGGATAATACAT--CCCAT------------------------T---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAG------------------------ATTTATCC------TATATAATTA-TTCATTG-AATAA-TTTAT--CCTATAT--------AA-----GTATCATTTTACTGGAGAagcatagcttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatagtgagggatttttctcccatacaatcaaattaattcgtattgatttttgtatcaatttacctaaatcatcatcattatctcgcatatatataaactgtccagaactaaacagattcctctgaaaaagggacaagggacttatttggtacttgactgacaaatgaaatacacaattatatacatatgaaacaaaagcacacacaccattttcagcttcgtaaaaatactaatgataggatcataggataatacatcccattcatttaaataatacatgggattaatcctatataaagatttatcctatataattattcattgaataatttatcctatataagtatcattttactggaga
gi|4 : tcctatgattttcaataggataattactcctatatagcatagcttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaAGG-ACTGTTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAT-AATAAT-TC----TTATT---AATTTT------------CT----------TGGTATTCCTTCATGTTTTG-AA-AG----TTATATTAATTTACTT-AAATCAT--------------A--AT---------CTTGCATATGCA--AACTGTCAAGAACCAAACAGATTCTTCT-GAA-AA-GG-G-ACAAGAGACTTAATATGGTACATGTACTTACTGACAA--ATGAAAT-A-AAACA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAATAAAAGC-ACA-TA-CATCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATCAC-TAGT--G-----ATAGAA------T-A------ACT-CAT--CCTACCAAAACAT--A---GGATAATATAT---------------CCCATTA-----ATT-----TAAATAATACAT----GGGATAAATCTTATA--TTCA-ACTG-TTT------AGAATT----ATTTATCCTACATGTATATAGTAA-CTCACTG-GGGAA-TTTAT--CCCTTAT--------AA-----CTATCATTTCGTTAGAG
gi|5 : aG-TGAGG-ACT-T---CTCCT-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-T-----TCATT---GATTTT------------CT----------T---------TCATGTTTTG-AA-AT----TTATATCAATTTACCT-AAGTCATCA-------------TCAT---------CT-------GTA--AACAGTCCCGAACCAAACAGATTCCTAT-GAACA--AG-G-ACAAGGGACCTATT-TGATACTTG-----ACTGACAA--ATGAAGT-A-AA-CA---ATTATAT-------T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTACAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-TAT--CCTACCAAAA-ACATA---GA-------ATACTATATCC------C-----------ACTAATTATAAATAATACAT----GGGATTGATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGATTT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATAG-GAGAA-TTTAT--CCCATAT--------AA-----GTATAATTCTATTGGAGAATT
gi|6 : CCTATGATGTTCAATAGGATAATTAATCCTATAT
gi|6 : t---TAG-TGAGG-AAT-ATT-CCTTT-A---------------AAC-TC----TTATT---GATTTT------------CT----------G---------CTATATTTTGAAA-ATGATATTATTATAATTTACCT-AAAC------T--------TCATCAT---------CTTACACGTGTA--AGCTGTCCAGAACCAAACAGGTTACTTTCAAA-A--AG-G-ACAAGG--------------------------GGCAA--ATGAAATAA-A--CATTTATAATATACA-GA-T-GAAACACAC-----AC-ACA-CA-CACC---TT-----CAGTTTCTTAAAAGTTAC-TAGA--T-----ATAGGA------T-gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtacatgtattagtgaggaatattcctttaaactcttattgattttctgctatattttgaaaatgatattattataatttacctaaacttcatcatcttacacgtgtaagctgtccagaaccaaacaggttactttcaaaaaggacaaggggcaaatgaaataaacatttataatatacagatgaaacacacacacacacaccttcagtttcttaaaagttactagatataggat
gi|7 : tcctatgatgttcaataggataattaatcctatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtacatgtatAG-CGAGG-AATATTT-TTCCTTATA--AAC-CATCGTTGAT-TCGCATTGATTTCTGATTTT------------CT----------T---------TCATGTTT---AA-AT----TAAATCTACTGTA----AAATCCTGG----------TCACCAT---------CTTGCACATG-----------CAGGACTG----------TCC-GAG-A--G----------------TT-GGGTACTTT-----CCTGACAA--ATG-AAT-A-A--CAC--GGGATGTACATGC-T-GAGCAAAAA-----GCGGCAGCA-CGCCATTTT-----C-GCTTCTT-AAAATTAC-TAGT--G-----AAAGGG------T-T------AAA-AAT---CTACCAAAATATTAG---GA-------AT---------------CAATTCCTATTAATT-----TGAATAGTAC-T----TGGATTCA-CCTATG--T-----TTCATTTTGATTAAGAATC----G-TTATCC------CATATACTAATTTCACTGCGATAATTTTATTATTCATAT--------AA-----GTATCA-TTTGCTGAAGA
gi|8 : TCCT-ATAC---T-TGCTATTGAT-TT----TCTTT---G-TTTT------------CT----------T---------CCATGTTTTG-AA-AA----TCATATTAATTGAACG-AAATCAGCA----------TCATTAT---------CTTGCA-A-GTA--AACTGGCTAGCATCAAACAGATTGCTCCCAAA-A--GG-G-ACAAGGG---------GG--CTT------ACTGATAA--ATAAA--------CA---ATTATATGCA-GT-T-GTAACAAAA-----GG-ATA-CA-CACCATTTT-----CAGCAACGTAATAATTAC-TAGT--G-----ATAGAA------C-A------AAT-AAT--CCTATCAATA-AC--A---CA-------ATATAATATACCCCACCT-----------ATT-----TAAATAATATAT----GGGATTAATCCTTTGCTTA---ATTG-TTC------GGGAAT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCACTA-GACAA-TTTAT--CCTATAT--------AA-----GTGTCATTGTGCTGAAGAATT
gi|9 : taG-TGAGG-ACT-TTTTCTCTG-GGAC-AAT-CA--ATTTATATC----TTATT---GATTTT------------CTGGAATTCCCGT---------CCA-GTTTTG-AA-AT----TTATATCAATTTGCTA-GAATTATCA----------TCATCAT---------CTTGCATGTGTA--AAATGTTTAGAACCAAATAGGCTCATCT-GGATA--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGATAA--TTGATAT-A-AA-CA---ATTTTATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CATCATTCT-------------TAAAAATTAC-TAGT--G-----AAAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTACACCATGGGTTTTTCAATAGGATAATATTCACATCCTATATACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTATT
Unaligned ( gi|17 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTGAGGACTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 5555555555555555555555555555555555555555555 2222222222 11111 111111111 1111111 111111 111111 111 11111 111111111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000 111 111111 11111111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 8 4 4 4 4 44 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 2 2 00000 4 4 777 666666666 2 55 6 0000000 3 44 0 2 33 1 555555 44 1 666666 000 1 3 3 3 88888 3 3 6 77777 0 3 44 11111 666666666666666 3 55 66666666666666666666666666666666666666666666666 99999 7777 55 111 55 000000 4 7777 999999 3 3 3 44 22222222 999999
lowQualScore : ............................................................................................. . . . . . . . .. . . ........................................... .......... . . ..... . . ... ......... . .. . ....... . .. . . .. . ...... .. . ...... ... . . . . ..... . . . ..... . . .. ..... ............... . .. ............................................... ..... .... .. ... .. ...... . .... ...... . . . .. ........ ......
