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Reference ( gi|2 ) : TATGCCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAATACG----ATT---GGTTGTACAGA-TC-ACGTGA-TT-----GGGGC--GACAAAA-CT-TC-ATGTAC---CC-CT--CCC-TCGATGT-GCCT--CGGG----ACGT---C-GTGT-----A--------CT---------C--------GGGAGA-CCTCGCGGTTTTTTTTCT-T---AA--AACA--T-ATTTT-C-AAGCTGCCACAAGTCTTG--CTGT--T-----TATTGTTAACTA-CTA-GTTATTGTTTGAGAGC--TGTT-A-TAAG-----TG----AA-------A-TT-A-TA-TA-CT--ATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AATTG--TAT-A------AA-TACAT-ATC-TTAA-AACAG--AAAA-AA-------------ATC--------CAAA-T------------------A--------TTTGCTGGG--------------------A---------G-------------GTTTTCTC--T----G-----------------TATAATAAACA--------A----------------GGA-G--G-G--AGA-C--A-TGAA-G--TTTT-G-TCC-A-ATCCCG--AAATA-G--CA--T---GTCC--C-C-CTGGGA-GGA-AG------ACA-T--GAA-G--TTTT-G-T-CCA-ACCCCG--A--AATGTCA--CG---TCCTCCTGGGGCGTTGACCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCCTCCTAGCAGGACAATAAAT
gi|5 : TATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--CTGTACTTGAAAATACG----ATTGGGGGTT-TGCAGA-TC-ACGTGA-TCAGGGGGGGGC--GACAAAA-CT-TC-ATGTAC---CCACT--CCC-TCGGAGTGGCCTTCCGGG----ACGTCCCC-GTGT-----ACTGCATCCCT---------C--------GGGGAG-CCTCGCCGTTTTTTTTCTAC---GA--GAGA--TAATTTT-C-AAGCTGTTA--------A--CTG---T-----TATTGTT---TG-CTA---TCTTGTCT-ATTGC--TGTTGA-CAGA-----TG----AA-------A-TT-A-CA-TATCA--ATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG---ATTGGTTATAA------AA-TGAAT-ATC-CTAA-AACAG---AAA-AA-------------ATC--------CAAA-T------------------
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gi|15 : aaacaacctacattattacatgcatacctcaagggatagacacgacgattattgaaatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagttacacgagtTT-C-AAGCTG---------TTA--CTGT--T------ATTGATA-CTA-TAA-AGTATTGTTTGACAGT--TGTTGA-TAAG-----TG----AA-------A-TT-G-CA-TA-CA--ATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AA-----TA--A------AA-TAAAT-ATC--TAA-AAAAGAAAAAA-AA-------------ATC--------TAAATT------------------ATACAC---TTTGCTGG-------------------------------G-------------TTTTTTTC--T----aaaaatctagattatacatgtacctgtattgctgatctttggtggttttatttttcttgttgttgtttttttctgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccctcgggg
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gi|23 : ttatacatcaagggatagacacgacgattattgaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatcttG--TAT-A------AAATGAAT-ATCCTTAA---CAG--AAAACAA-------------ATC--------CAAA-TGCATGTATTGCTA-----A--------TTTGCTG--------------------------------G-------------GTTTTTTT--C----G-----------------Ta
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Reference ( family-3321 ) : TATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCC-TCGGTGT-GCCT--CGGGACGT---CG-TGTAC-TG-------C--------G-------GGGGACCTCGCGGTTTTT---TTTCT-T--G--A--GAG-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTGTTTATT-G-TT-ACT-ATCT-TGT-TATTGTTTGACAGC--TG--TTGACAGG-----TG----AAATTA-CA-TA-CAATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AATTG--TAT-A------AA---TAAAT-ATCCT------AAAACAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------CA-----AA-T------------------A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------G---------G-------------GTTT-------TTTC--T----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTCAT-TGC--C-CTGCT--G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CCC-AG--TA-AT-A-NCA------TGCC-CCCCTGG---G----------A-G---GG--AGA-CAT--GAAGCTT--TG-TC-C-A-AC-CC-AGTAA-T-ATCACGTCCCCCCGGGGCGTTGCCCTC-GCAACACCCCAGGNGGANNTNGTGCCACTGGGTTGGG-N--AAAGC-TT-CA-TGT-CTC--CCTCCC-A--G-CAGGGCAATGAAT
gi|1 : CTCAAGGGATAGACACGACG-TTACCTGG-------AAA-TACG----ATTTGG----TT--ACAGAATC-ACGTG-ATCA----GGGGCGACAAAATCT-TCCATGTACCC-CT--CCT-CGGGAGT-GCCT--CGGGACGT---CGGTGTAC-TG-------CATCCCTCAG-------GCGAGCCTCGCG-TTTTT---TTTCT-TACG--A--GAGGA--T-ATTTT--TGAA--GCTTG---------TTGAA-CTGTTTATTGG-TT-GCT--TCT-TGT-TATTGTTTGACAGCT-TG--TTGACA-G-----TG----AAATTA-C--TA-AAATT-----TA-TAATCCTACAT-TG--AATTG--TAT-ATAAATGAA---TAATT-ATCCC--------AACAG--AA---AA-AA-------------A-------CT--------CA-----AA-TGCATGTATTGCTAAATTAA--------TTTGCT---------------------G-------------------GTTTTTTCGTTG----------------------T---------T-------------GTTTGTTTGGGTTTT--TG---G-----------------T---------------ATAAATCAATACAAA-TTTAT-TGC--C-CTGCTA-G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CCAAA--CCCAAG--TA-AT-A-
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gi|10 : ctcaagggatagacacgacgttacctggaaatacgatttggttacagaatcacgtgatcaggggcgacaaaatcttccatgtacccctcctcgggagtgcctcgggacgtcggtgtactgcatccctcaggcgagcctcgcgttttttttcttacgagaggatatttttgaagcttgttgaactgtttattggttgcttcttgttattgtttgacagcttgttgacagtgaaattactaaaatttataatcctacattgaattgtatataaatgaataattatcccaacagaaaaaaactcaaatgcatgtattgctaaattaatttgctggttttttcgttgttgtttgtttgggtttttggtataaatcaatacaaatttatACAGC--TG--TTGACAGG-----TG----AAATTA-CA-CA-CAATT-----TA-AAAT-C-ACATGTAACAATTG--TAT-A------------AAATGATTCT------AAAGCAG--GA---AA-AA-------------A-------AC--------CA-----AA-TGCATGTATTGCTAATTAGA--------TTTGCT---------------------------------------------------------------------------G---------G-------------GTTT-------TTTT--T------------------------------------------------------TTCGT-TGTTGT-TTGCT--G-G----------------------G-ATGTTT-T-TT-TT-----TTC-GGTATA-ATAA-ACAATTCATTGCC-CTGCTTG---G----------A-G---GG--AGA-CAT--GAAGCTT--TG-TC-C-A-
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gi|11 : taaatatcttaaacaaaaaataaaataaaatctaaatacatgtatgttaataaattgctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncCC-CTGCTGA---G----------A-G---GG--AGA-CAT--GAAGCTT--TG-TC-C-A-AC-CC-----A-T-AT----------NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNNN-NN-NN-NGT-CTC--CCTCCC-A--G-CAGGG-AATAAATtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctccctcccagcagggaataaat
gi|12 : taaatatcttaaacaaaaaataaaataaaatctaaatacatgtatgttaataaattgctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctcggtataataaacaatttattt------TGCC-GCGCTGG---G----------ATG---GG--AGA-CATATGAAGCTT--CCCTC-C-A-AC-CC-AGTAT-T-AT-GCATTCCCCCGAGG----------------------GGGACAATTGATATTACTGGGTTGGA-C--AAAGC-TT-CA-TGT-CTC--CCTCCC-A--GCCAGGGCAATA
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gi|13 : attattgccctggctgggagggagacatgaagctttgtccaacccagtaatatcaatTATAC-TCAAGG-ATATACTCGATGATTA--CTG-------AAA-T-CG----ATT-GC----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----AGGGCGAC-AAA-CT-TCAATGTACCC-CTCGCCC-TCGGAGT-GCCT--TGG--CGT---CG-TGTAC-TG-------CATACCTCGG-------GGAAACCTCGCG--TTTT---TGTCT-TCAG--A--GAG-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-G---------TTTAA-CTG-TTATT-G-TT-GCTAATCTCTGT-TATTGTTTGACAGCATCG--TTGACAGGTGAATTG----AAATTA-CATTA-CAATT-----aaacccaaacaaaaaaaaaccccacaacaaaaatccagcaaatttaattaataatacatgtacgtgtattagattttttgttgttgttgtttgtttaagatatttat
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gi|16 : ttcaagctgttactgttattgatactataaagtattgtttgacagttgttgataagtgaaattgcatacaatttataatctacattgaataaaataaatatctaaaaaagaaaaaaaaatctaaattatacactttgctgggtttttttcttgttgttttttgtttgattgttt-T------------------A--------TTTGTT---------------------T-------------------G----------G----------------------G---------T--------------TTT-------TTTC--G----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TGC--C-CTGCTT-G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CTC-AG--TA-AT-A-TGA------TGTC-CCCCT----------------C-G---GG--GGA-CAT--GAt
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gi|2 : tggtagttatttttcccttagtataataaataTATGCCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----TTGTACAGA-TC-ACGTG-ATT-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCC-TCGATGT-GCCT--CGGGACGT---CG-TGTAC-T--------C--------G-------GGAGACCTCGCGGTTTTT---TTTCT-T--A--A--AAC-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-GCCACAAGTCTT--G-CTGTTTATT-G-TTAACT-A-CT-AGT-TATTGTTTGAGAGC--TG--TT-ATAAG-----TG----AAATTA-TA-TA-CTATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AATTG--TAT-A------AA---TACAT-ATCTT------AAAACAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------CA-----AA-T------------------A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------A---------G-------------GTTT-------TCTC--T----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA---------------------G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGTTT-T-GT-CC-AA--TCC-CG--AA-AT-A-GCA------TGTC-CCCCTGG---G----------A-G---GA--AGA-CAT--GAAGTTT--TG-TC-C-A-AC-CC-CGAAA-T-GTCACGTCCTCCTGGGGCGTTGACCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N--NNNNN-NN-NN-NNN-NTC--CCTCCT-A--G-CAGGACAATAAATatacat
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Reference ( family-3321 ) : TATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCC-TCGGTGT-GCCT--CGGGACGT---CG-TG-TAC-TGCAT-C---C----GGGGGGCCTCG-C-G-TTTTTTTTC--T-T--G--A--GAG-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTGTTTATT-G-TT-ACT-ATCT-TGT-TATTGTTTGACAGC--TG--TTGACAGG-----TG----AAATTA-CA-TA-CAATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AATTG--TAT-A------AA---TAAAT-ATCCT------AAAACAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------CA-----AA-T------------------A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------G---------G-------------GTTT-------TTTC--T----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TGCC-CTGCT--G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CCC-AG--TA-ATA------T-CA-T-G---CCCC--GCTGGG----------A-GG---G--AGA-CAT--GAAGCTT--TG-TC-CA-AC-CCAGTAA-T-ATCACGTCCCCCCGAGGCGTTG-CCTC----------CAGGGGGACN--TN----ATATTACT-GGGTT-GGG-CAAA-GC-TT-CA-TGT-CTC--CCTCCC-A--G-CAGGGCAATAAAT
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Reference ( family-3321 ) : TATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCC-TCGGTGT-GCCT--CGGGACGT---CG-TG-TAC-TGCAT-C---C----GGGGGGCCTCG-C-G-TTTTTTTTC--T-T--G--A--GAG-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTG-T-T-ATTG-TT-ACT-ATCT-TGT-TATTGTTTGACAGC--TG--TTGACAGG-----TG----AAATTA-CA-TA-CAATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AATTG--TAT-A------AA---TAAAT-ATCCT------AAAACAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------CA-----AA-T------------------A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------G---------G-------------GTTT-------TTTC--T----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TGCC-CTGCT--G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CCC-AG--TA-ATA------T-CA-T-G---CCCC--GCT-GGG----------A-GG---G--AGA-CA-T--GAA-GCTT--TG-TC-C-A-ACCCAGTAAT-ATCACGTCCCCCCGGGGCGTTGCCTTC-----------NGGGGGACA--TN----ATA-TTACT-GG-GT-T-GGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCCTA--G-CAGGGCAATAAAT
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gi|1 : -T-G---CCCT--GCG-AGG----------A-GG---G--AGA-CA-T--NNN-NNNN--NN-NN-N-N-NNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NNNNNNATA-TTACTTGG-GT-TTGGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCCTA--G-CAGGGCAATAAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtctccctcctcgcagggcaa
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consensus : TATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCC-TCGGTGT-GCCT--CGGGACGT---CG-TG-TAC-TGCAT-C---C----GGGGGGCCTCG-C-G-TTTTTTTTC--T-T--G--A--GAG-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTG-T-T-ATTG-TT-ACT-ATCT-TGT-TATTGTTTGACAGC--TG--TTGACAGG-----TG----AAATTA-CA-TA-CAATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AATTG--TAT-A------AA---TAAAT-ATCCT------AAAACAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------CA-----AA-T------------------A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------G---------G-------------GTTT-------TTTC--T----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TGCC-CTGCT--G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CCC-AG--TA-ATA------T-CA-T-G---CCCC--GCT-GGG----------A-GG---G--AGA-CA-T--GAA-GCTT--TG-TC-C-A-ACCCAGT-AAT-ATCAC--GTCCCCCCGGGGCGTTG-CCTC-----------NGGGGGACA--TG----ATA-TTACT-GG-GT-T-GGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCCTA--G-CAGGGCAATAAAT
