lowQualScore : 2222222222222222 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 1 1 5555555 4444444444444444 222 1 1 1 222222222 11111 1 1111 1111 111 3333333333333 11 11 11 22222 1 1 2222222 22 1 1 11 2222 3333333333333 11111 111111111111111111111111111111111111 22222222222 1111 4444444444444444444444444444444444 888888888888888888888888888888888888888 22222 333 1111111 2222222 1111 1111 11 44444444444444444 2222222 1
lowQualScore : 6 6 0 3 3 7 6 7777777 0000000000000000 333 3 3 3 6 7 3 999999999 77777 0 2222 3333 111 8888888888888 3 22 33 33 1 2 44444 2 0 9999 0 5 5555555 8 3 8 8 8 8 8 8 33 8 8 5 8 3 8 4 88 99 22 5555 3333333333333 44444 5 77 888888888888888888888888888888888888 1 77777777777 2222 7 5 5 1 3333333333333333333333333333333333 777777777777777777777777777777777777777 1 5 55555 222 4 4444444 55 6666666 55 8888 55 555 4 4 2 5555 2 4444 44 4 55 4 8 55 3 999999 77 6 44 44 77777 3 4 55555555555555555 6666666 7 5
lowQualScore : . . . . . . . ....... ................ ... . . . . . . ......... ..... . .... .... ... ............. . .. .. .. . . ..... . . .... . . ....... . . . . . . . . .. . . . . . . . .. .. .. .... ............. ..... . .. .................................... . ........... .... . . . . .................................. ....................................... . . ..... ... . ....... .. ....... .. .... .. ... . . . .... . .... .. . .. . . .. . ...... .. . .. .. ..... . . ................. ....... . .
lowQualScore : 0 0 0 3 3 3 7 0000000 0000000000000000 333 3 3 3 5 0 2 000000000 88888 0 2222 0000 000 2222222222222 2 55 55 88 2 5 55555 5 2 2222 0 5 9999999 0 8 0 0 0 0 0 0 00 0 0 6 0 2 0 8 88 00 77 7777 3333333333333 33333 7 99 666666666666666666666666666666666666 4 11111111111 1111 9 7 7 3 4444444444444444444444444444444444 666666666666666666666666666666666666666 4 7 33333 999 4 4444444 55 9999999 55 5555 55 222 0 0 0 8888 0 0000 88 4 55 0 0 00 3 666666 99 7 66 22 77777 1 0 00000000000000000 5555555 3 5
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATCATGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAAA-----AGTTATTGAAGATGAAAANAAC---TTTTGTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACANAAATACGTCATGTAA--TC-CTGAAAGAA---CCG-AAATCNC-ATA-CTAAAAAT-A-TACACTT---CCCA------GATATN-AAGACC-NAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCATTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-TGCTAAC-TG-CCATTT-ACC-ACTAATAT-AATTAGCATTGCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATG-T--GTGT----------NTATG----------T----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATA----AGAA-TTGTG-TAAATTGGACATA---ATA-----TA---T---A--TGTN-TGTGCGTGTATCAAT---CACT-AT--TAT-C---CA-------A--------TTG-TAC--A--ATCAT-NACT-ATTG-------TCAAA--CAC--TC-A-TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATTA---NTTCTCA-TCATG--GGC-AAT-AACC--A-T------TACA--TGTT-GATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAATTTG-AAT-TTG-AT---T---T--TATATNTATA--TGGTAATGTACAACA
Reference ( gi|4 ) : TCATGTGTAATATCATAGACGTAAATTATAATTATAAGATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAAATCTAAAGTTATTGA----------------TTTTGTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACACAAATACGTCATGTAA--TC-CTGAAAGAA---CTG-AAATCAC-ATA-CTAAAAAT-A-TACACTT---CCTA------GATATC-AAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCCTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-GGCTAAC-TG-CCATTT-AGC-ACTTATAT-AATTAGCATTGTTACAGACTC-GTCCATC-AACATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATG-T--GTGT----------AGATG----------T----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATA----ACAA-TTGTG-TAAATTGGACATA---ATA-----TA---T---A--TGTC-TGTGAGTGTATCAAT---CACT-AT--TAT-C---CA-------AT-------TTG-TAC--T--ATCATAAACT-ATTG-------TCAAA--TAC--TC-A-TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATTA---TTTCTCA-TCGTG--GGC-AAT-AACC--A-T------TATA--TGTT-AATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAATTTG-AAT-TTGAAT---T---T--TATATGTCTA--TGGTAATATATAACA
gi|1 : ACAAAATCATGAACGTTTCTGACAATCGCC-G-AAATCTAAA-TTATTGAATATGAGAACACT---TTTTGTTACAC---TGTTACATCATTATTACAGAAA-ACGTCAT-TGACTTC-CTGAAAGAAAAACTG-AAAATTT-ATA-C--AAAAT-A-TACACCTTCACCT-------GATATCCAAGAAC-CAAATTCAATT--TATGCTAA----------------T----AT-CCTGAA-TTGTCCTTT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAACAC-TTCAGAAAAT-CACTTTTA-T-CTAACCTG-CCATTTTACC-ACTCATATCAATTAGCATTGCCACAGACTTAGTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT------TATG-TACATGT----------A-ATT----------T----------ATGAACAGTTTAATGATGT-----------TGTATAAGACAT-TTGAGCTACATT--ACCTA---TTA-----TAC--T---T--TGT--GGTGTGTGTATCAATCAGCACTCAT--TAT-----CA-------A--------TTG-TACAATAAATCACA---T-ATTG-------TCAAA--CACTATC-ATTT--AC----TAT---CCACGTCTATT-TT-AT-CAGTCATTC--AATATCATT-TTATTA---TTCCTCA-TCATGAAGGCAAAT-AAAC--A-T------TACAT-TGTT-GATGTATTATA--C-----GCCAA-A-AAGAATTT
gi|5 : agattcttactcatcacaaataaggacaactgggtaaacccgtttatcaactccatttaaacaataatttctgaccatttttgctaaatataaaaacgcaaaattatatccacaaattctgacagacttaacctttttcagttaacgctacatatcttataagaagaccaactattgttgataaattaaaaaccaacgcgattagtcacaatgatttgtaaaattatgaataagtgctcatgcattatctcctattatagaaaaaggaaatattcaaacatttgaAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAAA------GTTATTGAAGATGAAGAACACT--TTTTGTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACAGAAATATGTCATG-AA--TTGCTGAAAGAA---CTG-AAATCTC-ATG-CTAAAAAT-A-TTCACTT---CTTACCGGTAGATATA-AAGACC-TTACTTCAATT--ATTGCTAATTAAATGATAACTCATTGAAAAT-TCTGAAATTGTC----------A-TTTACCTCTAATTGT-TT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-TGCTTTTA-TGCTAAC-CG-TCAGTC-ACC-ACTAATAT-AATTAGCATTACCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATG-T--GTGT----------TTATGTTTTCATAATT----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATA----AGAA-CTGTG-TAAATTGGACATAT--ATATTAATTA---C---AATTGTCATATACATGTA--GA----CATA-AG--TAT-A---TA------------------G-TAC--A--ATCAT-CACT-AATG-------TCAAACGTAC--ACTA-TT--AC----TAT--GCCATGCT-ATCATA-AT-CActgatttta