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 0 9 4 0 0 0 33 0 0 8888888888888888888888888888888888888888888 5555555555 4 4 00000 0 0 000 000000000 6 00 7 2222222 3 22 2 5 66 2 666666 66 2 777777 000 4 6 3 3 33333 3 3 7 77777 4 3 66 77777 222222222222222 6 00 33333333333333333333333333333333333333333333333 11111 7777 00 444 00 555555 7 1111 666666 3 3 3 66 11111111 666666
consensus : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAN-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAA----------AATTATATCA-----ATTTACC-TAAA-TCATCA---TCATCAT---------CTTGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCAAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-A--CA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTGCTGGAGAATT
Reference ( family-3330 ) : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAN-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAA----------ANTTATNTTA-----ATTTACC-TAAA-TCATCA---TCATCAT---------CTTGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCAAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-A--CA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTGCTGGAGAATT
gi|1 : ATGACTTTCAATAGGATAATTAATCCAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATAAGA-ACA-TTT-CTCCT-GTAT-AAT-CAT-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------------------------------------------CATGTTTTGAACATGATGTAAAATTATCTTA-----AATCATC-ATCA-TCATCA---TCATTAT---------CGTGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCCACCAGATTCCTCT-CCA-C--GGAG-ACAAGGATCTTACT-TGGTACTC------ACTGACAA--ATGA
gi|1 : -----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------A-A------AAT-CTT--CTTACCAAAA-AT--ATAGGATAATAT-AT---------------CCCATTA-----ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATG--T-TTGACTG-TTT------AGGATTTTACATTTATCC------TATATAATAA-CTCATTG-GATAA-TTTAT--CCCA--------------------TATCAGTTTGCTGGAGAATccataaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagcttcgtaaaaattactagtgataggaaaaatcttcttaccaaaaatataggataatatatcccattaatttaaataatacatgggattaatcctatgtttgactgtttaggattttacatttatcctatataataactcattggataatttatcccatatcagtttgctggagaat
gi|10 : atgactttcaataggataattaatccaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataagaacatttctcctgtataatcatattaattcttattgatttcatgttttgaacatgatgtaaaattatcttaaatcatcatcatcatcatcattatcgtgcacatgtaaactgtccagaacccaccagattcctctccacggagacaaggatcttacttggtactcactgacaaatgaccataaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-TTT-ATCCC-ATACCAATTCAT-ATCAAT-TCATTATTGATTT-------TGTTTTTCACTGATT----------T---------TCATGTTTTGAA----------AATGATGTTA-----ATTTACA-TAA--TTATCA---TCATCATATTCTTCTCCTTGGACATGTA--AACTGTCCACAGCCAAACAGATTC---------------------GGGACTTA-----ATA------------AACAATTATG---T-A-----------CATGTACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CAGCACCATTTT-----T-GCTTCGT-AACATTACATAGT--T------TAGGA------T-ACT----AGT-AATAACCTACCAAAACAT--A---GG-------AT---------------A-----------AT
gi|11 : taACATGTA--AACTGTCCA--------CAG---CC------A-A-------ACAG-------ATT-CGG-ACTTA-----ATAAACAA--TT---AT-G-A--CA-----TGTACA-A-GT-T-GAAACAAAA-----GC--CA-CAGCACCATTTTTTTTTCAGCTTCGTAAACATTAC--AGT--GT----TTAGGATACTAGT-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-a
gi|13 : ggATTCCTTT-GAA-A--GG-GGACAAAGAACTTATT-TTGTACTTA-----AACGACAA--ATGAAAT-A-AG-CA---AT---ATACG-GTATAGAAATAAAA-----GT-ACA-CA-CGTCATTTT-----TAGCTTAGTAAAAATTAC-TAGTTAGTGCATACAGAA------T-A------AAT-CTT--TCTACCAAAA-cataggaataa
gi|14 : a-----------ATT-----CAAATAATACATATATGGGATTAATCTTATA--TTT-GACTG-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCACTG-GAGAA-TTTAT--CCCATATACATGTGTAA------GTATCATTTTGCTGGAGAca
gi|15 : atatatcccatta-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATC-TATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TTTATGATAA-TTCACTG-CAAAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTATTGGA
gi|16 : ccctttaT---------------T-----------ATT-----TAAATAATACTT----TGGATTAATACTGTA--CAAAGATTC-TTC------AGATTT----AGTTATCC------TATATAATAA-CTCATTG-GAGAA-TTCAT--CCCATA--------TAA------TTA
gi|18 : tatattccgt-----------ATT-----TAA-TAATAAA-------GATTA------TA--TAAAGACTC-TTT------AGA-TT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATCG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------CAA------GTATCATTTCGTTG
gi|19 : taTT----GTTTCTTC---------ATAAAAA-CTCCTTG-GAGAA-TATAT--CCCATA--------TAA------GCACCGT
gi|2 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-TTCCT-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-TT-TAATTGAATT-------T------------AT----------T---------TCATGTTTTGAAT---------ATTTATCACA-----ATTTACC-TAAA-TCATCAGCATCATCAT---------CTTGCATATGTA--AACTGTCCAGAAC-AAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-G--CA---ATTATATAC--GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-C--CACCATTTT-----CAGCTTCTTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATATTACAT----GAGATAAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGATTT----ATTTATTC------TATCTAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAAGTACATGTATCATTTTATTGGAGAATTcgttagaggggagaaaacatccta
gi|20 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATA
gi|21 : tCCTATGGTTTTCAATAGGATAATTACTCCTTTATgaaatt
gi|22 : atCCTATGATTTTCAATAGGATAAGTACTCCTATATaac
gi|23 : t-T-GAAATTAAA-----GC-ACA-CA-CACTATTTT-----CAGCTTCGTAAaac
gi|24 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTA
gi|3 : tCCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATAT
gi|3 : t---TAG-TGAGGGATT-TTT-CTCCC-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-TC-GTATTGATTT-------T-----------------------------------------------------------TGTATCA-----ATTTACC-TAAA-TCATCA---TCATTAT---------CTCGCATATATATAAACTGTCCAGAACTAAACAGATTCCTCT-GAA-AAAGG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-ACA--CA---ATTATATACA-TA-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAA-TAC-TAAT--G-----ATAGGA------TCATAGGATAATACAT--CCCAT------------------------T---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAG------------------------ATTTATCC------TATATAATTA-TTCATTG-AATAA-TTTAT--CCTATA--------TAA------GTATCATTTTACTGGAGAagcatagcttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatagtgagggatttttctcccatacaatcaaattaattcgtattgatttttgtatcaatttacctaaatcatcatcattatctcgcatatatataaactgtccagaactaaacagattcctctgaaaaagggacaagggacttatttggtacttgactgacaaatgaaatacacaattatatacatatgaaacaaaagcacacacaccattttcagcttcgtaaaaatactaatgataggatcataggataatacatcccattcatttaaataatacatgggattaatcctatataaagatttatcctatataattattcattgaataatttatcctatataagtatcattttactggaga
gi|4 : tcctatgattttcaataggataattactcctatatagcatagcttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaAGG-ACTGTTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAT-AATAAT-TC-TTATTAATTT-------T------------CT----------TGGTATTCCTTCATGTTTTGAA----------AGTTATATTA-----ATTTACT-TAAA-TCAT-------A--AT---------CTTGCATATGCA--AACTGTCAAGAACCAAACAGATTCTTCT-GAA-AA-GG-G-ACAAGAGACTTAATATGGTACATGTACTTACTGACAA--ATGAAAT-A-AAACA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAATAAAAGC-ACA-TA-CATCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATCAC-TAGT--G-----ATAGAA------T-A------ACT-CAT--CCTACCAAAACAT--A---GGATAATATAT---------------CCCATTA-----ATT-----TAAATAATACAT----GGGATAAATCTTATA--TTCA-ACTG-TTT------AGAATT----ATTTATCCTACATGTATATAGTAA-CTCACTG-GGGAA-TTTAT--CCCTTA--------TAA------CTATCATTTCGTTAGAG
gi|5 : aG-TGAGG-ACT-T---CTCCT-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-T--TCATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAA----------ATTTATATCA-----ATTTACC-TAAG-TCATCA---TCATC-------------------TGTA--AACAGTCCCGAACCAAACAGATTCCTAT-GAACA--AG-G-ACAAGGGACCTATT-TGATACTTG-----ACTGACAA--ATGAAGT-A-AA-CA---ATTATAT-------T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTACAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-TAT--CCTACCAAAA-ACATA---GA-------ATACTATATCC------C-----------ACTAATTATAAATAATACAT----GGGATTGATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGATTT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATAG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATAATTCTATTGGAGAATT
gi|6 : CCTATGATGTTCAATAGGATAATTAATCCTATAT
gi|6 : t---TAG-TGAGG-AAT-ATT-CCTTT-A---------------AAC-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------G---------CTATATTTTGAA----------AATGATATTATTATAATTTACC-TAAA-----CT---TCATCAT---------CTTACACGTGTA--AGCTGTCCAGAACCAAACAGGTTACTTTCAAA-A--AG-G-ACAAGG--------------------------GGCAA--ATGAAATAA-A--CATTTATAATATACA-GA-T-GAAACACAC-----AC-ACA-CA-CACC---TT-----CAGTTTCTTAAAAGTTAC-TAGA--T-----ATAGGA------T-gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtacatgtattagtgaggaatattcctttaaactcttattgattttctgctatattttgaaaatgatattattataatttacctaaacttcatcatcttacacgtgtaagctgtccagaaccaaacaggttactttcaaaaaggacaaggggcaaatgaaataaacatttataatatacagatgaaacacacacacacacaccttcagtttcttaaaagttactagatataggat
gi|7 : tcctatgatgttcaataggataattaatcctatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtacatgtatAG-CGAGG-AATATTT-TTCCTTATA--AAC-CATCGTTGAT-TC-GCATTGATTTCTGATTTT------------CT----------T---------TCATGTTT---A----------AATTA----A-----ATCTACTGTAAAATCCTGG---TCACCAT---------CTTGCACATG-----------CAGGACTG----------TCC-GAG-A--G----------------TT-GGGTACTTT-----CCTGACAA--ATG-AAT-A-A--CAC--GGGATGTACATGC-T-GAGCAAAAA-----GCGGCAGCA-CGCCATTTT-----C-GCTTCTT-AAAATTAC-TAGT--G-----AAAGGG------T-T------AAA-AAT---CTACCAAAATATTAG---GA-------AT---------------CAATTCCTATTAATT-----TGAATAGTAC-T----TGGATTCA-CCTATG--T-----TTCATTTTGATTAAGAATC----G-TTATCC------CATATACTAATTTCACTGCGATAATTTTATTATTCATA--------TAA------GTATCA-TTTGCTGAAGA
gi|8 : TCCT-ATAC---T-TGCTATTGAT-TT-TCTTTG-TTT-------T------------CT----------T---------CCATGTTTTGAA----------AATCATATTA-----ATTGAAC-GAAA-TCAGCA---TCATTAT---------CTTGCA-A-GTA--AACTGGCTAGCATCAAACAGATTGCTCCCAAA-A--GG-G-ACAAGGG---------GG--CTT------ACTGATAA--ATAAA--------CA---ATTATATGCA-GT-T-GTAACAAAA-----GG-ATA-CA-CACCATTTT-----CAGCAACGTAATAATTAC-TAGT--G-----ATAGAA------C-A------AAT-AAT--CCTATCAATA-AC--A---CA-------ATATAATATACCCCACCT-----------ATT-----TAAATAATATAT----GGGATTAATCCTTTGCTTA---ATTG-TTC------GGGAAT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCACTA-GACAA-TTTAT--CCTATA--------TAA------GTGTCATTGTGCTGAAGAATT
gi|9 : taG-TGAGG-ACT-TTTTCTCTG-GGAC-AAT-CA--ATTTATATC-TTATTGATTT-------T------------CTGGAATTCCCGT---------CCA-GTTTTGAA----------ATTTATATCA-----ATTTGCT-AGAA-TTATCA---TCATCAT---------CTTGCATGTGTA--AAATGTTTAGAACCAAATAGGCTCATCT-GGATA--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGATAA--TTGATATAA-A--CA---ATTTTATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CATCATTCT-------------TAAAAATTAC-TAGT--G-----AAAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTACACCATGGGTTTTTCAATAGGATAATATTCACATCCTATATACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTATT
Unaligned ( gi|17 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTGAGGACTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 5555555555555555555555555555555555555555555 11111 22222222222222222 1111111 111111 111111 111 11111 111111111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000 111 111111 11111111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 8 4 4 4 4 44 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888 0 55555 4 4 777 11111111111111111 55 2 55 6 0000000 3 44 0 2 33 1 555555 44 1 666666 000 1 3 3 3 88888 3 3 6 77777 0 3 44 11111 666666666666666 3 55 66666666666666666666666666666666666666666666666 99999 7777 55 111 55 000000 4 7777 999999 3 3 3 44 22222222 999999
lowQualScore : ............................................................................................. . . . . . . . .. . . ........................................... . ..... . . ... ................. .. . .. . ....... . .. . . .. . ...... .. . ...... ... . . . . ..... . . . ..... . . .. ..... ............... . .. ............................................... ..... .... .. ... .. ...... . .... ...... . . . .. ........ ......
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 0 9 4 0 0 0 33 0 0 8888888888888888888888888888888888888888888 1 55555 0 0 000 55555555555555555 55 6 00 7 2222222 3 22 2 5 66 2 666666 66 2 777777 000 4 6 3 3 33333 3 3 7 77777 4 3 66 77777 222222222222222 6 00 33333333333333333333333333333333333333333333333 11111 7777 00 444 00 555555 7 1111 666666 3 3 3 66 11111111 666666
consensus : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAN-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAAAATTATATCA-----ATT-TACCT-AAATCATCA---TCATCAT---------C-------T--TGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCAAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-A--CA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTGCTGGAGAATT
Reference ( family-3330 ) : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAN-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAAAATTATATCA-----ATT-TACCT-AAATCATCA---TCATCAT---------C-------T--TGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCAAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-A--CA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTGCTGGAGAATT
gi|1 : ATGACTTTCAATAGGATAATTAATCCAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATAAGA-ACA-TTT-CTCCT-GTAT-AAT-CAT-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------------------------------------------CATGTTTTGAACATGATGTAA-----AAT-TATCTTAAATCATCA---TCATCAT---------CATCATTATCGTGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCCACCAGATTCCTCT-CCA-C--GGAG-ACAAGGATCTTACT-TGGTACTC------ACTGACAA--ATGA
gi|1 : -----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------A-A------AAT-CTT--CTTACCAAAA-AT--ATAGGATAATAT-AT---------------CCCATTA-----ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATG--T-TTGACTG-TTT------AGGATTTTACATTTATCC------TATATAATAA-CTCATTG-GATAA-TTTAT--CCCA--------------------TATCAGTTTGCTGGAGAATccataaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagcttcgtaaaaattactagtgataggaaaaatcttcttaccaaaaatataggataatatatcccattaatttaaataatacatgggattaatcctatgtttgactgtttaggattttacatttatcctatataataactcattggataatttatcccatatcagtttgctggagaat
gi|10 : atgactttcaataggataattaatccaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataagaacatttctcctgtataatcatattaattcttattgatttcatgttttgaacatgatgtaaaattatcttaaatcatcatcatcatcatcattatcgtgcacatgtaaactgtccagaacccaccagattcctctccacggagacaaggatcttacttggtactcactgacaaatgaccataaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-TTT-ATCCC-ATACCAATTCAT-ATCAAT-TCATTATTGATTT-------TGTTTTTCACTGATT----------T---------TCATGTTTTGAAAATGATGTTA-----ATT-TACAT-AA-TTATCA---TCATCATATTCTTCTCC-------T--TGGACATGTA--AACTGTCCACAGCCAAACAGATTC---------------------GGGACTTA-----ATA------------AACAATTATG---T-A-----------CATGTACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CAGCACCATTTT-----T-GCTTCGT-AACATTACATAGT--T------TAGGA------T-ACT----AGT-AATAACCTACCAAAACAT--A---GG-------AT---------------A-----------AT
gi|11 : taACATGTA--AACTGTCCA--------CAG---CC------A-A-------ACAG-------ATT-CGG-ACTTA-----ATAAACAA--TT---AT-G-A--CA-----TGTACA-A-GT-T-GAAACAAAA-----GC--CA-CAGCACCATTTTTTTTTCAGCTTCGTAAACATTAC--AGT--GT----TTAGGATACTAGT-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-a
gi|13 : ggATTCCTTT-GAA-A--GG-GGACAAAGAACTTATT-TTGTACTTA-----AACGACAA--ATGAAAT-A-AG-CA---AT---ATACG-GTATAGAAATAAAA-----GT-ACA-CA-CGTCATTTT-----TAGCTTAGTAAAAATTAC-TAGTTAGTGCATACAGAA------T-A------AAT-CTT--TCTACCAAAA-cataggaataa
gi|14 : a-----------ATT-----CAAATAATACATATATGGGATTAATCTTATA--TTT-GACTG-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCACTG-GAGAA-TTTAT--CCCATATACATGTGTAA------GTATCATTTTGCTGGAGAca
gi|15 : atatatcccatta-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATC-TATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TTTATGATAA-TTCACTG-CAAAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTATTGGA
gi|16 : ccctttaT---------------T-----------ATT-----TAAATAATACTT----TGGATTAATACTGTA--CAAAGATTC-TTC------AGATTT----AGTTATCC------TATATAATAA-CTCATTG-GAGAA-TTCAT--CCCATA--------TAA------TTA
