lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
lowQualScore : 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888
consensus : TACAGANTAAATGAAAANAAACATNAGTAA----C-CTATGA-T-GA-AA--CA---AA---AAAATGGAT-----GCACGGGTTGATA--AATATTT-------------GGCT--TAGTT---TGGTTGTAATAAGTACA---------GTACAAATAT-A-A-A-TT-CCT---------TCAAAAAA--C-G---AT-AAGGGA-CTTGTAAA--TTT-----TTTATG--------AT--------GTTCAAAA-GTTG---AAA---T---A-T--------ATT-AC-CCCC----CC--TA----T--A--T-T----TATATAAT-TCTAC---AN----TT-TCC---TCCACTG------TTTTG-GACTTA-ATT-CAGA--AA--TCATG----GG---AA-TA-----AATTA--CATTCCA-----T-A-GA-TAAAT-T--GTATTCA-TT--T-------T--AC-------T----TATAA-A---A---AN----T---TA--AA---C---------GT---TTT--CATTTTCA---------AAAA----AAAAAAC-T--------TTGTTTGTAGNAAGTTTCGTNAAGGTAGC-TG-TGAATCTTTCA
Reference ( gi|2 ) : TACAGAATAAAT---AGTAAGCACTAGTAA--TTCGTTATAA-T-GA-AA--TA---AAC--AAAACGAAT-----GTATGGGTTGATA--AATATTTGGGGGGGGGGGGGGGAT--TAATA---TAGTTGTAATAACTACA----T---TGTACAAATAT-A-A-A-TT-CCT---------TTAAAAAA--T-G---AT-AAGGGA-CTTGTAAA--TTT-----TCTATG--------AT--------GTCCTAAA-GTTG---AAC---C---A-C--------ATT-AC-CCCC---ACC--TAC---TACA--TGTGGCATATATAAT-TCTAC---AC----TT-TCC---TCCACTG------CCTTG-GACTTA-ATT-CAGA--GG--TCATG----GG---CA-TG-----AATCA--CATTCCA----GT-A-GA-TGAAC-A--GTATTCA-TT--T-------T--AC-------T----TATAA-A---A---GC----T---TA--AA---C---------GT---TTC--CATTTTCA---------AAAA----AAAAAATTTAAAAGGGGTTGTTTTTAGCAAGTGTCGTTAAGAT--CATGTTGAA--TTTCATATATACATGTT
gi|7 : TATAGACTAAATGAAAATAAACTCAAGGA-----CACTATGA-TAGA-AA--CA---AG---AAAATTAAT-----GTATG--TTGATA--TATGTTTTCTGGC----------T--TAGTT---TAATCGTCATAATCACA--------------AATAT-A-A-A-ATACCT------------AAAAA--T-A---AT-AAGTGA-CTTGTAAA--CTT-----TTTATG--------AT--------GT-TTAAACGTTG---GA----A---A-T--------ATG-CC-TCCC---G------------------------ATATAA---CTGT---AT----TT-T-----TCCA---------CATTG-GA--GA-ATT-------------ATG----GG---AA-TA-----AAATA--CAGTCCA-----T-A-CA--GTAT-ATTGTATTTA-TT--G-------T--ACATTGTAGT----TAAAA-A---A---AA----T---AAC-AA---C---------AGAAATTCATCATTTTGA---------AAAA----AAAA--------------TGTTTCTAGCAAGTGTTGT
gi|6 : aagACAAAATAAAT---AAAAAGAATTA-TAA--------ATAAAT-GA-AAAATA---AAATAAAAATGGAT-----GCATGGGCTGATATAAATATCT---------------ATCATAGTC---CGGTTGTAATAA--------------GTACAATCAC-A------T-CAT---------TCACATA---C-G---AA-AGGGGA-TTTGTAAA--TTT------ATATG--------AT--------GTTTAAAA-GTTG---AGA---T---G-C--------ACT-AC-CCCT-----C--TACAGATAAA--TGT-----ATACAA----------AA----TG-TCC---CGCATTG------TTTTAAGACTTA-ACTGTATA--A---TCATGCATTGG---GA-TA-----AACCATACATTCTA----TG-C-GG-TGAGC-T--GTATTCA-TT--T-------A--AC-------T----TCTAA-A---A---ACATATT---TG-----------------GT---TTT--CATTTTCA---------
gi|3 : ttgataccaaaaaAACATCAGTAACCTTCCTTAT---T-CAGAA--CACTTAAC--ACAATGAATTGGATGCATGAGTTGATA--GGTATT----------GTTTGGTT--TCGTT---TGATTGTAAAAA--------------GTACAGATAT-A-A-AGTT-CCT---------T---AAAA--C-G------AAGGGA-C-TGTACA--TTT-----TTTA---------------------TCTTCAA-ATT-----AC---------T--------AGT-AC-CCCT----CC--CA------------------ATACAAT-TTTATGGAAA----TT-TTC---TACACTC------TCTAA-GACGTA-ATC-CAGA-------TAT-----GG---CA-TT-----AATTA--CTTTTCATACGGC-A-AA-TTAA-------ATTTA-CTTAT-------T--AG-------T----TATAA-A---A---AT----A---TA--GG---TG--------GT---TTT----TTTTTA---------TATA----AAAGAATTT-------GTTG---GTAGAAAGTTTCGTTAAGGTAGC-TG-TGAATCTTTCAtcaattgttttttg
gi|10 : tagatgtagatgcacacat--AAAATAGAT-----GCACAGGTTGATA--AATCTTTAGGC------------T--TGGTT---TGGTTATAGTAGGTACA----TGTATATGCACATAT-A-T-A-TT---T---------TTATAAA--------------GGTA-CATGTCAA--TTT-----TCTATG--------AT--------GTTCAAAA-GTTG---AAA---T---A-CTAGTATATATT-AC-CCCT---CCC-----------------------TATAAT-TCTAC---ACAAG-TT-TTC---CCCA--G------TTTT-----TTA-GTT-CA
gi|1 : atttgataaaacttcaatcaacaaaatataaggctgcatattaagaacacttgattaGGGTT--TAATAGCTTGGTTGTAAAAA--------------GAACAAATAT-A-A-AATT-CCT------------AGAAA--------GT-AAAGGATCTTTGAAA--TTTCAGAATCTACG--------AT--------TTTAAAAA-GTTG---GAA---T---A-T--------ATT-GT-CCCT---CCC--TA----TACAACTCT---ATACA-AAT-TAT------C----CC-CCC---CCCCCTG------TTCTG-GACATA-AAT-CAG-----------G----GG---AA-CA-----AATTA--CACTCCA-----T-ACAA-TAACT-T--GTATTCATTT--T-------T--AC-------TTTAATATAA-A---A---AC----A---TA--AA---TATA------GT---TTT--TGTTTTCttgtgatactg
gi|4 : tgtatttcattacaaaaagtattcaacacagcttactccaggacagcttatacaacagaaaattgatgcatggattgatcttataGGGCT--TACTT---TGATTCTAATAA--------------GTACAAATAT-A--------CCTCCGCCCAGATTAAAAA-----G---AT-AAGGAA-CTTGCATT--GTT-----TTTATC--------GT--------GTTCGATA-GTCG---AAA---T---A-C-------------C-CCCC---TCCCTTAA---AAAA--T----C-TATATAA----------AT----TT-TCC----CCACTT------TTTTA-GACATG-ATT-TAGA---A--TCATA-------------A-----AATTA--TA-TCCT----GT-A-CA-GAAACTG--GCATTCA-TTG-TGTACATGT--AT-------T----TATAAGA---A---AA----T---CAATAA---A---------GT---TTT--CATTTTCA---------TCGGGTTTGAAAAACGTGAAA----TTATTTGTAGTAAGTTTCGTAAAttcatttttggggcggggggtcgttttcaaaaaagattttttttttttgagcaagtgttgttcaataaattgtttttaataataatccaata
gi|11 : gatgaagcaaaacaaatataataaaaataaatagatgcatcggccgatttGGCT--TAATT---TGGTGGTAATGAGTACAAAACT---ACTACAAATAC-ATA-A-TT-CCTAAA------CCAAAAAAAAT-G---AA-AAATGA-CTTGTAGATTTTT-----TTTATAGTACATATAT--------GTTTAAAG-GTTT---AGA---C---A-T--------AGT-AC-CCCT---TCC--T-----------------ATATATAATCCCTAC---AA----TTGTCC---CTTACAG------TTCTG-AA-TAA-ATT-GACA--AA--TCATG----GG---AA-TA-----AATCG--CGTTCCA----acatacattgtcatgtcagacattt
gi|9 : aataatgaagcatagattgacgtttgacttttGTAGTAAGTACA----A----ATACATATAT-A-AGA-TT-CCT---------TCAAAA------G---AT-AAAGGA-TTT-T-AT--TTT-----TTTATG--------GA--------GTTT-----GCTG---AACATTT---A-T--------ATT-ACTTCTC---ACT--T-------------TAGAAT-TATA---TCAAA---AT----TA-TCC----CCAC-G------GTTTA-GAATTGTATT---GA--GGACTCTTG----GG---AA-TGAATTAAATCA--CACTTCA-----T-A-----AAAC-T--GAATTCA-TT--T-------TAAAC-------T----TATAA-A---GCATGT----C---TA--AA---TATGTATTTAGC---TTT--CATTTTCATCATTTCTGAAAA----AAAAAtatcg
gi|14 : ---TGCACGGATA--G-A-T-TT-CTT---------TTAAAGCA--T-ATTTAT-AAGGGA-CTTGTAAA--TTT-----TCTATG--------AT--------GTTCAAAG-ATTC---AAA---T---A-T--------ATT-g
gi|17 : aaggcacttaatacaaaaatatagatgcttgggttggtatgtacataatgtattttggtttcgctttgatgtaatagg---TATACAATTACGA-A-A-TT-CCT---------TGAAAAAA--T-A---AT----GGA-CTTGTAAA--TTT-----CTTATG--------AT--------GTTCcatcttacttata
gi|5 : TAATAAA--A-G---A--AAGGGA-ATTGTACA--TTT-----TTTATG--------ATACATGAGTGTTCAGAA-GTTG---AAA---T---A-G--------TTT-AA-CCC------------------------------TATAAC-TCTAT---ACAAAATT-TCCCAGTCC-CTGGTCTGTTTTTG-GACTTA-ATT-GTGA--AA--TCATC----GGAGTCA-CG--------TA--CATTCCAT---ATAA-GG-TAAAT-T--GTATTAA--T--T-------C--AC-------T----TATAA-G---A---AA----TAAATA--TA---C----------T---TTT--CATTTTCA---------a
gi|5 : ttaaactaataataataaaataataaaaaaaataaaaaataaataaaacgcgaataacaataatgaaatggatgcatggattaattgagcttagcttagcttgtaattagcgcaattaatagctgattaaaaAAAAA--CAG---AC-CAGGGA-CTGGGAAA--TTT-----TGTATA--------GA--------GTTATAGG-GTTA---AAC---T---A-T--------TTC-AA-CTTCTGAAC----AC---T-CA--TGTATCATA-AAAAA-TGTAC---AA----TT-CCC---Ttcattgt
gi|8 : ttaaactaataataataaaataataaaaaaaataaaaaataaataaaacgcgaataacaataatgaaatggatgcatggattaattgagcttagcttagcttgtaattagcgcaattaatagctgattaaaataataaaagaaAAAA--T-A---ATTAAATAA-CTTGTAAA--TTT-----TCAACG--------AT--------GTTAAAAA-GTTGTGAAA-------------------ATT-AA-TTCC----TC--T-C---T-C----------TATCTAAC-TTTAT---ACAAA-TT-TTC---TC-----------CCTTG---------TT-TCGA--AA--TCAAG----GG---AA-TT-----AATTA--AATTCCA-----T-A-GAGTAAAT-T--GTATTTA-TA--C-------T--AC-------A----TATggacttaattgtgaaatcatcggagtcacgtacattccatataaggtaaattgtattaattcacttataagaaataaatatacttttcattttcatcattgt
gi|18 : gtagatcaatatattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtaaaaaatctg-AAGGGA-TCTGTAAA--ATT-----TATATG--------AT--------GTTCAAAA-GTTG---AAtgtatctataaaacatatatccagtttttttccattagtttagagaaaagtttatagcta
gi|13 : GA-TTTGGTAA--TTT-----TTTATG--------CT--------GTAATAAAAGTTA---AAT---TTATATC--------ATTCAC-CCCC----CC----C---TATA--TGT----TACGGAAT---------AT----TT-CCC---TCC--TG------T-TTG-G-CTTG-ATT--AGAAAGC--TC-TG---------CAATA-----ACTTC--CACTCCAC---AC-G-GA---AAT-T--GTATTCA-TT--T-------T--ACA------T----TCTCA-ACATA---AT----T---TG--A---------------T---TTT--CATTTTCA---------atatagaacc
gi|16 : TG----AG---AA-TG-----AATAA--CATTCCA-----T-A-GG----------GTATTCA-TT--T-------T--AA-------G----TATAA-A---A---AC----A---TA--AAGTTT---------GT---TTT--CATTTTCATCATTT---AAAA----AAtcaaatatt
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ATATAAAGGCATCTTTAGGATACTTGATACAAACAAAAATACCAATGAATGCATACAGCTTTTGGCTTAGGTTGGTTTTAATAAGTATAAATGCAAAATTCGTCCAAACAGAAAAAAAACCCAACAACAACATACATTTCTGTGATGTTCAAAATATGAAGTATATTACTGGTACATATACTAGTACCCCTCCCTATA
Unaligned ( gi|15 ): TAGTTATAGTTACACTCATCTCCTAAGGATACCTTCTCGCTCGGGACAAAACAATGGATGCATGAGTTGATGTATATTTTCATTGGCTTAGTTTGGTTGTAATAAATTACATGTGAAAATCCTAAAATTGGGGGGAGGGTGTTTGTAATTTTTT
Unaligned ( gi|19 ): AAGGTCAAATATACCGTCTCTAAAAATCAAAATA
Alignments
lowQualScore : 666666666666666666666666666 4444444444444444444444444444444444444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 22222222222 22222 222222222222222222222222 55555555555555555555555555555 666666666666666666666666666666666 2222222 11
lowQualScore : 99 3 22 6 77 111111111111111111111111111 5 3 88888888 4 7777 4444444444444444444444444444444444444444444 555 3 2 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 2 2 5555 33 444 55555 999999999999999999 33 0 444 555555555555 0 2 77777 33333333333333333333333333333333333333333333333333 44 3 7777 0000000000 777 11111111111 7777 88888 44 3 555 33333 3 3 3 222222222222222222222222 4 777 88888888888888888888888888888 4 999999999999999999999999999999999 2 1 3 1 9999999 88
lowQualScore : .. . .. . .. ........................... . . ........ . .... ........................................... ... . . . ..................................................................... . . . .... .. ... ..... .................. .. . ... ............ . . ..... .................................................. .. . .... .......... ... ........... .... ..... .. . ... ..... . . . ........................ . ... ............................. . ................................. . . . . ....... ..