gi|2 : taaaaaacaaatgtgataggtcaatgatttgaaaaatttaaataagtgctcatgaccttgctacagaacaaggaagatattcaaacatccctCGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAAA-----AGTTATTGAAGATTGAAGTAACACTTTTTGGTACACACTTGT-ACTGCAT-AT-ACACAAATACGTCATGTAT--TC-CTGAAAG-A---CTGAAAATCAT-ATACCTAAAAATCATTACACTT---ACCA------G-TATG-AAGACCTAAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCCTGAAAAAT-CCTGAA--TGT---TT--CATCATTTTATCT----TTGT-CTATAAC-CTTT-AGAAAATCCACTTTTATTGCTAAC-TGTCCATTT-ACC-ACTAATAT---TTAGCATTGCTACAGACTT-GTCCATCTAATATTCTTAAGGATAT---T---------ATACAC-T-----GTATGTT--GTGT----------AGA-----------------------A-GTACAGTTTAATGATGT-----------TATA----ACAACTTGTG-T-AATTGGACATA---TTA-----TA---T---G--T-TC-TGTGTGCGTATCAA----CACT-AT--TAT-----CA-------A--------TTG-TAC--A--ATCAT--ACT-ATTG-------TCAAC--TA----T-A-TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATTAAT-CAGTATTTTAAAAAATTATTGTTATTAT--TTTCTCA-TCATG--GGC-AAT-AACC--T-T------AATA--TGTT-AAT-TGT--TA--CCGGGGGCCAATT-AAAGATTTG-ATTT---AT-TTATAT---T---T--TATATt
gi|3 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgATAAACACGTC-TGCAA---------AAACA---CCA-AAATAACTATA-GTTATACC-A-AATACTT---CCCA------GATATC-AAGACC-AAAATTCAATTGCACT--TAA----ATCATAATTCATTGAAAATTCCTGAAATTGTC--TGAATATCA-TTTATCTTCAGTTGTTCT-TAAC-C-TT-ATAAAAG-CACTTTTA-TGCTAAC-TG-CCA-TT-AACAACTAATAT-AACTAGCATTGCCACAGTCTT-GTCCATC----------AAGGCT-------------------ACAT-----GTATG-T--GTGT----------TTATGTTTTCATAATT----------ATATACAGTTTAATGATGT-----------TATA----AGAA-TTGTG-TAAATCGGACAT----ATA-----TA---TAAAA--TATA-TGT--GTGTATCAAT---CACT-CT--TGT-CATACATGTAGACATAAGTATATTG-TAC--A--ATCAT-CACTAATTG-------TCAAA--CAC--T--A-TT--ACTATATAT--GCCATGTT-ATTATT-AT-CAGTATT------AATTATTGTTATTA---GTTCTCC-TCATG--GGC-AAT-AACC--A-T------TACA--TGTT-GATGCGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAATTTG-TAT-----AC---T---TCCCATATTTCTA--Tacactttccacagggaaagtggtatgaaatgattt
gi|7 : --TT--CATCA-TCTATCTTTAAATGT-CC-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CAATTTTA-TGCTAAC-TG-CCATTT-ACC-ACTAATAT-AATTAGCATTTCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATATACATGTACTAGTAATACACATGTACAGTATG-T--GTGTTTGTGTTTTCATATT----------T----------ATTTACAGTTTAATGGCGT-----------TATA----AGAG-GTGTG-TAACTTGGACAT----ATA-----TA---T---A--CGTG-TGT--GTGTATCAAT---CACT-ATAATATGC---CA-----------------TGCTAT--T--ATTATtttgtaaaatgacaaagtttttcttcaggaaaactcgtatccaaattttgatcgatgggtacgacttcgatctccaagagaactcgtactcgagtacgatttctccaggagaactcttcaaatggtacg
gi|9 : CTT-GTCCATC-ATTATTCTTCAGGATAT---T---------ATACAAAT-----GTATG-T--GTG------------------------------------------CAGTTTAATGATGT-----------TATA----AGAA-TTGTG-TAACTTGGACAT----ATA-----TACGGT---A--TGTG-TGT--GTGTATCAAT----A---------------------------------TTG-TAT--A--ATCAT-CACT-ATTG-------TCAAA--CAC--TC---TT--AC----TAT--GCCATGAT-GTTATC-AT-CAGTATT------AATTATTATTATTA---GTTCTCC-TCATG--GGC-AAT-AACCAAA-TAAAAAATACA--TGTT-GATATATTCTA--C-----ACCAATA-AAGAAGTTGAATTcagtatt
gi|16 : -----GTATG-T--GTGT----------TTATG----------TTTTCATAAATATGTACAGTTTAATGATGTCATACAATGTATATA----AGAA-TTGTA-TAACTTGGACACACATATA-----TA---T---A--TATaag
gi|13 : T-AT--TAT-C----A-------AT-------T-G-TAC--A--ATCATAA-CT-ATTG-------TCAAA--CAC--T--A-TT--AC----TATATGCCATGCC-ATTATT-AT-CCGTATTTT--AAAATTATTGTTATTA---GTTCTCA-TCATG--GGC-AAT-AACC--A-T------TACA--TGTT-GATGTGT--TA--C-----ACCAATA-AAGAATTTGAATTTata
gi|10 : ataAATT-ATTG-------TCAAA--TAC--T--A-TT--AA----TAT--GCCATGTC-AT-ATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATTA---TTTCTCA-TCATG--GGC-AATAAACC--A-T------ATTA--TGTT-AATGTGTA-TA--A-----CCCAATA-AAGAATTTGAATTTG-AAT-TTA-------------TATATAT-TATTTGG--GTGTATAA
gi|12 : cgtctcagccggatttcaataaaatAATT-ATTG-------TCAAA--TAC--T--A-TTTAAG----TAT--GCCATGTC-ATTATT-ATGCAGTA-TTT--AAAATTA-TGTTATTA---TTTCTCATTCATG--GGC-AATAAACC--ATT------TAT---TGTTAAATGTGTA-TAATC------CCAATAGAAGAATTTGAATTTG-AAT-TT--AT---TATAT--TATATt
gi|14 : aaaatCT-ATTGATTTTCCTCAAG--TAT--TC---TT--------------CCAT--C-ATTATT-GT-TG----TTC--AA------TGTTATTACAGTTTTACA--CGTG--GGC-TAT-AACC--A-T------TGCA--TGTTGAAAGGGT--TA--T-----GCCAATA-AAGAAATTGAA-TTG-AA
gi|8 : AAA--GAC--T--A-TT--AC----TAT--GTCATG---ACTATT-AC----TATT-------ATCATTGCTATTA---GTTTTAT-TCATG--AGC-AAT-AACC--A-T------TAT----GTT-AATGTGT--TG--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAAATTGTAATAATGAA--------A--TACATGTA-A--CGATAATA-ACAACAcaactgacgaaat
gi|15 : acttggacatgtatgtatgtagtttacaggcataagtataatacaacgtcactTGTTATTA---GTTCTAC-TCATG--GGC-AAT-AACC--A-T------TACA--TGTT-GATGTGT--TA--T-----GCCAATA-AAGAATTTGAATTTG-ttcaaatccatgtcagtgaaaagttataacccggacaatatcaaaaagctaaaaaacaaaaccaaaat
gi|17 : ATC--A-T------TATA--TGTT-GATGT-T--TA--C-----GCTAATA-AAGAATTTGAAT------T-TTGAAA---T---T--TATA---ATA--TGGTAATggacataaaaaagaaaaaaaaagttgctagaaaaa
gi|19 : -T------TATAAATGTT-GATGTGT--GA--C-----GCCAATA-ATGAATTTGAATTTG-AA
gi|20 : T--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTAAATTTG-AAT-TTGTATAGAT---T--TATA
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): CTGCTATCAGTTTTATTGGGGCAGCTCCCACCATGTTGAGGGCATCAAGAAAACTTGTACCCACATTTTAATGATAAAATTGACAAAGTTTTCCTCCAGGATAACTTCTACCCACATTTCTATTCAGTAAATTGATAATGTTTTCTCCAGAACTCGTATCTATAGATATATTATTGATGGGTACGACTTCTCCAGGACAATTATAACTCTTACCTTATTTTCTTGGTATGAGTTTTCCTGGGTACAAGTTCTCCAGATGTCATGCTATGTGTGTGTTG
Unaligned ( gi|11 ): TAAAATTCAAAAGTTTTTCTCTAGGAGAACTCGTACCCCAGATATTGATGGGTACGAGTTCTCCTGGAGAGTCGTACCCGGGTACGACTTCTCTAGAAAATCGTACCCTATTTCTTCGGGTACGACTTCTCCTGGGTACGGGTTCTCTTTGGGACGACTTCT
Unaligned ( gi|18 ): AACACTAATGTTATAAATTATTACCAAGGAAGCAATATTCTTAGTA
Unaligned ( gi|21 ): AAAAATTGTGATGAAATCAGTTATATTTCTGATCAGTTTGAAC
Alignments
lowQualScore : 22 1 1 3333333333 333333333333 1 111 1 1 1 11111 1111 22222 222 111 11 1111 111111 2222222222222 11111 888888888888888888888 33333333333 222 111111111 11 1111 555555555555555555555 22 1111 11 44444444444 1
lowQualScore : 44 0 0 3 6666666666 55 333333333333 0 777 0 0 0 1 3 0 3 88888 9999 2 8 888 0 8 0 8 8 00000 8 222 444 0 99 99 11 0 7777 5 5 0 8 0 0 666666 6 1 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 5 5 1 7777777777777 22222 2 5 0 777777777777777777777 00000000000 5 5 888 000 777777777 4 66 55 88 3 5555 4 66 666666666666666666666 4 4 88 3 3 8888 55 55 4 55 8888 55 0 3 3 3 0 2222 0 55 44 3 3 55 3 7 44 888888 1 6 3 3 33 33 77777 2 3 3 66666666666 2 3 88 0
lowQualScore : .. . . . .......... .. ............ . ... . . . . . . . ..... .... . . ... . . . . . ..... . ... ... . .. .. .. . .... . . . . . . ...... . . . . . . . . . . . . . . . . ............. ..... . . . ..................... ........... . . ... ... ......... . .. .. .. . .... . .. ..................... . . .. . . .... .. .. . .. .... .. . . . . . .... . .. .. . . .. . . .. ...... . . . . .. .. ..... . . . ........... . . .. .