gi|18 : tatattccgt-----------ATT-----TAA-TAATAAA-------GATTA------TA--TAAAGACTC-TTT------AGA-TT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATCG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------CAA------GTATCATTTCGTTG
gi|19 : taTT----GTTTCTTC---------ATAAAAA-CTCCTTG-GAGAA-TATAT--CCCATA--------TAA------GCACCGT
gi|2 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-TTCCT-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-TT-TAATTGAATT-------T------------AT----------T---------TCATGTTTTGAATATT-TATCACA---ATT-TACCT-AAATCATCAGCATCATCAT---------C-------T--TGCATATGTA--AACTGTCCAGAAC-AAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-G--CA---ATTATATAC--GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-C--CACCATTTT-----CAGCTTCTTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATATTACAT----GAGATAAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGATTT----ATTTATTC------TATCTAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAAGTACATGTATCATTTTATTGGAGAATTcgttagaggggagaaaacatccta
gi|20 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATA
gi|21 : tCCTATGGTTTTCAATAGGATAATTACTCCTTTATgaaatt
gi|22 : atCCTATGATTTTCAATAGGATAAGTACTCCTATATaac
gi|23 : t-T-GAAATTAAA-----GC-ACA-CA-CACTATTTT-----CAGCTTCGTAAaac
gi|24 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTA
gi|3 : tCCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATAT
gi|3 : t---TAG-TGAGGGATT-TTT-CTCCC-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-TC-GTATTGATTT-------T-------------------------------------------------TGTATCA-----ATT-TACCT-AAATCATCA---TCATTAT---------C-------T--CGCATATATATAAACTGTCCAGAACTAAACAGATTCCTCT-GAA-AAAGG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-ACA--CA---ATTATATACA-TA-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAA-TAC-TAAT--G-----ATAGGA------TCATAGGATAATACAT--CCCAT------------------------T---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAG------------------------ATTTATCC------TATATAATTA-TTCATTG-AATAA-TTTAT--CCTATA--------TAA------GTATCATTTTACTGGAGAagcatagcttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatagtgagggatttttctcccatacaatcaaattaattcgtattgatttttgtatcaatttacctaaatcatcatcattatctcgcatatatataaactgtccagaactaaacagattcctctgaaaaagggacaagggacttatttggtacttgactgacaaatgaaatacacaattatatacatatgaaacaaaagcacacacaccattttcagcttcgtaaaaatactaatgataggatcataggataatacatcccattcatttaaataatacatgggattaatcctatataaagatttatcctatataattattcattgaataatttatcctatataagtatcattttactggaga
gi|4 : tcctatgattttcaataggataattactcctatatagcatagcttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaAGG-ACTGTTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAT-AATAAT-TC-TTATTAATTT-------T------------CT----------TGGTATTCCTTCATGTTTTGAAAGTTATATTA-----ATT-TACTT-AAATCAT-------A--AT---------C-------T--TGCATATGCA--AACTGTCAAGAACCAAACAGATTCTTCT-GAA-AA-GG-G-ACAAGAGACTTAATATGGTACATGTACTTACTGACAA--ATGAAAT-A-AAACA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAATAAAAGC-ACA-TA-CATCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATCAC-TAGT--G-----ATAGAA------T-A------ACT-CAT--CCTACCAAAACAT--A---GGATAATATAT---------------CCCATTA-----ATT-----TAAATAATACAT----GGGATAAATCTTATA--TTCA-ACTG-TTT------AGAATT----ATTTATCCTACATGTATATAGTAA-CTCACTG-GGGAA-TTTAT--CCCTTA--------TAA------CTATCATTTCGTTAGAG
gi|5 : aG-TGAGG-ACT-T---CTCCT-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-T--TCATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAAATTTATATCA-----ATT-TACCT-AAGTCATCA---TCATC----------------------------TGTA--AACAGTCCCGAACCAAACAGATTCCTAT-GAACA--AG-G-ACAAGGGACCTATT-TGATACTTG-----ACTGACAA--ATGAAGT-A-AA-CA---ATTATAT-------T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTACAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-TAT--CCTACCAAAA-ACATA---GA-------ATACTATATCC------C-----------ACTAATTATAAATAATACAT----GGGATTGATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGATTT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATAG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATAATTCTATTGGAGAATT
gi|6 : CCTATGATGTTCAATAGGATAATTAATCCTATAT
gi|6 : t---TAG-TGAGG-AAT-ATT-CCTTT-A---------------AAC-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------G---------CTATATTTTGAAAATGATATTATTATAATT-TACCT-AAA----CT---TCATCAT---------C-------T--TACACGTGTA--AGCTGTCCAGAACCAAACAGGTTACTTTCAAA-A--AG-G-ACAAGG--------------------------GGCAA--ATGAAATAA-A--CATTTATAATATACA-GA-T-GAAACACAC-----AC-ACA-CA-CACC---TT-----CAGTTTCTTAAAAGTTAC-TAGA--T-----ATAGGA------T-gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtacatgtattagtgaggaatattcctttaaactcttattgattttctgctatattttgaaaatgatattattataatttacctaaacttcatcatcttacacgtgtaagctgtccagaaccaaacaggttactttcaaaaaggacaaggggcaaatgaaataaacatttataatatacagatgaaacacacacacacacaccttcagtttcttaaaagttactagatataggat
gi|7 : tcctatgatgttcaataggataattaatcctatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtacatgtatAG-CGAGG-AATATTT-TTCCTTATA--AAC-CATCGTTGAT-TC-GCATTGATTTCTGATTTT------------CT----------T---------TCATGTTT---AAATTAAATCT-----ACTGTA----AAATCCTGG---TCACCAT---------C-------T--TGCACATG-----------CAGGACTG----------TCC-GAG-A--G----------------TT-GGGTACTTT-----CCTGACAA--ATG-AAT-A-A--CAC--GGGATGTACATGC-T-GAGCAAAAA-----GCGGCAGCA-CGCCATTTT-----C-GCTTCTT-AAAATTAC-TAGT--G-----AAAGGG------T-T------AAA-AAT---CTACCAAAATATTAG---GA-------AT---------------CAATTCCTATTAATT-----TGAATAGTAC-T----TGGATTCA-CCTATG--T-----TTCATTTTGATTAAGAATC----G-TTATCC------CATATACTAATTTCACTGCGATAATTTTATTATTCATA--------TAA------GTATCA-TTTGCTGAAGA
gi|8 : TCCT-ATAC---T-TGCTATTGAT-TT-TCTTTG-TTT-------T------------CT----------T---------CCATGTTTTGAAAATCATATTA-----ATT-GAACG-AAATCAGCA---TCATTAT---------C-------T--TGCA-A-GTA--AACTGGCTAGCATCAAACAGATTGCTCCCAAA-A--GG-G-ACAAGGG---------GG--CTT------ACTGATAA--ATAAA--------CA---ATTATATGCA-GT-T-GTAACAAAA-----GG-ATA-CA-CACCATTTT-----CAGCAACGTAATAATTAC-TAGT--G-----ATAGAA------C-A------AAT-AAT--CCTATCAATA-AC--A---CA-------ATATAATATACCCCACCT-----------ATT-----TAAATAATATAT----GGGATTAATCCTTTGCTTA---ATTG-TTC------GGGAAT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCACTA-GACAA-TTTAT--CCTATA--------TAA------GTGTCATTGTGCTGAAGAATT
gi|9 : taG-TGAGG-ACT-TTTTCTCTG-GGAC-AAT-CA--ATTTATATC-TTATTGATTT-------T------------CTGGAATTCCCGT---------CCA-GTTTTGAAATTTATATCA-----ATT-TGCTA-GAATTATCA---TCATCAT---------C-------T--TGCATGTGTA--AAATGTTTAGAACCAAATAGGCTCATCT-GGATA--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGATAA--TTGATATAA-A--CA---ATTTTATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CATCATTCT-------------TAAAAATTAC-TAGT--G-----AAAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTACACCATGGGTTTTTCAATAGGATAATATTCACATCCTATATACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTATT
Unaligned ( gi|17 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTGAGGACTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 5555555555555555555555555555555555555555555 11111 22222222222222222 1111111 111111 111111 111 11111 111111111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000 111 111111 11111111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 8 4 4 4 4 44 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888 0 55555 4 4 777 11111111111111111 55 2 55 6 0000000 3 44 0 2 33 1 555555 44 1 666666 000 1 3 3 3 88888 3 3 6 77777 0 3 44 11111 666666666666666 3 55 66666666666666666666666666666666666666666666666 99999 7777 55 111 55 000000 4 7777 999999 3 3 3 44 22222222 999999
lowQualScore : ............................................................................................. . . . . . . . .. . . ........................................... . ..... . . ... ................. .. . .. . ....... . .. . . .. . ...... .. . ...... ... . . . . ..... . . . ..... . . .. ..... ............... . .. ............................................... ..... .... .. ... .. ...... . .... ...... . . . .. ........ ......
