lowQualScore : 333 1 1 111 111 22222 2222222 666666666666666666666666666 1111111111111 11111111 77777777777777777777777777777777777777 11 111111 22222222 111111 222222222222222222222 222222222222222222 1111 44444444444444444444444 44444444444444
lowQualScore : 4 3 33 5 2 2 2 22 2 2 2 5 2 333 55555 4444 2 2 33 55555 444 5 0 22 2 2 44 2 3 2 2 888 2 2 55 2 888888888888 44444 5555 2 2 4 5555 5555 2 1 5 2 2 2 0 2 999 44 2 2 888 2 77777 888888 3 3 6666666 2 33 2 2 2 2 2 0 33 5 3 2 333333333333333333333333333 99 2 3333333333333 2 2 55 2 4444 22222222 2 55555555555555555555555555555555555555 2 55 7 33 33 111111 99999999 111111 44 3 666666666666666666666 666666666666666666 888888 1111 2 33 44444444444444444444444 6 0 11 77777777777777 4 7777 55 4
lowQualScore : . . .. . . . . .. . . . . . ... ..... .... . . .. ..... ... . . .. . . .. . . . . ... . . .. . ............ ..... .... . . . .... .... . . . . . . . . ... .. . . ... . ..... ...... . . ....... . .. . . . . . . .. . . . ........................... .. . ............. . . .. . .... ........ . ...................................... . .. . .. .. ...... ........ ...... .. . ..................... .................. ...... .... . .. ....................... . . .. .............. . .... .. .
lowQualScore : 0 5 99 7 5 2 1 88 0 0 0 7 0 000 00000 2222 1 1 11 99999 444 0 5 99 0 0 88 0 8 0 0 111 0 1 00 1 888888888888 66666 0000 4 4 7 3333 3333 7 5 3 9 9 9 1 9 444 11 9 9 777 9 77777 888888 1 1 1111111 1 99 9 9 9 9 5 4 99 7 9 9 888888888888888888888888888 66 5 8888888888888 5 5 33 2 7777 88888888 2 44444444444444444444444444444444444444 5 33 3 77 77 555555 55555555 999999 22 1 222222222222222222222 777777777777777777 888888 9999 9 99 11111111111111111111111 6 3 99 55555555555555 4 7777 55 4
consensus : ACGTC-ACGGCGTCAGGC--ATAACTT-AGGTT-TAA-TA-TTTG--C-A-T-GCTCCGA-AACTG-T-----GCG----A-A-CAA--T-----ACA---ATTGCCTGANGTT--AT-T-TG--C-AT-GCTCCGA-AAC-T--GT-GCGA-A--CAA-TACAAA-CA-ATA-AAAGG--C--A----A-CA-AT-GCA----TGTTG----A-AGTTCTT-G-AT-GCCT-TCCA--TAAGAAAG-A-AA-TCTA--TA-GC---A-T------TTTTATTAGT-A-TT-G-NAAACAAAA--CA-A-CA-AGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGA-------G-C--------A--------AAT-GC-GAAC-------------AATCT-A-TAAATATTGC--CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA-------------CG-------------G-AA-CAG-GTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCATCGAA-CA------TCGA--AGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC--TA-A-GAAGC---------TT---GTTGAAATTGGAAGACATAATATTGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
Reference ( gi|1 ) : ACGTC-ACGGCGTTAGGC--ATAACTT-AGGTT-TAA-TA-TTTG--C-A-T-GCTCCAA-AAC---T-----GCG----A-A-CAA--T-----ACA---ATTTCCTGACGTT--AT-T-TG--C-AT-GCTCCGA-AAC-T--CT-GCGA-A--CAA-TACAAA-CA-ATA-AAAGG--C--A----A-CA-AT-GCA----TGTTG----A-AGTTCTT-G-AT-GCCT-TCCA--CAAGAAAG-A-AA-TCTT--TA-GC---T-T------TTTTATTAGT-A-TT-G-TAACCAAAA--CA-A-CA-AGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAAC-GGGA-------G-T--------A--------AAT-AC-GAAC-------------AATCT-A-TAAATATTGC--CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA-------------TG-------------A-AA-CAG-ATT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCATCAAA-CA------TCGA--AGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC--T--A-GAAGC---------TT---GTTGAAATTAGAAGACATAATATTGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|4 : ACGTC-ACGGCGTCAGGC--ATAACTT-AGGTT-TAA-TA-TTTG--C-A-T-GCTCCGA-AACTG-T-----GCG----A-A-CAT--T-----AAA---A
gi|21 : gcctgACGTC-ACGGCGTCAGGC--ATAACTT-AGGTT-TAA-TA-TTTG--C-A-T-GCTCCGA-AACTG-T-----GCG----A-A-CAA--T-----ACA---Aggcaactatgcatgttgaagttttgatgcctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaatgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|20 : tgACGTC-ACGGCGTCAGCA--ATATCTA-AGGTT-TAA-TA-TTTT--C-A-T-GCTC----------------GTC----A-G-CAA--T-----A---------TCTAAGGTTTAATAT-TGT-C-AT-GCTCCGA-AAC-T--GT-GCGA-A--CAA-TATAAC-AA-ATA-AAAGG--C--A----A-CA-AT-GCA----TGTTG----A-Aacattaaaaggcaacgatgcatgttgaaaattttgatgccttccataagaaacaaatctatagca
gi|14 : gcctgACGTCTACGGAATTAGGCCTATAACTTTAGGTTATAAATA-TTTG--C-ATT-GCTCCGA-AAC---T-----GTGCGGAG-A-CAA--T-----ACA---A
gi|22 : cctgACGTC-ACGGCGTCAGGC--ATAACTT-AGGTT-TAA-TA-TTTG--C-A-A-GCTCCGA-AACTG-T-----GCG----A-A-CAA--T-----ACA---Acacataaaaggcaacaatgcaaacgttttgaagttcttgatgcttccttagaaagaaatctatagcattttttaattttattaatattgaaaacacaaggcaacaaacagaag
gi|28 : ctgcctgACGTC-ACGGCGTCAGGC--ATAACTT-AGGTT-TAA-TA-TTTG--C-A-A-GCTCCGA-AATG--T-----GCG----A-A-CAA--T-----ACA---Aacaataaaaggcaacaatgcatttgcccctgctattggtatg
gi|26 : gcctgACATC-ACGGCGTTAGGC--AGCACCTAAGGTT-TAA-TA-TTTA--T-T-T-GTTACGA-AACTG-T-----GCG----A-A-CAA--TTATGAACA---ATTacaataaaaggaacaatggc
gi|35 : tgcctgACGTC-ACGGCGTCAGGC--ATAACTT-AGGTT-Taaaggcaacagta
gi|33 : ccctACGTC-ACGGCATCAGGC--ATA------------------TCTG--C-A-T-GCTCCGA-AAC---T-----GTG----
gi|37 : tgcctgACGTC-ACAGCGTCAGGC--ATAAC
gi|2 : tattgcctgCGGCGTCAGGC--ATAACTT-AGGTT-TAA-TA-TTTG--C-A-T-GCTCCGA-AACTG-T-----GCG----A-A-CAA--T-----AAA---A
gi|6 : GGCGTCAGGC--ATAACAT-AGGTT-TAA-TA-TTTG--C-A-T-GCTCCGA-AACTG-T-----GCG----A-A-CAA--T-----ACA---Aggcagttaacaatgcttgttgttcaaagtttttgatgccgtccataagaaagaaatctatagcatttttattagtattgaaaacaaaacaacaagtaaaaaggatcaatcaagcgggagtatgttgcaaatacgaactatctataaatattgcctgatgtcaccatttcagttcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagtccacttcatatgtaggtaaaactggtttgtttcgcgctaagaagcgtactgttgaaattggaagacatagtattgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacccggg
gi|10 : GC--ATAACTT-AGGTT-TAA-TA-TTTG--C-A-T-GCTCCGA-AACTG-T-----GTG----A-A-CAA--T-----ACA---Aacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaaatgtgtaatctacacccagggg
gi|7 : --ATAACTT-AGGTT-TAA-TA-TTTG--C-A-T-GCTCCGA-AACTG-T-----GCG----A-A-CAA--T-----ACA---Aaggtttaaaggattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|32 : CTA-AGGTT-TAA-TA-TCTG--CTA-T--CTCCGA-AACTT-T-----GCG------A-CAG--C-----ACA---acattaatccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataacaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatacgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtgcataacatggaacattccagtacatgcaaagttagttcaaggtcacaacatcgaagaggtccacttcataatgttggtttgtttcagcgcttaagaagttaattgttgaatgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|9 : tctgacgt-TAA-TA-TTTG--C-T-A-GCTCCGA-AACTA-T-----GCG----A-A-CAA--T-----
gi|12 : a-TAA-TAATTTG--C-A-T-GCTCCGATAAC---TGATTAGCG----A-ATCAA--T-----ACG---Attgaacaagcaaaggcaactatacatattgaagttattgatgtcttgcatgagagatatctccacagcatgtttttattaatattggtaacaaggcagcaagtaaaaatgattcatcaagcaggagtatgttgcaaatgcgaacaatctatgaatattgcctaatatcagcggaactcagaattcctttctaacgacgcaagtaaaataggtttaaatggaataatcattgacagggtaagtagcataatttataactg
gi|5 : catggccgagctcacggcA-TA-TTTGGCC-A-T-GCTCCGA-AACGTGT-----GCG----A-A-CAA--accaataaaggcccaacacatggcatggtgaaattcttggatggcctttcagtgatttaaataactatatattacccatctatcaacctttttctcacttaagtctctgaatctctctgaaagacaaacaacaagtaaaatgataatgttgcgagtgtgat
gi|3 : A-TA-TTTG--C-A-TTGCTCCGA-CAC---T-----GTG----G-A-AAA--T-----ACA---Aagaaacaataaaaggtaacaatgcatgttgagagttcttgatgccttcctaagaaatacaatctttagcattttttttattagtaattgaaaacgaggaaaacaacaatcaagcgggaggtaagtgtactatctataaatattgctgatgtcacggtaacaattccagtgaaaactggttcgtatcgcgcaagggagttcaggttgactcgcatacatccattagtcggtaaactgttttgtttcgcgctaaaaaagactgaaagagaacaataatacaaagattatgcaatatgtgtaacctgaacaacccgggggtg
gi|16 : gacgtgcaccggcgtccggcA-TA-TTTG--C-T-T-GCTCCGA-AGC---T-----GCG----A-A-CAacaatgcatgttgaagttttttatgccttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaagaagcttattgcagctagaatgtgtaatctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|8 : gcctgacgtacgggtcaggc-TTTG--C-A-T-GCTCCGA-ATG---T-----GCG----ACA-CAA--T-----ACA---Ataaacggcaacaatgcatgttgaaattcttgatgcttcatcagctaagaaatcctatagcattttttattagtaattgaaacagagcataaataaaaatgataaatctcagcgggagtatgttgcgaa
gi|7 : gcctgacgtcacgcggtccaatggggggcataacG--C-A-T-GTTGCAA-A-----T-----ACG----A-A-CAATCT-----ATAAATATTGCCTGATGTC--AC-TGTG--C-AT-caatataaaggctaaacaatggcatgttgaaatcttgaatgcttgttcaataaagaaagaaatctgagcatttttaattgtattgaaaacgagcaacaagtaaaatgataaatcaagcggggagtatgttgcgaatgtgatcaattataatagtgcctggttgaatgcgcaaagttcaagcctatcgacgagccacttcattgtaggtaaaactggtcagttttgcgcaatagaagc
gi|2 : ataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacaatacaaacattaatccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataacaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggaT--AT-T-TG--C-AT-GCTCCGA-AAC-T--GT-GCGA-A--CAA-TA------------AAAGG--C--AGTTAA-CA-AT-GCT----TGTTGTTCAA-AGTTTTT-G-AT-GCCG-TCCA--TAAGAAAG-A-AA-TCTA--TA-GC---A-T------TTTTATTAGT-A-TT-G-AAAACAAAA--CA-A-CA-AGTA-AAAAGGATCAA--TC-AAGC-GGGA-------G-TATGTTGC-A--------AAT-AC-GAAC-------------TATCT-A-TAAATATTGC--CTGATG-TCAC----CAT---------------------------------------------------TT-CA-GT-TC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA------TCGA--AGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC--TA-A-GAAGCGTA------CT---GTTGAAATTGGAAGACATAGTATTGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGGaacatggaacattccagtacatgcaaagttagttcaaggtcacaacatcgaagaggtccacttcataatgttggtttgtttcagcgcttaagaagttaattgttgaatgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|4 : cggcgtcaggcataacttaggtttaaT--AT-T-TG--C-AT-GCTCCGA-AAC-T--GT-GCGA-A--CA--T----------TA-AAAGG--C--A----A-CT-AT-GCA----TGTTG----A-AGTT-TT-G-AT-GCCT-TTCA--TAAGAAAC-A-AA-TCTA--TA-GC---A-T------TTTTATTGGT-A-TT-T-AAAACATAA--AA-A-CA-AGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCATGTTG-C--------A--------AAT-AT-GAAC-------------AATCT-A-TAAATATTGC--CTGATG-TCAC----TGT--------A-ATA-------------TG-------------G-AA-C---ATT-CCAGTG-C--AT--GCAA----A-GTTCAATGTCATCGAA-CA------TCGA--AGA-TAC---------------------CACTTCAT------------------AAC------AGGTTTG----TTTC-TCGC--T--ATGAAGCTTA------TT---GTTGAAATg
gi|6 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaT--AT-T-TG--C-AT-GCTCCGA-AAC-T--GT-GCGA-A--CAA-TACA--------------------A----A-CA---------------------------TT-G-AT-GCCT-TCCA--TAAGAAAC-A-AA-TCTA--TA-GC---A-T------TTTTATTAGT-A-TT-G------AAAA--CATA-AA-AACA-AAAGGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCATGTTG-C--------A--------AAT-TC-GAAC-------------AATCT-A-TAAATATTGC--TTGATG-TCAC----TGTACAC----A-ACA-------------TG-------------G-AA-C---ATT-CCAGTG-C--AT--GCCA----A-GTTCTAGGTCATCGAA-CA------TCGA--AGA-GTC---------------------CACCTCAT------------------AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC--TA-A-GAAGCTTAAGCTGATT---GTTGAAATgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|5 : ggcgtcaggcataacataggtttaaT--AT-T-TGGCC-AT-GCTCCGA-AACGT--GT-GCGA-A--CAA--AGAAA-CA-ATA-AAAGG--T--A----A-CA-AT-GCA----TGTTG----AGAGTTCTT-G-AT-GCCT-TCC---TAAGAAAT-ACAA-TCTT--TA-GCATTT-T------TTTTATTAGT-AATT-G--------AA---A-A-CG-AGGA-AAAC--AACAA--TC-AAGC-GGGA-------GGT--------A--------AGT----GTAC-------------TATCT-A-TAAATATTGC---TGATG-TCAC----GGT--------A-ACAATTCCAG------TG-------------A-AAACTG-GTT-C--GTATC--GC--GCAAGGG-A-GTTC-AGGTT----GA-C-------TCGC--A----TA---------------------CA-TCCAT-TAGTCG-G--T-A----AAC------TGTTTTG----TTTC-GCGC--TAAA-AAAG---------------ACTGAAA-GAGAACA-ATAAT-------------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAACCTGAACAACCCGGgtgtaatctacacccagggg
gi|3 : aT--AT-T-TG--C-ATTGCTCCGA-CAC-T--GT-G-GA-A---AA-TACAAA-CA-AT-------------------------GCA----TGTTG----A-AGTTTTT-T-AT-GCCT-TCCA--TAAAAAAACA-AA-TCTC--TATGC---A-T------TTTTA---GT-A-TT---TGA--AAAA--TA-A-AACAGTG-AAAAGGATTAA--TCCAAGC-GGGA-------G-C--------ATTGTTGCTAAT-AC-GAAC-------------AATCT-A-TAAATAT-GCG-TTGATG-TCAC----TGT--------A-ACAC------------TG-------------G-AA-CC---TT-C--TCAGT--GCATGCAA----AAGTTCAAGGTCATCGAA-CA------TCGA--AGA-GTC---------------------CACTTCAT------------------AAC------T-GTTTG----TTTC-GCGC--TA-A-GAAGC---------TT---ATTGCAGCTAGAATGTGTAATgggtg
gi|7 : gacgtgcaccggcgtccggcaT--AT-T-TG--C-AT-GCTCCGA-AAC-T--GT-GCGA-------------A-CA-ATA-CAA------------A-CA---------------------------TT-A-AT-------CCA--TAAGAAAC-A-AA-TCTA--TA-GC---A-T------TTTTATTAGT-A-TT-G-AAAACATAA--CA-A-CA-AGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCATGTTG-C--------A--------AAT-AC-GAAC-------------AATCT-A-TAAATATTGC--CTGATG-TCACTGTGCAT--------A-ACA-------------TG-------------G-AA-C---ATT-CCAGTA-C--AT--GCAAAGTTA-GTTCAAGGTCAC--AA-CA------TCGA--AGAGGTC---------------------CACTTCATAATGT----------------------TGGTTTG----TTTCAGCGC--TTAA-GAAGTTAA------TT---GTTGAActacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|10 : ataacttaggtttaaT--AT-T-TG--C-AT-GCTCCGA-AAC-T--GT-GTGA-A--CAA-TACAAA-GG-TTT-AAAGG--tgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|9 : gcataacttaggtttaaT--AT-T-TG--C-TA-GCTCCGA-AAC-T--AT-GCGA-A--CAA-TTTGAA-CA-AGC-AAAGG--C--A----A-CT-AT-ACA----TATTG----A-AGTTATT-G-AT-GTCT-TGCA--T--GAGAG-A-TA-TCTCCACA-GCA--TGT------TTTTATTAAT-A-TTGG-TAA-CAAGG--CA-G-CA-AGTA-AAAATGATTCA--TC-AAGC-AGGA-------G-TATGTTGC-A--------AAT-GC-GAAC-------------AATCT-A-TGAATATTGC--CTAATA-TCAG----CGG--------A-ACattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|21 : ataaT--AT-T-TG--C-AT-GCTCCGA-AAC-T--GT-GCGA-A--CAA-TACAAA-CA-TTA-AAAGG--C--A----A-CG-AT-GCA----TGTTG----A-AAATTTT-G-AT-GCCT-TCCA--TAAGAAAC-A-AA-TCTA--TA-GC---tcagaattcctttctaacgacgcaagtaaaataggtttaaatggaataatcattgacagggtaagtagcataatttataactg
gi|14 : tgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaT--AT-T-TG--C-ATTGCTCCGA-AAC-T--GT-GCGG-AGACAA-TACAA--CACATA-AAAGG--C--A----A-CA-AT-GCAAACGTTTTG----A-AGTTCTT-G-AT-G-CT-TCC---TTAGAAAG-A-AA-TCTA--TA-GCA--T-TTTTTAATTTTATTAAT-A-TT-G-AAAACACAAGGCA-A-CA-AACA-GAAa
gi|16 : cctgacgtctacggaattaggcctataactttaggttataaaT--AT-T-TG--C-TT-GCTCCGA-AGC-T-----GCGA-A--CA-------------TA-AACGG--C--A----A-CA-AT-GCA----TGTTG----A-AATTCTT-G-AT-G-CT-TCAT--CAGCTAAG-A-AA-TCCTA-TA-GCA--T-T------TTTTATTAGTAA-TT-G--AAACAGAG--C--A-TA-AATA-AAAATGATAAA--TCTCAGC-GGGA-------G-T--------A--------g
gi|22 : gcctgacgtacgggtcaggcaT--AT-T-TG--C-AA-GCTCCGA-AAC-T--GT-GCGA-A--CAA-TACAAA-CA-ATA-AAAGG--C--A----A-CA-AT-GCA----T-TTG----tgttgcgaa
gi|28 : ctgcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaT--AT-T-TG--C-AA-GCTCCGA-AA--T--GT-GCGA-A--CAA-TACAAA-CA-ATA-AAAGG-----A----A-CA-AT-Gcccctgctattggtatg
gi|26 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaT--AT-T-TA--T-TT-GTTACGA-AAC-T--GT-GCGA-A--CAATTATGAA-CA-ATT-AAAGG--C--A----A-CA-GT-gc
gi|33 : tgcctgacatcacggcgttaggcagcacctaaggtttaaT--AT-C-TG--C-AT-GCTCCGA-AAC-T--GT-Ga
gi|32 : tgcctgacgtcacggcatcaggcaT--AT-C-TG--CTAT--CTCCGA-AAC-T--TT-GCG--A--CAG-CACA
gi|12 : tctgacgtctaaggtttaa--AT-T-TG--C-AT-GCTCCGATAAC-TGATTAGCGA-AT-CAA-TACGAACCA-AT--AAAGGCCC--A----A-CACATGGCA----TGGTG----A-AATTCTTGG-ATGGCCT-TTCA--
gi|8 : catggccgagctcacggctaataT-T-TG--C-AT-GCTCCGA-A---T--GT-GCGACA--CAA-TAC-AA-CA-ATATAAAGG--CTAA----A-CA-ATGGCA----TGTTG----A-AA-TCTT-GAAT-GCTTGTTCAATAAAGAAAG-A-AA-TC-T--GA-GC---A-T------TTTTAATTGT-A-TT-G-AAAAC-GAG--CA-A-CA-AGT--AAAATGATAAA--TC-AAGCGGGGA-------G-T--------ATGTTGCG-AAT-GT-GATC-------------AAT-T-A-T-AATAGTGC--CTGGT---------------------------------------TG-------------A-A-----------------T--GC--GCAA----A-GTTCAAG--CCT------A------TCGA--CGA-G-C---------------------CACTTCAT--TGTAG-G--TAA----AAC------TGGTCAG----TTTT-GCGCAAT--A-GAAGC---------gtgatttaaataactatatattacccatctatcaacctttttctcacttaagtctctgaatctctctgaaagacaaacaacaagtaaaatgataatgttgcgagtgtgat
gi|11 : gcctgacgtcacgcggtccaatggggggcataac-GCTCCGA-AAT-T--AT--CAA-A--CAA-TG--AA-GT-ATT-AAAGG--C--A----AACA-AT-ACA----TG-----------------------CCT-TGCA--TGA-AAAG-A----TCTTAACA-GT---A-T------TTCTGATAAT-A-TTTG-GAAACAAAG--CA-AACA-AGTA-AAA--TATTAAATTC-AAGC-GGGA-------G-TTTGTATGCA--------AAC-GC-GAAC-------------AATCTCA-TGAATATTGC--CTATTG-TCAG----C-T--------A-ACA-------------C-------------------CAGAATT-CT-TTATA--G-----AG----A-GT--AAAGTAATAAAA-CAGGTTGGTCGAGCAAA-GTG---------------------CAC
gi|25 : ta----TGTTG----A-AGTTTTT-G-AT-GCCT-TCCA--TAAGAACA-A-AACTCTA--TA-GC---A-T------TTTTATTAGT-A-TT-G-AAAACATCA--AA-A-CA-AGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-G
gi|13 : AGACAG-A-A--TCTA--TA-GCA--C-T------TTTTATTAGT---TT-GATAAC-AAGG--CA-C-CA--GTATAAAATGAT-AG--GC-AAAC-GGGA-------G-T--------A--------CATTAT-AAACTACTGCTTAAACTAACCT-AATAGATATTTATACTGAGG-TCAC----CGT--------T-ACA-------------
gi|10 : ctccgaacttgtcgaacataatgatgaaccatatattcaaaaggcagcagattacaagtT-G-TGAACAATA--CA-A--A-GGTT-TAAAGGATTGG--TC-AAGC-GGAAATATGTTG-C--------A--------AAT-GC-GAAC-------------AATCT-A-TAAATAGTGC--CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA-------------CG---------------GA-CAG-GTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA------TCGA--AGA-GTT---------------------CACTTCAT-TTGGAG-G--TAA----ATC------TGGTGCG----TTTA-GCGC--CA-A-GAAGC---------TT---ATTG---TT----GAT----TATTGT---------CAAAGG--------AC----ATGTGTAGTCT--AC-ACCCaatgtgattgcag
gi|17 : gcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgAAGGATTAA--TC-AAAC-GGGA-------A-T--------ATGTTGC--AATTAC-GAAC-------------AATCT-A-TAAATAT--------------------CGT--------A-ACA-------------------------------------GTT-T--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCATCGGC-CA------TCGA--AGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----A