lowQualScore : 33 0 0 2 8888888888 88 888888888888 0 555 0 0 0 0 8 8 8 00000 6666 8 0 444 8 0 8 0 0 00000 0 000 000 8 00 00 00 8 0000 0 4 6 0 8 8 555555 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 9 3333333333333 55555 8 0 1 666666666666666666666 66666666666 0 0 888 111 000000000 4 11 44 11 2 0000 4 11 222222222222222222222 4 4 22 6 6 5555 55 66 0 55 5555 55 5 6 6 6 9 4444 9 00 66 6 6 00 6 3 66 888888 7 2 1 1 66 99 11111 9 1 6 00000000000 5 2 00 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATGAAAANAAC---TTTT-GTTACAC---TG-TACTGCA-TA-TACANAAATACGTCATGTAA--TC-CTGAAAG---AACTG-AAATCNCATA-CTAAAAAT-A-TAC-----A-CTTC---CC---AGATAT-CAAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCNTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-TGCTAA-CTG-CCA-TTTACCACTAATAT-AATTAGCATTGCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTT-ATG----------T----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTN-TGTGCGTGTATCAAT---CACT-AT--TAT----CA---------------A-TTGTACAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAA----ACAC--T--A-TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TTG-A-TT--TATAT-TATATGGTAATATATAACA
Reference ( family-3275 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATCATGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATGAAAANAAC---TTTT-GTTACAC---TG-TACTGCA-TA-TACANAAATACGTCATGTAA--TC-CTGAAAG---AACCG-AAATCNCATA-CTAAAAAT-A-TAC-----A-CTTC---CC---AGATAT-NAAGACC-NAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCATTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-TGCTAA-CTG-CCA-TTTACCACTAATAT-AATTAGCATTGCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTNT-ATG----------T----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTN-TGTGCGTGTATCAAT---CACT-AT--TATC---CA---------------A-TTGTACAAT-CAT-NAC-T-ATTGTCAA----ACAC--T-CA-TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-NTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TTG-ATTT--TATATNTATATGGTAATGTACAACA
gi|1 : ACAAAATCATGAACGTTTCTGACAATCGCC-GAAATCTA-----AATTATTGAATATGAGAACACT---TTTT-GTTACAC---TGTTACATCATTATTACAGAAA-ACGTCAT-TGACTTC-CTGAAAGAAAAACTG-AAAATTTATA-C--AAAAT-A-TAC-----ACCTTCA--CC---TGATATCCAAGAAC-CAAATTCAATT--TATGCT-A----AT---------------AT-CCTG-AATTGTCCTTT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAACAC-TTCAGAAAAT-CACTTTTA-T-CTAACCTG-CCATTTTACCACTCATATCAATTAGCATTGCCACAGACTTAGTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT------TATGTACATGTAATT----------T----------ATGAACAGTTTAATGATGTTG---------TATAAGACA-TT-TGAGCTACATT--ACCTA-TTAT-----AC--T-T--TGTG--GTGTGTGTATCAATCAGCACTCAT--TAT----CA---------------A-TTGTACAATAAAT-CACAT-ATTGTCAA----ACACTAT-CATTT--AC----TAT---CCACGTCTATT-TT-AT-CAGTCATTC--AATATCATT-TTATT--A-TTCCT-CA-TCATGAAGGCAAAT-AAAC--AT------TACATTGTT-G-ATGTATTATA--C-----GCCAA-A-AAGAATTT
gi|10 : agattcttactcatcacaaataaggacaactgggtaaacccgtttatcaactccatttaaacaataatttctgaccatttttgctaaatataaaaacgcaaaattatatccacaaattctgacagacttaacctttttcagttaacgctacatatcttataagaagaccaactattgttgataaattaaaaaccaacgcgattagtcacaatgatttgtaaaattatgaataagtgctcatgcattatctcctattatagaaaaaggaaatattcaaacatttgaAT-AAT-T-ATTGTCAA----ATAC--T--A-TT--AA----TAT--GCCATGTC-AT-ATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-TTTCT-CA-TCATG--GGC-AATAAACC--AT------ATTA-TGTT-A-ATGTGTA-TA--A-----CCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TTA---TA--TATAT-TATTTGG--GTGTATAActgatttta
gi|12 : cgtctcagccggatttcaataaaAT-AAT-T-ATTGTCAA----ATAC--T--A-TTTAAG----TAT--GCCATGTC-ATTATT-ATGCAGTA-TTT--AAAATTA-TGTTATT--A-TTTCT-CATTCATG--GGC-AATAAACC--AT------T-TATTGTTAA-ATGTGTA-TAATC------CCAATAGAAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TTA----T--TATAT-TATATt
gi|13 : aaaT-AT--TATC----A---------------A-TTGTACAAT-CAT-AAC-T-ATTGTCAA----ACAC--T--A-TT--AC----TATATGCCATGCC-ATTATT-AT-CCGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--C-----ACCAATA-AAGAATTTGAA-TTT
gi|14 : ataTC-ATTATT-GT-TG----TTC--AA------TGTTATTACA-GTTTTACA--CGTG--GGC-TAT-AACC--AT------TGCA-TGTT-GAAAGGGT--TA--T-----GCCAATA-AAGAAATTGAA--TTG-AA
gi|15 : ctattgattttcctcaagtattcttccaTGTTATT--A-GTTCT-AC-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--T-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-caactgacgaaat
gi|16 : -----GTATGTGTGTTT-ATG----------TTTTCATAAATATGTACAGTTTAATGATGTCATACAATGTATATAAGA-A-TTGTA---TAACTTGGACACACATAT-----A---T-A--TATA-TATggacataaaaaagaaaaaaaaagttgctagaaaaa
gi|17 : ATC--AT------TATA-TGTT-G-ATGT-T--TA--C-----GCTAATA-AAGAATTTGAATTTTG-AA------A-TT--TATA---ATATGGTAATa
gi|19 : ------TAAA-TGTT-G-ATGTGT--GA--C-----GCCAATA-ATGAATTTGAA-TTTG-AA
gi|2 : ttaCGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATTGAAGTAACACTTTTT-GGTACACACTTG-TACTGCA-TA-TACACAAATACGTCATGTAT--TC-CTGAAAG----ACTGAAAATCATATACCTAAAAATCATTAC-----A-CTTA---CC---AG-TAT-GAAGACCTAAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCCTGAAAAAT-CCTGAA--TGT---TT--CATCATTTTATCT----TTGT-CTATAAC-CTTT-AGAAAATCCACTTTTATTGCTAA-CTGTCCA-TTTACCACTAATAT---TTAGCATTGCTACAGACTT-GTCCATCTAATATTCTTAAGGATAT---T---------ATACAC-T-----GTATGT-TGTGT-A-G---------------------AAGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAACA-ACTTGTG---T-AATTGGACATA-TTAT-----A---T-G--T-TC-TGTGTGCGTATCAA----CACT-AT--TAT----CA---------------A-TTGTACAAT-CAT--AC-T-ATTGTCA-------AC--TATA-TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATTAAT-CAGTATTTTAAAAAATTATTGTTATT--ATTTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--TT------AATA-TGTT-A-AT-TGT--TA--CCGGGGGCCAATT-AAAGATTTG-A-TTT---AT-TTATATTT--TATATACA
gi|20 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTAAA-TTTG-AAT-TTG---TA--TAGATTTATActttccacagggaaagtggtatgaaatgattt
gi|3 : ATAAACACGTC-TGCAA---------AAA---CACCA-AAAT---A-A-CTATAGTT-A-TACCAAATA-CTTC---CC---AGATAT-CAAGACC-AAAATTCAATTGCACT--TAA----ATCATAATTCATTGAAAATTCCTGAAATTGTC--TGAATATCA-TTTATCTTCAGTTGTTCT-TAAC-C-TT-ATAAAAG-CACTTTTA-TGCTAA-CTG-CCA-TTAACAACTAATAT-AACTAGCATTGCCACAGTCTT-GTCCATC----------AAGGCT-------------------ACAT-----GTATGTGTGTTT-ATGTTTTCATAATT----------ATATACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATCGGACAT--ATAT-----A---TAA--AATA-TATGTGTGTATCAAT---CACT-CT--TGTCATACATGTAGACATAAGTATA-TTGTACAAT-CAT-CAC-TAATTGTCAA----ACAC--T--A-TT--ACTATATAT--GCCATGTT-ATTATT-AT-CAGTATT------AATTATTGTTATT--A-GTTCT-CC-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGCGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-TAT-----ACTTCCCATATTTCTAT
gi|4 : ATAAGATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---ATCTAAAGTTATTGA----------------TTTT-GTTACAC---TG-TACTGCA-TA-TACACAAATACGTCATGTAA--TC-CTGAAAG---AACTG-AAATCACATA-CTAAAAAT-A-TAC-----A-CTTC---CT---AGATAT-CAAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCCTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-GGCTAA-CTG-CCA-TTTAGCACTTATAT-AATTAGCATTGTTACAGACTC-GTCCATC-AACATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTAG-ATG----------T----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAACA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTC-TGTGAGTGTATCAAT---CACT-AT--TATC---CA---------------ATTTGTACTAT-CATAAAC-T-ATTGTCAA----ATAC--T-CA-TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-TTTCT-CA-TCGTG--GGC-AAT-AACC--AT------TATA-TGTT-A-ATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TTGAATTT--TATATGTCTATGGTAATATATAACAtttgtaaaatgacaaagtttttcttcaggaaaactcgtatccaaattttgatcgatgggtacgacttcgatctccaagagaactcgtactcgagtacgatttctccaggagaactcttcaaatggtacg
gi|5 : tcatgtgtaatatcatagacgtaaattataattAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A------GTTATTGAAGATGAAGAACAC---TTTTTGTTACAC---TG-TACTGCA-TA-TACAGAAATATGTCATG-AA--TTGCTGAAAG---AACTG-AAATCTCATG-CTAAAAAT-A-TTC-----A-CTTCTTACCGGTAGATAT-AAAGACC-TTACTTCAATT--ATTGCTAATTAAATGATAACTCATTGAAAAT-TCTGAAATTGTC----------A-TTTACCTCTAATTGT-TT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-TGCTTTTA-TGCTAA-CCG-TCA-GTCACCACTAATAT-AATTAGCATTACCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTT-ATG----------TTTTCATAATTATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-CTGTG---TAAATTGGACATATATATTAATTA---C-AATTGTCATATACATGTA--GA----CATA-AG--TAT---------------------A-TAGTACAAT-CAT-CAC-T-AATGTCAAACGTACAC--T--A-TT--AC----TAT--GCCATGCT-ATCATA-AT-CA
gi|7 : taaaaaacaaatgtgataggtcaatgatttgaaaaatttaaataagtgctcatgaccttgctacagaacaaggaagatattcaaacatccct--TT--CATCA-TCTATCTTTAAATGT-CC-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CAATTTTA-TGCTAA-CTG-CCA-TTTACCACTAATAT-AATTAGCATTTCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATATACATGTACTAGTAATACACATGTACAGTATGTGTGTTT-GTGTTTTCATATTT----------ATTTACAGTTTAATGGCGT-----------TATAAGA-G-GTGTG---TAACTTGGACAT--ATAT-----A---T-A--CGTG-TGT--GTGTATCAAT---CACT-ATAATATG---CC---------------A-TGCTATTAT-TAT-CAG-T-ATTt
gi|8 : TTGGACATG--------------T-A--TGTA-TGTA-GTTTA-CAGG---CATA-AG--TAT-----A---------------A----TACAA--CGT-CAC-T-------AA----AGAC--T--A-TT--AC----TAT--GTCATG---ACTATT-AC----TATT-------ATCATTGCTATT--A-GTTTT-AT-TCATG--AGC-AAT-AACC--AT------T--A-TGTT-A-ATGTGT--TG--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-ATTGTAATAATG-A-AA--TACATGTA-ACGATAATA-ACAACA
gi|9 : acCTT-GTCCATC-ATTATTCTTCAGGATAT---T---------ATACAAAT-----GTATGTGTG---------------------------------CAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAACTTGGACAT--ATAT-----ACGGT-A--TGTG-TGT--GTGTATCAAT------------------------------------A-TTGTATAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAA----ACAC--T-C--TT--AC----TAT--GCCATGAT-GTTATC-AT-CAGTATT------AATTATTATTATT--A-GTTCT-CC-TCATG--GGC-AAT-AACCAAATAAAAAATACA-TGTT-G-ATATATTCTA--C-----ACCAATA-AAGAAGTTGAA-TTttcaaatccatgtcagtgaaaagttataacccggacaatatcaaaaagctaaaaaacaaaaccaaaat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): CTGCTATCAGTTTTATTGGGGCAGCTCCCACCATGTTGAGGGCATCAAGAAAACTTGTACCCACATTTTAATGATAAAATTGACAAAGTTTTCCTCCAGGATAACTTCTACCCACATTTCTATTCAGTAAATTGATAATGTTTTCTCCAGAACTCGTATCTATAGATATATTATTGATGGGTACGACTTCTCCAGGACAATTATAACTCTTACCTTATTTTCTTGGTATGAGTTTTCCTGGGTACAAGTTCTCCAGATGTCATGCTATGTGTGTGTTG
Unaligned ( gi|11 ): TAAAATTCAAAAGTTTTTCTCTAGGAGAACTCGTACCCCAGATATTGATGGGTACGAGTTCTCCTGGAGAGTCGTACCCGGGTACGACTTCTCTAGAAAATCGTACCCTATTTCTTCGGGTACGACTTCTCCTGGGTACGGGTTCTCTTTGGGACGACTTCT
Unaligned ( gi|18 ): AACACTAATGTTATAAATTATTACCAAGGAAGCAATATTCTTAGTA
Unaligned ( gi|21 ): AAAAATTGTGATGAAATCAGTTATATTTCTGATCAGTTTGAAC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 3333333333 333333333333 1 111 1 1 1 222222 111 11 111 222 111 11 11111 1 111111 2222222222222 11111 888888888888888888888 33333333333 222 111111111 11 1111 4444444444444444444444 1111 11 3333333333333 1
lowQualScore : 3 0 0 3 6666666666 55 333333333333 0 777 0 0 0 1 3 0 3 555555 0 444 8 00 8 3 0 111 1 8 222 444 0 8 99 11 77777 3 3 8 0 666666 6 1 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 5 5 1 7777777777777 22222 555 0 777777777777777777777 00000000000 5 5 888 000 777777777 4 66 55 88 3 5555 4 66 6666666666666666666666 4 2 4 77 3 3 8888 4 8888 55 8888 55 0 3 3 3 0 2222 0 55 55 3 3 55 3 7 44 888888 1 6 3 3 33 33 77777 2 3 3 1111111111111 3 3 7
lowQualScore : . . . . .......... .. ............ . ... . . . . . . . ...... . ... . .. . . . ... . . ... ... . . .. .. ..... . . . . ...... . . . . . . . . . . . . . . . . ............. ..... ... . ..................... ........... . . ... ... ......... . .. .. .. . .... . .. ...................... . . . .. . . .... . .... .. .... .. . . . . . .... . .. .. . . .. . . .. ...... . . . . .. .. ..... . . . ............. . . .