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 0 9 4 0 0 0 33 0 0 8888888888888888888888888888888888888888888 1 55555 0 0 000 55555555555555555 55 6 00 7 2222222 3 22 2 5 66 2 666666 66 2 777777 000 4 6 3 3 33333 3 3 7 77777 4 3 66 77777 222222222222222 6 00 33333333333333333333333333333333333333333333333 11111 7777 00 444 00 555555 7 1111 666666 3 3 3 66 11111111 666666
consensus : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAN-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAAAATTATATCA-----ATT-TACCT-AAATCATCA---TCATCAT---------C-------T--TGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCAAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-A--CA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTGCTGGAGAATT
Reference ( family-3330 ) : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAN-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAAAATTATATCA-----ATT-TACCT-AAATCATCA---TCATCAT---------C-------T--TGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCAAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-A--CA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTGCTGGAGAATT
gi|1 : ATGACTTTCAATAGGATAATTAATCCAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATAAGA-ACA-TTT-CTCCT-GTAT-AAT-CAT-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------------------------------------------CATGTTTTGAACATGATGTAA-----AAT-TATCTTAAATCATCA---TCATCAT---------CATCATTATCGTGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCCACCAGATTCCTCT-CCA-C--GGAG-ACAAGGATCTTACT-TGGTACTC------ACTGACAA--ATGA
gi|1 : -----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------A-A------AAT-CTT--CTTACCAAAA-AT--ATAGGATAATAT-AT---------------CCCATTA-----ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATG--T-TTGACTG-TTT------AGGATTTTACATTTATCC------TATATAATAA-CTCATTG-GATAA-TTTAT--CCCA--------------------TATCAGTTTGCTGGAGAATccataaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagcttcgtaaaaattactagtgataggaaaaatcttcttaccaaaaatataggataatatatcccattaatttaaataatacatgggattaatcctatgtttgactgtttaggattttacatttatcctatataataactcattggataatttatcccatatcagtttgctggagaat
gi|10 : atgactttcaataggataattaatccaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataagaacatttctcctgtataatcatattaattcttattgatttcatgttttgaacatgatgtaaaattatcttaaatcatcatcatcatcatcattatcgtgcacatgtaaactgtccagaacccaccagattcctctccacggagacaaggatcttacttggtactcactgacaaatgaccataaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-TTT-ATCCC-ATACCAATTCAT-ATCAAT-TCATTATTGATTT-------TGTTTTTCACTGATT----------T---------TCATGTTTTGAAAATGATGTTA-----ATT-TACAT-AA-TTATCA---TCATCATATTCTTCTCC-------T--TGGACATGTA--AACTGTCCACAGCCAAACAGATTC---------------------GGGACTTA-----ATA------------AACAATTATG---T-A-----------CATGTACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CAGCACCATTTT-----T-GCTTCGT-AACATTACATAGT--T------TAGGA------T-ACT----AGT-AATAACCTACCAAAACAT--A---GG-------AT---------------A-----------AT
gi|11 : taACATGTA--AACTGTCCA--------CAG---CC------A-A-------ACAG-------ATT-CGG-ACTTA-----ATAAACAA--TT---AT-G-A--CA-----TGTACA-A-GT-T-GAAACAAAA-----GC--CA-CAGCACCATTTTTTTTTCAGCTTCGTAAACATTAC--AGT--GT----TTAGGATACTAGT-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-a
gi|13 : ggATTCCTTT-GAA-A--GG-GGACAAAGAACTTATT-TTGTACTTA-----AACGACAA--ATGAAAT-A-AG-CA---AT---ATACG-GTATAGAAATAAAA-----GT-ACA-CA-CGTCATTTT-----TAGCTTAGTAAAAATTAC-TAGTTAGTGCATACAGAA------T-A------AAT-CTT--TCTACCAAAA-cataggaataa
gi|14 : a-----------ATT-----CAAATAATACATATATGGGATTAATCTTATA--TTT-GACTG-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCACTG-GAGAA-TTTAT--CCCATATACATGTGTAA------GTATCATTTTGCTGGAGAca
gi|15 : atatatcccatta-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATC-TATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TTTATGATAA-TTCACTG-CAAAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTATTGGA
gi|16 : ccctttaT---------------T-----------ATT-----TAAATAATACTT----TGGATTAATACTGTA--CAAAGATTC-TTC------AGATTT----AGTTATCC------TATATAATAA-CTCATTG-GAGAA-TTCAT--CCCATA--------TAA------TTA
gi|18 : tatattccgt-----------ATT-----TAA-TAATAAA-------GATTA------TA--TAAAGACTC-TTT------AGA-TT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATCG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------CAA------GTATCATTTCGTTG
gi|19 : taTT----GTTTCTTC---------ATAAAAA-CTCCTTG-GAGAA-TATAT--CCCATA--------TAA------GCACCGT
gi|2 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-TTCCT-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-TT-TAATTGAATT-------T------------AT----------T---------TCATGTTTTGAATATT-TATCACA---ATT-TACCT-AAATCATCAGCATCATCAT---------C-------T--TGCATATGTA--AACTGTCCAGAAC-AAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-G--CA---ATTATATAC--GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-C--CACCATTTT-----CAGCTTCTTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATATTACAT----GAGATAAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGATTT----ATTTATTC------TATCTAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAAGTACATGTATCATTTTATTGGAGAATTcgttagaggggagaaaacatccta
gi|20 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATA
gi|21 : tCCTATGGTTTTCAATAGGATAATTACTCCTTTATgaaatt
gi|22 : atCCTATGATTTTCAATAGGATAAGTACTCCTATATaac
gi|23 : t-T-GAAATTAAA-----GC-ACA-CA-CACTATTTT-----CAGCTTCGTAAaac
gi|24 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTA
gi|3 : tCCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATAT
gi|3 : t---TAG-TGAGGGATT-TTT-CTCCC-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-TC-GTATTGATTT-------T-------------------------------------------------TGTATCA-----ATT-TACCT-AAATCATCA---TCATTAT---------C-------T--CGCATATATATAAACTGTCCAGAACTAAACAGATTCCTCT-GAA-AAAGG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-ACA--CA---ATTATATACA-TA-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAA-TAC-TAAT--G-----ATAGGA------TCATAGGATAATACAT--CCCAT------------------------T---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAG------------------------ATTTATCC------TATATAATTA-TTCATTG-AATAA-TTTAT--CCTATA--------TAA------GTATCATTTTACTGGAGAagcatagcttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatagtgagggatttttctcccatacaatcaaattaattcgtattgatttttgtatcaatttacctaaatcatcatcattatctcgcatatatataaactgtccagaactaaacagattcctctgaaaaagggacaagggacttatttggtacttgactgacaaatgaaatacacaattatatacatatgaaacaaaagcacacacaccattttcagcttcgtaaaaatactaatgataggatcataggataatacatcccattcatttaaataatacatgggattaatcctatataaagatttatcctatataattattcattgaataatttatcctatataagtatcattttactggaga
gi|4 : tcctatgattttcaataggataattactcctatatagcatagcttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaAGG-ACTGTTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAT-AATAAT-TC-TTATTAATTT-------T------------CT----------TGGTATTCCTTCATGTTTTGAAAGTTATATTA-----ATT-TACTT-AAATCAT-------A--AT---------C-------T--TGCATATGCA--AACTGTCAAGAACCAAACAGATTCTTCT-GAA-AA-GG-G-ACAAGAGACTTAATATGGTACATGTACTTACTGACAA--ATGAAAT-A-AAACA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAATAAAAGC-ACA-TA-CATCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATCAC-TAGT--G-----ATAGAA------T-A------ACT-CAT--CCTACCAAAACAT--A---GGATAATATAT---------------CCCATTA-----ATT-----TAAATAATACAT----GGGATAAATCTTATA--TTCA-ACTG-TTT------AGAATT----ATTTATCCTACATGTATATAGTAA-CTCACTG-GGGAA-TTTAT--CCCTTA--------TAA------CTATCATTTCGTTAGAG
