lowQualScore : 222 11 1111111 1 33333333333333 222222 1 1111 11 1111 2 111111 11111111111 11 111111 111111 1 1111111 66666666666666 1 1111111 33333 22222 111111111111 111111111111 1 111
lowQualScore : 333 99 7777777 0 2 6 5 33333333333333 999999 5 5 1 4444 00 9999 3 8888 5 5 5 99 77777 444444 777 99999999999 00 8888 4 8 4 111111 444444 3 3 0 3333333 55555555555555 3 99999 2 0 3 0000000 33 444 55 2 2 2 33 0 3 2 2 666 33333 6 333 33 4 33 0 55555 66666 2 777777 222222222222 2 222222222222 5555 2 4 1 2 2 5 111 2
lowQualScore : ... .. ....... . . . . .............. ...... . . . .... .. .... . .... . . . .. ..... ...... ... ........... .. .... . . . ...... ...... . . . ....... .............. . ..... . . . ....... .. ... .. . . . .. . . . . ... ..... . ... .. . .. . ..... ..... . ...... ............ . ............ .... . . . . . . ... .
lowQualScore : 333 33 8888888 0 5 0 7 66666666666666 777777 7 7 4 9999 99 1111 3 6666 0 0 0 00 11111 444444 888 00000000000 66 5555 0 0 0 333333 111111 6 6 0 8888888 77777777777777 3 11111 4 2 3 8888888 99 777 99 5 5 2 11 6 8 4 2 999 99999 7 999 11 4 11 3 11111 00000 4 222222 888888888888 5 888888888888 3333 4 7 8 4 4 0 999 5
consensus : TATTA---ATAAG-CGCGAGCATATC--GG-CCTGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT----C-AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AANTTCTGNA-NGGGA-TGT-AAAACAACCGAA-CT--AT------GACGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA-AT----A-AGC-G-GNT----ATT------AG-GCCTAA-TCATG-AAA--CA--ATTTAT--A-A----T-C-T-T--AAATATGGAATTTGGG-C-------CAGTGG--TTT---TCATA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA--CAGTA-AAAGTTT-TCAATTG---AC----C-A---GT--AA-AA--TTT--AT-AAAG-T-G-ATG-GC------CC------------AAGT-G------------A----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
Reference ( gi|4 ) : TATTA---ATAAA-CGCAAGCATATC--GG-CCTGAAGCTGTGGTACTTC-A--------------TATTT----T-AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AATTTTTGTA-AGGGA-TGT-AAA-CAACCAAA-CT--AT------GATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA-TT----A-AGT-G-GTT----ATT------AG-GCCTAA-TCATG-AAA--CA--ATTTACA-A-AC---T-C-T-T--AACTATGAAATTTTGG-C-------CAGTGG--TTT---TCATA--CA-CAC-TGGTCCAATGG-GA--CAGTA-AAAGTTT-TCAATTG---A-----C-A---GT--AA-AA--TTT--AT-AAAG-T-G-ATG-GC------CC------------AAGT-G------------A----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|2 : TATTACGTATAAG-CACAAGCAT-TA--GG-C-TGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT-------A-C--T-CT-TTAAT-TAAATGAA-ATATTTTGTT-AGGGAATGT-AA--CAACGGAA------T------AGTGTTCTTTTGTGCTAAGTTTTGTGCTAGTTTGA-TTTAATA-AGT-G-GTTTAATATT------AG-GCCTAT-TCATGAAAA--CA--ATTTAT--A-AC---T-C-T-T--AAATATGAAATTTGGG-C-------CAGTGG--TTT---TCATA--CA-CAC-TGGTCCAATGG-GA--CAGTA-AAAGTTT-TCAATTG---AC----C-A---GT--AA-AA--TAT---T-AAAG-T-G-ATG-GC------CC------------AAGT-G------------A----CCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|3 : aatATGA---ATGAG-AGCGAGT-TATCTTAG-CCTGAAGTTGT---ACTTC-A--------------CATTTATCTTGAA-CAGT-CT-CAAAT-TGAGTGAA-CAGTTCTGGG-TGGAA-TGT-AAAACAATCAAA-CT--AT------GACATT------------------------TTTAA-AT----A-AGT-G-GTT----ATT------AG-TCCTAA-TGATA-AAAA-CA--ATTTATA-ATACATGTAC-T-T--AAATGTGGAATTTGGG-C-------CAGTGG--TTT---TCATA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA--CAGTA-AAAATTT-TCAATTG---AC----C-A---GT--AA-AA--TTT---T-AAAA-A-G-ATG-GC------CC------------AAGT-G------------A----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGCcc
gi|6 : aATTT---ATAAGGCGCAAGCATATA--GG-CCTGAGTTCGTGGTACTTCGA--------------TATTC----A-AA-C-GTGCTATCAATCTGAATGTATGAGTTCTGTA-CAGGA-TTT-AAAACAACCGAA-CT--ATCATAATGATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA-TT----A-AGT-G-GTT----ATT------AG-GCCTAA-TCATGAAAA--CA--ATTTAT--A-AC---T-C-T-T--AAATATGAAATTTGGG-C-------CAGTGG--TTT---TCATA--CA-CAC-TGGTCCATTGG-GA--CAcct
gi|1 : caatgAGCAAAAC--AGTCCCGAAGTTATGGTA-TTC-AATTGAATTTGCCTTTCTTT----A-AA-C-GC-CT-T-AAT--GAGTGAA-AAATTATGAC-GGGAA-TGT-AAATCGACCAAA-AT--AT------GACGTTCTGTTG-----------ATGCTAGTTTGA-AT----A-GAT-G-GTT----ATCA-----AG-GTCTAA-TCATGAAAA--CA--GTTTATATA-AT---T-C-T-TAAAATTGTGAA--TATGG-G-------CAGTAGGTTTT---TCAC---TA-CAC-TGGTCCGATGG-GG--CAGAT-AAACTTT-TCAATTG---AC----C-A---GT--AA-CA--TTTTAAT--AAG-T---ATG-TC------CC------------AAACGG------------A----CCAGTGA-ATT-A-A-A-AATGTGATTATTATCTAGC
gi|5 : aaattaaaatggctaataggTGGTACTTC-A--------------CATTT----C-AG-A-GT-AT-TT---------------TTCTCG-A-CGGGA-TGG-AAA-AGAA-AAA-CC--AT------GATATTTGGTTG-----------ATGCTAGTTTGAATT----A-AGT-G-GAT----GTT------GG-ACCTTA-TCATG-AAA---A--CTTT-----------T-T-TGT--AATTCTTAAATTTGGG-TTATGTTTCAGAGG--TTT---TCATGTGCA-CAC-TGGTCTGATGG-GA--CAGTA-AAAGCTT-TCAATTGTC-AGAC--C-A---GT--AA-AA--TTT---T-AAAG-T-A-ATG-GC------CC------------AAGT-G------------A----CCAGTAA-A-T-A-A-ATA---TAATCATT-TCTAct
gi|7 : atagttctaacaGGTACCGC-G--------------TACTT----C-AAAC-GTGCT-T--AT-AGAATGAA-AATTTCTGAATAGGGA-TGT-AAAACAACCAAAACT--AT------GACATTCTGTT------------ATGCTAGT--GA-TT----ATAGT-G-GT-----ATA------AAAGCCTA--TCATG-AAAAACA--ATATA--------------T-T----CGATGGA---TTGGAC-------CAGTGG--ATTGTACTATA--CATCAC-TG-TCCA-TGGTGA--CAGTATGAAG-TT-TCAACTG---AC----C-A---GT--AA-AA--TTT----------T-G---------------------------AAGT-G------------A----CCAGTGATA-T-A-A-