lowQualScore : 00 7 88 7 55 777777777777777777777777777 0 3 11111111 7 1111 8888888888888888888888888888888888888888888 888 3 7 1 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 4 4 0000 22 111 99999 777777777777777777 44 2 777 444444444444 1 9 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111 11 1 1111 6666666666 555 88888888888 1111 33333 66 3 888 55555 6 6 6 333333333333333333333333 0 000 00000000000000000000000000000 0 555555555555555555555555555555555 5 0 0 0 0000000 00
consensus : TACAGAA-TAAATGAAANNA-AACATAAGTAA-C---T-----AT---GA-----T-A-A-AACAAA-A---A----AATGGATGCATGGGTTGA----TA-------NATAT-----T---T---G-GC-------------TTA---GTTTGG-TTGTAATAAGTAC-A--A------T-A----CAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TC--AAA---AAAT---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----A--T---TT-----TTTATG--------AT--------GT--TCAAAAGTTG---AA--------AT--ATATT-A-----CCCC-C-CC-----T----A--TA----T-C------TATACAAT-T-TAC---AN-TT-TCC---CCCACTG------TTTT-GGACTTAATTNAG-AAATCATG----GGAA-----TAAAT--TACATTCCA-T---A-GG-TAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATAA-A---A----ANT---TA--AA---C---------GTTT-TCATTTTCA---------AAAAAA---AAAA-T---------TTGTTTNTAGCAAGTNTCGTTAAGGTAGCATGTTGAATCTTTCA
Reference ( family-3296 ) : TACAGAN-TAAATGAAAANA-AACATNAGTAACC---T-----AT---GA-----T-G-A-AACAAA-A---A----AATGGATGCACGGGTTGA----TA-------AATAT-----T---T---G-GC-------------TTA---GTTTGG-TTGTAATAAGTAC-A--G------T-A----CAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TC--AAA---AAAC---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----A--T---TT-----TTTATG--------AT--------GT--TCAAAAGTTG---AA--------AT--ATATT-A-----CCCC-C-CC-----T----A--TA----T-T------TATATAAT-TCTAC---AN-TT-TCC---TCCACTG------TTTT-GGACTTAATTCAG-AAATCATG----GGAA-----TAAAT--TACATTCCA-T---A-GA-TAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATAA-A---A----ANT---TA--AA---C---------GTTT-TCATTTTCA---------AAAAAA---AAAACT---------TTGTTTGTAGNAAGTTTCGTNAAGGTAGC-TG-TGAATCTTTCA
gi|1 : -AACAGA-A---A----A-TTGATGCATGGATTGA----TC-------T-TAT-----A---G---G-GT-------------TTAATAGCTTGG-TTGTAAAAAG----A-----------A----CAAATA------T-A-A-AATT-CCT--------AG---AAA--------GT-AAAGG-ATCTT-TGAA----A--T---TTCAGAATCTACG--------AT--------TT--TAAAAAGTTG---GA--------AT--ATATT-G-----TCCCTC-CC-----T----A--TACAACT-C------TATACAAA-T-TAT---CC-CC-CCC---CCC-CTG------TTCT-GGAC---AT-----AAATCAGG----GGAA-----CAAAT--TACACTCCA-T---ACAA-TAACTT-GTATTCATTT-T-------T--AC-------TTTAATATAA-A---A----ACA---TA--AA---TATA------GTTT-TTGTTTTC
gi|10 : tgtatttcattacaaaaagtattcaacacagcttactccaggacagcttatacA-A---A----AATAGATGCACAGGTTGA----TA-------AATCT-----T---TA--G-GC-------------TTG---GTTTGG-TTATAGTAGGTAC-AT-G------T-ATATGCACATA------T-A-T-A-TT-TTT------------------------AT-AAAGGTA-CAT-GTCA----A--T---TT-----TCTATG--------AT--------GT--TCAAAAGTTG---AAATACTAGTAT--ATATT-A-----CCCC-T-CC-----C------------------------TATAAT-TCTACACAAG-TT-TTC---CCCA--G------TTTT-----TTAGTTCAttcatttttggggcggggggtcgttttcaaaaaagattttttttttttgagcaagtgttgttcaataaattgtttttaataataatccaata
gi|11 : atttgataaaacttcaatcaacaaaatataaggctgcatattaagaacacttgattA-A---T----AATGAA-GCATAGATTGACGTTTG-------ACT-T-----T---T---G-GC-------------TTA---ATTTGG-TGGTAATGAGTAC-A--AAACTACT-A----CAAATA------C-ATA-A-TT-CCTAAACCAAAAA---AAAT---G---AA-AAATG-A-CTT-GTAG----ATTT---TT-----TTTATAGTACATATAT--------GT--TTAAAGGTTT---AG--------AC--ATAGT-A-----CCCCTT-CC-----T----A-----------------TATATAATCCCTAC---AA-TTGTCC---CTTACAG------TTCT-GAA-TAAATTGAC-AAATCATG----GGAA-----TAAAT--CGCGTTCCA-T---A-ttgtgatactg
gi|12 : T---GA-----T-ACA-AACAAA-A---ATACCAATGAATGCAT------A----CA-------GCT-T-----T---T---G-GC-------------TTA---GGTTGG-TTTTAATAAGTATAA--A------T-G----CA------------A-A-A-TT-CGT---CC--AAA---CA-----G---AA-AAAAA-A-CCCAACAACAACA--TACATT-----TCTGTG--------AT--------GT--TCAAAATATG---AA--------GT--ATATT-A-----Ctcg
gi|13 : atataaaggcatctttaggatactG-A-TTT-GGTA----A--T---TT-----TTTATG--------CT--------GTAAT-AAAAGTT----AA--------ATTTATATC-ATTCACCCCC-C-CC-----T----A--TA----TGT------TACGGAAT---------AT-TT-CCC---TCC--TG------TTT---GGCTTGATT-AG-AAAGCTCT----GCAA-----TAACT--TCCACTCCA-C---A-CG-GAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--ACA------T----TCTCA-ACATA----ATT---TG--A---------------TTT-TCATTTTCA---------tggtacatatactagtacccctccctata
gi|14 : ACAAA-A---A----TATAGATGCTTGGGTTGG----TATGTACATAATGTATT--T---T---G-GT-------------TTC---GCTTTG-ATGTAATAGGTGC-A----------------CGGATA--------G-A-T-TT-CTT---TT--AAA---GCAT---ATTTAT-AAGGG-A-CTT-GTAA----A--T---TT-----TCTATG--------AT--------GT--TCAAAGATTC---AA--------AT--ATATTCA-----TCTT-A-CT-----T----A--TA----tcaaatatt
gi|15 : aaggcacttaatACAAA-A---C----AATGGATGCATGAGTTGA----TG-------TATATTTTCAT---T---G-GC-------------TTA---GTTTGG-TTGTAATAAAT-------------T-A----C--ATG------TGA-A-A-AT-CCT---------A---AAATTGGG---GG-GAGGGTG-TTT-GT-A----A--T---TT-----TTT
gi|16 : tagttatagttacactcatctcctaaggataccttctcgctcgggAAC-TATAC---AAATT-TCA---CCCGCAG------TTTC-GGA------TCGGGAAATTTTG----AGAA-----TGAAT--AACATTCCA-T---A-GG--------GTATTCA-TT-T-------T--AA-------G----TATAA-A---A----ACA---TA--AAGTTT---------GTTT-TCATTTTCATCATTT---AAAAAA---
gi|17 : tacttgtccaactctg------T-A----CAATTA------CGA-A-A-TT-CCT---TG--AAA---AAA---------T-AATGG-A-CTT-GTAA----A--T---TT-----CTTATG--------AT--------GT--TCA
gi|18 : ta-AAGGG-A-TCT-GTAA----A--A---TT-----TATATG--------AT--------GT--TCAAAAGTTG---AA--------AT--ATA
gi|2 : TACAGAA-TAAAT---AGTA-AGCACTAGTAATTCGTT-----AT---AA-----T-G-A-AATAAACA---A----AACGAATGTATGGGTTGA----TA-------AATAT-----T---T---G-GGGGGGGGGGGGGGATTA---ATATAG-TTGTAATAACTAC-ATTG------T-A----CAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TT--AAA---AAAT---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----A--T---TT-----TCTATG--------AT--------GT--CCTAAAGTTG---AA--------CC--ACATT-A-----CCCC-CACC-----T----AC-TA----CATGTGGCATATATAAT-TCTAC---AC-TT-TCC---TCCACTG------CCTT-GGACTTAATTCAG-AGGTCATG----GGCA-----TGAAT--CACATTCCAGT---A-GA-TGAACA-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATAA-A---A----GCT---TA--AA---C---------GTTT-CCATTTTCA---------AAAAAA---AAAATTTAAAAGGGGTTGTTTTTAGCAAGTGTCGTTAAGAT--CATGTTGAA--TTTCAgaacc
gi|3 : AGATGTAGATGCACACATAACATCAGTAACC---TTCCTTATTCAGAACACTT-A-A-CACAAT-G---A----ATTGGATGCATGAGTTGA----TA-------GGTAT-----TGTTT---G-GT-------------TTC---GTTTGA-TTGTAAAAAGTAC-A--G----------------ATA------T-A-A-AGTT-CCT---T-----A---AAAC---G---A---AGGG-A-CT--GTAC----A--T---TT-----TTTATC-------------------T--TCAAA--TT--------------AC---TAGT-A-----CCCC-T-CC-----C----A------------------ATACAAT-TTTATGGAAA-TT-TTC---TACACTC------TCTA-AGACGTAATCCAG-ATAT--------GGCA-----TTAAT--TACTTTTCA-T---ACGG-CAAATT-AAATTTA-CT-TAT-----T--AG-------T----TATAA-A---A----ATA---TA--GG---T---------GGTT-TT-TTTTTA---------TATAAA---AGAA-T---------TTGTTGGTAGAAAGTTTCGTTAAGGTAGC-TG-TGAATCTTTCAtatatacatgtt
gi|4 : tATGAAGCAA-AACA-----AA-----T-----AT---AA-----T-A-A-AA---A-T---A----AATAGATGCATCGGCCGA----T------------T-----T---G---G-GC-------------TTA---CTTTGA-TTCTAATAAGTAC-A------------------AATA------T-A-C-C-TC-CGC---CC--AGATTAAAAA---G---AT-AAGGA-A-CTT-GCAT----T--G---TT-----TTTATC--------GT--------GT--TCGATAGTCG---AA------------ATACC-C-----CCCT-C-CC-----TTAAAA--AA----T-C------TATATAA----------AT-TT-TCC----CCACTT------TTTT-AGACATGATTTAG--AATCATA--------------AAAT--TATATCCTG-T---A-CA-GAAACTGGCATTCA-TTGTGTACATGT--AT-------T----TATAAGA---A----AAT---CAATAA---A---------GTTT-TCATTTTCATCGGGTTT-GAAAAACGTGAAA-----------TTATTTGTAGTAAGTTTCGTAAA
gi|5 : gAA-TAAAAAAAATAA-AAAATAAATAAAA---C-----GC---GAA----T-A-ACAATAAT-G---A----AATGGATGCATGGATTAA----T----------------------T---GAGC-------------TTA---GCTTAGCTTGTAATTAGCGC-A--A------T-T------AATAGCTGATT-A-A-A-AT-----------AAT---AAAA---G---A--AAGGG-A-ATT-GTAC----A--T---TT-----TTTATG--------ATACATGAGTGT--TCAGAAGTTG---AA--------AT--AGTTT-A-----ACCC----------T----A--TAAC--T-C------TATACAA----------AA-TT-TCCCAGTCC-CTGGTCTGTTTTT-GGACTTAATTGTG-AAATCATC----GGAG-----TCACG--TACATTCCA-TATAA-GG-TAAATT-GTATTAA--T-T-------C--AC-------T----TATAA-G---A----AATAAATA--TA---C----------TTT-TCATTTTCA---------acatacattgtcatgtcagacattt
gi|6 : ttaaactaataataataaaatACAAAA-TAAATAAAAAGA-ATTATAAATAA-----------AT---GA-------A-A-AATAAA-ATAAA----AATGGATGCATGGGCTGA----TATA-----AATAT-----C---T---A-TC-------------ATA---GTCCGG-TTGTAATAAGTAC-A--A------TCA----CA-------------------T-CAT---TC--ACA---TA-C---G---AA-AGGGG-A-TTT-GTAA----A--T---TT-----AT-ATG--------AT--------GT--TTAAAAGTTG---AG--------AT--GCACT-A-----CCCC-T-CTACAGAT----A--AA----T-G------TATACAA----------AA-TG-TCC---CGCATTG------TTTTAAGACTTAACTGTA-TAATCATGCATTGGGA-----TAAACCATACATTCTA-T---GCGG-TGAGCT-GTATTCA-TT-T-------A--AC-------T----TCTAA-A---AACATATT---TG-----------------GTTT-TCATTTTCA---------tcattgt
gi|7 : ttgataccaaaaaTATAGAC-TAAATGAAAATA-AACTCAAGGACAC---T-----AT---GA-----TAG-A-AACAAG-A---A----AATTAATGTATG--TTGA----TA-------TATGT-----T---TTCTG-GC-------------TTA---GTTTAA-TCGTCATAA-T-------------C-A----CAAATA------T-A-A-A-ATACCT--------AA---AAAT---A---AT-AAGTG-A-CTT-GTAA----A--C---TT-----TTTATG--------AT--------GT--TTAAACGTTG---GA--------A---ATA-T-G-----CCTC-C-C-----------------------------GATATAA---CTGT---AT-TT-T-----TCCAC---------ATT-GGA-----------GAATTATG----GGAA-----TAAAA--TACAGTCCA-T---A-CAGTATATT-GTATTTA-TT-G-------T--ACATTGTAGT----TAAAA-A---A----AAT---AAC-AA---CAGAA-----ATTCATCATTTTGA---------AAAAAA---AA--------------TGTTTCTAGCAAGTGTTGTtcaattgttttttg
gi|8 : aagA---AAAT---A---ATTAAATA-A-CTT-GTAA----A--T---TT-----TCAACG--------AT--------GT--TAAAAAGTTGTGAAA--------AT--TAATT-C-----CTCT-C-TC-----T----ATCTAAC--T-T------TATACA-----------AA-TT-TTC---TCCCTTG------TTTC-------------G-AAATCAAG----GGAA-----TTAAT--TAAATTCCA-T---A-GAGTAAATT-GTATTTA-TA-C-------T--AC-------A----TAT
gi|9 : gtagatcaatatattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtaaaaaatctgGTAGTAAGTAC-A--AA-----T-A----CATATA------T-A-AGA-TT-CCT---TC--AAA---A------G---AT-AAAGG-A-TTT--TAT-------T---TT-----TTTATG--------GA--------GT--TT----GCTG---AAC-------ATTTATATT-A-----CTTC-T-C---------------A----C-T------T-TAGAAT-TATATCAAAA-TT-ATC---CCCACGG------TTTA-GAATTGTATTGAG-GACTCTTG----GGAATGAATTAAAT--CACACTTCA-T---A-----AAACT-GAATTCA-TT-T-------TAAAC-------T----TATAA-A---G----CATGTCTA--AA---TATGTATTTAGCTT-TCATTTTCATCATTTCTGAAAAAA---AAAtgtatctataaaacatatatccagtttttttccattagtttagagaaaagtttatagcta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AAGGTCAAATATACCGTCTCTAAAAATCAAAATA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444 111111111111111111 33333333333333333333333333333 1111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111 11111111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111111 111111111 111 222222222222222222222222 55555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555 2222 1 11
lowQualScore : 3 22 5 33 4 5 666666666666666666666666666 999 000000000000000000 44 555 33333333333333333333333333333 8888888888888 555 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333333 66 4 2 2 5555 555555 55555 999999999999999999 33 0 77777 22222222222 33 0 7777777 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 3 555 2222222222 777 888888888 7777 88888 44 3 555 999 3 3 3 3 666666666666666666666666 99999 3 666 99999999999999999999999999999 3 7777 55 6666666666666666666666666666666666 1 1 3333 5 88
lowQualScore : . .. . .. . . ........................... ... .................. .. ... ............................. ............. ... . ............................................................... ........ .. . . . .... ...... ..... .................. .. . ..... ........... .. . ....... ......................................................... . . ... .......... ... ......... .... ..... .. . ... ... . . . . ........................ ..... . ... ............................. . .... .. .................................. . . .... . ..
lowQualScore : 7 00 7 99 9 0 000000000000000000000000000 444 555555555555555555 66 888 66666666666666666666666666666 3333333333333 888 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 00000000 88 7 4 4 0000 111111 99999 777777777777777777 44 2 33333 99999999999 77 1 2222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 1 444 5555555555 555 999999999 1111 33333 66 3 888 000 4 6 6 6 333333333333333333333333 11111 6 444 55555555555555555555555555555 6 7777 00 8888888888888888888888888888888888 0 0 5555 5 00
consensus : TACAGAATAAATGAAANNA-AACATAAGTA-AC------T----AT---G---A-----TA-A-AACA----A--A-A---A----AATGGATGCATGGGTTG--A---TANATA----------T-----T---T---GGC-------------TTA---GTTTGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------T-ACAA------ATA------T-A-A-A-TT-CCT---TC--A----AAAAAT---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----A--T---TT-----TTTATG--------AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------A--T--ATATT-A-----CCCC---C-CC-----T----A--TA----T------C-TATA-C--AA-----T------AATT-TCCC---CCACTG------TTTT-GGACTTAATTGAGAAATCATG----GGAA-----TAAAT--TACATTCCA-T---A-G-GTAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----ANT---TA--AA---C---------GTTT-T----CATT--TTCA---------AAAAAA---AAAAT----------TTGTTTNTAGCAAGTNTCGTTAAGGTAGCATGTTGAATCTTTCA
Reference ( family-3296 ) : TACAGAATAAATGAAANNA-AACATAAGTA-AC------T----AT---G---A-----TA-A-AACA----A--A-A---A----AATGGATGCATGGGTTG--A---TANATA----------T-----T---T---GGC-------------TTA---GTTTGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------T-ACAA------ATA------T-A-A-A-TT-CCT---TC--A----AAAAAT---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----A--T---TT-----TTTATG--------AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------A--T--ATATT-A-----CCCC---C-CC-----T----A--TA----T------C-TATA-C--AAT--T-T-AC---ANTT-TCCC---CCACTG------TTTT-GGACTTAATTNAGAAATCATG----GGAA-----TAAAT--TACATTCCA-T---A-G-GTAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----ANT---TA--AA---C---------GTTT-T----CATT--TTCA---------AAAAAA---AAAAT----------TTGTTTNTAGCAAGTNTCGTTAAGGTAGCATGTTGAATCTTTCA
gi|1 : ---A-----TA-C-AACA----G--A-A---A----A-TTGATGCATGGATTG--A---TCT-TA----------T-----A---G---GGT-------------TTAATAGCTTGG-TTGTAAAAAG----------A--------ACAA------ATA------T-A-A-AATT-CCT------------AGAAA--------GT-AAAGG-ATCTT-TGAA----A--T---TTCAGAATCTACG--------AT--------TT--TAAAAAGTT-G---GA--------A--T--ATATT-G-----TCCCT--C-CC-----T----A--TACAACT------C-TATA-C--AAA--T-T-AT---CCCC-CCCC---CC-CTG------TTCT-GGAC---AT----AAATCAGG----GGAA-----CAAAT--TACACTCCA-T---ACA-ATAACTT-GTATTCATTT-T-------T--AC-------TTTAATATA-----A-A---A----ACA---TA--AA---TATA------GTTT-T----TGTT--TTC
gi|10 : tgtatttcattacaaaaagtattcaacacagcttactccaggacagcttAACAA-AATATAAG---GC------TGC--AT---A---T-----TA-AGAACACTTGATTA-A---A----AATAGATGCACAGGTTG--A---TAAATC----------T-----T---TA--GGC-------------TTG---GTTTGG-TTATAGTAGGTAC-ATGTATA------T-GCAC------ATA------T-A-T-A-TT-TTT-------------------------AT-AAAGGTA-CAT-GTCA----A--T---TT-----TCTATG--------AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AAATACTAGTA--T--ATATT-A-----CCCCT--C-CC-----T----A--TAAT--T------C-TACA-C--A-------------AGTT-TTCC---CCA--G------TTTT-----TTAGTTCAttcatttttggggcggggggtcgttttcaaaaaagattttttttttttgagcaagtgttgttcaataaattgtttttaataataatccaata
gi|11 : atttgataaaacttcaatc--A-A---T----AATGAA-GCATAGATTG--ACGTTTGACT----------T-----T---T---GGC-------------TTA---ATTTGG-TGGTAATGAGTAC-A-----AAACTACT-ACAA------ATA------C-ATA-A-TT-CCTAAACCAAA----AAAAAT---G---AA-AAATG-A-CTT-GTAG----ATTT---TT-----TTTATAGTACATATAT--------GT--TTAAAGGTT-T---AG--------A--C--ATAGT-A-----CCCCT--T-CC-----T----A-----------------TATA-T--AATCCC-T-AC---AATTGTCCC---TTACAG------TTCT-GAA-TAAATTGACAAATCATG----GGAA-----TAAAT--CGCGTTCCA-T---A-ttgtgatactg
gi|12 : -AC------T-----T---G---A-----TACA-AACA----A--A-A---ATACCAATGAATGCAT--------A---CAGCT-----------T-----T---T---GGC-------------TTA---GGTTGG-TTTTAATAAGTATAA-----A------T-GCA------------------A-A-A-TT-CGT---CC--A----AACA-----G---AA-AAAAA-A-CCCAACAACAACA--TACATT-----TCTGTG--------AT--------GT--TCAAAATAT-G---AA--------G--T--ATATT-A-----Ctcg
gi|13 : atataaaggcatctttaggatG-A-TTT-GGTA----A--T---TT-----TTTATG--------CT--------GTAAT-AAAAGTT-----AA--------A--TTTATATC-ATTCACCCCC---C-CC-----T----A--TA----T------G-T-TA-CGGAAT------------ATT-TCCC---TC-CTG------TTT---GGCTTGATT-AGAAAGCTCT----GCAA-----TAACT--TCCACTCCA-C---A-C-GGAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--ACA------T----TCTC-----A-ACATA----ATT---TG--A---------------TTT-T----CATT--TTCA---------tggtacatatactagtacccctccctata
gi|14 : -----TA-A-TACA----A--A-A---A----TATAGATGCTTGGGTTG--G---TATGTACATAATGTATT-----T---T---GGT-------------TTC---GCTTTG-ATGTAATAGGTGC-A---------------CGG------ATA--------G-A-T-TT-CTT---TT--A----AAGCAT---ATTTAT-AAGGG-A-CTT-GTAA----A--T---TT-----TCTATG--------AT--------GT--TCAAAGATT-C---AA--------A--T--ATATTCA-----TCTT---A-CT-----T----A--TA----tcaaatatt
gi|15 : aaggcactACA----A--A-A---C----AATGGATGCATGAGTTG--A---TGTATA----------TTTTCAT---T---GGC-------------TTA---GTTTGG-TTGTAATAAAT----------------T-AC--------ATG------TGA-A-A-AT-CCT-------------AAAATTGGG---GG-GAGGGTG-TTT-GT-A----A--T---TT-----TTT
gi|16 : tagttatagttacactcatctcctaaggataccttctcgctcggg------C-TATA-C--AA-------------ATT-TCAC---CCGCAG------TTTC-GGA-----TCGGGAAATTTTG----AGAA-----TGAAT--AACATTCCA-T---A-G-G-------GTATTCA-TT-T-------T--AA-------G----TATA-----A-A---A----ACA---TA--AAGTTT---------GTTT-T----CATT--TTCATCATTT---AAAAAA---
gi|17 : tacttgtccaactctgaa-----A------T-ACAA------TTA------CGA-A-A-TT-CCT---TG--A----AAAAAT---A---AT----GG-A-CTT-GTAA----A--T---TT-----CTTATG--------AT--------GT--TCA
gi|18 : t-AAGGG-A-TCT-GTAA----A--A---TT-----TATATG--------AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------A--T--ATA
gi|2 : TACAGAATAAAT---AGTA-AGCACTAGTA-AT------TCGTTAT---A---A-----TG-A-AATA----A--ACA---A----AACGAATGTATGGGTTG--A---TAAATA----------T-----T---T---GGGGGGGGGGGGGGGATTA---ATATAG-TTGTAATAACTAC-ATT---G------T-ACAA------ATA------T-A-A-A-TT-CCT---TT--A----AAAAAT---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----A--T---TT-----TCTATG--------AT--------GT--CCTAAAGTT-G---AA--------C--C--ACATT-A-----CCCC---CACC-----T----AC-TA----CATGTGGCATATA-T--AAT--TCT-AC---ACTT-TCCT---CCACTG------CCTT-GGACTTAATTCAGAGGTCATG----GGCA-----TGAAT--CACATTCCAGT---A-G-ATGAACA-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----GCT---TA--AA---C---------GTTT-C----CATT--TTCA---------AAAAAA---AAAATTTAAAAGGGGTTGTTTTTAGCAAGTGTCGTTAAGAT--CATGTTGAA--TTTCAgaacc
gi|3 : TAGATGCACACATAACATCAGTA-ACCTTCCTT----ATTCAG---AACACTTA-A-CACA----A--T-G---A----ATTGGATGCATGAGTTG--A---TAGGTA----------T-----TGTTT---GGT-------------TTC---GTTTGA-TTGTAAAAAGTAC-A-----G------------------ATA------T-A-A-AGTT-CCT---T---------AAAAC---G---A---AGGG-A-CT--GTAC----A--T---TT-----TTTATC-------------------T--TCAAA--TT---------------A--C---TAGT-A-----CCCC---T-CC-----C----A------------------ATA-C--AAT--T-TTATGGAAATT-TTCT---ACACTC------TCTA-AGACGTAATCCAGATAT--------GGCA-----TTAAT--TACTTTTCA-T---ACG-GCAAATT-AAATTTA-CT-TAT-----T--AG-------T----TATA-----A-A---A----ATA---TA--GG---T---------GGTT-T----T-TT--TTTA---------TATAAA---AGAAT----------TTGTTGGTAGAAAGTTTCGTTAAGGTAGC-TG-TGAATCTTTCAtatatacatgtt
gi|4 : tagatgATGAAGCAA-AACA-----A-A-------T----AT---A---A-----TA-A-AA---------A-T---A----AATAGATGCATCGGCCG--A---T---------------T-----T---G---GGC-------------TTA---CTTTGA-TTCTAATAAGTAC-A-----A------------------ATA------T-A-C-C-TC-CGC---CC--AGATTAAAAA----G---AT-AAGGA-A-CTT-GCAT----T--G---TT-----TTTATC--------GT--------GT--TCGATAGTC-G---AA--------------ATACC-C-----CCCT---C-CC-----TTAAAA--AA----T------C-TATA-T--A-------------AATT-TTCC---CCACTT------TTTT-AGACATGATTTAG-AATCATA--------------AAAT--TATATCCTG-T---A-C-AGAAACTGGCATTCA-TTGTGTACATGT--AT-------T----TATA-----AGA---A----AAT---CAATAA---A---------GTTT-T----CATT--TTCATCGGGTTT-GAAAAACGTGAAA-----------TTATTTGTAGTAAGTTTCGTAAA
gi|5 : gAATAAAAAAAATAA-AAAATAAATA-AA-----------AC---GCGAA-----TA-ACAATA----A--T-G---A----AATGGATGCATGGATTA--A---TTGA---------------------------GC-------------TTA---GCTTAGCTTGTAATTAGCGC-A-----A------T-T--A------ATAGCTGATT-A-A-A-AT-----------A----ATAAAA---G---A--AAGGG-A-ATT-GTAC----A--T---TT-----TTTATG--------ATACATGAGTGT--TCAGAAGTT-G---AA--------A--T--AGTTT-A-----ACCC------------T----A--TAAC--T------C-TATA-C--AA------------AATT-TCCCAGTCC-CTGGTCTGTTTTT-GGACTTAATTGTGAAATCATC----GGAG-----TCACG--TACATTCCA-TATAA-G-GTAAATT-GTATTAA--T-T-------C--AC-------T----TATA-----A-G---A----AATAAATA--TA---C----------TTT-T----CATT--TTCA---------acatacattgtcatgtcagacattt
gi|6 : ttaaactaataataataaaatACAAAATAAATAAAAAGA-ATTATAAATA-A------------AT---G---A------A-A-AATA----A--A-ATAAA----AATGGATGCATGGGCTGATA---TAAATA----------T-----C---T---ATC-------------ATA---GTCCGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------TCACA-------------------------T-CAT---TC-------ACATAC---G---AA-AGGGG-A-TTT-GTAA----A------TT-----TATATG--------AT--------GT--TTAAAAGTT-G---AG--------A--T--GCACT-A-----CCCC---T-CTACAGAT----A--AA----T------G-TATA-C--AA------------AATG-TCCC---GCATTG------TTTTAAGACTTAACTGTATAATCATGCATTGGGA-----TAAACCATACATTCTA-T---GCG-GTGAGCT-GTATTCA-TT-T-------A--AC-------T----TCTA-----A-A---AACATATT---TG-----------------GTTT-T----CATT--TTCA---------tcattgt
gi|7 : ttgataccaaaaaTATAGACTAAATGAAAATA-AACTCAAGGACAC------T----AT---G---A-----TAGA-AACA----A--G-A---A----AATTAATGTATG--TTG--A---TATATG----------T-----T---TTCTGGC-------------TTA---GTTTAA-TCGTCATAA-T----------------C-ACAA------ATA------T-A-A-A-ATACCT------------AAAAAT---A---AT-AAGTG-A-CTT-GTAA----A--C---TT-----TTTATG--------AT--------GT--TTAAACGTTGG---AA--------A--T--ATG----------CCT---C-CC-----G----A--TA----T----------------AA---C-T-GT---ATTT-TTCC---ACA-----------TT-GGA----------GAATTATG----GGAA-----TAAAA--TACAGTCCA-T---ACA-GTATATT-GTATTTA-TT-G-------T--ACATTGTAGT----TAAA-----A-A---A----AAT---AAC-AA---CAGAA-----ATTCAT----CATT--TTGA---------AAAAAA---AA--------------TGTTTCTAGCAAGTGTTGTtcaattgttttttg
gi|8 : aagAAAAT---A---ATTAAATA-A-CTT-GTAA----A--T---TT-----TCAACG--------AT--------GT--TAAAAAGTT-GTGAAA--------A--T--TAATT-C-----CTCT---C-TC-----T----ATCTAAC--T------T-TATA-C--AA------------ATTT-TCTC---CC-TTG------TTTC-------------GAAATCAAG----GGAA-----TTAAT--TAAATTCCA-T---A-GAGTAAATT-GTATTTA-TA-C-------T--ACATA----T----TGTATCTATA-A---A----ACA---TA--TA---TCCA------GTTT-TTTTCCATTAGTTTA---------GAGAAA---A----------------GTTTATAGC
gi|9 : gtagatcaatatattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtaaaaaatctgAGTA--A-----G------T-ACAAATACATATA------T-A-AGA-TT-CCT---TC--A----AAA------G---AT-AAAGG-A-TTT--T-A----T--T---TT-----TTTATG--------GA--------GT--TT----GCT-G---AAC-------ATTT--ATATT-A-----CTTCTCAC-TT-----T----A--GA----A------T-TATATC--AA------------AATT-ATCC---CCACGG------TTTA-GAATTGTATTGAGGACTCTTG----GGAATGAATTAAAT--CACACTTCA-T---A-----AAACT-GAATTCA-TT-T-------TAAAC-------T----TATA-----A-A---G----CATGTCTA--AA---TATGTATTTAGCTT-T----CATT--TTCATCATTTCTGAAAAAA---AAAta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AAGGTCAAATATACCGTCTCTAAAAATCAAAATA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444 111111111111111111 33333333333333333333333333333 1111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 111 222222222222222222222222 55555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555 2222 1 11
lowQualScore : 3 22 5 33 4 5 666666666666666666666666666 999 000000000000000000 44 555 33333333333333333333333333333 8888888888888 555 3 0 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 4 2 2 5555 444 55555 999999999 2 99999999 33 0 77777 22222222 77 0 0000000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 77777 555 3 888888 000000000 666 1 7777 88888 44 3 555 999 3 3 3 3 666666666666666666666666 99999 3 666 99999999999999999999999999999 3 7777 55 6666666666666666666666666666666666 1 1 3333 5 88
lowQualScore : . .. . .. . . ........................... ... .................. .. ... ............................. ............. ... . . . .................................................................. .. . . . .... ... ..... ......... . ........ .. . ..... ........ .. . ....... ............................................................ . ..... ... . ...... ......... ... . .... ..... .. . ... ... . . . . ........................ ..... . ... ............................. . .... .. .................................. . . .... . ..
lowQualScore : 7 00 7 99 9 0 000000000000000000000000000 444 555555555555555555 66 888 66666666666666666666666666666 3333333333333 888 3 8 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88 7 4 4 0000 111 99999 444444444 5 11111111 44 2 33333 33333333 33 1 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 77777 444 4 888888 222222222 111 7 1111 33333 66 3 888 000 4 6 6 6 333333333333333333333333 11111 6 444 55555555555555555555555555555 6 7777 00 8888888888888888888888888888888888 0 0 5555 5 00
consensus : TACAGAATAAATGAAANNA-AACATAAGTA-AC------T----AT---G---A-----TA-A-AACA----A--A-A---A----AATGGATGCATGGGTTG--A---TANATA----------T-----T---T---GGC-------------T---TAGTTTGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------T-ACAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TCA----AAAAA--T---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TTT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------AT--ATATT-A-----CCCC-C-C---C-----T----A--TA----T------C-TA-----TA-C--AAT--------AATT-----TCCC---CCACTG------TTTT-GGACTTAATTGAGAAATCATG----GGAA-----TAAAT--TACATTCCA-T---A-G-GTAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----ANT---TA--AA---C---------GTTT-T----CATT--TTCA---------AAAAAA---AAAAT----------TTGTTTNTAGCAAGTNTCGTTAAGGTAGCATGTTGAATCTTTCA
Reference ( family-3296 ) : TACAGAATAAATGAAANNA-AACATAAGTA-AC------T----AT---G---A-----TA-A-AACA----A--A-A---A----AATGGATGCATGGGTTG--A---TANATA----------T-----T---T---GGC-------------T---TAGTTTGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------T-ACAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TCA----AAAAA--T---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TTT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------AT--ATATT-A-----CCCC-C-C---C-----T----A--TA----T------C-TA-----TA-C--AAT--------AATT-----TCCC---CCACTG------TTTT-GGACTTAATTGAGAAATCATG----GGAA-----TAAAT--TACATTCCA-T---A-G-GTAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----ANT---TA--AA---C---------GTTT-T----CATT--TTCA---------AAAAAA---AAAAT----------TTGTTTNTAGCAAGTNTCGTTAAGGTAGCATGTTGAATCTTTCA
gi|1 : ---A-----TA-C-AACA----G--A-A---A----A-TTGATGCATGGATTG--A---TCT-TA----------T-----A---G---GGT-------------TTAATAGCTTGG-TTGTAAAAAG-A-----------------ACAAATA------TAA-A-A-TT-CCT-----A----GAAA-----------GT-AAAGG-ATCTT-TGAA----AT---TTCAGAATCT---------ACG-AT--------TT--TAAAAAGTT-G---GA--------AT--ATATT-GT----CCCT-C-C---C-----T----A--TACAACT------C-TA-----TA-C--A----------AATTATCCCCCCC---CCCCTG------TTCT-GGAC---AT----AAATCAGG----GGAA-----CAAAT--TACACTCCA-T---ACA-ATAACTT-GTATTCATTT-T-------T--AC-------TTTAATATA-----A-A---A----ACA---TA--AA---TATA------GTTT-T----TGTT--TTC
gi|10 : tgtatttcattacaaaaagtattcaacacagcttactccaggacagcttAACAA-AATATAAG---GC------TGC--AT---A---T-----TA-AGAACACTTGATTA-A---A----AATAGATGCACAGGTTG--A---TAAATC----------T-----T---TA--GGC-------------T---TGGTTTGG-TTATAGTAGGTAC-ATGTATA------T-GCACATA------T-A-T-A-TT-TTT-------------------------AT-AAAGGTA-CAT-GTCA----AT---TT-----TCT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AAATACTAGTAT--ATATT-A-----CCCCTC-C---C-----T----A--TAAT--T------C-TA-----CA-C--A----------AGTT-----TTCC---CCAGTT------TTTT-AG--TTCATTGTGAttcatttttggggcggggggtcgttttcaaaaaagattttttttttttgagcaagtgttgttcaataaattgtttttaataataatccaata
gi|11 : atttgataaaacttcaatc--A-A---T----AATGAA-GCATAGATTG--ACGTTTGACT----------T-----T---T---GGC-------------T---TAATTTGG-TGGTAATGAGTAC-A-----AAACTACT-ACAAATA------C-ATA-A-TT-CCTAAACCA----AAAAAAAT---G---AA-AAATG-A-CTT-GTAG----AT---TT-----TTTTTATAGTACATATAT--------GT--TTAAAGGTT-T---AG--------AC--ATAGT-A-----CCCC-TTC---C-----T----A--TA----T------A-TAATCCCTA-C--AAT----------TG-----TCCC---TTACAG------TTCT-GAA-TAAATTGACAAATCATG----GGAA-----TAAAT--CGCGTTCCA-T---A-tactg
gi|12 : -AC------T-----T---G---A-----TACA-AACA----A--A-A---ATACCAATGAATGCAT--------A---CAGCT-----------T-----T---T---GGC-------------T---TAGGTTGG-TTTTAATAAGTATAA-----A------T-GCA------------A-A-A-TT-CGT---CCA----AACA-------G---AA-AAAAA-A-CCCAACAACAACATACATT-----TCT---------GTG-AT--------GT--TCAAAATAT-G---AA--------GT--ATATT-A-----Ctcg
gi|13 : atataaaggcatctttaggatG-A-TTT-GGTA----AT---TT-----TTT---------ATG-CT--------GTAAT-AAAAGTT-----AA--------ATTTATATC-ATTCACCCCC-C-C---C-----T----A--TA----T------G-T------TA-CGGAAT--------A-TT-----TCCC---TC-CTG------TTT---GGCTTGATT-AGAAAGCTCT----GCAA-----TAACT--TCCACTCCA-C---A-C-GGAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--ACA------T----TCTC-----A-ACATA----ATT---TG--A---------------TTT-T----CATT--TTCA---------tggtacatatactagtacccctccctata
gi|14 : -----TA-A-TACA----A--A-A---A----TATAGATGCTTGGGTTG--G---TATGTACATAATGTATT-----T---T---GGT-------------T---TCGCTTTG-ATGTAATAGGTGC-A---------------CGGATA--------G-A-T-TT-CTT---TTA----AAGCA--T---ATTTAT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TCT---------ATG-AT--------GT--TCAAAGATT-C---AA--------AT--ATATTCA-----TCTT-A-C---T-----T----A--TA----tcaaatatt
gi|15 : aaggcactACA----A--A-A---C----AATGGATGCATGAGTTG--A---TGTATA----------TTTTCAT---T---GGC-------------T---TAGTTTGG-TTGTAATAAAT----------------T-AC--ATG------TGA-A-A-AT-CCT-----------AAAA--TTGGG---GG-GAGGGTG-TTT-GT-A----AT---TT-----TTT---------
gi|16 : tagttatagttacactcatctcctaaggataccttctcgctcggg------C-TA-----TA-C--AA----------ATT-----TCAC---CCGCAG------TTTC-GGA-----TCGGGAAATTTTG----AGAA-----TGAAT--AACATTCCA-T---A-G-G-------GTATTCA-TT-T-------T--AA-------G----TATA-----A-A---A----ACA---TA--AAGTTT---------GTTT-T----CATT--TTCATCATTT---AAAAAA---
gi|17 : tacttgtccaactctgaa-----A------T-ACAATTA------CGA-A-A-TT-CCT---TGA----AAAAA--T---A---AT----GG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----CTT---------ATG-AT--------GT--TCA
gi|18 : t-AAGGG-A-TCT-GTAA----AA---TT-----TAT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------AT--ATA
gi|2 : TACAGAATAAAT---AGTA-AGCACTAGTA-AT------TCGTTAT---A---A-----TG-A-AATA----A--ACA---A----AACGAATGTATGGGTTG--A---TAAATA----------T-----T---T---GGGGGGGGGGGGGGGAT---TAATATAG-TTGTAATAACTAC-ATT---G------T-ACAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TTA----AAAAA--T---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TCT---------ATG-AT--------GT--CCTAAAGTT-G---AA--------CC--ACATT-A-----CCCC-CAC---C-----T----AC-TA----CATGTGGCATA-----TA-T--AATTCTAC---ACTT-----TCCT---CCACTG------CCTT-GGACTTAATTCAGAGGTCATG----GGCA-----TGAAT--CACATTCCAGT---A-G-ATGAACA-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----GCT---TA--AA---C---------GTTT-C----CATT--TTCA---------AAAAAA---AAAATTTAAAAGGGGTTGTTTTTAGCAAGTGTCGTTAAGAT--CATGTTGAA--TTTCAgaacc
gi|3 : TAGATGCACACATAACATCAGTA-ACCTTCCTT----ATTCAG---AACACTTA-A-CACA----A--T-G---A----ATTGGATGCATGAGTTG--A---TAGGTA----------T-----TGTTT---GGT-------------T---TCGTTTGA-TTGTAAAAAGTAC-A-----G------------ATA------T-A-A-AGTT-CCT---T-------AAAA--C---G---A---AGGG-A-CT--GTAC----AT---TT-----TTT---------ATC------------T--TCAAA--TT---------------AC---TAGT-A-----CCCC-T-C---C-----C----A------------------A-----TA-C--AATTTTATGGAAATT-----TTCT---ACACTC------TCTA-AGACGTAATCCAGATAT--------GGCA-----TTAAT--TACTTTTCA-T---ACG-GCAAATT-AAATTTA-CT-TAT-----T--AG-------T----TATA-----A-A---A----ATA---TA--GG---T---------GGTT-T----T-TT--TTTA---------TATAAA---AGAAT----------TTGTTGGTAGAAAGTTTCGTTAAGGTAGC-TG-TGAATCTTTCAtatatacatgtt
gi|4 : tagatgATGAAGCAA-AACA-----A-A-------T----AT---A---A-----TA-A-AA---------A-T---A----AATAGATGCATCGGCCG--A---T---------------T-----T---G---GGC-------------T---TACTTTGA-TTCTAATAAGTAC-A-----A------------ATA------T-A-C-C-TC-CGC---CCAGATTAAAAA------G---AT-AAGGA-A-CTT-GCAT----TG---TT-----TTT---------ATC-GT--------GT--TCGATAGTC-G---AA------------ATACC-C-----CCCT-C-C---C-----TTAAAA--AA----T------C-TA-----TA-T--A----------AATT-----TTCC---CCACTT------TTTT-AGACATGATTTAG-AATCATA--------------AAAT--TATATCCTG-T---A-C-AGAAACTGGCATTCA-TTGTGTACATGT--AT-------T----TATA-----AGA---A----AAT---CAATAA---A---------GTTT-T----CATT--TTCATCGGGTTT-GAAAAACGTGAAA-----------TTATTTGTAGTAAGTTTCGTAAA
gi|5 : gAATAAAAAAAATAA-AAAATAAATA-AA-----------AC---GCGAA-----TA-ACAATA----A--T-G---A----AATGGATGCATGGATTA--A---TTGA---------------------------GC-------------T---TAGCTTAGCTTGTAATTAGCGC-A-----A------T-T--AATAGCTGATT-A-A-A-AT---------A----ATAAA--A---G---A--AAGGG-A-ATT-GTAC----AT---TT-----TTT---------ATG-ATACATGAGTGT--TCAGAAGTT-G---AA--------AT--AGTTT-A-----ACCC-------------T----A--TAAC--T------C-TA-----TA-C--AA---------AATT-----TCCCAGTCC-CTGGTCTGTTTTT-GGACTTAATTGTGAAATCATC----GGAG-----TCACG--TACATTCCA-TATAA-G-GTAAATT-GTATTAA--T-T-------C--AC-------T----TATA-----A-G---A----AATAAATA--TA---C----------TTT-T----CATT--TTCA---------acatacattgtcatgtcagacattt
gi|6 : ttaaactaataataataaaatACAAAATAAATAAAAAGA-ATTATAAATA-A------------AT---G---A------A-A-AATA----A--A-ATAAA----AATGGATGCATGGGCTGATA---TAAATA----------T-----C---T---ATC-------------A---TAGTCCGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------TCACA-------------------T-CAT---TC-----ACATA--C---G---AA-AGGGG-A-TTT-GTAA----A----TT-----TAT---------ATG-AT--------GT--TTAAAAGTT-G---AG--------AT--GCACT-A-----CCCC-T-C---TACAGAT----A--AA----T------G-TA-----TA-C--AA---------AATG-----TCCC---GCATTG------TTTTAAGACTTAACTGTATAATCATGCATTGGGA-----TAAACCATACATTCTA-T---GCG-GTGAGCT-GTATTCA-TT-T-------A--AC-------T----TCTA-----A-A---AACATATT---TG-----------------GTTT-T----CATT--TTCA---------tcattgt
gi|7 : ttgataccaaaaaTATAGACTAAATGAAAATA-AACTCAAGGACAC------T----AT---G---A-----TAGA-AACA----A--G-A---A----AATTAATGTATG--TTG--A---TATATG----------T-----T---TTCTGGC-------------T---TAGTTTAA-TCGTCATAA-T----------------C-ACAAATA------T-A-A-A-ATACCT----------AAAAA--T---A---AT-AAGTG-A-CTT-GTAA----AC---TT-----TTT---------ATG-AT--------GT--TTAAACGTTGG---AA--------AT--ATG----------CCT-C-C---C-----G----A--TA-------------TA------A-C--TGT--------ATTT-----TTCC---ACATTG---------------------GAG-AATTATG----GGAA-----TAAAA--TACAGTCCA-T---ACA-GTATATT-GTATTTA-TT-G-------T--ACATTGTAGT----TAAA-----A-A---A----AAT---AAC-AA---CAGAA-----ATTCAT----CATT--TTGA---------AAAAAA---AA--------------TGTTTCTAGCAAGTGTTGTtcaattgttttttg
gi|8 : aagAAAA--T---A---ATTAAATA-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TCA---------ACG-AT--------GT--TAAAAAGTT-GTGAAA--------AT--TAATT-C-----CTCT-C-T---C-----T----ATCTAAC--T------T-TA-----TA-C--A----------AATT-----TTCT---CCCTTG------TTTC-------------GAAATCAAG----GGAA-----TTAAT--TAAATTCCA-T---A-GAGTAAATT-GTATTTA-TA-C-------T--ACATA----T----TGTATCTATA-A---A----ACA---TA--TA---TCCA------GTTT-TTTTCCATTAGTTTA---------GAGAAA---A----------------GTTTATAGC
gi|9 : gtagatcaatatattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtaaaaaatctgGTAGTAAGTAC-A-----AA-----T-ACATATA------T-A-AGA-TT-CCT---TCA----AAA--------G---AT-AAAGG-A-TTT--TAT-----T---TT-----TTT---------ATG-GA--------GT--TT----GCT-G---AAC-------ATTTATATT-A-----CTTC-T-CACTT-----T----A--GA----A------T-TA-----TATC--AA---------AATT-----ATCC---CCACGG------TTTA-GAATTGTATTGAGGACTCTTG----GGAATGAATTAAAT--CACACTTCA-T---A-----AAACT-GAATTCA-TT-T-------TAAAC-------T----TATA-----A-A---G----CATGTCTA--AA---TATGTATTTAGCTT-T----CATT--TTCATCATTTCTGAAAAAA---AAAta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AAGGTCAAATATACCGTCTCTAAAAATCAAAATA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444 111111111111111111 33333333333333333333333333333 1111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 111 222222222222222222222222 55555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555 2222 1 11
lowQualScore : 3 22 5 33 4 5 666666666666666666666666666 999 000000000000000000 44 555 33333333333333333333333333333 8888888888888 555 3 0 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 4 2 2 5555 444 55555 999999999 2 99999999 33 0 77777 22222222 77 0 0000000 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 77777 555 3 888888 000000000 666 1 7777 88888 44 3 555 999 3 3 3 3 666666666666666666666666 99999 3 666 99999999999999999999999999999 3 7777 55 6666666666666666666666666666666666 1 1 3333 5 88
lowQualScore : . .. . .. . . ........................... ... .................. .. ... ............................. ............. ... . . . .................................................................. .. . . . .... ... ..... ......... . ........ .. . ..... ........ .. . ....... ............................................................ . ..... ... . ...... ......... ... . .... ..... .. . ... ... . . . . ........................ ..... . ... ............................. . .... .. .................................. . . .... . ..
lowQualScore : 7 00 7 99 9 0 000000000000000000000000000 444 555555555555555555 66 888 66666666666666666666666666666 3333333333333 888 3 8 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 88 7 4 4 0000 111 99999 444444444 5 11111111 44 2 33333 33333333 33 1 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 77777 444 4 888888 222222222 111 7 1111 33333 66 3 888 000 4 6 6 6 333333333333333333333333 11111 6 444 55555555555555555555555555555 6 7777 00 8888888888888888888888888888888888 0 0 5555 5 00
consensus : TACAGAATAAATGAAANNA-AACATAAGTA-AC------T----AT---G---A-----TA-A-AACA----A--A-A---A----AATGGATGCATGGGTTG--A---TANATA----------T-----T---T---GGC-------------T---TAGTTTGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------T-ACAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TCA----AAAAA--T---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TTT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------AT--ATATT-A-----CCCC-C-C---C-----T----A--TA----T------C-TA-----TA-C--AAT--------AATT-----TCCC---CCACTG------TTTT-GGACTTAATTGAGAAATCATG----GGAA-----TAAAT--TACATTCCA-T---A-G-GTAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----ANT---TA--AA---C---------GTTT-T----CATT--TTCA---------AAAAAA---AAAAT----------TTGTTTNTAGCAAGTNTCGTTAAGGTAGCATGTTGAATCTTTCA
Reference ( family-3296 ) : TACAGAATAAATGAAANNA-AACATAAGTA-AC------T----AT---G---A-----TA-A-AACA----A--A-A---A----AATGGATGCATGGGTTG--A---TANATA----------T-----T---T---GGC-------------T---TAGTTTGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------T-ACAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TCA----AAAAA--T---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TTT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------AT--ATATT-A-----CCCC-C-C---C-----T----A--TA----T------C-TA-----TA-C--AAT--------AATT-----TCCC---CCACTG------TTTT-GGACTTAATTGAGAAATCATG----GGAA-----TAAAT--TACATTCCA-T---A-G-GTAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----ANT---TA--AA---C---------GTTT-T----CATT--TTCA---------AAAAAA---AAAAT----------TTGTTTNTAGCAAGTNTCGTTAAGGTAGCATGTTGAATCTTTCA
gi|1 : ---A-----TA-C-AACA----G--A-A---A----A-TTGATGCATGGATTG--A---TCT-TA----------T-----A---G---GGT-------------TTAATAGCTTGG-TTGTAAAAAG-A-----------------ACAAATA------TAA-A-A-TT-CCT-----A----GAAA-----------GT-AAAGG-ATCTT-TGAA----AT---TTCAGAATCT---------ACG-AT--------TT--TAAAAAGTT-G---GA--------AT--ATATT-GT----CCCT-C-C---C-----T----A--TACAACT------C-TA-----TA-C--A----------AATTATCCCCCCC---CCCCTG------TTCT-GGAC---AT----AAATCAGG----GGAA-----CAAAT--TACACTCCA-T---ACA-ATAACTT-GTATTCATTT-T-------T--AC-------TTTAATATA-----A-A---A----ACA---TA--AA---TATA------GTTT-T----TGTT--TTC
gi|10 : tgtatttcattacaaaaagtattcaacacagcttactccaggacagcttAACAA-AATATAAG---GC------TGC--AT---A---T-----TA-AGAACACTTGATTA-A---A----AATAGATGCACAGGTTG--A---TAAATC----------T-----T---TA--GGC-------------T---TGGTTTGG-TTATAGTAGGTAC-ATGTATA------T-GCACATA------T-A-T-A-TT-TTT-------------------------AT-AAAGGTA-CAT-GTCA----AT---TT-----TCT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AAATACTAGTAT--ATATT-A-----CCCCTC-C---C-----T----A--TAAT--T------C-TA-----CA-C--A----------AGTT-----TTCC---CCAGTT------TTTT-AG--TTCATTGTGAttcatttttggggcggggggtcgttttcaaaaaagattttttttttttgagcaagtgttgttcaataaattgtttttaataataatccaata
gi|11 : atttgataaaacttcaatc--A-A---T----AATGAA-GCATAGATTG--ACGTTTGACT----------T-----T---T---GGC-------------T---TAATTTGG-TGGTAATGAGTAC-A-----AAACTACT-ACAAATA------C-ATA-A-TT-CCTAAACCA----AAAAAAAT---G---AA-AAATG-A-CTT-GTAG----AT---TT-----TTTTTATAGTACATATAT--------GT--TTAAAGGTT-T---AG--------AC--ATAGT-A-----CCCC-TTC---C-----T----A--TA----T------A-TAATCCCTA-C--AAT----------TG-----TCCC---TTACAG------TTCT-GAA-TAAATTGACAAATCATG----GGAA-----TAAAT--CGCGTTCCA-T---A-tactg
gi|12 : -AC------T-----T---G---A-----TACA-AACA----A--A-A---ATACCAATGAATGCAT--------A---CAGCT-----------T-----T---T---GGC-------------T---TAGGTTGG-TTTTAATAAGTATAA-----A------T-GCA------------A-A-A-TT-CGT---CCA----AACA-------G---AA-AAAAA-A-CCCAACAACAACATACATT-----TCT---------GTG-AT--------GT--TCAAAATAT-G---AA--------GT--ATATT-A-----Ctcg
gi|13 : atataaaggcatctttaggatG-A-TTT-GGTA----AT---TT-----TTT---------ATG-CT--------GTAAT-AAAAGTT-----AA--------ATTTATATC-ATTCACCCCC-C-C---C-----T----A--TA----T------G-T------TA-CGGAAT--------A-TT-----TCCC---TC-CTG------TTT---GGCTTGATT-AGAAAGCTCT----GCAA-----TAACT--TCCACTCCA-C---A-C-GGAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--ACA------T----TCTC-----A-ACATA----ATT---TG--A---------------TTT-T----CATT--TTCA---------tggtacatatactagtacccctccctata
gi|14 : -----TA-A-TACA----A--A-A---A----TATAGATGCTTGGGTTG--G---TATGTACATAATGTATT-----T---T---GGT-------------T---TCGCTTTG-ATGTAATAGGTGC-A---------------CGGATA--------G-A-T-TT-CTT---TTA----AAGCA--T---ATTTAT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TCT---------ATG-AT--------GT--TCAAAGATT-C---AA--------AT--ATATTCA-----TCTT-A-C---T-----T----A--TA----tcaaatatt
gi|15 : aaggcactACA----A--A-A---C----AATGGATGCATGAGTTG--A---TGTATA----------TTTTCAT---T---GGC-------------T---TAGTTTGG-TTGTAATAAAT----------------T-AC--ATG------TGA-A-A-AT-CCT-----------AAAA--TTGGG---GG-GAGGGTG-TTT-GT-A----AT---TT-----TTT---------
gi|16 : tagttatagttacactcatctcctaaggataccttctcgctcggg------C-TA-----TA-C--AA----------ATT-----TCAC---CCGCAG------TTTC-GGA-----TCGGGAAATTTTG----AGAA-----TGAAT--AACATTCCA-T---A-G-G-------GTATTCA-TT-T-------T--AA-------G----TATA-----A-A---A----ACA---TA--AAGTTT---------GTTT-T----CATT--TTCATCATTT---AAAAAA---
gi|17 : tacttgtccaactctgaa-----A------T-ACAATTA------CGA-A-A-TT-CCT---TGA----AAAAA--T---A---AT----GG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----CTT---------ATG-AT--------GT--TCA
gi|18 : t-AAGGG-A-TCT-GTAA----AA---TT-----TAT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------AT--ATA
gi|2 : TACAGAATAAAT---AGTA-AGCACTAGTA-AT------TCGTTAT---A---A-----TG-A-AATA----A--ACA---A----AACGAATGTATGGGTTG--A---TAAATA----------T-----T---T---GGGGGGGGGGGGGGGAT---TAATATAG-TTGTAATAACTAC-ATT---G------T-ACAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TTA----AAAAA--T---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TCT---------ATG-AT--------GT--CCTAAAGTT-G---AA--------CC--ACATT-A-----CCCC-CAC---C-----T----AC-TA----CATGTGGCATA-----TA-T--AATTCTAC---ACTT-----TCCT---CCACTG------CCTT-GGACTTAATTCAGAGGTCATG----GGCA-----TGAAT--CACATTCCAGT---A-G-ATGAACA-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----GCT---TA--AA---C---------GTTT-C----CATT--TTCA---------AAAAAA---AAAATTTAAAAGGGGTTGTTTTTAGCAAGTGTCGTTAAGAT--CATGTTGAA--TTTCAgaacc
gi|3 : TAGATGCACACATAACATCAGTA-ACCTTCCTT----ATTCAG---AACACTTA-A-CACA----A--T-G---A----ATTGGATGCATGAGTTG--A---TAGGTA----------T-----TGTTT---GGT-------------T---TCGTTTGA-TTGTAAAAAGTAC-A-----G------------ATA------T-A-A-AGTT-CCT---T-------AAAA--C---G---A---AGGG-A-CT--GTAC----AT---TT-----TTT---------ATC------------T--TCAAA--TT---------------AC---TAGT-A-----CCCC-T-C---C-----C----A------------------A-----TA-C--AATTTTATGGAAATT-----TTCT---ACACTC------TCTA-AGACGTAATCCAGATAT--------GGCA-----TTAAT--TACTTTTCA-T---ACG-GCAAATT-AAATTTA-CT-TAT-----T--AG-------T----TATA-----A-A---A----ATA---TA--GG---T---------GGTT-T----T-TT--TTTA---------TATAAA---AGAAT----------TTGTTGGTAGAAAGTTTCGTTAAGGTAGC-TG-TGAATCTTTCAtatatacatgtt
gi|4 : tagatgATGAAGCAA-AACA-----A-A-------T----AT---A---A-----TA-A-AA---------A-T---A----AATAGATGCATCGGCCG--A---T---------------T-----T---G---GGC-------------T---TACTTTGA-TTCTAATAAGTAC-A-----A------------ATA------T-A-C-C-TC-CGC---CCAGATTAAAAA------G---AT-AAGGA-A-CTT-GCAT----TG---TT-----TTT---------ATC-GT--------GT--TCGATAGTC-G---AA------------ATACC-C-----CCCT-C-C---C-----TTAAAA--AA----T------C-TA-----TA-T--A----------AATT-----TTCC---CCACTT------TTTT-AGACATGATTTAG-AATCATA--------------AAAT--TATATCCTG-T---A-C-AGAAACTGGCATTCA-TTGTGTACATGT--AT-------T----TATA-----AGA---A----AAT---CAATAA---A---------GTTT-T----CATT--TTCATCGGGTTT-GAAAAACGTGAAA-----------TTATTTGTAGTAAGTTTCGTAAA
gi|5 : gAATAAAAAAAATAA-AAAATAAATA-AA-----------AC---GCGAA-----TA-ACAATA----A--T-G---A----AATGGATGCATGGATTA--A---TTGA---------------------------GC-------------T---TAGCTTAGCTTGTAATTAGCGC-A-----A------T-T--AATAGCTGATT-A-A-A-AT---------A----ATAAA--A---G---A--AAGGG-A-ATT-GTAC----AT---TT-----TTT---------ATG-ATACATGAGTGT--TCAGAAGTT-G---AA--------AT--AGTTT-A-----ACCC-------------T----A--TAAC--T------C-TA-----TA-C--AA---------AATT-----TCCCAGTCC-CTGGTCTGTTTTT-GGACTTAATTGTGAAATCATC----GGAG-----TCACG--TACATTCCA-TATAA-G-GTAAATT-GTATTAA--T-T-------C--AC-------T----TATA-----A-G---A----AATAAATA--TA---C----------TTT-T----CATT--TTCA---------acatacattgtcatgtcagacattt
gi|6 : ttaaactaataataataaaatACAAAATAAATAAAAAGA-ATTATAAATA-A------------AT---G---A------A-A-AATA----A--A-ATAAA----AATGGATGCATGGGCTGATA---TAAATA----------T-----C---T---ATC-------------A---TAGTCCGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------TCACA-------------------T-CAT---TC-----ACATA--C---G---AA-AGGGG-A-TTT-GTAA----A----TT-----TAT---------ATG-AT--------GT--TTAAAAGTT-G---AG--------AT--GCACT-A-----CCCC-T-C---TACAGAT----A--AA----T------G-TA-----TA-C--AA---------AATG-----TCCC---GCATTG------TTTTAAGACTTAACTGTATAATCATGCATTGGGA-----TAAACCATACATTCTA-T---GCG-GTGAGCT-GTATTCA-TT-T-------A--AC-------T----TCTA-----A-A---AACATATT---TG-----------------GTTT-T----CATT--TTCA---------tcattgt
gi|7 : ttgataccaaaaaTATAGACTAAATGAAAATA-AACTCAAGGACAC------T----AT---G---A-----TAGA-AACA----A--G-A---A----AATTAATGTATG--TTG--A---TATATG----------T-----T---TTCTGGC-------------T---TAGTTTAA-TCGTCATAA-T----------------C-ACAAATA------T-A-A-A-ATACCT----------AAAAA--T---A---AT-AAGTG-A-CTT-GTAA----AC---TT-----TTT---------ATG-AT--------GT--TTAAACGTTGG---AA--------AT--ATG----------CCT-C-C---C-----G----A--TA-------------TA------A-C--TGT--------ATTT-----TTCC---ACATTG---------------------GAG-AATTATG----GGAA-----TAAAA--TACAGTCCA-T---ACA-GTATATT-GTATTTA-TT-G-------T--ACATTGTAGT----TAAA-----A-A---A----AAT---AAC-AA---CAGAA-----ATTCAT----CATT--TTGA---------AAAAAA---AA--------------TGTTTCTAGCAAGTGTTGTtcaattgttttttg
gi|8 : aagAAAA--T---A---ATTAAATA-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TCA---------ACG-AT--------GT--TAAAAAGTT-GTGAAA--------AT--TAATT-C-----CTCT-C-T---C-----T----ATCTAAC--T------T-TA-----TA-C--A----------AATT-----TTCT---CCCTTG------TTTC-------------GAAATCAAG----GGAA-----TTAAT--TAAATTCCA-T---A-GAGTAAATT-GTATTTA-TA-C-------T--ACATA----T----TGTATCTATA-A---A----ACA---TA--TA---TCCA------GTTT-TTTTCCATTAGTTTA---------GAGAAA---A----------------GTTTATAGC
gi|9 : gtagatcaatatattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtaaaaaatctgGTAGTAAGTAC-A-----AA-----T-ACATATA------T-A-AGA-TT-CCT---TCA----AAA--------G---AT-AAAGG-A-TTT--TAT-----T---TT-----TTT---------ATG-GA--------GT--TT----GCT-G---AAC-------ATTTATATT-A-----CTTC-T-CACTT-----T----A--GA----A------T-TA-----TATC--AA---------AATT-----ATCC---CCACGG------TTTA-GAATTGTATTGAGGACTCTTG----GGAATGAATTAAAT--CACACTTCA-T---A-----AAACT-GAATTCA-TT-T-------TAAAC-------T----TATA-----A-A---G----CATGTCTA--AA---TATGTATTTAGCTT-T----CATT--TTCATCATTTCTGAAAAAA---AAAta
blockSeqs : G GT T CT T C CCTTCCTTATTCAGAACACT AG CTTGATTAAA AT CGT ATGTACATAATGTATTTT GGGGGGGGGGGGA . C A AAACTACTACAAATACATAATTCCTAAACCAAAAAAAATG TT T . A CAAC ACA . TTATAGTAC T ACATGAGT AA GTGA ATACTAGT TT ATTCAC CACCTACTACATGTGGCATATATAATTCTAC G . AGT A GTCTGT TAAGACTTA TGT A CATT TGAAT CA G ATA CG G G . G GTACATGTATT TCTAT G CAT CATGTCTAAATATGTATTTA A TTTC AG TCGGGTTTGAAAAACGTGAAAT G T AGC . TC
blockSeqs : G AC . TC T . TTCGTTATAA CA AAAATACC . . GTATATTTTCATT . . . . TTGTACAAATATAAATTCCTTTAAAAAATG T T . . . . . . . . . GG C TT CA TTCCTATATATAATCCCTACAAT A . . A . TGGACTTA TGA A . . . . . CG T . . . TACATTGTAGT . . . AATAACAACAGAA . . . TATAAAAGAATT G T
blockSeqs : A CA . TA T . AACGCGAA AC AAATAAA . . AGGTATTGTTT . . . . ATACAATTACGAAATTCCTTGAAAAAATA A . . . . . . . . . . G . . A TCTACAGATAAATGTATACAA C . . G . AAGACGTA CGG A . . . . . CA C . . . TACATAT . . . ACATAAAGTTT . . . AAAAAAAA C G
blockSeqs : A TA . TA T . CTATGA GA AACAA . . ATATGTTTTCT . . . . CGGATAGATTTCTTTTAAAGCATATTT A . . . . . . . . . . T . . A TCCCAATACAATTTTATGGA A . . A . TAGACATG TCA A . . . . . GA G . . . ATTAGT . . . AATAAATATAC . . . GAGAAAA A
blockSeqs : G AG . CA G . CTTGA A AAAA . . AAATCTTTA . . . . ATTAATAGCTGATTAAAATAATAAAAG T . . . . . . . . . . G . . A TCACTTTAGAATTATATCAA A . . A . TGGACTTA CCA A . . . . . C T . . . TAAACT . . . ACATATATCCA . . .
blockSeqs : AT . . . . TATAA A AAAC . . TGACTTTT . . . . AATACATATATAAGATTCCTTCAAAAG G . . . . . . . . . . C . . A CCCTTAAAAAATCTATATA A . . A . AGAATTGT TTA A . . . . . G T . . . TACAT . . . AATCAATAAA . . .
blockSeqs : . ATGA A ATGA . . AAATATTT . . . . AATATACCTCCGCCCAGATTAAAAAG T . . . . . . . . . . G . . A CTCTATCTAACTTTATACA A . . A . TGAATAA TGT A . . . . . G T . . . TAAG . . . ACATATTTG . . .
blockSeqs : A ATGA . . AAATATCT . . . . TACATGTGAAAATCCTAAAATTGGG T . . . . . . . . . . G . . C TCCCTATAATTCTACACA T . . A . TAGTTC TGT T . . . . . C T . . . TACT . . . GCTTAAAC . . .
blockSeqs : A AGAA . . AGCTTTT . . . . CACAAATATAAAATACCTAAAAATA T . . . . . . . . . . G . . A CCCTATATGTTACGGAAT A . . C . GGCTTG TGA A . . . . . G . . . . CACT . . . ATATAGGT . . .
blockSeqs : ATA . . TTG . . . . TGTATATGCACATATATATTTTT A . . . . . . . . . . G . . A TATAACTCTATACAA A . . A . CGGA TA G . . . . . . . . . . AACT . . . ATTTGA . . .
blockSeqs : . . TGA . . . . ATGCAAAATTCGTCCAAACAG T . . . . . . . . . . G . . C CCCGATATAACTGT . . . . . C GA . . . . . .
blockSeqs : . GATATAAAGTTCCTTAAAACG T . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . .
blockSeqs : ATCACATCATTCACATACG . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : CTATGA********************* AGATNTTT********************* *** ***** A****** ***** CGGACTTA* TGA CG* TACT******************** TAAAAAAAAT************************
originalCons : TACAGAATAAATGAAANNA-AACATAAGTA-AC------T----AT---G---A-----TA-A-AACA----A--A-A---A----AATGGATGCATGGGTTG--A---TANATA----------T-----T---T---GGC-------------T---TAGTTTGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------T-ACAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TCA----AAAAA--T---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TTT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------AT--ATATT-A-----CCCC-C-C---C-----T----A--TA----T------C-TA-----TA-C--AAT--------AATT-----TCCC---CCACTG------TTTT-GGACTTAATTGAGAAATCATG----GGAA-----TAAAT--TACATTCCA-T---A-G-GTAAATT-GTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----ANT---TA--AA---C---------GTTT-T----CATT--TTCA---------AAAAAA---AAAAT----------TTGTTTNTAGCAAGTNTCGTTAAGGTAGCATGTTGAATCTTTCA
finalCons : TACAGAATAAATGAAANNA-AACATAAGTA-ACTATGA---------------------TA-A-AACA----A--A-A---A----AATGGATGCATGGGTTG--A---TAGATNTTT---------------------GGC-------------T---TAGTTTGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------T-ACAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TCA----AAAAA--T---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TTT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------AT--ATATTA------CCCC-C-C---C-----T----A--TA----T------C-TA-----TA-C--AAT--------AATT-----TCCC---CCACTG------TTTCGGACTTA-ATTGAGAAATCATG----GGAA-----TAAAT--TACATTCCA-T---ACG-GTAAATT-GTATTCA-TT-TTACT--------------------TATA-----A-A---A----ANT---TA--AA---C---------GTTT-T----CATT--TTCATAAAAAAAAT------------------------TGTTTNTAGCAAGTNTCGTTAAGGTAGCATGTTGAATCTTTCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AAGGTCAAATATACCGTCTCTAAAAATCAAAATA
Alignments
lowQualScore : 444444444444444444444444444 111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 1111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222 111 222222222222222222222222 55555555555555555555555555555 5555555555555555555555555555555555555555555 2222 1 11
lowQualScore : 3 22 5 33 4 5 666666666666666666666666666 999 000000000000000000 44 555 44444444444444444444444444444444444444444444444 3 2 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 4 2 2 5555 444 55555 999999999 2 99999999 33 0 77777 22222222 77 0 0000000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 77777 555 3 888888 555555555 666 1 7777 88888 44 3 222 5 3 3 666666666666666666666666 99999 3 666 99999999999999999999999999999 3 3 1111111111111111111111111111111111111111111 1 1 3333 5 88
lowQualScore : . .. . .. . . ........................... ... .................. .. ... ............................................... . . . .................................................................. .. . . . .... ... ..... ......... . ........ .. . ..... ........ .. . ....... ........................................................... . ..... ... . ...... ......... ... . .... ..... .. . ... . . . ........................ ..... . ... ............................. . . ........................................... . . .... . ..
lowQualScore : 7 00 7 99 9 0 000000000000000000000000000 444 555555555555555555 66 888 88888888888888888888888888888888888888888888888 3 7 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 88 7 4 4 0000 111 99999 444444444 5 11111111 44 2 33333 33333333 33 1 1111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 77777 444 4 888888 555555555 111 7 1111 33333 66 3 444 8 6 6 333333333333333333333333 11111 6 444 55555555555555555555555555555 6 6 6666666666666666666666666666666666666666666 0 0 5555 5 00
consensus : TACAGAATAAATGAAANNA-AACATAAGTA-AC------T----AT---G---A-----TA-A-AACA----A--A-A---A----AATGGATGCATGGGTTG--A---T-----A-------GATGT-----T---T---GGC-------------TTAGTTTGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------T-ACAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TCA----AAAAA--T---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TTT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------AT--ATATT-A-----CCCC-C--C---C-----T----A--TA----T----C-TA-----TA-C--AAT--------AATT-----TCCC---CCACTG------TTTT-GGACTTAATTGAGAAATCATG----GGAA-----TAAAT--TACATTCCA-TAC--GGTAAATTGTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----ANT---TA--AA---C---------GTTT-TCATTTT-CA------T--------AA---AAA----AAA------------TTGTTTNTAGCAAGTNTCGTTAAGGTAGCATGTTGAATCTTTCA
Reference ( family-3296 ) : TACAGAATAAATGAAANNA-AACATAAGTA-AC------T----AT---G---A-----TA-A-AACA----A--A-A---A----AATGGATGCATGGGTTG--A---T-----A-------GATNT-----T---T---GGC-------------TTAGTTTGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------T-ACAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TCA----AAAAA--T---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TTT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------AT--ATATT-A-----CCCC-C--C---C-----T----A--TA----T----C-TA-----TA-C--AAT--------AATT-----TCCC---CCACTG------TTTC-GGACTTAATTGAGAAATCATG----GGAA-----TAAAT--TACATTCCA-TAC--GGTAAATTGTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----ANT---TA--AA---C---------GTTT-TCATTTT-CA------T--------AA---AAA----AAA------------TTGTTTNTAGCAAGTNTCGTTAAGGTAGCATGTTGAATCTTTCA
gi|1 : ---A-----TA-C-AACA----G--A-A---A----A-TTGATGCATGGATTG--A---TCTTATA-------GG-GT-----T---T---AA---------------TAGCTTGG-TTGTAAAAAG----------A--------ACAAATA------T-A-A-AATT-CCT----------AGAAA----------GT-AAAGG-ATCTT-TGAA----AT---TTCAGAATCT---------ACG-AT--------TT--TAAAAAGTT-G---GA--------AT--ATATT-GT----CCCT-C--C---C-----T----A--TACAACT----C-TA-----TA-C--A----------AATTATCCCCCCC---CCCCTG------TTCT-GGAC---AT----AAATCAGG----GGAA-----CAAAT--TACACTCCA-TAC--AATAACTTGTATTCATTT-T-------T--AC-------TTTAATATA-----A-A---A----ACA---TA--AA---TATA------GTTT-TTGTTTT-C
gi|10 : tgtatttcattacaaaaagtattcaacacagcttactccaggacagcttAACAA-AATATAAG---GC------TGC--AT---A---T-----TA-AGAACACTTGATTA-A---A----AATAGATGCACAGGTTG--A---T-----A-------AATCT-----T---TA--GGC-------------TTGGTTTGG-TTATAGTAGGTAC-ATGTATA------T-GCACATA------T-A-T-A-TT-TTT-------------------------AT-AAAGGTA-CAT-GTCA----AT---TT-----TCT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AAATACTAGTAT--ATATT-A-----CCCCTC--C---C-----T----A--TAAT--T----C-TA-----CA-C--A----------AGTT-----TTCC---CCAGTT------TTTT-AG--TTCATTGTGAttcatttttggggcggggggtcgttttcaaaaaagattttttttttttgagcaagtgttgttcaataaattgtttttaataataatccaata
gi|11 : atttgataaaacttcaatc--A-A---T----AATGAA-GCATAGATTG--ACGTT-----T-------GACTT-----T---T---GGC-------------TTAATTTGG-TGGTAATGAGTAC-A-----AAACTACT-ACAAATA------C-ATA-A-TT-CCTAAACCA----AAAAAAAT---G---AA-AAATG-A-CTT-GTAG----AT---TT-----TTTTTATAGTACATATAT--------GT--TTAAAGGTT-T---AG--------AC--ATAGT-A-----CCCC-TT-C---C-----T----A--TA----T----A-TAATCCCTA-C--AAT----------TG-----TCCC---TTACAG------TTCT-GAA-TAAATTGACAAATCATG----GGAA-----TAAAT--CGCGTTCCA-TAtactg
gi|12 : -AC------T-----T---G---A-----TACA-AACA----A--A-A---ATACCAATGAATGCAT--------A---C-----A-------GCT-T-----T---T---GGC-------------TTAGGTTGG-TTTTAATAAGTATAA-----A------T-GCA------------A-A-A-TT-CGT---CCA----AACA-------G---AA-AAAAA-A-CCCAACAACAACATACATT-----TCT---------GTG-AT--------GT--TCAAAATAT-G---AA--------GT--ATATT-A-----Ctcg
gi|13 : atataaaggcatctttaggatG-A-TTT-GGTA----AT---TT-----TTT---------ATG-CT--------GTAAT-AAAAGTT-----AA--------ATTTATATC-ATTCACCCCC-C--C---C-----T----A--TA----T----G-T------TA-CGGAAT--------A-TT-----TCCC---TC-CTG------TTT---GGCTTGATT-AGAAAGCTCT----GCAA-----TAACT--TCCACTCCA-CAC--GG-AAATTGTATTCA-TT-T-------T--ACA------T----TCTC-----A-ACATA----ATT---TG--A---------------TTT-TCATTTT-CA------T--------CA---AAtggtacatatactagtacccctccctata
gi|14 : -----TA-A-TACA----A--A-A---A----TATAGATGCTTGGGTTG--G---T-----ATGTACATAATGTATT--T---T---GGT-------------TTCGCTTTG-ATGTAATAGGTGC-A---------------CGGATA--------G-A-T-TT-CTT---TTA----AAGCA--T---ATTTAT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TCT---------ATG-AT--------GT--TCAAAGATT-C---AA--------AT--ATATTCA-----TCTT-A--C---T-----T----A--TA----tatt
gi|15 : aaggcactACA----A--A-A---C----AATGGATGCATGAGTTG--A---T-----G-------TATATTTTCAT---T---GGC-------------TTAGTTTGG-TTGTAATAAAT----------------T-AC--ATG------TGA-A-A-AT-CCT-----------AAAA--TTGGG---GG-GAGGGTG-TTT-GT-A----AT---TT-----TTT---------
gi|16 : tagttatagttacactcatctcctaaggataccttctcgctcggg----C-TA-----TA-C--AA----------ATT-----TCAC---CCGCAG------TTTC-GGA-----TCGGGAAATTTTG----AGAA-----TGAAT--AACATTCCA-TA---GG------GTATTCA-TT-T-------T--AA-------G----TATA-----A-A---A----ACA---TA--AAGTTT---------GTTT-TCATTTT-CA------T--------CATTTAAA----AAA------------
gi|17 : tacttgtccaactctgaa-----A------T-ACAATTA------CGA-A-A-TT-CCT---TGA----AAAAA--T---A---AT----GG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----CTT---------ATG-AT--------GT--TCA
gi|18 : t-AAGGG-A-TCT-GTAA----AA---TT-----TAT---------ATG-AT--------GT--TCAAAAGTT-G---AA--------AT--ATA
gi|2 : TACAGAATAAAT---AGTA-AGCACTAGTA-AT------TCGTTAT---A---A-----TG-A-AATA----A--ACA---A----AACGAATGTATGGGTTG--A---T-----A-------AATAT-----T---T---GGGGGGGGGGGGGGGATTAATATAG-TTGTAATAACTAC-ATT---G------T-ACAAATA------T-A-A-A-TT-CCT---TTA----AAAAA--T---G---AT-AAGGG-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TCT---------ATG-AT--------GT--CCTAAAGTT-G---AA--------CC--ACATT-A-----CCCC-CACCTA-C-----T----A--CA----TGTGGCATA-----TA-T--AATTCTAC---ACTT-----TCCT---CCACTG------CCTT-GGACTTAATTCAGAGGTCATG----GGCA-----TGAAT--CACATTCCAGTA---GATGAACAGTATTCA-TT-T-------T--AC-------T----TATA-----A-A---A----GCT---TA--AA---C---------GTTT-CCATTTT-CA------A--------AA---AAA----AAAATTTAAAAGGGGTTGTTTTTAGCAAGTGTCGTTAAGAT--CATGTTGAA--TTTCAgaacc
gi|3 : TAGATGCACACATAACATCAGTA-ACCTTCCTT----ATTCAG---AACACTTA-A-CACA----A--T-G---A----ATTGGATGCATGAGTTG--A---T-----A-------GGTAT-----TGTTT---GGT-------------TTCGTTTGA-TTGTAAAAAGTAC-A-----G------------ATA------T-A-A-AGTT-CCT---T-------AAAA--C---G---A---AGGG-A-CT--GTAC----AT---TT-----TTT---------ATC------------T--TCAAA--TT---------------AC---TAGT-A-----CCCC-T--C---C-----C----A----------------A-----TA-C--AATTTTATGGAAATT-----TTCT---ACACTC------TCTA-AGACGTAATCCAGATAT--------GGCA-----TTAAT--TACTTTTCA-TAC--GGCAAATTAAATTTA-CT-TAT-----T--AG-------T----TATA-----A-A---A----ATA---TA--GG---T---------GGTT-TTTTTTTATA------T--------AA---AAG----AAT------------TTGTTGGTAGAAAGTTTCGTTAAGGTAGC-TG-TGAATCTTTCAtatatacatgtt
gi|4 : tagatgATGAAGCAA-AACA-----A-A-------T----AT---A---A-----TA-A-AA---------A-T---A----AATAGATGCATCGGCCG--A---T-----------------T-----T---G---GGC-------------TTACTTTGA-TTCTAATAAGTAC-A-----A------------ATA------T-A-C-C-TC-CGC---CCAGATTAAAAA------G---AT-AAGGA-A-CTT-GCAT----TG---TT-----TTT---------ATC-GT--------GT--TCGATAGTC-G---AA------------ATACC-C-----CCCT-C--C---C-----TTAAAA--AA----T----C-TA-----TA-T--A----------AATT-----TTCC---CCACTT------TTTT-AGACATGATTTAG-AATCATA--------------AAAT--TATATCCTG-TAC--AGAAACTGGCATTCA-TTGTGTACATGT--AT-------T----TATA-----AGA---A----AAT---CAATAA---A---------GTTT-TCATTTT-CA------TCGGGTTTGAA---AAACGTGAAA------------TTATTTGTAGTAAGTTTCGTAAA
gi|5 : gAATAAAAAAAATAA-AAAATAAATA-AA-----------AC---GCGAA-----TA-ACAATA----A--T-G---A----AATGGATGCATGGATTA--A---T-----T-------GA-----------------GC-------------TTAGCTTAGCTTGTAATTAGCGC-A-----A------T-T--AATAGCTGATT-A-A-A-AT---------A----ATAAA--A---G---A--AAGGG-A-ATT-GTAC----AT---TT-----TTT---------ATG-ATACATGAGTGT--TCAGAAGTT-G---AA--------AT--AGTTT-A-----ACCC--------------T----A--TAAC--T----C-TA-----TA-C--AA---------AATT-----TCCCAGTCC-CTGGTCTGTTTTT-GGACTTAATTGTGAAATCATC----GGAG-----TCACG--TACATTCCA-TATAAGGTAAATTGTATTAA--T-T-------C--AC-------T----TATA-----A-G---A----AATAAATA--TA---C----------TTT-TCATTTT-CA------T--------acatacattgtcatgtcagacattt
gi|6 : ttaaactaataataataaaatACAAAATAAATAAAAAGA-ATTATAAATA-A------------AT---G---A------A-A-AATA----A--A-ATAAA----AATGGATGCATGGGCTGATA---T-----A-------AATAT-----C---T---ATC-------------ATAGTCCGG-TTGTAATAAGTAC-A-----A------TCACA-------------------T-CAT---TC-----ACATA--C---G---AA-AGGGG-A-TTT-GTAA----A----TT-----TAT---------ATG-AT--------GT--TTAAAAGTT-G---AG--------AT--GCACT-A-----CCCC-T--C---TACAGAT----A--AA----T----G-TA-----TA-C--AA---------AATG-----TCCC---GCATTG------TTTTAAGACTTAACTGTATAATCATGCATTGGGA-----TAAACCATACATTCTA-TGC--GGTGAGCTGTATTCA-TT-T-------A--AC-------T----TCTA-----A-A---AACATATT---TG-----------------GTTT-TCATTTT-CA------T--------------------CAA------------TTGTTTTTcattgt
gi|7 : ttgataccaaaaaTATAGACTAAATGAAAATA-AACTCAAGGACAC------T----AT---G---A-----TAGA-AACA----A--G-A---A----AATTAATGTATG--TTG--A---T-----A-------TATGT-----T---TTCTGGC-------------TTAGTTTAA-TCGTCATAA-T----------------C-ACAAATA------T-A-A-A-ATACCT----------AAAAA--T---A---AT-AAGTG-A-CTT-GTAA----AC---TT-----TTT---------ATG-AT--------GT--TTAAACGTTGG---AA--------AT--ATG----------CCT-C--C---C-----G----A--TA-----------TA------A-C--TGT--------ATTT-----TTCC---ACATTG---------------------GAG-AATTATG----GGAA-----TAAAA--TACAGTCCA-TAC--AGTATATTGTATTTA-TT-G-------T--ACATTGTAGT----TAAA-----A-A---A----AAT---AAC-AA---CAGAA-----ATTCATCATTTT-GA---------------AA---AAA----AAA-------------TGTTTCTAGCAAGTGTTGTtg
gi|8 : aagAAAA--T---A---ATTAAATA-A-CTT-GTAA----AT---TT-----TCA---------ACG-AT--------GT--TAAAAAGTT-GTGAAA--------AT--TAATT-C-----CTCT-C--T---C-----T----ATCTAAC--T----T-TA-----TA-C--A----------AATT-----TTCT---CCCTTG------TTTC-------------GAAATCAAG----GGAA-----TTAAT--TAAATTCCA-TAG--AGTAAATTGTATTTA-TA-C-------T--ACATA----T----TGTATCTATA-A---A----ACA---TA--TA---TCCA------GTTT-T--TTTC-CATTAGTTT--------AG---AGA----AAA--------------GTTTATAGC
gi|9 : gtagatcaatatattttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagtaaaaaatctgGTAGTAAGTAC-A-----AA-----T-ACATATA------T-A-AGA-TT-CCT---TCA----AAA--------G---AT-AAAGG-A-TTT--TAT-----T---TT-----TTT---------ATG-GA--------GT--TT----GCT-G---AAC-------ATTTATATT-A-----CTTC-T--CACTT-----T----A--GA----A----T-TA-----TATC--AA---------AATT-----ATCC---CCACGG------TTTA-GAATTGTATTGAGGACTCTTG----GGAATGAATTAAAT--CACACTTCA-TA------AAACTGAATTCA-TT-T-------TAAAC-------T----TATA-----A-A---G----CATGTCTA--AA---TATGTATTTAGCTT-TCATTTT-CA------TCATTTCTGAA---AAA----AAA------------ta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): AAGGTCAAATATACCGTCTCTAAAAATCAAAATA