gi|15 : A-------G-C--------A--------AAT-TC-GAAC-------------AATCT-A-TAAATATTTC--ATGGGG-TCAC----CAT--------A-ACAAGAACAATTCCATTC-------------A-AA-CAG-GTT-C--GTGTC--GC--GCAA----C-GTTCAAGGT--------CA------TGGA--AGA-GTC---------------------CACTTTAC-ATGTAG-G--TAAACTTAGC------TGGTTTGTCATTTTC-GTGC--tgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacttgggggg
gi|30 : taaacggaatattaataacaatacaacatgt-------G-C--------A--------AAT-GC-GAAC-------------AATCT-A-TAAATAGTGC--CTGGTG-TCAC----CGT--------A-ACA-------------CG-------------G-AT-CAT--TC-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAG
gi|18 : -------G-C--------A--------AAT-TCTGAAA-------------AATCT-A-TAAATATTTC--ATGGGGATCAC----CACTCAAAAAGA-ACAATTCCAT------TC-------------ACAA-CAG-GTTTC--GTGTCCGGC--GCAA----ACGTTCAA-----TCAGGTCA------TGGA--AGA-GTC---------------------CACTTTAA-ATGTAGCGCTTAA----CACTTAGCATGGTTTGTCA-TTTC-TCAG--T--A-GA
gi|23 : --------AAT-GT-GAAC-------------AATCC-A-TGAATAGTGT--CTGATG-TCAA----TGT--------A-ACA-------------CG-------------G-A--CAG-GTT-C--GTATC--AC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA
gi|24 : aaaaagaatgtttaatcctatattaatgttgcgAATATTGC--CTGATG-TCAT----GGT--------A-ACATTCCAG-------TG-------------A-AA-CTG-GTT-C--GTA
gi|19 : GC--CTGATA-CTAG----CGT--------ATACA-------------TGGACATTCCAATGAA-AA-CAG-GTT-C--GTA--------GCAA------GTTCAAGGTCATCGAA-CAT-----TCGA--AGA-GTCGAAGAGTTTGCGAAGGAGTCTCA-TTCAT-ACGTAG-GA-CAA----AAA------T-GTTTG----TTTC-GCTC--T--actggtttgcttcgcgctaagattggatgacataatacaaagattatgcaatatgtgta
gi|29 : TGT-G-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC--T---------------------------AAATTGGAAGACATAAT-T------------CAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAACCT--A
gi|24 : tcc----AAC------TGGTTTG----CTTC-GCGC--T--A------------------------AGATTGGATGACATAAT-------------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTA
gi|27 : aatattgcctgatgtcatggtaacattccagtgaaactggttcgtTC-GCGC--T--AAGAAGC---------TTACTGTTGAAATTGGTGGACATAGTATTGTCAAAGAGAGCAAAGGTTAT-GCATT----ATGTGTAATAT--AC-TCCCGG
gi|34 : TAATATTGTCAGAGAG--CAAATATTAT-ATCAT----ATGTGTAATCT--AC-ggtt
gi|17 : TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACTTGG
gi|3 : aaggattaatcaaacgggaatatgttgcaattacgaacaatctataaatatcgtaacagtttgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcggccatcgaagagtccacttcatatgtaggtaaaAAGCTTATTGCAGCTAGAATGTGTAATCT--AC-ACCCGGgggg
gi|4 : gacgtgcaccggcgtccggcatatttgcattgctccgacactgtggaaaatacaaacaatgcatgttgaagttttttatgccttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaag----ATGTGTAACCT--AC-ACCCGGgtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|6 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacattaaaaggcaactatgcatgttgaagttttgatgcctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaa----ATGTGTAATCT--AC-ACCCAGgtatgtgtgtgtgtggggg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TATAAACATTTCATGTGATCACATAACAATATATAATGTTCAAACATCCATGTTGCACAA
Unaligned ( gi|36 ): GGGGGGGCCTTAACATGATTTCACTGGGCGGT
Alignments
lowQualScore : 2222222 1111111111111111111 1111111111111 111111 666666666666666666666666666 11111111 55555555555555555555555555555555555 11 111111 111111 222222222222222222222 111111111111111111 333333333333333 111 333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 8888888 33 0 2 2 2 2 2 4 33 2 66666 444 8888888 1 33 2 55 4 2 2 2 22 2 55 22 1111111111111111111 33333 4444 2 2 2 2 4444 6666 2 66 2 2 2 0 33 2 55 2 33 2 3333333333333 2 2 66 2 2 88 8888888 999 33 000000 2 66666 55 3 2 5555 0 33 2 2 33 5 111111111111111111111111111 55555 55 2 4 22 2 2 4444 22222222 2 11111111111111111111111111111111111 2 22 5 33 33 111111 999999 3 3 666666666666666666666 777777777777777777 888888 5555 2 2 3 555 111111111111111 0 222 55 1 888888888888888888888 4 7777 55 4
lowQualScore : . . . ....... .. . . . . . . . .. . ..... ... ....... . .. . .. . . . . .. . .. .. ................... ..... .... . . . . .... .... . .. . . . . .. . .. . .. . ............. . . .. . . .. ....... ... .. ...... . ..... .. . . .... . .. . . .. . ........................... ..... .. . . .. . . .... ........ . ................................... . .. . .. .. ...... ...... . . ..................... .................. ...... .... . . . ... ............... . ... .. . ..................... . .... .. .
lowQualScore : 9 9 5 1111111 11 6 2 2 2 4 4 7 44 5 77777 777 8888888 0 22 2 33 2 1 1 1 99 1 00 99 5555555555555555555 88888 7777 2 2 2 2 7777 9999 4 66 5 5 5 4 44 5 99 5 99 5 8888888888888 5 5 99 5 5 44 7777777 333 77 333333 7 22222 99 4 5 3333 9 44 5 5 77 3 888888888888888888888888888 66666 33 4 7 99 1 1 5555 11111111 1 33333333333333333333333333333333333 5 88 7 77 77 555555 222222 1 1 222222222222222222222 777777777777777777 222222 7777 7 7 1 444 000000000000000 3 222 55 9 888888888888888888888 0 1111 00 0
consensus : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTGCG--A-ACAAT-----ACA---ATT-C---CTGANGTT--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-ACAA-A-CAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGCGGGA--ATGTT-G--------CA--------AA-----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
Reference ( family-3292 ) : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTGCG--A-ACAAT-----ACA---ATTGC---CTGANGTT--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-ACAA-A-CAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GNAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGCGGGA--------G--------CA--------AA-----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|1 : ACGT-C-AC-GGCGTT-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCAAAACTG--CG--A-ACAAT-----ACA---ATTTC---CTGACGTT--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TC-T--GCGA-A--CA--AT-ACAA-A-CAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-CAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--TT-A-GCT--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GTAA-CC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAACGGGA--------G--------TA--------AA-----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------T-GA----A-------------ACAGATT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCAAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-T--AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTAGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|10 : GC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTGTG--A-ACAAT-----ACA---A
gi|10 : T--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GTGA-A--CA--AT-ACAA-A-GGTTT------AAAGG--aggtttaaaggattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|10 : gcataacttaggtttaa-----T--GTGA-AC----AATA--CAA--AGGTT-TAAAGGATTGG--TC-AAGCGGAAATATGTT-G--------CA--------AA-----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATAGT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG------------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA-TCGAAGA-GTT---------------------CACTTCAT-TTGGAG-G--TAA----ATC------TGGTGCG----TTTA-GCGC-CA-AG---AAGC---------TT---ATTG---TTG---------A--T--TAT---------TGT---------CAAAGG--------AC----ATGTGTAGTCT--AC-ACCCattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|11 : gcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactg-GCTCCGA-AAT-TA-T---CAA-A--CA--AT-G--A-A-GTATT------AAAGG--C--A----AACA-AT-A-CA----TG-----------------------CCT--TGCA-TGA---A-AAG-A-----------------T-CTTAAC-A-GTA--T-------TTCT---GAT--AAT------A-T-----TT-GGAA-AC----AAAG--CAAACAAGTA-AAA--TATTAAATTC-AAGCGGGA--------GTTTGTATGCA--------AA-----CGC--GAAC-AATCTCATGAATATT--GC-CTATTG-TCAG----C-T--------A-ACA--------C-
gi|12 : ta--AT-TTG--CAT-GCTCCGATAAC-TGATTAGCGA-AT-CA--AT-ACGA-ACCAAT-------AAAGGCCC--A----A-CACATGG-CA----TGGTG----A-AATTCTTGGA-TGGCCT--TTCAGTGATTTA-AAT-A-ACTATATATTACCCA-T-CT--ATCA-ACC--T-------TTTTCTCACTTAAGTCTCTGAA-TCTCTCT--GAAAGAC-----AAA--CAA-CAAGTA-AAAcagaattctttatagagagtaaagtaataaaacaggttggtcgagcaaagtgcac
gi|13 : catggccgagctcacggctaataCTCCGA-ACT-TG-T---CGA-A--CATAATGATGA-A-CCATATATTCAAAAGG--C--A------------G-CA----GATTAC---A-AGT-----------------------A--GA-CAG-A-A---------------T-CT--AT-A-GCAC-T-------TTTT---ATT--AGT--------T-----T--GATA-AC----AAGG--C-A-CCAGTATAAAATGA-TAG--GC-AAACGGGA--------G--------TACATTAT--AAACTACTGCTTAAACTAACCTAATAGATATTTATA-CTGAGG-TCAC----CGT--------T-ACA--------tgataatgttgcgagtgtgat
gi|14 : ACGT-CTAC-GGAATT-------AGGCCTATAACTTTA-GGTTATAAATATTTGC-ATTGCTCCGAAACTGTGCGGAG-ACAAT-----ACA---Aaatgtgattgcag
gi|14 : cctgT--AT-TTG--CATTGCTCCGA-AAC-TG-T--GCGG-AGACA--AT-ACAACA-CA-TA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CAAACGTTTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GC-T--TCCT-TA---GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--TTTTTTAATTTT---ATT--AAT------A-T-----T--GAAA-AC----ACAAGGCAA-CAAACA-GAAcacataaaaggcaacaatgcaaacgttttgaagttcttgatgcttccttagaaagaaatctatagcattttttaattttattaatattgaaaacacaaggcaacaaacagaag
gi|15 : cctgacgtctacggaattaggcctataactttaggttataaaA--------G--------CA--------AA-----TTC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--TC-ATGGGG-TCAC----CAT--------A-ACA--------A-GA----ACAATTCCATTCAAACAGGTT-C--GTGTC--GC--GCAA----C-GTTCAAGGTCA-T-G-------GAAGA-GTC---------------------CACTTTAC-ATGTAG-G--TAAACTTAGC------TGGTTTGTCATTTTC-GTGC-g
gi|16 : taaacggaatattaataacaatacaacatgtACGT---AC-GG-GTC-------AGGC--ATA------------------TTTGC-TT-GCTCCGAAGC--TGCG--A-ACA
gi|16 : gcctgT--AT-TTG--CTT-GCTCCGA-AGC-TG-----CGA-A--CA---------------TA------AACGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AATTCTT-GA-T-GC----TTCA-TCA--GCTAAG-A-A-------------A-TCCT--AT-A-GCAT-T-------TTTT---ATT--AGTA-----A-T-----T--G-AA-AC----AGAG--C-A-TAAATA-AAAATGATAAA--TCTCAGCGGGA--------G--------TAT-------GT-----TGC--GAAtaaacggcaacaatgcatgttgaaattcttgatgcttcatcagctaagaaatcctatagcattttttattagtaattgaaacagagcataaataaaaatgataaatctcagcgggagtatgttgcgaa
gi|17 : gcctgacgtacgggtcaggcaAAGGATTAA--TC-AAACGGGAATATGTT-G--------CA--------AT-----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATAT---------------------CGT--------A-ACA----------------------------------GTT-T--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGGCCA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----A
gi|17 : GTTTG----TATC-GCGC-AA-AGTTCAAGG---------TC---ATCGGCCATCGAAGAGTCCACTTCATATGTAGGTAAATGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACTTGGtgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacttgggggg
gi|18 : aaggattaatcaaacgggaatatgttgcaattacgaacaatctataaatatcgtaaca--------G--------CA--------AA-----TTCT-GAAA-AATCT-ATAAATATT--TC-ATGGGGATCAC----CACTCAAAAAGA-ACAATTCCATTC-AC----A-------------ACAGGTTTC--GTGTCCGGC--GCAA----ACGTTCAA--TCA---GGTCA-TGGAAGA-GTC---------------------CACTTTAA-ATGTAGCGCTTAA----CACTTAGCATGGTTTG----Tgggg
gi|19 : --GC-CTGATA-CTAG----CGT--------ATACA--------T-GG----ACATTCCAATGAAAACAGGTT-C--GTA--------GCAA------GTTCAAGGTCA-TCGAACATTCGAAGA-GTCGAAGAGTTTGCGAAGGAGTCTCA-TTCAT-ACGTAG-GA-CAA----AAA------T-GTTTG----TTTC-GCTC-Tcatttctcagtaga
gi|2 : C-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTGCG--A-ACAAT-----AAA---A
gi|2 : T--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-A-----------------AAAGG--C--AGTTAA-CA-AT-G-CT----TGTTGTTCAA-AGTTTTT-GA-T-GCCG--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATCAA--TC-AAGCGGGAGTATGTT-G--------CA--------AA-----TAC--GAAC-TATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CAT------------------------------------------------TT-CA-GT-TC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGCGTA------CT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAGTAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGGggcagttaacaatgcttgttgttcaaagtttttgatgccgtccataagaaagaaatctatagcatttttattagtattgaaaacaaaacaacaagtaaaaaggatcaatcaagcgggagtatgttgcaaatacgaactatctataaatattgcctgatgtcaccatttcagttcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagtccacttcatatgtaggtaaaactggtttgtttcgcgctaagaagcgtactgttgaaattggaagacatagtattgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacccggg
gi|20 : cggcgtcaggcataacttaggtttaaACGT-C-AC-GGCGTC-------AGCA--ATATCTA-A-GGTT-TAA-TATTTTC-AT-GCTC---------GTC--A-GCAAT-----AT------------CTAAGGTTTAATATTGT-CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-ATAA-C-AAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-Ag
gi|21 : gcctgACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTGCG--A-ACAAT-----ACA---A
gi|21 : tgT--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-ACAA-A-CATTA------AAAGG--C--A----A-CG-AT-G-CA----TGTTG----A-AAATTTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--acattaaaaggcaacgatgcatgttgaaaattttgatgccttccataagaaacaaatctatagca
gi|22 : tgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AA-GCTCCGAAACTGTGCG--A-ACAAT-----ACA---A
gi|22 : ctgcctgT--AT-TTG--CAA-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-ACAA-A-CAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----T-TTG----acaataaaaggcaacaatgcatttgcccctgctattggtatg
gi|23 : ctgcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaa--------G--------CG--------AA-----TGT--GAAC-AATCC-ATGAATAGT--GT-CTGATG-TCAA----TGT--------A-ACA--------C-GG------------------ACAGGTT-C--GTATC--AC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-cccctgctattggtatg
gi|24 : aaaaagaatgtttaatcctatattaatgttAATATT--GC-CTGATG-TCAT----GGT--------A-ACATTCCAG--T-GA----A-------------ACTGGTT-C--GTA
gi|24 : ----AAC------TGGTTTG----CTTC-GCGC-TA-AG---------------------------ATTGGATGA---CA--TAAT----------------------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAactggtttgcttcgcgctaagattggatgacataatacaaagattatgcaatatgtgta
gi|25 : aatattgcctgatgtcatggtaacattccagtgaaactggttcgt----TGTTG----A-AGTTTTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-ACA-A-A-------------ACT-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATCA--AAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGCG
gi|26 : ACAT-C-AC-GGCGTT-------AGGC--AGCACCT-AAGGTT-TAA-TATTTAT-TT-GTTACGAAACTGTGCG--A-ACAATTATGAACA---ATT
gi|27 : tgcctgTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TTACTGTTGAAATTGGTGGA---CA--TAGTAT---------TGTCAAAGAGAGCAAAGGTTAT-GCATT----ATGTGTAATAT--AC-TCCCGGaaaggcaacagta
gi|28 : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AA-GCTCCGAAA-TGTGCG--A-ACAAT-----ACA---Aggtt
gi|28 : gcctgT--AT-TTG--CAA-GCTCCGA-AA--TG-T--GCGA-A--CA--AT-ACAA-A-CAATA------AAAGG-----A----A-CA-AT-G-acaataaaaggaacaatggc
gi|29 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaTGT-G-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-T-----------------------------AAATTGGAAGA---CA--TAAT-T---------------------CAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAACCT--Agc
gi|3 : tccACGTGC-ACCGGCGTC-------CGGC--ATA------------------TTTGC-ATTGCTCCGACACTGTG-G--A-A-AAT-----ACAAACAATGCATGTTGAAGTT--TT-TT----AT-GC
gi|3 : gT--AT-TTG--CATTGCTCCGA-CAC-TG-T--G-GA-A---A--AT-ACAA-A-CAAT------------------------------G-CA----TGTTG----A-AGTTTTT-TA-T-GCCT--TCCA-TAA--AA-AAACA-A-------------A-T-CT--CT-ATGCA--T-------TTTT---A-----GT------A-T-----TTGAAAA-AT----AAAA--CA-----GTG-AAAAGGATTAA--TCCAAGCGGGA--------G--------CATTGTTGCTAA-----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATAT---GCGTTGATG-TCAC----TGT--------A-ACA--------CTGG----A-------------ACC--TT-C--TCAGT--GCATGCAA----AAGTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT------------------AAC------T-GTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---ATTGCAGCTAGAATG---TG--TAATcttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaagaagcttattgcagctagaatgtgtaatctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|3 : gacgtgcaccggcgtccggcaAAGCTTATTGCAGCTAGAATGTGTAATCT--AC-ACCCGGctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|30 : gacgtgcaccggcgtccggcatatttgcattgctccgacactgtggaaaatacaaacaatgcatgttgaagttttttatgccttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaag--------G--------CA--------AA-----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATAGT--GC-CTGGTG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------TCA-TTC-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGgtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|32 : CTA-A-GGTT-TAA-TATCTGCTAT--CTCCGAAACTTTGCG----ACAGC-----ACA---
gi|33 : tctgacgtACGT-C-AC-GGCATC-------AGGC--ATA------------------TCTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG
gi|34 : tgcctg--TAATAT---------TGTCAGAGAG--CAAATATTAT-ATCAT----ATGTGTAATCT--AC-
gi|35 : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-T
gi|37 : ccctACGT-C-AC-AGCGTC-------AGGC--ATAAC
gi|4 : tattgcctgACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTGCG--A-ACATT-----AAA---A
gi|4 : gcctgT--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA---T-----------TA------AAAGG--C--A----A-CT-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTT-TT-GA-T-GCCT--TTCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--GGT------A-T-----T--TAAA-AC----ATAA--AAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGCGGGAGCATGTT-G--------CA--------AA-----TAT--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----TGT--------A-ATA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTG-C--AT--GCAA----A-GTTCAATGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-TAC---------------------CACTTCAT------------------AAC------AGGTTTG----TTTC-TCGC-TA-TG---AAGCTTA------TT---GTTGAAATggcaactatgcatgttgaagttttgatgcctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaatgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|4 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaa----ATGTGTAACCT--AC-ACCCGGgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|5 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacattaaaaggcaactatgcatgttgaagttttgatgcctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaT--AT-TTGGCCAT-GCTCCGA-AACGTG-T--GCGA-A--CA--A--AGAA-A-CAATA------AAAGG--T--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----AGAGTTCTT-GA-T-GCCT--TCC--TAA--GA-AAT-ACA-------------A-T-CT--TT-A-GCA--T-------TTTTTTTATT--AGT------AAT-----T--GAAA-ACGAGGAAAA--CAA-CAA-----------------TC-AAGCGGGA--------GG-------TA--------AG-----TGT----AC-TATCT-ATAAATATT--GC--TGATG-TCAC----GGT--------A-ACAATTC----C-AGTGAAA-------------ACTGGTT-C--GTATC--GC--GCAAGGG-A-GTTCAGGTTGACTCG--CA-T---ACA--TC---------------------CA--TTA----GTCG-G--T-A----AAC------TGTTTTG----TTTC-GCGC-TA-AA---AA--------------------AGACTGAAAGAG--AA--CAATAA---------T----------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAACCTGAACAACCCGGgtatgtgtgtgtgtggggg
gi|6 : a-GGCGTC-------AGGC--ATAACAT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTGCG--A-ACAAT-----ACA---Agggtg
gi|6 : T--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-ACA-------------------------A----A-CA----------------------------TT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATAA--AAA-C----A-AAAGGGATTAA--TC-AAGCGGGAGCATGTT-G--------CA--------AA-----TTC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-TTGATG-TCAC----TGTACAC----A-ACA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTG-C--AT--GCCA----A-GTTCTAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACCTCAT------------------AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGCTTAAGCTGATT---GTTGAAATacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaaatgtgtaatctacacccagggg
gi|6 : ggcgtcaggcataacataggtttaa----ATGTGTAATCT--AC-ACCCAGgtgtaatctacacccagggg
gi|7 : ggcgtcaggcataacataggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacaatacaaacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaa--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTGCG--A-ACAAT-----ACA---Aggg
gi|7 : T--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA----------------A-CAATA------CAA------------A-CA----------------------------TT-AA-T--------CCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGCGGGAGCATGTT-G--------CA--------AA-----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCACTGTGCAT--------A-ACA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTA-C--AT--GCAAAGTTA-GTTCAAGGTCA-C--AACA-TCGAAGAGGTC---------------------CACTTCATAATGT----------------------TGGTTTG----TTTCAGCGCTTA-AG---AAGTTAA------TT---GTTGAAacattaatccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataacaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatacgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtgcataacatggaacattccagtacatgcaaagttagttcaaggtcacaacatcgaagaggtccacttcataatgttggtttgtttcagcgcttaagaagttaattgttgaatgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|8 : ataacttaggtttaaACGT-C-AC-GCGGTCCAATGGGGGGC--ATAACTT----------------TGC-AT-GCTCCGAA--TGTGCG--ACACAAT-----ACA---Atgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|8 : gcctgT-TTG--CAT-GCTCCGA-A---TG-T--GCGACA--CA--AT-ACAA---CAATAT-----AAAGG--CTAA----A-CA-AT-GGCA----TGTTG----A-AAT-CTT-GAAT-GCTTGTTCAA-TAAA-GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--G--A-GCA--T-------TTTT---AAT--TGT------A-T-----T--GAAA-AC-----GAG--CAA-CAAGT--AAAATGATAAA--TC-AAGCGGGGAGTATGTTG--------CG--------AA-----TGT--GATC-AAT-T-AT-AATAGT--GC-CT--------------------------------------------------------------GGTT----GAAT---GC--GCAA----A-GTTCAAG--CC-T-----A-TCGACGA-G-C---------------------CACTTCAT--TGTAG-G--TAA----AAC------TGGTCAG----TTTT-GCGC-AATAG---AAGC---------caatataaaggctaaacaatggcatgttgaaatcttgaatgcttgttcaataaagaaagaaatctgagcatttttaattgtattgaaaacgagcaacaagtaaaatgataaatcaagcggggagtatgttgcgaatgtgatcaattataatagtgcctggttgaatgcgcaaagttcaagcctatcgacgagccacttcattgtaggtaaaactggtcagttttgcgcaatagaagc
gi|9 : gcctgacgtcacgcggtccaatggggggcataacT--AT-TTG--CTA-GCTCCGA-AAC-TA-T--GCGA-A--CA--AT-TTGA-A-CAAGC------AAAGG--C--A----A-CT-AT-A-CA----TATTG----A-AGTTATT-GA-T-GTCT--TGCA-T----GA-GAG-A-T-------------A-T-CTCCAC-A-GCATGT-------TTTT---ATT--AAT------A-T-----T--GGTA-AC----AAGG--CAG-CAAGTA-AAAATGATTCA--TC-AAGCAGGAGTATGTT-G--------CA--------AA-----TGC--GAAC-AATCT-ATGAATATT--GC-CTAATA-TCAG----CGG--------A-ACT--------C-AG----A-------------A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TATAAACATTTCATGTGATCACATAACAATATATAATGTTCAAACATCCATGTTGCACAA
Unaligned ( gi|36 ): GGGGGGGCCTTAACATGATTTCACTGGGCGGT
Alignments
lowQualScore : 11 1111111111111111111 1111111111111 111111 3333333333 11111111 55555555555555555555555555555555555 11 111111 111111 222222222222222222222 111111111111111111 333333333333333 111 333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 8888888 33 0 2 2 2 2 2 4 7777777 33 2 66666 3 66 1 33 2 55 4 2 2 2 22 2 55 22 1111111111111111111 33333 4444 2 2 2 2 4444 6666 2 66 2 2 2 0 33 2 55 2 33 2 3333333333333 2 2 66 2 2 88 8888888 999 33 000000 2 66666 66 2 5555 0 33 2 2 0 33 5 3333333333 2 4444 55 2 4 22 2 2 4444 22222222 2 11111111111111111111111111111111111 2 22 5 33 33 111111 999999 3 3 666666666666666666666 777777777777777777 888888 5555 2 2 3 555 111111111111111 0 222 55 1 888888888888888888888 4 7777 55 4
lowQualScore : . . . ....... .. . . . . . . . ....... .. . ..... . .. . .. . .. . . . . .. . .. .. ................... ..... .... . . . . .... .... . .. . . . . .. . .. . .. . ............. . . .. . . .. ....... ... .. ...... . ..... .. . .... . .. . . . .. . .......... . .... .. . . .. . . .... ........ . ................................... . .. . .. .. ...... ...... . . ..................... .................. ...... .... . . . ... ............... . ... .. . ..................... . .... .. .
lowQualScore : 9 9 5 1111111 11 6 2 2 2 4 4 7 6666666 44 5 77777 0 77 0 22 2 33 2 1 1 1 99 1 00 99 5555555555555555555 88888 7777 2 2 2 2 7777 9999 4 66 5 5 5 4 44 5 99 5 99 5 8888888888888 5 5 99 5 5 44 7777777 333 77 333333 7 77777 33 5 3333 9 44 5 5 9 44 0 3333333333 4 5555 33 4 7 99 1 1 5555 11111111 1 33333333333333333333333333333333333 5 88 7 77 77 555555 222222 1 1 222222222222222222222 777777777777777777 222222 7777 7 7 1 444 000000000000000 3 222 55 9 888888888888888888888 0 1111 00 0
consensus : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----ACAATT--CTGANGTT--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-ACAA-A-CAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGCGGGAG--A---T--GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
Reference ( family-3292 ) : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----ACAATT-CCTGANGTT--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-ACAA-A-CAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGCGGGA---A---T--GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|1 : ACGT-C-AC-GGCGTT-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCAAAACTG---------CG--A-ACAAT-----ACAATTTCCTGACGTT--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TC-T--GCGA-A--CA--AT-ACAA-A-CAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-CAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--TT-A-GCT--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GTAA-CC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAACGGGA--------------GTAAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------T-GA----A-------------ACAGATT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCAAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-T--AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTAGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|10 : GC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------TG--A-ACAAT-----ACAA
gi|10 : T--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GTGA-A--CA--AT-ACAA-A-GGTTT------AAAGG--aggtttaaaggattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|10 : gcataacttaggtttaaA-AC----AATA--CAA--AGGTT-TAAAGGATTGG--TC-AAGCGGAA---A---TATGT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATAGT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG------------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA-TCGAAGA-GTT---------------------CACTTCAT-TTGGAG-G--TAA----ATC------TGGTGCG----TTTA-GCGC-CA-AG---AAGC---------TT---ATTG---TTG---------A--T--TAT---------TGT---------CAAAGG--------AC----ATGTGTAGTCT--AC-ACCCattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|11 : gcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgtg-GCTCCGA-AAT-TA-T---CAA-A--CA--AT-G--A-A-GTATT------AAAGG--C--A----AACA-AT-A-CA----TG-----------------------CCT--TGCA-TGA---A-AAG-A-----------------T-CTTAAC-A-GTA--T-------TTCT---GAT--AAT------A-T-----TT-GGAA-AC----AAAG--CAAACAAGTA-AAA--TATTAAATTC-AAGCGGGA---G---TTTGTATGCAAA----CGC--GAAC-AATCTCATGAATATT--GC-CTATTG-TCAG----C-T--------A-ACA--------C-
gi|12 : ta--AT-TTG--CAT-GCTCCGATAAC-TGATTAGCGA-AT-CA--AT-ACGA-ACCAAT-------AAAGGCCC--A----A-CACATGG-CA----TGGTG----A-AATTCTTGGA-TGGCCT--TTCAGTGATTTA-AAT-A-ACTATATATTACCCA-T-CT--ATCA-ACC--T-------TTTTCTCACTTAAGTCTCTGAA-TCTCTCT--GAAAGAC-----AAA--CAA-CAAGTA-AAA-----TGA--T---------A---A---T--GT-TGCGAG----TGT--GAcagaattctttatagagagtaaagtaataaaacaggttggtcgagcaaagtgcac
gi|13 : catggccgagctcacggctaataCTCCGA-ACT-TG-T---CGA-A--CATAATGATGA-A-CCATATATTCAAAAGG--C--A------------G-CA----GATTAC---A-AGT-----------------------A--GA-CAG-A-A---------------T-CT--AT-A-GCAC-T-------TTTT---ATT--AGT--------T-----T--GATA-AC----AAGG--C-A-CCAGTATAAAATGA-TAG--GC-AAACGGGAGT-A---C--AT-TATAAACTACTGCTTAAACTAACCTAATAGATATTTATA-CTGAGG-TCAC----CGT--------T-ACA--------t
gi|14 : ACGT-CTAC-GGAATT-------AGGCCTATAACTTTA-GGTTATAAATATTTGC-ATTGCTCCGAAACTGTG-------CGGAG-ACAAT-----ACAAaatgtgattgcag
gi|14 : cctgT--AT-TTG--CATTGCTCCGA-AAC-TG-T--GCGG-AGACA--AT-ACAACA-CA-TA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CAAACGTTTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GC-T--TCCT-TA---GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--TTTTTTAATTTT---ATT--AAT------A-T-----T--GAAA-AC----ACAAGGCAA-CAAACA-GAAcacataaaaggcaacaatgcaaacgttttgaagttcttgatgcttccttagaaagaaatctatagcattttttaattttattaatattgaaaacacaaggcaacaaacagaag
gi|15 : cctgacgtctacggaattaggcctataactttaggttataaa---A---T--GT-AGCAAA----TTC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--TC-ATGGGG-TCAC----CAT--------A-ACA--------A-GA----ACAATTCCATTCAAACAGGTT-C--GTGTC--GC--GCAA----C-GTTCAAGGTCA-T-G-------GAAGA-GTC---------------------CACTTTAC-ATGTAG-G--TAAACTTAGC------TGGTTTGTCATTTTC-GTGC-g
gi|16 : taaacggaatattaataacaatacaacACGT---AC-GG-GTC-------AGGC--ATA------------------TTTGC-TT-GCTCCGAAGC--TG-------CG--A-ACA
gi|16 : gcctgT--AT-TTG--CTT-GCTCCGA-AGC-TG-----CGA-A--CA---------------TA------AACGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AATTCTT-GA-T-GC----TTCA-TCA--GCTAAG-A-A-------------A-TCCT--AT-A-GCAT-T-------TTTT---ATT--AGTA-----A-T-----T--G-AA-AC----AGAG--C-A-TAAATA-AAAATGATAAA--TCTCAGCGGGAGT-A---T--GT-TGCGAA----taaacggcaacaatgcatgttgaaattcttgatgcttcatcagctaagaaatcctatagcattttttattagtaattgaaacagagcataaataaaaatgataaatctcagcgggagtatgttgcgaa
gi|17 : gcctgacgtacgggtcaggcaAAGGATTAA--TC-AAACGGGA---A---TATGT-TGCAAT----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATAT---------------------CGT--------A-ACA----------------------------------GTT-T--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGGCCA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----A
gi|17 : GTTTG----TATC-GCGC-AA-AGTTCAAGG---------TC---ATCGGCCATCGAAGAGTCCACTTCATATGTAGGTAAATGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACTTGGtgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacttgggggg
gi|18 : aaggattaatcaaacgggaatatgttgcaattacgaacaatctataaatatcgtaacaGCAAA----TTCT-GAAA-AATCT-ATAAATATT--TC-ATGGGGATCAC----CACTCAAAAAGA-ACAATTCCATTC-AC----A-------------ACAGGTTTC--GTGTCCGGC--GCAA----ACGTTCAA--TCA---GGTCA-TGGAAGA-GTC---------------------CACTTTAA-ATGTAGCGCTTAA----CACTTAGCATGGTTTG----Tgggg
gi|19 : --GC-CTGATA-CTAG----CGT--------ATACA--------T-GG----ACATTCCAATGAAAACAGGTT-C--GTA--------GCAA------GTTCAAGGTCA-TCGAACATTCGAAGA-GTCGAAGAGTTTGCGAAGGAGTCTCA-TTCAT-ACGTAG-GA-CAA----AAA------T-GTTTG----TTTC-GCTC-Tcatttctcagtaga
gi|2 : C-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----AAAA
gi|2 : T--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-A-----------------AAAGG--C--AGTTAA-CA-AT-G-CT----TGTTGTTCAA-AGTTTTT-GA-T-GCCG--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATCAA--TC-AAGCGGGAGT-A---T--GT-TGCAAA----TAC--GAAC-TATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CAT------------------------------------------------TT-CA-GT-TC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGCGTA------CT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAGTAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGGggcagttaacaatgcttgttgttcaaagtttttgatgccgtccataagaaagaaatctatagcatttttattagtattgaaaacaaaacaacaagtaaaaaggatcaatcaagcgggagtatgttgcaaatacgaactatctataaatattgcctgatgtcaccatttcagttcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagtccacttcatatgtaggtaaaactggtttgtttcgcgctaagaagcgtactgttgaaattggaagacatagtattgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacccggg
gi|20 : cggcgtcaggcataacttaggtttaaACGT-C-AC-GGCGTC-------AGCA--ATATCTA-A-GGTT-TAA-TATTTTC-AT-GCTC---------G-------TC--A-GCAAT-----AT------CTAAGGTTTAATATTGT-CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-ATAA-C-AAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-Ag
gi|21 : gcctgACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----ACAA
gi|21 : tgT--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-ACAA-A-CATTA------AAAGG--C--A----A-CG-AT-G-CA----TGTTG----A-AAATTTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--acattaaaaggcaacgatgcatgttgaaaattttgatgccttccataagaaacaaatctatagca
gi|22 : tgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AA-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----ACAA
gi|22 : ctgcctgT--AT-TTG--CAA-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-ACAA-A-CAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----T-TTG----acaataaaaggcaacaatgcatttgcccctgctattggtatg
gi|23 : ctgcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaA---A---T--GT-TGCGAA----TGT--GAAC-AATCC-ATGAATAGT--GT-CTGATG-TCAA----TGT--------A-ACA--------C-GG------------------ACAGGTT-C--GTATC--AC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-cccctgctattggtatg
gi|24 : aaaaagaatgtttaatcctatattAATATT--GC-CTGATG-TCAT----GGT--------A-ACATTCCAG--T-GA----A-------------ACTGGTT-C--GTA
gi|24 : ----AAC------TGGTTTG----CTTC-GCGC-TA-AG---------------------------ATTGGATGA---CA--TAAT----------------------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAactggtttgcttcgcgctaagattggatgacataatacaaagattatgcaatatgtgta
gi|25 : aatattgcctgatgtcatggtaacattccagtgaaactggttcgt----TGTTG----A-AGTTTTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-ACA-A-A-------------ACT-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATCA--AAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGCG
gi|26 : ACAT-C-AC-GGCGTT-------AGGC--AGCACCT-AAGGTT-TAA-TATTTAT-TT-GTTACGAAACTGTG-------CG--A-ACAATTATGAACAATT-
gi|27 : tgcctgTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TTACTGTTGAAATTGGTGGA---CA--TAGTAT---------TGTCAAAGAGAGCAAAGGTTAT-GCATT----ATGTGTAATAT--AC-TCCCGGaaaggcaacagta
gi|28 : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AA-GCTCCGAAA-TGTG-------CG--A-ACAAT-----ACAAggtt
gi|28 : gcctgT--AT-TTG--CAA-GCTCCGA-AA--TG-T--GCGA-A--CA--AT-ACAA-A-CAATA------AAAGG-----A----A-CA-AT-G-acaataaaaggaacaatggc
gi|29 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaTGT-G-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-T-----------------------------AAATTGGAAGA---CA--TAAT-T---------------------CAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAACCT--Agc
gi|3 : tccACGTGC-ACCGGCGTC-------CGGC--ATA------------------TTTGC-ATTGCTCCGACACTGTGGAAAATACA--A-ACAAT-----GCA--T-GTTGAAGTT--TT-TT----AT-GC
gi|3 : gT--AT-TTG--CATTGCTCCGA-CAC-TG-T--G-GA-A---A--AT-ACAA-A-CAAT------------------------------G-CA----TGTTG----A-AGTTTTT-TA-T-GCCT--TCCA-TAA--AA-AAACA-A-------------A-T-CT--CT-ATGCA--T-------TTTT---A-----GT------A-T-----TTGAAAA-AT----AAAA--CA-----GTG-AAAAGGATTAA--TCCAAGCGGGA---GCATT--GT-TGCTAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATAT---GCGTTGATG-TCAC----TGT--------A-ACA--------CTGG----A-------------ACC--TT-C--TCAGT--GCATGCAA----AAGTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT------------------AAC------T-GTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---ATTGCAGCTAGAATG---TG--TAATcttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaagaagcttattgcagctagaatgtgtaatctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|3 : gacgtgcaccggcgtccggcaAAGCTTATTGCAGCTAGAATGTGTAATCT--AC-ACCCGGctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|30 : gacgtgcaccggcgtccggcatatttgcattgctccgacactgtggaaaatacaaacaatgcatgttgaagttttttatgccttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaagGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATAGT--GC-CTGGTG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------TCA-TTC-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGgtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|32 : CTA-A-GGTT-TAA-TATCTGCTAT--CTCCGAAACTTTG-------CG----ACAGC-----ACA
gi|33 : tctgacgtACGT-C-AC-GGCATC-------AGGC--ATA------------------TCTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------
gi|34 : tgcctg--TAATAT---------TGTCAGAGAG--CAAATATTAT-ATCAT----ATGTGTAATCT--AC-
gi|35 : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-T
gi|37 : ccctACGT-C-AC-AGCGTC-------AGGC--ATAAC
gi|4 : tattgcctgACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACATT-----AAAA
gi|4 : gcctgT--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA---T-----------TA------AAAGG--C--A----A-CT-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTT-TT-GA-T-GCCT--TTCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--GGT------A-T-----T--TAAA-AC----ATAA--AAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGCGGGAGC-A---T--GT-TGCAAA----TAT--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----TGT--------A-ATA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTG-C--AT--GCAA----A-GTTCAATGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-TAC---------------------CACTTCAT------------------AAC------AGGTTTG----TTTC-TCGC-TA-TG---AAGCTTA------TT---GTTGAAATggcaactatgcatgttgaagttttgatgcctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaatgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|4 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaa----ATGTGTAACCT--AC-ACCCGGgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|5 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacattaaaaggcaactatgcatgttgaagttttgatgcctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaT--AT-TTGGCCAT-GCTCCGA-AACGTG-T--GCGA-A--CA--A--AGAA-A-CAATA------AAAGG--T--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----AGAGTTCTT-GA-T-GCCT--TCC--TAA--GA-AAT-ACA-------------A-T-CT--TT-A-GCA--T-------TTTTTTTATT--AGT------AAT-----T--GAAA-ACGAGGAAAA--CAA-CAA-----------------TC-AAGCGGGA---G----------GTAAG----TGT----AC-TATCT-ATAAATATT--GC--TGATG-TCAC----GGT--------A-ACAATTC----C-AGTGAAA-------------ACTGGTT-C--GTATC--GC--GCAAGGG-A-GTTCAGGTTGACTCG--CA-T---ACA--TC---------------------CA--TTA----GTCG-G--T-A----AAC------TGTTTTG----TTTC-GCGC-TA-AA---AA--------------------AGACTGAAAGAG--AA--CAATAA---------T----------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAACCTGAACAACCCGGgtatgtgtgtgtgtggggg
gi|6 : a-GGCGTC-------AGGC--ATAACAT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----ACAAgggtg
gi|6 : T--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--AT-ACA-------------------------A----A-CA----------------------------TT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATAA--AAA-C----A-AAAGGGATTAA--TC-AAGCGGGAGC-A---T--GT-TGCAAA----TTC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-TTGATG-TCAC----TGTACAC----A-ACA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTG-C--AT--GCCA----A-GTTCTAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACCTCAT------------------AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGCTTAAGCTGATT---GTTGAAATacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaaatgtgtaatctacacccagggg
gi|6 : ggcgtcaggcataacataggtttaa----ATGTGTAATCT--AC-ACCCAGgtgtaatctacacccagggg
gi|7 : ggcgtcaggcataacataggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacaatacaaacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaa--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----ACAAggg
gi|7 : T--AT-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA----------------A-CAATA------CAA------------A-CA----------------------------TT-AA-T--------CCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGCGGGAGC-A---T--GT-TGCAAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCACTGTGCAT--------A-ACA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTA-C--AT--GCAAAGTTA-GTTCAAGGTCA-C--AACA-TCGAAGAGGTC---------------------CACTTCATAATGT----------------------TGGTTTG----TTTCAGCGCTTA-AG---AAGTTAA------TT---GTTGAAacattaatccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataacaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatacgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtgcataacatggaacattccagtacatgcaaagttagttcaaggtcacaacatcgaagaggtccacttcataatgttggtttgtttcagcgcttaagaagttaattgttgaatgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|8 : ataacttaggtttaaACGT-C-AC-GCGGTCCAATGGGGGGC--ATAACTT----------------TGC-AT-GCTCCGAA--TGTG-------CG--ACACAAT-----ACAAtgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|8 : gcctgT-TTG--CAT-GCTCCGA-A---TG-T--GCGACA--CA--AT-ACAA---CAATAT-----AAAGG--CTAA----A-CA-AT-GGCA----TGTTG----A-AAT-CTT-GAAT-GCTTGTTCAA-TAAA-GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--G--A-GCA--T-------TTTT---AAT--TGT------A-T-----T--GAAA-AC-----GAG--CAA-CAAGT--AAAATGATAAA--TC-AAGCGGGGAGTA---T--GT-TGCGAA----TGT--GATC-AAT-T-AT-AATAGT--GC-CT--------------------------------------------------------------GGTT----GAAT---GC--GCAA----A-GTTCAAG--CC-T-----A-TCGACGA-G-C---------------------CACTTCAT--TGTAG-G--TAA----AAC------TGGTCAG----TTTT-GCGC-AATAG---AAGC---------caatataaaggctaaacaatggcatgttgaaatcttgaatgcttgttcaataaagaaagaaatctgagcatttttaattgtattgaaaacgagcaacaagtaaaatgataaatcaagcggggagtatgttgcgaatgtgatcaattataatagtgcctggttgaatgcgcaaagttcaagcctatcgacgagccacttcattgtaggtaaaactggtcagttttgcgcaatagaagc
gi|9 : gcctgacgtcacgcggtccaatggggggcataacT--AT-TTG--CTA-GCTCCGA-AAC-TA-T--GCGA-A--CA--AT-TTGA-A-CAAGC------AAAGG--C--A----A-CT-AT-A-CA----TATTG----A-AGTTATT-GA-T-GTCT--TGCA-T----GA-GAG-A-T-------------A-T-CTCCAC-A-GCATGT-------TTTT---ATT--AAT------A-T-----T--GGTA-AC----AAGG--CAG-CAAGTA-AAAATGATTCA--TC-AAGCAGGAGT-A---T--GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATGAATATT--GC-CTAATA-TCAG----CGG--------A-ACT--------C-AG----A-------------A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TATAAACATTTCATGTGATCACATAACAATATATAATGTTCAAACATCCATGTTGCACAA
Unaligned ( gi|36 ): GGGGGGGCCTTAACATGATTTCACTGGGCGGT
Alignments
lowQualScore : 111 1 1111111 1111111111111 111111 2 11111111 55555555555555555555555555555555555 11 111111 111111 222222222222222222222 111111111111111111 333333333333333 111 333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 8888888 33 0 2 2 2 2 2 4 7777777 33 2 66666 66666 111 0 1 22 4444 2 44 3 2 2 2 22 2 44 22 2 2 444444 0 1111111 33333 4444 2 2 2 2 4444 6666 2 66 2 2 2 0 33 2 55 2 33 2 3333333333333 2 2 66 2 2 88 8888888 999 33 000000 2 66666 66 2 5555 0 33 2 2 33 5 2 7 5 2 4444 0 55 2 4 22 2 2 4444 22222222 2 11111111111111111111111111111111111 2 22 5 33 33 111111 999999 3 3 666666666666666666666 777777777777777777 888888 5555 2 2 3 555 111111111111111 0 222 55 1 888888888888888888888 4 7777 55 4
lowQualScore : . . . ....... .. . . . . . . . ....... .. . ..... ..... ... . . .. .... . .. . . . . .. . .. .. . . ...... . ....... ..... .... . . . . .... .... . .. . . . . .. . .. . .. . ............. . . .. . . .. ....... ... .. ...... . ..... .. . .... . .. . . .. . . . . . .... . .. . . .. . . .... ........ . ................................... . .. . .. .. ...... ...... . . ..................... .................. ...... .... . . . ... ............... . ... .. . ..................... . .... .. .
lowQualScore : 9 9 5 1111111 11 6 2 2 2 4 4 7 6666666 44 5 77777 77777 222 0 0 99 2222 0 88 8 0 0 0 88 0 88 88 0 0 999999 9 1111111 11111 5555 1 1 1 2 7777 9999 4 66 5 5 5 4 44 5 99 5 99 5 8888888888888 5 5 99 5 5 44 7777777 333 77 333333 7 77777 33 5 3333 9 44 5 5 77 3 7 5 0 5 7777 1 66 4 7 99 1 1 5555 11111111 1 33333333333333333333333333333333333 5 88 7 77 77 555555 222222 1 1 222222222222222222222 777777777777777777 222222 7777 7 7 1 444 000000000000000 3 222 55 9 888888888888888888888 0 1111 00 0
consensus : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATT--CTG-ANGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACGA-A-CAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
Reference ( family-3292 ) : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATT--CTG-ANGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAA-A-CAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAG-AT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|1 : ACGT-C-AC-GGCGTT-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCAAAAC--TG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATTTCCTG-ACGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TC-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAA-A-CAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-CAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--TT-A-GCT--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GTAA-CC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAAC-GGGA---------GTAAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------T-GA----A-------------ACAGATT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCAAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-T--AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTAGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|10 : GC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------TG--A-ACAAT-----A-----CAA
gi|10 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GTGA-A--CA--A-T-ACAA-A-GGTTT------AAAGG--aggtttaaaggattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|10 : gcataacttaggtttaaA-AC----AATA--CAA--AGGTT-TAAAGGATTGG--TC-AAGC-GGAAATAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATAGT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG------------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA-TCGAAGA-GTT---------------------CACTTCAT-TTGGAG-G--TAA----ATC------TGGTGCG----TTTA-GCGC-CA-AG---AAGC---------TT---ATTG---TTG---------A--T--TAT---------TGT---------CAAAGG--------AC----ATGTGTAGTCT--AC-ACCCattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|11 : gcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgtg-GCTCCGA-AAT-TA-T---CAA-A--CA--A-T-G--A-A-GTATT------AAAGG--C--A----AACA-AT-A-CA----TG-----------------------CCT--TGCA-TGA---A-AAG-A-----------------T-CTTAAC-A-GTA--T-------TTCT---GAT--AAT------A-T-----TT-GGAA-AC----AAAG--CAAACAAGTA-AAA--TATTAAATTC-AAGC-GGGAG-TTTGTATGCAAA----CGC--GAAC-AATCTCATGAATATT--GC-CTATTG-TCAG----C-T--------A-ACA--------C-
gi|12 : ta--A----T-TTG--CAT-GCTCCGATAAC-TGATTAGCGA-AT-CA--A-T-ACGA-ACCAAT-------AAAGGCCC--A----A-CACATGG-CA----TGGTG----A-AATTCTTGGA-TGGCCT--TTCAGTGATTTA-AAT-A-ACTATATATTACCCA-T-CT--ATCA-ACC--T-------TTTTCTCACTTAAGTCTCTGAA-TCTCTCT--GAAAGAC-----AAA--CAA-CAAGTA-AAAcagaattctttatagagagtaaagtaataaaacaggttggtcgagcaaagtgcac
gi|13 : catggccgagctcacggctaataCTCCGA-ACT-TG-T---CGA-A--CATAA-TGATGA-A-CCATATATTCAAAAGG--C--A------------G-CA----GATTAC---A-AGT-----------------------A--GA-CAG-A-A---------------T-CT--AT-A-GCAC-T-------TTTT---ATT--AGT--------T-----T--GATA-AC----AAGG--C-A-CCAGTATAAAATGA-TAG--GC-AAAC-GGGAGTAC-AT-TATAAACTACTGCTTAAACTAACCTAATAGATATTTATA-CTGAGG-TCAC----CGT--------T-ACA--------tgataatgttgcgagtgtgat
gi|14 : ACGT-CTAC-GGAATT-------AGGCCTATAACTTTA-GGTTATAAATATTTGC-ATTGCTCCGAAACTGTG-------CGGAG-ACAAT-----A-----CAAaatgtgattgcag
gi|14 : cctgT--A----T-TTG--CATTGCTCCGA-AAC-TG-T--GCGG-AGACA--A-T-ACAACA-CA-TA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CAAACGTTTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GC-T--TCCT-TA---GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--TTTTTTAATTTT---ATT--AAT------A-T-----T--GAAA-AC----ACAAGGCAA-CAAACA-GAAcacataaaaggcaacaatgcaaacgttttgaagttcttgatgcttccttagaaagaaatctatagcattttttaattttattaatattgaaaacacaaggcaacaaacagaag
gi|15 : cctgacgtctacggaattaggcctataactttaggttataaa-AT-GT-AGCAAA----TTC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--TC-ATGGGG-TCAC----CAT--------A-ACA--------A-GA----ACAATTCCATTCAAACAGGTT-C--GTGTC--GC--GCAA----C-GTTCAAGGTCA-T-G-------GAAGA-GTC---------------------CACTTTAC-ATGTAG-G--TAAACTTAGC------TGGTTTGTCATTTTC-GTGC-g
gi|16 : taaacggaatattaataacaatacaacACGT---AC-GG-GTC-------AGGC--ATA------------------TTTGC-TT-GCTCCGAAGC--TG-------CG--A-ACA
gi|16 : gcctgT--A----T-TTG--CTT-GCTCCGA-AGC-TG-----CGA-A--CA----------------TA------AACGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AATTCTT-GA-T-GC----TTCA-TCA--GCTAAG-A-A-------------A-TCCT--AT-A-GCAT-T-------TTTT---ATT--AGTA-----A-T-----T--G-AA-AC----AGAG--C-A-TAAATA-AAAATGATAAA--TCTCAGC-GGGAGTAT-GT-TGCGAA----taaacggcaacaatgcatgttgaaattcttgatgcttcatcagctaagaaatcctatagcattttttattagtaattgaaacagagcataaataaaaatgataaatctcagcgggagtatgttgcgaa
gi|17 : gcctgacgtacgggtcaggcaAAGGATTAA--TC-AAAC-GGGAATAT-GT-TGCAAT----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATAT---------------------CGT--------A-ACA----------------------------------GTT-T--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGGCCA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----A
gi|17 : GTTTG----TATC-GCGC-AA-AGTTCAAGG---------TC---ATCGGCCATCGAAGAGTCCACTTCATATGTAGGTAAATGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACTTGGtgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacttgggggg
gi|18 : aaggattaatcaaacgggaatatgttgcaattacgaacaatctataaatatcgtaacaGCAAA----TTCT-GAAA-AATCT-ATAAATATT--TC-ATGGGGATCAC----CACTCAAAAAGA-ACAATTCCATTC-AC----A-------------ACAGGTTTC--GTGTCCGGC--GCAA----ACGTTCAA--TCA---GGTCA-TGGAAGA-GTC---------------------CACTTTAA-ATGTAGCGCTTAA----CACTTAGCATGGTTTG----Tgggg
gi|19 : --GC-CTGATA-CTAG----CGT--------ATACA--------T-GG----ACATTCCAATGAAAACAGGTT-C--GTA--------GCAA------GTTCAAGGTCA-TCGAACATTCGAAGA-GTCGAAGAGTTTGCGAAGGAGTCTCA-TTCAT-ACGTAG-GA-CAA----AAA------T-GTTTG----TTTC-GCTC-Tcatttctcagtaga
gi|2 : C-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----AAA
gi|2 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-A-----------------AAAGG--C--AGTTAA-CA-AT-G-CT----TGTTGTTCAA-AGTTTTT-GA-T-GCCG--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATCAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TAC--GAAC-TATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CAT------------------------------------------------TT-CA-GT-TC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGCGTA------CT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAGTAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGGggcagttaacaatgcttgttgttcaaagtttttgatgccgtccataagaaagaaatctatagcatttttattagtattgaaaacaaaacaacaagtaaaaaggatcaatcaagcgggagtatgttgcaaatacgaactatctataaatattgcctgatgtcaccatttcagttcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagtccacttcatatgtaggtaaaactggtttgtttcgcgctaagaagcgtactgttgaaattggaagacatagtattgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacccggg
gi|20 : cggcgtcaggcataacttaggtttaaACGT-C-AC-GGCGTC-------AGCA--ATATCTA-A-GGTT-TAA-TATTTTC-AT-GCTC---------G-------TC--A-GCAAT-----A---------T--CTA-AGGTTTAA----TATTGT-CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ATAA-C-AAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-Ag
gi|21 : gcctgACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAA
gi|21 : tgT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAA-A-CATTA------AAAGG--C--A----A-CG-AT-G-CA----TGTTG----A-AAATTTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--acattaaaaggcaacgatgcatgttgaaaattttgatgccttccataagaaacaaatctatagca
gi|22 : tgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AA-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAA
gi|22 : ctgcctgT--A----T-TTG--CAA-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAA-A-CAATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----T-TTG----acaataaaaggcaacaatgcatttgcccctgctattggtatg
gi|23 : ctgcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaa-AT-GT-TGCGAA----TGT--GAAC-AATCC-ATGAATAGT--GT-CTGATG-TCAA----TGT--------A-ACA--------C-GG------------------ACAGGTT-C--GTATC--AC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-cccctgctattggtatg
gi|24 : aaaaagaatgtttaatcctatattaAATATT--GC-CTGATG-TCAT----GGT--------A-ACATTCCAG--T-GA----A-------------ACTGGTT-C--GTA
gi|24 : ----AAC------TGGTTTG----CTTC-GCGC-TA-AG---------------------------ATTGGATGA---CA--TAAT----------------------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAactggtttgcttcgcgctaagattggatgacataatacaaagattatgcaatatgtgta
gi|25 : aatattgcctgatgtcatggtaacattccagtgaaactggttcgt----TGTTG----A-AGTTTTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-ACA-A-A-------------ACT-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATCA--AAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-G
gi|26 : ACAT-C-AC-GGCGTT-------AGGC--AGCACCT-AAGGTT-TAA-TATTTAT-TT-GTTACGAAACTGTG-------CG--A-ACAATTATGAA-----CAATT--
gi|26 : tgcctgT--A----T-TTA--TTT-GTTACGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--ATT-ATGA-A-CAATT------AAAGG--C--A----A-CA-GT-aaaggcaacagta
gi|27 : tgcctgacatcacggcgttaggcagcacctaaggtttaaTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TTACTGTTGAAATTGGTGGA---CA--TAGTAT---------TGTCAAAGAGAGCAAAGGTTAT-GCATT----ATGTGTAATAT--AC-TCCCGGa
gi|28 : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AA-GCTCCGAAA-TGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAAggtt
gi|28 : gcctgT--A----T-TTG--CAA-GCTCCGA-AA--TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAA-A-CAATA------AAAGG-----A----A-CA-AT-G-acaataaaaggaacaatggc
gi|29 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaTGT-G-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-T-----------------------------AAATTGGAAGA---CA--TAAT-T---------------------CAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAACCT--Agc
gi|3 : tccACGTGC-ACCGGCGTC-------CGGC--ATA------------------TTTGC-ATTGCTCCGACACTGTGGAAAATACA--A-ACAAT-----G-----C-ATG--TTG-AAGTT--T----T-TT----AT-GC
gi|3 : gT--A----T-TTG--CATTGCTCCGA-CAC-TG-T--G-GA-A---A--A-T-ACAA-A-CAAT------------------------------G-CA----TGTTG----A-AGTTTTT-TA-T-GCCT--TCCA-TAA--AA-AAACA-A-------------A-T-CT--CT-ATGCA--T-------TTTT---A-----GT------A-T-----TTGAAAA-AT----AAAA--CA-----GTG-AAAAGGATTAA--TCCAAGC-GGGAGCATTGT-TGCTAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATAT---GCGTTGATG-TCAC----TGT--------A-ACA--------CTGG----A-------------ACC--TT-C--TCAGT--GCATGCAA----AAGTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT------------------AAC------T-GTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---ATTGCAGCTAGAATG---TG--TAATcttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaagaagcttattgcagctagaatgtgtaatctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|3 : gacgtgcaccggcgtccggcaAAGCTTATTGCAGCTAGAATGTGTAATCT--AC-ACCCGGctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|30 : gacgtgcaccggcgtccggcatatttgcattgctccgacactgtggaaaatacaaacaatgcatgttgaagttttttatgccttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaagGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATAGT--GC-CTGGTG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------TCA-TTC-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGgtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|32 : CTA-A-GGTT-TAA-TATCTGCTAT--CTCCGAAACTTTG-------CG----ACAGC-----A-----CA
gi|33 : tctgacgtACGT-C-AC-GGCATC-------AGGC--ATA------------------TCTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------
gi|34 : tgcctg--TAATAT---------TGTCAGAGAG--CAAATATTAT-ATCAT----ATGTGTAATCT--AC-
gi|35 : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-T
gi|37 : ccctACGT-C-AC-AGCGTC-------AGGC--ATAAC
gi|4 : tattgcctgACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACATT-----AAAAGGCAACT--ATGCATGTT--GAAGTT-TTG---AT-GC
gi|4 : gcctgT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA----T-----------TA------AAAGG--C--A----A-CT-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTT-TT-GA-T-GCCT--TTCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--GGT------A-T-----T--TAAA-AC----ATAA--AAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCAT-GT-TGCAAA----TAT--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----TGT--------A-ATA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTG-C--AT--GCAA----A-GTTCAATGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-TAC---------------------CACTTCAT------------------AAC------AGGTTTG----TTTC-TCGC-TA-TG---AAGCTTA------TT---GTTGAAATctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaatgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|4 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaa----ATGTGTAACCT--AC-ACCCGGgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|5 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacattaaaaggcaactatgcatgttgaagttttgatgcctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaT--A----T-TTGGCCAT-GCTCCGA-AACGTG-T--GCGA-A--CA--A---AGAA-A-CAATA------AAAGG--T--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----AGAGTTCTT-GA-T-GCCT--TCC--TAA--GA-AAT-ACA-------------A-T-CT--TT-A-GCA--T-------TTTTTTTATT--AGT------AAT-----T--GAAA-ACGAGGAAAA--CAA-CAA-----------------TC-AAGC-GGGAG--------GTAAG----TGT----AC-TATCT-ATAAATATT--GC--TGATG-TCAC----GGT--------A-ACAATTC----C-AGTGAAA-------------ACTGGTT-C--GTATC--GC--GCAAGGG-A-GTTCAGGTTGACTCG--CA-T---ACA--TC---------------------CA--TTA----GTCG-G--T-A----AAC------TGTTTTG----TTTC-GCGC-TA-AA---AA--------------------AGACTGAAAGAG--AA--CAATAA---------T----------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAACCTGAACAACCCGGgtatgtgtgtgtgtggggg
gi|6 : a-GGCGTC-------AGGC--ATAACAT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAAgggtg
gi|6 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACA-------------------------A----A-CA----------------------------TT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATAA--AAA-C----A-AAAGGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCAT-GT-TGCAAA----TTC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-TTGATG-TCAC----TGTACAC----A-ACA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTG-C--AT--GCCA----A-GTTCTAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACCTCAT------------------AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGCTTAAGCTGATT---GTTGAAATacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaaatgtgtaatctacacccagggg
gi|6 : ggcgtcaggcataacataggtttaa----ATGTGTAATCT--AC-ACCCAGgtgtaatctacacccagggg
gi|7 : ggcgtcaggcataacataggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacaatacaaacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaa--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAAggg
gi|7 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-----------------A-CAATA------CAA------------A-CA----------------------------TT-AA-T--------CCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA--T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCAT-GT-TGCAAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCACTGTGCAT--------A-ACA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTA-C--AT--GCAAAGTTA-GTTCAAGGTCA-C--AACA-TCGAAGAGGTC---------------------CACTTCATAATGT----------------------TGGTTTG----TTTCAGCGCTTA-AG---AAGTTAA------TT---GTTGAAacattaatccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataacaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatacgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtgcataacatggaacattccagtacatgcaaagttagttcaaggtcacaacatcgaagaggtccacttcataatgttggtttgtttcagcgcttaagaagttaattgttgaatgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|8 : ataacttaggtttaaACGT-C-AC-GCGGTCCAATGGGGGGC--ATAACTT----------------TGC-AT-GCTCCGAA--TGTG-------CG--ACACAAT-----A-----CAAtgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|8 : gcctg----T-TTG--CAT-GCTCCGA-A---TG-T--GCGACA--CA--A-T-ACAA---CAATAT-----AAAGG--CTAA----A-CA-AT-GGCA----TGTTG----A-AAT-CTT-GAAT-GCTTGTTCAA-TAAA-GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--G--A-GCA--T-------TTTT---AAT--TGT------A-T-----T--GAAA-AC-----GAG--CAA-CAAGT--AAAATGATAAA--TC-AAGCGGGGAGTAT-GT-TGCGAA----TGT--GATC-AAT-T-AT-AATAGT--GC-CT--------------------------------------------------------------GGTT----GAAT---GC--GCAA----A-GTTCAAG--CC-T-----A-TCGACGA-G-C---------------------CACTTCAT--TGTAG-G--TAA----AAC------TGGTCAG----TTTT-GCGC-AATAG---AAGC---------caatataaaggctaaacaatggcatgttgaaatcttgaatgcttgttcaataaagaaagaaatctgagcatttttaattgtattgaaaacgagcaacaagtaaaatgataaatcaagcggggagtatgttgcgaatgtgatcaattataatagtgcctggttgaatgcgcaaagttcaagcctatcgacgagccacttcattgtaggtaaaactggtcagttttgcgcaatagaagc
gi|9 : gcctgacgtcacgcggtccaatggggggcataacT--A----T-TTG--CTA-GCTCCGA-AAC-TA-T--GCGA-A--CA--A-T-TTGA-A-CAAGC------AAAGG--C--A----A-CT-AT-A-CA----TATTG----A-AGTTATT-GA-T-GTCT--TGCA-T----GA-GAG-A-T-------------A-T-CTCCAC-A-GCATGT-------TTTT---ATT--AAT------A-T-----T--GGTA-AC----AAGG--CAG-CAAGTA-AAAATGATTCA--TC-AAGC-AGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATGAATATT--GC-CTAATA-TCAG----CGG--------A-ACT--------C-AG----A-------------A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TATAAACATTTCATGTGATCACATAACAATATATAATGTTCAAACATCCATGTTGCACAA
Unaligned ( gi|36 ): GGGGGGGCCTTAACATGATTTCACTGGGCGGT
Alignments
lowQualScore : 111 1 1111 1111111 1111111111111 1111111 111111 11111111 55555555555555555555555555555555555 11 111111 111111 222222222222222222222 111111111111111111 333333333333333 111 333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 8888888 33 0 2 2 2 2 2 4 7777777 33 2 66666 66666 111 0 1 22 4444 2 44 3 2 2 2 22 2 44 22 2 2222 2 2 2 1111111 33333 4444 2 2 2 2 4444 6666 2 66 2 2 2 0 33 2 55 2 33 2 3333333333333 2 2 66 2 2 5 2222222 999 33 000000 2 66666 66 2 5555 33 2 2 33 5 2 2 2 4444 0 55 2 4 22 2 2 4444 22222222 2 11111111111111111111111111111111111 2 22 5 33 33 111111 999999 3 3 666666666666666666666 777777777777777777 888888 5555 2 2 3 555 111111111111111 0 222 55 1 888888888888888888888 4 7777 55 4
lowQualScore : . . . ....... .. . . . . . . . ....... .. . ..... ..... ... . . .. .... . .. . . . . .. . .. .. . .... . . . ....... ..... .... . . . . .... .... . .. . . . . .. . .. . .. . ............. . . .. . . . ....... ... .. ...... . ..... .. . .... .. . . .. . . . . .... . .. . . .. . . .... ........ . ................................... . .. . .. .. ...... ...... . . ..................... .................. ...... .... . . . ... ............... . ... .. . ..................... . .... .. .
lowQualScore : 9 9 5 1111111 11 6 2 2 2 4 4 7 6666666 44 5 77777 77777 222 0 0 99 2222 0 88 8 0 0 0 88 0 88 88 0 9999 0 0 0 1111111 11111 5555 1 1 1 2 7777 9999 4 66 5 5 5 4 44 5 99 5 99 5 8888888888888 5 5 99 5 5 0 3333333 333 77 333333 7 77777 33 5 3333 44 5 5 77 3 7 5 5 7777 1 66 4 7 99 1 1 5555 11111111 1 33333333333333333333333333333333333 5 88 7 77 77 555555 222222 1 1 222222222222222222222 777777777777777777 222222 7777 7 7 1 444 000000000000000 3 222 55 9 888888888888888888888 0 1111 00 0
consensus : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATT--CTG-ANGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACGAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
Reference ( family-3292 ) : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATT--CTG-ANGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACGAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|1 : ACGT-C-AC-GGCGTT-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCAAAAC--TG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATTTCCTG-ACGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TC-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-CAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--TT-A-GCT-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GTAA-CC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAAC-GGGAGT---------AAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------T-GA----A-------------ACAGATT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCAAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-T--AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTAGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|10 : GC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------TG--A-ACAAT-----A-----CAA
gi|10 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GTGA-A--CA--A-T-ACAAA-G-G-TTT------AAAGG--aggtttaaaggattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|10 : gcataacttaggtttaaA-AC----AATA--CAA--AGGTT-TAAAGGATTGG--TC-AAGC-GGAAATAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATAGT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG------------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA-TCGAAGA-GTT---------------------CACTTCAT-TTGGAG-G--TAA----ATC------TGGTGCG----TTTA-GCGC-CA-AG---AAGC---------TT---ATTG---TTG---------A--T--TAT---------TGT---------CAAAGG--------AC----ATGTGTAGTCT--AC-ACCCattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|11 : gcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgtg-GCTCCGA-AAT-TA-T---CAA-A--CA--A-T---GAA-G-T-ATT------AAAGG--C--A----AACA-AT-A-CA----TG-----------------------CCT--TGCA-TGA---A-AAG-A-----------------T-CTTAAC-A-GTA-T-------TTCT---GAT--AAT------A-T-----TT-GGAA-AC----AAAG--CAAACAAGTA-AAA--TATTAAATTC-AAGC-GGGAGTTT-GTATGCAAA----CGC--GAAC-AATCTCATGAATATT--GC-CTATTG-TCAG----C-T--------A-ACA--------C-
gi|12 : ta--A----T-TTG--CAT-GCTCCGATAAC-TGATTAGCGA-AT-CA--A-T-ACGAACC-A-AT-------AAAGGCCC--A----A-CACATGG-CA----TGGTG----A-AATTCTTGGA-TGGCCT--TTCAGTGATTTA-AAT-A-ACTATATATTACCCA-T-CT--ATCA-ACC-T-------TTTTCTCACTTAAGTCTCTGAA-TCTCTCT--GAAAGAC-----AAA--CAA-CAAGTA-AAAcagaattctttatagagagtaaagtaataaaacaggttggtcgagcaaagtgcac
gi|13 : catggccgagctcacggctaataCTCCGA-ACT-TG-T---CGA-A--CATAA-TGATGAA-C-C-ATATATTCAAAAGG--C--A------------G-CA----GATTAC---A-AGT-----------------------A--GA-CAG-A-A---------------T-CT--AT-A-GCACT-------TTTT---ATT--AGT--------T-----T--GATA-AC----AAGG--C-A-CCAGTATAAAATGA-TAG--GC-AAAC-GGGAGTAC-AT-TATAAACTACTGCTTAAACTAACCTAATAGATATTTATA-CTGAGG-TCAC----CGT--------T-ACA--------tgataatgttgcgagtgtgat
gi|14 : ACGT-CTAC-GGAATT-------AGGCCTATAACTTTA-GGTTATAAATATTTGC-ATTGCTCCGAAACTGTG-------CGGAG-ACAAT-----A-----CAAaatgtgattgcag
gi|14 : cctgT--A----T-TTG--CATTGCTCCGA-AAC-TG-T--GCGG-AGACA--A-T-AC-AA-C-ACATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CAAACGTTTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GC-T--TCCT-TA---GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-TTTTTTAATTTT---ATT--AAT------A-T-----T--GAAA-AC----ACAAGGCAA-CAAACA-GAAcacataaaaggcaacaatgcaaacgttttgaagttcttgatgcttccttagaaagaaatctatagcattttttaattttattaatattgaaaacacaaggcaacaaacagaag
gi|15 : cctgacgtctacggaattaggcctataactttaggttataaaAT-GT-AGCAAA----TTC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--TC-ATGGGG-TCAC----CAT--------A-ACA--------A-GA----ACAATTCCATTCAAACAGGTT-C--GTGTC--GC--GCAA----C-GTTCAAGGTCA-T-G-------GAAGA-GTC---------------------CACTTTAC-ATGTAG-G--TAAACTTAGC------TGGTTTGTCATTTTC-GTGC-g
gi|16 : taaacggaatattaataacaatacaacACGT---AC-GG-GTC-------AGGC--ATA------------------TTTGC-TT-GCTCCGAAGC--TG-------CG--A-ACA
gi|16 : gcctgT--A----T-TTG--CTT-GCTCCGA-AGC-TG---------------------CGAA-C-A--TA------AACGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AATTCTT-GA-T-GC----TTCA-TCA--GCTAAG-A-A-------------A-TCCT--AT-A-GCATT-------TTTT---ATT--AGTA-----A-T-----T--G-AA-AC----AGAG--C-A-TAAATA-AAAATGATAAA--TCTCAGC-GGGAGTAT-GT-TGCGAA----taaacggcaacaatgcatgttgaaattcttgatgcttcatcagctaagaaatcctatagcattttttattagtaattgaaacagagcataaataaaaatgataaatctcagcgggagtatgttgcgaa
gi|17 : gcctgacgtacgggtcaggcaAAGGATTAA--TC-AAAC-GGGAATAT-GT-TGCAAT----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATAT---------------------CGT--------A-ACA----------------------------------GTT-T--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGGCCA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----A
gi|17 : GTTTG----TATC-GCGC-AA-AGTTCAAGG---------TC---ATCGGCCATCGAAGAGTCCACTTCATATGTAGGTAAATGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACTTGGtgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacttgggggg
gi|18 : aaggattaatcaaacgggaatatgttgcaattacgaacaatctataaatatcgtaacaGCAAA----TTCT-GAAA-AATCT-ATAAATATT--TC-ATGGGGATCAC----CACTCAAAAAGA-ACAATTCCATTC-AC----A-------------ACAGGTTTC--GTGTCCGGC--GCAA----ACGTTCAA--TCA---GGTCA-TGGAAGA-GTC---------------------CACTTTAA-ATGTAGCGCTTAA----CACTTAGCATGGTTTG----Tgggg
gi|19 : --GC-CTGATA-CTAG----CGT--------ATACA--------T-GG----ACATTCCAATGAAAACAGGTT-C--GTA--------GCAA------GTTCAAGGTCA-TCGAACATTCGAAGA-GTCGAAGAGTTTGCGAAGGAGTCTCA-TTCAT-ACGTAG-GA-CAA----AAA------T-GTTTG----TTTC-GCTC-Tcatttctcagtaga
gi|2 : C-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----AAA
gi|2 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-A------------------AAAGG--C--AGTTAA-CA-AT-G-CT----TGTTGTTCAA-AGTTTTT-GA-T-GCCG--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATCAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TAC--GAAC-TATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CAT------------------------------------------------TT-CA-GT-TC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGCGTA------CT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAGTAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGGggcagttaacaatgcttgttgttcaaagtttttgatgccgtccataagaaagaaatctatagcatttttattagtattgaaaacaaaacaacaagtaaaaaggatcaatcaagcgggagtatgttgcaaatacgaactatctataaatattgcctgatgtcaccatttcagttcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagtccacttcatatgtaggtaaaactggtttgtttcgcgctaagaagcgtactgttgaaattggaagacatagtattgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacccggg
gi|20 : cggcgtcaggcataacttaggtttaaACGT-C-AC-GGCGTC-------AGCA--ATATCTA-A-GGTT-TAA-TATTTTC-AT-GCTC---------G-------TC--A-GCAAT-----A---------T--CTA-AGGTTTAA----TATTGT-CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-AT-AA-CAA-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-Ag
gi|21 : gcctgACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAA
gi|21 : tgT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAAA-C-A-TTA------AAAGG--C--A----A-CG-AT-G-CA----TGTTG----A-AAATTTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-acattaaaaggcaacgatgcatgttgaaaattttgatgccttccataagaaacaaatctatagca
gi|22 : tgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AA-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAA
gi|22 : ctgcctgT--A----T-TTG--CAA-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----T-TTG----acaataaaaggcaacaatgcatttgcccctgctattggtatg
gi|23 : ctgcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaAT-GT-TGCGAA----TGT--GAAC-AATCC-ATGAATAGT--GT-CTGATG-TCAA----TGT--------A-ACA--------C-GG------------------ACAGGTT-C--GTATC--AC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-cccctgctattggtatg
gi|24 : aaaaagaatgtttaatcctatattaAATATT--GC-CTGATG-TCAT----GGT--------A-ACATTCCAG--T-GA----A-------------ACTGGTT-C--GTA
gi|24 : ----AAC------TGGTTTG----CTTC-GCGC-TA-AG---------------------------ATTGGATGA---CA--TAAT----------------------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAactggtttgcttcgcgctaagattggatgacataatacaaagattatgcaatatgtgta
gi|25 : aatattgcctgatgtcatggtaacattccagtgaaactggttcgt----TGTTG----A-AGTTTTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-ACA-A-A-------------ACT-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATCA--AAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-G
gi|26 : ACAT-C-AC-GGCGTT-------AGGC--AGCACCT-AAGGTT-TAA-TATTTAT-TT-GTTACGAAACTGTG-------CG--A-ACAATTATGAA-----CAATT--
gi|26 : tgcctgT--A----T-TTA--TTT-GTTACGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--ATT-ATGAA-C-A-ATT------AAAGG--C--A----A-CA-GT-aaaggcaacagta
gi|27 : tgcctgacatcacggcgttaggcagcacctaaggtttaaTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TTACTGTTGAAATTGGTGGA---CA--TAGTAT---------TGTCAAAGAGAGCAAAGGTTAT-GCATT----ATGTGTAATAT--AC-TCCCGGa
gi|28 : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AA-GCTCCGAAA-TGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAAggtt
gi|28 : gcctgT--A----T-TTG--CAA-GCTCCGA-AA--TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAAA-C-A-ATA------AAAGG-----A----A-CA-AT-G-acaataaaaggaacaatggc
gi|29 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaTGT-G-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-T-----------------------------AAATTGGAAGA---CA--TAAT-T---------------------CAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAACCT--Agc
gi|3 : tccACGTGC-ACCGGCGTC-------CGGC--ATA------------------TTTGC-ATTGCTCCGACACTGTGGAAAATACA--A-ACAAT-----G-----C-ATG--TTG-AAGTT--T----T-TT----AT-GC
gi|3 : gT--A----T-TTG--CATTGCTCCGA-CAC-TG-T--G-GA-A---A--A-T-ACAAA-C-A-AT------------------------------G-CA----TGTTG----A-AGTTTTT-TA-T-GCCT--TCCA-TAA--AA-AAACA-A-------------A-T-CT--CT-ATGCA-T-------TTTT---A-----GT------A-T-----TTGAAAA-AT----AAAA--CA-----GTG-AAAAGGATTAA--TCCAAGC-GGGAGCATTGT-TGCTAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATAT---GCGTTGATG-TCAC----TGT--------A-ACA--------CTGG----A-------------ACC--TT-C--TCAGT--GCATGCAA----AAGTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT------------------AAC------T-GTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---ATTGCAGCTAGAATG---TG--TAATcttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaagaagcttattgcagctagaatgtgtaatctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|3 : gacgtgcaccggcgtccggcaAAGCTTATTGCAGCTAGAATGTGTAATCT--AC-ACCCGGctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|30 : gacgtgcaccggcgtccggcatatttgcattgctccgacactgtggaaaatacaaacaatgcatgttgaagttttttatgccttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaagGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATAGT--GC-CTGGTG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------TCA-TTC-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGgtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|32 : CTA-A-GGTT-TAA-TATCTGCTAT--CTCCGAAACTTTG-------CG----ACAGC-----A-----CA
gi|33 : tctgacgtACGT-C-AC-GGCATC-------AGGC--ATA------------------TCTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------
gi|34 : tgcctg--TAATAT---------TGTCAGAGAG--CAAATATTAT-ATCAT----ATGTGTAATCT--AC-
gi|35 : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-T
gi|37 : ccctACGT-C-AC-AGCGTC-------AGGC--ATAAC
gi|4 : tattgcctgACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACATT-----AAAAGGCAACT--ATGCATGTT--GAAGTT-TTG---AT-GC
gi|4 : gcctgT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA----T------------TA------AAAGG--C--A----A-CT-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTT-TT-GA-T-GCCT--TTCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--GGT------A-T-----T--TAAA-AC----ATAA--AAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCAT-GT-TGCAAA----TAT--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----TGT--------A-ATA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTG-C--AT--GCAA----A-GTTCAATGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-TAC---------------------CACTTCAT------------------AAC------AGGTTTG----TTTC-TCGC-TA-TG---AAGCTTA------TT---GTTGAAATctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaatgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|4 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaa----ATGTGTAACCT--AC-ACCCGGgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|5 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacattaaaaggcaactatgcatgttgaagttttgatgcctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaT--A----T-TTGGCCAT-GCTCCGA-AACGTG-T--GCGA-A--CA--A---AGAAA-C-A-ATA------AAAGG--T--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----AGAGTTCTT-GA-T-GCCT--TCC--TAA--GA-AAT-ACA-------------A-T-CT--TT-A-GCA-T-------TTTTTTTATT--AGT------AAT-----T--GAAA-ACGAGGAAAA--CAA-CAA-----------------TC-AAGC-GGGAG--------GTAAG----TGT----AC-TATCT-ATAAATATT--GC--TGATG-TCAC----GGT--------A-ACAATTC----C-AGTGAAA-------------ACTGGTT-C--GTATC--GC--GCAAGGG-A-GTTCAGGTTGACTCG--CA-T---ACA--TC---------------------CA--TTA----GTCG-G--T-A----AAC------TGTTTTG----TTTC-GCGC-TA-AA---AA--------------------AGACTGAAAGAG--AA--CAATAA---------T----------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAACCTGAACAACCCGGgtatgtgtgtgtgtggggg
gi|6 : a-GGCGTC-------AGGC--ATAACAT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAAgggtg
gi|6 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-A-----C-A-A-----------------------A-CA----------------------------TT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATAA--AAA-CAA-----AAGGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCAT-GT-TGCAAA----TTC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-TTGATG-TCAC----TGTACAC----A-ACA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTG-C--AT--GCCA----A-GTTCTAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACCTCAT------------------AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGCTTAAGCTGATT---GTTGAAATacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaaatgtgtaatctacacccagggg
gi|6 : ggcgtcaggcataacataggtttaa----ATGTGTAATCT--AC-ACCCAGgtgtaatctacacccagggg
gi|7 : ggcgtcaggcataacataggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacaatacaaacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaa--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAAggg
gi|7 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA----------------A-C-A-ATA------CAA------------A-CA----------------------------TT-AA-T--------CCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCAT-GT-TGCAAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCACTGTGCAT--------A-ACA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTA-C--AT--GCAAAGTTA-GTTCAAGGTCA-C--AACA-TCGAAGAGGTC---------------------CACTTCATAATGT----------------------TGGTTTG----TTTCAGCGCTTA-AG---AAGTTAA------TT---GTTGAAacattaatccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataacaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatacgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtgcataacatggaacattccagtacatgcaaagttagttcaaggtcacaacatcgaagaggtccacttcataatgttggtttgtttcagcgcttaagaagttaattgttgaatgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|8 : ataacttaggtttaaACGT-C-AC-GCGGTCCAATGGGGGGC--ATAACTT----------------TGC-AT-GCTCCGAA--TGTG-------CG--ACACAAT-----A-----CAAtgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|8 : gcctg----T-TTG--CAT-GCTCCGA-A---TG-T--GCGACA--CA--A-T-AC-AA-C-A-ATAT-----AAAGG--CTAA----A-CA-AT-GGCA----TGTTG----A-AAT-CTT-GAAT-GCTTGTTCAA-TAAA-GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--G--A-GCA-T-------TTTT---AAT--TGT------A-T-----T--GAAA-AC----GAG---CAA-CAAGT--AAAATGATAAA--TC-AAGCGGGGAGTAT-GT-TGCGAA----TGT--GATC-AAT-T-AT-AATAGT--GC-CT--------------------------------------------------------------GGTT----GAAT---GC--GCAA----A-GTTCAAG--CC-T-----A-TCGACGA-G-C---------------------CACTTCAT--TGTAG-G--TAA----AAC------TGGTCAG----TTTT-GCGC-AATAG---AAGC---------caatataaaggctaaacaatggcatgttgaaatcttgaatgcttgttcaataaagaaagaaatctgagcatttttaattgtattgaaaacgagcaacaagtaaaatgataaatcaagcggggagtatgttgcgaatgtgatcaattataatagtgcctggttgaatgcgcaaagttcaagcctatcgacgagccacttcattgtaggtaaaactggtcagttttgcgcaatagaagc
gi|9 : gcctgacgtcacgcggtccaatggggggcataacT--A----T-TTG--CTA-GCTCCGA-AAC-TA-T--GCGA-A--CA--A-T-TTGAA-C-A-AGC------AAAGG--C--A----A-CT-AT-A-CA----TATTG----A-AGTTATT-GA-T-GTCT--TGCA-TGA--GA---G-A-T-------------A-T-CTCCAC-A-GCA-TGT-----TTTT---ATT--AAT------A-T-----T--GGTA-AC----AAGG--CAG-CAAGTA-AAAATGATTCA--TC-AAGC-AGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATGAATATT--GC-CTAATA-TCAG----CGG--------A-ACT--------C-AG----A-------------A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TATAAACATTTCATGTGATCACATAACAATATATAATGTTCAAACATCCATGTTGCACAA
Unaligned ( gi|36 ): GGGGGGGCCTTAACATGATTTCACTGGGCGGT
Alignments
lowQualScore : 111 1 1111 1111111 1111111111111 1111111 111111 11111111 55555555555555555555555555555555555 11 111111 111111 222222222222222222222 111111111111111111 333333333333333 111 333333333333333333333
lowQualScore : 2 2 2 8888888 33 0 2 2 2 2 2 4 7777777 33 2 66666 66666 111 0 1 22 4444 2 44 3 2 2 2 22 2 44 22 2 2222 2 2 2 1111111 33333 4444 2 2 2 2 4444 6666 2 66 2 2 2 0 33 2 55 2 33 2 3333333333333 2 2 66 2 2 5 2222222 999 33 000000 2 66666 66 2 5555 33 2 2 33 5 2 2 2 4444 0 55 2 4 22 2 2 4444 22222222 2 11111111111111111111111111111111111 2 22 5 33 33 111111 999999 3 3 666666666666666666666 777777777777777777 888888 5555 2 2 3 555 111111111111111 0 222 55 1 888888888888888888888 4 7777 55 4
lowQualScore : . . . ....... .. . . . . . . . ....... .. . ..... ..... ... . . .. .... . .. . . . . .. . .. .. . .... . . . ....... ..... .... . . . . .... .... . .. . . . . .. . .. . .. . ............. . . .. . . . ....... ... .. ...... . ..... .. . .... .. . . .. . . . . .... . .. . . .. . . .... ........ . ................................... . .. . .. .. ...... ...... . . ..................... .................. ...... .... . . . ... ............... . ... .. . ..................... . .... .. .
lowQualScore : 9 9 5 1111111 11 6 2 2 2 4 4 7 6666666 44 5 77777 77777 222 0 0 99 2222 0 88 8 0 0 0 88 0 88 88 0 9999 0 0 0 1111111 11111 5555 1 1 1 2 7777 9999 4 66 5 5 5 4 44 5 99 5 99 5 8888888888888 5 5 99 5 5 0 3333333 333 77 333333 7 77777 33 5 3333 44 5 5 77 3 7 5 5 7777 1 66 4 7 99 1 1 5555 11111111 1 33333333333333333333333333333333333 5 88 7 77 77 555555 222222 1 1 222222222222222222222 777777777777777777 222222 7777 7 7 1 444 000000000000000 3 222 55 9 888888888888888888888 0 1111 00 0
consensus : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATT--CTG-ANGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACGAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
Reference ( family-3292 ) : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATT--CTG-ANGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACGAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|1 : ACGT-C-AC-GGCGTT-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCAAAAC--TG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATTTCCTG-ACGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TC-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-CAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--TT-A-GCT-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GTAA-CC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAAC-GGGAGT---------AAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------T-GA----A-------------ACAGATT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCAAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-T--AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTAGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|10 : GC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------TG--A-ACAAT-----A-----CAA
gi|10 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GTGA-A--CA--A-T-ACAAA-G-G-TTT------AAAGG--aggtttaaaggattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|10 : gcataacttaggtttaaA-AC----AATA--CAA--AGGTT-TAAAGGATTGG--TC-AAGC-GGAAATAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATAGT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG------------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA-TCGAAGA-GTT---------------------CACTTCAT-TTGGAG-G--TAA----ATC------TGGTGCG----TTTA-GCGC-CA-AG---AAGC---------TT---ATTG---TTG---------A--T--TAT---------TGT---------CAAAGG--------AC----ATGTGTAGTCT--AC-ACCCattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|11 : gcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgtg-GCTCCGA-AAT-TA-T---CAA-A--CA--A-T---GAA-G-T-ATT------AAAGG--C--A----AACA-AT-A-CA----TG-----------------------CCT--TGCA-TGA---A-AAG-A-----------------T-CTTAAC-A-GTA-T-------TTCT---GAT--AAT------A-T-----TT-GGAA-AC----AAAG--CAAACAAGTA-AAA--TATTAAATTC-AAGC-GGGAGTTT-GTATGCAAA----CGC--GAAC-AATCTCATGAATATT--GC-CTATTG-TCAG----C-T--------A-ACA--------C-
gi|12 : ta--A----T-TTG--CAT-GCTCCGATAAC-TGATTAGCGA-AT-CA--A-T-ACGAACC-A-AT-------AAAGGCCC--A----A-CACATGG-CA----TGGTG----A-AATTCTTGGA-TGGCCT--TTCAGTGATTTA-AAT-A-ACTATATATTACCCA-T-CT--ATCA-ACC-T-------TTTTCTCACTTAAGTCTCTGAA-TCTCTCT--GAAAGAC-----AAA--CAA-CAAGTA-AAAcagaattctttatagagagtaaagtaataaaacaggttggtcgagcaaagtgcac
gi|13 : catggccgagctcacggctaataCTCCGA-ACT-TG-T---CGA-A--CATAA-TGATGAA-C-C-ATATATTCAAAAGG--C--A------------G-CA----GATTAC---A-AGT-----------------------A--GA-CAG-A-A---------------T-CT--AT-A-GCACT-------TTTT---ATT--AGT--------T-----T--GATA-AC----AAGG--C-A-CCAGTATAAAATGA-TAG--GC-AAAC-GGGAGTAC-AT-TATAAACTACTGCTTAAACTAACCTAATAGATATTTATA-CTGAGG-TCAC----CGT--------T-ACA--------tgataatgttgcgagtgtgat
gi|14 : ACGT-CTAC-GGAATT-------AGGCCTATAACTTTA-GGTTATAAATATTTGC-ATTGCTCCGAAACTGTG-------CGGAG-ACAAT-----A-----CAAaatgtgattgcag
gi|14 : cctgT--A----T-TTG--CATTGCTCCGA-AAC-TG-T--GCGG-AGACA--A-T-AC-AA-C-ACATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CAAACGTTTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GC-T--TCCT-TA---GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-TTTTTTAATTTT---ATT--AAT------A-T-----T--GAAA-AC----ACAAGGCAA-CAAACA-GAAcacataaaaggcaacaatgcaaacgttttgaagttcttgatgcttccttagaaagaaatctatagcattttttaattttattaatattgaaaacacaaggcaacaaacagaag
gi|15 : cctgacgtctacggaattaggcctataactttaggttataaaAT-GT-AGCAAA----TTC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--TC-ATGGGG-TCAC----CAT--------A-ACA--------A-GA----ACAATTCCATTCAAACAGGTT-C--GTGTC--GC--GCAA----C-GTTCAAGGTCA-T-G-------GAAGA-GTC---------------------CACTTTAC-ATGTAG-G--TAAACTTAGC------TGGTTTGTCATTTTC-GTGC-g
gi|16 : taaacggaatattaataacaatacaacACGT---AC-GG-GTC-------AGGC--ATA------------------TTTGC-TT-GCTCCGAAGC--TG-------CG--A-ACA
gi|16 : gcctgT--A----T-TTG--CTT-GCTCCGA-AGC-TG---------------------CGAA-C-A--TA------AACGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AATTCTT-GA-T-GC----TTCA-TCA--GCTAAG-A-A-------------A-TCCT--AT-A-GCATT-------TTTT---ATT--AGTA-----A-T-----T--G-AA-AC----AGAG--C-A-TAAATA-AAAATGATAAA--TCTCAGC-GGGAGTAT-GT-TGCGAA----taaacggcaacaatgcatgttgaaattcttgatgcttcatcagctaagaaatcctatagcattttttattagtaattgaaacagagcataaataaaaatgataaatctcagcgggagtatgttgcgaa
gi|17 : gcctgacgtacgggtcaggcaAAGGATTAA--TC-AAAC-GGGAATAT-GT-TGCAAT----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATAT---------------------CGT--------A-ACA----------------------------------GTT-T--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGGCCA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----A
gi|17 : GTTTG----TATC-GCGC-AA-AGTTCAAGG---------TC---ATCGGCCATCGAAGAGTCCACTTCATATGTAGGTAAATGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACTTGGtgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacttgggggg
gi|18 : aaggattaatcaaacgggaatatgttgcaattacgaacaatctataaatatcgtaacaGCAAA----TTCT-GAAA-AATCT-ATAAATATT--TC-ATGGGGATCAC----CACTCAAAAAGA-ACAATTCCATTC-AC----A-------------ACAGGTTTC--GTGTCCGGC--GCAA----ACGTTCAA--TCA---GGTCA-TGGAAGA-GTC---------------------CACTTTAA-ATGTAGCGCTTAA----CACTTAGCATGGTTTG----Tgggg
gi|19 : --GC-CTGATA-CTAG----CGT--------ATACA--------T-GG----ACATTCCAATGAAAACAGGTT-C--GTA--------GCAA------GTTCAAGGTCA-TCGAACATTCGAAGA-GTCGAAGAGTTTGCGAAGGAGTCTCA-TTCAT-ACGTAG-GA-CAA----AAA------T-GTTTG----TTTC-GCTC-Tcatttctcagtaga
gi|2 : C-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----AAA
gi|2 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-A------------------AAAGG--C--AGTTAA-CA-AT-G-CT----TGTTGTTCAA-AGTTTTT-GA-T-GCCG--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATCAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TAC--GAAC-TATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CAT------------------------------------------------TT-CA-GT-TC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGCGTA------CT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAGTAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGGggcagttaacaatgcttgttgttcaaagtttttgatgccgtccataagaaagaaatctatagcatttttattagtattgaaaacaaaacaacaagtaaaaaggatcaatcaagcgggagtatgttgcaaatacgaactatctataaatattgcctgatgtcaccatttcagttcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagtccacttcatatgtaggtaaaactggtttgtttcgcgctaagaagcgtactgttgaaattggaagacatagtattgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacccggg
gi|20 : cggcgtcaggcataacttaggtttaaACGT-C-AC-GGCGTC-------AGCA--ATATCTA-A-GGTT-TAA-TATTTTC-AT-GCTC---------G-------TC--A-GCAAT-----A---------T--CTA-AGGTTTAA----TATTGT-CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-AT-AA-CAA-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-Ag
gi|21 : gcctgACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAA
gi|21 : tgT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAAA-C-A-TTA------AAAGG--C--A----A-CG-AT-G-CA----TGTTG----A-AAATTTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-acattaaaaggcaacgatgcatgttgaaaattttgatgccttccataagaaacaaatctatagca
gi|22 : tgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AA-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAA
gi|22 : ctgcctgT--A----T-TTG--CAA-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----T-TTG----acaataaaaggcaacaatgcatttgcccctgctattggtatg
gi|23 : ctgcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaAT-GT-TGCGAA----TGT--GAAC-AATCC-ATGAATAGT--GT-CTGATG-TCAA----TGT--------A-ACA--------C-GG------------------ACAGGTT-C--GTATC--AC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-cccctgctattggtatg
gi|24 : aaaaagaatgtttaatcctatattaAATATT--GC-CTGATG-TCAT----GGT--------A-ACATTCCAG--T-GA----A-------------ACTGGTT-C--GTA
gi|24 : ----AAC------TGGTTTG----CTTC-GCGC-TA-AG---------------------------ATTGGATGA---CA--TAAT----------------------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAactggtttgcttcgcgctaagattggatgacataatacaaagattatgcaatatgtgta
gi|25 : aatattgcctgatgtcatggtaacattccagtgaaactggttcgt----TGTTG----A-AGTTTTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-ACA-A-A-------------ACT-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATCA--AAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-G
gi|26 : ACAT-C-AC-GGCGTT-------AGGC--AGCACCT-AAGGTT-TAA-TATTTAT-TT-GTTACGAAACTGTG-------CG--A-ACAATTATGAA-----CAATT--
gi|26 : tgcctgT--A----T-TTA--TTT-GTTACGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--ATT-ATGAA-C-A-ATT------AAAGG--C--A----A-CA-GT-aaaggcaacagta
gi|27 : tgcctgacatcacggcgttaggcagcacctaaggtttaaTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TTACTGTTGAAATTGGTGGA---CA--TAGTAT---------TGTCAAAGAGAGCAAAGGTTAT-GCATT----ATGTGTAATAT--AC-TCCCGGa
gi|28 : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AA-GCTCCGAAA-TGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAAggtt
gi|28 : gcctgT--A----T-TTG--CAA-GCTCCGA-AA--TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAAA-C-A-ATA------AAAGG-----A----A-CA-AT-G-acaataaaaggaacaatggc
gi|29 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaTGT-G-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-T-----------------------------AAATTGGAAGA---CA--TAAT-T---------------------CAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAACCT--Agc
gi|3 : tccACGTGC-ACCGGCGTC-------CGGC--ATA------------------TTTGC-ATTGCTCCGACACTGTGGAAAATACA--A-ACAAT-----G-----C-ATG--TTG-AAGTT--T----T-TT----AT-GC
gi|3 : gT--A----T-TTG--CATTGCTCCGA-CAC-TG-T--G-GA-A---A--A-T-ACAAA-C-A-AT------------------------------G-CA----TGTTG----A-AGTTTTT-TA-T-GCCT--TCCA-TAA--AA-AAACA-A-------------A-T-CT--CT-ATGCA-T-------TTTT---A-----GT------A-T-----TTGAAAA-AT----AAAA--CA-----GTG-AAAAGGATTAA--TCCAAGC-GGGAGCATTGT-TGCTAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATAT---GCGTTGATG-TCAC----TGT--------A-ACA--------CTGG----A-------------ACC--TT-C--TCAGT--GCATGCAA----AAGTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT------------------AAC------T-GTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---ATTGCAGCTAGAATG---TG--TAATcttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaagaagcttattgcagctagaatgtgtaatctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|3 : gacgtgcaccggcgtccggcaAAGCTTATTGCAGCTAGAATGTGTAATCT--AC-ACCCGGctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|30 : gacgtgcaccggcgtccggcatatttgcattgctccgacactgtggaaaatacaaacaatgcatgttgaagttttttatgccttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaagGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATAGT--GC-CTGGTG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------TCA-TTC-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGgtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|32 : CTA-A-GGTT-TAA-TATCTGCTAT--CTCCGAAACTTTG-------CG----ACAGC-----A-----CA
gi|33 : tctgacgtACGT-C-AC-GGCATC-------AGGC--ATA------------------TCTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------
gi|34 : tgcctg--TAATAT---------TGTCAGAGAG--CAAATATTAT-ATCAT----ATGTGTAATCT--AC-
gi|35 : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-T
gi|37 : ccctACGT-C-AC-AGCGTC-------AGGC--ATAAC
gi|4 : tattgcctgACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACATT-----AAAAGGCAACT--ATGCATGTT--GAAGTT-TTG---AT-GC
gi|4 : gcctgT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA----T------------TA------AAAGG--C--A----A-CT-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTT-TT-GA-T-GCCT--TTCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--GGT------A-T-----T--TAAA-AC----ATAA--AAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCAT-GT-TGCAAA----TAT--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----TGT--------A-ATA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTG-C--AT--GCAA----A-GTTCAATGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-TAC---------------------CACTTCAT------------------AAC------AGGTTTG----TTTC-TCGC-TA-TG---AAGCTTA------TT---GTTGAAATctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaatgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|4 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaa----ATGTGTAACCT--AC-ACCCGGgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|5 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacattaaaaggcaactatgcatgttgaagttttgatgcctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaT--A----T-TTGGCCAT-GCTCCGA-AACGTG-T--GCGA-A--CA--A---AGAAA-C-A-ATA------AAAGG--T--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----AGAGTTCTT-GA-T-GCCT--TCC--TAA--GA-AAT-ACA-------------A-T-CT--TT-A-GCA-T-------TTTTTTTATT--AGT------AAT-----T--GAAA-ACGAGGAAAA--CAA-CAA-----------------TC-AAGC-GGGAG--------GTAAG----TGT----AC-TATCT-ATAAATATT--GC--TGATG-TCAC----GGT--------A-ACAATTC----C-AGTGAAA-------------ACTGGTT-C--GTATC--GC--GCAAGGG-A-GTTCAGGTTGACTCG--CA-T---ACA--TC---------------------CA--TTA----GTCG-G--T-A----AAC------TGTTTTG----TTTC-GCGC-TA-AA---AA--------------------AGACTGAAAGAG--AA--CAATAA---------T----------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAACCTGAACAACCCGGgtatgtgtgtgtgtggggg
gi|6 : a-GGCGTC-------AGGC--ATAACAT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAAgggtg
gi|6 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-A-----C-A-A-----------------------A-CA----------------------------TT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATAA--AAA-CAA-----AAGGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCAT-GT-TGCAAA----TTC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-TTGATG-TCAC----TGTACAC----A-ACA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTG-C--AT--GCCA----A-GTTCTAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACCTCAT------------------AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGCTTAAGCTGATT---GTTGAAATacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaaatgtgtaatctacacccagggg
gi|6 : ggcgtcaggcataacataggtttaa----ATGTGTAATCT--AC-ACCCAGgtgtaatctacacccagggg
gi|7 : ggcgtcaggcataacataggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacaatacaaacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaa--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAAggg
gi|7 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA----------------A-C-A-ATA------CAA------------A-CA----------------------------TT-AA-T--------CCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCAT-GT-TGCAAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCACTGTGCAT--------A-ACA--------T-GG----A-------------ACA--TT-CCAGTA-C--AT--GCAAAGTTA-GTTCAAGGTCA-C--AACA-TCGAAGAGGTC---------------------CACTTCATAATGT----------------------TGGTTTG----TTTCAGCGCTTA-AG---AAGTTAA------TT---GTTGAAacattaatccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataacaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatacgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtgcataacatggaacattccagtacatgcaaagttagttcaaggtcacaacatcgaagaggtccacttcataatgttggtttgtttcagcgcttaagaagttaattgttgaatgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|8 : ataacttaggtttaaACGT-C-AC-GCGGTCCAATGGGGGGC--ATAACTT----------------TGC-AT-GCTCCGAA--TGTG-------CG--ACACAAT-----A-----CAAtgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|8 : gcctg----T-TTG--CAT-GCTCCGA-A---TG-T--GCGACA--CA--A-T-AC-AA-C-A-ATAT-----AAAGG--CTAA----A-CA-AT-GGCA----TGTTG----A-AAT-CTT-GAAT-GCTTGTTCAA-TAAA-GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--G--A-GCA-T-------TTTT---AAT--TGT------A-T-----T--GAAA-AC----GAG---CAA-CAAGT--AAAATGATAAA--TC-AAGCGGGGAGTAT-GT-TGCGAA----TGT--GATC-AAT-T-AT-AATAGT--GC-CT--------------------------------------------------------------GGTT----GAAT---GC--GCAA----A-GTTCAAG--CC-T-----A-TCGACGA-G-C---------------------CACTTCAT--TGTAG-G--TAA----AAC------TGGTCAG----TTTT-GCGC-AATAG---AAGC---------caatataaaggctaaacaatggcatgttgaaatcttgaatgcttgttcaataaagaaagaaatctgagcatttttaattgtattgaaaacgagcaacaagtaaaatgataaatcaagcggggagtatgttgcgaatgtgatcaattataatagtgcctggttgaatgcgcaaagttcaagcctatcgacgagccacttcattgtaggtaaaactggtcagttttgcgcaatagaagc
gi|9 : gcctgacgtcacgcggtccaatggggggcataacT--A----T-TTG--CTA-GCTCCGA-AAC-TA-T--GCGA-A--CA--A-T-TTGAA-C-A-AGC------AAAGG--C--A----A-CT-AT-A-CA----TATTG----A-AGTTATT-GA-T-GTCT--TGCA-TGA--GA---G-A-T-------------A-T-CTCCAC-A-GCA-TGT-----TTTT---ATT--AAT------A-T-----T--GGTA-AC----AAGG--CAG-CAAGTA-AAAATGATTCA--TC-AAGC-AGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATGAATATT--GC-CTAATA-TCAG----CGG--------A-ACT--------C-AG----A-------------A
blockSeqs : G T C CAATGGG CT T A A A T T GAAAATA GA C TATGA AAAGG C C G TA AAGT A GC T T G A TA C GA TA T GATG C A C ATATTCA CCC GTTA A C G G AACG TTCA G TC G A G GT G TT T AC C CTATATATTACCC C C TA C T C TTTTTAA CTC TA CTCTGA A CTCTC TG G GAGG GG A T AT T G T A CTAC TT T C TA G A TGTG TCAAAAAG T AGAACAATTCCATTCAAACAGG T CA T CG AT AGTTA TCGGC T G GAAGAGTTTGCGAAGGAGTCT ATGTAGGTAAACTT TTAGCA TCAT A T T TTC TTAAGCTGATTG GTC CT A GTAGGTAAATGTCAGAGAGAA T TAGA GA A
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . T . A . . . T T . . . . . T . . ACA . . . AT CTA . . . . . . C . TC . . . . . A . G . . . . CC . . T GT TTT . A . . T . . . . . . C . . . . T . A . . . . ACAC . TGGACATTCCAATGAAAACAGG . CA T . . GGGA TCGAA . . . ATGTAGCGCTTAA . . . . . . GTACTG G . A TGTCAGAGAGAA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . T . . . . . . . . . . . . . ACG . . . T C . . . . . . . . TC . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTCCATTCACAACAGG . CA T . . AC TCGAA . . . ACGTAGGACAA . . . . . . TTACTG . . A TGTCAAAGAGAG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACA . . . T C . . . . . . . . TT . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTCCAGTGAAAACTGG . A T . . AA TCGAA . . . TTGGAGGTAA . . . . . . TTATTG . . A TGTCAGAGAG . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACA . . . A C . . . . . . . . TT . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTCCAGTGAAACTGG . . T . . A TCGAA . . . ATGTAGGTAA . . . . . . TAATTG . . A TGT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATG . . . A C . . . . . . . . TT . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CGGACAGG . . T . . C CTCG . . . ATGTAGGTAA . . . . . . TTA . . A TA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACA . . . A C . . . . . . . . TT . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CGGACAGG . . G . . A GGT . . . TGTAGGTAA . . . . . . TCA . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACA . . . A C . . . . . . . . TC . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CTGGAACC . . T . . A CAA . . . GTCGGTA . . . . . . TTA . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGA . . . A C . . . . . . . . TA . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CGGATCAT . . T . . A TG . . . AATGT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTG . . . T C . . . . . . . . T . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGGAACA . . T . . A T . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . A C . . . . . . . . C . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGGAACA . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CG . . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TGGAACA . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GG . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : CGGACAGG*************************** ATGTAGGTAA******** TTATG**********
originalCons : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATT--CTG-ANGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACGAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------C-GG----A-------------ACAGGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGC---------TT---GTTGAAATTGGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
finalCons : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATT--CTG-ANGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACGAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACACGGACAGG---------------------------TT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCATATGTAGGTAA--------AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AG---AAGCTTATG----------TTGAAATTGGAAGA---CA--TAATAT---------TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TATAAACATTTCATGTGATCACATAACAATATATAATGTTCAAACATCCATGTTGCACAA
Unaligned ( gi|36 ): GGGGGGGCCTTAACATGATTTCACTGGGCGGT
Alignments
lowQualScore : 111 1 1111 1111111 1111111111111 1111111 111111 11111111 6666666666666666666666666666666666666666666 11 111111 111111 222222222222222222222 111111111111111111 33333333 22222222222222
lowQualScore : 2 2 2 8888888 33 0 2 2 2 2 2 4 7777777 33 2 66666 66666 111 0 1 22 4444 2 44 3 2 2 2 22 2 44 22 2 2222 2 2 2 1111111 33333 4444 2 2 2 2 4444 6666 2 66 2 2 2 0 33 2 55 2 33 2 3333333333333 2 2 66 2 2 5 2222222 999 33 000000 2 66666 66 2 5555 33 2 2 33 5 2 2 2 4444 0 55 2 4 22 2 2 4444 22222222 2 3333333333333333333333333333333333333333333 2 22 5 33 33 111111 999999 3 3 666666666666666666666 777777777777777777 888888 6666 2 2 3 222 33333333 2 00 1 5 77777777777777 4 7777 55 4
lowQualScore : . . . ....... .. . . . . . . . ....... .. . ..... ..... ... . . .. .... . .. . . . . .. . .. .. . .... . . . ....... ..... .... . . . . .... .... . .. . . . . .. . .. . .. . ............. . . .. . . . ....... ... .. ...... . ..... .. . .... .. . . .. . . . . .... . .. . . .. . . .... ........ . ........................................... . .. . .. .. ...... ...... . . ..................... .................. ...... .... . . . ... ........ . .. . . .............. . .... .. .
lowQualScore : 9 9 5 1111111 11 6 2 2 2 4 4 7 6666666 44 5 77777 77777 222 0 0 99 2222 0 88 8 0 0 0 88 0 88 88 0 9999 0 0 0 1111111 11111 5555 1 1 1 2 7777 9999 4 66 5 5 5 4 44 5 99 5 99 5 8888888888888 5 5 99 5 5 0 3333333 333 77 333333 7 77777 33 5 3333 44 5 5 77 3 7 5 5 7777 1 66 4 7 99 1 1 5555 11111111 1 8888888888888888888888888888888888888888888 5 88 7 77 77 555555 222222 1 1 222222222222222222222 777777777777777777 222222 1111 9 9 3 111 44444444 0 44 0 0 33333333333333 0 1111 00 0
consensus : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATT--CTG-ANGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACGAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------------C-G-G-----ACA--------------GGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AGAAGCTTA-------TGTTGAAATTGGAAGAC-ATAATATTGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
Reference ( family-3292 ) : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATT--CTG-ANGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACGAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------------C-G-G-----ACA--------------GGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AGAAGCTTA-------TGTTGAAATTGGAAGAC-ATAATATTGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|1 : ACGT-C-AC-GGCGTT-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCAAAAC--TG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAATTTCCTG-ACGTT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TC-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GCCT--TCCA-CAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--TT-A-GCT-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GTAA-CC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAAC-GGGAGT---------AAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------------T-GAA-----ACA--------------GATT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCAAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-T--AGAAGCT---------TGTTGAAATTAGAAGAC-ATAATATTGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGG
gi|10 : GC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------TG--A-ACAAT-----A-----CAA
gi|10 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GTGA-A--CA--A-T-ACAAA-G-G-TTT------AAAGG--aggtttaaaggattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|10 : gcataacttaggtttaaA-AC----AATA--CAA--AGGTT-TAAAGGATTGG--TC-AAGC-GGAAATAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATAGT--GC-CTGATG-TCAC----CGT--------A-ACA--------------C-G-G-----ACA--------------GGTT-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA-TCGAAGA-GTT---------------------CACTTCAT-TTGGAG-G--TAA----ATC------TGGTGCG----TTTA-GCGC-CA-AGAAGCTTAT------TGTTG--AT-------------TATTGT---------CAAAGG--------AC----ATGTGTAGTCT--AC-ACCCattggtcaagcggaaatatgttgcaaatgcgaacaatctataaatagtgcctgatgtcaccgtaacacggacaggttcgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagttcacttcatttggaggtaaatctggtgcgtttagcgccaagaagcttattgttgattattgtcaaaggacatgtgtagtctacaccc
gi|11 : gcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgtg-GCTCCGA-AAT-TA-T---CAA-A--CA--A-T---GAA-G-T-ATT------AAAGG--C--A----AACA-AT-A-CA----TG-----------------------CCT--TGCA-TGA---A-AAG-A-----------------T-CTTAAC-A-GTA-T-------TTCT---GAT--AAT------A-T-----TT-GGAA-AC----AAAG--CAAACAAGTA-AAA--TATTAAATTC-AAGC-GGGAGTTT-GTATGCAAA----CGC--GAAC-AATCTCATGAATATT--GC-CTATTG-TCAG----C-T--------A-ACA--------------C-
gi|12 : ta--A----T-TTG--CAT-GCTCCGATAAC-TGATTAGCGA-AT-CA--A-T-ACGAACC-A-AT-------AAAGGCCC--A----A-CACATGG-CA----TGGTG----A-AATTCTTGGA-TGGCCT--TTCAGTGATTTA-AAT-A-ACTATATATTACCCA-T-CT--ATCA-ACC-T-------TTTTCTCACTTAAGTCTCTGAA-TCTCTCT--GAAAGAC-----AAA--CAA-CAAGTA-AAAcagaattctttatagagagtaaagtaataaaacaggttggtcgagcaaagtgcac
gi|13 : catggccgagctcacggctaataCTCCGA-ACT-TG-T---CGA-A--CATAA-TGATGAA-C-C-ATATATTCAAAAGG--C--A------------G-CA----GATTAC---A-AGT-----------------------A--GA-CAG-A-A---------------T-CT--AT-A-GCACT-------TTTT---ATT--AGT--------T-----T--GATA-AC----AAGG--C-A-CCAGTATAAAATGA-TAG--GC-AAAC-GGGAGTAC-AT-TATAAACTACTGCTTAAACTAACCTAATAGATATTTATA-CTGAGG-TCAC----CGT--------T-ACA--------------tgataatgttgcgagtgtgat
gi|14 : ACGT-CTAC-GGAATT-------AGGCCTATAACTTTA-GGTTATAAATATTTGC-ATTGCTCCGAAACTGTG-------CGGAG-ACAAT-----A-----CAAaatgtgattgcag
gi|14 : cctgT--A----T-TTG--CATTGCTCCGA-AAC-TG-T--GCGG-AGACA--A-T-AC-AA-C-ACATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CAAACGTTTTG----A-AGTTCTT-GA-T-GC-T--TCCT-TA---GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-TTTTTTAATTTT---ATT--AAT------A-T-----T--GAAA-AC----ACAAGGCAA-CAAACA-GAAcacataaaaggcaacaatgcaaacgttttgaagttcttgatgcttccttagaaagaaatctatagcattttttaattttattaatattgaaaacacaaggcaacaaacagaag
gi|15 : cctgacgtctacggaattaggcctataactttaggttataaaAT-GT-AGCAAA----TTC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--TC-ATGGGG-TCAC----CAT--------A-ACAAGAACAATTCCATTC-A-A-----ACA--------------GGTT-C--GTGTC--GC--GCAA----C-GTTCAAGGTCA-T-G-------GAAGA-GTC---------------------CACTTTAC-ATGTAG-G--TAAACTTAGC------TGGTTTGTCATTTTC-GTGC-g
gi|16 : taaacggaatattaataacaatacaacACGT---AC-GG-GTC-------AGGC--ATA------------------TTTGC-TT-GCTCCGAAGC--TG-------CG--A-ACA
gi|16 : gcctgT--A----T-TTG--CTT-GCTCCGA-AGC-TG---------------------CGAA-C-A--TA------AACGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-AATTCTT-GA-T-GC----TTCA-TCA--GCTAAG-A-A-------------A-TCCT--AT-A-GCATT-------TTTT---ATT--AGTA-----A-T-----T--G-AA-AC----AGAG--C-A-TAAATA-AAAATGATAAA--TCTCAGC-GGGAGTAT-GT-TGCGAA----taaacggcaacaatgcatgttgaaattcttgatgcttcatcagctaagaaatcctatagcattttttattagtaattgaaacagagcataaataaaaatgataaatctcagcgggagtatgttgcgaa
gi|17 : gcctgacgtacgggtcaggcaAAGGATTAA--TC-AAAC-GGGAATAT-GT-TGCAAT----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATAT---------------------CGT--------A-ACA------------------------------------------GTT-T--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-TCGGCCA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----A
gi|17 : TGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACTTGGtgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacttgggggg
gi|18 : aaggattaatcaaacgggaatatgttgcaattacgaacaatctataaatatcgtaacagtttgtatcgcgcaaagttcaaggtcatcggccatcgaagagtccacttcatatgtaggtaaaGCAAA----TTCT-GAAA-AATCT-ATAAATATT--TC-ATGGGGATCAC----CACTCAAAAAGA-ACAATTCCATT------C-ACA-----ACA--------------GGTTTC--GTGTCCGGC--GCAA----ACGTTCAA--TCA---GGTCA-TGGAAGA-GTC---------------------CACTTTAA-ATGTAGCGCTTAA----CACTTAGCATGGTTTG----Tgggg
gi|19 : --GC-CTGATA-CTAG----CGT--------ATACA--------------T-G-G-----ACATTCCAATGAAAACAGGTT-C--GTA--------GCAA------GTTCAAGGTCA-TCGAACATTCGAAGA-GTCGAAGAGTTTGCGAAGGAGTCTCA-TTCAT-ACGTAG-GA-CAA----AAA------T-GTTTG----TTTC-GCTC-Tcatttctcagtaga
gi|2 : C-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----AAA
gi|2 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-A------------------AAAGG--C--AGTTAA-CA-AT-G-CT----TGTTGTTCAA-AGTTTTT-GA-T-GCCG--TCCA-TAA--GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----AAAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATCAA--TC-AAGC-GGGAGTAT-GT-TGCAAA----TAC--GAAC-TATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----CAT--------------------------------------------------------TT-CA-GT-TC--GC--GCAA----A-GTTCAAGGT--------CA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT-ATGTAG-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AGAAGCGTAC------TGTTGAAATTGGAAGAC-ATAGTATTGTCAGAGAGAACAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAATCT--AC-ACCCGGggcagttaacaatgcttgttgttcaaagtttttgatgccgtccataagaaagaaatctatagcatttttattagtattgaaaacaaaacaacaagtaaaaaggatcaatcaagcgggagtatgttgcaaatacgaactatctataaatattgcctgatgtcaccatttcagttcgcgcaaagttcaaggtcatcgaagagtccacttcatatgtaggtaaaactggtttgtttcgcgctaagaagcgtactgttgaaattggaagacatagtattgtcagagagaacaaaggttatgcaatatgtgtaatctacacccggg
gi|20 : cggcgtcaggcataacttaggtttaaACGT-C-AC-GGCGTC-------AGCA--ATATCTA-A-GGTT-TAA-TATTTTC-AT-GCTC---------G-------TC--A-GCAAT-----A---------T--CTA-AGGTTTAA----TATTGT-CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-AT-AA-CAA-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----A-Ag
gi|21 : gcctgACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAA
gi|21 : tgT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAAA-C-A-TTA------AAAGG--C--A----A-CG-AT-G-CA----TGTTG----A-AAATTTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-acattaaaaggcaacgatgcatgttgaaaattttgatgccttccataagaaacaaatctatagca
gi|22 : tgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AA-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAA
gi|22 : ctgcctgT--A----T-TTG--CAA-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAAA-C-A-ATA------AAAGG--C--A----A-CA-AT-G-CA----T-TTG----acaataaaaggcaacaatgcatttgcccctgctattggtatg
gi|23 : ctgcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaAT-GT-TGCGAA----TGT--GAAC-AATCC-ATGAATAGT--GT-CTGATG-TCAA----TGT--------A-ACA--------------C-G-G-----ACA--------------GGTT-C--GTATC--AC--GCAA----A-GTTCAAGGTCA-cccctgctattggtatg
gi|24 : aaaaagaatgtttaatcctatattaAATATT--GC-CTGATG-TCAT----GGT--------A-ACATTC-----------C-A-GTGAA-ACT--------------GGTT-C--GTA
gi|24 : ----AAC------TGGTTTG----CTTC-GCGC-TA-AGA---------------------TTGGATGAC-ATAAT-------------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAactggtttgcttcgcgctaagattggatgacataatacaaagattatgcaatatgtgta
gi|25 : aatattgcctgatgtcatggtaacattccagtgaaactggttcgt----TGTTG----A-AGTTTTT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-ACA-A-A-------------ACT-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATCA--AAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-G
gi|26 : ACAT-C-AC-GGCGTT-------AGGC--AGCACCT-AAGGTT-TAA-TATTTAT-TT-GTTACGAAACTGTG-------CG--A-ACAATTATGAA-----CAATT--
gi|26 : tgcctgT--A----T-TTA--TTT-GTTACGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--ATT-ATGAA-C-A-ATT------AAAGG--C--A----A-CA-GT-aaaggcaacagta
gi|27 : tgcctgacatcacggcgttaggcagcacctaaggtttaaTC-GCGC-TA-AGAAGCTTAC------TGTTGAAATTGGTGGAC-ATAGTATTGTCAAAGAGAGCAAAGGTTAT-GCATT----ATGTGTAATAT--AC-TCCCGGa
gi|28 : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AA-GCTCCGAAA-TGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAAggtt
gi|28 : gcctgT--A----T-TTG--CAA-GCTCCGA-AA--TG-T--GCGA-A--CA--A-T-ACAAA-C-A-ATA------AAAGG-----A----A-CA-AT-G-acaataaaaggaacaatggc
gi|29 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaaTGT-G-G--TAA----AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-A----------------------ATTGGAAGAC-ATAAT-T------------CAAAGGTTAT-GCAAT----ATGTGTAACCT--Agc
gi|3 : tccACGTGC-ACCGGCGTC-------CGGC--ATA------------------TTTGC-ATTGCTCCGACACTGTGGAAAATACA--A-ACAAT-----G-----C-ATG--TTG-AAGTT--T----T-TT----AT-GC
gi|3 : gT--A----T-TTG--CATTGCTCCGA-CAC-TG-T--G-GA-A---A--A-T-ACAAA-C-A-AT------------------------------G-CA----TGTTG----A-AGTTTTT-TA-T-GCCT--TCCA-TAA--AA-AAACA-A-------------A-T-CT--CT-ATGCA-T-------TTTT---A-----GT------A-T-----TTGAAAA-AT----AAAA--CA-----GTG-AAAAGGATTAA--TCCAAGC-GGGAGCATTGT-TGCTAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATAT---GCGTTGATG-TCAC----TGT--------A-ACA--------------CTG-G-----A-A--------------CCTT-C--TCAGT--GCATGCAA----AAGTTCAAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACTTCAT------------------AAC------T-GTTTG----TTTC-GCGC-TA-AGAAGCTTA---------TTGCAGCTAGAATGT-GTAATcttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaagaagcttattgcagctagaatgtgtaatctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|3 : gacgtgcaccggcgtccggcaAAGCTTATTGCAGCTAGAATGTGTAATCT--AC-ACCCGGctacacccgggtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|30 : gacgtgcaccggcgtccggcatatttgcattgctccgacactgtggaaaatacaaacaatgcatgttgaagttttttatgccttccataaaaaaacaaatctctatgcatttttagtatttgaaaaataaaacagtgaaaaggattaatccaagcgggagcattgttgctaatacgaacaatctataaatatgcgttgatgtcactgtaacactggaaccttctcagtgcatgcaaaagttcaaggtcatcgaacatcgaagagtccacttcataactgtttgtttcgcgctaagGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATAAATAGT--GC-CTGGTG-TCAC----CGT--------A-ACA--------------C-G-G-----ATC--------------ATTC-C--GTATC--GC--GCAA----A-GTTCAAGgtattgtgtgtgtctgttgcgggggggtctatttcactgcaggggt
gi|32 : CTA-A-GGTT-TAA-TATCTGCTAT--CTCCGAAACTTTG-------CG----ACAGC-----A-----CA
gi|33 : tctgacgtACGT-C-AC-GGCATC-------AGGC--ATA------------------TCTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------
gi|34 : tgcctgTAATATTGTCAGAGAG--CAAATATTAT-ATCAT----ATGTGTAATCT--AC-
gi|35 : ACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-T
gi|37 : ccctACGT-C-AC-AGCGTC-------AGGC--ATAAC
gi|4 : tattgcctgACGT-C-AC-GGCGTC-------AGGC--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACATT-----AAAAGGCAACT--ATGCATGTT--GAAGTT-TTG---AT-GC
gi|4 : gcctgT--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA----T------------TA------AAAGG--C--A----A-CT-AT-G-CA----TGTTG----A-AGTT-TT-GA-T-GCCT--TTCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--GGT------A-T-----T--TAAA-AC----ATAA--AAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCAT-GT-TGCAAA----TAT--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCAC----TGT--------A-ATA--------------T-G-GA----ACA----------------TT-CCAGTG-C--AT--GCAA----A-GTTCAATGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-TAC---------------------CACTTCAT------------------AAC------AGGTTTG----TTTC-TCGC-TA-TGAAGCTTAT------TGTTGAAATctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaatgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|4 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaa----ATGTGTAACCT--AC-ACCCGGgtgtaacctacacccgggtatgtgtgtgtgtggggg
gi|5 : gcctgacgtcacggcgtcaggcataacttaggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacattaaaaggcaactatgcatgttgaagttttgatgcctttcataagaaacaaatctatagcatttttattggtatttaaaacataaaaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatatgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtaatatggaacattccagtgcatgcaaagttcaatgtcatcgaacatcgaagataccacttcataacaggtttgtttctcgctatgaagcttattgttgaaT--A----T-TTGGCCAT-GCTCCGA-AACGTG-T--GCGA-A--CA--A---AGAAA-C-A-ATA------AAAGG--T--A----A-CA-AT-G-CA----TGTTG----AGAGTTCTT-GA-T-GCCT--TCC--TAA--GA-AAT-ACA-------------A-T-CT--TT-A-GCA-T-------TTTTTTTATT--AGT------AAT-----T--GAAA-ACGAGGAAAA--CAA-CAA-----------------TC-AAGC-GGGAG--------GTAAG----TGT----AC-TATCT-ATAAATATT--GC--TGATG-TCAC----GGT--------A-ACAATTC----------C-A-GTGAAAACT--------------GGTT-C--GTATC--GC--GCAAGGG-A-GTTCAGGTTGACTCG--CA-T---ACA--TC---------------------CA--TTA----GTCG-G--T-A----AAC------TGTTTTG----TTTC-GCGC-TA-AAAA----A-------GACTGAAA---GAGAACAATAAT-------------ACAAAGATTAT-GCAAT----ATGTGTAACCTGAACAACCCGGgtatgtgtgtgtgtggggg
gi|6 : a-GGCGTC-------AGGC--ATAACAT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAAgggtg
gi|6 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA-A--CA--A-T-A-----C-A-A-----------------------A-CA----------------------------TT-GA-T-GCCT--TCCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATAA--AAA-CAA-----AAGGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCAT-GT-TGCAAA----TTC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-TTGATG-TCAC----TGTACAC----A-ACA--------------T-G-GA----ACA----------------TT-CCAGTG-C--AT--GCCA----A-GTTCTAGGTCA-TCGAACA-TCGAAGA-GTC---------------------CACCTCAT------------------AAC------TGGTTTG----TTTC-GCGC-TA-AGAAGCTTAAGCTGATTGTTGAAATacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaaatgtgtaatctacacccagggg
gi|6 : ggcgtcaggcataacataggtttaa----ATGTGTAATCT--AC-ACCCAGgtgtaatctacacccagggg
gi|7 : ggcgtcaggcataacataggtttaatatttgcatgctccgaaactgtgcgaacaatacaaacattgatgccttccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataaaaacaaaagggattaatcaagcgggagcatgttgcaaattcgaacaatctataaatattgcttgatgtcactgtacacaacatggaacattccagtgcatgccaagttctaggtcatcgaacatcgaagagtccacctcataactggtttgtttcgcgctaagaagcttaagctgattgttgaa--ATAACTT-A-GGTT-TAA-TATTTGC-AT-GCTCCGAAACTGTG-------CG--A-ACAAT-----A-----CAAggg
gi|7 : T--A----T-TTG--CAT-GCTCCGA-AAC-TG-T--GCGA----------------A-C-A-ATA------CAA------------A-CA----------------------------TT-AA-T--------CCA-TAA--GA-AAC-A-A-------------A-T-CT--AT-A-GCA-T-------TTTT---ATT--AGT------A-T-----T--GAAA-AC----ATAA--CAA-CAAGTA-AAAAGGATTAA--TC-AAGC-GGGAGCAT-GT-TGCAAA----TAC--GAAC-AATCT-ATAAATATT--GC-CTGATG-TCACTGTGCAT--------A-ACA--------------T-G-GA----ACA----------------TT-CCAGTA-C--AT--GCAAAGTTA-GTTCAAGGTCA-C--AACA-TCGAAGAGGTC---------------------CACTTCATAATGT----------------------TGGTTTG----TTTCAGCGCTTA-AGAAG-TTAAT-----TGTTGAAacattaatccataagaaacaaatctatagcatttttattagtattgaaaacataacaacaagtaaaaaggattaatcaagcgggagcatgttgcaaatacgaacaatctataaatattgcctgatgtcactgtgcataacatggaacattccagtacatgcaaagttagttcaaggtcacaacatcgaagaggtccacttcataatgttggtttgtttcagcgcttaagaagttaattgttgaatgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|8 : ataacttaggtttaaACGT-C-AC-GCGGTCCAATGGGGGGC--ATAACTT----------------TGC-AT-GCTCCGAA--TGTG-------CG--ACACAAT-----A-----CAAtgtgaatctacaccgggtatgtggtgtgggg
gi|8 : gcctg----T-TTG--CAT-GCTCCGA-A---TG-T--GCGACA--CA--A-T-AC-AA-C-A-ATAT-----AAAGG--CTAA----A-CA-AT-GGCA----TGTTG----A-AAT-CTT-GAAT-GCTTGTTCAA-TAAA-GA-AAG-A-A-------------A-T-CT--G--A-GCA-T-------TTTT---AAT--TGT------A-T-----T--GAAA-AC----GAG---CAA-CAAGT--AAAATGATAAA--TC-AAGCGGGGAGTAT-GT-TGCGAA----TGT--GATC-AAT-T-AT-AATAGT--GC-CT----------------------------------------------------------------------GGTT----GAAT---GC--GCAA----A-GTTCAAG--CC-T-----A-TCGACGA-G-C---------------------CACTTCAT--TGTAG-G--TAA----AAC------TGGTCAG----TTTT-GCGC-AATAGAAGCcaatataaaggctaaacaatggcatgttgaaatcttgaatgcttgttcaataaagaaagaaatctgagcatttttaattgtattgaaaacgagcaacaagtaaaatgataaatcaagcggggagtatgttgcgaatgtgatcaattataatagtgcctggttgaatgcgcaaagttcaagcctatcgacgagccacttcattgtaggtaaaactggtcagttttgcgcaatagaagc
gi|9 : gcctgacgtcacgcggtccaatggggggcataacT--A----T-TTG--CTA-GCTCCGA-AAC-TA-T--GCGA-A--CA--A-T-TTGAA-C-A-AGC------AAAGG--C--A----A-CT-AT-A-CA----TATTG----A-AGTTATT-GA-T-GTCT--TGCA-TGA--GA---G-A-T-------------A-T-CTCCAC-A-GCA-TGT-----TTTT---ATT--AAT------A-T-----T--GGTA-AC----AAGG--CAG-CAAGTA-AAAATGATTCA--TC-AAGC-AGGAGTAT-GT-TGCAAA----TGC--GAAC-AATCT-ATGAATATT--GC-CTAATA-TCAG----CGG--------A-ACT--------------C-A-G-----A
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TATAAACATTTCATGTGATCACATAACAATATATAATGTTCAAACATCCATGTTGCACAA
Unaligned ( gi|36 ): GGGGGGGCCTTAACATGATTTCACTGGGCGGT