gi|18 : CTTC-A--------------TATTT----C-AA-C-GT-CT-ATAAT-TCAATGAA-AATTTCTGTA-AGGGA-TTTAAAA-CAAGTGAA-CT--AT------GATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTT
gi|8 : GA-TGT-AAAACAAA-AAA-CTGGAT------AATGTT-----G-----------ATGCTGGCGTGA-AT----A-AGC-A-G----------------G-GTATAA-------AAA--CA--TTTGACC-A------T-CAT-T--GAATATGA-------G-C-------CAGTTG--TTT---TCTAA--TC-CAC-TGGTCCACTGG-GA--TTGCA-GAATTTT-TCACTAG---AC----C-A---GT--AA-AA---AC--GT-GAAG-T-G-ATG-GCAATAGACCAGTAAAAATGTGAAGT-GATGGCCCCAGTGA----CCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|9 : TTTTG-----------ATACGAATTTGA-AT----A-AACAG-GGT----ATTGCATATAG-GCCCAA-TCATG-AAAA-CA--TTTCATA-A------T-CAT-T--GAATATGGAATTTGGA-C-------CGTTTG--TCT---CCATA--TC-TAC-TGGTCCGATGG-GA--CAGTA-AAAATTT-TCAATTG---AC----C-A---GT--AAGAA--TTT--A--AAAA-T-C-ATG-GC------CC------------AAGT-G------------A----CCAGTGA-A-TGG-A-A-A---TAATTATC-TCTAGCcc
gi|10 : aacaagtgacattttttaagtctgaTTG-----------TTTCTAGTTTGA-AT----A-AAAAG-GGT----ATG------AG-GTTAAA-TCATT-A---------TTAATG-A-AG----------------ATGGAATCTGGA-C-------CAGTCG--TTT---TCATA--TC-CAC-TGGTCCTATTG-GA--CAGCA-ACAGTTC-TCTAGTGTCCACTGTCC-A---GT--GA-A-----T--ATGAAAA-T-ATATATAT------CC------------AAGA-G------------A----CCTACGG-A-T-ACA-A-A---TAATCATT-TCTAGC
gi|16 : gaataagaaacaatcctttttaaaccctcggGCTAGTCTGA-AT----A-AAC-AAGAT----GTT------AG-GCCTAA-TCGTG-AAA--C------TA--------------T-T--AAATATGGAATTTt
gi|14 : T----ATT------AT-GCCTAAATTA-G-AAA--CATAATTCATT-G--T---T-A-T-C--AGCTATGAAATTTCGG-T-------CAGTCT--TTT---TCATC--TC-TTT-TGGTACAAAGG-GA--C-GTC-AA-------CATTTA---A-----C-A----------------------AAAG------------------C------------AAGT-G------------A----TCAGTGA-A-C-A-A-A-AC--TAATTCTT-TCTAGCccgaagggacaaaaagtcatcagttgactagtagaaaatataagttgatggtccaagcgaccagtgaataaaatgattatttc
gi|15 : gCATG-AAA--AA--ATCTAT---------T-C-T-T--AAATATGGAATTTGGT-C-------CGGTGG--TTT---TCATA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA--C-------AGTTT-TCAATTG---AC----C-A---TT--AA-AA--TCT--A--AGAA-T-G-GTG-GC------CC------------AAGT-G------------A----CCAATGA-A-T-G-ACA-A---TAATTATT-TCTAGCcct
gi|13 : ATTATGAATTTTGGG-C-------CAGTGG--TTT----CA-A--TA-CTC-TGATCCA-TGG-GAAACAGTA-AAGGTTT-TCAATTG---AC----C-A---GT--TA-AA--TTT---T-AAAGAT-G-ATG-Ga
gi|23 : catttatgacataataggaagAATGG--TTT---TCATA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA--C-------AGCTT-TCAACTG---AC----C-A---GT--CA-AT--TTT--attcttagaacggcttgttgatggcagtatttat
gi|12 : G--TTT---TCATAT-CA--AC-TGGTCCAAAGG-GG--CAGAA-AAGATTC-TCCACTG---A-----CTA---GCAGAA-AA--TTC--A--ATCG---G-ACA-GT------CC------------AAGT-G------------A----CCACTGA-A-T-A-A-ATA---TCATTATT-g
gi|22 : gttaattcacatattagttctgacaacaatcaagatcagtcacT---TCATA--TC-CAC-TGGTCCAATGG-GA--CAACG-AAAGCTC-TCAATTA---T-----C-ATGGAT--GA-AA--TAT--AT-A
gi|17 : --CA-CGCATGG-CTGATCA-GA--CAGTA-AAAGTTT-TCAGTTG---AC----C-A---GT--AA-AA--TTT---------------TA-G----------------------AGT-G------------A----CTAGTGA-ATT-A-A-A-A---TAATCATT-TCTAG
gi|16 : cctccaggtagTCCGAAGG-GA--CA--A-AAAGTCA-TCAGTTG---A-----CTA---GT--AG-AA--AAT--AT-AAGT-T-G-ATG-GT------CC------------AAGC-G------------A----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TGATTATT-TC
gi|19 : gctagtctgaataaacaagatgttaggcctaatcgtgaaactattaaatatggaattG-GA--CAG-A-AAAATTTATCAATTG---A-----CCA---GT--AA-AAAATTT--G----AG-TTG-ATA-GC------CC------------AAGT-G------------A----CCAGTGA-A-TGA-A-A-G---TAATTATT-TCTAG
gi|20 : TT-TCAATTG---AC----C-A---GC--AAGAA--TT----T-AAAG-T-G-ATG-GC------CC------------AAGT-G------------A----CCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTA
gi|24 : ag-T-G-ATG-GC------CT------------AAGT-G------------AGTGACCAGTGG-A-T-A-A-A-AA--TAATTATT-TCTAGCtc
gi|25 : TGA-A-T-A-A-A-AA--TAATTATT-TCTAGCcc
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GACAGTAACCACTTTCAATTATTACAGCTTGCACAGTAATACTAATATATGGTCTTAATGTCCAATGGATAAAAATAATAATTTCGAGTTCTGCAGGTTCCTGATTGTTCTCCCTGTGACGCACTAACTAATCGGTTGTCAATCTATGCTAAAATATTATTGCACA
Unaligned ( gi|21 ): AAGTTCATAAACGGTCACCCAAAACATGAAGGTGAAAAGAAATTCGGTTCCGTTTTCCGTTCCATGTTTTAG
Alignments
lowQualScore : 111 1 11 22222222222222 222222 1 111111 11111111111 11 1111111 33333333333333333333333333333333 222 111111111111 11111 1 111
lowQualScore : 777 0 0 0 11 8 5 99999999999999 000000 5 5 0 9999 88 5 2 77777 666 4 66 222222 0 444 77777777777 7777 3 3 33 3 4 7777 3333333 3 3 3 22222222222222222222222222222222 2 888888 33 444 33 55555 2 3 2 22 2 2 55555 2 2 555555 4444 333 22 22 4 0 222 22 4 2 2 666666 222222222222 2 00000 7777777 2 4 1 2 2 4 111 2
lowQualScore : ... . . . .. . . .............. ...... . . . .... .. . . ..... ... . .. ...... . ... ........... .... . . .. . . .... ....... . . . ................................ . ...... .. ... .. ..... . . . .. . . ..... . . ...... .... ... .. .. . . ... .. . . . ...... ............ . ..... ....... . . . . . . ... .