gi|5 : aG-TGAGG-ACT-T---CTCCT-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-T--TCATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAAATTTATATCA-----ATT-TACCT-AAGTCATCA---TCATC----------------------------TGTA--AACAGTCCCGAACCAAACAGATTCCTAT-GAACA--AG-G-ACAAGGGACCTATT-TGATACTTG-----ACTGACAA--ATGAAGT-A-AA-CA---ATTATAT-------T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTACAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-TAT--CCTACCAAAA-ACATA---GA-------ATACTATATCC------C-----------ACTAATTATAAATAATACAT----GGGATTGATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGATTT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATAG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATAATTCTATTGGAGAATT
gi|6 : CCTATGATGTTCAATAGGATAATTAATCCTATAT
gi|6 : t---TAG-TGAGG-AAT-ATT-CCTTT-A---------------AAC-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------G---------CTATATTTTGAAAATGATATTATTATAATT-TACCT-AAA----CT---TCATCAT---------C-------T--TACACGTGTA--AGCTGTCCAGAACCAAACAGGTTACTTTCAAA-A--AG-G-ACAAGG--------------------------GGCAA--ATGAAATAA-A--CATTTATAATATACA-GA-T-GAAACACAC-----AC-ACA-CA-CACC---TT-----CAGTTTCTTAAAAGTTAC-TAGA--T-----ATAGGA------T-gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtacatgtattagtgaggaatattcctttaaactcttattgattttctgctatattttgaaaatgatattattataatttacctaaacttcatcatcttacacgtgtaagctgtccagaaccaaacaggttactttcaaaaaggacaaggggcaaatgaaataaacatttataatatacagatgaaacacacacacacacaccttcagtttcttaaaagttactagatataggat
gi|7 : tcctatgatgttcaataggataattaatcctatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtacatgtatAG-CGAGG-AATATTT-TTCCTTATA--AAC-CATCGTTGAT-TC-GCATTGATTTCTGATTTT------------CT----------T---------TCATGTTT---AAATTAAATCT-----ACTGTA----AAATCCTGG---TCACCAT---------C-------T--TGCACATG-----------CAGGACTG----------TCC-GAG-A--G----------------TT-GGGTACTTT-----CCTGACAA--ATG-AAT-A-A--CAC--GGGATGTACATGC-T-GAGCAAAAA-----GCGGCAGCA-CGCCATTTT-----C-GCTTCTT-AAAATTAC-TAGT--G-----AAAGGG------T-T------AAA-AAT---CTACCAAAATATTAG---GA-------AT---------------CAATTCCTATTAATT-----TGAATAGTAC-T----TGGATTCA-CCTATG--T-----TTCATTTTGATTAAGAATC----G-TTATCC------CATATACTAATTTCACTGCGATAATTTTATTATTCATA--------TAA------GTATCA-TTTGCTGAAGA
gi|8 : TCCT-ATAC---T-TGCTATTGAT-TT-TCTTTG-TTT-------T------------CT----------T---------CCATGTTTTGAAAATCATATTA-----ATT-GAACG-AAATCAGCA---TCATTAT---------C-------T--TGCA-A-GTA--AACTGGCTAGCATCAAACAGATTGCTCCCAAA-A--GG-G-ACAAGGG---------GG--CTT------ACTGATAA--ATAAA--------CA---ATTATATGCA-GT-T-GTAACAAAA-----GG-ATA-CA-CACCATTTT-----CAGCAACGTAATAATTAC-TAGT--G-----ATAGAA------C-A------AAT-AAT--CCTATCAATA-AC--A---CA-------ATATAATATACCCCACCT-----------ATT-----TAAATAATATAT----GGGATTAATCCTTTGCTTA---ATTG-TTC------GGGAAT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCACTA-GACAA-TTTAT--CCTATA--------TAA------GTGTCATTGTGCTGAAGAATT
gi|9 : taG-TGAGG-ACT-TTTTCTCTG-GGAC-AAT-CA--ATTTATATC-TTATTGATTT-------T------------CTGGAATTCCCGT---------CCA-GTTTTGAAATTTATATCA-----ATT-TGCTA-GAATTATCA---TCATCAT---------C-------T--TGCATGTGTA--AAATGTTTAGAACCAAATAGGCTCATCT-GGATA--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGATAA--TTGATATAA-A--CA---ATTTTATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CATCATTCT-------------TAAAAATTAC-TAGT--G-----AAAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---
blockSeqs : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . G G T T C T TC A A TGTTTTTCACTGATTTT TTATA G . GCA ATTCTTCTCC . C TA C AAAGG G GA T AT T GTACTT TT A AAAA TTT T T A A TAAAA G G G TTTTT A TA TGCAT TCATAGGAT A AA ACACAATATAATATACCCCACCT AATTA ATAT CT AAA CA TGATTA A . TACATG T C T TA TACATGTG GTACAT
blockSeqs : . . A . . . . CT . . TCTGGAATTCCCGTC CA . . . C . C . C AAGG . AA T C T A . A AAG C T . . . . . . . . . . T TACTAGTA . . CATAGGATAATATATCCCATTA . . . AAA G . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . TCTTGGTATTCCTT . . . . C . T . . CAAG . GA T T T A . A ACA . T . . . . . . . . . . . TACT . . TATTAGGAATCAATTCCTATTA . . . AAA C . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . CTGATTTTCTTT . . . . C . T . . TAGG . GA T T T G . A AAA . T . . . . . . . . . . . TA . . ACATAGAATACTATATCCC . . . AAA C . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . TATTT . . . . C . T . . AGG . GA A T T G . A AAA . T . . . . . . . . . . . TA . . CATAGGATA . . . AAA C . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . TCTTT . . . . C . C . . AGG . GA T T T G . A AAA . A . . . . . . . . . . . TA . . ACAGAATC . . . TCA C . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . TCTGC . . . . C . C . . AAG . GA T G T T . A GA . G . . . . . . . . . . . TA . . TC . . . AAA G . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . TCTTC . . . . C . T . . AGG . G T T T G . A AG . T . . . . . . . . . . . TT . . . . . TT C . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . . . . . AG . . . . . . . . AA . T . . . . . . . . . . . CA . . . . . A G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : TCTTT************************************** C**************** ** AGG**** G***** AAA*** CATAGGATATTCCC********************************* AAA ****
originalCons : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAN-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAAAATTATATCA-----ATT-TACCT-AAATCATCA---TCATCAT---------C-------T--TGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCAAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAAT-A-A--CA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAA-AC--A---GA-------AT---------------C-----------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTGCTGGAGAATT
finalCons : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAN-ATTAAT-TC-TTATTGATTTTCTTT--------------------------------------CATGTTTTGAAAATTATATCA-----ATT-TACCT-AAATCATCA---TCATCATC----------------T--TGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCAAACAGATTCCTCT-GAAAGG----G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGAAATAAA---CA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GC-ACA-CA-CACCATTTT-----CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------T-A------AAT-CAT--CCTACCAAAACATAGGATATTCCC---------------------------------ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTGCTGGAGAATT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTACACCATGGGTTTTTCAATAGGATAATATTCACATCCTATATACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTATT
Unaligned ( gi|17 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTGAGGACTTTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 5555555555555555555555555555555555555555555 11111 22222222222222222 11111111 111111 111111 11111 6666666666666666666666666666 11111 111 111111 11111111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 5 8 4 4 4 4 44 4 4 8888888888888888888888888888888888888888888 0 55555 4 4 777 11111111111111111 55 2 55 3 11111111 3 3 1 9999 0 666666 44 44 3 3 333333 3 3 3 88888 3 3 6 88888 0 3 44 11111 999999 55 0 55 7 3 77777 3 3 9999999999999999999999999999 66666 7777 55 111 55 000000 4 7777 999999 3 3 3 44 22222222 999999
lowQualScore : ............................................................................................. . . . . . . . .. . . ........................................... . ..... . . ... ................. .. . .. . ........ . . . .... . ...... .. .. . . ...... . . . ..... . . . ..... . . .. ..... ...... .. . .. . . ..... . . ............................ ..... .... .. ... .. ...... . .... ...... . . . .. ........ ......