Reference ( family-3321 ) : TATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCC-TCGGTGT-GCCT--CGGGACGT---CG-TG-TAC-TGCAT-C---C----GGGGGGCCTCG-C-G-TTTTTTTTC--T-T--G--A--GAG-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTG-T-T-ATTG-TT-ACT-ATCT-TGT-TATTGTTTGACAGC--TG--TTGACAGG-----TG----AAATTA-CA-TA-CAATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AATTG--TAT-A------AA---TAAAT-ATCCT------AAAACAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------CA-----AA-T------------------A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------G---------G-------------GTTT-------TTTC--T----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TGCC-CTGCT--G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CCC-AG--TA-ATA------T-CA-T-G---CCCC--GCT-GGG----------A-GG---G--AGA-CA-T--GAA-GCTT--TG-TC-C-A-ACCCAGT-AAT-ATCAC--GTCCCCCCGGGGCGTTGCCCTC-----------AGGGGGACA--TG----ATA-TTACT-GG-GT-T-GGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCCTA--G-CAGGGCAATAAAT
gi|1 : CTCAAGGGATAGACACGACG-TTACCTGG-------AAA-TACG----ATTTGG----TT--ACAGAATC-ACGTG-ATCA----GGGGCGACAAAATCT-TCCATGTACCC-CT--CCT-CGGGAGT-GCCT--CGGGACGT---CGGTG-TAC-TGCAT-C---CCTCAGGCGAGCCTCG-C-G-TTTTTTTTC--T-TACG--A--GAGGA--T-ATTTT--TGAA--GCTTG---------TTGAA-CTG-T-TTATTGGTT-GCT--TCT-TGT-TATTGTTTGACAGCT-TG--TTGACA-G-----TG----AAATTA-C--TA-AAATT-----TA-TAATCCTACAT-TG--AATTG--TAT-ATAAATGAA---TAATT-ATCCC--------AACAG--AA---AA-AA-------------A-------CT--------CA-----AA-TGCATGTATTGCTAAATTAA--------TTTGCT---------------------G-------------------GTTTTTTCGTTG----------------------T---------T-------------GTTTGTTTGGGTTTT--TG---G-----------------T---------------ATAAATCAATACAAA-TTTAT-TGCC-CTGCTA-G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CCAAA--CCCAAG--TA-ATA------T-
gi|1 : -T-G---CCCT--GCG-AGG----------A-GG---G--AGA-CA-T--NNN-NNNN--NN-NN-N-N-NNNNNNN-NNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NNNNNNATA-TTACTTGG-GT-TTGGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCCTA--G-CAGGGCAATAAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtctccctcctcgcagggcaa
gi|10 : ctcaagggatagacacgacgttacctggaaatacgatttggttacagaatcacgtgatcaggggcgacaaaatcttccatgtacccctcctcgggagtgcctcgggacgtcggtgtactgcatccctcaggcgagcctcgcgttttttttcttacgagaggatatttttgaagcttgttgaactgtttattggttgcttcttgttattgtttgacagcttgttgacagtgaaattactaaaatttataatcctacattgaattgtatataaatgaataattatcccaacagaaaaaaactcaaatgcatgtattgctaaattaatttgctggttttttcgttgttgtttgtttgggtttttggtataaatcaatacaaACAGC--TG--TTGACAGG-----TG----AAATTA-CA-CA-CAATT-----TA-AAAT-C-ACATGTAACAATTG--TAT-A------------AAATGATTCT------AAAGCAG--GA---AA-AA-------------A-------AC--------CA-----AA-TGCATGTATTGCTAATTAGA--------TTTGCT---------------------------------------------------------------------------G---------G-------------GTTT-------TTTT--T----T-----------------T--------------------------C-G---TTGT-TG-T-TTGCT--G-G----------------------G-ATGTTT-T-TT-TT-----TTC-GGTATA-ATAAACAATT-CATT-G---CCCT--GCT-TGG----------A-GG---G--AGA-CA-T--GAA-GCTT--TG-TC-C-A----CNNN-NNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NN----NNN-NNNNN-NN-NN-N-NNN-NNNN-NNNN-NNNGT-CTC--CCT-CTA--G-CAGGGCAATAAa
gi|11 : a-------TCTC--G----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TTCC-CTGCT--GAG-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CCC-At
gi|11 : taaatatcttaaacaaaaaataaaataaaatctaaatacatgtatgttaataaattgctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnc------T-TA-T-T---CCCT--GCT-GGG----------A-GG---G--AGA-CN-N--NNN-NNNN--NN-NN-N-N-NNNNNNN-NNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN--NN----ATA-----T-GG-GT-T-GGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCTCA--G-CAGGGAAATAAATtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtctccctcccagcagggaataaat
gi|12 : taaatatcttaaacaaaaaataaaataaaatctaaatacatgtatgttaataaattgctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctcggtataataaaca-T-G---CCGC--GCT-GGG----------ATGG---G--AGA-CA-TATGAA-GCTT--CCCTC-C-A-ACCCAGT-ATT-AT-GC--ATTCCCCCG------------------------AGGGGGACAATTG----ATA-TTACT-GG-GT-T-GGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCCCA--GCCAGGGCAATAAat
gi|12 : aTTT-------TTTC--TC---G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TGCC-GCGCT--G-G-----GATGG-GAGACAT-A-TG-AAGCTTCC-CT-CC-AA--CCC-AG--TA-TTA------TGCA-T-T---CCCC---C----G----------A-GG---G--GGA-CA-ataaattgtttattatacgagaaaaaaaaacccaaacaaaaaaaaaccccacaacaaaaatccagcaaatttaattaataatacatgtacgtgtattagattttttgttgttgttgtttgtttaagatatttat
gi|13 : attattgccctggctgggagggagacatgaagctttgtccaacccagtaatatcaatTATAC-TCAAGG-ATATACTCGATGATTA--CTG-------AAA-T-CG----ATT-GC----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----AGGGCGAC-AAA-CT-TCAATGTACCC-CTCGCCC-TCGGAGT-GCCT--TGG--CGT---CG-TG-TAC-TGCATAC---CTCG-GGGAAACCTCG-C-G--TTTTTGTC--T-TCAG--A--GAG-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-G---------TTTAA-CTG-T-T-ATTG-TT-GCTAATCTCTGT-TATTGTTTGACAGCATCG--TTGACAGGTGAATTG----AAATTA-CATTA-CAATT-----aaacccaaacaaaaaaaaaccccacaacaaaaatccagcaaatttaattaataatacatgtacgtgtattagattttttgttgttgttgtttgtttaagatatttat