lowQualScore : 555 0 8 8 00 0 0 44444444444444 111111 0 0 0 6666 44 0 8 99999 444 4 11 888888 7 111 33333333333 7777 6 6 44 6 5 1111 4444444 3 3 1 00000000000000000000000000000000 9 222222 44 111 22 55555 2 8 0 88 5 1 00000 0 0 888888 2222 555 88 88 0 5 222 99 2 1 2 888888 111111111111 4 99999 2222222 2 4 1 2 2 7 222 4
consensus : TATTA---ATAAG-CGCAAGCATATC--GG-CCTGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AANTTCTGN-AN-GGGATGTAAAACAACCGAA-CT--AT------GACGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-AGC-G-GNT----ATT------AG-GCCTAA-TCATG-AAAA-CA--A----TTTAT-A-A--T-------C-TTAAATATG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA--CAGTA-AAAGTT-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GC------CC------------AAGT-GA-----CCAG-------TGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
Reference ( family-33 ) : TATTA---ATAAG-CGCGAGCATATC--GG-CCTGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AANTTCTGN-AN-GGGATGTAAAACAACCGAA-CT--AT------GACGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-AGC-G-GNT----ATT------AG-GCCTAA-TCATG-AAA--CA--A----TTTAT-A-A--T-------C-TTAAATATG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA--CAGTA-AAAGTT-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GC------CC------------AAGT-GA-----CCAG-------TGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|1 : GAGCAAAAC--AGTCCCGAAGTTATGGTA-TTC-AATTGAATTTGCCTTTCTTT--A---AA-C-GC-CT-T-AAT--GAGTGAA-AAATTATGA-CG-GGAATGTAAATCGACCAAA-AT--AT------GACGTTCTGTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-GAT-G-GTT----ATCA-----AG-GTCTAA-TCATGAAAA--CA--G----TTTAT-ATAATT-------C-TTAAAATTGTGAATAT------GGG-CAGTAGGTTTT---TCA--C---TA-CAC-TGGTCCGATGG-GG--CAGAT-AAACTT-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-CATTT-T-AATAAG-T--ATG-TC------CC------------AAACGGA-----CCAG-------TGA-ATT-A-A-A-AATGTGATTATTATCTAGC
gi|10 : aaattaaaatggctaatagTTG-----------TTTCTAGTTTGA----AT-A-AAAAG-GGT----ATG------AG-GTTAAA-TCAT------------------TATTA-A--T-----------GAAGATG-GAATCT------GGACCAGTCG--TTT---TCA--TA--TC-CAC-TGGTCCTATTG-GA--CAGCA-ACAGTT-----C-TCTAGTGTCCACT----GTCCA---GT--G--A-A---TATGA--AAA-TATATATAT------CC------------AAGA-GA-----CCTA-------CGG-A-T-ACA-A-A---TAATCATT-TCTAGCct
gi|12 : gaataagaaacaatcctttttaaaccctcggG--TTT---TCA--TAT-CA--AC-TGGTCCAAAGG-GG--CAGAA-AAGATT-----C-TC-C------ACT----GACTA---GC--AGAA-AATTCA--A--TCG--G-ACA-GT------CC------------AAGT-GA-----CCAC-------TGA-A-T-A-A-ATA---TCATTATT-t
gi|13 : gttaattcacatattagttctgacaacaatcaagatcagtcacTATG-AATTTT------GGGCCAGTGG--TTT----CA---A--TA-CTC-TGATCC-ATGG-GAAACAGTA-AAGGTT-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--T--A-AATTT-T-A--AAGATG-ATG-G
gi|14 : catttatgacataataggaagatT----ATT------AT-GCCTAAATTA-G-AAA--CATAA----TTCAT-T-G--T-------TATCAGCTATG-AAATTT------CGGTCAGTCT--TTT---TCA--TC--TC-TTT-TGGTACAAAGG-GA--C-GTC-AACATT-----T----A------A---------CA--------------------A--AAG-----------------C------------AAGT-GA-----TCAG-------TGA-A-C-A-A-A-AC--TAATTCTT-TCTAGCattcttagaacggcttgttgatggcagtatttat
gi|15 : gCATG-AAA--AA--A----TCTAT------T-------C-TTAAATATG-GAATTT------GGTCCGGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA--C-------AGTT-----T-TC-A------ATT----GACCA---TT--A--A-AATCTA--A--GAA-TG-GTG-GC------CC------------AAGT-GA-----CCAA-------TGA-A-T-G-ACA-A---TAATTATT-TCTAGCcct
gi|16 : GCTAGTCTGA----AT-A-AAC-AAGAT----GTT------AG-GCCTAA-TCGTG-AAA--C----------TA-----------------TTAAATATG-GAATTTCCGAAGGGACAAAAAG--TCA---TCAGTTG------AC-TAGT------A-GA--AAATA-TAAGTTGATGGT-CC-A------AGC----GACCA---GT--G--A------AT-A--AAA-TG-ATa
gi|16 : TCCGAAGG-GA--CA--A-AAAGTC-----A-TC-A------GTT----GACTA---GT--A--G-AAAATAT-A--AGT-TG-ATG-GT------CC------------AAGC-GA-----CCAG-------TGA-A-T-A-A-A-A---TGATTATT-TCtatttc
gi|17 : gctagtctgaataaacaagatgttaggcctaatcgtgaaactattaaatatggaatt--CA-CGCATGG-CTGATCA-GA--CAGTA-AAAGTT-----T-TC-A------GTT----GACCA---GT--A--A-AATTT--------------TA-G----------------------AGT-GA-----CTAG-------TGA-ATT-A-A-A-A---TAATCATT-TCTAG
gi|18 : cctccaggtagCTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-ATAAT-TCAATGAA-AATTTCTGT-AA-GGGATTTAAAACAAGTGAA-CT--AT------GATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTT
gi|19 : G-GA--CAG-A-AAAATT-----TATC-A------ATT----GACCA---GTAAA--A-AATTT------GAGTTG-ATA-GC------CC------------AAGT-GA-----CCAG-------TGA-A-TGA-A-A-G---TAATTATT-TCTAG
gi|2 : TATTACGTATAAG-CACAAGCAT-TA--GG-C-TGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT-------A-C--T-CT-TTAAT-TAAATGAA-ATATTTTGTTAG-GGAATGTAA--CAACGGAA------T------AGTGTTCTTTTGTGCTAAGTTTTGTGCTAGTTTGATTTAAT-A-AGT-G-GTTTAATATT------AG-GCCTAT-TCATG-AAAA-CA--A----TTTAT-A-AC-T-------C-TTAAATATG-AAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCAATGG-GA--CAGTA-AAAGTT-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATAT-T-A--AAG-TG-ATG-GC------CC------------AAGT-GA-----CCAG-------TGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|20 : aatT-----T-TC-A------ATT----GACCA---GC--A--AGAATTTA-----AAG-TG-ATG-GC------CC------------AAGT-GA-----CCAG-------TGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAcc
gi|22 : agT---TCA--TA--TC-CAC-TGGTCCAATGG-GA--CAACG-AAAGCT-----C-TC-A------ATT-----ATCATGGAT--G--A-AATATAT-A--tc
gi|23 : AATGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA--C-------AGCT-----T-TC-A------ACT----GACCA---GT--C--A-ATTTT
gi|24 : -TG-ATG-GC------CT------------AAGT-GAGTGA-CCAG-------TGG-A-T-A-A-A-AA--TAATTATT-TCTAGCg
gi|25 : -------TGA-A-T-A-A-A-AA--TAATTATT-TCTAGCcc
gi|3 : ATGA---ATGAG-AGCGAGT-TATCTTAG-CCTGAAGTTGT---ACTTC-A--------------CATTTATCTTGAA-CAGT-CT-CAAAT-TGAGTGAA-CAGTTCTGG-GT-GGAATGTAAAACAATCAAA-CT--AT------GACATT------------------------TTTAA----AT-A-AGT-G-GTT----ATT------AG-TCCTAA-TGATA-AAAA-CA--A----TTTAT-A-A--TACATGTAC-TTAAATGTG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA--CAGTA-AAAATT-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTT-T-A--AAA-AG-ATG-GC------CC------------AAGT-GA-----CCAG-------TGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGCcctg
gi|4 : aTATTA---ATAAA-CGCAAGCATATC--GG-CCTGAAGCTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--T---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AATTTTTGT-AA-GGGATGT-AAACAACCAAA-CT--AT------GATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----TT-A-AGT-G-GTT----ATT------AG-GCCTAA-TCATG-AAA--CA--A----TTTAC-A-AACT-------C-TTAACTATG-AAATTT------TGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCAATGG-GA--CAGTA-AAAGTT-----T-TC-A------ATT----GA-CA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GC------CC------------AAGT-GA-----CCAG-------TGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGCcct
gi|5 : TGGTACTTC-A--------------CATTT--C---AG-A-GT-AT-TT----------------TTCTCG-AC-GGGATGGAAAAGAA--AAA-CC--AT------GATATTTGGTTG-----------ATGCTAGTTTGA----ATTA-AGT-G-GAT----GTT------GG-ACCTTA-TCATG-AAA------ACTTTTTTGT-A-A--TT------C-TTAAATTTG-GGTTAT------GTTTCAGAGG--TTT---TCA--TGTGCA-CAC-TGGTCTGATGG-GA--CAGTA-AAAGCT-----T-TC-A------ATTGTCAGACCA---GT--A--A-AATTT-T-A--AAG-TA-ATG-GC------CC------------AAGT-GA-----CCAG-------TAA-A-T-A-A-ATA---TAATCATT-TCTA
gi|6 : atagttctaacaATTT---ATAAGGCGCAAGCATATA--GG-CCTGAGTTCGTGGTACTTCGA--------------TATTC--A---AA-C-GTGCTATCAATCTGAATGTATGAGTTCTGT-AC-AGGATTTAAAACAACCGAA-CT--ATCATAATGATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----TT-A-AGT-G-GTT----ATT------AG-GCCTAA-TCATG-AAAA-CA--A----TTTAT-A-AC-T-------C-TTAAATATG-AAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCATTGG-GA--CA
gi|7 : caatgGGTACCGC-G--------------TACTT--C---AAAC-GTGCT-T--AT-AGAATGAA-AATTTCTGA-ATAGGGATGTAAAACAACCAAAACT--AT------GACATTCTGTT------------ATGCTAGT--GA----TT-ATAGT-G-G-T----ATA------AAAGCCTA--TCATG-AAAAACA--A----TATAT------T-------C-G-----ATG-GA--TT------GGACCAGTGG--ATTGTACTA--TA--CATCAC-TG-TCC-ATGGTGA--CAGTATGAAGTT-----T--C-A------ACT----GACCA---GT--A--A-AATTT----------TG---------------------------AAGT-GA-----CCAG-------TGATA-T-A-A-
gi|8 : GATGTAAAACAAA-AAA-CTGGAT------AATGTT-----G-----------ATGCTGGCGTGA----AT-A-AGCAG-GGT----AT--------------AA-------AAA--CA--T----TTGAC-C-A--T-------C-------ATT-GAATAT------GAGCCAGTTG--TTT---TCT--AA--TC-CAC-TGGTCCACTGG-GA--TTGCA-GAATTT-----T-TC-A------CTA----GACCA---GT--A--A-AA-ACGT-G--AAG-TG-ATG-GCAATAGACCAGTAAAAATGTGAAGT-GATGGCCCCAGTGACCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|9 : TTTTG-----------ATACGAATTTGA----AT-A-AACAG-GGT----ATTGCATATAG-GCCCAA-TCATG-AAAA-CA--T----TTCAT-A-A--T-------CATTGAATATG-GAATTT------GGACCGTTTG--TCT---CCA--TA--TC-TAC-TGGTCCGATGG-GA--CAGTA-AAAATT-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--AGAATTTA--A--AAA-TC-ATG-GC------CC------------AAGT-GA-----CCAG-------TGA-A-TGG-A-A-A---TAATTATC-TCTAGCcc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GACAGTAACCACTTTCAATTATTACAGCTTGCACAGTAATACTAATATATGGTCTTAATGTCCAATGGATAAAAATAATAATTTCGAGTTCTGCAGGTTCCTGATTGTTCTCCCTGTGACGCACTAACTAATCGGTTGTCAATCTATGCTAAAATATTATTGCACA
Unaligned ( gi|21 ): AAGTTCATAAACGGTCACCCAAAACATGAAGGTGAAAAGAAATTCGGTTCCGTTTTCCGTTCCATGTTTTAG
Alignments
lowQualScore : 111 11111 22222222222222 222222 1 111111 11111111111 111111 3333333333333333 111111111111111111111 222 1 111
lowQualScore : 444 8 44 77777 5 99999999999999 000000 5 5 0 9999 88 5 2 77777 666 4 66 222222 0 444 77777777777 7777 3 3 99 3 888888 222222 3 3 3 3 1 3 1111111111111111 2 888888 33 444 33 55555 2 3 2 999999999999999999999 1 2 6666666 22 55555 2 2 555555 4444 333 22 22 4 222 22 4 2 2 2 5555 2 4 1 2 2 4 111 2
lowQualScore : ... . .. ..... . .............. ...... . . . .... .. . . ..... ... . .. ...... . ... ........... .... . . .. . ...... ...... . . . . . . ................ . ...... .. ... .. ..... . . . ..................... . . ....... .. ..... . . ...... .... ... .. .. . ... .. . . . . .... . . . . . . ... .
lowQualScore : 000 0 00 66666 0 44444444444444 111111 0 0 0 6666 44 0 8 99999 444 4 11 888888 7 111 33333333333 7777 6 6 77 6 222222 999999 3 3 1 1 8 1 8888888888888888 9 222222 44 111 22 55555 2 8 0 888888888888888888888 7 1 8888888 88 00000 0 0 888888 2222 555 88 88 0 222 99 2 1 2 4 0000 2 4 1 2 2 7 222 4
consensus : TATTA---ATAAG-CGCAAGCATATC--GGCCTGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AANTTCTGN-AN-GGGATGTAAAACAACCGAA-CT--AT------GACGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-AGC-G-GNT----ATT------AG-GCCTAA-TCATGAAA-A-CAATTT-AT-A-A--T-------C-TTAAATATG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
Reference ( family-33 ) : TATTA---ATAAG-CGCAAGCATATC--GGCCTGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AANTTCTGN-AN-GGGATGTAAAACAACCGAA-CT--AT------GACGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-AGC-G-GNT----ATT------AG-GCCTAA-TCATGAAA-A-CAATTT-AT-A-A--T-------C-TTAAATATG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|1 : TA---ATAGG-AGCAAA-ACA----GTCCCGAAGTTATGGTA-TTC-AATTGAATTTGCCTTTCTTT--A---AA-C-GC-CT-T-AAT--GAGTGAA-AAATTATGA-CG-GGAATGTAAATCGACCAAA-AT--AT------GACGTTCTGTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-GAT-G-GTT----ATCA-----AG-GTCTAA-TCATGAAA-A-CAGTTT-AT-ATAATT-------C-TTAAAATTGTGAATAT------GGG-CAGTAGGTTTT---TCA--C---TA-CAC-TGGTCCGATGG-GG---------------------CAGAT-AAA-------CT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-CATTT-T-AATAAG-T--ATG-TCCCAAACGGA----CCAGTGA-ATT-A-A-A-AATGTGATTATTATCTAGC
gi|10 : aaattaaaatggcTTG-----------TTTCTAGTTTGA----AT-A-AAAAG-GGT----ATG------AG-GTTAAA-TCAT------------T-ATTA-A--T-----------GAAGATG-GAATCT------GGACCAGTCG--TTT---TCA--TA--TC-CAC-TGGTCCTATTG-GA---------------------CAGCA-ACA-------GT--T-----C-TCTAGTGTCCACT----GTCCA---GT--G--A-A---TATGA--AAA-TATATATATCCAAGA-GA----CCTACGG-A-T-ACA-A-A---TAATCATT-TCTAGCct
gi|12 : gaataagaaacaatcctttttaaaccctcggG--TTT---TCA--TAT-CA--AC-TGGTCCAAAGG-GG---------------------CAGAA-AAG-------AT--T-----C-TC-C------ACT----GACTA---GC--AGAA-AATTCA--A--TCG--G-ACA-GTCCAAGT-GA----CCACTGA-A-T-A-A-ATA---TCATTATT-t
gi|13 : gttaattcacatattagttctgacaacaatcaagatcagtcacTATG-AATTTT------GGGCCAGTGG--TTT----CA---A--TA-CTC-TGATCC-ATGG-GAAA-------------------CAGTA-AAG-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--T--A-AATTT-T-A--AAGATG-ATG-G
gi|14 : catttatgacataataggaagatT----ATT------AT-GCCTAAATTA-GAAACA-TAATTC-AT-T-G--T-------TATCAGCTATG-AAATTT------CGGTCAGTCT--TTT---TCA--TC--TC-TTT-TGGTACAAAGG-GA---------------------C-GTC-AAC-------AT--T-----T----A------A---------CA--------------------A--AAG-----------CAAGT-GA----TCAGTGA-A-C-A-A-A-AC--TAATTCTT-TCTAGCattcttagaacggcttgttgatggcagtatttat
gi|15 : gCATGAAA-A--AATCT-AT------T-------C-TTAAATATG-GAATTT------GGTCCGGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------C-------A-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---TT--A--A-AATCTA--A--GAA-TG-GTG-GCCCAAGT-GA----CCAATGA-A-T-G-ACA-A---TAATTATT-TCTAGCcct
gi|16 : GCTAGTCTGA----AT-A-AAC-AAGAT----GTT------AG-GCCTAA-TCGTGAAA-------CT-A-----------------TTAAATATG-GAATTTCCGAAGGGACAAAAAG--TCA---TCAGTTG------AC-TAGT------A-GA---------------------AAATA-TAA-------GT--TGATGGT-CC-A------AGC----GACCA---GT--G--A------AT-A--AAA-TG-ATa
gi|16 : TCCGAAGG-GA---------------------CA--A-AAA-------GT--C-----A-TC-A------GTT----GACTA---GT--A--G-AAAATAT-A--AGT-TG-ATG-GTCCAAGC-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TGATTATT-TCtatttc
gi|17 : gctagtctgaataaacaagatgttaggcctaatcgtgaaactattaaatatggaatt--CA-CGCATGG-CTGATCA-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------GTT----GACCA---GT--A--A-AATTT--------------TA-G----AGT-GA----CTAGTGA-ATT-A-A-A-A---TAATCATT-TCTAG
gi|18 : cctccaggtagCTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-ATAAT-TCAATGAA-AATTTCTGT-AA-GGGATTTAAAACAAGTGAA-CT--AT------GATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTT
gi|19 : G-GA---------------------CAG-A-AAA-------AT--T-----TATC-A------ATT----GACCA---GTAAA--A-AATTT------GAGTTG-ATA-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-TGA-A-A-G---TAATTATT-TCTAG
gi|2 : TATTACGTATAAG-CACAAGCAT-TA--GGC-TGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT-------A-C--T-CT-TTAAT-TAAATGAA-ATATTTTGTTAG-GGAATGTAA--CAACGGAA------T------AGTGTTCTTTTGTGCTAAGTTTTGTGCTAGTTTGATTTAAT-A-AGT-G-GTTTAATATT------AG-GCCTAT-TCATGAAA-A-CAATTT-AT-A-AC-T-------C-TTAAATATG-AAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCAATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATAT-T-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|20 : aat--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GC--A--AGAATTTA-----AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAcc
gi|22 : agT---TCA--TA--TC-CAC-TGGTCCAATGG-GA---------------------CAACG-AAA-------GC--T-----C-TC-A------ATT-----ATCATGGAT--G--A-AATATAT-A--tc
gi|23 : AATGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------C-------A-------GC--T-----T-TC-A------ACT----GACCA---GT--C--A-ATTTT
gi|24 : -TG-ATG-GCCTAAGT-GAGTGACCAGTGG-A-T-A-A-A-AA--TAATTATT-TCTAGCg
gi|25 : TGA-A-T-A-A-A-AA--TAATTATT-TCTAGCcc
gi|3 : ATGA---ATGAG-AGCGAGT-TATCTTAGCCTGAAGTTGT---ACTTC-A--------------CATTTATCTTGAA-CAGT-CT-CAAAT-TGAGTGAA-CAGTTCTGG-GT-GGAATGTAAAACAATCAAA-CT--AT------GACATT------------------------TTTAA----AT-A-AGT-G-GTT----ATT------AG-TCCTAA-TGATAAAA-A-CAATTT-AT-A-A--TACATGTAC-TTAAATGTG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------AT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTT-T-A--AAA-AG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGCcctg
gi|4 : aTATTA---ATAAA-CGCAAGCATATC--GGCCTGAAGCTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--T---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AATTTTTGT-AA-GGGATGT-AAACAACCAAA-CT--AT------GATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----TT-A-AGT-G-GTT----ATT------AG-GCCTAA-TCATG-AA-A-CAATTT-AC-A-AACT-------C-TTAACTATG-AAATTT------TGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCAATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GA-CA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGCcct
gi|5 : TGGTACTTC-A--------------CATTT--C---AG-A-GT-AT-TT----------------TTCTCG-AC-GGGATGGAAAAGAA--AAA-CC--AT------GATATTTGGTTG-----------ATGCTAGTTTGA----ATTA-AGT-G-GAT----GTT------GG-ACCTTA-TCATGAAA-A-CTTTTTTGT-A-A--TT------C-TTAAATTTG-GGTTAT------GTTTCAGAGG--TTT---TCA--TGTGCA-CAC-TGGTCTGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GC--T-----T-TC-A------ATTGTCAGACCA---GT--A--A-AATTT-T-A--AAG-TA-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTAA-A-T-A-A-ATA---TAATCATT-TCTA
gi|6 : atagttctaacaATTT---ATAAGGCGCAAGCATATA--GGCCTGAGTTCGTGGTACTTCGA--------------TATTC--A---AA-C-GTGCTATCAATCTGAATGTATGAGTTCTGT-AC-AGGATTTAAAACAACCGAA-CT--ATCATAATGATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----TT-A-AGT-G-GTT----ATT------AG-GCCTAA-TCATGAAA-A-CAATTT-AT-A-AC-T-------C-TTAAATATG-AAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCATTGG-GA---------------------CA
gi|7 : caatgGGTACCGC-G--------------TACTT--C---AAAC-GTGCT-T--AT-AGAATGAA-AATTTCTGA-ATAGGGATGTAAAACAACCAAAACT--AT------GACATTCTGTT------------ATGCTAGT--GA----TT-ATAGT-G-G-T----ATA------AAAGCCTA--TCATGAAA-AACAATAT-AT------T-------C-G-----ATG-GA--TT------GGACCAGTGG--ATTGTACTA--TA--CATCAC-TG-TCC-ATGGTGA---------------------CAGTATGAA-------GT--T-----T--C-A------ACT----GACCA---GT--A--A-AATTT----------TG---------AAGT-GA----CCAGTGATA-T-A-A-
gi|8 : GATGTAAAACAAA-AAA-CTGGAT------AATGTT-----G-----------ATGCTGGCGTGA----AT-A-AGC-A-G----------------G-GT-------ATAAAA-A-CATTTG-AC-C-A--T-------C-------ATT-GAATAT------GAGCCAGTTG--TTT---TCT--AA--TC-CAC-TGGTCCACTGG-GATTGCAGAATTTTTCACTAGACCAGTA-AAAACGTGAAGTGAT-----G-GC-A------ATA----GACCA---GT--A--A-AAAT-GT-G--AAG-TG-ATG-GCCCCAGT-GA----CCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|9 : TTTTG-----------ATACGAATTTGA----AT-A-AACAG-GGT----ATTGCATATAG-GCCCAA-TCATGAAA-A-CATTTC-AT-A-A--T-------CATTGAATATG-GAATTT------GGACCGTTTG--TCT---CCA--TA--TC-TAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------AT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--AGAATTTA--A--AAA-TC-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-TGG-A-A-A---TAATTATC-TCTAGCcc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GACAGTAACCACTTTCAATTATTACAGCTTGCACAGTAATACTAATATATGGTCTTAATGTCCAATGGATAAAAATAATAATTTCGAGTTCTGCAGGTTCCTGATTGTTCTCCCTGTGACGCACTAACTAATCGGTTGTCAATCTATGCTAAAATATTATTGCACA
Unaligned ( gi|21 ): AAGTTCATAAACGGTCACCCAAAACATGAAGGTGAAAAGAAATTCGGTTCCGTTTTCCGTTCCATGTTTTAG
Alignments
lowQualScore : 111 11111 22222222222222 222222 1 111111 11111111111 111111 3333333333333333 111111111111111111111 222 1 111
lowQualScore : 444 8 44 77777 5 99999999999999 000000 5 5 0 9999 88 5 2 77777 666 4 66 222222 0 444 77777777777 7777 3 3 99 3 888888 222222 3 3 3 3 1 3 1111111111111111 2 888888 33 444 33 55555 2 3 2 999999999999999999999 1 2 6666666 22 55555 2 2 555555 4444 333 22 22 4 222 22 4 2 2 2 5555 2 4 1 2 2 4 111 2
lowQualScore : ... . .. ..... . .............. ...... . . . .... .. . . ..... ... . .. ...... . ... ........... .... . . .. . ...... ...... . . . . . . ................ . ...... .. ... .. ..... . . . ..................... . . ....... .. ..... . . ...... .... ... .. .. . ... .. . . . . .... . . . . . . ... .
lowQualScore : 000 0 00 66666 0 44444444444444 111111 0 0 0 6666 44 0 8 99999 444 4 11 888888 7 111 33333333333 7777 6 6 77 6 222222 999999 3 3 1 1 8 1 8888888888888888 9 222222 44 111 22 55555 2 8 0 888888888888888888888 7 1 8888888 88 00000 0 0 888888 2222 555 88 88 0 222 99 2 1 2 4 0000 2 4 1 2 2 7 222 4
consensus : TATTA---ATAAG-CGCAAGCATATC--GGCCTGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AANTTCTGN-AN-GGGATGTAAAACAACCGAA-CT--AT------GACGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-AGC-G-GNT----ATT------AG-GCCTAA-TCATGAAA-A-CAATTT-AT-A-A--T-------C-TTAAATATG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
Reference ( family-33 ) : TATTA---ATAAG-CGCAAGCATATC--GGCCTGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AANTTCTGN-AN-GGGATGTAAAACAACCGAA-CT--AT------GACGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-AGC-G-GNT----ATT------AG-GCCTAA-TCATGAAA-A-CAATTT-AT-A-A--T-------C-TTAAATATG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|1 : TA---ATAGG-AGCAAA-ACA----GTCCCGAAGTTATGGTA-TTC-AATTGAATTTGCCTTTCTTT--A---AA-C-GC-CT-T-AAT--GAGTGAA-AAATTATGA-CG-GGAATGTAAATCGACCAAA-AT--AT------GACGTTCTGTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-GAT-G-GTT----ATCA-----AG-GTCTAA-TCATGAAA-A-CAGTTT-AT-ATAATT-------C-TTAAAATTGTGAATAT------GGG-CAGTAGGTTTT---TCA--C---TA-CAC-TGGTCCGATGG-GG---------------------CAGAT-AAA-------CT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-CATTT-T-AATAAG-T--ATG-TCCCAAACGGA----CCAGTGA-ATT-A-A-A-AATGTGATTATTATCTAGC
gi|10 : aaattaaaatggcTTG-----------TTTCTAGTTTGA----AT-A-AAAAG-GGT----ATG------AG-GTTAAA-TCAT------------T-ATTA-A--T-----------GAAGATG-GAATCT------GGACCAGTCG--TTT---TCA--TA--TC-CAC-TGGTCCTATTG-GA---------------------CAGCA-ACA-------GT--T-----C-TCTAGTGTCCACT----GTCCA---GT--G--A-A---TATGA--AAA-TATATATATCCAAGA-GA----CCTACGG-A-T-ACA-A-A---TAATCATT-TCTAGCct
gi|12 : gaataagaaacaatcctttttaaaccctcggG--TTT---TCA--TAT-CA--AC-TGGTCCAAAGG-GG---------------------CAGAA-AAG-------AT--T-----C-TC-C------ACT----GACTA---GC--AGAA-AATTCA--A--TCG--G-ACA-GTCCAAGT-GA----CCACTGA-A-T-A-A-ATA---TCATTATT-t
gi|13 : gttaattcacatattagttctgacaacaatcaagatcagtcacTATG-AATTTT------GGGCCAGTGG--TTT----CA---A--TA-CTC-TGATCC-ATGG-GAAA-------------------CAGTA-AAG-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--T--A-AATTT-T-A--AAGATG-ATG-G
gi|14 : catttatgacataataggaagatT----ATT------AT-GCCTAAATTA-GAAACA-TAATTC-AT-T-G--T-------TATCAGCTATG-AAATTT------CGGTCAGTCT--TTT---TCA--TC--TC-TTT-TGGTACAAAGG-GA---------------------C-GTC-AAC-------AT--T-----T----A------A---------CA--------------------A--AAG-----------CAAGT-GA----TCAGTGA-A-C-A-A-A-AC--TAATTCTT-TCTAGCattcttagaacggcttgttgatggcagtatttat
gi|15 : gCATGAAA-A--AATCT-AT------T-------C-TTAAATATG-GAATTT------GGTCCGGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------C-------A-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---TT--A--A-AATCTA--A--GAA-TG-GTG-GCCCAAGT-GA----CCAATGA-A-T-G-ACA-A---TAATTATT-TCTAGCcct
gi|16 : GCTAGTCTGA----AT-A-AAC-AAGAT----GTT------AG-GCCTAA-TCGTGAAA-------CT-A-----------------TTAAATATG-GAATTTCCGAAGGGACAAAAAG--TCA---TCAGTTG------AC-TAGT------A-GA---------------------AAATA-TAA-------GT--TGATGGT-CC-A------AGC----GACCA---GT--G--A------AT-A--AAA-TG-ATa
gi|16 : TCCGAAGG-GA---------------------CA--A-AAA-------GT--C-----A-TC-A------GTT----GACTA---GT--A--G-AAAATAT-A--AGT-TG-ATG-GTCCAAGC-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TGATTATT-TCtatttc
gi|17 : gctagtctgaataaacaagatgttaggcctaatcgtgaaactattaaatatggaatt--CA-CGCATGG-CTGATCA-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------GTT----GACCA---GT--A--A-AATTT--------------TA-G----AGT-GA----CTAGTGA-ATT-A-A-A-A---TAATCATT-TCTAG
gi|18 : cctccaggtagCTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-ATAAT-TCAATGAA-AATTTCTGT-AA-GGGATTTAAAACAAGTGAA-CT--AT------GATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTT
gi|19 : G-GA---------------------CAG-A-AAA-------AT--T-----TATC-A------ATT----GACCA---GTAAA--A-AATTT------GAGTTG-ATA-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-TGA-A-A-G---TAATTATT-TCTAG
gi|2 : TATTACGTATAAG-CACAAGCAT-TA--GGC-TGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT-------A-C--T-CT-TTAAT-TAAATGAA-ATATTTTGTTAG-GGAATGTAA--CAACGGAA------T------AGTGTTCTTTTGTGCTAAGTTTTGTGCTAGTTTGATTTAAT-A-AGT-G-GTTTAATATT------AG-GCCTAT-TCATGAAA-A-CAATTT-AT-A-AC-T-------C-TTAAATATG-AAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCAATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATAT-T-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|20 : aat--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GC--A--AGAATTTA-----AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAcc
gi|22 : agT---TCA--TA--TC-CAC-TGGTCCAATGG-GA---------------------CAACG-AAA-------GC--T-----C-TC-A------ATT-----ATCATGGAT--G--A-AATATAT-A--tc
gi|23 : AATGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------C-------A-------GC--T-----T-TC-A------ACT----GACCA---GT--C--A-ATTTT
gi|24 : -TG-ATG-GCCTAAGT-GAGTGACCAGTGG-A-T-A-A-A-AA--TAATTATT-TCTAGCg
gi|25 : TGA-A-T-A-A-A-AA--TAATTATT-TCTAGCcc
gi|3 : ATGA---ATGAG-AGCGAGT-TATCTTAGCCTGAAGTTGT---ACTTC-A--------------CATTTATCTTGAA-CAGT-CT-CAAAT-TGAGTGAA-CAGTTCTGG-GT-GGAATGTAAAACAATCAAA-CT--AT------GACATT------------------------TTTAA----AT-A-AGT-G-GTT----ATT------AG-TCCTAA-TGATAAAA-A-CAATTT-AT-A-A--TACATGTAC-TTAAATGTG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------AT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTT-T-A--AAA-AG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGCcctg
gi|4 : aTATTA---ATAAA-CGCAAGCATATC--GGCCTGAAGCTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--T---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AATTTTTGT-AA-GGGATGT-AAACAACCAAA-CT--AT------GATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----TT-A-AGT-G-GTT----ATT------AG-GCCTAA-TCATG-AA-A-CAATTT-AC-A-AACT-------C-TTAACTATG-AAATTT------TGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCAATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GA-CA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGCcct
gi|5 : TGGTACTTC-A--------------CATTT--C---AG-A-GT-AT-TT----------------TTCTCG-AC-GGGATGGAAAAGAA--AAA-CC--AT------GATATTTGGTTG-----------ATGCTAGTTTGA----ATTA-AGT-G-GAT----GTT------GG-ACCTTA-TCATGAAA-A-CTTTTTTGT-A-A--TT------C-TTAAATTTG-GGTTAT------GTTTCAGAGG--TTT---TCA--TGTGCA-CAC-TGGTCTGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GC--T-----T-TC-A------ATTGTCAGACCA---GT--A--A-AATTT-T-A--AAG-TA-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTAA-A-T-A-A-ATA---TAATCATT-TCTA
gi|6 : atagttctaacaATTT---ATAAGGCGCAAGCATATA--GGCCTGAGTTCGTGGTACTTCGA--------------TATTC--A---AA-C-GTGCTATCAATCTGAATGTATGAGTTCTGT-AC-AGGATTTAAAACAACCGAA-CT--ATCATAATGATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----TT-A-AGT-G-GTT----ATT------AG-GCCTAA-TCATGAAA-A-CAATTT-AT-A-AC-T-------C-TTAAATATG-AAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCATTGG-GA---------------------CA
gi|7 : caatgGGTACCGC-G--------------TACTT--C---AAAC-GTGCT-T--AT-AGAATGAA-AATTTCTGA-ATAGGGATGTAAAACAACCAAAACT--AT------GACATTCTGTT------------ATGCTAGT--GA----TT-ATAGT-G-G-T----ATA------AAAGCCTA--TCATGAAA-AACAATAT-AT------T-------C-G-----ATG-GA--TT------GGACCAGTGG--ATTGTACTA--TA--CATCAC-TG-TCC-ATGGTGA---------------------CAGTATGAA-------GT--T-----T--C-A------ACT----GACCA---GT--A--A-AATTT----------TG---------AAGT-GA----CCAGTGATA-T-A-A-
gi|8 : GATGTAAAACAAA-AAA-CTGGAT------AATGTT-----G-----------ATGCTGGCGTGA----AT-A-AGC-A-G----------------G-GT-------ATAAAA-A-CATTTG-AC-C-A--T-------C-------ATT-GAATAT------GAGCCAGTTG--TTT---TCT--AA--TC-CAC-TGGTCCACTGG-GATTGCAGAATTTTTCACTAGACCAGTA-AAAACGTGAAGTGAT-----G-GC-A------ATA----GACCA---GT--A--A-AAAT-GT-G--AAG-TG-ATG-GCCCCAGT-GA----CCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|9 : TTTTG-----------ATACGAATTTGA----AT-A-AACAG-GGT----ATTGCATATAG-GCCCAA-TCATGAAA-A-CATTTC-AT-A-A--T-------CATTGAATATG-GAATTT------GGACCGTTTG--TCT---CCA--TA--TC-TAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------AT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--AGAATTTA--A--AAA-TC-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-TGG-A-A-A---TAATTATC-TCTAGCcc
blockSeqs : CGT G CA ATCTT G . ATCTTG A A G ATCA CT T T TTAG GTG A GG CATAAT CTT TGCTAAGTTTT TTTA T T AA A TTTAAT GCATAT A A C A A T AATACATGTAC . CCGAAG . GTA GT TGCA A T T TTGCAGAATTTTTCACTAGAC C T ACGTGAA GA GATGG A T GTGTCC GTCA TGG AA GA G ATG . A T T . GTGA T T G C C T C .
blockSeqs : . . CA ATC . . C . . G ATA T . A AATA CGG . . . CTT . . . . CA . GT . . . . . A . AAACTC . . . . . TCA . A . AA A . . . . . . . . . . . G AT . T . . . . . . A . . T A .
blockSeqs : . . CA ATA . . T . . . TTA T . G TAA TCA . . . CTT . . . . C . AT . . . . . A . TGTTA . . . . . CAT . A . . T . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . A . . . A .
blockSeqs : . . T TA . . C . . . CAA T . T GGT CCA . . . TGG . . . . T . TT . . . . . A . AACTC . . . . . TC . G . . T . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . A . . . TTA T . G TAA CCG . . . CTT . . . . T . TT . . . . . A . AATTC . . . . . TA . G . . T . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . C . . . TT A . T GAC CCA . . . CTG . . . . T . AT . . . . . T . AACTC . . . . . TC . G . . T . . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . TAC AA . . . . . . . . T . TT . . . . . A . AATCA . . . . . CA . A . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . T . GT . . . . . A . TAAT . . . . . CA . A . . C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . T . . . . . T . CATC . . . . . CA . G . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . T . TC . . . . . TC . G . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . TC . . . . . CA . A . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CA . G . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CA . A . . T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . CA . A . . T . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TC . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : CA ATA** ************** TTA* T* ****** AATTC*********** ** ** ***
originalCons : TATTA---ATAAG-CGCAAGCATATC--GGCCTGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AANTTCTGN-AN-GGGATGTAAAACAACCGAA-CT--AT------GACGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-AGC-G-GNT----ATT------AG-GCCTAA-TCATGAAA-A-CAATTT-AT-A-A--T-------C-TTAAATATG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
finalCons : TATTA---ATAAG-CGCAAGCATATA--GGCCTGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CTTTA-ATT-GAATGAA-AANTTCTGN-AN-GGGATGTAAAACAACCGAA-CT--AT------GACGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-AGC-G-GNT----ATT------AG-GCCTAA-TCATGAAA-A-CAATTT-ATAATTC-----------TTAAATATG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GACAGTAACCACTTTCAATTATTACAGCTTGCACAGTAATACTAATATATGGTCTTAATGTCCAATGGATAAAAATAATAATTTCGAGTTCTGCAGGTTCCTGATTGTTCTCCCTGTGACGCACTAACTAATCGGTTGTCAATCTATGCTAAAATATTATTGCACA
Unaligned ( gi|21 ): AAGTTCATAAACGGTCACCCAAAACATGAAGGTGAAAAGAAATTCGGTTCCGTTTTCCGTTCCATGTTTTAG
Alignments
lowQualScore : 111 11 22222222222222 222222 1 111111 11111111111 111111 11111111111 111111111111111111111 222 1 111
lowQualScore : 444 8 11 5 1 5 99999999999999 000000 5 5 0 9999 88 5 2 77777 2 666 4 66 222222 0 444 77777777777 7777 3 3 99 3 888888 222222 3 3 3 3 1 4444 44444444444 2 888888 33 444 33 55555 2 3 2 999999999999999999999 1 2 6666666 22 55555 2 2 555555 4444 333 22 22 4 222 22 4 2 2 2 5555 2 4 1 2 2 4 111 2
lowQualScore : ... . .. . . . .............. ...... . . . .... .. . . ..... . ... . .. ...... . ... ........... .... . . .. . ...... ...... . . . . . .... ........... . ...... .. ... .. ..... . . . ..................... . . ....... .. ..... . . ...... .... ... .. .. . ... .. . . . . .... . . . . . . ... .
lowQualScore : 000 0 22 6 0 0 44444444444444 111111 0 0 0 6666 44 0 8 99999 0 444 4 11 888888 7 111 33333333333 7777 6 6 77 6 222222 999999 3 3 1 1 8 3333 11111111111 9 222222 44 111 22 55555 2 8 0 888888888888888888888 7 1 8888888 88 00000 0 0 888888 2222 555 88 88 0 222 99 2 1 2 4 0000 2 4 1 2 2 7 222 4
consensus : TATTA---ATAAG-CGCAAGC-ATATAGGCCTGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AANTTCTGN-AN-GGGATGTAAAACAACCGAA-CT--AT------GACGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-AGC-G-GNT----ATT------AG-GCCTAA-TCATGAAA-A-CAATT--T-AT-AAT-----T-CTTAAATATG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
Reference ( family-33 ) : TATTA---ATAAG-CGCAAGC-ATATAGGCCTGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AANTTCTGN-AN-GGGATGTAAAACAACCGAA-CT--AT------GACGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-AGC-G-GNT----ATT------AG-GCCTAA-TCATGAAA-A-CAATT--T-AT-AAT-----T-CTTAAATATG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|1 : TA---ATAGG-AGCAAA----ACAGTCCCGAAGTTATGGTA-TTC-AATTGAATTTGCCTTTCTTT--A---AA-C-GC-CT-T-AAT--GAGTGAA-AAATTATGA-CG-GGAATGTAAATCGACCAAA-AT--AT------GACGTTCTGTTG-----------ATGCTAGTTTGA----AT-A-GAT-G-GTT----ATCA-----AG-GTCTAA-TCATGAAA-A-CAGTTTAT-AT-AAT-----T-CTTAAAATTGTGAATAT------GGG-CAGTAGGTTTT---TCA--C---TA-CAC-TGGTCCGATGG-GG---------------------CAGAT-AAA-------CT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-CATTT-T-AATAAG-T--ATG-TCCCAAACGGA----CCAGTGA-ATT-A-A-A-AATGTGATTATTATCTAGC
gi|10 : aaattaaaatggcTTG-----------TTTCTAGTTTGA----AT-A-AAAAG-GGT----ATG------AG-GTTAAA-TCAT--------------T-ATTAAT----------GAAGATG-GAATCT------GGACCAGTCG--TTT---TCA--TA--TC-CAC-TGGTCCTATTG-GA---------------------CAGCA-ACA-------GT--T-----C-TCTAGTGTCCACT----GTCCA---GT--G--A-A---TATGA--AAA-TATATATATCCAAGA-GA----CCTACGG-A-T-ACA-A-A---TAATCATT-TCTAGCct
gi|12 : gaataagaaacaatcctttttaaaccctcggG--TTT---TCA--TAT-CA--AC-TGGTCCAAAGG-GG---------------------CAGAA-AAG-------AT--T-----C-TC-C------ACT----GACTA---GC--AGAA-AATTCA--A--TCG--G-ACA-GTCCAAGT-GA----CCACTGA-A-T-A-A-ATA---TCATTATT-t
gi|13 : gttaattcacatattagttctgacaacaatcaagatcagtcacTATG-AATTTT------GGGCCAGTGG--TTT----CA---A--TA-CTC-TGATCC-ATGG-GAAA-------------------CAGTA-AAG-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--T--A-AATTT-T-A--AAGATG-ATG-G
gi|14 : catttatgacataataggaagatT----ATT------AT-GCCTAAATTA-GAAACA-TAATT--C-AT-TGT-----T-ATCAGCTATG-AAATTT------CGGTCAGTCT--TTT---TCA--TC--TC-TTT-TGGTACAAAGG-GA---------------------C-GTC-AAC-------AT--T-----T----A------A---------CA--------------------A--AAG-----------CAAGT-GA----TCAGTGA-A-C-A-A-A-AC--TAATTCTT-TCTAGCattcttagaacggcttgttgatggcagtatttat
gi|15 : gCATGAAA-A--AATC--T-AT---------T-CTTAAATATG-GAATTT------GGTCCGGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------C-------A-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---TT--A--A-AATCTA--A--GAA-TG-GTG-GCCCAAGT-GA----CCAATGA-A-T-G-ACA-A---TAATTATT-TCTAGCcct
gi|16 : GCTAGTCTGA----AT-A-AAC-AAGAT----GTT------AG-GCCTAA-TCGTGAAA-------C--T-A-------------TTAAATATG-GAATTTCCGAAGGGACAAAAAG--TCA---TCAGTTG------AC-TAGT------A-GA---------------------AAATA-TAA-------GT--TGATGGT-CC-A------AGC----GACCA---GT--G--A------AT-A--AAA-TG-ATa
gi|16 : TCCGAAGG-GA---------------------CA--A-AAA-------GT--C-----A-TC-A------GTT----GACTA---GT--A--G-AAAATAT-A--AGT-TG-ATG-GTCCAAGC-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TGATTATT-TCtatttc
gi|17 : gctagtctgaataaacaagatgttaggcctaatcgtgaaactattaaatatggaatt--CA-CGCATGG-CTGATCA-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------GTT----GACCA---GT--A--A-AATTT--------------TA-G----AGT-GA----CTAGTGA-ATT-A-A-A-A---TAATCATT-TCTAG
gi|18 : cctccaggtagCTTC-A--------------TATTT--C---AA-C-GT-CT-ATAAT-TCAATGAA-AATTTCTGT-AA-GGGATTTAAAACAAGTGAA-CT--AT------GATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTT
gi|19 : G-GA---------------------CAG-A-AAA-------AT--T-----TATC-A------ATT----GACCA---GTAAA--A-AATTT------GAGTTG-ATA-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-TGA-A-A-G---TAATTATT-TCTAG
gi|2 : TATTACGTATAAG-CACAAGC-AT-TAGGC-TGAAGTTGTGGTACTTC-A--------------TATTT-------A-C--T-CT-TTAAT-TAAATGAA-ATATTTTGTTAG-GGAATGTAA--CAACGGAA------T------AGTGTTCTTTTGTGCTAAGTTTTGTGCTAGTTTGATTTAAT-A-AGT-G-GTTTAATATT------AG-GCCTAT-TCATGAAA-A-CAATT--T-AT-AAC-----T-CTTAAATATG-AAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCAATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATAT-T-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|20 : aat--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GC--A--AGAATTTA-----AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAcc
gi|22 : agT---TCA--TA--TC-CAC-TGGTCCAATGG-GA---------------------CAACG-AAA-------GC--T-----C-TC-A------ATT-----ATCATGGAT--G--A-AATATAT-A--tc
gi|23 : AATGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------C-------A-------GC--T-----T-TC-A------ACT----GACCA---GT--C--A-ATTTT
gi|24 : -TG-ATG-GCCTAAGT-GAGTGACCAGTGG-A-T-A-A-A-AA--TAATTATT-TCTAGCg
gi|25 : TGA-A-T-A-A-A-AA--TAATTATT-TCTAGCcc
gi|3 : ATGA---ATGAG-AGCGAGTTATCTTAGCCTGAAGTTGT---ACTTC-A--------------CATTTATCTTGAA-CAGT-CT-CAAAT-TGAGTGAA-CAGTTCTGG-GT-GGAATGTAAAACAATCAAA-CT--AT------GACATT------------------------TTTAA----AT-A-AGT-G-GTT----ATT------AG-TCCTAA-TGATAAAA-A-CAATT--T-AT-AATACATGTACTTAAATGTG-GAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------AT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--A-AATTT-T-A--AAA-AG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGCcctg
gi|4 : aTATTA---ATAAA-CGCAAGC-ATATCGGCCTGAAGCTGTGGTACTTC-A--------------TATTT--T---AA-C-GT-CT-TTAAT-TGAATGAA-AATTTTTGT-AA-GGGATGTAAA-CAACCAAA-CT--AT------GATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----TT-A-AGT-G-GTT----ATT------AG-GCCTAA-TCATG-AA-A-CAATT--T-ACAAAC-----T-CTTAACTATG-AAATTT------TGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCAATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GT--T-----T-TC-A------ATT----GA-CA---GT--A--A-AATTTAT-A--AAG-TG-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-T-A-A-A-A---TAATTATT-TCTAGCcct
gi|5 : TGGTACTTC-A--------------CATTT--C---AG-A-GT-AT-TT----------------TTCTCG-AC-GGGATGGAAAAGAA--AAA-CC--AT------GATATTTGGTTG-----------ATGCTAGTTTGA----ATTA-AGT-G-GAT----GTT------GG-ACCTTA-TCATGAAA-A-CTTTT--TTGT-AAT-----T-CTTAAATTTG-GGTTAT------GTTTCAGAGG--TTT---TCA--TGTGCA-CAC-TGGTCTGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------GC--T-----T-TC-A------ATTGTCAGACCA---GT--A--A-AATTT-T-A--AAG-TA-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTAA-A-T-A-A-ATA---TAATCATT-TCTA
gi|6 : atagttctaacaATTT---ATAAGGCGCAAGC-ATATAGGCCTGAGTTCGTGGTACTTCGA--------------TATTC--A---AA-C-GTGCTATCAATCTGAATGTATGAGTTCTGT-AC-AGGATTTAAAACAACCGAA-CT--ATCATAATGATGTTCTTTTG-----------ATGCTAGTTTGA----TT-A-AGT-G-GTT----ATT------AG-GCCTAA-TCATGAAA-A-CAATT--T-AT-AAC-----T-CTTAAATATG-AAATTT------GGGCCAGTGG--TTT---TCA--TA--CA-CAC-TGGTCCATTGG-GA---------------------CA
gi|7 : caatgGGTACCGC-G--------------TACTT--C---AAAC-GTGCT-T--AT-AGAATGAA-AATTTCTGA-ATAGGGATGTAAAACAACCAAAACT--AT------GACATTCTGTT------------ATGCTAGT--GA----TT-ATAGT-G-G-T----ATA------AAAGCCTA--TCATGAAA-AACAAT-----AT-A-T-----T-CG-----ATG-GA--TT------GGACCAGTGG--ATTGTACTA--TA--CATCAC-TG-TCC-ATGGTGA---------------------CAGTATGAA-------GT--T-----T--C-A------ACT----GACCA---GT--A--A-AATTT----------TG---------AAGT-GA----CCAGTGATA-T-A-A-
gi|8 : GATGTAAAACAAA-AAA-CTGGAT------AATGTT-----G-----------ATGCTGGCGTGA----AT-A-AGC-A-G----------------G-GT-------ATAAAA-A-CATTT--G-AC-CAT-----C-ATTGAATATG-A-------------GCCAGTTG--TTT---TCT--AA--TC-CAC-TGGTCCACTGG-GATTGCAGAATTTTTCACTAGACCAGTA-AAAACGTGAAGTGAT-----G-GC-A------ATA----GACCA---GT--A--A-AAAT-GT-G--AAG-TG-ATG-GCCCCAGT-GA----CCAGTGA-A-TAA-A-A-A---TAATTATT-TCTAGC
gi|9 : TTTTG-----------ATACGAATTTGA----AT-A-AACAG-GGT----ATTGCATATAG-GCCCAA-TCATGAAA-A-CATTT--C-AT-AAT-----C-ATTGAATATG-GAATTT------GGACCGTTTG--TCT---CCA--TA--TC-TAC-TGGTCCGATGG-GA---------------------CAGTA-AAA-------AT--T-----T-TC-A------ATT----GACCA---GT--A--AGAATTTA--A--AAA-TC-ATG-GCCCAAGT-GA----CCAGTGA-A-TGG-A-A-A---TAATTATC-TCTAGCcc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): GACAGTAACCACTTTCAATTATTACAGCTTGCACAGTAATACTAATATATGGTCTTAATGTCCAATGGATAAAAATAATAATTTCGAGTTCTGCAGGTTCCTGATTGTTCTCCCTGTGACGCACTAACTAATCGGTTGTCAATCTATGCTAAAATATTATTGCACA
Unaligned ( gi|21 ): AAGTTCATAAACGGTCACCCAAAACATGAAGGTGAAAAGAAATTCGGTTCCGTTTTCCGTTCCATGTTTTAG