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 0 9 4 0 0 0 33 0 0 8888888888888888888888888888888888888888888 1 55555 0 0 000 55555555555555555 55 6 00 8 77777777 3 3 2 9999 4 333333 66 55 3 3 444444 6 3 3 33333 3 3 7 33333 4 3 66 77777 666666 00 5 00 3 6 55555 6 3 3333333333333333333333333333 88888 7777 00 444 00 555555 7 1111 666666 3 3 3 66 11111111 666666
consensus : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAN-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAAAATTATATCA-----ATT-TACCT-AAATCATCA---TCATCAT---------C-------T--TGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCAAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGA-AATAA-A-CA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GCA-CA-CA-CACCA-----TTTTCAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------TA--AATCAT--CCTACC-AA-AA-C---A-TAGG-AT--A-----T---T----CC---C-----ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTGCTGGAGAATT
Reference ( family-3330 ) : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAN-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAAAATTATATCA-----ATT-TACCT-AAATCATCA---TCATCAT---------C-------T--TGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCAAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGA-AATAA-A-CA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GCA-CA-CA-CACCA-----TTTTCAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------TA--AATCAT--CCTACC-AA-AA-C---A-TAGG-AT--A-----T---T----CC---C-----ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTGCTGGAGAATT
gi|1 : ATGACTTTCAATAGGATAATTAATCCAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGATAAGA-ACA-TTT-CTCCT-GTAT-AAT-CAT-ATTAAT-TC-TTATTGATTT-------------------------------------------CATGTTTTGAACATGATGTAA-----AAT-TATCTTAAATCATCA---TCATCAT---------CATCATTATCGTGCACATGTA--AACTGTCCAGAACCCACCAGATTCCTCT-CCA-C--GGAG-ACAAGGATCTTACT-TGGTACTC------ACTGACAA--ATGACCATAA-A-CA---
gi|1 : CAGCTTCGTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------AA--AATCTT--CTTACCAAA-AA-T---A-TAGG-ATA-A-----TATAT----CC---CATTA-ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATG--T-TTGACTG-TTT------AGGATTTTACATTTATCC------TATATAATAA-CTCATTG-GATAA-TTTAT--CCCA--------------------TATCAGTTTGCTGGAGAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcagcttcgtaaaaattactagtgataggaaaaatcttcttaccaaaaatataggataatatatcccattaatttaaataatacatgggattaatcctatgtttgactgtttaggattttacatttatcctatataataactcattggataatttatcccatatcagtttgctggagaat
gi|10 : atgactttcaataggataattaatccaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagataagaacatttctcctgtataatcatattaattcttattgatttcatgttttgaacatgatgtaaaattatcttaaatcatcatcatcatcatcattatcgtgcacatgtaaactgtccagaacccaccagattcctctccacggagacaaggatcttacttggtactcactgacaaatgaccataaacannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-TTT-ATCCC-ATACCAATTCAT-ATCAAT-TCATTATTGATTT-------TGTTTTTCACTGATT----------T---------TCATGTTTTGAAAATGATGTTA-----ATT-TACAT-AA-TTATCA---TCATCATATTCTTCTCC-------T--TGGACATGTA--AACTGTCCACAGCCAAACAGATTC---------------------GGGACTTA-----ATA------------AACAA--TT----ATGT-A-C-------ATGTACA-GT-T-GAAACAAAA-----GCA-CA-CAGCACCA-----TTTTT-GCTTCGT-AACATTACATAGT--T------TAGGA------TACTAGTAATAACCTACC-AA-AA-C---A-TAGG-AT--A-----
gi|11 : taACATGTA--AACTGTCCACAGCCAAACAGATTC----------------------GGACTTA-----ATA------------AACAATTATGA-CATGT-A-CA------------A-GT-T-GAAACAAAA-----GC--CA-CAGCACCATTTTTTTTTCAGCTTCGTAAACATTAC--AGT--GT----TTAGGATACTAGTA--AATCAT--CCTACC-AA-AA-C---A-TAGG-Aata
gi|13 : ggATTCCTTT-GAA-A--GG-GGACAAAGAACTTATT-TTGTACTTA-----AACGACAA--ATGA-AATAA-G-CA------ATATACG-GTATAGAAATAAAA-----GTA-CA-CA-CGTCA-----TTTTTAGCTTAGTAAAAATTAC-TAGTTAGTGCATACAGAA------TA--AATCTT--TCTACC-AA-AA-C---A-ataa
gi|14 : a-AT--A-----TA--T----CC---C-----ATTAATT-CAAATAATACATATATGGGATTAATCTTATA--TTT-GACTG-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCACTG-GAGAA-TTTAT--CCCATATACATGTGTAA------GTATCATTTTGCTGGAGA
gi|15 : -----ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATC-TATA--TAAAGACTC-TTT------AGAATT----ATTTATCC------TTTATGATAA-TTCACTG-CAAAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATCATTTTATTGGA
gi|16 : cccttta-AT--A-----T---T----CCGTTT-----ATT-----TAAATAATACTT----TGGATTAATACTGTA--CAAAGATTC-TTC------AGATTT----AGTTATCC------TATATAATAA-CTCATTG-GAGAA-TTCAT--CCCATA--------TAA------TTA
gi|18 : t-----ATT-----TAA-TAATAAA-------GATTA------TA--TAAAGACTC-TTT------AGA-TT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATCG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------CAA------GTATCATTTCGTTG
gi|19 : taTT----GTTTCTTC---------ATAAAAA-CTCCTTG-GAGAA-TATAT--CCCATA--------TAA------GCACCGT
gi|2 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---TAG-TGAGG-ACT-TTT-TTCCT-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-TT-TAATTGAATT-------T------------AT----------T---------TCATGTTTTGAATATT-TATCACA---ATT-TACCT-AAATCATCAGCATCATCAT---------C-------T--TGCATATGTA--AACTGTCCAGAAC-AAACAGATTCCTCT-GAA-A--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGA-AATAG---CA---ATTATATAC--GT-T-GAAACAAAA-----GCA-CA-C--CACCA-----TTTTCAGCTTCTTAAAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------TA--AATCAT--CCTACC-AA-AA-----A-CAGA-AT----------------------C-----ATT-----TAAATATTACAT----GAGATAAATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGATTT----ATTTATTC------TATCTAATAA-TTCATTG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAAGTACATGTATCATTTTATTGGAGAATTcgttagaggggagaaaacatccta