gi|14 : at-----AG-T------------------A--------TTTGTT---------------------T-------------------G----------G------------------------------------------------TT-------TTTT--T----C-----------------T---------------ATAA--TAA--C-AA-TTTAT-TGCC-CTGCTTGA-G-----A--GG-GAGAC---AGTGAAAGCTT-T-GTCCC-AA--CTC-AG--TA-ATA------T-GA-T-G---TCCC---CT--------------C-GG---G--GGA-CA-T--GA
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gi|16 : ttcaagctgttactgttattgatactataaagtattgtttgacagttgttgataagtgaaattgcatacaatttataatctacattgaataaaataaatatctaaaaaagaaaaaaaaatctaaattatacactttgctgggtttttttcttgttgttttttgtttgattgttt-T------------------A--------TTTGTT---------------------T-------------------G----------G----------------------G---------T--------------TTT-------TTTC--G----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TGCC-CTGCTT-G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CTC-AG--TA-ATA------T-GA-T-G---TCCC--CCT--------------C-GG---G--GGA-CA-T--GAt
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gi|19 : tggtagttat-AA--TA-AT-------T-CA-TTG---CCCT--GCT-GGG----------A-GG---G--AGA-CA-T--GAA-GCTT--TG-CC-C-A-ACCCAGT-AGC-ATCAA--GTCCACTTGGGGTGTTGCCTTC------------GGGAGAAA--TT----GTA-TCACT-GG-GT-T-GGA-GAAA-GCTT-CATGT-GTC--CCTCCTA--G-CAGGGCAATACATgtgttgccttcgggagaaattgtatcactgggttggagaaagcttcatgtgtccctcctagcagggcaatacat
gi|2 : tggtagttatttttcccttagtataataTATGCCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----TTGTACAGA-TC-ACGTG-ATT-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCC-TCGATGT-GCCT--CGGGACGT---CG-TG-TAC-T---------C----GGGAGACCTCG-CGG-TTTTTTTTC--T-T--A--A--AAC-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-GCCACAAGTCTT--G-CTGTT-T-ATTG-TTAACT-A-CT-AGT-TATTGTTTGAGAGC--TG--TT-ATAAG-----TG----AAATTA-TA-TA-CTATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AATTG--TAT-A------AA---TACAT-ATCTT------AAAACAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------CA-----AA-T------------------A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------A---------G-------------GTTT-------TCTC--T----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-------------------G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGTTT-T-GT-CC-AA--TCC-CG--AA-ATA------G-CA-T-G---TCCC--CCT-GGG----------A-GG---A--AGA-CA-T--GAA-GTTT--TG-TC-C-A-ACCCCGA-AAT-GTCAC--GTCCTCCTGGGGCGTTGACCTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN----NNN-NNNNN-NN-NN-N-NNN-NNNN-NNNN-NNNNN-NTC--CCTCCTA--G-CAGGACAATAAAT
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gi|23 : tcgtttgttgttttttttaattatgtttttggtagttaG--TAT-A------AAA--TGAAT-ATCCT------TAA-CAG--AA---AACAA-------------A-------TC--------CA-----AA-TGCATGTATTGCTA-----A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------GTTTTTTTCGTTGTCGTTTATTTG---------G-------------GTTT-------TTTC--G----G-----------------T---------------ATAA--TAA-Anttg
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gi|25 : TATACCTCAAGGGATCGACACGACGATTA--TTC-------AAA-TACGTACGATT-GG----TTGAACAGA-CC-ACGTG-ATC-----TGGGCGACAAAA-CT-TC-ATATACCC-CT--C
gi|26 : tTATACCTCAAGGCATAGACACGACATTTA--TTG-------AAA-TATG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACATG-ATT-----GGGGCAACAAAA-CT-TC-ATGTAACC-C
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gi|3 : tATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TAC
gi|3 : aaacaacctacattattacatgc--GAG-T--T-GTTTT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTA-T-T-ATTG-TT-ACT-ATCT-TGT-TATTGTTTGACAGT--TG--TTGA-------------------TA-C-------ATT-----TA-TAAT-TTACAC-TG--AATGG--TAT-A------AAATTTAA------CT------AAAAAAG--AA---AA-AA-------------A-------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagttacacgagttgttttcaagctgttactattattgttactatcttgttattgtttgacagttgttgatacatttataatttacactgaatggtataaaatttaactaaaaaagaaaaaaaaaaaatctagattatacatgtacctgtattgctgatctttggtggttttatttttcttgttgttgtttttttctgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccctcgggg
gi|30 : aaacaacctacattattacatgcatacctcaagggatagacacgacgattattgaaatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagttacacGGAAT-GACGCTACGAATA--TTG-------AAA-TACT----GTT-GG----TTGAACAAA-TC-ACGTA-A-------AGGAC--CA--------T-ATGTACCCTTT--CTC-TTGATGT-GCTC--TGGaaaaatctagattatacatgtacctgtattgctgatctttggtggttttatttttcttgttgttgtttttttctgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccctcgggg
gi|31 : TC-----AGGGTAACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCCGTCAATGT-GCCT--CGGGACGT---AG-TG-TAC-TGCAT-C---CCTCTGGGAGACCTC
gi|32 : G--TACATA------T-TA-T-G---CCTCTGGC--AGG----------A-GG---GTGAGAACA-T--GAA-GCTT--TG-TC-C-AGACCCAGT-AAC-AT
gi|33 : ACG----ATT-GG----TTGTGGAAA-TC-ACGTG-ATT-----GAGTCTAC-AAA-CTATC-ATATACC------------------GTCA--CGGGACGT---T--TG-TAC-attgatt
gi|34 : CCTC-----------GTGGGG-CA--TG----ATA-TTACT-GT-GT-T-GGT-CAAA-GTTT-CATTT-ATC--CCTCCTA--G-CAGAGCAATAAAT
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gi|4 : tatA-TTTATATGCCTCTGCT--A-G-----G--AG-GAGA----A-TG-A-GCTT-T-GT-CC-AA--CTC-AG--TA-ACA------T-CG-T-A---TATT--ACT-GGG----------T-TG-------GA-CA-----AA-GCTTCATG-TCTC-C-TCCCAGacgatgttactgagttggacaaagctcattctcctcctagcagaggcatataaatgtat
gi|40 : tattatatctcaagggatagcacgacaattattgaaaatacgattggttgaacagatcacgtggatcgggcgccaaagcgtcgggacgtcatgtacatgcatcctcggggggtcgcgatttttttgcagagttattttcatgtgttatgtactatcttgatattgttgacagttgttggtaggtgaattaactaaatttataactaattgaatgtataaataaatcttaaaacaagaaaaaatgtatatgtaacagtttgctaattaaattgtgttttttctagggggggggggggtgtttgttttttctttcggtataataaacaattcattgcctGT-GCCT--CGGGACGT---CG-TG-TAC-TGCAT-C---C----gtat
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Reference ( family-3321 ) : TATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCC-TCGGTGT-GCCT--CGGGACGT---CG-TG-TAC-TGCAT-C---C----GGGGGGCCTCG-C-G-TTTTTTTTC--T-T--G--A--GAG-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTG-T-T-ATTG-TT-ACT-ATCT-TGT-TATTGTTTGACAGC--TG--TTGACAGG-----TG----AAATTA-CA-TA-CAATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AATTG--TAT-A------AA---TAAAT-ATCCT------AAAACAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------CA-----AA-T------------------A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------G---------G-------------GTTT-------TTTC--T----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TGCC-CTGCT--G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CCC-AG--TA-ATA------T-CA-T-G---CCCC--GCT-GGG----------A-GG---G--AGA-CA-T--GAA-GCTT--TG-TC-C-A-ACCCAGT-AAT-ATCACGTCCCCCCGGGGCGTTG-CCTC-----------NGGGG-GACA--TG-----ATA-TTACT-GG-GT-T-GGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCCTA--G-CAGGGCAATAAAT
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gi|23 : tcgtttgttgttttttttaattatgtttttggtagttaG--TAT-A------AAA--TGAAT-ATCCT------TAA-CAG--AA---AACAA-------------A-------TC--------CA-----AA-TGCATGTATTGCTA-----A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------GTTTTTTTCGTTGTCGTTTATTTG---------G-------------GTTT-------TTTC--G----G-----------------T---------------ATAA--TAA-Anttg
gi|24 : -ATT-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--TCA-TCGGTAT-GCC----------T---CG-TG-TAC-TACAT-CCCTC----AGAGGATCTCG-T-G---TTTTTTC--T-T--GCAA--GAG-T--A-ATTTT--C-AA--GCT-
gi|25 : TATACCTCAAGGGATCGACACGACGATTA--TTC-------AAA-TACGTACGATT-GG----TTGAACAGA-CC-ACGTG-ATC-----TGGGCGACAAAA-CT-TC-ATATACCC-CT--C
gi|26 : tTATACCTCAAGGCATAGACACGACATTTA--TTG-------AAA-TATG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACATG-ATT-----GGGGCAACAAAA-CT-TC-ATGTAACC-C
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gi|28 : TT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTG-A-T-AATG-TT-A-T-ATCT-TGT-TATTGTTAGACAGT--TG--TTTATAGG-----TG----AAA-TA-CA-TA-CAATT-----TA-TAAT-CTGCAT-TG--A
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gi|3 : tATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TAC
gi|3 : aaacaacctacattattacatgc--GAG-T--T-GTTTT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTA-T-T-ATTG-TT-ACT-ATCT-TGT-TATTGTTTGACAGT--TG--TTGA-------------------TA-C-------ATT-----TA-TAAT-TTACAC-TG--AATGG--TAT-A------AAATTTAA------CT------AAAAAAG--AA---AA-AA-------------A-------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagttacacgagttgttttcaagctgttactattattgttactatcttgttattgtttgacagttgttgatacatttataatttacactgaatggtataaaatttaactaaaaaagaaaaaaaaaaaatctagattatacatgtacctgtattgctgatctttggtggttttatttttcttgttgttgtttttttctgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccctcgggg
gi|30 : aaacaacctacattattacatgcatacctcaagggatagacacgacgattattgaaatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagttacacGGAAT-GACGCTACGAATA--TTG-------AAA-TACT----GTT-GG----TTGAACAAA-TC-ACGTA-A-------AGGAC--CA--------T-ATGTACCCTTT--CTC-TTGATGT-GCTC--TGGaaaaatctagattatacatgtacctgtattgctgatctttggtggttttatttttcttgttgttgtttttttctgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccctcgggg
gi|31 : TC-----AGGGTAACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCCGTCAATGT-GCCT--CGGGACGT---AG-TG-TAC-TGCAT-C---CCTCTGGGAGACCTC
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gi|34 : -CCTC-----------GTGGG-G-CA--TG-----ATA-TTACT-GT-GT-T-GGT-CAAA-GTTT-CATTT-ATC--CCTCCTA--G-CAGAGCAATAAAT
gi|35 : TATACCTCAGGGGATAGACACGACGGTTA--TTG-------AAA-TGCG----ATT-GG----TTGAACGGA-TC-Aa
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gi|37 : ctttT-TATTGTTTGACAGC--TG--TTGACAGG-----TGAATTAAATTA-CA-TA-CAATT-----T
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gi|4 : tatA-TTTATATGCCTCTGCT--A-G-----G--AG-GAGA----A-TG-A-GCTT-T-GT-CC-AA--CTC-AG--TA-ACA------T-CG-T-A---TATT--ACT-GGG----------T-TG-------GA-CA-----AA-GCTTCATG-TCTC-C-TCCCAGacgatgttactgagttggacaaagctcattctcctcctagcagaggcatataaatgtat
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gi|6 : t-ACT-ATCT-TGT-TGTTG----ATAAG--TGAATTTAC---------G----AATTTA-CA-TA-CAATTACCAGTAATAAT-CTACAA-TG--AATTG--TTTGA------AA---TAAAT-ATCTT------GAA-CAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------TA-----AA-TGCATGTATTGCTAAATAAA--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------GTTTTTTTTTG-------------GTTC-------TTTT--T----GTTGGGGTGGGGGGTTGGT---------------ATAA--TAA-AC-TA-TTTAT-TGGC-CTGCG--G-GG----A--GG-GAGAC---A-TA-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CCC-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatcttgttgttgataagtgaatttacgaatttacatacaattaccagtaataatctacaatgaattgtttgaaataaatatcttgaacagaaaaaaatctaaatgcatgtattgctaaataaatttgctggggtttttttttggttctttttgttggggtggggggttggtataataaactatttattggcctgcggggagggagacataaagctttgtccaaccca
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Reference ( family-3321 ) : TATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCC-TCGGTGT-GCCT--CGGGACGT---CG-TG-TAC-TGCAT-C---C----GGGGGGCCTCG-C-G-TTTTTTTTC--T-T--G--A--GAG-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTG-T-T-ATTG-TT-ACT-ATCT-TGT-TATTGTTTGACAGC--TG--TTGACAGG-----TG----AAATTA-CA-TA-CAATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AATTG--TAT-A------AA---TAAAT-ATCCT------AAAACAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------CA-----AA-T------------------A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------G---------G-------------GTTT-------TTTC--T----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TGCC-CTGCT--G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CCC-AG--TA-ATA------T-CA-T-G---CCCC--GCT-GGG----------A-GG---G--AGA-CA-T--GAA-GCTT--TG-TC-C-A-ACCCAGT-AAT-ATCACGTCCCCCCGGGGCGTTG-CCTC-----------NGGGG-GACA--TG-----ATA-TTACT-GG-GT-T-GGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCCTA--G-CAGGGCAATAAAT
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gi|10 : ctcaagggatagacacgacgttacctggaaatacgatttggttacagaatcacgtgatcaggggcgacaaaatcttccatgtacccctcctcgggagtgcctcgggacgtcggtgtactgcatccctcaggcgagcctcgcgttttttttcttacgagaggatatttttgaagcttgttgaactgtttattggttgcttcttgttattgtttgacagcttgttgacagtgaaattactaaaatttataatcctacattgaattgtatataaatgaataattatcccaacagaaaaaaactcaaatgcatgtattgctaaattaatttgctggttttttcgttgttgtttgtttgggtttttggtataaatcaatacaaACAGC--TG--TTGACAGG-----TG----AAATTA-CA-CA-CAATT-----TA-AAAT-C-ACATGTAACAATTG--TAT-A------------AAATGATTCT------AAAGCAG--GA---AA-AA-------------A-------AC--------CA-----AA-TGCATGTATTGCTAATTAGA--------TTTGCT---------------------------------------------------------------------------G---------G-------------GTTT-------TTTT--T----T-----------------T--------------------------C-G---TTGT-TG-T-TTGCT--G-G----------------------G-ATGTTT-T-TT-TT-----TTC-GGTATA-ATAAACAATT-CATT-G---CCCT--GCT-TGG----------A-GG---G--AGA-CA-T--GAA-GCTT--TG-TC-C-A---CNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-----------NNNNN-NNNN--NN-----NNN-NNNNN-NN-NN-N-NNN-NNNN-NNNN-NNNGT-CTC--CCT-CTA--G-CAGGGCAATAAa
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gi|12 : taaatatcttaaacaaaaaataaaataaaatctaaatacatgtatgttaataaattgctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctcggtataataaaca-T-G---CCGC--GCT-GGG----------ATGG---G--AGA-CA-TATGAA-GCTT--CCCTC-C-A-ACCCAGT-ATT-AT-GCATTCCCCCG------------------------AGGGG-GACAATTG-----ATA-TTACT-GG-GT-T-GGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCCCA--GCCAGGGCAATAAat
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gi|13 : attattgccctggctgggagggagacatgaagctttgtccaacccagtaatatcaatTATAC-TCAAGG-ATATACTCGATGATTA--CTG-------AAA-T-CG----ATT-GC----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----AGGGCGAC-AAA-CT-TCAATGTACCC-CTCGCCC-TCGGAGT-GCCT--TGG--CGT---CG-TG-TAC-TGCATAC---CTCG-GGGAAACCTCG-C-G--TTTTTGTC--T-TCAG--A--GAG-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-G---------TTTAA-CTG-T-T-ATTG-TT-GCTAATCTCTGT-TATTGTTTGACAGCATCG--TTGACAGGTGAATTG----AAATTA-CATTA-CAATT-----aaacccaaacaaaaaaaaaccccacaacaaaaatccagcaaatttaattaataatacatgtacgtgtattagattttttgttgttgttgtttgtttaagatatttat
gi|14 : at-----AG-T------------------A--------TTTGTT---------------------T-------------------G----------G------------------------------------------------TT-------TTTT--T----C-----------------T---------------ATAA--TAA--C-AA-TTTAT-TGCC-CTGCTTGA-G-----A--GG-GAGAC---AGTGAAAGCTT-T-GTCCC-AA--CTC-AG--TA-ATA------T-GA-T-G---TCCC---CT--------------C-GG---G--GGA-CA-T--GA
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gi|15 : -------------GTTT-------TTTCATT----GG----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TTCC-CTGCTG-G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-TGGT-CC-AA--Ctgttgttttttgtttgattgtttgttttttcattggtataataaacaatttatttccctgctgggagggagacatgaagctttggtccaact
gi|16 : ttcaagctgttactgttattgatactataaagtattgtttgacagttgttgataagtgaaattgcatacaatttataatctacattgaataaaataaatatctaaaaaagaaaaaaaaatctaaattatacactttgctgggtttttttcttgttgttttttgtttgattgttt-T------------------A--------TTTGTT---------------------T-------------------G----------G----------------------G---------T--------------TTT-------TTTC--G----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TGCC-CTGCTT-G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CTC-AG--TA-ATA------T-GA-T-G---TCCC--CCT--------------C-GG---G--GGA-CA-T--GAt
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gi|2 : tggtagttatttttcccttagtataataTATGCCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----TTGTACAGA-TC-ACGTG-ATT-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCC-TCGATGT-GCCT--CGGGACGT---CG-TG-TAC-T---------C----GGGAGACCTCG-CGG-TTTTTTTTC--T-T--A--A--AAC-A--T-ATTTT--C-AA--GCT-GCCACAAGTCTT--G-CTGTT-T-ATTG-TTAACT-A-CT-AGT-TATTGTTTGAGAGC--TG--TT-ATAAG-----TG----AAATTA-TA-TA-CTATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AATTG--TAT-A------AA---TACAT-ATCTT------AAAACAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------CA-----AA-T------------------A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------A---------G-------------GTTT-------TCTC--T----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-------------------G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGTTT-T-GT-CC-AA--TCC-CG--AA-ATA------G-CA-T-G---TCCC--CCT-GGG----------A-GG---A--AGA-CA-T--GAA-GTTT--TG-TC-C-A-ACCCCGA-AAT-GTCACGTCCTCCTGGGGCGTTGACCTCNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NN-----NNN-NNNNN-NN-NN-N-NNN-NNNN-NNNN-NNNNN-NTC--CCTCCTA--G-CAGGACAATAAAT
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gi|21 : tCTCAAGAGA-ATATGCTATGATTA--CTT-------AAA-TACT----ATT-GG----TTGAGCAAA-TCAATGTG-ACT-----TTAGCTAC-----CT-AC-AAATATCC-CTA-CCC-TTAACAT-GTCC--CAGGATGT---TG-TGTTAC-AGCAT-C---C----
gi|22 : attaacaTTT-------TCCC--TTA--G-----------------T---------------ATAA--TAC-AT-AA-TTCAT-TGCC-CTGCT--G-GG----A--GG-GAGAC---A-CG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--ttctgggaaccttc
gi|23 : tcgtttgttgttttttttaattatgtttttggtagttaG--TAT-A------AAA--TGAAT-ATCCT------TAA-CAG--AA---AACAA-------------A-------TC--------CA-----AA-TGCATGTATTGCTA-----A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------GTTTTTTTCGTTGTCGTTTATTTG---------G-------------GTTT-------TTTC--G----G-----------------T---------------ATAA--TAA-Anttg
gi|24 : -ATT-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--TCA-TCGGTAT-GCC----------T---CG-TG-TAC-TACAT-CCCTC----AGAGGATCTCG-T-G---TTTTTTC--T-T--GCAA--GAG-T--A-ATTTT--C-AA--GCT-
gi|25 : TATACCTCAAGGGATCGACACGACGATTA--TTC-------AAA-TACGTACGATT-GG----TTGAACAGA-CC-ACGTG-ATC-----TGGGCGACAAAA-CT-TC-ATATACCC-CT--C
gi|26 : tTATACCTCAAGGCATAGACACGACATTTA--TTG-------AAA-TATG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACATG-ATT-----GGGGCAACAAAA-CT-TC-ATGTAACC-C
gi|27 : atT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTG-A-T-AATG-TT-ACT-ATCT-TGT-TATTGTTAGACAGT--TG--TTTATAGG-----TGA---AAATTA-CA-TA-CAATT-----TA-TAAT-CTGCAT-TG--Aa
gi|28 : TT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTG-A-T-AATG-TT-A-T-ATCT-TGT-TATTGTTAGACAGT--TG--TTTATAGG-----TG----AAA-TA-CA-TA-CAATT-----TA-TAAT-CTGCAT-TG--A
gi|29 : TATACCTCATGGGATCGACACGACAATTT--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----T-AAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----GGGACGACAAAA-CT-TC-ATGTACC
gi|3 : tATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TAC
gi|3 : aaacaacctacattattacatgc--GAG-T--T-GTTTT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTA-T-T-ATTG-TT-ACT-ATCT-TGT-TATTGTTTGACAGT--TG--TTGA-------------------TA-C-------ATT-----TA-TAAT-TTACAC-TG--AATGG--TAT-A------AAATTTAA------CT------AAAAAAG--AA---AA-AA-------------A-------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagttacacgagttgttttcaagctgttactattattgttactatcttgttattgtttgacagttgttgatacatttataatttacactgaatggtataaaatttaactaaaaaagaaaaaaaaaaaatctagattatacatgtacctgtattgctgatctttggtggttttatttttcttgttgttgtttttttctgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccctcgggg
gi|30 : aaacaacctacattattacatgcatacctcaagggatagacacgacgattattgaaatacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaagttacacGGAAT-GACGCTACGAATA--TTG-------AAA-TACT----GTT-GG----TTGAACAAA-TC-ACGTA-A-------AGGAC--CA--------T-ATGTACCCTTT--CTC-TTGATGT-GCTC--TGGaaaaatctagattatacatgtacctgtattgctgatctttggtggttttatttttcttgttgttgtttttttctgtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccccctcgggg
gi|31 : TC-----AGGGTAACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCCGTCAATGT-GCCT--CGGGACGT---AG-TG-TAC-TGCAT-C---CCTCTGGGAGACCTC
gi|32 : G--TACATA------T-TA-T-G---CCTCTGGC--AGG----------A-GG---GTGAGAACA-T--GAA-GCTT--TG-TC-C-AGACCCAGT-AAC-AT
gi|33 : ACG----ATT-GG----TTGTGGAAA-TC-ACGTG-ATT-----GAGTCTAC-AAA-CTATC-ATATACC------------------GTCA--CGGGACGT---T--TG-TAC-attgatt
gi|34 : -CCTC-----------GTGGG-G-CA--TG-----ATA-TTACT-GT-GT-T-GGT-CAAA-GTTT-CATTT-ATC--CCTCCTA--G-CAGAGCAATAAAT
gi|35 : TATACCTCAGGGGATAGACACGACGGTTA--TTG-------AAA-TGCG----ATT-GG----TTGAACGGA-TC-Aa
gi|36 : atT-GG-GT-T-GGAACAAAAGCTTTCATGT-CTC--CCTCCTAAGG-CAGGGCAA-AAAT
gi|37 : ctttT-TATTGTTTGACAGC--TG--TTGACAGG-----TGAATTAAATTA-CA-TA-CAATT-----T
gi|38 : CC-G---------TT--A-CTG-A-T-ATTG-TT-ACT-ATTT-TGT-TACTGTTTGACAGT--TG--T
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gi|4 : ccTATATCTCAAGGGATAG-CACGACAATTA--TTG-------AAAATACG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACGTGGATC-----GGG-CGCCAAA---------------------------------GCGT--CGGGACGT---CA-TG-TACATGCAT-C---CTC--GGGGGG--TCG-C-GATTTTTTTGC----------A--GAG-T--T-ATTTT--C-A-----T-G---------T-------G-T-T-AT-G-T--ACT-ATCT-TGA-TATTGTT-GACAGT--TG--TTGGTAGG-----TG-----AATTA-AC-TA--AATT-----TA-TAA--CTA-AT-TG--AA-TG--TAT-A------AA---TAA---ATCTT------AAAACAA--GA---AA-AA-------------A-------TG--------TATATGTAA-C------------------AG-------TTTGCTAATTAAATTGTGTTTTTTCTAG-------------------G----------G----------------------G---------GGGGGGGGGT----GTTTGTTT---TTTC--TTTCGG-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTCAT-TGCC-T--CT--G-G-----G--AG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CCC-AG--TA-ATA------T-
gi|4 : tatA-TTTATATGCCTCTGCT--A-G-----G--AG-GAGA----A-TG-A-GCTT-T-GT-CC-AA--CTC-AG--TA-ACA------T-CG-T-A---TATT--ACT-GGG----------T-TG-------GA-CA-----AA-GCTTCATG-TCTC-C-TCCCAGacgatgttactgagttggacaaagctcattctcctcctagcagaggcatataaatgtat
gi|40 : tattatatctcaagggatagcacgacaattattgaaaatacgattggttgaacagatcacgtggatcgggcgccaaagcgtcgggacgtcatgtacatgcatcctcggggggtcgcgatttttttgcagagttattttcatgtgttatgtactatcttgatattgttgacagttgttggtaggtgaattaactaaatttataactaattgaatgtataaataaatcttaaaacaagaaaaaatgtatatgtaacagtttgctaattaaattgtgttttttctagggggggggggggtgtttgttttttctttcggtataataaacaattcattgcctGT-GCCT--CGGGACGT---CG-TG-TAC-TGCAT-C---C----gtat
gi|5 : gaTATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--CTGTACTTGAAAA-TACG----ATT-GGGGGTTTG--CAGA-TC-ACGTG-ATCAGGGGGGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCCACT--CCC-TCGGAGTGGCCTTCCGGGACGTCCCCG-TG-TAC-TGCAT-CCCTC----GGGGAGCCTCGCC-G-TTTTTTTTC--TAC--G--A--GAG-A--TAATTTT--C-AA--GCT-G---------TTA-A-CTG-T-T-ATTGTTT-GCT-ATCT-TGTCTATT--------GC--TG--TTGACAGA-----TG----AAATTA-CA-TATCAATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG---ATTGGTTATAA------AA---TGAAT-ATCCT------AAAACAG---A---AA-AA-------------A-------TC--------CA-----AA-T------------------
gi|6 : atTATACATCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-CACgcattgtattatcttaataaaattgctggtgttgtttttttcgttgttgtttgtttttgggtttttttcggtatatataacaa
gi|6 : t-ACT-ATCT-TGT-TGTTG----ATAAG--TGAATTTAC---------G----AATTTA-CA-TA-CAATTACCAGTAATAAT-CTACAA-TG--AATTG--TTTGA------AA---TAAAT-ATCTT------GAA-CAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------TA-----AA-TGCATGTATTGCTAAATAAA--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------GTTTTTTTTTG-------------GTTC-------TTTT--T----GTTGGGGTGGGGGGTTGGT---------------ATAA--TAA-AC-TA-TTTAT-TGGC-CTGCG--G-GG----A--GG-GAGAC---A-TA-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CCC-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactatcttgttgttgataagtgaatttacgaatttacatacaattaccagtaataatctacaatgaattgtttgaaataaatatcttgaacagaaaaaaatctaaatgcatgtattgctaaataaatttgctggggtttttttttggttctttttgttggggtggggggttggtataataaactatttattggcctgcggggagggagacataaagctttgtccaaccca
gi|7 : ttatacatcaagggatagacacgacgattattgaaacacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTATATCTCAAGGGATAGACACGACAATTA--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----GGGGCGACAAA---------------------------------GCGT--CGGGACGT---CA-TG-TAC-TGCAT-C---CCTC-GGGGGGCCTCG-C-G-ATTTTTA-CAGT-T--G--A--CAG-A--A-GTTTTACT-AACTGCA-G---------TT--A--TG-TCT-ATCG-T------ATCT--GA-TATTGTTTGACAGT--TG--TTGGTAGG-----TG----AAATTA-CA-TA-CAATT-----TA-TAAC-CTACAT-TG--AATGT--TAT-A------AA---ATAAT-ATT---------AAACAG--AA---AA-AATGTATATGTATACA-------TG--------TA-----AA-T------------------AATATATTTTTTTCT---------------------G-------------------G----------G----------------------G---------GGGGGGGGTGTTTTGTTT-------TTTC--TTTCGG-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTCAT-TG-C-CTGCT--G-G-----G--AG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT--C-AA--CCC-AG--TA-ATA------T-
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gi|9 : a-AA--GCT-A---------TT--AACTG-T-T-ATTG-TT-GCT-ATTT-TGT-TATTGTTTG-CAGC--TG--TTGACAGA-----T-----AAATTAGCA-TA-AAATT-----TG-TAAT-CTACAT-TG--AATTGA-TAT-A------AA---TGAAT-ATCCT------AAACCAG--AA---AA-AATCA----------A-------TCATGTATTACT-----AA-TTA----------------A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------ATTTTTTTTCGTTGTTGTTTT--G---------G-------------GTTT-------TTTC--G----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC--A-TTTTT-TGCA-CTCCT--G-G-----A--GGAGAGAC---A-TG-AAG-TT-T-GT-CC-AA---CC-AG--TA-ATA-------------G---TCCC--CTC-GGGCGTTGCCCTCC-GG---G--AGA-CA-T--G
gi|9 : t-T-G---CACT--CCT-GGA----------G-GA---G--AGA-CA-T--GAA-G-TT--TG-TC-C-A-A-CCAGT-AAT-A----GTCCCCTC-GGGCGTTGCCCTC-----------CGGGA-GACA--TG------TA-TTACT-GG-GG-TAGGA-C-AA-GCTT--ATGTACTCAACCTCT--------GGGGAATAAATtattactggggtaggacaagcttatgtactcaacctctggggaataaatg
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blockSeqs : . . . . . . . . . . A A . . . CCCTCGG T . . . . . C AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G C . . . ATCCAAATATTTGCTGGGAGG . . GGT . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . GCTG . . . . . . . . . . . . TC . . . GA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . TT . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . CCTG . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTG . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . .
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Reference ( family-3321 ) : TATACCTCAAGGGATAGACACGACGATTA--TTG-------AAA-TACG----ATT-GG----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----GGGGCGACAAAA-CT-TC-ATGTACCC-CT--CCC-TCGGTGTG-CCT--CGGGACGTC---G-TG-TAC-TGCATCCCTC-GGG-G-GGCCTCG-C-G-TTTTTTTTC--T-T--G--A--GAGN-T-ATTTT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTG-T-T-ATTG-TT-ACT-ATCT-TGT-TATTGTTTGACAGC--TG--TTGACAGG-----TG----AAATTA-CA-TA-CAATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AATTG--TAT-A------AA---TAAAT-ATCCT------AAAACAG--AA---AA-AA-------------A-------TC--------CA-----AA-T------------------A--------TTTGCT---------------------G-------------------G----------G----------------------G---------G-------------GTTT-------TTTC--T----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TGCC-CTGCT--G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CCC-AG--TA-ATA------T-CA-T-G---CCCC--GCT-GGG----------A-GG---G--AGA-CA-T--GAA-GCTT--TG-TC-C-A-ACCCAGT-AAT-ATCACGTCCCCCCGGGGCGTTG-CCTC-----------NGGGG-GACA--TG-----ATA-TTACT-GG-GT-T-GGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCCTA--G-CAGGGCAATAAAT
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gi|1 : -T-G---CCCT--GCG-AGG----------A-GG---G--AGA-CA-T--NNN-NNNN--NN-NN-N-N-NNNNNNN-NNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-----------NNNNN-NNNN--NNNNNNNATA-TTACTTGG-GT-TTGGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCCTA--G-CAGGGCAATAAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatgtctccctcctcgcagggcaa
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gi|12 : taaatatcttaaacaaaaaataaaataaaatctaaatacatgtatgttaataaattgctggannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctctcggtataataaaca-T-G---CCGC--GCT-GGG----------ATGG---G--AGA-CA-TATGAA-GCTT--CCCTC-C-A-ACCCAGT-ATT-AT-GCATTCCCCCG------------------------AGGGG-GACAATTG-----ATA-TTACT-GG-GT-T-GGA-CAAA-GCTT-CATGT-CTC--CCTCCCA--GCCAGGGCAATAAat
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gi|13 : attattgccctggctgggagggagacatgaagctttgtccaacccagtaatatcaatTATAC-TCAAGG-ATATACTCGATGATTA--CTG-------AAA-T-CG----ATT-GC----TTGAACAGA-TC-ACGTG-ATC-----AGGGCGAC-AAA-CT-TCAATGTACCC-CTCGCCC-TCGGAGTG-CCT--TGG--CGTC---G-TG-TAC-TGCATACCTC-GGG-GAAACCTCG-C-G--TTTTTGTC--T-TCAG--A--GAGA-T-ATTTT--C-AA--GCT-G---------TTTAA-CTG-T-T-ATTG-TT-GCTAATCTCTGT-TATTGTTTGACAGCATCG--TTGACAGGTGAATTG----AAATTA-CATTA-CAATT-----aaacccaaacaaaaaaaaaccccacaacaaaaatccagcaaatttaattaataatacatgtacgtgtattagattttttgttgttgttgtttgtttaagatatttat
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gi|15 : aaaatgaatagcctaaacagaaaaaaattaaaatgcatgtaattgctaatttatttgctggtttttttttttttttcggttagtatttgtttggtttttttctataataacaatttatTT--C-AA--GCT-G---------TT--A-CTG-T-T-ATTG-AT-ACT-ATAA-AGT--ATTGTTTGACAGT--TG--TTGATAAG-----TG----AAATTG-CA-TA-CAATT-----TA-TAAT-CTACAT-TG--AA-----TA--A------AA---TAAAT-AT-CT------AAAAAAGAAAA---AA-AA-------------A-------TC--------TA-----AATT------------------ATACAC---TTTGCT----------------------------------------------------G----------------------G---------G-------------TTTT-------TTTC--T----gt
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gi|16 : ttcaagctgttactgttattgatactataaagtattgtttgacagttgttgataagtgaaattgcatacaatttataatctacattgaataaaataaatatctaaaaaagaaaaaaaaatctaaattatacactttgctgggtttttttcttgttgttttttgtttgattgttt-T------------------A--------TTTGTT---------------------T-------------------G----------G----------------------G---------T--------------TTT-------TTTC--G----G-----------------T---------------ATAA--TAA-AC-AA-TTTAT-TGCC-CTGCTT-G-G-----A--GG-GAGAC---A-TG-AAGCTT-T-GT-CC-AA--CTC-AG--TA-ATA------T-GA-T-G---TCCC--CCT--------------C-GG---G--GGA-CA-T--GAt
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