lowQualScore : 3 0 0 2 8888888888 88 888888888888 0 555 0 0 0 0 8 8 8 222222 8 000 0 22 0 8 8 888 0 0 000 000 8 0 00 00 88888 8 2 0 6 555555 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 9 3333333333333 55555 222 1 666666666666666666666 66666666666 0 0 888 111 000000000 4 11 44 11 2 0000 4 11 2222222222222222222222 4 0 4 33 6 6 5555 0 5555 55 5555 55 5 6 6 6 9 4444 9 00 00 6 6 00 6 3 66 888888 9 2 1 1 66 99 11111 9 1 6 3333333333333 3 2 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATGAAAANAAC---TTTT-GTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACANAAATACGTCATGTAA---TC-CTGAAAGAA---CTG-AAATCNCATA-CTAAAAAT-A-TACAC-TTC---CC---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCNTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-TGCTAAC-TG-CCATTT-ACCACTAATAT-AATTAGCATTGCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTT-ATG----------T----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTN-TGTGCGTGTATCAAT---CACT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-A----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TT-----GA--TTTATAT-TATATGGTAATATATAACA
Reference ( family-3275 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATGAAAANAAC---TTTT-GTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACANAAATACGTCATGTAA---TC-CTGAAAGAA---CTG-AAATCNCATA-CTAAAAAT-A-TACAC-TTC---CC---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCNTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-TGCTAAC-TG-CCATTT-ACCACTAATAT-AATTAGCATTGCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTT-ATG----------T----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTN-TGTGCGTGTATCAAT---CACT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-A----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TT-----GA--TTTATAT-TATATGGTAATATATAACA
gi|1 : ACAAAATCATGAACGTTTCTGACAATCGCC-GAAATCTA-----AATTATTGAATATGAGAACACT---TTTT-GTTACAC---TGTTACATCATTATTACAGAAA-ACGTCAT-TGACT-TC-CTGAAAGAAAAACTG-AAAATTTATA-C--AAAAT-A-TACACCTTCA--CC---TGATATCCAAGAAC-CAAATTCAATT--TATGCTAA----------------T----AT-CCTGAA-TTGTCCTTT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAACAC-TTCAGAAAAT-CACTTTTA-T-CTAACCTG-CCATTTTACCACTCATATCAATTAGCATTGCCACAGACTTAGTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT------TATGTACATGTAATT----------T----------ATGAACAGTTTAATGATGTTG---------TATAAGACA-TT-TGAGCTACATT--ACCTA-TTAT-----AC--T-T--TGTG--GTGTGTGTATCAATCAGCACTCAT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAATAAAT-CACAT-ATTGTCAAAC----ACT-ATCATTT--AC----TAT---CCACGTCTATT-TT-AT-CAGTCATTC--AATATCATT-TTATT--A-TTCCT-CA-TCATGAAGGCAAAT-AAAC--AT------TACATTGTT-G-ATGTATTATA--C-----GCCAA-A-AAGAATTT
gi|10 : agattcttactcatcacaaataaggacaactgggtaaacccgtttatcaactccatttaaacaataatttctgaccatttttgctaaatataaaaacgcaaaattatatccacaaattctgacagacttaacctttttcagttaacgctacatatcttataagaagaccaactattgttgataaattaaaaaccaacgcgattagtcacaatgatttgtaaaattatgaataagtgctcatgcattatctcctattatagaaaaaggaaatattcaaacatttgaAT-AAT-T-ATTGTCAAAT----ACT-A----TT--AA----TAT--GCCATGTC-AT-ATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-TTTCT-CA-TCATG--GGC-AATAAACC--AT------ATTA-TGTT-A-ATGTGTA-TA--A-----CCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TT------A--TATATAT-TATTTGG--GTGTATAActgatttta
gi|12 : cgtctcagccggatttcaataaaAT-AAT-T-ATTGTCAAAT----ACT-A----TTTAAG----TAT--GCCATGTC-ATTATT-ATGCAGTA-TTT--AAAATTA-TGTTATT--A-TTTCT-CATTCATG--GGC-AATAAACC--AT------T-TATTGTTAA-ATGTGTA-TAATC------CCAATAGAAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TT-----A----TTATAT-TATATt
gi|13 : aaaT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT-AAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-A----TT--AC----TATATGCCATGCC-ATTATT-AT-CCGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--C-----ACCAATA-AAGAATTTGAA-TTT
gi|14 : ataTC-ATTATT-GT-TG----TTC--AA------TGTTATTACA-GTTTTACA--CGTG--GGC-TAT-AACC--AT------TGCA-TGTT-GAAAGGGT--TA--T-----GCCAATA-AAGAAATTGAA--TTG-AA
gi|15 : ctattgattttcctcaagtattcttccaTGTTATT--A-GTTCT-AC-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--T-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-caactgacgaaat
gi|16 : -----GTATGTGTGTTT-ATG----------TTTTCATAAATATGTACAGTTTAATGATGTCATACAATGTATATAAGA-A-TTGTA---TAACTTGGACACACATAT-----A---T-A--TATA-TATggacataaaaaagaaaaaaaaagttgctagaaaaa
gi|17 : ATC--AT------TATA-TGTT-G-ATGT-T--TA--C-----GCTAATA-AAGAATTTGAATTTTG-AA----------A--TTTATA---ATATGGTAATa
gi|19 : ------TAAA-TGTT-G-ATGTGT--GA--C-----GCCAATA-ATGAATTTGAA-TTTG-AA
gi|2 : ttaCGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATTGAAGTAACACTTTTT-GGTACACACTTGT-ACTGCAT-AT-ACACAAATACGTCATGTAT---TC-CTGAAAG-A---CTGAAAATCATATACCTAAAAATCATTACAC-TTA---CC---AG-TATG-AAGACCTAAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCCTGAAAAAT-CCTGAA--TGT---TT--CATCATTTTATCT----TTGT-CTATAAC-CTTT-AGAAAATCCACTTTTATTGCTAAC-TGTCCATTT-ACCACTAATAT---TTAGCATTGCTACAGACTT-GTCCATCTAATATTCTTAAGGATAT---T---------ATACAC-T-----GTATGT-TGTGT-A-G---------------------AAGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAACA-ACTTGTG---T-AATTGGACATA-TTAT-----A---T-G--T-TC-TGTGTGCGTATCAA----CACT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT--AC-T-ATTGTCAACT----A-T-A----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATTAAT-CAGTATTTTAAAAAATTATTGTTATT--ATTTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--TT------AATA-TGTT-A-AT-TGT--TA--CCGGGGGCCAATT-AAAGATTTG-A-TTT--------------A--TTTATAT-TTTAT
gi|20 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTAAA-TTTG-AAT-TTGTATAGA--TTTATAatacactttccacagggaaagtggtatgaaatgattt
gi|3 : ATAAACACGTC-TGCAAAAACA-CCAAAATAA---CTA-TAGTT--ATA-CCAAA--------TAC-TTC---CC---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATTGCACT--TAA----ATCATAATTCATTGAAAATTCCTGAAATTGTC--TGAATATCA-TTTATCTTCAGTTGTTCT-TAAC-C-TT-ATAAAAG-CACTTTTA-TGCTAAC-TG-CCATTA-ACAACTAATAT-AACTAGCATTGCCACAGTCTT-GTCCATC----------AAGGCT-------------------ACAT-----GTATGTGTGTTT-ATGTTTTCATAATT----------ATATACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATCGGACAT--ATAT-----A---TAA--AATA-TATGTGTGTATCAAT---CACT-CT--TGT-CATACATGTAGACATAAGTATA-TTGTACAAT-CAT-CAC-TAATTGTCAAAC----ACT-A----TT--ACTATATAT--GCCATGTT-ATTATT-AT-CAGTATT------AATTATTGTTATT--A-GTTCT-CC-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGCGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-TAT-
gi|4 : ATAAGATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---ATCTAAAGTTATTGA----------------TTTT-GTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACACAAATACGTCATGTAA---TC-CTGAAAGAA---CTG-AAATCACATA-CTAAAAAT-A-TACAC-TTC---CT---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCCTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-GGCTAAC-TG-CCATTT-AGCACTTATAT-AATTAGCATTGTTACAGACTC-GTCCATC-AACATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTAG-ATG----------T----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAACA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTC-TGTGAGTGTATCAAT---CACT-AT--TATCCA-------------------ATTTGTACTAT-CATAAAC-T-ATTGTCAAAT----ACTCA----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-TTTCT-CA-TCGTG--GGC-AAT-AACC--AT------TATA-TGTT-A-ATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TT-----GAATTTTATATGTCTATGGTAATATATAACAacttcccatatttctattttgtaaaatgacaaagtttttcttcaggaaaactcgtatccaaattttgatcgatgggtacgacttcgatctccaagagaactcgtactcgagtacgatttctccaggagaactcttcaaatggtacg
gi|5 : tcatgtgtaatatcatagacgtaaattataattAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A------GTTATTGAAGATGAAGAACAC---TTTTTGTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACAGAAATATGTCATG-AA---TTGCTGAAAGAA---CTG-AAATCTCATG-CTAAAAAT-A-TTCAC-TTCTTACCGGTAGATATA-AAGACC-TTACTTCAATT--ATTGCTAATTAAATGATAACTCATTGAAAAT-TCTGAAATTGTC----------A-TTTACCTCTAATTGT-TT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-TGCTTTTA-TGCTAAC-CG-TCAGTC-ACCACTAATAT-AATTAGCATTACCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTT-ATG----------TTTTCATAATTATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-CTGTG---TAAATTGGACATATATATTAATTA---C-AATTGTCATATACATGTA--GA----CATA-AG--TAT----------------------A-TAGTACAAT-CAT-CAC-T-AATGTCAAACGTACACT-A----TT--AC----TAT--GCCATGCT-ATCATA-AT-CA
gi|7 : taaaaaacaaatgtgataggtcaatgatttgaaaaatttaaataagtgctcatgaccttgctacagaacaaggaagatattcaaacatccct--TT--CATCA-TCTATCTTTAAATGT-CC-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CAATTTTA-TGCTAAC-TG-CCATTT-ACCACTAATAT-AATTAGCATTTCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATATACATGTACTAGTAATACACATGTACAGTATGTGTGTTT-GTGTTTTCATATTT----------ATTTACAGTTTAATGGCGT-----------TATAAGA-G-GTGTG---TAACTTGGACAT--ATAT-----A---T-A--CGTG-TGT--GTGTATCAAT---CACT-ATAATATGCC-------------------A-TGCTATTAT-TAT-CAG-T-ATTt
gi|8 : TTGGACATG--------------T-A--TGTA-TGTA-GTTTA-CAGG---CATA-AG--TAT--A-------------------A-T---ACAA--CGT-CAC-T-A------AAG----ACT-A----TT--AC----TAT--GTCATG---ACTATT-AC----TATT-------ATCATTGCTATT--A-GTTTT-AT-TCATG--AGC-AAT-AACC--AT------TA---TGTT-A-ATGTGT--TG--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-ATTGTAATAAT-----GA--AATACATGTA-ACGATAATA-ACAACA
gi|9 : acCTT-GTCCATC-ATTATTCTTCAGGATAT---T---------ATACAAAT-----GTATGTGTG---------------------------------CAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAACTTGGACAT--ATAT-----ACGGT-A--TGTG-TGT--GTGTATCAAT-------------------------------------A-TTGTATAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-C----TT--AC----TAT--GCCATGAT-GTTATC-AT-CAGTATT------AATTATTATTATT--A-GTTCT-CC-TCATG--GGC-AAT-AACCAAATAAAAAATACA-TGTT-G-ATATATTCTA--C-----ACCAATA-AAGAAGTTGAA-TTttcaaatccatgtcagtgaaaagttataacccggacaatatcaaaaagctaaaaaacaaaaccaaaat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): CTGCTATCAGTTTTATTGGGGCAGCTCCCACCATGTTGAGGGCATCAAGAAAACTTGTACCCACATTTTAATGATAAAATTGACAAAGTTTTCCTCCAGGATAACTTCTACCCACATTTCTATTCAGTAAATTGATAATGTTTTCTCCAGAACTCGTATCTATAGATATATTATTGATGGGTACGACTTCTCCAGGACAATTATAACTCTTACCTTATTTTCTTGGTATGAGTTTTCCTGGGTACAAGTTCTCCAGATGTCATGCTATGTGTGTGTTG
Unaligned ( gi|11 ): TAAAATTCAAAAGTTTTTCTCTAGGAGAACTCGTACCCCAGATATTGATGGGTACGAGTTCTCCTGGAGAGTCGTACCCGGGTACGACTTCTCTAGAAAATCGTACCCTATTTCTTCGGGTACGACTTCTCCTGGGTACGGGTTCTCTTTGGGACGACTTCT
Unaligned ( gi|18 ): AACACTAATGTTATAAATTATTACCAAGGAAGCAATATTCTTAGTA
Unaligned ( gi|21 ): AAAAATTGTGATGAAATCAGTTATATTTCTGATCAGTTTGAAC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 3333333333 333333333333 1 111 1 1 1 222222 111 11 111 222 111 11 11111 1 111111 2222222222222 11111 888888888888888888888 33333333333 222 111111111 11 1111 4444444444444444444444 1111 11 3333333333333 1
lowQualScore : 3 0 0 3 6666666666 55 333333333333 0 777 0 0 0 1 3 0 3 555555 0 444 8 00 8 3 0 111 1 8 222 444 0 8 99 11 77777 3 3 8 0 666666 6 1 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 5 5 1 7777777777777 22222 555 0 777777777777777777777 00000000000 5 5 888 000 777777777 4 66 55 88 3 5555 4 66 6666666666666666666666 4 2 4 77 3 3 8888 4 8888 55 8888 55 0 3 3 3 0 2222 0 55 55 3 3 55 3 7 44 888888 1 6 3 3 33 33 77777 2 3 3 1111111111111 3 3 7
lowQualScore : . . . . .......... .. ............ . ... . . . . . . . ...... . ... . .. . . . ... . . ... ... . . .. .. ..... . . . . ...... . . . . . . . . . . . . . . . . ............. ..... ... . ..................... ........... . . ... ... ......... . .. .. .. . .... . .. ...................... . . . .. . . .... . .... .. .... .. . . . . . .... . .. .. . . .. . . .. ...... . . . . .. .. ..... . . . ............. . . .
lowQualScore : 3 0 0 2 8888888888 88 888888888888 0 555 0 0 0 0 8 8 8 222222 8 000 0 22 0 8 8 888 0 0 000 000 8 0 00 00 88888 8 2 0 6 555555 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 9 3333333333333 55555 222 1 666666666666666666666 66666666666 0 0 888 111 000000000 4 11 44 11 2 0000 4 11 2222222222222222222222 4 0 4 33 6 6 5555 0 5555 55 5555 55 5 6 6 6 9 4444 9 00 00 6 6 00 6 3 66 888888 9 2 1 1 66 99 11111 9 1 6 3333333333333 3 2 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATGAAAANAAC---TTTT-GTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACANAAATACGTCATGTAA---TC-CTGAAAGAA---CTG-AAATCNCATA-CTAAAAAT-A-TACAC-TTC---CC---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCNTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-TGCTAAC-TG-CCATTT-ACCACTAATAT-AATTAGCATTGCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTT-ATG----------T----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTN-TGTGCGTGTATCAAT---CACT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-A----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TT-----GA--TTTATAT-TATATGGTAATATATAACA
Reference ( family-3275 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATGAAAANAAC---TTTT-GTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACANAAATACGTCATGTAA---TC-CTGAAAGAA---CTG-AAATCNCATA-CTAAAAAT-A-TACAC-TTC---CC---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCNTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-TGCTAAC-TG-CCATTT-ACCACTAATAT-AATTAGCATTGCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTT-ATG----------T----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTN-TGTGCGTGTATCAAT---CACT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-A----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TT-----GA--TTTATAT-TATATGGTAATATATAACA
gi|1 : ACAAAATCATGAACGTTTCTGACAATCGCC-GAAATCTA-----AATTATTGAATATGAGAACACT---TTTT-GTTACAC---TGTTACATCATTATTACAGAAA-ACGTCAT-TGACT-TC-CTGAAAGAAAAACTG-AAAATTTATA-C--AAAAT-A-TACACCTTCA--CC---TGATATCCAAGAAC-CAAATTCAATT--TATGCTAA----------------T----AT-CCTGAA-TTGTCCTTT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAACAC-TTCAGAAAAT-CACTTTTA-T-CTAACCTG-CCATTTTACCACTCATATCAATTAGCATTGCCACAGACTTAGTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT------TATGTACATGTAATT----------T----------ATGAACAGTTTAATGATGTTG---------TATAAGACA-TT-TGAGCTACATT--ACCTA-TTAT-----AC--T-T--TGTG--GTGTGTGTATCAATCAGCACTCAT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAATAAAT-CACAT-ATTGTCAAAC----ACT-ATCATTT--AC----TAT---CCACGTCTATT-TT-AT-CAGTCATTC--AATATCATT-TTATT--A-TTCCT-CA-TCATGAAGGCAAAT-AAAC--AT------TACATTGTT-G-ATGTATTATA--C-----GCCAA-A-AAGAATTT
gi|10 : agattcttactcatcacaaataaggacaactgggtaaacccgtttatcaactccatttaaacaataatttctgaccatttttgctaaatataaaaacgcaaaattatatccacaaattctgacagacttaacctttttcagttaacgctacatatcttataagaagaccaactattgttgataaattaaaaaccaacgcgattagtcacaatgatttgtaaaattatgaataagtgctcatgcattatctcctattatagaaaaaggaaatattcaaacatttgaAT-AAT-T-ATTGTCAAAT----ACT-A----TT--AA----TAT--GCCATGTC-AT-ATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-TTTCT-CA-TCATG--GGC-AATAAACC--AT------ATTA-TGTT-A-ATGTGTA-TA--A-----CCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TT------A--TATATAT-TATTTGG--GTGTATAActgatttta
gi|12 : cgtctcagccggatttcaataaaAT-AAT-T-ATTGTCAAAT----ACT-A----TTTAAG----TAT--GCCATGTC-ATTATT-ATGCAGTA-TTT--AAAATTA-TGTTATT--A-TTTCT-CATTCATG--GGC-AATAAACC--AT------T-TATTGTTAA-ATGTGTA-TAATC------CCAATAGAAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TT-----A----TTATAT-TATATt
gi|13 : aaaT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT-AAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-A----TT--AC----TATATGCCATGCC-ATTATT-AT-CCGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--C-----ACCAATA-AAGAATTTGAA-TTT
gi|14 : ataTC-ATTATT-GT-TG----TTC--AA------TGTTATTACA-GTTTTACA--CGTG--GGC-TAT-AACC--AT------TGCA-TGTT-GAAAGGGT--TA--T-----GCCAATA-AAGAAATTGAA--TTG-AA
gi|15 : ctattgattttcctcaagtattcttccaTGTTATT--A-GTTCT-AC-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--T-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-caactgacgaaat
gi|16 : -----GTATGTGTGTTT-ATG----------TTTTCATAAATATGTACAGTTTAATGATGTCATACAATGTATATAAGA-A-TTGTA---TAACTTGGACACACATAT-----A---T-A--TATA-TATggacataaaaaagaaaaaaaaagttgctagaaaaa
gi|17 : ATC--AT------TATA-TGTT-G-ATGT-T--TA--C-----GCTAATA-AAGAATTTGAATTTTG-AA----------A--TTTATA---ATATGGTAATa
gi|19 : ------TAAA-TGTT-G-ATGTGT--GA--C-----GCCAATA-ATGAATTTGAA-TTTG-AA
gi|2 : ttaCGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATTGAAGTAACACTTTTT-GGTACACACTTGT-ACTGCAT-AT-ACACAAATACGTCATGTAT---TC-CTGAAAG-A---CTGAAAATCATATACCTAAAAATCATTACAC-TTA---CC---AG-TATG-AAGACCTAAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCCTGAAAAAT-CCTGAA--TGT---TT--CATCATTTTATCT----TTGT-CTATAAC-CTTT-AGAAAATCCACTTTTATTGCTAAC-TGTCCATTT-ACCACTAATAT---TTAGCATTGCTACAGACTT-GTCCATCTAATATTCTTAAGGATAT---T---------ATACAC-T-----GTATGT-TGTGT-A-G---------------------AAGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAACA-ACTTGTG---T-AATTGGACATA-TTAT-----A---T-G--T-TC-TGTGTGCGTATCAA----CACT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT--AC-T-ATTGTCAACT----A-T-A----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATTAAT-CAGTATTTTAAAAAATTATTGTTATT--ATTTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--TT------AATA-TGTT-A-AT-TGT--TA--CCGGGGGCCAATT-AAAGATTTG-A-TTT--------------A--TTTATAT-TTTAT
gi|20 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTAAA-TTTG-AAT-TTGTATAGA--TTTATAatacactttccacagggaaagtggtatgaaatgattt
gi|3 : ATAAACACGTC-TGCAAAAACA-CCAAAATAA---CTA-TAGTT--ATA-CCAAA--------TAC-TTC---CC---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATTGCACT--TAA----ATCATAATTCATTGAAAATTCCTGAAATTGTC--TGAATATCA-TTTATCTTCAGTTGTTCT-TAAC-C-TT-ATAAAAG-CACTTTTA-TGCTAAC-TG-CCATTA-ACAACTAATAT-AACTAGCATTGCCACAGTCTT-GTCCATC----------AAGGCT-------------------ACAT-----GTATGTGTGTTT-ATGTTTTCATAATT----------ATATACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATCGGACAT--ATAT-----A---TAA--AATA-TATGTGTGTATCAAT---CACT-CT--TGT-CATACATGTAGACATAAGTATA-TTGTACAAT-CAT-CAC-TAATTGTCAAAC----ACT-A----TT--ACTATATAT--GCCATGTT-ATTATT-AT-CAGTATT------AATTATTGTTATT--A-GTTCT-CC-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGCGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-TAT-
gi|4 : ATAAGATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---ATCTAAAGTTATTGA----------------TTTT-GTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACACAAATACGTCATGTAA---TC-CTGAAAGAA---CTG-AAATCACATA-CTAAAAAT-A-TACAC-TTC---CT---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCCTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-GGCTAAC-TG-CCATTT-AGCACTTATAT-AATTAGCATTGTTACAGACTC-GTCCATC-AACATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTAG-ATG----------T----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAACA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTC-TGTGAGTGTATCAAT---CACT-AT--TATCCA-------------------ATTTGTACTAT-CATAAAC-T-ATTGTCAAAT----ACTCA----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-TTTCT-CA-TCGTG--GGC-AAT-AACC--AT------TATA-TGTT-A-ATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TT-----GAATTTTATATGTCTATGGTAATATATAACAacttcccatatttctattttgtaaaatgacaaagtttttcttcaggaaaactcgtatccaaattttgatcgatgggtacgacttcgatctccaagagaactcgtactcgagtacgatttctccaggagaactcttcaaatggtacg
gi|5 : tcatgtgtaatatcatagacgtaaattataattAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A------GTTATTGAAGATGAAGAACAC---TTTTTGTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACAGAAATATGTCATG-AA---TTGCTGAAAGAA---CTG-AAATCTCATG-CTAAAAAT-A-TTCAC-TTCTTACCGGTAGATATA-AAGACC-TTACTTCAATT--ATTGCTAATTAAATGATAACTCATTGAAAAT-TCTGAAATTGTC----------A-TTTACCTCTAATTGT-TT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-TGCTTTTA-TGCTAAC-CG-TCAGTC-ACCACTAATAT-AATTAGCATTACCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTT-ATG----------TTTTCATAATTATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-CTGTG---TAAATTGGACATATATATTAATTA---C-AATTGTCATATACATGTA--GA----CATA-AG--TAT----------------------A-TAGTACAAT-CAT-CAC-T-AATGTCAAACGTACACT-A----TT--AC----TAT--GCCATGCT-ATCATA-AT-CA
gi|7 : taaaaaacaaatgtgataggtcaatgatttgaaaaatttaaataagtgctcatgaccttgctacagaacaaggaagatattcaaacatccct--TT--CATCA-TCTATCTTTAAATGT-CC-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CAATTTTA-TGCTAAC-TG-CCATTT-ACCACTAATAT-AATTAGCATTTCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATATACATGTACTAGTAATACACATGTACAGTATGTGTGTTT-GTGTTTTCATATTT----------ATTTACAGTTTAATGGCGT-----------TATAAGA-G-GTGTG---TAACTTGGACAT--ATAT-----A---T-A--CGTG-TGT--GTGTATCAAT---CACT-ATAATATGCC-------------------A-TGCTATTAT-TAT-CAG-T-ATTt
gi|8 : TTGGACATG--------------T-A--TGTA-TGTA-GTTTA-CAGG---CATA-AG--TAT--A-------------------A-T---ACAA--CGT-CAC-T-A------AAG----ACT-A----TT--AC----TAT--GTCATG---ACTATT-AC----TATT-------ATCATTGCTATT--A-GTTTT-AT-TCATG--AGC-AAT-AACC--AT------TA---TGTT-A-ATGTGT--TG--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-ATTGTAATAAT-----GA--AATACATGTA-ACGATAATA-ACAACA
gi|9 : acCTT-GTCCATC-ATTATTCTTCAGGATAT---T---------ATACAAAT-----GTATGTGTG---------------------------------CAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAACTTGGACAT--ATAT-----ACGGT-A--TGTG-TGT--GTGTATCAAT-------------------------------------A-TTGTATAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-C----TT--AC----TAT--GCCATGAT-GTTATC-AT-CAGTATT------AATTATTATTATT--A-GTTCT-CC-TCATG--GGC-AAT-AACCAAATAAAAAATACA-TGTT-G-ATATATTCTA--C-----ACCAATA-AAGAAGTTGAA-TTttcaaatccatgtcagtgaaaagttataacccggacaatatcaaaaagctaaaaaacaaaaccaaaat
blockSeqs : . . . T ATCTAAA AG TGAAGTAACACT T ACT . . . C T T AAACA . A AT C T CAT A . TTA GGT . TA GC TTAAA C A T A TGAA T T T A . T . C T . T . . . T A ACATGTACTAGTA GTACA TT TTTTCATAAAT CATACAATGTA . C . ACA TAATTA A AT CA GT T T . AA CATACATGTAGACATAAGTAT T T . AA . A GTAC C . TA TATA AT . A G TTAA AC TT A T . . A AA AAAAAA T T A A TC AT CGGGG G T T TTTGTATAGA G T T
blockSeqs : . . . T AA AG GAAGAACAC . . . . . T C C TTG . . AC . C A A . . . . A . A A G . A TT . T . . . . . . . . . . . . . A T . GT TTTTCATAATT . . . . ATA ACGG . . A GT T T . . CCA . T . A . . . . . . . . . . . TT . T . . . . A . . T . . . A . . . . . TTTGAAT G T .
blockSeqs : . . T A . . . . . . . C T T TC . . TC . T A T . . . . A . A C G . A TT . C . . . . . . . . . . . . . T T . TT TTTTCATAATT . . . . AT A . . C GA T T . . GCC . T . A . . . . . . . . . . . TT . T . . . . . . . C . . . A . . . . . TAATGA . T
blockSeqs : G T . TC . . . . T . . . . . . T . A A G . . TT . T . . . . . . . . . . . . . T T . AG TTTTCATATTT . . . . AA A . . A AC T G . . CA . T . A . . . . . . . . . . . TT . G . . . . . . . C . . . . . . . . . TTTA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T T . TT T . . . . A A . . C A T T . . CA . A . C . . . . . . . . . . . TC . G . . . . . . . C . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . A A . . G . . . . . A . G . C . . . . . . . . . . . TT . G . . . . . . . T . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . G A . . A . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . G . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TN**** *** *** A**** TT**** TT* TTTTCATAATT********** *********** *** AA* A******** T*** CA******************** **** ** ** TTTA*********
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATGAAAANAAC---TTTT-GTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACANAAATACGTCATGTAA---TC-CTGAAAGAA---CTG-AAATCNCATA-CTAAAAAT-A-TACAC-TTC---CC---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCNTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-TGCTAAC-TG-CCATTT-ACCACTAATAT-AATTAGCATTGCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTT-ATG----------T----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTN-TGTGCGTGTATCAAT---CACT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-A----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AAT-TT-----GA--TTTATAT-TATATGGTAATATATAACA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATGAAAANAAC---TTTT-GTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACANAAATACGTCATGTAATN----CTGAAAGAA---CTG-AAATCNCATA-CTAAAAAT-A-TACAC-TTC---CC---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAAA----TCATAACTCNTTGAAAAT-CCTGAAATTGTCTT----CATCA-TTTATCTTTAATTGT-CT-TAAC-C-TT-AGAAAAT-CACTTTTA-TGCTAAC-TG-CCATTT-ACCACTAATAT-AATTAGCATTGCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTT-ATGTTTTCATAATT----------ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATTGGACATAA-TATA--------T-A--TGTN-TGTGCGTGTATCAAT---CACT-AT--TATCA--------------------A-TTGTACAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-A----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CA-TCATG--GGC-AAT-AACC--AT------TACA-TGTT-G-ATGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG-AATTTA---------TTTATAT-TATATGGTAATATATAACA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): CTGCTATCAGTTTTATTGGGGCAGCTCCCACCATGTTGAGGGCATCAAGAAAACTTGTACCCACATTTTAATGATAAAATTGACAAAGTTTTCCTCCAGGATAACTTCTACCCACATTTCTATTCAGTAAATTGATAATGTTTTCTCCAGAACTCGTATCTATAGATATATTATTGATGGGTACGACTTCTCCAGGACAATTATAACTCTTACCTTATTTTCTTGGTATGAGTTTTCCTGGGTACAAGTTCTCCAGATGTCATGCTATGTGTGTGTTG
Unaligned ( gi|11 ): TAAAATTCAAAAGTTTTTCTCTAGGAGAACTCGTACCCCAGATATTGATGGGTACGAGTTCTCCTGGAGAGTCGTACCCGGGTACGACTTCTCTAGAAAATCGTACCCTATTTCTTCGGGTACGACTTCTCCTGGGTACGGGTTCTCTTTGGGACGACTTCT
Unaligned ( gi|18 ): AACACTAATGTTATAAATTATTACCAAGGAAGCAATATTCTTAGTA
Unaligned ( gi|21 ): AAAAATTGTGATGAAATCAGTTATATTTCTGATCAGTTTGAAC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 3333333333 333333333333 1 111 1 1 1 2222 1111 11111 11 222 111 11 11111 1 111111 1 2222222222222 11111 222222222222 33333333333 222 111111111 11 1111 4444444444444444444444 1111 11 1
lowQualScore : 3 0 0 3 6666666666 55 333333333333 0 777 0 0 0 1 3 0 6666 1 4444 00000 11 0 8 99 8 222 444 0 8 99 11 77777 3 3 8 0 666666 6 6 6 6 3 6 6 6 6 6 6 5 5 1 7777777777777 22222 66 666666666666 00000000000 5 5 888 000 777777777 4 66 55 55 3 5555 4 66 6666666666666666666666 4 2 4 77 3 3 8888 4 8888 55 8888 55 0 3 3 3 7777 0 55 55 3 3 55 3 3 3 44 888888 3 1 3 3 3 33 33 77777 2 2 999 66 9999 88888 0 5 3 7
lowQualScore : . . . . .......... .. ............ . ... . . . . . . .... . .... ..... .. . . .. . ... ... . . .. .. ..... . . . . ...... . . . . . . . . . . . . . . ............. ..... .. ............ ........... . . ... ... ......... . .. .. .. . .... . .. ...................... . . . .. . . .... . .... .. .... .. . . . . .... . .. .. . . .. . . . .. ...... . . . . . .. .. ..... . . ... .. .... ..... . . . .
lowQualScore : 3 0 0 2 8888888888 88 888888888888 0 555 0 0 0 0 8 8 4444 0 8888 88888 88 8 0 00 0 000 000 8 0 00 00 88888 8 2 0 6 555555 7 7 7 7 3 7 7 7 7 7 7 7 7 9 3333333333333 55555 44 555555555555 66666666666 0 0 888 111 000000000 4 11 44 00 2 0000 4 11 2222222222222222222222 4 0 4 33 6 6 5555 0 5555 55 5555 55 5 6 6 6 3333 9 00 00 6 6 00 6 6 3 66 888888 1 9 1 1 1 66 99 11111 9 9 222 11 4444 99999 0 1 2 3
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATGAAAANAAC---TTTT-GTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACANAAATACGTCATGTAA---TCCTGAAAGAA---CTGAAA-TCNCATAC-TAAAAAT-AT-ACAC-TTC---CC---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCNTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCATTT-ATCTTTAATTGT-CT-TAAC-CTT-AGAAAATC-ACTTTTAT-GCTAAC-TG-CCATTT-ACCACTAATAT-AATTAGCATTGCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTTATGTTTTCATAATT-ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTN-TGTGCGTGTATCAAT---CACT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-A----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CAT-CATG--GGC-AAT-AA-CC--AT------T-ACA-TGTTG-A-TGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG---AAT--T----TA---TTTATAT-TATATGGTAATATATAACA
Reference ( family-3275 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATGAAAANAAC---TTTT-GTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACANAAATACGTCATGTAA---TNCTGAAAGAA---CTGAAA-TCNCATAC-TAAAAAT-AT-ACAC-TTC---CC---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCNTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCATTT-ATCTTTAATTGT-CT-TAAC-CTT-AGAAAATC-ACTTTTAT-GCTAAC-TG-CCATTT-ACCACTAATAT-AATTAGCATTGCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTTATGTTTTCATAATT-ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTN-TGTGCGTGTATCAAT---CACT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-A----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CAT-CATG--GGC-AAT-AA-CC--AT------T-ACA-TGTTG-A-TGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG---AAT--T----TA---TTTATAT-TATATGGTAATATATAACA
gi|1 : ACAAAATCATGAACGTTTCTGACAATCGCC-GAAATCTA-----AATTATTGAATATGAGAACACT---TTTT-GTTACAC---TGTTACATCATTATTACAGAAA-ACGTCAT-TGACT-TCCTGAAAGAAAAACTGAAA-ATTTATAC---AAAAT-AT-ACACCTTCA--CC---TGATATCCAAGAAC-CAAATTCAATT--TATGCTAA----------------T----AT-CCTGAA-TTGTCCTTT--CATCATTT-ATCTTTAATTGT-CT-TAACACTTCAGAAAATC-ACTTTTAT--CTAACCTG-CCATTTTACCACTCATATCAATTAGCATTGCCACAGACTTAGTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT------TATGTAC----ATGT------AATTTATGAACAGTTTAATGATGTTG---------TATAAGACA-TT-TGAGCTACATT--ACCTA-TTAT-----AC--T-T--TGTG--GTGTGTGTATCAATCAGCACTCAT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAATAAAT-CACAT-ATTGTCAAAC----ACT-ATCATTT--AC----TAT---CCACGTCTATT-TT-AT-CAGTCATTC--AATATCATT-TTATT--A-TTCCT-CAT-CATGAAGGCAAAT-AA-AC--AT------T-ACATTGTTG-A-TGTATTATA--C-----GCCAA-A-AAGAATT-----TCTG---ATT--T----TA---
gi|10 : agattcttactcatcacaaataaggacaactgggtaaacccgtttatcaactccatttaaacaataatttctgaccatttttgctaaatataaaaacgcaaaattatatccacaaattctgacagacttaacctttttcagttaacgctacatatcttataagaagaccaactattgttgataaattaaaaaccaacgcgattagtcacaatgatttgtaaaattatgaataagtgctcatgcattatctcctattatagaaaaaggaaatattcaaacatttgaAT-AAT-T-ATTGTCAAAT----ACT-A----TT--AA----TAT--GCCATGTC-AT-ATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-TTTCT-CAT-CATG--GGC-AATAAA-CC--AT------A-TTA-TGTTA-A-TGTGTA-TA--A-----CCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG---AAT--T----TA---TATATAT-TATTTGG--GTGTATAA
gi|12 : cgtctcagccggatttcaataaaAT-AAT-T-ATTGTCAAAT----ACT-A----TTTAAG----TAT--GCCATGTC-ATTATT-ATGCAGTATTT---AAAATTAT-GTTATT--A-TTTCT-CATTCATG--GGC-AAT-AAACC--AT------TTAT--TGTTA-AATGTGTA-TAATC------CCAATAGAAGAATTTGAA-TTTG---AAT--T----TA----TTATAT-TATATt
gi|13 : aaaT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT-AAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-A----TT--AC----TATATGCCATGCC-ATTATT-AT-CCGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-GTTCT-CAT-CATG--GGC-AAT-AA-CC--AT------T-ACA-TGTTG-A-TGTGT--TA--C-----ACCAATA-AAGAATTTGAA-TTT
gi|14 : ataTC-ATTATT-GT-TG----TTC--AA------TGTTATTACA-GTTTTACA--CGTG--GGC-TAT-AA-CC--AT------T-GCA-TGTTGAA-AGGGT--TA--T-----GCCAATA-AAGAAATTGAA--TTG---AA
gi|15 : ctattgattttcctcaagtattcttccaTGTTATT--A-GTTCT-ACT-CATG--GGC-AAT-AA-CC--AT------T-ACA-TGTTG-A-TGTGT--TA--T-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG---caactgacgaaat
gi|16 : -----GTATGTGTGTTTATGTTTTCATAAAT-ATGTACAGTTTAATGATGTCATACAATGTATATAAGA-A-TTGTA---TAACTTGGACACACATAT-----A---T-A--TATA-TATggacataaaaaagaaaaaaaaagttgctagaaaaa
gi|17 : A-TC--AT------T-ATA-TGTTG-A-TGT-T--TA--C-----GCTAATA-AAGAATTTGAATTTTG---AA---------A---TTTATA---ATATGGTAATa
gi|19 : ------T-AAA-TGTTG-A-TGTGT--GA--C-----GCCAATA-ATGAATTTGAA-TTTG---AA
gi|2 : ttaCGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A-----AGTTATTGAAGATTGAAGTAACACTTTTT-GGTACACACTTGT-ACTGCAT-AT-ACACAAATACGTCATGTAT---TCCTGAAAGA----CTGAAAATCATATACCTAAAAATCATTACAC-TTA---CC---AG-TATG-AAGACCTAAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCCTGAAAAAT-CCTGAA--TGT---TT--CATCATTTTATCTTT----GT-CTATAAC-CTTTAGAAAATCCACTTTTATTGCTAAC-TGTCCATTT-ACCACTAATAT---TTAGCATTGCTACAGACTT-GTCCATCTAATATTCTTAAGGATAT---T---------ATACAC-T-----GTATGT-----TGTGT----AGAA-----GTACAGTTTAATGATGT-----------TATAACA-ACTTGTG---T-AATTGGACATA-TTAT-----A---T-G--T-TC-TGTGTGCGTATCAA----CACT-AT--TAT-CA-------------------A-TTGTACAAT-CAT--AC-T-ATTGTCAACT----A-T-A----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATTAAT-CAGTATTTTAAAAAATTATTGTTATT--ATTTTCT-CAT-CATG--GGC-AAT-AA-CC--TT------A-ATA-TGTTA-A-T-TGT--TA--CCGGGGGCCAATT-AAAGATTTG-----------AT--T----TA---TTTATAT-TTTAT
gi|20 : tgtcatatcataatagtatcttatcatatctatatcacaataaggaagatatttaacattcaagatgT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTAAA-TTTG---AAT--T----TG---TATAGAT-T-TATatacactttccacagggaaagtggtatgaaatgattt
gi|3 : ATAAACACGTC-TGCAAAAACACCAAAATAA---CTATAG-TT--ATAC-CAAA--------TAC-TTC---CC---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATTGCACT--TAA----ATCATAATTCATTGAAAATTCCTGAAATTGTC--TGAATATCATTT-ATCTTCAGTTGTTCT-TAAC-CTT-ATAAAAGC-ACTTTTAT-GCTAAC-TG-CCATTA-ACAACTAATAT-AACTAGCATTGCCACAGTCTT-GTCCATC----------AAGGCT-------------------ACAT-----GTATGTGTGTTTATGTTTTCATAATT-ATATACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAAATCGGACAT--ATAT-----A---TAA--AATA-TATGTGTGTATCAAT---CACT-CT--TGT-CATACATGTAGACATAAGTATA-TTGTACAAT-CAT-CAC-TAATTGTCAAAC----ACT-A----TT--ACTATATAT--GCCATGTT-ATTATT-AT-CAGTATT------AATTATTGTTATT--A-GTTCT-CCT-CATG--GGC-AAT-AA-CC--AT------T-ACA-TGTTG-A-TGCGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTGTATACT--TCCCATA---TTTCTAT-Ta
gi|4 : ATAAGATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---ATCTAAAGTTATTGA----------------TTTT-GTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACACAAATACGTCATGTAA---TCCTGAAAGAA---CTGAAA-TCACATAC-TAAAAAT-AT-ACAC-TTC---CT---AGATATC-AAGACC-AAAATTCAATT--ATTGCTAA----ATCATAACTCCTTGAAAAT-CCTGAAATTGTC--TT--CATCATTT-ATCTTTAATTGT-CT-TAAC-CTT-AGAAAATC-ACTTTTAG-GCTAAC-TG-CCATTT-AGCACTTATAT-AATTAGCATTGTTACAGACTC-GTCCATC-AACATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTAGATG----------T-ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAACA-A-TTGTG---TAAATTGGACATA-ATAT-----A---T-A--TGTC-TGTGAGTGTATCAAT---CACT-AT--TATCCA-------------------ATTTGTACTAT-CATAAAC-T-ATTGTCAAAT----ACTCA----TT--AC----TAT--GCCATGTC-ATTATT-AT-CAGTATTTT--AAAATTATTGTTATT--A-TTTCT-CAT-CGTG--GGC-AAT-AA-CC--AT------T-ATA-TGTTA-A-TGTGT--TA--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-TTTG---AAT--T----TGAATTTTATATGTCTATGGTAATATATAACAttgtaaaatgacaaagtttttcttcaggaaaactcgtatccaaattttgatcgatgggtacgacttcgatctccaagagaactcgtactcgagtacgatttctccaggagaactcttcaaatggtacg
gi|5 : tcatgtgtaatatcatagacgtaaattataattAAATT-TGAACGTTTTTG-TAAT-GCCTGCAA---A------GTTATTGAAGATGAAGAACAC---TTTTTGTTACAC---TGT-ACTGCAT-AT-ACAGAAATATGTCATGAAT---TGCTGAAAGAA---CTGAAA-TCTCATGC-TAAAAAT-AT-TCAC-TTCTTACCGGTAGATATA-AAGACC-TTACTTCAATT--ATTGCTAATTAAATGATAACTCATTGAAAAT-TCTGAAATTGTC----------ATTT-ACCTCTAATTGT-TT-TAAC-CTT-AGAAAATT-GCTTTTAT-GCTAAC-CG-TCAGTC-ACCACTAATAT-AATTAGCATTACCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATAT---T---------ATACACAT-----GTATGTGTGTTTATGTTTTCATAATT-ATGTACAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-CTGTG---TAAATTGGACATATATATTAATTA---C-AATTGTCATATACATGTA--GA----CATA-AG--TAT----------------------A-TAGTACAAT-CAT-CAC-T-AATGTCAAACGTACACT-A----TT--AC----TAT--GCCATGCT-ATCATA-AT-CA
gi|7 : taaaaaacaaatgtgataggtcaatgatttgaaaaatttaaataagtgctcatgaccttgctacagaacaaggaagatattcaaacatccct--TT--CATCATCT-ATCTTTAAATGT-CC-TAAC-CTT-AGAAAATC-AATTTTAT-GCTAAC-TG-CCATTT-ACCACTAATAT-AATTAGCATTTCCACAGACTT-GTCCATC-ATTATTCTTAAGGATATACATGTACTAGTAATACACATGTACAGTATGTGTGTTTGTGTTTTCATATTT-ATTTACAGTTTAATGGCGT-----------TATAAGA-G-GTGTG---TAACTTGGACAT--ATAT-----A---T-A--CGTG-TGT--GTGTATCAAT---CACT-ATAATATGCC-------------------A-TGCTATTAT-TAT-CAG-T-ATTt
gi|8 : TTGGACATG--------------T-A--TGTA-TGTA-GTTTA-CAGG---CATA-AG--TAT--A-------------------A-T---ACAA--CGT-CAC-T-A------AAG----ACT-A----TT--AC----TAT--GTCATG---ACTATT-AC----TATT-------ATCATTGCTATT--A-GTTTT-ATT-CATG--AGC-AAT-AA-CC--AT------T-A---TGTTA-A-TGTGT--TG--C-----GCCAATA-AAGAATTTGAA-ATTGT--AATAAT----GA---AATACATGTA-ACGATAATA-ACAACA
gi|9 : acCTT-GTCCATC-ATTATTCTTCAGGATAT---T---------ATACAAAT-----GTATGTGTG-----------------------CAGTTTAATGATGT-----------TATAAGA-A-TTGTG---TAACTTGGACATA--TAT-----ACGGT-A--TGTG-TGTG--TGTATCAAT-------------------------------------A-TTGTATAAT-CAT-CAC-T-ATTGTCAAAC----ACT-C----TT--AC----TAT--GCCATGAT-GTTATC-AT-CAGTATT------AATTATTATTATT--A-GTTCT-CCT-CATG--GGC-AAT-AA-CCAAATAAAAAAT-ACA-TGTTG-A-TATATTCTA--C-----ACCAATA-AAGAAGTTGAA-TTttcaaatccatgtcagtgaaaagttataacccggacaatatcaaaaagctaaaaaacaaaaccaaaat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): CTGCTATCAGTTTTATTGGGGCAGCTCCCACCATGTTGAGGGCATCAAGAAAACTTGTACCCACATTTTAATGATAAAATTGACAAAGTTTTCCTCCAGGATAACTTCTACCCACATTTCTATTCAGTAAATTGATAATGTTTTCTCCAGAACTCGTATCTATAGATATATTATTGATGGGTACGACTTCTCCAGGACAATTATAACTCTTACCTTATTTTCTTGGTATGAGTTTTCCTGGGTACAAGTTCTCCAGATGTCATGCTATGTGTGTGTTG
Unaligned ( gi|11 ): TAAAATTCAAAAGTTTTTCTCTAGGAGAACTCGTACCCCAGATATTGATGGGTACGAGTTCTCCTGGAGAGTCGTACCCGGGTACGACTTCTCTAGAAAATCGTACCCTATTTCTTCGGGTACGACTTCTCCTGGGTACGGGTTCTCTTTGGGACGACTTCT
Unaligned ( gi|18 ): AACACTAATGTTATAAATTATTACCAAGGAAGCAATATTCTTAGTA
Unaligned ( gi|21 ): AAAAATTGTGATGAAATCAGTTATATTTCTGATCAGTTTGAAC