gi|20 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATA
gi|21 : tCCTATGGTTTTCAATAGGATAATTACTCCTTTATgaaatt
gi|22 : atCCTATGATTTTCAATAGGATAAGTACTCCTATATaac
gi|23 : t-T-GAAATTAAA-----GCA-CA-CA-CACTA-----TTTTCAGCTTCGTAAaac
gi|24 : CCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTA
gi|3 : tCCTATGATTTTCAATAGGATAATTACTCCTATAT
gi|3 : t---TAG-TGAGGGATT-TTT-CTCCC-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-TC-GTATTGATTT-------T-------------------------------------------------TGTATCA-----ATT-TACCT-AAATCATCA---TCATTAT---------C-------T--CGCATATATATAAACTGTCCAGAACTAAACAGATTCCTCT-GAA-AAAGG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGACAA--ATGA-AATAC-A-CA---ATTATATACA-TA-T-GAAACAAAA-----GCA-CA-CA-CACCA-----TTTTCAGCTTCGTAAAAAT-AC-TAAT--G-----ATAGGA------T------------------------C---A-TAGG-AT--AATACAT---C----CCATTC-----ATT-----TAAATAATACAT----GGGATTAATCCTATA--TAAAGA------------------------TTTATCC------TATATAATTA-TTCATTG-AATAA-TTTAT--CCTATA--------TAA------GTATCATTTTACTGGAGAagcatagcttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaatagtgagggatttttctcccatacaatcaaattaattcgtattgatttttgtatcaatttacctaaatcatcatcattatctcgcatatatataaactgtccagaactaaacagattcctctgaaaaagggacaagggacttatttggtacttgactgacaaatgaaatacacaattatatacatatgaaacaaaagcacacacaccattttcagcttcgtaaaaatactaatgataggatcataggataatacatcccattcatttaaataatacatgggattaatcctatataaagatttatcctatataattattcattgaataatttatcctatataagtatcattttactggaga
gi|4 : tcctatgattttcaataggataattactcctatatagcatagcttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaAGG-ACTGTTT-CTCCT-ATAC-AAT-CAT-AATAAT-TC-TTATTAATTT-------T------------CT----------TGGTATTCCTTCATGTTTTGAAAGTTATATTA-----ATT-TACTT-AAATCAT-------A--AT---------C-------T--TGCATATGCA--AACTGTCAAGAACCAAACAGATTCTTCT-GAA-AA-GG-G-ACAAGAGACTTAATATGGTACATGTACTTACTGACAA--ATGA-AATAA-AACA---ATTATATACA-GT-T-GAAACAAAATAAAAGCA-CA-TA-CATCA-----TTTTCAGCTTCGTAAAAATCAC-TAGT--G-----ATAGAA------TA--ACTCAT--CCTACC-AA-AA-C---A-TAGG-ATA-A-----TATAT----CC---CATTA-ATT-----TAAATAATACAT----GGGATAAATCTTATA--TTCA-ACTG-TTT------AGAATT----ATTTATCCTACATGTATATAGTAA-CTCACTG-GGGAA-TTTAT--CCCTTA--------TAA------CTATCATTTCGTTAGAG
gi|5 : aG-TGAGG-ACT-T---CTCCT-ATAC-AAT-CAA-ATTAAT-T--TCATTGATTT-------T------------CT----------T---------TCATGTTTTGAAATTTATATCA-----ATT-TACCT-AAGTCATCA---TCATC----------------------------TGTA--AACAGTCCCGAACCAAACAGATTCCTAT-GAACA--AG-G-ACAAGGGACCTATT-TGATACTTG-----ACTGACAA--ATGA-AGTAA-A-CA---ATTATAT-------T-GAAACAAAA-----GCA-CA-CA-CACCA-----TTTTCAGCTTCGTACAAATTAC-TAGT--G-----ATAGGA------TA--AATTAT--CCTACC-AA-AAAC---A-TAGA-AT--A-----C---TATATCC---C-----ACTAATTATAAATAATACAT----GGGATTGATCCTATA--TAAAGACTC-TTT------AGATTT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCATAG-GAGAA-TTTAT--CCCATA--------TAA------GTATAATTCTATTGGAGAATT
gi|6 : CCTATGATGTTCAATAGGATAATTAATCCTATAT
gi|6 : t---TAG-TGAGG-AAT-ATT-CCTTT-A---------------AAC-TC-TTATTGATTT-------T------------CT----------G---------CTATATTTTGAAAATGATATTATTATAATT-TACCT-AAA----CT---TCATCAT---------C-------T--TACACGTGTA--AGCTGTCCAGAACCAAACAGGTTACTTTCAAA-A--AG-G-ACAAGG--------------------------GGCAA--ATGA-AATAA-A-CATTTATAATATACA-GA-T-GAAACACAC-----ACA-CA-CA-CACC--------TTCAGTTTCTTAAAAGTTAC-TAGA--T-----ATAGGA------Tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtacatgtattagtgaggaatattcctttaaactcttattgattttctgctatattttgaaaatgatattattataatttacctaaacttcatcatcttacacgtgtaagctgtccagaaccaaacaggttactttcaaaaaggacaaggggcaaatgaaataaacatttataatatacagatgaaacacacacacacacaccttcagtttcttaaaagttactagatataggat
gi|7 : tcctatgatgttcaataggataattaatcctatatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatgtacatgtatAG-CGAGG-AATATTT-TTCCTTATA--AAC-CATCGTTGAT-TC-GCATTGATTTCTGATTTT------------CT----------T---------TCATGTTT---AAATTAAATCT-----ACTGTA----AAATCCTGG---TCACCAT---------C-------T--TGCACATG-----------CAGGACTG----------TCC-GAG-A--G----------------TT-GGGTACTTT-----CCTGACAA--ATGA-A-TAACA-CG---GG-ATGTACATGC-T-GAGCAAAAA-----GCGGCAGCA-CGCCA-----TTTTC-GCTTCTTAAAA-TTAC-TAGT--G-----AAAGGG------TT--AAAAAT---CTACC-AA-AA-T---ATTAGGAATCAA-----T---T----CC---TATTA-ATT-----TGAATAGTAC-T----TGGATTCA-CCTATG--T-----TTCATTTTGATTAAGAATC----G-TTATCC------CATATACTAATTTCACTGCGATAATTTTATTATTCATA--------TAA------GTATCA-TTTGCTGAAGA
gi|8 : TCCT-ATAC---T-TGCTATTGAT-TT-TCTTTG-TTT-------T------------CT----------T---------CCATGTTTTGAAAATCATATTA-----ATT-GAACG-AAATCAGCA---TCATTAT---------C-------T--TGCA-A-GTA--AACTGGCTAGCATCAAACAGATTGCTCCCAAA-A--GG-G-ACAAGGG---------GG--CTT------ACTGATAA--AT------AA-A-CA---ATTATATGCA-GT-T-GTAACAAAA-----GGA-TA-CA-CACCA-----TTTTCAGCAACGTAATAATTAC-TAGT--G-----ATAGAA------CA--AATAAT--CCTATC-AATAA-CACAA-TATA-AT--A-----T---A----CC---CCACCTATT-----TAAATAATATAT----GGGATTAATCCTTTGCTTA---ATTG-TTC------GGGAAT----ATTTATCC------TATATAATAA-TTCACTA-GACAA-TTTAT--CCTATA--------TAA------GTGTCATTGTGCTGAAGAATT
gi|9 : taG-TGAGG-ACT-TTTTCTCTG-GGAC-AAT-CA--ATTTATATC-TTATTGATTT-------T------------CTGGAATTCCCGT---------CCA-GTTTTGAAATTTATATCA-----ATT-TGCTA-GAATTATCA---TCATCAT---------C-------T--TGCATGTGTA--AAATGTTTAGAACCAAATAGGCTCATCT-GGATA--GG-G-ACAAGGGACTTATT-TGGTACTTG-----ACTGATAA--TTGA-TATAA-A-CA---ATTTTATACA-GT-T-GAAACAAAA-----GCA-CA-CA-CATCA-----TTCT--------TAAAAATTAC-TAGT--G-----AAAGGA------TA--AATCAT--CCTACCAAA-AA-C---A-TAGG-A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTACACCATGGGTTTTTCAATAGGATAATATTCACATCCTATATACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGTATT
Unaligned ( gi|17 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGTGAGGACTTTT